Changeset 14310


Ignore:
Timestamp:
Feb 4, 2013, 8:01:04 AM (14 years ago)
Author:
Mathieu Morlighem
Message:

merged trunk-jpl and trunk for revision 14308

Location:
issm/trunk
Files:
42 deleted
252 edited
279 copied

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • issm/trunk

  • issm/trunk/configs/config-arm-linux.sh

    r13975 r14310  
    66    --host="arm-linux-androideabi" \
    77    --enable-shared \
    8     --with-android=jni\
     8    --with-android=jni \
     9        --with-android-ndk=$ISSM_DIR/externalpackages/android/android-ndk/install \
    910    --without-fortran \
    1011        --without-wrappers \

  • issm/trunk/configure.ac

    r14067 r14310  
    22
    33#AUTOCONF
    4 AC_INIT([ISSM],[4.2.4],[issm@jpl.nasa.gov],[issm],[http://issm.jpl.nasa.gov]) #Initializing configure
     4AC_INIT([ISSM],[4.2.5],[issm@jpl.nasa.gov],[issm],[http://issm.jpl.nasa.gov]) #Initializing configure
    55AC_CONFIG_AUX_DIR([./aux-config])         #Put config files in aux-config
    66AC_CONFIG_MACRO_DIR([m4])                 #m4 macros are located in m4

  • issm/trunk/externalpackages/adolc/install-dev.sh

    r13975 r14310  
    66
    77git clone -b 2.3.x_ISSM  git://git.mcs.anl.gov/adol-c.git adolc_issm
     8#git reset --hard b254b2a001a1b7a024a9184cd087ae06eb975cad
    89
    910#Compile ADOL-C

  • issm/trunk/externalpackages/adolc/install-update-dev.sh

    r13975 r14310  
    1515cd adolc_issm
    1616git pull
     17#git reset --hard b254b2a001a1b7a024a9184cd087ae06eb975cad
    1718
    1819autoreconf -f -i

  • issm/trunk/externalpackages/export_fig/export_fig.m

    r12707 r14310  
    123123%   -bookmark - option to indicate that a bookmark with the name of the
    124124%               figure is to be created in the output file (pdf only).
    125 %   handle - The handle of the figure or axes (can be an array of handles
    126 %            of several axes, but these must be in the same figure) to be
     125%   handle - The handle of the figure, axes or uipanels (can be an array of
     126%            handles, but the objects must be in the same figure) to be
    127127%            saved. Default: gcf.
    128128%
    … …  
    166166% 09/05/12: Incorporate patch of Arcelia Arrieta (many thanks), to keep
    167167%           tick marks fixed.
    168 
    169 function [im alpha] = export_fig(varargin)
     168% 12/12/12: Add support for isolating uipanels. Thanks to michael for
     169%           suggesting it.
     170
     171function [im, alpha] = export_fig(varargin)
    170172% Make sure the figure is rendered correctly _now_ so that properties like
    171173% axes limits are up-to-date.
    172174drawnow;
    173175% Parse the input arguments
    174 [fig options] = parse_args(nargout, varargin{:});
     176[fig, options] = parse_args(nargout, varargin{:});
    175177% Isolate the subplot, if it is one
    176 cls = strcmp(get(fig(1), 'Type'), 'axes');
     178cls = all(ismember(get(fig, 'Type'), {'axes', 'uipanel'}));
    177179if cls
    178180    % Given handles of one or more axes, so isolate them from the rest
    179181    fig = isolate_axes(fig);
    180182else
     183    % Check we have a figure
     184    if ~isequal(get(fig, 'Type'), 'figure');
     185        error('Handle must be that of a figure, axes or uipanel');
     186    end
     187    % Get the old InvertHardcopy mode
    181188    old_mode = get(fig, 'InvertHardcopy');
    182189end
    … …  
    198205    end
    199206end
    200 % MATLAB "feature": axes limits can change when printing
     207% MATLAB "feature": axes limits and tick marks can change when printing
    201208Hlims = findall(fig, 'Type', 'axes');
    202209if ~cls
    … …  
    282289        % Crop the background
    283290        if options.crop
    284             [alpha v] = crop_background(alpha, 0);
     291            [alpha, v] = crop_background(alpha, 0);
    285292            A = A(v(1):v(2),v(3):v(4),:);
    286293        end
    … …  
    289296            res = options.magnify * get(0, 'ScreenPixelsPerInch') / 25.4e-3;
    290297            % Save the png
    291             imwrite(A, [options.name '.png'], 'Alpha', alpha, 'ResolutionUnit', 'meter', 'XResolution', res, 'YResolution', res);
     298            imwrite(A, [options.name '.png'], 'Alpha', double(alpha), 'ResolutionUnit', 'meter', 'XResolution', res, 'YResolution', res);
    292299            % Clear the png bit
    293300            options.png = false;
    … …  
    325332            tcol = 255;
    326333        else
    327             [A tcol] = print2array(fig, magnify, renderer);
     334            [A, tcol] = print2array(fig, magnify, renderer);
    328335        end
    329336        % Crop the background
    … …  
    460467return
    461468
    462 function [fig options] = parse_args(nout, varargin)
     469function [fig, options] = parse_args(nout, varargin)
    463470% Parse the input arguments
    464471% Set the defaults
    … …  
    542549            end
    543550        else
    544             [p options.name ext] = fileparts(varargin{a});
     551            [p, options.name, ext] = fileparts(varargin{a});
    545552            if ~isempty(p)
    546553                options.name = [p filesep options.name];
    … …  
    577584
    578585% Check whether transparent background is wanted (old way)
    579 if isequal(get(fig, 'Color'), 'none')
     586if isequal(get(ancestor(fig, 'figure'), 'Color'), 'none')
    580587    options.transparent = true;
    581588end
    … …  
    667674return
    668675
    669 function [A v] = crop_background(A, bcol)
     676function [A, v] = crop_background(A, bcol)
    670677% Map the foreground pixels
    671 [h w c] = size(A);
     678[h, w, c] = size(A);
    672679if isscalar(bcol) && c > 1
    673680    bcol = bcol(ones(1, c));

  • issm/trunk/externalpackages/export_fig/ghostscript.m

    r10635 r14310  
    1 function varargout = ghostscript(cmd)
    21%GHOSTSCRIPT  Calls a local GhostScript executable with the input command
    32%
    … …  
    2524% Thanks to Jonas Dorn for the fix for the title of the uigetdir window on
    2625% Mac OS.
    27 
    2826% Thanks to Nathan Childress for the fix to the default location on 64-bit
    2927% Windows systems.
    30 
    3128% 27/4/11 - Find 64-bit Ghostscript on Windows. Thanks to Paul Durack and
    3229% Shaun Kline for pointing out the issue
    33 
    3430% 4/5/11 - Thanks to David Chorlian for pointing out an alternative
    3531% location for gs on linux.
     32% 12/12/12 - Add extra executable name on Windows. Thanks to Ratish
     33% Punnoose for highlighting the issue.
    3634
     35function varargout = ghostscript(cmd)
    3736% Call ghostscript
    3837[varargout{1:nargout}] = system(sprintf('"%s" %s', gs_path, cmd));
    3938return
    4039
    41 function path = gs_path
     40function path_ = gs_path
    4241% Return a valid path
    4342% Start with the currently set path
    44 path = user_string('ghostscript');
     43path_ = user_string('ghostscript');
    4544% Check the path works
    46 if check_gs_path(path)
     45if check_gs_path(path_)
    4746    return
    4847end
    4948% Check whether the binary is on the path
    5049if ispc
    51     bin = {'gswin32c.exe', 'gswin64c.exe'};
     50    bin = {'gswin32c.exe', 'gswin64c.exe', 'gs'};
    5251else
    5352    bin = {'gs'};
    5453end
    5554for a = 1:numel(bin)
    56     path = bin{a};
    57     if check_store_gs_path(path)
     55    path_ = bin{a};
     56    if check_store_gs_path(path_)
    5857        return
    5958    end
    … …  
    7675                path2 = [default_location dir_list(a).name executable{b}];
    7776                if exist(path2, 'file') == 2
    78                     path = path2;
     77                    path_ = path2;
    7978                    ver_num = ver_num2;
    8079                end
    … …  
    8281        end
    8382    end
    84     if check_store_gs_path(path)
     83    if check_store_gs_path(path_)
    8584        return
    8685    end
    … …  
    8887    bin = {'/usr/bin/gs', '/usr/local/bin/gs'};
    8988    for a = 1:numel(bin)
    90         path = bin{a};
    91         if check_store_gs_path(path)
     89        path_ = bin{a};
     90        if check_store_gs_path(path_)
    9291            return
    9392        end
    … …  
    110109    for a = 1:numel(bin_dir)
    111110        for b = 1:numel(bin)
    112             path = [base bin_dir{a} bin{b}];
    113             if exist(path, 'file') == 2
    114                 if check_store_gs_path(path)
     111            path_ = [base bin_dir{a} bin{b}];
     112            if exist(path_, 'file') == 2
     113                if check_store_gs_path(path_)
    115114                    return
    116115                end
    … …  
    121120error('Ghostscript not found. Have you installed it from www.ghostscript.com?');
    122121
    123 function good = check_store_gs_path(path)
     122function good = check_store_gs_path(path_)
    124123% Check the path is valid
    125 good = check_gs_path(path);
     124good = check_gs_path(path_);
    126125if ~good
    127126    return
    128127end
    129128% Update the current default path to the path found
    130 if ~user_string('ghostscript', path)
     129if ~user_string('ghostscript', path_)
    131130    warning('Path to ghostscript installation could not be saved. Enter it manually in ghostscript.txt.');
    132131    return
    … …  
    134133return
    135134
    136 function good = check_gs_path(path)
     135function good = check_gs_path(path_)
    137136% Check the path is valid
    138 [good message] = system(sprintf('"%s" -h', path));
     137[good, message] = system(sprintf('"%s" -h', path_));
    139138good = good == 0;
    140139return

  • issm/trunk/externalpackages/export_fig/isolate_axes.m

    r11995 r14310  
    55%   fh = isolate_axes(ah, vis)
    66%
    7 % This function will create a new figure containing the axes specified, and
    8 % also their associated legends and colorbars. The axes specified must all
    9 % be in the same figure, but they will generally only be a subset of the
    10 % axes in the figure.
     7% This function will create a new figure containing the axes/uipanels
     8% specified, and also their associated legends and colorbars. The objects
     9% specified must all be in the same figure, but they will generally only be
     10% a subset of the objects in the figure.
    1111%
    1212% IN:
    13 %    ah - An array of axes handles, which must come from the same figure.
     13%    ah - An array of axes and uipanel handles, which must come from the
     14%         same figure.
    1415%    vis - A boolean indicating whether the new figure should be visible.
    1516%          Default: false.
    … …  
    2324% 16/3/2012 Moved copyfig to its own function. Thanks to Bob Fratantonio
    2425% for pointing out that the function is also used in export_fig.m.
     26% 12/12/12 - Add support for isolating uipanels. Thanks to michael for
     27% suggesting it.
    2528
    2629function fh = isolate_axes(ah, vis)
    … …  
    2932    error('ah must be an array of handles');
    3033end
    31 % Check that the handles are all for axes, and are all in the same figure
     34% Check that the handles are all for axes or uipanels, and are all in the same figure
    3235fh = ancestor(ah(1), 'figure');
    3336nAx = numel(ah);
    3437for a = 1:nAx
    35     if ~strcmp(get(ah(a), 'Type'), 'axes')
    36         error('All handles must be axes handles.');
     38    if ~ismember(get(ah(a), 'Type'), {'axes', 'uipanel'})
     39        error('All handles must be axes or uipanel handles.');
    3740    end
    3841    if ~isequal(ancestor(ah(a), 'figure'), fh)
    … …  
    4043    end
    4144end
    42 % Tag the axes so we can find them in the copy
     45% Tag the objects so we can find them in the copy
    4346old_tag = get(ah, 'Tag');
    4447if nAx == 1
    … …  
    5154    set(fh, 'Visible', 'off');
    5255end
    53 % Reset the axes tags
     56% Reset the object tags
    5457for a = 1:nAx
    5558    set(ah(a), 'Tag', old_tag{a});
    … …  
    5962if numel(ah) ~= nAx
    6063    close(fh);
    61     error('Incorrect number of axes found.');
     64    error('Incorrect number of objects found.');
    6265end
    6366% Set the axes tags to what they should be
    … …  
    8790% Get all the objects in the figure
    8891axs = findall(fh);
    89 % Delete everything except for the input axes and associated items
     92% Delete everything except for the input objects and associated items
    9093delete(axs(~ismember(axs, [ah; allchildren(ah); allancestors(ah)])));
    9194return

  • issm/trunk/externalpackages/export_fig/pdftops.m

    r10635 r14310  
    3333return
    3434
    35 function path = xpdf_path
     35function path_ = xpdf_path
    3636% Return a valid path
    3737% Start with the currently set path
    38 path = user_string('pdftops');
     38path_ = user_string('pdftops');
    3939% Check the path works
    40 if check_xpdf_path(path)
     40if check_xpdf_path(path_)
    4141    return
    4242end
    … …  
    4848end
    4949if check_store_xpdf_path(bin)
    50     path = bin;
     50    path_ = bin;
    5151    return
    5252end
    5353% Search the obvious places
    5454if ispc
    55     path = 'C:\Program Files\xpdf\pdftops.exe';
     55    path_ = 'C:\Program Files\xpdf\pdftops.exe';
    5656else
    57     path = '/usr/local/bin/pdftops';
     57    path_ = '/usr/local/bin/pdftops';
    5858end
    59 if check_store_xpdf_path(path)
     59if check_store_xpdf_path(path_)
    6060    return
    6161end
    … …  
    7575    bin_dir = {'', ['bin' filesep], ['lib' filesep]};
    7676    for a = 1:numel(bin_dir)
    77         path = [base bin_dir{a} bin];
    78         if exist(path, 'file') == 2
     77        path_ = [base bin_dir{a} bin];
     78        if exist(path_, 'file') == 2
    7979            break;
    8080        end
    8181    end
    82     if check_store_xpdf_path(path)
     82    if check_store_xpdf_path(path_)
    8383        return
    8484    end
    … …  
    8686error('pdftops executable not found.');
    8787
    88 function good = check_store_xpdf_path(path)
     88function good = check_store_xpdf_path(path_)
    8989% Check the path is valid
    90 good = check_xpdf_path(path);
     90good = check_xpdf_path(path_);
    9191if ~good
    9292    return
    9393end
    9494% Update the current default path to the path found
    95 if ~user_string('pdftops', path)
     95if ~user_string('pdftops', path_)
    9696    warning('Path to pdftops executable could not be saved. Enter it manually in pdftops.txt.');
    9797    return
    … …  
    9999return
    100100
    101 function good = check_xpdf_path(path)
     101function good = check_xpdf_path(path_)
    102102% Check the path is valid
    103 [good message] = system(sprintf('"%s" -h', path));
     103[good message] = system(sprintf('"%s" -h', path_));
    104104% system returns good = 1 even when the command runs
    105105% Look for something distinct in the help text

  • issm/trunk/externalpackages/export_fig/print2array.m

    r12707 r14310  
    2525%   bcol - 1x3 uint8 vector of the background color
    2626
    27 % Copyright (C) Oliver Woodford 2008-2011
     27% Copyright (C) Oliver Woodford 2008-2012
    2828
    29 % 5/9/2011 Set EraseModes to normal when using opengl or zbuffer renderers.
    30 % Thanks to Pawel Kocieniewski for reporting the issue.
     29% 05/09/11: Set EraseModes to normal when using opengl or zbuffer
     30%           renderers. Thanks to Pawel Kocieniewski for reporting the
     31%           issue.
     32% 21/09/11: Bug fix: unit8 -> uint8! Thanks to Tobias Lamour for reporting
     33%           the issue.
     34% 14/11/11: Bug fix: stop using hardcopy(), as it interfered with figure
     35%           size and erasemode settings. Makes it a bit slower, but more
     36%           reliable. Thanks to Phil Trinh and Meelis Lootus for reporting
     37%           the issues.
     38% 09/12/11: Pass font path to ghostscript.
     39% 27/01/12: Bug fix affecting painters rendering tall figures. Thanks to
     40%           Ken Campbell for reporting it.
     41% 03/04/12: Bug fix to median input. Thanks to Andy Matthews for reporting
     42%           it.
     43% 26/10/12: Set PaperOrientation to portrait. Thanks to Michael Watts for
     44%           reporting the issue.
    3145
    32 % 21/9/2011 Bug fix: unit8 -> uint8!
    33 % Thanks to Tobias Lamour for reporting the issue.
    34 
    35 % 14/11/2011 Bug fix: stop using hardcopy(), as it interfered with figure
    36 % size and erasemode settings. Makes it a bit slower, but more reliable.
    37 % Thanks to Phil Trinh and Meelis Lootus for reporting the issues.
    38 
    39 % 9/12/2011 Pass font path to ghostscript.
    40 
    41 % 27/1/2012 Bug fix affecting painters rendering tall figures. Thanks to
    42 % Ken Campbell for reporting it.
    43 
    44 % 3/4/2012 Bug fix to median input. Thanks to Andy Matthews for reporting
    45 % it.
    46 
    47 function [A bcol] = print2array(fig, res, renderer)
     46function [A, bcol] = print2array(fig, res, renderer)
    4847% Generate default input arguments, if needed
    4948if nargin < 2
    … …  
    8584        % Execute the ghostscript command
    8685        ghostscript(cmd_str);
    87     catch
     86    catch me
    8887        % Delete the intermediate file
    8988        delete(tmp_eps);
    90         rethrow(lasterror);
     89        rethrow(me);
    9190    end
    9291    % Delete the intermediate file
    … …  
    134133    err = false;
    135134    % Set paper size
    136     old_mode = get(fig, 'PaperPositionMode');
    137     set(fig, 'PaperPositionMode', 'auto');
     135    old_pos_mode = get(fig, 'PaperPositionMode');
     136    old_orientation = get(fig, 'PaperOrientation');
     137    set(fig, 'PaperPositionMode', 'auto', 'PaperOrientation', 'portrait');
    138138    try
    139139        % Print to tiff file
    … …  
    147147    end
    148148    % Reset paper size
    149     set(fig, 'PaperPositionMode', old_mode);
     149    set(fig, 'PaperPositionMode', old_pos_mode, 'PaperOrientation', old_orientation);
    150150    % Throw any error that occurred
    151151    if err

  • issm/trunk/externalpackages/export_fig/print2eps.m

    r12707 r14310  
    2828% fex id: 5743, but the implementation is mine :)
    2929
    30 % 14/11/2011 Fix a MATLAB bug rendering black or white text incorrectly.
    31 % Thanks to Mathieu Morlighem for reporting the issue and obtaining a fix
    32 % from TMW.
    33 
    34 % 8/12/2011 Added ability to correct fonts. Several people have requested
    35 % this at one time or another, and also pointed me to printeps (fex id:
    36 % 7501), so thank you to them. My implementation (which was not inspired by
    37 % printeps - I'd already had the idea for my approach) goes
    38 % slightly further in that it allows multiple fonts to be swapped.
    39 
    40 % 14/12/2011 Fix bug affecting font names containing spaces. Many thanks to
    41 % David Szwer for reporting the issue.
    42 
    43 % 25/1/2012 Add a font not to be swapped. Thanks to Anna Rafferty and Adam
    44 % Jackson for reporting the issue. Also fix a bug whereby using a font
    45 % alias can lead to another font being swapped in.
    46 
    47 % 10/4/2012 Make the font swapping case insensitive.
     30% 14/11/2011: Fix a MATLAB bug rendering black or white text incorrectly.
     31%             Thanks to Mathieu Morlighem for reporting the issue and
     32%             obtaining a fix from TMW.
     33% 08/12/11: Added ability to correct fonts. Several people have requested
     34%           this at one time or another, and also pointed me to printeps
     35%           (fex id: 7501), so thank you to them. My implementation (which
     36%           was not inspired by printeps - I'd already had the idea for my
     37%           approach) goes slightly further in that it allows multiple
     38%           fonts to be swapped.
     39% 14/12/11: Fix bug affecting font names containing spaces. Thanks to David
     40%           Szwer for reporting the issue.
     41% 25/01/12: Add a font not to be swapped. Thanks to Anna Rafferty and Adam
     42%           Jackson for reporting the issue. Also fix a bug whereby using a
     43%           font alias can lead to another font being swapped in.
     44% 10/04/12: Make the font swapping case insensitive.
     45% 26/10/12: Set PaperOrientation to portrait. Thanks to Michael Watts for
     46%           reporting the issue.
     47% 26/10/12: Fix issue to do with swapping fonts changing other fonts and
     48%           sizes we don't want, due to listeners. Thanks to Malcolm Hudson
     49%           for reporting the issue.
    4850
    4951function print2eps(name, fig, varargin)
    … …  
    5961end
    6062% Find all the used fonts in the figure
    61 font_handles = findall(fig, '-property', 'FontName');
     63font_handles = findobj(fig, '-property', 'FontName');
    6264fonts = get(font_handles, 'FontName');
    6365if ~iscell(fonts)
    … …  
    8688require_swap = find(~ismember(fontslu, matlab_fontsl));
    8789unused_fonts = find(~ismember(matlab_fontsl, fontslu));
    88 font_swap = cell(3, 0);
    89 for a = 1:min(numel(require_swap), numel(unused_fonts))
    90     ind = find(strcmp(fontslu{require_swap(a)}, fontsl));
    91     n = numel(ind);
    92     font_swap(1,end+1:end+n) = reshape(mat2cell(font_handles(ind), ones(n, 1)), 1, []);
    93     font_swap(2,end-n+1:end) = matlab_fonts(unused_fonts(a));
    94     font_swap(3,end-n+1:end) = reshape(fonts(ind), 1, []);
     90font_swap = cell(3, min(numel(require_swap), numel(unused_fonts)));
     91fonts_new = fonts;
     92for a = 1:size(font_swap, 2)
     93    font_swap{1,a} = find(strcmp(fontslu{require_swap(a)}, fontsl));
     94    font_swap{2,a} = matlab_fonts{unused_fonts(a)};
     95    font_swap{3,a} = fonts{font_swap{1,end}(1)};
     96    fonts_new(font_swap{1,a}) = {font_swap{2,a}};
    9597end
    9698% Swap the fonts
    97 for a = 1:size(font_swap, 2)
    98     set(font_swap{1,a}, 'FontName', font_swap{2,a});
     99if ~isempty(font_swap)
     100    fonts_size = get(font_handles, 'FontSize');
     101    if iscell(fonts_size)
     102        fonts_size = cell2mat(fonts_size);
     103    end
     104    M = false(size(font_handles));
     105    % Loop because some changes may not stick first time, due to listeners
     106    c = 0;
     107    update = zeros(1000, 1);
     108    for b = 1:10 % Limit number of loops to avoid infinite loop case
     109        for a = 1:numel(M)
     110            M(a) = ~isequal(get(font_handles(a), 'FontName'), fonts_new{a}) || ~isequal(get(font_handles(a), 'FontSize'), fonts_size(a));
     111            if M(a)
     112                set(font_handles(a), 'FontName', fonts_new{a}, 'FontSize', fonts_size(a));
     113                c = c + 1;
     114                update(c) = a;
     115            end
     116        end
     117        if ~any(M)
     118            break;
     119        end
     120    end
     121    % Compute the order to revert fonts later, without the need of a loop
     122    [update, M] = unique(update(1:c));
     123    [M, M] = sort(M);
     124    update = reshape(update(M), 1, []);
    99125end
    100126% Set paper size
    101 old_mode = get(fig, 'PaperPositionMode');
    102 set(fig, 'PaperPositionMode', 'auto');
     127old_pos_mode = get(fig, 'PaperPositionMode');
     128old_orientation = get(fig, 'PaperOrientation');
     129set(fig, 'PaperPositionMode', 'auto', 'PaperOrientation', 'portrait');
    103130% MATLAB bug fix - black and white text can come out inverted sometimes
    104131% Find the white and black text
    … …  
    120147set(white_text_handles, 'Color', [1 1 1]);
    121148% Reset paper size
    122 set(fig, 'PaperPositionMode', old_mode);
     149set(fig, 'PaperPositionMode', old_pos_mode, 'PaperOrientation', old_orientation);
    123150% Correct the fonts
    124151if ~isempty(font_swap)
    125152    % Reset the font names in the figure
    126     for a = 1:size(font_swap, 2)
    127         set(font_swap{1,a}, 'FontName', font_swap{3,a});
     153    for a = update
     154        set(font_handles(a), 'FontName', fonts{a}, 'FontSize', fonts_size(a));
    128155    end
    129156    % Replace the font names in the eps file

  • issm/trunk/externalpackages/gsl/install-android.sh

    r14067 r14310  
    2828    patch Makefile.am < Makefile.am.patch
    2929
    30     autoreconf -iv --force -I $ISSM_DIR/externalpackages/autotools/install/share/aclocal
     30    autoreconf -i
    3131
    3232    ./configure \
    3333        --build="i386-apple-darwin10.8.0" \
    3434        --host=$host_triplet \
    35             --prefix="$ISSM_DIR/externalpackages/gsl/install/" \
    36         --disable-static
     35            --prefix="$ISSM_DIR/externalpackages/gsl/install"
    3736fi
    3837

  • issm/trunk/m4/issm_options.m4

    r13975 r14310  
    163163        fi
    164164        AC_MSG_RESULT($HAVE_TRIANGLE)
    165 
    166         AC_MSG_CHECKING(for triangle and parallel status)
    167         if test $HAVE_TRIANGLE = no; then
    168                 if test "$SERIAL_VALUE" = "yes" ; then
    169                         AC_MSG_ERROR([--with-triangle-dir  missing. Triangle is needed to run ISSM serially!])
    170                 fi
    171         fi
    172         AC_MSG_RESULT(ok)
    173165        dnl }}}
    174166        dnl dakota{{{
    … …  
    182174                dnl defaults
    183175                HAVE_DAKOTA=yes
     176                AC_MSG_RESULT($HAVE_DAKOTA)
    184177                DAKOTAINCL=-I$DAKOTA_ROOT/include
     178                AC_MSG_CHECKING(for dakota version)
     179                DAKOTA_VERSION=`cat $DAKOTA_ROOT/include/dakota_config.h | grep "#define PACKAGE_VERSION" | sed 's/#define PACKAGE_VERSION//' | sed 's/ //g' | sed -e 's/\"//g' `
     180                AC_MSG_RESULT($DAKOTA_VERSION)
     181                AC_DEFINE_UNQUOTED([DAKOTA_VERSION],"$DAKOTA_VERSION",[Dakota version number])
    185182                case "${host_os}" in
    186183                        *cygwin*)
    187                         DAKOTALIB="-L$DAKOTA_ROOT/lib -ldakota -lteuchos -lpecos -lfftw3 -llhs -levidence -lsurfpack -lconmin -lddace -lfsudace -ljega -lcport -lopt -lpsuade -lnewmat -lncsuopt -lgsl -lquadrature -lcoliny -lcolin -lpebbl -lutilib -l3po -lnappspack -lappspack -lconveyor -lshared -lcdd -lamplsolver"
     184                                if      test x$DAKOTA_VERSION = x4.2; then
     185                                        DAKOTALIB="-L$DAKOTA_ROOT/lib -ldakota -lteuchos -lpecos -lfftw3 -llhs -levidence -lsurfpack -lconmin -lddace -lfsudace -ljega -lcport -lopt -lpsuade -lnewmat -lncsuopt -lgsl -lquadrature -lcoliny -lcolin -lpebbl -lutilib -l3po -lnappspack -lappspack -lconveyor -lshared -lcdd -lamplsolver"
     186                                else if test x$DAKOTA_VERSION = x5.1 || test x$DAKOTA_VERSION = x5.2; then
     187                                        DAKOTALIB="-L$DAKOTA_ROOT/lib -ldakota -lteuchos -lpecos -llhs -lsparsegrid -lsurfpack -lconmin -lddace -lfsudace -ljega -lcport -loptpp -lpsuade -lncsuopt -lcolin -linterfaces -lmomh -lscolib -lpebbl -ltinyxml -lutilib -l3po -lhopspack -lnidr -lamplsolver -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system"
     188                                else
     189                                        AC_MSG_ERROR([Dakota version not found or version ($DAKOTA_VERSION) not supported!]);
     190                                fi
     191                                fi
    188192                        ;;
    189193                        *linux*)
    190                           DAKOTALIB="-L$DAKOTA_ROOT/lib -ldakota -lteuchos -lpecos -lfftw3 -llhs -levidence -lsurfpack -lconmin -lddace -lfsudace -ljega -lcport -lopt -lpsuade -lnewmat -lncsuopt -lgsl -lquadrature -lcoliny -lcolin -lpebbl -lutilib -l3po -lnappspack -lappspack -lconveyor -lshared -lcdd -lamplsolver"
     194                                if      test x$DAKOTA_VERSION = x4.2; then
     195                                        DAKOTALIB="-L$DAKOTA_ROOT/lib -ldakota -lteuchos -lpecos -lfftw3 -llhs -levidence -lsurfpack -lconmin -lddace -lfsudace -ljega -lcport -lopt -lpsuade -lnewmat -lncsuopt -lgsl -lquadrature -lcoliny -lcolin -lpebbl -lutilib -l3po -lnappspack -lappspack -lconveyor -lshared -lcdd -lamplsolver"
     196                                else if test x$DAKOTA_VERSION = x5.1 || test x$DAKOTA_VERSION = x5.2; then
     197                                        DAKOTALIB="-L$DAKOTA_ROOT/lib -ldakota -lteuchos -lpecos -llhs -lsparsegrid -lsurfpack -lconmin -lddace -lfsudace -ljega -lcport -loptpp -lpsuade -lncsuopt -lcolin -linterfaces -lmomh -lscolib -lpebbl -ltinyxml -lutilib -l3po -lhopspack -lnidr -lamplsolver -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system"
     198                                else
     199                                        AC_MSG_ERROR([Dakota version not found or version ($DAKOTA_VERSION) not supported!]);
     200                                fi
     201                                fi
    191202                        ;;
    192203                        *darwin*)
    193                           DAKOTALIB="-L$DAKOTA_ROOT/lib -ldakota -lteuchos -lpecos -lfftw3 -llhs -levidence -lsurfpack -lconmin -lddace -lfsudace -ljega -lcport -lopt -lpsuade -lnewmat -lncsuopt -lgsl -lquadrature -lcoliny -lcolin -lpebbl -lutilib -l3po -lnappspack -lappspack -lconveyor -lshared -lcdd -lamplsolver"
    194                           dnl DAKOTALIB+= "-lgslcblas -L/usr/lib -lblas -llapack"
     204                                if      test x$DAKOTA_VERSION = x4.2; then
     205                                        DAKOTALIB="-L$DAKOTA_ROOT/lib -ldakota -lteuchos -lpecos -lfftw3 -llhs -levidence -lsurfpack -lconmin -lddace -lfsudace -ljega -lcport -lopt -lpsuade -lnewmat -lncsuopt -lgsl -lquadrature -lcoliny -lcolin -lpebbl -lutilib -l3po -lnappspack -lappspack -lconveyor -lshared -lcdd -lamplsolver"
     206                                        dnl DAKOTALIB+= "-lgslcblas -L/usr/lib -lblas -llapack"
     207                                else if test x$DAKOTA_VERSION = x5.1 || test x$DAKOTA_VERSION = x5.2; then
     208                                        DAKOTALIB="-L$DAKOTA_ROOT/lib -ldakota -lteuchos -lpecos -llhs -lsparsegrid -lsurfpack -lconmin -lddace -lfsudace -ljega -lcport -loptpp -lpsuade -lncsuopt -lcolin -linterfaces -lmomh -lscolib -lpebbl -ltinyxml -lutilib -l3po -lhopspack -lnidr -lamplsolver -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system"
     209                                        dnl DAKOTALIB+= "-lgslcblas -L/usr/lib -lblas -llapack"
     210                                else
     211                                        AC_MSG_ERROR([Dakota version not found or version ($DAKOTA_VERSION) not supported!]);
     212                                fi
     213                                fi
    195214                        ;;
    196215                esac
    … …  
    201220        else
    202221                HAVE_DAKOTA=no
     222                AC_MSG_RESULT($HAVE_DAKOTA)
    203223        fi
    204224        AM_CONDITIONAL([DAKOTA], [test x$HAVE_DAKOTA = xyes])
    205         AC_MSG_RESULT($HAVE_DAKOTA)
    206225        dnl }}}
    207226        dnl boost{{{
    … …  
    10451064                dnl check that --with-fortran-lib may have been provided
    10461065                if test -n "$FORTRAN_LIB" ; then
    1047                         FORTRANLIB="$FORTRAN_LIB"
    1048                         AC_DEFINE([_HAVE_FORTRAN_],[1],[with FORTRAN in ISSM src])
    1049                         AC_SUBST([FORTRANLIB])
     1066                        dnl check that library provided EXISTS!
     1067                   FORTRAN_DIR=$(echo $FORTRAN_LIB | sed -e "s/-L//g" | awk '{print $[1]}')
     1068                        if test -d "$FORTRAN_DIR" || test -f "$FORTRAN_DIR"; then
     1069                                FORTRANLIB="$FORTRAN_LIB"
     1070                                AC_DEFINE([_HAVE_FORTRAN_],[1],[with FORTRAN in ISSM src])
     1071                                AC_SUBST([FORTRANLIB])
     1072                        else
     1073                         if test "x$HAVE_MPI" = "xyes"; then
     1074                                FORTRANLIB=$(mpif77 -print-file-name="libgfortran.a")
     1075                                if test -f "$FORTRANLIB"; then
     1076                                         AC_MSG_ERROR([fortran library provided ($FORTRAN_LIB) does not exist, MPI suggests the following library: $FORTRANLIB]);
     1077                                fi
     1078                         fi
     1079                                AC_MSG_ERROR([frtran library provided ($FORTRAN_LIB$) does not exist!]);
     1080                        fi
    10501081                fi
    10511082                AC_MSG_RESULT(done)
    … …  
    10591090
    10601091        dnl check that --with-graphics-lib may have been provided
     1092       
    10611093        if test -n "$GRAPHICS_LIB" ; then
    1062                 HAVE_GRAPHICS=yes
    1063                 GRAPHICSLIB="$GRAPHICS_LIB"
    1064 
    1065                 AC_DEFINE([_HAVE_GRAPHICS_],[1],[with GRAPHICS in ISSM src])
    1066                 AC_SUBST([GRAPHICSLIB])
     1094                dnl check that library provided EXISTS!
     1095                GRAPHICS_DIR=$(echo $GRAPHICS_LIB | sed -e "s/-L//g" | awk '{print $[1]}')
     1096                if test -d "$GRAPHICS_DIR" || test -f "$GRAPHICS_DIR"; then
     1097                        HAVE_GRAPHICS=yes
     1098                        GRAPHICSLIB="$GRAPHICS_LIB"
     1099                        AC_DEFINE([_HAVE_GRAPHICS_],[1],[with GRAPHICS in ISSM src])
     1100                        AC_SUBST([GRAPHICSLIB])
     1101                else
     1102                        if test -f "$PETSC_ROOT/conf/petscvariables"; then
     1103                                GRAPHICSLIB=$(cat $PETSC_ROOT/conf/petscvariables | grep X_LIB)
     1104                                AC_MSG_ERROR([graphics library provided ($GRAPHICS_LIB) does not exist, PETSc suggests the following library: $GRAPHICSLIB]);
     1105                        fi
     1106                        AC_MSG_ERROR([graphics library provided ($GRAPHICS_LIB$) does not exist!]);
     1107                fi
    10671108        fi
    10681109        AC_MSG_RESULT(done)
    … …  
    13261367                dnl defaults
    13271368                HAVE_ANDROID=jni
    1328 
    13291369                AC_DEFINE([_HAVE_ANDROID_],[1],[with android capability])
     1370                AC_DEFINE([_HAVE_ANDROID_JNI_],[1],[with android jni])
    13301371        elif test "x$ANDROID" = "xexe"; then
    13311372                dnl defaults
    … …  
    13421383        AM_CONDITIONAL([ANDROIDEXE], [test x$HAVE_ANDROID = xexe])
    13431384        AC_MSG_RESULT($HAVE_ANDROID)
     1385        dnl }}}
     1386        dnl with-android-ndk{{{
     1387        AC_ARG_WITH([android-ndk],
     1388          AS_HELP_STRING([--with-android-ndk=DIR], [android-ndk root directory.]),
     1389          [ANDROID_NDK_ROOT=$withval],[ANDROID_NDK_ROOT=""])
     1390        AC_MSG_CHECKING(with android ndk)
     1391       
     1392        if test -d "$ANDROID_NDK_ROOT"; then
     1393                dnl defaults
     1394                HAVE_ANDROID_NDK=yes
     1395                ANDROID_NDKINCL="-I$ANDROID_NDK_ROOT/arm-linux-android-install/sysroot/usr/include"
     1396
     1397                AC_DEFINE([_HAVE_ANDROID_NDK_],[1],[with android ndk in ISSM src])
     1398                AC_SUBST([ANDROID_NDKINCL])
     1399        else
     1400                HAVE_ANDROID_NDK=no
     1401        fi
     1402        AC_MSG_RESULT($HAVE_ANDROID_NDK)
    13441403        dnl }}}
    13451404        dnl with-3d{{{

  • issm/trunk/scripts/DownloadExternalPackage.py

    r13395 r14310  
    66#
    77
     8# imports {{{
    89import os,sys,re
    910import urllib
    1011from HTMLParser import HTMLParser
    1112from urllib import FancyURLopener
    12 
    13 # Start class myHTMLParser
    14 class MyHTMLParser(HTMLParser):
     13# }}}
     14class MyHTMLParser(HTMLParser): #{{{
    1515
    1616    def __init__(self, pattern):
    … …  
    2323            if "href" == i[0] and str(self.matcher.match(i[1])) != "None":
    2424                self.targets.append(i[1])
    25 # End class myHTMLParser
     25#}}}
     26def main(argv=None): # {{{
     27    # Separates the URL into a directory and the file or pattern based on the
     28    # last appearance of '/'.
     29        if len(sys.argv) > 1:
     30            pivot = sys.argv[1].rfind("/")
     31            url = (sys.argv[1])[:pivot]
     32            pivot += 1
     33            find = (sys.argv[1])[pivot:]
     34        else:
     35            print "******************************************************************************************************************************"
     36            print "* Invalid input!                                                                                                             *"
     37            print "*                                                                                                                            *"
     38            print "* Try: 'DownloadExternalPackage.py url [localFile]'                                                                          *"
     39            print "*                                                                                                                            *"
     40            print "* Where 'URL' is the URL with an explicit package name or the URL followed by the truncated package name. And 'localFile' is *"
     41            print "* the file name (including extension) that you would like to save as.                                                        *"
     42            print "*                                                                                                                            *"
     43            print "* Examples:                                                                                                                  *"
     44            print "*                                                                                                                            *"
     45            print "* DownloadExternalPackage.py 'http://issm.jpl.nasa.gov/files/externalpackages/petsc-2.3.2-p3.tar.gz' 'petsc-2.3.2-p3.tar.gz' *"
     46            print "*                                                                                                                            *"
     47            print "*     This is the old style and the safest way to download a package.                                                        *"
     48            print "*                                                                                                                            *"
     49            print "* DownloadExternalPackage.py 'http://issm.jpl.nasa.gov/files/externalpackages/libtool' 'libtool.tar.gz'                      *"
     50            print "*                                                                                                                            *"
     51            print "*     This is the new style. For packages like 'Libtool', which we never expect to be using multiple versions, this will     *"
     52            print "*     download the most recent version and save it as the generic 'libtool.tar.gz'.                                          *"
     53            print "*                                                                                                                            *"
     54            print "* DownloadExternalPackage.py 'http://issm.jpl.nasa.gov/files/externalpackages/gsl-1.' 'gsl-1.15.tar.gz'                      *"
     55            print "*                                                                                                                            *"
     56            print "*     This is the new style. This is a demonstration of how this script can be used to disambiguate a package name if there  *"
     57            print "*     are more than once package matching 'gsl-'.                                                                            *"
     58            print "*                                                                                                                            *"
     59            print "* DownloadExternalPackage.py 'http://issm.jpl.nasa.gov/files/externalpackages/libtool'                                       *"
     60            print "*                                                                                                                            *"
     61            print "*     This is the new style. This will download a package with 'libtool' as a prefix and save it as its canonical name.      *"
     62            print "*                                                                                                                            *"
     63            print "*                                                                                                                            *"
     64            print "******************************************************************************************************************************"
     65       
     66        if len(sys.argv) > 2:
     67            localFile=sys.argv[2]
     68            print "Downloaded file will be saved as: " + localFile
     69        else:
     70            localFile = None
     71            print "Downloaded file will saved with the same file name."
     72       
     73       
     74        print "Looking for: " + find
     75       
     76        # As an extra precaution, if no extension is given for a particular package
     77        # such as '.../libtool', then ensure that files found are of appropriate
     78        # file extensions.
     79        #
     80        # WARNING: The external packages directory includes executable binaries with
     81        # '.exe' extensions. As such, '.exe' is an acceptable suffix, but this is
     82        # inherently dangerous since this script can be used to download from any
     83        # valid website. Furthermore, if an individual attempts a "man-in-the-middle" 
     84        # attack, then the user would be capable of downloading executables from
     85        # an untrusted source.
     86        pattern = find + "[\w.-]*(\.tar\.gz|tar\.gz2|tgz|zip|exe)?"
     87        parser = MyHTMLParser(pattern)
     88       
     89        # Creates a 'FancyURL' which allows the script to fail gracefully by catching
     90        # HTTP error codes 30X and several 40X(where 'X' is a natural number).
     91        urlObject = FancyURLopener()
     92        obj = urlObject.open(url)
     93        parser.feed(obj.read())
     94       
     95        # If a file pattern was used to describe the file that should be downloaded,
     96        # then there is the potential for multiple file matches. Currently, the script
     97        # will detect this ambiguity and print out all the matches, while informing
     98        # the user that he must refine his search.
     99        #
     100        # TODO: Prompt the user to select from a list his/her preferred target.
     101        if len(parser.targets) > 1:
     102            print "Could not resolve your download due to the number of hits."
     103            print "Refine your search."
     104            for i in parser.targets:
     105                print i
     106       
     107        elif len(parser.targets) == 1:
     108            print "Found: " + parser.targets[0]
     109            url += "/" + parser.targets[0]
     110       
     111            if localFile is None:
     112                if os.path.exists(parser.targets[0]):
     113                    print "File " + parser.targets[0] + " already exists and will not be downloaded..."
     114                else:
     115                    urllib.urlretrieve(url, parser.targets[0])
     116                    print "File saved as: " + parser.targets[0]
     117            else:
     118                if os.path.exists(localFile):
     119                    print "File "+ localFile +" already exists and will not be downloaded..."
     120                else:
     121                    if parser.targets[0] == localFile:
     122                        print "File found and destination match."
     123                    elif parser.matcher.match(localFile) != "None":
     124                        print "File found matches destination pattern."
     125                    else:
     126                        print "WARNING: the file found \'" + parser.targets[0] + "\' does not match \'" + localFile + "\'"
     127                        print "Ensure the downloaded version is suitable."
     128       
     129                    urllib.urlretrieve(url, localFile)
     130                    print "File saved as: " + localFile
     131       
     132        else:
     133            print "No matches found!"
     134       
     135        obj.close()
     136# End 'main' function. }}}
    26137
    27 # Separates the URL into a directory and the file or pattern based on the
    28 # last appearance of '/'.
    29 if len(sys.argv) > 1:
    30     pivot = sys.argv[1].rfind("/")
    31     url = (sys.argv[1])[:pivot]
    32     pivot += 1
    33     find = (sys.argv[1])[pivot:]
    34 else:
    35     print "******************************************************************************************************************************"
    36     print "* Invalid input!                                                                                                             *"
    37     print "*                                                                                                                            *"
    38     print "* Try: 'DownloadExternalPackage.py url [localFile]'                                                                          *"
    39     print "*                                                                                                                            *"
    40     print "* Where 'URL' is the URL with an explicit package name or the URL followed by the truncated package name. And 'localFile' is *"
    41     print "* the file name (including extension) that you would like to save as.                                                        *"
    42     print "*                                                                                                                            *"
    43     print "* Examples:                                                                                                                  *"
    44     print "*                                                                                                                            *"
    45     print "* DownloadExternalPackage.py 'http://issm.jpl.nasa.gov/files/externalpackages/petsc-2.3.2-p3.tar.gz' 'petsc-2.3.2-p3.tar.gz' *"
    46     print "*                                                                                                                            *"
    47     print "*     This is the old style and the safest way to download a package.                                                        *"
    48     print "*                                                                                                                            *"
    49     print "* DownloadExternalPackage.py 'http://issm.jpl.nasa.gov/files/externalpackages/libtool' 'libtool.tar.gz'                      *"
    50     print "*                                                                                                                            *"
    51     print "*     This is the new style. For packages like 'Libtool', which we never expect to be using multiple versions, this will     *"
    52     print "*     download the most recent version and save it as the generic 'libtool.tar.gz'.                                          *"
    53     print "*                                                                                                                            *"
    54     print "* DownloadExternalPackage.py 'http://issm.jpl.nasa.gov/files/externalpackages/gsl-1.' 'gsl-1.15.tar.gz'                      *"
    55     print "*                                                                                                                            *"
    56     print "*     This is the new style. This is a demonstration of how this script can be used to disambiguate a package name if there  *"
    57     print "*     are more than once package matching 'gsl-'.                                                                            *"
    58     print "*                                                                                                                            *"
    59     print "* DownloadExternalPackage.py 'http://issm.jpl.nasa.gov/files/externalpackages/libtool'                                       *"
    60     print "*                                                                                                                            *"
    61     print "*     This is the new style. This will download a package with 'libtool' as a prefix and save it as its canonical name.      *"
    62     print "*                                                                                                                            *"
    63     print "*                                                                                                                            *"
    64     print "******************************************************************************************************************************"
    65 
    66 if len(sys.argv) > 2:
    67     localFile=sys.argv[2]
    68     print "Downloaded file will saved as: " + localFile
    69 else:
    70     localFile = None
    71     print "Downloaded file will saved with the same file name."
    72 
    73 
    74 print "Looking for " + find
    75 
    76 # As an extra precaution, if no extension is given for a particular package
    77 # such as '.../libtool', then ensure that files found are of appropriate
    78 # file extensions.
    79 #
    80 # WARNING: The external packages directory includes executable binaries with
    81 # '.exe' extensions. As such, '.exe' is an acceptable suffix, but this is
    82 # inherently dangerous since this script can be used to download from any
    83 # valid website. Furthermore, if an individual attempts a "man-in-the-middle" 
    84 # attack, then the user would be capable of downloading executables from
    85 # an untrusted source.
    86 pattern = find + "[\w.-]*(\.tar\.gz|tar\.gz2|tgz|zip|exe)?"
    87 parser = MyHTMLParser(pattern)
    88 
    89 # Creates a 'FancyURL' which allows the script to fail gracefully by catching
    90 # HTTP error codes 30X and several 40X(where 'X' is a natural number).
    91 urlObject = FancyURLopener()
    92 obj = urlObject.open(url)
    93 parser.feed(obj.read())
    94 
    95 # If a file pattern was used to describe the file that should be downloaded,
    96 # then there is the potential for multiple file matches. Currently, the script
    97 # will detect this ambiguity and print out all the matches, while informing
    98 # the user that he must refine his search.
    99 #
    100 # TODO: Prompt the user to select from a list his/her preferred target.
    101 if len(parser.targets) > 1:
    102     print "Could not resolve your download due to the number of hits."
    103     print "Refine your search."
    104     for i in parser.targets:
    105         print i
    106 
    107 elif len(parser.targets) == 1:
    108     print "Found: " + parser.targets[0]
    109     url += "/" + parser.targets[0]
    110 
    111     if localFile is None:
    112         if os.path.exists(parser.targets[0]):
    113             print "File " + parser.targets[0] + " already exists and will not be downloaded..."
    114         else:
    115             urllib.urlretrieve(url, parser.targets[0])
    116             print "File saved as: " + parser.targets[0]
    117     else:
    118         if os.path.exists(localFile):
    119             print "File "+ localFile +" already exists and will not be downloaded..."
    120         else:
    121             if parser.targets[0] == localFile:
    122                 print "File found and destination match."
    123             elif parser.matcher.match(localFile) != "None":
    124                 print "File found matches destination pattern."
    125             else:
    126                 print "WARNING: the file found \'" + parser.targets[0] + "\' does not match \'" + localFile + "\'"
    127                 print "Ensure the downloaded version is suitable."
    128 
    129             urllib.urlretrieve(url, localFile)
    130             print "File saved as: " + localFile
    131 
    132 else:
    133     print "No matches found!"
    134 
    135 obj.close()
     138if __name__ == "__main__":
     139    main()

  • issm/trunk/src

  • issm/trunk/src/android/ISSM

    • Property svn:ignore

      •  

        old new  
        1 gen
         1gen*
        22.settings
        33libs
        … …  
        55Makefile
        66Makefile.in
         7bin

  • issm/trunk/src/android/ISSM/AndroidManifest.xml

    r14067 r14310  
    22    package="com.example.issm"
    33    android:versionCode="1"
    4     android:versionName="1.0" >
    5 
     4    android:versionName="1.0"
     5    android:installLocation="preferExternal" >
    66    <uses-sdk
    77        android:minSdkVersion="10"
    … …  
    1212        android:label="@string/app_name"
    1313        android:theme="@style/AppTheme" >
    14         <activity android:name=".MapSelection"
     14        <activity android:name="com.example.issm.SplashScreen"
    1515                  android:label="@string/title_activity_issm" >
    1616            <intent-filter>
    … …  
    2020            </activity>
    2121            <activity
     22            android:name=".MenuPage"
     23            android:label="@string/title_activity_issm" >
     24        </activity>
     25            <activity
    2226            android:name=".ISSM"
    2327            android:label="@string/title_activity_issm" >

  • issm/trunk/src/android/ISSM/Makefile.am

    r13931 r14310  
    55deps =           
    66else             
    7 deps = ../../c/libISSMCore.a             
     7deps = $(ISSM_DIR)/src/c/libISSMCore.a ./jni/Main.cpp
    88endif
    99
    … …  
    1414        $(ANDROID_NDK_DIR)/ndk-build -C ./jni clean
    1515        $(ANDROID_NDK_DIR)/ndk-build -C ./jni
     16
     17clean:
     18        rm -rf libs obj

  • issm/trunk/src/android/ISSM/bin

    • Property svn:ignore

      •  

        old new  
         1com.*
        12*ISSM.apk
        23resources.ap_

  • issm/trunk/src/android/ISSM/bin/AndroidManifest.xml

    r14067 r14310  
    22    package="com.example.issm"
    33    android:versionCode="1"
    4     android:versionName="1.0" >
    5 
     4    android:versionName="1.0"
     5    android:installLocation="preferExternal" >
    66    <uses-sdk
    77        android:minSdkVersion="10"
    … …  
    1212        android:label="@string/app_name"
    1313        android:theme="@style/AppTheme" >
    14         <activity android:name=".MapSelection"
     14        <activity android:name="com.example.issm.SplashScreen"
    1515                  android:label="@string/title_activity_issm" >
    1616            <intent-filter>
    … …  
    2020            </activity>
    2121            <activity
     22            android:name=".MenuPage"
     23            android:label="@string/title_activity_issm" >
     24        </activity>
     25            <activity
    2226            android:name=".ISSM"
    2327            android:label="@string/title_activity_issm" >

  • issm/trunk/src/android/ISSM/jni/Android.mk

    r14067 r14310  
    22my_LOCAL_PATH:=$(LOCAL_PATH)
    33
    4 #include $(LOCAL_PATH)/issmlib\Android.mk
    54include $(call all-subdir-makefiles)
    6 
    75
    86LOCAL_PATH := $(my_LOCAL_PATH)
    … …  
    1210LOCAL_ALLOW_UNDEFINED_SYMBOLS := true
    1311LOCAL_CFLAGS := -Wno-psabi -DHAVE_CONFIG_H
    14 LOCAL_LDLIBS := -llog -ldl
     12LOCAL_LDLIBS := -L$(SYSROOT)/usr/lib -llog -ldl -lm
    1513LOCAL_MODULE := IssmJni
    1614LOCAL_SRC_FILES := Main.cpp
    17 LOCAL_STATIC_LIBRARIES := libISSMCore
    18 
     15LOCAL_STATIC_LIBRARIES := libISSMCore libgsl libgslcblas
    1916include $(BUILD_SHARED_LIBRARY)

  • issm/trunk/src/android/ISSM/jni/Application.mk

    r14067 r14310  
    1 APP_STL:=stlport_static
     1APP_STL:= gnustl_static
    22APP_CPPFLAGS := -frtti
    33APP_CPPFLAGS += -fexceptions
     4APP_ABI := armeabi

  • issm/trunk/src/android/ISSM/jni/Main.cpp

    r14067 r14310  
    11#include <jni.h>
    2 #include "../../../c/android/fac.h"
     2#include <android/log.h>
    33#include "../../../c/issm.h"
    44#include <cstddef>
    55#include <stdio.h>
    6 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
     6#include <android/log.h>
     7
    78namespace com_example_issm
    89{
    9         fac* f;
     10        /*Global variables{{{*/
    1011        FemModel *fm;
    11 //------------------------------------------------------------------------------------
    12         jint initilize(JNIEnv *env, jclass clazz, jstring file)
     12        double* xyz; /*keep vertices information here*/
     13        /*}}}*/
     14        jint Initialize(JNIEnv *env, jclass clazz, jstring jsolution_type, jstring jabsfile, jstring jrelfile) /*{{{*/
    1315        {
    14                 char *nativefile = (char*)env->GetStringUTFChars(file,0);
     16               
     17                /*arguments to constructor: */
     18                int argc; //arguments to constructor.
     19                char** argv = NULL;
     20                COMM    communicator = 1; //fake communicator for constructor
     21                const char* issmname = "issm.exe";
     22                char *solution_type = NULL;
     23                char *absfile = NULL;
     24                char *relfile = NULL;
    1525
    16                 f = new fac();
     26                /*log:*/
     27                __android_log_print(ANDROID_LOG_INFO, "Native","Initializing FemModel");
    1728
    18                 //call Model constructor passing in infile as File Descriptor parameter.
    19                 fm  = new FemModel(nativefile);
     29                /*retrieve from java machine: */
     30                solution_type = (char*)env->GetStringUTFChars(jsolution_type,0);
     31                absfile = (char*)env->GetStringUTFChars(jabsfile,0);
     32                relfile = (char*)env->GetStringUTFChars(jrelfile,0);
    2033
    21                 env->ReleaseStringUTFChars(file, nativefile); //must realease the char*
    22                 //jint size = (jint) fm->bufferSize();
    23                 //return size;
     34                /*creat arguments to call constructor for FemModel: */
     35                argc=4;
     36                argv=(char**)malloc(argc*sizeof(char*));
     37                argv[0]=(char*)issmname;
     38                argv[1]=solution_type;
     39                argv[2]=absfile;
     40                argv[3]=relfile;
     41               
     42                /*call Model constructor passing in infile as File Descriptor parameter.*/
     43                fm  = new FemModel(argc,argv,communicator);
    2444
    25                 return 0; //return 0 for now.
     45                /*release strings: */
     46                env->ReleaseStringUTFChars(jsolution_type, solution_type); //must realease the char*
     47                env->ReleaseStringUTFChars(jabsfile, absfile); //must realease the char*
     48                env->ReleaseStringUTFChars(jrelfile, relfile); //must realease the char*
     49
     50                /*figure out size of solution: */
     51                __android_log_print(ANDROID_LOG_INFO, "Native","Number of elements");
     52                jint size = (jint) fm->elements->NumberOfElements();
     53
     54                /*retrieve vertices x,y and z coordinates: */
     55                __android_log_print(ANDROID_LOG_INFO, "Native","Retrieving vertices");
     56                xyz=fm->vertices->ToXYZ();
     57               
     58                /*log: */
     59                __android_log_print(ANDROID_LOG_INFO, "Native","Done Initializing FemModel");
     60
     61                return size;
     62
    2663        }
    27 //------------------------------------------------------------------------------------
    28         //fill out the first two slots, extract the same way in java using get(int position)
    29         void solve(JNIEnv *env, jclass clazz , jint alpha, jobject buf)
    30         {
     64        /*}}}*/
     65        void Solve(JNIEnv *env, jclass clazz , jdouble alpha, jobject buf){ /*{{{*/
     66
     67                int i,count;
     68                double x1,y1,z1,vel1;
     69                double x2,y2,z2,vel2;
     70                double x3,y3,z3,vel3;
     71                int    v1,v2,v3,eid;
     72                Patch* patch=NULL;
     73               
     74                /*log:*/
     75                __android_log_print(ANDROID_LOG_INFO, "Native","Solving ");
     76
     77                /*retrieve buffer: */
    3178                jdouble *dBuf = (jdouble *)env->GetDirectBufferAddress(buf);
    3279
    33                 //pass bBuff to fem model to allocate data
    34                 // fm -> solve(dBuf, alpha);
     80                /*reset basal friction to what it was before: */
     81                __android_log_print(ANDROID_LOG_INFO, "Native","alpha %g ",alpha);
     82                InputDuplicatex(fm->elements,fm->nodes,fm->vertices,fm->loads,fm->materials,fm->parameters,AndroidFrictionCoefficientEnum,FrictionCoefficientEnum);
    3583
    36         }
    37 //------------------------------------------------------------------------------------
    38         jlong factorial(JNIEnv *env, jclass clazz, jlong n)
     84                /*now scale friction by alpha: */
     85                InputScalex(fm->elements,fm->nodes,fm->vertices,fm->loads,fm->materials,fm->parameters,FrictionCoefficientEnum,alpha/100);
     86
     87                /*solve: */
     88                fm -> Solve();
     89
     90                /*retrieve results: */
     91                __android_log_print(ANDROID_LOG_INFO, "Native","Retrieving results ");
     92                patch=fm->elements->ResultsToPatch();
     93
     94                /*sort out the velocities: */
     95                for(i=0;i<patch->numrows;i++){
     96                        if ((patch->values[i*patch->numcols+0])==VelEnum){
     97
     98                                /*Each row of the Patch object is made of the following information:
     99                                  - the result enum_type,
     100                                  - the step and time,
     101                                  - the id of the element,
     102                                  - the interpolation type,
     103                                  - the vertices ids,
     104                                  - and the values at the nodes (could be different from the vertices)
     105                                */
     106                                eid=(int)patch->values[i*patch->numcols+3]-1;
     107                                v1=(int)patch->values[i*patch->numcols+5];
     108                                x1=xyz[3*(v1-1)+0]; y1=xyz[3*(v1-1)+1]; z1=xyz[3*(v1-1)+2];
     109                               
     110                                v2=(int)patch->values[i*patch->numcols+6];
     111                                x2=xyz[3*(v2-1)+0]; y2=xyz[3*(v2-1)+1]; z2=xyz[3*(v2-1)+2];
     112                               
     113                                v3=(int)patch->values[i*patch->numcols+7];
     114                                x3=xyz[3*(v3-1)+0]; y3=xyz[3*(v3-1)+1]; z3=xyz[3*(v3-1)+2];
     115
     116                                vel1=patch->values[i*patch->numcols+8];
     117                                vel2=patch->values[i*patch->numcols+9];
     118                                vel3=patch->values[i*patch->numcols+10];
     119
     120                                /*plug into dBuf: */
     121                                /*vertex 1: */
     122                                dBuf[12*eid+0]=x1;
     123                                dBuf[12*eid+1]=y1;
     124                                dBuf[12*eid+2]=z1;
     125
     126                                /*vertex 2: */
     127                                dBuf[12*eid+3]=x2;
     128                                dBuf[12*eid+4]=y2;
     129                                dBuf[12*eid+5]=z2;
     130                       
     131                                /*vertex 3: */
     132                                dBuf[12*eid+6]=x3;
     133                                dBuf[12*eid+7]=y3;
     134                                dBuf[12*eid+8]=z3;
     135                               
     136                                /*values at 3 vertices: */
     137                                dBuf[12*eid+9]=vel1;
     138                                dBuf[12*eid+10]=vel2;
     139                                dBuf[12*eid+11]=vel3;
     140
     141                        }
     142                }
     143
     144                /*for(i=0;i<148;i++){
     145                __android_log_print(ANDROID_LOG_INFO, "Native","%g %g %g | %g %g %g | %g %g %g | %g %g %g\n",
     146                                dBuf[12*i+0],dBuf[12*i+1],dBuf[12*i+2],
     147                                dBuf[12*i+3],dBuf[12*i+4],dBuf[12*i+5],
     148                                dBuf[12*i+6],dBuf[12*i+7],dBuf[12*i+8],
     149                                dBuf[12*i+9],dBuf[12*i+10],dBuf[12*i+11]);
     150                }*/
     151
     152                /*delete temporary data:*/
     153                delete patch;
     154
     155        }/*}}}*/
     156        static JNINativeMethod method_table[] = /*{{{*/
    39157        {
    40                 if( f != NULL)
    41                         return (jlong) (f->factorial(n));
    42                 return 0;
    43         }
     158                        {"createISSMModel"   ,"(Ljava/lang/String;Ljava/lang/String;Ljava/lang/String;)I"  , (void *) Initialize},
     159                        {"solveISSMModel", "(DLjava/nio/DoubleBuffer;)V", (void *) Solve}
     160        };
     161        /*}}}*/
     162}
    44163
    45 //------------------------------------------------------------------------------------
    46         static JNINativeMethod method_table[] =
    47         {
    48                         {"fac"          ,     "(J)J"    , (void *) factorial},
    49                         {"createISSMModel"   ,"(Ljava/lang/String;)I"  , (void *) initilize},
    50                         {"processBuffer", "(ILjava/nio/DoubleBuffer;)V", (void *) solve}
    51         };
    52 }
    53 //------------------------------------------------------------------------------------
    54164using namespace com_example_issm;
    55 
    56 extern "C" jint JNI_OnLoad(JavaVM* vm, void* reserved)
     165extern "C" jint JNI_OnLoad(JavaVM* vm, void* reserved) /*{{{*/
    57166{
    58167    JNIEnv* env;
    … …  
    72181    }
    73182}
    74 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
     183/*}}}*/

  • issm/trunk/src/android/ISSM/jni/issmlib/Android.mk

    r14067 r14310  
    22include $(CLEAR_VARS)
    33LOCAL_MODULE    := libISSMCore
    4 LOCAL_SRC_FILES := libISSMCore.a
     4LOCAL_LDLIBS := -L$(SYSROOT)/usr/lib -llog
     5LOCAL_SRC_FILES := ../../../../../lib/libISSMCore.a
    56LOCAL_EXPORT_C_INCLUDES := $(ISSM_DIR)
    67include $(PREBUILT_STATIC_LIBRARY)
     8

  • issm/trunk/src/android/ISSM/project.properties

    r13890 r14310  
    1212
    1313# Project target.
    14 target=android-15
     14target=android-16

  • issm/trunk/src/android/ISSM/src/com/example/issm/ISSM.java

    r14067 r14310  
    11package com.example.issm;
    22
    3 import java.io.IOException;
    4 import java.io.InputStream;
    53import java.nio.ByteBuffer;
    64import java.nio.ByteOrder;
    75import java.nio.DoubleBuffer;
    8 
     6import android.opengl.GLSurfaceView;
     7import android.os.AsyncTask;
    98import android.os.Bundle;
    109import android.app.Activity;
    11 import android.content.res.AssetManager;
    12 import android.text.TextUtils;
     10import android.app.ProgressDialog;
    1311import android.view.Menu;
     12import android.view.MenuInflater;
     13import android.view.MenuItem;
    1414import android.view.View;
    1515import android.view.View.OnClickListener;
     16import android.view.animation.AccelerateInterpolator;
     17import android.view.animation.Animation;
     18import android.view.animation.TranslateAnimation;
    1619import android.widget.Button;
    17 import android.widget.EditText;
     20import android.widget.FrameLayout;
     21import android.widget.ImageButton;
     22import android.widget.SeekBar;
     23import android.widget.SeekBar.OnSeekBarChangeListener;
    1824import android.widget.TextView;
    19 
    20 
    21 public class ISSM extends Activity implements OnClickListener
     25import android.widget.Toast;
     26import android.widget.ViewFlipper;
     27
     28
     29public class ISSM extends Activity implements OnClickListener
    2230{
    23         private EditText input;
    24         private TextView output;
    2531        private DoubleBuffer buff;
    2632        private IssmJni issmNative;
    … …  
    2834        private String issmFolder;
    2935        private int size;
     36    private GLSurfaceView mGLView;
     37        private FrameLayout frame;
     38        private VerticalSeekBar bar;
     39        private TextView value;
     40        private ColorMap colorMap;
     41        private int alpha;
     42        private final int MINIMUM = 90;
     43        private final int OFFSET = 10;
     44        private ViewFlipper viewflipper;
     45        private ProgressDialog dialog;
     46        private ColorBar colorBar;
     47        //------------------------------------------------------------------------------------------------   
    3048    @Override
    31   //------------------------------------------------------------------------------------------------   
    32     public void onCreate(Bundle savedInstanceState) {
     49    public void onCreate(Bundle savedInstanceState)
     50    {
    3351        super.onCreate(savedInstanceState);
    34         Bundle map = getIntent().getExtras();
     52        setContentView(R.layout.main_issm);
     53        this.initialize();         
     54    }
     55  //----------------------------------------------------------------------------------------------
     56    private void initialize()
     57    {
     58        Bundle map = getIntent().getExtras();
    3559        {
    3660                if(map!= null)
    3761                {
    38                         mapName = map.getString("map");
    3962                        issmFolder = map.getString("pathToFile");
    4063                }
    4164        }
    42         setContentView(R.layout.activity_issm);
    43         this.input  = (EditText) super.findViewById(R.id.input);
    44         this.output  = (TextView) super.findViewById(R.id.output);
    45         Button button = (Button) super.findViewById(R.id.button1);
    46         button.setOnClickListener(this);
     65        alpha = MINIMUM + OFFSET;
     66        frame = (FrameLayout)findViewById(R.id.frame);
     67        viewflipper = (ViewFlipper) findViewById(R.id.flipper);
     68        this.bar  = (VerticalSeekBar) findViewById(R.id.seekbar);
     69        this.value  = (TextView) super.findViewById(R.id.value);
     70        Button solve = (Button) super.findViewById(R.id.solve);
     71        solve.setOnClickListener(this);
     72        Button back = (Button) super.findViewById(R.id.back);
     73        back.setOnClickListener(this);
     74        ImageButton gl = (ImageButton) findViewById(R.id.greenland);           
     75                gl.setOnClickListener(this);
     76                ImageButton art = (ImageButton) findViewById(R.id.antarctica);
     77                art.setOnClickListener(this);
     78        bar.setOnSeekBarChangeListener(new OnSeekBarChangeListener()
     79        {
     80                public void onProgressChanged(SeekBar seekBar, int progress,boolean fromUser)
     81                {
     82                               
     83                        alpha = progress + OFFSET;
     84                        value.setText("" + alpha + "%");
     85                }
     86
     87                    @Override
     88                    public void onStartTrackingTouch(SeekBar seekBar) {}
     89       
     90                    @Override
     91                    public void onStopTrackingTouch(SeekBar seekBar) {}
     92        });
     93
     94        //load up the ISSM library and create double buffer in java
     95        //which later on will be pass for native for allocation.
     96        issmNative = new IssmJni();
    4797       
    48         //load up the ISSM library and create double buffer in java
    49         //which later on will be pass for native allocation.
    50         issmNative = new IssmJni();
    51         buff = ByteBuffer.allocateDirect(15*8).order(ByteOrder.nativeOrder()).asDoubleBuffer();
    52         this.createModel();
     98        //set default color map to be HSV
     99        this.colorMap = new ColorMap();
     100        //create colorBar
     101        colorBar = new ColorBar(this);
     102        colorBar.setColorMap(colorMap);
    53103    }
    54104//------------------------------------------------------------------------------------------------   
    55105    public void createModel()
    56106    {
     107                String solution_type="DiagnosticSolution";
    57108        String file = "";
    58109        if( mapName.equals("greenland"))
    59110                {
    60                 file = "test102.petsc";
    61                 }
    62         else file = "test102.petsc";
    63         size = issmNative.createISSMModel(issmFolder + file);
    64     }
    65 //------------------------------------------------------------------------------------------------
    66     public void fillBuffer()
    67     {
    68         issmNative.processBuffer(5,buff);
    69     }
    70  //------------------------------------------------------------------------------------------------   
     111                file = "greenland";
     112                }
     113        else file = "antarctica";
     114
     115        size = issmNative.createISSMModel(solution_type,issmFolder,file);
     116        buff = ByteBuffer.allocateDirect(size*12*8).order(ByteOrder.nativeOrder()).asDoubleBuffer();
     117    }
     118//------------------------------------------------------------------------------------------------ 
     119    public boolean onCreateOptionsMenu(Menu menu)
     120    {
     121        MenuInflater menuInflater = getMenuInflater();
     122        menuInflater.inflate(R.menu.issm_menu,menu);
     123       
     124        return true;
     125    }
     126//------------------------------------------------------------------------------------------------ 
     127    //Option Menu that allow user to choose color.
     128   public boolean onOptionsItemSelected(MenuItem item)
     129    {
     130        switch (item.getItemId())
     131        {
     132                case R.id.menu_about:         
     133                    Toast.makeText(ISSM.this, "ISSM Application", Toast.LENGTH_SHORT).show();
     134                    return true;
     135                           
     136                case R.id.cl_autumn:
     137                        colorMap.setAutumn(); colorBar.setColorMap(colorMap);
     138                        drawFigure();
     139                        return true;
     140               
     141                case R.id.cl_bone:
     142                        colorMap.setBone(); colorBar.setColorMap(colorMap);
     143                        drawFigure();
     144                        return true;
     145               
     146                case R.id.cl_cool:
     147                        colorMap.setCool(); colorBar.setColorMap(colorMap);
     148                        drawFigure();
     149                        return true;
     150                       
     151                case R.id.cl_copper:
     152                        colorMap.setCopper(); colorBar.setColorMap(colorMap);
     153                        drawFigure();
     154                        return true;
     155                       
     156                case R.id.cl_gray:
     157                        colorMap.setGray(); colorBar.setColorMap(colorMap);
     158                        drawFigure();
     159                        return true;
     160               
     161                case R.id.cl_hot:
     162                        colorMap.setGray(); colorBar.setColorMap(colorMap);
     163                        drawFigure();
     164                        return true;
     165               
     166                case R.id.cl_hsv:
     167                        colorMap.setDefault(); colorBar.setColorMap(colorMap);
     168                        drawFigure();
     169                        return true;
     170                       
     171                case R.id.cl_jet:
     172                        colorMap.setJet(); colorBar.setColorMap(colorMap);
     173                        drawFigure();
     174                        return true;
     175                       
     176                case R.id.cl_pink:
     177                        colorMap.setPink(); colorBar.setColorMap(colorMap);
     178                        drawFigure();
     179                        return true;
     180                       
     181                case R.id.cl_spring:
     182                        colorMap.setSpring(); colorBar.setColorMap(colorMap);
     183                        drawFigure();
     184                        return true;
     185                       
     186                case R.id.cl_summer:   
     187                        colorMap.setSummer(); colorBar.setColorMap(colorMap);
     188                        drawFigure();
     189                        return true;
     190                       
     191                case R.id.cl_winter:
     192                        colorMap.setWinter();colorBar.setColorMap(colorMap);
     193                        drawFigure();
     194                        return true;
     195                default:
     196                        return super.onOptionsItemSelected(item);
     197        }
     198       
     199    }
     200//   
     201   
     202//---------------------------------------------------------------------------------   
    71203    public void onClick(View view)
    72204        {
    73                 //factorial method
    74                 String input = this.input.getText().toString();
    75                 if(TextUtils.isEmpty(input))
    76                 {
    77                         return;
    78                 }               
    79                 long resultfromFac = issmNative.fac(Long.parseLong(input));
    80                 //example of how to fill buffer Native
    81                 this.fillBuffer();
     205        switch(view.getId())
     206        {
     207                case R.id.greenland:
     208                        {
     209                                mapName= "greenland";
     210                                viewflipper.setInAnimation(inFromRightAnimation());
     211                        viewflipper.setOutAnimation(outToLeftAnimation());
     212                        viewflipper.showNext();
     213                        //create FemModel in native code and return the size of the model
     214                        this.createModel();
     215                        break;
     216                        }
     217                case R.id.antarctica:
     218                        {
     219                                mapName= "antarctica";
     220                                viewflipper.setInAnimation(inFromRightAnimation());
     221                        viewflipper.setOutAnimation(outToLeftAnimation());
     222                        viewflipper.showNext();
     223                        //create FemModel in native code and return the size of the model
     224                        this.createModel();
     225                        break;
     226                        }
     227                case R.id.back:
     228                {
     229                         frame.removeView(mGLView);
     230                         viewflipper.setInAnimation(inFromLeftAnimation());
     231                         viewflipper.setOutAnimation(outToRightAnimation());
     232                         viewflipper.showPrevious();
     233                         break;
     234                }
     235                case R.id.solve:
     236                {
     237                        dialog = new ProgressDialog(view.getContext());
     238                        dialog.setCancelable(true);
     239                        dialog.setMessage("Loading View. Please Wait ...");
     240                        dialog.setProgressStyle(ProgressDialog.STYLE_HORIZONTAL);
     241                        dialog.setProgress(0);
     242                        dialog.setMax(100);
     243                        new CalculationTask().execute(alpha);
     244                        break;
     245                }
     246        }
     247        }
     248//----------------------------------------------------------------------------------
     249    public void drawFigure()
     250    {
     251        frame.removeAllViews();
     252        mGLView = new MyGLSurfaceView(this, buff, size, colorMap);
     253        frame.addView(mGLView);
     254        //frame.addView(colorBar);
     255    }
     256//------------------------------------------------------------------------------------
     257   //AsyncTask will allow to display while doing some task in the background
     258   private class CalculationTask extends AsyncTask<Integer,Integer,Boolean>
     259   {
     260                @Override
     261                protected Boolean doInBackground(Integer... target)
     262                {
     263                        Thread thread = new Thread()
     264                        {
     265                                public void run()
     266                                {
     267                                        for(int i = 0; i <= 100; i+=5)
     268                                        {
     269                                                try {
     270                                                        Thread.sleep(300);
     271                                                } catch (InterruptedException e) {
     272                                                        // TODO Auto-generated catch block
     273                                                        e.printStackTrace();
     274                                                }
     275                                                publishProgress(i);
     276                                        }
     277                                }
     278                        };
     279                        thread.start();
     280                        issmNative.solveISSMModel(target[0],buff);
     281                        return true;
     282                }
    82283               
    83                 //print result from fac and the first two slot of filled buffer.
    84                 this.output.setText("Result = " + resultfromFac + "\n"
    85                                                                                 + "First slot from buffer:\n"
    86                                                                                 + buff.get(0) + " size " +  size);
    87 
    88         }
     284                protected void onPreExecute()
     285                {
     286                        super.onPostExecute(null);
     287                        dialog.show();
     288                }
     289                protected void onProgressUpdate(Integer ... value)
     290                {
     291                        super.onProgressUpdate();
     292                        dialog.setProgress(value[0]);
     293                }
     294                protected void onPostExecute(Boolean result)
     295                {
     296                        super.onPostExecute(result);
     297                        dialog.dismiss();
     298                        if(result) drawFigure();
     299                }
     300           
     301   }
     302//-----------------------------------------------------------------------------------
     303   
     304    // Below are implementation for the animation between map selection and core computation
     305
     306        private Animation inFromRightAnimation() {
     307
     308        Animation inFromRight = new TranslateAnimation(
     309        Animation.RELATIVE_TO_PARENT,  +1.0f, Animation.RELATIVE_TO_PARENT,  0.0f,
     310        Animation.RELATIVE_TO_PARENT,  0.0f, Animation.RELATIVE_TO_PARENT,   0.0f
     311        );
     312        inFromRight.setDuration(500);
     313        inFromRight.setInterpolator(new AccelerateInterpolator());
     314        return inFromRight;
     315        }
     316        private Animation outToLeftAnimation() {
     317        Animation outtoLeft = new TranslateAnimation(
     318          Animation.RELATIVE_TO_PARENT,  0.0f, Animation.RELATIVE_TO_PARENT,  -1.0f,
     319          Animation.RELATIVE_TO_PARENT,  0.0f, Animation.RELATIVE_TO_PARENT,   0.0f
     320        );
     321        outtoLeft.setDuration(500);
     322        outtoLeft.setInterpolator(new AccelerateInterpolator());
     323        return outtoLeft;
     324        }
     325
     326        private Animation inFromLeftAnimation() {
     327        Animation inFromLeft = new TranslateAnimation(
     328        Animation.RELATIVE_TO_PARENT,  -1.0f, Animation.RELATIVE_TO_PARENT,  0.0f,
     329        Animation.RELATIVE_TO_PARENT,  0.0f, Animation.RELATIVE_TO_PARENT,   0.0f
     330        );
     331        inFromLeft.setDuration(500);
     332        inFromLeft.setInterpolator(new AccelerateInterpolator());
     333        return inFromLeft;
     334        }
     335        private Animation outToRightAnimation() {
     336        Animation outtoRight = new TranslateAnimation(
     337          Animation.RELATIVE_TO_PARENT,  0.0f, Animation.RELATIVE_TO_PARENT,  +1.0f,
     338          Animation.RELATIVE_TO_PARENT,  0.0f, Animation.RELATIVE_TO_PARENT,   0.0f
     339        );
     340        outtoRight.setDuration(500);
     341        outtoRight.setInterpolator(new AccelerateInterpolator());
     342        return outtoRight;
     343        }
     344//-------------------------------------------------------------------------------------------   
    89345}
     346/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////

  • issm/trunk/src/android/ISSM/src/com/example/issm/IssmJni.java

    r14067 r14310  
    44class IssmJni
    55{
    6         public native long fac(long n);
    7         public native void processBuffer(int alpha, DoubleBuffer buff);
    8         public native int createISSMModel(String file);
     6        public native void solveISSMModel(double alpha, DoubleBuffer buff);
     7        public native int createISSMModel(String solution_type, String absfile, String relfile);
    98        static
    109        {

  • issm/trunk/src/android/ISSM_Visual/AndroidManifest.xml

    r13958 r14310  
    11<manifest xmlns:android="http://schemas.android.com/apk/res/android"
    2     package="com.example.issm_visual"
     2    package="gov.nasa.jpl.issm.visual"
    33    android:versionCode="1"
    44    android:versionName="1.0" >

  • issm/trunk/src/android/ISSM_Visual/bin

    • Property svn:ignore

      •  

        old new  
         1classes
        12*.apk

  • issm/trunk/src/android/ISSM_Visual/bin/AndroidManifest.xml

    r13958 r14310  
    11<manifest xmlns:android="http://schemas.android.com/apk/res/android"
    2     package="com.example.issm_visual"
     2    package="gov.nasa.jpl.issm.visual"
    33    android:versionCode="1"
    44    android:versionName="1.0" >

  • issm/trunk/src/android/ISSM_Visual/gen

    • Property svn:ignore set to
      gov

  • issm/trunk/src/android/ISSM_Visual/res/layout/activity_issmvisual.xml

    r13958 r14310  
    1515
    1616    <TextView
    17         android:id="@+id/status"
     17        android:id="@+id/value"
    1818        android:layout_width="wrap_content"
    1919        android:layout_height="wrap_content"
    2020        android:layout_above="@+id/seekBar"
    2121        android:layout_centerHorizontal="true"
    22         android:layout_marginBottom="16dp"
    23         android:text="Status: " />
     22        android:layout_marginBottom="15dp"
     23        android:text="alpha value = 0" />
    2424
    2525    <FrameLayout
    … …  
    3131        android:layout_above="@+id/value"
    3232        android:layout_centerHorizontal="true"
    33         android:layout_marginBottom="16dp" >
     33        android:layout_marginBottom="12dp" >
    3434    </FrameLayout>
    3535
    36     <TextView
    37         android:id="@+id/value"
     36    <Button
     37        android:id="@+id/button1"
    3838        android:layout_width="wrap_content"
    3939        android:layout_height="wrap_content"
    40         android:layout_above="@+id/status"
    41         android:layout_alignRight="@+id/status"
    42         android:layout_centerHorizontal="true"
    43         android:layout_marginBottom="16dp"
    44         android:text="Value: " />
     40        android:layout_above="@+id/seekBar"
     41        android:layout_alignParentRight="true"
     42        android:text="Reset" />
    4543
    4644</RelativeLayout>

  • issm/trunk/src/c/Container/DataSet.cpp

    r13975 r14310  
    178178        /*Check index in debugging mode*/
    179179        _assert_(this!=NULL);
     180        _assert_(offset>=0);
    180181        _assert_(offset<this->Size());
    181182

  • issm/trunk/src/c/Container/Observations.cpp

    r14067 r14310  
    4545        IssmPDouble  offset,minlength,minspacing,mintrimming,maxtrimming;
    4646        Observation *observation = NULL;
     47
     48        /*Check that observations is not empty*/
     49        if(n==0) _error_("No observation found");
    4750
    4851        /*Get extrema*/
    … …  
    122125        /*Output and Intermediaries*/
    123126        int          nobs,i,index;
    124         IssmPDouble  h2,hmin2,radius2;
     127        IssmPDouble  hmin,h2,hmin2,radius2;
    125128        int         *indices      = NULL;
    126129        Observation *observation  = NULL;
    … …  
    128131        /*If radius is not provided or is 0, return all observations*/
    129132        if(radius==0) radius=this->quadtree->root->length;
     133
     134        /*First, find closest point in Quadtree (fast but might not be the true closest obs)*/
     135        this->quadtree->ClosestObs(&index,x_interp,y_interp);
     136        if(index>=0){
     137                observation=dynamic_cast<Observation*>(this->GetObjectByOffset(index));
     138                hmin = sqrt((observation->x-x_interp)*(observation->x-x_interp) + (observation->y-y_interp)*(observation->y-y_interp));
     139                if(hmin<radius) radius=hmin;
     140        }
    130141
    131142        /*Compute radius square*/
    … …  
    137148                observation=dynamic_cast<Observation*>(this->GetObjectByOffset(indices[i]));
    138149                h2 = (observation->x-x_interp)*(observation->x-x_interp) + (observation->y-y_interp)*(observation->y-y_interp);
    139 
    140150                if(i==0){
    141151                        hmin2 = h2;
    142                         index = i;
     152                        index = indices[i];
    143153                }
    144154                else{
    145155                        if(h2<hmin2){
    146156                                hmin2 = h2;
    147                                 index = i;
     157                                index = indices[i];
    148158                        }
    149159                }
    … …  
    151161
    152162        /*Assign output pointer*/
    153         if(!nobs){
     163        if(index>=0){
     164                observation=dynamic_cast<Observation*>(this->GetObjectByOffset(index));
     165                *px=observation->x;
     166                *py=observation->y;
     167                *pobs=observation->value;
     168        }
     169        else{
     170
    154171                *px=UNDEF;
    155172                *py=UNDEF;
    156173                *pobs=UNDEF;
    157174        }
    158         else{
    159                 observation=dynamic_cast<Observation*>(this->GetObjectByOffset(indices[index]));
    160                 *px=observation->x;
    161                 *py=observation->y;
    162                 *pobs=observation->value;
    163         }
    164175        xDelete<int>(indices);
    165176
     177}/*}}}*/
     178/*FUNCTION Observations::Distances{{{*/
     179void Observations::Distances(IssmPDouble* distances,IssmPDouble *x,IssmPDouble *y,int n,IssmPDouble radius){
     180
     181        IssmPDouble xi,yi,obs;
     182
     183        for(int i=0;i<n;i++){
     184                this->ClosestObservation(&xi,&yi,&obs,x[i],y[i],radius);
     185                if(xi==UNDEF && yi==UNDEF)
     186                 distances[i]=UNDEF;
     187                else
     188                 distances[i]=sqrt( (x[i]-xi)*(x[i]-xi) + (y[i]-yi)*(y[i]-yi) );
     189        }
    166190}/*}}}*/
    167191/*FUNCTION Observations::ObservationList(IssmPDouble **px,IssmPDouble **py,IssmPDouble **pobs,int* pnobs,IssmPDouble x_interp,IssmPDouble y_interp,IssmPDouble radius,int maxdata){{{*/

  • issm/trunk/src/c/Container/Observations.h

    r14067 r14310  
    2727                /*Methods*/
    2828                void ClosestObservation(IssmDouble *px,IssmDouble *py,IssmDouble *pobs,IssmDouble x_interp,IssmDouble y_interp,IssmDouble radius);
     29                void Distances(IssmPDouble* distances,IssmPDouble *x,IssmPDouble *y,int n,IssmPDouble radius);
    2930                void InterpolationIDW(IssmDouble *pprediction,IssmDouble x_interp,IssmDouble y_interp,IssmDouble radius,int mindata,int maxdata,IssmDouble power);
    3031                void InterpolationV4(IssmDouble *pprediction,IssmDouble x_interp,IssmDouble y_interp,IssmDouble radius,int mindata,int maxdata);

  • issm/trunk/src/c/Container/Vertices.cpp

    r13975 r14310  
    199199}
    200200/*}}}*/
     201/*FUNCTION Vertices::ToXYZ{{{*/
     202IssmDouble* Vertices::ToXYZ(void){
     203
     204        /*intermediary: */
     205        int i;
     206        int my_rank;
     207        int num_vertices;
     208       
     209        /*output: */
     210        Matrix<IssmDouble>* xyz = NULL;
     211        IssmDouble* xyz_serial=NULL;
     212
     213        /*recover my_rank:*/
     214        my_rank=IssmComm::GetRank();
     215
     216        /*First, figure out number of vertices: */
     217        num_vertices=this->NumberOfVertices();
     218
     219        /*Now, allocate matrix to hold all the vertices x,y and z values: */
     220        xyz= new Matrix<IssmDouble>(num_vertices,3);
     221
     222        /*Go through vertices, and for each vertex, object, report it cpu: */
     223        for(i=0;i<this->Size();i++){
     224
     225                /*let vertex fill matrix: */
     226                Vertex* vertex=dynamic_cast<Vertex*>(this->GetObjectByOffset(i));
     227                vertex->ToXYZ(xyz);
     228        }
     229
     230        /*Assemble:*/
     231        xyz->Assemble();
     232
     233        /*gather on cpu 0: */
     234        xyz_serial=xyz->ToSerial();
     235
     236        /*free ressources: */
     237        delete xyz;
     238        if(my_rank!=0)delete xyz_serial;
     239
     240        /*return matrix: */
     241        return xyz_serial;
     242}
     243/*}}}*/

  • issm/trunk/src/c/Container/Vertices.h

    r13975 r14310  
    2828                int   NumberOfVertices(void);
    2929                void  Ranks(int* ranks);
     30                IssmDouble* ToXYZ(void);
    3031};
    3132

  • issm/trunk/src/c/EnumDefinitions/EnumDefinitions.h

    r13975 r14310  
    196196        SurfaceforcingsIssmbgradientsEnum,
    197197        SurfaceforcingsMonthlytemperaturesEnum,
    198         SurfaceforcingsHcEnum,
    199198        SurfaceforcingsHrefEnum,
    200199        SurfaceforcingsSmbrefEnum,
    201         SurfaceforcingsSmbPosMaxEnum,
    202         SurfaceforcingsSmbPosMinEnum,
    203         SurfaceforcingsAPosEnum,
    204200        SurfaceforcingsBPosEnum,
    205         SurfaceforcingsANegEnum,
    206201        SurfaceforcingsBNegEnum,
    207202        ThermalMaxiterEnum,
    … …  
    235230        BalancethicknessAnalysisEnum,
    236231        BalancethicknessSolutionEnum,
     232        WeakBalancethicknessAnalysisEnum,
     233        WeakBalancethicknessSolutionEnum,
    237234        BedSlopeAnalysisEnum,
    238235        BedSlopeSolutionEnum,
    … …  
    355352        AdjointyEnum,
    356353        AdjointzEnum,
     354        BalancethicknessMisfitEnum,
    357355        BedSlopeXEnum,
    358356        BedSlopeYEnum,
    … …  
    382380        QmuSurfaceEnum,
    383381        QmuMeltingEnum,
     382        AndroidFrictionCoefficientEnum,
    384383        ResetPenaltiesEnum,
    385384        SegmentOnIceShelfEnum,
    … …  
    425424        DragCoefficientAbsGradientEnum,
    426425        TransientInputEnum,
    427         OutputfilenameEnum,
    428426        WaterfractionEnum,
    429427        WatercolumnEnum,

  • issm/trunk/src/c/Makefile.am

    r13975 r14310  
    1 AM_CPPFLAGS = @DAKOTAINCL@ @SHAPELIBINCL@ @PETSCINCL@ @SLEPCINCL@ @MPIINCL@ @METISINCL@ @CHACOINCL@ @SCOTCHINCL@ @PLAPACKINCL@ @BLASLAPACKINCL@ @MKLINCL@ @MUMPSINCL@ @TRIANGLEINCL@ @SPAIINCL@ @HYPREINCL@ @PROMETHEUSINCL@ @SUPERLUINCL@ @SPOOLESINCL@ @PASTIXINCL@ @MLINCL@ @TAOINCL@ @ADIC2INCL@ @ADOLCINCL@ @GSLINCL@ @BOOSTINCL@
     1AM_CPPFLAGS = @DAKOTAINCL@ @SHAPELIBINCL@ @PETSCINCL@ @SLEPCINCL@ @MPIINCL@ @METISINCL@ @CHACOINCL@ @SCOTCHINCL@ @PLAPACKINCL@ @BLASLAPACKINCL@ @MKLINCL@ @MUMPSINCL@ @TRIANGLEINCL@ @SPAIINCL@ @HYPREINCL@ @PROMETHEUSINCL@ @SUPERLUINCL@ @SPOOLESINCL@ @PASTIXINCL@ @MLINCL@ @TAOINCL@ @ADIC2INCL@ @ADOLCINCL@ @GSLINCL@ @BOOSTINCL@ @ANDROID_NDKINCL@
    22
    33EXEEXT=$(ISSMEXT)
    … …  
    475475                                            ./modules/ModelProcessorx/Balancethickness/CreateConstraintsBalancethickness.cpp\
    476476                                                ./modules/ModelProcessorx/Balancethickness/CreateLoadsBalancethickness.cpp\
    477                                                 ./solutions/balancethickness_core.cpp
     477                                                ./solutions/balancethickness_core.cpp \
     478                                                ./solutions/dummy_core.cpp
    478479#}}}
    479480#Slope sources  {{{
    … …  
    499500#}}}
    500501#Android sources  {{{
    501 android_sources = ./android/fac.h\
    502                                   ./android/fac.cpp
     502android_sources =
    503503#}}}
    504504#3D sources  {{{
    … …  
    627627                             ./modules/Kml2Expx/Kml2Expx.h\
    628628                             ./modules/Kml2Expx/Kml2Expx.cpp\
     629                             ./modules/Shp2Expx/Shp2Expx.h\
     630                             ./modules/Shp2Expx/Shp2Expx.cpp\
    629631                             ./modules/Shp2Kmlx/Shp2Kmlx.h\
    630632                             ./modules/Shp2Kmlx/Shp2Kmlx.cpp\
    … …  
    739741                        ./shared/Exp/IsInPoly.cpp\
    740742                        ./shared/Exp/IsInPolySerial.cpp\
    741                         ./shared/Exp/DomainOutlineWrite.cpp\
     743                        ./shared/Exp/ExpWrite.cpp\
    742744                        ./shared/TriMesh/trimesh.h\
    743745                        ./shared/TriMesh/AssociateSegmentToElement.cpp\
    … …  
    781783                        ./modules/MeshProfileIntersectionx/MeshProfileIntersectionx.cpp\
    782784                        ./modules/MeshProfileIntersectionx/MeshProfileIntersectionx.h\
    783                         ./modules/MeshProfileIntersectionx/MeshSegmentsIntersection.cpp\
    784                         ./modules/MeshProfileIntersectionx/ElementSegmentsIntersection.cpp\
    785                         ./modules/MeshProfileIntersectionx/ElementSegment.cpp\
    786                         ./modules/MeshProfileIntersectionx/SegmentIntersect.cpp\
    787                         ./modules/MeshProfileIntersectionx/NodeInElement.cpp\
    788785                        ./modules/ContourToMeshx/ContourToMeshx.cpp\
    789786                        ./modules/ContourToMeshx/ContourToMeshxt.cpp\

  • issm/trunk/src/c/classes/FemModel.cpp

    r14067 r14310  
    2020
    2121/*Object constructors and destructor*/
    22 /*FUNCTION FemModel::FemModel(char* filename) {{{*/
    23 FemModel::FemModel(char* filename){
    24 
    25 }
    26 /*}}}*/
    2722/*FUNCTION FemModel::FemModel(int argc,char** argv){{{*/
    2823FemModel::FemModel(int argc,char** argv,COMM incomm){
    … …  
    707702                case ThicknessAlongGradientEnum: ThicknessAlongGradientx(responses, elements,nodes, vertices, loads, materials, parameters,process_units,weight_index); break;
    708703                case ThicknessAcrossGradientEnum:ThicknessAcrossGradientx(responses, elements,nodes, vertices, loads, materials, parameters,process_units,weight_index); break;
     704                case BalancethicknessMisfitEnum:BalancethicknessMisfitx(responses,process_units,weight_index); break;
    709705                case TotalSmbEnum:                                      this->TotalSmbx(responses,process_units); break;
    710706                case RheologyBbarAbsGradientEnum:RheologyBbarAbsGradientx(responses, elements,nodes, vertices, loads, materials, parameters,process_units,weight_index); break;
    … …  
    13631359#endif
    13641360#ifdef _HAVE_CONTROL_
     1361void FemModel::BalancethicknessMisfitx(IssmDouble* presponse,bool process_units,int weight_index){/*{{{*/
     1362
     1363        IssmDouble J = 0;
     1364        IssmDouble J_sum;
     1365
     1366        for(int i=0;i<this->elements->Size();i++){
     1367                Element* element=dynamic_cast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
     1368                J+=element->BalancethicknessMisfit(process_units,weight_index);
     1369        }
     1370        #ifdef _HAVE_MPI_
     1371        MPI_Reduce (&J,&J_sum,1,MPI_DOUBLE,MPI_SUM,0,IssmComm::GetComm() );
     1372        MPI_Bcast(&J_sum,1,MPI_DOUBLE,0,IssmComm::GetComm());
     1373        J=J_sum;
     1374        #endif
     1375
     1376        /*Assign output pointers: */
     1377        *presponse=J;
     1378
     1379}/*}}}*/
    13651380void FemModel::ThicknessAbsGradientx( IssmDouble* pJ, bool process_units, int weight_index){/*{{{*/
    13661381

  • issm/trunk/src/c/classes/FemModel.h

    r14067 r14310  
    4747
    4848                /*constructors, destructors: */
    49                 FemModel(char* filename);
    5049                FemModel(int argc,char** argv,COMM comm_init);
    5150                FemModel(char* rootpath, char* inputfilename, char* outputfilename, char* petscfilename, char* lockfilename, const int solution_type,const int* analyses,const int nummodels);
    … …  
    8180                void IceVolumex(IssmDouble* pV,bool process_units);
    8281                void ElementResponsex(IssmDouble* presponse,int response_enum,bool process_units);
     82                void BalancethicknessMisfitx(IssmDouble* pV,bool process_units,int weight_index);
    8383                #endif
    8484                #ifdef  _HAVE_DAKOTA_

  • issm/trunk/src/c/classes/IssmComm.cpp

    r13975 r14310  
    1111#include "./IssmComm.h"
    1212#include "../include/types.h"
     13#include "../include/macros.h"
     14#include "../shared/Exceptions/exceptions.h"
    1315
    1416void IssmComm::SetComm(COMM incomm){ /*{{{*/
    15         comm=incomm;
     17
     18        /*A comm is provided, we are running in parallel (this is not a module)*/
     19        parallel = true;
     20        comm     = incomm;
     21
     22}/*}}}*/
     23void IssmComm::SetComm(void){ /*{{{*/
     24
     25        /*no comm provided, This is a matlab/python module*/
     26        parallel = false;
     27
     28        /*No need to initialise comm*/
     29
    1630}/*}}}*/
    1731COMM IssmComm::GetComm(){  /*{{{*/
     32        if(!parallel) _error_("Cannot return comm in serial mode");
    1833        return comm;
    1934}/*}}}*/
    2035int IssmComm::GetRank(){  /*{{{*/
     36
    2137        int my_rank = 0;
    22 
    23         /*for matlab and python modules, comm == -1*/
    24         if((int)comm==-1) return my_rank;
     38       
     39        /*for matlab and python modules*/
     40        if(!parallel) return my_rank;
    2541
    2642        #ifdef _HAVE_MPI_
    … …  
    3551        int size = 1;
    3652
    37         /*for matlab and python modules, comm == -1*/
    38         if((int)comm==-1) return size;
     53        /*for matlab and python modules*/
     54        if(!parallel) return size;
    3955
    4056        #ifdef _HAVE_MPI_

  • issm/trunk/src/c/classes/IssmComm.h

    r13975 r14310  
    2121        private:
    2222                static COMM comm;
     23                static bool parallel;
    2324
    2425        public:
    2526                static void SetComm(COMM incomm);
    26                 static COMM GetComm();
    27                 static int GetRank();
    28                 static int GetSize();
     27                static void SetComm(void);
     28                static COMM GetComm(void);
     29                static int GetRank(void);
     30                static int GetSize(void);
    2931};
    3032

  • issm/trunk/src/c/classes/RiftStruct.cpp

    r13975 r14310  
    2222
    2323}/*}}}*/
    24 RiftStruct::RiftStruct(int numrifts_in,int *riftsnumsegments_in,double **riftssegments_in,int *riftsnumpairs_in,double **riftspairs_in,int *riftsnumpenaltypairs_in,double **riftspenaltypairs_in,double* riftstips_in){/*{{{*/
     24RiftStruct::RiftStruct(int numrifts_in,int *riftsnumsegments_in,int**riftssegments_in,int *riftsnumpairs_in,int**riftspairs_in,int *riftsnumpenaltypairs_in,double **riftspenaltypairs_in,int * riftstips_in){/*{{{*/
    2525
    2626        int i;
    … …  
    3737        /*riftssegments*/
    3838        _assert_(riftssegments_in);
    39         this->riftssegments=xNew<double*>(numrifts_in);
     39        this->riftssegments=xNew<int*>(numrifts_in);
    4040        for(i=0;i<numrifts_in;i++){
    41                 this->riftssegments[i]=xNew<double>(riftsnumsegments_in[i]*3);
    42                 xMemCpy<double>(this->riftssegments[i],riftssegments_in[i],riftsnumsegments_in[i]*3);
     41                this->riftssegments[i]=xNew<int>(riftsnumsegments_in[i]*3);
     42                xMemCpy<int>(this->riftssegments[i],riftssegments_in[i],riftsnumsegments_in[i]*3);
    4343        }
    4444
    … …  
    5050        /*riftspairs*/
    5151        _assert_(riftspairs_in);
    52         this->riftspairs=xNew<double*>(numrifts_in);
     52        this->riftspairs=xNew<int*>(numrifts_in);
    5353        for(i=0;i<numrifts_in;i++){
    54                 this->riftspairs[i]=xNew<double>(riftsnumpairs_in[i]*2);
    55                 xMemCpy<double>(this->riftspairs[i],riftspairs_in[i],riftsnumpairs_in[i]*2);
     54                this->riftspairs[i]=xNew<int>(riftsnumpairs_in[i]*2);
     55                xMemCpy<int>(this->riftspairs[i],riftspairs_in[i],riftsnumpairs_in[i]*2);
    5656        }
    5757
    … …  
    7171        /*riftstips*/
    7272        _assert_(riftstips_in);
    73         this->riftstips=xNew<double>(2*numrifts_in);
    74         xMemCpy<double>(this->riftstips,riftstips_in,2*numrifts_in);
     73        this->riftstips=xNew<int>(2*numrifts_in);
     74        xMemCpy<int>(this->riftstips,riftstips_in,2*numrifts_in);
    7575
    7676        /*state*/
    … …  
    8585
    8686        xDelete<int>(this->riftsnumsegments);
    87         xDelete<double*>(this->riftssegments);
     87        xDelete<int*>(this->riftssegments);
    8888        xDelete<int>(this->riftsnumpairs);
    89         xDelete<double*>(this->riftspairs);
     89        xDelete<int*>(this->riftspairs);
    9090        xDelete<int>(this->riftsnumpenaltypairs);
    9191        xDelete<double*>(this->riftspenaltypairs);
    92         xDelete<double>(this->riftstips);
     92        xDelete<int>(this->riftstips);
    9393        xDelete<double*>(this->state);
    9494

  • issm/trunk/src/c/classes/RiftStruct.h

    r13975 r14310  
    1010        public:
    1111                int      numrifts;
    12                 double **riftssegments;
     12                int    **riftssegments;
    1313                int     *riftsnumsegments;
    14                 double **riftspairs;
     14                int    **riftspairs;
    1515                int     *riftsnumpairs;
    1616                double **riftspenaltypairs;
    1717                int     *riftsnumpenaltypairs;
    18                 double  *riftstips;
     18                int     *riftstips;
    1919                double **state;
    2020
    2121                RiftStruct();
    22                 RiftStruct(int numrifts_in,int *riftsnumsegments_in,double **riftssegments_in,int *riftsnumpairs_in,double **riftspairs_in,int *riftsnumpenaltypairs_in,double **riftspenaltypairs_in,double* riftstips_in);
     22                RiftStruct(int numrifts_in,int *riftsnumsegments_in,int **riftssegments_in,int *riftsnumpairs_in,int **riftspairs_in,int *riftsnumpenaltypairs_in,double **riftspenaltypairs_in,int* riftstips_in);
    2323                ~RiftStruct();
    2424};

  • issm/trunk/src/c/classes/bamg/Mesh.cpp

    r13975 r14310  
    899899                }
    900900                //Build output
     901                connectivitymax_2++;//add last column for size
    901902                bamgmesh->NodalConnectivitySize[0]=nbv;
    902903                bamgmesh->NodalConnectivitySize[1]=connectivitymax_2;
    903904                bamgmesh->NodalConnectivity=xNew<double>(connectivitymax_2*nbv);
    904                 for (i=0;i<connectivitymax_2*nbv;i++) bamgmesh->NodalConnectivity[i]=NAN;
     905                for (i=0;i<connectivitymax_2*nbv;i++) bamgmesh->NodalConnectivity[i]=0;
    905906                for (i=0;i<nbv;i++){
    906907                        k=0;
    … …  
    917918                                k++;
    918919                        }
     920                        bamgmesh->NodalConnectivity[connectivitymax_2*(i+1)-1]=k;
    919921                }
    920922

  • issm/trunk/src/c/classes/objects/Elements/Element.h

    r13975 r14310  
    110110                virtual IssmDouble ThicknessAlongGradient(bool process_units,int weight_index)=0;
    111111                virtual IssmDouble ThicknessAcrossGradient(bool process_units,int weight_index)=0;
     112                virtual IssmDouble BalancethicknessMisfit(bool process_units,int weight_index)=0;
    112113                virtual IssmDouble RheologyBbarAbsGradient(bool process_units,int weight_index)=0;
    113114                virtual IssmDouble DragCoefficientAbsGradient(bool process_units,int weight_index)=0;

  • issm/trunk/src/c/classes/objects/Elements/Penta.cpp

    r14067 r14310  
    27272727
    27282728        /*Recover SmbGradients*/
    2729         GetInputListOnVertices(&Hc[0],SurfaceforcingsHcEnum);
    27302729        GetInputListOnVertices(&Href[0],SurfaceforcingsHrefEnum);
    27312730        GetInputListOnVertices(&Smbref[0],SurfaceforcingsSmbrefEnum);
    2732         GetInputListOnVertices(&smb_pos_max[0],SurfaceforcingsSmbPosMaxEnum);
    2733         GetInputListOnVertices(&smb_pos_min[0],SurfaceforcingsSmbPosMinEnum);
    2734         GetInputListOnVertices(&a_pos[0],SurfaceforcingsAPosEnum);
    27352731        GetInputListOnVertices(&b_pos[0],SurfaceforcingsBPosEnum);
    2736         GetInputListOnVertices(&a_neg[0],SurfaceforcingsANegEnum);
    27372732        GetInputListOnVertices(&b_neg[0],SurfaceforcingsBNegEnum);
    27382733
    … …  
    27472742   // loop over all vertices
    27482743 for(i=0;i<NUMVERTICES;i++){
    2749      if(s[i]>Hc[i]){
    2750                   if(Href[i]>Hc[i]){smb[i]=Smbref[i]+b_pos[i]*(s[i]-Href[i]);}
    2751                   if(Href[i]<=Hc[i]){smb[i]=a_pos[i]+b_pos[i]*s[i];}
    2752                   if(smb[i]>smb_pos_max[i]){smb[i]=smb_pos_max[i];}
    2753                   if(smb[i]<smb_pos_min[i]){smb[i]=smb_pos_min[i];}
     2744     if(Smbref[i]>0){
     2745                  smb[i]=Smbref[i]+b_pos[i]*(s[i]-Href[i]);
    27542746          }
    27552747          else{
    2756                   if(Href[i]>Hc[i]){smb[i]=a_neg[i]+b_neg[i]*s[i];}
    2757                   if(Href[i]<=Hc[i]){smb[i]=Smbref[i]+b_neg[i]*(s[i]-Href[i]);}
     2748                  smb[i]=Smbref[i]+b_neg[i]*(s[i]-Href[i]);
    27582749          }
    27592750          smb[i]=smb[i]/rho_ice;      // SMB in m/y ice         

  • issm/trunk/src/c/classes/objects/Elements/Penta.h

    r13975 r14310  
    166166                IssmDouble ThicknessAlongGradient( bool process_units,int weight_index){_error_("not supported");};
    167167                IssmDouble ThicknessAcrossGradient(bool process_units,int weight_index){_error_("not supported");};
     168                IssmDouble BalancethicknessMisfit(bool process_units,int weight_index){_error_("not supported");};
    168169                void   InputControlUpdate(IssmDouble scalar,bool save_parameter);
    169170                #endif

  • issm/trunk/src/c/classes/objects/Elements/Tria.cpp

    r13975 r14310  
    15501550                                                for(j=0;j<3;j++)cmmaxinputs[j]=iomodel->Data(InversionMaxParametersEnum)[(tria_vertex_ids[j]-1)*num_control_type+i]/yts;
    15511551                                                this->inputs->AddInput(new ControlInput(VyEnum,TriaP1InputEnum,nodeinputs,cmmininputs,cmmaxinputs,i+1));
     1552                                        }
     1553                                        break;
     1554                                case ThicknessEnum:
     1555                                        if (iomodel->Data(ThicknessEnum)){
     1556                                                for(j=0;j<3;j++)nodeinputs[j]=iomodel->Data(ThicknessEnum)[tria_vertex_ids[j]-1];
     1557                                                for(j=0;j<3;j++)cmmininputs[j]=iomodel->Data(InversionMinParametersEnum)[(tria_vertex_ids[j]-1)*num_control_type+i];
     1558                                                for(j=0;j<3;j++)cmmaxinputs[j]=iomodel->Data(InversionMaxParametersEnum)[(tria_vertex_ids[j]-1)*num_control_type+i];
     1559                                                this->inputs->AddInput(new ControlInput(ThicknessEnum,TriaP1InputEnum,nodeinputs,cmmininputs,cmmaxinputs,i+1));
    15521560                                        }
    15531561                                        break;
    … …  
    23172325   IssmDouble h[NUMVERTICES];                                   // ice thickness (m)           
    23182326        IssmDouble s[NUMVERTICES];                                      // surface elevation (m)
    2319         IssmDouble a_pos[NUMVERTICES];                          // Hs-SMB relation parameter
    23202327        IssmDouble b_pos[NUMVERTICES];                          // Hs-SMB relation parameter
    2321         IssmDouble a_neg[NUMVERTICES];                          // Hs-SMB relation parameter
    23222328        IssmDouble b_neg[NUMVERTICES];                          // Hs-SMB relation paremeter
    2323         IssmDouble Hc[NUMVERTICES];                                     // elevation of transition between accumulation regime and ablation regime
    23242329        IssmDouble Href[NUMVERTICES];                                   // reference elevation from which deviations are used to calculate the SMB adjustment
    23252330        IssmDouble Smbref[NUMVERTICES];                         // reference SMB to which deviations are added
    2326         IssmDouble smb_pos_max[NUMVERTICES];            // maximum SMB value in the accumulation regime
    2327         IssmDouble smb_pos_min[NUMVERTICES];            // minimum SMB value in the accumulation regime
    23282331   IssmDouble rho_water;                   // density of fresh water
    23292332        IssmDouble rho_ice;                     // density of ice
    … …  
    23332336
    23342337        /*Recover SmbGradients*/
    2335         GetInputListOnVertices(&Hc[0],SurfaceforcingsHcEnum);
    23362338        GetInputListOnVertices(&Href[0],SurfaceforcingsHrefEnum);
    23372339        GetInputListOnVertices(&Smbref[0],SurfaceforcingsSmbrefEnum);
    2338         GetInputListOnVertices(&smb_pos_max[0],SurfaceforcingsSmbPosMaxEnum);
    2339         GetInputListOnVertices(&smb_pos_min[0],SurfaceforcingsSmbPosMinEnum);
    2340         GetInputListOnVertices(&a_pos[0],SurfaceforcingsAPosEnum);
    23412340        GetInputListOnVertices(&b_pos[0],SurfaceforcingsBPosEnum);
    2342         GetInputListOnVertices(&a_neg[0],SurfaceforcingsANegEnum);
    23432341        GetInputListOnVertices(&b_neg[0],SurfaceforcingsBNegEnum);
    23442342
    … …  
    23532351   // loop over all vertices
    23542352   for(i=0;i<NUMVERTICES;i++){
    2355      if(s[i]>Hc[i]){
    2356                   if(Href[i]>Hc[i]){smb[i]=Smbref[i]+b_pos[i]*(s[i]-Href[i]);}
    2357                   if(Href[i]<=Hc[i]){smb[i]=a_pos[i]+b_pos[i]*s[i];}
    2358                   if(smb[i]>smb_pos_max[i]){smb[i]=smb_pos_max[i];}
    2359                   if(smb[i]<smb_pos_min[i]){smb[i]=smb_pos_min[i];}
     2353     if(Smbref[i]>0){
     2354                  smb[i]=Smbref[i]+b_pos[i]*(s[i]-Href[i]);
    23602355          }
    23612356          else{
    2362                   if(Href[i]>Hc[i]){smb[i]=a_neg[i]+b_neg[i]*s[i];}
    2363                   if(Href[i]<=Hc[i]){smb[i]=Smbref[i]+b_neg[i]*(s[i]-Href[i]);}
     2357                  smb[i]=Smbref[i]+b_neg[i]*(s[i]-Href[i]);
    23642358          }
    23652359          smb[i]=smb[i]/rho_ice;      // SMB in m/y ice         
    2366   /*   printf("s %e \n",s[i]);
    2367      printf("Hsref %e \n",Href[i]);
    2368      printf("Hc %e \n",Hc[i]);
    2369      printf("Smbref %e \n",Smbref[i]);
    2370      printf("b_neg %e \n",b_neg[i]);
    2371      printf("smb %e \n",smb[i]);
    2372           _error_("stop-in-code"); */
    23732360                }  //end of the loop over the vertices
    23742361          /*Update inputs*/
    … …  
    34593446
    34603447#ifdef _HAVE_CONTROL_
     3448/*FUNCTION Tria::BalancethicknessMisfit{{{*/
     3449IssmDouble Tria::BalancethicknessMisfit(bool process_units,int weight_index){
     3450
     3451        /* Intermediaries */
     3452        IssmDouble Jelem = 0;
     3453        IssmDouble weight;
     3454        IssmDouble Jdet,temp;
     3455        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     3456        IssmDouble dH[2];
     3457        IssmDouble vx,vy,H;
     3458        IssmDouble dvx[2],dvy[2];
     3459        IssmDouble dhdt,basal_melting,surface_mass_balance;
     3460        GaussTria *gauss = NULL;
     3461
     3462        /*If on water, return 0: */
     3463        if(IsOnWater()) return 0;
     3464
     3465        /*Retrieve all inputs we will be needing: */
     3466        GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0], nodes, NUMVERTICES);
     3467        Input* weights_input              = inputs->GetInput(InversionCostFunctionsCoefficientsEnum);   _assert_(weights_input);
     3468        Input* thickness_input            = inputs->GetInput(ThicknessEnum); _assert_(thickness_input);
     3469        Input* vx_input                   = inputs->GetInput(VxEnum);                                 _assert_(vx_input);
     3470        Input* vy_input                   = inputs->GetInput(VyEnum);                                 _assert_(vy_input);
     3471        Input* surface_mass_balance_input = inputs->GetInput(SurfaceforcingsMassBalanceEnum);         _assert_(surface_mass_balance_input);
     3472        Input* basal_melting_input        = inputs->GetInput(BasalforcingsMeltingRateEnum);           _assert_(basal_melting_input);
     3473        Input* dhdt_input                 = inputs->GetInput(BalancethicknessThickeningRateEnum);     _assert_(dhdt_input);
     3474
     3475        /* Start looping on the number of gaussian points: */
     3476        gauss=new GaussTria(2);
     3477        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     3478
     3479                gauss->GaussPoint(ig);
     3480
     3481                /* Get Jacobian determinant: */
     3482                GetJacobianDeterminant2d(&Jdet, &xyz_list[0][0],gauss);
     3483
     3484                /*Get all parameters at gaussian point*/
     3485                weights_input->GetInputValue(&weight,gauss,weight_index);
     3486                thickness_input->GetInputValue(&H, gauss);
     3487                thickness_input->GetInputDerivativeValue(&dH[0],&xyz_list[0][0],gauss);
     3488                surface_mass_balance_input->GetInputValue(&surface_mass_balance,gauss);
     3489                basal_melting_input->GetInputValue(&basal_melting,gauss);
     3490                dhdt_input->GetInputValue(&dhdt,gauss);
     3491                vx_input->GetInputValue(&vx,gauss);
     3492                vx_input->GetInputDerivativeValue(&dvx[0],&xyz_list[0][0],gauss);
     3493                vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
     3494                vy_input->GetInputDerivativeValue(&dvy[0],&xyz_list[0][0],gauss);
     3495
     3496                /*Weak balance thickness J = 1/2 (div(Hv)-a)^2*/
     3497                temp  = vx*dH[0]+vy*dH[1]+H*(dvx[0]+dvy[1]) - (surface_mass_balance-basal_melting-dhdt);
     3498                Jelem+=weight*1/2*temp*temp*Jdet*gauss->weight;
     3499        }
     3500
     3501        /*Clean up and return*/
     3502        delete gauss;
     3503        return Jelem;
     3504}
     3505/*}}}*/
    34613506/*FUNCTION Tria::InputControlUpdate{{{*/
    34623507void  Tria::InputControlUpdate(IssmDouble scalar,bool save_parameter){
    … …  
    35803625                        GradjVyBalancedthickness(gradient,control_index);
    35813626                        break;
     3627                case ThicknessEnum:
     3628                        GradjThicknessWeakBalancedthickness(gradient,control_index);
     3629                        break;
    35823630                default:
    35833631                        _error_("control type not supported yet: " << control_type);
    … …  
    35973645                case ThicknessAlongGradientEnum:
    35983646                case ThicknessAcrossGradientEnum:
     3647                case BalancethicknessMisfitEnum:
    35993648                case SurfaceAbsVelMisfitEnum:
    36003649                case SurfaceRelVelMisfitEnum:
    … …  
    40424091        /*Clean up and return*/
    40434092        delete gauss;
     4093}
     4094/*}}}*/
     4095/*FUNCTION Tria::GradjThicknessWeakBalancedthickness{{{*/
     4096void  Tria::GradjThicknessWeakBalancedthickness(Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){
     4097
     4098        /*Intermediaries */
     4099        int         i,resp;
     4100        int         vertexpidlist[NUMVERTICES];
     4101        IssmDouble  Jdet;
     4102        IssmDouble  thickness,thicknessobs,weight;
     4103        int         num_responses;
     4104        IssmDouble  xyz_list[NUMVERTICES][3];
     4105        IssmDouble  basis[3];
     4106        IssmDouble  dbasis[NDOF2][NUMVERTICES];
     4107        IssmDouble  dH[2];
     4108        IssmDouble  vx,vy,vel;
     4109        IssmDouble  dvx[2],dvy[2];
     4110        IssmDouble dhdt,basal_melting,surface_mass_balance;
     4111        GaussTria *gauss     = NULL;
     4112        int       *responses = NULL;
     4113        IssmDouble grade_g[NUMVERTICES] = {0.0};
     4114
     4115        /* Get node coordinates and dof list: */
     4116        GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0], nodes, NUMVERTICES);
     4117        GradientIndexing(&vertexpidlist[0],control_index);
     4118
     4119        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     4120        GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0], nodes, NUMVERTICES);
     4121        this->parameters->FindParam(&num_responses,InversionNumCostFunctionsEnum);
     4122        this->parameters->FindParam(&responses,NULL,NULL,StepResponsesEnum);
     4123        Input* thickness_input            = inputs->GetInput(ThicknessEnum);                          _assert_(thickness_input);
     4124        Input* thicknessobs_input         = inputs->GetInput(InversionThicknessObsEnum);              _assert_(thicknessobs_input);
     4125        Input* weights_input              = inputs->GetInput(InversionCostFunctionsCoefficientsEnum); _assert_(weights_input);
     4126        Input* vx_input                   = inputs->GetInput(VxEnum);                                 _assert_(vx_input);
     4127        Input* vy_input                   = inputs->GetInput(VyEnum);                                 _assert_(vy_input);
     4128        Input* surface_mass_balance_input = inputs->GetInput(SurfaceforcingsMassBalanceEnum);         _assert_(surface_mass_balance_input);
     4129        Input* basal_melting_input        = inputs->GetInput(BasalforcingsMeltingRateEnum);           _assert_(basal_melting_input);
     4130        Input* dhdt_input                 = inputs->GetInput(BalancethicknessThickeningRateEnum);     _assert_(dhdt_input);
     4131
     4132        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     4133        gauss=new GaussTria(2);
     4134        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     4135
     4136                gauss->GaussPoint(ig);
     4137
     4138                GetJacobianDeterminant2d(&Jdet, &xyz_list[0][0],gauss);
     4139                GetNodalFunctions(basis, gauss);
     4140                GetNodalFunctionsDerivatives(&dbasis[0][0],&xyz_list[0][0],gauss);
     4141
     4142                thickness_input->GetInputValue(&thickness, gauss);
     4143                thickness_input->GetInputDerivativeValue(&dH[0],&xyz_list[0][0],gauss);
     4144                thicknessobs_input->GetInputValue(&thicknessobs, gauss);
     4145
     4146                /*Loop over all requested responses*/
     4147                for(resp=0;resp<num_responses;resp++) switch(responses[resp]){
     4148
     4149                        case ThicknessAbsMisfitEnum:
     4150                                weights_input->GetInputValue(&weight, gauss,resp);
     4151                                for(i=0;i<NUMVERTICES;i++) grade_g[i]+= (thicknessobs-thickness)*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     4152                                break;
     4153                        case ThicknessAbsGradientEnum:
     4154                                weights_input->GetInputValue(&weight, gauss,resp);
     4155                                for(i=0;i<NUMVERTICES;i++) grade_g[i]+= - weight*dH[0]*dbasis[0][i]*Jdet*gauss->weight;
     4156                                for(i=0;i<NUMVERTICES;i++) grade_g[i]+= - weight*dH[1]*dbasis[1][i]*Jdet*gauss->weight;
     4157                                break;
     4158                        case ThicknessAlongGradientEnum:
     4159                                weights_input->GetInputValue(&weight, gauss,resp);
     4160                                vx_input->GetInputValue(&vx,gauss);
     4161                                vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
     4162                                vel = sqrt(vx*vx+vy*vy);
     4163                                vx  = vx/(vel+1.e-9);
     4164                                vy  = vy/(vel+1.e-9);
     4165                                for(i=0;i<NUMVERTICES;i++) grade_g[i]+= - weight*(dH[0]*vx+dH[1]*vy)*(dbasis[0][i]*vx+dbasis[1][i]*vy)*Jdet*gauss->weight;
     4166                                break;
     4167                        case ThicknessAcrossGradientEnum:
     4168                                weights_input->GetInputValue(&weight, gauss,resp);
     4169                                vx_input->GetInputValue(&vx,gauss);
     4170                                vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
     4171                                vel = sqrt(vx*vx+vy*vy);
     4172                                vx  = vx/(vel+1.e-9);
     4173                                vy  = vy/(vel+1.e-9);
     4174                                for(i=0;i<NUMVERTICES;i++) grade_g[i]+= - weight*(dH[0]*(-vy)+dH[1]*vx)*(dbasis[0][i]*(-vy)+dbasis[1][i]*vx)*Jdet*gauss->weight;
     4175                                break;
     4176                        case BalancethicknessMisfitEnum:
     4177                                weights_input->GetInputValue(&weight, gauss,resp);
     4178                                surface_mass_balance_input->GetInputValue(&surface_mass_balance,gauss);
     4179                                basal_melting_input->GetInputValue(&basal_melting,gauss);
     4180                                dhdt_input->GetInputValue(&dhdt,gauss);
     4181                                vx_input->GetInputValue(&vx,gauss);
     4182                                vx_input->GetInputDerivativeValue(&dvx[0],&xyz_list[0][0],gauss);
     4183                                vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
     4184                                vy_input->GetInputDerivativeValue(&dvy[0],&xyz_list[0][0],gauss);
     4185                                for(i=0;i<NUMVERTICES;i++){
     4186                                        grade_g[i]+= - weight*Jdet*gauss->weight*(
     4187                                                                (vx*dH[0]+vy*dH[1] + thickness*(dvx[0]+dvy[1]))*(vx*dbasis[0][i]+ vy*dbasis[1][i] + basis[i]*(dvx[0]+dvy[1]))
     4188                                                                -(surface_mass_balance-basal_melting-dhdt)*(vx*dbasis[0][i]+ vy*dbasis[1][i] + basis[i]*(dvx[0]+dvy[1]))
     4189                                                                );
     4190                                }
     4191                                break;
     4192                        default:
     4193                                _error_("response " << EnumToStringx(responses[resp]) << " not supported yet");
     4194                }
     4195        }
     4196
     4197
     4198        gradient->SetValues(NUMVERTICES,vertexpidlist,grade_g,ADD_VAL);
     4199
     4200        /*Clean up and return*/
     4201        delete gauss;
     4202        xDelete<int>(responses);
    40444203}
    40454204/*}}}*/

  • issm/trunk/src/c/classes/objects/Elements/Tria.h

    r13975 r14310  
    153153                void   GradjVxBalancedthickness(Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
    154154                void   GradjVyBalancedthickness(Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
     155                void   GradjThicknessWeakBalancedthickness(Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
    155156                void   GetVectorFromControlInputs(Vector<IssmDouble>* gradient,int control_enum,int control_index,const char* data);
    156157                void   SetControlInputsFromVector(IssmDouble* vector,int control_enum,int control_index);
    … …  
    164165                IssmDouble ThicknessAlongGradient( bool process_units,int weight_index);
    165166                IssmDouble ThicknessAcrossGradient(bool process_units,int weight_index);
     167                IssmDouble BalancethicknessMisfit(     bool process_units,int weight_index);
    166168                IssmDouble SurfaceRelVelMisfit(    bool process_units,int weight_index);
    167169                IssmDouble SurfaceLogVelMisfit(    bool process_units,int weight_index);

  • issm/trunk/src/c/classes/objects/KML/KML_LineString.cpp

    r13395 r14310  
    197197        x  =xNew<IssmDouble>(ncoord);
    198198        y  =xNew<IssmDouble>(ncoord);
    199         Ll2xyx(x,y,lat,lon,ncoord,sgn,cm,sp);
     199        if (sgn) {
     200                Ll2xyx(x,y,lat,lon,ncoord,sgn,cm,sp);
     201        }
     202        else {
     203                memcpy(x,lon,ncoord*sizeof(IssmDouble));
     204                memcpy(y,lat,ncoord*sizeof(IssmDouble));
     205        }
    200206
    201207/*  write header  */

  • issm/trunk/src/c/classes/objects/KML/KML_LinearRing.cpp

    r13395 r14310  
    186186        x  =xNew<IssmDouble>(ncoord);
    187187        y  =xNew<IssmDouble>(ncoord);
    188         Ll2xyx(x,y,lat,lon,ncoord,sgn,cm,sp);
     188        if (sgn) {
     189                Ll2xyx(x,y,lat,lon,ncoord,sgn,cm,sp);
     190        }
     191        else {
     192                memcpy(x,lon,ncoord*sizeof(IssmDouble));
     193                memcpy(y,lat,ncoord*sizeof(IssmDouble));
     194        }
    189195
    190196/*  write header  */

  • issm/trunk/src/c/classes/objects/KML/KML_Point.cpp

    r13395 r14310  
    166166/*  convert latitude and longitude to x and y  */
    167167
    168         Ll2xyx(&x,&y,&lat,&lon,1,sgn,cm,sp);
     168        if (sgn) {
     169                Ll2xyx(&x,&y,&lat,&lon,1,sgn,cm,sp);
     170        }
     171        else {
     172                memcpy(&x,&lon,1*sizeof(IssmDouble));
     173                memcpy(&y,&lat,1*sizeof(IssmDouble));
     174        }
    169175
    170176/*  write header  */

  • issm/trunk/src/c/classes/objects/Vertex.cpp

    r13975 r14310  
    194194}
    195195/*}}}*/
     196/*FUNCTION Vertex::ToXYZ {{{*/
     197void  Vertex::ToXYZ(Matrix<IssmDouble>* matrix){
     198
     199        IssmDouble xyz[3];
     200        int        indices[3];
     201       
     202        if (this->clone==true) return;
     203
     204        xyz[0]=x;
     205        xyz[1]=y;
     206        xyz[2]=z;
     207        indices[0]=0;
     208        indices[1]=1;
     209        indices[2]=2;
     210
     211        matrix->SetValues(1,&sid,3,&indices[0],&xyz[0],INS_VAL);
     212}
     213/*}}}*/

  • issm/trunk/src/c/classes/objects/Vertex.h

    r13975 r14310  
    1313#include "../../include/include.h"
    1414template <class doubletype> class Vector;
     15template <class doubletype> class Matrix;
    1516class Parameters;
    1617class IoModel;
    … …  
    5354                void  UpdateClonePids(int* allborderpids);
    5455                void  SetClone(int* minranks);
     56                void  ToXYZ(Matrix<IssmDouble>* matrix);
    5557};
    5658#endif  /* _VERTEX_H */

  • issm/trunk/src/c/include/globals.h

    r13975 r14310  
    1010
    1111COMM IssmComm::comm;
     12bool IssmComm::parallel;
    1213
    1314#endif

  • issm/trunk/src/c/io/PrintfFunction.cpp

    r13975 r14310  
    88#include "../shared/shared.h"
    99#include "../include/include.h"
     10
     11#ifdef _HAVE_ANDROID_NDK_
     12#include <android/log.h>
     13#endif
    1014
    1115int PrintfFunction(const char* format,...){
    … …  
    5862
    5963        if(my_rank==0){
     64                #ifdef _HAVE_ANDROID_JNI_
     65                __android_log_print(ANDROID_LOG_INFO, "Native",message.c_str());
     66                #else
    6067                printf("%s\n",message.c_str());
     68                #endif
    6169        }
    6270        return 1;

  • issm/trunk/src/c/modules/EnumToStringx/EnumToStringx.cpp

    r13975 r14310  
    201201                case SurfaceforcingsIssmbgradientsEnum : return "SurfaceforcingsIssmbgradients";
    202202                case SurfaceforcingsMonthlytemperaturesEnum : return "SurfaceforcingsMonthlytemperatures";
    203                 case SurfaceforcingsHcEnum : return "SurfaceforcingsHc";
    204203                case SurfaceforcingsHrefEnum : return "SurfaceforcingsHref";
    205204                case SurfaceforcingsSmbrefEnum : return "SurfaceforcingsSmbref";
    206                 case SurfaceforcingsSmbPosMaxEnum : return "SurfaceforcingsSmbPosMax";
    207                 case SurfaceforcingsSmbPosMinEnum : return "SurfaceforcingsSmbPosMin";
    208                 case SurfaceforcingsAPosEnum : return "SurfaceforcingsAPos";
    209205                case SurfaceforcingsBPosEnum : return "SurfaceforcingsBPos";
    210                 case SurfaceforcingsANegEnum : return "SurfaceforcingsANeg";
    211206                case SurfaceforcingsBNegEnum : return "SurfaceforcingsBNeg";
    212207                case ThermalMaxiterEnum : return "ThermalMaxiter";
    … …  
    238233                case BalancethicknessAnalysisEnum : return "BalancethicknessAnalysis";
    239234                case BalancethicknessSolutionEnum : return "BalancethicknessSolution";
     235                case WeakBalancethicknessAnalysisEnum : return "WeakBalancethicknessAnalysis";
     236                case WeakBalancethicknessSolutionEnum : return "WeakBalancethicknessSolution";
    240237                case BedSlopeAnalysisEnum : return "BedSlopeAnalysis";
    241238                case BedSlopeSolutionEnum : return "BedSlopeSolution";
    … …  
    346343                case AdjointyEnum : return "Adjointy";
    347344                case AdjointzEnum : return "Adjointz";
     345                case BalancethicknessMisfitEnum : return "BalancethicknessMisfit";
    348346                case BedSlopeXEnum : return "BedSlopeX";
    349347                case BedSlopeYEnum : return "BedSlopeY";
    … …  
    373371                case QmuSurfaceEnum : return "QmuSurface";
    374372                case QmuMeltingEnum : return "QmuMelting";
     373                case AndroidFrictionCoefficientEnum : return "AndroidFrictionCoefficient";
    375374                case ResetPenaltiesEnum : return "ResetPenalties";
    376375                case SegmentOnIceShelfEnum : return "SegmentOnIceShelf";
    … …  
    416415                case DragCoefficientAbsGradientEnum : return "DragCoefficientAbsGradient";
    417416                case TransientInputEnum : return "TransientInput";
    418                 case OutputfilenameEnum : return "Outputfilename";
    419417                case WaterfractionEnum : return "Waterfraction";
    420418                case WatercolumnEnum : return "Watercolumn";

  • issm/trunk/src/c/modules/Krigingx/Krigingx.cpp

    r14067 r14310  
    5757        else if(strcmp(output,"variomap")==0){
    5858                observations->Variomap(predictions,x_interp,n_interp);
     59        }
     60        else if(strcmp(output,"distance")==0){
     61                /*initialize thread parameters: */
     62                gate.n_interp     = n_interp;
     63                gate.x_interp     = x_interp;
     64                gate.y_interp     = y_interp;
     65                gate.radius       = radius;
     66                gate.mindata      = mindata;
     67                gate.maxdata      = maxdata;
     68                gate.variogram    = variogram;
     69                gate.observations = observations;
     70                gate.predictions  = predictions;
     71                gate.error        = error;
     72                gate.numdone      = xNewZeroInit<int>(num);
     73
     74                /*launch the thread manager with Krigingxt as a core: */
     75                LaunchThread(Distancest,(void*)&gate,num);
     76                xDelete<int>(gate.numdone);
    5977        }
    6078        else if(strcmp(output,"delaunay")==0){
    … …  
    360378        return NULL;
    361379}/*}}}*/
     380/*FUNCTION Distancest{{{*/
     381void* Distancest(void* vpthread_handle){
     382
     383        /*gate variables :*/
     384        KrigingxThreadStruct *gate        = NULL;
     385        pthread_handle       *handle      = NULL;
     386        int my_thread;
     387        int num_threads;
     388        int i0,i1;
     389
     390        /*recover handle and gate: */
     391        handle      = (pthread_handle*)vpthread_handle;
     392        gate        = (KrigingxThreadStruct*)handle->gate;
     393        my_thread   = handle->id;
     394        num_threads = handle->num;
     395
     396        /*recover parameters :*/
     397        int           n_interp     = gate->n_interp;
     398        double       *x_interp     = gate->x_interp;
     399        double       *y_interp     = gate->y_interp;
     400        double        radius       = gate->radius;
     401        int           mindata      = gate->mindata;
     402        int           maxdata      = gate->maxdata;
     403        Variogram    *variogram    = gate->variogram;
     404        Observations *observations = gate->observations;
     405        double       *predictions  = gate->predictions;
     406        double       *error        = gate->error;
     407        int          *numdone      = gate->numdone;
     408
     409        /*partition loop across threads: */
     410        PartitionRange(&i0,&i1,n_interp,num_threads,my_thread);
     411        observations->Distances(&predictions[i0],&x_interp[i0],&y_interp[i0],i1-i0,radius);
     412        return NULL;
     413}/*}}}*/
    362414
    363415void ProcessVariogram(Variogram **pvariogram,Options* options){/*{{{*/

  • issm/trunk/src/c/modules/Krigingx/Krigingx.h

    r14067 r14310  
    3636void* idwt(void*);
    3737void* v4t(void*);
     38void* Distancest(void*);
    3839#endif /* _KRIGINGX_H */

  • issm/trunk/src/c/modules/MeshProfileIntersectionx/MeshProfileIntersectionx.cpp

    r13975 r14310  
    44#include "./MeshProfileIntersectionx.h"
    55
    6 void MeshProfileIntersectionx( double** psegments, int* pnumsegs, int* index, double* x, double* y, int nel, int nods,  Contour<IssmPDouble>** contours,int numcontours){
     6void MeshProfileIntersectionx(double** psegments, int* pnumsegs, int* index, double* x, double* y, int nel, int nods,  Contour<IssmPDouble>** contours,int numcontours){/*{{{*/
    77
    88        int i,j,k;
    … …  
    2020        /*intermediary: */
    2121        double** allsegments=NULL;
    22         double* segmentsi=NULL;
    23         int*    allnumsegs=NULL;
    24         int     numsegsi;
    25         int     count;
     22        double*  segmentsi=NULL;
     23        int*     allnumsegs=NULL;
     24        int      numsegsi;
     25        int      count;
    2626
    2727        /*Allocate: */
    … …  
    6969        *psegments=segments;
    7070        *pnumsegs=numsegs;
    71 }
     71}/*}}}*/
     72void MeshSegmentsIntersection(double** psegments, int* pnumsegs,int* index, double* x, double* y, int nel, int nods, double* xc, double* yc, int numnodes){/*{{{*/
     73
     74        int      i,j;
     75
     76        /*output: */
     77        double*  segments=NULL;
     78        Segment<double>* segment=NULL;
     79        int     numsegs;
     80
     81        /*intermediary: */
     82        DataSet* segments_dataset=NULL;
     83        double   xnodes[3];
     84        double   ynodes[3];
     85
     86        /*We don't know how many segments  we are going to get, so have a dynamic container: */
     87        segments_dataset=new DataSet();
     88
     89        /*Go through elements, and call ElementSegmentsIntersection routine: */
     90        for(i=0;i<nel;i++){
     91                for(j=0;j<3;j++){
     92                        xnodes[j]=x[*(index+3*i+j)];
     93                        ynodes[j]=y[*(index+3*i+j)];
     94                }
     95                ElementSegmentsIntersection(segments_dataset,i,xnodes,ynodes,xc,yc,numnodes);
     96        }
     97
     98        /*Using the segments_dataset dataset, create segments: */
     99        numsegs=segments_dataset->Size();
     100        segments=xNew<double>(5*numsegs);
     101        for(i=0;i<numsegs;i++){
     102                Segment<double>* segment=(Segment<double>*)segments_dataset->GetObjectByOffset(i);
     103
     104                /*x1,y1,x2,y2 then element_id: */
     105                segments[5*i+0]=segment->x1;
     106                segments[5*i+1]=segment->y1;
     107                segments[5*i+2]=segment->x2;
     108                segments[5*i+3]=segment->y2;
     109                segments[5*i+4]=(double)segment->eid;
     110        }
     111
     112        /*Free ressources:*/
     113        delete segments_dataset;
     114
     115        /*Assign output pointers:*/
     116        *psegments=segments;
     117        *pnumsegs=numsegs;
     118}/*}}}*/
     119
     120/*Utilities*/
     121void ElementSegmentsIntersection(DataSet* segments_dataset,int el, double* xnodes,double* ynodes,double* xc,double* yc,int numnodes){/*{{{*/
     122
     123        double xsegment[2];
     124        double ysegment[2];
     125
     126        /*Loop through contour: */
     127        for(int i=0;i<numnodes-1;i++){
     128                xsegment[0]=xc[i];
     129                xsegment[1]=xc[i+1];
     130                ysegment[0]=yc[i];
     131                ysegment[1]=yc[i+1];
     132                ElementSegment(segments_dataset,el, xnodes,ynodes,xsegment,ysegment);
     133        }
     134}/*}}}*/
     135void ElementSegment(DataSet* segments_dataset,int el,double* xnodes,double* ynodes,double* xsegment,double* ysegment){/*{{{*/
     136
     137        /*We have a tria element (xnodes,ynodes) and a segment (xsegment,ysegment). Find whether they intersect.
     138         * If they do, create a Segment object with the intersection, and add to segments_dataset dataset: */
     139
     140        double alpha1,alpha2;
     141        double beta1,beta2;
     142        double gamma1,gamma2;
     143
     144        int    edge1,edge2,edge3;
     145
     146        double xel[2],yel[2];
     147        double coord1,coord2;
     148        double xfinal[2],yfinal[2];
     149
     150        /*edge 1: */
     151        xel[0]=xnodes[0];  yel[0]=ynodes[0]; xel[1]=xnodes[1];  yel[1]=ynodes[1];
     152        edge1=SegmentIntersect(&alpha1,&alpha2, xel,yel,xsegment,ysegment); //alpha1: segment coordinate of intersection. alpha2: same thing for second interesection if it exists (colinear edges)
     153
     154        /*edge 2: */
     155        xel[0]=xnodes[1];  yel[0]=ynodes[1]; xel[1]=xnodes[2];  yel[1]=ynodes[2];
     156        edge2=SegmentIntersect(&beta1,&beta2, xel,yel,xsegment,ysegment);
     157
     158        /*edge 3: */
     159        xel[0]=xnodes[2];  yel[0]=ynodes[2]; xel[1]=xnodes[0];  yel[1]=ynodes[0];
     160        edge3=SegmentIntersect(&gamma1,&gamma2, xel,yel,xsegment,ysegment);
     161
     162        /*edge can be either IntersectEnum (one iand only one intersection between the edge and the segment), ColinearEnum (edge and segment are collinear) and SeparateEnum (no intersection): */
     163
     164        if(    (edge1==IntersectEnum) && (edge2==IntersectEnum) && (edge3==IntersectEnum)   ){
     165                /*This case is impossible: */
     166                _error_("error: a line cannot go through 3 different vertices!");
     167        }
     168        else if(    ((edge1==IntersectEnum) && (edge2==IntersectEnum)) || ((edge2==IntersectEnum) && (edge3==IntersectEnum)) || ((edge3==IntersectEnum) && (edge1==IntersectEnum))   ){
     169
     170                /*segment interscts 2 opposite edges of our triangle, at 2 segment coordinates, pick up the lowest (coord1) and highest (coord2): */
     171                if((edge1==IntersectEnum) && (edge2==IntersectEnum)) {coord1=min(alpha1,beta1); coord2=max(alpha1,beta1);}
     172                if((edge2==IntersectEnum) && (edge3==IntersectEnum)) {coord1=min(beta1,gamma1); coord2=max(beta1,gamma1);}
     173                if((edge3==IntersectEnum) && (edge1==IntersectEnum)) {coord1=min(gamma1,alpha1); coord2=max(gamma1,alpha1);}
     174
     175                /*check this segment did not intersect at a vertex of the tria: */
     176                if(coord1!=coord2){
     177
     178                        xfinal[0]=xsegment[0]+coord1*(xsegment[1]-xsegment[0]);
     179                        xfinal[1]=xsegment[0]+coord2*(xsegment[1]-xsegment[0]);
     180                        yfinal[0]=ysegment[0]+coord1*(ysegment[1]-ysegment[0]);
     181                        yfinal[1]=ysegment[0]+coord2*(ysegment[1]-ysegment[0]);
     182
     183                        segments_dataset->AddObject(new  Segment<double>(el+1,xfinal[0],yfinal[0],xfinal[1],yfinal[1]));
     184                }
     185                else{
     186                        /*the segment intersected at the vertex, do not bother with this "0" length segment!:*/
     187                }
     188        }
     189        else if(  (edge1==IntersectEnum) || (edge2==IntersectEnum) || (edge3==IntersectEnum)   ){
     190
     191                /*segment intersect only 1 edge. Figure out where the first point in the segment is, inside or outside the element,
     192                 * this will decide the coordinate: */
     193                if (NodeInElement(xnodes,ynodes,xsegment[0],ysegment[0])){
     194                        coord1=0;
     195                        if(edge1==IntersectEnum){coord2=alpha1;}
     196                        if(edge2==IntersectEnum){coord2=beta1;}
     197                        if(edge3==IntersectEnum){coord2=gamma1;}
     198                }
     199                else{
     200                        if(edge1==IntersectEnum){coord1=alpha1;}
     201                        if(edge2==IntersectEnum){coord1=beta1;}
     202                        if(edge3==IntersectEnum){coord1=gamma1;}
     203                        coord2=1.0;
     204                }
     205
     206                xfinal[0]=xsegment[0]+coord1*(xsegment[1]-xsegment[0]);
     207                xfinal[1]=xsegment[0]+coord2*(xsegment[1]-xsegment[0]);
     208                yfinal[0]=ysegment[0]+coord1*(ysegment[1]-ysegment[0]);
     209                yfinal[1]=ysegment[0]+coord2*(ysegment[1]-ysegment[0]);
     210
     211                segments_dataset->AddObject(new  Segment<double>(el+1,xfinal[0],yfinal[0],xfinal[1],yfinal[1]));
     212        }
     213        else{
     214                /*No interesections, but the segment might be entirely inside this triangle!: */
     215                if ( (NodeInElement(xnodes,ynodes,xsegment[0],ysegment[0])) && (NodeInElement(xnodes,ynodes,xsegment[1],ysegment[1])) ){
     216                        segments_dataset->AddObject(new  Segment<double>(el+1,xsegment[0],ysegment[0],xsegment[1],ysegment[1]));
     217                }
     218        }
     219}/*}}}*/
     220bool NodeInElement(double* xnodes, double* ynodes, double x, double y){/*{{{*/
     221
     222        double x1,y1;
     223        double x2,y2;
     224        double x3,y3;
     225        double lambda1,lambda2,lambda3;
     226        double det;
     227
     228        x1=xnodes[0];
     229        x2=xnodes[1];
     230        x3=xnodes[2];
     231        y1=ynodes[0];
     232        y2=ynodes[1];
     233        y3=ynodes[2];
     234
     235        /*compute determinant: */
     236        det=x1*y2-x1*y3-x3*y2-x2*y1+x2*y3+x3*y1;
     237
     238        /*area coordinates: */
     239        lambda1=((y2-y3)*(x-x3)+(x3-x2)*(y-y3))/det;
     240        lambda2=((y3-y1)*(x-x3)+(x1-x3)*(y-y3))/det;
     241        lambda3=1-lambda1-lambda2;
     242
     243        if( ((lambda1<=1) && (lambda1>=0)) && ((lambda2<=1) && (lambda2>=0)) && ((lambda3<=1) && (lambda3>=0))  )return true;
     244        else return false;
     245
     246}/*}}}*/
     247int SegmentIntersect(double* palpha, double* pbeta, double* x1, double* y1, double* x2, double* y2){/*{{{*/
     248
     249        /*See ISSM_DIR/src/m/utils/Geometry/SegIntersect.m for matlab routine from which we take this routine: */
     250
     251        /*output: */
     252        double alpha=-1;
     253        double beta=-1;
     254
     255        double xA,xB,xC,xD,yA,yB,yC,yD;
     256        double O2A[2],O2B[2],O1C[2],O1D[2];
     257        double n1[2],n2[2];
     258        double test1, test2, test3, test4;
     259        double det;
     260        double O2O1[2];
     261        double pO1A,pO1B,pO1C,pO1D;
     262
     263        xA=x1[0]; yA=y1[0];
     264        xB=x1[1]; yB=y1[1];
     265        xC=x2[0]; yC=y2[0];
     266        xD=x2[1]; yD=y2[1];
     267
     268        O2A[0]=xA -(xD/2+xC/2); O2A[1]=yA -(yD/2+yC/2);
     269        O2B[0]=xB -(xD/2+xC/2); O2B[1]=yB -(yD/2+yC/2);
     270        O1C[0]=xC -(xA/2+xB/2); O1C[1]=yC -(yA/2+yB/2);
     271        O1D[0]=xD -(xA/2+xB/2); O1D[1]=yD -(yA/2+yB/2);
     272
     273        n1[0]=yA-yB; n1[1]=xB-xA;  //normal vector to segA
     274        n2[0]=yC-yD; n2[1]=xD-xC;  //normal vector to segB
     275
     276        test1=n2[0]*O2A[0]+n2[1]*O2A[1];
     277        test2=n2[0]*O2B[0]+n2[1]*O2B[1];
     278
     279        if (test1*test2>0){
     280                return SeparateEnum;
     281        }
     282
     283        test3=n1[0]*O1C[0]+n1[1]*O1C[1];
     284        test4=n1[0]*O1D[0]+n1[1]*O1D[1];
     285
     286        if (test3*test4>0){
     287                return SeparateEnum;
     288        }
     289
     290        /*If colinear: */
     291        det=n1[0]*n2[1]-n2[0]*n1[1];
     292
     293        if(test1*test2==0 && test3*test4==0 && det==0){
     294
     295                //projection on the axis O1O2
     296                O2O1[0]=(xA/2+xB/2)-(xD/2+xC/2);
     297                O2O1[1]=(yA/2+yB/2)-(yD/2+yC/2);
     298
     299                pO1A=O2O1[0]*(O2A[0]-O2O1[0])+O2O1[1]*(O2A[1]-O2O1[1]);
     300                pO1B=O2O1[0]*(O2B[0]-O2O1[0])+O2O1[1]*(O2B[1]-O2O1[1]);
     301                pO1C=O2O1[0]*O1C[0]+O2O1[1]*O1C[1];
     302                pO1D=O2O1[0]*O1D[0]+O2O1[1]*O1D[1];
     303
     304                //test if one point is included in the other segment (->intersects=true)
     305                if ((pO1C-pO1A)*(pO1D-pO1A)<0){
     306                        alpha=0; beta=0;
     307                        *palpha=alpha;*pbeta=beta;
     308                        return ColinearEnum;
     309                }
     310                if ((pO1C-pO1B)*(pO1D-pO1B)<0){
     311                        alpha=0; beta=0;
     312                        *palpha=alpha;*pbeta=beta;
     313                        return ColinearEnum;
     314                }
     315                if ((pO1A-pO1C)*(pO1B-pO1C)<0){
     316                        alpha=0; beta=0;
     317                        *palpha=alpha;*pbeta=beta;
     318                        return ColinearEnum;
     319                }
     320                if ((pO1A-pO1D)*(pO1B-pO1D)<0){
     321                        alpha=0; beta=0;
     322                        *palpha=alpha;*pbeta=beta;
     323                        return ColinearEnum;
     324                }
     325
     326                //test if the 2 segments have the same middle (->intersects=true)
     327                if (O2O1==0){
     328                        alpha=0; beta=0;
     329                        *palpha=alpha;*pbeta=beta;
     330                        return ColinearEnum;
     331                }
     332
     333                //if we are here, both segments are colinear, but do not interset:
     334                alpha=-1; beta=-1;
     335                *palpha=alpha;*pbeta=beta;
     336                return SeparateEnum;
     337        }
     338
     339        /*if we are here, both segments intersect. Determine where in the segment coordinate
     340         * system: */
     341        beta=-1;
     342        alpha=-(xA*yB-xC*yB+yC*xB-yC*xA+xC*yA-yA*xB)/(-xD*yB+xD*yA+xC*yB-xC*yA-yD*xA+yD*xB+yC*xA-yC*xB); //from intersect.m in formal calculus
     343
     344        *palpha=alpha;*pbeta=beta;
     345        return IntersectEnum;
     346}/*}}}*/

  • issm/trunk/src/c/modules/MeshProfileIntersectionx/MeshProfileIntersectionx.h

    r13975 r14310  
    1010
    1111/* local prototypes: */
    12 void MeshProfileIntersectionx( double** psegments, int* pnumseg, int* index, double* x, double* y, int nel, int nods,  Contour<IssmPDouble>** contours,int numcontours);
     12void MeshProfileIntersectionx(double** psegments, int* pnumseg, int* index, double* x, double* y, int nel, int nods,  Contour<IssmPDouble>** contours,int numcontours);
    1313void MeshSegmentsIntersection(double** psegments, int* pnumsegs,int* index, double* x, double* y, int nel, int nods, double* xc, double* yc, int numnodes);
    1414void ElementSegmentsIntersection(DataSet* segments_dataset,int el, double* xnodes,double* ynodes,double* xc,double* yc,int numnodes);

  • issm/trunk/src/c/modules/ModelProcessorx/Control/CreateParametersControl.cpp

    r13975 r14310  
    1515
    1616        Parameters *parameters       = NULL;
    17         bool        control_analysis;
     17        bool        control_analysis,tao_analysis;
    1818        int         nsteps;
    1919        int         num_control_type;
    … …  
    3030        /*retrieve some parameters: */
    3131        iomodel->Constant(&control_analysis,InversionIscontrolEnum);
     32        iomodel->Constant(&tao_analysis,InversionTaoEnum);
    3233
    3334        if(control_analysis){
    … …  
    3738                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(InversionNumCostFunctionsEnum));
    3839                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(InversionNstepsEnum));
    39                 parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(InversionCostFunctionThresholdEnum));
    40                 parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(InversionGradientOnlyEnum));
    4140                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(InversionIncompleteAdjointEnum));
     41                if(!tao_analysis){
     42                        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(InversionCostFunctionThresholdEnum));
     43                        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(InversionGradientOnlyEnum));
     44                }
    4245
    4346                /*What solution type?*/
    … …  
    5255                iomodel->FetchData(&control_type,NULL,&num_control_type,InversionControlParametersEnum);
    5356                iomodel->FetchData(&cm_responses,&nsteps,&num_cm_responses,InversionCostFunctionsEnum);
    54                 iomodel->FetchData(&cm_jump,&nsteps,NULL,InversionStepThresholdEnum);
    55                 iomodel->FetchData(&optscal,NULL,NULL,InversionGradientScalingEnum);
    56                 iomodel->FetchData(&maxiter,NULL,NULL,InversionMaxiterPerStepEnum);
     57                if(!tao_analysis){
     58                        iomodel->FetchData(&cm_jump,&nsteps,NULL,InversionStepThresholdEnum);
     59                        iomodel->FetchData(&optscal,NULL,NULL,InversionGradientScalingEnum);
     60                        iomodel->FetchData(&maxiter,NULL,NULL,InversionMaxiterPerStepEnum);
     61                }
    5762
    58                 parameters->AddObject(new IntVecParam(InversionControlParametersEnum,control_type,num_control_type));
    59                 parameters->AddObject(new DoubleMatParam(InversionGradientScalingEnum,optscal,nsteps,num_control_type));
    60                 parameters->AddObject(new DoubleMatParam(InversionCostFunctionsEnum,cm_responses,nsteps,num_cm_responses));
    61                 parameters->AddObject(new DoubleVecParam(InversionStepThresholdEnum,cm_jump,nsteps));
    62                 parameters->AddObject(new DoubleVecParam(InversionMaxiterPerStepEnum,maxiter,nsteps));
     63                if(tao_analysis){
     64                        parameters->AddObject(new IntVecParam(InversionControlParametersEnum,control_type,num_control_type));
     65                        parameters->AddObject(new DoubleVecParam(InversionCostFunctionsEnum,cm_responses,num_cm_responses));
     66                }
     67                else{
     68                        parameters->AddObject(new IntVecParam(InversionControlParametersEnum,control_type,num_control_type));
     69                        parameters->AddObject(new DoubleMatParam(InversionGradientScalingEnum,optscal,nsteps,num_control_type));
     70                        parameters->AddObject(new DoubleMatParam(InversionCostFunctionsEnum,cm_responses,nsteps,num_cm_responses));
     71                        parameters->AddObject(new DoubleVecParam(InversionStepThresholdEnum,cm_jump,nsteps));
     72                        parameters->AddObject(new DoubleVecParam(InversionMaxiterPerStepEnum,maxiter,nsteps));
     73                }
    6374
    6475                xDelete<int>(control_type);

  • issm/trunk/src/c/modules/ModelProcessorx/Control/UpdateElementsAndMaterialsControl.cpp

    r13975 r14310  
    4545                        case VxEnum:   iomodel->FetchData(1,VxEnum); break;
    4646                        case VyEnum:   iomodel->FetchData(1,VyEnum); break;
    47                         case FrictionCoefficientEnum: iomodel->FetchData(1,FrictionCoefficientEnum); break;
    48                         case MaterialsRheologyBbarEnum:    iomodel->FetchData(1,MaterialsRheologyBEnum); break;
    49                         case MaterialsRheologyZbarEnum:    iomodel->FetchData(1,MaterialsRheologyZEnum); break;
     47                        case ThicknessEnum:             iomodel->FetchData(1,ThicknessEnum); break;
     48                        case FrictionCoefficientEnum:   iomodel->FetchData(1,FrictionCoefficientEnum); break;
     49                        case MaterialsRheologyBbarEnum: iomodel->FetchData(1,MaterialsRheologyBEnum); break;
     50                        case MaterialsRheologyZbarEnum: iomodel->FetchData(1,MaterialsRheologyZEnum); break;
    5051                        default: _error_("Control " << EnumToStringx(reCast<int,IssmDouble>(iomodel->Data(InversionControlParametersEnum)[i])) << " not implemented yet");
    5152                }

  • issm/trunk/src/c/modules/ModelProcessorx/DiagnosticHoriz/UpdateElementsDiagnosticHoriz.cpp

    r13975 r14310  
    22 * UpdateElementsDiagnosticHoriz:
    33 */
     4#ifdef HAVE_CONFIG_H
     5        #include <config.h>
     6#else
     7#error "Cannot compile with HAVE_CONFIG_H symbol! run configure first!"
     8#endif
    49
    510#include "../../../Container/Container.h"
    … …  
    8590        elements->InputDuplicate(VxEnum,InversionVxObsEnum);
    8691        if(dakota_analysis)elements->InputDuplicate(VxEnum,QmuVxEnum);
     92       
     93        #ifdef _HAVE_ANDROID_
     94        elements->InputDuplicate(FrictionCoefficientEnum,AndroidFrictionCoefficientEnum);
     95        #endif
    8796
    8897        elements->InputDuplicate(VyEnum,VyPicardEnum);

  • issm/trunk/src/c/modules/ModelProcessorx/Prognostic/UpdateElementsPrognostic.cpp

    r13975 r14310  
    7272        }
    7373        if(issmbgradients){
    74                 iomodel->FetchDataToInput(elements,SurfaceforcingsHcEnum);
    7574                iomodel->FetchDataToInput(elements,SurfaceforcingsHrefEnum);
    7675                iomodel->FetchDataToInput(elements,SurfaceforcingsSmbrefEnum);
    77                 iomodel->FetchDataToInput(elements,SurfaceforcingsSmbPosMaxEnum);
    78                 iomodel->FetchDataToInput(elements,SurfaceforcingsSmbPosMinEnum);
    79                 iomodel->FetchDataToInput(elements,SurfaceforcingsAPosEnum);
    8076                iomodel->FetchDataToInput(elements,SurfaceforcingsBPosEnum);
    81                 iomodel->FetchDataToInput(elements,SurfaceforcingsANegEnum);
    8277                iomodel->FetchDataToInput(elements,SurfaceforcingsBNegEnum);
    8378        }

  • issm/trunk/src/c/modules/NodeConnectivityx/NodeConnectivityx.cpp

    r14067 r14310  
    2121
    2222        int i,j,n;
    23         const int maxels=25;
     23        const int maxels=50;
    2424        const int width=maxels+1;
    2525

  • issm/trunk/src/c/modules/OutputResultsx/OutputResultsx.cpp

    r13975 r14310  
    5656
    5757                /*We don't have a file pointer. Retrieve the output file name and open it for writing:*/
    58                 parameters->FindParam(&outputfilename,OutputfilenameEnum);
     58                parameters->FindParam(&outputfilename,OutputFileNameEnum);
    5959
    6060                /*What strategy? : */

  • issm/trunk/src/c/modules/StringToEnumx/StringToEnumx.cpp

    r13975 r14310  
    205205              else if (strcmp(name,"SurfaceforcingsIssmbgradients")==0) return SurfaceforcingsIssmbgradientsEnum;
    206206              else if (strcmp(name,"SurfaceforcingsMonthlytemperatures")==0) return SurfaceforcingsMonthlytemperaturesEnum;
    207               else if (strcmp(name,"SurfaceforcingsHc")==0) return SurfaceforcingsHcEnum;
    208207              else if (strcmp(name,"SurfaceforcingsHref")==0) return SurfaceforcingsHrefEnum;
    209208              else if (strcmp(name,"SurfaceforcingsSmbref")==0) return SurfaceforcingsSmbrefEnum;
    210               else if (strcmp(name,"SurfaceforcingsSmbPosMax")==0) return SurfaceforcingsSmbPosMaxEnum;
    211               else if (strcmp(name,"SurfaceforcingsSmbPosMin")==0) return SurfaceforcingsSmbPosMinEnum;
    212               else if (strcmp(name,"SurfaceforcingsAPos")==0) return SurfaceforcingsAPosEnum;
    213209              else if (strcmp(name,"SurfaceforcingsBPos")==0) return SurfaceforcingsBPosEnum;
    214               else if (strcmp(name,"SurfaceforcingsANeg")==0) return SurfaceforcingsANegEnum;
    215210              else if (strcmp(name,"SurfaceforcingsBNeg")==0) return SurfaceforcingsBNegEnum;
    216211              else if (strcmp(name,"ThermalMaxiter")==0) return ThermalMaxiterEnum;
    … …  
    242237              else if (strcmp(name,"BalancethicknessAnalysis")==0) return BalancethicknessAnalysisEnum;
    243238              else if (strcmp(name,"BalancethicknessSolution")==0) return BalancethicknessSolutionEnum;
     239              else if (strcmp(name,"WeakBalancethicknessAnalysis")==0) return WeakBalancethicknessAnalysisEnum;
     240              else if (strcmp(name,"WeakBalancethicknessSolution")==0) return WeakBalancethicknessSolutionEnum;
    244241              else if (strcmp(name,"BedSlopeAnalysis")==0) return BedSlopeAnalysisEnum;
    245242              else if (strcmp(name,"BedSlopeSolution")==0) return BedSlopeSolutionEnum;
    … …  
    261258              else if (strcmp(name,"PrognosticSolution")==0) return PrognosticSolutionEnum;
    262259              else if (strcmp(name,"SteadystateSolution")==0) return SteadystateSolutionEnum;
     260              else if (strcmp(name,"SurfaceSlopeAnalysis")==0) return SurfaceSlopeAnalysisEnum;
     261              else if (strcmp(name,"SurfaceSlopeSolution")==0) return SurfaceSlopeSolutionEnum;
     262              else if (strcmp(name,"SurfaceSlopeXAnalysis")==0) return SurfaceSlopeXAnalysisEnum;
    263263         else stage=3;
    264264   }
    265265   if(stage==3){
    266               if (strcmp(name,"SurfaceSlopeAnalysis")==0) return SurfaceSlopeAnalysisEnum;
    267               else if (strcmp(name,"SurfaceSlopeSolution")==0) return SurfaceSlopeSolutionEnum;
    268               else if (strcmp(name,"SurfaceSlopeXAnalysis")==0) return SurfaceSlopeXAnalysisEnum;
    269               else if (strcmp(name,"SurfaceSlopeYAnalysis")==0) return SurfaceSlopeYAnalysisEnum;
     266              if (strcmp(name,"SurfaceSlopeYAnalysis")==0) return SurfaceSlopeYAnalysisEnum;
    270267              else if (strcmp(name,"ThermalAnalysis")==0) return ThermalAnalysisEnum;
    271268              else if (strcmp(name,"ThermalSolution")==0) return ThermalSolutionEnum;
    … …  
    353350              else if (strcmp(name,"Adjointy")==0) return AdjointyEnum;
    354351              else if (strcmp(name,"Adjointz")==0) return AdjointzEnum;
     352              else if (strcmp(name,"BalancethicknessMisfit")==0) return BalancethicknessMisfitEnum;
    355353              else if (strcmp(name,"BedSlopeX")==0) return BedSlopeXEnum;
    356354              else if (strcmp(name,"BedSlopeY")==0) return BedSlopeYEnum;
    … …  
    380378              else if (strcmp(name,"QmuSurface")==0) return QmuSurfaceEnum;
    381379              else if (strcmp(name,"QmuMelting")==0) return QmuMeltingEnum;
     380              else if (strcmp(name,"AndroidFrictionCoefficient")==0) return AndroidFrictionCoefficientEnum;
    382381              else if (strcmp(name,"ResetPenalties")==0) return ResetPenaltiesEnum;
    383382              else if (strcmp(name,"SegmentOnIceShelf")==0) return SegmentOnIceShelfEnum;
    384383              else if (strcmp(name,"SurfaceAbsVelMisfit")==0) return SurfaceAbsVelMisfitEnum;
    385384              else if (strcmp(name,"SurfaceArea")==0) return SurfaceAreaEnum;
     385              else if (strcmp(name,"SurfaceAverageVelMisfit")==0) return SurfaceAverageVelMisfitEnum;
    386386         else stage=4;
    387387   }
    388388   if(stage==4){
    389               if (strcmp(name,"SurfaceAverageVelMisfit")==0) return SurfaceAverageVelMisfitEnum;
    390               else if (strcmp(name,"SurfaceLogVelMisfit")==0) return SurfaceLogVelMisfitEnum;
     389              if (strcmp(name,"SurfaceLogVelMisfit")==0) return SurfaceLogVelMisfitEnum;
    391390              else if (strcmp(name,"SurfaceLogVxVyMisfit")==0) return SurfaceLogVxVyMisfitEnum;
    392391              else if (strcmp(name,"SurfaceRelVelMisfit")==0) return SurfaceRelVelMisfitEnum;
    … …  
    426425              else if (strcmp(name,"DragCoefficientAbsGradient")==0) return DragCoefficientAbsGradientEnum;
    427426              else if (strcmp(name,"TransientInput")==0) return TransientInputEnum;
    428               else if (strcmp(name,"Outputfilename")==0) return OutputfilenameEnum;
    429427              else if (strcmp(name,"Waterfraction")==0) return WaterfractionEnum;
    430428              else if (strcmp(name,"Watercolumn")==0) return WatercolumnEnum;
    … …  
    507505              else if (strcmp(name,"QmuOutName")==0) return QmuOutNameEnum;
    508506              else if (strcmp(name,"Regular")==0) return RegularEnum;
     507              else if (strcmp(name,"Scaled")==0) return ScaledEnum;
     508              else if (strcmp(name,"Separate")==0) return SeparateEnum;
    509509         else stage=5;
    510510   }
    511511   if(stage==5){
    512               if (strcmp(name,"Scaled")==0) return ScaledEnum;
    513               else if (strcmp(name,"Separate")==0) return SeparateEnum;
    514               else if (strcmp(name,"Sset")==0) return SsetEnum;
     512              if (strcmp(name,"Sset")==0) return SsetEnum;
    515513              else if (strcmp(name,"Verbose")==0) return VerboseEnum;
    516514              else if (strcmp(name,"TriangleInterp")==0) return TriangleInterpEnum;

  • issm/trunk/src/c/modules/TriMeshProcessRiftsx/TriMeshProcessRiftsx.cpp

    r13634 r14310  
    99#include "../../toolkits/toolkits.h"
    1010
    11 void TriMeshProcessRiftsx(double** pindex, int* pnel,double** px,double** py,int* pnods,double** psegments,double** psegmentmarkers,int *pnum_seg,RiftStruct **priftstruct){
     11void TriMeshProcessRiftsx(int** pindex, int* pnel,double** px,double** py,int* pnods,int** psegments,int** psegmentmarkers,int *pnum_seg,RiftStruct **priftstruct){
    1212
    1313        /*Output*/
    1414        int      numrifts,numrifts0;
    1515        int     *riftsnumsegments     = NULL;
    16         double **riftssegments        = NULL;
     16        int    **riftssegments        = NULL;
    1717        int     *riftsnumpairs        = NULL;
    18         double **riftspairs           = NULL;
    19         double  *riftstips            = NULL;
     18        int    **riftspairs           = NULL;
     19        int     *riftstips            = NULL;
    2020        double **riftspenaltypairs    = NULL;
    2121        int     *riftsnumpenaltypairs = NULL;
    … …  
    2323        /*Recover initial mesh*/
    2424        int     nel            = *pnel;
    25         double *index          = *pindex;
     25        int    *index          = *pindex;
    2626        double *x              = *px;
    2727        double *y              = *py;
    2828        int     nods           = *pnods;
    29         double *segments       = *psegments;
    30         double *segmentmarkers = *psegmentmarkers;
     29        int    *segments       = *psegments;
     30        int    *segmentmarkers = *psegmentmarkers;
    3131        int     num_seg        = *pnum_seg;
    3232

  • issm/trunk/src/c/modules/TriMeshProcessRiftsx/TriMeshProcessRiftsx.h

    r13634 r14310  
    88class RiftStruct;
    99
    10 void TriMeshProcessRiftsx(double** pindex, int* pnel,double** px,double** py,int* pnods,double** psegments,double** psegmentmarkers,int *pnum_seg,RiftStruct **priftstruct);
     10void TriMeshProcessRiftsx(int** pindex,int* pnel,double** px,double** py,int* pnods,int** psegments,int** psegmentmarkers,int *pnum_seg,RiftStruct **priftstruct);
    1111
    1212#endif  /* _TRIMESHPROCESSRIFTX_H*/

  • issm/trunk/src/c/modules/TriMeshx/TriMeshx.cpp

    r13975 r14310  
    2222/*}}}*/
    2323
    24 void TriMeshx(SeqMat<IssmPDouble>** pindex,SeqVec<IssmPDouble>** px,SeqVec<IssmPDouble>** py,SeqMat<IssmPDouble>** psegments,SeqVec<IssmPDouble>** psegmentmarkerlist,DataSet* domain,DataSet* rifts,double area){
     24void TriMeshx(SeqMat<int>** pindex,SeqVec<IssmPDouble>** px,SeqVec<IssmPDouble>** py,SeqMat<int>** psegments,SeqVec<int>** psegmentmarkerlist,DataSet* domain,DataSet* rifts,double area){
    2525
    2626#if !defined(_HAVE_TRIANGLE_)
    … …  
    3131
    3232        /*output: */
    33         IssmPDouble         *index             = NULL;
    34         SeqMat<IssmPDouble> *index_matrix      = NULL;
    35         double              *x                 = NULL;
    36         double              *y                 = NULL;
    37         double              *segments          = NULL;
    38         SeqMat<IssmPDouble> *segments_matrix   = NULL;
    39         double              *segmentmarkerlist = NULL;
     33        int         *index             = NULL;
     34        SeqMat<int> *index_matrix      = NULL;
     35        double      *x                 = NULL;
     36        double      *y                 = NULL;
     37        int         *segments          = NULL;
     38        SeqMat<int> *segments_matrix   = NULL;
     39        int         *segmentmarkerlist = NULL;
    4040
    4141        /*intermediary: */
    … …  
    169169
    170170        /*Allocate index, x and y: */
    171         index=xNew<double>(3*out.numberoftriangles);
     171        index=xNew<int>(3*out.numberoftriangles);
    172172        x=xNew<double>(out.numberofpoints);
    173173        y=xNew<double>(out.numberofpoints);
    174         segments=xNew<double>(3*out.numberofsegments);
    175         segmentmarkerlist=xNew<double>(out.numberofsegments);
     174        segments=xNew<int>(3*out.numberofsegments);
     175        segmentmarkerlist=xNew<int>(out.numberofsegments);
    176176
    177177        for (i = 0; i< out.numberoftriangles; i++) {
    178178                for (j = 0; j < out.numberofcorners; j++) {
    179                         index[3*i+j]=(double)out.trianglelist[i*out.numberofcorners+j]+1;
     179                        index[3*i+j]=(int)out.trianglelist[i*out.numberofcorners+j]+1;
    180180                }
    181181        }
    182182        for (i = 0; i< out.numberofpoints; i++){
    183                 x[i]=out.pointlist[i*2+0];
    184                 y[i]=out.pointlist[i*2+1];
     183                x[i]=(double)out.pointlist[i*2+0];
     184                y[i]=(double)out.pointlist[i*2+1];
    185185        }
    186186        for (i = 0; i<out.numberofsegments;i++){
    187                 segments[3*i+0]=(double)out.segmentlist[i*2+0]+1;
    188                 segments[3*i+1]=(double)out.segmentlist[i*2+1]+1;
    189                 segmentmarkerlist[i]=(double)out.segmentmarkerlist[i];
     187                segments[3*i+0]=(int)out.segmentlist[i*2+0]+1;
     188                segments[3*i+1]=(int)out.segmentlist[i*2+1]+1;
     189                segmentmarkerlist[i]=(int)out.segmentmarkerlist[i];
    190190        }
    191191
    … …  
    197197
    198198        /*Output : */
    199         index_matrix=new SeqMat<IssmPDouble>(index,out.numberoftriangles,3,1.0);
     199        index_matrix=new SeqMat<int>(index,out.numberoftriangles,3,1);
    200200        *pindex=index_matrix;
    201201
    202         segments_matrix=new SeqMat<IssmPDouble>(segments,out.numberofsegments,3,1.0);
     202        segments_matrix=new SeqMat<int>(segments,out.numberofsegments,3,1);
    203203        *psegments=segments_matrix;
    204204
    205205        *px=new SeqVec<IssmPDouble>(x,out.numberofpoints);
    206206        *py=new SeqVec<IssmPDouble>(y,out.numberofpoints);
    207         *psegmentmarkerlist=new SeqVec<IssmPDouble>(segmentmarkerlist,out.numberofsegments);
     207        *psegmentmarkerlist=new SeqVec<int>(segmentmarkerlist,out.numberofsegments);
    208208#endif
    209209}

  • issm/trunk/src/c/modules/TriMeshx/TriMeshx.h

    r13975 r14310  
    1111
    1212/* local prototypes: */
    13 void TriMeshx(SeqMat<IssmPDouble>** pindex,SeqVec<IssmPDouble>** px,SeqVec<IssmPDouble>** py,SeqMat<IssmPDouble>** psegments,SeqVec<IssmPDouble>** psegmentmarkerlist,DataSet* domain,DataSet* rifts,double area);
     13void TriMeshx(SeqMat<int>** pindex,SeqVec<IssmPDouble>** px,SeqVec<IssmPDouble>** py,SeqMat<int>** psegments,SeqVec<int>** psegmentmarkerlist,DataSet* domain,DataSet* rifts,double area);
    1414
    1515#endif  /* _TRIMESHX_H */

  • issm/trunk/src/c/modules/modules.h

    r13975 r14310  
    6060#include "./Kml2Expx/Kml2Expx.h"
    6161#include "./Krigingx/Krigingx.h"
    62 #include "./Shp2Kmlx/Shp2Kmlx.h"
    6362#include "./Mergesolutionfromftogx/Mergesolutionfromftogx.h"
    6463#include "./MeshPartitionx/MeshPartitionx.h"
    … …  
    8786#include "./RheologyBbarAbsGradientx/RheologyBbarAbsGradientx.h"
    8887#include "./Scotchx/Scotchx.h"
     88#include "./Shp2Expx/Shp2Expx.h"
     89#include "./Shp2Kmlx/Shp2Kmlx.h"
    8990#include "./SmbGradientsx/SmbGradientsx.h"
    9091#include "./Solverx/Solverx.h"

  • issm/trunk/src/c/shared/Elements/PrintArrays.cpp

    r13975 r14310  
    3939        _printLine_("");
    4040}
     41void printarray(bool* array,int lines,int cols){
     42        _printLine_("");
     43        for(int i=0;i<lines;i++){ 
     44                _printString_("   [ ");
     45                for(int j=0;j<cols;j++) _printString_( " " << array[i*cols+j]?1:0);
     46                _printLine_(" ]");
     47        } 
     48        _printLine_("");
     49}
    4150void printbinary(int n){
    4251        unsigned int i=1L<<(sizeof(n)*8-1);

  • issm/trunk/src/c/shared/Elements/elements.h

    r13975 r14310  
    4040void printarray(IssmPDouble* array,int lines,int cols=1);
    4141void printarray(int* array,int lines,int cols=1);
     42void printarray(bool* array,int lines,int cols=1);
    4243void printsparsity(IssmPDouble* array,int lines,int cols=1);
    4344void printbinary(int n);

  • issm/trunk/src/c/shared/Exp/exp.h

    r13975 r14310  
    1212
    1313int IsInPolySerial(double* in,double* xc,double* yc,int numvertices,double* x,double* y,int nods, int edgevalue);
    14 int DomainOutlineWrite(int nprof,int* profnvertices,double** pprofx,double** pprofy,bool* closed,char* domainname);
     14int ExpWrite(int nprof,int* profnvertices,double** pprofx,double** pprofy,char* domainname);
     15int ExpWrite(DataSet* contours,char* domainname);
    1516int pnpoly(int npol, double *xp, double *yp, double x, double y, int edgevalue);
    1617

  • issm/trunk/src/c/shared/Numerics/UnitConversion.cpp

    r13975 r14310  
    6565                case SurfaceforcingsPrecipitationEnum:       scale=yts;break;     //m/yr
    6666                case SurfaceforcingsMassBalanceEnum:         scale=yts;break;     //m/yr
    67                 case SurfaceforcingsSmbPosMaxEnum:                              scale=yts;break;     //m/yr
    68                 case SurfaceforcingsSmbPosMinEnum:                              scale=yts;break;     //m/yr
    69                 case SurfaceforcingsAPosEnum:                                           scale=yts;break;     //m/yr
    7067                case SurfaceforcingsBPosEnum:                                           scale=yts;break;     //m/yr
    71                 case SurfaceforcingsANegEnum:                                           scale=yts;break;     //m/yr
    7268                case SurfaceforcingsBNegEnum:                                           scale=yts;break;     //m/yr
    7369                case SurfaceforcingsSmbrefEnum:                                 scale=yts;break;     //m/yr

  • issm/trunk/src/c/shared/TriMesh/AssociateSegmentToElement.cpp

    r13975 r14310  
    55#include "./trimesh.h"
    66
    7 int AssociateSegmentToElement(double** psegments,int nseg, double* index,int nel){
    8 
    9         /*Error management: */
    10         int i;
    11         int noerr=1;
    12 
    13         /*Input: */
    14         double* segments=NULL;
     7int AssociateSegmentToElement(int** psegments,int nseg,int* index,int nel){
    158
    169        /*node indices: */
    17         double A,B;
     10        int A,B;
    1811
    1912        /*Recover segments: */
    20         segments=*psegments;
     13        int* segments=*psegments;
    2114
    22         for (i=0;i<nseg;i++){
    23                 A=*(segments+3*i+0);
    24                 B=*(segments+3*i+1);
    25                 *(segments+3*i+2)=FindElement(A,B,index,nel)+1; //matlab indexing.
     15        for(int i=0;i<nseg;i++){
     16                A=segments[3*i+0];
     17                B=segments[3*i+1];
     18                segments[3*i+2]=FindElement(A,B,index,nel)+1; //matlab indexing.
    2619        }
    2720
    2821        /*Assign output pointers: */
    2922        *psegments=segments;
    30         return noerr;
     23        return 1;
    3124}

  • issm/trunk/src/c/shared/TriMesh/OrderSegments.cpp

    r13975 r14310  
    55#include "./trimesh.h"
    66
    7 int OrderSegments(double** psegments,int nseg, double* index,int nel){
    8 
    9         /*Error management: */
    10         int i;
    11         int noerr=1;
    12 
    13         /*Input: */
    14         double* segments=NULL;
     7int OrderSegments(int** psegments,int nseg,int* index,int nel){
    158
    169        /*vertex indices: */
    17         double A,B;
    18         /*element indices: */
     10        int A,B;
     11
     12        /*element index*/
    1913        int el;
    2014
    2115        /*Recover segments: */
    22         segments=*psegments;
     16        int* segments=*psegments;
    2317
    24         for (i=0;i<nseg;i++){
     18        for(int i=0;i<nseg;i++){
    2519                A=segments[3*i+0];
    2620                B=segments[3*i+1];
    27                 el=(int)segments[3*i+2]-1; //after AssociateSegmentToElement, el was a matlab index, we need the c index now.
     21                el=segments[3*i+2]-1; //after AssociateSegmentToElement, el was a matlab index, we need the c index now.
    2822
    2923                if (index[3*el+0]==A){
    … …  
    4943        /*Assign output pointers: */
    5044        *psegments=segments;
    51         return noerr;
     45        return 1;
    5246}

  • issm/trunk/src/c/shared/TriMesh/SplitMeshForRifts.cpp

    r13975 r14310  
    66#include "../Alloc/alloc.h"
    77
    8 int SplitMeshForRifts(int* pnel,double** pindex,int* pnods,double** px,double** py,int* pnsegs,double** psegments,double** psegmentmarkerlist){
     8int SplitMeshForRifts(int* pnel,int** pindex,int* pnods,double** px,double** py,int* pnsegs,int** psegments,int** psegmentmarkerlist){
    99
    1010        /*Some notes on dimensions:
    … …  
    1313        segments of size nsegsx3*/
    1414
    15         /*Error management: */
    16         int noerr=1;
    17 
    1815        int i,j,k,l;
    1916        int node;
    2017        int el;
    21 
    2218        int  nriftsegs;
    2319        int* riftsegments=NULL;
    2420        int* flags=NULL;
    25 
    2621        int  NumGridElementListOnOneSideOfRift;
    2722        int* GridElementListOnOneSideOfRift=NULL;
    2823
    29         /*Input: */
    30         int     nel;
    31         double* index=NULL;
    32         int     nods;
    33         double* x=NULL;
    34         double* y=NULL;
    35         double* segments=NULL;
    36         double*    segmentmarkerlist=NULL;
    37         int     nsegs;
    38 
    3924        /*Recover input: */
    40         nel=*pnel;
    41         index=*pindex;
    42         nods=*pnods;
    43         x=*px;
    44         y=*py;
    45         nsegs=*pnsegs;
    46         segments=*psegments;
    47         segmentmarkerlist=*psegmentmarkerlist;
     25        int     nel               = *pnel;
     26        int    *index             = *pindex;
     27        int     nods              = *pnods;
     28        double *x                 = *px;
     29        double *y                 = *py;
     30        int     nsegs             = *pnsegs;
     31        int    *segments          = *psegments;
     32        int    *segmentmarkerlist = *psegmentmarkerlist;
    4833
    4934        /*Establish list of segments that belong to a rift: */
    … …  
    9075                                        el=GridElementListOnOneSideOfRift[k];
    9176                                        for (l=0;l<3;l++){
    92                                                 if (*(index+3*el+l)==node)*(index+3*el+l)=nods; //again, matlab indexing.
     77                                                if (index[3*el+l]==node) index[3*el+l]=nods; //again, matlab indexing.
    9378                                        }
    9479                                }
    … …  
    10994        *psegments=segments;
    11095        *psegmentmarkerlist=segmentmarkerlist;
    111         return noerr;
     96        return 1;
    11297}

  • issm/trunk/src/c/shared/TriMesh/TriMeshUtils.cpp

    r13975 r14310  
    3636}/*}}}*/
    3737/*FUNCTION GridElementsList{{{*/
    38 int GridElementsList(int** pGridElements, int* pNumGridElements,int node,double * index,int nel){
     38int GridElementsList(int** pGridElements, int* pNumGridElements,int node,int* index,int nel){
    3939
    4040        /*From a node, recover all the elements that are connected to it: */
    … …  
    5858        for (i=0;i<nel;i++){
    5959                for (j=0;j<3;j++){
    60                         if ((int)*(index+3*i+j)==node){
     60                        if (index[3*i+j]==node){
    6161                                if (NumGridElements<=(current_size-1)){
    6262                                        GridElements[NumGridElements]=i;
    … …  
    9090}/*}}}*/
    9191/*FUNCTION IsNeighbor{{{*/
    92 int IsNeighbor(int el1,int el2,double* index){
     92int IsNeighbor(int el1,int el2,int* index){
    9393        /*From a triangulation held in index, figure out if elements 1 and 2 have two nodes in common: */
    9494        int i,j;
    … …  
    9696        for (i=0;i<3;i++){
    9797                for (j=0;j<3;j++){
    98                         if (*(index+3*el1+i)==*(index+3*el2+j))count++;
     98                        if (index[3*el1+i]==index[3*el2+j])count++;
    9999                }
    100100        }
    … …  
    118118}/*}}}*/
    119119/*FUNCTION RiftSegmentsFromSegments{{{*/
    120 void RiftSegmentsFromSegments(int* pnriftsegs, int** priftsegments, int nel, double* index, int nsegs,double* segments){
     120void RiftSegmentsFromSegments(int* pnriftsegs, int** priftsegments, int nel,int* index,int nsegs,int* segments){
    121121
    122122        int i,counter;
    … …  
    126126        int* riftsegments=NULL;
    127127        int* riftsegments_uncompressed=NULL;
    128         double element_nodes[3];
     128        int element_nodes[3];
    129129
    130130        /*Allocate segmentflags: */
    … …  
    143143                element_nodes[2]=*(index+3*el+2);
    144144
    145                 *(index+3*el+0)=-1;
    146                 *(index+3*el+1)=-1;
    147                 *(index+3*el+2)=-1;
     145                index[3*el+0]=-1;
     146                index[3*el+1]=-1;
     147                index[3*el+2]=-1;
    148148
    149149                el2=FindElement(*(segments+3*i+0),*(segments+3*i+1),index,nel);
    150150
    151151                /*Restore index: */
    152                 *(index+3*el+0)=element_nodes[0];
    153                 *(index+3*el+1)=element_nodes[1];
    154                 *(index+3*el+2)=element_nodes[2];
     152                index[3*el+0]=element_nodes[0];
     153                index[3*el+1]=element_nodes[1];
     154                index[3*el+2]=element_nodes[2];
    155155
    156156                if (el2!=-1){
    157157                        /*el and el2 are on a segment rift, facing one another, plug them into riftsegments_uncompressed: */
    158                     *(riftsegments_uncompressed+5*i+0)=1;
    159                     *(riftsegments_uncompressed+5*i+1)=el;
    160                     *(riftsegments_uncompressed+5*i+2)=el2;
    161                     *(riftsegments_uncompressed+5*i+3)=(int)*(segments+3*i+0);
    162                     *(riftsegments_uncompressed+5*i+4)=(int)*(segments+3*i+1);
    163                         nriftsegs++;
     158                    riftsegments_uncompressed[5*i+0]=1;
     159                    riftsegments_uncompressed[5*i+1]=el;
     160                    riftsegments_uncompressed[5*i+2]=el2;
     161                    riftsegments_uncompressed[5*i+3]=segments[3*i+0];
     162                         riftsegments_uncompressed[5*i+4]=segments[3*i+1];
     163                         nriftsegs++;
    164164                }
    165165        }
    … …  
    169169        counter=0;
    170170        for (i=0;i<nsegs;i++){
    171                 if (*(riftsegments_uncompressed+5*i+0)){
    172                         *(riftsegments+counter*4+0)=*(riftsegments_uncompressed+5*i+1);
    173                         *(riftsegments+counter*4+1)=*(riftsegments_uncompressed+5*i+2);
    174                         *(riftsegments+counter*4+2)=*(riftsegments_uncompressed+5*i+3);
    175                         *(riftsegments+counter*4+3)=*(riftsegments_uncompressed+5*i+4);
     171                if (riftsegments_uncompressed[5*i+0]){
     172                        riftsegments[counter*4+0]=riftsegments_uncompressed[5*i+1];
     173                        riftsegments[counter*4+1]=riftsegments_uncompressed[5*i+2];
     174                        riftsegments[counter*4+2]=riftsegments_uncompressed[5*i+3];
     175                        riftsegments[counter*4+3]=riftsegments_uncompressed[5*i+4];
    176176                        counter++;
    177177                }
    178178        }
    179 
    180179        xDelete<int>(riftsegments_uncompressed);
    181180
    … …  
    185184}/*}}}*/
    186185/*FUNCTION DetermineGridElementListOnOneSideOfRift{{{*/
    187 int DetermineGridElementListOnOneSideOfRift(int* pNumGridElementListOnOneSideOfRift, int** pGridElementListOnOneSideOfRift, int segmentnumber, int nriftsegs, int* riftsegments, int node,double* index,int nel){
     186int DetermineGridElementListOnOneSideOfRift(int* pNumGridElementListOnOneSideOfRift, int** pGridElementListOnOneSideOfRift, int segmentnumber, int nriftsegs, int* riftsegments, int node,int* index,int nel){
    188187
    189188        int noerr=1;
    … …  
    249248}/*}}}*/
    250249/*FUNCTION UpdateSegments{{{*/
    251 int UpdateSegments(double** psegments,double** psegmentmarkerlist, int* pnsegs, double* index, double* x,double* y,int* riftsegments,int nriftsegs,int nods,int nel){
     250int UpdateSegments(int** psegments,int** psegmentmarkerlist, int* pnsegs,int* index, double* x,double* y,int* riftsegments,int nriftsegs,int nods,int nel){
    252251
    253252        int noerr=1;
    … …  
    255254        int el1,el2;
    256255
    257         double *segments          = NULL;
    258         double *segmentmarkerlist = NULL;
    259         int     nsegs;
     256        int *segments          = NULL;
     257        int *segmentmarkerlist = NULL;
     258        int  nsegs;
    260259
    261260        /*Recover input: */
    … …  
    265264
    266265        /*Reallocate segments: */
    267         segments         =xReNew<double>(segments,         nsegs*3,(nsegs+nriftsegs)*3);
    268         segmentmarkerlist=xReNew<double>(segmentmarkerlist,nsegs,(nsegs+nriftsegs));
     266        segments         =xReNew<int>(segments,         nsegs*3,(nsegs+nriftsegs)*3);
     267        segmentmarkerlist=xReNew<int>(segmentmarkerlist,nsegs,(nsegs+nriftsegs));
    269268
    270269        /*First, update the existing segments to the new nodes :*/
    … …  
    278277                                 *we can only rely on the position (x,y) of the rift nodes to create a segment:*/
    279278                                for (k=0;k<3;k++){
    280                                         if ((x[(int)*(index+el1*3+k)-1]==x[(int)*(segments+3*j+0)-1]) && (y[(int)*(index+el1*3+k)-1]==y[(int)*(segments+3*j+0)-1])){
     279                                        if ((x[*(index+el1*3+k)-1]==x[*(segments+3*j+0)-1]) && (y[*(index+el1*3+k)-1]==y[*(segments+3*j+0)-1])){
    281280                                                *(segments+3*j+0)=*(index+el1*3+k); _assert_(segments[3*j+0]<nods+1);
    282281                                                break;
    … …  
    284283                                }
    285284                                for (k=0;k<3;k++){
    286                                         if ((x[(int)*(index+el1*3+k)-1]==x[(int)*(segments+3*j+1)-1])  && (y[(int)*(index+el1*3+k)-1]==y[(int)*(segments+3*j+1)-1])){
     285                                        if ((x[*(index+el1*3+k)-1]==x[*(segments+3*j+1)-1])  && (y[*(index+el1*3+k)-1]==y[*(segments+3*j+1)-1])){
    287286                                                *(segments+3*j+1)=*(index+el1*3+k); _assert_(segments[3*j+1]<nods+1);
    288287                                                break;
    … …  
    293292                                *(segmentmarkerlist+(nsegs+i))=*(segmentmarkerlist+j);
    294293                                for (k=0;k<3;k++){
    295                                         if ((x[(int)*(index+el2*3+k)-1]==x[(int)*(segments+3*j+0)-1]) && (y[(int)*(index+el2*3+k)-1]==y[(int)*(segments+3*j+0)-1])){
     294                                        if ((x[*(index+el2*3+k)-1]==x[*(segments+3*j+0)-1]) && (y[*(index+el2*3+k)-1]==y[*(segments+3*j+0)-1])){
    296295                                                *(segments+3*(nsegs+i)+0)=*(index+el2*3+k); _assert_(segments[3*(nsegs+i)+0]<nods+1);
    297296                                                break;
    … …  
    299298                                }
    300299                                for (k=0;k<3;k++){
    301                                         if ((x[(int)*(index+el2*3+k)-1]==x[(int)*(segments+3*j+1)-1]) && (y[(int)*(index+el2*3+k)-1]==y[(int)*(segments+3*j+1)-1])){
     300                                        if ((x[*(index+el2*3+k)-1]==x[*(segments+3*j+1)-1]) && (y[*(index+el2*3+k)-1]==y[*(segments+3*j+1)-1])){
    302301                                                *(segments+3*(nsegs+i)+1)=*(index+el2*3+k); _assert_(segments[3*(nsegs+i)+1]<nods+1);
    303302                                                break;
    … …  
    309308                                /*Let's update segments[j][:] using  element el2 and the corresponding rift segment: */
    310309                                for (k=0;k<3;k++){
    311                                         if ((x[(int)*(index+el2*3+k)-1]==x[(int)*(segments+3*j+0)-1]) && (y[(int)*(index+el2*3+k)-1]==y[(int)*(segments+3*j+0)-1])){
     310                                        if ((x[*(index+el2*3+k)-1]==x[*(segments+3*j+0)-1]) && (y[*(index+el2*3+k)-1]==y[*(segments+3*j+0)-1])){
    312311                                                *(segments+3*j+0)=*(index+el2*3+k); _assert_(segments[3*j+0]<nods+1);
    313312                                                break;
    … …  
    315314                                }
    316315                                for (k=0;k<3;k++){
    317                                         if ((x[(int)*(index+el2*3+k)-1]==x[(int)*(segments+3*j+1)-1]) && (y[(int)*(index+el2*3+k)-1]==y[(int)*(segments+3*j+1)-1])){
     316                                        if ((x[*(index+el2*3+k)-1]==x[*(segments+3*j+1)-1]) && (y[*(index+el2*3+k)-1]==y[*(segments+3*j+1)-1])){
    318317                                                *(segments+3*j+1)=*(index+el2*3+k);_assert_(segments[3*j+1]<nods+1);
    319318                                                break;
    … …  
    324323                                *(segmentmarkerlist+(nsegs+i))=*(segmentmarkerlist+j);
    325324                                for (k=0;k<3;k++){
    326                                         if ((x[(int)*(index+el1*3+k)-1]==x[(int)*(segments+3*j+0)-1]) && (y[(int)*(index+el1*3+k)-1]==y[(int)*(segments+3*j+0)-1])){
     325                                        if ((x[*(index+el1*3+k)-1]==x[*(segments+3*j+0)-1]) && (y[*(index+el1*3+k)-1]==y[*(segments+3*j+0)-1])){
    327326                                                *(segments+3*(nsegs+i)+0)=*(index+el1*3+k);_assert_(segments[3*(nsegs+i)+0]<nods+1);
    328327                                                break;
    … …  
    330329                                }
    331330                                for (k=0;k<3;k++){
    332                                         if ((x[(int)*(index+el1*3+k)-1]==x[(int)*(segments+3*j+1)-1]) && (y[(int)*(index+el1*3+k)-1]==y[(int)*(segments+3*j+1)-1])){
     331                                        if ((x[*(index+el1*3+k)-1]==x[*(segments+3*j+1)-1]) && (y[*(index+el1*3+k)-1]==y[*(segments+3*j+1)-1])){
    333332                                                *(segments+3*(nsegs+i)+1)=*(index+el1*3+k);_assert_(segments[3*(nsegs+i)+1]<nods+1);
    334333                                                break;
    … …  
    348347}/*}}}*/
    349348/*FUNCTION FindElement{{{*/
    350 int FindElement(double A,double B,double* index,int nel){
    351 
    352         int n;
     349int FindElement(int A,int B,int* index,int nel){
     350
    353351        int el=-1;
    354         for (n=0;n<nel;n++){
    355                 if (((*(index+3*n+0)==A)  || (*(index+3*n+1)==A) || (*(index+3*n+2)==A) ) && ((*(index+3*n+0)==B)  || (*(index+3*n+1)==B) || (*(index+3*n+2)==B))){
     352        for (int n=0;n<nel;n++){
     353                if(((index[3*n+0]==A) || (index[3*n+1]==A) || (index[3*n+2]==A)) && ((index[3*n+0]==B) || (index[3*n+1]==B) || (index[3*n+2]==B))){
    356354                        el=n;
    357355                        break;
    … …  
    361359}/*}}}*/
    362360/*FUNCTION SplitRiftSegments{{{*/
    363 int SplitRiftSegments(double** psegments,double** psegmentmarkerlist, int* pnumsegs, int* pnumrifts,int** priftsnumsegs,double*** priftssegments,int numrifts,int nods,int nel){
     361int SplitRiftSegments(int** psegments,int** psegmentmarkerlist, int* pnumsegs, int* pnumrifts,int** priftsnumsegs,int*** priftssegments,int numrifts,int nods,int nel){
    364362
    365363        /*Using segment markers, wring out the rift segments from the segments. Rift markers are
    … …  
    370368
    371369        /*input: */
    372         double *segments          = NULL;
    373         double *segmentmarkerlist = NULL;
     370        int *segments          = NULL;
     371        int *segmentmarkerlist = NULL;
    374372        int numsegs;
    375373
    376374        /*output: */
    377         int      new_numsegs;
    378         int     *riftsnumsegs       = NULL;
    379         double **riftssegments      = NULL;
    380         double  *new_segments       = NULL;
    381         double  *new_segmentmarkers = NULL;
     375        int   new_numsegs;
     376        int  *riftsnumsegs       = NULL;
     377        int **riftssegments      = NULL;
     378        int  *new_segments       = NULL;
     379        int  *new_segmentmarkers = NULL;
    382380
    383381        /*intermediary: */
    384         double* riftsegment=NULL;
     382        int* riftsegment=NULL;
    385383
    386384        /*Recover input arguments: */
    387         segments=*psegments;
    388         numsegs=*pnumsegs;
    389         segmentmarkerlist=*psegmentmarkerlist;
     385        segments          = *psegments;
     386        numsegs           = *pnumsegs;
     387        segmentmarkerlist = *psegmentmarkerlist;
    390388
    391389        /*First, figure out  how many segments will be left in 'segments': */
    … …  
    396394        /*Allocate new segments: */
    397395        new_numsegs=counter;
    398         new_segments=xNew<double>(new_numsegs*3);
    399         new_segmentmarkers=xNew<double>(new_numsegs);
     396        new_segments=xNew<int>(new_numsegs*3);
     397        new_segmentmarkers=xNew<int>(new_numsegs);
    400398
    401399        /*Copy new segments info : */
    … …  
    413411        /*Now deal with rift segments: */
    414412        riftsnumsegs=xNew<int>(numrifts);
    415         riftssegments=xNew<double*>(numrifts);
     413        riftssegments=xNew<int*>(numrifts);
    416414        for (i=0;i<numrifts;i++){
    417415                /*Figure out how many segments for rift i: */
    … …  
    421419                }
    422420                riftsnumsegs[i]=counter;
    423                 riftsegment=xNew<double>(counter*3);
     421                riftsegment=xNew<int>(counter*3);
    424422                /*Copy new segments info :*/
    425423                counter=0;
    … …  
    436434
    437435        /*Free ressources: */
    438         xDelete<double>(segments);
     436        xDelete<int>(segments);
    439437
    440438        /*Assign output pointers: */
    … …  
    448446}/*}}}*/
    449447/*FUNCTION PairRiftElements{{{*/
    450 int PairRiftElements(int** priftsnumpairs, double*** priftspairs,int numrifts,int* riftsnumsegments, double** riftssegments,double* x,double* y){
     448int PairRiftElements(int** priftsnumpairs,int*** priftspairs,int numrifts,int* riftsnumsegments,int** riftssegments,double* x,double* y){
    451449
    452450        int noerr=1;
    … …  
    454452
    455453        /*output: */
    456         int     *riftsnumpairs = NULL;
    457         double **riftspairs    = NULL;
     454        int  *riftsnumpairs = NULL;
     455        int **riftspairs    = NULL;
    458456
    459457        /*intermediary :*/
    460         int     numsegs;
    461         double* segments=NULL;
    462         double* pairs=NULL;
    463         int     node1,node2,node3,node4;
     458        int  numsegs;
     459        int* segments=NULL;
     460        int* pairs=NULL;
     461        int  node1,node2,node3,node4;
    464462
    465463        riftsnumpairs=xNew<int>(numrifts);
    466         riftspairs=xNew<double*>(numrifts);
     464        riftspairs=xNew<int*>(numrifts);
    467465        for (i=0;i<numrifts;i++){
    468466                segments=riftssegments[i];
    469                 numsegs=riftsnumsegments[i];
     467                numsegs =riftsnumsegments[i];
    470468                riftsnumpairs[i]=numsegs;
    471                 pairs=xNew<double>(2*numsegs);
     469                pairs=xNew<int>(2*numsegs);
    472470                for (j=0;j<numsegs;j++){
    473                         *(pairs+2*j+0)=*(segments+3*j+2); //retrieve element to which this segment belongs.
    474                         node1=(int)*(segments+3*j+0)-1; node2=(int)*(segments+3*j+1)-1;
     471                        pairs[2*j+0]=segments[3*j+2]; //retrieve element to which this segment belongs.
     472                        node1=segments[3*j+0]-1; node2=segments[3*j+1]-1;
    475473                        /*Find element facing on other side of rift: */
    476474                        for (k=0;k<numsegs;k++){
    477475                                if (k==j)continue;
    478                                 node3=(int)*(segments+3*k+0)-1; node4=(int)*(segments+3*k+1)-1;
     476                                node3=segments[3*k+0]-1; node4=segments[3*k+1]-1;
    479477                                /*We are trying to find 2 elements, where position of node3 == position of node1, and position of node4 == position of node2*/
    480478                                if (   (x[node3]==x[node1]) && (y[node3]==y[node1]) && (x[node4]==x[node2]) && (y[node4]==y[node2])
    481479                                    || (x[node3]==x[node2]) && (y[node3]==y[node2]) && (x[node4]==x[node1]) && (y[node4]==y[node1])  ){
    482480                                        /*We found the corresponding element: */
    483                                         *(pairs+2*j+1)=*(segments+3*k+2);
     481                                        pairs[2*j+1]=segments[3*k+2];
    484482                                        break;
    485483                                }
    … …  
    495493}/*}}}*/
    496494/*FUNCTION RemoveRifts{{{*/
    497 int RemoveRifts(double** pindex,double** px,double** py,int* pnods,double** psegments,int* pnumsegs,int numrifts1,int* rifts1numsegs,double** rifts1segments,double** rifts1pairs,int nel){
     495int RemoveRifts(int** pindex,double** px,double** py,int* pnods,int** psegments,int* pnumsegs,int numrifts1,int* rifts1numsegs,int** rifts1segments,int** rifts1pairs,int nel){
    498496
    499497        int noerr=1;
    500498        int i,j,k,counter,counter1,counter2;
    501499
    502         /*input: */
    503         double* index=NULL;
    504         double* x=NULL;
    505         double* y=NULL;
    506         int     nods;
    507         double* segments=NULL;
    508         int     numsegs;
    509 
    510500        /*intermediary: */
    511         double *riftsegments = NULL;
    512         double *riftpairs    = NULL;
     501        int    *riftsegments = NULL;
     502        int    *riftpairs    = NULL;
    513503        int     node1,node2,node3,node4,temp_node;
    514         double  el2;
     504        int     el2;
    515505        int     newnods; //temporary # node counter.
    516506        double  xmin,ymin;
    … …  
    523513
    524514        /*Recover input: */
    525         index=*pindex;
    526         x=*px;
    527         y=*py;
    528         nods=*pnods;;
    529         segments=*psegments;
    530         numsegs=*pnumsegs;
     515        int    *index    = *pindex;
     516        double *x        = *px;
     517        double *y        = *py;
     518        int     nods     = *pnods;     ;
     519        int    *segments = *psegments;
     520        int     numsegs  = *pnumsegs;
    531521
    532522        /*initialize newnods : */
    … …  
    558548                riftpairs=rifts1pairs[i];
    559549                for (j=0;j<rifts1numsegs[i];j++){
    560                         el2=*(riftpairs+2*j+1);
     550                        el2=riftpairs[2*j+1];
    561551                        node1=(int)*(riftsegments+3*j+0);
    562552                        node2=(int)*(riftsegments+3*j+1);
    … …  
    565555                        for (k=0;k<rifts1numsegs[i];k++){
    566556                                if (*(riftsegments+3*k+2)==el2){
    567                                         node3=(int)*(riftsegments+3*k+0);
    568                                         node4=(int)*(riftsegments+3*k+1);
     557                                        node3=*(riftsegments+3*k+0);
     558                                        node4=*(riftsegments+3*k+1);
    569559                                        break;
    570560                                }
    … …  
    677667}/*}}}*/
    678668/*FUNCTION IsRiftPresent{{{*/
    679 int IsRiftPresent(int* priftflag,int* pnumrifts, double* segmentmarkerlist,int nsegs){
     669int IsRiftPresent(int* priftflag,int* pnumrifts,int* segmentmarkerlist,int nsegs){
    680670
    681671        int i;
    … …  
    686676        int numrifts=0;
    687677
    688         double maxmark=1; //default marker for regular segments
     678        int maxmark=1; //default marker for regular segments
    689679
    690680        /*Any marker >=2 indicates a certain rift: */
    … …  
    696686                }
    697687        }
    698         if (numrifts)riftflag=1;
     688        if(numrifts)riftflag=1;
    699689
    700690        /*Assign output pointers:*/
    … …  
    704694}/*}}}*/
    705695/*FUNCTION OrderRifts{{{*/
    706 int OrderRifts(double** priftstips, double** riftssegments,double** riftspairs,int numrifts,int* riftsnumsegments,double* x,double* y,int nods,int nels){
     696int OrderRifts(int** priftstips,int** riftssegments,int** riftspairs,int numrifts,int* riftsnumsegments,double* x,double* y,int nods,int nels){
    707697
    708698        int noerr=1;
    … …  
    710700
    711701        /*intermediary: */
    712         double *riftsegments = NULL;
    713         double *riftpairs    = NULL;
     702        int *riftsegments = NULL;
     703        int *riftpairs    = NULL;
    714704        int numsegs;
    715705
    716706        /*ordering and copy: */
    717         int    *order             = NULL;
    718         double *riftsegments_copy = NULL;
    719         double *riftpairs_copy    = NULL;
     707        int *order             = NULL;
     708        int *riftsegments_copy = NULL;
     709        int *riftpairs_copy    = NULL;
    720710
    721711        /*node and element manipulation: */
    722         int     node1,node2,node3,node4,temp_node,tip1,tip2,node;
    723         double el2;
    724         int     already_ordered=0;
     712        int node1,node2,node3,node4,temp_node,tip1,tip2,node;
     713        int el2;
     714        int already_ordered=0;
    725715
    726716        /*output: */
    727         double* riftstips=NULL;
     717        int* riftstips=NULL;
    728718
    729719        /*Allocate byproduct of this routine, riftstips: */
    730         riftstips=xNew<double>(numrifts*2);
     720        riftstips=xNew<int>(numrifts*2);
    731721
    732722        /*Go through all rifts: */
    733723        for (i=0;i<numrifts;i++){
    734                 riftsegments=riftssegments[i];
    735                 riftpairs=riftspairs[i];
    736                 numsegs=riftsnumsegments[i];
     724                riftsegments = riftssegments[i];
     725                riftpairs    = riftspairs[i];
     726                numsegs      = riftsnumsegments[i];
    737727
    738728                /*Allocate copy of riftsegments and riftpairs,
    739729                 *as well as ordering vector: */
    740                 riftsegments_copy=xNew<double>(numsegs*3);
    741                 riftpairs_copy=xNew<double>(numsegs*2);
     730                riftsegments_copy=xNew<int>(numsegs*3);
     731                riftpairs_copy=xNew<int>(numsegs*2);
    742732                order=xNew<int>(numsegs);
    743733
    … …  
    748738                for (j=0;j<numsegs;j++){
    749739                        el2=*(riftpairs+2*j+1);
    750                         node1=(int)*(riftsegments+3*j+0);
    751                         node2=(int)*(riftsegments+3*j+1);
     740                        node1=*(riftsegments+3*j+0);
     741                        node2=*(riftsegments+3*j+1);
    752742                        /*Summary, el1 and el2 are facing one another across the rift. node1 and node2 belong to el1 and
    753743                         *are located on the rift. Find node3 and node4, nodes belonging to el2 and located on the rift: */
    754744                        for (k=0;k<numsegs;k++){
    755745                                if (*(riftsegments+3*k+2)==el2){
    756                                         node3=(int)*(riftsegments+3*k+0);
    757                                         node4=(int)*(riftsegments+3*k+1);
     746                                        node3=*(riftsegments+3*k+0);
     747                                        node4=*(riftsegments+3*k+1);
    758748                                        break;
    759749                                }
    … …  
    796786
    797787                /*Record tips in riftstips: */
    798                 *(riftstips+2*i+0)=(double)tip1;
    799                 *(riftstips+2*i+1)=(double)tip2;
     788                *(riftstips+2*i+0)=tip1;
     789                *(riftstips+2*i+1)=tip2;
    800790
    801791                /*We have the two tips for this rift.  Go from tip1 to tip2, and figure out the order in which segments are sequential.
    … …  
    804794                for (counter=0;counter<numsegs;counter++){
    805795                        for (j=0;j<numsegs;j++){
    806                                 node1=(int)*(riftsegments+3*j+0);
    807                                 node2=(int)*(riftsegments+3*j+1);
     796                                node1=*(riftsegments+3*j+0);
     797                                node2=*(riftsegments+3*j+1);
    808798
    809799                                if ((node1==node) || (node2==node)){
    … …  
    849839
    850840                xDelete<int>(order);
    851                 xDelete<double>(riftsegments_copy);
    852                 xDelete<double>(riftpairs_copy);
     841                xDelete<int>(riftsegments_copy);
     842                xDelete<int>(riftpairs_copy);
    853843
    854844        }
    … …  
    859849}/*}}}*/
    860850/*FUNCTION PenaltyPairs{{{*/
    861 int PenaltyPairs(double*** priftspenaltypairs,int** priftsnumpenaltypairs,int numrifts,double** riftssegments,
    862                 int* riftsnumsegs,double** riftspairs,double* riftstips,double* x,double* y){
     851int PenaltyPairs(double*** priftspenaltypairs,int** priftsnumpenaltypairs,int numrifts,int** riftssegments,
     852                int* riftsnumsegs,int** riftspairs,int* riftstips,double* x,double* y){
    863853
    864854        int noerr=1;
    … …  
    875865        /*intermediary: */
    876866        int numsegs;
    877         double* riftsegments=NULL;
    878         double* riftpairs=NULL;
     867        int* riftsegments=NULL;
     868        int* riftpairs=NULL;
    879869        int counter;
    880870        double normal[2];
    … …  
    980970                /*Renormalize normals: */
    981971                for(j=0;j<counter;j++){
    982                         double magnitude=sqrt(pow( *(riftpenaltypairs+j*7+4),2) + pow( *(riftpenaltypairs+j*7+5),2) );
     972                        double magnitude=sqrt(pow( double(riftpenaltypairs[j*7+4]),2) + pow( double(riftpenaltypairs[j*7+5]),2) );
    983973                        *(riftpenaltypairs+j*7+4)=*(riftpenaltypairs+j*7+4)/magnitude;
    984974                        *(riftpenaltypairs+j*7+5)=*(riftpenaltypairs+j*7+5)/magnitude;
    … …  
    993983        *priftsnumpenaltypairs=riftsnumpenaltypairs;
    994984        return noerr;
    995 }
    996 
    997 /******************************************************************************************************************************
    998                                    RemoveCorners
    999 ******************************************************************************************************************************/
    1000 
    1001 int RemoveCornersFromRifts(double** pindex,int* pnel,double** px,double** py,int* pnods, double* segments,double* segmentmarkers,int num_seg){
     985}/*}}}*/
     986int RemoveCornersFromRifts(int** pindex,int* pnel,double** px,double** py,int* pnods,int* segments,int* segmentmarkers,int num_seg){/*{{{*/
    1002987
    1003988        int noerr=1;
    1004989        int i,j,k;
    1005         double node1,node2,node3;
     990        int node1,node2,node3;
    1006991        int el;
    1007 
    1008         /*input: */
    1009         double* index=NULL;
    1010         int     nel;
    1011         double* x=NULL;
    1012         double* y=NULL;
    1013         int     nods;
    1014992        double  pair[2];
    1015993        int     pair_count=0;
    … …  
    1017995
    1018996        /*Recover input: */
    1019         index=*pindex;
    1020         nel=*pnel;
    1021         x=*px;
    1022         y=*py;
    1023         nods=*pnods;
     997        int    *index = *pindex;
     998        int     nel   = *pnel;
     999        double *x     = *px;
     1000        double *y     = *py;
     1001        int     nods  = *pnods;
    10241002
    10251003        for (i=0;i<num_seg;i++){
    … …  
    10831061                                        x[nods]=(x[(int)node1-1]+x[(int)node2-1]+x[(int)node3-1])/3;
    10841062                                        y[nods]=(y[(int)node1-1]+y[(int)node2-1]+y[(int)node3-1])/3;
    1085                                         index=xReNew<double>(index,nel*3,(nel+2*3));
     1063                                        index=xReNew<int>(index,nel*3,(nel+2*3));
    10861064                                        /*First, reassign element el: */
    10871065                                        *(index+3*el+0)=node1;
    … …  
    10981076                                        /*we need  to change the segment elements corresponding to el: */
    10991077                                        for (k=0;k<num_seg;k++){
    1100                                                 if (*(segments+3*k+2)==(double)(el+1)){
    1101                                                         if ( ((*(segments+3*k+0)==node1) && (*(segments+3*k+1)==node2)) || ((*(segments+3*k+0)==node2) && (*(segments+3*k+1)==node1))) *(segments+3*k+2)=(double)(el+1);
    1102                                                         if ( ((*(segments+3*k+0)==node2) && (*(segments+3*k+1)==node3)) || ((*(segments+3*k+0)==node3) && (*(segments+3*k+1)==node2))) *(segments+3*k+2)=(double)(nel+1);
    1103                                                         if ( ((*(segments+3*k+0)==node3) && (*(segments+3*k+1)==node1)) || ((*(segments+3*k+0)==node1) && (*(segments+3*k+1)==node3))) *(segments+3*k+2)=(double)(nel+2);
     1078                                                if (*(segments+3*k+2)==(el+1)){
     1079                                                        if ( ((*(segments+3*k+0)==node1) && (*(segments+3*k+1)==node2)) || ((*(segments+3*k+0)==node2) && (*(segments+3*k+1)==node1))) *(segments+3*k+2)=el+1;
     1080                                                        if ( ((*(segments+3*k+0)==node2) && (*(segments+3*k+1)==node3)) || ((*(segments+3*k+0)==node3) && (*(segments+3*k+1)==node2))) *(segments+3*k+2)=nel+1;
     1081                                                        if ( ((*(segments+3*k+0)==node3) && (*(segments+3*k+1)==node1)) || ((*(segments+3*k+0)==node1) && (*(segments+3*k+1)==node3))) *(segments+3*k+2)=nel+2;
    11041082                                                }
    11051083                                        }
    … …  
    11211099        *pnods=nods;
    11221100        return noerr;
    1123 }
     1101}/*}}}*/

  • issm/trunk/src/c/shared/TriMesh/trimesh.h

    r13975 r14310  
    1010
    1111//#define REAL double //took  it out because it may conflict with stdlib.h defines. put back if necessary
    12 int AssociateSegmentToElement(double** psegments,int nseg, double* index,int nel);
    13 int OrderSegments(double** psegments,int nseg, double* index,int nel);
     12int AssociateSegmentToElement(int** psegments,int nseg,int* index,int nel);
     13int OrderSegments(int** psegments,int nseg, int* index,int nel);
    1414int GridInsideHole(double* px0,double* py0,int n,double* x,double* y);
    15 int FindElement(double A,double B,double* index,int nel);
    16 int SplitMeshForRifts(int* pnel,double** pindex,int* pnods,double** px,double** py,int* pnsegs,double** psegments,double** psegmentmarkerlist);
     15int FindElement(int A,int B,int* index,int nel);
     16int SplitMeshForRifts(int* pnel,int** pindex,int* pnods,double** px,double** py,int* pnsegs,int** psegments,int** psegmentmarkerlist);
    1717int IsGridOnRift(int* riftsegments, int nriftsegs, int node);
    1818int GridElementsList(int** pGridElements, int* pNumGridElements,int node,double * index,int nel);
    19 int IsNeighbor(int el1,int el2,double* index);
     19int IsNeighbor(int el1,int el2,int* index);
    2020int IsOnRift(int el,int nriftsegs,int* riftsegments);
    21 void RiftSegmentsFromSegments(int* pnriftsegs, int** priftsegments, int nel, double* index, int nsegs,double* segments);
    22 int DetermineGridElementListOnOneSideOfRift(int* pNumGridElementListOnOneSideOfRift, int** pGridElementListOnOneSideOfRift, int segmentnumber, int nriftsegs, int* riftsegments, int node,double* index,int nel);
    23 int UpdateSegments(double** psegments,double** psegmentmarkerlist, int* pnsegs, double* index, double* x,double* y,int* riftsegments,int nriftsegs,int nods,int nel);
    24 int FindElement(double A,double B,double* index,int nel);
    25 int RemoveRifts(double** pindex,double** px,double** py,int* pnods,double** psegments,int* pnumsegs,int numrifts1,int* rifts1numsegs,double** rifts1segments,double** rifts1pairs,int nel);
    26 int IsRiftPresent(int* priftflag,int* pnumrifts, double* segmentmarkerlist,int nsegs);
    27 int SplitRiftSegments(double** psegments,double** psegmentmarkerlist, int* pnumsegs, int* pnumrifts,int** priftsnumsegs,double*** priftssegments,int numrifts,int nods,int nels);
    28 int OrderRifts(double** priftstips, double** riftssegments,double** riftspairs,int numrifts,int* riftsnumsegments,double* x,double* y,int nods,int nels);
    29 int PenaltyPairs(double*** priftspenaltypairs,int** priftsnumpenaltypairs,int numrifts,double**  riftssegments,
    30                 int* riftsnumsegments,double** riftspairs,double* riftstips,double* x,double* y);
    31 int RemoveCornersFromRifts(double** pindex,int* pnel,double** px,double** py,int* pnods, double* segments,double* segmentmarkers,int num_seg);
    32 int PairRiftElements(int** priftsnumpairs, double*** priftspairs,int numrifts,int* riftsnumsegments, double** riftssegments,double* x,double* y);
     21void RiftSegmentsFromSegments(int* pnriftsegs, int** priftsegments, int nel,int* index, int nsegs,int* segments);
     22int DetermineGridElementListOnOneSideOfRift(int* pNumGridElementListOnOneSideOfRift, int** pGridElementListOnOneSideOfRift,int segmentnumber, int nriftsegs,int* riftsegments, int node,int* index,int nel);
     23int UpdateSegments(int** psegments,int** psegmentmarkerlist, int* pnsegs,int* index, double* x,double* y,int* riftsegments,int nriftsegs,int nods,int nel);
     24int FindElement(double A,double B,int* index,int nel);
     25int RemoveRifts(int** pindex,double** px,double** py,int* pnods,int** psegments,int* pnumsegs,int numrifts1,int* rifts1numsegs,int** rifts1segments,double** rifts1pairs,int nel);
     26int IsRiftPresent(int* priftflag,int* pnumrifts,int* segmentmarkerlist,int nsegs);
     27int SplitRiftSegments(int** psegments,int** psegmentmarkerlist, int* pnumsegs, int* pnumrifts,int** priftsnumsegs,int*** priftssegments,int numrifts,int nods,int nels);
     28int OrderRifts(int** priftstips,int** riftssegments,int** riftspairs,int numrifts,int* riftsnumsegments,double* x,double* y,int nods,int nels);
     29int PenaltyPairs(double*** priftspenaltypairs,int** priftsnumpenaltypairs,int numrifts,int**  riftssegments,
     30                int* riftsnumsegments,int** riftspairs,int* riftstips,double* x,double* y);
     31int RemoveCornersFromRifts(int** pindex,int* pnel,double** px,double** py,int* pnods,int* segments,int* segmentmarkers,int num_seg);
     32int PairRiftElements(int** priftsnumpairs,int*** priftspairs,int numrifts,int* riftsnumsegments,int** riftssegments,double* x,double* y);
    3333
    3434#endif  /* _SHARED_TRIMESH_H */

  • issm/trunk/src/c/solutions/AdjointCorePointerFromSolutionEnum.cpp

    r13975 r14310  
    3434                        adjointcore=&adjointbalancethickness_core;
    3535                        break;
     36                case WeakBalancethicknessSolutionEnum:
     37                        adjointcore=&dummy_core;
     38                        break;
    3639                default:
    3740                        _error_("No adjoint has been implemented for solution " << EnumToStringx(solutiontype) << " yet");

  • issm/trunk/src/c/solutions/AnalysisConfiguration.cpp

    r13975 r14310  
    8383                        break;
    8484
     85                case WeakBalancethicknessSolutionEnum:
     86                        numanalyses=1;
     87                        analyses=xNew<int>(numanalyses);
     88                        analyses[0]=BalancethicknessAnalysisEnum;
     89                        break;
     90
    8591                case SurfaceSlopeSolutionEnum:
    8692                        numanalyses=1;

  • issm/trunk/src/c/solutions/CorePointerFromSolutionEnum.cpp

    r13975 r14310  
    6060                        #endif
    6161                        break;
     62                case WeakBalancethicknessSolutionEnum:
     63                        #ifdef _HAVE_BALANCED_
     64                        solutioncore=&dummy_core;
     65                        #else
     66                        _error_("ISSM was not compiled with balanced capabilities. Exiting");
     67                        #endif
     68                        break;
    6269                case HydrologySolutionEnum:
    6370                        #ifdef _HAVE_HYDROLOGY_

  • issm/trunk/src/c/solutions/EnvironmentInit.cpp

    r13975 r14310  
    3131        if(!my_rank) printf("\n");
    3232        if(!my_rank) printf("Ice Sheet System Model (%s) version  %s\n",PACKAGE_NAME,PACKAGE_VERSION);
    33         if(!my_rank) printf("(website: %s contact: %s\n",PACKAGE_URL,PACKAGE_BUGREPORT);
     33        if(!my_rank) printf("(website: %s contact: %s)\n",PACKAGE_URL,PACKAGE_BUGREPORT);
    3434        if(!my_rank) printf("\n");
    3535

  • issm/trunk/src/c/solutions/controltao_core.cpp

    r13975 r14310  
    4949        femmodel->parameters->FindParam(&control_list,NULL,InversionControlParametersEnum);
    5050        femmodel->parameters->FindParam(&nsteps,InversionNstepsEnum);
    51         femmodel->parameters->FindParam(&dummy,NULL,NULL,InversionMaxiterPerStepEnum);
    5251        femmodel->parameters->SetParam(false,SaveResultsEnum);
    53         maxiter=nsteps*(int)dummy[0]; xDelete<IssmDouble>(dummy);
     52        maxiter=nsteps*10;
    5453
    5554        /*Initialize TAO*/

  • issm/trunk/src/c/solutions/convergence.cpp

    r13395 r14310  
    6565
    6666        //compute K[n]U[n-1]F = K[n]U[n-1] - F
     67        _assert_(uf); _assert_(Kff);
    6768        KUold=uf->Duplicate(); Kff->MatMult(old_uf,KUold);
    6869        KUoldF=KUold->Duplicate();KUold->Copy(KUoldF); KUoldF->AYPX(pf,-1.0);

  • issm/trunk/src/c/solutions/objectivefunction.cpp

    r13975 r14310  
    4646                femmodel->SetCurrentConfiguration(BalancethicknessAnalysisEnum);
    4747        }
     48        else if (solution_type==WeakBalancethicknessSolutionEnum){
     49                femmodel->SetCurrentConfiguration(BalancethicknessAnalysisEnum);
     50        }
    4851        else{
    4952                _error_("Solution " << EnumToStringx(solution_type) << " not implemented yet");
    … …  
    6366                solver_linear(femmodel);
    6467        }
     68        else if (solution_type==WeakBalancethicknessSolutionEnum){
     69                /*Don't do anything*/
     70        }
    6571        else{
    6672                _error_("Solution " << EnumToStringx(solution_type) << " not implemented yet");

  • issm/trunk/src/c/solutions/solutions.h

    r13975 r14310  
    3333void dakota_core(FemModel* femmodel);
    3434void ad_core(FemModel* femmodel);
     35void dummy_core(FemModel* femmodel);
    3536IssmDouble objectivefunction(IssmDouble search_scalar,OptArgs* optargs);
    3637

  • issm/trunk/src/c/solvers/solver_newton.cpp

    r13975 r14310  
    5656
    5757                /*Solver forward model*/
    58                 femmodel->SystemMatricesx(&Kff, &Kfs, &pf, &df, NULL);
     58                if(count==1){
     59                        femmodel->SystemMatricesx(&Kff, &Kfs, &pf, &df, NULL);
     60                        CreateNodalConstraintsx(&ys,femmodel->nodes,configuration_type);
     61                        Reduceloadx(pf,Kfs,ys);xdelete(&Kfs);
     62                        Solverx(&uf,Kff,pf,old_uf,df,femmodel->parameters);xdelete(&df);
     63                        Mergesolutionfromftogx(&ug,uf,ys,femmodel->nodes,femmodel->parameters);xdelete(&ys);
     64                        InputUpdateFromSolutionx(femmodel->elements,femmodel->nodes,femmodel->vertices,femmodel->loads,femmodel->materials,femmodel->parameters,ug);xdelete(&ug);
     65                        xdelete(&old_ug);old_ug=ug;
     66                        xdelete(&old_uf);old_uf=uf;
     67                }
     68                uf=old_uf->Duplicate(); old_uf->Copy(uf);
     69
     70                /*Prepare next iteration using Newton's method*/
     71                femmodel->SystemMatricesx(&Kff, &Kfs, &pf, &df, NULL);xdelete(&df);
    5972                CreateNodalConstraintsx(&ys,femmodel->nodes,configuration_type);
    60                 Reduceloadx(pf,Kfs,ys);xdelete(&Kfs);
    61                 Solverx(&uf,Kff,pf,old_uf,df,femmodel->parameters);xdelete(&df);
     73                Reduceloadx(pf,Kfs,ys);   xdelete(&Kfs);
     74
     75                pJf=pf->Duplicate();
     76                Kff->MatMult(uf,pJf);// xdelete(&Kff);
     77                pJf->Scale(-1.0); pJf->AXPY(pf,+1.0);     //xdelete(&pf);
     78
     79                femmodel->CreateJacobianMatrixx(&Jff,kmax);
     80                Solverx(&duf,Jff,pJf,NULL,NULL,femmodel->parameters); xdelete(&Jff); xdelete(&pJf);
     81                uf->AXPY(duf, 1.0); xdelete(&duf);
    6282                Mergesolutionfromftogx(&ug,uf,ys,femmodel->nodes,femmodel->parameters);xdelete(&ys);
    63                 InputUpdateFromSolutionx(femmodel->elements,femmodel->nodes,femmodel->vertices,femmodel->loads,femmodel->materials,femmodel->parameters,ug);xdelete(&ug);
     83                InputUpdateFromSolutionx(femmodel->elements,femmodel->nodes,femmodel->vertices,femmodel->loads,femmodel->materials,femmodel->parameters,ug);
    6484
    6585                /*Check convergence*/
    … …  
    82102                }
    83103
    84                 /*Prepare next iteration using Newton's method*/
    85                 femmodel->SystemMatricesx(&Kff, &Kfs, &pf, &df, NULL);
    86                 CreateNodalConstraintsx(&ys,femmodel->nodes,configuration_type);
    87                 Reduceloadx(pf,Kfs,ys);   xdelete(&Kfs);
    88 
    89                 pJf=pf->Duplicate(); Kff->MatMult(uf,pJf); xdelete(&Kff);
    90                 pJf->Scale(-1.0); pJf->AXPY(pf,+1.0);     xdelete(&pf);
    91 
    92                 femmodel->CreateJacobianMatrixx(&Jff,kmax);
    93                 Solverx(&duf,Jff,pJf,NULL,NULL,femmodel->parameters); xdelete(&Jff); xdelete(&pJf);
    94                 uf->AXPY(duf, 1.0); xdelete(&duf);
    95                 Mergesolutionfromftogx(&ug,uf,ys,femmodel->nodes,femmodel->parameters);xdelete(&ys);
    96                 InputUpdateFromSolutionx(femmodel->elements,femmodel->nodes,femmodel->vertices,femmodel->loads,femmodel->materials,femmodel->parameters,ug);
    97 
    98104                count++;
    99105        }

  • issm/trunk/src/c/solvers/solver_thermal_nonlinear.cpp

    r13975 r14310  
    3333        /*parameters:*/
    3434        int kflag,pflag;
    35         bool lowmem=0;
    3635        int  configuration_type;
    3736
    3837        /*Recover parameters: */
    3938        kflag=1; pflag=1;
    40         femmodel->parameters->FindParam(&lowmem,SettingsLowmemEnum);
    4139        femmodel->parameters->FindParam(&thermal_penalty_threshold,ThermalPenaltyThresholdEnum);
    4240        femmodel->parameters->FindParam(&configuration_type,ConfigurationTypeEnum);

  • issm/trunk/src/m/boundaryconditions/SetIceShelfBC.py

    r14067 r14310  
    2525                if not os.path.exists(icefrontfile):
    2626                        raise IOError("SetIceShelfBC error message: ice front file '%s' not found." % icefrontfile)
    27                 [nodeinsideicefront,dum]=ContourToMesh(md.mesh.elements,md.mesh.x.reshape(-1,1),md.mesh.y.reshape(-1,1),icefrontfile,'node',2)
     27                [nodeinsideicefront,dum]=ContourToMesh(md.mesh.elements,md.mesh.x,md.mesh.y,icefrontfile,'node',2)
    2828                nodeonicefront=numpy.logical_and(md.mesh.vertexonboundary,nodeinsideicefront.reshape(-1))
    2929        else:

  • issm/trunk/src/m/boundaryconditions/SetMarineIceSheetBC.py

    r14067 r14310  
    2727                if not os.path.exists(icefrontfile):
    2828                        raise IOError("SetMarineIceSheetBC error message: ice front file '%s' not found." % icefrontfile)
    29                 [nodeinsideicefront,dum]=ContourToMesh(md.mesh.elements,md.mesh.x.reshape(-1,1),md.mesh.y.reshape(-1,1),icefrontfile,'node',2)
     29                [nodeinsideicefront,dum]=ContourToMesh(md.mesh.elements,md.mesh.x,md.mesh.y,icefrontfile,'node',2)
    3030                vertexonicefront=numpy.logical_and(md.mesh.vertexonboundary,nodeinsideicefront.reshape(-1))
    3131        else:

  • issm/trunk/src/m/classes/autodiff.m

    r13975 r14310  
    4343                end % }}}
    4444                function disp(obj) % {{{
    45                         disp(sprintf('      automatic differentiation parameters:'));
     45                        disp(sprintf('   automatic differentiation parameters:'));
    4646                        fielddisplay(obj,'isautodiff','indicates if the automatic differentiation is activated');
    4747                        fielddisplay(obj,'dependents','list of dependent variables');

  • issm/trunk/src/m/classes/balancethickness.py

    r13395 r14310  
    2929                string='   balance thickness solution parameters:'
    3030               
    31                 string="%s\n\n%s"%(string,fielddisplay(self,'spcthickness','thickness constraints (NaN means no constraint)'))
     31                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'spcthickness','thickness constraints (NaN means no constraint)'))
    3232                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'thickening_rate','ice thickening rate used in the mass conservation (dh/dt)'))
    3333                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'stabilization',"0: None, 1: SU, 2: MacAyeal's artificial diffusivity, 3:DG"))

  • issm/trunk/src/m/classes/basalforcings.py

    r13395 r14310  
    2828                string="   basal forcings parameters:"
    2929
    30                 string="%s\n\n%s"%(string,fielddisplay(self,"melting_rate","basal melting rate (positive if melting)"))
     30                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"melting_rate","basal melting rate (positive if melting)"))
    3131                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"melting_rate_correction","additional melting applied when the grounding line retreats"))
    3232                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"geothermalflux","geothermal heat flux [W/m^2]"))

  • issm/trunk/src/m/classes/constants.py

    r13395 r14310  
    2727                # {{{ Display
    2828                string="   constants parameters:"
    29                 string="%s\n\n%s"%(string,fielddisplay(self,"g","gravitational acceleration"))
     29
     30                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"g","gravitational acceleration"))
    3031                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"yts","number of seconds in a year"))
    3132                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"referencetemperature","reference temperature used in the enthalpy model"))
    3233
    33 
    3434                return string
    3535                #}}}
    36                
    3736        def setdefaultparameters(self):
    3837                # {{{setdefaultparameters

  • issm/trunk/src/m/classes/debug.py

    r13395 r14310  
    2626                string="   debug parameters:"
    2727
    28                 string="%s\n\n%s"%(string,fielddisplay(self,"valgrind","use Valgrind to debug (0 or 1)"))
     28                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"valgrind","use Valgrind to debug (0 or 1)"))
    2929                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"gprof","use gnu-profiler to find out where the time is spent"))
    3030                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'profiling','enables profiling (memory, flops, time)'))

  • issm/trunk/src/m/classes/diagnostic.py

    r13975 r14310  
    4545                # {{{ Display
    4646               
    47                 string='\n   Diagnostic solution parameters:'
    48                 string="%s\n\n%s"%(string,'      Convergence criteria:')
     47                string='   Diagnostic solution parameters:'
     48                string="%s\n%s"%(string,'      Convergence criteria:')
    4949                       
    5050                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'restol','mechanical equilibrium residual convergence criterion'))
    … …  
    5555                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'viscosity_overshoot','over-shooting constant new=new+C*(new-old)'))
    5656
    57                 string="%s\n%s"%(string,'      boundary conditions:')
     57                string="%s\n%s"%(string,'\n      boundary conditions:')
    5858
    5959                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'spcvx','x-axis velocity constraint (NaN means no constraint)'))
    … …  
    6262                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'icefront','segments on ice front list (last column 0-> Air, 1-> Water, 2->Ice'))
    6363
    64                 string="%s\n%s"%(string,'      Rift options:')
     64                string="%s\n%s"%(string,'\n      Rift options:')
    6565                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'rift_penalty_threshold','threshold for instability of mechanical constraints'))
    6666                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'rift_penalty_lock','number of iterations before rift penalties are locked'))
    6767
    68                 string="%s\n%s"%(string,'      Penalty options:')
     68                string="%s\n%s"%(string,'\n      Penalty options:')
    6969                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'penalty_factor','offset used by penalties: penalty = Kmax*10^offset'))
    7070                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'vertex_pairing','pairs of vertices that are penalized'))
    7171
    72                 string="%s\n%s"%(string,'      Other:')
     72                string="%s\n%s"%(string,'\n      Other:')
    7373                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'shelf_dampening','use dampening for floating ice ? Only for Stokes model'))
    7474                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'stokesreconditioning','multiplier for incompressibility equation. Only for Stokes model'))

  • issm/trunk/src/m/classes/flowequation.py

    r14067 r14310  
    3737                string='   flow equation parameters:'
    3838
    39                 string="%s\n\n%s"%(string,fielddisplay(self,'ismacayealpattyn',"is the macayeal or pattyn approximation used ?"))
     39                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'ismacayealpattyn',"is the macayeal or pattyn approximation used ?"))
    4040                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'ishutter',"is the shallow ice approximation used ?"))
    4141                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'isl1l2',"are l1l2 equations used ?"))

  • issm/trunk/src/m/classes/friction.py

    r13395 r14310  
    2727                # {{{ Display
    2828                string="Sigma= drag^2 * Neff ^r * u ^s, with Neff=rho_ice*g*thickness+rho_water*g*bed, r=q/p and s=1/p"
    29                 string="%s\n\n%s"%(string,fielddisplay(self,"coefficient","friction coefficient [SI]"))
     29
     30                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"coefficient","friction coefficient [SI]"))
    3031                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"p","p exponent"))
    3132                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"q","q exponent"))

  • issm/trunk/src/m/classes/geometry.py

    r13395 r14310  
    3131                string="   geometry parameters:"
    3232
    33                 string="%s\n\n%s"%(string,fielddisplay(self,'surface','surface elevation'))
     33                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'surface','surface elevation'))
    3434                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'thickness','ice thickness'))
    3535                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'bed','bed elevation'))

  • issm/trunk/src/m/classes/groundingline.py

    r13395 r14310  
    3030                string='   grounding line solution parameters:'
    3131
    32                 string="%s\n\n%s"%(string,fielddisplay(self,'migration','type of grounding line migration: ''SoftMigration'',''AgressiveMigration'' or ''None'''))
     32                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'migration','type of grounding line migration: ''SoftMigration'',''AgressiveMigration'' or ''None'''))
    3333                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'melting_rate','melting rate applied when previously grounded parts start floating'))
    3434                return string

  • issm/trunk/src/m/classes/hydrology.py

    r13395 r14310  
    3232               
    3333                string='   hydrology solution parameters:'
    34                 string="%s\n\n%s"%(string,fielddisplay(self,'spcwatercolumn','water thickness constraints (NaN means no constraint)'))
     34                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'spcwatercolumn','water thickness constraints (NaN means no constraint)'))
    3535                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'n','Manning roughness coefficient'))
    3636                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'CR','tortuosity parameter'))

  • issm/trunk/src/m/classes/initialization.py

    r14067 r14310  
    9090                WriteData(fid,'data',self.pressure,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',PressureEnum())
    9191                WriteData(fid,'data',self.temperature,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',TemperatureEnum())
    92                 WriteData(fid,'data',self.surfacetemp,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',TemperatureSurfaceEnum())
    93                 WriteData(fid,'data',self.basaltemp,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',TemperatureBasalEnum())
    9492                WriteData(fid,'data',self.watercolumn,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',WatercolumnEnum())
    9593                WriteData(fid,'data',self.waterfraction,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',WaterfractionEnum())

  • issm/trunk/src/m/classes/inversion.m

    r13395 r14310  
    3131                                case 0
    3232                                        obj=setdefaultparameters(obj);
     33                                case 1
     34                                        if isa(varargin{1},'taoinversion'),
     35                                                disp('converting taoinversion to inversion');
     36                                                in=varargin{1};
     37                                                obj.iscontrol                   = in.iscontrol;
     38                                                obj.tao                         = 1;
     39                                                obj.incomplete_adjoint          = in.incomplete_adjoint;
     40                                                obj.control_parameters          = in.control_parameters;
     41                                                obj.nsteps                      = in.nsteps;
     42                                                obj.maxiter_per_step            = 10*ones(in.nsteps,1);
     43                                                obj.cost_functions              = repmat(in.cost_functions,in.nsteps,1);
     44                                                obj.cost_functions_coefficients = in.cost_functions_coefficients;
     45                                                obj.gradient_scaling            = 100*ones(in.nsteps,1);
     46                                                obj.cost_function_threshold     = NaN;
     47                                                obj.min_parameters              = in.min_parameters;
     48                                                obj.max_parameters              = in.max_parameters;
     49                                                obj.step_threshold              = .99*ones(in.nsteps,1);
     50                                                obj.vx_obs                      = in.vx_obs;
     51                                                obj.gradient_only               = 0;
     52                                                obj.vy_obs                      = in.vy_obs;
     53                                                obj.vz_obs                      = in.vz_obs;
     54                                                obj.vel_obs                     = in.vel_obs;
     55                                                obj.thickness_obs               = in.thickness_obs;
     56                                        end
    3357                                otherwise
    3458                                        error('constructor not supported');
    … …  
    86110                        md = checkfield(md,'inversion.tao','values',[0 1]);
    87111                        md = checkfield(md,'inversion.incomplete_adjoint','values',[0 1]);
    88                         md = checkfield(md,'inversion.control_parameters','cell',1,'values',{'BalancethicknessThickeningRate' 'FrictionCoefficient' 'MaterialsRheologyBbar' 'MaterialsRheologyZbar' 'Vx' 'Vy'});
     112                        md = checkfield(md,'inversion.control_parameters','cell',1,'values',...
     113                                {'BalancethicknessThickeningRate' 'FrictionCoefficient' 'MaterialsRheologyBbar' 'MaterialsRheologyZbar' 'Vx' 'Vy' 'Thickness'});
    89114                        md = checkfield(md,'inversion.nsteps','numel',1,'>=',1);
    90115                        md = checkfield(md,'inversion.maxiter_per_step','size',[md.inversion.nsteps 1],'>=',0);
    91116                        md = checkfield(md,'inversion.step_threshold','size',[md.inversion.nsteps 1]);
    92                         md = checkfield(md,'inversion.cost_functions','size',[md.inversion.nsteps num_costfunc],'values',[101:105 201 501:505]);
     117                        md = checkfield(md,'inversion.cost_functions','size',[md.inversion.nsteps num_costfunc],'values',[101:105 201 501:506]);
    93118                        md = checkfield(md,'inversion.cost_functions_coefficients','size',[md.mesh.numberofvertices num_costfunc],'>=',0);
    94119                        md = checkfield(md,'inversion.gradient_only','values',[0 1]);
    … …  
    99124                        if solution==BalancethicknessSolutionEnum()
    100125                                md = checkfield(md,'inversion.thickness_obs','size',[md.mesh.numberofvertices 1],'NaN',1);
     126                        elseif solution==WeakBalancethicknessSolutionEnum()
     127                                md = checkfield(md,'inversion.thickness_obs','size',[md.mesh.numberofvertices 1],'NaN',1);
    101128                        else
    102129                                md = checkfield(md,'inversion.vx_obs','size',[md.mesh.numberofvertices 1],'NaN',1);
    … …  
    105132                end % }}}
    106133                function disp(obj) % {{{
     134                        disp(sprintf('   inversion parameters:'));
    107135                        fielddisplay(obj,'iscontrol','is inversion activated?');
    108136                        fielddisplay(obj,'incomplete_adjoint','do we assume linear viscosity?');
    … …  
    176204                        pos=find(data==504); data(pos)=ThicknessAlongGradientEnum();
    177205                        pos=find(data==505); data(pos)=ThicknessAcrossGradientEnum();
     206                        pos=find(data==506); data(pos)=BalancethicknessMisfitEnum();
    178207                        WriteData(fid,'data',data,'enum',InversionCostFunctionsEnum(),'format','DoubleMat','mattype',3);
    179208                        WriteData(fid,'data',num_cost_functions,'enum',InversionNumCostFunctionsEnum(),'format','Integer');

  • issm/trunk/src/m/classes/inversion.py

    r13975 r14310  
    4545        def __repr__(self):
    4646                # {{{ Display
    47                 string='\n   Inversion parameters:'
     47                string='   inversion parameters:'
    4848                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'iscontrol','is inversion activated?'))
    4949                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'incomplete_adjoint','do we assume linear viscosity?'))

  • issm/trunk/src/m/classes/mask.m

    r12706 r14310  
    1212                vertexongroundedice  = NaN;
    1313                vertexonwater        = NaN;
     14                vertexonrock        = NaN;
    1415        end
    1516        methods
    … …  
    3334                        md = checkfield(md,'mask.vertexongroundedice','size',[md.mesh.numberofvertices 1],'values',[0 1]);
    3435                        md = checkfield(md,'mask.vertexonwater'      ,'size',[md.mesh.numberofvertices 1],'values',[0 1]);
     36                        md = checkfield(md,'mask.vertexonrock'      ,'size',[md.mesh.numberofvertices 1],'values',[0 1]);
    3537                end % }}}
    3638                function disp(obj) % {{{
     39                        disp(sprintf('   masks:'));
     40
    3741                        fielddisplay(obj,'elementonfloatingice','element on floating ice flags list');
    3842                        fielddisplay(obj,'vertexonfloatingice','vertex on floating ice flags list');
    3943                        fielddisplay(obj,'elementongroundedice','element on grounded ice  list');
    4044                        fielddisplay(obj,'vertexongroundedice','vertex on grounded ice flags list');
    41                         fielddisplay(obj,'elementonwater','element on water flags list');
     45                        fielddisplay(obj,'elementonwater','element on rock flags list');
    4246                        fielddisplay(obj,'vertexonwater','vertex on water flags list');
     47                        fielddisplay(obj,'vertexonrock','vertex on rock flags list');
    4348                end % }}}
    4449                function marshall(obj,fid) % {{{

  • issm/trunk/src/m/classes/mask.py

    r14067 r14310  
    2929        def __repr__(self):
    3030                # {{{ Display
     31                string="   masks:"
    3132
    32                 string="";
    3333                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"elementonfloatingice","element on floating ice flags list"))
    3434                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"vertexonfloatingice","vertex on floating ice flags list"))

  • issm/trunk/src/m/classes/matice.m

    r13395 r14310  
    8989                end % }}}
    9090                function disp(obj) % {{{
    91                         disp(sprintf('   Materials:\n'));
     91                        disp(sprintf('   Materials:'));
    9292
    9393                        fielddisplay(obj,'rho_ice','ice density [kg/m^3]');

  • issm/trunk/src/m/classes/matice.py

    r13975 r14310  
    3838                string="   Materials:"
    3939
    40                 string="%s\n\n%s"%(string,fielddisplay(self,"rho_ice","ice density [kg/m^3]"))
     40                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"rho_ice","ice density [kg/m^3]"))
    4141                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"rho_water","water density [kg/m^3]"))
    4242                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"rho_freshwater","fresh water density [kg/m^3]"))

  • issm/trunk/src/m/classes/mesh.py

    r14067 r14310  
    6363        def __repr__(self):
    6464                # {{{ Display
     65                string="   Mesh:"
     66
    6567
    6668                if self.dimension==3:
    67                         string="\n%s"%("      Elements and vertices of the original 2d mesh:")
     69                        string="%s\n%s"%(string,"\n      Elements and vertices of the original 2d mesh:")
    6870                       
    6971                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"numberofelements2d","number of elements"))
    … …  
    7375                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"y2d","vertices y coordinate"))
    7476
    75                         string="%s\n%s" %(string,"Elements and vertices of the extruded 3d mesh:")
     77                        string="%s\n%s"%(string,"\n\n      Elements and vertices of the extruded 3d mesh:")
    7678                else:
    77                         string="\n%s"%("      Elements and vertices:")
     79                        string="%s\n%s"%(string,"\n      Elements and vertices:")
    7880                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"numberofelements","number of elements"))
    7981                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"numberofvertices","number of vertices"))
    … …  
    8587                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"numberofedges","number of edges of the 2d mesh"))
    8688
    87                 string="%s%s"%(string,"\n      Properties:")
     89                string="%s%s"%(string,"\n\n      Properties:")
    8890                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"dimension","mesh dimension (2d or 3d)"))
    8991                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"numberoflayers","number of extrusion layers"))
    … …  
    103105                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"average_vertex_connectivity","average number of vertices connected to one vertex"))
    104106
    105                 string="%s%s"%(string,"\n      Extracted model:")
     107                string="%s%s"%(string,"\n\n      Extracted model:")
    106108                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"extractedvertices","vertices extracted from the model"))
    107109                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"extractedelements","elements extracted from the model"))
    108110
    109                 string="%s%s"%(string,"\n      Projection:")
     111                string="%s%s"%(string,"\n\n      Projection:")
    110112                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"lat","vertices latitude"))
    111113                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"long","vertices longitude"))

  • issm/trunk/src/m/classes/miscellaneous.py

    r13395 r14310  
    2929                string='   miscellaneous parameters:'
    3030
    31                 string="%s\n\n%s"%(string,fielddisplay(self,'notes','notes in a cell of strings'))
     31                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'notes','notes in a cell of strings'))
    3232                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'name','model name'))
    3333                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'dummy','empty field to store some data'))

  • issm/trunk/src/m/classes/model/model.m

    r13975 r14310  
    212212                        md.mask.elementonwater=project2d(md,md.mask.elementonwater,1);
    213213                        md.mask.vertexonwater=project2d(md,md.mask.vertexonwater,1);
     214                        md.mask.vertexonrock=project2d(md,md.mask.vertexonrock,1);
    214215
    215216                        %lat long
    … …  
    502503                                solutionfields=fields(md1.results);
    503504                                for i=1:length(solutionfields),
    504                                         %get subfields
    505                                         solutionsubfields=fields(md1.results.(solutionfields{i}));
    506                                         for j=1:length(solutionsubfields),
    507                                                 field=md1.results.(solutionfields{i}).(solutionsubfields{j});
     505                                        if isstruct(md1.results.(solutionfields{i}))
     506                                                %get subfields
     507                                                solutionsubfields=fields(md1.results.(solutionfields{i}));
     508                                                for j=1:length(solutionsubfields),
     509                                                        field=md1.results.(solutionfields{i}).(solutionsubfields{j});
     510                                                        if length(field)==numberofvertices1,
     511                                                                md2.results.(solutionfields{i}).(solutionsubfields{j})=field(pos_node);
     512                                                        elseif length(field)==numberofelements1,
     513                                                                md2.results.(solutionfields{i}).(solutionsubfields{j})=field(pos_elem);
     514                                                        else
     515                                                                md2.results.(solutionfields{i}).(solutionsubfields{j})=field;
     516                                                        end
     517                                                end
     518                                        else
     519                                                field=md1.results.(solutionfields{i});
    508520                                                if length(field)==numberofvertices1,
    509                                                         md2.results.(solutionfields{i}).(solutionsubfields{j})=field(pos_node);
     521                                                        md2.results.(solutionfields{i})=field(pos_node);
    510522                                                elseif length(field)==numberofelements1,
    511                                                         md2.results.(solutionfields{i}).(solutionsubfields{j})=field(pos_elem);
     523                                                        md2.results.(solutionfields{i})=field(pos_elem);
    512524                                                else
    513                                                         md2.results.(solutionfields{i}).(solutionsubfields{j})=field;
     525                                                        md2.results.(solutionfields{i})=field;
    514526                                                end
    515527                                        end
    … …  
    744756                        md.mask.elementonwater=project3d(md,'vector',md.mask.elementonwater,'type','element');
    745757                        md.mask.vertexonwater=project3d(md,'vector',md.mask.vertexonwater,'type','node');
     758                        md.mask.vertexonrock=project3d(md,'vector',md.mask.vertexonrock,'type','node');
    746759                        if ~isnan(md.inversion.cost_functions_coefficients),md.inversion.cost_functions_coefficients=project3d(md,'vector',md.inversion.cost_functions_coefficients,'type','node');end;
    747760                        if ~isnan(md.inversion.min_parameters),md.inversion.min_parameters=project3d(md,'vector',md.inversion.min_parameters,'type','node');end;
    … …  
    11201133                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','miscellaneous'   ,['[1x1 ' class(obj.miscellaneous) ']'],'miscellaneous fields'));
    11211134                end % }}}
     1135                function memory(obj) % {{{
     1136                       
     1137                disp(sprintf('\nMemory imprint: '));
     1138
     1139                objects=fields(obj);
     1140                memory=0;
     1141               
     1142                for i=1:length(objects),
     1143                        field=objects{i};
     1144                        realobject=obj.(field);
     1145                        s=whos('realobject');
     1146                        memory=memory+s.bytes/1e6;
     1147                        disp(sprintf('%19s: %g Mb',field,s.bytes/1e6));
     1148                end
     1149                disp(sprintf('Overall: %g Mb',memory));
     1150                end % }}}
    11221151        end
    11231152 end

  • issm/trunk/src/m/classes/model/model.py

    r14067 r14310  
    4545from ElementConnectivity import *
    4646from contourenvelope import *
     47from PythonFuncs import *
    4748#}}}
    4849
    … …  
    407408                                md2.diagnostic.icefront[:,2]=Pnode[md1.diagnostic.icefront[:,2].astype(int)-1]
    408409                                md2.diagnostic.icefront[:,3]=Pnode[md1.diagnostic.icefront[:,3].astype(int)-1]
    409                         md2.diagnostic.icefront=md2.diagnostic.icefront[numpy.nonzero(numpy.logical_and(numpy.logical_and(md2.diagnostic.icefront[:,0],md2.diagnostic.icefront[:,1]),md2.diagnostic.icefront[:,-1]))[0],:]
     410                        md2.diagnostic.icefront=md2.diagnostic.icefront[numpy.nonzero(logical_and_n(md2.diagnostic.icefront[:,0],md2.diagnostic.icefront[:,1],md2.diagnostic.icefront[:,-1]))[0],:]
    410411
    411412                #Results fields

  • issm/trunk/src/m/classes/organizer.m

    r13975 r14310  
    1313%      org = organizer('repository','Models/','prefix','AGU2015','steps',0);  %build an empty organizer object with a given repository
    1414
    15 classdef organizer
     15classdef organizer < handle
    1616    properties (SetAccess=private)
    1717                % {{{
    … …  
    112112                        end
    113113                end%}}}
     114                function md=loaddata(org,string),% {{{
     115
     116                        %Get model path
     117                        if ~ischar(string), error('argument provided is not a string'); end
     118                        path=[org.repository '/' org.prefix string];
     119
     120                        %figure out if the data is there, otherwise, we have to use the default path supplied by user.
     121                        if exist(path,'file') | exist([path '.mat'],'file'),
     122                                evalin('caller',['load -mat ' path]);
     123                                return;
     124                        end
     125
     126                        %If we are here, the data has not been found. Try trunk prefix if provided
     127                        if ~isempty(org.trunkprefix),
     128                                path2=[org.repository '/' org.trunkprefix string];
     129                                if ~exist(path2,'file'),
     130                                        error(['Could find neither ' path ', nor ' path2]);
     131                                else
     132                                        disp(['--> Branching ' org.prefix ' from trunk ' org.trunkprefix]);
     133                                        evalin('caller',['load -mat ' path2]);
     134                                        return;
     135                                end
     136                        else
     137                                error(['Could not find ' path ]);
     138                        end
     139                end%}}}
    114140                function bool=perform(org,string) % {{{
    115141
    … …  
    142168                        end
    143169
    144                         %assign org back to calling workspace
    145                         assignin('caller',inputname(1),org);
    146 
    147170                end%}}}
    148171                function savemodel(org,md) % {{{
    … …  
    162185                        save(name,'md','-v7.3');
    163186                end%}}}
     187                function savedata(org,varargin) % {{{
     188
     189                        %check
     190                        if (org.currentstep==0), error('Cannot save data because organizer (org) is empty! Make sure you did not skip any perform call'); end
     191                        if (org.currentstep>length(org.steps)), error('Cannot save data because organizer (org) is not up to date!'); end
     192
     193                        name=[org.repository '/' org.prefix org.steps(org.currentstep).string ];
     194                        disp(['saving data in: ' name]);
     195
     196                        %check that md is a model
     197                        if (org.currentstep>length(org.steps)), error(['organizer error message: element with id ' num2str(org.currentstep) ' not found']); end
     198
     199                        %list of variable names:
     200                        variables='';
     201                        for i=2:nargin,
     202                                variables=[variables ',' '''' inputname(i) ''''];
     203                                eval([inputname(i) '= varargin{' num2str(i-1) '};']);
     204                        end
     205                        eval(['save(''' name '''' variables ',''-v7.3'');']);
     206                end%}}}
    164207        end
    165208end

  • issm/trunk/src/m/classes/pairoptions.m

    r13975 r14310  
    55%      pairoptions=pairoptions('module',true,'solver',false);
    66
    7 classdef pairoptions
     7classdef pairoptions < handle
    88        properties (SetAccess = private,GetAccess = private)
    99                functionname = '';
    10                 list         = cell(0,2);
     10                list         = cell(0,3);
    1111        end
    1212        methods
    … …  
    3838
    3939                        %Allocate memory
    40                         obj.list=cell(numoptions,2);
     40                        obj.list=cell(numoptions,3);
    4141
    4242                        %go through varargin and build list of obj
    … …  
    4545                                        obj.list{i,1}=varargin{2*i-1};
    4646                                        obj.list{i,2}=varargin{2*i};
     47                                        obj.list{i,3}=false; %used?
    4748                                else
    4849                                        %option is not a string, ignore it
    … …  
    5758                                obj.list{end+1,1} = field;
    5859                                obj.list{end,2}   = value;
     60                                obj.list{end,3}   = false;
    5961                        end
    6062                end % }}}
    … …  
    6567                                        obj.list{end+1,1} = field;
    6668                                        obj.list{end,2}   = value;
     69                                        obj.list{end,3}   = true;  %It is a default so user will not be notified if not used
    6770                                end
    6871                        end
    … …  
    8487                %CHANGEOPTIONVALUE - change the value of an option in an option list
    8588
    86                         %track occurance of field
     89                        %track occurrence of field
    8790                        lines=find(strcmpi(obj.list(:,1),field));
    8891
    … …  
    9194                                %add new field if not found
    9295                                obj=addfield(obj,field,newvalue);
     96                                obj.list{end,3}=true; % do not notify user if unused
    9397                        else
    9498                                for i=1:length(lines),
    … …  
    100104                %DELETEDUPLICATES - delete duplicates in an option list
    101105
    102                         %track the first occurance of each option
     106                        %track the first occurrence of each option
    103107                        [dummy lines]=unique(obj.list(:,1),'first');
    104108                        clear dummy
    … …  
    109113                                for i=1:numoptions,
    110114                                        if ~ismember(i,lines),
    111                                                 disp(['WARNING: option ' obj.list{i,1} ' appeared more than once. Only its first occurence will be kept'])
     115                                                disp(['WARNING: option ' obj.list{i,1} ' appeared more than once. Only its first occurrence will be kept'])
    112116                                        end
    113117                                end
    … …  
    116120                        %remove duplicates from the options list
    117121                        obj.list=obj.list(lines,:);
     122                end % }}}
     123                function displayunused(obj) % {{{
     124                        %DISPLAYUNUSED - display unused options
     125
     126                        numoptions=size(obj.list,1);
     127                        for i=1:numoptions,
     128                                if ~obj.list{i,3},
     129                                        disp(['WARNING: option ' obj.list{i,1} ' was not used'])
     130                                end
     131                        end
    118132                end % }}}
    119133                function disp(obj) % {{{
    … …  
    137151                end % }}}
    138152                function bool = exist(obj,field) % {{{
    139                 %EXIST - check if the option exist
     153                %EXIST - check if the option exists
    140154
    141155                        %some argument checking:
    … …  
    148162
    149163                        %Recover option
    150                         bool=any(strcmpi(field,obj.list(:,1)));
    151                 end % }}}
    152                 function num = fieldoccurences(obj,field), % {{{
    153                 %FIELDOCCURENCES - get number of occurence of a field
     164                        pos=find(strcmpi(field,obj.list(:,1)));
     165                        if ~isempty(pos),
     166                                bool=true;
     167                                obj.list{pos,3}   = true;  %It is a default so user will not be notified if not used
     168                        else
     169                                bool=false;
     170                        end
     171                end % }}}
     172                function num = fieldoccurrences(obj,field), % {{{
     173                %FIELDOCCURRENCES - get number of occurrence of a field
    154174
    155175                        %check input
    156176                        if ~ischar(field),
    157                                 error('fieldoccurences error message: field should be a string');
    158                         end
    159 
    160                         %get number of occurence
     177                                error('fieldoccurrences error message: field should be a string');
     178                        end
     179
     180                        %get number of occurrence
    161181                        num=sum(strcmpi(field,obj.list(:,1)));
    162182                end % }}}
    … …  
    187207                        pos=find(strcmpi(obj.list(:,1),field));
    188208                        if ~isempty(pos),
    189                                 value=obj.list{pos(1),2}; %ignore extra entry
     209                                value=obj.list{pos(1),2}; % ignore extra entry
     210                                obj.list{pos(1),3}=true;  % option used
    190211                                return;
    191212                        end
    … …  
    204225                %      obj=removefield(obj,field,warn)
    205226                %
    206                 %   if warn==1 display an info message to wan user that
     227                %   if warn==1 display an info message to warn user that
    207228                %   some of his options have been removed.
    208229

  • issm/trunk/src/m/classes/pairoptions.py

    r13975 r14310  
    7878#       %DELETEDUPLICATES - delete duplicates in an option list
    7979#
    80 #               %track the first occurance of each option
     80#               %track the first occurrence of each option
    8181#               [dummy lines]=unique(obj.list(:,1),'first');
    8282#               clear dummy
    … …  
    8787#                       for i=1:numoptions,
    8888#                               if ~ismember(i,lines),
    89 #                                       disp(['WARNING: option ' obj.list{i,1} ' appeared more than once. Only its first occurence will be kept'])
     89#                                       disp(['WARNING: option ' obj.list{i,1} ' appeared more than once. Only its first occurrence will be kept'])
    9090#                               end
    9191#                       end
    … …  
    128128        # }}}
    129129
    130         #def fieldoccurences(self,field): #{{{
     130        #def fieldoccurrences(self,field): #{{{
    131131        #       '''
    132         #       FIELDOCCURENCES - get number of occurence of a field
     132        #       FIELDOCCURRENCES - get number of occurrence of a field
    133133        #       '''
    134134        #
    135135        #       #check input
    136136        #       if not isinstance(field,(str,unicode)):
    137         #               raise TypeError("fieldoccurences error message: field should be a string")
    138 
    139         #       #get number of occurence
     137        #               raise TypeError("fieldoccurrences error message: field should be a string")
     138
     139        #       #get number of occurrence
    140140        #       # ??
    141141        #       #return num

  • issm/trunk/src/m/classes/plotoptions.m

    r12706 r14310  
    6868
    6969                         %get number of data to be plotted
    70                          numberofplots=fieldoccurences(rawoptions,'data');
     70                         numberofplots=fieldoccurrences(rawoptions,'data');
    7171                         opt.numberofplots=numberofplots;
    7272
    … …  
    112112                                                         continue;
    113113
    114                                                          %#all
     114                                                         %pound all
    115115                                                 elseif strcmpi(plotnum,'all');
    116116                                                         for j=1:numberofplots,
    … …  
    118118                                                         end
    119119
    120                                                          %#i-j
     120                                                         %pound i-j
    121121                                                 elseif ismember('-',plotnum)
    122122                                                         nums=strsplit(plotnum,'-');
    … …  
    129129                                                         end
    130130
    131                                                          %#i
     131                                                         %pound i
    132132                                                 else
    133133                                                         %assign to subplot

  • issm/trunk/src/m/classes/prognostic.py

    r13975 r14310  
    3232                # {{{ Display
    3333                string='   Prognostic solution parameters:'
    34                 string="%s\n\n%s"%(string,fielddisplay(self,'spcthickness','thickness constraints (NaN means no constraint)'))
     34                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'spcthickness','thickness constraints (NaN means no constraint)'))
    3535                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'min_thickness','minimum ice thickness allowed'))
    3636                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'hydrostatic_adjustment','adjustment of ice shelves surface and bed elevations: ''Incremental'' or ''Absolute'' '))

  • issm/trunk/src/m/classes/qmu/@dakota_method/dakota_method.m

    r13975 r14310  
    620620                                dm.params.seed=false;
    621621                                dm.params.fixed_seed=false;
     622                                dm.params.rng=false;
    622623                                dm.params.samples=false;
    623624                                dm.params.sample_type='lhs';

  • issm/trunk/src/m/classes/qmu/@dakota_method/dmeth_params_write.m

    r13975 r14310  
    350350                param_write(fid,sbeg,'seed','             = ','\n',dm.params);
    351351                param_write(fid,sbeg,'fixed_seed','','\n',dm.params);
     352                if (str2num(dakotaversion())>4.2)
     353                    param_write(fid,sbeg,'rng','                ','\n',dm.params);
     354                end
    352355                param_write(fid,sbeg,'samples','          = ','\n',dm.params);
    353356                param_write(fid,sbeg,'sample_type','        ','\n',dm.params);

  • issm/trunk/src/m/classes/radaroverlay.py

    r13395 r14310  
    2424                # {{{ Display
    2525                string='   radaroverlay parameters:'
    26                 string="%s\n\n%s"%(string,fielddisplay(self,'pwr','radar power image (matrix)'))
     26                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'pwr','radar power image (matrix)'))
    2727                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'x','corresponding x coordinates'))
    2828                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'y','corresponding y coordinates'))

  • issm/trunk/src/m/classes/rifts.py

    r13975 r14310  
    2929                string='   rifts parameters:'
    3030
    31                 string="%s\n\n%s"%(string,fielddisplay(self,'riftstruct','structure containing all rift information (vertices coordinates, segments, type of melange, ...)'))
     31                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'riftstruct','structure containing all rift information (vertices coordinates, segments, type of melange, ...)'))
    3232                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'riftproperties',''))
    3333                return string

  • issm/trunk/src/m/classes/settings.m

    r13395 r14310  
    3838                        %onto the model after a parallel run by waiting for the lock file
    3939                        %N minutes that is generated once the solution has converged
    40                         %0 to desactivate
     40                        %0 to deactivate
    4141                        obj.waitonlock=Inf;
    4242                end % }}}
    … …  
    6565                        WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','results_as_patches','format','Boolean');
    6666                        WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','output_frequency','format','Integer');
    67                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','waitonlock','format','Boolean');
     67                        if obj.waitonlock>0,
     68                                WriteData(fid,'enum',SettingsWaitonlockEnum(),'data',true,'format','Boolean');
     69                        else
     70                                WriteData(fid,'enum',SettingsWaitonlockEnum(),'data',false,'format','Boolean');
     71                        end
    6872                end % }}}
    6973        end

  • issm/trunk/src/m/classes/settings.py

    r13395 r14310  
    5656                #onto the model after a parallel run by waiting for the lock file
    5757                #N minutes that is generated once the solution has converged
    58                 #0 to desactivate
    59                 self.waitonlock=float('Inf')
     58                #0 to deactivate
     59                self.waitonlock=2**31-1
    6060
    6161                return self
    … …  
    7777                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','results_as_patches','format','Boolean')
    7878                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','output_frequency','format','Integer')
    79                 WriteData(fid,'object',self,'fieldname','waitonlock','format','Boolean')
     79                if self.waitonlock>0:
     80                        WriteData(fid,'enum',SettingsWaitonlockEnum(),'data',True,'format','Boolean');
     81                else:
     82                        WriteData(fid,'enum',SettingsWaitonlockEnum(),'data',False,'format','Boolean');
    8083        # }}}
    8184

  • issm/trunk/src/m/classes/solver.py

    r13395 r14310  
    33from iluasmoptions import *
    44from EnumToString import EnumToString
    5 from MatlabFuncs import *
     5from fielddisplay import fielddisplay
    66from EnumDefinitions import *
    77from checkfield import *
     8from MatlabFuncs import *
    89
    910class solver(object):
    … …  
    4849                s ="List of solver options per analysis:\n\n"
    4950                for analysis in vars(self).iterkeys():
    50                         s+="%s :\n" % analysis
    51                         s+="%s\n" % getattr(self,analysis)
     51                        s+="%s\n" % fielddisplay(self,analysis,'')
    5252
    5353                return s

  • issm/trunk/src/m/classes/surfaceforcings.m

    r13975 r14310  
    1111                issmbgradients = 0;
    1212                isdelta18o = 0;
    13                 hc = NaN;
    1413                href = NaN;
    1514                smbref = NaN;
    16                 smb_pos_max = NaN;
    17                 smb_pos_min = NaN;
    18                 a_pos = NaN;
    1915                b_pos = NaN;
    20                 a_neg = NaN;
    2116                b_neg = NaN;
    2217                monthlytemperatures = NaN;
    … …  
    6156                                        end
    6257                                elseif(obj.issmbgradients)
    63                                         md = checkfield(md,'surfaceforcings.hc','forcing',1,'NaN',1);
    6458                                        md = checkfield(md,'surfaceforcings.href','forcing',1,'NaN',1);
    6559                                        md = checkfield(md,'surfaceforcings.smbref','forcing',1,'NaN',1);
    66                                         md = checkfield(md,'surfaceforcings.smb_pos_max','forcing',1,'NaN',1);
    67                                         md = checkfield(md,'surfaceforcings.smb_pos_min','forcing',1,'NaN',1);
    68                                         md = checkfield(md,'surfaceforcings.a_pos','forcing',1,'NaN',1);
    6960                                        md = checkfield(md,'surfaceforcings.b_pos','forcing',1,'NaN',1);
    70                                         md = checkfield(md,'surfaceforcings.a_neg','forcing',1,'NaN',1);
    7161                                        md = checkfield(md,'surfaceforcings.b_neg','forcing',1,'NaN',1);
    7262                                else
    … …  
    9282                        fielddisplay(obj,'delta18o_surface','surface elevation of the delta18o site, required if pdd is activated and delta18o activated');
    9383                        fielddisplay(obj,'issmbgradients','is smb gradients method activated (0 or 1, default is 0)');
    94                         fielddisplay(obj,'hc',' elevation of intersection between accumulation and ablation regime required if smb gradients is activated');
    9584                        fielddisplay(obj,'href',' reference elevation from which deviation is used to calculate SMB adjustment in smb gradients method');
    9685                        fielddisplay(obj,'smbref',' reference smb from which deviation is calculated in smb gradients method');
    97                         fielddisplay(obj,'smb_pos_max',' maximum value of positive smb required if smb gradients is activated');
    98                         fielddisplay(obj,'smb_pos_min',' minimum value of positive smb required if smb gradients is activated');
    99                         fielddisplay(obj,'a_pos',' intercept of hs - smb regression line for accumulation regime required if smb gradients is activated');
    10086                        fielddisplay(obj,'b_pos',' slope of hs - smb regression line for accumulation regime required if smb gradients is activated');
    101                         fielddisplay(obj,'a_neg',' intercept of hs - smb regression line for ablation regime required if smb gradients is activated');
    10287                        fielddisplay(obj,'b_neg',' slope of hs - smb regression line for ablation regime required if smb gradients is activated');
    10388
    … …  
    122107                        WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','issmbgradients','format','Boolean');
    123108                        if obj.issmbgradients,
    124                                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','hc','format','DoubleMat','mattype',1);
    125109                                WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','href','format','DoubleMat','mattype',1);
    126110                                WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','smbref','format','DoubleMat','mattype',1);
    127                                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','smb_pos_max','format','DoubleMat','mattype',1);
    128                                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','smb_pos_min','format','DoubleMat','mattype',1);
    129                                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','a_pos','format','DoubleMat','mattype',1);
    130111                                WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','b_pos','format','DoubleMat','mattype',1);
    131                                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','a_neg','format','DoubleMat','mattype',1);
    132112                                WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','b_neg','format','DoubleMat','mattype',1);
    133113                        end

  • issm/trunk/src/m/classes/surfaceforcings.py

    r13975 r14310  
    2121                self.issmbgradients = 0
    2222                self.isdelta18o = 0
    23                 self.hc = float('NaN')
    2423                self.href = float('NaN')
    2524                self.smbref = float('NaN')
    26                 self.smb_pos_max = float('NaN')
    27                 self.smb_pos_min = float('NaN')
    28                 self.a_pos = float('NaN')
    2925                self.b_pos = float('NaN')
    30                 self.a_neg = float('NaN')
    3126                self.b_neg = float('NaN')
    3227                self.monthlytemperatures = float('NaN')
    … …  
    4540                string="   surface forcings parameters:"
    4641
    47                 string="%s\n\n%s"%(string,fielddisplay(self,'precipitation','surface precipitation [m/yr water eq]'))
     42                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'precipitation','surface precipitation [m/yr water eq]'))
    4843                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'mass_balance','surface mass balance [m/yr ice eq]'))
    4944                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'ispdd','is pdd activated (0 or 1, default is 0)'))
    … …  
    5752                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'delta18o_surface','surface elevation of the delta18o site, required if pdd is activated and delta18o activated'))
    5853                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'issmbgradients','is smb gradients method activated (0 or 1, default is 0)'))
    59                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'hc',' elevation of intersection between accumulation and ablation regime required if smb gradients is activated'))
    6054                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'href',' reference elevation from which deviation is used to calculate SMB adjustment in smb gradients method'))
    6155                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'smbref',' reference smb from which deviation is calculated in smb gradients method'))
    62                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'smb_pos_max',' maximum value of positive smb required if smb gradients is activated'))
    63                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'smb_pos_min',' minimum value of positive smb required if smb gradients is activated'))
    64                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'a_pos',' intercept of hs - smb regression line for accumulation regime required if smb gradients is activated'))
    6556                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'b_pos',' slope of hs - smb regression line for accumulation regime required if smb gradients is activated'))
    66                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'a_neg',' intercept of hs - smb regression line for ablation regime required if smb gradients is activated'))
    6757                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'b_neg',' slope of hs - smb regression line for ablation regime required if smb gradients is activated'))
    6858
    6959                return string
    7060                #}}}
    71                
    7261        def setdefaultparameters(self):
    7362                # {{{setdefaultparameters
    … …  
    9786                                        md = checkfield(md,'surfaceforcings.precipitations_presentday','size',[md.mesh.numberofvertices+1,12],'NaN',1)
    9887                        elif self.issmbgradients:
    99                                 md = checkfield(md,'surfaceforcings.hc','forcing',1,'NaN',1)
    10088                                md = checkfield(md,'surfaceforcings.href','forcing',1,'NaN',1)
    10189                                md = checkfield(md,'surfaceforcings.smbref','forcing',1,'NaN',1)
    102                                 md = checkfield(md,'surfaceforcings.smb_pos_max','forcing',1,'NaN',1)
    103                                 md = checkfield(md,'surfaceforcings.smb_pos_min','forcing',1,'NaN',1)
    104                                 md = checkfield(md,'surfaceforcings.a_pos','forcing',1,'NaN',1)
    10590                                md = checkfield(md,'surfaceforcings.b_pos','forcing',1,'NaN',1)
    106                                 md = checkfield(md,'surfaceforcings.a_neg','forcing',1,'NaN',1)
    10791                                md = checkfield(md,'surfaceforcings.b_neg','forcing',1,'NaN',1)
    10892                        else:
    … …  
    135119
    136120                if self.issmbgradients:
    137                         WriteData(fid,'object',self,'fieldname','hc','format','DoubleMat','mattype',1)
    138121                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','href','format','DoubleMat','mattype',1)
    139122                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','smbref','format','DoubleMat','mattype',1)
    140                         WriteData(fid,'object',self,'fieldname','smb_pos_max','format','DoubleMat','mattype',1)
    141                         WriteData(fid,'object',self,'fieldname','smb_pos_min','format','DoubleMat','mattype',1)
    142                         WriteData(fid,'object',self,'fieldname','a_pos','format','DoubleMat','mattype',1)
    143123                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','b_pos','format','DoubleMat','mattype',1)
    144                         WriteData(fid,'object',self,'fieldname','a_neg','format','DoubleMat','mattype',1)
    145124                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','b_neg','format','DoubleMat','mattype',1)
    146125        # }}}

  • issm/trunk/src/m/classes/thermal.py

    r13975 r14310  
    3232                # {{{ Display
    3333                string='   Thermal solution parameters:'
    34                 string="%s\n\n%s"%(string,fielddisplay(self,'spctemperature','temperature constraints (NaN means no constraint)'))
     34                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'spctemperature','temperature constraints (NaN means no constraint)'))
    3535                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'stabilization','0->no, 1->artificial_diffusivity, 2->SUPG'))
    3636                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'maxiter','maximum number of non linear iterations'))

  • issm/trunk/src/m/classes/timestepping.m

    r13395 r14310  
    66classdef timestepping
    77        properties (SetAccess=public)
    8                 start_time      = 0;
    9                 final_time      = 0;
    10                 time_step       = 0;
     8                start_time      = 0.;
     9                final_time      = 0.;
     10                time_step       = 0.;
    1111                time_adapt      = 0;
    12                 cfl_coefficient = 0;
     12                cfl_coefficient = 0.;
    1313        end
    1414        methods
    … …  
    2424
    2525                        %time between 2 time steps
    26                         obj.time_step=1/2;
     26                        obj.time_step=1./2.;
    2727
    2828                        %final time
    29                         obj.final_time=10*obj.time_step;
     29                        obj.final_time=10.*obj.time_step;
    3030
    3131                        %time adaptation?
    3232                        obj.time_adapt=0;
    33                         obj.cfl_coefficient=.5;
     33                        obj.cfl_coefficient=0.5;
    3434                end % }}}
    3535                function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{

  • issm/trunk/src/m/classes/timestepping.py

    r13395 r14310  
    1616        def __init__(self):
    1717                # {{{ Properties
    18                 self.start_time      = 0
    19                 self.final_time      = 0
    20                 self.time_step       = 0
     18                self.start_time      = 0.
     19                self.final_time      = 0.
     20                self.time_step       = 0.
    2121                self.time_adapt      = 0
    22                 self.cfl_coefficient = 0
     22                self.cfl_coefficient = 0.
    2323               
    2424                #set defaults
    … …  
    2929                # {{{ Display
    3030                string="   timestepping parameters:"
    31                 string="%s\n\n%s"%(string,fielddisplay(self,"start_time","simulation starting time [yrs]"))
     31                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"start_time","simulation starting time [yrs]"))
    3232                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"final_time","final time to stop the simulation [yrs]"))
    3333                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"time_step","length of time steps [yrs]"))
    … …  
    4141               
    4242                #time between 2 time steps
    43                 self.time_step=1/2
     43                self.time_step=1./2.
    4444
    4545                #final time
    46                 self.final_time=10*self.time_step
     46                self.final_time=10.*self.time_step
    4747
    4848                #time adaptation?
    4949                self.time_adapt=0
    50                 self.cfl_coefficient=.5
     50                self.cfl_coefficient=0.5
    5151
    5252                return self

  • issm/trunk/src/m/consistency/ismodelselfconsistent.m

    r13975 r14310  
    6969                analyses=[BalancethicknessAnalysisEnum()];
    7070
     71        case WeakBalancethicknessSolutionEnum(),
     72                numanalyses=1;
     73                analyses=[BalancethicknessAnalysisEnum()];
     74
    7175        case SurfaceSlopeSolutionEnum(),
    7276                numanalyses=1;

  • issm/trunk/src/m/contrib/bamg/YamsCall.m

    r13975 r14310  
    1616
    1717%2d geometric parameter (do not change)
    18 scale=2/9;
     18scale=2./9.;
    1919
    2020%Compute Hessian
    … …  
    6060        triangles=[];
    6161        for i=1:size(md.rifts.riftstruct,1),
    62                 triangles=[triangles md.rifts(i).segments(:,3)'];
     62                triangles=[triangles md.rifts(i).riftstruct.segments(:,3)'];
    6363        end
    6464
    … …  
    7676        %windows
    7777        system(['yams2-win -O 1 -v -0 -ecp -hgrad ' num2str(gradation)  ' carre0 carre1']);
    78 elseif ismac
     78elseif ismac()
    7979        %Macosx
    8080        system(['yams2-osx -O 1 -v -0 -ecp -hgrad ' num2str(gradation)  ' carre0 carre1']);

  • issm/trunk/src/m/enum/EnumDefinitions.py

    r13975 r14310  
    18491849        return StringToEnum('SurfaceforcingsMonthlytemperatures')[0]
    18501850
    1851 def SurfaceforcingsHcEnum():
    1852         """
    1853         SURFACEFORCINGSHCENUM - Enum of SurfaceforcingsHc
    1854 
    1855            Usage:
    1856               macro=SurfaceforcingsHcEnum()
    1857         """
    1858 
    1859         return StringToEnum('SurfaceforcingsHc')[0]
    1860 
    18611851def SurfaceforcingsHrefEnum():
    18621852        """
    … …  
    18791869        return StringToEnum('SurfaceforcingsSmbref')[0]
    18801870
    1881 def SurfaceforcingsSmbPosMaxEnum():
    1882         """
    1883         SURFACEFORCINGSSMBPOSMAXENUM - Enum of SurfaceforcingsSmbPosMax
    1884 
    1885            Usage:
    1886               macro=SurfaceforcingsSmbPosMaxEnum()
    1887         """
    1888 
    1889         return StringToEnum('SurfaceforcingsSmbPosMax')[0]
    1890 
    1891 def SurfaceforcingsSmbPosMinEnum():
    1892         """
    1893         SURFACEFORCINGSSMBPOSMINENUM - Enum of SurfaceforcingsSmbPosMin
    1894 
    1895            Usage:
    1896               macro=SurfaceforcingsSmbPosMinEnum()
    1897         """
    1898 
    1899         return StringToEnum('SurfaceforcingsSmbPosMin')[0]
    1900 
    1901 def SurfaceforcingsAPosEnum():
    1902         """
    1903         SURFACEFORCINGSAPOSENUM - Enum of SurfaceforcingsAPos
    1904 
    1905            Usage:
    1906               macro=SurfaceforcingsAPosEnum()
    1907         """
    1908 
    1909         return StringToEnum('SurfaceforcingsAPos')[0]
    1910 
    19111871def SurfaceforcingsBPosEnum():
    19121872        """
    … …  
    19191879        return StringToEnum('SurfaceforcingsBPos')[0]
    19201880
    1921 def SurfaceforcingsANegEnum():
    1922         """
    1923         SURFACEFORCINGSANEGENUM - Enum of SurfaceforcingsANeg
    1924 
    1925            Usage:
    1926               macro=SurfaceforcingsANegEnum()
    1927         """
    1928 
    1929         return StringToEnum('SurfaceforcingsANeg')[0]
    1930 
    19311881def SurfaceforcingsBNegEnum():
    19321882        """
    … …  
    22192169        return StringToEnum('BalancethicknessSolution')[0]
    22202170
     2171def WeakBalancethicknessAnalysisEnum():
     2172        """
     2173        WEAKBALANCETHICKNESSANALYSISENUM - Enum of WeakBalancethicknessAnalysis
     2174
     2175           Usage:
     2176              macro=WeakBalancethicknessAnalysisEnum()
     2177        """
     2178
     2179        return StringToEnum('WeakBalancethicknessAnalysis')[0]
     2180
     2181def WeakBalancethicknessSolutionEnum():
     2182        """
     2183        WEAKBALANCETHICKNESSSOLUTIONENUM - Enum of WeakBalancethicknessSolution
     2184
     2185           Usage:
     2186              macro=WeakBalancethicknessSolutionEnum()
     2187        """
     2188
     2189        return StringToEnum('WeakBalancethicknessSolution')[0]
     2190
    22212191def BedSlopeAnalysisEnum():
    22222192        """
    … …  
    32993269        return StringToEnum('Adjointz')[0]
    33003270
     3271def BalancethicknessMisfitEnum():
     3272        """
     3273        BALANCETHICKNESSMISFITENUM - Enum of BalancethicknessMisfit
     3274
     3275           Usage:
     3276              macro=BalancethicknessMisfitEnum()
     3277        """
     3278
     3279        return StringToEnum('BalancethicknessMisfit')[0]
     3280
    33013281def BedSlopeXEnum():
    33023282        """
    … …  
    35693549        return StringToEnum('QmuMelting')[0]
    35703550
     3551def AndroidFrictionCoefficientEnum():
     3552        """
     3553        ANDROIDFRICTIONCOEFFICIENTENUM - Enum of AndroidFrictionCoefficient
     3554
     3555           Usage:
     3556              macro=AndroidFrictionCoefficientEnum()
     3557        """
     3558
     3559        return StringToEnum('AndroidFrictionCoefficient')[0]
     3560
    35713561def ResetPenaltiesEnum():
    35723562        """
    … …  
    39993989        return StringToEnum('TransientInput')[0]
    40003990
    4001 def OutputfilenameEnum():
    4002         """
    4003         OUTPUTFILENAMEENUM - Enum of Outputfilename
    4004 
    4005            Usage:
    4006               macro=OutputfilenameEnum()
    4007         """
    4008 
    4009         return StringToEnum('Outputfilename')[0]
    4010 
    40113991def WaterfractionEnum():
    40123992        """
    … …  
    49974977        """
    49984978
    4999         return 498
    5000 
     4979        return 496
     4980

  • issm/trunk/src/m/enum/MaximumNumberOfEnums.m

    r13975 r14310  
    99%      macro=MaximumNumberOfEnums()
    1010
    11 macro=498;
     11macro=496;

  • issm/trunk/src/m/exp/expwrite.m

    r13975 r14310  
    1515%   See also EXPDOC, EXPREAD, EXPWRITEASVERTICES
    1616
     17%check input variable
     18if ~isstruct(a),
     19        error('first argument is not a structure');
     20end
     21
     22%Add density if it's not there
     23if ~isfield(a,'density'),
     24        for n=1:length(a),
     25                a(n).density=1;
     26        end
     27end
     28
    1729fid=fopen(filename,'w');
    1830for n=1:length(a),
    … …  
    2234
    2335        if isfield(a,'name'),
    24                 if ~isempty(a(n).name),
    25                         fprintf(fid,'%s%s\n','## Name:',a(n).name);
    26                 else
    27                         fprintf(fid,'%s\n','## Name:');
    28                 end
     36                fprintf(fid,'%s%s\n','## Name:',a(n).name);
    2937        else
    30                 fprintf(fid,'%s\n','## Name:');
     38                fprintf(fid,'%s%s\n','## Name:',filename);
    3139        end
    3240
    … …  
    3543        fprintf(fid,'%i %f\n',[length(a(n).x) a(n).density]);
    3644        fprintf(fid,'%s\n','# X pos Y pos');
    37         fprintf(fid,'%10.10f %10.10f\n',[a(n).x a(n).y]');
     45        fprintf(fid,'%10.10f %10.10f\n',[a(n).x(:) a(n).y(:)]');
    3846        fprintf(fid,'\n');
    3947

  • issm/trunk/src/m/exp/expwrite.py

    r13395 r14310  
    2525   
    2626                if 'name' in contour:
    27                         if contour['name']:
    28                                 fid.write("%s%s\n" % ('## Name:',contour['name']))
    29                         else:
    30                                 fid.write("%s\n" % '## Name:')
     27                        fid.write("%s%s\n" % ('## Name:',contour['name']))
    3128                else:
    32                         fid.write("%s\n" % '## Name:')
     29                        fid.write("%s%s\n" % ('## Name:',filename))
    3330   
     31                #Add density if it's not there
     32                if 'density' not in contour:
     33                        contour['density']=1
     34
    3435                fid.write("%s\n" % '## Icon:0')
    3536                fid.write("%s\n" % '# Points Count Value')

  • issm/trunk/src/m/exp/flowlines.m

    r13395 r14310  
    3838
    3939%check seed points
    40 tria=TriaSearch(index,x,y,x0,y0);
     40%tria=TriaSearch(index,x,y,x0,y0);
     41tria=tsearch(x,y,index,x0,y0);
    4142pos=find(isnan(tria));
    4243x0(pos)=[];
    … …  
    6970        %find current triangle
    7071        queue=find(~done);
    71         tria=TriaSearch(index,x,y,X(queue),Y(queue));
     72        %tria=TriaSearch(index,x,y,X(queue),Y(queue));
     73        tria=tsearch(x,y,index,X(queue),Y(queue));
    7274
    7375        %check that the point is actually inside a triangle of the mesh
    … …  
    118120        %find current triangle
    119121        queue=find(~done);
    120         tria=TriaSearch(index,x,y,X(queue),Y(queue));
     122        %tria=TriaSearch(index,x,y,X(queue),Y(queue));
     123        tria=tsearch(x,y,index,X(queue),Y(queue));
    121124
    122125        %check that the point is actually inside a triangle of the mesh

  • issm/trunk/src/m/geometry/FlagElements.py

    r14067 r14310  
    44from ContourToMesh import *
    55from MatlabFuncs import *
     6from PythonFuncs import *
    67
    78def FlagElements(md,region):
    … …  
    4344                                raise RuntimeError("FlagElements.py calling basinzoom.py is not complete.")
    4445                                xlim,ylim=basinzoom('basin',region)
    45                                 flag_nodes=numpy.logical_and(numpy.logical_and(md.mesh.x<xlim[1],md.mesh.x>xlim[0]),numpy.logical_and(md.mesh.y<ylim[1],md.mesh.y>ylim[0]))
     46                                flag_nodes=logical_and_n(md.mesh.x<xlim[1],md.mesh.x>xlim[0],md.mesh.y<ylim[1],md.mesh.y>ylim[0])
    4647                                flag=numpy.prod(flag_nodes[md.mesh.elements],axis=1).astype(bool)
    4748                        else:
    4849                                #ok, flag elements
    49                                 [flag,dum]=ContourToMesh(md.mesh.elements[:,0:3].copy(),md.mesh.x.reshape(-1,1),md.mesh.y.reshape(-1,1),region,'element',1)
     50                                [flag,dum]=ContourToMesh(md.mesh.elements[:,0:3].copy(),md.mesh.x,md.mesh.y,region,'element',1)
    5051                                flag=flag.astype(bool)
    5152

  • issm/trunk/src/m/mech/mechanicalproperties.m

    r13975 r14310  
    119119
    120120strainrate=struct('xx',[],'yy',[],'xy',[],'principalvalue1',[],'principalaxis1',[],'principalvalue2',[],'principalaxis2',[],'effectivevalue',[]);
    121 strainrate.xx=ux;
    122 strainrate.yy=vy;
    123 strainrate.xy=uyvx;
    124 strainrate.principalvalue1=valuesstrain(:,1)*(365.25*24*3600); %strain rate in 1/a instead of 1/s
     121strainrate.xx=ux*md.constants.yts; %strain rate in 1/a instead of 1/s
     122strainrate.yy=vy*md.constants.yts;
     123strainrate.xy=uyvx*md.constants.yts;
     124strainrate.principalvalue1=valuesstrain(:,1)*md.constants.yts;
    125125strainrate.principalaxis1=directionsstrain(:,1:2);
    126 strainrate.principalvalue2=valuesstrain(:,2)*(365.25*24*3600); %strain rate in 1/a instead of 1/s
     126strainrate.principalvalue2=valuesstrain(:,2)*md.constants.yts;
    127127strainrate.principalaxis2=directionsstrain(:,3:4);
    128128strainrate.effectivevalue=1/sqrt(2)*sqrt(strainrate.xx.^2+strainrate.yy.^2+2*strainrate.xy.^2);

  • issm/trunk/src/m/mesh/ComputeMetric.m

    r13975 r14310  
    1313lambda1=0.5*((a+d)+sqrt(4.*b.^2+(a-d).^2));
    1414lambda2=0.5*((a+d)-sqrt(4.*b.^2+(a-d).^2));
    15 pos1=find(lambda1==0);
    16 pos2=find(lambda2==0);
    17 pos3=find(b==0 & lambda1==lambda2);
     15pos1=find(lambda1==0.);
     16pos2=find(lambda2==0.);
     17pos3=find(b==0. & lambda1==lambda2);
    1818
    1919%Modify the eigen values to control the shape of the elements

  • issm/trunk/src/m/mesh/ComputeMetric.py

    r13975 r14310  
    1919        lambda1=0.5*((a+d)+numpy.sqrt(4.*b**2+(a-d)**2))
    2020        lambda2=0.5*((a+d)-numpy.sqrt(4.*b**2+(a-d)**2))
    21         pos1=numpy.nonzero(lambda1==0)[0]
    22         pos2=numpy.nonzero(lambda2==0)[0]
    23         pos3=numpy.nonzero(numpy.logical_and(b==0,lambda1==lambda2))[0]
     21        pos1=numpy.nonzero(lambda1==0.)[0]
     22        pos2=numpy.nonzero(lambda2==0.)[0]
     23        pos3=numpy.nonzero(numpy.logical_and(b==0.,lambda1==lambda2))[0]
    2424
    2525        #Modify the eigen values to control the shape of the elements
    … …  
    5454        #take care of NaNs if any (use Numpy eig in a loop)
    5555        pos=numpy.nonzero(numpy.isnan(metric))[0]
    56         if pos:
     56        if numpy.size(pos):
    5757                print(" %i NaN found in the metric. Use Numpy routine..." % numpy.size(pos))
    5858                for posi in pos:

  • issm/trunk/src/m/mesh/ElementsFromEdge.py

    r13975 r14310  
    11import numpy
     2from PythonFuncs import *
    23
    34def ElementsFromEdge(elements,A,B):
    … …  
    1213
    1314        edgeelements=numpy.nonzero(\
    14                 numpy.logical_or( \
    15                 numpy.logical_or( \
    16                 numpy.logical_or(numpy.logical_and(elements[:,0]==A,elements[:,1]==B), \
    17                                                  numpy.logical_and(elements[:,0]==A,elements[:,2]==B)) \
    18                 , \
    19                 numpy.logical_or(numpy.logical_and(elements[:,1]==A,elements[:,2]==B), \
    20                                                  numpy.logical_and(elements[:,1]==A,elements[:,0]==B)) \
    21                 ), \
    22                 numpy.logical_or(numpy.logical_and(elements[:,2]==A,elements[:,0]==B), \
    23                                                  numpy.logical_and(elements[:,2]==A,elements[:,1]==B)) \
     15                logical_or_n(numpy.logical_and(elements[:,0]==A,elements[:,1]==B), \
     16                                         numpy.logical_and(elements[:,0]==A,elements[:,2]==B), \
     17                                         numpy.logical_and(elements[:,1]==A,elements[:,2]==B), \
     18                                         numpy.logical_and(elements[:,1]==A,elements[:,0]==B), \
     19                                         numpy.logical_and(elements[:,2]==A,elements[:,0]==B), \
     20                                         numpy.logical_and(elements[:,2]==A,elements[:,1]==B), \
    2421                ))[0]+1
    2522

  • issm/trunk/src/m/mesh/bamg.py

    r14067 r14310  
    9292                        #Checks that all holes are INSIDE the principle domain outline
    9393                        if i:
    94                                 flags=ContourToNodes(domaini['x'].reshape(-1,1),domaini['y'].reshape(-1,1),domainfile,0)
     94                                flags=ContourToNodes(domaini['x'],domaini['y'],domainfile,0)
    9595                                if numpy.any(numpy.logical_not(flags)):
    9696                                        raise RuntimeError("bamg error message: All holes should be strictly inside the principal domain")
    … …  
    118118
    119119                                #detect whether all points of the rift are inside the domain
    120                                 flags=ContourToNodes(rifti['x'].reshape(-1,1),rifti['y'].reshape(-1,1),domain[0],0)
     120                                flags=ContourToNodes(rifti['x'],rifti['y'],domain[0],0)
    121121                                if numpy.all(numpy.logical_not(flags)):
    122122                                        raise RuntimeError("one rift has all its points outside of the domain outline")

  • issm/trunk/src/m/mesh/rifts/meshprocessoutsiderifts.py

    r14067 r14310  
    1616       
    1717                #first, flag nodes that belong to the domain outline
    18                 flags=ContourToMesh(md.mesh.elements,md.mesh.x.reshape(-1,1),md.mesh.y.reshape(-1,1),domainoutline,'node',0)
     18                flags=ContourToMesh(md.mesh.elements,md.mesh.x,md.mesh.y,domainoutline,'node',0)
    1919
    2020                tips=rift.tips

  • issm/trunk/src/m/mesh/rifts/meshprocessrifts.py

    r14067 r14310  
    4949
    5050        #In case we have rifts that open up the domain outline, we need to open them:
    51         [flags,dum]=ContourToMesh(md.mesh.elements,md.mesh.x.reshape(-1,1),md.mesh.y.reshape(-1,1),domainoutline,'node',0)
     51        [flags,dum]=ContourToMesh(md.mesh.elements,md.mesh.x,md.mesh.y,domainoutline,'node',0)
    5252        found=0
    5353        for rift in md.rifts.riftstruct:

  • issm/trunk/src/m/mesh/squaremesh.m

    r13395 r14310  
    1515
    1616%initialization
    17 segments=zeros(0,3);
    1817index=zeros(nel,3);
    1918x=zeros(nx*ny,1);
    … …  
    2322for n=1:nx,
    2423        for m=1:ny,
    25                 x((n-1)*ny+m)=(n-1);
    26                 y((n-1)*ny+m)=(m-1);
     24                x((n-1)*ny+m)=(n-1.);
     25                y((n-1)*ny+m)=(m-1.);
    2726        end
    2827end

  • issm/trunk/src/m/miscellaneous/MatlabFuncs.py

    r13975 r14310  
    88
    99        if 'Windows' in platform.system():
     10                return True
     11        else:
     12                return False
     13
     14def ismac():
     15        import platform
     16
     17        if 'Darwin' in platform.system():
    1018                return True
    1119        else:
    … …  
    8997        return a
    9098
     99def heaviside(x):
     100        import numpy
     101
     102        y=numpy.zeros_like(x)
     103        y[numpy.nonzero(x> 0.)]=1.
     104        y[numpy.nonzero(x==0.)]=0.5
     105
     106        return y
     107

  • issm/trunk/src/m/parameterization/contourenvelope.m

    r13975 r14310  
    101101        els2=mesh.elementconnectivity(el1,find(mesh.elementconnectivity(el1,:)));
    102102        if length(els2)>1,
    103                 flag=intersect(mesh.elements(els2(1),:),mesh.elements(els2(2),:));
     103                flag=intersect(intersect(mesh.elements(els2(1),:),mesh.elements(els2(2),:)),mesh.elements(el1,:));
    104104                nods1=mesh.elements(el1,:);
    105105                nods1(find(nods1==flag))=[];

  • issm/trunk/src/m/parameterization/contourenvelope.py

    r14067 r14310  
    9999                els2=mesh.elementconnectivity[el1,numpy.nonzero(mesh.elementconnectivity[el1,:])[0]]-1
    100100                if numpy.size(els2)>1:
    101                         flag=numpy.intersect1d(mesh.elements[els2[0],:],mesh.elements[els2[1],:])
     101                        flag=numpy.intersect1d(numpy.intersect1d(mesh.elements[els2[0],:],mesh.elements[els2[1],:]),mesh.elements[el1,:])
    102102                        nods1=mesh.elements[el1,:]
    103103                        nods1=numpy.delete(nods1,numpy.nonzero(nods1==flag))

  • issm/trunk/src/m/parameterization/setflowequation.py

    r14067 r14310  
    33from pairoptions import *
    44from MatlabFuncs import *
     5from PythonFuncs import *
    56from FlagElements import *
    67
    … …  
    5051        #Flag the elements that have not been flagged as filltype
    5152        if   strcmpi(filltype,'hutter'):
    52                 hutterflag[numpy.nonzero(numpy.logical_not(numpy.logical_or(macayealflag,pattynflag)))]=True
     53                hutterflag[numpy.nonzero(numpy.logical_not(logical_or_n(macayealflag,pattynflag)))]=True
    5354        elif strcmpi(filltype,'macayeal'):
    54                 macayealflag[numpy.nonzero(numpy.logical_not(numpy.logical_or(hutterflag,numpy.logical_or(pattynflag,stokesflag))))]=True
     55                macayealflag[numpy.nonzero(numpy.logical_not(logical_or_n(hutterflag,pattynflag,stokesflag)))]=True
    5556        elif strcmpi(filltype,'pattyn'):
    56                 pattynflag[numpy.nonzero(numpy.logical_not(numpy.logical_or(hutterflag,numpy.logical_or(macayealflag,stokesflag))))]=True
     57                pattynflag[numpy.nonzero(numpy.logical_not(logical_or_n(hutterflag,macayealflag,stokesflag)))]=True
    5758
    5859        #check that each element has at least one flag
    … …  
    6970        #Check that no pattyn or stokes for 2d mesh
    7071        if md.mesh.dimension==2:
    71                 if numpy.any(numpy.logical_or(l1l2flag,stokesflag,pattynflag)):
     72                if numpy.any(logical_or_n(l1l2flag,stokesflag,pattynflag)):
    7273                        raise TypeError("stokes and pattyn elements not allowed in 2d mesh, extrude it first")
    7374

  • issm/trunk/src/m/plot/applyoptions.m

    r14067 r14310  
    331331end
    332332
    333 %position of figure
    334 if exist(options,'figposition'),
    335 
    336         figposition=getfieldvalue(options,'figposition');
    337         if ischar(figposition),
    338                 if strcmpi(figposition,'larour'),
    339                         set(gcf,'Position',[1604 4 1594 1177]);
    340                 elseif strcmpi(figposition,'larour2'),
    341                         set(gcf,'Position',[756    62   827   504]);
    342                 elseif strcmpi(figposition,'mathieu'),
    343                         set(gcf,'Position',[300 1 1580 1150]);
    344                 elseif strcmpi(figposition,'fullscreen'),
    345                         set(gcf,'Position',get(0,'ScreenSize'));
    346                 elseif strcmpi(figposition,'halfright'),
    347                         screen=get(0,'ScreenSize');
    348                         left=screen(1); bott=screen(2); widt=screen(3); heig=screen(4)-25;
    349                         set(gcf,'Position',fix([left+widt/2 bott widt/2 heig]));
    350                 elseif strcmpi(figposition,'halfleft'),
    351                         screen=get(0,'ScreenSize');
    352                         left=screen(1); bott=screen(2); widt=screen(3); heig=screen(4)-25;
    353                         set(gcf,'Position',fix([left bott widt/2 heig]));
    354                 elseif strcmpi(figposition,'square'),
    355                         screen=get(0,'ScreenSize');
    356                         left=screen(1); bott=screen(2); widt=min(screen(3)-25,screen(4)-25);
    357                         set(gcf,'Position',fix([left+(screen(3)-widt) bott widt widt]));
    358                 elseif strcmpi(figposition,'portrait'),
    359                         %reformat with letter paper size (8.5" x 11")
    360                         screen=get(0,'ScreenSize');
    361                         left=screen(1); bott=screen(2); widt=screen(3); heig=screen(4)-25;
    362                         portrait=fix([left+widt-(heig*8.5/11) bott heig*8.5/11 heig]);
    363                         set(gcf,'Position',portrait)
    364                 elseif strcmpi(figposition,'landscape'),
    365                         %reformat with letter paper size (8.5" x 11")
    366                         screen=get(0,'ScreenSize');
    367                         left=screen(1); bott=screen(2); widt=screen(3); heig=screen(4)-25;
    368                         landscape=fix([left+widt-(heig*11/8.5) bott heig*11/8.5 heig]);
    369                         set(gcf,'Position',landscape)
    370                 else
    371                         disp('''figposition'' string not supported yet');
    372                 end
    373         else
    374                 set(gcf,'Position',figposition);
    375         end
    376 
    377 end
    378 
    379333%axes position
    380334if exist(options,'axesPosition')
    … …  
    446400set(gca,'color',getfieldvalue(options,'backgroundcolor','none'));
    447401
    448 %figurebackgrounbcolor
    449 set(gcf,'color',getfieldvalue(options,'figurebackgroundcolor','w'));
    450 
    451402%lighting
    452403if strcmpi(getfieldvalue(options,'light','off'),'on'),

  • issm/trunk/src/m/plot/applyoptions.py

    r13975 r14310  
     1from matplotlib.ticker import MaxNLocator
    12
    23try:
    … …  
    107108        #}}}
    108109
     110        #ticklabel notation {{{
     111        p.gca().ticklabel_format(style='sci',scilimits=(0,0))
     112        #}}}
     113
    109114        #ticklabelfontsize {{{
    110115        if options.exist('ticklabelfontsize'):
    … …  
    116121                                label.set_fontsize(options.getfieldvalue('ticklabelfontsize'))
    117122        #}}}
     123
    118124        #view
    119125
    … …  
    137143        #ShowBasins
    138144
    139         #Caxis
     145        #clim {{{
     146        if options.exist('clim'):
     147                lims=options.getfieldvalue('clim')
     148                if len(lims)!=2:
     149                        print 'WARNING: clim should be passed as a list of length 2'
     150                else:
     151                        p.clim(lims[0],lims[1])
     152        #}}}
    140153
    141154        #shading
    … …  
    152165
    153166        #colorbar {{{
    154         if 'on' in options.getfieldvalue('colorbar','off'):
    155                 p.colorbar()
     167        if options.getfieldvalue('colorbar','off')==1:
     168                cb=p.colorbar()
     169                cb.locator=MaxNLocator(nbins=5) # default 5 ticks
     170                cb.update_ticks()
     171                if options.exist('colorbarnumticks'):
     172                        cb.locator=MaxNLocator(nbins=options.getfieldvalue('colorbarnumticks',5))
     173                        cb.update_ticks()
    156174        #}}}
    157175

  • issm/trunk/src/m/plot/checkplotoptions.m

    r13975 r14310  
    8181        end
    8282        textweightvalues=repmat(textweightvalues,1,numtext); textweightvalues(numtext+1:end)=[];
     83
    8384        %3: textsize
    8485        if exist(options,'textsize'),
    … …  
    107108        end
    108109        textcolorvalues=repmat(textcolorvalues,1,numtext); textcolorvalues(numtext+1:end)=[];
    109         %4: textposition
     110        %5: textposition
    110111        if exist(options,'textposition'),
    111112                textpositionvalues=getfieldvalue(options,'textposition');
    … …  
    191192        if strcmpi(getfieldvalue(options,'scaleruler'),'on')
    192193                %default values
    193                 Lx=max(md.mesh.y)-min(md.mesh.y);
     194                Lx=max(md.mesh.x)-min(md.mesh.x);
    194195                Ly=max(md.mesh.y)-min(md.mesh.y);
    195196                %default values

  • issm/trunk/src/m/plot/checkplotoptions.py

    r13975 r14310  
     1import numpy as npy
     2
    13def checkplotoptions(md,options):
    24        '''
    … …  
    1113        '''
    1214
    13         print "WARNING: checkplotoptions not implemented: options returned as passed"
     15
     16        #units
     17        if options.exist('unit'):
     18                if 'km' in options.getfieldvalue('unit','km'):
     19                        options.changefieldvalue('unit',10**-3)
     20                if '100km' in options.getfieldvalue('unit','100km'):
     21                        options.changefieldvalue('unit',10**-5)
     22       
     23        #density
     24        if options.exist('density'):
     25                density=options.getfieldvalue('density')
     26                options.changefieldvalue('density',abs(ceil(density)))
     27       
     28        #show section
     29        if options.exist('showsection'):
     30                if 'on' in options.getfieldvalue('showsection','on'):
     31                        options.changefieldvalue('showsection',4)
     32       
     33        #smooth values
     34        if options.exist('smooth'):
     35                if 'on' in options.getfieldvalue('smooth','on'):
     36                        options.changefieldvalue('smooth',0)
     37
     38        #contouronly values
     39        if options.exist('contouronly'):
     40                if 'on' in options.getfieldvalue('contouronly','on'):
     41                        options.changefieldvalue('contouronly',1)
     42
     43        #colorbar
     44        if options.exist('colorbar'):
     45                if 'on' in options.getfieldvalue('colorbar','on'):
     46                        options.changefieldvalue('colorbar',1)
     47                elif 'off' in options.getfieldvalue('colorbar','off'):
     48                        options.changefieldvalue('colorbar',0)
     49
     50        #text
     51        if options.exist('text'):
     52                #1: textvalue
     53                textvalues=options.getfieldvalue('text')
     54                numtext=len(textvalues)
     55
     56                #2: textweight
     57                if options.exist('textweight'):
     58                        textweightvalues=options.getfieldvalue('textweight')
     59                else:
     60                        textweightvalues='n'
     61                textweightvalues=npy.tile(textweightvalues,numtext)
     62
     63                #3 textsize
     64                if options.exist('textsize'):
     65                        textsizevalues=options.getfieldvalue('textsize')
     66                else:
     67                        textsizevalues=14
     68                textsizevalues=npy.tile(textsizevalues,numtext)
     69
     70                #4 textcolor
     71                if options.exist('textcolor'):
     72                        textcolorvalues=options.getfieldvalue('textcolor')
     73                else:
     74                        textcolorvalues='k'
     75                textcolorvalues=npy.tile(textsizevalues,numtext)
     76
     77                #5 textposition
     78                if options.exist('textposition'):
     79                        options.getfieldvalue('textposition')
     80                else:
     81                        raise Exception("plotmodel error message: 'textposition' option is missing")
     82
     83                #6 textrotation
     84                if options.exist('textrotation'):
     85                        textrotationvalues=options.getfieldvalue('textrotation')
     86                else:
     87                        textrotationvalues=0
     88                textrotationvalues=npy.tile(textrotationvalues,numtext)
     89
     90                options.changfieldvalue('text',textvalues)
     91                options.changfieldvalue('textsize',textsizevalues)
     92                options.changfieldvalue('textweight',textweightvalues)
     93                options.changfieldvalue('textcolor',textcolorvalues)
     94                options.changfieldvalue('textposition',textpositionvalues)
     95                options.changfieldvalue('textrotation',textrotationvalues)
     96
     97        #expdisp
     98        expdispvaluesarray=[0,0]
     99        expstylevaluesarray=[0,0]
     100        expstylevalues=[0,0]
     101        if options.exist('expstyle'):
     102                expstylevalues=options.getfieldvalue('expstyle')
     103        if options.exist('expdisp'):
     104                expdispvalues=options.getfieldvalue('expdisp')
     105                for i in npy.arange(len(expdispvalues)):
     106                        expdispvaluesarray.append(expdispvalues[i])
     107                        if len(expstylevalues)>i+1:
     108                                expstylevaluesarray.append(expstylevalues[i])
     109                        else:
     110                                expstylevaluesarray.append('-k')
     111
     112        options.changefieldvalue('expstyle',expstylevaluesarray)
     113        options.changefieldvalue('expdisp',expdispvaluesarray)
     114
     115        #latlonnumbering
     116        if options.exist('latlonclick'):
     117                if 'on' in options.getfieldvalue('latlonclick','on'):
     118                        options.changefieldvalue('latlonclick',1)
     119
     120        #northarrow
     121        if options.exist('northarrow'):
     122                if 'on' in options.getfieldvalue('northarrow','on'):
     123                        #default values
     124                        Lx=max(md.mesh.x)-min(md.mesh.x)
     125                        Ly=max(md.mesh.y)-min(md.mesh.y)
     126                        options.changefieldvalue('northarrow',[min(md.mesh.x)+1./6.*Lx, min(md.mesh.y)+5./6.*Ly, 1./15.*Ly, 0.25, 1./250.*Ly])
     127
     128        #scale ruler
     129        if options.exist('scaleruler'):
     130                if 'on' in options.exist('scaleruler','on'):
     131                        Lx=max(md.mesh.x)-min(md.mesh.x)
     132                        Ly=max(md.mesh.y)-min(md.mesh.y)
     133                        options.changefieldvalue('scaleruler',[min(md.mesh.x)+6./8.*Lx, min(md.mesh.y)+1./10.*Ly, 10**(ceil(log10(Lx)))/5, floor(Lx/100), 5])
     134
     135        #log scale
     136        if options.exist('log'):
     137                if options.exist('caxis'):
     138                        options.changefieldvalue('caxis',log(options.getfieldvalue('caxis'))/log(options.getfieldvalue('log')))
     139                options.changefieldvalue('cutoff',log(options.getfieldvalue('cutoff',1.5))/log(options.getfieldvalue('log')))
     140
    14141        return options
    15 

  • issm/trunk/src/m/plot/kmlgroundoverlay.m

    r13975 r14310  
    3434
    3535%print image at high resolution
    36 printmodel([kmlroot '/' kmlimagename],kmlimagetype,'trim','on','resolution',kmlresolution,'margin','off','frame','off');
     36export_fig([kmlroot '/' kmlimagename],'-transparent','-zbuffer'); %zbuffer to avoid "Bad data returned by HARDCOPY. Not calling IMWRITE"
     37%printmodel([kmlroot '/' kmlimagename],kmlimagetype,'trim','on','resolution',kmlresolution,'margin','off','frame','off');
    3738
    3839%now write kml file

  • issm/trunk/src/m/plot/latlonoverlay.m

    r13975 r14310  
    8787                if (xcorner>xlimits(1) & xcorner<xlimits(2) & ycorner>ylimits(1) & ycorner<ylimits(2)),
    8888                        angle=mod((180)/pi*atan2((ycorner2-ycorner),(xcorner2-xcorner))+latangle,360);
    89                         if lat<0, label=[num2str(abs(lat)) '^{\circ}S'];
    90                         else      label=[num2str(abs(lat)) '^{\circ}N']; end
     89                        if lat<0, label=[num2str(abs(lat)) '^{\circ} S'];
     90                        else      label=[num2str(abs(lat)) '^{\circ} N']; end
    9191                        th=text(xcorner,ycorner,label);
    9292                        set(th,'Color',colornumber,'Rotation',angle,'FontSize',fontsize,'HorizontalAlignment','center','VerticalAlignment','middle','Clipping','on');
    … …  
    130130                if (xcorner>xlimits(1) & xcorner<xlimits(2) & ycorner>ylimits(1) & ycorner<ylimits(2)),
    131131                        angle=mod((180)/pi*atan2((ycorner2-ycorner),(xcorner2-xcorner))+lonangle,360);
    132                         if lon<0, label=[num2str(abs(lon)) '^{\circ}W'];
    133                         else      label=[num2str(abs(lon)) '^{\circ}E']; end
     132                        if lon<0, label=[num2str(abs(lon)) '^{\circ} W'];
     133                        else      label=[num2str(abs(lon)) '^{\circ} E']; end
    134134                        th=text(xcorner,ycorner,label);
    135135                        set(th,'Color',colornumber,'Rotation',angle,'FontSize',fontsize,'HorizontalAlignment','center','VerticalAlignment','middle','Clipping','on');

  • issm/trunk/src/m/plot/plot_BC.m

    r13975 r14310  
    77
    88%plot dirichlets
    9 h1=plot3(...
    10         md.mesh.x(find(~isnan(md.diagnostic.spcvx(1:md.mesh.numberofvertices,1)))),...
    11         md.mesh.y(find(~isnan(md.diagnostic.spcvx(1:md.mesh.numberofvertices,1)))),...
    12         md.mesh.z(find(~isnan(md.diagnostic.spcvx(1:md.mesh.numberofvertices,1)))),...
    13         'ro','MarkerSize',14,'MarkerFaceColor','r');
    14 h2=plot3(...
    15         md.mesh.x(find(~isnan(md.diagnostic.spcvy(1:md.mesh.numberofvertices,1)))),...
    16         md.mesh.y(find(~isnan(md.diagnostic.spcvy(1:md.mesh.numberofvertices,1)))),...
    17         md.mesh.z(find(~isnan(md.diagnostic.spcvy(1:md.mesh.numberofvertices,1)))),...
    18         'bo','MarkerSize',10,'MarkerFaceColor','b');
    19 h3=plot3(...
    20         md.mesh.x(find(~isnan(md.diagnostic.spcvz(1:md.mesh.numberofvertices,1)))),...
    21         md.mesh.y(find(~isnan(md.diagnostic.spcvz(1:md.mesh.numberofvertices,1)))),...
    22         md.mesh.z(find(~isnan(md.diagnostic.spcvz(1:md.mesh.numberofvertices,1)))),...
    23         'yo','MarkerSize',6 ,'MarkerFaceColor','y');
     9dirichleton=getfieldvalue(options,'dirichlet','on');
     10if strcmpi(dirichleton,'on'),
     11        h1=plot3(...
     12                md.mesh.x(find(~isnan(md.diagnostic.spcvx(1:md.mesh.numberofvertices,1)))),...
     13                md.mesh.y(find(~isnan(md.diagnostic.spcvx(1:md.mesh.numberofvertices,1)))),...
     14                md.mesh.z(find(~isnan(md.diagnostic.spcvx(1:md.mesh.numberofvertices,1)))),...
     15                'ro','MarkerSize',14,'MarkerFaceColor','r');
     16        h2=plot3(...
     17                md.mesh.x(find(~isnan(md.diagnostic.spcvy(1:md.mesh.numberofvertices,1)))),...
     18                md.mesh.y(find(~isnan(md.diagnostic.spcvy(1:md.mesh.numberofvertices,1)))),...
     19                md.mesh.z(find(~isnan(md.diagnostic.spcvy(1:md.mesh.numberofvertices,1)))),...
     20                'bo','MarkerSize',10,'MarkerFaceColor','b');
     21        h3=plot3(...
     22                md.mesh.x(find(~isnan(md.diagnostic.spcvz(1:md.mesh.numberofvertices,1)))),...
     23                md.mesh.y(find(~isnan(md.diagnostic.spcvz(1:md.mesh.numberofvertices,1)))),...
     24                md.mesh.z(find(~isnan(md.diagnostic.spcvz(1:md.mesh.numberofvertices,1)))),...
     25                'yo','MarkerSize',6 ,'MarkerFaceColor','y');
     26end
    2427
    2528%update legend
    2629[legend_h,object_h,plot_h,text_strings]=legend();
    2730legend('off');
    28 text_strings{end+1}='vx Dirichlet';
    29 text_strings{end+1}='vy Dirichlet';
    30 if h3, text_strings{end+1}='vz Dirichlet'; end
    31 plot_h(end+1)=h1;
    32 plot_h(end+1)=h2;
    33 if h3, plot_h(end+1)=h3; end
     31if strcmpi(dirichleton,'on'),
     32        text_strings{end+1}='vx Dirichlet';
     33        text_strings{end+1}='vy Dirichlet';
     34        if h3, text_strings{end+1}='vz Dirichlet'; end
     35        plot_h(end+1)=h1;
     36        plot_h(end+1)=h2;
     37        if h3, plot_h(end+1)=h3; end
     38end
    3439legend(plot_h,text_strings,'location','NorthEast')
    3540

  • issm/trunk/src/m/plot/plot_gridded.m

    r13395 r14310  
    2424[x_m y_m data_grid]=InterpFromMeshToGrid(elements,x,y,data,xlim(1),ylim(2),post,post,round(diff(ylim)/post),round(diff(xlim)/post),NaN);
    2525if size(data_grid,1)<3 | size(data_grid,2)<3,
    26         error('data_grid size too small in plot_gridded, check posting and uni');
     26        error('data_grid size too small in plot_gridded, check posting and units');
    2727end
    2828

  • issm/trunk/src/m/plot/plot_manager.py

    r13975 r14310  
    5757
    5858        #standard plot
    59         p.subplot(nlines,ncols,i)
     59        p.subplot(nlines,ncols,i,aspect='equal')
    6060
    6161        #plot unit
    … …  
    6464        #apply all options
    6565        applyoptions(md,data2,options)
    66 
     66       
    6767        #ground overlay on kml plot_unit

  • issm/trunk/src/m/plot/plot_mesh.py

    r13975 r14310  
    2121
    2222        if is2d:
    23                 p.subplot(nlines,ncols,i)
     23                p.subplot(nlines,ncols,i,aspect='equal')
    2424                p.triplot(x,y,elements)
    2525        else:

  • issm/trunk/src/m/plot/plotmodel.m

    r13975 r14310  
    3434
    3535        %Create figure
     36        f=figure(figurenumber);clf;
    3637        if strcmpi(getfieldvalue(options.list{1},'visible','on'),'off'),
    37                 F=figure(figurenumber);clf;
    38                 set(F,'Visible','Off');
    39         else
    40                 figure(figurenumber);clf;
     38                set(f,'Visible','Off');
    4139        end
    4240
    43         %Use zbuffer renderer (snoother colors)
    44         set(gcf,'Renderer','zbuffer');
     41        if exist(options.list{1},'figposition'), % {{{
     42                figposition=getfieldvalue(options.list{1},'figposition');
     43                if ischar(figposition),
     44                        if strcmpi(figposition,'larour'),
     45                                set(gcf,'Position',[1604 4 1594 1177]);
     46                        elseif strcmpi(figposition,'larour2'),
     47                                set(gcf,'Position',[756    62   827   504]);
     48                        elseif strcmpi(figposition,'mathieu'),
     49                                set(gcf,'Position',[300 1 1580 1150]);
     50                        elseif strcmpi(figposition,'fullscreen'),
     51                                set(gcf,'Position',get(0,'ScreenSize'));
     52                        elseif strcmpi(figposition,'halfright'),
     53                                screen=get(0,'ScreenSize');
     54                                left=screen(1); bott=screen(2); widt=screen(3); heig=screen(4)-25;
     55                                set(gcf,'Position',fix([left+widt/2 bott widt/2 heig]));
     56                        elseif strcmpi(figposition,'halfleft'),
     57                                screen=get(0,'ScreenSize');
     58                                left=screen(1); bott=screen(2); widt=screen(3); heig=screen(4)-25;
     59                                set(gcf,'Position',fix([left bott widt/2 heig]));
     60                        elseif strcmpi(figposition,'square'),
     61                                screen=get(0,'ScreenSize');
     62                                left=screen(1); bott=screen(2); widt=min(screen(3)-25,screen(4)-25);
     63                                set(gcf,'Position',fix([left+(screen(3)-widt) bott widt widt]));
     64                        elseif strcmpi(figposition,'portrait'),
     65                                %reformat with letter paper size (8.5" x 11")
     66                                screen=get(0,'ScreenSize');
     67                                left=screen(1); bott=screen(2); widt=screen(3); heig=screen(4)-25;
     68                                portrait=fix([left+widt-(heig*8.5/11) bott heig*8.5/11 heig]);
     69                                set(gcf,'Position',portrait)
     70                        elseif strcmpi(figposition,'landscape'),
     71                                %reformat with letter paper size (8.5" x 11")
     72                                screen=get(0,'ScreenSize');
     73                                left=screen(1); bott=screen(2); widt=screen(3); heig=screen(4)-25;
     74                                landscape=fix([left+widt-(heig*11/8.5) bott heig*11/8.5 heig]);
     75                                set(gcf,'Position',landscape)
     76                        else
     77                                disp('''figposition'' string not supported yet');
     78                        end
     79                else
     80                        set(gcf,'Position',figposition);
     81                end
     82        end % }}}
     83
     84        %Use zbuffer renderer (snoother colors) and white background
     85        set(f,'Renderer','zbuffer','color',getfieldvalue(options.list{1},'figurebackgroundcolor','w'));
    4586
    4687        %Go through all data plottable and close window if an error occurs
    … …  
    4889                for i=1:numberofplots,
    4990                        plot_manager(getfieldvalue(options.list{i},'model',md),options.list{i},subplotwidth,nlines,ncols,i);
     91                        %List all unused options
     92                        displayunused(options.list{i})
    5093                end
    5194        catch me,

  • issm/trunk/src/m/plot/plotmodel.py

    r13975 r14310  
     1import numpy as npy
    12
    23try:
    … …  
    2122        subplotwidth=ceil(sqrt(options.numberofplots))
    2223       
     24        #Get figure number and number of plots
     25        figurenumber=options.figurenumber
     26        numberofplots=options.numberofplots
     27
    2328        #if nlines and ncols specified, then bypass
    2429        if options.list[0].exist('nlines'):
    … …  
    2631                nl=True
    2732        else:
    28                 nlines=subplotwidth
     33                nlines=npy.ceil(numberofplots/subplotwidth)
    2934                nl=False
    3035       
    … …  
    4045                raise StandardError('error: nlines and ncols need to be specified together, or not at all')
    4146       
    42         #Get figure number and number of plots
    43         figurenumber=options.figurenumber
    44         numberofplots=options.numberofplots
    4547       
    4648        #Go through plots
    … …  
    6062                #try:
    6163                for i in xrange(numberofplots):
    62                         plot_manager(options.list[i].getfieldvalue('model',md),options.list[i],subplotwidth,nlines,ncols,i)
     64                        plot_manager(options.list[i].getfieldvalue('model',md),options.list[i],subplotwidth,nlines,ncols,i+1)
    6365                #except StandardError:
    6466                #       print 'error in plot_manager'
    6567        else:
    6668                raise StandardError('plotmodel error message: no output data found.')
    67                        

  • issm/trunk/src/m/qmu/dakota_cdfs.m

    r13975 r14310  
    247247        irow=irow+1;
    248248        cdf(irow,1)=resp(i);
    249         cdf(irow,2)=normcdf(resp(i),mu,sigma);
     249        cdf(irow,2)=normcdf_issm(resp(i),mu,sigma);
    250250        cdf(irow,3)=(mu-resp(i))/sigma;
    251251        cdf(irow,4)=(mu-resp(i))/sigma;
    … …  
    256256    for i=1:length(prob)
    257257        irow=irow+1;
    258         cdf(irow,1)=norminv(prob(i),mu,sigma);
     258        cdf(irow,1)=norminv_issm(prob(i),mu,sigma);
    259259        cdf(irow,2)=prob(i);
    260         cdf(irow,3)=-norminv(prob(i),0,1);
    261         cdf(irow,4)=-norminv(prob(i),0,1);
     260        cdf(irow,3)=-norminv_issm(prob(i),0,1);
     261        cdf(irow,4)=-norminv_issm(prob(i),0,1);
    262262    end
    263263
    … …  
    267267        irow=irow+1;
    268268        cdf(irow,1)=mu-sigma*rel(i);
    269         cdf(irow,2)=normcdf(-rel(i),0,1);
     269        cdf(irow,2)=normcdf_issm(-rel(i),0,1);
    270270        cdf(irow,3)=rel(i);
    271271        cdf(irow,4)=rel(i);
    … …  
    277277        irow=irow+1;
    278278        cdf(irow,1)=mu-sigma*grel(i);
    279         cdf(irow,2)=normcdf(-grel(i),0,1);
     279        cdf(irow,2)=normcdf_issm(-grel(i),0,1);
    280280        cdf(irow,3)=grel(i);
    281281        cdf(irow,4)=grel(i);

  • issm/trunk/src/m/qmu/dakota_moments.m

    r13975 r14310  
    133133    sigma=std(samp);
    134134
    135     muci(1)   =mu-tinv(prob,nsamp-1)*sigma/sqrt(nsamp);
    136     muci(2)   =mu+tinv(prob,nsamp-1)*sigma/sqrt(nsamp);
    137     sigmaci(1)=sigma*sqrt((nsamp-1)/chi2inv(prob  ,nsamp-1));
    138     sigmaci(2)=sigma*sqrt((nsamp-1)/chi2inv(1-prob,nsamp-1));
     135        try
     136        muci(1,1)   =mu-tinv(prob,nsamp-1)*sigma/sqrt(nsamp);
     137        muci(2,1)   =mu+tinv(prob,nsamp-1)*sigma/sqrt(nsamp);
     138        sigmaci(1,1)=sigma*sqrt((nsamp-1)/chi2inv(prob  ,nsamp-1));
     139        sigmaci(2,1)=sigma*sqrt((nsamp-1)/chi2inv(1-prob,nsamp-1));
     140        catch me
     141        muci(1,1)   =mu;
     142        muci(2,1)   =mu;
     143        sigmaci(1,1)=sigma;
     144        sigmaci(2,1)=sigma;
     145        end
    139146
    140147end

  • issm/trunk/src/m/qmu/dakota_out_parse.m

    r13975 r14310  
    112112    elseif strncmp(fline,'Moments for each response function',34)
    113113        [dresp]=moments_read(fidi,dresp,fline);
     114    elseif strncmp(fline,'Moment-based statistics for each response function',50)
     115        [dresp]=mbstats_read(fidi,dresp,fline);
    114116    elseif strncmp(fline,'95% confidence intervals for each response function',51)
    115117        [dresp]=cis_read(fidi,dresp,fline);
    116     elseif strncmp(fline,'Probabilities for each response function',40)
     118    elseif strncmp(fline,'Probabilities for each response function',40) || ...
     119           strncmp(fline,'Level mappings for each response function',41)
    117120        [dresp]=cdfs_read(fidi,dresp,fline);
     121    elseif strncmp(fline,'Probability Density Function (PDF) histograms for each response function',72)
     122        [dresp]=pdfs_read(fidi,dresp,fline);
    118123    elseif strncmp(fline,'Simple Correlation Matrix',25)
    119124        [scm]=corrmat_read(fidi,'Simple Correlation Matrix',fline);
    … …  
    137142    else
    138143        display(['Unexpected line: ' deblank(fline)]);
    139         fline=fgetl(fidi);
    140144    end
    141145    fline=fgetl(fidi);
    … …  
    198202    %dstddev=std    (data,0);
    199203    [dmean,dstddev,dmeanci,dstddevci]=...
    200         normfit(data,0.05);
     204        normfit_issm(data,0.05);
    201205else
    202206    dmean    =zeros(1,size(data,2));
    … …  
    206210    for i=1:size(data,2)
    207211        [dmean(1,i),dstddev(1,i),dmeanci(:,i),dstddevci(:,i)]=...
    208             normfit(data(:,i),0.05);
    209     end
    210 end
    211 
    212 dmin   =min    (data,[],1);
    213 dquart1=prctile(data,25,1);
    214 dmedian=median (data,1);
    215 dquart3=prctile(data,75,1);
    216 dmax   =max    (data,[],1);
     212            normfit_issm(data(:,i),0.05);
     213    end
     214end
     215
     216dmin   =min         (data,[],1);
     217dquart1=prctile_issm(data,25,1);
     218dmedian=median      (data,1);
     219dquart3=prctile_issm(data,75,1);
     220dmax   =max         (data,[],1);
    217221
    218222%  same as Dakota scm, Excel correl
    … …  
    316320end
    317321
     322%%  function to find and read the moment-based statistics
     323
     324function [dresp]=mbstats_read(fidi,dresp,fline)
     325
     326if ~exist('fline','var') || isempty(fline) || ~ischar(fline)
     327    [fline]=findline(fidi,'Moment-based statistics for each response function');
     328    if ~ischar(fline)
     329        return
     330    end
     331end
     332
     333display('Reading moment-based statistics for response functions:');
     334
     335%  skip column headings of moment-based statistics
     336
     337    fline=fgetl(fidi);
     338
     339while 1
     340    fline=fgetl(fidi);
     341    if isempty(fline)
     342        break;
     343    end
     344    [ntokens,tokens]=fltokens(fline);
     345
     346%  add new response function and moment-based statistics
     347
     348    dresp(end+1).descriptor=tokens{1}{ 1};
     349    display(sprintf('  %s',dresp(end).descriptor));
     350    dresp(end  ).mean      =tokens{1}{ 2};
     351    dresp(end  ).stddev    =tokens{1}{ 3};
     352    dresp(end  ).skewness  =tokens{1}{ 4};
     353    dresp(end  ).kurtosis  =tokens{1}{ 5};
     354end
     355
     356display(sprintf('  Number of Dakota response functions=%d.',...
     357    length(dresp)));
     358
     359end
     360
    318361%%  function to find and read the confidence intervals
    319362
    … …  
    336379    end
    337380    [ntokens,tokens]=fltokens(fline);
     381
     382%  check for column headings in Dakota 5.2
     383
     384    if (ntokens == 4)
     385        fline=fgetl(fidi);
     386        if isempty(fline)
     387            break;
     388        end
     389        [ntokens,tokens]=fltokens(fline);
     390    end
    338391
    339392%  find response function associated with confidence intervals
    … …  
    354407%  add confidence intervals to response functions
    355408
    356     dresp(i).meanci  (1,1)=tokens{1}{ 5};
    357     dresp(i).meanci  (2,1)=tokens{1}{ 6};
    358     dresp(i).stddevci(1,1)=tokens{1}{12};
    359     dresp(i).stddevci(2,1)=tokens{1}{13};
     409    if (ntokens == 14)
     410        dresp(i).meanci  (1,1)=tokens{1}{ 5};
     411        dresp(i).meanci  (2,1)=tokens{1}{ 6};
     412        dresp(i).stddevci(1,1)=tokens{1}{12};
     413        dresp(i).stddevci(2,1)=tokens{1}{13};
     414    else
     415        dresp(i).meanci  (1,1)=tokens{1}{ 2};
     416        dresp(i).meanci  (2,1)=tokens{1}{ 3};
     417        dresp(i).stddevci(1,1)=tokens{1}{ 4};
     418        dresp(i).stddevci(2,1)=tokens{1}{ 5};
     419    end
    360420end
    361421
    … …  
    372432    [fline]=findline(fidi,'Probabilities for each response function');
    373433    if ~ischar(fline)
    374         return
     434        [fline]=findline(fidi,'Level mappings for each response function');
     435        if ~ischar(fline)
     436            return
     437        end
    375438    end
    376439end
    … …  
    425488                    dresp(idresp).cdf(icdf,i)=tokens{1}{itoken};
    426489                end
    427             end;
     490            end
     491            fline=fgetl(fidi);
     492        end
     493    end
     494end
     495
     496display(sprintf('  Number of Dakota response functions=%d.',...
     497    length(dresp)));
     498
     499end
     500
     501%%  function to find and read the pdf's
     502
     503function [dresp]=pdfs_read(fidi,dresp,fline)
     504
     505if ~exist('fline','var') || isempty(fline) || ~ischar(fline)
     506    [fline]=findline(fidi,'Probability Density Function (PDF) histograms for each response function');
     507    if ~ischar(fline)
     508        return
     509    end
     510end
     511
     512display('Reading PDF''s for response functions:');
     513
     514while ischar(fline) && ~isempty(fline)
     515    fline=fgetl(fidi);
     516    if ~ischar(fline)
     517        break;
     518    end
     519
     520%  process header line of pdf
     521
     522    while ischar(fline) && ~isempty(fline)
     523        [ntokens,tokens]=fltokens(fline);
     524
     525%  find response function associated with pdf
     526
     527        idresp=0;
     528        for i=1:length(dresp)
     529            if strcmpi(tokens{1}{ 3},dresp(i).descriptor)
     530                idresp=i;
     531                break;
     532            end
     533        end
     534        if ~idresp
     535            idresp=length(dresp)+1;
     536            dresp(idresp).descriptor=tokens{1}{ 3};
     537            display(sprintf('  %s',dresp(idresp).descriptor));
     538        end
     539
     540%  skip column headings of pdf
     541
     542        fline=fgetl(fidi);
     543        fline=fgetl(fidi);
     544
     545%  read and add pdf table to response function
     546
     547        fline=fgetl(fidi);
     548        ipdf=0;
     549        while ischar(fline) && ~isempty(fline) && ...
     550              ~strncmpi(fline,'PDF for', 7)
     551            [ntokens,tokens]=fltokens(fline);
     552            ipdf=ipdf+1;
     553            dresp(idresp).pdf(ipdf,1:3)=NaN;
     554            for i=1:3
     555                dresp(idresp).pdf(ipdf,i)=tokens{1}{i};
     556            end
    428557            fline=fgetl(fidi);
    429558        end

  • issm/trunk/src/m/qmu/plot/plot_cdf.m

    r13975 r14310  
    139139        if strncmpi(cplot,'p',1) && ...
    140140           exist('ynorm','var') && strncmpi(ynorm,'y',1)
    141              ydata(1:lcdfr(i),i)=norminv(dresp(i).cdf(:,iplot),0,1);
     141             ydata(1:lcdfr(i),i)=norminv_issm(dresp(i).cdf(:,iplot),0,1);
    142142        else
    143              ydata(1:lcdfr(i),i)=        dresp(i).cdf(:,iplot);
     143             ydata(1:lcdfr(i),i)=             dresp(i).cdf(:,iplot);
    144144        end
    145145    end
    … …  
    237237    end
    238238
    239     tick  = norminv(yprob,0,1);
     239    tick  = norminv_issm(yprob,0,1);
    240240    set(ax1,'YTick',tick,'YTickLabel',label);
    241241    ylim([tick(1) tick(end)])

  • issm/trunk/src/m/qmu/plot/plot_hist_norm.m

    r13975 r14310  
    224224if exist('mu','var') && exist('sigma','var')
    225225    for i=1:ncol
    226         dbelow(end+1)=normcdf(edges(  1),mu(i),sigma(i));
     226        dbelow(end+1)=normcdf_issm(edges(  1),mu(i),sigma(i));
    227227        dhistc(1:size(dhistc,1)-1,end+1)=...
    228             normcdf(edges(2:end  ),mu(i),sigma(i))-...
    229             normcdf(edges(1:end-1),mu(i),sigma(i));
    230         dabove(end+1)=norminv(edges(end),mu(i),sigma(i));
     228            normcdf_issm(edges(2:end  ),mu(i),sigma(i))-...
     229            normcdf_issm(edges(1:end-1),mu(i),sigma(i));
     230        dabove(end+1)=norminv_issm(edges(end),mu(i),sigma(i));
    231231        if exist('descr','var')
    232232            descr(end+1)={[descr{i} ' norm']};

  • issm/trunk/src/m/qmu/plot/plot_hist_norm_ci.m

    r13975 r14310  
    129129%  calculate 95% confidence intervals (same as dakota)
    130130        [mu(i),sigma(i),muci(:,i),sigmaci(:,i)]=...
    131             normfit(sampr(:,i),0.05);
     131            normfit_issm(sampr(:,i),0.05);
    132132    end
    133133    display('Using calculated normal fits.')
    … …  
    191191if exist('mu','var') && exist('sigma','var')
    192192    for i=1:ncol
    193         dbelow(end+1)=normcdf(edges(  1),mu(i),sigma(i));
     193        dbelow(end+1)=normcdf_issm(edges(  1),mu(i),sigma(i));
    194194        dhistc(1:size(dhistc,1)-1,end+1)=...
    195             normcdf(edges(2:end  ),mu(i),sigma(i))-...
    196             normcdf(edges(1:end-1),mu(i),sigma(i));
    197         dabove(end+1)=norminv(edges(end),mu(i),sigma(i));
     195            normcdf_issm(edges(2:end  ),mu(i),sigma(i))-...
     196            normcdf_issm(edges(1:end-1),mu(i),sigma(i));
     197        dabove(end+1)=norminv_issm(edges(end),mu(i),sigma(i));
    198198        if exist('descr','var')
    199199            descr(end+1)={[descr{i} ' norm']};
    … …  
    204204if exist('muci','var') && exist('sigmaci','var')
    205205    for i=1:ncol
    206         dbelow(end+1)=normcdf(edges(  1),muci(1,i),sigmaci(2,i));
     206        dbelow(end+1)=normcdf_issm(edges(  1),muci(1,i),sigmaci(2,i));
    207207        dhistc(1:size(dhistc,1)-1,end+1)=...
    208             normcdf(edges(2:end  ),muci(1,i),sigmaci(2,i))-...
    209             normcdf(edges(1:end-1),muci(1,i),sigmaci(2,i));
    210         dabove(end+1)=norminv(edges(end),muci(1,i),sigmaci(2,i));
     208            normcdf_issm(edges(2:end  ),muci(1,i),sigmaci(2,i))-...
     209            normcdf_issm(edges(1:end-1),muci(1,i),sigmaci(2,i));
     210        dabove(end+1)=norminv_issm(edges(end),muci(1,i),sigmaci(2,i));
    211211        if exist('descr','var')
    212212            descr(end+1)={[descr{i} ' norm-+']};
    … …  
    214214    end
    215215    for i=1:ncol
    216         dbelow(end+1)=normcdf(edges(  1),muci(1,i),sigmaci(1,i));
     216        dbelow(end+1)=normcdf_issm(edges(  1),muci(1,i),sigmaci(1,i));
    217217        dhistc(1:size(dhistc,1)-1,end+1)=...
    218             normcdf(edges(2:end  ),muci(1,i),sigmaci(1,i))-...
    219             normcdf(edges(1:end-1),muci(1,i),sigmaci(1,i));
    220         dabove(end+1)=norminv(edges(end),muci(1,i),sigmaci(1,i));
     218            normcdf_issm(edges(2:end  ),muci(1,i),sigmaci(1,i))-...
     219            normcdf_issm(edges(1:end-1),muci(1,i),sigmaci(1,i));
     220        dabove(end+1)=norminv_issm(edges(end),muci(1,i),sigmaci(1,i));
    221221        if exist('descr','var')
    222222            descr(end+1)={[descr{i} ' norm--']};
    … …  
    224224    end
    225225    for i=1:ncol
    226         dbelow(end+1)=normcdf(edges(  1),muci(2,i),sigmaci(1,i));
     226        dbelow(end+1)=normcdf_issm(edges(  1),muci(2,i),sigmaci(1,i));
    227227        dhistc(1:size(dhistc,1)-1,end+1)=...
    228             normcdf(edges(2:end  ),muci(2,i),sigmaci(1,i))-...
    229             normcdf(edges(1:end-1),muci(2,i),sigmaci(1,i));
    230         dabove(end+1)=norminv(edges(end),muci(2,i),sigmaci(1,i));
     228            normcdf_issm(edges(2:end  ),muci(2,i),sigmaci(1,i))-...
     229            normcdf_issm(edges(1:end-1),muci(2,i),sigmaci(1,i));
     230        dabove(end+1)=norminv_issm(edges(end),muci(2,i),sigmaci(1,i));
    231231        if exist('descr','var')
    232232            descr(end+1)={[descr{i} ' norm+-']};
    … …  
    234234    end
    235235    for i=1:ncol
    236         dbelow(end+1)=normcdf(edges(  1),muci(2,i),sigmaci(2,i));
     236        dbelow(end+1)=normcdf_issm(edges(  1),muci(2,i),sigmaci(2,i));
    237237        dhistc(1:size(dhistc,1)-1,end+1)=...
    238             normcdf(edges(2:end  ),muci(2,i),sigmaci(2,i))-...
    239             normcdf(edges(1:end-1),muci(2,i),sigmaci(2,i));
    240         dabove(end+1)=norminv(edges(end),muci(2,i),sigmaci(2,i));
     238            normcdf_issm(edges(2:end  ),muci(2,i),sigmaci(2,i))-...
     239            normcdf_issm(edges(1:end-1),muci(2,i),sigmaci(2,i));
     240        dabove(end+1)=norminv_issm(edges(end),muci(2,i),sigmaci(2,i));
    241241        if exist('descr','var')
    242242            descr(end+1)={[descr{i} ' norm++']};

  • issm/trunk/src/m/qmu/plot/plot_normdist_bars.m

    r13975 r14310  
    126126if ~isfield(dresp,'mean') || ~isfield(dresp,'stddev')
    127127    for i=1:length(dresp)
    128         [dresp(i).mean,dresp(i).stddev]=normfit(dresp(i).sample);
     128        [dresp(i).mean,dresp(i).stddev]=normfit_issm(dresp(i).sample);
    129129    end
    130130end
    … …  
    141141for i=1:length(dresp)
    142142    descr(i)=cellstr(dresp(i).descriptor);
    143     data(i,:)=norminv(prob,dresp(i).mean,dresp(i).stddev);
     143    data(i,:)=norminv_issm(prob,dresp(i).mean,dresp(i).stddev);
    144144end
    145145

  • issm/trunk/src/m/qmu/plot/plot_rlev_bars_ci.m

    r13975 r14310  
    133133        [dresp(i).mean,dresp(i).stddev,...
    134134         dresp(i).meanci,dresp(i).stddevci]=...
    135             normfit(sampr(:,i),0.05);
     135            normfit_issm(sampr(:,i),0.05);
    136136        display('Using calculated normal fits from sample data.')
    137137    end
    … …  
    140140%  use minus/plus integer standard deviations
    141141        sdvect=[-4 -3 -2 -1 0 1 2 3 4];
    142         dresp(i).cdf(:,2)=normcdf(sdvect,0,1);
    143         dresp(i).cdf(:,1)=norminv(dresp(i).cdf(:,2),...
    144                                   dresp(i).mean,dresp(i).stddev);
     142        dresp(i).cdf(:,2)=normcdf_issm(sdvect,0,1);
     143        dresp(i).cdf(:,1)=norminv_issm(dresp(i).cdf(:,2),...
     144                                       dresp(i).mean,dresp(i).stddev);
    145145        display('Using integer standard deviations for percentages.')
    146146
    … …  
    176176           isfield(dresp(i),'stddev') && ~isempty(dresp(i).stddev)
    177177            descr(end+1)=cellstr([dresp(i).descriptor ' norm']);
    178             cdfr(end+1,:)=norminv(dresp(i).cdf(:,2),dresp(i).mean,dresp(i).stddev);
     178            cdfr(end+1,:)=norminv_issm(dresp(i).cdf(:,2),dresp(i).mean,dresp(i).stddev);
    179179        end
    180180        if isfield(dresp(i),'meanci'  ) && ~isempty(dresp(i).meanci  ) && ...
    … …  
    184184            descr(end+1)=cellstr([dresp(i).descriptor ' norm+-']);
    185185            descr(end+1)=cellstr([dresp(i).descriptor ' norm++']);
    186             cdfr(end+1,:)=norminv(dresp(i).cdf(:,2),dresp(i).meanci(1),dresp(i).stddevci(2));
    187             cdfr(end+1,:)=norminv(dresp(i).cdf(:,2),dresp(i).meanci(1),dresp(i).stddevci(1));
    188             cdfr(end+1,:)=norminv(dresp(i).cdf(:,2),dresp(i).meanci(2),dresp(i).stddevci(1));
    189             cdfr(end+1,:)=norminv(dresp(i).cdf(:,2),dresp(i).meanci(2),dresp(i).stddevci(2));
     186            cdfr(end+1,:)=norminv_issm(dresp(i).cdf(:,2),dresp(i).meanci(1),dresp(i).stddevci(2));
     187            cdfr(end+1,:)=norminv_issm(dresp(i).cdf(:,2),dresp(i).meanci(1),dresp(i).stddevci(1));
     188            cdfr(end+1,:)=norminv_issm(dresp(i).cdf(:,2),dresp(i).meanci(2),dresp(i).stddevci(1));
     189            cdfr(end+1,:)=norminv_issm(dresp(i).cdf(:,2),dresp(i).meanci(2),dresp(i).stddevci(2));
    190190        end
    191191    end

  • issm/trunk/src/m/qmu/plot/plot_sampdist_bars.m

    r13975 r14310  
    127127   ~isfield(dresp,'max')
    128128    for i=1:length(dresp)
    129         dresp(i).min   =min    (dresp(i).sample);
    130         dresp(i).quart1=prctile(dresp(i).sample,25);
    131         dresp(i).median=median (dresp(i).sample);
    132         dresp(i).quart3=prctile(dresp(i).sample,75);
    133         dresp(i).max   =max    (dresp(i).sample);
     129        dresp(i).min   =min         (dresp(i).sample);
     130        dresp(i).quart1=prctile_issm(dresp(i).sample,25);
     131        dresp(i).median=median      (dresp(i).sample);
     132        dresp(i).quart3=prctile_issm(dresp(i).sample,75);
     133        dresp(i).max   =max         (dresp(i).sample);
    134134    end
    135135end

  • issm/trunk/src/m/solve/parseresultsfromdisk.py

    r13975 r14310  
    4343        result=ReadData(fid)
    4444        while result:
    45                 if result['step'] > len(results):
     45                if   result['step'] > len(results):
    4646                        for i in xrange(len(results),result['step']-1):
    4747                                results.append(None)
    4848                        results.append(resultsclass.results())
     49                elif results[result['step']-1] is None:
     50                        results[result['step']-1]=resultsclass.results()
    4951                #Get time and step
    5052                setattr(results[result['step']-1],'step',result['step'])

  • issm/trunk/src/m/solve/process_solve_options.m

    r13395 r14310  
    1111if ~ismember(solution_type,[DiagnosticSolutionEnum(),PrognosticSolutionEnum(),ThermalSolutionEnum(),...
    1212                SteadystateSolutionEnum(),TransientSolutionEnum(),EnthalpySolutionEnum(),...
    13                 BalancethicknessSolutionEnum(),BedSlopeSolutionEnum(),SurfaceSlopeSolutionEnum(),HydrologySolutionEnum(),FlaimSolutionEnum()]),
     13                BalancethicknessSolutionEnum(),WeakBalancethicknessSolutionEnum(),BedSlopeSolutionEnum(),...
     14                SurfaceSlopeSolutionEnum(),HydrologySolutionEnum(),FlaimSolutionEnum()]),
    1415        error(['process_solve_options error message: solution_type ' EnumToString(solution_type) ' not supported yet!']);
    1516end

  • issm/trunk/src/wrappers/Exp2Kml/Exp2Kml.h

    r13749 r14310  
    5151
    5252#endif
    53 

  • issm/trunk/src/wrappers/InternalFront/InternalFront.cpp

    r13250 r14310  
    1414        bool*   elementonwater=NULL;
    1515        int*    elements=NULL;
    16         int*    connectivity=NULL;
    1716        int*    elementconnectivity=NULL;
    1817        int*    front=NULL;
    … …  
    2019        bool    found;
    2120        int     numberofelements,numberofsegments;
    22         int     N,M;
    2321        int     i,j,ii,jj,id;
     22        int     dummy;
    2423
    2524        /*Boot module: */
    2625        MODULEBOOT();
    2726
    28         /*checks on arguments on the matlab side: */
    29         CheckNumMatlabArguments(nlhs,NLHS,nrhs,NRHS,__FUNCT__,&InternalFrontUsage);
     27        /*checks on arguments: */
     28        CHECKARGUMENTS(NLHS,NRHS,&InternalFrontUsage);
    3029
    31         /*Fetch required fields*/
    32         FetchData(&numberofelements,mxGetAssignedField(MODEL,0,"numberofelements"));
    33         if(numberofelements<=0) _error_("No elements found in the model");
    34         FetchData(&elements,&M,&N,mxGetAssignedField(MODEL,0,"elements"));
    35         if(M!=numberofelements || N!=3) _error_("Field 'elements' should be of size [md.numberofelements 3]");
    36         FetchData(&elementonwater,&M,&N,mxGetAssignedField(MODEL,0,"elementonwater"));
    37         if(M!=numberofelements || N!=1) _error_("Field 'elementonwater' should be of size [md.numberofelements 1]");
    38         FetchData(&elementconnectivity,&M,&N,mxGetAssignedField(MODEL,0,"elementconnectivity"));
    39         if(M!=numberofelements || N!=3) _error_("Field 'elementconnectivity' should be of size [md.numberofelements 3]");
     30        /*Fetch inputs: */
     31        FetchData(&elements,&numberofelements,&dummy,ELEMENTS);
     32        FetchData(&elementonwater,&dummy,&dummy,ELEMENTONWATER);
     33        FetchData(&elementconnectivity,&dummy,&dummy,ELEMENTCONNECTIVITY);
    4034
    4135        /*Allocate and initialize all variables*/

  • issm/trunk/src/wrappers/InternalFront/InternalFront.h

    r13749 r14310  
    2727#ifdef _HAVE_MATLAB_MODULES_
    2828/* serial input macros: */
    29 #define MODEL prhs[0]
     29#define ELEMENTS prhs[0]
     30#define ELEMENTONWATER prhs[1]
     31#define ELEMENTCONNECTIVITY prhs[2]
    3032/* serial output macros: */
    3133#define FRONT (mxArray**)&plhs[0]
    … …  
    3436#ifdef _HAVE_PYTHON_MODULES_
    3537/* serial input macros: */
    36 #define MODEL PyTuple_GetItem(args,0)
     38#define ELEMENTS PyTuple_GetItem(args,0)
     39#define ELEMENTONWATER PyTuple_GetItem(args,1)
     40#define ELEMENTCONNECTIVITY PyTuple_GetItem(args,2)
    3741/* serial output macros: */
    3842#define FRONT output,0]
    … …  
    4347#define NLHS  1
    4448#undef NRHS
    45 #define NRHS  1
     49#define NRHS  3
    4650
    4751#endif

  • issm/trunk/src/wrappers/MeshProfileIntersection/MeshProfileIntersection.cpp

    r13864 r14310  
    4545       
    4646        //contours
    47         DataSet *domain = NULL;
    48         Contour<double>** contours=NULL;
    49         int       numcontours;
    50         Contour<double>*  contouri=NULL;
     47        DataSet          *domain      = NULL;
     48        Contour<double> **contours=NULL;
     49        int               numcontours;
     50        Contour<double>  *contouri=NULL;
    5151
    5252        /* output: */
    … …  
    8282                *(contours+i)=(Contour<double>*)domain->GetObjectByOffset(i);
    8383
    84         /* Debugging of contours :{{{1*/
    85         /*for(i=0;i<numcontours;i++){
    86                 _printLine_("\nContour echo: contour number  " << i+1 << " / " << numcontours);
    87                 contouri=*(contours+i);
    88                 _printLine_("   Number of vertices " << contouri->nods);
    89                 for (j=0;j<contouri->nods;j++){
    90                         _printLine_("   " << *(contouri->x+j) << "f " << *(contouri->y+j) << "f");
    91                 }
    92         }*/
    93         /*}}}*/
    94 
    9584        /*Run interpolation routine: */
    9685        MeshProfileIntersectionx(&segments,&numsegs,index,x,y,nel,nods,contours,numcontours);

  • issm/trunk/src/wrappers/TriMesh/TriMesh.cpp

    r13355 r14310  
    2222
    2323        /* output: */
    24         SeqMat<double> *index             = NULL;
     24        SeqMat<int>    *index             = NULL;
    2525        SeqVec<double> *x                 = NULL;
    2626        SeqVec<double> *y                 = NULL;
    27         SeqMat<double> *segments          = NULL;
    28         SeqVec<double> *segmentmarkerlist = NULL;
     27        SeqMat<int>    *segments          = NULL;
     28        SeqVec<int>    *segmentmarkerlist = NULL;
    2929
    3030        /*Boot module: */

  • issm/trunk/src/wrappers/TriMeshProcessRifts/TriMeshProcessRifts.cpp

    r13639 r14310  
    1818        /* input: */
    1919        int     nel,nods;
    20         double *index          = NULL;
     20        int    *index          = NULL;
    2121        double *x              = NULL;
    2222        double *y              = NULL;
    23         double *segments       = NULL;
    24         double *segmentmarkers = NULL;
     23        int    *segments       = NULL;
     24        int    *segmentmarkers = NULL;
    2525        int     num_seg;
    2626

  • issm/trunk/src/wrappers/matlab/Makefile.am

    r13831 r14310  
    4848                                                 ElementConnectivity.la\
    4949                                                 EnumToString.la\
     50                                                 ExpSimplify.la\
    5051                                                 HoleFiller.la\
    5152                                                 InternalFront.la\
    … …  
    7677                                   KMLMeshWrite.la\
    7778                                   KMLOverlay.la\
    78                                    Shp2Kml.la\
    7979                                   Exp2Kml.la\
    80                                    Kml2Exp.la
     80                                   Kml2Exp.la\
     81                                   Shp2Exp.la\
     82                                   Shp2Kml.la
    8183endif
    8284endif
    … …  
    210212Ll2xy_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB)
    211213
     214ExpSimplify_la_SOURCES = ../ExpSimplify/ExpSimplify.cpp\
     215                                                        ../ExpSimplify/ExpSimplify.h
     216ExpSimplify_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB)
     217
    212218Exp2Kml_la_SOURCES = ../Exp2Kml/Exp2Kml.cpp\
    213219                                                        ../Exp2Kml/Exp2Kml.h
    … …  
    246252Scotch_la_LIBADD = ${deps} $(SCOTCHLIB) $(MPILIB)
    247253
     254Shp2Exp_la_SOURCES = ../Shp2Exp/Shp2Exp.cpp\
     255                                                        ../Shp2Exp/Shp2Exp.h
     256Shp2Exp_la_LIBADD = ${deps} $(SHAPELIBLIB) $(MPILIB) $(PETSCLIB)
     257
    248258Shp2Kml_la_SOURCES = ../Shp2Kml/Shp2Kml.cpp\
    249259                                                        ../Shp2Kml/Shp2Kml.h

  • issm/trunk/src/wrappers/matlab/include/wrapper_macros.h

    r13749 r14310  
    1919 * will be trapped*/
    2020#define MODULEBOOT(); try{ \
    21         IssmComm::SetComm(-1);
     21        IssmComm::SetComm();
    2222
    2323#define MODULEEND(); }\

  • issm/trunk/src/wrappers/matlab/io/WriteMatlabData.cpp

    r13749 r14310  
    290290}
    291291/*}}}*/
     292/*FUNCTION WriteData(mxArray** pdataref,SeqMat<int>* matrix){{{*/
     293void WriteData(mxArray** pdataref,SeqMat<int>* matrix){
     294
     295        int      i,j;
     296        int      rows,cols;
     297        mxArray *dataref     = NULL;
     298        int     *matrix_ptr  = NULL;
     299        double  *tmatrix_ptr = NULL;
     300
     301        if(matrix){
     302
     303                matrix_ptr=matrix->ToSerial();
     304                matrix->GetSize(&rows,&cols);
     305
     306                /*Now transpose the matrix and allocate with Matlab's memory manager: */
     307                tmatrix_ptr=(double*)mxMalloc(rows*cols*sizeof(double));
     308                for(i=0;i<rows;i++){
     309                        for(j=0;j<cols;j++){
     310                                tmatrix_ptr[j*rows+i]=(double)matrix_ptr[i*cols+j];
     311                        }
     312                }
     313
     314                /*create matlab matrix: */
     315                dataref=mxCreateDoubleMatrix(0,0,mxREAL);
     316                mxSetM(dataref,rows);
     317                mxSetN(dataref,cols);
     318                mxSetPr(dataref,tmatrix_ptr);
     319
     320                /*Free ressources:*/
     321                xDelete<int>(matrix_ptr);
     322        }
     323        else{
     324                dataref = mxCreateDoubleMatrix(0,0,mxREAL);
     325        }
     326
     327        *pdataref=dataref;
     328}
     329/*}}}*/
     330/*FUNCTION WriteData(mxArray** pdataref,SeqVec<int>* vector){{{*/
     331void WriteData(mxArray** pdataref,SeqVec<int>* vector){
     332
     333        mxArray* dataref=NULL;
     334        int*     vector_ptr=NULL;
     335        double*  vector_matlab=NULL;
     336        int      rows;
     337
     338        if(vector){
     339                /*call toolkit routine: */
     340                vector_ptr=vector->ToMPISerial();
     341                vector->GetSize(&rows);
     342
     343                /*now create the matlab vector with Matlab's memory manager */
     344                vector_matlab=(double*)mxMalloc(rows*sizeof(double));
     345                for(int i=0;i<rows;i++) vector_matlab[i]=(double)vector_ptr[i];
     346
     347                dataref = mxCreateDoubleMatrix(0,0,mxREAL);                         
     348                mxSetM(dataref,rows);
     349                mxSetN(dataref,1);                                                                                         
     350                mxSetPr(dataref,vector_matlab);           
     351        }
     352        else{
     353                dataref = mxCreateDoubleMatrix(0,0,mxREAL);
     354        }
     355
     356        /*Clean-up and return*/
     357        xDelete<int>(vector_ptr);
     358        *pdataref=dataref;
     359}
     360/*}}}*/
    292361/*FUNCTION WriteData(mxArray** pdataref,RiftStruct* riftstruct){{{*/
    293362void WriteData(mxArray** pdataref,RiftStruct* riftstruct){
    … …  
    363432}
    364433/*}}}*/
     434/*FUNCTION SetStructureFieldi(mxArray* dataref,int i,const char* fieldname,int M,int N,int* fieldpointer){{{*/
     435void SetStructureFieldi(mxArray* dataref,int i,const char* fieldname,int M,int N,int* fieldpointer){
     436
     437        mxArray* field = NULL;
     438
     439        /*Convert field*/
     440        WriteData(&field,fieldpointer,M,N);
     441
     442        /*Assign to structure*/
     443        mxSetField(dataref,i,fieldname,field);
     444}
     445/*}}}*/
    365446/*FUNCTION SetStructureFieldi(mxArray* dataref,int i,const char* fieldname,int field){{{*/
    366447void SetStructureFieldi(mxArray* dataref,int i,const char* fieldname,int fieldin){

  • issm/trunk/src/wrappers/matlab/io/matlabio.h

    r13749 r14310  
    1717#include "../../c/include/include.h"
    1818
     19void WriteData(mxArray** pdataref,SeqMat<int>* matrix);
    1920void WriteData(mxArray** pdataref,SeqMat<double>* matrix);
    2021void WriteData(mxArray** pdataref,double* matrix, int M,int N);
    2122void WriteData(mxArray** pdataref,int*    matrix, int M,int N);
     23void WriteData(mxArray** pdataref,SeqVec<int>* vector);
    2224void WriteData(mxArray** pdataref,SeqVec<double>* vector);
    2325void WriteData(mxArray** pdataref,double* vector, int M);
    … …  
    6466void SetStructureField(mxArray* dataref,const char* fieldname,int fieldrows,int fieldcols,double* fieldpointer);
    6567void SetStructureFieldi(mxArray* dataref,int i,const char* fieldname,int fieldrows,int fieldcols,double* fieldpointer);
     68void SetStructureFieldi(mxArray* dataref,int i,const char* fieldname,int fieldrows,int fieldcols,int*    fieldpointer);
    6669void SetStructureFieldi(mxArray* dataref,int i,const char* fieldname,int field);
    6770void SetStructureFieldi(mxArray* dataref,int i,const char* fieldname,double field);

  • issm/trunk/src/wrappers/python/include/wrapper_macros.h

    r13749 r14310  
    2323        if(!output) return NULL;\
    2424        try{ \
    25         IssmComm::SetComm(-1);
     25        IssmComm::SetComm();
    2626
    2727#define MODULEEND(); }\

  • issm/trunk/src/wrappers/python/io/FetchPythonData.cpp

    r14067 r14310  
    2020void FetchData(double* pscalar,PyObject* py_float){
    2121
    22         double scalar;
     22        double dscalar;
    2323
    2424        /*return internal value: */
    25         scalar=PyFloat_AsDouble(py_float);
    26 
    27         /*output: */
    28         *pscalar=scalar;
    29 }
    30 /*}}}*/
    31 /*FUNCTION FetchData(int* pinteger,PyObject* py_long){{{*/
    32 void FetchData(int* pinteger, PyObject* py_long){
    33 
    34         int integer;
     25        if      (PyFloat_Check(py_float))
     26                dscalar=PyFloat_AsDouble(py_float);
     27        else if (PyInt_Check(py_float))
     28                dscalar=(double)PyInt_AsLong(py_float);
     29        else if (PyLong_Check(py_float))
     30                dscalar=PyLong_AsDouble(py_float);
     31        else if (PyBool_Check(py_float))
     32                dscalar=(double)PyLong_AsLong(py_float);
     33        else if (PyTuple_Check(py_float) && (int)PyTuple_Size(py_float)==1)
     34                FetchData(&dscalar,PyTuple_GetItem(py_float,(Py_ssize_t)0));
     35        else if (PyList_Check(py_float) && (int)PyList_Size(py_float)==1)
     36                FetchData(&dscalar,PyList_GetItem(py_float,(Py_ssize_t)0));
     37        else
     38                _error_("unrecognized float type in input!");
     39
     40        /*output: */
     41        *pscalar=dscalar;
     42}
     43/*}}}*/
     44/*FUNCTION FetchData(int* pscalar,PyObject* py_long){{{*/
     45void FetchData(int* pscalar, PyObject* py_long){
     46
     47        int iscalar;
    3548
    3649        /*return internal value: */
    37         integer=(int)PyLong_AsLong(py_long);
    38 
    39         /*output: */
    40         *pinteger=integer;
    41 }
    42 /*}}}*/
    43 /*FUNCTION FetchData(bool* pboolean,PyObject* py_boolean){{{*/
    44 void FetchData(bool* pboolean,PyObject* py_boolean){
    45 
    46         bool boolean;
    47 
    48         /*check this is indeed a subtype of long type: */
    49         if(!PyBool_Check(py_boolean))_error_("expecting a boolean in input!");
    50 
    51         /*extract boolean: */
    52         boolean=(bool)PyLong_AsLong(py_boolean);
    53 
    54         /*simple copy: */
    55         *pboolean=boolean;
    56 
     50        if      (PyInt_Check(py_long))
     51                iscalar=(int)PyInt_AsLong(py_long);
     52        else if (PyLong_Check(py_long))
     53                iscalar=(int)PyLong_AsLong(py_long);
     54        else if (PyFloat_Check(py_long))
     55                iscalar=(int)PyFloat_AsDouble(py_long);
     56        else if (PyBool_Check(py_long))
     57                iscalar=(int)PyLong_AsLong(py_long);
     58        else if (PyTuple_Check(py_long) && (int)PyTuple_Size(py_long)==1)
     59                FetchData(&iscalar,PyTuple_GetItem(py_long,(Py_ssize_t)0));
     60        else if (PyList_Check(py_long) && (int)PyList_Size(py_long)==1)
     61                FetchData(&iscalar,PyList_GetItem(py_long,(Py_ssize_t)0));
     62        else
     63                _error_("unrecognized long type in input!");
     64
     65        /*output: */
     66        *pscalar=iscalar;
     67}
     68/*}}}*/
     69/*FUNCTION FetchData(bool* pscalar,PyObject* py_boolean){{{*/
     70void FetchData(bool* pscalar,PyObject* py_boolean){
     71
     72        bool bscalar;
     73
     74        /*return internal value: */
     75        if      (PyBool_Check(py_boolean))
     76                bscalar=(bool)PyLong_AsLong(py_boolean);
     77        else if (PyInt_Check(py_boolean))
     78                bscalar=(bool)PyInt_AsLong(py_boolean);
     79        else if (PyLong_Check(py_boolean))
     80                bscalar=(bool)PyLong_AsLong(py_boolean);
     81        else if (PyTuple_Check(py_boolean) && (int)PyTuple_Size(py_boolean)==1)
     82                FetchData(&bscalar,PyTuple_GetItem(py_boolean,(Py_ssize_t)0));
     83        else if (PyList_Check(py_boolean) && (int)PyList_Size(py_boolean)==1)
     84                FetchData(&bscalar,PyList_GetItem(py_boolean,(Py_ssize_t)0));
     85        else
     86                _error_("unrecognized boolean type in input!");
     87
     88        /*output: */
     89        *pscalar=bscalar;
    5790}
    5891/*}}}*/
    … …  
    72105        int i;
    73106
    74         /*retrieve dimensions: */
    75         ndim=PyArray_NDIM((const PyArrayObject*)py_matrix);
    76         if(ndim!=2)_error_("expecting an MxN matrix in input!");
    77         dims=PyArray_DIMS((PyArrayObject*)py_matrix);
    78         M=dims[0]; N=dims[1];
    79 
    80         if (M && N) {
    81                 if      (PyArray_TYPE((PyArrayObject*)py_matrix) == NPY_DOUBLE) {
    82                         /*retrieve internal value: */
    83                         dmatrix=(double*)PyArray_DATA((PyArrayObject*)py_matrix);
    84 
    85                         /*copy matrix: */
    86                         matrix=xNew<double>(M*N);
    87                         memcpy(matrix,dmatrix,(M*N)*sizeof(double));
    88                 }
    89 
    90                 else if (PyArray_TYPE((PyArrayObject*)py_matrix) == NPY_INT64) {
    91                         /*retrieve internal value: */
    92                         lmatrix=(long*)PyArray_DATA((PyArrayObject*)py_matrix);
    93 
    94                         /*transform into double matrix: */
    95                         matrix=xNew<double>(M*N);
    96                         for(i=0;i<M*N;i++)matrix[i]=(double)lmatrix[i];
    97                 }
    98 
    99                 else if (PyArray_TYPE((PyArrayObject*)py_matrix) == NPY_BOOL) {
    100                         /*retrieve internal value: */
    101                         bmatrix=(bool*)PyArray_DATA((PyArrayObject*)py_matrix);
    102 
    103                         /*transform into double matrix: */
    104                         matrix=xNew<double>(M*N);
    105                         for(i=0;i<M*N;i++)matrix[i]=(double)bmatrix[i];
    106                 }
    107 
    108                 else
    109                         _error_("unrecognized matrix type in input!");
    110         }
    111         else
    112                 matrix=NULL;
     107        if     (PyArray_Check((PyArrayObject*)py_matrix)) {
     108                /*retrieve dimensions: */
     109                ndim=PyArray_NDIM((const PyArrayObject*)py_matrix);
     110                if      (ndim==2) {
     111                        dims=PyArray_DIMS((PyArrayObject*)py_matrix);
     112                        M=dims[0]; N=dims[1];
     113                }
     114                else if (ndim==1) {
     115                        dims=PyArray_DIMS((PyArrayObject*)py_matrix);
     116                        M=dims[0]; N=1;
     117                }
     118                else
     119                        _error_("expecting an MxN matrix or M vector in input!");
     120
     121                if (M && N) {
     122                        if      (PyArray_TYPE((PyArrayObject*)py_matrix) == NPY_DOUBLE) {
     123                                /*retrieve internal value: */
     124                                dmatrix=(double*)PyArray_DATA((PyArrayObject*)py_matrix);
     125
     126                                /*copy matrix: */
     127                                matrix=xNew<double>(M*N);
     128                                memcpy(matrix,dmatrix,(M*N)*sizeof(double));
     129                        }
     130
     131                        else if (PyArray_TYPE((PyArrayObject*)py_matrix) == NPY_INT64) {
     132                                /*retrieve internal value: */
     133                                lmatrix=(long*)PyArray_DATA((PyArrayObject*)py_matrix);
     134
     135                                /*transform into double matrix: */
     136                                matrix=xNew<double>(M*N);
     137                                for(i=0;i<M*N;i++)matrix[i]=(double)lmatrix[i];
     138                        }
     139
     140                        else if (PyArray_TYPE((PyArrayObject*)py_matrix) == NPY_BOOL) {
     141                                /*retrieve internal value: */
     142                                bmatrix=(bool*)PyArray_DATA((PyArrayObject*)py_matrix);
     143
     144                                /*transform into double matrix: */
     145                                matrix=xNew<double>(M*N);
     146                                for(i=0;i<M*N;i++)matrix[i]=(double)bmatrix[i];
     147                        }
     148
     149                        else
     150                                _error_("unrecognized double pyarray type in input!");
     151                }
     152                else
     153                        matrix=NULL;
     154        }
     155
     156        else {
     157                M=1;
     158                N=1;
     159                matrix=xNew<double>(M*N);
     160                FetchData(&(matrix[0]),py_matrix);
     161        }
    113162
    114163        /*output: */
    … …  
    133182        int i;
    134183
    135         /*retrieve dimensions: */
    136         ndim=PyArray_NDIM((const PyArrayObject*)py_matrix);
    137         if(ndim!=2)_error_("expecting an MxN matrix in input!");
    138         dims=PyArray_DIMS((PyArrayObject*)py_matrix);
    139         M=dims[0]; N=dims[1];
    140 
    141         if (M && N) {
    142                 if      (PyArray_TYPE((PyArrayObject*)py_matrix) == NPY_DOUBLE) {
    143                         /*retrieve internal value: */
    144                         dmatrix=(double*)PyArray_DATA((PyArrayObject*)py_matrix);
    145 
    146                         /*transform into integer matrix: */
    147                         matrix=xNew<int>(M*N);
    148                         for(i=0;i<M*N;i++)matrix[i]=(int)dmatrix[i];
    149                 }
    150 
    151                 else if (PyArray_TYPE((PyArrayObject*)py_matrix) == NPY_INT64) {
    152                         /*retrieve internal value: */
    153                         lmatrix=(long*)PyArray_DATA((PyArrayObject*)py_matrix);
    154 
    155                         /*transform into integer matrix: */
    156                         matrix=xNew<int>(M*N);
    157                         for(i=0;i<M*N;i++)matrix[i]=(int)lmatrix[i];
    158                 }
    159 
    160                 else if (PyArray_TYPE((PyArrayObject*)py_matrix) == NPY_BOOL) {
    161                         /*retrieve internal value: */
    162                         bmatrix=(bool*)PyArray_DATA((PyArrayObject*)py_matrix);
    163 
    164                         /*transform into integer matrix: */
    165                         matrix=xNew<int>(M*N);
    166                         for(i=0;i<M*N;i++)matrix[i]=(int)bmatrix[i];
    167                 }
    168 
    169                 else
    170                         _error_("unrecognized matrix type in input!");
    171         }
    172         else
    173                 matrix=NULL;
     184        if     (PyArray_Check((PyArrayObject*)py_matrix)) {
     185                /*retrieve dimensions: */
     186                ndim=PyArray_NDIM((const PyArrayObject*)py_matrix);
     187                if      (ndim==2) {
     188                        dims=PyArray_DIMS((PyArrayObject*)py_matrix);
     189                        M=dims[0]; N=dims[1];
     190                }
     191                else if (ndim==1) {
     192                        dims=PyArray_DIMS((PyArrayObject*)py_matrix);
     193                        M=dims[0]; N=1;
     194                }
     195                else
     196                        _error_("expecting an MxN matrix or M vector in input!");
     197
     198                if (M && N) {
     199                        if      (PyArray_TYPE((PyArrayObject*)py_matrix) == NPY_DOUBLE) {
     200                                /*retrieve internal value: */
     201                                dmatrix=(double*)PyArray_DATA((PyArrayObject*)py_matrix);
     202
     203                                /*transform into integer matrix: */
     204                                matrix=xNew<int>(M*N);
     205                                for(i=0;i<M*N;i++)matrix[i]=(int)dmatrix[i];
     206                        }
     207
     208                        else if (PyArray_TYPE((PyArrayObject*)py_matrix) == NPY_INT64) {
     209                                /*retrieve internal value: */
     210                                lmatrix=(long*)PyArray_DATA((PyArrayObject*)py_matrix);
     211
     212                                /*transform into integer matrix: */
     213                                matrix=xNew<int>(M*N);
     214                                for(i=0;i<M*N;i++)matrix[i]=(int)lmatrix[i];
     215                        }
     216
     217                        else if (PyArray_TYPE((PyArrayObject*)py_matrix) == NPY_BOOL) {
     218                                /*retrieve internal value: */
     219                                bmatrix=(bool*)PyArray_DATA((PyArrayObject*)py_matrix);
     220
     221                                /*transform into integer matrix: */
     222                                matrix=xNew<int>(M*N);
     223                                for(i=0;i<M*N;i++)matrix[i]=(int)bmatrix[i];
     224                        }
     225
     226                        else
     227                                _error_("unrecognized int pyarray type in input!");
     228                }
     229                else
     230                        matrix=NULL;
     231        }
     232
     233        else {
     234                M=1;
     235                N=1;
     236                matrix=xNew<int>(M*N);
     237                FetchData(&(matrix[0]),py_matrix);
     238        }
     239
     240        /*output: */
     241        if(pM)*pM=M;
     242        if(pN)*pN=N;
     243        if(pmatrix)*pmatrix=matrix;
     244}
     245/*}}}*/
     246/*FUNCTION FetchData(bool** pmatrix,int* pM, int* pN, PyObject* py_matrix){{{*/
     247void FetchData(bool** pmatrix,int* pM,int *pN,PyObject* py_matrix){
     248
     249        /*output: */
     250        bool* bmatrix=NULL;
     251        bool* matrix=NULL;
     252        int M,N;
     253        int ndim;
     254        npy_intp*  dims=NULL;
     255
     256        /*intermediary:*/
     257        double* dmatrix=NULL;
     258        long* lmatrix=NULL;
     259        int i;
     260
     261        if     (PyArray_Check((PyArrayObject*)py_matrix)) {
     262                /*retrieve dimensions: */
     263                ndim=PyArray_NDIM((const PyArrayObject*)py_matrix);
     264                if      (ndim==2) {
     265                        dims=PyArray_DIMS((PyArrayObject*)py_matrix);
     266                        M=dims[0]; N=dims[1];
     267                }
     268                else if (ndim==1) {
     269                        dims=PyArray_DIMS((PyArrayObject*)py_matrix);
     270                        M=dims[0]; N=1;
     271                }
     272                else
     273                        _error_("expecting an MxN matrix or M vector in input!");
     274
     275                if (M && N) {
     276                        if      (PyArray_TYPE((PyArrayObject*)py_matrix) == NPY_DOUBLE) {
     277                                /*retrieve internal value: */
     278                                dmatrix=(double*)PyArray_DATA((PyArrayObject*)py_matrix);
     279
     280                                /*transform into bool matrix: */
     281                                matrix=xNew<bool>(M*N);
     282                                for(i=0;i<M*N;i++)matrix[i]=(bool)dmatrix[i];
     283                        }
     284
     285                        else if (PyArray_TYPE((PyArrayObject*)py_matrix) == NPY_INT64) {
     286                                /*retrieve internal value: */
     287                                lmatrix=(long*)PyArray_DATA((PyArrayObject*)py_matrix);
     288
     289                                /*transform into bool matrix: */
     290                                matrix=xNew<bool>(M*N);
     291                                for(i=0;i<M*N;i++)matrix[i]=(bool)lmatrix[i];
     292                        }
     293
     294                        else if (PyArray_TYPE((PyArrayObject*)py_matrix) == NPY_BOOL) {
     295                                /*retrieve internal value: */
     296                                bmatrix=(bool*)PyArray_DATA((PyArrayObject*)py_matrix);
     297
     298                                /*copy matrix: */
     299                                matrix=xNew<bool>(M*N);
     300                                memcpy(matrix,bmatrix,(M*N)*sizeof(bool));
     301                        }
     302
     303                        else
     304                                _error_("unrecognized bool pyarray type in input!");
     305                }
     306                else
     307                        matrix=NULL;
     308        }
     309
     310        else {
     311                M=1;
     312                N=1;
     313                matrix=xNew<bool>(M*N);
     314                FetchData(&(matrix[0]),py_matrix);
     315        }
    174316
    175317        /*output: */
    … …  
    194336        int i;
    195337
    196         /*retrieve dimensions: */
    197         ndim=PyArray_NDIM((const PyArrayObject*)py_vector);
    198         if(ndim!=1)_error_("expecting an Mx1 vector in input!");
    199         dims=PyArray_DIMS((PyArrayObject*)py_vector);
    200         M=dims[0];
    201 
    202         if (M) {
    203                 if      (PyArray_TYPE((PyArrayObject*)py_vector) == NPY_DOUBLE) {
    204                         /*retrieve internal value: */
    205                         dvector=(double*)PyArray_DATA((PyArrayObject*)py_vector);
    206 
    207                         /*copy vector: */
    208                         vector=xNew<double>(M);
    209                         memcpy(vector,dvector,(M)*sizeof(double));
    210                 }
    211 
    212                 else if (PyArray_TYPE((PyArrayObject*)py_vector) == NPY_INT64) {
    213                         /*retrieve internal value: */
    214                         lvector=(long*)PyArray_DATA((PyArrayObject*)py_vector);
    215 
    216                         /*transform into double vector: */
    217                         vector=xNew<double>(M);
    218                         for(i=0;i<M;i++)vector[i]=(double)lvector[i];
    219                 }
    220 
    221                 else if (PyArray_TYPE((PyArrayObject*)py_vector) == NPY_BOOL) {
    222                         /*retrieve internal value: */
    223                         bvector=(bool*)PyArray_DATA((PyArrayObject*)py_vector);
    224 
    225                         /*transform into double vector: */
    226                         vector=xNew<double>(M);
    227                         for(i=0;i<M;i++)vector[i]=(double)bvector[i];
    228                 }
    229 
    230                 else
    231                         _error_("unrecognized vector type in input!");
    232         }
    233         else
    234                 vector=NULL;
     338        if     (PyArray_Check((PyArrayObject*)py_vector)) {
     339                /*retrieve dimensions: */
     340                ndim=PyArray_NDIM((const PyArrayObject*)py_vector);
     341                if      (ndim==1) {
     342                        dims=PyArray_DIMS((PyArrayObject*)py_vector);
     343                        M=dims[0];
     344                }
     345                else if (ndim==2) {
     346                        dims=PyArray_DIMS((PyArrayObject*)py_vector);
     347                        if (dims[1]==1)
     348                                M=dims[0];
     349                        else
     350                                _error_("expecting an Mx1 matrix or M vector in input!");
     351                }
     352                else
     353                        _error_("expecting an Mx1 matrix or M vector in input!");
     354
     355                if (M) {
     356                        if      (PyArray_TYPE((PyArrayObject*)py_vector) == NPY_DOUBLE) {
     357                                /*retrieve internal value: */
     358                                dvector=(double*)PyArray_DATA((PyArrayObject*)py_vector);
     359
     360                                /*copy vector: */
     361                                vector=xNew<double>(M);
     362                                memcpy(vector,dvector,(M)*sizeof(double));
     363                        }
     364
     365                        else if (PyArray_TYPE((PyArrayObject*)py_vector) == NPY_INT64) {
     366                                /*retrieve internal value: */
     367                                lvector=(long*)PyArray_DATA((PyArrayObject*)py_vector);
     368
     369                                /*transform into double vector: */
     370                                vector=xNew<double>(M);
     371                                for(i=0;i<M;i++)vector[i]=(double)lvector[i];
     372                        }
     373
     374                        else if (PyArray_TYPE((PyArrayObject*)py_vector) == NPY_BOOL) {
     375                                /*retrieve internal value: */
     376                                bvector=(bool*)PyArray_DATA((PyArrayObject*)py_vector);
     377
     378                                /*transform into double vector: */
     379                                vector=xNew<double>(M);
     380                                for(i=0;i<M;i++)vector[i]=(double)bvector[i];
     381                        }
     382
     383                        else
     384                                _error_("unrecognized double pyarray type in input!");
     385                }
     386                else
     387                        vector=NULL;
     388        }
     389
     390        else {
     391                M=1;
     392                vector=xNew<double>(M);
     393                FetchData(&(vector[0]),py_vector);
     394        }
     395
     396        /*output: */
     397        if(pM)*pM=M;
     398        if(pvector)*pvector=vector;
     399}
     400/*}}}*/
     401/*FUNCTION FetchData(int** pvector,int* pM, PyObject* py_vector){{{*/
     402void FetchData(int** pvector,int* pM,PyObject* py_vector){
     403
     404        /*output: */
     405        int* vector=NULL;
     406        int M;
     407        int ndim;
     408        npy_intp*  dims=NULL;
     409
     410        /*intermediary:*/
     411        long*   lvector=NULL;
     412        bool*   bvector=NULL;
     413        double* dvector=NULL;
     414        int i;
     415
     416        if     (PyArray_Check((PyArrayObject*)py_vector)) {
     417                /*retrieve dimensions: */
     418                ndim=PyArray_NDIM((const PyArrayObject*)py_vector);
     419                if      (ndim==1) {
     420                        dims=PyArray_DIMS((PyArrayObject*)py_vector);
     421                        M=dims[0];
     422                }
     423                else if (ndim==2) {
     424                        dims=PyArray_DIMS((PyArrayObject*)py_vector);
     425                        if (dims[1]==1)
     426                                M=dims[0];
     427                        else
     428                                _error_("expecting an Mx1 matrix or M vector in input!");
     429                }
     430                else
     431                        _error_("expecting an Mx1 matrix or M vector in input!");
     432
     433                if (M) {
     434                        if      (PyArray_TYPE((PyArrayObject*)py_vector) == NPY_DOUBLE) {
     435                                /*retrieve internal value: */
     436                                dvector=(double*)PyArray_DATA((PyArrayObject*)py_vector);
     437
     438                                /*transform into int vector: */
     439                                vector=xNew<int>(M);
     440                                for(i=0;i<M;i++)vector[i]=(int)lvector[i];
     441                        }
     442
     443                        else if (PyArray_TYPE((PyArrayObject*)py_vector) == NPY_INT64) {
     444                                /*retrieve internal value: */
     445                                lvector=(long*)PyArray_DATA((PyArrayObject*)py_vector);
     446
     447                                /*transform into int vector: */
     448                                vector=xNew<int>(M);
     449                                for(i=0;i<M;i++)vector[i]=(int)lvector[i];
     450                        }
     451
     452                        else if (PyArray_TYPE((PyArrayObject*)py_vector) == NPY_BOOL) {
     453                                /*retrieve internal value: */
     454                                bvector=(bool*)PyArray_DATA((PyArrayObject*)py_vector);
     455
     456                                /*transform into int vector: */
     457                                vector=xNew<int>(M);
     458                                for(i=0;i<M;i++)vector[i]=(int)bvector[i];
     459                        }
     460
     461                        else
     462                         _error_("unrecognized int pyarray type in input!");
     463                }
     464                else
     465                        vector=NULL;
     466        }
     467
     468        else {
     469                M=1;
     470                vector=xNew<int>(M);
     471                FetchData(&(vector[0]),py_vector);
     472        }
     473
     474        /*output: */
     475        if(pM)*pM=M;
     476        if(pvector)*pvector=vector;
     477}
     478/*}}}*/
     479/*FUNCTION FetchData(bool** pvector,int* pM, PyObject* py_vector){{{*/
     480void FetchData(bool** pvector,int* pM,PyObject* py_vector){
     481
     482        /*output: */
     483        bool* bvector=NULL;
     484        bool* vector=NULL;
     485        int M;
     486        int ndim;
     487        npy_intp*  dims=NULL;
     488
     489        /*intermediary:*/
     490        double* dvector=NULL;
     491        long* lvector=NULL;
     492        int i;
     493
     494        if     (PyArray_Check((PyArrayObject*)py_vector)) {
     495                /*retrieve dimensions: */
     496                ndim=PyArray_NDIM((const PyArrayObject*)py_vector);
     497                if      (ndim==1) {
     498                        dims=PyArray_DIMS((PyArrayObject*)py_vector);
     499                        M=dims[0];
     500                }
     501                else if (ndim==2) {
     502                        dims=PyArray_DIMS((PyArrayObject*)py_vector);
     503                        if (dims[1]==1)
     504                                M=dims[0];
     505                        else
     506                                _error_("expecting an Mx1 matrix or M vector in input!");
     507                }
     508                else
     509                        _error_("expecting an Mx1 matrix or M vector in input!");
     510
     511                if (M) {
     512                        if      (PyArray_TYPE((PyArrayObject*)py_vector) == NPY_DOUBLE) {
     513                                /*retrieve internal value: */
     514                                dvector=(double*)PyArray_DATA((PyArrayObject*)py_vector);
     515
     516                                /*transform into bool vector: */
     517                                vector=xNew<bool>(M);
     518                                for(i=0;i<M;i++)vector[i]=(bool)dvector[i];
     519                        }
     520
     521                        else if (PyArray_TYPE((PyArrayObject*)py_vector) == NPY_INT64) {
     522                                /*retrieve internal value: */
     523                                lvector=(long*)PyArray_DATA((PyArrayObject*)py_vector);
     524
     525                                /*transform into bool vector: */
     526                                vector=xNew<bool>(M);
     527                                for(i=0;i<M;i++)vector[i]=(bool)lvector[i];
     528                        }
     529
     530                        else if (PyArray_TYPE((PyArrayObject*)py_vector) == NPY_BOOL) {
     531                                /*retrieve internal value: */
     532                                bvector=(bool*)PyArray_DATA((PyArrayObject*)py_vector);
     533
     534                                /*copy vector: */
     535                                vector=xNew<bool>(M);
     536                                memcpy(vector,bvector,(M)*sizeof(bool));
     537                        }
     538
     539                        else
     540                                _error_("unrecognized bool pyarray type in input!");
     541                }
     542                else
     543                        vector=NULL;
     544        }
     545
     546        else {
     547                M=1;
     548                vector=xNew<bool>(M);
     549                FetchData(&(vector[0]),py_vector);
     550        }
    235551
    236552        /*output: */

  • issm/trunk/src/wrappers/python/io/WritePythonData.cpp

    r14067 r14310  
    137137        PyObject* array=NULL;
    138138
     139        matrix->GetSize(&M,&N);
    139140        buffer=matrix->ToSerial();
    140         matrix->GetSize(&M,&N);
     141
    141142        dims[0]=(npy_intp)M;
    142143        dims[1]=(npy_intp)N;
    … …  
    154155        PyObject* array=NULL;
    155156
     157        vector->GetSize(&M);
    156158        buffer=vector->ToMPISerial();
    157         vector->GetSize(&M);
     159
    158160        dim=(npy_intp)M;
    159161        array=PyArray_SimpleNewFromData(1,&dim,NPY_DOUBLE,buffer);
     162
     163        PyTuple_SetItem(py_tuple, index, array);
     164}
     165/*}}}*/
     166/*FUNCTION WriteData(PyObject* py_tuple,int index,SeqMat<int>* matrix){{{*/
     167void WriteData(PyObject* py_tuple,int index,SeqMat<int>* matrix){
     168
     169        int M,N;
     170        int* ibuffer=NULL;
     171        npy_intp dims[2]={0,0};
     172        PyObject* array=NULL;
     173
     174        matrix->GetSize(&M,&N);
     175        ibuffer=matrix->ToSerial();
     176
     177        /*convert to long*/
     178        long* lbuffer=xNew<long>(M*N);
     179        for(int i=0;i<M*N;i++) lbuffer[i]=(long)ibuffer[i];
     180        xDelete<int>(ibuffer);
     181
     182        dims[0]=(npy_intp)M;
     183        dims[1]=(npy_intp)N;
     184        array=PyArray_SimpleNewFromData(2,dims,NPY_INT64,lbuffer);
     185
     186        PyTuple_SetItem(py_tuple, index, array);
     187
     188}/*}}}*/
     189/*FUNCTION WriteData(PyObject* py_tuple,int index,SeqVec<int>* vector){{{*/
     190void WriteData(PyObject* py_tuple,int index,SeqVec<int>* vector){
     191
     192        int M;
     193        int* ibuffer=NULL;
     194        npy_intp dim=10;
     195        PyObject* array=NULL;
     196
     197        vector->GetSize(&M);
     198        ibuffer=vector->ToMPISerial();
     199
     200        /*convert to long*/
     201        long* lbuffer=xNew<long>(M);
     202        for(int i=0;i<M;i++) lbuffer[i]=(long)ibuffer[i];
     203        xDelete<int>(ibuffer);
     204
     205        dim=(npy_intp)M;
     206        array=PyArray_SimpleNewFromData(1,&dim,NPY_INT64,lbuffer);
     207
     208        PyTuple_SetItem(py_tuple, index, array);
     209}
     210/*}}}*/
     211/*FUNCTION WriteData(PyObject* py_tuple,int index,SeqMat<bool>* matrix){{{*/
     212void WriteData(PyObject* py_tuple,int index,SeqMat<bool>* matrix){
     213
     214        int M,N;
     215        bool* buffer=NULL;
     216        npy_intp dims[2]={0,0};
     217        PyObject* array=NULL;
     218
     219        matrix->GetSize(&M,&N);
     220        buffer=matrix->ToSerial();
     221
     222        dims[0]=(npy_intp)M;
     223        dims[1]=(npy_intp)N;
     224        array=PyArray_SimpleNewFromData(2,dims,NPY_BOOL,buffer);
     225
     226        PyTuple_SetItem(py_tuple, index, array);
     227
     228}/*}}}*/
     229/*FUNCTION WriteData(PyObject* py_tuple,int index,SeqVec<bool>* vector){{{*/
     230void WriteData(PyObject* py_tuple,int index,SeqVec<bool>* vector){
     231
     232        int M;
     233        bool* buffer=NULL;
     234        npy_intp dim=10;
     235        PyObject* array=NULL;
     236
     237        vector->GetSize(&M);
     238        buffer=vector->ToMPISerial();
     239
     240        dim=(npy_intp)M;
     241        array=PyArray_SimpleNewFromData(1,&dim,NPY_BOOL,buffer);
    160242
    161243        PyTuple_SetItem(py_tuple, index, array);
    … …  
    225307}
    226308/*}}}*/
     309/*FUNCTION PyArrayFromCopiedData(int dimi,int dimj,int* data){{{*/
     310PyObject* PyArrayFromCopiedData(int dimi,int dimj,int* data){
     311
     312        long* pydata;
     313        npy_intp pydims[2]={0,0};
     314
     315        /*  note that PyArray_SimpleNewFromData does not copy the data, so that when the original
     316                 object (e.g. bamggeom,bamgmesh) is deleted, the data is gone.  */
     317
     318        pydims[0]=(npy_intp)dimi;
     319        pydims[1]=(npy_intp)dimj;
     320        pydata=xNew<long>(dimi*dimj);
     321        for(int i=0;i<dimi*dimj;i++) pydata[i]=(long)data[i];
     322        return PyArray_SimpleNewFromData(2,pydims,NPY_INT64,pydata);
     323}
     324/*}}}*/
     325/*FUNCTION PyArrayFromCopiedData(int dimi,int dimj,bool* data){{{*/
     326PyObject* PyArrayFromCopiedData(int dimi,int dimj,bool* data){
     327
     328        bool* pydata;
     329        npy_intp pydims[2]={0,0};
     330
     331        /*  note that PyArray_SimpleNewFromData does not copy the data, so that when the original
     332                 object (e.g. bamggeom,bamgmesh) is deleted, the data is gone.  */
     333
     334        pydims[0]=(npy_intp)dimi;
     335        pydims[1]=(npy_intp)dimj;
     336        pydata=xNew<bool>(dimi*dimj);
     337        memcpy(pydata,data,dimi*dimj*sizeof(bool));
     338        return PyArray_SimpleNewFromData(2,pydims,NPY_BOOL,pydata);
     339}
     340/*}}}*/

  • issm/trunk/src/wrappers/python/io/pythonio.h

    r14067 r14310  
    2525void WriteData(PyObject* py_tuple,int index, SeqMat<double>* matrix);
    2626void WriteData(PyObject* py_tuple,int index, SeqVec<double>* vector);
     27void WriteData(PyObject* py_tuple,int index, SeqMat<int>* matrix);
     28void WriteData(PyObject* py_tuple,int index, SeqVec<int>* vector);
     29void WriteData(PyObject* py_tuple,int index, SeqMat<bool>* matrix);
     30void WriteData(PyObject* py_tuple,int index, SeqVec<bool>* vector);
    2731void WriteData(PyObject* py_tuple,int index, BamgGeom* bamggeom);
    2832void WriteData(PyObject* py_tuple,int index, BamgMesh* bamgmesh);
    2933void WriteData(PyObject* py_tuple,int index, RiftStruct* riftstruct);
    3034
    31 void FetchData(double** pvector,int* pM,PyObject* py_ref);
    3235void FetchData(double** pmatrix,int* pM,int *pN,PyObject* py_array);
    3336void FetchData(int** pmatrix,int* pM,int *pN,PyObject* py_matrix);
     37void FetchData(bool** pmatrix,int* pM,int *pN,PyObject* py_matrix);
     38void FetchData(double** pvector,int* pM,PyObject* py_ref);
     39void FetchData(int** pvector,int* pM,PyObject* py_ref);
     40void FetchData(bool** pvector,int* pM,PyObject* py_ref);
    3441void FetchData(char** pstring,PyObject* py_unicode);
    3542void FetchData(double* pscalar,PyObject* py_float);
    36 void FetchData(int* pinteger,PyObject* py_long);
     43void FetchData(int* pscalar,PyObject* py_long);
    3744void FetchData(bool* pbool,PyObject* py_boolean);
    3845void FetchData(BamgGeom** bamggeom,PyObject* py_dict);
    … …  
    4754PyObject* PyArrayFromCopiedData(int dims[2],double* data);
    4855PyObject* PyArrayFromCopiedData(int dimi,int dimj,double* data);
     56PyObject* PyArrayFromCopiedData(int dimi,int dimj,int* data);
     57PyObject* PyArrayFromCopiedData(int dimi,int dimj,bool* data);
    4958
    5059#endif  /* _IO_H_ */

  • issm/trunk/startup.m

    r13395 r14310  
    3636addpath(recursivepath([ISSM_DIR '/externalpackages/export_fig']));
    3737addpath(recursivepath([ISSM_DIR '/externalpackages/googleearthtoolbox']));
     38addpath(recursivepath([ISSM_DIR '/externalpackages/howatmask']));
    3839addpath(recursivepath([ISSM_DIR '/externalpackages/cm_and_cb_utilities']));
     40addpath(recursivepath([ISSM_DIR '/externalpackages/dem']));
    3941
    4042clear ISSM_DIR;

  • issm/trunk/test

  • issm/trunk/test/NightlyRun/python_skipped_tests.txt

    r13975 r14310  
    1111test418    needs Dakota
    1212test420    needs Dakota
     13
     14test1401,test1402
     15Roundoff error in ComputeHessian and ComputeMetric causes different meshes
     16from matlab, specifically in the handling of 0/0=nan, eps/0=inf, etc.  Since
     17the mesh is of a different size, NR fails.  (Note Matlab test1402 currently
     18fails.)
     19
     20test1109,test1110
     21Ugly crashes in solver, but same behavior as Matlab.
     22

  • issm/trunk/test/NightlyRun/runme.m

    r14067 r14310  
    7979                        strncmp(fliplr(flist(i).name),fliplr('.m'),2)&...           %File name must end by '.m'
    8080                        ~strcmp(flist(i).name,'test.m'))                            %File name must be different than 'test.m'
    81                 list_ids(end+1)=eval(flist(i).name(5:end-2));                  %Keep test id only (skip 'test' and '.m')
     81                id=str2num(flist(i).name(5:end-2));
     82                if isempty(id),
     83                        disp(['WARNING: ignore file ' flist(i).name ]);
     84                else
     85                        list_ids(end+1)=eval(flist(i).name(5:end-2));                  %Keep test id only (skip 'test' and '.m')
     86                end
    8287        end
    8388end

  • issm/trunk/test/NightlyRun/test1101.m

    r13975 r14310  
    1 %This test is a test from the ISMP-HOM Intercomparison project
     1%This test is a test from the ISMP-HOM Intercomparison project.
    22%Pattyn and Payne 2006
    33printingflag=false;
    44
    5 L_list={5000,10000,20000,40000,80000,160000};
     5L_list={5000.,10000.,20000.,40000.,80000.,160000.};
    66results={};
    77minvx=[];
    … …  
    2626
    2727        pos=find(md.mesh.vertexonbed);
    28         md.diagnostic.spcvx(pos)=0;
    29         md.diagnostic.spcvy(pos)=0;
     28        md.diagnostic.spcvx(pos)=0.;
     29        md.diagnostic.spcvy(pos)=0.;
    3030
    3131        %Create MPCs to have periodic boundary conditions
    32         posx=find(md.mesh.x==0);
     32        posx=find(md.mesh.x==0.);
    3333        posx2=find(md.mesh.x==max(md.mesh.x));
    3434
    35         posy=find(md.mesh.y==0 & md.mesh.x~=0 & md.mesh.x~=max(md.mesh.x)); %Don't take the same nodes two times
    36         posy2=find(md.mesh.y==max(md.mesh.y) & md.mesh.x~=0 & md.mesh.x~=max(md.mesh.x));
     35        posy=find(md.mesh.y==0. & md.mesh.x~=0. & md.mesh.x~=max(md.mesh.x)); %Don't take the same nodes two times
     36        posy2=find(md.mesh.y==max(md.mesh.y) & md.mesh.x~=0. & md.mesh.x~=max(md.mesh.x));
    3737
    3838        md.diagnostic.vertex_pairing=[posx,posx2;posy,posy2];
    … …  
    5555                set(gcf,'Color','w')
    5656                printmodel(['ismipapattynvx' num2str(L)],'png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    57                 system(['mv ismipapattynvx' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestA ']);
     57                system(['mv ismipapattynvx' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestA']);
    5858        end
    5959        plotmodel(md,'data',vy,'layer#all',md.mesh.numberoflayers,'xlim',[0 L/10^3],'ylim',[0 L/10^3],'unit','km')
    … …  
    6161                set(gcf,'Color','w')
    6262                printmodel(['ismipapattynvy' num2str(L)],'png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    63                 system(['mv ismipapattynvy' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestA ']);
     63                system(['mv ismipapattynvy' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestA']);
    6464        end
    6565        plotmodel(md,'data',vz,'layer#all',md.mesh.numberoflayers,'xlim',[0 L/10^3],'ylim',[0 L/10^3],'unit','km')
    … …  
    6767                set(gcf,'Color','w')
    6868                printmodel(['ismipapattynvz' num2str(L)],'png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    69                 system(['mv ismipapattynvz' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestA ']);
     69                system(['mv ismipapattynvz' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestA']);
    7070        end
    7171
    72         if(L==5000),
     72        if(L==5000.),
    7373                plotmodel(md,'data',vx,'sectionvalue','../Exp/ISMIP5000.exp','layer',md.mesh.numberoflayers,...
    7474                        'resolution',[10 10],'ylim',[10 18],'xlim',[0 5000],'title','','xlabel','')
    75         elseif(L==10000),
     75        elseif(L==10000.),
    7676                plotmodel(md,'data',vx,'sectionvalue','../Exp/ISMIP10000.exp','layer',md.mesh.numberoflayers,...
    7777                        'resolution',[10 10],'ylim',[10 30],'xlim',[0 10000],'title','','xlabel','')
    78         elseif(L==20000),
     78        elseif(L==20000.),
    7979                plotmodel(md,'data',vx,'sectionvalue','../Exp/ISMIP20000.exp','layer',md.mesh.numberoflayers,...
    8080                        'resolution',[10 10],'ylim',[0 50],'xlim',[0 20000],'title','','xlabel','')
    81         elseif(L==40000),
     81        elseif(L==40000.),
    8282                plotmodel(md,'data',vx,'sectionvalue','../Exp/ISMIP40000.exp','layer',md.mesh.numberoflayers,...
    8383                        'resolution',[10 10],'ylim',[0 80],'xlim',[0 40000],'title','','xlabel','')
    84         elseif(L==80000),
     84        elseif(L==80000.),
    8585                plotmodel(md,'data',vx,'sectionvalue','../Exp/ISMIP80000.exp','layer',md.mesh.numberoflayers,...
    8686                        'resolution',[10 10],'ylim',[0 100],'xlim',[0 80000],'title','','xlabel','')
    87         elseif(L==160000),
     87        elseif(L==160000.),
    8888                plotmodel(md,'data',vx,'sectionvalue','../Exp/ISMIP160000.exp','layer',md.mesh.numberoflayers,...
    8989                        'resolution',[10 10],'ylim',[0 120],'xlim',[0 160000],'title','','xlabel','')
    … …  
    9292                set(gcf,'Color','w')
    9393                printmodel(['ismipapattynvxsec' num2str(L)],'png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    94                 system(['mv ismipapattynvxsec' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestA ']);
     94                system(['mv ismipapattynvxsec' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestA']);
    9595        end
    9696end
    … …  
    101101        set(gcf,'Color','w')
    102102        printmodel('ismipapattynminvx','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    103         system(['mv ismipapattynminvx.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestA ']);
     103        system(['mv ismipapattynminvx.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestA']);
    104104end
    105105plot([5 10 20 40 80 160],maxvx);ylim([0 120]);xlim([0 160])
    … …  
    107107        set(gcf,'Color','w')
    108108        printmodel('ismipapattynmaxvx','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    109         system(['mv ismipapattynmaxvx.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestA ']);
     109        system(['mv ismipapattynmaxvx.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestA']);
    110110end
     111
    111112%Fields and tolerances to track changes
    112 field_names     ={ ...
     113field_names     ={...
    113114        'Vx5km','Vy5km','Vz5km',...
    114115        'Vx10km','Vy10km','Vz10km',...

  • issm/trunk/test/NightlyRun/test1102.m

    r13975 r14310  
    1 %This test is a test from the ISMP-HOM Intercomparison project
     1%This test is a test from the ISMP-HOM Intercomparison project.
    22%Pattyn and Payne 2006
    33printingflag=false;
    44
    5 L_list={5000,10000,20000,40000,80000,160000};
     5L_list={5000.,10000.,20000.,40000.,80000.,160000.};
    66results={};
    77minvx=[];
    … …  
    1717
    1818%       %Find elements at the corner and extract model
    19 %       posnodes=find((md.mesh.x==0 | md.mesh.x==max(md.mesh.x)) & (md.mesh.y==0 | md.mesh.y==max(md.mesh.y)));
     19%       posnodes=find((md.mesh.x==0. | md.mesh.x==max(md.mesh.x)) & (md.mesh.y==0. | md.mesh.y==max(md.mesh.y)));
    2020%       [a,b]=find(ismember(md.mesh.elements,posnodes));
    2121%       elements=ones(md.mesh.numberofelements,1);
    … …  
    2929        %Create dirichlet on the bed only
    3030        pos=find(md.mesh.vertexonbed);
    31         md.diagnostic.spcvx(pos)=0;
    32         md.diagnostic.spcvy(pos)=0;
    33         md.diagnostic.spcvz(pos)=0;
     31        md.diagnostic.spcvx(pos)=0.;
     32        md.diagnostic.spcvy(pos)=0.;
     33        md.diagnostic.spcvz(pos)=0.;
    3434
    35         %Create MPCs to have periodic boundary conditions
    36         %posx=find(md.mesh.x==0);
    37         %posx2=find(md.mesh.x==max(md.mesh.x));
    38         %posx=find(md.mesh.x==0 & md.mesh.y~=0 & md.mesh.y~=max(md.mesh.y) & ~md.mesh.vertexonbed);
    39         %posx2=find(md.mesh.x==max(md.mesh.x) &  md.mesh.y~=0 & md.mesh.y~=max(md.mesh.y) & ~md.mesh.vertexonbed);
     35%       %Create MPCs to have periodic boundary conditions
     36%       posx=find(md.mesh.x==0.);
     37%       posx2=find(md.mesh.x==max(md.mesh.x));
     38%       posx=find(md.mesh.x==0. & md.mesh.y~=0. & md.mesh.y~=max(md.mesh.y) & ~md.mesh.vertexonbed);
     39%       posx2=find(md.mesh.x==max(md.mesh.x) &  md.mesh.y~=0. & md.mesh.y~=max(md.mesh.y) & ~md.mesh.vertexonbed);
    4040
    41         %posy=find(md.mesh.y==0 & md.mesh.x~=0 & md.mesh.x~=max(md.mesh.x) & ~md.mesh.vertexonbed); %Don't take the same nodes two times
    42         %posy2=find(md.mesh.y==max(md.mesh.y) & md.mesh.x~=0 & md.mesh.x~=max(md.mesh.x) & ~md.mesh.vertexonbed);
     41%       posy=find(md.mesh.y==0. & md.mesh.x~=0. & md.mesh.x~=max(md.mesh.x) & ~md.mesh.vertexonbed); %Don't take the same nodes two times
     42%       posy2=find(md.mesh.y==max(md.mesh.y) & md.mesh.x~=0. & md.mesh.x~=max(md.mesh.x) & ~md.mesh.vertexonbed);
    4343
    44         %md.diagnostic.vertex_pairing=[posx,posx2;posy,posy2];
     44%       md.diagnostic.vertex_pairing=[posx,posx2;posy,posy2];
    4545
    4646        %Compute the diagnostic
    4747        md.diagnostic.abstol=NaN;
    4848        md.diagnostic.reltol=NaN;
    49         md.diagnostic.restol=1;
     49        md.diagnostic.restol=1.;
    5050        md.cluster=generic('name',oshostname(),'np',8);
    5151        md=solve(md,DiagnosticSolutionEnum());
    … …  
    6262        %Now plot vx, vy, vz and vx on a cross section
    6363        plotmodel(md,'data',vx,'layer#all',md.mesh.numberoflayers,'xlim',[0 L/10^3],'ylim',[0 L/10^3],'unit','km','figure',2)
    64         if printingflag, 
     64        if printingflag,
    6565                set(gcf,'Color','w')
    6666                printmodel(['ismipastokesvx' num2str(L)],'png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    67                 system(['mv ismipastokesvx' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestA ']);
     67                system(['mv ismipastokesvx' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestA']);
    6868        end
    6969        plotmodel(md,'data',vy,'layer#all',md.mesh.numberoflayers,'xlim',[0 L/10^3],'ylim',[0 L/10^3],'unit','km','figure',3)
    70         if printingflag, 
     70        if printingflag,
    7171                set(gcf,'Color','w')
    7272                printmodel(['ismipastokesvy' num2str(L)],'png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    73                 system(['mv ismipastokesvy' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestA ']);
     73                system(['mv ismipastokesvy' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestA']);
    7474        end
    7575        plotmodel(md,'data',vz,'layer#all',md.mesh.numberoflayers,'xlim',[0 L/10^3],'ylim',[0 L/10^3],'unit','km','figure',4)
    76         if printingflag, 
     76        if printingflag,
    7777                set(gcf,'Color','w')
    7878                printmodel(['ismipastokesvz' num2str(L)],'png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    79                 system(['mv ismipastokesvz' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestA ']);
     79                system(['mv ismipastokesvz' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestA']);
    8080        end
    8181
    82         if(L==5000),
     82        if(L==5000.),
    8383                plotmodel(md,'data',vx,'sectionvalue','../Exp/ISMIP5000.exp','layer',md.mesh.numberoflayers,...
    8484                        'resolution',[10 10],'ylim',[10 18],'xlim',[0 5000],'title','','xlabel','')
    85         elseif(L==10000),
     85        elseif(L==10000.),
    8686                plotmodel(md,'data',vx,'sectionvalue','../Exp/ISMIP10000.exp','layer',md.mesh.numberoflayers,...
    8787                        'resolution',[10 10],'ylim',[10 30],'xlim',[0 10000],'title','','xlabel','')
    88         elseif(L==20000),
     88        elseif(L==20000.),
    8989                plotmodel(md,'data',vx,'sectionvalue','../Exp/ISMIP20000.exp','layer',md.mesh.numberoflayers,...
    9090                        'resolution',[10 10],'ylim',[0 50],'xlim',[0 20000],'title','','xlabel','')
    91         elseif(L==40000),
     91        elseif(L==40000.),
    9292                plotmodel(md,'data',vx,'sectionvalue','../Exp/ISMIP40000.exp','layer',md.mesh.numberoflayers,...
    9393                        'resolution',[10 10],'ylim',[0 80],'xlim',[0 40000],'title','','xlabel','')
    94         elseif(L==80000),
     94        elseif(L==80000.),
    9595                plotmodel(md,'data',vx,'sectionvalue','../Exp/ISMIP80000.exp','layer',md.mesh.numberoflayers,...
    9696                        'resolution',[10 10],'ylim',[0 100],'xlim',[0 80000],'title','','xlabel','')
    97         elseif(L==160000),
     97        elseif(L==160000.),
    9898                plotmodel(md,'data',vx,'sectionvalue','../Exp/ISMIP160000.exp','layer',md.mesh.numberoflayers,...
    9999                        'resolution',[10 10],'ylim',[0 120],'xlim',[0 160000],'title','','xlabel','')
    100100        end
    101         if printingflag, 
     101        if printingflag,
    102102                set(gcf,'Color','w')
    103103                printmodel(['ismipastokesvxsec' num2str(L)],'png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    104                 system(['mv ismipastokesvxsec' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestA ']);
     104                system(['mv ismipastokesvxsec' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestA']);
    105105        end
    106106end
    … …  
    108108%Now plot the min and max values of vx for each size of the square
    109109plot([5 10 20 40 80 160],minvx);ylim([0 18])
    110 if printingflag, 
     110if printingflag,
    111111        set(gcf,'Color','w')
    112112        printmodel('ismipastokesminvx','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    113         system(['mv ismipastokesminvx.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestA ']);
     113        system(['mv ismipastokesminvx.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestA']);
    114114end
    115115plot([5 10 20 40 80 160],maxvx);ylim([0 120])
    116 if printingflag, 
     116if printingflag,
    117117        set(gcf,'Color','w')
    118118        printmodel('ismipastokesmaxvx','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    119         system(['mv ismipastokesmaxvx.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestA ']);
     119        system(['mv ismipastokesmaxvx.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestA']);
    120120end
     121
    121122%Fields and tolerances to track changes
    122123field_names     ={...
    … …  
    127128        'Vx80km','Vy80km','Vz80km',...
    128129        'Vx160km','Vy160km','Vz160km'
    129 }
     130};
    130131field_tolerances={...
    131132        1e-12,1e-12,1e-12,...

  • issm/trunk/test/NightlyRun/test1103.m

    r13975 r14310  
    1 %This test is a test from the ISMP-HOM Intercomparison project
     1%This test is a test from the ISMP-HOM Intercomparison project.
    22%Pattyn and Payne 2006
    33printingflag=false;
    44
    5 L_list={5000,10000,20000,40000,80000,160000};
     5L_list={5000.,10000.,20000.,40000.,80000.,160000.};
    66results={};
     7minvx=[];
     8maxvx=[];
    79
    810for i=1:length(L_list),
    … …  
    2325        md.diagnostic.spcvz=NaN*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    2426        pos=find(md.mesh.vertexonbed);
    25         md.diagnostic.spcvx(pos)=0;
    26         md.diagnostic.spcvy(pos)=0;
     27        md.diagnostic.spcvx(pos)=0.;
     28        md.diagnostic.spcvy(pos)=0.;
    2729
    2830        %Create MPCs to have periodic boundary conditions
    29         posx=find(md.mesh.x==0);
     31        posx=find(md.mesh.x==0.);
    3032        posx2=find(md.mesh.x==max(md.mesh.x));
    3133
    32         posy=find(md.mesh.y==0 & md.mesh.x~=0 & md.mesh.x~=max(md.mesh.x)); %Don't take the same nodes two times
    33         posy2=find(md.mesh.y==max(md.mesh.y) & md.mesh.x~=0 & md.mesh.x~=max(md.mesh.x));
     34        posy=find(md.mesh.y==0. & md.mesh.x~=0. & md.mesh.x~=max(md.mesh.x)); %Don't take the same nodes two times
     35        posy2=find(md.mesh.y==max(md.mesh.y) & md.mesh.x~=0. & md.mesh.x~=max(md.mesh.x));
    3436
    3537        md.diagnostic.vertex_pairing=[posx,posx2;posy,posy2];
    … …  
    4951        %Now plot vx, vy, vz and vx on a cross section
    5052        plotmodel(md,'data',vx,'layer#all',md.mesh.numberoflayers,'xlim',[0 L/10^3],'ylim',[0 L/10^3],'unit','km')
    51         if printingflag, 
     53        if printingflag,
    5254                set(gcf,'Color','w')
    5355                printmodel(['ismipbpattynvx' num2str(L)],'png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    54                 system(['mv ismipbpattynvx' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestB ']);
     56                system(['mv ismipbpattynvx' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestB']);
    5557        end
    5658        plotmodel(md,'data',vz,'layer#all',md.mesh.numberoflayers,'xlim',[0 L/10^3],'ylim',[0 L/10^3],'unit','km')
    57         if printingflag, 
     59        if printingflag,
    5860                set(gcf,'Color','w')
    5961                printmodel(['ismipbpattynvz' num2str(L)],'png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    60                 system(['mv ismipbpattynvz' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestB ']);
     62                system(['mv ismipbpattynvz' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestB']);
    6163        end
    6264
    63         if(L==5000),
     65        if(L==5000.),
    6466                plotmodel(md,'data',vx,'sectionvalue','../Exp/ISMIP5000.exp','layer',md.mesh.numberoflayers,...
    6567                        'resolution',[10 10],'ylim',[6 16],'xlim',[0 5000],'title','','xlabel','')
    66         elseif(L==10000),
     68        elseif(L==10000.),
    6769                plotmodel(md,'data',vx,'sectionvalue','../Exp/ISMIP10000.exp','layer',md.mesh.numberoflayers,...
    6870                        'resolution',[10 10],'ylim',[0 40],'xlim',[0 10000],'title','','xlabel','')
    69         elseif(L==20000),
     71        elseif(L==20000.),
    7072                plotmodel(md,'data',vx,'sectionvalue','../Exp/ISMIP20000.exp','layer',md.mesh.numberoflayers,...
    7173                        'resolution',[10 10],'ylim',[0 60],'xlim',[0 20000],'title','','xlabel','')
    72         elseif(L==40000),
     74        elseif(L==40000.),
    7375                plotmodel(md,'data',vx,'sectionvalue','../Exp/ISMIP40000.exp','layer',md.mesh.numberoflayers,...
    7476                        'resolution',[10 10],'ylim',[0 100],'xlim',[0 40000],'title','','xlabel','')
    75         elseif(L==80000),
     77        elseif(L==80000.),
    7678                plotmodel(md,'data',vx,'sectionvalue','../Exp/ISMIP80000.exp','layer',md.mesh.numberoflayers,...
    7779                        'resolution',[10 10],'ylim',[0 120],'xlim',[0 80000],'title','','xlabel','')
    78         elseif(L==160000),
     80        elseif(L==160000.),
    7981                plotmodel(md,'data',vx,'sectionvalue','../Exp/ISMIP160000.exp','layer',md.mesh.numberoflayers,...
    8082                        'resolution',[10 10],'ylim',[0 120],'xlim',[0 160000],'title','','xlabel','')
    8183        end
    82         if printingflag, 
     84        if printingflag,
    8385                set(gcf,'Color','w')
    8486                printmodel(['ismipbpattynvxsec' num2str(L)],'png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    85                 system(['mv ismipbpattynvxsec' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestB ']);
     87                system(['mv ismipbpattynvxsec' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestB']);
    8688        end
    8789end
    … …  
    8991%Now plot the min and max values of vx for each size of the square
    9092plot([5 10 20 40 80 160],minvx);ylim([0 14]);xlim([0 160])
    91 if printingflag, 
     93if printingflag,
    9294        set(gcf,'Color','w')
    9395        printmodel('ismipbpattynminvx','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    94         system(['mv ismipbpattynminvx.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestB ']);
     96        system(['mv ismipbpattynminvx.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestB']);
    9597end
    9698plot([5 10 20 40 80 160],maxvx);ylim([0 120]);xlim([0 160])
    97 if printingflag, 
     99if printingflag,
    98100        set(gcf,'Color','w')
    99101        printmodel('ismipbpattynmaxvx','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    100         system(['mv ismipbpattynmaxvx.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestB ']);
     102        system(['mv ismipbpattynmaxvx.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestB']);
    101103end
     104
    102105%Fields and tolerances to track changes
    103106field_names     ={...

  • issm/trunk/test/NightlyRun/test1104.m

    r13975 r14310  
    1 %This test is a test from the ISMP-HOM Intercomparison project
     1%This test is a test from the ISMP-HOM Intercomparison project.
    22%Pattyn and Payne 2006
    33
    4 L_list={5000,10000,20000,40000,80000,160000};
     4L_list={5000.,10000.,20000.,40000.,80000.,160000.};
    55results={};
    66
    … …  
    2222
    2323        pos=find(md.mesh.vertexonbed);
    24         md.diagnostic.spcvx(pos)=0;
    25         md.diagnostic.spcvy(pos)=0;
     24        md.diagnostic.spcvx(pos)=0.;
     25        md.diagnostic.spcvy(pos)=0.;
    2626
    2727        %Create MPCs to have periodic boundary conditions
    28         posx=find(md.mesh.x==0);
     28        posx=find(md.mesh.x==0.);
    2929        posx2=find(md.mesh.x==max(md.mesh.x));
    3030
    31         posy=find(md.mesh.y==0 & md.mesh.x~=0 & md.mesh.x~=max(md.mesh.x)); %Don't take the same nodes two times
    32         posy2=find(md.mesh.y==max(md.mesh.y) & md.mesh.x~=0 & md.mesh.x~=max(md.mesh.x));
     31        posy=find(md.mesh.y==0. & md.mesh.x~=0. & md.mesh.x~=max(md.mesh.x)); %Don't take the same nodes two times
     32        posy2=find(md.mesh.y==max(md.mesh.y) & md.mesh.x~=0. & md.mesh.x~=max(md.mesh.x));
    3333
    3434        md.diagnostic.vertex_pairing=[posx,posx2;posy,posy2];
    … …  
    3838        md.cluster=generic('name',oshostname(),'np',8);
    3939        md=solve(md,DiagnosticSolutionEnum());
    40         pos=find(md.mesh.x==0 | md.mesh.y==0 | md.mesh.x==max(md.mesh.x) | md.mesh.y==max(md.mesh.y));
     40        pos=find(md.mesh.x==0. | md.mesh.y==0. | md.mesh.x==max(md.mesh.x) | md.mesh.y==max(md.mesh.y));
    4141        md.diagnostic.spcvx(pos)=md.results.DiagnosticSolution.Vx(pos);
    4242        md.diagnostic.spcvy(pos)=md.results.DiagnosticSolution.Vy(pos);

  • issm/trunk/test/NightlyRun/test1105.m

    r13975 r14310  
    1 %This test is a test from the ISMP-HOM Intercomparison project
     1%This test is a test from the ISMP-HOM Intercomparison project.
    22%Pattyn and Payne 2006
    33printingflag=false;
    44
    5 L_list={5000,10000,20000,40000,80000,160000};
     5L_list={5000.,10000.,20000.,40000.,80000.,160000.};
    66results={};
    77minvx=[];
    … …  
    99
    1010for i=1:length(L_list),
    11         L=L_list{i};  %in m (3 times the desired lenght for BC problems) 
     11        L=L_list{i};  %in m (3 times the desired length for BC problems) 
    1212        nx=30; %number of nodes in x direction
    1313        ny=30;
    … …  
    1818        md=extrude(md,10,1.);
    1919
    20         md=setflowequation(md,'pattyn','all'); 
     20        md=setflowequation(md,'pattyn','all');
    2121
    2222        %Create MPCs to have periodic boundary conditions
    … …  
    2525        md.diagnostic.spcvz=NaN*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    2626
    27         posx=find(md.mesh.x==0 & md.mesh.y~=0 & md.mesh.y~=L);
    28         posx2=find(md.mesh.x==L & md.mesh.y~=0 & md.mesh.y~=L);
     27        posx=find(md.mesh.x==0. & md.mesh.y~=0. & md.mesh.y~=L);
     28        posx2=find(md.mesh.x==L & md.mesh.y~=0. & md.mesh.y~=L);
    2929
    30         posy=find(md.mesh.y==0 & md.mesh.x~=0 & md.mesh.x~=L); %Don't take the same nodes two times
    31         posy2=find(md.mesh.y==L & md.mesh.x~=0 & md.mesh.x~=L);
     30        posy=find(md.mesh.y==0. & md.mesh.x~=0. & md.mesh.x~=L); %Don't take the same nodes two times
     31        posy2=find(md.mesh.y==L & md.mesh.x~=0. & md.mesh.x~=L);
    3232
    3333        md.diagnostic.vertex_pairing=[posx,posx2;posy,posy2];
    3434
    3535        %Add spc on the corners
    36         pos=find((md.mesh.x==0 | md.mesh.x==L) & (md.mesh.y==0 | md.mesh.y==L) & md.mesh.vertexonbed);
    37         md.diagnostic.spcvx(pos)=0;
    38         md.diagnostic.spcvy(pos)=0;
    39         if(L==5000),
     36        pos=find((md.mesh.x==0. | md.mesh.x==L) & (md.mesh.y==0. | md.mesh.y==L) & md.mesh.vertexonbed);
     37        md.diagnostic.spcvx(pos)=0.;
     38        md.diagnostic.spcvy(pos)=0.;
     39        if(L==5000.),
    4040                md.diagnostic.spcvx(pos)=15.66;
    4141                md.diagnostic.spcvy(pos)=-0.1967;
    42         elseif(L==10000),
     42        elseif(L==10000.),
    4343                md.diagnostic.spcvx(pos)=16.04;
    4444                md.diagnostic.spcvy(pos)=-0.1977;
    45         elseif(L==20000),
     45        elseif(L==20000.),
    4646                md.diagnostic.spcvx(pos)=16.53;
    4747                md.diagnostic.spcvy(pos)=-1.27;
    48         elseif(L==40000),
     48        elseif(L==40000.),
    4949                md.diagnostic.spcvx(pos)=17.23;
    5050                md.diagnostic.spcvy(pos)=-3.17;
    51         elseif(L==80000),
     51        elseif(L==80000.),
    5252                md.diagnostic.spcvx(pos)=16.68;
    5353                md.diagnostic.spcvy(pos)=-2.69;
    54         elseif(L==160000),
     54        elseif(L==160000.),
    5555                md.diagnostic.spcvx(pos)=16.03;
    5656                md.diagnostic.spcvy(pos)=-1.27;
    … …  
    5959        %Spc the bed at zero for vz
    6060        pos=find(md.mesh.vertexonbed);
    61         md.diagnostic.spcvz(pos)=0;
     61        md.diagnostic.spcvz(pos)=0.;
    6262
    6363        %Compute the diagnostic
    … …  
    7575        %Now plot vx, vy, vz and vx on a cross section
    7676        plotmodel(md,'data',vx,'layer#all',md.mesh.numberoflayers,'xlim',[0 L/10^3],'ylim',[0 L/10^3],'unit','km','figure',2)
    77         if printingflag, 
     77        if printingflag,
    7878                set(gcf,'Color','w')
    7979                printmodel(['ismipcpattynvx' num2str(L)],'png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    80                 system(['mv ismipcpattynvx' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestC ']);
     80                system(['mv ismipcpattynvx' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestC']);
    8181        end
    8282        plotmodel(md,'data',vy,'layer#all',md.mesh.numberoflayers,'xlim',[0 L/10^3],'ylim',[0 L/10^3],'unit','km','figure',3)
    83         if printingflag, 
     83        if printingflag,
    8484                set(gcf,'Color','w')
    8585                printmodel(['ismipcpattynvy' num2str(L)],'png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    86                 system(['mv ismipcpattynvy' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestC ']);
     86                system(['mv ismipcpattynvy' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestC']);
    8787        end
    8888        plotmodel(md,'data',vz,'layer#all',md.mesh.numberoflayers,'xlim',[0 L/10^3],'ylim',[0 L/10^3],'unit','km','figure',4)
    89         if printingflag, 
     89        if printingflag,
    9090                set(gcf,'Color','w')
    9191                printmodel(['ismipcpattynvz' num2str(L)],'png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    92                 system(['mv ismipcpattynvz' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestC ']);
     92                system(['mv ismipcpattynvz' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestC']);
    9393        end
    9494
    95         if(L==5000),
     95        if(L==5000.),
    9696                plotmodel(md,'data',vx,'sectionvalue','../Exp/ISMIP5000.exp','layer',md.mesh.numberoflayers,...
    9797                        'resolution',[10 10],'ylim',[0 20],'xlim',[0 5000],'title','','xlabel','','figure',5)
    98         elseif(L==10000),
     98        elseif(L==10000.),
    9999                plotmodel(md,'data',vx,'sectionvalue','../Exp/ISMIP10000.exp','layer',md.mesh.numberoflayers,...
    100100                        'resolution',[10 10],'ylim',[13 18],'xlim',[0 10000],'title','','xlabel','')
    101         elseif(L==20000),
     101        elseif(L==20000.),
    102102                plotmodel(md,'data',vx,'sectionvalue','../Exp/ISMIP20000.exp','layer',md.mesh.numberoflayers,...
    103103                        'resolution',[10 10],'ylim',[14 22],'xlim',[0 20000],'title','','xlabel','')
    104         elseif(L==40000),
     104        elseif(L==40000.),
    105105                plotmodel(md,'data',vx,'sectionvalue','../Exp/ISMIP40000.exp','layer',md.mesh.numberoflayers,...
    106106                        'resolution',[10 10],'ylim',[10 40],'xlim',[0 40000],'title','','xlabel','')
    107         elseif(L==80000),
     107        elseif(L==80000.),
    108108                plotmodel(md,'data',vx,'sectionvalue','../Exp/ISMIP80000.exp','layer',md.mesh.numberoflayers,...
    109109                        'resolution',[10 10],'ylim',[0 80],'xlim',[0 80000],'title','','xlabel','')
    110         elseif(L==160000),
     110        elseif(L==160000.),
    111111                plotmodel(md,'data',vx,'sectionvalue','../Exp/ISMIP160000.exp','layer',md.mesh.numberoflayers,...
    112112                        'resolution',[10 10],'ylim',[0 200],'xlim',[0 160000],'title','','xlabel','')
    113113        end
    114         if printingflag, 
     114        if printingflag,
    115115                set(gcf,'Color','w')
    116116                printmodel(['ismipcpattynvxsec' num2str(L)],'png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    117                 system(['mv ismipcpattynvxsec' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestC ']);
     117                system(['mv ismipcpattynvxsec' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestC']);
    118118        end
    119119end
    … …  
    121121%Now plot the min and max values of vx for each size of the square
    122122plot([5 10 20 40 80 160],minvx);ylim([4 18]);xlim([0 160])
    123 if printingflag, 
     123if printingflag,
    124124        set(gcf,'Color','w')
    125125        printmodel('ismipcpattynminvx','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    126         system(['mv ismipcpattynminvx.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestC ']);
     126        system(['mv ismipcpattynminvx.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestC']);
    127127end
    128128plot([5 10 20 40 80 160],maxvx);ylim([0 200]); xlim([0 160])
    129 if printingflag, 
     129if printingflag,
    130130        set(gcf,'Color','w')
    131131        printmodel('ismipcpattynmaxvx','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    132         system(['mv ismipcpattynmaxvx.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestC ']);
     132        system(['mv ismipcpattynmaxvx.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestC']);
    133133end
     134
    134135%Fields and tolerances to track changes
    135136field_names     ={...

  • issm/trunk/test/NightlyRun/test1106.m

    r13975 r14310  
    1 %This test is a test from the ISMP-HOM Intercomparison project
     1%This test is a test from the ISMP-HOM Intercomparison project.
    22%Pattyn and Payne 2006
    33
    4 L_list={5000,10000,20000,40000,80000,160000};
     4L_list={5000.,10000.,20000.,40000.,80000.,160000.};
    55results={};
    66
    … …  
    1010        md=setmask(md,'',''); %ice sheet test
    1111        md=parameterize(md,'../Par/ISMIPC.par');
    12         md.friction.coefficient=sqrt(md.constants.yts.*(1000+1000*sin(md.mesh.x*2*pi/L).*sin(md.mesh.y*2*pi/L)));
     12        md.friction.coefficient=sqrt(md.constants.yts.*(1000.+1000.*sin(md.mesh.x*2.*pi/L).*sin(md.mesh.y*2.*pi/L)));
    1313        md=extrude(md,10,1.);
    1414
    1515        %Add spc on the borders
    16         pos=find((md.mesh.x==0 | md.mesh.x==max(md.mesh.x) | md.mesh.y==0 | md.mesh.y==max(md.mesh.y)));
    17         md.diagnostic.spcvx(pos)=0;
    18         md.diagnostic.spcvy(pos)=0;
    19         if(L==5000),
     16        pos=find(md.mesh.x==0. | md.mesh.x==max(md.mesh.x) | md.mesh.y==0. | md.mesh.y==max(md.mesh.y));
     17        md.diagnostic.spcvx(pos)=0.;
     18        md.diagnostic.spcvy(pos)=0.;
     19        if(L==5000.),
    2020                md.diagnostic.spcvx(pos)=15.66;
    2121                md.diagnostic.spcvy(pos)=-0.1967;
    22         elseif(L==10000),
     22        elseif(L==10000.),
    2323                md.diagnostic.spcvx(pos)=16.04;
    2424                md.diagnostic.spcvy(pos)=-0.1977;
    25         elseif(L==20000),
     25        elseif(L==20000.),
    2626                md.diagnostic.spcvx(pos)=16.53;
    2727                md.diagnostic.spcvy(pos)=-1.27;
    28         elseif(L==40000),
     28        elseif(L==40000.),
    2929                md.diagnostic.spcvx(pos)=17.23;
    3030                md.diagnostic.spcvy(pos)=-3.17;
    31         elseif(L==80000),
     31        elseif(L==80000.),
    3232                md.diagnostic.spcvx(pos)=16.68;
    3333                md.diagnostic.spcvy(pos)=-2.69;
    34         elseif(L==160000),
     34        elseif(L==160000.),
    3535                md.diagnostic.spcvx(pos)=16.03;
    3636                md.diagnostic.spcvy(pos)=-1.27;
    3737        end
    3838
    39         md=setflowequation(md,'stokes','all'); 
     39        md=setflowequation(md,'stokes','all');
    4040
    4141        %Compute the diagnostic

  • issm/trunk/test/NightlyRun/test1107.m

    r13975 r14310  
    1 %This test is a test from the ISMP-HOM Intercomparison project
     1%This test is a test from the ISMP-HOM Intercomparison project.
    22%Pattyn and Payne 2006
    33printingflag=false;
    44
    5 L_list={5000,10000,20000,40000,80000,160000};
     5L_list={5000.,10000.,20000.,40000.,80000.,160000.};
    66results={};
    77minvx=[];
    … …  
    2626
    2727        %Create MPCs to have periodic boundary conditions
    28         posx=find(md.mesh.x==0 & ~(md.mesh.y==0 & md.mesh.vertexonbed) & ~(md.mesh.y==L & md.mesh.vertexonbed));
    29         posx2=find(md.mesh.x==max(md.mesh.x) & ~(md.mesh.y==0 & md.mesh.vertexonbed) & ~(md.mesh.y==L & md.mesh.vertexonbed));
     28        posx=find(md.mesh.x==0. & ~(md.mesh.y==0. & md.mesh.vertexonbed) & ~(md.mesh.y==L & md.mesh.vertexonbed));
     29        posx2=find(md.mesh.x==max(md.mesh.x) & ~(md.mesh.y==0. & md.mesh.vertexonbed) & ~(md.mesh.y==L & md.mesh.vertexonbed));
    3030
    31         posy=find(md.mesh.y==0 & md.mesh.x~=0 & md.mesh.x~=max(md.mesh.x)); %Don't take the same nodes two times
    32         posy2=find(md.mesh.y==max(md.mesh.y) & md.mesh.x~=0 & md.mesh.x~=max(md.mesh.x));
     31        posy=find(md.mesh.y==0. & md.mesh.x~=0. & md.mesh.x~=max(md.mesh.x)); %Don't take the same nodes two times
     32        posy2=find(md.mesh.y==max(md.mesh.y) & md.mesh.x~=0. & md.mesh.x~=max(md.mesh.x));
    3333
    3434        md.diagnostic.vertex_pairing=[posx,posx2;posy,posy2];
    3535
    3636        %Add spc on the corners
    37         pos=find((md.mesh.x==0 | md.mesh.x==L) & (md.mesh.y==0 | md.mesh.y==L) & md.mesh.vertexonbed);
    38         md.diagnostic.spcvy(:)=0;
    39         md.diagnostic.spcvx(pos)=0;
    40         if(L==5000),
     37        pos=find((md.mesh.x==0. | md.mesh.x==L) & (md.mesh.y==0. | md.mesh.y==L) & md.mesh.vertexonbed);
     38        md.diagnostic.spcvy(:)=0.;
     39        md.diagnostic.spcvx(pos)=0.;
     40        if(L==5000.),
    4141                md.diagnostic.spcvx(pos)=16.0912;
    42         elseif(L==10000),
     42        elseif(L==10000.),
    4343                md.diagnostic.spcvx(pos)=16.52;
    44         elseif(L==20000),
     44        elseif(L==20000.),
    4545                md.diagnostic.spcvx(pos)=17.77;
    46         elseif(L==40000),
     46        elseif(L==40000.),
    4747                md.diagnostic.spcvx(pos)=19.88;
    48         elseif(L==80000),
     48        elseif(L==80000.),
    4949                md.diagnostic.spcvx(pos)=18.65;
    50         elseif(L==160000),
     50        elseif(L==160000.),
    5151                md.diagnostic.spcvx(pos)=16.91;
    5252        end
    … …  
    5454        %Spc the bed at zero for vz
    5555        pos=find(md.mesh.vertexonbed);
    56         md.diagnostic.spcvz(pos)=0;
     56        md.diagnostic.spcvz(pos)=0.;
    5757
    5858        %Compute the diagnostic
    … …  
    7070        %Now plot vx, vy, vz and vx on a cross section
    7171        plotmodel(md,'data',vx,'layer#all',md.mesh.numberoflayers,'xlim',[0 L/10^3],'ylim',[0 L/10^3],'unit','km','figure',2)
    72         if printingflag, 
     72        if printingflag,
    7373                set(gcf,'Color','w')
    7474                printmodel(['ismipdpattynvx' num2str(L)],'png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    75                 system(['mv ismipdpattynvx' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestD ']);
     75                system(['mv ismipdpattynvx' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestD']);
    7676        end
    7777        plotmodel(md,'data',vz,'layer#all',md.mesh.numberoflayers,'xlim',[0 L/10^3],'ylim',[0 L/10^3],'unit','km','figure',3)
    78         if printingflag, 
     78        if printingflag,
    7979                set(gcf,'Color','w')
    8080                printmodel(['ismipdpattynvz' num2str(L)],'png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    81                 system(['mv ismipdpattynvz' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestD ']);
     81                system(['mv ismipdpattynvz' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestD']);
    8282        end
    8383
    84         if(L==5000),
     84        if(L==5000.),
    8585                plotmodel(md,'data',vx,'sectionvalue','../Exp/ISMIP5000.exp','layer',md.mesh.numberoflayers,...
    8686                        'resolution',[10 10],'ylim',[0 20],'xlim',[0 5000],'title','','xlabel','','figure',4)
    87         elseif(L==10000),
     87        elseif(L==10000.),
    8888                plotmodel(md,'data',vx,'sectionvalue','../Exp/ISMIP10000.exp','layer',md.mesh.numberoflayers,...
    8989                        'resolution',[10 10],'ylim',[0 20],'xlim',[0 10000],'title','','xlabel','','figure',4)
    90         elseif(L==20000),
     90        elseif(L==20000.),
    9191                plotmodel(md,'data',vx,'sectionvalue','../Exp/ISMIP20000.exp','layer',md.mesh.numberoflayers,...
    9292                        'resolution',[10 10],'ylim',[0 30],'xlim',[0 20000],'title','','xlabel','','figure',4)
    93         elseif(L==40000),
     93        elseif(L==40000.),
    9494                plotmodel(md,'data',vx,'sectionvalue','../Exp/ISMIP40000.exp','layer',md.mesh.numberoflayers,...
    9595                        'resolution',[10 10],'ylim',[10 60],'xlim',[0 40000],'title','','xlabel','','figure',4)
    96         elseif(L==80000),
     96        elseif(L==80000.),
    9797                plotmodel(md,'data',vx,'sectionvalue','../Exp/ISMIP80000.exp','layer',md.mesh.numberoflayers,...
    9898                        'resolution',[10 10],'ylim',[0 200],'xlim',[0 80000],'title','','xlabel','','figure',4)
    99         elseif(L==160000),
     99        elseif(L==160000.),
    100100                plotmodel(md,'data',vx,'sectionvalue','../Exp/ISMIP160000.exp','layer',md.mesh.numberoflayers,...
    101101                        'resolution',[10 10],'ylim',[0 400],'xlim',[0 160000],'title','','xlabel','','figure',4)
    102102        end
    103         if printingflag, 
     103        if printingflag,
    104104                set(gcf,'Color','w')
    105105                printmodel(['ismipdpattynvxsec' num2str(L)],'png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    106                 system(['mv ismipdpattynvxsec' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestD ']);
     106                system(['mv ismipdpattynvxsec' num2str(L) '.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestD']);
    107107        end
    108108end
    … …  
    110110%Now plot the min and max values of vx for each size of the square
    111111plot([5 10 20 40 80 160],minvx);ylim([2 18]);xlim([0 160])
    112 if printingflag, 
     112if printingflag,
    113113        set(gcf,'Color','w')
    114114        printmodel('ismipdpattynminvx','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    115         system(['mv ismipdpattynminvx.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestD ']);
     115        system(['mv ismipdpattynminvx.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestD']);
    116116end
    117117plot([5 10 20 40 80 160],maxvx);ylim([0 300]);xlim([0 160])
    118 if printingflag, 
     118if printingflag,
    119119        set(gcf,'Color','w')
    120120        printmodel('ismipdpattynmaxvx','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    121         system(['mv ismipdpattynmaxvx.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestD ']);
     121        system(['mv ismipdpattynmaxvx.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestD']);
    122122end
     123
    123124%Fields and tolerances to track changes
    124125field_names     ={...

  • issm/trunk/test/NightlyRun/test1108.m

    r13975 r14310  
    1 %This test is a test from the ISMP-HOM Intercomparison project
     1%This test is a test from the ISMP-HOM Intercomparison project.
    22%Pattyn and Payne 2006
    33
    4 L_list={5000,10000,20000,40000,80000,160000};
     4L_list={5000.,10000.,20000.,40000.,80000.,160000.};
    55results={};
    66
    … …  
    1717        md=setflowequation(md,'pattyn','all');
    1818
    19         %We need one grd on dirichlet: the 4 corners are set to zero
     19        %We need one grid on dirichlet: the 4 corners are set to zero
    2020        md.diagnostic.spcvx=NaN*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    2121        md.diagnostic.spcvy=NaN*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    2222        md.diagnostic.spcvz=NaN*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    2323       
    24         pos=find(md.mesh.vertexonbed & (md.mesh.x==0 | md.mesh.x==max(md.mesh.x)) & (md.mesh.y==0 | md.mesh.y==max(md.mesh.y)));
    25         md.diagnostic.spcvx(pos)=0;
    26         md.diagnostic.spcvy(pos)=0;
    27         md.diagnostic.spcvz(pos)=0;
     24        pos=find(md.mesh.vertexonbed & (md.mesh.x==0. | md.mesh.x==max(md.mesh.x)) & (md.mesh.y==0. | md.mesh.y==max(md.mesh.y)));
     25        md.diagnostic.spcvx(pos)=0.;
     26        md.diagnostic.spcvy(pos)=0.;
     27        md.diagnostic.spcvz(pos)=0.;
    2828
    2929        %Create MPCs to have periodic boundary conditions
    30         posx=find(md.mesh.x==0);
     30        posx=find(md.mesh.x==0.);
    3131        posx2=find(md.mesh.x==max(md.mesh.x));
    3232
    33         posy=find(md.mesh.y==0 & md.mesh.x~=0 & md.mesh.x~=max(md.mesh.x)); %Don't take the same nodes two times
    34         posy2=find(md.mesh.y==max(md.mesh.y) & md.mesh.x~=0 & md.mesh.x~=max(md.mesh.x));
     33        posy=find(md.mesh.y==0. & md.mesh.x~=0. & md.mesh.x~=max(md.mesh.x)); %Don't take the same nodes two times
     34        posy2=find(md.mesh.y==max(md.mesh.y) & md.mesh.x~=0. & md.mesh.x~=max(md.mesh.x));
    3535
    3636        md.diagnostic.vertex_pairing=[posx,posx2;posy,posy2];
    … …  
    4747        md.diagnostic.spcvy=NaN*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    4848        md.diagnostic.spcvz=NaN*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    49         pos=find(md.mesh.y==0 | md.mesh.x==0 | md.mesh.x==max(md.mesh.x) | md.mesh.y==max(md.mesh.y)); %Don't take the same nodes two times
     49        pos=find(md.mesh.y==0. | md.mesh.x==0. | md.mesh.x==max(md.mesh.x) | md.mesh.y==max(md.mesh.y)); %Don't take the same nodes two times
    5050        md.diagnostic.spcvx(pos)=md.results.DiagnosticSolution.Vx(pos);
    5151        md.diagnostic.spcvy(pos)=md.results.DiagnosticSolution.Vy(pos);

  • issm/trunk/test/NightlyRun/test1109.m

    r13975 r14310  
    1 %This test is a test from the ISMP-HOM Intercomparison project
     1%This test is a test from the ISMP-HOM Intercomparison project.
    22%TestE
    33%Four tests to run: - Pattyn frozen
    … …  
    99
    1010for i=1:4,
    11         Lx=10; %in m
    12         Ly=5000; %in m
     11        Lx=10.; %in m
     12        Ly=5000.; %in m
    1313        nx=3; %number of nodes in x direction
    1414        ny=51;
    … …  
    2626
    2727        %Create MPCs to have periodic boundary conditions
    28         posx=find(md.mesh.x==0);
     28        posx=find(md.mesh.x==0.);
    2929        posx2=find(md.mesh.x==max(md.mesh.x));
    3030        md.diagnostic.vertex_pairing=[posx,posx2];
    … …  
    3535        md.diagnostic.spcvy=NaN*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    3636        md.diagnostic.spcvz=NaN*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    37         md.diagnostic.spcvx(pos)=0;
    38         md.diagnostic.spcvy(pos)=0;
    39         md.diagnostic.spcvz(pos)=0;
     37        md.diagnostic.spcvx(pos)=0.;
     38        md.diagnostic.spcvy(pos)=0.;
     39        md.diagnostic.spcvz(pos)=0.;
    4040
    4141        %Remove the spc where there is some sliding (case 3 and 4):
    … …  
    5858        if i==1,
    5959                plotmodel(md,'data',vy,'ylim',[-10 80],'layer',md.mesh.numberoflayers,'sectionvalue','../Exp/ISMIPE.exp','resolution',[10 10],'title','','xlabel','')
    60                 if printingflag, 
     60                if printingflag,
    6161                        set(gcf,'Color','w')
    6262                        printmodel('ismipepattynvxfrozen','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    63                         system(['mv ismipepattynvxfrozen.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestE ']);
     63                        system(['mv ismipepattynvxfrozen.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestE']);
    6464                end
    6565        elseif i==2,
    6666                plotmodel(md,'data',vy,'ylim',[-10 80],'layer',md.mesh.numberoflayers,'sectionvalue','../Exp/ISMIPE.exp','resolution',[10 10],'title','','xlabel','')
    67                 if printingflag, 
     67                if printingflag,
    6868                        set(gcf,'Color','w')
    6969                        printmodel('ismipestokesvxfrozen','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    70                         system(['mv ismipestokesvxfrozen.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestE ']);
     70                        system(['mv ismipestokesvxfrozen.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestE']);
    7171                end
    7272        elseif i==3,
    7373                plotmodel(md,'data',vy,'ylim',[-50 200],'layer',md.mesh.numberoflayers,'sectionvalue','../Exp/ISMIPE.exp','resolution',[10 10],'title','','xlabel','')
    74                 if printingflag, 
     74                if printingflag,
    7575                        set(gcf,'Color','w')
    7676                        printmodel('ismipepattynvxsliding','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    77                         system(['mv ismipepattynvxsliding.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestE ']);
     77                        system(['mv ismipepattynvxsliding.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestE']);
    7878                end
    7979        elseif i==4,
    8080                plotmodel(md,'data',vy,'ylim',[-50 200],'layer',md.mesh.numberoflayers,'sectionvalue','../Exp/ISMIPE.exp','resolution',[10 10],'title','','xlabel','')
    81                 if printingflag, 
     81                if printingflag,
    8282                        set(gcf,'Color','w')
    8383                        printmodel('ismipestokesvxsliding','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    84                         system(['mv ismipestokesvxsliding.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestE ']);
     84                        system(['mv ismipestokesvxsliding.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestE']);
    8585                end
    8686        end
    8787end
     88
    8889%Fields and tolerances to track changes
    89 field_names     ={ ...
     90field_names     ={...
    9091        'VyPattynSliding','VzPattynSliding',...
    9192        'VxStokesSliding','VyStokesSliding','VzStokesSliding',...

  • issm/trunk/test/NightlyRun/test1110.m

    r13975 r14310  
    1 %This test is a test from the ISMP-HOM Intercomparison project
     1%This test is a test from the ISMP-HOM Intercomparison project.
    22%TestF
    33printingflag=false;
     4results={};
    45
    56for i=1:4,
    6         L=100000; %in m
     7        L=100000.; %in m
    78        nx=30; %numberof nodes in x direction
    89        ny=30;
    910        md=model();
    1011        md=squaremesh(md,L,L,nx,ny);
    11         %md=triangle(md,'../Exp/SquareISMIP.exp',5500.);
     12%       md=triangle(md,'../Exp/SquareISMIP.exp',5500.);
    1213        md=setmask(md,'',''); %ice sheet test
    1314        md=parameterize(md,'../Par/ISMIPF.par');
    … …  
    2627                %Create dirichlet on the bed if no slip
    2728                pos=find(md.mesh.vertexonbed);
    28                 md.diagnostic.spcvx(pos)=0;
    29                 md.diagnostic.spcvy(pos)=0;
    30                 md.diagnostic.spcvz(pos)=0;
     29                md.diagnostic.spcvx(pos)=0.;
     30                md.diagnostic.spcvy(pos)=0.;
     31                md.diagnostic.spcvz(pos)=0.;
    3132        else
    32                 pos=find(md.mesh.vertexonbed & (md.mesh.x==0 | md.mesh.x==max(md.mesh.x)) & (md.mesh.y==0 | md.mesh.y==max(md.mesh.y)));
    33                 md.diagnostic.spcvx(pos)=100; %because we need a dirichlet somewhere
    34                 md.diagnostic.spcvy(pos)=0;
    35                 md.diagnostic.spcvz(pos)=0;
     33                pos=find(md.mesh.vertexonbed & (md.mesh.x==0. | md.mesh.x==max(md.mesh.x)) & (md.mesh.y==0. | md.mesh.y==max(md.mesh.y)));
     34                md.diagnostic.spcvx(pos)=100.; %because we need a dirichlet somewhere
     35                md.diagnostic.spcvy(pos)=0.;
     36                md.diagnostic.spcvz(pos)=0.;
    3637        end
    3738        pos=find(~md.mesh.vertexonbed);
    38         md.thermal.spctemperature(pos)=255;
     39        md.thermal.spctemperature(pos)=255.;
    3940
    4041        %Create MPCs to have periodic boundary conditions
    41         posx=find(md.mesh.x==0);
     42        posx=find(md.mesh.x==0.);
    4243        posx2=find(md.mesh.x==max(md.mesh.x));
    4344
    44         posy=find(md.mesh.y==0);
     45        posy=find(md.mesh.y==0.);
    4546        posy2=find(md.mesh.y==max(md.mesh.y));
    4647
    … …  
    4849        md.prognostic.vertex_pairing=[posx,posx2;posy,posy2];
    4950
    50         md.timestepping.time_step=3;
    51         md.timestepping.final_time=300;
     51        md.timestepping.time_step=3.;
     52        md.timestepping.final_time=300.;
    5253        md.settings.output_frequency=50;
    5354        md.prognostic.stabilization=1;
    … …  
    6869                plotmodel(md,'data',(md.results.TransientSolution(end).Vx),'layer',md.mesh.numberoflayers,'sectionvalue','../Exp/ISMIP100000.exp','title','','xlabel','','ylabel','Velocity (m/yr)','linewidth',3,'grid','on','unit','km','ylim',[185 200])
    6970        end
    70         if printingflag, 
     71        if printingflag,
    7172                set(gcf,'Color','w')
    7273                if i==1,
    7374                        printmodel('ismipfpattynvxfrozen','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    74                         system(['mv ismipfpattynvxfrozen.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestF ']);
     75                        system(['mv ismipfpattynvxfrozen.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestF']);
    7576                elseif i==2,
    7677                        printmodel('ismipfpattynvxsliding','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    77                         system(['mv ismipfpattynvxsliding.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestF ']);
     78                        system(['mv ismipfpattynvxsliding.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestF']);
    7879                elseif i==3,
    7980                        printmodel('ismipfstokesvxfrozen','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    80                         system(['mv ismipfstokesvxfrozen.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestF ']);
     81                        system(['mv ismipfstokesvxfrozen.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestF']);
    8182                elseif i==4,
    8283                        printmodel('ismipfstokesvxsliding','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    83                         system(['mv ismipfstokesvxsliding.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestF ']);
     84                        system(['mv ismipfstokesvxsliding.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestF']);
    8485                end
    8586        end
    8687
    8788        plotmodel(md,'data',(md.results.TransientSolution(end).Surface)-md.geometry.surface,'layer',md.mesh.numberoflayers,'sectionvalue','../Exp/ISMIP100000.exp','title','','xlabel','','ylabel','Surface (m)','linewidth',3,'grid','on','unit','km','ylim',[-30 50])
    88         if printingflag, 
     89        if printingflag,
    8990                set(gcf,'Color','w')
    9091                if i==1,
    9192                        printmodel('ismipfpattyndeltasurfacefrozen','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    92                         system(['mv ismipfpattyndeltasurfacefrozen.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestF ']);
     93                        system(['mv ismipfpattyndeltasurfacefrozen.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestF']);
    9394                elseif i==2,
    9495                        printmodel('ismipfpattyndeltasurfacesliding','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    95                         system(['mv ismipfpattyndeltasurfacesliding.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestF ']);
     96                        system(['mv ismipfpattyndeltasurfacesliding.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestF']);
    9697                elseif i==3,
    9798                        printmodel('ismipfstokesdeltasurfacefrozen','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    98                         system(['mv ismipfstokesdeltasurfacefrozen.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestF ']);
     99                        system(['mv ismipfstokesdeltasurfacefrozen.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestF']);
    99100                elseif i==4,
    100101                        printmodel('ismipfstokesdeltasurfacesliding','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1.5,'hardcopy','off');
    101                         system(['mv ismipfstokesdeltasurfacesliding.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestF ']);
     102                        system(['mv ismipfstokesdeltasurfacesliding.png ' ISSM_DIR '/website/doc_pdf/validation/Images/ISMIP/TestF']);
    102103                end
    103104        end
    … …  
    105106
    106107%Fields and tolerances to track changes
    107 field_names     ={ ...
     108field_names     ={...
    108109        'VxPattynFrozen','VyPattynFrozen','VzPattynFrozen','SurfacePattynFrozen',...
    109110        'VxPattynSliding','VyPattynSliding','VzPattynSliding','SurfacePattynSliding',...

  • issm/trunk/test/NightlyRun/test1201.m

    r13975 r14310  
    1 %This test is a test from the EISMINT for Ice shelves Vincent Rommelaere 1996
     1%This test is a test from the EISMINT for Ice shelves Vincent Rommelaere 1996.
    22printingflag=false;
    33
    … …  
    66for stabilization=1:3;
    77        %The goal is to test the prognostic model
    8         md=bamg(model(),'domain','../Exp/SquareEISMINT.exp','hmax',3000);
     8        md=bamg(model(),'domain','../Exp/SquareEISMINT.exp','hmax',3000.);
    99        md=setmask(md,'all','');
    1010        md=parameterize(md,'../Par/SquareEISMINT.par');
    11         md.surfaceforcings.mass_balance(:)=0;
     11        md.surfaceforcings.mass_balance(:)=0.;
    1212        md=setflowequation(md,'macayeal','all');
    1313        md.cluster=generic('name',oshostname(),'np',8);
    … …  
    1515        disp('      initial velocity');
    1616        md.initialization.vx=zeros(md.mesh.numberofvertices,1);
    17         md.initialization.vy=-400*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
     17        md.initialization.vy=-400.*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    1818
    1919        %Stabilization
    … …  
    2929        md.prognostic.spcthickness=NaN*ones(md.mesh.numberofvertices+1,length(times));
    3030        md.prognostic.spcthickness(end,:)=times;
    31         md.prognostic.spcthickness(pos,:)=repmat(500+100*sin(2*pi*times/200),length(pos),1);
     31        md.prognostic.spcthickness(pos,:)=repmat(500.+100.*sin(2.*pi*times/200.),length(pos),1);
    3232        if stabilization==3,
    33                 pos=find(isnan(md.prognostic.spcthickness)); md.prognostic.spcthickness(pos)=500; %No NaN for DG
     33                pos=find(isnan(md.prognostic.spcthickness)); md.prognostic.spcthickness(pos)=500.; %No NaN for DG
    3434        end
    3535
    … …  
    4343
    4444%plot results
    45 [elements,x,y,z,s,h1]=SectionValues(md,results{1},'../Exp/CrossLineEISMINT.exp',100);
    46 [elements,x,y,z,s,h2]=SectionValues(md,results{2},'../Exp/CrossLineEISMINT.exp',100);
    47 [elements,x,y,z,s,h3]=SectionValues(md,results{3},'../Exp/CrossLineEISMINT.exp',100);
    48 [elements,x,y,z,s,hth]=SectionValues(md, 500+100*sin(2*pi/200*(500-md.mesh.y/400)),'../Exp/CrossLineEISMINT.exp',100);
     45[elements,x,y,z,s,h1]=SectionValues(md,results{1},'../Exp/CrossLineEISMINT.exp',100.);
     46[elements,x,y,z,s,h2]=SectionValues(md,results{2},'../Exp/CrossLineEISMINT.exp',100.);
     47[elements,x,y,z,s,h3]=SectionValues(md,results{3},'../Exp/CrossLineEISMINT.exp',100.);
     48[elements,x,y,z,s,hth]=SectionValues(md, 500+100*sin(2*pi/200*(500-md.mesh.y/400)),'../Exp/CrossLineEISMINT.exp',100.);
    4949plot(s,h1,'r',s,h2,'b',s,h3,'g',s,hth,'k')
    5050legend('Art. diff.','No Art. diff.','D.G.','Theoretical')
    51 if printingflag, 
     51if printingflag,
    5252        set(gcf,'Color','w')
    5353        export_fig([issmdir() '/website/doc_pdf/validation/Images/EISMINT/IceShelf/eismintmasscthickness.pdf']);
    … …  
    5656%Fields and tolerances to track changes
    5757field_names     ={ ...
    58         'ThicknessArtDigg','ThicknessNoArtDiff','ThicknessDG' ...
     58        'ThicknessArtDiff','ThicknessNoArtDiff','ThicknessDG' ...
    5959};
    6060field_tolerances={...

  • issm/trunk/test/NightlyRun/test1202.m

    r13975 r14310  
    1 %Test on the diagnostic model and the prognostic in 2d
     1%Test on the diagnostic model and the prognostic in 2d.
    22printingflag=false;
    33
    … …  
    1919plotmodel(md,'data',vx,'contourlevels',{0,20,40,60,60,100,120,140,160,180,-20,-40,-60,-80,-100,-120,-140,-160,-180}, ...
    2020        'contourcolor','k')
    21 if printingflag, 
     21if printingflag,
    2222        set(gcf,'Color','w')
    2323        printmodel('eismintdiag1vx','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',2,'hardcopy','off');
    … …  
    2727plotmodel(md,'data',vy,'contourlevels',{-100,-200,-300,-400,-500,-600,-700,-800,-900,-1000},...
    2828        'contourcolor','k')
    29 if printingflag, 
     29if printingflag,
    3030        set(gcf,'Color','w')
    3131        printmodel('eismintdiag1vy','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',2,'hardcopy','off');

  • issm/trunk/test/NightlyRun/test1203.m

    r13975 r14310  
    22printingflag=false;
    33
    4 %test 5 and 6 :
     4%test 5 and 6:
    55md=model();
    66md=triangle(md,'../Exp/SquareEISMINT.exp',5100.); %test3
    … …  
    1111%Impose a non zero velocity on the upper boundary condition (y=max(y))
    1212pos=find(md.mesh.y==max(md.mesh.y));
    13 md.diagnostic.spcvy(pos)=400*(((md.mesh.x(pos)-100000)/25000).^2-ones(size(pos,1),1)).*heaviside((1+eps)*ones(size(pos,1),1)-((md.mesh.x(pos)-100000)/25000).^2);
     13md.diagnostic.spcvy(pos)=400.*(((md.mesh.x(pos)-100000.)/25000.).^2-ones(size(pos,1),1)).*heaviside((1.+eps)*ones(size(pos,1),1)-((md.mesh.x(pos)-100000.)/25000.).^2);
    1414
    1515%Compute solution for MacAyeal's model
    … …  
    2323plotmodel(md,'data',vx,'contourlevels',{0,20,40,60,80,100,-20,-40,-60,-80,-100},...
    2424        'contourcolor','k')
    25 if printingflag, 
     25if printingflag,
    2626        set(gcf,'Color','w')
    2727        printmodel('eismintdiag2vx','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',2,'hardcopy','off');
    … …  
    3030plotmodel(md,'data',vy,'contourlevels',{-100,-200,-300,-400,-500,-600,-700,-800,-900,-1000},...
    3131        'contourcolor','k')
    32 if printingflag, 
     32if printingflag,
    3333        set(gcf,'Color','w')
    3434        printmodel('eismintdiag2vy','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',2,'hardcopy','off');

  • issm/trunk/test/NightlyRun/test1204.m

    r13975 r14310  
    1111%Impose a non zero velocity on the upper boundary condition (y=max(y))
    1212pos=find(md.mesh.y==max(md.mesh.y));
    13 md.diagnostic.spcvy(pos)=400*(((md.mesh.x(pos)-100000)/25000).^2-ones(size(pos,1),1)).*heaviside((1+eps)*ones(size(pos,1),1)-((md.mesh.x(pos)-100000)/25000).^2);
     13md.diagnostic.spcvy(pos)=400.*(((md.mesh.x(pos)-100000.)/25000.).^2-ones(size(pos,1),1)).*heaviside((1.+eps)*ones(size(pos,1),1)-((md.mesh.x(pos)-100000.)/25000.).^2);
    1414
    1515%Compute solution for MacAyeal's model
    … …  
    2121md.initialization.vy=(md.results.DiagnosticSolution.Vy);
    2222
    23 md.timestepping.time_step=1;
    24 md.timestepping.final_time=5000;
     23md.timestepping.time_step=1.;
     24md.timestepping.final_time=5000.;
    2525md.prognostic.stabilization=1;
    2626md=solve(md,TransientSolutionEnum());
    2727
    2828plotmodel(md,'data',(md.results.TransientSolution(end).Vx))
    29 if printingflag, 
     29if printingflag,
    3030        set(gcf,'Color','w')
    3131        printmodel('eisminttrans2vx','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',2,'hardcopy','off');
    … …  
    3434
    3535plotmodel(md,'data',(md.results.TransientSolution(end).Vy))
    36 if printingflag, 
     36if printingflag,
    3737        set(gcf,'Color','w')
    3838        printmodel('eisminttrans2vy','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',2,'hardcopy','off');
    … …  
    4141
    4242plotmodel(md,'data',(md.results.TransientSolution(end).Thickness))
    43 if printingflag, 
     43if printingflag,
    4444        set(gcf,'Color','w')
    4545        printmodel('eisminttrans2thickness','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',2,'hardcopy','off');

  • issm/trunk/test/NightlyRun/test1205.m

    r13975 r14310  
    1 %The aim of this program is to compare a model with an analytical solution given in MacAyeal EISMINT : Lessons in Ice-Sheet Modeling
     1%The aim of this program is to compare a model with an analytical solution given in MacAyeal EISMINT : Lessons in Ice-Sheet Modeling.
    22printingflag=false;
    33
    44numlayers=10;
    5 resolution=30000;
     5resolution=30000.;
    66
    77%To begin with the numerical model
    88md=model();
    9 md=roundmesh(md,750000,resolution);
     9md=roundmesh(md,750000.,resolution);
    1010md=setmask(md,'',''); %We can not test iceshelves nor ice rises with this analytical solution
    1111md=parameterize(md,'../Par/RoundSheetStaticEISMINT.par');
    … …  
    1313%Calculation of the analytical 2d velocity field
    1414constant=0.3;
    15 vx_obs=constant/2*md.mesh.x.*(md.geometry.thickness).^-1;
    16 vy_obs=constant/2*md.mesh.y.*(md.geometry.thickness).^-1;
    17 vel_obs=(sqrt((md.inversion.vx_obs).^2+(md.inversion.vy_obs).^2));
     15vx_obs=constant/2.*md.mesh.x.*(md.geometry.thickness).^-1;
     16vy_obs=constant/2.*md.mesh.y.*(md.geometry.thickness).^-1;
     17vel_obs=sqrt((md.inversion.vx_obs).^2+(md.inversion.vy_obs).^2);
    1818
    1919%We extrude the model to have a 3d model
    … …  
    2323%Spc the nodes on the bed
    2424pos=find(md.mesh.vertexonbed);
    25 md.diagnostic.spcvx(pos)=0;
    26 md.diagnostic.spcvy(pos)=0;
    27 md.diagnostic.spcvz(pos)=0;
     25md.diagnostic.spcvx(pos)=0.;
     26md.diagnostic.spcvy(pos)=0.;
     27md.diagnostic.spcvz(pos)=0.;
    2828
    2929%Now we can solve the problem
    … …  
    3636vel=zeros(md.mesh.numberofvertices2d,1);
    3737
    38 node_vel=0;
    3938for i=1:md.mesh.numberofvertices2d
    40         for j=1:(md.mesh.numberoflayers-1)
    41                 node_vel=node_vel+1/(2*(md.mesh.numberoflayers-1))*(sqrt(vx(i+j*md.mesh.numberofvertices2d,1).^2+...
    42                         vy(i+j*md.mesh.numberofvertices2d,1).^2)+...
     39        node_vel=0.;
     40        for j=1:md.mesh.numberoflayers-1
     41                node_vel=node_vel+1./(2.*(md.mesh.numberoflayers-1))*...
     42                        (sqrt(vx(i+j*md.mesh.numberofvertices2d,1).^2+vy(i+j*md.mesh.numberofvertices2d,1).^2)+...
    4343                        sqrt(vx(i+(j-1)*md.mesh.numberofvertices2d,1).^2+vy(i+(j-1)*md.mesh.numberofvertices2d,1).^2));
    4444        end
    4545        vel(i,1)=node_vel;
    46         node_vel=0;
    4746end
    4847
    … …  
    8281caxis([0 100]);
    8382
    84 if printingflag, 
     83if printingflag,
    8584        set(gcf,'Color','w')
    8685        printmodel('hutterstatic','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',0.7,'hardcopy','off');
    … …  
    9291        'Vx','Vy','Vel', ...
    9392};
    94 field_tolerances={...
     93field_tolerances={ ...
    9594        1e-13,1e-13,1e-13, ...
    9695};
    97 field_values={
     96field_values={ ...
    9897        vx,vy,vel, ...
    9998};

  • issm/trunk/test/NightlyRun/test1206.m

    r13975 r14310  
    1 %The aim of this program is to compare a model with an analytical solution given in MacAyeal EISMINT : Lessons in Ice-Sheet Modeling
     1%The aim of this program is to compare a model with an analytical solution given in MacAyeal EISMINT : Lessons in Ice-Sheet Modeling.
    22printingflag=false;
    33
    44numlayers=10;
    5 resolution=30000;
     5resolution=30000.;
    66
    77%To begin with the numerical model
    88md=model();
    9 md=roundmesh(md,750000,resolution);
     9md=roundmesh(md,750000.,resolution);
    1010md=setmask(md,'',''); %We can not test iceshelves nor ice rises with this analytical solution
    1111md=parameterize(md,'../Par/RoundSheetStaticEISMINT.par');
    … …  
    1313%Calculation of the analytical 2d velocity field
    1414constant=0.3;
    15 vx_obs=constant/2*md.mesh.x.*(md.geometry.thickness).^-1;
    16 vy_obs=constant/2*md.mesh.y.*(md.geometry.thickness).^-1;
    17 vel_obs=(sqrt((md.inversion.vx_obs).^2+(md.inversion.vy_obs).^2));
     15vx_obs=constant/2.*md.mesh.x.*(md.geometry.thickness).^-1;
     16vy_obs=constant/2.*md.mesh.y.*(md.geometry.thickness).^-1;
     17vel_obs=sqrt((md.inversion.vx_obs).^2+(md.inversion.vy_obs).^2);
    1818
    1919%We extrude the model to have a 3d model
    … …  
    2323%Spc the nodes on the bed
    2424pos=find(md.mesh.vertexonbed);
    25 md.diagnostic.spcvx(pos)=0;
    26 md.diagnostic.spcvy(pos)=0;
    27 md.diagnostic.spcvz(pos)=0;
     25md.diagnostic.spcvx(pos)=0.;
     26md.diagnostic.spcvy(pos)=0.;
     27md.diagnostic.spcvz(pos)=0.;
    2828
    2929%Now we can solve the problem
    … …  
    3636vel=zeros(md.mesh.numberofvertices2d,1);
    3737
    38 node_vel=0;
    3938for i=1:md.mesh.numberofvertices2d
    40         for j=1:(md.mesh.numberoflayers-1)
    41                 node_vel=node_vel+1/(2*(md.mesh.numberoflayers-1))*(sqrt(vx(i+j*md.mesh.numberofvertices2d,1).^2+...
    42                         vy(i+j*md.mesh.numberofvertices2d,1).^2)+...
     39        node_vel=0.;
     40        for j=1:md.mesh.numberoflayers-1
     41                node_vel=node_vel+1./(2.*(md.mesh.numberoflayers-1))*...
     42                        (sqrt(vx(i+j*md.mesh.numberofvertices2d,1).^2+vy(i+j*md.mesh.numberofvertices2d,1).^2)+...
    4343                        sqrt(vx(i+(j-1)*md.mesh.numberofvertices2d,1).^2+vy(i+(j-1)*md.mesh.numberofvertices2d,1).^2));
    4444        end
    4545        vel(i,1)=node_vel;
    46         node_vel=0;
    4746end
    4847
    … …  
    8180caxis([0 100]);
    8281
    83 if printingflag, 
     82if printingflag,
    8483        set(gcf,'Color','w')
    8584        printmodel('pattynstatic','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',0.7,'hardcopy','off');
    … …  
    9190        'Vx','Vy','Vel', ...
    9291};
    93 field_tolerances={...
     92field_tolerances={ ...
    9493        1e-12,1e-12,1e-12, ...
    9594};
    96 field_values={
     95field_values={ ...
    9796        vx,vy,vel, ...
    9897};

  • issm/trunk/test/NightlyRun/test1207.m

    r13975 r14310  
    1 %The aim of this program is to compare a model with an analytical solution given in MacAyeal EISMINT : Lessons in Ice-Sheet Modeling
     1%The aim of this program is to compare a model with an analytical solution given in MacAyeal EISMINT : Lessons in Ice-Sheet Modeling.
    22printingflag=false;
    33
    44numlayers=10;
    5 resolution=30000;
     5resolution=30000.;
    66
    77%To begin with the numerical model
    88md=model();
    9 md=roundmesh(md,750000,resolution);
     9md=roundmesh(md,750000.,resolution);
    1010md=setmask(md,'',''); %We can not test iceshelves nor ice rises with this analytical solution
    1111md=parameterize(md,'../Par/RoundSheetStaticEISMINT.par');
    … …  
    1313%Calculation of the analytical 2d velocity field
    1414constant=0.3;
    15 vx_obs=constant/2*md.mesh.x.*(md.geometry.thickness).^-1;
    16 vy_obs=constant/2*md.mesh.y.*(md.geometry.thickness).^-1;
    17 vel_obs=(sqrt((md.inversion.vx_obs).^2+(md.inversion.vy_obs).^2));
     15vx_obs=constant/2.*md.mesh.x.*(md.geometry.thickness).^-1;
     16vy_obs=constant/2.*md.mesh.y.*(md.geometry.thickness).^-1;
     17vel_obs=sqrt((md.inversion.vx_obs).^2+(md.inversion.vy_obs).^2);
    1818
    1919%We extrude the model to have a 3d model
    … …  
    2323%Spc the nodes on the bed
    2424pos=find(md.mesh.vertexonbed);
    25 md.diagnostic.spcvx(pos)=0;
    26 md.diagnostic.spcvy(pos)=0;
    27 md.diagnostic.spcvz(pos)=0;
     25md.diagnostic.spcvx(pos)=0.;
     26md.diagnostic.spcvy(pos)=0.;
     27md.diagnostic.spcvz(pos)=0.;
    2828
    2929%Now we can solve the problem
    … …  
    3636vel=zeros(md.mesh.numberofvertices2d,1);
    3737
    38 node_vel=0;
    3938for i=1:md.mesh.numberofvertices2d
    40         for j=1:(md.mesh.numberoflayers-1)
    41                 node_vel=node_vel+1/(2*(md.mesh.numberoflayers-1))*(sqrt(vx(i+j*md.mesh.numberofvertices2d,1).^2+...
    42                         vy(i+j*md.mesh.numberofvertices2d,1).^2)+...
     39        node_vel=0.;
     40        for j=1:md.mesh.numberoflayers-1
     41                node_vel=node_vel+1./(2.*(md.mesh.numberoflayers-1))*...
     42                        (sqrt(vx(i+j*md.mesh.numberofvertices2d,1).^2+vy(i+j*md.mesh.numberofvertices2d,1).^2)+...
    4343                        sqrt(vx(i+(j-1)*md.mesh.numberofvertices2d,1).^2+vy(i+(j-1)*md.mesh.numberofvertices2d,1).^2));
    4444        end
    4545        vel(i,1)=node_vel;
    46         node_vel=0;
    4746end
    4847
    … …  
    8180caxis([0 100]);
    8281
    83 if printingflag, 
     82if printingflag,
    8483        set(gcf,'Color','w')
    8584        printmodel('stokesstatic','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',0.7,'hardcopy','off');
    … …  
    9190        'Vx','Vy','Vel', ...
    9291};
    93 field_tolerances={...
     92field_tolerances={ ...
    9493        1e-12,1e-12,1e-12, ...
    9594};
    96 field_values={
     95field_values={ ...
    9796        vx,vy,vel, ...
    9897};

  • issm/trunk/test/NightlyRun/test1208.m

    r13975 r14310  
    11%EISMINT benchmark experiment A
    22numlayers=8;
    3 resolution=50000;
     3resolution=50000.;
    44
    55%To begin with the numerical model
    … …  
    1414%Spc the nodes on the bed
    1515pos=find(md.mesh.vertexonbed);
    16 md.diagnostic.spcvx(pos)=0;
    17 md.diagnostic.spcvy(pos)=0;
    18 md.diagnostic.spcvz(pos)=0;
     16md.diagnostic.spcvx(pos)=0.;
     17md.diagnostic.spcvy(pos)=0.;
     18md.diagnostic.spcvz(pos)=0.;
    1919
    2020%Adapt the time steps to the resolution
    21 md.timestepping.time_step=15;
     21md.timestepping.time_step=15.;
    2222md.settings.output_frequency=500;
    23 md.timestepping.final_time=30000;
     23md.timestepping.final_time=30000.;
    2424md.prognostic.stabilization=1;
    2525md.thermal.stabilization=1;

  • issm/trunk/test/NightlyRun/test1301.m

    r13975 r14310  
    1010md=parameterize(md,'../Par/SquareThermal.par');
    1111md=extrude(md,3,2.);
    12 md=setflowequation(md,'Pattyn','all');
     12md=setflowequation(md,'pattyn','all');
    1313
    1414%Some conditions specific to melting test
    … …  
    2424melting=md.basalforcings.geothermalflux/(md.materials.rho_ice*md.materials.latentheat)*md.constants.yts;
    2525
    26 %modeled  results
     26%modeled results
    2727md.cluster=generic('name',oshostname(),'np',2);
    2828md=solve(md,ThermalSolutionEnum());
    … …  
    3030%plot results
    3131comp_melting=md.results.ThermalSolution.BasalforcingsMeltingRate;
    32 relative=abs((comp_melting-melting)./melting)*100;
    33 relative(find(comp_melting==melting))=0;
     32relative=abs((comp_melting-melting)./melting)*100.;
     33relative(find(comp_melting==melting))=0.;
    3434plotmodel(md,'data',comp_melting,'title','Modeled melting','data',melting,'title','Analytical melting',...
    3535        'data',comp_melting-melting,'title','Absolute error','data',relative,'title','Relative error [%]',...
    3636        'layer#all',1,'caxis#2',[1.02964 1.02966]*10^-4,'FontSize#all',20,'figposition','mathieu')
    37 if printingflag, 
     37if printingflag,
    3838        set(gcf,'Color','w')
    3939        printmodel('thermalmelting','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',0.7,'hardcopy','off');
    … …  
    4141end
    4242
    43 
    4443%Fields and tolerances to track changes
    4544field_names     ={'BasalMelting'};

  • issm/trunk/test/NightlyRun/test1302.m

    r13975 r14310  
    99md=parameterize(md,'../Par/SquareThermal.par');
    1010md=extrude(md,30,1.);   %NB: the more one extrudes, the better (10-> relative~0.35%, 20->0.1%, 30->0.05%)
    11 md=setflowequation(md,'Pattyn','all');
     11md=setflowequation(md,'pattyn','all');
    1212
    1313%Thermal boundary conditions
    14 pos1=find(md.mesh.elementonbed);     md.thermal.spctemperature(md.mesh.elements(pos1,1:3))=10;
    15 pos2=find(md.mesh.elementonsurface); md.thermal.spctemperature(md.mesh.elements(pos2,4:6))=0;
     14pos1=find(md.mesh.elementonbed);     md.thermal.spctemperature(md.mesh.elements(pos1,1:3))=10.;
     15pos2=find(md.mesh.elementonsurface); md.thermal.spctemperature(md.mesh.elements(pos2,4:6))=0.;
    1616md.initialization.vz=0.1*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    1717md.initialization.vel=sqrt( md.initialization.vx.^2+ md.initialization.vy.^2+ md.initialization.vz.^2);
    … …  
    2222%d2T/dz2-w*rho_ice*c/k*dT/dz=0   T(surface)=0  T(bed)=10   => T=A exp(alpha z)+B
    2323alpha=0.1/md.constants.yts*md.materials.rho_ice*md.materials.heatcapacity/md.materials.thermalconductivity;   %alpha=w rho_ice c /k  and w=0.1m/an
    24 A=10/(exp(alpha*(-1000))-1);    %A=T(bed)/(exp(alpha*bed)-1)  with bed=-1000 T(bed)=10
     24A=10./(exp(alpha*(-1000.))-1.);    %A=T(bed)/(exp(alpha*bed)-1)  with bed=-1000 T(bed)=10
    2525B=-A;
    2626md.initialization.temperature=A*exp(alpha*md.mesh.z)+B;
    2727
    28 %modeled  results
     28%modeled results
    2929md.cluster=generic('name',oshostname(),'np',2);
    3030md=solve(md,ThermalSolutionEnum());
    … …  
    3232%plot results
    3333comp_temp=md.results.ThermalSolution.Temperature;
    34 relative=abs((comp_temp-md.initialization.temperature)./md.initialization.temperature)*100;
    35 relative(find(comp_temp==md.initialization.temperature))=0;
     34relative=abs((comp_temp-md.initialization.temperature)./md.initialization.temperature)*100.;
     35relative(find(comp_temp==md.initialization.temperature))=0.;
    3636plotmodel(md,'data',comp_temp,'title','Modeled temperature [K]','data',md.initialization.temperature,'view',3,...
    3737        'title','Analytical temperature [K]','view',3,'data',comp_temp-md.initialization.temperature,...
    3838        'title','Absolute error [K]','view',3,'data',relative,'title','Relative error [%]','view',3,...
    3939        'figposition','mathieu','FontSize#all',20)
    40 if printingflag, 
     40if printingflag,
    4141        set(gcf,'Color','w')
    4242        printmodel('thermaladvection','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',0.7,'hardcopy','off');

  • issm/trunk/test/NightlyRun/test1303.m

    r13975 r14310  
    1010md=parameterize(md,'../Par/SquareThermal.par');
    1111md=extrude(md,11,2.);
    12 md=setflowequation(md,'Pattyn','all');
    13 pos1=find(md.mesh.elementonbed);     md.thermal.spctemperature(md.mesh.elements(pos1,1:3))=10;
    14 pos2=find(md.mesh.elementonsurface); md.thermal.spctemperature(md.mesh.elements(pos2,4:6))=0;
     12md=setflowequation(md,'pattyn','all');
     13
     14pos1=find(md.mesh.elementonbed);     md.thermal.spctemperature(md.mesh.elements(pos1,1:3))=10.;
     15pos2=find(md.mesh.elementonsurface); md.thermal.spctemperature(md.mesh.elements(pos2,4:6))=0.;
    1516md.initialization.pressure=zeros(md.mesh.numberofvertices,1);
    1617
    … …  
    1819%d2T/dz2=0 T(bed)=10 T(surface)=0  => T=0*(z-bed)/thickness+10*(surface-z)/thickness
    1920%each layer of the 3d mesh must have a constant value
    20 md.initialization.temperature=10*(md.geometry.surface-md.mesh.z)./md.geometry.thickness;
     21md.initialization.temperature=10.*(md.geometry.surface-md.mesh.z)./md.geometry.thickness;
    2122
    22 %modeled  results
     23%modeled results
    2324md.cluster=generic('name',oshostname(),'np',2);
    2425md=solve(md,ThermalSolutionEnum());
    … …  
    2627%plot results
    2728comp_temp=md.results.ThermalSolution.Temperature;
    28 relative=abs((comp_temp-md.initialization.temperature)./md.initialization.temperature)*100;
    29 relative(find(comp_temp==md.initialization.temperature))=0;
     29relative=abs((comp_temp-md.initialization.temperature)./md.initialization.temperature)*100.;
     30relative(find(comp_temp==md.initialization.temperature))=0.;
    3031plotmodel(md,'data',comp_temp,'title','Modeled temperature [K]','data',md.initialization.temperature,'view',3,...
    3132        'title','Analytical temperature [K]','view',3,'data',comp_temp-md.initialization.temperature,...
    3233        'title','Absolute error [K]','view',3,'data',relative,'title','Relative error [%]','view',3,...
    3334        'figposition','mathieu','FontSize#all',20)
    34 if printingflag, 
     35if printingflag,
    3536        set(gcf,'Color','w')
    3637        printmodel('thermalconduction','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',0.7,'hardcopy','off');

  • issm/trunk/test/NightlyRun/test1304.m

    r13975 r14310  
    1010md=parameterize(md,'../Par/SquareThermal.par');
    1111md=extrude(md,11,1.);
    12 md=setflowequation(md,'Pattyn','all');
     12md=setflowequation(md,'pattyn','all');
    1313
    14 pos2=find(md.mesh.elementonsurface); md.thermal.spctemperature(md.mesh.elements(pos2,4:6))=0;
     14pos2=find(md.mesh.elementonsurface); md.thermal.spctemperature(md.mesh.elements(pos2,4:6))=0.;
    1515md.initialization.pressure=zeros(md.mesh.numberofvertices,1);
    1616md.basalforcings.geothermalflux(:)=0.1; %100mW/m^2
    … …  
    2121md.initialization.temperature=-0.1/md.materials.thermalconductivity*(md.mesh.z-md.geometry.surface); %G=0.1 W/m2
    2222
    23 %modeled  results
     23%modeled results
    2424md.cluster=generic('name',oshostname(),'np',2);
    2525md=solve(md,ThermalSolutionEnum());
    … …  
    2727%plot results
    2828comp_temp=md.results.ThermalSolution.Temperature;
    29 relative=abs((comp_temp-md.initialization.temperature)./md.initialization.temperature)*100;
    30 relative(find(comp_temp==md.initialization.temperature))=0;
     29relative=abs((comp_temp-md.initialization.temperature)./md.initialization.temperature)*100.;
     30relative(find(comp_temp==md.initialization.temperature))=0.;
    3131plotmodel(md,'data',comp_temp,'title','Modeled temperature [K]','data',md.initialization.temperature,'view',3,...
    3232        'title','Analytical temperature','view',3,'data',comp_temp-md.initialization.temperature,...
    3333        'title','Absolute error [K]','view',3,'data',relative,'title','Relative error [%]','view',3,...
    3434        'figposition','mathieu','FontSize#all',20)
    35 if printingflag, 
     35if printingflag,
    3636        set(gcf,'Color','w')
    3737        printmodel('thermalgeothermalflux','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',0.7,'hardcopy','off');

  • issm/trunk/test/NightlyRun/test1401.m

    r13975 r14310  
    11%test the anisotropic mesh adaptation
    2 %function to capture = exp(-(sqrt((md.mesh.x+0.1).^2+(md.mesh.y+0.1).^2)-0.75).^2*10^6)+((md.mesh.x+0.1).^2+(md.mesh.y+0.1).^2)/2;
     2%function to capture = exp(-(sqrt((md.mesh.x+0.1).^2+(md.mesh.y+0.1).^2)-0.75).^2*10.^6)+((md.mesh.x+0.1).^2+(md.mesh.y+0.1).^2)/2.;
    33printingflag=false;
    44
    55%create square mesh
    6 L=1; %in m
     6L=1.; %in m
    77nx=70; %numberof nodes in x direction
    88ny=70;
    … …  
    1111%mesh adaptation loop YAMS
    1212md=squaremesh(md,L,L,nx,ny);
    13 md.inversion.vel_obs=exp(-(sqrt((md.mesh.x+0.1).^2+(md.mesh.y+0.1).^2)-0.75).^2*10^6)+((md.mesh.x+0.1).^2+(md.mesh.y+0.1).^2)/2;
     13md.inversion.vel_obs=exp(-(sqrt((md.mesh.x+0.1).^2+(md.mesh.y+0.1).^2)-0.75).^2*10.^6)+((md.mesh.x+0.1).^2+(md.mesh.y+0.1).^2)/2.;
    1414plotmodel(md,'data',md.inversion.vel_obs,'data',md.inversion.vel_obs,'nlines',1,'ncols',2,'title','','figposition',[500 500 1000 500],'axis#all','equal','xlim#all',[0 1],'ylim#all',[0 1],'edgecolor#1','w'); pause(0.5);
    15 if printingflag, 
     15if printingflag,
    1616        set(gcf,'Color','w')
    1717        printmodel('mesh1_yams1','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1,'hardcopy','off');
    … …  
    1919end
    2020
    21 md=YamsCall(md,md.inversion.vel_obs,0.001,0.3,1.3,10^-4);
    22 md.inversion.vel_obs=exp(-(sqrt((md.mesh.x+0.1).^2+(md.mesh.y+0.1).^2)-0.75).^2*10^6)+((md.mesh.x+0.1).^2+(md.mesh.y+0.1).^2)/2;
     21md=YamsCall(md,md.inversion.vel_obs,0.001,0.3,1.3,10.^-4);
     22md.inversion.vel_obs=exp(-(sqrt((md.mesh.x+0.1).^2+(md.mesh.y+0.1).^2)-0.75).^2*10.^6)+((md.mesh.x+0.1).^2+(md.mesh.y+0.1).^2)/2.;
    2323plotmodel(md,'data',md.inversion.vel_obs,'data',md.inversion.vel_obs,'nlines',1,'ncols',2,'title','','figposition',[500 500 1000 500],'axis#all','equal','xlim#all',[0 1],'ylim#all',[0 1],'edgecolor#1','w'); pause(0.5);
    24 if printingflag, 
     24if printingflag,
    2525        set(gcf,'Color','w')
    2626        printmodel('mesh1_yams2','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1,'hardcopy','off');
    … …  
    2929
    3030md=YamsCall(md,md.inversion.vel_obs,0.001,0.3,2.5,0.008);
    31 md.inversion.vel_obs=exp(-(sqrt((md.mesh.x+0.1).^2+(md.mesh.y+0.1).^2)-0.75).^2*10^6)+((md.mesh.x+0.1).^2+(md.mesh.y+0.1).^2)/2;
     31md.inversion.vel_obs=exp(-(sqrt((md.mesh.x+0.1).^2+(md.mesh.y+0.1).^2)-0.75).^2*10.^6)+((md.mesh.x+0.1).^2+(md.mesh.y+0.1).^2)/2.;
    3232plotmodel(md,'data',md.inversion.vel_obs,'data',md.inversion.vel_obs,'nlines',1,'ncols',2,'title','','figposition',[500 500 1000 500],'axis#all','equal','xlim#all',[0 1],'ylim#all',[0 1],'edgecolor#1','w'); pause(0.5);
    33 if printingflag, 
     33if printingflag,
    3434        set(gcf,'Color','w')
    3535        printmodel('mesh1_yams3','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1,'hardcopy','off');
    … …  
    4141%mesh adaptation loop BAMG
    4242md=squaremesh(md,L,L,nx,ny);
    43 md.inversion.vel_obs=exp(-(sqrt((md.mesh.x+0.1).^2+(md.mesh.y+0.1).^2)-0.75).^2*10^6)+((md.mesh.x+0.1).^2+(md.mesh.y+0.1).^2)/2;
     43md.inversion.vel_obs=exp(-(sqrt((md.mesh.x+0.1).^2+(md.mesh.y+0.1).^2)-0.75).^2*10.^6)+((md.mesh.x+0.1).^2+(md.mesh.y+0.1).^2)/2.;
    4444plotmodel(md,'data',md.inversion.vel_obs,'data',md.inversion.vel_obs,'nlines',1,'ncols',2,'title','','figposition',[500 500 1000 500],'axis#all','equal','xlim#all',[0 1],'ylim#all',[0 1],'edgecolor#1','w'); pause(0.5);
    45 if printingflag, 
     45if printingflag,
    4646        set(gcf,'Color','w')
    4747        printmodel('mesh1_bamg1','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1,'hardcopy','off');
    … …  
    5050
    5151md.private.bamg=NaN;
    52 md=bamg(md,'field',md.inversion.vel_obs,'hmin',0.001,'hmax',0.3,'gradation',1.3,'err',10^-4);
    53 md.inversion.vel_obs=exp(-(sqrt((md.mesh.x+0.1).^2+(md.mesh.y+0.1).^2)-0.75).^2*10^6)+((md.mesh.x+0.1).^2+(md.mesh.y+0.1).^2)/2;
     52md=bamg(md,'field',md.inversion.vel_obs,'hmin',0.001,'hmax',0.3,'gradation',1.3,'err',10.^-4);
     53md.inversion.vel_obs=exp(-(sqrt((md.mesh.x+0.1).^2+(md.mesh.y+0.1).^2)-0.75).^2*10.^6)+((md.mesh.x+0.1).^2+(md.mesh.y+0.1).^2)/2.;
    5454plotmodel(md,'data',md.inversion.vel_obs,'data',md.inversion.vel_obs,'nlines',1,'ncols',2,'title','','figposition',[500 500 1000 500],'axis#all','equal','xlim#all',[0 1],'ylim#all',[0 1],'edgecolor#1','w'); pause(0.5);
    55 if printingflag, 
     55if printingflag,
    5656        set(gcf,'Color','w')
    5757        printmodel('mesh1_bamg2','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1,'hardcopy','off');
    … …  
    6161md.private.bamg=NaN;
    6262md=bamg(md,'field',md.inversion.vel_obs,'hmin',0.001,'hmax',0.3,'gradation',2.5,'err',0.008);
    63 md.inversion.vel_obs=exp(-(sqrt((md.mesh.x+0.1).^2+(md.mesh.y+0.1).^2)-0.75).^2*10^6)+((md.mesh.x+0.1).^2+(md.mesh.y+0.1).^2)/2;
     63md.inversion.vel_obs=exp(-(sqrt((md.mesh.x+0.1).^2+(md.mesh.y+0.1).^2)-0.75).^2*10.^6)+((md.mesh.x+0.1).^2+(md.mesh.y+0.1).^2)/2.;
    6464plotmodel(md,'data',md.inversion.vel_obs,'data',md.inversion.vel_obs,'nlines',1,'ncols',2,'title','','figposition',[500 500 1000 500],'axis#all','equal','xlim#all',[0 1],'ylim#all',[0 1],'edgecolor#1','w'); pause(0.5);
    65 if printingflag, 
     65if printingflag,
    6666        set(gcf,'Color','w')
    6767        printmodel('mesh1_bamg3','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1,'hardcopy','off');

  • issm/trunk/test/NightlyRun/test1402.m

    r13975 r14310  
    33
    44%create square mesh
    5 L=1; %in m
     5L=1.; %in m
    66nx=30; %numberof nodes in x direction
    77ny=30;
    … …  
    1010%mesh adaptation loop YAMS
    1111md=squaremesh(md,L,L,nx,ny);
    12 u=4*md.mesh.x-2; v=4*md.mesh.y-2;
    13 md.inversion.vel_obs=tanh(30*(u.^2+v.^2-0.25)) ...
    14         +tanh(30*((u-0.75).^2+(v-0.75).^2-0.25)) +tanh(30*((u-0.75).^2+(v+0.75).^2-0.25)) ...
    15         +tanh(30*((u+0.75).^2+(v-0.75).^2-0.25)) +tanh(30*((u+0.75).^2+(v+0.75).^2-0.25)) ;
     12u=4.*md.mesh.x-2.; v=4.*md.mesh.y-2.;
     13md.inversion.vel_obs=tanh(30.*(u.^2+v.^2-0.25)) ...
     14        +tanh(30.*((u-0.75).^2+(v-0.75).^2-0.25)) +tanh(30.*((u-0.75).^2+(v+0.75).^2-0.25)) ...
     15        +tanh(30.*((u+0.75).^2+(v-0.75).^2-0.25)) +tanh(30.*((u+0.75).^2+(v+0.75).^2-0.25));
    1616plotmodel(md,'data',md.inversion.vel_obs,'data',md.inversion.vel_obs,'nlines',1,'ncols',2,'title','','figposition',[500 500 1000 500],'axis#all','equal','xlim#all',[0 1],'ylim#all',[0 1],'edgecolor#1','w'); pause(0.5);
    17 if printingflag, 
     17if printingflag,
    1818        set(gcf,'Color','w')
    1919        printmodel('mesh2_yams1','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1,'hardcopy','off');
    … …  
    2121end
    2222
    23 md=YamsCall(md,md.inversion.vel_obs,0.005,0.3,2.3,10^-2);
    24 u=4*md.mesh.x-2; v=4*md.mesh.y-2;
    25 md.inversion.vel_obs=tanh(30*(u.^2+v.^2-0.25)) ...
    26         +tanh(30*((u-0.75).^2+(v-0.75).^2-0.25)) +tanh(30*((u-0.75).^2+(v+0.75).^2-0.25)) ...
    27         +tanh(30*((u+0.75).^2+(v-0.75).^2-0.25)) +tanh(30*((u+0.75).^2+(v+0.75).^2-0.25)) ;
     23md=YamsCall(md,md.inversion.vel_obs,0.005,0.3,2.3,10.^-2);
     24u=4.*md.mesh.x-2.; v=4.*md.mesh.y-2.;
     25md.inversion.vel_obs=tanh(30.*(u.^2+v.^2-0.25)) ...
     26        +tanh(30.*((u-0.75).^2+(v-0.75).^2-0.25)) +tanh(30.*((u-0.75).^2+(v+0.75).^2-0.25)) ...
     27        +tanh(30.*((u+0.75).^2+(v-0.75).^2-0.25)) +tanh(30.*((u+0.75).^2+(v+0.75).^2-0.25));
    2828plotmodel(md,'data',md.inversion.vel_obs,'data',md.inversion.vel_obs,'nlines',1,'ncols',2,'title','','figposition',[500 500 1000 500],'axis#all','equal','xlim#all',[0 1],'ylim#all',[0 1],'edgecolor#1','w'); pause(0.5);
    29 if printingflag, 
     29if printingflag,
    3030        set(gcf,'Color','w')
    3131        printmodel('mesh2_yams2','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1,'hardcopy','off');
    … …  
    3434
    3535md=YamsCall(md,md.inversion.vel_obs,0.005,0.3,3,0.005);
    36 u=4*md.mesh.x-2; v=4*md.mesh.y-2;
    37 md.inversion.vel_obs=tanh(30*(u.^2+v.^2-0.25)) ...
    38         +tanh(30*((u-0.75).^2+(v-0.75).^2-0.25)) +tanh(30*((u-0.75).^2+(v+0.75).^2-0.25)) ...
    39         +tanh(30*((u+0.75).^2+(v-0.75).^2-0.25)) +tanh(30*((u+0.75).^2+(v+0.75).^2-0.25)) ;
     36u=4.*md.mesh.x-2.; v=4.*md.mesh.y-2.;
     37md.inversion.vel_obs=tanh(30.*(u.^2+v.^2-0.25)) ...
     38        +tanh(30.*((u-0.75).^2+(v-0.75).^2-0.25)) +tanh(30.*((u-0.75).^2+(v+0.75).^2-0.25)) ...
     39        +tanh(30.*((u+0.75).^2+(v-0.75).^2-0.25)) +tanh(30.*((u+0.75).^2+(v+0.75).^2-0.25));
    4040plotmodel(md,'data',md.inversion.vel_obs,'data',md.inversion.vel_obs,'nlines',1,'ncols',2,'title','','figposition',[500 500 1000 500],'axis#all','equal','xlim#all',[0 1],'ylim#all',[0 1],'edgecolor#1','w'); pause(0.5);
    41 if printingflag, 
     41if printingflag,
    4242        set(gcf,'Color','w')
    4343        printmodel('mesh2_yams3','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1,'hardcopy','off');
    … …  
    4949%mesh adaptation loop BAMG
    5050md=squaremesh(md,L,L,nx,ny);
    51 u=4*md.mesh.x-2; v=4*md.mesh.y-2;
    52 md.inversion.vel_obs=tanh(30*(u.^2+v.^2-0.25)) ...
    53         +tanh(30*((u-0.75).^2+(v-0.75).^2-0.25)) +tanh(30*((u-0.75).^2+(v+0.75).^2-0.25)) ...
    54         +tanh(30*((u+0.75).^2+(v-0.75).^2-0.25)) +tanh(30*((u+0.75).^2+(v+0.75).^2-0.25)) ;
     51u=4.*md.mesh.x-2.; v=4.*md.mesh.y-2.;
     52md.inversion.vel_obs=tanh(30.*(u.^2+v.^2-0.25)) ...
     53        +tanh(30.*((u-0.75).^2+(v-0.75).^2-0.25)) +tanh(30.*((u-0.75).^2+(v+0.75).^2-0.25)) ...
     54        +tanh(30.*((u+0.75).^2+(v-0.75).^2-0.25)) +tanh(30.*((u+0.75).^2+(v+0.75).^2-0.25));
    5555plotmodel(md,'data',md.inversion.vel_obs,'data',md.inversion.vel_obs,'nlines',1,'ncols',2,'title','','figposition',[500 500 1000 500],'axis#all','equal','xlim#all',[0 1],'ylim#all',[0 1],'edgecolor#1','w'); pause(0.5);
    56 if printingflag, 
     56if printingflag,
    5757        set(gcf,'Color','w')
    5858        printmodel('mesh2_bamg1','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1,'hardcopy','off');
    … …  
    6161
    6262md.private.bamg=NaN;
    63 md=bamg(md,'field',md.inversion.vel_obs,'hmin',0.005,'hmax',0.3,'gradation',2.3,'err',10^-2);
    64 u=4*md.mesh.x-2; v=4*md.mesh.y-2;
    65 md.inversion.vel_obs=tanh(30*(u.^2+v.^2-0.25)) ...
    66         +tanh(30*((u-0.75).^2+(v-0.75).^2-0.25)) +tanh(30*((u-0.75).^2+(v+0.75).^2-0.25)) ...
    67         +tanh(30*((u+0.75).^2+(v-0.75).^2-0.25)) +tanh(30*((u+0.75).^2+(v+0.75).^2-0.25)) ;
     63md=bamg(md,'field',md.inversion.vel_obs,'hmin',0.005,'hmax',0.3,'gradation',2.3,'err',10.^-2);
     64u=4.*md.mesh.x-2.; v=4.*md.mesh.y-2.;
     65md.inversion.vel_obs=tanh(30.*(u.^2+v.^2-0.25)) ...
     66        +tanh(30.*((u-0.75).^2+(v-0.75).^2-0.25)) +tanh(30.*((u-0.75).^2+(v+0.75).^2-0.25)) ...
     67        +tanh(30.*((u+0.75).^2+(v-0.75).^2-0.25)) +tanh(30.*((u+0.75).^2+(v+0.75).^2-0.25));
    6868plotmodel(md,'data',md.inversion.vel_obs,'data',md.inversion.vel_obs,'nlines',1,'ncols',2,'title','','figposition',[500 500 1000 500],'axis#all','equal','xlim#all',[0 1],'ylim#all',[0 1],'edgecolor#1','w'); pause(0.5);
    69 if printingflag, 
     69if printingflag,
    7070        set(gcf,'Color','w')
    7171        printmodel('mesh2_bamg2','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1,'hardcopy','off');
    … …  
    7575md.private.bamg=NaN;
    7676md=bamg(md,'field',md.inversion.vel_obs,'hmin',0.005,'hmax',0.3,'gradation',3,'err',0.005);
    77 u=4*md.mesh.x-2; v=4*md.mesh.y-2;
    78 md.inversion.vel_obs=tanh(30*(u.^2+v.^2-0.25)) ...
    79         +tanh(30*((u-0.75).^2+(v-0.75).^2-0.25)) +tanh(30*((u-0.75).^2+(v+0.75).^2-0.25)) ...
    80         +tanh(30*((u+0.75).^2+(v-0.75).^2-0.25)) +tanh(30*((u+0.75).^2+(v+0.75).^2-0.25)) ;
     77u=4.*md.mesh.x-2.; v=4.*md.mesh.y-2.;
     78md.inversion.vel_obs=tanh(30.*(u.^2+v.^2-0.25)) ...
     79        +tanh(30.*((u-0.75).^2+(v-0.75).^2-0.25)) +tanh(30.*((u-0.75).^2+(v+0.75).^2-0.25)) ...
     80        +tanh(30.*((u+0.75).^2+(v-0.75).^2-0.25)) +tanh(30.*((u+0.75).^2+(v+0.75).^2-0.25));
    8181plotmodel(md,'data',md.inversion.vel_obs,'data',md.inversion.vel_obs,'nlines',1,'ncols',2,'title','','figposition',[500 500 1000 500],'axis#all','equal','xlim#all',[0 1],'ylim#all',[0 1],'edgecolor#1','w'); pause(0.5);
    82 if printingflag, 
     82if printingflag,
    8383        set(gcf,'Color','w')
    8484        printmodel('mesh2_bamg3','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1,'hardcopy','off');
    … …  
    8888md.private.bamg=NaN;
    8989md=bamg(md,'field',md.inversion.vel_obs,'hmin',0.005,'hmax',0.3,'gradation',1.5,'err',0.003,'anisomax',1);
    90 u=4*md.mesh.x-2; v=4*md.mesh.y-2;
    91 md.inversion.vel_obs=tanh(30*(u.^2+v.^2-0.25)) ...
    92         +tanh(30*((u-0.75).^2+(v-0.75).^2-0.25)) +tanh(30*((u-0.75).^2+(v+0.75).^2-0.25)) ...
    93         +tanh(30*((u+0.75).^2+(v-0.75).^2-0.25)) +tanh(30*((u+0.75).^2+(v+0.75).^2-0.25)) ;
     90u=4.*md.mesh.x-2.; v=4.*md.mesh.y-2.;
     91md.inversion.vel_obs=tanh(30.*(u.^2+v.^2-0.25)) ...
     92        +tanh(30.*((u-0.75).^2+(v-0.75).^2-0.25)) +tanh(30.*((u-0.75).^2+(v+0.75).^2-0.25)) ...
     93        +tanh(30.*((u+0.75).^2+(v-0.75).^2-0.25)) +tanh(30.*((u+0.75).^2+(v+0.75).^2-0.25));
    9494plotmodel(md,'data',md.inversion.vel_obs,'data',md.inversion.vel_obs,'nlines',1,'ncols',2,'title','','figposition',[500 500 1000 500],'axis#all','equal','xlim#all',[0 1],'ylim#all',[0 1],'edgecolor#1','w'); pause(0.5);
    95 if printingflag, 
     95if printingflag,
    9696        set(gcf,'Color','w')
    9797        printmodel('mesh2_bamgiso','png','margin','on','marginsize',25,'frame','off','resolution',1,'hardcopy','off');

  • issm/trunk/test/NightlyRun/test234.m

    r13975 r14310  
    4242md.qmu.method=dakota_method('nond_samp');
    4343md.qmu.method(end)=dmeth_params_set(md.qmu.method(end),'seed',1234,'samples',20,'sample_type','lhs');
     44if (str2num(dakotaversion())>4.2)
     45        md.qmu.method(end)=dmeth_params_set(md.qmu.method(end),'rng','rnum2')
     46end
    4447
    4548%parameters
    … …  
    5962
    6063%Fields and tolerances to track changes
    61 md.results.dakota.importancefactors=[];
     64md.results.dakota.moments=[];
    6265for i=1:8,
    63         md.results.dakota.importancefactors=[md.results.dakota.importancefactors md.results.dakota.dresp_out(i).mean];
     66        md.results.dakota.moments=[md.results.dakota.moments md.results.dakota.dresp_out(i).mean];
    6467end
    6568for i=1:8,
    66         md.results.dakota.importancefactors=[md.results.dakota.importancefactors md.results.dakota.dresp_out(i).stddev];
     69        md.results.dakota.moments=[md.results.dakota.moments md.results.dakota.dresp_out(i).stddev];
    6770end
    68 field_names     ={'importancefactors'};
     71field_names     ={'moments'};
    6972field_tolerances={1e-11};
    7073field_values={...
    71          md.results.dakota.importancefactors,...
     74         md.results.dakota.moments,...
    7275        };

  • issm/trunk/test/NightlyRun/test235.m

    r13975 r14310  
    5959
    6060%Fields and tolerances to track changes
    61 md.results.dakota.importancefactors=[];
     61md.results.dakota.moments=[];
    6262for i=1:8,
    63         md.results.dakota.importancefactors=[md.results.dakota.importancefactors md.results.dakota.dresp_out(i).mean];
     63        md.results.dakota.moments=[md.results.dakota.moments md.results.dakota.dresp_out(i).mean];
    6464end
    6565for i=1:8,
    66         md.results.dakota.importancefactors=[md.results.dakota.importancefactors md.results.dakota.dresp_out(i).stddev];
     66        md.results.dakota.moments=[md.results.dakota.moments md.results.dakota.dresp_out(i).stddev];
    6767end
    68 field_names     ={'importancefactors'};
     68field_names     ={'moments'};
    6969field_tolerances={1e-11};
    7070field_values={...
    71          md.results.dakota.importancefactors,...
     71         md.results.dakota.moments,...
    7272        };

  • issm/trunk/test/NightlyRun/test328.m

    r13975 r14310  
    44md=setflowequation(md,'macayeal','all');
    55md.surfaceforcings.issmbgradients=1;
    6 md.surfaceforcings.smb_pos_max=5000. - 0.00005*md.mesh.x + 0.0001*md.mesh.y;
    7 md.surfaceforcings.smb_pos_min=1250. + 0.00005*md.mesh.x -0.0001*md.mesh.y;
    8 md.surfaceforcings.a_pos=15000. - 0.000051*md.mesh.x + 0.00011*md.mesh.y;
    96md.surfaceforcings.b_pos=-100. + 0.00005*md.mesh.x - 0.0001*md.mesh.y;
    10 md.surfaceforcings.a_neg=-20000. - 0.00005*md.mesh.x + 0.0001*md.mesh.y;
    117md.surfaceforcings.b_neg=250. + 0.000051*md.mesh.x - 0.00011*md.mesh.y;
    12 md.surfaceforcings.hc=(md.surfaceforcings.a_pos-md.surfaceforcings.a_neg)./(md.surfaceforcings.b_neg-md.surfaceforcings.b_pos);
     8md.surfaceforcings.href=md.geometry.surface;
     9md.surfaceforcings.smbref= 1000. - 0.001*md.mesh.x - 0.005*md.mesh.y;
    1310md.transient.requested_outputs=TotalSmbEnum();
    14 md.surfaceforcings.href=md.geometry.surface;
    15 for i=1:size(md.surfaceforcings.hc),
    16         if md.geometry.surface(i)<md.surfaceforcings.hc(i)
    17                 smbref(i)=md.surfaceforcings.a_neg(i)+md.surfaceforcings.b_neg(i)*md.geometry.surface(i);
    18         else
    19                 smbref(i)=md.surfaceforcings.a_pos(i)+md.surfaceforcings.b_pos(i)*md.geometry.surface(i);
    20         end
    21 end
    22 md.surfaceforcings.smbref=smbref';
    2311md.cluster=generic('name',oshostname(),'np',3);
    2412md=solve(md,TransientSolutionEnum());

  • issm/trunk/test/NightlyRun/test328.py

    r13975 r14310  
    1515md=setflowequation(md,'macayeal','all')
    1616md.surfaceforcings.issmbgradients=1
    17 md.surfaceforcings.smb_pos_max=5000. - 0.00005*md.mesh.x + 0.0001*md.mesh.y
    18 md.surfaceforcings.smb_pos_min=1250. + 0.00005*md.mesh.x -0.0001*md.mesh.y
    19 md.surfaceforcings.a_pos=15000. - 0.000051*md.mesh.x + 0.00011*md.mesh.y
    2017md.surfaceforcings.b_pos=-100. + 0.00005*md.mesh.x - 0.0001*md.mesh.y
    21 md.surfaceforcings.a_neg=-20000. - 0.00005*md.mesh.x + 0.0001*md.mesh.y
    2218md.surfaceforcings.b_neg=250. + 0.000051*md.mesh.x - 0.00011*md.mesh.y
    23 md.surfaceforcings.hc=(md.surfaceforcings.a_pos-md.surfaceforcings.a_neg)/(md.surfaceforcings.b_neg-md.surfaceforcings.b_pos)
    2419md.transient.requested_outputs=TotalSmbEnum()
    2520md.surfaceforcings.href=copy.deepcopy(md.geometry.surface).reshape(-1)
    26 smbref=numpy.empty_like(md.surfaceforcings.hc)
    27 for i in xrange(numpy.size(md.surfaceforcings.hc,axis=0)):
    28         if md.geometry.surface[i]<md.surfaceforcings.hc[i]:
    29                 smbref[i]=md.surfaceforcings.a_neg[i]+md.surfaceforcings.b_neg[i]*md.geometry.surface[i]
    30         else:
    31                 smbref[i]=md.surfaceforcings.a_pos[i]+md.surfaceforcings.b_pos[i]*md.geometry.surface[i]
    32 md.surfaceforcings.smbref=smbref
     21md.surfaceforcings.smbref= 1000. - 0.001*md.mesh.x - 0.005*md.mesh.y;
    3322md.cluster=generic('name',oshostname(),'np',3)
    3423md=solve(md,TransientSolutionEnum())

  • issm/trunk/test/NightlyRun/test329.m

    r13975 r14310  
    55md=setflowequation(md,'pattyn','all');
    66md.surfaceforcings.issmbgradients=1;
    7 md.surfaceforcings.smb_pos_max=5000. - 0.00005*md.mesh.x + 0.0001*md.mesh.y;
    8 md.surfaceforcings.smb_pos_min=1250. + 0.00005*md.mesh.x -0.0001*md.mesh.y;
    9 md.surfaceforcings.a_pos=15000. - 0.000051*md.mesh.x + 0.00011*md.mesh.y;
    107md.surfaceforcings.b_pos=-100. + 0.00005*md.mesh.x - 0.0001*md.mesh.y;
    11 md.surfaceforcings.a_neg=-20000. - 0.00005*md.mesh.x + 0.0001*md.mesh.y;
    128md.surfaceforcings.b_neg=250. + 0.000051*md.mesh.x - 0.00011*md.mesh.y;
    13 md.surfaceforcings.hc=(md.surfaceforcings.a_pos-md.surfaceforcings.a_neg)./(md.surfaceforcings.b_neg-md.surfaceforcings.b_pos);
    149md.surfaceforcings.href=md.geometry.surface;
    15 for i=1:size(md.surfaceforcings.hc),
    16         if md.geometry.surface(i)<md.surfaceforcings.hc(i)
    17                 smbref(i)=md.surfaceforcings.a_neg(i)+md.surfaceforcings.b_neg(i)*md.geometry.surface(i);
    18         else
    19                 smbref(i)=md.surfaceforcings.a_pos(i)+md.surfaceforcings.b_pos(i)*md.geometry.surface(i);
    20         end
    21 end
    22 md.surfaceforcings.smbref=smbref';
     10md.surfaceforcings.smbref= 1000. - 0.001*md.mesh.x - 0.005*md.mesh.y;
    2311md.transient.requested_outputs=TotalSmbEnum();
    2412md.cluster=generic('name',oshostname(),'np',3);
    … …  
    2614
    2715%Fields and tolerances to track changes
    28 field_names     ={'Vx1','Vy1','Vz1','Vel1','Bed1','Surface1','Thickness1','Temperature1','SMB1','TotalSmb1','Vx2','Vy2','Vz2','Vel2','Bed2','Surface2','Thickness2','Temperature2','SMB2','TotalSmb1','Vx3','Vy3','Vz3','Vel3','Bed3','Surface3','Thickness3','Temperature3','SMB3','TotalSmb1'};
     16field_names     ={'Vx1','Vy1','Vz1','Vel1','Bed1','Surface1','Thickness1','Temperature1','SMB1','TotalSmb1','Vx2','Vy2','Vz2','Vel2','Bed2','Surface2','Thickness2','Temperature2','SMB2','TotalSmb2','Vx3','Vy3','Vz3','Vel3','Bed3','Surface3','Thickness3','Temperature3','SMB3','TotalSmb3'};
    2917field_tolerances={1e-09,1e-09,1e-09,1e-09,1e-10,1e-10,1e-10,1e-10,1e-10,1e-10,...
    3018        1e-09,1e-09,1e-10,1e-09,1e-10,1e-10,1e-10,1e-10,1e-10,1e-10,...

  • issm/trunk/test/NightlyRun/test329.py

    r13975 r14310  
    1616md=setflowequation(md,'pattyn','all')
    1717md.surfaceforcings.issmbgradients=1
    18 md.surfaceforcings.smb_pos_max=5000. - 0.00005*md.mesh.x + 0.0001*md.mesh.y
    19 md.surfaceforcings.smb_pos_min=1250. + 0.00005*md.mesh.x -0.0001*md.mesh.y
    20 md.surfaceforcings.a_pos=15000. - 0.000051*md.mesh.x + 0.00011*md.mesh.y
    2118md.surfaceforcings.b_pos=-100. + 0.00005*md.mesh.x - 0.0001*md.mesh.y
    22 md.surfaceforcings.a_neg=-20000. - 0.00005*md.mesh.x + 0.0001*md.mesh.y
    2319md.surfaceforcings.b_neg=250. + 0.000051*md.mesh.x - 0.00011*md.mesh.y
    24 md.surfaceforcings.hc=(md.surfaceforcings.a_pos-md.surfaceforcings.a_neg)/(md.surfaceforcings.b_neg-md.surfaceforcings.b_pos)
    2520md.surfaceforcings.href=copy.deepcopy(md.geometry.surface).reshape(-1)
    26 smbref=numpy.empty_like(md.surfaceforcings.hc)
    27 for i in xrange(numpy.size(md.surfaceforcings.hc,axis=0)):
    28         if md.geometry.surface[i]<md.surfaceforcings.hc[i]:
    29                 smbref[i]=md.surfaceforcings.a_neg[i]+md.surfaceforcings.b_neg[i]*md.geometry.surface[i]
    30         else:
    31                 smbref[i]=md.surfaceforcings.a_pos[i]+md.surfaceforcings.b_pos[i]*md.geometry.surface[i]
    32 md.surfaceforcings.smbref=smbref
     21md.surfaceforcings.smbref= 1000. - 0.001*md.mesh.x - 0.005*md.mesh.y;
    3322md.transient.requested_outputs=TotalSmbEnum()
    3423md.cluster=generic('name',oshostname(),'np',3)
    … …  
    3625
    3726#Fields and tolerances to track changes
    38 field_names     =['Vx1','Vy1','Vz1','Vel1','Bed1','Surface1','Thickness1','Temperature1','SMB1','TotalSmb1','Vx2','Vy2','Vz2','Vel2','Bed2','Surface2','Thickness2','Temperature2','SMB2','TotalSmb1','Vx3','Vy3','Vz3','Vel3','Bed3','Surface3','Thickness3','Temperature3','SMB3','TotalSmb1']
     27field_names     =['Vx1','Vy1','Vz1','Vel1','Bed1','Surface1','Thickness1','Temperature1','SMB1','TotalSmb1','Vx2','Vy2','Vz2','Vel2','Bed2','Surface2','Thickness2','Temperature2','SMB2','TotalSmb2','Vx3','Vy3','Vz3','Vel3','Bed3','Surface3','Thickness3','Temperature3','SMB3','TotalSmb3']
    3928field_tolerances=[1e-09,1e-09,1e-09,1e-09,1e-10,1e-10,1e-10,1e-10,1e-10,1e-10,\
    4029        1e-09,1e-09,1e-10,1e-09,1e-10,1e-10,1e-10,1e-10,1e-10,1e-10,\

  • issm/trunk/test/NightlyRun/test414.m

    r13975 r14310  
    5555%we recover those mass fluxes through the mean of the response.
    5656%also, we recover the max velo, which should be 1m/yr.
    57 %we put all that data in the importancefactors, which we will use to test for success.
     57%we put all that data in the moments, which we will use to test for success.
    5858%also, check that the stddev are 0.
    59 md.results.dakota.importancefactors=[];
     59md.results.dakota.moments=[];
    6060for i=1:8,
    61         md.results.dakota.importancefactors=[md.results.dakota.importancefactors md.results.dakota.dresp_out(i).mean];
     61        md.results.dakota.moments=[md.results.dakota.moments md.results.dakota.dresp_out(i).mean];
    6262end
    6363for i=1:8,
    64         md.results.dakota.importancefactors=[md.results.dakota.importancefactors md.results.dakota.dresp_out(i).stddev];
     64        md.results.dakota.moments=[md.results.dakota.moments md.results.dakota.dresp_out(i).stddev];
    6565end
    66 field_names     ={'importancefactors'};
     66field_names     ={'moments'};
    6767field_tolerances={1e-11};
    6868field_values={...
    69          md.results.dakota.importancefactors,...
     69         md.results.dakota.moments,...
    7070        };

  • issm/trunk/test/Par/ISMIPA.par

    r9734 r14310  
    22
    33disp('      creating thickness');
    4 md.geometry.surface=-md.mesh.x*tan(0.5*pi/180);
    5 md.geometry.bed=md.geometry.surface-1000+500*sin(md.mesh.x*2*pi/max(md.mesh.x)).*sin(md.mesh.y*2*pi/max(md.mesh.x));
     4md.geometry.surface=-md.mesh.x*tan(0.5*pi/180.);
     5md.geometry.bed=md.geometry.surface-1000.+500.*sin(md.mesh.x*2.*pi/max(md.mesh.x)).*sin(md.mesh.y*2.*pi/max(md.mesh.x));
    66md.geometry.thickness=md.geometry.surface-md.geometry.bed;
    77
    88disp('      creating drag');
    9 md.friction.coefficient=200*ones(md.mesh.numberofvertices,1); %q=1.
     9md.friction.coefficient=200.*ones(md.mesh.numberofvertices,1); %q=1.
    1010%Take care of iceshelves: no basal drag
    1111pos=find(md.mask.elementonfloatingice);
    12 md.friction.coefficient(md.mesh.elements(pos,:))=0;
     12md.friction.coefficient(md.mesh.elements(pos,:))=0.;
    1313md.friction.p=ones(md.mesh.numberofelements,1);
    1414md.friction.q=ones(md.mesh.numberofelements,1);
    1515
    16 disp('      creating flow law paramter');
     16disp('      creating flow law parameter');
    1717md.materials.rheology_B=6.8067*10^7*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    18 md.materials.rheology_n=3*ones(md.mesh.numberofelements,1);
     18md.materials.rheology_n=3.*ones(md.mesh.numberofelements,1);
    1919
    2020disp('      boundary conditions for diagnostic model');
    21 %Create node on boundary fist (because we cannot use mesh)
     21%Create node on boundary first (because we cannot use mesh)
    2222md=SetIceSheetBC(md);

  • issm/trunk/test/Par/ISMIPB.par

    r9734 r14310  
    22
    33disp('      creating thickness');
    4 md.geometry.surface=-md.mesh.x*tan(0.5*pi/180);
    5 md.geometry.bed=md.geometry.surface-1000+500*sin(md.mesh.x*2*pi/max(md.mesh.x));
     4md.geometry.surface=-md.mesh.x*tan(0.5*pi/180.);
     5md.geometry.bed=md.geometry.surface-1000.+500.*sin(md.mesh.x*2.*pi/max(md.mesh.x));
    66md.geometry.thickness=md.geometry.surface-md.geometry.bed;
    77
    88disp('      creating drag');
    9 md.friction.coefficient=200*ones(md.mesh.numberofvertices,1); %q=1.
     9md.friction.coefficient=200.*ones(md.mesh.numberofvertices,1); %q=1.
    1010%Take care of iceshelves: no basal drag
    1111pos=find(md.mask.elementonfloatingice);
    12 md.friction.coefficient(md.mesh.elements(pos,:))=0;
     12md.friction.coefficient(md.mesh.elements(pos,:))=0.;
    1313md.friction.p=ones(md.mesh.numberofelements,1);
    1414md.friction.q=ones(md.mesh.numberofelements,1);
    1515
    16 disp('      creating flow law paramter');
     16disp('      creating flow law parameter');
    1717md.materials.rheology_B=6.8067*10^7*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    18 md.materials.rheology_n=3*ones(md.mesh.numberofelements,1);
     18md.materials.rheology_n=3.*ones(md.mesh.numberofelements,1);
    1919
    2020disp('      boundary conditions for diagnostic model');
    21 %Create node on boundary fist (because we cannot use mesh)
     21%Create node on boundary first (because we cannot use mesh)
    2222md=SetIceSheetBC(md);

  • issm/trunk/test/Par/ISMIPC.par

    r9734 r14310  
    22
    33disp('      creating thickness');
    4 md.geometry.surface=2000-md.mesh.x*tan(0.1*pi/180); %to have z>0
    5 md.geometry.bed=md.geometry.surface-1000;
     4md.geometry.surface=2000.-md.mesh.x*tan(0.1*pi/180.); %to have z>0
     5md.geometry.bed=md.geometry.surface-1000.;
    66md.geometry.thickness=md.geometry.surface-md.geometry.bed;
    77
    88disp('      creating drag');
    9 %md.friction.coefficient=sqrt(md.constants.yts.*(1000+1000*sin(md.mesh.x*2*pi/max(md.mesh.x/2)).*sin(md.mesh.y*2*pi/max(md.mesh.x/2)))./(md.constants.g*(md.materials.rho_ice*md.geometry.thickness+md.materials.rho_water*md.geometry.bed)));
    10 md.friction.coefficient=sqrt(md.constants.yts.*(1000+1000*sin(md.mesh.x*2*pi/max(md.mesh.x)).*sin(md.mesh.y*2*pi/max(md.mesh.x))));
     9%md.friction.coefficient=sqrt(md.constants.yts.*(1000.+1000.*sin(md.mesh.x*2.*pi/max(md.mesh.x/2.)).*sin(md.mesh.y*2.*pi/max(md.mesh.x/2.)))./(md.constants.g*(md.materials.rho_ice*md.geometry.thickness+md.materials.rho_water*md.geometry.bed)));
     10md.friction.coefficient=sqrt(md.constants.yts.*(1000.+1000.*sin(md.mesh.x*2.*pi/max(md.mesh.x)).*sin(md.mesh.y*2.*pi/max(md.mesh.x))));
    1111%Take care of iceshelves: no basal drag
    1212pos=find(md.mask.elementonfloatingice);
    13 md.friction.coefficient(md.mesh.elements(pos,:))=0;
     13md.friction.coefficient(md.mesh.elements(pos,:))=0.;
    1414md.friction.p=ones(md.mesh.numberofelements,1);
    1515md.friction.q=zeros(md.mesh.numberofelements,1);
    1616
    17 disp('      creating flow law paramter');
     17disp('      creating flow law parameter');
    1818md.materials.rheology_B=6.8067*10^7*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    19 md.materials.rheology_n=3*ones(md.mesh.numberofelements,1);
     19md.materials.rheology_n=3.*ones(md.mesh.numberofelements,1);
    2020
    21 disp('      boundary conditions for diagnostic model: ');
    22 %Create node on boundary fist (because wi can not use mesh)
     21disp('      boundary conditions for diagnostic model:');
     22%Create node on boundary first (because we can not use mesh)
    2323md=SetIceSheetBC(md);

  • issm/trunk/test/Par/ISMIPD.par

    r9734 r14310  
    22
    33disp('      creating thickness');
    4 md.geometry.surface=2000-md.mesh.x*tan(0.1*pi/180); %to have z>0
    5 md.geometry.bed=md.geometry.surface-1000;
     4md.geometry.surface=2000.-md.mesh.x*tan(0.1*pi/180.); %to have z>0
     5md.geometry.bed=md.geometry.surface-1000.;
    66md.geometry.thickness=md.geometry.surface-md.geometry.bed;
    77
    88disp('      creating drag');
    9 md.friction.coefficient=sqrt(md.constants.yts.*(1000+1000*sin(md.mesh.x*2*pi/max(md.mesh.x))));
     9md.friction.coefficient=sqrt(md.constants.yts.*(1000.+1000.*sin(md.mesh.x*2.*pi/max(md.mesh.x))));
    1010%Take care of iceshelves: no basal drag
    1111pos=find(md.mask.elementonfloatingice);
    12 md.friction.coefficient(md.mesh.elements(pos,:))=0;
     12md.friction.coefficient(md.mesh.elements(pos,:))=0.;
    1313md.friction.p=ones(md.mesh.numberofelements,1);
    1414md.friction.q=zeros(md.mesh.numberofelements,1);
    1515
    16 disp('      creating flow law paramter');
     16disp('      creating flow law parameter');
    1717md.materials.rheology_B=6.8067*10^7*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    18 md.materials.rheology_n=3*ones(md.mesh.numberofelements,1);
     18md.materials.rheology_n=3.*ones(md.mesh.numberofelements,1);
    1919
    20 disp('      boundary conditions for diagnostic model: ');
    21 %Create node on boundary fist (because wi can not use mesh)
     20disp('      boundary conditions for diagnostic model:');
     21%Create node on boundary first (because we can not use mesh)
    2222md=SetIceSheetBC(md);

  • issm/trunk/test/Par/ISMIPE.par

    r13395 r14310  
    77for i=1:md.mesh.numberofvertices
    88        y=md.mesh.y(i);
    9         point1=floor(y/100)+1;
     9        point1=floor(y/100.)+1;
    1010        point2=min(point1+1,51);
    11         coeff=(y-(point1-1)*100)/100;
    12         md.geometry.bed(i)=(1-coeff)*data(point1,2)+coeff*data(point2,2);
    13         md.geometry.surface(i)=(1-coeff)*data(point1,3)+coeff*data(point2,3);
     11        coeff=(y-(point1-1.)*100.)/100.;
     12        md.geometry.bed(i)=(1.-coeff)*data(point1,2)+coeff*data(point2,2);
     13        md.geometry.surface(i)=(1.-coeff)*data(point1,3)+coeff*data(point2,3);
    1414end
    1515md.geometry.thickness=md.geometry.surface-md.geometry.bed;
    … …  
    2222md.friction.q=ones(md.mesh.numberofelements,1);
    2323
    24 disp('      creating flow law paramter');
     24disp('      creating flow law parameter');
    2525md.materials.rheology_B=6.8067*10^7*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    26 md.materials.rheology_n=3*ones(md.mesh.numberofelements,1);
     26md.materials.rheology_n=3.*ones(md.mesh.numberofelements,1);
    2727
    28 disp('      boundary conditions for diagnostic model: ');
    29 %Create node on boundary fist (because wi can not use mesh)
     28disp('      boundary conditions for diagnostic model:');
     29%Create node on boundary first (because we can not use mesh)
    3030md=SetIceSheetBC(md);

  • issm/trunk/test/Par/ISMIPF.par

    r9764 r14310  
    33
    44disp('      creating thickness');
    5 md.geometry.surface=-md.mesh.x*tan(3*pi/180);
    6 %md.geometry.bed=md.geometry.surface-1000;
    7 md.geometry.bed=md.geometry.surface-1000+100*exp(-((md.mesh.x-max(md.mesh.x)/2).^2+(md.mesh.y-max(md.mesh.y)/2).^2)/(10000^2));
     5md.geometry.surface=-md.mesh.x*tan(3.*pi/180.);
     6%md.geometry.bed=md.geometry.surface-1000.;
     7md.geometry.bed=md.geometry.surface-1000.+100.*exp(-((md.mesh.x-max(md.mesh.x)/2.).^2+(md.mesh.y-max(md.mesh.y)/2.).^2)/(10000.^2));
    88md.geometry.thickness=md.geometry.surface-md.geometry.bed;
    99
    1010disp('      creating drag');
    11 md.friction.coefficient=sqrt(md.constants.yts/(2.140373*10^-7*1000))*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
     11md.friction.coefficient=sqrt(md.constants.yts/(2.140373*10^-7*1000.))*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    1212md.friction.p=ones(md.mesh.numberofelements,1);
    1313md.friction.q=zeros(md.mesh.numberofelements,1);
    1414
    15 disp('      creating flow law paramter');
     15disp('      creating flow law parameter');
    1616md.materials.rheology_B=1.4734*10^14*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    17 md.materials.rheology_n=1*ones(md.mesh.numberofelements,1);
     17md.materials.rheology_n=1.*ones(md.mesh.numberofelements,1);
    1818md.materials.rheology_law='None';
    1919
    2020disp('      boundary conditions for diagnostic model');
    21 %Create node on boundary fist (because we cannot use mesh)
     21%Create node on boundary first (because we cannot use mesh)
    2222md=SetIceSheetBC(md);
    23 md.diagnostic.spcvx=100*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
     23md.diagnostic.spcvx=100.*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    2424md.initialization.vx=zeros(md.mesh.numberofvertices,1);
    2525md.initialization.vy=zeros(md.mesh.numberofvertices,1);
    … …  
    2727md.initialization.vel=zeros(md.mesh.numberofvertices,1);
    2828md.initialization.pressure=zeros(md.mesh.numberofvertices,1);
    29 md.initialization.temperature=255*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
     29md.initialization.temperature=255.*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    3030pos=find(md.mesh.x==min(md.mesh.x) | md.mesh.x==max(md.mesh.x) | md.mesh.y==min(md.mesh.y) | md.mesh.y==max(md.mesh.y));
    3131md.balancethickness.spcthickness=NaN*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    … …  
    3333md.prognostic.spcthickness=NaN*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    3434md.prognostic.spcthickness(pos)=md.geometry.thickness(pos);
    35 md.thermal.spctemperature=255*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
     35md.thermal.spctemperature=255.*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    3636md.basalforcings.geothermalflux=0.4*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    3737
    … …  
    4040
    4141%Transient options
    42 md.timestepping.time_step=1;
    43 md.timestepping.final_time=10;
     42md.timestepping.time_step=1.;
     43md.timestepping.final_time=10.;
    4444md.prognostic.stabilization=1;
    4545md.thermal.stabilization=1;

  • issm/trunk/test/Par/Pig.py

    r13975 r14310  
    4848md.prognostic.stabilization=1.
    4949md.verbose=verbose(0)
    50 md.settings.waitonlock=30.
     50md.settings.waitonlock=30
    5151md.timestepping.time_step=1.
    5252md.timestepping.final_time=2.

  • issm/trunk/test/Par/RoundSheetEISMINT.par

    r9734 r14310  
    11%Ok, start defining model parameters here
    22disp('      creating thickness');
    3 md.geometry.thickness=10*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
     3md.geometry.thickness=10.*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    44md.geometry.bed=zeros(md.mesh.numberofvertices,1);
    55md.geometry.surface=md.geometry.bed+md.geometry.thickness;
    66
    77disp('      creating drag');
    8 md.friction.coefficient=20*ones(md.mesh.numberofvertices,1); %q=1. %no drag is specified in the analytical solution
     8md.friction.coefficient=20.*ones(md.mesh.numberofvertices,1); %q=1. no drag is specified in the analytical solution
    99md.friction.p=ones(md.mesh.numberofelements,1);
    1010md.friction.q=ones(md.mesh.numberofelements,1);
    … …  
    1212disp('      creating temperatures');
    1313tmin=238.15; %K
    14 st=1.67*10^-2/1000; %k/m;
     14st=1.67*10^-2/1000.; %k/m
    1515radius=sqrt((md.mesh.x).^2+(md.mesh.y).^2);
    1616md.initialization.temperature=(tmin+st*radius);
    1717md.basalforcings.geothermalflux=4.2*10^-2*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    1818
    19 disp('      creating flow law paramter');
    20 md.materials.rheology_B=6.81*10^(7)*ones(md.mesh.numberofvertices,1); %to have the same B as the analytical solution
    21 md.materials.rheology_n=3*ones(md.mesh.numberofelements,1);
     19disp('      creating flow law parameter');
     20md.materials.rheology_B=6.81*10^7*ones(md.mesh.numberofvertices,1); %to have the same B as the analytical solution
     21md.materials.rheology_n=3.*ones(md.mesh.numberofelements,1);
    2222
    2323disp('      creating surface mass balance');
    2424smb_max=0.5; %m/yr
    25 sb=10^-2/1000; %m/yr/m
    26 rel=450*1000; %m
     25sb=10^-2/1000.; %m/yr/m
     26rel=450.*1000.; %m
    2727md.surfaceforcings.mass_balance=min(smb_max,sb*(rel-radius));
    2828
    2929disp('      creating velocities');
    3030constant=0.3;
    31 md.inversion.vx_obs=constant/2*md.mesh.x.*(md.geometry.thickness).^-1;
    32 md.inversion.vy_obs=constant/2*md.mesh.y.*(md.geometry.thickness).^-1;
     31md.inversion.vx_obs=constant/2.*md.mesh.x.*(md.geometry.thickness).^-1;
     32md.inversion.vy_obs=constant/2.*md.mesh.y.*(md.geometry.thickness).^-1;
    3333md.inversion.vel_obs=(sqrt((md.inversion.vx_obs).^2+(md.inversion.vy_obs).^2));
    3434md.initialization.vx=zeros(md.mesh.numberofvertices,1);
    … …  
    3838
    3939%Deal with boundary conditions:
    40 disp('      boundary conditions for diagnostic model: ');
     40disp('      boundary conditions for diagnostic model:');
    4141md=SetMarineIceSheetBC(md,'../Exp/RoundFrontEISMINT.exp');
    4242
    43 radius=sqrt((md.mesh.x).*md.mesh.x+(md.mesh.y).*md.mesh.y);
     43radius=sqrt((md.mesh.x).^2+(md.mesh.y).^2);
    4444pos=find(radius==min(radius));
    45 md.mesh.x(pos)=0; md.mesh.y(pos)=0; %the closest node to the center is changed to be exactly at the center
     45md.mesh.x(pos)=0.; md.mesh.y(pos)=0.; %the closest node to the center is changed to be exactly at the center
    4646
    47 md.diagnostic.spcvx(pos)=0;
    48 md.diagnostic.spcvy(pos)=0;
    49 md.diagnostic.spcvz(pos)=0;
     47md.diagnostic.spcvx(pos)=0.;
     48md.diagnostic.spcvy(pos)=0.;
     49md.diagnostic.spcvz(pos)=0.;
    5050
    5151%parallel options
    52 md.timestepping.final_time=50000;
     52md.timestepping.final_time=50000.;
    5353
    5454%Constants
    55 md.materials.rho_ice=910;
     55md.materials.rho_ice=910.;
    5656md.materials.thermalconductivity=2.1;
    5757md.materials.latentheat=3.35*10^5;
    5858md.materials.beta=8.66*10^-4/(md.materials.rho_ice*md.constants.g); %conversion from K/m to K/Pa
    59 md.constants.yts=31556926;
     59md.constants.yts=31556926.;

  • issm/trunk/test/Par/RoundSheetStaticEISMINT.par

    r9734 r14310  
    22hmin=0.01;
    33hmax=2756.7;
    4 radius=(sqrt((md.mesh.x).^2+(md.mesh.y).^2));
     4radius=sqrt((md.mesh.x).^2+(md.mesh.y).^2);
    55radiusmax=max(radius);
    6 md.geometry.thickness=hmin*ones(size(md.mesh.x,1),1)+hmax*(4*((1/2)^(4/3)*ones(size(md.mesh.x,1),1)-((radius)./(2*radiusmax)).^(4/3))).^(3/8);
    7 md.geometry.bed=0*md.geometry.thickness;
     6radius(find(radius>(1.-10^-9)*radiusmax))=radiusmax;    %eliminate roundoff issues in next statement
     7md.geometry.thickness=hmin*ones(size(md.mesh.x,1),1)+hmax*(4.*((1./2.)^(4./3.)*ones(size(md.mesh.x,1),1)-((radius)./(2.*radiusmax)).^(4./3.))).^(3./8.);
     8md.geometry.bed=0.*md.geometry.thickness;
    89md.geometry.surface=md.geometry.bed+md.geometry.thickness;
    910
    1011disp('      creating drag');
    11 md.friction.coefficient=20*ones(md.mesh.numberofvertices,1); %q=1. %no drag is specified in the analytical solution
     12md.friction.coefficient=20.*ones(md.mesh.numberofvertices,1); %q=1. no drag is specified in the analytical solution
    1213%Take care of iceshelves: no basal drag
    1314pos=find(md.mask.elementonfloatingice);
    14 md.friction.coefficient(md.mesh.elements(pos,:))=0;
     15md.friction.coefficient(md.mesh.elements(pos,:))=0.;
    1516md.friction.p=ones(md.mesh.numberofelements,1);
    1617md.friction.q=ones(md.mesh.numberofelements,1);
    … …  
    1819disp('      creating temperatures');
    1920tmin=238.15; %K
    20 st=1.67*10^-2/1000; %k/m;
    21 md.initialization.temperature=(tmin+st*radius);
     21st=1.67*10^-2/1000.; %k/m
     22md.initialization.temperature=tmin+st*radius;
    2223md.basalforcings.geothermalflux=4.2*10^-2*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    2324
    24 disp('      creating flow law paramter');
    25 md.materials.rheology_B=6.81*10^(7)*ones(md.mesh.numberofvertices,1); %to have the same B as the analytical solution
    26 md.materials.rheology_n=3*ones(md.mesh.numberofelements,1);
     25disp('      creating flow law parameter');
     26md.materials.rheology_B=6.81*10^7*ones(md.mesh.numberofvertices,1); %to have the same B as the analytical solution
     27md.materials.rheology_n=3.*ones(md.mesh.numberofelements,1);
    2728
    2829disp('      creating surface mass balance');
    2930smb_max=0.5; %m/yr
    30 sb=10^-2/1000; %m/yr/m
    31 rel=450*1000; %m
     31sb=10^-2/1000.; %m/yr/m
     32rel=450.*1000.; %m
    3233md.surfaceforcings.mass_balance=min(smb_max,sb*(rel-radius));
    3334
    3435disp('      creating velocities');
    3536constant=0.3;
    36 md.inversion.vx_obs=constant/2*md.mesh.x.*(md.geometry.thickness).^-1;
    37 md.inversion.vy_obs=constant/2*md.mesh.y.*(md.geometry.thickness).^-1;
    38 md.inversion.vel_obs=(sqrt((md.inversion.vx_obs).^2+(md.inversion.vy_obs).^2));
     37md.inversion.vx_obs=constant/2.*md.mesh.x.*(md.geometry.thickness).^-1;
     38md.inversion.vy_obs=constant/2.*md.mesh.y.*(md.geometry.thickness).^-1;
     39md.inversion.vel_obs=sqrt((md.inversion.vx_obs).^2+(md.inversion.vy_obs).^2);
    3940md.initialization.vx=zeros(md.mesh.numberofvertices,1);
    4041md.initialization.vy=zeros(md.mesh.numberofvertices,1);
    … …  
    4344
    4445%Deal with boundary conditions:
    45 disp('      boundary conditions for diagnostic model: ');
     46disp('      boundary conditions for diagnostic model:');
    4647md=SetMarineIceSheetBC(md,'../Exp/RoundFrontEISMINT.exp');
    4748
    48 radius=sqrt((md.mesh.x).*md.mesh.x+(md.mesh.y).*md.mesh.y);
     49radius=sqrt((md.mesh.x).^2+(md.mesh.y).^2);
    4950pos=find(radius==min(radius));
    50 md.mesh.x(pos)=0; md.mesh.y(pos)=0; %the closest node to the center is changed to be exactly at the center
     51md.mesh.x(pos)=0.; md.mesh.y(pos)=0.; %the closest node to the center is changed to be exactly at the center
    5152
    52 md.diagnostic.spcvx(pos)=0;
    53 md.diagnostic.spcvy(pos)=0;
    54 md.diagnostic.spcvz(pos)=0;
     53md.diagnostic.spcvx(pos)=0.;
     54md.diagnostic.spcvy(pos)=0.;
     55md.diagnostic.spcvz(pos)=0.;

  • issm/trunk/test/Par/SquareEISMINT.par

    r9864 r14310  
    44ymin=min(md.mesh.y);
    55ymax=max(md.mesh.y);
    6 md.geometry.thickness=500*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
     6md.geometry.thickness=500.*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    77md.geometry.bed=-md.materials.rho_ice/md.materials.rho_water*md.geometry.thickness;
    88md.geometry.surface=md.geometry.bed+md.geometry.thickness;
    99
    1010disp('      creating drag');
    11 md.friction.coefficient=200*ones(md.mesh.numberofvertices,1); %q=1.
     11md.friction.coefficient=200.*ones(md.mesh.numberofvertices,1); %q=1.
    1212%Take care of iceshelves: no basal drag
    1313pos=find(md.mask.elementonfloatingice);
    14 md.friction.coefficient(md.mesh.elements(pos,:))=0;
     14md.friction.coefficient(md.mesh.elements(pos,:))=0.;
    1515md.friction.p=ones(md.mesh.numberofelements,1);
    1616md.friction.q=ones(md.mesh.numberofelements,1);
    1717
    1818disp('      creating initial values');
    19 md.initialization.temperature=(273-20)*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
     19md.initialization.temperature=(273.-20.)*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    2020md.initialization.vx=zeros(md.mesh.numberofvertices,1);
    2121md.initialization.vy=zeros(md.mesh.numberofvertices,1);
    … …  
    2424md.initialization.pressure=zeros(md.mesh.numberofvertices,1);
    2525
    26 disp('      creating flow law paramter');
     26disp('      creating flow law parameter');
    2727md.materials.rheology_B=1.7687*10^8*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    28 md.materials.rheology_n=3*ones(md.mesh.numberofelements,1);
     28md.materials.rheology_n=3.*ones(md.mesh.numberofelements,1);
    2929
    3030disp('      creating surface mass balance');
    3131md.surfaceforcings.mass_balance=0.2*ones(md.mesh.numberofvertices,1); %0m/a
    32 md.basalforcings.melting_rate=0*ones(md.mesh.numberofvertices,1); %0m/a
     32md.basalforcings.melting_rate=0.*ones(md.mesh.numberofvertices,1); %0m/a
    3333
    34 disp('      boundary conditions ');
     34disp('      boundary conditions');
    3535md=SetMarineIceSheetBC(md,'../Exp/SquareFrontEISMINT.exp');
    3636
    3737%Evolution of the ice shelf
    38 pos=find(md.mesh.y==200000); %nodes on the upper boundary condition
     38pos=find(md.mesh.y==200000.); %nodes on the upper boundary condition
    3939md.balancethickness.spcthickness=NaN*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    40 md.balancethickness.spcthickness(pos)=500;
     40md.balancethickness.spcthickness(pos)=500.;
    4141md.prognostic.spcthickness=NaN*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    42 md.prognostic.spcthickness(pos)=500;
     42md.prognostic.spcthickness(pos)=500.;
    4343md.prognostic.stabilization=0; %Better result with no artificial diffusivity
    44 md.thermal.stabilization=0; 
    45 md.timestepping.final_time=500;
     44md.thermal.stabilization=0;
     45md.timestepping.final_time=500.;
    4646md.timestepping.time_step=1;

  • issm/trunk/test/Par/SquareSheetConstrained.py

    r13975 r14310  
    5151md.thermal.stabilization=1.
    5252md.verbose=verbose(0)
    53 md.settings.waitonlock=30.
     53md.settings.waitonlock=30
    5454md.diagnostic.restol=0.05
    5555md.steadystate.reltol=0.05

  • issm/trunk/test/Par/SquareSheetShelf.py

    r13975 r14310  
    5757md.thermal.stabilization=1
    5858md.verbose=verbose(0)
    59 md.settings.waitonlock=30.
     59md.settings.waitonlock=30
    6060md.diagnostic.restol=0.05
    6161md.steadystate.reltol=0.05

  • issm/trunk/test/Par/SquareShelf.py

    r13975 r14310  
    7070md.prognostic.stabilization = 1.
    7171md.thermal.stabilization = 1.
    72 md.settings.waitonlock = 30.
     72md.settings.waitonlock = 30
    7373md.verbose=verbose()
    7474md.diagnostic.restol = 0.10

  • issm/trunk/test/Par/SquareShelfConstrained.py

    r13975 r14310  
    5555md.thermal.stabilization=1.
    5656md.verbose = verbose(0)
    57 md.settings.waitonlock=30.
     57md.settings.waitonlock=30
    5858md.diagnostic.restol=0.05
    5959md.diagnostic.reltol=0.05

  • issm/trunk/test/Par/SquareThermal.par

    r9733 r14310  
    44
    55disp('      creating thickness');
    6 h=1000;
     6h=1000.;
    77md.geometry.thickness=h*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    8 md.geometry.bed=-1000*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
     8md.geometry.bed=-1000.*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    99md.geometry.surface=md.geometry.bed+md.geometry.thickness;
    1010
    … …  
    1515
    1616disp('      creating drag');
    17 md.friction.coefficient=200*ones(md.mesh.numberofvertices,1); %q=1.
     17md.friction.coefficient=200.*ones(md.mesh.numberofvertices,1); %q=1.
    1818%Take care of iceshelves: no basal drag
    1919pos=find(md.mask.elementonfloatingice);
    20 md.friction.coefficient(md.mesh.elements(pos,:))=0;
     20md.friction.coefficient(md.mesh.elements(pos,:))=0.;
    2121md.friction.p=ones(md.mesh.numberofelements,1);
    2222md.friction.q=ones(md.mesh.numberofelements,1);
    2323
    2424disp('      creating temperatures');
    25 md.initialization.temperature=(273-20)*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
     25md.initialization.temperature=(273.-20.)*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    2626
    27 disp('      creating flow law paramter');
     27disp('      creating flow law parameter');
    2828md.materials.rheology_B=paterson(md.initialization.temperature);
    29 md.materials.rheology_n=3*ones(md.mesh.numberofelements,1);
     29md.materials.rheology_n=3.*ones(md.mesh.numberofelements,1);
    3030
    3131disp('      creating surface mass balance');
    3232md.surfaceforcings.mass_balance=ones(md.mesh.numberofvertices,1)/md.constants.yts; %1m/a
    33 md.basalforcings.melting_rate=0*ones(md.mesh.numberofvertices,1)/md.constants.yts; %1m/a
     33md.basalforcings.melting_rate=0.*ones(md.mesh.numberofvertices,1)/md.constants.yts; %1m/a
    3434
    3535%Deal with boundary conditions:
    … …  
    4141md.thermal.spctemperature(:)=md.initialization.temperature;
    4242md.basalforcings.geothermalflux=zeros(md.mesh.numberofvertices,1);
    43 pos=find(md.mask.elementongroundedice);md.basalforcings.geothermalflux(md.mesh.elements(pos,:))=1*10^-3; %1 mW/m^2
     43pos=find(md.mask.elementongroundedice);md.basalforcings.geothermalflux(md.mesh.elements(pos,:))=1.*10^-3; %1 mW/m^2
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.