Changeset 19105 for issm/trunk/src


Ignore:
Timestamp:
02/12/15 16:48:40 (10 years ago)
Author:
Mathieu Morlighem
Message:

merged trunk-jpl and trunk for revision 19103

Location:
issm/trunk
Files:
32 deleted
405 edited
235 copied

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • issm/trunk

  • issm/trunk/src

  • issm/trunk/src/c

    • Property svn:ignore

      •  

        old new  
        55*.obj
        66*.exe
         7issm
         8kriging
        79appscan.*
        810ouncemake*
        … …  
        1416probe.results
        1517stXXXX*
        16 .deps
        17 .dirstamp
         18*.deps
         19*.dirstamp
        1820.libs

  • issm/trunk/src/c/Makefile.am

    r18301 r19105  
    1 AM_CPPFLAGS = @DAKOTAINCL@ @SHAPELIBINCL@ @PETSCINCL@ @SLEPCINCL@ @AMPIINCL@ @MPIINCL@ @METISINCL@ @CHACOINCL@ @SCOTCHINCL@ @PLAPACKINCL@ @BLASLAPACKINCL@ @MKLINCL@ @MUMPSINCL@ @TRIANGLEINCL@ @SPAIINCL@ @HYPREINCL@ @PROMETHEUSINCL@ @SUPERLUINCL@ @SPOOLESINCL@ @PASTIXINCL@ @MLINCL@ @TAOINCL@ @ADIC2INCL@ @ADOLCINCL@ @GSLINCL@ @BOOSTINCL@ @ANDROID_NDKINCL@ @METEOIOINCL@ @SNOWPACKINCL@
     1AM_CPPFLAGS = @DAKOTAINCL@ @SHAPELIBINCL@ @PETSCINCL@ @SLEPCINCL@ @AMPIINCL@ @MPIINCL@ @METISINCL@ @CHACOINCL@ @SCOTCHINCL@ @PLAPACKINCL@ @BLASLAPACKINCL@ @MKLINCL@ @MUMPSINCL@ @TRIANGLEINCL@ @SPAIINCL@ @HYPREINCL@ @PROMETHEUSINCL@ @SUPERLUINCL@ @SPOOLESINCL@ @PASTIXINCL@ @MLINCL@ @TAOINCL@ @ADIC2INCL@ @ADOLCINCL@ @GSLINCL@ @BOOSTINCL@ @ANDROID_NDKINCL@ @METEOIOINCL@ @SNOWPACKINCL@ @PROJ4INCL@
     2
    23AUTOMAKE_OPTIONS = subdir-objects
    34
    … …  
    56
    67#Library declaration {{{
    7 lib_LIBRARIES = libISSMCore.a libISSMOverload.a
    8 
    9 if SHAREDLIBS
    10 lib_LTLIBRARIES = libISSMCore.la libISSMOverload.la libISSM.la
    11 endif
     8
     9lib_LTLIBRARIES = libISSMCore.la libISSMOverload.la
    1210if WRAPPERS
    13 if SHAREDLIBS
    1411lib_LTLIBRARIES += libISSMModules.la
    15 endif
    16 lib_LIBRARIES += libISSMModules.a
    1712endif
    1813#}}}
    … …  
    2015#Core sources
    2116#Core sources{{{
    22 issm_sources = ./datastructures/DataSet.h\
    23                                         ./datastructures/DataSet.cpp\
    24                                         ./datastructures/Object.h\
    25                                         ./datastructures/datastructures.h\
    26                                         ./classes/classes.h\
    27                                         ./classes/gauss/Gauss.h\
    28                                         ./classes/gauss/GaussSeg.h\
     17issm_sources = ./datastructures/DataSet.cpp\
    2918                                        ./classes/gauss/GaussSeg.cpp\
    30                                         ./classes/gauss/GaussTria.h\
    3119                                        ./classes/gauss/GaussTria.cpp\
    32                                         ./classes/gauss/GaussTetra.h\
    3320                                        ./classes/gauss/GaussTetra.cpp\
    34                                         ./classes/gauss/GaussPenta.h\
    3521                                        ./classes/gauss/GaussPenta.cpp\
    36                                         ./classes/Update.h\
    37                                         ./classes/FemModel.h\
    3822                                        ./classes/FemModel.cpp\
    39                                         ./classes/Material.h\
    40                                         ./classes/Load.h\
    41                                         ./classes/Contour.h\
    42                                         ./classes/Loads/Friction.h\
    4323                                        ./classes/Loads/Friction.cpp\
    44                                         ./classes/Inputs/TransientInput.h\
    4524                                        ./classes/Inputs/TransientInput.cpp\
    4625                                        ./classes/Constraints/SpcTransient.cpp\
    47                                         ./classes/Constraints/SpcTransient.h\
    48                                         ./classes/IndependentObject.h\
    4926                                        ./classes/IndependentObject.cpp\
    50                                         ./classes/DependentObject.h\
    5127                                        ./classes/DependentObject.cpp\
    52                                         ./classes/DofIndexing.h\
    5328                                        ./classes/DofIndexing.cpp\
    54                                         ./classes/IoModel.h\
    5529                                        ./classes/IoModel.cpp\
    56                                         ./classes/Contours.h\
    5730                                        ./classes/Contours.cpp\
    58                                         ./classes/Nodes.h\
    5931                                        ./classes/Nodes.cpp\
    60                                         ./classes/Vertices.h\
    6132                                        ./classes/Vertices.cpp\
    62                                         ./classes/Node.h\
    6333                                        ./classes/Node.cpp\
    64                                         ./classes/Segment.h\
    65                                         ./classes/Vertex.h\
    6634                                        ./classes/Vertex.cpp\
    67                                         ./classes/Hook.h\
    6835                                        ./classes/Hook.cpp\
    69                                         ./classes/ExternalResults/Results.h\
    7036                                        ./classes/ExternalResults/Results.cpp\
    71                                         ./classes/ExternalResults/ExternalResult.h\
    72                                         ./classes/ExternalResults/GenericExternalResult.h\
    73                                         ./classes/Elements/Element.h\
    7437                                        ./classes/Elements/Element.cpp\
    75                                         ./classes/Elements/Elements.h\
    7638                                        ./classes/Elements/Elements.cpp\
    77                                         ./classes/Elements/ElementHook.h\
    7839                                        ./classes/Elements/ElementHook.cpp\
    79                                         ./classes/Elements/Seg.h\
    8040                                        ./classes/Elements/Seg.cpp\
    81                                         ./classes/Elements/SegRef.h\
    8241                                        ./classes/Elements/SegRef.cpp\
    83                                         ./classes/Elements/Tria.h\
    8442                                        ./classes/Elements/Tria.cpp\
    85                                         ./classes/Elements/TriaRef.h\
    8643                                        ./classes/Elements/TriaRef.cpp\
    87                                         ./classes/Elements/Tetra.h\
    8844                                        ./classes/Elements/Tetra.cpp\
    89                                         ./classes/Elements/TetraRef.h\
    9045                                        ./classes/Elements/TetraRef.cpp\
    91                                         ./classes/Elements/Penta.h\
    9246                                        ./classes/Elements/Penta.cpp\
    93                                         ./classes/Elements/PentaRef.h\
    9447                                        ./classes/Elements/PentaRef.cpp\
    95                                         ./classes/Inputs/Inputs.h\
    9648                                        ./classes/Inputs/Inputs.cpp\
    97                                         ./classes/Inputs/Input.h\
    98                                         ./classes/Inputs/InputLocal.h\
    99                                         ./classes/Inputs/SegInput.h\
    10049                                        ./classes/Inputs/SegInput.cpp\
    101                                         ./classes/Inputs/TriaInput.h\
    10250                                        ./classes/Inputs/TriaInput.cpp\
    103                                         ./classes/Inputs/BoolInput.h\
    10451                                        ./classes/Inputs/BoolInput.cpp\
    105                                         ./classes/Inputs/IntInput.h\
    10652                                        ./classes/Inputs/IntInput.cpp\
    107                                         ./classes/Inputs/DoubleInput.h\
    10853                                        ./classes/Inputs/DoubleInput.cpp\
    109                                         ./classes/Inputs/DatasetInput.h\
    11054                                        ./classes/Inputs/DatasetInput.cpp\
    111                                         ./classes/Materials/Materials.h\
    11255                                        ./classes/Materials/Materials.cpp\
    113                                         ./classes/Materials/Matice.h\
    11456                                        ./classes/Materials/Matice.cpp\
    115                                         ./classes/Materials/Matpar.h\
    11657                                        ./classes/Materials/Matpar.cpp\
    117                                         ./classes/Constraints/Constraints.h\
    11858                                        ./classes/Constraints/Constraints.cpp\
    119                                         ./classes/Constraints/Constraint.h\
    12059                                        ./classes/Constraints/SpcStatic.cpp\
    121                                         ./classes/Constraints/SpcStatic.h\
    12260                                        ./classes/Constraints/SpcDynamic.cpp\
    123                                         ./classes/Constraints/SpcDynamic.h\
    124                                         ./classes/Loads/Loads.h\
    12561                                        ./classes/Loads/Loads.cpp\
    12662                                        ./classes/Loads/Penpair.cpp\
    127                                         ./classes/Loads/Penpair.h\
    12863                                        ./classes/Loads/Pengrid.cpp\
    129                                         ./classes/Loads/Pengrid.h\
    13064                                        ./classes/Loads/Numericalflux.cpp\
    131                                         ./classes/Loads/Numericalflux.h\
    132                                         ./classes/matrix/matrixobjects.h\
    133                                         ./classes/matrix/ElementMatrix.h\
    13465                                        ./classes/matrix/ElementMatrix.cpp\
    135                                         ./classes/matrix/ElementVector.h\
    13666                                        ./classes/matrix/ElementVector.cpp\
    137                                         ./classes/Params/Parameters.h\
    13867                                        ./classes/Params/Parameters.cpp\
    139                                         ./classes/Params/Param.h\
    140                                         ./classes/Params/GenericParam.h\
    14168                                        ./classes/Params/BoolParam.cpp\
    142                                         ./classes/Params/BoolParam.h\
    14369                                        ./classes/Params/IntParam.cpp\
    144                                         ./classes/Params/IntParam.h\
    14570                                        ./classes/Params/IntVecParam.cpp\
    146                                         ./classes/Params/IntVecParam.h\
    14771                                        ./classes/Params/IntMatParam.cpp\
    148                                         ./classes/Params/IntMatParam.h\
    14972                                        ./classes/Params/DoubleParam.cpp\
    150                                         ./classes/Params/DoubleParam.h\
    15173                                        ./classes/Params/FileParam.cpp\
    152                                         ./classes/Params/FileParam.h\
    15374                                        ./classes/Params/StringArrayParam.cpp\
    154                                         ./classes/Params/StringArrayParam.h\
    15575                                        ./classes/Params/DoubleMatParam.cpp\
    156                                         ./classes/Params/DoubleMatParam.h\
    15776                                        ./classes/Params/DoubleTransientMatParam.cpp\
    158                                         ./classes/Params/DoubleTransientMatParam.h\
    15977                                        ./classes/Params/DoubleMatArrayParam.cpp\
    160                                         ./classes/Params/DoubleMatArrayParam.h\
    16178                                        ./classes/Params/DoubleVecParam.cpp\
    162                                         ./classes/Params/DoubleVecParam.h\
    16379                                        ./classes/Params/StringParam.cpp\
    164                                         ./classes/Params/StringParam.h\
    165                                         ./classes/Params/MatrixParam.h\
    16680                                        ./classes/Params/MatrixParam.cpp\
    167                                         ./classes/Params/VectorParam.h\
    16881                                        ./classes/Params/VectorParam.cpp\
    169                                         ./classes/Params/TransientParam.h\
    17082                                        ./classes/Params/TransientParam.cpp\
    171                                         ./classes/Params/DataSetParam.h\
    17283                                        ./classes/Params/DataSetParam.cpp\
    173                                         ./classes/Profiler.h\
    17484                                        ./classes/Profiler.cpp\
    175                                         ./shared/shared.h\
    176                                         ./shared/MemOps/MemOps.h\
    17785                                        ./shared/MemOps/MemOps.cpp\
    178                                         ./shared/Matrix/matrix.h\
    17986                                        ./shared/Matrix/MatrixUtils.cpp\
    180                                         ./shared/io/io.h\
    181                                         ./shared/io/Disk/diskio.h\
    18287                                        ./shared/io/Disk/pfopen.cpp\
    18388                                        ./shared/io/Disk/pfclose.cpp\
    18489                                        ./shared/io/Disk/WriteLockFile.cpp\
    18590                                        ./shared/io/Print/PrintfFunction.cpp\
    186                                         ./shared/io/Print/Print.h\
    187                                         ./shared/io/Comm/IssmComm.h\
    18891                                        ./shared/io/Comm/IssmComm.cpp\
    18992                                        ./shared/LatLong/Ll2xyx.cpp\
    19093                                        ./shared/LatLong/Xy2llx.cpp\
    191                                         ./shared/FSanalyticals/fsanalyticals.h\
    19294                                        ./shared/FSanalyticals/fsanalyticals.cpp\
    193                                         ./shared/Enum/Enum.h\
    194                                         ./shared/Enum/EnumDefinitions.h\
    19595                                        ./shared/Enum/EnumToStringx.cpp\
    19696                                        ./shared/Enum/StringToEnumx.cpp\
    197                                         ./shared/Numerics/numerics.h\
    198                                         ./shared/Numerics/types.h\
    199                                         ./shared/Numerics/constants.h\
    200                                         ./shared/Numerics/Verbosity.h\
    20197                                        ./shared/Numerics/Verbosity.cpp\
    202                                         ./shared/Numerics/GaussPoints.h\
    20398                                        ./shared/Numerics/GaussPoints.cpp\
    20499                                        ./shared/Numerics/cross.cpp\
    205                                         ./shared/Numerics/isnan.h\
    206100                                        ./shared/Numerics/isnan.cpp\
    207101                                        ./shared/Numerics/cubic.cpp\
    … …  
    209103                                        ./shared/Numerics/extrema.cpp\
    210104                                        ./shared/Numerics/XZvectorsToCoordinateSystem.cpp\
    211                                         ./shared/Numerics/OptPars.h\
    212                                         ./shared/Exceptions/exceptions.h\
    213105                                        ./shared/Exceptions/Exceptions.cpp\
    214106                                        ./shared/Sorting/binary_search.cpp\
    215                                         ./shared/Sorting/sorting.h\
    216                                         ./shared/Elements/elements.h\
    217107                                        ./shared/Elements/Cuffey.cpp\
     108                                        ./shared/Elements/StressIntensityIntegralWeight.cpp\
    218109                                        ./shared/Elements/Paterson.cpp\
    219110                                        ./shared/Elements/Arrhenius.cpp\
    … …  
    222113                                        ./shared/Elements/PddSurfaceMassBalance.cpp\
    223114                                        ./shared/Elements/ComputeDelta18oTemperaturePrecipitation.cpp\
     115                                        ./shared/Elements/ComputeMungsmTemperaturePrecipitation.cpp\
    224116                                        ./shared/Elements/DrainageFunctionWaterfraction.cpp\
    225                                         ./shared/String/sharedstring.h\
    226117                                        ./shared/String/DescriptorIndex.cpp\
    227                                         ./toolkits/metis/metisincludes.h\
    228                                         ./toolkits/issm/issmtoolkit.h\
    229                                         ./toolkits/issm/IssmToolkitUtils.h\
    230118                                        ./toolkits/issm/IssmToolkitUtils.cpp\
    231                                         ./toolkits/issm/IssmAbsMat.h\
    232                                         ./toolkits/issm/IssmAbsVec.h\
    233                                         ./toolkits/issm/IssmDenseMat.h\
    234                                         ./toolkits/issm/IssmMat.h\
    235                                         ./toolkits/issm/IssmSeqVec.h\
    236                                         ./toolkits/issm/IssmVec.h\
    237                                         ./toolkits/issm/IssmSolver.h\
    238119                                        ./toolkits/issm/IssmSolver.cpp\
    239                                         ./toolkits/issm/SparseRow.h\
    240                                         ./toolkits/issm/Bucket.h\
    241                                         ./toolkits/mpi/issmmpi.h\
    242120                                        ./toolkits/mpi/issmmpi.cpp\
    243                                         ./toolkits/mpi/commops/commops.h\
    244121                                        ./toolkits/mpi/commops/DetermineLocalSize.cpp\
    245122                                        ./toolkits/mpi/commops/DetermineGlobalSize.cpp\
    246123                                        ./toolkits/mpi/commops/DetermineRowRankFromLocalSize.cpp\
    247124                                        ./toolkits/mpi/commops/GetOwnershipBoundariesFromRange.cpp\
    248                                         ./toolkits/adolc/adolcincludes.h\
    249                                         ./toolkits/adolc/AdolcEdf.h\
    250                                         ./toolkits/ToolkitOptions.h\
    251125                                        ./toolkits/ToolkitOptions.cpp\
    252                                         ./toolkits/triangle/triangleincludes.h\
    253                                         ./toolkits/objects/toolkitobjects.h\
    254                                         ./toolkits/objects/Matrix.h\
    255                                         ./toolkits/objects/Vector.h\
    256                                         ./toolkits/objects/Solver.h\
    257                                         ./toolkitsenums.h\
    258                                         ./toolkits.h\
    259                                         ./modules/ModelProcessorx/ModelProcessorx.h\
    260126                                        ./modules/ModelProcessorx/ModelProcessorx.cpp\
    261127                                        ./modules/ModelProcessorx/ElementsAndVerticesPartitioning.cpp\
    … …  
    271137                                        ./modules/ModelProcessorx/CreateElementsVerticesAndMaterials.cpp\
    272138                                        ./modules/ModelProcessorx/CreateNodes.cpp\
    273                                         ./modules/ParseToolkitsOptionsx/ParseToolkitsOptionsx.h\
    274139                                        ./modules/ParseToolkitsOptionsx/ParseToolkitsOptionsx.cpp\
    275                                         ./modules/NodesDofx/NodesDofx.h\
    276140                                        ./modules/NodesDofx/NodesDofx.cpp\
    277                                         ./modules/NodalValuex/NodalValuex.h\
    278141                                        ./modules/NodalValuex/NodalValuex.cpp\
    279                                         ./modules/VerticesDofx/VerticesDofx.h\
    280142                                        ./modules/VerticesDofx/VerticesDofx.cpp\
    281                                         ./modules/VertexCoordinatesx/VertexCoordinatesx.h\
    282143                                        ./modules/VertexCoordinatesx/VertexCoordinatesx.cpp\
    283                                         ./modules/OutputResultsx/OutputResultsx.h\
    284144                                        ./modules/OutputResultsx/OutputResultsx.cpp\
    285                                         ./modules/InputDepthAverageAtBasex/InputDepthAverageAtBasex.h\
    286145                                        ./modules/InputDepthAverageAtBasex/InputDepthAverageAtBasex.cpp\
    287                                         ./modules/InputDuplicatex/InputDuplicatex.h\
    288146                                        ./modules/InputDuplicatex/InputDuplicatex.cpp\
    289                                         ./modules/InputExtrudex/InputExtrudex.h\
    290147                                        ./modules/InputExtrudex/InputExtrudex.cpp\
    291                                         ./modules/InputScalex/InputScalex.h\
    292148                                        ./modules/InputScalex/InputScalex.cpp\
    293                                         ./modules/SurfaceAreax/SurfaceAreax.h\
    294149                                        ./modules/SurfaceAreax/SurfaceAreax.cpp\
    295                                         ./modules/AllocateSystemMatricesx/AllocateSystemMatricesx.h\
    296150                                        ./modules/AllocateSystemMatricesx/AllocateSystemMatricesx.cpp\
    297                                         ./modules/CreateJacobianMatrixx/CreateJacobianMatrixx.h\
    298151                                        ./modules/CreateJacobianMatrixx/CreateJacobianMatrixx.cpp\
    299                                         ./modules/SystemMatricesx/SystemMatricesx.h\
    300152                                        ./modules/SystemMatricesx/SystemMatricesx.cpp\
    301                                         ./modules/CreateNodalConstraintsx/CreateNodalConstraintsx.h\
    302153                                        ./modules/CreateNodalConstraintsx/CreateNodalConstraintsx.cpp\
    303                                         ./modules/UpdateDynamicConstraintsx/UpdateDynamicConstraintsx.h\
    304154                                        ./modules/UpdateDynamicConstraintsx/UpdateDynamicConstraintsx.cpp\
    305                                         ./modules/IoModelToConstraintsx/IoModelToConstraintsx.h\
    306155                                        ./modules/IoModelToConstraintsx/IoModelToConstraintsx.cpp\
    307                                         ./modules/SetActiveNodesLSMx/SetActiveNodesLSMx.h\
    308156                                        ./modules/SetActiveNodesLSMx/SetActiveNodesLSMx.cpp\
    309                                         ./modules/InputUpdateFromConstantx/InputUpdateFromConstantx.h\
    310157                                        ./modules/InputUpdateFromConstantx/InputUpdateFromConstantx.cpp\
    311                                         ./modules/InputUpdateFromSolutionx/InputUpdateFromSolutionx.h\
    312158                                        ./modules/InputUpdateFromSolutionx/InputUpdateFromSolutionx.cpp\
    313                                         ./modules/GetSolutionFromInputsx/GetSolutionFromInputsx.h\
    314159                                        ./modules/GetSolutionFromInputsx/GetSolutionFromInputsx.cpp\
    315                                         ./modules/GetVectorFromInputsx/GetVectorFromInputsx.h\
    316160                                        ./modules/GetVectorFromInputsx/GetVectorFromInputsx.cpp\
    317                                         ./modules/InputUpdateFromVectorx/InputUpdateFromVectorx.h\
    318161                                        ./modules/InputUpdateFromVectorx/InputUpdateFromVectorx.cpp\
    319                                         ./modules/FloatingiceMeltingRatex/FloatingiceMeltingRatex.h\
    320162                                        ./modules/FloatingiceMeltingRatex/FloatingiceMeltingRatex.cpp\
    321                                         ./modules/ConfigureObjectsx/ConfigureObjectsx.h\
    322163                                        ./modules/ConfigureObjectsx/ConfigureObjectsx.cpp\
    323                                         ./modules/SpcNodesx/SpcNodesx.h\
    324164                                        ./modules/SpcNodesx/SpcNodesx.cpp\
    325                                         ./modules/SurfaceMassBalancex/SurfaceMassBalancex.h\
    326165                                        ./modules/SurfaceMassBalancex/SurfaceMassBalancex.cpp\
    327                                         ./modules/MeshPartitionx/MeshPartitionx.h\
    328166                                        ./modules/Reducevectorgtofx/Reducevectorgtofx.cpp\
    329                                         ./modules/Reducevectorgtofx/Reducevectorgtofx.h\
    330                                         ./modules/Reduceloadx/Reduceloadx.h\
    331167                                        ./modules/Reduceloadx/Reduceloadx.cpp\
    332168                                        ./modules/ConstraintsStatex/ConstraintsStatex.cpp\
    333                                         ./modules/ConstraintsStatex/ConstraintsStatex.h\
    334                                         ./modules/ConstraintsStatex/ConstraintsStateLocal.h\
    335                                         ./modules/ResetConstraintsx/ResetConstraintsx.h\
    336169                                        ./modules/ResetConstraintsx/ResetConstraintsx.cpp\
    337                                         ./modules/ResetFSBasalBoundaryConditionx/ResetFSBasalBoundaryConditionx.h\
    338170                                        ./modules/ResetFSBasalBoundaryConditionx/ResetFSBasalBoundaryConditionx.cpp\
    339171                                        ./modules/Solverx/Solverx.cpp\
    340                                         ./modules/Solverx/Solverx.h\
    341172                                        ./modules/VecMergex/VecMergex.cpp\
    342                                         ./modules/VecMergex/VecMergex.h\
    343173                                        ./modules/Mergesolutionfromftogx/Mergesolutionfromftogx.cpp\
    344                                         ./modules/Mergesolutionfromftogx/Mergesolutionfromftogx.h\
    345174                                        ./cores/ProcessArguments.cpp\
    346175                                        ./cores/ResetBoundaryConditions.cpp\
    347                                         ./cores/AnalysisConfiguration.cpp\
    348176                                        ./cores/WrapperCorePointerFromSolutionEnum.cpp\
    349177                                        ./cores/CorePointerFromSolutionEnum.cpp\
    350178                                        ./cores/ad_core.cpp\
     179                                        ./cores/adgradient_core.cpp\
    351180                                        ./main/EnvironmentInit.cpp\
    352181                                        ./main/EnvironmentFinalize.cpp\
    353                                         ./analyses/EnumToAnalysis.h\
    354182                                        ./analyses/EnumToAnalysis.cpp\
    355                                         ./analyses/Analysis.h\
    356183                                        ./solutionsequences/solutionsequence_la.cpp\
    357184                                        ./solutionsequences/solutionsequence_la_theta.cpp\
    … …  
    359186                                        ./solutionsequences/solutionsequence_nonlinear.cpp\
    360187                                        ./solutionsequences/solutionsequence_newton.cpp\
     188                                        ./solutionsequences/solutionsequence_fct.cpp\
    361189                                        ./solutionsequences/convergence.cpp\
    362                                         ./classes/Options/Options.h\
    363190                                        ./classes/Options/Options.cpp\
    364                                         ./classes/Options/Option.h\
    365                                         ./classes/Options/GenericOption.h\
    366191                                        ./classes/Options/OptionUtilities.cpp\
    367                                         ./classes/Options/OptionUtilities.h\
    368192                                        ./classes/RiftStruct.cpp\
    369                                         ./classes/RiftStruct.h\
    370193                                        ./modules/ModelProcessorx/Transient/UpdateElementsTransient.cpp \
    371194                                        ./cores/transient_core.cpp\
    … …  
    378201                                        ./solutionsequences/solutionsequence_thermal_nonlinear.cpp\
    379202                                        ./modules/ControlInputSetGradientx/ControlInputSetGradientx.cpp\
    380                                         ./modules/ControlInputSetGradientx/ControlInputSetGradientx.h\
    381203                                        ./modules/GetVectorFromControlInputsx/GetVectorFromControlInputsx.cpp\
    382                                         ./modules/GetVectorFromControlInputsx/GetVectorFromControlInputsx.h\
    383204                                        ./modules/SetControlInputsFromVectorx/SetControlInputsFromVectorx.cpp\
    384                                         ./modules/SetControlInputsFromVectorx/SetControlInputsFromVectorx.h\
    385205                                        ./modules/ModelProcessorx/Control/CreateParametersControl.cpp\
    386206                                        ./modules/ModelProcessorx/Control/UpdateElementsAndMaterialsControl.cpp\
    387                                         ./modules/InputControlUpdatex/InputControlUpdatex.h\
    388207                                        ./modules/InputControlUpdatex/InputControlUpdatex.cpp\
    389                                         ./modules/SurfaceAbsVelMisfitx/SurfaceAbsVelMisfitx.h\
    390208                                        ./modules/SurfaceAbsVelMisfitx/SurfaceAbsVelMisfitx.cpp\
    391                                         ./modules/SurfaceRelVelMisfitx/SurfaceRelVelMisfitx.h\
    392209                                        ./modules/SurfaceRelVelMisfitx/SurfaceRelVelMisfitx.cpp\
    393                                         ./modules/SurfaceLogVelMisfitx/SurfaceLogVelMisfitx.h\
    394210                                        ./modules/SurfaceLogVelMisfitx/SurfaceLogVelMisfitx.cpp\
    395                                         ./modules/SurfaceLogVxVyMisfitx/SurfaceLogVxVyMisfitx.h\
    396211                                        ./modules/SurfaceLogVxVyMisfitx/SurfaceLogVxVyMisfitx.cpp\
    397                                         ./modules/SurfaceAverageVelMisfitx/SurfaceAverageVelMisfitx.h\
    398212                                        ./modules/SurfaceAverageVelMisfitx/SurfaceAverageVelMisfitx.cpp\
    399                                         ./modules/ThicknessAbsMisfitx/ThicknessAbsMisfitx.h\
    400213                                        ./modules/ThicknessAbsMisfitx/ThicknessAbsMisfitx.cpp\
    401                                         ./modules/Gradjx/Gradjx.h\
    402214                                        ./modules/Gradjx/Gradjx.cpp\
    403215                                        ./modules/DragCoefficientAbsGradientx/DragCoefficientAbsGradientx.cpp\
    404                                         ./modules/DragCoefficientAbsGradientx/DragCoefficientAbsGradientx.h\
    405216                                        ./modules/ThicknessAlongGradientx/ThicknessAlongGradientx.cpp\
    406                                         ./modules/ThicknessAlongGradientx/ThicknessAlongGradientx.h\
    407217                                        ./modules/ThicknessAcrossGradientx/ThicknessAcrossGradientx.cpp\
    408                                         ./modules/ThicknessAcrossGradientx/ThicknessAcrossGradientx.h\
    409218                                        ./modules/RheologyBbarAbsGradientx/RheologyBbarAbsGradientx.cpp\
    410                                         ./modules/RheologyBbarAbsGradientx/RheologyBbarAbsGradientx.h\
    411                                         ./classes/Inputs/ControlInput.h\
     219                                        ./modules/RheologyBAbsGradientx/RheologyBAbsGradientx.cpp\
    412220                                        ./classes/Inputs/ControlInput.cpp\
    413221                                        ./shared/Numerics/BrentSearch.cpp\
    414222                                        ./cores/control_core.cpp\
    415223                                        ./cores/controltao_core.cpp\
     224                                        ./cores/controlad_core.cpp\
    416225                                        ./cores/controlm1qn3_core.cpp\
    417226                                        ./cores/controlvalidation_core.cpp\
    … …  
    437246                                        ./classes/Loads/Riftfront.cpp\
    438247                                        ./modules/ConstraintsStatex/RiftConstraintsState.cpp\
    439                                         ./classes/Massfluxatgate.h \
    440                                         ./classes/Misfit.h \
    441248                                        ./modules/ModelProcessorx/CreateOutputDefinitions.cpp\
    442                                         ./modules/OutputDefinitionsResponsex/OutputDefinitionsResponsex.h\
    443249                                        ./modules/OutputDefinitionsResponsex/OutputDefinitionsResponsex.cpp\
    444                                         ./classes/Inputs/PentaInput.h\
    445250                                        ./classes/Inputs/PentaInput.cpp\
    446                                         ./classes/Inputs/TetraInput.h\
    447                                         ./classes/Inputs/TetraInput.cpp\
    448                                         #}}}
     251                                        ./classes/Inputs/TetraInput.cpp
     252#}}}
    449253#DAKOTA sources  {{{
    450254if DAKOTA
    451 issm_sources +=  ./modules/InputUpdateFromDakotax/InputUpdateFromDakotax.h\
    452                                           ./modules/InputUpdateFromDakotax/InputUpdateFromDakotax.cpp\
    453                                           ./modules/InputUpdateFromVectorDakotax/InputUpdateFromVectorDakotax.h\
     255issm_sources +=  ./modules/InputUpdateFromDakotax/InputUpdateFromDakotax.cpp\
    454256                                          ./modules/InputUpdateFromVectorDakotax/InputUpdateFromVectorDakotax.cpp\
    455                                           ./modules/InputUpdateFromMatrixDakotax/InputUpdateFromMatrixDakotax.h\
    456257                                          ./modules/InputUpdateFromMatrixDakotax/InputUpdateFromMatrixDakotax.cpp\
    457258                                          ./modules/AverageOntoPartitionx/AverageOntoPartitionx.cpp\
    458                                           ./modules/AverageOntoPartitionx/AverageOntoPartitionx.h\
    459259                                          ./modules/ModelProcessorx/Dakota/CreateParametersDakota.cpp\
    460260                                          ./modules/ModelProcessorx/Dakota/UpdateElementsAndMaterialsDakota.cpp\
    461261                                          ./cores/dakota_core.cpp\
    462                                           ./cores/DakotaSpawnCore.h\
    463262                                          ./cores/DakotaSpawnCore.cpp
     263endif
     264#}}}
     265#BAMG sources  {{{
     266if BAMG
     267issm_sources += ./bamg/BamgGeom.cpp\
     268                                         ./bamg/BamgMesh.cpp\
     269                                         ./bamg/BamgOpts.cpp\
     270                                         ./bamg/CrackedEdge.cpp\
     271                                         ./bamg/Curve.cpp\
     272                                         ./bamg/Direction.cpp\
     273                                         ./bamg/Edge.cpp\
     274                                         ./bamg/GeomEdge.cpp\
     275                                         ./bamg/GeomSubDomain.cpp\
     276                                         ./bamg/GeomVertex.cpp\
     277                                         ./bamg/Geometry.cpp\
     278                                         ./bamg/ListofIntersectionTriangles.cpp\
     279                                         ./bamg/EigenMetric.cpp\
     280                                         ./bamg/Metric.cpp\
     281                                         ./bamg/BamgQuadtree.cpp\
     282                                         ./bamg/SetOfE4.cpp\
     283                                         ./bamg/SubDomain.cpp\
     284                                         ./bamg/AdjacentTriangle.cpp\
     285                                         ./bamg/Triangle.cpp\
     286                                         ./bamg/BamgVertex.cpp\
     287                                         ./bamg/VertexOnEdge.cpp\
     288                                         ./bamg/VertexOnGeom.cpp\
     289                                         ./bamg/VertexOnVertex.cpp\
     290                                         ./bamg/Mesh.cpp\
     291                                         ./shared/Bamg/BigPrimeNumber.cpp\
     292                                         ./modules/Bamgx/Bamgx.cpp\
     293                                         ./modules/BamgConvertMeshx/BamgConvertMeshx.cpp\
     294                                         ./modules/BamgTriangulatex/BamgTriangulatex.cpp
    464295endif
    465296#}}}
    … …  
    468299issm_sources += ./toolkits/petsc\
    469300                                        ./toolkits/petsc/patches\
    470                                         ./toolkits/petsc/patches/SolverEnum.h\
    471                                         ./toolkits/petsc/patches/petscpatches.h\
    472301                                        ./toolkits/petsc/patches/VecToMPISerial.cpp\
    473302                                        ./toolkits/petsc/patches/MatToSerial.cpp\
    … …  
    484313                                        ./toolkits/petsc/patches/ISSMToPetscInsertMode.cpp\
    485314                                        ./toolkits/petsc/patches/ISSMToPetscNormMode.cpp\
    486                                         ./toolkits/petsc/objects/petscobjects.h\
    487                                         ./toolkits/petsc/objects/PetscMat.h\
    488315                                        ./toolkits/petsc/objects/PetscMat.cpp\
    489                                         ./toolkits/petsc/objects/PetscVec.h\
    490316                                        ./toolkits/petsc/objects/PetscVec.cpp\
    491                                         ./toolkits/petsc/objects/PetscSolver.cpp\
    492                                         ./toolkits/petsc/objects/PetscSolver.h\
    493                                         ./toolkits/petsc/petscincludes.h
     317                                        ./toolkits/petsc/objects/PetscSolver.cpp
    494318endif
    495319#}}}
    496320#Mumps sources  {{{
    497321if MUMPS
    498 issm_sources += ./toolkits/mumps\
    499                                         ./toolkits/mumps/mumpsincludes.h\
    500                                         ./toolkits/mumps/MumpsSolve.cpp
     322issm_sources += ./toolkits/mumps/MumpsSolve.cpp
    501323endif
    502324#}}}
    503325#Gsl sources  {{{
    504326if GSL
    505 issm_sources += ./toolkits/gsl\
    506                                         ./toolkits/gsl/gslincludes.h\
    507                                         ./toolkits/gsl/DenseGslSolve.cpp
     327issm_sources += ./toolkits/gsl/DenseGslSolve.cpp
     328endif
     329#}}}
     330#proj.4 sources  {{{
     331if PROJ4
     332issm_sources += ./modules/CoordinateSystemTransformx/CoordinateSystemTransformx.cpp
    508333endif
    509334#}}}
    … …  
    587412issm_sources += ./analyses/ThermalAnalysis.cpp
    588413endif
    589 if SMOOTHEDSURFACESLOPEX
    590 issm_sources += ./analyses/SmoothedSurfaceSlopeXAnalysis.cpp
    591 endif
    592 if SMOOTHEDSURFACESLOPEY
    593 issm_sources += ./analyses/SmoothedSurfaceSlopeYAnalysis.cpp
     414if SMOOTH
     415issm_sources += ./analyses/SmoothAnalysis.cpp
    594416endif
    595417if MESHDEFORMATION
    … …  
    598420if LEVELSET
    599421issm_sources += ./analyses/LevelsetAnalysis.cpp
     422issm_sources += ./modules/Calvingx/Calvingx.cpp
    600423endif
    601424if EXTRAPOLATION
    … …  
    620443endif
    621444#}}}
    622 #Mpi sources  {{{
    623 if MPI
    624 issm_sources += ./toolkits/issm/IssmMpiDenseMat.h\
    625                                          ./toolkits/issm/IssmMpiVec.h
    626 endif
    627 #}}}
    628445#Metis sources  {{{
    629446if METIS
    630 issm_sources += ./toolkits/metis/patches/metispatches.h\
    631                                         ./toolkits/metis/patches/METIS_PartMeshNodalPatch.cpp
     447issm_sources += ./toolkits/metis/patches/METIS_PartMeshNodalPatch.cpp
    632448endif
    633449#}}}
    … …  
    635451#Wrapper sources
    636452#Bamg sources  {{{
    637 bamg_sources =  ./bamg/bamgobjects.h\
    638                                          ./bamg/BamgGeom.h\
    639                                          ./bamg/BamgGeom.cpp\
    640                                          ./bamg/BamgMesh.h\
    641                                          ./bamg/BamgMesh.cpp\
    642                                          ./bamg/BamgOpts.h\
    643                                          ./bamg/BamgOpts.cpp\
    644                                          ./bamg/CrackedEdge.h\
    645                                          ./bamg/CrackedEdge.cpp\
    646                                          ./bamg/Curve.h\
    647                                          ./bamg/Curve.cpp\
    648                                          ./bamg/Direction.h\
    649                                          ./bamg/Direction.cpp\
    650                                          ./bamg/DoubleAndInt.h\
    651                                          ./bamg/Edge.h\
    652                                          ./bamg/Edge.cpp\
    653                                          ./bamg/GeomEdge.h\
    654                                          ./bamg/GeomEdge.cpp\
    655                                          ./bamg/GeomSubDomain.h\
    656                                          ./bamg/GeomSubDomain.cpp\
    657                                          ./bamg/GeomVertex.h\
    658                                          ./bamg/GeomVertex.cpp\
    659                                          ./bamg/Geometry.cpp\
    660                                          ./bamg/Geometry.h\
    661                                          ./bamg/ListofIntersectionTriangles.cpp\
    662                                          ./bamg/ListofIntersectionTriangles.h\
    663                                          ./bamg/EigenMetric.cpp\
    664                                          ./bamg/Metric.cpp\
    665                                          ./bamg/Metric.h\
    666                                          ./bamg/BamgQuadtree.cpp\
    667                                          ./bamg/BamgQuadtree.h\
    668                                          ./bamg/R2.h\
    669                                          ./bamg/SetOfE4.cpp\
    670                                          ./bamg/SetOfE4.h\
    671                                          ./bamg/SubDomain.h\
    672                                          ./bamg/SubDomain.cpp\
    673                                          ./bamg/AdjacentTriangle.h\
    674                                          ./bamg/AdjacentTriangle.cpp\
    675                                          ./bamg/Triangle.cpp\
    676                                          ./bamg/det.h \
    677                                          ./bamg/Triangle.h\
    678                                          ./bamg/BamgVertex.cpp\
    679                                          ./bamg/BamgVertex.h\
    680                                          ./bamg/VertexOnEdge.h\
    681                                          ./bamg/VertexOnEdge.cpp\
    682                                          ./bamg/VertexOnGeom.h\
    683                                          ./bamg/VertexOnGeom.cpp\
    684                                          ./bamg/VertexOnVertex.h\
    685                                          ./bamg/VertexOnVertex.cpp\
    686                                          ./bamg/Mesh.cpp\
    687                                          ./bamg/Mesh.h\
    688                                          ./shared/Bamg/Abs.h \
    689                                          ./shared/Bamg/BigPrimeNumber.h\
    690                                          ./shared/Bamg/BigPrimeNumber.cpp\
    691                                          ./shared/Bamg/BinaryRand.h \
    692                                          ./shared/Bamg/Exchange.h \
    693                                          ./shared/Bamg/extrema.h \
    694                                          ./shared/Bamg/HeapSort.h \
    695                                          ./shared/Bamg/OppositeAngle.h \
    696                                          ./modules/Bamgx/Bamgx.cpp\
    697                                          ./modules/Bamgx/Bamgx.h\
    698                                          ./modules/BamgConvertMeshx/BamgConvertMeshx.cpp\
    699                                          ./modules/BamgConvertMeshx/BamgConvertMeshx.h\
    700                                          ./modules/BamgTriangulatex/BamgTriangulatex.cpp\
    701                                          ./modules/BamgTriangulatex/BamgTriangulatex.h
    702 #}}}
    703 #Kriging sources  {{{
    704 if KRIGING
    705 kriging_sources = ./classes/kriging/Observations.h\
    706                                         ./classes/kriging/Observations.cpp\
    707                                         ./classes/kriging/Variogram.h \
    708                                         ./classes/kriging/GaussianVariogram.h\
    709                                         ./classes/kriging/GaussianVariogram.cpp\
    710                                         ./classes/kriging/ExponentialVariogram.h\
    711                                         ./classes/kriging/ExponentialVariogram.cpp\
    712                                         ./classes/kriging/SphericalVariogram.h\
    713                                         ./classes/kriging/SphericalVariogram.cpp\
    714                                         ./classes/kriging/PowerVariogram.h\
    715                                         ./classes/kriging/PowerVariogram.cpp\
    716                                         ./classes/kriging/Quadtree.h\
    717                                         ./classes/kriging/Quadtree.cpp\
    718                                         ./classes/kriging/Observation.h\
    719                                         ./classes/kriging/Observation.cpp\
    720                                         ./modules/Krigingx/Krigingx.cpp\
    721                                         ./modules/Krigingx/Krigingx.h
    722 issm_sources +=$(kriging_sources)
    723 issm_sources +=./modules/Krigingx/pKrigingx.cpp
    724 endif
     453
    725454#}}}
    726455#Kml sources  {{{
    727 kml_sources = ./modules/Exp2Kmlx/Exp2Kmlx.h\
    728                                   ./modules/Exp2Kmlx/Exp2Kmlx.cpp\
    729                                   ./modules/Kml2Expx/Kml2Expx.h\
     456kml_sources = ./modules/Exp2Kmlx/Exp2Kmlx.cpp\
    730457                                  ./modules/Kml2Expx/Kml2Expx.cpp\
    731                                   ./modules/Shp2Kmlx/Shp2Kmlx.h\
    732458                                  ./modules/Shp2Kmlx/Shp2Kmlx.cpp\
    733                                   ./modules/KMLFileReadx/KMLFileReadx.h\
    734459                                  ./modules/KMLFileReadx/KMLFileReadx.cpp\
    735                                   ./modules/KMLMeshWritex/KMLMeshWritex.h\
    736460                                  ./modules/KMLMeshWritex/KMLMeshWritex.cpp\
    737                                   ./modules/KMLOverlayx/KMLOverlayx.h\
    738461                                  ./modules/KMLOverlayx/KMLOverlayx.cpp\
    739                                   ./kml/kmlobjects.h\
    740462                                  ./kml/KML_Attribute.cpp\
    741                                   ./kml/KML_Attribute.h\
    742463                                  ./kml/KML_Comment.cpp\
    743                                   ./kml/KML_Comment.h\
    744464                                  ./kml/KML_ColorStyle.cpp\
    745                                   ./kml/KML_ColorStyle.h\
    746465                                  ./kml/KML_Container.cpp\
    747                                   ./kml/KML_Container.h\
    748466                                  ./kml/KML_Document.cpp\
    749                                   ./kml/KML_Document.h\
    750467                                  ./kml/KML_Feature.cpp\
    751                                   ./kml/KML_Feature.h\
    752468                                  ./kml/KML_File.cpp\
    753                                   ./kml/KML_File.h\
    754469                                  ./kml/KML_Folder.cpp\
    755                                   ./kml/KML_Folder.h\
    756470                                  ./kml/KML_Geometry.cpp\
    757                                   ./kml/KML_Geometry.h\
    758471                                  ./kml/KML_GroundOverlay.cpp\
    759                                   ./kml/KML_GroundOverlay.h\
    760472                                  ./kml/KML_Icon.cpp\
    761                                   ./kml/KML_Icon.h\
    762473                                  ./kml/KML_LatLonBox.cpp\
    763                                   ./kml/KML_LatLonBox.h\
    764474                                  ./kml/KML_LinearRing.cpp\
    765                                   ./kml/KML_LinearRing.h\
    766475                                  ./kml/KML_LineString.cpp\
    767                                   ./kml/KML_LineString.h\
    768476                                  ./kml/KML_LineStyle.cpp\
    769                                   ./kml/KML_LineStyle.h\
    770477                                  ./kml/KML_MultiGeometry.cpp\
    771                                   ./kml/KML_MultiGeometry.h\
    772478                                  ./kml/KML_Object.cpp\
    773                                   ./kml/KML_Object.h\
    774479                                  ./kml/KML_Overlay.cpp\
    775                                   ./kml/KML_Overlay.h\
    776480                                  ./kml/KML_Point.cpp\
    777                                   ./kml/KML_Point.h\
    778481                                  ./kml/KML_Placemark.cpp\
    779                                   ./kml/KML_Placemark.h\
    780482                                  ./kml/KML_Polygon.cpp\
    781                                   ./kml/KML_Polygon.h\
    782483                                  ./kml/KML_PolyStyle.cpp\
    783                                   ./kml/KML_PolyStyle.h\
    784484                                  ./kml/KML_Style.cpp\
    785                                   ./kml/KML_Style.h\
    786485                                  ./kml/KML_StyleSelector.cpp\
    787                                   ./kml/KML_StyleSelector.h\
    788486                                  ./kml/KML_SubStyle.cpp\
    789                                   ./kml/KML_SubStyle.h\
    790487                                  ./kml/KML_Unknown.cpp\
    791                                   ./kml/KML_Unknown.h\
    792                                   ./kml/KMLFileReadUtils.cpp\
    793                                   ./kml/KMLFileReadUtils.h
     488                                  ./kml/KMLFileReadUtils.cpp
    794489#}}}
    795490#Modules sources{{{
    796 modules_sources= ./shared/Threads/issm_threads.h\
    797                         ./shared/Threads/LaunchThread.cpp\
     491modules_sources= ./shared/Threads/LaunchThread.cpp\
    798492                        ./shared/Threads/PartitionRange.cpp\
    799                         ./shared/Exp/exp.h\
    800493                        ./shared/Exp/exp.cpp\
    801                         ./shared/TriMesh/trimesh.h\
    802494                        ./shared/TriMesh/AssociateSegmentToElement.cpp\
    803495                        ./shared/TriMesh/GridInsideHole.cpp\
    … …  
    805497                        ./shared/TriMesh/SplitMeshForRifts.cpp\
    806498                        ./shared/TriMesh/TriMeshUtils.cpp\
    807                         ./modules/TriaSearchx/TriaSearchx.h\
    808499                        ./modules/TriaSearchx/TriaSearchx.cpp\
    809                         ./modules/TriMeshx/TriMeshx.h\
    810500                        ./modules/TriMeshx/TriMeshx.cpp\
    811                         ./modules/TriMeshProcessRiftsx/TriMeshProcessRiftsx.h\
    812501                        ./modules/TriMeshProcessRiftsx/TriMeshProcessRiftsx.cpp\
    813                         ./modules/PointCloudFindNeighborsx/PointCloudFindNeighborsx.h\
    814502                        ./modules/PointCloudFindNeighborsx/PointCloudFindNeighborsx.cpp\
    815503                        ./modules/PointCloudFindNeighborsx/PointCloudFindNeighborsxt.cpp\
    816504                        ./modules/InterpFromGridToMeshx/InterpFromGridToMeshx.cpp\
    817                         ./modules/InterpFromGridToMeshx/InterpFromGridToMeshx.h\
    818505                        ./modules/InterpFromMesh2dx/InterpFromMesh2dx.cpp\
    819506                        ./modules/InterpFromMesh2dx/InterpFromMesh2dxt.cpp\
    820                         ./modules/InterpFromMesh2dx/InterpFromMesh2dx.h\
    821507                        ./modules/InterpFromMeshToMesh2dx/InterpFromMeshToMesh2dx.cpp\
    822                         ./modules/InterpFromMeshToMesh2dx/InterpFromMeshToMesh2dx.h\
    823508                        ./modules/InterpFromMeshToMesh3dx/InterpFromMeshToMesh3dx.cpp\
    824                         ./modules/InterpFromMeshToMesh3dx/InterpFromMeshToMesh3dx.h\
    825509                        ./modules/InterpFromMeshToGridx/InterpFromMeshToGridx.cpp\
    826                         ./modules/InterpFromMeshToGridx/InterpFromMeshToGridx.h\
    827510                        ./modules/MeshProfileIntersectionx/MeshProfileIntersectionx.cpp\
    828                         ./modules/MeshProfileIntersectionx/MeshProfileIntersectionx.h\
    829511                        ./modules/ContourToMeshx/ContourToMeshx.cpp\
    830512                        ./modules/ContourToMeshx/ContourToMeshxt.cpp\
    831                         ./modules/ContourToMeshx/ContourToMeshx.h\
     513                        ./modules/ExpToLevelSetx/ExpToLevelSetx.cpp\
     514                        ./modules/ExpToLevelSetx/ExpToLevelSetxt.cpp\
    832515                        ./modules/ContourToNodesx/ContourToNodesx.cpp\
    833                         ./modules/ContourToNodesx/ContourToNodesx.h\
    834516                        ./modules/NodeConnectivityx/NodeConnectivityx.cpp\
    835                         ./modules/NodeConnectivityx/NodeConnectivityx.h\
    836517                        ./modules/ElementConnectivityx/ElementConnectivityx.cpp\
    837                         ./modules/ElementConnectivityx/ElementConnectivityx.h\
    838                         ./modules/PropagateFlagsFromConnectivityx/PropagateFlagsFromConnectivityx.cpp\
    839                         ./modules/PropagateFlagsFromConnectivityx/PropagateFlagsFromConnectivityx.h
     518                        ./modules/PropagateFlagsFromConnectivityx/PropagateFlagsFromConnectivityx.cpp
    840519if CHACO
    841 modules_sources+= ./modules/Chacox/Chacox.h\
    842                                                 ./modules/Chacox/Chacox.cpp\
     520modules_sources+= ./modules/Chacox/Chacox.cpp\
    843521                                                ./modules/Chacox/input_parse.cpp\
    844522                                                ./modules/Chacox/chaco_seconds.cpp\
    … …  
    846524endif
    847525if SCOTCH
    848 modules_sources+= ./modules/Scotchx/Scotchx.cpp\
    849                                                 ./modules/Scotchx/Scotchx.h
    850 endif
    851 #}}}
     526modules_sources+= ./modules/Scotchx/Scotchx.cpp
     527endif
     528#}}}
     529
     530#kriging (WRAPPER and executable)
     531#Kriging sources  {{{
     532if KRIGING
     533issm_sources += ./classes/kriging/Observations.cpp\
     534                                        ./classes/kriging/GaussianVariogram.cpp\
     535                                        ./classes/kriging/ExponentialVariogram.cpp\
     536                                        ./classes/kriging/SphericalVariogram.cpp\
     537                                        ./classes/kriging/PowerVariogram.cpp\
     538                                        ./classes/kriging/Quadtree.cpp\
     539                                        ./classes/kriging/Covertree.cpp\
     540                                        ./classes/kriging/Observation.cpp\
     541                                        ./modules/Krigingx/pKrigingx.cpp
     542
     543modules_sources +=./modules/Krigingx/Krigingx.cpp\
     544                                                ./modules/Krigingx/pKrigingx.cpp
     545endif
    852546#}}}
    853547#Library flags and sources {{{
    854 ALLCXXFLAGS= -fPIC -D_GNU_SOURCE -fno-omit-frame-pointer -pthread -D_CPP_  $(CXXFLAGS) $(CXXOPTFLAGS)
    855 
    856 libISSMCore_a_SOURCES  = $(issm_sources)
    857 libISSMCore_a_CXXFLAGS = $(ALLCXXFLAGS) $(DAKOTAFLAGS)
    858 libISSMCore_a_FFLAGS = $(AM_FFLAGS)
    859 
    860 if SHAREDLIBS
    861 libISSM_la_SOURCES = main/issm.cpp
    862 libISSM_la_LIBADD = libISSMCore.la libISSMOverload.la
     548ALLCXXFLAGS= -fPIC $(CXXFLAGS) $(CXXOPTFLAGS)
    863549
    864550libISSMCore_la_SOURCES  = $(issm_sources)
    865 libISSMCore_la_LIBADD = $(PETSCLIB) $(TAOLIB) $(M1QN3LIB) $(PLAPACKLIB) $(MUMPSLIB) $(SUPERLULIB) $(SPOOLESLIB) $(SCALAPACKLIB) $(BLACSLIB) $(HYPRELIB) $(SPAILIB) $(PROMETHEUSLIB) $(PASTIXLIB) $(MLLIB) $(DAKOTALIB) $(METISLIB) $(CHACOLIB) $(SCOTCHLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MKLLIB) $(MPILIB) $(MATHLIB) $(GRAPHICSLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(OSLIBS) $(GSLLIB)   $(ADOLCLIB) $(AMPILIB) $(METEOIOLIB) $(SNOWPACKLIB)
     551libISSMCore_la_CXXFLAGS = $(ALLCXXFLAGS) $(DAKOTAFLAGS)
    866552libISSMCore_la_FFLAGS = $(AM_FFLAGS)
    867 endif
     553
     554libISSMCore_la_LIBADD = $(PETSCLIB) $(TAOLIB) $(M1QN3LIB) $(PLAPACKLIB) $(MUMPSLIB) $(SUPERLULIB) $(SPOOLESLIB) $(SCALAPACKLIB) $(BLACSLIB) $(HYPRELIB) $(SPAILIB) $(PROMETHEUSLIB) $(PASTIXLIB) $(MLLIB) $(DAKOTALIB) $(METISLIB) $(CHACOLIB) $(SCOTCHLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MKLLIB) $(MPILIB) $(MATHLIB) $(GRAPHICSLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(OSLIBS) $(GSLLIB)   $(ADOLCLIB) $(AMPILIB) $(METEOIOLIB) $(SNOWPACKLIB)
    868555
    869556if WRAPPERS
    870 libISSMModules_a_SOURCES = $(modules_sources)
    871 libISSMModules_a_SOURCES += $(bamg_sources)
     557libISSMModules_la_SOURCES = $(modules_sources)
     558libISSMModules_la_SOURCES += $(bamg_sources)
    872559if KRIGING
    873 libISSMModules_a_SOURCES += $(kriging_sources)
     560libISSMModules_la_SOURCES += $(kriging_sources)
    874561endif
    875562if KML
    876 libISSMModules_a_SOURCES += $(kml_sources)
    877 endif
    878 libISSMModules_a_CXXFLAGS = $(ALLCXXFLAGS)
    879 libISSMModules_a_LIBADD = ./libISSMCore.a
    880 if SHAREDLIBS
    881 libISSMModules_la_SOURCES = $(libISSMModules_a_SOURCES)
     563libISSMModules_la_SOURCES += $(kml_sources)
     564endif
     565libISSMModules_la_CXXFLAGS = $(ALLCXXFLAGS)
     566if STANDALONE_LIBRARIES
     567libISSMModules_la_LIBADD = ./libISSMCore.la
     568else
     569libISSMModules_la_LIBADD = ./libISSMCore.la $(TRIANGLELIB)
    882570endif
    883571endif
    … …  
    888576AM_LDFLAGS = -avoid-version
    889577endif
     578
     579if STANDALONE_EXECUTABLES
     580issm_LDFLAGS = -static
     581endif
     582
     583if STANDALONE_LIBRARIES
     584libISSMCore_la_LDFLAGS = -static
     585libISSMOverload_la_LDFLAGS = -static
     586if WRAPPERS
     587libISSMModules_la_LDFLAGS = -static
     588endif
     589endif
     590
    890591#}}}
    891592#Overload library, to overload any non-standard symbols. {{{
    892 libISSMOverload_a_SOURCES = ./shared/String/ApiPrintf.cpp
    893 
    894 libISSMOverload_a_CFLAGS  = -fPIC -D_C_ $(COPTFLAGS) $(CFLAGS)
     593libISSMOverload_la_SOURCES = ./shared/String/ApiPrintf.cpp
     594
     595libISSMOverload_la_CFLAGS  = -fPIC -D_C_ $(COPTFLAGS) $(CFLAGS)
    895596#}}}
    896597
    … …  
    907608
    908609#Standard libraries
    909 LDADD = ./libISSMCore.a ./libISSMOverload.a
     610LDADD = ./libISSMCore.la ./libISSMOverload.la
     611if WRAPPERS
     612LDADD += ./libISSMModules.la $(TRIANGLELIB)
     613endif
    910614
    911615#External packages
    912 LDADD += $(PETSCLIB) $(TAOLIB) $(M1QN3LIB) $(PLAPACKLIB) $(MUMPSLIB) $(SUPERLULIB) $(SPOOLESLIB) $(SCALAPACKLIB) $(BLACSLIB) $(HYPRELIB) $(SPAILIB) $(PROMETHEUSLIB) $(PASTIXLIB) $(MLLIB) $(DAKOTALIB) $(METISLIB) $(CHACOLIB) $(SCOTCHLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MKLLIB) $(MPILIB)  $(MATHLIB) $(GRAPHICSLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(OSLIBS) $(GSLLIB) $(AMPILIB) $(ADOLCLIB) $(MPILIB) $(METEOIOLIB) $(SNOWPACKLIB)
     616LDADD += $(PETSCLIB) $(TAOLIB) $(M1QN3LIB) $(PLAPACKLIB) $(MUMPSLIB) $(SUPERLULIB) $(SPOOLESLIB) $(SCALAPACKLIB) $(BLACSLIB) $(HYPRELIB) $(SPAILIB) $(PROMETHEUSLIB) $(PASTIXLIB) $(MLLIB) $(DAKOTALIB) $(METISLIB) $(CHACOLIB) $(SCOTCHLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MKLLIB) $(MPILIB)  $(MATHLIB) $(GRAPHICSLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(OSLIBS) $(GSLLIB) $(AMPILIB) $(ADOLCLIB) $(MPILIB) $(METEOIOLIB) $(SNOWPACKLIB) $(PROJ4LIB)
    913617
    914618if FORTRAN
    … …  
    916620endif
    917621
    918 issm_SOURCES = main/issm.h main/globals.h main/issm.cpp
    919 issm_CXXFLAGS= -fPIC $(CXXFLAGS) $(CXXOPTFLAGS) $(COPTFLAGS)
     622issm_SOURCES = main/issm.cpp
     623issm_CXXFLAGS= -fPIC
    920624
    921625if KRIGING
    922626bin_PROGRAMS += kriging
    923 kriging_SOURCES = main/issm.h main/globals.h main/kriging.cpp
     627kriging_SOURCES = main/kriging.cpp
    924628kriging_CXXFLAGS= -fPIC $(CXXFLAGS) $(CXXOPTFLAGS) $(COPTFLAGS)
    925629endif
    … …  
    927631#Automatic differentiation (must be done at the end) {{{
    928632if ADIC2
    929 lib_LIBRARIES += libAD.a libISSMRose.a
     633lib_LTLIBRARIES += libAD.la libISSMRose.la
    930634
    931635#ADIC2 library, for automatic differentiation
    932636#libAD_a_SOURCES = ./mini1.ad.c
    933 libAD_a_SOURCES =
    934 libAD_a_CFLAGS = -fPIC -D_C_ $(COPTFLAGS)
     637libAD_la_SOURCES =
     638libAD_la_CFLAGS = -fPIC -D_C_ $(COPTFLAGS)
    935639
    936640#test rose preprocessing
    937641%.r2cpp.cpp : %.cpp
    938642        testTranslator -rose:o $@ -rose:skipfinalCompileStep -DHAVE_CONFIG_H -D_C_ -I. -I../.. $(INCLUDES) $<
    939 libISSMRose_a_SOURCES = $(libISSMCore_a_SOURCES:.cpp=.r2cpp.cpp)
    940 libISSMRose_a_CXXFLAGS= -fPIC -D_C_ $(CXXOPTFLAGS)
     643libISSMRose_la_SOURCES = $(libISSMCore_a_SOURCES:.cpp=.r2cpp.cpp)
     644libISSMRose_la_CXXFLAGS= -fPIC -D_C_ $(CXXOPTFLAGS)
    941645
    942646#Automatic differentiation rules:
    … …  
    950654issmRose_exe_CXXFLAGS= -fPIC $(CXXOPTFLAGS) $(COPTFLAGS)
    951655LDADD +=  $(ADIC2LIB)
    952 
    953656endif #}}}

  • issm/trunk/src/c/analyses/AdjointBalancethickness2Analysis.cpp

    r18301 r19105  
    66
    77/*Model processor*/
     8void AdjointBalancethickness2Analysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     9        _error_("not implemented yet");
     10}/*}}}*/
     11void AdjointBalancethickness2Analysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
     12        _error_("not implemented yet");
     13}/*}}}*/
     14void AdjointBalancethickness2Analysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     15        _error_("not implemented yet");
     16}/*}}}*/
    817int  AdjointBalancethickness2Analysis::DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation){/*{{{*/
    918        return 1;
    1019}/*}}}*/
     20void AdjointBalancethickness2Analysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
     21        _error_("not implemented yet");
     22}/*}}}*/
    1123void AdjointBalancethickness2Analysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    12         _error_("not implemented yet");
    13 }/*}}}*/
    14 void AdjointBalancethickness2Analysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
    15         _error_("not implemented yet");
    16 }/*}}}*/
    17 void AdjointBalancethickness2Analysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    18         _error_("not implemented yet");
    19 }/*}}}*/
    20 void AdjointBalancethickness2Analysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    21         _error_("not implemented yet");
    22 }/*}}}*/
    23 void AdjointBalancethickness2Analysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
    2424        _error_("not implemented yet");
    2525}/*}}}*/
    … …  
    4848        /*Intermediaries */
    4949        int         num_responses,i;
    50         IssmDouble  hobs,hu2,weight,Jdet;
    51         IssmDouble  NUMxH2,NUMyH2,DENH2;
    52         IssmDouble  NUMxUbar,NUMyUbar,DENUbar;
    53         IssmDouble  vxobs,vyobs,vxobsbar,vyobsbar,vbarobs2,vbarobs;
    54         IssmDouble  nux,nuy,phi,dphi[2];
     50        IssmDouble  vx,vy,vel,Jdet;
     51        IssmDouble  surface,surfaceobs,weight;
    5552        int        *responses = NULL;
    5653        IssmDouble *xyz_list  = NULL;
    … …  
    6865        element->FindParam(&num_responses,InversionNumCostFunctionsEnum);
    6966        element->FindParam(&responses,NULL,InversionCostFunctionsEnum);
    70         Input* thicknessobs_input = element->GetInput(InversionThicknessObsEnum);              _assert_(thicknessobs_input);
     67        Input* surface_input      = element->GetInput(SurfaceEnum);                          _assert_(surface_input);
     68        Input* surfaceobs_input   = element->GetInput(InversionSurfaceObsEnum);              _assert_(surfaceobs_input);
    7169        Input* weights_input      = element->GetInput(InversionCostFunctionsCoefficientsEnum); _assert_(weights_input);
    72         Input* potential_input = element->GetInput(PotentialEnum);             _assert_(potential_input);
    73         Input* vxobs_input     = element->GetInput(BalancethicknessVxObsEnum); _assert_(vxobs_input);
    74         Input* vyobs_input     = element->GetInput(BalancethicknessVyObsEnum); _assert_(vyobs_input);
    75         Input* nux_input       = element->GetInput(BalancethicknessNuxEnum);   _assert_(nux_input);
    76         Input* nuy_input       = element->GetInput(BalancethicknessNuyEnum);   _assert_(nuy_input);
     70        Input* vx_input           = element->GetInput(VxEnum);                                 _assert_(vx_input);
     71        Input* vy_input           = element->GetInput(VyEnum);                                 _assert_(vy_input);
    7772
    7873        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    … …  
    8580                element->NodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,gauss);
    8681
    87                 vxobs_input->GetInputValue(&vxobs,gauss);
    88                 vyobs_input->GetInputValue(&vyobs,gauss);
    89                 nux_input->GetInputValue(&nux,gauss);
    90                 nuy_input->GetInputValue(&nuy,gauss);
    91                 potential_input->GetInputValue(&phi,gauss);
    92                 potential_input->GetInputDerivativeValue(&dphi[0],xyz_list,gauss);
    93                 thicknessobs_input->GetInputValue(&hobs,gauss);
    94 
    95                 vxobsbar = nux*vxobs;
    96                 vyobsbar = nuy*vyobs;
    97 
    98                 vbarobs2 = (nux*nux*vxobs*vxobs + nuy*nuy*vyobs*vyobs);
    99                 vbarobs  = sqrt(vbarobs2);
    100                 hu2 = hobs*hobs*vbarobs2;
    101 
    102                 /*H^2 - Hobs^2*/
    103                 NUMxH2 = 2.*dbasis[0]*dphi[0]*(dphi[0]*dphi[0] + dphi[1]*dphi[1] - hu2);
    104                 NUMyH2 = 2.*dbasis[1]*dphi[1]*(dphi[0]*dphi[0] + dphi[1]*dphi[1] - hu2);
    105                 DENH2 = vbarobs2*vbarobs2+1.e-14;
    106 
    107                 /*Ubar-Ubar_obs*/
    108                 NUMxUbar = (vyobsbar*dphi[0]*dphi[1] - vxobsbar*dphi[1]*dphi[1])*vbarobs*dbasis[0];
    109                 NUMyUbar = (vyobsbar*dphi[0]*dphi[0] - vxobsbar*dphi[0]*dphi[1])*vbarobs*dbasis[1];
    110                 DENUbar  = pow(dphi[0]*dphi[0] + dphi[1]*dphi[1],3./2.)+1.e-14;
     82                surface_input->GetInputValue(&surface, gauss);
     83                surfaceobs_input->GetInputValue(&surfaceobs, gauss);
    11184
    11285                /*Loop over all requested responses*/
    … …  
    11588
    11689                        switch(responses[resp]){
    117                                 case Balancethickness2MisfitEnum:
    118                                         /*J = (H^2 - Hobs^2)^2*/
    119                                         //for(i=0;i<numnodes;i++) pe->values[i]+=(NUMxH2+NUMyH2)/DENH2 *weight*Jdet*gauss->weight; NOT WORKING
    120                                         /*J = phi^2*/
    121                                         //for(i=0;i<numnodes;i++) pe->values[i]+= phi*basis[i]*weight*Jdet*gauss->weight; OK
    122                                         /*J = (ubar - nux*uobs)^2*/
    123                                         for(i=0;i<numnodes;i++) pe->values[i]+=(NUMxUbar-NUMyUbar)/DENUbar *weight*Jdet*gauss->weight;
     90                                case SurfaceAbsMisfitEnum:
     91                                        for(i=0;i<numnodes;i++) pe->values[i]+=(surfaceobs-surface)*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
    12492                                        break;
    12593                                default:
    … …  
    136104        delete gauss;
    137105        return pe;
    138 }/*}}}*/
    139 void AdjointBalancethickness2Analysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
    140         _error_("not implemented yet");
    141 }/*}}}*/
    142 void AdjointBalancethickness2Analysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
     106
     107}/*}}}*/
     108void           AdjointBalancethickness2Analysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
     109        _error_("not implemented yet");
     110}/*}}}*/
     111void           AdjointBalancethickness2Analysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
    143112        /*The gradient of the cost function is calculated in 2 parts.
    144113         *
    … …  
    158127        element->FindParam(&responses,NULL,InversionCostFunctionsEnum);
    159128
    160         /*Check that control_type is supported*/
    161         if(control_type!=BalancethicknessApparentMassbalanceEnum){
    162                 _error_("Control "<<EnumToStringx(control_type)<<" not supported");
    163         }
    164 
    165129        /*Deal with first part (partial derivative a J with respect to k)*/
    166130        for(resp=0;resp<num_responses;resp++) switch(responses[resp]){
    167                 case Balancethickness2MisfitEnum: /*Nothing, \partial J/\partial k = 0*/ break;
     131                case SurfaceAbsMisfitEnum:
     132                        /*Nothing, \partial J/\partial k = 0*/
     133                        break;
    168134                default: _error_("response " << EnumToStringx(responses[resp]) << " not supported yet");
    169135        }
    … …  
    171137        /*Deal with second term*/
    172138        switch(control_type){
    173                 case BalancethicknessApparentMassbalanceEnum: GradientJAdot(element,gradient,control_index); break;
     139                case BalancethicknessOmegaEnum:           GradientJOmega(element,gradient,control_index); break;
     140                case BalancethicknessThickeningRateEnum:  GradientJdHdt( element,gradient,control_index); break;
    174141                default: _error_("control type not supported yet: " << EnumToStringx(control_type));
    175142        }
    … …  
    179146
    180147}/*}}}*/
    181 void AdjointBalancethickness2Analysis::GradientJAdot(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
     148void           AdjointBalancethickness2Analysis::GradientJdHdt(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
    182149
    183150        /*Intermediaries*/
    184         IssmDouble Jdet,weight;
    185         IssmDouble lambda;
     151        IssmDouble lambda,Jdet;
    186152        IssmDouble *xyz_list= NULL;
    187153
    … …  
    197163        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    198164        element->GradientIndexing(&vertexpidlist[0],control_index);
    199         Input* adjoint_input = element->GetInput(AdjointEnum);                            _assert_(adjoint_input);
    200         Input* weights_input = element->GetInput(InversionCostFunctionsCoefficientsEnum); _assert_(weights_input);
     165        Input* adjoint_input = element->GetInput(AdjointEnum);            _assert_(adjoint_input);
    201166
    202167        Gauss* gauss=element->NewGauss(2);
    … …  
    206171                element->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
    207172                element->NodalFunctionsP1(basis,gauss);
    208                 weights_input->GetInputValue(&weight,gauss,Balancethickness2MisfitEnum);
     173
    209174                adjoint_input->GetInputValue(&lambda,gauss);
    210175
    211176                /*Build gradient vector (actually -dJ/da): */
    212177                for(int i=0;i<numvertices;i++){
    213                         ge[i]+= - weight*Jdet*gauss->weight*basis[i]*lambda;
     178                        ge[i]+= -Jdet*gauss->weight*basis[i]*lambda;
    214179                        _assert_(!xIsNan<IssmDouble>(ge[i]));
    215180                }
    … …  
    224189        delete gauss;
    225190}/*}}}*/
    226 void AdjointBalancethickness2Analysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     191void           AdjointBalancethickness2Analysis::GradientJOmega(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
     192
     193        /*Intermediaries*/
     194        IssmDouble dlambda[2],ds[2],D0,omega,Jdet;
     195        IssmDouble *xyz_list= NULL;
     196
     197        /*Fetch number of vertices for this finite element*/
     198        int numvertices = element->GetNumberOfVertices();
     199
     200        /*Initialize some vectors*/
     201        IssmDouble* basis         = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     202        IssmDouble* ge            = xNewZeroInit<IssmDouble>(numvertices);
     203        int*        vertexpidlist = xNew<int>(numvertices);
     204
     205        /*Retrieve all inputs we will be needing: */
     206        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     207        element->GradientIndexing(&vertexpidlist[0],control_index);
     208        Input* adjoint_input = element->GetInput(AdjointEnum);            _assert_(adjoint_input);
     209        Input* s_input       = element->GetInput(SurfaceEnum);            _assert_(s_input);
     210        Input* D0_input      = element->GetInput(BalancethicknessD0Enum); _assert_(D0_input);
     211        Input* omega_input   = element->GetInput(BalancethicknessOmegaEnum); _assert_(omega_input);
     212
     213        Gauss* gauss=element->NewGauss(2);
     214        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     215                gauss->GaussPoint(ig);
     216
     217                element->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
     218                element->NodalFunctionsP1(basis,gauss);
     219
     220                D0_input->GetInputValue(&D0,gauss);
     221                omega_input->GetInputValue(&omega,gauss);
     222                adjoint_input->GetInputDerivativeValue(&dlambda[0],xyz_list,gauss);
     223                s_input->GetInputDerivativeValue(&ds[0],xyz_list,gauss);
     224
     225                /*Build gradient vector (actually -dJ/da): */
     226                for(int i=0;i<numvertices;i++){
     227                        ge[i]+= -Jdet*gauss->weight*basis[i]*exp(omega)*D0*(ds[0]*dlambda[0] + ds[1]*dlambda[1]);
     228                        _assert_(!xIsNan<IssmDouble>(ge[i]));
     229                }
     230        }
     231        gradient->SetValues(numvertices,vertexpidlist,ge,ADD_VAL);
     232
     233        /*Clean up and return*/
     234        xDelete<IssmDouble>(ge);
     235        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     236        xDelete<IssmDouble>(basis);
     237        xDelete<int>(vertexpidlist);
     238        delete gauss;
     239}/*}}}*/
     240void           AdjointBalancethickness2Analysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    227241        element->InputUpdateFromSolutionOneDof(solution,AdjointEnum);
    228242}/*}}}*/
    229 void AdjointBalancethickness2Analysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     243void           AdjointBalancethickness2Analysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    230244        /*Default, do nothing*/
    231245        return;

  • issm/trunk/src/c/analyses/AdjointBalancethickness2Analysis.h

    r18301 r19105  
    1313        public:
    1414                /*Model processing*/
    15                 int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
    16                 void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    17                 void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
    18                 void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
    1915                void CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel);
    2016                void CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel);
     17                void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
     18                int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
     19                void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
     20                void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    2121
    2222                /*Finite element Analysis*/
    … …  
    2626                ElementMatrix* CreateKMatrix(Element* element);
    2727                ElementVector* CreatePVector(Element* element);
    28                 void GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
    29                 void GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
    30                 void GradientJAdot(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
    31                 void InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
    32                 void UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
     28                void           GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
     29                void           GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
     30                void           GradientJdHdt(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
     31                void           GradientJOmega(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
     32                void           InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
     33                void           UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    3334};
    3435#endif

  • issm/trunk/src/c/analyses/AdjointBalancethicknessAnalysis.cpp

    r18301 r19105  
    66
    77/*Model processor*/
     8void AdjointBalancethicknessAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     9        _error_("not implemented yet");
     10}/*}}}*/
     11void AdjointBalancethicknessAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
     12        _error_("not implemented yet");
     13}/*}}}*/
     14void AdjointBalancethicknessAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     15        _error_("not implemented yet");
     16}/*}}}*/
    817int  AdjointBalancethicknessAnalysis::DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation){/*{{{*/
    918        return 1;
    1019}/*}}}*/
     20void AdjointBalancethicknessAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
     21        _error_("not implemented yet");
     22}/*}}}*/
    1123void AdjointBalancethicknessAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    12         _error_("not implemented yet");
    13 }/*}}}*/
    14 void AdjointBalancethicknessAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
    15         _error_("not implemented yet");
    16 }/*}}}*/
    17 void AdjointBalancethicknessAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    18         _error_("not implemented yet");
    19 }/*}}}*/
    20 void AdjointBalancethicknessAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    21         _error_("not implemented yet");
    22 }/*}}}*/
    23 void AdjointBalancethicknessAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
    2424        _error_("not implemented yet");
    2525}/*}}}*/
    … …  
    147147        return pe;
    148148}/*}}}*/
    149 void AdjointBalancethicknessAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
    150         _error_("not implemented yet");
    151 }/*}}}*/
    152 void AdjointBalancethicknessAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
     149void           AdjointBalancethicknessAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
     150        _error_("not implemented yet");
     151}/*}}}*/
     152void           AdjointBalancethicknessAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
    153153        /*The gradient of the cost function is calculated in 2 parts.
    154154         *
    … …  
    196196
    197197}/*}}}*/
    198 void AdjointBalancethicknessAnalysis::GradientJVx(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
    199 
    200         /*Intermediaries*/
    201         IssmDouble Jdet,weight;
    202         IssmDouble thickness,Dlambda[3],dp[3];
    203         IssmDouble *xyz_list= NULL;
    204 
    205         /*Fetch number of vertices for this finite element*/
    206         int numvertices = element->GetNumberOfVertices();
    207 
    208         /*Initialize some vectors*/
    209         IssmDouble* basis         = xNew<IssmDouble>(numvertices);
    210         IssmDouble* ge            = xNewZeroInit<IssmDouble>(numvertices);
    211         int*        vertexpidlist = xNew<int>(numvertices);
    212 
    213         /*Retrieve all inputs we will be needing: */
    214         element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    215         element->GradientIndexing(&vertexpidlist[0],control_index);
    216         Input* thickness_input = element->GetInput(ThicknessEnum); _assert_(thickness_input);
    217         Input* adjoint_input   = element->GetInput(AdjointEnum);   _assert_(adjoint_input);
    218 
    219         /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    220         Gauss* gauss=element->NewGauss(4);
    221         for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    222                 gauss->GaussPoint(ig);
    223 
    224                 adjoint_input->GetInputDerivativeValue(&Dlambda[0],xyz_list,gauss);
    225                 thickness_input->GetInputValue(&thickness, gauss);
    226                 thickness_input->GetInputDerivativeValue(&dp[0],xyz_list,gauss);
    227 
    228                 element->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
    229                 element->NodalFunctionsP1(basis,gauss);
    230 
    231                 /*Build gradient vector (actually -dJ/dD): */
    232                 for(int i=0;i<numvertices;i++){
    233                         ge[i]+=thickness*Dlambda[0]*Jdet*gauss->weight*basis[i];
    234                         _assert_(!xIsNan<IssmDouble>(ge[i]));
    235                 }
    236         }
    237         gradient->SetValues(numvertices,vertexpidlist,ge,ADD_VAL);
    238 
    239         /*Clean up and return*/
    240         xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
    241         xDelete<IssmDouble>(basis);
    242         xDelete<IssmDouble>(ge);
    243         xDelete<int>(vertexpidlist);
    244         delete gauss;
    245 }/*}}}*/
    246 void AdjointBalancethicknessAnalysis::GradientJVy(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
    247 
    248         /*Intermediaries*/
    249         IssmDouble Jdet,weight;
    250         IssmDouble thickness,Dlambda[3],dp[3];
    251         IssmDouble *xyz_list= NULL;
    252 
    253         /*Fetch number of vertices for this finite element*/
    254         int numvertices = element->GetNumberOfVertices();
    255 
    256         /*Initialize some vectors*/
    257         IssmDouble* basis         = xNew<IssmDouble>(numvertices);
    258         IssmDouble* ge            = xNewZeroInit<IssmDouble>(numvertices);
    259         int*        vertexpidlist = xNew<int>(numvertices);
    260 
    261         /*Retrieve all inputs we will be needing: */
    262         element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    263         element->GradientIndexing(&vertexpidlist[0],control_index);
    264         Input* thickness_input = element->GetInput(ThicknessEnum); _assert_(thickness_input);
    265         Input* adjoint_input   = element->GetInput(AdjointEnum);   _assert_(adjoint_input);
    266 
    267         /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    268         Gauss* gauss=element->NewGauss(4);
    269         for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    270                 gauss->GaussPoint(ig);
    271 
    272                 adjoint_input->GetInputDerivativeValue(&Dlambda[0],xyz_list,gauss);
    273                 thickness_input->GetInputValue(&thickness, gauss);
    274                 thickness_input->GetInputDerivativeValue(&dp[0],xyz_list,gauss);
    275 
    276                 element->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
    277                 element->NodalFunctionsP1(basis,gauss);
    278 
    279                 /*Build gradient vector (actually -dJ/dvy): */
    280                 for(int i=0;i<numvertices;i++){
    281                         ge[i]+=thickness*Dlambda[1]*Jdet*gauss->weight*basis[i];
    282                         _assert_(!xIsNan<IssmDouble>(ge[i]));
    283                 }
    284         }
    285         gradient->SetValues(numvertices,vertexpidlist,ge,ADD_VAL);
    286 
    287         /*Clean up and return*/
    288         xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
    289         xDelete<IssmDouble>(basis);
    290         xDelete<IssmDouble>(ge);
    291         xDelete<int>(vertexpidlist);
    292         delete gauss;
    293 }/*}}}*/
    294 void AdjointBalancethicknessAnalysis::GradientJDhDt(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
     198void           AdjointBalancethicknessAnalysis::GradientJDhDt(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
    295199
    296200        /*Fetch number of vertices for this finite element*/
    … …  
    316220        xDelete<int>(vertexpidlist);
    317221}/*}}}*/
    318 void AdjointBalancethicknessAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     222void           AdjointBalancethicknessAnalysis::GradientJVx(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
     223
     224        /*Intermediaries*/
     225        IssmDouble thickness,Jdet,Dlambda[3],dp[3];
     226        IssmDouble *xyz_list= NULL;
     227
     228        /*Fetch number of vertices for this finite element*/
     229        int numvertices = element->GetNumberOfVertices();
     230
     231        /*Initialize some vectors*/
     232        IssmDouble* basis         = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     233        IssmDouble* ge            = xNewZeroInit<IssmDouble>(numvertices);
     234        int*        vertexpidlist = xNew<int>(numvertices);
     235
     236        /*Retrieve all inputs we will be needing: */
     237        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     238        element->GradientIndexing(&vertexpidlist[0],control_index);
     239        Input* thickness_input = element->GetInput(ThicknessEnum); _assert_(thickness_input);
     240        Input* adjoint_input   = element->GetInput(AdjointEnum);   _assert_(adjoint_input);
     241
     242        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     243        Gauss* gauss=element->NewGauss(4);
     244        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     245                gauss->GaussPoint(ig);
     246
     247                adjoint_input->GetInputDerivativeValue(&Dlambda[0],xyz_list,gauss);
     248                thickness_input->GetInputValue(&thickness, gauss);
     249                thickness_input->GetInputDerivativeValue(&dp[0],xyz_list,gauss);
     250
     251                element->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
     252                element->NodalFunctionsP1(basis,gauss);
     253
     254                /*Build gradient vector (actually -dJ/dD): */
     255                for(int i=0;i<numvertices;i++){
     256                        ge[i]+=thickness*Dlambda[0]*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     257                        _assert_(!xIsNan<IssmDouble>(ge[i]));
     258                }
     259        }
     260        gradient->SetValues(numvertices,vertexpidlist,ge,ADD_VAL);
     261
     262        /*Clean up and return*/
     263        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     264        xDelete<IssmDouble>(basis);
     265        xDelete<IssmDouble>(ge);
     266        xDelete<int>(vertexpidlist);
     267        delete gauss;
     268}/*}}}*/
     269void           AdjointBalancethicknessAnalysis::GradientJVy(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
     270
     271        /*Intermediaries*/
     272        IssmDouble thickness,Jdet,Dlambda[3],dp[3];
     273        IssmDouble *xyz_list= NULL;
     274
     275        /*Fetch number of vertices for this finite element*/
     276        int numvertices = element->GetNumberOfVertices();
     277
     278        /*Initialize some vectors*/
     279        IssmDouble* basis         = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     280        IssmDouble* ge            = xNewZeroInit<IssmDouble>(numvertices);
     281        int*        vertexpidlist = xNew<int>(numvertices);
     282
     283        /*Retrieve all inputs we will be needing: */
     284        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     285        element->GradientIndexing(&vertexpidlist[0],control_index);
     286        Input* thickness_input = element->GetInput(ThicknessEnum); _assert_(thickness_input);
     287        Input* adjoint_input   = element->GetInput(AdjointEnum);   _assert_(adjoint_input);
     288
     289        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     290        Gauss* gauss=element->NewGauss(4);
     291        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     292                gauss->GaussPoint(ig);
     293
     294                adjoint_input->GetInputDerivativeValue(&Dlambda[0],xyz_list,gauss);
     295                thickness_input->GetInputValue(&thickness, gauss);
     296                thickness_input->GetInputDerivativeValue(&dp[0],xyz_list,gauss);
     297
     298                element->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
     299                element->NodalFunctionsP1(basis,gauss);
     300
     301                /*Build gradient vector (actually -dJ/dvy): */
     302                for(int i=0;i<numvertices;i++){
     303                        ge[i]+=thickness*Dlambda[1]*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     304                        _assert_(!xIsNan<IssmDouble>(ge[i]));
     305                }
     306        }
     307        gradient->SetValues(numvertices,vertexpidlist,ge,ADD_VAL);
     308
     309        /*Clean up and return*/
     310        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     311        xDelete<IssmDouble>(basis);
     312        xDelete<IssmDouble>(ge);
     313        xDelete<int>(vertexpidlist);
     314        delete gauss;
     315}/*}}}*/
     316void           AdjointBalancethicknessAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    319317
    320318        int domaintype;
    … …  
    330328        }
    331329}/*}}}*/
    332 void AdjointBalancethicknessAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     330void           AdjointBalancethicknessAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    333331        /*Default, do nothing*/
    334332        return;

  • issm/trunk/src/c/analyses/AdjointBalancethicknessAnalysis.h

    r18301 r19105  
    1313        public:
    1414                /*Model processing*/
    15                 int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
    16                 void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    17                 void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
    18                 void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
    1915                void CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel);
    2016                void CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel);
     17                void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
     18                int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
     19                void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
     20                void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    2121
    2222                /*Finite element Analysis*/
    … …  
    2626                ElementMatrix* CreateKMatrix(Element* element);
    2727                ElementVector* CreatePVector(Element* element);
    28                 void GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
    29                 void GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
    30                 void GradientJVx(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
    31                 void GradientJVy(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
    32                 void GradientJDhDt(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
    33                 void InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
    34                 void UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
     28                void           GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
     29                void           GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
     30                void           GradientJDhDt(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
     31                void           GradientJVx(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
     32                void           GradientJVy(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
     33                void           InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
     34                void           UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    3535};
    3636#endif

  • issm/trunk/src/c/analyses/AdjointHorizAnalysis.cpp

    r18301 r19105  
    66
    77/*Model processing*/
     8void AdjointHorizAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     9           _error_("not implemented yet");
     10}/*}}}*/
     11void AdjointHorizAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
     12           _error_("not implemented yet");
     13}/*}}}*/
     14void AdjointHorizAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     15           _error_("not implemented yet");
     16}/*}}}*/
    817int  AdjointHorizAnalysis::DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation){/*{{{*/
    918        _error_("not implemented");
    1019}/*}}}*/
     20void AdjointHorizAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
     21           _error_("not implemented yet");
     22}/*}}}*/
    1123void AdjointHorizAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    1224           _error_("not implemented yet");
    1325}/*}}}*/
    14 void AdjointHorizAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
    15            _error_("not implemented yet");
    16 }/*}}}*/
    17 void AdjointHorizAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    18            _error_("not implemented yet");
    19 }/*}}}*/
    20 void AdjointHorizAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    21            _error_("not implemented yet");
    22 }/*}}}*/
    23 void AdjointHorizAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
    24            _error_("not implemented yet");
    25 }/*}}}*/
    2626
    2727/*Finite Element Analysis*/
    28 void           AdjointHorizAnalysis::Core(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     28void AdjointHorizAnalysis::Core(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    2929        _error_("not implemented");
    3030}/*}}}*/
    … …  
    4242                case SSAApproximationEnum:
    4343                        return CreateKMatrixSSA(element);
     44                case L1L2ApproximationEnum:
     45                        return CreateKMatrixL1L2(element);
    4446                case HOApproximationEnum:
    4547                        return CreateKMatrixHO(element);
    … …  
    5254        }
    5355}/*}}}*/
     56ElementMatrix* AdjointHorizAnalysis::CreateKMatrixFS(Element* element){/*{{{*/
     57
     58        /*Intermediaries */
     59        bool        incomplete_adjoint;
     60        int         dim,epssize;
     61        IssmDouble  Jdet,mu_prime;
     62        IssmDouble  eps1dotdphii,eps1dotdphij,eps2dotdphii,eps2dotdphij,eps3dotdphii,eps3dotdphij;
     63        IssmDouble  eps1[3],eps2[3],eps3[3],epsilon[5];/* epsilon=[exx,eyy,exy,exz,eyz];*/
     64        IssmDouble *xyz_list = NULL;
     65
     66        /*Get problem dimension*/
     67        element->FindParam(&dim,DomainDimensionEnum);
     68        if(dim==2) epssize = 3;
     69        else       epssize = 6;
     70
     71        /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
     72        int vnumnodes = element->NumberofNodesVelocity();
     73        int pnumnodes = element->NumberofNodesPressure();
     74        int numdof    = vnumnodes*dim + pnumnodes;
     75
     76        /*Initialize Jacobian with regular FS (first part of the Gateau derivative)*/
     77        element->FindParam(&incomplete_adjoint,InversionIncompleteAdjointEnum);
     78        StressbalanceAnalysis* analysis = new StressbalanceAnalysis();
     79        ElementMatrix* Ke=analysis->CreateKMatrix(element);
     80        delete analysis;
     81        if(incomplete_adjoint) return Ke;
     82
     83        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     84        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     85        Input* vx_input = element->GetInput(VxEnum);_assert_(vx_input);
     86        Input* vy_input = element->GetInput(VyEnum);_assert_(vy_input);
     87        Input* vz_input = NULL;
     88        if(dim==3){
     89                vz_input = element->GetInput(VzEnum);
     90        }
     91        else{
     92                _error_("Not implemented yet");
     93        }
     94
     95        /*Allocate dbasis*/
     96        IssmDouble* dbasis = xNew<IssmDouble>(dim*vnumnodes);
     97
     98        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     99        Gauss* gauss=element->NewGauss(5);
     100        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     101                gauss->GaussPoint(ig);
     102
     103                element->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
     104                element->NodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,gauss);
     105
     106                element->StrainRateHO(&epsilon[0],xyz_list,gauss,vx_input,vy_input);
     107                element->ViscosityFSDerivativeEpsSquare(&mu_prime,&epsilon[0]);
     108                eps1[0]=epsilon[0];   eps2[0]=epsilon[2];   eps3[0]=epsilon[3];
     109                eps1[1]=epsilon[2];   eps2[1]=epsilon[1];   eps3[1]=epsilon[4];
     110                eps1[2]=epsilon[3];   eps2[2]=epsilon[4];   eps3[2]= -epsilon[0] -epsilon[1];
     111
     112                for(int i=0;i<vnumnodes;i++){
     113                        for(int j=0;j<vnumnodes;j++){
     114                                eps1dotdphii=eps1[0]*dbasis[0*vnumnodes+i]+eps1[1]*dbasis[1*vnumnodes+i]+eps1[2]*dbasis[2*vnumnodes+i];
     115                                eps1dotdphij=eps1[0]*dbasis[0*vnumnodes+j]+eps1[1]*dbasis[1*vnumnodes+j]+eps1[2]*dbasis[2*vnumnodes+j];
     116                                eps2dotdphii=eps2[0]*dbasis[0*vnumnodes+i]+eps2[1]*dbasis[1*vnumnodes+i]+eps2[2]*dbasis[2*vnumnodes+i];
     117                                eps2dotdphij=eps2[0]*dbasis[0*vnumnodes+j]+eps2[1]*dbasis[1*vnumnodes+j]+eps2[2]*dbasis[2*vnumnodes+j];
     118                                eps3dotdphii=eps3[0]*dbasis[0*vnumnodes+i]+eps3[1]*dbasis[1*vnumnodes+i]+eps3[2]*dbasis[2*vnumnodes+i];
     119                                eps3dotdphij=eps3[0]*dbasis[0*vnumnodes+j]+eps3[1]*dbasis[1*vnumnodes+j]+eps3[2]*dbasis[2*vnumnodes+j];
     120
     121                                Ke->values[numdof*(4*i+0)+4*j+0]+=gauss->weight*Jdet*2*mu_prime*eps1dotdphij*eps1dotdphii;
     122                                Ke->values[numdof*(4*i+0)+4*j+1]+=gauss->weight*Jdet*2*mu_prime*eps2dotdphij*eps1dotdphii;
     123                                Ke->values[numdof*(4*i+0)+4*j+2]+=gauss->weight*Jdet*2*mu_prime*eps3dotdphij*eps1dotdphii;
     124
     125                                Ke->values[numdof*(4*i+1)+4*j+0]+=gauss->weight*Jdet*2*mu_prime*eps1dotdphij*eps2dotdphii;
     126                                Ke->values[numdof*(4*i+1)+4*j+1]+=gauss->weight*Jdet*2*mu_prime*eps2dotdphij*eps2dotdphii;
     127                                Ke->values[numdof*(4*i+1)+4*j+2]+=gauss->weight*Jdet*2*mu_prime*eps3dotdphij*eps2dotdphii;
     128
     129                                Ke->values[numdof*(4*i+2)+4*j+0]+=gauss->weight*Jdet*2*mu_prime*eps1dotdphij*eps3dotdphii;
     130                                Ke->values[numdof*(4*i+2)+4*j+1]+=gauss->weight*Jdet*2*mu_prime*eps2dotdphij*eps3dotdphii;
     131                                Ke->values[numdof*(4*i+2)+4*j+2]+=gauss->weight*Jdet*2*mu_prime*eps3dotdphij*eps3dotdphii;
     132                        }
     133                }
     134        }
     135
     136        /*Transform Coordinate System*/
     137        element->TransformStiffnessMatrixCoord(Ke,XYZEnum);
     138
     139        /*Clean up and return*/
     140        delete gauss;
     141        xDelete<IssmDouble>(dbasis);
     142        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     143        return Ke;
     144}/*}}}*/
     145ElementMatrix* AdjointHorizAnalysis::CreateKMatrixHO(Element* element){/*{{{*/
     146
     147        /*Intermediaries */
     148        bool        incomplete_adjoint;
     149        IssmDouble  Jdet,mu_prime;
     150        IssmDouble  eps1dotdphii,eps1dotdphij,eps2dotdphii,eps2dotdphij;
     151        IssmDouble  eps1[3],eps2[3],epsilon[5];/* epsilon=[exx,eyy,exy,exz,eyz];*/
     152        IssmDouble *xyz_list = NULL;
     153
     154        /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
     155        int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
     156
     157        /*Initialize Jacobian with regular HO (first part of the Gateau derivative)*/
     158        element->FindParam(&incomplete_adjoint,InversionIncompleteAdjointEnum);
     159        StressbalanceAnalysis* analysis = new StressbalanceAnalysis();
     160        ElementMatrix* Ke=analysis->CreateKMatrix(element);
     161        delete analysis;
     162        if(incomplete_adjoint) return Ke;
     163
     164        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     165        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     166        Input* vx_input = element->GetInput(VxEnum); _assert_(vx_input);
     167        Input* vy_input = element->GetInput(VyEnum); _assert_(vy_input);
     168
     169        /*Allocate dbasis*/
     170        IssmDouble* dbasis = xNew<IssmDouble>(3*numnodes);
     171
     172        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     173        Gauss* gauss=element->NewGauss(5);
     174        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     175                gauss->GaussPoint(ig);
     176
     177                element->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
     178                element->NodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,gauss);
     179
     180                element->StrainRateHO(&epsilon[0],xyz_list,gauss,vx_input,vy_input);
     181                element->ViscosityHODerivativeEpsSquare(&mu_prime,&epsilon[0]);
     182                eps1[0]=2.*epsilon[0]+epsilon[1];   eps2[0]=epsilon[2];
     183                eps1[1]=epsilon[2];                 eps2[1]=epsilon[0]+2.*epsilon[1];
     184                eps1[2]=epsilon[3];                 eps2[2]=epsilon[4];
     185
     186                for(int i=0;i<numnodes;i++){
     187                        for(int j=0;j<numnodes;j++){
     188                                eps1dotdphii=eps1[0]*dbasis[0*numnodes+i]+eps1[1]*dbasis[1*numnodes+i]+eps1[2]*dbasis[2*numnodes+i];
     189                                eps1dotdphij=eps1[0]*dbasis[0*numnodes+j]+eps1[1]*dbasis[1*numnodes+j]+eps1[2]*dbasis[2*numnodes+j];
     190                                eps2dotdphii=eps2[0]*dbasis[0*numnodes+i]+eps2[1]*dbasis[1*numnodes+i]+eps2[2]*dbasis[2*numnodes+i];
     191                                eps2dotdphij=eps2[0]*dbasis[0*numnodes+j]+eps2[1]*dbasis[1*numnodes+j]+eps2[2]*dbasis[2*numnodes+j];
     192
     193                                Ke->values[2*numnodes*(2*i+0)+2*j+0]+=gauss->weight*Jdet*2*mu_prime*eps1dotdphij*eps1dotdphii;
     194                                Ke->values[2*numnodes*(2*i+0)+2*j+1]+=gauss->weight*Jdet*2*mu_prime*eps2dotdphij*eps1dotdphii;
     195                                Ke->values[2*numnodes*(2*i+1)+2*j+0]+=gauss->weight*Jdet*2*mu_prime*eps1dotdphij*eps2dotdphii;
     196                                Ke->values[2*numnodes*(2*i+1)+2*j+1]+=gauss->weight*Jdet*2*mu_prime*eps2dotdphij*eps2dotdphii;
     197                        }
     198                }
     199        }
     200
     201        /*Transform Coordinate System*/
     202        element->TransformStiffnessMatrixCoord(Ke,XYEnum);
     203
     204        /*Clean up and return*/
     205        delete gauss;
     206        xDelete<IssmDouble>(dbasis);
     207        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     208        return Ke;
     209}/*}}}*/
     210ElementMatrix* AdjointHorizAnalysis::CreateKMatrixL1L2(Element* element){/*{{{*/
     211
     212        /*Intermediaries*/
     213        bool incomplete_adjoint;
     214
     215        /*Initialize Jacobian with regular L1L2 (first part of the Gateau derivative)*/
     216        StressbalanceAnalysis* analysis = new StressbalanceAnalysis();
     217        ElementMatrix* Ke=analysis->CreateKMatrix(element);
     218        delete analysis;
     219
     220        /*return*/
     221        element->FindParam(&incomplete_adjoint,InversionIncompleteAdjointEnum);
     222        if(!incomplete_adjoint){
     223                _error_("Exact adjoint not supported yet for L1L2 model");
     224        }
     225        return Ke;
     226}/*}}}*/
    54227ElementMatrix* AdjointHorizAnalysis::CreateKMatrixSSA(Element* element){/*{{{*/
    55228
    … …  
    139312        return Ke;
    140313}/*}}}*/
    141 ElementMatrix* AdjointHorizAnalysis::CreateKMatrixHO(Element* element){/*{{{*/
    142 
    143         /*Intermediaries */
    144         bool        incomplete_adjoint;
    145         IssmDouble  Jdet,mu_prime;
    146         IssmDouble  eps1dotdphii,eps1dotdphij,eps2dotdphii,eps2dotdphij;
    147         IssmDouble  eps1[3],eps2[3],epsilon[5];/* epsilon=[exx,eyy,exy,exz,eyz];*/
    148         IssmDouble *xyz_list = NULL;
    149 
    150         /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
    151         int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
    152 
    153         /*Initialize Jacobian with regular HO (first part of the Gateau derivative)*/
    154         element->FindParam(&incomplete_adjoint,InversionIncompleteAdjointEnum);
    155         StressbalanceAnalysis* analysis = new StressbalanceAnalysis();
    156         ElementMatrix* Ke=analysis->CreateKMatrix(element);
    157         delete analysis;
    158         if(incomplete_adjoint) return Ke;
    159 
    160         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    161         element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    162         Input* vx_input = element->GetInput(VxEnum); _assert_(vx_input);
    163         Input* vy_input = element->GetInput(VyEnum); _assert_(vy_input);
    164 
    165         /*Allocate dbasis*/
    166         IssmDouble* dbasis = xNew<IssmDouble>(3*numnodes);
    167 
    168         /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    169         Gauss* gauss=element->NewGauss(5);
    170         for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    171                 gauss->GaussPoint(ig);
    172 
    173                 element->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
    174                 element->NodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,gauss);
    175 
    176                 element->StrainRateHO(&epsilon[0],xyz_list,gauss,vx_input,vy_input);
    177                 element->ViscosityHODerivativeEpsSquare(&mu_prime,&epsilon[0]);
    178                 eps1[0]=2.*epsilon[0]+epsilon[1];   eps2[0]=epsilon[2];
    179                 eps1[1]=epsilon[2];                 eps2[1]=epsilon[0]+2.*epsilon[1];
    180                 eps1[2]=epsilon[3];                 eps2[2]=epsilon[4];
    181 
    182                 for(int i=0;i<numnodes;i++){
    183                         for(int j=0;j<numnodes;j++){
    184                                 eps1dotdphii=eps1[0]*dbasis[0*numnodes+i]+eps1[1]*dbasis[1*numnodes+i]+eps1[2]*dbasis[2*numnodes+i];
    185                                 eps1dotdphij=eps1[0]*dbasis[0*numnodes+j]+eps1[1]*dbasis[1*numnodes+j]+eps1[2]*dbasis[2*numnodes+j];
    186                                 eps2dotdphii=eps2[0]*dbasis[0*numnodes+i]+eps2[1]*dbasis[1*numnodes+i]+eps2[2]*dbasis[2*numnodes+i];
    187                                 eps2dotdphij=eps2[0]*dbasis[0*numnodes+j]+eps2[1]*dbasis[1*numnodes+j]+eps2[2]*dbasis[2*numnodes+j];
    188 
    189                                 Ke->values[2*numnodes*(2*i+0)+2*j+0]+=gauss->weight*Jdet*2*mu_prime*eps1dotdphij*eps1dotdphii;
    190                                 Ke->values[2*numnodes*(2*i+0)+2*j+1]+=gauss->weight*Jdet*2*mu_prime*eps2dotdphij*eps1dotdphii;
    191                                 Ke->values[2*numnodes*(2*i+1)+2*j+0]+=gauss->weight*Jdet*2*mu_prime*eps1dotdphij*eps2dotdphii;
    192                                 Ke->values[2*numnodes*(2*i+1)+2*j+1]+=gauss->weight*Jdet*2*mu_prime*eps2dotdphij*eps2dotdphii;
    193                         }
    194                 }
    195         }
    196 
    197         /*Transform Coordinate System*/
    198         element->TransformStiffnessMatrixCoord(Ke,XYEnum);
    199 
    200         /*Clean up and return*/
    201         delete gauss;
    202         xDelete<IssmDouble>(dbasis);
    203         xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
    204         return Ke;
    205 }/*}}}*/
    206 ElementMatrix* AdjointHorizAnalysis::CreateKMatrixFS(Element* element){/*{{{*/
    207 
    208         /*Intermediaries */
    209         bool        incomplete_adjoint;
    210         int         dim,epssize;
    211         IssmDouble  Jdet,mu_prime;
    212         IssmDouble  eps1dotdphii,eps1dotdphij,eps2dotdphii,eps2dotdphij,eps3dotdphii,eps3dotdphij;
    213         IssmDouble  eps1[3],eps2[3],eps3[3],epsilon[5];/* epsilon=[exx,eyy,exy,exz,eyz];*/
    214         IssmDouble *xyz_list = NULL;
    215 
    216         /*Get problem dimension*/
    217         element->FindParam(&dim,DomainDimensionEnum);
    218         if(dim==2) epssize = 3;
    219         else       epssize = 6;
    220 
    221         /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
    222         int vnumnodes = element->NumberofNodesVelocity();
    223         int pnumnodes = element->NumberofNodesPressure();
    224         int numdof    = vnumnodes*dim + pnumnodes;
    225 
    226         /*Initialize Jacobian with regular FS (first part of the Gateau derivative)*/
    227         element->FindParam(&incomplete_adjoint,InversionIncompleteAdjointEnum);
    228         StressbalanceAnalysis* analysis = new StressbalanceAnalysis();
    229         ElementMatrix* Ke=analysis->CreateKMatrix(element);
    230         delete analysis;
    231         if(incomplete_adjoint) return Ke;
    232 
    233         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    234         element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    235         Input* vx_input = element->GetInput(VxEnum);_assert_(vx_input);
    236         Input* vy_input = element->GetInput(VyEnum);_assert_(vy_input);
    237         Input* vz_input = NULL;
    238         if(dim==3){
    239                 vz_input = element->GetInput(VzEnum);
    240         }
    241         else{
    242                 _error_("Not implemented yet");
    243         }
    244 
    245         /*Allocate dbasis*/
    246         IssmDouble* dbasis = xNew<IssmDouble>(dim*vnumnodes);
    247 
    248         /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    249         Gauss* gauss=element->NewGauss(5);
    250         for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    251                 gauss->GaussPoint(ig);
    252 
    253                 element->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
    254                 element->NodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,gauss);
    255 
    256                 element->StrainRateHO(&epsilon[0],xyz_list,gauss,vx_input,vy_input);
    257                 element->ViscosityFSDerivativeEpsSquare(&mu_prime,&epsilon[0]);
    258                 eps1[0]=epsilon[0];   eps2[0]=epsilon[2];   eps3[0]=epsilon[3];
    259                 eps1[1]=epsilon[2];   eps2[1]=epsilon[1];   eps3[1]=epsilon[4];
    260                 eps1[2]=epsilon[3];   eps2[2]=epsilon[4];   eps3[2]= -epsilon[0] -epsilon[1];
    261 
    262                 for(int i=0;i<vnumnodes;i++){
    263                         for(int j=0;j<vnumnodes;j++){
    264                                 eps1dotdphii=eps1[0]*dbasis[0*vnumnodes+i]+eps1[1]*dbasis[1*vnumnodes+i]+eps1[2]*dbasis[2*vnumnodes+i];
    265                                 eps1dotdphij=eps1[0]*dbasis[0*vnumnodes+j]+eps1[1]*dbasis[1*vnumnodes+j]+eps1[2]*dbasis[2*vnumnodes+j];
    266                                 eps2dotdphii=eps2[0]*dbasis[0*vnumnodes+i]+eps2[1]*dbasis[1*vnumnodes+i]+eps2[2]*dbasis[2*vnumnodes+i];
    267                                 eps2dotdphij=eps2[0]*dbasis[0*vnumnodes+j]+eps2[1]*dbasis[1*vnumnodes+j]+eps2[2]*dbasis[2*vnumnodes+j];
    268                                 eps3dotdphii=eps3[0]*dbasis[0*vnumnodes+i]+eps3[1]*dbasis[1*vnumnodes+i]+eps3[2]*dbasis[2*vnumnodes+i];
    269                                 eps3dotdphij=eps3[0]*dbasis[0*vnumnodes+j]+eps3[1]*dbasis[1*vnumnodes+j]+eps3[2]*dbasis[2*vnumnodes+j];
    270 
    271                                 Ke->values[numdof*(4*i+0)+4*j+0]+=gauss->weight*Jdet*2*mu_prime*eps1dotdphij*eps1dotdphii;
    272                                 Ke->values[numdof*(4*i+0)+4*j+1]+=gauss->weight*Jdet*2*mu_prime*eps2dotdphij*eps1dotdphii;
    273                                 Ke->values[numdof*(4*i+0)+4*j+2]+=gauss->weight*Jdet*2*mu_prime*eps3dotdphij*eps1dotdphii;
    274 
    275                                 Ke->values[numdof*(4*i+1)+4*j+0]+=gauss->weight*Jdet*2*mu_prime*eps1dotdphij*eps2dotdphii;
    276                                 Ke->values[numdof*(4*i+1)+4*j+1]+=gauss->weight*Jdet*2*mu_prime*eps2dotdphij*eps2dotdphii;
    277                                 Ke->values[numdof*(4*i+1)+4*j+2]+=gauss->weight*Jdet*2*mu_prime*eps3dotdphij*eps2dotdphii;
    278 
    279                                 Ke->values[numdof*(4*i+2)+4*j+0]+=gauss->weight*Jdet*2*mu_prime*eps1dotdphij*eps3dotdphii;
    280                                 Ke->values[numdof*(4*i+2)+4*j+1]+=gauss->weight*Jdet*2*mu_prime*eps2dotdphij*eps3dotdphii;
    281                                 Ke->values[numdof*(4*i+2)+4*j+2]+=gauss->weight*Jdet*2*mu_prime*eps3dotdphij*eps3dotdphii;
    282                         }
    283                 }
    284         }
    285 
    286         /*Transform Coordinate System*/
    287         element->TransformStiffnessMatrixCoord(Ke,XYZEnum);
    288 
    289         /*Clean up and return*/
    290         delete gauss;
    291         xDelete<IssmDouble>(dbasis);
    292         xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
    293         return Ke;
    294 }/*}}}*/
    295314ElementVector* AdjointHorizAnalysis::CreatePVector(Element* element){/*{{{*/
    296315
    … …  
    300319                case SSAApproximationEnum:
    301320                        return CreatePVectorSSA(element);
     321                case L1L2ApproximationEnum:
     322                        return CreatePVectorL1L2(element);
    302323                case HOApproximationEnum:
    303324                        return CreatePVectorHO(element);
    … …  
    316337
    317338        /*Intermediaries */
    318         int        num_responses,i,dim;
     339        int        num_responses,i,domaintype;
    319340        IssmDouble Jdet,obs_velocity_mag,velocity_mag;
    320341        IssmDouble vx,vy,vxobs,vyobs,dux,duy,weight;
    … …  
    323344        IssmDouble *xyz_list_top = NULL;
    324345
    325         /*Get problem dimension*/
    326         element->FindParam(&dim,DomainDimensionEnum);
     346        /* Get domaintype*/
     347        element->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
    327348
    328349        /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
    … …  
    332353        /*Prepare coordinate system list*/
    333354        int* cs_list = xNew<int>(vnumnodes+pnumnodes);
    334         if(dim==2) for(i=0;i<vnumnodes;i++) cs_list[i] = XYEnum;
     355        if(domaintype==Domain2DverticalEnum) for(i=0;i<vnumnodes;i++) cs_list[i] = XYEnum;
    335356        else       for(i=0;i<vnumnodes;i++) cs_list[i] = XYZEnum;
    336357        for(i=0;i<pnumnodes;i++) cs_list[vnumnodes+i] = PressureEnum;
    … …  
    346367        Input* weights_input = element->GetInput(InversionCostFunctionsCoefficientsEnum); _assert_(weights_input);
    347368        Input* vx_input      = element->GetInput(VxEnum);                                 _assert_(vx_input);
    348         Input* vy_input      = element->GetInput(VyEnum);                                 _assert_(vy_input);
    349369        Input* vxobs_input   = element->GetInput(InversionVxObsEnum);                     _assert_(vxobs_input);
    350         Input* vyobs_input   = element->GetInput(InversionVyObsEnum);                     _assert_(vyobs_input);
     370        Input* vy_input    = NULL;
     371        Input* vyobs_input = NULL;
     372        if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     373                vy_input      = element->GetInput(VyEnum);                                 _assert_(vy_input);
     374                vyobs_input   = element->GetInput(InversionVyObsEnum);                     _assert_(vyobs_input);
     375        }
    351376        IssmDouble epsvel  = 2.220446049250313e-16;
    352377        IssmDouble meanvel = 3.170979198376458e-05; /*1000 m/yr*/
    … …  
    368393
    369394                vx_input->GetInputValue(&vx,gauss);
    370                 vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
    371395                vxobs_input->GetInputValue(&vxobs,gauss);
    372                 vyobs_input->GetInputValue(&vyobs,gauss);
     396                if(domaintype!=Domain2DverticalEnum) {
     397                        vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
     398                        vyobs_input->GetInputValue(&vyobs,gauss);
     399                }
    373400
    374401                /*Loop over all requested responses*/
    … …  
    388415                                         */
    389416                                        for(i=0;i<vnumnodes;i++){
    390                                                 dux=vxobs-vx;
    391                                                 pe->values[i*dim+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*vbasis[i];
    392                                                 if(dim==3){
     417                                                if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     418                                                        dux=vxobs-vx;
     419                                                        pe->values[i*3+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*vbasis[i];
    393420                                                        duy=vyobs-vy;
    394                                                         pe->values[i*dim+1]+=duy*weight*Jdet*gauss->weight*vbasis[i];
     421                                                        pe->values[i*3+1]+=duy*weight*Jdet*gauss->weight*vbasis[i];
     422                                                }
     423                                                else{
     424                                                        dux=vxobs-vx;
     425                                                        pe->values[i*2+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*vbasis[i];
    395426                                                }
    396427                                        }
    … …  
    409440                                         */
    410441                                        for(i=0;i<vnumnodes;i++){
    411                                                 scalex=pow(meanvel/(vxobs+epsvel),2); if(vxobs==0)scalex=0;
    412                                                 scaley=pow(meanvel/(vyobs+epsvel),2); if(vyobs==0)scaley=0;
    413                                                 dux=scalex*(vxobs-vx);
    414                                                 duy=scaley*(vyobs-vy);
    415                                                 pe->values[i*dim+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*vbasis[i];
    416                                                 pe->values[i*dim+1]+=duy*weight*Jdet*gauss->weight*vbasis[i];
     442                                                if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     443                                                        scalex=pow(meanvel/(vxobs+epsvel),2); if(vxobs==0)scalex=0;
     444                                                        scaley=pow(meanvel/(vyobs+epsvel),2); if(vyobs==0)scaley=0;
     445                                                        dux=scalex*(vxobs-vx);
     446                                                        duy=scaley*(vyobs-vy);
     447                                                        pe->values[i*3+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*vbasis[i];
     448                                                        pe->values[i*3+1]+=duy*weight*Jdet*gauss->weight*vbasis[i];
     449                                                }
     450                                                else{
     451                                                        scalex=pow(meanvel/(vxobs+epsvel),2); if(vxobs==0)scalex=0;
     452                                                        dux=scalex*(vxobs-vx);
     453                                                        pe->values[i*2+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*vbasis[i];
     454                                                        pe->values[i*2+1]+=duy*weight*Jdet*gauss->weight*vbasis[i];
     455                                                }
    417456                                        }
    418457                                        break;
    … …  
    430469                                         */
    431470                                        for(i=0;i<vnumnodes;i++){
    432                                                 if(dim==3){
     471                                                if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
    433472                                                        velocity_mag    =sqrt(vx*vx+vy*vy)+epsvel;
    434473                                                        obs_velocity_mag=sqrt(vxobs*vxobs+vyobs*vyobs)+epsvel;
    … …  
    436475                                                        dux=scale*vx;
    437476                                                        duy=scale*vy;
    438                                                         pe->values[i*dim+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*vbasis[i];
    439                                                         pe->values[i*dim+1]+=duy*weight*Jdet*gauss->weight*vbasis[i];
     477                                                        pe->values[i*3+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*vbasis[i];
     478                                                        pe->values[i*3+1]+=duy*weight*Jdet*gauss->weight*vbasis[i];
    440479                                                }
    441480                                                else{
    … …  
    444483                                                        scale=-8.*meanvel*meanvel/(velocity_mag*velocity_mag)*log(velocity_mag/obs_velocity_mag);
    445484                                                        dux=scale*vx;
    446                                                         pe->values[i*dim+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*vbasis[i];
     485                                                        pe->values[i*2+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*vbasis[i];
    447486                                                }
    448487                                        }
    … …  
    459498                                         */
    460499                                        for(i=0;i<vnumnodes;i++){
    461                                                 scale=1./(S*2*sqrt(pow(vx-vxobs,2)+pow(vy-vyobs,2))+epsvel);
    462                                                 dux=scale*(vxobs-vx);
    463                                                 duy=scale*(vyobs-vy);
    464                                                 pe->values[i*dim+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*vbasis[i];
    465                                                 pe->values[i*dim+1]+=duy*weight*Jdet*gauss->weight*vbasis[i];
     500                                                if (domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     501                                                        scale=1./(S*2*sqrt(pow(vx-vxobs,2)+pow(vy-vyobs,2))+epsvel);
     502                                                        dux=scale*(vxobs-vx);
     503                                                        duy=scale*(vyobs-vy);
     504                                                        pe->values[i*3+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*vbasis[i];
     505                                                        pe->values[i*3+1]+=duy*weight*Jdet*gauss->weight*vbasis[i];
     506                                                }
     507                                                else{
     508                                                        scale=1./(S*2*fabs(vx-vxobs)+epsvel);
     509                                                        dux=scale*(vxobs-vx);
     510                                                        pe->values[i*2+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*vbasis[i];
     511                                                }
    466512                                        }
    467513                                        break;
    … …  
    477523                                         */
    478524                                        for(i=0;i<vnumnodes;i++){
    479                                                 dux = - meanvel*meanvel * log((fabs(vx)+epsvel)/(fabs(vxobs)+epsvel)) / (vx+epsvel);
    480                                                 duy = - meanvel*meanvel * log((fabs(vy)+epsvel)/(fabs(vyobs)+epsvel)) / (vy+epsvel);
    481                                                 pe->values[i*dim+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*vbasis[i];
    482                                                 pe->values[i*dim+1]+=duy*weight*Jdet*gauss->weight*vbasis[i];
     525                                                if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     526                                                        dux = - meanvel*meanvel * log((fabs(vx)+epsvel)/(fabs(vxobs)+epsvel)) / (vx+epsvel);
     527                                                        duy = - meanvel*meanvel * log((fabs(vy)+epsvel)/(fabs(vyobs)+epsvel)) / (vy+epsvel);
     528                                                        pe->values[i*3+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*vbasis[i];
     529                                                        pe->values[i*3+1]+=duy*weight*Jdet*gauss->weight*vbasis[i];
     530                                                }
     531                                                else{
     532                                                        dux = - meanvel*meanvel * log((fabs(vx)+epsvel)/(fabs(vxobs)+epsvel)) / (vx+epsvel);
     533                                                        pe->values[i*2+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*vbasis[i];
     534                                                }
    483535                                        }
    484536                                        break;
    … …  
    515567        return pe;
    516568}/*}}}*/
     569ElementVector* AdjointHorizAnalysis::CreatePVectorL1L2(Element* element){/*{{{*/
     570
     571        /*Same as SSA*/
     572        return this->CreatePVectorSSA(element);
     573}/*}}}*/
    517574ElementVector* AdjointHorizAnalysis::CreatePVectorHO(Element* element){/*{{{*/
    518575
    … …  
    521578
    522579        /*Intermediaries */
    523         int        num_responses,i;
     580        int        num_responses,i,domaintype;
    524581        IssmDouble Jdet,obs_velocity_mag,velocity_mag;
    525582        IssmDouble vx,vy,vxobs,vyobs,dux,duy,weight;
    … …  
    527584        int        *responses    = NULL;
    528585        IssmDouble *xyz_list_top = NULL;
     586
     587        /* Get domaintype*/
     588        element->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
    529589
    530590        /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
    … …  
    541601        Input* weights_input = element->GetInput(InversionCostFunctionsCoefficientsEnum); _assert_(weights_input);
    542602        Input* vx_input      = element->GetInput(VxEnum);                                 _assert_(vx_input);
    543         Input* vy_input      = element->GetInput(VyEnum);                                 _assert_(vy_input);
    544603        Input* vxobs_input   = element->GetInput(InversionVxObsEnum);                     _assert_(vxobs_input);
    545         Input* vyobs_input   = element->GetInput(InversionVyObsEnum);                     _assert_(vyobs_input);
     604        Input* vy_input=NULL;
     605        Input* vyobs_input=NULL;
     606        if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     607                vy_input      = element->GetInput(VyEnum);                                 _assert_(vy_input);
     608                vyobs_input   = element->GetInput(InversionVyObsEnum);                     _assert_(vyobs_input);
     609        }
    546610        IssmDouble epsvel  = 2.220446049250313e-16;
    547611        IssmDouble meanvel = 3.170979198376458e-05; /*1000 m/yr*/
    … …  
    563627
    564628                vx_input->GetInputValue(&vx,gauss);
    565                 vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
    566629                vxobs_input->GetInputValue(&vxobs,gauss);
    567                 vyobs_input->GetInputValue(&vyobs,gauss);
    568 
     630                if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     631                        vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
     632                        vyobs_input->GetInputValue(&vyobs,gauss);
     633                }
    569634                /*Loop over all requested responses*/
    570635                for(int resp=0;resp<num_responses;resp++){
    … …  
    583648                                         */
    584649                                        for(i=0;i<numnodes;i++){
    585                                                 dux=vxobs-vx;
    586                                                 duy=vyobs-vy;
    587                                                 pe->values[i*2+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
    588                                                 pe->values[i*2+1]+=duy*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     650                                                if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     651                                                        dux=vxobs-vx;
     652                                                        duy=vyobs-vy;
     653                                                        pe->values[i*2+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     654                                                        pe->values[i*2+1]+=duy*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     655                                                }
     656                                                else{
     657                                                        dux=vxobs-vx;
     658                                                        pe->values[i]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     659                                                }
    589660                                        }
    590661                                        break;
    … …  
    602673                                         */
    603674                                        for(i=0;i<numnodes;i++){
    604                                                 scalex=pow(meanvel/(vxobs+epsvel),2); if(vxobs==0)scalex=0;
    605                                                 scaley=pow(meanvel/(vyobs+epsvel),2); if(vyobs==0)scaley=0;
    606                                                 dux=scalex*(vxobs-vx);
    607                                                 duy=scaley*(vyobs-vy);
    608                                                 pe->values[i*2+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
    609                                                 pe->values[i*2+1]+=duy*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     675                                                if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     676                                                        scalex=pow(meanvel/(vxobs+epsvel),2); if(vxobs==0)scalex=0;
     677                                                        scaley=pow(meanvel/(vyobs+epsvel),2); if(vyobs==0)scaley=0;
     678                                                        dux=scalex*(vxobs-vx);
     679                                                        duy=scaley*(vyobs-vy);
     680                                                        pe->values[i*2+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     681                                                        pe->values[i*2+1]+=duy*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     682                                                }
     683                                                else{
     684                                                        scalex=pow(meanvel/(vxobs+epsvel),2); if(vxobs==0)scalex=0;
     685                                                        dux=scalex*(vxobs-vx);
     686                                                        pe->values[i]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     687                                                }
    610688                                        }
    611689                                        break;
    … …  
    623701                                         */
    624702                                        for(i=0;i<numnodes;i++){
    625                                                 velocity_mag    =sqrt(pow(vx,   2)+pow(vy,   2))+epsvel;
    626                                                 obs_velocity_mag=sqrt(pow(vxobs,2)+pow(vyobs,2))+epsvel;
    627                                                 scale=-8*pow(meanvel,2)/pow(velocity_mag,2)*log(velocity_mag/obs_velocity_mag);
    628                                                 dux=scale*vx;
    629                                                 duy=scale*vy;
    630                                                 pe->values[i*2+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
    631                                                 pe->values[i*2+1]+=duy*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     703                                                if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     704                                                        velocity_mag    =sqrt(pow(vx,   2)+pow(vy,   2))+epsvel;
     705                                                        obs_velocity_mag=sqrt(pow(vxobs,2)+pow(vyobs,2))+epsvel;
     706                                                        scale=-8*pow(meanvel,2)/pow(velocity_mag,2)*log(velocity_mag/obs_velocity_mag);
     707                                                        dux=scale*vx;
     708                                                        duy=scale*vy;
     709                                                        pe->values[i*2+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     710                                                        pe->values[i*2+1]+=duy*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     711                                                }
     712                                                else{
     713                                                        velocity_mag    =fabs(vx)+epsvel;
     714                                                        obs_velocity_mag=fabs(vxobs)+epsvel;
     715                                                        scale=-8*pow(meanvel,2)/pow(velocity_mag,2)*log(velocity_mag/obs_velocity_mag);
     716                                                        dux=scale*vx;
     717                                                        pe->values[i]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     718                                                }
    632719                                        }
    633720                                        break;
    … …  
    643730                                         */
    644731                                        for(i=0;i<numnodes;i++){
    645                                                 scale=1./(S*2*sqrt(pow(vx-vxobs,2)+pow(vy-vyobs,2))+epsvel);
    646                                                 dux=scale*(vxobs-vx);
    647                                                 duy=scale*(vyobs-vy);
    648                                                 pe->values[i*2+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
    649                                                 pe->values[i*2+1]+=duy*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     732                                                if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     733                                                        scale=1./(S*2*sqrt(pow(vx-vxobs,2)+pow(vy-vyobs,2))+epsvel);
     734                                                        dux=scale*(vxobs-vx);
     735                                                        duy=scale*(vyobs-vy);
     736                                                        pe->values[i*2+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     737                                                        pe->values[i*2+1]+=duy*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     738                                                }
     739                                                else{
     740                                                        scale=1./(S*2*fabs(vx-vxobs)+epsvel);
     741                                                        dux=scale*(vxobs-vx);
     742                                                        pe->values[i]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     743                                                }
    650744                                        }
    651745                                        break;
    … …  
    661755                                         */
    662756                                        for(i=0;i<numnodes;i++){
    663                                                 dux = - meanvel*meanvel * log((fabs(vx)+epsvel)/(fabs(vxobs)+epsvel)) / (vx+epsvel);
    664                                                 duy = - meanvel*meanvel * log((fabs(vy)+epsvel)/(fabs(vyobs)+epsvel)) / (vy+epsvel);
    665                                                 pe->values[i*2+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
    666                                                 pe->values[i*2+1]+=duy*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     757                                                if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     758                                                        dux = - meanvel*meanvel * log((fabs(vx)+epsvel)/(fabs(vxobs)+epsvel)) / (vx+epsvel);
     759                                                        duy = - meanvel*meanvel * log((fabs(vy)+epsvel)/(fabs(vyobs)+epsvel)) / (vy+epsvel);
     760                                                        pe->values[i*2+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     761                                                        pe->values[i*2+1]+=duy*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     762                                                }
     763                                                else{
     764                                                        dux = - meanvel*meanvel * log((fabs(vx)+epsvel)/(fabs(vxobs)+epsvel)) / (vx+epsvel);
     765                                                        pe->values[i]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     766                                                }
    667767                                        }
    668768                                        break;
    … …  
    680780                                        break;
    681781                                case RheologyBbarAbsGradientEnum:
     782                                        /*Nothing in P vector*/
     783                                        break;
     784                                case RheologyBAbsGradientEnum:
    682785                                        /*Nothing in P vector*/
    683786                                        break;
    … …  
    689792
    690793        /*Transform coordinate system*/
    691         element->TransformLoadVectorCoord(pe,XYEnum);
     794        if(domaintype!=Domain2DverticalEnum) element->TransformLoadVectorCoord(pe,XYEnum);
    692795
    693796        /*Clean up and return*/
    … …  
    710813                case Domain2DhorizontalEnum:
    711814                        basalelement = element;
     815                        break;
     816                case Domain2DverticalEnum:
     817                        if(!element->IsOnBase()) return NULL;
     818                        basalelement = element->SpawnBasalElement();
    712819                        break;
    713820                case Domain3DEnum:
    … …  
    739846        Input* weights_input = basalelement->GetInput(InversionCostFunctionsCoefficientsEnum); _assert_(weights_input);
    740847        Input* vx_input      = basalelement->GetInput(VxEnum);                                 _assert_(vx_input);
    741         Input* vy_input      = basalelement->GetInput(VyEnum);                                 _assert_(vy_input);
    742848        Input* vxobs_input   = basalelement->GetInput(InversionVxObsEnum);                     _assert_(vxobs_input);
    743         Input* vyobs_input   = basalelement->GetInput(InversionVyObsEnum);                     _assert_(vyobs_input);
     849        Input* vy_input=NULL;
     850        Input* vyobs_input=NULL;
     851        if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     852                vy_input      = basalelement->GetInput(VyEnum);                                 _assert_(vy_input);
     853                vyobs_input   = basalelement->GetInput(InversionVyObsEnum);                     _assert_(vyobs_input);
     854        }
    744855        IssmDouble epsvel  = 2.220446049250313e-16;
    745856        IssmDouble meanvel = 3.170979198376458e-05; /*1000 m/yr*/
    … …  
    761872
    762873                vx_input->GetInputValue(&vx,gauss);
    763                 vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
    764874                vxobs_input->GetInputValue(&vxobs,gauss);
    765                 vyobs_input->GetInputValue(&vyobs,gauss);
    766 
     875                if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     876                        vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
     877                        vyobs_input->GetInputValue(&vyobs,gauss);
     878                }
    767879                /*Loop over all requested responses*/
    768880                for(int resp=0;resp<num_responses;resp++){
    … …  
    781893                                         */
    782894                                        for(i=0;i<numnodes;i++){
    783                                                 dux=vxobs-vx;
    784                                                 duy=vyobs-vy;
    785                                                 pe->values[i*2+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
    786                                                 pe->values[i*2+1]+=duy*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     895                                                if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     896                                                        dux=vxobs-vx;
     897                                                        duy=vyobs-vy;
     898                                                        pe->values[i*2+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     899                                                        pe->values[i*2+1]+=duy*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     900                                                }
     901                                                else {
     902                                                        dux=vxobs-vx;
     903                                                        pe->values[i]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     904                                                }
    787905                                        }
    788906                                        break;
    … …  
    800918                                         */
    801919                                        for(i=0;i<numnodes;i++){
    802                                                 scalex=pow(meanvel/(vxobs+epsvel),2); if(vxobs==0)scalex=0;
    803                                                 scaley=pow(meanvel/(vyobs+epsvel),2); if(vyobs==0)scaley=0;
    804                                                 dux=scalex*(vxobs-vx);
    805                                                 duy=scaley*(vyobs-vy);
    806                                                 pe->values[i*2+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
    807                                                 pe->values[i*2+1]+=duy*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     920                                                if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     921                                                        scalex=pow(meanvel/(vxobs+epsvel),2); if(vxobs==0)scalex=0;
     922                                                        scaley=pow(meanvel/(vyobs+epsvel),2); if(vyobs==0)scaley=0;
     923                                                        dux=scalex*(vxobs-vx);
     924                                                        duy=scaley*(vyobs-vy);
     925                                                        pe->values[i*2+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     926                                                        pe->values[i*2+1]+=duy*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     927                                                }
     928                                                else{
     929                                                        scalex=pow(meanvel/(vxobs+epsvel),2); if(vxobs==0)scalex=0;
     930                                                        dux=scalex*(vxobs-vx);
     931                                                        pe->values[i]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     932                                                }
    808933                                        }
    809934                                        break;
    … …  
    821946                                         */
    822947                                        for(i=0;i<numnodes;i++){
    823                                                 velocity_mag    =sqrt(pow(vx,   2)+pow(vy,   2))+epsvel;
    824                                                 obs_velocity_mag=sqrt(pow(vxobs,2)+pow(vyobs,2))+epsvel;
    825                                                 scale=-8*pow(meanvel,2)/pow(velocity_mag,2)*log(velocity_mag/obs_velocity_mag);
    826                                                 dux=scale*vx;
    827                                                 duy=scale*vy;
    828                                                 pe->values[i*2+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
    829                                                 pe->values[i*2+1]+=duy*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     948                                                if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     949                                                        velocity_mag    =sqrt(pow(vx,   2)+pow(vy,   2))+epsvel;
     950                                                        obs_velocity_mag=sqrt(pow(vxobs,2)+pow(vyobs,2))+epsvel;
     951                                                        scale=-8*pow(meanvel,2)/pow(velocity_mag,2)*log(velocity_mag/obs_velocity_mag);
     952                                                        dux=scale*vx;
     953                                                        duy=scale*vy;
     954                                                        pe->values[i*2+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     955                                                        pe->values[i*2+1]+=duy*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     956                                                }
     957                                                else{
     958                                                        velocity_mag    =fabs(vx)+epsvel;
     959                                                        obs_velocity_mag=fabs(vxobs)+epsvel;
     960                                                        scale=-8*pow(meanvel,2)/pow(velocity_mag,2)*log(velocity_mag/obs_velocity_mag);
     961                                                        dux=scale*vx;
     962                                                        pe->values[i]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     963                                                }
    830964                                        }
    831965                                        break;
    … …  
    841975                                         */
    842976                                        for(i=0;i<numnodes;i++){
    843                                                 scale=1./(S*2*sqrt(pow(vx-vxobs,2)+pow(vy-vyobs,2))+epsvel);
    844                                                 dux=scale*(vxobs-vx);
    845                                                 duy=scale*(vyobs-vy);
    846                                                 pe->values[i*2+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
    847                                                 pe->values[i*2+1]+=duy*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     977                                                if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     978                                                        scale=1./(S*2*sqrt(pow(vx-vxobs,2)+pow(vy-vyobs,2))+epsvel);
     979                                                        dux=scale*(vxobs-vx);
     980                                                        duy=scale*(vyobs-vy);
     981                                                        pe->values[i*2+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     982                                                        pe->values[i*2+1]+=duy*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     983                                                }
     984                                                else{
     985                                                        scale=1./(S*2*fabs(vx-vxobs)+epsvel);
     986                                                        dux=scale*(vxobs-vx);
     987                                                        pe->values[i]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     988                                                }
    848989                                        }
    849990                                        break;
    … …  
    8591000                                         */
    8601001                                        for(i=0;i<numnodes;i++){
    861                                                 dux = - meanvel*meanvel * log((fabs(vx)+epsvel)/(fabs(vxobs)+epsvel)) / (vx+epsvel);
    862                                                 duy = - meanvel*meanvel * log((fabs(vy)+epsvel)/(fabs(vyobs)+epsvel)) / (vy+epsvel);
    863                                                 pe->values[i*2+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
    864                                                 pe->values[i*2+1]+=duy*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     1002                                                if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     1003                                                        dux = - meanvel*meanvel * log((fabs(vx)+epsvel)/(fabs(vxobs)+epsvel)) / (vx+epsvel);
     1004                                                        duy = - meanvel*meanvel * log((fabs(vy)+epsvel)/(fabs(vyobs)+epsvel)) / (vy+epsvel);
     1005                                                        pe->values[i*2+0]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     1006                                                        pe->values[i*2+1]+=duy*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     1007                                                }
     1008                                                else{
     1009                                                        dux = - meanvel*meanvel * log((fabs(vx)+epsvel)/(fabs(vxobs)+epsvel)) / (vx+epsvel);
     1010                                                        pe->values[i]+=dux*weight*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     1011                                                }
    8651012                                        }
    8661013                                        break;
    … …  
    8781025                                        break;
    8791026                                case RheologyBbarAbsGradientEnum:
     1027                                        /*Nothing in P vector*/
     1028                                        break;
     1029                                case RheologyBAbsGradientEnum:
    8801030                                        /*Nothing in P vector*/
    8811031                                        break;
    … …  
    8871037
    8881038        /*Transform coordinate system*/
    889         basalelement->TransformLoadVectorCoord(pe,XYEnum);
     1039        if(domaintype!=Domain2DverticalEnum)    basalelement->TransformLoadVectorCoord(pe,XYEnum);
    8901040
    8911041        /*Clean up and return*/
    … …  
    8971047        return pe;
    8981048}/*}}}*/
    899 void AdjointHorizAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
     1049void           AdjointHorizAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
    9001050           _error_("not implemented yet");
    9011051}/*}}}*/
    902 void AdjointHorizAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
     1052void           AdjointHorizAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
    9031053        /*The gradient of the cost function is calculated in 2 parts.
    9041054         *
    … …  
    9241074        /*Check that control_type is supported*/
    9251075        if(control_type!=MaterialsRheologyBbarEnum &&
    926                 control_type!=FrictionCoefficientEnum   &&
    927                 control_type!=DamageDbarEnum){
     1076                control_type!=FrictionCoefficientEnum   &&
     1077                control_type!=FrictionAsEnum   &&
     1078                control_type!=DamageDbarEnum            &&
     1079                control_type!=MaterialsRheologyBEnum){
    9281080                _error_("Control "<<EnumToStringx(control_type)<<" not supported");
    9291081        }
    … …  
    9371089                case SurfaceAverageVelMisfitEnum: /*Nothing, \partial J/\partial k = 0*/ break;
    9381090                case DragCoefficientAbsGradientEnum: GradientJDragGradient(element,gradient,control_index); break;
    939                 case RheologyBbarAbsGradientEnum:    GradientJBGradient(element,gradient,control_index);    break;
     1091                case RheologyBbarAbsGradientEnum:    GradientJBbarGradient(element,gradient,control_index); break;
     1092                case RheologyBAbsGradientEnum:       GradientJBGradient(element,gradient,control_index);    break;
    9401093                default: _error_("response " << EnumToStringx(responses[resp]) << " not supported yet");
    9411094        }
    … …  
    9461099                        switch(approximation){
    9471100                                case SSAApproximationEnum: GradientJDragSSA(element,gradient,control_index); break;
     1101                                case L1L2ApproximationEnum:GradientJDragL1L2(element,gradient,control_index); break;
    9481102                                case HOApproximationEnum:  GradientJDragHO( element,gradient,control_index); break;
    9491103                                case FSApproximationEnum:  GradientJDragFS( element,gradient,control_index); break;
    … …  
    9521106                        }
    9531107                        break;
     1108                case FrictionAsEnum:
     1109                        switch(approximation){
     1110                                case SSAApproximationEnum: GradientJDragHydroSSA(element,gradient,control_index); break;
     1111                                case L1L2ApproximationEnum:GradientJDragHydroL1L2(element,gradient,control_index); break;
     1112                                case HOApproximationEnum:  GradientJDragHydroHO( element,gradient,control_index); break;
     1113                                case FSApproximationEnum:  GradientJDragHydroFS( element,gradient,control_index); break;
     1114                                case NoneApproximationEnum: /*Gradient is 0*/                    break;
     1115                                default: _error_("approximation " << EnumToStringx(approximation) << " not supported yet");
     1116                        }
     1117                        break;
    9541118                case MaterialsRheologyBbarEnum:
    9551119                        switch(approximation){
    9561120                                case SSAApproximationEnum: GradientJBbarSSA(element,gradient,control_index); break;
     1121                                case L1L2ApproximationEnum:GradientJBbarL1L2(element,gradient,control_index); break;
    9571122                                case HOApproximationEnum:  GradientJBbarHO( element,gradient,control_index); break;
    9581123                                case FSApproximationEnum:  GradientJBbarFS( element,gradient,control_index); break;
     1124                                case NoneApproximationEnum: /*Gradient is 0*/                    break;
     1125                                default: _error_("approximation " << EnumToStringx(approximation) << " not supported yet");
     1126                        }
     1127                        break;
     1128                case MaterialsRheologyBEnum:
     1129                        switch(approximation){
     1130                                case SSAApproximationEnum: GradientJBSSA(element,gradient,control_index); break;
     1131                                case HOApproximationEnum:  GradientJBHO( element,gradient,control_index); break;
     1132                                case FSApproximationEnum:  GradientJBFS( element,gradient,control_index); break;
    9591133                                case NoneApproximationEnum: /*Gradient is 0*/                    break;
    9601134                                default: _error_("approximation " << EnumToStringx(approximation) << " not supported yet");
    … …  
    9751149                         
    9761150}/*}}}*/
    977 void AdjointHorizAnalysis::GradientJDragGradient(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
     1151void           AdjointHorizAnalysis::GradientJBbarFS(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
     1152        /*WARNING: We use SSA as an estimate for now*/
     1153        this->GradientJBbarSSA(element,gradient,control_index);
     1154}/*}}}*/
     1155void           AdjointHorizAnalysis::GradientJBbarGradient(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
     1156
     1157        /*Intermediaries*/
     1158        int      domaintype;
     1159        Element* basalelement;
     1160
     1161        /*Get basal element*/
     1162        element->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
     1163        switch(domaintype){
     1164                case Domain2DhorizontalEnum:
     1165                        basalelement = element;
     1166                        break;
     1167                case Domain2DverticalEnum:
     1168                        if(!element->IsOnBase()) return;
     1169                        basalelement = element->SpawnBasalElement();
     1170                        break;
     1171                case Domain3DEnum:
     1172                        if(!element->IsOnBase()) return;
     1173                        basalelement = element->SpawnBasalElement();
     1174                        break;
     1175                default: _error_("mesh "<<EnumToStringx(domaintype)<<" not supported yet");
     1176        }
     1177
     1178        /*Intermediaries*/
     1179        IssmDouble Jdet,weight;
     1180        IssmDouble dk[3];
     1181        IssmDouble *xyz_list= NULL;
     1182
     1183        /*Fetch number of vertices for this finite element*/
     1184        int numvertices = basalelement->GetNumberOfVertices();
     1185
     1186        /*Initialize some vectors*/
     1187        IssmDouble* dbasis        = xNew<IssmDouble>(2*numvertices);
     1188        IssmDouble* ge            = xNewZeroInit<IssmDouble>(numvertices);
     1189        int*        vertexpidlist = xNew<int>(numvertices);
     1190
     1191        /*Retrieve all inputs we will be needing: */
     1192        basalelement->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     1193        basalelement->GradientIndexing(&vertexpidlist[0],control_index);
     1194        Input* rheologyb_input = basalelement->GetInput(MaterialsRheologyBbarEnum);              _assert_(rheologyb_input);
     1195        Input* weights_input   = basalelement->GetInput(InversionCostFunctionsCoefficientsEnum); _assert_(weights_input);
     1196
     1197        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     1198        Gauss* gauss=basalelement->NewGauss(2);
     1199        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     1200                gauss->GaussPoint(ig);
     1201
     1202                basalelement->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
     1203                basalelement->NodalFunctionsP1Derivatives(dbasis,xyz_list,gauss);
     1204                weights_input->GetInputValue(&weight,gauss,RheologyBbarAbsGradientEnum);
     1205
     1206                /*Build alpha_complement_list: */
     1207                rheologyb_input->GetInputDerivativeValue(&dk[0],xyz_list,gauss);
     1208
     1209                /*Build gradje_g_gaussian vector (actually -dJ/ddrag): */
     1210                for(int i=0;i<numvertices;i++){
     1211                        if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     1212                                ge[i]+=-weight*Jdet*gauss->weight*(dbasis[0*numvertices+i]*dk[0]+dbasis[1*numvertices+i]*dk[1]);
     1213                        }
     1214                        else{
     1215                                ge[i]+=-weight*Jdet*gauss->weight*dbasis[0*numvertices+i]*dk[0];
     1216                        }
     1217                        _assert_(!xIsNan<IssmDouble>(ge[i]));
     1218                }
     1219        }
     1220        gradient->SetValues(numvertices,vertexpidlist,ge,ADD_VAL);
     1221
     1222        /*Clean up and return*/
     1223        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     1224        xDelete<IssmDouble>(dbasis);
     1225        xDelete<IssmDouble>(ge);
     1226        xDelete<int>(vertexpidlist);
     1227        delete gauss;
     1228        if(domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){basalelement->DeleteMaterials(); delete basalelement;};
     1229}/*}}}*/
     1230void           AdjointHorizAnalysis::GradientJBbarL1L2(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
     1231
     1232           /*Same as SSA*/
     1233           return this->GradientJBbarSSA(element,gradient,control_index);
     1234}/*}}}*/
     1235void           AdjointHorizAnalysis::GradientJBbarHO(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
     1236
     1237        /*WARNING: We use SSA as an estimate for now*/
     1238        this->GradientJBbarSSA(element,gradient,control_index);
     1239}/*}}}*/
     1240void           AdjointHorizAnalysis::GradientJBbarSSA(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
     1241
     1242        /*Intermediaries*/
     1243        int      domaintype,dim;
     1244        Element* basalelement;
     1245
     1246        /*Get basal element*/
     1247        element->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
     1248        switch(domaintype){
     1249                case Domain2DhorizontalEnum:
     1250                        basalelement = element;
     1251                        dim          = 2;
     1252                        break;
     1253                case Domain2DverticalEnum:
     1254                        if(!element->IsOnBase()) return;
     1255                        basalelement = element->SpawnBasalElement();
     1256                        dim          = 1;
     1257                        break;
     1258                case Domain3DEnum:
     1259                        if(!element->IsOnBase()) return;
     1260                        basalelement = element->SpawnBasalElement();
     1261                        dim          = 2;
     1262                        break;
     1263                default: _error_("mesh "<<EnumToStringx(domaintype)<<" not supported yet");
     1264        }
     1265
     1266        /*Intermediaries*/
     1267        IssmDouble Jdet,weight;
     1268        IssmDouble thickness,dmudB;
     1269        IssmDouble dvx[3],dvy[3],dadjx[3],dadjy[3];
     1270        IssmDouble *xyz_list= NULL;
     1271
     1272        /*Fetch number of vertices for this finite element*/
     1273        int numvertices = basalelement->GetNumberOfVertices();
     1274
     1275        /*Initialize some vectors*/
     1276        IssmDouble* basis         = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     1277        IssmDouble* ge            = xNewZeroInit<IssmDouble>(numvertices);
     1278        int*        vertexpidlist = xNew<int>(numvertices);
     1279
     1280        /*Retrieve all inputs we will be needing: */
     1281        basalelement->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     1282        basalelement->GradientIndexing(&vertexpidlist[0],control_index);
     1283        Input* thickness_input = basalelement->GetInput(ThicknessEnum);             _assert_(thickness_input);
     1284        Input* vx_input        = basalelement->GetInput(VxEnum);                    _assert_(vx_input);
     1285        Input* vy_input        = basalelement->GetInput(VyEnum);                    _assert_(vy_input);
     1286        Input* adjointx_input  = basalelement->GetInput(AdjointxEnum);              _assert_(adjointx_input);
     1287        Input* adjointy_input  = basalelement->GetInput(AdjointyEnum);              _assert_(adjointy_input);
     1288        Input* rheologyb_input = basalelement->GetInput(MaterialsRheologyBbarEnum); _assert_(rheologyb_input);
     1289
     1290        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     1291        Gauss* gauss=basalelement->NewGauss(4);
     1292        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     1293                gauss->GaussPoint(ig);
     1294
     1295                thickness_input->GetInputValue(&thickness,gauss);
     1296                vx_input->GetInputDerivativeValue(&dvx[0],xyz_list,gauss);
     1297                vy_input->GetInputDerivativeValue(&dvy[0],xyz_list,gauss);
     1298                adjointx_input->GetInputDerivativeValue(&dadjx[0],xyz_list,gauss);
     1299                adjointy_input->GetInputDerivativeValue(&dadjy[0],xyz_list,gauss);
     1300
     1301                basalelement->dViscositydBSSA(&dmudB,dim,xyz_list,gauss,vx_input,vy_input);
     1302
     1303                basalelement->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
     1304                basalelement->NodalFunctionsP1(basis,gauss);
     1305
     1306                /*Build gradient vector (actually -dJ/dB): */
     1307                for(int i=0;i<numvertices;i++){
     1308                        ge[i]+=-dmudB*thickness*(
     1309                                                (2*dvx[0]+dvy[1])*2*dadjx[0]+(dvx[1]+dvy[0])*(dadjx[1]+dadjy[0])+(2*dvy[1]+dvx[0])*2*dadjy[1]
     1310                                                )*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     1311                        _assert_(!xIsNan<IssmDouble>(ge[i]));
     1312                }
     1313        }
     1314        gradient->SetValues(numvertices,vertexpidlist,ge,ADD_VAL);
     1315
     1316        /*Clean up and return*/
     1317        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     1318        xDelete<IssmDouble>(basis);
     1319        xDelete<IssmDouble>(ge);
     1320        xDelete<int>(vertexpidlist);
     1321        delete gauss;
     1322        if(domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){basalelement->DeleteMaterials(); delete basalelement;};
     1323}/*}}}*/
     1324void           AdjointHorizAnalysis::GradientJBFS(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
     1325        /*WARNING: We use HO as an estimate for now*/
     1326        this->GradientJBHO(element,gradient,control_index);
     1327}/*}}}*/
     1328void           AdjointHorizAnalysis::GradientJBGradient(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
     1329
     1330        /*Intermediaries*/
     1331        int      domaintype;
     1332
     1333        /*Get basal element*/
     1334        element->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
     1335        switch(domaintype){
     1336                case Domain2DhorizontalEnum:
     1337                        break;
     1338                case Domain2DverticalEnum:
     1339                        break;
     1340                case Domain3DEnum:
     1341                        break;
     1342                default: _error_("mesh "<<EnumToStringx(domaintype)<<" not supported yet");
     1343        }
     1344
     1345        /*Intermediaries*/
     1346        IssmDouble Jdet,weight;
     1347        IssmDouble dk[3];
     1348        IssmDouble *xyz_list= NULL;
     1349
     1350        /*Fetch number of vertices for this finite element*/
     1351        int numvertices = element->GetNumberOfVertices();
     1352
     1353        /*Initialize some vectors*/
     1354        IssmDouble* dbasis        = xNew<IssmDouble>(3*numvertices);
     1355        IssmDouble* ge            = xNewZeroInit<IssmDouble>(numvertices);
     1356        int*        vertexpidlist = xNew<int>(numvertices);
     1357
     1358        /*Retrieve all inputs we will be needing: */
     1359        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     1360        element->GradientIndexing(&vertexpidlist[0],control_index);
     1361        Input* rheology_input = element->GetInput(MaterialsRheologyBEnum);              _assert_(rheology_input);
     1362        Input* weights_input   = element->GetInput(InversionCostFunctionsCoefficientsEnum); _assert_(weights_input);
     1363        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     1364        Gauss* gauss=element->NewGauss(2);
     1365        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     1366                gauss->GaussPoint(ig);
     1367                element->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
     1368                element->NodalFunctionsP1Derivatives(dbasis,xyz_list,gauss);
     1369                weights_input->GetInputValue(&weight,gauss,RheologyBAbsGradientEnum);
     1370
     1371                /*Build alpha_complement_list: */
     1372                rheology_input->GetInputDerivativeValue(&dk[0],xyz_list,gauss);
     1373
     1374                /*Build gradje_g_gaussian vector (actually -dJ/ddrag): */
     1375                for(int i=0;i<numvertices;i++){
     1376                        if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     1377                                ge[i]+=-weight*Jdet*gauss->weight*(dbasis[0*numvertices+i]*dk[0]+dbasis[1*numvertices+i]*dk[1]);
     1378                        }
     1379                        else{
     1380                                ge[i]+=-weight*Jdet*gauss->weight*(dbasis[0*numvertices+i]*dk[0]+dbasis[1*numvertices+i]*dk[1]+dbasis[2*numvertices+i]*dk[2]);
     1381                        }
     1382                        _assert_(!xIsNan<IssmDouble>(ge[i]));
     1383                }
     1384        }
     1385        gradient->SetValues(numvertices,vertexpidlist,ge,ADD_VAL);
     1386
     1387        /*Clean up and return*/
     1388        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     1389        xDelete<IssmDouble>(dbasis);
     1390        xDelete<IssmDouble>(ge);
     1391        xDelete<int>(vertexpidlist);
     1392        delete gauss;
     1393}/*}}}*/
     1394void           AdjointHorizAnalysis::GradientJBHO(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
     1395        /*Intermediaries*/
     1396        int      domaintype,dim;
     1397
     1398        /*Get domaintype*/
     1399        element->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
     1400
     1401        /*Intermediaries*/
     1402        IssmDouble Jdet,weight;
     1403        IssmDouble thickness,dmudB;
     1404        IssmDouble dvx[3],dvy[3],dadjx[3],dadjy[3];
     1405        IssmDouble *xyz_list= NULL;
     1406
     1407        /*Fetch number of vertices for this finite element*/
     1408        int numvertices = element->GetNumberOfVertices();
     1409
     1410        /*Initialize some vectors*/
     1411        IssmDouble* basis         = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     1412        IssmDouble* ge            = xNewZeroInit<IssmDouble>(numvertices);
     1413        int*        vertexpidlist = xNew<int>(numvertices);
     1414
     1415        /*Retrieve all inputs we will be needing: */
     1416        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     1417        element->GradientIndexing(&vertexpidlist[0],control_index);
     1418        Input* thickness_input = element->GetInput(ThicknessEnum);             _assert_(thickness_input);
     1419        Input* vx_input        = element->GetInput(VxEnum);                    _assert_(vx_input);
     1420        Input* vy_input        = NULL;
     1421        Input* adjointx_input  = element->GetInput(AdjointxEnum);              _assert_(adjointx_input);
     1422        Input* adjointy_input  = NULL;
     1423        Input* rheologyb_input = element->GetInput(MaterialsRheologyBEnum); _assert_(rheologyb_input);
     1424        if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     1425                vy_input        = element->GetInput(VyEnum);                   _assert_(vy_input);
     1426                adjointy_input  = element->GetInput(AdjointyEnum);             _assert_(adjointy_input);
     1427        }
     1428        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     1429        Gauss* gauss=element->NewGauss(4);
     1430        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     1431                gauss->GaussPoint(ig);
     1432
     1433                thickness_input->GetInputValue(&thickness,gauss);
     1434                vx_input->GetInputDerivativeValue(&dvx[0],xyz_list,gauss);
     1435                adjointx_input->GetInputDerivativeValue(&dadjx[0],xyz_list,gauss);
     1436                dim=2;
     1437                if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     1438                        adjointy_input->GetInputDerivativeValue(&dadjy[0],xyz_list, gauss);
     1439                        vy_input->GetInputDerivativeValue(&dvy[0],xyz_list,gauss);
     1440                        dim=3;
     1441                }
     1442
     1443                element->dViscositydBHO(&dmudB,dim,xyz_list,gauss,vx_input,vy_input);
     1444
     1445                element->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
     1446                element->NodalFunctionsP1(basis,gauss);
     1447
     1448                /*Build gradient vector (actually -dJ/dB): */
     1449                for(int i=0;i<numvertices;i++){
     1450                        if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     1451                                ge[i]+=-dmudB*thickness*(
     1452                                                        (2*dvx[0]+dvy[1])*2*dadjx[0]+(dvx[1]+dvy[0])*(dadjx[1]+dadjy[0])+(2*dvy[1]+dvx[0])*2*dadjy[1]
     1453                                                        )*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     1454                        }
     1455                        else{
     1456                                ge[i]+=-dmudB*thickness*4*dvx[0]*dadjx[0]*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     1457                        }
     1458                        _assert_(!xIsNan<IssmDouble>(ge[i]));
     1459                }
     1460        }
     1461        gradient->SetValues(numvertices,vertexpidlist,ge,ADD_VAL);
     1462
     1463        /*Clean up and return*/
     1464        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     1465        xDelete<IssmDouble>(basis);
     1466        xDelete<IssmDouble>(ge);
     1467        xDelete<int>(vertexpidlist);
     1468        delete gauss;
     1469}/*}}}*/
     1470void           AdjointHorizAnalysis::GradientJBSSA(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
     1471
     1472        /*Intermediaries*/
     1473        int      domaintype,dim;
     1474        Element* basalelement;
     1475
     1476        /*Get basal element*/
     1477        element->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
     1478        switch(domaintype){
     1479                case Domain2DhorizontalEnum:
     1480                        basalelement = element;
     1481                        dim          = 2;
     1482                        break;
     1483                case Domain2DverticalEnum:
     1484                        if(!element->IsOnBase()) return;
     1485                        basalelement = element->SpawnBasalElement();
     1486                        dim          = 1;
     1487                        break;
     1488                case Domain3DEnum:
     1489                        if(!element->IsOnBase()) return;
     1490                        basalelement = element->SpawnBasalElement();
     1491                        dim          = 2;
     1492                        break;
     1493                default: _error_("mesh "<<EnumToStringx(domaintype)<<" not supported yet");
     1494        }
     1495
     1496        /*Intermediaries*/
     1497        IssmDouble Jdet,weight;
     1498        IssmDouble thickness,dmudB;
     1499        IssmDouble dvx[3],dvy[3],dadjx[3],dadjy[3];
     1500        IssmDouble *xyz_list= NULL;
     1501
     1502        /*Fetch number of vertices for this finite element*/
     1503        int numvertices = basalelement->GetNumberOfVertices();
     1504
     1505        /*Initialize some vectors*/
     1506        IssmDouble* basis         = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     1507        IssmDouble* ge            = xNewZeroInit<IssmDouble>(numvertices);
     1508        int*        vertexpidlist = xNew<int>(numvertices);
     1509
     1510        /*Retrieve all inputs we will be needing: */
     1511        basalelement->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     1512        basalelement->GradientIndexing(&vertexpidlist[0],control_index);
     1513        Input* thickness_input = basalelement->GetInput(ThicknessEnum);             _assert_(thickness_input);
     1514        Input* vx_input        = basalelement->GetInput(VxEnum);                    _assert_(vx_input);
     1515        Input* vy_input        = basalelement->GetInput(VyEnum);                    _assert_(vy_input);
     1516        Input* adjointx_input  = basalelement->GetInput(AdjointxEnum);              _assert_(adjointx_input);
     1517        Input* adjointy_input  = basalelement->GetInput(AdjointyEnum);              _assert_(adjointy_input);
     1518        Input* rheologyb_input = basalelement->GetInput(MaterialsRheologyBEnum); _assert_(rheologyb_input);
     1519
     1520        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     1521        Gauss* gauss=basalelement->NewGauss(4);
     1522        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     1523                gauss->GaussPoint(ig);
     1524
     1525                thickness_input->GetInputValue(&thickness,gauss);
     1526                vx_input->GetInputDerivativeValue(&dvx[0],xyz_list,gauss);
     1527                vy_input->GetInputDerivativeValue(&dvy[0],xyz_list,gauss);
     1528                adjointx_input->GetInputDerivativeValue(&dadjx[0],xyz_list,gauss);
     1529                adjointy_input->GetInputDerivativeValue(&dadjy[0],xyz_list,gauss);
     1530
     1531                basalelement->dViscositydBSSA(&dmudB,dim,xyz_list,gauss,vx_input,vy_input);
     1532
     1533                basalelement->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
     1534                basalelement->NodalFunctionsP1(basis,gauss);
     1535
     1536                /*Build gradient vector (actually -dJ/dB): */
     1537                for(int i=0;i<numvertices;i++){
     1538                        ge[i]+=-dmudB*thickness*(
     1539                                                (2*dvx[0]+dvy[1])*2*dadjx[0]+(dvx[1]+dvy[0])*(dadjx[1]+dadjy[0])+(2*dvy[1]+dvx[0])*2*dadjy[1]
     1540                                                )*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     1541                        _assert_(!xIsNan<IssmDouble>(ge[i]));
     1542                }
     1543        }
     1544        gradient->SetValues(numvertices,vertexpidlist,ge,ADD_VAL);
     1545
     1546        /*Clean up and return*/
     1547        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     1548        xDelete<IssmDouble>(basis);
     1549        xDelete<IssmDouble>(ge);
     1550        xDelete<int>(vertexpidlist);
     1551        delete gauss;
     1552        if(domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){basalelement->DeleteMaterials(); delete basalelement;};
     1553}/*}}}*/
     1554void           AdjointHorizAnalysis::GradientJDragGradient(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
    9781555
    9791556        /*return if floating (gradient is 0)*/
    … …  
    10571634
    10581635}/*}}}*/
    1059 void AdjointHorizAnalysis::GradientJBGradient(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
     1636void           AdjointHorizAnalysis::GradientJDragFS(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
     1637
     1638        /*return if floating or not on bed (gradient is 0)*/
     1639        if(element->IsFloating()) return;
     1640        if(!element->IsOnBase()) return;
    10601641
    10611642        /*Intermediaries*/
    1062         int      domaintype,dim;
    1063         Element* basalelement;
    1064 
    1065         /*Get basal element*/
    1066         element->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
    1067         switch(domaintype){
    1068                 case Domain2DhorizontalEnum:
    1069                         basalelement = element;
    1070                         dim          = 2;
    1071                         break;
    1072                 case Domain2DverticalEnum:
    1073                         if(!element->IsOnBase()) return;
    1074                         basalelement = element->SpawnBasalElement();
    1075                         dim          = 1;
    1076                         break;
    1077                 case Domain3DEnum:
    1078                         if(!element->IsOnBase()) return;
    1079                         basalelement = element->SpawnBasalElement();
    1080                         dim          = 2;
    1081                         break;
    1082                 default: _error_("mesh "<<EnumToStringx(domaintype)<<" not supported yet");
    1083         }
    1084 
    1085         /*Intermediaries*/
     1643        int        domaintype,dim;
    10861644        IssmDouble Jdet,weight;
    1087         IssmDouble dk[3];
    1088         IssmDouble *xyz_list= NULL;
     1645        IssmDouble drag,dalpha2dk,normal[3];
     1646        IssmDouble vx,vy,vz,lambda,mu,xi;
     1647        IssmDouble *xyz_list_base= NULL;
    10891648
    10901649        /*Fetch number of vertices for this finite element*/
    1091         int numvertices = basalelement->GetNumberOfVertices();
     1650        int numvertices = element->GetNumberOfVertices();
    10921651
    10931652        /*Initialize some vectors*/
    1094         IssmDouble* dbasis        = xNew<IssmDouble>(2*numvertices);
     1653        IssmDouble* basis         = xNew<IssmDouble>(numvertices);
    10951654        IssmDouble* ge            = xNewZeroInit<IssmDouble>(numvertices);
    10961655        int*        vertexpidlist = xNew<int>(numvertices);
    10971656
     1657        /* get domaintype */
     1658        element->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
     1659
     1660        /*Build friction element, needed later: */
     1661        if(domaintype!=Domain2DverticalEnum) dim=3;
     1662        else dim=2;
     1663        Friction* friction=new Friction(element,dim);
     1664
    10981665        /*Retrieve all inputs we will be needing: */
    1099         basalelement->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    1100         basalelement->GradientIndexing(&vertexpidlist[0],control_index);
    1101         Input* rheologyb_input = basalelement->GetInput(MaterialsRheologyBbarEnum);              _assert_(rheologyb_input);
    1102         Input* weights_input   = basalelement->GetInput(InversionCostFunctionsCoefficientsEnum); _assert_(weights_input);
     1666        element->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_base);
     1667        element->GradientIndexing(&vertexpidlist[0],control_index);
     1668        Input* vx_input        = element->GetInput(VxEnum);                   _assert_(vx_input);
     1669        Input* vy_input        = element->GetInput(VyEnum);                   _assert_(vy_input);
     1670        Input* adjointx_input  = element->GetInput(AdjointxEnum);             _assert_(adjointx_input);
     1671        Input* adjointy_input  = element->GetInput(AdjointyEnum);             _assert_(adjointy_input);
     1672        Input* vz_input        = NULL;
     1673        Input* adjointz_input  = NULL;
     1674        if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     1675                vz_input        = element->GetInput(VzEnum);                   _assert_(vy_input);
     1676                adjointz_input  = element->GetInput(AdjointzEnum);             _assert_(adjointz_input);
     1677        }
     1678        Input* dragcoeff_input = element->GetInput(FrictionCoefficientEnum);  _assert_(dragcoeff_input);
    11031679
    11041680        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    1105         Gauss* gauss=basalelement->NewGauss(2);
     1681        Gauss* gauss=element->NewGaussBase(4);
    11061682        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    11071683                gauss->GaussPoint(ig);
    11081684
    1109                 basalelement->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
    1110                 basalelement->NodalFunctionsP1Derivatives(dbasis,xyz_list,gauss);
    1111                 weights_input->GetInputValue(&weight,gauss,RheologyBbarAbsGradientEnum);
    1112 
    1113                 /*Build alpha_complement_list: */
    1114                 rheologyb_input->GetInputDerivativeValue(&dk[0],xyz_list,gauss);
    1115 
    1116                 /*Build gradje_g_gaussian vector (actually -dJ/ddrag): */
    1117                 for(int i=0;i<numvertices;i++){
    1118                         if(dim==2){
    1119                                 ge[i]+=-weight*Jdet*gauss->weight*(dbasis[0*numvertices+i]*dk[0]+dbasis[1*numvertices+i]*dk[1]);
     1685                adjointx_input->GetInputValue(&lambda, gauss);
     1686                adjointy_input->GetInputValue(&mu, gauss);
     1687                vx_input->GetInputValue(&vx,gauss);
     1688                vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
     1689                if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     1690                        adjointz_input->GetInputValue(&xi    ,gauss);
     1691                        vz_input->GetInputValue(&vz,gauss);
     1692                }
     1693                dragcoeff_input->GetInputValue(&drag, gauss);
     1694
     1695                friction->GetAlphaComplement(&dalpha2dk,gauss);
     1696                element->NormalBase(&normal[0],xyz_list_base);
     1697
     1698                element->JacobianDeterminantBase(&Jdet,xyz_list_base,gauss);
     1699                element->NodalFunctionsP1(basis,gauss);
     1700
     1701                /*Build gradient vector (actually -dJ/dk): */
     1702                if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     1703                        for(int i=0;i<numvertices;i++){
     1704                                ge[i]+=(
     1705                                                        -lambda*(2*drag*dalpha2dk*(vx - vz*normal[0]*normal[2]))
     1706                                                        -mu    *(2*drag*dalpha2dk*(vy - vz*normal[1]*normal[2]))
     1707                                                        -xi    *(2*drag*dalpha2dk*(-vx*normal[0]*normal[2]-vy*normal[1]*normal[2]))
     1708                                                 )*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     1709                                _assert_(!xIsNan<IssmDouble>(ge[i]));
    11201710                        }
    1121                         else{
    1122                                 ge[i]+=-weight*Jdet*gauss->weight*dbasis[0*numvertices+i]*dk[0];
     1711                }
     1712                else{
     1713                        for(int i=0;i<numvertices;i++){
     1714                                ge[i]+=(
     1715                                                        -lambda*2*drag*dalpha2dk*vx
     1716                                                        -mu    *2*drag*dalpha2dk*vy
     1717                                                 )*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     1718                                _assert_(!xIsNan<IssmDouble>(ge[i]));
    11231719                        }
    1124                         _assert_(!xIsNan<IssmDouble>(ge[i]));
    11251720                }
    11261721        }
    … …  
    11281723
    11291724        /*Clean up and return*/
    1130         xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
    1131         xDelete<IssmDouble>(dbasis);
     1725        xDelete<IssmDouble>(xyz_list_base);
     1726        xDelete<IssmDouble>(basis);
    11321727        xDelete<IssmDouble>(ge);
    11331728        xDelete<int>(vertexpidlist);
    11341729        delete gauss;
    1135         if(domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){basalelement->DeleteMaterials(); delete basalelement;};
    1136 }/*}}}*/
    1137 void AdjointHorizAnalysis::GradientJDragSSA(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
     1730        delete friction;
     1731}/*}}}*/
     1732void           AdjointHorizAnalysis::GradientJDragL1L2(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
     1733
     1734        /*Same as SSA*/
     1735        return this->GradientJDragSSA(element,gradient,control_index);
     1736}/*}}}*/
     1737void           AdjointHorizAnalysis::GradientJDragHO(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
     1738
     1739        /*return if floating or not on bed (gradient is 0)*/
     1740        if(element->IsFloating()) return;
     1741        if(!element->IsOnBase()) return;
     1742
     1743        /*Intermediaries*/
     1744        IssmDouble Jdet,weight;
     1745        IssmDouble drag,dalpha2dk;
     1746        IssmDouble vx,vy,lambda,mu;
     1747        IssmDouble *xyz_list_base= NULL;
     1748
     1749        int      domaintype,dim;
     1750        element->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
     1751        /*Fetch number of vertices for this finite element*/
     1752        int numvertices = element->GetNumberOfVertices();
     1753
     1754        /*Initialize some vectors*/
     1755        IssmDouble* basis         = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     1756        IssmDouble* ge            = xNewZeroInit<IssmDouble>(numvertices);
     1757        int*        vertexpidlist = xNew<int>(numvertices);
     1758
     1759        /*Build friction element, needed later: */
     1760        if(domaintype!=Domain2DverticalEnum) dim=3;
     1761        else dim=2;
     1762        Friction* friction=new Friction(element,dim);
     1763
     1764        /*Retrieve all inputs we will be needing: */
     1765        element->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_base);
     1766        element->GradientIndexing(&vertexpidlist[0],control_index);
     1767        Input* vx_input        = element->GetInput(VxEnum);                   _assert_(vx_input);
     1768        Input* vy_input        = NULL;
     1769        Input* adjointx_input  = element->GetInput(AdjointxEnum);             _assert_(adjointx_input);
     1770        Input* adjointy_input  = NULL;
     1771        Input* dragcoeff_input = element->GetInput(FrictionCoefficientEnum);  _assert_(dragcoeff_input);
     1772        if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     1773                vy_input        = element->GetInput(VyEnum);                   _assert_(vy_input);
     1774                adjointy_input  = element->GetInput(AdjointyEnum);             _assert_(adjointy_input);
     1775        }
     1776        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     1777        Gauss* gauss=element->NewGaussBase(4);
     1778        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     1779                gauss->GaussPoint(ig);
     1780
     1781                adjointx_input->GetInputValue(&lambda, gauss);
     1782                vx_input->GetInputValue(&vx,gauss);
     1783                if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     1784                        adjointy_input->GetInputValue(&mu, gauss);
     1785                        vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
     1786                }
     1787                dragcoeff_input->GetInputValue(&drag, gauss);
     1788
     1789                friction->GetAlphaComplement(&dalpha2dk,gauss);
     1790
     1791                element->JacobianDeterminantBase(&Jdet,xyz_list_base,gauss);
     1792                element->NodalFunctionsP1(basis,gauss);
     1793
     1794                /*Build gradient vector (actually -dJ/dD): */
     1795                for(int i=0;i<numvertices;i++){
     1796                        if(domaintype!=Domain2DverticalEnum) ge[i]+=-2.*drag*dalpha2dk*((lambda*vx+mu*vy))*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     1797                        else ge[i]+=-2.*drag*dalpha2dk*(lambda*vx)*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     1798                        _assert_(!xIsNan<IssmDouble>(ge[i]));
     1799                }
     1800        }
     1801        gradient->SetValues(numvertices,vertexpidlist,ge,ADD_VAL);
     1802
     1803        /*Clean up and return*/
     1804        xDelete<IssmDouble>(xyz_list_base);
     1805        xDelete<IssmDouble>(basis);
     1806        xDelete<IssmDouble>(ge);
     1807        xDelete<int>(vertexpidlist);
     1808        delete gauss;
     1809        delete friction;
     1810}/*}}}*/
     1811void           AdjointHorizAnalysis::GradientJDragSSA(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
    11381812
    11391813        /*return if floating (gradient is 0)*/
    … …  
    12231897        if(domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){basalelement->DeleteMaterials(); delete basalelement;};
    12241898}/*}}}*/
    1225 void AdjointHorizAnalysis::GradientJDragHO(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
     1899
     1900void AdjointHorizAnalysis::GradientJDragHydroFS(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
    12261901
    12271902        /*return if floating or not on bed (gradient is 0)*/
    … …  
    12301905
    12311906        /*Intermediaries*/
    1232         int        dim=3;
     1907        int        domaintype,dim;
    12331908        IssmDouble Jdet,weight;
    1234         IssmDouble drag,dalpha2dk;
    1235         IssmDouble vx,vy,lambda,mu;
     1909        IssmDouble drag,dalpha2dk,normal[3];
     1910        IssmDouble vx,vy,vz,lambda,mu,xi;
    12361911        IssmDouble *xyz_list_base= NULL;
    12371912
    … …  
    12441919        int*        vertexpidlist = xNew<int>(numvertices);
    12451920
     1921        /* get domaintype */
     1922        element->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
     1923
    12461924        /*Build friction element, needed later: */
     1925        if(domaintype!=Domain2DverticalEnum) dim=3;
     1926        else dim=2;
    12471927        Friction* friction=new Friction(element,dim);
    12481928
    … …  
    12541934        Input* adjointx_input  = element->GetInput(AdjointxEnum);             _assert_(adjointx_input);
    12551935        Input* adjointy_input  = element->GetInput(AdjointyEnum);             _assert_(adjointy_input);
    1256         Input* dragcoeff_input = element->GetInput(FrictionCoefficientEnum);  _assert_(dragcoeff_input);
     1936        Input* vz_input        = NULL;
     1937        Input* adjointz_input  = NULL;
     1938        if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     1939                vz_input        = element->GetInput(VzEnum);                   _assert_(vy_input);
     1940                adjointz_input  = element->GetInput(AdjointzEnum);             _assert_(adjointz_input);
     1941        }
    12571942
    12581943        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    … …  
    12651950                vx_input->GetInputValue(&vx,gauss);
    12661951                vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
    1267                 dragcoeff_input->GetInputValue(&drag, gauss);
     1952                if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     1953                        adjointz_input->GetInputValue(&xi    ,gauss);
     1954                        vz_input->GetInputValue(&vz,gauss);
     1955                }
    12681956
    12691957                friction->GetAlphaComplement(&dalpha2dk,gauss);
     1958                element->NormalBase(&normal[0],xyz_list_base);
    12701959
    12711960                element->JacobianDeterminantBase(&Jdet,xyz_list_base,gauss);
    12721961                element->NodalFunctionsP1(basis,gauss);
    12731962
    1274                 /*Build gradient vector (actually -dJ/dD): */
    1275                 for(int i=0;i<numvertices;i++){
    1276                         ge[i]+=-2.*drag*dalpha2dk*((lambda*vx+mu*vy))*Jdet*gauss->weight*basis[i];
    1277                         _assert_(!xIsNan<IssmDouble>(ge[i]));
     1963                /*Build gradient vector (actually -dJ/dk): */
     1964                if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     1965                        for(int i=0;i<numvertices;i++){
     1966                                ge[i]+=(
     1967                                                        -lambda*(dalpha2dk*(vx - vz*normal[0]*normal[2]))
     1968                                                        -mu    *(dalpha2dk*(vy - vz*normal[1]*normal[2]))
     1969                                                        -xi    *(dalpha2dk*(-vx*normal[0]*normal[2]-vy*normal[1]*normal[2]))
     1970                                                 )*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     1971                                _assert_(!xIsNan<IssmDouble>(ge[i]));
     1972                        }
     1973                }
     1974                else{
     1975                        for(int i=0;i<numvertices;i++){
     1976                                ge[i]+=(
     1977                                                        -lambda*dalpha2dk*vx
     1978                                                        -mu    *dalpha2dk*vy
     1979                                                 )*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     1980                                _assert_(!xIsNan<IssmDouble>(ge[i]));
     1981                        }
    12781982                }
    12791983        }
    … …  
    12881992        delete friction;
    12891993}/*}}}*/
    1290 void AdjointHorizAnalysis::GradientJDragFS(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
     1994void           AdjointHorizAnalysis::GradientJDragHydroL1L2(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
     1995
     1996        /*Same as SSA*/
     1997        return this->GradientJDragSSA(element,gradient,control_index);
     1998}/*}}}*/
     1999void           AdjointHorizAnalysis::GradientJDragHydroHO(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
    12912000
    12922001        /*return if floating or not on bed (gradient is 0)*/
    … …  
    12952004
    12962005        /*Intermediaries*/
    1297         int        dim=3;
    12982006        IssmDouble Jdet,weight;
    1299         IssmDouble drag,dalpha2dk,normal[3];
    1300         IssmDouble vx,vy,vz,lambda,mu,xi;
     2007        IssmDouble drag,dalpha2dk;
     2008        IssmDouble vx,vy,lambda,mu;
    13012009        IssmDouble *xyz_list_base= NULL;
    13022010
     2011        int      domaintype,dim;
     2012        element->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
    13032013        /*Fetch number of vertices for this finite element*/
    13042014        int numvertices = element->GetNumberOfVertices();
    … …  
    13102020
    13112021        /*Build friction element, needed later: */
     2022        if(domaintype!=Domain2DverticalEnum) dim=3;
     2023        else dim=2;
    13122024        Friction* friction=new Friction(element,dim);
    13132025
    … …  
    13162028        element->GradientIndexing(&vertexpidlist[0],control_index);
    13172029        Input* vx_input        = element->GetInput(VxEnum);                   _assert_(vx_input);
    1318         Input* vy_input        = element->GetInput(VyEnum);                   _assert_(vy_input);
    1319         Input* vz_input        = element->GetInput(VzEnum);                   _assert_(vy_input);
     2030        Input* vy_input        = NULL;
    13202031        Input* adjointx_input  = element->GetInput(AdjointxEnum);             _assert_(adjointx_input);
    1321         Input* adjointy_input  = element->GetInput(AdjointyEnum);             _assert_(adjointy_input);
    1322         Input* adjointz_input  = element->GetInput(AdjointzEnum);             _assert_(adjointz_input);
    1323         Input* dragcoeff_input = element->GetInput(FrictionCoefficientEnum);  _assert_(dragcoeff_input);
    1324 
     2032        Input* adjointy_input  = NULL;
     2033        if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     2034                vy_input        = element->GetInput(VyEnum);                   _assert_(vy_input);
     2035                adjointy_input  = element->GetInput(AdjointyEnum);             _assert_(adjointy_input);
     2036        }
    13252037        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    13262038        Gauss* gauss=element->NewGaussBase(4);
    … …  
    13292041
    13302042                adjointx_input->GetInputValue(&lambda, gauss);
    1331                 adjointy_input->GetInputValue(&mu, gauss);
    1332                 adjointz_input->GetInputValue(&xi    ,gauss);
    13332043                vx_input->GetInputValue(&vx,gauss);
    1334                 vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
    1335                 vz_input->GetInputValue(&vz,gauss);
    1336                 dragcoeff_input->GetInputValue(&drag, gauss);
     2044                if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     2045                        adjointy_input->GetInputValue(&mu, gauss);
     2046                        vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
     2047                }
    13372048
    13382049                friction->GetAlphaComplement(&dalpha2dk,gauss);
    1339                 element->NormalBase(&normal[0],xyz_list_base);
    13402050
    13412051                element->JacobianDeterminantBase(&Jdet,xyz_list_base,gauss);
    13422052                element->NodalFunctionsP1(basis,gauss);
    13432053
    1344                 /*Build gradient vector (actually -dJ/dk): */
     2054                /*Build gradient vector (actually -dJ/dD): */
    13452055                for(int i=0;i<numvertices;i++){
    1346                         ge[i]+=(
    1347                                                 -lambda*(2*drag*dalpha2dk*(vx - vz*normal[0]*normal[2]))
    1348                                                 -mu    *(2*drag*dalpha2dk*(vy - vz*normal[1]*normal[2]))
    1349                                                 -xi    *(2*drag*dalpha2dk*(-vx*normal[0]*normal[2]-vy*normal[1]*normal[2]))
    1350                                                 )*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     2056                        if(domaintype!=Domain2DverticalEnum) ge[i]+=-dalpha2dk*((lambda*vx+mu*vy))*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     2057                        else ge[i]+=-dalpha2dk*(lambda*vx)*Jdet*gauss->weight*basis[i];
    13512058                        _assert_(!xIsNan<IssmDouble>(ge[i]));
    13522059                }
    … …  
    13622069        delete friction;
    13632070}/*}}}*/
    1364 void AdjointHorizAnalysis::GradientJBbarSSA(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
     2071
     2072void AdjointHorizAnalysis::GradientJDragHydroSSA(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
     2073
     2074        /*return if floating (gradient is 0)*/
     2075        if(element->IsFloating()) return;
    13652076
    13662077        /*Intermediaries*/
    … …  
    13902101        /*Intermediaries*/
    13912102        IssmDouble Jdet,weight;
    1392         IssmDouble thickness,dmudB;
     2103        IssmDouble dalpha2dk;
     2104        IssmDouble vx,vy,lambda,mu;
     2105        IssmDouble *xyz_list= NULL;
     2106
     2107
     2108        /*Fetch number of vertices for this finite element*/
     2109        int numvertices = basalelement->GetNumberOfVertices();
     2110
     2111        /*Initialize some vectors*/
     2112        IssmDouble* basis         = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     2113        IssmDouble* ge            = xNewZeroInit<IssmDouble>(numvertices);
     2114        int*        vertexpidlist = xNew<int>(numvertices);
     2115
     2116        /*Build friction element, needed later: */
     2117        Friction* friction=new Friction(basalelement,dim);
     2118
     2119        /*Retrieve all inputs we will be needing: */
     2120        basalelement->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     2121        basalelement->GradientIndexing(&vertexpidlist[0],control_index);
     2122        Input* vx_input        = basalelement->GetInput(VxEnum);          _assert_(vx_input);
     2123        Input* vy_input        = basalelement->GetInput(VyEnum);          _assert_(vy_input);
     2124        Input* adjointx_input  = basalelement->GetInput(AdjointxEnum);    _assert_(adjointx_input);
     2125        Input* adjointy_input  = basalelement->GetInput(AdjointyEnum);    _assert_(adjointy_input);
     2126
     2127
     2128
     2129        IssmDouble  q_exp;
     2130        IssmDouble  C_param;
     2131        IssmDouble  As;
     2132        IssmDouble  Neff;
     2133        IssmDouble  n;
     2134        IssmDouble  alpha;
     2135        IssmDouble  Chi,Gamma;
     2136        IssmDouble  vz,vmag;
     2137        IssmDouble  Uder;
     2138
     2139        /*Recover parameters: */
     2140        Input* qinput = basalelement->GetInput(FrictionQEnum);
     2141        Input* cinput = basalelement->GetInput(FrictionCEnum);
     2142        Input* Asinput = basalelement->GetInput(FrictionAsEnum);
     2143        Input* Ninput = basalelement->GetInput(FrictionEffectivePressureEnum);
     2144        Input* nInput =basalelement->GetInput(MaterialsRheologyNEnum);
     2145       
     2146        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     2147        Gauss* gauss=basalelement->NewGauss(4);
     2148        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     2149                gauss->GaussPoint(ig);
     2150
     2151                adjointx_input->GetInputValue(&lambda, gauss);
     2152                adjointy_input->GetInputValue(&mu, gauss);
     2153                vx_input->GetInputValue(&vx,gauss);
     2154                vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
     2155
     2156                friction->GetAlphaComplement(&dalpha2dk,gauss);
     2157
     2158                basalelement->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
     2159                basalelement->NodalFunctionsP1(basis,gauss);
     2160
     2161                /*Dealing with dalpha/du*/
     2162                qinput->GetInputValue(&q_exp,gauss);
     2163                cinput->GetInputValue(&C_param,gauss);
     2164                Asinput->GetInputValue(&As,gauss);
     2165                Ninput->GetInputValue(&Neff,gauss);
     2166                nInput->GetInputValue(&n,gauss);
     2167
     2168                if (q_exp==1){
     2169                        alpha=1;
     2170                }
     2171                else{
     2172                        alpha=(pow(q_exp-1,q_exp-1))/pow(q_exp,q_exp);
     2173                }
     2174                Chi   = vmag/(pow(C_param,n)*pow(Neff,n)*As);
     2175                Gamma = (Chi/(1.+alpha*pow(Chi,q_exp)));
     2176               
     2177                Uder =Neff*C_param/(vmag*vmag*n) *
     2178                        (Gamma-alpha*q_exp*pow(Chi,q_exp-1.)*Gamma*Gamma* pow(Gamma,(1.-n)/n) -
     2179                         n* pow(Gamma,1./n));
     2180               
     2181                /*Build gradient vector (actually -dJ/dD): */
     2182                for(int i=0;i<numvertices;i++){
     2183                        ge[i]+=-dalpha2dk*((lambda*vx+mu*vy))*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     2184                        _assert_(!xIsNan<IssmDouble>(ge[i]));
     2185                }
     2186        }
     2187        gradient->SetValues(numvertices,vertexpidlist,ge,ADD_VAL);
     2188
     2189        /*Clean up and return*/
     2190        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     2191        xDelete<IssmDouble>(basis);
     2192        xDelete<IssmDouble>(ge);
     2193        xDelete<int>(vertexpidlist);
     2194        delete gauss;
     2195        delete friction;
     2196        if(domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){basalelement->DeleteMaterials(); delete basalelement;};
     2197}/*}}}*/
     2198
     2199void           AdjointHorizAnalysis::GradientJDSSA(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
     2200
     2201        /*Intermediaries*/
     2202        int      domaintype,dim;
     2203        Element* basalelement;
     2204
     2205        /*Get basal element*/
     2206        element->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
     2207        switch(domaintype){
     2208                case Domain2DhorizontalEnum:
     2209                        basalelement = element;
     2210                        dim          = 2;
     2211                        break;
     2212                case Domain2DverticalEnum:
     2213                        if(!element->IsOnBase()) return;
     2214                        basalelement = element->SpawnBasalElement();
     2215                        dim          = 1;
     2216                        break;
     2217                case Domain3DEnum:
     2218                        if(!element->IsOnBase()) return;
     2219                        basalelement = element->SpawnBasalElement();
     2220                        dim          = 2;
     2221                        break;
     2222                default: _error_("mesh "<<EnumToStringx(domaintype)<<" not supported yet");
     2223        }
     2224
     2225        /*Intermediaries*/
     2226        IssmDouble Jdet,weight;
     2227        IssmDouble thickness,dmudD;
    13932228        IssmDouble dvx[3],dvy[3],dadjx[3],dadjy[3];
    13942229        IssmDouble *xyz_list= NULL;
    … …  
    14232258                adjointy_input->GetInputDerivativeValue(&dadjy[0],xyz_list,gauss);
    14242259
    1425                 basalelement->dViscositydBSSA(&dmudB,dim,xyz_list,gauss,vx_input,vy_input);
     2260                basalelement->dViscositydDSSA(&dmudD,dim,xyz_list,gauss,vx_input,vy_input);
    14262261
    14272262                basalelement->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
    14282263                basalelement->NodalFunctionsP1(basis,gauss);
    14292264
    1430                 /*Build gradient vector (actually -dJ/dB): */
    14312265                for(int i=0;i<numvertices;i++){
    1432                         ge[i]+=-dmudB*thickness*(
     2266                        ge[i]+=-dmudD*thickness*(
    14332267                                                (2*dvx[0]+dvy[1])*2*dadjx[0]+(dvx[1]+dvy[0])*(dadjx[1]+dadjy[0])+(2*dvy[1]+dvx[0])*2*dadjy[1]
    14342268                                                )*Jdet*gauss->weight*basis[i];
    … …  
    14462280        if(domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){basalelement->DeleteMaterials(); delete basalelement;};
    14472281}/*}}}*/
    1448 void AdjointHorizAnalysis::GradientJBbarHO(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
    1449 
    1450         /*WARNING: We use SSA as an estimate for now*/
    1451         this->GradientJBbarSSA(element,gradient,control_index);
    1452 }/*}}}*/
    1453 void AdjointHorizAnalysis::GradientJBbarFS(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
    1454         /*WARNING: We use SSA as an estimate for now*/
    1455         this->GradientJBbarSSA(element,gradient,control_index);
    1456 }/*}}}*/
    1457 void AdjointHorizAnalysis::GradientJDSSA(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){/*{{{*/
    1458 
    1459         /*Intermediaries*/
    1460         int      domaintype,dim;
    1461         Element* basalelement;
    1462 
    1463         /*Get basal element*/
    1464         element->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
    1465         switch(domaintype){
    1466                 case Domain2DhorizontalEnum:
    1467                         basalelement = element;
    1468                         dim          = 2;
    1469                         break;
    1470                 case Domain2DverticalEnum:
    1471                         if(!element->IsOnBase()) return;
    1472                         basalelement = element->SpawnBasalElement();
    1473                         dim          = 1;
    1474                         break;
    1475                 case Domain3DEnum:
    1476                         if(!element->IsOnBase()) return;
    1477                         basalelement = element->SpawnBasalElement();
    1478                         dim          = 2;
    1479                         break;
    1480                 default: _error_("mesh "<<EnumToStringx(domaintype)<<" not supported yet");
    1481         }
    1482 
    1483         /*Intermediaries*/
    1484         IssmDouble Jdet,weight;
    1485         IssmDouble thickness,dmudD;
    1486         IssmDouble dvx[3],dvy[3],dadjx[3],dadjy[3];
    1487         IssmDouble *xyz_list= NULL;
    1488 
    1489         /*Fetch number of vertices for this finite element*/
    1490         int numvertices = basalelement->GetNumberOfVertices();
    1491 
    1492         /*Initialize some vectors*/
    1493         IssmDouble* basis         = xNew<IssmDouble>(numvertices);
    1494         IssmDouble* ge            = xNewZeroInit<IssmDouble>(numvertices);
    1495         int*        vertexpidlist = xNew<int>(numvertices);
    1496 
    1497         /*Retrieve all inputs we will be needing: */
    1498         basalelement->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    1499         basalelement->GradientIndexing(&vertexpidlist[0],control_index);
    1500         Input* thickness_input = basalelement->GetInput(ThicknessEnum);             _assert_(thickness_input);
    1501         Input* vx_input        = basalelement->GetInput(VxEnum);                    _assert_(vx_input);
    1502         Input* vy_input        = basalelement->GetInput(VyEnum);                    _assert_(vy_input);
    1503         Input* adjointx_input  = basalelement->GetInput(AdjointxEnum);              _assert_(adjointx_input);
    1504         Input* adjointy_input  = basalelement->GetInput(AdjointyEnum);              _assert_(adjointy_input);
    1505         Input* rheologyb_input = basalelement->GetInput(MaterialsRheologyBbarEnum); _assert_(rheologyb_input);
    1506 
    1507         /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    1508         Gauss* gauss=basalelement->NewGauss(4);
    1509         for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    1510                 gauss->GaussPoint(ig);
    1511 
    1512                 thickness_input->GetInputValue(&thickness,gauss);
    1513                 vx_input->GetInputDerivativeValue(&dvx[0],xyz_list,gauss);
    1514                 vy_input->GetInputDerivativeValue(&dvy[0],xyz_list,gauss);
    1515                 adjointx_input->GetInputDerivativeValue(&dadjx[0],xyz_list,gauss);
    1516                 adjointy_input->GetInputDerivativeValue(&dadjy[0],xyz_list,gauss);
    1517 
    1518                 basalelement->dViscositydDSSA(&dmudD,dim,xyz_list,gauss,vx_input,vy_input);
    1519 
    1520                 basalelement->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
    1521                 basalelement->NodalFunctionsP1(basis,gauss);
    1522 
    1523                 for(int i=0;i<numvertices;i++){
    1524                         ge[i]+=-dmudD*thickness*(
    1525                                                 (2*dvx[0]+dvy[1])*2*dadjx[0]+(dvx[1]+dvy[0])*(dadjx[1]+dadjy[0])+(2*dvy[1]+dvx[0])*2*dadjy[1]
    1526                                                 )*Jdet*gauss->weight*basis[i];
    1527                         _assert_(!xIsNan<IssmDouble>(ge[i]));
    1528                 }
    1529         }
    1530         gradient->SetValues(numvertices,vertexpidlist,ge,ADD_VAL);
    1531 
    1532         /*Clean up and return*/
    1533         xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
    1534         xDelete<IssmDouble>(basis);
    1535         xDelete<IssmDouble>(ge);
    1536         xDelete<int>(vertexpidlist);
    1537         delete gauss;
    1538         if(domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){basalelement->DeleteMaterials(); delete basalelement;};
    1539 }/*}}}*/
    1540 void AdjointHorizAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     2282void           AdjointHorizAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    15412283        int approximation;
    15422284        element->GetInputValue(&approximation,ApproximationEnum);
    … …  
    15482290        }
    15492291}/*}}}*/
    1550 void AdjointHorizAnalysis::InputUpdateFromSolutionHoriz(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    1551         int  i;
    1552         int* doflist=NULL;
    1553 
    1554         /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
    1555         int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
    1556         int numdof   = numnodes*2;
    1557 
    1558         /*Fetch dof list and allocate solution vectors*/
    1559         element->GetDofList(&doflist,NoneApproximationEnum,GsetEnum);
    1560         IssmDouble* values  = xNew<IssmDouble>(numdof);
    1561         IssmDouble* lambdax = xNew<IssmDouble>(numnodes);
    1562         IssmDouble* lambday = xNew<IssmDouble>(numnodes);
    1563 
    1564         /*Use the dof list to index into the solution vector: */
    1565         for(i=0;i<numdof;i++) values[i]=solution[doflist[i]];
    1566 
    1567         /*Transform solution in Cartesian Space*/
    1568         element->TransformSolutionCoord(&values[0],XYEnum);
    1569 
    1570         /*Ok, we have vx and vy in values, fill in vx and vy arrays: */
    1571         for(i=0;i<numnodes;i++){
    1572                 lambdax[i]=values[i*NDOF2+0];
    1573                 lambday[i]=values[i*NDOF2+1];
    1574 
    1575                 /*Check solution*/
    1576                 if(xIsNan<IssmDouble>(lambdax[i])) _error_("NaN found in solution vector");
    1577                 if(xIsNan<IssmDouble>(lambday[i])) _error_("NaN found in solution vector");
    1578         }
    1579 
    1580         /*Add vx and vy as inputs to the tria element: */
    1581         element->AddInput(AdjointxEnum,lambdax,element->GetElementType());
    1582         element->AddInput(AdjointyEnum,lambday,element->GetElementType());
    1583 
    1584         /*Free ressources:*/
    1585         xDelete<IssmDouble>(values);
    1586         xDelete<IssmDouble>(lambdax);
    1587         xDelete<IssmDouble>(lambday);
    1588         xDelete<int>(doflist);
    1589 }/*}}}*/
    1590 void AdjointHorizAnalysis::InputUpdateFromSolutionFS(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    1591         int          i,dim;
     2292void           AdjointHorizAnalysis::InputUpdateFromSolutionFS(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     2293        int          i,fe_FS;
    15922294        int*         vdoflist=NULL;
    15932295        int*         pdoflist=NULL;
    15942296        IssmDouble   FSreconditioning;
    15952297
    1596         element->FindParam(&dim,DomainDimensionEnum);
     2298        int      domaintype,dim;
     2299        element->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
     2300        switch(domaintype){
     2301                case Domain2DhorizontalEnum:
     2302                        dim          = 3;
     2303                        break;
     2304                case Domain2DverticalEnum:
     2305                        dim          = 2;
     2306                        break;
     2307                case Domain3DEnum:
     2308                        dim          = 3;
     2309                        break;
     2310                default: _error_("mesh "<<EnumToStringx(domaintype)<<" not supported yet");
     2311        }
     2312
    15972313
    15982314        /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
    … …  
    16272343        /*fill in all arrays: */
    16282344        for(i=0;i<vnumnodes;i++){
    1629                 lambdax[i] = values[i*NDOF3+0]; if(xIsNan<IssmDouble>(lambdax[i])) _error_("NaN found in solution vector");
    1630                 lambday[i] = values[i*NDOF3+1]; if(xIsNan<IssmDouble>(lambday[i])) _error_("NaN found in solution vector");
    1631                 lambdaz[i] = values[i*NDOF3+2]; if(xIsNan<IssmDouble>(lambdaz[i])) _error_("NaN found in solution vector");
     2345                lambdax[i] = values[i*dim+0]; if(xIsNan<IssmDouble>(lambdax[i])) _error_("NaN found in solution vector");
     2346                lambday[i] = values[i*dim+1]; if(xIsNan<IssmDouble>(lambday[i])) _error_("NaN found in solution vector");
     2347                if(dim==3){
     2348                        lambdaz[i] = values[i*dim+2]; if(xIsNan<IssmDouble>(lambdaz[i])) _error_("NaN found in solution vector");
     2349                }
    16322350        }
    16332351        for(i=0;i<pnumnodes;i++){
    … …  
    16422360        element->AddInput(AdjointxEnum,lambdax,element->VelocityInterpolation());
    16432361        element->AddInput(AdjointyEnum,lambday,element->VelocityInterpolation());
    1644         element->AddInput(AdjointzEnum,lambdaz,element->VelocityInterpolation());
    1645         element->AddInput(AdjointpEnum,lambdap,element->PressureInterpolation());
     2362        if(domaintype!=Domain2DverticalEnum) element->AddInput(AdjointzEnum,lambdaz,element->VelocityInterpolation());
     2363
     2364        element->FindParam(&fe_FS,FlowequationFeFSEnum);
     2365        if(fe_FS!=LATaylorHoodEnum && fe_FS!=LACrouzeixRaviartEnum)     
     2366         element->AddInput(AdjointpEnum,lambdap,element->PressureInterpolation());     
    16462367
    16472368        /*Free ressources:*/
    … …  
    16552376        xDelete<IssmDouble>(values);
    16562377}/*}}}*/
    1657 void AdjointHorizAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     2378void           AdjointHorizAnalysis::InputUpdateFromSolutionHoriz(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     2379        int  i;
     2380        int* doflist=NULL;
     2381
     2382        int    domaintype;
     2383        element->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
     2384
     2385        /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
     2386        int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
     2387        int numdof;
     2388        if(domaintype!=Domain2DverticalEnum)  numdof   = numnodes*2;
     2389        else                                              numdof   = numnodes*1;
     2390        /*Fetch dof list and allocate solution vectors*/
     2391        element->GetDofList(&doflist,NoneApproximationEnum,GsetEnum);
     2392        IssmDouble* values  = xNew<IssmDouble>(numdof);
     2393        IssmDouble* lambdax = xNew<IssmDouble>(numnodes);
     2394        IssmDouble* lambday = xNew<IssmDouble>(numnodes);
     2395
     2396        /*Use the dof list to index into the solution vector: */
     2397        for(i=0;i<numdof;i++) values[i]=solution[doflist[i]];
     2398
     2399        /*Transform solution in Cartesian Space*/
     2400        if(domaintype!=Domain2DverticalEnum)    element->TransformSolutionCoord(&values[0],XYEnum);
     2401
     2402        /*Ok, we have vx and vy in values, fill in vx and vy arrays: */
     2403        for(i=0;i<numnodes;i++){
     2404                if(domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     2405                        lambdax[i]=values[i*NDOF2+0];
     2406                        lambday[i]=values[i*NDOF2+1];
     2407                }
     2408                else {lambdax[i]=values[i];lambday[i]=0;}
     2409                /*Check solution*/
     2410                if(xIsNan<IssmDouble>(lambdax[i])) _error_("NaN found in solution vector");
     2411                if(domaintype!=Domain2DverticalEnum && xIsNan<IssmDouble>(lambday[i])) _error_("NaN found in solution vector");
     2412        }
     2413
     2414        /*Add vx and vy as inputs to the tria element: */
     2415        element->AddInput(AdjointxEnum,lambdax,element->GetElementType());
     2416        element->AddInput(AdjointyEnum,lambday,element->GetElementType());
     2417
     2418        /*Free ressources:*/
     2419        xDelete<IssmDouble>(values);
     2420        xDelete<IssmDouble>(lambdax);
     2421        xDelete<IssmDouble>(lambday);
     2422        xDelete<int>(doflist);
     2423}/*}}}*/
     2424void           AdjointHorizAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    16582425        /*Default, do nothing*/
    16592426        return;

  • issm/trunk/src/c/analyses/AdjointHorizAnalysis.h

    r18301 r19105  
    1313        public:
    1414                /*Model processing*/
    15                 int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
    16                 void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    17                 void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
    18                 void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
    1915                void CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel);
    2016                void CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel);
     17                void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
     18                int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
     19                void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
     20                void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    2121
    2222                /*Finite element Analysis*/
    … …  
    2525                ElementMatrix* CreateJacobianMatrix(Element* element);
    2626                ElementMatrix* CreateKMatrix(Element* element);
     27                ElementMatrix* CreateKMatrixFS(Element* element);
     28                ElementMatrix* CreateKMatrixHO(Element* element);
     29                ElementMatrix* CreateKMatrixL1L2(Element* element);
    2730                ElementMatrix* CreateKMatrixSSA(Element* element);
    28                 ElementMatrix* CreateKMatrixHO(Element* element);
    29                 ElementMatrix* CreateKMatrixFS(Element* element);
    3031                ElementVector* CreatePVector(Element* element);
     32                ElementVector* CreatePVectorFS(Element* element);
     33                ElementVector* CreatePVectorL1L2(Element* element);
     34                ElementVector* CreatePVectorHO(Element* element);
    3135                ElementVector* CreatePVectorSSA(Element* element);
    32                 ElementVector* CreatePVectorHO(Element* element);
    33                 ElementVector* CreatePVectorFS(Element* element);
    34                 void GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
    35                 void GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
    36                 void GradientJDragGradient(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
    37                 void GradientJBGradient(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
    38                 void GradientJDragSSA(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
    39                 void GradientJDragHO(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
    40                 void GradientJDragFS(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
    41                 void GradientJBbarSSA(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
    42                 void GradientJBbarHO(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
    43                 void GradientJBbarFS(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
    44                 void GradientJDSSA(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
    45                 void InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
    46                 void UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    47                 void InputUpdateFromSolutionHoriz(IssmDouble* solution,Element* element);
    48                 void InputUpdateFromSolutionFS(IssmDouble* solution,Element* element);
     36                void           GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
     37                void           GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
     38                void           GradientJBbarFS(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
     39                void           GradientJBbarGradient(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
     40                void           GradientJBbarL1L2(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
     41                void           GradientJBbarHO(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
     42                void           GradientJBbarSSA(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
     43                void           GradientJBFS(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
     44                void           GradientJBGradient(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
     45                void           GradientJBHO(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
     46                void           GradientJBSSA(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
     47                void           GradientJDragFS(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
     48                void           GradientJDragGradient(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
     49                void           GradientJDragL1L2(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
     50                void           GradientJDragHO(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
     51                void           GradientJDragSSA(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
     52                void           GradientJDragHydroFS(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
     53                void           GradientJDragHydroL1L2(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
     54                void           GradientJDragHydroHO(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
     55                void           GradientJDragHydroSSA(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
     56                void           GradientJDSSA(Element* element,Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index);
     57                void           InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
     58                void           InputUpdateFromSolutionFS(IssmDouble* solution,Element* element);
     59                void           InputUpdateFromSolutionHoriz(IssmDouble* solution,Element* element);
     60                void           UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    4961};
    5062#endif

  • issm/trunk/src/c/analyses/Analysis.h

    r18301 r19105  
    2626
    2727                /*Model processing*/
    28                 virtual int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation)=0;
    29                 virtual void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum)=0;
    30                 virtual void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type)=0;
    31                 virtual void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel)=0;
    3228                virtual void CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel)=0;
    3329                virtual void CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel)=0;
     30                virtual void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel)=0;
     31                virtual int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation)=0;
     32                virtual void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type)=0;
     33                virtual void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum)=0;
    3434
    3535                /*Finite element Analysis*/
    … …  
    3939                virtual ElementMatrix* CreateKMatrix(Element* element)=0;
    4040                virtual ElementVector* CreatePVector(Element* element)=0;
    41                 virtual void GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element)=0;
    42                 virtual void GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index)=0;
    43                 virtual void InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element)=0;
    44                 virtual void UpdateConstraints(FemModel* femmodel)=0;
     41                virtual void           GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element)=0;
     42                virtual void           GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index)=0;
     43                virtual void           InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element)=0;
     44                virtual void           UpdateConstraints(FemModel* femmodel)=0;
    4545};
    4646#endif

  • issm/trunk/src/c/analyses/Balancethickness2Analysis.cpp

    r18301 r19105  
    66
    77/*Model processing*/
     8void Balancethickness2Analysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     9
     10
     11        int finiteelement = P1Enum;
     12        IoModelToConstraintsx(constraints,iomodel,BalancethicknessSpcthicknessEnum,Balancethickness2AnalysisEnum,finiteelement);
     13
     14}/*}}}*/
     15void Balancethickness2Analysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
     16
     17}/*}}}*/
     18void Balancethickness2Analysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     19
     20        int finiteelement = P1Enum;
     21        ::CreateNodes(nodes,iomodel,Balancethickness2AnalysisEnum,finiteelement);
     22}/*}}}*/
    823int  Balancethickness2Analysis::DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation){/*{{{*/
    924        return 1;
    1025}/*}}}*/
    11 void Balancethickness2Analysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    12 }/*}}}*/
    1326void Balancethickness2Analysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
    1427
    1528        /*Finite element type*/
    1629        int finiteelement = P1Enum;
     30
     31        /*Load variables in element*/
     32        iomodel->FetchDataToInput(elements,ThicknessEnum);
     33        iomodel->FetchDataToInput(elements,SurfaceEnum);
     34        iomodel->FetchDataToInput(elements,BaseEnum);
     35        iomodel->FetchDataToInput(elements,MaskIceLevelsetEnum);
     36        iomodel->FetchDataToInput(elements,BasalforcingsGroundediceMeltingRateEnum);
     37        iomodel->FetchDataToInput(elements,SurfaceforcingsMassBalanceEnum);
     38        iomodel->FetchDataToInput(elements,BalancethicknessThickeningRateEnum);
     39        iomodel->FetchDataToInput(elements,BalancethicknessOmegaEnum);
    1740
    1841        /*Update elements: */
    … …  
    2245                        Element* element=(Element*)elements->GetObjectByOffset(counter);
    2346                        element->Update(i,iomodel,analysis_counter,analysis_type,finiteelement);
     47
    2448                        counter++;
    2549                }
    2650        }
    2751
    28         iomodel->FetchDataToInput(elements,BalancethicknessApparentMassbalanceEnum);
    29         iomodel->FetchDataToInput(elements,BalancethicknessNuxEnum);
    30         iomodel->FetchDataToInput(elements,BalancethicknessNuyEnum);
    31         iomodel->FetchDataToInput(elements,BalancethicknessVxObsEnum);
    32         iomodel->FetchDataToInput(elements,BalancethicknessVyObsEnum);
    33         iomodel->FetchDataToInput(elements,BalancethicknessThicknessObsEnum);
    34         iomodel->FetchDataToInput(elements,MeshVertexonboundaryEnum);
    35         iomodel->FetchDataToInput(elements,MaskIceLevelsetEnum);
    36 }/*}}}*/
    37 void Balancethickness2Analysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    38 
    39         int finiteelement = P1Enum;
    40         ::CreateNodes(nodes,iomodel,Balancethickness2AnalysisEnum,finiteelement);
    41 }/*}}}*/
    42 void Balancethickness2Analysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    43 
    44 
    45         int finiteelement = P1Enum;
    46         IoModelToConstraintsx(constraints,iomodel,BalancethicknessSpcpotentialEnum,Balancethickness2AnalysisEnum,finiteelement);
    47 
    48 }/*}}}*/
    49 void Balancethickness2Analysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
    50 
     52}/*}}}*/
     53void Balancethickness2Analysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    5154}/*}}}*/
    5255
    … …  
    5962        return NULL;
    6063}/*}}}*/
     64void           Balancethickness2Analysis::CreateD0(Element* element){/*{{{*/
     65
     66        /*Intermediaries */
     67        IssmDouble       Gamma,h,mu0,ds[2],Cmu,B,k,s,b,normds;
     68        const int        n = 3;
     69        const IssmDouble Hstar = 500.;
     70        const IssmDouble Lstar = 500.e+3;
     71        IssmDouble *xyz_list  = NULL;
     72
     73        /*Fetch number of vertices and allocate output*/
     74        int  numnodes = element->GetNumberOfNodes();
     75        IssmDouble* D0     = xNew<IssmDouble>(numnodes);
     76
     77        /*retrieve what we need: */
     78        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     79        Input* surfaceslopex_input = element->GetInput(SurfaceSlopeXEnum);
     80        Input* surfaceslopey_input = element->GetInput(SurfaceSlopeYEnum);
     81        Input* surface_input       = element->GetInput(SurfaceEnum);            _assert_(surface_input);
     82        Input* B_input             = element->GetInput(MaterialsRheologyBEnum); _assert_(B_input);
     83        IssmDouble rhog            = element->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum)*element->GetMaterialParameter(ConstantsGEnum);
     84
     85        /*Calculate damage evolution source term: */
     86        Gauss* gauss=element->NewGauss();
     87        for (int i=0;i<numnodes;i++){
     88                gauss->GaussNode(element->GetElementType(),i);
     89               
     90                B_input->GetInputValue(&B,gauss);
     91                if(surfaceslopex_input && surfaceslopey_input){
     92                        surfaceslopex_input->GetInputValue(&ds[0],gauss);
     93                        surfaceslopey_input->GetInputValue(&ds[1],gauss);
     94                }
     95                else{
     96                        surface_input->GetInputDerivativeValue(&ds[0],xyz_list,gauss);
     97                }
     98
     99                /*check slopes*/
     100                normds = sqrt(ds[0]*ds[0]+ds[1]*ds[1]);
     101                if (normds==0.){
     102                        _error_("surface slope is zero");
     103                }
     104                if(normds<1.e-5){
     105                        ds[0] = ds[0]/normds*1.e+5;
     106                        ds[1] = ds[1]/normds*1.e+5;
     107                        normds = 1.e-5;
     108                }
     109
     110                mu0   = pow(2.,(1-3*n)/(2.*n)) * B;
     111                Gamma = pow(rhog,n) * pow(Hstar,2*(n+1)) * pow(Hstar/Lstar,2*(n+1)) * 1./pow(mu0,n);
     112
     113                D0[i] = Gamma*pow(ds[0]*ds[0]+ds[1]*ds[1],(n-1)/2)/(n+2);
     114        }
     115
     116        /*Add input*/
     117        element->AddInput(BalancethicknessD0Enum,D0,element->GetElementType());
     118        //if(surfaceslopex_input && surfaceslopey_input){
     119        //      element->DeleteInput(SurfaceSlopeXEnum);
     120        //      element->DeleteInput(SurfaceSlopeYEnum);
     121        //}
     122       
     123        /*Clean up and return*/
     124        xDelete<IssmDouble>(D0);
     125        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     126        delete gauss;
     127}/*}}}*/
    61128ElementMatrix* Balancethickness2Analysis::CreateJacobianMatrix(Element* element){/*{{{*/
    62129_error_("Not implemented");
    … …  
    65132
    66133        /*Intermediaries */
    67         IssmDouble Jdet,D_scalar;
     134        IssmDouble  Jdet,D0,omega;
    68135        IssmDouble* xyz_list = NULL;
    69136
    … …  
    77144        /*Retrieve all inputs and parameters*/
    78145        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     146        Input* omega_input = element->GetInput(BalancethicknessOmegaEnum); _assert_(omega_input);
     147        Input* D0_input    = element->GetInput(BalancethicknessD0Enum);
     148        if(!D0_input){
     149                this->CreateD0(element);
     150                D0_input = element->GetInput(BalancethicknessD0Enum); _assert_(D0_input);
     151        }
    79152
    80153        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    … …  
    84157                element->NodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,gauss);
    85158                element->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
     159                D0_input->GetInputValue(&D0,gauss);
     160                omega_input->GetInputValue(&omega,gauss);
    86161
    87162                for(int i=0;i<numnodes;i++){
    88163                        for(int j=0;j<numnodes;j++){
    89                                 Ke->values[i*numnodes+j] += gauss->weight*Jdet*(dbasis[0*numnodes+i]*dbasis[0*numnodes+j] + dbasis[1*numnodes+i]*dbasis[1*numnodes+j]);
     164                                Ke->values[i*numnodes+j] += D0*exp(omega)*gauss->weight*Jdet*(dbasis[0*numnodes+i]*dbasis[0*numnodes+j] + dbasis[1*numnodes+i]*dbasis[1*numnodes+j]);
    90165                        }
    91166                }
    … …  
    100175ElementVector* Balancethickness2Analysis::CreatePVector(Element* element){/*{{{*/
    101176
    102         /*compute all load vectors for this element*/
    103         ElementVector* pe1=CreatePVectorVolume(element);
    104         ElementVector* pe2=CreatePVectorBoundary(element);
    105         ElementVector* pe =new ElementVector(pe1,pe2);
    106 
    107         /*clean-up and return*/
    108         delete pe1;
    109         delete pe2;
    110         return pe;
    111 }/*}}}*/
    112 ElementVector* Balancethickness2Analysis::CreatePVectorVolume(Element* element){/*{{{*/
    113 
    114177        /*Intermediaries */
    115         IssmDouble  adot,Jdet;
     178        IssmDouble  dhdt,mb,ms,Jdet;
    116179        IssmDouble* xyz_list = NULL;
    117180
    … …  
    125188        /*Retrieve all inputs and parameters*/
    126189        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    127         Input* adot_input   = element->GetInput(BalancethicknessApparentMassbalanceEnum); _assert_(adot_input);
     190        Input* ms_input   = element->GetInput(SurfaceforcingsMassBalanceEnum);                _assert_(ms_input);
     191        Input* mb_input   = element->GetInput(BasalforcingsGroundediceMeltingRateEnum);       _assert_(mb_input);
     192        Input* dhdt_input = element->GetInput(BalancethicknessThickeningRateEnum);            _assert_(dhdt_input);
    128193
    129194        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    … …  
    134199                element->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
    135200                element->NodalFunctions(basis,gauss);
    136                 adot_input->GetInputValue(&adot,gauss);
    137 
    138                 for(int i=0;i<numnodes;i++) pe->values[i]+=Jdet*gauss->weight*adot*basis[i];
     201
     202                ms_input->GetInputValue(&ms,gauss);
     203                mb_input->GetInputValue(&mb,gauss);
     204                dhdt_input->GetInputValue(&dhdt,gauss);
     205
     206                for(int i=0;i<numnodes;i++) pe->values[i]+=Jdet*gauss->weight*(
     207                                        (ms-mb-dhdt)*basis[i]
     208                                        );
    139209        }
    140210
    … …  
    145215        return pe;
    146216}/*}}}*/
    147 ElementVector* Balancethickness2Analysis::CreatePVectorBoundary(Element* element){/*{{{*/
    148 
    149         /*If no front, return NULL*/
    150         if(!element->IsFaceOnBoundary()) return NULL;
     217void           Balancethickness2Analysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
     218                element->GetSolutionFromInputsOneDof(solution,SurfaceEnum);
     219}/*}}}*/
     220void           Balancethickness2Analysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
     221        _error_("Not implemented yet");
     222}/*}}}*/
     223void           Balancethickness2Analysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    151224
    152225        /*Intermediaries*/
    153         IssmDouble  Jdet,thickness,vx,vy;
    154         IssmDouble *xyz_list = NULL;
    155         IssmDouble *xyz_list_front = NULL;
    156         IssmDouble  normal[2];
    157 
    158         /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    159         int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
    160 
    161         /*Initialize Element vector and other vectors*/
    162         ElementVector* pe    = element->NewElementVector();
    163         IssmDouble*    basis = xNew<IssmDouble>(numnodes);
     226        IssmDouble  ds[2],s,b,D;
     227        IssmDouble* xyz_list = NULL;
     228
     229        //element->InputUpdateFromSolutionOneDof(solution,ThicknessEnum);
     230        element->InputUpdateFromSolutionOneDof(solution,SurfaceEnum);
     231
     232        /*Fetch number of vertices and allocate velocity vectors*/
     233        int numvertices = element->GetNumberOfVertices();
     234        IssmDouble* vel_list = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     235        IssmDouble* vx_list  = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     236        IssmDouble* vy_list  = xNew<IssmDouble>(numvertices);
    164237
    165238        /*Retrieve all inputs and parameters*/
    166         Input* thickness_input = element->GetInput(BalancethicknessThicknessObsEnum); _assert_(thickness_input);
    167         Input* vx_input        = element->GetInput(BalancethicknessVxObsEnum);        _assert_(vx_input);
    168         Input* vy_input        = element->GetInput(BalancethicknessVyObsEnum);        _assert_(vy_input);
    169 
    170         element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    171         element->GetIcefrontCoordinates(&xyz_list_front,xyz_list,MaskIceLevelsetEnum);
    172         element->NormalSection(&normal[0],xyz_list_front);
    173 
    174         /*Start looping on Gaussian points*/
    175         Gauss* gauss=element->NewGauss(xyz_list,xyz_list_front,3);
    176         for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    177 
    178                 gauss->GaussPoint(ig);
    179                 thickness_input->GetInputValue(&thickness,gauss);
    180                 vx_input->GetInputValue(&vx,gauss);
    181                 vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
    182                 element->JacobianDeterminantSurface(&Jdet,xyz_list_front,gauss);
    183                 element->NodalFunctions(basis,gauss);
    184 
    185                 for(int i=0;i<numnodes;i++) pe->values[i] += Jdet*gauss->weight*thickness*(vx*normal[0] + vy*normal[1])*basis[i];
    186         }
    187 
    188         /*Clean up and return*/
    189         xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
    190         xDelete<IssmDouble>(xyz_list_front);
    191         xDelete<IssmDouble>(basis);
    192         delete gauss;
    193         return pe;
    194 }/*}}}*/
    195 void Balancethickness2Analysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
    196            _error_("not implemented yet");
    197 }/*}}}*/
    198 void Balancethickness2Analysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
    199         _error_("Not implemented yet");
    200 }/*}}}*/
    201 void Balancethickness2Analysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    202 
    203         /*Intermediaries */
    204         int         Hinterpolation;
    205         IssmDouble  vx,vy,vbar,nux,nuy,normdphi,dphi[2];
    206         IssmDouble* xyz_list = NULL;
    207         int       * doflist  = NULL;
    208 
    209         /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
    210         int numnodes    = element->GetNumberOfNodes();
    211         int numvertices = element->GetNumberOfVertices();
    212 
    213         /*Fetch dof list and allocate solution vector*/
    214         element->GetDofList(&doflist,NoneApproximationEnum,GsetEnum);
    215         IssmDouble* values         = xNew<IssmDouble>(numnodes);
    216         IssmDouble* thickness_list = xNew<IssmDouble>(numvertices);
    217         IssmDouble* vx_list        = xNew<IssmDouble>(numvertices);
    218         IssmDouble* vy_list        = xNew<IssmDouble>(numvertices);
    219 
    220         /*Use the dof list to index into the solution vector: */
    221         for(int i=0;i<numnodes;i++){
    222                 values[i]=solution[doflist[i]];
    223 
    224                 /*Check solution*/
    225                 if(xIsNan<IssmDouble>(values[i])) _error_("NaN found in solution vector");
    226         }
    227 
    228         element->AddInput(PotentialEnum,values,element->GetElementType());
    229 
    230         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    231         element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    232         Input* potential_input = element->GetInput(PotentialEnum);             _assert_(potential_input);
    233         Input* vx_input        = element->GetInput(BalancethicknessVxObsEnum); _assert_(vx_input);
    234         Input* vy_input        = element->GetInput(BalancethicknessVyObsEnum); _assert_(vy_input);
    235         Input* nux_input       = element->GetInput(BalancethicknessNuxEnum);   _assert_(nux_input);
    236         Input* nuy_input       = element->GetInput(BalancethicknessNuyEnum);   _assert_(nuy_input);
    237 
    238         switch(element->GetElementType()){
    239                 case P1Enum: Hinterpolation = P0Enum; break;
    240                 default:     _error_("not implemented");
    241         }
    242 
     239        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     240        Input* D_input   = element->GetInput(BalancethicknessDiffusionCoefficientEnum);
     241        Input* H_input   = element->GetInput(ThicknessEnum);                            _assert_(H_input);
     242        Input* s_input   = element->GetInput(SurfaceEnum);                              _assert_(s_input);
     243        Input* b_input   = element->GetInput(BaseEnum);                                 _assert_(b_input);
     244
     245        /*Calculate velocities*/
    243246        Gauss* gauss=element->NewGauss();
    244         for (int iv=0;iv<1;iv++){
    245                 gauss->GaussNode(Hinterpolation,iv);//P0 Only for now
    246 
    247                 vx_input->GetInputValue(&vx,gauss);
    248                 vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
    249                 nux_input->GetInputValue(&nux,gauss);
    250                 nuy_input->GetInputValue(&nuy,gauss);
    251                 potential_input->GetInputDerivativeValue(&dphi[0],xyz_list,gauss);
    252 
    253                 vx = vx*nux; vy = vy*nuy;
    254                 vbar = sqrt(vx*vx + vy*vy) + 1.e-10;
    255                 normdphi = sqrt(dphi[0]*dphi[0] + dphi[1]*dphi[1]);
    256 
    257                 thickness_list[iv] = normdphi/vbar;
    258                 vx_list[iv]        = -1./thickness_list[iv] * dphi[0];
    259                 vy_list[iv]        = -1./thickness_list[iv] * dphi[1];
    260         }
    261         element->AddInput(ThicknessEnum,thickness_list,Hinterpolation);
    262         element->AddInput(VxEnum,vx_list,Hinterpolation);
    263         element->AddInput(VyEnum,vy_list,Hinterpolation);
    264 
    265         /*Clean up and return*/
    266         delete gauss;
    267         xDelete<int>(doflist);
    268         xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
    269         xDelete<IssmDouble>(values);
    270         xDelete<IssmDouble>(thickness_list);
     247        for(int iv=0;iv<numvertices;iv++){
     248                gauss->GaussVertex(iv);
     249
     250                if(D_input){
     251                        D_input->GetInputValue(&D,gauss);
     252                }
     253                else{
     254                        D = 0.;
     255                }
     256                b_input->GetInputValue(&b,gauss);
     257                s_input->GetInputValue(&s,gauss);
     258                s_input->GetInputDerivativeValue(&ds[0],xyz_list,gauss);
     259
     260                vx_list[iv] = -1./(s-b)*D*ds[0];
     261                vy_list[iv] = -1./(s-b)*D*ds[1];
     262                vel_list[iv] = sqrt(pow(vx_list[iv],2) + pow(vy_list[iv],2));
     263        }
     264
     265        /*Add vx and vy as inputs to the tria element: */
     266        element->AddInput(VxEnum,vx_list,P1Enum);
     267        element->AddInput(VyEnum,vy_list,P1Enum);
     268        element->AddInput(VelEnum,vel_list,P1Enum);
     269
     270        /*Free ressources:*/
     271        delete gauss;
     272        xDelete<IssmDouble>(vy_list);
    271273        xDelete<IssmDouble>(vx_list);
    272         xDelete<IssmDouble>(vy_list);
    273 }/*}}}*/
    274 void Balancethickness2Analysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     274        xDelete<IssmDouble>(vel_list);
     275        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     276}/*}}}*/
     277void           Balancethickness2Analysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    275278        /*Default, do nothing*/
    276279        return;

  • issm/trunk/src/c/analyses/Balancethickness2Analysis.h

    r18301 r19105  
    1313        public:
    1414                /*Model processing*/
    15                 int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
    16                 void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    17                 void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
    18                 void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
    1915                void CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel);
    2016                void CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel);
     17                void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
     18                int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
     19                void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
     20                void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    2121
    2222                /*Finite element Analysis*/
    2323                void           Core(FemModel* femmodel);
    2424                ElementVector* CreateDVector(Element* element);
     25                void           CreateD0(Element* element);
    2526                ElementMatrix* CreateJacobianMatrix(Element* element);
    2627                ElementMatrix* CreateKMatrix(Element* element);
    2728                ElementVector* CreatePVector(Element* element);
    28                 ElementVector* CreatePVectorVolume(Element* element);
    29                 ElementVector* CreatePVectorBoundary(Element* element);
    30                 void GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
    31                 void GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
    32                 void InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
    33                 void UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
     29                void           GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
     30                void           GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
     31                void           InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
     32                void           UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    3433};
    3534#endif

  • issm/trunk/src/c/analyses/BalancethicknessAnalysis.cpp

    r18301 r19105  
    66
    77/*Model processing*/
     8void BalancethicknessAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     9
     10        /*Fetch parameters: */
     11        int    stabilization;   
     12        iomodel->Constant(&stabilization,BalancethicknessStabilizationEnum);
     13
     14        /*Do not add constraints in DG*/
     15        if(stabilization!=3){
     16                IoModelToConstraintsx(constraints,iomodel,BalancethicknessSpcthicknessEnum,BalancethicknessAnalysisEnum,P1Enum);
     17        }
     18
     19}/*}}}*/
     20void BalancethicknessAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
     21
     22        /*Intermediary*/
     23        int element;
     24        int stabilization;
     25
     26        /*Fetch parameters: */
     27        iomodel->Constant(&stabilization,BalancethicknessStabilizationEnum);
     28
     29        /*Loads only in DG*/
     30        if (stabilization==3){
     31
     32                /*Get faces and elements*/
     33                CreateFaces(iomodel);
     34                iomodel->FetchData(1,ThicknessEnum);
     35
     36                /*First load data:*/
     37                for(int i=0;i<iomodel->numberoffaces;i++){
     38
     39                        /*Get left and right elements*/
     40                        element=iomodel->faces[4*i+2]-1; //faces are [node1 node2 elem1 elem2]
     41
     42                        /*Now, if this element is not in the partition, pass: */
     43                        if(!iomodel->my_elements[element]) continue;
     44
     45                        /* Add load */
     46                        loads->AddObject(new Numericalflux(iomodel->loadcounter+i+1,i,i,iomodel,BalancethicknessAnalysisEnum));
     47                }
     48
     49                /*Free data: */
     50                iomodel->DeleteData(1,ThicknessEnum);
     51        }
     52}/*}}}*/
     53void BalancethicknessAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     54
     55        int  stabilization;
     56        iomodel->Constant(&stabilization,BalancethicknessStabilizationEnum);
     57
     58        /*Check in 3d*/
     59        if(stabilization==3 && iomodel->domaintype==Domain3DEnum) _error_("DG 3d not implemented yet");
     60
     61        /*First fetch data: */
     62        if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum) iomodel->FetchData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
     63        if(stabilization!=3){
     64                ::CreateNodes(nodes,iomodel,BalancethicknessAnalysisEnum,P1Enum);
     65        }
     66        else{
     67                ::CreateNodes(nodes,iomodel,BalancethicknessAnalysisEnum,P1DGEnum);
     68        }
     69        iomodel->DeleteData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
     70}/*}}}*/
    871int  BalancethicknessAnalysis::DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation){/*{{{*/
    972        return 1;
    10 }/*}}}*/
    11 void BalancethicknessAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    12         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(BalancethicknessStabilizationEnum));
    1373}/*}}}*/
    1474void BalancethicknessAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
    … …  
    50110        }
    51111}/*}}}*/
    52 void BalancethicknessAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    53 
    54         int  stabilization;
    55         iomodel->Constant(&stabilization,BalancethicknessStabilizationEnum);
    56 
    57         /*Check in 3d*/
    58         if(stabilization==3 && iomodel->domaintype==Domain3DEnum) _error_("DG 3d not implemented yet");
    59 
    60         /*First fetch data: */
    61         if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum) iomodel->FetchData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
    62         if(stabilization!=3){
    63                 ::CreateNodes(nodes,iomodel,BalancethicknessAnalysisEnum,P1Enum);
    64         }
    65         else{
    66                 ::CreateNodes(nodes,iomodel,BalancethicknessAnalysisEnum,P1DGEnum);
    67         }
    68         iomodel->DeleteData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
    69 }/*}}}*/
    70 void BalancethicknessAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    71 
    72         /*Fetch parameters: */
    73         int    stabilization;   
    74         iomodel->Constant(&stabilization,BalancethicknessStabilizationEnum);
    75 
    76         /*Do not add constraints in DG*/
    77         if(stabilization!=3){
    78                 IoModelToConstraintsx(constraints,iomodel,BalancethicknessSpcthicknessEnum,BalancethicknessAnalysisEnum,P1Enum);
    79         }
    80 
    81 }/*}}}*/
    82 void BalancethicknessAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
    83 
    84         /*Intermediary*/
    85         int element;
    86         int stabilization;
    87 
    88         /*Fetch parameters: */
    89         iomodel->Constant(&stabilization,BalancethicknessStabilizationEnum);
    90 
    91         /*Loads only in DG*/
    92         if (stabilization==3){
    93 
    94                 /*Get faces and elements*/
    95                 CreateFaces(iomodel);
    96                 iomodel->FetchData(1,ThicknessEnum);
    97 
    98                 /*First load data:*/
    99                 for(int i=0;i<iomodel->numberoffaces;i++){
    100 
    101                         /*Get left and right elements*/
    102                         element=iomodel->faces[4*i+2]-1; //faces are [node1 node2 elem1 elem2]
    103 
    104                         /*Now, if this element is not in the partition, pass: */
    105                         if(!iomodel->my_elements[element]) continue;
    106 
    107                         /* Add load */
    108                         loads->AddObject(new Numericalflux(iomodel->loadcounter+i+1,i,i,iomodel,BalancethicknessAnalysisEnum));
    109                 }
    110 
    111                 /*Free data: */
    112                 iomodel->DeleteData(1,ThicknessEnum);
    113         }
     112void BalancethicknessAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
     113        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(BalancethicknessStabilizationEnum));
    114114}/*}}}*/
    115115
    … …  
    421421        return pe;
    422422}/*}}}*/
    423 void BalancethicknessAnalysis::GetB(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     423void           BalancethicknessAnalysis::GetB(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    424424        /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3] where Bi is of size 3*NDOF2.
    425425         * For node i, Bi can be expressed in the actual coordinate system
    … …  
    448448        xDelete<IssmDouble>(basis);
    449449}/*}}}*/
    450 void BalancethicknessAnalysis::GetBprime(IssmDouble* Bprime,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     450void           BalancethicknessAnalysis::GetBprime(IssmDouble* Bprime,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    451451        /*Compute B'  matrix. B'=[B1' B2' B3'] where Bi' is of size 3*NDOF2.
    452452         * For node i, Bi' can be expressed in the actual coordinate system
    … …  
    476476
    477477}/*}}}*/
    478 void BalancethicknessAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
     478void           BalancethicknessAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
    479479           _error_("not implemented yet");
    480480}/*}}}*/
    481 void BalancethicknessAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
     481void           BalancethicknessAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
    482482        /* WARNING: this gradient is valid for Soft balance thickness only */
    483483
    … …  
    595595
    596596}/*}}}*/
    597 void BalancethicknessAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     597void           BalancethicknessAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    598598
    599599        int domaintype;
    … …  
    609609        }
    610610}/*}}}*/
    611 void BalancethicknessAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     611void           BalancethicknessAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    612612        /*Default, do nothing*/
    613613        return;

  • issm/trunk/src/c/analyses/BalancethicknessAnalysis.h

    r18301 r19105  
    1313        public:
    1414                /*Model processing*/
    15                 int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
    16                 void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    17                 void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
    18                 void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
    1915                void CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel);
    2016                void CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel);
     17                void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
     18                int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
     19                void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
     20                void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    2121
    2222                /*Finite element Analysis*/
    … …  
    3030                ElementVector* CreatePVectorCG(Element* element);
    3131                ElementVector* CreatePVectorDG(Element* element);
    32                 void GetB(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    33                 void GetBprime(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    34                 void GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
    35                 void GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
    36                 void InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
    37                 void UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
     32                void           GetB(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     33                void           GetBprime(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     34                void           GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
     35                void           GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
     36                void           InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
     37                void           UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    3838};
    3939#endif

  • issm/trunk/src/c/analyses/BalancevelocityAnalysis.cpp

    r18301 r19105  
    66
    77/*Model processing*/
     8void BalancevelocityAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     9
     10        /*No constraints for now*/
     11        //IoModelToConstraintsx(constraints,iomodel,BalancethicknessSpcthicknessEnum,BalancevelocityAnalysisEnum,P1Enum);
     12}/*}}}*/
     13void BalancevelocityAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
     14
     15        /*No loads*/
     16}/*}}}*/
     17void BalancevelocityAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     18
     19        /*Check in 3d*/
     20        if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum) _error_("DG 3d not implemented yet");
     21
     22        /*First fetch data: */
     23        ::CreateNodes(nodes,iomodel,BalancevelocityAnalysisEnum,P1Enum);
     24}/*}}}*/
    825int  BalancevelocityAnalysis::DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation){/*{{{*/
    926        return 1;
    10 }/*}}}*/
    11 void BalancevelocityAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    1227}/*}}}*/
    1328void BalancevelocityAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
    … …  
    3853        }
    3954}/*}}}*/
    40 void BalancevelocityAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    41 
    42         /*Check in 3d*/
    43         if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum) _error_("DG 3d not implemented yet");
    44 
    45         /*First fetch data: */
    46         ::CreateNodes(nodes,iomodel,BalancevelocityAnalysisEnum,P1Enum);
    47 }/*}}}*/
    48 void BalancevelocityAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    49 
    50         /*No constraints for now*/
    51         //IoModelToConstraintsx(constraints,iomodel,BalancethicknessSpcthicknessEnum,BalancevelocityAnalysisEnum,P1Enum);
    52 }/*}}}*/
    53 void BalancevelocityAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
    54 
    55         /*No loads*/
     55void BalancevelocityAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    5656}/*}}}*/
    5757
    … …  
    9595
    9696        /*Get vector N for all nodes and build HNx and HNy*/
    97         element->GetInputListOnNodes(Nx,SurfaceSlopeXEnum);
    98         element->GetInputListOnNodes(Ny,SurfaceSlopeYEnum);
     97        element->GetInputListOnNodes(Nx,DrivingStressXEnum);
     98        element->GetInputListOnNodes(Ny,DrivingStressYEnum);
    9999        element->GetInputListOnNodes(H,ThicknessEnum);
    100100        for(int i=0;i<numnodes;i++){
    … …  
    190190
    191191        /*Get vector N for all nodes*/
    192         basalelement->GetInputListOnNodes(Nx,SurfaceSlopeXEnum);
    193         basalelement->GetInputListOnNodes(Ny,SurfaceSlopeYEnum);
     192        basalelement->GetInputListOnNodes(Nx,DrivingStressXEnum);
     193        basalelement->GetInputListOnNodes(Ny,DrivingStressYEnum);
    194194        basalelement->GetInputListOnNodes(H,ThicknessEnum);
    195195        for(int i=0;i<numnodes;i++){
    … …  
    238238        return pe;
    239239}/*}}}*/
    240 void BalancevelocityAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
     240void           BalancevelocityAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
    241241           _error_("not implemented yet");
    242242}/*}}}*/
    243 void BalancevelocityAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
     243void           BalancevelocityAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
    244244        _error_("Not implemented yet");
    245245}/*}}}*/
    246 void BalancevelocityAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     246void           BalancevelocityAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    247247
    248248        int domaintype;
    … …  
    258258        }
    259259}/*}}}*/
    260 void BalancevelocityAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     260void           BalancevelocityAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    261261        /*Default, do nothing*/
    262262        return;

  • issm/trunk/src/c/analyses/BalancevelocityAnalysis.h

    r18301 r19105  
    1313        public:
    1414                /*Model processing*/
    15                 int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
    16                 void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    17                 void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
    18                 void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
    1915                void CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel);
    2016                void CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel);
     17                void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
     18                int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
     19                void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
     20                void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    2121
    2222                /*Finite element Analysis*/
    … …  
    2626                ElementMatrix* CreateKMatrix(Element* element);
    2727                ElementVector* CreatePVector(Element* element);
    28                 void GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
    29                 void GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
    30                 void InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
    31                 void UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
     28                void           GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
     29                void           GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
     30                void           InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
     31                void           UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    3232};
    3333#endif

  • issm/trunk/src/c/analyses/DamageEvolutionAnalysis.cpp

    r18301 r19105  
    66
    77/*Model processing*/
     8void DamageEvolutionAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     9
     10        int finiteelement;
     11        iomodel->Constant(&finiteelement,DamageElementinterpEnum);
     12
     13        IoModelToConstraintsx(constraints,iomodel,DamageSpcdamageEnum,DamageEvolutionAnalysisEnum,finiteelement);
     14
     15}/*}}}*/
     16void DamageEvolutionAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
     17
     18        /*Nothing for now*/
     19
     20}/*}}}*/
     21void DamageEvolutionAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     22
     23        int finiteelement;
     24
     25        iomodel->Constant(&finiteelement,DamageElementinterpEnum);
     26        ::CreateNodes(nodes,iomodel,DamageEvolutionAnalysisEnum,finiteelement);
     27}/*}}}*/
    828int  DamageEvolutionAnalysis::DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation){/*{{{*/
    929        return 1;
     30}/*}}}*/
     31void DamageEvolutionAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
     32
     33        int finiteelement;
     34        bool   islevelset;
     35
     36        iomodel->Constant(&finiteelement,DamageElementinterpEnum);
     37        iomodel->Constant(&islevelset,TransientIslevelsetEnum);
     38
     39        /*Update elements: */
     40        int counter=0;
     41        for(int i=0;i<iomodel->numberofelements;i++){
     42                if(iomodel->my_elements[i]){
     43                        Element* element=(Element*)elements->GetObjectByOffset(counter);
     44                        element->Update(i,iomodel,analysis_counter,analysis_type,finiteelement);
     45                        counter++;
     46                }
     47        }
     48
     49        /*What input do I need to run my damage evolution model?*/
     50        iomodel->FetchDataToInput(elements,VxEnum);
     51        iomodel->FetchDataToInput(elements,VyEnum);
     52        if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum) iomodel->FetchDataToInput(elements,VzEnum);
     53        iomodel->FetchDataToInput(elements,DamageDEnum);
     54        iomodel->FetchDataToInput(elements,MaskIceLevelsetEnum);
     55        iomodel->FetchDataToInput(elements,PressureEnum);
     56
     57        if(islevelset){
     58                iomodel->FetchDataToInput(elements,IceMaskNodeActivationEnum);
     59        }
     60
    1061}/*}}}*/
    1162void DamageEvolutionAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    … …  
    4596
    4697}/*}}}*/
    47 void DamageEvolutionAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
    48 
    49         int finiteelement;
    50 
    51         iomodel->Constant(&finiteelement,DamageElementinterpEnum);
    52 
    53         /*Update elements: */
    54         int counter=0;
    55         for(int i=0;i<iomodel->numberofelements;i++){
    56                 if(iomodel->my_elements[i]){
    57                         Element* element=(Element*)elements->GetObjectByOffset(counter);
    58                         element->Update(i,iomodel,analysis_counter,analysis_type,finiteelement);
    59                         counter++;
    60                 }
    61         }
    62 
    63         /*What input do I need to run my damage evolution model?*/
    64         iomodel->FetchDataToInput(elements,VxEnum);
    65         iomodel->FetchDataToInput(elements,VyEnum);
    66         if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum) iomodel->FetchDataToInput(elements,VzEnum);
    67         iomodel->FetchDataToInput(elements,DamageDEnum);
    68         iomodel->FetchDataToInput(elements,MaskIceLevelsetEnum);
    69         iomodel->FetchDataToInput(elements,PressureEnum);
    70 
    71 }/*}}}*/
    72 void DamageEvolutionAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    73 
    74         int finiteelement;
    75 
    76         iomodel->Constant(&finiteelement,DamageElementinterpEnum);
    77 
    78         if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum) iomodel->FetchData(1,MeshVertexonbaseEnum);
    79         ::CreateNodes(nodes,iomodel,DamageEvolutionAnalysisEnum,finiteelement);
    80         iomodel->DeleteData(1,MeshVertexonbaseEnum);
    81 }/*}}}*/
    82 void DamageEvolutionAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    83 
    84         int finiteelement;
    85         iomodel->Constant(&finiteelement,DamageElementinterpEnum);
    86 
    87         IoModelToConstraintsx(constraints,iomodel,DamageSpcdamageEnum,DamageEvolutionAnalysisEnum,finiteelement);
    88 
    89 }/*}}}*/
    90 void DamageEvolutionAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
    91 
    92         /*Nothing for now*/
    93 
    94 }/*}}}*/
    9598
    9699/*Finite Element Analysis*/
    … …  
    98101        _error_("not implemented");
    99102}/*}}}*/
    100 ElementVector* DamageEvolutionAnalysis::CreateDVector(Element* element){/*{{{*/
    101         /*Default, return NULL*/
    102         return NULL;
    103 }/*}}}*/
    104 ElementMatrix* DamageEvolutionAnalysis::CreateJacobianMatrix(Element* element){/*{{{*/
    105 _error_("Not implemented");
    106 }/*}}}*/
    107 ElementMatrix* DamageEvolutionAnalysis::CreateKMatrix(Element* element){/*{{{*/
    108 
    109         /* Check if ice in element */
    110         if(!element->IsIceInElement()) return NULL;
    111 
    112         /*Intermediaries*/
    113         Element*    basalelement;
    114         int         domaintype,dim;
    115         int         stabilization;
    116         IssmDouble  Jdet,dt,D_scalar,h;
    117         IssmDouble  vel,vx,vy,dvxdx,dvydy,dvx[2],dvy[2];
    118         IssmDouble *xyz_list  = NULL;
    119 
    120         /*Get problem dimension and basal element*/
    121         element->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
    122         switch(domaintype){
    123                 case Domain2DhorizontalEnum:
    124                         basalelement = element;
    125                         dim = 2;
    126                         break;
    127                 case Domain3DEnum:
    128                         if(!element->IsOnBase()) return NULL;
    129                         basalelement = element->SpawnBasalElement();
    130                         dim = 2;
    131                         break;
    132                 default: _error_("mesh "<<EnumToStringx(domaintype)<<" not supported yet");
    133         }
    134 
    135         /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
    136         int numnodes = basalelement->GetNumberOfNodes();
    137 
    138         /*Initialize Element vector*/
    139         ElementMatrix* Ke     = basalelement->NewElementMatrix();
    140         IssmDouble*    basis  = xNew<IssmDouble>(numnodes);
    141         IssmDouble*    B      = xNew<IssmDouble>(dim*numnodes);
    142         IssmDouble*    Bprime = xNew<IssmDouble>(dim*numnodes);
    143         IssmDouble*    D      = xNewZeroInit<IssmDouble>(dim*dim);
    144 
    145         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    146         basalelement->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    147         basalelement->FindParam(&dt,TimesteppingTimeStepEnum);
    148         basalelement->FindParam(&stabilization,DamageStabilizationEnum);
    149         Input* vxaverage_input=NULL;
    150         Input* vyaverage_input=NULL;
    151         if(domaintype==Domain2DhorizontalEnum){
    152                 vxaverage_input=basalelement->GetInput(VxEnum); _assert_(vxaverage_input);
    153                 vyaverage_input=basalelement->GetInput(VyEnum); _assert_(vyaverage_input);
    154         }
    155         else{
    156                 if(dim==1){
    157                         vxaverage_input=element->GetInput(VxEnum); _assert_(vxaverage_input);
    158                 }
    159                 if(dim==2){
    160                         vxaverage_input=element->GetInput(VxAverageEnum); _assert_(vxaverage_input);
    161                         vyaverage_input=element->GetInput(VyAverageEnum); _assert_(vyaverage_input);
    162                 }
    163         }
    164         h=basalelement->CharacteristicLength();
    165 
    166         /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    167         Gauss* gauss=basalelement->NewGauss(2);
    168         for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    169                 gauss->GaussPoint(ig);
    170 
    171                 basalelement->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
    172                 basalelement->NodalFunctions(basis,gauss);
    173                
    174                 vxaverage_input->GetInputValue(&vx,gauss);
    175                 vxaverage_input->GetInputDerivativeValue(&dvx[0],xyz_list,gauss);
    176                 if(dim==2){
    177                         vyaverage_input->GetInputValue(&vy,gauss);
    178                         vyaverage_input->GetInputDerivativeValue(&dvy[0],xyz_list,gauss);
    179                 }
    180 
    181                 D_scalar=gauss->weight*Jdet;
    182                 TripleMultiply(basis,1,numnodes,1,
    183                                         &D_scalar,1,1,0,
    184                                         basis,1,numnodes,0,
    185                                         &Ke->values[0],1);
    186 
    187                 GetB(B,basalelement,dim,xyz_list,gauss);
    188                 GetBprime(Bprime,basalelement,dim,xyz_list,gauss);
    189 
    190                 dvxdx=dvx[0];
    191                 if(dim==2) dvydy=dvy[1];
    192                 D_scalar=dt*gauss->weight*Jdet;
    193 
    194                 D[0*dim+0]=D_scalar*dvxdx;
    195                 if(dim==2) D[1*dim+1]=D_scalar*dvydy;
    196 
    197                 TripleMultiply(B,dim,numnodes,1,
    198                                         D,dim,dim,0,
    199                                         B,dim,numnodes,0,
    200                                         &Ke->values[0],1);
    201 
    202                 D[0*dim+0]=D_scalar*vx;
    203                 if(dim==2) D[1*dim+1]=D_scalar*vy;
    204 
    205                 TripleMultiply(B,dim,numnodes,1,
    206                                         D,dim,dim,0,
    207                                         Bprime,dim,numnodes,0,
    208                                         &Ke->values[0],1);
    209 
    210                 if(stabilization==2){
    211                         if(dim==1){
    212                                 vel=fabs(vx)+1.e-8;
    213                                 D[0]=h/(2.0*vel)*vx*vx;
    214                         }
    215                         else{
    216                                 /*Streamline upwinding*/
    217                                 vel=sqrt(vx*vx+vy*vy)+1.e-8;
    218                                 D[0*dim+0]=h/(2.0*vel)*vx*vx;
    219                                 D[1*dim+0]=h/(2.0*vel)*vy*vx;
    220                                 D[0*dim+1]=h/(2.0*vel)*vx*vy;
    221                                 D[1*dim+1]=h/(2.0*vel)*vy*vy;
    222                         }
    223                 }
    224                 else if(stabilization==1){
    225                         vxaverage_input->GetInputAverage(&vx);
    226                         if(dim==2) vyaverage_input->GetInputAverage(&vy);
    227                         D[0*dim+0]=h/2.0*fabs(vx);
    228                         if(dim==2) D[1*dim+1]=h/2.0*fabs(vy);
    229                 }
    230                 if(stabilization==1 || stabilization==2){
    231                         if(dim==1) D[0]=D_scalar*D[0];
    232                         else{
    233                                 D[0*dim+0]=D_scalar*D[0*dim+0];
    234                                 D[1*dim+0]=D_scalar*D[1*dim+0];
    235                                 D[0*dim+1]=D_scalar*D[0*dim+1];
    236                                 D[1*dim+1]=D_scalar*D[1*dim+1];
    237                         }
    238 
    239                         TripleMultiply(Bprime,dim,numnodes,1,
    240                                                 D,dim,dim,0,
    241                                                 Bprime,dim,numnodes,0,
    242                                                 &Ke->values[0],1);
    243                 }
    244 
    245         }
    246 
    247         /*Clean up and return*/
    248         xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
    249         xDelete<IssmDouble>(basis);
    250         xDelete<IssmDouble>(B);
    251         xDelete<IssmDouble>(Bprime);
    252         xDelete<IssmDouble>(D);
    253         delete gauss;
    254         if(domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){basalelement->DeleteMaterials(); delete basalelement;};
    255         return Ke;
    256 }/*}}}*/
    257 ElementVector* DamageEvolutionAnalysis::CreatePVector(Element* element){/*{{{*/
    258 
    259         /* Check if ice in element */
    260         if(!element->IsIceInElement()) return NULL;
    261 
    262         /*Intermediaries*/
    263         int      domaintype,damagelaw;
    264         Element* basalelement;
    265         IssmDouble  Jdet,dt;
    266         IssmDouble  f,damage;
    267         IssmDouble* xyz_list = NULL;
    268 
    269         /*Get basal element*/
    270         element->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
    271         switch(domaintype){
    272                 case Domain2DhorizontalEnum:
    273                         basalelement = element;
    274                         break;
    275                 case Domain3DEnum:
    276                         if(!element->IsOnBase()) return NULL;
    277                         basalelement = element->SpawnBasalElement();
    278                         break;
    279                 default: _error_("mesh "<<EnumToStringx(domaintype)<<" not supported yet");
    280         }
    281 
    282 
    283         /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
    284         int numnodes = basalelement->GetNumberOfNodes();
    285 
    286         /*Initialize Element vector and other vectors*/
    287         ElementVector* pe    = basalelement->NewElementVector();
    288         IssmDouble*    basis = xNew<IssmDouble>(numnodes);
    289 
    290         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    291         basalelement->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    292         basalelement->FindParam(&dt,TimesteppingTimeStepEnum);
    293         basalelement->FindParam(&damagelaw,DamageLawEnum);
    294         if(damagelaw==1 | damagelaw==2){
    295                 this->CreateDamageFInputPralong(basalelement);
    296         }
    297         else if(damagelaw==3){
    298                 this->CreateDamageFInputExp(basalelement);
    299         }
    300         Input* damaged_input = basalelement->GetInput(DamageDEnum); _assert_(damaged_input);
    301         Input* damagef_input = basalelement->GetInput(DamageFEnum); _assert_(damagef_input);
    302 
    303 
    304         /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    305         Gauss* gauss=basalelement->NewGauss(2);
    306         for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    307                 gauss->GaussPoint(ig);
    308 
    309                 basalelement->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
    310                 basalelement->NodalFunctions(basis,gauss);
    311 
    312                 damaged_input->GetInputValue(&damage,gauss);
    313                 damagef_input->GetInputValue(&f,gauss);
    314 
    315                 for(int i=0;i<numnodes;i++){
    316                         pe->values[i]+=Jdet*gauss->weight*(damage+dt*f)*basis[i];
    317                 }
    318         }
    319 
    320         /*Clean up and return*/
    321         xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
    322         xDelete<IssmDouble>(basis);
    323         if(domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){basalelement->DeleteMaterials(); delete basalelement;};
    324         delete gauss;
    325         return pe;
    326 }/*}}}*/
    327 void DamageEvolutionAnalysis::GetB(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    328         /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3] where Bi is of size 3*NDOF2.
    329          * For node i, Bi can be expressed in the actual coordinate system
    330          * by:
    331          *       Bi=[ N ]
    332          *          [ N ]
    333          * where N is the finiteelement function for node i.
    334          *
    335          * We assume B_prog has been allocated already, of size: 2x(NDOF1*numnodes)
    336          */
    337 
    338         /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    339         int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
    340 
    341         /*Get nodal functions*/
    342         IssmDouble* basis=xNew<IssmDouble>(numnodes);
    343         element->NodalFunctions(basis,gauss);
    344 
    345         /*Build B: */
    346         for(int i=0;i<numnodes;i++){
    347                 for(int j=0;j<dim;j++){
    348                         B[numnodes*j+i] = basis[i];
    349                 }
    350         }
    351 
    352         /*Clean-up*/
    353         xDelete<IssmDouble>(basis);
    354 }/*}}}*/
    355 void DamageEvolutionAnalysis::GetBprime(IssmDouble* Bprime,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    356         /*Compute B'  matrix. B'=[B1' B2' B3'] where Bi' is of size 3*NDOF2.
    357          * For node i, Bi' can be expressed in the actual coordinate system
    358          * by:
    359          *       Bi_prime=[ dN/dx ]
    360          *                [ dN/dy ]
    361          * where N is the finiteelement function for node i.
    362          *
    363          * We assume B' has been allocated already, of size: 3x(NDOF2*numnodes)
    364          */
    365 
    366         /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    367         int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
    368 
    369         /*Get nodal functions derivatives*/
    370         IssmDouble* dbasis=xNew<IssmDouble>(dim*numnodes);
    371         element->NodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,gauss);
    372 
    373         /*Build B': */
    374         for(int i=0;i<numnodes;i++){
    375                 for(int j=0;j<dim;j++){
    376                         Bprime[numnodes*j+i] = dbasis[j*numnodes+i];
    377                 }
    378         }
    379 
    380         /*Clean-up*/
    381         xDelete<IssmDouble>(dbasis);
    382 
    383 }/*}}}*/
    384 void DamageEvolutionAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
    385            _error_("not implemented yet");
    386 }/*}}}*/
    387 void DamageEvolutionAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
    388         _error_("Not implemented yet");
    389 }/*}}}*/
    390 void DamageEvolutionAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    391 
    392         int domaintype;
    393         IssmDouble  max_damage;
    394         int                     *doflist = NULL;
    395         Element*   basalelement=NULL;
    396 
    397         element->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
    398         if(domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){
    399                 if(!element->IsOnBase()) return;
    400                 basalelement=element->SpawnBasalElement();
    401         }
    402         else{
    403                 basalelement = element;
    404         }
    405         /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
    406         int numnodes = basalelement->GetNumberOfNodes();
    407 
    408         /*Fetch dof list and allocate solution vector*/
    409         basalelement->GetDofList(&doflist,NoneApproximationEnum,GsetEnum);
    410         IssmDouble* newdamage = xNew<IssmDouble>(numnodes);
    411 
    412         /*Get user-supplied max_damage: */
    413         basalelement->FindParam(&max_damage,DamageMaxDamageEnum);
    414 
    415         /*Use the dof list to index into the solution vector: */
    416         for(int i=0;i<numnodes;i++){
    417                 newdamage[i]=solution[doflist[i]];
    418                 /*Check solution*/
    419                 if(xIsNan<IssmDouble>(newdamage[i])) _error_("NaN found in solution vector");
    420                 /*Enforce D < max_damage and D > 0 */
    421                 if(newdamage[i]>max_damage) newdamage[i]=max_damage;
    422                 else if(newdamage[i]<0.)    newdamage[i]=0.;
    423         }
    424 
    425         /*Get all inputs and parameters*/
    426         if(domaintype==Domain2DhorizontalEnum){
    427                 basalelement->AddInput(DamageDbarEnum,newdamage,element->GetElementType());
    428         }
    429         else{
    430                 basalelement->AddBasalInput(DamageDEnum,newdamage,element->GetElementType());
    431         }
    432 
    433         /*Free ressources:*/
    434         xDelete<IssmDouble>(newdamage);
    435         xDelete<int>(doflist);
    436         if(domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){basalelement->DeleteMaterials(); delete basalelement;};
    437 }/*}}}*/
    438 void DamageEvolutionAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    439         /*Default, do nothing*/
    440         return;
    441 }/*}}}*/
    442 
    443 /*Intermediaries*/
    444 void DamageEvolutionAnalysis::CreateDamageFInputPralong(Element* element){/*{{{*/
    445 
    446         /*Intermediaries */
    447         IssmDouble c1,c2,c3,healing,stress_threshold;
    448         IssmDouble s_xx,s_xy,s_yy,s1,s2,stmp;
    449         IssmDouble J2s,Chi,Psi,PosPsi,NegPsi;
    450         IssmDouble damage,tau_xx,tau_xy,tau_yy;
    451         int equivstress,domaintype,damagelaw;
    452 
    453         /*Fetch number of vertices and allocate output*/
    454         int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
    455         IssmDouble* f   = xNew<IssmDouble>(numnodes);
    456 
    457         /*retrieve parameters:*/
    458         element->FindParam(&c1,DamageC1Enum);
    459         element->FindParam(&c2,DamageC2Enum);
    460         element->FindParam(&c3,DamageC3Enum);
    461         element->FindParam(&healing,DamageHealingEnum);
    462         element->FindParam(&stress_threshold,DamageStressThresholdEnum);
    463         element->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
    464         element->FindParam(&damagelaw,DamageLawEnum);
    465 
    466         /*Compute stress tensor: */
    467         element->ComputeDeviatoricStressTensor();
    468 
    469         /*retrieve what we need: */
    470         Input* tau_xx_input  = element->GetInput(DeviatoricStressxxEnum);     _assert_(tau_xx_input);
    471         Input* tau_xy_input  = element->GetInput(DeviatoricStressxyEnum);     _assert_(tau_xy_input);
    472         Input* tau_yy_input  = element->GetInput(DeviatoricStressyyEnum);     _assert_(tau_yy_input);
    473         Input* damage_input = NULL;
    474         if(domaintype==Domain2DhorizontalEnum){
    475                 damage_input = element->GetInput(DamageDbarEnum);       _assert_(damage_input);
    476         }
    477         else{
    478                 damage_input = element->GetInput(DamageDEnum);   _assert_(damage_input);
    479         }
    480 
    481         /*retrieve the desired type of equivalent stress*/
    482         element->FindParam(&equivstress,DamageEquivStressEnum);
    483 
    484         /*Calculate damage evolution source term: */
    485         Gauss* gauss=element->NewGauss();
    486         for (int i=0;i<numnodes;i++){
    487                 gauss->GaussNode(element->GetElementType(),i);
    488                
    489                 damage_input->GetInputValue(&damage,gauss);
    490                 tau_xx_input->GetInputValue(&tau_xx,gauss);
    491                 tau_xy_input->GetInputValue(&tau_xy,gauss);
    492                 tau_yy_input->GetInputValue(&tau_yy,gauss);
    493        
    494                 /*Calculate effective stress components*/
    495                 s_xx=tau_xx/(1.-damage);
    496                 s_xy=tau_xy/(1.-damage);
    497                 s_yy=tau_yy/(1.-damage);
    498 
    499                 /*Calculate principal effective stresses*/
    500                 s1=(s_xx+s_yy)/2.+sqrt(pow((s_xx-s_yy)/2.,2)+pow(s_xy,2));
    501                 s2=(s_xx+s_yy)/2.-sqrt(pow((s_xx-s_yy)/2.,2)+pow(s_xy,2));
    502                 if(fabs(s2)>fabs(s1)){stmp=s2; s2=s1; s1=stmp;}
    503 
    504                 if(equivstress==0){ /* von Mises */
    505                         Chi=sqrt(s1*s1-s1*s2+s2*s2);
    506                 }
    507                 else if(equivstress==1){ /* max principal stress */
    508                         Chi=s1;
    509                 }
    510                 Psi=Chi-stress_threshold;
    511                 NegPsi=max(-Chi,0.); /* healing only for compressive stresses */
    512 
    513                 if(damagelaw==1){
    514                         PosPsi=max(Psi,0.);
    515                         f[i]= c1*(pow(PosPsi,c2) - healing*pow(NegPsi,c2))*pow((1./(1.-damage)),c3);
    516                 }
    517                 else if(damagelaw==2){
    518                         PosPsi=max(Psi,1.);
    519                         f[i]= c1*(pow(log10(PosPsi),c2) - healing*pow(NegPsi,c2))*pow((1./(1.-damage)),c3);
    520                 }
    521                 else _error_("damage law not supported");
    522         }
    523 
    524         /*Add input*/
    525         element->AddInput(DamageFEnum,f,element->GetElementType());
    526        
    527         /*Clean up and return*/
    528         xDelete<IssmDouble>(f);
    529         delete gauss;
    530 }/*}}}*/
    531 void DamageEvolutionAnalysis::CreateDamageFInputExp(Element* element){/*{{{*/
     103void           DamageEvolutionAnalysis::CreateDamageFInputExp(Element* element){/*{{{*/
    532104
    533105        /*Intermediaries */
    … …  
    600172        delete gauss;
    601173}/*}}}*/
     174void           DamageEvolutionAnalysis::CreateDamageFInputPralong(Element* element){/*{{{*/
     175
     176        /*Intermediaries */
     177        IssmDouble c1,c2,c3,healing,stress_threshold;
     178        IssmDouble s_xx,s_xy,s_xz,s_yy,s_yz,s_zz,s1,s2,s3,stmp;
     179        IssmDouble J2s,Chi,Psi,PosPsi,NegPsi;
     180        IssmDouble damage,tau_xx,tau_xy,tau_xz,tau_yy,tau_yz,tau_zz,stressMaxPrincipal;
     181        int equivstress,domaintype,damagelaw,dim;
     182
     183        /*Fetch number of vertices and allocate output*/
     184        int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
     185        IssmDouble* f   = xNew<IssmDouble>(numnodes);
     186
     187        /*retrieve parameters:*/
     188        element->FindParam(&c1,DamageC1Enum);
     189        element->FindParam(&c2,DamageC2Enum);
     190        element->FindParam(&c3,DamageC3Enum);
     191        element->FindParam(&healing,DamageHealingEnum);
     192        element->FindParam(&stress_threshold,DamageStressThresholdEnum);
     193        element->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
     194        element->FindParam(&damagelaw,DamageLawEnum);
     195
     196        /*Get problem dimension*/
     197        switch(domaintype){
     198                case Domain2DhorizontalEnum: dim = 2; break;
     199                case Domain3DEnum:           dim = 3; break;
     200                default: _error_("not implemented");
     201        }
     202        /*Compute stress tensor and Stress Max Principal: */
     203        element->ComputeDeviatoricStressTensor();
     204        if(dim==3){
     205                /*Only works in 3d because the pressure is defined*/
     206                element->StressMaxPrincipalCreateInput();
     207        }
     208        /*retrieve what we need: */
     209        Input* tau_xx_input  = element->GetInput(DeviatoricStressxxEnum);     _assert_(tau_xx_input);
     210        Input* tau_xy_input  = element->GetInput(DeviatoricStressxyEnum);     _assert_(tau_xy_input);
     211        Input* tau_yy_input  = element->GetInput(DeviatoricStressyyEnum);     _assert_(tau_yy_input);
     212        Input* tau_xz_input  = NULL;
     213        Input* tau_yz_input  = NULL;
     214        Input* tau_zz_input  = NULL;
     215        Input* stressMaxPrincipal_input = NULL;
     216        if(dim==3){
     217                tau_xz_input  = element->GetInput(DeviatoricStressxzEnum);     _assert_(tau_xz_input);
     218                tau_yz_input  = element->GetInput(DeviatoricStressyzEnum);     _assert_(tau_yz_input);
     219                tau_zz_input  = element->GetInput(DeviatoricStresszzEnum);     _assert_(tau_zz_input);
     220                stressMaxPrincipal_input = element->GetInput(StressMaxPrincipalEnum); _assert_(stressMaxPrincipal_input);
     221        }
     222        Input* damage_input = NULL;
     223        if(domaintype==Domain2DhorizontalEnum){
     224                damage_input = element->GetInput(DamageDbarEnum);       _assert_(damage_input);
     225        }
     226        else{
     227                damage_input = element->GetInput(DamageDEnum);   _assert_(damage_input);
     228        }
     229
     230        /*retrieve the desired type of equivalent stress*/
     231        element->FindParam(&equivstress,DamageEquivStressEnum);
     232
     233        /*Calculate damage evolution source term: */
     234        Gauss* gauss=element->NewGauss();
     235        for (int i=0;i<numnodes;i++){
     236                gauss->GaussNode(element->GetElementType(),i);
     237               
     238                damage_input->GetInputValue(&damage,gauss);
     239                tau_xx_input->GetInputValue(&tau_xx,gauss);
     240                tau_xy_input->GetInputValue(&tau_xy,gauss);
     241                tau_yy_input->GetInputValue(&tau_yy,gauss);
     242                if(dim==3){
     243                        tau_xz_input->GetInputValue(&tau_xz,gauss);
     244                        tau_yz_input->GetInputValue(&tau_yz,gauss);
     245                        tau_zz_input->GetInputValue(&tau_zz,gauss);
     246                }
     247                /*Calculate effective stress components*/
     248                s_xx=tau_xx/(1.-damage);
     249                s_xy=tau_xy/(1.-damage);
     250                s_yy=tau_yy/(1.-damage);
     251                if(dim==3){
     252                        s_xz=tau_xz/(1.-damage);
     253                        s_yz=tau_yz/(1.-damage);
     254                        s_zz=tau_zz/(1.-damage);
     255                }
     256                /*Calculate principal effective stresses*/
     257                if(dim==2){
     258                        s1=(s_xx+s_yy)/2.+sqrt(pow((s_xx-s_yy)/2.,2)+pow(s_xy,2));
     259                        s2=(s_xx+s_yy)/2.-sqrt(pow((s_xx-s_yy)/2.,2)+pow(s_xy,2));
     260                        if(fabs(s2)>fabs(s1)){stmp=s2; s2=s1; s1=stmp;}
     261
     262                        if(equivstress==0){ /* von Mises */
     263                                Chi=sqrt(s1*s1-s1*s2+s2*s2);
     264                        }
     265                        else if(equivstress==1){ /* max principal stress */
     266                                Chi=s1;
     267                        }
     268                        Psi=Chi-stress_threshold;
     269                        NegPsi=max(-Chi,0.); /* healing only for compressive stresses */
     270
     271                        if(damagelaw==1){
     272                                PosPsi=max(Psi,0.);
     273                                f[i]= c1*(pow(PosPsi,c2) - healing*pow(NegPsi,c2))*pow((1./(1.-damage)),c3);
     274                        }
     275                        else if(damagelaw==2){
     276                                PosPsi=max(Psi,1.);
     277                                f[i]= c1*(pow(log10(PosPsi),c2) - healing*pow(NegPsi,c2))*pow((1./(1.-damage)),c3);
     278                        }
     279                        else _error_("damage law not supported");
     280                }
     281                else{
     282                        if(equivstress==1){/* max principal stress */
     283                                stressMaxPrincipal_input->GetInputValue(&stressMaxPrincipal,gauss);
     284                                Chi=stressMaxPrincipal/(1.-damage);
     285                        }
     286                        else if(equivstress==0){/* von Mises */
     287                                Chi=sqrt(((s_xx-s_yy)*(s_xx-s_yy)+(s_yy-s_zz)*(s_yy-s_zz)+(s_zz-s_xx)*(s_zz-s_xx)+6.*(s_xy*s_xy+s_yz*s_yz+s_xz*s_xz))/2.);
     288                        }
     289                        Psi=Chi-stress_threshold;
     290                        NegPsi=max(-Chi,0.); /* healing only for compressive stresses */
     291                        if(damagelaw==1){
     292                                PosPsi=max(Psi,0.);
     293                                f[i]= c1*(pow(PosPsi,c2) - healing*pow(NegPsi,c2))*pow((1./(1.-damage)),c3);
     294                        }
     295                        else if(damagelaw==2){
     296                                PosPsi=max(Psi,1.);
     297                                f[i]= c1*(pow(log10(PosPsi),c2) - healing*pow(NegPsi,c2))*pow((1./(1.-damage)),c3);
     298                        }
     299                        else _error_("damage law not supported");
     300                }
     301        }
     302        /*Add input*/
     303        element->AddInput(DamageFEnum,f,element->GetElementType());
     304       
     305        /*Clean up and return*/
     306        xDelete<IssmDouble>(f);
     307        delete gauss;
     308}/*}}}*/
     309ElementVector* DamageEvolutionAnalysis::CreateDVector(Element* element){/*{{{*/
     310        /*Default, return NULL*/
     311        return NULL;
     312}/*}}}*/
     313ElementMatrix* DamageEvolutionAnalysis::CreateJacobianMatrix(Element* element){/*{{{*/
     314_error_("Not implemented");
     315}/*}}}*/
     316ElementMatrix* DamageEvolutionAnalysis::CreateKMatrix(Element* element){/*{{{*/
     317
     318        /* Check if ice in element */
     319        if(!element->IsIceInElement()) return NULL;
     320        /*Intermediaries*/
     321        int         domaintype,dim;
     322        int         stabilization;
     323        IssmDouble  Jdet,dt,D_scalar,h,hx,hy,hz;
     324        IssmDouble  vel,vx,vy,vz,dvxdx,dvydy,dvzdz,dvx[3],dvy[3],dvz[3];
     325        IssmDouble *xyz_list  = NULL;
     326
     327        /*Get problem dimension*/
     328        element->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
     329        switch(domaintype){
     330                case Domain2DhorizontalEnum: dim = 2; break;
     331                case Domain3DEnum:           dim = 3; break;
     332                default: _error_("Not implemented yet");
     333        }
     334
     335        /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
     336        int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
     337
     338        /*Initialize Element vector*/
     339        ElementMatrix* Ke     = element->NewElementMatrix();
     340        IssmDouble*    basis  = xNew<IssmDouble>(numnodes);
     341        IssmDouble*    B      = xNew<IssmDouble>(dim*numnodes);
     342        IssmDouble*    Bprime = xNew<IssmDouble>(dim*numnodes);
     343        IssmDouble*    D      = xNewZeroInit<IssmDouble>(dim*dim);
     344
     345        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     346        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     347        element->FindParam(&dt,TimesteppingTimeStepEnum);
     348        element->FindParam(&stabilization,DamageStabilizationEnum);
     349        Input* vx_input = element->GetInput(VxEnum); _assert_(vx_input);
     350        Input* vy_input = element->GetInput(VyEnum); _assert_(vy_input);
     351        Input* vz_input = NULL;
     352        if(dim==3){
     353                vz_input=element->GetInput(VzEnum); _assert_(vz_input);
     354        }
     355
     356        if(dim==2) h=element->CharacteristicLength();
     357
     358        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     359        Gauss* gauss=element->NewGauss(2);
     360        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     361                gauss->GaussPoint(ig);
     362
     363                element->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
     364                element->NodalFunctions(basis,gauss);
     365               
     366                vx_input->GetInputValue(&vx,gauss);
     367                vx_input->GetInputDerivativeValue(&dvx[0],xyz_list,gauss);
     368                vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
     369                vy_input->GetInputDerivativeValue(&dvy[0],xyz_list,gauss);
     370
     371                if(dim==3){
     372                        vz_input->GetInputValue(&vz,gauss);
     373                        vz_input->GetInputDerivativeValue(&dvz[0],xyz_list,gauss);
     374                }
     375
     376                D_scalar=gauss->weight*Jdet;
     377                TripleMultiply(basis,1,numnodes,1,
     378                                        &D_scalar,1,1,0,
     379                                        basis,1,numnodes,0,
     380                                        &Ke->values[0],1);
     381
     382                GetB(B,element,dim,xyz_list,gauss);
     383                GetBprime(Bprime,element,dim,xyz_list,gauss);
     384
     385                dvxdx=dvx[0];
     386                dvydy=dvy[1];
     387                if(dim==3) dvzdz=dvz[2];
     388                D_scalar=dt*gauss->weight*Jdet;
     389
     390                D[0*dim+0]=D_scalar*dvxdx;
     391                D[1*dim+1]=D_scalar*dvydy;
     392                if(dim==3) D[2*dim+2]=D_scalar*dvzdz;
     393
     394                TripleMultiply(B,dim,numnodes,1,
     395                                        D,dim,dim,0,
     396                                        B,dim,numnodes,0,
     397                                        &Ke->values[0],1);
     398
     399                D[0*dim+0]=D_scalar*vx;
     400                D[1*dim+1]=D_scalar*vy;
     401                if(dim==3) D[2*dim+2]=D_scalar*vz;
     402
     403                TripleMultiply(B,dim,numnodes,1,
     404                                        D,dim,dim,0,
     405                                        Bprime,dim,numnodes,0,
     406                                        &Ke->values[0],1);
     407
     408                if(stabilization==2){
     409                        if(dim==3){
     410                                vel=sqrt(vx*vx+vy*vy+vz*vz)+1.e-8;
     411                                D[0*dim+0]=h/(2.0*vel)*vx*vx;
     412                                D[1*dim+0]=h/(2.0*vel)*vy*vx;
     413                                D[2*dim+0]=h/(2.0*vel)*vz*vx;
     414                                D[0*dim+1]=h/(2.0*vel)*vx*vy;
     415                                D[1*dim+1]=h/(2.0*vel)*vy*vy;
     416                                D[2*dim+1]=h/(2.0*vel)*vy*vz;
     417                                D[0*dim+2]=h/(2.0*vel)*vx*vz;
     418                                D[1*dim+2]=h/(2.0*vel)*vy*vz;
     419                                D[2*dim+2]=h/(2.0*vel)*vz*vz;
     420                        }
     421                        else{
     422                                /*Streamline upwinding*/
     423                                vel=sqrt(vx*vx+vy*vy)+1.e-8;
     424                                D[0*dim+0]=h/(2.0*vel)*vx*vx;
     425                                D[1*dim+0]=h/(2.0*vel)*vy*vx;
     426                                D[0*dim+1]=h/(2.0*vel)*vx*vy;
     427                                D[1*dim+1]=h/(2.0*vel)*vy*vy;
     428                        }
     429                }
     430                else if(stabilization==1){
     431                        if(dim==2){
     432                                vx_input->GetInputAverage(&vx);
     433                                vy_input->GetInputAverage(&vy);
     434                                D[0*dim+0]=h/2.0*fabs(vx);
     435                                D[1*dim+1]=h/2.0*fabs(vy);
     436                        }
     437                        else if(dim==3){
     438                                element->ElementSizes(&hx,&hy,&hz);
     439                                vel=sqrt(vx*vx + vy*vy + vz*vz)+1.e-14;
     440                                h=sqrt( pow(hx*vx/vel,2) + pow(hy*vy/vel,2) + pow(hz*vz/vel,2));
     441                                D[0*dim+0]=h/(2.*vel)*fabs(vx*vx);  D[0*dim+1]=h/(2.*vel)*fabs(vx*vy); D[0*dim+2]=h/(2.*vel)*fabs(vx*vz);
     442                                D[1*dim+0]=h/(2.*vel)*fabs(vy*vx);  D[1*dim+1]=h/(2.*vel)*fabs(vy*vy); D[1*dim+2]=h/(2.*vel)*fabs(vy*vz);
     443                                D[2*dim+0]=h/(2.*vel)*fabs(vz*vx);  D[2*dim+1]=h/(2.*vel)*fabs(vz*vy); D[2*dim+2]=h/(2.*vel)*fabs(vz*vz);
     444                        }
     445                }
     446                if(stabilization==1 || stabilization==2){
     447                        if(dim==2){
     448                                D[0*dim+0]=D_scalar*D[0*dim+0];
     449                                D[1*dim+0]=D_scalar*D[1*dim+0];
     450                                D[0*dim+1]=D_scalar*D[0*dim+1];
     451                                D[1*dim+1]=D_scalar*D[1*dim+1];
     452                        }
     453                        else if(dim==3){
     454                                D[0*dim+0]=D_scalar*D[0*dim+0];
     455                                D[1*dim+0]=D_scalar*D[1*dim+0];
     456                                D[2*dim+0]=D_scalar*D[2*dim+0];
     457                                D[0*dim+1]=D_scalar*D[0*dim+1];
     458                                D[1*dim+1]=D_scalar*D[1*dim+1];
     459                                D[2*dim+1]=D_scalar*D[2*dim+1];
     460                                D[0*dim+2]=D_scalar*D[0*dim+2];
     461                                D[1*dim+2]=D_scalar*D[1*dim+2];
     462                                D[2*dim+2]=D_scalar*D[2*dim+2];
     463                        }
     464                        TripleMultiply(Bprime,dim,numnodes,1,
     465                                                D,dim,dim,0,
     466                                                Bprime,dim,numnodes,0,
     467                                                &Ke->values[0],1);
     468                }
     469
     470        }
     471
     472        /*Clean up and return*/
     473        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     474        xDelete<IssmDouble>(basis);
     475        xDelete<IssmDouble>(B);
     476        xDelete<IssmDouble>(Bprime);
     477        xDelete<IssmDouble>(D);
     478        delete gauss;
     479        return Ke;
     480}/*}}}*/
     481ElementVector* DamageEvolutionAnalysis::CreatePVector(Element* element){/*{{{*/
     482
     483        /* Check if ice in element */
     484        if(!element->IsIceInElement()) return NULL;
     485
     486        /*Intermediaries*/
     487        int      domaintype,damagelaw;
     488        IssmDouble  Jdet,dt;
     489        IssmDouble  f,damage;
     490        IssmDouble* xyz_list = NULL;
     491        /*Get element*/
     492        element->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
     493
     494        /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
     495        int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
     496
     497        /*Initialize Element vector and other vectors*/
     498        ElementVector* pe    = element->NewElementVector();
     499        IssmDouble*    basis = xNew<IssmDouble>(numnodes);
     500
     501        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     502        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     503        element->FindParam(&dt,TimesteppingTimeStepEnum);
     504        element->FindParam(&damagelaw,DamageLawEnum);
     505        switch(damagelaw){
     506                case 1:
     507                        this->CreateDamageFInputPralong(element);
     508                        break;
     509                case 2:
     510                        this->CreateDamageFInputPralong(element);
     511                        break;
     512                case 3:
     513                        this->CreateDamageFInputExp(element);
     514                        break;
     515                default:
     516                        _error_("not implemented yet");
     517        }
     518
     519        Input* damaged_input = NULL;
     520        Input* damagef_input = element->GetInput(DamageFEnum); _assert_(damagef_input);
     521        if(domaintype==Domain2DhorizontalEnum){
     522                damaged_input = element->GetInput(DamageDbarEnum); _assert_(damaged_input);
     523        }
     524        else{
     525                damaged_input = element->GetInput(DamageDEnum); _assert_(damaged_input);
     526        }
     527
     528
     529        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     530        Gauss* gauss=element->NewGauss(2);
     531        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     532                gauss->GaussPoint(ig);
     533
     534                element->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
     535                element->NodalFunctions(basis,gauss);
     536
     537                damaged_input->GetInputValue(&damage,gauss);
     538                damagef_input->GetInputValue(&f,gauss);
     539
     540                for(int i=0;i<numnodes;i++){
     541                        pe->values[i]+=Jdet*gauss->weight*(damage+dt*f)*basis[i];
     542                }
     543        }
     544        /*Clean up and return*/
     545        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     546        xDelete<IssmDouble>(basis);
     547        delete gauss;
     548        return pe;
     549}/*}}}*/
     550void           DamageEvolutionAnalysis::GetB(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     551        /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3] where Bi is of size 3*NDOF2.
     552         * For node i, Bi can be expressed in the actual coordinate system
     553         * by:
     554         *       Bi=[ N ]
     555         *          [ N ]
     556         * where N is the finiteelement function for node i.
     557         *
     558         * We assume B_prog has been allocated already, of size: 2x(NDOF1*numnodes)
     559         */
     560
     561        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
     562        int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
     563
     564        /*Get nodal functions*/
     565        IssmDouble* basis=xNew<IssmDouble>(numnodes);
     566        element->NodalFunctions(basis,gauss);
     567
     568        /*Build B: */
     569        for(int i=0;i<numnodes;i++){
     570                for(int j=0;j<dim;j++){
     571                        B[numnodes*j+i] = basis[i];
     572                }
     573        }
     574
     575        /*Clean-up*/
     576        xDelete<IssmDouble>(basis);
     577}/*}}}*/
     578void           DamageEvolutionAnalysis::GetBprime(IssmDouble* Bprime,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     579        /*Compute B'  matrix. B'=[B1' B2' B3'] where Bi' is of size 3*NDOF2.
     580         * For node i, Bi' can be expressed in the actual coordinate system
     581         * by:
     582         *       Bi_prime=[ dN/dx ]
     583         *                [ dN/dy ]
     584         * where N is the finiteelement function for node i.
     585         *
     586         * We assume B' has been allocated already, of size: 3x(NDOF2*numnodes)
     587         */
     588
     589        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
     590        int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
     591
     592        /*Get nodal functions derivatives*/
     593        IssmDouble* dbasis=xNew<IssmDouble>(dim*numnodes);
     594        element->NodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,gauss);
     595
     596        /*Build B': */
     597        for(int i=0;i<numnodes;i++){
     598                for(int j=0;j<dim;j++){
     599                        Bprime[numnodes*j+i] = dbasis[j*numnodes+i];
     600                }
     601        }
     602
     603        /*Clean-up*/
     604        xDelete<IssmDouble>(dbasis);
     605
     606}/*}}}*/
     607void           DamageEvolutionAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
     608           _error_("not implemented yet");
     609}/*}}}*/
     610void           DamageEvolutionAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
     611        _error_("Not implemented yet");
     612}/*}}}*/
     613void           DamageEvolutionAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     614
     615        int domaintype;
     616        IssmDouble  max_damage;
     617        int                     *doflist = NULL;
     618
     619        element->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
     620
     621        /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
     622        int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
     623
     624        /*Fetch dof list and allocate solution vector*/
     625        element->GetDofList(&doflist,NoneApproximationEnum,GsetEnum);
     626        IssmDouble* newdamage = xNew<IssmDouble>(numnodes);
     627
     628        /*Get user-supplied max_damage: */
     629        element->FindParam(&max_damage,DamageMaxDamageEnum);
     630
     631        /*Use the dof list to index into the solution vector: */
     632        for(int i=0;i<numnodes;i++){
     633                newdamage[i]=solution[doflist[i]];
     634                /*Check solution*/
     635                if(xIsNan<IssmDouble>(newdamage[i])) _error_("NaN found in solution vector");
     636                /*Enforce D < max_damage and D > 0 */
     637                if(newdamage[i]>max_damage) newdamage[i]=max_damage;
     638                else if(newdamage[i]<0.)    newdamage[i]=0.;
     639        }
     640
     641        /*Get all inputs and parameters*/
     642        if(domaintype==Domain2DhorizontalEnum){
     643                element->AddInput(DamageDbarEnum,newdamage,element->GetElementType());
     644        }
     645        else{
     646                element->AddInput(DamageDEnum,newdamage,element->GetElementType());
     647        }
     648
     649        /*Free ressources:*/
     650        xDelete<IssmDouble>(newdamage);
     651        xDelete<int>(doflist);
     652}/*}}}*/
     653void           DamageEvolutionAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     654        /*Default, do nothing*/
     655        bool islevelset;
     656        femmodel->parameters->FindParam(&islevelset,TransientIslevelsetEnum);
     657        if(islevelset){
     658                SetActiveNodesLSMx(femmodel);
     659        }
     660        return;
     661}/*}}}*/

  • issm/trunk/src/c/analyses/DamageEvolutionAnalysis.h

    r18301 r19105  
    1313        public:
    1414                /*Model processing*/
    15                 int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
    16                 void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    17                 void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
    18                 void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
    1915                void CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel);
    2016                void CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel);
     17                void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
     18                int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
     19                void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
     20                void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    2121
    2222                /*Finite element Analysis*/
    2323                void           Core(FemModel* femmodel);
     24                void           CreateDamageFInputExp(Element* element);
     25                void           CreateDamageFInputPralong(Element* element);
    2426                ElementVector* CreateDVector(Element* element);
    2527                ElementMatrix* CreateJacobianMatrix(Element* element);
    2628                ElementMatrix* CreateKMatrix(Element* element);
    2729                ElementVector* CreatePVector(Element* element);
    28                 void GetB(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    29                 void GetBprime(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    30                 void GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
    31                 void GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
    32                 void InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
    33                 void UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    34 
    35                 /*Intermediaries*/
    36                 void CreateDamageFInputPralong(Element* element);
    37                 void CreateDamageFInputExp(Element* element);
     30                void           GetB(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     31                void           GetBprime(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     32                void           GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
     33                void           GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
     34                void           InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
     35                void           UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    3836};
    3937#endif

  • issm/trunk/src/c/analyses/DepthAverageAnalysis.cpp

    r18301 r19105  
    66
    77/*Model processing*/
     8void DepthAverageAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     9}/*}}}*/
     10void DepthAverageAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
     11}/*}}}*/
     12void DepthAverageAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     13
     14        ::CreateNodes(nodes,iomodel,DepthAverageAnalysisEnum,P1Enum);
     15
     16}/*}}}*/
    817int  DepthAverageAnalysis::DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation){/*{{{*/
    918        return 1;
    10 }/*}}}*/
    11 void DepthAverageAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    1219}/*}}}*/
    1320void DepthAverageAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
    … …  
    2633        }
    2734}/*}}}*/
    28 void DepthAverageAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    29 
    30         ::CreateNodes(nodes,iomodel,DepthAverageAnalysisEnum,P1Enum);
    31 
    32 }/*}}}*/
    33 void DepthAverageAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    34 }/*}}}*/
    35 void DepthAverageAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
     35void DepthAverageAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    3636}/*}}}*/
    3737
    … …  
    137137        return pe;
    138138}/*}}}*/
    139 void DepthAverageAnalysis::GetB(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     139void           DepthAverageAnalysis::GetB(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    140140        /*      Compute B  matrix. B=[dh1/dz dh2/dz dh3/dz dh4/dz dh5/dz dh6/dz];
    141141                where hi is the interpolation function for node i.*/
    … …  
    157157}
    158158/*}}}*/
    159 void DepthAverageAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
     159void           DepthAverageAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
    160160           _error_("not implemented yet");
    161161}/*}}}*/
    162 void DepthAverageAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
     162void           DepthAverageAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
    163163        _error_("Not implemented yet");
    164164}/*}}}*/
    165 void DepthAverageAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     165void           DepthAverageAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    166166
    167167        int inputenum;
    … …  
    169169        element->InputUpdateFromSolutionOneDof(solution,inputenum);
    170170}/*}}}*/
    171 void DepthAverageAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     171void           DepthAverageAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    172172        /*Default, do nothing*/
    173173        return;

  • issm/trunk/src/c/analyses/DepthAverageAnalysis.h

    r18301 r19105  
    1313        public:
    1414                /*Model processing*/
    15                 int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
    16                 void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    17                 void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
    18                 void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
    1915                void CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel);
    2016                void CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel);
     17                void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
     18                int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
     19                void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
     20                void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    2121
    2222                /*Finite element Analysis*/
    … …  
    2626                ElementMatrix* CreateKMatrix(Element* element);
    2727                ElementVector* CreatePVector(Element* element);
    28                 void GetB(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    29                 void GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
    30                 void GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
    31                 void InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
    32                 void UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
     28                void           GetB(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     29                void           GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
     30                void           GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
     31                void           InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
     32                void           UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    3333};
    3434#endif

  • issm/trunk/src/c/analyses/EnthalpyAnalysis.cpp

    r18301 r19105  
    44#include "../shared/shared.h"
    55#include "../modules/modules.h"
     6#include "../solutionsequences/solutionsequences.h"
    67
    78/*Model processing*/
     9void EnthalpyAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     10
     11        /*Intermediary*/
     12        int        count;
     13        int        M,N;
     14        bool       spcpresent = false;
     15        IssmDouble heatcapacity;
     16        IssmDouble referencetemperature;
     17
     18        /*Output*/
     19        IssmDouble *spcvector  = NULL;
     20        IssmDouble* times=NULL;
     21        IssmDouble* values=NULL;
     22
     23        /*Fetch parameters: */
     24        iomodel->Constant(&heatcapacity,MaterialsHeatcapacityEnum);
     25        iomodel->Constant(&referencetemperature,ConstantsReferencetemperatureEnum);
     26
     27        /*return if 2d mesh*/
     28        if(iomodel->domaintype==Domain2DhorizontalEnum) return;
     29
     30        /*Fetch data: */
     31        iomodel->FetchData(&spcvector,&M,&N,ThermalSpctemperatureEnum);
     32
     33        //FIX ME: SHOULD USE IOMODELCREATECONSTRAINTS
     34        /*Transient or static?:*/
     35        if(M==iomodel->numberofvertices){
     36                /*static: just create Constraints objects*/
     37                count=0;
     38
     39                for(int i=0;i<iomodel->numberofvertices;i++){
     40                        /*keep only this partition's nodes:*/
     41                        if((iomodel->my_vertices[i])){
     42
     43                                if (!xIsNan<IssmDouble>(spcvector[i])){
     44
     45                                        constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,0,heatcapacity*(spcvector[i]-referencetemperature),EnthalpyAnalysisEnum));
     46                                        count++;
     47
     48                                }
     49                        }
     50                }
     51        }
     52        else if (M==(iomodel->numberofvertices+1)){
     53                /*transient: create transient SpcTransient objects. Same logic, except we need to retrieve
     54                 * various times and values to initialize an SpcTransient object: */
     55                count=0;
     56
     57                /*figure out times: */
     58                times=xNew<IssmDouble>(N);
     59                for(int j=0;j<N;j++){
     60                        times[j]=spcvector[(M-1)*N+j];
     61                }
     62
     63                /*Create constraints from x,y,z: */
     64                for(int i=0;i<iomodel->numberofvertices;i++){
     65
     66                        /*keep only this partition's nodes:*/
     67                        if((iomodel->my_vertices[i])){
     68
     69                                /*figure out times and values: */
     70                                values=xNew<IssmDouble>(N);
     71                                spcpresent=false;
     72                                for(int j=0;j<N;j++){
     73                                        values[j]=heatcapacity*(spcvector[i*N+j]-referencetemperature);
     74                                        if(!xIsNan<IssmDouble>(values[j]))spcpresent=true; //NaN means no spc by default
     75                                }
     76
     77                                if(spcpresent){
     78                                        constraints->AddObject(new SpcTransient(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,0,N,times,values,EnthalpyAnalysisEnum));
     79                                        count++;
     80                                }
     81                                xDelete<IssmDouble>(values);
     82                        }
     83                }
     84        }
     85        else{
     86                _error_("Size of field " << EnumToStringx(ThermalSpctemperatureEnum) << " not supported");
     87        }
     88
     89        /*Free ressources:*/
     90        iomodel->DeleteData(spcvector,ThermalSpctemperatureEnum);
     91        xDelete<IssmDouble>(times);
     92        xDelete<IssmDouble>(values);
     93}/*}}}*/
     94void EnthalpyAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
     95
     96        /*No loads */
     97}/*}}}*/
     98void EnthalpyAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     99
     100        if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum) iomodel->FetchData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
     101        ::CreateNodes(nodes,iomodel,EnthalpyAnalysisEnum,P1Enum);
     102        iomodel->DeleteData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
     103}/*}}}*/
    8104int  EnthalpyAnalysis::DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation){/*{{{*/
    9105        return 1;
    10 }/*}}}*/
    11 void EnthalpyAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    12 
    13         int     numoutputs;
    14         char**  requestedoutputs = NULL;
    15 
    16         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(ThermalStabilizationEnum));
    17         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(ThermalIsenthalpyEnum));
    18         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(ThermalIsdynamicbasalspcEnum));
    19         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(FrictionLawEnum));
    20 
    21         iomodel->FetchData(&requestedoutputs,&numoutputs,ThermalRequestedOutputsEnum);
    22         parameters->AddObject(new IntParam(ThermalNumRequestedOutputsEnum,numoutputs));
    23         if(numoutputs)parameters->AddObject(new StringArrayParam(ThermalRequestedOutputsEnum,requestedoutputs,numoutputs));
    24         iomodel->DeleteData(&requestedoutputs,numoutputs,ThermalRequestedOutputsEnum);
    25106}/*}}}*/
    26107void EnthalpyAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
    … …  
    62143                iomodel->FetchDataToInput(elements,MeshVertexonsurfaceEnum);
    63144        }
    64         iomodel->FetchDataToInput(elements,FlowequationElementEquationEnum);
    65145        iomodel->FetchDataToInput(elements,MaterialsRheologyBEnum);
    66146        iomodel->FetchDataToInput(elements,MaterialsRheologyNEnum);
    … …  
    94174                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionMEnum);
    95175                        break;
     176                case 3:
     177                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionCEnum);
     178                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionAsEnum);
     179                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionQEnum);
     180                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionEffectivePressureEnum);
     181                        break;
     182                case 4:
     183                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionCoefficientEnum);
     184                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionPEnum);
     185                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionQEnum);
     186                        iomodel->FetchDataToInput(elements,PressureEnum);
     187                        iomodel->FetchDataToInput(elements,TemperatureEnum);
     188                        break;
     189                case 5:
     190                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionCoefficientEnum);
     191                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionPEnum);
     192                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionQEnum);
     193                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionWaterLayerEnum);
     194                        break;
     195                case 6:
     196                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionCEnum);
     197                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionMEnum);
     198                        iomodel->FetchDataToInput(elements,PressureEnum);
     199                        iomodel->FetchDataToInput(elements,TemperatureEnum);
     200                        break;
    96201                default:
    97202                        _error_("not supported");
    … …  
    100205        iomodel->DeleteData(3,TemperatureEnum,WaterfractionEnum,PressureEnum);
    101206}/*}}}*/
    102 void EnthalpyAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    103 
    104         if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum) iomodel->FetchData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
    105         ::CreateNodes(nodes,iomodel,EnthalpyAnalysisEnum,P1Enum);
    106         iomodel->DeleteData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
    107 }/*}}}*/
    108 void EnthalpyAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     207void EnthalpyAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
     208
     209        int     numoutputs;
     210        char**  requestedoutputs = NULL;
     211
     212        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(ThermalStabilizationEnum));
     213        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(ThermalMaxiterEnum));
     214        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(ThermalReltolEnum));
     215        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(ThermalIsenthalpyEnum));
     216        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(ThermalIsdynamicbasalspcEnum));
     217        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(FrictionLawEnum));
     218
     219        iomodel->FetchData(&requestedoutputs,&numoutputs,ThermalRequestedOutputsEnum);
     220        parameters->AddObject(new IntParam(ThermalNumRequestedOutputsEnum,numoutputs));
     221        if(numoutputs)parameters->AddObject(new StringArrayParam(ThermalRequestedOutputsEnum,requestedoutputs,numoutputs));
     222        iomodel->DeleteData(&requestedoutputs,numoutputs,ThermalRequestedOutputsEnum);
     223
     224        /*Deal with friction parameters*/
     225        int frictionlaw;
     226        iomodel->Constant(&frictionlaw,FrictionLawEnum);
     227        if(frictionlaw==4 || frictionlaw==6) parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(FrictionGammaEnum));
     228}/*}}}*/
     229
     230/*Finite Element Analysis*/
     231void           EnthalpyAnalysis::ApplyBasalConstraints(IssmDouble* serial_spc,Element* element){/*{{{*/
     232
     233        /* Check if ice in element */
     234        if(!element->IsIceInElement()) return;
     235
     236        /* Only update Constraints at the base of grounded ice*/
     237        if(!(element->IsOnBase()) || element->IsFloating()) return;
    109238
    110239        /*Intermediary*/
    111         int        count;
    112         int        M,N;
    113         bool       spcpresent = false;
    114         IssmDouble heatcapacity;
    115         IssmDouble referencetemperature;
    116 
    117         /*Output*/
    118         IssmDouble *spcvector  = NULL;
    119         IssmDouble* times=NULL;
    120         IssmDouble* values=NULL;
    121 
    122         /*Fetch parameters: */
    123         iomodel->Constant(&heatcapacity,MaterialsHeatcapacityEnum);
    124         iomodel->Constant(&referencetemperature,ConstantsReferencetemperatureEnum);
    125 
    126         /*return if 2d mesh*/
    127         if(iomodel->domaintype==Domain2DhorizontalEnum) return;
    128 
    129         /*Fetch data: */
    130         iomodel->FetchData(&spcvector,&M,&N,ThermalSpctemperatureEnum);
    131 
    132         //FIX ME: SHOULD USE IOMODELCREATECONSTRAINTS
    133         /*Transient or static?:*/
    134         if(M==iomodel->numberofvertices){
    135                 /*static: just create Constraints objects*/
    136                 count=0;
    137 
    138                 for(int i=0;i<iomodel->numberofvertices;i++){
    139                         /*keep only this partition's nodes:*/
    140                         if((iomodel->my_vertices[i])){
    141 
    142                                 if (!xIsNan<IssmDouble>(spcvector[i])){
    143 
    144                                         constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,0,heatcapacity*(spcvector[i]-referencetemperature),EnthalpyAnalysisEnum));
    145                                         count++;
    146 
    147                                 }
     240        bool        isdynamicbasalspc;
     241        int         numindices;
     242        int        *indices = NULL;
     243        Node*       node = NULL;
     244        IssmDouble      pressure;
     245
     246        /*Check wether dynamic basal boundary conditions are activated */
     247        element->FindParam(&isdynamicbasalspc,ThermalIsdynamicbasalspcEnum);
     248        if(!isdynamicbasalspc) return;
     249
     250        /*Get parameters and inputs: */
     251        Input* pressure_input            = element->GetInput(PressureEnum);                                                      _assert_(pressure_input);
     252
     253        /*Fetch indices of basal & surface nodes for this finite element*/
     254        Penta *penta =  (Penta *) element; // TODO: add Basal-/SurfaceNodeIndices to element.h, and change this to Element*
     255        penta->BasalNodeIndices(&numindices,&indices,element->GetElementType());
     256
     257        GaussPenta* gauss=new GaussPenta();
     258        for(int i=0;i<numindices;i++){
     259                gauss->GaussNode(element->GetElementType(),indices[i]);
     260
     261                pressure_input->GetInputValue(&pressure,gauss);
     262
     263                /*apply or release spc*/
     264                node=element->GetNode(indices[i]);
     265                if(serial_spc[node->Sid()]==1.){
     266                        pressure_input->GetInputValue(&pressure, gauss);
     267                        node->ApplyConstraint(0,PureIceEnthalpy(element,pressure));
     268                }
     269                else                   
     270                        node->DofInFSet(0);
     271        }
     272
     273        /*Free ressources:*/
     274        xDelete<int>(indices);
     275        delete gauss;
     276}/*}}}*/
     277void           EnthalpyAnalysis::ComputeBasalMeltingrate(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     278        /*Compute basal melting rates: */
     279        for(int i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
     280                Element* element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     281                ComputeBasalMeltingrate(element);
     282        }
     283}/*}}}*/
     284void           EnthalpyAnalysis::ComputeBasalMeltingrate(Element* element){/*{{{*/
     285        /*Calculate the basal melt rates of the enthalpy model after Aschwanden 2012*/
     286        /* melting rate is positive when melting, negative when refreezing*/
     287
     288        /* Check if ice in element */
     289        if(!element->IsIceInElement()) return;
     290
     291        /* Only compute melt rates at the base of grounded ice*/
     292        if(!element->IsOnBase() || element->IsFloating()) return;
     293
     294        /* Intermediaries */
     295        bool                    converged;
     296        const int   dim=3;
     297        int         i,is,state;
     298        int                     vertexdown,vertexup,numvertices,numsegments;
     299        int                     enthalpy_enum;
     300        IssmDouble  vec_heatflux[dim],normal_base[dim],d1enthalpy[dim],d1pressure[dim];
     301        IssmDouble  basalfriction,alpha2,geothermalflux,heatflux;
     302        IssmDouble  dt,yts;
     303        IssmDouble  melting_overshoot,lambda;
     304        IssmDouble  vx,vy,vz;
     305        IssmDouble *xyz_list      = NULL;
     306        IssmDouble *xyz_list_base = NULL;
     307        int        *pairindices   = NULL;
     308
     309        /*Fetch parameters*/
     310        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     311        element->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_base);
     312        element->GetInputValue(&converged,ConvergedEnum);
     313        element->FindParam(&dt,TimesteppingTimeStepEnum);
     314        element->FindParam(&yts, ConstantsYtsEnum);
     315
     316        if(dt==0. && !converged) enthalpy_enum=EnthalpyPicardEnum;
     317        else enthalpy_enum=EnthalpyEnum;
     318
     319        IssmDouble latentheat = element->GetMaterialParameter(MaterialsLatentheatEnum);
     320        IssmDouble rho_ice    = element->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
     321        IssmDouble rho_water  = element->GetMaterialParameter(MaterialsRhoFreshwaterEnum);
     322        IssmDouble beta          = element->GetMaterialParameter(MaterialsBetaEnum);
     323        IssmDouble kappa                 = EnthalpyDiffusionParameterVolume(element,enthalpy_enum);     _assert_(kappa>=0.);
     324        IssmDouble kappa_mix;
     325
     326        /*retrieve inputs*/
     327        Input* enthalpy_input         = element->GetInput(enthalpy_enum);                    _assert_(enthalpy_input);
     328        Input* pressure_input                   = element->GetInput(PressureEnum);                                                       _assert_(pressure_input);
     329        Input* geothermalflux_input   = element->GetInput(BasalforcingsGeothermalfluxEnum); _assert_(geothermalflux_input);
     330        Input* vx_input               = element->GetInput(VxEnum);                          _assert_(vx_input);
     331        Input* vy_input               = element->GetInput(VyEnum);                          _assert_(vy_input);
     332        Input* vz_input               = element->GetInput(VzEnum);                          _assert_(vz_input);
     333
     334        /*Build friction element, needed later: */
     335        Friction* friction=new Friction(element,dim);
     336
     337        /******** MELTING RATES  ************************************//*{{{*/
     338        element->NormalBase(&normal_base[0],xyz_list_base);
     339        element->VerticalSegmentIndices(&pairindices,&numsegments);
     340        IssmDouble* meltingrate_enthalpy = xNew<IssmDouble>(numsegments);
     341        IssmDouble* heating = xNew<IssmDouble>(numsegments);   
     342
     343        numvertices=element->GetNumberOfVertices();
     344        IssmDouble* enthalpies = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     345        IssmDouble* pressures = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     346        IssmDouble* watercolumns = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     347        IssmDouble* basalmeltingrates = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     348        element->GetInputListOnVertices(enthalpies,enthalpy_enum);
     349        element->GetInputListOnVertices(pressures,PressureEnum);
     350        element->GetInputListOnVertices(watercolumns,WatercolumnEnum);
     351        element->GetInputListOnVertices(basalmeltingrates,BasalforcingsGroundediceMeltingRateEnum);
     352
     353        Gauss* gauss=element->NewGauss();
     354        for(is=0;is<numsegments;is++){
     355                vertexdown = pairindices[is*2+0];
     356                vertexup   = pairindices[is*2+1];
     357                gauss->GaussVertex(vertexdown);
     358
     359                state=GetThermalBasalCondition(element, enthalpies[vertexdown], enthalpies[vertexup], pressures[vertexdown], pressures[vertexup], watercolumns[vertexdown], basalmeltingrates[vertexdown]);
     360                switch (state) {
     361                        case 0:
     362                                // cold, dry base: apply basal surface forcing
     363                                for(i=0;i<3;i++) vec_heatflux[i]=0.;
     364                                break;
     365                        case 1: case 2: case 3:
     366                                // case 1 : cold, wet base: keep at pressure melting point
     367                                // case 2: temperate, thin refreezing base: release spc
     368                                // case 3: temperate, thin melting base: set spc
     369                                enthalpy_input->GetInputDerivativeValue(&d1enthalpy[0],xyz_list,gauss);
     370                                for(i=0;i<3;i++) vec_heatflux[i]=-kappa*d1enthalpy[i];
     371                                break;
     372                        case 4:
     373                                // temperate, thick melting base: set grad H*n=0
     374                                kappa_mix=GetWetIceConductivity(element, enthalpies[vertexdown], pressures[vertexdown]);
     375                                pressure_input->GetInputDerivativeValue(&d1pressure[0],xyz_list,gauss);
     376                                for(i=0;i<3;i++) vec_heatflux[i]=kappa_mix*beta*d1pressure[i];
     377                                break;
     378                        default:
     379                                _printf0_("     unknown thermal basal state found!");
     380                }
     381                if(state==0) meltingrate_enthalpy[is]=0.;
     382                else{
     383                        /*heat flux along normal*/
     384                        heatflux=0.;
     385                        for(i=0;i<3;i++) heatflux+=(vec_heatflux[i])*normal_base[i];
     386
     387                        /*basal friction*/
     388                        friction->GetAlpha2(&alpha2,gauss);
     389                        vx_input->GetInputValue(&vx,gauss);             vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);             vz_input->GetInputValue(&vz,gauss);
     390                        basalfriction=alpha2*(vx*vx + vy*vy + vz*vz);
     391                        geothermalflux_input->GetInputValue(&geothermalflux,gauss);
     392                        /* -Mb= Fb-(q-q_geo)/((1-w)*L*rho), and (1-w)*rho=rho_ice, cf Aschwanden 2012, eqs.1, 2, 66*/
     393                        heating[is]=(heatflux+basalfriction+geothermalflux);
     394                        meltingrate_enthalpy[is]=heating[is]/(latentheat*rho_ice); // m/s water equivalent
     395                }
     396        }/*}}}*/
     397
     398        /******** UPDATE MELTINGRATES AND WATERCOLUMN **************//*{{{*/
     399        for(is=0;is<numsegments;is++){
     400                vertexdown = pairindices[is*2+0];
     401                vertexup   = pairindices[is*2+1];
     402                if(dt!=0.){
     403                        if(watercolumns[vertexdown]+meltingrate_enthalpy[is]*dt<0.){    // prevent too much freeze on                   
     404                                lambda = -watercolumns[vertexdown]/(dt*meltingrate_enthalpy[is]); _assert_(lambda>=0.); _assert_(lambda<1.);
     405                                watercolumns[vertexdown]=0.;
     406                                basalmeltingrates[vertexdown]=lambda*meltingrate_enthalpy[is]; // restrict freeze on only to size of watercolumn
     407                                enthalpies[vertexdown]+=(1.-lambda)*dt/yts*meltingrate_enthalpy[is]*latentheat*rho_ice; // use rest of energy to cool down base: dE=L*m, m=(1-lambda)*meltingrate*rho_ice
    148408                        }
    149                 }
    150         }
    151         else if (M==(iomodel->numberofvertices+1)){
    152                 /*transient: create transient SpcTransient objects. Same logic, except we need to retrieve
    153                  * various times and values to initialize an SpcTransient object: */
    154                 count=0;
    155 
    156                 /*figure out times: */
    157                 times=xNew<IssmDouble>(N);
    158                 for(int j=0;j<N;j++){
    159                         times[j]=spcvector[(M-1)*N+j];
    160                 }
    161 
    162                 /*Create constraints from x,y,z: */
    163                 for(int i=0;i<iomodel->numberofvertices;i++){
    164 
    165                         /*keep only this partition's nodes:*/
    166                         if((iomodel->my_vertices[i])){
    167 
    168                                 /*figure out times and values: */
    169                                 values=xNew<IssmDouble>(N);
    170                                 spcpresent=false;
    171                                 for(int j=0;j<N;j++){
    172                                         values[j]=heatcapacity*(spcvector[i*N+j]-referencetemperature);
    173                                         if(!xIsNan<IssmDouble>(values[j]))spcpresent=true; //NaN means no spc by default
    174                                 }
    175 
    176                                 if(spcpresent){
    177                                         constraints->AddObject(new SpcTransient(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,0,N,times,values,EnthalpyAnalysisEnum));
    178                                         count++;
    179                                 }
    180                                 xDelete<IssmDouble>(values);
     409                        else{
     410                                basalmeltingrates[vertexdown]=meltingrate_enthalpy[is];
     411                                watercolumns[vertexdown]+=dt*meltingrate_enthalpy[is];
    181412                        }
    182413                }
    183         }
    184         else{
    185                 _error_("Size of field " << EnumToStringx(ThermalSpctemperatureEnum) << " not supported");
    186         }
    187 
    188         /*Free ressources:*/
    189         iomodel->DeleteData(spcvector,ThermalSpctemperatureEnum);
    190         xDelete<IssmDouble>(times);
    191         xDelete<IssmDouble>(values);
    192 }/*}}}*/
    193 void EnthalpyAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
    194 
    195         /*No loads */
    196 }/*}}}*/
    197 
    198 /*Finite Element Analysis*/
    199 void EnthalpyAnalysis::Core(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    200         _error_("not implemented");
     414                else{
     415                        basalmeltingrates[vertexdown]=meltingrate_enthalpy[is];
     416                        if(watercolumns[vertexdown]+meltingrate_enthalpy[is]<0.)
     417                                watercolumns[vertexdown]=0.;
     418                        else
     419                                watercolumns[vertexdown]+=meltingrate_enthalpy[is];
     420                }       
     421                basalmeltingrates[vertexdown]*=rho_water/rho_ice; // convert meltingrate from water to ice equivalent
     422                _assert_(watercolumns[vertexdown]>=0.);
     423        }/*}}}*/
     424
     425        /*feed updated variables back into model*/
     426        if(dt!=0.){
     427                element->AddInput(enthalpy_enum,enthalpies,P1Enum); //TODO: distinguis for steadystate and transient run
     428                element->AddInput(WatercolumnEnum,watercolumns,P1Enum);
     429        }
     430        element->AddInput(BasalforcingsGroundediceMeltingRateEnum,basalmeltingrates,P1Enum);
     431
     432        /*Clean up and return*/
     433        delete gauss;
     434        delete friction;
     435        xDelete<int>(pairindices);
     436        xDelete<IssmDouble>(enthalpies);
     437        xDelete<IssmDouble>(pressures);
     438        xDelete<IssmDouble>(watercolumns);
     439        xDelete<IssmDouble>(basalmeltingrates);
     440        xDelete<IssmDouble>(meltingrate_enthalpy);
     441        xDelete<IssmDouble>(heating);
     442        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     443        xDelete<IssmDouble>(xyz_list_base);
     444}/*}}}*/
     445void           EnthalpyAnalysis::Core(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     446        if(VerboseSolution()) _printf0_("   computing enthalpy\n");
     447        femmodel->SetCurrentConfiguration(EnthalpyAnalysisEnum);
     448        solutionsequence_thermal_nonlinear(femmodel);
     449
     450        /*transfer enthalpy to enthalpy picard for the next step: */
     451        InputDuplicatex(femmodel,EnthalpyEnum,EnthalpyPicardEnum);
     452
     453        IssmDouble dt;
     454        femmodel->parameters->FindParam(&dt,TimesteppingTimeStepEnum);
     455        if(dt==0.) ComputeBasalMeltingrate(femmodel);
     456        else PostProcessing(femmodel);
     457
    201458}/*}}}*/
    202459ElementVector* EnthalpyAnalysis::CreateDVector(Element* element){/*{{{*/
    … …  
    316573                        vel=sqrt(vx*vx + vy*vy + vz*vz)+1.e-14;
    317574                        h=sqrt( pow(hx*vx/vel,2) + pow(hy*vy/vel,2) + pow(hz*vz/vel,2));
    318                         K[0][0]=h/(2.*vel)*vx*vx;  K[0][1]=h/(2.*vel)*vx*vy; K[0][2]=h/(2.*vel)*vx*vz;
    319                         K[1][0]=h/(2.*vel)*vy*vx;  K[1][1]=h/(2.*vel)*vy*vy; K[1][2]=h/(2.*vel)*vy*vz;
    320                         K[2][0]=h/(2.*vel)*vz*vx;  K[2][1]=h/(2.*vel)*vz*vy; K[2][2]=h/(2.*vel)*vz*vz;
     575                        K[0][0]=h/(2.*vel)*fabs(vx*vx);  K[0][1]=h/(2.*vel)*fabs(vx*vy); K[0][2]=h/(2.*vel)*fabs(vx*vz);
     576                        K[1][0]=h/(2.*vel)*fabs(vy*vx);  K[1][1]=h/(2.*vel)*fabs(vy*vy); K[1][2]=h/(2.*vel)*fabs(vy*vz);
     577                        K[2][0]=h/(2.*vel)*fabs(vz*vx);  K[2][1]=h/(2.*vel)*fabs(vz*vy); K[2][2]=h/(2.*vel)*fabs(vz*vz);
    321578                        for(int i=0;i<3;i++) for(int j=0;j<3;j++) K[i][j] = D_scalar*K[i][j];
    322579
    … …  
    549806        if(!element->IsOnBase() || element->IsFloating()) return NULL;
    550807
    551         IssmDouble  dt,Jdet,enthalpy,pressure,watercolumn,geothermalflux,vx,vy,vz;
    552         IssmDouble  enthalpyup,pressureup,alpha2,scalar,basalfriction,heatflux;
     808        bool isdynamicbasalspc;
     809        int i, state;
     810        IssmDouble  dt,Jdet,scalar;
     811        IssmDouble      enthalpy, enthalpyup, pressure, pressureup, watercolumn, meltingrate;
     812        IssmDouble      vx,vy,vz;
     813        IssmDouble  alpha2,basalfriction,geothermalflux,heatflux;
    553814        IssmDouble *xyz_list_base = NULL;
    554815
    … …  
    563824        element->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_base);
    564825        element->FindParam(&dt,TimesteppingTimeStepEnum);
     826        element->FindParam(&isdynamicbasalspc,ThermalIsdynamicbasalspcEnum);
    565827        Input* vx_input             = element->GetInput(VxEnum);                          _assert_(vx_input);
    566828        Input* vy_input             = element->GetInput(VyEnum);                          _assert_(vy_input);
    567829        Input* vz_input             = element->GetInput(VzEnum);                          _assert_(vz_input);
    568         Input* enthalpy_input       = element->GetInput(EnthalpyPicardEnum);              _assert_(enthalpy_input);
    569         Input* pressure_input       = element->GetInput(PressureEnum);                    _assert_(pressure_input);
     830        Input* enthalpy_input            = element->GetInput(EnthalpyPicardEnum);                                        _assert_(enthalpy_input);
     831        Input* pressure_input            = element->GetInput(PressureEnum);                                                      _assert_(pressure_input);
     832        Input* watercolumn_input         = element->GetInput(WatercolumnEnum);                                                   _assert_(watercolumn_input);
     833        Input* meltingrate_input         = element->GetInput(BasalforcingsGroundediceMeltingRateEnum);                                                   _assert_(meltingrate_input);
    570834        Input* geothermalflux_input = element->GetInput(BasalforcingsGeothermalfluxEnum); _assert_(geothermalflux_input);
    571         Input* watercolumn_input    = element->GetInput(WatercolumnEnum);                 _assert_(watercolumn_input);
    572         IssmDouble  rho_ice             = element->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
    573         IssmDouble  heatcapacity        = element->GetMaterialParameter(MaterialsHeatcapacityEnum);
     835        IssmDouble  rho_ice                      = element->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
    574836
    575837        /*Build friction element, needed later: */
    … …  
    577839
    578840        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    579         Gauss* gauss   = element->NewGaussBase(2);
    580         Gauss* gaussup = element->NewGaussTop(2);
     841        Gauss* gauss=element->NewGaussBase(2);
     842        Gauss* gaussup=element->NewGaussTop(2);
    581843        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    582844                gauss->GaussPoint(ig);
     845                gaussup->GaussPoint(ig);
    583846
    584847                element->JacobianDeterminantBase(&Jdet,xyz_list_base,gauss);
    585848                element->NodalFunctions(basis,gauss);
    586849
    587                 enthalpy_input->GetInputValue(&enthalpy,gauss);
    588                 pressure_input->GetInputValue(&pressure,gauss);
    589                 watercolumn_input->GetInputValue(&watercolumn,gauss);
    590 
    591                 if((watercolumn<=0.) && (enthalpy<PureIceEnthalpy(element,pressure))){
    592                         /* the above check is equivalent to
    593                          NOT [(watercolumn>0.) AND (enthalpy<PIE)] AND (enthalpy<PIE)*/
    594                         geothermalflux_input->GetInputValue(&geothermalflux,gauss);
    595 
    596                         friction->GetAlpha2(&alpha2,gauss);
    597                         vx_input->GetInputValue(&vx,gauss);
    598                         vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
    599                         vz_input->GetInputValue(&vz,gauss);
    600                         basalfriction = alpha2*(vx*vx + vy*vy + vz*vz);
    601                         heatflux      = (basalfriction+geothermalflux)/(rho_ice);
    602 
    603                         scalar = gauss->weight*Jdet*heatflux;
    604                         if(dt!=0.) scalar=dt*scalar;
    605 
    606                         for(int i=0;i<numnodes;i++) pe->values[i]+=scalar*basis[i];
    607                 }
    608                 else if(enthalpy >= PureIceEnthalpy(element,pressure)){
    609                         /* check positive thickness of temperate basal ice layer */
     850                if(isdynamicbasalspc){
     851                        enthalpy_input->GetInputValue(&enthalpy,gauss);
    610852                        enthalpy_input->GetInputValue(&enthalpyup,gaussup);
     853                        pressure_input->GetInputValue(&pressure,gauss);
    611854                        pressure_input->GetInputValue(&pressureup,gaussup);
    612                         if(enthalpyup >= PureIceEnthalpy(element,pressureup)){
    613                                 // do nothing, set grad enthalpy*n=0.
    614                         }
    615                         else{
    616                                 // only base temperate, set Dirichlet BCs in Penta::UpdateBasalConstraintsEnthalpy()
    617                         }
    618                 }
    619                 else{
    620                         // base cold, but watercolumn positive. Set base to pressure melting point enthalpy
     855                        watercolumn_input->GetInputValue(&watercolumn,gauss);
     856                        meltingrate_input->GetInputValue(&meltingrate,gauss);
     857                        state=GetThermalBasalCondition(element, enthalpy, enthalpyup, pressure, pressureup, watercolumn, meltingrate);
     858                }
     859                else
     860                        state=0;
     861
     862                switch (state) {
     863                        case 0:
     864                                // cold, dry base: apply basal surface forcing
     865                                geothermalflux_input->GetInputValue(&geothermalflux,gauss);
     866                                friction->GetAlpha2(&alpha2,gauss);
     867                                vx_input->GetInputValue(&vx,gauss);
     868                                vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
     869                                vz_input->GetInputValue(&vz,gauss);
     870                                basalfriction=alpha2*(vx*vx+vy*vy+vz*vz);
     871                                heatflux=(basalfriction+geothermalflux)/(rho_ice);
     872                                scalar=gauss->weight*Jdet*heatflux;
     873                                if(dt!=0.) scalar=dt*scalar;
     874                                for(i=0;i<numnodes;i++)
     875                                        pe->values[i]+=scalar*basis[i];
     876                                break;
     877                        case 1:
     878                                // cold, wet base: keep at pressure melting point
     879                                break;
     880                        case 2:
     881                                // temperate, thin refreezing base: release spc
     882                                break;
     883                        case 3:
     884                                // temperate, thin melting base: set spc
     885                                break;
     886                        case 4:
     887                                // temperate, thick melting base: set grad H*n=0
     888                                for(i=0;i<numnodes;i++)
     889                                        pe->values[i]+=0.;
     890                                break;
     891                        default:
     892                                _printf0_("     unknown thermal basal state found!");
    621893                }
    622894        }
    … …  
    639911        if(!element->IsOnBase() || !element->IsFloating()) return NULL;
    640912
    641         IssmDouble  h_pmp,dt,Jdet,scalar_ocean,pressure;
     913        IssmDouble  Hpmp,dt,Jdet,scalar_ocean,pressure;
    642914        IssmDouble *xyz_list_base = NULL;
    643915
    … …  
    669941
    670942                pressure_input->GetInputValue(&pressure,gauss);
    671                 h_pmp=element->PureIceEnthalpy(pressure);
    672 
    673                 scalar_ocean=gauss->weight*Jdet*rho_water*mixed_layer_capacity*thermal_exchange_vel*h_pmp/(heatcapacity*rho_ice);
     943                Hpmp=element->PureIceEnthalpy(pressure);
     944
     945                scalar_ocean=gauss->weight*Jdet*rho_water*mixed_layer_capacity*thermal_exchange_vel*Hpmp/(heatcapacity*rho_ice);
    674946                if(reCast<bool,IssmDouble>(dt)) scalar_ocean=dt*scalar_ocean;
    675947
    … …  
    683955        return pe;
    684956}/*}}}*/
    685 void EnthalpyAnalysis::GetBConduct(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    686         /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3 B4 B5 B6] where Bi is of size 5*NDOF1.
    687          * For node i, Bi' can be expressed in the actual coordinate system
    688          * by:
    689          *       Bi_conduct=[ dh/dx ]
    690          *                  [ dh/dy ]
    691          *                  [ dh/dz ]
    692          * where h is the interpolation function for node i.
    693          *
    694          * We assume B has been allocated already, of size: 3x(NDOF1*numnodes)
    695          */
    696 
    697         /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    698         int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
    699 
    700         /*Get nodal functions derivatives*/
    701         IssmDouble* dbasis=xNew<IssmDouble>(3*numnodes);
    702         element->NodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,gauss);
    703 
    704         /*Build B: */
    705         for(int i=0;i<numnodes;i++){
    706                 B[numnodes*0+i] = dbasis[0*numnodes+i];
    707                 B[numnodes*1+i] = dbasis[1*numnodes+i];
    708                 B[numnodes*2+i] = dbasis[2*numnodes+i];
    709         }
    710 
    711         /*Clean-up*/
    712         xDelete<IssmDouble>(dbasis);
    713 }/*}}}*/
    714 void EnthalpyAnalysis::GetBAdvec(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    715         /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3 B4 B5 B6] where Bi is of size 5*NDOF1.
    716          * For node i, Bi' can be expressed in the actual coordinate system
    717          * by:
    718          *       Bi_advec =[ h ]
    719          *                 [ h ]
    720          *                 [ h ]
    721          * where h is the interpolation function for node i.
    722          *
    723          * We assume B has been allocated already, of size: 3x(NDOF1*NUMNODESP1)
    724          */
    725 
    726         /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    727         int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
    728 
    729         /*Get nodal functions*/
    730         IssmDouble* basis=xNew<IssmDouble>(numnodes);
    731         element->NodalFunctions(basis,gauss);
    732 
    733         /*Build B: */
    734         for(int i=0;i<numnodes;i++){
    735                 B[numnodes*0+i] = basis[i];
    736                 B[numnodes*1+i] = basis[i];
    737                 B[numnodes*2+i] = basis[i];
    738         }
    739 
    740         /*Clean-up*/
    741         xDelete<IssmDouble>(basis);
    742 }/*}}}*/
    743 void EnthalpyAnalysis::GetBAdvecprime(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    744         /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3 B4 B5 B6] where Bi is of size 5*NDOF1.
    745          * For node i, Bi' can be expressed in the actual coordinate system
    746          * by:
    747          *       Biprime_advec=[ dh/dx ]
    748          *                     [ dh/dy ]
    749          *                     [ dh/dz ]
    750          * where h is the interpolation function for node i.
    751          *
    752          * We assume B has been allocated already, of size: 3x(NDOF1*numnodes)
    753          */
    754 
    755         /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    756         int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
    757 
    758         /*Get nodal functions derivatives*/
    759         IssmDouble* dbasis=xNew<IssmDouble>(3*numnodes);
    760         element->NodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,gauss);
    761 
    762         /*Build B: */
    763         for(int i=0;i<numnodes;i++){
    764                 B[numnodes*0+i] = dbasis[0*numnodes+i];
    765                 B[numnodes*1+i] = dbasis[1*numnodes+i];
    766                 B[numnodes*2+i] = dbasis[2*numnodes+i];
    767         }
    768 
    769         /*Clean-up*/
    770         xDelete<IssmDouble>(dbasis);
    771 }/*}}}*/
    772 void EnthalpyAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
    773         element->GetSolutionFromInputsOneDof(solution,EnthalpyEnum);
    774 }/*}}}*/
    775 void EnthalpyAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
    776         _error_("Not implemented yet");
    777 }/*}}}*/
    778 void EnthalpyAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    779 
    780         bool        converged;
    781         int         i,rheology_law;
    782         IssmDouble  B_average,s_average,T_average=0.,P_average=0.;
    783         int        *doflist   = NULL;
    784         IssmDouble *xyz_list  = NULL;
    785 
    786         /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
    787         int numnodes    = element->GetNumberOfNodes();
    788 
    789         /*Fetch dof list and allocate solution vector*/
    790         element->GetDofList(&doflist,NoneApproximationEnum,GsetEnum);
    791         IssmDouble* values        = xNew<IssmDouble>(numnodes);
    792         IssmDouble* pressure      = xNew<IssmDouble>(numnodes);
    793         IssmDouble* surface       = xNew<IssmDouble>(numnodes);
    794         IssmDouble* B             = xNew<IssmDouble>(numnodes);
    795         IssmDouble* temperature   = xNew<IssmDouble>(numnodes);
    796         IssmDouble* waterfraction = xNew<IssmDouble>(numnodes);
    797 
    798         /*Use the dof list to index into the solution vector: */
    799         for(i=0;i<numnodes;i++){
    800                 values[i]=solution[doflist[i]];
    801 
    802                 /*Check solution*/
    803                 if(xIsNan<IssmDouble>(values[i])) _error_("NaN found in solution vector");
    804         }
    805 
    806         /*Get all inputs and parameters*/
    807         element->GetInputValue(&converged,ConvergedEnum);
    808         element->GetInputListOnNodes(&pressure[0],PressureEnum);
    809         if(converged){
    810                 for(i=0;i<numnodes;i++){
    811                         element->EnthalpyToThermal(&temperature[i],&waterfraction[i],values[i],pressure[i]);
    812                         if(waterfraction[i]<0.) _error_("Negative water fraction found in solution vector");
    813                         //if(waterfraction[i]>1.) _error_("Water fraction >1 found in solution vector");
    814                 }
    815                 element->AddInput(EnthalpyEnum,values,element->GetElementType());
    816                 element->AddInput(WaterfractionEnum,waterfraction,element->GetElementType());
    817                 element->AddInput(TemperatureEnum,temperature,element->GetElementType());
    818 
    819                 /*Update Rheology only if converged (we must make sure that the temperature is below melting point
    820                  * otherwise the rheology could be negative*/
    821                 element->FindParam(&rheology_law,MaterialsRheologyLawEnum);
    822                 element->GetInputListOnNodes(&surface[0],SurfaceEnum);
    823                 switch(rheology_law){
    824                         case NoneEnum:
    825                                 /*Do nothing: B is not temperature dependent*/
    826                                 break;
    827                         case CuffeyEnum:
    828                                 for(i=0;i<numnodes;i++) B[i]=Cuffey(temperature[i]);
    829                                 element->AddInput(MaterialsRheologyBEnum,&B[0],element->GetElementType());
    830                                 break;
    831                         case PatersonEnum:
    832                                 for(i=0;i<numnodes;i++) B[i]=Paterson(temperature[i]);
    833                                 element->AddInput(MaterialsRheologyBEnum,&B[0],element->GetElementType());
    834                                 break;
    835                         case ArrheniusEnum:
    836                                 element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    837                                 for(i=0;i<numnodes;i++) B[i]=Arrhenius(temperature[i],surface[i]-xyz_list[i*3+2],element->GetMaterialParameter(MaterialsRheologyNEnum));
    838                                 element->AddInput(MaterialsRheologyBEnum,&B[0],element->GetElementType());
    839                                 break;
    840                         case LliboutryDuvalEnum:
    841                                 for(i=0;i<numnodes;i++) B[i]=LliboutryDuval(values[i],pressure[i],element->GetMaterialParameter(MaterialsRheologyNEnum),element->GetMaterialParameter(MaterialsBetaEnum),element->GetMaterialParameter(ConstantsReferencetemperatureEnum),element->GetMaterialParameter(MaterialsHeatcapacityEnum),element->GetMaterialParameter(MaterialsLatentheatEnum));
    842                                 element->AddInput(MaterialsRheologyBEnum,&B[0],element->GetElementType());
    843                                 break;
    844                         default: _error_("Rheology law " << EnumToStringx(rheology_law) << " not supported yet");
    845                 }
    846         }
    847         else{
    848                 element->AddInput(EnthalpyPicardEnum,values,element->GetElementType());
    849         }
    850 
    851         /*Free ressources:*/
    852         xDelete<IssmDouble>(values);
    853         xDelete<IssmDouble>(pressure);
    854         xDelete<IssmDouble>(surface);
    855         xDelete<IssmDouble>(B);
    856         xDelete<IssmDouble>(temperature);
    857         xDelete<IssmDouble>(waterfraction);
    858         xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
    859         xDelete<int>(doflist);
    860 }/*}}}*/
    861 void EnthalpyAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    862 
    863         bool islevelset;
    864         femmodel->parameters->FindParam(&islevelset,TransientIslevelsetEnum);
    865         if(islevelset){
    866                 SetActiveNodesLSMx(femmodel);
    867         }
    868         return;
    869 }/*}}}*/
    870 
    871 /*Modules*/
    872 void EnthalpyAnalysis::PostProcessing(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    873 
    874         /*Intermediaries*/
    875         int solution_type, i;
    876         bool computebasalmeltingrates=true;
    877         bool isdrainage=true;
    878         bool updatebasalconstraints=true;
    879 
    880         if(isdrainage){
    881                 /*Drain excess water fraction in ice column: */
    882                 for(i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    883                         Element* element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    884                         DrainWaterfractionIcecolumn(element);
    885                 }
    886         }
    887 
    888         if(computebasalmeltingrates){
    889                 /*Compute basal melting rates: */
    890                 for(i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    891                         Element* element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    892                         ComputeBasalMeltingrate(element);
    893                 }
    894         }
    895 
    896         if(updatebasalconstraints){
    897                 /*Update basal dirichlet BCs for enthalpy in transient runs: */
    898                 femmodel->parameters->FindParam(&solution_type,SolutionTypeEnum);
    899                 if(solution_type==TransientSolutionEnum){
    900                         for(i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    901                                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    902                                 UpdateBasalConstraints(element);
    903                         }
    904                 }
    905         }
    906 }/*}}}*/
    907 void EnthalpyAnalysis::ComputeBasalMeltingrate(Element* element){/*{{{*/
    908         /*Calculate the basal melt rates of the enthalpy model after Aschwanden 2012*/
    909         /* melting rate is positive when melting, negative when refreezing*/
    910 
    911         /* Check if ice in element */
    912         if(!element->IsIceInElement()) return;
    913 
    914         /* Only compute melt rates at the base of grounded ice*/
    915         if(!element->IsOnBase() || element->IsFloating()) return;
    916 
    917         /* Intermediaries */
    918         const int   dim=3;
    919         int         i,is,vertexdown,vertexup,numvertices,numsegments;
    920         IssmDouble  heatflux;
    921         IssmDouble  vec_heatflux[dim],normal_base[dim],d1enthalpy[dim];
    922         IssmDouble  basalfriction,alpha2;
    923         IssmDouble  dt,yts;
    924         IssmDouble  melting_overshoot,lambda;
    925         IssmDouble  geothermalflux;
    926         IssmDouble  vx,vy,vz;
    927         IssmDouble *xyz_list      = NULL;
    928         IssmDouble *xyz_list_base = NULL;
    929         int        *pairindices   = NULL;
    930 
    931         /*Fetch parameters and inputs */
    932         element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    933         element->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_base);
    934         IssmDouble latentheat = element->GetMaterialParameter(MaterialsLatentheatEnum);
    935         IssmDouble rho_ice    = element->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
    936         IssmDouble rho_water  = element->GetMaterialParameter(MaterialsRhoFreshwaterEnum);
    937         Input* enthalpy_input         = element->GetInput(EnthalpyEnum);                    _assert_(enthalpy_input);
    938         Input* geothermalflux_input   = element->GetInput(BasalforcingsGeothermalfluxEnum); _assert_(geothermalflux_input);
    939         Input* vx_input               = element->GetInput(VxEnum);                          _assert_(vx_input);
    940         Input* vy_input               = element->GetInput(VyEnum);                          _assert_(vy_input);
    941         Input* vz_input               = element->GetInput(VzEnum);                          _assert_(vz_input);
    942         IssmDouble kappa=EnthalpyDiffusionParameterVolume(element,EnthalpyEnum);     _assert_(kappa>=0.);
    943         element->NormalBase(&normal_base[0],xyz_list_base);
    944         element->VerticalSegmentIndices(&pairindices,&numsegments);
    945         IssmDouble* meltingrate_enthalpy = xNew<IssmDouble>(numsegments);
    946         IssmDouble* heating = xNew<IssmDouble>(numsegments);   
    947 
    948         /*Build friction element, needed later: */
    949         Friction* friction=new Friction(element,dim);
    950 
    951         /******** MELTING RATES  ************************************/
    952         numvertices=element->GetNumberOfVertices();
    953         IssmDouble* enthalpy = xNew<IssmDouble>(numvertices);
    954         IssmDouble* pressure = xNew<IssmDouble>(numvertices);
    955         IssmDouble* watercolumn = xNew<IssmDouble>(numvertices);
    956         IssmDouble* basalmeltingrate = xNew<IssmDouble>(numvertices);
    957         element->GetInputListOnVertices(enthalpy,EnthalpyEnum);
    958         element->GetInputListOnVertices(pressure,PressureEnum);
    959         element->GetInputListOnVertices(watercolumn,WatercolumnEnum);
    960         element->GetInputListOnVertices(basalmeltingrate,BasalforcingsGroundediceMeltingRateEnum);
    961 
    962         Gauss* gauss=element->NewGauss();
    963        
    964         for(int is=0;is<numsegments;is++){
    965                 vertexdown = pairindices[is*2+0];
    966                 vertexup   = pairindices[is*2+1];
    967                 gauss->GaussVertex(vertexdown);
    968                
    969                 bool checkpositivethickness=true;
    970                 _assert_(watercolumn[vertexdown]>=0.);
    971 
    972                 /*Calculate basal meltingrate after Fig.5 of A.Aschwanden 2012*/
    973                 meltingrate_enthalpy[is]=0.;
    974                 heating[is]=0.;
    975                 if((watercolumn[vertexdown]>0.) && (enthalpy[vertexdown]<PureIceEnthalpy(element,pressure[vertexdown]))){
    976                         /*ensure that no ice is at T<Tm(p), if water layer present*/
    977                         enthalpy[vertexdown]=element->PureIceEnthalpy(pressure[vertexdown]);
    978                 }
    979                 else if(enthalpy[vertexdown]<element->PureIceEnthalpy(pressure[vertexdown])){
    980                         /*cold base: set q*n=q_geo*n+frictionheating as Neumann BC in Penta::CreatePVectorEnthalpySheet*/
    981                         checkpositivethickness=false; // cold base, skip next test
    982                 }
    983                 else{/*we have a temperate base, go to next test*/}
    984 
    985                 if(checkpositivethickness){
    986                         /*From here on all basal ice is temperate. Check for positive thickness of layer of temperate ice. */
    987                         bool istemperatelayer=false;
    988                         if(enthalpy[vertexup]>=element->PureIceEnthalpy(pressure[vertexup])) istemperatelayer=true;
    989                         if(istemperatelayer) for(i=0;i<dim;i++) vec_heatflux[i]=0.; // TODO: add -k*nabla T_pmp
    990                         else{
    991                                 enthalpy_input->GetInputDerivativeValue(&d1enthalpy[0],xyz_list,gauss);
    992                                 for(i=0;i<3;i++) vec_heatflux[i]=-kappa*d1enthalpy[i];
    993                         }
    994 
    995                         /*heat flux along normal*/
    996                         heatflux=0.;
    997                         for(i=0;i<3;i++) heatflux+=(vec_heatflux[i])*normal_base[i];
    998 
    999                         /*basal friction*/
    1000                         friction->GetAlpha2(&alpha2,gauss);
    1001                         vx_input->GetInputValue(&vx,gauss);
    1002                         vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
    1003                         vz_input->GetInputValue(&vz,gauss);
    1004                         basalfriction=alpha2*(vx*vx + vy*vy + vz*vz);
    1005 
    1006                         geothermalflux_input->GetInputValue(&geothermalflux,gauss);
    1007                         /* -Mb= Fb-(q-q_geo)/((1-w)*L*rho), and (1-w)*rho=rho_ice, cf Aschwanden 2012, eqs.1, 2, 66*/
    1008                         heating[is]=(heatflux+basalfriction+geothermalflux);
    1009                         meltingrate_enthalpy[is]=heating[is]/(latentheat*rho_ice); // m/s water equivalent
    1010                 }
    1011         }
    1012         /******** UPDATE MELTINGRATES AND WATERCOLUMN **************/
    1013         element->FindParam(&dt,TimesteppingTimeStepEnum);
    1014         for(is=0;is<numsegments;is++){
    1015                 vertexdown = pairindices[is*2+0];
    1016                 vertexup   = pairindices[is*2+1];
    1017                 if(dt!=0.){
    1018                         if(watercolumn[vertexdown]+meltingrate_enthalpy[is]*dt<0.){     // prevent too much freeze on                   
    1019                                 lambda = -watercolumn[vertexdown]/(dt*meltingrate_enthalpy[is]); _assert_(lambda>=0.); _assert_(lambda<1.);
    1020                                 watercolumn[vertexdown]=0.;
    1021                                 basalmeltingrate[vertexdown]=lambda*meltingrate_enthalpy[is]; // restrict freeze on only to size of watercolumn
    1022                                 enthalpy[vertexdown]+=(1.-lambda)*meltingrate_enthalpy[is]*dt*latentheat; // use rest of energy to cool down base
    1023                         }
    1024                         else{
    1025                                 basalmeltingrate[vertexdown]=meltingrate_enthalpy[is];
    1026                                 watercolumn[vertexdown]+=dt*meltingrate_enthalpy[is];
    1027                         }
    1028                 }
    1029                 else{
    1030                         basalmeltingrate[vertexdown]=meltingrate_enthalpy[is];
    1031                         watercolumn[vertexdown]+=meltingrate_enthalpy[is];
    1032                 }       
    1033                 basalmeltingrate[vertexdown]*=rho_water/rho_ice; // convert meltingrate from water to ice equivalent
    1034                 _assert_(watercolumn[vertexdown]>=0.);
    1035         }
    1036 
    1037         /*feed updated variables back into model*/
    1038         element->AddInput(EnthalpyEnum,enthalpy,P1Enum);
    1039         element->AddInput(WatercolumnEnum,watercolumn,P1Enum);
    1040         element->AddInput(BasalforcingsGroundediceMeltingRateEnum,basalmeltingrate,P1Enum);
    1041 
    1042         /*Clean up and return*/
    1043         delete gauss;
    1044         delete friction;
    1045         xDelete<int>(pairindices);
    1046         xDelete<IssmDouble>(enthalpy);
    1047         xDelete<IssmDouble>(pressure);
    1048         xDelete<IssmDouble>(watercolumn);
    1049         xDelete<IssmDouble>(basalmeltingrate);
    1050         xDelete<IssmDouble>(meltingrate_enthalpy);
    1051         xDelete<IssmDouble>(heating);
    1052         xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
    1053         xDelete<IssmDouble>(xyz_list_base);
    1054 }/*}}}*/
    1055 void EnthalpyAnalysis::DrainWaterfractionIcecolumn(Element* element){/*{{{*/
    1056 
    1057         /* Check if ice in element */
    1058         if(!element->IsIceInElement()) return;
    1059 
    1060         /* Only drain waterfraction of ice column from element at base*/
    1061         if(!element->IsOnBase()) return; //FIXME: allow freeze on for floating elements
    1062 
    1063         /* Intermediaries*/
    1064         int is, numvertices, numsegments;
    1065         int *pairindices   = NULL;
    1066 
    1067         numvertices=element->GetNumberOfVertices();
    1068         element->VerticalSegmentIndices(&pairindices,&numsegments);
    1069 
    1070         IssmDouble* watercolumn = xNew<IssmDouble>(numvertices);
    1071         IssmDouble* drainrate_column  = xNew<IssmDouble>(numsegments);
    1072         IssmDouble* drainrate_element = xNew<IssmDouble>(numsegments);
    1073 
    1074         element->GetInputListOnVertices(watercolumn,WatercolumnEnum);
    1075 
    1076         for(is=0;is<numsegments;is++)   drainrate_column[is]=0.;
    1077         Element* elementi = element;
    1078         for(;;){
    1079                 for(is=0;is<numsegments;is++)   drainrate_element[is]=0.;
    1080                 DrainWaterfraction(elementi,drainrate_element); // TODO: make sure every vertex is only drained once
    1081                 for(is=0;is<numsegments;is++)   drainrate_column[is]+=drainrate_element[is];
    1082 
    1083                 if(elementi->IsOnSurface()) break;
    1084                 elementi=elementi->GetUpperElement();                   
    1085         }
    1086         /* add drained water to water column*/
    1087         for(is=0;is<numsegments;is++) watercolumn[is]+=drainrate_column[is];
    1088         /* Feed updated water column back into model */
    1089         element->AddInput(WatercolumnEnum,watercolumn,P1Enum);
    1090 
    1091         xDelete<int>(pairindices);
    1092         xDelete<IssmDouble>(drainrate_column);
    1093         xDelete<IssmDouble>(drainrate_element);
    1094         xDelete<IssmDouble>(watercolumn);
    1095 }/*}}}*/
    1096 void EnthalpyAnalysis::DrainWaterfraction(Element* element, IssmDouble* pdrainrate_element){/*{{{*/
     957void           EnthalpyAnalysis::DrainWaterfraction(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     958        /*Drain excess water fraction in ice column: */
     959        for(int i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
     960                Element* element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     961                DrainWaterfractionIcecolumn(element);
     962        }
     963}/*}}}*/
     964void           EnthalpyAnalysis::DrainWaterfraction(Element* element, IssmDouble* pdrainrate_element){/*{{{*/
    1097965
    1098966        /* Check if ice in element */
    … …  
    11561024        xDelete<IssmDouble>(deltawaterfractions);
    11571025}/*}}}*/
    1158 void EnthalpyAnalysis::UpdateBasalConstraints(Element* element){/*{{{*/
     1026void           EnthalpyAnalysis::DrainWaterfractionIcecolumn(Element* element){/*{{{*/
    11591027
    11601028        /* Check if ice in element */
    11611029        if(!element->IsIceInElement()) return;
    11621030
    1163         /* Only update Constraints at the base of grounded ice*/
    1164         if(!(element->IsOnBase()) || element->IsFloating()) return;
    1165 
    1166         /*Intermediary*/
    1167         bool        isdynamicbasalspc,setspc;
    1168         int         numindices, numindicesup;
    1169         IssmDouble  pressure, pressureup;
    1170         IssmDouble  h_pmp, enthalpy, enthalpyup;
    1171         IssmDouble  watercolumn;
    1172         int        *indices = NULL, *indicesup = NULL;
    1173         Node*       node = NULL;
    1174 
    1175         /*Check wether dynamic basal boundary conditions are activated */
    1176         element->FindParam(&isdynamicbasalspc,ThermalIsdynamicbasalspcEnum);
    1177         if(!isdynamicbasalspc) return;
    1178 
    1179         /*Fetch indices of basal & surface nodes for this finite element*/
    1180         Penta *penta =  (Penta *) element; // TODO: add Basal-/SurfaceNodeIndices to element.h, and change this to Element*
    1181         penta->BasalNodeIndices(&numindices,&indices,element->GetElementType());
    1182         penta->SurfaceNodeIndices(&numindicesup,&indicesup,element->GetElementType());
    1183         _assert_(numindices==numindicesup);
    1184 
    1185         /*Get parameters and inputs: */
    1186         Input* pressure_input=element->GetInput(PressureEnum); _assert_(pressure_input);
    1187         Input* enthalpy_input=element->GetInput(EnthalpyEnum); _assert_(enthalpy_input);
    1188         Input* watercolumn_input=element->GetInput(WatercolumnEnum); _assert_(watercolumn_input);
    1189 
    1190         /*if there is a temperate layer of zero thickness, set spc enthalpy=h_pmp at that node*/
    1191         GaussPenta* gauss=new GaussPenta();
    1192         GaussPenta* gaussup=new GaussPenta();
    1193         for(int i=0;i<numindices;i++){
    1194                 gauss->GaussNode(element->GetElementType(),indices[i]);
    1195                 gaussup->GaussNode(element->GetElementType(),indicesup[i]);
    1196 
    1197                 /*Check wether there is a temperate layer at the base or not */
    1198                 /*check if node is temperate, else continue*/
    1199                 enthalpy_input->GetInputValue(&enthalpy, gauss);
    1200                 pressure_input->GetInputValue(&pressure, gauss);
    1201                 watercolumn_input->GetInputValue(&watercolumn,gauss);
    1202                 h_pmp=PureIceEnthalpy(element,pressure);
    1203                 if (enthalpy>=h_pmp){
    1204                         /*check if upper node is temperate, too.
    1205                                 if yes, then we have a temperate layer of positive thickness and reset the spc.
    1206                                 if not, apply dirichlet BC.*/
    1207                         enthalpy_input->GetInputValue(&enthalpyup, gaussup);
    1208                         pressure_input->GetInputValue(&pressureup, gaussup);
    1209                         setspc=((enthalpyup<PureIceEnthalpy(element,pressureup)) && (watercolumn>=0.))?true:false;
    1210                 }
    1211                 else
    1212                         setspc = false;
    1213 
    1214                 node=element->GetNode(indices[i]);
    1215                 if(setspc)
    1216                         node->ApplyConstraint(0,h_pmp); /*apply spc*/
    1217                 else                   
    1218                         node->DofInFSet(0); /*remove spc*/
    1219         }
    1220 
    1221         /*Free ressources:*/
    1222         xDelete<int>(indices);
    1223         xDelete<int>(indicesup);
    1224         delete gauss;
    1225         delete gaussup;
    1226 }/*}}}*/
    1227 
    1228 /*Intermediaries*/
    1229 IssmDouble EnthalpyAnalysis::EnthalpyDiffusionParameter(Element* element,IssmDouble enthalpy,IssmDouble pressure){/*{{{*/
     1031        /* Only drain waterfraction of ice column from element at base*/
     1032        if(!element->IsOnBase()) return; //FIXME: allow freeze on for floating elements
     1033
     1034        /* Intermediaries*/
     1035        int is, numvertices, numsegments;
     1036        int *pairindices   = NULL;
     1037
     1038        numvertices=element->GetNumberOfVertices();
     1039        element->VerticalSegmentIndices(&pairindices,&numsegments);
     1040
     1041        IssmDouble* watercolumn = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     1042        IssmDouble* drainrate_column  = xNew<IssmDouble>(numsegments);
     1043        IssmDouble* drainrate_element = xNew<IssmDouble>(numsegments);
     1044
     1045        element->GetInputListOnVertices(watercolumn,WatercolumnEnum);
     1046
     1047        for(is=0;is<numsegments;is++)   drainrate_column[is]=0.;
     1048        Element* elementi = element;
     1049        for(;;){
     1050                for(is=0;is<numsegments;is++)   drainrate_element[is]=0.;
     1051                DrainWaterfraction(elementi,drainrate_element); // TODO: make sure every vertex is only drained once
     1052                for(is=0;is<numsegments;is++)   drainrate_column[is]+=drainrate_element[is];
     1053
     1054                if(elementi->IsOnSurface()) break;
     1055                elementi=elementi->GetUpperElement();                   
     1056        }
     1057        /* add drained water to water column*/
     1058        for(is=0;is<numsegments;is++) watercolumn[is]+=drainrate_column[is];
     1059        /* Feed updated water column back into model */
     1060        element->AddInput(WatercolumnEnum,watercolumn,P1Enum);
     1061
     1062        xDelete<int>(pairindices);
     1063        xDelete<IssmDouble>(drainrate_column);
     1064        xDelete<IssmDouble>(drainrate_element);
     1065        xDelete<IssmDouble>(watercolumn);
     1066}/*}}}*/
     1067IssmDouble     EnthalpyAnalysis::EnthalpyDiffusionParameter(Element* element,IssmDouble enthalpy,IssmDouble pressure){/*{{{*/
    12301068
    12311069        IssmDouble heatcapacity             = element->GetMaterialParameter(MaterialsHeatcapacityEnum);
    … …  
    12401078        }
    12411079}/*}}}*/
    1242 IssmDouble EnthalpyAnalysis::EnthalpyDiffusionParameterVolume(Element* element,int enthalpy_enum){/*{{{*/
     1080IssmDouble     EnthalpyAnalysis::EnthalpyDiffusionParameterVolume(Element* element,int enthalpy_enum){/*{{{*/
    12431081
    12441082        int         iv;
    … …  
    12951133        return kappa;
    12961134}/*}}}*/
    1297 IssmDouble EnthalpyAnalysis::PureIceEnthalpy(Element* element,IssmDouble pressure){/*{{{*/
     1135void           EnthalpyAnalysis::GetBAdvec(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     1136        /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3 B4 B5 B6] where Bi is of size 5*NDOF1.
     1137         * For node i, Bi' can be expressed in the actual coordinate system
     1138         * by:
     1139         *       Bi_advec =[ h ]
     1140         *                 [ h ]
     1141         *                 [ h ]
     1142         * where h is the interpolation function for node i.
     1143         *
     1144         * We assume B has been allocated already, of size: 3x(NDOF1*NUMNODESP1)
     1145         */
     1146
     1147        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
     1148        int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
     1149
     1150        /*Get nodal functions*/
     1151        IssmDouble* basis=xNew<IssmDouble>(numnodes);
     1152        element->NodalFunctions(basis,gauss);
     1153
     1154        /*Build B: */
     1155        for(int i=0;i<numnodes;i++){
     1156                B[numnodes*0+i] = basis[i];
     1157                B[numnodes*1+i] = basis[i];
     1158                B[numnodes*2+i] = basis[i];
     1159        }
     1160
     1161        /*Clean-up*/
     1162        xDelete<IssmDouble>(basis);
     1163}/*}}}*/
     1164void           EnthalpyAnalysis::GetBAdvecprime(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     1165        /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3 B4 B5 B6] where Bi is of size 5*NDOF1.
     1166         * For node i, Bi' can be expressed in the actual coordinate system
     1167         * by:
     1168         *       Biprime_advec=[ dh/dx ]
     1169         *                     [ dh/dy ]
     1170         *                     [ dh/dz ]
     1171         * where h is the interpolation function for node i.
     1172         *
     1173         * We assume B has been allocated already, of size: 3x(NDOF1*numnodes)
     1174         */
     1175
     1176        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
     1177        int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
     1178
     1179        /*Get nodal functions derivatives*/
     1180        IssmDouble* dbasis=xNew<IssmDouble>(3*numnodes);
     1181        element->NodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,gauss);
     1182
     1183        /*Build B: */
     1184        for(int i=0;i<numnodes;i++){
     1185                B[numnodes*0+i] = dbasis[0*numnodes+i];
     1186                B[numnodes*1+i] = dbasis[1*numnodes+i];
     1187                B[numnodes*2+i] = dbasis[2*numnodes+i];
     1188        }
     1189
     1190        /*Clean-up*/
     1191        xDelete<IssmDouble>(dbasis);
     1192}/*}}}*/
     1193void           EnthalpyAnalysis::GetBasalConstraints(Vector<IssmDouble>* vec_spc,Element* element){/*{{{*/
     1194
     1195        /* Check if ice in element */
     1196        if(!element->IsIceInElement()) return;
     1197
     1198        /* Only update Constraints at the base of grounded ice*/
     1199        if(!(element->IsOnBase()) || element->IsFloating()) return;
     1200
     1201        /*Intermediary*/
     1202        bool        isdynamicbasalspc;
     1203        IssmDouble      dt;
     1204
     1205        /*Check wether dynamic basal boundary conditions are activated */
     1206        element->FindParam(&isdynamicbasalspc,ThermalIsdynamicbasalspcEnum);
     1207        if(!isdynamicbasalspc) return;
     1208
     1209        element->FindParam(&dt,TimesteppingTimeStepEnum);
     1210        if(dt==0.){
     1211                GetBasalConstraintsSteadystate(vec_spc,element);
     1212        }
     1213        else{
     1214                GetBasalConstraintsTransient(vec_spc,element);
     1215        }
     1216}/*}}}*/
     1217void           EnthalpyAnalysis::GetBasalConstraintsSteadystate(Vector<IssmDouble>* vec_spc,Element* element){/*{{{*/
     1218
     1219        /* Check if ice in element */
     1220        if(!element->IsIceInElement()) return;
     1221
     1222        /* Only update Constraints at the base of grounded ice*/
     1223        if(!(element->IsOnBase()) || element->IsFloating()) return;
     1224
     1225        /*Intermediary*/
     1226        int         numindices, numindicesup, state;
     1227        int        *indices = NULL, *indicesup = NULL;
     1228        IssmDouble      enthalpy, enthalpyup, pressure, pressureup, watercolumn, meltingrate;
     1229
     1230        /*Get parameters and inputs: */
     1231        Input* enthalpy_input            = element->GetInput(EnthalpyPicardEnum);                                        _assert_(enthalpy_input);
     1232        Input* pressure_input            = element->GetInput(PressureEnum);                                                      _assert_(pressure_input);
     1233        Input* watercolumn_input         = element->GetInput(WatercolumnEnum);                                                   _assert_(watercolumn_input);
     1234        Input* meltingrate_input         = element->GetInput(BasalforcingsGroundediceMeltingRateEnum);                                                   _assert_(meltingrate_input);
     1235
     1236        /*Fetch indices of basal & surface nodes for this finite element*/
     1237        Penta *penta =  (Penta *) element; // TODO: add Basal-/SurfaceNodeIndices to element.h, and change this to Element*
     1238        penta->BasalNodeIndices(&numindices,&indices,element->GetElementType());
     1239        penta->SurfaceNodeIndices(&numindicesup,&indicesup,element->GetElementType());  _assert_(numindices==numindicesup);
     1240
     1241        GaussPenta* gauss=new GaussPenta();
     1242        GaussPenta* gaussup=new GaussPenta();
     1243        for(int i=0;i<numindices;i++){
     1244                gauss->GaussNode(element->GetElementType(),indices[i]);
     1245                gaussup->GaussNode(element->GetElementType(),indicesup[i]);
     1246
     1247                enthalpy_input->GetInputValue(&enthalpy,gauss);
     1248                enthalpy_input->GetInputValue(&enthalpyup,gaussup);
     1249                pressure_input->GetInputValue(&pressure,gauss);
     1250                pressure_input->GetInputValue(&pressureup,gaussup);
     1251                watercolumn_input->GetInputValue(&watercolumn,gauss);
     1252                meltingrate_input->GetInputValue(&meltingrate,gauss);
     1253
     1254                state=GetThermalBasalCondition(element, enthalpy, enthalpyup, pressure, pressureup, watercolumn, meltingrate);
     1255                switch (state) {
     1256                        case 0:
     1257                                // cold, dry base: apply basal surface forcing
     1258                                vec_spc->SetValue(element->nodes[i]->Sid(),0.,INS_VAL);
     1259                                break;
     1260                        case 1:
     1261                                // cold, wet base: keep at pressure melting point
     1262                                vec_spc->SetValue(element->nodes[i]->Sid(),1.,INS_VAL);
     1263                                break;
     1264                        case 2:
     1265                                // temperate, thin refreezing base: release spc
     1266                                vec_spc->SetValue(element->nodes[i]->Sid(),0.,INS_VAL);
     1267                                break;
     1268                        case 3:
     1269                                // temperate, thin melting base: set spc
     1270                                vec_spc->SetValue(element->nodes[i]->Sid(),1.,INS_VAL);
     1271                                break;
     1272                        case 4:
     1273                                // temperate, thick melting base: s
     1274                                vec_spc->SetValue(element->nodes[i]->Sid(),1.,INS_VAL);
     1275                                break;
     1276                        default:
     1277                                _printf0_("     unknown thermal basal state found!");
     1278                }
     1279        }
     1280
     1281        /*Free ressources:*/
     1282        xDelete<int>(indices);
     1283        xDelete<int>(indicesup);
     1284        delete gauss;
     1285        delete gaussup;
     1286}/*}}}*/
     1287void           EnthalpyAnalysis::GetBasalConstraintsTransient(Vector<IssmDouble>* vec_spc,Element* element){/*{{{*/
     1288
     1289        /* Check if ice in element */
     1290        if(!element->IsIceInElement()) return;
     1291
     1292        /* Only update Constraints at the base of grounded ice*/
     1293        if(!(element->IsOnBase()) || element->IsFloating()) return;
     1294
     1295        /*Intermediary*/
     1296        int         numindices, numindicesup, state;
     1297        int        *indices = NULL, *indicesup = NULL;
     1298        IssmDouble      enthalpy, enthalpyup, pressure, pressureup, watercolumn, meltingrate;
     1299
     1300        /*Get parameters and inputs: */
     1301        Input* enthalpy_input       = element->GetInput(EnthalpyEnum);                    _assert_(enthalpy_input); //TODO: check EnthalpyPicard?
     1302        Input* pressure_input            = element->GetInput(PressureEnum);                                                      _assert_(pressure_input);
     1303        Input* watercolumn_input         = element->GetInput(WatercolumnEnum);                                                   _assert_(watercolumn_input);
     1304        Input* meltingrate_input         = element->GetInput(BasalforcingsGroundediceMeltingRateEnum);                                                   _assert_(meltingrate_input);
     1305
     1306        /*Fetch indices of basal & surface nodes for this finite element*/
     1307        Penta *penta =  (Penta *) element; // TODO: add Basal-/SurfaceNodeIndices to element.h, and change this to Element*
     1308        penta->BasalNodeIndices(&numindices,&indices,element->GetElementType());
     1309        penta->SurfaceNodeIndices(&numindicesup,&indicesup,element->GetElementType());  _assert_(numindices==numindicesup);
     1310
     1311        GaussPenta* gauss=new GaussPenta();
     1312        GaussPenta* gaussup=new GaussPenta();
     1313
     1314        for(int i=0;i<numindices;i++){
     1315                gauss->GaussNode(element->GetElementType(),indices[i]);
     1316                gaussup->GaussNode(element->GetElementType(),indicesup[i]);
     1317               
     1318                enthalpy_input->GetInputValue(&enthalpy,gauss);
     1319                enthalpy_input->GetInputValue(&enthalpyup,gaussup);
     1320                pressure_input->GetInputValue(&pressure,gauss);
     1321                pressure_input->GetInputValue(&pressureup,gaussup);
     1322                watercolumn_input->GetInputValue(&watercolumn,gauss);
     1323                meltingrate_input->GetInputValue(&meltingrate,gauss);
     1324
     1325                state=GetThermalBasalCondition(element, enthalpy, enthalpyup, pressure, pressureup, watercolumn, meltingrate);
     1326
     1327                switch (state) {
     1328                        case 0:
     1329                                // cold, dry base: apply basal surface forcing
     1330                                vec_spc->SetValue(element->nodes[i]->Sid(),0.,INS_VAL);
     1331                                break;
     1332                        case 1:
     1333                                // cold, wet base: keep at pressure melting point
     1334                                vec_spc->SetValue(element->nodes[i]->Sid(),1.,INS_VAL);
     1335                                break;
     1336                        case 2:
     1337                                // temperate, thin refreezing base: release spc
     1338                                vec_spc->SetValue(element->nodes[i]->Sid(),0.,INS_VAL);
     1339                                break;
     1340                        case 3:
     1341                                // temperate, thin melting base: set spc
     1342                                vec_spc->SetValue(element->nodes[i]->Sid(),1.,INS_VAL);
     1343                                break;
     1344                        case 4:
     1345                                // temperate, thick melting base: set grad H*n=0
     1346                                vec_spc->SetValue(element->nodes[i]->Sid(),0.,INS_VAL);
     1347                                break;
     1348                        default:
     1349                                _printf0_("     unknown thermal basal state found!");
     1350                }
     1351
     1352        }
     1353
     1354        /*Free ressources:*/
     1355        xDelete<int>(indices);
     1356        xDelete<int>(indicesup);
     1357        delete gauss;
     1358        delete gaussup;
     1359}/*}}}*/
     1360void           EnthalpyAnalysis::GetBConduct(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     1361        /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3 B4 B5 B6] where Bi is of size 5*NDOF1.
     1362         * For node i, Bi' can be expressed in the actual coordinate system
     1363         * by:
     1364         *       Bi_conduct=[ dh/dx ]
     1365         *                  [ dh/dy ]
     1366         *                  [ dh/dz ]
     1367         * where h is the interpolation function for node i.
     1368         *
     1369         * We assume B has been allocated already, of size: 3x(NDOF1*numnodes)
     1370         */
     1371
     1372        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
     1373        int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
     1374
     1375        /*Get nodal functions derivatives*/
     1376        IssmDouble* dbasis=xNew<IssmDouble>(3*numnodes);
     1377        element->NodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,gauss);
     1378
     1379        /*Build B: */
     1380        for(int i=0;i<numnodes;i++){
     1381                B[numnodes*0+i] = dbasis[0*numnodes+i];
     1382                B[numnodes*1+i] = dbasis[1*numnodes+i];
     1383                B[numnodes*2+i] = dbasis[2*numnodes+i];
     1384        }
     1385
     1386        /*Clean-up*/
     1387        xDelete<IssmDouble>(dbasis);
     1388}/*}}}*/
     1389void           EnthalpyAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
     1390        element->GetSolutionFromInputsOneDof(solution,EnthalpyEnum);
     1391}/*}}}*/
     1392int            EnthalpyAnalysis::GetThermalBasalCondition(Element* element, IssmDouble enthalpy, IssmDouble enthalpyup, IssmDouble pressure, IssmDouble pressureup, IssmDouble watercolumn, IssmDouble meltingrate){/*{{{*/
     1393
     1394        /* Check if ice in element */
     1395        if(!element->IsIceInElement()) return -1;
     1396
     1397        /* Only update Constraints at the base of grounded ice*/
     1398        if(!(element->IsOnBase())) return -1;
     1399
     1400        /*Intermediary*/
     1401        int state=-1;
     1402        IssmDouble      dt;
     1403
     1404        /*Get parameters and inputs: */
     1405        element->FindParam(&dt,TimesteppingTimeStepEnum);
     1406
     1407        if(enthalpy<PureIceEnthalpy(element,pressure)){
     1408                if(watercolumn<=0.) state=0; // cold, dry base
     1409                else state=1; // cold, wet base (refreezing)
     1410        }
     1411        else{
     1412                if(enthalpyup<PureIceEnthalpy(element,pressureup)){
     1413                        if((dt==0.) && (meltingrate<0.)) state=2;       // refreezing temperate base (non-physical, only for steadystate solver)
     1414                        else    state=3; // temperate base, but no temperate layer
     1415                }
     1416                else state=4; // temperate layer with positive thickness
     1417        }
     1418
     1419        _assert_(state>=0);
     1420        return state;
     1421}/*}}}*/
     1422IssmDouble     EnthalpyAnalysis::GetWetIceConductivity(Element* element, IssmDouble enthalpy, IssmDouble pressure){/*{{{*/
     1423
     1424        IssmDouble temperature, waterfraction;
     1425        IssmDouble kappa_w = 0.6; // thermal conductivity of water (in W/m/K)
     1426        IssmDouble kappa_i = element->GetMaterialParameter(MaterialsThermalconductivityEnum);
     1427        element->EnthalpyToThermal(&temperature, &waterfraction, enthalpy, pressure);
     1428
     1429        return (1.-waterfraction)*kappa_i + waterfraction*kappa_w;
     1430}/*}}}*/
     1431void           EnthalpyAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
     1432        _error_("Not implemented yet");
     1433}/*}}}*/
     1434void           EnthalpyAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     1435
     1436        bool        converged;
     1437        int         i,rheology_law;
     1438        IssmDouble  B_average,s_average,T_average=0.,P_average=0.;
     1439        int        *doflist   = NULL;
     1440        IssmDouble *xyz_list  = NULL;
     1441
     1442        /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
     1443        int numnodes    = element->GetNumberOfNodes();
     1444
     1445        /*Fetch dof list and allocate solution vector*/
     1446        element->GetDofList(&doflist,NoneApproximationEnum,GsetEnum);
     1447        IssmDouble* values        = xNew<IssmDouble>(numnodes);
     1448        IssmDouble* pressure      = xNew<IssmDouble>(numnodes);
     1449        IssmDouble* surface       = xNew<IssmDouble>(numnodes);
     1450        IssmDouble* B             = xNew<IssmDouble>(numnodes);
     1451        IssmDouble* temperature   = xNew<IssmDouble>(numnodes);
     1452        IssmDouble* waterfraction = xNew<IssmDouble>(numnodes);
     1453
     1454        /*Use the dof list to index into the solution vector: */
     1455        for(i=0;i<numnodes;i++){
     1456                values[i]=solution[doflist[i]];
     1457
     1458                /*Check solution*/
     1459                if(xIsNan<IssmDouble>(values[i])) _error_("NaN found in solution vector");
     1460        }
     1461
     1462        /*Get all inputs and parameters*/
     1463        element->GetInputValue(&converged,ConvergedEnum);
     1464        element->GetInputListOnNodes(&pressure[0],PressureEnum);
     1465        if(converged){
     1466                for(i=0;i<numnodes;i++){
     1467                        element->EnthalpyToThermal(&temperature[i],&waterfraction[i],values[i],pressure[i]);
     1468                        if(waterfraction[i]<0.) _error_("Negative water fraction found in solution vector");
     1469                        //if(waterfraction[i]>1.) _error_("Water fraction >1 found in solution vector");
     1470                }
     1471                element->AddInput(EnthalpyEnum,values,element->GetElementType());
     1472                element->AddInput(WaterfractionEnum,waterfraction,element->GetElementType());
     1473                element->AddInput(TemperatureEnum,temperature,element->GetElementType());
     1474
     1475                /*Update Rheology only if converged (we must make sure that the temperature is below melting point
     1476                 * otherwise the rheology could be negative*/
     1477                element->FindParam(&rheology_law,MaterialsRheologyLawEnum);
     1478                element->GetInputListOnNodes(&surface[0],SurfaceEnum);
     1479                switch(rheology_law){
     1480                        case NoneEnum:
     1481                                /*Do nothing: B is not temperature dependent*/
     1482                                break;
     1483                        case CuffeyEnum:
     1484                                for(i=0;i<numnodes;i++) B[i]=Cuffey(temperature[i]);
     1485                                element->AddInput(MaterialsRheologyBEnum,&B[0],element->GetElementType());
     1486                                break;
     1487                        case PatersonEnum:
     1488                                for(i=0;i<numnodes;i++) B[i]=Paterson(temperature[i]);
     1489                                element->AddInput(MaterialsRheologyBEnum,&B[0],element->GetElementType());
     1490                                break;
     1491                        case ArrheniusEnum:
     1492                                element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     1493                                for(i=0;i<numnodes;i++) B[i]=Arrhenius(temperature[i],surface[i]-xyz_list[i*3+2],element->GetMaterialParameter(MaterialsRheologyNEnum));
     1494                                element->AddInput(MaterialsRheologyBEnum,&B[0],element->GetElementType());
     1495                                break;
     1496                        case LliboutryDuvalEnum:
     1497                                for(i=0;i<numnodes;i++) B[i]=LliboutryDuval(values[i],pressure[i],element->GetMaterialParameter(MaterialsRheologyNEnum),element->GetMaterialParameter(MaterialsBetaEnum),element->GetMaterialParameter(ConstantsReferencetemperatureEnum),element->GetMaterialParameter(MaterialsHeatcapacityEnum),element->GetMaterialParameter(MaterialsLatentheatEnum));
     1498                                element->AddInput(MaterialsRheologyBEnum,&B[0],element->GetElementType());
     1499                                break;
     1500                        default: _error_("Rheology law " << EnumToStringx(rheology_law) << " not supported yet");
     1501                }
     1502        }
     1503        else{
     1504                element->AddInput(EnthalpyPicardEnum,values,element->GetElementType());
     1505        }
     1506
     1507        /*Free ressources:*/
     1508        xDelete<IssmDouble>(values);
     1509        xDelete<IssmDouble>(pressure);
     1510        xDelete<IssmDouble>(surface);
     1511        xDelete<IssmDouble>(B);
     1512        xDelete<IssmDouble>(temperature);
     1513        xDelete<IssmDouble>(waterfraction);
     1514        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     1515        xDelete<int>(doflist);
     1516}/*}}}*/
     1517void           EnthalpyAnalysis::PostProcessing(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     1518
     1519        /*Intermediaries*/
     1520        bool computebasalmeltingrates=true;
     1521        bool drainicecolumn=true;
     1522        bool isdynamicbasalspc;
     1523        IssmDouble dt;
     1524
     1525        femmodel->parameters->FindParam(&isdynamicbasalspc,ThermalIsdynamicbasalspcEnum);
     1526        femmodel->parameters->FindParam(&dt,TimesteppingTimeStepEnum);
     1527
     1528        //TODO: use dt to decide what to do
     1529        if(drainicecolumn)      DrainWaterfraction(femmodel);
     1530        if(computebasalmeltingrates)    ComputeBasalMeltingrate(femmodel);
     1531        if(isdynamicbasalspc)   UpdateBasalConstraints(femmodel);
     1532
     1533}/*}}}*/
     1534IssmDouble     EnthalpyAnalysis::PureIceEnthalpy(Element* element,IssmDouble pressure){/*{{{*/
    12981535
    12991536        IssmDouble heatcapacity         = element->GetMaterialParameter(MaterialsHeatcapacityEnum);
    … …  
    13021539        return heatcapacity*(TMeltingPoint(element,pressure)-referencetemperature);
    13031540}/*}}}*/
    1304 IssmDouble EnthalpyAnalysis::TMeltingPoint(Element* element,IssmDouble pressure){/*{{{*/
     1541IssmDouble     EnthalpyAnalysis::TMeltingPoint(Element* element,IssmDouble pressure){/*{{{*/
    13051542
    13061543        IssmDouble meltingpoint = element->GetMaterialParameter(MaterialsMeltingpointEnum);
    … …  
    13091546        return meltingpoint-beta*pressure;
    13101547}/*}}}*/
     1548void           EnthalpyAnalysis::UpdateBasalConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     1549
     1550        /*Update basal dirichlet BCs for enthalpy: */
     1551        Vector<IssmDouble>* spc           = NULL;
     1552        IssmDouble*         serial_spc    = NULL;
     1553
     1554        spc=new Vector<IssmDouble>(femmodel->nodes->NumberOfNodes(EnthalpyAnalysisEnum));
     1555        /*First create a vector to figure out what elements should be constrained*/
     1556        for(int i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
     1557                Element* element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     1558                GetBasalConstraints(spc,element);
     1559        }
     1560
     1561        /*Assemble and serialize*/
     1562        spc->Assemble();
     1563        serial_spc=spc->ToMPISerial();
     1564        delete spc;
     1565
     1566        /*Then update basal constraints nodes accordingly*/
     1567        for(int i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
     1568                Element* element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     1569                ApplyBasalConstraints(serial_spc,element);
     1570        }
     1571
     1572        femmodel->UpdateConstraintsx();
     1573
     1574        /*Delete*/
     1575        xDelete<IssmDouble>(serial_spc);
     1576}/*}}}*/
     1577void           EnthalpyAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     1578
     1579        bool islevelset;
     1580        femmodel->parameters->FindParam(&islevelset,TransientIslevelsetEnum);
     1581        if(islevelset){
     1582                SetActiveNodesLSMx(femmodel);
     1583        }
     1584        return;
     1585}/*}}}*/

  • issm/trunk/src/c/analyses/EnthalpyAnalysis.h

    r18301 r19105  
    88/*Headers*/
    99#include "./Analysis.h"
     10#include "../classes/classes.h"
    1011
    1112class EnthalpyAnalysis: public Analysis{
    … …  
    1314        public:
    1415                /*Model processing*/
    15                 int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
    16                 void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    17                 void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
    18                 void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
    1916                void CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel);
    2017                void CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel);
     18                void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
     19                int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
     20                void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
     21                void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    2122
    2223                /*Finite element Analysis*/
    23                 void           Core(FemModel* femmodel);
    24                 ElementVector* CreateDVector(Element* element);
    25                 ElementMatrix* CreateJacobianMatrix(Element* element);
    26                 ElementMatrix* CreateKMatrix(Element* element);
    27                 ElementMatrix* CreateKMatrixVolume(Element* element);
    28                 ElementMatrix* CreateKMatrixShelf(Element* element);
    29                 ElementVector* CreatePVector(Element* element);
    30                 ElementVector* CreatePVectorVolume(Element* element);
    31                 ElementVector* CreatePVectorSheet(Element* element);
    32                 ElementVector* CreatePVectorShelf(Element* element);
    33                 void GetBConduct(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    34                 void GetBAdvec(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    35                 void GetBAdvecprime(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    36                 void GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
    37                 void GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
    38                 void InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
    39                 void UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    40 
    41                 /*Modules*/
    42                 static void PostProcessing(FemModel* femmodel);
    43                 static void ComputeBasalMeltingrate(Element* element);
    44                 static void DrainWaterfractionIcecolumn(Element* element);
    45                 static void DrainWaterfraction(Element* element, IssmDouble* pdrainrate_element);
    46                 static void UpdateBasalConstraints(Element* element);
    47 
    48                 /*Intermediaries*/
     24                static void       ApplyBasalConstraints(IssmDouble* serial_spc,Element* element);
     25                static void       ComputeBasalMeltingrate(FemModel* femmodel);
     26                static void       ComputeBasalMeltingrate(Element* element);
     27                void              Core(FemModel* femmodel);
     28                ElementVector*    CreateDVector(Element* element);
     29                ElementMatrix*    CreateJacobianMatrix(Element* element);
     30                ElementMatrix*    CreateKMatrix(Element* element);
     31                ElementMatrix*    CreateKMatrixVolume(Element* element);
     32                ElementMatrix*    CreateKMatrixShelf(Element* element);
     33                ElementVector*    CreatePVector(Element* element);
     34                ElementVector*    CreatePVectorVolume(Element* element);
     35                ElementVector*    CreatePVectorSheet(Element* element);
     36                ElementVector*    CreatePVectorShelf(Element* element);
     37                static void       DrainWaterfraction(FemModel* femmodel);
     38                static void       DrainWaterfraction(Element* element, IssmDouble* pdrainrate_element);
     39                static void       DrainWaterfractionIcecolumn(Element* element);
    4940                static IssmDouble EnthalpyDiffusionParameter(Element* element,IssmDouble enthalpy,IssmDouble pressure);
    5041                static IssmDouble EnthalpyDiffusionParameterVolume(Element* element,int enthalpy_enum);
     42                void              GetBAdvec(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     43                void              GetBAdvecprime(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     44                static void       GetBasalConstraints(Vector<IssmDouble>* vec_spc,Element* element);
     45                static void       GetBasalConstraintsSteadystate(Vector<IssmDouble>* vec_spc,Element* element);
     46                static void       GetBasalConstraintsTransient(Vector<IssmDouble>* vec_spc,Element* element);
     47                void              GetBConduct(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     48                void              GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
     49                static int        GetThermalBasalCondition(Element* element, IssmDouble enthalpy, IssmDouble enthalpy_up, IssmDouble pressure, IssmDouble pressure_up, IssmDouble watercolumn, IssmDouble meltingrate);
     50                static IssmDouble GetWetIceConductivity(Element* element, IssmDouble enthalpy, IssmDouble pressure);
     51                void              GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
     52                void              InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
     53                static void       PostProcessing(FemModel* femmodel);
    5154                static IssmDouble PureIceEnthalpy(Element* element,IssmDouble pressure);
    5255                static IssmDouble TMeltingPoint(Element* element,IssmDouble pressure);
     56                static void       UpdateBasalConstraints(FemModel* femmodel);
     57                void              UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    5358};
    5459#endif

  • issm/trunk/src/c/analyses/EnumToAnalysis.cpp

    r18301 r19105  
    8686                case DepthAverageAnalysisEnum : return new DepthAverageAnalysis();
    8787                #endif
    88                 #ifdef _HAVE_SMOOTHEDSURFACESLOPEX_
    89                 case SmoothedSurfaceSlopeXAnalysisEnum : return new SmoothedSurfaceSlopeXAnalysis();
    90                 #endif
    91                 #ifdef _HAVE_SMOOTHEDSURFACESLOPEY_
    92                 case SmoothedSurfaceSlopeYAnalysisEnum : return new SmoothedSurfaceSlopeYAnalysis();
     88                #ifdef _HAVE_SMOOTH_
     89                case SmoothAnalysisEnum : return new SmoothAnalysis();
    9390                #endif
    9491                #ifdef _HAVE_THERMAL_

  • issm/trunk/src/c/analyses/ExtrapolationAnalysis.cpp

    r18301 r19105  
    66#include "../solutionsequences/solutionsequences.h"
    77
    8 int ExtrapolationAnalysis::DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation){/*{{{*/
     8void ExtrapolationAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     9        // do nothing for now
     10        return;
     11}
     12/*}}}*/
     13void ExtrapolationAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
     14        //      do nothing for now
     15        return;
     16}/*}}}*/
     17void ExtrapolationAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     18        int finiteelement=P1Enum;
     19        if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum) iomodel->FetchData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
     20        ::CreateNodes(nodes,iomodel,ExtrapolationAnalysisEnum,finiteelement);
     21        iomodel->DeleteData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
     22}
     23/*}}}*/
     24int  ExtrapolationAnalysis::DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation){/*{{{*/
    925        return 1;
    10 }
    11 /*}}}*/
    12 void ExtrapolationAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    13         //do nothing for now
    14         return;
    1526}
    1627/*}}}*/
    … …  
    3647}
    3748/*}}}*/
    38 void ExtrapolationAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    39         int finiteelement=P1Enum;
    40         if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum) iomodel->FetchData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
    41         ::CreateNodes(nodes,iomodel,ExtrapolationAnalysisEnum,finiteelement);
    42         iomodel->DeleteData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
    43 }
    44 /*}}}*/
    45 void ExtrapolationAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    46         // do nothing for now
     49void ExtrapolationAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
     50        //do nothing for now
    4751        return;
    4852}
    4953/*}}}*/
    50 void ExtrapolationAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
    51         //      do nothing for now
    52         return;
    53 }/*}}}*/
    5454
    5555/*Finite element Analysis*/
    56 void ExtrapolationAnalysis::Core(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     56void           ExtrapolationAnalysis::Core(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    5757
    5858        /* Intermediaries */
    … …  
    237237        return pe;
    238238}/*}}}*/
    239 void ExtrapolationAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
     239void           ExtrapolationAnalysis::GetB(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     240        /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3] where Bi is of size 3*NDOF2.
     241         * For node i, Bi can be expressed in the actual coordinate system
     242         * by:
     243         *       Bi=[ N ]
     244         *          [ N ]
     245         * where N is the finiteelement function for node i.
     246         *
     247         * We assume B_prog has been allocated already, of size: 2x(NDOF1*numnodes)
     248         */
     249
     250        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
     251        int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
     252
     253        /*Get nodal functions*/
     254        IssmDouble* basis=xNew<IssmDouble>(numnodes);
     255        element->NodalFunctions(basis,gauss);
     256
     257        /*Build B: */
     258        for(int i=0;i<numnodes;i++){
     259                B[numnodes*0+i] = basis[i];
     260                B[numnodes*1+i] = basis[i];
     261        }
     262
     263        /*Clean-up*/
     264        xDelete<IssmDouble>(basis);
     265}/*}}}*/
     266void           ExtrapolationAnalysis::GetBprime(IssmDouble* Bprime,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     267        /*Compute B'  matrix. B'=[B1' B2' B3'] where Bi' is of size 3*NDOF2.
     268         * For node i, Bi' can be expressed in the actual coordinate system
     269         * by:
     270         *       Bi_prime=[ dN/dx ]
     271         *                [ dN/dy ]
     272         * where N is the finiteelement function for node i.
     273         *
     274         * We assume B' has been allocated already, of size: 3x(NDOF2*numnodes)
     275         */
     276
     277        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
     278        int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
     279
     280        /*Get nodal functions derivatives*/
     281        IssmDouble* dbasis=xNew<IssmDouble>(2*numnodes);
     282        element->NodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,gauss);
     283
     284        /*Build B': */
     285        for(int i=0;i<numnodes;i++){
     286                Bprime[numnodes*0+i] = dbasis[0*numnodes+i];
     287                Bprime[numnodes*1+i] = dbasis[1*numnodes+i];
     288        }
     289
     290        /*Clean-up*/
     291        xDelete<IssmDouble>(dbasis);
     292
     293}/*}}}*/
     294void           ExtrapolationAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
    240295        _error_("not implemented yet");
    241296}/*}}}*/
    242 void ExtrapolationAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
     297void           ExtrapolationAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
    243298        _error_("Not implemented yet");
    244299}/*}}}*/
    245 void ExtrapolationAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     300void           ExtrapolationAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    246301
    247302        int domaintype, extrapolationvariable;
    … …  
    258313        }
    259314}/*}}}*/
    260 void ExtrapolationAnalysis::GetB(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    261         /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3] where Bi is of size 3*NDOF2.
    262          * For node i, Bi can be expressed in the actual coordinate system
    263          * by:
    264          *       Bi=[ N ]
    265          *          [ N ]
    266          * where N is the finiteelement function for node i.
    267          *
    268          * We assume B_prog has been allocated already, of size: 2x(NDOF1*numnodes)
    269          */
    270 
    271         /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    272         int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
    273 
    274         /*Get nodal functions*/
    275         IssmDouble* basis=xNew<IssmDouble>(numnodes);
    276         element->NodalFunctions(basis,gauss);
    277 
    278         /*Build B: */
    279         for(int i=0;i<numnodes;i++){
    280                 B[numnodes*0+i] = basis[i];
    281                 B[numnodes*1+i] = basis[i];
    282         }
    283 
    284         /*Clean-up*/
    285         xDelete<IssmDouble>(basis);
    286 }/*}}}*/
    287 void ExtrapolationAnalysis::GetBprime(IssmDouble* Bprime,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    288         /*Compute B'  matrix. B'=[B1' B2' B3'] where Bi' is of size 3*NDOF2.
    289          * For node i, Bi' can be expressed in the actual coordinate system
    290          * by:
    291          *       Bi_prime=[ dN/dx ]
    292          *                [ dN/dy ]
    293          * where N is the finiteelement function for node i.
    294          *
    295          * We assume B' has been allocated already, of size: 3x(NDOF2*numnodes)
    296          */
    297 
    298         /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    299         int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
    300 
    301         /*Get nodal functions derivatives*/
    302         IssmDouble* dbasis=xNew<IssmDouble>(2*numnodes);
    303         element->NodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,gauss);
    304 
    305         /*Build B': */
    306         for(int i=0;i<numnodes;i++){
    307                 Bprime[numnodes*0+i] = dbasis[0*numnodes+i];
    308                 Bprime[numnodes*1+i] = dbasis[1*numnodes+i];
    309         }
    310 
    311         /*Clean-up*/
    312         xDelete<IssmDouble>(dbasis);
    313 
    314 }/*}}}*/
    315 void ExtrapolationAnalysis::SetConstraintsOnIce(Element* element){/*{{{*/
     315void           ExtrapolationAnalysis::SetConstraintsOnIce(Element* element){/*{{{*/
    316316
    317317        int numnodes=element->GetNumberOfNodes();       
    … …  
    347347        delete gauss;
    348348}/*}}}*/
    349 void ExtrapolationAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     349void           ExtrapolationAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    350350
    351351        for(int i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    352                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     352                Element* element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    353353                this->SetConstraintsOnIce(element);
    354354        }

  • issm/trunk/src/c/analyses/ExtrapolationAnalysis.h

    r18301 r19105  
    1313 public:
    1414        /*Model processing*/
    15         int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
    16         void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    17         void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
    18         void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
    1915        void CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel);
    2016        void CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel);
     17        void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
     18        int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
     19        void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
     20        void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    2121
    2222        /*Finite element Analysis*/
    … …  
    2626        ElementMatrix* CreateKMatrix(Element* element);
    2727        ElementVector* CreatePVector(Element* element);
    28                 void GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
    29                 void GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
    30         void InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
    31         void UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    32         void GetB(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    33         void GetBprime(IssmDouble* Bprime,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    34         void SetConstraintsOnIce(Element* element);
     28        void           GetB(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     29        void           GetBprime(IssmDouble* Bprime,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     30        void           GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
     31        void           GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
     32        void           InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
     33        void           SetConstraintsOnIce(Element* element);
     34        void           UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    3535};
    3636#endif

  • issm/trunk/src/c/analyses/ExtrudeFromBaseAnalysis.cpp

    r18301 r19105  
    66
    77/*Model processing*/
     8void ExtrudeFromBaseAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     9}/*}}}*/
     10void ExtrudeFromBaseAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
     11}/*}}}*/
     12void ExtrudeFromBaseAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     13
     14        ::CreateNodes(nodes,iomodel,ExtrudeFromBaseAnalysisEnum,P1Enum);
     15
     16}/*}}}*/
    817int  ExtrudeFromBaseAnalysis::DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation){/*{{{*/
    918        return 1;
    10 }/*}}}*/
    11 void ExtrudeFromBaseAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    1219}/*}}}*/
    1320void ExtrudeFromBaseAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
    … …  
    2633        }
    2734}/*}}}*/
    28 void ExtrudeFromBaseAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    29 
    30         ::CreateNodes(nodes,iomodel,ExtrudeFromBaseAnalysisEnum,P1Enum);
    31 
    32 }/*}}}*/
    33 void ExtrudeFromBaseAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    34 }/*}}}*/
    35 void ExtrudeFromBaseAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
     35void ExtrudeFromBaseAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    3636}/*}}}*/
    3737
    … …  
    6161        return Ke;
    6262}/*}}}*/
     63ElementMatrix* ExtrudeFromBaseAnalysis::CreateKMatrixBed(Element* element){/*{{{*/
     64
     65        if(!element->IsOnBase()) return NULL;
     66
     67        /*Intermediaries */
     68        int         dim;
     69        IssmDouble  Jdet,D,normal[3];
     70        IssmDouble *xyz_list_base = NULL;
     71
     72        /*Get dimension*/
     73        element->FindParam(&dim,DomainDimensionEnum);
     74
     75        /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
     76        int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
     77
     78        /*Initialize Element vector and other vectors*/
     79        ElementMatrix* Ke    = element->NewElementMatrix();
     80        IssmDouble*    basis = xNew<IssmDouble>(numnodes);
     81
     82        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     83        element->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_base);
     84        element->NormalBase(&normal[0],xyz_list_base);
     85
     86        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     87        Gauss* gauss=element->NewGaussBase(2);
     88        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     89                gauss->GaussPoint(ig);
     90
     91                element->JacobianDeterminantBase(&Jdet,xyz_list_base,gauss);
     92                element->NodalFunctions(basis,gauss);
     93                D = - gauss->weight*Jdet*normal[dim-1];
     94
     95                TripleMultiply(basis,1,numnodes,1,
     96                                        &D,1,1,0,
     97                                        basis,1,numnodes,0,
     98                                        &Ke->values[0],1);
     99        }
     100
     101        /*Clean up and return*/
     102        xDelete<IssmDouble>(xyz_list_base);
     103        xDelete<IssmDouble>(basis);
     104        delete gauss;
     105        return Ke;
     106}
     107/*}}}*/
     108ElementMatrix* ExtrudeFromBaseAnalysis::CreateKMatrixSurface(Element* element){/*{{{*/
     109
     110        if(!element->IsOnSurface()) return NULL;
     111
     112        /*Intermediaries */
     113        int         dim;
     114        IssmDouble  Jdet,D,normal[3];
     115        IssmDouble *xyz_list_top = NULL;
     116
     117        /*Get dimension*/
     118        element->FindParam(&dim,DomainDimensionEnum);
     119
     120        /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
     121        int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
     122
     123        /*Initialize Element vector and other vectors*/
     124        ElementMatrix* Ke    = element->NewElementMatrix();
     125        IssmDouble*    basis = xNew<IssmDouble>(numnodes);
     126
     127        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     128        element->GetVerticesCoordinatesTop(&xyz_list_top);
     129        element->NormalTop(&normal[0],xyz_list_top);
     130
     131        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     132        Gauss* gauss=element->NewGaussTop(2);
     133        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     134                gauss->GaussPoint(ig);
     135
     136                element->JacobianDeterminantTop(&Jdet,xyz_list_top,gauss);
     137                element->NodalFunctions(basis,gauss);
     138                D = - gauss->weight*Jdet*normal[dim-1];
     139
     140                TripleMultiply(basis,1,numnodes,1,
     141                                        &D,1,1,0,
     142                                        basis,1,numnodes,0,
     143                                        &Ke->values[0],1);
     144        }
     145
     146        /*Clean up and return*/
     147        xDelete<IssmDouble>(xyz_list_top);
     148        xDelete<IssmDouble>(basis);
     149        delete gauss;
     150        return Ke;
     151}
     152/*}}}*/
    63153ElementMatrix* ExtrudeFromBaseAnalysis::CreateKMatrixVolume(Element* element){/*{{{*/
    64154
    … …  
    106196}
    107197/*}}}*/
    108 ElementMatrix* ExtrudeFromBaseAnalysis::CreateKMatrixSurface(Element* element){/*{{{*/
    109 
    110         if(!element->IsOnSurface()) return NULL;
    111 
    112         /*Intermediaries */
    113         int         dim;
    114         IssmDouble  Jdet,D,normal[3];
    115         IssmDouble *xyz_list_top = NULL;
    116 
    117         /*Get dimension*/
    118         element->FindParam(&dim,DomainDimensionEnum);
    119 
    120         /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
    121         int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
    122 
    123         /*Initialize Element vector and other vectors*/
    124         ElementMatrix* Ke    = element->NewElementMatrix();
    125         IssmDouble*    basis = xNew<IssmDouble>(numnodes);
    126 
    127         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    128         element->GetVerticesCoordinatesTop(&xyz_list_top);
    129         element->NormalTop(&normal[0],xyz_list_top);
    130 
    131         /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    132         Gauss* gauss=element->NewGaussTop(2);
    133         for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    134                 gauss->GaussPoint(ig);
    135 
    136                 element->JacobianDeterminantTop(&Jdet,xyz_list_top,gauss);
    137                 element->NodalFunctions(basis,gauss);
    138                 D = - gauss->weight*Jdet*normal[dim-1];
    139 
    140                 TripleMultiply(basis,1,numnodes,1,
    141                                         &D,1,1,0,
    142                                         basis,1,numnodes,0,
    143                                         &Ke->values[0],1);
    144         }
    145 
    146         /*Clean up and return*/
    147         xDelete<IssmDouble>(xyz_list_top);
    148         xDelete<IssmDouble>(basis);
    149         delete gauss;
    150         return Ke;
    151 }
    152 /*}}}*/
    153 ElementMatrix* ExtrudeFromBaseAnalysis::CreateKMatrixBed(Element* element){/*{{{*/
    154 
    155         if(!element->IsOnBase()) return NULL;
    156 
    157         /*Intermediaries */
    158         int         dim;
    159         IssmDouble  Jdet,D,normal[3];
    160         IssmDouble *xyz_list_base = NULL;
    161 
    162         /*Get dimension*/
    163         element->FindParam(&dim,DomainDimensionEnum);
    164 
    165         /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
    166         int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
    167 
    168         /*Initialize Element vector and other vectors*/
    169         ElementMatrix* Ke    = element->NewElementMatrix();
    170         IssmDouble*    basis = xNew<IssmDouble>(numnodes);
    171 
    172         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    173         element->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_base);
    174         element->NormalBase(&normal[0],xyz_list_base);
    175 
    176         /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    177         Gauss* gauss=element->NewGaussBase(2);
    178         for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    179                 gauss->GaussPoint(ig);
    180 
    181                 element->JacobianDeterminantBase(&Jdet,xyz_list_base,gauss);
    182                 element->NodalFunctions(basis,gauss);
    183                 D = - gauss->weight*Jdet*normal[dim-1];
    184 
    185                 TripleMultiply(basis,1,numnodes,1,
    186                                         &D,1,1,0,
    187                                         basis,1,numnodes,0,
    188                                         &Ke->values[0],1);
    189         }
    190 
    191         /*Clean up and return*/
    192         xDelete<IssmDouble>(xyz_list_base);
    193         xDelete<IssmDouble>(basis);
    194         delete gauss;
    195         return Ke;
    196 }
    197 /*}}}*/
    198198ElementVector* ExtrudeFromBaseAnalysis::CreatePVector(Element* element){/*{{{*/
    199199        return NULL;
    200200}/*}}}*/
    201 void ExtrudeFromBaseAnalysis::GetB(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     201void           ExtrudeFromBaseAnalysis::GetB(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    202202        /*      Compute B  matrix. B=[dh1/dz dh2/dz dh3/dz dh4/dz dh5/dz dh6/dz];
    203203                where hi is the interpolation function for node i.*/
    … …  
    219219}
    220220/*}}}*/
    221 void ExtrudeFromBaseAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
     221void           ExtrudeFromBaseAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
    222222           _error_("not implemented yet");
    223223}/*}}}*/
    224 void ExtrudeFromBaseAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
     224void           ExtrudeFromBaseAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
    225225        _error_("Not implemented yet");
    226226}/*}}}*/
    227 void ExtrudeFromBaseAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     227void           ExtrudeFromBaseAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    228228
    229229        int inputenum;
    … …  
    231231        element->InputUpdateFromSolutionOneDof(solution,inputenum);
    232232}/*}}}*/
    233 void ExtrudeFromBaseAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     233void           ExtrudeFromBaseAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    234234        /*Default, do nothing*/
    235235        return;

  • issm/trunk/src/c/analyses/ExtrudeFromBaseAnalysis.h

    r18301 r19105  
    1313        public:
    1414                /*Model processing*/
    15                 int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
    16                 void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    17                 void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
    18                 void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
    1915                void CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel);
    2016                void CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel);
     17                void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
     18                int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
     19                void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
     20                void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    2121
    2222                /*Finite element Analysis*/
    … …  
    2525                ElementMatrix* CreateJacobianMatrix(Element* element);
    2626                ElementMatrix* CreateKMatrix(Element* element);
     27                ElementMatrix* CreateKMatrixBed(Element* element);
     28                ElementMatrix* CreateKMatrixSurface(Element* element);
    2729                ElementMatrix* CreateKMatrixVolume(Element* element);
    28                 ElementMatrix* CreateKMatrixSurface(Element* element);
    29                 ElementMatrix* CreateKMatrixBed(Element* element);
    3030                ElementVector* CreatePVector(Element* element);
    31                 void GetB(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    32                 void GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
    33                 void GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
    34                 void InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
    35                 void UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
     31                void           GetB(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     32                void           GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
     33                void           GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
     34                void           InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
     35                void           UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    3636};
    3737#endif

  • issm/trunk/src/c/analyses/ExtrudeFromTopAnalysis.cpp

    r18301 r19105  
    66
    77/*Model processing*/
     8void ExtrudeFromTopAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     9}/*}}}*/
     10void ExtrudeFromTopAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
     11}/*}}}*/
     12void ExtrudeFromTopAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     13
     14        ::CreateNodes(nodes,iomodel,ExtrudeFromTopAnalysisEnum,P1Enum);
     15
     16}/*}}}*/
    817int  ExtrudeFromTopAnalysis::DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation){/*{{{*/
    918        return 1;
    10 }/*}}}*/
    11 void ExtrudeFromTopAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    1219}/*}}}*/
    1320void ExtrudeFromTopAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
    … …  
    2633        }
    2734}/*}}}*/
    28 void ExtrudeFromTopAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    29 
    30         ::CreateNodes(nodes,iomodel,ExtrudeFromTopAnalysisEnum,P1Enum);
    31 
    32 }/*}}}*/
    33 void ExtrudeFromTopAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    34 }/*}}}*/
    35 void ExtrudeFromTopAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
     35void ExtrudeFromTopAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    3636}/*}}}*/
    3737
    … …  
    199199        return NULL;
    200200}/*}}}*/
    201 void ExtrudeFromTopAnalysis::GetB(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     201void           ExtrudeFromTopAnalysis::GetB(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    202202        /*      Compute B  matrix. B=[dh1/dz dh2/dz dh3/dz dh4/dz dh5/dz dh6/dz];
    203203                where hi is the interpolation function for node i.*/
    … …  
    219219}
    220220/*}}}*/
    221 void ExtrudeFromTopAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
     221void           ExtrudeFromTopAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
    222222           _error_("not implemented yet");
    223223}/*}}}*/
    224 void ExtrudeFromTopAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
     224void           ExtrudeFromTopAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
    225225        _error_("Not implemented yet");
    226226}/*}}}*/
    227 void ExtrudeFromTopAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     227void           ExtrudeFromTopAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    228228
    229229        int inputenum;
    … …  
    231231        element->InputUpdateFromSolutionOneDof(solution,inputenum);
    232232}/*}}}*/
    233 void ExtrudeFromTopAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     233void           ExtrudeFromTopAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    234234        /*Default, do nothing*/
    235235        return;

  • issm/trunk/src/c/analyses/ExtrudeFromTopAnalysis.h

    r18301 r19105  
    1313        public:
    1414                /*Model processing*/
    15                 int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
    16                 void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    17                 void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
    18                 void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
    1915                void CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel);
    2016                void CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel);
     17                void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
     18                int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
     19                void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
     20                void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    2121
    2222                /*Finite element Analysis*/
    … …  
    2525                ElementMatrix* CreateJacobianMatrix(Element* element);
    2626                ElementMatrix* CreateKMatrix(Element* element);
     27                ElementMatrix* CreateKMatrixBed(Element* element);
     28                ElementMatrix* CreateKMatrixSurface(Element* element);
    2729                ElementMatrix* CreateKMatrixVolume(Element* element);
    28                 ElementMatrix* CreateKMatrixSurface(Element* element);
    29                 ElementMatrix* CreateKMatrixBed(Element* element);
    3030                ElementVector* CreatePVector(Element* element);
    31                 void GetB(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    32                 void GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
    33                 void GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
    34                 void InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
    35                 void UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
     31                void           GetB(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     32                void           GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
     33                void           GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
     34                void           InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
     35                void           UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    3636};
    3737#endif

  • issm/trunk/src/c/analyses/FreeSurfaceBaseAnalysis.cpp

    r18301 r19105  
    66
    77/*Model processing*/
     8void FreeSurfaceBaseAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     9}/*}}}*/
     10void FreeSurfaceBaseAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
     11
     12        /*Intermediaries*/
     13        int penpair_ids[2];
     14        int count=0;
     15        int numvertex_pairing;
     16
     17        /*Create Penpair for vertex_pairing: */
     18        IssmDouble *vertex_pairing=NULL;
     19        IssmDouble *nodeonbase=NULL;
     20        iomodel->FetchData(&vertex_pairing,&numvertex_pairing,NULL,MasstransportVertexPairingEnum);
     21        if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum) iomodel->FetchData(&nodeonbase,NULL,NULL,MeshVertexonbaseEnum);
     22        for(int i=0;i<numvertex_pairing;i++){
     23
     24                if(iomodel->my_vertices[reCast<int>(vertex_pairing[2*i+0])-1]){
     25
     26                        /*In debugging mode, check that the second node is in the same cpu*/
     27                        _assert_(iomodel->my_vertices[reCast<int>(vertex_pairing[2*i+1])-1]);
     28
     29                        /*Skip if one of the two is not on the bed*/
     30                        if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){
     31                                if(!(reCast<bool>(nodeonbase[reCast<int>(vertex_pairing[2*i+0])-1])) || !(reCast<bool>(nodeonbase[reCast<int>(vertex_pairing[2*i+1])-1]))) continue;
     32                        }
     33
     34                        /*Get node ids*/
     35                        penpair_ids[0]=iomodel->nodecounter+reCast<int>(vertex_pairing[2*i+0]);
     36                        penpair_ids[1]=iomodel->nodecounter+reCast<int>(vertex_pairing[2*i+1]);
     37
     38                        /*Create Load*/
     39                        loads->AddObject(new Penpair(
     40                                                        iomodel->loadcounter+count+1,
     41                                                        &penpair_ids[0],
     42                                                        FreeSurfaceBaseAnalysisEnum));
     43                        count++;
     44                }
     45        }
     46
     47        /*free ressources: */
     48        iomodel->DeleteData(vertex_pairing,MasstransportVertexPairingEnum);
     49        iomodel->DeleteData(nodeonbase,MeshVertexonbaseEnum);
     50}/*}}}*/
     51void FreeSurfaceBaseAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     52
     53        if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum) iomodel->FetchData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
     54        ::CreateNodes(nodes,iomodel,FreeSurfaceBaseAnalysisEnum,P1Enum);
     55        iomodel->DeleteData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
     56}/*}}}*/
    857int  FreeSurfaceBaseAnalysis::DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation){/*{{{*/
    958        return 1;
    10 }/*}}}*/
    11 void FreeSurfaceBaseAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    1259}/*}}}*/
    1360void FreeSurfaceBaseAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
    … …  
    4390        }
    4491}/*}}}*/
    45 void FreeSurfaceBaseAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    46 
    47         if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum) iomodel->FetchData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
    48         ::CreateNodes(nodes,iomodel,FreeSurfaceBaseAnalysisEnum,P1Enum);
    49         iomodel->DeleteData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
    50 }/*}}}*/
    51 void FreeSurfaceBaseAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    52 }/*}}}*/
    53 void FreeSurfaceBaseAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
    54 
    55         /*Intermediaries*/
    56         int penpair_ids[2];
    57         int count=0;
    58         int numvertex_pairing;
    59 
    60         /*Create Penpair for vertex_pairing: */
    61         IssmDouble *vertex_pairing=NULL;
    62         IssmDouble *nodeonbase=NULL;
    63         iomodel->FetchData(&vertex_pairing,&numvertex_pairing,NULL,MasstransportVertexPairingEnum);
    64         if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum) iomodel->FetchData(&nodeonbase,NULL,NULL,MeshVertexonbaseEnum);
    65         for(int i=0;i<numvertex_pairing;i++){
    66 
    67                 if(iomodel->my_vertices[reCast<int>(vertex_pairing[2*i+0])-1]){
    68 
    69                         /*In debugging mode, check that the second node is in the same cpu*/
    70                         _assert_(iomodel->my_vertices[reCast<int>(vertex_pairing[2*i+1])-1]);
    71 
    72                         /*Skip if one of the two is not on the bed*/
    73                         if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){
    74                                 if(!(reCast<bool>(nodeonbase[reCast<int>(vertex_pairing[2*i+0])-1])) || !(reCast<bool>(nodeonbase[reCast<int>(vertex_pairing[2*i+1])-1]))) continue;
    75                         }
    76 
    77                         /*Get node ids*/
    78                         penpair_ids[0]=iomodel->nodecounter+reCast<int>(vertex_pairing[2*i+0]);
    79                         penpair_ids[1]=iomodel->nodecounter+reCast<int>(vertex_pairing[2*i+1]);
    80 
    81                         /*Create Load*/
    82                         loads->AddObject(new Penpair(
    83                                                         iomodel->loadcounter+count+1,
    84                                                         &penpair_ids[0],
    85                                                         FreeSurfaceBaseAnalysisEnum));
    86                         count++;
    87                 }
    88         }
    89 
    90         /*free ressources: */
    91         iomodel->DeleteData(vertex_pairing,MasstransportVertexPairingEnum);
    92         iomodel->DeleteData(nodeonbase,MeshVertexonbaseEnum);
     92void FreeSurfaceBaseAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    9393}/*}}}*/
    9494
    … …  
    304304
    305305}/*}}}*/
    306 void FreeSurfaceBaseAnalysis::GetB(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     306void           FreeSurfaceBaseAnalysis::GetB(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    307307        /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3] where Bi is of size 3*NDOF2.
    308308         * For node i, Bi can be expressed in the actual coordinate system
    … …  
    332332        xDelete<IssmDouble>(basis);
    333333}/*}}}*/
    334 void FreeSurfaceBaseAnalysis::GetBprime(IssmDouble* Bprime,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     334void           FreeSurfaceBaseAnalysis::GetBprime(IssmDouble* Bprime,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    335335        /*Compute B'  matrix. B'=[B1' B2' B3'] where Bi' is of size 3*NDOF2.
    336336         * For node i, Bi' can be expressed in the actual coordinate system
    … …  
    361361
    362362}/*}}}*/
    363 void FreeSurfaceBaseAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
     363void           FreeSurfaceBaseAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
    364364           _error_("not implemented yet");
    365365}/*}}}*/
    366 void FreeSurfaceBaseAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
     366void           FreeSurfaceBaseAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
    367367        _error_("Not implemented yet");
    368368}/*}}}*/
    369 void FreeSurfaceBaseAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     369void           FreeSurfaceBaseAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    370370        element->InputUpdateFromSolutionOneDof(solution,BaseEnum);
    371371}/*}}}*/
    372 void FreeSurfaceBaseAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     372void           FreeSurfaceBaseAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    373373
    374374        /*Intermediary*/
    … …  
    377377        for(int i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    378378
    379                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     379                Element* element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    380380                if(!element->IsOnBase()) continue;
    381381

  • issm/trunk/src/c/analyses/FreeSurfaceBaseAnalysis.h

    r18301 r19105  
    1313        public:
    1414                /*Model processing*/
    15                 int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
    16                 void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    17                 void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
    18                 void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
    1915                void CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel);
    2016                void CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel);
     17                void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
     18                int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
     19                void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
     20                void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    2121
    2222                /*Finite element Analysis*/
    … …  
    2626                ElementMatrix* CreateKMatrix(Element* element);
    2727                ElementVector* CreatePVector(Element* element);
    28                 void GetB(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    29                 void GetBprime(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    30                 void GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
    31                 void GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
    32                 void InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
    33                 void UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
     28                void           GetB(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     29                void           GetBprime(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     30                void           GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
     31                void           GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
     32                void           InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
     33                void           UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    3434};
    3535#endif

  • issm/trunk/src/c/analyses/FreeSurfaceTopAnalysis.cpp

    r18301 r19105  
    66
    77/*Model processing*/
     8void FreeSurfaceTopAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     9}/*}}}*/
     10void FreeSurfaceTopAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
     11
     12        /*Intermediaries*/
     13        int penpair_ids[2];
     14        int count=0;
     15        int numvertex_pairing;
     16
     17        /*Create Penpair for vertex_pairing: */
     18        IssmDouble *vertex_pairing=NULL;
     19        IssmDouble *nodeonsurface=NULL;
     20        iomodel->FetchData(&vertex_pairing,&numvertex_pairing,NULL,MasstransportVertexPairingEnum);
     21        if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum) iomodel->FetchData(&nodeonsurface,NULL,NULL,MeshVertexonsurfaceEnum);
     22        for(int i=0;i<numvertex_pairing;i++){
     23
     24                if(iomodel->my_vertices[reCast<int>(vertex_pairing[2*i+0])-1]){
     25
     26                        /*In debugging mode, check that the second node is in the same cpu*/
     27                        _assert_(iomodel->my_vertices[reCast<int>(vertex_pairing[2*i+1])-1]);
     28
     29                        /*Skip if one of the two is not on the bed*/
     30                        if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){
     31                                if(!(reCast<bool>(nodeonsurface[reCast<int>(vertex_pairing[2*i+0])-1])) || !(reCast<bool>(nodeonsurface[reCast<int>(vertex_pairing[2*i+1])-1]))) continue;
     32                        }
     33
     34                        /*Get node ids*/
     35                        penpair_ids[0]=iomodel->nodecounter+reCast<int>(vertex_pairing[2*i+0]);
     36                        penpair_ids[1]=iomodel->nodecounter+reCast<int>(vertex_pairing[2*i+1]);
     37
     38                        /*Create Load*/
     39                        loads->AddObject(new Penpair(
     40                                                        iomodel->loadcounter+count+1,
     41                                                        &penpair_ids[0],
     42                                                        FreeSurfaceTopAnalysisEnum));
     43                        count++;
     44                }
     45        }
     46
     47        /*free ressources: */
     48        iomodel->DeleteData(vertex_pairing,MasstransportVertexPairingEnum);
     49        iomodel->DeleteData(nodeonsurface,MeshVertexonsurfaceEnum);
     50}/*}}}*/
     51void FreeSurfaceTopAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     52
     53        if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum) iomodel->FetchData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
     54        ::CreateNodes(nodes,iomodel,FreeSurfaceTopAnalysisEnum,P1Enum);
     55        iomodel->DeleteData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
     56}/*}}}*/
    857int  FreeSurfaceTopAnalysis::DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation){/*{{{*/
    958        return 1;
    10 }/*}}}*/
    11 void FreeSurfaceTopAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    1259}/*}}}*/
    1360void FreeSurfaceTopAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
    … …  
    5198        }
    5299}/*}}}*/
    53 void FreeSurfaceTopAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    54 
    55         if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum) iomodel->FetchData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
    56         ::CreateNodes(nodes,iomodel,FreeSurfaceTopAnalysisEnum,P1Enum);
    57         iomodel->DeleteData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
    58 }/*}}}*/
    59 void FreeSurfaceTopAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    60 }/*}}}*/
    61 void FreeSurfaceTopAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
    62 
    63         /*Intermediaries*/
    64         int penpair_ids[2];
    65         int count=0;
    66         int numvertex_pairing;
    67 
    68         /*Create Penpair for vertex_pairing: */
    69         IssmDouble *vertex_pairing=NULL;
    70         IssmDouble *nodeonsurface=NULL;
    71         iomodel->FetchData(&vertex_pairing,&numvertex_pairing,NULL,MasstransportVertexPairingEnum);
    72         if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum) iomodel->FetchData(&nodeonsurface,NULL,NULL,MeshVertexonsurfaceEnum);
    73         for(int i=0;i<numvertex_pairing;i++){
    74 
    75                 if(iomodel->my_vertices[reCast<int>(vertex_pairing[2*i+0])-1]){
    76 
    77                         /*In debugging mode, check that the second node is in the same cpu*/
    78                         _assert_(iomodel->my_vertices[reCast<int>(vertex_pairing[2*i+1])-1]);
    79 
    80                         /*Skip if one of the two is not on the bed*/
    81                         if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){
    82                                 if(!(reCast<bool>(nodeonsurface[reCast<int>(vertex_pairing[2*i+0])-1])) || !(reCast<bool>(nodeonsurface[reCast<int>(vertex_pairing[2*i+1])-1]))) continue;
    83                         }
    84 
    85                         /*Get node ids*/
    86                         penpair_ids[0]=iomodel->nodecounter+reCast<int>(vertex_pairing[2*i+0]);
    87                         penpair_ids[1]=iomodel->nodecounter+reCast<int>(vertex_pairing[2*i+1]);
    88 
    89                         /*Create Load*/
    90                         loads->AddObject(new Penpair(
    91                                                         iomodel->loadcounter+count+1,
    92                                                         &penpair_ids[0],
    93                                                         FreeSurfaceTopAnalysisEnum));
    94                         count++;
    95                 }
    96         }
    97 
    98         /*free ressources: */
    99         iomodel->DeleteData(vertex_pairing,MasstransportVertexPairingEnum);
    100         iomodel->DeleteData(nodeonsurface,MeshVertexonsurfaceEnum);
     100void FreeSurfaceTopAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    101101}/*}}}*/
    102102
    … …  
    307307
    308308}/*}}}*/
    309 void FreeSurfaceTopAnalysis::GetB(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     309void           FreeSurfaceTopAnalysis::GetB(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    310310        /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3] where Bi is of size 3*NDOF2.
    311311         * For node i, Bi can be expressed in the actual coordinate system
    … …  
    335335        xDelete<IssmDouble>(basis);
    336336}/*}}}*/
    337 void FreeSurfaceTopAnalysis::GetBprime(IssmDouble* Bprime,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     337void           FreeSurfaceTopAnalysis::GetBprime(IssmDouble* Bprime,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    338338        /*Compute B'  matrix. B'=[B1' B2' B3'] where Bi' is of size 3*NDOF2.
    339339         * For node i, Bi' can be expressed in the actual coordinate system
    … …  
    364364
    365365}/*}}}*/
    366 void FreeSurfaceTopAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
     366void           FreeSurfaceTopAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
    367367           _error_("not implemented yet");
    368368}/*}}}*/
    369 void FreeSurfaceTopAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
     369void           FreeSurfaceTopAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
    370370        _error_("Not implemented yet");
    371371}/*}}}*/
    372 void FreeSurfaceTopAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     372void           FreeSurfaceTopAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    373373
    374374        element->InputUpdateFromSolutionOneDof(solution,SurfaceEnum);
    375375}/*}}}*/
    376 void FreeSurfaceTopAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     376void           FreeSurfaceTopAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    377377        /*Default, do nothing*/
    378378        return;

  • issm/trunk/src/c/analyses/FreeSurfaceTopAnalysis.h

    r18301 r19105  
    1313        public:
    1414                /*Model processing*/
    15                 int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
    16                 void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    17                 void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
    18                 void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
    1915                void CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel);
    2016                void CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel);
     17                void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
     18                int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
     19                void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
     20                void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    2121
    2222                /*Finite element Analysis*/
    … …  
    2626                ElementMatrix* CreateKMatrix(Element* element);
    2727                ElementVector* CreatePVector(Element* element);
    28                 void GetB(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    29                 void GetBprime(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    30                 void GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
    31                 void GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
    32                 void InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
    33                 void UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
     28                void           GetB(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     29                void           GetBprime(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     30                void           GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
     31                void           GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
     32                void           InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
     33                void           UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    3434};
    3535#endif

  • issm/trunk/src/c/analyses/GiaAnalysis.cpp

    r18301 r19105  
    66
    77/*Model processing*/
     8void GiaAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     9        /*No constraints*/
     10}/*}}}*/
     11void GiaAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
     12        /*No loads*/
     13}/*}}}*/
     14void GiaAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     15        ::CreateNodes(nodes,iomodel,GiaAnalysisEnum,P1Enum);
     16}/*}}}*/
    817int  GiaAnalysis::DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation){/*{{{*/
    918        return 1;
    10 }/*}}}*/
    11 void GiaAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    1219}/*}}}*/
    1320void GiaAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
    … …  
    2734        iomodel->FetchDataToInput(elements,GiaLithosphereThicknessEnum);
    2835}/*}}}*/
    29 void GiaAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    30         ::CreateNodes(nodes,iomodel,GiaAnalysisEnum,P1Enum);
    31 }/*}}}*/
    32 void GiaAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    33         /*No constraints*/
    34 }/*}}}*/
    35 void GiaAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
    36         /*No loads*/
     36void GiaAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    3737}/*}}}*/
    3838
    … …  
    5454_error_("not implemented yet");
    5555}/*}}}*/
    56 void GiaAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
     56void           GiaAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
    5757           _error_("not implemented yet");
    5858}/*}}}*/
    59 void GiaAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
     59void           GiaAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
    6060        _error_("Not implemented yet");
    6161}/*}}}*/
    62 void GiaAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     62void           GiaAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    6363        _error_("not implemented yet");
    6464}/*}}}*/
    65 void GiaAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     65void           GiaAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    6666        /*Default, do nothing*/
    6767        return;

  • issm/trunk/src/c/analyses/GiaAnalysis.h

    r18301 r19105  
    1313        public:
    1414                /*Model processing*/
    15                 int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
    16                 void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    17                 void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
    18                 void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
    1915                void CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel);
    2016                void CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel);
     17                void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
     18                int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
     19                void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
     20                void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    2121
    2222                /*Finite element Analysis*/
    … …  
    2626                ElementMatrix* CreateKMatrix(Element* element);
    2727                ElementVector* CreatePVector(Element* element);
    28                 void GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
    29                 void GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
    30                 void InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
    31                 void UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
     28                void           GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
     29                void           GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
     30                void           InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
     31                void           UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    3232};
    3333#endif

  • issm/trunk/src/c/analyses/HydrologyDCEfficientAnalysis.cpp

    r18301 r19105  
    1212
    1313        int         hydrology_model;
     14        int         eplflip_lock;
     15        int         eplthickcomp;
    1416        bool        isefficientlayer;
    15 
    1617        /*retrieve some parameters: */
    1718        iomodel->Constant(&hydrology_model,HydrologyModelEnum);
    … …  
    2223        /*Do we want an efficient layer*/
    2324        iomodel->Constant(&isefficientlayer,HydrologydcIsefficientlayerEnum);
     25
     26        /*If not return*/
    2427        if(!isefficientlayer) return;
    2528
    26         /*Nothing for now*/
     29        /*If yes, initialize a flip flop counter*/
     30        iomodel->FetchData(&eplflip_lock,HydrologydcEplflipLockEnum);
     31        parameters->AddObject(new IntParam(HydrologydcEplflipLockEnum,eplflip_lock));
     32
     33        iomodel->FetchData(&eplthickcomp,HydrologydcEplThickCompEnum);
     34        parameters->AddObject(new IntParam(HydrologydcEplThickCompEnum,eplthickcomp));
     35
     36       
    2737}/*}}}*/
    2838void HydrologyDCEfficientAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
    … …  
    5565        iomodel->FetchDataToInput(elements,HydrologydcEplInitialThicknessEnum);
    5666        iomodel->FetchDataToInput(elements,HydrologydcEplMaxThicknessEnum);
    57         iomodel->FetchDataToInput(elements,HydrologydcSedimentTransmitivityEnum);
    5867        iomodel->FetchDataToInput(elements,HydrologydcEplThicknessEnum);
    59         if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){
     68                if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){
    6069                iomodel->FetchDataToInput(elements,MeshVertexonbaseEnum);
    6170                iomodel->FetchDataToInput(elements,MeshVertexonsurfaceEnum);
    6271        }
    63 
    64 }/*}}}*/
     72}/*}}}*/
     73
    6574void HydrologyDCEfficientAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    6675
    … …  
    7988        iomodel->DeleteData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
    8089}/*}}}*/
     90
    8191void HydrologyDCEfficientAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    8292
    … …  
    92102
    93103        IoModelToConstraintsx(constraints,iomodel,HydrologydcSpceplHeadEnum,HydrologyDCEfficientAnalysisEnum,P1Enum);
    94 
    95 }/*}}}*/
     104}/*}}}*/
     105
    96106void HydrologyDCEfficientAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
    97107        /*Nothing for now*/
     108}/*}}}*/
     109
     110void HydrologyDCEfficientAnalysis::InitZigZagCounter(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     111        int*   eplzigzag_counter =NULL;
     112       
     113        eplzigzag_counter=xNewZeroInit<int>(femmodel->nodes->Size());
     114        femmodel->parameters->AddObject(new IntVecParam(EplZigZagCounterEnum,eplzigzag_counter,femmodel->nodes->Size()));
     115        xDelete<int>(eplzigzag_counter);
     116}/*}}}*/
     117
     118void HydrologyDCEfficientAnalysis::ResetCounter(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     119
     120        int*     eplzigzag_counter=NULL;
     121        Element* element=NULL;
     122
     123        femmodel->parameters->FindParam(&eplzigzag_counter,NULL,EplZigZagCounterEnum);
     124        for(int i=0;i<femmodel->nodes->Size();i++){
     125
     126                eplzigzag_counter[i]=0;
     127        }
     128        femmodel->parameters->SetParam(eplzigzag_counter,femmodel->nodes->Size(),EplZigZagCounterEnum);
     129        xDelete<int>(eplzigzag_counter);
    98130}/*}}}*/
    99131
    … …  
    102134        _error_("not implemented");
    103135}/*}}}*/
     136
    104137ElementVector* HydrologyDCEfficientAnalysis::CreateDVector(Element* element){/*{{{*/
    105138        /*Default, return NULL*/
    106139        return NULL;
    107140}/*}}}*/
     141
    108142ElementMatrix* HydrologyDCEfficientAnalysis::CreateJacobianMatrix(Element* element){/*{{{*/
    109143_error_("Not implemented");
    110144}/*}}}*/
     145
    111146ElementMatrix* HydrologyDCEfficientAnalysis::CreateKMatrix(Element* element){/*{{{*/
    112147
    … …  
    140175                return NULL;
    141176        }
     177
    142178        /* Intermediaries */
    143179        IssmDouble  D_scalar,Jdet,dt;
    … …  
    158194        basalelement->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    159195        basalelement->FindParam(&dt,TimesteppingTimeStepEnum);
    160         Input* thickness_input = basalelement->GetInput(HydrologydcEplThicknessEnum);          _assert_(thickness_input);
     196
     197        Input* epl_thick_input = basalelement->GetInput(HydrologydcEplThicknessEnum); _assert_(epl_thick_input);
    161198        Input* sed_head_input  = basalelement->GetInput(SedimentHeadEnum);
    162199        Input* epl_head_input  = basalelement->GetInput(EplHeadEnum);
    163         Input* sed_trans_input = basalelement->GetInput(HydrologydcSedimentTransmitivityEnum);
    164         Input* residual_input  = basalelement->GetInput(SedimentHeadResidualEnum);
     200        Input* thick_input     = basalelement->GetInput(ThicknessEnum);
     201        Input* base_input      = basalelement->GetInput(BaseEnum);
    165202
    166203        IssmDouble epl_specificstoring   = EplSpecificStoring(basalelement);
    … …  
    172209                gauss           ->GaussPoint(ig);
    173210                basalelement    ->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
    174                 thickness_input ->GetInputValue(&epl_thickness,gauss);
     211                epl_thick_input ->GetInputValue(&epl_thickness,gauss);
    175212
    176213                /*Diffusivity*/
    … …  
    194231                                                &Ke->values[0],1);
    195232                       
     233                       
    196234                        /*Transfer EPL part*/
    197                         transfer=GetHydrologyKMatrixTransfer(basalelement,gauss,thickness_input,sed_head_input,epl_head_input,sed_trans_input,residual_input);
    198                         D_scalar=transfer*gauss->weight*Jdet*dt;
     235                        transfer=GetHydrologyKMatrixTransfer(basalelement,gauss,sed_head_input,epl_head_input,thick_input,base_input);
     236                        D_scalar=dt*transfer*gauss->weight*Jdet;
    199237                        TripleMultiply(basis,numnodes,1,0,
    200238                                                                                 &D_scalar,1,1,0,
    … …  
    211249        if(domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){basalelement->DeleteMaterials(); delete basalelement;};
    212250        return Ke;
    213 
    214 }/*}}}*/
     251}/*}}}*/
     252
    215253ElementVector* HydrologyDCEfficientAnalysis::CreatePVector(Element* element){/*{{{*/
    216254
    … …  
    266304        basalelement->FindParam(&dt,TimesteppingTimeStepEnum); 
    267305
    268         Input* thickness_input = basalelement->GetInput(HydrologydcEplThicknessEnum); _assert_(thickness_input);
    269         Input* sed_head_input  = basalelement->GetInput(SedimentHeadEnum);
    270         Input* epl_head_input  = basalelement->GetInput(EplHeadEnum);
    271         Input* sed_trans_input = basalelement->GetInput(HydrologydcSedimentTransmitivityEnum);
    272         Input* residual_input  = basalelement->GetInput(SedimentHeadResidualEnum);    _assert_(residual_input);
     306        Input* epl_thick_input   = basalelement->GetInput(HydrologydcEplThicknessEnum); _assert_(epl_thick_input);
     307        Input* sed_head_input    = basalelement->GetInput(SedimentHeadEnum);
     308        Input* epl_head_input    = basalelement->GetInput(EplHeadEnum);
     309        Input* thick_input       = basalelement->GetInput(ThicknessEnum);
     310        Input* base_input        = basalelement->GetInput(BaseEnum);
     311        Input* residual_input    = basalelement->GetInput(SedimentHeadResidualEnum);    _assert_(residual_input);
    273312        if(dt!= 0.){old_wh_input = basalelement->GetInput(EplHeadOldEnum);            _assert_(old_wh_input);}
    274313
    … …  
    286325                if(dt!=0.){
    287326                        old_wh_input    ->GetInputValue(&water_head,gauss);
    288                         thickness_input ->GetInputValue(&epl_thickness,gauss);
     327                        epl_thick_input ->GetInputValue(&epl_thickness,gauss);
    289328                       
    290329                        /*Dealing with the epl part of the transfer term*/
    291                         transfer=GetHydrologyPVectorTransfer(basalelement,gauss,thickness_input,sed_head_input,epl_head_input,sed_trans_input,residual_input);
    292                         scalar = Jdet*gauss->weight*((water_head*epl_specificstoring*epl_thickness)+(transfer*dt));
     330                        transfer=GetHydrologyPVectorTransfer(basalelement,gauss,sed_head_input,epl_head_input,thick_input,base_input);
     331                        scalar = Jdet*gauss->weight*((water_head*epl_specificstoring*epl_thickness)+(dt*transfer));
    293332                        for(int i=0;i<numnodes;i++)pe->values[i]+=scalar*basis[i];
    294333                }
    … …  
    314353        return pe;
    315354}/*}}}*/
     355
    316356void HydrologyDCEfficientAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
    317357        element->GetSolutionFromInputsOneDof(solution,EplHeadEnum);
    318358}/*}}}*/
     359
    319360void HydrologyDCEfficientAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
    320361        _error_("Not implemented yet");
    321362}/*}}}*/
     363
    322364void HydrologyDCEfficientAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    323365
     366        bool active_element;
    324367        int domaintype,i;
    325368        Element*   basalelement=NULL;
    … …  
    342385
    343386        /*Fetch dof list and allocate solution vector*/
     387        IssmDouble* sedhead     = xNew<IssmDouble>(numnodes);
     388        IssmDouble* eplHeads    = xNew<IssmDouble>(numnodes);
     389
    344390        basalelement->GetDofList(&doflist,NoneApproximationEnum,GsetEnum);
    345         IssmDouble* eplHeads    = xNew<IssmDouble>(numnodes);
     391        basalelement->GetInputListOnVertices(&sedhead[0],SedimentHeadEnum);
     392
     393        Input* active_element_input=basalelement->GetInput(HydrologydcMaskEplactiveEltEnum); _assert_(active_element_input);
     394        active_element_input->GetInputValue(&active_element);
    346395
    347396        /*Use the dof list to index into the solution vector: */
    … …  
    355404        /*Free ressources:*/
    356405        xDelete<IssmDouble>(eplHeads);
     406        xDelete<IssmDouble>(sedhead);
    357407        xDelete<int>(doflist);
    358408        if(domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){basalelement->DeleteMaterials(); delete basalelement;};
    359409} /*}}}*/
     410
    360411void HydrologyDCEfficientAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    361412        /*Default, do nothing*/
    … …  
    372423        return rho_freshwater*g*epl_porosity*(water_compressibility+(epl_compressibility/epl_porosity));                 
    373424}/*}}}*/
     425
    374426IssmDouble HydrologyDCEfficientAnalysis::SedimentStoring(Element* element){/*{{{*/
    375427        IssmDouble rho_freshwater           = element->GetMaterialParameter(MaterialsRhoFreshwaterEnum);
    … …  
    381433        return rho_freshwater*g*sediment_porosity*sediment_thickness*(water_compressibility+(sediment_compressibility/sediment_porosity));               
    382434}/*}}}*/
    383 IssmDouble HydrologyDCEfficientAnalysis::GetHydrologyKMatrixTransfer(Element* element, Gauss* gauss, Input* epl_thick_input, Input* sed_head_input, Input* epl_head_input, Input* sed_trans_input, Input* residual_input){/*{{{*/
    384        
     435
     436IssmDouble HydrologyDCEfficientAnalysis::GetHydrologyKMatrixTransfer(Element* element, Gauss* gauss, Input* sed_head_input, Input* epl_head_input, Input* thick_input, Input* base_input){/*{{{*/
     437
    385438        int transfermethod;
    386         IssmDouble epl_thickness;
    387         IssmDouble epl_head,sed_head;
    388         IssmDouble sediment_transmitivity;
    389         IssmDouble leakage,residual,transfer;
    390 
    391         IssmDouble sediment_thickness  = element->GetMaterialParameter(HydrologydcSedimentThicknessEnum);
    392         IssmDouble sediment_storing    = SedimentStoring(element);
    393         IssmDouble epl_specificstoring = EplSpecificStoring(element);           
     439        IssmDouble hmax;
     440        IssmDouble epl_head,sediment_head;
     441        IssmDouble leakage,transfer;
     442        IssmDouble continuum, factor;
     443        HydrologyDCInefficientAnalysis* inefanalysis = NULL;
    394444
    395445        element->FindParam(&transfermethod,HydrologydcTransferFlagEnum);
     446
    396447        /*Switch between the different transfer methods cases*/
    397448        switch(transfermethod){
    … …  
    401452                break;
    402453        case 1:
    403                 _assert_(epl_thick_input);
    404                 _assert_(sed_head_input);
    405                 _assert_(epl_head_input);
    406                 _assert_(sed_trans_input);
    407                 _assert_(residual_input);
    408                 /* get input */
    409                 epl_thick_input->GetInputValue(&epl_thickness,gauss);
    410                 sed_head_input->GetInputValue(&sed_head,gauss);
     454                _assert_(sed_head_input);
     455                _assert_(epl_head_input);
     456               
     457                inefanalysis = new HydrologyDCInefficientAnalysis();
     458                hmax = inefanalysis->GetHydrologyDCInefficientHmax(element,gauss,thick_input,base_input);
     459                delete inefanalysis;
     460
     461                sed_head_input->GetInputValue(&sediment_head,gauss);
    411462                epl_head_input->GetInputValue(&epl_head,gauss);
    412                 sed_trans_input->GetInputValue(&sediment_transmitivity,gauss);
    413                 residual_input->GetInputValue(&residual,gauss);
    414463                element->FindParam(&leakage,HydrologydcLeakageFactorEnum);
    415                 transfer=(sediment_transmitivity)/(sediment_thickness*leakage);
    416                 /* if(epl_head>sed_head){ */
    417                 /*      if(residual>0.0){        */
    418                 /*              transfer=0.0; */
    419                 /*      } */
    420                 /*      else{ */
    421                 /*              transfer=(sediment_transmitivity)/(sediment_thickness*leakage); */
    422                 /*              //transfer=(epl_specificstoring*epl_thickness*sediment_transmitivity)/(sediment_thickness*leakage); */
    423                 /*      } */
    424                 /* } */
    425                 /* else{ */
    426                 /*      transfer=(sediment_transmitivity)/(sediment_thickness*leakage); */
    427                 /*      //transfer=(sediment_storing*sediment_transmitivity)/(sediment_thickness*leakage); */
    428                 /* } */
     464               
     465                //Computing continuum function to apply to transfer term, transfer is null only if
     466                // epl_head>sediment_head AND sediment_head>h_max
     467                continuum=((1.0/(1.0+exp(-20.0*(sediment_head-epl_head)))))+(1.0/(1.0+exp(-20.0*(hmax-sediment_head))));
     468                factor=min(continuum,1.0);
     469                transfer=leakage*factor;
    429470                break;
    430471        default:
    431472                _error_("no case higher than 1 for the Transfer method");
    432473        }
    433        
    434474        return transfer;
    435475}/*}}}*/
    436 IssmDouble HydrologyDCEfficientAnalysis::GetHydrologyPVectorTransfer(Element* element, Gauss* gauss, Input* epl_thick_input, Input* sed_head_input, Input* epl_head_input, Input* sed_trans_input, Input* residual_input){/*{{{*/
     476
     477IssmDouble HydrologyDCEfficientAnalysis::GetHydrologyPVectorTransfer(Element* element, Gauss* gauss, Input* sed_head_input, Input* epl_head_input, Input* thick_input, Input* base_input){/*{{{*/
    437478
    438479        int transfermethod;
    439         IssmDouble epl_thickness;
     480        IssmDouble hmax;
    440481        IssmDouble epl_head,sediment_head;
    441         IssmDouble sediment_transmitivity;
    442         IssmDouble leakage,residual,transfer;
    443 
    444         IssmDouble sediment_thickness = element->GetMaterialParameter(HydrologydcSedimentThicknessEnum);
    445         IssmDouble sediment_storing   = SedimentStoring(element);
    446         IssmDouble epl_specificstoring = EplSpecificStoring(element);           
     482        IssmDouble leakage,transfer;
     483        IssmDouble continuum, factor;
     484
     485        HydrologyDCInefficientAnalysis* inefanalysis = NULL;
    447486
    448487        element->FindParam(&transfermethod,HydrologydcTransferFlagEnum);
     488
    449489        /*Switch between the different transfer methods cases*/
    450490        switch(transfermethod){
    … …  
    454494                break;
    455495        case 1:
    456                 _assert_(epl_thick_input);
    457                 _assert_(sed_head_input);
    458                 _assert_(epl_head_input);
    459                 _assert_(sed_trans_input);
    460                 _assert_(residual_input);
    461                 /* get input */
    462                 epl_thick_input->GetInputValue(&epl_thickness,gauss);
     496                _assert_(sed_head_input);
     497                _assert_(epl_head_input);
     498
     499                inefanalysis = new HydrologyDCInefficientAnalysis();
     500                hmax = inefanalysis->GetHydrologyDCInefficientHmax(element,gauss,thick_input,base_input);
     501                delete inefanalysis;
     502               
    463503                sed_head_input->GetInputValue(&sediment_head,gauss);
    464504                epl_head_input->GetInputValue(&epl_head,gauss);
    465                 sed_trans_input->GetInputValue(&sediment_transmitivity,gauss);
    466                 residual_input->GetInputValue(&residual,gauss);
    467505                element->FindParam(&leakage,HydrologydcLeakageFactorEnum);
    468                 transfer=(sediment_transmitivity*sediment_head)/(sediment_thickness*leakage);
    469                 /* if(epl_head>sediment_head){ */
    470                 /*      if(residual>0.0){        */
    471                 /*              transfer=0.0; */
    472                 /*      } */
    473                 /*      else{ */
    474                 /*              transfer=(sediment_transmitivity*sediment_head)/(sediment_thickness*leakage); */
    475                 /*              //transfer=(epl_specificstoring*epl_thickness*sediment_transmitivity*sediment_head)/(sediment_thickness*leakage); */
    476                 /*      } */
    477                 /* } */
    478                 /* else{ */
    479                 /*      transfer=(sediment_transmitivity*sediment_head)/(sediment_thickness*leakage); */
    480                 /*      //transfer=(sediment_storing*sediment_transmitivity*sediment_head)/(sediment_thickness*leakage); */
    481                 /* } */
     506
     507                //Computing continuum function to apply to transfer term, transfer is null only if
     508                // epl_head>sediment_head AND sediment_head>h_max
     509                continuum=((1.0/(1.0+exp(-20.0*(sediment_head-epl_head)))))+(1.0/(1.0+exp(-20.0*(hmax-sediment_head))));
     510                factor=min(continuum,1.0);
     511                transfer=sediment_head*leakage*factor;
     512
    482513                break;
    483514        default:
    484515                _error_("no case higher than 1 for the Transfer method");
    485516        }
     517
    486518        return transfer;
    487519}/*}}}*/
    … …  
    490522
    491523        bool        active_element;
     524        int         iseplthickcomp;
    492525        int         domaintype;
    493526        IssmDouble  dt,A,B;
    … …  
    495528        IssmDouble  EPL_N;
    496529
     530       
    497531        femmodel->parameters->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
    498532
    … …  
    500534               
    501535                Element* element=(Element*)femmodel->elements->GetObjectByOffset(j);
     536                element->parameters->FindParam(&iseplthickcomp,HydrologydcEplThickCompEnum);
     537                if(iseplthickcomp==0) return;
    502538               
    503539                switch(domaintype){
    504540                case Domain2DhorizontalEnum:
    505                         if(!element->IsOnBase()) return;                       
     541                        if(!element->IsOnBase()) return;       
    506542                        B = element->GetMaterialParameter(MaterialsRheologyBbarEnum);
    507543                        break;
    … …  
    512548                _error_("not Implemented Yet");
    513549                }
    514                        
     550               
    515551                int         numnodes      = element->GetNumberOfNodes();
    516552                IssmDouble* thickness     = xNew<IssmDouble>(numnodes);
    … …  
    544580                element->GetInputListOnVertices(&ice_thickness[0],ThicknessEnum);
    545581                element->GetInputListOnVertices(&bed[0],BaseEnum);
    546                        
     582               
    547583                if(!active_element){
    548584                       
    … …  
    556592                               
    557593                                /*Compute first the effective pressure in the EPL*/
    558                                 EPL_N=gravity*((rho_ice*ice_thickness[i])-(rho_water*(eplhead[i]-bed[i])));
     594                                EPL_N=gravity*((rho_ice*ice_thickness[i])-(rho_water*max(0.0,(eplhead[i]-bed[i]))));
    559595                                if(EPL_N<0.0)EPL_N=0.0;
    560596                                /*Get then the square of the gradient of EPL heads*/
    561                                 EPLgrad2 = (epl_slopeX[i]+epl_slopeY[i])*(epl_slopeX[i]+epl_slopeY[i]);
     597                                EPLgrad2 = (epl_slopeX[i]*epl_slopeX[i])+(epl_slopeY[i]*epl_slopeY[i]);
    562598                               
    563599                                /*And proceed to the real thing*/
    564                                 thickness[i] = old_thickness[i]*(1+((rho_water*gravity*dt)/(rho_ice*latentheat))*epl_conductivity*EPLgrad2-2.0*(A*dt/(pow(n,n)))*(pow(EPL_N,n)));
     600                                thickness[i] = old_thickness[i]*(1.0+((rho_water*gravity*dt)/(rho_ice*latentheat))*epl_conductivity*EPLgrad2-
     601                                                                                                                                                                 (2.0*(A*dt/(pow(n,n)))*(pow(EPL_N,n))));
    565602                               
    566603                                /*Take care of otherthikening*/
    … …  
    579616                xDelete<IssmDouble>(bed);
    580617        }
    581 }
    582 /*}}}*/
     618}/*}}}*/
     619
    583620void HydrologyDCEfficientAnalysis::GetB(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    584621        /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3] where Bi is of size 3*NDOF2.
    … …  
    608645        xDelete<IssmDouble>(dbasis);
    609646}/*}}}*/
    610 void  HydrologyDCEfficientAnalysis::HydrologyEPLGetMask(Vector<IssmDouble>* vec_mask,Element* element){
     647
     648void  HydrologyDCEfficientAnalysis::HydrologyEPLGetMask(Vector<IssmDouble>* vec_mask, Vector<IssmDouble>* recurence, int* eplzigzag_counter, Element* element){
    611649
    612650        bool        active_element;
    … …  
    615653        IssmDouble  h_max;
    616654        IssmDouble  sedheadmin;
    617         Element*   basalelement=NULL;
     655        Element*    basalelement=NULL;
    618656
    619657        /*Get basal element*/
    … …  
    629667                default: _error_("mesh "<<EnumToStringx(domaintype)<<" not supported yet");
    630668        }
    631 
    632669        /*Intermediaries*/
    633 
    634670        int         numnodes      =basalelement->GetNumberOfNodes();
    635671        IssmDouble* epl_thickness =xNew<IssmDouble>(numnodes);
    … …  
    638674        IssmDouble* eplhead       =xNew<IssmDouble>(numnodes);
    639675        IssmDouble* residual      =xNew<IssmDouble>(numnodes);
    640 
    641         IssmDouble init_thick = basalelement->GetMaterialParameter(HydrologydcEplInitialThicknessEnum);
     676       
     677        IssmDouble init_thick    =basalelement->GetMaterialParameter(HydrologydcEplInitialThicknessEnum);
     678        IssmDouble colapse_thick =basalelement->GetMaterialParameter(HydrologydcEplColapseThicknessEnum);
    642679
    643680        Input* active_element_input=basalelement->GetInput(HydrologydcMaskEplactiveEltEnum); _assert_(active_element_input);
    … …  
    653690        sedheadmin=sedhead[0];
    654691        for(i=1;i<numnodes;i++) if(sedhead[i]<=sedheadmin)sedheadmin=sedhead[i];
    655 
    656692        for(i=0;i<numnodes;i++){
    657                 /*Activate EPL if residual is >0 */
     693                /*If node is now closed bring its thickness back to initial*/
     694                if (old_active[i]==0.){
     695                        epl_thickness[i]=init_thick;
     696                }
     697
     698                /*Now starting to look at the activations*/
    658699                if(residual[i]>0.){
    659700                        vec_mask->SetValue(basalelement->nodes[i]->Sid(),1.,INS_VAL);
    660                 }
    661 
    662                 /*If mask was already one, keep one*/
     701                        if(old_active[i]==0.)   recurence->SetValue(basalelement->nodes[i]->Sid(),1.,INS_VAL);
     702                }
     703                /*If mask was already one, keep one or colapse*/
    663704                else if(old_active[i]>0.){
    664705                        vec_mask->SetValue(basalelement->nodes[i]->Sid(),1.,INS_VAL);
    665                         /*If epl thickness gets under 10-3 initial thickness, close the layer*/
    666                         if(epl_thickness[i]<0.001*init_thick){
     706                        /*If epl thickness gets under colapse thickness, close the layer*/
     707                        if(epl_thickness[i]<colapse_thick){
    667708                                vec_mask->SetValue(basalelement->nodes[i]->Sid(),0.,INS_VAL);
    668                                 epl_thickness[i]=init_thick;
     709                                recurence->SetValue(basalelement->nodes[i]->Sid(),1.,INS_VAL);
    669710                        }
    670711                }
    … …  
    673714                if(eplhead[i]>=h_max && active_element){
    674715                        for(j=0;j<numnodes;j++){
    675                                 if(old_active[j]>0.){
    676                                         vec_mask->SetValue(basalelement->nodes[i]->Sid(),1.,INS_VAL);
    677                                 }
    678716                                /*Increase of the domain is on the downstream node in term of sediment head*/
    679717                                if(sedhead[j] == sedheadmin){
    680718                                        vec_mask->SetValue(basalelement->nodes[j]->Sid(),1.,INS_VAL);
     719                                        if(old_active[i]==0.)   recurence->SetValue(basalelement->nodes[i]->Sid(),1.,INS_VAL);
    681720                                }
    682721                        }
    683722                }
    684723        }
     724        basalelement->AddInput(HydrologydcEplThicknessEnum,epl_thickness,basalelement->GetElementType());
     725
    685726        if(domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){basalelement->DeleteMaterials(); delete basalelement;};
    686727        xDelete<IssmDouble>(epl_thickness);
    … …  
    691732}
    692733/*}}}*/
     734
    693735void HydrologyDCEfficientAnalysis::HydrologyEPLGetActive(Vector<IssmDouble>* active_vec, Element* element){
    694736        /*Constants*/
    695 
    696737        int      domaintype;
    697738        Element*   basalelement=NULL;
    … …  
    713754        IssmDouble  flag     = 0.;
    714755        IssmDouble* active   = xNew<IssmDouble>(numnodes);
    715                
     756
     757        /*Pass the activity mask from elements to nodes*/
    716758        basalelement->GetInputListOnVertices(&active[0],HydrologydcMaskEplactiveNodeEnum);
     759        bool active_element;
     760        Input*  active_element_input=basalelement->GetInput(HydrologydcMaskEplactiveEltEnum); _assert_(active_element_input);           
     761        active_element_input->GetInputValue(&active_element);
    717762       
    718763        for(int i=0;i<numnodes;i++) flag+=active[i];
    719764
     765        /*If any node is active all the node in the element are active*/
    720766        if(flag>0.){
    721767                for(int i=0;i<numnodes;i++){
    722768                        active_vec->SetValue(basalelement->nodes[i]->Sid(),1.,INS_VAL);
    723769                }
     770        }
     771        /*If the element is active all its nodes are active*/
     772        else if(active_element){
     773                for(int i=0;i<numnodes;i++){
     774                        active_vec->SetValue(basalelement->nodes[i]->Sid(),1.,INS_VAL);
     775                }               
    724776        }
    725777        else{

  • issm/trunk/src/c/analyses/HydrologyDCEfficientAnalysis.h

    r18301 r19105  
    2020                void CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel);
    2121                void CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel);
    22 
     22                void InitZigZagCounter(FemModel* femmodel);
     23                void ResetCounter(FemModel* femmodel);
     24                       
    2325                /*Finite element Analysis*/
    2426                void           Core(FemModel* femmodel);
    … …  
    3638                IssmDouble EplSpecificStoring(Element* element);
    3739                IssmDouble SedimentStoring(Element* element);
    38                 IssmDouble GetHydrologyKMatrixTransfer(Element* element, Gauss* gauss, Input* epl_thick_input, Input* sed_head_input, Input* epl_head_input, Input* sed_trans_input, Input* residual_input);
    39                 IssmDouble GetHydrologyPVectorTransfer(Element* element, Gauss* gauss, Input* epl_thick_input, Input* sed_head_input, Input* epl_head_input, Input* sed_trans_input, Input* residual_input);
    40                 void HydrologyEPLGetMask(Vector<IssmDouble>* vec_mask,Element* element);
     40                IssmDouble GetHydrologyKMatrixTransfer(Element* element, Gauss* gauss, Input* sed_head_input, Input* epl_head_input, Input* thick_input, Input* base_input);
     41                IssmDouble GetHydrologyPVectorTransfer(Element* element, Gauss* gauss, Input* sed_head_input, Input* epl_head_input, Input* thick_input, Input* base_input);
     42                void HydrologyEPLGetMask(Vector<IssmDouble>* vec_mask, Vector<IssmDouble>* recurence, int* eplzigzag_counter, Element* element);
    4143                void HydrologyEPLGetActive(Vector<IssmDouble>* active_vec, Element* element);
    4244                void GetHydrologyDCInefficientHmax(IssmDouble* ph_max,Element* element, Node* innode);

  • issm/trunk/src/c/analyses/HydrologyDCInefficientAnalysis.cpp

    r18301 r19105  
    1010        return 1;
    1111}/*}}}*/
     12
    1213void HydrologyDCInefficientAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    1314
    … …  
    5556        parameters->AddObject(new IntParam(HydrologydcPenaltyLockEnum,penalty_lock));
    5657        parameters->AddObject(new IntParam(HydrologydcMaxIterEnum,hydro_maxiter));
    57 
    58 }/*}}}*/
     58}/*}}}*/
     59
    5960void HydrologyDCInefficientAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
    6061
    6162        bool   isefficientlayer;
     63        bool   element_active;
    6264        int    hydrology_model;
    63 
     65       
    6466        /*Fetch data needed: */
    6567        iomodel->Constant(&hydrology_model,HydrologyModelEnum);
    … …  
    9395        }
    9496
    95         if(isefficientlayer)iomodel->FetchDataToInput(elements,HydrologydcMaskEplactiveNodeEnum);
    96 }/*}}}*/
     97        if(isefficientlayer){
     98                iomodel->FetchDataToInput(elements,HydrologydcMaskEplactiveNodeEnum);
     99        }
     100}/*}}}*/
     101
    97102void HydrologyDCInefficientAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    98103
    … …  
    108113        iomodel->DeleteData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
    109114}/*}}}*/
     115
    110116void HydrologyDCInefficientAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    111117
    … …  
    117123        IoModelToConstraintsx(constraints,iomodel,HydrologydcSpcsedimentHeadEnum,HydrologyDCInefficientAnalysisEnum,P1Enum);
    118124}/*}}}*/
     125
    119126void HydrologyDCInefficientAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
    120127
    … …  
    148155        _error_("not implemented");
    149156}/*}}}*/
     157
    150158ElementVector* HydrologyDCInefficientAnalysis::CreateDVector(Element* element){/*{{{*/
    151159        /*Default, return NULL*/
    152160        return NULL;
    153161}/*}}}*/
     162
    154163ElementMatrix* HydrologyDCInefficientAnalysis::CreateJacobianMatrix(Element* element){/*{{{*/
    155164_error_("Not implemented");
    156165}/*}}}*/
     166
    157167ElementMatrix* HydrologyDCInefficientAnalysis::CreateKMatrix(Element* element){/*{{{*/
    158168
    … …  
    197207        basalelement ->FindParam(&dt,TimesteppingTimeStepEnum);
    198208        basalelement ->FindParam(&isefficientlayer,HydrologydcIsefficientlayerEnum);
    199 
    200         Input* epl_thick_input   = basalelement->GetInput(HydrologydcEplThicknessEnum);
    201         Input* sed_head_input    = basalelement->GetInput(SedimentHeadEnum);
    202         Input* epl_head_input    = basalelement->GetInput(EplHeadEnum);
    203         Input* thickness_input   = basalelement->GetInput(ThicknessEnum);
    204         Input* base_input         = basalelement->GetInput(BaseEnum);
    205         Input* SedTrans_input    = basalelement->GetInput(HydrologydcSedimentTransmitivityEnum); _assert_(SedTrans_input);
     209        Input* SedTrans_input = basalelement->GetInput(HydrologydcSedimentTransmitivityEnum); _assert_(SedTrans_input);
     210        Input* sed_head_input = basalelement->GetInput(SedimentHeadEnum);
     211        Input* epl_head_input = basalelement->GetInput(EplHeadEnum);
     212        Input* thick_input    = basalelement->GetInput(ThicknessEnum);
     213        Input* base_input     = basalelement->GetInput(BaseEnum);
     214
    206215        IssmDouble sediment_storing = SedimentStoring(basalelement);
    207216        /*Transfer related Inputs*/
    … …  
    240249                                active_element_input->GetInputValue(&active_element);
    241250                                if(active_element){
    242                                         transfer=GetHydrologyKMatrixTransfer(basalelement,gauss,epl_thick_input,sed_head_input,epl_head_input,SedTrans_input,thickness_input,base_input);
     251                                        transfer=GetHydrologyKMatrixTransfer(basalelement,gauss,sed_head_input,epl_head_input,thick_input,base_input);
    243252                                        basalelement->NodalFunctions(&basis[0],gauss);
    244                                         D_scalar=transfer*gauss->weight*Jdet*dt;
     253                                        D_scalar=dt*transfer*gauss->weight*Jdet;
    245254                                        TripleMultiply(basis,numnodes,1,0,
    246255                                                                                                 &D_scalar,1,1,0,
    … …  
    259268        return Ke;
    260269}/*}}}*/
     270
    261271ElementVector* HydrologyDCInefficientAnalysis::CreatePVector(Element* element){/*{{{*/
    262272
    … …  
    301311        basalelement->FindParam(&isefficientlayer,HydrologydcIsefficientlayerEnum);
    302312
    303         Input* epl_thick_input   = basalelement->GetInput(HydrologydcEplThicknessEnum);
    304         Input* sed_head_input    = basalelement->GetInput(SedimentHeadEnum);
    305         Input* epl_head_input    = basalelement->GetInput(EplHeadEnum);
    306         Input* sed_trans_input   = basalelement->GetInput(HydrologydcSedimentTransmitivityEnum);
    307         Input* thickness_input   = basalelement->GetInput(ThicknessEnum);
    308         Input* base_input        = basalelement->GetInput(BaseEnum);
    309         Input* water_input       = basalelement->GetInput(BasalforcingsGroundediceMeltingRateEnum); _assert_(water_input);
     313        Input* sed_head_input = basalelement->GetInput(SedimentHeadEnum);
     314        Input* epl_head_input = basalelement->GetInput(EplHeadEnum);
     315        Input* water_input    = basalelement->GetInput(BasalforcingsGroundediceMeltingRateEnum); _assert_(water_input);
     316        Input* thick_input    = basalelement->GetInput(ThicknessEnum);
     317        Input* base_input     = basalelement->GetInput(BaseEnum);
    310318        if(dt!= 0.){old_wh_input = basalelement->GetInput(SedimentHeadOldEnum);                     _assert_(old_wh_input);}
    311319
    … …  
    327335                /*Loading term*/
    328336                water_input->GetInputValue(&water_load,gauss);
    329 
    330337                scalar = Jdet*gauss->weight*(water_load);
    331 
    332338                if(dt!=0.) scalar = scalar*dt;
    333339                for(int i=0;i<numnodes;i++){
    … …  
    342348                                active_element_input->GetInputValue(&active_element);
    343349                                if(active_element){
    344                                         transfer=GetHydrologyPVectorTransfer(basalelement,gauss,epl_thick_input,sed_head_input,epl_head_input,sed_trans_input,thickness_input,base_input);
     350                                        transfer=GetHydrologyPVectorTransfer(basalelement,gauss,sed_head_input,epl_head_input,thick_input,base_input);
    345351                                }
    346352                                else{
    … …  
    363369        return pe;
    364370}/*}}}*/
     371
    365372void HydrologyDCInefficientAnalysis::GetB(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    366373        /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3] where Bi is of size 3*NDOF2.
    … …  
    390397        xDelete<IssmDouble>(dbasis);
    391398}/*}}}*/
     399
    392400void HydrologyDCInefficientAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
    393401        element->GetSolutionFromInputsOneDof(solution,SedimentHeadEnum);
    394402}/*}}}*/
     403
    395404void HydrologyDCInefficientAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
    396405        _error_("Not implemented yet");
    397406}/*}}}*/
     407
    398408void HydrologyDCInefficientAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    399409
    … …  
    456466                                residual[i] = 0.;
    457467                        }
    458                         pressure[i]=(rho_ice*g*thickness[i])-(rho_freshwater*g*(min(h_max,values[i])-base[i]));
     468                        //adding base in min to take into account heads under bed wich don't change N
     469                        pressure[i]=(rho_ice*g*thickness[i])-(rho_freshwater*g*(max((min(h_max,values[i])-base[i]),0.0)));
    459470                }
    460471                xDelete<IssmDouble>(thickness);
    … …  
    474485        if(domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){basalelement->DeleteMaterials(); delete basalelement;};
    475486}/*}}}*/
     487
    476488void HydrologyDCInefficientAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    477489        /*Default, do nothing*/
    … …  
    536548        return h_max;
    537549}/*}}}*/
     550
    538551void  HydrologyDCInefficientAnalysis::GetHydrologyDCInefficientHmax(IssmDouble* ph_max,Element* element, Node* innode){/*{{{*/
    539552       
    … …  
    571584}
    572585/*}}}*/
    573 IssmDouble HydrologyDCInefficientAnalysis::GetHydrologyKMatrixTransfer(Element* element, Gauss* gauss, Input* epl_thick_input, Input* sed_head_input, Input* epl_head_input, Input* sed_trans_input, Input* thickness_input, Input* base_input){/*{{{*/
     586
     587IssmDouble HydrologyDCInefficientAnalysis::GetHydrologyKMatrixTransfer(Element* element, Gauss* gauss, Input* sed_head_input, Input* epl_head_input, Input* thick_input, Input* base_input){/*{{{*/
    574588
    575589        int transfermethod;
    576         IssmDouble epl_thickness;
    577         IssmDouble epl_head,sed_head;
    578         IssmDouble sediment_transmitivity;
    579         IssmDouble leakage,h_max,transfer;
    580 
    581         IssmDouble sediment_thickness  = element->GetMaterialParameter(HydrologydcSedimentThicknessEnum);
    582         IssmDouble sediment_storing    = SedimentStoring(element);
    583         IssmDouble epl_specificstoring = EplSpecificStoring(element);           
    584 
     590        IssmDouble hmax;
     591        IssmDouble epl_head,sediment_head;
     592        IssmDouble leakage,transfer;
     593        IssmDouble continuum, factor;
     594       
    585595        element->FindParam(&transfermethod,HydrologydcTransferFlagEnum);
     596
    586597        /*Switch between the different transfer methods cases*/
    587598        switch(transfermethod){
    … …  
    591602                break;
    592603        case 1:
    593                
    594                 _assert_(epl_thick_input);
    595604                _assert_(sed_head_input);
    596605                _assert_(epl_head_input);
    597                 _assert_(sed_trans_input);
    598                 _assert_(thickness_input);
    599                 _assert_(base_input);
    600 
    601                 epl_thick_input->GetInputValue(&epl_thickness,gauss);
    602                 sed_head_input->GetInputValue(&sed_head,gauss);
     606               
     607                sed_head_input->GetInputValue(&sediment_head,gauss);
    603608                epl_head_input->GetInputValue(&epl_head,gauss);
    604                 sed_trans_input->GetInputValue(&sediment_transmitivity,gauss);
    605609                element->FindParam(&leakage,HydrologydcLeakageFactorEnum);
    606                
    607                 transfer=(sediment_transmitivity)/(sediment_thickness*leakage);
    608                
    609                 /* if(epl_head>sed_head){ */
    610                 /*      h_max=GetHydrologyDCInefficientHmax(element,gauss,thickness_input,base_input); */
    611                 /*      if(sed_head>=h_max){ */
    612                 /*              transfer=0.0; */
    613                 /*      } */
    614                 /*      else{ */
    615                 /*              transfer=(sediment_transmitivity)/(sediment_thickness*leakage); */
    616                 /*              //transfer=(epl_specificstoring*epl_thickness*sediment_transmitivity)/(sediment_thickness*leakage); */
    617                 /*      } */
    618                 /* } */
    619                 /* else{ */
    620                 /*      transfer=(sediment_transmitivity)/(sediment_thickness*leakage); */
    621                 /*      //transfer=(sediment_storing*sediment_transmitivity)/(sediment_thickness*leakage); */
    622                 /* } */
    623                
     610
     611                hmax=GetHydrologyDCInefficientHmax(element, gauss, thick_input, base_input);
     612       
     613                //Computing continuum function to apply to transfer term, transfer is null only if
     614                //epl_head>sediment_head AND sediment_head>h_max
     615                continuum=((1.0/(1.0+exp(-20.0*(sediment_head-epl_head)))))+(1.0/(1.0+exp(-20.0*(hmax-sediment_head))));
     616                factor=min(continuum,1.0);
     617                transfer=leakage*factor;
     618
    624619                break;
    625620        default:
    626621                _error_("no case higher than 1 for the Transfer method");
    627622        }
    628        
    629623        return transfer;
    630624}/*}}}*/
    631625
    632 IssmDouble HydrologyDCInefficientAnalysis::GetHydrologyPVectorTransfer(Element* element, Gauss* gauss, Input* epl_thick_input, Input* sed_head_input, Input* epl_head_input, Input* sed_trans_input, Input* thickness_input, Input* base_input){/*{{{*/
     626IssmDouble HydrologyDCInefficientAnalysis::GetHydrologyPVectorTransfer(Element* element, Gauss* gauss, Input* sed_head_input, Input* epl_head_input, Input* thick_input, Input* base_input){/*{{{*/
    633627
    634628        int transfermethod;
    635         IssmDouble epl_thickness;
     629        IssmDouble hmax;
    636630        IssmDouble epl_head,sediment_head;
    637         IssmDouble sediment_transmitivity;
    638         IssmDouble leakage,h_max,transfer;
    639 
    640         IssmDouble sediment_thickness = element->GetMaterialParameter(HydrologydcSedimentThicknessEnum);
    641         IssmDouble sediment_storing   = SedimentStoring(element);
    642         IssmDouble epl_specificstoring = EplSpecificStoring(element);           
    643 
     631        IssmDouble leakage,transfer;
     632        IssmDouble continuum, factor;
     633       
    644634        element->FindParam(&transfermethod,HydrologydcTransferFlagEnum);
     635
    645636        /*Switch between the different transfer methods cases*/
    646637        switch(transfermethod){
    … …  
    650641                break;
    651642        case 1:
    652                
    653                 _assert_(epl_thick_input);
    654643                _assert_(sed_head_input);
    655644                _assert_(epl_head_input);
    656                 _assert_(sed_trans_input);
    657                 _assert_(thickness_input);
    658                 _assert_(base_input);
    659 
    660                 epl_thick_input->GetInputValue(&epl_thickness,gauss);
     645               
    661646                sed_head_input->GetInputValue(&sediment_head,gauss);
    662647                epl_head_input->GetInputValue(&epl_head,gauss);
    663                 sed_trans_input->GetInputValue(&sediment_transmitivity,gauss);
    664 
    665648                element->FindParam(&leakage,HydrologydcLeakageFactorEnum);
    666                 transfer=(sediment_transmitivity*epl_head)/(sediment_thickness*leakage);
    667                 /* if(epl_head>sediment_head){ */
    668                 /*      h_max=GetHydrologyDCInefficientHmax(element,gauss,thickness_input,base_input); */
    669                 /*      if(sediment_head>=h_max){ */
    670                 /*              transfer=0.0; */
    671                 /*      } */
    672                 /*      else{ */
    673                 /*              transfer=(sediment_transmitivity*epl_head)/(sediment_thickness*leakage); */
    674                 /*              //transfer=(epl_specificstoring*epl_thickness*sediment_transmitivity*epl_head)/(sediment_thickness*leakage); */
    675                 /*      } */
    676                 /* } */
    677                 /* else{ */
    678                 /*      transfer=(sediment_transmitivity*epl_head)/(sediment_thickness*leakage); */
    679                 /*      //transfer=(sediment_storing*sediment_transmitivity*epl_head)/(sediment_thickness*leakage); */
    680                 /* } */
     649
     650                hmax=GetHydrologyDCInefficientHmax(element, gauss, thick_input, base_input);
     651               
     652                //Computing continuum function to apply to transfer term, transfer is null only if
     653                //epl_head>sediment_head AND sediment_head>h_max
     654                continuum=((1.0/(1.0+exp(-20.0*(sediment_head-epl_head)))))+(1.0/(1.0+exp(-20.0*(hmax-sediment_head))));
     655                factor=min(continuum,1.0);
     656                transfer=epl_head*leakage*factor;
    681657                break;
    682658        default:
    … …  
    692668
    693669        for(int i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    694                 element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    695 
    696                 int numvertices = element->GetNumberOfVertices();
    697                 Input* node_mask_input = element->GetInput(HydrologydcMaskEplactiveNodeEnum);
    698                 if(node_mask_input->Max()>0.) {
     670                element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     671                        Input* node_mask_input = element->GetInput(HydrologydcMaskEplactiveNodeEnum); _assert_(node_mask_input);
     672               
     673                if(node_mask_input->Max()>0.){
    699674                        element_active = true;
    700675                }
    … …  
    705680        }
    706681}/*}}}*/
    707 

  • issm/trunk/src/c/analyses/HydrologyDCInefficientAnalysis.h

    r18301 r19105  
    3838                IssmDouble GetHydrologyDCInefficientHmax(Element* element, Gauss* gauss, Input* thickness_input, Input* base_input);
    3939                void GetHydrologyDCInefficientHmax(IssmDouble* ph_max,Element* element, Node* innode);
    40                 IssmDouble GetHydrologyKMatrixTransfer(Element* element, Gauss* gauss, Input* epl_thick_input, Input* sed_head_input, Input* epl_head_input, Input* sed_trans_input, Input* thickness_input, Input* base_input);
    41                 IssmDouble GetHydrologyPVectorTransfer(Element* element, Gauss* gauss, Input* epl_thick_input, Input* sed_head_input, Input* epl_head_input, Input* sed_trans_input, Input* thickness_input, Input* base_input);
     40                IssmDouble GetHydrologyKMatrixTransfer(Element* element, Gauss* gauss, Input* sed_head_input, Input* epl_head_input, Input* thick_input, Input* base_input);
     41                IssmDouble GetHydrologyPVectorTransfer(Element* element, Gauss* gauss, Input* sed_head_input, Input* epl_head_input, Input* thick_input, Input* base_input);
    4242                void ElementizeEplMask(FemModel* femmodel);
    4343};

  • issm/trunk/src/c/analyses/HydrologyShreveAnalysis.cpp

    r18301 r19105  
    66
    77/*Model processing*/
     8void HydrologyShreveAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     9
     10        /*retrieve some parameters: */
     11        int          hydrology_model;
     12        iomodel->Constant(&hydrology_model,HydrologyModelEnum);
     13
     14        if(hydrology_model!=HydrologyshreveEnum) return;
     15
     16        IoModelToConstraintsx(constraints,iomodel,HydrologyshreveSpcwatercolumnEnum,HydrologyShreveAnalysisEnum,P1Enum);
     17
     18}/*}}}*/
     19void HydrologyShreveAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
     20        /*No loads*/
     21}/*}}}*/
     22void HydrologyShreveAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     23
     24        /*Fetch parameters: */
     25        int  hydrology_model;
     26        iomodel->Constant(&hydrology_model,HydrologyModelEnum);
     27
     28        /*Now, do we really want Shreve?*/
     29        if(hydrology_model!=HydrologyshreveEnum) return;
     30
     31        if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum) iomodel->FetchData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
     32        ::CreateNodes(nodes,iomodel,HydrologyShreveAnalysisEnum,P1Enum);
     33        iomodel->DeleteData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
     34}/*}}}*/
    835int  HydrologyShreveAnalysis::DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation){/*{{{*/
    936        return 1;
    10 }/*}}}*/
    11 void HydrologyShreveAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    12 
    13         /*retrieve some parameters: */
    14         int  hydrology_model;
    15         iomodel->Constant(&hydrology_model,HydrologyModelEnum);
    16 
    17         /*Now, do we really want Shreve?*/
    18         if(hydrology_model!=HydrologyshreveEnum) return;
    19 
    20         parameters->AddObject(new IntParam(HydrologyModelEnum,hydrology_model));
    21         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(HydrologyshreveStabilizationEnum));
    22 
    2337}/*}}}*/
    2438void HydrologyShreveAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
    … …  
    5569        elements->InputDuplicate(WatercolumnEnum,WaterColumnOldEnum);
    5670}/*}}}*/
    57 void HydrologyShreveAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    58 
    59         /*Fetch parameters: */
     71void HydrologyShreveAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
     72
     73        /*retrieve some parameters: */
    6074        int  hydrology_model;
    6175        iomodel->Constant(&hydrology_model,HydrologyModelEnum);
    … …  
    6478        if(hydrology_model!=HydrologyshreveEnum) return;
    6579
    66         if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum) iomodel->FetchData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
    67         ::CreateNodes(nodes,iomodel,HydrologyShreveAnalysisEnum,P1Enum);
    68         iomodel->DeleteData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
    69 }/*}}}*/
    70 void HydrologyShreveAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    71 
    72         /*retrieve some parameters: */
    73         int          hydrology_model;
    74         iomodel->Constant(&hydrology_model,HydrologyModelEnum);
    75 
    76         if(hydrology_model!=HydrologyshreveEnum) return;
    77 
    78         IoModelToConstraintsx(constraints,iomodel,HydrologyshreveSpcwatercolumnEnum,HydrologyShreveAnalysisEnum,P1Enum);
    79 
    80 }/*}}}*/
    81 void HydrologyShreveAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
    82         /*No loads*/
     80        parameters->AddObject(new IntParam(HydrologyModelEnum,hydrology_model));
     81        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(HydrologyshreveStabilizationEnum));
     82
    8383}/*}}}*/
    8484
    … …  
    9090        /*Default, return NULL*/
    9191        return NULL;
     92}/*}}}*/
     93void           HydrologyShreveAnalysis::CreateHydrologyWaterVelocityInput(Element* element){/*{{{*/
     94
     95        /*Intermediaries*/
     96        IssmDouble dsdx,dsdy,dbdx,dbdy,w;
     97
     98        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     99        IssmDouble  rho_ice   = element->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
     100        IssmDouble  rho_water = element->GetMaterialParameter(MaterialsRhoSeawaterEnum);
     101        IssmDouble  g         = element->GetMaterialParameter(ConstantsGEnum);
     102        IssmDouble  mu_water  = element->GetMaterialParameter(MaterialsMuWaterEnum);
     103        Input* surfaceslopex_input = element->GetInput(SurfaceSlopeXEnum); _assert_(surfaceslopex_input);
     104        Input* surfaceslopey_input = element->GetInput(SurfaceSlopeYEnum); _assert_(surfaceslopey_input);
     105        Input* bedslopex_input     = element->GetInput(BedSlopeXEnum);     _assert_(bedslopex_input);
     106        Input* bedslopey_input     = element->GetInput(BedSlopeYEnum);     _assert_(bedslopey_input);
     107        Input* watercolumn_input   = element->GetInput(WatercolumnEnum);   _assert_(watercolumn_input);
     108
     109        /*Fetch number of vertices and allocate output*/
     110        int numvertices = element->GetNumberOfVertices();
     111        IssmDouble* vx  = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     112        IssmDouble* vy  = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     113
     114        Gauss* gauss=element->NewGauss();
     115        for(int iv=0;iv<numvertices;iv++){
     116                gauss->GaussVertex(iv);
     117                surfaceslopex_input->GetInputValue(&dsdx,gauss);
     118                surfaceslopey_input->GetInputValue(&dsdy,gauss);
     119                bedslopex_input->GetInputValue(&dbdx,gauss);
     120                bedslopey_input->GetInputValue(&dbdy,gauss);
     121                watercolumn_input->GetInputValue(&w,gauss);
     122
     123                /* Water velocity x and y components */
     124                vx[iv]= - w*w/(12 * mu_water)*(rho_ice*g*dsdx+(rho_water-rho_ice)*g*dbdx);
     125                vy[iv]= - w*w/(12 * mu_water)*(rho_ice*g*dsdy+(rho_water-rho_ice)*g*dbdy);
     126        }
     127
     128        /*clean-up*/
     129        delete gauss;
     130
     131        /*Add to inputs*/
     132        element->AddInput(HydrologyWaterVxEnum,vx,P1Enum);
     133        element->AddInput(HydrologyWaterVyEnum,vy,P1Enum);
     134        xDelete<IssmDouble>(vx);
     135        xDelete<IssmDouble>(vy);
    92136}/*}}}*/
    93137ElementMatrix* HydrologyShreveAnalysis::CreateJacobianMatrix(Element* element){/*{{{*/
    … …  
    234278        return pe;
    235279}/*}}}*/
    236 void HydrologyShreveAnalysis::GetB(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     280void           HydrologyShreveAnalysis::GetB(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    237281        /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3] where Bi is of size 3*NDOF2.
    238282         * For node i, Bi can be expressed in the actual coordinate system
    … …  
    261305        xDelete<IssmDouble>(basis);
    262306}/*}}}*/
    263 void HydrologyShreveAnalysis::GetBprime(IssmDouble* Bprime,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     307void           HydrologyShreveAnalysis::GetBprime(IssmDouble* Bprime,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    264308        /*Compute B'  matrix. B'=[B1' B2' B3'] where Bi' is of size 3*NDOF2.
    265309         * For node i, Bi' can be expressed in the actual coordinate system
    … …  
    289333
    290334}/*}}}*/
    291 void HydrologyShreveAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
     335void           HydrologyShreveAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
    292336        element->GetSolutionFromInputsOneDof(solution,WatercolumnEnum);
    293337}/*}}}*/
    294 void HydrologyShreveAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
     338void           HydrologyShreveAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
    295339        _error_("Not implemented yet");
    296340}/*}}}*/
    297 void HydrologyShreveAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     341void           HydrologyShreveAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    298342
    299343        /*Intermediary*/
    … …  
    321365        xDelete<int>(doflist);
    322366}/*}}}*/
    323 void HydrologyShreveAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     367void           HydrologyShreveAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    324368        /*Default, do nothing*/
    325369        return;
    326370}/*}}}*/
    327 
    328 /*Intermediaries*/
    329 void HydrologyShreveAnalysis::CreateHydrologyWaterVelocityInput(Element* element){/*{{{*/
    330 
    331         /*Intermediaries*/
    332         IssmDouble dsdx,dsdy,dbdx,dbdy,w;
    333 
    334         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    335         IssmDouble  rho_ice   = element->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
    336         IssmDouble  rho_water = element->GetMaterialParameter(MaterialsRhoSeawaterEnum);
    337         IssmDouble  g         = element->GetMaterialParameter(ConstantsGEnum);
    338         IssmDouble  mu_water  = element->GetMaterialParameter(MaterialsMuWaterEnum);
    339         Input* surfaceslopex_input = element->GetInput(SurfaceSlopeXEnum); _assert_(surfaceslopex_input);
    340         Input* surfaceslopey_input = element->GetInput(SurfaceSlopeYEnum); _assert_(surfaceslopey_input);
    341         Input* bedslopex_input     = element->GetInput(BedSlopeXEnum);     _assert_(bedslopex_input);
    342         Input* bedslopey_input     = element->GetInput(BedSlopeYEnum);     _assert_(bedslopey_input);
    343         Input* watercolumn_input   = element->GetInput(WatercolumnEnum);   _assert_(watercolumn_input);
    344 
    345         /*Fetch number of vertices and allocate output*/
    346         int numvertices = element->GetNumberOfVertices();
    347         IssmDouble* vx  = xNew<IssmDouble>(numvertices);
    348         IssmDouble* vy  = xNew<IssmDouble>(numvertices);
    349 
    350         Gauss* gauss=element->NewGauss();
    351         for(int iv=0;iv<numvertices;iv++){
    352                 gauss->GaussVertex(iv);
    353                 surfaceslopex_input->GetInputValue(&dsdx,gauss);
    354                 surfaceslopey_input->GetInputValue(&dsdy,gauss);
    355                 bedslopex_input->GetInputValue(&dbdx,gauss);
    356                 bedslopey_input->GetInputValue(&dbdy,gauss);
    357                 watercolumn_input->GetInputValue(&w,gauss);
    358 
    359                 /* Water velocity x and y components */
    360                 vx[iv]= - w*w/(12 * mu_water)*(rho_ice*g*dsdx+(rho_water-rho_ice)*g*dbdx);
    361                 vy[iv]= - w*w/(12 * mu_water)*(rho_ice*g*dsdy+(rho_water-rho_ice)*g*dbdy);
    362         }
    363 
    364         /*clean-up*/
    365         delete gauss;
    366 
    367         /*Add to inputs*/
    368         element->AddInput(HydrologyWaterVxEnum,vx,P1Enum);
    369         element->AddInput(HydrologyWaterVyEnum,vy,P1Enum);
    370         xDelete<IssmDouble>(vx);
    371         xDelete<IssmDouble>(vy);
    372 }/*}}}*/
    373 
    374371
    375372

  • issm/trunk/src/c/analyses/HydrologyShreveAnalysis.h

    r18301 r19105  
    1313        public:
    1414                /*Model processing*/
    15                 int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
    16                 void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    17                 void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
    18                 void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
    1915                void CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel);
    2016                void CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel);
     17                void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
     18                int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
     19                void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
     20                void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    2121
    2222                /*Finite element Analysis*/
    2323                void           Core(FemModel* femmodel);
    2424                ElementVector* CreateDVector(Element* element);
     25                void           CreateHydrologyWaterVelocityInput(Element* element);
    2526                ElementMatrix* CreateJacobianMatrix(Element* element);
    2627                ElementMatrix* CreateKMatrix(Element* element);
    2728                ElementVector* CreatePVector(Element* element);
    28                 void GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
    29                 void GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
    30                 void InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
    31                 void UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    32 
    33                 /*Intermediaries*/
    34                 void GetB(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    35                 void GetBprime(IssmDouble* Bprime,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    36                 void CreateHydrologyWaterVelocityInput(Element* element);
     29                void           GetB(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     30                void           GetBprime(IssmDouble* Bprime,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     31                void           GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
     32                void           GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
     33                void           InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
     34                void           UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    3735};
    3836#endif

  • issm/trunk/src/c/analyses/L2ProjectionBaseAnalysis.cpp

    r18301 r19105  
    66
    77/*Model processing*/
     8void L2ProjectionBaseAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     9
     10        /*No constraints*/
     11}/*}}}*/
     12void L2ProjectionBaseAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
     13
     14        /*No loads*/
     15}/*}}}*/
     16void L2ProjectionBaseAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     17
     18        if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum){
     19                iomodel->FetchData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
     20        }
     21        else if(iomodel->domaintype==Domain2DverticalEnum){
     22                iomodel->FetchData(1,MeshVertexonbaseEnum);
     23        }
     24        ::CreateNodes(nodes,iomodel,L2ProjectionBaseAnalysisEnum,P1Enum);
     25        iomodel->DeleteData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
     26}/*}}}*/
    827int  L2ProjectionBaseAnalysis::DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation){/*{{{*/
    928        return 1;
    10 }/*}}}*/
    11 void L2ProjectionBaseAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    1229}/*}}}*/
    1330void L2ProjectionBaseAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
    … …  
    3148        }
    3249}/*}}}*/
    33 void L2ProjectionBaseAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    34 
    35         if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum){
    36                 iomodel->FetchData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
    37         }
    38         else if(iomodel->domaintype==Domain2DverticalEnum){
    39                 iomodel->FetchData(1,MeshVertexonbaseEnum);
    40         }
    41         ::CreateNodes(nodes,iomodel,L2ProjectionBaseAnalysisEnum,P1Enum);
    42         iomodel->DeleteData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
    43 }/*}}}*/
    44 void L2ProjectionBaseAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    45 
    46         /*No constraints*/
    47 }/*}}}*/
    48 void L2ProjectionBaseAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
    49 
    50         /*No loads*/
     50void L2ProjectionBaseAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    5151}/*}}}*/
    5252
    … …  
    9393
    9494        /*Initialize Element vector*/
    95         ElementMatrix* Ke    = basalelement->NewElementMatrix(NoneApproximationEnum);
     95        ElementMatrix* Ke    = basalelement->NewElementMatrix();
    9696        IssmDouble*    basis = xNew<IssmDouble>(numnodes);
    9797
    … …  
    196196        return pe;
    197197}/*}}}*/
    198 void L2ProjectionBaseAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
     198void           L2ProjectionBaseAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
    199199           _error_("not implemented yet");
    200200}/*}}}*/
    201 void L2ProjectionBaseAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
     201void           L2ProjectionBaseAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
    202202        _error_("Not implemented yet");
    203203}/*}}}*/
    204 void L2ProjectionBaseAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     204void           L2ProjectionBaseAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    205205
    206206        int inputenum,domaintype,elementtype;
    … …  
    225225        }
    226226}/*}}}*/
    227 void L2ProjectionBaseAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     227void           L2ProjectionBaseAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    228228        /*Default, do nothing*/
    229229        return;

  • issm/trunk/src/c/analyses/L2ProjectionBaseAnalysis.h

    r18301 r19105  
    1313        public:
    1414                /*Model processing*/
    15                 int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
    16                 void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    17                 void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
    18                 void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
    1915                void CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel);
    2016                void CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel);
     17                void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
     18                int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
     19                void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
     20                void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    2121
    2222                /*Finite element Analysis*/
    … …  
    2626                ElementMatrix* CreateKMatrix(Element* element);
    2727                ElementVector* CreatePVector(Element* element);
    28                 void GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
    29                 void GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
    30                 void InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
    31                 void UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
     28                void           GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
     29                void           GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
     30                void           InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
     31                void           UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    3232};
    3333#endif

  • issm/trunk/src/c/analyses/L2ProjectionEPLAnalysis.cpp

    r18301 r19105  
    66
    77/*Model processing*/
     8void L2ProjectionEPLAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     9
     10        /*No constraints*/
     11}/*}}}*/
     12void L2ProjectionEPLAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
     13
     14        /*No loads*/
     15}/*}}}*/
     16void L2ProjectionEPLAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     17        /*Now, do we really want DC?*/
     18        int  hydrology_model;
     19        iomodel->Constant(&hydrology_model,HydrologyModelEnum);
     20        if(hydrology_model!=HydrologydcEnum) return;
     21
     22        /*Do we want an efficient layer*/
     23        bool isefficientlayer;
     24        iomodel->Constant(&isefficientlayer,HydrologydcIsefficientlayerEnum);
     25        if(!isefficientlayer) return;
     26
     27        if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum){
     28                iomodel->FetchData(1,MeshVertexonbaseEnum);
     29        }
     30        else if(iomodel->domaintype==Domain2DverticalEnum){
     31                iomodel->FetchData(1,MeshVertexonbaseEnum);
     32        }
     33        ::CreateNodes(nodes,iomodel,L2ProjectionEPLAnalysisEnum,P1Enum);
     34        iomodel->DeleteData(1,MeshVertexonbaseEnum);
     35}/*}}}*/
    836int  L2ProjectionEPLAnalysis::DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation){/*{{{*/
    937        return 1;
    10 }/*}}}*/
    11 void L2ProjectionEPLAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    1238}/*}}}*/
    1339void L2ProjectionEPLAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
    … …  
    4167        }
    4268}/*}}}*/
    43 void L2ProjectionEPLAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    44         /*Now, do we really want DC?*/
    45         int  hydrology_model;
    46         iomodel->Constant(&hydrology_model,HydrologyModelEnum);
    47         if(hydrology_model!=HydrologydcEnum) return;
    48 
    49         /*Do we want an efficient layer*/
    50         bool isefficientlayer;
    51         iomodel->Constant(&isefficientlayer,HydrologydcIsefficientlayerEnum);
    52         if(!isefficientlayer) return;
    53 
    54         if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum){
    55                 iomodel->FetchData(1,MeshVertexonbaseEnum);
    56         }
    57         else if(iomodel->domaintype==Domain2DverticalEnum){
    58                 iomodel->FetchData(1,MeshVertexonbaseEnum);
    59         }
    60         ::CreateNodes(nodes,iomodel,L2ProjectionEPLAnalysisEnum,P1Enum);
    61         iomodel->DeleteData(1,MeshVertexonbaseEnum);
    62 }/*}}}*/
    63 void L2ProjectionEPLAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    64 
    65         /*No constraints*/
    66 }/*}}}*/
    67 void L2ProjectionEPLAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
    68 
    69         /*No loads*/
     69void L2ProjectionEPLAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    7070}/*}}}*/
    7171
    … …  
    226226        return pe;
    227227}/*}}}*/
    228 void L2ProjectionEPLAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
     228void           L2ProjectionEPLAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
    229229           _error_("not implemented yet");
    230230}/*}}}*/
    231 void L2ProjectionEPLAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
     231void           L2ProjectionEPLAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
    232232        _error_("Not implemented yet");
    233233}/*}}}*/
    234 void L2ProjectionEPLAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     234void           L2ProjectionEPLAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    235235        int inputenum,domaintype;
    236236
    … …  
    250250        }
    251251}/*}}}*/
    252 void L2ProjectionEPLAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     252void           L2ProjectionEPLAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    253253        /*Default, do nothing*/
    254254        return;

  • issm/trunk/src/c/analyses/L2ProjectionEPLAnalysis.h

    r18301 r19105  
    1313        public:
    1414                /*Model processing*/
    15                 int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
    16                 void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    17                 void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
    18                 void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
    1915                void CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel);
    2016                void CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel);
     17                void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
     18                int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
     19                void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
     20                void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    2121
    2222                /*Finite element Analysis*/
    … …  
    2626                ElementMatrix* CreateKMatrix(Element* element);
    2727                ElementVector* CreatePVector(Element* element);
    28                 void GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
    29                 void GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
    30                 void InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
    31                 void UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
     28                void           GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
     29                void           GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
     30                void           InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
     31                void           UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    3232};
    3333#endif

  • issm/trunk/src/c/analyses/LevelsetAnalysis.h

    r18301 r19105  
    1313        public:
    1414                /*Model processing*/
    15                 int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
    16                 void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    17                 void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
    18                 void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
    1915                void CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel);
    2016                void CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel);
     17                void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
     18                int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
     19                void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
     20                void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    2121
    2222                /*Finite element Analysis*/
    … …  
    2626                ElementMatrix* CreateKMatrix(Element* element);
    2727                ElementVector* CreatePVector(Element* element);
    28                 void GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
    29                 void GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
    30                 void InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
    31                 void UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    32                 void GetB(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    33                 void GetBprime(IssmDouble* Bprime,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    34                 void SetDistanceOnIntersectedElements(FemModel* femmodel);
    35                 void SetDistanceToZeroLevelsetElement(Vector<IssmDouble>* vec_signed_dist, Element* element);
    36                 IssmDouble GetDistanceToStraight(IssmDouble* q, IssmDouble* s0, IssmDouble* s1);
     28                void           GetB(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     29                void           GetBprime(IssmDouble* Bprime,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     30                IssmDouble     GetDistanceToStraight(IssmDouble* q, IssmDouble* s0, IssmDouble* s1);
     31                void           GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
     32                void           GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
     33                void           InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
     34                void           SetDistanceOnIntersectedElements(FemModel* femmodel);
     35                void           SetDistanceToZeroLevelsetElement(Vector<IssmDouble>* vec_signed_dist, Element* element);
     36                void           UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    3737};
    3838#endif

  • issm/trunk/src/c/analyses/LsfReinitializationAnalysis.cpp

    r18301 r19105  
    1010
    1111/*Model processing*/
     12void LsfReinitializationAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     13        /* Do nothing for now */
     14}/*}}}*/
     15void LsfReinitializationAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
     16        /* Do nothing for now */
     17}/*}}}*/
     18void LsfReinitializationAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     19        int finiteelement=P1Enum;
     20        if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum) iomodel->FetchData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
     21        ::CreateNodes(nodes,iomodel,LsfReinitializationAnalysisEnum,finiteelement);
     22        iomodel->DeleteData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
     23}/*}}}*/
    1224int  LsfReinitializationAnalysis::DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation){/*{{{*/
    1325        return 1;
    14 }/*}}}*/
    15 void LsfReinitializationAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    16         /* Do nothing for now */
    1726}/*}}}*/
    1827void LsfReinitializationAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
    … …  
    3443        iomodel->FetchDataToInput(elements,MaskIceLevelsetEnum);
    3544}/*}}}*/
    36 void LsfReinitializationAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    37         int finiteelement=P1Enum;
    38         if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum) iomodel->FetchData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
    39         ::CreateNodes(nodes,iomodel,LsfReinitializationAnalysisEnum,finiteelement);
    40         iomodel->DeleteData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
    41 }/*}}}*/
    42 void LsfReinitializationAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     45void LsfReinitializationAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    4346        /* Do nothing for now */
    4447}/*}}}*/
    45 void LsfReinitializationAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
    46         /* Do nothing for now */
    47 }/*}}}*/
    4848
    4949/*Finite element Analysis*/
    50 void  LsfReinitializationAnalysis::Core(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     50void           LsfReinitializationAnalysis::Core(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    5151
    5252        /*parameters: */
    … …  
    249249        return pe;
    250250        }/*}}}*/
    251 void LsfReinitializationAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
     251void           LsfReinitializationAnalysis::GetB(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     252        /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3] where Bi is of size 3*NDOF2.
     253         * For node i, Bi can be expressed in the actual coordinate system
     254         * by:
     255         *       Bi=[ N ]
     256         *          [ N ]
     257         * where N is the finiteelement function for node i.
     258         *
     259         * We assume B_prog has been allocated already, of size: 2x(NDOF1*numnodes)
     260         */
     261
     262        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
     263        int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
     264
     265        /*Get nodal functions*/
     266        IssmDouble* basis=xNew<IssmDouble>(numnodes);
     267        element->NodalFunctions(basis,gauss);
     268
     269        /*Build B: */
     270        for(int i=0;i<numnodes;i++){
     271                B[numnodes*0+i] = basis[i];
     272                B[numnodes*1+i] = basis[i];
     273        }
     274
     275        /*Clean-up*/
     276        xDelete<IssmDouble>(basis);
     277}/*}}}*/
     278void           LsfReinitializationAnalysis::GetBprime(IssmDouble* Bprime,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     279        /*Compute B'  matrix. B'=[B1' B2' B3'] where Bi' is of size 3*NDOF2.
     280         * For node i, Bi' can be expressed in the actual coordinate system
     281         * by:
     282         *       Bi_prime=[ dN/dx ]
     283         *                [ dN/dy ]
     284         * where N is the finiteelement function for node i.
     285         *
     286         * We assume B' has been allocated already, of size: 3x(NDOF2*numnodes)
     287         */
     288
     289        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
     290        int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
     291
     292        /*Get nodal functions derivatives*/
     293        IssmDouble* dbasis=xNew<IssmDouble>(2*numnodes);
     294        element->NodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,gauss);
     295
     296        /*Build B': */
     297        for(int i=0;i<numnodes;i++){
     298                Bprime[numnodes*0+i] = dbasis[0*numnodes+i];
     299                Bprime[numnodes*1+i] = dbasis[1*numnodes+i];
     300        }
     301
     302        /*Clean-up*/
     303        xDelete<IssmDouble>(dbasis);
     304
     305}/*}}}*/
     306IssmDouble     LsfReinitializationAnalysis::GetDistanceToStraight(IssmDouble* q, IssmDouble* s0, IssmDouble* s1){/*{{{*/
     307        // returns distance d of point q to straight going through points s0, s1
     308        // d=|a x b|/|b|
     309        // with a=q-s0, b=s1-s0
     310       
     311        /* Intermediaries */
     312        const int dim=2;
     313        int i;
     314        IssmDouble a[dim], b[dim];
     315        IssmDouble norm_b;
     316
     317        for(i=0;i<dim;i++){
     318                a[i]=q[i]-s0[i];
     319                b[i]=s1[i]-s0[i];
     320        }
     321       
     322        norm_b=0.;
     323        for(i=0;i<dim;i++)
     324                norm_b+=b[i]*b[i];
     325        norm_b=sqrt(norm_b);
     326        _assert_(norm_b>0.);
     327
     328        return fabs(a[0]*b[1]-a[1]*b[0])/norm_b;
     329}/*}}}*/
     330void           LsfReinitializationAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
    252331
    253332        IssmDouble   lsf;
    … …  
    284363
    285364}/*}}}*/
    286 void LsfReinitializationAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
     365void           LsfReinitializationAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
    287366        _error_("Not implemented yet");
    288367}/*}}}*/
    289 void LsfReinitializationAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     368void           LsfReinitializationAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    290369
    291370        int domaintype;
    … …  
    301380        }
    302381}/*}}}*/
    303 void LsfReinitializationAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    304         /* Do nothing for now */
    305 }/*}}}*/
    306 void LsfReinitializationAnalysis::GetB(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    307         /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3] where Bi is of size 3*NDOF2.
    308          * For node i, Bi can be expressed in the actual coordinate system
    309          * by:
    310          *       Bi=[ N ]
    311          *          [ N ]
    312          * where N is the finiteelement function for node i.
    313          *
    314          * We assume B_prog has been allocated already, of size: 2x(NDOF1*numnodes)
    315          */
    316 
    317         /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    318         int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
    319 
    320         /*Get nodal functions*/
    321         IssmDouble* basis=xNew<IssmDouble>(numnodes);
    322         element->NodalFunctions(basis,gauss);
    323 
    324         /*Build B: */
    325         for(int i=0;i<numnodes;i++){
    326                 B[numnodes*0+i] = basis[i];
    327                 B[numnodes*1+i] = basis[i];
    328         }
    329 
    330         /*Clean-up*/
    331         xDelete<IssmDouble>(basis);
    332 }/*}}}*/
    333 void LsfReinitializationAnalysis::GetBprime(IssmDouble* Bprime,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    334         /*Compute B'  matrix. B'=[B1' B2' B3'] where Bi' is of size 3*NDOF2.
    335          * For node i, Bi' can be expressed in the actual coordinate system
    336          * by:
    337          *       Bi_prime=[ dN/dx ]
    338          *                [ dN/dy ]
    339          * where N is the finiteelement function for node i.
    340          *
    341          * We assume B' has been allocated already, of size: 3x(NDOF2*numnodes)
    342          */
    343 
    344         /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    345         int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
    346 
    347         /*Get nodal functions derivatives*/
    348         IssmDouble* dbasis=xNew<IssmDouble>(2*numnodes);
    349         element->NodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,gauss);
    350 
    351         /*Build B': */
    352         for(int i=0;i<numnodes;i++){
    353                 Bprime[numnodes*0+i] = dbasis[0*numnodes+i];
    354                 Bprime[numnodes*1+i] = dbasis[1*numnodes+i];
    355         }
    356 
    357         /*Clean-up*/
    358         xDelete<IssmDouble>(dbasis);
    359 
    360 }/*}}}*/
    361 
    362 /* Other */
    363 void LsfReinitializationAnalysis::SetReinitSPCs(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     382bool           LsfReinitializationAnalysis::ReinitConvergence(Vector<IssmDouble>* lsfg,Vector<IssmDouble>* lsfg_old,IssmDouble reltol){/*{{{*/
     383
     384        /*Output*/
     385        bool converged = true;
     386
     387        /*Intermediary*/
     388        Vector<IssmDouble>* dlsfg    = NULL;
     389        IssmDouble          norm_dlsf,norm_lsf;
     390
     391        /*compute norm(du)/norm(u)*/
     392        dlsfg=lsfg_old->Duplicate(); lsfg_old->Copy(dlsfg); dlsfg->AYPX(lsfg,-1.0);
     393        norm_dlsf=dlsfg->Norm(NORM_TWO); norm_lsf=lsfg_old->Norm(NORM_TWO);
     394        if (xIsNan<IssmDouble>(norm_dlsf) || xIsNan<IssmDouble>(norm_lsf)) _error_("convergence criterion is NaN!");
     395        if((norm_dlsf/norm_lsf)<reltol){
     396                if(VerboseConvergence()) _printf0_("\n"<<setw(50)<<left<<"   Velocity convergence: norm(du)/norm(u)"<<norm_dlsf/norm_lsf*100<<" < "<<reltol*100<<" %\n");
     397        }
     398        else{
     399                if(VerboseConvergence()) _printf0_("\n"<<setw(50)<<left<<"   Velocity convergence: norm(du)/norm(u)"<<norm_dlsf/norm_lsf*100<<" > "<<reltol*100<<" %\n");
     400                converged=false;
     401        }
     402
     403        /*Cleanup*/
     404        delete dlsfg;
     405
     406        return converged;
     407}/*}}}*/
     408void           LsfReinitializationAnalysis::SetDistanceOnIntersectedElements(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     409
     410        /* Intermediaries */
     411        int i;
     412        IssmDouble dmaxp,dmaxm,val;
     413        Element* element;
     414
     415        /*Initialize vector with number of vertices*/
     416        int numvertices=femmodel->vertices->NumberOfVertices();
     417
     418        Vector<IssmDouble>* vec_dist_zerolevelset = NULL;
     419        GetVectorFromInputsx(&vec_dist_zerolevelset, femmodel, MaskIceLevelsetEnum, VertexPIdEnum);
     420       
     421        /* set distance on elements intersected by zero levelset */
     422        for(i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
     423                element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     424                if(element->IsZeroLevelset(MaskIceLevelsetEnum)){
     425                        SetDistanceToZeroLevelsetElement(vec_dist_zerolevelset, element);
     426                }
     427        }
     428        vec_dist_zerolevelset->Assemble();
     429
     430        /* Get maximum distance to interface along vertices */
     431        dmaxp=0.; dmaxm=0.;
     432        for(i=0;i<numvertices;i++){
     433                vec_dist_zerolevelset->GetValue(&val,i);
     434                if((val>0.) && (val>dmaxp))
     435                         dmaxp=val;
     436                else if((val<0.) && (val<dmaxm))
     437                         dmaxm=val;
     438        }
     439        //wait until all values are computed
     440
     441        /* set all none intersected vertices to max/min distance */
     442        for(i=0;i<numvertices;i++){
     443                vec_dist_zerolevelset->GetValue(&val,i);
     444                if(val==1.) //FIXME: improve check
     445                        vec_dist_zerolevelset->SetValue(i,3.*dmaxp,INS_VAL);
     446                else if(val==-1.)
     447                        vec_dist_zerolevelset->SetValue(i,3.*dmaxm,INS_VAL);
     448        }
     449
     450        /*Assemble vector and serialize */
     451        vec_dist_zerolevelset->Assemble();
     452        IssmDouble* dist_zerolevelset=vec_dist_zerolevelset->ToMPISerial();
     453        InputUpdateFromVectorx(femmodel,dist_zerolevelset,MaskIceLevelsetEnum,VertexSIdEnum);
     454
     455        /*Clean up and return*/
     456        delete vec_dist_zerolevelset;
     457        delete dist_zerolevelset;
     458
     459}/*}}}*/
     460void           LsfReinitializationAnalysis::SetDistanceToZeroLevelsetElement(Vector<IssmDouble>* vec_signed_dist, Element* element){/*{{{*/
     461
     462        if(!element->IsZeroLevelset(MaskIceLevelsetEnum))
     463                return;
     464
     465        /* Intermediaries */
     466        int dim=3;
     467        int i,d;
     468        IssmDouble dist,lsf_old;
     469
     470        int numvertices=element->GetNumberOfVertices();
     471
     472        IssmDouble* lsf = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     473        IssmDouble* sign_lsf = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     474        IssmDouble* signed_dist = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     475        IssmDouble* s0 = xNew<IssmDouble>(dim);
     476        IssmDouble* s1 = xNew<IssmDouble>(dim);
     477        IssmDouble* v = xNew<IssmDouble>(dim);
     478        IssmDouble* xyz_list = NULL;
     479        IssmDouble* xyz_list_zero = NULL;
     480
     481        /* retrieve inputs and parameters */
     482        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     483        element->GetInputListOnVertices(lsf,MaskIceLevelsetEnum);
     484
     485        /* get sign of levelset function */
     486        for(i=0;i<numvertices;i++)
     487                sign_lsf[i]=(lsf[i]>=0.?1.:-1.);
     488
     489        element->ZeroLevelsetCoordinates(&xyz_list_zero, xyz_list, MaskIceLevelsetEnum);
     490        for(i=0;i<dim;i++){
     491                s0[i]=xyz_list_zero[0+i];
     492                s1[i]=xyz_list_zero[3+i];
     493        }
     494
     495        /* get signed_distance of vertices to zero levelset straight */
     496        for(i=0;i<numvertices;i++){
     497                for(d=0;d<dim;d++)
     498                        v[d]=xyz_list[dim*i+d];
     499                dist=GetDistanceToStraight(&v[0],&s0[0],&s1[0]);
     500                signed_dist[i]=sign_lsf[i]*dist;
     501        }
     502       
     503        /* insert signed_distance into vec_signed_dist, if computed distance is smaller */
     504        for(i=0;i<numvertices;i++){
     505                vec_signed_dist->GetValue(&lsf_old, element->vertices[i]->Sid());
     506                /* initial lsf values are +-1. Update those fields or if distance to interface smaller.*/
     507                if(fabs(lsf_old)==1. || fabs(signed_dist[i])<fabs(lsf_old))
     508                        vec_signed_dist->SetValue(element->vertices[i]->Sid(),signed_dist[i],INS_VAL);
     509        }
     510
     511        xDelete<IssmDouble>(lsf);
     512        xDelete<IssmDouble>(sign_lsf);
     513        xDelete<IssmDouble>(signed_dist);
     514        xDelete<IssmDouble>(s0);
     515        xDelete<IssmDouble>(s1);
     516        xDelete<IssmDouble>(v);
     517
     518}/*}}}*/
     519void           LsfReinitializationAnalysis::SetReinitSPCs(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    364520
    365521        int i,k, numnodes;
    … …  
    369525        /* deactivate all spcs */
    370526        for(i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    371                 element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     527                element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    372528                for(k=0;k<element->GetNumberOfNodes();k++){
    373529                        node=element->GetNode(k);
    … …  
    382538        /* reactivate spcs on elements intersected by zero levelset */
    383539        for(i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    384                 element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     540                element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    385541                if(element->IsZeroLevelset(MaskIceLevelsetEnum)){
    386542                        /*iterate over nodes and set spc */
    … …  
    399555
    400556}/*}}}*/
    401 void LsfReinitializationAnalysis::SetDistanceOnIntersectedElements(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    402 
    403         /* Intermediaries */
    404         int i;
    405         IssmDouble dmaxp,dmaxm,val;
    406         Element* element;
    407 
    408         /*Initialize vector with number of vertices*/
    409         int numvertices=femmodel->vertices->NumberOfVertices();
    410 
    411         Vector<IssmDouble>* vec_dist_zerolevelset = NULL;
    412         GetVectorFromInputsx(&vec_dist_zerolevelset, femmodel, MaskIceLevelsetEnum, VertexEnum);
    413        
    414         /* set distance on elements intersected by zero levelset */
    415         for(i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    416                 element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    417                 if(element->IsZeroLevelset(MaskIceLevelsetEnum)){
    418                         SetDistanceToZeroLevelsetElement(vec_dist_zerolevelset, element);
    419                 }
    420         }
    421         vec_dist_zerolevelset->Assemble();
    422 
    423         /* Get maximum distance to interface along vertices */
    424         dmaxp=0.; dmaxm=0.;
    425         for(i=0;i<numvertices;i++){
    426                 vec_dist_zerolevelset->GetValue(&val,i);
    427                 if((val>0.) && (val>dmaxp))
    428                          dmaxp=val;
    429                 else if((val<0.) && (val<dmaxm))
    430                          dmaxm=val;
    431         }
    432         //wait until all values are computed
    433 
    434         /* set all none intersected vertices to max/min distance */
    435         for(i=0;i<numvertices;i++){
    436                 vec_dist_zerolevelset->GetValue(&val,i);
    437                 if(val==1.) //FIXME: improve check
    438                         vec_dist_zerolevelset->SetValue(i,3.*dmaxp,INS_VAL);
    439                 else if(val==-1.)
    440                         vec_dist_zerolevelset->SetValue(i,3.*dmaxm,INS_VAL);
    441         }
    442 
    443         /*Assemble vector and serialize */
    444         vec_dist_zerolevelset->Assemble();
    445         IssmDouble* dist_zerolevelset=vec_dist_zerolevelset->ToMPISerial();
    446         InputUpdateFromVectorx(femmodel,dist_zerolevelset,MaskIceLevelsetEnum,VertexSIdEnum);
    447 
    448         /*Clean up and return*/
    449         delete vec_dist_zerolevelset;
    450         delete dist_zerolevelset;
    451 
    452 }/*}}}*/
    453 void LsfReinitializationAnalysis::SetDistanceToZeroLevelsetElement(Vector<IssmDouble>* vec_signed_dist, Element* element){/*{{{*/
    454 
    455         if(!element->IsZeroLevelset(MaskIceLevelsetEnum))
    456                 return;
    457 
    458         /* Intermediaries */
    459         int dim=3;
    460         int i,d;
    461         IssmDouble dist,lsf_old;
    462 
    463         int numvertices=element->GetNumberOfVertices();
    464 
    465         IssmDouble* lsf = xNew<IssmDouble>(numvertices);
    466         IssmDouble* sign_lsf = xNew<IssmDouble>(numvertices);
    467         IssmDouble* signed_dist = xNew<IssmDouble>(numvertices);
    468         IssmDouble* s0 = xNew<IssmDouble>(dim);
    469         IssmDouble* s1 = xNew<IssmDouble>(dim);
    470         IssmDouble* v = xNew<IssmDouble>(dim);
    471         IssmDouble* xyz_list = NULL;
    472         IssmDouble* xyz_list_zero = NULL;
    473 
    474         /* retrieve inputs and parameters */
    475         element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    476         element->GetInputListOnVertices(lsf,MaskIceLevelsetEnum);
    477 
    478         /* get sign of levelset function */
    479         for(i=0;i<numvertices;i++)
    480                 sign_lsf[i]=(lsf[i]>=0.?1.:-1.);
    481 
    482         element->ZeroLevelsetCoordinates(&xyz_list_zero, xyz_list, MaskIceLevelsetEnum);
    483         for(i=0;i<dim;i++){
    484                 s0[i]=xyz_list_zero[0+i];
    485                 s1[i]=xyz_list_zero[3+i];
    486         }
    487 
    488         /* get signed_distance of vertices to zero levelset straight */
    489         for(i=0;i<numvertices;i++){
    490                 for(d=0;d<dim;d++)
    491                         v[d]=xyz_list[dim*i+d];
    492                 dist=GetDistanceToStraight(&v[0],&s0[0],&s1[0]);
    493                 signed_dist[i]=sign_lsf[i]*dist;
    494         }
    495        
    496         /* insert signed_distance into vec_signed_dist, if computed distance is smaller */
    497         for(i=0;i<numvertices;i++){
    498                 vec_signed_dist->GetValue(&lsf_old, element->vertices[i]->Sid());
    499                 /* initial lsf values are +-1. Update those fields or if distance to interface smaller.*/
    500                 if(fabs(lsf_old)==1. || fabs(signed_dist[i])<fabs(lsf_old))
    501                         vec_signed_dist->SetValue(element->vertices[i]->Sid(),signed_dist[i],INS_VAL);
    502         }
    503 
    504         xDelete<IssmDouble>(lsf);
    505         xDelete<IssmDouble>(sign_lsf);
    506         xDelete<IssmDouble>(signed_dist);
    507         xDelete<IssmDouble>(s0);
    508         xDelete<IssmDouble>(s1);
    509         xDelete<IssmDouble>(v);
    510 
    511 }/*}}}*/
    512 IssmDouble LsfReinitializationAnalysis::GetDistanceToStraight(IssmDouble* q, IssmDouble* s0, IssmDouble* s1){/*{{{*/
    513         // returns distance d of point q to straight going through points s0, s1
    514         // d=|a x b|/|b|
    515         // with a=q-s0, b=s1-s0
    516        
    517         /* Intermediaries */
    518         const int dim=2;
    519         int i;
    520         IssmDouble a[dim], b[dim];
    521         IssmDouble norm_b;
    522 
    523         for(i=0;i<dim;i++){
    524                 a[i]=q[i]-s0[i];
    525                 b[i]=s1[i]-s0[i];
    526         }
    527        
    528         norm_b=0.;
    529         for(i=0;i<dim;i++)
    530                 norm_b+=b[i]*b[i];
    531         norm_b=sqrt(norm_b);
    532         _assert_(norm_b>0.);
    533 
    534         return fabs(a[0]*b[1]-a[1]*b[0])/norm_b;
    535 }/*}}}*/
    536 bool LsfReinitializationAnalysis::ReinitConvergence(Vector<IssmDouble>* lsfg,Vector<IssmDouble>* lsfg_old,IssmDouble reltol){/*{{{*/
    537 
    538         /*Output*/
    539         bool converged = true;
    540 
    541         /*Intermediary*/
    542         Vector<IssmDouble>* dlsfg    = NULL;
    543         IssmDouble          norm_dlsf,norm_lsf;
    544 
    545         /*compute norm(du)/norm(u)*/
    546         dlsfg=lsfg_old->Duplicate(); lsfg_old->Copy(dlsfg); dlsfg->AYPX(lsfg,-1.0);
    547         norm_dlsf=dlsfg->Norm(NORM_TWO); norm_lsf=lsfg_old->Norm(NORM_TWO);
    548         if (xIsNan<IssmDouble>(norm_dlsf) || xIsNan<IssmDouble>(norm_lsf)) _error_("convergence criterion is NaN!");
    549         if((norm_dlsf/norm_lsf)<reltol){
    550                 if(VerboseConvergence()) _printf0_("\n"<<setw(50)<<left<<"   Velocity convergence: norm(du)/norm(u)"<<norm_dlsf/norm_lsf*100<<" < "<<reltol*100<<" %\n");
    551         }
    552         else{
    553                 if(VerboseConvergence()) _printf0_("\n"<<setw(50)<<left<<"   Velocity convergence: norm(du)/norm(u)"<<norm_dlsf/norm_lsf*100<<" > "<<reltol*100<<" %\n");
    554                 converged=false;
    555         }
    556 
    557         /*Cleanup*/
    558         delete dlsfg;
    559 
    560         return converged;
    561 }/*}}}*/
     557void           LsfReinitializationAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     558        /* Do nothing for now */
     559}/*}}}*/

  • issm/trunk/src/c/analyses/LsfReinitializationAnalysis.h

    r18301 r19105  
    1313public:
    1414        /*Model processing*/
    15         int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
    16         void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    17         void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
    18         void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
    1915        void CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel);
    2016        void CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel);
     17        void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
     18        int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
     19        void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
     20        void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    2121
    2222        /*Finite element Analysis*/
    … …  
    2626        ElementMatrix* CreateKMatrix(Element* element);
    2727        ElementVector* CreatePVector(Element* element);
    28                 void GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
    29                 void GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
    30         void InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
    31         void UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    32         void GetB(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    33         void GetBprime(IssmDouble* Bprime,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    34        
    35         /* Other */
    36         void SetReinitSPCs(FemModel* femmodel);
    37         void SetDistanceOnIntersectedElements(FemModel* femmodel);
    38         void SetDistanceToZeroLevelsetElement(Vector<IssmDouble>* vec_dist, Element* element);
    39         IssmDouble GetDistanceToStraight(IssmDouble* q, IssmDouble* s0, IssmDouble* s1);
    40         bool ReinitConvergence(Vector<IssmDouble>* lsfg,Vector<IssmDouble>* lsfg_old,IssmDouble reltol);
     28        void           GetB(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     29        void           GetBprime(IssmDouble* Bprime,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     30        IssmDouble     GetDistanceToStraight(IssmDouble* q, IssmDouble* s0, IssmDouble* s1);
     31        void           GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
     32        void           GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
     33        void           InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
     34        bool           ReinitConvergence(Vector<IssmDouble>* lsfg,Vector<IssmDouble>* lsfg_old,IssmDouble reltol);
     35        void           SetDistanceOnIntersectedElements(FemModel* femmodel);
     36        void           SetDistanceToZeroLevelsetElement(Vector<IssmDouble>* vec_dist, Element* element);
     37        void           SetReinitSPCs(FemModel* femmodel);
     38        void           UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    4139};
    4240#endif

  • issm/trunk/src/c/analyses/MasstransportAnalysis.cpp

    r18301 r19105  
    66
    77/*Model processing*/
     8void MasstransportAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     9
     10        /*Fetch parameters: */
     11        int stabilization;
     12        iomodel->Constant(&stabilization,MasstransportStabilizationEnum);
     13
     14        /*Do not add constraints in DG,  they are weakly imposed*/
     15        if(stabilization!=3){
     16                IoModelToConstraintsx(constraints,iomodel,MasstransportSpcthicknessEnum,MasstransportAnalysisEnum,P1Enum);
     17        }
     18
     19        /*FCT, constraints are imposed using penalties*/
     20        if(stabilization==4){
     21                constraints->ActivatePenaltyMethod(MasstransportAnalysisEnum);
     22        }
     23}/*}}}*/
     24void MasstransportAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
     25
     26        /*Intermediaries*/
     27        int element;
     28        int penpair_ids[2];
     29        int count=0;
     30        int stabilization;
     31        int numvertex_pairing;
     32
     33        /*Fetch parameters: */
     34        iomodel->Constant(&stabilization,MasstransportStabilizationEnum);
     35
     36        /*Loads only in DG*/
     37        if (stabilization==3){
     38
     39                /*Get faces and elements*/
     40                CreateFaces(iomodel);
     41                iomodel->FetchData(1,ThicknessEnum);
     42
     43                /*First load data:*/
     44                for(int i=0;i<iomodel->numberoffaces;i++){
     45
     46                        /*Get left and right elements*/
     47                        element=iomodel->faces[4*i+2]-1; //faces are [node1 node2 elem1 elem2]
     48
     49                        /*Now, if this element is not in the partition, pass: */
     50                        if(!iomodel->my_elements[element]) continue;
     51
     52                        /* Add load */
     53                        loads->AddObject(new Numericalflux(iomodel->loadcounter+i+1,i,i,iomodel,MasstransportAnalysisEnum));
     54                }
     55
     56                /*Free data: */
     57                iomodel->DeleteData(1,ThicknessEnum);
     58        }
     59
     60        /*Create Penpair for vertex_pairing: */
     61        IssmDouble *vertex_pairing=NULL;
     62        IssmDouble *nodeonbase=NULL;
     63        iomodel->FetchData(&vertex_pairing,&numvertex_pairing,NULL,MasstransportVertexPairingEnum);
     64        if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum) iomodel->FetchData(&nodeonbase,NULL,NULL,MeshVertexonbaseEnum);
     65
     66        for(int i=0;i<numvertex_pairing;i++){
     67
     68                if(iomodel->my_vertices[reCast<int>(vertex_pairing[2*i+0])-1]){
     69
     70                        /*In debugging mode, check that the second node is in the same cpu*/
     71                        _assert_(iomodel->my_vertices[reCast<int>(vertex_pairing[2*i+1])-1]);
     72
     73                        /*Skip if one of the two is not on the bed*/
     74                        if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){
     75                                if(!(reCast<bool>(nodeonbase[reCast<int>(vertex_pairing[2*i+0])-1])) || !(reCast<bool>(nodeonbase[reCast<int>(vertex_pairing[2*i+1])-1]))) continue;
     76                        }
     77
     78                        /*Get node ids*/
     79                        penpair_ids[0]=iomodel->nodecounter+reCast<int>(vertex_pairing[2*i+0]);
     80                        penpair_ids[1]=iomodel->nodecounter+reCast<int>(vertex_pairing[2*i+1]);
     81
     82                        /*Create Load*/
     83                        loads->AddObject(new Penpair(
     84                                                        iomodel->loadcounter+count+1,
     85                                                        &penpair_ids[0],
     86                                                        MasstransportAnalysisEnum));
     87                        count++;
     88                }
     89        }
     90
     91        /*free ressources: */
     92        iomodel->DeleteData(vertex_pairing,MasstransportVertexPairingEnum);
     93        iomodel->DeleteData(nodeonbase,MeshVertexonbaseEnum);
     94
     95}/*}}}*/
     96void MasstransportAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     97
     98        /*Fetch parameters: */
     99        int  stabilization;
     100        iomodel->Constant(&stabilization,MasstransportStabilizationEnum);
     101
     102        /*Check in 3d*/
     103        if(stabilization==3 && iomodel->domaintype==Domain3DEnum) _error_("DG 3d not implemented yet");
     104
     105        /*Create Nodes either DG or CG depending on stabilization*/
     106        if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum) iomodel->FetchData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
     107        if(stabilization!=3){
     108                ::CreateNodes(nodes,iomodel,MasstransportAnalysisEnum,P1Enum);
     109        }
     110        else{
     111                ::CreateNodes(nodes,iomodel,MasstransportAnalysisEnum,P1DGEnum);
     112        }
     113        iomodel->DeleteData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
     114}/*}}}*/
    8115int  MasstransportAnalysis::DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation){/*{{{*/
    9116        return 1;
    10117}/*}}}*/
    11 void MasstransportAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    12 
    13         int     numoutputs;
    14         char**  requestedoutputs = NULL;
    15 
    16         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(FlowequationIsFSEnum));
    17 
    18         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(MasstransportIsfreesurfaceEnum));
    19         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(MasstransportHydrostaticAdjustmentEnum));
    20         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(MasstransportStabilizationEnum));
    21         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(MasstransportMinThicknessEnum));
    22         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(MasstransportPenaltyFactorEnum));
    23 
    24         iomodel->FetchData(&requestedoutputs,&numoutputs,MasstransportRequestedOutputsEnum);
    25         parameters->AddObject(new IntParam(MasstransportNumRequestedOutputsEnum,numoutputs));
    26         if(numoutputs)parameters->AddObject(new StringArrayParam(MasstransportRequestedOutputsEnum,requestedoutputs,numoutputs));
    27         iomodel->DeleteData(&requestedoutputs,numoutputs,MasstransportRequestedOutputsEnum);
    28 
    29 }/*}}}*/
    30118void MasstransportAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
    31119
    32120        int    stabilization,finiteelement,smb_model;
    33121        bool   dakota_analysis;
    34         bool   isdelta18o;
     122        bool   isdelta18o,ismungsm;
    35123        bool   isgroundingline;
    36124        bool   islevelset;
    … …  
    72160                iomodel->FetchDataToInput(elements,MasstransportSpcthicknessEnum); //for DG, we need the spc in the element
    73161        }
     162        if(stabilization==4){
     163                iomodel->FetchDataToInput(elements,MasstransportSpcthicknessEnum); //for FCT, we need the spc in the element (penlaties)
     164        }
    74165
    75166        if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){
    … …  
    88179                case SMBpddEnum:
    89180                        iomodel->Constant(&isdelta18o,SurfaceforcingsIsdelta18oEnum);
     181                        iomodel->Constant(&ismungsm,SurfaceforcingsIsmungsmEnum);
    90182                        iomodel->FetchDataToInput(elements,ThermalSpctemperatureEnum);
    91                         if(isdelta18o){
     183                        if(isdelta18o || ismungsm){
    92184                                iomodel->FetchDataToInput(elements,SurfaceforcingsTemperaturesLgmEnum);
    93185                                iomodel->FetchDataToInput(elements,SurfaceforcingsTemperaturesPresentdayEnum);
    94186                                iomodel->FetchDataToInput(elements,SurfaceforcingsPrecipitationsPresentdayEnum);
     187                                iomodel->FetchDataToInput(elements,SurfaceforcingsPrecipitationsLgmEnum);
    95188                        }
    96189                        else{
    97                                 iomodel->FetchDataToInput(elements,SurfaceforcingsPrecipitationEnum);
     190                                iomodel->FetchDataToInput(elements,SurfaceforcingsPrecipitationEnum);
    98191                                iomodel->FetchDataToInput(elements,SurfaceforcingsMonthlytemperaturesEnum);
    99192                        }
     193
    100194                        break;
    101195                case SMBgradientsEnum:
    … …  
    124218
    125219}/*}}}*/
    126 void MasstransportAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    127 
    128         /*Fetch parameters: */
    129         int  stabilization;
    130         iomodel->Constant(&stabilization,MasstransportStabilizationEnum);
    131 
    132         /*Check in 3d*/
    133         if(stabilization==3 && iomodel->domaintype==Domain3DEnum) _error_("DG 3d not implemented yet");
    134 
    135         /*Create Nodes either DG or CG depending on stabilization*/
    136         if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum) iomodel->FetchData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
    137         if(stabilization!=3){
    138                 ::CreateNodes(nodes,iomodel,MasstransportAnalysisEnum,P1Enum);
    139         }
    140         else{
    141                 ::CreateNodes(nodes,iomodel,MasstransportAnalysisEnum,P1DGEnum);
    142         }
    143         iomodel->DeleteData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
    144 }/*}}}*/
    145 void MasstransportAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    146 
    147         /*Fetch parameters: */
    148         int stabilization;
    149         iomodel->Constant(&stabilization,MasstransportStabilizationEnum);
    150 
    151         /*Do not add constraints in DG, they are weakly imposed*/
    152         if(stabilization!=3){
    153                 IoModelToConstraintsx(constraints,iomodel,MasstransportSpcthicknessEnum,MasstransportAnalysisEnum,P1Enum);
    154         }
    155 }/*}}}*/
    156 void MasstransportAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
    157 
    158         /*Intermediaries*/
    159         int element;
    160         int penpair_ids[2];
    161         int count=0;
    162         int stabilization;
    163         int numvertex_pairing;
    164 
    165         /*Fetch parameters: */
    166         iomodel->Constant(&stabilization,MasstransportStabilizationEnum);
    167 
    168         /*Loads only in DG*/
    169         if (stabilization==3){
    170 
    171                 /*Get faces and elements*/
    172                 CreateFaces(iomodel);
    173                 iomodel->FetchData(1,ThicknessEnum);
    174 
    175                 /*First load data:*/
    176                 for(int i=0;i<iomodel->numberoffaces;i++){
    177 
    178                         /*Get left and right elements*/
    179                         element=iomodel->faces[4*i+2]-1; //faces are [node1 node2 elem1 elem2]
    180 
    181                         /*Now, if this element is not in the partition, pass: */
    182                         if(!iomodel->my_elements[element]) continue;
    183 
    184                         /* Add load */
    185                         loads->AddObject(new Numericalflux(iomodel->loadcounter+i+1,i,i,iomodel,MasstransportAnalysisEnum));
    186                 }
    187 
    188                 /*Free data: */
    189                 iomodel->DeleteData(1,ThicknessEnum);
    190         }
    191 
    192         /*Create Penpair for vertex_pairing: */
    193         IssmDouble *vertex_pairing=NULL;
    194         IssmDouble *nodeonbase=NULL;
    195         iomodel->FetchData(&vertex_pairing,&numvertex_pairing,NULL,MasstransportVertexPairingEnum);
    196         if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum) iomodel->FetchData(&nodeonbase,NULL,NULL,MeshVertexonbaseEnum);
    197 
    198         for(int i=0;i<numvertex_pairing;i++){
    199 
    200                 if(iomodel->my_vertices[reCast<int>(vertex_pairing[2*i+0])-1]){
    201 
    202                         /*In debugging mode, check that the second node is in the same cpu*/
    203                         _assert_(iomodel->my_vertices[reCast<int>(vertex_pairing[2*i+1])-1]);
    204 
    205                         /*Skip if one of the two is not on the bed*/
    206                         if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){
    207                                 if(!(reCast<bool>(nodeonbase[reCast<int>(vertex_pairing[2*i+0])-1])) || !(reCast<bool>(nodeonbase[reCast<int>(vertex_pairing[2*i+1])-1]))) continue;
    208                         }
    209 
    210                         /*Get node ids*/
    211                         penpair_ids[0]=iomodel->nodecounter+reCast<int>(vertex_pairing[2*i+0]);
    212                         penpair_ids[1]=iomodel->nodecounter+reCast<int>(vertex_pairing[2*i+1]);
    213 
    214                         /*Create Load*/
    215                         loads->AddObject(new Penpair(
    216                                                         iomodel->loadcounter+count+1,
    217                                                         &penpair_ids[0],
    218                                                         MasstransportAnalysisEnum));
    219                         count++;
    220                 }
    221         }
    222 
    223         /*free ressources: */
    224         iomodel->DeleteData(vertex_pairing,MasstransportVertexPairingEnum);
    225         iomodel->DeleteData(nodeonbase,MeshVertexonbaseEnum);
     220void MasstransportAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
     221
     222        int     numoutputs;
     223        char**  requestedoutputs = NULL;
     224
     225        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(FlowequationIsFSEnum));
     226        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(MasstransportIsfreesurfaceEnum));
     227        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(MasstransportHydrostaticAdjustmentEnum));
     228        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(MasstransportStabilizationEnum));
     229        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(MasstransportMinThicknessEnum));
     230        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(MasstransportPenaltyFactorEnum));
     231
     232        iomodel->FetchData(&requestedoutputs,&numoutputs,MasstransportRequestedOutputsEnum);
     233        parameters->AddObject(new IntParam(MasstransportNumRequestedOutputsEnum,numoutputs));
     234        if(numoutputs)parameters->AddObject(new StringArrayParam(MasstransportRequestedOutputsEnum,requestedoutputs,numoutputs));
     235        iomodel->DeleteData(&requestedoutputs,numoutputs,MasstransportRequestedOutputsEnum);
    226236
    227237}/*}}}*/
    … …  
    362372                                        &Ke->values[0],1);
    363373
    364                 if(stabilization==2){
    365                         if(dim==1){
    366                                 vel=fabs(vx)+1.e-8;
    367                                 D[0]=h/(2*vel)*vx*vx;
    368                         }
    369                         else{
    370                                 /*Streamline upwinding*/
    371                                 vel=sqrt(vx*vx+vy*vy)+1.e-8;
    372                                 D[0*dim+0]=h/(2*vel)*vx*vx;
    373                                 D[1*dim+0]=h/(2*vel)*vy*vx;
    374                                 D[0*dim+1]=h/(2*vel)*vx*vy;
    375                                 D[1*dim+1]=h/(2*vel)*vy*vy;
    376                         }
    377                 }
    378                 else if(stabilization==1){
    379                         /*SSA*/
    380                         vxaverage_input->GetInputAverage(&vx);
    381                         if(dim==2) vyaverage_input->GetInputAverage(&vy);
    382                         D[0*dim+0]=h/2.0*fabs(vx);
    383                         if(dim==2) D[1*dim+1]=h/2.0*fabs(vy);
     374                switch(stabilization){
     375                        case 0:
     376                                /*Nothing to be onde*/
     377                                break;
     378                        case 1:
     379                                /*SSA*/
     380                                vxaverage_input->GetInputAverage(&vx);
     381                                if(dim==2) vyaverage_input->GetInputAverage(&vy);
     382                                D[0*dim+0]=h/2.0*fabs(vx);
     383                                if(dim==2) D[1*dim+1]=h/2.0*fabs(vy);
     384                                break;
     385                        case 2:
     386                                if(dim==1){
     387                                        vel=fabs(vx)+1.e-8;
     388                                        D[0]=h/(2*vel)*vx*vx;
     389                                }
     390                                else{
     391                                        /*Streamline upwinding*/
     392                                        vel=sqrt(vx*vx+vy*vy)+1.e-8;
     393                                        D[0*dim+0]=h/(2*vel)*vx*vx;
     394                                        D[1*dim+0]=h/(2*vel)*vy*vx;
     395                                        D[0*dim+1]=h/(2*vel)*vx*vy;
     396                                        D[1*dim+1]=h/(2*vel)*vy*vy;
     397                                }
     398                                break;
     399                        default:
     400                                _error_("Stabilization "<<stabilization<<" not supported yet");
    384401                }
    385402                if(stabilization==1 || stabilization==2){
    … …  
    611628        return pe;
    612629}/*}}}*/
    613 void MasstransportAnalysis::GetB(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     630void           MasstransportAnalysis::GetB(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    614631        /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3] where Bi is of size 3*NDOF2.
    615632         * For node i, Bi can be expressed in the actual coordinate system
    … …  
    639656        xDelete<IssmDouble>(basis);
    640657}/*}}}*/
    641 void MasstransportAnalysis::GetBprime(IssmDouble* Bprime,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     658void           MasstransportAnalysis::GetBprime(IssmDouble* Bprime,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    642659        /*Compute B'  matrix. B'=[B1' B2' B3'] where Bi' is of size 3*NDOF2.
    643660         * For node i, Bi' can be expressed in the actual coordinate system
    … …  
    668685
    669686}/*}}}*/
    670 void MasstransportAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
    671            _error_("not implemented yet");
    672 }/*}}}*/
    673 void MasstransportAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
     687void           MasstransportAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
     688        element->GetSolutionFromInputsOneDof(solution,ThicknessEnum);
     689}/*}}}*/
     690void           MasstransportAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
    674691        _error_("Not implemented yet");
    675692}/*}}}*/
    676 void MasstransportAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     693void           MasstransportAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    677694
    678695        int        i,hydroadjustment,domaintype;
    … …  
    758775        if(domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){basalelement->DeleteMaterials(); delete basalelement;};
    759776}/*}}}*/
    760 void MasstransportAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     777void           MasstransportAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    761778
    762779        bool islevelset;
    … …  
    767784        return;
    768785}/*}}}*/
     786
     787/*Flux Correction Transport*/
     788ElementMatrix* MasstransportAnalysis::CreateFctKMatrix(Element* element){/*{{{*/
     789
     790        /* Check if ice in element */
     791        if(!element->IsIceInElement()) return NULL;
     792
     793        /*Intermediaries */
     794        IssmDouble Jdet;
     795        IssmDouble vx,vy;
     796        IssmDouble* xyz_list = NULL;
     797
     798        /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
     799        int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
     800        int dim      = 2;
     801
     802        /*Initialize Element vector and other vectors*/
     803        ElementMatrix* Ke     = element->NewElementMatrix();
     804        IssmDouble*    B      = xNew<IssmDouble>(dim*numnodes);
     805        IssmDouble*    Bprime = xNew<IssmDouble>(dim*numnodes);
     806        IssmDouble*    D      = xNewZeroInit<IssmDouble>(dim*dim);
     807
     808        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     809        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     810        Input* vxaverage_input=element->GetInput(VxEnum); _assert_(vxaverage_input);
     811        Input* vyaverage_input=element->GetInput(VyEnum); _assert_(vyaverage_input);
     812
     813        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     814        Gauss* gauss=element->NewGauss(2);
     815        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     816                gauss->GaussPoint(ig);
     817
     818                element->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
     819                GetB(B,element,dim,xyz_list,gauss);
     820                GetBprime(Bprime,element,dim,xyz_list,gauss);
     821                vxaverage_input->GetInputValue(&vx,gauss);
     822                vyaverage_input->GetInputValue(&vy,gauss);
     823
     824                D[0*dim+0] = -gauss->weight*vx*Jdet;
     825                D[1*dim+1] = -gauss->weight*vy*Jdet;
     826
     827                TripleMultiply(B,dim,numnodes,1,
     828                                        D,dim,dim,0,
     829                                        Bprime,dim,numnodes,0,
     830                                        &Ke->values[0],1);
     831
     832        }
     833
     834        /*Clean up and return*/
     835        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     836        xDelete<IssmDouble>(B);
     837        xDelete<IssmDouble>(Bprime);
     838        xDelete<IssmDouble>(D);
     839        delete gauss;
     840        return Ke;
     841}/*}}}*/
     842ElementMatrix* MasstransportAnalysis::CreateMassMatrix(Element* element){/*{{{*/
     843
     844        /* Check if ice in element */
     845        if(!element->IsIceInElement()) return NULL;
     846
     847        /*Intermediaries*/
     848        IssmDouble  D,Jdet;
     849        IssmDouble* xyz_list = NULL;
     850
     851        /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
     852        int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
     853
     854        /*Initialize Element vector and other vectors*/
     855        ElementMatrix* Me     = element->NewElementMatrix();
     856        IssmDouble*    basis  = xNew<IssmDouble>(numnodes);
     857
     858        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     859        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     860
     861        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     862        Gauss* gauss=element->NewGauss(2);
     863        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     864                gauss->GaussPoint(ig);
     865
     866                element->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
     867                element->NodalFunctions(basis,gauss);
     868
     869                D=gauss->weight*Jdet;
     870                TripleMultiply(basis,1,numnodes,1,
     871                                        &D,1,1,0,
     872                                        basis,1,numnodes,0,
     873                                        &Me->values[0],1);
     874        }
     875
     876        /*Clean up and return*/
     877        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     878        xDelete<IssmDouble>(basis);
     879        delete gauss;
     880        return Me;
     881}/*}}}*/
     882void           MasstransportAnalysis::FctKMatrix(Matrix<IssmDouble>** pKff,Matrix<IssmDouble>** pKfs,FemModel* femmodel){/*{{{*/
     883
     884        /*Output*/
     885        Matrix<IssmDouble>* Kff = NULL;
     886        Matrix<IssmDouble>* Kfs = NULL;
     887
     888        /*Initialize Jacobian Matrix*/
     889        AllocateSystemMatricesx(&Kff,&Kfs,NULL,NULL,femmodel);
     890
     891        /*Create and assemble matrix*/
     892        for(int i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
     893                Element*       element = xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     894                ElementMatrix* Ke     = this->CreateFctKMatrix(element);
     895                if(Ke) Ke->AddToGlobal(Kff,Kfs);
     896                delete Ke;
     897        }
     898        Kff->Assemble();
     899        Kfs->Assemble();
     900
     901        /*Assign output pointer*/
     902        *pKff=Kff;
     903        if(pKfs){
     904                *pKfs=Kfs;
     905        }
     906        else{
     907                delete Kfs;
     908        }
     909}/*}}}*/
     910void           MasstransportAnalysis::LumpedMassMatrix(Vector<IssmDouble>** pMlff,FemModel* femmodel){/*{{{*/
     911
     912        /*Intermediaries*/
     913        int  configuration_type;
     914
     915        /*Initialize Lumped mass matrix (actually we just save its diagonal)*/
     916        femmodel->parameters->FindParam(&configuration_type,ConfigurationTypeEnum);
     917        int fsize      = femmodel->nodes->NumberOfDofs(configuration_type,FsetEnum);
     918        int flocalsize = femmodel->nodes->NumberOfDofsLocal(configuration_type,FsetEnum);
     919        Vector<IssmDouble>* Mlff = new Vector<IssmDouble>(flocalsize,fsize);
     920
     921        /*Create and assemble matrix*/
     922        for(int i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
     923                Element*       element = xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     924                ElementMatrix* MLe     = this->CreateMassMatrix(element);
     925                if(MLe){
     926                        MLe->Lump();
     927                        MLe->AddDiagonalToGlobal(Mlff);
     928                }
     929                delete MLe;
     930        }
     931        Mlff->Assemble();
     932
     933        /*Assign output pointer*/
     934        *pMlff=Mlff;
     935}/*}}}*/
     936void           MasstransportAnalysis::MassMatrix(Matrix<IssmDouble>** pMff,FemModel* femmodel){/*{{{*/
     937
     938        /*Initialize Mass matrix*/
     939        Matrix<IssmDouble> *Mff = NULL;
     940        AllocateSystemMatricesx(&Mff,NULL,NULL,NULL,femmodel);
     941
     942        /*Create and assemble matrix*/
     943        for(int i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
     944                Element*       element = xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     945                ElementMatrix* MLe     = this->CreateMassMatrix(element);
     946                if(MLe){
     947                        MLe->AddToGlobal(Mff);
     948                }
     949                delete MLe;
     950        }
     951        Mff->Assemble();
     952
     953        /*Assign output pointer*/
     954        *pMff=Mff;
     955}/*}}}*/

  • issm/trunk/src/c/analyses/MasstransportAnalysis.h

    r18301 r19105  
    1313        public:
    1414                /*Model processing*/
    15                 int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
    16                 void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    17                 void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
    18                 void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
    1915                void CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel);
    2016                void CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel);
     17                void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
     18                int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
     19                void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
     20                void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    2121
    2222                /*Finite element Analysis*/
    … …  
    3030                ElementVector* CreatePVectorCG(Element* element);
    3131                ElementVector* CreatePVectorDG(Element* element);
    32                 void GetB(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    33                 void GetBprime(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    34                 void GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
    35                 void GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
    36                 void InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
    37                 void UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
     32                void           GetB(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     33                void           GetBprime(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     34                void           GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
     35                void           GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
     36                void           InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
     37                void           UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
     38
     39                /*FCT*/
     40                ElementMatrix* CreateFctKMatrix(Element* element);
     41                ElementMatrix* CreateMassMatrix(Element* element);
     42                void           FctKMatrix(Matrix<IssmDouble>** pKff,Matrix<IssmDouble>** pKfs,FemModel* femmodel);
     43                void           LumpedMassMatrix(Vector<IssmDouble>** pMLff,FemModel* femmodel);
     44                void           MassMatrix(Matrix<IssmDouble>** pMff,FemModel* femmodel);
    3845};
    3946#endif

  • issm/trunk/src/c/analyses/MeltingAnalysis.cpp

    r18301 r19105  
    66
    77/*Model processing*/
    8 int  MeltingAnalysis::DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation){/*{{{*/
    9         return 1;
    10 }/*}}}*/
    11 void MeltingAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    12         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(FrictionLawEnum));
    13 }/*}}}*/
    14 void MeltingAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
    15 
    16         int frictionlaw;
    17 
    18         /*Now, is the model 3d? otherwise, do nothing: */
    19         if(iomodel->domaintype==Domain2DhorizontalEnum)return;
    20 
    21         /*Update elements: */
    22         int counter=0;
    23         for(int i=0;i<iomodel->numberofelements;i++){
    24                 if(iomodel->my_elements[i]){
    25                         Element* element=(Element*)elements->GetObjectByOffset(counter);
    26                         element->Update(i,iomodel,analysis_counter,analysis_type,P1Enum);
    27                         counter++;
    28                 }
    29         }
    30 
    31         iomodel->Constant(&frictionlaw,FrictionLawEnum);
    32 
    33         /*Create inputs: */
    34         iomodel->FetchDataToInput(elements,ThicknessEnum);
    35         iomodel->FetchDataToInput(elements,SurfaceEnum);
    36         iomodel->FetchDataToInput(elements,BaseEnum);
    37         iomodel->FetchDataToInput(elements,MaskIceLevelsetEnum);
    38         if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){
    39                 iomodel->FetchDataToInput(elements,MeshVertexonbaseEnum);
    40                 iomodel->FetchDataToInput(elements,MeshVertexonsurfaceEnum);
    41         }
    42         iomodel->FetchDataToInput(elements,FlowequationElementEquationEnum);
    43         iomodel->FetchDataToInput(elements,MaterialsRheologyBEnum);
    44         iomodel->FetchDataToInput(elements,MaterialsRheologyNEnum);
    45         iomodel->FetchDataToInput(elements,BasalforcingsGroundediceMeltingRateEnum);
    46         iomodel->FetchDataToInput(elements,PressureEnum);
    47        
    48         /*Friction law variables*/
    49         switch(frictionlaw){
    50                 case 1:
    51                         iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionCoefficientEnum);
    52                         iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionPEnum);
    53                         iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionQEnum);
    54                         break;
    55                 case 2:
    56                         iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionCEnum);
    57                         iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionMEnum);
    58                         break;
    59                 default:
    60                         _error_("not supported");
    61         }
    62 }/*}}}*/
    63 void MeltingAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    64 
    65         if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum) iomodel->FetchData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
    66         ::CreateNodes(nodes,iomodel,MeltingAnalysisEnum,P1Enum);
    67         iomodel->DeleteData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
    68 }/*}}}*/
    698void MeltingAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    709        /*No Constraints*/
    … …  
    8827        iomodel->DeleteData(1,MeshVertexonbaseEnum);
    8928
     29}/*}}}*/
     30void MeltingAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     31
     32        if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum) iomodel->FetchData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
     33        ::CreateNodes(nodes,iomodel,MeltingAnalysisEnum,P1Enum);
     34        iomodel->DeleteData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
     35}/*}}}*/
     36int  MeltingAnalysis::DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation){/*{{{*/
     37        return 1;
     38}/*}}}*/
     39void MeltingAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
     40
     41        int frictionlaw;
     42
     43        /*Now, is the model 3d? otherwise, do nothing: */
     44        if(iomodel->domaintype==Domain2DhorizontalEnum)return;
     45
     46        /*Update elements: */
     47        int counter=0;
     48        for(int i=0;i<iomodel->numberofelements;i++){
     49                if(iomodel->my_elements[i]){
     50                        Element* element=(Element*)elements->GetObjectByOffset(counter);
     51                        element->Update(i,iomodel,analysis_counter,analysis_type,P1Enum);
     52                        counter++;
     53                }
     54        }
     55
     56        /*Create inputs: */
     57        iomodel->FetchDataToInput(elements,ThicknessEnum);
     58        iomodel->FetchDataToInput(elements,SurfaceEnum);
     59        iomodel->FetchDataToInput(elements,BaseEnum);
     60        iomodel->FetchDataToInput(elements,MaskIceLevelsetEnum);
     61        if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){
     62                iomodel->FetchDataToInput(elements,MeshVertexonbaseEnum);
     63                iomodel->FetchDataToInput(elements,MeshVertexonsurfaceEnum);
     64        }
     65        iomodel->FetchDataToInput(elements,PressureEnum);
     66}/*}}}*/
     67void MeltingAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    9068}/*}}}*/
    9169
    … …  
    148126        return NULL;
    149127}/*}}}*/
    150 void MeltingAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
     128void           MeltingAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
    151129           _error_("not implemented yet");
    152130}/*}}}*/
    153 void MeltingAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
     131void           MeltingAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
    154132        _error_("Not implemented yet");
    155133}/*}}}*/
    156 void MeltingAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     134void           MeltingAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    157135        element->InputUpdateFromSolutionOneDof(solution,BasalforcingsGroundediceMeltingRateEnum);
    158136}/*}}}*/
    159 void MeltingAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     137void           MeltingAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    160138        /*Default, do nothing*/
    161139        return;

  • issm/trunk/src/c/analyses/MeltingAnalysis.h

    r18301 r19105  
    1313        public:
    1414                /*Model processing*/
    15                 int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
    16                 void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    17                 void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
    18                 void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
    1915                void CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel);
    2016                void CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel);
     17                void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
     18                int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
     19                void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
     20                void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    2121
    2222                /*Finite element Analysis*/
    … …  
    2626                ElementMatrix* CreateKMatrix(Element* element);
    2727                ElementVector* CreatePVector(Element* element);
    28                 void GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
    29                 void GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
    30                 void InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
    31                 void UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
     28                void           GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
     29                void           GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
     30                void           InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
     31                void           UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    3232};
    3333#endif

  • issm/trunk/src/c/analyses/MeshdeformationAnalysis.cpp

    r18301 r19105  
    66
    77/*Model processing*/
    8 int  MeshdeformationAnalysis::DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation){/*{{{*/
    9         _error_("not implemented");
    10 }/*}}}*/
    11 void MeshdeformationAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
     8void MeshdeformationAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    129           _error_("not implemented yet");
    1310}/*}}}*/
    14 void MeshdeformationAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
     11void MeshdeformationAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
    1512           _error_("not implemented yet");
    1613}/*}}}*/
    … …  
    1815           _error_("not implemented yet");
    1916}/*}}}*/
    20 void MeshdeformationAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     17int  MeshdeformationAnalysis::DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation){/*{{{*/
     18        _error_("not implemented");
     19}/*}}}*/
     20void MeshdeformationAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
    2121           _error_("not implemented yet");
    2222}/*}}}*/
    23 void MeshdeformationAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
     23void MeshdeformationAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    2424           _error_("not implemented yet");
    2525}/*}}}*/
    … …  
    4242_error_("not implemented yet");
    4343}/*}}}*/
    44 void MeshdeformationAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
     44void           MeshdeformationAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
    4545           _error_("not implemented yet");
    4646}/*}}}*/
    47 void MeshdeformationAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
     47void           MeshdeformationAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
    4848        _error_("Not implemented yet");
    4949}/*}}}*/
    50 void MeshdeformationAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     50void           MeshdeformationAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    5151        _error_("not implemented yet");
    5252}/*}}}*/
    53 void MeshdeformationAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     53void           MeshdeformationAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    5454        /*Default, do nothing*/
    5555        return;

  • issm/trunk/src/c/analyses/MeshdeformationAnalysis.h

    r18301 r19105  
    1313        public:
    1414                /*Model processing*/
    15                 int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
    16                 void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    17                 void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
    18                 void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
    1915                void CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel);
    2016                void CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel);
     17                void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
     18                int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
     19                void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
     20                void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    2121
    2222                /*Finite element Analysis*/
    … …  
    2626                ElementMatrix* CreateKMatrix(Element* element);
    2727                ElementVector* CreatePVector(Element* element);
    28                 void GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
    29                 void GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
    30                 void InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
    31                 void UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
     28                void           GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
     29                void           GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
     30                void           InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
     31                void           UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    3232};
    3333#endif

  • issm/trunk/src/c/analyses/StressbalanceAnalysis.cpp

    r18301 r19105  
    1111
    1212/*Model processing*/
     13void StressbalanceAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     14
     15        /*Intermediary*/
     16        int        i,j;
     17        int        count,finiteelement;
     18        IssmDouble g;
     19        IssmDouble rho_ice;
     20        IssmDouble FSreconditioning;
     21        bool       isSIA,isSSA,isL1L2,isHO,isFS,iscoupling;
     22        bool       spcpresent = false;
     23        int        Mx,Nx;
     24        int        My,Ny;
     25        int        Mz,Nz;
     26        IssmDouble *spcvx          = NULL;
     27        IssmDouble *spcvy          = NULL;
     28        IssmDouble *spcvz          = NULL;
     29        IssmDouble *nodeonSSA = NULL;
     30        IssmDouble *nodeonHO   = NULL;
     31        IssmDouble *nodeonFS   = NULL;
     32        IssmDouble *nodeonbase      = NULL;
     33        IssmDouble *groundedice_ls = NULL;
     34        IssmDouble *vertices_type  = NULL;
     35        IssmDouble *surface        = NULL;
     36        IssmDouble *z              = NULL;
     37        IssmDouble *timesx=NULL;
     38        IssmDouble *timesy=NULL;
     39        IssmDouble *timesz=NULL;
     40   IssmDouble* values=NULL;
     41
     42        /*Fetch parameters: */
     43        iomodel->Constant(&g,ConstantsGEnum);
     44        iomodel->Constant(&rho_ice,MaterialsRhoIceEnum);
     45        iomodel->Constant(&FSreconditioning,StressbalanceFSreconditioningEnum);
     46        iomodel->Constant(&isSIA,FlowequationIsSIAEnum);
     47        iomodel->Constant(&isSSA,FlowequationIsSSAEnum);
     48        iomodel->Constant(&isL1L2,FlowequationIsL1L2Enum);
     49        iomodel->Constant(&isHO,FlowequationIsHOEnum);
     50        iomodel->Constant(&isFS,FlowequationIsFSEnum);
     51
     52        /*Now, is the flag macayaealHO on? otherwise, do nothing: */
     53        if(!isSSA && !isHO && !isFS && !isL1L2) return;
     54
     55        /*Do we have coupling*/
     56        if((isSIA?1.:0.) + (isSSA?1.:0.) + (isL1L2?1.:0.) + (isHO?1.:0.) + (isFS?1.:0.) >1.)
     57         iscoupling = true;
     58        else
     59         iscoupling = false;
     60
     61        /*If no coupling, call Regular IoModelToConstraintsx, else, use P1 elements only*/
     62        if(!iscoupling){
     63
     64                /*Get finite element type*/
     65                if(isSSA)       iomodel->Constant(&finiteelement,FlowequationFeSSAEnum);
     66                else if(isL1L2) finiteelement = P1Enum;
     67                else if(isHO)   iomodel->Constant(&finiteelement,FlowequationFeHOEnum);
     68                else if(isFS){  iomodel->Constant(&finiteelement,FlowequationFeFSEnum);
     69                        /*Deduce velocity interpolation from finite element*/
     70                        switch(finiteelement){
     71                                case P1P1Enum              : finiteelement = P1Enum;       break;
     72                                case P1P1GLSEnum           : finiteelement = P1Enum;       break;
     73                                case MINIcondensedEnum     : finiteelement = P1bubbleEnum; break;
     74                                case MINIEnum              : finiteelement = P1bubbleEnum; break;
     75                                case TaylorHoodEnum        : finiteelement = P2Enum;       break;
     76                                case XTaylorHoodEnum       : finiteelement = P2Enum;       break;
     77                                case LATaylorHoodEnum      : finiteelement = P2Enum;       break;
     78                                case LACrouzeixRaviartEnum : finiteelement = P2bubbleEnum; break;
     79                                case OneLayerP4zEnum       : finiteelement = P2xP4Enum;    break;
     80                                case CrouzeixRaviartEnum   : finiteelement = P2bubbleEnum; break;
     81                                default: _error_("finite element "<<EnumToStringx(finiteelement)<<" not supported");
     82                        }
     83                }
     84                else{
     85                        _error_("model not supported yet");
     86                }
     87
     88                if(isFS){
     89
     90                        /*Constraint at the bedrock interface (v.n = vz = 0) (Coordinates will be updated according to the bed slope)*/
     91                        iomodel->FetchData(&vertices_type,NULL,NULL,FlowequationVertexEquationEnum);
     92                        iomodel->FetchData(&nodeonFS,NULL,NULL,FlowequationBorderFSEnum);
     93                        iomodel->FetchData(&nodeonbase,NULL,NULL,MeshVertexonbaseEnum);
     94                        iomodel->FetchData(&groundedice_ls,NULL,NULL,MaskGroundediceLevelsetEnum);
     95                        if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum){
     96                                iomodel->FetchData(&spcvz,&Mz,&Nz,StressbalanceSpcvzEnum);
     97                        }
     98                        else if (iomodel->domaintype==Domain2DverticalEnum){
     99                                iomodel->FetchData(&spcvz,&Mz,&Nz,StressbalanceSpcvyEnum);
     100                        }
     101                        else{
     102                                _error_("not supported yet");
     103                        }
     104                        if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum){
     105                                IoModelToConstraintsx(constraints,iomodel,StressbalanceSpcvxEnum,StressbalanceAnalysisEnum,finiteelement,0);
     106                                IoModelToConstraintsx(constraints,iomodel,StressbalanceSpcvyEnum,StressbalanceAnalysisEnum,finiteelement,1);
     107                                IoModelToConstraintsx(constraints,iomodel,spcvz,Mz,Nz,StressbalanceAnalysisEnum,finiteelement,2);
     108                                iomodel->DeleteData(spcvz,StressbalanceSpcvzEnum);
     109                        }
     110                        else if (iomodel->domaintype==Domain2DverticalEnum){
     111                                IoModelToConstraintsx(constraints,iomodel,StressbalanceSpcvxEnum,StressbalanceAnalysisEnum,finiteelement,0);
     112                                IoModelToConstraintsx(constraints,iomodel,spcvz,Mz,Nz,StressbalanceAnalysisEnum,finiteelement,1);
     113                                iomodel->DeleteData(spcvz,StressbalanceSpcvyEnum);
     114                        }
     115                        else{
     116                                _error_("not supported yet");
     117                        }
     118                        iomodel->DeleteData(vertices_type,FlowequationVertexEquationEnum);
     119                        iomodel->DeleteData(nodeonFS,FlowequationBorderFSEnum);
     120                        iomodel->DeleteData(nodeonbase,MeshVertexonbaseEnum);
     121                        iomodel->DeleteData(groundedice_ls,MaskGroundediceLevelsetEnum);
     122
     123                        /*Pressure spc*/
     124                        count = constraints->Size();
     125                        iomodel->FetchData(&vertices_type,NULL,NULL,FlowequationVertexEquationEnum);
     126                        iomodel->FetchData(&surface,NULL,NULL,SurfaceEnum);
     127                        iomodel->FetchData(&z,NULL,NULL,MeshZEnum);
     128                        switch(finiteelement){
     129                                case P1Enum:
     130                                        for(i=0;i<iomodel->numberofvertices;i++){
     131                                                if(iomodel->my_vertices[i]){
     132                                                        if(reCast<int,IssmDouble>(vertices_type[i])==NoneApproximationEnum){
     133                                                                constraints->AddObject(new SpcStatic(count+1,iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+iomodel->numberofelements+i+1,0,g*rho_ice*(surface[i]-z[i])/FSreconditioning,StressbalanceAnalysisEnum));
     134                                                                count++;
     135                                                        }
     136                                                }
     137                                        }
     138                                        break;
     139                                case P1bubbleEnum:
     140                                        for(i=0;i<iomodel->numberofvertices;i++){
     141                                                if(iomodel->my_vertices[i]){
     142                                                        if(reCast<int,IssmDouble>(vertices_type[i])==NoneApproximationEnum){
     143                                                                constraints->AddObject(new SpcStatic(count+1,iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+iomodel->numberofelements+i+1,0,g*rho_ice*(surface[i]-z[i])/FSreconditioning,StressbalanceAnalysisEnum));
     144                                                                count++;
     145                                                        }
     146                                                }
     147                                        }
     148                                        break;
     149                                case P2Enum:
     150                                        for(i=0;i<iomodel->numberofvertices;i++){
     151                                                if(iomodel->my_vertices[i]){
     152                                                        if(reCast<int,IssmDouble>(vertices_type[i])==NoneApproximationEnum){
     153                                                                constraints->AddObject(new SpcStatic(count+1,iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+iomodel->numberofedges+i+1,0,g*rho_ice*(surface[i]-z[i])/FSreconditioning,StressbalanceAnalysisEnum));
     154                                                                count++;
     155                                                        }
     156                                                }
     157                                        }
     158                                        break;
     159                                case P2bubbleEnum:
     160                                        for(i=0;i<iomodel->numberofvertices;i++){
     161                                                if(iomodel->my_vertices[i]){
     162                                                        if(reCast<int,IssmDouble>(vertices_type[i])==NoneApproximationEnum){
     163                                                                constraints->AddObject(new SpcStatic(count+1,iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+iomodel->numberofedges+iomodel->numberofelements+iomodel->numberoffaces+i+1,0,g*rho_ice*(surface[i]-z[i])/FSreconditioning,StressbalanceAnalysisEnum));
     164                                                                count++;
     165                                                        }
     166                                                }
     167                                        }
     168                                        break;
     169                                case P2xP4Enum:
     170                                        //Nothing yet
     171                                        break;
     172                                default:
     173                                        _error_("not implemented yet");
     174                        }
     175                        iomodel->DeleteData(vertices_type,FlowequationVertexEquationEnum);
     176                        iomodel->DeleteData(surface,SurfaceEnum);
     177                        iomodel->DeleteData(z,MeshZEnum);
     178                }
     179                else{
     180                        IoModelToConstraintsx(constraints,iomodel,StressbalanceSpcvxEnum,StressbalanceAnalysisEnum,finiteelement,0);
     181                        if(iomodel->domaintype!=Domain2DverticalEnum){
     182                                IoModelToConstraintsx(constraints,iomodel,StressbalanceSpcvyEnum,StressbalanceAnalysisEnum,finiteelement,1);
     183                        }
     184                }
     185
     186                return;
     187        }
     188
     189        /*Constraints: fetch data: */
     190        iomodel->FetchData(&spcvx,&Mx,&Nx,StressbalanceSpcvxEnum);
     191        iomodel->FetchData(&spcvy,&My,&Ny,StressbalanceSpcvyEnum);
     192        iomodel->FetchData(&spcvz,&Mz,&Nz,StressbalanceSpcvzEnum);
     193        iomodel->FetchData(&nodeonSSA,NULL,NULL,FlowequationBorderSSAEnum);
     194        if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum)iomodel->FetchData(&nodeonHO,NULL,NULL,FlowequationBorderHOEnum);
     195        if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum)iomodel->FetchData(&nodeonFS,NULL,NULL,FlowequationBorderFSEnum);
     196        if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum)iomodel->FetchData(&nodeonbase,NULL,NULL,MeshVertexonbaseEnum);
     197        if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum)iomodel->FetchData(&groundedice_ls,NULL,NULL,MaskGroundediceLevelsetEnum);
     198        iomodel->FetchData(&vertices_type,NULL,NULL,FlowequationVertexEquationEnum);
     199        iomodel->FetchData(&surface,NULL,NULL,SurfaceEnum);
     200        iomodel->FetchData(&z,NULL,NULL,MeshZEnum);
     201
     202        /*Initialize counter: */
     203        count=0;
     204
     205        /*figure out times: */
     206        timesx=xNew<IssmDouble>(Nx);
     207        for(j=0;j<Nx;j++){
     208                timesx[j]=spcvx[(Mx-1)*Nx+j];
     209        }
     210        /*figure out times: */
     211        timesy=xNew<IssmDouble>(Ny);
     212        for(j=0;j<Ny;j++){
     213                timesy[j]=spcvy[(My-1)*Ny+j];
     214        }
     215        /*figure out times: */
     216        timesz=xNew<IssmDouble>(Nz);
     217        for(j=0;j<Nz;j++){
     218                timesz[j]=spcvz[(Mz-1)*Nz+j];
     219        }
     220
     221        /*Create spcs from x,y,z, as well as the spc values on those spcs: */
     222        for(i=0;i<iomodel->numberofvertices;i++){
     223                if(iomodel->my_vertices[i]){
     224
     225                        /*Start with adding spcs of coupling: zero at the border SSA/HO for the appropriate dofs*/
     226                        if(reCast<int,IssmDouble>(vertices_type[i]==SSAHOApproximationEnum)){
     227                                /*If grionSSA, spc HO dofs: 3 & 4*/
     228                                        if (reCast<int,IssmDouble>(nodeonHO[i])){
     229                                                constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,0,0,StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
     230                                                count++;
     231                                                constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,1,0,StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
     232                                                count++;
     233                                                if (!xIsNan<IssmDouble>(spcvx[i])){
     234                                                        constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,2,spcvx[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
     235                                                        count++;
     236                                                }
     237                                                if (!xIsNan<IssmDouble>(spcvy[i])){
     238                                                        constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,3,spcvy[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
     239                                                        count++;
     240                                                }
     241
     242                                        }
     243                                        else if (reCast<int,IssmDouble>(nodeonSSA[i])){
     244                                                constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,2,0,StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
     245                                                count++;
     246                                                constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,3,0,StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
     247                                                count++;
     248                                                if (!xIsNan<IssmDouble>(spcvx[i])){
     249                                                        constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,0,spcvx[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
     250                                                        count++;
     251                                                }
     252                                                if (!xIsNan<IssmDouble>(spcvy[i])){
     253                                                        constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,1,spcvy[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
     254                                                        count++;
     255                                                }
     256
     257                                        }
     258                                        else _error_("if vertices_type is SSAHO, you shoud have nodeonHO or nodeonSSA");
     259                        }
     260                        /*Also add spcs of coupling: zero at the border HO/FS for the appropriate dofs*/
     261                        else if (reCast<int,IssmDouble>(vertices_type[i])==HOFSApproximationEnum){
     262                                /*If grion,HO spc FS dofs: 3 4 & 5*/
     263                                        if (reCast<int,IssmDouble>(nodeonHO[i])){
     264                                                constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,2,0,StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
     265                                                count++;
     266                                                constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,3,0,StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
     267                                                count++;
     268                                                constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,4,0,StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
     269                                                count++;
     270                                                if (!xIsNan<IssmDouble>(spcvx[i])){
     271                                                        constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,0,spcvx[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
     272                                                        count++;
     273                                                }
     274                                                if (!xIsNan<IssmDouble>(spcvy[i])){
     275                                                        constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,1,spcvy[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
     276                                                        count++;
     277                                                }
     278
     279                                        }
     280                                        else if (reCast<int,IssmDouble>(nodeonFS[i])){ //spc HO nodes: 1 & 2
     281                                                constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,0,0,StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
     282                                                count++;
     283                                                constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,1,0,StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
     284                                                count++;
     285                                                if (!xIsNan<IssmDouble>(spcvx[i])){
     286                                                        constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,2,spcvx[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
     287                                                        count++;
     288                                                }
     289                                                if (!xIsNan<IssmDouble>(spcvy[i])){
     290                                                        constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,3,spcvy[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
     291                                                        count++;
     292                                                }
     293                                                if (!xIsNan<IssmDouble>(spcvz[i])){
     294                                                        constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,4,spcvz[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
     295                                                        count++;
     296                                                }
     297                                        }
     298                                        else _error_("if vertices_type is HOFS, you shoud have nodeonHO or nodeonFS");
     299                        }
     300                        /*Also add spcs of coupling: zero at the border HO/FS for the appropriate dofs*/
     301                        else if (reCast<int,IssmDouble>(vertices_type[i])==SSAFSApproximationEnum){
     302                                /*If grion,HO spc FS dofs: 3 4 & 5*/
     303                                        if (reCast<int,IssmDouble>(nodeonSSA[i])){
     304                                                constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,2,0,StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
     305                                                count++;
     306                                                constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,3,0,StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
     307                                                count++;
     308                                                constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,4,0,StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
     309                                                count++;
     310                                                if (!xIsNan<IssmDouble>(spcvx[i])){
     311                                                        constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,0,spcvx[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
     312                                                        count++;
     313                                                }
     314                                                if (!xIsNan<IssmDouble>(spcvy[i])){
     315                                                        constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,1,spcvy[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
     316                                                        count++;
     317                                                }
     318
     319                                        }
     320                                        else if (reCast<int,IssmDouble>(nodeonFS[i])){ //spc SSA nodes: 1 & 2
     321                                                constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,0,0,StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
     322                                                count++;
     323                                                constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,1,0,StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
     324                                                count++;
     325                                                if (!xIsNan<IssmDouble>(spcvx[i])){
     326                                                        constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,2,spcvx[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
     327                                                        count++;
     328                                                }
     329                                                if (!xIsNan<IssmDouble>(spcvy[i])){
     330                                                        constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,3,spcvy[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
     331                                                        count++;
     332                                                }
     333                                                if (!xIsNan<IssmDouble>(spcvz[i])){
     334                                                        constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,4,spcvz[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
     335                                                        count++;
     336                                                }
     337                                        }
     338                                        else _error_("if vertices_type is SSAFS, you shoud have nodeonSSA or nodeonFS");
     339                        }
     340                        /*Now add the regular spcs*/
     341                        else{
     342                                if (Mx==iomodel->numberofvertices && !xIsNan<IssmDouble>(spcvx[i])){
     343                                        constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,0,spcvx[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
     344                                        count++;
     345
     346                                }
     347                                else if (Mx==iomodel->numberofvertices+1) {
     348                                        /*figure out times and values: */
     349                                        values=xNew<IssmDouble>(Nx);
     350                                        spcpresent=false;
     351                                        for(j=0;j<Nx;j++){
     352                                                values[j]=spcvx[i*Nx+j];
     353                                                if(!xIsNan<IssmDouble>(values[j]))spcpresent=true; //NaN means no spc by default
     354                                        }
     355
     356                                        if(spcpresent){
     357                                                constraints->AddObject(new SpcTransient(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,0,Nx,timesx,values,StressbalanceAnalysisEnum));
     358                                                count++;
     359                                        }
     360                                        xDelete<IssmDouble>(values);
     361                                }
     362                                else if (vertices_type[i]==SIAApproximationEnum){
     363                                        constraints->AddObject(new SpcDynamic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,0,StressbalanceAnalysisEnum));
     364                                        count++;
     365                                }
     366
     367                                if (My==iomodel->numberofvertices && !xIsNan<IssmDouble>(spcvy[i])){
     368                                        constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,1,spcvy[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vy.
     369                                        count++;
     370                                }
     371                                else if (My==iomodel->numberofvertices+1){
     372                                        /*figure out times and values: */
     373                                        values=xNew<IssmDouble>(Ny);
     374                                        spcpresent=false;
     375                                        for(j=0;j<Ny;j++){
     376                                                values[j]=spcvy[i*Ny+j];
     377                                                if(!xIsNan<IssmDouble>(values[j]))spcpresent=true; //NaN means no spc by default
     378                                        }
     379                                        if(spcpresent){
     380                                                constraints->AddObject(new SpcTransient(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,1,Ny,timesy,values,StressbalanceAnalysisEnum));
     381                                                count++;
     382                                        }
     383                                        xDelete<IssmDouble>(values);
     384                                }
     385                                else if (vertices_type[i]==SIAApproximationEnum){
     386                                        constraints->AddObject(new SpcDynamic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,1,StressbalanceAnalysisEnum));
     387                                        count++;
     388                                }
     389
     390                                if (reCast<int,IssmDouble>(vertices_type[i])==FSApproximationEnum ||  (reCast<int,IssmDouble>(vertices_type[i])==NoneApproximationEnum)){
     391                                        if (Mz==iomodel->numberofvertices && !xIsNan<IssmDouble>(spcvz[i])){
     392                                                constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,2,spcvz[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 2 to vy
     393                                                count++;
     394                                        }
     395                                        else if (Mz==iomodel->numberofvertices+1){
     396                                                /*figure out times and values: */
     397                                                values=xNew<IssmDouble>(Nz);
     398                                                spcpresent=false;
     399                                                for(j=0;j<Nz;j++){
     400                                                        values[j]=spcvz[i*Nz+j];
     401                                                        if(!xIsNan<IssmDouble>(values[j]))spcpresent=true; //NaN means no spc by default
     402                                                }
     403                                                if(spcpresent){
     404                                                        constraints->AddObject(new SpcTransient(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,2,Nz,timesz,values,StressbalanceAnalysisEnum));
     405                                                        count++;
     406                                                }
     407                                                xDelete<IssmDouble>(values);
     408                                        }
     409
     410                                }
     411                                if (reCast<int,IssmDouble>(vertices_type[i])==NoneApproximationEnum){
     412                                        constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+i+1,0,g*rho_ice*(surface[i]-z[i])/FSreconditioning,StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 2 to vy
     413                                        count++;
     414                                }
     415                        }
     416                }
     417        }
     418
     419        /*Free data: */
     420        iomodel->DeleteData(spcvx,StressbalanceSpcvxEnum);
     421        iomodel->DeleteData(spcvy,StressbalanceSpcvyEnum);
     422        iomodel->DeleteData(spcvz,StressbalanceSpcvzEnum);
     423        iomodel->DeleteData(nodeonSSA,FlowequationBorderSSAEnum);
     424        if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum)iomodel->DeleteData(nodeonHO,FlowequationBorderHOEnum);
     425        if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum)iomodel->DeleteData(nodeonFS,FlowequationBorderFSEnum);
     426        if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum)iomodel->DeleteData(nodeonbase,MeshVertexonbaseEnum);
     427        if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum)iomodel->DeleteData(groundedice_ls,MaskGroundediceLevelsetEnum);
     428        iomodel->DeleteData(vertices_type,FlowequationVertexEquationEnum);
     429        iomodel->DeleteData(surface,SurfaceEnum);
     430        iomodel->DeleteData(z,MeshZEnum);
     431
     432        /*Free resources:*/
     433        xDelete<IssmDouble>(timesx);
     434        xDelete<IssmDouble>(timesy);
     435        xDelete<IssmDouble>(timesz);
     436        xDelete<IssmDouble>(values);
     437
     438}/*}}}*/
     439void StressbalanceAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
     440
     441        /*Intermediary*/
     442        const int   RIFTINFOSIZE = 12;
     443        int         i;
     444        int         count;
     445        int         penpair_ids[2];
     446        bool        isSSA,isL1L2,isHO,isFS;
     447        int         numpenalties,numrifts,numriftsegments;
     448        IssmDouble *riftinfo       = NULL;
     449        IssmDouble *penalties      = NULL;
     450        int         assert_int;
     451
     452        /*Fetch parameters: */
     453        iomodel->Constant(&isL1L2,FlowequationIsL1L2Enum);
     454        iomodel->Constant(&isFS,FlowequationIsFSEnum);
     455        iomodel->Constant(&isSSA,FlowequationIsSSAEnum);
     456        iomodel->Constant(&isHO,FlowequationIsHOEnum);
     457        iomodel->Constant(&numrifts,RiftsNumriftsEnum);
     458
     459        /*Now, is the flag macayaealHO on? otherwise, do nothing: */
     460        if(!isSSA && !isHO && !isFS && !isL1L2) return;
     461
     462        /*Initialize counter: */
     463        count=0;
     464
     465        /*Create Penpair for penalties: */
     466        iomodel->FetchData(&penalties,&numpenalties,NULL,StressbalanceVertexPairingEnum);
     467
     468        for(i=0;i<numpenalties;i++){
     469
     470                if(iomodel->my_vertices[reCast<int,IssmDouble>(penalties[2*i+0]-1)]){
     471
     472                        /*In debugging mode, check that the second node is in the same cpu*/
     473                        assert_int=iomodel->my_vertices[reCast<int,IssmDouble>(penalties[2*i+1]-1)]; _assert_(assert_int);
     474
     475                        /*Get node ids*/
     476                        penpair_ids[0]=iomodel->nodecounter+reCast<int,IssmDouble>(penalties[2*i+0]);
     477                        penpair_ids[1]=iomodel->nodecounter+reCast<int,IssmDouble>(penalties[2*i+1]);
     478
     479                        /*Create Load*/
     480                        loads->AddObject(new Penpair(iomodel->loadcounter+count+1,&penpair_ids[0],StressbalanceAnalysisEnum));
     481                        count++;
     482                }
     483        }
     484
     485        /*free ressources: */
     486        iomodel->DeleteData(penalties,StressbalanceVertexPairingEnum);
     487
     488        /*Create Riffront loads for rifts: */
     489        if(numrifts){
     490                iomodel->FetchData(&riftinfo,&numriftsegments,NULL,RiftsRiftstructEnum);
     491                iomodel->FetchData(5,RiftsRiftstructEnum,ThicknessEnum,BaseEnum,SurfaceEnum,MaskGroundediceLevelsetEnum);
     492                for(i=0;i<numriftsegments;i++){
     493                        if(iomodel->my_elements[reCast<int,IssmDouble>(*(riftinfo+RIFTINFOSIZE*i+2))-1]){
     494                                loads->AddObject(new Riftfront(iomodel->loadcounter+count+1,i,iomodel,StressbalanceAnalysisEnum));
     495                                count++;
     496                        }
     497                }
     498                iomodel->DeleteData(5,RiftsRiftstructEnum,ThicknessEnum,BaseEnum,SurfaceEnum,MaskGroundediceLevelsetEnum);
     499                xDelete<IssmDouble>(riftinfo);
     500        }
     501}/*}}}*/
     502void StressbalanceAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     503
     504        /*Intermediary*/
     505        bool isSSA,isL1L2,isHO,isFS,iscoupling;
     506        int  finiteelement=-1,approximation=-1;
     507
     508        /*Fetch parameters: */
     509        iomodel->Constant(&isSSA,FlowequationIsSSAEnum);
     510        iomodel->Constant(&isL1L2,FlowequationIsL1L2Enum);
     511        iomodel->Constant(&isHO,FlowequationIsHOEnum);
     512        iomodel->Constant(&isFS,FlowequationIsFSEnum);
     513
     514        /*Now, check that we have non SIA elements */
     515        if(!isSSA & !isL1L2 & !isHO & !isFS) return;
     516
     517        /*Do we have coupling*/
     518        if( (isSSA?1.:0.) + (isL1L2?1.:0.) + (isHO?1.:0.) + (isFS?1.:0.) >1.)
     519         iscoupling = true;
     520        else
     521         iscoupling = false;
     522
     523        /*If no coupling, call Regular CreateNodes, else, use P1 elements only*/
     524        if(!iscoupling){
     525
     526                /*Get finite element type*/
     527                if(isSSA){
     528                        approximation=SSAApproximationEnum;
     529                        iomodel->Constant(&finiteelement,FlowequationFeSSAEnum);
     530                }
     531                else if(isL1L2){
     532                        approximation = L1L2ApproximationEnum;
     533                        finiteelement = P1Enum;
     534                }
     535                else if(isHO){
     536                        approximation = HOApproximationEnum;
     537                        iomodel->Constant(&finiteelement,FlowequationFeHOEnum);
     538                }
     539                else if(isFS){
     540                        approximation = FSApproximationEnum;
     541                        iomodel->Constant(&finiteelement,FlowequationFeFSEnum);
     542                }
     543                iomodel->FetchData(3,FlowequationBorderSSAEnum,FlowequationVertexEquationEnum,StressbalanceReferentialEnum);
     544                if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum) iomodel->FetchData(3,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum,FlowequationBorderFSEnum);
     545                ::CreateNodes(nodes,iomodel,StressbalanceAnalysisEnum,finiteelement,approximation);
     546                iomodel->DeleteData(6,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum,FlowequationBorderSSAEnum,FlowequationBorderFSEnum,
     547                                        FlowequationVertexEquationEnum,StressbalanceReferentialEnum);
     548        }
     549        else{
     550                /*Coupling: we are going to create P1 Elements only*/
     551
     552                Node*  node  = NULL;
     553                int    lid=0;
     554                if(!nodes) nodes = new Nodes();
     555
     556                iomodel->FetchData(6,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum,FlowequationBorderSSAEnum,FlowequationBorderFSEnum,
     557                                        FlowequationVertexEquationEnum,StressbalanceReferentialEnum);
     558                if(isFS){
     559                        /*P1+ velocity*/
     560                        for(int i=0;i<iomodel->numberofvertices;i++){
     561                                if(iomodel->my_vertices[i]){
     562                                        approximation=reCast<int>(iomodel->Data(FlowequationVertexEquationEnum)[i]);
     563                                        if(approximation==FSApproximationEnum)  approximation=FSvelocityEnum;
     564                                        nodes->AddObject(new Node(iomodel->nodecounter+i+1,i,lid++,i,iomodel,StressbalanceAnalysisEnum,approximation));
     565                                }
     566                        }
     567                        for(int i=0;i<iomodel->numberofelements;i++){
     568                                if(iomodel->my_elements[i]){
     569                                        node = new Node(iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+i+1,iomodel->numberofvertices+i,lid++,0,iomodel,StressbalanceAnalysisEnum,FSvelocityEnum);
     570                                        node->Deactivate();
     571                                        nodes->AddObject(node);
     572                                }
     573                        }
     574                        /*P1 pressure*/
     575                        for(int i=0;i<iomodel->numberofvertices;i++){
     576                                if(iomodel->my_vertices[i]){
     577                                        approximation=reCast<int>(iomodel->Data(FlowequationVertexEquationEnum)[i]);
     578                                        node = new Node(iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+iomodel->numberofelements+i+1,iomodel->numberofvertices+iomodel->numberofelements+i,lid++,i,iomodel,StressbalanceAnalysisEnum,FSpressureEnum);
     579                                        if(approximation==HOApproximationEnum || approximation==SSAApproximationEnum){
     580                                                node->Deactivate();
     581                                        }
     582                                        nodes->AddObject(node);
     583                                }
     584                        }
     585                }
     586                else{
     587                        for(int i=0;i<iomodel->numberofvertices;i++){
     588                                if(iomodel->my_vertices[i]){
     589                                        nodes->AddObject(new Node(iomodel->nodecounter+i+1,i,lid++,i,iomodel,StressbalanceAnalysisEnum,reCast<int>(iomodel->Data(FlowequationVertexEquationEnum)[i])));
     590                                }
     591                        }
     592                }
     593                iomodel->DeleteData(6,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum,FlowequationBorderSSAEnum,FlowequationBorderFSEnum,
     594                                        FlowequationVertexEquationEnum,StressbalanceReferentialEnum);
     595        }
     596}/*}}}*/
    13597int  StressbalanceAnalysis::DofsPerNode(int** pdoftype,int domaintype,int approximation){/*{{{*/
    14598
    … …  
    84668        return numdofs;
    85669}/*}}}*/
     670void StressbalanceAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
     671
     672        /*Intermediaries*/
     673        int    materials_type,finiteelement,fe_FS;
     674        int    approximation,frictionlaw;
     675        int*   finiteelement_list=NULL;
     676        bool   isSSA,isL1L2,isHO,isFS,iscoupling;
     677        bool   control_analysis;
     678        bool   dakota_analysis;
     679        bool   islevelset;
     680        bool   isdamage;
     681
     682        /*Fetch constants needed: */
     683        iomodel->Constant(&isSSA,FlowequationIsSSAEnum);
     684        iomodel->Constant(&isL1L2,FlowequationIsL1L2Enum);
     685        iomodel->Constant(&isHO,FlowequationIsHOEnum);
     686        iomodel->Constant(&isFS,FlowequationIsFSEnum);
     687        iomodel->Constant(&control_analysis,InversionIscontrolEnum);
     688        iomodel->Constant(&dakota_analysis,QmuIsdakotaEnum);
     689        iomodel->Constant(&materials_type,MaterialsEnum);
     690        iomodel->Constant(&islevelset,TransientIslevelsetEnum);
     691        iomodel->Constant(&frictionlaw,FrictionLawEnum);
     692
     693        /*return if no processing required*/
     694        if(!isSSA & !isL1L2 & !isHO & !isFS) return;
     695
     696        /*Fetch data needed and allocate vectors: */
     697        iomodel->FetchData(1,FlowequationElementEquationEnum);
     698        finiteelement_list=xNewZeroInit<int>(iomodel->numberofelements);
     699
     700        /*Do we have coupling*/
     701        if( (isSSA?1.:0.) + (isL1L2?1.:0.) + (isHO?1.:0.) + (isFS?1.:0.) >1.)
     702         iscoupling = true;
     703        else
     704         iscoupling = false;
     705
     706        /*is damage mechanics being used?*/
     707        if(materials_type==MaticeEnum) isdamage = false;
     708        else if(materials_type==MatdamageiceEnum) isdamage = true;
     709        else _error_("Material type not recognized");
     710
     711        /*Get finite element type*/
     712        if(!iscoupling){
     713                if(isSSA)       iomodel->Constant(&finiteelement,FlowequationFeSSAEnum);
     714                else if(isL1L2) finiteelement = P1Enum;
     715                else if(isHO)   iomodel->Constant(&finiteelement,FlowequationFeHOEnum);
     716                else if(isFS)   iomodel->Constant(&finiteelement,FlowequationFeFSEnum);
     717                for(int i=0;i<iomodel->numberofelements;i++){
     718                        finiteelement_list[i]=finiteelement;
     719                }
     720        }
     721        else{
     722                if(isFS){
     723                        for(int i=0;i<iomodel->numberofelements;i++){
     724                                approximation=reCast<int>(iomodel->Data(FlowequationElementEquationEnum)[i]);
     725                                if(approximation==FSApproximationEnum || approximation==HOFSApproximationEnum || approximation==SSAFSApproximationEnum){
     726                                        finiteelement_list[i]=MINIcondensedEnum;
     727                                }
     728                                else{
     729                                        finiteelement_list[i]=P1Enum;
     730                                }
     731                        }
     732                }
     733                else{
     734                        finiteelement = P1Enum;
     735                        for(int i=0;i<iomodel->numberofelements;i++){
     736                                finiteelement_list[i]=finiteelement;
     737                        }
     738                }
     739        }
     740
     741        /*Update elements: */
     742        int counter=0;
     743        for(int i=0;i<iomodel->numberofelements;i++){
     744                if(iomodel->my_elements[i]){
     745                        Element* element=(Element*)elements->GetObjectByOffset(counter);
     746                        element->Update(i,iomodel,analysis_counter,analysis_type,finiteelement_list[i]);
     747                        counter++;
     748                }
     749        }
     750
     751        /*Create inputs: */
     752        iomodel->FetchDataToInput(elements,ThicknessEnum);
     753        iomodel->FetchDataToInput(elements,SurfaceEnum);
     754        iomodel->FetchDataToInput(elements,BaseEnum);
     755        iomodel->FetchDataToInput(elements,MaskIceLevelsetEnum);
     756        iomodel->FetchDataToInput(elements,MaskGroundediceLevelsetEnum);
     757        iomodel->FetchDataToInput(elements,MaterialsRheologyBEnum);
     758        iomodel->FetchDataToInput(elements,MaterialsRheologyNEnum);
     759        iomodel->FetchDataToInput(elements,VxEnum,0.);
     760        iomodel->FetchDataToInput(elements,VyEnum,0.);
     761        iomodel->FetchDataToInput(elements,LoadingforceXEnum);
     762        iomodel->FetchDataToInput(elements,LoadingforceYEnum);
     763        #ifdef LATERALFRICTION
     764        iomodel->FetchDataToInput(elements,MeshVertexonboundaryEnum);
     765        #endif
     766        if(isdamage)iomodel->FetchDataToInput(elements,DamageDEnum);
     767
     768        if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){
     769                iomodel->FetchDataToInput(elements,MeshVertexonbaseEnum);
     770                iomodel->FetchDataToInput(elements,MeshVertexonsurfaceEnum);
     771        }
     772        if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum){
     773                iomodel->FetchDataToInput(elements,FlowequationBorderFSEnum);
     774                iomodel->FetchDataToInput(elements,LoadingforceZEnum);
     775                iomodel->FetchDataToInput(elements,VzEnum,0.);
     776        }
     777        if(isFS){
     778                iomodel->FetchDataToInput(elements,PressureEnum,0.);
     779                iomodel->FetchDataToInput(elements,BasalforcingsFloatingiceMeltingRateEnum,0.);
     780        }
     781        if(islevelset){
     782                iomodel->FetchDataToInput(elements,IceMaskNodeActivationEnum);
     783        }
     784        /*LATH parameters*/
     785        iomodel->Constant(&fe_FS,FlowequationFeFSEnum);
     786        if(fe_FS==LATaylorHoodEnum || fe_FS==LACrouzeixRaviartEnum){
     787                InputUpdateFromConstantx(elements,0.,SigmaNNEnum);
     788        }
     789
     790        /*Friction law variables*/
     791        switch(frictionlaw){
     792                case 1:
     793                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionCoefficientEnum);
     794                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionPEnum);
     795                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionQEnum);
     796                        break;
     797                case 2:
     798                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionCEnum);
     799                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionMEnum);
     800                        break;
     801                case 3:
     802                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionCEnum);
     803                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionAsEnum);
     804                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionQEnum);
     805                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionEffectivePressureEnum);
     806                        break;
     807                case 4:
     808                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionCoefficientEnum);
     809                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionPEnum);
     810                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionQEnum);
     811                        iomodel->FetchDataToInput(elements,PressureEnum);
     812                        iomodel->FetchDataToInput(elements,TemperatureEnum);
     813                        break;
     814                case 5:
     815                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionCoefficientEnum);
     816                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionPEnum);
     817                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionQEnum);
     818                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionWaterLayerEnum);
     819                        break;
     820                case 6:
     821                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionCEnum);
     822                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionMEnum);
     823                        iomodel->FetchDataToInput(elements,PressureEnum);
     824                        iomodel->FetchDataToInput(elements,TemperatureEnum);
     825                        break;
     826                default:
     827                        _error_("not supported");
     828        }
     829
     830#ifdef _HAVE_ANDROID_
     831        elements->InputDuplicate(FrictionCoefficientEnum,AndroidFrictionCoefficientEnum);
     832#endif
     833
     834        /*Free data: */
     835        iomodel->DeleteData(1,FlowequationElementEquationEnum);
     836        xDelete<int>(finiteelement_list);
     837}/*}}}*/
    86838void StressbalanceAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    87839
    … …  
    112864        /*XTH LATH parameters*/
    113865        iomodel->Constant(&fe_FS,FlowequationFeFSEnum);
    114         if(fe_FS==XTaylorHoodEnum || fe_FS==LATaylorHoodEnum){
     866        if(fe_FS==XTaylorHoodEnum || fe_FS==LATaylorHoodEnum || fe_FS==LACrouzeixRaviartEnum){
    115867                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(AugmentedLagrangianREnum));
    116868                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(AugmentedLagrangianRlambdaEnum));
    … …  
    130882        iomodel->DeleteData(&requestedoutputs,numoutputs,StressbalanceRequestedOutputsEnum);
    131883
    132 }/*}}}*/
    133 void StressbalanceAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
    134 
    135         /*Intermediaries*/
    136         int    materials_type,finiteelement,fe_FS;
    137         int    approximation,frictionlaw;
    138         int*   finiteelement_list=NULL;
    139         bool   isSSA,isL1L2,isHO,isFS,iscoupling;
    140         bool   control_analysis;
    141         bool   dakota_analysis;
    142         bool   islevelset;
    143         bool   isdamage;
    144 
    145         /*Fetch constants needed: */
    146         iomodel->Constant(&isSSA,FlowequationIsSSAEnum);
    147         iomodel->Constant(&isL1L2,FlowequationIsL1L2Enum);
    148         iomodel->Constant(&isHO,FlowequationIsHOEnum);
    149         iomodel->Constant(&isFS,FlowequationIsFSEnum);
    150         iomodel->Constant(&control_analysis,InversionIscontrolEnum);
    151         iomodel->Constant(&dakota_analysis,QmuIsdakotaEnum);
    152         iomodel->Constant(&materials_type,MaterialsEnum);
    153         iomodel->Constant(&islevelset,TransientIslevelsetEnum);
     884        /*Deal with friction parameters*/
     885        int frictionlaw;
    154886        iomodel->Constant(&frictionlaw,FrictionLawEnum);
    155 
    156         /*return if no processing required*/
    157         if(!isSSA & !isL1L2 & !isHO & !isFS) return;
    158 
    159         /*Fetch data needed and allocate vectors: */
    160         iomodel->FetchData(1,FlowequationElementEquationEnum);
    161         finiteelement_list=xNewZeroInit<int>(iomodel->numberofelements);
    162 
    163         /*Do we have coupling*/
    164         if( (isSSA?1.:0.) + (isL1L2?1.:0.) + (isHO?1.:0.) + (isFS?1.:0.) >1.)
    165          iscoupling = true;
    166         else
    167          iscoupling = false;
    168 
    169         /*is damage mechanics being used?*/
    170         if(materials_type==MaticeEnum) isdamage = false;
    171         else if(materials_type==MatdamageiceEnum) isdamage = true;
    172         else _error_("Material type not recognized");
    173 
    174         /*Get finite element type*/
    175         if(!iscoupling){
    176                 if(isSSA)       iomodel->Constant(&finiteelement,FlowequationFeSSAEnum);
    177                 else if(isL1L2) finiteelement = P1Enum;
    178                 else if(isHO)   iomodel->Constant(&finiteelement,FlowequationFeHOEnum);
    179                 else if(isFS)   iomodel->Constant(&finiteelement,FlowequationFeFSEnum);
    180                 for(int i=0;i<iomodel->numberofelements;i++){
    181                         finiteelement_list[i]=finiteelement;
    182                 }
    183         }
    184         else{
    185                 if(isFS){
    186                         for(int i=0;i<iomodel->numberofelements;i++){
    187                                 approximation=reCast<int>(iomodel->Data(FlowequationElementEquationEnum)[i]);
    188                                 if(approximation==FSApproximationEnum || approximation==HOFSApproximationEnum || approximation==SSAFSApproximationEnum){
    189                                         finiteelement_list[i]=MINIcondensedEnum;
    190                                 }
    191                                 else{
    192                                         finiteelement_list[i]=P1Enum;
    193                                 }
    194                         }
    195                 }
    196                 else{
    197                         finiteelement = P1Enum;
    198                         for(int i=0;i<iomodel->numberofelements;i++){
    199                                 finiteelement_list[i]=finiteelement;
    200                         }
    201                 }
    202         }
    203 
    204         /*Update elements: */
    205         int counter=0;
    206         for(int i=0;i<iomodel->numberofelements;i++){
    207                 if(iomodel->my_elements[i]){
    208                         Element* element=(Element*)elements->GetObjectByOffset(counter);
    209                         element->Update(i,iomodel,analysis_counter,analysis_type,finiteelement_list[i]);
    210                         counter++;
    211                 }
    212         }
    213 
    214         /*Create inputs: */
    215         iomodel->FetchDataToInput(elements,ThicknessEnum);
    216         iomodel->FetchDataToInput(elements,SurfaceEnum);
    217         iomodel->FetchDataToInput(elements,BaseEnum);
    218         iomodel->FetchDataToInput(elements,MaskIceLevelsetEnum);
    219         iomodel->FetchDataToInput(elements,MaskGroundediceLevelsetEnum);
    220         iomodel->FetchDataToInput(elements,MaterialsRheologyBEnum);
    221         iomodel->FetchDataToInput(elements,MaterialsRheologyNEnum);
    222         iomodel->FetchDataToInput(elements,VxEnum,0.);
    223         iomodel->FetchDataToInput(elements,VyEnum,0.);
    224         iomodel->FetchDataToInput(elements,LoadingforceXEnum);
    225         iomodel->FetchDataToInput(elements,LoadingforceYEnum);
    226         #ifdef LATERALFRICTION
    227         iomodel->FetchDataToInput(elements,MeshVertexonboundaryEnum);
    228         #endif
    229         if(isdamage)iomodel->FetchDataToInput(elements,DamageDEnum);
    230 
    231         if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){
    232                 iomodel->FetchDataToInput(elements,MeshVertexonbaseEnum);
    233                 iomodel->FetchDataToInput(elements,MeshVertexonsurfaceEnum);
    234         }
    235         if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum){
    236                 iomodel->FetchDataToInput(elements,FlowequationBorderFSEnum);
    237                 iomodel->FetchDataToInput(elements,LoadingforceZEnum);
    238                 iomodel->FetchDataToInput(elements,VzEnum,0.);
    239         }
    240         if(isFS){
    241                 iomodel->FetchDataToInput(elements,PressureEnum,0.);
    242                 iomodel->FetchDataToInput(elements,BasalforcingsFloatingiceMeltingRateEnum,0.);
    243         }
    244         if(islevelset){
    245                 iomodel->FetchDataToInput(elements,IceMaskNodeActivationEnum);
    246         }
    247         /*LATH parameters*/
    248         iomodel->Constant(&fe_FS,FlowequationFeFSEnum);
    249         if(fe_FS==LATaylorHoodEnum){
    250                 iomodel->FetchDataToInput(elements,PressureEnum,0.);
    251                 InputUpdateFromConstantx(elements,0.,SigmaNNEnum);
    252         }
    253 
    254         /*Friction law variables*/
    255         switch(frictionlaw){
    256                 case 1:
    257                         iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionCoefficientEnum);
    258                         iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionPEnum);
    259                         iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionQEnum);
    260                         break;
    261                 case 2:
    262                         iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionCEnum);
    263                         iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionMEnum);
    264                         break;
    265                 default:
    266                         _error_("not supported");
    267         }
    268 
    269 #ifdef _HAVE_ANDROID_
    270         elements->InputDuplicate(FrictionCoefficientEnum,AndroidFrictionCoefficientEnum);
    271 #endif
    272 
    273         /*Free data: */
    274         iomodel->DeleteData(1,FlowequationElementEquationEnum);
    275         xDelete<int>(finiteelement_list);
    276 }/*}}}*/
    277 void StressbalanceAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    278 
    279         /*Intermediary*/
    280         bool isSSA,isL1L2,isHO,isFS,iscoupling;
    281         int  finiteelement=-1,approximation=-1;
    282 
    283         /*Fetch parameters: */
    284         iomodel->Constant(&isSSA,FlowequationIsSSAEnum);
    285         iomodel->Constant(&isL1L2,FlowequationIsL1L2Enum);
    286         iomodel->Constant(&isHO,FlowequationIsHOEnum);
    287         iomodel->Constant(&isFS,FlowequationIsFSEnum);
    288 
    289         /*Now, check that we have non SIA elements */
    290         if(!isSSA & !isL1L2 & !isHO & !isFS) return;
    291 
    292         /*Do we have coupling*/
    293         if( (isSSA?1.:0.) + (isL1L2?1.:0.) + (isHO?1.:0.) + (isFS?1.:0.) >1.)
    294          iscoupling = true;
    295         else
    296          iscoupling = false;
    297 
    298         /*If no coupling, call Regular CreateNodes, else, use P1 elements only*/
    299         if(!iscoupling){
    300 
    301                 /*Get finite element type*/
    302                 if(isSSA){
    303                         approximation=SSAApproximationEnum;
    304                         iomodel->Constant(&finiteelement,FlowequationFeSSAEnum);
    305                 }
    306                 else if(isL1L2){
    307                         approximation = L1L2ApproximationEnum;
    308                         finiteelement = P1Enum;
    309                 }
    310                 else if(isHO){
    311                         approximation = HOApproximationEnum;
    312                         iomodel->Constant(&finiteelement,FlowequationFeHOEnum);
    313                 }
    314                 else if(isFS){
    315                         approximation = FSApproximationEnum;
    316                         iomodel->Constant(&finiteelement,FlowequationFeFSEnum);
    317                 }
    318                 iomodel->FetchData(3,FlowequationBorderSSAEnum,FlowequationVertexEquationEnum,StressbalanceReferentialEnum);
    319                 if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum) iomodel->FetchData(3,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum,FlowequationBorderFSEnum);
    320                 ::CreateNodes(nodes,iomodel,StressbalanceAnalysisEnum,finiteelement,approximation);
    321                 iomodel->DeleteData(6,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum,FlowequationBorderSSAEnum,FlowequationBorderFSEnum,
    322                                         FlowequationVertexEquationEnum,StressbalanceReferentialEnum);
    323         }
    324         else{
    325                 /*Coupling: we are going to create P1 Elements only*/
    326 
    327                 Node*  node  = NULL;
    328                 int    lid=0;
    329                 if(!nodes) nodes = new Nodes();
    330 
    331                 iomodel->FetchData(6,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum,FlowequationBorderSSAEnum,FlowequationBorderFSEnum,
    332                                         FlowequationVertexEquationEnum,StressbalanceReferentialEnum);
    333                 if(isFS){
    334                         /*P1+ velocity*/
    335                         for(int i=0;i<iomodel->numberofvertices;i++){
    336                                 if(iomodel->my_vertices[i]){
    337                                         approximation=reCast<int>(iomodel->Data(FlowequationVertexEquationEnum)[i]);
    338                                         if(approximation==FSApproximationEnum)  approximation=FSvelocityEnum;
    339                                         nodes->AddObject(new Node(iomodel->nodecounter+i+1,i,lid++,i,iomodel,StressbalanceAnalysisEnum,approximation));
    340                                 }
    341                         }
    342                         for(int i=0;i<iomodel->numberofelements;i++){
    343                                 if(iomodel->my_elements[i]){
    344                                         node = new Node(iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+i+1,iomodel->numberofvertices+i,lid++,0,iomodel,StressbalanceAnalysisEnum,FSvelocityEnum);
    345                                         node->Deactivate();
    346                                         nodes->AddObject(node);
    347                                 }
    348                         }
    349                         /*P1 pressure*/
    350                         for(int i=0;i<iomodel->numberofvertices;i++){
    351                                 if(iomodel->my_vertices[i]){
    352                                         approximation=reCast<int>(iomodel->Data(FlowequationVertexEquationEnum)[i]);
    353                                         node = new Node(iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+iomodel->numberofelements+i+1,iomodel->numberofvertices+iomodel->numberofelements+i,lid++,i,iomodel,StressbalanceAnalysisEnum,FSpressureEnum);
    354                                         if(approximation==HOApproximationEnum || approximation==SSAApproximationEnum){
    355                                                 node->Deactivate();
    356                                         }
    357                                         nodes->AddObject(node);
    358                                 }
    359                         }
    360                 }
    361                 else{
    362                         for(int i=0;i<iomodel->numberofvertices;i++){
    363                                 if(iomodel->my_vertices[i]){
    364                                         nodes->AddObject(new Node(iomodel->nodecounter+i+1,i,lid++,i,iomodel,StressbalanceAnalysisEnum,reCast<int>(iomodel->Data(FlowequationVertexEquationEnum)[i])));
    365                                 }
    366                         }
    367                 }
    368                 iomodel->DeleteData(6,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum,FlowequationBorderSSAEnum,FlowequationBorderFSEnum,
    369                                         FlowequationVertexEquationEnum,StressbalanceReferentialEnum);
    370         }
    371 }/*}}}*/
    372 void StressbalanceAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    373 
    374         /*Intermediary*/
    375         int        i,j;
    376         int        count,finiteelement;
    377         IssmDouble g;
    378         IssmDouble rho_ice;
    379         IssmDouble FSreconditioning;
    380         bool       isSIA,isSSA,isL1L2,isHO,isFS,iscoupling;
    381         bool       spcpresent = false;
    382         int        Mx,Nx;
    383         int        My,Ny;
    384         int        Mz,Nz;
    385         IssmDouble *spcvx          = NULL;
    386         IssmDouble *spcvy          = NULL;
    387         IssmDouble *spcvz          = NULL;
    388         IssmDouble *nodeonSSA = NULL;
    389         IssmDouble *nodeonHO   = NULL;
    390         IssmDouble *nodeonFS   = NULL;
    391         IssmDouble *nodeonbase      = NULL;
    392         IssmDouble *groundedice_ls = NULL;
    393         IssmDouble *vertices_type  = NULL;
    394         IssmDouble *surface        = NULL;
    395         IssmDouble *z              = NULL;
    396         IssmDouble *timesx=NULL;
    397         IssmDouble *timesy=NULL;
    398         IssmDouble *timesz=NULL;
    399    IssmDouble* values=NULL;
    400 
    401         /*Fetch parameters: */
    402         iomodel->Constant(&g,ConstantsGEnum);
    403         iomodel->Constant(&rho_ice,MaterialsRhoIceEnum);
    404         iomodel->Constant(&FSreconditioning,StressbalanceFSreconditioningEnum);
    405         iomodel->Constant(&isSIA,FlowequationIsSIAEnum);
    406         iomodel->Constant(&isSSA,FlowequationIsSSAEnum);
    407         iomodel->Constant(&isL1L2,FlowequationIsL1L2Enum);
    408         iomodel->Constant(&isHO,FlowequationIsHOEnum);
    409         iomodel->Constant(&isFS,FlowequationIsFSEnum);
    410 
    411         /*Now, is the flag macayaealHO on? otherwise, do nothing: */
    412         if(!isSSA && !isHO && !isFS && !isL1L2) return;
    413 
    414         /*Do we have coupling*/
    415         if((isSIA?1.:0.) + (isSSA?1.:0.) + (isL1L2?1.:0.) + (isHO?1.:0.) + (isFS?1.:0.) >1.)
    416          iscoupling = true;
    417         else
    418          iscoupling = false;
    419 
    420         /*If no coupling, call Regular IoModelToConstraintsx, else, use P1 elements only*/
    421         if(!iscoupling){
    422 
    423                 /*Get finite element type*/
    424                 if(isSSA)       iomodel->Constant(&finiteelement,FlowequationFeSSAEnum);
    425                 else if(isL1L2) finiteelement = P1Enum;
    426                 else if(isHO)   iomodel->Constant(&finiteelement,FlowequationFeHOEnum);
    427                 else if(isFS){  iomodel->Constant(&finiteelement,FlowequationFeFSEnum);
    428                         /*Deduce velocity interpolation from finite element*/
    429                         switch(finiteelement){
    430                                 case P1P1Enum            : finiteelement = P1Enum;       break;
    431                                 case P1P1GLSEnum         : finiteelement = P1Enum;       break;
    432                                 case MINIcondensedEnum   : finiteelement = P1bubbleEnum; break;
    433                                 case MINIEnum            : finiteelement = P1bubbleEnum; break;
    434                                 case TaylorHoodEnum      : finiteelement = P2Enum;       break;
    435                                 case XTaylorHoodEnum     : finiteelement = P2Enum;       break;
    436                                 case LATaylorHoodEnum    : finiteelement = P2Enum;       break;
    437                                 case OneLayerP4zEnum     : finiteelement = P2xP4Enum;    break;
    438                                 case CrouzeixRaviartEnum : finiteelement = P2bubbleEnum; break;
    439                                 default: _error_("finite element "<<EnumToStringx(finiteelement)<<" not supported");
    440                         }
    441                 }
    442                 else{
    443                         _error_("model not supported yet");
    444                 }
    445 
    446                 if(isFS){
    447 
    448                         /*Constraint at the bedrock interface (v.n = vz = 0) (Coordinates will be updated according to the bed slope)*/
    449                         iomodel->FetchData(&vertices_type,NULL,NULL,FlowequationVertexEquationEnum);
    450                         iomodel->FetchData(&nodeonFS,NULL,NULL,FlowequationBorderFSEnum);
    451                         iomodel->FetchData(&nodeonbase,NULL,NULL,MeshVertexonbaseEnum);
    452                         iomodel->FetchData(&groundedice_ls,NULL,NULL,MaskGroundediceLevelsetEnum);
    453                         if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum){
    454                                 iomodel->FetchData(&spcvz,&Mz,&Nz,StressbalanceSpcvzEnum);
    455                         }
    456                         else if (iomodel->domaintype==Domain2DverticalEnum){
    457                                 iomodel->FetchData(&spcvz,&Mz,&Nz,StressbalanceSpcvyEnum);
    458                         }
    459                         else{
    460                                 _error_("not supported yet");
    461                         }
    462                         if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum){
    463                                 IoModelToConstraintsx(constraints,iomodel,StressbalanceSpcvxEnum,StressbalanceAnalysisEnum,finiteelement,0);
    464                                 IoModelToConstraintsx(constraints,iomodel,StressbalanceSpcvyEnum,StressbalanceAnalysisEnum,finiteelement,1);
    465                                 IoModelToConstraintsx(constraints,iomodel,spcvz,Mz,Nz,StressbalanceAnalysisEnum,finiteelement,2);
    466                                 iomodel->DeleteData(spcvz,StressbalanceSpcvzEnum);
    467                         }
    468                         else if (iomodel->domaintype==Domain2DverticalEnum){
    469                                 IoModelToConstraintsx(constraints,iomodel,StressbalanceSpcvxEnum,StressbalanceAnalysisEnum,finiteelement,0);
    470                                 IoModelToConstraintsx(constraints,iomodel,spcvz,Mz,Nz,StressbalanceAnalysisEnum,finiteelement,1);
    471                                 iomodel->DeleteData(spcvz,StressbalanceSpcvyEnum);
    472                         }
    473                         else{
    474                                 _error_("not supported yet");
    475                         }
    476                         iomodel->DeleteData(vertices_type,FlowequationVertexEquationEnum);
    477                         iomodel->DeleteData(nodeonFS,FlowequationBorderFSEnum);
    478                         iomodel->DeleteData(nodeonbase,MeshVertexonbaseEnum);
    479                         iomodel->DeleteData(groundedice_ls,MaskGroundediceLevelsetEnum);
    480 
    481                         /*Pressure spc*/
    482                         count = constraints->Size();
    483                         iomodel->FetchData(&vertices_type,NULL,NULL,FlowequationVertexEquationEnum);
    484                         iomodel->FetchData(&surface,NULL,NULL,SurfaceEnum);
    485                         iomodel->FetchData(&z,NULL,NULL,MeshZEnum);
    486                         switch(finiteelement){
    487                                 case P1Enum:
    488                                         for(i=0;i<iomodel->numberofvertices;i++){
    489                                                 if(iomodel->my_vertices[i]){
    490                                                         if(reCast<int,IssmDouble>(vertices_type[i])==NoneApproximationEnum){
    491                                                                 constraints->AddObject(new SpcStatic(count+1,iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+iomodel->numberofelements+i+1,0,g*rho_ice*(surface[i]-z[i])/FSreconditioning,StressbalanceAnalysisEnum));
    492                                                                 count++;
    493                                                         }
    494                                                 }
    495                                         }
    496                                         break;
    497                                 case P1bubbleEnum:
    498                                         for(i=0;i<iomodel->numberofvertices;i++){
    499                                                 if(iomodel->my_vertices[i]){
    500                                                         if(reCast<int,IssmDouble>(vertices_type[i])==NoneApproximationEnum){
    501                                                                 constraints->AddObject(new SpcStatic(count+1,iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+iomodel->numberofelements+i+1,0,g*rho_ice*(surface[i]-z[i])/FSreconditioning,StressbalanceAnalysisEnum));
    502                                                                 count++;
    503                                                         }
    504                                                 }
    505                                         }
    506                                         break;
    507                                 case P2Enum:
    508                                         for(i=0;i<iomodel->numberofvertices;i++){
    509                                                 if(iomodel->my_vertices[i]){
    510                                                         if(reCast<int,IssmDouble>(vertices_type[i])==NoneApproximationEnum){
    511                                                                 constraints->AddObject(new SpcStatic(count+1,iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+iomodel->numberofedges+i+1,0,g*rho_ice*(surface[i]-z[i])/FSreconditioning,StressbalanceAnalysisEnum));
    512                                                                 count++;
    513                                                         }
    514                                                 }
    515                                         }
    516                                         break;
    517                                 case P2bubbleEnum:
    518                                         for(i=0;i<iomodel->numberofvertices;i++){
    519                                                 if(iomodel->my_vertices[i]){
    520                                                         if(reCast<int,IssmDouble>(vertices_type[i])==NoneApproximationEnum){
    521                                                                 constraints->AddObject(new SpcStatic(count+1,iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+iomodel->numberofedges+iomodel->numberofelements+iomodel->numberoffaces+i+1,0,g*rho_ice*(surface[i]-z[i])/FSreconditioning,StressbalanceAnalysisEnum));
    522                                                                 count++;
    523                                                         }
    524                                                 }
    525                                         }
    526                                         break;
    527                                 case P2xP4Enum:
    528                                         //Nothing yet
    529                                         break;
    530                                 default:
    531                                         _error_("not implemented yet");
    532                         }
    533                         iomodel->DeleteData(vertices_type,FlowequationVertexEquationEnum);
    534                         iomodel->DeleteData(surface,SurfaceEnum);
    535                         iomodel->DeleteData(z,MeshZEnum);
    536                 }
    537                 else{
    538                         IoModelToConstraintsx(constraints,iomodel,StressbalanceSpcvxEnum,StressbalanceAnalysisEnum,finiteelement,0);
    539                         if(iomodel->domaintype!=Domain2DverticalEnum){
    540                                 IoModelToConstraintsx(constraints,iomodel,StressbalanceSpcvyEnum,StressbalanceAnalysisEnum,finiteelement,1);
    541                         }
    542                 }
    543 
    544                 return;
    545         }
    546 
    547         /*Constraints: fetch data: */
    548         iomodel->FetchData(&spcvx,&Mx,&Nx,StressbalanceSpcvxEnum);
    549         iomodel->FetchData(&spcvy,&My,&Ny,StressbalanceSpcvyEnum);
    550         iomodel->FetchData(&spcvz,&Mz,&Nz,StressbalanceSpcvzEnum);
    551         iomodel->FetchData(&nodeonSSA,NULL,NULL,FlowequationBorderSSAEnum);
    552         if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum)iomodel->FetchData(&nodeonHO,NULL,NULL,FlowequationBorderHOEnum);
    553         if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum)iomodel->FetchData(&nodeonFS,NULL,NULL,FlowequationBorderFSEnum);
    554         if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum)iomodel->FetchData(&nodeonbase,NULL,NULL,MeshVertexonbaseEnum);
    555         if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum)iomodel->FetchData(&groundedice_ls,NULL,NULL,MaskGroundediceLevelsetEnum);
    556         iomodel->FetchData(&vertices_type,NULL,NULL,FlowequationVertexEquationEnum);
    557         iomodel->FetchData(&surface,NULL,NULL,SurfaceEnum);
    558         iomodel->FetchData(&z,NULL,NULL,MeshZEnum);
    559 
    560         /*Initialize counter: */
    561         count=0;
    562 
    563         /*figure out times: */
    564         timesx=xNew<IssmDouble>(Nx);
    565         for(j=0;j<Nx;j++){
    566                 timesx[j]=spcvx[(Mx-1)*Nx+j];
    567         }
    568         /*figure out times: */
    569         timesy=xNew<IssmDouble>(Ny);
    570         for(j=0;j<Ny;j++){
    571                 timesy[j]=spcvy[(My-1)*Ny+j];
    572         }
    573         /*figure out times: */
    574         timesz=xNew<IssmDouble>(Nz);
    575         for(j=0;j<Nz;j++){
    576                 timesz[j]=spcvz[(Mz-1)*Nz+j];
    577         }
    578 
    579         /*Create spcs from x,y,z, as well as the spc values on those spcs: */
    580         for(i=0;i<iomodel->numberofvertices;i++){
    581                 if(iomodel->my_vertices[i]){
    582 
    583                         /*Start with adding spcs of coupling: zero at the border SSA/HO for the appropriate dofs*/
    584                         if(reCast<int,IssmDouble>(vertices_type[i]==SSAHOApproximationEnum)){
    585                                 /*If grionSSA, spc HO dofs: 3 & 4*/
    586                                         if (reCast<int,IssmDouble>(nodeonHO[i])){
    587                                                 constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,0,0,StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
    588                                                 count++;
    589                                                 constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,1,0,StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
    590                                                 count++;
    591                                                 if (!xIsNan<IssmDouble>(spcvx[i])){
    592                                                         constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,2,spcvx[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
    593                                                         count++;
    594                                                 }
    595                                                 if (!xIsNan<IssmDouble>(spcvy[i])){
    596                                                         constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,3,spcvy[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
    597                                                         count++;
    598                                                 }
    599 
    600                                         }
    601                                         else if (reCast<int,IssmDouble>(nodeonSSA[i])){
    602                                                 constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,2,0,StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
    603                                                 count++;
    604                                                 constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,3,0,StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
    605                                                 count++;
    606                                                 if (!xIsNan<IssmDouble>(spcvx[i])){
    607                                                         constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,0,spcvx[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
    608                                                         count++;
    609                                                 }
    610                                                 if (!xIsNan<IssmDouble>(spcvy[i])){
    611                                                         constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,1,spcvy[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
    612                                                         count++;
    613                                                 }
    614 
    615                                         }
    616                                         else _error_("if vertices_type is SSAHO, you shoud have nodeonHO or nodeonSSA");
    617                         }
    618                         /*Also add spcs of coupling: zero at the border HO/FS for the appropriate dofs*/
    619                         else if (reCast<int,IssmDouble>(vertices_type[i])==HOFSApproximationEnum){
    620                                 /*If grion,HO spc FS dofs: 3 4 & 5*/
    621                                         if (reCast<int,IssmDouble>(nodeonHO[i])){
    622                                                 constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,2,0,StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
    623                                                 count++;
    624                                                 constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,3,0,StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
    625                                                 count++;
    626                                                 constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,4,0,StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
    627                                                 count++;
    628                                                 if (!xIsNan<IssmDouble>(spcvx[i])){
    629                                                         constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,0,spcvx[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
    630                                                         count++;
    631                                                 }
    632                                                 if (!xIsNan<IssmDouble>(spcvy[i])){
    633                                                         constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,1,spcvy[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
    634                                                         count++;
    635                                                 }
    636 
    637                                         }
    638                                         else if (reCast<int,IssmDouble>(nodeonFS[i])){ //spc HO nodes: 1 & 2
    639                                                 constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,0,0,StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
    640                                                 count++;
    641                                                 constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,1,0,StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
    642                                                 count++;
    643                                                 if (!xIsNan<IssmDouble>(spcvx[i])){
    644                                                         constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,2,spcvx[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
    645                                                         count++;
    646                                                 }
    647                                                 if (!xIsNan<IssmDouble>(spcvy[i])){
    648                                                         constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,3,spcvy[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
    649                                                         count++;
    650                                                 }
    651                                                 if (!xIsNan<IssmDouble>(spcvz[i])){
    652                                                         constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,4,spcvz[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
    653                                                         count++;
    654                                                 }
    655                                         }
    656                                         else _error_("if vertices_type is HOFS, you shoud have nodeonHO or nodeonFS");
    657                         }
    658                         /*Also add spcs of coupling: zero at the border HO/FS for the appropriate dofs*/
    659                         else if (reCast<int,IssmDouble>(vertices_type[i])==SSAFSApproximationEnum){
    660                                 /*If grion,HO spc FS dofs: 3 4 & 5*/
    661                                         if (reCast<int,IssmDouble>(nodeonSSA[i])){
    662                                                 constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,2,0,StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
    663                                                 count++;
    664                                                 constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,3,0,StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
    665                                                 count++;
    666                                                 constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,4,0,StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
    667                                                 count++;
    668                                                 if (!xIsNan<IssmDouble>(spcvx[i])){
    669                                                         constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,0,spcvx[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
    670                                                         count++;
    671                                                 }
    672                                                 if (!xIsNan<IssmDouble>(spcvy[i])){
    673                                                         constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,1,spcvy[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
    674                                                         count++;
    675                                                 }
    676 
    677                                         }
    678                                         else if (reCast<int,IssmDouble>(nodeonFS[i])){ //spc SSA nodes: 1 & 2
    679                                                 constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,0,0,StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
    680                                                 count++;
    681                                                 constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,1,0,StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
    682                                                 count++;
    683                                                 if (!xIsNan<IssmDouble>(spcvx[i])){
    684                                                         constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,2,spcvx[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
    685                                                         count++;
    686                                                 }
    687                                                 if (!xIsNan<IssmDouble>(spcvy[i])){
    688                                                         constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,3,spcvy[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
    689                                                         count++;
    690                                                 }
    691                                                 if (!xIsNan<IssmDouble>(spcvz[i])){
    692                                                         constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,4,spcvz[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
    693                                                         count++;
    694                                                 }
    695                                         }
    696                                         else _error_("if vertices_type is SSAFS, you shoud have nodeonSSA or nodeonFS");
    697                         }
    698                         /*Now add the regular spcs*/
    699                         else{
    700                                 if (Mx==iomodel->numberofvertices && !xIsNan<IssmDouble>(spcvx[i])){
    701                                         constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,0,spcvx[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vx.
    702                                         count++;
    703 
    704                                 }
    705                                 else if (Mx==iomodel->numberofvertices+1) {
    706                                         /*figure out times and values: */
    707                                         values=xNew<IssmDouble>(Nx);
    708                                         spcpresent=false;
    709                                         for(j=0;j<Nx;j++){
    710                                                 values[j]=spcvx[i*Nx+j];
    711                                                 if(!xIsNan<IssmDouble>(values[j]))spcpresent=true; //NaN means no spc by default
    712                                         }
    713 
    714                                         if(spcpresent){
    715                                                 constraints->AddObject(new SpcTransient(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,0,Nx,timesx,values,StressbalanceAnalysisEnum));
    716                                                 count++;
    717                                         }
    718                                         xDelete<IssmDouble>(values);
    719                                 }
    720                                 else if (vertices_type[i]==SIAApproximationEnum){
    721                                         constraints->AddObject(new SpcDynamic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,0,StressbalanceAnalysisEnum));
    722                                         count++;
    723                                 }
    724 
    725                                 if (My==iomodel->numberofvertices && !xIsNan<IssmDouble>(spcvy[i])){
    726                                         constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,1,spcvy[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 1 to vy.
    727                                         count++;
    728                                 }
    729                                 else if (My==iomodel->numberofvertices+1){
    730                                         /*figure out times and values: */
    731                                         values=xNew<IssmDouble>(Ny);
    732                                         spcpresent=false;
    733                                         for(j=0;j<Ny;j++){
    734                                                 values[j]=spcvy[i*Ny+j];
    735                                                 if(!xIsNan<IssmDouble>(values[j]))spcpresent=true; //NaN means no spc by default
    736                                         }
    737                                         if(spcpresent){
    738                                                 constraints->AddObject(new SpcTransient(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,1,Ny,timesy,values,StressbalanceAnalysisEnum));
    739                                                 count++;
    740                                         }
    741                                         xDelete<IssmDouble>(values);
    742                                 }
    743                                 else if (vertices_type[i]==SIAApproximationEnum){
    744                                         constraints->AddObject(new SpcDynamic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,1,StressbalanceAnalysisEnum));
    745                                         count++;
    746                                 }
    747 
    748                                 if (reCast<int,IssmDouble>(vertices_type[i])==FSApproximationEnum ||  (reCast<int,IssmDouble>(vertices_type[i])==NoneApproximationEnum)){
    749                                         if (Mz==iomodel->numberofvertices && !xIsNan<IssmDouble>(spcvz[i])){
    750                                                 constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,2,spcvz[i],StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 2 to vy
    751                                                 count++;
    752                                         }
    753                                         else if (Mz==iomodel->numberofvertices+1){
    754                                                 /*figure out times and values: */
    755                                                 values=xNew<IssmDouble>(Nz);
    756                                                 spcpresent=false;
    757                                                 for(j=0;j<Nz;j++){
    758                                                         values[j]=spcvz[i*Nz+j];
    759                                                         if(!xIsNan<IssmDouble>(values[j]))spcpresent=true; //NaN means no spc by default
    760                                                 }
    761                                                 if(spcpresent){
    762                                                         constraints->AddObject(new SpcTransient(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+i+1,2,Nz,timesz,values,StressbalanceAnalysisEnum));
    763                                                         count++;
    764                                                 }
    765                                                 xDelete<IssmDouble>(values);
    766                                         }
    767 
    768                                 }
    769                                 if (reCast<int,IssmDouble>(vertices_type[i])==NoneApproximationEnum){
    770                                         constraints->AddObject(new SpcStatic(iomodel->constraintcounter+count+1,iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+i+1,0,g*rho_ice*(surface[i]-z[i])/FSreconditioning,StressbalanceAnalysisEnum)); //add count'th spc, on node i+1, setting dof 2 to vy
    771                                         count++;
    772                                 }
    773                         }
    774                 }
    775         }
    776 
    777         /*Free data: */
    778         iomodel->DeleteData(spcvx,StressbalanceSpcvxEnum);
    779         iomodel->DeleteData(spcvy,StressbalanceSpcvyEnum);
    780         iomodel->DeleteData(spcvz,StressbalanceSpcvzEnum);
    781         iomodel->DeleteData(nodeonSSA,FlowequationBorderSSAEnum);
    782         if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum)iomodel->DeleteData(nodeonHO,FlowequationBorderHOEnum);
    783         if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum)iomodel->DeleteData(nodeonFS,FlowequationBorderFSEnum);
    784         if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum)iomodel->DeleteData(nodeonbase,MeshVertexonbaseEnum);
    785         if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum)iomodel->DeleteData(groundedice_ls,MaskGroundediceLevelsetEnum);
    786         iomodel->DeleteData(vertices_type,FlowequationVertexEquationEnum);
    787         iomodel->DeleteData(surface,SurfaceEnum);
    788         iomodel->DeleteData(z,MeshZEnum);
    789 
    790         /*Free resources:*/
    791         xDelete<IssmDouble>(timesx);
    792         xDelete<IssmDouble>(timesy);
    793         xDelete<IssmDouble>(timesz);
    794         xDelete<IssmDouble>(values);
    795 
    796 }/*}}}*/
    797 void StressbalanceAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
    798 
    799         /*Intermediary*/
    800         const int   RIFTINFOSIZE = 12;
    801         int         i;
    802         int         count;
    803         int         penpair_ids[2];
    804         bool        isSSA,isL1L2,isHO,isFS;
    805         int         numpenalties,numrifts,numriftsegments;
    806         IssmDouble *riftinfo       = NULL;
    807         IssmDouble *penalties      = NULL;
    808         int         assert_int;
    809 
    810         /*Fetch parameters: */
    811         iomodel->Constant(&isL1L2,FlowequationIsL1L2Enum);
    812         iomodel->Constant(&isFS,FlowequationIsFSEnum);
    813         iomodel->Constant(&isSSA,FlowequationIsSSAEnum);
    814         iomodel->Constant(&isHO,FlowequationIsHOEnum);
    815         iomodel->Constant(&numrifts,RiftsNumriftsEnum);
    816 
    817         /*Now, is the flag macayaealHO on? otherwise, do nothing: */
    818         if(!isSSA && !isHO && !isFS && !isL1L2) return;
    819 
    820         /*Initialize counter: */
    821         count=0;
    822 
    823         /*Create Penpair for penalties: */
    824         iomodel->FetchData(&penalties,&numpenalties,NULL,StressbalanceVertexPairingEnum);
    825 
    826         for(i=0;i<numpenalties;i++){
    827 
    828                 if(iomodel->my_vertices[reCast<int,IssmDouble>(penalties[2*i+0]-1)]){
    829 
    830                         /*In debugging mode, check that the second node is in the same cpu*/
    831                         assert_int=iomodel->my_vertices[reCast<int,IssmDouble>(penalties[2*i+1]-1)]; _assert_(assert_int);
    832 
    833                         /*Get node ids*/
    834                         penpair_ids[0]=iomodel->nodecounter+reCast<int,IssmDouble>(penalties[2*i+0]);
    835                         penpair_ids[1]=iomodel->nodecounter+reCast<int,IssmDouble>(penalties[2*i+1]);
    836 
    837                         /*Create Load*/
    838                         loads->AddObject(new Penpair(iomodel->loadcounter+count+1,&penpair_ids[0],StressbalanceAnalysisEnum));
    839                         count++;
    840                 }
    841         }
    842 
    843         /*free ressources: */
    844         iomodel->DeleteData(penalties,StressbalanceVertexPairingEnum);
    845 
    846         /*Create Riffront loads for rifts: */
    847         if(numrifts){
    848                 iomodel->FetchData(&riftinfo,&numriftsegments,NULL,RiftsRiftstructEnum);
    849                 iomodel->FetchData(5,RiftsRiftstructEnum,ThicknessEnum,BaseEnum,SurfaceEnum,MaskGroundediceLevelsetEnum);
    850                 for(i=0;i<numriftsegments;i++){
    851                         if(iomodel->my_elements[reCast<int,IssmDouble>(*(riftinfo+RIFTINFOSIZE*i+2))-1]){
    852                                 loads->AddObject(new Riftfront(iomodel->loadcounter+count+1,i,iomodel,StressbalanceAnalysisEnum));
    853                                 count++;
    854                         }
    855                 }
    856                 iomodel->DeleteData(5,RiftsRiftstructEnum,ThicknessEnum,BaseEnum,SurfaceEnum,MaskGroundediceLevelsetEnum);
    857                 xDelete<IssmDouble>(riftinfo);
    858         }
     887        if(frictionlaw==4 || frictionlaw==6) parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(FrictionGammaEnum));
     888
    859889}/*}}}*/
    860890
    … …  
    882912                if (fe_FS==XTaylorHoodEnum)
    883913                 solutionsequence_la_theta(femmodel);
    884                 else if (fe_FS==LATaylorHoodEnum)
     914                else if (fe_FS==LATaylorHoodEnum || fe_FS==LACrouzeixRaviartEnum)
    885915                 solutionsequence_la(femmodel);
    886916                else if(newton>0)
    … …  
    9971027        }
    9981028}/*}}}*/
    999 void StressbalanceAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
     1029void           StressbalanceAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
    10001030
    10011031        int approximation;
    … …  
    10181048        }
    10191049}/*}}}*/
    1020 void StressbalanceAnalysis::GetSolutionFromInputsHoriz(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
     1050void           StressbalanceAnalysis::GetSolutionFromInputsHoriz(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
    10211051
    10221052        IssmDouble   vx,vy;
    … …  
    10681098        xDelete<int>(doflist);
    10691099}/*}}}*/
    1070 void StressbalanceAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
     1100void           StressbalanceAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
    10711101        _error_("Not implemented yet");
    10721102}/*}}}*/
    1073 void StressbalanceAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     1103void           StressbalanceAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    10741104
    10751105        int approximation;
    … …  
    11031133        }
    11041134}/*}}}*/
    1105 void StressbalanceAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     1135void           StressbalanceAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    11061136        /*Default, do nothing*/
    11071137        bool islevelset;
    … …  
    14511481                                        Bprime,bsize,numdof,0,
    14521482                                        &Ke->values[0],1);
    1453 
    1454                 for(int i=0;i<bsize*numdof;i++) if(B[i]==1.) _error_("STREAM");
    1455                 for(int i=0;i<bsize*numdof;i++) if(Bprime[i]==1.) _error_("STREAM");
    14561483        }
    14571484
    … …  
    15411568                element->NodalFunctions(basis, gauss);
    15421569
    1543                 thickness_input->GetInputValue(&thickness,gauss);
     1570                thickness_input->GetInputValue(&thickness,gauss); _assert_(thickness>0);
    15441571                surface_input->GetInputDerivativeValue(&slope[0],xyz_list,gauss);
    15451572
    … …  
    15981625        IssmDouble gravity     = element->GetMaterialParameter(ConstantsGEnum);
    15991626        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    1600         //element->ZeroLevelsetCoordinates(&xyz_list_front,xyz_list,MaskIceLevelsetEnum);
    16011627        element->GetIcefrontCoordinates(&xyz_list_front,xyz_list,MaskIceLevelsetEnum);
    16021628        element->NormalSection(&normal[0],xyz_list_front);
    … …  
    16341660        return pe;
    16351661}/*}}}*/
    1636 void StressbalanceAnalysis::GetBSSA(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     1662void           StressbalanceAnalysis::GetBSSA(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    16371663        /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3] where Bi is of size 3*NDOF2.
    16381664         * For node i, Bi can be expressed in the actual coordinate system
    … …  
    16741700        xDelete<IssmDouble>(dbasis);
    16751701}/*}}}*/
    1676 void StressbalanceAnalysis::GetBSSAFriction(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     1702void           StressbalanceAnalysis::GetBSSAFriction(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    16771703        /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3] where Bi is square and of size 2.
    16781704         * For node i, Bi can be expressed in the actual coordinate system
    … …  
    17111737        xDelete<IssmDouble>(basis);
    17121738}/*}}}*/
    1713 void StressbalanceAnalysis::GetBSSAprime(IssmDouble* Bprime,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     1739void           StressbalanceAnalysis::GetBSSAprime(IssmDouble* Bprime,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    17141740        /*Compute B'  matrix. B'=[B1' B2' B3'] where Bi' is of size 3*NDOF2.
    17151741         * For node i, Bi' can be expressed in the actual coordinate system
    … …  
    17511777        xDelete<IssmDouble>(dbasis);
    17521778}/*}}}*/
    1753 void StressbalanceAnalysis::InputUpdateFromSolutionSSA(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     1779void           StressbalanceAnalysis::InputUpdateFromSolutionSSA(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    17541780
    17551781        int         i,dim,domaintype;
    … …  
    20502076        IssmDouble gravity     = element->GetMaterialParameter(ConstantsGEnum);
    20512077        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    2052         element->ZeroLevelsetCoordinates(&xyz_list_front,xyz_list,MaskIceLevelsetEnum);
     2078        element->GetIcefrontCoordinates(&xyz_list_front,xyz_list,MaskIceLevelsetEnum);
    20532079        element->NormalSection(&normal[0],xyz_list_front);
    20542080
    … …  
    20852111        return pe;
    20862112}/*}}}*/
    2087 void StressbalanceAnalysis::InputUpdateFromSolutionL1L2(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     2113void           StressbalanceAnalysis::InputUpdateFromSolutionL1L2(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    20882114
    20892115        int         i,dim,domaintype;
    … …  
    22602286        return Ke;
    22612287}/*}}}*/
     2288ElementMatrix* StressbalanceAnalysis::CreateKMatrixHOFriction(Element* element){/*{{{*/
     2289
     2290        /* Check if ice in element */
     2291        if(!element->IsIceInElement()) return NULL;
     2292
     2293        if(element->IsFloating() || !element->IsOnBase()) return NULL;
     2294
     2295        /*Intermediaries*/
     2296        int         dim;
     2297        bool        mainlyfloating;
     2298        int         migration_style,point1;
     2299        IssmDouble  alpha2,Jdet,fraction1,fraction2;
     2300        IssmDouble  gllevelset,phi=1.;
     2301        IssmDouble *xyz_list_base = NULL;
     2302        Gauss*      gauss         = NULL;
     2303
     2304        /*Get problem dimension*/
     2305        element->FindParam(&dim,DomainDimensionEnum);
     2306
     2307        /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
     2308        int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
     2309        int numdof   = numnodes*(dim-1);
     2310
     2311        /*Initialize Element matrix and vectors*/
     2312        ElementMatrix* Ke = element->NewElementMatrix(HOApproximationEnum);
     2313        IssmDouble*    B  = xNew<IssmDouble>((dim-1)*numdof);
     2314        IssmDouble*    D  = xNewZeroInit<IssmDouble>((dim-1)*(dim-1));
     2315
     2316        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     2317        element->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_base);
     2318        element->FindParam(&migration_style,GroundinglineMigrationEnum);
     2319        Input* gllevelset_input = NULL;
     2320
     2321        /*build friction object, used later on: */
     2322        Friction* friction=new Friction(element,2);
     2323
     2324        /*Recover portion of element that is grounded*/
     2325        if(migration_style==SubelementMigrationEnum) phi=element->GetGroundedPortion(xyz_list_base);
     2326        if(migration_style==SubelementMigration2Enum){
     2327                gllevelset_input=element->GetInput(MaskGroundediceLevelsetEnum); _assert_(gllevelset_input);
     2328                element->GetGroundedPart(&point1,&fraction1,&fraction2,&mainlyfloating);
     2329                //gauss = element->NewGauss(point1,fraction1,fraction2,mainlyfloating,2);
     2330                gauss=element->NewGaussBase(2);
     2331        }
     2332        else{
     2333                gauss=element->NewGaussBase(2);
     2334        }
     2335
     2336        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     2337        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     2338                gauss->GaussPoint(ig);
     2339
     2340                friction->GetAlpha2(&alpha2,gauss);
     2341                if(migration_style==SubelementMigrationEnum) alpha2=phi*alpha2;
     2342                if(migration_style==SubelementMigration2Enum){
     2343                        gllevelset_input->GetInputValue(&gllevelset, gauss);
     2344                        if(gllevelset<0.) alpha2=0.;
     2345                }
     2346
     2347                this->GetBHOFriction(B,element,dim,xyz_list_base,gauss);
     2348                element->JacobianDeterminantBase(&Jdet,xyz_list_base,gauss);
     2349                for(int i=0;i<dim-1;i++) D[i*(dim-1)+i]=alpha2*gauss->weight*Jdet;
     2350
     2351                TripleMultiply(B,dim-1,numdof,1,
     2352                                        D,dim-1,dim-1,0,
     2353                                        B,dim-1,numdof,0,
     2354                                        &Ke->values[0],1);
     2355        }
     2356
     2357        /*Transform Coordinate System*/
     2358        if(dim==3) element->TransformStiffnessMatrixCoord(Ke,XYEnum);
     2359
     2360        /*Clean up and return*/
     2361        delete gauss;
     2362        delete friction;
     2363        xDelete<IssmDouble>(xyz_list_base);
     2364        xDelete<IssmDouble>(B);
     2365        xDelete<IssmDouble>(D);
     2366        return Ke;
     2367}/*}}}*/
    22622368ElementMatrix* StressbalanceAnalysis::CreateKMatrixHOViscous(Element* element){/*{{{*/
    22632369
    … …  
    23322438        return Ke;
    23332439}/*}}}*/
    2334 ElementMatrix* StressbalanceAnalysis::CreateKMatrixHOFriction(Element* element){/*{{{*/
    2335 
    2336         /* Check if ice in element */
    2337         if(!element->IsIceInElement()) return NULL;
    2338 
    2339         if(element->IsFloating() || !element->IsOnBase()) return NULL;
    2340 
    2341         /*Intermediaries*/
    2342         int         dim;
    2343         bool        mainlyfloating;
    2344         int         migration_style,point1;
    2345         IssmDouble  alpha2,Jdet,fraction1,fraction2;
    2346         IssmDouble  gllevelset,phi=1.;
    2347         IssmDouble *xyz_list_base = NULL;
    2348         Gauss*      gauss         = NULL;
    2349 
    2350         /*Get problem dimension*/
    2351         element->FindParam(&dim,DomainDimensionEnum);
    2352 
    2353         /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
    2354         int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
    2355         int numdof   = numnodes*(dim-1);
    2356 
    2357         /*Initialize Element matrix and vectors*/
    2358         ElementMatrix* Ke = element->NewElementMatrix(HOApproximationEnum);
    2359         IssmDouble*    B  = xNew<IssmDouble>((dim-1)*numdof);
    2360         IssmDouble*    D  = xNewZeroInit<IssmDouble>((dim-1)*(dim-1));
    2361 
    2362         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    2363         element->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_base);
    2364         element->FindParam(&migration_style,GroundinglineMigrationEnum);
    2365         Input* gllevelset_input = NULL;
    2366 
    2367         /*build friction object, used later on: */
    2368         Friction* friction=new Friction(element,2);
    2369 
    2370         /*Recover portion of element that is grounded*/
    2371         if(migration_style==SubelementMigrationEnum) phi=element->GetGroundedPortion(xyz_list_base);
    2372         if(migration_style==SubelementMigration2Enum){
    2373                 gllevelset_input=element->GetInput(MaskGroundediceLevelsetEnum); _assert_(gllevelset_input);
    2374                 element->GetGroundedPart(&point1,&fraction1,&fraction2,&mainlyfloating);
    2375                 //gauss = element->NewGauss(point1,fraction1,fraction2,mainlyfloating,2);
    2376                 gauss=element->NewGaussBase(2);
    2377         }
    2378         else{
    2379                 gauss=element->NewGaussBase(2);
    2380         }
    2381 
    2382         /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    2383         for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    2384                 gauss->GaussPoint(ig);
    2385 
    2386                 friction->GetAlpha2(&alpha2,gauss);
    2387                 if(migration_style==SubelementMigrationEnum) alpha2=phi*alpha2;
    2388                 if(migration_style==SubelementMigration2Enum){
    2389                         gllevelset_input->GetInputValue(&gllevelset, gauss);
    2390                         if(gllevelset<0.) alpha2=0.;
    2391                 }
    2392 
    2393                 this->GetBHOFriction(B,element,dim,xyz_list_base,gauss);
    2394                 element->JacobianDeterminantBase(&Jdet,xyz_list_base,gauss);
    2395                 for(int i=0;i<dim-1;i++) D[i*(dim-1)+i]=alpha2*gauss->weight*Jdet;
    2396 
    2397                 TripleMultiply(B,dim-1,numdof,1,
    2398                                         D,dim-1,dim-1,0,
    2399                                         B,dim-1,numdof,0,
    2400                                         &Ke->values[0],1);
    2401         }
    2402 
    2403         /*Transform Coordinate System*/
    2404         if(dim==3) element->TransformStiffnessMatrixCoord(Ke,XYEnum);
    2405 
    2406         /*Clean up and return*/
    2407         delete gauss;
    2408         delete friction;
    2409         xDelete<IssmDouble>(xyz_list_base);
    2410         xDelete<IssmDouble>(B);
    2411         xDelete<IssmDouble>(D);
    2412         return Ke;
    2413 }/*}}}*/
    24142440#ifdef FSANALYTICAL
    24152441ElementVector* StressbalanceAnalysis::CreatePVectorHO(Element* element){/*{{{*/
    … …  
    25682594        IssmDouble gravity   = element->GetMaterialParameter(ConstantsGEnum);
    25692595        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    2570         element->ZeroLevelsetCoordinates(&xyz_list_front,xyz_list,MaskIceLevelsetEnum);
     2596        element->GetIcefrontCoordinates(&xyz_list_front,xyz_list,MaskIceLevelsetEnum);
    25712597        element->NormalSection(&normal[0],xyz_list_front);
    25722598
    … …  
    26072633        return pe;
    26082634}/*}}}*/
    2609 void StressbalanceAnalysis::GetBHO(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     2635void           StressbalanceAnalysis::GetBHO(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    26102636        /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3 B4 B5 B6] where Bi is of size 5*NDOF2.
    26112637         * For node i, Bi can be expressed in the actual coordinate system
    … …  
    26562682        xDelete<IssmDouble>(dbasis);
    26572683}/*}}}*/
    2658 void StressbalanceAnalysis::GetBHOprime(IssmDouble* Bprime,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     2684void           StressbalanceAnalysis::GetBHOFriction(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     2685        /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3] where Bi is square and of size 2.
     2686         * For node i, Bi can be expressed in the actual coordinate system
     2687         * by:
     2688         *                       3D           2D
     2689         *                 Bi=[ N   0 ]    Bi=N
     2690         *                    [ 0   N ]
     2691         * where N is the finiteelement function for node i.
     2692         *
     2693         * We assume B has been allocated already, of size: 2 x (numdof*numnodes)
     2694         */
     2695
     2696        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
     2697        int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
     2698
     2699        /*Get nodal functions derivatives*/
     2700        IssmDouble* basis=xNew<IssmDouble>(numnodes);
     2701        element->NodalFunctions(basis,gauss);
     2702
     2703        /*Build L: */
     2704        if(dim==3){
     2705                for(int i=0;i<numnodes;i++){
     2706                        B[2*numnodes*0+2*i+0] = basis[i];
     2707                        B[2*numnodes*0+2*i+1] = 0.;
     2708                        B[2*numnodes*1+2*i+0] = 0.;
     2709                        B[2*numnodes*1+2*i+1] = basis[i];
     2710                }
     2711        }
     2712        else{
     2713                for(int i=0;i<numnodes;i++){
     2714                        B[i] = basis[i];
     2715                }
     2716        }
     2717
     2718        /*Clean-up*/
     2719        xDelete<IssmDouble>(basis);
     2720}/*}}}*/
     2721void           StressbalanceAnalysis::GetBHOprime(IssmDouble* Bprime,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    26592722        /*Compute B'  matrix. B'=[B1' B2' B3'] where Bi' is of size 3*NDOF2.
    26602723         * For node i, Bi' can be expressed in the actual coordinate system
    … …  
    27012764        xDelete<IssmDouble>(dbasis);
    27022765}/*}}}*/
    2703 void StressbalanceAnalysis::GetBHOFriction(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    2704         /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3] where Bi is square and of size 2.
    2705          * For node i, Bi can be expressed in the actual coordinate system
    2706          * by:
    2707          *                       3D           2D
    2708          *                 Bi=[ N   0 ]    Bi=N
    2709          *                    [ 0   N ]
    2710          * where N is the finiteelement function for node i.
    2711          *
    2712          * We assume B has been allocated already, of size: 2 x (numdof*numnodes)
    2713          */
    2714 
    2715         /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    2716         int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
    2717 
    2718         /*Get nodal functions derivatives*/
    2719         IssmDouble* basis=xNew<IssmDouble>(numnodes);
    2720         element->NodalFunctions(basis,gauss);
    2721 
    2722         /*Build L: */
    2723         if(dim==3){
    2724                 for(int i=0;i<numnodes;i++){
    2725                         B[2*numnodes*0+2*i+0] = basis[i];
    2726                         B[2*numnodes*0+2*i+1] = 0.;
    2727                         B[2*numnodes*1+2*i+0] = 0.;
    2728                         B[2*numnodes*1+2*i+1] = basis[i];
    2729                 }
    2730         }
    2731         else{
    2732                 for(int i=0;i<numnodes;i++){
    2733                         B[i] = basis[i];
    2734                 }
    2735         }
    2736 
    2737         /*Clean-up*/
    2738         xDelete<IssmDouble>(basis);
    2739 }/*}}}*/
    2740 void StressbalanceAnalysis::InputUpdateFromSolutionHO(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     2766void           StressbalanceAnalysis::InputUpdateFromSolutionHO(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    27412767
    27422768        int         i,dim;
    … …  
    29412967        if(fe_FS==XTaylorHoodEnum)
    29422968         Ke1=CreateKMatrixFSViscousXTH(element);
    2943         else if(fe_FS==LATaylorHoodEnum)
    2944          Ke1=CreateKMatrixFSViscousLATH(element);
     2969        else if(fe_FS==LATaylorHoodEnum || fe_FS==LACrouzeixRaviartEnum)
     2970         Ke1=CreateKMatrixFSViscousLA(element);
    29452971        else
    29462972         Ke1=CreateKMatrixFSViscous(element);
    … …  
    29562982        return Ke;
    29572983}/*}}}*/
    2958 ElementMatrix* StressbalanceAnalysis::CreateKMatrixFSViscousLATH(Element* element){/*{{{*/
     2984ElementMatrix* StressbalanceAnalysis::CreateKMatrixFSShelf(Element* element){/*{{{*/
     2985
     2986        if(!element->IsFloating() || !element->IsOnBase()) return NULL;
     2987
     2988        /*If on not water or not FS, skip stiffness: */
     2989        int approximation,shelf_dampening;
     2990        element->GetInputValue(&approximation,ApproximationEnum);
     2991        if(approximation!=FSApproximationEnum && approximation!=SSAFSApproximationEnum && approximation!=HOFSApproximationEnum) return NULL;
     2992        element->FindParam(&shelf_dampening,StressbalanceShelfDampeningEnum);
     2993        if(shelf_dampening==0) return NULL;
     2994
     2995        /*Intermediaries*/
     2996        bool        mainlyfloating;
     2997        int         j,i,dim;
     2998        IssmDouble  Jdet,slope2,scalar,dt;
     2999        IssmDouble  slope[3];
     3000        IssmDouble *xyz_list_base = NULL;
     3001        IssmDouble *xyz_list      = NULL;
     3002        Gauss*      gauss         = NULL;
     3003
     3004        /*Get problem dimension*/
     3005        element->FindParam(&dim,DomainDimensionEnum);
     3006
     3007        /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
     3008        int vnumnodes = element->NumberofNodesVelocity();
     3009        int pnumnodes = element->NumberofNodesPressure();
     3010        int numdof    = vnumnodes*dim + pnumnodes;
     3011
     3012        /*Initialize Element matrix and vectors*/
     3013        ElementMatrix* Ke = element->NewElementMatrix(FSvelocityEnum);
     3014        IssmDouble*    vbasis = xNew<IssmDouble>(vnumnodes);
     3015
     3016        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     3017        element->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_base);
     3018        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     3019        element->FindParam(&dt,TimesteppingTimeStepEnum);
     3020        if(dt==0)   dt=1.e+5;
     3021        IssmDouble  rho_water     = element->GetMaterialParameter(MaterialsRhoSeawaterEnum);
     3022        IssmDouble  gravity       = element->GetMaterialParameter(ConstantsGEnum);
     3023        Input*      surface_input = element->GetInput(SurfaceEnum); _assert_(surface_input);
     3024
     3025        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     3026        gauss=element->NewGaussBase(3);
     3027        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     3028                gauss->GaussPoint(ig);
     3029
     3030                surface_input->GetInputDerivativeValue(&slope[0],xyz_list,gauss);
     3031                element->NodalFunctionsVelocity(vbasis,gauss);
     3032                element->JacobianDeterminantBase(&Jdet,xyz_list_base,gauss);
     3033                if(dim==2) slope2=slope[0]*slope[0];
     3034                else if(dim==3) slope2=slope[0]*slope[0]+slope[1]*slope[1];
     3035                scalar  = rho_water*gravity*sqrt(1+slope2)*gauss->weight*Jdet*dt;
     3036                for(i=0;i<vnumnodes;i++){
     3037                        for(j=0;j<vnumnodes;j++){
     3038                                Ke->values[numdof*((i+1)*dim-1)+(j+1)*dim-1] += scalar*vbasis[i]*vbasis[j];
     3039                        }
     3040                }
     3041        }
     3042
     3043        /*DO NOT Transform Coordinate System: this stiffness matrix is already expressed in tangential coordinates*/
     3044
     3045        /*Clean up and return*/
     3046        delete gauss;
     3047        xDelete<IssmDouble>(xyz_list_base);
     3048        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     3049        xDelete<IssmDouble>(vbasis);
     3050        return Ke;
     3051}/*}}}*/
     3052ElementMatrix* StressbalanceAnalysis::CreateKMatrixFSViscous(Element* element){/*{{{*/
     3053
     3054        /*Intermediaries*/
     3055        int         i,dim,epssize;
     3056        IssmDouble  viscosity,FSreconditioning,Jdet;
     3057        IssmDouble *xyz_list = NULL;
     3058
     3059        /*Get problem dimension*/
     3060        element->FindParam(&dim,DomainDimensionEnum);
     3061        if(dim==2) epssize = 3;
     3062        else       epssize = 6;
     3063
     3064        /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
     3065        int vnumnodes = element->NumberofNodesVelocity();
     3066        int pnumnodes = element->NumberofNodesPressure();
     3067        int numdof    = vnumnodes*dim + pnumnodes;
     3068        int bsize     = epssize + 2;
     3069
     3070        /*Prepare coordinate system list*/
     3071        int* cs_list = xNew<int>(vnumnodes+pnumnodes);
     3072        if(dim==2) for(i=0;i<vnumnodes;i++) cs_list[i] = XYEnum;
     3073        else       for(i=0;i<vnumnodes;i++) cs_list[i] = XYZEnum;
     3074        for(i=0;i<pnumnodes;i++) cs_list[vnumnodes+i] = PressureEnum;
     3075
     3076        /*Initialize Element matrix and vectors*/
     3077        ElementMatrix* Ke     = element->NewElementMatrix(FSvelocityEnum);
     3078        IssmDouble*    B      = xNew<IssmDouble>(bsize*numdof);
     3079        IssmDouble*    Bprime = xNew<IssmDouble>(bsize*numdof);
     3080        IssmDouble*    D      = xNewZeroInit<IssmDouble>(bsize*bsize);
     3081
     3082        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     3083        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     3084        element->FindParam(&FSreconditioning,StressbalanceFSreconditioningEnum);
     3085        Input* vx_input=element->GetInput(VxEnum);     _assert_(vx_input);
     3086        Input* vy_input=element->GetInput(VyEnum);     _assert_(vy_input);
     3087        Input* vz_input;
     3088        if(dim==3){vz_input=element->GetInput(VzEnum); _assert_(vz_input);}
     3089
     3090        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     3091        Gauss* gauss = element->NewGauss(5);
     3092        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     3093                gauss->GaussPoint(ig);
     3094
     3095                element->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
     3096                this->GetBFS(B,element,dim,xyz_list,gauss);
     3097                this->GetBFSprime(Bprime,element,dim,xyz_list,gauss);
     3098
     3099                element->ViscosityFS(&viscosity,dim,xyz_list,gauss,vx_input,vy_input,vz_input);
     3100                for(i=0;i<epssize;i++)     D[i*bsize+i] = + 2.*viscosity*gauss->weight*Jdet;
     3101                for(i=epssize;i<bsize;i++) D[i*bsize+i] = - FSreconditioning*gauss->weight*Jdet;
     3102
     3103                TripleMultiply(B,bsize,numdof,1,
     3104                                        D,bsize,bsize,0,
     3105                                        Bprime,bsize,numdof,0,
     3106                                        &Ke->values[0],1);
     3107        }
     3108
     3109        /*Transform Coordinate System*/
     3110        element->TransformStiffnessMatrixCoord(Ke,cs_list);
     3111
     3112        /*Clean up and return*/
     3113        delete gauss;
     3114        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     3115        xDelete<IssmDouble>(D);
     3116        xDelete<IssmDouble>(Bprime);
     3117        xDelete<IssmDouble>(B);
     3118        xDelete<int>(cs_list);
     3119        return Ke;
     3120}/*}}}*/
     3121ElementMatrix* StressbalanceAnalysis::CreateKMatrixFSViscousLA(Element* element){/*{{{*/
    29593122
    29603123        /*Intermediaries*/
    … …  
    30283191        }
    30293192
    3030         if(element->IsOnBase()){
     3193        /*The pressure augmentation should not be transformed*/
     3194        MatrixMultiply(BtBUzawa,pnumdof,numdof,1,
     3195                                BtBUzawa,pnumdof,numdof,0,
     3196                                &Ke->values[0],1);
     3197
     3198        if(element->IsOnBase() && 0){
    30313199                element->FindParam(&rl,AugmentedLagrangianRlambdaEnum);
    30323200                element->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_base);
    … …  
    30683236        /*Transform Coordinate System*/
    30693237        element->TransformStiffnessMatrixCoord(Ke,cs_list);
    3070 
    3071         /*The pressure augmentation should not be transformed*/
    3072         MatrixMultiply(BtBUzawa,pnumdof,numdof,1,
    3073                                 BtBUzawa,pnumdof,numdof,0,
    3074                                 &Ke->values[0],1);
    30753238
    30763239        /*Clean up and return*/
    … …  
    31553318        return Ke;
    31563319}/*}}}*/
    3157 ElementMatrix* StressbalanceAnalysis::CreateKMatrixFSViscous(Element* element){/*{{{*/
    3158 
    3159         /*Intermediaries*/
    3160         int         i,dim,epssize;
    3161         IssmDouble  viscosity,FSreconditioning,Jdet;
    3162         IssmDouble *xyz_list = NULL;
    3163 
    3164         /*Get problem dimension*/
    3165         element->FindParam(&dim,DomainDimensionEnum);
    3166         if(dim==2) epssize = 3;
    3167         else       epssize = 6;
    3168 
    3169         /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
    3170         int vnumnodes = element->NumberofNodesVelocity();
    3171         int pnumnodes = element->NumberofNodesPressure();
    3172         int numdof    = vnumnodes*dim + pnumnodes;
    3173         int bsize     = epssize + 2;
    3174 
    3175         /*Prepare coordinate system list*/
    3176         int* cs_list = xNew<int>(vnumnodes+pnumnodes);
    3177         if(dim==2) for(i=0;i<vnumnodes;i++) cs_list[i] = XYEnum;
    3178         else       for(i=0;i<vnumnodes;i++) cs_list[i] = XYZEnum;
    3179         for(i=0;i<pnumnodes;i++) cs_list[vnumnodes+i] = PressureEnum;
    3180 
    3181         /*Initialize Element matrix and vectors*/
    3182         ElementMatrix* Ke     = element->NewElementMatrix(FSvelocityEnum);
    3183         IssmDouble*    B      = xNew<IssmDouble>(bsize*numdof);
    3184         IssmDouble*    Bprime = xNew<IssmDouble>(bsize*numdof);
    3185         IssmDouble*    D      = xNewZeroInit<IssmDouble>(bsize*bsize);
    3186 
    3187         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    3188         element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    3189         element->FindParam(&FSreconditioning,StressbalanceFSreconditioningEnum);
    3190         Input* vx_input=element->GetInput(VxEnum);     _assert_(vx_input);
    3191         Input* vy_input=element->GetInput(VyEnum);     _assert_(vy_input);
    3192         Input* vz_input;
    3193         if(dim==3){vz_input=element->GetInput(VzEnum); _assert_(vz_input);}
    3194 
    3195         /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    3196         Gauss* gauss = element->NewGauss(5);
    3197         for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    3198                 gauss->GaussPoint(ig);
    3199 
    3200                 element->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
    3201                 this->GetBFS(B,element,dim,xyz_list,gauss);
    3202                 this->GetBFSprime(Bprime,element,dim,xyz_list,gauss);
    3203 
    3204                 element->ViscosityFS(&viscosity,dim,xyz_list,gauss,vx_input,vy_input,vz_input);
    3205                 for(i=0;i<epssize;i++)     D[i*bsize+i] = + 2.*viscosity*gauss->weight*Jdet;
    3206                 for(i=epssize;i<bsize;i++) D[i*bsize+i] = - FSreconditioning*gauss->weight*Jdet;
    3207 
    3208                 TripleMultiply(B,bsize,numdof,1,
    3209                                         D,bsize,bsize,0,
    3210                                         Bprime,bsize,numdof,0,
    3211                                         &Ke->values[0],1);
    3212         }
    3213 
    3214         /*Transform Coordinate System*/
    3215         element->TransformStiffnessMatrixCoord(Ke,cs_list);
    3216 
    3217         /*Clean up and return*/
    3218         delete gauss;
    3219         xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
    3220         xDelete<IssmDouble>(D);
    3221         xDelete<IssmDouble>(Bprime);
    3222         xDelete<IssmDouble>(B);
    3223         xDelete<int>(cs_list);
    3224         return Ke;
    3225 }/*}}}*/
    3226 ElementMatrix* StressbalanceAnalysis::CreateKMatrixFSShelf(Element* element){/*{{{*/
    3227 
    3228         if(!element->IsFloating() || !element->IsOnBase()) return NULL;
    3229 
    3230         /*If on not water or not FS, skip stiffness: */
    3231         int approximation,shelf_dampening;
    3232         element->GetInputValue(&approximation,ApproximationEnum);
    3233         if(approximation!=FSApproximationEnum && approximation!=SSAFSApproximationEnum && approximation!=HOFSApproximationEnum) return NULL;
    3234         element->FindParam(&shelf_dampening,StressbalanceShelfDampeningEnum);
    3235         if(shelf_dampening==0) return NULL;
    3236 
    3237         /*Intermediaries*/
    3238         bool        mainlyfloating;
    3239         int         j,i,dim;
    3240         IssmDouble  Jdet,slope2,scalar,dt;
    3241         IssmDouble  slope[3];
    3242         IssmDouble *xyz_list_base = NULL;
    3243         IssmDouble *xyz_list      = NULL;
    3244         Gauss*      gauss         = NULL;
    3245 
    3246         /*Get problem dimension*/
    3247         element->FindParam(&dim,DomainDimensionEnum);
    3248 
    3249         /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
    3250         int vnumnodes = element->NumberofNodesVelocity();
    3251         int pnumnodes = element->NumberofNodesPressure();
    3252         int numdof    = vnumnodes*dim + pnumnodes;
    3253 
    3254         /*Initialize Element matrix and vectors*/
    3255         ElementMatrix* Ke = element->NewElementMatrix(FSvelocityEnum);
    3256         IssmDouble*    vbasis = xNew<IssmDouble>(vnumnodes);
    3257 
    3258         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    3259         element->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_base);
    3260         element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    3261         element->FindParam(&dt,TimesteppingTimeStepEnum);
    3262         if(dt==0)   dt=1.e+5;
    3263         IssmDouble  rho_water     = element->GetMaterialParameter(MaterialsRhoSeawaterEnum);
    3264         IssmDouble  gravity       = element->GetMaterialParameter(ConstantsGEnum);
    3265         Input*      surface_input = element->GetInput(SurfaceEnum); _assert_(surface_input);
    3266 
    3267         /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    3268         gauss=element->NewGaussBase(3);
    3269         for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    3270                 gauss->GaussPoint(ig);
    3271 
    3272                 surface_input->GetInputDerivativeValue(&slope[0],xyz_list,gauss);
    3273                 element->NodalFunctionsVelocity(vbasis,gauss);
    3274                 element->JacobianDeterminantBase(&Jdet,xyz_list_base,gauss);
    3275                 if(dim==2) slope2=slope[0]*slope[0];
    3276                 else if(dim==3) slope2=slope[0]*slope[0]+slope[1]*slope[1];
    3277                 scalar  = rho_water*gravity*sqrt(1+slope2)*gauss->weight*Jdet*dt;
    3278                 for(i=0;i<vnumnodes;i++){
    3279                         for(j=0;j<vnumnodes;j++){
    3280                                 Ke->values[numdof*((i+1)*dim-1)+(j+1)*dim-1] += scalar*vbasis[i]*vbasis[j];
    3281                         }
    3282                 }
    3283         }
    3284 
    3285         /*DO NOT Transform Coordinate System: this stiffness matrix is already expressed in tangential coordinates*/
    3286 
    3287         /*Clean up and return*/
    3288         delete gauss;
    3289         xDelete<IssmDouble>(xyz_list_base);
    3290         xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
    3291         xDelete<IssmDouble>(vbasis);
    3292         return Ke;
    3293 }/*}}}*/
    32943320#ifdef FSANALYTICAL
    32953321ElementMatrix* StressbalanceAnalysis::CreateKMatrixFSFriction(Element* element){/*{{{*/
    … …  
    33763402
    33773403        /*clean-up and return*/
     3404        return pe;
     3405}/*}}}*/
     3406ElementVector* StressbalanceAnalysis::CreatePVectorFSFriction(Element* element){/*{{{*/
     3407
     3408        if(!element->IsOnBase()) return NULL;
     3409
     3410        /*Intermediaries*/
     3411        int         dim;
     3412        IssmDouble  alpha2,Jdet;
     3413        IssmDouble  bed_normal[3];
     3414        IssmDouble *xyz_list_base = NULL;
     3415        Gauss*      gauss         = NULL;
     3416
     3417        /*Get problem dimension*/
     3418        element->FindParam(&dim,DomainDimensionEnum);
     3419
     3420        /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
     3421        int vnumnodes = element->NumberofNodesVelocity();
     3422
     3423        /*Initialize Element matrix and vectors*/
     3424        ElementVector* pe = element->NewElementVector(FSvelocityEnum);
     3425        IssmDouble*    vbasis = xNew<IssmDouble>(vnumnodes);
     3426
     3427        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     3428        element->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_base);
     3429        Input*  alpha2_input=element->GetInput(FrictionCoefficientEnum); _assert_(alpha2_input);
     3430
     3431        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     3432        gauss=element->NewGaussBase(3);
     3433        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     3434                gauss->GaussPoint(ig);
     3435
     3436                alpha2_input->GetInputValue(&alpha2, gauss);
     3437                element->JacobianDeterminantBase(&Jdet,xyz_list_base,gauss);
     3438                element->NodalFunctionsVelocity(vbasis,gauss);
     3439                element->NormalBase(&bed_normal[0],xyz_list_base);
     3440
     3441                for(int i=0;i<vnumnodes;i++){
     3442                        pe->values[i*dim+0] += - alpha2*gauss->weight*Jdet*vbasis[i]*bed_normal[1];
     3443                        pe->values[i*dim+1] += alpha2*gauss->weight*Jdet*vbasis[i]*bed_normal[0];
     3444                        if(dim==3){
     3445                                pe->values[i*dim+2]+= alpha2*gauss->weight*Jdet*vbasis[i];
     3446                        }
     3447                }
     3448
     3449        }
     3450
     3451        /*DO NOT Transform Coordinate System: this stiffness matrix is already expressed in tangential coordinates*/
     3452
     3453        /*Clean up and return*/
     3454        delete gauss;
     3455        xDelete<IssmDouble>(xyz_list_base);
     3456        xDelete<IssmDouble>(vbasis);
     3457        return pe;
     3458}/*}}}*/
     3459ElementVector* StressbalanceAnalysis::CreatePVectorFSStress(Element* element){/*{{{*/
     3460
     3461        if(!element->IsOnBase()) return NULL;
     3462
     3463        /*Intermediaries*/
     3464        int         dim;
     3465        IssmDouble  sigmann,sigmant,Jdet,bedslope,beta;
     3466        IssmDouble *xyz_list_base = NULL;
     3467        Gauss*      gauss         = NULL;
     3468
     3469        /*Get problem dimension*/
     3470        element->FindParam(&dim,DomainDimensionEnum);
     3471
     3472        /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
     3473        int vnumnodes = element->NumberofNodesVelocity();
     3474
     3475        /*Initialize Element matrix and vectors*/
     3476        ElementVector* pe = element->NewElementVector(FSvelocityEnum);
     3477        IssmDouble*    vbasis = xNew<IssmDouble>(vnumnodes);
     3478
     3479        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     3480        element->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_base);
     3481        Input*  sigmann_input=element->GetInput(VzEnum); _assert_(sigmann_input);
     3482        Input*  sigmant_input=element->GetInput(TemperatureEnum); _assert_(sigmant_input);
     3483        Input*  bedslope_input=element->GetInput(BedSlopeXEnum);     _assert_(bedslope_input);
     3484
     3485        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     3486        gauss=element->NewGaussBase(3);
     3487        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     3488                gauss->GaussPoint(ig);
     3489
     3490                sigmann_input->GetInputValue(&sigmann, gauss);
     3491                sigmant_input->GetInputValue(&sigmant, gauss);
     3492                bedslope_input->GetInputValue(&bedslope, gauss);
     3493                element->JacobianDeterminantBase(&Jdet,xyz_list_base,gauss);
     3494                element->NodalFunctionsVelocity(vbasis,gauss);
     3495
     3496                beta=sqrt(1+bedslope*bedslope);
     3497                for(int i=0;i<vnumnodes;i++){
     3498                        pe->values[i*dim+0] += - (1./beta)*(-bedslope*sigmann + sigmant)*gauss->weight*Jdet*vbasis[i];
     3499                        pe->values[i*dim+1] += - (1./beta)*(sigmann + bedslope*sigmant)*gauss->weight*Jdet*vbasis[i];
     3500                        if(dim==3){
     3501                                //pe->values[i*dim+2]+= alpha2*gauss->weight*Jdet*vbasis[i];
     3502                                _error_("3d not supported yet");
     3503                        }
     3504                }
     3505
     3506        }
     3507
     3508        /*DO NOT Transform Coordinate System: this stiffness matrix is already expressed in tangential coordinates*/
     3509
     3510        /*Clean up and return*/
     3511        delete gauss;
     3512        xDelete<IssmDouble>(xyz_list_base);
     3513        xDelete<IssmDouble>(vbasis);
    33783514        return pe;
    33793515}/*}}}*/
    … …  
    34443580                return pe3;
    34453581        }
    3446         else if(fe_FS==LATaylorHoodEnum){
    3447                 ElementVector* pe2=CreatePVectorFSViscousLATH(element);
     3582        else if(fe_FS==LATaylorHoodEnum || fe_FS==LACrouzeixRaviartEnum){
     3583                ElementVector* pe2=CreatePVectorFSViscousLA(element);
    34483584                ElementVector* pe3 = new ElementVector(pe,pe2);
    34493585                delete pe;
    … …  
    34513587                return pe3;
    34523588        }
    3453         return pe;
    3454 }/*}}}*/
    3455 ElementVector* StressbalanceAnalysis::CreatePVectorFSFriction(Element* element){/*{{{*/
    3456 
    3457         if(!element->IsOnBase()) return NULL;
    3458 
    3459         /*Intermediaries*/
    3460         int         dim;
    3461         IssmDouble  alpha2,Jdet;
    3462         IssmDouble  bed_normal[3];
    3463         IssmDouble *xyz_list_base = NULL;
    3464         Gauss*      gauss         = NULL;
    3465 
    3466         /*Get problem dimension*/
    3467         element->FindParam(&dim,DomainDimensionEnum);
    3468 
    3469         /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
    3470         int vnumnodes = element->NumberofNodesVelocity();
    3471 
    3472         /*Initialize Element matrix and vectors*/
    3473         ElementVector* pe = element->NewElementVector(FSvelocityEnum);
    3474         IssmDouble*    vbasis = xNew<IssmDouble>(vnumnodes);
    3475 
    3476         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    3477         element->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_base);
    3478         Input*  alpha2_input=element->GetInput(FrictionCoefficientEnum); _assert_(alpha2_input);
    3479 
    3480         /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    3481         gauss=element->NewGaussBase(3);
    3482         for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    3483                 gauss->GaussPoint(ig);
    3484 
    3485                 alpha2_input->GetInputValue(&alpha2, gauss);
    3486                 element->JacobianDeterminantBase(&Jdet,xyz_list_base,gauss);
    3487                 element->NodalFunctionsVelocity(vbasis,gauss);
    3488                 element->NormalBase(&bed_normal[0],xyz_list_base);
    3489 
    3490                 for(int i=0;i<vnumnodes;i++){
    3491                         pe->values[i*dim+0] += - alpha2*gauss->weight*Jdet*vbasis[i]*bed_normal[1];
    3492                         pe->values[i*dim+1] += alpha2*gauss->weight*Jdet*vbasis[i]*bed_normal[0];
    3493                         if(dim==3){
    3494                                 pe->values[i*dim+2]+= alpha2*gauss->weight*Jdet*vbasis[i];
    3495                         }
    3496                 }
    3497 
    3498         }
    3499 
    3500         /*DO NOT Transform Coordinate System: this stiffness matrix is already expressed in tangential coordinates*/
    3501 
    3502         /*Clean up and return*/
    3503         delete gauss;
    3504         xDelete<IssmDouble>(xyz_list_base);
    3505         xDelete<IssmDouble>(vbasis);
    3506         return pe;
    3507 }/*}}}*/
    3508 ElementVector* StressbalanceAnalysis::CreatePVectorFSStress(Element* element){/*{{{*/
    3509 
    3510         if(!element->IsOnBase()) return NULL;
    3511 
    3512         /*Intermediaries*/
    3513         int         dim;
    3514         IssmDouble  sigmann,sigmant,Jdet,bedslope,beta;
    3515         IssmDouble *xyz_list_base = NULL;
    3516         Gauss*      gauss         = NULL;
    3517 
    3518         /*Get problem dimension*/
    3519         element->FindParam(&dim,DomainDimensionEnum);
    3520 
    3521         /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
    3522         int vnumnodes = element->NumberofNodesVelocity();
    3523 
    3524         /*Initialize Element matrix and vectors*/
    3525         ElementVector* pe = element->NewElementVector(FSvelocityEnum);
    3526         IssmDouble*    vbasis = xNew<IssmDouble>(vnumnodes);
    3527 
    3528         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    3529         element->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_base);
    3530         Input*  sigmann_input=element->GetInput(VzEnum); _assert_(sigmann_input);
    3531         Input*  sigmant_input=element->GetInput(TemperatureEnum); _assert_(sigmant_input);
    3532         Input*  bedslope_input=element->GetInput(BedSlopeXEnum);     _assert_(bedslope_input);
    3533 
    3534         /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    3535         gauss=element->NewGaussBase(3);
    3536         for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    3537                 gauss->GaussPoint(ig);
    3538 
    3539                 sigmann_input->GetInputValue(&sigmann, gauss);
    3540                 sigmant_input->GetInputValue(&sigmant, gauss);
    3541                 bedslope_input->GetInputValue(&bedslope, gauss);
    3542                 element->JacobianDeterminantBase(&Jdet,xyz_list_base,gauss);
    3543                 element->NodalFunctionsVelocity(vbasis,gauss);
    3544 
    3545                 beta=sqrt(1+bedslope*bedslope);
    3546                 for(int i=0;i<vnumnodes;i++){
    3547                         pe->values[i*dim+0] += - (1./beta)*(-bedslope*sigmann + sigmant)*gauss->weight*Jdet*vbasis[i];
    3548                         pe->values[i*dim+1] += - (1./beta)*(sigmann + bedslope*sigmant)*gauss->weight*Jdet*vbasis[i];
    3549                         if(dim==3){
    3550                                 //pe->values[i*dim+2]+= alpha2*gauss->weight*Jdet*vbasis[i];
    3551                                 _error_("3d not supported yet");
    3552                         }
    3553                 }
    3554 
    3555         }
    3556 
    3557         /*DO NOT Transform Coordinate System: this stiffness matrix is already expressed in tangential coordinates*/
    3558 
    3559         /*Clean up and return*/
    3560         delete gauss;
    3561         xDelete<IssmDouble>(xyz_list_base);
    3562         xDelete<IssmDouble>(vbasis);
    35633589        return pe;
    35643590}/*}}}*/
    … …  
    36683694                delete pe4;
    36693695        }
    3670         else if(fe_FS==LATaylorHoodEnum){
     3696        else if(fe_FS==LATaylorHoodEnum || fe_FS==LACrouzeixRaviartEnum){
    36713697                ElementVector* pe1=CreatePVectorFSViscous(element);
    36723698                ElementVector* pe2=CreatePVectorFSShelf(element);
    36733699                ElementVector* pe3=CreatePVectorFSFront(element);
    36743700                ElementVector* petemp =new ElementVector(pe1,pe2,pe3);
    3675                 ElementVector* pe4=CreatePVectorFSViscousLATH(element);
     3701                ElementVector* pe4=CreatePVectorFSViscousLA(element);
    36763702                pe = new ElementVector(petemp,pe4);
    36773703                delete pe1;
    … …  
    37643790}/*}}}*/
    37653791#endif
     3792ElementVector* StressbalanceAnalysis::CreatePVectorFSFront(Element* element){/*{{{*/
     3793
     3794        /*If no front, return NULL*/
     3795        if(!element->IsIcefront()) return NULL;
     3796
     3797        /*Intermediaries*/
     3798        int         i,dim;
     3799        IssmDouble  Jdet,pressure,surface,z;
     3800        IssmDouble      normal[3];
     3801        IssmDouble *xyz_list       = NULL;
     3802        IssmDouble *xyz_list_front = NULL;
     3803        Gauss      *gauss          = NULL;
     3804
     3805        /*Make sure current element is floating*/
     3806        if(!element->IsFloating()) return NULL;
     3807
     3808        /*Get problem dimension*/
     3809        element->FindParam(&dim,DomainDimensionEnum);
     3810
     3811        /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
     3812        int vnumnodes   = element->NumberofNodesVelocity();
     3813        int pnumnodes   = element->NumberofNodesPressure();
     3814        int numvertices = element->GetNumberOfVertices();
     3815
     3816        /*Prepare coordinate system list*/
     3817        int* cs_list = xNew<int>(vnumnodes+pnumnodes);
     3818        if(dim==2) for(i=0;i<vnumnodes;i++) cs_list[i] = XYEnum;
     3819        else       for(i=0;i<vnumnodes;i++) cs_list[i] = XYZEnum;
     3820        for(i=0;i<pnumnodes;i++) cs_list[vnumnodes+i] = PressureEnum;
     3821
     3822        /*Initialize vectors*/
     3823        ElementVector* pe     = element->NewElementVector(FSvelocityEnum);
     3824        IssmDouble*    vbasis = xNew<IssmDouble>(vnumnodes);
     3825
     3826        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     3827        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     3828        element->GetIcefrontCoordinates(&xyz_list_front,xyz_list,MaskIceLevelsetEnum);
     3829        element->NormalSection(&normal[0],xyz_list_front);
     3830        Input* surface_input  = element->GetInput(SurfaceEnum); _assert_(surface_input);
     3831        IssmDouble  rho_water = element->GetMaterialParameter(MaterialsRhoSeawaterEnum);
     3832        IssmDouble  gravity   = element->GetMaterialParameter(ConstantsGEnum);
     3833
     3834        /*Initialize gauss points*/
     3835        IssmDouble zmax=xyz_list[0*3+(dim-1)]; for(int i=1;i<numvertices;i++) if(xyz_list[i*3+(dim-1)]>zmax) zmax=xyz_list[i*3+(dim-1)];
     3836        IssmDouble zmin=xyz_list[0*3+(dim-1)]; for(int i=1;i<numvertices;i++) if(xyz_list[i*3+(dim-1)]<zmin) zmin=xyz_list[i*3+(dim-1)];
     3837        if(zmax>0. && zmin<0.) gauss=element->NewGauss(xyz_list,xyz_list_front,3,30);//refined in vertical because of the sea level discontinuity
     3838        else                   gauss=element->NewGauss(xyz_list,xyz_list_front,3,3);
     3839
     3840        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     3841        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     3842                gauss->GaussPoint(ig);
     3843
     3844                element->JacobianDeterminantSurface(&Jdet,xyz_list_front,gauss);
     3845                element->NodalFunctionsVelocity(vbasis,gauss);
     3846                surface_input->GetInputValue(&surface,gauss);
     3847                if(dim==3) z=element->GetZcoord(xyz_list,gauss);
     3848                else       z=element->GetYcoord(xyz_list,gauss);
     3849                pressure = rho_water*gravity*min(0.,z);//0 if the gaussian point is above water level
     3850
     3851                for (int i=0;i<vnumnodes;i++){
     3852                        pe->values[dim*i+0]+= pressure*Jdet*gauss->weight*normal[0]*vbasis[i];
     3853                        pe->values[dim*i+1]+= pressure*Jdet*gauss->weight*normal[1]*vbasis[i];
     3854                        if(dim==3) pe->values[dim*i+2]+= pressure*Jdet*gauss->weight*normal[2]*vbasis[i];
     3855                }
     3856        }
     3857
     3858        /*Transform coordinate system*/
     3859        element->TransformLoadVectorCoord(pe,cs_list);
     3860
     3861        /*Clean up and return*/
     3862        delete gauss;
     3863        xDelete<int>(cs_list);
     3864        xDelete<IssmDouble>(vbasis);
     3865        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     3866        xDelete<IssmDouble>(xyz_list_front);
     3867        return pe;
     3868}/*}}}*/
     3869ElementVector* StressbalanceAnalysis::CreatePVectorFSShelf(Element* element){/*{{{*/
     3870
     3871        int         i,dim;
     3872        IssmDouble  Jdet,water_pressure,bed;
     3873        IssmDouble      normal[3];
     3874        IssmDouble *xyz_list_base = NULL;
     3875
     3876        /*Get basal element*/
     3877        if(!element->IsOnBase() || !element->IsFloating()) return NULL;
     3878
     3879        /*Get problem dimension*/
     3880        element->FindParam(&dim,DomainDimensionEnum);
     3881
     3882        /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
     3883        int vnumnodes = element->NumberofNodesVelocity();
     3884        int pnumnodes = element->NumberofNodesPressure();
     3885
     3886        /*Prepare coordinate system list*/
     3887        int* cs_list = xNew<int>(vnumnodes+pnumnodes);
     3888        if(dim==2) for(i=0;i<vnumnodes;i++) cs_list[i] = XYEnum;
     3889        else       for(i=0;i<vnumnodes;i++) cs_list[i] = XYZEnum;
     3890        for(i=0;i<pnumnodes;i++) cs_list[vnumnodes+i] = PressureEnum;
     3891
     3892        /*Initialize vectors*/
     3893        ElementVector* pe     = element->NewElementVector(FSvelocityEnum);
     3894        IssmDouble*    vbasis = xNew<IssmDouble>(vnumnodes);
     3895
     3896        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     3897        element->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_base);
     3898        Input*      base_input=element->GetInput(BaseEnum); _assert_(base_input);
     3899        IssmDouble  rho_water=element->GetMaterialParameter(MaterialsRhoSeawaterEnum);
     3900        IssmDouble  gravity  =element->GetMaterialParameter(ConstantsGEnum);
     3901
     3902        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     3903        Gauss* gauss=element->NewGaussBase(5);
     3904        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     3905                gauss->GaussPoint(ig);
     3906
     3907                element->JacobianDeterminantBase(&Jdet,xyz_list_base,gauss);
     3908                element->NodalFunctionsVelocity(vbasis,gauss);
     3909
     3910                element->NormalBase(&normal[0],xyz_list_base);
     3911                _assert_(normal[dim-1]<0.);
     3912                base_input->GetInputValue(&bed, gauss);
     3913                water_pressure=gravity*rho_water*bed;
     3914
     3915                for(i=0;i<vnumnodes;i++){
     3916                        pe->values[i*dim+0] += water_pressure*gauss->weight*Jdet*vbasis[i]*normal[0];
     3917                        pe->values[i*dim+1] += water_pressure*gauss->weight*Jdet*vbasis[i]*normal[1];
     3918                        if(dim==3){
     3919                                pe->values[i*dim+2]+=water_pressure*gauss->weight*Jdet*vbasis[i]*normal[2];
     3920                        }
     3921                }
     3922        }
     3923
     3924        /*Transform coordinate system*/
     3925        element->TransformLoadVectorCoord(pe,cs_list);
     3926
     3927        /* shelf dampening*/
     3928        int shelf_dampening;
     3929        element->FindParam(&shelf_dampening,StressbalanceShelfDampeningEnum);
     3930        if(shelf_dampening) {
     3931                Input*      mb_input=element->GetInput(BasalforcingsFloatingiceMeltingRateEnum); _assert_(mb_input);
     3932                IssmDouble dt,mb,normal_b;
     3933                element->FindParam(&dt,TimesteppingTimeStepEnum);
     3934                for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     3935                        gauss->GaussPoint(ig);
     3936                        element->JacobianDeterminantBase(&Jdet,xyz_list_base,gauss);
     3937                        element->NodalFunctionsVelocity(vbasis,gauss);
     3938                        element->NormalBase(&normal[0],xyz_list_base);
     3939                        if (dim==2) normal_b=normal[1];
     3940                        else if (dim==3) normal_b=sqrt(normal[0]*normal[0]+normal[1]*normal[1]);
     3941                        mb_input->GetInputValue(&mb, gauss);
     3942                        for(i=0;i<vnumnodes;i++){
     3943                                pe->values[i*dim+1] += dt*rho_water*gravity*mb*gauss->weight*Jdet*vbasis[i]*normal_b;
     3944                        }
     3945                }
     3946        }
     3947
     3948        /*Clean up and return*/
     3949        delete gauss;
     3950        xDelete<int>(cs_list);
     3951        xDelete<IssmDouble>(vbasis);
     3952        xDelete<IssmDouble>(xyz_list_base);
     3953        return pe;
     3954}/*}}}*/
     3955ElementVector* StressbalanceAnalysis::CreatePVectorFSViscousLA(Element* element){/*{{{*/
     3956
     3957        int         i,dim;
     3958        IssmDouble  Jdet,pressure;
     3959        IssmDouble  bed_normal[3];
     3960        IssmDouble *xyz_list      = NULL;
     3961        IssmDouble *xyz_list_base = NULL;
     3962        Gauss*      gauss         = NULL;
     3963
     3964        /*Get problem dimension*/
     3965        element->FindParam(&dim,DomainDimensionEnum);
     3966
     3967        /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
     3968        int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
     3969
     3970        /*Prepare coordinate system list*/
     3971        int* cs_list = xNew<int>(numnodes);
     3972        if(dim==2) for(i=0;i<numnodes;i++) cs_list[i] = XYEnum;
     3973        else       for(i=0;i<numnodes;i++) cs_list[i] = XYZEnum;
     3974
     3975        /*Initialize vectors*/
     3976        ElementVector* pe      = element->NewElementVector(FSvelocityEnum);
     3977        IssmDouble*    dbasis  = xNew<IssmDouble>(3*numnodes);
     3978
     3979        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     3980        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     3981
     3982        /*Get pressure and sigmann*/
     3983        Input* pressure_input=element->GetInput(PressureEnum); _assert_(pressure_input);
     3984        Input* sigmann_input =element->GetInput(SigmaNNEnum);  _assert_(sigmann_input);
     3985
     3986        gauss=element->NewGauss(5);
     3987        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     3988                gauss->GaussPoint(ig);
     3989                element->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
     3990               
     3991                pressure_input->GetInputValue(&pressure, gauss);
     3992                element->NodalFunctionsDerivativesVelocity(dbasis,xyz_list,gauss);
     3993
     3994                for(i=0;i<numnodes;i++){
     3995                        pe->values[i*dim+0] += pressure*gauss->weight*Jdet*dbasis[0*numnodes+i];
     3996                        pe->values[i*dim+1] += pressure*gauss->weight*Jdet*dbasis[1*numnodes+i];
     3997                        if(dim==3) pe->values[i*dim+2]+= pressure*gauss->weight*Jdet*dbasis[2*numnodes+i];
     3998                }
     3999        }
     4000
     4001        if(element->IsOnBase() && 0){
     4002                IssmDouble   sigmann;
     4003                IssmDouble*  vbasis = xNew<IssmDouble>(numnodes);
     4004
     4005                element->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_base);
     4006                element->NormalBase(&bed_normal[0],xyz_list_base);
     4007
     4008                delete gauss;
     4009                gauss=element->NewGaussBase(5);
     4010                for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     4011                        gauss->GaussPoint(ig);
     4012
     4013                        element->JacobianDeterminantBase(&Jdet,xyz_list_base,gauss);
     4014                        element->NodalFunctionsVelocity(vbasis,gauss);
     4015                        sigmann_input->GetInputValue(&sigmann, gauss);
     4016
     4017                        for(i=0;i<numnodes;i++){
     4018                                pe->values[i*dim+0] += + sigmann*bed_normal[0]*gauss->weight*Jdet*vbasis[i];
     4019                                pe->values[i*dim+1] += + sigmann*bed_normal[1]*gauss->weight*Jdet*vbasis[i];
     4020                                if(dim==3) pe->values[i*dim+2] += + sigmann*bed_normal[2]*gauss->weight*Jdet*vbasis[i];
     4021                        }
     4022                }
     4023                xDelete<IssmDouble>(xyz_list_base);
     4024                xDelete<IssmDouble>(vbasis);
     4025        }
     4026
     4027        /*Transform coordinate system*/
     4028        element->TransformLoadVectorCoord(pe,cs_list);
     4029
     4030        /*Clean up and return*/
     4031        delete gauss;
     4032        xDelete<int>(cs_list);
     4033        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     4034        xDelete<IssmDouble>(dbasis);
     4035        return pe;
     4036}/*}}}*/
    37664037ElementVector* StressbalanceAnalysis::CreatePVectorFSViscousXTH(Element* element){/*{{{*/
    37674038
    … …  
    39364207        return pe;
    39374208}/*}}}*/
    3938 ElementVector* StressbalanceAnalysis::CreatePVectorFSViscousLATH(Element* element){/*{{{*/
    3939 
    3940         int         i,dim;
    3941         IssmDouble  Jdet,r,pressure;
    3942         IssmDouble  bed_normal[3];
    3943         IssmDouble *xyz_list      = NULL;
    3944         IssmDouble *xyz_list_base = NULL;
    3945         Gauss*      gauss         = NULL;
    3946 
    3947         /*Get problem dimension*/
    3948         element->FindParam(&dim,DomainDimensionEnum);
    3949 
    3950         /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
    3951         int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
    3952 
    3953         /*Prepare coordinate system list*/
    3954         int* cs_list = xNew<int>(numnodes);
    3955         if(dim==2) for(i=0;i<numnodes;i++) cs_list[i] = XYEnum;
    3956         else       for(i=0;i<numnodes;i++) cs_list[i] = XYZEnum;
    3957 
    3958         /*Initialize vectors*/
    3959         ElementVector* pe      = element->NewElementVector(FSvelocityEnum);
    3960         IssmDouble*    dbasis  = xNew<IssmDouble>(3*numnodes);
    3961 
    3962         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    3963         element->FindParam(&r,AugmentedLagrangianREnum);
    3964         element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    3965 
    3966         /*Get pressure and sigmann*/
    3967         Input* pressure_input=element->GetInput(PressureEnum); _assert_(pressure_input);
    3968         Input* sigmann_input =element->GetInput(SigmaNNEnum);  _assert_(sigmann_input);
    3969 
    3970         gauss=element->NewGauss(5);
    3971         for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    3972                 gauss->GaussPoint(ig);
    3973                 element->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
    3974                
    3975                 pressure_input->GetInputValue(&pressure, gauss);
    3976                 element->NodalFunctionsDerivativesVelocity(dbasis,xyz_list,gauss);
    3977 
    3978                 for(i=0;i<numnodes;i++){
    3979                         pe->values[i*dim+0] += pressure*gauss->weight*Jdet*dbasis[0*numnodes+i];
    3980                         pe->values[i*dim+1] += pressure*gauss->weight*Jdet*dbasis[1*numnodes+i];
    3981                         if(dim==3) pe->values[i*dim+2]+= pressure*gauss->weight*Jdet*dbasis[2*numnodes+i];
    3982                 }
    3983         }
    3984 
    3985         if(element->IsOnBase()){
    3986                 IssmDouble   sigmann;
    3987                 IssmDouble*  vbasis = xNew<IssmDouble>(numnodes);
    3988 
    3989                 element->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_base);
    3990                 element->NormalBase(&bed_normal[0],xyz_list_base);
    3991 
    3992                 delete gauss;
    3993                 gauss=element->NewGaussBase(5);
    3994                 for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    3995                         gauss->GaussPoint(ig);
    3996 
    3997                         element->JacobianDeterminantBase(&Jdet,xyz_list_base,gauss);
    3998                         element->NodalFunctionsVelocity(vbasis,gauss);
    3999                         sigmann_input->GetInputValue(&sigmann, gauss);
    4000 
    4001                         for(i=0;i<numnodes;i++){
    4002                                 pe->values[i*dim+0] += + sigmann*bed_normal[0]*gauss->weight*Jdet*vbasis[i];
    4003                                 pe->values[i*dim+1] += + sigmann*bed_normal[1]*gauss->weight*Jdet*vbasis[i];
    4004                                 if(dim==3) pe->values[i*dim+2] += + sigmann*bed_normal[2]*gauss->weight*Jdet*vbasis[i];
    4005                         }
    4006                 }
    4007                 xDelete<IssmDouble>(xyz_list_base);
    4008                 xDelete<IssmDouble>(vbasis);
    4009         }
    4010 
    4011         /*Transform coordinate system*/
    4012         //element->TransformLoadVectorCoord(pe,cs_list); Do not transform augmentation
    4013 
    4014         /*Clean up and return*/
    4015         delete gauss;
    4016         xDelete<int>(cs_list);
    4017         xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
    4018         xDelete<IssmDouble>(dbasis);
    4019         return pe;
    4020 }/*}}}*/
    4021 ElementVector* StressbalanceAnalysis::CreatePVectorFSShelf(Element* element){/*{{{*/
    4022 
    4023         int         i,dim;
    4024         IssmDouble  Jdet,water_pressure,bed;
    4025         IssmDouble      normal[3];
    4026         IssmDouble *xyz_list_base = NULL;
    4027 
    4028         /*Get basal element*/
    4029         if(!element->IsOnBase() || !element->IsFloating()) return NULL;
    4030 
    4031         /*Get problem dimension*/
    4032         element->FindParam(&dim,DomainDimensionEnum);
    4033 
    4034         /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
    4035         int vnumnodes = element->NumberofNodesVelocity();
    4036         int pnumnodes = element->NumberofNodesPressure();
    4037 
    4038         /*Prepare coordinate system list*/
    4039         int* cs_list = xNew<int>(vnumnodes+pnumnodes);
    4040         if(dim==2) for(i=0;i<vnumnodes;i++) cs_list[i] = XYEnum;
    4041         else       for(i=0;i<vnumnodes;i++) cs_list[i] = XYZEnum;
    4042         for(i=0;i<pnumnodes;i++) cs_list[vnumnodes+i] = PressureEnum;
    4043 
    4044         /*Initialize vectors*/
    4045         ElementVector* pe     = element->NewElementVector(FSvelocityEnum);
    4046         IssmDouble*    vbasis = xNew<IssmDouble>(vnumnodes);
    4047 
    4048         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    4049         element->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_base);
    4050         Input*      base_input=element->GetInput(BaseEnum); _assert_(base_input);
    4051         IssmDouble  rho_water=element->GetMaterialParameter(MaterialsRhoSeawaterEnum);
    4052         IssmDouble  gravity  =element->GetMaterialParameter(ConstantsGEnum);
    4053 
    4054         /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    4055         Gauss* gauss=element->NewGaussBase(5);
    4056         for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    4057                 gauss->GaussPoint(ig);
    4058 
    4059                 element->JacobianDeterminantBase(&Jdet,xyz_list_base,gauss);
    4060                 element->NodalFunctionsVelocity(vbasis,gauss);
    4061 
    4062                 element->NormalBase(&normal[0],xyz_list_base);
    4063                 _assert_(normal[dim-1]<0.);
    4064                 base_input->GetInputValue(&bed, gauss);
    4065                 water_pressure=gravity*rho_water*bed;
    4066 
    4067                 for(i=0;i<vnumnodes;i++){
    4068                         pe->values[i*dim+0] += water_pressure*gauss->weight*Jdet*vbasis[i]*normal[0];
    4069                         pe->values[i*dim+1] += water_pressure*gauss->weight*Jdet*vbasis[i]*normal[1];
    4070                         if(dim==3){
    4071                                 pe->values[i*dim+2]+=water_pressure*gauss->weight*Jdet*vbasis[i]*normal[2];
    4072                         }
    4073                 }
    4074         }
    4075 
    4076         /*Transform coordinate system*/
    4077         element->TransformLoadVectorCoord(pe,cs_list);
    4078 
    4079         /* shelf dampening*/
    4080         int shelf_dampening;
    4081         element->FindParam(&shelf_dampening,StressbalanceShelfDampeningEnum);
    4082         if(shelf_dampening) {
    4083                 Input*      mb_input=element->GetInput(BasalforcingsFloatingiceMeltingRateEnum); _assert_(mb_input);
    4084                 IssmDouble dt,mb,normal_b;
    4085                 element->FindParam(&dt,TimesteppingTimeStepEnum);
    4086                 for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    4087                         gauss->GaussPoint(ig);
    4088                         element->JacobianDeterminantBase(&Jdet,xyz_list_base,gauss);
    4089                         element->NodalFunctionsVelocity(vbasis,gauss);
    4090                         element->NormalBase(&normal[0],xyz_list_base);
    4091                         if (dim==2) normal_b=normal[1];
    4092                         else if (dim==3) normal_b=sqrt(normal[0]*normal[0]+normal[1]*normal[1]);
    4093                         mb_input->GetInputValue(&mb, gauss);
    4094                         for(i=0;i<vnumnodes;i++){
    4095                                 pe->values[i*dim+1] += dt*rho_water*gravity*mb*gauss->weight*Jdet*vbasis[i]*normal_b;
    4096                         }
    4097                 }
    4098         }
    4099 
    4100         /*Clean up and return*/
    4101         delete gauss;
    4102         xDelete<int>(cs_list);
    4103         xDelete<IssmDouble>(vbasis);
    4104         xDelete<IssmDouble>(xyz_list_base);
    4105         return pe;
    4106 }/*}}}*/
    4107 ElementVector* StressbalanceAnalysis::CreatePVectorFSFront(Element* element){/*{{{*/
    4108 
    4109         /*If no front, return NULL*/
    4110         if(!element->IsIcefront()) return NULL;
    4111 
    4112         /*Intermediaries*/
    4113         int         i,dim;
    4114         IssmDouble  Jdet,pressure,surface,z;
    4115         IssmDouble      normal[3];
    4116         IssmDouble *xyz_list       = NULL;
    4117         IssmDouble *xyz_list_front = NULL;
    4118         Gauss      *gauss          = NULL;
    4119 
    4120         /*Make sure current element is floating*/
    4121         if(!element->IsFloating()) return NULL;
    4122 
    4123         /*Get problem dimension*/
    4124         element->FindParam(&dim,DomainDimensionEnum);
    4125 
    4126         /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
    4127         int vnumnodes   = element->NumberofNodesVelocity();
    4128         int pnumnodes   = element->NumberofNodesPressure();
    4129         int numvertices = element->GetNumberOfVertices();
    4130 
    4131         /*Prepare coordinate system list*/
    4132         int* cs_list = xNew<int>(vnumnodes+pnumnodes);
    4133         if(dim==2) for(i=0;i<vnumnodes;i++) cs_list[i] = XYEnum;
    4134         else       for(i=0;i<vnumnodes;i++) cs_list[i] = XYZEnum;
    4135         for(i=0;i<pnumnodes;i++) cs_list[vnumnodes+i] = PressureEnum;
    4136 
    4137         /*Initialize vectors*/
    4138         ElementVector* pe     = element->NewElementVector(FSvelocityEnum);
    4139         IssmDouble*    vbasis = xNew<IssmDouble>(vnumnodes);
    4140 
    4141         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    4142         element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    4143         element->ZeroLevelsetCoordinates(&xyz_list_front,xyz_list,MaskIceLevelsetEnum);
    4144         element->NormalSection(&normal[0],xyz_list_front);
    4145         Input* surface_input  = element->GetInput(SurfaceEnum); _assert_(surface_input);
    4146         IssmDouble  rho_water = element->GetMaterialParameter(MaterialsRhoSeawaterEnum);
    4147         IssmDouble  gravity   = element->GetMaterialParameter(ConstantsGEnum);
    4148 
    4149         /*Initialize gauss points*/
    4150         IssmDouble zmax=xyz_list[0*3+(dim-1)]; for(int i=1;i<numvertices;i++) if(xyz_list[i*3+(dim-1)]>zmax) zmax=xyz_list[i*3+(dim-1)];
    4151         IssmDouble zmin=xyz_list[0*3+(dim-1)]; for(int i=1;i<numvertices;i++) if(xyz_list[i*3+(dim-1)]<zmin) zmin=xyz_list[i*3+(dim-1)];
    4152         if(zmax>0. && zmin<0.) gauss=element->NewGauss(xyz_list,xyz_list_front,3,30);//refined in vertical because of the sea level discontinuity
    4153         else                   gauss=element->NewGauss(xyz_list,xyz_list_front,3,3);
    4154 
    4155         /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    4156         for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    4157                 gauss->GaussPoint(ig);
    4158 
    4159                 element->JacobianDeterminantSurface(&Jdet,xyz_list_front,gauss);
    4160                 element->NodalFunctionsVelocity(vbasis,gauss);
    4161                 surface_input->GetInputValue(&surface,gauss);
    4162                 if(dim==3) z=element->GetZcoord(xyz_list,gauss);
    4163                 else       z=element->GetYcoord(xyz_list,gauss);
    4164                 pressure = rho_water*gravity*min(0.,z);//0 if the gaussian point is above water level
    4165 
    4166                 for (int i=0;i<vnumnodes;i++){
    4167                         pe->values[dim*i+0]+= pressure*Jdet*gauss->weight*normal[0]*vbasis[i];
    4168                         pe->values[dim*i+1]+= pressure*Jdet*gauss->weight*normal[1]*vbasis[i];
    4169                         if(dim==3) pe->values[dim*i+2]+= pressure*Jdet*gauss->weight*normal[2]*vbasis[i];
    4170                 }
    4171         }
    4172 
    4173         /*Transform coordinate system*/
    4174         element->TransformLoadVectorCoord(pe,cs_list);
    4175 
    4176         /*Clean up and return*/
    4177         delete gauss;
    4178         xDelete<int>(cs_list);
    4179         xDelete<IssmDouble>(vbasis);
    4180         xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
    4181         xDelete<IssmDouble>(xyz_list_front);
    4182         return pe;
    4183 }/*}}}*/
    4184 void StressbalanceAnalysis::GetBFS(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     4209void           StressbalanceAnalysis::GetBFS(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    41854210        /*Compute B  matrix. B=[Bv1 Bv2 ... Bp1 Bp2 ...] where Bvi is of size 3*NDOF3.
    41864211         * For node i, Bvi can be expressed in the actual coordinate system
    … …  
    42944319        xDelete<IssmDouble>(pbasis);
    42954320}/*}}}*/
    4296 void StressbalanceAnalysis::GetBFSprime(IssmDouble* Bprime,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     4321void           StressbalanceAnalysis::GetBFSFriction(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     4322        /* Compute L  matrix. L=[L1 L2 L3] where Li is square and of size numdof.
     4323         * For node i, Li can be expressed in the actual coordinate system
     4324         * by in 3d
     4325         *       Li=[ h 0 0 0 ]
     4326         *                    [ 0 h 0 0 ]
     4327         *      in 2d:
     4328         *       Li=[ h 0 0 ]
     4329         * where h is the interpolation function for node i.
     4330         */
     4331
     4332        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
     4333        int pnumnodes = element->NumberofNodesPressure();
     4334        int vnumnodes = element->NumberofNodesVelocity();
     4335        int pnumdof   = pnumnodes;
     4336        int vnumdof   = vnumnodes*dim;
     4337
     4338        /*Get nodal functions derivatives*/
     4339        IssmDouble* vbasis=xNew<IssmDouble>(vnumnodes);
     4340        element->NodalFunctionsVelocity(vbasis,gauss);
     4341
     4342        /*Build B: */
     4343        if(dim==3){
     4344                for(int i=0;i<vnumnodes;i++){
     4345                        B[(vnumdof+pnumdof)*0+3*i+0] = vbasis[i];
     4346                        B[(vnumdof+pnumdof)*0+3*i+1] = 0.;
     4347                        B[(vnumdof+pnumdof)*0+3*i+2] = 0.;
     4348
     4349                        B[(vnumdof+pnumdof)*1+3*i+0] = 0.;
     4350                        B[(vnumdof+pnumdof)*1+3*i+1] = vbasis[i];
     4351                        B[(vnumdof+pnumdof)*1+3*i+2] = 0.;
     4352
     4353                        B[(vnumdof+pnumdof)*2+3*i+0] = 0.;
     4354                        B[(vnumdof+pnumdof)*2+3*i+1] = 0.;
     4355                        B[(vnumdof+pnumdof)*2+3*i+2] = vbasis[i];
     4356                }
     4357                for(int i=0;i<pnumnodes;i++){
     4358                        B[(vnumdof+pnumdof)*0+i+vnumdof+0] = 0.;
     4359                        B[(vnumdof+pnumdof)*1+i+vnumdof+0] = 0.;
     4360                        B[(vnumdof+pnumdof)*2+i+vnumdof+0] = 0.;
     4361                }
     4362        }
     4363        else{
     4364                for(int i=0;i<vnumnodes;i++){
     4365                        B[(vnumdof+pnumdof)*0+2*i+0] = vbasis[i];
     4366                        B[(vnumdof+pnumdof)*0+2*i+1] = 0.;
     4367
     4368                        B[(vnumdof+pnumdof)*1+2*i+0] = 0.;
     4369                        B[(vnumdof+pnumdof)*1+2*i+1] = vbasis[i];
     4370                }
     4371
     4372                for(int i=0;i<pnumnodes;i++){
     4373                        B[(vnumdof+pnumdof)*0+i+vnumdof+0] = 0.;
     4374                        B[(vnumdof+pnumdof)*1+i+vnumdof+0] = 0.;
     4375                }
     4376        }
     4377
     4378        /*Clean-up*/
     4379        xDelete<IssmDouble>(vbasis);
     4380}/*}}}*/
     4381void           StressbalanceAnalysis::GetBFSprime(IssmDouble* Bprime,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    42974382        /*      Compute B'  matrix. B'=[B1' B2' B3' B4' B5' B6' Bb'] where Bi' is of size 3*NDOF2.
    42984383         *      For node i, Bi' can be expressed in the actual coordinate system
    … …  
    44074492        xDelete<IssmDouble>(pbasis);
    44084493}/*}}}*/
    4409 void StressbalanceAnalysis::GetBFSvel(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     4494void           StressbalanceAnalysis::GetBFSprimeUzawa(IssmDouble* Bprime,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     4495        /*      Compute B'  matrix. B'=[B1' B2' B3' B4' B5' B6'] where Bi' is of size 3*NDOF2.
     4496         *      For node i, Bi' can be expressed in the actual coordinate system
     4497         *      by:
     4498         *                      Bvi' = [  dphi/dx   dphi/dy ]
     4499         *
     4500         *      In 3d
     4501         *         Bvi=[ dh/dx   dh/dy    dh/dz  ]
     4502         *      where phi is the finiteelement function for node i.
     4503         */
     4504
     4505        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
     4506        int vnumnodes = element->NumberofNodesVelocity();
     4507
     4508        /*Get nodal functions derivatives*/
     4509        IssmDouble* vdbasis=xNew<IssmDouble>(dim*vnumnodes);
     4510        element->NodalFunctionsDerivativesVelocity(vdbasis,xyz_list,gauss);
     4511
     4512        /*Build B_prime: */
     4513        if(dim==2){
     4514                for(int i=0;i<vnumnodes;i++){
     4515                        Bprime[dim*i+0] = vdbasis[0*vnumnodes+i];
     4516                        Bprime[dim*i+1] = vdbasis[1*vnumnodes+i];
     4517                }
     4518        }
     4519        else{
     4520                for(int i=0;i<vnumnodes;i++){
     4521                        Bprime[dim*i+0] = vdbasis[0*vnumnodes+i];
     4522                        Bprime[dim*i+1] = vdbasis[1*vnumnodes+i];
     4523                        Bprime[dim*i+2] = vdbasis[2*vnumnodes+i];
     4524                }
     4525        }
     4526
     4527        /*Clean up*/
     4528        xDelete<IssmDouble>(vdbasis);
     4529}/*}}}*/
     4530void           StressbalanceAnalysis::GetBFSprimevel(IssmDouble* Bprime,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     4531        /*      Compute B'  matrix. B'=[B1' B2' B3' B4' B5' B6' Bb'] where Bi' is of size 3*NDOF2.
     4532         *      For node i, Bi' can be expressed in the actual coordinate system
     4533         *      by:
     4534         *                      Bvi' = [  dphi/dx     0     ]
     4535         *                                       [     0      dphi/dy ]
     4536         *                                       [  dphi/dy   dphi/dx ]
     4537         *
     4538         *      In 3d
     4539         *         Bvi=[ dh/dx     0        0    ]
     4540         *                                      [   0      dh/dy      0    ]
     4541         *                                      [   0        0      dh/dz  ]
     4542         *                                      [ dh/dy    dh/dx      0    ]
     4543         *                                      [ dh/dz      0      dh/dx  ]
     4544         *                                      [   0      dh/dz    dh/dy  ]
     4545         *      where phi is the finiteelement function for node i.
     4546         *      In 3d:
     4547         */
     4548
     4549        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
     4550        int vnumnodes = element->NumberofNodesVelocity();
     4551
     4552        /*Get nodal functions derivatives*/
     4553        IssmDouble* vdbasis=xNew<IssmDouble>(dim*vnumnodes);
     4554        element->NodalFunctionsDerivativesVelocity(vdbasis,xyz_list,gauss);
     4555
     4556        /*Build B_prime: */
     4557        if(dim==2){
     4558                for(int i=0;i<vnumnodes;i++){
     4559                        Bprime[(dim*vnumnodes)*0+dim*i+0] = vdbasis[0*vnumnodes+i];
     4560                        Bprime[(dim*vnumnodes)*0+dim*i+1] = 0.;
     4561                        Bprime[(dim*vnumnodes)*1+dim*i+0] = 0.;
     4562                        Bprime[(dim*vnumnodes)*1+dim*i+1] = vdbasis[1*vnumnodes+i];
     4563                        Bprime[(dim*vnumnodes)*2+dim*i+0] = vdbasis[1*vnumnodes+i];
     4564                        Bprime[(dim*vnumnodes)*2+dim*i+1] = vdbasis[0*vnumnodes+i];
     4565                }
     4566        }
     4567        else{
     4568                for(int i=0;i<vnumnodes;i++){
     4569                        Bprime[(dim*vnumnodes)*0+dim*i+0] = vdbasis[0*vnumnodes+i];
     4570                        Bprime[(dim*vnumnodes)*0+dim*i+1] = 0.;
     4571                        Bprime[(dim*vnumnodes)*0+dim*i+2] = 0.;
     4572                        Bprime[(dim*vnumnodes)*1+dim*i+0] = 0.;
     4573                        Bprime[(dim*vnumnodes)*1+dim*i+1] = vdbasis[1*vnumnodes+i];
     4574                        Bprime[(dim*vnumnodes)*1+dim*i+2] = 0.;
     4575                        Bprime[(dim*vnumnodes)*2+dim*i+0] = 0.;
     4576                        Bprime[(dim*vnumnodes)*2+dim*i+1] = 0.;
     4577                        Bprime[(dim*vnumnodes)*2+dim*i+2] = vdbasis[2*vnumnodes+i];
     4578                        Bprime[(dim*vnumnodes)*3+dim*i+0] = vdbasis[1*vnumnodes+i];
     4579                        Bprime[(dim*vnumnodes)*3+dim*i+1] = vdbasis[0*vnumnodes+i];
     4580                        Bprime[(dim*vnumnodes)*3+dim*i+2] = 0.;
     4581                        Bprime[(dim*vnumnodes)*4+dim*i+0] = vdbasis[2*vnumnodes+i];
     4582                        Bprime[(dim*vnumnodes)*4+dim*i+1] = 0.;
     4583                        Bprime[(dim*vnumnodes)*4+dim*i+2] = vdbasis[0*vnumnodes+i];
     4584                        Bprime[(dim*vnumnodes)*5+dim*i+0] = 0.;
     4585                        Bprime[(dim*vnumnodes)*5+dim*i+1] = vdbasis[2*vnumnodes+i];
     4586                        Bprime[(dim*vnumnodes)*5+dim*i+2] = vdbasis[1*vnumnodes+i];
     4587                }
     4588        }
     4589
     4590        /*Clean up*/
     4591        xDelete<IssmDouble>(vdbasis);
     4592}/*}}}*/
     4593void           StressbalanceAnalysis::GetBFSUzawa(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     4594        /*Compute B  matrix. B=[Bp1 Bp2 ...] where Bpi=phi_pi.
     4595         */
     4596
     4597        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
     4598        int pnumnodes;
     4599        if(dim==2) pnumnodes=3;
     4600        else pnumnodes=6;
     4601        //int pnumnodes = element->NumberofNodes(P1Enum);
     4602
     4603        /*Get nodal functions derivatives*/
     4604        IssmDouble* basis =xNew<IssmDouble>(pnumnodes);
     4605        element->NodalFunctionsP1(basis,gauss);
     4606
     4607        /*Build B: */
     4608        for(int i=0;i<pnumnodes;i++){
     4609                B[i] = basis[i];
     4610        }
     4611
     4612        /*Clean up*/
     4613        xDelete<IssmDouble>(basis);
     4614}/*}}}*/
     4615void           StressbalanceAnalysis::GetBFSvel(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    44104616        /*Compute B  matrix. B=[Bv1 Bv2 ... Bp1 Bp2 ...] where Bvi is of size 3*NDOF3.
    44114617         * For node i, Bvi can be expressed in the actual coordinate system
    … …  
    44714677        xDelete<IssmDouble>(vdbasis);
    44724678}/*}}}*/
    4473 void StressbalanceAnalysis::GetBFSprimevel(IssmDouble* Bprime,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    4474         /*      Compute B'  matrix. B'=[B1' B2' B3' B4' B5' B6' Bb'] where Bi' is of size 3*NDOF2.
    4475          *      For node i, Bi' can be expressed in the actual coordinate system
    4476          *      by:
    4477          *                      Bvi' = [  dphi/dx     0     ]
    4478          *                                       [     0      dphi/dy ]
    4479          *                                       [  dphi/dy   dphi/dx ]
    4480          *
    4481          *      In 3d
    4482          *         Bvi=[ dh/dx     0        0    ]
    4483          *                                      [   0      dh/dy      0    ]
    4484          *                                      [   0        0      dh/dz  ]
    4485          *                                      [ dh/dy    dh/dx      0    ]
    4486          *                                      [ dh/dz      0      dh/dx  ]
    4487          *                                      [   0      dh/dz    dh/dy  ]
    4488          *      where phi is the finiteelement function for node i.
    4489          *      In 3d:
    4490          */
    4491 
    4492         /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    4493         int vnumnodes = element->NumberofNodesVelocity();
    4494 
    4495         /*Get nodal functions derivatives*/
    4496         IssmDouble* vdbasis=xNew<IssmDouble>(dim*vnumnodes);
    4497         element->NodalFunctionsDerivativesVelocity(vdbasis,xyz_list,gauss);
    4498 
    4499         /*Build B_prime: */
    4500         if(dim==2){
    4501                 for(int i=0;i<vnumnodes;i++){
    4502                         Bprime[(dim*vnumnodes)*0+dim*i+0] = vdbasis[0*vnumnodes+i];
    4503                         Bprime[(dim*vnumnodes)*0+dim*i+1] = 0.;
    4504                         Bprime[(dim*vnumnodes)*1+dim*i+0] = 0.;
    4505                         Bprime[(dim*vnumnodes)*1+dim*i+1] = vdbasis[1*vnumnodes+i];
    4506                         Bprime[(dim*vnumnodes)*2+dim*i+0] = vdbasis[1*vnumnodes+i];
    4507                         Bprime[(dim*vnumnodes)*2+dim*i+1] = vdbasis[0*vnumnodes+i];
    4508                 }
    4509         }
    4510         else{
    4511                 for(int i=0;i<vnumnodes;i++){
    4512                         Bprime[(dim*vnumnodes)*0+dim*i+0] = vdbasis[0*vnumnodes+i];
    4513                         Bprime[(dim*vnumnodes)*0+dim*i+1] = 0.;
    4514                         Bprime[(dim*vnumnodes)*0+dim*i+2] = 0.;
    4515                         Bprime[(dim*vnumnodes)*1+dim*i+0] = 0.;
    4516                         Bprime[(dim*vnumnodes)*1+dim*i+1] = vdbasis[1*vnumnodes+i];
    4517                         Bprime[(dim*vnumnodes)*1+dim*i+2] = 0.;
    4518                         Bprime[(dim*vnumnodes)*2+dim*i+0] = 0.;
    4519                         Bprime[(dim*vnumnodes)*2+dim*i+1] = 0.;
    4520                         Bprime[(dim*vnumnodes)*2+dim*i+2] = vdbasis[2*vnumnodes+i];
    4521                         Bprime[(dim*vnumnodes)*3+dim*i+0] = vdbasis[1*vnumnodes+i];
    4522                         Bprime[(dim*vnumnodes)*3+dim*i+1] = vdbasis[0*vnumnodes+i];
    4523                         Bprime[(dim*vnumnodes)*3+dim*i+2] = 0.;
    4524                         Bprime[(dim*vnumnodes)*4+dim*i+0] = vdbasis[2*vnumnodes+i];
    4525                         Bprime[(dim*vnumnodes)*4+dim*i+1] = 0.;
    4526                         Bprime[(dim*vnumnodes)*4+dim*i+2] = vdbasis[0*vnumnodes+i];
    4527                         Bprime[(dim*vnumnodes)*5+dim*i+0] = 0.;
    4528                         Bprime[(dim*vnumnodes)*5+dim*i+1] = vdbasis[2*vnumnodes+i];
    4529                         Bprime[(dim*vnumnodes)*5+dim*i+2] = vdbasis[1*vnumnodes+i];
    4530                 }
    4531         }
    4532 
    4533         /*Clean up*/
    4534         xDelete<IssmDouble>(vdbasis);
    4535 }/*}}}*/
    4536 void StressbalanceAnalysis::GetBFSUzawa(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    4537         /*Compute B  matrix. B=[Bp1 Bp2 ...] where Bpi=phi_pi.
    4538          */
    4539 
    4540         /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    4541         int pnumnodes;
    4542         if(dim==2) pnumnodes=3;
    4543         else pnumnodes=6;
    4544         //int pnumnodes = element->NumberofNodes(P1Enum);
    4545 
    4546         /*Get nodal functions derivatives*/
    4547         IssmDouble* basis =xNew<IssmDouble>(pnumnodes);
    4548         element->NodalFunctionsP1(basis,gauss);
    4549 
    4550         /*Build B: */
    4551         for(int i=0;i<pnumnodes;i++){
    4552                 B[i] = basis[i];
    4553         }
    4554 
    4555         /*Clean up*/
    4556         xDelete<IssmDouble>(basis);
    4557 }/*}}}*/
    4558 void StressbalanceAnalysis::GetBFSprimeUzawa(IssmDouble* Bprime,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    4559         /*      Compute B'  matrix. B'=[B1' B2' B3' B4' B5' B6'] where Bi' is of size 3*NDOF2.
    4560          *      For node i, Bi' can be expressed in the actual coordinate system
    4561          *      by:
    4562          *                      Bvi' = [  dphi/dx   dphi/dy ]
    4563          *
    4564          *      In 3d
    4565          *         Bvi=[ dh/dx   dh/dy    dh/dz  ]
    4566          *      where phi is the finiteelement function for node i.
    4567          */
    4568 
    4569         /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    4570         int vnumnodes = element->NumberofNodesVelocity();
    4571 
    4572         /*Get nodal functions derivatives*/
    4573         IssmDouble* vdbasis=xNew<IssmDouble>(dim*vnumnodes);
    4574         element->NodalFunctionsDerivativesVelocity(vdbasis,xyz_list,gauss);
    4575 
    4576         /*Build B_prime: */
    4577         if(dim==2){
    4578                 for(int i=0;i<vnumnodes;i++){
    4579                         Bprime[dim*i+0] = vdbasis[0*vnumnodes+i];
    4580                         Bprime[dim*i+1] = vdbasis[1*vnumnodes+i];
    4581                 }
    4582         }
    4583         else{
    4584                 for(int i=0;i<vnumnodes;i++){
    4585                         Bprime[dim*i+0] = vdbasis[0*vnumnodes+i];
    4586                         Bprime[dim*i+1] = vdbasis[1*vnumnodes+i];
    4587                         Bprime[dim*i+2] = vdbasis[2*vnumnodes+i];
    4588                 }
    4589         }
    4590 
    4591         /*Clean up*/
    4592         xDelete<IssmDouble>(vdbasis);
    4593 }/*}}}*/
    4594 void StressbalanceAnalysis::GetBFSFriction(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    4595         /* Compute L  matrix. L=[L1 L2 L3] where Li is square and of size numdof.
    4596          * For node i, Li can be expressed in the actual coordinate system
    4597          * by in 3d
    4598          *       Li=[ h 0 0 0 ]
    4599          *                    [ 0 h 0 0 ]
    4600          *      in 2d:
    4601          *       Li=[ h 0 0 ]
    4602          * where h is the interpolation function for node i.
    4603          */
    4604 
    4605         /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    4606         int pnumnodes = element->NumberofNodesPressure();
    4607         int vnumnodes = element->NumberofNodesVelocity();
    4608         int pnumdof   = pnumnodes;
    4609         int vnumdof   = vnumnodes*dim;
    4610 
    4611         /*Get nodal functions derivatives*/
    4612         IssmDouble* vbasis=xNew<IssmDouble>(vnumnodes);
    4613         element->NodalFunctionsVelocity(vbasis,gauss);
    4614 
    4615         /*Build B: */
    4616         if(dim==3){
    4617                 for(int i=0;i<vnumnodes;i++){
    4618                         B[(vnumdof+pnumdof)*0+3*i+0] = vbasis[i];
    4619                         B[(vnumdof+pnumdof)*0+3*i+1] = 0.;
    4620                         B[(vnumdof+pnumdof)*0+3*i+2] = 0.;
    4621 
    4622                         B[(vnumdof+pnumdof)*1+3*i+0] = 0.;
    4623                         B[(vnumdof+pnumdof)*1+3*i+1] = vbasis[i];
    4624                         B[(vnumdof+pnumdof)*1+3*i+2] = 0.;
    4625 
    4626                         B[(vnumdof+pnumdof)*2+3*i+0] = 0.;
    4627                         B[(vnumdof+pnumdof)*2+3*i+1] = 0.;
    4628                         B[(vnumdof+pnumdof)*2+3*i+2] = vbasis[i];
    4629                 }
    4630                 for(int i=0;i<pnumnodes;i++){
    4631                         B[(vnumdof+pnumdof)*0+i+vnumdof+0] = 0.;
    4632                         B[(vnumdof+pnumdof)*1+i+vnumdof+0] = 0.;
    4633                         B[(vnumdof+pnumdof)*2+i+vnumdof+0] = 0.;
    4634                 }
    4635         }
    4636         else{
    4637                 for(int i=0;i<vnumnodes;i++){
    4638                         B[(vnumdof+pnumdof)*0+2*i+0] = vbasis[i];
    4639                         B[(vnumdof+pnumdof)*0+2*i+1] = 0.;
    4640 
    4641                         B[(vnumdof+pnumdof)*1+2*i+0] = 0.;
    4642                         B[(vnumdof+pnumdof)*1+2*i+1] = vbasis[i];
    4643                 }
    4644 
    4645                 for(int i=0;i<pnumnodes;i++){
    4646                         B[(vnumdof+pnumdof)*0+i+vnumdof+0] = 0.;
    4647                         B[(vnumdof+pnumdof)*1+i+vnumdof+0] = 0.;
    4648                 }
    4649         }
    4650 
    4651         /*Clean-up*/
    4652         xDelete<IssmDouble>(vbasis);
    4653 }/*}}}*/
    4654 void StressbalanceAnalysis::GetCFS(IssmDouble* C,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     4679void           StressbalanceAnalysis::GetCFS(IssmDouble* C,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    46554680        /*Compute C  matrix. C=[Cp1 Cp2 ...] where:
    46564681         *     Cpi=[phi phi].
    … …  
    46734698        xDelete<IssmDouble>(basis);
    46744699}/*}}}*/
    4675 void StressbalanceAnalysis::GetCFSprime(IssmDouble* Cprime,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     4700void           StressbalanceAnalysis::GetCFSprime(IssmDouble* Cprime,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    46764701        /*      Compute C'  matrix. C'=[C1' C2' ...]
    46774702         *                      Ci' = [  phi  0  ]
    … …  
    47214746        xDelete<IssmDouble>(vbasis);
    47224747}/*}}}*/
    4723 void StressbalanceAnalysis::GetSolutionFromInputsFS(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
     4748void           StressbalanceAnalysis::GetSolutionFromInputsFS(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
    47244749
    47254750        int*         vdoflist=NULL;
    … …  
    47844809        xDelete<IssmDouble>(vvalues);
    47854810}/*}}}*/
    4786 void StressbalanceAnalysis::InitializeXTH(Elements* elements,Parameters* parameters){/*{{{*/
     4811void           StressbalanceAnalysis::InitializeXTH(Elements* elements,Parameters* parameters){/*{{{*/
    47874812
    47884813        /*Intermediaries*/
    … …  
    47964821
    47974822        for(int i=0;i<elements->Size();i++){
    4798                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     4823                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    47994824
    48004825                /*Get inputs and parameters*/
    … …  
    48634888
    48644889}/*}}}*/
    4865 void StressbalanceAnalysis::InputUpdateFromSolutionFS(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     4890void           StressbalanceAnalysis::InputUpdateFromSolutionFS(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    48664891
    48674892        bool         results_on_nodes;
    … …  
    49534978        xDelete<int>(cs_list);
    49544979}/*}}}*/
    4955 void StressbalanceAnalysis::InputUpdateFromSolutionFSXTH_d(Elements* elements,Parameters* parameters){/*{{{*/
     4980void           StressbalanceAnalysis::InputUpdateFromSolutionFSXTH_d(Elements* elements,Parameters* parameters){/*{{{*/
    49564981
    49574982        /*Intermediaries*/
    … …  
    49704995
    49714996        for(int i=0;i<elements->Size();i++){
    4972                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     4997                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    49734998
    49744999                /*Get inputs and parameters*/
    … …  
    51665191        }
    51675192}/*}}}*/
    5168 void StressbalanceAnalysis::InputUpdateFromSolutionFSXTH_tau(Elements* elements,Parameters* parameters){/*{{{*/
     5193void           StressbalanceAnalysis::InputUpdateFromSolutionFSXTH_tau(Elements* elements,Parameters* parameters){/*{{{*/
    51695194
    51705195        /*Intermediaries*/
    … …  
    51835208
    51845209        for(int i=0;i<elements->Size();i++){
    5185                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     5210                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    51865211
    51875212                /*Get inputs and parameters*/
    … …  
    53025327
    53035328/*Coupling (Tiling)*/
    5304 ElementMatrix* StressbalanceAnalysis::CreateKMatrixSSA3d(Element* element){/*{{{*/
    5305 
    5306         /*compute all stiffness matrices for this element*/
    5307         ElementMatrix* Ke1=CreateKMatrixSSA3dViscous(element);
    5308         ElementMatrix* Ke2=CreateKMatrixSSA3dFriction(element);
    5309         ElementMatrix* Ke =new ElementMatrix(Ke1,Ke2);
    5310 
    5311         /*clean-up and return*/
    5312         delete Ke1;
    5313         delete Ke2;
    5314         return Ke;
    5315 }/*}}}*/
    5316 ElementMatrix* StressbalanceAnalysis::CreateKMatrixSSA3dFriction(Element* element){/*{{{*/
    5317 
    5318         /*Initialize Element matrix and return if necessary*/
    5319         if(element->IsFloating() || !element->IsOnBase()) return NULL;
    5320 
    5321         /*Build a tria element using the 3 nodes of the base of the penta. Then use
    5322          * the tria functionality to build a friction stiffness matrix on these 3
    5323          * nodes: */
    5324         Element* basalelement = element->SpawnBasalElement();
    5325         ElementMatrix* Ke=CreateKMatrixSSAFriction(basalelement);
    5326         basalelement->DeleteMaterials(); delete basalelement;
    5327 
    5328         /*clean-up and return*/
    5329         return Ke;
    5330 }/*}}}*/
    5331 ElementMatrix* StressbalanceAnalysis::CreateKMatrixSSA3dViscous(Element* element){/*{{{*/
    5332 
    5333         /*Constants*/
    5334         const int    numdof2d=2*3;
    5335 
    5336         /*Intermediaries */
    5337         int         i,j,approximation;
    5338         int         dim=3;
    5339         IssmDouble  Jdet,viscosity,oldviscosity,newviscosity,viscosity_overshoot;
    5340         IssmDouble  epsilon[5],oldepsilon[5];       /* epsilon=[exx,eyy,exy,exz,eyz];*/
    5341         IssmDouble  epsilons[6];                    //6 for FS
    5342         IssmDouble  B[3][numdof2d];
    5343         IssmDouble  Bprime[3][numdof2d];
    5344         IssmDouble  D[3][3]= {0.0};                 // material matrix, simple scalar matrix.
    5345         IssmDouble  D_scalar;
    5346         IssmDouble  Ke_gg[numdof2d][numdof2d]={0.0};
    5347         IssmDouble  *xyz_list  = NULL;
    5348 
    5349         /*Find penta on bed as this is a SSA elements: */
    5350         Element* pentabase=element->GetBasalElement();
    5351         Element* basaltria=pentabase->SpawnBasalElement();
    5352 
    5353         /*Initialize Element matrix*/
    5354         ElementMatrix* Ke=basaltria->NewElementMatrix(SSAApproximationEnum);
    5355         element->GetInputValue(&approximation,ApproximationEnum);
    5356 
    5357         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    5358         element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    5359         element->FindParam(&viscosity_overshoot,StressbalanceViscosityOvershootEnum);
    5360         Input* vx_input   =element->GetInput(VxEnum);       _assert_(vx_input);
    5361         Input* vy_input   =element->GetInput(VyEnum);       _assert_(vy_input);
    5362         Input* vxold_input=element->GetInput(VxPicardEnum); _assert_(vxold_input);
    5363         Input* vyold_input=element->GetInput(VyPicardEnum); _assert_(vyold_input);
    5364         Input* vz_input   =element->GetInput(VzEnum);       _assert_(vz_input);
    5365 
    5366         /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    5367         Gauss* gauss=element->NewGauss(5);
    5368         Gauss* gauss_tria=new GaussTria();
    5369         for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    5370 
    5371                 gauss->GaussPoint(ig);
    5372                 gauss->SynchronizeGaussBase(gauss_tria);
    5373 
    5374                 element->JacobianDeterminant(&Jdet, xyz_list,gauss);
    5375                 this->GetBSSA(&B[0][0],basaltria,2,xyz_list, gauss_tria);
    5376                 this->GetBSSAprime(&Bprime[0][0],basaltria,2,xyz_list, gauss_tria);
    5377 
    5378                 if(approximation==SSAHOApproximationEnum){
    5379                         element->ViscosityHO(&viscosity,dim,xyz_list,gauss,vx_input,vy_input);
    5380                         element->ViscosityHO(&oldviscosity,dim,xyz_list,gauss,vxold_input,vyold_input);
    5381                         newviscosity=viscosity+viscosity_overshoot*(viscosity-oldviscosity);
    5382                 }
    5383                 else if (approximation==SSAFSApproximationEnum){
    5384                         element->ViscosityFS(&newviscosity,dim,xyz_list,gauss,vx_input,vy_input,vz_input);
    5385                 }
    5386                 else _error_("approximation " << approximation << " (" << EnumToStringx(approximation) << ") not supported yet");
    5387 
    5388                 D_scalar=2*newviscosity*gauss->weight*Jdet;
    5389                 for (i=0;i<3;i++) D[i][i]=D_scalar;
    5390 
    5391                 TripleMultiply( &B[0][0],3,numdof2d,1,
    5392                                         &D[0][0],3,3,0,
    5393                                         &Bprime[0][0],3,numdof2d,0,
    5394                                         &Ke_gg[0][0],1);
    5395 
    5396         }
    5397         for(i=0;i<numdof2d;i++) for(j=0;j<numdof2d;j++) Ke->values[i*numdof2d+j]+=Ke_gg[i][j];
    5398 
    5399         /*Transform Coordinate System*/
    5400         basaltria->TransformStiffnessMatrixCoord(Ke,XYEnum);
    5401 
    5402         /*Clean up and return*/
    5403         xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
    5404         delete basaltria->material;
    5405         delete basaltria;
    5406         delete gauss_tria;
    5407         delete gauss;
    5408         return Ke;
    5409 
    5410 }/*}}}*/
    5411 ElementMatrix* StressbalanceAnalysis::CreateKMatrixHOFS(Element* element){/*{{{*/
    5412 
    5413         /*compute all stiffness matrices for this element*/
    5414         ElementMatrix* Ke1=CreateKMatrixFS(element);
    5415         int indices[3]={18,19,20};
    5416         Ke1->StaticCondensation(3,&indices[0]);
    5417         int init = element->FiniteElement();
    5418         element->SetTemporaryElementType(P1Enum); // P1 needed for HO
    5419         ElementMatrix* Ke2=CreateKMatrixHO(element);
    5420         element->SetTemporaryElementType(init); // P1 needed for HO
    5421         ElementMatrix* Ke3=CreateKMatrixCouplingHOFS(element);
    5422         ElementMatrix* Ke =new ElementMatrix(Ke1,Ke2,Ke3);
    5423 
    5424         /*clean-up and return*/
    5425         delete Ke1;
    5426         delete Ke2;
    5427         delete Ke3;
    5428         return Ke;
    5429 }/*}}}*/
    5430 ElementMatrix* StressbalanceAnalysis::CreateKMatrixSSAHO(Element* element){/*{{{*/
    5431 
    5432         /*compute all stiffness matrices for this element*/
    5433         ElementMatrix* Ke1=CreateKMatrixSSA3d(element);
    5434         ElementMatrix* Ke2=CreateKMatrixHO(element);
    5435         ElementMatrix* Ke3=CreateKMatrixCouplingSSAHO(element);
    5436         ElementMatrix* Ke =new ElementMatrix(Ke1,Ke2,Ke3);
    5437 
    5438         /*clean-up and return*/
    5439         delete Ke1;
    5440         delete Ke2;
    5441         delete Ke3;
    5442         return Ke;
    5443 }/*}}}*/
    5444 ElementMatrix* StressbalanceAnalysis::CreateKMatrixSSAFS(Element* element){/*{{{*/
    5445 
    5446         /*compute all stiffness matrices for this element*/
    5447         ElementMatrix* Ke1=CreateKMatrixFS(element);
    5448         int indices[3]={18,19,20};
    5449         Ke1->StaticCondensation(3,&indices[0]);
    5450         int init = element->FiniteElement();
    5451         element->SetTemporaryElementType(P1Enum);
    5452         ElementMatrix* Ke2=CreateKMatrixSSA3d(element);
    5453         element->SetTemporaryElementType(init);
    5454         ElementMatrix* Ke3=CreateKMatrixCouplingSSAFS(element);
    5455         ElementMatrix* Ke =new ElementMatrix(Ke1,Ke2,Ke3);
    5456 
    5457         /*clean-up and return*/
    5458         delete Ke1;
    5459         delete Ke2;
    5460         delete Ke3;
    5461         return Ke;
    5462 }/*}}}*/
    54635329ElementMatrix* StressbalanceAnalysis::CreateKMatrixCouplingHOFS(Element* element){/*{{{*/
    54645330
    … …  
    55265392        delete Ke2;
    55275393        return Ke;
    5528 }/*}}}*/
    5529 ElementMatrix* StressbalanceAnalysis::CreateKMatrixCouplingSSAHO(Element* element){/*{{{*/
    5530 
    5531         /*compute all stiffness matrices for this element*/
    5532         ElementMatrix* Ke1=CreateKMatrixCouplingSSAHOViscous(element);
    5533         ElementMatrix* Ke2=CreateKMatrixCouplingSSAHOFriction(element);
    5534         ElementMatrix* Ke=new ElementMatrix(Ke1,Ke2);
    5535 
    5536         /*clean-up and return*/
    5537         delete Ke1;
    5538         delete Ke2;
    5539         return Ke;
    5540 }/*}}}*/
    5541 ElementMatrix* StressbalanceAnalysis::CreateKMatrixCouplingSSAHOFriction(Element* element){/*{{{*/
    5542 
    5543         if(element->IsFloating() || !element->IsOnBase()) return NULL;
    5544 
    5545         /*Constants*/
    5546         int numnodes    = element->GetNumberOfNodes();
    5547         int numdof      = 2*numnodes;
    5548         int numdoftotal = 4*numnodes;
    5549 
    5550         /*Intermediaries */
    5551         int         i,j;
    5552         IssmDouble  Jdet2d,alpha2;
    5553         IssmDouble *xyz_list_tria = NULL;
    5554         IssmDouble* L             = xNewZeroInit<IssmDouble>(2*numdof);
    5555         IssmDouble  DL[2][2]      = {{ 0,0 },{0,0}}; //for basal drag
    5556         IssmDouble  DL_scalar;
    5557         IssmDouble* Ke_gg         = xNewZeroInit<IssmDouble>(numdof*numdof);
    5558         Node      **node_list     = xNew<Node*>(2*numnodes);
    5559         int*        cs_list       = xNew<int>(2*numnodes);
    5560 
    5561         /*Initialize Element matrix and return if necessary*/
    5562         ElementMatrix* Ke1=element->NewElementMatrix(SSAApproximationEnum);
    5563         ElementMatrix* Ke2=element->NewElementMatrix(HOApproximationEnum);
    5564         ElementMatrix* Ke=new ElementMatrix(Ke1,Ke2);
    5565         delete Ke1; delete Ke2;
    5566 
    5567         /*Prepare node list*/
    5568         for(i=0;i<numnodes;i++){
    5569                 node_list[i+0*numnodes] = element->GetNode(i);
    5570                 node_list[i+1*numnodes] = element->GetNode(i);
    5571                 cs_list[i+0*numnodes] = XYEnum;
    5572                 cs_list[i+1*numnodes] = XYEnum;
    5573         }
    5574 
    5575         /*retrieve inputs :*/
    5576         element->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_tria);
    5577 
    5578         /*build friction object, used later on: */
    5579         Friction* friction=new Friction(element,2);
    5580 
    5581         /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    5582         Gauss* gauss=element->NewGaussBase(2);
    5583         for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    5584 
    5585                 gauss->GaussPoint(ig);
    5586 
    5587                 /*Friction: */
    5588                 friction->GetAlpha2(&alpha2,gauss);
    5589                 element->JacobianDeterminantBase(&Jdet2d, xyz_list_tria,gauss);
    5590                 this->GetBHOFriction(L,element,3,xyz_list_tria,gauss);
    5591 
    5592                 DL_scalar=alpha2*gauss->weight*Jdet2d;
    5593                 for (i=0;i<2;i++) DL[i][i]=DL_scalar;
    5594 
    5595                 /*  Do the triple producte tL*D*L: */
    5596                 TripleMultiply( L,2,numdof,1,
    5597                                         &DL[0][0],2,2,0,
    5598                                         L,2,numdof,0,
    5599                                         Ke_gg,1);
    5600         }
    5601 
    5602         for(i=0;i<numdof;i++) for(j=0;j<numdof;j++) Ke->values[i*numdoftotal+(numdof+j)]+=Ke_gg[i*numdof+j];
    5603         for(i=0;i<numdof;i++) for(j=0;j<numdof;j++) Ke->values[(i+numdof)*numdoftotal+j]+=Ke_gg[i*numdof+j];
    5604 
    5605         /*Transform Coordinate System*/
    5606         element->TransformStiffnessMatrixCoord(Ke,node_list,2*numnodes,cs_list);
    5607 
    5608         /*Clean up and return*/
    5609         delete gauss;
    5610         delete friction;
    5611         xDelete<int>(cs_list);
    5612         xDelete<Node*>(node_list);
    5613         xDelete<IssmDouble>(xyz_list_tria);
    5614         xDelete<IssmDouble>(Ke_gg);
    5615         xDelete<IssmDouble>(L);
    5616         return Ke;
    5617 }/*}}}*/
    5618 ElementMatrix* StressbalanceAnalysis::CreateKMatrixCouplingSSAHOViscous(Element* element){/*{{{*/
    5619 
    5620         /*Constants*/
    5621         int numnodes    = element->GetNumberOfNodes();
    5622         int numdofm     = 1 *numnodes; //*2/2
    5623         int numdofp     = 2 *numnodes;
    5624         int numdoftotal = 2 *2 *numnodes;//2 dof per nodes and 2 sets of nodes for HO and SSA
    5625 
    5626         /*Intermediaries */
    5627         int         i,j;
    5628         IssmDouble  Jdet,viscosity,oldviscosity,newviscosity,viscosity_overshoot; //viscosity
    5629         IssmDouble  *xyz_list      = NULL;
    5630         IssmDouble* B              = xNew<IssmDouble>(3*numdofp);
    5631         IssmDouble* Bprime         = xNew<IssmDouble>(3*numdofm);
    5632         IssmDouble  D[3][3]={0.0}; // material matrix, simple scalar matrix.
    5633         IssmDouble  D_scalar;
    5634         IssmDouble* Ke_gg          = xNewZeroInit<IssmDouble>(numdofp*numdofm);
    5635         Node       **node_list     = xNew<Node*>(2*numnodes);
    5636         int*         cs_list= xNew<int>(2*numnodes);
    5637 
    5638         /*Find penta on bed as HO must be coupled to the dofs on the bed: */
    5639         Element* pentabase=element->GetBasalElement();
    5640         Element* basaltria=pentabase->SpawnBasalElement();
    5641 
    5642         /*prepare node list*/
    5643         for(i=0;i<numnodes;i++){
    5644                 node_list[i+0*numnodes] = pentabase->GetNode(i);
    5645                 node_list[i+1*numnodes] = element  ->GetNode(i);
    5646                 cs_list[i+0*numnodes] = XYEnum;
    5647                 cs_list[i+1*numnodes] = XYEnum;
    5648         }
    5649 
    5650         /*Initialize Element matrix*/
    5651         ElementMatrix* Ke1= pentabase->NewElementMatrix(SSAApproximationEnum);
    5652         ElementMatrix* Ke2= element  ->NewElementMatrix(HOApproximationEnum);
    5653         ElementMatrix* Ke =new ElementMatrix(Ke1,Ke2);
    5654         delete Ke1; delete Ke2;
    5655 
    5656         /* Get node coordinates and dof list: */
    5657         element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    5658         element->FindParam(&viscosity_overshoot,StressbalanceViscosityOvershootEnum);
    5659         Input* vx_input   =element->GetInput(VxEnum);       _assert_(vx_input);
    5660         Input* vy_input   =element->GetInput(VyEnum);       _assert_(vy_input);
    5661         Input* vxold_input=element->GetInput(VxPicardEnum); _assert_(vxold_input);
    5662         Input* vyold_input=element->GetInput(VyPicardEnum); _assert_(vyold_input);
    5663 
    5664         /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    5665         Gauss* gauss=element->NewGauss(5);
    5666         Gauss* gauss_tria=new GaussTria();
    5667         for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    5668 
    5669                 gauss->GaussPoint(ig);
    5670                 gauss->SynchronizeGaussBase(gauss_tria);
    5671 
    5672                 element->JacobianDeterminant(&Jdet, xyz_list,gauss);
    5673                 this->GetBSSAHO(B, element,xyz_list, gauss);
    5674                 this->GetBSSAprime(Bprime,basaltria,2,xyz_list, gauss_tria);
    5675                 element->ViscosityHO(&viscosity,3,xyz_list,gauss,vx_input,vy_input);
    5676                 element->ViscosityHO(&oldviscosity,3,xyz_list,gauss,vxold_input,vyold_input);
    5677 
    5678                 newviscosity=viscosity+viscosity_overshoot*(viscosity-oldviscosity);
    5679                 D_scalar=2*newviscosity*gauss->weight*Jdet;
    5680                 for (i=0;i<3;i++) D[i][i]=D_scalar;
    5681 
    5682                 TripleMultiply( B,3,numdofp,1,
    5683                                         &D[0][0],3,3,0,
    5684                                         Bprime,3,numdofm,0,
    5685                                         Ke_gg,1);
    5686         }
    5687         for(i=0;i<numdofp;i++) for(j=0;j<numdofm;j++) Ke->values[(i+2*numdofm)*numdoftotal+j]+=Ke_gg[i*numdofm+j];
    5688         for(i=0;i<numdofm;i++) for(j=0;j<numdofp;j++) Ke->values[i*numdoftotal+(j+2*numdofm)]+=Ke_gg[j*numdofm+i];
    5689 
    5690         /*Transform Coordinate System*/
    5691         element->TransformStiffnessMatrixCoord(Ke,node_list,2*numnodes,cs_list);
    5692 
    5693         /*Clean-up and return*/
    5694         basaltria->DeleteMaterials(); delete basaltria;
    5695        
    5696         delete gauss;
    5697         delete gauss_tria;
    5698         xDelete<IssmDouble>(B);
    5699         xDelete<IssmDouble>(Bprime);
    5700         xDelete<IssmDouble>(Ke_gg);
    5701         xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
    5702         xDelete<Node*>(node_list);
    5703         xDelete<int>(cs_list);
    5704         return Ke;
    5705 
    57065394}/*}}}*/
    57075395ElementMatrix* StressbalanceAnalysis::CreateKMatrixCouplingSSAFS(Element* element){/*{{{*/
    … …  
    59455633
    59465634}/*}}}*/
    5947 ElementVector* StressbalanceAnalysis::CreatePVectorSSAHO(Element* element){/*{{{*/
     5635ElementMatrix* StressbalanceAnalysis::CreateKMatrixCouplingSSAHO(Element* element){/*{{{*/
     5636
     5637        /*compute all stiffness matrices for this element*/
     5638        ElementMatrix* Ke1=CreateKMatrixCouplingSSAHOViscous(element);
     5639        ElementMatrix* Ke2=CreateKMatrixCouplingSSAHOFriction(element);
     5640        ElementMatrix* Ke=new ElementMatrix(Ke1,Ke2);
     5641
     5642        /*clean-up and return*/
     5643        delete Ke1;
     5644        delete Ke2;
     5645        return Ke;
     5646}/*}}}*/
     5647ElementMatrix* StressbalanceAnalysis::CreateKMatrixCouplingSSAHOFriction(Element* element){/*{{{*/
     5648
     5649        if(element->IsFloating() || !element->IsOnBase()) return NULL;
     5650
     5651        /*Constants*/
     5652        int numnodes    = element->GetNumberOfNodes();
     5653        int numdof      = 2*numnodes;
     5654        int numdoftotal = 4*numnodes;
     5655
     5656        /*Intermediaries */
     5657        int         i,j;
     5658        IssmDouble  Jdet2d,alpha2;
     5659        IssmDouble *xyz_list_tria = NULL;
     5660        IssmDouble* L             = xNewZeroInit<IssmDouble>(2*numdof);
     5661        IssmDouble  DL[2][2]      = {{ 0,0 },{0,0}}; //for basal drag
     5662        IssmDouble  DL_scalar;
     5663        IssmDouble* Ke_gg         = xNewZeroInit<IssmDouble>(numdof*numdof);
     5664        Node      **node_list     = xNew<Node*>(2*numnodes);
     5665        int*        cs_list       = xNew<int>(2*numnodes);
     5666
     5667        /*Initialize Element matrix and return if necessary*/
     5668        ElementMatrix* Ke1=element->NewElementMatrix(SSAApproximationEnum);
     5669        ElementMatrix* Ke2=element->NewElementMatrix(HOApproximationEnum);
     5670        ElementMatrix* Ke=new ElementMatrix(Ke1,Ke2);
     5671        delete Ke1; delete Ke2;
     5672
     5673        /*Prepare node list*/
     5674        for(i=0;i<numnodes;i++){
     5675                node_list[i+0*numnodes] = element->GetNode(i);
     5676                node_list[i+1*numnodes] = element->GetNode(i);
     5677                cs_list[i+0*numnodes] = XYEnum;
     5678                cs_list[i+1*numnodes] = XYEnum;
     5679        }
     5680
     5681        /*retrieve inputs :*/
     5682        element->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_tria);
     5683
     5684        /*build friction object, used later on: */
     5685        Friction* friction=new Friction(element,2);
     5686
     5687        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     5688        Gauss* gauss=element->NewGaussBase(2);
     5689        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     5690
     5691                gauss->GaussPoint(ig);
     5692
     5693                /*Friction: */
     5694                friction->GetAlpha2(&alpha2,gauss);
     5695                element->JacobianDeterminantBase(&Jdet2d, xyz_list_tria,gauss);
     5696                this->GetBHOFriction(L,element,3,xyz_list_tria,gauss);
     5697
     5698                DL_scalar=alpha2*gauss->weight*Jdet2d;
     5699                for (i=0;i<2;i++) DL[i][i]=DL_scalar;
     5700
     5701                /*  Do the triple producte tL*D*L: */
     5702                TripleMultiply( L,2,numdof,1,
     5703                                        &DL[0][0],2,2,0,
     5704                                        L,2,numdof,0,
     5705                                        Ke_gg,1);
     5706        }
     5707
     5708        for(i=0;i<numdof;i++) for(j=0;j<numdof;j++) Ke->values[i*numdoftotal+(numdof+j)]+=Ke_gg[i*numdof+j];
     5709        for(i=0;i<numdof;i++) for(j=0;j<numdof;j++) Ke->values[(i+numdof)*numdoftotal+j]+=Ke_gg[i*numdof+j];
     5710
     5711        /*Transform Coordinate System*/
     5712        element->TransformStiffnessMatrixCoord(Ke,node_list,2*numnodes,cs_list);
     5713
     5714        /*Clean up and return*/
     5715        delete gauss;
     5716        delete friction;
     5717        xDelete<int>(cs_list);
     5718        xDelete<Node*>(node_list);
     5719        xDelete<IssmDouble>(xyz_list_tria);
     5720        xDelete<IssmDouble>(Ke_gg);
     5721        xDelete<IssmDouble>(L);
     5722        return Ke;
     5723}/*}}}*/
     5724ElementMatrix* StressbalanceAnalysis::CreateKMatrixCouplingSSAHOViscous(Element* element){/*{{{*/
     5725
     5726        /*Constants*/
     5727        int numnodes    = element->GetNumberOfNodes();
     5728        int numdofm     = 1 *numnodes; //*2/2
     5729        int numdofp     = 2 *numnodes;
     5730        int numdoftotal = 2 *2 *numnodes;//2 dof per nodes and 2 sets of nodes for HO and SSA
     5731
     5732        /*Intermediaries */
     5733        int         i,j;
     5734        IssmDouble  Jdet,viscosity,oldviscosity,newviscosity,viscosity_overshoot; //viscosity
     5735        IssmDouble  *xyz_list      = NULL;
     5736        IssmDouble* B              = xNew<IssmDouble>(3*numdofp);
     5737        IssmDouble* Bprime         = xNew<IssmDouble>(3*numdofm);
     5738        IssmDouble  D[3][3]={0.0}; // material matrix, simple scalar matrix.
     5739        IssmDouble  D_scalar;
     5740        IssmDouble* Ke_gg          = xNewZeroInit<IssmDouble>(numdofp*numdofm);
     5741        Node       **node_list     = xNew<Node*>(2*numnodes);
     5742        int*         cs_list= xNew<int>(2*numnodes);
     5743
     5744        /*Find penta on bed as HO must be coupled to the dofs on the bed: */
     5745        Element* pentabase=element->GetBasalElement();
     5746        Element* basaltria=pentabase->SpawnBasalElement();
     5747
     5748        /*prepare node list*/
     5749        for(i=0;i<numnodes;i++){
     5750                node_list[i+0*numnodes] = pentabase->GetNode(i);
     5751                node_list[i+1*numnodes] = element  ->GetNode(i);
     5752                cs_list[i+0*numnodes] = XYEnum;
     5753                cs_list[i+1*numnodes] = XYEnum;
     5754        }
     5755
     5756        /*Initialize Element matrix*/
     5757        ElementMatrix* Ke1= pentabase->NewElementMatrix(SSAApproximationEnum);
     5758        ElementMatrix* Ke2= element  ->NewElementMatrix(HOApproximationEnum);
     5759        ElementMatrix* Ke =new ElementMatrix(Ke1,Ke2);
     5760        delete Ke1; delete Ke2;
     5761
     5762        /* Get node coordinates and dof list: */
     5763        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     5764        element->FindParam(&viscosity_overshoot,StressbalanceViscosityOvershootEnum);
     5765        Input* vx_input   =element->GetInput(VxEnum);       _assert_(vx_input);
     5766        Input* vy_input   =element->GetInput(VyEnum);       _assert_(vy_input);
     5767        Input* vxold_input=element->GetInput(VxPicardEnum); _assert_(vxold_input);
     5768        Input* vyold_input=element->GetInput(VyPicardEnum); _assert_(vyold_input);
     5769
     5770        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     5771        Gauss* gauss=element->NewGauss(5);
     5772        Gauss* gauss_tria=new GaussTria();
     5773        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     5774
     5775                gauss->GaussPoint(ig);
     5776                gauss->SynchronizeGaussBase(gauss_tria);
     5777
     5778                element->JacobianDeterminant(&Jdet, xyz_list,gauss);
     5779                this->GetBSSAHO(B, element,xyz_list, gauss);
     5780                this->GetBSSAprime(Bprime,basaltria,2,xyz_list, gauss_tria);
     5781                element->ViscosityHO(&viscosity,3,xyz_list,gauss,vx_input,vy_input);
     5782                element->ViscosityHO(&oldviscosity,3,xyz_list,gauss,vxold_input,vyold_input);
     5783
     5784                newviscosity=viscosity+viscosity_overshoot*(viscosity-oldviscosity);
     5785                D_scalar=2*newviscosity*gauss->weight*Jdet;
     5786                for (i=0;i<3;i++) D[i][i]=D_scalar;
     5787
     5788                TripleMultiply( B,3,numdofp,1,
     5789                                        &D[0][0],3,3,0,
     5790                                        Bprime,3,numdofm,0,
     5791                                        Ke_gg,1);
     5792        }
     5793        for(i=0;i<numdofp;i++) for(j=0;j<numdofm;j++) Ke->values[(i+2*numdofm)*numdoftotal+j]+=Ke_gg[i*numdofm+j];
     5794        for(i=0;i<numdofm;i++) for(j=0;j<numdofp;j++) Ke->values[i*numdoftotal+(j+2*numdofm)]+=Ke_gg[j*numdofm+i];
     5795
     5796        /*Transform Coordinate System*/
     5797        element->TransformStiffnessMatrixCoord(Ke,node_list,2*numnodes,cs_list);
     5798
     5799        /*Clean-up and return*/
     5800        basaltria->DeleteMaterials(); delete basaltria;
     5801       
     5802        delete gauss;
     5803        delete gauss_tria;
     5804        xDelete<IssmDouble>(B);
     5805        xDelete<IssmDouble>(Bprime);
     5806        xDelete<IssmDouble>(Ke_gg);
     5807        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     5808        xDelete<Node*>(node_list);
     5809        xDelete<int>(cs_list);
     5810        return Ke;
     5811
     5812}/*}}}*/
     5813ElementMatrix* StressbalanceAnalysis::CreateKMatrixHOFS(Element* element){/*{{{*/
     5814
     5815        /*compute all stiffness matrices for this element*/
     5816        ElementMatrix* Ke1=CreateKMatrixFS(element);
     5817        int indices[3]={18,19,20};
     5818        Ke1->StaticCondensation(3,&indices[0]);
     5819        int init = element->FiniteElement();
     5820        element->SetTemporaryElementType(P1Enum); // P1 needed for HO
     5821        ElementMatrix* Ke2=CreateKMatrixHO(element);
     5822        element->SetTemporaryElementType(init); // P1 needed for HO
     5823        ElementMatrix* Ke3=CreateKMatrixCouplingHOFS(element);
     5824        ElementMatrix* Ke =new ElementMatrix(Ke1,Ke2,Ke3);
     5825
     5826        /*clean-up and return*/
     5827        delete Ke1;
     5828        delete Ke2;
     5829        delete Ke3;
     5830        return Ke;
     5831}/*}}}*/
     5832ElementMatrix* StressbalanceAnalysis::CreateKMatrixSSAFS(Element* element){/*{{{*/
     5833
     5834        /*compute all stiffness matrices for this element*/
     5835        ElementMatrix* Ke1=CreateKMatrixFS(element);
     5836        int indices[3]={18,19,20};
     5837        Ke1->StaticCondensation(3,&indices[0]);
     5838        int init = element->FiniteElement();
     5839        element->SetTemporaryElementType(P1Enum);
     5840        ElementMatrix* Ke2=CreateKMatrixSSA3d(element);
     5841        element->SetTemporaryElementType(init);
     5842        ElementMatrix* Ke3=CreateKMatrixCouplingSSAFS(element);
     5843        ElementMatrix* Ke =new ElementMatrix(Ke1,Ke2,Ke3);
     5844
     5845        /*clean-up and return*/
     5846        delete Ke1;
     5847        delete Ke2;
     5848        delete Ke3;
     5849        return Ke;
     5850}/*}}}*/
     5851ElementMatrix* StressbalanceAnalysis::CreateKMatrixSSAHO(Element* element){/*{{{*/
     5852
     5853        /*compute all stiffness matrices for this element*/
     5854        ElementMatrix* Ke1=CreateKMatrixSSA3d(element);
     5855        ElementMatrix* Ke2=CreateKMatrixHO(element);
     5856        ElementMatrix* Ke3=CreateKMatrixCouplingSSAHO(element);
     5857        ElementMatrix* Ke =new ElementMatrix(Ke1,Ke2,Ke3);
     5858
     5859        /*clean-up and return*/
     5860        delete Ke1;
     5861        delete Ke2;
     5862        delete Ke3;
     5863        return Ke;
     5864}/*}}}*/
     5865ElementMatrix* StressbalanceAnalysis::CreateKMatrixSSA3d(Element* element){/*{{{*/
     5866
     5867        /*compute all stiffness matrices for this element*/
     5868        ElementMatrix* Ke1=CreateKMatrixSSA3dViscous(element);
     5869        ElementMatrix* Ke2=CreateKMatrixSSA3dFriction(element);
     5870        ElementMatrix* Ke =new ElementMatrix(Ke1,Ke2);
     5871
     5872        /*clean-up and return*/
     5873        delete Ke1;
     5874        delete Ke2;
     5875        return Ke;
     5876}/*}}}*/
     5877ElementMatrix* StressbalanceAnalysis::CreateKMatrixSSA3dFriction(Element* element){/*{{{*/
     5878
     5879        /*Initialize Element matrix and return if necessary*/
     5880        if(element->IsFloating() || !element->IsOnBase()) return NULL;
     5881
     5882        /*Build a tria element using the 3 nodes of the base of the penta. Then use
     5883         * the tria functionality to build a friction stiffness matrix on these 3
     5884         * nodes: */
     5885        Element* basalelement = element->SpawnBasalElement();
     5886        ElementMatrix* Ke=CreateKMatrixSSAFriction(basalelement);
     5887        basalelement->DeleteMaterials(); delete basalelement;
     5888
     5889        /*clean-up and return*/
     5890        return Ke;
     5891}/*}}}*/
     5892ElementMatrix* StressbalanceAnalysis::CreateKMatrixSSA3dViscous(Element* element){/*{{{*/
     5893
     5894        /*Constants*/
     5895        const int    numdof2d=2*3;
     5896
     5897        /*Intermediaries */
     5898        int         i,j,approximation;
     5899        int         dim=3;
     5900        IssmDouble  Jdet,viscosity,oldviscosity,newviscosity,viscosity_overshoot;
     5901        IssmDouble  epsilon[5],oldepsilon[5];       /* epsilon=[exx,eyy,exy,exz,eyz];*/
     5902        IssmDouble  epsilons[6];                    //6 for FS
     5903        IssmDouble  B[3][numdof2d];
     5904        IssmDouble  Bprime[3][numdof2d];
     5905        IssmDouble  D[3][3]= {0.0};                 // material matrix, simple scalar matrix.
     5906        IssmDouble  D_scalar;
     5907        IssmDouble  Ke_gg[numdof2d][numdof2d]={0.0};
     5908        IssmDouble  *xyz_list  = NULL;
     5909
     5910        /*Find penta on bed as this is a SSA elements: */
     5911        Element* pentabase=element->GetBasalElement();
     5912        Element* basaltria=pentabase->SpawnBasalElement();
     5913
     5914        /*Initialize Element matrix*/
     5915        ElementMatrix* Ke=basaltria->NewElementMatrix(SSAApproximationEnum);
     5916        element->GetInputValue(&approximation,ApproximationEnum);
     5917
     5918        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     5919        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     5920        element->FindParam(&viscosity_overshoot,StressbalanceViscosityOvershootEnum);
     5921        Input* vx_input   =element->GetInput(VxEnum);       _assert_(vx_input);
     5922        Input* vy_input   =element->GetInput(VyEnum);       _assert_(vy_input);
     5923        Input* vxold_input=element->GetInput(VxPicardEnum); _assert_(vxold_input);
     5924        Input* vyold_input=element->GetInput(VyPicardEnum); _assert_(vyold_input);
     5925        Input* vz_input   =element->GetInput(VzEnum);       _assert_(vz_input);
     5926
     5927        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     5928        Gauss* gauss=element->NewGauss(5);
     5929        Gauss* gauss_tria=new GaussTria();
     5930        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     5931
     5932                gauss->GaussPoint(ig);
     5933                gauss->SynchronizeGaussBase(gauss_tria);
     5934
     5935                element->JacobianDeterminant(&Jdet, xyz_list,gauss);
     5936                this->GetBSSA(&B[0][0],basaltria,2,xyz_list, gauss_tria);
     5937                this->GetBSSAprime(&Bprime[0][0],basaltria,2,xyz_list, gauss_tria);
     5938
     5939                if(approximation==SSAHOApproximationEnum){
     5940                        element->ViscosityHO(&viscosity,dim,xyz_list,gauss,vx_input,vy_input);
     5941                        element->ViscosityHO(&oldviscosity,dim,xyz_list,gauss,vxold_input,vyold_input);
     5942                        newviscosity=viscosity+viscosity_overshoot*(viscosity-oldviscosity);
     5943                }
     5944                else if (approximation==SSAFSApproximationEnum){
     5945                        element->ViscosityFS(&newviscosity,dim,xyz_list,gauss,vx_input,vy_input,vz_input);
     5946                }
     5947                else _error_("approximation " << approximation << " (" << EnumToStringx(approximation) << ") not supported yet");
     5948
     5949                D_scalar=2*newviscosity*gauss->weight*Jdet;
     5950                for (i=0;i<3;i++) D[i][i]=D_scalar;
     5951
     5952                TripleMultiply( &B[0][0],3,numdof2d,1,
     5953                                        &D[0][0],3,3,0,
     5954                                        &Bprime[0][0],3,numdof2d,0,
     5955                                        &Ke_gg[0][0],1);
     5956
     5957        }
     5958        for(i=0;i<numdof2d;i++) for(j=0;j<numdof2d;j++) Ke->values[i*numdof2d+j]+=Ke_gg[i][j];
     5959
     5960        /*Transform Coordinate System*/
     5961        basaltria->TransformStiffnessMatrixCoord(Ke,XYEnum);
     5962
     5963        /*Clean up and return*/
     5964        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     5965        delete basaltria->material;
     5966        delete basaltria;
     5967        delete gauss_tria;
     5968        delete gauss;
     5969        return Ke;
     5970
     5971}/*}}}*/
     5972ElementVector* StressbalanceAnalysis::CreatePVectorCouplingHOFS(Element* element){/*{{{*/
    59485973
    59495974        /*compute all load vectors for this element*/
    5950         ElementVector* pe1=CreatePVectorSSA(element);
    5951         ElementVector* pe2=CreatePVectorHO(element);
     5975        ElementVector* pe1=CreatePVectorCouplingHOFSViscous(element);
     5976        ElementVector* pe2=CreatePVectorCouplingHOFSFriction(element);
    59525977        ElementVector* pe =new ElementVector(pe1,pe2);
    59535978
    … …  
    59555980        delete pe1;
    59565981        delete pe2;
     5982        return pe;
     5983}/*}}}*/
     5984ElementVector* StressbalanceAnalysis::CreatePVectorCouplingHOFSFriction(Element* element){/*{{{*/
     5985
     5986        /*Intermediaries*/
     5987        int         i,approximation;
     5988        int         dim=3;
     5989        IssmDouble  Jdet,Jdet2d,FSreconditioning;
     5990        IssmDouble      bed_normal[3];
     5991        IssmDouble  viscosity, w, alpha2_gauss;
     5992        IssmDouble  dw[3];
     5993        IssmDouble      *xyz_list_tria = NULL;
     5994        IssmDouble  *xyz_list      = NULL;
     5995        IssmDouble  basis[6]; //for the six nodes of the penta
     5996
     5997        /*Initialize Element vector and return if necessary*/
     5998        if(!element->IsOnBase() || element->IsFloating()) return NULL;
     5999        element->GetInputValue(&approximation,ApproximationEnum);
     6000        if(approximation!=HOFSApproximationEnum) return NULL;
     6001
     6002        int vnumnodes = element->NumberofNodesVelocity();
     6003        int pnumnodes = element->NumberofNodesPressure();
     6004        int numnodes  = vnumnodes+pnumnodes;
     6005
     6006        /*Prepare coordinate system list*/
     6007        int*   cs_list   = xNew<int>(vnumnodes+pnumnodes);
     6008        Node **node_list = xNew<Node*>(vnumnodes+pnumnodes);
     6009        for(i=0;i<vnumnodes;i++){
     6010                cs_list[i]           = XYZEnum;
     6011                node_list[i]           = element->GetNode(i);
     6012        }
     6013        for(i=0;i<pnumnodes;i++){
     6014                cs_list[vnumnodes+i] = PressureEnum;
     6015                node_list[vnumnodes+i] = element->GetNode(vnumnodes+i);
     6016        }
     6017
     6018        ElementVector* pe=element->NewElementVector(FSvelocityEnum);
     6019
     6020        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     6021        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     6022        element->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_tria);
     6023        element->FindParam(&FSreconditioning,StressbalanceFSreconditioningEnum);
     6024        Input* vx_input=  element->GetInput(VxEnum);   _assert_(vx_input);
     6025        Input* vy_input=  element->GetInput(VyEnum);   _assert_(vy_input);
     6026        Input* vz_input=  element->GetInput(VzEnum);   _assert_(vz_input);
     6027        Input* vzHO_input=element->GetInput(VzHOEnum); _assert_(vzHO_input);
     6028
     6029        /*build friction object, used later on: */
     6030        Friction* friction=new Friction(element,3);
     6031
     6032        /* Start looping on the number of gauss 2d (nodes on the bedrock) */
     6033        Gauss* gauss=element->NewGaussBase(2);
     6034        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     6035
     6036                gauss->GaussPoint(ig);
     6037
     6038                element->JacobianDeterminantBase(&Jdet2d,xyz_list_tria,gauss);
     6039                element->NodalFunctionsP1(basis, gauss);
     6040
     6041                vzHO_input->GetInputValue(&w, gauss);
     6042                vzHO_input->GetInputDerivativeValue(&dw[0],xyz_list,gauss);
     6043
     6044                element->NormalBase(&bed_normal[0],xyz_list_tria);
     6045                element->ViscosityFS(&viscosity,dim,xyz_list,gauss,vx_input,vy_input,vz_input);
     6046                friction->GetAlpha2(&alpha2_gauss,gauss);
     6047
     6048                for(i=0;i<3;i++){
     6049                        pe->values[i*3+0]+=Jdet2d*gauss->weight*(alpha2_gauss*w*bed_normal[0]*bed_normal[2]+2*viscosity*dw[2]*bed_normal[0])*basis[i];
     6050                        pe->values[i*3+1]+=Jdet2d*gauss->weight*(alpha2_gauss*w*bed_normal[1]*bed_normal[2]+2*viscosity*dw[2]*bed_normal[1])*basis[i];
     6051                        pe->values[i*3+2]+=Jdet2d*gauss->weight*2*viscosity*(dw[0]*bed_normal[0]+dw[1]*bed_normal[1]+dw[2]*bed_normal[2])*basis[i];
     6052                }
     6053        }
     6054
     6055        /*Transform coordinate system*/
     6056        element->TransformLoadVectorCoord(pe,node_list,vnumnodes+pnumnodes,cs_list);
     6057
     6058        /*Clean up and return*/
     6059        xDelete<int>(cs_list);
     6060        xDelete<Node*>(node_list);
     6061        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     6062        xDelete<IssmDouble>(xyz_list_tria);
     6063        delete gauss;
     6064        delete friction;
     6065        return pe;
     6066}/*}}}*/
     6067ElementVector* StressbalanceAnalysis::CreatePVectorCouplingHOFSViscous(Element* element){/*{{{*/
     6068
     6069        /*Intermediaries */
     6070        int         i,approximation;
     6071        int         dim=3;
     6072        IssmDouble  viscosity,Jdet,FSreconditioning;
     6073        IssmDouble  dw[3];
     6074        IssmDouble  *xyz_list = NULL;
     6075        IssmDouble  basis[6]; //for the six nodes of the penta
     6076        IssmDouble  dbasis[3][6]; //for the six nodes of the penta
     6077
     6078        /*Initialize Element vector and return if necessary*/
     6079        element->GetInputValue(&approximation,ApproximationEnum);
     6080        if(approximation!=HOFSApproximationEnum) return NULL;
     6081        int   vnumnodes = element->NumberofNodesVelocity();
     6082        int   pnumnodes = element->NumberofNodesPressure();
     6083
     6084        /*Prepare coordinate system list*/
     6085        int*   cs_list   = xNew<int>(vnumnodes+pnumnodes);
     6086        Node **node_list = xNew<Node*>(vnumnodes+pnumnodes);
     6087        for(i=0;i<vnumnodes;i++){
     6088                cs_list[i]             = XYZEnum;
     6089                node_list[i]           = element->GetNode(i);
     6090        }
     6091        for(i=0;i<pnumnodes;i++){
     6092                cs_list[vnumnodes+i]   = PressureEnum;
     6093                node_list[vnumnodes+i] = element->GetNode(vnumnodes+i);
     6094        }
     6095        ElementVector* pe = element->NewElementVector(FSvelocityEnum);
     6096
     6097        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     6098        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     6099        element->FindParam(&FSreconditioning,StressbalanceFSreconditioningEnum);
     6100        Input* vx_input   =element->GetInput(VxEnum);   _assert_(vx_input);
     6101        Input* vy_input   =element->GetInput(VyEnum);   _assert_(vy_input);
     6102        Input* vz_input   =element->GetInput(VzEnum);   _assert_(vz_input);
     6103        Input* vzHO_input=element->GetInput(VzHOEnum);  _assert_(vzHO_input);
     6104
     6105        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     6106        Gauss* gauss=element->NewGauss(5);
     6107        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     6108
     6109                gauss->GaussPoint(ig);
     6110
     6111                element->JacobianDeterminant(&Jdet, xyz_list,gauss);
     6112                element->NodalFunctionsP1(&basis[0],gauss);
     6113                element->NodalFunctionsP1Derivatives(&dbasis[0][0],xyz_list,gauss);
     6114               
     6115                element->ViscosityFS(&viscosity,dim,xyz_list,gauss,vx_input,vy_input,vz_input);
     6116                vzHO_input->GetInputDerivativeValue(&dw[0],xyz_list,gauss);
     6117
     6118                for(i=0;i<6;i++){
     6119                        pe->values[i*3+0]+=-Jdet*gauss->weight*viscosity*dw[0]*dbasis[2][i];
     6120                        pe->values[i*3+1]+=-Jdet*gauss->weight*viscosity*dw[1]*dbasis[2][i];
     6121                        pe->values[i*3+2]+=-Jdet*gauss->weight*viscosity*(dw[0]*dbasis[0][i]+dw[1]*dbasis[1][i]+2*dw[2]*dbasis[2][i]);
     6122                        pe->values[3*vnumnodes+i]+=Jdet*gauss->weight*FSreconditioning*dw[2]*basis[i];
     6123                }
     6124        }
     6125
     6126        /*Transform coordinate system*/
     6127        element->TransformLoadVectorCoord(pe,node_list,vnumnodes+pnumnodes,cs_list);
     6128
     6129        /*Clean up and return*/
     6130        xDelete<int>(cs_list);
     6131        xDelete<Node*>(node_list);
     6132        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     6133        delete gauss;
     6134        return pe;
     6135}/*}}}*/
     6136ElementVector* StressbalanceAnalysis::CreatePVectorCouplingSSAFS(Element* element){/*{{{*/
     6137
     6138        /*compute all load vectors for this element*/
     6139        ElementVector* pe1=CreatePVectorCouplingSSAFSViscous(element);
     6140        ElementVector* pe2=CreatePVectorCouplingSSAFSFriction(element);
     6141        ElementVector* pe =new ElementVector(pe1,pe2);
     6142
     6143        /*clean-up and return*/
     6144        delete pe1;
     6145        delete pe2;
     6146        return pe;
     6147}/*}}}*/
     6148ElementVector* StressbalanceAnalysis::CreatePVectorCouplingSSAFSFriction(Element* element){/*{{{*/
     6149
     6150        /*Intermediaries*/
     6151        int         i,j,approximation;
     6152        int         dim=3;
     6153        IssmDouble  Jdet,Jdet2d,FSreconditioning;
     6154        IssmDouble      bed_normal[3];
     6155        IssmDouble  viscosity, w, alpha2_gauss;
     6156        IssmDouble  dw[3];
     6157        IssmDouble  basis[6]; //for the six nodes of the penta
     6158        IssmDouble      *xyz_list_tria = NULL;
     6159        IssmDouble  *xyz_list      = NULL;
     6160
     6161        /*Initialize Element vector and return if necessary*/
     6162        if(!element->IsOnBase() || element->IsFloating()) return NULL;
     6163        element->GetInputValue(&approximation,ApproximationEnum);
     6164        if(approximation!=SSAFSApproximationEnum) return NULL;
     6165        int vnumnodes = element->NumberofNodesVelocity();
     6166        int pnumnodes = element->NumberofNodesPressure();
     6167
     6168        /*Prepare coordinate system list*/
     6169        int* cs_list     = xNew<int>(vnumnodes+pnumnodes);
     6170        Node **node_list = xNew<Node*>(vnumnodes+pnumnodes);
     6171        for(i=0;i<vnumnodes;i++){
     6172                cs_list[i]             = XYZEnum;
     6173                node_list[i]           = element->GetNode(i);
     6174        }
     6175        for(i=0;i<pnumnodes;i++){
     6176                cs_list[vnumnodes+i]   = PressureEnum;
     6177                node_list[vnumnodes+i] = element->GetNode(vnumnodes+i);
     6178        }
     6179        ElementVector* pe=element->NewElementVector(FSvelocityEnum);
     6180
     6181        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     6182        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     6183        element->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_tria);
     6184        element->FindParam(&FSreconditioning,StressbalanceFSreconditioningEnum);
     6185        Input* vx_input=   element->GetInput(VxEnum);    _assert_(vx_input);
     6186        Input* vy_input=   element->GetInput(VyEnum);    _assert_(vy_input);
     6187        Input* vz_input=   element->GetInput(VzEnum);    _assert_(vz_input);
     6188        Input* vzSSA_input=element->GetInput(VzSSAEnum); _assert_(vzSSA_input);
     6189
     6190        /*build friction object, used later on: */
     6191        Friction* friction=new Friction(element,3);
     6192
     6193        /* Start looping on the number of gauss 2d (nodes on the bedrock) */
     6194        Gauss* gauss=element->NewGaussBase(2);
     6195        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     6196
     6197                gauss->GaussPoint(ig);
     6198
     6199                element->JacobianDeterminantBase(&Jdet2d,xyz_list_tria,gauss);
     6200                element->NodalFunctionsP1(basis, gauss);
     6201
     6202                vzSSA_input->GetInputValue(&w, gauss);
     6203                vzSSA_input->GetInputDerivativeValue(&dw[0],xyz_list,gauss);
     6204
     6205                element->NormalBase(&bed_normal[0],xyz_list_tria);
     6206                element->ViscosityFS(&viscosity,dim,xyz_list,gauss,vx_input,vy_input,vz_input);
     6207                friction->GetAlpha2(&alpha2_gauss,gauss);
     6208
     6209                for(i=0;i<3;i++){
     6210                        pe->values[i*3+0]+=Jdet2d*gauss->weight*(alpha2_gauss*w*bed_normal[0]*bed_normal[2]+2*viscosity*dw[2]*bed_normal[0])*basis[i];
     6211                        pe->values[i*3+1]+=Jdet2d*gauss->weight*(alpha2_gauss*w*bed_normal[1]*bed_normal[2]+2*viscosity*dw[2]*bed_normal[1])*basis[i];
     6212                        pe->values[i*3+2]+=Jdet2d*gauss->weight*2*viscosity*(dw[0]*bed_normal[0]+dw[1]*bed_normal[1]+dw[2]*bed_normal[2])*basis[i];
     6213                }
     6214        }
     6215
     6216        /*Transform coordinate system*/
     6217        element->TransformLoadVectorCoord(pe,node_list,vnumnodes+pnumnodes,cs_list);
     6218
     6219        /*Clean up and return*/
     6220        xDelete<int>(cs_list);
     6221        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     6222        xDelete<IssmDouble>(xyz_list_tria);
     6223        xDelete<Node*>(node_list);
     6224        delete gauss;
     6225        delete friction;
     6226        return pe;
     6227}/*}}}*/
     6228ElementVector* StressbalanceAnalysis::CreatePVectorCouplingSSAFSViscous(Element* element){/*{{{*/
     6229
     6230        /*Intermediaries */
     6231        int         i,approximation;
     6232        IssmDouble  viscosity,Jdet,FSreconditioning;
     6233        IssmDouble  dw[3];
     6234        IssmDouble  *xyz_list = NULL;
     6235        IssmDouble  basis[6]; //for the six nodes of the penta
     6236        IssmDouble  dbasis[3][6]; //for the six nodes of the penta
     6237
     6238        /*Initialize Element vector and return if necessary*/
     6239        element->GetInputValue(&approximation,ApproximationEnum);
     6240        if(approximation!=SSAFSApproximationEnum) return NULL;
     6241        int vnumnodes = element->NumberofNodesVelocity();
     6242        int pnumnodes = element->NumberofNodesPressure();
     6243
     6244        /*Prepare coordinate system list*/
     6245        int* cs_list = xNew<int>(vnumnodes+pnumnodes);
     6246        Node **node_list = xNew<Node*>(vnumnodes+pnumnodes);
     6247        for(i=0;i<vnumnodes;i++){
     6248                cs_list[i]             = XYZEnum;
     6249                node_list[i]           = element->GetNode(i);
     6250        }
     6251        for(i=0;i<pnumnodes;i++){
     6252                cs_list[vnumnodes+i]   = PressureEnum;
     6253                node_list[vnumnodes+i] = element->GetNode(vnumnodes+i);
     6254        }
     6255        ElementVector* pe=element->NewElementVector(FSvelocityEnum);
     6256
     6257        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     6258        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     6259        element->FindParam(&FSreconditioning,StressbalanceFSreconditioningEnum);
     6260        Input* vx_input   =element->GetInput(VxEnum);      _assert_(vx_input);
     6261        Input* vy_input   =element->GetInput(VyEnum);      _assert_(vy_input);
     6262        Input* vz_input   =element->GetInput(VzEnum);      _assert_(vz_input);
     6263        Input* vzSSA_input=element->GetInput(VzSSAEnum);   _assert_(vzSSA_input);
     6264
     6265        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     6266        Gauss* gauss=element->NewGauss(5);
     6267        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     6268
     6269                gauss->GaussPoint(ig);
     6270                element->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
     6271                element->NodalFunctionsP1(&basis[0], gauss);
     6272                element->NodalFunctionsP1Derivatives(&dbasis[0][0],xyz_list, gauss);
     6273
     6274                vzSSA_input->GetInputDerivativeValue(&dw[0],xyz_list,gauss);
     6275                element->ViscosityFS(&viscosity,3,xyz_list,gauss,vx_input,vy_input,vz_input);
     6276
     6277                for(i=0;i<6;i++){
     6278                        pe->values[i*3+0]+=-Jdet*gauss->weight*viscosity*dw[0]*dbasis[2][i];
     6279                        pe->values[i*3+1]+=-Jdet*gauss->weight*viscosity*dw[1]*dbasis[2][i];
     6280                        pe->values[i*3+2]+=-Jdet*gauss->weight*viscosity*(dw[0]*dbasis[0][i]+dw[1]*dbasis[1][i]+2*dw[2]*dbasis[2][i]);
     6281                        pe->values[3*vnumnodes+i]+=Jdet*gauss->weight*FSreconditioning*dw[2]*basis[i];
     6282                }
     6283        }
     6284
     6285        /*Transform coordinate system*/
     6286        element->TransformLoadVectorCoord(pe,node_list,vnumnodes+pnumnodes,cs_list);
     6287
     6288        /*Clean up and return*/
     6289        xDelete<int>(cs_list);
     6290        xDelete<Node*>(node_list);
     6291        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     6292        delete gauss;
     6293        return pe;
     6294}/*}}}*/
     6295ElementVector* StressbalanceAnalysis::CreatePVectorHOFS(Element* element){/*{{{*/
     6296
     6297        /*compute all load vectors for this element*/
     6298        int init = element->FiniteElement();
     6299        element->SetTemporaryElementType(P1Enum);
     6300        ElementVector* pe1=CreatePVectorHO(element);
     6301        element->SetTemporaryElementType(init);
     6302        ElementVector* pe2=CreatePVectorFS(element);
     6303        int indices[3]={18,19,20};
     6304        element->SetTemporaryElementType(MINIcondensedEnum);
     6305        ElementMatrix* Ke = CreateKMatrixFS(element);
     6306        element->SetTemporaryElementType(init);
     6307        pe2->StaticCondensation(Ke,3,&indices[0]);
     6308        delete Ke;
     6309        ElementVector* pe3=CreatePVectorCouplingHOFS(element);
     6310        ElementVector* pe =new ElementVector(pe1,pe2,pe3);
     6311
     6312        /*clean-up and return*/
     6313        delete pe1;
     6314        delete pe2;
     6315        delete pe3;
    59576316        return pe;
    59586317}/*}}}*/
    … …  
    59806339        return pe;
    59816340}/*}}}*/
    5982 ElementVector* StressbalanceAnalysis::CreatePVectorHOFS(Element* element){/*{{{*/
     6341ElementVector* StressbalanceAnalysis::CreatePVectorSSAHO(Element* element){/*{{{*/
    59836342
    59846343        /*compute all load vectors for this element*/
    5985         int init = element->FiniteElement();
    5986         element->SetTemporaryElementType(P1Enum);
    5987         ElementVector* pe1=CreatePVectorHO(element);
    5988         element->SetTemporaryElementType(init);
    5989         ElementVector* pe2=CreatePVectorFS(element);
    5990         int indices[3]={18,19,20};
    5991         element->SetTemporaryElementType(MINIcondensedEnum);
    5992         ElementMatrix* Ke = CreateKMatrixFS(element);
    5993         element->SetTemporaryElementType(init);
    5994         pe2->StaticCondensation(Ke,3,&indices[0]);
    5995         delete Ke;
    5996         ElementVector* pe3=CreatePVectorCouplingHOFS(element);
    5997         ElementVector* pe =new ElementVector(pe1,pe2,pe3);
    5998 
    5999         /*clean-up and return*/
    6000         delete pe1;
    6001         delete pe2;
    6002         delete pe3;
    6003         return pe;
    6004 }/*}}}*/
    6005 ElementVector* StressbalanceAnalysis::CreatePVectorCouplingHOFS(Element* element){/*{{{*/
    6006 
    6007         /*compute all load vectors for this element*/
    6008         ElementVector* pe1=CreatePVectorCouplingHOFSViscous(element);
    6009         ElementVector* pe2=CreatePVectorCouplingHOFSFriction(element);
     6344        ElementVector* pe1=CreatePVectorSSA(element);
     6345        ElementVector* pe2=CreatePVectorHO(element);
    60106346        ElementVector* pe =new ElementVector(pe1,pe2);
    60116347
    … …  
    60156351        return pe;
    60166352}/*}}}*/
    6017 ElementVector* StressbalanceAnalysis::CreatePVectorCouplingHOFSFriction(Element* element){/*{{{*/
    6018 
    6019         /*Intermediaries*/
    6020         int         i,approximation;
    6021         int         dim=3;
    6022         IssmDouble  Jdet,Jdet2d,FSreconditioning;
    6023         IssmDouble      bed_normal[3];
    6024         IssmDouble  viscosity, w, alpha2_gauss;
    6025         IssmDouble  dw[3];
    6026         IssmDouble      *xyz_list_tria = NULL;
    6027         IssmDouble  *xyz_list      = NULL;
    6028         IssmDouble  basis[6]; //for the six nodes of the penta
    6029 
    6030         /*Initialize Element vector and return if necessary*/
    6031         if(!element->IsOnBase() || element->IsFloating()) return NULL;
    6032         element->GetInputValue(&approximation,ApproximationEnum);
    6033         if(approximation!=HOFSApproximationEnum) return NULL;
    6034 
    6035         int vnumnodes = element->NumberofNodesVelocity();
    6036         int pnumnodes = element->NumberofNodesPressure();
    6037         int numnodes  = vnumnodes+pnumnodes;
    6038 
    6039         /*Prepare coordinate system list*/
    6040         int*   cs_list   = xNew<int>(vnumnodes+pnumnodes);
    6041         Node **node_list = xNew<Node*>(vnumnodes+pnumnodes);
    6042         for(i=0;i<vnumnodes;i++){
    6043                 cs_list[i]           = XYZEnum;
    6044                 node_list[i]           = element->GetNode(i);
    6045         }
    6046         for(i=0;i<pnumnodes;i++){
    6047                 cs_list[vnumnodes+i] = PressureEnum;
    6048                 node_list[vnumnodes+i] = element->GetNode(vnumnodes+i);
    6049         }
    6050 
    6051         ElementVector* pe=element->NewElementVector(FSvelocityEnum);
    6052 
    6053         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    6054         element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    6055         element->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_tria);
    6056         element->FindParam(&FSreconditioning,StressbalanceFSreconditioningEnum);
    6057         Input* vx_input=  element->GetInput(VxEnum);   _assert_(vx_input);
    6058         Input* vy_input=  element->GetInput(VyEnum);   _assert_(vy_input);
    6059         Input* vz_input=  element->GetInput(VzEnum);   _assert_(vz_input);
    6060         Input* vzHO_input=element->GetInput(VzHOEnum); _assert_(vzHO_input);
    6061 
    6062         /*build friction object, used later on: */
    6063         Friction* friction=new Friction(element,3);
    6064 
    6065         /* Start looping on the number of gauss 2d (nodes on the bedrock) */
    6066         Gauss* gauss=element->NewGaussBase(2);
    6067         for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    6068 
    6069                 gauss->GaussPoint(ig);
    6070 
    6071                 element->JacobianDeterminantBase(&Jdet2d,xyz_list_tria,gauss);
    6072                 element->NodalFunctionsP1(basis, gauss);
    6073 
    6074                 vzHO_input->GetInputValue(&w, gauss);
    6075                 vzHO_input->GetInputDerivativeValue(&dw[0],xyz_list,gauss);
    6076 
    6077                 element->NormalBase(&bed_normal[0],xyz_list_tria);
    6078                 element->ViscosityFS(&viscosity,dim,xyz_list,gauss,vx_input,vy_input,vz_input);
    6079                 friction->GetAlpha2(&alpha2_gauss,gauss);
    6080 
    6081                 for(i=0;i<3;i++){
    6082                         pe->values[i*3+0]+=Jdet2d*gauss->weight*(alpha2_gauss*w*bed_normal[0]*bed_normal[2]+2*viscosity*dw[2]*bed_normal[0])*basis[i];
    6083                         pe->values[i*3+1]+=Jdet2d*gauss->weight*(alpha2_gauss*w*bed_normal[1]*bed_normal[2]+2*viscosity*dw[2]*bed_normal[1])*basis[i];
    6084                         pe->values[i*3+2]+=Jdet2d*gauss->weight*2*viscosity*(dw[0]*bed_normal[0]+dw[1]*bed_normal[1]+dw[2]*bed_normal[2])*basis[i];
    6085                 }
    6086         }
    6087 
    6088         /*Transform coordinate system*/
    6089         element->TransformLoadVectorCoord(pe,node_list,vnumnodes+pnumnodes,cs_list);
    6090 
    6091         /*Clean up and return*/
    6092         xDelete<int>(cs_list);
    6093         xDelete<Node*>(node_list);
    6094         xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
    6095         xDelete<IssmDouble>(xyz_list_tria);
    6096         delete gauss;
    6097         delete friction;
    6098         return pe;
    6099 }/*}}}*/
    6100 ElementVector* StressbalanceAnalysis::CreatePVectorCouplingHOFSViscous(Element* element){/*{{{*/
    6101 
    6102         /*Intermediaries */
    6103         int         i,approximation;
    6104         int         dim=3;
    6105         IssmDouble  viscosity,Jdet,FSreconditioning;
    6106         IssmDouble  dw[3];
    6107         IssmDouble  *xyz_list = NULL;
    6108         IssmDouble  basis[6]; //for the six nodes of the penta
    6109         IssmDouble  dbasis[3][6]; //for the six nodes of the penta
    6110 
    6111         /*Initialize Element vector and return if necessary*/
    6112         element->GetInputValue(&approximation,ApproximationEnum);
    6113         if(approximation!=HOFSApproximationEnum) return NULL;
    6114         int   vnumnodes = element->NumberofNodesVelocity();
    6115         int   pnumnodes = element->NumberofNodesPressure();
    6116 
    6117         /*Prepare coordinate system list*/
    6118         int*   cs_list   = xNew<int>(vnumnodes+pnumnodes);
    6119         Node **node_list = xNew<Node*>(vnumnodes+pnumnodes);
    6120         for(i=0;i<vnumnodes;i++){
    6121                 cs_list[i]             = XYZEnum;
    6122                 node_list[i]           = element->GetNode(i);
    6123         }
    6124         for(i=0;i<pnumnodes;i++){
    6125                 cs_list[vnumnodes+i]   = PressureEnum;
    6126                 node_list[vnumnodes+i] = element->GetNode(vnumnodes+i);
    6127         }
    6128         ElementVector* pe = element->NewElementVector(FSvelocityEnum);
    6129 
    6130         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    6131         element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    6132         element->FindParam(&FSreconditioning,StressbalanceFSreconditioningEnum);
    6133         Input* vx_input   =element->GetInput(VxEnum);   _assert_(vx_input);
    6134         Input* vy_input   =element->GetInput(VyEnum);   _assert_(vy_input);
    6135         Input* vz_input   =element->GetInput(VzEnum);   _assert_(vz_input);
    6136         Input* vzHO_input=element->GetInput(VzHOEnum);  _assert_(vzHO_input);
    6137 
    6138         /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    6139         Gauss* gauss=element->NewGauss(5);
    6140         for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    6141 
    6142                 gauss->GaussPoint(ig);
    6143 
    6144                 element->JacobianDeterminant(&Jdet, xyz_list,gauss);
    6145                 element->NodalFunctionsP1(&basis[0],gauss);
    6146                 element->NodalFunctionsP1Derivatives(&dbasis[0][0],xyz_list,gauss);
    6147                
    6148                 element->ViscosityFS(&viscosity,dim,xyz_list,gauss,vx_input,vy_input,vz_input);
    6149                 vzHO_input->GetInputDerivativeValue(&dw[0],xyz_list,gauss);
    6150 
    6151                 for(i=0;i<6;i++){
    6152                         pe->values[i*3+0]+=-Jdet*gauss->weight*viscosity*dw[0]*dbasis[2][i];
    6153                         pe->values[i*3+1]+=-Jdet*gauss->weight*viscosity*dw[1]*dbasis[2][i];
    6154                         pe->values[i*3+2]+=-Jdet*gauss->weight*viscosity*(dw[0]*dbasis[0][i]+dw[1]*dbasis[1][i]+2*dw[2]*dbasis[2][i]);
    6155                         pe->values[3*vnumnodes+i]+=Jdet*gauss->weight*FSreconditioning*dw[2]*basis[i];
    6156                 }
    6157         }
    6158 
    6159         /*Transform coordinate system*/
    6160         element->TransformLoadVectorCoord(pe,node_list,vnumnodes+pnumnodes,cs_list);
    6161 
    6162         /*Clean up and return*/
    6163         xDelete<int>(cs_list);
    6164         xDelete<Node*>(node_list);
    6165         xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
    6166         delete gauss;
    6167         return pe;
    6168 }/*}}}*/
    6169 ElementVector* StressbalanceAnalysis::CreatePVectorCouplingSSAFS(Element* element){/*{{{*/
    6170 
    6171         /*compute all load vectors for this element*/
    6172         ElementVector* pe1=CreatePVectorCouplingSSAFSViscous(element);
    6173         ElementVector* pe2=CreatePVectorCouplingSSAFSFriction(element);
    6174         ElementVector* pe =new ElementVector(pe1,pe2);
    6175 
    6176         /*clean-up and return*/
    6177         delete pe1;
    6178         delete pe2;
    6179         return pe;
    6180 }/*}}}*/
    6181 ElementVector* StressbalanceAnalysis::CreatePVectorCouplingSSAFSFriction(Element* element){/*{{{*/
    6182 
    6183         /*Intermediaries*/
    6184         int         i,j,approximation;
    6185         int         dim=3;
    6186         IssmDouble  Jdet,Jdet2d,FSreconditioning;
    6187         IssmDouble      bed_normal[3];
    6188         IssmDouble  viscosity, w, alpha2_gauss;
    6189         IssmDouble  dw[3];
    6190         IssmDouble  basis[6]; //for the six nodes of the penta
    6191         IssmDouble      *xyz_list_tria = NULL;
    6192         IssmDouble  *xyz_list      = NULL;
    6193 
    6194         /*Initialize Element vector and return if necessary*/
    6195         if(!element->IsOnBase() || element->IsFloating()) return NULL;
    6196         element->GetInputValue(&approximation,ApproximationEnum);
    6197         if(approximation!=SSAFSApproximationEnum) return NULL;
    6198         int vnumnodes = element->NumberofNodesVelocity();
    6199         int pnumnodes = element->NumberofNodesPressure();
    6200 
    6201         /*Prepare coordinate system list*/
    6202         int* cs_list     = xNew<int>(vnumnodes+pnumnodes);
    6203         Node **node_list = xNew<Node*>(vnumnodes+pnumnodes);
    6204         for(i=0;i<vnumnodes;i++){
    6205                 cs_list[i]             = XYZEnum;
    6206                 node_list[i]           = element->GetNode(i);
    6207         }
    6208         for(i=0;i<pnumnodes;i++){
    6209                 cs_list[vnumnodes+i]   = PressureEnum;
    6210                 node_list[vnumnodes+i] = element->GetNode(vnumnodes+i);
    6211         }
    6212         ElementVector* pe=element->NewElementVector(FSvelocityEnum);
    6213 
    6214         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    6215         element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    6216         element->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_tria);
    6217         element->FindParam(&FSreconditioning,StressbalanceFSreconditioningEnum);
    6218         Input* vx_input=   element->GetInput(VxEnum);    _assert_(vx_input);
    6219         Input* vy_input=   element->GetInput(VyEnum);    _assert_(vy_input);
    6220         Input* vz_input=   element->GetInput(VzEnum);    _assert_(vz_input);
    6221         Input* vzSSA_input=element->GetInput(VzSSAEnum); _assert_(vzSSA_input);
    6222 
    6223         /*build friction object, used later on: */
    6224         Friction* friction=new Friction(element,3);
    6225 
    6226         /* Start looping on the number of gauss 2d (nodes on the bedrock) */
    6227         Gauss* gauss=element->NewGaussBase(2);
    6228         for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    6229 
    6230                 gauss->GaussPoint(ig);
    6231 
    6232                 element->JacobianDeterminantBase(&Jdet2d,xyz_list_tria,gauss);
    6233                 element->NodalFunctionsP1(basis, gauss);
    6234 
    6235                 vzSSA_input->GetInputValue(&w, gauss);
    6236                 vzSSA_input->GetInputDerivativeValue(&dw[0],xyz_list,gauss);
    6237 
    6238                 element->NormalBase(&bed_normal[0],xyz_list_tria);
    6239                 element->ViscosityFS(&viscosity,dim,xyz_list,gauss,vx_input,vy_input,vz_input);
    6240                 friction->GetAlpha2(&alpha2_gauss,gauss);
    6241 
    6242                 for(i=0;i<3;i++){
    6243                         pe->values[i*3+0]+=Jdet2d*gauss->weight*(alpha2_gauss*w*bed_normal[0]*bed_normal[2]+2*viscosity*dw[2]*bed_normal[0])*basis[i];
    6244                         pe->values[i*3+1]+=Jdet2d*gauss->weight*(alpha2_gauss*w*bed_normal[1]*bed_normal[2]+2*viscosity*dw[2]*bed_normal[1])*basis[i];
    6245                         pe->values[i*3+2]+=Jdet2d*gauss->weight*2*viscosity*(dw[0]*bed_normal[0]+dw[1]*bed_normal[1]+dw[2]*bed_normal[2])*basis[i];
    6246                 }
    6247         }
    6248 
    6249         /*Transform coordinate system*/
    6250         element->TransformLoadVectorCoord(pe,node_list,vnumnodes+pnumnodes,cs_list);
    6251 
    6252         /*Clean up and return*/
    6253         xDelete<int>(cs_list);
    6254         xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
    6255         xDelete<IssmDouble>(xyz_list_tria);
    6256         xDelete<Node*>(node_list);
    6257         delete gauss;
    6258         delete friction;
    6259         return pe;
    6260 }/*}}}*/
    6261 ElementVector* StressbalanceAnalysis::CreatePVectorCouplingSSAFSViscous(Element* element){/*{{{*/
    6262 
    6263         /*Intermediaries */
    6264         int         i,approximation;
    6265         IssmDouble  viscosity,Jdet,FSreconditioning;
    6266         IssmDouble  dw[3];
    6267         IssmDouble  *xyz_list = NULL;
    6268         IssmDouble  basis[6]; //for the six nodes of the penta
    6269         IssmDouble  dbasis[3][6]; //for the six nodes of the penta
    6270 
    6271         /*Initialize Element vector and return if necessary*/
    6272         element->GetInputValue(&approximation,ApproximationEnum);
    6273         if(approximation!=SSAFSApproximationEnum) return NULL;
    6274         int vnumnodes = element->NumberofNodesVelocity();
    6275         int pnumnodes = element->NumberofNodesPressure();
    6276 
    6277         /*Prepare coordinate system list*/
    6278         int* cs_list = xNew<int>(vnumnodes+pnumnodes);
    6279         Node **node_list = xNew<Node*>(vnumnodes+pnumnodes);
    6280         for(i=0;i<vnumnodes;i++){
    6281                 cs_list[i]             = XYZEnum;
    6282                 node_list[i]           = element->GetNode(i);
    6283         }
    6284         for(i=0;i<pnumnodes;i++){
    6285                 cs_list[vnumnodes+i]   = PressureEnum;
    6286                 node_list[vnumnodes+i] = element->GetNode(vnumnodes+i);
    6287         }
    6288         ElementVector* pe=element->NewElementVector(FSvelocityEnum);
    6289 
    6290         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    6291         element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    6292         element->FindParam(&FSreconditioning,StressbalanceFSreconditioningEnum);
    6293         Input* vx_input   =element->GetInput(VxEnum);      _assert_(vx_input);
    6294         Input* vy_input   =element->GetInput(VyEnum);      _assert_(vy_input);
    6295         Input* vz_input   =element->GetInput(VzEnum);      _assert_(vz_input);
    6296         Input* vzSSA_input=element->GetInput(VzSSAEnum);   _assert_(vzSSA_input);
    6297 
    6298         /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    6299         Gauss* gauss=element->NewGauss(5);
    6300         for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    6301 
    6302                 gauss->GaussPoint(ig);
    6303                 element->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
    6304                 element->NodalFunctionsP1(&basis[0], gauss);
    6305                 element->NodalFunctionsP1Derivatives(&dbasis[0][0],xyz_list, gauss);
    6306 
    6307                 vzSSA_input->GetInputDerivativeValue(&dw[0],xyz_list,gauss);
    6308                 element->ViscosityFS(&viscosity,3,xyz_list,gauss,vx_input,vy_input,vz_input);
    6309 
    6310                 for(i=0;i<6;i++){
    6311                         pe->values[i*3+0]+=-Jdet*gauss->weight*viscosity*dw[0]*dbasis[2][i];
    6312                         pe->values[i*3+1]+=-Jdet*gauss->weight*viscosity*dw[1]*dbasis[2][i];
    6313                         pe->values[i*3+2]+=-Jdet*gauss->weight*viscosity*(dw[0]*dbasis[0][i]+dw[1]*dbasis[1][i]+2*dw[2]*dbasis[2][i]);
    6314                         pe->values[3*vnumnodes+i]+=Jdet*gauss->weight*FSreconditioning*dw[2]*basis[i];
    6315                 }
    6316         }
    6317 
    6318         /*Transform coordinate system*/
    6319         element->TransformLoadVectorCoord(pe,node_list,vnumnodes+pnumnodes,cs_list);
    6320 
    6321         /*Clean up and return*/
    6322         xDelete<int>(cs_list);
    6323         xDelete<Node*>(node_list);
    6324         xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
    6325         delete gauss;
    6326         return pe;
    6327 }/*}}}*/
    6328 void StressbalanceAnalysis::GetBSSAHO(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    6329         /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3 B4 B5 B6] where Bi is of size 3*NDOF2.
    6330          * For node i, Bi can be expressed in the actual coordinate system
     6353void           StressbalanceAnalysis::GetBprimeSSAFS(IssmDouble* Bprime,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     6354        /*Compute Bprime  matrix. Bprime=[Bprime1 Bprime2 Bprime3 Bprime4 Bprime5 Bprime6] where Bprimei is of size 5*NDOF2.
     6355         * For node i, Bprimei can be expressed in the actual coordinate system
    63316356         * by:
    6332          *       Bi=[ dh/dx          0      ]
    6333          *          [   0           dh/dy  ]
    6334          *          [ 1/2*dh/dy  1/2*dh/dx ]
     6357         *       Bprimei=[ 2*dh/dx    dh/dy   0   0 ]
     6358         *               [  dh/dx    2*dh/dy  0   0 ]
     6359         *               [  dh/dy     dh/dx   0   0 ]
    63356360         * where h is the interpolation function for node i.
    63366361         *
    6337          * We assume B has been allocated already, of size: 5x(NDOF2*NUMNODESP1)
     6362         * We assume Bprime has been allocated already, of size: 5x(NDOF2*NUMNODESP1)
    63386363         */
    63396364
     6365        int    i;
     6366        IssmDouble dbasismini[3][7];
     6367
     6368        /*Get dbasis in actual coordinate system: */
     6369        element->NodalFunctionsMINIDerivatives(&dbasismini[0][0],xyz_list, gauss);
     6370
     6371        /*Build Bprime: */
     6372        for(i=0;i<6;i++){
     6373                Bprime[(3*7+6)*0+3*i+0] = 2.*dbasismini[0][i];
     6374                Bprime[(3*7+6)*0+3*i+1] = dbasismini[1][i];
     6375                Bprime[(3*7+6)*0+3*i+2] = 0.;
     6376                Bprime[(3*7+6)*1+3*i+0] = dbasismini[0][i];
     6377                Bprime[(3*7+6)*1+3*i+1] = 2.*dbasismini[1][i];
     6378                Bprime[(3*7+6)*1+3*i+2] = 0.;
     6379                Bprime[(3*7+6)*2+3*i+0] = dbasismini[1][i];
     6380                Bprime[(3*7+6)*2+3*i+1] = dbasismini[0][i];
     6381                Bprime[(3*7+6)*2+3*i+2] = 0.;
     6382        }
     6383
     6384        for(i=0;i<1;i++){ //Add zeros for the bubble function
     6385                Bprime[(3*7+6)*0+3*(6+i)+0] = 0.;
     6386                Bprime[(3*7+6)*0+3*(6+i)+1] = 0.;
     6387                Bprime[(3*7+6)*0+3*(6+i)+2] = 0.;
     6388                Bprime[(3*7+6)*1+3*(6+i)+0] = 0.;
     6389                Bprime[(3*7+6)*1+3*(6+i)+1] = 0.;
     6390                Bprime[(3*7+6)*1+3*(6+i)+2] = 0.;
     6391                Bprime[(3*7+6)*2+3*(6+i)+0] = 0.;
     6392                Bprime[(3*7+6)*2+3*(6+i)+1] = 0.;
     6393                Bprime[(3*7+6)*2+3*(6+i)+2] = 0.;
     6394        }
     6395
     6396        for(i=0;i<6;i++){ //last column not for the bubble function
     6397                Bprime[(3*7+6)*0+7*3+i] = 0.;
     6398                Bprime[(3*7+6)*1+7*3+i] = 0.;
     6399                Bprime[(3*7+6)*2+7*3+i] = 0.;
     6400        }
     6401}/*}}}*/
     6402void           StressbalanceAnalysis::GetBprimeSSAFSTria(IssmDouble* Bprime,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     6403        /*Compute Bprime  matrix. Bprime=[Bprime1 Bprime2 Bprime3] where Bprimei is of size 3*NDOF2.
     6404         * For node i, Bprimei can be expressed in the actual coordinate system
     6405         * by:
     6406         *       Bprimei=[  dN/dx    0   ]
     6407         *               [    0    dN/dy ]
     6408         *               [  dN/dy  dN/dx ]
     6409         N               [  dN/dx  dN/dy ]
     6410         * where N is the finiteelement function for node i.
     6411         *
     6412         * We assume Bprime has been allocated already, of size: 3x(NDOF2*numnodes)
     6413         */
     6414
     6415        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    63406416        int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
    6341         IssmDouble* dbasis=xNew<IssmDouble>(3*numnodes);
    6342 
    6343         /*Get dbasis in actual coordinate system: */
     6417
     6418        /*Get nodal functions*/
     6419        IssmDouble* dbasis=xNew<IssmDouble>(2*numnodes);
    63446420        element->NodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,gauss);
    63456421
    6346         /*Build B: */
     6422        /*Build Bprime: */
    63476423        for(int i=0;i<numnodes;i++){
    6348                 B[2*numnodes*0+2*i+0] = dbasis[0*numnodes+i];
    6349                 B[2*numnodes*0+2*i+1] = 0.;
    6350                 B[2*numnodes*1+2*i+0] = 0.;
    6351                 B[2*numnodes*1+2*i+1] = dbasis[1*numnodes+i];
    6352                 B[2*numnodes*2+2*i+0] = .5*dbasis[1*numnodes+i];
    6353                 B[2*numnodes*2+2*i+1] = .5*dbasis[0*numnodes+i];
     6424                Bprime[2*numnodes*0+2*i+0] = dbasis[0*numnodes+i];
     6425                Bprime[2*numnodes*0+2*i+1] = 0.;
     6426                Bprime[2*numnodes*1+2*i+0] = 0.;
     6427                Bprime[2*numnodes*1+2*i+1] = dbasis[1*numnodes+i];
     6428                Bprime[2*numnodes*2+2*i+0] = dbasis[1*numnodes+i];
     6429                Bprime[2*numnodes*2+2*i+1] = dbasis[0*numnodes+i];
     6430                Bprime[2*numnodes*3+2*i+0] = dbasis[0*numnodes+i];
     6431                Bprime[2*numnodes*3+2*i+1] = dbasis[1*numnodes+i];
    63546432        }
    63556433
    … …  
    63576435        xDelete<IssmDouble>(dbasis);
    63586436}/*}}}*/
    6359 void StressbalanceAnalysis::GetBSSAFS(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     6437void           StressbalanceAnalysis::GetBSSAFS(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    63606438        /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3 B4 B5 B6] where Bi is of size 5*NDOF2.
    63616439         * For node i, Bi can be expressed in the actual coordinate system
    … …  
    64156493        }
    64166494}/*}}}*/
    6417 void StressbalanceAnalysis::GetBprimeSSAFS(IssmDouble* Bprime,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    6418         /*Compute Bprime  matrix. Bprime=[Bprime1 Bprime2 Bprime3 Bprime4 Bprime5 Bprime6] where Bprimei is of size 5*NDOF2.
    6419          * For node i, Bprimei can be expressed in the actual coordinate system
    6420          * by:
    6421          *       Bprimei=[ 2*dh/dx    dh/dy   0   0 ]
    6422          *               [  dh/dx    2*dh/dy  0   0 ]
    6423          *               [  dh/dy     dh/dx   0   0 ]
    6424          * where h is the interpolation function for node i.
    6425          *
    6426          * We assume Bprime has been allocated already, of size: 5x(NDOF2*NUMNODESP1)
    6427          */
    6428 
    6429         int    i;
    6430         IssmDouble dbasismini[3][7];
    6431 
    6432         /*Get dbasis in actual coordinate system: */
    6433         element->NodalFunctionsMINIDerivatives(&dbasismini[0][0],xyz_list, gauss);
    6434 
    6435         /*Build Bprime: */
    6436         for(i=0;i<6;i++){
    6437                 Bprime[(3*7+6)*0+3*i+0] = 2.*dbasismini[0][i];
    6438                 Bprime[(3*7+6)*0+3*i+1] = dbasismini[1][i];
    6439                 Bprime[(3*7+6)*0+3*i+2] = 0.;
    6440                 Bprime[(3*7+6)*1+3*i+0] = dbasismini[0][i];
    6441                 Bprime[(3*7+6)*1+3*i+1] = 2.*dbasismini[1][i];
    6442                 Bprime[(3*7+6)*1+3*i+2] = 0.;
    6443                 Bprime[(3*7+6)*2+3*i+0] = dbasismini[1][i];
    6444                 Bprime[(3*7+6)*2+3*i+1] = dbasismini[0][i];
    6445                 Bprime[(3*7+6)*2+3*i+2] = 0.;
    6446         }
    6447 
    6448         for(i=0;i<1;i++){ //Add zeros for the bubble function
    6449                 Bprime[(3*7+6)*0+3*(6+i)+0] = 0.;
    6450                 Bprime[(3*7+6)*0+3*(6+i)+1] = 0.;
    6451                 Bprime[(3*7+6)*0+3*(6+i)+2] = 0.;
    6452                 Bprime[(3*7+6)*1+3*(6+i)+0] = 0.;
    6453                 Bprime[(3*7+6)*1+3*(6+i)+1] = 0.;
    6454                 Bprime[(3*7+6)*1+3*(6+i)+2] = 0.;
    6455                 Bprime[(3*7+6)*2+3*(6+i)+0] = 0.;
    6456                 Bprime[(3*7+6)*2+3*(6+i)+1] = 0.;
    6457                 Bprime[(3*7+6)*2+3*(6+i)+2] = 0.;
    6458         }
    6459 
    6460         for(i=0;i<6;i++){ //last column not for the bubble function
    6461                 Bprime[(3*7+6)*0+7*3+i] = 0.;
    6462                 Bprime[(3*7+6)*1+7*3+i] = 0.;
    6463                 Bprime[(3*7+6)*2+7*3+i] = 0.;
    6464         }
    6465 }/*}}}*/
    6466 void StressbalanceAnalysis::GetBSSAFSTria(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     6495void           StressbalanceAnalysis::GetBSSAFSTria(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    64676496        /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3] where Bi is of size 3*NDOF2.
    64686497         * For node i, Bi can be expressed in the actual coordinate system
    … …  
    64966525        xDelete<IssmDouble>(dbasis);
    64976526}/*}}}*/
    6498 void StressbalanceAnalysis::GetBprimeSSAFSTria(IssmDouble* Bprime,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    6499         /*Compute Bprime  matrix. Bprime=[Bprime1 Bprime2 Bprime3] where Bprimei is of size 3*NDOF2.
    6500          * For node i, Bprimei can be expressed in the actual coordinate system
     6527void           StressbalanceAnalysis::GetBSSAHO(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     6528        /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3 B4 B5 B6] where Bi is of size 3*NDOF2.
     6529         * For node i, Bi can be expressed in the actual coordinate system
    65016530         * by:
    6502          *       Bprimei=[  dN/dx    0   ]
    6503          *               [    0    dN/dy ]
    6504          *               [  dN/dy  dN/dx ]
    6505          N               [  dN/dx  dN/dy ]
    6506          * where N is the finiteelement function for node i.
     6531         *       Bi=[ dh/dx          0      ]
     6532         *          [   0           dh/dy   ]
     6533         *          [ 1/2*dh/dy  1/2*dh/dx  ]
     6534         * where h is the interpolation function for node i.
    65076535         *
    6508          * We assume Bprime has been allocated already, of size: 3x(NDOF2*numnodes)
     6536         * We assume B has been allocated already, of size: 5x(NDOF2*NUMNODESP1)
    65096537         */
    65106538
    6511         /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    65126539        int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
    6513 
    6514         /*Get nodal functions*/
    6515         IssmDouble* dbasis=xNew<IssmDouble>(2*numnodes);
     6540        IssmDouble* dbasis=xNew<IssmDouble>(3*numnodes);
     6541
     6542        /*Get dbasis in actual coordinate system: */
    65166543        element->NodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,gauss);
    65176544
    6518         /*Build Bprime: */
     6545        /*Build B: */
    65196546        for(int i=0;i<numnodes;i++){
    6520                 Bprime[2*numnodes*0+2*i+0] = dbasis[0*numnodes+i];
    6521                 Bprime[2*numnodes*0+2*i+1] = 0.;
    6522                 Bprime[2*numnodes*1+2*i+0] = 0.;
    6523                 Bprime[2*numnodes*1+2*i+1] = dbasis[1*numnodes+i];
    6524                 Bprime[2*numnodes*2+2*i+0] = dbasis[1*numnodes+i];
    6525                 Bprime[2*numnodes*2+2*i+1] = dbasis[0*numnodes+i];
    6526                 Bprime[2*numnodes*3+2*i+0] = dbasis[0*numnodes+i];
    6527                 Bprime[2*numnodes*3+2*i+1] = dbasis[1*numnodes+i];
     6547                B[2*numnodes*0+2*i+0] = dbasis[0*numnodes+i];
     6548                B[2*numnodes*0+2*i+1] = 0.;
     6549                B[2*numnodes*1+2*i+0] = 0.;
     6550                B[2*numnodes*1+2*i+1] = dbasis[1*numnodes+i];
     6551                B[2*numnodes*2+2*i+0] = .5*dbasis[1*numnodes+i];
     6552                B[2*numnodes*2+2*i+1] = .5*dbasis[0*numnodes+i];
    65286553        }
    65296554
    … …  
    65316556        xDelete<IssmDouble>(dbasis);
    65326557}/*}}}*/
    6533 void StressbalanceAnalysis::GetLSSAFS(IssmDouble* LFS,Element* element,Gauss* gauss_in){/*{{{*/
    6534         /*
    6535          * Compute L  matrix. L=[L1 L2 L3] where Li is square and of size numdof.
    6536          * For node i, Li can be expressed in the actual coordinate system
     6558void           StressbalanceAnalysis::GetLprimeFSSSA(IssmDouble* LprimeFS,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss_in){/*{{{*/
     6559        /* Compute Lprime  matrix. Lprime=[Lp1 Lp2 Lp3] where Lpi is square and of size numdof.
     6560         * For node i, Lpi can be expressed in the actual coordinate system
    65376561         * by:
    6538          *       Li=[ h    0 ]
    6539          *                    [ 0    h ]
    6540          *                    [ h    0 ]
    6541          *                    [ 0    h ]
    6542          *                    [ h    0 ]
    6543          *                    [ 0    h ]
    6544          *                    [ h    0 ]
    6545          *                    [ 0    h ]
     6562         *       Lpi=[ h    0 ]
     6563         *                     [ 0    h ]
     6564         *                     [ h    0 ]
     6565         *                     [ 0    h ]
    65466566         * where h is the interpolation function for node i.
    65476567         */
    6548 
    65496568        int num_dof=2;
    65506569        IssmDouble basis[3];
    … …  
    65526571        /*Cast gauss to GaussPenta*/
    65536572        _assert_(gauss_in->Enum()==GaussPentaEnum);
    6554         GaussPenta* gauss = dynamic_cast<GaussPenta*>(gauss_in);
     6573        GaussPenta* gauss = xDynamicCast<GaussPenta*>(gauss_in);
    65556574
    65566575        /*Get basis in actual coordinate system: */
    … …  
    65596578        basis[2]=gauss->coord3*(1-gauss->coord4)/2.0;
    65606579
    6561         /*Build LFS: */
     6580        /*Build LprimeFS: */
    65626581        for(int i=0;i<3;i++){
    6563                 LFS[num_dof*3*0+num_dof*i+0] = basis[i];
    6564                 LFS[num_dof*3*0+num_dof*i+1] = 0;
    6565                 LFS[num_dof*3*1+num_dof*i+0] = 0;
    6566                 LFS[num_dof*3*1+num_dof*i+1] = basis[i];
    6567                 LFS[num_dof*3*2+num_dof*i+0] = basis[i];
    6568                 LFS[num_dof*3*2+num_dof*i+1] = 0;
    6569                 LFS[num_dof*3*3+num_dof*i+0] = 0;
    6570                 LFS[num_dof*3*3+num_dof*i+1] = basis[i];
    6571                 LFS[num_dof*3*4+num_dof*i+0] = basis[i];
    6572                 LFS[num_dof*3*4+num_dof*i+1] = 0;
    6573                 LFS[num_dof*3*5+num_dof*i+0] = 0;
    6574                 LFS[num_dof*3*5+num_dof*i+1] = basis[i];
    6575                 LFS[num_dof*3*6+num_dof*i+0] = basis[i];
    6576                 LFS[num_dof*3*6+num_dof*i+1] = 0;
    6577                 LFS[num_dof*3*7+num_dof*i+0] = 0;
    6578                 LFS[num_dof*3*7+num_dof*i+1] = basis[i];
    6579         }
    6580 }/*}}}*/
    6581 void StressbalanceAnalysis::GetLprimeSSAFS(IssmDouble* LprimeFS,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss_in){/*{{{*/
     6582                LprimeFS[num_dof*3*0+num_dof*i+0] = basis[i];
     6583                LprimeFS[num_dof*3*0+num_dof*i+1] = 0.;
     6584                LprimeFS[num_dof*3*1+num_dof*i+0] = 0.;
     6585                LprimeFS[num_dof*3*1+num_dof*i+1] = basis[i];
     6586                LprimeFS[num_dof*3*2+num_dof*i+0] = basis[i];
     6587                LprimeFS[num_dof*3*2+num_dof*i+1] = 0.;
     6588                LprimeFS[num_dof*3*3+num_dof*i+0] = 0.;
     6589                LprimeFS[num_dof*3*3+num_dof*i+1] = basis[i];
     6590        }
     6591}/*}}}*/
     6592void           StressbalanceAnalysis::GetLprimeSSAFS(IssmDouble* LprimeFS,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss_in){/*{{{*/
    65826593        /* Compute Lprime  matrix. Lprime=[Lp1 Lp2 Lp3] where Lpi is square and of size numdof.
    65836594         * For node i, Lpi can be expressed in the actual coordinate system
    … …  
    66016612        /*Cast gauss to GaussPenta*/
    66026613        _assert_(gauss_in->Enum()==GaussPentaEnum);
    6603         GaussPenta* gauss = dynamic_cast<GaussPenta*>(gauss_in);
     6614        GaussPenta* gauss = xDynamicCast<GaussPenta*>(gauss_in);
    66046615
    66056616        /*Get basis in actual coordinate system: */
    … …  
    66846695        }
    66856696}/*}}}*/
    6686 void StressbalanceAnalysis::GetLFSSSA(IssmDouble* LFS,Element* element,Gauss* gauss_in){/*{{{*/
     6697void           StressbalanceAnalysis::GetLFSSSA(IssmDouble* LFS,Element* element,Gauss* gauss_in){/*{{{*/
    66876698        /* Compute L  matrix. L=[L1 L2 L3] where Li is square and of size numdof.
    66886699         * For node i, Li can be expressed in the actual coordinate system
    … …  
    67006711        /*Cast gauss to GaussPenta*/
    67016712        _assert_(gauss_in->Enum()==GaussPentaEnum);
    6702         GaussPenta* gauss = dynamic_cast<GaussPenta*>(gauss_in);
     6713        GaussPenta* gauss = xDynamicCast<GaussPenta*>(gauss_in);
    67036714
    67046715        /*Get basis in actual coordinate system: */
    … …  
    67236734        }
    67246735}/*}}}*/
    6725 void StressbalanceAnalysis::GetLprimeFSSSA(IssmDouble* LprimeFS,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss_in){/*{{{*/
    6726         /* Compute Lprime  matrix. Lprime=[Lp1 Lp2 Lp3] where Lpi is square and of size numdof.
    6727          * For node i, Lpi can be expressed in the actual coordinate system
     6736void           StressbalanceAnalysis::GetLSSAFS(IssmDouble* LFS,Element* element,Gauss* gauss_in){/*{{{*/
     6737        /*
     6738         * Compute L  matrix. L=[L1 L2 L3] where Li is square and of size numdof.
     6739         * For node i, Li can be expressed in the actual coordinate system
    67286740         * by:
    6729          *       Lpi=[ h    0 ]
    6730          *                     [ 0    h ]
    6731          *                     [ h    0 ]
    6732          *                     [ 0    h ]
     6741         *       Li=[ h    0 ]
     6742         *                    [ 0    h ]
     6743         *                    [ h    0 ]
     6744         *                    [ 0    h ]
     6745         *                    [ h    0 ]
     6746         *                    [ 0    h ]
     6747         *                    [ h    0 ]
     6748         *                    [ 0    h ]
    67336749         * where h is the interpolation function for node i.
    67346750         */
     6751
    67356752        int num_dof=2;
    67366753        IssmDouble basis[3];
    … …  
    67386755        /*Cast gauss to GaussPenta*/
    67396756        _assert_(gauss_in->Enum()==GaussPentaEnum);
    6740         GaussPenta* gauss = dynamic_cast<GaussPenta*>(gauss_in);
     6757        GaussPenta* gauss = xDynamicCast<GaussPenta*>(gauss_in);
    67416758
    67426759        /*Get basis in actual coordinate system: */
    … …  
    67456762        basis[2]=gauss->coord3*(1-gauss->coord4)/2.0;
    67466763
    6747         /*Build LprimeFS: */
     6764        /*Build LFS: */
    67486765        for(int i=0;i<3;i++){
    6749                 LprimeFS[num_dof*3*0+num_dof*i+0] = basis[i];
    6750                 LprimeFS[num_dof*3*0+num_dof*i+1] = 0.;
    6751                 LprimeFS[num_dof*3*1+num_dof*i+0] = 0.;
    6752                 LprimeFS[num_dof*3*1+num_dof*i+1] = basis[i];
    6753                 LprimeFS[num_dof*3*2+num_dof*i+0] = basis[i];
    6754                 LprimeFS[num_dof*3*2+num_dof*i+1] = 0.;
    6755                 LprimeFS[num_dof*3*3+num_dof*i+0] = 0.;
    6756                 LprimeFS[num_dof*3*3+num_dof*i+1] = basis[i];
    6757         }
    6758 }/*}}}*/
    6759 void StressbalanceAnalysis::InputUpdateFromSolutionHOFS(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     6766                LFS[num_dof*3*0+num_dof*i+0] = basis[i];
     6767                LFS[num_dof*3*0+num_dof*i+1] = 0;
     6768                LFS[num_dof*3*1+num_dof*i+0] = 0;
     6769                LFS[num_dof*3*1+num_dof*i+1] = basis[i];
     6770                LFS[num_dof*3*2+num_dof*i+0] = basis[i];
     6771                LFS[num_dof*3*2+num_dof*i+1] = 0;
     6772                LFS[num_dof*3*3+num_dof*i+0] = 0;
     6773                LFS[num_dof*3*3+num_dof*i+1] = basis[i];
     6774                LFS[num_dof*3*4+num_dof*i+0] = basis[i];
     6775                LFS[num_dof*3*4+num_dof*i+1] = 0;
     6776                LFS[num_dof*3*5+num_dof*i+0] = 0;
     6777                LFS[num_dof*3*5+num_dof*i+1] = basis[i];
     6778                LFS[num_dof*3*6+num_dof*i+0] = basis[i];
     6779                LFS[num_dof*3*6+num_dof*i+1] = 0;
     6780                LFS[num_dof*3*7+num_dof*i+0] = 0;
     6781                LFS[num_dof*3*7+num_dof*i+1] = basis[i];
     6782        }
     6783}/*}}}*/
     6784void           StressbalanceAnalysis::InputUpdateFromSolutionHOFS(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    67606785
    67616786        int         i;
    … …  
    68546879        xDelete<int>(cs_list);
    68556880}/*}}}*/
    6856 void StressbalanceAnalysis::InputUpdateFromSolutionSSAFS(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     6881void           StressbalanceAnalysis::InputUpdateFromSolutionSSAFS(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    68576882
    68586883        int         i;
    … …  
    69606985        xDelete<int>(cs_list);
    69616986}/*}}}*/
    6962 void StressbalanceAnalysis::InputUpdateFromSolutionSSAHO(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     6987void           StressbalanceAnalysis::InputUpdateFromSolutionSSAHO(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    69636988
    69646989        int         i,domaintype;

  • issm/trunk/src/c/analyses/StressbalanceAnalysis.h

    r18301 r19105  
    1313  public:
    1414                /*Model processing*/
    15                 int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
    16                 void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    17                 void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
    18                 void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
    1915                void CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel);
    2016                void CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel);
     17                void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
     18                int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
     19                void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
     20                void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    2121
    2222                /*Finite element Analysis*/
    … …  
    2626                ElementMatrix* CreateKMatrix(Element* element);
    2727                ElementVector* CreatePVector(Element* element);
    28                 void GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
    29                 void GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
    30                 void GetSolutionFromInputsHoriz(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
    31                 void InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
    32                 void UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
     28                void           GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
     29                void           GetSolutionFromInputsHoriz(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
     30                void           GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
     31                void           InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
     32                void           UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    3333
    3434                /*SSA*/
    3535                ElementMatrix* CreateJacobianMatrixSSA(Element* element);
    3636                ElementMatrix* CreateKMatrixSSA(Element* element);
    37                 ElementMatrix* CreateKMatrixSSAViscous(Element* element);
    3837                ElementMatrix* CreateKMatrixSSAFriction(Element* element);
    3938                ElementMatrix* CreateKMatrixSSALateralFriction(Element* element);
     39                ElementMatrix* CreateKMatrixSSAViscous(Element* element);
    4040                ElementVector* CreatePVectorSSA(Element* element);
     41                ElementVector* CreatePVectorSSAFront(Element* element);
    4142                ElementVector* CreatePVectorSSADrivingStress(Element* element);
    42                 ElementVector* CreatePVectorSSAFront(Element* element);
    43                 void GetBSSA(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    44                 void GetBSSAprime(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    45                 void GetBSSAFriction(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    46                 void InputUpdateFromSolutionSSA(IssmDouble* solution,Element* element);
     43                void           GetBSSA(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     44                void           GetBSSAFriction(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     45                void           GetBSSAprime(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     46                void           InputUpdateFromSolutionSSA(IssmDouble* solution,Element* element);
    4747                /*L1L2*/
    4848                ElementMatrix* CreateKMatrixL1L2(Element* element);
     49                ElementMatrix* CreateKMatrixL1L2Friction(Element* element);
    4950                ElementMatrix* CreateKMatrixL1L2Viscous(Element* element);
    50                 ElementMatrix* CreateKMatrixL1L2Friction(Element* element);
    5151                ElementVector* CreatePVectorL1L2(Element* element);
     52                ElementVector* CreatePVectorL1L2Front(Element* element);
    5253                ElementVector* CreatePVectorL1L2DrivingStress(Element* element);
    53                 ElementVector* CreatePVectorL1L2Front(Element* element);
    54                 void InputUpdateFromSolutionL1L2(IssmDouble* solution,Element* element);
     54                void           InputUpdateFromSolutionL1L2(IssmDouble* solution,Element* element);
    5555                /*HO*/
    5656                ElementMatrix* CreateJacobianMatrixHO(Element* element);
    5757                ElementMatrix* CreateKMatrixHO(Element* element);
     58                ElementMatrix* CreateKMatrixHOFriction(Element* element);
    5859                ElementMatrix* CreateKMatrixHOViscous(Element* element);
    59                 ElementMatrix* CreateKMatrixHOFriction(Element* element);
    6060                ElementVector* CreatePVectorHO(Element* element);
     61                ElementVector* CreatePVectorHOFront(Element* element);
    6162                ElementVector* CreatePVectorHODrivingStress(Element* element);
    62                 ElementVector* CreatePVectorHOFront(Element* element);
    63                 void GetBHO(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    64                 void GetBHOprime(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    65                 void GetBHOFriction(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    66                 void InputUpdateFromSolutionHO(IssmDouble* solution,Element* element);
     63                void           GetBHO(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     64                void           GetBHOFriction(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     65                void           GetBHOprime(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     66                void           InputUpdateFromSolutionHO(IssmDouble* solution,Element* element);
    6767                /*FS*/
    6868                ElementVector* CreateDVectorFS(Element* element);
    6969                ElementMatrix* CreateJacobianMatrixFS(Element* element);
    7070                ElementMatrix* CreateKMatrixFS(Element* element);
    71                 ElementMatrix* CreateKMatrixFSViscousLATH(Element* element);
    72                 ElementMatrix* CreateKMatrixFSViscousXTH(Element* element);
    73                 ElementMatrix* CreateKMatrixFSViscous(Element* element);
    7471                ElementMatrix* CreateKMatrixFSFriction(Element* element);
    7572                ElementMatrix* CreateKMatrixFSShelf(Element* element);
     73                ElementMatrix* CreateKMatrixFSViscous(Element* element);
     74                ElementMatrix* CreateKMatrixFSViscousLA(Element* element);
     75                ElementMatrix* CreateKMatrixFSViscousXTH(Element* element);
    7676                ElementVector* CreatePVectorFS(Element* element);
     77                ElementVector* CreatePVectorFSFriction(Element* element);
     78                ElementVector* CreatePVectorFSFront(Element* element);
     79                ElementVector* CreatePVectorFSShelf(Element* element);
     80                ElementVector* CreatePVectorFSStress(Element* element);
    7781                ElementVector* CreatePVectorFSViscous(Element* element);
    78                 ElementVector* CreatePVectorFSViscousLATH(Element* element);
     82                ElementVector* CreatePVectorFSViscousLA(Element* element);
    7983                ElementVector* CreatePVectorFSViscousXTH(Element* element);
    80                 ElementVector* CreatePVectorFSShelf(Element* element);
    81                 ElementVector* CreatePVectorFSFront(Element* element);
    82                 ElementVector* CreatePVectorFSFriction(Element* element);
    83                 ElementVector* CreatePVectorFSStress(Element* element);
    84                 void GetBFS(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    85                 void GetBFSprime(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    86                 void GetBFSvel(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    87                 void GetBFSprimevel(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    88                 void GetBFSFriction(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    89                 void GetBFSUzawa(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    90                 void GetBFSprimeUzawa(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    91                 void GetCFS(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    92                 void GetCFSprime(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    93                 void GetSolutionFromInputsFS(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
    94                 void InputUpdateFromSolutionFS(IssmDouble* solution,Element* element);
    95                 void InputUpdateFromSolutionFSXTH_d(Elements* elements,Parameters* parameters);
    96                 void InputUpdateFromSolutionFSXTH_tau(Elements* elements,Parameters* parameters);
    97                 void InitializeXTH(Elements* elements,Parameters* parameters);
     84                void           GetBFS(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     85                void           GetBFSFriction(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     86                void           GetBFSprime(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     87                void           GetBFSprimeUzawa(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     88                void           GetBFSprimevel(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     89                void           GetBFSUzawa(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     90                void           GetBFSvel(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     91                void           GetCFS(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     92                void           GetCFSprime(IssmDouble* B,Element* element,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     93                void           GetSolutionFromInputsFS(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
     94                void           InitializeXTH(Elements* elements,Parameters* parameters);
     95                void           InputUpdateFromSolutionFS(IssmDouble* solution,Element* element);
     96                void           InputUpdateFromSolutionFSXTH_d(Elements* elements,Parameters* parameters);
     97                void           InputUpdateFromSolutionFSXTH_tau(Elements* elements,Parameters* parameters);
    9898                /*Coupling*/
     99                ElementMatrix* CreateKMatrixCouplingHOFS(Element* element);
     100                ElementMatrix* CreateKMatrixCouplingSSAFS(Element* element);
     101                ElementMatrix* CreateKMatrixCouplingSSAFSFriction(Element* element);
     102                ElementMatrix* CreateKMatrixCouplingSSAFSViscous(Element* element);
     103                ElementMatrix* CreateKMatrixCouplingSSAHO(Element* element);
     104                ElementMatrix* CreateKMatrixCouplingSSAHOFriction(Element* element);
     105                ElementMatrix* CreateKMatrixCouplingSSAHOViscous(Element* element);
     106                ElementMatrix* CreateKMatrixHOFS(Element* element);
     107                ElementMatrix* CreateKMatrixSSAFS(Element* element);
     108                ElementMatrix* CreateKMatrixSSAHO(Element* element);
    99109                ElementMatrix* CreateKMatrixSSA3d(Element* element);
    100110                ElementMatrix* CreateKMatrixSSA3dFriction(Element* element);
    101111                ElementMatrix* CreateKMatrixSSA3dViscous(Element* element);
    102                 ElementMatrix* CreateKMatrixHOFS(Element* element);
    103                 ElementMatrix* CreateKMatrixSSAHO(Element* element);
    104                 ElementMatrix* CreateKMatrixSSAFS(Element* element);
    105                 ElementMatrix* CreateKMatrixCouplingHOFS(Element* element);
    106                 ElementMatrix* CreateKMatrixCouplingSSAHO(Element* element);
    107                 ElementMatrix* CreateKMatrixCouplingSSAHOFriction(Element* element);
    108                 ElementMatrix* CreateKMatrixCouplingSSAHOViscous(Element* element);
    109                 ElementMatrix* CreateKMatrixCouplingSSAFS(Element* element);
    110                 ElementMatrix* CreateKMatrixCouplingSSAFSFriction(Element* element);
    111                 ElementMatrix* CreateKMatrixCouplingSSAFSViscous(Element* element);
     112                ElementVector* CreatePVectorSSAFS(Element* element);
    112113                ElementVector* CreatePVectorSSAHO(Element* element);
    113                 ElementVector* CreatePVectorSSAFS(Element* element);
    114114                ElementVector* CreatePVectorCouplingSSAFS(Element* element);
    115115                ElementVector* CreatePVectorCouplingSSAFSFriction(Element* element);
    … …  
    119119                ElementVector* CreatePVectorCouplingHOFSFriction(Element* element);
    120120                ElementVector* CreatePVectorCouplingHOFSViscous(Element* element);
    121                 void GetBSSAHO(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    122                 void GetBSSAFS(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    123                 void GetBprimeSSAFS(IssmDouble* Bprime,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    124                 void GetBSSAFSTria(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    125                 void GetBprimeSSAFSTria(IssmDouble* Bprime,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    126                 void GetLFSSSA(IssmDouble* L,Element* element,Gauss* gauss);
    127                 void GetLSSAFS(IssmDouble* L,Element* element,Gauss* gauss);
    128                 void GetLprimeFSSSA(IssmDouble* Lprime,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    129                 void GetLprimeSSAFS(IssmDouble* Lprime,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    130                 void InputUpdateFromSolutionHOFS(IssmDouble* solution,Element* element);
    131                 void InputUpdateFromSolutionSSAFS(IssmDouble* solution,Element* element);
    132                 void InputUpdateFromSolutionSSAHO(IssmDouble* solution,Element* element);
     121                void           GetBprimeSSAFS(IssmDouble* Bprime,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     122                void           GetBprimeSSAFSTria(IssmDouble* Bprime,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     123                void           GetBSSAFS(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     124                void           GetBSSAFSTria(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     125                void           GetBSSAHO(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     126                void           GetLFSSSA(IssmDouble* L,Element* element,Gauss* gauss);
     127                void           GetLprimeFSSSA(IssmDouble* Lprime,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     128                void           GetLprimeSSAFS(IssmDouble* Lprime,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     129                void           GetLSSAFS(IssmDouble* L,Element* element,Gauss* gauss);
     130                void           InputUpdateFromSolutionHOFS(IssmDouble* solution,Element* element);
     131                void           InputUpdateFromSolutionSSAFS(IssmDouble* solution,Element* element);
     132                void           InputUpdateFromSolutionSSAHO(IssmDouble* solution,Element* element);
    133133};
    134134#endif

  • issm/trunk/src/c/analyses/StressbalanceSIAAnalysis.cpp

    r18301 r19105  
    77
    88/*Model processing*/
    9 int  StressbalanceSIAAnalysis::DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation){/*{{{*/
    10         return 2;
    11 }/*}}}*/
    12 void StressbalanceSIAAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    13 
    14         /*No specific parameters*/
    15 
    16 }/*}}}*/
    17 void StressbalanceSIAAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
    18 
    19         /*Fetch data needed: */
    20         bool   isSIA;
    21         bool   islevelset;
    22         iomodel->Constant(&isSIA,FlowequationIsSIAEnum);
    23         iomodel->Constant(&islevelset,TransientIslevelsetEnum);
    24 
    25         /*Now, is the flag SIA on? otherwise, do nothing: */
    26         if (!isSIA)return;
    27 
    28         iomodel->FetchData(1,FlowequationElementEquationEnum);
    29 
    30         /*Update elements: */
    31         int counter=0;
    32         for(int i=0;i<iomodel->numberofelements;i++){
    33                 if(iomodel->my_elements[i]){
    34                         Element* element=(Element*)elements->GetObjectByOffset(counter);
    35                         element->Update(i,iomodel,analysis_counter,analysis_type,P1Enum);
    36                         counter++;
    37                 }
    38         }
    39 
    40         iomodel->FetchDataToInput(elements,ThicknessEnum);
    41         iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionCoefficientEnum);
    42         iomodel->FetchDataToInput(elements,MaskGroundediceLevelsetEnum);
    43         if(islevelset){
    44                 iomodel->FetchDataToInput(elements,IceMaskNodeActivationEnum);
    45                 if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum)
    46                         iomodel->FetchDataToInput(elements,MeshVertexonbaseEnum); // required for updating active nodes
    47         }
    48 
    49         /*Free data: */
    50         iomodel->DeleteData(1,FlowequationElementEquationEnum);
    51 }/*}}}*/
    52 void StressbalanceSIAAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    53 
    54         /*Intermediaries*/
    55         bool  isSIA;
    56         Node* node = NULL;
    57 
    58         /*Fetch parameters: */
    59         iomodel->Constant(&isSIA,FlowequationIsSIAEnum);
    60 
    61         /*Now, is the flag isSIA on? otherwise, do nothing: */
    62         if(!isSIA) return;
    63 
    64         /*First create nodes*/
    65         int    lid=0;
    66         iomodel->FetchData(4,FlowequationBorderSSAEnum,FlowequationBorderFSEnum,FlowequationVertexEquationEnum,StressbalanceReferentialEnum);
    67         if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){
    68                 iomodel->FetchData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
    69         }
    70 
    71         for(int i=0;i<iomodel->numberofvertices;i++){
    72                 if(iomodel->my_vertices[i]){
    73 
    74                         /*Create new node if is in this processor's partition*/
    75                         node = new Node(iomodel->nodecounter+i+1,i,lid++,i,iomodel,StressbalanceSIAAnalysisEnum,reCast<int>(iomodel->Data(FlowequationVertexEquationEnum)[i]));
    76 
    77                         /*Deactivate node if not SIA*/
    78                         if(reCast<int>(iomodel->Data(FlowequationVertexEquationEnum)[i])!=SIAApproximationEnum){
    79                                 node->Deactivate();
    80                         }
    81 
    82                         /*Add to Nodes dataset*/
    83                         nodes->AddObject(node);
    84                 }
    85         }
    86 
    87         iomodel->DeleteData(6,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum,FlowequationBorderSSAEnum,FlowequationBorderFSEnum,
    88                                 FlowequationVertexEquationEnum,StressbalanceReferentialEnum);
    89 
    90 }/*}}}*/
    919void StressbalanceSIAAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    9210
    … …  
    14260
    14361        /*No loads*/
     62
     63}/*}}}*/
     64void StressbalanceSIAAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     65
     66        /*Intermediaries*/
     67        bool  isSIA;
     68        Node* node = NULL;
     69
     70        /*Fetch parameters: */
     71        iomodel->Constant(&isSIA,FlowequationIsSIAEnum);
     72
     73        /*Now, is the flag isSIA on? otherwise, do nothing: */
     74        if(!isSIA) return;
     75
     76        /*First create nodes*/
     77        int    lid=0;
     78        iomodel->FetchData(4,FlowequationBorderSSAEnum,FlowequationBorderFSEnum,FlowequationVertexEquationEnum,StressbalanceReferentialEnum);
     79        if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){
     80                iomodel->FetchData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
     81        }
     82
     83        for(int i=0;i<iomodel->numberofvertices;i++){
     84                if(iomodel->my_vertices[i]){
     85
     86                        /*Create new node if is in this processor's partition*/
     87                        node = new Node(iomodel->nodecounter+i+1,i,lid++,i,iomodel,StressbalanceSIAAnalysisEnum,reCast<int>(iomodel->Data(FlowequationVertexEquationEnum)[i]));
     88
     89                        /*Deactivate node if not SIA*/
     90                        if(reCast<int>(iomodel->Data(FlowequationVertexEquationEnum)[i])!=SIAApproximationEnum){
     91                                node->Deactivate();
     92                        }
     93
     94                        /*Add to Nodes dataset*/
     95                        nodes->AddObject(node);
     96                }
     97        }
     98
     99        iomodel->DeleteData(6,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum,FlowequationBorderSSAEnum,FlowequationBorderFSEnum,
     100                                FlowequationVertexEquationEnum,StressbalanceReferentialEnum);
     101
     102}/*}}}*/
     103int  StressbalanceSIAAnalysis::DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation){/*{{{*/
     104        return 2;
     105}/*}}}*/
     106void StressbalanceSIAAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
     107
     108        /*Fetch data needed: */
     109        bool   isSIA;
     110        bool   islevelset;
     111        iomodel->Constant(&isSIA,FlowequationIsSIAEnum);
     112        iomodel->Constant(&islevelset,TransientIslevelsetEnum);
     113
     114        /*Now, is the flag SIA on? otherwise, do nothing: */
     115        if (!isSIA)return;
     116
     117        iomodel->FetchData(1,FlowequationElementEquationEnum);
     118
     119        /*Update elements: */
     120        int counter=0;
     121        for(int i=0;i<iomodel->numberofelements;i++){
     122                if(iomodel->my_elements[i]){
     123                        Element* element=(Element*)elements->GetObjectByOffset(counter);
     124                        element->Update(i,iomodel,analysis_counter,analysis_type,P1Enum);
     125                        counter++;
     126                }
     127        }
     128
     129        iomodel->FetchDataToInput(elements,ThicknessEnum);
     130        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionCoefficientEnum);
     131        iomodel->FetchDataToInput(elements,MaskGroundediceLevelsetEnum);
     132        if(islevelset){
     133                iomodel->FetchDataToInput(elements,IceMaskNodeActivationEnum);
     134                if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum)
     135                        iomodel->FetchDataToInput(elements,MeshVertexonbaseEnum); // required for updating active nodes
     136        }
     137
     138        /*Free data: */
     139        iomodel->DeleteData(1,FlowequationElementEquationEnum);
     140}/*}}}*/
     141void StressbalanceSIAAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
     142
     143        /*No specific parameters*/
    144144
    145145}/*}}}*/
    … …  
    461461
    462462}/*}}}*/
    463 void StressbalanceSIAAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
     463void           StressbalanceSIAAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
    464464
    465465        IssmDouble vx,vy;
    … …  
    494494        xDelete<IssmDouble>(values);
    495495}/*}}}*/
    496 void StressbalanceSIAAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
     496void           StressbalanceSIAAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
    497497        _error_("Not implemented yet");
    498498}/*}}}*/
    499 void StressbalanceSIAAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     499void           StressbalanceSIAAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    500500
    501501        int         i,domaintype;
    … …  
    581581        xDelete<int>(doflist);
    582582}/*}}}*/
    583 void StressbalanceSIAAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     583void           StressbalanceSIAAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    584584
    585585        bool islevelset;

  • issm/trunk/src/c/analyses/StressbalanceSIAAnalysis.h

    r18301 r19105  
    1313        public:
    1414                /*Model processing*/
    15                 int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
    16                 void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    17                 void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
    18                 void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
    1915                void CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel);
    2016                void CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel);
     17                void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
     18                int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
     19                void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
     20                void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    2121
    2222                /*Finite element Analysis*/
    … …  
    3030                ElementVector* CreatePVector2D(Element* element);
    3131                ElementVector* CreatePVector3D(Element* element);
    32                 void GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
    33                 void GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
    34                 void InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
    35                 void UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
     32                void           GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
     33                void           GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
     34                void           InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
     35                void           UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    3636};
    3737#endif

  • issm/trunk/src/c/analyses/StressbalanceVerticalAnalysis.cpp

    r18301 r19105  
    77
    88/*Model processing*/
    9 int  StressbalanceVerticalAnalysis::DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation){/*{{{*/
    10         return 1;
    11 }/*}}}*/
    12 void StressbalanceVerticalAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    13 
    14         /*No specific parameters*/
    15 
    16 }/*}}}*/
    17 void StressbalanceVerticalAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
    18 
    19         /*return if not 3d mesh*/
    20         if(iomodel->domaintype!=Domain3DEnum) return;
    21 
    22         /*Update elements: */
    23         int counter=0;
    24         for(int i=0;i<iomodel->numberofelements;i++){
    25                 if(iomodel->my_elements[i]){
    26                         Element* element=(Element*)elements->GetObjectByOffset(counter);
    27                         element->Update(i,iomodel,analysis_counter,analysis_type,P1Enum);
    28                         counter++;
    29                 }
    30         }
    31 
    32         iomodel->FetchDataToInput(elements,ThicknessEnum);
    33         iomodel->FetchDataToInput(elements,SurfaceEnum);
    34         iomodel->FetchDataToInput(elements,BaseEnum);
    35         iomodel->FetchDataToInput(elements,MaskIceLevelsetEnum);
    36         if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){
    37                 iomodel->FetchDataToInput(elements,MeshVertexonbaseEnum);
    38                 iomodel->FetchDataToInput(elements,MeshVertexonsurfaceEnum);
    39         }
    40         iomodel->FetchDataToInput(elements,BasalforcingsGroundediceMeltingRateEnum);
    41         iomodel->FetchDataToInput(elements,BasalforcingsFloatingiceMeltingRateEnum);
    42         iomodel->FetchDataToInput(elements,VxEnum,0.);
    43         iomodel->FetchDataToInput(elements,VyEnum,0.);
    44 }/*}}}*/
    45 void StressbalanceVerticalAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    46 
    47         /*return if not 3d mesh*/
    48         if(iomodel->domaintype!=Domain3DEnum) return;
    49 
    50         iomodel->FetchData(3,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum,FlowequationVertexEquationEnum);
    51         ::CreateNodes(nodes,iomodel,StressbalanceVerticalAnalysisEnum,P1Enum);
    52         iomodel->DeleteData(3,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum,FlowequationVertexEquationEnum);
    53 }/*}}}*/
    549void StressbalanceVerticalAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    5510
    … …  
    9853
    9954}/*}}}*/
     55void StressbalanceVerticalAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     56
     57        /*return if not 3d mesh*/
     58        if(iomodel->domaintype!=Domain3DEnum) return;
     59
     60        iomodel->FetchData(3,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum,FlowequationVertexEquationEnum);
     61        ::CreateNodes(nodes,iomodel,StressbalanceVerticalAnalysisEnum,P1Enum);
     62        iomodel->DeleteData(3,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum,FlowequationVertexEquationEnum);
     63}/*}}}*/
     64int  StressbalanceVerticalAnalysis::DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation){/*{{{*/
     65        return 1;
     66}/*}}}*/
     67void StressbalanceVerticalAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
     68
     69        /*return if not 3d mesh*/
     70        if(iomodel->domaintype!=Domain3DEnum) return;
     71
     72        /*Update elements: */
     73        int counter=0;
     74        for(int i=0;i<iomodel->numberofelements;i++){
     75                if(iomodel->my_elements[i]){
     76                        Element* element=(Element*)elements->GetObjectByOffset(counter);
     77                        element->Update(i,iomodel,analysis_counter,analysis_type,P1Enum);
     78                        counter++;
     79                }
     80        }
     81
     82        iomodel->FetchDataToInput(elements,ThicknessEnum);
     83        iomodel->FetchDataToInput(elements,SurfaceEnum);
     84        iomodel->FetchDataToInput(elements,BaseEnum);
     85        iomodel->FetchDataToInput(elements,MaskIceLevelsetEnum);
     86        if(iomodel->domaintype!=Domain2DhorizontalEnum){
     87                iomodel->FetchDataToInput(elements,MeshVertexonbaseEnum);
     88                iomodel->FetchDataToInput(elements,MeshVertexonsurfaceEnum);
     89        }
     90        iomodel->FetchDataToInput(elements,BasalforcingsGroundediceMeltingRateEnum);
     91        iomodel->FetchDataToInput(elements,BasalforcingsFloatingiceMeltingRateEnum);
     92        iomodel->FetchDataToInput(elements,VxEnum,0.);
     93        iomodel->FetchDataToInput(elements,VyEnum,0.);
     94}/*}}}*/
     95void StressbalanceVerticalAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
     96
     97        /*No specific parameters*/
     98
     99}/*}}}*/
    100100
    101101/*Finite Element Analysis*/
    … …  
    125125        return Ke;
    126126
     127}/*}}}*/
     128ElementMatrix* StressbalanceVerticalAnalysis::CreateKMatrixSurface(Element* element){/*{{{*/
     129
     130
     131        if(!element->IsOnSurface()) return NULL;
     132
     133        /*Intermediaries*/
     134        IssmDouble  D,Jdet,normal[3];
     135        IssmDouble *xyz_list = NULL;
     136
     137        /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
     138        int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
     139
     140        /*Initialize Element matrix and vectors*/
     141        ElementMatrix* Ke    = element->NewElementMatrix(NoneApproximationEnum);
     142        IssmDouble*    basis = xNew<IssmDouble>(numnodes);
     143
     144        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     145        element->GetVerticesCoordinatesTop(&xyz_list);
     146
     147        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     148        Gauss* gauss = element->NewGaussTop(2);
     149        element->NormalTop(&normal[0],xyz_list);
     150        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     151                gauss->GaussPoint(ig);
     152
     153                element->JacobianDeterminantTop(&Jdet,xyz_list,gauss);
     154                element->NodalFunctions(basis,gauss);
     155                D = -gauss->weight*Jdet*normal[2];
     156
     157                TripleMultiply( basis,1,numnodes,1,
     158                                        &D,1,1,0,
     159                                        basis,1,numnodes,0,
     160                                        &Ke->values[0],1);
     161        }
     162
     163        /*Clean up and return*/
     164        delete gauss;
     165        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     166        xDelete<IssmDouble>(basis);
     167        return Ke;
    127168}/*}}}*/
    128169ElementMatrix* StressbalanceVerticalAnalysis::CreateKMatrixVolume(Element* element){/*{{{*/
    … …  
    167208
    168209}/*}}}*/
    169 ElementMatrix* StressbalanceVerticalAnalysis::CreateKMatrixSurface(Element* element){/*{{{*/
    170 
    171 
    172         if(!element->IsOnSurface()) return NULL;
    173 
    174         /*Intermediaries*/
    175         IssmDouble  D,Jdet,normal[3];
    176         IssmDouble *xyz_list = NULL;
    177 
    178         /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
    179         int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
    180 
    181         /*Initialize Element matrix and vectors*/
    182         ElementMatrix* Ke    = element->NewElementMatrix(NoneApproximationEnum);
    183         IssmDouble*    basis = xNew<IssmDouble>(numnodes);
    184 
    185         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    186         element->GetVerticesCoordinatesTop(&xyz_list);
    187 
    188         /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    189         Gauss* gauss = element->NewGaussTop(2);
    190         element->NormalTop(&normal[0],xyz_list);
    191         for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    192                 gauss->GaussPoint(ig);
    193 
    194                 element->JacobianDeterminantTop(&Jdet,xyz_list,gauss);
    195                 element->NodalFunctions(basis,gauss);
    196                 D = -gauss->weight*Jdet*normal[2];
    197 
    198                 TripleMultiply( basis,1,numnodes,1,
    199                                         &D,1,1,0,
    200                                         basis,1,numnodes,0,
    201                                         &Ke->values[0],1);
    202         }
    203 
    204         /*Clean up and return*/
    205         delete gauss;
    206         xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
    207         xDelete<IssmDouble>(basis);
    208         return Ke;
    209 }/*}}}*/
    210210ElementVector* StressbalanceVerticalAnalysis::CreatePVector(Element* element){/*{{{*/
    211211
    … …  
    218218        delete pe1;
    219219        delete pe2;
    220         return pe;
    221 }/*}}}*/
    222 ElementVector* StressbalanceVerticalAnalysis::CreatePVectorVolume(Element* element){/*{{{*/
    223 
    224         /*Intermediaries*/
    225         int         approximation;
    226         IssmDouble  Jdet,dudx,dvdy,dwdz;
    227         IssmDouble  du[3],dv[3],dw[3];
    228         IssmDouble* xyz_list = NULL;
    229 
    230         /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    231         int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
    232 
    233         /*Initialize Element vector and basis functions*/
    234         ElementVector* pe    = element->NewElementVector();
    235         IssmDouble*    basis = xNew<IssmDouble>(numnodes);
    236 
    237         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    238         element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    239         element->GetInputValue(&approximation,ApproximationEnum);
    240         Input* vx_input=element->GetInput(VxEnum); _assert_(vx_input);
    241         Input* vy_input=element->GetInput(VyEnum); _assert_(vy_input);
    242         Input* vzFS_input=NULL;
    243         if(approximation==HOFSApproximationEnum || approximation==SSAFSApproximationEnum){
    244                 vzFS_input=element->GetInput(VzFSEnum); _assert_(vzFS_input);
    245         }
    246 
    247         /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    248         Gauss* gauss=element->NewGauss(2);
    249         for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    250                 gauss->GaussPoint(ig);
    251 
    252                 element->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
    253                 element->NodalFunctions(basis,gauss);
    254 
    255                 vx_input->GetInputDerivativeValue(&du[0],xyz_list,gauss);
    256                 vy_input->GetInputDerivativeValue(&dv[0],xyz_list,gauss);
    257                 if(approximation==HOFSApproximationEnum || approximation==SSAFSApproximationEnum){
    258                         vzFS_input->GetInputDerivativeValue(&dw[0],xyz_list,gauss);
    259                         dwdz=dw[2];
    260                 }
    261                 else dwdz=0;
    262                 dudx=du[0];
    263                 dvdy=dv[1];
    264 
    265                 for(int i=0;i<numnodes;i++) pe->values[i] += (dudx+dvdy+dwdz)*Jdet*gauss->weight*basis[i];
    266         }
    267 
    268         /*Clean up and return*/
    269         delete gauss;
    270         xDelete<IssmDouble>(basis);
    271         xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
    272220        return pe;
    273221}/*}}}*/
    … …  
    338286        return pe;
    339287}/*}}}*/
    340 void StressbalanceVerticalAnalysis::GetB(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     288ElementVector* StressbalanceVerticalAnalysis::CreatePVectorVolume(Element* element){/*{{{*/
     289
     290        /*Intermediaries*/
     291        int         approximation;
     292        IssmDouble  Jdet,dudx,dvdy,dwdz;
     293        IssmDouble  du[3],dv[3],dw[3];
     294        IssmDouble* xyz_list = NULL;
     295
     296        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
     297        int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
     298
     299        /*Initialize Element vector and basis functions*/
     300        ElementVector* pe    = element->NewElementVector();
     301        IssmDouble*    basis = xNew<IssmDouble>(numnodes);
     302
     303        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     304        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     305        element->GetInputValue(&approximation,ApproximationEnum);
     306        Input* vx_input=element->GetInput(VxEnum); _assert_(vx_input);
     307        Input* vy_input=element->GetInput(VyEnum); _assert_(vy_input);
     308        Input* vzFS_input=NULL;
     309        if(approximation==HOFSApproximationEnum || approximation==SSAFSApproximationEnum){
     310                vzFS_input=element->GetInput(VzFSEnum); _assert_(vzFS_input);
     311        }
     312
     313        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     314        Gauss* gauss=element->NewGauss(2);
     315        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     316                gauss->GaussPoint(ig);
     317
     318                element->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
     319                element->NodalFunctions(basis,gauss);
     320
     321                vx_input->GetInputDerivativeValue(&du[0],xyz_list,gauss);
     322                vy_input->GetInputDerivativeValue(&dv[0],xyz_list,gauss);
     323                if(approximation==HOFSApproximationEnum || approximation==SSAFSApproximationEnum){
     324                        vzFS_input->GetInputDerivativeValue(&dw[0],xyz_list,gauss);
     325                        dwdz=dw[2];
     326                }
     327                else dwdz=0;
     328                dudx=du[0];
     329                dvdy=dv[1];
     330
     331                for(int i=0;i<numnodes;i++) pe->values[i] += (dudx+dvdy+dwdz)*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     332        }
     333
     334        /*Clean up and return*/
     335        delete gauss;
     336        xDelete<IssmDouble>(basis);
     337        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     338        return pe;
     339}/*}}}*/
     340void           StressbalanceVerticalAnalysis::GetB(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    341341        /*      Compute B  matrix. B=[dh1/dz dh2/dz dh3/dz dh4/dz dh5/dz dh6/dz];
    342342                where hi is the interpolation function for node i.*/
    … …  
    357357        xDelete<IssmDouble>(dbasis);
    358358}/*}}}*/
    359 void StressbalanceVerticalAnalysis::GetBprime(IssmDouble* Bprime,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     359void           StressbalanceVerticalAnalysis::GetBprime(IssmDouble* Bprime,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    360360
    361361        element->NodalFunctions(Bprime,gauss);
    362362
    363363}/*}}}*/
    364 void StressbalanceVerticalAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
     364void           StressbalanceVerticalAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
    365365        element->GetSolutionFromInputsOneDof(solution,VzEnum);
    366366}/*}}}*/
    367 void StressbalanceVerticalAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
     367void           StressbalanceVerticalAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
    368368        _error_("Not implemented yet");
    369369}/*}}}*/
    370 void StressbalanceVerticalAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     370void           StressbalanceVerticalAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    371371
    372372        int          numnodes = element->GetNumberOfNodes();
    … …  
    481481        xDelete<int>(doflist);
    482482}/*}}}*/
    483 void StressbalanceVerticalAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     483void           StressbalanceVerticalAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    484484        /*Default, do nothing*/
    485485        return;

  • issm/trunk/src/c/analyses/StressbalanceVerticalAnalysis.h

    r18301 r19105  
    1313        public:
    1414                /*Model processing*/
    15                 int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
    16                 void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    17                 void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
    18                 void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
    1915                void CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel);
    2016                void CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel);
     17                void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
     18                int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
     19                void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
     20                void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    2121
    2222                /*Finite element Analysis*/
    … …  
    2525                ElementMatrix* CreateJacobianMatrix(Element* element);
    2626                ElementMatrix* CreateKMatrix(Element* element);
     27                ElementMatrix* CreateKMatrixSurface(Element* element);
    2728                ElementMatrix* CreateKMatrixVolume(Element* element);
    28                 ElementMatrix* CreateKMatrixSurface(Element* element);
    2929                ElementVector* CreatePVector(Element* element);
     30                ElementVector* CreatePVectorBase(Element* element);
    3031                ElementVector* CreatePVectorVolume(Element* element);
    31                 ElementVector* CreatePVectorBase(Element* element);
    32                 void GetB(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    33                 void GetBprime(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    34                 void GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
    35                 void GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
    36                 void InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
    37                 void UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
     32                void           GetB(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     33                void           GetBprime(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     34                void           GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
     35                void           GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
     36                void           InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
     37                void           UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    3838};
    3939#endif

  • issm/trunk/src/c/analyses/ThermalAnalysis.cpp

    r18301 r19105  
    66
    77/*Model processing*/
     8void ThermalAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     9
     10        /*Only 3d mesh supported*/
     11        int finiteelement = P1Enum;
     12        if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum){
     13                IoModelToConstraintsx(constraints,iomodel,ThermalSpctemperatureEnum,ThermalAnalysisEnum,finiteelement);
     14        }
     15
     16}/*}}}*/
     17void ThermalAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
     18
     19        if(iomodel->domaintype==Domain2DhorizontalEnum) _error_("2d meshes not supported yet");
     20
     21        /*create penalties for nodes: no node can have a temperature over the melting point*/
     22        iomodel->FetchData(1,ThermalSpctemperatureEnum);
     23        CreateSingleNodeToElementConnectivity(iomodel);
     24
     25        for(int i=0;i<iomodel->numberofvertices;i++){
     26
     27                /*keep only this partition's nodes:*/
     28                if(iomodel->my_vertices[i]){
     29                        if (xIsNan<IssmDouble>(iomodel->Data(ThermalSpctemperatureEnum)[i])){ //No penalty applied on spc nodes!
     30                                loads->AddObject(new Pengrid(iomodel->loadcounter+i+1,i,iomodel,ThermalAnalysisEnum));
     31                        }
     32                }
     33        }
     34        iomodel->DeleteData(1,ThermalSpctemperatureEnum);
     35
     36}/*}}}*/
     37void ThermalAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     38
     39        int finiteelement = P1Enum;
     40        if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum) iomodel->FetchData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
     41        ::CreateNodes(nodes,iomodel,ThermalAnalysisEnum,finiteelement);
     42        iomodel->DeleteData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
     43}/*}}}*/
    844int  ThermalAnalysis::DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation){/*{{{*/
    945        return 1;
    10 }/*}}}*/
    11 void ThermalAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    12 
    13         int     numoutputs;
    14         char**  requestedoutputs = NULL;
    15 
    16         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(ThermalMaxiterEnum));
    17         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(ThermalStabilizationEnum));
    18         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(ThermalPenaltyFactorEnum));
    19         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(ThermalPenaltyThresholdEnum));
    20         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(ThermalPenaltyLockEnum));
    21         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(ThermalIsenthalpyEnum));
    22         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(ThermalIsdynamicbasalspcEnum));
    23         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(FrictionLawEnum));
    24 
    25         iomodel->FetchData(&requestedoutputs,&numoutputs,ThermalRequestedOutputsEnum);
    26         parameters->AddObject(new IntParam(ThermalNumRequestedOutputsEnum,numoutputs));
    27         if(numoutputs)parameters->AddObject(new StringArrayParam(ThermalRequestedOutputsEnum,requestedoutputs,numoutputs));
    28         iomodel->DeleteData(&requestedoutputs,numoutputs,ThermalRequestedOutputsEnum);
    29 
    3046}/*}}}*/
    3147void ThermalAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
    … …  
    6177                iomodel->FetchDataToInput(elements,MeshVertexonsurfaceEnum);
    6278        }
    63         iomodel->FetchDataToInput(elements,FlowequationElementEquationEnum);
    6479        iomodel->FetchDataToInput(elements,MeshVertexonbaseEnum);
    6580        iomodel->FetchDataToInput(elements,MeshVertexonsurfaceEnum);
    … …  
    90105                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionMEnum);
    91106                        break;
     107                case 3:
     108                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionCEnum);
     109                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionAsEnum);
     110                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionQEnum);
     111                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionEffectivePressureEnum);
     112                        break;
     113                case 4:
     114                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionCoefficientEnum);
     115                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionPEnum);
     116                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionQEnum);
     117                        iomodel->FetchDataToInput(elements,PressureEnum);
     118                        iomodel->FetchDataToInput(elements,TemperatureEnum);
     119                        break;
     120                case 5:
     121                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionCoefficientEnum);
     122                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionPEnum);
     123                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionQEnum);
     124                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionWaterLayerEnum);
     125                        break;
     126                case 6:
     127                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionCEnum);
     128                        iomodel->FetchDataToInput(elements,FrictionMEnum);
     129                        iomodel->FetchDataToInput(elements,PressureEnum);
     130                        iomodel->FetchDataToInput(elements,TemperatureEnum);
     131                        break;
    92132                default:
    93133                        _error_("not supported");
    94134        }
    95135}/*}}}*/
    96 void ThermalAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    97 
    98         int finiteelement = P1Enum;
    99         if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum) iomodel->FetchData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
    100         ::CreateNodes(nodes,iomodel,ThermalAnalysisEnum,finiteelement);
    101         iomodel->DeleteData(2,MeshVertexonbaseEnum,MeshVertexonsurfaceEnum);
    102 }/*}}}*/
    103 void ThermalAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    104 
    105         /*Only 3d mesh supported*/
    106         int finiteelement = P1Enum;
    107         if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum){
    108                 IoModelToConstraintsx(constraints,iomodel,ThermalSpctemperatureEnum,ThermalAnalysisEnum,finiteelement);
    109         }
    110 
    111 }/*}}}*/
    112 void ThermalAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
    113 
    114         if(iomodel->domaintype==Domain2DhorizontalEnum) _error_("2d meshes not supported yet");
    115 
    116         /*create penalties for nodes: no node can have a temperature over the melting point*/
    117         iomodel->FetchData(1,ThermalSpctemperatureEnum);
    118         CreateSingleNodeToElementConnectivity(iomodel);
    119 
    120         for(int i=0;i<iomodel->numberofvertices;i++){
    121 
    122                 /*keep only this partition's nodes:*/
    123                 if(iomodel->my_vertices[i]){
    124                         if (xIsNan<IssmDouble>(iomodel->Data(ThermalSpctemperatureEnum)[i])){ //No penalty applied on spc nodes!
    125                                 loads->AddObject(new Pengrid(iomodel->loadcounter+i+1,i,iomodel,ThermalAnalysisEnum));
    126                         }
    127                 }
    128         }
    129         iomodel->DeleteData(1,ThermalSpctemperatureEnum);
    130 
     136void ThermalAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
     137
     138        int     numoutputs;
     139        char**  requestedoutputs = NULL;
     140
     141        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(ThermalMaxiterEnum));
     142        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(ThermalStabilizationEnum));
     143        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(ThermalPenaltyFactorEnum));
     144        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(ThermalPenaltyThresholdEnum));
     145        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(ThermalPenaltyLockEnum));
     146        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(ThermalIsenthalpyEnum));
     147        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(ThermalIsdynamicbasalspcEnum));
     148        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(FrictionLawEnum));
     149
     150        iomodel->FetchData(&requestedoutputs,&numoutputs,ThermalRequestedOutputsEnum);
     151        parameters->AddObject(new IntParam(ThermalNumRequestedOutputsEnum,numoutputs));
     152        if(numoutputs)parameters->AddObject(new StringArrayParam(ThermalRequestedOutputsEnum,requestedoutputs,numoutputs));
     153        iomodel->DeleteData(&requestedoutputs,numoutputs,ThermalRequestedOutputsEnum);
     154
     155        /*Deal with friction parameters*/
     156        int frictionlaw;
     157        iomodel->Constant(&frictionlaw,FrictionLawEnum);
     158        if(frictionlaw==4 || frictionlaw==6) parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(FrictionGammaEnum));
    131159}/*}}}*/
    132160
    … …  
    155183        delete Ke1;
    156184        delete Ke2;
     185        return Ke;
     186}/*}}}*/
     187ElementMatrix* ThermalAnalysis::CreateKMatrixShelf(Element* element){/*{{{*/
     188
     189        /* Check if ice in element */
     190        if(!element->IsIceInElement()) return NULL;
     191
     192        /*Initialize Element matrix and return if necessary*/
     193        if(!element->IsOnBase() || !element->IsFloating()) return NULL;
     194
     195        IssmDouble  dt,Jdet,D;
     196        IssmDouble *xyz_list_base = NULL;
     197
     198        /*Get basal element*/
     199        if(!element->IsOnBase() || !element->IsFloating()) return NULL;
     200
     201        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
     202        int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
     203
     204        /*Initialize vectors*/
     205        ElementMatrix* Ke    = element->NewElementMatrix();
     206        IssmDouble*    basis = xNew<IssmDouble>(numnodes);
     207
     208        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     209        element->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_base);
     210        element->FindParam(&dt,TimesteppingTimeStepEnum);
     211        IssmDouble  gravity             = element->GetMaterialParameter(ConstantsGEnum);
     212        IssmDouble  rho_water           = element->GetMaterialParameter(MaterialsRhoSeawaterEnum);
     213        IssmDouble  rho_ice             = element->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
     214        IssmDouble  heatcapacity        = element->GetMaterialParameter(MaterialsHeatcapacityEnum);
     215        IssmDouble  mixed_layer_capacity= element->GetMaterialParameter(MaterialsMixedLayerCapacityEnum);
     216        IssmDouble  thermal_exchange_vel= element->GetMaterialParameter(MaterialsThermalExchangeVelocityEnum);
     217
     218        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     219        Gauss* gauss=element->NewGaussBase(2);
     220        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     221                gauss->GaussPoint(ig);
     222
     223                element->JacobianDeterminantBase(&Jdet,xyz_list_base,gauss);
     224                element->NodalFunctions(basis,gauss);
     225
     226                D=gauss->weight*Jdet*rho_water*mixed_layer_capacity*thermal_exchange_vel/(heatcapacity*rho_ice);
     227                if(reCast<bool,IssmDouble>(dt)) D=dt*D;
     228                TripleMultiply(basis,numnodes,1,0,
     229                                        &D,1,1,0,
     230                                        basis,1,numnodes,0,
     231                                        &Ke->values[0],1);
     232
     233        }
     234
     235        /*Clean up and return*/
     236        delete gauss;
     237        xDelete<IssmDouble>(basis);
     238        xDelete<IssmDouble>(xyz_list_base);
    157239        return Ke;
    158240}/*}}}*/
    … …  
    290372        return Ke;
    291373}/*}}}*/
    292 ElementMatrix* ThermalAnalysis::CreateKMatrixShelf(Element* element){/*{{{*/
    293 
     374ElementVector* ThermalAnalysis::CreatePVector(Element* element){/*{{{*/
     375       
    294376        /* Check if ice in element */
    295377        if(!element->IsIceInElement()) return NULL;
    296378
    297         /*Initialize Element matrix and return if necessary*/
    298         if(!element->IsOnBase() || !element->IsFloating()) return NULL;
    299 
    300         IssmDouble  dt,Jdet,D;
     379        /*compute all load vectors for this element*/
     380        ElementVector* pe1=CreatePVectorVolume(element);
     381        ElementVector* pe2=CreatePVectorSheet(element);
     382        ElementVector* pe3=CreatePVectorShelf(element);
     383        ElementVector* pe =new ElementVector(pe1,pe2,pe3);
     384
     385        /*clean-up and return*/
     386        delete pe1;
     387        delete pe2;
     388        delete pe3;
     389        return pe;
     390}/*}}}*/
     391ElementVector* ThermalAnalysis::CreatePVectorSheet(Element* element){/*{{{*/
     392
     393        /* Check if ice in element */
     394        if(!element->IsIceInElement()) return NULL;
     395
     396        /* Geothermal flux on ice sheet base and basal friction */
     397        if(!element->IsOnBase() || element->IsFloating()) return NULL;
     398
     399        IssmDouble  dt,Jdet,geothermalflux,vx,vy,vz;
     400        IssmDouble  alpha2,scalar,basalfriction,heatflux;
    301401        IssmDouble *xyz_list_base = NULL;
    302402
    303         /*Get basal element*/
    304         if(!element->IsOnBase() || !element->IsFloating()) return NULL;
    305 
    306403        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    307404        int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
    308405
    309406        /*Initialize vectors*/
    310         ElementMatrix* Ke    = element->NewElementMatrix();
     407        ElementVector* pe    = element->NewElementVector();
    311408        IssmDouble*    basis = xNew<IssmDouble>(numnodes);
    312409
    … …  
    314411        element->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_base);
    315412        element->FindParam(&dt,TimesteppingTimeStepEnum);
     413        Input* vx_input             = element->GetInput(VxEnum);                          _assert_(vx_input);
     414        Input* vy_input             = element->GetInput(VyEnum);                          _assert_(vy_input);
     415        Input* vz_input             = element->GetInput(VzEnum);                          _assert_(vz_input);
     416        Input* geothermalflux_input = element->GetInput(BasalforcingsGeothermalfluxEnum); _assert_(geothermalflux_input);
     417        IssmDouble  rho_ice             = element->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
     418        IssmDouble  heatcapacity        = element->GetMaterialParameter(MaterialsHeatcapacityEnum);
     419
     420        /*Build friction element, needed later: */
     421        Friction* friction=new Friction(element,3);
     422
     423        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     424        Gauss* gauss   = element->NewGaussBase(2);
     425        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     426                gauss->GaussPoint(ig);
     427
     428                element->JacobianDeterminantBase(&Jdet,xyz_list_base,gauss);
     429                element->NodalFunctions(basis,gauss);
     430
     431                geothermalflux_input->GetInputValue(&geothermalflux,gauss);
     432                friction->GetAlpha2(&alpha2,gauss);
     433                vx_input->GetInputValue(&vx,gauss);
     434                vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
     435                vz_input->GetInputValue(&vz,gauss);
     436                vz = 0.;//FIXME
     437                basalfriction = alpha2*(vx*vx + vy*vy + vz*vz);
     438                heatflux      = (basalfriction+geothermalflux)/(rho_ice*heatcapacity);
     439
     440                scalar = gauss->weight*Jdet*heatflux;
     441                if(dt!=0.) scalar=dt*scalar;
     442
     443                for(int i=0;i<numnodes;i++) pe->values[i]+=scalar*basis[i];
     444        }
     445
     446        /*Clean up and return*/
     447        delete gauss;
     448        delete friction;
     449        xDelete<IssmDouble>(basis);
     450        xDelete<IssmDouble>(xyz_list_base);
     451        return pe;
     452}/*}}}*/
     453ElementVector* ThermalAnalysis::CreatePVectorShelf(Element* element){/*{{{*/
     454
     455        /* Check if ice in element */
     456        if(!element->IsIceInElement()) return NULL;
     457
     458        IssmDouble  t_pmp,dt,Jdet,scalar_ocean,pressure;
     459        IssmDouble *xyz_list_base = NULL;
     460
     461        /*Get basal element*/
     462        if(!element->IsOnBase() || !element->IsFloating()) return NULL;
     463
     464        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
     465        int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
     466
     467        /*Initialize vectors*/
     468        ElementVector* pe    = element->NewElementVector();
     469        IssmDouble*    basis = xNew<IssmDouble>(numnodes);
     470
     471        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     472        element->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_base);
     473        element->FindParam(&dt,TimesteppingTimeStepEnum);
     474        Input*      pressure_input=element->GetInput(PressureEnum); _assert_(pressure_input);
    316475        IssmDouble  gravity             = element->GetMaterialParameter(ConstantsGEnum);
    317476        IssmDouble  rho_water           = element->GetMaterialParameter(MaterialsRhoSeawaterEnum);
    … …  
    329488                element->NodalFunctions(basis,gauss);
    330489
    331                 D=gauss->weight*Jdet*rho_water*mixed_layer_capacity*thermal_exchange_vel/(heatcapacity*rho_ice);
    332                 if(reCast<bool,IssmDouble>(dt)) D=dt*D;
    333                 TripleMultiply(basis,numnodes,1,0,
    334                                         &D,1,1,0,
    335                                         basis,1,numnodes,0,
    336                                         &Ke->values[0],1);
    337 
     490                pressure_input->GetInputValue(&pressure,gauss);
     491                t_pmp=element->TMeltingPoint(pressure);
     492
     493                scalar_ocean=gauss->weight*Jdet*rho_water*mixed_layer_capacity*thermal_exchange_vel*(t_pmp)/(heatcapacity*rho_ice);
     494                if(reCast<bool,IssmDouble>(dt)) scalar_ocean=dt*scalar_ocean;
     495
     496                for(int i=0;i<numnodes;i++) pe->values[i]+=scalar_ocean*basis[i];
    338497        }
    339498
    … …  
    342501        xDelete<IssmDouble>(basis);
    343502        xDelete<IssmDouble>(xyz_list_base);
    344         return Ke;
    345 }/*}}}*/
    346 ElementVector* ThermalAnalysis::CreatePVector(Element* element){/*{{{*/
    347        
    348         /* Check if ice in element */
    349         if(!element->IsIceInElement()) return NULL;
    350 
    351         /*compute all load vectors for this element*/
    352         ElementVector* pe1=CreatePVectorVolume(element);
    353         ElementVector* pe2=CreatePVectorSheet(element);
    354         ElementVector* pe3=CreatePVectorShelf(element);
    355         ElementVector* pe =new ElementVector(pe1,pe2,pe3);
    356 
    357         /*clean-up and return*/
    358         delete pe1;
    359         delete pe2;
    360         delete pe3;
    361503        return pe;
    362504}/*}}}*/
    … …  
    443585
    444586}/*}}}*/
    445 ElementVector* ThermalAnalysis::CreatePVectorSheet(Element* element){/*{{{*/
    446 
    447         /* Check if ice in element */
    448         if(!element->IsIceInElement()) return NULL;
    449 
    450         /* Geothermal flux on ice sheet base and basal friction */
    451         if(!element->IsOnBase() || element->IsFloating()) return NULL;
    452 
    453         IssmDouble  dt,Jdet,geothermalflux,vx,vy,vz;
    454         IssmDouble  alpha2,scalar,basalfriction,heatflux;
    455         IssmDouble *xyz_list_base = NULL;
     587void           ThermalAnalysis::GetBAdvec(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     588        /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3 B4 B5 B6] where Bi is of size 5*NDOF1.
     589         * For node i, Bi' can be expressed in the actual coordinate system
     590         * by:
     591         *       Bi_advec =[ h ]
     592         *                 [ h ]
     593         *                 [ h ]
     594         * where h is the interpolation function for node i.
     595         *
     596         * We assume B has been allocated already, of size: 3x(NDOF1*NUMNODESP1)
     597         */
    456598
    457599        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    458600        int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
    459601
    460         /*Initialize vectors*/
    461         ElementVector* pe    = element->NewElementVector();
    462         IssmDouble*    basis = xNew<IssmDouble>(numnodes);
    463 
    464         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    465         element->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_base);
    466         element->FindParam(&dt,TimesteppingTimeStepEnum);
    467         Input* vx_input             = element->GetInput(VxEnum);                          _assert_(vx_input);
    468         Input* vy_input             = element->GetInput(VyEnum);                          _assert_(vy_input);
    469         Input* vz_input             = element->GetInput(VzEnum);                          _assert_(vz_input);
    470         Input* geothermalflux_input = element->GetInput(BasalforcingsGeothermalfluxEnum); _assert_(geothermalflux_input);
    471         IssmDouble  rho_ice             = element->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
    472         IssmDouble  heatcapacity        = element->GetMaterialParameter(MaterialsHeatcapacityEnum);
    473 
    474         /*Build friction element, needed later: */
    475         Friction* friction=new Friction(element,3);
    476 
    477         /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    478         Gauss* gauss   = element->NewGaussBase(2);
    479         for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    480                 gauss->GaussPoint(ig);
    481 
    482                 element->JacobianDeterminantBase(&Jdet,xyz_list_base,gauss);
    483                 element->NodalFunctions(basis,gauss);
    484 
    485                 geothermalflux_input->GetInputValue(&geothermalflux,gauss);
    486                 friction->GetAlpha2(&alpha2,gauss);
    487                 vx_input->GetInputValue(&vx,gauss);
    488                 vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
    489                 vz_input->GetInputValue(&vz,gauss);
    490                 vz = 0.;//FIXME
    491                 basalfriction = alpha2*(vx*vx + vy*vy + vz*vz);
    492                 heatflux      = (basalfriction+geothermalflux)/(rho_ice*heatcapacity);
    493 
    494                 scalar = gauss->weight*Jdet*heatflux;
    495                 if(dt!=0.) scalar=dt*scalar;
    496 
    497                 for(int i=0;i<numnodes;i++) pe->values[i]+=scalar*basis[i];
    498         }
    499 
    500         /*Clean up and return*/
    501         delete gauss;
    502         delete friction;
     602        /*Get nodal functions*/
     603        IssmDouble* basis=xNew<IssmDouble>(numnodes);
     604        element->NodalFunctions(basis,gauss);
     605
     606        /*Build B: */
     607        for(int i=0;i<numnodes;i++){
     608                B[numnodes*0+i] = basis[i];
     609                B[numnodes*1+i] = basis[i];
     610                B[numnodes*2+i] = basis[i];
     611        }
     612
     613        /*Clean-up*/
    503614        xDelete<IssmDouble>(basis);
    504         xDelete<IssmDouble>(xyz_list_base);
    505         return pe;
    506 }/*}}}*/
    507 ElementVector* ThermalAnalysis::CreatePVectorShelf(Element* element){/*{{{*/
    508 
    509         /* Check if ice in element */
    510         if(!element->IsIceInElement()) return NULL;
    511 
    512         IssmDouble  t_pmp,dt,Jdet,scalar_ocean,pressure;
    513         IssmDouble *xyz_list_base = NULL;
    514 
    515         /*Get basal element*/
    516         if(!element->IsOnBase() || !element->IsFloating()) return NULL;
     615}/*}}}*/
     616void           ThermalAnalysis::GetBAdvecprime(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     617        /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3 B4 B5 B6] where Bi is of size 5*NDOF1.
     618         * For node i, Bi' can be expressed in the actual coordinate system
     619         * by:
     620         *       Biprime_advec=[ dh/dx ]
     621         *                     [ dh/dy ]
     622         *                     [ dh/dz ]
     623         * where h is the interpolation function for node i.
     624         *
     625         * We assume B has been allocated already, of size: 3x(NDOF1*numnodes)
     626         */
    517627
    518628        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    519629        int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
    520630
    521         /*Initialize vectors*/
    522         ElementVector* pe    = element->NewElementVector();
    523         IssmDouble*    basis = xNew<IssmDouble>(numnodes);
    524 
    525         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    526         element->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_base);
    527         element->FindParam(&dt,TimesteppingTimeStepEnum);
    528         Input*      pressure_input=element->GetInput(PressureEnum); _assert_(pressure_input);
    529         IssmDouble  gravity             = element->GetMaterialParameter(ConstantsGEnum);
    530         IssmDouble  rho_water           = element->GetMaterialParameter(MaterialsRhoSeawaterEnum);
    531         IssmDouble  rho_ice             = element->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
    532         IssmDouble  heatcapacity        = element->GetMaterialParameter(MaterialsHeatcapacityEnum);
    533         IssmDouble  mixed_layer_capacity= element->GetMaterialParameter(MaterialsMixedLayerCapacityEnum);
    534         IssmDouble  thermal_exchange_vel= element->GetMaterialParameter(MaterialsThermalExchangeVelocityEnum);
    535 
    536         /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    537         Gauss* gauss=element->NewGaussBase(2);
    538         for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    539                 gauss->GaussPoint(ig);
    540 
    541                 element->JacobianDeterminantBase(&Jdet,xyz_list_base,gauss);
    542                 element->NodalFunctions(basis,gauss);
    543 
    544                 pressure_input->GetInputValue(&pressure,gauss);
    545                 t_pmp=element->TMeltingPoint(pressure);
    546 
    547                 scalar_ocean=gauss->weight*Jdet*rho_water*mixed_layer_capacity*thermal_exchange_vel*(t_pmp)/(heatcapacity*rho_ice);
    548                 if(reCast<bool,IssmDouble>(dt)) scalar_ocean=dt*scalar_ocean;
    549 
    550                 for(int i=0;i<numnodes;i++) pe->values[i]+=scalar_ocean*basis[i];
    551         }
    552 
    553         /*Clean up and return*/
    554         delete gauss;
    555         xDelete<IssmDouble>(basis);
    556         xDelete<IssmDouble>(xyz_list_base);
    557         return pe;
    558 }/*}}}*/
    559 void ThermalAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
    560         element->GetSolutionFromInputsOneDof(solution,TemperatureEnum);
    561 }/*}}}*/
    562 void ThermalAnalysis::GetBConduct(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     631        /*Get nodal functions derivatives*/
     632        IssmDouble* dbasis=xNew<IssmDouble>(3*numnodes);
     633        element->NodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,gauss);
     634
     635        /*Build B: */
     636        for(int i=0;i<numnodes;i++){
     637                B[numnodes*0+i] = dbasis[0*numnodes+i];
     638                B[numnodes*1+i] = dbasis[1*numnodes+i];
     639                B[numnodes*2+i] = dbasis[2*numnodes+i];
     640        }
     641
     642        /*Clean-up*/
     643        xDelete<IssmDouble>(dbasis);
     644}/*}}}*/
     645void           ThermalAnalysis::GetBConduct(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    563646        /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3 B4 B5 B6] where Bi is of size 5*NDOF1.
    564647         * For node i, Bi' can be expressed in the actual coordinate system
    … …  
    589672        xDelete<IssmDouble>(dbasis);
    590673}/*}}}*/
    591 void ThermalAnalysis::GetBAdvec(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    592         /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3 B4 B5 B6] where Bi is of size 5*NDOF1.
    593          * For node i, Bi' can be expressed in the actual coordinate system
    594          * by:
    595          *       Bi_advec =[ h ]
    596          *                 [ h ]
    597          *                 [ h ]
    598          * where h is the interpolation function for node i.
    599          *
    600          * We assume B has been allocated already, of size: 3x(NDOF1*NUMNODESP1)
    601          */
    602 
    603         /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    604         int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
    605 
    606         /*Get nodal functions*/
    607         IssmDouble* basis=xNew<IssmDouble>(numnodes);
    608         element->NodalFunctions(basis,gauss);
    609 
    610         /*Build B: */
    611         for(int i=0;i<numnodes;i++){
    612                 B[numnodes*0+i] = basis[i];
    613                 B[numnodes*1+i] = basis[i];
    614                 B[numnodes*2+i] = basis[i];
    615         }
    616 
    617         /*Clean-up*/
    618         xDelete<IssmDouble>(basis);
    619 }/*}}}*/
    620 void ThermalAnalysis::GetBAdvecprime(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    621         /*Compute B  matrix. B=[B1 B2 B3 B4 B5 B6] where Bi is of size 5*NDOF1.
    622          * For node i, Bi' can be expressed in the actual coordinate system
    623          * by:
    624          *       Biprime_advec=[ dh/dx ]
    625          *                     [ dh/dy ]
    626          *                     [ dh/dz ]
    627          * where h is the interpolation function for node i.
    628          *
    629          * We assume B has been allocated already, of size: 3x(NDOF1*numnodes)
    630          */
    631 
    632         /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    633         int numnodes = element->GetNumberOfNodes();
    634 
    635         /*Get nodal functions derivatives*/
    636         IssmDouble* dbasis=xNew<IssmDouble>(3*numnodes);
    637         element->NodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,gauss);
    638 
    639         /*Build B: */
    640         for(int i=0;i<numnodes;i++){
    641                 B[numnodes*0+i] = dbasis[0*numnodes+i];
    642                 B[numnodes*1+i] = dbasis[1*numnodes+i];
    643                 B[numnodes*2+i] = dbasis[2*numnodes+i];
    644         }
    645 
    646         /*Clean-up*/
    647         xDelete<IssmDouble>(dbasis);
    648 }/*}}}*/
    649 void ThermalAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
     674void           ThermalAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
     675        element->GetSolutionFromInputsOneDof(solution,TemperatureEnum);
     676}/*}}}*/
     677void           ThermalAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
    650678        _error_("Not implemented yet");
    651679}/*}}}*/
    652 void ThermalAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     680void           ThermalAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    653681
    654682        bool        converged;
    … …  
    730758        xDelete<int>(doflist);
    731759}/*}}}*/
    732 void ThermalAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     760void           ThermalAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    733761
    734762        bool islevelset;

  • issm/trunk/src/c/analyses/ThermalAnalysis.h

    r18301 r19105  
    1313        public:
    1414                /*Model processing*/
    15                 int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
    16                 void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    17                 void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
    18                 void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
    1915                void CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel);
    2016                void CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel);
     17                void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
     18                int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
     19                void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
     20                void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    2121
    2222                /*Finite element Analysis*/
    … …  
    2525                ElementMatrix* CreateJacobianMatrix(Element* element);
    2626                ElementMatrix* CreateKMatrix(Element* element);
     27                ElementMatrix* CreateKMatrixShelf(Element* element);
    2728                ElementMatrix* CreateKMatrixVolume(Element* element);
    28                 ElementMatrix* CreateKMatrixShelf(Element* element);
    2929                ElementVector* CreatePVector(Element* element);
    30                 ElementVector* CreatePVectorVolume(Element* element);
    3130                ElementVector* CreatePVectorSheet(Element* element);
    3231                ElementVector* CreatePVectorShelf(Element* element);
    33                 void GetBConduct(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    34                 void GetBAdvec(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    35                 void GetBAdvecprime(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    36                 void GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
    37                 void GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
    38                 void InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
    39                 void UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
     32                ElementVector* CreatePVectorVolume(Element* element);
     33                void           GetBAdvec(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     34                void           GetBAdvecprime(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     35                void           GetBConduct(IssmDouble* B,Element* element,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     36                void           GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
     37                void           GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
     38                void           InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
     39                void           UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    4040};
    4141#endif

  • issm/trunk/src/c/analyses/UzawaPressureAnalysis.cpp

    r18301 r19105  
    66
    77/*Model processing*/
     8void UzawaPressureAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     9        return;
     10}/*}}}*/
     11void UzawaPressureAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
     12        return;
     13}/*}}}*/
     14void UzawaPressureAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
     15
     16        int finiteelement;
     17        int fe_FS;
     18
     19        iomodel->Constant(&fe_FS,FlowequationFeFSEnum);
     20        if(fe_FS==LATaylorHoodEnum) finiteelement = P1Enum;
     21        else if(fe_FS==LACrouzeixRaviartEnum) finiteelement = P1DGEnum;
     22        else _error_("solution not supported yet");
     23
     24        ::CreateNodes(nodes,iomodel,UzawaPressureAnalysisEnum,finiteelement);
     25}/*}}}*/
    826int  UzawaPressureAnalysis::DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation){/*{{{*/
    927        return 1;
    1028}/*}}}*/
    11 void UzawaPressureAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
    12 
    13         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(AugmentedLagrangianRhopEnum));
    14         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(AugmentedLagrangianRholambdaEnum));
    15 }/*}}}*/
    1629void UzawaPressureAnalysis::UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type){/*{{{*/
    1730
    1831        /*Update elements: */
    19         int finiteelement = P1Enum;
     32        int finiteelement;
    2033        int counter=0;
     34        int fe_FS;
     35
     36        iomodel->Constant(&fe_FS,FlowequationFeFSEnum);
     37        if(fe_FS==LATaylorHoodEnum) finiteelement = P1Enum;
     38        else if(fe_FS==LACrouzeixRaviartEnum) finiteelement = P1DGEnum;
     39        else _error_("solution not supported yet");
     40
    2141        for(int i=0;i<iomodel->numberofelements;i++){
    2242                if(iomodel->my_elements[i]){
    … …  
    3353        InputUpdateFromConstantx(elements,0.,SigmaNNEnum);
    3454}/*}}}*/
    35 void UzawaPressureAnalysis::CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    36 
    37         int finiteelement = P1Enum;
    38         ::CreateNodes(nodes,iomodel,UzawaPressureAnalysisEnum,finiteelement);
    39 }/*}}}*/
    40 void UzawaPressureAnalysis::CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel){/*{{{*/
    41         return;
    42 }/*}}}*/
    43 void UzawaPressureAnalysis::CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel){/*{{{*/
    44         return;
     55void UzawaPressureAnalysis::UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum){/*{{{*/
     56
     57        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(AugmentedLagrangianRhopEnum));
     58        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(AugmentedLagrangianRholambdaEnum));
    4559}/*}}}*/
    4660
    … …  
    6781        IssmDouble*    M    = xNew<IssmDouble>(numnodes);
    6882
     83        IssmDouble connectivity;
    6984        /*Retrieve all inputs and parameters*/
    7085        element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    71 
    72         Gauss* gauss = element->NewGauss(5);
    73         for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    74                 gauss->GaussPoint(ig);
    75 
    76                 element->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
    77                 this->GetM(M,element,gauss);
    78                 D_scalar=gauss->weight*Jdet;
    79                 TripleMultiply(M,1,numnodes,1,
    80                                         &D_scalar,1,1,0,
    81                                         M,1,numnodes,0,
    82                                         &Ke->values[0],1);
     86        int numvertices = element->GetNumberOfVertices();
     87
     88        //Gauss* gauss = element->NewGauss(5);
     89        //for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     90        //      gauss->GaussPoint(ig);
     91
     92        //      element->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
     93        //      this->GetM(M,element,gauss);
     94        //      D_scalar=gauss->weight*Jdet;
     95        //      //TripleMultiply(M,1,numnodes,1,
     96        //      //                      &D_scalar,1,1,0,
     97        //      //                      M,1,numnodes,0,
     98        //      //                      &Ke->values[0],1);
     99
     100        //}
     101        for(int iv=0;iv<numvertices;iv++){
     102                connectivity=(IssmDouble)element->VertexConnectivity(iv);
     103                Ke->values[iv*numvertices+iv]=1./connectivity;
    83104        }
    84105
    85106        /*Clean up and return*/
    86         delete gauss;
     107        //delete gauss;
    87108        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
    88109        xDelete<IssmDouble>(M);
    … …  
    143164        return pe;
    144165}/*}}}*/
    145 void UzawaPressureAnalysis::GetM(IssmDouble* M,Element* element,Gauss* gauss){/*{{{*/
     166void           UzawaPressureAnalysis::GetM(IssmDouble* M,Element* element,Gauss* gauss){/*{{{*/
    146167        /*Compute B  matrix. M=[M1 M2 M3] */
    147168
    … …  
    161182        xDelete<IssmDouble>(basis);
    162183}/*}}}*/
    163 void UzawaPressureAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
     184void           UzawaPressureAnalysis::GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element){/*{{{*/
    164185        _error_("not implemented yet");
    165186}/*}}}*/
    166 void UzawaPressureAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
     187void           UzawaPressureAnalysis::GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index){/*{{{*/
    167188        _error_("Not implemented yet");
    168189}/*}}}*/
    169 void UzawaPressureAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
     190void           UzawaPressureAnalysis::InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element){/*{{{*/
    170191
    171192        int        dim;
    … …  
    176197        /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
    177198        int numnodes      = element->GetNumberOfNodes();
    178         int numnodessigma = element->GetNumberOfNodes(P2Enum);
     199        int numnodessigma;
     200        if(element->element_type==P1Enum) numnodessigma=element->GetNumberOfNodes(P2Enum);
     201        else if(element->element_type==P1DGEnum) numnodessigma=element->GetNumberOfNodes(P2Enum);
     202        else _error_("finite element not supported yet");
    179203
    180204        element->FindParam(&dim,DomainDimensionEnum);
    … …  
    185209        IssmDouble* valueslambda  = xNewZeroInit<IssmDouble>(numnodessigma);
    186210        IssmDouble* pressure      = xNew<IssmDouble>(numnodes);
    187         Input* sigmann_input      = element->GetInput(SigmaNNEnum); _assert_(sigmann_input);
    188211        Input* vx_input           = element->GetInput(VxEnum);      _assert_(vx_input);
    189212        Input* vy_input           = element->GetInput(VyEnum);      _assert_(vy_input);
    … …  
    199222
    200223        /*Now compute sigmann if on base*/
    201         if(element->IsOnBase()){
     224        if(element->IsOnBase() && 0){
     225                Input* sigmann_input      = element->GetInput(SigmaNNEnum); _assert_(sigmann_input);
    202226                if(dim==3) _error_("not implemented yet");
    203227
    … …  
    263287                xDelete<IssmDouble>(xyz_list_base);
    264288                xDelete<IssmDouble>(basis);
    265         }
    266         element->AddInput(SigmaNNEnum,valueslambda,P2Enum);
     289
     290                element->AddInput(SigmaNNEnum,valueslambda,P2Enum);
     291        }
    267292
    268293        /*Free ressources:*/
    … …  
    272297        xDelete<int>(doflist);
    273298}/*}}}*/
    274 void UzawaPressureAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     299void           UzawaPressureAnalysis::UpdateConstraints(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    275300        /*Default, do nothing*/
    276301        return;

  • issm/trunk/src/c/analyses/UzawaPressureAnalysis.h

    r18301 r19105  
    1313        public:
    1414                /*Model processing*/
    15                 int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
    16                 void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    17                 void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
    18                 void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
    1915                void CreateConstraints(Constraints* constraints,IoModel* iomodel);
    2016                void CreateLoads(Loads* loads, IoModel* iomodel);
     17                void CreateNodes(Nodes* nodes,IoModel* iomodel);
     18                int  DofsPerNode(int** doflist,int domaintype,int approximation);
     19                void UpdateElements(Elements* elements,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type);
     20                void UpdateParameters(Parameters* parameters,IoModel* iomodel,int solution_enum,int analysis_enum);
    2121
    2222                /*Finite element Analysis*/
    … …  
    2626                ElementMatrix* CreateKMatrix(Element* element);
    2727                ElementVector* CreatePVector(Element* element);
    28                 void GetM(IssmDouble* M,Element* element,Gauss* gauss);
    29                 void GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
    30                 void GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
    31                 void InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
    32                 void UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
     28                void           GetM(IssmDouble* M,Element* element,Gauss* gauss);
     29                void           GetSolutionFromInputs(Vector<IssmDouble>* solution,Element* element);
     30                void           GradientJ(Vector<IssmDouble>* gradient,Element* element,int control_type,int control_index);
     31                void           InputUpdateFromSolution(IssmDouble* solution,Element* element);
     32                void           UpdateConstraints(FemModel* femmodel);
    3333};
    3434#endif

  • issm/trunk/src/c/analyses/analyses.h

    r18301 r19105  
    3232#include "./MeltingAnalysis.h"
    3333#include "./MeshdeformationAnalysis.h"
    34 #include "./SmoothedSurfaceSlopeXAnalysis.h"
    35 #include "./SmoothedSurfaceSlopeYAnalysis.h"
     34#include "./SmoothAnalysis.h"
    3635#include "./StressbalanceAnalysis.h"
    3736#include "./StressbalanceSIAAnalysis.h"

  • issm/trunk/src/c/bamg/BamgMesh.cpp

    r18301 r19105  
    55BamgMesh::BamgMesh(){/*{{{*/
    66
    7         this->VerticesSize[0]=0,                  this->VerticesSize[1]=0;                 this->Vertices=NULL;
     7        this->VerticesSize[0]=0,                  this->VerticesSize[1]=0;                 this->Vertices=NULL;          this->PreviousNumbering = NULL;
    88        this->EdgesSize[0]=0,                     this->EdgesSize[1]=0;                    this->Edges=NULL;
    99        this->TrianglesSize[0]=0,                 this->TrianglesSize[1]=0;                this->Triangles=NULL;
    … …  
    3030
    3131        xDelete<double>(this->Vertices);
     32        xDelete<double>(this->PreviousNumbering);
    3233        xDelete<double>(this->Edges);
    3334        xDelete<double>(this->Triangles);

  • issm/trunk/src/c/bamg/BamgMesh.h

    r12821 r19105  
    1111                int     VerticesSize[2];
    1212                double* Vertices;
     13                double* PreviousNumbering;
    1314                int     EdgesSize[2];
    1415                double* Edges;

  • issm/trunk/src/c/bamg/BamgVertex.cpp

    r18301 r19105  
    1010namespace bamg {
    1111
     12        /*Constructor/Destructor*/
     13        BamgVertex::BamgVertex(){ /*{{{*/
     14                this->PreviousNumber = 0;
     15        }/*}}}*/
     16
    1217        /*Methods*/
    1318        void BamgVertex::Echo(void){/*{{{*/
    … …  
    1722                _printf_("  Euclidean coordinates r.x: " << r.x << ", r.y: " << r.y << "\n");
    1823                _printf_("  ReferenceNumber = " << ReferenceNumber << "\n");
     24                _printf_("  PreviousNumber  = " << PreviousNumber << "\n");
    1925                m.Echo();
    2026

  • issm/trunk/src/c/bamg/BamgVertex.h

    r15066 r19105  
    2323                        Metric    m;
    2424                        long      ReferenceNumber;
     25                        long      PreviousNumber;
    2526                        Direction DirOfSearch;
    2627                        short     IndexInTriangle;              // the vertex number in triangle; varies between 0 and 2 in t
    … …  
    4243
    4344                        /*methods (No constructor and no destructors...)*/
     45                        BamgVertex();
    4446                        double Smoothing(Mesh & ,const Mesh & ,Triangle  * & ,double =1);
    4547                        void   MetricFromHessian(const double Hxx,const double Hyx, const double Hyy, const double smin,const double smax,const double s,const double err,BamgOpts* bamgopts);

  • issm/trunk/src/c/bamg/Mesh.cpp

    r18301 r19105  
    227227                /*Original code from Frederic Hecht <hecht@ann.jussieu.fr> (BAMG v1.01, Mesh2.cpp/Triangles)*/
    228228
    229                 //if (vertices)             delete [] vertices;
    230                 if (edges)                delete [] edges;
    231                 if (triangles)            delete [] triangles;
    232                 if (quadtree)             delete    quadtree;
    233                 //if (orderedvertices)                delete [] orderedvertices;
    234                 if (subdomains)           delete []  subdomains;
    235                 if (VerticesOnGeomEdge)   delete [] VerticesOnGeomEdge;
    236                 if (VerticesOnGeomVertex) delete [] VerticesOnGeomVertex;
    237                 if (VertexOnBThVertex)    delete [] VertexOnBThVertex;
    238                 if (VertexOnBThEdge)      delete [] VertexOnBThEdge;
    239 
    240                 if (&Gh) {
     229                if(vertices)             delete [] vertices;
     230                if(edges)                delete [] edges;
     231                if(triangles)            delete [] triangles;
     232                if(quadtree)             delete    quadtree;
     233                if(orderedvertices)      delete [] orderedvertices;
     234                if(subdomains)           delete []  subdomains;
     235                if(VerticesOnGeomEdge)   delete [] VerticesOnGeomEdge;
     236                if(VerticesOnGeomVertex) delete [] VerticesOnGeomVertex;
     237                if(VertexOnBThVertex)    delete [] VertexOnBThVertex;
     238                if(VertexOnBThEdge)      delete [] VertexOnBThEdge;
     239
     240                if(&Gh){
    241241                        if (Gh.NbRef>0) Gh.NbRef--;
    242242                        else if (Gh.NbRef==0) delete &Gh;
    243243                }
    244                 if (&BTh && (&BTh != this)) {
     244                if(&BTh && (&BTh != this)){
    245245                        if (BTh.NbRef>0) BTh.NbRef--;
    246246                        else if (BTh.NbRef==0) delete &BTh;
    … …  
    571571                bamgmesh->VerticesSize[0]=nbv;
    572572                bamgmesh->VerticesSize[1]=3;
    573                 if (nbv){
     573                if(nbv){
    574574                        bamgmesh->Vertices=xNew<double>(3*nbv);
     575                        bamgmesh->PreviousNumbering=xNew<double>(nbv);
    575576                        for (i=0;i<nbv;i++){
    576577                                bamgmesh->Vertices[i*3+0]=vertices[i].r.x;
    577578                                bamgmesh->Vertices[i*3+1]=vertices[i].r.y;
    578579                                bamgmesh->Vertices[i*3+2]=vertices[i].GetReferenceNumber();
     580                                bamgmesh->PreviousNumbering[i]=vertices[i].PreviousNumber;
    579581                        }
    580582                }
    … …  
    27262728
    27272729                /*Allocate if maxnbv_in>0*/
    2728                 if (maxnbv_in) {
     2730                if(maxnbv_in){
    27292731                        vertices=new BamgVertex[maxnbv];
    27302732                        _assert_(vertices);
    … …  
    27342736                        _assert_(triangles);
    27352737                }
    2736                 else {
     2738                else{
    27372739                        vertices=NULL;
    27382740                        orderedvertices=NULL;
    … …  
    29072909                // for all the new point
    29082910                long iv=nbvold;
    2909                 for (i=nbvold;i<nbv;i++){
     2911                for(i=nbvold;i<nbv;i++){
    29102912                        BamgVertex &vi=*orderedvertices[i];
    29112913                        vi.i=R2ToI2(vi.r);
    … …  
    29142916                        vi.m.Box(hx,hy);
    29152917                        Icoor1 hi=(Icoor1) (hx*coefIcoor),hj=(Icoor1) (hy*coefIcoor);
    2916                         if (!quadtree->ToClose(vi,seuil,hi,hj)){
     2918                        if(!quadtree->ToClose(vi,seuil,hi,hj)){
    29172919                                // a good new point
    29182920                                BamgVertex &vj = vertices[iv];
    … …  
    29282930                                Triangle *tcvj=TriangleFindFromCoord(vj.i,det3);
    29292931                                if (tcvj && !tcvj->link){
     2932                                        _printf_("While trying to add the following point:\n");
     2933                                        vj.Echo();
     2934                                        _printf_("BAMG determined that it was inside the following triangle, which probably lies outside of the geometric domain\n");
    29302935                                        tcvj->Echo();
    29312936                                        _error_("problem inserting point in InsertNewPoints (tcvj=" << tcvj << " and tcvj->link=" << tcvj->link << ")");
    … …  
    29352940                                NbSwap += vj.Optim(1);         
    29362941                                iv++;
     2942                        }
     2943                        else{
     2944                                vi.PreviousNumber = 0;
    29372945                        }
    29382946                }
    … …  
    31413149
    31423150                /*First, insert old points if requested*/
    3143                 if (KeepVertices && (&Bh != this) && (nbv+Bh.nbv< maxnbv)){
     3151                if(KeepVertices && (&Bh != this) && (nbv+Bh.nbv< maxnbv)){
    31443152                        if (verbose>5) _printf_("         Inserting initial mesh points\n");
    3145                         for (i=0;i<Bh.nbv;i++){
     3153                        bool pointsoutside = false;
     3154                        for(i=0;i<Bh.nbv;i++){
    31463155                                BamgVertex &bv=Bh[i];
    3147                                 if (!bv.GeomEdgeHook){
    3148                                         vertices[nbv].r   = bv.r;
     3156                                /*Do not insert if the point is outside*/
     3157                                long long det3[3];
     3158                                Triangle* tcvj=TriangleFindFromCoord(bv.i,det3);
     3159                                if(tcvj->det<0 || !tcvj->link){
     3160                                        pointsoutside = true;
     3161                                        continue;
     3162                                }
     3163                                IssmDouble area_1=((bv.r.x -(*tcvj)(2)->r.x)*((*tcvj)(1)->r.y-(*tcvj)(2)->r.y)
     3164                                                - (bv.r.y -(*tcvj)(2)->r.y)*((*tcvj)(1)->r.x-(*tcvj)(2)->r.x));
     3165                                IssmDouble area_2=(((*tcvj)(0)->r.x -(*tcvj)(2)->r.x)*(bv.r.y -(*tcvj)(2)->r.y)
     3166                                                - ((*tcvj)(0)->r.y -(*tcvj)(2)->r.y)*(bv.r.x -(*tcvj)(2)->r.x));
     3167                                IssmDouble area_3 =((bv.r.x -(*tcvj)(1)->r.x)*((*tcvj)(0)->r.y-(*tcvj)(1)->r.y)
     3168                                                - (bv.r.y -(*tcvj)(1)->r.y)*((*tcvj)(0)->r.x-(*tcvj)(1)->r.x));
     3169                                if(area_1<0 || area_2<0 || area_3<0){
     3170                                        pointsoutside = true;
     3171                                        continue;
     3172                                }
     3173                                if(!bv.GeomEdgeHook){
     3174                                        vertices[nbv].r              = bv.r;
     3175                                        vertices[nbv].PreviousNumber = i+1;
    31493176                                        vertices[nbv++].m = bv.m;
    31503177                                }
    31513178                        }
     3179                        if(pointsoutside) _printf_("WARNING: One or more points of the initial mesh fall outside of the geometric boundary\n");
    31523180                        Bh.CreateSingleVertexToTriangleConnectivity();     
    31533181                        InsertNewPoints(nbvold,NbTSwap,bamgopts->random);
    3154                 } 
     3182                }
    31553183                else Bh.CreateSingleVertexToTriangleConnectivity();     
    31563184

  • issm/trunk/src/c/bamg/R2.h

    r15194 r19105  
    1919                          P2 (R a,R b)  :x(a),y(b)  {}
    2020                          P2 (P2 A,P2 B) : x(B.x-A.x),y(B.y-A.y) {}
    21                           void Echo(){
     21                          void Echo() const{
    2222                                  printf("Member of P2:\n");
    23                                   printf("   x: %g or %i\n",x,x);
    24                                   printf("   y: %g or %i\n",y,y);
     23                                  std::cout<<"   x: "<<x<<std::endl;
     24                                  std::cout<<"   y: "<<y<<std::endl;
    2525                          }
    2626                          //operators

  • issm/trunk/src/c/classes/Constraints/Constraint.h

    r15067 r19105  
    2020
    2121                virtual      ~Constraint(){};
     22                virtual void ActivatePenaltyMethod(void)=0;
    2223                virtual void ConstrainNode(Nodes* nodes,Parameters* parameters)=0;
    2324                virtual bool InAnalysis(int analysis_type)=0;
     25                virtual void PenaltyDofAndValue(int* dof,IssmDouble* value,Nodes* nodes,Parameters* parameters)=0;
    2426
    2527};

  • issm/trunk/src/c/classes/Constraints/Constraints.cpp

    r18301 r19105  
    1212
    1313#include "./Constraints.h"
     14#include "./Constraint.h"
    1415#include "../../shared/shared.h"
    1516#include "../../toolkits/toolkits.h"
    … …  
    1920
    2021/*Numerics: */
    21 int Constraints::NumberOfConstraints(void){/*{{{*/
     22void Constraints::ActivatePenaltyMethod(int in_analysis){/*{{{*/
     23
     24        for(int i=0;i<this->Size();i++){
     25                Constraint* constraint=(Constraint*)this->GetObjectByOffset(i);
     26                if(constraint->InAnalysis(in_analysis)){
     27                        constraint->ActivatePenaltyMethod();
     28                }
     29        }
     30
     31}
     32/*}}}*/
     33int  Constraints::NumberOfConstraints(void){/*{{{*/
    2234
    2335        int localconstraints;

  • issm/trunk/src/c/classes/Constraints/Constraints.h

    r18301 r19105  
    2727
    2828                /*numerics*/
    29                 int   NumberOfConstraints(void);
     29                void ActivatePenaltyMethod(int in_analysis);
     30                int  NumberOfConstraints(void);
    3031
    3132};

  • issm/trunk/src/c/classes/Constraints/SpcDynamic.cpp

    r18301 r19105  
    2020SpcDynamic::SpcDynamic(int spc_sid,int spc_nodeid, int spc_dof,int spc_analysis_type){/*{{{*/
    2121
    22         sid=spc_sid;
    23         nodeid=spc_nodeid;
    24         dof=spc_dof;
    25         value=0;
    26         analysis_type=spc_analysis_type;
    27         isset=false;
     22        sid           = spc_sid;
     23        nodeid        = spc_nodeid;
     24        dof           = spc_dof;
     25        value         = 0;
     26        analysis_type = spc_analysis_type;
     27        isset         = false;
     28        penalty       = false;
    2829
    2930        return;
    … …  
    3637
    3738/*Object virtual functions definitions:*/
    38 void SpcDynamic::Echo(void){/*{{{*/
    39 
    40         _printf_("SpcDynamic:\n");
    41         _printf_("   sid: " << sid << "\n");
    42         _printf_("   nodeid: " << nodeid << "\n");
    43         _printf_("   dof: " << dof << "\n");
    44         _printf_("   value: " << value << "\n");
    45         _printf_("   isset: " <<(isset?"true":"false") << "\n");
    46         _printf_("   analysis_type: " << EnumToStringx(analysis_type) << "\n");
    47         return;
    48 }
    49 /*}}}*/
    50 void SpcDynamic::DeepEcho(void){/*{{{*/
    51 
    52         this->Echo();
    53         return;
    54 }               
    55 /*}}}*/
    56 int SpcDynamic::Id(void){ return sid; }/*{{{*/
    57 /*}}}*/
    58 int SpcDynamic::ObjectEnum(void){/*{{{*/
    59 
    60         return SpcDynamicEnum;
    61 
    62 }
    63 /*}}}*/
    6439Object* SpcDynamic::copy() {/*{{{*/
    6540
    … …  
    7651}
    7752/*}}}*/
     53void    SpcDynamic::DeepEcho(void){/*{{{*/
     54
     55        this->Echo();
     56        return;
     57}               
     58/*}}}*/
     59void    SpcDynamic::Echo(void){/*{{{*/
     60
     61        _printf_("SpcDynamic:\n");
     62        _printf_("   sid: " << sid << "\n");
     63        _printf_("   nodeid: " << nodeid << "\n");
     64        _printf_("   dof: " << dof << "\n");
     65        _printf_("   value: " << value << "\n");
     66        _printf_("   isset: " <<(isset?"true":"false") << "\n");
     67        _printf_("   analysis_type: " << EnumToStringx(analysis_type) << "\n");
     68        return;
     69}
     70/*}}}*/
     71int     SpcDynamic::Id(void){ return sid; }/*{{{*/
     72/*}}}*/
     73int     SpcDynamic::ObjectEnum(void){/*{{{*/
     74
     75        return SpcDynamicEnum;
     76
     77}
     78/*}}}*/
    7879
    7980/*Constraint virtual functions definitions: */
    80 bool SpcDynamic::InAnalysis(int in_analysis_type){/*{{{*/
    81         if (in_analysis_type==this->analysis_type) return true;
    82         else return false;
     81void SpcDynamic::ActivatePenaltyMethod(void){/*{{{*/
     82        this->penalty = true;
    8383}
    8484/*}}}*/
    … …  
    9898}
    9999/*}}}*/
     100bool SpcDynamic::InAnalysis(int in_analysis_type){/*{{{*/
     101        if (in_analysis_type==this->analysis_type) return true;
     102        else return false;
     103}
     104/*}}}*/
    100105
    101106/*SpcDynamic functions*/
    102 int SpcDynamic::GetDof(){/*{{{*/
     107int        SpcDynamic::GetDof(){/*{{{*/
    103108        return dof;
    104109}
    105110/*}}}*/
    106 int   SpcDynamic::GetNodeId(){/*{{{*/
     111int        SpcDynamic::GetNodeId(){/*{{{*/
    107112
    108113        return nodeid;
    … …  
    115120}
    116121/*}}}*/
    117 void SpcDynamic::SetDynamicConstraint(Nodes* nodes,IssmDouble* yg_serial){/*{{{*/
     122void       SpcDynamic::SetDynamicConstraint(Nodes* nodes,IssmDouble* yg_serial){/*{{{*/
    118123
    119124        int pos;

  • issm/trunk/src/c/classes/Constraints/SpcDynamic.h

    r15067 r19105  
    1414
    1515        private:
    16                 int     sid; /*! id, to track it*/
    17                 int     nodeid; /*!node id*/
    18                 int dof; /*!component*/
    19                 IssmDouble value; /*value*/
    20                 bool isset;
    21                 int analysis_type;
     16                int        sid;             /*! id, to track it */
     17                int        nodeid;          /*!node id          */
     18                int        dof;             /*!component        */
     19                IssmDouble value;           /*value             */
     20                bool       isset;
     21                int        analysis_type;
     22                bool       penalty;         /*Is this a penalty constraint */
    2223
    2324        public:
    2425
    25                 /*SpcDynamic constructors, destructors:{{{*/
     26                /*SpcDynamic constructors, destructors*/
    2627                SpcDynamic();
    2728                SpcDynamic(int sid,int nodeid, int dof,int analysis_type);
    2829                ~SpcDynamic();
    29                 /*}}}*/
    30                 /*Object virtual functions definitions:{{{ */
    31                 void  Echo();
    32                 void  DeepEcho();
    33                 int   Id();
    34                 int   ObjectEnum();
    35                 Object* copy();
    36                 /*}}}*/
    37                 /*Constraint virtual functions definitions: {{{*/
    38                 void   ConstrainNode(Nodes* nodes,Parameters* parameters);
    39                 bool   InAnalysis(int analysis_type);
    40                 /*}}}*/
    41                 /*SpcDynamic management:{{{ */
    42                 int    GetNodeId();
    43                 int    GetDof();
     30
     31                /*Object virtual functions definitions*/
     32                Object *copy();
     33                void    DeepEcho();
     34                void    Echo();
     35                int     Id();
     36                int     ObjectEnum();
     37
     38                /*Constraint virtual functions definitions*/
     39                void ActivatePenaltyMethod(void);
     40                void ConstrainNode(Nodes* nodes,Parameters* parameters);
     41                bool InAnalysis(int analysis_type);
     42                void PenaltyDofAndValue(int* dof,IssmDouble* value,Nodes* nodes,Parameters* parameters){_error_("not implemented yet");};
     43
     44                /*SpcDynamic management*/
     45                int        GetDof();
     46                int        GetNodeId();
    4447                IssmDouble GetValue();
    45                 void   SetDynamicConstraint(Nodes* nodes,IssmDouble *yg_serial);
    46                 /*}}}*/
     48                void       SetDynamicConstraint(Nodes  *nodes,IssmDouble *yg_serial);
    4749
    4850};

  • issm/trunk/src/c/classes/Constraints/SpcStatic.cpp

    r18301 r19105  
    2525        value         = spc_value;
    2626        analysis_type = spc_analysis_type;
     27        penalty       = false;
    2728
    2829        return;
    … …  
    3536
    3637/*Object virtual functions definitions:*/
    37 void SpcStatic::Echo(void){/*{{{*/
    38 
    39         _printf_("SpcStatic:\n");
    40         _printf_("   sid: " << sid << "\n");
    41         _printf_("   nodeid: " << nodeid << "\n");
    42         _printf_("   dof: " << dof << "\n");
    43         _printf_("   value: " << value << "\n");
    44         _printf_("   analysis_type: " << EnumToStringx(analysis_type) << "\n");
    45         return;
    46 }
    47 /*}}}*/
    48 void SpcStatic::DeepEcho(void){/*{{{*/
    49 
    50         _printf_("SpcStatic:\n");
    51         _printf_("   sid: " << sid << "\n");
    52         _printf_("   nodeid: " << nodeid << "\n");
    53         _printf_("   dof: " << dof << "\n");
    54         _printf_("   value: " << value << "\n");
    55         _printf_("   analysis_type: " << EnumToStringx(analysis_type) << "\n");
    56         return;
    57 }               
    58 /*}}}*/
    59 int SpcStatic::Id(void){ return sid; }/*{{{*/
    60 /*}}}*/
    61 int SpcStatic::ObjectEnum(void){/*{{{*/
    62 
    63         return SpcStaticEnum;
    64 
    65 }
    66 /*}}}*/
    6738Object* SpcStatic::copy() {/*{{{*/
    6839       
    … …  
    7849}
    7950/*}}}*/
     51void    SpcStatic::DeepEcho(void){/*{{{*/
     52
     53        _printf_("SpcStatic:\n");
     54        _printf_("   sid: " << sid << "\n");
     55        _printf_("   nodeid: " << nodeid << "\n");
     56        _printf_("   dof: " << dof << "\n");
     57        _printf_("   value: " << value << "\n");
     58        _printf_("   analysis_type: " << EnumToStringx(analysis_type) << "\n");
     59        return;
     60}               
     61/*}}}*/
     62void    SpcStatic::Echo(void){/*{{{*/
     63
     64        _printf_("SpcStatic:\n");
     65        _printf_("   sid: " << sid << "\n");
     66        _printf_("   nodeid: " << nodeid << "\n");
     67        _printf_("   dof: " << dof << "\n");
     68        _printf_("   value: " << value << "\n");
     69        _printf_("   analysis_type: " << EnumToStringx(analysis_type) << "\n");
     70        return;
     71}
     72/*}}}*/
     73int     SpcStatic::Id(void){ return sid; }/*{{{*/
     74/*}}}*/
     75int     SpcStatic::ObjectEnum(void){/*{{{*/
     76
     77        return SpcStaticEnum;
     78
     79}
     80/*}}}*/
    8081
    8182/*Constraint virtual functions definitions: */
    82 bool SpcStatic::InAnalysis(int in_analysis_type){/*{{{*/
    83         if (in_analysis_type==this->analysis_type) return true;
    84         else return false;
     83void SpcStatic::ActivatePenaltyMethod(void){/*{{{*/
     84           this->penalty = true;
    8585}
    8686/*}}}*/
    … …  
    9898}
    9999/*}}}*/
     100bool SpcStatic::InAnalysis(int in_analysis_type){/*{{{*/
     101        if (in_analysis_type==this->analysis_type) return true;
     102        else return false;
     103}
     104/*}}}*/
    100105
    101106/*SpcStatic functions*/
    102 int SpcStatic::GetDof(){/*{{{*/
     107int        SpcStatic::GetDof(){/*{{{*/
    103108        return dof;
    104109}
    105110/*}}}*/
    106 int   SpcStatic::GetNodeId(){/*{{{*/
     111int        SpcStatic::GetNodeId(){/*{{{*/
    107112
    108113        return nodeid;

  • issm/trunk/src/c/classes/Constraints/SpcStatic.h

    r15067 r19105  
    1414
    1515        private:
    16                 int     sid; /*! id, to track it*/
    17                 int     nodeid; /*!node id*/
    18                 int dof; /*!component*/
    19                 IssmDouble value; /*value*/
    20                 int analysis_type;
     16                int        sid;             /*! id, to track it */
     17                int        nodeid;          /*!node id          */
     18                int        dof;             /*!component        */
     19                IssmDouble value;           /*value             */
     20                int        analysis_type;
     21                bool       penalty;         /*Is this a penalty constraint */
    2122
    2223        public:
    … …  
    3536                /*}}}*/
    3637                /*Constraint virtual functions definitions: {{{*/
     38                void ActivatePenaltyMethod(void);
    3739                void   ConstrainNode(Nodes* nodes,Parameters* parameters);
    3840                bool   InAnalysis(int analysis_type);
     41                void   PenaltyDofAndValue(int* dof,IssmDouble* value,Nodes* nodes,Parameters* parameters){_error_("not implemented yet");};
    3942                /*}}}*/
    4043                /*SpcStatic management:{{{ */

  • issm/trunk/src/c/classes/Constraints/SpcTransient.cpp

    r18301 r19105  
    1515/*SpcTransient constructors and destructor*/
    1616SpcTransient::SpcTransient(){/*{{{*/
    17         sid=-1;
    18         nodeid=-1;
    19         dof=-1;
    20         values=NULL;
    21         times=NULL;
    22         nsteps=-1;
    23         analysis_type=-1;
     17        penalty       = false;
     18        sid           = -1;
     19        nodeid        = -1;
     20        dof           = -1;
     21        values        = NULL;
     22        times         = NULL;
     23        nsteps        = -1;
     24        analysis_type = -1;
    2425        return;
    2526}
    … …  
    2728SpcTransient::SpcTransient(int spc_sid,int spc_nodeid, int spc_dof,int spc_nsteps, IssmDouble* spc_times, IssmDouble* spc_values,int spc_analysis_type){/*{{{*/
    2829
    29         sid=spc_sid;
    30         nodeid=spc_nodeid;
    31         dof=spc_dof;
    32         nsteps=spc_nsteps;
     30        penalty = false;
     31        sid     = spc_sid;
     32        nodeid  = spc_nodeid;
     33        dof     = spc_dof;
     34        nsteps  = spc_nsteps;
    3335        if(spc_nsteps){
    34                 values=xNew<IssmDouble>(spc_nsteps);
    35                 times=xNew<IssmDouble>(spc_nsteps);
     36                values = xNew<IssmDouble>(spc_nsteps);
     37                times  = xNew<IssmDouble>(spc_nsteps);
    3638                xMemCpy<IssmDouble>(values,spc_values,nsteps);
    3739                xMemCpy<IssmDouble>(times,spc_times,nsteps);
    … …  
    4951
    5052/*Object virtual functions definitions:*/
    51 void SpcTransient::Echo(void){/*{{{*/
     53Object* SpcTransient::copy() {/*{{{*/
     54        return new SpcTransient(sid,nodeid,dof,nsteps,times,values,analysis_type);
     55}
     56/*}}}*/
     57void    SpcTransient::DeepEcho(void){/*{{{*/
     58        this->Echo();
     59}               
     60/*}}}*/
     61void    SpcTransient::Echo(void){/*{{{*/
    5262
    5363        int i;
    … …  
    6575}
    6676/*}}}*/
    67 void SpcTransient::DeepEcho(void){/*{{{*/
    68         this->Echo();
    69 }               
    70 /*}}}*/
    71 int    SpcTransient::Id(void){ return sid; }/*{{{*/
    72 /*}}}*/
    73 int SpcTransient::ObjectEnum(void){/*{{{*/
     77int     SpcTransient::Id(void){/*{{{*/
     78        return sid;
     79}
     80/*}}}*/
     81int     SpcTransient::ObjectEnum(void){/*{{{*/
    7482
    7583        return SpcTransientEnum;
    … …  
    7785}
    7886/*}}}*/
    79 Object* SpcTransient::copy() {/*{{{*/
    80         return new SpcTransient(sid,nodeid,dof,nsteps,times,values,analysis_type);
    81 }
    82 /*}}}*/
    8387
    8488/*Constraint virtual functions definitions:*/
    85 bool SpcTransient::InAnalysis(int in_analysis_type){/*{{{*/
    86 
    87         if (in_analysis_type==this->analysis_type) return true;
    88         else return false;
     89void SpcTransient::ActivatePenaltyMethod(void){/*{{{*/
     90           this->penalty = true;
    8991}
    9092/*}}}*/
    … …  
    101103        node=(Node*)nodes->GetObjectById(NULL,nodeid);
    102104
    103         if(node){ //in case the spc is dealing with a node on another cpu
     105        if(!this->penalty && node){ //in case the spc is dealing with a node on another cpu
    104106
    105107                /*Retrieve time in parameters: */
    … …  
    130132                /*Apply or relax constraint: */
    131133                if(xIsNan<IssmDouble>(value)){
    132                         printf("-------------- file: SpcTransient.cpp line: %i\n",__LINE__);
    133134                        node->RelaxConstraint(dof);
    134135                }
    … …  
    137138}
    138139/*}}}*/
     140bool SpcTransient::InAnalysis(int in_analysis_type){/*{{{*/
     141
     142        if (in_analysis_type==this->analysis_type) return true;
     143        else return false;
     144}
     145/*}}}*/
     146void SpcTransient::PenaltyDofAndValue(int* pdof,IssmDouble* pvalue,Nodes* nodes,Parameters* parameters){/*{{{*/
     147
     148        if(!this->penalty) _error_("cannot return dof and value for non penalty constraint");
     149
     150        Node       *node  = NULL;
     151        IssmDouble  time  = 0.;
     152        int         i,gdof;
     153        IssmDouble  alpha = -1.;
     154        IssmDouble  value;
     155        bool        found = false;
     156
     157        /*Chase through nodes and find the node to which this SpcTransient applys: */
     158        node=(Node*)nodes->GetObjectById(NULL,nodeid);
     159
     160        if(node){ //in case the spc is dealing with a node on another cpu
     161
     162                /*Retrieve time in parameters: */
     163                parameters->FindParam(&time,TimeEnum);
     164
     165                /*Now, go fetch value for this time: */
     166                if (time<=times[0]){
     167                        value=values[0];
     168                        found=true;
     169                }
     170                else if (time>=times[nsteps-1]){
     171                        value=values[nsteps-1];
     172                        found=true;
     173                }
     174                else{
     175                        for(i=0;i<nsteps-1;i++){
     176                                if (times[i]<=time && time<times[i+1]){
     177                                        alpha=(time-times[i])/(times[i+1]-times[i]);
     178                                        value=(1-alpha)*values[i]+alpha*values[i+1];
     179                                        found=true;
     180                                        break;
     181                                }
     182                        }
     183                }
     184                if(!found)_error_("could not find time segment for constraint");
     185
     186                /*Get gdof */
     187                gdof = node->GetDof(dof,GsetEnum);
     188                if(xIsNan<IssmDouble>(value)){
     189                        gdof = -1;
     190                }
     191        }
     192        else{
     193                value = NAN;
     194                gdof = -1;
     195        }
     196
     197        /*Assign output pointers*/
     198        *pdof   = gdof;
     199        *pvalue = value;
     200}
     201/*}}}*/
    139202
    140203/*SpcTransient functions*/
    141 int SpcTransient::GetDof(){/*{{{*/
     204int        SpcTransient::GetDof(){/*{{{*/
    142205        return dof;
    143206}
    144207/*}}}*/
    145 int   SpcTransient::GetNodeId(){/*{{{*/
     208int        SpcTransient::GetNodeId(){/*{{{*/
    146209
    147210        return nodeid;

  • issm/trunk/src/c/classes/Constraints/SpcTransient.h

    r15067 r19105  
    1414
    1515        private:
    16                 int     sid; /*! id, to track it*/
    17                 int     nodeid; /*!node id*/
    18                 int dof; /*!component*/
    19                 IssmDouble* values; /*different values in time*/
    20                 IssmDouble* times; /*different time steps*/
    21                 int nsteps; /*number of time steps*/
    22                 int analysis_type;
     16                int         sid;             /* id, to track it             */
     17                int         nodeid;          /*node id                      */
     18                int         dof;             /*component                    */
     19                IssmDouble *values;          /*different values in time     */
     20                IssmDouble *times;           /*different time steps         */
     21                int         nsteps;          /*number of time steps         */
     22                int         analysis_type;
     23                bool        penalty;         /*Is this a penalty constraint */
    2324
    2425        public:
    … …  
    3031                /*}}}*/
    3132                /*Object virtual functions definitions:{{{ */
    32                 void  Echo();
    33                 void  DeepEcho();
    34                 int   Id();
    35                 int   ObjectEnum();
    3633                Object* copy();
     34                void    DeepEcho();
     35                void    Echo();
     36                int     Id();
     37                int     ObjectEnum();
    3738                /*}}}*/
    3839                /*Constraint virtual functions definitions: {{{*/
     40                void   ActivatePenaltyMethod(void);
    3941                void   ConstrainNode(Nodes* nodes,Parameters* parameters);
    4042                bool   InAnalysis(int analysis_type);
     43                void   PenaltyDofAndValue(int* dof,IssmDouble* value,Nodes* nodes,Parameters* parameters);
    4144                /*}}}*/
    4245                /*SpcTransient management:{{{ */
    43                 int    GetNodeId();
    44                 int    GetDof();
     46                int        GetDof();
     47                int        GetNodeId();
    4548                IssmDouble GetValue();
    4649                /*}}}*/

  • issm/trunk/src/c/classes/Definition.h

    r16560 r19105  
    1313                virtual       ~Definition(){};
    1414                virtual char*  Name()=0;
     15                virtual int    DefinitionEnum()=0;
    1516                virtual IssmDouble  Response(FemModel*)=0;
    1617

  • issm/trunk/src/c/classes/Elements/Element.cpp

    r18301 r19105  
    183183        IssmDouble* eps_xz = xNew<IssmDouble>(numvertices);
    184184        IssmDouble* eps_yz = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     185        IssmDouble* eps_ef = xNew<IssmDouble>(numvertices);
    185186
    186187        /* Start looping on the number of vertices: */
    … …  
    200201                        eps_yy[iv]=epsilon[1];
    201202                        eps_xy[iv]=epsilon[2];
     203                        /* eps_eff^2 = 1/2 ( exx^2 + eyy^2 + 2*exy^2 )*/
     204                        eps_ef[iv] = 1./sqrt(2.)*sqrt(epsilon[0]*epsilon[0] + epsilon[1]*epsilon[1] + 2.*epsilon[2]*epsilon[2]);
    202205                }
    203206                else{
    … …  
    209212                        eps_xz[iv]=epsilon[4];
    210213                        eps_yz[iv]=epsilon[5];
     214                        /* eps_eff^2 = exx^2 + eyy^2 + exy^2 + exz^2 + eyz^2 + exx*eyy */
     215                        eps_ef[iv] = sqrt(epsilon[0]*epsilon[0] + epsilon[1]*epsilon[1] + epsilon[3]*epsilon[3] +  epsilon[4]*epsilon[4] + epsilon[5]*epsilon[5] + epsilon[0]*epsilon[1]);
    211216                }
    212217        }
    … …  
    219224        this->AddInput(StrainRateyzEnum,eps_yz,P1Enum);
    220225        this->AddInput(StrainRatezzEnum,eps_zz,P1Enum);
     226        this->AddInput(StrainRateeffectiveEnum,eps_ef,P1Enum);
    221227
    222228        /*Clean up and return*/
    … …  
    306312}
    307313/*}}}*/
    308 void       Element::DeleteMaterials(void){/*{{{*/
    309         delete this->material;
    310 }/*}}}*/
    311314void       Element::DeepEcho(void){/*{{{*/
    312315
    … …  
    343346}
    344347/*}}}*/
    345 void       Element::Echo(void){/*{{{*/
    346         _printf_(EnumToStringx(this->ObjectEnum())<<" element:\n");
    347         _printf_("   id : "<<this->id <<"\n");
    348         _printf_("   sid: "<<this->sid<<"\n");
    349         if(vertices){
    350                 int numvertices = this->GetNumberOfVertices();
    351                 for(int i=0;i<numvertices;i++) vertices[i]->Echo();
    352         }
    353         else _printf_("vertices = NULL\n");
    354 
    355         if(nodes){
    356                 int numnodes = this->GetNumberOfNodes();
    357                 for(int i=0;i<numnodes;i++) {
    358                         _printf_("nodes[" << i << "] = " << nodes[i]); 
    359                         nodes[i]->Echo();
    360                 }
    361         }
    362         else _printf_("nodes = NULL\n");
    363 
    364         if (material) material->Echo();
    365         else _printf_("material = NULL\n");
    366 
    367         if (matpar) matpar->Echo();
    368         else _printf_("matpar = NULL\n");
    369 
    370         _printf_("   parameters\n");
    371         if (parameters) parameters->Echo();
    372         else _printf_("parameters = NULL\n");
    373 
    374         _printf_("   inputs\n");
    375         if (inputs) inputs->Echo();
    376         else _printf_("inputs=NULL\n");
    377 }
    378 /*}}}*/
     348void       Element::DeleteInput(int input_enum){/*{{{*/
     349
     350        inputs->DeleteInput(input_enum);
     351
     352}
     353/*}}}*/
     354void       Element::DeleteMaterials(void){/*{{{*/
     355        delete this->material;
     356}/*}}}*/
    379357IssmDouble Element::Divergence(void){/*{{{*/
    380358        /*Compute element divergence*/
    … …  
    419397        return divergence;
    420398}/*}}}*/
     399void       Element::dViscositydBFS(IssmDouble* pdmudB,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input,Input* vz_input){/*{{{*/
     400
     401        /*Intermediaries*/
     402        IssmDouble dmudB;
     403        IssmDouble epsilon3d[6];/* epsilon=[exx,eyy,exy,exy,exz,eyz];    */
     404        IssmDouble epsilon2d[3];/* epsilon=[exx,eyy,exy];    */
     405        IssmDouble eps_eff;
     406        IssmDouble eps0=1.e-27;
     407
     408        if(dim==3){
     409                /* eps_eff^2 = exx^2 + eyy^2 + exy^2 + exz^2 + eyz^2 + exx*eyy */
     410                this->StrainRateFS(&epsilon3d[0],xyz_list,gauss,vx_input,vy_input,vz_input);
     411                eps_eff = sqrt(epsilon3d[0]*epsilon3d[0] + epsilon3d[1]*epsilon3d[1] + epsilon3d[3]*epsilon3d[3] +  epsilon3d[4]*epsilon3d[4] + epsilon3d[5]*epsilon3d[5] + epsilon3d[0]*epsilon3d[1]+eps0*eps0);
     412        }
     413        else{
     414                /* eps_eff^2 = 1/2 ( exx^2 + eyy^2 + 2*exy^2 )*/
     415                this->StrainRateSSA(&epsilon2d[0],xyz_list,gauss,vx_input,vy_input);
     416                eps_eff = 1./sqrt(2.)*sqrt(epsilon2d[0]*epsilon2d[0] + epsilon2d[1]*epsilon2d[1] + 2.*epsilon2d[2]*epsilon2d[2]);
     417        }
     418        /*Get viscosity*/
     419        material->GetViscosity_B(&dmudB,eps_eff);
     420
     421        /*Assign output pointer*/
     422        *pdmudB=dmudB;
     423
     424}
     425/*}}}*/
     426void       Element::dViscositydBHO(IssmDouble* pdmudB,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input){/*{{{*/
     427
     428        /*Intermediaries*/
     429        IssmDouble dmudB;
     430        IssmDouble epsilon3d[5];/* epsilon=[exx,eyy,exy,exy,exz,eyz];    */
     431        IssmDouble epsilon2d[2];/* epsilon=[exx,eyy,exy];    */
     432        IssmDouble eps_eff;
     433        IssmDouble eps0=1.e-27;
     434
     435        if(dim==3){
     436                /* eps_eff^2 = exx^2 + eyy^2 + exy^2 + exz^2 + eyz^2 + exx*eyy */
     437                this->StrainRateHO(&epsilon3d[0],xyz_list,gauss,vx_input,vy_input);
     438                eps_eff = sqrt(epsilon3d[0]*epsilon3d[0] + epsilon3d[1]*epsilon3d[1] + epsilon3d[2]*epsilon3d[2] + epsilon3d[3]*epsilon3d[3] +  epsilon3d[4]*epsilon3d[4] + epsilon3d[0]*epsilon3d[1]+eps0*eps0);
     439        }
     440        else{
     441                /* eps_eff^2 = 1/2 ( exx^2 + eyy^2 + 2*exy^2 )*/
     442                this->StrainRateHO2dvertical(&epsilon2d[0],xyz_list,gauss,vx_input,vy_input);
     443                eps_eff = 1./sqrt(2.)*sqrt(epsilon2d[0]*epsilon2d[0] + 2.*epsilon2d[1]*epsilon2d[1] + eps0*eps0);
     444        }
     445        /*Get viscosity*/
     446        material->GetViscosity_B(&dmudB,eps_eff);
     447
     448        /*Assign output pointer*/
     449        *pdmudB=dmudB;
     450
     451}
     452/*}}}*/
    421453void       Element::dViscositydBSSA(IssmDouble* pdmudB,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input){/*{{{*/
    422454
    … …  
    473505}
    474506/*}}}*/
    475 void       Element::ThermalToEnthalpy(IssmDouble* penthalpy,IssmDouble temperature,IssmDouble waterfraction,IssmDouble pressure){/*{{{*/
    476         matpar->ThermalToEnthalpy(penthalpy,temperature,waterfraction,pressure);
     507void       Element::Echo(void){/*{{{*/
     508        _printf_(EnumToStringx(this->ObjectEnum())<<" element:\n");
     509        _printf_("   id : "<<this->id <<"\n");
     510        _printf_("   sid: "<<this->sid<<"\n");
     511        if(vertices){
     512                int numvertices = this->GetNumberOfVertices();
     513                for(int i=0;i<numvertices;i++) vertices[i]->Echo();
     514        }
     515        else _printf_("vertices = NULL\n");
     516
     517        if(nodes){
     518                int numnodes = this->GetNumberOfNodes();
     519                for(int i=0;i<numnodes;i++) {
     520                        _printf_("nodes[" << i << "] = " << nodes[i]); 
     521                        nodes[i]->Echo();
     522                }
     523        }
     524        else _printf_("nodes = NULL\n");
     525
     526        if (material) material->Echo();
     527        else _printf_("material = NULL\n");
     528
     529        if (matpar) matpar->Echo();
     530        else _printf_("matpar = NULL\n");
     531
     532        _printf_("   parameters\n");
     533        if (parameters) parameters->Echo();
     534        else _printf_("parameters = NULL\n");
     535
     536        _printf_("   inputs\n");
     537        if (inputs) inputs->Echo();
     538        else _printf_("inputs=NULL\n");
     539}
     540/*}}}*/
     541IssmDouble Element::EnthalpyDiffusionParameter(IssmDouble enthalpy,IssmDouble pressure){/*{{{*/
     542        return matpar->GetEnthalpyDiffusionParameter(enthalpy,pressure);
     543}/*}}}*/
     544IssmDouble Element::EnthalpyDiffusionParameterVolume(int numvertices,IssmDouble* enthalpy,IssmDouble* pressure){/*{{{*/
     545        return matpar->GetEnthalpyDiffusionParameterVolume(numvertices,enthalpy,pressure);
    477546}/*}}}*/
    478547void       Element::EnthalpyToThermal(IssmDouble* ptemperature,IssmDouble* pwaterfraction,IssmDouble enthalpy,IssmDouble pressure){/*{{{*/
    479548        matpar->EnthalpyToThermal(ptemperature,pwaterfraction,enthalpy,pressure);
    480 }/*}}}*/
    481 IssmDouble Element::EnthalpyDiffusionParameter(IssmDouble enthalpy,IssmDouble pressure){/*{{{*/
    482         return matpar->GetEnthalpyDiffusionParameter(enthalpy,pressure);
    483 }/*}}}*/
    484 IssmDouble Element::EnthalpyDiffusionParameterVolume(int numvertices,IssmDouble* enthalpy,IssmDouble* pressure){/*{{{*/
    485         return matpar->GetEnthalpyDiffusionParameterVolume(numvertices,enthalpy,pressure);
    486549}/*}}}*/
    487550void       Element::FindParam(bool* pvalue,int paramenum){/*{{{*/
    … …  
    520583}
    521584/*}}}*/
     585void       Element::GetDofListPressure(int** pdoflist,int setenum){/*{{{*/
     586
     587        /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
     588        int vnumnodes = this->NumberofNodesVelocity();
     589        int pnumnodes = this->NumberofNodesPressure();
     590
     591        /*First, figure out size of doflist and create it: */
     592        int numberofdofs=0;
     593        for(int i=vnumnodes;i<vnumnodes+pnumnodes;i++) numberofdofs+=nodes[i]->GetNumberOfDofs(FSApproximationEnum,setenum);
     594
     595        /*Allocate output*/
     596        int* doflist=xNew<int>(numberofdofs);
     597
     598        /*Populate: */
     599        int count=0;
     600        for(int i=vnumnodes;i<vnumnodes+pnumnodes;i++){
     601                nodes[i]->GetDofList(doflist+count,FSApproximationEnum,setenum);
     602                count+=nodes[i]->GetNumberOfDofs(FSApproximationEnum,setenum);
     603        }
     604
     605        /*Assign output pointers:*/
     606        *pdoflist=doflist;
     607}
     608/*}}}*/
    522609void       Element::GetDofListVelocity(int** pdoflist,int setenum){/*{{{*/
    523610
    … …  
    543630}
    544631/*}}}*/
    545 void       Element::GetDofListPressure(int** pdoflist,int setenum){/*{{{*/
    546 
    547         /*Fetch number of nodes and dof for this finite element*/
    548         int vnumnodes = this->NumberofNodesVelocity();
    549         int pnumnodes = this->NumberofNodesPressure();
    550 
    551         /*First, figure out size of doflist and create it: */
    552         int numberofdofs=0;
    553         for(int i=vnumnodes;i<vnumnodes+pnumnodes;i++) numberofdofs+=nodes[i]->GetNumberOfDofs(FSApproximationEnum,setenum);
    554 
    555         /*Allocate output*/
    556         int* doflist=xNew<int>(numberofdofs);
    557 
    558         /*Populate: */
    559         int count=0;
    560         for(int i=vnumnodes;i<vnumnodes+pnumnodes;i++){
    561                 nodes[i]->GetDofList(doflist+count,FSApproximationEnum,setenum);
    562                 count+=nodes[i]->GetNumberOfDofs(FSApproximationEnum,setenum);
    563         }
    564 
    565         /*Assign output pointers:*/
    566         *pdoflist=doflist;
    567 }
    568 /*}}}*/
     632Input*     Element::GetInput(int inputenum){/*{{{*/
     633        return inputs->GetInput(inputenum);
     634}/*}}}*/
     635void       Element::GetInputListOnNodes(IssmDouble* pvalue,int enumtype,IssmDouble defaultvalue){/*{{{*/
     636
     637        _assert_(pvalue);
     638
     639        Input *input    = this->GetInput(enumtype);
     640        int    numnodes = this->GetNumberOfNodes();
     641
     642        /* Start looping on the number of vertices: */
     643        if(input){
     644                Gauss* gauss=this->NewGauss();
     645                for(int iv=0;iv<numnodes;iv++){
     646                        gauss->GaussNode(this->FiniteElement(),iv);
     647                        input->GetInputValue(&pvalue[iv],gauss);
     648                }
     649                delete gauss;
     650        }
     651        else{
     652                for(int iv=0;iv<numnodes;iv++) pvalue[iv]=defaultvalue;
     653        }
     654}
     655/*}}}*/
     656void       Element::GetInputListOnNodes(IssmDouble* pvalue,int enumtype){/*{{{*/
     657
     658        _assert_(pvalue);
     659
     660        int    numnodes = this->GetNumberOfNodes();
     661        Input *input    = this->GetInput(enumtype);
     662        if(!input) _error_("Input " << EnumToStringx(enumtype) << " not found in element");
     663
     664        /* Start looping on the number of vertices: */
     665        Gauss* gauss=this->NewGauss();
     666        for(int iv=0;iv<numnodes;iv++){
     667                gauss->GaussNode(this->FiniteElement(),iv);
     668                input->GetInputValue(&pvalue[iv],gauss);
     669        }
     670        delete gauss;
     671}
     672/*}}}*/
     673void       Element::GetInputListOnNodesVelocity(IssmDouble* pvalue,int enumtype){/*{{{*/
     674
     675        _assert_(pvalue);
     676
     677        int    numnodes = this->NumberofNodesVelocity();
     678        Input *input    = this->GetInput(enumtype);
     679        if(!input) _error_("Input " << EnumToStringx(enumtype) << " not found in element");
     680
     681        /* Start looping on the number of vertices: */
     682        Gauss* gauss=this->NewGauss();
     683        for(int iv=0;iv<numnodes;iv++){
     684                gauss->GaussNode(this->VelocityInterpolation(),iv);
     685                input->GetInputValue(&pvalue[iv],gauss);
     686        }
     687        delete gauss;
     688}
     689/*}}}*/
     690void       Element::GetInputListOnVertices(IssmDouble* pvalue,int enumtype){/*{{{*/
     691
     692        /*Recover input*/
     693        Input* input=this->GetInput(enumtype);
     694        if (!input) _error_("Input " << EnumToStringx(enumtype) << " not found in element");
     695
     696        /*Fetch number vertices for this element*/
     697        int numvertices = this->GetNumberOfVertices();
     698
     699        /*Checks in debugging mode*/
     700        _assert_(pvalue);
     701
     702        /* Start looping on the number of vertices: */
     703        Gauss*gauss=this->NewGauss();
     704        for(int iv=0;iv<numvertices;iv++){
     705                gauss->GaussVertex(iv);
     706                input->GetInputValue(&pvalue[iv],gauss);
     707        }
     708
     709        /*clean-up*/
     710        delete gauss;
     711}
     712/*}}}*/
     713void       Element::GetInputListOnVertices(IssmDouble* pvalue,int enumtype,IssmDouble defaultvalue){/*{{{*/
     714
     715        /*Recover input*/
     716        Input* input=this->GetInput(enumtype);
     717
     718        /*Checks in debugging mode*/
     719        _assert_(pvalue);
     720
     721        /*Fetch number vertices for this element*/
     722        int numvertices = this->GetNumberOfVertices();
     723
     724        /* Start looping on the number of vertices: */
     725        if (input){
     726                Gauss* gauss=this->NewGauss();
     727                for (int iv=0;iv<numvertices;iv++){
     728                        gauss->GaussVertex(iv);
     729                        input->GetInputValue(&pvalue[iv],gauss);
     730                }
     731                delete gauss;
     732        }
     733        else{
     734                for(int iv=0;iv<numvertices;iv++) pvalue[iv]=defaultvalue;
     735        }
     736}
     737/*}}}*/
     738void       Element::GetInputLocalMinMaxOnNodes(IssmDouble* min,IssmDouble* max,IssmDouble* ug){/*{{{*/
     739
     740
     741        /*Get number of nodes for this element*/
     742        int numnodes = this->GetNumberOfNodes();
     743
     744        /*Some checks to avoid segmentation faults*/
     745        _assert_(ug);
     746        _assert_(numnodes>0);
     747        _assert_(nodes);
     748
     749        /*Get element minimum/maximum*/
     750        IssmDouble input_min = ug[nodes[0]->GetDof(0,GsetEnum)];
     751        IssmDouble input_max = input_min;
     752        for(int i=1;i<numnodes;i++){
     753                if(ug[nodes[i]->GetDof(0,GsetEnum)] < input_min) input_min = ug[nodes[i]->GetDof(0,GsetEnum)];
     754                if(ug[nodes[i]->GetDof(0,GsetEnum)] > input_max) input_max = ug[nodes[i]->GetDof(0,GsetEnum)];
     755        }
     756
     757
     758        /*Second loop to reassign min and max with local extrema*/
     759        for(int i=0;i<numnodes;i++){
     760                if(min[nodes[i]->GetDof(0,GsetEnum)]>input_min) min[nodes[i]->GetDof(0,GsetEnum)] = input_min;
     761                if(max[nodes[i]->GetDof(0,GsetEnum)]<input_max) max[nodes[i]->GetDof(0,GsetEnum)] = input_max;
     762        }
     763}
     764/*}}}*/
     765void       Element::GetInputValue(bool* pvalue,int inputenum){/*{{{*/
     766
     767        Input* input=inputs->GetInput(inputenum);
     768        if(!input) _error_("Input " << EnumToStringx(inputenum) << " not found in element");
     769        input->GetInputValue(pvalue);
     770
     771}/*}}}*/
     772void       Element::GetInputValue(int* pvalue,int inputenum){/*{{{*/
     773
     774        Input* input=inputs->GetInput(inputenum);
     775        if(!input) _error_("Input " << EnumToStringx(inputenum) << " not found in element");
     776        input->GetInputValue(pvalue);
     777
     778}/*}}}*/
     779void       Element::GetInputValue(IssmDouble* pvalue,int inputenum){/*{{{*/
     780
     781        Input* input=inputs->GetInput(inputenum);
     782        if(!input) _error_("Input " << EnumToStringx(inputenum) << " not found in element");
     783        input->GetInputValue(pvalue);
     784
     785}/*}}}*/
     786void       Element::GetInputValue(IssmDouble* pvalue,Gauss* gauss,int inputenum){/*{{{*/
     787
     788        Input* input=inputs->GetInput(inputenum);
     789        if(!input) _error_("Input " << EnumToStringx(inputenum) << " not found in element");
     790        input->GetInputValue(pvalue,gauss);
     791
     792}/*}}}*/
    569793IssmDouble Element::GetMaterialParameter(int enum_in){/*{{{*/
    570794
    … …  
    581805        }
    582806}/*}}}*/
     807void       Element::GetNodesLidList(int* lidlist){/*{{{*/
     808
     809        _assert_(lidlist);
     810        _assert_(nodes);
     811        int numnodes = this->GetNumberOfNodes();
     812        for(int i=0;i<numnodes;i++){
     813                lidlist[i]=nodes[i]->Lid();
     814        }
     815}
     816/*}}}*/
     817void       Element::GetNodesSidList(int* sidlist){/*{{{*/
     818
     819        _assert_(sidlist);
     820        _assert_(nodes);
     821        int numnodes = this->GetNumberOfNodes();
     822        for(int i=0;i<numnodes;i++){
     823                sidlist[i]=nodes[i]->Sid();
     824        }
     825}
     826/*}}}*/
    583827void       Element::GetPhi(IssmDouble* phi, IssmDouble*  epsilon, IssmDouble viscosity){/*{{{*/
    584828        /*Compute deformational heating from epsilon and viscosity */
    … …  
    618862}
    619863/*}}}*/
    620 Input*     Element::GetInput(int inputenum){/*{{{*/
    621         return inputs->GetInput(inputenum);
    622 }/*}}}*/
    623 void       Element::GetInputListOnVertices(IssmDouble* pvalue,int enumtype){/*{{{*/
    624 
    625         /*Recover input*/
    626         Input* input=this->GetInput(enumtype);
    627         if (!input) _error_("Input " << EnumToStringx(enumtype) << " not found in element");
    628 
    629         /*Fetch number vertices for this element*/
    630         int numvertices = this->GetNumberOfVertices();
    631 
    632         /*Checks in debugging mode*/
    633         _assert_(pvalue);
    634 
    635         /* Start looping on the number of vertices: */
    636         Gauss*gauss=this->NewGauss();
    637         for(int iv=0;iv<numvertices;iv++){
    638                 gauss->GaussVertex(iv);
    639                 input->GetInputValue(&pvalue[iv],gauss);
    640         }
    641 
    642         /*clean-up*/
    643         delete gauss;
    644 }
    645 /*}}}*/
    646 void       Element::GetInputListOnVertices(IssmDouble* pvalue,int enumtype,IssmDouble defaultvalue){/*{{{*/
    647 
    648         /*Recover input*/
    649         Input* input=this->GetInput(enumtype);
    650 
    651         /*Checks in debugging mode*/
    652         _assert_(pvalue);
    653 
    654         /*Fetch number vertices for this element*/
    655         int numvertices = this->GetNumberOfVertices();
    656 
    657         /* Start looping on the number of vertices: */
    658         if (input){
    659                 Gauss* gauss=this->NewGauss();
    660                 for (int iv=0;iv<numvertices;iv++){
    661                         gauss->GaussVertex(iv);
    662                         input->GetInputValue(&pvalue[iv],gauss);
    663                 }
    664                 delete gauss;
    665         }
    666         else{
    667                 for(int iv=0;iv<numvertices;iv++) pvalue[iv]=defaultvalue;
    668         }
    669 }
    670 /*}}}*/
    671 void       Element::GetInputListOnNodes(IssmDouble* pvalue,int enumtype,IssmDouble defaultvalue){/*{{{*/
    672 
    673         _assert_(pvalue);
    674 
    675         Input *input    = this->GetInput(enumtype);
    676         int    numnodes = this->GetNumberOfNodes();
    677 
    678         /* Start looping on the number of vertices: */
    679         if(input){
    680                 Gauss* gauss=this->NewGauss();
    681                 for(int iv=0;iv<numnodes;iv++){
    682                         gauss->GaussNode(this->FiniteElement(),iv);
    683                         input->GetInputValue(&pvalue[iv],gauss);
    684                 }
    685                 delete gauss;
    686         }
    687         else{
    688                 for(int iv=0;iv<numnodes;iv++) pvalue[iv]=defaultvalue;
    689         }
    690 }
    691 /*}}}*/
    692 void       Element::GetInputListOnNodes(IssmDouble* pvalue,int enumtype){/*{{{*/
    693 
    694         _assert_(pvalue);
    695 
    696         int    numnodes = this->GetNumberOfNodes();
    697         Input *input    = this->GetInput(enumtype);
    698         if(!input) _error_("Input " << EnumToStringx(enumtype) << " not found in element");
    699 
    700         /* Start looping on the number of vertices: */
    701         Gauss* gauss=this->NewGauss();
    702         for(int iv=0;iv<numnodes;iv++){
    703                 gauss->GaussNode(this->FiniteElement(),iv);
    704                 input->GetInputValue(&pvalue[iv],gauss);
    705         }
    706         delete gauss;
    707 }
    708 /*}}}*/
    709 void       Element::GetInputListOnNodesVelocity(IssmDouble* pvalue,int enumtype){/*{{{*/
    710 
    711         _assert_(pvalue);
    712 
    713         int    numnodes = this->NumberofNodesVelocity();
    714         Input *input    = this->GetInput(enumtype);
    715         if(!input) _error_("Input " << EnumToStringx(enumtype) << " not found in element");
    716 
    717         /* Start looping on the number of vertices: */
    718         Gauss* gauss=this->NewGauss();
    719         for(int iv=0;iv<numnodes;iv++){
    720                 gauss->GaussNode(this->VelocityInterpolation(),iv);
    721                 input->GetInputValue(&pvalue[iv],gauss);
    722         }
    723         delete gauss;
    724 }
    725 /*}}}*/
    726 void       Element::GetInputValue(bool* pvalue,int inputenum){/*{{{*/
    727 
    728         Input* input=inputs->GetInput(inputenum);
    729         if(!input) _error_("Input " << EnumToStringx(inputenum) << " not found in element");
    730         input->GetInputValue(pvalue);
    731 
    732 }/*}}}*/
    733 void       Element::GetInputValue(int* pvalue,int inputenum){/*{{{*/
    734 
    735         Input* input=inputs->GetInput(inputenum);
    736         if(!input) _error_("Input " << EnumToStringx(inputenum) << " not found in element");
    737         input->GetInputValue(pvalue);
    738 
    739 }/*}}}*/
    740 void       Element::GetInputValue(IssmDouble* pvalue,int inputenum){/*{{{*/
    741 
    742         Input* input=inputs->GetInput(inputenum);
    743         if(!input) _error_("Input " << EnumToStringx(inputenum) << " not found in element");
    744         input->GetInputValue(pvalue);
    745 
    746 }/*}}}*/
    747 void       Element::GetInputValue(IssmDouble* pvalue,Gauss* gauss,int inputenum){/*{{{*/
    748 
    749         Input* input=inputs->GetInput(inputenum);
    750         if(!input) _error_("Input " << EnumToStringx(inputenum) << " not found in element");
    751         input->GetInputValue(pvalue,gauss);
    752 
    753 }/*}}}*/
    754 void       Element::GetNodesSidList(int* sidlist){/*{{{*/
    755 
    756         _assert_(sidlist);
    757         _assert_(nodes);
    758         int numnodes = this->GetNumberOfNodes();
    759         for(int i=0;i<numnodes;i++){
    760                 sidlist[i]=nodes[i]->Sid();
    761         }
    762 }
    763 /*}}}*/
    764 void       Element::GetNodesLidList(int* lidlist){/*{{{*/
    765 
    766         _assert_(lidlist);
    767         _assert_(nodes);
    768         int numnodes = this->GetNumberOfNodes();
    769         for(int i=0;i<numnodes;i++){
    770                 lidlist[i]=nodes[i]->Lid();
    771         }
    772 }
    773 /*}}}*/
    774 void       Element::GetVectorFromInputs(Vector<IssmDouble>* vector,int input_enum){/*{{{*/
     864/* void       Element::GetVectorFromInputs(Vector<IssmDouble>* vector,int input_enum){/\*{{{*\/ */
     865
     866/*      /\*Fetch number vertices for this element and allocate arrays*\/ */
     867/*      int numvertices = this->GetNumberOfVertices(); */
     868/*      int*        vertexpidlist = xNew<int>(numvertices); */
     869/*      IssmDouble* values        = xNew<IssmDouble>(numvertices); */
     870
     871/*      /\*Fill in values*\/ */
     872/*      this->GetVertexPidList(vertexpidlist); */
     873/*      this->GetInputListOnVertices(values,input_enum); */
     874/*      vector->SetValues(numvertices,vertexpidlist,values,INS_VAL); */
     875
     876/*      /\*Clean up*\/ */
     877/*      xDelete<int>(vertexpidlist); */
     878/*      xDelete<IssmDouble>(values); */
     879
     880/* } */
     881/* /\*}}}*\/ */
     882void       Element::GetVectorFromInputs(Vector<IssmDouble>* vector,int input_enum,int type){/*{{{*/
    775883
    776884        /*Fetch number vertices for this element and allocate arrays*/
    777         int numvertices = this->GetNumberOfVertices();
    778         int*        vertexpidlist = xNew<int>(numvertices);
    779         IssmDouble* values        = xNew<IssmDouble>(numvertices);
    780 
    781         /*Fill in values*/
    782         this->GetVertexPidList(vertexpidlist);
    783         this->GetInputListOnVertices(values,input_enum);
    784         vector->SetValues(numvertices,vertexpidlist,values,INS_VAL);
    785 
     885        int         numvertices = this->GetNumberOfVertices();
     886        int         numnodes    = this->GetNumberOfNodes();
     887        int*        doflist     = NULL;
     888        IssmDouble* values      = NULL;
     889
     890        switch(type){
     891        case VertexPIdEnum:
     892                doflist = xNew<int>(numvertices);
     893                values = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     894                /*Fill in values*/
     895                this->GetVertexPidList(doflist);
     896                this->GetInputListOnVertices(values,input_enum);
     897                vector->SetValues(numvertices,doflist,values,INS_VAL);
     898                break;
     899        case VertexSIdEnum:
     900                doflist = xNew<int>(numvertices);
     901                values = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     902                /*Fill in values*/
     903                this->GetVerticesSidList(doflist);
     904                this->GetInputListOnVertices(values,input_enum);
     905                vector->SetValues(numvertices,doflist,values,INS_VAL);
     906                break;
     907        case NodesEnum:
     908                doflist = xNew<int>(numnodes);
     909                values = xNew<IssmDouble>(numnodes);
     910                /*Fill in values*/
     911                this->GetInputListOnNodes(values,input_enum);
     912                this->GetDofList(&doflist,NoneApproximationEnum,GsetEnum);
     913                vector->SetValues(numnodes,doflist,values,INS_VAL);
     914                break;
     915        case NodeSIdEnum:
     916                doflist = xNew<int>(numnodes);
     917                values = xNew<IssmDouble>(numnodes);
     918                /*Fill in values*/
     919                this->GetNodesSidList(doflist);
     920                this->GetInputListOnNodes(values,input_enum);
     921                vector->SetValues(numnodes,doflist,values,INS_VAL);
     922                break;
     923        default:
     924                _error_("type " << type << " (" << EnumToStringx(type) << ") not implemented yet");
     925        }
     926       
    786927        /*Clean up*/
    787         xDelete<int>(vertexpidlist);
     928        xDelete<int>(doflist);
    788929        xDelete<IssmDouble>(values);
    789930
    … …  
    795936        for(int i=0;i<numvertices;i++) pidlist[i]=vertices[i]->Pid();
    796937
     938}
     939/*}}}*/
     940void       Element::GetVerticesConnectivityList(int* connectivity){/*{{{*/
     941
     942        int numvertices = this->GetNumberOfVertices();
     943        for(int i=0;i<numvertices;i++) connectivity[i]=this->vertices[i]->Connectivity();
    797944}
    798945/*}}}*/
    … …  
    812959}
    813960/*}}}*/
    814 void       Element::GetVerticesConnectivityList(int* connectivity){/*{{{*/
    815 
    816         int numvertices = this->GetNumberOfVertices();
    817         for(int i=0;i<numvertices;i++) connectivity[i]=this->vertices[i]->Connectivity();
    818 }
    819 /*}}}*/
    820961IssmDouble Element::GetXcoord(IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    821962
    … …  
    8631004        return z;
    8641005}/*}}}*/
    865 void       Element::GradientIndexing(int* indexing,int control_index){/*{{{*/
     1006void       Element::GradientIndexing(int* indexing,int control_index,bool onsid){/*{{{*/
    8661007
    8671008        /*Get number of controls*/
    … …  
    8731014
    8741015        /*get gradient indices*/
    875         for(int i=0;i<numvertices;i++){
    876                 indexing[i]=num_controls*this->vertices[i]->Pid() + control_index;
     1016        if(onsid){
     1017                for(int i=0;i<numvertices;i++){
     1018                        indexing[i]=num_controls*this->vertices[i]->Sid() + control_index;
     1019                }
     1020        }
     1021        else{
     1022                for(int i=0;i<numvertices;i++){
     1023                        indexing[i]=num_controls*this->vertices[i]->Pid() + control_index;
     1024                }
    8771025        }
    8781026
    … …  
    10031151        parameters->FindParam(&migration_style,GroundinglineMigrationEnum);
    10041152
    1005         if(migration_style==SubelementMigrationEnum || migration_style==SubelementMigration2Enum || migration_style==ContactEnum){ //Floating if all nodes are floating
     1153        if(migration_style==SubelementMigrationEnum || migration_style==SubelementMigration2Enum){ //Floating if all nodes are floating
    10061154                if(this->inputs->Max(MaskGroundediceLevelsetEnum) <= 0.) shelf=true;
    10071155                else shelf=false;
    10081156        }
    1009         else if(migration_style==NoneEnum || migration_style==AggressiveMigrationEnum || migration_style==SoftMigrationEnum){ //Floating if all nodes are floating
     1157        else if(migration_style==ContactEnum){
     1158                if(this->inputs->Max(MaskGroundediceLevelsetEnum) > 0.) shelf=false;
     1159                else shelf=true;
     1160        }
     1161        else if(migration_style==NoneEnum || migration_style==AggressiveMigrationEnum || migration_style==SoftMigrationEnum || migration_style==GroundingOnlyEnum){ //Floating if all nodes are floating
    10101162                if(this->inputs->Min(MaskGroundediceLevelsetEnum) > 0.) shelf=false;
    10111163                else shelf=true;
    … …  
    10261178                                name==BedEnum ||
    10271179                                name==BalancethicknessThickeningRateEnum ||
    1028                                 name==BalancethicknessApparentMassbalanceEnum ||
     1180                                name==BalancethicknessOmegaEnum ||
    10291181                                name==SigmaNNEnum ||
    10301182                                name==SurfaceSlopeXEnum ||
    … …  
    10531205                                name==WatercolumnEnum ||
    10541206                                name==FrictionCoefficientEnum ||
     1207                                name==FrictionAsEnum ||
    10551208                                name==MaskGroundediceLevelsetEnum ||
    10561209                                name==MaskIceLevelsetEnum ||
    … …  
    10591212                                name==LevelsetfunctionSlopeYEnum ||
    10601213                                name==LevelsetfunctionPicardEnum ||
    1061                                 name==MasstransportCalvingrateEnum ||
     1214                                //name==CalvingCalvingrateEnum ||
    10621215                                name==GradientEnum ||
    10631216                                name==OldGradientEnum  ||
    … …  
    10721225                                name==SedimentHeadOldEnum ||
    10731226                                name==EplHeadOldEnum ||
     1227                                name==StressIntensityFactorEnum ||
     1228                                name==StrainRateparallelEnum ||
     1229                                name==StrainRateperpendicularEnum ||
    10741230                                name==HydrologydcEplThicknessOldEnum ||
    10751231                                name==HydrologydcEplInitialThicknessEnum ||
    … …  
    11031259
    11041260        this->AddInput(BasalforcingsFloatingiceMeltingRateEnum,values,P1Enum);
    1105 
    1106 }/*}}}*/
     1261        xDelete<IssmDouble>(base);
     1262        xDelete<IssmDouble>(values);
     1263
     1264}/*}}}*/
     1265void       Element::MigrateGroundingLine(IssmDouble* phi_ungrounding){/*{{{*/
     1266
     1267        int         numvertices = this->GetNumberOfVertices();
     1268        int        i,migration_style;
     1269        IssmDouble bed_hydro,yts;
     1270        IssmDouble rho_water,rho_ice,density;
     1271        IssmDouble* melting = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     1272        IssmDouble* phi     = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     1273        IssmDouble* h       = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     1274        IssmDouble* s       = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     1275        IssmDouble* b       = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     1276        IssmDouble* r       = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     1277
     1278        /*Recover info at the vertices: */
     1279        parameters->FindParam(&migration_style,GroundinglineMigrationEnum);
     1280        parameters->FindParam(&yts,ConstantsYtsEnum);
     1281        GetInputListOnVertices(&h[0],ThicknessEnum);
     1282        GetInputListOnVertices(&s[0],SurfaceEnum);
     1283        GetInputListOnVertices(&b[0],BaseEnum);
     1284        GetInputListOnVertices(&r[0],BedEnum);
     1285        GetInputListOnVertices(&phi[0],MaskGroundediceLevelsetEnum);
     1286        rho_water   = matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoSeawaterEnum);
     1287        rho_ice     = matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
     1288        density     = rho_ice/rho_water;
     1289
     1290        /*go through vertices, and update inputs, considering them to be TriaVertex type: */
     1291        for(i=0;i<numvertices;i++){
     1292                /* Contact FS*/
     1293                if(migration_style == ContactEnum && phi_ungrounding[vertices[i]->Pid()]<10){
     1294                        phi[i]=phi_ungrounding[vertices[i]->Pid()];
     1295                        if(phi[i]>=0.) b[i]=r[i];
     1296                }
     1297                else if(migration_style == GroundingOnlyEnum && b[i]<r[i]) b[i]=r[i];
     1298                /*Ice shelf: if bed below bathymetry, impose it at the bathymetry and update surface, elso do nothing */
     1299                else if(phi[i]<=0.){
     1300                        if(b[i]<=r[i]){
     1301                                b[i]        = r[i];
     1302                                s[i]        = b[i]+h[i];
     1303                        }
     1304                }
     1305                /*Ice sheet: if hydrostatic bed above bathymetry, ice sheet starts to unground, elso do nothing */
     1306                /*Change only if AggressiveMigration or if the ice sheet is in contact with the ocean*/
     1307                else{ // phi>0
     1308                        bed_hydro=-density*h[i];
     1309                        if (bed_hydro>r[i]){
     1310                                /*Unground only if the element is connected to the ice shelf*/
     1311                                if(migration_style==AggressiveMigrationEnum || migration_style==SubelementMigrationEnum || migration_style==SubelementMigration2Enum){
     1312                                        s[i]        = (1-density)*h[i];
     1313                                        b[i]        = -density*h[i];
     1314                                }
     1315                                else if(migration_style==SoftMigrationEnum && phi_ungrounding[vertices[i]->Pid()]<0.){
     1316                                        s[i]        = (1-density)*h[i];
     1317                                        b[i]        = -density*h[i];
     1318                                }
     1319                                else{
     1320                                        if(migration_style!=SoftMigrationEnum && migration_style!=ContactEnum && migration_style!=GroundingOnlyEnum) _error_("Error: migration should be Aggressive, Soft, Subelement, Contact or GroundingOnly");
     1321                                }
     1322                        }
     1323                }
     1324        }
     1325
     1326        /*Recalculate phi*/
     1327        for(i=0;i<numvertices;i++){
     1328                if(migration_style==SoftMigrationEnum){
     1329                        bed_hydro=-density*h[i];
     1330                        if(phi[i]<0. || bed_hydro<=r[i] || phi_ungrounding[vertices[i]->Pid()]<0.){
     1331                                phi[i]=h[i]+r[i]/density;
     1332                        }
     1333                }
     1334                else if(migration_style!=ContactEnum) phi[i]=h[i]+r[i]/density;
     1335                else{
     1336                        /*do nothing*/
     1337                }
     1338        }
     1339        this->AddInput(MaskGroundediceLevelsetEnum,&phi[0],P1Enum);
     1340
     1341        /*Update inputs*/
     1342        this->AddInput(SurfaceEnum,&s[0],P1Enum);
     1343        this->AddInput(BaseEnum,&b[0],P1Enum);
     1344
     1345        /*Delete*/
     1346        xDelete<IssmDouble>(melting);
     1347        xDelete<IssmDouble>(phi);
     1348        xDelete<IssmDouble>(r);
     1349        xDelete<IssmDouble>(b);
     1350        xDelete<IssmDouble>(s);
     1351        xDelete<IssmDouble>(h);
     1352
     1353}
     1354/*}}}*/
     1355ElementMatrix* Element::NewElementMatrix(int approximation_enum){/*{{{*/
     1356        return new ElementMatrix(nodes,this->GetNumberOfNodes(),this->parameters,approximation_enum);
     1357}
     1358/*}}}*/
     1359ElementMatrix* Element::NewElementMatrixCoupling(int number_nodes,int approximation_enum){/*{{{*/
     1360        return new ElementMatrix(nodes,number_nodes,this->parameters,approximation_enum);
     1361}
     1362/*}}}*/
    11071363ElementVector* Element::NewElementVector(int approximation_enum){/*{{{*/
    11081364        return new ElementVector(nodes,this->GetNumberOfNodes(),this->parameters,approximation_enum);
    1109 }
    1110 /*}}}*/
    1111 ElementMatrix* Element::NewElementMatrix(int approximation_enum){/*{{{*/
    1112         return new ElementMatrix(nodes,this->GetNumberOfNodes(),this->parameters,approximation_enum);
    1113 }
    1114 /*}}}*/
    1115 ElementMatrix* Element::NewElementMatrixCoupling(int number_nodes,int approximation_enum){/*{{{*/
    1116         return new ElementMatrix(nodes,number_nodes,this->parameters,approximation_enum);
    11171365}
    11181366/*}}}*/
    … …  
    11291377                        case ViscousHeatingEnum:
    11301378                                this->ViscousHeatingCreateInput();
     1379                                input=this->inputs->GetInput(output_enum);
     1380                                break;
     1381                        case StressMaxPrincipalEnum:
     1382                                this->StressMaxPrincipalCreateInput();
    11311383                                input=this->inputs->GetInput(output_enum);
    11321384                                break;
    … …  
    11461398                        case StrainRateyzEnum:
    11471399                        case StrainRatezzEnum:
     1400                        case StrainRateeffectiveEnum:
    11481401                                this->ComputeStrainRate();
    11491402                                input=this->inputs->GetInput(output_enum);
    … …  
    11661419                                input=this->inputs->GetInput(output_enum);
    11671420                                break;
     1421                        case StressIntensityFactorEnum:
     1422                                this->StressIntensityFactor();
     1423                                input=this->inputs->GetInput(output_enum);
     1424                                break;
     1425                        case CalvingratexEnum:
     1426                        case CalvingrateyEnum:
     1427                        case CalvingCalvingrateEnum:
     1428                                this->StrainRateparallel();
     1429                                this->StrainRateperpendicular();
     1430                                int calvinglaw;
     1431                                this->FindParam(&calvinglaw,CalvingLawEnum);
     1432                                        switch(calvinglaw){
     1433                                                case DefaultCalvingEnum:
     1434                                                        //do nothing
     1435                                                        break;
     1436                                                case CalvingLevermannEnum:
     1437                                                        this->CalvingRateLevermann();
     1438                                                        break;
     1439                                                case CalvingPiEnum:
     1440                                                        this->CalvingRatePi();
     1441                                                        break;
     1442                                                default:
     1443                                                        _error_("Calving law "<<EnumToStringx(calvinglaw)<<" not supported yet");
     1444                                }
     1445                                input=this->inputs->GetInput(output_enum);
     1446                                break;
     1447                        case StrainRateparallelEnum:
     1448                                this->StrainRateparallel();
     1449                                input=this->inputs->GetInput(output_enum);
     1450                                break;
     1451                        case StrainRateperpendicularEnum:
     1452                                this->StrainRateperpendicular();
     1453                                input=this->inputs->GetInput(output_enum);
     1454                                break;
    11681455                        default:
    11691456                                _error_("input "<<EnumToStringx(output_enum)<<" not found in element");
    … …  
    11721459
    11731460        /*Assign output pointer*/
     1461        _assert_(input);
    11741462        *pinterpolation   = input->GetResultInterpolation();
    11751463        *pnodesperelement = input->GetResultNumberOfNodes();
    11761464}/*}}}*/
     1465void       Element::ResultToPatch(IssmDouble* values,int nodesperelement,int output_enum){/*{{{*/
     1466
     1467        Input* input=this->inputs->GetInput(output_enum);
     1468        if(!input) _error_("input "<<EnumToStringx(output_enum)<<" not found in element");
     1469
     1470        input->ResultToPatch(values,nodesperelement,this->Sid());
     1471
     1472} /*}}}*/
    11771473void       Element::ResultToVector(Vector<IssmDouble>* vector,int output_enum){/*{{{*/
    11781474
    … …  
    12221518                                         _error_("interpolation "<<EnumToStringx(input->GetResultInterpolation())<<" not supported yet");
    12231519        }
    1224 } /*}}}*/
    1225 void       Element::ResultToPatch(IssmDouble* values,int nodesperelement,int output_enum){/*{{{*/
    1226 
    1227         Input* input=this->inputs->GetInput(output_enum);
    1228         if(!input) _error_("input "<<EnumToStringx(output_enum)<<" not found in element");
    1229 
    1230         input->ResultToPatch(values,nodesperelement,this->Sid());
    1231 
    12321520} /*}}}*/
    12331521void       Element::SetwiseNodeConnectivity(int* pd_nz,int* po_nz,Node* node,bool* flags,int* flagsindices,int set1_enum,int set2_enum){/*{{{*/
    … …  
    13071595}
    13081596/*}}}*/
    1309 IssmDouble Element::TMeltingPoint(IssmDouble pressure){/*{{{*/
    1310         _assert_(matpar);
    1311         return this->matpar->TMeltingPoint(pressure);
    1312 }/*}}}*/
    1313 void       Element::ViscousHeatingCreateInput(void){/*{{{*/
     1597void       Element::StrainRateFS(IssmDouble* epsilon,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input,Input* vz_input){/*{{{*/
     1598        /*Compute the 3d Strain Rate (6 components):
     1599         *
     1600         * epsilon=[exx eyy ezz exy exz eyz]
     1601         */
    13141602
    13151603        /*Intermediaries*/
    1316         IssmDouble phi;
    1317         IssmDouble viscosity;
    1318         IssmDouble epsilon[6];
    1319         IssmDouble thickness;
     1604        IssmDouble dvx[3];
     1605        IssmDouble dvy[3];
     1606        IssmDouble dvz[3];
     1607
     1608        /*Check that both inputs have been found*/
     1609        if (!vx_input || !vy_input || !vz_input){
     1610                _error_("Input missing. Here are the input pointers we have for vx: " << vx_input << ", vy: " << vy_input << ", vz: " << vz_input << "\n");
     1611        }
     1612
     1613        /*Get strain rate assuming that epsilon has been allocated*/
     1614        vx_input->GetInputDerivativeValue(&dvx[0],xyz_list,gauss);
     1615        vy_input->GetInputDerivativeValue(&dvy[0],xyz_list,gauss);
     1616        vz_input->GetInputDerivativeValue(&dvz[0],xyz_list,gauss);
     1617        epsilon[0] = dvx[0];
     1618        epsilon[1] = dvy[1];
     1619        epsilon[2] = dvz[2];
     1620        epsilon[3] = 0.5*(dvx[1] + dvy[0]);
     1621        epsilon[4] = 0.5*(dvx[2] + dvz[0]);
     1622        epsilon[5] = 0.5*(dvy[2] + dvz[1]);
     1623
     1624}/*}}}*/
     1625void       Element::StrainRateHO(IssmDouble* epsilon,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input){/*{{{*/
     1626        /*Compute the 3d Blatter/HOStrain Rate (5 components):
     1627         *
     1628         * epsilon=[exx eyy exy exz eyz]
     1629         *
     1630         * with exz=1/2 du/dz
     1631         *      eyz=1/2 dv/dz
     1632         *
     1633         * the contribution of vz is neglected
     1634         */
     1635
     1636        /*Intermediaries*/
     1637        IssmDouble dvx[3];
     1638        IssmDouble dvy[3];
     1639
     1640        /*Check that both inputs have been found*/
     1641        if (!vx_input || !vy_input){
     1642                _error_("Input missing. Here are the input pointers we have for vx: " << vx_input << ", vy: " << vy_input << "\n");
     1643        }
     1644
     1645        /*Get strain rate assuming that epsilon has been allocated*/
     1646        vx_input->GetInputDerivativeValue(&dvx[0],xyz_list,gauss);
     1647        vy_input->GetInputDerivativeValue(&dvy[0],xyz_list,gauss);
     1648        epsilon[0] = dvx[0];
     1649        epsilon[1] = dvy[1];
     1650        epsilon[2] = 0.5*(dvx[1] + dvy[0]);
     1651        epsilon[3] = 0.5*dvx[2];
     1652        epsilon[4] = 0.5*dvy[2];
     1653
     1654}/*}}}*/
     1655void       Element::StrainRateHO2dvertical(IssmDouble* epsilon,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input){/*{{{*/
     1656        /*Compute the 2d Blatter/HOStrain Rate (2 components):
     1657         *
     1658         * epsilon=[exx exz]
     1659         *
     1660         * with exz=1/2 du/dz
     1661         *
     1662         * the contribution of vz is neglected
     1663         */
     1664
     1665        /*Intermediaries*/
     1666        IssmDouble dvx[3];
     1667
     1668        /*Check that both inputs have been found*/
     1669        if (!vx_input){
     1670                _error_("Input missing. Here are the input pointers we have for vx: " << vx_input <<"\n");
     1671        }
     1672
     1673        /*Get strain rate assuming that epsilon has been allocated*/
     1674        vx_input->GetInputDerivativeValue(&dvx[0],xyz_list,gauss);
     1675        epsilon[0] = dvx[0];
     1676        epsilon[1] = 0.5*dvx[1];
     1677
     1678}/*}}}*/
     1679void       Element::StrainRateSSA(IssmDouble* epsilon,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input){/*{{{*/
     1680
     1681        /*Intermediaries*/
     1682        IssmDouble dvx[3];
     1683        IssmDouble dvy[3];
     1684
     1685        /*Check that both inputs have been found*/
     1686        if(!vx_input || !vy_input){
     1687                _error_("Input missing. Here are the input pointers we have for vx: " << vx_input << ", vy: " << vy_input << "\n");
     1688        }
     1689
     1690        /*Get strain rate assuming that epsilon has been allocated*/
     1691        vx_input->GetInputDerivativeValue(&dvx[0],xyz_list,gauss);
     1692        vy_input->GetInputDerivativeValue(&dvy[0],xyz_list,gauss);
     1693        epsilon[0] = dvx[0];
     1694        epsilon[1] = dvy[1];
     1695        epsilon[2] = 0.5*(dvx[1] + dvy[0]);
     1696
     1697}/*}}}*/
     1698void       Element::StrainRateSSA1d(IssmDouble* epsilon,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input){/*{{{*/
     1699
     1700        /*Intermediaries*/
     1701        IssmDouble dvx[3];
     1702
     1703        /*Check that both inputs have been found*/
     1704        if (!vx_input){
     1705                _error_("Input missing. Here are the input pointers we have for vx: " << vx_input << "\n");
     1706        }
     1707
     1708        /*Get strain rate assuming that epsilon has been allocated*/
     1709        vx_input->GetInputDerivativeValue(&dvx[0],xyz_list,gauss);
     1710        *epsilon = dvx[0];
     1711
     1712}/*}}}*/
     1713void       Element::StressMaxPrincipalCreateInput(void){/*{{{*/
     1714
     1715        /*Intermediaries*/
    13201716        IssmDouble *xyz_list = NULL;
     1717        IssmDouble  sigma_xx,sigma_yy,sigma_zz,sigma_xy,sigma_xz,sigma_yz;
     1718        IssmDouble  a,b,c,d,x[3],max;
     1719        int         dim,numroots;
     1720
     1721        /*First: get stress tensor*/
     1722        this->ComputeStressTensor();
     1723
     1724        /*Get domain dimension*/
     1725        this->FindParam(&dim,DomainDimensionEnum);
    13211726
    13221727        /*Fetch number vertices and allocate memory*/
    1323         int         numvertices    = this->GetNumberOfVertices();
    1324         IssmDouble* viscousheating = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     1728        int         numvertices  = this->GetNumberOfVertices();
     1729        IssmDouble* maxprincipal = xNew<IssmDouble>(numvertices);
    13251730
    13261731        /*Retrieve all inputs and parameters*/
    13271732        this->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list);
    1328         Input* vx_input        = this->GetInput(VxEnum); _assert_(vx_input);
    1329         Input* vy_input        = this->GetInput(VyEnum); _assert_(vy_input);
    1330         Input* vz_input        = this->GetInput(VzEnum); _assert_(vz_input);
    1331         Input* thickness_input = this->GetInput(ThicknessEnum); _assert_(thickness_input);
     1733        Input* sigma_xx_input  = this->GetInput(StressTensorxxEnum); _assert_(sigma_xx_input);
     1734        Input* sigma_yy_input  = this->GetInput(StressTensoryyEnum); _assert_(sigma_yy_input);
     1735        Input* sigma_xy_input  = this->GetInput(StressTensorxyEnum); _assert_(sigma_xy_input);
     1736        Input* sigma_xz_input  = NULL;
     1737        Input* sigma_yz_input  = NULL;
     1738        Input* sigma_zz_input  = NULL;
     1739        if(dim==3){
     1740                sigma_xz_input  = this->GetInput(StressTensorxzEnum); _assert_(sigma_xz_input);
     1741                sigma_yz_input  = this->GetInput(StressTensoryzEnum); _assert_(sigma_yz_input);
     1742                sigma_zz_input  = this->GetInput(StressTensorzzEnum); _assert_(sigma_zz_input);
     1743        }
    13321744
    13331745        /*loop over vertices: */
    … …  
    13361748                gauss->GaussVertex(iv);
    13371749
    1338                 thickness_input->GetInputValue(&thickness,gauss);
    1339 
    1340                 this->StrainRateFS(&epsilon[0],xyz_list,gauss,vx_input,vy_input,vz_input);
    1341                 this->ViscosityFS(&viscosity,3,xyz_list,gauss,vx_input,vy_input,vz_input);
    1342                 this->GetPhi(&phi,&epsilon[0],viscosity);
    1343 
    1344                 viscousheating[iv]=phi*thickness;
    1345         }
    1346 
    1347         /*Create PentaVertex input, which will hold the basal friction:*/
    1348         this->AddInput(ViscousHeatingEnum,viscousheating,P1Enum);
     1750                sigma_xx_input->GetInputValue(&sigma_xx,gauss);
     1751                sigma_yy_input->GetInputValue(&sigma_yy,gauss);
     1752                sigma_xy_input->GetInputValue(&sigma_xy,gauss);
     1753                if(dim==3){
     1754                        sigma_xz_input->GetInputValue(&sigma_xz,gauss);
     1755                        sigma_yz_input->GetInputValue(&sigma_yz,gauss);
     1756                        sigma_zz_input->GetInputValue(&sigma_zz,gauss);
     1757                }
     1758
     1759                if(dim==2){
     1760                        a = 0.;
     1761                        b = 1.;
     1762                        c = -sigma_yy -sigma_xx;
     1763                        d = sigma_xx*sigma_yy - sigma_xy*sigma_xy;
     1764                }
     1765                else{
     1766                        a = -1.;
     1767                        b = sigma_xx+sigma_yy+sigma_zz;
     1768                        c = -sigma_xx*sigma_yy -sigma_xx*sigma_zz -sigma_yy*sigma_zz + sigma_xy*sigma_xy +sigma_xz*sigma_xz +sigma_yz*sigma_yz;
     1769                        d = sigma_xx*sigma_yy*sigma_zz - sigma_xx*sigma_yz*sigma_yz -sigma_yy*sigma_xz*sigma_xz - sigma_zz*sigma_xy*sigma_xy + 2.*sigma_xy*sigma_xz*sigma_yz;
     1770                }
     1771
     1772                /*Get roots of polynomials*/
     1773                cubic(a,b,c,d,x,&numroots);
     1774
     1775                /*Initialize maximum eigne value*/
     1776                if(numroots>0){
     1777                        max = fabs(x[0]);
     1778                }
     1779                else{
     1780                        _error_("No eigen value found");
     1781                }
     1782
     1783                /*Get max*/
     1784                for(int i=1;i<numroots;i++){
     1785                        if(fabs(x[i])>max) max = fabs(x[i]);
     1786                }
     1787
     1788                maxprincipal[iv]=max;
     1789        }
     1790
     1791        /*Create input*/
     1792        this->AddInput(StressMaxPrincipalEnum,maxprincipal,P1Enum);
    13491793
    13501794        /*Clean up and return*/
    1351         xDelete<IssmDouble>(viscousheating);
     1795        xDelete<IssmDouble>(maxprincipal);
    13521796        delete gauss;
    13531797}
    13541798/*}}}*/
     1799void       Element::ThermalToEnthalpy(IssmDouble* penthalpy,IssmDouble temperature,IssmDouble waterfraction,IssmDouble pressure){/*{{{*/
     1800        matpar->ThermalToEnthalpy(penthalpy,temperature,waterfraction,pressure);
     1801}/*}}}*/
     1802IssmDouble Element::TMeltingPoint(IssmDouble pressure){/*{{{*/
     1803        _assert_(matpar);
     1804        return this->matpar->TMeltingPoint(pressure);
     1805}/*}}}*/
     1806void       Element::TransformInvStiffnessMatrixCoord(ElementMatrix* Ke,int transformenum){/*{{{*/
     1807
     1808        /*All nodes have the same Coordinate System*/
     1809        int numnodes  = this->GetNumberOfNodes();
     1810        int* cs_array = xNew<int>(numnodes);
     1811        for(int i=0;i<numnodes;i++) cs_array[i]=transformenum;
     1812
     1813        /*Call core*/
     1814        TransformInvStiffnessMatrixCoord(Ke,this->nodes,numnodes,cs_array);
     1815
     1816        /*Clean-up*/
     1817        xDelete<int>(cs_array);
     1818}/*}}}*/
     1819void       Element::TransformInvStiffnessMatrixCoord(ElementMatrix* Ke,Node** nodes_list,int numnodes,int* cs_array){/*{{{*/
     1820
     1821        int         i,j;
     1822        int         numdofs   = 0;
     1823        IssmDouble *transform = NULL;
     1824        IssmDouble *values    = NULL;
     1825
     1826        /*Get total number of dofs*/
     1827        for(i=0;i<numnodes;i++){
     1828                switch(cs_array[i]){
     1829                        case PressureEnum: numdofs+=1; break;
     1830                        case XYEnum:       numdofs+=2; break;
     1831                        case XYZEnum:      numdofs+=3; break;
     1832                        default: _error_("Coordinate system " << EnumToStringx(cs_array[i]) << " not supported yet");
     1833                }
     1834        }
     1835
     1836        /*Copy current stiffness matrix*/
     1837        values=xNew<IssmDouble>(Ke->nrows*Ke->ncols);
     1838        for(i=0;i<Ke->nrows;i++) for(j=0;j<Ke->ncols;j++) values[i*Ke->ncols+j]=Ke->values[i*Ke->ncols+j];
     1839
     1840        /*Get Coordinate Systems transform matrix*/
     1841        CoordinateSystemTransform(&transform,nodes_list,numnodes,cs_array);
     1842
     1843        /*Transform matrix: R*Ke*R^T */
     1844        TripleMultiply(transform,numdofs,numdofs,0,
     1845                                values,Ke->nrows,Ke->ncols,0,
     1846                                transform,numdofs,numdofs,1,
     1847                                &Ke->values[0],0);
     1848
     1849        /*Free Matrix*/
     1850        xDelete<IssmDouble>(transform);
     1851        xDelete<IssmDouble>(values);
     1852}/*}}}*/
     1853void       Element::TransformLoadVectorCoord(ElementVector* pe,int transformenum){/*{{{*/
     1854
     1855        /*All nodes have the same Coordinate System*/
     1856        int  numnodes = this->GetNumberOfNodes();
     1857        int* cs_array = xNew<int>(numnodes);
     1858        for(int i=0;i<numnodes;i++) cs_array[i]=transformenum;
     1859
     1860        /*Call core*/
     1861        this->TransformLoadVectorCoord(pe,this->nodes,numnodes,cs_array);
     1862
     1863        /*Clean-up*/
     1864        xDelete<int>(cs_array);
     1865}/*}}}*/
     1866void       Element::TransformLoadVectorCoord(ElementVector* pe,int* cs_array){/*{{{*/
     1867
     1868        this->TransformLoadVectorCoord(pe,this->nodes,this->GetNumberOfNodes(),cs_array);
     1869
     1870}/*}}}*/
     1871void       Element::TransformLoadVectorCoord(ElementVector* pe,Node** nodes_list,int numnodes,int* cs_array){/*{{{*/
     1872
     1873        int         i;
     1874        int         numdofs   = 0;
     1875        IssmDouble *transform = NULL;
     1876        IssmDouble *values    = NULL;
     1877
     1878        /*Get total number of dofs*/
     1879        for(i=0;i<numnodes;i++){
     1880                switch(cs_array[i]){
     1881                        case PressureEnum: numdofs+=1; break;
     1882                        case XYEnum:       numdofs+=2; break;
     1883                        case XYZEnum:      numdofs+=3; break;
     1884                        default: _error_("Coordinate system " << EnumToStringx(cs_array[i]) << " not supported yet");
     1885                }
     1886        }
     1887
     1888        /*Copy current load vector*/
     1889        values=xNew<IssmDouble>(pe->nrows);
     1890        for(i=0;i<pe->nrows;i++) values[i]=pe->values[i];
     1891
     1892        /*Get Coordinate Systems transform matrix*/
     1893        CoordinateSystemTransform(&transform,nodes_list,numnodes,cs_array);
     1894
     1895        /*Transform matrix: R^T*pe */
     1896        MatrixMultiply(transform,numdofs,numdofs,1,
     1897                                values,pe->nrows,1,0,
     1898                                &pe->values[0],0);
     1899
     1900        /*Free Matrices*/
     1901        xDelete<IssmDouble>(transform);
     1902        xDelete<IssmDouble>(values);
     1903}/*}}}*/
     1904void       Element::TransformSolutionCoord(IssmDouble* values,int transformenum){/*{{{*/
     1905
     1906        /*All nodes have the same Coordinate System*/
     1907        int  numnodes = this->GetNumberOfNodes();
     1908        int* cs_array = xNew<int>(numnodes);
     1909        for(int i=0;i<numnodes;i++) cs_array[i]=transformenum;
     1910
     1911        /*Call core*/
     1912        this->TransformSolutionCoord(values,this->nodes,numnodes,cs_array);
     1913
     1914        /*Clean-up*/
     1915        xDelete<int>(cs_array);
     1916}/*}}}*/
     1917void       Element::TransformSolutionCoord(IssmDouble* values,int* transformenum_list){/*{{{*/
     1918        this->TransformSolutionCoord(values,this->nodes,this->GetNumberOfNodes(),transformenum_list);
     1919}/*}}}*/
     1920void       Element::TransformSolutionCoord(IssmDouble* values,int numnodes,int transformenum){/*{{{*/
     1921
     1922        /*All nodes have the same Coordinate System*/
     1923        int* cs_array = xNew<int>(numnodes);
     1924        for(int i=0;i<numnodes;i++) cs_array[i]=transformenum;
     1925
     1926        /*Call core*/
     1927        this->TransformSolutionCoord(values,this->nodes,numnodes,cs_array);
     1928
     1929        /*Clean-up*/
     1930        xDelete<int>(cs_array);
     1931}/*}}}*/
     1932void       Element::TransformSolutionCoord(IssmDouble* solution,int numnodes,int* cs_array){/*{{{*/
     1933        this->TransformSolutionCoord(solution,this->nodes,numnodes,cs_array);
     1934}/*}}}*/
     1935void       Element::TransformSolutionCoord(IssmDouble* values,Node** nodes_list,int numnodes,int transformenum){/*{{{*/
     1936        /*NOT NEEDED*/
     1937        /*All nodes have the same Coordinate System*/
     1938        int* cs_array = xNew<int>(numnodes);
     1939        for(int i=0;i<numnodes;i++) cs_array[i]=transformenum;
     1940
     1941        /*Call core*/
     1942        this->TransformSolutionCoord(values,nodes_list,numnodes,cs_array);
     1943
     1944        /*Clean-up*/
     1945        xDelete<int>(cs_array);
     1946}/*}}}*/
     1947void       Element::TransformSolutionCoord(IssmDouble* solution,Node** nodes_list,int numnodes,int* cs_array){/*{{{*/
     1948
     1949        int         i;
     1950        int         numdofs   = 0;
     1951        IssmDouble *transform = NULL;
     1952        IssmDouble *values    = NULL;
     1953
     1954        /*Get total number of dofs*/
     1955        for(i=0;i<numnodes;i++){
     1956                switch(cs_array[i]){
     1957                        case PressureEnum: numdofs+=1; break;
     1958                        case XYEnum:       numdofs+=2; break;
     1959                        case XYZEnum:      numdofs+=3; break;
     1960                        default: _error_("Coordinate system " << EnumToStringx(cs_array[i]) << " not supported yet");
     1961                }
     1962        }
     1963
     1964        /*Copy current solution vector*/
     1965        values=xNew<IssmDouble>(numdofs);
     1966        for(i=0;i<numdofs;i++) values[i]=solution[i];
     1967
     1968        /*Get Coordinate Systems transform matrix*/
     1969        CoordinateSystemTransform(&transform,nodes_list,numnodes,cs_array);
     1970
     1971        /*Transform matrix: R*U */
     1972        MatrixMultiply(transform,numdofs,numdofs,0,
     1973                                values,numdofs,1,0,
     1974                                &solution[0],0);
     1975
     1976        /*Free Matrices*/
     1977        xDelete<IssmDouble>(transform);
     1978        xDelete<IssmDouble>(values);
     1979}/*}}}*/
     1980void       Element::TransformStiffnessMatrixCoord(ElementMatrix* Ke,int transformenum){/*{{{*/
     1981
     1982        /*All nodes have the same Coordinate System*/
     1983        int  numnodes = this->GetNumberOfNodes();
     1984        int* cs_array = xNew<int>(numnodes);
     1985        for(int i=0;i<numnodes;i++) cs_array[i]=transformenum;
     1986
     1987        /*Call core*/
     1988        this->TransformStiffnessMatrixCoord(Ke,this->nodes,numnodes,cs_array);
     1989
     1990        /*Clean-up*/
     1991        xDelete<int>(cs_array);
     1992}/*}}}*/
     1993void       Element::TransformStiffnessMatrixCoord(ElementMatrix* Ke,int* transformenum_list){/*{{{*/
     1994        this->TransformStiffnessMatrixCoord(Ke,this->nodes,this->GetNumberOfNodes(),transformenum_list);
     1995}/*}}}*/
     1996void       Element::TransformStiffnessMatrixCoord(ElementMatrix* Ke,Node** nodes_list,int numnodes,int* cs_array){/*{{{*/
     1997
     1998        int         numdofs = 0;
     1999        IssmDouble *transform = NULL;
     2000        IssmDouble *values    = NULL;
     2001
     2002        /*Get total number of dofs*/
     2003        for(int i=0;i<numnodes;i++){
     2004                switch(cs_array[i]){
     2005                        case PressureEnum: numdofs+=1; break;
     2006                        case XYEnum:       numdofs+=2; break;
     2007                        case XYZEnum:      numdofs+=3; break;
     2008                        default: _error_("Coordinate system " << EnumToStringx(cs_array[i]) << " not supported yet");
     2009                }
     2010        }
     2011
     2012        /*Copy current stiffness matrix*/
     2013        values=xNew<IssmDouble>(Ke->nrows*Ke->ncols);
     2014        for(int i=0;i<Ke->nrows*Ke->ncols;i++) values[i]=Ke->values[i];
     2015
     2016        /*Get Coordinate Systems transform matrix*/
     2017        CoordinateSystemTransform(&transform,nodes_list,numnodes,cs_array);
     2018
     2019        /*Transform matrix: R^T*Ke*R */
     2020        TripleMultiply(transform,numdofs,numdofs,1,
     2021                                values,Ke->nrows,Ke->ncols,0,
     2022                                transform,numdofs,numdofs,0,
     2023                                &Ke->values[0],0);
     2024
     2025        /*Free Matrix*/
     2026        xDelete<IssmDouble>(transform);
     2027        xDelete<IssmDouble>(values);
     2028}/*}}}*/
    13552029void       Element::ViscosityFS(IssmDouble* pviscosity,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input,Input* vz_input){/*{{{*/
    13562030        /*The effective strain rate is defined in Paterson 3d Ed p 91 eq 9,
    … …  
    13922066}
    13932067/*}}}*/
     2068void       Element::ViscosityFSDerivativeEpsSquare(IssmDouble* pmu_prime,IssmDouble* epsilon){/*{{{*/
     2069        this->material->GetViscosityDerivativeEpsSquare(pmu_prime,epsilon);
     2070}/*}}}*/
     2071void       Element::ViscosityHO(IssmDouble* pviscosity,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input){/*{{{*/
     2072
     2073        /*Intermediaries*/
     2074        IssmDouble viscosity;
     2075        IssmDouble epsilon3d[5];/* epsilon=[exx,eyy,exy,exz,eyz];*/
     2076        IssmDouble epsilon2d[2];/* epsilon=[exx,exy];            */
     2077        IssmDouble eps_eff;
     2078
     2079        if(dim==3){
     2080                /* eps_eff^2 = exx^2 + eyy^2 + exy^2 + exz^2 + eyz^2 + exx*eyy */
     2081                this->StrainRateHO(&epsilon3d[0],xyz_list,gauss,vx_input,vy_input);
     2082                eps_eff = sqrt(epsilon3d[0]*epsilon3d[0] + epsilon3d[1]*epsilon3d[1] + epsilon3d[2]*epsilon3d[2] +  epsilon3d[3]*epsilon3d[3] + epsilon3d[4]*epsilon3d[4] + epsilon3d[0]*epsilon3d[1]);
     2083        }
     2084        else{
     2085                /* eps_eff^2 = 1/2 (exx^2 + 2*exy^2 )*/
     2086                this->StrainRateHO2dvertical(&epsilon2d[0],xyz_list,gauss,vx_input,vy_input);
     2087                eps_eff = 1./sqrt(2.)*sqrt(epsilon2d[0]*epsilon2d[0] + 2.*epsilon2d[1]*epsilon2d[1]);
     2088        }
     2089
     2090        /*Get viscosity*/
     2091        material->GetViscosity(&viscosity,eps_eff);
     2092
     2093        /*Assign output pointer*/
     2094        *pviscosity=viscosity;
     2095}/*}}}*/
     2096void       Element::ViscosityHODerivativeEpsSquare(IssmDouble* pmu_prime,IssmDouble* epsilon){/*{{{*/
     2097        this->material->GetViscosityDerivativeEpsSquare(pmu_prime,epsilon);
     2098}/*}}}*/
    13942099void       Element::ViscosityL1L2(IssmDouble* pviscosity,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input,Input* surface_input){/*{{{*/
    13952100        /*Compute the L1L2 viscosity
    … …  
    14222127        surface_input->GetInputDerivativeValue(&slope[0],xyz_list,gauss);
    14232128        z=this->GetZcoord(xyz_list,gauss);
    1424         tau_perp = matpar->GetRhoIce() * matpar->GetG() * fabs(s-z)*sqrt(slope[0]*slope[0]+slope[1]*slope[1]);
     2129        tau_perp = matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum) * matpar->GetMaterialParameter(ConstantsGEnum) * fabs(s-z)*sqrt(slope[0]*slope[0]+slope[1]*slope[1]);
    14252130
    14262131        /* Get eps_b*/
    … …  
    14502155        /*Assign output pointer*/
    14512156        *pviscosity = viscosity;
    1452 }/*}}}*/
    1453 void       Element::ViscosityHO(IssmDouble* pviscosity,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input){/*{{{*/
    1454 
    1455         /*Intermediaries*/
    1456         IssmDouble viscosity;
    1457         IssmDouble epsilon3d[5];/* epsilon=[exx,eyy,exy,exz,eyz];*/
    1458         IssmDouble epsilon2d[2];/* epsilon=[exx,exy];            */
    1459         IssmDouble eps_eff;
    1460 
    1461         if(dim==3){
    1462                 /* eps_eff^2 = exx^2 + eyy^2 + exy^2 + exz^2 + eyz^2 + exx*eyy */
    1463                 this->StrainRateHO(&epsilon3d[0],xyz_list,gauss,vx_input,vy_input);
    1464                 eps_eff = sqrt(epsilon3d[0]*epsilon3d[0] + epsilon3d[1]*epsilon3d[1] + epsilon3d[2]*epsilon3d[2] +  epsilon3d[3]*epsilon3d[3] + epsilon3d[4]*epsilon3d[4] + epsilon3d[0]*epsilon3d[1]);
    1465         }
    1466         else{
    1467                 /* eps_eff^2 = 1/2 (exx^2 + 2*exy^2 )*/
    1468                 this->StrainRateHO2dvertical(&epsilon2d[0],xyz_list,gauss,vx_input,vy_input);
    1469                 eps_eff = 1./sqrt(2.)*sqrt(epsilon2d[0]*epsilon2d[0] + 2.*epsilon2d[1]*epsilon2d[1]);
    1470         }
    1471 
    1472         /*Get viscosity*/
    1473         material->GetViscosity(&viscosity,eps_eff);
    1474 
    1475         /*Assign output pointer*/
    1476         *pviscosity=viscosity;
    14772157}/*}}}*/
    14782158void       Element::ViscositySSA(IssmDouble* pviscosity,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input){/*{{{*/
    … …  
    15042184        this->material->GetViscosity2dDerivativeEpsSquare(pmu_prime,epsilon);
    15052185}/*}}}*/
    1506 void       Element::ViscosityHODerivativeEpsSquare(IssmDouble* pmu_prime,IssmDouble* epsilon){/*{{{*/
    1507         this->material->GetViscosityDerivativeEpsSquare(pmu_prime,epsilon);
    1508 }/*}}}*/
    1509 void       Element::ViscosityFSDerivativeEpsSquare(IssmDouble* pmu_prime,IssmDouble* epsilon){/*{{{*/
    1510         this->material->GetViscosityDerivativeEpsSquare(pmu_prime,epsilon);
    1511 }/*}}}*/
    1512 void       Element::StrainRateFS(IssmDouble* epsilon,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input,Input* vz_input){/*{{{*/
    1513         /*Compute the 3d Strain Rate (6 components):
    1514          *
    1515          * epsilon=[exx eyy ezz exy exz eyz]
    1516          */
     2186void       Element::ViscousHeatingCreateInput(void){/*{{{*/
    15172187
    15182188        /*Intermediaries*/
    1519         IssmDouble dvx[3];
    1520         IssmDouble dvy[3];
    1521         IssmDouble dvz[3];
    1522 
    1523         /*Check that both inputs have been found*/
    1524         if (!vx_input || !vy_input || !vz_input){
    1525                 _error_("Input missing. Here are the input pointers we have for vx: " << vx_input << ", vy: " << vy_input << ", vz: " << vz_input << "\n");
    1526         }
    1527 
    1528         /*Get strain rate assuming that epsilon has been allocated*/
    1529         vx_input->GetInputDerivativeValue(&dvx[0],xyz_list,gauss);
    1530         vy_input->GetInputDerivativeValue(&dvy[0],xyz_list,gauss);
    1531         vz_input->GetInputDerivativeValue(&dvz[0],xyz_list,gauss);
    1532         epsilon[0] = dvx[0];
    1533         epsilon[1] = dvy[1];
    1534         epsilon[2] = dvz[2];
    1535         epsilon[3] = 0.5*(dvx[1] + dvy[0]);
    1536         epsilon[4] = 0.5*(dvx[2] + dvz[0]);
    1537         epsilon[5] = 0.5*(dvy[2] + dvz[1]);
    1538 
    1539 }/*}}}*/
    1540 void       Element::StrainRateHO(IssmDouble* epsilon,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input){/*{{{*/
    1541         /*Compute the 3d Blatter/HOStrain Rate (5 components):
    1542          *
    1543          * epsilon=[exx eyy exy exz eyz]
    1544          *
    1545          * with exz=1/2 du/dz
    1546          *      eyz=1/2 dv/dz
    1547          *
    1548          * the contribution of vz is neglected
    1549          */
    1550 
    1551         /*Intermediaries*/
    1552         IssmDouble dvx[3];
    1553         IssmDouble dvy[3];
    1554 
    1555         /*Check that both inputs have been found*/
    1556         if (!vx_input || !vy_input){
    1557                 _error_("Input missing. Here are the input pointers we have for vx: " << vx_input << ", vy: " << vy_input << "\n");
    1558         }
    1559 
    1560         /*Get strain rate assuming that epsilon has been allocated*/
    1561         vx_input->GetInputDerivativeValue(&dvx[0],xyz_list,gauss);
    1562         vy_input->GetInputDerivativeValue(&dvy[0],xyz_list,gauss);
    1563         epsilon[0] = dvx[0];
    1564         epsilon[1] = dvy[1];
    1565         epsilon[2] = 0.5*(dvx[1] + dvy[0]);
    1566         epsilon[3] = 0.5*dvx[2];
    1567         epsilon[4] = 0.5*dvy[2];
    1568 
    1569 }/*}}}*/
    1570 void       Element::StrainRateHO2dvertical(IssmDouble* epsilon,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input){/*{{{*/
    1571         /*Compute the 2d Blatter/HOStrain Rate (2 components):
    1572          *
    1573          * epsilon=[exx exz]
    1574          *
    1575          * with exz=1/2 du/dz
    1576          *
    1577          * the contribution of vz is neglected
    1578          */
    1579 
    1580         /*Intermediaries*/
    1581         IssmDouble dvx[3];
    1582 
    1583         /*Check that both inputs have been found*/
    1584         if (!vx_input){
    1585                 _error_("Input missing. Here are the input pointers we have for vx: " << vx_input <<"\n");
    1586         }
    1587 
    1588         /*Get strain rate assuming that epsilon has been allocated*/
    1589         vx_input->GetInputDerivativeValue(&dvx[0],xyz_list,gauss);
    1590         epsilon[0] = dvx[0];
    1591         epsilon[1] = 0.5*dvx[1];
    1592 
    1593 }/*}}}*/
    1594 void       Element::StrainRateSSA(IssmDouble* epsilon,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input){/*{{{*/
    1595 
    1596         /*Intermediaries*/
    1597         IssmDouble dvx[3];
    1598         IssmDouble dvy[3];
    1599 
    1600         /*Check that both inputs have been found*/
    1601         if(!vx_input || !vy_input){
    1602                 _error_("Input missing. Here are the input pointers we have for vx: " << vx_input << ", vy: " << vy_input << "\n");
    1603         }
    1604 
    1605         /*Get strain rate assuming that epsilon has been allocated*/
    1606         vx_input->GetInputDerivativeValue(&dvx[0],xyz_list,gauss);
    1607         vy_input->GetInputDerivativeValue(&dvy[0],xyz_list,gauss);
    1608         epsilon[0] = dvx[0];
    1609         epsilon[1] = dvy[1];
    1610         epsilon[2] = 0.5*(dvx[1] + dvy[0]);
    1611 
    1612 }/*}}}*/
    1613 void       Element::StrainRateSSA1d(IssmDouble* epsilon,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input){/*{{{*/
    1614 
    1615         /*Intermediaries*/
    1616         IssmDouble dvx[3];
    1617 
    1618         /*Check that both inputs have been found*/
    1619         if (!vx_input){
    1620                 _error_("Input missing. Here are the input pointers we have for vx: " << vx_input << "\n");
    1621         }
    1622 
    1623         /*Get strain rate assuming that epsilon has been allocated*/
    1624         vx_input->GetInputDerivativeValue(&dvx[0],xyz_list,gauss);
    1625         *epsilon = dvx[0];
    1626 
    1627 }/*}}}*/
    1628 void       Element::TransformInvStiffnessMatrixCoord(ElementMatrix* Ke,int transformenum){/*{{{*/
    1629 
    1630         /*All nodes have the same Coordinate System*/
    1631         int numnodes  = this->GetNumberOfNodes();
    1632         int* cs_array = xNew<int>(numnodes);
    1633         for(int i=0;i<numnodes;i++) cs_array[i]=transformenum;
    1634 
    1635         /*Call core*/
    1636         TransformInvStiffnessMatrixCoord(Ke,this->nodes,numnodes,cs_array);
    1637 
    1638         /*Clean-up*/
    1639         xDelete<int>(cs_array);
    1640 }/*}}}*/
    1641 void       Element::TransformInvStiffnessMatrixCoord(ElementMatrix* Ke,Node** nodes_list,int numnodes,int* cs_array){/*{{{*/
    1642 
    1643         int         i,j;
    1644         int         numdofs   = 0;
    1645         IssmDouble *transform = NULL;
    1646         IssmDouble *values    = NULL;
    1647 
    1648         /*Get total number of dofs*/
    1649         for(i=0;i<numnodes;i++){
    1650                 switch(cs_array[i]){
    1651                         case PressureEnum: numdofs+=1; break;
    1652                         case XYEnum:       numdofs+=2; break;
    1653                         case XYZEnum:      numdofs+=3; break;
    1654                         default: _error_("Coordinate system " << EnumToStringx(cs_array[i]) << " not supported yet");
    1655                 }
    1656         }
    1657 
    1658         /*Copy current stiffness matrix*/
    1659         values=xNew<IssmDouble>(Ke->nrows*Ke->ncols);
    1660         for(i=0;i<Ke->nrows;i++) for(j=0;j<Ke->ncols;j++) values[i*Ke->ncols+j]=Ke->values[i*Ke->ncols+j];
    1661 
    1662         /*Get Coordinate Systems transform matrix*/
    1663         CoordinateSystemTransform(&transform,nodes_list,numnodes,cs_array);
    1664 
    1665         /*Transform matrix: R*Ke*R^T */
    1666         TripleMultiply(transform,numdofs,numdofs,0,
    1667                                 values,Ke->nrows,Ke->ncols,0,
    1668                                 transform,numdofs,numdofs,1,
    1669                                 &Ke->values[0],0);
    1670 
    1671         /*Free Matrix*/
    1672         xDelete<IssmDouble>(transform);
    1673         xDelete<IssmDouble>(values);
    1674 }/*}}}*/
    1675 void       Element::TransformLoadVectorCoord(ElementVector* pe,int transformenum){/*{{{*/
    1676 
    1677         /*All nodes have the same Coordinate System*/
    1678         int  numnodes = this->GetNumberOfNodes();
    1679         int* cs_array = xNew<int>(numnodes);
    1680         for(int i=0;i<numnodes;i++) cs_array[i]=transformenum;
    1681 
    1682         /*Call core*/
    1683         this->TransformLoadVectorCoord(pe,this->nodes,numnodes,cs_array);
    1684 
    1685         /*Clean-up*/
    1686         xDelete<int>(cs_array);
    1687 }/*}}}*/
    1688 void       Element::TransformLoadVectorCoord(ElementVector* pe,int* cs_array){/*{{{*/
    1689 
    1690         this->TransformLoadVectorCoord(pe,this->nodes,this->GetNumberOfNodes(),cs_array);
    1691 
    1692 }/*}}}*/
    1693 void       Element::TransformLoadVectorCoord(ElementVector* pe,Node** nodes_list,int numnodes,int* cs_array){/*{{{*/
    1694 
    1695         int         i;
    1696         int         numdofs   = 0;
    1697         IssmDouble *transform = NULL;
    1698         IssmDouble *values    = NULL;
    1699 
    1700         /*Get total number of dofs*/
    1701         for(i=0;i<numnodes;i++){
    1702                 switch(cs_array[i]){
    1703                         case PressureEnum: numdofs+=1; break;
    1704                         case XYEnum:       numdofs+=2; break;
    1705                         case XYZEnum:      numdofs+=3; break;
    1706                         default: _error_("Coordinate system " << EnumToStringx(cs_array[i]) << " not supported yet");
    1707                 }
    1708         }
    1709 
    1710         /*Copy current load vector*/
    1711         values=xNew<IssmDouble>(pe->nrows);
    1712         for(i=0;i<pe->nrows;i++) values[i]=pe->values[i];
    1713 
    1714         /*Get Coordinate Systems transform matrix*/
    1715         CoordinateSystemTransform(&transform,nodes_list,numnodes,cs_array);
    1716 
    1717         /*Transform matrix: R^T*pe */
    1718         MatrixMultiply(transform,numdofs,numdofs,1,
    1719                                 values,pe->nrows,1,0,
    1720                                 &pe->values[0],0);
    1721 
    1722         /*Free Matrices*/
    1723         xDelete<IssmDouble>(transform);
    1724         xDelete<IssmDouble>(values);
    1725 }/*}}}*/
    1726 void       Element::TransformSolutionCoord(IssmDouble* values,int transformenum){/*{{{*/
    1727 
    1728         /*All nodes have the same Coordinate System*/
    1729         int  numnodes = this->GetNumberOfNodes();
    1730         int* cs_array = xNew<int>(numnodes);
    1731         for(int i=0;i<numnodes;i++) cs_array[i]=transformenum;
    1732 
    1733         /*Call core*/
    1734         this->TransformSolutionCoord(values,this->nodes,numnodes,cs_array);
    1735 
    1736         /*Clean-up*/
    1737         xDelete<int>(cs_array);
    1738 }/*}}}*/
    1739 void       Element::TransformSolutionCoord(IssmDouble* values,int* transformenum_list){/*{{{*/
    1740         this->TransformSolutionCoord(values,this->nodes,this->GetNumberOfNodes(),transformenum_list);
    1741 }/*}}}*/
    1742 void       Element::TransformSolutionCoord(IssmDouble* values,int numnodes,int transformenum){/*{{{*/
    1743 
    1744         /*All nodes have the same Coordinate System*/
    1745         int* cs_array = xNew<int>(numnodes);
    1746         for(int i=0;i<numnodes;i++) cs_array[i]=transformenum;
    1747 
    1748         /*Call core*/
    1749         this->TransformSolutionCoord(values,this->nodes,numnodes,cs_array);
    1750 
    1751         /*Clean-up*/
    1752         xDelete<int>(cs_array);
    1753 }/*}}}*/
    1754 void       Element::TransformSolutionCoord(IssmDouble* solution,int numnodes,int* cs_array){/*{{{*/
    1755         this->TransformSolutionCoord(solution,this->nodes,numnodes,cs_array);
    1756 }/*}}}*/
    1757 void       Element::TransformSolutionCoord(IssmDouble* values,Node** nodes_list,int numnodes,int transformenum){/*{{{*/
    1758         /*NOT NEEDED*/
    1759         /*All nodes have the same Coordinate System*/
    1760         int* cs_array = xNew<int>(numnodes);
    1761         for(int i=0;i<numnodes;i++) cs_array[i]=transformenum;
    1762 
    1763         /*Call core*/
    1764         this->TransformSolutionCoord(values,nodes_list,numnodes,cs_array);
    1765 
    1766         /*Clean-up*/
    1767         xDelete<int>(cs_array);
    1768 }/*}}}*/
    1769 void       Element::TransformSolutionCoord(IssmDouble* solution,Node** nodes_list,int numnodes,int* cs_array){/*{{{*/
    1770 
    1771         int         i;
    1772         int         numdofs   = 0;
    1773         IssmDouble *transform = NULL;
    1774         IssmDouble *values    = NULL;
    1775 
    1776         /*Get total number of dofs*/
    1777         for(i=0;i<numnodes;i++){
    1778                 switch(cs_array[i]){
    1779                         case PressureEnum: numdofs+=1; break;
    1780                         case XYEnum:       numdofs+=2; break;
    1781                         case XYZEnum:      numdofs+=3; break;
    1782                         default: _error_("Coordinate system " << EnumToStringx(cs_array[i]) << " not supported yet");
    1783                 }
    1784         }
    1785 
    1786         /*Copy current solution vector*/
    1787         values=xNew<IssmDouble>(numdofs);
    1788         for(i=0;i<numdofs;i++) values[i]=solution[i];
    1789 
    1790         /*Get Coordinate Systems transform matrix*/
    1791         CoordinateSystemTransform(&transform,nodes_list,numnodes,cs_array);
    1792 
    1793         /*Transform matrix: R*U */
    1794         MatrixMultiply(transform,numdofs,numdofs,0,
    1795                                 values,numdofs,1,0,
    1796                                 &solution[0],0);
    1797 
    1798         /*Free Matrices*/
    1799         xDelete<IssmDouble>(transform);
    1800         xDelete<IssmDouble>(values);
    1801 }/*}}}*/
    1802 void       Element::TransformStiffnessMatrixCoord(ElementMatrix* Ke,int transformenum){/*{{{*/
    1803 
    1804         /*All nodes have the same Coordinate System*/
    1805         int  numnodes = this->GetNumberOfNodes();
    1806         int* cs_array = xNew<int>(numnodes);
    1807         for(int i=0;i<numnodes;i++) cs_array[i]=transformenum;
    1808 
    1809         /*Call core*/
    1810         this->TransformStiffnessMatrixCoord(Ke,this->nodes,numnodes,cs_array);
    1811 
    1812         /*Clean-up*/
    1813         xDelete<int>(cs_array);
    1814 }/*}}}*/
    1815 void       Element::TransformStiffnessMatrixCoord(ElementMatrix* Ke,int* transformenum_list){/*{{{*/
    1816         this->TransformStiffnessMatrixCoord(Ke,this->nodes,this->GetNumberOfNodes(),transformenum_list);
    1817 }/*}}}*/
    1818 void       Element::TransformStiffnessMatrixCoord(ElementMatrix* Ke,Node** nodes_list,int numnodes,int* cs_array){/*{{{*/
    1819 
    1820         int         numdofs = 0;
    1821         IssmDouble *transform = NULL;
    1822         IssmDouble *values    = NULL;
    1823 
    1824         /*Get total number of dofs*/
    1825         for(int i=0;i<numnodes;i++){
    1826                 switch(cs_array[i]){
    1827                         case PressureEnum: numdofs+=1; break;
    1828                         case XYEnum:       numdofs+=2; break;
    1829                         case XYZEnum:      numdofs+=3; break;
    1830                         default: _error_("Coordinate system " << EnumToStringx(cs_array[i]) << " not supported yet");
    1831                 }
    1832         }
    1833 
    1834         /*Copy current stiffness matrix*/
    1835         values=xNew<IssmDouble>(Ke->nrows*Ke->ncols);
    1836         for(int i=0;i<Ke->nrows*Ke->ncols;i++) values[i]=Ke->values[i];
    1837 
    1838         /*Get Coordinate Systems transform matrix*/
    1839         CoordinateSystemTransform(&transform,nodes_list,numnodes,cs_array);
    1840 
    1841         /*Transform matrix: R^T*Ke*R */
    1842         TripleMultiply(transform,numdofs,numdofs,1,
    1843                                 values,Ke->nrows,Ke->ncols,0,
    1844                                 transform,numdofs,numdofs,0,
    1845                                 &Ke->values[0],0);
    1846 
    1847         /*Free Matrix*/
    1848         xDelete<IssmDouble>(transform);
    1849         xDelete<IssmDouble>(values);
    1850 }/*}}}*/
     2189        IssmDouble phi;
     2190        IssmDouble viscosity;
     2191        IssmDouble epsilon[6];
     2192        IssmDouble thickness;
     2193        IssmDouble *xyz_list = NULL;
     2194
     2195        /*Fetch number vertices and allocate memory*/
     2196        int         numvertices    = this->GetNumberOfVertices();
     2197        IssmDouble* viscousheating = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     2198
     2199        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     2200        this->GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list);
     2201        Input* vx_input        = this->GetInput(VxEnum); _assert_(vx_input);
     2202        Input* vy_input        = this->GetInput(VyEnum); _assert_(vy_input);
     2203        Input* vz_input        = this->GetInput(VzEnum); _assert_(vz_input);
     2204        Input* thickness_input = this->GetInput(ThicknessEnum); _assert_(thickness_input);
     2205
     2206        /*loop over vertices: */
     2207        Gauss* gauss=this->NewGauss();
     2208        for (int iv=0;iv<numvertices;iv++){
     2209                gauss->GaussVertex(iv);
     2210
     2211                thickness_input->GetInputValue(&thickness,gauss);
     2212
     2213                this->StrainRateFS(&epsilon[0],xyz_list,gauss,vx_input,vy_input,vz_input);
     2214                this->ViscosityFS(&viscosity,3,xyz_list,gauss,vx_input,vy_input,vz_input);
     2215                this->GetPhi(&phi,&epsilon[0],viscosity);
     2216
     2217                viscousheating[iv]=phi*thickness;
     2218        }
     2219
     2220        /*Create PentaVertex input, which will hold the basal friction:*/
     2221        this->AddInput(ViscousHeatingEnum,viscousheating,P1Enum);
     2222
     2223        /*Clean up and return*/
     2224        xDelete<IssmDouble>(viscousheating);
     2225        delete gauss;
     2226}
     2227/*}}}*/

  • issm/trunk/src/c/classes/Elements/Element.h

    r18301 r19105  
    5656
    5757                /*Functions*/
    58                 void       AddInput(Input* input_in);
    59                 /* bool       AllActive(void); */
    60                 /* bool       AnyActive(void); */
    61                 void       ComputeNewDamage();
    62                 void       ComputeStrainRate();
    63                 void       CoordinateSystemTransform(IssmDouble** ptransform,Node** nodes,int numnodes,int* cs_array);
    64                 void       Echo();
    65                 void       DeepEcho();
    66                 void       DeleteMaterials(void);
    67                 void       dViscositydBSSA(IssmDouble* pdmudB,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input);
    68                 void       dViscositydDSSA(IssmDouble* pdmudB,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input);
    69                 IssmDouble Divergence(void);
    70                 void       ThermalToEnthalpy(IssmDouble* penthalpy,IssmDouble temperature,IssmDouble waterfraction,IssmDouble pressure);
    71                 void       EnthalpyToThermal(IssmDouble* ptemperature,IssmDouble* pwaterfraction,IssmDouble enthalpy,IssmDouble pressure);
    72                 IssmDouble EnthalpyDiffusionParameter(IssmDouble enthalpy,IssmDouble pressure);
    73                 IssmDouble EnthalpyDiffusionParameterVolume(int numvertices,IssmDouble* enthalpy,IssmDouble* pressure);
    74                 void       FindParam(bool* pvalue,int paramenum);
    75                 void       FindParam(int* pvalue,int paramenum);
    76                 void       FindParam(IssmDouble* pvalue,int paramenum);
    77                 void       FindParam(int** pvalues,int* psize,int paramenum);
    78                 void         GetDofList(int** pdoflist,int approximation_enum,int setenum);
    79                 void         GetDofListVelocity(int** pdoflist,int setenum);
    80                 void         GetDofListPressure(int** pdoflist,int setenum);
    81                 Input*     GetInput(int inputenum);
    82                 void       GetInputListOnNodes(IssmDouble* pvalue,int enumtype);
    83                 void       GetInputListOnNodes(IssmDouble* pvalue,int enumtype,IssmDouble defaultvalue);
    84                 void       GetInputListOnNodesVelocity(IssmDouble* pvalue,int enumtype);
    85                 void       GetInputListOnVertices(IssmDouble* pvalue,int enumtype);
    86                 void       GetInputListOnVertices(IssmDouble* pvalue,int enumtype,IssmDouble defaultvalue);
    87                 void       GetInputValue(bool* pvalue,int enum_type);
    88                 void       GetInputValue(int* pvalue,int enum_type);
    89                 void       GetInputValue(IssmDouble* pvalue,int enum_type);
    90                 void       GetInputValue(IssmDouble* pvalue,Gauss* gauss,int enum_type);
    91                 IssmDouble GetMaterialParameter(int enum_in);
    92                 void       GetNodesSidList(int* sidlist);
    93                 void       GetNodesLidList(int* lidlist);
    94                 void       GetPhi(IssmDouble* phi, IssmDouble*  epsilon, IssmDouble viscosity);
    95                 void       GetVectorFromInputs(Vector<IssmDouble>* vector, int name_enum);
    96                 void         GetVertexPidList(int* pidlist);
    97                 void       GetVerticesCoordinates(IssmDouble** xyz_list);
    98                 void       GetVerticesSidList(int* sidlist);
    99                 void       GetVerticesConnectivityList(int* connectivitylist);
    100                 IssmDouble GetXcoord(IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    101                 IssmDouble GetYcoord(IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    102                 IssmDouble GetZcoord(IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    103                 void       GradientIndexing(int* indexing,int control_index);
    104                 bool       HasNodeOnBase();
    105                 bool       HasNodeOnSurface();
    106                 int        Id();
    107                 int        Sid();
    108                 void       InputChangeName(int enum_type,int enum_type_old);
    109                 void       InputCreate(IssmDouble* vector,IoModel* iomodel,int M,int N,int vector_type,int vector_enum,int code);
    110                 void       InputDuplicate(int original_enum,int new_enum);
    111                 void       InputUpdateFromConstant(IssmDouble constant, int name);
    112                 void       InputUpdateFromConstant(int constant, int name);
    113                 void       InputUpdateFromConstant(bool constant, int name);
    114                 bool       IsIceInElement();
    115                 bool         IsInput(int name);
    116                 bool       IsFloating();
    117                 void       LinearFloatingiceMeltingRate();
    118                 ElementVector*  NewElementVector(int approximation_enum=NoneApproximationEnum);
    119                 ElementMatrix*  NewElementMatrix(int approximation_enum=NoneApproximationEnum);
    120                 ElementMatrix*  NewElementMatrixCoupling(int number_nodes,int approximation_enum=NoneApproximationEnum);
    121                 IssmDouble PureIceEnthalpy(IssmDouble pressure);
    122                 void       ResultInterpolation(int* pinterpolation,int*nodesperelement,int output_enum);
    123                 void       ResultToVector(Vector<IssmDouble>* vector,int output_enum);
    124                 void       ResultToPatch(IssmDouble* values,int nodesperelement,int output_enum);
    125                 void       SetwiseNodeConnectivity(int* d_nz,int* o_nz,Node* node,bool* flags,int* flagsindices,int set1_enum,int set2_enum);
    126                 void       StrainRateSSA(IssmDouble* epsilon,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input);
    127                 void       StrainRateSSA1d(IssmDouble* epsilon,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input);
    128                 void       StrainRateHO(IssmDouble* epsilon,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input);
    129                 void       StrainRateHO2dvertical(IssmDouble* epsilon,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input);
    130                 void       StrainRateFS(IssmDouble* epsilon,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input,Input* vz_input);
    131                 IssmDouble TMeltingPoint(IssmDouble pressure);
    132                 void       TransformInvStiffnessMatrixCoord(ElementMatrix* Ke,int cs_enum);
    133                 void       TransformInvStiffnessMatrixCoord(ElementMatrix* Ke,Node** nodes,int numnodes,int cs_enum);
    134                 void       TransformInvStiffnessMatrixCoord(ElementMatrix* Ke,Node** nodes,int numnodes,int* cs_array);
    135                 void       TransformLoadVectorCoord(ElementVector* pe,int cs_enum);
    136                 void       TransformLoadVectorCoord(ElementVector* pe,int* cs_array);
    137                 void       TransformLoadVectorCoord(ElementVector* pe,Node** nodes,int numnodes,int cs_enum);
    138                 void       TransformLoadVectorCoord(ElementVector* pe,Node** nodes,int numnodes,int* cs_array);
    139                 void       TransformSolutionCoord(IssmDouble* solution,int cs_enum);
    140                 void       TransformSolutionCoord(IssmDouble* solution,int* cs_array);
    141                 void       TransformSolutionCoord(IssmDouble* solution,int numnodes,int cs_enum);
    142                 void       TransformSolutionCoord(IssmDouble* solution,int numnodes,int* cs_array);
    143                 void       TransformSolutionCoord(IssmDouble* solution,Node** nodes,int numnodes,int cs_enum);
    144                 void       TransformSolutionCoord(IssmDouble* solution,Node** nodes,int numnodes,int* cs_array);
    145                 void       TransformStiffnessMatrixCoord(ElementMatrix* Ke,int cs_enum);
    146                 void       TransformStiffnessMatrixCoord(ElementMatrix* Ke,int* cs_array);
    147                 void       TransformStiffnessMatrixCoord(ElementMatrix* Ke,Node** nodes,int numnodes,int cs_enum);
    148                 void       TransformStiffnessMatrixCoord(ElementMatrix* Ke,Node** nodes,int numnodes,int* cs_array);
    149                 void       ViscousHeatingCreateInput(void);
    150                 void       ViscosityFS(IssmDouble* pviscosity,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input,Input* vz_input);
    151                 void       ViscosityHO(IssmDouble* pviscosity,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input);
    152                 void       ViscosityL1L2(IssmDouble* pviscosity,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input,Input* surf);
    153                 void       ViscositySSA(IssmDouble* pviscosity,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input);
    154                 void       ViscositySSADerivativeEpsSquare(IssmDouble* pmu_prime,IssmDouble* epsilon);
    155                 void       ViscosityHODerivativeEpsSquare(IssmDouble* pmu_prime,IssmDouble* epsilon);
    156                 void       ViscosityFSDerivativeEpsSquare(IssmDouble* pmu_prime,IssmDouble* epsilon);
    157                 void       TransformLoadVectorCoord(ElementVector* pe,int numnodes,int transformenum){_error_("not implemented yet");};/*Tiling only*/
    158                 void       TransformLoadVectorCoord(ElementVector* pe,int numnodes,int* transformenum_list){_error_("not implemented yet");};/*Tiling only*/
    159                 void       TransformStiffnessMatrixCoord(ElementMatrix* Ke,int numnodes,int* transformenum_list){_error_("not implemented yet");};/*Tiling only*/
     58                void               AddInput(Input* input_in);
     59                /*bool               AllActive(void);*/
     60                /*bool               AnyActive(void);*/
     61                void               ComputeNewDamage();
     62                void               ComputeStrainRate();
     63                void               CoordinateSystemTransform(IssmDouble** ptransform,Node** nodes,int numnodes,int* cs_array);
     64                void               Echo();
     65                void               DeepEcho();
     66                void               DeleteInput(int input_enum);
     67                void               DeleteMaterials(void);
     68                IssmDouble         Divergence(void);
     69                void               dViscositydBFS(IssmDouble* pdmudB,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input,Input* vz_input);
     70                void               dViscositydBHO(IssmDouble* pdmudB,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input);
     71                void               dViscositydBSSA(IssmDouble* pdmudB,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input);
     72                void               dViscositydDSSA(IssmDouble* pdmudB,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input);
     73                IssmDouble         EnthalpyDiffusionParameter(IssmDouble enthalpy,IssmDouble pressure);
     74                IssmDouble         EnthalpyDiffusionParameterVolume(int numvertices,IssmDouble* enthalpy,IssmDouble* pressure);
     75                void               EnthalpyToThermal(IssmDouble* ptemperature,IssmDouble* pwaterfraction,IssmDouble enthalpy,IssmDouble pressure);
     76                void               FindParam(bool* pvalue,int paramenum);
     77                void               FindParam(int* pvalue,int paramenum);
     78                void               FindParam(IssmDouble* pvalue,int paramenum);
     79                void               FindParam(int** pvalues,int* psize,int paramenum);
     80                void                 GetDofList(int** pdoflist,int approximation_enum,int setenum);
     81                void                 GetDofListPressure(int** pdoflist,int setenum);
     82                void                 GetDofListVelocity(int** pdoflist,int setenum);
     83                Input*             GetInput(int inputenum);
     84                void               GetInputListOnNodes(IssmDouble* pvalue,int enumtype);
     85                void               GetInputListOnNodes(IssmDouble* pvalue,int enumtype,IssmDouble defaultvalue);
     86                void               GetInputListOnNodesVelocity(IssmDouble* pvalue,int enumtype);
     87                void               GetInputListOnVertices(IssmDouble* pvalue,int enumtype);
     88                void               GetInputListOnVertices(IssmDouble* pvalue,int enumtype,IssmDouble defaultvalue);
     89                void               GetInputLocalMinMaxOnNodes(IssmDouble* min,IssmDouble* max,IssmDouble* ug);
     90                void               GetInputValue(bool* pvalue,int enum_type);
     91                void               GetInputValue(int* pvalue,int enum_type);
     92                void               GetInputValue(IssmDouble* pvalue,int enum_type);
     93                void               GetInputValue(IssmDouble* pvalue,Gauss* gauss,int enum_type);
     94                IssmDouble         GetMaterialParameter(int enum_in);
     95                void               GetNodesLidList(int* lidlist);
     96                void               GetNodesSidList(int* sidlist);
     97                void               GetPhi(IssmDouble* phi, IssmDouble*  epsilon, IssmDouble viscosity);
     98                void               GetVectorFromInputs(Vector<IssmDouble>* vector, int name_enum, int type);
     99                void                 GetVertexPidList(int* pidlist);
     100                void               GetVerticesConnectivityList(int* connectivitylist);
     101                void               GetVerticesCoordinates(IssmDouble** xyz_list);
     102                void               GetVerticesSidList(int* sidlist);
     103                IssmDouble         GetXcoord(IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     104                IssmDouble         GetYcoord(IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     105                IssmDouble         GetZcoord(IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     106                void               GradientIndexing(int* indexing,int control_index,bool onsid=false);
     107                bool               HasNodeOnBase();
     108                bool               HasNodeOnSurface();
     109                int                Id();
     110                void               InputChangeName(int enum_type,int enum_type_old);
     111                void               InputCreate(IssmDouble* vector,IoModel* iomodel,int M,int N,int vector_type,int vector_enum,int code);
     112                void               InputDuplicate(int original_enum,int new_enum);
     113                void               InputUpdateFromConstant(IssmDouble constant, int name);
     114                void               InputUpdateFromConstant(int constant, int name);
     115                void               InputUpdateFromConstant(bool constant, int name);
     116                bool               IsFloating();
     117                bool               IsIceInElement();
     118                bool                 IsInput(int name);
     119                void               LinearFloatingiceMeltingRate();
     120                void               MigrateGroundingLine(IssmDouble* sheet_ungrounding);
     121                ElementMatrix*     NewElementMatrix(int approximation_enum=NoneApproximationEnum);
     122                ElementMatrix*     NewElementMatrixCoupling(int number_nodes,int approximation_enum=NoneApproximationEnum);
     123                ElementVector*     NewElementVector(int approximation_enum=NoneApproximationEnum);
     124                IssmDouble         PureIceEnthalpy(IssmDouble pressure);
     125                void               ResultInterpolation(int* pinterpolation,int*nodesperelement,int output_enum);
     126                void               ResultToPatch(IssmDouble* values,int nodesperelement,int output_enum);
     127                void               ResultToVector(Vector<IssmDouble>* vector,int output_enum);
     128                void               SetwiseNodeConnectivity(int* d_nz,int* o_nz,Node* node,bool* flags,int* flagsindices,int set1_enum,int set2_enum);
     129                int                Sid();
     130                void               StrainRateFS(IssmDouble* epsilon,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input,Input* vz_input);
     131                void               StrainRateHO(IssmDouble* epsilon,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input);
     132                void               StrainRateHO2dvertical(IssmDouble* epsilon,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input);
     133                void               StrainRateSSA(IssmDouble* epsilon,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input);
     134                void               StrainRateSSA1d(IssmDouble* epsilon,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input);
     135                void               StressMaxPrincipalCreateInput(void);
     136                void               ThermalToEnthalpy(IssmDouble* penthalpy,IssmDouble temperature,IssmDouble waterfraction,IssmDouble pressure);
     137                IssmDouble         TMeltingPoint(IssmDouble pressure);
     138                void               TransformInvStiffnessMatrixCoord(ElementMatrix* Ke,int cs_enum);
     139                void               TransformInvStiffnessMatrixCoord(ElementMatrix* Ke,Node** nodes,int numnodes,int cs_enum);
     140                void               TransformInvStiffnessMatrixCoord(ElementMatrix* Ke,Node** nodes,int numnodes,int* cs_array);
     141                void               TransformLoadVectorCoord(ElementVector* pe,int cs_enum);
     142                void               TransformLoadVectorCoord(ElementVector* pe,int* cs_array);
     143                void               TransformLoadVectorCoord(ElementVector* pe,Node** nodes,int numnodes,int cs_enum);
     144                void               TransformLoadVectorCoord(ElementVector* pe,Node** nodes,int numnodes,int* cs_array);
     145                void               TransformLoadVectorCoord(ElementVector* pe,int numnodes,int transformenum){_error_("not implemented yet");};/*Tiling only*/
     146                void               TransformLoadVectorCoord(ElementVector* pe,int numnodes,int* transformenum_list){_error_("not implemented yet");};/*Tiling only*/
     147                void               TransformSolutionCoord(IssmDouble* solution,int cs_enum);
     148                void               TransformSolutionCoord(IssmDouble* solution,int* cs_array);
     149                void               TransformSolutionCoord(IssmDouble* solution,int numnodes,int cs_enum);
     150                void               TransformSolutionCoord(IssmDouble* solution,int numnodes,int* cs_array);
     151                void               TransformSolutionCoord(IssmDouble* solution,Node** nodes,int numnodes,int cs_enum);
     152                void               TransformSolutionCoord(IssmDouble* solution,Node** nodes,int numnodes,int* cs_array);
     153                void               TransformStiffnessMatrixCoord(ElementMatrix* Ke,int cs_enum);
     154                void               TransformStiffnessMatrixCoord(ElementMatrix* Ke,int* cs_array);
     155                void               TransformStiffnessMatrixCoord(ElementMatrix* Ke,Node** nodes,int numnodes,int cs_enum);
     156                void               TransformStiffnessMatrixCoord(ElementMatrix* Ke,Node** nodes,int numnodes,int* cs_array);
     157                void               TransformStiffnessMatrixCoord(ElementMatrix* Ke,int numnodes,int* transformenum_list){_error_("not implemented yet");};/*Tiling only*/
     158                void               ViscosityFS(IssmDouble* pviscosity,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input,Input* vz_input);
     159                void               ViscosityFSDerivativeEpsSquare(IssmDouble* pmu_prime,IssmDouble* epsilon);
     160                void               ViscosityHO(IssmDouble* pviscosity,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input);
     161                void               ViscosityHODerivativeEpsSquare(IssmDouble* pmu_prime,IssmDouble* epsilon);
     162                void               ViscosityL1L2(IssmDouble* pviscosity,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input,Input* surf);
     163                void               ViscositySSA(IssmDouble* pviscosity,int dim,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input);
     164                void               ViscositySSADerivativeEpsSquare(IssmDouble* pmu_prime,IssmDouble* epsilon);
     165                void               ViscousHeatingCreateInput(void);
    160166
    161167                /*Virtual functions*/
    162168                virtual void       AddBasalInput(int input_enum, IssmDouble* values, int interpolation_enum)=0;
    163169                virtual void       AddInput(int input_enum, IssmDouble* values, int interpolation_enum)=0;
     170                virtual void       AverageOntoPartition(Vector<IssmDouble>* partition_contributions,Vector<IssmDouble>* partition_areas,IssmDouble* vertex_response,IssmDouble* qmu_part)=0;
     171                virtual void        CalvingRateLevermann(void)=0;
     172                virtual void       CalvingRatePi(void)=0;
     173                virtual void       CalvingRateDev(void){_error_("not implemented yet");};
    164174                virtual IssmDouble CharacteristicLength(void)=0;
     175                virtual void       ComputeBasalStress(Vector<IssmDouble>* sigma_b)=0;
     176                virtual void       ComputeDeviatoricStressTensor(void)=0;
     177                virtual void       ComputeSigmaNN(void)=0;
     178                virtual void       ComputeStressTensor(void)=0;
    165179                virtual void       Configure(Elements* elements,Loads* loads,Nodes* nodes,Vertices* vertices,Materials* materials,Parameters* parameters)=0;
     180                virtual void       ControlInputSetGradient(IssmDouble* gradient,int enum_type,int control_index)=0;
     181                virtual void       ControlToVectors(Vector<IssmPDouble>* vector_control, Vector<IssmPDouble>* vector_gradient,int control_enum)=0;
     182                virtual void       Delta18oParameterization(void)=0;
     183                virtual void       MungsmtpParameterization(void)=0;
     184                virtual void       ElementResponse(IssmDouble* presponse,int response_enum)=0;
     185                virtual void       ElementSizes(IssmDouble* phx,IssmDouble* phy,IssmDouble* phz)=0;
     186                virtual int        FiniteElement(void)=0;
     187                virtual void       FSContactMigration(Vector<IssmDouble>* vertexgrounded,Vector<IssmDouble>* vertexfloating)=0;
     188                virtual Element*   GetBasalElement(void)=0;
     189                virtual int        GetElementType(void)=0;
     190                virtual void       GetGroundedPart(int* point1,IssmDouble* fraction1,IssmDouble* fraction2, bool* mainlyfloating)=0;
     191                virtual IssmDouble GetGroundedPortion(IssmDouble* xyz_list)=0;
     192                virtual void       GetIcefrontCoordinates(IssmDouble** pxyz_front,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum)=0;
     193                virtual void       GetInputValue(IssmDouble* pvalue,Node* node,int enumtype)=0;
     194                virtual void       GetLevelCoordinates(IssmDouble** pxyz_front,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum,IssmDouble level)=0;
     195                virtual void       GetLevelsetPositivePart(int* point1,IssmDouble* fraction1,IssmDouble* fraction2, bool* mainlynegative,IssmDouble* levelsetvalues)=0;
     196                virtual Node*      GetNode(int node_number)=0;
     197                virtual int        GetNodeIndex(Node* node)=0;
     198                virtual int        GetNumberOfNodes(void)=0;
     199                virtual int        GetNumberOfNodes(int enum_type)=0;
     200                virtual int        GetNumberOfVertices(void)=0;
     201                virtual void       GetSolutionFromInputsOneDof(Vector<IssmDouble>* solution,int solutionenum)=0;
     202                virtual Element*   GetUpperElement(void)=0;
     203                virtual void       GetVectorFromControlInputs(Vector<IssmDouble>* gradient,int control_enum,int control_index,const char* data,bool onsid)=0;
     204                virtual void       GetVerticesCoordinatesBase(IssmDouble** xyz_list)=0;
     205                virtual void       GetVerticesCoordinatesTop(IssmDouble** xyz_list)=0;
     206                virtual IssmDouble IceMass(void)=0;
     207                virtual IssmDouble IceVolume(void)=0;
     208                virtual IssmDouble IceVolumeAboveFloatation(void)=0;
     209                virtual void       InputControlUpdate(IssmDouble scalar,bool save_parameter)=0;
     210                virtual void       InputDepthAverageAtBase(int enum_type,int average_enum_type)=0;
     211                virtual void       InputExtrude(int input_enum,int start)=0;
     212                virtual void       InputScale(int enum_type,IssmDouble scale_factor)=0;
     213                virtual void       InputUpdateFromSolutionOneDofCollapsed(IssmDouble* solution,int inputenum)=0;
     214                virtual void       InputUpdateFromSolutionOneDof(IssmDouble* solution,int inputenum)=0;
     215                virtual bool       IsFaceOnBoundary(void)=0;
     216                virtual bool       IsIcefront(void)=0;
     217                virtual bool       IsNodeOnShelfFromFlags(IssmDouble* flags)=0;
     218                virtual bool       IsOnBase()=0;
     219                virtual bool       IsOnSurface()=0;
     220                virtual bool       IsZeroLevelset(int levelset_enum)=0;
     221                virtual void       JacobianDeterminant(IssmDouble*  Jdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss)=0;
     222                virtual void       JacobianDeterminantBase(IssmDouble* Jdet,IssmDouble* xyz_list_base,Gauss* gauss)=0;
     223                virtual void       JacobianDeterminantLine(IssmDouble* Jdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss)=0;
     224                virtual void       JacobianDeterminantSurface(IssmDouble* Jdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss)=0;
     225                virtual void       JacobianDeterminantTop(IssmDouble* Jdet,IssmDouble* xyz_list_base,Gauss* gauss)=0;
     226                virtual IssmDouble Masscon(IssmDouble* levelset)=0;
     227                virtual IssmDouble MassFlux(IssmDouble* segment)=0;
     228                virtual IssmDouble MassFlux(IssmDouble x1,IssmDouble y1, IssmDouble x2, IssmDouble y2,int segment_id)=0;
     229                virtual IssmDouble MinEdgeLength(IssmDouble* xyz_list)=0;
     230                virtual IssmDouble Misfit(int modelenum,int observationenum,int weightsenum)=0;
     231                virtual IssmDouble MisfitArea(int weightsenum)=0;
     232                virtual Gauss*     NewGauss(void)=0;
     233                virtual Gauss*     NewGauss(int order)=0;
     234      virtual Gauss*     NewGauss(IssmDouble* xyz_list, IssmDouble* xyz_list_front,int order)=0;
     235      virtual Gauss*     NewGauss(IssmDouble* xyz_list, IssmDouble* xyz_list_front,int order_horiz,int order_vert)=0;
     236      virtual Gauss*     NewGauss(int point1,IssmDouble fraction1,IssmDouble fraction2,bool mainlyfloating,int order)=0;
     237                virtual Gauss*     NewGaussBase(int order)=0;
     238                virtual Gauss*     NewGaussLine(int vertex1,int vertex2,int order)=0;
     239                virtual Gauss*     NewGaussTop(int order)=0;
     240                virtual void       NodalFunctions(IssmDouble* basis,Gauss* gauss)=0;
     241                virtual void       NodalFunctionsDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss)=0;
     242                virtual void       NodalFunctionsDerivativesVelocity(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss)=0;
     243                virtual void       NodalFunctionsMINIDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss)=0;
     244                virtual void       NodalFunctionsPressure(IssmDouble* basis, Gauss* gauss)=0;
     245                virtual void       NodalFunctionsP1(IssmDouble* basis,Gauss* gauss)=0;
     246                virtual void       NodalFunctionsP1Derivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss)=0;
     247                virtual void       NodalFunctionsP2(IssmDouble* basis,Gauss* gauss)=0;
     248                virtual void       NodalFunctionsVelocity(IssmDouble* basis, Gauss* gauss)=0;
     249                virtual void       NodalFunctionsTensor(IssmDouble* basis, Gauss* gauss)=0;
     250                virtual int        NodalValue(IssmDouble* pvalue, int index, int natureofdataenum)=0;
     251                virtual void       NormalBase(IssmDouble* normal,IssmDouble* xyz_list)=0;
     252                virtual void       NormalSection(IssmDouble* normal,IssmDouble* xyz_list)=0;
     253                virtual void       NormalTop(IssmDouble* normal,IssmDouble* xyz_list)=0;
     254                virtual int        NumberofNodesPressure(void)=0;
     255                virtual int        NumberofNodesVelocity(void)=0;
     256                virtual void       PositiveDegreeDay(IssmDouble* pdds,IssmDouble* pds,IssmDouble signorm,bool ismungsm)=0;
     257                virtual void       PotentialUngrounding(Vector<IssmDouble>* potential_sheet_ungrounding)=0;
     258                virtual int        PressureInterpolation()=0;
     259                virtual void       ReduceMatrices(ElementMatrix* Ke,ElementVector* pe)=0;
     260                virtual void       ResetFSBasalBoundaryCondition()=0;
     261                virtual void       ResetHooks()=0;
     262                virtual void       SetControlInputsFromVector(IssmDouble* vector,int control_enum,int control_index)=0;
    166263                virtual void       SetCurrentConfiguration(Elements* elements,Loads* loads,Nodes* nodes,Materials* materials,Parameters* parameters)=0;
    167                 virtual void       ResetHooks()=0;
    168                 virtual void   ElementSizes(IssmDouble* phx,IssmDouble* phy,IssmDouble* phz)=0;
    169 
    170                 virtual int    FiniteElement(void)=0;
    171                 virtual IssmDouble MinEdgeLength(IssmDouble* xyz_list)=0;
    172                 virtual void   NodalFunctions(IssmDouble* basis,Gauss* gauss)=0;
    173                 virtual void   NodalFunctionsP1(IssmDouble* basis,Gauss* gauss)=0;
    174                 virtual void   NodalFunctionsP2(IssmDouble* basis,Gauss* gauss)=0;
    175                 virtual void   NodalFunctionsVelocity(IssmDouble* basis, Gauss* gauss)=0;
    176                 virtual void   NodalFunctionsPressure(IssmDouble* basis, Gauss* gauss)=0;
    177                 virtual void   NodalFunctionsTensor(IssmDouble* basis, Gauss* gauss)=0;
    178                 virtual void   NodalFunctionsDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss)=0;
    179                 virtual void   NodalFunctionsP1Derivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss)=0;
    180                 virtual void   NodalFunctionsMINIDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss)=0;
    181                 virtual void   NodalFunctionsDerivativesVelocity(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss)=0;
    182                 virtual void   NormalSection(IssmDouble* normal,IssmDouble* xyz_list)=0;
    183                 virtual void   NormalTop(IssmDouble* normal,IssmDouble* xyz_list)=0;
    184                 virtual void   NormalBase(IssmDouble* normal,IssmDouble* xyz_list)=0;
    185 
    186                 virtual Element* GetUpperElement(void)=0;
    187                 virtual Element* GetBasalElement(void)=0;
    188 
    189                 virtual void   JacobianDeterminant(IssmDouble*  Jdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss)=0;
    190                 virtual void   JacobianDeterminantLine(IssmDouble* Jdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss)=0;
    191                 virtual void   JacobianDeterminantSurface(IssmDouble* Jdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss)=0;
    192                 virtual void   JacobianDeterminantBase(IssmDouble* Jdet,IssmDouble* xyz_list_base,Gauss* gauss)=0;
    193                 virtual void   JacobianDeterminantTop(IssmDouble* Jdet,IssmDouble* xyz_list_base,Gauss* gauss)=0;
    194                 virtual void   GetSolutionFromInputsOneDof(Vector<IssmDouble>* solution,int solutionenum)=0;
    195                 virtual int    GetNodeIndex(Node* node)=0;
    196                 virtual int    GetNumberOfNodes(void)=0;
    197                 virtual int    GetNumberOfNodes(int enum_type)=0;
    198                 virtual int    GetNumberOfVertices(void)=0;
    199 
    200                 virtual bool   IsNodeOnShelfFromFlags(IssmDouble* flags)=0;
    201                 virtual bool   IsOnBase()=0;
    202                 virtual bool   IsOnSurface()=0;
    203                 virtual void   GetGroundedPart(int* point1,IssmDouble* fraction1,IssmDouble* fraction2, bool* mainlyfloating)=0;
    204                 virtual IssmDouble GetGroundedPortion(IssmDouble* xyz_list)=0;
    205                 virtual void   GetInputValue(IssmDouble* pvalue,Node* node,int enumtype)=0;
    206                 virtual Node*  GetNode(int node_number)=0;
    207                 virtual void   GetVerticesCoordinatesBase(IssmDouble** xyz_list)=0;
    208                 virtual void   GetVerticesCoordinatesTop(IssmDouble** xyz_list)=0;
    209 
    210                 virtual int    GetElementType(void)=0;
    211 
    212                 virtual IssmDouble SurfaceArea(void)=0;
    213                 virtual void   InputDepthAverageAtBase(int enum_type,int average_enum_type)=0;
    214                 virtual void   ComputeSigmaNN(void)=0;
    215                 virtual void   ComputeBasalStress(Vector<IssmDouble>* sigma_b)=0;
    216                 virtual void   ComputeStressTensor(void)=0;
    217                 virtual void   ComputeDeviatoricStressTensor(void)=0;
    218 
    219                 virtual void   Update(int index, IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type,int finite_element)=0;
    220                 virtual void   InputExtrude(int input_enum)=0;
    221                 virtual void   InputUpdateFromSolutionOneDofCollapsed(IssmDouble* solution,int inputenum)=0;
    222                 virtual void   InputUpdateFromSolutionOneDof(IssmDouble* solution,int inputenum)=0;
    223 
    224                 virtual int    NodalValue(IssmDouble* pvalue, int index, int natureofdataenum)=0;
    225                 virtual int    NumberofNodesVelocity(void)=0;
    226                 virtual int    NumberofNodesPressure(void)=0;
    227                 virtual Gauss* NewGauss(void)=0;
    228                 virtual Gauss* NewGauss(int order)=0;
    229       virtual Gauss* NewGauss(IssmDouble* xyz_list, IssmDouble* xyz_list_front,int order)=0;
    230       virtual Gauss* NewGauss(IssmDouble* xyz_list, IssmDouble* xyz_list_front,int order_horiz,int order_vert)=0;
    231       virtual Gauss* NewGauss(int point1,IssmDouble fraction1,IssmDouble fraction2,bool mainlyfloating,int order)=0;
    232                 virtual Gauss* NewGaussBase(int order)=0;
    233                 virtual Gauss* NewGaussLine(int vertex1,int vertex2,int order)=0;
    234                 virtual Gauss* NewGaussTop(int order)=0;
    235 
    236                 virtual void   InputScale(int enum_type,IssmDouble scale_factor)=0;
    237                 virtual IssmDouble TimeAdapt()=0;
    238                 virtual void   PositiveDegreeDay(IssmDouble* pdds,IssmDouble* pds,IssmDouble signorm)=0;
    239                 virtual void   Delta18oParameterization(void)=0;
     264                virtual void       SetTemporaryElementType(int element_type_in)=0;
    240265           virtual Element*   SpawnBasalElement(void)=0;
    241266                virtual Element*   SpawnTopElement(void)=0;
    242                 virtual void   ReduceMatrices(ElementMatrix* Ke,ElementVector* pe)=0;
    243                 virtual void   ResetFSBasalBoundaryCondition()=0;
    244                 virtual void   SetTemporaryElementType(int element_type_in)=0;
    245267                virtual IssmDouble StabilizationParameter(IssmDouble u, IssmDouble v, IssmDouble w, IssmDouble diameter, IssmDouble kappa)=0;
    246                 virtual void   ValueP1OnGauss(IssmDouble* pvalue,IssmDouble* values,Gauss* gauss)=0;
    247                 virtual void   ValueP1DerivativesOnGauss(IssmDouble* dvalue,IssmDouble* values,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss)=0;
    248                 virtual void   ViscousHeating(IssmDouble* pphi,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input,Input* vz_input)=0;
    249 
    250                 virtual int    VelocityInterpolation()=0;
    251                 virtual int    PressureInterpolation()=0;
    252                 virtual int    TensorInterpolation()=0;
    253                 virtual bool   IsZeroLevelset(int levelset_enum)=0;
    254                 virtual bool   IsIcefront(void)=0;
    255                 virtual bool   IsFaceOnBoundary(void)=0;
    256                 virtual void   ZeroLevelsetCoordinates(IssmDouble** pxyz_zero,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum)=0;
    257                 virtual void   GetIcefrontCoordinates(IssmDouble** pxyz_front,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum)=0;
    258                 virtual void   GetLevelCoordinates(IssmDouble** pxyz_front,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum,IssmDouble level)=0;
    259 
    260                 virtual void   AverageOntoPartition(Vector<IssmDouble>* partition_contributions,Vector<IssmDouble>* partition_areas,IssmDouble* vertex_response,IssmDouble* qmu_part)=0;
    261                 virtual IssmDouble MassFlux(IssmDouble* segment)=0;
    262                 virtual IssmDouble MassFlux(IssmDouble x1,IssmDouble y1, IssmDouble x2, IssmDouble y2,int segment_id)=0;
    263                 virtual void   ElementResponse(IssmDouble* presponse,int response_enum)=0;
    264                 virtual IssmDouble IceVolume(void)=0;
    265                 virtual IssmDouble IceVolumeAboveFloatation(void)=0;
     268                virtual void        StrainRateparallel(void)=0;
     269                virtual void        StrainRateperpendicular(void)=0;
     270                virtual void        StressIntensityFactor(void)=0;
     271                virtual IssmDouble SurfaceArea(void)=0;
     272                virtual int        TensorInterpolation()=0;
     273                virtual IssmDouble TimeAdapt()=0;
    266274                virtual IssmDouble TotalSmb(void)=0;
    267                 virtual IssmDouble Misfit(int modelenum,int observationenum,int weightsenum)=0;
    268                 virtual IssmDouble MisfitArea(int weightsenum)=0;
    269                 virtual int    VertexConnectivity(int vertexindex)=0;
    270                 virtual void   VerticalSegmentIndices(int** pindices,int* pnumseg)=0;
     275                virtual void       Update(int index, IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type,int finite_element)=0;
     276                virtual void       UpdateConstraintsExtrudeFromBase(void)=0;
     277                virtual void       UpdateConstraintsExtrudeFromTop(void)=0;
     278                virtual int        UpdatePotentialUngrounding(IssmDouble* potential_sheet_ungrounding,Vector<IssmDouble>* vec_nodes_on_iceshelf,IssmDouble* nodes_on_iceshelf)=0;
     279                virtual void       ValueP1DerivativesOnGauss(IssmDouble* dvalue,IssmDouble* values,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss)=0;
     280                virtual void       ValueP1OnGauss(IssmDouble* pvalue,IssmDouble* values,Gauss* gauss)=0;
     281                virtual int        VelocityInterpolation()=0;
     282                virtual int        VertexConnectivity(int vertexindex)=0;
     283                virtual void       VerticalSegmentIndices(int** pindices,int* pnumseg)=0;
     284                virtual void       ViscousHeating(IssmDouble* pphi,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input,Input* vz_input)=0;
     285                virtual void       ZeroLevelsetCoordinates(IssmDouble** pxyz_zero,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum)=0;
    271286
    272287                #ifdef _HAVE_GIA_
    273                 virtual void   GiaDeflection(Vector<IssmDouble>* wg,Vector<IssmDouble>* dwgdt,IssmDouble* x,IssmDouble* y)=0;
     288                virtual void       GiaDeflection(Vector<IssmDouble>* wg,Vector<IssmDouble>* dwgdt,IssmDouble* x,IssmDouble* y)=0;
    274289                #endif
    275 
    276                 virtual void   ControlInputSetGradient(IssmDouble* gradient,int enum_type,int control_index)=0;
    277                 virtual void   ControlToVectors(Vector<IssmPDouble>* vector_control, Vector<IssmPDouble>* vector_gradient,int control_enum)=0;
    278                 virtual void   GetVectorFromControlInputs(Vector<IssmDouble>* gradient,int control_enum,int control_index,const char* data)=0;
    279                 virtual void   SetControlInputsFromVector(IssmDouble* vector,int control_enum,int control_index)=0;
    280                 virtual void   InputControlUpdate(IssmDouble scalar,bool save_parameter)=0;
    281 
    282                 virtual void UpdateConstraintsExtrudeFromBase(void)=0;
    283                 virtual void UpdateConstraintsExtrudeFromTop(void)=0;
    284 
    285                 virtual void   MigrateGroundingLine(IssmDouble* sheet_ungrounding)=0;
    286                 virtual void   FSContactMigration(Vector<IssmDouble>* vertexgrounded,Vector<IssmDouble>* vertexfloating)=0;
    287                 virtual void   PotentialUngrounding(Vector<IssmDouble>* potential_sheet_ungrounding)=0;
    288                 virtual int    UpdatePotentialUngrounding(IssmDouble* potential_sheet_ungrounding,Vector<IssmDouble>* vec_nodes_on_iceshelf,IssmDouble* nodes_on_iceshelf)=0;
    289 
    290290};
    291291#endif

  • issm/trunk/src/c/classes/Elements/ElementHook.cpp

    r18301 r19105  
    7575/*}}}*/
    7676
     77void ElementHook::InitHookNeighbors(int* element_ids){/*{{{*/
     78        this->hneighbors=new Hook(element_ids,2);
     79}
     80/*}}}*/
    7781void ElementHook::SetHookNodes(int* node_ids,int numnodes,int analysis_counter){/*{{{*/
    7882        if(this->hnodes) this->hnodes[analysis_counter]= new Hook(node_ids,numnodes);
    7983}
    8084/*}}}*/
    81 void ElementHook::InitHookNeighbors(int* element_ids){/*{{{*/
    82         this->hneighbors=new Hook(element_ids,2);
     85void ElementHook::SpawnSegHook(ElementHook* triahook,int index1,int index2){/*{{{*/
     86
     87        triahook->numanalyses=this->numanalyses;
     88
     89        int indices[2];
     90        indices[0]=index1;
     91        indices[1]=index2;
     92
     93        /*Spawn nodes hook*/
     94        triahook->hnodes=new Hook*[this->numanalyses];
     95        for(int i=0;i<this->numanalyses;i++){
     96                /*Do not do anything if Hook is empty*/
     97                if (!this->hnodes[i] || this->hnodes[i]->GetNum()==0){
     98                        triahook->hnodes[i]=NULL;
     99                }
     100                else{
     101                        triahook->hnodes[i]=this->hnodes[i]->Spawn(indices,2);
     102                }
     103        }
     104
     105        /*do not spawn hmaterial. material will be taken care of by Tria*/
     106        triahook->hmaterial=NULL;
     107        triahook->hvertices=(Hook*)this->hvertices->Spawn(indices,2);
     108        triahook->hmatpar=(Hook*)this->hmatpar->copy();
    83109}
    84110/*}}}*/
    … …  
    111137}
    112138/*}}}*/
    113 void ElementHook::SpawnSegHook(ElementHook* triahook,int index1,int index2){/*{{{*/
    114 
    115         triahook->numanalyses=this->numanalyses;
    116 
    117         int indices[2];
    118         indices[0]=index1;
    119         indices[1]=index2;
    120 
    121         /*Spawn nodes hook*/
    122         triahook->hnodes=new Hook*[this->numanalyses];
    123         for(int i=0;i<this->numanalyses;i++){
    124                 /*Do not do anything if Hook is empty*/
    125                 if (!this->hnodes[i] || this->hnodes[i]->GetNum()==0){
    126                         triahook->hnodes[i]=NULL;
    127                 }
    128                 else{
    129                         triahook->hnodes[i]=this->hnodes[i]->Spawn(indices,2);
    130                 }
    131         }
    132 
    133         /*do not spawn hmaterial. material will be taken care of by Tria*/
    134         triahook->hmaterial=NULL;
    135         triahook->hvertices=(Hook*)this->hvertices->Spawn(indices,2);
    136         triahook->hmatpar=(Hook*)this->hmatpar->copy();
    137 }
    138 /*}}}*/

  • issm/trunk/src/c/classes/Elements/ElementHook.h

    r17806 r19105  
    2424                ~ElementHook();
    2525
     26                void InitHookNeighbors(int* element_ids);               //3d only
    2627                void SetHookNodes(int* node_ids,int numnodes,int analysis_counter);
     28                void SpawnSegHook(ElementHook* triahook,int ndex1,int index2); //2d only
    2729                void SpawnTriaHook(ElementHook* triahook,int index1,int index2,int index3); //3d only
    28                 void SpawnSegHook(ElementHook* triahook,int ndex1,int index2); //2d only
    29                 void InitHookNeighbors(int* element_ids);               //3d only
    3030};
    3131

  • issm/trunk/src/c/classes/Elements/Elements.cpp

    r18301 r19105  
    4141        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    4242
    43                 element=dynamic_cast<Element*>((*object));
     43                element=xDynamicCast<Element*>((*object));
    4444                element->Configure(elements,loads,nodes,vertices,materials,parameters);
    4545
    … …  
    5555        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    5656
    57                 element=dynamic_cast<Element*>((*object));
     57                element=xDynamicCast<Element*>((*object));
    5858                element->SetCurrentConfiguration(elements,loads,nodes,materials,parameters);
    5959
    … …  
    6969        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    7070
    71                 element=dynamic_cast<Element*>((*object));
     71                element=xDynamicCast<Element*>((*object));
    7272                element->ResetHooks();
    7373
    … …  
    8585        for(int i=0;i<this->Size();i++){
    8686
    87                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(this->GetObjectByOffset(i));
     87                Element* element=xDynamicCast<Element*>(this->GetObjectByOffset(i));
    8888                numnodes=element->GetNumberOfNodes();
    8989                if(numnodes>max)max=numnodes;
    … …  
    111111
    112112        for(int i=0;i<this->Size();i++){
    113                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(this->GetObjectByOffset(i));
     113                Element* element=xDynamicCast<Element*>(this->GetObjectByOffset(i));
    114114                element->InputDuplicate(input_enum,output_enum);
    115115        }

  • issm/trunk/src/c/classes/Elements/Penta.cpp

    r18301 r19105  
    125125
    126126/*Other*/
    127 void       Penta::AddInput(int input_enum,IssmDouble* values, int interpolation_enum){/*{{{*/
    128 
    129         _assert_(this->inputs);
    130         this->inputs->AddInput(new PentaInput(input_enum,values,interpolation_enum));
    131 }
    132 /*}}}*/
    133127void       Penta::AddBasalInput(int input_enum,IssmDouble* values, int interpolation_enum){/*{{{*/
    134128
    … …  
    154148                else _error_("not implemented yet");
    155149        }
     150}
     151/*}}}*/
     152void       Penta::AddInput(int input_enum,IssmDouble* values, int interpolation_enum){/*{{{*/
     153
     154        _assert_(this->inputs);
     155        this->inputs->AddInput(new PentaInput(input_enum,values,interpolation_enum));
     156}
     157/*}}}*/
     158void       Penta::AverageOntoPartition(Vector<IssmDouble>* partition_contributions,Vector<IssmDouble>* partition_areas,IssmDouble* vertex_response,IssmDouble* qmu_part){/*{{{*/
     159        _error_("Not supported yet!");
     160}
     161/*}}}*/
     162void       Penta::CalvingRateLevermann(){/*{{{*/
     163
     164        IssmDouble  xyz_list[NUMVERTICES][3];
     165        GaussPenta* gauss=NULL;
     166        IssmDouble  vx,vy,vel;
     167        IssmDouble  strainparallel;
     168        IssmDouble  propcoeff;
     169        IssmDouble  strainperpendicular;
     170        IssmDouble  calvingratex[NUMVERTICES];
     171        IssmDouble  calvingratey[NUMVERTICES];
     172        IssmDouble  calvingrate[NUMVERTICES];
     173
     174
     175        /* Get node coordinates and dof list: */
     176        ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
     177
     178        /*Retrieve all inputs and parameters we will need*/
     179        Input* vx_input=inputs->GetInput(VxEnum);                                                                                                                                               _assert_(vx_input);
     180        Input* vy_input=inputs->GetInput(VyEnum);                                                                                                                                               _assert_(vy_input);
     181        Input* strainparallel_input=inputs->GetInput(StrainRateparallelEnum);                                                           _assert_(strainparallel_input);
     182        Input* strainperpendicular_input=inputs->GetInput(StrainRateperpendicularEnum);              _assert_(strainperpendicular_input);
     183        Input* levermanncoeff_input=inputs->GetInput(CalvinglevermannCoeffEnum);                     _assert_(levermanncoeff_input);
     184
     185        /* Start looping on the number of vertices: */
     186        gauss=new GaussPenta();
     187        for (int iv=0;iv<NUMVERTICES;iv++){
     188                gauss->GaussVertex(iv);
     189
     190                /* Get the value we need*/
     191                vx_input->GetInputValue(&vx,gauss);
     192                vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
     193                vel=vx*vx+vy*vy;
     194                strainparallel_input->GetInputValue(&strainparallel,gauss);
     195                strainperpendicular_input->GetInputValue(&strainperpendicular,gauss);
     196                levermanncoeff_input->GetInputValue(&propcoeff,gauss);
     197
     198                /*Calving rate proportionnal to the positive product of the strain rate along the ice flow direction and the strain rate perpendicular to the ice flow */
     199                calvingrate[iv]=propcoeff*strainparallel*strainperpendicular;   
     200                if(calvingrate[iv]<0){
     201                        calvingrate[iv]=0;
     202                }
     203                calvingratex[iv]=calvingrate[iv]*vx/(sqrt(vel)+1.e-14);
     204                calvingratey[iv]=calvingrate[iv]*vy/(sqrt(vel)+1.e-14);
     205        }
     206
     207        /*Add input*/
     208        this->inputs->AddInput(new PentaInput(CalvingratexEnum,&calvingratex[0],P1Enum));
     209        this->inputs->AddInput(new PentaInput(CalvingrateyEnum,&calvingratey[0],P1Enum));
     210        this->inputs->AddInput(new PentaInput(CalvingCalvingrateEnum,&calvingrate[0],P1Enum));
     211
     212        /*Clean up and return*/
     213        delete gauss;
     214
     215}
     216/*}}}*/
     217void       Penta::CalvingRatePi(){/*{{{*/
     218
     219        IssmDouble  xyz_list[NUMVERTICES][3];
     220        GaussPenta* gauss=NULL;
     221        IssmDouble  vx,vy,vel;
     222        IssmDouble  strainparallel;
     223        IssmDouble  sxx;
     224        IssmDouble  sxy;
     225        IssmDouble  syy;
     226        IssmDouble  sigVM;
     227        IssmDouble  thickness;
     228        IssmDouble  base;
     229        IssmDouble  hAB;
     230        IssmDouble  propcoeff;
     231        IssmDouble  calvingratex[NUMVERTICES];
     232        IssmDouble  calvingratey[NUMVERTICES];
     233        IssmDouble  calvingrate[NUMVERTICES];
     234
     235
     236        /* Get node coordinates and dof list: */
     237        ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
     238
     239        /*Retrieve all inputs and parameters we will need*/
     240        Input* vx_input=inputs->GetInput(VxEnum);                                                    _assert_(vx_input);
     241        Input* vy_input=inputs->GetInput(VyEnum);                                                    _assert_(vy_input);
     242        Input* strainparallel_input=inputs->GetInput(StrainRateparallelEnum);                        _assert_(strainparallel_input);
     243        Input* sxx_input=inputs->GetInput(DeviatoricStressxxEnum);                                   _assert_(sxx_input);
     244        Input* sxy_input=inputs->GetInput(DeviatoricStressxyEnum);                                   _assert_(sxy_input);
     245        Input* syy_input=inputs->GetInput(DeviatoricStressyyEnum);                                   _assert_(syy_input);
     246        Input* thickness_input=inputs->GetInput(ThicknessEnum);                                      _assert_(thickness_input);
     247        Input* base_input=inputs->GetInput(BaseEnum);                                                _assert_(base_input);
     248        Input* picoeff_input=inputs->GetInput(CalvingpiCoeffEnum);                                   _assert_(picoeff_input);
     249
     250        /* Start looping on the number of vertices: */
     251        gauss=new GaussPenta();
     252        for (int iv=0;iv<NUMVERTICES;iv++){
     253                gauss->GaussVertex(iv);
     254
     255                /* Get the value we need*/
     256                vx_input->GetInputValue(&vx,gauss);
     257                vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
     258                vel=vx*vx+vy*vy;
     259                strainparallel_input->GetInputValue(&strainparallel,gauss);
     260                sxx_input->GetInputValue(&sxx,gauss);
     261                sxy_input->GetInputValue(&sxy,gauss);
     262                syy_input->GetInputValue(&syy,gauss);
     263                thickness_input->GetInputValue(&thickness,gauss);
     264                base_input->GetInputValue(&base,gauss);
     265                picoeff_input->GetInputValue(&propcoeff,gauss);
     266
     267                /* Computing sigma Von Mises*/
     268                sigVM=sqrt(sxx*sxx+syy*syy+3*sxy*sxy-sxx*syy);
     269
     270                /* Computing heigth above buoyancy*/
     271                hAB=thickness+1028/920*base;
     272
     273                /*Calving rate for Pi criterion proportionnal to the product of the strain rate along the ice flow direction and the Von Mises stress and the square of the glacier width (hardcoded) divided by the height above buoyancy and the max of the ice velocity power 3 and the ice density (ignored here)*/
     274                calvingrate[iv]=propcoeff*strainparallel*sigVM*25.e6/hAB/1e9;
     275                if(calvingrate[iv]<0){
     276                        calvingrate[iv]=0;
     277                }
     278                calvingratex[iv]=calvingrate[iv]*vx/(sqrt(vel)+1.e-6);
     279                calvingratey[iv]=calvingrate[iv]*vy/(sqrt(vel)+1.e-6);
     280        }
     281
     282        /*Add input*/
     283        this->inputs->AddInput(new PentaInput(CalvingratexEnum,&calvingratex[0],P1Enum));
     284        this->inputs->AddInput(new PentaInput(CalvingrateyEnum,&calvingratey[0],P1Enum));
     285        this->inputs->AddInput(new PentaInput(CalvingCalvingrateEnum,&calvingrate[0],P1Enum));
     286
     287        /*Clean up and return*/
     288        delete gauss;
     289
    156290}
    157291/*}}}*/
    … …  
    193327
    194328        /*recovre material parameters: */
    195         rho_ice=matpar->GetRhoIce();
    196         gravity=matpar->GetG();
     329        rho_ice=matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
     330        gravity=matpar->GetMaterialParameter(ConstantsGEnum);
    197331
    198332        /* Get node coordinates and dof list: */
    … …  
    243377}
    244378/*}}}*/
     379void       Penta::ComputeDeviatoricStressTensor(){/*{{{*/
     380
     381        IssmDouble  xyz_list[NUMVERTICES][3];
     382        IssmDouble  viscosity;
     383        IssmDouble  epsilon[6]; /* epsilon=[exx,eyy,exy];*/
     384        IssmDouble  tau_xx[NUMVERTICES];
     385        IssmDouble      tau_yy[NUMVERTICES];
     386        IssmDouble      tau_zz[NUMVERTICES];
     387        IssmDouble  tau_xy[NUMVERTICES];
     388        IssmDouble      tau_xz[NUMVERTICES];
     389        IssmDouble      tau_yz[NUMVERTICES];
     390        GaussPenta* gauss=NULL;
     391
     392        /* Get node coordinates and dof list: */
     393        ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
     394
     395        /*Retrieve all inputs we will be needing: */
     396        Input* vx_input=inputs->GetInput(VxEnum);             _assert_(vx_input);
     397        Input* vy_input=inputs->GetInput(VyEnum);             _assert_(vy_input);
     398        Input* vz_input=inputs->GetInput(VzEnum);             _assert_(vz_input);
     399
     400        /* Start looping on the number of vertices: */
     401        gauss=new GaussPenta();
     402        for (int iv=0;iv<NUMVERTICES;iv++){
     403                gauss->GaussVertex(iv);
     404
     405                /*Compute strain rate viscosity and pressure: */
     406                this->StrainRateFS(&epsilon[0],&xyz_list[0][0],gauss,vx_input,vy_input,vz_input);
     407                this->ViscosityFS(&viscosity,3,&xyz_list[0][0],gauss,vx_input,vy_input,vz_input);
     408
     409                /*Compute Stress*/
     410                tau_xx[iv]=2*viscosity*epsilon[0]; // tau = nu eps
     411                tau_yy[iv]=2*viscosity*epsilon[1];
     412                tau_zz[iv]=2*viscosity*epsilon[2];
     413                tau_xy[iv]=2*viscosity*epsilon[3];
     414                tau_xz[iv]=2*viscosity*epsilon[4];
     415                tau_yz[iv]=2*viscosity*epsilon[5];
     416        }
     417
     418        /*Add Stress tensor components into inputs*/
     419        this->inputs->AddInput(new PentaInput(DeviatoricStressxxEnum,&tau_xx[0],P1Enum));
     420        this->inputs->AddInput(new PentaInput(DeviatoricStressxyEnum,&tau_xy[0],P1Enum));
     421        this->inputs->AddInput(new PentaInput(DeviatoricStressxzEnum,&tau_xz[0],P1Enum));
     422        this->inputs->AddInput(new PentaInput(DeviatoricStressyyEnum,&tau_yy[0],P1Enum));
     423        this->inputs->AddInput(new PentaInput(DeviatoricStressyzEnum,&tau_yz[0],P1Enum));
     424        this->inputs->AddInput(new PentaInput(DeviatoricStresszzEnum,&tau_zz[0],P1Enum));
     425
     426        /*Clean up and return*/
     427        delete gauss;
     428}
     429/*}}}*/
    245430void       Penta::ComputeStressTensor(){/*{{{*/
    246431
    247         IssmDouble      xyz_list[NUMVERTICES][3];
    248         IssmDouble      pressure,viscosity;
    249         IssmDouble      epsilon[6]; /* epsilon=[exx,eyy,exy];*/
    250         IssmDouble      sigma_xx[NUMVERTICES];
    251         IssmDouble              sigma_yy[NUMVERTICES];
    252         IssmDouble              sigma_zz[NUMVERTICES];
    253         IssmDouble      sigma_xy[NUMVERTICES];
    254         IssmDouble              sigma_xz[NUMVERTICES];
    255         IssmDouble              sigma_yz[NUMVERTICES];
     432        IssmDouble  xyz_list[NUMVERTICES][3];
     433        IssmDouble  pressure,viscosity;
     434        IssmDouble  epsilon[6]; /* epsilon=[exx,eyy,exy];*/
     435        IssmDouble  sigma_xx[NUMVERTICES];
     436        IssmDouble      sigma_yy[NUMVERTICES];
     437        IssmDouble      sigma_zz[NUMVERTICES];
     438        IssmDouble  sigma_xy[NUMVERTICES];
     439        IssmDouble      sigma_xz[NUMVERTICES];
     440        IssmDouble      sigma_yz[NUMVERTICES];
    256441        GaussPenta* gauss=NULL;
    257442
    … …  
    296481}
    297482/*}}}*/
    298 void       Penta::ComputeDeviatoricStressTensor(){/*{{{*/
    299 
    300         IssmDouble      xyz_list[NUMVERTICES][3];
    301         IssmDouble      viscosity;
    302         IssmDouble      epsilon[6]; /* epsilon=[exx,eyy,exy];*/
    303         IssmDouble      tau_xx[NUMVERTICES];
    304         IssmDouble              tau_yy[NUMVERTICES];
    305         IssmDouble              tau_zz[NUMVERTICES];
    306         IssmDouble      tau_xy[NUMVERTICES];
    307         IssmDouble              tau_xz[NUMVERTICES];
    308         IssmDouble              tau_yz[NUMVERTICES];
    309         GaussPenta* gauss=NULL;
    310 
    311         /* Get node coordinates and dof list: */
    312         ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
    313 
    314         /*Retrieve all inputs we will be needing: */
    315         Input* vx_input=inputs->GetInput(VxEnum);             _assert_(vx_input);
    316         Input* vy_input=inputs->GetInput(VyEnum);             _assert_(vy_input);
    317         Input* vz_input=inputs->GetInput(VzEnum);             _assert_(vz_input);
    318 
    319         /* Start looping on the number of vertices: */
    320         gauss=new GaussPenta();
    321         for (int iv=0;iv<NUMVERTICES;iv++){
    322                 gauss->GaussVertex(iv);
    323 
    324                 /*Compute strain rate viscosity and pressure: */
    325                 this->StrainRateFS(&epsilon[0],&xyz_list[0][0],gauss,vx_input,vy_input,vz_input);
    326                 this->ViscosityFS(&viscosity,3,&xyz_list[0][0],gauss,vx_input,vy_input,vz_input);
    327 
    328                 /*Compute Stress*/
    329                 tau_xx[iv]=2*viscosity*epsilon[0]; // tau = nu eps
    330                 tau_yy[iv]=2*viscosity*epsilon[1];
    331                 tau_zz[iv]=2*viscosity*epsilon[2];
    332                 tau_xy[iv]=2*viscosity*epsilon[3];
    333                 tau_xz[iv]=2*viscosity*epsilon[4];
    334                 tau_yz[iv]=2*viscosity*epsilon[5];
    335         }
    336 
    337         /*Add Stress tensor components into inputs*/
    338         this->inputs->AddInput(new PentaInput(StressTensorxxEnum,&tau_xx[0],P1Enum));
    339         this->inputs->AddInput(new PentaInput(StressTensorxyEnum,&tau_xy[0],P1Enum));
    340         this->inputs->AddInput(new PentaInput(StressTensorxzEnum,&tau_xz[0],P1Enum));
    341         this->inputs->AddInput(new PentaInput(StressTensoryyEnum,&tau_yy[0],P1Enum));
    342         this->inputs->AddInput(new PentaInput(StressTensoryzEnum,&tau_yz[0],P1Enum));
    343         this->inputs->AddInput(new PentaInput(StressTensorzzEnum,&tau_zz[0],P1Enum));
    344 
    345         /*Clean up and return*/
    346         delete gauss;
    347 }
    348 /*}}}*/
    349483void       Penta::Configure(Elements* elementsin, Loads* loadsin, Nodes* nodesin,Vertices* verticesin, Materials* materialsin, Parameters* parametersin){/*{{{*/
    350484
    … …  
    380514}
    381515/*}}}*/
     516void       Penta::ControlInputSetGradient(IssmDouble* gradient,int enum_type,int control_index){/*{{{*/
     517
     518        int    vertexpidlist[NUMVERTICES];
     519        IssmDouble grad_list[NUMVERTICES];
     520        Input* grad_input=NULL;
     521        Input* input=NULL;
     522
     523        if(enum_type==MaterialsRheologyBbarEnum){
     524                input=(Input*)inputs->GetInput(MaterialsRheologyBEnum);
     525        }
     526        else if(enum_type==DamageDbarEnum){
     527                input=(Input*)inputs->GetInput(DamageDEnum);
     528        }
     529        else{
     530                input=inputs->GetInput(enum_type);
     531        }
     532        if (!input) _error_("Input " << EnumToStringx(enum_type) << " not found");
     533        if (input->ObjectEnum()!=ControlInputEnum) _error_("Input " << EnumToStringx(enum_type) << " is not a ControlInput");
     534
     535        GradientIndexing(&vertexpidlist[0],control_index);
     536        for(int i=0;i<NUMVERTICES;i++) grad_list[i]=gradient[vertexpidlist[i]];
     537        grad_input=new PentaInput(GradientEnum,grad_list,P1Enum);
     538        ((ControlInput*)input)->SetGradient(grad_input);
     539
     540}/*}}}*/
     541void       Penta::ControlToVectors(Vector<IssmPDouble>* vector_control, Vector<IssmPDouble>* vector_gradient,int control_enum){/*{{{*/
     542
     543        Input* input=NULL;
     544
     545        if(control_enum==MaterialsRheologyBbarEnum){
     546                input=(Input*)inputs->GetInput(MaterialsRheologyBEnum);
     547        }
     548        else if(control_enum==DamageDbarEnum){
     549                input=(Input*)inputs->GetInput(DamageDEnum);
     550        }
     551        else{
     552                input=inputs->GetInput(control_enum);
     553        }
     554        if (!input) _error_("Input " << EnumToStringx(control_enum) << " not found");
     555        if (input->ObjectEnum()!=ControlInputEnum) _error_("Input " << EnumToStringx(control_enum) << " is not a ControlInput");
     556
     557        int         sidlist[NUMVERTICES];
     558        int         connectivity[NUMVERTICES];
     559        IssmPDouble values[NUMVERTICES];
     560        IssmPDouble gradients[NUMVERTICES];
     561        IssmDouble  value,gradient;
     562
     563        this->GetVerticesConnectivityList(&connectivity[0]);
     564        this->GetVerticesSidList(&sidlist[0]);
     565
     566        GaussPenta* gauss=new GaussPenta();
     567        for (int iv=0;iv<NUMVERTICES;iv++){
     568                gauss->GaussVertex(iv);
     569
     570                ((ControlInput*)input)->GetInputValue(&value,gauss);
     571                ((ControlInput*)input)->GetGradientValue(&gradient,gauss);
     572
     573                values[iv]    = reCast<IssmPDouble>(value)/reCast<IssmPDouble>(connectivity[iv]);
     574                gradients[iv] = reCast<IssmPDouble>(gradient)/reCast<IssmPDouble>(connectivity[iv]);
     575        }
     576        delete gauss;
     577
     578        vector_control->SetValues(NUMVERTICES,&sidlist[0],&values[0],ADD_VAL);
     579        vector_gradient->SetValues(NUMVERTICES,&sidlist[0],&gradients[0],ADD_VAL);
     580
     581}/*}}}*/
    382582void       Penta::Delta18oParameterization(void){/*{{{*/
    383583
    … …  
    408608                        input2->GetInputValue(&TemperaturesLgm[iv][month],gauss,month/12.*yts);
    409609                        input3->GetInputValue(&PrecipitationsPresentday[iv][month],gauss,month/12.*yts);
    410                         PrecipitationsPresentday[iv][month]=PrecipitationsPresentday[iv][month]/yts; // converion in m/sec
    411610                }
    412611        }
    … …  
    447646        this->inputs->AddInput(NewPrecipitationInput);
    448647
    449         this->InputExtrude(SurfaceforcingsMonthlytemperaturesEnum);
    450         this->InputExtrude(SurfaceforcingsPrecipitationEnum);
     648        this->InputExtrude(SurfaceforcingsMonthlytemperaturesEnum,-1);
     649        this->InputExtrude(SurfaceforcingsPrecipitationEnum,-1);
    451650
    452651        /*clean-up*/
    … …  
    454653}
    455654/*}}}*/
     655void       Penta::MungsmtpParameterization(void){/*{{{*/
     656        /*Are we on the base? If not, return*/
     657        if(!IsOnBase()) return;
     658
     659        int        i;
     660        IssmDouble monthlytemperatures[NUMVERTICES][12],monthlyprec[NUMVERTICES][12];
     661        IssmDouble TemperaturesPresentday[NUMVERTICES][12],TemperaturesLgm[NUMVERTICES][12];
     662        IssmDouble PrecipitationsPresentday[NUMVERTICES][12],PrecipitationsLgm[NUMVERTICES][12];
     663        IssmDouble tmp[NUMVERTICES];
     664        IssmDouble TdiffTime,PfacTime;
     665        IssmDouble time,yts;
     666        this->parameters->FindParam(&time,TimeEnum);
     667        this->parameters->FindParam(&yts,ConstantsYtsEnum);
     668
     669        /*Recover present day temperature and precipitation*/
     670        Input*     input=inputs->GetInput(SurfaceforcingsTemperaturesPresentdayEnum);    _assert_(input);
     671        Input*     input2=inputs->GetInput(SurfaceforcingsTemperaturesLgmEnum);          _assert_(input2);
     672        Input*     input3=inputs->GetInput(SurfaceforcingsPrecipitationsPresentdayEnum); _assert_(input3);
     673        Input*     input4=inputs->GetInput(SurfaceforcingsPrecipitationsLgmEnum);        _assert_(input4);
     674        GaussPenta* gauss=new GaussPenta();
     675        for(int month=0;month<12;month++) {
     676                for(int iv=0;iv<NUMVERTICES;iv++) {
     677                        gauss->GaussVertex(iv);
     678                        input->GetInputValue(&TemperaturesPresentday[iv][month],gauss,month/12.*yts);
     679                        input2->GetInputValue(&TemperaturesLgm[iv][month],gauss,month/12.*yts);
     680                        input3->GetInputValue(&PrecipitationsPresentday[iv][month],gauss,month/12.*yts);
     681                        input4->GetInputValue(&PrecipitationsLgm[iv][month],gauss,month/12.*yts);
     682                }
     683        }
     684
     685        /*Recover interpolation parameters at time t*/
     686        this->parameters->FindParam(&TdiffTime,SurfaceforcingsTdiffEnum,time);
     687        this->parameters->FindParam(&PfacTime,SurfaceforcingsPfacEnum,time);
     688
     689        /*Compute the temperature and precipitation*/
     690        for(int iv=0;iv<NUMVERTICES;iv++){
     691          ComputeMungsmTemperaturePrecipitation(TdiffTime,PfacTime,
     692                                        &PrecipitationsLgm[iv][0],&PrecipitationsPresentday[iv][0],
     693                                        &TemperaturesLgm[iv][0], &TemperaturesPresentday[iv][0],
     694                                        &monthlytemperatures[iv][0], &monthlyprec[iv][0]);
     695        }
     696
     697        /*Update inputs*/
     698        TransientInput* NewTemperatureInput = new TransientInput(SurfaceforcingsMonthlytemperaturesEnum);
     699        TransientInput* NewPrecipitationInput = new TransientInput(SurfaceforcingsPrecipitationEnum);
     700        for (int imonth=0;imonth<12;imonth++) {
     701                for(i=0;i<NUMVERTICES;i++) tmp[i]=monthlytemperatures[i][imonth];
     702                PentaInput* newmonthinput1 = new PentaInput(SurfaceforcingsMonthlytemperaturesEnum,&tmp[0],P1Enum);
     703                NewTemperatureInput->AddTimeInput(newmonthinput1,time+imonth/12.*yts);
     704       
     705                for(i=0;i<NUMVERTICES;i++) tmp[i]=monthlyprec[i][imonth];
     706                PentaInput* newmonthinput2 = new PentaInput(SurfaceforcingsPrecipitationEnum,&tmp[0],P1Enum);
     707                NewPrecipitationInput->AddTimeInput(newmonthinput2,time+imonth/12.*yts);
     708        }
     709        NewTemperatureInput->Configure(this->parameters);
     710        NewPrecipitationInput->Configure(this->parameters);
     711
     712        this->inputs->AddInput(NewTemperatureInput);
     713        this->inputs->AddInput(NewPrecipitationInput);
     714       
     715        this->InputExtrude(SurfaceforcingsMonthlytemperaturesEnum,-1);
     716        this->InputExtrude(SurfaceforcingsPrecipitationEnum,-1);
     717
     718        /*clean-up*/
     719        delete gauss;
     720}
     721/*}}}*/
     722void       Penta::ElementResponse(IssmDouble* presponse,int response_enum){/*{{{*/
     723
     724        switch(response_enum){
     725                case MaterialsRheologyBbarEnum:
     726                        *presponse=this->material->GetBbar();
     727                        break;
     728                case DamageDbarEnum:
     729                        *presponse=this->material->GetDbar();
     730                        break;
     731                case VelEnum:
     732                        {
     733
     734                                /*Get input:*/
     735                                IssmDouble vel;
     736                                Input* vel_input;
     737
     738                                vel_input=this->inputs->GetInput(VelEnum); _assert_(vel_input);
     739                                vel_input->GetInputAverage(&vel);
     740
     741                                /*Assign output pointers:*/
     742                                *presponse=vel;
     743                        }
     744                        break;
     745                default: 
     746                        _error_("Response type " << EnumToStringx(response_enum) << " not supported yet!");
     747        }
     748
     749}
     750/*}}}*/
     751void       Penta::ElementSizes(IssmDouble* hx,IssmDouble* hy,IssmDouble* hz){/*{{{*/
     752
     753        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     754        IssmDouble xmin,ymin,zmin;
     755        IssmDouble xmax,ymax,zmax;
     756
     757        /*Get xyz list: */
     758        ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
     759        xmin=xyz_list[0][0]; xmax=xyz_list[0][0];
     760        ymin=xyz_list[0][1]; ymax=xyz_list[0][1];
     761        zmin=xyz_list[0][2]; zmax=xyz_list[0][2];
     762
     763        for(int i=1;i<NUMVERTICES;i++){
     764                if(xyz_list[i][0]<xmin) xmin=xyz_list[i][0];
     765                if(xyz_list[i][0]>xmax) xmax=xyz_list[i][0];
     766                if(xyz_list[i][1]<ymin) ymin=xyz_list[i][1];
     767                if(xyz_list[i][1]>ymax) ymax=xyz_list[i][1];
     768                if(xyz_list[i][2]<zmin) zmin=xyz_list[i][2];
     769                if(xyz_list[i][2]>zmax) zmax=xyz_list[i][2];
     770        }
     771
     772        *hx=xmax-xmin;
     773        *hy=ymax-ymin;
     774        *hz=zmax-zmin;
     775}
     776/*}}}*/
    456777int        Penta::FiniteElement(void){/*{{{*/
    457778        return this->element_type;
    … …  
    462783        if(!IsOnBase()) return;
    463784
    464         /*Intermediaries*/
    465         IssmDouble* xyz_list = NULL;
    466         IssmDouble  pressure,water_pressure,sigma_nn,viscosity,bed,base;
    467         IssmDouble  bed_normal[3];
    468         IssmDouble  epsilon[6]; /* epsilon=[exx eyy ezz exy exz eyz];*/
    469         IssmDouble  surface=0,value=0;
    470         bool grounded;
    471 
    472         /* Get node coordinates and dof list: */
    473         GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    474 
    475         /*Retrieve all inputs we will be needing: */
    476         Input* pressure_input = inputs->GetInput(PressureEnum); _assert_(pressure_input);
    477         Input* base_input     = inputs->GetInput(BaseEnum);     _assert_(base_input);
    478         Input* bed_input      = inputs->GetInput(BedEnum);      _assert_(bed_input);
    479         Input* vx_input       = inputs->GetInput(VxEnum);       _assert_(vx_input);
    480         Input* vy_input       = inputs->GetInput(VyEnum);       _assert_(vy_input);
    481         Input* vz_input       = inputs->GetInput(VzEnum);       _assert_(vz_input);
    482 
    483         /*Create gauss point in the middle of the basal edge*/
    484         Gauss* gauss=NewGaussBase(1);
    485         gauss->GaussPoint(0);
    486 
    487         if(!IsFloating()){
    488                 /*Check for basal force only if grounded and touching GL*/
    489                 if(this->inputs->Min(MaskGroundediceLevelsetEnum)==0.){
     785        int approximation;
     786        inputs->GetInputValue(&approximation,ApproximationEnum);
     787        if(approximation==HOApproximationEnum || approximation==SSAApproximationEnum || approximation==SSAHOApproximationEnum){
     788                for(int i=0;i<NUMVERTICES;i++){
     789                        vertexgrounded->SetValue(vertices[i]->Pid(),+9999.,INS_VAL);
     790                        vertexfloating->SetValue(vertices[i]->Pid(),+9999.,INS_VAL);
     791                }
     792        }
     793        else {
     794                /*Intermediaries*/
     795                IssmDouble* xyz_list = NULL;
     796                IssmDouble  pressure,water_pressure,sigma_nn,viscosity,bed,base;
     797                IssmDouble  bed_normal[3];
     798                IssmDouble  epsilon[6]; /* epsilon=[exx eyy ezz exy exz eyz];*/
     799                IssmDouble  surface=0,value=0;
     800                bool grounded;
     801
     802                /* Get node coordinates and dof list: */
     803                GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     804
     805                /*Retrieve all inputs we will be needing: */
     806                Input* pressure_input = inputs->GetInput(PressureEnum); _assert_(pressure_input);
     807                Input* base_input     = inputs->GetInput(BaseEnum);     _assert_(base_input);
     808                Input* bed_input      = inputs->GetInput(BedEnum);      _assert_(bed_input);
     809                Input* vx_input       = inputs->GetInput(VxEnum);       _assert_(vx_input);
     810                Input* vy_input       = inputs->GetInput(VyEnum);       _assert_(vy_input);
     811                Input* vz_input       = inputs->GetInput(VzEnum);       _assert_(vz_input);
     812
     813                /*Create gauss point in the middle of the basal edge*/
     814                Gauss* gauss=NewGaussBase(1);
     815                gauss->GaussPoint(0);
     816
     817                if(!IsFloating()){
     818                        /*Check for basal force only if grounded and touching GL*/
    490819                        this->StrainRateFS(&epsilon[0],xyz_list,gauss,vx_input,vy_input,vz_input);
    491820                        this->ViscosityFS(&viscosity,3,xyz_list,gauss,vx_input,vy_input,vz_input);
    … …  
    509838
    510839                        /*Compute water pressure*/
    511                         IssmDouble rho_ice   = matpar->GetRhoIce();
    512                         IssmDouble rho_water = matpar->GetRhoWater();
    513                         IssmDouble gravity   = matpar->GetG();
     840                        IssmDouble rho_ice   = matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
     841                        IssmDouble rho_water = matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoSeawaterEnum);
     842                        IssmDouble gravity   = matpar->GetMaterialParameter(ConstantsGEnum);
    514843                        water_pressure=gravity*rho_water*base;
    515844
    … …  
    519848                }
    520849                else{
    521                         grounded=true;
    522                 }
    523         }
    524         else{
    525                 /*Check for basal elevation if floating*/
    526                 base_input->GetInputValue(&base, gauss);
    527                 bed_input->GetInputValue(&bed, gauss);
    528                 if (base<bed) grounded=true;
    529                 else          grounded=false;
    530         }
    531         for(int i=0;i<NUMVERTICES;i++){
    532                 if(grounded) vertexgrounded->SetValue(vertices[i]->Pid(),+1.,INS_VAL);
    533                 else         vertexfloating->SetValue(vertices[i]->Pid(),+1.,INS_VAL);
    534         }
    535 
    536         /*clean up*/
    537         delete gauss;
    538         xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
    539 }
    540 /*}}}*/
    541 int        Penta::ObjectEnum(void){/*{{{*/
    542 
    543         return PentaEnum;
    544 
     850                        /*Check for basal elevation if floating*/
     851                        base_input->GetInputValue(&base, gauss);
     852                        bed_input->GetInputValue(&bed, gauss);
     853                        if(base<bed) grounded=true;
     854                        else          grounded=false;
     855                }
     856                for(int i=0;i<NUMVERTICES;i++){
     857                        if(grounded) vertexgrounded->SetValue(vertices[i]->Pid(),+1.,INS_VAL);
     858                        else         vertexfloating->SetValue(vertices[i]->Pid(),+1.,INS_VAL);
     859                }
     860
     861                /*clean up*/
     862                delete gauss;
     863                xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     864        }
    545865}
    546866/*}}}*/
    … …  
    580900}
    581901/*}}}*/
    582 Penta*     Penta::GetUpperPenta(void){/*{{{*/
    583 
    584         Penta* upper_penta=NULL;
    585 
    586         upper_penta=(Penta*)verticalneighbors[1]; //first one (0) under, second one (1) above
    587 
    588         return upper_penta;
     902Element*   Penta::GetBasalElement(void){/*{{{*/
     903
     904        /*Output*/
     905        Element* element=this->GetBasalPenta();
     906        return element;
     907}
     908/*}}}*/
     909Penta*     Penta::GetBasalPenta(void){/*{{{*/
     910
     911        /*Output*/
     912        Penta* penta=NULL;
     913
     914        /*Go through all pentas till the bed is reached*/
     915        penta=this;
     916        for(;;){
     917                /*Stop if we have reached the surface, else, take lower penta*/
     918                if (penta->IsOnBase()) break;
     919
     920                /* get lower Penta*/
     921                penta=penta->GetLowerPenta();
     922                _assert_(penta->Id()!=this->id);
     923        }
     924
     925        /*return output*/
     926        return penta;
     927}
     928/*}}}*/
     929int        Penta::GetElementType(){/*{{{*/
     930
     931        /*return PentaRef field*/
     932        return this->element_type;
     933}
     934/*}}}*/
     935void       Penta::GetGroundedPart(int* point1,IssmDouble* fraction1,IssmDouble* fraction2, bool* mainlyfloating){/*{{{*/
     936        /*Computeportion of the element that is grounded*/
     937
     938        bool               floating=true;
     939        int                point;
     940        const IssmPDouble  epsilon= 1.e-15;
     941        IssmDouble         gl[NUMVERTICES];
     942        IssmDouble         f1,f2;
     943
     944        /*Recover parameters and values*/
     945        GetInputListOnVertices(&gl[0],MaskGroundediceLevelsetEnum);
     946
     947        /*Be sure that values are not zero*/
     948        if(gl[0]==0.) gl[0]=gl[0]+epsilon;
     949        if(gl[1]==0.) gl[1]=gl[1]+epsilon;
     950        if(gl[2]==0.) gl[2]=gl[2]+epsilon;
     951
     952        /*Check that not all nodes are grounded or floating*/
     953        if(gl[0]>0 && gl[1]>0 && gl[2]>0){ // All grounded
     954                point=0;
     955                f1=1.;
     956                f2=1.;
     957        }
     958        else if(gl[0]<0 && gl[1]<0 && gl[2]<0){ //All floating
     959                point=0;
     960                f1=0.;
     961                f2=0.;
     962        }
     963        else{
     964                if(gl[0]*gl[1]*gl[2]<0) floating=false;
     965
     966                if(gl[0]*gl[1]>0){ //Nodes 0 and 1 are similar, so points must be found on segment 0-2 and 1-2
     967                        point=2;
     968                        f1=gl[2]/(gl[2]-gl[0]);
     969                        f2=gl[2]/(gl[2]-gl[1]);
     970                }
     971                else if(gl[1]*gl[2]>0){ //Nodes 1 and 2 are similar, so points must be found on segment 0-1 and 0-2
     972                        point=0;
     973                        f1=gl[0]/(gl[0]-gl[1]);
     974                        f2=gl[0]/(gl[0]-gl[2]);
     975                }
     976                else if(gl[0]*gl[2]>0){ //Nodes 0 and 2 are similar, so points must be found on segment 1-0 and 1-2
     977                        point=1;
     978                        f1=gl[1]/(gl[1]-gl[2]);
     979                        f2=gl[1]/(gl[1]-gl[0]);
     980                }
     981        }
     982        *point1=point;
     983        *fraction1=f1;
     984        *fraction2=f2;
     985        *mainlyfloating=floating;
     986}
     987/*}}}*/
     988IssmDouble Penta::GetGroundedPortion(IssmDouble* xyz_list){/*{{{*/
     989        /*Computeportion of the element that is grounded*/
     990
     991        bool               mainlyfloating = true;
     992        const IssmPDouble  epsilon= 1.e-15;
     993        IssmDouble         phi,s1,s2,area_init,area_grounded;
     994        IssmDouble         gl[NUMVERTICES];
     995        IssmDouble         xyz_bis[NUMVERTICES2D][3];
     996
     997        /*Recover parameters and values*/
     998        GetInputListOnVertices(&gl[0],MaskGroundediceLevelsetEnum);
     999
     1000        /*Be sure that values are not zero*/
     1001        if(gl[0]==0.) gl[0]=gl[0]+epsilon;
     1002        if(gl[1]==0.) gl[1]=gl[1]+epsilon;
     1003        if(gl[2]==0.) gl[2]=gl[2]+epsilon;
     1004
     1005        /*Check that not all nodes are grounded or floating*/
     1006        if(gl[0]>0 && gl[1]>0 && gl[2]>0){ // All grounded
     1007                phi=1;
     1008        }
     1009        else if(gl[0]<0 && gl[1]<0 && gl[2]<0){ //All floating
     1010                phi=0;
     1011        }
     1012        else{
     1013                /*Figure out if two nodes are floating or grounded*/
     1014                if(gl[0]*gl[1]*gl[2]>0) mainlyfloating=false;
     1015
     1016                if(gl[0]*gl[1]>0){ //Nodes 0 and 1 are similar, so points must be found on segment 0-2 and 1-2
     1017                        /*Coordinates of point 2: same as initial point 2*/
     1018                        xyz_bis[2][0]=xyz_list[3*2+0];
     1019                        xyz_bis[2][1]=xyz_list[3*2+1];
     1020                        xyz_bis[2][2]=xyz_list[3*2+2];
     1021
     1022                        /*Portion of the segments*/
     1023                        s1=gl[2]/(gl[2]-gl[1]);
     1024                        s2=gl[2]/(gl[2]-gl[0]);
     1025
     1026                        /*New point 1*/
     1027                        xyz_bis[1][0]=xyz_list[3*2+0]+s1*(xyz_list[3*1+0]-xyz_list[3*2+0]);
     1028                        xyz_bis[1][1]=xyz_list[3*2+1]+s1*(xyz_list[3*1+1]-xyz_list[3*2+1]);
     1029                        xyz_bis[1][2]=xyz_list[3*2+2]+s1*(xyz_list[3*1+2]-xyz_list[3*2+2]);
     1030
     1031                        /*New point 0*/
     1032                        xyz_bis[0][0]=xyz_list[3*2+0]+s2*(xyz_list[3*0+0]-xyz_list[3*2+0]);
     1033                        xyz_bis[0][1]=xyz_list[3*2+1]+s2*(xyz_list[3*0+1]-xyz_list[3*2+1]);
     1034                        xyz_bis[0][2]=xyz_list[3*2+2]+s2*(xyz_list[3*0+2]-xyz_list[3*2+2]);
     1035                }
     1036                else if(gl[1]*gl[2]>0){ //Nodes 1 and 2 are similar, so points must be found on segment 0-1 and 0-2
     1037                        /*Coordinates of point 0: same as initial point 2*/
     1038                        xyz_bis[0][0]=*(xyz_list+3*0+0);
     1039                        xyz_bis[0][1]=*(xyz_list+3*0+1);
     1040                        xyz_bis[0][2]=*(xyz_list+3*0+2);
     1041
     1042                        /*Portion of the segments*/
     1043                        s1=gl[0]/(gl[0]-gl[1]);
     1044                        s2=gl[0]/(gl[0]-gl[2]);
     1045
     1046                        /*New point 1*/
     1047                        xyz_bis[1][0]=*(xyz_list+3*0+0)+s1*(*(xyz_list+3*1+0)-*(xyz_list+3*0+0));
     1048                        xyz_bis[1][1]=*(xyz_list+3*0+1)+s1*(*(xyz_list+3*1+1)-*(xyz_list+3*0+1));
     1049                        xyz_bis[1][2]=*(xyz_list+3*0+2)+s1*(*(xyz_list+3*1+2)-*(xyz_list+3*0+2));
     1050
     1051                        /*New point 2*/
     1052                        xyz_bis[2][0]=*(xyz_list+3*0+0)+s2*(*(xyz_list+3*2+0)-*(xyz_list+3*0+0));
     1053                        xyz_bis[2][1]=*(xyz_list+3*0+1)+s2*(*(xyz_list+3*2+1)-*(xyz_list+3*0+1));
     1054                        xyz_bis[2][2]=*(xyz_list+3*0+2)+s2*(*(xyz_list+3*2+2)-*(xyz_list+3*0+2));
     1055                }
     1056                else if(gl[0]*gl[2]>0){ //Nodes 0 and 2 are similar, so points must be found on segment 1-0 and 1-2
     1057                        /*Coordinates of point 1: same as initial point 2*/
     1058                        xyz_bis[1][0]=*(xyz_list+3*1+0);
     1059                        xyz_bis[1][1]=*(xyz_list+3*1+1);
     1060                        xyz_bis[1][2]=*(xyz_list+3*1+2);
     1061
     1062                        /*Portion of the segments*/
     1063                        s1=gl[1]/(gl[1]-gl[0]);
     1064                        s2=gl[1]/(gl[1]-gl[2]);
     1065
     1066                        /*New point 0*/
     1067                        xyz_bis[0][0]=*(xyz_list+3*1+0)+s1*(*(xyz_list+3*0+0)-*(xyz_list+3*1+0));
     1068                        xyz_bis[0][1]=*(xyz_list+3*1+1)+s1*(*(xyz_list+3*0+1)-*(xyz_list+3*1+1));
     1069                        xyz_bis[0][2]=*(xyz_list+3*1+2)+s1*(*(xyz_list+3*0+2)-*(xyz_list+3*1+2));
     1070
     1071                        /*New point 2*/
     1072                        xyz_bis[2][0]=*(xyz_list+3*1+0)+s2*(*(xyz_list+3*2+0)-*(xyz_list+3*1+0));
     1073                        xyz_bis[2][1]=*(xyz_list+3*1+1)+s2*(*(xyz_list+3*2+1)-*(xyz_list+3*1+1));
     1074                        xyz_bis[2][2]=*(xyz_list+3*1+2)+s2*(*(xyz_list+3*2+2)-*(xyz_list+3*1+2));
     1075                }
     1076
     1077                /*Compute fraction of grounded element*/
     1078                GetTriaJacobianDeterminant(&area_init, xyz_list,NULL);
     1079                GetTriaJacobianDeterminant(&area_grounded, &xyz_bis[0][0],NULL);
     1080                if(mainlyfloating==true) area_grounded=area_init-area_grounded;
     1081                phi=area_grounded/area_init;
     1082        }
     1083
     1084        if(phi>1. || phi<0.) _error_("Error. Problem with portion of grounded element: value should be between 0 and 1");
     1085
     1086        return phi;
     1087}
     1088/*}}}*/
     1089void       Penta::GetIcefrontCoordinates(IssmDouble** pxyz_front,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum){/*{{{*/
     1090       
     1091        /* Intermediaries */
     1092        const int dim=3;
     1093        int i, dir,nrfrontnodes;
     1094        IssmDouble  levelset[NUMVERTICES];
     1095
     1096        /*Recover parameters and values*/
     1097        GetInputListOnVertices(&levelset[0],levelsetenum);
     1098
     1099        int* indicesfront = xNew<int>(NUMVERTICES);
     1100        /* Get basal nodes where there is no ice */
     1101        nrfrontnodes=0;
     1102        for(i=0;i<NUMVERTICES2D;i++){
     1103                if(levelset[i]>=0.){
     1104                        indicesfront[nrfrontnodes]=i;
     1105                        nrfrontnodes++;
     1106                }
     1107        }
     1108        _assert_(nrfrontnodes==2);
     1109
     1110        /* arrange order of basal frontnodes such that they are oriented counterclockwise */
     1111        if((NUMVERTICES2D+indicesfront[0]-indicesfront[1])%NUMVERTICES2D!=NUMVERTICES2D-1){
     1112                int index=indicesfront[0];
     1113                indicesfront[0]=indicesfront[1];
     1114                indicesfront[1]=index;
     1115        }       
     1116
     1117        IssmDouble* xyz_front = xNew<IssmDouble>(2*dim*nrfrontnodes);
     1118        /* Return basal and top front nodes */
     1119        for(i=0;i<nrfrontnodes;i++){
     1120                for(dir=0;dir<dim;dir++){
     1121                        int ind1=i*dim+dir, ind2=(2*nrfrontnodes-1-i)*dim+dir; // vertex structure front segment: base0, base1, top1, top0
     1122                        xyz_front[ind1]=xyz_list[dim*indicesfront[i]+dir];
     1123                        xyz_front[ind2]=xyz_list[dim*(indicesfront[i]+NUMVERTICES2D)+dir];
     1124                }
     1125        }
     1126
     1127        *pxyz_front=xyz_front;
     1128
     1129        xDelete<int>(indicesfront);
     1130}/*}}}*/
     1131void       Penta::GetInputValue(IssmDouble* pvalue,Node* node,int enumtype){/*{{{*/
     1132
     1133        Input* input=inputs->GetInput(enumtype);
     1134        if(!input) _error_("No input of type " << EnumToStringx(enumtype) << " found in tria");
     1135
     1136        GaussPenta* gauss=new GaussPenta();
     1137        gauss->GaussVertex(this->GetNodeIndex(node));
     1138
     1139        input->GetInputValue(pvalue,gauss);
     1140        delete gauss;
    5891141}
    5901142/*}}}*/
    … …  
    5961148
    5971149        return lower_penta;
     1150}
     1151/*}}}*/
     1152Node*      Penta::GetNode(int node_number){/*{{{*/
     1153        _assert_(node_number>=0);
     1154        _assert_(node_number<this->NumberofNodes(this->element_type));
     1155        return this->nodes[node_number];
     1156}
     1157/*}}}*/
     1158int        Penta::GetNodeIndex(Node* node){/*{{{*/
     1159
     1160        _assert_(nodes);
     1161        int numnodes = this->NumberofNodes(this->element_type);
     1162
     1163        for(int i=0;i<numnodes;i++){
     1164                if(node==nodes[i]) return i;
     1165        }
     1166        _error_("Node provided not found among element nodes");
     1167
     1168}
     1169/*}}}*/
     1170int        Penta::GetNumberOfNodes(void){/*{{{*/
     1171        return this->NumberofNodes(this->element_type);
     1172}
     1173/*}}}*/
     1174int        Penta::GetNumberOfNodes(int enum_type){/*{{{*/
     1175        return this->NumberofNodes(enum_type);
     1176}
     1177/*}}}*/
     1178int        Penta::GetNumberOfVertices(void){/*{{{*/
     1179        return NUMVERTICES;
     1180}
     1181/*}}}*/
     1182void       Penta::GetSolutionFromInputsOneDof(Vector<IssmDouble>* solution, int enum_type){/*{{{*/
     1183
     1184        const int    numdof=NDOF1*NUMVERTICES;
     1185
     1186        int          i;
     1187        int*         doflist=NULL;
     1188        IssmDouble   values[numdof];
     1189        IssmDouble   enum_value;
     1190        GaussPenta   *gauss=NULL;
     1191
     1192        /*Get dof list: */
     1193        GetDofList(&doflist,NoneApproximationEnum,GsetEnum);
     1194        Input* enum_input=inputs->GetInput(enum_type); _assert_(enum_input);
     1195
     1196        gauss=new GaussPenta();
     1197        for(i=0;i<NUMVERTICES;i++){
     1198                /*Recover temperature*/
     1199                gauss->GaussVertex(i);
     1200                enum_input->GetInputValue(&enum_value,gauss);
     1201                values[i]=enum_value;
     1202        }
     1203
     1204        /*Add value to global vector*/
     1205        solution->SetValues(numdof,doflist,values,INS_VAL);
     1206
     1207        /*Free ressources:*/
     1208        delete gauss;
     1209        xDelete<int>(doflist);
    5981210}
    5991211/*}}}*/
    … …  
    6181230}
    6191231/*}}}*/
    620 Penta*     Penta::GetBasalPenta(void){/*{{{*/
    621 
    622         /*Output*/
    623         Penta* penta=NULL;
    624 
    625         /*Go through all pentas till the bed is reached*/
    626         penta=this;
    627         for(;;){
    628                 /*Stop if we have reached the surface, else, take lower penta*/
    629                 if (penta->IsOnBase()) break;
    630 
    631                 /* get lower Penta*/
    632                 penta=penta->GetLowerPenta();
    633                 _assert_(penta->Id()!=this->id);
    634         }
    635 
    636         /*return output*/
    637         return penta;
    638 }
    639 /*}}}*/
    6401232Element*   Penta::GetUpperElement(void){/*{{{*/
    6411233
    … …  
    6451237}
    6461238/*}}}*/
    647 Element*   Penta::GetBasalElement(void){/*{{{*/
    648 
    649         /*Output*/
    650         Element* element=this->GetBasalPenta();
    651         return element;
    652 }
    653 /*}}}*/
    654 void       Penta::GetGroundedPart(int* point1,IssmDouble* fraction1,IssmDouble* fraction2, bool* mainlyfloating){/*{{{*/
    655         /*Computeportion of the element that is grounded*/
    656 
    657         bool               floating=true;
    658         int                point;
    659         const IssmPDouble  epsilon= 1.e-15;
    660         IssmDouble         gl[NUMVERTICES];
    661         IssmDouble         f1,f2;
    662 
    663         /*Recover parameters and values*/
    664         GetInputListOnVertices(&gl[0],MaskGroundediceLevelsetEnum);
    665 
    666         /*Be sure that values are not zero*/
    667         if(gl[0]==0.) gl[0]=gl[0]+epsilon;
    668         if(gl[1]==0.) gl[1]=gl[1]+epsilon;
    669         if(gl[2]==0.) gl[2]=gl[2]+epsilon;
    670 
    671         /*Check that not all nodes are grounded or floating*/
    672         if(gl[0]>0 && gl[1]>0 && gl[2]>0){ // All grounded
    673                 point=0;
    674                 f1=1.;
    675                 f2=1.;
    676         }
    677         else if(gl[0]<0 && gl[1]<0 && gl[2]<0){ //All floating
    678                 point=0;
    679                 f1=0.;
    680                 f2=0.;
    681         }
    682         else{
    683                 if(gl[0]*gl[1]*gl[2]<0) floating=false;
    684 
    685                 if(gl[0]*gl[1]>0){ //Nodes 0 and 1 are similar, so points must be found on segment 0-2 and 1-2
    686                         point=2;
    687                         f1=gl[2]/(gl[2]-gl[0]);
    688                         f2=gl[2]/(gl[2]-gl[1]);
    689                 }
    690                 else if(gl[1]*gl[2]>0){ //Nodes 1 and 2 are similar, so points must be found on segment 0-1 and 0-2
    691                         point=0;
    692                         f1=gl[0]/(gl[0]-gl[1]);
    693                         f2=gl[0]/(gl[0]-gl[2]);
    694                 }
    695                 else if(gl[0]*gl[2]>0){ //Nodes 0 and 2 are similar, so points must be found on segment 1-0 and 1-2
    696                         point=1;
    697                         f1=gl[1]/(gl[1]-gl[2]);
    698                         f2=gl[1]/(gl[1]-gl[0]);
    699                 }
    700         }
    701         *point1=point;
    702         *fraction1=f1;
    703         *fraction2=f2;
    704         *mainlyfloating=floating;
    705 }
    706 /*}}}*/
    707 IssmDouble Penta::GetGroundedPortion(IssmDouble* xyz_list){/*{{{*/
    708         /*Computeportion of the element that is grounded*/
    709 
    710         bool               mainlyfloating = true;
    711         const IssmPDouble  epsilon= 1.e-15;
    712         IssmDouble         phi,s1,s2,area_init,area_grounded;
    713         IssmDouble         gl[NUMVERTICES];
    714         IssmDouble         xyz_bis[NUMVERTICES2D][3];
    715 
    716         /*Recover parameters and values*/
    717         GetInputListOnVertices(&gl[0],MaskGroundediceLevelsetEnum);
    718 
    719         /*Be sure that values are not zero*/
    720         if(gl[0]==0.) gl[0]=gl[0]+epsilon;
    721         if(gl[1]==0.) gl[1]=gl[1]+epsilon;
    722         if(gl[2]==0.) gl[2]=gl[2]+epsilon;
    723 
    724         /*Check that not all nodes are grounded or floating*/
    725         if(gl[0]>0 && gl[1]>0 && gl[2]>0){ // All grounded
    726                 phi=1;
    727         }
    728         else if(gl[0]<0 && gl[1]<0 && gl[2]<0){ //All floating
    729                 phi=0;
    730         }
    731         else{
    732                 /*Figure out if two nodes are floating or grounded*/
    733                 if(gl[0]*gl[1]*gl[2]>0) mainlyfloating=false;
    734 
    735                 if(gl[0]*gl[1]>0){ //Nodes 0 and 1 are similar, so points must be found on segment 0-2 and 1-2
    736                         /*Coordinates of point 2: same as initial point 2*/
    737                         xyz_bis[2][0]=xyz_list[3*2+0];
    738                         xyz_bis[2][1]=xyz_list[3*2+1];
    739                         xyz_bis[2][2]=xyz_list[3*2+2];
    740 
    741                         /*Portion of the segments*/
    742                         s1=gl[2]/(gl[2]-gl[1]);
    743                         s2=gl[2]/(gl[2]-gl[0]);
    744 
    745                         /*New point 1*/
    746                         xyz_bis[1][0]=xyz_list[3*2+0]+s1*(xyz_list[3*1+0]-xyz_list[3*2+0]);
    747                         xyz_bis[1][1]=xyz_list[3*2+1]+s1*(xyz_list[3*1+1]-xyz_list[3*2+1]);
    748                         xyz_bis[1][2]=xyz_list[3*2+2]+s1*(xyz_list[3*1+2]-xyz_list[3*2+2]);
    749 
    750                         /*New point 0*/
    751                         xyz_bis[0][0]=xyz_list[3*2+0]+s2*(xyz_list[3*0+0]-xyz_list[3*2+0]);
    752                         xyz_bis[0][1]=xyz_list[3*2+1]+s2*(xyz_list[3*0+1]-xyz_list[3*2+1]);
    753                         xyz_bis[0][2]=xyz_list[3*2+2]+s2*(xyz_list[3*0+2]-xyz_list[3*2+2]);
    754                 }
    755                 else if(gl[1]*gl[2]>0){ //Nodes 1 and 2 are similar, so points must be found on segment 0-1 and 0-2
    756                         /*Coordinates of point 0: same as initial point 2*/
    757                         xyz_bis[0][0]=*(xyz_list+3*0+0);
    758                         xyz_bis[0][1]=*(xyz_list+3*0+1);
    759                         xyz_bis[0][2]=*(xyz_list+3*0+2);
    760 
    761                         /*Portion of the segments*/
    762                         s1=gl[0]/(gl[0]-gl[1]);
    763                         s2=gl[0]/(gl[0]-gl[2]);
    764 
    765                         /*New point 1*/
    766                         xyz_bis[1][0]=*(xyz_list+3*0+0)+s1*(*(xyz_list+3*1+0)-*(xyz_list+3*0+0));
    767                         xyz_bis[1][1]=*(xyz_list+3*0+1)+s1*(*(xyz_list+3*1+1)-*(xyz_list+3*0+1));
    768                         xyz_bis[1][2]=*(xyz_list+3*0+2)+s1*(*(xyz_list+3*1+2)-*(xyz_list+3*0+2));
    769 
    770                         /*New point 2*/
    771                         xyz_bis[2][0]=*(xyz_list+3*0+0)+s2*(*(xyz_list+3*2+0)-*(xyz_list+3*0+0));
    772                         xyz_bis[2][1]=*(xyz_list+3*0+1)+s2*(*(xyz_list+3*2+1)-*(xyz_list+3*0+1));
    773                         xyz_bis[2][2]=*(xyz_list+3*0+2)+s2*(*(xyz_list+3*2+2)-*(xyz_list+3*0+2));
    774                 }
    775                 else if(gl[0]*gl[2]>0){ //Nodes 0 and 2 are similar, so points must be found on segment 1-0 and 1-2
    776                         /*Coordinates of point 1: same as initial point 2*/
    777                         xyz_bis[1][0]=*(xyz_list+3*1+0);
    778                         xyz_bis[1][1]=*(xyz_list+3*1+1);
    779                         xyz_bis[1][2]=*(xyz_list+3*1+2);
    780 
    781                         /*Portion of the segments*/
    782                         s1=gl[1]/(gl[1]-gl[0]);
    783                         s2=gl[1]/(gl[1]-gl[2]);
    784 
    785                         /*New point 0*/
    786                         xyz_bis[0][0]=*(xyz_list+3*1+0)+s1*(*(xyz_list+3*0+0)-*(xyz_list+3*1+0));
    787                         xyz_bis[0][1]=*(xyz_list+3*1+1)+s1*(*(xyz_list+3*0+1)-*(xyz_list+3*1+1));
    788                         xyz_bis[0][2]=*(xyz_list+3*1+2)+s1*(*(xyz_list+3*0+2)-*(xyz_list+3*1+2));
    789 
    790                         /*New point 2*/
    791                         xyz_bis[2][0]=*(xyz_list+3*1+0)+s2*(*(xyz_list+3*2+0)-*(xyz_list+3*1+0));
    792                         xyz_bis[2][1]=*(xyz_list+3*1+1)+s2*(*(xyz_list+3*2+1)-*(xyz_list+3*1+1));
    793                         xyz_bis[2][2]=*(xyz_list+3*1+2)+s2*(*(xyz_list+3*2+2)-*(xyz_list+3*1+2));
    794                 }
    795 
    796                 /*Compute fraction of grounded element*/
    797                 GetTriaJacobianDeterminant(&area_init, xyz_list,NULL);
    798                 GetTriaJacobianDeterminant(&area_grounded, &xyz_bis[0][0],NULL);
    799                 if(mainlyfloating==true) area_grounded=area_init-area_grounded;
    800                 phi=area_grounded/area_init;
    801         }
    802 
    803         if(phi>1. || phi<0.) _error_("Error. Problem with portion of grounded element: value should be between 0 and 1");
    804 
    805         return phi;
    806 }
    807 /*}}}*/
    808 int        Penta::GetElementType(){/*{{{*/
    809 
    810         /*return PentaRef field*/
    811         return this->element_type;
    812 }
    813 /*}}}*/
    814 void       Penta::ElementSizes(IssmDouble* hx,IssmDouble* hy,IssmDouble* hz){/*{{{*/
    815 
    816         IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
    817         IssmDouble xmin,ymin,zmin;
    818         IssmDouble xmax,ymax,zmax;
    819 
    820         /*Get xyz list: */
    821         ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
    822         xmin=xyz_list[0][0]; xmax=xyz_list[0][0];
    823         ymin=xyz_list[0][1]; ymax=xyz_list[0][1];
    824         zmin=xyz_list[0][2]; zmax=xyz_list[0][2];
    825 
    826         for(int i=1;i<NUMVERTICES;i++){
    827                 if(xyz_list[i][0]<xmin) xmin=xyz_list[i][0];
    828                 if(xyz_list[i][0]>xmax) xmax=xyz_list[i][0];
    829                 if(xyz_list[i][1]<ymin) ymin=xyz_list[i][1];
    830                 if(xyz_list[i][1]>ymax) ymax=xyz_list[i][1];
    831                 if(xyz_list[i][2]<zmin) zmin=xyz_list[i][2];
    832                 if(xyz_list[i][2]>zmax) zmax=xyz_list[i][2];
    833         }
    834 
    835         *hx=xmax-xmin;
    836         *hy=ymax-ymin;
    837         *hz=zmax-zmin;
    838 }
    839 /*}}}*/
    840 int        Penta::GetNodeIndex(Node* node){/*{{{*/
    841 
    842         _assert_(nodes);
    843         int numnodes = this->NumberofNodes(this->element_type);
    844 
    845         for(int i=0;i<numnodes;i++){
    846                 if(node==nodes[i]) return i;
    847         }
    848         _error_("Node provided not found among element nodes");
    849 
    850 }
    851 /*}}}*/
    852 int        Penta::GetNumberOfNodes(void){/*{{{*/
    853         return this->NumberofNodes(this->element_type);
    854 }
    855 /*}}}*/
    856 int        Penta::GetNumberOfNodes(int enum_type){/*{{{*/
    857         return this->NumberofNodes(enum_type);
    858 }
    859 /*}}}*/
    860 int        Penta::GetNumberOfVertices(void){/*{{{*/
    861         return NUMVERTICES;
    862 }
    863 /*}}}*/
    864 Node*      Penta::GetNode(int node_number){/*{{{*/
    865         _assert_(node_number>=0);
    866         _assert_(node_number<this->NumberofNodes(this->element_type));
    867         return this->nodes[node_number];
    868 }
    869 /*}}}*/
    870 void       Penta::GetInputValue(IssmDouble* pvalue,Node* node,int enumtype){/*{{{*/
    871 
    872         Input* input=inputs->GetInput(enumtype);
    873         if(!input) _error_("No input of type " << EnumToStringx(enumtype) << " found in tria");
    874 
    875         GaussPenta* gauss=new GaussPenta();
    876         gauss->GaussVertex(this->GetNodeIndex(node));
    877 
    878         input->GetInputValue(pvalue,gauss);
    879         delete gauss;
     1239Penta*     Penta::GetUpperPenta(void){/*{{{*/
     1240
     1241        Penta* upper_penta=NULL;
     1242
     1243        upper_penta=(Penta*)verticalneighbors[1]; //first one (0) under, second one (1) above
     1244
     1245        return upper_penta;
     1246}
     1247/*}}}*/
     1248void       Penta::GetVectorFromControlInputs(Vector<IssmDouble>* vector,int control_enum,int control_index,const char* data,bool onsid){/*{{{*/
     1249
     1250        int vertexidlist[NUMVERTICES];
     1251
     1252        /*Get out if this is not an element input*/
     1253        if(!IsInput(control_enum)) return;
     1254
     1255        /*Prepare index list*/
     1256        GradientIndexing(&vertexidlist[0],control_index,onsid);
     1257
     1258        /*Get input (either in element or material)*/
     1259        if(control_enum==MaterialsRheologyBbarEnum) control_enum=MaterialsRheologyBEnum;
     1260        Input* input=inputs->GetInput(control_enum);
     1261        if(!input) _error_("Input " << EnumToStringx(control_enum) << " not found in element");
     1262
     1263        /*Check that it is a ControlInput*/
     1264        if (input->ObjectEnum()!=ControlInputEnum){
     1265                _error_("input " << EnumToStringx(control_enum) << " is not a ControlInput");
     1266        }
     1267
     1268        ((ControlInput*)input)->GetVectorFromInputs(vector,&vertexidlist[0],data);
    8801269}
    8811270/*}}}*/
    … …  
    8981287
    8991288}/*}}}*/
    900 void       Penta::NormalSection(IssmDouble* normal,IssmDouble* xyz_list){/*{{{*/
    901 
    902         /*Build unit outward pointing vector*/
    903         IssmDouble AB[3];
    904         IssmDouble AC[3];
    905         IssmDouble norm;
    906 
    907         AB[0]=xyz_list[1*3+0] - xyz_list[0*3+0];
    908         AB[1]=xyz_list[1*3+1] - xyz_list[0*3+1];
    909         AB[2]=xyz_list[1*3+2] - xyz_list[0*3+2];
    910         AC[0]=xyz_list[2*3+0] - xyz_list[0*3+0];
    911         AC[1]=xyz_list[2*3+1] - xyz_list[0*3+1];
    912         AC[2]=xyz_list[2*3+2] - xyz_list[0*3+2];
    913 
    914         cross(normal,AB,AC);
    915         norm=sqrt(normal[0]*normal[0]+normal[1]*normal[1]+normal[2]*normal[2]);
    916 
    917         for(int i=0;i<3;i++) normal[i]=normal[i]/norm;
    918 }
    919 /*}}}*/
    920 IssmDouble Penta::StabilizationParameter(IssmDouble u, IssmDouble v, IssmDouble w, IssmDouble diameter, IssmDouble kappa){/*{{{*/
    921         /*Compute stabilization parameter*/
    922         /*kappa=thermalconductivity/(rho_ice*hearcapacity) for thermal model*/
    923         /*kappa=enthalpydiffusionparameter for enthalpy model*/
    924 
    925         IssmDouble normu;
    926         IssmDouble tau_parameter;
    927 
    928         normu=pow(pow(u,2)+pow(v,2)+pow(w,2),0.5);
    929         if(normu*diameter/(3*2*kappa)<1){
    930                 tau_parameter=pow(diameter,2)/(3*2*2*kappa);
    931         }
    932         else tau_parameter=diameter/(2*normu);
    933 
    934         return tau_parameter;
    935 }
    936 /*}}}*/
    937 void       Penta::ZeroLevelsetCoordinates(IssmDouble** pxyz_zero,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum){/*{{{*/
    938         /*Compute portion of the element that is grounded*/
    939 
    940         int         normal_orientation=0;
    941         IssmDouble  s1,s2;
    942         IssmDouble  levelset[NUMVERTICES];
    943         IssmDouble* xyz_zero = xNew<IssmDouble>(4*3);
    944 
    945         /*Recover parameters and values*/
    946         GetInputListOnVertices(&levelset[0],levelsetenum);
    947 
    948         if(levelset[0]*levelset[1]>0.){ //Nodes 0 and 1 are similar, so points must be found on segment 0-2 and 1-2
    949                 /*Portion of the segments*/
    950                 s1=levelset[2]/(levelset[2]-levelset[1]);
    951                 s2=levelset[2]/(levelset[2]-levelset[0]);
    952 
    953                 if(levelset[2]<0.) normal_orientation=1; //orientation of quadrangle at base and top, depending on distribution of levelsetfunction
    954                 /*New point 1*/
    955                 xyz_zero[3*normal_orientation+0]=xyz_list[2*3+0]+s1*(xyz_list[1*3+0]-xyz_list[2*3+0]);
    956                 xyz_zero[3*normal_orientation+1]=xyz_list[2*3+1]+s1*(xyz_list[1*3+1]-xyz_list[2*3+1]);
    957                 xyz_zero[3*normal_orientation+2]=xyz_list[2*3+2]+s1*(xyz_list[1*3+2]-xyz_list[2*3+2]);
    958 
    959                 /*New point 0*/
    960                 xyz_zero[3*(1-normal_orientation)+0]=xyz_list[2*3+0]+s2*(xyz_list[0*3+0]-xyz_list[2*3+0]);
    961                 xyz_zero[3*(1-normal_orientation)+1]=xyz_list[2*3+1]+s2*(xyz_list[0*3+1]-xyz_list[2*3+1]);
    962                 xyz_zero[3*(1-normal_orientation)+2]=xyz_list[2*3+2]+s2*(xyz_list[0*3+2]-xyz_list[2*3+2]);
    963 
    964                 /*New point 3*/
    965                 xyz_zero[3*(2+1-normal_orientation)+0]=xyz_list[5*3+0]+s1*(xyz_list[4*3+0]-xyz_list[5*3+0]);
    966                 xyz_zero[3*(2+1-normal_orientation)+1]=xyz_list[5*3+1]+s1*(xyz_list[4*3+1]-xyz_list[5*3+1]);
    967                 xyz_zero[3*(2+1-normal_orientation)+2]=xyz_list[5*3+2]+s1*(xyz_list[4*3+2]-xyz_list[5*3+2]);
    968 
    969                 /*New point 4*/
    970                 xyz_zero[3*(2+normal_orientation)+0]=xyz_list[5*3+0]+s2*(xyz_list[3*3+0]-xyz_list[5*3+0]);
    971                 xyz_zero[3*(2+normal_orientation)+1]=xyz_list[5*3+1]+s2*(xyz_list[3*3+1]-xyz_list[5*3+1]);
    972                 xyz_zero[3*(2+normal_orientation)+2]=xyz_list[5*3+2]+s2*(xyz_list[3*3+2]-xyz_list[5*3+2]);
    973         }
    974         else if(levelset[1]*levelset[2]>0.){ //Nodes 1 and 2 are similar, so points must be found on segment 0-1 and 0-2
    975                 /*Portion of the segments*/
    976                 s1=levelset[0]/(levelset[0]-levelset[2]);
    977                 s2=levelset[0]/(levelset[0]-levelset[1]);
    978 
    979                 if(levelset[0]<0.) normal_orientation=1;
    980                 /*New point 1*/
    981                 xyz_zero[3*normal_orientation+0]=xyz_list[0*3+0]+s1*(xyz_list[2*3+0]-xyz_list[0*3+0]);
    982                 xyz_zero[3*normal_orientation+1]=xyz_list[0*3+1]+s1*(xyz_list[2*3+1]-xyz_list[0*3+1]);
    983                 xyz_zero[3*normal_orientation+2]=xyz_list[0*3+2]+s1*(xyz_list[2*3+2]-xyz_list[0*3+2]);
    984 
    985                 /*New point 2*/
    986                 xyz_zero[3*(1-normal_orientation)+0]=xyz_list[0*3+0]+s2*(xyz_list[1*3+0]-xyz_list[0*3+0]);
    987                 xyz_zero[3*(1-normal_orientation)+1]=xyz_list[0*3+1]+s2*(xyz_list[1*3+1]-xyz_list[0*3+1]);
    988                 xyz_zero[3*(1-normal_orientation)+2]=xyz_list[0*3+2]+s2*(xyz_list[1*3+2]-xyz_list[0*3+2]);
    989 
    990                 /*New point 3*/
    991                 xyz_zero[3*(2+1-normal_orientation)+0]=xyz_list[3*3+0]+s1*(xyz_list[5*3+0]-xyz_list[3*3+0]);
    992                 xyz_zero[3*(2+1-normal_orientation)+1]=xyz_list[3*3+1]+s1*(xyz_list[5*3+1]-xyz_list[3*3+1]);
    993                 xyz_zero[3*(2+1-normal_orientation)+2]=xyz_list[3*3+2]+s1*(xyz_list[5*3+2]-xyz_list[3*3+2]);
    994 
    995                 /*New point 4*/
    996                 xyz_zero[3*(2+normal_orientation)+0]=xyz_list[3*3+0]+s2*(xyz_list[4*3+0]-xyz_list[3*3+0]);
    997                 xyz_zero[3*(2+normal_orientation)+1]=xyz_list[3*3+1]+s2*(xyz_list[4*3+1]-xyz_list[3*3+1]);
    998                 xyz_zero[3*(2+normal_orientation)+2]=xyz_list[3*3+2]+s2*(xyz_list[4*3+2]-xyz_list[3*3+2]);
    999         }
    1000         else if(levelset[0]*levelset[2]>0.){ //Nodes 0 and 2 are similar, so points must be found on segment 1-0 and 1-2
    1001                 /*Portion of the segments*/
    1002                 s1=levelset[1]/(levelset[1]-levelset[0]);
    1003                 s2=levelset[1]/(levelset[1]-levelset[2]);
    1004 
    1005                 if(levelset[1]<0.) normal_orientation=1;
    1006                 /*New point 0*/
    1007                 xyz_zero[3*normal_orientation+0]=xyz_list[1*3+0]+s1*(xyz_list[0*3+0]-xyz_list[1*3+0]);
    1008                 xyz_zero[3*normal_orientation+1]=xyz_list[1*3+1]+s1*(xyz_list[0*3+1]-xyz_list[1*3+1]);
    1009                 xyz_zero[3*normal_orientation+2]=xyz_list[1*3+2]+s1*(xyz_list[0*3+2]-xyz_list[1*3+2]);
    1010 
    1011                 /*New point 2*/
    1012                 xyz_zero[3*(1-normal_orientation)+0]=xyz_list[1*3+0]+s2*(xyz_list[2*3+0]-xyz_list[1*3+0]);
    1013                 xyz_zero[3*(1-normal_orientation)+1]=xyz_list[1*3+1]+s2*(xyz_list[2*3+1]-xyz_list[1*3+1]);
    1014                 xyz_zero[3*(1-normal_orientation)+2]=xyz_list[1*3+2]+s2*(xyz_list[2*3+2]-xyz_list[1*3+2]);
    1015 
    1016                 /*New point 3*/
    1017                 xyz_zero[3*(2+1-normal_orientation)+0]=xyz_list[4*3+0]+s1*(xyz_list[3*3+0]-xyz_list[4*3+0]);
    1018                 xyz_zero[3*(2+1-normal_orientation)+1]=xyz_list[4*3+1]+s1*(xyz_list[3*3+1]-xyz_list[4*3+1]);
    1019                 xyz_zero[3*(2+1-normal_orientation)+2]=xyz_list[4*3+2]+s1*(xyz_list[3*3+2]-xyz_list[4*3+2]);
    1020 
    1021                 /*New point 4*/
    1022                 xyz_zero[3*(2+normal_orientation)+0]=xyz_list[4*3+0]+s2*(xyz_list[5*3+0]-xyz_list[4*3+0]);
    1023                 xyz_zero[3*(2+normal_orientation)+1]=xyz_list[4*3+1]+s2*(xyz_list[5*3+1]-xyz_list[4*3+1]);
    1024                 xyz_zero[3*(2+normal_orientation)+2]=xyz_list[4*3+2]+s2*(xyz_list[5*3+2]-xyz_list[4*3+2]);
    1025         }
    1026         else if(levelset[0]==0. && levelset[1]==0.){ //front is on point 0 and 1
    1027                 xyz_zero[3*0+0]=xyz_list[0*3+0];
    1028                 xyz_zero[3*0+1]=xyz_list[0*3+1];
    1029                 xyz_zero[3*0+2]=xyz_list[0*3+2];
    1030 
    1031                 /*New point 2*/
    1032                 xyz_zero[3*1+0]=xyz_list[1*3+0];
    1033                 xyz_zero[3*1+1]=xyz_list[1*3+1];
    1034                 xyz_zero[3*1+2]=xyz_list[1*3+2];
    1035 
    1036                 /*New point 3*/
    1037                 xyz_zero[3*2+0]=xyz_list[4*3+0];
    1038                 xyz_zero[3*2+1]=xyz_list[4*3+1];
    1039                 xyz_zero[3*2+2]=xyz_list[4*3+2];
    1040 
    1041                 /*New point 4*/
    1042                 xyz_zero[3*3+0]=xyz_list[3*3+0];
    1043                 xyz_zero[3*3+1]=xyz_list[3*3+1];
    1044                 xyz_zero[3*3+2]=xyz_list[3*3+2];
    1045         }
    1046         else if(levelset[0]==0. && levelset[2]==0.){ //front is on point 0 and 1
    1047                 xyz_zero[3*0+0]=xyz_list[2*3+0];
    1048                 xyz_zero[3*0+1]=xyz_list[2*3+1];
    1049                 xyz_zero[3*0+2]=xyz_list[2*3+2];
    1050 
    1051                 /*New point 2*/
    1052                 xyz_zero[3*1+0]=xyz_list[0*3+0];
    1053                 xyz_zero[3*1+1]=xyz_list[0*3+1];
    1054                 xyz_zero[3*1+2]=xyz_list[0*3+2];
    1055 
    1056                 /*New point 3*/
    1057                 xyz_zero[3*2+0]=xyz_list[3*3+0];
    1058                 xyz_zero[3*2+1]=xyz_list[3*3+1];
    1059                 xyz_zero[3*2+2]=xyz_list[3*3+2];
    1060 
    1061                 /*New point 4*/
    1062                 xyz_zero[3*3+0]=xyz_list[5*3+0];
    1063                 xyz_zero[3*3+1]=xyz_list[5*3+1];
    1064                 xyz_zero[3*3+2]=xyz_list[5*3+2];
    1065         }
    1066         else if(levelset[1]==0. && levelset[2]==0.){ //front is on point 0 and 1
    1067                 xyz_zero[3*0+0]=xyz_list[1*3+0];
    1068                 xyz_zero[3*0+1]=xyz_list[1*3+1];
    1069                 xyz_zero[3*0+2]=xyz_list[1*3+2];
    1070 
    1071                 /*New point 2*/
    1072                 xyz_zero[3*1+0]=xyz_list[2*3+0];
    1073                 xyz_zero[3*1+1]=xyz_list[2*3+1];
    1074                 xyz_zero[3*1+2]=xyz_list[2*3+2];
    1075 
    1076                 /*New point 3*/
    1077                 xyz_zero[3*2+0]=xyz_list[5*3+0];
    1078                 xyz_zero[3*2+1]=xyz_list[5*3+1];
    1079                 xyz_zero[3*2+2]=xyz_list[5*3+2];
    1080 
    1081                 /*New point 4*/
    1082                 xyz_zero[3*3+0]=xyz_list[4*3+0];
    1083                 xyz_zero[3*3+1]=xyz_list[4*3+1];
    1084                 xyz_zero[3*3+2]=xyz_list[4*3+2];
    1085         }
    1086         else _error_("Case not covered");
    1087 
    1088         /*Assign output pointer*/
    1089         *pxyz_zero= xyz_zero;
     1289IssmDouble Penta::IceMass(void){/*{{{*/
     1290
     1291        IssmDouble rho_ice;
     1292       
     1293        if(!IsIceInElement())return 0.; //do not contribute to the volume of the ice!
     1294
     1295        /*recover ice density: */
     1296        rho_ice=matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
     1297
     1298        return rho_ice*this->IceVolume();
     1299}
     1300/*}}}*/
     1301IssmDouble Penta::IceVolume(void){/*{{{*/
     1302
     1303        /*The volume of a troncated prism is base * 1/3 sum(length of edges)*/
     1304        IssmDouble base,height;
     1305        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     1306
     1307        if(!IsIceInElement())return 0;
     1308
     1309        ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
     1310
     1311        /*First calculate the area of the base (cross section triangle)
     1312         * http://en.wikipedia.org/wiki/Pentangle
     1313         * base = 1/2 abs((xA-xC)(yB-yA)-(xA-xB)(yC-yA))*/
     1314        base = 1./2.*fabs((xyz_list[0][0]-xyz_list[2][0])*(xyz_list[1][1]-xyz_list[0][1]) - (xyz_list[0][0]-xyz_list[1][0])*(xyz_list[2][1]-xyz_list[0][1]));
     1315
     1316        /*Now get the average height*/
     1317        height = 1./3.*((xyz_list[3][2]-xyz_list[0][2])+(xyz_list[4][2]-xyz_list[1][2])+(xyz_list[5][2]-xyz_list[2][2]));
     1318
     1319        /*Return: */
     1320        return base*height;
     1321}
     1322/*}}}*/
     1323IssmDouble Penta::IceVolumeAboveFloatation(void){/*{{{*/
     1324
     1325        /*Volume above floatation: H + rho_water/rho_ice*bathymetry for nodes on the bed*/
     1326        IssmDouble rho_ice,rho_water;
     1327        IssmDouble base,bed,surface,bathymetry;
     1328        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     1329
     1330        if(!IsIceInElement() || IsFloating() || !IsOnBase())return 0;
     1331
     1332        rho_ice=matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
     1333        rho_water=matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoSeawaterEnum);
     1334        ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
     1335
     1336        /*First calculate the area of the base (cross section triangle)
     1337         * http://en.wikipedia.org/wiki/Pentangle
     1338         * base = 1/2 abs((xA-xC)(yB-yA)-(xA-xB)(yC-yA))*/
     1339        base = 1./2.*fabs((xyz_list[0][0]-xyz_list[2][0])*(xyz_list[1][1]-xyz_list[0][1]) - (xyz_list[0][0]-xyz_list[1][0])*(xyz_list[2][1]-xyz_list[0][1]));
     1340
     1341        /*Now get the average height above floatation*/
     1342        Input* surface_input    = inputs->GetInput(SurfaceEnum);    _assert_(surface_input);
     1343        Input* base_input        = inputs->GetInput(BaseEnum);        _assert_(base_input);
     1344        Input* bed_input = inputs->GetInput(BedEnum); _assert_(bed_input);
     1345        surface_input->GetInputAverage(&surface);
     1346        base_input->GetInputAverage(&bed);
     1347        bed_input->GetInputAverage(&bathymetry);
     1348
     1349        /*Return: */
     1350        return base*(surface - bed + min( rho_water/rho_ice * bathymetry, 0.) );
     1351}
     1352/*}}}*/
     1353void       Penta::InputControlUpdate(IssmDouble scalar,bool save_parameter){/*{{{*/
     1354
     1355        /*Intermediary*/
     1356        int    num_controls;
     1357        int*   control_type=NULL;
     1358        Input* input=NULL;
     1359
     1360        /*retrieve some parameters: */
     1361        this->parameters->FindParam(&num_controls,InversionNumControlParametersEnum);
     1362        this->parameters->FindParam(&control_type,NULL,InversionControlParametersEnum);
     1363
     1364        for(int i=0;i<num_controls;i++){
     1365
     1366                if(control_type[i]==MaterialsRheologyBbarEnum){
     1367                        if (!IsOnBase()) goto cleanup_and_return;
     1368                        input=(Input*)this->inputs->GetInput(MaterialsRheologyBEnum); _assert_(input);
     1369                }
     1370                else if(control_type[i]==DamageDbarEnum){
     1371                        if (!IsOnBase()) goto cleanup_and_return;
     1372                        input=(Input*)this->inputs->GetInput(DamageDEnum); _assert_(input);
     1373                }
     1374                else{
     1375                        input=(Input*)this->inputs->GetInput(control_type[i]); _assert_(input);
     1376                }
     1377                if(input->ObjectEnum()!=ControlInputEnum) _error_("input " << EnumToStringx(control_type[i]) << " is not a ControlInput");
     1378
     1379                ((ControlInput*)input)->UpdateValue(scalar);
     1380                ((ControlInput*)input)->Constrain();
     1381                if (save_parameter) ((ControlInput*)input)->SaveValue();
     1382
     1383                if(control_type[i]==MaterialsRheologyBbarEnum){
     1384                        this->InputExtrude(MaterialsRheologyBEnum,-1);
     1385                }
     1386                else if(control_type[i]==DamageDbarEnum){
     1387                        this->InputExtrude(DamageDEnum,-1);
     1388                }
     1389        }
     1390
     1391        /*Clean up and return*/
     1392cleanup_and_return:
     1393        xDelete<int>(control_type);
    10901394}
    10911395/*}}}*/
    … …  
    11911495}
    11921496/*}}}*/
    1193 void       Penta::InputExtrude(int enum_type){/*{{{*/
    1194 
    1195         /*Are we on the base, not on the surface?:*/
    1196         if(!IsOnBase()) return;
     1497void       Penta::InputExtrude(int enum_type,int start){/*{{{*/
     1498
     1499        _assert_(start==-1 || start==+1);
     1500
     1501        /*Are we on the the boundary we want to be?*/
     1502        if(start==-1 && !IsOnBase())    return;
     1503        if(start==+1 && !IsOnSurface()) return;
    11971504
    11981505        /*Step1: Get and Extrude original input: */
    11991506        Input* base_input=(Input*)this->inputs->GetInput(enum_type);
    12001507        if(!base_input) _error_("could not find input with enum " << EnumToStringx(enum_type));
    1201         base_input->Extrude();
     1508        base_input->Extrude(start);
    12021509
    12031510        /*Stop if there is only one layer of element*/
    1204         if(this->IsOnSurface()) return;
     1511        if(start==-1 && this->IsOnSurface()) return;
     1512        if(start==+1 && this->IsOnBase())    return;
    12051513
    12061514        /*Step 2: this input has been extruded for this element, now follow the upper element*/
    12071515        Penta* penta=this;
    12081516        for(;;){
    1209                 /* get upper Penta*/
    1210                 penta=penta->GetUpperPenta();
     1517                /*get upper/lower Penta*/
     1518                if(start==-1) penta=penta->GetUpperPenta();
     1519                else          penta=penta->GetLowerPenta();
    12111520                _assert_(penta->Id()!=this->id);
    12121521
    … …  
    12151524                penta->inputs->AddInput((Input*)copy);
    12161525
    1217                 /*Stop if we have reached the surface*/
    1218                 if(penta->IsOnSurface()) break;
     1526                /*Stop if we have reached the surface/base*/
     1527                if(start==-1 && penta->IsOnSurface()) break;
     1528                if(start==+1 && penta->IsOnBase())    break;
    12191529        }
    12201530}
    … …  
    12771587                                case ThicknessEnum:
    12781588                                case FrictionCoefficientEnum:
     1589                          case FrictionAsEnum: 
     1590                                case MaterialsRheologyBEnum:
    12791591                                        if(iomodel->Data(control)){
    12801592                                                for(j=0;j<NUMVERTICES;j++)nodeinputs[j]=iomodel->Data(control)[penta_vertex_ids[j]-1];
    … …  
    14521764}
    14531765/*}}}*/
     1766bool       Penta::IsIcefront(void){/*{{{*/
     1767
     1768        bool isicefront;
     1769        int i,nrice;
     1770   IssmDouble ls[NUMVERTICES];
     1771
     1772        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     1773        GetInputListOnVertices(&ls[0],MaskIceLevelsetEnum);
     1774
     1775        /* If only one vertex has ice, there is an ice front here */
     1776        isicefront=false;
     1777        if(IsIceInElement()){
     1778                nrice=0;       
     1779                for(i=0;i<NUMVERTICES2D;i++)
     1780                        if(ls[i]<0.) nrice++;
     1781                if(nrice==1) isicefront= true;
     1782        }
     1783        return isicefront;
     1784}/*}}}*/
     1785bool       Penta::IsNodeOnShelfFromFlags(IssmDouble* flags){/*{{{*/
     1786
     1787        int  i;
     1788        bool shelf=false;
     1789
     1790        for(i=0;i<NUMVERTICES;i++){
     1791                if (flags[vertices[i]->Pid()]<0.){
     1792                        shelf=true;
     1793                        break;
     1794                }
     1795        }
     1796        return shelf;
     1797}
     1798/*}}}*/
    14541799bool       Penta::IsOnBase(void){/*{{{*/
    14551800
    … …  
    14881833}
    14891834/*}}}*/
    1490 bool       Penta::IsNodeOnShelfFromFlags(IssmDouble* flags){/*{{{*/
    1491 
    1492         int  i;
    1493         bool shelf=false;
    1494 
    1495         for(i=0;i<NUMVERTICES;i++){
    1496                 if (flags[vertices[i]->Pid()]<0.){
    1497                         shelf=true;
    1498                         break;
    1499                 }
    1500         }
    1501         return shelf;
     1835bool       Penta::IsZeroLevelset(int levelset_enum){/*{{{*/
     1836
     1837        bool        iszerols;
     1838        IssmDouble  ls[NUMVERTICES];
     1839
     1840        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     1841        GetInputListOnVertices(&ls[0],levelset_enum);
     1842
     1843        /*If the level set has always same sign, there is no ice front here*/
     1844        iszerols = false;
     1845        if(IsIceInElement()){
     1846                if(ls[0]*ls[1]<0. || ls[0]*ls[2]<0. || (ls[0]*ls[1]*ls[2]==0. && ls[0]*ls[1]+ls[0]*ls[2]+ls[1]*ls[2]<=0.)){
     1847                        iszerols = true;
     1848                }
     1849        }
     1850        return iszerols;
    15021851}
    15031852/*}}}*/
    … …  
    15231872}
    15241873/*}}}*/
     1874void       Penta::JacobianDeterminantSurface(IssmDouble* pJdet,IssmDouble* xyz_list_quad,Gauss* gauss){/*{{{*/
     1875
     1876        _assert_(gauss->Enum()==GaussPentaEnum);
     1877        this->GetQuadJacobianDeterminant(pJdet,xyz_list_quad,(GaussPenta*)gauss);
     1878
     1879}
     1880/*}}}*/
    15251881void       Penta::JacobianDeterminantTop(IssmDouble* pJdet,IssmDouble* xyz_list_top,Gauss* gauss){/*{{{*/
    15261882
    … …  
    15301886}
    15311887/*}}}*/
    1532 void       Penta::JacobianDeterminantSurface(IssmDouble* pJdet,IssmDouble* xyz_list_quad,Gauss* gauss){/*{{{*/
    1533 
    1534         _assert_(gauss->Enum()==GaussPentaEnum);
    1535         this->GetQuadJacobianDeterminant(pJdet,xyz_list_quad,(GaussPenta*)gauss);
    1536 
     1888IssmDouble Penta::MassFlux(IssmDouble* segment){/*{{{*/
     1889
     1890        IssmDouble mass_flux=0;
     1891
     1892        if(!IsOnBase()) return mass_flux;
     1893
     1894        /*Depth Averaging Vx and Vy*/
     1895        this->InputDepthAverageAtBase(VxEnum,VxAverageEnum);
     1896        this->InputDepthAverageAtBase(VyEnum,VyAverageEnum);
     1897
     1898        /*Spawn Tria element from the base of the Penta: */
     1899        Tria* tria=(Tria*)SpawnTria(0,1,2);
     1900        mass_flux=tria->MassFlux(segment);
     1901        delete tria->material; delete tria;
     1902
     1903        /*Delete Vx and Vy averaged*/
     1904        this->inputs->DeleteInput(VxAverageEnum);
     1905        this->inputs->DeleteInput(VyAverageEnum);
     1906
     1907        /*clean up and return*/
     1908        return mass_flux;
     1909}
     1910/*}}}*/
     1911IssmDouble Penta::MassFlux(IssmDouble x1, IssmDouble y1, IssmDouble x2, IssmDouble y2,int segment_id){/*{{{*/
     1912
     1913        IssmDouble mass_flux=0;
     1914
     1915        if(!IsOnBase()) return mass_flux;
     1916
     1917        /*Depth Averaging Vx and Vy*/
     1918        this->InputDepthAverageAtBase(VxEnum,VxAverageEnum);
     1919        this->InputDepthAverageAtBase(VyEnum,VyAverageEnum);
     1920
     1921        /*Spawn Tria element from the base of the Penta: */
     1922        Tria* tria=(Tria*)SpawnTria(0,1,2);
     1923        mass_flux=tria->MassFlux(x1,y1,x2,y2,segment_id);
     1924        delete tria->material; delete tria;
     1925
     1926        /*Delete Vx and Vy averaged*/
     1927        this->inputs->DeleteInput(VxAverageEnum);
     1928        this->inputs->DeleteInput(VyAverageEnum);
     1929
     1930        /*clean up and return*/
     1931        return mass_flux;
    15371932}
    15381933/*}}}*/
    … …  
    15561951
    15571952        return minlength;
     1953}
     1954/*}}}*/
     1955Gauss*     Penta::NewGauss(void){/*{{{*/
     1956        return new GaussPenta();
     1957}
     1958/*}}}*/
     1959Gauss*     Penta::NewGauss(int order){/*{{{*/
     1960        return new GaussPenta(order,order);
     1961}
     1962/*}}}*/
     1963Gauss*     Penta::NewGauss(IssmDouble* xyz_list, IssmDouble* xyz_list_front,int order_horiz,int order_vert){/*{{{*/
     1964
     1965        IssmDouble  area_coordinates[4][3];
     1966
     1967        GetAreaCoordinates(&area_coordinates[0][0],xyz_list_front,xyz_list,4);
     1968
     1969        return new GaussPenta(area_coordinates,order_horiz,order_vert);
     1970}
     1971/*}}}*/
     1972Gauss*     Penta::NewGaussBase(int order){/*{{{*/
     1973        return new GaussPenta(0,1,2,order);
     1974}
     1975/*}}}*/
     1976Gauss*     Penta::NewGaussLine(int vertex1,int vertex2,int order){/*{{{*/
     1977        return new GaussPenta(vertex1,vertex2,order);
     1978}
     1979/*}}}*/
     1980Gauss*     Penta::NewGaussTop(int order){/*{{{*/
     1981        return new GaussPenta(3,4,5,order);
     1982}
     1983/*}}}*/
     1984void       Penta::NodalFunctions(IssmDouble* basis, Gauss* gauss){/*{{{*/
     1985
     1986        _assert_(gauss->Enum()==GaussPentaEnum);
     1987        this->GetNodalFunctions(basis,(GaussPenta*)gauss,this->element_type);
     1988
     1989}
     1990/*}}}*/
     1991void       Penta::NodalFunctionsDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     1992
     1993        _assert_(gauss->Enum()==GaussPentaEnum);
     1994        this->GetNodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,(GaussPenta*)gauss,this->element_type);
     1995
     1996}
     1997/*}}}*/
     1998void       Penta::NodalFunctionsDerivativesVelocity(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     1999
     2000        _assert_(gauss->Enum()==GaussPentaEnum);
     2001        this->GetNodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,(GaussPenta*)gauss,this->VelocityInterpolation());
     2002
     2003}
     2004/*}}}*/
     2005void       Penta::NodalFunctionsMINIDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     2006
     2007        _assert_(gauss->Enum()==GaussPentaEnum);
     2008        this->GetNodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,(GaussPenta*)gauss,P1bubbleEnum);
     2009
     2010}
     2011/*}}}*/
     2012void       Penta::NodalFunctionsPressure(IssmDouble* basis, Gauss* gauss){/*{{{*/
     2013
     2014        _assert_(gauss->Enum()==GaussPentaEnum);
     2015        this->GetNodalFunctions(basis,(GaussPenta*)gauss,this->PressureInterpolation());
     2016
     2017}
     2018/*}}}*/
     2019void       Penta::NodalFunctionsP1(IssmDouble* basis, Gauss* gauss){/*{{{*/
     2020
     2021        _assert_(gauss->Enum()==GaussPentaEnum);
     2022        this->GetNodalFunctions(basis,(GaussPenta*)gauss,P1Enum);
     2023
     2024}
     2025/*}}}*/
     2026void       Penta::NodalFunctionsP1Derivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     2027
     2028        _assert_(gauss->Enum()==GaussPentaEnum);
     2029        this->GetNodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,(GaussPenta*)gauss,P1Enum);
     2030
     2031}
     2032/*}}}*/
     2033void       Penta::NodalFunctionsP2(IssmDouble* basis, Gauss* gauss){/*{{{*/
     2034
     2035        _assert_(gauss->Enum()==GaussPentaEnum);
     2036        this->GetNodalFunctions(basis,(GaussPenta*)gauss,P2Enum);
     2037
     2038}
     2039/*}}}*/
     2040void       Penta::NodalFunctionsVelocity(IssmDouble* basis, Gauss* gauss){/*{{{*/
     2041
     2042        _assert_(gauss->Enum()==GaussPentaEnum);
     2043        this->GetNodalFunctions(basis,(GaussPenta*)gauss,this->VelocityInterpolation());
     2044
     2045}
     2046/*}}}*/
     2047void       Penta::NodalFunctionsTensor(IssmDouble* basis, Gauss* gauss){/*{{{*/
     2048
     2049        _assert_(gauss->Enum()==GaussPentaEnum);
     2050        this->GetNodalFunctions(basis,(GaussPenta*)gauss,this->TensorInterpolation());
     2051
    15582052}
    15592053/*}}}*/
    … …  
    15892083}
    15902084/*}}}*/
    1591 Gauss*     Penta::NewGauss(void){/*{{{*/
    1592         return new GaussPenta();
    1593 }
    1594 /*}}}*/
    1595 Gauss*     Penta::NewGauss(int order){/*{{{*/
    1596         return new GaussPenta(order,order);
    1597 }
    1598 /*}}}*/
    1599 Gauss*     Penta::NewGauss(IssmDouble* xyz_list, IssmDouble* xyz_list_front,int order_horiz,int order_vert){/*{{{*/
    1600 
    1601         IssmDouble  area_coordinates[4][3];
    1602 
    1603         GetAreaCoordinates(&area_coordinates[0][0],xyz_list_front,xyz_list,4);
    1604 
    1605         return new GaussPenta(area_coordinates,order_horiz,order_vert);
    1606 }
    1607 /*}}}*/
    1608 Gauss*     Penta::NewGaussBase(int order){/*{{{*/
    1609         return new GaussPenta(0,1,2,order);
    1610 }
    1611 /*}}}*/
    1612 Gauss*     Penta::NewGaussLine(int vertex1,int vertex2,int order){/*{{{*/
    1613         return new GaussPenta(vertex1,vertex2,order);
    1614 }
    1615 /*}}}*/
    1616 Gauss*     Penta::NewGaussTop(int order){/*{{{*/
    1617         return new GaussPenta(3,4,5,order);
    1618 }
    1619 /*}}}*/
    1620 void       Penta::NodalFunctions(IssmDouble* basis, Gauss* gauss){/*{{{*/
    1621 
    1622         _assert_(gauss->Enum()==GaussPentaEnum);
    1623         this->GetNodalFunctions(basis,(GaussPenta*)gauss,this->element_type);
    1624 
    1625 }
    1626 /*}}}*/
    1627 void       Penta::NodalFunctionsP1(IssmDouble* basis, Gauss* gauss){/*{{{*/
    1628 
    1629         _assert_(gauss->Enum()==GaussPentaEnum);
    1630         this->GetNodalFunctions(basis,(GaussPenta*)gauss,P1Enum);
    1631 
    1632 }
    1633 /*}}}*/
    1634 void       Penta::NodalFunctionsP2(IssmDouble* basis, Gauss* gauss){/*{{{*/
    1635 
    1636         _assert_(gauss->Enum()==GaussPentaEnum);
    1637         this->GetNodalFunctions(basis,(GaussPenta*)gauss,P2Enum);
    1638 
    1639 }
    1640 /*}}}*/
    1641 void       Penta::NodalFunctionsDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    1642 
    1643         _assert_(gauss->Enum()==GaussPentaEnum);
    1644         this->GetNodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,(GaussPenta*)gauss,this->element_type);
    1645 
    1646 }
    1647 /*}}}*/
    1648 void       Penta::NodalFunctionsP1Derivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    1649 
    1650         _assert_(gauss->Enum()==GaussPentaEnum);
    1651         this->GetNodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,(GaussPenta*)gauss,P1Enum);
    1652 
    1653 }
    1654 /*}}}*/
    1655 void       Penta::NodalFunctionsMINIDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    1656 
    1657         _assert_(gauss->Enum()==GaussPentaEnum);
    1658         this->GetNodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,(GaussPenta*)gauss,P1bubbleEnum);
    1659 
    1660 }
    1661 /*}}}*/
    1662 void       Penta::NodalFunctionsDerivativesVelocity(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    1663 
    1664         _assert_(gauss->Enum()==GaussPentaEnum);
    1665         this->GetNodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,(GaussPenta*)gauss,this->VelocityInterpolation());
    1666 
    1667 }
    1668 /*}}}*/
    1669 void       Penta::NodalFunctionsVelocity(IssmDouble* basis, Gauss* gauss){/*{{{*/
    1670 
    1671         _assert_(gauss->Enum()==GaussPentaEnum);
    1672         this->GetNodalFunctions(basis,(GaussPenta*)gauss,this->VelocityInterpolation());
    1673 
    1674 }
    1675 /*}}}*/
    1676 void       Penta::NodalFunctionsPressure(IssmDouble* basis, Gauss* gauss){/*{{{*/
    1677 
    1678         _assert_(gauss->Enum()==GaussPentaEnum);
    1679         this->GetNodalFunctions(basis,(GaussPenta*)gauss,this->PressureInterpolation());
    1680 
    1681 }
    1682 /*}}}*/
    1683 void       Penta::NodalFunctionsTensor(IssmDouble* basis, Gauss* gauss){/*{{{*/
    1684 
    1685         _assert_(gauss->Enum()==GaussPentaEnum);
    1686         this->GetNodalFunctions(basis,(GaussPenta*)gauss,this->TensorInterpolation());
    1687 
    1688 }
    1689 /*}}}*/
    16902085void       Penta::NormalBase(IssmDouble* bed_normal,IssmDouble* xyz_list){/*{{{*/
    16912086
    … …  
    17102105}
    17112106/*}}}*/
     2107void       Penta::NormalSection(IssmDouble* normal,IssmDouble* xyz_list){/*{{{*/
     2108
     2109        /*Build unit outward pointing vector*/
     2110        IssmDouble AB[3];
     2111        IssmDouble AC[3];
     2112        IssmDouble norm;
     2113
     2114        AB[0]=xyz_list[1*3+0] - xyz_list[0*3+0];
     2115        AB[1]=xyz_list[1*3+1] - xyz_list[0*3+1];
     2116        AB[2]=xyz_list[1*3+2] - xyz_list[0*3+2];
     2117        AC[0]=xyz_list[2*3+0] - xyz_list[0*3+0];
     2118        AC[1]=xyz_list[2*3+1] - xyz_list[0*3+1];
     2119        AC[2]=xyz_list[2*3+2] - xyz_list[0*3+2];
     2120
     2121        cross(normal,AB,AC);
     2122        norm=sqrt(normal[0]*normal[0]+normal[1]*normal[1]+normal[2]*normal[2]);
     2123
     2124        for(int i=0;i<3;i++) normal[i]=normal[i]/norm;
     2125}
     2126/*}}}*/
    17122127void       Penta::NormalTop(IssmDouble* top_normal,IssmDouble* xyz_list){/*{{{*/
    17132128
    … …  
    17402155}
    17412156/*}}}*/
    1742 void       Penta::PositiveDegreeDay(IssmDouble* pdds,IssmDouble* pds,IssmDouble signorm){/*{{{*/
    1743 
     2157int        Penta::ObjectEnum(void){/*{{{*/
     2158
     2159        return PentaEnum;
     2160
     2161}
     2162/*}}}*/
     2163void       Penta::PositiveDegreeDay(IssmDouble* pdds,IssmDouble* pds,IssmDouble signorm,bool ismungsm){/*{{{*/
     2164
     2165   int        i;
    17442166   IssmDouble agd[NUMVERTICES];             // surface mass balance
    17452167   IssmDouble monthlytemperatures[NUMVERTICES][12],monthlyprec[NUMVERTICES][12];
    1746    IssmDouble h[NUMVERTICES],s[NUMVERTICES]; // ,b
    1747    IssmDouble rho_water,rho_ice,desfac,s0p;
     2168   IssmDouble tmp[NUMVERTICES];
     2169   IssmDouble h[NUMVERTICES],s[NUMVERTICES];
     2170   IssmDouble rho_water,rho_ice,desfac,s0p,s0t,rlaps,rlapslgm;
     2171   IssmDouble PfacTime,TdiffTime,sealevTime;
     2172
     2173   /*Get material parameters :*/
     2174   rho_water=matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoSeawaterEnum);
     2175   rho_ice=matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
     2176
     2177  /*Get some pdd parameters*/
     2178  desfac=matpar->GetMaterialParameter(SurfaceforcingsDesfacEnum);
     2179  s0p=matpar->GetMaterialParameter(SurfaceforcingsS0pEnum);
     2180  s0t=matpar->GetMaterialParameter(SurfaceforcingsS0tEnum);
     2181  rlaps=matpar->GetMaterialParameter(SurfaceforcingsRlapsEnum);
     2182  rlapslgm=matpar->GetMaterialParameter(SurfaceforcingsRlapslgmEnum);
    17482183
    17492184   /*Recover monthly temperatures and precipitation*/
    … …  
    17542189   this->parameters->FindParam(&time,TimeEnum);
    17552190   this->parameters->FindParam(&yts,ConstantsYtsEnum);
     2191   
    17562192   for(int month=0;month<12;month++) {
    17572193     for(int iv=0;iv<NUMVERTICES;iv++) {
    … …  
    17602196       monthlytemperatures[iv][month]=monthlytemperatures[iv][month]-273.15; // conversion from Kelvin to celcius
    17612197       input2->GetInputValue(&monthlyprec[iv][month],gauss,time+month/12.*yts);
    1762        monthlyprec[iv][month]=monthlyprec[iv][month]*yts; // convertion to m/yr
    17632198     }
    17642199   }
    17652200
     2201  /*Recover Pfac, Tdiff and sealev at time t:
     2202    This parameters are used to interpolate the temperature
     2203    and precipitaton between PD and LGM when ismungsm==1 */
     2204  if (ismungsm==1){ 
     2205    this->parameters->FindParam(&TdiffTime,SurfaceforcingsTdiffEnum,time);
     2206    this->parameters->FindParam(&sealevTime,SurfaceforcingsSealevEnum,time);
     2207  }
     2208  else {
     2209    TdiffTime=0;
     2210    sealevTime=0; 
     2211  }
     2212
    17662213  /*Recover info at the vertices: */
    17672214  GetInputListOnVertices(&h[0],ThicknessEnum);
    1768   GetInputListOnVertices(&s[0],SurfaceEnum);
    1769 
    1770   /*Get material parameters :*/
    1771   rho_ice=matpar->GetRhoIce();
    1772   rho_water=matpar->GetRhoFreshwater();
    1773 
    1774   /*Get desertification effect parameters*/
    1775   desfac=matpar->GetDesFac();
    1776   s0p=matpar->GetS0p();
     2215  GetInputListOnVertices(&s[0],SurfaceEnum);
     2216
    17772217
    17782218   /*measure the surface mass balance*/
    17792219   for (int iv = 0; iv < NUMVERTICES; iv++){
    1780      agd[iv]=PddSurfaceMassBlance(&monthlytemperatures[iv][0], &monthlyprec[iv][0], pdds, pds,
    1781                                   signorm, yts, h[iv], s[iv], rho_ice, rho_water, desfac, s0p);
     2220     agd[iv]=PddSurfaceMassBalance(&monthlytemperatures[iv][0], &monthlyprec[iv][0], 
     2221                                  pdds,pds, signorm, yts, h[iv], s[iv],
     2222                                  desfac, s0t, s0p,rlaps,rlapslgm,TdiffTime,sealevTime,
     2223                                  rho_water,rho_ice);
    17822224   }
    17832225
    17842226   /*Update inputs*/   
     2227   // TransientInput* NewTemperatureInput = new TransientInput(SurfaceforcingsMonthlytemperaturesEnum);
     2228   // TransientInput* NewPrecipitationInput = new TransientInput(SurfaceforcingsPrecipitationEnum);
     2229   // for (int imonth=0;imonth<12;imonth++) {
     2230   //   for(i=0;i<NUMVERTICES;i++) tmp[i]=monthlytemperatures[i][imonth];
     2231   //   PentaInput* newmonthinput1 = new PentaInput(SurfaceforcingsMonthlytemperaturesEnum,&tmp[0],P1Enum);
     2232   //   NewTemperatureInput->AddTimeInput(newmonthinput1,time+imonth/12.*yts);
     2233   //
     2234   //   for(i=0;i<NUMVERTICES;i++) tmp[i]=monthlyprec[i][imonth];
     2235   //   PentaInput* newmonthinput2 = new PentaInput(SurfaceforcingsPrecipitationEnum,&tmp[0],P1Enum);
     2236   //   NewPrecipitationInput->AddTimeInput(newmonthinput2,time+imonth/12.*yts);
     2237   // }
     2238   // NewTemperatureInput->Configure(this->parameters);
     2239   // NewPrecipitationInput->Configure(this->parameters);
     2240
     2241
     2242
    17852243   this->inputs->AddInput(new PentaInput(SurfaceforcingsMassBalanceEnum,&agd[0],P1Enum));
    1786    //this->inputs->AddInput(new PentaVertexInput(ThermalSpcTemperatureEnum,&Tsurf[0]));
    1787    this->InputExtrude(SurfaceforcingsMassBalanceEnum);
    1788 
    1789         /*clean-up*/
    1790         delete gauss;
     2244   // this->inputs->AddInput(NewTemperatureInput);
     2245   // this->inputs->AddInput(NewPrecipitationInput);
     2246   // //this->inputs->AddInput(new PentaVertexInput(ThermalSpcTemperatureEnum,&Tsurf[0]));
     2247    this->InputExtrude(SurfaceforcingsMassBalanceEnum,-1);
     2248   // this->InputExtrude(SurfaceforcingsMonthlytemperaturesEnum,-1);
     2249   // this->InputExtrude(SurfaceforcingsPrecipitationEnum,-1);
     2250
     2251   /*clean-up*/
     2252   delete gauss;
     2253}
     2254/*}}}*/
     2255void       Penta::PotentialUngrounding(Vector<IssmDouble>* potential_ungrounding){/*{{{*/
     2256
     2257        IssmDouble  h[NUMVERTICES],r[NUMVERTICES],gl[NUMVERTICES];
     2258        IssmDouble  bed_hydro;
     2259        IssmDouble  rho_water,rho_ice,density;
     2260
     2261        /*material parameters: */
     2262        rho_water=matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoSeawaterEnum);
     2263        rho_ice=matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
     2264        density=rho_ice/rho_water;
     2265        GetInputListOnVertices(&h[0],ThicknessEnum);
     2266        GetInputListOnVertices(&r[0],BedEnum);
     2267        GetInputListOnVertices(&gl[0],MaskGroundediceLevelsetEnum);
     2268
     2269        /*go through vertices, and figure out which ones are on the ice sheet, and want to unground: */
     2270        for(int i=0;i<NUMVERTICES;i++){
     2271                /*Find if grounded vertices want to start floating*/
     2272                if (gl[i]>0.){
     2273                        bed_hydro=-density*h[i];
     2274                        if(bed_hydro>r[i]){
     2275                                /*Vertex that could potentially unground, flag it*/
     2276                                potential_ungrounding->SetValue(vertices[i]->Pid(),1,INS_VAL);
     2277                        }
     2278                }
     2279        }
     2280}
     2281/*}}}*/
     2282int        Penta::PressureInterpolation(void){/*{{{*/
     2283        return PentaRef::PressureInterpolation(this->element_type);
    17912284}
    17922285/*}}}*/
    … …  
    19092402}
    19102403/*}}}*/
    1911 void       Penta::SetClone(int* minranks){/*{{{*/
    1912 
    1913         _error_("not implemented yet");
    1914 }
    1915 /*}}}*/
    1916 void       Penta::SetCurrentConfiguration(Elements* elementsin, Loads* loadsin, Nodes* nodesin, Materials* materialsin, Parameters* parametersin){/*{{{*/
    1917 
    1918         /*go into parameters and get the analysis_counter: */
    1919         int analysis_counter;
    1920         parametersin->FindParam(&analysis_counter,AnalysisCounterEnum);
    1921 
    1922         /*Get Element type*/
    1923         this->element_type=this->element_type_list[analysis_counter];
    1924 
    1925         /*Pick up nodes*/
    1926         if(this->hnodes[analysis_counter]) this->nodes=(Node**)this->hnodes[analysis_counter]->deliverp();
    1927         else this->nodes=NULL;
    1928 
    1929 }
    1930 /*}}}*/
    19312404void       Penta::ResetHooks(){/*{{{*/
    19322405
    … …  
    19472420}
    19482421/*}}}*/
     2422void       Penta::SetClone(int* minranks){/*{{{*/
     2423
     2424        _error_("not implemented yet");
     2425}
     2426/*}}}*/
     2427void       Penta::SetControlInputsFromVector(IssmDouble* vector,int control_enum,int control_index){/*{{{*/
     2428
     2429        IssmDouble  values[NUMVERTICES];
     2430        int         vertexpidlist[NUMVERTICES],control_init;
     2431
     2432        /*Specific case for depth averaged quantities*/
     2433        control_init=control_enum;
     2434        if(control_enum==MaterialsRheologyBbarEnum){
     2435                control_enum=MaterialsRheologyBEnum;
     2436                if(!IsOnBase()) return;
     2437        }
     2438        if(control_enum==DamageDbarEnum){
     2439                control_enum=DamageDEnum;
     2440                if(!IsOnBase()) return;
     2441        }
     2442
     2443        /*Get out if this is not an element input*/
     2444        if(!IsInput(control_enum)) return;
     2445
     2446        /*Prepare index list*/
     2447        GradientIndexing(&vertexpidlist[0],control_index);
     2448
     2449        /*Get values on vertices*/
     2450        for(int i=0;i<NUMVERTICES;i++){
     2451                values[i]=vector[vertexpidlist[i]];
     2452        }
     2453        Input* new_input = new PentaInput(control_enum,values,P1Enum);
     2454        Input* input=(Input*)this->inputs->GetInput(control_enum);   _assert_(input);
     2455        if(input->ObjectEnum()!=ControlInputEnum){
     2456                _error_("input " << EnumToStringx(control_enum) << " is not a ControlInput");
     2457        }
     2458
     2459        ((ControlInput*)input)->SetInput(new_input);
     2460
     2461        if(control_init==MaterialsRheologyBbarEnum){
     2462                this->InputExtrude(control_enum,-1);
     2463        }
     2464        if(control_init==DamageDbarEnum){
     2465                this->InputExtrude(control_enum,-1);
     2466        }
     2467}
     2468/*}}}*/
     2469void       Penta::SetCurrentConfiguration(Elements* elementsin, Loads* loadsin, Nodes* nodesin, Materials* materialsin, Parameters* parametersin){/*{{{*/
     2470
     2471        /*go into parameters and get the analysis_counter: */
     2472        int analysis_counter;
     2473        parametersin->FindParam(&analysis_counter,AnalysisCounterEnum);
     2474
     2475        /*Get Element type*/
     2476        this->element_type=this->element_type_list[analysis_counter];
     2477
     2478        /*Pick up nodes*/
     2479        if(this->hnodes[analysis_counter]) this->nodes=(Node**)this->hnodes[analysis_counter]->deliverp();
     2480        else this->nodes=NULL;
     2481
     2482}
     2483/*}}}*/
    19492484void       Penta::SetTemporaryElementType(int element_type_in){/*{{{*/
    19502485        this->element_type=element_type_in;
     2486}
     2487/*}}}*/
     2488Element*   Penta::SpawnBasalElement(void){/*{{{*/
     2489
     2490        _assert_(this->IsOnBase());
     2491
     2492        this->InputDepthAverageAtBase(MaterialsRheologyBEnum,MaterialsRheologyBbarEnum);
     2493        if(this->material->IsDamage())this->InputDepthAverageAtBase(DamageDEnum,DamageDbarEnum);
     2494        if(this->inputs->GetInput(VxEnum)) this->InputDepthAverageAtBase(VxEnum,VxAverageEnum);
     2495        if(this->inputs->GetInput(VyEnum)) this->InputDepthAverageAtBase(VyEnum,VyAverageEnum);
     2496        if(this->inputs->GetInput(CalvingratexEnum)) this->InputDepthAverageAtBase(CalvingratexEnum,CalvingratexAverageEnum);
     2497        if(this->inputs->GetInput(CalvingrateyEnum)) this->InputDepthAverageAtBase(CalvingrateyEnum,CalvingrateyAverageEnum);
     2498        Tria* tria=(Tria*)SpawnTria(0,1,2);
     2499        this->inputs->DeleteInput(MaterialsRheologyBbarEnum);
     2500        this->inputs->DeleteInput(DamageDbarEnum);
     2501        this->inputs->DeleteInput(VxAverageEnum);
     2502        this->inputs->DeleteInput(VyAverageEnum);
     2503        this->inputs->DeleteInput(CalvingratexAverageEnum);
     2504        this->inputs->DeleteInput(CalvingrateyAverageEnum);
     2505
     2506        return tria;
     2507}
     2508/*}}}*/
     2509Element*   Penta::SpawnTopElement(void){/*{{{*/
     2510
     2511        _assert_(this->IsOnSurface());
     2512
     2513        Tria* tria=(Tria*)SpawnTria(3,4,5);
     2514
     2515        return tria;
    19512516}
    19522517/*}}}*/
    … …  
    19642529        tria->parameters=this->parameters;
    19652530        tria->element_type=P1Enum; //Only P1 CG for now (TO BE CHANGED)
    1966         this->SpawnTriaHook(dynamic_cast<ElementHook*>(tria),index1,index2,index3);
     2531        this->SpawnTriaHook(xDynamicCast<ElementHook*>(tria),index1,index2,index3);
    19672532
    19682533        /*Spawn material*/
    … …  
    19782543}
    19792544/*}}}*/
    1980 Element*   Penta::SpawnBasalElement(void){/*{{{*/
    1981 
    1982         _assert_(this->IsOnBase());
    1983 
    1984         this->InputDepthAverageAtBase(MaterialsRheologyBEnum,MaterialsRheologyBbarEnum);
    1985         if(this->material->IsDamage())this->InputDepthAverageAtBase(DamageDEnum,DamageDbarEnum);
    1986         if(this->inputs->GetInput(VxEnum)) this->InputDepthAverageAtBase(VxEnum,VxAverageEnum);
    1987         if(this->inputs->GetInput(VyEnum)) this->InputDepthAverageAtBase(VyEnum,VyAverageEnum);
    1988         Tria* tria=(Tria*)SpawnTria(0,1,2);
    1989         this->inputs->DeleteInput(MaterialsRheologyBbarEnum);
    1990         this->inputs->DeleteInput(DamageDbarEnum);
    1991         this->inputs->DeleteInput(VxAverageEnum);
    1992         this->inputs->DeleteInput(VyAverageEnum);
    1993 
    1994         return tria;
    1995 }
    1996 /*}}}*/
    1997 Element*   Penta::SpawnTopElement(void){/*{{{*/
    1998 
    1999         _assert_(this->IsOnSurface());
    2000 
    2001         Tria* tria=(Tria*)SpawnTria(3,4,5);
    2002 
    2003         return tria;
     2545IssmDouble Penta::StabilizationParameter(IssmDouble u, IssmDouble v, IssmDouble w, IssmDouble diameter, IssmDouble kappa){/*{{{*/
     2546        /*Compute stabilization parameter*/
     2547        /*kappa=thermalconductivity/(rho_ice*hearcapacity) for thermal model*/
     2548        /*kappa=enthalpydiffusionparameter for enthalpy model*/
     2549
     2550        IssmDouble normu;
     2551        IssmDouble tau_parameter;
     2552
     2553        normu=pow(pow(u,2)+pow(v,2)+pow(w,2),0.5);
     2554        if(normu*diameter/(3*2*kappa)<1){
     2555                tau_parameter=pow(diameter,2)/(3*2*2*kappa);
     2556        }
     2557        else tau_parameter=diameter/(2*normu);
     2558
     2559        return tau_parameter;
     2560}
     2561/*}}}*/
     2562void       Penta::StrainRateparallel(){/*{{{*/
     2563
     2564        IssmDouble *xyz_list = NULL;
     2565        IssmDouble  epsilon[6];
     2566        GaussPenta* gauss=NULL;
     2567        IssmDouble  vx,vy,vel;
     2568        IssmDouble  strainxx;
     2569        IssmDouble  strainxy;
     2570        IssmDouble  strainyy;
     2571        IssmDouble  strainparallel[NUMVERTICES];
     2572
     2573        /* Get node coordinates and dof list: */
     2574        this->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     2575
     2576        /*Retrieve all inputs we will need*/
     2577        Input* vx_input=inputs->GetInput(VxEnum);                                  _assert_(vx_input);
     2578        Input* vy_input=inputs->GetInput(VyEnum);                                  _assert_(vy_input);
     2579        Input* vz_input=inputs->GetInput(VzEnum);                                                                                               _assert_(vz_input);
     2580
     2581        /* Start looping on the number of vertices: */
     2582        gauss=new GaussPenta();
     2583        for (int iv=0;iv<NUMVERTICES;iv++){
     2584                gauss->GaussVertex(iv);
     2585
     2586                /* Get the value we need*/
     2587                vx_input->GetInputValue(&vx,gauss);
     2588                vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
     2589                vel=vx*vx+vy*vy;
     2590
     2591                /*Compute strain rate and viscosity: */
     2592                this->StrainRateFS(&epsilon[0],xyz_list,gauss,vx_input,vy_input,vz_input);
     2593                strainxx=epsilon[0];
     2594                strainyy=epsilon[1];
     2595                strainxy=epsilon[3];
     2596
     2597                /*strainparallel= Strain rate along the ice flow direction */
     2598                strainparallel[iv]=(vx*vx*(strainxx)+vy*vy*(strainyy)+2*vy*vx*strainxy)/(vel+1.e-14);
     2599        }
     2600
     2601        /*Add input*/
     2602        this->inputs->AddInput(new PentaInput(StrainRateparallelEnum,&strainparallel[0],P1Enum));
     2603
     2604        /*Clean up and return*/
     2605        delete gauss;
     2606        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     2607}
     2608/*}}}*/
     2609void       Penta::StrainRateperpendicular(){/*{{{*/
     2610
     2611        IssmDouble *xyz_list = NULL;
     2612        IssmDouble  epsilon[6];
     2613        GaussPenta* gauss=NULL;
     2614        IssmDouble  vx,vy,vel;
     2615        IssmDouble  strainxx;
     2616        IssmDouble  strainxy;
     2617        IssmDouble  strainyy;
     2618        IssmDouble  strainperpendicular[NUMVERTICES];
     2619
     2620        /* Get node coordinates and dof list: */
     2621        this->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     2622
     2623        /*Retrieve all inputs we will need*/
     2624        Input* vx_input=inputs->GetInput(VxEnum);                                  _assert_(vx_input);
     2625        Input* vy_input=inputs->GetInput(VyEnum);                                  _assert_(vy_input);
     2626        Input* vz_input=inputs->GetInput(VzEnum);                                                                                               _assert_(vz_input);
     2627
     2628        /* Start looping on the number of vertices: */
     2629        gauss=new GaussPenta();
     2630        for (int iv=0;iv<NUMVERTICES;iv++){
     2631                gauss->GaussVertex(iv);
     2632
     2633                /* Get the value we need*/
     2634                vx_input->GetInputValue(&vx,gauss);
     2635                vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
     2636                vel=vx*vx+vy*vy;
     2637
     2638                /*Compute strain rate and viscosity: */
     2639                this->StrainRateFS(&epsilon[0],xyz_list,gauss,vx_input,vy_input,vz_input);
     2640                strainxx=epsilon[0];
     2641                strainyy=epsilon[1];
     2642                strainxy=epsilon[3];
     2643
     2644                /*strainperpendicular= Strain rate perpendicular to the ice flow direction */
     2645                strainperpendicular[iv]=(vx*vx*(strainyy)+vy*vy*(strainxx)-2*vy*vx*strainxy)/(vel+1.e-14);
     2646        }
     2647
     2648        /*Add input*/
     2649        this->inputs->AddInput(new PentaInput(StrainRateperpendicularEnum,&strainperpendicular[0],P1Enum));
     2650
     2651        /*Clean up and return*/
     2652        delete gauss;
     2653        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     2654}
     2655/*}}}*/
     2656void       Penta::StressIntensityFactor(){/*{{{*/
     2657
     2658        /* Check if we are on the base */
     2659        if(!IsOnBase()) return;
     2660
     2661        IssmDouble  ki[6]={0.};
     2662        IssmDouble  const_grav=9.81;
     2663        IssmDouble  rho_ice=900;
     2664        IssmDouble  rho_water=1000;
     2665        IssmDouble  Jdet[3];
     2666        IssmDouble  pressure,vx,vy,vel,deviaxx,deviaxy,deviayy,water_depth,prof,stress_xx,thickness;
     2667
     2668        Penta* penta=this;
     2669        for(;;){
     2670       
     2671                IssmDouble  xyz_list[NUMVERTICES][3];
     2672                /* Get node coordinates and dof list: */
     2673                ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],penta->vertices,NUMVERTICES);
     2674
     2675                ///*Compute the Jacobian for the vertical integration*/
     2676                Jdet[0]=(xyz_list[3][2]-xyz_list[0][2])*0.5;
     2677                Jdet[1]=(xyz_list[4][2]-xyz_list[1][2])*0.5;
     2678                Jdet[2]=(xyz_list[5][2]-xyz_list[2][2])*0.5;
     2679       
     2680                /*Retrieve all inputs we will need*/
     2681                Input* vx_input=inputs->GetInput(VxEnum);                                  _assert_(vx_input);
     2682                Input* vy_input=inputs->GetInput(VyEnum);                                  _assert_(vy_input);
     2683                Input* vel_input=inputs->GetInput(VelEnum);                                _assert_(vel_input);
     2684                Input* pressure_input=inputs->GetInput(PressureEnum);                      _assert_(pressure_input);
     2685                Input* deviaxx_input=inputs->GetInput(DeviatoricStressxxEnum);             _assert_(deviaxx_input);
     2686                Input* deviaxy_input=inputs->GetInput(DeviatoricStressxyEnum);             _assert_(deviaxy_input);
     2687                Input* deviayy_input=inputs->GetInput(DeviatoricStressyyEnum);             _assert_(deviayy_input);
     2688                Input* surface_input=inputs->GetInput(SurfaceEnum);                                                             _assert_(surface_input);
     2689                Input* thickness_input=inputs->GetInput(ThicknessEnum);                                                 _assert_(thickness_input);
     2690               
     2691                /* Start looping on the number of 2D vertices: */
     2692                for(int ig=0;ig<3;ig++){
     2693                        GaussPenta* gauss=new GaussPenta(ig,3+ig,11);
     2694                        for (int iv=gauss->begin();iv<gauss->end();iv++){
     2695                                gauss->GaussPoint(iv);
     2696
     2697                                /* Get the value we need*/
     2698                                pressure_input->GetInputValue(&pressure,gauss);
     2699                                vx_input->GetInputValue(&vx,gauss);
     2700                                vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
     2701                                vel_input->GetInputValue(&vel,gauss);
     2702                                deviaxx_input->GetInputValue(&deviaxx,gauss);
     2703                                deviaxy_input->GetInputValue(&deviaxy,gauss);
     2704                                deviayy_input->GetInputValue(&deviayy,gauss);
     2705                                surface_input->GetInputValue(&water_depth,gauss);
     2706                                thickness_input->GetInputValue(&thickness,gauss);
     2707                                prof=water_depth-penta->GetZcoord(&xyz_list[0][0],gauss);
     2708
     2709                                /*stress_xx= Deviatoric stress along the ice flow direction plus cryostatic pressure */
     2710                                stress_xx=(vx*vx*(deviaxx)+vy*vy*(deviayy)+2*vy*vx*deviaxy)/(vel*vel+1.e-6);
     2711
     2712                                if(prof<water_depth&prof<thickness){
     2713                                        /* Compute the local stress intensity factor*/
     2714                                        ki[ig]+=Jdet[ig]*gauss->weight*stress_xx*StressIntensityIntegralWeight(prof,min(water_depth,thickness),thickness);
     2715                                }
     2716                        }
     2717                        delete gauss;
     2718                }
     2719                       
     2720                /*Stop if we have reached the surface/base*/
     2721                if(penta->IsOnSurface()) break;
     2722               
     2723                /*get upper Penta*/
     2724                penta=penta->GetUpperPenta();
     2725                _assert_(penta->Id()!=this->id);
     2726        }
     2727
     2728        /*Add input*/
     2729        this->inputs->AddInput(new PentaInput(StressIntensityFactorEnum,&ki[0],P1Enum));
     2730        this->InputExtrude(StressIntensityFactorEnum,-1);
    20042731}
    20052732/*}}}*/
    … …  
    20832810        return dt;
    20842811}/*}}}*/
     2812IssmDouble Penta::TotalSmb(void){/*{{{*/
     2813
     2814        /*The smb[Gt yr-1] of one element is area[m2] * smb [ m ice yr^-1] * rho_ice [kg m-3] / 1e+10^12 */
     2815        IssmDouble base,smb,rho_ice;
     2816        IssmDouble Total_Smb=0;
     2817        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     2818
     2819        /*Get material parameters :*/
     2820        rho_ice=matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
     2821
     2822        if(!IsIceInElement() || !IsOnSurface()) return 0.;
     2823
     2824        ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
     2825
     2826        /*First calculate the area of the base (cross section triangle)
     2827         * http://en.wikipedia.org/wiki/Triangle
     2828         * base = 1/2 abs((xA-xC)(yB-yA)-(xA-xB)(yC-yA))*/
     2829        base = 1./2. * fabs((xyz_list[0][0]-xyz_list[2][0])*(xyz_list[1][1]-xyz_list[0][1]) - (xyz_list[0][0]-xyz_list[1][0])*(xyz_list[2][1]-xyz_list[0][1]));
     2830
     2831        /*Now get the average SMB over the element*/
     2832        Input* smb_input = inputs->GetInput(SurfaceforcingsMassBalanceEnum); _assert_(smb_input);
     2833
     2834        smb_input->GetInputAverage(&smb);
     2835        Total_Smb=rho_ice*base*smb;// smb on element in kg s-1
     2836
     2837        /*Return: */
     2838        return Total_Smb;
     2839}
     2840/*}}}*/
    20852841void       Penta::Update(int index,IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type,int finiteelement_type){ /*{{{*/
    20862842
    … …  
    20912847        IssmDouble yts;
    20922848        bool       dakota_analysis;
    2093         bool       isFS;
    20942849        int        numnodes;
    20952850        int*       penta_node_ids = NULL;
    … …  
    20982853        iomodel->Constant(&yts,ConstantsYtsEnum);
    20992854        iomodel->Constant(&dakota_analysis,QmuIsdakotaEnum);
    2100         iomodel->Constant(&isFS,FlowequationIsFSEnum);
    21012855
    21022856        /*Checks if debuging*/
    … …  
    24133167                        penta_node_ids[24]=iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+iomodel->numberofedges+iomodel->numberoffaces+iomodel->numberofelements+6*index+6;
    24143168                        break;
     3169                case LACrouzeixRaviartEnum:
     3170                        numnodes         = 19;
     3171                        penta_node_ids   = xNew<int>(numnodes);
     3172                        penta_node_ids[ 0]=iomodel->nodecounter+iomodel->elements[6*index+0];
     3173                        penta_node_ids[ 1]=iomodel->nodecounter+iomodel->elements[6*index+1];
     3174                        penta_node_ids[ 2]=iomodel->nodecounter+iomodel->elements[6*index+2];
     3175                        penta_node_ids[ 3]=iomodel->nodecounter+iomodel->elements[6*index+3];
     3176                        penta_node_ids[ 4]=iomodel->nodecounter+iomodel->elements[6*index+4];
     3177                        penta_node_ids[ 5]=iomodel->nodecounter+iomodel->elements[6*index+5];
     3178                        penta_node_ids[ 6]=iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+iomodel->elementtoedgeconnectivity[9*index+0]+1;
     3179                        penta_node_ids[ 7]=iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+iomodel->elementtoedgeconnectivity[9*index+1]+1;
     3180                        penta_node_ids[ 8]=iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+iomodel->elementtoedgeconnectivity[9*index+2]+1;
     3181                        penta_node_ids[ 9]=iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+iomodel->elementtoedgeconnectivity[9*index+3]+1;
     3182                        penta_node_ids[10]=iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+iomodel->elementtoedgeconnectivity[9*index+4]+1;
     3183                        penta_node_ids[11]=iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+iomodel->elementtoedgeconnectivity[9*index+5]+1;
     3184                        penta_node_ids[12]=iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+iomodel->elementtoedgeconnectivity[9*index+6]+1;
     3185                        penta_node_ids[13]=iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+iomodel->elementtoedgeconnectivity[9*index+7]+1;
     3186                        penta_node_ids[14]=iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+iomodel->elementtoedgeconnectivity[9*index+8]+1;
     3187                        penta_node_ids[15]=iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+iomodel->numberofedges+iomodel->elementtofaceconnectivity[5*index+2]+1;
     3188                        penta_node_ids[16]=iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+iomodel->numberofedges+iomodel->elementtofaceconnectivity[5*index+3]+1;
     3189                        penta_node_ids[17]=iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+iomodel->numberofedges+iomodel->elementtofaceconnectivity[5*index+4]+1;
     3190                        penta_node_ids[18]=iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+iomodel->numberofedges+iomodel->numberoffaces+index+1;
     3191                        break;
    24153192                default:
    24163193                        _error_("Finite element "<<EnumToStringx(finiteelement_type)<<" not supported yet");
    … …  
    24283205
    24293206                case StressbalanceAnalysisEnum:
     3207                        _assert_(iomodel->Data(FlowequationElementEquationEnum));
    24303208
    24313209                        if(*(iomodel->Data(FlowequationElementEquationEnum)+index)==HOFSApproximationEnum){
    … …  
    25093287}
    25103288/*}}}*/
     3289int        Penta::UpdatePotentialUngrounding(IssmDouble* vertices_potentially_ungrounding,Vector<IssmDouble>* vec_nodes_on_iceshelf,IssmDouble* nodes_on_iceshelf){/*{{{*/
     3290
     3291        int i;
     3292        int nflipped=0;
     3293
     3294        /*Go through nodes, and whoever is on the potential_ungrounding, ends up in nodes_on_iceshelf: */
     3295        for(i=0;i<NUMVERTICES;i++){
     3296                if (reCast<bool,IssmDouble>(vertices_potentially_ungrounding[vertices[i]->Pid()])){
     3297                        vec_nodes_on_iceshelf->SetValue(vertices[i]->Pid(),-1.,INS_VAL);
     3298
     3299                        /*If node was not on ice shelf, we flipped*/
     3300                        if(nodes_on_iceshelf[vertices[i]->Pid()]>=0.){
     3301                                nflipped++;
     3302                        }
     3303                }
     3304        }
     3305        return nflipped;
     3306}
     3307/*}}}*/
     3308void       Penta::ValueP1DerivativesOnGauss(IssmDouble* dvalue,IssmDouble* values,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     3309        PentaRef::GetInputDerivativeValue(dvalue,values,xyz_list,gauss,P1Enum);
     3310}
     3311/*}}}*/
    25113312void       Penta::ValueP1OnGauss(IssmDouble* pvalue,IssmDouble* values,Gauss* gauss){/*{{{*/
    25123313        PentaRef::GetInputValue(pvalue,values,gauss,P1Enum);
    25133314}
    25143315/*}}}*/
    2515 void       Penta::ValueP1DerivativesOnGauss(IssmDouble* dvalue,IssmDouble* values,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    2516         PentaRef::GetInputDerivativeValue(dvalue,values,xyz_list,gauss,P1Enum);
     3316int        Penta::VelocityInterpolation(void){/*{{{*/
     3317        return PentaRef::VelocityInterpolation(this->element_type);
    25173318}
    25183319/*}}}*/
    … …  
    25513352}
    25523353/*}}}*/
    2553 int        Penta::VelocityInterpolation(void){/*{{{*/
    2554         return PentaRef::VelocityInterpolation(this->element_type);
    2555 }
    2556 /*}}}*/
    2557 int        Penta::PressureInterpolation(void){/*{{{*/
    2558         return PentaRef::PressureInterpolation(this->element_type);
    2559 }
    2560 /*}}}*/
    2561 bool       Penta::IsZeroLevelset(int levelset_enum){/*{{{*/
    2562 
    2563         bool        iszerols;
    2564         IssmDouble  ls[NUMVERTICES];
    2565 
    2566         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    2567         GetInputListOnVertices(&ls[0],levelset_enum);
    2568 
    2569         /*If the level set has always same sign, there is no ice front here*/
    2570         iszerols = false;
    2571         if(IsIceInElement()){
    2572                 if(ls[0]*ls[1]<0. || ls[0]*ls[2]<0. || (ls[0]*ls[1]*ls[2]==0. && ls[0]*ls[1]+ls[0]*ls[2]+ls[1]*ls[2]<=0.)){
    2573                         iszerols = true;
    2574                 }
    2575         }
    2576         return iszerols;
    2577 }
    2578 /*}}}*/
    2579 bool       Penta::IsIcefront(void){/*{{{*/
    2580 
    2581         bool isicefront;
    2582         int i,nrice;
    2583    IssmDouble ls[NUMVERTICES];
    2584 
    2585         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    2586         GetInputListOnVertices(&ls[0],MaskIceLevelsetEnum);
    2587 
    2588         /* If only one vertex has ice, there is an ice front here */
    2589         isicefront=false;
    2590         if(IsIceInElement()){
    2591                 nrice=0;       
    2592                 for(i=0;i<NUMVERTICES2D;i++)
    2593                         if(ls[i]<0.) nrice++;
    2594                 if(nrice==1) isicefront= true;
    2595         }
    2596         return isicefront;
    2597 }/*}}}*/
    2598 void       Penta::AverageOntoPartition(Vector<IssmDouble>* partition_contributions,Vector<IssmDouble>* partition_areas,IssmDouble* vertex_response,IssmDouble* qmu_part){/*{{{*/
    2599         _error_("Not supported yet!");
    2600 }
    2601 /*}}}*/
    2602 IssmDouble Penta::IceVolume(void){/*{{{*/
    2603 
    2604         /*The volume of a troncated prism is base * 1/3 sum(length of edges)*/
    2605         IssmDouble base,height;
    2606         IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
    2607 
    2608         if(!IsIceInElement())return 0;
    2609 
    2610         ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
    2611 
    2612         /*First calculate the area of the base (cross section triangle)
    2613          * http://en.wikipedia.org/wiki/Pentangle
    2614          * base = 1/2 abs((xA-xC)(yB-yA)-(xA-xB)(yC-yA))*/
    2615         base = 1./2.*fabs((xyz_list[0][0]-xyz_list[2][0])*(xyz_list[1][1]-xyz_list[0][1]) - (xyz_list[0][0]-xyz_list[1][0])*(xyz_list[2][1]-xyz_list[0][1]));
    2616 
    2617         /*Now get the average height*/
    2618         height = 1./3.*((xyz_list[3][2]-xyz_list[0][2])+(xyz_list[4][2]-xyz_list[1][2])+(xyz_list[5][2]-xyz_list[2][2]));
    2619 
    2620         /*Return: */
    2621         return base*height;
    2622 }
    2623 /*}}}*/
    2624 IssmDouble Penta::IceVolumeAboveFloatation(void){/*{{{*/
    2625 
    2626         /*Volume above floatation: H + rho_water/rho_ice*bathymetry for nodes on the bed*/
    2627         IssmDouble rho_ice,rho_water;
    2628         IssmDouble base,bed,surface,bathymetry;
    2629         IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
    2630 
    2631         if(!IsIceInElement() || IsFloating() || !IsOnBase())return 0;
    2632 
    2633         rho_ice=matpar->GetRhoIce();
    2634         rho_water=matpar->GetRhoWater();
    2635         ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
    2636 
    2637         /*First calculate the area of the base (cross section triangle)
    2638          * http://en.wikipedia.org/wiki/Pentangle
    2639          * base = 1/2 abs((xA-xC)(yB-yA)-(xA-xB)(yC-yA))*/
    2640         base = 1./2.*fabs((xyz_list[0][0]-xyz_list[2][0])*(xyz_list[1][1]-xyz_list[0][1]) - (xyz_list[0][0]-xyz_list[1][0])*(xyz_list[2][1]-xyz_list[0][1]));
    2641 
    2642         /*Now get the average height above floatation*/
    2643         Input* surface_input    = inputs->GetInput(SurfaceEnum);    _assert_(surface_input);
    2644         Input* base_input        = inputs->GetInput(BaseEnum);        _assert_(base_input);
    2645         Input* bed_input = inputs->GetInput(BedEnum); _assert_(bed_input);
    2646         surface_input->GetInputAverage(&surface);
    2647         base_input->GetInputAverage(&bed);
    2648         bed_input->GetInputAverage(&bathymetry);
    2649 
    2650         /*Return: */
    2651         return base*(surface - bed + min( rho_water/rho_ice * bathymetry, 0.) );
    2652 }
    2653 /*}}}*/
    2654 IssmDouble Penta::MassFlux( IssmDouble* segment){/*{{{*/
    2655 
    2656         IssmDouble mass_flux=0;
    2657 
    2658         if(!IsOnBase()) return mass_flux;
    2659 
    2660         /*Depth Averaging Vx and Vy*/
    2661         this->InputDepthAverageAtBase(VxEnum,VxAverageEnum);
    2662         this->InputDepthAverageAtBase(VyEnum,VyAverageEnum);
    2663 
    2664         /*Spawn Tria element from the base of the Penta: */
    2665         Tria* tria=(Tria*)SpawnTria(0,1,2);
    2666         mass_flux=tria->MassFlux(segment);
    2667         delete tria->material; delete tria;
    2668 
    2669         /*Delete Vx and Vy averaged*/
    2670         this->inputs->DeleteInput(VxAverageEnum);
    2671         this->inputs->DeleteInput(VyAverageEnum);
    2672 
    2673         /*clean up and return*/
    2674         return mass_flux;
    2675 }
    2676 /*}}}*/
    2677 IssmDouble Penta::MassFlux( IssmDouble x1, IssmDouble y1, IssmDouble x2, IssmDouble y2,int segment_id){/*{{{*/
    2678 
    2679         IssmDouble mass_flux=0;
    2680 
    2681         if(!IsOnBase()) return mass_flux;
    2682 
    2683         /*Depth Averaging Vx and Vy*/
    2684         this->InputDepthAverageAtBase(VxEnum,VxAverageEnum);
    2685         this->InputDepthAverageAtBase(VyEnum,VyAverageEnum);
    2686 
    2687         /*Spawn Tria element from the base of the Penta: */
    2688         Tria* tria=(Tria*)SpawnTria(0,1,2);
    2689         mass_flux=tria->MassFlux(x1,y1,x2,y2,segment_id);
    2690         delete tria->material; delete tria;
    2691 
    2692         /*Delete Vx and Vy averaged*/
    2693         this->inputs->DeleteInput(VxAverageEnum);
    2694         this->inputs->DeleteInput(VyAverageEnum);
    2695 
    2696         /*clean up and return*/
    2697         return mass_flux;
    2698 }
    2699 /*}}}*/
    2700 void       Penta::ElementResponse(IssmDouble* presponse,int response_enum){/*{{{*/
    2701 
    2702         switch(response_enum){
    2703                 case MaterialsRheologyBbarEnum:
    2704                         *presponse=this->material->GetBbar();
    2705                         break;
    2706                 case DamageDbarEnum:
    2707                         *presponse=this->material->GetDbar();
    2708                         break;
    2709                 case VelEnum:
    2710                         {
    2711 
    2712                                 /*Get input:*/
    2713                                 IssmDouble vel;
    2714                                 Input* vel_input;
    2715 
    2716                                 vel_input=this->inputs->GetInput(VelEnum); _assert_(vel_input);
    2717                                 vel_input->GetInputAverage(&vel);
    2718 
    2719                                 /*Assign output pointers:*/
    2720                                 *presponse=vel;
    2721                         }
    2722                         break;
    2723                 default: 
    2724                         _error_("Response type " << EnumToStringx(response_enum) << " not supported yet!");
    2725         }
    2726 
    2727 }
    2728 /*}}}*/
    2729 IssmDouble Penta::TotalSmb(void){/*{{{*/
    2730 
    2731         /*The smb[Gt yr-1] of one element is area[m2] * smb [ m ice yr^-1] * rho_ice [kg m-3] / 1e+10^12 */
    2732         IssmDouble base,smb,rho_ice;
    2733         IssmDouble Total_Smb=0;
    2734         IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
    2735 
    2736         /*Get material parameters :*/
    2737         rho_ice=matpar->GetRhoIce();
    2738 
    2739         if(!IsIceInElement() || !IsOnSurface()) return 0.;
    2740 
    2741         ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
    2742 
    2743         /*First calculate the area of the base (cross section triangle)
    2744          * http://en.wikipedia.org/wiki/Triangle
    2745          * base = 1/2 abs((xA-xC)(yB-yA)-(xA-xB)(yC-yA))*/
    2746         base = 1./2. * fabs((xyz_list[0][0]-xyz_list[2][0])*(xyz_list[1][1]-xyz_list[0][1]) - (xyz_list[0][0]-xyz_list[1][0])*(xyz_list[2][1]-xyz_list[0][1]));
    2747 
    2748         /*Now get the average SMB over the element*/
    2749         Input* smb_input = inputs->GetInput(SurfaceforcingsMassBalanceEnum); _assert_(smb_input);
    2750 
    2751         smb_input->GetInputAverage(&smb);
    2752         Total_Smb=rho_ice*base*smb;// smb on element in kg s-1
    2753 
    2754         /*Return: */
    2755         return Total_Smb;
     3354void       Penta::ZeroLevelsetCoordinates(IssmDouble** pxyz_zero,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum){/*{{{*/
     3355        /*Compute portion of the element that is grounded*/
     3356
     3357        int         normal_orientation=0;
     3358        IssmDouble  s1,s2;
     3359        IssmDouble  levelset[NUMVERTICES];
     3360        IssmDouble* xyz_zero = xNew<IssmDouble>(4*3);
     3361
     3362        /*Recover parameters and values*/
     3363        GetInputListOnVertices(&levelset[0],levelsetenum);
     3364
     3365        if(levelset[0]*levelset[1]>0.){ //Nodes 0 and 1 are similar, so points must be found on segment 0-2 and 1-2
     3366                /*Portion of the segments*/
     3367                s1=levelset[2]/(levelset[2]-levelset[1]);
     3368                s2=levelset[2]/(levelset[2]-levelset[0]);
     3369
     3370                if(levelset[2]<0.) normal_orientation=1; //orientation of quadrangle at base and top, depending on distribution of levelsetfunction
     3371                /*New point 1*/
     3372                xyz_zero[3*normal_orientation+0]=xyz_list[2*3+0]+s1*(xyz_list[1*3+0]-xyz_list[2*3+0]);
     3373                xyz_zero[3*normal_orientation+1]=xyz_list[2*3+1]+s1*(xyz_list[1*3+1]-xyz_list[2*3+1]);
     3374                xyz_zero[3*normal_orientation+2]=xyz_list[2*3+2]+s1*(xyz_list[1*3+2]-xyz_list[2*3+2]);
     3375
     3376                /*New point 0*/
     3377                xyz_zero[3*(1-normal_orientation)+0]=xyz_list[2*3+0]+s2*(xyz_list[0*3+0]-xyz_list[2*3+0]);
     3378                xyz_zero[3*(1-normal_orientation)+1]=xyz_list[2*3+1]+s2*(xyz_list[0*3+1]-xyz_list[2*3+1]);
     3379                xyz_zero[3*(1-normal_orientation)+2]=xyz_list[2*3+2]+s2*(xyz_list[0*3+2]-xyz_list[2*3+2]);
     3380
     3381                /*New point 3*/
     3382                xyz_zero[3*(2+1-normal_orientation)+0]=xyz_list[5*3+0]+s1*(xyz_list[4*3+0]-xyz_list[5*3+0]);
     3383                xyz_zero[3*(2+1-normal_orientation)+1]=xyz_list[5*3+1]+s1*(xyz_list[4*3+1]-xyz_list[5*3+1]);
     3384                xyz_zero[3*(2+1-normal_orientation)+2]=xyz_list[5*3+2]+s1*(xyz_list[4*3+2]-xyz_list[5*3+2]);
     3385
     3386                /*New point 4*/
     3387                xyz_zero[3*(2+normal_orientation)+0]=xyz_list[5*3+0]+s2*(xyz_list[3*3+0]-xyz_list[5*3+0]);
     3388                xyz_zero[3*(2+normal_orientation)+1]=xyz_list[5*3+1]+s2*(xyz_list[3*3+1]-xyz_list[5*3+1]);
     3389                xyz_zero[3*(2+normal_orientation)+2]=xyz_list[5*3+2]+s2*(xyz_list[3*3+2]-xyz_list[5*3+2]);
     3390        }
     3391        else if(levelset[1]*levelset[2]>0.){ //Nodes 1 and 2 are similar, so points must be found on segment 0-1 and 0-2
     3392                /*Portion of the segments*/
     3393                s1=levelset[0]/(levelset[0]-levelset[2]);
     3394                s2=levelset[0]/(levelset[0]-levelset[1]);
     3395
     3396                if(levelset[0]<0.) normal_orientation=1;
     3397                /*New point 1*/
     3398                xyz_zero[3*normal_orientation+0]=xyz_list[0*3+0]+s1*(xyz_list[2*3+0]-xyz_list[0*3+0]);
     3399                xyz_zero[3*normal_orientation+1]=xyz_list[0*3+1]+s1*(xyz_list[2*3+1]-xyz_list[0*3+1]);
     3400                xyz_zero[3*normal_orientation+2]=xyz_list[0*3+2]+s1*(xyz_list[2*3+2]-xyz_list[0*3+2]);
     3401
     3402                /*New point 2*/
     3403                xyz_zero[3*(1-normal_orientation)+0]=xyz_list[0*3+0]+s2*(xyz_list[1*3+0]-xyz_list[0*3+0]);
     3404                xyz_zero[3*(1-normal_orientation)+1]=xyz_list[0*3+1]+s2*(xyz_list[1*3+1]-xyz_list[0*3+1]);
     3405                xyz_zero[3*(1-normal_orientation)+2]=xyz_list[0*3+2]+s2*(xyz_list[1*3+2]-xyz_list[0*3+2]);
     3406
     3407                /*New point 3*/
     3408                xyz_zero[3*(2+1-normal_orientation)+0]=xyz_list[3*3+0]+s1*(xyz_list[5*3+0]-xyz_list[3*3+0]);
     3409                xyz_zero[3*(2+1-normal_orientation)+1]=xyz_list[3*3+1]+s1*(xyz_list[5*3+1]-xyz_list[3*3+1]);
     3410                xyz_zero[3*(2+1-normal_orientation)+2]=xyz_list[3*3+2]+s1*(xyz_list[5*3+2]-xyz_list[3*3+2]);
     3411
     3412                /*New point 4*/
     3413                xyz_zero[3*(2+normal_orientation)+0]=xyz_list[3*3+0]+s2*(xyz_list[4*3+0]-xyz_list[3*3+0]);
     3414                xyz_zero[3*(2+normal_orientation)+1]=xyz_list[3*3+1]+s2*(xyz_list[4*3+1]-xyz_list[3*3+1]);
     3415                xyz_zero[3*(2+normal_orientation)+2]=xyz_list[3*3+2]+s2*(xyz_list[4*3+2]-xyz_list[3*3+2]);
     3416        }
     3417        else if(levelset[0]*levelset[2]>0.){ //Nodes 0 and 2 are similar, so points must be found on segment 1-0 and 1-2
     3418                /*Portion of the segments*/
     3419                s1=levelset[1]/(levelset[1]-levelset[0]);
     3420                s2=levelset[1]/(levelset[1]-levelset[2]);
     3421
     3422                if(levelset[1]<0.) normal_orientation=1;
     3423                /*New point 0*/
     3424                xyz_zero[3*normal_orientation+0]=xyz_list[1*3+0]+s1*(xyz_list[0*3+0]-xyz_list[1*3+0]);
     3425                xyz_zero[3*normal_orientation+1]=xyz_list[1*3+1]+s1*(xyz_list[0*3+1]-xyz_list[1*3+1]);
     3426                xyz_zero[3*normal_orientation+2]=xyz_list[1*3+2]+s1*(xyz_list[0*3+2]-xyz_list[1*3+2]);
     3427
     3428                /*New point 2*/
     3429                xyz_zero[3*(1-normal_orientation)+0]=xyz_list[1*3+0]+s2*(xyz_list[2*3+0]-xyz_list[1*3+0]);
     3430                xyz_zero[3*(1-normal_orientation)+1]=xyz_list[1*3+1]+s2*(xyz_list[2*3+1]-xyz_list[1*3+1]);
     3431                xyz_zero[3*(1-normal_orientation)+2]=xyz_list[1*3+2]+s2*(xyz_list[2*3+2]-xyz_list[1*3+2]);
     3432
     3433                /*New point 3*/
     3434                xyz_zero[3*(2+1-normal_orientation)+0]=xyz_list[4*3+0]+s1*(xyz_list[3*3+0]-xyz_list[4*3+0]);
     3435                xyz_zero[3*(2+1-normal_orientation)+1]=xyz_list[4*3+1]+s1*(xyz_list[3*3+1]-xyz_list[4*3+1]);
     3436                xyz_zero[3*(2+1-normal_orientation)+2]=xyz_list[4*3+2]+s1*(xyz_list[3*3+2]-xyz_list[4*3+2]);
     3437
     3438                /*New point 4*/
     3439                xyz_zero[3*(2+normal_orientation)+0]=xyz_list[4*3+0]+s2*(xyz_list[5*3+0]-xyz_list[4*3+0]);
     3440                xyz_zero[3*(2+normal_orientation)+1]=xyz_list[4*3+1]+s2*(xyz_list[5*3+1]-xyz_list[4*3+1]);
     3441                xyz_zero[3*(2+normal_orientation)+2]=xyz_list[4*3+2]+s2*(xyz_list[5*3+2]-xyz_list[4*3+2]);
     3442        }
     3443        else if(levelset[0]==0. && levelset[1]==0.){ //front is on point 0 and 1
     3444                xyz_zero[3*0+0]=xyz_list[0*3+0];
     3445                xyz_zero[3*0+1]=xyz_list[0*3+1];
     3446                xyz_zero[3*0+2]=xyz_list[0*3+2];
     3447
     3448                /*New point 2*/
     3449                xyz_zero[3*1+0]=xyz_list[1*3+0];
     3450                xyz_zero[3*1+1]=xyz_list[1*3+1];
     3451                xyz_zero[3*1+2]=xyz_list[1*3+2];
     3452
     3453                /*New point 3*/
     3454                xyz_zero[3*2+0]=xyz_list[4*3+0];
     3455                xyz_zero[3*2+1]=xyz_list[4*3+1];
     3456                xyz_zero[3*2+2]=xyz_list[4*3+2];
     3457
     3458                /*New point 4*/
     3459                xyz_zero[3*3+0]=xyz_list[3*3+0];
     3460                xyz_zero[3*3+1]=xyz_list[3*3+1];
     3461                xyz_zero[3*3+2]=xyz_list[3*3+2];
     3462        }
     3463        else if(levelset[0]==0. && levelset[2]==0.){ //front is on point 0 and 1
     3464                xyz_zero[3*0+0]=xyz_list[2*3+0];
     3465                xyz_zero[3*0+1]=xyz_list[2*3+1];
     3466                xyz_zero[3*0+2]=xyz_list[2*3+2];
     3467
     3468                /*New point 2*/
     3469                xyz_zero[3*1+0]=xyz_list[0*3+0];
     3470                xyz_zero[3*1+1]=xyz_list[0*3+1];
     3471                xyz_zero[3*1+2]=xyz_list[0*3+2];
     3472
     3473                /*New point 3*/
     3474                xyz_zero[3*2+0]=xyz_list[3*3+0];
     3475                xyz_zero[3*2+1]=xyz_list[3*3+1];
     3476                xyz_zero[3*2+2]=xyz_list[3*3+2];
     3477
     3478                /*New point 4*/
     3479                xyz_zero[3*3+0]=xyz_list[5*3+0];
     3480                xyz_zero[3*3+1]=xyz_list[5*3+1];
     3481                xyz_zero[3*3+2]=xyz_list[5*3+2];
     3482        }
     3483        else if(levelset[1]==0. && levelset[2]==0.){ //front is on point 0 and 1
     3484                xyz_zero[3*0+0]=xyz_list[1*3+0];
     3485                xyz_zero[3*0+1]=xyz_list[1*3+1];
     3486                xyz_zero[3*0+2]=xyz_list[1*3+2];
     3487
     3488                /*New point 2*/
     3489                xyz_zero[3*1+0]=xyz_list[2*3+0];
     3490                xyz_zero[3*1+1]=xyz_list[2*3+1];
     3491                xyz_zero[3*1+2]=xyz_list[2*3+2];
     3492
     3493                /*New point 3*/
     3494                xyz_zero[3*2+0]=xyz_list[5*3+0];
     3495                xyz_zero[3*2+1]=xyz_list[5*3+1];
     3496                xyz_zero[3*2+2]=xyz_list[5*3+2];
     3497
     3498                /*New point 4*/
     3499                xyz_zero[3*3+0]=xyz_list[4*3+0];
     3500                xyz_zero[3*3+1]=xyz_list[4*3+1];
     3501                xyz_zero[3*3+2]=xyz_list[4*3+2];
     3502        }
     3503        else _error_("Case not covered");
     3504
     3505        /*Assign output pointer*/
     3506        *pxyz_zero= xyz_zero;
    27563507}
    27573508/*}}}*/
    … …  
    27633514/*}}}*/
    27643515#endif
    2765 
    2766 void       Penta::ControlInputSetGradient(IssmDouble* gradient,int enum_type,int control_index){/*{{{*/
    2767 
    2768         int    vertexpidlist[NUMVERTICES];
    2769         IssmDouble grad_list[NUMVERTICES];
    2770         Input* grad_input=NULL;
    2771         Input* input=NULL;
    2772 
    2773         if(enum_type==MaterialsRheologyBbarEnum){
    2774                 input=(Input*)inputs->GetInput(MaterialsRheologyBEnum);
    2775         }
    2776         else if(enum_type==DamageDbarEnum){
    2777                 input=(Input*)inputs->GetInput(DamageDEnum);
    2778         }
    2779         else{
    2780                 input=inputs->GetInput(enum_type);
    2781         }
    2782         if (!input) _error_("Input " << EnumToStringx(enum_type) << " not found");
    2783         if (input->ObjectEnum()!=ControlInputEnum) _error_("Input " << EnumToStringx(enum_type) << " is not a ControlInput");
    2784 
    2785         GradientIndexing(&vertexpidlist[0],control_index);
    2786         for(int i=0;i<NUMVERTICES;i++) grad_list[i]=gradient[vertexpidlist[i]];
    2787         grad_input=new PentaInput(GradientEnum,grad_list,P1Enum);
    2788         ((ControlInput*)input)->SetGradient(grad_input);
    2789 
    2790 }/*}}}*/
    2791 void       Penta::ControlToVectors(Vector<IssmPDouble>* vector_control, Vector<IssmPDouble>* vector_gradient,int control_enum){/*{{{*/
    2792 
    2793         Input* input=NULL;
    2794 
    2795         if(control_enum==MaterialsRheologyBbarEnum){
    2796                 input=(Input*)inputs->GetInput(MaterialsRheologyBEnum);
    2797         }
    2798         else if(control_enum==DamageDbarEnum){
    2799                 input=(Input*)inputs->GetInput(DamageDEnum);
    2800         }
    2801         else{
    2802                 input=inputs->GetInput(control_enum);
    2803         }
    2804         if (!input) _error_("Input " << EnumToStringx(control_enum) << " not found");
    2805         if (input->ObjectEnum()!=ControlInputEnum) _error_("Input " << EnumToStringx(control_enum) << " is not a ControlInput");
    2806 
    2807         int         sidlist[NUMVERTICES];
    2808         int         connectivity[NUMVERTICES];
    2809         IssmPDouble values[NUMVERTICES];
    2810         IssmPDouble gradients[NUMVERTICES];
    2811         IssmDouble  value,gradient;
    2812 
    2813         this->GetVerticesConnectivityList(&connectivity[0]);
    2814         this->GetVerticesSidList(&sidlist[0]);
    2815 
    2816         GaussPenta* gauss=new GaussPenta();
    2817         for (int iv=0;iv<NUMVERTICES;iv++){
    2818                 gauss->GaussVertex(iv);
    2819 
    2820                 ((ControlInput*)input)->GetInputValue(&value,gauss);
    2821                 ((ControlInput*)input)->GetGradientValue(&gradient,gauss);
    2822 
    2823                 values[iv]    = reCast<IssmPDouble>(value)/reCast<IssmPDouble>(connectivity[iv]);
    2824                 gradients[iv] = reCast<IssmPDouble>(gradient)/reCast<IssmPDouble>(connectivity[iv]);
    2825         }
    2826         delete gauss;
    2827 
    2828         vector_control->SetValues(NUMVERTICES,&sidlist[0],&values[0],ADD_VAL);
    2829         vector_gradient->SetValues(NUMVERTICES,&sidlist[0],&gradients[0],ADD_VAL);
    2830 
    2831 }/*}}}*/
    2832 void       Penta::InputControlUpdate(IssmDouble scalar,bool save_parameter){/*{{{*/
    2833 
    2834         /*Intermediary*/
    2835         int    num_controls;
    2836         int*   control_type=NULL;
    2837         Input* input=NULL;
    2838 
    2839         /*retrieve some parameters: */
    2840         this->parameters->FindParam(&num_controls,InversionNumControlParametersEnum);
    2841         this->parameters->FindParam(&control_type,NULL,InversionControlParametersEnum);
    2842 
    2843         for(int i=0;i<num_controls;i++){
    2844 
    2845                 if(control_type[i]==MaterialsRheologyBbarEnum){
    2846                         if (!IsOnBase()) goto cleanup_and_return;
    2847                         input=(Input*)this->inputs->GetInput(MaterialsRheologyBEnum); _assert_(input);
    2848                 }
    2849                 else if(control_type[i]==DamageDbarEnum){
    2850                         if (!IsOnBase()) goto cleanup_and_return;
    2851                         input=(Input*)this->inputs->GetInput(DamageDEnum); _assert_(input);
    2852                 }
    2853                 else{
    2854                         input=(Input*)this->inputs->GetInput(control_type[i]); _assert_(input);
    2855                 }
    2856                 if(input->ObjectEnum()!=ControlInputEnum) _error_("input " << EnumToStringx(control_type[i]) << " is not a ControlInput");
    2857 
    2858                 ((ControlInput*)input)->UpdateValue(scalar);
    2859                 ((ControlInput*)input)->Constrain();
    2860                 if (save_parameter) ((ControlInput*)input)->SaveValue();
    2861 
    2862                 if(control_type[i]==MaterialsRheologyBbarEnum){
    2863                         this->InputExtrude(MaterialsRheologyBEnum);
    2864                 }
    2865                 else if(control_type[i]==DamageDbarEnum){
    2866                         this->InputExtrude(DamageDEnum);
    2867                 }
    2868         }
    2869 
    2870         /*Clean up and return*/
    2871 cleanup_and_return:
    2872         xDelete<int>(control_type);
    2873 }
    2874 /*}}}*/
    2875 void       Penta::GetVectorFromControlInputs(Vector<IssmDouble>* vector,int control_enum,int control_index,const char* data){/*{{{*/
    2876 
    2877         int vertexpidlist[NUMVERTICES];
    2878 
    2879         /*Get out if this is not an element input*/
    2880         if(!IsInput(control_enum)) return;
    2881 
    2882         /*Prepare index list*/
    2883         GradientIndexing(&vertexpidlist[0],control_index);
    2884 
    2885         /*Get input (either in element or material)*/
    2886         if(control_enum==MaterialsRheologyBbarEnum) control_enum=MaterialsRheologyBEnum;
    2887         Input* input=inputs->GetInput(control_enum);
    2888         if(!input) _error_("Input " << EnumToStringx(control_enum) << " not found in element");
    2889 
    2890         /*Check that it is a ControlInput*/
    2891         if (input->ObjectEnum()!=ControlInputEnum){
    2892                 _error_("input " << EnumToStringx(control_enum) << " is not a ControlInput");
    2893         }
    2894 
    2895         ((ControlInput*)input)->GetVectorFromInputs(vector,&vertexpidlist[0],data);
    2896 }
    2897 /*}}}*/
    2898 void       Penta::SetControlInputsFromVector(IssmDouble* vector,int control_enum,int control_index){/*{{{*/
    2899 
    2900         IssmDouble  values[NUMVERTICES];
    2901         int         vertexpidlist[NUMVERTICES],control_init;
    2902 
    2903         /*Specific case for depth averaged quantities*/
    2904         control_init=control_enum;
    2905         if(control_enum==MaterialsRheologyBbarEnum){
    2906                 control_enum=MaterialsRheologyBEnum;
    2907                 if(!IsOnBase()) return;
    2908         }
    2909         if(control_enum==DamageDbarEnum){
    2910                 control_enum=DamageDEnum;
    2911                 if(!IsOnBase()) return;
    2912         }
    2913 
    2914         /*Get out if this is not an element input*/
    2915         if(!IsInput(control_enum)) return;
    2916 
    2917         /*Prepare index list*/
    2918         GradientIndexing(&vertexpidlist[0],control_index);
    2919 
    2920         /*Get values on vertices*/
    2921         for(int i=0;i<NUMVERTICES;i++){
    2922                 values[i]=vector[vertexpidlist[i]];
    2923         }
    2924         Input* new_input = new PentaInput(control_enum,values,P1Enum);
    2925         Input* input=(Input*)this->inputs->GetInput(control_enum);   _assert_(input);
    2926         if(input->ObjectEnum()!=ControlInputEnum){
    2927                 _error_("input " << EnumToStringx(control_enum) << " is not a ControlInput");
    2928         }
    2929 
    2930         ((ControlInput*)input)->SetInput(new_input);
    2931 
    2932         if(control_init==MaterialsRheologyBbarEnum){
    2933                 this->InputExtrude(control_enum);
    2934         }
    2935         if(control_init==DamageDbarEnum){
    2936                 this->InputExtrude(control_enum);
    2937         }
    2938 }
    2939 /*}}}*/
    29403516
    29413517#ifdef _HAVE_DAKOTA_
    … …  
    29823558                                                /*hydrostatic equilibrium: */
    29833559                                                IssmDouble rho_ice,rho_water,di;
    2984                                                 rho_ice=this->matpar->GetRhoIce();
    2985                                                 rho_water=this->matpar->GetRhoWater();
     3560                                                rho_ice=this->matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
     3561                                                rho_water=this->matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoSeawaterEnum);
    29863562
    29873563                                                di=rho_ice/rho_water;
    … …  
    30793655/*}}}*/
    30803656#endif
    3081 void       Penta::GetSolutionFromInputsOneDof(Vector<IssmDouble>* solution, int enum_type){/*{{{*/
    3082 
    3083         const int    numdof=NDOF1*NUMVERTICES;
    3084 
    3085         int          i;
    3086         int*         doflist=NULL;
    3087         IssmDouble   values[numdof];
    3088         IssmDouble   enum_value;
    3089         GaussPenta   *gauss=NULL;
    3090 
    3091         /*Get dof list: */
    3092         GetDofList(&doflist,NoneApproximationEnum,GsetEnum);
    3093         Input* enum_input=inputs->GetInput(enum_type); _assert_(enum_input);
    3094 
    3095         gauss=new GaussPenta();
    3096         for(i=0;i<NUMVERTICES;i++){
    3097                 /*Recover temperature*/
    3098                 gauss->GaussVertex(i);
    3099                 enum_input->GetInputValue(&enum_value,gauss);
    3100                 values[i]=enum_value;
    3101         }
    3102 
    3103         /*Add value to global vector*/
    3104         solution->SetValues(numdof,doflist,values,INS_VAL);
    3105 
    3106         /*Free ressources:*/
    3107         delete gauss;
    3108         xDelete<int>(doflist);
    3109 }
    3110 /*}}}*/
    3111 void       Penta::MigrateGroundingLine(IssmDouble* phi_ungrounding){/*{{{*/
    3112 
    3113         int        i,migration_style;
    3114         IssmDouble bed_hydro,yts;
    3115         IssmDouble rho_water,rho_ice,density;
    3116         IssmDouble h[NUMVERTICES],s[NUMVERTICES],b[NUMVERTICES],r[NUMVERTICES];
    3117         IssmDouble melting[NUMVERTICES],phi[NUMVERTICES];
    3118 
    3119         if(!IsOnBase()) return;
    3120 
    3121         /*Recover info at the vertices: */
    3122         parameters->FindParam(&migration_style,GroundinglineMigrationEnum);
    3123         parameters->FindParam(&yts,ConstantsYtsEnum);
    3124         GetInputListOnVertices(&h[0],ThicknessEnum);
    3125         GetInputListOnVertices(&s[0],SurfaceEnum);
    3126         GetInputListOnVertices(&b[0],BaseEnum);
    3127         GetInputListOnVertices(&r[0],BedEnum);
    3128         GetInputListOnVertices(&phi[0],MaskGroundediceLevelsetEnum);
    3129         rho_water   = matpar->GetRhoWater();
    3130         rho_ice     = matpar->GetRhoIce();
    3131         density     = rho_ice/rho_water;
    3132 
    3133         /*go through vertices, and update inputs, considering them to be PentaVertex type: */
    3134         for(i=0;i<NUMVERTICES;i++){
    3135                 /*Ice shelf: if bed below bathymetry, impose it at the bathymetry and update surface, elso do nothing */
    3136                 if(phi[i]<=0){
    3137                         if(b[i]<=r[i]){
    3138                                 b[i]        = r[i];
    3139                                 s[i]        = b[i]+h[i];
    3140                         }
    3141                 }
    3142                 /*Ice sheet: if hydrostatic bed above bathymetry, ice sheet starts to unground, elso do nothing */
    3143                 /*Change only if AggressiveMigration or if the ice sheet is in contact with the ocean*/
    3144                 else{
    3145                         bed_hydro=-density*h[i];
    3146                         if(bed_hydro>r[i]){
    3147                                 /*Unground only if the element is connected to the ice shelf*/
    3148                                 if(migration_style==AggressiveMigrationEnum || migration_style==SubelementMigrationEnum || migration_style==SubelementMigration2Enum){
    3149                                         s[i]        = (1-density)*h[i];
    3150                                         b[i]        = -density*h[i];
    3151                                 }
    3152                                 else if(migration_style==SoftMigrationEnum && phi_ungrounding[vertices[i]->Pid()]<0.){
    3153                                         s[i]        = (1-density)*h[i];
    3154                                         b[i]        = -density*h[i];
    3155                                 }
    3156                                 else{
    3157                                         if(migration_style!=SoftMigrationEnum) _error_("Error: migration should be Aggressive, Soft or Subelement");
    3158                                 }
    3159                         }
    3160                 }
    3161         }
    3162 
    3163         /*Recalculate phi*/
    3164         for(i=0;i<NUMVERTICES;i++){
    3165                 if(migration_style==SoftMigrationEnum){
    3166                         bed_hydro=-density*h[i];
    3167                         if(phi[i]<0. || bed_hydro<=r[i] || phi_ungrounding[vertices[i]->Pid()]<0.){
    3168                                 phi[i]=h[i]+r[i]/density;
    3169                         }
    3170                 }
    3171                 else phi[i]=h[i]+r[i]/density;
    3172         }
    3173         this->inputs->AddInput(new PentaInput(MaskGroundediceLevelsetEnum,&phi[0],P1Enum));
    3174         this->InputExtrude(MaskGroundediceLevelsetEnum);
    3175 
    3176         /*Update inputs*/
    3177         this->inputs->AddInput(new PentaInput(SurfaceEnum,&s[0],P1Enum));
    3178         this->inputs->AddInput(new PentaInput(BaseEnum,&b[0],P1Enum));
    3179 
    3180         /*Extrude inputs*/
    3181         this->InputExtrude(SurfaceEnum);
    3182         this->InputExtrude(BaseEnum);
    3183 }
    3184 /*}}}*/
    3185 void       Penta::PotentialUngrounding(Vector<IssmDouble>* potential_ungrounding){/*{{{*/
    3186 
    3187         IssmDouble  h[NUMVERTICES],r[NUMVERTICES],gl[NUMVERTICES];
    3188         IssmDouble  bed_hydro;
    3189         IssmDouble  rho_water,rho_ice,density;
    3190 
    3191         /*material parameters: */
    3192         rho_water=matpar->GetRhoWater();
    3193         rho_ice=matpar->GetRhoIce();
    3194         density=rho_ice/rho_water;
    3195         GetInputListOnVertices(&h[0],ThicknessEnum);
    3196         GetInputListOnVertices(&r[0],BedEnum);
    3197         GetInputListOnVertices(&gl[0],MaskGroundediceLevelsetEnum);
    3198 
    3199         /*go through vertices, and figure out which ones are on the ice sheet, and want to unground: */
    3200         for(int i=0;i<NUMVERTICES;i++){
    3201                 /*Find if grounded vertices want to start floating*/
    3202                 if (gl[i]>0.){
    3203                         bed_hydro=-density*h[i];
    3204                         if(bed_hydro>r[i]){
    3205                                 /*Vertex that could potentially unground, flag it*/
    3206                                 potential_ungrounding->SetValue(vertices[i]->Pid(),1,INS_VAL);
    3207                         }
    3208                 }
    3209         }
    3210 }
    3211 /*}}}*/
    3212 int        Penta::UpdatePotentialUngrounding(IssmDouble* vertices_potentially_ungrounding,Vector<IssmDouble>* vec_nodes_on_iceshelf,IssmDouble* nodes_on_iceshelf){/*{{{*/
    3213 
    3214         int i;
    3215         int nflipped=0;
    3216 
    3217         /*Go through nodes, and whoever is on the potential_ungrounding, ends up in nodes_on_iceshelf: */
    3218         for(i=0;i<NUMVERTICES;i++){
    3219                 if (reCast<bool,IssmDouble>(vertices_potentially_ungrounding[vertices[i]->Pid()])){
    3220                         vec_nodes_on_iceshelf->SetValue(vertices[i]->Pid(),-1.,INS_VAL);
    3221 
    3222                         /*If node was not on ice shelf, we flipped*/
    3223                         if(nodes_on_iceshelf[vertices[i]->Pid()]>=0.){
    3224                                 nflipped++;
    3225                         }
    3226                 }
    3227         }
    3228         return nflipped;
    3229 }
    3230 /*}}}*/

  • issm/trunk/src/c/classes/Elements/Penta.h

    r18301 r19105  
    4343                int     ObjectEnum();
    4444                /*}}}*/
    45                 /*Update virtual functions definitions: {{{*/
    46                 void  InputUpdateFromVector(IssmDouble* vector, int name, int type);
    47                 #ifdef _HAVE_DAKOTA_
    48                 void  InputUpdateFromVectorDakota(IssmDouble* vector, int name, int type);
    49                 void  InputUpdateFromMatrixDakota(IssmDouble* matrix, int nows, int ncols, int name, int type);
    50                 #endif
    51                 void  InputUpdateFromIoModel(int index, IoModel* iomodel);
    52                 /*}}}*/
    53                 /*Element virtual functions definitions: {{{*/
    54                 IssmDouble CharacteristicLength(void){_error_("not implemented yet");};
    55                 void   ComputeBasalStress(Vector<IssmDouble>* sigma_b);
    56                 void   ComputeSigmaNN(){_error_("not implemented yet");};
    57                 void   ComputeStressTensor();
    58                 void   ComputeDeviatoricStressTensor();
    59                 void   Configure(Elements* elements,Loads* loads,Nodes* nodes,Vertices* vertices,Materials* materials,Parameters* parameters);
    60                 void   ElementSizes(IssmDouble* hx,IssmDouble* hy,IssmDouble* hz);
    61                 int    FiniteElement(void);
    62                 void   FSContactMigration(Vector<IssmDouble>* vertexgrounded,Vector<IssmDouble>* vertexfloating);
    63                 void   SetCurrentConfiguration(Elements* elements,Loads* loads,Nodes* nodes,Materials* materials,Parameters* parameters);
    64                 void   ResetHooks();
    65                 void   Delta18oParameterization(void);
    66                 Penta* GetUpperPenta(void);
    67                 Penta* GetLowerPenta(void);
    68                 Penta* GetSurfacePenta(void);
    69                 Penta* GetBasalPenta(void);
    70                 Element* GetUpperElement(void);
    71                 Element* GetBasalElement(void);
    72                 void   GetGroundedPart(int* point1,IssmDouble* fraction1, IssmDouble* fraction2,bool* mainlyfloating);
    73                 IssmDouble GetGroundedPortion(IssmDouble* xyz_list);
    74                 int    GetNodeIndex(Node* node);
    75                 int    GetNumberOfNodes(void);
    76                 int    GetNumberOfNodes(int enum_type);
    77                 int    GetNumberOfVertices(void);
    78                 void   GetSolutionFromInputsOneDof(Vector<IssmDouble>* solution,int enum_type);
    79                 void   GetVerticesCoordinatesBase(IssmDouble** pxyz_list);
    80                 void   GetVerticesCoordinatesTop(IssmDouble** pxyz_list);
    81 
    82                 void   InputDepthAverageAtBase(int enum_type,int average_enum_type);
    83                 void   InputScale(int enum_type,IssmDouble scale_factor);
    84                 int    NumberofNodesVelocity(void);
    85                 int    NumberofNodesPressure(void);
    86                 int    VelocityInterpolation();
    87                 int    PressureInterpolation();
    88                 int    TensorInterpolation(){_error_("not implemented yet");};
    89                 bool   IsZeroLevelset(int levelset_enum);
    90                 bool   IsIcefront(void);
    91                 bool   IsFaceOnBoundary(void){_error_("not implemented yet");};
    92                 void   ZeroLevelsetCoordinates(IssmDouble** pxyz_zero,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum);
    93                 void   GetIcefrontCoordinates(IssmDouble** pxyz_front,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum){_error_("not implemented yet");};
    94                 void   GetLevelCoordinates(IssmDouble** pxyz_front,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum,IssmDouble level){_error_("not implemented yet");};
    95                 void   PositiveDegreeDay(IssmDouble* pdds,IssmDouble* pds,IssmDouble signorm);
    96                 void   ReduceMatrices(ElementMatrix* Ke,ElementVector* pe);
    97                 void   ResetFSBasalBoundaryCondition(void);
    98                 void   SetTemporaryElementType(int element_type_in);
    99            Element* SpawnBasalElement(void);
    100                 Element* SpawnTopElement(void);
    101                 IssmDouble SurfaceArea(void);
    102                 void   Update(int index, IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type,int finitelement);
    103                 int    NodalValue(IssmDouble* pvalue, int index, int natureofdataenum);
    104                 IssmDouble TimeAdapt();
    105                 void   ValueP1OnGauss(IssmDouble* pvalue,IssmDouble* values,Gauss* gauss);
    106                 void   ValueP1DerivativesOnGauss(IssmDouble* dvalue,IssmDouble* values,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    107                 int    VertexConnectivity(int vertexindex);
    108                 void   VerticalSegmentIndices(int** pindices,int* pnumseg);
    109                 void   ViscousHeating(IssmDouble* pphi,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input,Input* vz_input);
    110 
    111                 void   AverageOntoPartition(Vector<IssmDouble>* partition_contributions,Vector<IssmDouble>* partition_areas,IssmDouble* vertex_response,IssmDouble* qmu_part);
    112                 IssmDouble IceVolume(void);
    113                 IssmDouble IceVolumeAboveFloatation(void);
    114                 IssmDouble TotalSmb(void);
    115                 IssmDouble MassFlux(IssmDouble* segment);
    116                 IssmDouble MassFlux(IssmDouble x1,IssmDouble y1, IssmDouble x2, IssmDouble y2,int segment_id);
    117                 void   ElementResponse(IssmDouble* presponse,int response_enum);
    118 
    119                 #ifdef _HAVE_GIA_
    120                 void   GiaDeflection(Vector<IssmDouble>* wg,Vector<IssmDouble>* dwgdt,IssmDouble* x,IssmDouble* y);
    121                 #endif
    122 
    123                 void   GetVectorFromControlInputs(Vector<IssmDouble>* gradient,int control_enum,int control_index,const char* data);
    124                 void   SetControlInputsFromVector(IssmDouble* vector,int control_enum,int control_index);
    125                 void   ControlInputSetGradient(IssmDouble* gradient,int enum_type,int control_index);
    126                 void   ControlToVectors(Vector<IssmPDouble>* vector_control, Vector<IssmPDouble>* vector_gradient,int control_enum);
    127                 void   InputControlUpdate(IssmDouble scalar,bool save_parameter);
    128                 IssmDouble Misfit(int modelenum,int observationenum,int weightsenum){_error_("not implemented yet");};
    129                 IssmDouble MisfitArea(int weightsenum){_error_("not implemented yet");};
    130 
    131                 void   MigrateGroundingLine(IssmDouble* sheet_ungrounding);
    132                 void   PotentialUngrounding(Vector<IssmDouble>* potential_sheet_ungrounding);
    133                 int    UpdatePotentialUngrounding(IssmDouble* potential_sheet_ungrounding,Vector<IssmDouble>* vec_nodes_on_iceshelf,IssmDouble* nodes_on_iceshelf);
    134                 /*}}}*/
    135                 /*Penta specific routines:{{{*/
     45                /*Penta routines:{{{*/
    13646                void           AddBasalInput(int input_enum, IssmDouble* values, int interpolation_enum);
    13747                void           AddInput(int input_enum, IssmDouble* values, int interpolation_enum);
    138                 void             NormalBase(IssmDouble* bed_normal, IssmDouble* xyz_list);
    139                 void           NormalSection(IssmDouble* normal,IssmDouble* xyz_list);
    140                 void             NormalTop(IssmDouble* bed_normal, IssmDouble* xyz_list);
     48                void           AverageOntoPartition(Vector<IssmDouble>* partition_contributions,Vector<IssmDouble>* partition_areas,IssmDouble* vertex_response,IssmDouble* qmu_part);
     49                IssmDouble     CharacteristicLength(void){_error_("not implemented yet");};
     50                void           CalvingRateLevermann();
     51                void           CalvingRatePi();
     52                void           ComputeBasalStress(Vector<IssmDouble>* sigma_b);
     53                void           ComputeDeviatoricStressTensor();
     54                void           ComputeSigmaNN(){_error_("not implemented yet");};
     55                void           ComputeStressTensor();
     56                void           Configure(Elements* elements,Loads* loads,Nodes* nodes,Vertices* vertices,Materials* materials,Parameters* parameters);
     57                void           ControlInputSetGradient(IssmDouble* gradient,int enum_type,int control_index);
     58                void           ControlToVectors(Vector<IssmPDouble>* vector_control, Vector<IssmPDouble>* vector_gradient,int control_enum);
    14159                ElementMatrix* CreateBasalMassMatrix(void);
     60                void           Delta18oParameterization(void);
     61                void           MungsmtpParameterization(void);
     62                void           ElementResponse(IssmDouble* presponse,int response_enum);
     63                void           ElementSizes(IssmDouble* hx,IssmDouble* hy,IssmDouble* hz);
     64                int            FiniteElement(void);
     65                void           FSContactMigration(Vector<IssmDouble>* vertexgrounded,Vector<IssmDouble>* vertexfloating);
    14266                void           GetAreaCoordinates(IssmDouble *area_coordinates,IssmDouble* xyz_zero,IssmDouble* xyz_list,int numpoints);
     67                Element*       GetBasalElement(void);
     68                Penta*         GetBasalPenta(void);
    14369                int            GetElementType(void);
     70                void           GetGroundedPart(int* point1,IssmDouble* fraction1, IssmDouble* fraction2,bool* mainlyfloating);
     71                IssmDouble     GetGroundedPortion(IssmDouble* xyz_list);
     72                void           GetIcefrontCoordinates(IssmDouble** pxyz_front,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum);
    14473                void           GetInputValue(IssmDouble* pvalue,Node* node,int enumtype);
     74                void           GetLevelCoordinates(IssmDouble** pxyz_front,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum,IssmDouble level){_error_("not implemented yet");};
     75                void           GetLevelsetPositivePart(int* point1,IssmDouble* fraction1,IssmDouble* fraction2, bool* mainlynegative,IssmDouble* levelsetvalues){_error_("not implemented yet");};
    14576                Node*          GetNode(int node_number);
    146                 void             InputExtrude(int enum_type);
     77                int            GetNodeIndex(Node* node);
     78                int            GetNumberOfNodes(void);
     79                int            GetNumberOfNodes(int enum_type);
     80                int            GetNumberOfVertices(void);
     81                Penta*         GetLowerPenta(void);
     82                void           GetSolutionFromInputsOneDof(Vector<IssmDouble>* solution,int enum_type);
     83                Penta*         GetSurfacePenta(void);
     84                Element*       GetUpperElement(void);
     85                Penta*         GetUpperPenta(void);
     86                void           GetVectorFromControlInputs(Vector<IssmDouble>* gradient,int control_enum,int control_index,const char* data,bool onsid);
     87                void           GetVerticesCoordinatesBase(IssmDouble** pxyz_list);
     88                void           GetVerticesCoordinatesTop(IssmDouble** pxyz_list);
     89                IssmDouble     IceMass(void);
     90                IssmDouble     IceVolume(void);
     91                IssmDouble     IceVolumeAboveFloatation(void);
     92                void           InputControlUpdate(IssmDouble scalar,bool save_parameter);
     93                void           InputDepthAverageAtBase(int enum_type,int average_enum_type);
     94                void             InputExtrude(int enum_type,int start);
     95                void           InputScale(int enum_type,IssmDouble scale_factor);
     96                void           InputUpdateFromIoModel(int index, IoModel* iomodel);
    14797                void           InputUpdateFromSolutionOneDof(IssmDouble* solutiong,int enum_type);
    14898                void           InputUpdateFromSolutionOneDofCollapsed(IssmDouble* solutiong,int enum_type);
     99                void           InputUpdateFromVector(IssmDouble* vector, int name, int type);
     100                bool           IsFaceOnBoundary(void){_error_("not implemented yet");};
     101                bool           IsIcefront(void);
     102                bool           IsNodeOnShelfFromFlags(IssmDouble* flags);
     103                bool             IsOnBase(void);
    149104                bool             IsOnSurface(void);
    150                 bool             IsOnBase(void);
    151                 bool           IsNodeOnShelfFromFlags(IssmDouble* flags);
     105                bool           IsZeroLevelset(int levelset_enum);
    152106                void           JacobianDeterminant(IssmDouble*  Jdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     107                void           JacobianDeterminantBase(IssmDouble* pJdet,IssmDouble* xyz_list_base,Gauss* gauss);
    153108                void           JacobianDeterminantLine(IssmDouble* Jdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    154109                void           JacobianDeterminantSurface(IssmDouble*  pJdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    155                 void           JacobianDeterminantBase(IssmDouble* pJdet,IssmDouble* xyz_list_base,Gauss* gauss);
    156110                void           JacobianDeterminantTop(IssmDouble* pJdet,IssmDouble* xyz_list_base,Gauss* gauss);
     111                IssmDouble     Masscon(IssmDouble* levelset){_error_("not implemented yet");};
     112                IssmDouble     MassFlux(IssmDouble* segment);
     113                IssmDouble     MassFlux(IssmDouble x1,IssmDouble y1, IssmDouble x2, IssmDouble y2,int segment_id);
     114                IssmDouble     MinEdgeLength(IssmDouble* xyz_list);
     115                IssmDouble     Misfit(int modelenum,int observationenum,int weightsenum){_error_("not implemented yet");};
     116                IssmDouble     MisfitArea(int weightsenum){_error_("not implemented yet");};
    157117                Gauss*         NewGauss(void);
    158118                Gauss*         NewGauss(int order);
    … …  
    164124                Gauss*         NewGaussTop(int order);
    165125                void           NodalFunctions(IssmDouble* basis,Gauss* gauss);
     126                void           NodalFunctionsDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     127                void           NodalFunctionsDerivativesVelocity(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     128                void           NodalFunctionsMINIDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     129                void           NodalFunctionsPressure(IssmDouble* basis,Gauss* gauss);
    166130                void           NodalFunctionsP1(IssmDouble* basis,Gauss* gauss);
     131                void           NodalFunctionsP1Derivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    167132                void           NodalFunctionsP2(IssmDouble* basis,Gauss* gauss);
    168                 void           NodalFunctionsDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    169                 void           NodalFunctionsP1Derivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    170                 void           NodalFunctionsMINIDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    171                 void           NodalFunctionsDerivativesVelocity(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     133                void           NodalFunctionsTensor(IssmDouble* basis,Gauss* gauss);
    172134                void           NodalFunctionsVelocity(IssmDouble* basis,Gauss* gauss);
    173                 void           NodalFunctionsPressure(IssmDouble* basis,Gauss* gauss);
    174                 void           NodalFunctionsTensor(IssmDouble* basis,Gauss* gauss);
    175                 IssmDouble     MinEdgeLength(IssmDouble* xyz_list);
     135                void             NormalBase(IssmDouble* bed_normal, IssmDouble* xyz_list);
     136                void           NormalSection(IssmDouble* normal,IssmDouble* xyz_list);
     137                void             NormalTop(IssmDouble* bed_normal, IssmDouble* xyz_list);
     138                int            NodalValue(IssmDouble* pvalue, int index, int natureofdataenum);
     139                int            NumberofNodesPressure(void);
     140                int            NumberofNodesVelocity(void);
     141                void           PositiveDegreeDay(IssmDouble* pdds,IssmDouble* pds,IssmDouble signorm,bool ismungsm);
     142                void           PotentialUngrounding(Vector<IssmDouble>* potential_sheet_ungrounding);
     143                int            PressureInterpolation();
     144                void           ReduceMatrices(ElementMatrix* Ke,ElementVector* pe);
     145                void           ResetFSBasalBoundaryCondition(void);
     146                void           ResetHooks();
    176147                void             SetClone(int* minranks);
     148                void           SetControlInputsFromVector(IssmDouble* vector,int control_enum,int control_index);
     149                void           SetCurrentConfiguration(Elements* elements,Loads* loads,Nodes* nodes,Materials* materials,Parameters* parameters);
     150                void           SetTemporaryElementType(int element_type_in);
     151           Element*       SpawnBasalElement(void);
     152                Element*       SpawnTopElement(void);
    177153                Tria*            SpawnTria(int index1,int index2,int index3);
    178154                IssmDouble     StabilizationParameter(IssmDouble u, IssmDouble v, IssmDouble w, IssmDouble diameter, IssmDouble kappa);
    179 
     155                void           StressIntensityFactor();
     156                void           StrainRateparallel();
     157                void           StrainRateperpendicular();
     158                IssmDouble     SurfaceArea(void);
     159                int            TensorInterpolation(){_error_("not implemented yet");};
     160                IssmDouble     TimeAdapt();
     161                IssmDouble     TotalSmb(void);
     162                void           Update(int index, IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type,int finitelement);
    180163                void           UpdateConstraintsExtrudeFromBase(void);
    181164                void           UpdateConstraintsExtrudeFromTop(void);
     165                int            UpdatePotentialUngrounding(IssmDouble* potential_sheet_ungrounding,Vector<IssmDouble>* vec_nodes_on_iceshelf,IssmDouble* nodes_on_iceshelf);
     166                void           ValueP1DerivativesOnGauss(IssmDouble* dvalue,IssmDouble* values,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     167                void           ValueP1OnGauss(IssmDouble* pvalue,IssmDouble* values,Gauss* gauss);
     168                int            VelocityInterpolation();
     169                int            VertexConnectivity(int vertexindex);
     170                void           VerticalSegmentIndices(int** pindices,int* pnumseg);
     171                void           ViscousHeating(IssmDouble* pphi,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input,Input* vz_input);
     172                void           ZeroLevelsetCoordinates(IssmDouble** pxyz_zero,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum);
     173
     174                #ifdef _HAVE_DAKOTA_
     175                void           InputUpdateFromVectorDakota(IssmDouble* vector, int name, int type);
     176                void           InputUpdateFromMatrixDakota(IssmDouble* matrix, int nows, int ncols, int name, int type);
     177                #endif
     178
     179                #ifdef _HAVE_GIA_
     180                void           GiaDeflection(Vector<IssmDouble>* wg,Vector<IssmDouble>* dwgdt,IssmDouble* x,IssmDouble* y);
     181                #endif
    182182                /*}}}*/
    183183};

  • issm/trunk/src/c/classes/Elements/PentaRef.cpp

    r18301 r19105  
    1 /*!\file PentaRef.c
     1/*!\file PentaRef.cpp
    22 * \brief: implementation of the PentaRef object
    33 */
    … …  
    2626#define NUMNODESP2b   19
    2727#define NUMNODESP2xP4 30
     28#define NUMNODESMAX   30
    2829
    2930/*Object constructors and destructor*/
    … …  
    3637
    3738/*Reference Element numerics*/
     39void PentaRef::BasalNodeIndices(int* pnumindices,int** pindices,int finiteelement){/*{{{*/
     40
     41        /*Output*/
     42        int  numindices;
     43        int* indices = NULL;
     44
     45        switch(finiteelement){
     46                case P1Enum: case P1DGEnum:
     47                        numindices = 3;
     48                        indices    = xNew<int>(numindices);
     49                        indices[0] = 0;
     50                        indices[1] = 1;
     51                        indices[2] = 2;
     52                        break;
     53                case P1bubbleEnum: case P1bubblecondensedEnum:
     54                        numindices = 3;
     55                        indices    = xNew<int>(numindices);
     56                        indices[0] = 0;
     57                        indices[1] = 1;
     58                        indices[2] = 2;
     59                        break;
     60                case P2xP1Enum:
     61                        numindices = 6;
     62                        indices    = xNew<int>(numindices);
     63                        indices[0] = 0;
     64                        indices[1] = 1;
     65                        indices[2] = 2;
     66                        indices[3] = 6;
     67                        indices[4] = 7;
     68                        indices[5] = 8;
     69                        break;
     70                case P1xP2Enum:
     71                        numindices = 3;
     72                        indices    = xNew<int>(numindices);
     73                        indices[0] = 0;
     74                        indices[1] = 1;
     75                        indices[2] = 2;
     76                        break;
     77                case P1xP3Enum:
     78                        numindices = 3;
     79                        indices    = xNew<int>(numindices);
     80                        indices[0] = 0;
     81                        indices[1] = 1;
     82                        indices[2] = 2;
     83                        break;
     84                case P2Enum:
     85                        numindices = 6;
     86                        indices    = xNew<int>(numindices);
     87                        indices[0] = 0;
     88                        indices[1] = 1;
     89                        indices[2] = 2;
     90                        indices[3] = 9;
     91                        indices[4] = 10;
     92                        indices[5] = 11;
     93                        break;
     94                case P2bubbleEnum:
     95                        numindices = 6;
     96                        indices    = xNew<int>(numindices);
     97                        indices[0] = 0;
     98                        indices[1] = 1;
     99                        indices[2] = 2;
     100                        indices[3] = 9;
     101                        indices[4] = 10;
     102                        indices[5] = 11;
     103                        break;
     104                case P2xP4Enum:
     105                        numindices = 6;
     106                        indices    = xNew<int>(numindices);
     107                        indices[0] = 0;
     108                        indices[1] = 1;
     109                        indices[2] = 2;
     110                        indices[3] = 9;
     111                        indices[4] = 10;
     112                        indices[5] = 11;
     113                        break;
     114                default:
     115                        _error_("Element type "<<EnumToStringx(finiteelement)<<" not supported yet");
     116        }
     117
     118        /*Assign output pointer*/
     119        *pnumindices = numindices;
     120        *pindices    = indices;
     121}
     122/*}}}*/
     123void PentaRef::GetInputDerivativeValue(IssmDouble* p, IssmDouble* plist,IssmDouble* xyz_list, Gauss* gauss,int finiteelement){/*{{{*/
     124        /*From node values of parameter p (p_list[0], p_list[1], p_list[2],
     125         * p_list[3], p_list[4] and p_list[4]), return parameter derivative value at
     126         * gaussian point specified by gauss_coord:
     127         *   dp/dx=p_list[0]*dh1/dx+p_list[1]*dh2/dx+p_list[2]*dh3/dx+p_list[3]*dh4/dx+p_list[4]*dh5/dx+p_list[5]*dh6/dx;
     128         *   dp/dy=p_list[0]*dh1/dy+p_list[1]*dh2/dy+p_list[2]*dh3/dy+p_list[3]*dh4/dy+p_list[4]*dh5/dy+p_list[5]*dh6/dy;
     129         *   dp/dz=p_list[0]*dh1/dz+p_list[1]*dh2/dz+p_list[2]*dh3/dz+p_list[3]*dh4/dz+p_list[4]*dh5/dz+p_list[5]*dh6/dz;
     130         *
     131         *   p is a vector of size 3x1 already allocated.
     132         *
     133         * WARNING: For a significant gain in performance, it is better to use
     134         * static memory allocation instead of dynamic.
     135         */
     136
     137        /*Allocate derivatives of basis functions*/
     138        IssmDouble  dbasis[3*NUMNODESMAX];
     139
     140        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
     141        int numnodes = this->NumberofNodes(finiteelement);
     142        _assert_(numnodes<=NUMNODESMAX);
     143
     144        /*Get basis functions derivatives at this point*/
     145        GetNodalFunctionsDerivatives(&dbasis[0],xyz_list,gauss,finiteelement);
     146
     147        /*Calculate parameter for this Gauss point*/
     148        IssmDouble dpx=0.;
     149        IssmDouble dpy=0.;
     150        IssmDouble dpz=0.;
     151        for(int i=0;i<numnodes;i++) dpx += dbasis[0*numnodes+i]*plist[i];
     152        for(int i=0;i<numnodes;i++) dpy += dbasis[1*numnodes+i]*plist[i];
     153        for(int i=0;i<numnodes;i++) dpz += dbasis[2*numnodes+i]*plist[i];
     154
     155        /*Assign values*/
     156        p[0]=dpx;
     157        p[1]=dpy;
     158        p[2]=dpz;
     159}
     160/*}}}*/
     161void PentaRef::GetInputValue(IssmDouble* pvalue,IssmDouble* plist,Gauss* gauss,int finiteelement){/*{{{*/
     162        /* WARNING: For a significant gain in performance, it is better to use
     163         * static memory allocation instead of dynamic.*/
     164
     165        /*Allocate basis functions*/
     166        IssmDouble  basis[NUMNODESMAX];
     167
     168        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
     169        int numnodes = this->NumberofNodes(finiteelement);
     170        _assert_(numnodes<=NUMNODESMAX);
     171
     172        /*Get basis functions at this point*/
     173        GetNodalFunctions(&basis[0],gauss,finiteelement);
     174
     175        /*Calculate parameter for this Gauss point*/
     176        IssmDouble value =0.;
     177        for(int i=0;i<numnodes;i++) value += basis[i]*plist[i];
     178
     179        /*Assign output pointer*/
     180        *pvalue = value;
     181}
     182/*}}}*/
    38183void PentaRef::GetJacobian(IssmDouble* J, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss_in){/*{{{*/
    39184        /*The Jacobian is constant over the element, discard the gaussian points.
    … …  
    48193        /*Cast gauss to GaussPenta*/
    49194        _assert_(gauss_in->Enum()==GaussPentaEnum);
    50         GaussPenta* gauss = dynamic_cast<GaussPenta*>(gauss_in);
     195        GaussPenta* gauss = xDynamicCast<GaussPenta*>(gauss_in);
    51196
    52197        /*Figure out xi,eta and zi (parametric coordinates), for this gaussian point: */
    … …  
    106251}
    107252/*}}}*/
    108 void PentaRef::GetTriaJacobianDeterminant(IssmDouble*  Jdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    109         /*The Jacobian determinant is constant over the element, discard the gaussian points.
    110          * J is assumed to have been allocated of size NDOF2xNDOF2.*/
    111 
    112         IssmDouble x1=xyz_list[3*0+0];
    113         IssmDouble y1=xyz_list[3*0+1];
    114         IssmDouble z1=xyz_list[3*0+2];
    115         IssmDouble x2=xyz_list[3*1+0];
    116         IssmDouble y2=xyz_list[3*1+1];
    117         IssmDouble z2=xyz_list[3*1+2];
    118         IssmDouble x3=xyz_list[3*2+0];
    119         IssmDouble y3=xyz_list[3*2+1];
    120         IssmDouble z3=xyz_list[3*2+2];
    121 
    122         /*Jdet = norm( AB ^ AC ) / (2 * area of the reference triangle), with areaRef=sqrt(3) */
    123         *Jdet=SQRT3/6.*pow(pow(((y2-y1)*(z3-z1)-(z2-z1)*(y3-y1)),2)+pow(((z2-z1)*(x3-x1)-(x2-x1)*(z3-z1)),2)+pow(((x2-x1)*(y3-y1)-(y2-y1)*(x3-x1)),2),0.5);
    124         if(*Jdet<0) _error_("negative jacobian determinant!");
    125 }
    126 /*}}}*/
    127 void PentaRef::GetSegmentJacobianDeterminant(IssmDouble*  Jdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    128         /*The Jacobian determinant is constant over the element, discard the gaussian points.
    129          * J is assumed to have been allocated of size NDOF2xNDOF2.*/
    130 
    131         IssmDouble x1=xyz_list[3*0+0];
    132         IssmDouble y1=xyz_list[3*0+1];
    133         IssmDouble z1=xyz_list[3*0+2];
    134         IssmDouble x2=xyz_list[3*1+0];
    135         IssmDouble y2=xyz_list[3*1+1];
    136         IssmDouble z2=xyz_list[3*1+2];
    137 
    138         *Jdet=.5*sqrt(pow(x2-x1,2) + pow(y2-y1,2) + pow(z2-z1,2));
    139         if(*Jdet<0) _error_("negative jacobian determinant!");
    140 
    141 }
    142 /*}}}*/
    143253void PentaRef::GetJacobianInvert(IssmDouble* Jinv, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    144254
    … …  
    160270        /*Cast gauss to GaussPenta*/
    161271        _assert_(gauss_in->Enum()==GaussPentaEnum);
    162         GaussPenta* gauss = dynamic_cast<GaussPenta*>(gauss_in);
     272        GaussPenta* gauss = xDynamicCast<GaussPenta*>(gauss_in);
    163273
    164274        /*Get current coordinates in reference element*/
    … …  
    365475        /*Cast gauss to GaussPenta*/
    366476        _assert_(gauss_in->Enum()==GaussPentaEnum);
    367         GaussPenta* gauss = dynamic_cast<GaussPenta*>(gauss_in);
     477        GaussPenta* gauss = xDynamicCast<GaussPenta*>(gauss_in);
    368478
    369479        /*Get current coordinates in reference element*/
    … …  
    885995}
    886996/*}}}*/
    887 void PentaRef::GetInputValue(IssmDouble* pvalue,IssmDouble* plist,Gauss* gauss,int finiteelement){/*{{{*/
    888 
    889         /*Output*/
    890         IssmDouble value =0.;
    891 
    892         /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    893         int numnodes = this->NumberofNodes(finiteelement);
    894 
    895         /*Get nodal functions*/
    896         IssmDouble* basis=xNew<IssmDouble>(numnodes);
    897         GetNodalFunctions(basis, gauss,finiteelement);
    898 
    899         /*Calculate parameter for this Gauss point*/
    900         for(int i=0;i<numnodes;i++) value += basis[i]*plist[i];
    901 
    902         /*Assign output pointer*/
    903         xDelete<IssmDouble>(basis);
    904         *pvalue = value;
    905 
    906 }
    907 /*}}}*/
    908 void PentaRef::GetInputDerivativeValue(IssmDouble* p, IssmDouble* plist,IssmDouble* xyz_list, Gauss* gauss,int finiteelement){/*{{{*/
    909         /*From node values of parameter p (p_list[0], p_list[1], p_list[2],
    910          * p_list[3], p_list[4] and p_list[4]), return parameter derivative value at
    911          * gaussian point specified by gauss_coord:
    912          *   dp/dx=p_list[0]*dh1/dx+p_list[1]*dh2/dx+p_list[2]*dh3/dx+p_list[3]*dh4/dx+p_list[4]*dh5/dx+p_list[5]*dh6/dx;
    913          *   dp/dy=p_list[0]*dh1/dy+p_list[1]*dh2/dy+p_list[2]*dh3/dy+p_list[3]*dh4/dy+p_list[4]*dh5/dy+p_list[5]*dh6/dy;
    914          *   dp/dz=p_list[0]*dh1/dz+p_list[1]*dh2/dz+p_list[2]*dh3/dz+p_list[3]*dh4/dz+p_list[4]*dh5/dz+p_list[5]*dh6/dz;
    915          *
    916          *   p is a vector of size 3x1 already allocated.
    917          */
    918 
    919         /*Output*/
    920         IssmDouble dpx=0.;
    921         IssmDouble dpy=0.;
    922         IssmDouble dpz=0.;
    923 
    924         /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    925         int numnodes = this->NumberofNodes(finiteelement);
    926 
    927         /*Get nodal functions derivatives*/
    928         IssmDouble* dbasis=xNew<IssmDouble>(3*numnodes);
    929         GetNodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,gauss,finiteelement);
    930 
    931         /*Calculate parameter for this Gauss point*/
    932         for(int i=0;i<numnodes;i++) dpx += dbasis[0*numnodes+i]*plist[i];
    933         for(int i=0;i<numnodes;i++) dpy += dbasis[1*numnodes+i]*plist[i];
    934         for(int i=0;i<numnodes;i++) dpz += dbasis[2*numnodes+i]*plist[i];
    935 
    936         /*Assign values*/
    937         xDelete<IssmDouble>(dbasis);
    938         p[0]=dpx;
    939         p[1]=dpy;
    940         p[2]=dpz;
    941 
     997void PentaRef::GetSegmentJacobianDeterminant(IssmDouble*  Jdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     998        /*The Jacobian determinant is constant over the element, discard the gaussian points.
     999         * J is assumed to have been allocated of size NDOF2xNDOF2.*/
     1000
     1001        IssmDouble x1=xyz_list[3*0+0];
     1002        IssmDouble y1=xyz_list[3*0+1];
     1003        IssmDouble z1=xyz_list[3*0+2];
     1004        IssmDouble x2=xyz_list[3*1+0];
     1005        IssmDouble y2=xyz_list[3*1+1];
     1006        IssmDouble z2=xyz_list[3*1+2];
     1007
     1008        *Jdet=.5*sqrt(pow(x2-x1,2) + pow(y2-y1,2) + pow(z2-z1,2));
     1009        if(*Jdet<0) _error_("negative jacobian determinant!");
     1010
     1011}
     1012/*}}}*/
     1013void PentaRef::GetTriaJacobianDeterminant(IssmDouble*  Jdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     1014        /*The Jacobian determinant is constant over the element, discard the gaussian points.
     1015         * J is assumed to have been allocated of size NDOF2xNDOF2.*/
     1016
     1017        IssmDouble x1=xyz_list[3*0+0];
     1018        IssmDouble y1=xyz_list[3*0+1];
     1019        IssmDouble z1=xyz_list[3*0+2];
     1020        IssmDouble x2=xyz_list[3*1+0];
     1021        IssmDouble y2=xyz_list[3*1+1];
     1022        IssmDouble z2=xyz_list[3*1+2];
     1023        IssmDouble x3=xyz_list[3*2+0];
     1024        IssmDouble y3=xyz_list[3*2+1];
     1025        IssmDouble z3=xyz_list[3*2+2];
     1026
     1027        /*Jdet = norm( AB ^ AC ) / (2 * area of the reference triangle), with areaRef=sqrt(3) */
     1028        *Jdet=SQRT3/6.*pow(pow(((y2-y1)*(z3-z1)-(z2-z1)*(y3-y1)),2)+pow(((z2-z1)*(x3-x1)-(x2-x1)*(z3-z1)),2)+pow(((x2-x1)*(y3-y1)-(y2-y1)*(x3-x1)),2),0.5);
     1029        if(*Jdet<0) _error_("negative jacobian determinant!");
    9421030}
    9431031/*}}}*/
    … …  
    9661054                case OneLayerP4zEnum:       return NUMNODESP2xP4+NUMNODESP1;
    9671055                case CrouzeixRaviartEnum:   return NUMNODESP2b+NUMNODESP1;
     1056                case LACrouzeixRaviartEnum: return NUMNODESP2b;
    9681057                default:       _error_("Element type "<<EnumToStringx(finiteelement)<<" not supported yet");
    9691058        }
    … …  
    9721061}
    9731062/*}}}*/
    974 int  PentaRef::VelocityInterpolation(int fe_stokes){/*{{{*/
     1063int  PentaRef::PressureInterpolation(int fe_stokes){/*{{{*/
    9751064
    9761065        switch(fe_stokes){
    977                 case P1P1Enum:           return P1Enum;
    978                 case P1P1GLSEnum:        return P1Enum;
    979                 case MINIcondensedEnum:  return P1bubbleEnum;
    980                 case MINIEnum:           return P1bubbleEnum;
    981                 case TaylorHoodEnum:     return P2Enum;
    982                 case LATaylorHoodEnum:   return P2Enum;
    983                 case OneLayerP4zEnum:    return P2xP4Enum;
    984                 case CrouzeixRaviartEnum:return P2bubbleEnum;
     1066                case P1P1Enum:              return P1Enum;
     1067                case P1P1GLSEnum:           return P1Enum;
     1068                case MINIcondensedEnum:     return P1Enum;
     1069                case MINIEnum:              return P1Enum;
     1070                case TaylorHoodEnum:        return P1Enum;
     1071                case LATaylorHoodEnum:      return NoneEnum;
     1072                case OneLayerP4zEnum:       return P1Enum;
     1073                case CrouzeixRaviartEnum:   return P1DGEnum;
     1074                case LACrouzeixRaviartEnum: return NoneEnum;
    9851075                default:       _error_("Element type "<<EnumToStringx(fe_stokes)<<" not supported yet");
    9861076        }
    9871077
    9881078        return -1;
    989 }
    990 /*}}}*/
    991 int  PentaRef::PressureInterpolation(int fe_stokes){/*{{{*/
    992 
    993         switch(fe_stokes){
    994                 case P1P1Enum:           return P1Enum;
    995                 case P1P1GLSEnum:        return P1Enum;
    996                 case MINIcondensedEnum:  return P1Enum;
    997                 case MINIEnum:           return P1Enum;
    998                 case TaylorHoodEnum:     return P1Enum;
    999                 case LATaylorHoodEnum:   return NoneEnum;
    1000                 case OneLayerP4zEnum:    return P1Enum;
    1001                 case CrouzeixRaviartEnum:return P1DGEnum;
    1002                 default:       _error_("Element type "<<EnumToStringx(fe_stokes)<<" not supported yet");
    1003         }
    1004 
    1005         return -1;
    1006 }
    1007 /*}}}*/
    1008 int  PentaRef::TensorInterpolation(int fe_stokes){/*{{{*/
    1009 
    1010         switch(fe_stokes){
    1011                 case XTaylorHoodEnum:    return P1DGEnum;
    1012                 default: _error_("Element type "<<EnumToStringx(fe_stokes)<<" not supported yet");
    1013         }
    1014 
    1015         return -1;
    1016 }
    1017 /*}}}*/
    1018 void PentaRef::BasalNodeIndices(int* pnumindices,int** pindices,int finiteelement){/*{{{*/
    1019 
    1020         /*Output*/
    1021         int  numindices;
    1022         int* indices = NULL;
    1023 
    1024         switch(finiteelement){
    1025                 case P1Enum: case P1DGEnum:
    1026                         numindices = 3;
    1027                         indices    = xNew<int>(numindices);
    1028                         indices[0] = 0;
    1029                         indices[1] = 1;
    1030                         indices[2] = 2;
    1031                         break;
    1032                 case P1bubbleEnum: case P1bubblecondensedEnum:
    1033                         numindices = 3;
    1034                         indices    = xNew<int>(numindices);
    1035                         indices[0] = 0;
    1036                         indices[1] = 1;
    1037                         indices[2] = 2;
    1038                         break;
    1039                 case P2xP1Enum:
    1040                         numindices = 6;
    1041                         indices    = xNew<int>(numindices);
    1042                         indices[0] = 0;
    1043                         indices[1] = 1;
    1044                         indices[2] = 2;
    1045                         indices[3] = 6;
    1046                         indices[4] = 7;
    1047                         indices[5] = 8;
    1048                         break;
    1049                 case P1xP2Enum:
    1050                         numindices = 3;
    1051                         indices    = xNew<int>(numindices);
    1052                         indices[0] = 0;
    1053                         indices[1] = 1;
    1054                         indices[2] = 2;
    1055                         break;
    1056                 case P1xP3Enum:
    1057                         numindices = 3;
    1058                         indices    = xNew<int>(numindices);
    1059                         indices[0] = 0;
    1060                         indices[1] = 1;
    1061                         indices[2] = 2;
    1062                         break;
    1063                 case P2Enum:
    1064                         numindices = 6;
    1065                         indices    = xNew<int>(numindices);
    1066                         indices[0] = 0;
    1067                         indices[1] = 1;
    1068                         indices[2] = 2;
    1069                         indices[3] = 9;
    1070                         indices[4] = 10;
    1071                         indices[5] = 11;
    1072                         break;
    1073                 case P2bubbleEnum:
    1074                         numindices = 6;
    1075                         indices    = xNew<int>(numindices);
    1076                         indices[0] = 0;
    1077                         indices[1] = 1;
    1078                         indices[2] = 2;
    1079                         indices[3] = 9;
    1080                         indices[4] = 10;
    1081                         indices[5] = 11;
    1082                         break;
    1083                 case P2xP4Enum:
    1084                         numindices = 6;
    1085                         indices    = xNew<int>(numindices);
    1086                         indices[0] = 0;
    1087                         indices[1] = 1;
    1088                         indices[2] = 2;
    1089                         indices[3] = 9;
    1090                         indices[4] = 10;
    1091                         indices[5] = 11;
    1092                         break;
    1093                 default:
    1094                         _error_("Element type "<<EnumToStringx(finiteelement)<<" not supported yet");
    1095         }
    1096 
    1097         /*Assign output pointer*/
    1098         *pnumindices = numindices;
    1099         *pindices    = indices;
    11001079}
    11011080/*}}}*/
    … …  
    11571136}
    11581137/*}}}*/
     1138int  PentaRef::TensorInterpolation(int fe_stokes){/*{{{*/
     1139
     1140        switch(fe_stokes){
     1141                case XTaylorHoodEnum:    return P1DGEnum;
     1142                default: _error_("Element type "<<EnumToStringx(fe_stokes)<<" not supported yet");
     1143        }
     1144
     1145        return -1;
     1146}
     1147/*}}}*/
     1148int  PentaRef::VelocityInterpolation(int fe_stokes){/*{{{*/
     1149
     1150        switch(fe_stokes){
     1151                case P1P1Enum:              return P1Enum;
     1152                case P1P1GLSEnum:           return P1Enum;
     1153                case MINIcondensedEnum:     return P1bubbleEnum;
     1154                case MINIEnum:              return P1bubbleEnum;
     1155                case TaylorHoodEnum:        return P2Enum;
     1156                case LATaylorHoodEnum:      return P2Enum;
     1157                case OneLayerP4zEnum:       return P2xP4Enum;
     1158                case CrouzeixRaviartEnum:   return P2bubbleEnum;
     1159                case LACrouzeixRaviartEnum: return P2bubbleEnum;
     1160                default:       _error_("Element type "<<EnumToStringx(fe_stokes)<<" not supported yet");
     1161        }
     1162
     1163        return -1;
     1164}
     1165/*}}}*/

  • issm/trunk/src/c/classes/Elements/PentaRef.h

    r18301 r19105  
    1515
    1616                /*Numerics*/
     17                void BasalNodeIndices(int* pnumindices,int** pindices,int finiteelement);
     18                void GetInputDerivativeValue(IssmDouble* pvalues, IssmDouble* plist,IssmDouble* xyz_list, Gauss* gauss,int finiteelement);
     19                void GetInputValue(IssmDouble* pvalue,IssmDouble* plist, Gauss* gauss,int finiteelement);
     20                void GetJacobian(IssmDouble* J, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     21                void GetJacobianDeterminant(IssmDouble*  Jdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     22                void GetJacobianInvert(IssmDouble*  Jinv, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     23                void GetLprimeFSSSA(IssmDouble* LprimeFSSSA, IssmDouble* xyz_list, Gauss* gauss);
    1724                void GetNodalFunctions(IssmDouble* basis, Gauss* gauss,int finiteelement);
    1825                void GetNodalFunctionsDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,int finiteelement);
    1926                void GetNodalFunctionsDerivativesReference(IssmDouble* dbasis,Gauss* gauss,int finiteelement);
    2027                void GetQuadJacobianDeterminant(IssmDouble*  Jdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    21                 void GetJacobian(IssmDouble* J, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    22                 void GetJacobianDeterminant(IssmDouble*  Jdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     28                void GetSegmentJacobianDeterminant(IssmDouble*  Jdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    2329                void GetTriaJacobianDeterminant(IssmDouble*  Jdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    24                 void GetSegmentJacobianDeterminant(IssmDouble*  Jdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    25                 void GetJacobianInvert(IssmDouble*  Jinv, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    26                 void GetLprimeFSSSA(IssmDouble* LprimeFSSSA, IssmDouble* xyz_list, Gauss* gauss);
    27                 void GetInputValue(IssmDouble* pvalue,IssmDouble* plist, Gauss* gauss,int finiteelement);
    28                 void GetInputDerivativeValue(IssmDouble* pvalues, IssmDouble* plist,IssmDouble* xyz_list, Gauss* gauss,int finiteelement);
    29 
    30                 void BasalNodeIndices(int* pnumindices,int** pindices,int finiteelement);
     30                int  NumberofNodes(int finiteelement);
     31                int  PressureInterpolation(int fe_stokes);
    3132                void SurfaceNodeIndices(int* pnumindices,int** pindices,int finiteelement);
    32                 int  NumberofNodes(int finiteelement);
     33                int  TensorInterpolation(int fe_stokes);
    3334                int  VelocityInterpolation(int fe_stokes);
    34                 int  PressureInterpolation(int fe_stokes);
    35                 int  TensorInterpolation(int fe_stokes);
    3635};
    3736#endif

  • issm/trunk/src/c/classes/Elements/Seg.cpp

    r18301 r19105  
    6868}
    6969/*}}}*/
    70 int        Seg::ObjectEnum(void){/*{{{*/
    71 
    72         return SegEnum;
    73 
    74 }
    75 /*}}}*/
    7670void       Seg::GetIcefrontCoordinates(IssmDouble** pxyz_front,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum){/*{{{*/
    7771       
    … …  
    10296        *pxyz_front=xyz_front;
    10397}/*}}}*/
    104 void       Seg::NodalFunctionsP1(IssmDouble* basis, Gauss* gauss){/*{{{*/
    105 
    106         _assert_(gauss->Enum()==GaussSegEnum);
    107         this->GetNodalFunctions(basis,(GaussSeg*)gauss,P1Enum);
    108 
    109 }
    110 /*}}}*/
    111 void       Seg::NodalFunctionsP2(IssmDouble* basis, Gauss* gauss){/*{{{*/
    112 
    113         _assert_(gauss->Enum()==GaussSegEnum);
    114         this->GetNodalFunctions(basis,(GaussSeg*)gauss,P2Enum);
    115 
    116 }
    117 /*}}}*/
    11898int        Seg::GetNumberOfNodes(void){/*{{{*/
    11999        return this->NumberofNodes(this->element_type);
    … …  
    205185}
    206186/*}}}*/
     187void       Seg::NodalFunctionsP1(IssmDouble* basis, Gauss* gauss){/*{{{*/
     188
     189        _assert_(gauss->Enum()==GaussSegEnum);
     190        this->GetNodalFunctions(basis,(GaussSeg*)gauss,P1Enum);
     191
     192}
     193/*}}}*/
     194void       Seg::NodalFunctionsP2(IssmDouble* basis, Gauss* gauss){/*{{{*/
     195
     196        _assert_(gauss->Enum()==GaussSegEnum);
     197        this->GetNodalFunctions(basis,(GaussSeg*)gauss,P2Enum);
     198
     199}
     200/*}}}*/
    207201void       Seg::NormalSection(IssmDouble* normal,IssmDouble* xyz_list_front){/*{{{*/
    208202
    … …  
    218212}
    219213/*}}}*/
     214int        Seg::ObjectEnum(void){/*{{{*/
     215
     216        return SegEnum;
     217
     218}
     219/*}}}*/

  • issm/trunk/src/c/classes/Elements/Seg.h

    r18301 r19105  
    3939                Object *copy();
    4040                /*}}}*/
    41                 /*Update virtual functions resolution: {{{*/
    42                 void  InputUpdateFromSolutionOneDofCollapsed(IssmDouble* solution,int inputenum){_error_("not implemented yet");};
    43                 void  InputUpdateFromSolutionOneDof(IssmDouble* solution,int inputenum){_error_("not implemented yet");};
    44                 void  InputUpdateFromVector(IssmDouble* vector, int name, int type){_error_("not implemented yet");};
    45 #ifdef _HAVE_DAKOTA_
    46                 void  InputUpdateFromVectorDakota(IssmDouble* vector, int name, int type){_error_("not implemented yet");};
    47                 void  InputUpdateFromMatrixDakota(IssmDouble* matrix, int nows, int ncols, int name, int type){_error_("not implemented yet");};
    48 #endif
    49                 void  InputUpdateFromIoModel(int index, IoModel* iomodel){_error_("not implemented yet");};
    50                 /*}}}*/
    5141                /*Element virtual functions definitions: {{{*/
    5242                void        AddBasalInput(int input_enum, IssmDouble* values, int interpolation_enum){_error_("not implemented yet");};
    5343                void        AddInput(int input_enum, IssmDouble* values, int interpolation_enum){_error_("not implemented yet");};
     44                void        AverageOntoPartition(Vector<IssmDouble>* partition_contributions,Vector<IssmDouble>* partition_areas,IssmDouble* vertex_response,IssmDouble* qmu_part){_error_("not implemented yet");};
     45                void        CalvingRateLevermann(void){_error_("not implemented yet");};
    5446                IssmDouble  CharacteristicLength(void);
    5547                void        ComputeBasalStress(Vector<IssmDouble>* sigma_b){_error_("not implemented yet");};
     48                void        ComputeDeviatoricStressTensor(){_error_("not implemented yet");};
    5649                void        ComputeSigmaNN(){_error_("not implemented yet");};
    5750                void        ComputeStressTensor(){_error_("not implemented yet");};
    58                 void        ComputeDeviatoricStressTensor(){_error_("not implemented yet");};
     51                void        CalvingRatePi(void){_error_("not implemented yet");};
    5952                void        Configure(Elements* elements,Loads* loads,Nodes* nodesin,Vertices* verticesin,Materials* materials,Parameters* parameters){_error_("not implemented yet");};
    60                 void        SetCurrentConfiguration(Elements* elements,Loads* loads,Nodes* nodes,Materials* materials,Parameters* parameters){_error_("not implemented yet");};
    61                 void        ResetHooks(){_error_("not implemented yet");};
     53                void        ControlInputSetGradient(IssmDouble* gradient,int enum_type,int control_index){_error_("not implemented yet");};
     54                void        ControlToVectors(Vector<IssmPDouble>* vector_control, Vector<IssmPDouble>* vector_gradient,int control_enum){_error_("not implemented yet");};
    6255                void        Delta18oParameterization(void){_error_("not implemented yet");};
     56                void        MungsmtpParameterization(void){_error_("not implemented yet");};
     57                void        ElementResponse(IssmDouble* presponse,int response_enum){_error_("not implemented yet");};
    6358                void        ElementSizes(IssmDouble* hx,IssmDouble* hy,IssmDouble* hz){_error_("not implemented yet");};
    6459                void        FSContactMigration(Vector<IssmDouble>* vertexgrounded,Vector<IssmDouble>* vertexfloating){_error_("not implemented yet");};
    6560                int         FiniteElement(void);
    66                 Element*    GetUpperElement(void){_error_("not implemented yet");};
    6761                Element*    GetBasalElement(void){_error_("not implemented yet");};
     62                int         GetElementType(void){_error_("not implemented yet");};
     63                void        GetGroundedPart(int* point1,IssmDouble* fraction1, IssmDouble* fraction2,bool* mainlyfloating){_error_("not implemented yet");};
     64                IssmDouble  GetGroundedPortion(IssmDouble* xyz_list){_error_("not implemented yet");};
     65                void               GetIcefrontCoordinates(IssmDouble** pxyz_front,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum);
     66                void        GetInputValue(IssmDouble* pvalue,Node* node,int enumtype){_error_("not implemented yet");};
     67                void               GetLevelCoordinates(IssmDouble** pxyz_front,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum,IssmDouble level){_error_("not implemented");};
     68                void        GetLevelsetPositivePart(int* point1,IssmDouble* fraction1,IssmDouble* fraction2, bool* mainlynegative,IssmDouble* levelsetvalues){_error_("not implemented yet");};
     69                Node*       GetNode(int node_number){_error_("Not implemented");};
    6870                int         GetNodeIndex(Node* node){_error_("not implemented yet");};
    6971                int         GetNumberOfNodes(void);
    7072                int         GetNumberOfNodes(int enum_type){_error_("not implemented yet");};
    7173                int         GetNumberOfVertices(void);
     74                void        GetSolutionFromInputsOneDof(Vector<IssmDouble>* solution,int enum_type){_error_("not implemented yet");};
     75                Element*    GetUpperElement(void){_error_("not implemented yet");};
     76                void        GetVectorFromControlInputs(Vector<IssmDouble>* gradient,int control_enum,int control_index,const char* data,bool onsid){_error_("not implemented yet");};
    7277                void        GetVerticesCoordinates(IssmDouble** pxyz_list);
    7378                void        GetVerticesCoordinatesBase(IssmDouble** pxyz_list){_error_("not implemented yet");};
    7479                void        GetVerticesCoordinatesTop(IssmDouble** pxyz_list){_error_("not implemented yet");};
     80                IssmDouble  IceMass(void){_error_("not implemented yet");};
     81                IssmDouble  IceVolume(void){_error_("not implemented yet");};
     82                IssmDouble  IceVolumeAboveFloatation(void){_error_("not implemented yet");};
     83                void        InputControlUpdate(IssmDouble scalar,bool save_parameter){_error_("not implemented yet");};
     84                void        InputDepthAverageAtBase(int enum_type,int average_enum_type){_error_("not implemented yet");};
     85                void        InputExtrude(int enum_type,int start){_error_("not implemented"); /*For penta only*/};
     86                void        InputScale(int enum_type,IssmDouble scale_factor){_error_("not implemented yet");};
     87                void        InputUpdateFromIoModel(int index, IoModel* iomodel){_error_("not implemented yet");};
     88                void        InputUpdateFromSolutionOneDof(IssmDouble* solution,int inputenum){_error_("not implemented yet");};
     89                void        InputUpdateFromSolutionOneDofCollapsed(IssmDouble* solution,int inputenum){_error_("not implemented yet");};
     90                void        InputUpdateFromVector(IssmDouble* vector, int name, int type){_error_("not implemented yet");};
     91                bool        IsFaceOnBoundary(void){_error_("not implemented yet");};
     92                bool               IsIcefront(void);
     93                bool        IsNodeOnShelfFromFlags(IssmDouble* flags){_error_("not implemented yet");};
    7594                bool        IsOnBase(){_error_("not implemented yet");};
    7695                bool        IsOnSurface(){_error_("not implemented yet");};
    77                 bool        IsNodeOnShelfFromFlags(IssmDouble* flags){_error_("not implemented yet");};
     96                bool        IsZeroLevelset(int levelset_enum){_error_("not implemented");};
    7897                void        JacobianDeterminant(IssmDouble*  Jdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     98                void        JacobianDeterminantBase(IssmDouble* pJdet,IssmDouble* xyz_list_base,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
    7999                void        JacobianDeterminantLine(IssmDouble* Jdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
    80100                void        JacobianDeterminantSurface(IssmDouble*  pJdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    81                 void        JacobianDeterminantBase(IssmDouble* pJdet,IssmDouble* xyz_list_base,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
    82101                void        JacobianDeterminantTop(IssmDouble* pJdet,IssmDouble* xyz_list_base,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
     102                IssmDouble  Masscon(IssmDouble* levelset){_error_("not implemented yet");};
     103                IssmDouble  MassFlux(IssmDouble* segment){_error_("not implemented yet");};
     104                IssmDouble  MassFlux(IssmDouble x1,IssmDouble y1, IssmDouble x2, IssmDouble y2,int segment_id){_error_("not implemented yet");}
     105                void        MaterialUpdateFromTemperature(void){_error_("not implemented yet");};
    83106                IssmDouble  MinEdgeLength(IssmDouble* xyz_list){_error_("not implemented yet");};
    84                 void        NodalFunctions(IssmDouble* basis,Gauss* gauss);
    85                 void        NodalFunctionsP1(IssmDouble* basis,Gauss* gauss);
    86                 void        NodalFunctionsP2(IssmDouble* basis,Gauss* gauss);
    87                 void        NodalFunctionsVelocity(IssmDouble* basis,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
    88                 void        NodalFunctionsPressure(IssmDouble* basis,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
    89                 void        NodalFunctionsTensor(IssmDouble* basis,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
    90                 void        NodalFunctionsDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    91                 void        NodalFunctionsP1Derivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
    92                 void        NodalFunctionsMINIDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
    93                 void        NodalFunctionsDerivativesVelocity(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
    94                 void        NormalSection(IssmDouble* normal,IssmDouble* xyz_list);
    95                 void        NormalTop(IssmDouble* normal,IssmDouble* xyz_list){_error_("not implemented yet");};
    96                 void        NormalBase(IssmDouble* normal,IssmDouble* xyz_list){_error_("not implemented yet");};
    97                 int         NumberofNodesVelocity(void){_error_("not implemented yet");};
    98                 int         NumberofNodesPressure(void){_error_("not implemented yet");};
    99            Element*    SpawnBasalElement(void){_error_("not implemented yet");};
    100                 Element*    SpawnTopElement(void){_error_("not implemented yet");};
    101                 IssmDouble  StabilizationParameter(IssmDouble u, IssmDouble v, IssmDouble w, IssmDouble diameter, IssmDouble kappa){_error_("not implemented yet");};
    102                 int         PressureInterpolation(void){_error_("not implemented yet");};
    103                 void        ValueP1OnGauss(IssmDouble* pvalue,IssmDouble* values,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
    104                 void        ValueP1DerivativesOnGauss(IssmDouble* dvalue,IssmDouble* values,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
    105                 int         VelocityInterpolation(void){_error_("not implemented yet");};
    106                 int         TensorInterpolation(void){_error_("not implemented yet");};
    107                 void        GetGroundedPart(int* point1,IssmDouble* fraction1, IssmDouble* fraction2,bool* mainlyfloating){_error_("not implemented yet");};
    108                 IssmDouble  GetGroundedPortion(IssmDouble* xyz_list){_error_("not implemented yet");};
    109                 void        GetInputValue(IssmDouble* pvalue,Node* node,int enumtype){_error_("not implemented yet");};
    110                 Node*       GetNode(int node_number){_error_("Not implemented");};
    111                 int         GetElementType(void){_error_("not implemented yet");};
     107                IssmDouble  Misfit(int modelenum,int observationenum,int weightsenum){_error_("not implemented yet");};
     108                IssmDouble  MisfitArea(int weightsenum){_error_("not implemented yet");};
    112109                Gauss*      NewGauss(void);
    113110                Gauss*      NewGauss(int order);
    … …  
    118115                Gauss*      NewGaussLine(int vertex1,int vertex2,int order){_error_("not implemented yet");};
    119116                Gauss*      NewGaussTop(int order){_error_("not implemented yet");};
     117                int         NodalValue(IssmDouble* pvalue, int index, int natureofdataenum){_error_("not implemented yet");};
     118                void        NodalFunctions(IssmDouble* basis,Gauss* gauss);
     119                void        NodalFunctionsDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     120                void        NodalFunctionsDerivativesVelocity(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
     121                void        NodalFunctionsMINIDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
     122                void        NodalFunctionsPressure(IssmDouble* basis,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
     123                void        NodalFunctionsP1(IssmDouble* basis,Gauss* gauss);
     124                void        NodalFunctionsP1Derivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
     125                void        NodalFunctionsP2(IssmDouble* basis,Gauss* gauss);
     126                void        NodalFunctionsTensor(IssmDouble* basis,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
     127                void        NodalFunctionsVelocity(IssmDouble* basis,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
     128                void        NormalBase(IssmDouble* normal,IssmDouble* xyz_list){_error_("not implemented yet");};
     129                void        NormalSection(IssmDouble* normal,IssmDouble* xyz_list);
     130                void        NormalTop(IssmDouble* normal,IssmDouble* xyz_list){_error_("not implemented yet");};
     131                int         NumberofNodesPressure(void){_error_("not implemented yet");};
     132                int         NumberofNodesVelocity(void){_error_("not implemented yet");};
     133                void        PositiveDegreeDay(IssmDouble* pdds,IssmDouble* pds,IssmDouble signorm,bool ismungsm){_error_("not implemented yet");};
     134                void        PotentialUngrounding(Vector<IssmDouble>* potential_sheet_ungrounding){_error_("not implemented yet");};
     135                int         PressureInterpolation(void){_error_("not implemented yet");};
     136                void        ReduceMatrices(ElementMatrix* Ke,ElementVector* pe){_error_("not implemented yet");};
     137                void        ResetFSBasalBoundaryCondition(void){_error_("not implemented yet");};
     138                void        ResetHooks(){_error_("not implemented yet");};
     139                void        SetControlInputsFromVector(IssmDouble* vector,int control_enum,int control_index){_error_("not implemented yet");};
     140                void        SetCurrentConfiguration(Elements* elements,Loads* loads,Nodes* nodes,Materials* materials,Parameters* parameters){_error_("not implemented yet");};
     141                void        SetTemporaryElementType(int element_type_in){_error_("not implemented yet");};
     142           Element*    SpawnBasalElement(void){_error_("not implemented yet");};
     143                Element*    SpawnTopElement(void){_error_("not implemented yet");};
     144                IssmDouble  StabilizationParameter(IssmDouble u, IssmDouble v, IssmDouble w, IssmDouble diameter, IssmDouble kappa){_error_("not implemented yet");};
     145                void        StrainRateparallel(void){_error_("not implemented yet");};
     146                void        StrainRateperpendicular(void){_error_("not implemented yet");};
     147                void        StressIntensityFactor(void){_error_("not implemented yet");};
     148                IssmDouble  SurfaceArea(void){_error_("not implemented yet");};
     149                int         TensorInterpolation(void){_error_("not implemented yet");};
     150                IssmDouble  TimeAdapt(){_error_("not implemented yet");};
     151                IssmDouble  TotalSmb(void){_error_("not implemented yet");};
     152                void        Update(int index, IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type,int finitelement){_error_("not implemented yet");};
     153                void        UpdateConstraintsExtrudeFromBase(){_error_("not implemented");};
     154                void        UpdateConstraintsExtrudeFromTop(){_error_("not implemented");};
     155                int         UpdatePotentialUngrounding(IssmDouble* vertices_potentially_ungrounding,Vector<IssmDouble>* vec_nodes_on_iceshelf,IssmDouble* nodes_on_iceshelf){_error_("not implemented yet");};
     156                void        ValueP1DerivativesOnGauss(IssmDouble* dvalue,IssmDouble* values,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
     157                void        ValueP1OnGauss(IssmDouble* pvalue,IssmDouble* values,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
     158                int         VelocityInterpolation(void){_error_("not implemented yet");};
    120159                int         VertexConnectivity(int vertexindex){_error_("not implemented yet");};
    121160                void        VerticalSegmentIndices(int** pindices,int* pnumseg){_error_("not implemented yet");};
    122161                void        ViscousHeating(IssmDouble* pphi,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input,Input* vz_input){_error_("not implemented yet");};
    123                 bool        IsZeroLevelset(int levelset_enum){_error_("not implemented");};
    124                 bool               IsIcefront(void);
    125                 bool        IsFaceOnBoundary(void){_error_("not implemented yet");};
    126162                void        ZeroLevelsetCoordinates(IssmDouble** pxyz_zero,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum){_error_("not implemented");};
    127                 void               GetIcefrontCoordinates(IssmDouble** pxyz_front,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum);
    128                 void               GetLevelCoordinates(IssmDouble** pxyz_front,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum,IssmDouble level){_error_("not implemented");};
    129 
    130                 void        GetSolutionFromInputsOneDof(Vector<IssmDouble>* solution,int enum_type){_error_("not implemented yet");};
    131                 void        InputDepthAverageAtBase(int enum_type,int average_enum_type){_error_("not implemented yet");};
    132                 void        InputExtrude(int enum_type){_error_("not implemented"); /*For penta only*/};
    133                 void        InputScale(int enum_type,IssmDouble scale_factor){_error_("not implemented yet");};
    134                 void        MaterialUpdateFromTemperature(void){_error_("not implemented yet");};
    135                 int         NodalValue(IssmDouble* pvalue, int index, int natureofdataenum){_error_("not implemented yet");};
    136                 void        PositiveDegreeDay(IssmDouble* pdds,IssmDouble* pds,IssmDouble signorm){_error_("not implemented yet");};
    137                 void        ResetFSBasalBoundaryCondition(void){_error_("not implemented yet");};
    138                 void        ReduceMatrices(ElementMatrix* Ke,ElementVector* pe){_error_("not implemented yet");};
    139                 void        SetTemporaryElementType(int element_type_in){_error_("not implemented yet");};
    140                 IssmDouble  SurfaceArea(void){_error_("not implemented yet");};
    141                 void        Update(int index, IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type,int finitelement){_error_("not implemented yet");};
    142                 IssmDouble  TimeAdapt(){_error_("not implemented yet");};
    143                 void UpdateConstraintsExtrudeFromBase(){_error_("not implemented");};
    144                 void UpdateConstraintsExtrudeFromTop(){_error_("not implemented");};
    145 
    146                 void       AverageOntoPartition(Vector<IssmDouble>* partition_contributions,Vector<IssmDouble>* partition_areas,IssmDouble* vertex_response,IssmDouble* qmu_part){_error_("not implemented yet");};
    147                 IssmDouble IceVolume(void){_error_("not implemented yet");};
    148                 IssmDouble IceVolumeAboveFloatation(void){_error_("not implemented yet");};
    149                 IssmDouble TotalSmb(void){_error_("not implemented yet");};
    150                 IssmDouble MassFlux(IssmDouble* segment){_error_("not implemented yet");};
    151                 IssmDouble MassFlux(IssmDouble x1,IssmDouble y1, IssmDouble x2, IssmDouble y2,int segment_id){_error_("not implemented yet");}
    152                 void       ElementResponse(IssmDouble* presponse,int response_enum){_error_("not implemented yet");};
    153                 IssmDouble Misfit(int modelenum,int observationenum,int weightsenum){_error_("not implemented yet");};
    154                 IssmDouble MisfitArea(int weightsenum){_error_("not implemented yet");};
    155163
    156164#ifdef _HAVE_GIA_
    157                 void   GiaDeflection(Vector<IssmDouble>* wg,Vector<IssmDouble>* dwgdt,IssmDouble* x,IssmDouble* y){_error_("not implemented yet");};
     165                void        GiaDeflection(Vector<IssmDouble>* wg,Vector<IssmDouble>* dwgdt,IssmDouble* x,IssmDouble* y){_error_("not implemented yet");};
    158166#endif
    159167
    160                 void       GetVectorFromControlInputs(Vector<IssmDouble>* gradient,int control_enum,int control_index,const char* data){_error_("not implemented yet");};
    161                 void       SetControlInputsFromVector(IssmDouble* vector,int control_enum,int control_index){_error_("not implemented yet");};
    162                 void       ControlInputSetGradient(IssmDouble* gradient,int enum_type,int control_index){_error_("not implemented yet");};
    163                 void       ControlToVectors(Vector<IssmPDouble>* vector_control, Vector<IssmPDouble>* vector_gradient,int control_enum){_error_("not implemented yet");};
    164                 void       InputControlUpdate(IssmDouble scalar,bool save_parameter){_error_("not implemented yet");};
    165 
    166                 void   PotentialUngrounding(Vector<IssmDouble>* potential_sheet_ungrounding){_error_("not implemented yet");};
    167                 void   MigrateGroundingLine(IssmDouble* sheet_ungrounding){_error_("not implemented yet");};
    168                 int    UpdatePotentialUngrounding(IssmDouble* vertices_potentially_ungrounding,Vector<IssmDouble>* vec_nodes_on_iceshelf,IssmDouble* nodes_on_iceshelf){_error_("not implemented yet");};
     168#ifdef _HAVE_DAKOTA_
     169                void        InputUpdateFromMatrixDakota(IssmDouble* matrix, int nows, int ncols, int name, int type){_error_("not implemented yet");};
     170                void        InputUpdateFromVectorDakota(IssmDouble* vector, int name, int type){_error_("not implemented yet");};
     171#endif
    169172                /*}}}*/
    170173};

  • issm/trunk/src/c/classes/Elements/SegRef.cpp

    r18301 r19105  
    1818#define NUMNODESP0  1
    1919#define NUMNODESP1  2
     20#define NUMNODESMAX 2
    2021
    2122/*Object constructors and destructor*/
    … …  
    2829
    2930/*Reference Element numerics*/
     31void SegRef::GetInputDerivativeValue(IssmDouble* p, IssmDouble* plist,IssmDouble* xyz_list, GaussSeg* gauss,int finiteelement){/*{{{*/
     32
     33        /*From node values of parameter p (plist[0],plist[1]), return parameter derivative value at gaussian
     34         * point specified by gauss_basis:
     35         *   dp/dx=plist[0]*dh1/dx+plist[1]*dh2/dx
     36         *
     37         * p is a vector already allocated.
     38         *
     39         * WARNING: For a significant gain in performance, it is better to use
     40         * static memory allocation instead of dynamic.
     41         */
     42
     43        /*Allocate derivatives of basis functions*/
     44        IssmDouble  dbasis[1*NUMNODESMAX];
     45
     46        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
     47        int numnodes = this->NumberofNodes(finiteelement);
     48        _assert_(numnodes<=NUMNODESMAX);
     49
     50        /*Get basis functions derivatives at this point*/
     51        GetNodalFunctionsDerivatives(&dbasis[0],xyz_list,gauss,finiteelement);
     52
     53        /*Calculate parameter for this Gauss point*/
     54        IssmDouble dpx=0.;
     55        for(int i=0;i<numnodes;i++) dpx += dbasis[0*numnodes+i]*plist[i];
     56
     57        /*Assign values*/
     58        p[0]=dpx;
     59}
     60/*}}}*/
     61void SegRef::GetInputValue(IssmDouble* p, IssmDouble* plist, GaussSeg* gauss,int finiteelement){/*{{{*/
     62        /* WARNING: For a significant gain in performance, it is better to use
     63         * static memory allocation instead of dynamic.*/
     64
     65        /*Allocate basis functions*/
     66        IssmDouble  basis[NUMNODESMAX];
     67
     68        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
     69        int numnodes = this->NumberofNodes(finiteelement);
     70        _assert_(numnodes<=NUMNODESMAX);
     71
     72        /*Get basis functions at this point*/
     73        GetNodalFunctions(&basis[0],gauss,finiteelement);
     74
     75        /*Calculate parameter for this Gauss point*/
     76        IssmDouble value =0.;
     77        for(int i=0;i<numnodes;i++) value += basis[i]*plist[i];
     78
     79        /*Assign output pointer*/
     80        *p = value;
     81}
     82/*}}}*/
     83void SegRef::GetJacobian(IssmDouble* J, IssmDouble* xyz_list,GaussSeg* gauss){/*{{{*/
     84        /*The Jacobian is constant over the element, discard the gaussian points.
     85         * J is assumed to have been allocated of size 1*/
     86
     87        IssmDouble x1=xyz_list[3*0+0];
     88        IssmDouble x2=xyz_list[3*1+0];
     89
     90        *J=.5*fabs(x2-x1);
     91}
     92/*}}}*/
     93void SegRef::GetJacobianDeterminant(IssmDouble*  Jdet, IssmDouble* xyz_list,GaussSeg* gauss){/*{{{*/
     94        /*The Jacobian determinant is constant over the element, discard the gaussian points.
     95         * J is assumed to have been allocated of size NDOF2xNDOF2.*/
     96
     97        /*Call Jacobian routine to get the jacobian:*/
     98        GetJacobian(Jdet, xyz_list, gauss);
     99        if(*Jdet<0) _error_("negative jacobian determinant!");
     100
     101}
     102/*}}}*/
     103void SegRef::GetJacobianInvert(IssmDouble* Jinv, IssmDouble* xyz_list,GaussSeg* gauss){/*{{{*/
     104
     105        /*Jacobian*/
     106        IssmDouble J;
     107
     108        /*Call Jacobian routine to get the jacobian:*/
     109        GetJacobian(&J, xyz_list, gauss);
     110
     111        /*Invert Jacobian matrix: */
     112        *Jinv = 1./J;
     113}
     114/*}}}*/
    30115void SegRef::GetNodalFunctions(IssmDouble* basis,GaussSeg* gauss,int finiteelement){/*{{{*/
    31116        /*This routine returns the values of the nodal functions  at the gaussian point.*/
    … …  
    108193}
    109194/*}}}*/
    110 void SegRef::GetInputDerivativeValue(IssmDouble* p, IssmDouble* plist,IssmDouble* xyz_list, GaussSeg* gauss,int finiteelement){/*{{{*/
    111 
    112         /*From node values of parameter p (plist[0],plist[1]), return parameter derivative value at gaussian
    113          * point specified by gauss_basis:
    114          *   dp/dx=plist[0]*dh1/dx+plist[1]*dh2/dx
    115          *
    116          * p is a vector already allocated.
    117          */
    118 
    119         /*Output*/
    120         IssmDouble dpx = 0.;
    121 
    122         /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    123         int numnodes = this->NumberofNodes(finiteelement);
    124 
    125         /*Get nodal functions derivatives*/
    126         IssmDouble* dbasis=xNew<IssmDouble>(1*numnodes);
    127         GetNodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,gauss,finiteelement);
    128 
    129         /*Calculate parameter for this Gauss point*/
    130         for(int i=0;i<numnodes;i++) dpx += dbasis[i]*plist[i];
    131 
    132         /*Assign values*/
    133         xDelete<IssmDouble>(dbasis);
    134         *p=dpx;
    135 
    136 }
    137 /*}}}*/
    138 void SegRef::GetInputValue(IssmDouble* p, IssmDouble* plist, GaussSeg* gauss,int finiteelement){/*{{{*/
    139 
    140         /*Output*/
    141         IssmDouble value =0.;
    142 
    143         /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    144         int numnodes = this->NumberofNodes(finiteelement);
    145 
    146         /*Get nodal functions*/
    147         IssmDouble* basis=xNew<IssmDouble>(numnodes);
    148         GetNodalFunctions(basis, gauss,finiteelement);
    149 
    150         /*Calculate parameter for this Gauss point*/
    151         for(int i=0;i<numnodes;i++) value += basis[i]*plist[i];
    152 
    153         /*Assign output pointer*/
    154         xDelete<IssmDouble>(basis);
    155         *p = value;
    156 }
    157 /*}}}*/
    158 void SegRef::GetJacobian(IssmDouble* J, IssmDouble* xyz_list,GaussSeg* gauss){/*{{{*/
    159         /*The Jacobian is constant over the element, discard the gaussian points.
    160          * J is assumed to have been allocated of size 1*/
    161 
    162         IssmDouble x1=xyz_list[3*0+0];
    163         IssmDouble x2=xyz_list[3*1+0];
    164 
    165         *J=.5*fabs(x2-x1);
    166 }
    167 /*}}}*/
    168 void SegRef::GetJacobianDeterminant(IssmDouble*  Jdet, IssmDouble* xyz_list,GaussSeg* gauss){/*{{{*/
    169         /*The Jacobian determinant is constant over the element, discard the gaussian points.
    170          * J is assumed to have been allocated of size NDOF2xNDOF2.*/
    171 
    172         /*Call Jacobian routine to get the jacobian:*/
    173         GetJacobian(Jdet, xyz_list, gauss);
    174         if(*Jdet<0) _error_("negative jacobian determinant!");
    175 
    176 }
    177 /*}}}*/
    178 void SegRef::GetJacobianInvert(IssmDouble* Jinv, IssmDouble* xyz_list,GaussSeg* gauss){/*{{{*/
    179 
    180         /*Jacobian*/
    181         IssmDouble J;
    182 
    183         /*Call Jacobian routine to get the jacobian:*/
    184         GetJacobian(&J, xyz_list, gauss);
    185 
    186         /*Invert Jacobian matrix: */
    187         *Jinv = 1./J;
    188 }
    189 /*}}}*/
    190195int  SegRef::NumberofNodes(int finiteelement){/*{{{*/
    191196

  • issm/trunk/src/c/classes/Elements/SegRef.h

    r18301 r19105  
    1616                ~SegRef();
    1717
     18                void GetInputDerivativeValue(IssmDouble* p, IssmDouble* plist,IssmDouble* xyz_list, GaussSeg* gauss,int finiteelement);
     19                void GetInputValue(IssmDouble* p, IssmDouble* plist, GaussSeg* gauss,int finiteelement);
    1820                void GetJacobian(IssmDouble* J, IssmDouble* xyz_list,GaussSeg* gauss);
    1921                void GetJacobianDeterminant(IssmDouble*  Jdet, IssmDouble* xyz_list,GaussSeg* gauss);
    … …  
    2224                void GetNodalFunctionsDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list, GaussSeg* gauss,int finiteelement);
    2325                void GetNodalFunctionsDerivativesReference(IssmDouble* dbasis,GaussSeg* gauss,int finiteelement);
    24                 void GetInputDerivativeValue(IssmDouble* p, IssmDouble* plist,IssmDouble* xyz_list, GaussSeg* gauss,int finiteelement);
    25                 void GetInputValue(IssmDouble* p, IssmDouble* plist, GaussSeg* gauss,int finiteelement);
    2626                int  NumberofNodes(int finiteelement);
    2727};

  • issm/trunk/src/c/classes/Elements/Tetra.cpp

    r18301 r19105  
    104104/*}}}*/
    105105
    106 int      Tetra::FiniteElement(void){/*{{{*/
    107         return this->element_type;
    108 } /*}}}*/
    109 int      Tetra::ObjectEnum(void){/*{{{*/
    110 
    111         return TetraEnum;
    112 
    113 }/*}}}*/
    114106void     Tetra::AddInput(int input_enum,IssmDouble* values, int interpolation_enum){/*{{{*/
    115107
    … …  
    196188}
    197189/*}}}*/
     190void     Tetra::FaceOnFrontIndices(int* pindex1,int* pindex2,int* pindex3){/*{{{*/
     191
     192        IssmDouble values[NUMVERTICES];
     193        int        indices[4][3] = {{0,1,2},{0,3,1},{1,3,2},{0,2,3}};
     194
     195        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     196        GetInputListOnVertices(&values[0],MaskIceLevelsetEnum);
     197
     198        for(int i=0;i<4;i++){
     199                if(values[indices[i][0]] == 0. && values[indices[i][1]] == 0. && values[indices[i][2]] == 0.){
     200                        *pindex1 = indices[i][0];
     201                        *pindex2 = indices[i][1];
     202                        *pindex3 = indices[i][2];
     203                        return;
     204                }
     205        }
     206
     207        _error_("Could not find 3 vertices on bed");
     208}
     209/*}}}*/
    198210void     Tetra::FaceOnSurfaceIndices(int* pindex1,int* pindex2,int* pindex3){/*{{{*/
    199211
    … …  
    216228}
    217229/*}}}*/
    218 void     Tetra::FaceOnFrontIndices(int* pindex1,int* pindex2,int* pindex3){/*{{{*/
    219 
    220         IssmDouble values[NUMVERTICES];
    221         int        indices[4][3] = {{0,1,2},{0,3,1},{1,3,2},{0,2,3}};
    222 
    223         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    224         GetInputListOnVertices(&values[0],MaskIceLevelsetEnum);
    225 
    226         for(int i=0;i<4;i++){
    227                 if(values[indices[i][0]] == 0. && values[indices[i][1]] == 0. && values[indices[i][2]] == 0.){
    228                         *pindex1 = indices[i][0];
    229                         *pindex2 = indices[i][1];
    230                         *pindex3 = indices[i][2];
    231                         return;
    232                 }
    233         }
    234 
    235         _error_("Could not find 3 vertices on bed");
    236 }
    237 /*}}}*/
     230int      Tetra::FiniteElement(void){/*{{{*/
     231        return this->element_type;
     232} /*}}}*/
    238233int      Tetra::GetElementType(){/*{{{*/
    239234
    … …  
    475470}
    476471/*}}}*/
    477 bool     Tetra::IsOnBase(){/*{{{*/
    478         return HasFaceOnBase();
    479 }
    480 /*}}}*/
    481 bool     Tetra::IsOnSurface(){/*{{{*/
    482         return HasFaceOnSurface();
    483 }
    484 /*}}}*/
    485472bool     Tetra::IsIcefront(void){/*{{{*/
    486473
    … …  
    497484        return false;
    498485}/*}}}*/
     486bool     Tetra::IsOnBase(){/*{{{*/
     487        return HasFaceOnBase();
     488}
     489/*}}}*/
     490bool     Tetra::IsOnSurface(){/*{{{*/
     491        return HasFaceOnSurface();
     492}
     493/*}}}*/
    499494void     Tetra::JacobianDeterminant(IssmDouble* pJdet,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    500495
    … …  
    504499}
    505500/*}}}*/
     501void     Tetra::JacobianDeterminantBase(IssmDouble* pJdet,IssmDouble* xyz_list_base,Gauss* gauss){/*{{{*/
     502
     503        _assert_(gauss->Enum()==GaussTetraEnum);
     504        this->GetJacobianDeterminantFace(pJdet,xyz_list_base,(GaussTetra*)gauss);
     505
     506}
     507/*}}}*/
    506508void     Tetra::JacobianDeterminantSurface(IssmDouble* pJdet,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    507509
    508510        _assert_(gauss->Enum()==GaussTetraEnum);
    509511        this->GetJacobianDeterminantFace(pJdet,xyz_list,(GaussTetra*)gauss);
    510 
    511 }
    512 /*}}}*/
    513 void     Tetra::JacobianDeterminantBase(IssmDouble* pJdet,IssmDouble* xyz_list_base,Gauss* gauss){/*{{{*/
    514 
    515         _assert_(gauss->Enum()==GaussTetraEnum);
    516         this->GetJacobianDeterminantFace(pJdet,xyz_list_base,(GaussTetra*)gauss);
    517512
    518513}
    … …  
    561556}
    562557/*}}}*/
     558void     Tetra::NodalFunctionsDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     559
     560        _assert_(gauss->Enum()==GaussTetraEnum);
     561        this->GetNodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,(GaussTetra*)gauss,this->element_type);
     562
     563}
     564/*}}}*/
     565void     Tetra::NodalFunctionsDerivativesVelocity(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     566
     567        _assert_(gauss->Enum()==GaussTetraEnum);
     568        this->GetNodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,(GaussTetra*)gauss,this->VelocityInterpolation());
     569
     570}
     571/*}}}*/
     572void     Tetra::NodalFunctionsPressure(IssmDouble* basis, Gauss* gauss){/*{{{*/
     573
     574        _assert_(gauss->Enum()==GaussTetraEnum);
     575        this->GetNodalFunctions(basis,(GaussTetra*)gauss,this->PressureInterpolation());
     576
     577}
     578/*}}}*/
     579void     Tetra::NodalFunctionsTensor(IssmDouble* basis, Gauss* gauss){/*{{{*/
     580
     581        _assert_(gauss->Enum()==GaussTetraEnum);
     582        this->GetNodalFunctions(basis,(GaussTetra*)gauss,this->TensorInterpolation());
     583
     584}
     585/*}}}*/
    563586void     Tetra::NodalFunctionsVelocity(IssmDouble* basis, Gauss* gauss){/*{{{*/
    564587
    … …  
    568591}
    569592/*}}}*/
    570 void     Tetra::NodalFunctionsPressure(IssmDouble* basis, Gauss* gauss){/*{{{*/
    571 
    572         _assert_(gauss->Enum()==GaussTetraEnum);
    573         this->GetNodalFunctions(basis,(GaussTetra*)gauss,this->PressureInterpolation());
    574 
    575 }
    576 /*}}}*/
    577 void     Tetra::NodalFunctionsTensor(IssmDouble* basis, Gauss* gauss){/*{{{*/
    578 
    579         _assert_(gauss->Enum()==GaussTetraEnum);
    580         this->GetNodalFunctions(basis,(GaussTetra*)gauss,this->TensorInterpolation());
    581 
    582 }
    583 /*}}}*/
    584 void     Tetra::NodalFunctionsDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    585 
    586         _assert_(gauss->Enum()==GaussTetraEnum);
    587         this->GetNodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,(GaussTetra*)gauss,this->element_type);
    588 
    589 }
    590 /*}}}*/
    591 void     Tetra::NodalFunctionsDerivativesVelocity(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    592 
    593         _assert_(gauss->Enum()==GaussTetraEnum);
    594         this->GetNodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,(GaussTetra*)gauss,this->VelocityInterpolation());
    595 
     593void     Tetra::NormalBase(IssmDouble* bed_normal,IssmDouble* xyz_list){/*{{{*/
     594
     595        IssmDouble v13[3],v23[3];
     596        IssmDouble normal[3];
     597        IssmDouble normal_norm;
     598
     599        for(int i=0;i<3;i++){
     600                v13[i]=xyz_list[0*3+i]-xyz_list[2*3+i];
     601                v23[i]=xyz_list[1*3+i]-xyz_list[2*3+i];
     602        }
     603
     604        normal[0]=v13[1]*v23[2]-v13[2]*v23[1];
     605        normal[1]=v13[2]*v23[0]-v13[0]*v23[2];
     606        normal[2]=v13[0]*v23[1]-v13[1]*v23[0];
     607        normal_norm=sqrt(normal[0]*normal[0]+ normal[1]*normal[1]+ normal[2]*normal[2]);
     608
     609        /*Bed normal is opposite to surface normal*/
     610        bed_normal[0]=-normal[0]/normal_norm;
     611        bed_normal[1]=-normal[1]/normal_norm;
     612        bed_normal[2]=-normal[2]/normal_norm;
     613
     614        _assert_(bed_normal[2]<0.);
    596615}
    597616/*}}}*/
    … …  
    616635}
    617636/*}}}*/
    618 void     Tetra::NormalBase(IssmDouble* bed_normal,IssmDouble* xyz_list){/*{{{*/
     637void     Tetra::NormalTop(IssmDouble* top_normal,IssmDouble* xyz_list){/*{{{*/
    619638
    620639        IssmDouble v13[3],v23[3];
    … …  
    632651        normal_norm=sqrt(normal[0]*normal[0]+ normal[1]*normal[1]+ normal[2]*normal[2]);
    633652
    634         /*Bed normal is opposite to surface normal*/
    635         bed_normal[0]=-normal[0]/normal_norm;
    636         bed_normal[1]=-normal[1]/normal_norm;
    637         bed_normal[2]=-normal[2]/normal_norm;
    638 
    639         _assert_(bed_normal[2]<0.);
    640 }
    641 /*}}}*/
    642 void     Tetra::NormalTop(IssmDouble* top_normal,IssmDouble* xyz_list){/*{{{*/
    643 
    644         IssmDouble v13[3],v23[3];
    645         IssmDouble normal[3];
    646         IssmDouble normal_norm;
    647 
    648         for(int i=0;i<3;i++){
    649                 v13[i]=xyz_list[0*3+i]-xyz_list[2*3+i];
    650                 v23[i]=xyz_list[1*3+i]-xyz_list[2*3+i];
    651         }
    652 
    653         normal[0]=v13[1]*v23[2]-v13[2]*v23[1];
    654         normal[1]=v13[2]*v23[0]-v13[0]*v23[2];
    655         normal[2]=v13[0]*v23[1]-v13[1]*v23[0];
    656         normal_norm=sqrt(normal[0]*normal[0]+ normal[1]*normal[1]+ normal[2]*normal[2]);
    657 
    658653        top_normal[0]=normal[0]/normal_norm;
    659654        top_normal[1]=normal[1]/normal_norm;
    … …  
    668663int      Tetra::NumberofNodesVelocity(void){/*{{{*/
    669664        return TetraRef::NumberofNodes(this->VelocityInterpolation());
     665}
     666/*}}}*/
     667int      Tetra::ObjectEnum(void){/*{{{*/
     668
     669        return TetraEnum;
     670
     671}/*}}}*/
     672int      Tetra::PressureInterpolation(void){/*{{{*/
     673        return TetraRef::PressureInterpolation(this->element_type);
    670674}
    671675/*}}}*/
    … …  
    764768}
    765769/*}}}*/
    766 void     Tetra::SetCurrentConfiguration(Elements* elementsin, Loads* loadsin, Nodes* nodesin, Materials* materialsin, Parameters* parametersin){/*{{{*/
    767 
    768         /*go into parameters and get the analysis_counter: */
    769         int analysis_counter;
    770         parametersin->FindParam(&analysis_counter,AnalysisCounterEnum);
    771 
    772         /*Get Element type*/
    773         this->element_type=this->element_type_list[analysis_counter];
    774 
    775         /*Pick up nodes*/
    776         if(this->hnodes[analysis_counter]) this->nodes=(Node**)this->hnodes[analysis_counter]->deliverp();
    777         else this->nodes=NULL;
    778 
    779 }
    780 /*}}}*/
    781770void     Tetra::ResetHooks(){/*{{{*/
    782771
    … …  
    795784}
    796785/*}}}*/
     786void     Tetra::SetCurrentConfiguration(Elements* elementsin, Loads* loadsin, Nodes* nodesin, Materials* materialsin, Parameters* parametersin){/*{{{*/
     787
     788        /*go into parameters and get the analysis_counter: */
     789        int analysis_counter;
     790        parametersin->FindParam(&analysis_counter,AnalysisCounterEnum);
     791
     792        /*Get Element type*/
     793        this->element_type=this->element_type_list[analysis_counter];
     794
     795        /*Pick up nodes*/
     796        if(this->hnodes[analysis_counter]) this->nodes=(Node**)this->hnodes[analysis_counter]->deliverp();
     797        else this->nodes=NULL;
     798
     799}
     800/*}}}*/
    797801Element* Tetra::SpawnBasalElement(void){/*{{{*/
    798802
    … …  
    824828        tria->parameters=this->parameters;
    825829        tria->element_type=P1Enum; //Only P1 CG for now (TO BE CHANGED)
    826         this->SpawnTriaHook(dynamic_cast<ElementHook*>(tria),index1,index2,index3);
     830        this->SpawnTriaHook(xDynamicCast<ElementHook*>(tria),index1,index2,index3);
    827831
    828832        /*Spawn material*/
    … …  
    836840        /*Return new Tria*/
    837841        return tria;
     842}
     843/*}}}*/
     844int      Tetra::TensorInterpolation(void){/*{{{*/
     845        return TetraRef::TensorInterpolation(this->element_type);
    838846}
    839847/*}}}*/
    … …  
    981989}
    982990/*}}}*/
    983 int      Tetra::PressureInterpolation(void){/*{{{*/
    984         return TetraRef::PressureInterpolation(this->element_type);
    985 }
    986 /*}}}*/
    987 int      Tetra::TensorInterpolation(void){/*{{{*/
    988         return TetraRef::TensorInterpolation(this->element_type);
    989 }
    990 /*}}}*/
    991991void     Tetra::ZeroLevelsetCoordinates(IssmDouble** pxyz_zero,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum){/*{{{*/
    992992        /*Compute portion of the element that is grounded*/

  • issm/trunk/src/c/classes/Elements/Tetra.h

    r18301 r19105  
    3939                Object *copy();
    4040                /*}}}*/
    41                 /*Update virtual functions resolution: {{{*/
    42                 void  InputUpdateFromSolutionOneDofCollapsed(IssmDouble* solution,int inputenum){_error_("not implemented yet");};
    43                 void  InputUpdateFromSolutionOneDof(IssmDouble* solution,int inputenum);
    44                 void  InputUpdateFromVector(IssmDouble* vector, int name, int type){_error_("not implemented yet");};
    45 #ifdef _HAVE_DAKOTA_
    46                 void  InputUpdateFromVectorDakota(IssmDouble* vector, int name, int type){_error_("not implemented yet");};
    47                 void  InputUpdateFromMatrixDakota(IssmDouble* matrix, int nows, int ncols, int name, int type){_error_("not implemented yet");};
    48 #endif
    49                 void  InputUpdateFromIoModel(int index, IoModel* iomodel);
    50                 /*}}}*/
    5141                /*Element virtual functions definitions: {{{*/
    5242                void        AddBasalInput(int input_enum, IssmDouble* values, int interpolation_enum){_error_("not implemented yet");};
    5343                void        AddInput(int input_enum, IssmDouble* values, int interpolation_enum);
     44                void        AverageOntoPartition(Vector<IssmDouble>* partition_contributions,Vector<IssmDouble>* partition_areas,IssmDouble* vertex_response,IssmDouble* qmu_part){_error_("not implemented yet");};
     45                void        CalvingRateLevermann(void){_error_("not implemented yet");};
    5446                IssmDouble  CharacteristicLength(void){_error_("not implemented yet");};
    5547                void        ComputeBasalStress(Vector<IssmDouble>* sigma_b){_error_("not implemented yet");};
    … …  
    5749                void        ComputeStressTensor(){_error_("not implemented yet");};
    5850                void        ComputeDeviatoricStressTensor(){_error_("not implemented yet");};
     51                void        CalvingRatePi(void){_error_("not implemented yet");};
    5952                void        Configure(Elements* elements,Loads* loads,Nodes* nodesin,Vertices* verticesin,Materials* materials,Parameters* parameters);
    60                 void        SetCurrentConfiguration(Elements* elements,Loads* loads,Nodes* nodes,Materials* materials,Parameters* parameters);
    61                 void        ResetHooks();
     53                void        ControlInputSetGradient(IssmDouble* gradient,int enum_type,int control_index){_error_("not implemented yet");};
     54                void        ControlToVectors(Vector<IssmPDouble>* vector_control, Vector<IssmPDouble>* vector_gradient,int control_enum){_error_("not implemented yet");};
    6255                void        Delta18oParameterization(void){_error_("not implemented yet");};
     56                void        MungsmtpParameterization(void){_error_("not implemented yet");};
     57                IssmDouble  DragCoefficientAbsGradient(void){_error_("not implemented yet");};
     58                void        ElementResponse(IssmDouble* presponse,int response_enum){_error_("not implemented yet");};
    6359                void        ElementSizes(IssmDouble* hx,IssmDouble* hy,IssmDouble* hz);
     60                void        FaceOnBaseIndices(int* pindex1,int* pindex2,int* pindex3);
    6461                void        FaceOnFrontIndices(int* pindex1,int* pindex2,int* pindex3);
    65                 void        FaceOnBaseIndices(int* pindex1,int* pindex2,int* pindex3);
    6662                void        FaceOnSurfaceIndices(int* pindex1,int* pindex2,int* pindex3);
     63                int         FiniteElement(void);
    6764                void        FSContactMigration(Vector<IssmDouble>* vertexgrounded,Vector<IssmDouble>* vertexfloating){_error_("not implemented yet");};
    68                 int         FiniteElement(void);
    69                 Element*    GetUpperElement(void){_error_("not implemented yet");};
    7065                Element*    GetBasalElement(void){_error_("not implemented yet");};
     66                int         GetElementType(void);
     67                void        GetGroundedPart(int* point1,IssmDouble* fraction1, IssmDouble* fraction2,bool* mainlyfloating){_error_("not implemented yet");};
     68                IssmDouble  GetGroundedPortion(IssmDouble* xyz_list){_error_("not implemented yet");};
     69                void               GetIcefrontCoordinates(IssmDouble** pxyz_front,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum){_error_("not implemented yet");};
     70                void        GetInputValue(IssmDouble* pvalue,Node* node,int enumtype);
     71                void               GetLevelCoordinates(IssmDouble** pxyz_front,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum,IssmDouble level){_error_("not implemented yet");};
     72                void        GetLevelsetPositivePart(int* point1,IssmDouble* fraction1,IssmDouble* fraction2, bool* mainlynegative,IssmDouble* levelsetvalues){_error_("not implemented yet");};
     73                Node*       GetNode(int node_number){_error_("Not implemented");};
    7174                int         GetNodeIndex(Node* node);
    7275                int         GetNumberOfNodes(void);
    7376                int         GetNumberOfNodes(int enum_type){_error_("not implemented yet");};
    7477                int         GetNumberOfVertices(void);
     78                void        GetSolutionFromInputsOneDof(Vector<IssmDouble>* solution,int enum_type){_error_("not implemented yet");};
     79                Element*    GetUpperElement(void){_error_("not implemented yet");};
     80                void        GetVectorFromControlInputs(Vector<IssmDouble>* gradient,int control_enum,int control_index,const char* data,bool onsid){_error_("not implemented yet");};
    7581                void        GetVerticesCoordinatesBase(IssmDouble** pxyz_list);
    7682                void        GetVerticesCoordinatesTop(IssmDouble** pxyz_list);
     83                void        GradientIndexing(int* indexing,int control_index){_error_("not implemented yet");};
    7784                bool        HasFaceOnBase();
    7885                bool        HasFaceOnSurface();
     86                IssmDouble  IceMass(void){_error_("not implemented yet");};
     87                IssmDouble  IceVolume(void){_error_("not implemented yet");};
     88                IssmDouble  IceVolumeAboveFloatation(void){_error_("not implemented yet");};
     89                bool        IsFaceOnBoundary(void){_error_("not implemented yet");};
     90                bool               IsIcefront(void);
     91                bool        IsNodeOnShelfFromFlags(IssmDouble* flags){_error_("not implemented yet");};
    7992                bool        IsOnBase();
    8093                bool        IsOnSurface();
    81                 bool        IsNodeOnShelfFromFlags(IssmDouble* flags){_error_("not implemented yet");};
     94                bool        IsZeroLevelset(int levelset_enum){_error_("not implemented");};
     95                void        InputControlUpdate(IssmDouble scalar,bool save_parameter){_error_("not implemented yet");};
     96                void        InputDepthAverageAtBase(int enum_type,int average_enum_type){_error_("not implemented yet");};
     97                void        InputExtrude(int enum_type,int start){_error_("not implemented"); /*For penta only*/};
     98                void        InputScale(int enum_type,IssmDouble scale_factor){_error_("not implemented yet");};
     99                void        InputUpdateFromIoModel(int index, IoModel* iomodel);
     100                void        InputUpdateFromSolutionOneDof(IssmDouble* solution,int inputenum);
     101                void        InputUpdateFromSolutionOneDofCollapsed(IssmDouble* solution,int inputenum){_error_("not implemented yet");};
     102                void        InputUpdateFromVector(IssmDouble* vector, int name, int type){_error_("not implemented yet");};
    82103                void        JacobianDeterminant(IssmDouble*  Jdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     104                void        JacobianDeterminantBase(IssmDouble* pJdet,IssmDouble* xyz_list_base,Gauss* gauss);
    83105                void        JacobianDeterminantLine(IssmDouble* Jdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
    84106                void        JacobianDeterminantSurface(IssmDouble*  pJdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    85                 void        JacobianDeterminantBase(IssmDouble* pJdet,IssmDouble* xyz_list_base,Gauss* gauss);
    86107                void        JacobianDeterminantTop(IssmDouble* pJdet,IssmDouble* xyz_list_base,Gauss* gauss);
     108                IssmDouble  Masscon(IssmDouble* levelset){_error_("not implemented yet");};
     109                IssmDouble  MassFlux(IssmDouble* segment){_error_("not implemented yet");};
     110                IssmDouble  MassFlux(IssmDouble x1,IssmDouble y1, IssmDouble x2, IssmDouble y2,int segment_id){_error_("not implemented yet");}
     111                void        MaterialUpdateFromTemperature(void){_error_("not implemented yet");};
    87112                IssmDouble  MinEdgeLength(IssmDouble* xyz_list){_error_("not implemented yet");};
    88                 void        NodalFunctions(IssmDouble* basis,Gauss* gauss);
    89                 void        NodalFunctionsP1(IssmDouble* basis,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
    90                 void        NodalFunctionsP2(IssmDouble* basis,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
    91                 void        NodalFunctionsVelocity(IssmDouble* basis,Gauss* gauss);
    92                 void        NodalFunctionsPressure(IssmDouble* basis,Gauss* gauss);
    93                 void        NodalFunctionsTensor(IssmDouble* basis,Gauss* gauss);
    94                 void        NodalFunctionsDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    95                 void        NodalFunctionsP1Derivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
    96                 void        NodalFunctionsMINIDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
    97                 void        NodalFunctionsDerivativesVelocity(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    98                 void        NormalSection(IssmDouble* normal,IssmDouble* xyz_list);
    99                 void        NormalTop(IssmDouble* normal,IssmDouble* xyz_list);
    100                 void        NormalBase(IssmDouble* normal,IssmDouble* xyz_list);
    101                 int         NumberofNodesVelocity(void);
    102                 int         NumberofNodesPressure(void);
    103            Element*    SpawnBasalElement(void);
    104                 Element*    SpawnTopElement(void);
    105                 Tria*       SpawnTria(int index1,int index2,int index3);
    106                 IssmDouble  StabilizationParameter(IssmDouble u, IssmDouble v, IssmDouble w, IssmDouble diameter, IssmDouble kappa){_error_("not implemented yet");};
    107                 int         PressureInterpolation(void);
    108                 void        ValueP1OnGauss(IssmDouble* pvalue,IssmDouble* values,Gauss* gauss);
    109                 void        ValueP1DerivativesOnGauss(IssmDouble* dvalue,IssmDouble* values,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
    110                 int         VelocityInterpolation(void);
    111                 int         TensorInterpolation(void);
    112                 void        GetGroundedPart(int* point1,IssmDouble* fraction1, IssmDouble* fraction2,bool* mainlyfloating){_error_("not implemented yet");};
    113                 IssmDouble  GetGroundedPortion(IssmDouble* xyz_list){_error_("not implemented yet");};
    114                 void        GetInputValue(IssmDouble* pvalue,Node* node,int enumtype);
    115                 Node*       GetNode(int node_number){_error_("Not implemented");};
    116                 int         GetElementType(void);
     113                IssmDouble  Misfit(int modelenum,int observationenum,int weightsenum){_error_("not implemented yet");};
     114                IssmDouble  MisfitArea(int weightsenum){_error_("not implemented yet");};
    117115                Gauss*      NewGauss(void);
    118116                Gauss*      NewGauss(int order);
    … …  
    123121                Gauss*      NewGaussLine(int vertex1,int vertex2,int order){_error_("not implemented yet");};
    124122                Gauss*      NewGaussTop(int order);
     123                void        NodalFunctions(IssmDouble* basis,Gauss* gauss);
     124                void        NodalFunctionsDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     125                void        NodalFunctionsDerivativesVelocity(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     126                void        NodalFunctionsMINIDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
     127                void        NodalFunctionsPressure(IssmDouble* basis,Gauss* gauss);
     128                void        NodalFunctionsP1(IssmDouble* basis,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
     129                void        NodalFunctionsP1Derivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
     130                void        NodalFunctionsP2(IssmDouble* basis,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
     131                void        NodalFunctionsTensor(IssmDouble* basis,Gauss* gauss);
     132                void        NodalFunctionsVelocity(IssmDouble* basis,Gauss* gauss);
     133                int         NodalValue(IssmDouble* pvalue, int index, int natureofdataenum){_error_("not implemented yet");};
     134                void        NormalBase(IssmDouble* normal,IssmDouble* xyz_list);
     135                void        NormalSection(IssmDouble* normal,IssmDouble* xyz_list);
     136                void        NormalTop(IssmDouble* normal,IssmDouble* xyz_list);
     137                int         NumberofNodesPressure(void);
     138                int         NumberofNodesVelocity(void);
     139                void        PositiveDegreeDay(IssmDouble* pdds,IssmDouble* pds,IssmDouble signorm,bool ismungsm){_error_("not implemented yet");};
     140                void        PotentialUngrounding(Vector<IssmDouble>* potential_sheet_ungrounding){_error_("not implemented yet");};
     141                int         PressureInterpolation(void);
     142                void        ResetFSBasalBoundaryCondition(void);
     143                void        ResetHooks();
     144                void        ReduceMatrices(ElementMatrix* Ke,ElementVector* pe);
     145                void        SetControlInputsFromVector(IssmDouble* vector,int control_enum,int control_index){_error_("not implemented yet");};
     146                void        SetCurrentConfiguration(Elements* elements,Loads* loads,Nodes* nodes,Materials* materials,Parameters* parameters);
     147                void        SetTemporaryElementType(int element_type_in){_error_("not implemented yet");};
     148           Element*    SpawnBasalElement(void);
     149                Element*    SpawnTopElement(void);
     150                Tria*       SpawnTria(int index1,int index2,int index3);
     151                IssmDouble  StabilizationParameter(IssmDouble u, IssmDouble v, IssmDouble w, IssmDouble diameter, IssmDouble kappa){_error_("not implemented yet");};
     152                void        StrainRateparallel(void){_error_("not implemented yet");};
     153                void        StrainRateperpendicular(void){_error_("not implemented yet");};
     154                void        StressIntensityFactor(void){_error_("not implemented yet");};
     155                IssmDouble  SurfaceArea(void){_error_("not implemented yet");};
     156                int         TensorInterpolation(void);
     157                IssmDouble  TimeAdapt(){_error_("not implemented yet");};
     158                IssmDouble  TotalSmb(void){_error_("not implemented yet");};
     159                void        Update(int index, IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type,int finitelement);
     160                void        UpdateConstraintsExtrudeFromBase(){_error_("not implemented");};
     161                void        UpdateConstraintsExtrudeFromTop(){_error_("not implemented");};
     162                int         UpdatePotentialUngrounding(IssmDouble* vertices_potentially_ungrounding,Vector<IssmDouble>* vec_nodes_on_iceshelf,IssmDouble* nodes_on_iceshelf){_error_("not implemented yet");};
     163                void        ValueP1DerivativesOnGauss(IssmDouble* dvalue,IssmDouble* values,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
     164                void        ValueP1OnGauss(IssmDouble* pvalue,IssmDouble* values,Gauss* gauss);
     165                int         VelocityInterpolation(void);
    125166                int         VertexConnectivity(int vertexindex){_error_("not implemented yet");};
    126167                void        VerticalSegmentIndices(int** pindices,int* pnumseg){_error_("not implemented yet");};
    127168                void        ViscousHeating(IssmDouble* pphi,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input,Input* vz_input);
    128                 bool        IsZeroLevelset(int levelset_enum){_error_("not implemented");};
    129                 bool               IsIcefront(void);
    130                 bool        IsFaceOnBoundary(void){_error_("not implemented yet");};
    131169                void        ZeroLevelsetCoordinates(IssmDouble** pxyz_zero,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum);
    132                 void               GetIcefrontCoordinates(IssmDouble** pxyz_front,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum){_error_("not implemented yet");};
    133                 void               GetLevelCoordinates(IssmDouble** pxyz_front,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum,IssmDouble level){_error_("not implemented yet");};
    134                 void        GetSolutionFromInputsOneDof(Vector<IssmDouble>* solution,int enum_type){_error_("not implemented yet");};
    135                 void        InputDepthAverageAtBase(int enum_type,int average_enum_type){_error_("not implemented yet");};
    136                 void        InputExtrude(int enum_type){_error_("not implemented"); /*For penta only*/};
    137                 void        InputScale(int enum_type,IssmDouble scale_factor){_error_("not implemented yet");};
    138                 void        MaterialUpdateFromTemperature(void){_error_("not implemented yet");};
    139                 int         NodalValue(IssmDouble* pvalue, int index, int natureofdataenum){_error_("not implemented yet");};
    140                 void        PositiveDegreeDay(IssmDouble* pdds,IssmDouble* pds,IssmDouble signorm){_error_("not implemented yet");};
    141                 void        ResetFSBasalBoundaryCondition(void);
    142                 void        ReduceMatrices(ElementMatrix* Ke,ElementVector* pe);
    143                 void        SetTemporaryElementType(int element_type_in){_error_("not implemented yet");};
    144                 IssmDouble  SurfaceArea(void){_error_("not implemented yet");};
    145                 void        Update(int index, IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type,int finitelement);
    146                 IssmDouble  TimeAdapt(){_error_("not implemented yet");};
    147                 void UpdateConstraintsExtrudeFromBase(){_error_("not implemented");};
    148                 void UpdateConstraintsExtrudeFromTop(){_error_("not implemented");};
    149 
    150                 void       AverageOntoPartition(Vector<IssmDouble>* partition_contributions,Vector<IssmDouble>* partition_areas,IssmDouble* vertex_response,IssmDouble* qmu_part){_error_("not implemented yet");};
    151                 IssmDouble IceVolume(void){_error_("not implemented yet");};
    152                 IssmDouble IceVolumeAboveFloatation(void){_error_("not implemented yet");};
    153                 IssmDouble TotalSmb(void){_error_("not implemented yet");};
    154                 IssmDouble MassFlux(IssmDouble* segment){_error_("not implemented yet");};
    155                 IssmDouble MassFlux(IssmDouble x1,IssmDouble y1, IssmDouble x2, IssmDouble y2,int segment_id){_error_("not implemented yet");}
    156                 void       ElementResponse(IssmDouble* presponse,int response_enum){_error_("not implemented yet");};
    157                 IssmDouble Misfit(int modelenum,int observationenum,int weightsenum){_error_("not implemented yet");};
    158                 IssmDouble MisfitArea(int weightsenum){_error_("not implemented yet");};
    159170
    160171#ifdef _HAVE_GIA_
    161                 void   GiaDeflection(Vector<IssmDouble>* wg,Vector<IssmDouble>* dwgdt,IssmDouble* x,IssmDouble* y){_error_("not implemented yet");};
     172                void        GiaDeflection(Vector<IssmDouble>* wg,Vector<IssmDouble>* dwgdt,IssmDouble* x,IssmDouble* y){_error_("not implemented yet");};
    162173#endif
    163174
    164                 IssmDouble DragCoefficientAbsGradient(void){_error_("not implemented yet");};
    165                 void       GradientIndexing(int* indexing,int control_index){_error_("not implemented yet");};
    166                 void       GetVectorFromControlInputs(Vector<IssmDouble>* gradient,int control_enum,int control_index,const char* data){_error_("not implemented yet");};
    167                 void       SetControlInputsFromVector(IssmDouble* vector,int control_enum,int control_index){_error_("not implemented yet");};
    168                 void       ControlInputSetGradient(IssmDouble* gradient,int enum_type,int control_index){_error_("not implemented yet");};
    169                 void       ControlToVectors(Vector<IssmPDouble>* vector_control, Vector<IssmPDouble>* vector_gradient,int control_enum){_error_("not implemented yet");};
    170                 void       InputControlUpdate(IssmDouble scalar,bool save_parameter){_error_("not implemented yet");};
    171 
    172                 void   PotentialUngrounding(Vector<IssmDouble>* potential_sheet_ungrounding){_error_("not implemented yet");};
    173                 void   MigrateGroundingLine(IssmDouble* sheet_ungrounding){_error_("not implemented yet");};
    174                 int    UpdatePotentialUngrounding(IssmDouble* vertices_potentially_ungrounding,Vector<IssmDouble>* vec_nodes_on_iceshelf,IssmDouble* nodes_on_iceshelf){_error_("not implemented yet");};
     175#ifdef _HAVE_DAKOTA_
     176                void        InputUpdateFromVectorDakota(IssmDouble* vector, int name, int type){_error_("not implemented yet");};
     177                void        InputUpdateFromMatrixDakota(IssmDouble* matrix, int nows, int ncols, int name, int type){_error_("not implemented yet");};
     178#endif
    175179                /*}}}*/
    176180};

  • issm/trunk/src/c/classes/Elements/TetraRef.cpp

    r18301 r19105  
    2020#define NUMNODESP1b 5
    2121#define NUMNODESP2  10
     22#define NUMNODESMAX 10
    2223
    2324/*Object constructors and destructor*/
    … …  
    3031
    3132/*Reference Element numerics*/
     33void TetraRef::GetInputDerivativeValue(IssmDouble* p, IssmDouble* plist,IssmDouble* xyz_list, GaussTetra* gauss,int finiteelement){/*{{{*/
     34        /*From node values of parameter p (p_list[0], p_list[1], p_list[2],
     35         * p_list[3], p_list[4] and p_list[4]), return parameter derivative value at
     36         * gaussian point specified by gauss_coord:
     37         *   dp/dx=p_list[0]*dh1/dx+p_list[1]*dh2/dx+p_list[2]*dh3/dx+p_list[3]*dh4/dx+p_list[4]*dh5/dx+p_list[5]*dh6/dx;
     38         *   dp/dy=p_list[0]*dh1/dy+p_list[1]*dh2/dy+p_list[2]*dh3/dy+p_list[3]*dh4/dy+p_list[4]*dh5/dy+p_list[5]*dh6/dy;
     39         *   dp/dz=p_list[0]*dh1/dz+p_list[1]*dh2/dz+p_list[2]*dh3/dz+p_list[3]*dh4/dz+p_list[4]*dh5/dz+p_list[5]*dh6/dz;
     40         *
     41         *   p is a vector of size 3x1 already allocated.
     42         *
     43         * WARNING: For a significant gain in performance, it is better to use
     44         * static memory allocation instead of dynamic.
     45         */
     46
     47        /*Allocate derivatives of basis functions*/
     48        IssmDouble  dbasis[3*NUMNODESMAX];
     49
     50        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
     51        int numnodes = this->NumberofNodes(finiteelement);
     52        _assert_(numnodes<=NUMNODESMAX);
     53
     54        /*Get basis functions derivatives at this point*/
     55        GetNodalFunctionsDerivatives(&dbasis[0],xyz_list,gauss,finiteelement);
     56
     57        /*Calculate parameter for this Gauss point*/
     58        IssmDouble dpx=0.;
     59        IssmDouble dpy=0.;
     60        IssmDouble dpz=0.;
     61        for(int i=0;i<numnodes;i++) dpx += dbasis[0*numnodes+i]*plist[i];
     62        for(int i=0;i<numnodes;i++) dpy += dbasis[1*numnodes+i]*plist[i];
     63        for(int i=0;i<numnodes;i++) dpz += dbasis[2*numnodes+i]*plist[i];
     64
     65        /*Assign values*/
     66        p[0]=dpx;
     67        p[1]=dpy;
     68        p[2]=dpz;
     69}
     70/*}}}*/
     71void TetraRef::GetInputValue(IssmDouble* p, IssmDouble* plist, Gauss* gauss,int finiteelement){/*{{{*/
     72        /* WARNING: For a significant gain in performance, it is better to use
     73         * static memory allocation instead of dynamic.*/
     74
     75        /*Allocate basis functions*/
     76        IssmDouble  basis[NUMNODESMAX];
     77
     78        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
     79        int numnodes = this->NumberofNodes(finiteelement);
     80        _assert_(numnodes<=NUMNODESMAX);
     81
     82        /*Get basis functions at this point*/
     83        GetNodalFunctions(&basis[0],gauss,finiteelement);
     84
     85        /*Calculate parameter for this Gauss point*/
     86        IssmDouble value =0.;
     87        for(int i=0;i<numnodes;i++) value += basis[i]*plist[i];
     88
     89        /*Assign output pointer*/
     90        *p = value;
     91}
     92/*}}}*/
     93void TetraRef::GetJacobian(IssmDouble* J, IssmDouble* xyz_list,GaussTetra* gauss){/*{{{*/
     94        /*The Jacobian is constant over the element, discard the gaussian points.
     95         * J is assumed to have been allocated of size 1*/
     96
     97        IssmDouble x1=xyz_list[3*0+0];
     98        IssmDouble x2=xyz_list[3*1+0];
     99        IssmDouble x3=xyz_list[3*2+0];
     100        IssmDouble x4=xyz_list[3*3+0];
     101
     102        IssmDouble y1=xyz_list[3*0+1];
     103        IssmDouble y2=xyz_list[3*1+1];
     104        IssmDouble y3=xyz_list[3*2+1];
     105        IssmDouble y4=xyz_list[3*3+1];
     106
     107        IssmDouble z1=xyz_list[3*0+2];
     108        IssmDouble z2=xyz_list[3*1+2];
     109        IssmDouble z3=xyz_list[3*2+2];
     110        IssmDouble z4=xyz_list[3*3+2];
     111
     112        J[NDOF3*0+0] = x2-x1;
     113        J[NDOF3*0+1] = y2-y1;
     114        J[NDOF3*0+2] = z2-z1;
     115
     116        J[NDOF3*1+0] = x3-x1;
     117        J[NDOF3*1+1] = y3-y1;
     118        J[NDOF3*1+2] = z3-z1;
     119
     120        J[NDOF3*2+0] = x4-x1;
     121        J[NDOF3*2+1] = y4-y1;
     122        J[NDOF3*2+2] = z4-z1;
     123}
     124/*}}}*/
     125void TetraRef::GetJacobianDeterminant(IssmDouble*  Jdet, IssmDouble* xyz_list,GaussTetra* gauss){/*{{{*/
     126        /*The Jacobian determinant is constant over the element, discard the gaussian points.
     127         * J is assumed to have been allocated of size NDOF2xNDOF2.*/
     128        IssmDouble J[3][3];
     129
     130        /*Call Jacobian routine to get the jacobian:*/
     131        GetJacobian(&J[0][0],xyz_list, gauss);
     132
     133        /*Get Determinant*/
     134        Matrix3x3Determinant(Jdet,&J[0][0]);
     135        if(*Jdet<0) _error_("negative jacobian determinant!");
     136
     137}
     138/*}}}*/
     139void TetraRef::GetJacobianDeterminantFace(IssmDouble*  Jdet, IssmDouble* xyz_list,GaussTetra* gauss){/*{{{*/
     140        /*The Jacobian determinant is constant over the element, discard the gaussian points.
     141         * J is assumed to have been allocated of size NDOF2xNDOF2.*/
     142
     143        IssmDouble x1=xyz_list[3*0+0];
     144        IssmDouble y1=xyz_list[3*0+1];
     145        IssmDouble z1=xyz_list[3*0+2];
     146        IssmDouble x2=xyz_list[3*1+0];
     147        IssmDouble y2=xyz_list[3*1+1];
     148        IssmDouble z2=xyz_list[3*1+2];
     149        IssmDouble x3=xyz_list[3*2+0];
     150        IssmDouble y3=xyz_list[3*2+1];
     151        IssmDouble z3=xyz_list[3*2+2];
     152
     153        /*Jdet = norm( AB ^ AC ) / (2 * area of the reference triangle), with areaRef=sqrt(3) */
     154        *Jdet=SQRT3/6.*pow(pow(((y2-y1)*(z3-z1)-(z2-z1)*(y3-y1)),2)+pow(((z2-z1)*(x3-x1)-(x2-x1)*(z3-z1)),2)+pow(((x2-x1)*(y3-y1)-(y2-y1)*(x3-x1)),2),0.5);
     155        if(*Jdet<0) _error_("negative jacobian determinant!");
     156}
     157/*}}}*/
     158void TetraRef::GetJacobianInvert(IssmDouble* Jinv, IssmDouble* xyz_list,GaussTetra* gauss){/*{{{*/
     159
     160        /*Jacobian*/
     161        IssmDouble J[3][3];
     162
     163        /*Call Jacobian routine to get the jacobian:*/
     164        GetJacobian(&J[0][0], xyz_list, gauss);
     165
     166        /*Invert Jacobian matrix: */
     167        Matrix3x3Invert(Jinv,&J[0][0]);
     168}
     169/*}}}*/
    32170void TetraRef::GetNodalFunctions(IssmDouble* basis,Gauss* gauss_in,int finiteelement){/*{{{*/
    33171        /*This routine returns the values of the nodal functions  at the gaussian point.*/
    … …  
    37175        /*Cast gauss to GaussTetra*/
    38176        _assert_(gauss_in->Enum()==GaussTetraEnum);
    39         GaussTetra* gauss = dynamic_cast<GaussTetra*>(gauss_in);
     177        GaussTetra* gauss = xDynamicCast<GaussTetra*>(gauss_in);
    40178
    41179        switch(finiteelement){
    … …  
    206344        }
    207345
    208 }
    209 /*}}}*/
    210 void TetraRef::GetInputDerivativeValue(IssmDouble* p, IssmDouble* plist,IssmDouble* xyz_list, GaussTetra* gauss,int finiteelement){/*{{{*/
    211         /*From node values of parameter p (p_list[0], p_list[1], p_list[2],
    212          * p_list[3], p_list[4] and p_list[4]), return parameter derivative value at
    213          * gaussian point specified by gauss_coord:
    214          *   dp/dx=p_list[0]*dh1/dx+p_list[1]*dh2/dx+p_list[2]*dh3/dx+p_list[3]*dh4/dx+p_list[4]*dh5/dx+p_list[5]*dh6/dx;
    215          *   dp/dy=p_list[0]*dh1/dy+p_list[1]*dh2/dy+p_list[2]*dh3/dy+p_list[3]*dh4/dy+p_list[4]*dh5/dy+p_list[5]*dh6/dy;
    216          *   dp/dz=p_list[0]*dh1/dz+p_list[1]*dh2/dz+p_list[2]*dh3/dz+p_list[3]*dh4/dz+p_list[4]*dh5/dz+p_list[5]*dh6/dz;
    217          *
    218          *   p is a vector of size 3x1 already allocated.
    219          */
    220 
    221         /*Output*/
    222         IssmDouble dpx=0.;
    223         IssmDouble dpy=0.;
    224         IssmDouble dpz=0.;
    225 
    226         /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    227         int numnodes = this->NumberofNodes(finiteelement);
    228 
    229         /*Get nodal functions derivatives*/
    230         IssmDouble* dbasis=xNew<IssmDouble>(3*numnodes);
    231         GetNodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,gauss,finiteelement);
    232 
    233         /*Calculate parameter for this Gauss point*/
    234         for(int i=0;i<numnodes;i++) dpx += dbasis[0*numnodes+i]*plist[i];
    235         for(int i=0;i<numnodes;i++) dpy += dbasis[1*numnodes+i]*plist[i];
    236         for(int i=0;i<numnodes;i++) dpz += dbasis[2*numnodes+i]*plist[i];
    237 
    238         /*Assign values*/
    239         xDelete<IssmDouble>(dbasis);
    240         p[0]=dpx;
    241         p[1]=dpy;
    242         p[2]=dpz;
    243 }
    244 /*}}}*/
    245 void TetraRef::GetInputValue(IssmDouble* p, IssmDouble* plist, Gauss* gauss,int finiteelement){/*{{{*/
    246 
    247         /*Output*/
    248         IssmDouble value =0.;
    249 
    250         /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    251         int numnodes = this->NumberofNodes(finiteelement);
    252 
    253         /*Get nodal functions*/
    254         IssmDouble* basis=xNew<IssmDouble>(numnodes);
    255         GetNodalFunctions(basis, gauss,finiteelement);
    256 
    257         /*Calculate parameter for this Gauss point*/
    258         for(int i=0;i<numnodes;i++) value += basis[i]*plist[i];
    259 
    260         /*Assign output pointer*/
    261         xDelete<IssmDouble>(basis);
    262         *p = value;
    263 }
    264 /*}}}*/
    265 void TetraRef::GetJacobian(IssmDouble* J, IssmDouble* xyz_list,GaussTetra* gauss){/*{{{*/
    266         /*The Jacobian is constant over the element, discard the gaussian points.
    267          * J is assumed to have been allocated of size 1*/
    268 
    269         IssmDouble x1=xyz_list[3*0+0];
    270         IssmDouble x2=xyz_list[3*1+0];
    271         IssmDouble x3=xyz_list[3*2+0];
    272         IssmDouble x4=xyz_list[3*3+0];
    273 
    274         IssmDouble y1=xyz_list[3*0+1];
    275         IssmDouble y2=xyz_list[3*1+1];
    276         IssmDouble y3=xyz_list[3*2+1];
    277         IssmDouble y4=xyz_list[3*3+1];
    278 
    279         IssmDouble z1=xyz_list[3*0+2];
    280         IssmDouble z2=xyz_list[3*1+2];
    281         IssmDouble z3=xyz_list[3*2+2];
    282         IssmDouble z4=xyz_list[3*3+2];
    283 
    284         J[NDOF3*0+0] = x2-x1;
    285         J[NDOF3*0+1] = y2-y1;
    286         J[NDOF3*0+2] = z2-z1;
    287 
    288         J[NDOF3*1+0] = x3-x1;
    289         J[NDOF3*1+1] = y3-y1;
    290         J[NDOF3*1+2] = z3-z1;
    291 
    292         J[NDOF3*2+0] = x4-x1;
    293         J[NDOF3*2+1] = y4-y1;
    294         J[NDOF3*2+2] = z4-z1;
    295 }
    296 /*}}}*/
    297 void TetraRef::GetJacobianDeterminant(IssmDouble*  Jdet, IssmDouble* xyz_list,GaussTetra* gauss){/*{{{*/
    298         /*The Jacobian determinant is constant over the element, discard the gaussian points.
    299          * J is assumed to have been allocated of size NDOF2xNDOF2.*/
    300         IssmDouble J[3][3];
    301 
    302         /*Call Jacobian routine to get the jacobian:*/
    303         GetJacobian(&J[0][0],xyz_list, gauss);
    304 
    305         /*Get Determinant*/
    306         Matrix3x3Determinant(Jdet,&J[0][0]);
    307         if(*Jdet<0) _error_("negative jacobian determinant!");
    308 
    309 }
    310 /*}}}*/
    311 void TetraRef::GetJacobianDeterminantFace(IssmDouble*  Jdet, IssmDouble* xyz_list,GaussTetra* gauss){/*{{{*/
    312         /*The Jacobian determinant is constant over the element, discard the gaussian points.
    313          * J is assumed to have been allocated of size NDOF2xNDOF2.*/
    314 
    315         IssmDouble x1=xyz_list[3*0+0];
    316         IssmDouble y1=xyz_list[3*0+1];
    317         IssmDouble z1=xyz_list[3*0+2];
    318         IssmDouble x2=xyz_list[3*1+0];
    319         IssmDouble y2=xyz_list[3*1+1];
    320         IssmDouble z2=xyz_list[3*1+2];
    321         IssmDouble x3=xyz_list[3*2+0];
    322         IssmDouble y3=xyz_list[3*2+1];
    323         IssmDouble z3=xyz_list[3*2+2];
    324 
    325         /*Jdet = norm( AB ^ AC ) / (2 * area of the reference triangle), with areaRef=sqrt(3) */
    326         *Jdet=SQRT3/6.*pow(pow(((y2-y1)*(z3-z1)-(z2-z1)*(y3-y1)),2)+pow(((z2-z1)*(x3-x1)-(x2-x1)*(z3-z1)),2)+pow(((x2-x1)*(y3-y1)-(y2-y1)*(x3-x1)),2),0.5);
    327         if(*Jdet<0) _error_("negative jacobian determinant!");
    328 }
    329 /*}}}*/
    330 void TetraRef::GetJacobianInvert(IssmDouble* Jinv, IssmDouble* xyz_list,GaussTetra* gauss){/*{{{*/
    331 
    332         /*Jacobian*/
    333         IssmDouble J[3][3];
    334 
    335         /*Call Jacobian routine to get the jacobian:*/
    336         GetJacobian(&J[0][0], xyz_list, gauss);
    337 
    338         /*Invert Jacobian matrix: */
    339         Matrix3x3Invert(Jinv,&J[0][0]);
    340346}
    341347/*}}}*/
    … …  
    362368}
    363369/*}}}*/
     370int  TetraRef::PressureInterpolation(int fe_stokes){/*{{{*/
     371
     372        switch(fe_stokes){
     373                case P1P1Enum:          return P1Enum;
     374                case P1P1GLSEnum:       return P1Enum;
     375                case MINIcondensedEnum: return P1Enum;
     376                case MINIEnum:          return P1Enum;
     377                case TaylorHoodEnum:    return P1Enum;
     378                case LATaylorHoodEnum:  return NoneEnum;
     379                case XTaylorHoodEnum:   return P1Enum;
     380                default:       _error_("Element type "<<EnumToStringx(fe_stokes)<<" not supported yet");
     381        }
     382
     383        return -1;
     384}/*}}}*/
     385int  TetraRef::TensorInterpolation(int fe_stokes){/*{{{*/
     386        /*This routine returns the values of the nodal functions  at the gaussian point.*/
     387
     388        switch(fe_stokes){
     389                case XTaylorHoodEnum: return P1DGEnum;
     390                default: _error_("Element type "<<EnumToStringx(fe_stokes)<<" not supported yet");
     391        }
     392}
     393/*}}}*/
    364394int  TetraRef::VelocityInterpolation(int fe_stokes){/*{{{*/
    365395
    … …  
    378408}
    379409/*}}}*/
    380 int  TetraRef::PressureInterpolation(int fe_stokes){/*{{{*/
    381 
    382         switch(fe_stokes){
    383                 case P1P1Enum:          return P1Enum;
    384                 case P1P1GLSEnum:       return P1Enum;
    385                 case MINIcondensedEnum: return P1Enum;
    386                 case MINIEnum:          return P1Enum;
    387                 case TaylorHoodEnum:    return P1Enum;
    388                 case LATaylorHoodEnum:  return NoneEnum;
    389                 case XTaylorHoodEnum:   return P1Enum;
    390                 default:       _error_("Element type "<<EnumToStringx(fe_stokes)<<" not supported yet");
    391         }
    392 
    393         return -1;
    394 }/*}}}*/
    395 int  TetraRef::TensorInterpolation(int fe_stokes){/*{{{*/
    396         /*This routine returns the values of the nodal functions  at the gaussian point.*/
    397 
    398         switch(fe_stokes){
    399                 case XTaylorHoodEnum: return P1DGEnum;
    400                 default: _error_("Element type "<<EnumToStringx(fe_stokes)<<" not supported yet");
    401         }
    402 }
    403 /*}}}*/

  • issm/trunk/src/c/classes/Elements/TetraRef.h

    r18301 r19105  
    1616                ~TetraRef();
    1717
     18                void GetInputDerivativeValue(IssmDouble* p, IssmDouble* plist,IssmDouble* xyz_list, GaussTetra* gauss,int finiteelement);
     19                void GetInputValue(IssmDouble* p, IssmDouble* plist, Gauss* gauss,int finiteelement);
    1820                void GetJacobian(IssmDouble* J, IssmDouble* xyz_list,GaussTetra* gauss);
    1921                void GetJacobianDeterminant(IssmDouble*  Jdet, IssmDouble* xyz_list,GaussTetra* gauss);
    … …  
    2325                void GetNodalFunctionsDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list, GaussTetra* gauss,int finiteelement);
    2426                void GetNodalFunctionsDerivativesReference(IssmDouble* dbasis,GaussTetra* gauss,int finiteelement);
    25                 void GetInputDerivativeValue(IssmDouble* p, IssmDouble* plist,IssmDouble* xyz_list, GaussTetra* gauss,int finiteelement);
    26                 void GetInputValue(IssmDouble* p, IssmDouble* plist, Gauss* gauss,int finiteelement);
    27 
    2827                int  NumberofNodes(int finiteelement);
    29                 int  VelocityInterpolation(int fe_stokes);
    3028                int  PressureInterpolation(int fe_stokes);
    3129                int  TensorInterpolation(int fe_stokes);
     30                int  VelocityInterpolation(int fe_stokes);
    3231};
    3332#endif

  • issm/trunk/src/c/classes/Elements/Tria.cpp

    r18301 r19105  
    1212#include <stdio.h>
    1313#include <string.h>
     14#include <math.h>
    1415#include "../classes.h"
    1516#include "../../shared/shared.h"
    … …  
    155156}
    156157/*}}}*/
     158void       Tria::AverageOntoPartition(Vector<IssmDouble>* partition_contributions,Vector<IssmDouble>* partition_areas,IssmDouble* vertex_response,IssmDouble* qmu_part){/*{{{*/
     159
     160        bool       already = false;
     161        int        i,j;
     162        int        partition[NUMVERTICES];
     163        int        offsetsid[NUMVERTICES];
     164        int        offsetdof[NUMVERTICES];
     165        IssmDouble area;
     166        IssmDouble mean;
     167
     168        /*First, get the area: */
     169        area=this->GetArea();
     170
     171        /*Figure out the average for this element: */
     172        this->GetVerticesSidList(&offsetsid[0]);
     173        this->GetVertexPidList(&offsetdof[0]);
     174        mean=0;
     175        for(i=0;i<NUMVERTICES;i++){
     176                partition[i]=reCast<int>(qmu_part[offsetsid[i]]);
     177                mean=mean+1.0/NUMVERTICES*vertex_response[offsetdof[i]];
     178        }
     179
     180        /*Add contribution: */
     181        for(i=0;i<NUMVERTICES;i++){
     182                already=false;
     183                for(j=0;j<i;j++){
     184                        if (partition[i]==partition[j]){
     185                                already=true;
     186                                break;
     187                        }
     188                }
     189                if(!already){
     190                        partition_contributions->SetValue(partition[i],mean*area,ADD_VAL);
     191                        partition_areas->SetValue(partition[i],area,ADD_VAL);
     192                };
     193        }
     194}
     195/*}}}*/
     196void       Tria::CalvingRateLevermann(){/*{{{*/
     197
     198        IssmDouble  xyz_list[NUMVERTICES][3];
     199        GaussTria* gauss=NULL;
     200        IssmDouble  vx,vy,vel;
     201        IssmDouble  strainparallel;
     202        IssmDouble  propcoeff;
     203        IssmDouble  strainperpendicular;
     204        IssmDouble  calvingratex[NUMVERTICES];
     205        IssmDouble  calvingratey[NUMVERTICES];
     206        IssmDouble  calvingrate[NUMVERTICES];
     207
     208
     209        /* Get node coordinates and dof list: */
     210        ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
     211
     212        /*Retrieve all inputs and parameters we will need*/
     213        Input* vx_input=inputs->GetInput(VxEnum);                                                                                                                                               _assert_(vx_input);
     214        Input* vy_input=inputs->GetInput(VyEnum);                                                                                                                                               _assert_(vy_input);
     215        Input* strainparallel_input=inputs->GetInput(StrainRateparallelEnum);                                                           _assert_(strainparallel_input);
     216        Input* strainperpendicular_input=inputs->GetInput(StrainRateperpendicularEnum);                                 _assert_(strainperpendicular_input);
     217        Input* levermanncoeff_input=inputs->GetInput(CalvinglevermannCoeffEnum);                     _assert_(levermanncoeff_input);
     218
     219        /* Start looping on the number of vertices: */
     220        gauss=new GaussTria();
     221        for (int iv=0;iv<NUMVERTICES;iv++){
     222                gauss->GaussVertex(iv);
     223
     224                /* Get the value we need*/
     225                vx_input->GetInputValue(&vx,gauss);
     226                vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
     227                vel=vx*vx+vy*vy;
     228                strainparallel_input->GetInputValue(&strainparallel,gauss);
     229                strainperpendicular_input->GetInputValue(&strainperpendicular,gauss);
     230                levermanncoeff_input->GetInputValue(&propcoeff,gauss);
     231
     232                /*Calving rate proportionnal to the positive product of the strain rate along the ice flow direction and the strain rate perpendicular to the ice flow */
     233                calvingrate[iv]=propcoeff*strainparallel*strainperpendicular;
     234                if(calvingrate[iv]<0){
     235                        calvingrate[iv]=0;
     236                }
     237                calvingratex[iv]=calvingrate[iv]*vx/(sqrt(vel)+1.e-14);
     238                calvingratey[iv]=calvingrate[iv]*vy/(sqrt(vel)+1.e-14);
     239        }
     240
     241        /*Add input*/
     242        this->inputs->AddInput(new TriaInput(CalvingratexEnum,&calvingratex[0],P1Enum));
     243        this->inputs->AddInput(new TriaInput(CalvingrateyEnum,&calvingratey[0],P1Enum));
     244        this->inputs->AddInput(new TriaInput(CalvingCalvingrateEnum,&calvingrate[0],P1Enum));
     245
     246        /*Clean up and return*/
     247        delete gauss;
     248
     249}
     250/*}}}*/
     251void       Tria::CalvingRatePi(){/*{{{*/
     252
     253        IssmDouble  xyz_list[NUMVERTICES][3];
     254        GaussTria* gauss=NULL;
     255        IssmDouble  vx,vy,vel;
     256        IssmDouble  strainparallel;
     257        IssmDouble  sxx;
     258        IssmDouble  sxy;
     259        IssmDouble  syy;
     260        IssmDouble  sigVM;
     261        IssmDouble  thickness;
     262        IssmDouble  base;
     263        IssmDouble  hAB;
     264        IssmDouble  propcoeff;
     265        IssmDouble  calvingratex[NUMVERTICES];
     266        IssmDouble  calvingratey[NUMVERTICES];
     267        IssmDouble  calvingrate[NUMVERTICES];
     268
     269
     270        /* Get node coordinates and dof list: */
     271        ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
     272
     273        /*Retrieve all inputs and parameters we will need*/
     274        Input* vx_input=inputs->GetInput(VxEnum);                                                    _assert_(vx_input);
     275        Input* vy_input=inputs->GetInput(VyEnum);                                                    _assert_(vy_input);
     276        Input* strainparallel_input=inputs->GetInput(StrainRateparallelEnum);                        _assert_(strainparallel_input);
     277        Input* sxx_input=inputs->GetInput(DeviatoricStressxxEnum);                                   _assert_(sxx_input);
     278        Input* sxy_input=inputs->GetInput(DeviatoricStressxyEnum);                                   _assert_(sxy_input);
     279        Input* syy_input=inputs->GetInput(DeviatoricStressyyEnum);                                   _assert_(syy_input);
     280        Input* thickness_input=inputs->GetInput(ThicknessEnum);                                      _assert_(thickness_input);
     281        Input* base_input=inputs->GetInput(BaseEnum);                                                _assert_(base_input);
     282        Input* picoeff_input=inputs->GetInput(CalvingpiCoeffEnum);                                   _assert_(picoeff_input);
     283
     284
     285
     286        /* Start looping on the number of vertices: */
     287        gauss=new GaussTria();
     288        for (int iv=0;iv<NUMVERTICES;iv++){
     289                gauss->GaussVertex(iv);
     290
     291                /* Get the value we need*/
     292                vx_input->GetInputValue(&vx,gauss);
     293                vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
     294                vel=vx*vx+vy*vy;
     295                strainparallel_input->GetInputValue(&strainparallel,gauss);
     296                sxx_input->GetInputValue(&sxx,gauss);
     297                sxy_input->GetInputValue(&sxy,gauss);
     298                syy_input->GetInputValue(&syy,gauss);
     299                thickness_input->GetInputValue(&thickness,gauss);
     300                base_input->GetInputValue(&base,gauss);
     301                picoeff_input->GetInputValue(&propcoeff,gauss);
     302
     303                /* Computing sigma Von Mises*/
     304                sigVM=sqrt(sxx*sxx+syy*syy+3*sxy*sxy-sxx*syy);
     305
     306                /* Computing heigth above buoyancy*/
     307                hAB=thickness+1028/920*base;
     308
     309                /*Calving rate for Pi criterion proportionnal to the product of the strain rate along the ice flow direction and the Von Mises stress and the square of the glacier width (hardcoded) divided by the height above buoyancy and the max of the ice velocity power 3 and the ice density (ignored here)*/
     310
     311                calvingrate[iv]=propcoeff*strainparallel*sigVM*25.e6/hAB/1e9;
     312                if(calvingrate[iv]<0){
     313                        calvingrate[iv]=0;
     314                }
     315                calvingrate[iv]=pow(calvingrate[iv],0.3);
     316                calvingratex[iv]=calvingrate[iv]*vx/(sqrt(vel)+1.e-14);
     317                calvingratey[iv]=calvingrate[iv]*vy/(sqrt(vel)+1.e-14);
     318        }
     319
     320        /*Add input*/
     321        this->inputs->AddInput(new TriaInput(CalvingratexEnum,&calvingratex[0],P1Enum));
     322        this->inputs->AddInput(new TriaInput(CalvingrateyEnum,&calvingratey[0],P1Enum));
     323        this->inputs->AddInput(new TriaInput(CalvingCalvingrateEnum,&calvingrate[0],P1Enum));
     324
     325        /*Clean up and return*/
     326        delete gauss;
     327
     328}
     329/*}}}*/
     330void       Tria::CalvingRateDev(){/*{{{*/
     331
     332        IssmDouble  xyz_list[NUMVERTICES][3];
     333        IssmDouble  epsilon[3]; /* epsilon=[exx,eyy,exy];*/
     334        IssmDouble  calvingratex[NUMVERTICES];
     335        IssmDouble  calvingratey[NUMVERTICES];
     336        IssmDouble  calvingrate[NUMVERTICES];
     337        IssmDouble  lambda1,lambda2,ex,ey,vx,vy,vel;
     338
     339        /* Get node coordinates and dof list: */
     340        ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
     341
     342        /*Retrieve all inputs and parameters we will need*/
     343        Input* vx_input=inputs->GetInput(VxEnum);        _assert_(vx_input);
     344        Input* vy_input=inputs->GetInput(VyEnum);        _assert_(vy_input);
     345
     346        /* Start looping on the number of vertices: */
     347        GaussTria* gauss=new GaussTria();
     348        for(int iv=0;iv<NUMVERTICES;iv++){
     349                gauss->GaussVertex(iv);
     350
     351                /*Get velocity components and thickness*/
     352                vx_input->GetInputValue(&vx,gauss);
     353                vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
     354                vel=sqrt(vx*vx+vy*vy)+1.e-14;
     355
     356                /*Compute strain rate and viscosity: */
     357                this->StrainRateSSA(&epsilon[0],&xyz_list[0][0],gauss,vx_input,vy_input);
     358
     359                /*Get Eigen values*/
     360                Matrix2x2Eigen(&lambda1,&lambda2,&ex,&ey,epsilon[0],epsilon[2],epsilon[1]);
     361                _assert_(!xIsNan<IssmDouble>(lambda1));
     362                _assert_(!xIsNan<IssmDouble>(lambda2));
     363
     364                /*Process Eigen values (only account for extension)*/
     365                lambda1 = max(lambda1,0.);
     366                lambda2 = max(lambda2,0.);
     367
     368                /*Assign values*/
     369                calvingratex[iv]=vx*pow(lambda1 + lambda2,1./3.)*3.e+2;
     370                calvingratey[iv]=vy*pow(lambda1 + lambda2,1./3.)*3.e+2;
     371                calvingrate[iv]=sqrt(calvingratex[iv]*calvingratex[iv] + calvingratey[iv]*calvingratey[iv]);
     372        }
     373
     374        /*Add input*/
     375        this->inputs->AddInput(new TriaInput(CalvingratexEnum,&calvingratex[0],P1Enum));
     376        this->inputs->AddInput(new TriaInput(CalvingrateyEnum,&calvingratey[0],P1Enum));
     377        this->inputs->AddInput(new TriaInput(CalvingCalvingrateEnum,&calvingrate[0],P1Enum));
     378
     379        /*Clean up and return*/
     380        delete gauss;
     381}
     382/*}}}*/
    157383IssmDouble Tria::CharacteristicLength(void){/*{{{*/
    158384
    … …  
    164390}
    165391/*}}}*/
     392void       Tria::ComputeDeviatoricStressTensor(){/*{{{*/
     393
     394        IssmDouble  xyz_list[NUMVERTICES][3];
     395        IssmDouble  viscosity;
     396        IssmDouble  epsilon[3]; /* epsilon=[exx,eyy,exy];*/
     397        IssmDouble  tau_xx[NUMVERTICES];
     398        IssmDouble      tau_yy[NUMVERTICES];
     399        IssmDouble      tau_zz[NUMVERTICES]={0,0,0};
     400        IssmDouble  tau_xy[NUMVERTICES];
     401        IssmDouble      tau_xz[NUMVERTICES]={0,0,0};
     402        IssmDouble      tau_yz[NUMVERTICES]={0,0,0};
     403        GaussTria*  gauss=NULL;
     404        int domaintype,dim=2;
     405
     406        /* Get node coordinates and dof list: */
     407        ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
     408
     409        /*Retrieve all inputs we will be needing: */
     410        this->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
     411        if(domaintype!=Domain2DhorizontalEnum) _error_("deviatoric stress tensor calculation not implemented for mesh of type " <<EnumToStringx(domaintype));
     412        Input* vx_input=inputs->GetInput(VxEnum);             _assert_(vx_input);
     413        Input* vy_input=inputs->GetInput(VyEnum);             _assert_(vy_input);
     414
     415        /* Start looping on the number of vertices: */
     416        gauss=new GaussTria();
     417        for (int iv=0;iv<NUMVERTICES;iv++){
     418                gauss->GaussVertex(iv);
     419
     420                /*Compute strain rate and viscosity: */
     421                this->StrainRateSSA(&epsilon[0],&xyz_list[0][0],gauss,vx_input,vy_input);
     422                this->ViscositySSA(&viscosity,dim,&xyz_list[0][0],gauss,vx_input,vy_input);
     423
     424                /*Compute Stress*/
     425                tau_xx[iv]=2*viscosity*epsilon[0]; // tau = nu eps
     426                tau_yy[iv]=2*viscosity*epsilon[1];
     427                tau_xy[iv]=2*viscosity*epsilon[2];
     428        }
     429
     430        /*Add Stress tensor components into inputs*/
     431        this->inputs->AddInput(new TriaInput(DeviatoricStressxxEnum,&tau_xx[0],P1Enum));
     432        this->inputs->AddInput(new TriaInput(DeviatoricStressxyEnum,&tau_xy[0],P1Enum));
     433        this->inputs->AddInput(new TriaInput(DeviatoricStressxzEnum,&tau_xz[0],P1Enum));
     434        this->inputs->AddInput(new TriaInput(DeviatoricStressyyEnum,&tau_yy[0],P1Enum));
     435        this->inputs->AddInput(new TriaInput(DeviatoricStressyzEnum,&tau_yz[0],P1Enum));
     436        this->inputs->AddInput(new TriaInput(DeviatoricStresszzEnum,&tau_zz[0],P1Enum));
     437
     438        /*Clean up and return*/
     439        delete gauss;
     440}
     441/*}}}*/
    166442void       Tria::ComputeSigmaNN(){/*{{{*/
    167443
    168444        if(!IsOnBase()){
    169                 IssmDouble sigma_nn=0;
    170                 this->inputs->AddInput(new TriaInput(SigmaNNEnum,&sigma_nn,P0Enum));
     445                IssmDouble sigma_nn[3]={0.};
     446                this->inputs->AddInput(new TriaInput(SigmaNNEnum,&sigma_nn[0],P1Enum));
    171447                return;
    172448        }
    … …  
    174450                IssmDouble* xyz_list=NULL;
    175451                IssmDouble *xyz_list_base=NULL;
    176                 IssmDouble  pressure,viscosity,sigma_nn;
     452                IssmDouble  pressure,viscosity;
     453                IssmDouble  sigma_nn[3];
    177454                IssmDouble  sigma_xx,sigma_xy,sigma_yy;
    178455                IssmDouble  epsilon[3]; /* epsilon=[exx,eyy,exy];*/
    … …  
    192469
    193470                /* Start looping on the number of vertices: */
    194                 Gauss* gauss=NewGaussBase(1);
    195                 gauss->GaussPoint(0);
    196 
    197                 /*Compute strain rate viscosity and pressure: */
    198                 this->StrainRateSSA(&epsilon[0],xyz_list,gauss,vx_input,vy_input);
    199                 this->ViscosityFS(&viscosity,dim,xyz_list,gauss,vx_input,vy_input,NULL);
    200                 pressure_input->GetInputValue(&pressure,gauss);
    201 
    202                 /*Compute Stress*/
    203                 sigma_xx=2*viscosity*epsilon[0]-pressure; // sigma = nu eps - pressure
    204                 sigma_yy=2*viscosity*epsilon[1]-pressure;
    205                 sigma_xy=2*viscosity*epsilon[2];
    206 
    207                 /*Get normal vector to the bed */
    208                 NormalBase(&base_normal[0],xyz_list_base);
    209 
    210                 /*Compute sigma_nn*/
    211                 sigma_nn=sigma_xx*base_normal[0]*base_normal[0] + 2*sigma_xy*base_normal[0]*base_normal[1] + sigma_yy*base_normal[1]*base_normal[1];
     471                Gauss* gauss = this->NewGauss();
     472                for(int i=0;i<NUMVERTICES;i++){
     473                        gauss->GaussNode(P1Enum,i);
     474
     475                        /*Compute strain rate viscosity and pressure: */
     476                        this->StrainRateSSA(&epsilon[0],xyz_list,gauss,vx_input,vy_input);
     477                        this->ViscosityFS(&viscosity,dim,xyz_list,gauss,vx_input,vy_input,NULL);
     478                        pressure_input->GetInputValue(&pressure,gauss);
     479
     480                        /*Compute Stress*/
     481                        sigma_xx=2*viscosity*epsilon[0]-pressure; // sigma = nu eps - pressure
     482                        sigma_yy=2*viscosity*epsilon[1]-pressure;
     483                        sigma_xy=2*viscosity*epsilon[2];
     484
     485                        /*Get normal vector to the bed */
     486                        NormalBase(&base_normal[0],xyz_list_base);
     487
     488                        /*Compute sigma_nn*/
     489                        sigma_nn[i]=sigma_xx*base_normal[0]*base_normal[0] + 2*sigma_xy*base_normal[0]*base_normal[1] + sigma_yy*base_normal[1]*base_normal[1];
     490                }
    212491
    213492                /*Add Stress tensor components into inputs*/
    214                 this->inputs->AddInput(new TriaInput(SigmaNNEnum,&sigma_nn,P0Enum));
     493                this->inputs->AddInput(new TriaInput(SigmaNNEnum,&sigma_nn[0],P1Enum));
    215494
    216495                /*Clean up and return*/
    … …  
    273552}
    274553/*}}}*/
    275 void       Tria::ComputeDeviatoricStressTensor(){/*{{{*/
    276 
    277         IssmDouble  xyz_list[NUMVERTICES][3];
    278         IssmDouble  viscosity;
    279         IssmDouble  epsilon[3]; /* epsilon=[exx,eyy,exy];*/
    280         IssmDouble  tau_xx[NUMVERTICES];
    281         IssmDouble      tau_yy[NUMVERTICES];
    282         IssmDouble      tau_zz[NUMVERTICES]={0,0,0};
    283         IssmDouble  tau_xy[NUMVERTICES];
    284         IssmDouble      tau_xz[NUMVERTICES]={0,0,0};
    285         IssmDouble      tau_yz[NUMVERTICES]={0,0,0};
    286         GaussTria*  gauss=NULL;
    287         int domaintype,dim=2;
    288 
    289         /* Get node coordinates and dof list: */
    290         ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
    291 
    292         /*Retrieve all inputs we will be needing: */
    293         this->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
    294         if(domaintype!=Domain2DhorizontalEnum) _error_("deviatoric stress tensor calculation not implemented for mesh of type " <<EnumToStringx(domaintype));
    295         Input* vx_input=inputs->GetInput(VxEnum);             _assert_(vx_input);
    296         Input* vy_input=inputs->GetInput(VyEnum);             _assert_(vy_input);
    297 
    298         /* Start looping on the number of vertices: */
    299         gauss=new GaussTria();
    300         for (int iv=0;iv<NUMVERTICES;iv++){
    301                 gauss->GaussVertex(iv);
    302 
    303                 /*Compute strain rate and viscosity: */
    304                 this->StrainRateSSA(&epsilon[0],&xyz_list[0][0],gauss,vx_input,vy_input);
    305                 this->ViscositySSA(&viscosity,dim,&xyz_list[0][0],gauss,vx_input,vy_input);
    306 
    307                 /*Compute Stress*/
    308                 tau_xx[iv]=2*viscosity*epsilon[0]; // tau = nu eps
    309                 tau_yy[iv]=2*viscosity*epsilon[1];
    310                 tau_xy[iv]=2*viscosity*epsilon[2];
    311         }
    312 
    313         /*Add Stress tensor components into inputs*/
    314         this->inputs->AddInput(new TriaInput(DeviatoricStressxxEnum,&tau_xx[0],P1Enum));
    315         this->inputs->AddInput(new TriaInput(DeviatoricStressxyEnum,&tau_xy[0],P1Enum));
    316         this->inputs->AddInput(new TriaInput(DeviatoricStressxzEnum,&tau_xz[0],P1Enum));
    317         this->inputs->AddInput(new TriaInput(DeviatoricStressyyEnum,&tau_yy[0],P1Enum));
    318         this->inputs->AddInput(new TriaInput(DeviatoricStressyzEnum,&tau_yz[0],P1Enum));
    319         this->inputs->AddInput(new TriaInput(DeviatoricStresszzEnum,&tau_zz[0],P1Enum));
    320 
    321         /*Clean up and return*/
    322         delete gauss;
    323 }
    324 /*}}}*/
    325554void       Tria::Configure(Elements* elementsin, Loads* loadsin,Nodes* nodesin,Vertices *verticesin,Materials* materialsin, Parameters* parametersin){/*{{{*/
    326555
    … …  
    358587}
    359588/*}}}*/
     589void       Tria::ControlInputSetGradient(IssmDouble* gradient,int enum_type,int control_index){/*{{{*/
     590
     591        int    vertexpidlist[NUMVERTICES];
     592        IssmDouble grad_list[NUMVERTICES];
     593        Input* grad_input=NULL;
     594
     595        Input* input=inputs->GetInput(enum_type);
     596        if (!input) _error_("Input " << EnumToStringx(enum_type) << " not found");
     597        if (input->ObjectEnum()!=ControlInputEnum) _error_("Input " << EnumToStringx(enum_type) << " is not a ControlInput");
     598
     599        GradientIndexing(&vertexpidlist[0],control_index);
     600        for(int i=0;i<NUMVERTICES;i++) grad_list[i]=gradient[vertexpidlist[i]];
     601        grad_input=new TriaInput(GradientEnum,grad_list,P1Enum);
     602
     603        ((ControlInput*)input)->SetGradient(grad_input);
     604
     605}/*}}}*/
     606void       Tria::ControlToVectors(Vector<IssmPDouble>* vector_control, Vector<IssmPDouble>* vector_gradient,int control_enum){/*{{{*/
     607
     608        Input* input=inputs->GetInput(control_enum);
     609        if (!input) _error_("Input " << EnumToStringx(control_enum) << " not found");
     610        if (input->ObjectEnum()!=ControlInputEnum) _error_("Input " << EnumToStringx(control_enum) << " is not a ControlInput");
     611
     612        int         sidlist[NUMVERTICES];
     613        int         connectivity[NUMVERTICES];
     614        IssmPDouble values[NUMVERTICES];
     615        IssmPDouble gradients[NUMVERTICES];
     616        IssmDouble  value,gradient;
     617
     618        this->GetVerticesConnectivityList(&connectivity[0]);
     619        this->GetVerticesSidList(&sidlist[0]);
     620
     621        GaussTria* gauss=new GaussTria();
     622        for (int iv=0;iv<NUMVERTICES;iv++){
     623                gauss->GaussVertex(iv);
     624
     625                ((ControlInput*)input)->GetInputValue(&value,gauss);
     626                ((ControlInput*)input)->GetGradientValue(&gradient,gauss);
     627
     628                values[iv]    = reCast<IssmPDouble>(value)/reCast<IssmPDouble>(connectivity[iv]);
     629                gradients[iv] = reCast<IssmPDouble>(gradient)/reCast<IssmPDouble>(connectivity[iv]);
     630        }
     631        delete gauss;
     632
     633        vector_control->SetValues(NUMVERTICES,&sidlist[0],&values[0],ADD_VAL);
     634        vector_gradient->SetValues(NUMVERTICES,&sidlist[0],&gradients[0],ADD_VAL);
     635
     636}/*}}}*/
    360637void       Tria::Delta18oParameterization(void){/*{{{*/
    361638
    … …  
    385662                        input2->GetInputValue(&TemperaturesLgm[iv][month],gauss,month/12.*yts);
    386663                        input3->GetInputValue(&PrecipitationsPresentday[iv][month],gauss,month/12.*yts);
    387                         PrecipitationsPresentday[iv][month]=PrecipitationsPresentday[iv][month]/yts; // converion in m/sec
    388664                }
    389665        }
    … …  
    428704}
    429705/*}}}*/
     706void       Tria::MungsmtpParameterization(void){/*{{{*/
     707        /*Are we on the base? If not, return*/
     708        if(!IsOnBase()) return;
     709
     710        int        i;
     711        IssmDouble monthlytemperatures[NUMVERTICES][12],monthlyprec[NUMVERTICES][12];
     712        IssmDouble TemperaturesPresentday[NUMVERTICES][12],TemperaturesLgm[NUMVERTICES][12];
     713        IssmDouble PrecipitationsPresentday[NUMVERTICES][12],PrecipitationsLgm[NUMVERTICES][12];
     714        IssmDouble tmp[NUMVERTICES];
     715        IssmDouble TdiffTime,PfacTime;
     716        IssmDouble time,yts;
     717        this->parameters->FindParam(&time,TimeEnum);
     718        this->parameters->FindParam(&yts,ConstantsYtsEnum);
     719
     720        /*Recover present day temperature and precipitation*/
     721        Input*     input=inputs->GetInput(SurfaceforcingsTemperaturesPresentdayEnum);    _assert_(input);
     722        Input*     input2=inputs->GetInput(SurfaceforcingsTemperaturesLgmEnum);          _assert_(input2);
     723        Input*     input3=inputs->GetInput(SurfaceforcingsPrecipitationsPresentdayEnum); _assert_(input3);
     724        Input*     input4=inputs->GetInput(SurfaceforcingsPrecipitationsLgmEnum);        _assert_(input4);
     725        GaussTria* gauss=new GaussTria();
     726        for(int month=0;month<12;month++) {
     727                for(int iv=0;iv<NUMVERTICES;iv++) {
     728                        gauss->GaussVertex(iv);
     729                        input->GetInputValue(&TemperaturesPresentday[iv][month],gauss,month/12.*yts);
     730                        input2->GetInputValue(&TemperaturesLgm[iv][month],gauss,month/12.*yts);
     731                        input3->GetInputValue(&PrecipitationsPresentday[iv][month],gauss,month/12.*yts);
     732                        input4->GetInputValue(&PrecipitationsLgm[iv][month],gauss,month/12.*yts);
     733                }
     734        }
     735
     736        /*Recover interpolation parameters at time t*/
     737        this->parameters->FindParam(&TdiffTime,SurfaceforcingsTdiffEnum,time);
     738        this->parameters->FindParam(&PfacTime,SurfaceforcingsPfacEnum,time);
     739
     740        /*Compute the temperature and precipitation*/
     741        for(int iv=0;iv<NUMVERTICES;iv++){
     742          ComputeMungsmTemperaturePrecipitation(TdiffTime,PfacTime,
     743                                        &PrecipitationsLgm[iv][0],&PrecipitationsPresentday[iv][0],
     744                                        &TemperaturesLgm[iv][0], &TemperaturesPresentday[iv][0],
     745                                        &monthlytemperatures[iv][0], &monthlyprec[iv][0]);
     746        }
     747
     748        /*Update inputs*/
     749        TransientInput* NewTemperatureInput = new TransientInput(SurfaceforcingsMonthlytemperaturesEnum);
     750        TransientInput* NewPrecipitationInput = new TransientInput(SurfaceforcingsPrecipitationEnum);
     751        for (int imonth=0;imonth<12;imonth++) {
     752                for(i=0;i<NUMVERTICES;i++) tmp[i]=monthlytemperatures[i][imonth];
     753                TriaInput* newmonthinput1 = new TriaInput(SurfaceforcingsMonthlytemperaturesEnum,&tmp[0],P1Enum);
     754                NewTemperatureInput->AddTimeInput(newmonthinput1,time+imonth/12.*yts);
     755
     756                for(i=0;i<NUMVERTICES;i++) tmp[i]=monthlyprec[i][imonth];
     757                TriaInput* newmonthinput2 = new TriaInput(SurfaceforcingsPrecipitationEnum,&tmp[0],P1Enum);
     758                NewPrecipitationInput->AddTimeInput(newmonthinput2,time+imonth/12.*yts);
     759        }
     760        NewTemperatureInput->Configure(this->parameters);
     761        NewPrecipitationInput->Configure(this->parameters);
     762
     763        this->inputs->AddInput(NewTemperatureInput);
     764        this->inputs->AddInput(NewPrecipitationInput);
     765
     766        /*clean-up*/
     767        delete gauss;
     768}
     769/*}}}*/
     770int        Tria::EdgeOnBaseIndex(void){/*{{{*/
     771
     772        IssmDouble values[NUMVERTICES];
     773        int        indices[3][2] = {{1,2},{2,0},{0,1}};
     774
     775        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     776        GetInputListOnVertices(&values[0],MeshVertexonbaseEnum);
     777
     778        for(int i=0;i<3;i++){
     779                if(values[indices[i][0]] == 1. && values[indices[i][1]] == 1.){
     780                        return i;
     781                }
     782        }
     783
     784        _printf_("list of vertices on bed: "<<values[0]<<" "<<values[1]<<" "<<values[2]);
     785        _error_("Could not find 2 vertices on bed");
     786}
     787/*}}}*/
     788void       Tria::EdgeOnBaseIndices(int* pindex1,int* pindex2){/*{{{*/
     789
     790        IssmDouble values[NUMVERTICES];
     791        int        indices[3][2] = {{1,2},{2,0},{0,1}};
     792
     793        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     794        GetInputListOnVertices(&values[0],MeshVertexonbaseEnum);
     795
     796        for(int i=0;i<3;i++){
     797                if(values[indices[i][0]] == 1. && values[indices[i][1]] == 1.){
     798                        *pindex1 = indices[i][0];
     799                        *pindex2 = indices[i][1];
     800                        return;
     801                }
     802        }
     803
     804        _printf_("list of vertices on bed: "<<values[0]<<" "<<values[1]<<" "<<values[2]);
     805        _error_("Could not find 2 vertices on bed");
     806}
     807/*}}}*/
     808int        Tria::EdgeOnSurfaceIndex(void){/*{{{*/
     809
     810        IssmDouble values[NUMVERTICES];
     811        int        indices[3][2] = {{1,2},{2,0},{0,1}};
     812
     813        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     814        GetInputListOnVertices(&values[0],MeshVertexonsurfaceEnum);
     815
     816        for(int i=0;i<3;i++){
     817                if(values[indices[i][0]] == 1. && values[indices[i][1]] == 1.){
     818                        return i;
     819                }
     820        }
     821
     822        _printf_("list of vertices on surface: "<<values[0]<<" "<<values[1]<<" "<<values[2]);
     823        _error_("Could not find 2 vertices on surface");
     824}
     825/*}}}*/
     826void       Tria::EdgeOnSurfaceIndices(int* pindex1,int* pindex2){/*{{{*/
     827
     828        IssmDouble values[NUMVERTICES];
     829        int        indices[3][2] = {{1,2},{2,0},{0,1}};
     830
     831        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     832        GetInputListOnVertices(&values[0],MeshVertexonsurfaceEnum);
     833
     834        for(int i=0;i<3;i++){
     835                if(values[indices[i][0]] == 1. && values[indices[i][1]] == 1.){
     836                        *pindex1 = indices[i][0];
     837                        *pindex2 = indices[i][1];
     838                        return;
     839                }
     840        }
     841
     842        _printf_("list of vertices on surface: "<<values[0]<<" "<<values[1]<<" "<<values[2]);
     843        _error_("Could not find 2 vertices on surface");
     844}
     845/*}}}*/
     846void       Tria::ElementResponse(IssmDouble* presponse,int response_enum){/*{{{*/
     847
     848        switch(response_enum){
     849                case MaterialsRheologyBbarEnum:
     850                        *presponse=this->material->GetBbar();
     851                        break;
     852
     853                case VelEnum:{
     854
     855                        /*Get input:*/
     856                        IssmDouble vel;
     857                        Input* vel_input;
     858
     859                        vel_input=this->inputs->GetInput(VelEnum); _assert_(vel_input);
     860                        vel_input->GetInputAverage(&vel);
     861
     862                        /*Assign output pointers:*/
     863                        *presponse=vel;}
     864                        break;
     865                default: 
     866                        _error_("Response type " << EnumToStringx(response_enum) << " not supported yet!");
     867        }
     868
     869}
     870/*}}}*/
    430871void       Tria::ElementSizes(IssmDouble* hx,IssmDouble* hy,IssmDouble* hz){/*{{{*/
    431872
    … …  
    455896}
    456897/*}}}*/
    457 int        Tria::ObjectEnum(void){/*{{{*/
    458 
    459         return TriaEnum;
    460 
     898void       Tria::FSContactMigration(Vector<IssmDouble>* vertexgrounded,Vector<IssmDouble>* vertexfloating){/*{{{*/
     899
     900        if(!IsOnBase()) return;
     901
     902        int approximation;
     903        inputs->GetInputValue(&approximation,ApproximationEnum);
     904
     905        if(approximation==HOApproximationEnum || approximation==SSAApproximationEnum || approximation==SSAHOApproximationEnum){
     906                for(int i=0;i<NUMVERTICES;i++){
     907                        vertexgrounded->SetValue(vertices[i]->Pid(),+9999.,INS_VAL);
     908                        vertexfloating->SetValue(vertices[i]->Pid(),+9999.,INS_VAL);
     909                }
     910        }
     911        else{
     912                /*Intermediaries*/
     913                IssmDouble* xyz_list = NULL;
     914                IssmDouble* xyz_list_base = NULL;
     915                IssmDouble  pressure,water_pressure,sigma_nn,viscosity,bed,base;
     916                IssmDouble  bed_normal[2];
     917                IssmDouble  epsilon[3]; /* epsilon=[exx,eyy,exy];*/
     918                IssmDouble  surface=0,value=0;
     919                bool grounded;
     920
     921                /* Get node coordinates and dof list: */
     922                GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     923                GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_base);
     924
     925                /*Retrieve all inputs we will be needing: */
     926                Input* pressure_input = inputs->GetInput(PressureEnum); _assert_(pressure_input);
     927                Input* base_input     = inputs->GetInput(BaseEnum);     _assert_(base_input);
     928                Input* bed_input      = inputs->GetInput(BedEnum);      _assert_(bed_input);
     929                Input* vx_input       = inputs->GetInput(VxEnum);       _assert_(vx_input);
     930                Input* vy_input       = inputs->GetInput(VyEnum);       _assert_(vy_input);
     931
     932                /*Create gauss point in the middle of the basal edge*/
     933                Gauss* gauss=NewGaussBase(1);
     934                gauss->GaussPoint(0);
     935
     936                if(!IsFloating()){
     937                        /*Check for basal force only if grounded and touching GL*/
     938                        //              if(this->inputs->Min(MaskGroundediceLevelsetEnum)==0.){
     939                        this->StrainRateSSA(&epsilon[0],xyz_list,gauss,vx_input,vy_input);
     940                        this->ViscosityFS(&viscosity,2,xyz_list,gauss,vx_input,vy_input,NULL);
     941                        pressure_input->GetInputValue(&pressure, gauss);
     942                        base_input->GetInputValue(&base, gauss);
     943
     944                        /*Compute Stress*/
     945                        IssmDouble sigma_xx=2.*viscosity*epsilon[0]-pressure;
     946                        IssmDouble sigma_yy=2.*viscosity*epsilon[1]-pressure;
     947                        IssmDouble sigma_xy=2.*viscosity*epsilon[2];
     948
     949                        /*Get normal vector to the bed */
     950                        NormalBase(&bed_normal[0],xyz_list_base);
     951
     952                        /*basalforce*/
     953                        sigma_nn = sigma_xx*bed_normal[0]*bed_normal[0] + sigma_yy*bed_normal[1]*bed_normal[1] + 2.*sigma_xy*bed_normal[0]*bed_normal[1];
     954
     955                        /*Compute water pressure*/
     956                        IssmDouble rho_ice   = matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
     957                        IssmDouble rho_water = matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoSeawaterEnum);
     958                        IssmDouble gravity   = matpar->GetMaterialParameter(ConstantsGEnum);
     959                        water_pressure=gravity*rho_water*base;
     960
     961                        /*Compare basal stress to water pressure and determine whether it should ground*/
     962                        if (sigma_nn<water_pressure) grounded=true;
     963                        else                         grounded=false;
     964                }
     965                else{
     966                        /*Check for basal elevation if floating*/
     967                        base_input->GetInputValue(&base, gauss);
     968                        bed_input->GetInputValue(&bed, gauss);
     969                        if(base<bed) grounded=true;
     970                        else         grounded=false;
     971                }
     972                for(int i=0;i<NUMVERTICES;i++){
     973                        if(grounded) vertexgrounded->SetValue(vertices[i]->Pid(),+1.,INS_VAL);
     974                        else         vertexfloating->SetValue(vertices[i]->Pid(),+1.,INS_VAL);
     975                }
     976
     977                /*clean up*/
     978                delete gauss;
     979                xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     980                xDelete<IssmDouble>(xyz_list_base);
     981        }
    461982}
    462983/*}}}*/
    … …  
    476997}
    477998/*}}}*/
     999IssmDouble Tria::GetAreaIce(void){/*{{{*/
     1000
     1001        /*return area of element covered by ice*/
     1002        /*Intermediaries*/
     1003        int numiceverts;
     1004        IssmDouble area_fraction;
     1005        IssmDouble s[2]; // s:fraction of intersected triangle edges that lie inside ice
     1006        int* indices=NULL;
     1007
     1008        this->GetLevelsetIntersection(&indices, &numiceverts, s, MaskIceLevelsetEnum, 0.);
     1009
     1010        switch (numiceverts){
     1011                case 0: // no vertex has ice: element is ice free
     1012                        area_fraction=0.;
     1013                        break;
     1014                case 1: // one vertex has ice: get area of triangle
     1015                        area_fraction=s[0]*s[1];
     1016                        break;
     1017                case 2: // two vertices have ice: get area of quadrangle
     1018                        area_fraction=s[0]+s[1]-s[0]*s[1];
     1019                        break;
     1020                case NUMVERTICES: // all vertices have ice: return triangle area
     1021                        area_fraction=1.;
     1022                        break;
     1023                default:
     1024                        _error_("Wrong number of ice vertices in Tria::GetAreaIce!");
     1025                        break;
     1026        }
     1027        _assert_((area_fraction>=0.) && (area_fraction<=1.));
     1028
     1029        xDelete<int>(indices);
     1030        return area_fraction*this->GetArea();
     1031}/*}}}*/
    4781032void       Tria::GetAreaCoordinates(IssmDouble* area_coordinates,IssmDouble* xyz_zero,IssmDouble* xyz_list,int numpoints){/*{{{*/
    4791033        /*Computeportion of the element that is grounded*/
    … …  
    6891243}
    6901244/*}}}*/
    691 void       Tria::GetVerticesCoordinatesBase(IssmDouble** pxyz_list){/*{{{*/
    692 
    693         int        indices[2];
    694         IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
    695 
    696         /*Element XYZ list*/
    697         ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],this->vertices,NUMVERTICES);
    698 
    699         /*Allocate Output*/
    700         IssmDouble* xyz_list_edge = xNew<IssmDouble>(2*3);
    701         this->EdgeOnBaseIndices(&indices[0],&indices[1]);
    702         for(int i=0;i<2;i++) for(int j=0;j<2;j++) xyz_list_edge[i*3+j]=xyz_list[indices[i]][j];
    703 
    704         /*Assign output pointer*/
    705         *pxyz_list = xyz_list_edge;
    706 
    707 }/*}}}*/
    708 void       Tria::GetVerticesCoordinatesTop(IssmDouble** pxyz_list){/*{{{*/
    709 
    710         int        indices[2];
    711         IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
    712 
    713         /*Element XYZ list*/
    714         ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],this->vertices,NUMVERTICES);
    715 
    716         /*Allocate Output*/
    717         IssmDouble* xyz_list_edge = xNew<IssmDouble>(2*3);
    718         this->EdgeOnSurfaceIndices(&indices[0],&indices[1]);
    719         for(int i=0;i<2;i++) for(int j=0;j<2;j++) xyz_list_edge[i*3+j]=xyz_list[indices[i]][j];
    720 
    721         /*Assign output pointer*/
    722         *pxyz_list = xyz_list_edge;
    723 
    724 }/*}}}*/
    725 void       Tria::NormalSection(IssmDouble* normal,IssmDouble* xyz_list){/*{{{*/
    726 
    727         /*Build unit outward pointing vector*/
    728         IssmDouble vector[2];
    729         IssmDouble norm;
    730 
    731         vector[0]=xyz_list[1*3+0] - xyz_list[0*3+0];
    732         vector[1]=xyz_list[1*3+1] - xyz_list[0*3+1];
    733 
    734         norm=sqrt(vector[0]*vector[0] + vector[1]*vector[1]);
    735 
    736         normal[0]= + vector[1]/norm;
    737         normal[1]= - vector[0]/norm;
    738 }
    739 /*}}}*/
    740 void       Tria::ZeroLevelsetCoordinates(IssmDouble** pxyz_zero,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum){/*{{{*/
    741 
    742         int         normal_orientation=0;
    743         IssmDouble  s1,s2;
    744         IssmDouble  levelset[NUMVERTICES];
    745 
    746         /*Recover parameters and values*/
    747         IssmDouble* xyz_zero = xNew<IssmDouble>(2*3);
    748         GetInputListOnVertices(&levelset[0],levelsetenum);
    749 
    750         if(levelset[0]*levelset[1]>0.){ //Nodes 0 and 1 are similar, so points must be found on segment 0-2 and 1-2
    751                 /*Portion of the segments*/
    752                 s1=levelset[2]/(levelset[2]-levelset[1]);
    753                 s2=levelset[2]/(levelset[2]-levelset[0]);
    754 
    755                 if(levelset[2]<0.) normal_orientation=1; //orientation of quadrangle depending on distribution of levelsetfunction
    756                 /*New point 1*/
    757                 xyz_zero[3*normal_orientation+0]=xyz_list[2*3+0]+s1*(xyz_list[1*3+0]-xyz_list[2*3+0]);
    758                 xyz_zero[3*normal_orientation+1]=xyz_list[2*3+1]+s1*(xyz_list[1*3+1]-xyz_list[2*3+1]);
    759                 xyz_zero[3*normal_orientation+2]=xyz_list[2*3+2]+s1*(xyz_list[1*3+2]-xyz_list[2*3+2]);
    760 
    761                 /*New point 0*/
    762                 xyz_zero[3*(1-normal_orientation)+0]=xyz_list[2*3+0]+s2*(xyz_list[0*3+0]-xyz_list[2*3+0]);
    763                 xyz_zero[3*(1-normal_orientation)+1]=xyz_list[2*3+1]+s2*(xyz_list[0*3+1]-xyz_list[2*3+1]);
    764                 xyz_zero[3*(1-normal_orientation)+2]=xyz_list[2*3+2]+s2*(xyz_list[0*3+2]-xyz_list[2*3+2]);
    765         }
    766         else if(levelset[1]*levelset[2]>0.){ //Nodes 1 and 2 are similar, so points must be found on segment 0-1 and 0-2
    767                 /*Portion of the segments*/
    768                 s1=levelset[0]/(levelset[0]-levelset[2]);
    769                 s2=levelset[0]/(levelset[0]-levelset[1]);
    770 
    771                 if(levelset[0]<0.) normal_orientation=1;
    772                 /*New point 1*/
    773                 xyz_zero[3*normal_orientation+0]=xyz_list[0*3+0]+s1*(xyz_list[2*3+0]-xyz_list[0*3+0]);
    774                 xyz_zero[3*normal_orientation+1]=xyz_list[0*3+1]+s1*(xyz_list[2*3+1]-xyz_list[0*3+1]);
    775                 xyz_zero[3*normal_orientation+2]=xyz_list[0*3+2]+s1*(xyz_list[2*3+2]-xyz_list[0*3+2]);
    776 
    777                 /*New point 2*/
    778                 xyz_zero[3*(1-normal_orientation)+0]=xyz_list[0*3+0]+s2*(xyz_list[1*3+0]-xyz_list[0*3+0]);
    779                 xyz_zero[3*(1-normal_orientation)+1]=xyz_list[0*3+1]+s2*(xyz_list[1*3+1]-xyz_list[0*3+1]);
    780                 xyz_zero[3*(1-normal_orientation)+2]=xyz_list[0*3+2]+s2*(xyz_list[1*3+2]-xyz_list[0*3+2]);
    781         }
    782         else if(levelset[0]*levelset[2]>0.){ //Nodes 0 and 2 are similar, so points must be found on segment 1-0 and 1-2
    783                 /*Portion of the segments*/
    784                 s1=levelset[1]/(levelset[1]-levelset[0]);
    785                 s2=levelset[1]/(levelset[1]-levelset[2]);
    786 
    787                 if(levelset[1]<0.) normal_orientation=1;
    788                 /*New point 0*/
    789                 xyz_zero[3*normal_orientation+0]=xyz_list[1*3+0]+s1*(xyz_list[0*3+0]-xyz_list[1*3+0]);
    790                 xyz_zero[3*normal_orientation+1]=xyz_list[1*3+1]+s1*(xyz_list[0*3+1]-xyz_list[1*3+1]);
    791                 xyz_zero[3*normal_orientation+2]=xyz_list[1*3+2]+s1*(xyz_list[0*3+2]-xyz_list[1*3+2]);
    792 
    793                 /*New point 2*/
    794                 xyz_zero[3*(1-normal_orientation)+0]=xyz_list[1*3+0]+s2*(xyz_list[2*3+0]-xyz_list[1*3+0]);
    795                 xyz_zero[3*(1-normal_orientation)+1]=xyz_list[1*3+1]+s2*(xyz_list[2*3+1]-xyz_list[1*3+1]);
    796                 xyz_zero[3*(1-normal_orientation)+2]=xyz_list[1*3+2]+s2*(xyz_list[2*3+2]-xyz_list[1*3+2]);
    797         }
    798         else if(levelset[0]==0. && levelset[1]==0.){ //front is on point 0 and 1
    799                 xyz_zero[3*0+0]=xyz_list[0*3+0];
    800                 xyz_zero[3*0+1]=xyz_list[0*3+1];
    801                 xyz_zero[3*0+2]=xyz_list[0*3+2];
    802 
    803                 /*New point 2*/
    804                 xyz_zero[3*1+0]=xyz_list[1*3+0];
    805                 xyz_zero[3*1+1]=xyz_list[1*3+1];
    806                 xyz_zero[3*1+2]=xyz_list[1*3+2];
    807         }
    808         else if(levelset[0]==0. && levelset[2]==0.){ //front is on point 0 and 1
    809                 xyz_zero[3*0+0]=xyz_list[2*3+0];
    810                 xyz_zero[3*0+1]=xyz_list[2*3+1];
    811                 xyz_zero[3*0+2]=xyz_list[2*3+2];
    812 
    813                 /*New point 2*/
    814                 xyz_zero[3*1+0]=xyz_list[0*3+0];
    815                 xyz_zero[3*1+1]=xyz_list[0*3+1];
    816                 xyz_zero[3*1+2]=xyz_list[0*3+2];
    817         }
    818         else if(levelset[1]==0. && levelset[2]==0.){ //front is on point 0 and 1
    819                 xyz_zero[3*0+0]=xyz_list[1*3+0];
    820                 xyz_zero[3*0+1]=xyz_list[1*3+1];
    821                 xyz_zero[3*0+2]=xyz_list[1*3+2];
    822 
    823                 /*New point 2*/
    824                 xyz_zero[3*1+0]=xyz_list[2*3+0];
    825                 xyz_zero[3*1+1]=xyz_list[2*3+1];
    826                 xyz_zero[3*1+2]=xyz_list[2*3+2];
    827         }
    828         else _error_("Case not covered");
    829 
    830         /*Assign output pointer*/
    831         *pxyz_zero= xyz_zero;
    832 }
    833 /*}}}*/
    8341245void       Tria::GetIcefrontCoordinates(IssmDouble** pxyz_front,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum){/*{{{*/
    8351246       
    … …  
    8721283        xDelete<int>(indicesfront);
    8731284}/*}}}*/
     1285void       Tria::GetInputValue(IssmDouble* pvalue,Node* node,int enumtype){/*{{{*/
     1286
     1287        Input* input=inputs->GetInput(enumtype);
     1288        if(!input) _error_("No input of type " << EnumToStringx(enumtype) << " found in tria");
     1289
     1290        GaussTria* gauss=new GaussTria();
     1291        gauss->GaussVertex(this->GetNodeIndex(node));
     1292
     1293        input->GetInputValue(pvalue,gauss);
     1294        delete gauss;
     1295}
     1296/*}}}*/
    8741297void       Tria::GetLevelCoordinates(IssmDouble** pxyz_front,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum,IssmDouble level){/*{{{*/
    8751298
    … …  
    9121335        xDelete<int>(indicesfront);
    9131336}/*}}}*/
     1337void                    Tria::GetLevelsetIntersection(int** pindices, int* pnumiceverts, IssmDouble* fraction, int levelset_enum, IssmDouble level){/*{{{*/
     1338       
     1339        /* GetLevelsetIntersection computes:
     1340         * 1. indices of element, sorted in [iceverts, noiceverts] in counterclockwise fashion,
     1341         * 2. fraction of intersected triangle edges intersected by levelset, lying below level*/
     1342
     1343        /*Intermediaries*/
     1344        int i, numiceverts, numnoiceverts;
     1345        int ind0, ind1, lastindex;
     1346        int indices_ice[NUMVERTICES],indices_noice[NUMVERTICES];
     1347        IssmDouble lsf[NUMVERTICES];
     1348        int* indices = xNew<int>(NUMVERTICES);
     1349
     1350        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     1351        GetInputListOnVertices(&lsf[0],levelset_enum);
     1352
     1353        /* Determine distribution of ice over element.
     1354         * Exploit: ice/no-ice parts are connected, so find starting vertex of segment*/
     1355        lastindex=0;
     1356        for(i=0;i<NUMVERTICES;i++){ // go backwards along vertices, and check for sign change
     1357                ind0=(NUMVERTICES-i)%NUMVERTICES;
     1358                ind1=(ind0-1+NUMVERTICES)%NUMVERTICES;
     1359                if((lsf[ind0]-level)*(lsf[ind1]-level)<=0.){ // levelset has been crossed, find last index belonging to segment
     1360                        if(lsf[ind1]==level) //if levelset intersects 2nd vertex, choose this vertex as last
     1361                                lastindex=ind1;
     1362                        else
     1363                                lastindex=ind0;
     1364                        break;
     1365                }
     1366        }
     1367
     1368        numiceverts=0;
     1369        numnoiceverts=0;
     1370        for(i=0;i<NUMVERTICES;i++){
     1371                ind0=(lastindex+i)%NUMVERTICES;
     1372                if(lsf[i]<=level){
     1373                        indices_ice[numiceverts]=i;
     1374                        numiceverts++;
     1375                }
     1376                else{
     1377                        indices_noice[numnoiceverts]=i;
     1378                        numnoiceverts++;
     1379                }
     1380        }
     1381        //merge indices
     1382        for(i=0;i<numiceverts;i++){indices[i]=indices_ice[i];}
     1383        for(i=0;i<numnoiceverts;i++){indices[numiceverts+i]=indices_noice[i];}
     1384
     1385        switch (numiceverts){
     1386                case 0: // no vertex has ice: element is ice free, no intersection
     1387                        for(i=0;i<2;i++)
     1388                                fraction[i]=0.;
     1389                        break;
     1390                case 1: // one vertex has ice:
     1391                        for(i=0;i<2;i++){
     1392                                fraction[i]=(level-lsf[indices[0]])/(lsf[indices[numiceverts+i]]-lsf[indices[0]]);
     1393                        }
     1394                        break;
     1395                case 2: // two vertices have ice: fraction is computed from first ice vertex to last in CCW fashion
     1396                        for(i=0;i<2;i++){
     1397                                fraction[i]=(level-lsf[indices[i]])/(lsf[indices[numiceverts]]-lsf[indices[i]]);
     1398                        }
     1399                        break;
     1400                case NUMVERTICES: // all vertices have ice: return triangle area
     1401                        for(i=0;i<2;i++)
     1402                                fraction[i]=1.;
     1403                        break;
     1404                default:
     1405                        _error_("Wrong number of ice vertices in Tria::GetLevelsetIntersection!");
     1406                        break;
     1407        }
     1408
     1409        *pindices=indices;
     1410        *pnumiceverts=numiceverts;
     1411}
     1412/*}}}*/
     1413void       Tria::GetLevelsetPositivePart(int* point1,IssmDouble* fraction1,IssmDouble* fraction2, bool* mainlynegative,IssmDouble* gl){/*{{{*/
     1414       
     1415        /*Computeportion of the element that has a positive levelset*/
     1416
     1417        bool               negative=true;
     1418        int                point;
     1419        const IssmPDouble  epsilon= 1.e-15;
     1420        IssmDouble         f1,f2;
     1421
     1422        /*Be sure that values are not zero*/
     1423        if(gl[0]==0.) gl[0]=gl[0]+epsilon;
     1424        if(gl[1]==0.) gl[1]=gl[1]+epsilon;
     1425        if(gl[2]==0.) gl[2]=gl[2]+epsilon;
     1426
     1427        /*Check that not all nodes are positive or negative*/
     1428        if(gl[0]>0 && gl[1]>0 && gl[2]>0){ // All positive
     1429                point=0;
     1430                f1=1.;
     1431                f2=1.;
     1432        }
     1433        else if(gl[0]<0 && gl[1]<0 && gl[2]<0){ //All negative
     1434                point=0;
     1435                f1=0.;
     1436                f2=0.;
     1437        }
     1438        else{
     1439                if(gl[0]*gl[1]*gl[2]<0) negative=false;
     1440
     1441                if(gl[0]*gl[1]>0){ //Nodes 0 and 1 are similar, so points must be found on segment 0-2 and 1-2
     1442                        point=2;
     1443                        f1=gl[2]/(gl[2]-gl[0]);
     1444                        f2=gl[2]/(gl[2]-gl[1]);
     1445                }
     1446                else if(gl[1]*gl[2]>0){ //Nodes 1 and 2 are similar, so points must be found on segment 0-1 and 0-2
     1447                        point=0;
     1448                        f1=gl[0]/(gl[0]-gl[1]);
     1449                        f2=gl[0]/(gl[0]-gl[2]);
     1450                }
     1451                else if(gl[0]*gl[2]>0){ //Nodes 0 and 2 are similar, so points must be found on segment 1-0 and 1-2
     1452                        point=1;
     1453                        f1=gl[1]/(gl[1]-gl[2]);
     1454                        f2=gl[1]/(gl[1]-gl[0]);
     1455                }
     1456        }
     1457        *point1=point;
     1458        *fraction1=f1;
     1459        *fraction2=f2;
     1460        *mainlynegative=negative;
     1461}
     1462/*}}}*/
     1463Node*      Tria::GetNode(int node_number){/*{{{*/
     1464        _assert_(node_number>=0);
     1465        _assert_(node_number<this->NumberofNodes(this->element_type));
     1466        return this->nodes[node_number];
     1467
     1468}/*}}}*/
    9141469int        Tria::GetNodeIndex(Node* node){/*{{{*/
    9151470
    … …  
    9351490}
    9361491/*}}}*/
    937 void       Tria::GetInputValue(IssmDouble* pvalue,Node* node,int enumtype){/*{{{*/
    938 
    939         Input* input=inputs->GetInput(enumtype);
    940         if(!input) _error_("No input of type " << EnumToStringx(enumtype) << " found in tria");
    941 
     1492void       Tria::GetSolutionFromInputsOneDof(Vector<IssmDouble>* solution, int enum_type){/*{{{*/
     1493
     1494        int        *doflist = NULL;
     1495        IssmDouble  value;
     1496
     1497        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
     1498        int numnodes = this->NumberofNodes(this->element_type);
     1499
     1500        /*Fetch dof list and allocate solution vector*/
     1501        GetDofList(&doflist,NoneApproximationEnum,GsetEnum);
     1502        IssmDouble* values = xNew<IssmDouble>(numnodes);
     1503
     1504        /*Get inputs*/
     1505        Input* enum_input=inputs->GetInput(enum_type); _assert_(enum_input);
     1506
     1507        /*Ok, we have the values, fill in the array: */
    9421508        GaussTria* gauss=new GaussTria();
    943         gauss->GaussVertex(this->GetNodeIndex(node));
    944 
    945         input->GetInputValue(pvalue,gauss);
     1509        for(int i=0;i<numnodes;i++){
     1510                gauss->GaussNode(this->element_type,i);
     1511
     1512                enum_input->GetInputValue(&value,gauss);
     1513                values[i]=value;
     1514        }
     1515
     1516        solution->SetValues(numnodes,doflist,values,INS_VAL);
     1517
     1518        /*Free ressources:*/
     1519        xDelete<int>(doflist);
     1520        xDelete<IssmDouble>(values);
    9461521        delete gauss;
    9471522}
    9481523/*}}}*/
    949 Node*      Tria::GetNode(int node_number){/*{{{*/
    950         _assert_(node_number>=0);
    951         _assert_(node_number<this->NumberofNodes(this->element_type));
    952         return this->nodes[node_number];
     1524void       Tria::GetVectorFromControlInputs(Vector<IssmDouble>* vector,int control_enum,int control_index,const char* data,bool onsid){/*{{{*/
     1525
     1526        int vertexidlist[NUMVERTICES];
     1527        Input *input=NULL;
     1528
     1529        /*Get out if this is not an element input*/
     1530        if(!IsInput(control_enum)) return;
     1531
     1532        /*Prepare index list*/
     1533        GradientIndexing(&vertexidlist[0],control_index,onsid);
     1534
     1535        /*Get input (either in element or material)*/
     1536        input=(Input*)this->inputs->GetInput(control_enum);   _assert_(input);
     1537
     1538        /*Check that it is a ControlInput*/
     1539        if (input->ObjectEnum()!=ControlInputEnum){
     1540                _error_("input " << EnumToStringx(control_enum) << " is not a ControlInput");
     1541        }
     1542
     1543        ((ControlInput*)input)->GetVectorFromInputs(vector,&vertexidlist[0],data);
     1544}
     1545/*}}}*/
     1546void       Tria::GetVerticesCoordinatesBase(IssmDouble** pxyz_list){/*{{{*/
     1547
     1548        int        indices[2];
     1549        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     1550
     1551        /*Element XYZ list*/
     1552        ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],this->vertices,NUMVERTICES);
     1553
     1554        /*Allocate Output*/
     1555        IssmDouble* xyz_list_edge = xNew<IssmDouble>(2*3);
     1556        this->EdgeOnBaseIndices(&indices[0],&indices[1]);
     1557        for(int i=0;i<2;i++) for(int j=0;j<2;j++) xyz_list_edge[i*3+j]=xyz_list[indices[i]][j];
     1558
     1559        /*Assign output pointer*/
     1560        *pxyz_list = xyz_list_edge;
    9531561
    9541562}/*}}}*/
     1563void       Tria::GetVerticesCoordinatesTop(IssmDouble** pxyz_list){/*{{{*/
     1564
     1565        int        indices[2];
     1566        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     1567
     1568        /*Element XYZ list*/
     1569        ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],this->vertices,NUMVERTICES);
     1570
     1571        /*Allocate Output*/
     1572        IssmDouble* xyz_list_edge = xNew<IssmDouble>(2*3);
     1573        this->EdgeOnSurfaceIndices(&indices[0],&indices[1]);
     1574        for(int i=0;i<2;i++) for(int j=0;j<2;j++) xyz_list_edge[i*3+j]=xyz_list[indices[i]][j];
     1575
     1576        /*Assign output pointer*/
     1577        *pxyz_list = xyz_list_edge;
     1578
     1579}/*}}}*/
     1580bool       Tria::HasEdgeOnBase(){/*{{{*/
     1581
     1582        IssmDouble values[NUMVERTICES];
     1583        IssmDouble sum;
     1584
     1585        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     1586        GetInputListOnVertices(&values[0],MeshVertexonbaseEnum);
     1587        sum = values[0]+values[1]+values[2];
     1588
     1589        _assert_(sum==0. || sum==1. || sum==2.);
     1590
     1591        if(sum==3.)  _error_("Two edges on bed not supported yet...");
     1592
     1593        if(sum>1.){
     1594                return true;
     1595        }
     1596        else{
     1597                return false;
     1598        }
     1599}
     1600/*}}}*/
     1601bool       Tria::HasEdgeOnSurface(){/*{{{*/
     1602
     1603        IssmDouble values[NUMVERTICES];
     1604        IssmDouble sum;
     1605
     1606        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     1607        GetInputListOnVertices(&values[0],MeshVertexonsurfaceEnum);
     1608        sum = values[0]+values[1]+values[2];
     1609
     1610        _assert_(sum==0. || sum==1. || sum==2.);
     1611
     1612        if(sum==3.)  _error_("Two edges on surface not supported yet...");
     1613
     1614        if(sum>1.){
     1615                return true;
     1616        }
     1617        else{
     1618                return false;
     1619        }
     1620}
     1621/*}}}*/
     1622IssmDouble Tria::IceMass(void){/*{{{*/
     1623
     1624        IssmDouble rho_ice;
     1625       
     1626        if(!IsIceInElement())return 0.; //do not contribute to the volume of the ice!
     1627
     1628        /*recover ice density: */
     1629        rho_ice=matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
     1630
     1631        return rho_ice*this->IceVolume();
     1632}
     1633/*}}}*/
     1634IssmDouble Tria::IceVolume(void){/*{{{*/
     1635
     1636        /*The volume of a truncated prism is area_base * 1/numedges sum(length of edges)*/
     1637
     1638        /*Intermediaries*/
     1639        int i, numiceverts;
     1640        IssmDouble area_base,surface,base,Haverage;
     1641        IssmDouble Haux[NUMVERTICES], surfaces[NUMVERTICES], bases[NUMVERTICES];
     1642        IssmDouble s[2]; // s:fraction of intersected triangle edges, that lies inside ice
     1643        int* indices=NULL;
     1644        IssmDouble* H=NULL;
     1645
     1646        if(!IsIceInElement())return 0.;
     1647
     1648        int domaintype;
     1649        parameters->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
     1650
     1651        if(false && IsIcefront()){
     1652                area_base=this->GetAreaIce();
     1653                //Assumption: linear ice thickness profile on element.
     1654                //Hence ice thickness at intersection of levelset function with triangle edge is linear interpolation of ice thickness at vertices.
     1655                this->GetLevelsetIntersection(&indices, &numiceverts, s, MaskIceLevelsetEnum, 0.);
     1656                GetInputListOnVertices(&surfaces[0],SurfaceEnum);
     1657                GetInputListOnVertices(&bases[0],BaseEnum);
     1658                for(i=0;i<NUMVERTICES;i++) Haux[i]= surfaces[indices[i]]-bases[indices[i]]; //sort thicknesses in ice/noice
     1659                int numthk=numiceverts+2;
     1660                H=xNew<IssmDouble>(numthk);
     1661                switch(numiceverts){
     1662                        case 1: // average over triangle
     1663                                H[0]=Haux[0];
     1664                                H[1]=Haux[0]+s[0]*(Haux[1]-Haux[0]);
     1665                                H[2]=Haux[0]+s[1]*(Haux[2]-Haux[0]);
     1666                                break;
     1667                        case 2: // average over quadrangle
     1668                                H[0]=Haux[0];
     1669                                H[1]=Haux[1];
     1670                                H[2]=Haux[0]+s[0]*(Haux[2]-Haux[0]);
     1671                                H[3]=Haux[1]+s[1]*(Haux[2]-Haux[1]);
     1672                                break;
     1673                        default:
     1674                                _error_("Number of ice covered vertices wrong in Tria::IceVolume()");
     1675                                break;
     1676                }
     1677                Haverage=0.;
     1678                for(i=0;i<numthk;i++)   Haverage+=H[i];
     1679                Haverage/=IssmDouble(numthk);
     1680        }
     1681        else{
     1682                /*First get back the area of the base*/
     1683                area_base=this->GetArea();
     1684
     1685                /*Now get the average height*/
     1686                Input* surface_input = inputs->GetInput(SurfaceEnum); _assert_(surface_input);
     1687                Input* base_input     = inputs->GetInput(BaseEnum);     _assert_(base_input);
     1688                surface_input->GetInputAverage(&surface);
     1689                base_input->GetInputAverage(&base);
     1690                Haverage=surface-base;
     1691        }
     1692
     1693        /*Cleanup & return: */
     1694        xDelete<int>(indices);
     1695        xDelete<IssmDouble>(H);
     1696
     1697        if(domaintype==Domain2DverticalEnum){
     1698          return area_base;
     1699        }
     1700        else{
     1701          return area_base*Haverage;
     1702        }
     1703}
     1704/*}}}*/
     1705IssmDouble Tria::IceVolumeAboveFloatation(void){/*{{{*/
     1706
     1707        /*The volume above floatation: H + rho_water/rho_ice * bathymetry */
     1708        IssmDouble rho_ice,rho_water;
     1709        IssmDouble base,surface,bed,bathymetry;
     1710        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     1711
     1712        if(!IsIceInElement() || IsFloating())return 0;
     1713
     1714        rho_ice=matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
     1715        rho_water=matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoSeawaterEnum);
     1716        ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
     1717
     1718        /*First calculate the area of the base (cross section triangle)
     1719         * http://en.wikipedia.org/wiki/Triangle
     1720         * base = 1/2 abs((xA-xC)(yB-yA)-(xA-xB)(yC-yA))*/
     1721        base = 1./2. * fabs((xyz_list[0][0]-xyz_list[2][0])*(xyz_list[1][1]-xyz_list[0][1]) - (xyz_list[0][0]-xyz_list[1][0])*(xyz_list[2][1]-xyz_list[0][1]));
     1722
     1723        /*Now get the average height and bathymetry*/
     1724        Input* surface_input    = inputs->GetInput(SurfaceEnum);    _assert_(surface_input);
     1725        Input* base_input        = inputs->GetInput(BaseEnum);        _assert_(base_input);
     1726        Input* bed_input = inputs->GetInput(BedEnum); _assert_(bed_input);
     1727        surface_input->GetInputAverage(&surface);
     1728        base_input->GetInputAverage(&bed);
     1729        bed_input->GetInputAverage(&bathymetry);
     1730       
     1731        /*Return: */
     1732        return base*(surface-bed+min(rho_water/rho_ice*bathymetry,0.));
     1733}
     1734/*}}}*/
     1735void       Tria::InputControlUpdate(IssmDouble scalar,bool save_parameter){/*{{{*/
     1736
     1737        /*Intermediary*/
     1738        int    num_controls;
     1739        int*   control_type=NULL;
     1740        Input* input=NULL;
     1741
     1742        /*retrieve some parameters: */
     1743        this->parameters->FindParam(&num_controls,InversionNumControlParametersEnum);
     1744        this->parameters->FindParam(&control_type,NULL,InversionControlParametersEnum);
     1745
     1746        for(int i=0;i<num_controls;i++){
     1747                input=(Input*)this->inputs->GetInput(control_type[i]);   _assert_(input);
     1748                if (input->ObjectEnum()!=ControlInputEnum){
     1749                        _error_("input " << EnumToStringx(control_type[i]) << " is not a ControlInput");
     1750                }
     1751
     1752                ((ControlInput*)input)->UpdateValue(scalar);
     1753                ((ControlInput*)input)->Constrain();
     1754                if (save_parameter) ((ControlInput*)input)->SaveValue();
     1755
     1756        }
     1757
     1758        /*Clean up and return*/
     1759        xDelete<int>(control_type);
     1760}
     1761/*}}}*/
    9551762void       Tria::InputDepthAverageAtBase(int enum_type,int average_enum_type){/*{{{*/
    9561763
    … …  
    10311838                                /*No yts conversion*/
    10321839                                case ThicknessEnum:
     1840                                case BalancethicknessOmegaEnum:
    10331841                                case FrictionCoefficientEnum:
    1034                                 case BalancethicknessNuxEnum:
    1035                                 case BalancethicknessNuyEnum:
     1842                          case FrictionAsEnum:
     1843                          case MaterialsRheologyBEnum:
    10361844                                        if(iomodel->Data(control)){
    10371845                                                for(j=0;j<NUMVERTICES;j++)nodeinputs[j]=iomodel->Data(control)[tria_vertex_ids[j]-1];
    … …  
    11351943
    11361944        case NodesEnum:
    1137 
    11381945                /*Get number of nodes and dof list: */
    11391946                numnodes = this->NumberofNodes(this->element_type);
    … …  
    11491956
    11501957        case NodeSIdEnum:
    1151 
    11521958                /*Get number of nodes and dof list: */
    11531959                numnodes = this->NumberofNodes(this->element_type);
    … …  
    11691975        xDelete<IssmDouble>(values);
    11701976
     1977}
     1978/*}}}*/
     1979bool       Tria::IsFaceOnBoundary(void){/*{{{*/
     1980
     1981        IssmDouble values[NUMVERTICES];
     1982        IssmDouble sum;
     1983
     1984        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     1985        GetInputListOnVertices(&values[0],MeshVertexonboundaryEnum);
     1986        sum = values[0]+values[1]+values[2];
     1987
     1988        _assert_(sum==0. || sum==1. || sum==2.);
     1989
     1990        if(sum==3.)  _error_("Two edges on boundary not supported yet...");
     1991
     1992        if(sum>1.){
     1993                return true;
     1994        }
     1995        else{
     1996                return false;
     1997        }
     1998}/*}}}*/
     1999bool       Tria::IsIcefront(void){/*{{{*/
     2000
     2001        bool isicefront;
     2002        int i,nrice;
     2003   IssmDouble ls[NUMVERTICES];
     2004
     2005        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     2006        GetInputListOnVertices(&ls[0],MaskIceLevelsetEnum);
     2007
     2008        /* If only one vertex has ice, there is an ice front here */
     2009        isicefront=false;
     2010        if(IsIceInElement()){
     2011                nrice=0;       
     2012                for(i=0;i<NUMVERTICES;i++)
     2013                        if(ls[i]<0.) nrice++;
     2014                if(nrice==1) isicefront= true;
     2015        }
     2016        return isicefront;
     2017}/*}}}*/
     2018bool       Tria::IsNodeOnShelfFromFlags(IssmDouble* flags){/*{{{*/
     2019
     2020        int  i;
     2021        bool shelf=false;
     2022
     2023        for(i=0;i<NUMVERTICES;i++){
     2024                if (flags[vertices[i]->Pid()]<0.){
     2025                        shelf=true;
     2026                        break;
     2027                }
     2028        }
     2029        return shelf;
    11712030}
    11722031/*}}}*/
    … …  
    11972056}
    11982057/*}}}*/
     2058bool       Tria::IsZeroLevelset(int levelset_enum){/*{{{*/
     2059
     2060        bool iszerols;
     2061        IssmDouble ls[NUMVERTICES];
     2062
     2063        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     2064        GetInputListOnVertices(&ls[0],levelset_enum);
     2065
     2066        /*If the level set is awlays <0, there is no ice front here*/
     2067        iszerols= false;
     2068        if(IsIceInElement()){
     2069                if(ls[0]*ls[1]<0. || ls[0]*ls[2]<0. || (ls[0]*ls[1]*ls[2]==0. && ls[0]*ls[1]+ls[0]*ls[2]+ls[1]*ls[2]<=0.)){
     2070                        iszerols = true;
     2071                }
     2072        }
     2073
     2074        return iszerols;
     2075}
     2076/*}}}*/
    11992077void       Tria::JacobianDeterminant(IssmDouble* pJdet,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    12002078
    … …  
    12252103}
    12262104/*}}}*/
    1227 bool       Tria::HasEdgeOnBase(){/*{{{*/
    1228 
    1229         IssmDouble values[NUMVERTICES];
    1230         IssmDouble sum;
    1231 
    1232         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    1233         GetInputListOnVertices(&values[0],MeshVertexonbaseEnum);
    1234         sum = values[0]+values[1]+values[2];
    1235 
    1236         _assert_(sum==0. || sum==1. || sum==2.);
    1237 
    1238         if(sum==3.)  _error_("Two edges on bed not supported yet...");
    1239 
    1240         if(sum>1.){
    1241                 return true;
    1242         }
    1243         else{
    1244                 return false;
    1245         }
    1246 }
    1247 /*}}}*/
    1248 bool       Tria::HasEdgeOnSurface(){/*{{{*/
    1249 
    1250         IssmDouble values[NUMVERTICES];
    1251         IssmDouble sum;
    1252 
    1253         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    1254         GetInputListOnVertices(&values[0],MeshVertexonsurfaceEnum);
    1255         sum = values[0]+values[1]+values[2];
    1256 
    1257         _assert_(sum==0. || sum==1. || sum==2.);
    1258 
    1259         if(sum==3.)  _error_("Two edges on surface not supported yet...");
    1260 
    1261         if(sum>1.){
    1262                 return true;
    1263         }
    1264         else{
    1265                 return false;
    1266         }
    1267 }
    1268 /*}}}*/
    1269 void       Tria::EdgeOnBaseIndices(int* pindex1,int* pindex2){/*{{{*/
    1270 
    1271         IssmDouble values[NUMVERTICES];
    1272         int        indices[3][2] = {{1,2},{2,0},{0,1}};
    1273 
    1274         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    1275         GetInputListOnVertices(&values[0],MeshVertexonbaseEnum);
    1276 
    1277         for(int i=0;i<3;i++){
    1278                 if(values[indices[i][0]] == 1. && values[indices[i][1]] == 1.){
    1279                         *pindex1 = indices[i][0];
    1280                         *pindex2 = indices[i][1];
    1281                         return;
    1282                 }
    1283         }
    1284 
    1285         _printf_("list of vertices on bed: "<<values[0]<<" "<<values[1]<<" "<<values[2]);
    1286         _error_("Could not find 2 vertices on bed");
    1287 }
    1288 /*}}}*/
    1289 void       Tria::EdgeOnSurfaceIndices(int* pindex1,int* pindex2){/*{{{*/
    1290 
    1291         IssmDouble values[NUMVERTICES];
    1292         int        indices[3][2] = {{1,2},{2,0},{0,1}};
    1293 
    1294         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    1295         GetInputListOnVertices(&values[0],MeshVertexonsurfaceEnum);
    1296 
    1297         for(int i=0;i<3;i++){
    1298                 if(values[indices[i][0]] == 1. && values[indices[i][1]] == 1.){
    1299                         *pindex1 = indices[i][0];
    1300                         *pindex2 = indices[i][1];
    1301                         return;
    1302                 }
    1303         }
    1304 
    1305         _printf_("list of vertices on surface: "<<values[0]<<" "<<values[1]<<" "<<values[2]);
    1306         _error_("Could not find 2 vertices on surface");
    1307 }
    1308 /*}}}*/
    1309 int        Tria::EdgeOnBaseIndex(void){/*{{{*/
    1310 
    1311         IssmDouble values[NUMVERTICES];
    1312         int        indices[3][2] = {{1,2},{2,0},{0,1}};
    1313 
    1314         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    1315         GetInputListOnVertices(&values[0],MeshVertexonbaseEnum);
    1316 
    1317         for(int i=0;i<3;i++){
    1318                 if(values[indices[i][0]] == 1. && values[indices[i][1]] == 1.){
    1319                         return i;
    1320                 }
    1321         }
    1322 
    1323         _printf_("list of vertices on bed: "<<values[0]<<" "<<values[1]<<" "<<values[2]);
    1324         _error_("Could not find 2 vertices on bed");
    1325 }
    1326 /*}}}*/
    1327 int        Tria::EdgeOnSurfaceIndex(void){/*{{{*/
    1328 
    1329         IssmDouble values[NUMVERTICES];
    1330         int        indices[3][2] = {{1,2},{2,0},{0,1}};
    1331 
    1332         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    1333         GetInputListOnVertices(&values[0],MeshVertexonsurfaceEnum);
    1334 
    1335         for(int i=0;i<3;i++){
    1336                 if(values[indices[i][0]] == 1. && values[indices[i][1]] == 1.){
    1337                         return i;
    1338                 }
    1339         }
    1340 
    1341         _printf_("list of vertices on surface: "<<values[0]<<" "<<values[1]<<" "<<values[2]);
    1342         _error_("Could not find 2 vertices on surface");
    1343 }
    1344 /*}}}*/
    1345 void       Tria::FSContactMigration(Vector<IssmDouble>* vertexgrounded,Vector<IssmDouble>* vertexfloating){/*{{{*/
    1346 
    1347         if(!IsOnBase()) return;
    1348 
    1349         /*Intermediaries*/
    1350         IssmDouble* xyz_list = NULL;
    1351         IssmDouble* xyz_list_base = NULL;
    1352         IssmDouble  pressure,water_pressure,sigma_nn,viscosity,bed,base;
    1353         IssmDouble  bed_normal[2];
    1354         IssmDouble  epsilon[3]; /* epsilon=[exx,eyy,exy];*/
    1355         IssmDouble  surface=0,value=0;
    1356         bool grounded;
     2105IssmDouble Tria::Masscon(IssmDouble* levelset){ /*{{{*/
     2106
     2107
     2108        /*intermediary: */
     2109        IssmDouble* values=NULL;
     2110        Input*      thickness_input=NULL;
     2111        IssmDouble  thickness;
     2112        IssmDouble  weight;
     2113        IssmDouble  Jdet;
     2114        IssmDouble  volume;
     2115        IssmDouble  rho_ice;
     2116        IssmDouble* xyz_list=NULL;
     2117        int         point1;
     2118        IssmDouble  fraction1,fraction2;
     2119        bool        mainlynegative=true;
     2120       
     2121        /*Output:*/
     2122        volume=0;
    13572123
    13582124        /* Get node coordinates and dof list: */
    13592125        GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    1360         GetVerticesCoordinatesBase(&xyz_list_base);
     2126
     2127        /*Retrieve inputs required:*/
     2128        thickness_input=this->GetInput(ThicknessEnum); _assert_(thickness_input);
     2129       
     2130        /*Retrieve material parameters: */
     2131        rho_ice=matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
     2132
     2133        /*Retrieve values of the levelset defining the masscon: */
     2134        values = xNew<IssmDouble>(NUMVERTICES);
     2135        for(int i=0;i<NUMVERTICES;i++){
     2136                values[i]=levelset[this->vertices[i]->Sid()];
     2137        }
     2138               
     2139        /*Ok, use the level set values to figure out where we put our gaussian points:*/
     2140        this->GetLevelsetPositivePart(&point1,&fraction1,&fraction2,&mainlynegative,values);
     2141        Gauss* gauss = this->NewGauss(point1,fraction1,fraction2,mainlynegative,4);
     2142
     2143        volume=0;
     2144
     2145        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     2146                gauss->GaussPoint(ig);
     2147
     2148                this->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
     2149                thickness_input->GetInputValue(&thickness, gauss);
     2150
     2151                volume+=thickness*gauss->weight*Jdet;
     2152        }
     2153
     2154        /* clean up and Return: */
     2155        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     2156        xDelete<IssmDouble>(values);
     2157        delete gauss;
     2158        return rho_ice*volume;
     2159}
     2160/*}}}*/
     2161IssmDouble Tria::MassFlux(IssmDouble x1, IssmDouble y1, IssmDouble x2, IssmDouble y2,int segment_id){/*{{{*/
     2162
     2163        int        domaintype;
     2164        IssmDouble mass_flux=0.;
     2165        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     2166        IssmDouble normal[2];
     2167        IssmDouble length,rho_ice;
     2168        IssmDouble h1,h2;
     2169        IssmDouble vx1,vx2,vy1,vy2;
     2170        GaussTria* gauss_1=NULL;
     2171        GaussTria* gauss_2=NULL;
     2172
     2173        /*Get material parameters :*/
     2174        rho_ice=matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
     2175
     2176        /*First off, check that this segment belongs to this element: */
     2177        if (segment_id!=this->id)_error_("error message: segment with id " << segment_id << " does not belong to element with id:" << this->id);
     2178
     2179        /*Get xyz list: */
     2180        ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
     2181
     2182        /*get area coordinates of 0 and 1 locations: */
     2183        gauss_1=new GaussTria();
     2184        gauss_1->GaussFromCoords(x1,y1,&xyz_list[0][0]);
     2185        gauss_2=new GaussTria();
     2186        gauss_2->GaussFromCoords(x2,y2,&xyz_list[0][0]);
     2187
     2188        normal[0]=cos(atan2(x1-x2,y2-y1));
     2189        normal[1]=sin(atan2(x1-x2,y2-y1));
     2190
     2191        length=sqrt(pow(x2-x1,2)+pow(y2-y1,2));
     2192
     2193        Input* thickness_input=inputs->GetInput(ThicknessEnum); _assert_(thickness_input);
     2194        this->parameters->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
     2195        Input* vx_input=NULL;
     2196        Input* vy_input=NULL;
     2197        if(domaintype==Domain2DhorizontalEnum){
     2198                vx_input=inputs->GetInput(VxEnum); _assert_(vx_input);
     2199                vy_input=inputs->GetInput(VyEnum); _assert_(vy_input);
     2200        }
     2201        else{
     2202                vx_input=inputs->GetInput(VxAverageEnum); _assert_(vx_input);
     2203                vy_input=inputs->GetInput(VyAverageEnum); _assert_(vy_input);
     2204        }
     2205
     2206        thickness_input->GetInputValue(&h1, gauss_1);
     2207        thickness_input->GetInputValue(&h2, gauss_2);
     2208        vx_input->GetInputValue(&vx1,gauss_1);
     2209        vx_input->GetInputValue(&vx2,gauss_2);
     2210        vy_input->GetInputValue(&vy1,gauss_1);
     2211        vy_input->GetInputValue(&vy2,gauss_2);
     2212
     2213        mass_flux= rho_ice*length*( 
     2214                                (ONETHIRD*(h1-h2)*(vx1-vx2)+0.5*h2*(vx1-vx2)+0.5*(h1-h2)*vx2+h2*vx2)*normal[0]+
     2215                                (ONETHIRD*(h1-h2)*(vy1-vy2)+0.5*h2*(vy1-vy2)+0.5*(h1-h2)*vy2+h2*vy2)*normal[1]
     2216                                );
     2217
     2218        /*clean up and return:*/
     2219        delete gauss_1;
     2220        delete gauss_2;
     2221        return mass_flux;
     2222}
     2223/*}}}*/
     2224IssmDouble Tria::MassFlux(IssmDouble* segment){/*{{{*/
     2225
     2226        int        domaintype;
     2227        IssmDouble mass_flux=0.;
     2228        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     2229        IssmDouble normal[2];
     2230        IssmDouble length,rho_ice;
     2231        IssmDouble x1,y1,x2,y2,h1,h2;
     2232        IssmDouble vx1,vx2,vy1,vy2;
     2233        GaussTria* gauss_1=NULL;
     2234        GaussTria* gauss_2=NULL;
     2235
     2236        /*Get material parameters :*/
     2237        rho_ice=matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
     2238
     2239        /*First off, check that this segment belongs to this element: */
     2240        if (reCast<int>(*(segment+4))!=this->id)_error_("error message: segment with id " << reCast<int>(*(segment+4)) << " does not belong to element with id:" << this->id);
     2241
     2242        /*Recover segment node locations: */
     2243        x1=*(segment+0); y1=*(segment+1); x2=*(segment+2); y2=*(segment+3);
     2244
     2245        /*Get xyz list: */
     2246        ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
     2247
     2248        /*get area coordinates of 0 and 1 locations: */
     2249        gauss_1=new GaussTria();
     2250        gauss_1->GaussFromCoords(x1,y1,&xyz_list[0][0]);
     2251        gauss_2=new GaussTria();
     2252        gauss_2->GaussFromCoords(x2,y2,&xyz_list[0][0]);
     2253
     2254        normal[0]=cos(atan2(x1-x2,y2-y1));
     2255        normal[1]=sin(atan2(x1-x2,y2-y1));
     2256
     2257        length=sqrt(pow(x2-x1,2)+pow(y2-y1,2));
     2258
     2259        Input* thickness_input=inputs->GetInput(ThicknessEnum); _assert_(thickness_input);
     2260        this->parameters->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
     2261        Input* vx_input=NULL;
     2262        Input* vy_input=NULL;
     2263        if(domaintype==Domain2DhorizontalEnum){
     2264                vx_input=inputs->GetInput(VxEnum); _assert_(vx_input);
     2265                vy_input=inputs->GetInput(VyEnum); _assert_(vy_input);
     2266        }
     2267        else{
     2268                vx_input=inputs->GetInput(VxAverageEnum); _assert_(vx_input);
     2269                vy_input=inputs->GetInput(VyAverageEnum); _assert_(vy_input);
     2270        }
     2271
     2272        thickness_input->GetInputValue(&h1, gauss_1);
     2273        thickness_input->GetInputValue(&h2, gauss_2);
     2274        vx_input->GetInputValue(&vx1,gauss_1);
     2275        vx_input->GetInputValue(&vx2,gauss_2);
     2276        vy_input->GetInputValue(&vy1,gauss_1);
     2277        vy_input->GetInputValue(&vy2,gauss_2);
     2278
     2279        mass_flux= rho_ice*length*( 
     2280                                (ONETHIRD*(h1-h2)*(vx1-vx2)+0.5*h2*(vx1-vx2)+0.5*(h1-h2)*vx2+h2*vx2)*normal[0]+
     2281                                (ONETHIRD*(h1-h2)*(vy1-vy2)+0.5*h2*(vy1-vy2)+0.5*(h1-h2)*vy2+h2*vy2)*normal[1]
     2282                                );
     2283
     2284        /*clean up and return:*/
     2285        delete gauss_1;
     2286        delete gauss_2;
     2287        return mass_flux;
     2288}
     2289/*}}}*/
     2290IssmDouble Tria::Misfit(int modelenum,int observationenum,int weightsenum){/*{{{*/
     2291
     2292        /*Intermediaries*/
     2293        IssmDouble model,observation,weight;
     2294        IssmDouble Jdet;
     2295        IssmDouble Jelem = 0;
     2296        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     2297        GaussTria *gauss = NULL;
     2298
     2299        /*If on water, return 0: */
     2300        if(!IsIceInElement())return 0;
    13612301
    13622302        /*Retrieve all inputs we will be needing: */
    1363         Input* pressure_input = inputs->GetInput(PressureEnum); _assert_(pressure_input);
    1364         Input* base_input     = inputs->GetInput(BaseEnum);     _assert_(base_input);
    1365         Input* bed_input      = inputs->GetInput(BedEnum);      _assert_(bed_input);
    1366         Input* vx_input       = inputs->GetInput(VxEnum);       _assert_(vx_input);
    1367         Input* vy_input       = inputs->GetInput(VyEnum);       _assert_(vy_input);
    1368 
    1369         /*Create gauss point in the middle of the basal edge*/
    1370         Gauss* gauss=NewGaussBase(1);
    1371         gauss->GaussPoint(0);
    1372 
    1373         if(!IsFloating()){
    1374                 /*Check for basal force only if grounded and touching GL*/
    1375                 if(this->inputs->Min(MaskGroundediceLevelsetEnum)==0.){
    1376                         this->StrainRateSSA(&epsilon[0],xyz_list,gauss,vx_input,vy_input);
    1377                         this->ViscosityFS(&viscosity,2,xyz_list,gauss,vx_input,vy_input,NULL);
    1378                         pressure_input->GetInputValue(&pressure, gauss);
    1379                         base_input->GetInputValue(&base, gauss); _assert_(base<0.);
    1380 
    1381                         /*Compute Stress*/
    1382                         IssmDouble sigma_xx=2.*viscosity*epsilon[0]-pressure;
    1383                         IssmDouble sigma_yy=2.*viscosity*epsilon[1]-pressure;
    1384                         IssmDouble sigma_xy=2.*viscosity*epsilon[2];
    1385 
    1386                         /*Get normal vector to the bed */
    1387                         NormalBase(&bed_normal[0],xyz_list_base);
    1388 
    1389                         /*basalforce*/
    1390                         sigma_nn = sigma_xx*bed_normal[0]*bed_normal[0] + sigma_yy*bed_normal[1]*bed_normal[1] + 2.*sigma_xy*bed_normal[0]*bed_normal[1];
    1391 
    1392                         /*Compute water pressure*/
    1393                         IssmDouble rho_ice   = matpar->GetRhoIce();
    1394                         IssmDouble rho_water = matpar->GetRhoWater();
    1395                         IssmDouble gravity   = matpar->GetG();
    1396                         water_pressure=gravity*rho_water*base;
    1397 
    1398                         /*Compare basal stress to water pressure and determine whether it should ground*/
    1399                         if (sigma_nn<water_pressure) grounded=true;
    1400                         else                         grounded=false;
    1401                 }
    1402                 else{
    1403                         grounded=true;
    1404                 }
    1405         }
    1406         else{
    1407                 /*Check for basal elevation if floating*/
    1408                 base_input->GetInputValue(&base, gauss);
    1409                 bed_input->GetInputValue(&bed, gauss);
    1410                 if (base<bed) grounded=true;
    1411                 else          grounded=false;
    1412         }
    1413         for(int i=0;i<NUMVERTICES;i++){
    1414                 if(grounded) vertexgrounded->SetValue(vertices[i]->Pid(),+1.,INS_VAL);
    1415                 else         vertexfloating->SetValue(vertices[i]->Pid(),+1.,INS_VAL);
    1416         }
    1417 
    1418         /*clean up*/
     2303        ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
     2304        Input* model_input=inputs->GetInput(modelenum);   _assert_(model_input);
     2305        Input* observation_input=inputs->GetInput(observationenum);_assert_(observation_input);
     2306        Input* weights_input     =inputs->GetInput(weightsenum);     _assert_(weights_input);
     2307
     2308        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     2309        gauss=new GaussTria(2);
     2310        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     2311
     2312                gauss->GaussPoint(ig);
     2313
     2314                /* Get Jacobian determinant: */
     2315                GetJacobianDeterminant(&Jdet, &xyz_list[0][0],gauss);
     2316
     2317                /*Get parameters at gauss point*/
     2318                model_input->GetInputValue(&model,gauss);
     2319                observation_input->GetInputValue(&observation,gauss);
     2320                weights_input->GetInputValue(&weight,gauss);
     2321
     2322                /*compute misfit between model and observation */
     2323                Jelem+=0.5*(model-observation)*(model-observation)*Jdet*weight*gauss->weight;
     2324        }
     2325
     2326        /* clean up and Return: */
    14192327        delete gauss;
    1420         xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
    1421         xDelete<IssmDouble>(xyz_list_base);
    1422 }
    1423 /*}}}*/
    1424 bool       Tria::IsNodeOnShelfFromFlags(IssmDouble* flags){/*{{{*/
    1425 
    1426         int  i;
    1427         bool shelf=false;
    1428 
    1429         for(i=0;i<NUMVERTICES;i++){
    1430                 if (flags[vertices[i]->Pid()]<0.){
    1431                         shelf=true;
    1432                         break;
    1433                 }
    1434         }
    1435         return shelf;
     2328        return Jelem;
     2329}
     2330/*}}}*/
     2331IssmDouble Tria::MisfitArea(int weightsenum){/*{{{*/
     2332
     2333        /*Intermediaries*/
     2334        IssmDouble weight;
     2335        IssmDouble Jdet;
     2336        IssmDouble Jelem = 0;
     2337        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     2338        GaussTria *gauss = NULL;
     2339
     2340        /*If on water, return 0: */
     2341        if(!IsIceInElement())return 0;
     2342
     2343        /*Retrieve all inputs we will be needing: */
     2344        ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
     2345        Input* weights_input     =inputs->GetInput(weightsenum);     _assert_(weights_input);
     2346
     2347        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     2348        gauss=new GaussTria(2);
     2349        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     2350
     2351                gauss->GaussPoint(ig);
     2352
     2353                /* Get Jacobian determinant: */
     2354                GetJacobianDeterminant(&Jdet, &xyz_list[0][0],gauss);
     2355
     2356                /*Get parameters at gauss point*/
     2357                weights_input->GetInputValue(&weight,gauss);
     2358
     2359                /*compute misfit between model and observation */
     2360                Jelem+=Jdet*weight*gauss->weight;
     2361        }
     2362
     2363        /* clean up and Return: */
     2364        delete gauss;
     2365        return Jelem;
    14362366}
    14372367/*}}}*/
    … …  
    14842414}
    14852415/*}}}*/
     2416void       Tria::NodalFunctionsDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     2417
     2418        _assert_(gauss->Enum()==GaussTriaEnum);
     2419        this->GetNodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,(GaussTria*)gauss,this->element_type);
     2420
     2421}
     2422/*}}}*/
     2423void       Tria::NodalFunctionsDerivativesVelocity(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     2424
     2425        _assert_(gauss->Enum()==GaussTriaEnum);
     2426        this->GetNodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,(GaussTria*)gauss,this->VelocityInterpolation());
     2427
     2428}
     2429/*}}}*/
     2430void       Tria::NodalFunctionsPressure(IssmDouble* basis, Gauss* gauss){/*{{{*/
     2431
     2432        _assert_(gauss->Enum()==GaussTriaEnum);
     2433        this->GetNodalFunctions(basis,(GaussTria*)gauss,this->PressureInterpolation());
     2434
     2435}
     2436/*}}}*/
    14862437void       Tria::NodalFunctionsP1(IssmDouble* basis, Gauss* gauss){/*{{{*/
    14872438
    … …  
    14912442}
    14922443/*}}}*/
     2444void       Tria::NodalFunctionsP1Derivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     2445
     2446        _assert_(gauss->Enum()==GaussTriaEnum);
     2447        this->GetNodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,(GaussTria*)gauss,P1Enum);
     2448
     2449}
     2450/*}}}*/
    14932451void       Tria::NodalFunctionsP2(IssmDouble* basis, Gauss* gauss){/*{{{*/
    14942452
    … …  
    14982456}
    14992457/*}}}*/
    1500 void       Tria::NodalFunctionsDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     2458void       Tria::NodalFunctionsTensor(IssmDouble* basis, Gauss* gauss){/*{{{*/
    15012459
    15022460        _assert_(gauss->Enum()==GaussTriaEnum);
    1503         this->GetNodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,(GaussTria*)gauss,this->element_type);
    1504 
    1505 }
    1506 /*}}}*/
    1507 void       Tria::NodalFunctionsP1Derivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    1508 
    1509         _assert_(gauss->Enum()==GaussTriaEnum);
    1510         this->GetNodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,(GaussTria*)gauss,P1Enum);
    1511 
    1512 }
    1513 /*}}}*/
    1514 void       Tria::NodalFunctionsDerivativesVelocity(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    1515 
    1516         _assert_(gauss->Enum()==GaussTriaEnum);
    1517         this->GetNodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,(GaussTria*)gauss,this->VelocityInterpolation());
     2461        this->GetNodalFunctions(basis,(GaussTria*)gauss,this->TensorInterpolation());
    15182462
    15192463}
    … …  
    15232467        _assert_(gauss->Enum()==GaussTriaEnum);
    15242468        this->GetNodalFunctions(basis,(GaussTria*)gauss,this->VelocityInterpolation());
    1525 
    1526 }
    1527 /*}}}*/
    1528 void       Tria::NodalFunctionsPressure(IssmDouble* basis, Gauss* gauss){/*{{{*/
    1529 
    1530         _assert_(gauss->Enum()==GaussTriaEnum);
    1531         this->GetNodalFunctions(basis,(GaussTria*)gauss,this->PressureInterpolation());
    1532 
    1533 }
    1534 /*}}}*/
    1535 void       Tria::NodalFunctionsTensor(IssmDouble* basis, Gauss* gauss){/*{{{*/
    1536 
    1537         _assert_(gauss->Enum()==GaussTriaEnum);
    1538         this->GetNodalFunctions(basis,(GaussTria*)gauss,this->TensorInterpolation());
    15392469
    15402470}
    … …  
    15882518}
    15892519/*}}}*/
     2520void       Tria::NormalSection(IssmDouble* normal,IssmDouble* xyz_list){/*{{{*/
     2521
     2522        /*Build unit outward pointing vector*/
     2523        IssmDouble vector[2];
     2524        IssmDouble norm;
     2525
     2526        vector[0]=xyz_list[1*3+0] - xyz_list[0*3+0];
     2527        vector[1]=xyz_list[1*3+1] - xyz_list[0*3+1];
     2528
     2529        norm=sqrt(vector[0]*vector[0] + vector[1]*vector[1]);
     2530
     2531        normal[0]= + vector[1]/norm;
     2532        normal[1]= - vector[0]/norm;
     2533}
     2534/*}}}*/
    15902535void       Tria::NormalTop(IssmDouble* top_normal,IssmDouble* xyz_list){/*{{{*/
    15912536
    … …  
    16062551}
    16072552/*}}}*/
    1608 int        Tria::VelocityInterpolation(void){/*{{{*/
    1609         return TriaRef::VelocityInterpolation(this->element_type);
     2553int        Tria::ObjectEnum(void){/*{{{*/
     2554
     2555        return TriaEnum;
     2556
    16102557}
    16112558/*}}}*/
    … …  
    16142561}
    16152562/*}}}*/
    1616 int        Tria::TensorInterpolation(void){/*{{{*/
    1617         return TriaRef::TensorInterpolation(this->element_type);
    1618 }
    1619 /*}}}*/
    16202563int        Tria::NumberofNodesPressure(void){/*{{{*/
    16212564        return TriaRef::NumberofNodes(this->PressureInterpolation());
    … …  
    16262569}
    16272570/*}}}*/
    1628 void       Tria::PositiveDegreeDay(IssmDouble* pdds,IssmDouble* pds,IssmDouble signorm){/*{{{*/
    1629 
     2571void       Tria::PositiveDegreeDay(IssmDouble* pdds,IssmDouble* pds,IssmDouble signorm,bool ismungsm){/*{{{*/
     2572 
     2573   int        i;
    16302574   IssmDouble agd[NUMVERTICES];             // surface mass balance
    16312575   IssmDouble monthlytemperatures[NUMVERTICES][12],monthlyprec[NUMVERTICES][12];
     2576   IssmDouble tmp[NUMVERTICES];
    16322577   IssmDouble h[NUMVERTICES],s[NUMVERTICES];
    1633    IssmDouble rho_water,rho_ice,desfac,s0p;
    1634 
    1635    /*Recover monthly temperatures and precipitation*/
     2578   IssmDouble rho_water,rho_ice,desfac,s0p,s0t,rlaps,rlapslgm;
     2579   IssmDouble PfacTime,TdiffTime,sealevTime;
     2580   
     2581   /*Get material parameters :*/
     2582   rho_water=matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoSeawaterEnum);
     2583   rho_ice=matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
     2584
     2585  /*Get some pdd parameters*/
     2586  desfac=matpar->GetMaterialParameter(SurfaceforcingsDesfacEnum);
     2587  s0p=matpar->GetMaterialParameter(SurfaceforcingsS0pEnum);
     2588  s0t=matpar->GetMaterialParameter(SurfaceforcingsS0tEnum);
     2589  rlaps=matpar->GetMaterialParameter(SurfaceforcingsRlapsEnum);
     2590  rlapslgm=matpar->GetMaterialParameter(SurfaceforcingsRlapslgmEnum);
     2591
     2592   /*Recover monthly temperatures and precipitation and Present day and LGm ones*/
    16362593   Input*     input=inputs->GetInput(SurfaceforcingsMonthlytemperaturesEnum); _assert_(input);
    16372594   Input*     input2=inputs->GetInput(SurfaceforcingsPrecipitationEnum); _assert_(input2);
    … …  
    16402597   this->parameters->FindParam(&time,TimeEnum);
    16412598   this->parameters->FindParam(&yts,ConstantsYtsEnum);
     2599
     2600
    16422601   for(int month=0;month<12;month++) {
    16432602     for(int iv=0;iv<NUMVERTICES;iv++) {
    … …  
    16462605       monthlytemperatures[iv][month]=monthlytemperatures[iv][month]-273.15; // conversion from Kelvin to celcius
    16472606       input2->GetInputValue(&monthlyprec[iv][month],gauss,time+month/12.*yts);
    1648        monthlyprec[iv][month]=monthlyprec[iv][month]*yts; // convertion in m/y
    16492607     }
    16502608   }
     2609
     2610  /*Recover Pfac, Tdiff and sealev at time t:
     2611    This parameters are used to interpolate the temperature
     2612    and precipitaton between PD and LGM when ismungsm==1 */
     2613  if (ismungsm==1){ 
     2614    this->parameters->FindParam(&TdiffTime,SurfaceforcingsTdiffEnum,time);
     2615    this->parameters->FindParam(&sealevTime,SurfaceforcingsSealevEnum,time);
     2616  }
     2617  else {
     2618    TdiffTime=0;
     2619    sealevTime=0; 
     2620  }
    16512621
    16522622  /*Recover info at the vertices: */
    16532623  GetInputListOnVertices(&h[0],ThicknessEnum);
    16542624  GetInputListOnVertices(&s[0],SurfaceEnum);
    1655 
    1656   /*Get material parameters :*/
    1657   rho_ice=matpar->GetRhoIce();
    1658   rho_water=matpar->GetRhoFreshwater();
    1659 
    1660   /*Get desertification effect parameters*/
    1661   desfac=matpar->GetDesFac();
    1662   s0p=matpar->GetS0p();
    1663 
     2625     
    16642626   /*measure the surface mass balance*/
    1665    for (int iv = 0; iv<NUMVERTICES; iv++){
    1666      agd[iv]=PddSurfaceMassBlance(&monthlytemperatures[iv][0], &monthlyprec[iv][0], pdds, pds, signorm, yts, h[iv], s[iv], rho_ice, rho_water, desfac, s0p);
     2627  for (int iv = 0; iv<NUMVERTICES; iv++){
     2628     agd[iv]=PddSurfaceMassBalance(&monthlytemperatures[iv][0], &monthlyprec[iv][0],
     2629                                  pdds, pds, signorm, yts, h[iv], s[iv],
     2630                                  desfac, s0t, s0p,rlaps,rlapslgm,TdiffTime,sealevTime,
     2631                                  rho_water,rho_ice);
    16672632   }
    16682633
    16692634   /*Update inputs*/   
     2635   // TransientInput* NewTemperatureInput = new TransientInput(SurfaceforcingsMonthlytemperaturesEnum);
     2636   // TransientInput* NewPrecipitationInput = new TransientInput(SurfaceforcingsPrecipitationEnum);
     2637   // for (int imonth=0;imonth<12;imonth++) {
     2638   //   for(i=0;i<NUMVERTICES;i++) tmp[i]=monthlytemperatures[i][imonth];
     2639   //   TriaInput* newmonthinput1 = new TriaInput(SurfaceforcingsMonthlytemperaturesEnum,&tmp[0],P1Enum);
     2640   //   NewTemperatureInput->AddTimeInput(newmonthinput1,time+imonth/12.*yts);
     2641   //
     2642   //   for(i=0;i<NUMVERTICES;i++) tmp[i]=monthlyprec[i][imonth];
     2643   //   TriaInput* newmonthinput2 = new TriaInput(SurfaceforcingsPrecipitationEnum,&tmp[0],P1Enum);
     2644   //   NewPrecipitationInput->AddTimeInput(newmonthinput2,time+imonth/12.*yts);
     2645   // }
     2646   // NewTemperatureInput->Configure(this->parameters);
     2647   // NewPrecipitationInput->Configure(this->parameters);
     2648
     2649
    16702650   this->inputs->AddInput(new TriaInput(SurfaceforcingsMassBalanceEnum,&agd[0],P1Enum));
     2651   // this->inputs->AddInput(NewTemperatureInput);
     2652   // this->inputs->AddInput(NewPrecipitationInput);
    16712653   // this->inputs->AddInput(new TriaVertexInput(ThermalSpcTemperatureEnum,&Tsurf[0]));
     2654
     2655   //this->InputExtrude(SurfaceforcingsMassBalanceEnum,-1);
     2656   // this->InputExtrude(SurfaceforcingsMonthlytemperaturesEnum,-1);
     2657   // this->InputExtrude(SurfaceforcingsPrecipitationEnum,-1);
    16722658
    16732659        /*clean-up*/
    16742660        delete gauss;
     2661}
     2662/*}}}*/
     2663void       Tria::PotentialUngrounding(Vector<IssmDouble>* potential_ungrounding){/*{{{*/
     2664
     2665        IssmDouble  h[NUMVERTICES],r[NUMVERTICES],gl[NUMVERTICES];
     2666        IssmDouble  bed_hydro;
     2667        IssmDouble  rho_water,rho_ice,density;
     2668
     2669        /*material parameters: */
     2670        rho_water=matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoSeawaterEnum);
     2671        rho_ice=matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
     2672        density=rho_ice/rho_water;
     2673        GetInputListOnVertices(&h[0],ThicknessEnum);
     2674        GetInputListOnVertices(&r[0],BedEnum);
     2675        GetInputListOnVertices(&gl[0],MaskGroundediceLevelsetEnum);
     2676
     2677        /*go through vertices, and figure out which ones are grounded and want to unground: */
     2678        for(int i=0;i<NUMVERTICES;i++){
     2679                /*Find if grounded vertices want to start floating*/
     2680                if (gl[i]>0.){
     2681                        bed_hydro=-density*h[i];
     2682                        if(bed_hydro>r[i]){
     2683                                /*Vertex that could potentially unground, flag it*/
     2684                                potential_ungrounding->SetValue(vertices[i]->Pid(),1,INS_VAL);
     2685                        }
     2686                }
     2687        }
    16752688}
    16762689/*}}}*/
    … …  
    17262739        if(!HasNodeOnBase() ||  approximation!=FSApproximationEnum) return;
    17272740
    1728         //printf("element number %i \n",this->id);
    17292741        /*Get inputs*/
    17302742        Input* slope_input=inputs->GetInput(BedSlopeXEnum);                             _assert_(slope_input);
    … …  
    17472759                        xz_plane[1]=sin(theta);       xz_plane[4]=0.; 
    17482760                        xz_plane[2]=0.;               xz_plane[5]=1.;         
     2761
    17492762                        if(groundedice>=0){
    17502763                                this->nodes[i]->DofInSSet(1); //vy
    … …  
    17852798}
    17862799/*}}}*/
    1787 Seg*       Tria::SpawnSeg(int index1,int index2){/*{{{*/
    1788 
     2800void       Tria::SetControlInputsFromVector(IssmDouble* vector,int control_enum,int control_index){/*{{{*/
     2801
     2802        IssmDouble  values[NUMVERTICES];
     2803        int         vertexpidlist[NUMVERTICES],control_init;
     2804
     2805
     2806        /*Get Domain type*/
     2807        int domaintype;
     2808        parameters->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
     2809
     2810        /*Specific case for depth averaged quantities*/
     2811        control_init=control_enum;
     2812        if(domaintype==Domain2DverticalEnum){
     2813                if(control_enum==MaterialsRheologyBbarEnum){
     2814                        control_enum=MaterialsRheologyBEnum;
     2815                        if(!IsOnBase()) return;
     2816                }
     2817                if(control_enum==DamageDbarEnum){
     2818                        control_enum=DamageDEnum;
     2819                        if(!IsOnBase()) return;
     2820                }
     2821        }
     2822
     2823        /*Get out if this is not an element input*/
     2824        if(!IsInput(control_enum)) return;
     2825
     2826        /*Prepare index list*/
     2827        GradientIndexing(&vertexpidlist[0],control_index);
     2828
     2829        /*Get values on vertices*/
     2830        for(int i=0;i<NUMVERTICES;i++){
     2831                values[i]=vector[vertexpidlist[i]];
     2832        }
     2833        Input* new_input = new TriaInput(control_enum,values,P1Enum);
     2834        Input* input     = (Input*)this->inputs->GetInput(control_enum);   _assert_(input);
     2835        if(input->ObjectEnum()!=ControlInputEnum){
     2836                _error_("input " << EnumToStringx(control_enum) << " is not a ControlInput");
     2837        }
     2838
     2839        ((ControlInput*)input)->SetInput(new_input);
     2840}
     2841/*}}}*/
     2842void       Tria::SetCurrentConfiguration(Elements* elementsin, Loads* loadsin, Nodes* nodesin, Materials* materialsin, Parameters* parametersin){/*{{{*/
     2843
     2844        /*go into parameters and get the analysis_counter: */
    17892845        int analysis_counter;
    1790 
    1791         /*go into parameters and get the analysis_counter: */
    1792         this->parameters->FindParam(&analysis_counter,AnalysisCounterEnum);
    1793 
    1794         /*Create Seg*/
    1795         Seg* seg=new Seg();
    1796         seg->id=this->id;
    1797         seg->inputs=(Inputs*)this->inputs->SpawnSegInputs(index1,index2);
    1798         seg->parameters=this->parameters;
    1799         seg->element_type=P1Enum; //Only P1 CG for now (TO BE CHANGED)
    1800         this->SpawnSegHook(dynamic_cast<ElementHook*>(seg),index1,index2);
    1801 
    1802         /*Spawn material*/
    1803         seg->material=(Material*)this->material->copy2(seg);
    1804 
    1805         /*recover nodes, material and matpar: */
    1806         seg->nodes    = (Node**)seg->hnodes[analysis_counter]->deliverp();
    1807         seg->vertices = (Vertex**)seg->hvertices->deliverp();
    1808         seg->matpar   = (Matpar*)seg->hmatpar->delivers();
    1809 
    1810         /*Return new Seg*/
    1811         return seg;
     2846        parametersin->FindParam(&analysis_counter,AnalysisCounterEnum);
     2847
     2848        /*Get Element type*/
     2849        if(this->element_type_list) this->element_type=this->element_type_list[analysis_counter];
     2850
     2851        /*Pick up nodes*/
     2852        if(this->hnodes && this->hnodes[analysis_counter]){
     2853                this->nodes=(Node**)this->hnodes[analysis_counter]->deliverp();
     2854        }
     2855
    18122856}
    18132857/*}}}*/
    … …  
    18302874}
    18312875/*}}}*/
     2876Seg*       Tria::SpawnSeg(int index1,int index2){/*{{{*/
     2877
     2878        int analysis_counter;
     2879
     2880        /*go into parameters and get the analysis_counter: */
     2881        this->parameters->FindParam(&analysis_counter,AnalysisCounterEnum);
     2882
     2883        /*Create Seg*/
     2884        Seg* seg=new Seg();
     2885        seg->id=this->id;
     2886        seg->inputs=(Inputs*)this->inputs->SpawnSegInputs(index1,index2);
     2887        seg->parameters=this->parameters;
     2888        seg->element_type=P1Enum; //Only P1 CG for now (TO BE CHANGED)
     2889        this->SpawnSegHook(xDynamicCast<ElementHook*>(seg),index1,index2);
     2890
     2891        /*Spawn material*/
     2892        seg->material=(Material*)this->material->copy2(seg);
     2893
     2894        /*recover nodes, material and matpar: */
     2895        seg->nodes    = (Node**)seg->hnodes[analysis_counter]->deliverp();
     2896        seg->vertices = (Vertex**)seg->hvertices->deliverp();
     2897        seg->matpar   = (Matpar*)seg->hmatpar->delivers();
     2898
     2899        /*Return new Seg*/
     2900        return seg;
     2901}
     2902/*}}}*/
    18322903Element*   Tria::SpawnTopElement(void){/*{{{*/
    18332904
    … …  
    18482919}
    18492920/*}}}*/
    1850 void       Tria::SetCurrentConfiguration(Elements* elementsin, Loads* loadsin, Nodes* nodesin, Materials* materialsin, Parameters* parametersin){/*{{{*/
    1851 
    1852         /*go into parameters and get the analysis_counter: */
    1853         int analysis_counter;
    1854         parametersin->FindParam(&analysis_counter,AnalysisCounterEnum);
    1855 
    1856         /*Get Element type*/
    1857         if(this->element_type_list) this->element_type=this->element_type_list[analysis_counter];
    1858 
    1859         /*Pick up nodes*/
    1860         if(this->hnodes && this->hnodes[analysis_counter]){
    1861                 this->nodes=(Node**)this->hnodes[analysis_counter]->deliverp();
    1862         }
    1863 
     2921void       Tria::StrainRateparallel(){/*{{{*/
     2922
     2923        IssmDouble *xyz_list = NULL;
     2924        IssmDouble  epsilon[3];
     2925        GaussTria* gauss=NULL;
     2926        IssmDouble  vx,vy,vel;
     2927        IssmDouble  strainxx;
     2928        IssmDouble  strainxy;
     2929        IssmDouble  strainyy;
     2930        IssmDouble  strainparallel[NUMVERTICES];
     2931
     2932        /* Get node coordinates and dof list: */
     2933        this->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     2934
     2935        /*Retrieve all inputs we will need*/
     2936        Input* vx_input=inputs->GetInput(VxEnum);                                  _assert_(vx_input);
     2937        Input* vy_input=inputs->GetInput(VyEnum);                                  _assert_(vy_input);
     2938
     2939        /* Start looping on the number of vertices: */
     2940        gauss=new GaussTria();
     2941        for (int iv=0;iv<NUMVERTICES;iv++){
     2942                gauss->GaussVertex(iv);
     2943
     2944                /* Get the value we need*/
     2945                vx_input->GetInputValue(&vx,gauss);
     2946                vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
     2947                vel=vx*vx+vy*vy;
     2948
     2949                /*Compute strain rate viscosity and pressure: */
     2950                this->StrainRateSSA(&epsilon[0],xyz_list,gauss,vx_input,vy_input);
     2951                strainxx=epsilon[0];
     2952                strainyy=epsilon[1];
     2953                strainxy=epsilon[2];
     2954
     2955                /*strainparallel= Strain rate along the ice flow direction */
     2956                strainparallel[iv]=(vx*vx*(strainxx)+vy*vy*(strainyy)+2*vy*vx*strainxy)/(vel+1.e-14);
     2957        }
     2958
     2959        /*Add input*/
     2960        this->inputs->AddInput(new TriaInput(StrainRateparallelEnum,&strainparallel[0],P1Enum));
     2961
     2962        /*Clean up and return*/
     2963        delete gauss;
     2964        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
     2965}
     2966/*}}}*/
     2967void       Tria::StrainRateperpendicular(){/*{{{*/
     2968
     2969        IssmDouble *xyz_list = NULL;
     2970        GaussTria* gauss=NULL;
     2971        IssmDouble  epsilon[3];
     2972        IssmDouble  vx,vy,vel;
     2973        IssmDouble  strainxx;
     2974        IssmDouble  strainxy;
     2975        IssmDouble  strainyy;
     2976        IssmDouble  strainperpendicular[NUMVERTICES];
     2977
     2978        /* Get node coordinates and dof list: */
     2979        this->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
     2980
     2981        /*Retrieve all inputs we will need*/
     2982        Input* vx_input=inputs->GetInput(VxEnum);                                  _assert_(vx_input);
     2983        Input* vy_input=inputs->GetInput(VyEnum);                                  _assert_(vy_input);
     2984
     2985        /* Start looping on the number of vertices: */
     2986        gauss=new GaussTria();
     2987        for (int iv=0;iv<NUMVERTICES;iv++){
     2988                gauss->GaussVertex(iv);
     2989
     2990                /* Get the value we need*/
     2991                vx_input->GetInputValue(&vx,gauss);
     2992                vy_input->GetInputValue(&vy,gauss);
     2993                vel=vx*vx+vy*vy;
     2994
     2995                /*Compute strain rate viscosity and pressure: */
     2996                this->StrainRateSSA(&epsilon[0],xyz_list,gauss,vx_input,vy_input);
     2997                strainxx=epsilon[0];
     2998                strainyy=epsilon[1];
     2999                strainxy=epsilon[2];
     3000
     3001                /*strainperpendicular= Strain rate perpendicular to the ice flow direction */
     3002                strainperpendicular[iv]=(vx*vx*(strainyy)+vy*vy*(strainxx)-2*vy*vx*strainxy)/(vel+1.e-14);
     3003        }
     3004
     3005        /*Add input*/
     3006        this->inputs->AddInput(new TriaInput(StrainRateperpendicularEnum,&strainperpendicular[0],P1Enum));
     3007
     3008        /*Clean up and return*/
     3009        delete gauss;
     3010        xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
    18643011}
    18653012/*}}}*/
    … …  
    18893036        /*Return: */
    18903037        return S;
     3038}
     3039/*}}}*/
     3040int        Tria::TensorInterpolation(void){/*{{{*/
     3041        return TriaRef::TensorInterpolation(this->element_type);
    18913042}
    18923043/*}}}*/
    … …  
    19303081
    19313082        return dt;
     3083}
     3084/*}}}*/
     3085IssmDouble Tria::TotalSmb(void){/*{{{*/
     3086
     3087        /*The smb[kg yr-1] of one element is area[m2] * smb [kg m^-2 yr^-1]*/
     3088        IssmDouble base,smb,rho_ice;
     3089        IssmDouble Total_Smb=0;
     3090        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     3091
     3092        /*Get material parameters :*/
     3093        rho_ice=matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
     3094
     3095   if(!IsIceInElement())return 0;
     3096
     3097        ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
     3098
     3099        /*First calculate the area of the base (cross section triangle)
     3100         * http://en.wikipedia.org/wiki/Triangle
     3101         * base = 1/2 abs((xA-xC)(yB-yA)-(xA-xB)(yC-yA))*/
     3102        base = 1./2. * fabs((xyz_list[0][0]-xyz_list[2][0])*(xyz_list[1][1]-xyz_list[0][1]) - (xyz_list[0][0]-xyz_list[1][0])*(xyz_list[2][1]-xyz_list[0][1])); // area of element in m2
     3103
     3104        /*Now get the average SMB over the element*/
     3105        Input* smb_input = inputs->GetInput(SurfaceforcingsMassBalanceEnum); _assert_(smb_input);
     3106        smb_input->GetInputAverage(&smb);                                                                                                                                                                                               // average smb on element in m ice s-1
     3107   Total_Smb=rho_ice*base*smb;                                                                                                                                                                                                                  // smb on element in kg s-1
     3108
     3109        /*Return: */
     3110        return Total_Smb;
    19323111}
    19333112/*}}}*/
    … …  
    20523231                        tria_node_ids[9]=iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+iomodel->numberofedges+iomodel->numberofelements+3*index+3;
    20533232                        break;
     3233                case LACrouzeixRaviartEnum:
     3234                        numnodes        = 7;
     3235                        tria_node_ids   = xNew<int>(numnodes);
     3236                        tria_node_ids[0]=iomodel->nodecounter+iomodel->elements[3*index+0];
     3237                        tria_node_ids[1]=iomodel->nodecounter+iomodel->elements[3*index+1];
     3238                        tria_node_ids[2]=iomodel->nodecounter+iomodel->elements[3*index+2];
     3239                        tria_node_ids[3]=iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+iomodel->elementtoedgeconnectivity[3*index+0]+1;
     3240                        tria_node_ids[4]=iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+iomodel->elementtoedgeconnectivity[3*index+1]+1;
     3241                        tria_node_ids[5]=iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+iomodel->elementtoedgeconnectivity[3*index+2]+1;
     3242                        tria_node_ids[6]=iomodel->nodecounter+iomodel->numberofvertices+iomodel->numberofedges+index+1;
     3243                        break;
    20543244                default:
    20553245                        _error_("Finite element "<<EnumToStringx(finiteelement_type)<<" not supported yet");
    … …  
    21103300}
    21113301/*}}}*/
     3302int        Tria::UpdatePotentialUngrounding(IssmDouble* vertices_potentially_ungrounding,Vector<IssmDouble>* vec_nodes_on_iceshelf,IssmDouble* nodes_on_iceshelf){/*{{{*/
     3303
     3304        int i;
     3305        int nflipped=0;
     3306
     3307        /*Go through nodes, and whoever is on the potential_ungrounding, ends up in nodes_on_iceshelf: */
     3308        for(i=0;i<3;i++){
     3309                if (reCast<bool>(vertices_potentially_ungrounding[vertices[i]->Pid()])){
     3310                        vec_nodes_on_iceshelf->SetValue(vertices[i]->Pid(),-1.,INS_VAL);
     3311
     3312                        /*If node was not on ice shelf, we flipped*/
     3313                        if(nodes_on_iceshelf[vertices[i]->Pid()]>=0.){
     3314                                nflipped++;
     3315                        }
     3316                }
     3317        }
     3318        return nflipped;
     3319}
     3320/*}}}*/
     3321void       Tria::ValueP1DerivativesOnGauss(IssmDouble* dvalue,IssmDouble* values,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     3322        TriaRef::GetInputDerivativeValue(dvalue,values,xyz_list,gauss,P1Enum);
     3323}
     3324/*}}}*/
    21123325void       Tria::ValueP1OnGauss(IssmDouble* pvalue,IssmDouble* values,Gauss* gauss){/*{{{*/
    21133326        TriaRef::GetInputValue(pvalue,values,gauss,P1Enum);
    21143327}
    21153328/*}}}*/
    2116 void       Tria::ValueP1DerivativesOnGauss(IssmDouble* dvalue,IssmDouble* values,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    2117         TriaRef::GetInputDerivativeValue(dvalue,values,xyz_list,gauss,P1Enum);
     3329int        Tria::VelocityInterpolation(void){/*{{{*/
     3330        return TriaRef::VelocityInterpolation(this->element_type);
    21183331}
    21193332/*}}}*/
    … …  
    21233336}
    21243337/*}}}*/
    2125 bool       Tria::IsZeroLevelset(int levelset_enum){/*{{{*/
    2126 
    2127         bool iszerols;
    2128         IssmDouble ls[NUMVERTICES];
    2129 
    2130         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    2131         GetInputListOnVertices(&ls[0],levelset_enum);
    2132 
    2133         /*If the level set is awlays <0, there is no ice front here*/
    2134         iszerols= false;
    2135         if(IsIceInElement()){
    2136                 if(ls[0]*ls[1]<0. || ls[0]*ls[2]<0. || (ls[0]*ls[1]*ls[2]==0. && ls[0]*ls[1]+ls[0]*ls[2]+ls[1]*ls[2]<=0.)){
    2137                         iszerols = true;
    2138                 }
    2139         }
    2140 
    2141         return iszerols;
    2142 }
    2143 /*}}}*/
    2144 bool       Tria::IsIcefront(void){/*{{{*/
    2145 
    2146         bool isicefront;
    2147         int i,nrice;
    2148    IssmDouble ls[NUMVERTICES];
    2149 
    2150         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    2151         GetInputListOnVertices(&ls[0],MaskIceLevelsetEnum);
    2152 
    2153         /* If only one vertex has ice, there is an ice front here */
    2154         isicefront=false;
    2155         if(IsIceInElement()){
    2156                 nrice=0;       
    2157                 for(i=0;i<NUMVERTICES;i++)
    2158                         if(ls[i]<0.) nrice++;
    2159                 if(nrice==1) isicefront= true;
    2160         }
    2161         return isicefront;
    2162 }/*}}}*/
    2163 bool       Tria::IsFaceOnBoundary(void){/*{{{*/
    2164 
    2165         IssmDouble values[NUMVERTICES];
    2166         IssmDouble sum;
    2167 
    2168         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    2169         GetInputListOnVertices(&values[0],MeshVertexonboundaryEnum);
    2170         sum = values[0]+values[1]+values[2];
    2171 
    2172         _assert_(sum==0. || sum==1. || sum==2.);
    2173 
    2174         if(sum==3.)  _error_("Two edges on boundary not supported yet...");
    2175 
    2176         if(sum>1.){
    2177                 return true;
    2178         }
    2179         else{
    2180                 return false;
    2181         }
    2182 }/*}}}*/
    2183 void       Tria::AverageOntoPartition(Vector<IssmDouble>* partition_contributions,Vector<IssmDouble>* partition_areas,IssmDouble* vertex_response,IssmDouble* qmu_part){/*{{{*/
    2184 
    2185         bool       already = false;
    2186         int        i,j;
    2187         int        partition[NUMVERTICES];
    2188         int        offsetsid[NUMVERTICES];
    2189         int        offsetdof[NUMVERTICES];
    2190         IssmDouble area;
    2191         IssmDouble mean;
    2192 
    2193         /*First, get the area: */
    2194         area=this->GetArea();
    2195 
    2196         /*Figure out the average for this element: */
    2197         this->GetVerticesSidList(&offsetsid[0]);
    2198         this->GetVertexPidList(&offsetdof[0]);
    2199         mean=0;
    2200         for(i=0;i<NUMVERTICES;i++){
    2201                 partition[i]=reCast<int>(qmu_part[offsetsid[i]]);
    2202                 mean=mean+1.0/NUMVERTICES*vertex_response[offsetdof[i]];
    2203         }
    2204 
    2205         /*Add contribution: */
    2206         for(i=0;i<NUMVERTICES;i++){
    2207                 already=false;
    2208                 for(j=0;j<i;j++){
    2209                         if (partition[i]==partition[j]){
    2210                                 already=true;
    2211                                 break;
     3338void       Tria::ZeroLevelsetCoordinates(IssmDouble** pxyz_zero,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum){/*{{{*/
     3339        /* Return coordinates where levelset intersects element edges.
     3340         * Attention: In case that no intersection exists, NULL pointer is returned.*/
     3341
     3342        /*Intermediaries*/
     3343        const int dim=3;
     3344        int numiceverts;
     3345        int i, n, e, counter;
     3346        IssmDouble s[2];
     3347        int* indices=NULL;
     3348        IssmDouble* xyz_zero=NULL;
     3349
     3350        this->GetLevelsetIntersection(&indices, &numiceverts, s, MaskIceLevelsetEnum, 0.);
     3351       
     3352        //TODO: check if for 2 iceverts front segment is oriented in CCW way
     3353       
     3354        if(numiceverts>0) xyz_zero=xNew<IssmDouble>(2*dim);
     3355        if((numiceverts>0)&&(numiceverts<NUMVERTICES)){
     3356                counter=0;
     3357                for(i=0;i<numiceverts;i++){     // iterate over ice vertices
     3358                        for(n=numiceverts;n<NUMVERTICES;n++){ // iterate over no-ice vertices
     3359                                for(e=0;e<dim;e++){ // spatial direction
     3360                                        int ind_ice             =dim*indices[i]+e;
     3361                                        int ind_noice   =dim*indices[n]+e;
     3362                                        int ind                 =dim*counter+e;
     3363                                        xyz_zero[ind]=xyz_list[ind_ice]+s[counter]*(xyz_list[ind_noice]-xyz_list[ind_ice]);
     3364                                }
     3365                                counter++;
    22123366                        }
    22133367                }
    2214                 if(!already){
    2215                         partition_contributions->SetValue(partition[i],mean*area,ADD_VAL);
    2216                         partition_areas->SetValue(partition[i],area,ADD_VAL);
    2217                 };
    2218         }
    2219 }
    2220 /*}}}*/
    2221 IssmDouble Tria::IceVolume(void){/*{{{*/
    2222 
    2223         /*The volume of a troncated prism is base * 1/3 sum(length of edges)*/
    2224         IssmDouble base,surface,bed;
    2225         IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
    2226 
    2227         if(!IsIceInElement())return 0;
    2228 
    2229         /*First get back the area of the base*/
    2230         base=this->GetArea();
    2231 
    2232         /*Now get the average height*/
    2233         Input* surface_input = inputs->GetInput(SurfaceEnum); _assert_(surface_input);
    2234         Input* base_input     = inputs->GetInput(BaseEnum);     _assert_(base_input);
    2235         surface_input->GetInputAverage(&surface);
    2236         base_input->GetInputAverage(&bed);
    2237 
    2238         /*Return: */
    2239         int domaintype;
    2240         parameters->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
    2241         if(domaintype==Domain2DverticalEnum){
    2242           return base;
    2243         }
    2244         else{
    2245           return base*(surface-bed);
    2246         }
    2247 }
    2248 /*}}}*/
    2249 IssmDouble Tria::IceVolumeAboveFloatation(void){/*{{{*/
    2250 
    2251         /*The volume above floatation: H + rho_water/rho_ice * bathymetry */
    2252         IssmDouble rho_ice,rho_water;
    2253         IssmDouble base,surface,bed,bathymetry;
    2254         IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
    2255 
    2256         if(!IsIceInElement() || IsFloating())return 0;
    2257 
    2258         rho_ice=matpar->GetRhoIce();
    2259         rho_water=matpar->GetRhoWater();
    2260         ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
    2261 
    2262         /*First calculate the area of the base (cross section triangle)
    2263          * http://en.wikipedia.org/wiki/Triangle
    2264          * base = 1/2 abs((xA-xC)(yB-yA)-(xA-xB)(yC-yA))*/
    2265         base = 1./2. * fabs((xyz_list[0][0]-xyz_list[2][0])*(xyz_list[1][1]-xyz_list[0][1]) - (xyz_list[0][0]-xyz_list[1][0])*(xyz_list[2][1]-xyz_list[0][1]));
    2266 
    2267         /*Now get the average height and bathymetry*/
    2268         Input* surface_input    = inputs->GetInput(SurfaceEnum);    _assert_(surface_input);
    2269         Input* base_input        = inputs->GetInput(BaseEnum);        _assert_(base_input);
    2270         Input* bed_input = inputs->GetInput(BedEnum); _assert_(bed_input);
    2271         surface_input->GetInputAverage(&surface);
    2272         base_input->GetInputAverage(&bed);
    2273         bed_input->GetInputAverage(&bathymetry);
    2274        
    2275         /*Return: */
    2276         return base*(surface-bed+min(rho_water/rho_ice*bathymetry,0.));
    2277 }
    2278 /*}}}*/
    2279 IssmDouble Tria::MassFlux( IssmDouble x1, IssmDouble y1, IssmDouble x2, IssmDouble y2,int segment_id){/*{{{*/
    2280 
    2281         int        domaintype;
    2282         IssmDouble mass_flux=0.;
    2283         IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
    2284         IssmDouble normal[2];
    2285         IssmDouble length,rho_ice;
    2286         IssmDouble h1,h2;
    2287         IssmDouble vx1,vx2,vy1,vy2;
    2288         GaussTria* gauss_1=NULL;
    2289         GaussTria* gauss_2=NULL;
    2290 
    2291         /*Get material parameters :*/
    2292         rho_ice=matpar->GetRhoIce();
    2293 
    2294         /*First off, check that this segment belongs to this element: */
    2295         if (segment_id!=this->id)_error_("error message: segment with id " << segment_id << " does not belong to element with id:" << this->id);
    2296 
    2297         /*Get xyz list: */
    2298         ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
    2299 
    2300         /*get area coordinates of 0 and 1 locations: */
    2301         gauss_1=new GaussTria();
    2302         gauss_1->GaussFromCoords(x1,y1,&xyz_list[0][0]);
    2303         gauss_2=new GaussTria();
    2304         gauss_2->GaussFromCoords(x2,y2,&xyz_list[0][0]);
    2305 
    2306         normal[0]=cos(atan2(x1-x2,y2-y1));
    2307         normal[1]=sin(atan2(x1-x2,y2-y1));
    2308 
    2309         length=sqrt(pow(x2-x1,2)+pow(y2-y1,2));
    2310 
    2311         Input* thickness_input=inputs->GetInput(ThicknessEnum); _assert_(thickness_input);
    2312         this->parameters->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
    2313         Input* vx_input=NULL;
    2314         Input* vy_input=NULL;
    2315         if(domaintype==Domain2DhorizontalEnum){
    2316                 vx_input=inputs->GetInput(VxEnum); _assert_(vx_input);
    2317                 vy_input=inputs->GetInput(VyEnum); _assert_(vy_input);
    2318         }
    2319         else{
    2320                 vx_input=inputs->GetInput(VxAverageEnum); _assert_(vx_input);
    2321                 vy_input=inputs->GetInput(VyAverageEnum); _assert_(vy_input);
    2322         }
    2323 
    2324         thickness_input->GetInputValue(&h1, gauss_1);
    2325         thickness_input->GetInputValue(&h2, gauss_2);
    2326         vx_input->GetInputValue(&vx1,gauss_1);
    2327         vx_input->GetInputValue(&vx2,gauss_2);
    2328         vy_input->GetInputValue(&vy1,gauss_1);
    2329         vy_input->GetInputValue(&vy2,gauss_2);
    2330 
    2331         mass_flux= rho_ice*length*( 
    2332                                 (ONETHIRD*(h1-h2)*(vx1-vx2)+0.5*h2*(vx1-vx2)+0.5*(h1-h2)*vx2+h2*vx2)*normal[0]+
    2333                                 (ONETHIRD*(h1-h2)*(vy1-vy2)+0.5*h2*(vy1-vy2)+0.5*(h1-h2)*vy2+h2*vy2)*normal[1]
    2334                                 );
    2335 
    2336         /*clean up and return:*/
    2337         delete gauss_1;
    2338         delete gauss_2;
    2339         return mass_flux;
    2340 }
    2341 /*}}}*/
    2342 IssmDouble Tria::MassFlux( IssmDouble* segment){/*{{{*/
    2343 
    2344         int        domaintype;
    2345         IssmDouble mass_flux=0.;
    2346         IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
    2347         IssmDouble normal[2];
    2348         IssmDouble length,rho_ice;
    2349         IssmDouble x1,y1,x2,y2,h1,h2;
    2350         IssmDouble vx1,vx2,vy1,vy2;
    2351         GaussTria* gauss_1=NULL;
    2352         GaussTria* gauss_2=NULL;
    2353 
    2354         /*Get material parameters :*/
    2355         rho_ice=matpar->GetRhoIce();
    2356 
    2357         /*First off, check that this segment belongs to this element: */
    2358         if (reCast<int>(*(segment+4))!=this->id)_error_("error message: segment with id " << reCast<int>(*(segment+4)) << " does not belong to element with id:" << this->id);
    2359 
    2360         /*Recover segment node locations: */
    2361         x1=*(segment+0); y1=*(segment+1); x2=*(segment+2); y2=*(segment+3);
    2362 
    2363         /*Get xyz list: */
    2364         ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
    2365 
    2366         /*get area coordinates of 0 and 1 locations: */
    2367         gauss_1=new GaussTria();
    2368         gauss_1->GaussFromCoords(x1,y1,&xyz_list[0][0]);
    2369         gauss_2=new GaussTria();
    2370         gauss_2->GaussFromCoords(x2,y2,&xyz_list[0][0]);
    2371 
    2372         normal[0]=cos(atan2(x1-x2,y2-y1));
    2373         normal[1]=sin(atan2(x1-x2,y2-y1));
    2374 
    2375         length=sqrt(pow(x2-x1,2)+pow(y2-y1,2));
    2376 
    2377         Input* thickness_input=inputs->GetInput(ThicknessEnum); _assert_(thickness_input);
    2378         this->parameters->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
    2379         Input* vx_input=NULL;
    2380         Input* vy_input=NULL;
    2381         if(domaintype==Domain2DhorizontalEnum){
    2382                 vx_input=inputs->GetInput(VxEnum); _assert_(vx_input);
    2383                 vy_input=inputs->GetInput(VyEnum); _assert_(vy_input);
    2384         }
    2385         else{
    2386                 vx_input=inputs->GetInput(VxAverageEnum); _assert_(vx_input);
    2387                 vy_input=inputs->GetInput(VyAverageEnum); _assert_(vy_input);
    2388         }
    2389 
    2390         thickness_input->GetInputValue(&h1, gauss_1);
    2391         thickness_input->GetInputValue(&h2, gauss_2);
    2392         vx_input->GetInputValue(&vx1,gauss_1);
    2393         vx_input->GetInputValue(&vx2,gauss_2);
    2394         vy_input->GetInputValue(&vy1,gauss_1);
    2395         vy_input->GetInputValue(&vy2,gauss_2);
    2396 
    2397         mass_flux= rho_ice*length*( 
    2398                                 (ONETHIRD*(h1-h2)*(vx1-vx2)+0.5*h2*(vx1-vx2)+0.5*(h1-h2)*vx2+h2*vx2)*normal[0]+
    2399                                 (ONETHIRD*(h1-h2)*(vy1-vy2)+0.5*h2*(vy1-vy2)+0.5*(h1-h2)*vy2+h2*vy2)*normal[1]
    2400                                 );
    2401 
    2402         /*clean up and return:*/
    2403         delete gauss_1;
    2404         delete gauss_2;
    2405         return mass_flux;
    2406 }
    2407 /*}}}*/
    2408 void       Tria::ElementResponse(IssmDouble* presponse,int response_enum){/*{{{*/
    2409 
    2410         switch(response_enum){
    2411                 case MaterialsRheologyBbarEnum:
    2412                         *presponse=this->material->GetBbar();
    2413                         break;
    2414 
    2415                 case VelEnum:{
    2416 
    2417                         /*Get input:*/
    2418                         IssmDouble vel;
    2419                         Input* vel_input;
    2420 
    2421                         vel_input=this->inputs->GetInput(VelEnum); _assert_(vel_input);
    2422                         vel_input->GetInputAverage(&vel);
    2423 
    2424                         /*Assign output pointers:*/
    2425                         *presponse=vel;}
    2426                         break;
    2427                 default: 
    2428                         _error_("Response type " << EnumToStringx(response_enum) << " not supported yet!");
    2429         }
    2430 
    2431 }
    2432 /*}}}*/
    2433 IssmDouble Tria::TotalSmb(void){/*{{{*/
    2434 
    2435         /*The smb[kg yr-1] of one element is area[m2] * smb [kg m^-2 yr^-1]*/
    2436         IssmDouble base,smb,rho_ice;
    2437         IssmDouble Total_Smb=0;
    2438         IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
    2439 
    2440         /*Get material parameters :*/
    2441         rho_ice=matpar->GetRhoIce();
    2442 
    2443    if(!IsIceInElement())return 0;
    2444 
    2445         ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
    2446 
    2447         /*First calculate the area of the base (cross section triangle)
    2448          * http://en.wikipedia.org/wiki/Triangle
    2449          * base = 1/2 abs((xA-xC)(yB-yA)-(xA-xB)(yC-yA))*/
    2450         base = 1./2. * fabs((xyz_list[0][0]-xyz_list[2][0])*(xyz_list[1][1]-xyz_list[0][1]) - (xyz_list[0][0]-xyz_list[1][0])*(xyz_list[2][1]-xyz_list[0][1])); // area of element in m2
    2451 
    2452         /*Now get the average SMB over the element*/
    2453         Input* smb_input = inputs->GetInput(SurfaceforcingsMassBalanceEnum); _assert_(smb_input);
    2454         smb_input->GetInputAverage(&smb);                                                                                                                                                                                               // average smb on element in m ice s-1
    2455    Total_Smb=rho_ice*base*smb;                                                                                                                                                                                                                  // smb on element in kg s-1
    2456 
    2457         /*Return: */
    2458         return Total_Smb;
    2459 }
    2460 /*}}}*/
    2461 IssmDouble Tria::MisfitArea(int weightsenum){/*{{{*/
    2462 
    2463         /*Intermediaries*/
    2464         IssmDouble weight;
    2465         IssmDouble Jdet;
    2466         IssmDouble Jelem = 0;
    2467         IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
    2468         GaussTria *gauss = NULL;
    2469 
    2470         /*If on water, return 0: */
    2471         if(!IsIceInElement())return 0;
    2472 
    2473         /*Retrieve all inputs we will be needing: */
    2474         ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
    2475         Input* weights_input     =inputs->GetInput(weightsenum);     _assert_(weights_input);
    2476 
    2477         /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    2478         gauss=new GaussTria(2);
    2479         for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    2480 
    2481                 gauss->GaussPoint(ig);
    2482 
    2483                 /* Get Jacobian determinant: */
    2484                 GetJacobianDeterminant(&Jdet, &xyz_list[0][0],gauss);
    2485 
    2486                 /*Get parameters at gauss point*/
    2487                 weights_input->GetInputValue(&weight,gauss);
    2488 
    2489                 /*compute misfit between model and observation */
    2490                 Jelem+=Jdet*weight*gauss->weight;
    2491         }
    2492 
    2493         /* clean up and Return: */
    2494         delete gauss;
    2495         return Jelem;
    2496 }
    2497 /*}}}*/
    2498 IssmDouble Tria::Misfit(int modelenum,int observationenum,int weightsenum){/*{{{*/
    2499 
    2500         /*Intermediaries*/
    2501         IssmDouble model,observation,weight;
    2502         IssmDouble Jdet;
    2503         IssmDouble Jelem = 0;
    2504         IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
    2505         GaussTria *gauss = NULL;
    2506 
    2507         /*If on water, return 0: */
    2508         if(!IsIceInElement())return 0;
    2509 
    2510         /*Retrieve all inputs we will be needing: */
    2511         ::GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
    2512         Input* model_input=inputs->GetInput(modelenum);   _assert_(model_input);
    2513         Input* observation_input=inputs->GetInput(observationenum);_assert_(observation_input);
    2514         Input* weights_input     =inputs->GetInput(weightsenum);     _assert_(weights_input);
    2515 
    2516         /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    2517         gauss=new GaussTria(2);
    2518         for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    2519 
    2520                 gauss->GaussPoint(ig);
    2521 
    2522                 /* Get Jacobian determinant: */
    2523                 GetJacobianDeterminant(&Jdet, &xyz_list[0][0],gauss);
    2524 
    2525                 /*Get parameters at gauss point*/
    2526                 model_input->GetInputValue(&model,gauss);
    2527                 observation_input->GetInputValue(&observation,gauss);
    2528                 weights_input->GetInputValue(&weight,gauss);
    2529 
    2530                 /*compute misfit between model and observation */
    2531                 Jelem+=0.5*(model-observation)*(model-observation)*Jdet*weight*gauss->weight;
    2532         }
    2533 
    2534         /* clean up and Return: */
    2535         delete gauss;
    2536         return Jelem;
     3368        }
     3369        else if(numiceverts==NUMVERTICES){ //NUMVERTICES ice vertices: calving front lies on element edge
     3370                IssmDouble lsf[NUMVERTICES];
     3371                this->GetInputListOnVertices(&lsf[0],MaskIceLevelsetEnum);
     3372                counter=0;
     3373                for(i=0;i<NUMVERTICES;i++){
     3374                        if(lsf[indices[i]]==0.){
     3375                                for(e=0;e<dim;e++)      xyz_zero[dim*counter+e]=xyz_list[dim*indices[i]+e];
     3376                                counter++;
     3377                        }
     3378                        if(counter==2) break;
     3379                }
     3380        }
     3381        _assert_(counter==2);
     3382
     3383        /*Cleanup & return*/
     3384        xDelete<int>(indices);
     3385        *pxyz_zero=xyz_zero;
    25373386}
    25383387/*}}}*/
    … …  
    25913440
    25923441        /*recover material parameters: */
    2593         lithosphere_shear_modulus=matpar->GetLithosphereShearModulus();
    2594         lithosphere_density=matpar->GetLithosphereDensity();
    2595         mantle_shear_modulus=matpar->GetMantleShearModulus();
    2596         mantle_density=matpar->GetMantleDensity();
    2597         rho_ice=matpar->GetRhoIce();
     3442        lithosphere_shear_modulus=matpar->GetMaterialParameter(MaterialsLithosphereShearModulusEnum);
     3443        lithosphere_density=matpar->GetMaterialParameter(MaterialsLithosphereDensityEnum);
     3444        mantle_shear_modulus=matpar->GetMaterialParameter(MaterialsMantleShearModulusEnum);
     3445        mantle_density=matpar->GetMaterialParameter(MaterialsMantleDensityEnum);
     3446        rho_ice=matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
    25983447
    25993448        /*pull thickness averages: */
    … …  
    26663515#endif
    26673516
    2668 void       Tria::InputControlUpdate(IssmDouble scalar,bool save_parameter){/*{{{*/
    2669 
    2670         /*Intermediary*/
    2671         int    num_controls;
    2672         int*   control_type=NULL;
    2673         Input* input=NULL;
    2674 
    2675         /*retrieve some parameters: */
    2676         this->parameters->FindParam(&num_controls,InversionNumControlParametersEnum);
    2677         this->parameters->FindParam(&control_type,NULL,InversionControlParametersEnum);
    2678 
    2679         for(int i=0;i<num_controls;i++){
    2680                 input=(Input*)this->inputs->GetInput(control_type[i]);   _assert_(input);
    2681                 if (input->ObjectEnum()!=ControlInputEnum){
    2682                         _error_("input " << EnumToStringx(control_type[i]) << " is not a ControlInput");
    2683                 }
    2684 
    2685                 ((ControlInput*)input)->UpdateValue(scalar);
    2686                 ((ControlInput*)input)->Constrain();
    2687                 if (save_parameter) ((ControlInput*)input)->SaveValue();
    2688 
    2689         }
    2690 
    2691         /*Clean up and return*/
    2692         xDelete<int>(control_type);
    2693 }
    2694 /*}}}*/
    2695 void       Tria::ControlInputSetGradient(IssmDouble* gradient,int enum_type,int control_index){/*{{{*/
    2696 
    2697         int    vertexpidlist[NUMVERTICES];
    2698         IssmDouble grad_list[NUMVERTICES];
    2699         Input* grad_input=NULL;
    2700 
    2701         Input* input=inputs->GetInput(enum_type);
    2702         if (!input) _error_("Input " << EnumToStringx(enum_type) << " not found");
    2703         if (input->ObjectEnum()!=ControlInputEnum) _error_("Input " << EnumToStringx(enum_type) << " is not a ControlInput");
    2704 
    2705         GradientIndexing(&vertexpidlist[0],control_index);
    2706         for(int i=0;i<NUMVERTICES;i++) grad_list[i]=gradient[vertexpidlist[i]];
    2707         grad_input=new TriaInput(GradientEnum,grad_list,P1Enum);
    2708 
    2709         ((ControlInput*)input)->SetGradient(grad_input);
    2710 
    2711 }/*}}}*/
    2712 void       Tria::ControlToVectors(Vector<IssmPDouble>* vector_control, Vector<IssmPDouble>* vector_gradient,int control_enum){/*{{{*/
    2713 
    2714         Input* input=inputs->GetInput(control_enum);
    2715         if (!input) _error_("Input " << EnumToStringx(control_enum) << " not found");
    2716         if (input->ObjectEnum()!=ControlInputEnum) _error_("Input " << EnumToStringx(control_enum) << " is not a ControlInput");
    2717 
    2718         int         sidlist[NUMVERTICES];
    2719         int         connectivity[NUMVERTICES];
    2720         IssmPDouble values[NUMVERTICES];
    2721         IssmPDouble gradients[NUMVERTICES];
    2722         IssmDouble  value,gradient;
    2723 
    2724         this->GetVerticesConnectivityList(&connectivity[0]);
    2725         this->GetVerticesSidList(&sidlist[0]);
    2726 
    2727         GaussTria* gauss=new GaussTria();
    2728         for (int iv=0;iv<NUMVERTICES;iv++){
    2729                 gauss->GaussVertex(iv);
    2730 
    2731                 ((ControlInput*)input)->GetInputValue(&value,gauss);
    2732                 ((ControlInput*)input)->GetGradientValue(&gradient,gauss);
    2733 
    2734                 values[iv]    = reCast<IssmPDouble>(value)/reCast<IssmPDouble>(connectivity[iv]);
    2735                 gradients[iv] = reCast<IssmPDouble>(gradient)/reCast<IssmPDouble>(connectivity[iv]);
    2736         }
    2737         delete gauss;
    2738 
    2739         vector_control->SetValues(NUMVERTICES,&sidlist[0],&values[0],ADD_VAL);
    2740         vector_gradient->SetValues(NUMVERTICES,&sidlist[0],&gradients[0],ADD_VAL);
    2741 
    2742 }/*}}}*/
    2743 void       Tria::GetVectorFromControlInputs(Vector<IssmDouble>* vector,int control_enum,int control_index,const char* data){/*{{{*/
    2744 
    2745         int vertexpidlist[NUMVERTICES];
    2746         Input *input=NULL;
    2747 
    2748         /*Get out if this is not an element input*/
    2749         if(!IsInput(control_enum)) return;
    2750 
    2751         /*Prepare index list*/
    2752         GradientIndexing(&vertexpidlist[0],control_index);
    2753 
    2754         /*Get input (either in element or material)*/
    2755         input=(Input*)this->inputs->GetInput(control_enum);   _assert_(input);
    2756 
    2757         /*Check that it is a ControlInput*/
    2758         if (input->ObjectEnum()!=ControlInputEnum){
    2759                 _error_("input " << EnumToStringx(control_enum) << " is not a ControlInput");
    2760         }
    2761 
    2762         ((ControlInput*)input)->GetVectorFromInputs(vector,&vertexpidlist[0],data);
    2763 }
    2764 /*}}}*/
    2765 void       Tria::SetControlInputsFromVector(IssmDouble* vector,int control_enum,int control_index){/*{{{*/
    2766 
    2767         IssmDouble  values[NUMVERTICES];
    2768         int         vertexpidlist[NUMVERTICES],control_init;
    2769 
    2770 
    2771         /*Get Domain type*/
    2772         int domaintype;
    2773         parameters->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
    2774 
    2775         /*Specific case for depth averaged quantities*/
    2776         control_init=control_enum;
    2777         if(domaintype==Domain2DverticalEnum){
    2778                 if(control_enum==MaterialsRheologyBbarEnum){
    2779                         control_enum=MaterialsRheologyBEnum;
    2780                         if(!IsOnBase()) return;
    2781                 }
    2782                 if(control_enum==DamageDbarEnum){
    2783                         control_enum=DamageDEnum;
    2784                         if(!IsOnBase()) return;
    2785                 }
    2786         }
    2787 
    2788         /*Get out if this is not an element input*/
    2789         if(!IsInput(control_enum)) return;
    2790 
    2791         /*Prepare index list*/
    2792         GradientIndexing(&vertexpidlist[0],control_index);
    2793 
    2794         /*Get values on vertices*/
    2795         for(int i=0;i<NUMVERTICES;i++){
    2796                 values[i]=vector[vertexpidlist[i]];
    2797         }
    2798         Input* new_input = new TriaInput(control_enum,values,P1Enum);
    2799         Input* input     = (Input*)this->inputs->GetInput(control_enum);   _assert_(input);
    2800         if(input->ObjectEnum()!=ControlInputEnum){
    2801                 _error_("input " << EnumToStringx(control_enum) << " is not a ControlInput");
    2802         }
    2803 
    2804         ((ControlInput*)input)->SetInput(new_input);
    2805 }
    2806 /*}}}*/
    2807 void       Tria::GetSolutionFromInputsOneDof(Vector<IssmDouble>* solution, int enum_type){/*{{{*/
    2808 
    2809         int        *doflist = NULL;
    2810         IssmDouble  value;
    2811 
    2812         /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    2813         int numnodes = this->NumberofNodes(this->element_type);
    2814 
    2815         /*Fetch dof list and allocate solution vector*/
    2816         GetDofList(&doflist,NoneApproximationEnum,GsetEnum);
    2817         IssmDouble* values = xNew<IssmDouble>(numnodes);
    2818 
    2819         /*Get inputs*/
    2820         Input* enum_input=inputs->GetInput(enum_type); _assert_(enum_input);
    2821 
    2822         /*Ok, we have the values, fill in the array: */
    2823         GaussTria* gauss=new GaussTria();
    2824         for(int i=0;i<numnodes;i++){
    2825                 gauss->GaussNode(this->element_type,i);
    2826 
    2827                 enum_input->GetInputValue(&value,gauss);
    2828                 values[i]=value;
    2829         }
    2830 
    2831         solution->SetValues(numnodes,doflist,values,INS_VAL);
    2832 
    2833         /*Free ressources:*/
    2834         xDelete<int>(doflist);
    2835         xDelete<IssmDouble>(values);
    2836         delete gauss;
    2837 }
    2838 /*}}}*/
    2839 
    28403517#ifdef _HAVE_DAKOTA_
     3518void       Tria::InputUpdateFromMatrixDakota(IssmDouble* matrix, int nrows, int ncols, int name, int type){/*{{{*/
     3519
     3520        int             i,t,row;
     3521        IssmDouble      time;
     3522        TransientInput *transientinput = NULL;
     3523        IssmDouble      values[3];
     3524
     3525        /*Check that name is an element input*/
     3526        if (!IsInput(name)) return;
     3527
     3528        switch(type){
     3529
     3530                case VertexEnum:
     3531                        /*Create transient input: */
     3532                        for(t=0;t<ncols;t++){ //ncols is the number of times
     3533
     3534                                /*create input values: */
     3535                                for(i=0;i<3;i++){
     3536                                        row=this->vertices[i]->Sid();
     3537                                        values[i]=matrix[ncols*row+t];
     3538                                }
     3539
     3540                                /*time:*/
     3541                                time=matrix[(nrows-1)*ncols+t];
     3542
     3543                                if(t==0) transientinput=new TransientInput(name);
     3544                                transientinput->AddTimeInput(new TriaInput(name,values,P1Enum),time);
     3545                                transientinput->Configure(parameters);
     3546                        }
     3547                        this->inputs->AddInput(transientinput);
     3548                        break;
     3549
     3550                default:
     3551                        _error_("type " << type << " (" << EnumToStringx(type) << ") not implemented yet");
     3552        }
     3553
     3554}
     3555/*}}}*/
    28413556void       Tria::InputUpdateFromVectorDakota(IssmDouble* vector, int name, int type){/*{{{*/
    28423557
    … …  
    28773592                                                /*hydrostatic equilibrium: */
    28783593                                                IssmDouble rho_ice,rho_water,di;
    2879                                                 rho_ice   = this->matpar->GetRhoIce();
    2880                                                 rho_water = this->matpar->GetRhoWater();
     3594                                                rho_ice   = this->matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
     3595                                                rho_water = this->matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoSeawaterEnum);
    28813596                                                di        = rho_ice/rho_water;
    28823597
    … …  
    29303645}
    29313646/*}}}*/
    2932 void       Tria::InputUpdateFromMatrixDakota(IssmDouble* matrix, int nrows, int ncols, int name, int type){/*{{{*/
    2933 
    2934         int             i,t,row;
    2935         IssmDouble      time;
    2936         TransientInput *transientinput = NULL;
    2937         IssmDouble      values[3];
    2938 
    2939         /*Check that name is an element input*/
    2940         if (!IsInput(name)) return;
    2941 
    2942         switch(type){
    2943 
    2944                 case VertexEnum:
    2945                         /*Create transient input: */
    2946                         for(t=0;t<ncols;t++){ //ncols is the number of times
    2947 
    2948                                 /*create input values: */
    2949                                 for(i=0;i<3;i++){
    2950                                         row=this->vertices[i]->Sid();
    2951                                         values[i]=matrix[ncols*row+t];
    2952                                 }
    2953 
    2954                                 /*time:*/
    2955                                 time=matrix[(nrows-1)*ncols+t];
    2956 
    2957                                 if(t==0) transientinput=new TransientInput(name);
    2958                                 transientinput->AddTimeInput(new TriaInput(name,values,P1Enum),time);
    2959                                 transientinput->Configure(parameters);
    2960                         }
    2961                         this->inputs->AddInput(transientinput);
    2962                         break;
    2963 
    2964                 default:
    2965                         _error_("type " << type << " (" << EnumToStringx(type) << ") not implemented yet");
    2966         }
    2967 
    2968 }
    2969 /*}}}*/
    29703647#endif
    2971 
    2972 void       Tria::MigrateGroundingLine(IssmDouble* phi_ungrounding){/*{{{*/
    2973 
    2974         int        i,migration_style;
    2975         bool       groundedelement = false;
    2976         IssmDouble bed_hydro,yts;
    2977         IssmDouble rho_water,rho_ice,density;
    2978         IssmDouble melting[NUMVERTICES],phi[NUMVERTICES];;
    2979         IssmDouble h[NUMVERTICES],s[NUMVERTICES],b[NUMVERTICES],r[NUMVERTICES];
    2980 
    2981         /*Recover info at the vertices: */
    2982         parameters->FindParam(&migration_style,GroundinglineMigrationEnum);
    2983         parameters->FindParam(&yts,ConstantsYtsEnum);
    2984         GetInputListOnVertices(&h[0],ThicknessEnum);
    2985         GetInputListOnVertices(&s[0],SurfaceEnum);
    2986         GetInputListOnVertices(&b[0],BaseEnum);
    2987         GetInputListOnVertices(&r[0],BedEnum);
    2988         GetInputListOnVertices(&phi[0],MaskGroundediceLevelsetEnum);
    2989         rho_water   = matpar->GetRhoWater();
    2990         rho_ice     = matpar->GetRhoIce();
    2991         density     = rho_ice/rho_water;
    2992 
    2993         if(migration_style == ContactEnum){
    2994                 for(i = 0;i < NUMVERTICES;i++) phi[i] = phi_ungrounding[vertices[i]->Pid()];
    2995                 this->inputs->AddInput(new TriaInput(MaskGroundediceLevelsetEnum,&phi[0],P1Enum));
    2996 
    2997                 /*go through vertices, and update inputs, considering them to be TriaVertex type: */
    2998                 for(i = 0;i < NUMVERTICES;i++){
    2999                         /*Ice shelf: if bed below bathymetry, impose it at the bathymetry and update surface, elso do nothing */
    3000                         if(phi[i] >= 0.){
    3001                                         b[i]  = r[i];
    3002                         }
    3003                 }
    3004 
    3005                 /*Update inputs*/
    3006                 this->inputs->AddInput(new TriaInput(BaseEnum,&b[0],P1Enum));
    3007                 return;
    3008         }
    3009 
    3010         this->inputs->AddInput(new TriaInput(MaskGroundediceLevelsetEnum,&phi[0],P1Enum));
    3011 
    3012         /*go through vertices, and update inputs, considering them to be TriaVertex type: */
    3013         for(i=0;i<NUMVERTICES;i++){
    3014                 /*Ice shelf: if bed below bathymetry, impose it at the bathymetry and update surface, elso do nothing */
    3015                 if(phi[i]<=0.){
    3016                         if(b[i]<=r[i]){
    3017                                 b[i]        = r[i];
    3018                                 s[i]        = b[i]+h[i];
    3019                         }
    3020                 }
    3021                 /*Ice sheet: if hydrostatic bed above bathymetry, ice sheet starts to unground, elso do nothing */
    3022                 /*Change only if AggressiveMigration or if the ice sheet is in contact with the ocean*/
    3023                 else{ // phi>0
    3024                         bed_hydro=-density*h[i];
    3025                         if (bed_hydro>r[i]){
    3026                                 /*Unground only if the element is connected to the ice shelf*/
    3027                                 if(migration_style==AggressiveMigrationEnum || migration_style==SubelementMigrationEnum || migration_style==SubelementMigration2Enum){
    3028                                         s[i]        = (1-density)*h[i];
    3029                                         b[i]        = -density*h[i];
    3030                                 }
    3031                                 else if(migration_style==SoftMigrationEnum && phi_ungrounding[vertices[i]->Pid()]<0.){
    3032                                         s[i]        = (1-density)*h[i];
    3033                                         b[i]        = -density*h[i];
    3034                                 }
    3035                                 else{
    3036                                         if(migration_style!=SoftMigrationEnum) _error_("Error: migration should be Aggressive, Soft or Subelement");
    3037                                 }
    3038                         }
    3039                 }
    3040         }
    3041 
    3042         /*Recalculate phi*/
    3043         for(i=0;i<NUMVERTICES;i++){
    3044                 if(migration_style==SoftMigrationEnum){
    3045                         bed_hydro=-density*h[i];
    3046                         if(phi[i]<0. || bed_hydro<=r[i] || phi_ungrounding[vertices[i]->Pid()]<0.){
    3047                                 phi[i]=h[i]+r[i]/density;
    3048                         }
    3049                 }
    3050                 else phi[i]=h[i]+r[i]/density;
    3051         }
    3052         this->inputs->AddInput(new TriaInput(MaskGroundediceLevelsetEnum,&phi[0],P1Enum));
    3053 
    3054         /*Update inputs*/
    3055         this->inputs->AddInput(new TriaInput(SurfaceEnum,&s[0],P1Enum));
    3056         this->inputs->AddInput(new TriaInput(BaseEnum,&b[0],P1Enum));
    3057 
    3058 }
    3059 /*}}}*/
    3060 void       Tria::PotentialUngrounding(Vector<IssmDouble>* potential_ungrounding){/*{{{*/
    3061 
    3062         IssmDouble  h[NUMVERTICES],r[NUMVERTICES],gl[NUMVERTICES];
    3063         IssmDouble  bed_hydro;
    3064         IssmDouble  rho_water,rho_ice,density;
    3065 
    3066         /*material parameters: */
    3067         rho_water=matpar->GetRhoWater();
    3068         rho_ice=matpar->GetRhoIce();
    3069         density=rho_ice/rho_water;
    3070         GetInputListOnVertices(&h[0],ThicknessEnum);
    3071         GetInputListOnVertices(&r[0],BedEnum);
    3072         GetInputListOnVertices(&gl[0],MaskGroundediceLevelsetEnum);
    3073 
    3074         /*go through vertices, and figure out which ones are grounded and want to unground: */
    3075         for(int i=0;i<NUMVERTICES;i++){
    3076                 /*Find if grounded vertices want to start floating*/
    3077                 if (gl[i]>0.){
    3078                         bed_hydro=-density*h[i];
    3079                         if(bed_hydro>r[i]){
    3080                                 /*Vertex that could potentially unground, flag it*/
    3081                                 potential_ungrounding->SetValue(vertices[i]->Pid(),1,INS_VAL);
    3082                         }
    3083                 }
    3084         }
    3085 }
    3086 /*}}}*/
    3087 int        Tria::UpdatePotentialUngrounding(IssmDouble* vertices_potentially_ungrounding,Vector<IssmDouble>* vec_nodes_on_iceshelf,IssmDouble* nodes_on_iceshelf){/*{{{*/
    3088 
    3089         int i;
    3090         int nflipped=0;
    3091 
    3092         /*Go through nodes, and whoever is on the potential_ungrounding, ends up in nodes_on_iceshelf: */
    3093         for(i=0;i<3;i++){
    3094                 if (reCast<bool>(vertices_potentially_ungrounding[vertices[i]->Pid()])){
    3095                         vec_nodes_on_iceshelf->SetValue(vertices[i]->Pid(),-1.,INS_VAL);
    3096 
    3097                         /*If node was not on ice shelf, we flipped*/
    3098                         if(nodes_on_iceshelf[vertices[i]->Pid()]>=0.){
    3099                                 nflipped++;
    3100                         }
    3101                 }
    3102         }
    3103         return nflipped;
    3104 }
    3105 /*}}}*/

  • issm/trunk/src/c/classes/Elements/Tria.h

    r18301 r19105  
    4242                /*}}}*/
    4343                /*Update virtual functions resolution: {{{*/
    44                 void  InputUpdateFromVector(IssmDouble* vector, int name, int type);
    4544                #ifdef _HAVE_DAKOTA_
     45                void  InputUpdateFromMatrixDakota(IssmDouble* matrix, int nows, int ncols, int name, int type);
    4646                void  InputUpdateFromVectorDakota(IssmDouble* vector, int name, int type);
    47                 void  InputUpdateFromMatrixDakota(IssmDouble* matrix, int nows, int ncols, int name, int type);
    4847                #endif
    4948                void  InputUpdateFromIoModel(int index, IoModel* iomodel);
     49                void  InputUpdateFromVector(IssmDouble* vector, int name, int type);
    5050                /*}}}*/
    5151                /*Element virtual functions definitions: {{{*/
     52                void        AverageOntoPartition(Vector<IssmDouble>* partition_contributions,Vector<IssmDouble>* partition_areas,IssmDouble* vertex_response,IssmDouble* qmu_part);
     53                void                    CalvingRateLevermann();
     54                void                    CalvingRatePi();
     55                void                    CalvingRateDev();
    5256                IssmDouble  CharacteristicLength(void);
    5357                void        ComputeBasalStress(Vector<IssmDouble>* sigma_b);
     58                void        ComputeDeviatoricStressTensor();
    5459                void        ComputeSigmaNN();
    5560                void        ComputeStressTensor();
    56                 void        ComputeDeviatoricStressTensor();
    5761                void        ComputeSurfaceNormalVelocity();
    5862                void        Configure(Elements* elements,Loads* loads,Nodes* nodesin,Vertices* verticesin,Materials* materials,Parameters* parameters);
    59                 void        SetCurrentConfiguration(Elements* elements,Loads* loads,Nodes* nodes,Materials* materials,Parameters* parameters);
    60                 void        ResetHooks();
     63                void        ControlInputSetGradient(IssmDouble* gradient,int enum_type,int control_index);
     64                void        ControlToVectors(Vector<IssmPDouble>* vector_control, Vector<IssmPDouble>* vector_gradient,int control_enum);
    6165                void        Delta18oParameterization(void);
     66                void        MungsmtpParameterization(void);
     67                int         EdgeOnBaseIndex();
     68                void        EdgeOnBaseIndices(int* pindex1,int* pindex);
     69                int         EdgeOnSurfaceIndex();
     70                void        EdgeOnSurfaceIndices(int* pindex1,int* pindex);
     71                void        ElementResponse(IssmDouble* presponse,int response_enum);
    6272                void        ElementSizes(IssmDouble* hx,IssmDouble* hy,IssmDouble* hz);
     73                int         FiniteElement(void);
    6374                void        FSContactMigration(Vector<IssmDouble>* vertexgrounded,Vector<IssmDouble>* vertexfloating);
    64                 int         FiniteElement(void);
    65                 Element*    GetUpperElement(void){_error_("not implemented yet");};
    6675                Element*    GetBasalElement(void){_error_("not implemented yet");};
     76                void        GetLevelsetPositivePart(int* point1,IssmDouble* fraction1,IssmDouble* fraction2, bool* mainlynegative,IssmDouble* levelsetvalues);
    6777                void        GetGroundedPart(int* point1,IssmDouble* fraction1, IssmDouble* fraction2,bool* mainlyfloating);
    6878                IssmDouble  GetGroundedPortion(IssmDouble* xyz_list);
     79                void          GetIcefrontCoordinates(IssmDouble** pxyz_front,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum);
     80                void          GetLevelCoordinates(IssmDouble** pxyz_front,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum,IssmDouble level);
    6981                int         GetNodeIndex(Node* node);
    7082                int         GetNumberOfNodes(void);
    7183                int         GetNumberOfNodes(int enum_type);
    7284                int         GetNumberOfVertices(void);
     85                void        GetSolutionFromInputsOneDof(Vector<IssmDouble>* solution,int enum_type);
     86                Element*    GetUpperElement(void){_error_("not implemented yet");};
     87                void        GetVectorFromControlInputs(Vector<IssmDouble>* gradient,int control_enum,int control_index,const char* data,bool onsid);
     88                void        GetVerticesCoordinatesBase(IssmDouble** pxyz_list);
     89                void        GetVerticesCoordinatesTop(IssmDouble** pxyz_list);
     90                bool        HasEdgeOnBase();
     91                bool        HasEdgeOnSurface();
     92                IssmDouble  IceMass(void);
     93                IssmDouble  IceVolume(void);
     94                IssmDouble  IceVolumeAboveFloatation(void);
     95                void        InputControlUpdate(IssmDouble scalar,bool save_parameter);
     96                void        InputDepthAverageAtBase(int enum_type,int average_enum_type);
     97                void        InputExtrude(int enum_type,int start){_error_("not implemented"); /*For penta only*/};
     98                void        InputScale(int enum_type,IssmDouble scale_factor);
     99                bool            IsFaceOnBoundary(void);
     100                bool            IsIcefront(void);
     101                bool        IsNodeOnShelfFromFlags(IssmDouble* flags);
    73102                bool        IsOnBase();
    74103                bool        IsOnSurface();
    75                 bool        HasEdgeOnBase();
    76                 bool        HasEdgeOnSurface();
    77                 void        EdgeOnSurfaceIndices(int* pindex1,int* pindex);
    78                 void        EdgeOnBaseIndices(int* pindex1,int* pindex);
    79                 int         EdgeOnBaseIndex();
    80                 int         EdgeOnSurfaceIndex();
    81                 bool        IsNodeOnShelfFromFlags(IssmDouble* flags);
     104                bool        IsZeroLevelset(int levelset_enum);
     105                IssmDouble  Masscon(IssmDouble* levelset);
     106                IssmDouble  MassFlux(IssmDouble* segment);
     107                IssmDouble  MassFlux(IssmDouble x1,IssmDouble y1, IssmDouble x2, IssmDouble y2,int segment_id);
     108                void        MaterialUpdateFromTemperature(void){_error_("not implemented yet");};
     109                IssmDouble  Misfit(int modelenum,int observationenum,int weightsenum);
     110                IssmDouble  MisfitArea(int weightsenum);
     111                int         NodalValue(IssmDouble* pvalue, int index, int natureofdataenum);
     112                int         NumberofNodesPressure(void);
    82113                int         NumberofNodesVelocity(void);
    83                 int         NumberofNodesPressure(void);
    84                 void        GetSolutionFromInputsOneDof(Vector<IssmDouble>* solution,int enum_type);
    85                 void        GetVerticesCoordinatesBase(IssmDouble** pxyz_list);
    86                 void        GetVerticesCoordinatesTop(IssmDouble** pxyz_list);
    87                 void        InputDepthAverageAtBase(int enum_type,int average_enum_type);
    88                 void        InputExtrude(int enum_type){_error_("not implemented"); /*For penta only*/};
    89                 void        InputScale(int enum_type,IssmDouble scale_factor);
    90                 void        MaterialUpdateFromTemperature(void){_error_("not implemented yet");};
    91                 int         NodalValue(IssmDouble* pvalue, int index, int natureofdataenum);
    92                 void        PositiveDegreeDay(IssmDouble* pdds,IssmDouble* pds,IssmDouble signorm);
     114                void        PositiveDegreeDay(IssmDouble* pdds,IssmDouble* pds,IssmDouble signorm,bool ismungsm);
     115                void        PotentialUngrounding(Vector<IssmDouble>* potential_sheet_ungrounding);
     116                int         PressureInterpolation();
    93117                void        ReduceMatrices(ElementMatrix* Ke,ElementVector* pe);
    94118                void        ResetFSBasalBoundaryCondition(void);
     119                void        ResetHooks();
     120                void        SetControlInputsFromVector(IssmDouble* vector,int control_enum,int control_index);
     121                void        SetCurrentConfiguration(Elements* elements,Loads* loads,Nodes* nodes,Materials* materials,Parameters* parameters);
    95122           Element*    SpawnBasalElement(void);
    96123                Element*    SpawnTopElement(void);
     124                void                    StrainRateparallel();
     125                void                    StrainRateperpendicular();
     126                void        StressIntensityFactor(void){_error_("not implemented yet");};
     127                IssmDouble  SurfaceArea(void);
     128                int         TensorInterpolation();
     129                IssmDouble  TimeAdapt();
     130                IssmDouble  TotalSmb(void);
     131                void        Update(int index, IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type,int finitelement);
     132                int         UpdatePotentialUngrounding(IssmDouble* vertices_potentially_ungrounding,Vector<IssmDouble>* vec_nodes_on_iceshelf,IssmDouble* nodes_on_iceshelf);
     133                void        ValueP1DerivativesOnGauss(IssmDouble* dvalue,IssmDouble* values,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     134                void        ValueP1OnGauss(IssmDouble* pvalue,IssmDouble* values,Gauss* gauss);
    97135                int         VelocityInterpolation();
    98                 int         PressureInterpolation();
    99                 int         TensorInterpolation();
    100                 IssmDouble  SurfaceArea(void);
    101                 void        Update(int index, IoModel* iomodel,int analysis_counter,int analysis_type,int finitelement);
    102                 IssmDouble  TimeAdapt();
    103                 void        ValueP1OnGauss(IssmDouble* pvalue,IssmDouble* values,Gauss* gauss);
    104                 void        ValueP1DerivativesOnGauss(IssmDouble* dvalue,IssmDouble* values,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    105136                int         VertexConnectivity(int vertexindex);
    106137                void        VerticalSegmentIndices(int** pindices,int* pnumseg){_error_("not implemented yet");};
    107138                void        ZeroLevelsetCoordinates(IssmDouble** pxyz_zero,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum);
    108                 void          GetIcefrontCoordinates(IssmDouble** pxyz_front,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum);
    109                 void          GetLevelCoordinates(IssmDouble** pxyz_front,IssmDouble* xyz_list,int levelsetenum,IssmDouble level);
    110                 bool        IsZeroLevelset(int levelset_enum);
    111                 bool            IsIcefront(void);
    112                 bool            IsFaceOnBoundary(void);
    113 
    114                 void       AverageOntoPartition(Vector<IssmDouble>* partition_contributions,Vector<IssmDouble>* partition_areas,IssmDouble* vertex_response,IssmDouble* qmu_part);
    115                 IssmDouble IceVolume(void);
    116                 IssmDouble IceVolumeAboveFloatation(void);
    117                 IssmDouble TotalSmb(void);
    118                 IssmDouble MassFlux(IssmDouble* segment);
    119                 IssmDouble MassFlux(IssmDouble x1,IssmDouble y1, IssmDouble x2, IssmDouble y2,int segment_id);
    120                 void       ElementResponse(IssmDouble* presponse,int response_enum);
    121                 IssmDouble Misfit(int modelenum,int observationenum,int weightsenum);
    122                 IssmDouble MisfitArea(int weightsenum);
    123139
    124140                #ifdef _HAVE_GIA_
    125141                void   GiaDeflection(Vector<IssmDouble>* wg,Vector<IssmDouble>* dwgdt,IssmDouble* x,IssmDouble* y);
    126142                #endif
    127 
    128                 void       GetVectorFromControlInputs(Vector<IssmDouble>* gradient,int control_enum,int control_index,const char* data);
    129                 void       SetControlInputsFromVector(IssmDouble* vector,int control_enum,int control_index);
    130                 void       ControlInputSetGradient(IssmDouble* gradient,int enum_type,int control_index);
    131                 void       ControlToVectors(Vector<IssmPDouble>* vector_control, Vector<IssmPDouble>* vector_gradient,int control_enum);
    132                 void       InputControlUpdate(IssmDouble scalar,bool save_parameter);
    133 
    134                 void   PotentialUngrounding(Vector<IssmDouble>* potential_sheet_ungrounding);
    135                 void   MigrateGroundingLine(IssmDouble* sheet_ungrounding);
    136                 int    UpdatePotentialUngrounding(IssmDouble* vertices_potentially_ungrounding,Vector<IssmDouble>* vec_nodes_on_iceshelf,IssmDouble* nodes_on_iceshelf);
    137 
    138143                /*}}}*/
    139144                /*Tria specific routines:{{{*/
    … …  
    141146                void           AddInput(int input_enum, IssmDouble* values, int interpolation_enum);
    142147                IssmDouble     GetArea(void);
     148                IssmDouble      GetAreaIce(void);
    143149                void           GetAreaCoordinates(IssmDouble *area_coordinates,IssmDouble* xyz_zero,IssmDouble* xyz_list,int numpoints);
     150                void            GetLevelsetIntersection(int** pindices, int* pnumiceverts, IssmDouble* fraction, int levelset_enum, IssmDouble level);
    144151                int            GetElementType(void);
    145                 void           NormalSection(IssmDouble* normal,IssmDouble* xyz_list);
    146                 void           NormalTop(IssmDouble* normal,IssmDouble* xyz_list);
    147                 void           NormalBase(IssmDouble* normal,IssmDouble* xyz_list);
    148152                void           GetInputValue(IssmDouble* pvalue,Node* node,int enumtype);
    149153                void           GetMaterialInputValue(IssmDouble* pvalue,Node* node,int enumtype);
    … …  
    152156                void             InputUpdateFromSolutionOneDofCollapsed(IssmDouble* solution,int enum_type){_error_("not implemented yet");};
    153157                void           JacobianDeterminant(IssmDouble*  pJdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     158                void           JacobianDeterminantBase(IssmDouble* pJdet,IssmDouble* xyz_list_base,Gauss* gauss);
    154159                void           JacobianDeterminantLine(IssmDouble* Jdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
    155160                void           JacobianDeterminantSurface(IssmDouble*  pJdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    156                 void           JacobianDeterminantBase(IssmDouble* pJdet,IssmDouble* xyz_list_base,Gauss* gauss);
    157161                void           JacobianDeterminantTop(IssmDouble* pJdet,IssmDouble* xyz_list_base,Gauss* gauss);
    158162                IssmDouble     MinEdgeLength(IssmDouble* xyz_list){_error_("not implemented yet");};
    … …  
    166170                Gauss*         NewGaussTop(int order);
    167171                void           NodalFunctions(IssmDouble* basis,Gauss* gauss);
     172                void           NodalFunctionsDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     173                void           NodalFunctionsDerivativesVelocity(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     174                void           NodalFunctionsMINIDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
     175                void           NodalFunctionsPressure(IssmDouble* basis,Gauss* gauss);
    168176                void           NodalFunctionsP1(IssmDouble* basis,Gauss* gauss);
     177                void           NodalFunctionsP1Derivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    169178                void           NodalFunctionsP2(IssmDouble* basis,Gauss* gauss);
    170                 void           NodalFunctionsDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    171                 void           NodalFunctionsP1Derivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    172                 void           NodalFunctionsMINIDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){_error_("not implemented yet");};
    173                 void           NodalFunctionsDerivativesVelocity(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     179                void           NodalFunctionsTensor(IssmDouble* basis,Gauss* gauss);
    174180                void           NodalFunctionsVelocity(IssmDouble* basis,Gauss* gauss);
    175                 void           NodalFunctionsPressure(IssmDouble* basis,Gauss* gauss);
    176                 void           NodalFunctionsTensor(IssmDouble* basis,Gauss* gauss);
     181                void           NormalBase(IssmDouble* normal,IssmDouble* xyz_list);
     182                void           NormalSection(IssmDouble* normal,IssmDouble* xyz_list);
     183                void           NormalTop(IssmDouble* normal,IssmDouble* xyz_list);
    177184                void             SetClone(int* minranks);
    178185                void           SetTemporaryElementType(int element_type_in){_error_("not implemented yet");};
    179186                Seg*             SpawnSeg(int index1,int index2);
    180187                IssmDouble     StabilizationParameter(IssmDouble u, IssmDouble v, IssmDouble w, IssmDouble diameter, IssmDouble kappa){_error_("not implemented yet");};
     188                void           UpdateConstraintsExtrudeFromBase(void);
     189                void           UpdateConstraintsExtrudeFromTop(void);
    181190                void           ViscousHeating(IssmDouble* pphi,IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss,Input* vx_input,Input* vy_input,Input* vz_input){_error_("not implemented yet");};
    182 
    183                 void UpdateConstraintsExtrudeFromBase(void);
    184                 void UpdateConstraintsExtrudeFromTop(void);
    185191                /*}}}*/
    186192

  • issm/trunk/src/c/classes/Elements/TriaRef.cpp

    r18301 r19105  
    2121#define NUMNODESP2  6
    2222#define NUMNODESP2b 7
     23#define NUMNODESMAX 7
    2324
    2425/*Object constructors and destructor*/
    … …  
    3132
    3233/*Reference Element numerics*/
    33 void TriaRef::GetSegmentBFlux(IssmDouble* B,Gauss* gauss, int index1,int index2,int finiteelement){/*{{{*/
    34         /*Compute B  matrix. B=[phi1 phi2 -phi3 -phi4]
     34void TriaRef::GetInputDerivativeValue(IssmDouble* p, IssmDouble* plist,IssmDouble* xyz_list, Gauss* gauss,int finiteelement){/*{{{*/
     35        /*From node values of parameter p (plist[0],plist[1],plist[2]), return parameter derivative value at gaussian
     36         * point specified by gauss_basis:
     37         *   dp/dx=plist[0]*dh1/dx+plist[1]*dh2/dx+plist[2]*dh3/dx
     38         *   dp/dx=plist[0]*dh1/dx+plist[1]*dh2/dx+plist[2]*dh3/dx
    3539         *
    36          * and phi1=phi3 phi2=phi4
     40         * p is a vector already allocated.
    3741         *
    38          * We assume B has been allocated already, of size: 1x4
     42         * WARNING: For a significant gain in performance, it is better to use
     43         * static memory allocation instead of dynamic.
    3944         */
     45
     46        /*Allocate derivatives of basis functions*/
     47        IssmDouble  dbasis[2*NUMNODESMAX];
    4048
    4149        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    4250        int numnodes = this->NumberofNodes(finiteelement);
    43 
    44         /*Get nodal functions*/
    45         IssmDouble* basis=xNew<IssmDouble>(numnodes);
    46         GetNodalFunctions(basis,gauss,finiteelement);
    47 
    48         /*Build B for this segment*/
    49         B[0] = +basis[index1];
    50         B[1] = +basis[index2];
    51         B[2] = -basis[index1];
    52         B[3] = -basis[index2];
    53 
    54         /*Clean-up*/
    55         xDelete<IssmDouble>(basis);
    56 }
    57 /*}}}*/
    58 void TriaRef::GetSegmentBprimeFlux(IssmDouble* Bprime,Gauss* gauss, int index1,int index2,int finiteelement){/*{{{*/
    59         /*Compute Bprime  matrix. Bprime=[phi1 phi2 phi3 phi4]
    60          *
    61          * and phi1=phi3 phi2=phi4
    62          *
    63          * We assume Bprime has been allocated already, of size: 1x4
    64          */
     51        _assert_(numnodes<=NUMNODESMAX);
     52
     53        /*Get basis functions derivatives at this point*/
     54        GetNodalFunctionsDerivatives(&dbasis[0],xyz_list,gauss,finiteelement);
     55
     56        /*Calculate parameter for this Gauss point*/
     57        IssmDouble dpx=0.;
     58        IssmDouble dpy=0.;
     59        for(int i=0;i<numnodes;i++) dpx += dbasis[0*numnodes+i]*plist[i];
     60        for(int i=0;i<numnodes;i++) dpy += dbasis[1*numnodes+i]*plist[i];
     61
     62        /*Assign values*/
     63        p[0]=dpx;
     64        p[1]=dpy;
     65
     66}
     67/*}}}*/
     68void TriaRef::GetInputValue(IssmDouble* p, IssmDouble* plist, Gauss* gauss,int finiteelement){/*{{{*/
     69        /* WARNING: For a significant gain in performance, it is better to use
     70         * static memory allocation instead of dynamic.*/
     71
     72        /*Allocate basis functions*/
     73        IssmDouble  basis[NUMNODESMAX];
    6574
    6675        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    6776        int numnodes = this->NumberofNodes(finiteelement);
    68 
    69         /*Get nodal functions*/
    70         IssmDouble* basis=xNew<IssmDouble>(numnodes);
    71         GetNodalFunctions(basis,gauss,finiteelement);
    72 
    73         /*Build B'*/
    74         Bprime[0] = basis[index1];
    75         Bprime[1] = basis[index2];
    76         Bprime[2] = basis[index1];
    77         Bprime[3] = basis[index2];
    78 
    79         /*Clean-up*/
    80         xDelete<IssmDouble>(basis);
     77        _assert_(numnodes<=NUMNODESMAX);
     78
     79        /*Get basis functions at this point*/
     80        GetNodalFunctions(&basis[0],gauss,finiteelement);
     81
     82        /*Calculate parameter for this Gauss point*/
     83        IssmDouble value =0.;
     84        for(int i=0;i<numnodes;i++) value += basis[i]*plist[i];
     85
     86        /*Assign output pointer*/
     87        *p = value;
    8188}
    8289/*}}}*/
    … …  
    98105}
    99106/*}}}*/
    100 void TriaRef::GetSegmentJacobianDeterminant(IssmDouble* Jdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    101         /*The Jacobian determinant is constant over the element, discard the gaussian points.
    102          * J is assumed to have been allocated*/
    103 
    104         IssmDouble x1 = xyz_list[3*0+0];
    105         IssmDouble y1 = xyz_list[3*0+1];
    106         IssmDouble x2 = xyz_list[3*1+0];
    107         IssmDouble y2 = xyz_list[3*1+1];
    108 
    109         *Jdet = .5*sqrt(pow(x2-x1,2) + pow(y2-y1,2));
    110         if(*Jdet<0) _error_("negative jacobian determinant!");
    111 
    112 }
    113 /*}}}*/
    114107void TriaRef::GetJacobianDeterminant(IssmDouble* Jdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
    115108        /*The Jacobian determinant is constant over the element, discard the gaussian points.
    … …  
    146139        /*Cast gauss to GaussTria*/
    147140        _assert_(gauss_in->Enum()==GaussTriaEnum);
    148         GaussTria* gauss = dynamic_cast<GaussTria*>(gauss_in);
     141        GaussTria* gauss = xDynamicCast<GaussTria*>(gauss_in);
    149142
    150143        switch(finiteelement){
    … …  
    194187}
    195188/*}}}*/
    196 void TriaRef::GetSegmentNodalFunctions(IssmDouble* basis,Gauss* gauss,int index1,int index2,int finiteelement){/*{{{*/
    197         /*This routine returns the values of the nodal functions  at the gaussian point.*/
    198 
    199         _assert_(index1>=0 && index1<3);
    200         _assert_(index2>=0 && index2<3);
    201 
    202         /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    203         int numnodes = this->NumberofNodes(finiteelement);
    204 
    205         /*Get nodal functions*/
    206         IssmDouble* triabasis=xNew<IssmDouble>(numnodes);
    207         GetNodalFunctions(triabasis,gauss,finiteelement);
    208 
    209         switch(finiteelement){
    210                 case P1Enum: case P1DGEnum:
    211                         basis[0]=triabasis[index1];
    212                         basis[1]=triabasis[index2];
    213                         xDelete<IssmDouble>(triabasis);
    214                         return;
    215                 case P1bubbleEnum: case P1bubblecondensedEnum:
    216                         basis[0]=triabasis[index1];
    217                         basis[1]=triabasis[index2];
    218                         xDelete<IssmDouble>(triabasis);
    219                         return;
    220                 case P2Enum:
    221                         _assert_(index2<index1);
    222                         basis[0]=triabasis[index1];
    223                         basis[1]=triabasis[index2];
    224                         basis[2]=triabasis[3+index2-1];
    225                         xDelete<IssmDouble>(triabasis);
    226                         return;
    227                 default:
    228                         _error_("Element type "<<EnumToStringx(finiteelement)<<" not supported yet");
    229         }
    230 
    231         /*Clean up*/
    232         xDelete<IssmDouble>(triabasis);
    233 }
    234 /*}}}*/
    235189void TriaRef::GetNodalFunctionsDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list, Gauss* gauss,int finiteelement){/*{{{*/
    236190
    … …  
    271225        /*Cast gauss to GaussTria*/
    272226        _assert_(gauss_in->Enum()==GaussTriaEnum);
    273         GaussTria* gauss = dynamic_cast<GaussTria*>(gauss_in);
     227        GaussTria* gauss = xDynamicCast<GaussTria*>(gauss_in);
    274228
    275229        switch(finiteelement){
    … …  
    353307}
    354308/*}}}*/
    355 void TriaRef::GetInputDerivativeValue(IssmDouble* p, IssmDouble* plist,IssmDouble* xyz_list, Gauss* gauss,int finiteelement){/*{{{*/
    356 
    357         /*From node values of parameter p (plist[0],plist[1],plist[2]), return parameter derivative value at gaussian
    358          * point specified by gauss_basis:
    359          *   dp/dx=plist[0]*dh1/dx+plist[1]*dh2/dx+plist[2]*dh3/dx
    360          *   dp/dx=plist[0]*dh1/dx+plist[1]*dh2/dx+plist[2]*dh3/dx
     309void TriaRef::GetSegmentBFlux(IssmDouble* B,Gauss* gauss, int index1,int index2,int finiteelement){/*{{{*/
     310        /*Compute B  matrix. B=[phi1 phi2 -phi3 -phi4]
    361311         *
    362          * p is a vector already allocated.
     312         * and phi1=phi3 phi2=phi4
     313         *
     314         * We assume B has been allocated already, of size: 1x4
    363315         */
    364 
    365         /*Output*/
    366         IssmDouble dpx=0.;
    367         IssmDouble dpy=0.;
    368316
    369317        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    370318        int numnodes = this->NumberofNodes(finiteelement);
    371319
    372         /*Get nodal functions derivatives*/
    373         IssmDouble* dbasis=xNew<IssmDouble>(2*numnodes);
    374         GetNodalFunctionsDerivatives(dbasis,xyz_list,gauss,finiteelement);
    375 
    376         /*Calculate parameter for this Gauss point*/
    377         for(int i=0;i<numnodes;i++) dpx += dbasis[0*numnodes+i]*plist[i];
    378         for(int i=0;i<numnodes;i++) dpy += dbasis[1*numnodes+i]*plist[i];
    379 
    380         /*Assign values*/
    381         xDelete<IssmDouble>(dbasis);
    382         p[0]=dpx;
    383         p[1]=dpy;
    384 
    385 }
    386 /*}}}*/
    387 void TriaRef::GetInputValue(IssmDouble* p, IssmDouble* plist, Gauss* gauss,int finiteelement){/*{{{*/
    388 
    389         /*Output*/
    390         IssmDouble value =0.;
     320        /*Get nodal functions*/
     321        IssmDouble* basis=xNew<IssmDouble>(numnodes);
     322        GetNodalFunctions(basis,gauss,finiteelement);
     323
     324        /*Build B for this segment*/
     325        B[0] = +basis[index1];
     326        B[1] = +basis[index2];
     327        B[2] = -basis[index1];
     328        B[3] = -basis[index2];
     329
     330        /*Clean-up*/
     331        xDelete<IssmDouble>(basis);
     332}
     333/*}}}*/
     334void TriaRef::GetSegmentBprimeFlux(IssmDouble* Bprime,Gauss* gauss, int index1,int index2,int finiteelement){/*{{{*/
     335        /*Compute Bprime  matrix. Bprime=[phi1 phi2 phi3 phi4]
     336         *
     337         * and phi1=phi3 phi2=phi4
     338         *
     339         * We assume Bprime has been allocated already, of size: 1x4
     340         */
    391341
    392342        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
    … …  
    395345        /*Get nodal functions*/
    396346        IssmDouble* basis=xNew<IssmDouble>(numnodes);
    397         GetNodalFunctions(basis, gauss,finiteelement);
    398 
    399         /*Calculate parameter for this Gauss point*/
    400         for(int i=0;i<numnodes;i++) value += basis[i]*plist[i];
    401 
    402         /*Assign output pointer*/
     347        GetNodalFunctions(basis,gauss,finiteelement);
     348
     349        /*Build B'*/
     350        Bprime[0] = basis[index1];
     351        Bprime[1] = basis[index2];
     352        Bprime[2] = basis[index1];
     353        Bprime[3] = basis[index2];
     354
     355        /*Clean-up*/
    403356        xDelete<IssmDouble>(basis);
    404         *p = value;
    405 }
    406 /*}}}*/
    407 int  TriaRef::NumberofNodes(int finiteelement){/*{{{*/
     357}
     358/*}}}*/
     359void TriaRef::GetSegmentJacobianDeterminant(IssmDouble* Jdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss){/*{{{*/
     360        /*The Jacobian determinant is constant over the element, discard the gaussian points.
     361         * J is assumed to have been allocated*/
     362
     363        IssmDouble x1 = xyz_list[3*0+0];
     364        IssmDouble y1 = xyz_list[3*0+1];
     365        IssmDouble x2 = xyz_list[3*1+0];
     366        IssmDouble y2 = xyz_list[3*1+1];
     367
     368        *Jdet = .5*sqrt(pow(x2-x1,2) + pow(y2-y1,2));
     369        if(*Jdet<0) _error_("negative jacobian determinant!");
     370
     371}
     372/*}}}*/
     373void TriaRef::GetSegmentNodalFunctions(IssmDouble* basis,Gauss* gauss,int index1,int index2,int finiteelement){/*{{{*/
     374        /*This routine returns the values of the nodal functions  at the gaussian point.*/
     375
     376        _assert_(index1>=0 && index1<3);
     377        _assert_(index2>=0 && index2<3);
     378
     379        /*Fetch number of nodes for this finite element*/
     380        int numnodes = this->NumberofNodes(finiteelement);
     381
     382        /*Get nodal functions*/
     383        IssmDouble* triabasis=xNew<IssmDouble>(numnodes);
     384        GetNodalFunctions(triabasis,gauss,finiteelement);
    408385
    409386        switch(finiteelement){
    410                 case NoneEnum:              return 0;
    411                 case P0Enum:                return NUMNODESP0;
    412                 case P1Enum:                return NUMNODESP1;
    413                 case P1DGEnum:              return NUMNODESP1;
    414                 case P1bubbleEnum:          return NUMNODESP1b;
    415                 case P1bubblecondensedEnum: return NUMNODESP1b;
    416                 case P2Enum:                return NUMNODESP2;
    417                 case P2bubbleEnum:          return NUMNODESP2b;
    418                 case P2bubblecondensedEnum: return NUMNODESP2b;
    419                 case P1P1Enum:              return NUMNODESP1*2;
    420                 case P1P1GLSEnum:           return NUMNODESP1*2;
    421                 case MINIcondensedEnum:     return NUMNODESP1b+NUMNODESP1;
    422                 case MINIEnum:              return NUMNODESP1b+NUMNODESP1;
    423                 case TaylorHoodEnum:        return NUMNODESP2+NUMNODESP1;
    424                 case LATaylorHoodEnum:      return NUMNODESP2;
    425                 case XTaylorHoodEnum:       return NUMNODESP2+NUMNODESP1;
    426                 case CrouzeixRaviartEnum:   return NUMNODESP2b+NUMNODESP1;
    427                 default: _error_("Element type "<<EnumToStringx(finiteelement)<<" not supported yet");
    428         }
    429 
    430         return -1;
    431 }
    432 /*}}}*/
    433 int  TriaRef::VelocityInterpolation(int fe_stokes){/*{{{*/
    434 
    435         switch(fe_stokes){
    436                 case P1P1Enum:           return P1Enum;
    437                 case P1P1GLSEnum:        return P1Enum;
    438                 case MINIcondensedEnum:  return P1bubbleEnum;
    439                 case MINIEnum:           return P1bubbleEnum;
    440                 case TaylorHoodEnum:     return P2Enum;
    441                 case LATaylorHoodEnum:   return P2Enum;
    442                 case XTaylorHoodEnum:    return P2Enum;
    443                 case CrouzeixRaviartEnum:return P2bubbleEnum;
    444                 default:       _error_("Element type "<<EnumToStringx(fe_stokes)<<" not supported yet");
    445         }
    446 
    447         return -1;
    448 }
    449 /*}}}*/
    450 int  TriaRef::PressureInterpolation(int fe_stokes){/*{{{*/
    451 
    452         switch(fe_stokes){
    453                 case P1P1Enum:            return P1Enum;
    454                 case P1P1GLSEnum:         return P1Enum;
    455                 case MINIcondensedEnum:   return P1Enum;
    456                 case MINIEnum:            return P1Enum;
    457                 case TaylorHoodEnum:      return P1Enum;
    458                 case LATaylorHoodEnum:    return NoneEnum;
    459                 case XTaylorHoodEnum:     return P1Enum;
    460                 case CrouzeixRaviartEnum: return P1DGEnum;
    461                 default:       _error_("Element type "<<EnumToStringx(fe_stokes)<<" not supported yet");
    462         }
    463 
    464         return -1;
    465 }
    466 /*}}}*/
    467 int  TriaRef::TensorInterpolation(int fe_stokes){/*{{{*/
    468         /*This routine returns the values of the nodal functions  at the gaussian point.*/
    469 
    470         switch(fe_stokes){
    471                 case XTaylorHoodEnum: return P1DGEnum;
    472                 default: _error_("Element type "<<EnumToStringx(fe_stokes)<<" not supported yet");
    473         }
     387                case P1Enum: case P1DGEnum:
     388                        basis[0]=triabasis[index1];
     389                        basis[1]=triabasis[index2];
     390                        xDelete<IssmDouble>(triabasis);
     391                        return;
     392                case P1bubbleEnum: case P1bubblecondensedEnum:
     393                        basis[0]=triabasis[index1];
     394                        basis[1]=triabasis[index2];
     395                        xDelete<IssmDouble>(triabasis);
     396                        return;
     397                case P2Enum:
     398                        _assert_(index2<index1);
     399                        basis[0]=triabasis[index1];
     400                        basis[1]=triabasis[index2];
     401                        basis[2]=triabasis[3+index2-1];
     402                        xDelete<IssmDouble>(triabasis);
     403                        return;
     404                default:
     405                        _error_("Element type "<<EnumToStringx(finiteelement)<<" not supported yet");
     406        }
     407
     408        /*Clean up*/
     409        xDelete<IssmDouble>(triabasis);
    474410}
    475411/*}}}*/
    … …  
    533469}
    534470/*}}}*/
     471int  TriaRef::NumberofNodes(int finiteelement){/*{{{*/
     472
     473        switch(finiteelement){
     474                case NoneEnum:                return 0;
     475                case P0Enum:                  return NUMNODESP0;
     476                case P1Enum:                  return NUMNODESP1;
     477                case P1DGEnum:                return NUMNODESP1;
     478                case P1bubbleEnum:            return NUMNODESP1b;
     479                case P1bubblecondensedEnum:   return NUMNODESP1b;
     480                case P2Enum:                  return NUMNODESP2;
     481                case P2bubbleEnum:            return NUMNODESP2b;
     482                case P2bubblecondensedEnum:   return NUMNODESP2b;
     483                case P1P1Enum:                return NUMNODESP1*2;
     484                case P1P1GLSEnum:             return NUMNODESP1*2;
     485                case MINIcondensedEnum:       return NUMNODESP1b+NUMNODESP1;
     486                case MINIEnum:                return NUMNODESP1b+NUMNODESP1;
     487                case TaylorHoodEnum:          return NUMNODESP2+NUMNODESP1;
     488                case LATaylorHoodEnum:        return NUMNODESP2;
     489                case XTaylorHoodEnum:         return NUMNODESP2+NUMNODESP1;
     490                case CrouzeixRaviartEnum:     return NUMNODESP2b+NUMNODESP1;
     491                case LACrouzeixRaviartEnum:   return NUMNODESP2b;
     492                default: _error_("Element type "<<EnumToStringx(finiteelement)<<" not supported yet");
     493        }
     494
     495        return -1;
     496}
     497/*}}}*/
     498int  TriaRef::PressureInterpolation(int fe_stokes){/*{{{*/
     499
     500        switch(fe_stokes){
     501                case P1P1Enum:              return P1Enum;
     502                case P1P1GLSEnum:           return P1Enum;
     503                case MINIcondensedEnum:     return P1Enum;
     504                case MINIEnum:              return P1Enum;
     505                case TaylorHoodEnum:        return P1Enum;
     506                case LATaylorHoodEnum:      return NoneEnum;
     507                case XTaylorHoodEnum:       return P1Enum;
     508                case CrouzeixRaviartEnum:   return P1DGEnum;
     509                case LACrouzeixRaviartEnum: return NoneEnum;
     510                default:       _error_("Element type "<<EnumToStringx(fe_stokes)<<" not supported yet");
     511        }
     512
     513        return -1;
     514}
     515/*}}}*/
     516int  TriaRef::TensorInterpolation(int fe_stokes){/*{{{*/
     517        /*This routine returns the values of the nodal functions  at the gaussian point.*/
     518
     519        switch(fe_stokes){
     520                case XTaylorHoodEnum: return P1DGEnum;
     521                default: _error_("Element type "<<EnumToStringx(fe_stokes)<<" not supported yet");
     522        }
     523}
     524/*}}}*/
     525int  TriaRef::VelocityInterpolation(int fe_stokes){/*{{{*/
     526
     527        switch(fe_stokes){
     528                case P1P1Enum:              return P1Enum;
     529                case P1P1GLSEnum:           return P1Enum;
     530                case MINIcondensedEnum:     return P1bubbleEnum;
     531                case MINIEnum:              return P1bubbleEnum;
     532                case TaylorHoodEnum:        return P2Enum;
     533                case LATaylorHoodEnum:      return P2Enum;
     534                case XTaylorHoodEnum:       return P2Enum;
     535                case CrouzeixRaviartEnum:   return P2bubbleEnum;
     536                case LACrouzeixRaviartEnum: return P2bubbleEnum;
     537                default:       _error_("Element type "<<EnumToStringx(fe_stokes)<<" not supported yet");
     538        }
     539
     540        return -1;
     541}
     542/*}}}*/

  • issm/trunk/src/c/classes/Elements/TriaRef.h

    r18301 r19105  
    1616
    1717                /*Numerics*/
     18                void GetInputDerivativeValue(IssmDouble* pp, IssmDouble* plist,IssmDouble* xyz_list, Gauss* gauss,int finiteelement);
     19                void GetInputValue(IssmDouble* pp, IssmDouble* plist, Gauss* gauss,int finiteelement);
    1820                void GetJacobian(IssmDouble* J, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    19                 void GetSegmentJacobianDeterminant(IssmDouble* Jdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    2021                void GetJacobianDeterminant(IssmDouble* Jdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    2122                void GetJacobianInvert(IssmDouble*  Jinv, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
    2223                void GetNodalFunctions(IssmDouble* basis,Gauss* gauss,int finiteelement);
    23                 void GetSegmentNodalFunctions(IssmDouble* basis,Gauss* gauss, int index1,int index2,int finiteelement);
     24                void GetNodalFunctionsDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list, Gauss* gauss,int finiteelement);
     25                void GetNodalFunctionsDerivativesReference(IssmDouble* dbasis,Gauss* gauss,int finiteelement);
    2426                void GetSegmentBFlux(IssmDouble* B,Gauss* gauss, int index1,int index2,int finiteelement);
    2527                void GetSegmentBprimeFlux(IssmDouble* Bprime,Gauss* gauss, int index1,int index2,int finiteelement);
    26                 void GetNodalFunctionsDerivatives(IssmDouble* dbasis,IssmDouble* xyz_list, Gauss* gauss,int finiteelement);
    27                 void GetNodalFunctionsDerivativesReference(IssmDouble* dbasis,Gauss* gauss,int finiteelement);
    28                 void GetInputValue(IssmDouble* pp, IssmDouble* plist, Gauss* gauss,int finiteelement);
    29                 void GetInputDerivativeValue(IssmDouble* pp, IssmDouble* plist,IssmDouble* xyz_list, Gauss* gauss,int finiteelement);
    30 
     28                void GetSegmentJacobianDeterminant(IssmDouble* Jdet, IssmDouble* xyz_list,Gauss* gauss);
     29                void GetSegmentNodalFunctions(IssmDouble* basis,Gauss* gauss, int index1,int index2,int finiteelement);
    3130                void NodeOnEdgeIndices(int* pnumindices,int** pindices,int index,int finiteelement);
    3231                int  NumberofNodes(int finiteelement);
    33                 int  VelocityInterpolation(int fe_stokes);
    3432                int  PressureInterpolation(int fe_stokes);
    3533                int  TensorInterpolation(int fe_stokes);
     34                int  VelocityInterpolation(int fe_stokes);
    3635};
    3736#endif

  • issm/trunk/src/c/classes/ExternalResults/ExternalResult.h

    r16560 r19105  
    2828                virtual int    GetStep(void)=0;
    2929                virtual double GetValue(void)=0;
     30                virtual int    GetResultEnum(void)=0;
    3031};
    3132#endif

  • issm/trunk/src/c/classes/ExternalResults/GenericExternalResult.h

    r17806 r19105  
    160160                return name;
    161161} /*}}}*/
     162int GetResultEnum(void){ /*{{{*/
     163                return StringToEnumx(this->result_name,false);
     164} /*}}}*/
    162165int   GetStep(void){ /*{{{*/
    163166        return this->step;
    164167} /*}}}*/
    165 IssmPDouble GetValue(void){ /*{{{*/
     168double GetValue(void){ /*{{{*/
    166169        /*Only supported by IssmPDouble result, error out by default*/
    167170        _error_("not supported for this type of result");
    168         return 0.;
     171} /*}}}*/
     172double* GetValues(void){ /*{{{*/
     173        /*Only supported by IssmPDouble* result, error out by default*/
     174        _error_("not supported for this type of result");
    169175} /*}}}*/
    170176};
    … …  
    367373        return DoubleMatExternalResultEnum;
    368374} /*}}}*/
     375template <> inline double* GenericExternalResult<IssmPDouble*>::GetValues(void){ /*{{{*/
     376        return value;
     377} /*}}}*/
    369378
    370379/*Specific instantiations for IssmDouble*: */

  • issm/trunk/src/c/classes/ExternalResults/Results.cpp

    r18301 r19105  
    4141
    4242        for(int i=0;i<this->Size();i++){
    43                 ExternalResult* result=dynamic_cast<ExternalResult*>(this->GetObjectByOffset(i));
     43                ExternalResult* result=xDynamicCast<ExternalResult*>(this->GetObjectByOffset(i));
    4444                result->WriteData(fid,io_gather);
    4545        }
    … …  
    5757
    5858        for(int i=0;i<this->Size();i++){
    59                 ExternalResult* result=dynamic_cast<ExternalResult*>(this->GetObjectByOffset(i));
     59                ExternalResult* result=xDynamicCast<ExternalResult*>(this->GetObjectByOffset(i));
    6060
    6161                if(result->GetStep()==in_result->GetStep()){
    … …  
    8181
    8282        for(int i=0;i<this->Size();i++){
    83                 ExternalResult* result=dynamic_cast<ExternalResult*>(this->GetObjectByOffset(i));
     83                ExternalResult* result=xDynamicCast<ExternalResult*>(this->GetObjectByOffset(i));
    8484
    8585                if(result->GetStep()==result_step){
    … …  
    9494}
    9595/*}}}*/
     96ExternalResult* Results::FindResult(int result_enum){/*{{{*/
     97
     98        for(int i=0;i<this->Size();i++){
     99                ExternalResult* result=xDynamicCast<ExternalResult*>(this->GetObjectByOffset(i));
     100
     101                if(result->GetResultEnum()==result_enum){
     102                        return result;
     103                }
     104        }
     105        return NULL;
     106}
     107/*}}}*/

  • issm/trunk/src/c/classes/ExternalResults/Results.h

    r16560 r19105  
    2222                /*Mehthos*/
    2323                int AddResult(ExternalResult* result);
     24                ExternalResult* FindResult(int result_enum);
    2425                int DeleteResult(int result_enum,int result_step);
    2526                void Write(Parameters* parameters);

  • issm/trunk/src/c/classes/FemModel.cpp

    r18301 r19105  
    4343
    4444/*Object constructors and destructor*/
    45 FemModel::FemModel(int argc,char** argv,ISSM_MPI_Comm incomm){/*{{{*/
     45FemModel::FemModel(int argc,char** argv,ISSM_MPI_Comm incomm,bool trace){/*{{{*/
    4646
    4747        /*configuration: */
    48         int* analyses=NULL;
    49         int  numanalyses;
    5048        int  solution_type;
    5149        int  ierr;
    … …  
    7573        ProcessArguments(&solution_type,&binfilename,&outbinfilename,&petscfilename,&lockfilename,&rootpath,argc,argv);
    7674
    77         /*out of solution_type, figure out types of analyses needed in the femmodel: */
    78         AnalysisConfiguration(&analyses,&numanalyses,solution_type);
    79 
    8075        /*Create femmodel from input files: */
    8176        profiler->Tag(StartInit);
    82         this->InitFromFiles(rootpath,binfilename,outbinfilename,petscfilename,lockfilename,solution_type,analyses,numanalyses);
     77        this->InitFromFiles(rootpath,binfilename,outbinfilename,petscfilename,lockfilename,solution_type,trace,NULL);
    8378        profiler->Tag(FinishInit);
    8479
    8580        /*Free resources */
    86         xDelete<int>(analyses);
    8781        xDelete<char>(lockfilename);
    8882        xDelete<char>(binfilename);
    … …  
    9387}
    9488/*}}}*/
    95 FemModel::FemModel(char* rootpath, char* inputfilename, char* outputfilename, char* toolkitsfilename, char* lockfilename, const int in_solution_type,const int* analyses,const int nummodels){/*{{{*/
    96 
    97         /*Call InitFromFiles. This constructor is just a wrapper: */
    98         this->InitFromFiles(rootpath, inputfilename, outputfilename, toolkitsfilename, lockfilename, in_solution_type,analyses,nummodels);
     89FemModel::FemModel(char* rootpath, char* inputfilename, char* outputfilename, char* toolkitsfilename, char* lockfilename, ISSM_MPI_Comm incomm, int solution_type,IssmPDouble* X){ /*{{{*/
     90
     91        bool traceon=true;
     92        this->profiler=NULL; /*avoid leak, as we are not using the profiler ever in ad control run. */
     93       
     94        /*Store the communicator, but do not set it as a global variable, as this has already
     95         * been done by the FemModel that called this copy constructor: */
     96        this->comm=incomm;
     97        this->SetStaticComm();
     98
     99        /*Create femmodel from input files, with trace activated: */
     100        this->InitFromFiles(rootpath,inputfilename,outputfilename,toolkitsfilename,lockfilename,solution_type,traceon,X);
    99101
    100102}
    … …  
    111113
    112114        /*Delete all the datasets: */
    113         xDelete<int>(analysis_type_list);
    114         xDelete<char>(outbinfilename);
    115         xDelete<char>(lockfilename);
    116         delete elements;
    117         delete nodes;
    118         delete vertices;
    119         delete constraints;
    120         delete loads;
    121         delete materials;
    122         delete parameters;
    123         delete results;
     115        if(analysis_type_list)xDelete<int>(analysis_type_list);
     116        if(outbinfilename)xDelete<char>(outbinfilename);
     117        if(lockfilename)xDelete<char>(lockfilename);
     118        if(elements)delete elements;
     119        if(nodes)delete nodes;
     120        if(vertices)delete vertices;
     121        if(constraints)delete constraints;
     122        if(loads)delete loads;
     123        if(materials)delete materials;
     124        if(parameters)delete parameters;
     125        if(results)delete results;
    124126
    125127        /*Now delete: */
    126         delete profiler;
    127 
     128        if(profiler)delete profiler;
    128129}
    129130/*}}}*/
    … …  
    141142}
    142143/*}}}*/
    143 void FemModel::InitFromFiles(char* rootpath, char* inputfilename, char* outputfilename, char* toolkitsfilename, char* lockfilename, const int in_solution_type,const int* analyses,const int nummodels){/*{{{*/
     144void FemModel::InitFromFiles(char* rootpath, char* inputfilename, char* outputfilename, char* toolkitsfilename, char* lockfilename, const int in_solution_type,bool trace,IssmPDouble* X){/*{{{*/
    144145
    145146        /*intermediary*/
    … …  
    154155        my_rank=IssmComm::GetRank();
    155156
    156         /*Open input file on cpu 0: */
    157         if(my_rank==0) IOMODEL = pfopen0(inputfilename ,"rb");
    158 
    159         /*Open toolkits file: */
    160         toolkitsoptionsfid=pfopen(toolkitsfilename,"r");
    161 
    162157        /*Initialize internal data: */
    163         this->nummodels        = nummodels;
    164158        this->solution_type    = in_solution_type;
    165159        this->analysis_counter = nummodels-1;   //point to last analysis_type carried out.
    166160        this->results          = new Results(); //not initialized by CreateDataSets
    167 
    168         /*Dynamically allocate whatever is a list of length nummodels: */
    169         analysis_type_list=xNew<int>(nummodels);
    170 
    171         /*Initialize: */
    172         for(i=0;i<nummodels;i++)analysis_type_list[i]=analyses[i];
     161        /*Open input file on cpu 0 and create IoModel */
     162        if(my_rank==0) IOMODEL = pfopen0(inputfilename ,"rb");
     163        IoModel* iomodel = new IoModel(IOMODEL,trace,X);
     164
     165        /*Figure out what analyses are activated for this solution*/
     166        SolutionAnalysesList(&this->analysis_type_list,&this->nummodels,iomodel,this->solution_type);
     167
     168        /*Open toolkits file: */
     169        toolkitsoptionsfid=pfopen(toolkitsfilename,"r");
    173170
    174171        /*create datasets for all analyses*/
    175         ModelProcessorx(&this->elements,&this->nodes,&this->vertices,&this->materials,&this->constraints,&this->loads,&this->parameters,IOMODEL,toolkitsoptionsfid,rootpath,this->solution_type,nummodels,analyses);
     172        ModelProcessorx(&this->elements,&this->nodes,&this->vertices,&this->materials,&this->constraints,&this->loads,&this->parameters,iomodel,toolkitsoptionsfid,rootpath,this->solution_type,this->nummodels,this->analysis_type_list);
    176173
    177174        /*do the post-processing of the datasets to get an FemModel that can actually run analyses: */
    … …  
    201198        pfclose(toolkitsoptionsfid,toolkitsfilename);
    202199
    203         /*Open output file once for all and add output file name and file descriptor to parameters*/
     200        /*Open output file once for all and add output file descriptor to parameters*/
    204201        output_fid=pfopen(outputfilename,"wb");
     202        this->parameters->SetParam(output_fid,OutputFilePointerEnum);
     203       
     204        /*Now save all of these file names into parameters, you never know when you might need them: */
     205        this->parameters->AddObject(new StringParam(ToolkitsFileNameEnum,toolkitsfilename));
     206        this->parameters->AddObject(new StringParam(RootPathEnum,rootpath));
     207        this->parameters->AddObject(new StringParam(InputFileNameEnum,inputfilename));
    205208        this->parameters->AddObject(new StringParam(OutputFileNameEnum,outputfilename));
    206         this->parameters->SetParam(output_fid,OutputFilePointerEnum);
    207 
    208         /*Save lock file name for later: */
    209209        this->parameters->AddObject(new StringParam(LockFileNameEnum,lockfilename));
    210210
    211         }
    212 /*}}}*/
     211        /*Clean up*/
     212        delete iomodel;
     213}/*}}}*/
    213214void FemModel::CleanUp(void){/*{{{*/
    214215
    … …  
    238239        _printf0_("   "<<setw(40)<<left<<"Core solution elapsed time:"<<profiler->DeltaTime(StartCore,FinishCore) << "\n");
    239240        _printf0_("\n");
    240         _printf0_("   Total elapsed time:"
     241        _printf0_("   Total elapsed time: "
    241242                                <<profiler->DeltaTimeModHour(Start,Finish)<<" hrs "
    242243                                <<profiler->DeltaTimeModMin(Start,Finish)<<" min "
    … …  
    324325        WrapperCorePointerFromSolutionEnum(&solutioncore,this->parameters,solution_type);
    325326
    326         /*run solutoin core: */
     327        /*run solution core: */
    327328        profiler->Tag(StartCore);   
    328329        solutioncore(this);
    … …  
    412413}
    413414/*}}}*/
     415void  FemModel::SolutionAnalysesList(int** panalyses,int* pnumanalyses,IoModel* iomodel,int solutiontype){/*{{{*/
     416
     417        /*output: */
     418        int  numanalyses = 0;
     419        int* analyses=NULL;
     420
     421        /*Intermediaries*/
     422        const int MAXANALYSES = 30;
     423        int   analyses_temp[MAXANALYSES];
     424
     425        /*Analyses lists*/
     426        switch(solutiontype){
     427
     428                case StressbalanceSolutionEnum:{
     429                        bool isSIA,isFS;
     430                        int  fe_FS;
     431                        iomodel->Constant(&fe_FS,FlowequationFeFSEnum);
     432                        iomodel->Constant(&isSIA,FlowequationIsSIAEnum);
     433                        iomodel->Constant(&isFS,FlowequationIsFSEnum);
     434                        analyses_temp[numanalyses++]=StressbalanceAnalysisEnum;
     435                        analyses_temp[numanalyses++]=StressbalanceVerticalAnalysisEnum;
     436                        if(isSIA){
     437                                analyses_temp[numanalyses++]=StressbalanceSIAAnalysisEnum;
     438                        }
     439                        analyses_temp[numanalyses++]=L2ProjectionBaseAnalysisEnum;
     440                        analyses_temp[numanalyses++]=ExtrudeFromBaseAnalysisEnum;
     441                        analyses_temp[numanalyses++]=DepthAverageAnalysisEnum;
     442                        if(fe_FS==LATaylorHoodEnum || fe_FS==LACrouzeixRaviartEnum){
     443                                analyses_temp[numanalyses++]=UzawaPressureAnalysisEnum;
     444                        }
     445                        }
     446                        break;
     447
     448                case SteadystateSolutionEnum:{
     449                        bool isSIA,isenthalpy;
     450                        iomodel->Constant(&isSIA,FlowequationIsSIAEnum);
     451                        iomodel->Constant(&isenthalpy,ThermalIsenthalpyEnum);
     452                        analyses_temp[numanalyses++]=StressbalanceAnalysisEnum;
     453                        analyses_temp[numanalyses++]=StressbalanceVerticalAnalysisEnum;
     454                        if(isSIA){
     455                                analyses_temp[numanalyses++]=StressbalanceSIAAnalysisEnum;
     456                        }
     457                        if(isenthalpy){
     458                                analyses_temp[numanalyses++]=EnthalpyAnalysisEnum;
     459                        }
     460                        else{
     461                                analyses_temp[numanalyses++]=ThermalAnalysisEnum;
     462                                analyses_temp[numanalyses++]=MeltingAnalysisEnum;
     463                        }
     464                        analyses_temp[numanalyses++]=L2ProjectionBaseAnalysisEnum;
     465                        }
     466                        break;
     467
     468                case ThermalSolutionEnum:{
     469                        bool isenthalpy;
     470                        iomodel->Constant(&isenthalpy,ThermalIsenthalpyEnum);
     471                        if(isenthalpy){
     472                                analyses_temp[numanalyses++]=EnthalpyAnalysisEnum;
     473                        }
     474                        else{
     475                                analyses_temp[numanalyses++]=ThermalAnalysisEnum;
     476                                analyses_temp[numanalyses++]=MeltingAnalysisEnum;
     477                        }
     478                        }
     479                        break;
     480
     481                case HydrologySolutionEnum:
     482                        analyses_temp[numanalyses++]=HydrologyShreveAnalysisEnum;
     483                        analyses_temp[numanalyses++]=HydrologyDCInefficientAnalysisEnum;
     484                        analyses_temp[numanalyses++]=HydrologyDCEfficientAnalysisEnum;
     485                        analyses_temp[numanalyses++]=L2ProjectionBaseAnalysisEnum;
     486                        analyses_temp[numanalyses++]=L2ProjectionEPLAnalysisEnum;
     487                        break;
     488
     489                case MasstransportSolutionEnum:
     490                        analyses_temp[numanalyses++]=MasstransportAnalysisEnum;
     491                        break;
     492
     493                case BalancethicknessSolutionEnum:
     494                        analyses_temp[numanalyses++]=BalancethicknessAnalysisEnum;
     495                        break;
     496
     497                case Balancethickness2SolutionEnum:
     498                        analyses_temp[numanalyses++]=L2ProjectionBaseAnalysisEnum;
     499                        analyses_temp[numanalyses++]=SmoothAnalysisEnum;
     500                        analyses_temp[numanalyses++]=Balancethickness2AnalysisEnum;
     501                        break;
     502
     503                case BalancethicknessSoftSolutionEnum:
     504                        analyses_temp[numanalyses++]=BalancethicknessAnalysisEnum;
     505                        break;
     506
     507                case BalancevelocitySolutionEnum:
     508                        analyses_temp[numanalyses++]=BalancevelocityAnalysisEnum;
     509                        analyses_temp[numanalyses++]=SmoothAnalysisEnum;
     510                        break;
     511
     512                case SurfaceSlopeSolutionEnum:
     513                        analyses_temp[numanalyses++]=L2ProjectionBaseAnalysisEnum;
     514                        break;
     515
     516                case BedSlopeSolutionEnum:
     517                        analyses_temp[numanalyses++]=L2ProjectionBaseAnalysisEnum;
     518                        break;
     519
     520                case GiaSolutionEnum:
     521                        analyses_temp[numanalyses++]=GiaAnalysisEnum;
     522                        break;
     523               
     524                case DamageEvolutionSolutionEnum:
     525                        analyses_temp[numanalyses++]=DamageEvolutionAnalysisEnum;
     526                        break;
     527
     528                case TransientSolutionEnum:{
     529                        bool isSIA,isFS,isthermal,isenthalpy,ismasstransport,isgroundingline,isstressbalance,islevelset,ishydrology,isdamage;
     530                        iomodel->Constant(&isSIA,FlowequationIsSIAEnum);
     531                        iomodel->Constant(&isFS,FlowequationIsFSEnum);
     532                        iomodel->Constant(&isthermal,TransientIsthermalEnum);
     533                        iomodel->Constant(&isenthalpy,ThermalIsenthalpyEnum);
     534                        iomodel->Constant(&islevelset,TransientIslevelsetEnum);
     535                        iomodel->Constant(&ismasstransport,TransientIsmasstransportEnum);
     536                        iomodel->Constant(&isstressbalance,TransientIsstressbalanceEnum);
     537                        iomodel->Constant(&isgroundingline,TransientIsgroundinglineEnum);
     538                        iomodel->Constant(&isdamage,TransientIsdamageevolutionEnum);
     539                        iomodel->Constant(&ishydrology,TransientIshydrologyEnum);
     540                        if(isstressbalance){
     541                                int  fe_FS;
     542                                iomodel->Constant(&fe_FS,FlowequationFeFSEnum);
     543                                analyses_temp[numanalyses++]=StressbalanceAnalysisEnum;
     544                                analyses_temp[numanalyses++]=StressbalanceVerticalAnalysisEnum;
     545                                if(isSIA){
     546                                        analyses_temp[numanalyses++]=StressbalanceSIAAnalysisEnum;
     547                                }
     548                                analyses_temp[numanalyses++]=DepthAverageAnalysisEnum;
     549                                if(fe_FS==LATaylorHoodEnum || fe_FS==LACrouzeixRaviartEnum){
     550                                        analyses_temp[numanalyses++]=UzawaPressureAnalysisEnum;
     551                                }
     552                        }
     553                        if(isthermal && iomodel->domaintype==Domain3DEnum){
     554                                if(isenthalpy){
     555                                        analyses_temp[numanalyses++]=EnthalpyAnalysisEnum;
     556                                }
     557                                else{
     558                                        analyses_temp[numanalyses++]=ThermalAnalysisEnum;
     559                                        analyses_temp[numanalyses++]=MeltingAnalysisEnum;
     560                                }
     561                        }
     562                        if(ismasstransport || isgroundingline){
     563                                analyses_temp[numanalyses++]=MasstransportAnalysisEnum;
     564                        }
     565                        if(islevelset){
     566                                analyses_temp[numanalyses++]=LevelsetAnalysisEnum;
     567                                analyses_temp[numanalyses++]=ExtrapolationAnalysisEnum;
     568                                analyses_temp[numanalyses++]=LsfReinitializationAnalysisEnum;
     569                        }
     570                        if(ishydrology){
     571                                analyses_temp[numanalyses++]=HydrologyShreveAnalysisEnum;
     572                                analyses_temp[numanalyses++]=HydrologyDCInefficientAnalysisEnum;
     573                                analyses_temp[numanalyses++]=HydrologyDCEfficientAnalysisEnum;
     574                                analyses_temp[numanalyses++]=L2ProjectionEPLAnalysisEnum;
     575                        }
     576                        if(isdamage){
     577                                analyses_temp[numanalyses++]=DamageEvolutionAnalysisEnum;
     578                        }
     579
     580                        if(iomodel->domaintype==Domain2DverticalEnum || iomodel->domaintype==Domain3DEnum){
     581                                analyses_temp[numanalyses++]=ExtrudeFromBaseAnalysisEnum;
     582                                analyses_temp[numanalyses++]=ExtrudeFromTopAnalysisEnum;
     583                                analyses_temp[numanalyses++]=FreeSurfaceBaseAnalysisEnum;
     584                                analyses_temp[numanalyses++]=FreeSurfaceTopAnalysisEnum;
     585                        }
     586                        analyses_temp[numanalyses++]=L2ProjectionBaseAnalysisEnum;
     587                        }
     588                        break;
     589
     590                default:
     591                        _error_("solution type: " << EnumToStringx(solutiontype) << " not supported yet!");
     592                        break;
     593        }
     594
     595        /*Copy analyses from temp to output*/
     596        _assert_(numanalyses<MAXANALYSES);
     597        analyses=xNew<int>(numanalyses);
     598        for(int i=0;i<numanalyses;i++) analyses[i]=analyses_temp[i];
     599
     600        /*Assign output pointers:*/
     601        if(pnumanalyses) *pnumanalyses=numanalyses;
     602        if(panalyses)    *panalyses=analyses;
     603        else              xDelete<int>(analyses);
     604}/*}}}*/
    414605
    415606/*Modules:*/
    … …  
    420611
    421612        /*get vertex vectors for bed and thickness: */
    422         GetVectorFromInputsx(&surface  ,this, SurfaceEnum,VertexEnum);
    423         GetVectorFromInputsx(&bed      ,this, BaseEnum,    VertexEnum);
     613        GetVectorFromInputsx(&surface  ,this, SurfaceEnum,VertexPIdEnum);
     614        GetVectorFromInputsx(&bed      ,this, BaseEnum,   VertexPIdEnum);
    424615
    425616        /*Allocate vector*/
    … …  
    477668}
    478669/*}}}*/
     670void FemModel::ElementOperationx(void (Element::*function)(void)){ /*{{{*/
     671
     672        for(int i=0;i<elements->Size();i++){
     673                Element* element=dynamic_cast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
     674                (element->*function)();
     675        }
     676
     677}
     678/*}}}*/
    479679void FemModel::Responsex(IssmDouble* responses,const char* response_descriptor){/*{{{*/
    480680
    … …  
    489689
    490690                case DivergenceEnum:               this->Divergencex(responses); break;
     691                case MaxDivergenceEnum:            this->MaxDivergencex(responses); break;
     692                case IceMassEnum:                  this->IceMassx(responses); break;
    491693                case IceVolumeEnum:                this->IceVolumex(responses); break;
    492694                case IceVolumeAboveFloatationEnum: this->IceVolumeAboveFloatationx(responses); break;
    … …  
    515717                case DragCoefficientAbsGradientEnum:DragCoefficientAbsGradientx(responses, elements,nodes, vertices, loads, materials, parameters); break;
    516718                case BalancethicknessMisfitEnum:   BalancethicknessMisfitx(responses); break;
    517                 case Balancethickness2MisfitEnum:  Balancethickness2Misfitx(responses); break;
    518719                case TotalSmbEnum:                                        this->TotalSmbx(responses); break;
    519720                case MaterialsRheologyBbarEnum:    this->ElementResponsex(responses,MaterialsRheologyBbarEnum); break;
    … …  
    559760                }
    560761                else{
    561                         switch(output_enum){
    562 
    563                                 /*Scalar output*/
    564                                 case DivergenceEnum:               this->Divergencex(&double_result);               break;
    565                                 case IceVolumeEnum:                this->IceVolumex(&double_result);                break;
    566                                 case IceVolumeAboveFloatationEnum: this->IceVolumeAboveFloatationx(&double_result); break;
    567                                 case MinVelEnum:                   this->MinVelx(&double_result);                   break;
    568                                 case MaxVelEnum:                   this->MaxVelx(&double_result);                   break;
    569                                 case MinVxEnum:                    this->MinVxx(&double_result);                    break;
    570                                 case MaxVxEnum:                    this->MaxVxx(&double_result);                    break;
    571                                 case MaxAbsVxEnum:                 this->MaxAbsVxx(&double_result);                 break;
    572                                 case MinVyEnum:                    this->MinVyx(&double_result);                    break;
    573                                 case MaxVyEnum:                    this->MaxVyx(&double_result);                    break;
    574                                 case MaxAbsVyEnum:                 this->MaxAbsVyx(&double_result);                 break;
    575                                 case MinVzEnum:                    this->MinVzx(&double_result);                    break;
    576                                 case MaxVzEnum:                    this->MaxVzx(&double_result);                    break;
    577                                 case MaxAbsVzEnum:                 this->MaxAbsVzx(&double_result);                 break;
    578                                 case MassFluxEnum:                 this->MassFluxx(&double_result);                 break;
    579                                 case TotalSmbEnum:                 this->TotalSmbx(&double_result);                 break;
     762                        /*last chance for the output definition, if the enum is one of Outputdefinition[1-10]Enum:*/
     763                        if(output_enum>=Outputdefinition1Enum && output_enum <=Outputdefinition10Enum){
     764                                double_result = OutputDefinitionsResponsex(this,output_enum);
     765                                if(save_results){
     766                                        results->AddResult(new GenericExternalResult<IssmPDouble>(results->Size()+1,output_string,reCast<IssmPDouble>(double_result),step,time));
     767                                        continue;
     768                                }
     769                        }
     770                        else{
     771                                switch(output_enum){
     772
     773                                        /*Scalar output*/
     774                                        case DivergenceEnum:               this->Divergencex(&double_result);               break;
     775                                        case MaxDivergenceEnum:            this->MaxDivergencex(&double_result);            break;
     776                                        case IceMassEnum:                this->IceMassx(&double_result);                break;
     777                                        case IceVolumeEnum:                this->IceVolumex(&double_result);                break;
     778                                        case IceVolumeAboveFloatationEnum: this->IceVolumeAboveFloatationx(&double_result); break;
     779                                        case MinVelEnum:                   this->MinVelx(&double_result);                   break;
     780                                        case MaxVelEnum:                   this->MaxVelx(&double_result);                   break;
     781                                        case MinVxEnum:                    this->MinVxx(&double_result);                    break;
     782                                        case MaxVxEnum:                    this->MaxVxx(&double_result);                    break;
     783                                        case MaxAbsVxEnum:                 this->MaxAbsVxx(&double_result);                 break;
     784                                        case MinVyEnum:                    this->MinVyx(&double_result);                    break;
     785                                        case MaxVyEnum:                    this->MaxVyx(&double_result);                    break;
     786                                        case MaxAbsVyEnum:                 this->MaxAbsVyx(&double_result);                 break;
     787                                        case MinVzEnum:                    this->MinVzx(&double_result);                    break;
     788                                        case MaxVzEnum:                    this->MaxVzx(&double_result);                    break;
     789                                        case MaxAbsVzEnum:                 this->MaxAbsVzx(&double_result);                 break;
     790                                        case MassFluxEnum:                 this->MassFluxx(&double_result);                 break;
     791                                        case TotalSmbEnum:                 this->TotalSmbx(&double_result);                 break;
    580792
    581793                           /*Scalar control output*/
    … …  
    590802                                case ThicknessAcrossGradientEnum:   ThicknessAcrossGradientx(&double_result,elements,nodes,vertices,loads,materials,parameters);    break;
    591803                                case RheologyBbarAbsGradientEnum:   RheologyBbarAbsGradientx(&double_result,elements,nodes,vertices,loads,materials,parameters);    break;
     804                                case RheologyBAbsGradientEnum:      RheologyBAbsGradientx(&double_result,elements,nodes,vertices,loads,materials,parameters);  break;
    592805                                case DragCoefficientAbsGradientEnum:DragCoefficientAbsGradientx(&double_result,elements,nodes,vertices,loads,materials,parameters); break;
    593806                                case BalancethicknessMisfitEnum:    BalancethicknessMisfitx(&double_result);                                                        break;
    594                                 case Balancethickness2MisfitEnum:  Balancethickness2Misfitx(&double_result); break;
    595 
    596                            /*Vector */
    597                                 default:
    598 
    599                                         /*Vector layout*/
    600                                         int interpolation,nodesperelement,size;
    601                                         int rank_interpolation=-1,rank_nodesperelement=-1;
    602 
    603                                         /*Get interpolation (and compute input if necessary)*/
    604                                         for(int j=0;j<elements->Size();j++){
    605                                                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(j));
    606                                                 element->ResultInterpolation(&rank_interpolation,&rank_nodesperelement,output_enum);
    607                                         }
    608 
    609                                         /*Broadcast for cpus that do not have any elements*/
    610                                         ISSM_MPI_Reduce(&rank_interpolation,&interpolation,1,ISSM_MPI_INT,ISSM_MPI_MAX,0,IssmComm::GetComm());
    611                                         ISSM_MPI_Reduce(&rank_nodesperelement,&nodesperelement,1,ISSM_MPI_INT,ISSM_MPI_MAX,0,IssmComm::GetComm());
    612                                         ISSM_MPI_Bcast(&interpolation,1,ISSM_MPI_INT,0,IssmComm::GetComm());
    613                                         ISSM_MPI_Bcast(&nodesperelement,1,ISSM_MPI_INT,0,IssmComm::GetComm());
    614 
    615                                         if(results_on_nodes){
    616 
    617                                                 /*Allocate matrices*/
    618                                                 int         nbe       = this->elements->NumberOfElements();
    619                                                 IssmDouble* values    = xNewZeroInit<IssmDouble>(nbe*nodesperelement);
    620                                                 IssmDouble* allvalues = xNew<IssmDouble>(nbe*nodesperelement);
    621 
    622                                                 /*Fill-in matrix*/
     807                                case SurfaceAbsMisfitEnum:          SurfaceAbsMisfitx(&double_result); break;
     808
     809                                   /*Vector */
     810                                        default:
     811
     812                                                /*Vector layout*/
     813                                                int interpolation,nodesperelement,size;
     814                                                int rank_interpolation=-1,rank_nodesperelement=-1;
     815
     816                                                /*Get interpolation (and compute input if necessary)*/
    623817                                                for(int j=0;j<elements->Size();j++){
    624                                                         Element* element=dynamic_cast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(j));
    625                                                         element->ResultToPatch(values,nodesperelement,output_enum);
     818                                                        Element* element=xDynamicCast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(j));
     819                                                        element->ResultInterpolation(&rank_interpolation,&rank_nodesperelement,output_enum);
    626820                                                }
    627821
    628                                                 /*Gather from all cpus*/
    629                                                 ISSM_MPI_Allreduce((void*)values,(void*)allvalues,nbe*nodesperelement,ISSM_MPI_PDOUBLE,ISSM_MPI_SUM,IssmComm::GetComm());
    630                                                 xDelete<IssmDouble>(values);
    631 
    632                                                 if(save_results)results->AddResult(new GenericExternalResult<IssmDouble*>(results->Size()+1,output_enum,allvalues,nbe,nodesperelement,step,time));
    633                                                 xDelete<IssmDouble>(allvalues);
    634 
    635                                         }
    636                                         else{
    637 
    638                                                 /*Allocate vector depending on interpolation*/
    639                                                 switch(interpolation){
    640                                                         case P0Enum: size = this->elements->NumberOfElements(); break;
    641                                                         case P1Enum: size = this->vertices->NumberOfVertices(); break;
    642                                                         default:     _error_("Interpolation "<<EnumToStringx(interpolation)<<" not supported yet");
     822                                                /*Broadcast for cpus that do not have any elements*/
     823                                                ISSM_MPI_Reduce(&rank_interpolation,&interpolation,1,ISSM_MPI_INT,ISSM_MPI_MAX,0,IssmComm::GetComm());
     824                                                ISSM_MPI_Reduce(&rank_nodesperelement,&nodesperelement,1,ISSM_MPI_INT,ISSM_MPI_MAX,0,IssmComm::GetComm());
     825                                                ISSM_MPI_Bcast(&interpolation,1,ISSM_MPI_INT,0,IssmComm::GetComm());
     826                                                ISSM_MPI_Bcast(&nodesperelement,1,ISSM_MPI_INT,0,IssmComm::GetComm());
     827
     828                                                if(results_on_nodes){
     829
     830                                                        /*Allocate matrices*/
     831                                                        int         nbe       = this->elements->NumberOfElements();
     832                                                        IssmDouble* values    = xNewZeroInit<IssmDouble>(nbe*nodesperelement);
     833                                                        IssmDouble* allvalues = xNew<IssmDouble>(nbe*nodesperelement);
     834
     835                                                        /*Fill-in matrix*/
     836                                                        for(int j=0;j<elements->Size();j++){
     837                                                                Element* element=xDynamicCast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(j));
     838                                                                element->ResultToPatch(values,nodesperelement,output_enum);
     839                                                        }
     840
     841                                                        /*Gather from all cpus*/
     842                                                        ISSM_MPI_Allreduce((void*)values,(void*)allvalues,nbe*nodesperelement,ISSM_MPI_PDOUBLE,ISSM_MPI_SUM,IssmComm::GetComm());
     843                                                        xDelete<IssmDouble>(values);
     844
     845                                                        if(save_results)results->AddResult(new GenericExternalResult<IssmDouble*>(results->Size()+1,output_enum,allvalues,nbe,nodesperelement,step,time));
     846                                                        xDelete<IssmDouble>(allvalues);
    643847
    644848                                                }
    645                                                 Vector<IssmDouble> *vector_result = new Vector<IssmDouble>(size);
    646 
    647                                                 /*Fill in vector*/
    648                                                 for(int j=0;j<elements->Size();j++){
    649                                                         Element* element=(Element*)elements->GetObjectByOffset(j);
    650                                                         element->ResultToVector(vector_result,output_enum);
     849                                                else{
     850
     851                                                        /*Allocate vector depending on interpolation*/
     852                                                        switch(interpolation){
     853                                                                case P0Enum: size = this->elements->NumberOfElements(); break;
     854                                                                case P1Enum: size = this->vertices->NumberOfVertices(); break;
     855                                                                default:     _error_("Interpolation "<<EnumToStringx(interpolation)<<" not supported yet");
     856
     857                                                        }
     858                                                        Vector<IssmDouble> *vector_result = new Vector<IssmDouble>(size);
     859
     860                                                        /*Fill in vector*/
     861                                                        for(int j=0;j<elements->Size();j++){
     862                                                                Element* element=(Element*)elements->GetObjectByOffset(j);
     863                                                                element->ResultToVector(vector_result,output_enum);
     864                                                        }
     865                                                        vector_result->Assemble();
     866
     867                                                        if(save_results)results->AddResult(new GenericExternalResult<Vector<IssmDouble>*>(results->Size()+1,output_enum,vector_result,step,time));
    651868                                                }
    652                                                 vector_result->Assemble();
    653 
    654                                                 if(save_results)results->AddResult(new GenericExternalResult<Vector<IssmDouble>*>(results->Size()+1,output_enum,vector_result,step,time));
    655                                         }
    656                                         isvec = true;
    657                                         break;
    658                         }
     869                                                isvec = true;
     870                                                break;
     871                                }
     872                        }
     873
    659874                }
    660875
    … …  
    739954
    740955        for (i=1;i<elements->Size();i++){
    741                 element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     956                element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    742957                dt=element->TimeAdapt();
    743958                if(dt<min_dt)min_dt=dt;
    … …  
    756971
    757972        for(int i=0;i<elements->Size();i++){
    758                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     973                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    759974                element->UpdateConstraintsExtrudeFromBase();
    760975        }
    … …  
    765980
    766981        for(int i=0;i<elements->Size();i++){
    767                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     982                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    768983                element->UpdateConstraintsExtrudeFromTop();
    769984        }
    … …  
    8391054        maxabsvx=-INFINITY;
    8401055        for(i=0;i<this->elements->Size();i++){
    841                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
     1056                Element* element=xDynamicCast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
    8421057                element_maxabsvx=element->inputs->MaxAbs(VxEnum);
    8431058                if(element_maxabsvx>maxabsvx) maxabsvx=element_maxabsvx;
    … …  
    8631078        maxabsvy=-INFINITY;
    8641079        for(i=0;i<this->elements->Size();i++){
    865                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
     1080                Element* element=xDynamicCast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
    8661081                element_maxabsvy=element->inputs->MaxAbs(VyEnum);
    8671082                if(element_maxabsvy>maxabsvy) maxabsvy=element_maxabsvy;
    … …  
    8871102        maxabsvz=-INFINITY;
    8881103        for(i=0;i<this->elements->Size();i++){
    889                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
     1104                Element* element=xDynamicCast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
    8901105                element_maxabsvz=element->inputs->MaxAbs(VzEnum);
    8911106                if(element_maxabsvz>maxabsvz) maxabsvz=element_maxabsvz;
    … …  
    9111126        maxvel=-INFINITY;
    9121127        for(i=0;i<this->elements->Size();i++){
    913                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
     1128                Element* element=xDynamicCast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
    9141129                element_maxvel = element->inputs->Max(VelEnum);
    9151130                if(element_maxvel>maxvel) maxvel=element_maxvel;
    … …  
    9351150        maxvx=-INFINITY;
    9361151        for(i=0;i<this->elements->Size();i++){
    937                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
     1152                Element* element=xDynamicCast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
    9381153                element_maxvx = element->inputs->Max(VxEnum);
    9391154                if(element_maxvx>maxvx) maxvx=element_maxvx;
    … …  
    9591174        maxvy=-INFINITY;
    9601175        for(i=0;i<this->elements->Size();i++){
    961                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
     1176                Element* element=xDynamicCast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
    9621177                element_maxvy = element->inputs->Max(VyEnum);
    9631178                if(element_maxvy>maxvy) maxvy=element_maxvy;
    … …  
    9831198        maxvz=-INFINITY;
    9841199        for(i=0;i<this->elements->Size();i++){
    985                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
     1200                Element* element=xDynamicCast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
    9861201                element_maxvz = element->inputs->Max(VzEnum);
    9871202                if(element_maxvz>maxvz) maxvz=element_maxvz;
    … …  
    10071222        minvel=INFINITY;
    10081223        for(i=0;i<this->elements->Size();i++){
    1009                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
     1224                Element* element=xDynamicCast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
    10101225                element_minvel = element->inputs->Min(VelEnum);
    10111226                if(element_minvel<minvel) minvel=element_minvel;
    … …  
    10311246        minvx=INFINITY;
    10321247        for(i=0;i<this->elements->Size();i++){
    1033                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
     1248                Element* element=xDynamicCast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
    10341249                element_minvx = element->inputs->Min(VxEnum);
    10351250                if(element_minvx<minvx) minvx=element_minvx;
    … …  
    10551270        minvy=INFINITY;
    10561271        for(i=0;i<this->elements->Size();i++){
    1057                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
     1272                Element* element=xDynamicCast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
    10581273                element_minvy = element->inputs->Min(VyEnum);
    10591274                if(element_minvy<minvy) minvy=element_minvy;
    … …  
    10791294        minvz=INFINITY;
    10801295        for(i=0;i<this->elements->Size();i++){
    1081                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
     1296                Element* element=xDynamicCast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
    10821297                element_minvz = element->inputs->Min(VzEnum);
    10831298                if(element_minvz<minvz) minvz=element_minvz;
    … …  
    10991314
    11001315        for(int i=0;i<this->elements->Size();i++){
    1101                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
     1316                Element* element=xDynamicCast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
    11021317                local_smb+=element->TotalSmb();
    11031318        }
    … …  
    11151330
    11161331        for(int i=0;i<this->elements->Size();i++){
    1117                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
     1332                Element* element=xDynamicCast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
    11181333                local_divergence+=element->Divergence();
    11191334        }
    … …  
    11251340
    11261341}/*}}}*/
     1342void FemModel::MaxDivergencex(IssmDouble* pdiv){/*{{{*/
     1343
     1344        IssmDouble local_divergence;
     1345        IssmDouble node_max_divergence;
     1346        IssmDouble max_divergence = -INFINITY;
     1347
     1348        for(int i=0;i<this->elements->Size();i++){
     1349                Element* element=xDynamicCast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
     1350                local_divergence=element->Divergence();
     1351                if(fabs(local_divergence)>max_divergence) max_divergence=fabs(local_divergence);
     1352        }
     1353        ISSM_MPI_Reduce(&max_divergence,&node_max_divergence,1,ISSM_MPI_DOUBLE,ISSM_MPI_MAX,0,IssmComm::GetComm() );
     1354        ISSM_MPI_Bcast(&node_max_divergence,1,ISSM_MPI_DOUBLE,0,IssmComm::GetComm());
     1355        max_divergence=node_max_divergence;
     1356
     1357        /*Assign output pointers: */
     1358        *pdiv=max_divergence;
     1359
     1360}/*}}}*/
     1361void FemModel::GetInputLocalMinMaxOnNodesx(IssmDouble** pmin,IssmDouble** pmax,IssmDouble* ug){/*{{{*/
     1362
     1363        /*Get vector sizes for current configuration*/
     1364        int configuration_type;
     1365        this->parameters->FindParam(&configuration_type,ConfigurationTypeEnum);
     1366        int numnodes = this->nodes->NumberOfNodes(configuration_type);
     1367
     1368        /*Initialize output vectors*/
     1369        IssmDouble* uLmin_local = xNew<IssmDouble>(numnodes);
     1370        IssmDouble* uLmax_local = xNew<IssmDouble>(numnodes);
     1371        IssmDouble* uLmin = xNew<IssmDouble>(numnodes);
     1372        IssmDouble* uLmax = xNew<IssmDouble>(numnodes);
     1373        for(int i=0;i<numnodes;i++){
     1374                uLmin_local[i] = +1.e+50;
     1375                uLmax_local[i] = -1.e+50;
     1376        }
     1377
     1378        for(int i=0;i<this->elements->Size();i++){
     1379                Element* element=xDynamicCast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
     1380                element->GetInputLocalMinMaxOnNodes(uLmin_local,uLmax_local,ug);
     1381        }
     1382
     1383        /*Synchronize all CPUs*/
     1384        ISSM_MPI_Allreduce((void*)uLmin_local,(void*)uLmin,numnodes,ISSM_MPI_DOUBLE,ISSM_MPI_MIN,IssmComm::GetComm());
     1385        ISSM_MPI_Allreduce((void*)uLmax_local,(void*)uLmax,numnodes,ISSM_MPI_DOUBLE,ISSM_MPI_MAX,IssmComm::GetComm());
     1386        xDelete<IssmDouble>(uLmin_local);
     1387        xDelete<IssmDouble>(uLmax_local);
     1388
     1389        /*Assign output pointers: */
     1390        *pmin=uLmin;
     1391        *pmax=uLmax;
     1392
     1393}/*}}}*/
     1394void FemModel::IceMassx(IssmDouble* pM){/*{{{*/
     1395
     1396        IssmDouble local_ice_mass = 0;
     1397        IssmDouble total_ice_mass;
     1398
     1399        for(int i=0;i<this->elements->Size();i++){
     1400                Element* element=xDynamicCast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
     1401                local_ice_mass+=element->IceMass();
     1402        }
     1403        ISSM_MPI_Reduce(&local_ice_mass,&total_ice_mass,1,ISSM_MPI_DOUBLE,ISSM_MPI_SUM,0,IssmComm::GetComm() );
     1404        ISSM_MPI_Bcast(&total_ice_mass,1,ISSM_MPI_DOUBLE,0,IssmComm::GetComm());
     1405
     1406        /*Assign output pointers: */
     1407        *pM=total_ice_mass;
     1408
     1409}/*}}}*/
    11271410void FemModel::IceVolumex(IssmDouble* pV){/*{{{*/
    11281411
    … …  
    11311414
    11321415        for(int i=0;i<this->elements->Size();i++){
    1133                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
     1416                Element* element=xDynamicCast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
    11341417                local_ice_volume+=element->IceVolume();
    11351418        }
    … …  
    11471430
    11481431        for(int i=0;i<this->elements->Size();i++){
    1149                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
     1432                Element* element=xDynamicCast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
    11501433                local_ice_volume_af+=element->IceVolumeAboveFloatation();
    11511434        }
    … …  
    11721455        /*now, go through our elements, and retrieve the one with this id: index: */
    11731456        for(int i=0;i<this->elements->Size();i++){
    1174                 element=dynamic_cast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
     1457                element=xDynamicCast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
    11751458                if (element->Id()==index){
    11761459                        found=1;
    … …  
    12101493        /*Compute Misfit: */
    12111494        for(int i=0;i<elements->Size();i++){
    1212                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     1495                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    12131496
    12141497                /*If on water, return 0: */
    … …  
    12651548
    12661549}/*}}}*/
    1267 void FemModel::Balancethickness2Misfitx(IssmDouble* presponse){/*{{{*/
     1550void FemModel::SurfaceAbsMisfitx(IssmDouble* presponse){/*{{{*/
    12681551
    12691552        /*output: */
    … …  
    12711554        IssmDouble J_sum;
    12721555
    1273         IssmDouble  weight,thicknessobs,thickness,potential;
    1274         IssmDouble  vx,vy,vxbar,vybar,vxobs,vyobs,vxbarobs,vybarobs,nux,nuy;
     1556        IssmDouble  surface,surfaceobs,weight;
    12751557        IssmDouble  Jdet;
    12761558        IssmDouble* xyz_list = NULL;
    … …  
    12781560        /*Compute Misfit: */
    12791561        for(int i=0;i<elements->Size();i++){
    1280                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     1562                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    12811563
    12821564                /*If on water, return 0: */
    … …  
    12851567                /* Get node coordinates*/
    12861568                element->GetVerticesCoordinates(&xyz_list);
    1287                 Input* weights_input     =element->GetInput(InversionCostFunctionsCoefficientsEnum); _assert_(weights_input);
    1288                 Input* thickness_input   =element->GetInput(ThicknessEnum);                          _assert_(thickness_input);
    1289                 Input* thicknessobs_input=element->GetInput(InversionThicknessObsEnum);              _assert_(thicknessobs_input);
    1290                 Input* potential_input   =element->GetInput(PotentialEnum);                          _assert_(potential_input);
    1291                 Input* vxobs_input       =element->GetInput(BalancethicknessVxObsEnum); _assert_(vxobs_input);
    1292                 Input* vyobs_input       =element->GetInput(BalancethicknessVyObsEnum); _assert_(vyobs_input);
    1293                 Input* vx_input          =element->GetInput(VxEnum); _assert_(vx_input);
    1294                 Input* vy_input          =element->GetInput(VyEnum); _assert_(vy_input);
    1295                 Input* nux_input       = element->GetInput(BalancethicknessNuxEnum);   _assert_(nux_input);
    1296                 Input* nuy_input       = element->GetInput(BalancethicknessNuyEnum);   _assert_(nuy_input);
    1297 
    1298                 /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    1299                 Gauss* gauss=element->NewGauss(2);
    1300                 for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    1301 
    1302                         gauss->GaussPoint(ig);
    1303 
    1304                         /* Get Jacobian determinant: */
    1305                         element->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
    1306 
    1307                         /*Get all parameters at gaussian point*/
    1308                         weights_input->GetInputValue(&weight,gauss,Balancethickness2MisfitEnum);
    1309                         thickness_input->GetInputValue(&thickness,gauss);
    1310                         thicknessobs_input->GetInputValue(&thicknessobs,gauss);
    1311                         potential_input->GetInputValue(&potential,gauss);
    1312                         vxobs_input->GetInputValue(&vxobs,gauss);
    1313                         vyobs_input->GetInputValue(&vyobs,gauss);
    1314                         vx_input->GetInputValue(&vxbar,gauss);
    1315                         vy_input->GetInputValue(&vybar,gauss);
    1316                         nux_input->GetInputValue(&nux,gauss);
    1317                         nuy_input->GetInputValue(&nuy,gauss);
    1318 
    1319                         vxbarobs = nux*vxobs;
    1320                         vybarobs = nuy*vyobs;
    1321 
    1322                         /*J = (H^2 - Hobs^2)^2*/
    1323                         //J +=0.5*(thickness*thickness - thicknessobs*thicknessobs)*(thickness*thickness - thicknessobs*thicknessobs)*weight*Jdet*gauss->weight;
    1324                         /*J = phi^2*/
    1325                         //J +=.5*potential*potential*weight*Jdet*gauss->weight; OK
    1326                         /*J = (ubar - nux*uobs)^2*/
    1327                         J +=0.5*((vxbarobs - vxbar)*(vxbarobs - vxbar) + (vybarobs - vybar)*(vybarobs - vybar))*weight*Jdet*gauss->weight;
    1328                 }
    1329 
    1330                 /*clean up and Return: */
    1331                 xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
    1332                 delete gauss;
     1569
     1570                 /*Retrieve all inputs we will be needing: */
     1571                 Input* weights_input   =element->GetInput(InversionCostFunctionsCoefficientsEnum); _assert_(weights_input);
     1572                 Input* surface_input   =element->GetInput(SurfaceEnum);                            _assert_(surface_input);
     1573                 Input* surfaceobs_input=element->GetInput(InversionSurfaceObsEnum);                _assert_(surfaceobs_input);
     1574
     1575                 /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     1576                 Gauss* gauss=element->NewGauss(2);
     1577                 for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     1578
     1579                         gauss->GaussPoint(ig);
     1580
     1581                         /* Get Jacobian determinant: */
     1582                         element->JacobianDeterminant(&Jdet,xyz_list,gauss);
     1583
     1584                         /*Get all parameters at gaussian point*/
     1585                         weights_input->GetInputValue(&weight,gauss,SurfaceAbsMisfitEnum);
     1586                         surface_input->GetInputValue(&surface,gauss);
     1587                         surfaceobs_input->GetInputValue(&surfaceobs,gauss);
     1588
     1589                         /*Compute SurfaceAbsMisfitEnum*/
     1590                         J+=0.5*(surface-surfaceobs)*(surface-surfaceobs)*weight*Jdet*gauss->weight;
     1591                 }
     1592                 delete gauss;
     1593                 xDelete<IssmDouble>(xyz_list);
    13331594        }
    13341595
    … …  
    13551616        /*Compute Misfit: */
    13561617        for(int i=0;i<elements->Size();i++){
    1357                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     1618                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    13581619
    13591620                /*If on water, return 0: */
    … …  
    13771638
    13781639                        /*Get all parameters at gaussian point*/
    1379                         weights_input->GetInputValue(&weight,gauss,ThicknessAbsMisfitEnum);
     1640                        weights_input->GetInputValue(&weight,gauss,ThicknessAbsGradientEnum);
    13801641                        thickness_input->GetInputDerivativeValue(&dp[0],xyz_list,gauss);
    13811642
    … …  
    14781739        /*Clean up and return*/
    14791740        xDelete<int>(control_type);
     1741}
     1742/*}}}*/
     1743void FemModel::StressIntensityFactorx(){/*{{{*/
     1744
     1745        /*Update input for basal element only*/
     1746        for(int i=0;i<elements->Size();i++){
     1747                Element* element=dynamic_cast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
     1748                element->StressIntensityFactor();
     1749        }
     1750}
     1751        /*}}}*/
     1752void FemModel::CalvingRateLevermannx(){/*{{{*/
     1753
     1754        for(int i=0;i<elements->Size();i++){
     1755                Element* element=dynamic_cast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
     1756                element->CalvingRateLevermann();
     1757        }
     1758}
     1759/*}}}*/
     1760void FemModel::CalvingRatePix(){/*{{{*/
     1761
     1762        for(int i=0;i<elements->Size();i++){
     1763                Element* element=dynamic_cast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
     1764                element->CalvingRatePi();
     1765        }
     1766}
     1767/*}}}*/
     1768void FemModel::CalvingRateDevx(){/*{{{*/
     1769
     1770        for(int i=0;i<elements->Size();i++){
     1771                Element* element=dynamic_cast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
     1772                element->CalvingRateDev();
     1773        }
     1774}
     1775/*}}}*/
     1776void FemModel::StrainRateparallelx(){/*{{{*/
     1777
     1778        for(int i=0;i<elements->Size();i++){
     1779                Element* element=dynamic_cast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
     1780                element->StrainRateparallel();
     1781        }
     1782}
     1783/*}}}*/
     1784void FemModel::StrainRateperpendicularx(){/*{{{*/
     1785
     1786        for(int i=0;i<elements->Size();i++){
     1787                Element* element=dynamic_cast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
     1788                element->StrainRateperpendicular();
     1789        }
     1790}
     1791/*}}}*/
     1792void FemModel::DeviatoricStressx(){/*{{{*/
     1793
     1794        for(int i=0;i<elements->Size();i++){
     1795                Element* element=dynamic_cast<Element*>(this->elements->GetObjectByOffset(i));
     1796                element->ComputeDeviatoricStressTensor();
     1797        }
    14801798}
    14811799/*}}}*/
    … …  
    15131831
    15141832                        /*this response was scaled. pick up the response from the inputs: */
    1515                         GetVectorFromInputsx(&vertex_response,this, StringToEnumx(root),VertexEnum);
     1833                        GetVectorFromInputsx(&vertex_response,this, StringToEnumx(root),VertexPIdEnum);
    15161834
    15171835                        /*Now, average it onto the partition nodes: */
    … …  
    15861904        /*Go through elements, and add contribution from each element to the deflection vector wg:*/
    15871905        for(int i=0;i<elements->Size();i++){
    1588                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     1906                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    15891907                element->GiaDeflection(wg,dwgdt, x,y);
    15901908        }
    … …  
    15921910/*}}}*/
    15931911#endif
    1594 void FemModel::HydrologyEPLupdateDomainx(void){ /*{{{*/
    1595 
    1596         Vector<IssmDouble>* mask          = NULL;
    1597         IssmDouble*         serial_mask   = NULL;
    1598         Vector<IssmDouble>* active        = NULL;
    1599         IssmDouble*         serial_active = NULL;
     1912void FemModel::HydrologyEPLupdateDomainx(IssmDouble* pEplcount){ /*{{{*/
     1913
     1914        Vector<IssmDouble>* mask                                                        = NULL;
     1915        Vector<IssmDouble>* recurence                           = NULL;
     1916        Vector<IssmDouble>* active                                              = NULL;
     1917        IssmDouble*         serial_mask                         = NULL;
     1918        IssmDouble*         serial_rec                          = NULL;
     1919        IssmDouble*         serial_active                       = NULL;
     1920        IssmDouble*         old_active        = NULL;
     1921        int*                eplzigzag_counter = NULL;
     1922        int                 eplflip_lock;
    16001923       
    16011924        HydrologyDCEfficientAnalysis* effanalysis =  new HydrologyDCEfficientAnalysis();
     1925        HydrologyDCInefficientAnalysis* inefanalysis =  new HydrologyDCInefficientAnalysis();
     1926
    16021927        /*Step 1: update mask, the mask might be extended by residual and/or using downstream sediment head*/
    1603         mask=new Vector<IssmDouble>(nodes->NumberOfNodes(HydrologyDCEfficientAnalysisEnum));
    1604 
     1928        mask=new Vector<IssmDouble>(this->nodes->NumberOfNodes(HydrologyDCEfficientAnalysisEnum));
     1929        recurence=new Vector<IssmDouble>(this->nodes->NumberOfNodes(HydrologyDCEfficientAnalysisEnum));
     1930        this->parameters->FindParam(&eplzigzag_counter,NULL,EplZigZagCounterEnum);
     1931        this->parameters->FindParam(&eplflip_lock,HydrologydcEplflipLockEnum);
     1932        GetVectorFromInputsx(&old_active,this,HydrologydcMaskEplactiveNodeEnum,NodeSIdEnum);
     1933       
    16051934        for (int i=0;i<elements->Size();i++){
    1606                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    1607                 effanalysis->HydrologyEPLGetMask(mask,element);
    1608         }
    1609 
     1935                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     1936                effanalysis->HydrologyEPLGetMask(mask,recurence,eplzigzag_counter,element);
     1937        }
     1938        /*check for changes and increment zigzag counter, change the mask if necessary*/
     1939        recurence->Assemble();
     1940        serial_rec=recurence->ToMPISerial();
     1941        for (int i=0;i<nodes->Size();i++){
     1942                Node* node=xDynamicCast<Node*>(nodes->GetObjectByOffset(i));
     1943                if(serial_rec[node->Sid()]==1.)eplzigzag_counter[node->Lid()] ++;
     1944                if(eplzigzag_counter[node->Lid()]>eplflip_lock & eplflip_lock!=0){
     1945                        mask->SetValue(node->Sid(),old_active[node->Sid()],INS_VAL);
     1946                }
     1947        }
     1948
     1949       
     1950        this->parameters->SetParam(eplzigzag_counter,this->nodes->Size(),EplZigZagCounterEnum);
    16101951        /*Assemble and serialize*/
    16111952        mask->Assemble();
    1612         serial_mask=mask->ToMPISerial();
     1953        serial_mask=mask->ToMPISerial();       
     1954       
     1955        xDelete<int>(eplzigzag_counter);
     1956        xDelete<IssmDouble>(serial_rec);
     1957        xDelete<IssmDouble>(old_active);
    16131958        delete mask;
     1959        delete recurence;
    16141960
    16151961        /*Update Mask*/
    16161962        InputUpdateFromVectorx(this,serial_mask,HydrologydcMaskEplactiveNodeEnum,NodeSIdEnum);
    16171963        xDelete<IssmDouble>(serial_mask);
    1618 
     1964        inefanalysis->ElementizeEplMask(this);
    16191965        /*Step 2: update node activity. If one element is connected to mask=1, all nodes are active*/
    16201966        active=new Vector<IssmDouble>(nodes->NumberOfNodes(HydrologyDCEfficientAnalysisEnum));
    16211967        for (int i=0;i<elements->Size();i++){
    1622                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     1968                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    16231969                effanalysis->HydrologyEPLGetActive(active,element);
    16241970        }
    … …  
    16321978        int counter =0;
    16331979        for (int i=0;i<nodes->Size();i++){
    1634                 Node* node=dynamic_cast<Node*>(nodes->GetObjectByOffset(i));
     1980                Node* node=xDynamicCast<Node*>(nodes->GetObjectByOffset(i));
    16351981                if(node->InAnalysis(HydrologyDCEfficientAnalysisEnum)){
    16361982                        if(serial_active[node->Sid()]==1.){
    16371983                                node->Activate();
    1638                                 counter++;
     1984                                if(!node->IsClone()) counter++;
    16391985                        }
    16401986                        else{
    … …  
    16451991        xDelete<IssmDouble>(serial_active);
    16461992        delete effanalysis;
     1993        delete inefanalysis;
    16471994        int sum_counter;
    16481995        ISSM_MPI_Reduce(&counter,&sum_counter,1,ISSM_MPI_INT,ISSM_MPI_SUM,0,IssmComm::GetComm() );
    16491996        ISSM_MPI_Bcast(&sum_counter,1,ISSM_MPI_INT,0,IssmComm::GetComm());               
    16501997        counter=sum_counter;
     1998        *pEplcount = counter;
    16511999        if(VerboseSolution()) _printf0_("   Number of active nodes in EPL layer: "<< counter <<"\n");
    16522000
    … …  
    16562004}
    16572005/*}}}*/
    1658 void FemModel::UpdateConstraintsL2ProjectionEPLx(void){ /*{{{*/
     2006void FemModel::UpdateConstraintsL2ProjectionEPLx(IssmDouble* pL2count){ /*{{{*/
    16592007
    16602008        Vector<IssmDouble>* active        = NULL;
    … …  
    16652013        active=new Vector<IssmDouble>(nodes->NumberOfNodes(HydrologyDCEfficientAnalysisEnum));
    16662014        for (int i=0;i<elements->Size();i++){
    1667                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     2015                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    16682016                effanalysis->HydrologyEPLGetActive(active,element);
    16692017        }
    … …  
    16782026        int counter =0;
    16792027        for (int i=0;i<nodes->Size();i++){
    1680                 Node* node=dynamic_cast<Node*>(nodes->GetObjectByOffset(i));
     2028                Node* node=xDynamicCast<Node*>(nodes->GetObjectByOffset(i));
    16812029                if(node->InAnalysis(L2ProjectionEPLAnalysisEnum)){
    16822030                        if(serial_active[node->Sid()]==1.){
    16832031                                node->Activate();
    1684                                 counter++;
     2032                                if(!node->IsClone()) counter++;
    16852033                        }
    16862034                        else{
    … …  
    16942042        ISSM_MPI_Bcast(&sum_counter,1,ISSM_MPI_INT,0,IssmComm::GetComm());               
    16952043        counter=sum_counter;
     2044        *pL2count = counter;
    16962045        if(VerboseSolution()) _printf0_("   Number of active nodes L2 Projection: "<< counter <<"\n");
    1697 
    1698         /*Update dof indexings*/
    1699         this->UpdateConstraintsx();
    1700 }
    1701 /*}}}*/
     2046}
     2047/*}}}*/

  • issm/trunk/src/c/classes/FemModel.h

    r18301 r19105  
    4646
    4747                /*constructors, destructors: */
    48                 FemModel(int argc,char** argv,ISSM_MPI_Comm comm_init);
    49                 FemModel(char* rootpath, char* inputfilename, char* outputfilename, char* petscfilename, char* lockfilename, const int solution_type,const int* analyses,const int nummodels);
     48                FemModel(int argc,char** argv,ISSM_MPI_Comm comm_init,bool trace=false);
     49                FemModel(char* rootpath, char* inputfilename, char* outputfilename, char* toolkitsfilename, char* lockfilename, ISSM_MPI_Comm incomm, int solution_type,IssmPDouble* X);
    5050                ~FemModel();
    5151
    … …  
    5353                void Echo();
    5454                FemModel* copy();
    55                 void InitFromFiles(char* rootpath, char* inputfilename, char* outputfilename, char* petscfilename, char* lockfilename, const int solution_type,const int* analyses,const int nummodels);
     55                void InitFromFiles(char* rootpath, char* inputfilename, char* outputfilename, char* petscfilename, char* lockfilename, const int solution_type,bool trace,IssmPDouble* X=NULL);
     56                void SolutionAnalysesList(int** panalyses,int* pnumanalyses,IoModel* iomodel,int solutiontype);
    5657                void CleanUp(void);
    5758                void Solve(void);
    … …  
    6162
    6263                /*Modules*/
     64                void ElementOperationx(void (Element::*function)(void));
     65                void GetInputLocalMinMaxOnNodesx(IssmDouble** pmin,IssmDouble** pmax,IssmDouble* ug);
    6366                void MassFluxx(IssmDouble* presponse);
    6467                void MaxAbsVxx(IssmDouble* presponse);
    … …  
    7578                void TotalSmbx(IssmDouble* pSmb);
    7679                void Divergencex(IssmDouble* pdiv);
     80                void MaxDivergencex(IssmDouble* pdiv);
     81                void IceMassx(IssmDouble* pV);
    7782                void IceVolumex(IssmDouble* pV);
    7883                void IceVolumeAboveFloatationx(IssmDouble* pV);
    7984                void ElementResponsex(IssmDouble* presponse,int response_enum);
    8085                void BalancethicknessMisfitx(IssmDouble* pV);
    81                 void Balancethickness2Misfitx(IssmDouble* pV);
     86                void StressIntensityFactorx();
     87                void StrainRateparallelx();
     88                void StrainRateperpendicularx();
     89                void DeviatoricStressx();
     90                void CalvingRateLevermannx();
     91                void CalvingRatePix();
     92                void CalvingRateDevx();
    8293                #ifdef  _HAVE_DAKOTA_
    8394                void DakotaResponsesx(double* d_responses,char** responses_descriptors,int numresponsedescriptors,int d_numresponses);
    … …  
    91102                void CostFunctionx(IssmDouble* pJ,IssmDouble** pJlist,int* pn);
    92103                void ThicknessAbsGradientx( IssmDouble* pJ);
     104                void SurfaceAbsMisfitx( IssmDouble* pJ);
    93105                #ifdef _HAVE_GIA_
    94106                void Deflection(Vector<IssmDouble>* wg,Vector<IssmDouble>* dwgdt, IssmDouble* x, IssmDouble* y);
    … …  
    99111                void UpdateConstraintsExtrudeFromBasex();
    100112                void UpdateConstraintsExtrudeFromTopx();
    101                 void HydrologyEPLupdateDomainx(void);
    102                 //              void HydrologyEPLThicknessx(void);
    103                 void UpdateConstraintsL2ProjectionEPLx(void);
     113                void HydrologyEPLupdateDomainx(IssmDouble* pEplcount);
     114                void UpdateConstraintsL2ProjectionEPLx(IssmDouble* pL2count);
    104115};
    105116

  • issm/trunk/src/c/classes/Hook.cpp

    r18301 r19105  
    168168                /*Now, for this->objects that did not get resolved, and for which we have no offset, chase them in the dataset, by id: */
    169169                if(this->objects[i]==NULL){
    170                         this->objects[i]=dynamic_cast<Object*>(dataset->GetObjectById(this->offsets+i,this->ids[i])); //remember the offset for later on.
     170                        this->objects[i]=xDynamicCast<Object*>(dataset->GetObjectById(this->offsets+i,this->ids[i])); //remember the offset for later on.
    171171                        /*check the id is correct!: */
    172172                        if (this->objects[i]->Id()!=this->ids[i]) _error_("wrong id: " << this->objects[i]->Id() << " vs " << this->ids[i] << "  in resolved pointer!");

  • issm/trunk/src/c/classes/IndependentObject.cpp

    r18301 r19105  
    7070
    7171/*IndependentObject methods: */
    72 void IndependentObject::FetchIndependent(IoModel* iomodel){/*{{{*/
     72void IndependentObject::FetchIndependent(IoModel* iomodel,int* pXcount,IssmPDouble* X){ /*{{{*/
    7373
    7474        int my_rank;
    7575        FILE* fid=NULL;
     76        int Xcount=0;
    7677
    7778        /*recover my_rank:*/
    7879        my_rank=IssmComm::GetRank();
     80
     81        /*recover Xcount if X is not NULL:*/
     82        if(X)Xcount=*pXcount;
    7983
    8084        #ifdef _HAVE_ADOLC_ //cannot come here unless you are running AD mode, from DeclaredIndependents:
    … …  
    98102                        if(fread(&pscalar,sizeof(IssmPDouble),1,fid)!=1)_error_("could not read scalar ");
    99103
    100                         /*Now, before we even broadcast this to other nodes, declare the scalar  as an independent variable!: */
    101                         scalar<<=pscalar;
     104                        /*Now, before we even broadcast this to other nodes, declare the scalar  as an independent variable!. If we
     105                         *have been supplied an X vector, use it instead of what we just read: */
     106                        if(X){
     107                                scalar<<=X[Xcount];
     108                        }
     109                        else{
     110                                scalar<<=pscalar;
     111                        }
    102112                }
    103113
    … …  
    113123                iomodel->independents[name]=true;
    114124
     125                /*increment offset into X vector, now that we have read 1 value:*/
     126                Xcount++; *pXcount=Xcount;
     127
    115128                //finally, record the number of independents:
    116129                this->numberofindependents=1;
    … …  
    150163                                if(fread(buffer,M*N*sizeof(IssmPDouble),1,fid)!=1) _error_("could not read matrix ");
    151164
    152                                 /*Now, before we even broadcast this to other nodes, declare the whole matrix as a independent variable!: */
    153                                 for (int i=0;i<M*N;++i) matrix[i]<<=buffer[i];  /*we use the <<= ADOLC overloaded operator to declare the independency*/
     165                                /*Now, before we even broadcast this to other nodes, declare the whole matrix as a independent variable!
     166                                 If we have been supplied an X vector, use it instead of what we just read: */
     167                                if(X){
     168                                        for (int i=0;i<M*N;i++) matrix[i]<<=X[Xcount+i];  /*<<= ADOLC overloaded operator to declare independent*/
     169                                }
     170                                else{
     171                                        for (int i=0;i<M*N;i++) matrix[i]<<=buffer[i];
     172                                }
    154173                        }
    155174                        ISSM_MPI_Bcast(matrix,M*N,ISSM_MPI_DOUBLE,0,IssmComm::GetComm());
    … …  
    165184                iomodel->independents[name]=true;
    166185
     186                       
     187                /*increment offset into X vector, now that we have read M*N values:*/
     188                Xcount+=M*N; *pXcount=Xcount;
     189               
    167190                //Finally, record the number of independents created:
    168191                this->numberofindependents=M*N;
    … …  
    180203/*}}}*/
    181204void IndependentObject::FillIndependents(IssmDouble** data, IssmDouble* xp){/*{{{*/
    182 
    183         int i;
    184205
    185206        /*Branch according to the type of variable: */
    … …  
    189210        else if(type==1){ /* vector:*/
    190211                IssmDouble* values=data[name];
    191                 for(i=0;i<this->numberofindependents;i++){
    192                         xp[i]=values[i];
    193                 }
     212                for(int i=0;i<this->numberofindependents;i++) xp[i]=values[i];
    194213        }
    195214        else _error_("should not have a type of " << type);

  • issm/trunk/src/c/classes/IndependentObject.h

    r15396 r19105  
    3333                /*}}}*/
    3434                /*IndependentObject methods: {{{*/
    35                 void FetchIndependent(IoModel* iomodel);
     35                void FetchIndependent(IoModel* iomodel,int* pXcount,IssmPDouble* X);
    3636                int  NumIndependents(void);
    3737                void FillIndependents(IssmDouble** data, IssmDouble* xp);

  • issm/trunk/src/c/classes/Inputs/BoolInput.cpp

    r18301 r19105  
    133133}
    134134/*}}}*/
    135 void BoolInput::Extrude(void){/*{{{*/
     135void BoolInput::Extrude(int start){/*{{{*/
    136136
    137137        /*do nothing*/

  • issm/trunk/src/c/classes/Inputs/BoolInput.h

    r17806 r19105  
    6464                void AXPY(Input* xinput,IssmDouble scalar);
    6565                void Constrain(IssmDouble cm_min, IssmDouble cm_max){_error_("Constrain not implemented for booleans");};
    66                 void Extrude(void);
     66                void Extrude(int start);
    6767                void VerticallyIntegrate(Input* thickness_input){_error_("not supported yet");};
    6868                void GetVectorFromInputs(Vector<IssmDouble>* vector,int* doflist);

  • issm/trunk/src/c/classes/Inputs/ControlInput.cpp

    r18301 r19105  
    8787        output->control_id=this->control_id;
    8888
    89         if(values)      output->values      = dynamic_cast<Input*>(this->values->copy());
    90         if(savedvalues) output->savedvalues = dynamic_cast<Input*>(this->savedvalues->copy());
    91         if(minvalues)   output->minvalues   = dynamic_cast<Input*>(this->minvalues->copy());
    92         if(maxvalues)   output->maxvalues   = dynamic_cast<Input*>(this->maxvalues->copy());
    93         if(gradient)    output->gradient    = dynamic_cast<Input*>(this->gradient->copy());
     89        if(values)      output->values      = xDynamicCast<Input*>(this->values->copy());
     90        if(savedvalues) output->savedvalues = xDynamicCast<Input*>(this->savedvalues->copy());
     91        if(minvalues)   output->minvalues   = xDynamicCast<Input*>(this->minvalues->copy());
     92        if(maxvalues)   output->maxvalues   = xDynamicCast<Input*>(this->maxvalues->copy());
     93        if(gradient)    output->gradient    = xDynamicCast<Input*>(this->gradient->copy());
    9494
    9595        return output;
    … …  
    121121           values->Constrain(min,max);
    122122}/*}}}*/
    123 void ControlInput::Extrude(void){/*{{{*/
    124         values->Extrude();
    125         savedvalues->Extrude();
     123void ControlInput::Extrude(int start){/*{{{*/
     124        values->Extrude(start);
     125        savedvalues->Extrude(start);
    126126        //gradient->Extrude();
    127127}/*}}}*/
    … …  
    234234
    235235        if(savedvalues) delete this->savedvalues;
    236         this->savedvalues=dynamic_cast<Input*>(this->values->copy());
     236        this->savedvalues=xDynamicCast<Input*>(this->values->copy());
    237237}/*}}}*/
    238238void ControlInput::UpdateValue(IssmDouble scalar){/*{{{*/
    … …  
    241241
    242242        if(values) delete this->values;
    243         this->values=dynamic_cast<Input*>(this->savedvalues->copy());
     243        this->values=xDynamicCast<Input*>(this->savedvalues->copy());
    244244        this->values->AXPY(gradient,scalar);
    245245}/*}}}*/

  • issm/trunk/src/c/classes/Inputs/ControlInput.h

    r18301 r19105  
    7272                IssmDouble Min(void);
    7373                IssmDouble MinAbs(void){_error_("not implemented yet");};
    74                 void Extrude(void);
     74                void Extrude(int start);
    7575                void VerticallyIntegrate(Input* thickness_input);
    7676                void GetVectorFromInputs(Vector<IssmDouble>* vector,int* doflist,const char* data);

  • issm/trunk/src/c/classes/Inputs/DatasetInput.cpp

    r18301 r19105  
    8181        outinput=new DatasetInput();
    8282        outinput->enum_type=this->enum_type;
    83         outinput->inputs=dynamic_cast<Inputs*>(this->inputs->SpawnTriaInputs(index1,index2,index3));
     83        outinput->inputs=xDynamicCast<Inputs*>(this->inputs->SpawnTriaInputs(index1,index2,index3));
    8484        outinput->numids=this->numids;
    8585        outinput->ids=xNew<int>(this->numids);
    … …  
    9898        outinput=new DatasetInput();
    9999        outinput->enum_type=this->enum_type;
    100         outinput->inputs=dynamic_cast<Inputs*>(this->inputs->SpawnSegInputs(index1,index2));
     100        outinput->inputs=xDynamicCast<Inputs*>(this->inputs->SpawnSegInputs(index1,index2));
    101101        outinput->numids=this->numids;
    102102        outinput->ids=xNew<int>(this->numids);
    … …  
    157157        if(offset<0) _error_("Could not find input of id "<<id );
    158158
    159         Input* input=dynamic_cast<Input*>(this->inputs->GetObjectByOffset(offset));
     159        Input* input=xDynamicCast<Input*>(this->inputs->GetObjectByOffset(offset));
    160160        input->GetInputValue(pvalue,gauss);
    161161}

  • issm/trunk/src/c/classes/Inputs/DatasetInput.h

    r17806 r19105  
    6868                IssmDouble Min(void){_error_("not implemented yet");};
    6969                IssmDouble MinAbs(void){_error_("not implemented yet");};
    70                 void Extrude(void){_error_("not implemented yet");};
     70                void Extrude(int start){_error_("not implemented yet");};
    7171                void VerticallyIntegrate(Input* thickness_input){_error_("not implemented yet");};
    7272                void GetVectorFromInputs(Vector<IssmDouble>* vector,int* doflist){_error_("not implemented yet");};

  • issm/trunk/src/c/classes/Inputs/DoubleInput.h

    r17806 r19105  
    6767                IssmDouble Min(void);
    6868                IssmDouble MinAbs(void);
    69                 void Extrude(void){_error_("not supported yet");};
     69                void Extrude(int start){_error_("not supported yet");};
    7070                void VerticallyIntegrate(Input* thickness_input);
    7171                void GetVectorFromInputs(Vector<IssmDouble>* vector,int* doflist);

  • issm/trunk/src/c/classes/Inputs/Input.h

    r17806 r19105  
    5151                virtual void   Constrain(IssmDouble cm_min, IssmDouble cm_max)=0;
    5252                virtual void   VerticallyIntegrate(Input* thickness_input)=0;
    53                 virtual void   Extrude()=0;
     53                virtual void   Extrude(int start)=0;
    5454                virtual void   GetVectorFromInputs(Vector<IssmDouble>* vector,int* doflist)=0;
    5555

  • issm/trunk/src/c/classes/Inputs/Inputs.cpp

    r18301 r19105  
    3838        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    3939
    40                 input=dynamic_cast<Input*>(*object);
     40                input=xDynamicCast<Input*>(*object);
    4141                if (input->InstanceEnum()==enum_type){
    4242                        found=true;
    … …  
    6565        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    6666
    67                 input=dynamic_cast<Input*>(*object);
     67                input=xDynamicCast<Input*>(*object);
    6868                if (input->InstanceEnum()==enum_type){
    6969                        found=true;
    … …  
    9292        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    9393
    94                 input=dynamic_cast<Input*>(*object);
     94                input=xDynamicCast<Input*>(*object);
    9595                if (input->InstanceEnum()==enum_type){
    9696                        found=true;
    … …  
    119119        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    120120
    121                 input=dynamic_cast<Input*>(*object);
     121                input=xDynamicCast<Input*>(*object);
    122122                if (input->InstanceEnum()==enum_type){
    123123                        found=true;
    … …  
    150150        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    151151
    152                 input=dynamic_cast<Input*>(*object);
     152                input=xDynamicCast<Input*>(*object);
    153153
    154154                if (input->InstanceEnum()==in_input->InstanceEnum()){
    … …  
    171171        /*Delete existing input of newenumtype if it exists*/
    172172        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    173                 input=dynamic_cast<Input*>(*object);
     173                input=xDynamicCast<Input*>(*object);
    174174
    175175                if (input->InstanceEnum()==newenumtype){
    … …  
    182182        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    183183
    184                 input=dynamic_cast<Input*>(*object);
     184                input=xDynamicCast<Input*>(*object);
    185185
    186186                if (input->InstanceEnum()==oldenumtype){
    … …  
    194194
    195195        /*Find x and y inputs: */
    196         Input* constrain_input=dynamic_cast<Input*>(this->GetInput(constrain_enum));
     196        Input* constrain_input=xDynamicCast<Input*>(this->GetInput(constrain_enum));
    197197
    198198        /*some checks: */
    … …  
    209209
    210210        /*Get input*/
    211         Input* input=dynamic_cast<Input*>(this->GetInput(enumtype));
     211        Input* input=xDynamicCast<Input*>(this->GetInput(enumtype));
    212212
    213213        /*Apply ContrainMin: */
    … …  
    229229
    230230        /*Get input*/
    231         Input* input=dynamic_cast<Input*>(this->GetInput(enumtype));
     231        Input* input=xDynamicCast<Input*>(this->GetInput(enumtype));
    232232
    233233        /*Apply ContrainMin: */
    … …  
    249249
    250250        /*Get input*/
    251         Input* input=dynamic_cast<Input*>(this->GetInput(enumtype));
     251        Input* input=xDynamicCast<Input*>(this->GetInput(enumtype));
    252252
    253253        /*Apply ContrainMin: */
    … …  
    269269
    270270        /*Get input*/
    271         Input* input=dynamic_cast<Input*>(this->GetInput(enumtype));
     271        Input* input=xDynamicCast<Input*>(this->GetInput(enumtype));
    272272
    273273        /*Apply ContrainMin: */
    … …  
    289289
    290290        /*Get input*/
    291         Input* input=dynamic_cast<Input*>(this->GetInput(enumtype));
     291        Input* input=xDynamicCast<Input*>(this->GetInput(enumtype));
    292292
    293293        /*Apply ContrainMin: */
    … …  
    310310        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    311311
    312                 input=dynamic_cast<Input*>(*object);
     312                input=xDynamicCast<Input*>(*object);
    313313
    314314                if (input->InstanceEnum()==enum_name){
    … …  
    326326        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    327327
    328                 input=dynamic_cast<Input*>(*object);
     328                input=xDynamicCast<Input*>(*object);
    329329
    330330                if (input->InstanceEnum()==enum_type){
    … …  
    341341
    342342        /*Make a copy of the original input: */
    343         Input* original=dynamic_cast<Input*>(this->GetInput(original_enum));
     343        Input* original=xDynamicCast<Input*>(this->GetInput(original_enum));
    344344        if(!original)_error_("could not find input with enum: " << EnumToStringx(original_enum));
    345         Input* copy=dynamic_cast<Input*>(original->copy());
     345        Input* copy=xDynamicCast<Input*>(original->copy());
    346346
    347347        /*Change copy enum to reinitialized_enum: */
    … …  
    349349
    350350        /*Add copy into inputs, it will wipe off the one already there: */
    351         this->AddInput(dynamic_cast<Input*>(copy));
     351        this->AddInput(xDynamicCast<Input*>(copy));
    352352}
    353353/*}}}*/
    … …  
    366366
    367367                /*Create new input*/
    368                 inputin=dynamic_cast<Input*>(*object);
     368                inputin=xDynamicCast<Input*>(*object);
    369369                inputout=inputin->SpawnTriaInput(index1,index2,index3);
    370370
    … …  
    391391
    392392                /*Create new input*/
    393                 inputin=dynamic_cast<Input*>(*object);
     393                inputin=xDynamicCast<Input*>(*object);
    394394                inputout=inputin->SpawnSegInput(index1,index2);
    395395
    … …  
    405405
    406406        /*Find x and y inputs: */
    407         Input* xinput=dynamic_cast<Input*>(this->GetInput(inputx_enum));
    408         Input* yinput=dynamic_cast<Input*>(this->GetInput(inputy_enum));
     407        Input* xinput=xDynamicCast<Input*>(this->GetInput(inputx_enum));
     408        Input* yinput=xDynamicCast<Input*>(this->GetInput(inputy_enum));
    409409
    410410        /*some checks: */
    … …  
    423423        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    424424
    425                 input=dynamic_cast<Input*>(*object);
     425                input=xDynamicCast<Input*>(*object);
    426426                input->Configure(parameters);
    427427

  • issm/trunk/src/c/classes/Inputs/IntInput.h

    r17806 r19105  
    6868                IssmDouble Min(void){_error_("Min not implemented for integers");};
    6969                IssmDouble MinAbs(void){_error_("Min not implemented for integers");};
    70                 void Extrude(void){_error_("not supported yet");};
     70                void Extrude(int start){_error_("not supported yet");};
    7171                void VerticallyIntegrate(Input* thickness_input){_error_("not supported yet");};
    7272                void GetVectorFromInputs(Vector<IssmDouble>* vector,int* doflist);

  • issm/trunk/src/c/classes/Inputs/PentaInput.cpp

    r18301 r19105  
    291291}
    292292/*}}}*/
    293 void PentaInput::Extrude(void){/*{{{*/
     293void PentaInput::Extrude(int start){/*{{{*/
    294294
    295295        switch(this->interpolation_type){
    296296                case P1Enum:
    297                         for(int i=0;i<3;i++) this->values[3+i]=this->values[i];
     297                        if(start==-1){
     298                                for(int i=0;i<3;i++) this->values[3+i]=this->values[i];
     299                        }
     300                        else{
     301                                for(int i=0;i<3;i++) this->values[i]  =this->values[3+i];
     302                        }
    298303                        break;
    299304                default:

  • issm/trunk/src/c/classes/Inputs/PentaInput.h

    r18301 r19105  
    6868                IssmDouble Min(void);
    6969                IssmDouble MinAbs(void);
    70                 void Extrude(void);
     70                void Extrude(int start);
    7171                void VerticallyIntegrate(Input* thickness_input);
    7272                void GetVectorFromInputs(Vector<IssmDouble>* vector,int* doflist);

  • issm/trunk/src/c/classes/Inputs/SegInput.h

    r18301 r19105  
    6969                IssmDouble Min(void);
    7070                IssmDouble MinAbs(void){_error_("not implemented yet");};
    71                 void Extrude(void){_error_("not supported yet");};
     71                void Extrude(int start){_error_("not supported yet");};
    7272                void VerticallyIntegrate(Input* thickness_input){_error_("not supported yet");};
    7373                void GetVectorFromInputs(Vector<IssmDouble>* vector,int* doflist){_error_("not implemented yet");};

  • issm/trunk/src/c/classes/Inputs/TetraInput.h

    r18301 r19105  
    6969                IssmDouble Min(void);
    7070                IssmDouble MinAbs(void);
    71                 void Extrude(void){_error_("not supported yet");};
     71                void Extrude(int start){_error_("not supported yet");};
    7272                void VerticallyIntegrate(Input* thickness_input){_error_("not supported yet");};
    7373                void GetVectorFromInputs(Vector<IssmDouble>* vector,int* doflist);

  • issm/trunk/src/c/classes/Inputs/TransientInput.cpp

    r18301 r19105  
    345345}
    346346/*}}}*/
    347 void TransientInput::Extrude(void){/*{{{*/
     347void TransientInput::Extrude(int start){/*{{{*/
    348348
    349349        for(int i=0;i<this->numtimesteps;i++){
    350                 ((Input*)this->inputs->GetObjectByOffset(i))->Extrude();
     350                ((Input*)this->inputs->GetObjectByOffset(i))->Extrude(start);
    351351        }
    352352}

  • issm/trunk/src/c/classes/Inputs/TransientInput.h

    r17806 r19105  
    4242                Input* SpawnTriaInput(int index1,int index2,int index3);
    4343                Input* SpawnSegInput(int index1,int index2);
    44                 Input* PointwiseDivide(Input* forcingB){_error_("not implemented yet");};
    45                 Input* PointwiseMin(Input* forcingB){_error_("not implemented yet");};
    46                 Input* PointwiseMax(Input* forcingB){_error_("not implemented yet");};
     44                Input* PointwiseDivide(Input* input_in){_error_("not implemented yet");};
     45                Input* PointwiseMin(Input* input_in){_error_("not implemented yet");};
     46                Input* PointwiseMax(Input* input_in){_error_("not implemented yet");};
    4747                int  GetResultInterpolation(void);
    4848                int  GetResultNumberOfNodes(void);
    … …  
    7373                IssmDouble Min(void);
    7474                IssmDouble MinAbs(void);
    75                 void Extrude(void);
     75                void Extrude(int start);
    7676                void VerticallyIntegrate(Input* thickness_forcing){_error_("not supported yet");};
    7777                void GetVectorFromInputs(Vector<IssmDouble>* vector,int* doflist);

  • issm/trunk/src/c/classes/Inputs/TriaInput.h

    r18301 r19105  
    4949                void GetInputValue(bool* pvalue){_error_("not implemented yet");}
    5050                void GetInputValue(int* pvalue){_error_("not implemented yet");}
    51                 void GetInputValue(IssmDouble* pvalue){_error_("not implemented yet");}
     51                void GetInputValue(IssmDouble* pvalue){_error_("not implemented yet (Input is "<<EnumToStringx(this->enum_type)<<")");}//{_error_("not implemented yet");}
    5252                void GetInputValue(IssmDouble* pvalue,Gauss* gauss);
    5353                void GetInputValue(IssmDouble* pvalue,Gauss* gauss,IssmDouble time){_error_("not implemented yet");};
    … …  
    6969                IssmDouble Min(void);
    7070                IssmDouble MinAbs(void);
    71                 void Extrude(void){_error_("not supported yet");};
     71                void Extrude(int start){_error_("not supported yet");};
    7272                void VerticallyIntegrate(Input* thickness_input){_error_("not supported yet");};
    7373                void GetVectorFromInputs(Vector<IssmDouble>* vector,int* doflist);

  • issm/trunk/src/c/classes/IoModel.cpp

    r18301 r19105  
    5050}
    5151/*}}}*/
    52 IoModel::IoModel(FILE* iomodel_handle){/*{{{*/
    53 
     52IoModel::IoModel(FILE* iomodel_handle,bool trace,IssmPDouble* X){/*{{{*/
     53
     54        bool autodiff=false;
     55        bool iscontrol=false;
     56       
    5457        /*First, keep track of the file handle: */
    5558        this->fid=iomodel_handle;
    … …  
    6568         *and prevent them from being erased during successive calls to iomodel->FetchConstants, iomodel->FetchData and
    6669         iomodel->DeleteData:*/
    67         this->StartTrace();
    68         this->DeclareIndependents();
     70        this->StartTrace(trace);
     71        this->DeclareIndependents(trace,X);
    6972
    7073        /*Initialize and read constants:*/
    7174        this->constants=new Parameters();
    7275        this->FetchConstants(); /*this routine goes through the input file, and fetches bools, ints, IssmDoubles and strings only, nothing memory intensive*/
     76
     77        /*Now some very specific piece of logic. We want to know whether we are going to carry out an autodiff run. There are
     78         *several cases: either trace is true (which bypasses the isautodiff choice), or trace is false but isautodiff is on, in which
     79         *case two cases are possible: are we running a control method or not? To make things simpler, we are going to pin down everyting
     80         *on isautodiff. By the way, we could not do this before we had the constants dataset initialized! {{{*/
     81        this->constants->FindParam(&autodiff,AutodiffIsautodiffEnum);
     82        this->constants->FindParam(&iscontrol,InversionIscontrolEnum);
     83
     84        if(trace)autodiff=true;
     85        else{
     86                if(autodiff && !iscontrol) autodiff=true;
     87                else autodiff=false;
     88        }
     89        this->constants->SetParam(autodiff,AutodiffIsautodiffEnum);
     90        /*}}}*/
    7391
    7492        /*Initialize permanent data: */
    … …  
    108126
    109127        /*checks in debugging mode*/
    110         #ifdef _ISSM_DEBUG_
     128        #if defined(_ISSM_DEBUG_) && !defined(_HAVE_ADOLC_)
    111129        if(this->data){
    112130                for(int i=0;i<MaximumNumberOfDefinitionsEnum;i++){
    … …  
    259277
    260278        /*Find constant*/
    261         Param* param=dynamic_cast<Param*>(this->constants->FindParamObject(constant_enum));
     279        Param* param=xDynamicCast<Param*>(this->constants->FindParamObject(constant_enum));
    262280        if(!param) _error_("Constant " << EnumToStringx(constant_enum) << " not found in iomodel");
    263281
    264         return dynamic_cast<Param*>(param->copy());
     282        return xDynamicCast<Param*>(param->copy());
    265283}
    266284/*}}}*/
    … …  
    273291}
    274292/*}}}*/
    275 void IoModel::StartTrace(void){/*{{{*/
     293void IoModel::StartTrace(bool trace){/*{{{*/
    276294
    277295        bool autodiff = false;
     296        bool iscontrol = false;
    278297        bool keep=false;
    279298        IssmDouble gcTriggerRatio;
    … …  
    287306
    288307        this->FetchData(&autodiff,AutodiffIsautodiffEnum);
    289         if(autodiff){
    290 
     308        this->FetchData(&iscontrol,InversionIscontrolEnum);
     309
     310        if(trace || (autodiff && !iscontrol)){
    291311                #ifdef _HAVE_ADOLC_
    292312                /*Retrieve parameters: */
    … …  
    311331}
    312332/*}}}*/
    313 void IoModel::DeclareIndependents(void){/*{{{*/
     333void IoModel::DeclareIndependents(bool trace,IssmPDouble* X){/*{{{*/
    314334
    315335        int  i;
    316336        bool autodiff = false;
     337        bool iscontrol = false;
    317338        int  num_independent_objects;
     339        int  Xcount=0;
    318340
    319341        int *names = NULL;
    … …  
    327349
    328350        this->FetchData(&autodiff,AutodiffIsautodiffEnum);
    329         if(autodiff){
     351        this->FetchData(&iscontrol,InversionIscontrolEnum);
     352       
     353        if(trace || (autodiff && !iscontrol)){
    330354
    331355                #ifdef _HAVE_ADOLC_
    … …  
    348372
    349373                                /*now go fetch the independent variable: */
    350                                 independent_object->FetchIndependent(this); //supply the pointer to iomodel.
     374                                independent_object->FetchIndependent(this,&Xcount,X); //supply the pointer to iomodel.
    351375                        }
    352376                        xDelete<int>(names);
    … …  
    12291253}
    12301254/*}}}*/
     1255void  IoModel::FetchMultipleData(IssmDouble** pvector, int* pnum_instances,int data_enum){/*{{{*/
     1256
     1257        int     num_instances;
     1258        fpos_t* file_positions=NULL;
     1259
     1260        /*output: */
     1261        IssmDouble* vector=NULL;
     1262
     1263        /*intermediary: */
     1264        IssmPDouble          scalar;
     1265        int         *codes   = NULL;
     1266        int          code;
     1267
     1268        /*recover my_rank:*/
     1269        int my_rank=IssmComm::GetRank();
     1270       
     1271        /*Get file pointers to beginning of the data (multiple instances of it): */
     1272        file_positions=this->SetFilePointersToData(&codes,NULL,&num_instances,data_enum);
     1273
     1274        if(num_instances){
     1275
     1276                /*Allocate vector :*/
     1277                vector=xNew<IssmDouble>(num_instances);
     1278
     1279                for(int i=0;i<num_instances;i++){
     1280
     1281                        if(my_rank==0){
     1282                                code=codes[i];
     1283
     1284                                if(code!=3)_error_("expecting a double for enum " << EnumToStringx(data_enum));
     1285                               
     1286                                /*We have to read a double from disk: */
     1287                                fsetpos(fid,file_positions+i);
     1288                                if(my_rank==0){ 
     1289                                        if(fread(&scalar,sizeof(IssmPDouble),1,fid)!=1) _error_("could not read scalar ");
     1290                                }
     1291                        }
     1292                        ISSM_MPI_Bcast(&scalar,1,ISSM_MPI_PDOUBLE,0,IssmComm::GetComm());
     1293
     1294                        /*Assign: */
     1295                        vector[i]=scalar;
     1296                }
     1297        }
     1298                       
     1299        /*Free ressources:*/
     1300        xDelete<fpos_t>(file_positions);
     1301        xDelete<int>(codes);
     1302
     1303        /*Assign output pointers: */
     1304        *pvector=vector;
     1305        *pnum_instances=num_instances;
     1306}
     1307/*}}}*/
    12311308void  IoModel::FetchMultipleData(IssmDouble*** pmatrices,int** pmdims,int** pndims, int* pnumrecords,int data_enum){/*{{{*/
    12321309
    … …  
    14551532
    14561533        for(int i=0;i<elements->Size();i++){
    1457                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     1534                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    14581535                if(!doublearray) element->AddInput(vector_enum,&default_value,P0Enum);
    14591536                else             element->InputCreate(doublearray,this,M,N,vector_layout,vector_enum,code);//we need i to index into elements.
    … …  
    14851562                        this->FetchData(&boolean,vector_enum);
    14861563                        for(i=0;i<elements->Size();i++){
    1487                                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     1564                                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    14881565                                element->InputUpdateFromConstant(boolean,vector_enum);
    14891566                        }
    … …  
    14921569                        this->FetchData(&integer,vector_enum);
    14931570                        for(i=0;i<elements->Size();i++){
    1494                                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     1571                                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    14951572                                element->InputUpdateFromConstant(integer,vector_enum);
    14961573                        }
    … …  
    14991576                        this->FetchData(&scalar,vector_enum);
    15001577                        for(i=0;i<elements->Size();i++){
    1501                                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     1578                                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    15021579                                element->InputUpdateFromConstant(scalar,vector_enum);
    15031580                        }
    … …  
    15071584                        if(!doublearray) _error_(EnumToStringx(vector_enum)<<" not found in binary file");
    15081585                        for(i=0;i<elements->Size();i++){
    1509                                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     1586                                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    15101587                                element->InputCreate(doublearray,this,M,N,vector_layout,vector_enum,code);//we need i to index into elements.
    15111588                        }
    … …  
    15151592                        if(!doublearray) _error_(EnumToStringx(vector_enum)<<" not found in binary file");
    15161593                        for(i=0;i<elements->Size();i++){
    1517                                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     1594                                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    15181595                                element->InputCreate(doublearray,this,M,N,vector_layout,vector_enum,code);//we need i to index into elements.
    15191596                        }
    … …  
    15231600                        if(!doublearray) _error_(EnumToStringx(vector_enum)<<" not found in binary file");
    15241601                        for(i=0;i<elements->Size();i++){
    1525                                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     1602                                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    15261603                                element->InputCreate(doublearray,this,M,N,vector_layout,vector_enum,code);//we need i to index into elements.
    15271604                        }

  • issm/trunk/src/c/classes/IoModel.h

    r17989 r19105  
    5959                ~IoModel();
    6060                IoModel();
    61                 IoModel(FILE* iomodel_handle);
     61                IoModel(FILE* iomodel_handle,bool trace,IssmPDouble* X);
    6262
    6363                /*Input/Output*/
    … …  
    8585                void        FetchMultipleData(int*** pmatrices,int** pmdims,int** pndims, int* pnumrecords,int data_enum);
    8686                void        FetchMultipleData(int** pvector, int* pnum_instances,int data_enum);
     87                void        FetchMultipleData(IssmDouble** pvector, int* pnum_instances,int data_enum);
    8788                void        FetchData(Option **poption,int data_enum);
    8889                void        FetchData(int num,...);
    … …  
    9293                FILE*       SetFilePointerToData(int* pcode,int* pvector_type, int data_enum);
    9394                fpos_t*     SetFilePointersToData(int** pcodes,int** pvector_types, int* pnum_instances, int data_enum);
    94                 void        DeclareIndependents(void);
    95                 void        StartTrace(void);
     95                void        DeclareIndependents(bool trace,IssmPDouble* X);
     96                void        StartTrace(bool trace);
    9697                void        FetchIndependent(int dependent_enum);
    9798};

  • issm/trunk/src/c/classes/Loads/Friction.cpp

    r18301 r19105  
    4040}
    4141/*}}}*/
    42 void Friction::GetAlpha2(IssmDouble* palpha2, Gauss* gauss){/*{{{*/
     42void Friction::GetAlphaComplement(IssmDouble* palpha_complement, Gauss* gauss){/*{{{*/
    4343
    4444        switch(this->law){
    4545                case 1:
    46                         GetAlpha2Viscous(palpha2,gauss);
    47                         break;
    48                 case 2:
    49                         GetAlpha2Weertman(palpha2,gauss);
    50                         break;
    51                 default:
    52                         _error_("not supported");
    53         }
    54 
    55 }/*}}}*/
    56 void Friction::GetAlpha2Viscous(IssmDouble* palpha2, Gauss* gauss){/*{{{*/
    57 
    58         /*This routine calculates the basal friction coefficient
    59           alpha2= drag^2 * Neff ^r * | vel | ^(s-1), with Neff=rho_ice*g*thickness+rho_ice*g*bed, r=q/p and s=1/p**/
     46                        GetAlphaViscousComplement(palpha_complement,gauss);
     47                        break;
     48                case 3:
     49                        GetAlphaHydroComplement(palpha_complement,gauss);
     50                        break;
     51          default:
     52                        _error_("not supported");
     53        }
     54
     55}/*}}}*/
     56
     57void Friction::GetAlphaViscousComplement(IssmDouble* palpha_complement, Gauss* gauss){/*{{{*/
     58
     59        /* FrictionGetAlpha2 computes alpha2= drag^2 * Neff ^r * vel ^s, with Neff=rho_ice*g*thickness+rho_ice*g*bed, r=q/p and s=1/p.
     60         * FrictionGetAlphaComplement is used in control methods on drag, and it computes:
     61         * alpha_complement= Neff ^r * vel ^s*/
    6062
    6163        /*diverse: */
    6264        IssmDouble  r,s;
    63         IssmDouble  drag_p, drag_q;
     65        IssmDouble  vx,vy,vz,vmag;
     66        IssmDouble  drag_p,drag_q;
    6467        IssmDouble  Neff;
    65         IssmDouble  thickness,bed;
    66         IssmDouble  vx,vy,vz,vmag;
    6768        IssmDouble  drag_coefficient;
    68         IssmDouble  alpha2;
     69        IssmDouble  bed,thickness;
     70        IssmDouble  alpha_complement;
    6971
    7072        /*Recover parameters: */
    … …  
    8688        if(Neff<0)Neff=0;
    8789
    88         switch(dim){
    89                 case 1:
    90                         element->GetInputValue(&vx,gauss,VxEnum);
    91                         vmag=sqrt(vx*vx);
    92                         break;
    93                 case 2:
    94                         element->GetInputValue(&vx,gauss,VxEnum);
    95                         element->GetInputValue(&vy,gauss,VyEnum);
    96                         vmag=sqrt(vx*vx+vy*vy);
    97                         break;
    98                 case 3:
    99                         element->GetInputValue(&vx,gauss,VxEnum);
    100                         element->GetInputValue(&vy,gauss,VyEnum);
    101                         element->GetInputValue(&vz,gauss,VzEnum);
    102                         vmag=sqrt(vx*vx+vy*vy+vz*vz);
    103                         break;
    104                 default:
    105                         _error_("not supported");
    106         }
    107 
    108         /*Check to prevent dividing by zero if vmag==0*/
    109         if(vmag==0. && (s-1.)<0.) alpha2=0.;
    110         else alpha2=drag_coefficient*drag_coefficient*pow(Neff,r)*pow(vmag,(s-1.));
     90        //We need the velocity magnitude to evaluate the basal stress:
     91        switch(dim){
     92                case 1:
     93                        element->GetInputValue(&vx,gauss,VxEnum);
     94                        vmag=sqrt(vx*vx);
     95                        break;
     96                case 2:
     97                        element->GetInputValue(&vx,gauss,VxEnum);
     98                        element->GetInputValue(&vy,gauss,VyEnum);
     99                        vmag=sqrt(vx*vx+vy*vy);
     100                        break;
     101                case 3:
     102                        element->GetInputValue(&vx,gauss,VxEnum);
     103                        element->GetInputValue(&vy,gauss,VyEnum);
     104                        element->GetInputValue(&vz,gauss,VzEnum);
     105                        vmag=sqrt(vx*vx+vy*vy+vz*vz);
     106                        break;
     107                default:
     108                        _error_("not supported");
     109        }
     110
     111        /*Check to prevent dividing by zero if vmag==0*/
     112        if(vmag==0. && (s-1.)<0.) alpha_complement=0.;
     113        else alpha_complement=pow(Neff,r)*pow(vmag,(s-1));_assert_(!xIsNan<IssmDouble>(alpha_complement));
     114
     115        /*Assign output pointers:*/
     116        *palpha_complement=alpha_complement;
     117}
     118/*}}}*/
     119void Friction::GetAlphaHydroComplement(IssmDouble* palpha_complement, Gauss* gauss){/*{{{*/
     120
     121        /*diverse: */
     122        IssmDouble  q_exp;
     123        IssmDouble  C_param;
     124        IssmDouble  As;
     125        IssmDouble  Neff;
     126        IssmDouble  n;
     127        IssmDouble  alpha;
     128        IssmDouble  Chi,Gamma;
     129        IssmDouble  vx,vy,vz,vmag;
     130        IssmDouble  alpha_complement;
     131
     132        /*Recover parameters: */
     133        element->GetInputValue(&q_exp,FrictionQEnum);
     134        element->GetInputValue(&C_param,FrictionCEnum);
     135
     136        element->GetInputValue(&As,gauss,FrictionAsEnum);
     137        element->GetInputValue(&Neff,gauss,FrictionEffectivePressureEnum);
     138        element->GetInputValue(&n,gauss,MaterialsRheologyNEnum);
     139
     140        if(Neff<0)Neff=0;
     141
     142        //We need the velocity magnitude to evaluate the basal stress:
     143        switch(dim){
     144                case 1:
     145                        element->GetInputValue(&vx,gauss,VxEnum);
     146                        vmag=sqrt(vx*vx);
     147                        break;
     148                case 2:
     149                        element->GetInputValue(&vx,gauss,VxEnum);
     150                        element->GetInputValue(&vy,gauss,VyEnum);
     151                        vmag=sqrt(vx*vx+vy*vy);
     152                        break;
     153                case 3:
     154                        element->GetInputValue(&vx,gauss,VxEnum);
     155                        element->GetInputValue(&vy,gauss,VyEnum);
     156                        element->GetInputValue(&vz,gauss,VzEnum);
     157                        vmag=sqrt(vx*vx+vy*vy+vz*vz);
     158                        break;
     159                default:
     160                        _error_("not supported");
     161        }
     162        //      vmag=100./(3600.*24.*365.);
     163
     164        if (q_exp==1){
     165                alpha=1;
     166        }
     167        else{
     168                alpha=(pow(q_exp-1,q_exp-1))/pow(q_exp,q_exp);
     169        }
     170        Chi   = vmag/(pow(C_param,n)*pow(Neff,n)*As);
     171        Gamma = (Chi/(1.+alpha*pow(Chi,q_exp)));
     172        /*Check to prevent dividing by zero if vmag==0*/
     173        if(vmag==0.) alpha_complement=0.;
     174        else    if(Neff==0.) alpha_complement=0.;
     175        else    alpha_complement=-(C_param*Neff/(n*vmag)) *
     176                                        pow(Gamma,((1.-n)/n)) *
     177                                        (Gamma/As - (alpha*q_exp*pow(Chi,q_exp-1.)* Gamma * Gamma/As));
     178
     179        _assert_(!xIsNan<IssmDouble>(alpha_complement));
     180        /*Assign output pointers:*/
     181        *palpha_complement=alpha_complement;
     182}
     183/*}}}*/
     184void Friction::GetAlpha2(IssmDouble* palpha2, Gauss* gauss){/*{{{*/
     185
     186        switch(this->law){
     187                case 1:
     188                        GetAlpha2Viscous(palpha2,gauss);
     189                        break;
     190                case 2:
     191                        GetAlpha2Weertman(palpha2,gauss);
     192                        break;
     193                case 3:
     194                        GetAlpha2Hydro(palpha2,gauss);
     195                        break;
     196                case 4:
     197                        GetAlpha2Temp(palpha2,gauss);
     198                        break;
     199                case 5:
     200                        GetAlpha2WaterLayer(palpha2,gauss);
     201                        break;
     202                case 6:
     203                        GetAlpha2WeertmanTemp(palpha2,gauss);
     204                        break;
     205          default:
     206                        _error_("not supported");
     207        }
     208
     209}/*}}}*/
     210void Friction::GetAlpha2Hydro(IssmDouble* palpha2, Gauss* gauss){/*{{{*/
     211
     212        /*This routine calculates the basal friction coefficient
     213                Based on Gagliardini 2007, needs a good effective pressure computation
     214                Not tested so far so use at your own risks
     215          alpha2= NeffC[Chi/(1+alpha*Chi^q)]^(1/n)*1/vel  with
     216                -Chi=|vel|/(C^n*Neff^n*As)
     217                -alpha=(q-1)^(q-1)/q^q  **/
     218
     219        /*diverse: */
     220        IssmDouble  q_exp;
     221        IssmDouble  C_param;
     222        IssmDouble  As;
     223
     224        IssmDouble  Neff;
     225        IssmDouble  n;
     226
     227        IssmDouble  alpha;
     228        IssmDouble  Chi,Gamma;
     229
     230        IssmDouble  vx,vy,vz,vmag;
     231        IssmDouble  alpha2;
     232
     233        /*Recover parameters: */
     234        element->GetInputValue(&q_exp,FrictionQEnum);
     235        element->GetInputValue(&C_param,FrictionCEnum);
     236        element->GetInputValue(&As,gauss,FrictionAsEnum);
     237
     238        element->GetInputValue(&Neff,gauss,FrictionEffectivePressureEnum);
     239        element->GetInputValue(&n,gauss,MaterialsRheologyNEnum);
     240       
     241        if(Neff<0)Neff=0;
     242
     243        switch(dim){
     244                case 1:
     245                        element->GetInputValue(&vx,gauss,VxEnum);
     246                        vmag=sqrt(vx*vx);
     247                        break;
     248                case 2:
     249                        element->GetInputValue(&vx,gauss,VxEnum);
     250                        element->GetInputValue(&vy,gauss,VyEnum);
     251                        vmag=sqrt(vx*vx+vy*vy);
     252                        break;
     253                case 3:
     254                        element->GetInputValue(&vx,gauss,VxEnum);
     255                        element->GetInputValue(&vy,gauss,VyEnum);
     256                        element->GetInputValue(&vz,gauss,VzEnum);
     257                        vmag=sqrt(vx*vx+vy*vy+vz*vz);
     258                        break;
     259                default:
     260                        _error_("not supported");
     261        }
     262
     263        //      vmag=100./(3600.*24.*365.);
     264        //compute alpha and Chi coefficients: */
     265        if (q_exp==1){
     266                alpha=1;
     267        }
     268        else{
     269                alpha=(pow(q_exp-1,q_exp-1))/pow(q_exp,q_exp);
     270        }
     271        Chi=vmag/(pow(C_param,n)*pow(Neff,n)*As);
     272        Gamma=(Chi/(1. + alpha * pow(Chi,q_exp)));
     273        /*Check to prevent dividing by zero if vmag==0*/
     274        if(vmag==0.) alpha2=0.;
     275        else    if (Neff==0) alpha2=0.0;
     276        else    alpha2=Neff * C_param * pow(Gamma,1./n) * 1/vmag;
     277
    111278        _assert_(!xIsNan<IssmDouble>(alpha2));
    112 
    113         /*Assign output pointers:*/
    114         *palpha2=alpha2;
    115 }/*}}}*/
    116 void Friction::GetAlpha2Weertman(IssmDouble* palpha2, Gauss* gauss){/*{{{*/
    117 
    118         /*This routine calculates the basal friction coefficient alpha2= C^-1/m |v|^(1/m-1) */
    119 
    120         /*diverse: */
    121         IssmDouble  C,m;
    122         IssmDouble  vx,vy,vz,vmag;
    123         IssmDouble  alpha2;
    124 
    125         /*Recover parameters: */
    126         element->GetInputValue(&C,gauss,FrictionCEnum);
    127         element->GetInputValue(&m,FrictionMEnum);
    128 
    129         switch(dim){
    130                 case 1:
    131                         element->GetInputValue(&vx,gauss,VxEnum);
    132                         vmag=sqrt(vx*vx);
    133                         break;
    134                 case 2:
    135                         element->GetInputValue(&vx,gauss,VxEnum);
    136                         element->GetInputValue(&vy,gauss,VyEnum);
    137                         vmag=sqrt(vx*vx+vy*vy);
    138                         break;
    139                 case 3:
    140                         element->GetInputValue(&vx,gauss,VxEnum);
    141                         element->GetInputValue(&vy,gauss,VyEnum);
    142                         element->GetInputValue(&vz,gauss,VzEnum);
    143                         vmag=sqrt(vx*vx+vy*vy+vz*vz);
    144                         break;
    145                 default:
    146                         _error_("not supported");
    147         }
    148 
    149         /*Check to prevent dividing by zero if vmag==0*/
    150         if(vmag==0. && (1./m-1.)<0.) alpha2=0.;
    151         else alpha2=pow(C,-1./m)*pow(vmag,(1./m-1.));
    152         _assert_(!xIsNan<IssmDouble>(alpha2));
    153 
    154         /*Assign output pointers:*/
    155         *palpha2=alpha2;
    156 }/*}}}*/
    157 void Friction::GetAlphaComplement(IssmDouble* palpha_complement, Gauss* gauss){/*{{{*/
    158 
    159         /* FrictionGetAlpha2 computes alpha2= drag^2 * Neff ^r * vel ^s, with Neff=rho_ice*g*thickness+rho_ice*g*bed, r=q/p and s=1/p.
    160          * FrictionGetAlphaComplement is used in control methods on drag, and it computes:
    161          * alpha_complement= Neff ^r * vel ^s*/
    162 
    163         if(this->law!=1)_error_("not supported");
     279        /*Assign output pointers:*/
     280        *palpha2=alpha2;
     281}/*}}}*/
     282void Friction::GetAlpha2Temp(IssmDouble* palpha2, Gauss* gauss){/*{{{*/
     283        /*Here, we want to parameterize the friction as a function of temperature
     284         *
     285         * alpha2 = alpha2_viscous * 1/f(T)
     286         *
     287         * where f(T) = exp((T-Tpmp)/gamma)
     288         */
     289
     290        /*Intermediaries: */
     291        IssmDouble  f,T,pressure,Tpmp,gamma;
     292        IssmDouble  alpha2;
     293
     294        /*Get viscous part*/
     295        this->GetAlpha2Viscous(&alpha2,gauss);
     296
     297        /*Get pressure melting point (Tpmp) for local pressure and get current temperature*/
     298        element->GetInputValue(&T,gauss,TemperatureEnum);
     299        element->GetInputValue(&pressure,gauss,PressureEnum);
     300        Tpmp = element->TMeltingPoint(pressure);
     301
     302        /*Compute scaling parameter*/
     303        element->parameters->FindParam(&gamma,FrictionGammaEnum);
     304        alpha2 = alpha2 / exp((T-Tpmp)/gamma);
     305
     306        /*Assign output pointers:*/
     307        *palpha2=alpha2;
     308}/*}}}*/
     309void Friction::GetAlpha2Viscous(IssmDouble* palpha2, Gauss* gauss){/*{{{*/
     310
     311        /*This routine calculates the basal friction coefficient
     312          alpha2= drag^2 * Neff ^r * | vel | ^(s-1), with Neff=rho_ice*g*thickness+rho_ice*g*bed, r=q/p and s=1/p**/
    164313
    165314        /*diverse: */
    166315        IssmDouble  r,s;
    167         IssmDouble  vx,vy,vz,vmag;
    168         IssmDouble  drag_p,drag_q;
     316        IssmDouble  drag_p, drag_q;
    169317        IssmDouble  Neff;
     318        IssmDouble  thickness,bed;
     319        IssmDouble  vx,vy,vz,vmag;
    170320        IssmDouble  drag_coefficient;
    171         IssmDouble  bed,thickness;
    172         IssmDouble  alpha_complement;
     321        IssmDouble  alpha2;
    173322
    174323        /*Recover parameters: */
    … …  
    190339        if(Neff<0)Neff=0;
    191340
    192         //We need the velocity magnitude to evaluate the basal stress:
    193         switch(dim){
    194                 case 1:
    195                         element->GetInputValue(&vx,gauss,VxEnum);
    196                         vmag=sqrt(vx*vx);
    197                         break;
    198                 case 2:
    199                         element->GetInputValue(&vx,gauss,VxEnum);
    200                         element->GetInputValue(&vy,gauss,VyEnum);
    201                         vmag=sqrt(vx*vx+vy*vy);
    202                         break;
    203                 case 3:
    204                         element->GetInputValue(&vx,gauss,VxEnum);
    205                         element->GetInputValue(&vy,gauss,VyEnum);
    206                         element->GetInputValue(&vz,gauss,VzEnum);
    207                         vmag=sqrt(vx*vx+vy*vy+vz*vz);
    208                         break;
    209                 default:
    210                         _error_("not supported");
    211         }
    212 
    213         /*Check to prevent dividing by zero if vmag==0*/
    214         if(vmag==0. && (s-1.)<0.) alpha_complement=0.;
    215         else alpha_complement=pow(Neff,r)*pow(vmag,(s-1));_assert_(!xIsNan<IssmDouble>(alpha_complement));
    216 
    217         /*Assign output pointers:*/
    218         *palpha_complement=alpha_complement;
    219 }
    220 /*}}}*/
     341        switch(dim){
     342                case 1:
     343                        element->GetInputValue(&vx,gauss,VxEnum);
     344                        vmag=sqrt(vx*vx);
     345                        break;
     346                case 2:
     347                        element->GetInputValue(&vx,gauss,VxEnum);
     348                        element->GetInputValue(&vy,gauss,VyEnum);
     349                        vmag=sqrt(vx*vx+vy*vy);
     350                        break;
     351                case 3:
     352                        element->GetInputValue(&vx,gauss,VxEnum);
     353                        element->GetInputValue(&vy,gauss,VyEnum);
     354                        element->GetInputValue(&vz,gauss,VzEnum);
     355                        vmag=sqrt(vx*vx+vy*vy+vz*vz);
     356                        break;
     357                default:
     358                        _error_("not supported");
     359        }
     360
     361        /*Check to prevent dividing by zero if vmag==0*/
     362        if(vmag==0. && (s-1.)<0.) alpha2=0.;
     363        else alpha2=drag_coefficient*drag_coefficient*pow(Neff,r)*pow(vmag,(s-1.));
     364        _assert_(!xIsNan<IssmDouble>(alpha2));
     365
     366        /*Assign output pointers:*/
     367        *palpha2=alpha2;
     368}/*}}}*/
     369void Friction::GetAlpha2WaterLayer(IssmDouble* palpha2, Gauss* gauss){/*{{{*/
     370
     371        /*This routine calculates the basal friction coefficient
     372          alpha2= drag^2 * Neff ^r * | vel | ^(s-1), with Neff=rho_ice*g*thickness+rho_ice*g*bed, r=q/p and s=1/p**/
     373
     374        /*diverse: */
     375        IssmDouble  r,s;
     376        IssmDouble  drag_p, drag_q;
     377        IssmDouble  Neff;
     378        IssmDouble  thickness,bed;
     379        IssmDouble  vx,vy,vz,vmag;
     380        IssmDouble  drag_coefficient,water_layer;
     381        IssmDouble  alpha2;
     382
     383        /*Recover parameters: */
     384        element->GetInputValue(&drag_p,FrictionPEnum);
     385        element->GetInputValue(&drag_q,FrictionQEnum);
     386        element->GetInputValue(&thickness, gauss,ThicknessEnum);
     387        element->GetInputValue(&bed, gauss,BaseEnum);
     388        element->GetInputValue(&drag_coefficient, gauss,FrictionCoefficientEnum);
     389        element->GetInputValue(&water_layer, gauss,FrictionWaterLayerEnum);
     390        IssmDouble rho_water   = element->GetMaterialParameter(MaterialsRhoSeawaterEnum);
     391        IssmDouble rho_ice     = element->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
     392        IssmDouble gravity     = element->GetMaterialParameter(ConstantsGEnum);
     393
     394        //compute r and q coefficients: */
     395        r=drag_q/drag_p;
     396        s=1./drag_p;
     397
     398        //From bed and thickness, compute effective pressure when drag is viscous:
     399        if(bed>0) bed=0;
     400        Neff=gravity*(rho_ice*thickness+rho_water*(bed-water_layer));
     401        if(Neff<0) Neff=0;
     402
     403        switch(dim){
     404                case 1:
     405                        element->GetInputValue(&vx,gauss,VxEnum);
     406                        vmag=sqrt(vx*vx);
     407                        break;
     408                case 2:
     409                        element->GetInputValue(&vx,gauss,VxEnum);
     410                        element->GetInputValue(&vy,gauss,VyEnum);
     411                        vmag=sqrt(vx*vx+vy*vy);
     412                        break;
     413                case 3:
     414                        element->GetInputValue(&vx,gauss,VxEnum);
     415                        element->GetInputValue(&vy,gauss,VyEnum);
     416                        element->GetInputValue(&vz,gauss,VzEnum);
     417                        vmag=sqrt(vx*vx+vy*vy+vz*vz);
     418                        break;
     419                default:
     420                        _error_("not supported");
     421        }
     422
     423        /*Check to prevent dividing by zero if vmag==0*/
     424        if(vmag==0. && (s-1.)<0.) alpha2=0.;
     425        else alpha2=drag_coefficient*drag_coefficient*pow(Neff,r)*pow(vmag,(s-1.));
     426        _assert_(!xIsNan<IssmDouble>(alpha2));
     427
     428        /*Assign output pointers:*/
     429        *palpha2=alpha2;
     430}/*}}}*/
     431void Friction::GetAlpha2Weertman(IssmDouble* palpha2, Gauss* gauss){/*{{{*/
     432
     433        /*This routine calculates the basal friction coefficient alpha2= C^-1/m |v|^(1/m-1) */
     434
     435        /*diverse: */
     436        IssmDouble  C,m;
     437        IssmDouble  vx,vy,vz,vmag;
     438        IssmDouble  alpha2;
     439
     440        /*Recover parameters: */
     441        element->GetInputValue(&C,gauss,FrictionCEnum);
     442        element->GetInputValue(&m,FrictionMEnum);
     443
     444        switch(dim){
     445                case 1:
     446                        element->GetInputValue(&vx,gauss,VxEnum);
     447                        vmag=sqrt(vx*vx);
     448                        break;
     449                case 2:
     450                        element->GetInputValue(&vx,gauss,VxEnum);
     451                        element->GetInputValue(&vy,gauss,VyEnum);
     452                        vmag=sqrt(vx*vx+vy*vy);
     453                        break;
     454                case 3:
     455                        element->GetInputValue(&vx,gauss,VxEnum);
     456                        element->GetInputValue(&vy,gauss,VyEnum);
     457                        element->GetInputValue(&vz,gauss,VzEnum);
     458                        vmag=sqrt(vx*vx+vy*vy+vz*vz);
     459                        break;
     460                default:
     461                        _error_("not supported");
     462        }
     463
     464        /*Check to prevent dividing by zero if vmag==0*/
     465        if(vmag==0. && (1./m-1.)<0.) alpha2=0.;
     466        else alpha2=pow(C,-1./m)*pow(vmag,(1./m-1.));
     467        _assert_(!xIsNan<IssmDouble>(alpha2));
     468
     469        /*Assign output pointers:*/
     470        *palpha2=alpha2;
     471}/*}}}*/
     472void Friction::GetAlpha2WeertmanTemp(IssmDouble* palpha2, Gauss* gauss){/*{{{*/
     473        /*Here, we want to parameterize the friction as a function of temperature
     474         *
     475         * alpha2 = alpha2_weertman * 1/f(T)
     476         *
     477         * where f(T) = exp((T-Tpmp)/gamma)
     478         */
     479
     480        /*Intermediaries: */
     481        IssmDouble  f,T,pressure,Tpmp,gamma;
     482        IssmDouble  alpha2;
     483
     484        /*Get viscous part*/
     485        this->GetAlpha2Weertman(&alpha2,gauss);
     486
     487        /*Get pressure melting point (Tpmp) for local pressure and get current temperature*/
     488        element->GetInputValue(&T,gauss,TemperatureEnum);
     489        element->GetInputValue(&pressure,gauss,PressureEnum);
     490        Tpmp = element->TMeltingPoint(pressure);
     491
     492        /*Compute scaling parameter*/
     493        element->parameters->FindParam(&gamma,FrictionGammaEnum);
     494        alpha2 = alpha2 / exp((T-Tpmp)/gamma);
     495
     496        /*Assign output pointers:*/
     497        *palpha2=alpha2;
     498}/*}}}*/

  • issm/trunk/src/c/classes/Loads/Friction.h

    r17989 r19105  
    2929
    3030                void  Echo(void);
     31                void  GetAlphaComplement(IssmDouble* alpha_complement,Gauss* gauss);
     32                void  GetAlphaViscousComplement(IssmDouble* alpha_complement,Gauss* gauss);
     33                void  GetAlphaHydroComplement(IssmDouble* alpha_complement,Gauss* gauss);
    3134                void  GetAlpha2(IssmDouble* palpha2,Gauss* gauss);
     35                void  GetAlpha2Hydro(IssmDouble* palpha2,Gauss* gauss);
     36                void  GetAlpha2Temp(IssmDouble* palpha2,Gauss* gauss);
    3237                void  GetAlpha2Viscous(IssmDouble* palpha2,Gauss* gauss);
     38                void  GetAlpha2WaterLayer(IssmDouble* palpha2,Gauss* gauss);
    3339                void  GetAlpha2Weertman(IssmDouble* palpha2,Gauss* gauss);
    34                 void  GetAlphaComplement(IssmDouble* alpha_complement,Gauss* gauss);
     40                void  GetAlpha2WeertmanTemp(IssmDouble* palpha2,Gauss* gauss);
    3541};
    3642

  • issm/trunk/src/c/classes/Loads/Load.h

    r18301 r19105  
    2626                virtual       ~Load(){};
    2727                virtual void  Configure(Elements* elements,Loads* loads,Nodes* nodes,Vertices* vertices,Materials* materials,Parameters* parameters)=0;
    28                 virtual void  ResetHooks()=0;
    29                 virtual bool  IsPenalty(void)=0;
    30                 virtual int   GetNumberOfNodes(void)=0;
    31                 virtual void  GetNodesSidList(int* sidlist)=0;
    32                 virtual void  GetNodesLidList(int* lidlist)=0;
    33                 virtual void  SetCurrentConfiguration(Elements* elements,Loads* loads,Nodes* nodes,Vertices* vertices,Materials* materials,Parameters* parameters)=0;
     28                virtual void  CreateJacobianMatrix(Matrix<IssmDouble>* Jff)=0;
    3429                virtual void  CreateKMatrix(Matrix<IssmDouble>* Kff, Matrix<IssmDouble>* Kfs)=0;
    3530                virtual void  CreatePVector(Vector<IssmDouble>* pf)=0;
    36                 virtual void  CreateJacobianMatrix(Matrix<IssmDouble>* Jff)=0;
     31                virtual void  GetNodesLidList(int* lidlist)=0;
     32                virtual void  GetNodesSidList(int* sidlist)=0;
     33                virtual int   GetNumberOfNodes(void)=0;
     34                virtual bool  InAnalysis(int analysis_type)=0;
     35                virtual bool  IsPenalty(void)=0;
    3736                virtual void  PenaltyCreateJacobianMatrix(Matrix<IssmDouble>* Jff,IssmDouble kmax)=0;
    3837                virtual void  PenaltyCreateKMatrix(Matrix<IssmDouble>* Kff, Matrix<IssmDouble>* Kfs, IssmDouble kmax)=0;
    3938                virtual void  PenaltyCreatePVector(Vector<IssmDouble>* pf, IssmDouble kmax)=0;
    40                 virtual bool  InAnalysis(int analysis_type)=0;
     39                virtual void  ResetHooks()=0;
     40                virtual void  SetCurrentConfiguration(Elements* elements,Loads* loads,Nodes* nodes,Vertices* vertices,Materials* materials,Parameters* parameters)=0;
    4141                virtual void  SetwiseNodeConnectivity(int* d_nz,int* o_nz,Node* node,bool* flags,int* flagsindices,int set1_enum,int set2_enum)=0;
    4242};

  • issm/trunk/src/c/classes/Loads/Loads.cpp

    r18301 r19105  
    4141        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    4242
    43                 load=dynamic_cast<Load*>(*object);
     43                load=xDynamicCast<Load*>(*object);
    4444                load->Configure(elements,loads,nodes,vertices,materials,parameters);
    45 
    46         }
    47 
    48 }
    49 /*}}}*/
    50 void Loads::ResetHooks(){/*{{{*/
    51 
    52         vector<Object*>::iterator object;
    53         Load* load=NULL;
    54 
    55         for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    56 
    57                 load=dynamic_cast<Load*>((*object));
    58                 load->ResetHooks();
    5945
    6046        }
    … …  
    7056        for(int i=0;i<this->Size();i++){
    7157
    72                 Load* load=dynamic_cast<Load*>(this->GetObjectByOffset(i));
     58                Load* load=xDynamicCast<Load*>(this->GetObjectByOffset(i));
    7359                if (load->InAnalysis(analysis_type)){
    7460                        if(load->IsPenalty()) ispenalty++;
    … …  
    8672}
    8773/*}}}*/
    88 int Loads::MaxNumNodes(int analysis_type){/*{{{*/
     74int  Loads::MaxNumNodes(int analysis_type){/*{{{*/
    8975
    9076        int max=0;
    … …  
    9581        for(int i=0;i<this->Size();i++){
    9682
    97                 Load* load=dynamic_cast<Load*>(this->GetObjectByOffset(i));
     83                Load* load=xDynamicCast<Load*>(this->GetObjectByOffset(i));
    9884                if (load->InAnalysis(analysis_type)){
    9985                        numnodes=load->GetNumberOfNodes();
    … …  
    10995}
    11096/*}}}*/
    111 int Loads::NumberOfLoads(void){/*{{{*/
     97int  Loads::NumberOfLoads(void){/*{{{*/
    11298
    11399        int localloads;
    … …  
    124110}
    125111/*}}}*/
    126 int Loads::NumberOfLoads(int analysis_type){/*{{{*/
     112int  Loads::NumberOfLoads(int analysis_type){/*{{{*/
    127113
    128114        int localloads = 0;
    … …  
    132118        for(int i=0;i<this->Size();i++){
    133119
    134                 Load* load=dynamic_cast<Load*>(this->GetObjectByOffset(i));
     120                Load* load=xDynamicCast<Load*>(this->GetObjectByOffset(i));
    135121
    136122                /*Check that this load corresponds to our analysis currently being carried out: */
    … …  
    145131}
    146132/*}}}*/
    147 int Loads::Size(void){/*{{{*/
     133void Loads::ResetHooks(){/*{{{*/
    148134
    149         return this->DataSet::Size();
    150 }
    151 /*}}}*/
    152 int Loads::Size(int analysis_type){/*{{{*/
     135        vector<Object*>::iterator object;
     136        Load* load=NULL;
    153137
    154         int localloads = 0;
     138        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    155139
    156         /*Get number of local loads*/
    157         for(int i=0;i<this->Size();i++){
     140                load=xDynamicCast<Load*>((*object));
     141                load->ResetHooks();
    158142
    159                 Load* load=dynamic_cast<Load*>(this->GetObjectByOffset(i));
    160 
    161                 /*Check that this load corresponds to our analysis currently being carried out: */
    162                 if (load->InAnalysis(analysis_type)) localloads++;
    163143        }
    164144
    165         return localloads;
    166145}
    167146/*}}}*/
    … …  
    173152        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    174153
    175                 load=dynamic_cast<Load*>(*object);
     154                load=xDynamicCast<Load*>(*object);
    176155                load->SetCurrentConfiguration(elements,loads,nodes,vertices,materials,parameters);
    177156
    … …  
    180159}
    181160/*}}}*/
     161int  Loads::Size(void){/*{{{*/
     162
     163        return this->DataSet::Size();
     164}
     165/*}}}*/
     166int  Loads::Size(int analysis_type){/*{{{*/
     167
     168        int localloads = 0;
     169
     170        /*Get number of local loads*/
     171        for(int i=0;i<this->Size();i++){
     172
     173                Load* load=xDynamicCast<Load*>(this->GetObjectByOffset(i));
     174
     175                /*Check that this load corresponds to our analysis currently being carried out: */
     176                if (load->InAnalysis(analysis_type)) localloads++;
     177        }
     178
     179        return localloads;
     180}
     181/*}}}*/

  • issm/trunk/src/c/classes/Loads/Loads.h

    r18301 r19105  
    2424                /*numerics*/
    2525                void  Configure(Elements* elements,Loads* loads, Nodes* nodes, Vertices* vertices, Materials* materials,Parameters* parameters);
    26                 void  ResetHooks();
    2726                bool  IsPenalty(int analysis);
    2827                int   MaxNumNodes(int analysis);
    2928                int   NumberOfLoads(void);
    3029                int   NumberOfLoads(int analysis);
     30                void  ResetHooks();
    3131                void  SetCurrentConfiguration(Elements* elements,Loads* loads, Nodes* nodes, Vertices* vertices, Materials* materials,Parameters* parameters);
    3232                int   Size(int analysis);

  • issm/trunk/src/c/classes/Loads/Numericalflux.cpp

    r18301 r19105  
    131131
    132132/*Object virtual functions definitions:*/
    133 void Numericalflux::Echo(void){/*{{{*/
    134         _printf_("Numericalflux:\n");
    135         _printf_("   id: " << id << "\n");
    136         _printf_("   analysis_type: " << EnumToStringx(analysis_type) << "\n");
    137         _printf_("   flux_type: " << this->flux_type<< "\n");
    138         hnodes->Echo();
    139         hvertices->Echo();
    140         helement->Echo();
    141         _printf_("   parameters: " << parameters << "\n");
    142 }
    143 /*}}}*/
    144 void Numericalflux::DeepEcho(void){/*{{{*/
     133Object* Numericalflux::copy() {/*{{{*/
     134
     135        Numericalflux* numericalflux=NULL;
     136
     137        numericalflux=new Numericalflux();
     138
     139        /*copy fields: */
     140        numericalflux->id=this->id;
     141        numericalflux->analysis_type=this->analysis_type;
     142        numericalflux->flux_type=this->flux_type;
     143
     144        /*point parameters: */
     145        numericalflux->parameters=this->parameters;
     146
     147        /*now deal with hooks and objects: */
     148        numericalflux->hnodes    = (Hook*)this->hnodes->copy();
     149        numericalflux->hvertices = (Hook*)this->hvertices->copy();
     150        numericalflux->helement  = (Hook*)this->helement->copy();
     151
     152        /*corresponding fields*/
     153        numericalflux->nodes    = (Node**)numericalflux->hnodes->deliverp();
     154        numericalflux->vertices = (Vertex**)numericalflux->hvertices->deliverp();
     155        numericalflux->element  = (Element*)numericalflux->helement->delivers();
     156
     157        return numericalflux;
     158}
     159/*}}}*/
     160void    Numericalflux::DeepEcho(void){/*{{{*/
    145161
    146162        _printf_("Numericalflux:\n");
    … …  
    158174}               
    159175/*}}}*/
    160 int Numericalflux::Id(void){/*{{{*/
     176void    Numericalflux::Echo(void){/*{{{*/
     177        _printf_("Numericalflux:\n");
     178        _printf_("   id: " << id << "\n");
     179        _printf_("   analysis_type: " << EnumToStringx(analysis_type) << "\n");
     180        _printf_("   flux_type: " << this->flux_type<< "\n");
     181        hnodes->Echo();
     182        hvertices->Echo();
     183        helement->Echo();
     184        _printf_("   parameters: " << parameters << "\n");
     185}
     186/*}}}*/
     187int     Numericalflux::Id(void){/*{{{*/
    161188        return id;
    162189}
    163190/*}}}*/
    164 int Numericalflux::ObjectEnum(void){/*{{{*/
     191int     Numericalflux::ObjectEnum(void){/*{{{*/
    165192
    166193        return NumericalfluxEnum;
    167194
    168 }
    169 /*}}}*/
    170 Object* Numericalflux::copy() {/*{{{*/
    171 
    172         Numericalflux* numericalflux=NULL;
    173 
    174         numericalflux=new Numericalflux();
    175 
    176         /*copy fields: */
    177         numericalflux->id=this->id;
    178         numericalflux->analysis_type=this->analysis_type;
    179         numericalflux->flux_type=this->flux_type;
    180 
    181         /*point parameters: */
    182         numericalflux->parameters=this->parameters;
    183 
    184         /*now deal with hooks and objects: */
    185         numericalflux->hnodes    = (Hook*)this->hnodes->copy();
    186         numericalflux->hvertices = (Hook*)this->hvertices->copy();
    187         numericalflux->helement  = (Hook*)this->helement->copy();
    188 
    189         /*corresponding fields*/
    190         numericalflux->nodes    = (Node**)numericalflux->hnodes->deliverp();
    191         numericalflux->vertices = (Vertex**)numericalflux->hvertices->deliverp();
    192         numericalflux->element  = (Element*)numericalflux->helement->delivers();
    193 
    194         return numericalflux;
    195195}
    196196/*}}}*/
    … …  
    212212        /*point parameters to real dataset: */
    213213        this->parameters=parametersin;
    214 }
    215 /*}}}*/
    216 void  Numericalflux::SetCurrentConfiguration(Elements* elementsin,Loads* loadsin,Nodes* nodesin,Vertices* verticesin,Materials* materialsin,Parameters* parametersin){/*{{{*/
    217 
    218 }
    219 /*}}}*/
    220 void  Numericalflux::ResetHooks(){/*{{{*/
    221 
    222         this->nodes=NULL;
    223         this->vertices=NULL;
    224         this->element=NULL;
    225         this->parameters=NULL;
    226 
    227         /*Get Element type*/
    228         this->hnodes->reset();
    229         this->hvertices->reset();
    230         this->helement->reset();
    231 
    232214}
    233215/*}}}*/
    … …  
    291273}
    292274/*}}}*/
     275void  Numericalflux::GetNodesLidList(int* lidlist){/*{{{*/
     276
     277        _assert_(lidlist);
     278        _assert_(nodes);
     279
     280        switch(this->flux_type){
     281                case InternalEnum:
     282                        for(int i=0;i<NUMNODES_INTERNAL;i++) lidlist[i]=nodes[i]->Lid();
     283                        return;
     284                case BoundaryEnum:
     285                        for(int i=0;i<NUMNODES_BOUNDARY;i++) lidlist[i]=nodes[i]->Lid();
     286                        return;
     287                default:
     288                        _error_("Numericalflux type " << EnumToStringx(this->flux_type) << " not supported yet");
     289        }
     290}
     291/*}}}*/
    293292void  Numericalflux::GetNodesSidList(int* sidlist){/*{{{*/
    294293
    … …  
    308307}
    309308/*}}}*/
    310 void  Numericalflux::GetNodesLidList(int* lidlist){/*{{{*/
    311 
    312         _assert_(lidlist);
    313         _assert_(nodes);
    314 
    315         switch(this->flux_type){
    316                 case InternalEnum:
    317                         for(int i=0;i<NUMNODES_INTERNAL;i++) lidlist[i]=nodes[i]->Lid();
    318                         return;
    319                 case BoundaryEnum:
    320                         for(int i=0;i<NUMNODES_BOUNDARY;i++) lidlist[i]=nodes[i]->Lid();
    321                         return;
    322                 default:
    323                         _error_("Numericalflux type " << EnumToStringx(this->flux_type) << " not supported yet");
    324         }
    325 }
    326 /*}}}*/
    327309int   Numericalflux::GetNumberOfNodes(void){/*{{{*/
    328310
    … …  
    338320}
    339321/*}}}*/
    340 bool  Numericalflux::IsPenalty(void){/*{{{*/
    341         return false;
    342 }
    343 /*}}}*/
    344 void  Numericalflux::PenaltyCreateKMatrix(Matrix<IssmDouble>* Kff, Matrix<IssmDouble>* Kfs,IssmDouble kmax){/*{{{*/
    345 
    346         /*No stiffness loads applied, do nothing: */
    347         return;
    348 
    349 }
    350 /*}}}*/
    351 void  Numericalflux::PenaltyCreatePVector(Vector<IssmDouble>* pf,IssmDouble kmax){/*{{{*/
    352 
    353         /*No penalty loads applied, do nothing: */
    354         return;
    355 
    356 }
    357 /*}}}*/
    358322bool  Numericalflux::InAnalysis(int in_analysis_type){/*{{{*/
    359323        if (in_analysis_type==this->analysis_type) return true;
    360324        else return false;
     325}
     326/*}}}*/
     327bool  Numericalflux::IsPenalty(void){/*{{{*/
     328        return false;
     329}
     330/*}}}*/
     331void  Numericalflux::PenaltyCreateKMatrix(Matrix<IssmDouble>* Kff, Matrix<IssmDouble>* Kfs,IssmDouble kmax){/*{{{*/
     332
     333        /*No stiffness loads applied, do nothing: */
     334        return;
     335
     336}
     337/*}}}*/
     338void  Numericalflux::PenaltyCreatePVector(Vector<IssmDouble>* pf,IssmDouble kmax){/*{{{*/
     339
     340        /*No penalty loads applied, do nothing: */
     341        return;
     342
     343}
     344/*}}}*/
     345void  Numericalflux::ResetHooks(){/*{{{*/
     346
     347        this->nodes=NULL;
     348        this->vertices=NULL;
     349        this->element=NULL;
     350        this->parameters=NULL;
     351
     352        /*Get Element type*/
     353        this->hnodes->reset();
     354        this->hvertices->reset();
     355        this->helement->reset();
     356
     357}
     358/*}}}*/
     359void  Numericalflux::SetCurrentConfiguration(Elements* elementsin,Loads* loadsin,Nodes* nodesin,Vertices* verticesin,Materials* materialsin,Parameters* parametersin){/*{{{*/
     360
    361361}
    362362/*}}}*/
    … …  
    417417
    418418/*Numericalflux management*/
     419ElementMatrix* Numericalflux::CreateKMatrixAdjointBalancethickness(void){/*{{{*/
     420
     421        switch(this->flux_type){
     422                case InternalEnum:
     423                        return CreateKMatrixAdjointBalancethicknessInternal();
     424                case BoundaryEnum:
     425                        return CreateKMatrixAdjointBalancethicknessBoundary();
     426                default:
     427                        _error_("type not supported yet");
     428        }
     429}
     430/*}}}*/
     431ElementMatrix* Numericalflux::CreateKMatrixAdjointBalancethicknessBoundary(void){/*{{{*/
     432
     433        ElementMatrix* Ke=CreateKMatrixBalancethicknessBoundary();
     434        if(Ke) Ke->Transpose();
     435        return Ke;
     436}
     437/*}}}*/
     438ElementMatrix* Numericalflux::CreateKMatrixAdjointBalancethicknessInternal(void){/*{{{*/
     439
     440        ElementMatrix* Ke=CreateKMatrixBalancethicknessInternal();
     441        if (Ke) Ke->Transpose();
     442        return Ke;
     443}
     444/*}}}*/
     445ElementMatrix* Numericalflux::CreateKMatrixBalancethickness(void){/*{{{*/
     446
     447        switch(this->flux_type){
     448                case InternalEnum:
     449                        return CreateKMatrixBalancethicknessInternal();
     450                case BoundaryEnum:
     451                        return CreateKMatrixBalancethicknessBoundary();
     452                default:
     453                        _error_("type not supported yet");
     454        }
     455}
     456/*}}}*/
     457ElementMatrix* Numericalflux::CreateKMatrixBalancethicknessBoundary(void){/*{{{*/
     458
     459        /* constants*/
     460        const int numdof=NDOF1*NUMNODES_BOUNDARY;
     461
     462        /* Intermediaries*/
     463        int        i,j,ig,index1,index2;
     464        IssmDouble     DL,Jdet,vx,vy,mean_vx,mean_vy,UdotN;
     465        IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
     466        IssmDouble     normal[2];
     467        IssmDouble     L[numdof];
     468        IssmDouble     Ke_g[numdof][numdof];
     469        GaussTria *gauss;
     470
     471        /*Initialize Element matrix and return if necessary*/
     472        ElementMatrix* Ke = NULL;
     473        Tria*  tria=(Tria*)element;
     474        if(!tria->IsIceInElement()) return NULL;
     475
     476        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     477        GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
     478        Input* vxaverage_input=tria->inputs->GetInput(VxEnum);
     479        Input* vyaverage_input=tria->inputs->GetInput(VyEnum);
     480        GetNormal(&normal[0],xyz_list);
     481
     482        /*Check wether it is an inflow or outflow BC (0 is the middle of the segment)*/
     483        index1=tria->GetNodeIndex(nodes[0]);
     484        index2=tria->GetNodeIndex(nodes[1]);
     485
     486        gauss=new GaussTria();
     487        gauss->GaussEdgeCenter(index1,index2);
     488        vxaverage_input->GetInputValue(&mean_vx,gauss);
     489        vyaverage_input->GetInputValue(&mean_vy,gauss);
     490        delete gauss;
     491
     492        UdotN=mean_vx*normal[0]+mean_vy*normal[1];
     493        if (UdotN<=0){
     494                return NULL; /*(u,n)<0 -> inflow, PenaltyCreatePVector will take care of it*/
     495        }
     496        else{
     497                Ke=new ElementMatrix(nodes,NUMNODES_BOUNDARY,this->parameters);
     498        }
     499
     500        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     501        gauss=new GaussTria(index1,index2,2);
     502        for(ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     503
     504                gauss->GaussPoint(ig);
     505
     506                tria->GetSegmentNodalFunctions(&L[0],gauss,index1,index2,tria->FiniteElement());
     507
     508                vxaverage_input->GetInputValue(&vx,gauss);
     509                vyaverage_input->GetInputValue(&vy,gauss);
     510                UdotN=vx*normal[0]+vy*normal[1];
     511                tria->GetSegmentJacobianDeterminant(&Jdet,&xyz_list[0][0],gauss);
     512                DL=gauss->weight*Jdet*UdotN;
     513
     514                TripleMultiply(&L[0],1,numdof,1,
     515                                        &DL,1,1,0,
     516                                        &L[0],1,numdof,0,
     517                                        &Ke_g[0][0],0);
     518
     519                for(i=0;i<numdof;i++) for(j=0;j<numdof;j++) Ke->values[i*numdof+j]+=Ke_g[i][j];
     520        }
     521
     522        /*Clean up and return*/
     523        delete gauss;
     524        return Ke;
     525}
     526/*}}}*/
     527ElementMatrix* Numericalflux::CreateKMatrixBalancethicknessInternal(void){/*{{{*/
     528
     529        /* constants*/
     530        const int numdof=NDOF1*NUMNODES_INTERNAL;
     531
     532        /* Intermediaries*/
     533        int        i,j,ig,index1,index2;
     534        IssmDouble     DL1,DL2,Jdet,vx,vy,UdotN;
     535        IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
     536        IssmDouble     normal[2];
     537        IssmDouble     B[numdof];
     538        IssmDouble     Bprime[numdof];
     539        IssmDouble     Ke_g1[numdof][numdof];
     540        IssmDouble     Ke_g2[numdof][numdof];
     541        GaussTria *gauss;
     542
     543        /*Initialize Element matrix and return if necessary*/
     544        Tria*  tria=(Tria*)element;
     545        if(!tria->IsIceInElement()) return NULL;
     546        ElementMatrix* Ke=new ElementMatrix(nodes,NUMNODES_INTERNAL,this->parameters);
     547
     548        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     549        GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
     550        Input* vxaverage_input=tria->inputs->GetInput(VxEnum);
     551        Input* vyaverage_input=tria->inputs->GetInput(VyEnum);
     552        GetNormal(&normal[0],xyz_list);
     553
     554        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     555        index1=tria->GetNodeIndex(nodes[0]);
     556        index2=tria->GetNodeIndex(nodes[1]);
     557        gauss=new GaussTria(index1,index2,2);
     558        for(ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     559
     560                gauss->GaussPoint(ig);
     561
     562                tria->GetSegmentBFlux(&B[0],gauss,index1,index2,tria->FiniteElement());
     563                tria->GetSegmentBprimeFlux(&Bprime[0],gauss,index1,index2,tria->FiniteElement());
     564
     565                vxaverage_input->GetInputValue(&vx,gauss);
     566                vyaverage_input->GetInputValue(&vy,gauss);
     567                UdotN=vx*normal[0]+vy*normal[1];
     568                tria->GetSegmentJacobianDeterminant(&Jdet,&xyz_list[0][0],gauss);
     569                DL1=gauss->weight*Jdet*UdotN/2;
     570                DL2=gauss->weight*Jdet*fabs(UdotN)/2;
     571
     572                TripleMultiply(&B[0],1,numdof,1,
     573                                        &DL1,1,1,0,
     574                                        &Bprime[0],1,numdof,0,
     575                                        &Ke_g1[0][0],0);
     576                TripleMultiply(&B[0],1,numdof,1,
     577                                        &DL2,1,1,0,
     578                                        &B[0],1,numdof,0,
     579                                        &Ke_g2[0][0],0);
     580
     581                for(i=0;i<numdof;i++) for(j=0;j<numdof;j++) Ke->values[i*numdof+j]+=Ke_g1[i][j];
     582                for(i=0;i<numdof;i++) for(j=0;j<numdof;j++) Ke->values[i*numdof+j]+=Ke_g2[i][j];
     583        }
     584
     585        /*Clean up and return*/
     586        delete gauss;
     587        return Ke;
     588}
     589/*}}}*/
    419590ElementMatrix* Numericalflux::CreateKMatrixMasstransport(void){/*{{{*/
    420591
    … …  
    427598                        _error_("type not supported yet");
    428599        }
     600}
     601/*}}}*/
     602ElementMatrix* Numericalflux::CreateKMatrixMasstransportBoundary(void){/*{{{*/
     603
     604        /* constants*/
     605        const int numdof=NDOF1*NUMNODES_BOUNDARY;
     606
     607        /* Intermediaries*/
     608        int        i,j,ig,index1,index2;
     609        IssmDouble     DL,Jdet,dt,vx,vy,mean_vx,mean_vy,UdotN;
     610        IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
     611        IssmDouble     normal[2];
     612        IssmDouble     L[numdof];
     613        IssmDouble     Ke_g[numdof][numdof];
     614        GaussTria *gauss;
     615
     616        /*Initialize Element matrix and return if necessary*/
     617        ElementMatrix* Ke = NULL;
     618        Tria*  tria=(Tria*)element;
     619        if(!tria->IsIceInElement()) return NULL;
     620
     621        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     622        GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
     623        parameters->FindParam(&dt,TimesteppingTimeStepEnum);
     624        Input* vxaverage_input=tria->inputs->GetInput(VxEnum); _assert_(vxaverage_input);
     625        Input* vyaverage_input=tria->inputs->GetInput(VyEnum); _assert_(vyaverage_input);
     626        GetNormal(&normal[0],xyz_list);
     627
     628        /*Check wether it is an inflow or outflow BC (0 is the middle of the segment)*/
     629        index1=tria->GetNodeIndex(nodes[0]);
     630        index2=tria->GetNodeIndex(nodes[1]);
     631
     632        gauss=new GaussTria();
     633        gauss->GaussEdgeCenter(index1,index2);
     634        vxaverage_input->GetInputValue(&mean_vx,gauss);
     635        vyaverage_input->GetInputValue(&mean_vy,gauss);
     636        delete gauss;
     637
     638        UdotN=mean_vx*normal[0]+mean_vy*normal[1];
     639        if (UdotN<=0){
     640                return NULL; /*(u,n)<0 -> inflow, PenaltyCreatePVector will take care of it*/
     641        }
     642        else{
     643                Ke=new ElementMatrix(nodes,NUMNODES_BOUNDARY,this->parameters);
     644        }
     645
     646        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     647        gauss=new GaussTria(index1,index2,2);
     648        for(ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     649
     650                gauss->GaussPoint(ig);
     651
     652                tria->GetSegmentNodalFunctions(&L[0],gauss,index1,index2,tria->FiniteElement());
     653
     654                vxaverage_input->GetInputValue(&vx,gauss);
     655                vyaverage_input->GetInputValue(&vy,gauss);
     656                UdotN=vx*normal[0]+vy*normal[1];
     657                tria->GetSegmentJacobianDeterminant(&Jdet,&xyz_list[0][0],gauss);
     658                DL=gauss->weight*Jdet*dt*UdotN;
     659
     660                TripleMultiply(&L[0],1,numdof,1,
     661                                        &DL,1,1,0,
     662                                        &L[0],1,numdof,0,
     663                                        &Ke_g[0][0],0);
     664
     665                for(i=0;i<numdof;i++) for(j=0;j<numdof;j++) Ke->values[i*numdof+j]+=Ke_g[i][j];
     666        }
     667
     668        /*Clean up and return*/
     669        delete gauss;
     670        return Ke;
    429671}
    430672/*}}}*/
    … …  
    493735}
    494736/*}}}*/
    495 ElementMatrix* Numericalflux::CreateKMatrixMasstransportBoundary(void){/*{{{*/
    496 
    497         /* constants*/
    498         const int numdof=NDOF1*NUMNODES_BOUNDARY;
    499 
    500         /* Intermediaries*/
    501         int        i,j,ig,index1,index2;
    502         IssmDouble     DL,Jdet,dt,vx,vy,mean_vx,mean_vy,UdotN;
    503         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    504         IssmDouble     normal[2];
    505         IssmDouble     L[numdof];
    506         IssmDouble     Ke_g[numdof][numdof];
    507         GaussTria *gauss;
    508 
    509         /*Initialize Element matrix and return if necessary*/
    510         ElementMatrix* Ke = NULL;
    511         Tria*  tria=(Tria*)element;
    512         if(!tria->IsIceInElement()) return NULL;
    513 
    514         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    515         GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
    516         parameters->FindParam(&dt,TimesteppingTimeStepEnum);
    517         Input* vxaverage_input=tria->inputs->GetInput(VxEnum); _assert_(vxaverage_input);
    518         Input* vyaverage_input=tria->inputs->GetInput(VyEnum); _assert_(vyaverage_input);
    519         GetNormal(&normal[0],xyz_list);
    520 
    521         /*Check wether it is an inflow or outflow BC (0 is the middle of the segment)*/
    522         index1=tria->GetNodeIndex(nodes[0]);
    523         index2=tria->GetNodeIndex(nodes[1]);
    524 
    525         gauss=new GaussTria();
    526         gauss->GaussEdgeCenter(index1,index2);
    527         vxaverage_input->GetInputValue(&mean_vx,gauss);
    528         vyaverage_input->GetInputValue(&mean_vy,gauss);
    529         delete gauss;
    530 
    531         UdotN=mean_vx*normal[0]+mean_vy*normal[1];
    532         if (UdotN<=0){
    533                 return NULL; /*(u,n)<0 -> inflow, PenaltyCreatePVector will take care of it*/
    534         }
    535         else{
    536                 Ke=new ElementMatrix(nodes,NUMNODES_BOUNDARY,this->parameters);
    537         }
    538 
    539         /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    540         gauss=new GaussTria(index1,index2,2);
    541         for(ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    542 
    543                 gauss->GaussPoint(ig);
    544 
    545                 tria->GetSegmentNodalFunctions(&L[0],gauss,index1,index2,tria->FiniteElement());
    546 
    547                 vxaverage_input->GetInputValue(&vx,gauss);
    548                 vyaverage_input->GetInputValue(&vy,gauss);
    549                 UdotN=vx*normal[0]+vy*normal[1];
    550                 tria->GetSegmentJacobianDeterminant(&Jdet,&xyz_list[0][0],gauss);
    551                 DL=gauss->weight*Jdet*dt*UdotN;
    552 
    553                 TripleMultiply(&L[0],1,numdof,1,
    554                                         &DL,1,1,0,
    555                                         &L[0],1,numdof,0,
    556                                         &Ke_g[0][0],0);
    557 
    558                 for(i=0;i<numdof;i++) for(j=0;j<numdof;j++) Ke->values[i*numdof+j]+=Ke_g[i][j];
    559         }
    560 
    561         /*Clean up and return*/
    562         delete gauss;
    563         return Ke;
    564 }
    565 /*}}}*/
    566 ElementMatrix* Numericalflux::CreateKMatrixBalancethickness(void){/*{{{*/
    567 
    568         switch(this->flux_type){
    569                 case InternalEnum:
    570                         return CreateKMatrixBalancethicknessInternal();
    571                 case BoundaryEnum:
    572                         return CreateKMatrixBalancethicknessBoundary();
    573                 default:
    574                         _error_("type not supported yet");
    575         }
    576 }
    577 /*}}}*/
    578 ElementMatrix* Numericalflux::CreateKMatrixBalancethicknessInternal(void){/*{{{*/
    579 
    580         /* constants*/
    581         const int numdof=NDOF1*NUMNODES_INTERNAL;
    582 
    583         /* Intermediaries*/
    584         int        i,j,ig,index1,index2;
    585         IssmDouble     DL1,DL2,Jdet,vx,vy,UdotN;
    586         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    587         IssmDouble     normal[2];
    588         IssmDouble     B[numdof];
    589         IssmDouble     Bprime[numdof];
    590         IssmDouble     Ke_g1[numdof][numdof];
    591         IssmDouble     Ke_g2[numdof][numdof];
    592         GaussTria *gauss;
    593 
    594         /*Initialize Element matrix and return if necessary*/
    595         Tria*  tria=(Tria*)element;
    596         if(!tria->IsIceInElement()) return NULL;
    597         ElementMatrix* Ke=new ElementMatrix(nodes,NUMNODES_INTERNAL,this->parameters);
    598 
    599         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    600         GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
    601         Input* vxaverage_input=tria->inputs->GetInput(VxEnum);
    602         Input* vyaverage_input=tria->inputs->GetInput(VyEnum);
    603         GetNormal(&normal[0],xyz_list);
    604 
    605         /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    606         index1=tria->GetNodeIndex(nodes[0]);
    607         index2=tria->GetNodeIndex(nodes[1]);
    608         gauss=new GaussTria(index1,index2,2);
    609         for(ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    610 
    611                 gauss->GaussPoint(ig);
    612 
    613                 tria->GetSegmentBFlux(&B[0],gauss,index1,index2,tria->FiniteElement());
    614                 tria->GetSegmentBprimeFlux(&Bprime[0],gauss,index1,index2,tria->FiniteElement());
    615 
    616                 vxaverage_input->GetInputValue(&vx,gauss);
    617                 vyaverage_input->GetInputValue(&vy,gauss);
    618                 UdotN=vx*normal[0]+vy*normal[1];
    619                 tria->GetSegmentJacobianDeterminant(&Jdet,&xyz_list[0][0],gauss);
    620                 DL1=gauss->weight*Jdet*UdotN/2;
    621                 DL2=gauss->weight*Jdet*fabs(UdotN)/2;
    622 
    623                 TripleMultiply(&B[0],1,numdof,1,
    624                                         &DL1,1,1,0,
    625                                         &Bprime[0],1,numdof,0,
    626                                         &Ke_g1[0][0],0);
    627                 TripleMultiply(&B[0],1,numdof,1,
    628                                         &DL2,1,1,0,
    629                                         &B[0],1,numdof,0,
    630                                         &Ke_g2[0][0],0);
    631 
    632                 for(i=0;i<numdof;i++) for(j=0;j<numdof;j++) Ke->values[i*numdof+j]+=Ke_g1[i][j];
    633                 for(i=0;i<numdof;i++) for(j=0;j<numdof;j++) Ke->values[i*numdof+j]+=Ke_g2[i][j];
    634         }
    635 
    636         /*Clean up and return*/
    637         delete gauss;
    638         return Ke;
    639 }
    640 /*}}}*/
    641 ElementMatrix* Numericalflux::CreateKMatrixBalancethicknessBoundary(void){/*{{{*/
    642 
    643         /* constants*/
    644         const int numdof=NDOF1*NUMNODES_BOUNDARY;
    645 
    646         /* Intermediaries*/
    647         int        i,j,ig,index1,index2;
    648         IssmDouble     DL,Jdet,vx,vy,mean_vx,mean_vy,UdotN;
    649         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    650         IssmDouble     normal[2];
    651         IssmDouble     L[numdof];
    652         IssmDouble     Ke_g[numdof][numdof];
    653         GaussTria *gauss;
    654 
    655         /*Initialize Element matrix and return if necessary*/
    656         ElementMatrix* Ke = NULL;
    657         Tria*  tria=(Tria*)element;
    658         if(!tria->IsIceInElement()) return NULL;
    659 
    660         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    661         GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
    662         Input* vxaverage_input=tria->inputs->GetInput(VxEnum);
    663         Input* vyaverage_input=tria->inputs->GetInput(VyEnum);
    664         GetNormal(&normal[0],xyz_list);
    665 
    666         /*Check wether it is an inflow or outflow BC (0 is the middle of the segment)*/
    667         index1=tria->GetNodeIndex(nodes[0]);
    668         index2=tria->GetNodeIndex(nodes[1]);
    669 
    670         gauss=new GaussTria();
    671         gauss->GaussEdgeCenter(index1,index2);
    672         vxaverage_input->GetInputValue(&mean_vx,gauss);
    673         vyaverage_input->GetInputValue(&mean_vy,gauss);
    674         delete gauss;
    675 
    676         UdotN=mean_vx*normal[0]+mean_vy*normal[1];
    677         if (UdotN<=0){
    678                 return NULL; /*(u,n)<0 -> inflow, PenaltyCreatePVector will take care of it*/
    679         }
    680         else{
    681                 Ke=new ElementMatrix(nodes,NUMNODES_BOUNDARY,this->parameters);
    682         }
    683 
    684         /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    685         gauss=new GaussTria(index1,index2,2);
    686         for(ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    687 
    688                 gauss->GaussPoint(ig);
    689 
    690                 tria->GetSegmentNodalFunctions(&L[0],gauss,index1,index2,tria->FiniteElement());
    691 
    692                 vxaverage_input->GetInputValue(&vx,gauss);
    693                 vyaverage_input->GetInputValue(&vy,gauss);
    694                 UdotN=vx*normal[0]+vy*normal[1];
    695                 tria->GetSegmentJacobianDeterminant(&Jdet,&xyz_list[0][0],gauss);
    696                 DL=gauss->weight*Jdet*UdotN;
    697 
    698                 TripleMultiply(&L[0],1,numdof,1,
    699                                         &DL,1,1,0,
    700                                         &L[0],1,numdof,0,
    701                                         &Ke_g[0][0],0);
    702 
    703                 for(i=0;i<numdof;i++) for(j=0;j<numdof;j++) Ke->values[i*numdof+j]+=Ke_g[i][j];
    704         }
    705 
    706         /*Clean up and return*/
    707         delete gauss;
    708         return Ke;
    709 }
    710 /*}}}*/
    711 ElementMatrix* Numericalflux::CreateKMatrixAdjointBalancethickness(void){/*{{{*/
    712 
    713         switch(this->flux_type){
    714                 case InternalEnum:
    715                         return CreateKMatrixAdjointBalancethicknessInternal();
    716                 case BoundaryEnum:
    717                         return CreateKMatrixAdjointBalancethicknessBoundary();
    718                 default:
    719                         _error_("type not supported yet");
    720         }
    721 }
    722 /*}}}*/
    723 ElementMatrix* Numericalflux::CreateKMatrixAdjointBalancethicknessInternal(void){/*{{{*/
    724 
    725         ElementMatrix* Ke=CreateKMatrixBalancethicknessInternal();
    726         if (Ke) Ke->Transpose();
    727         return Ke;
    728 }
    729 /*}}}*/
    730 ElementMatrix* Numericalflux::CreateKMatrixAdjointBalancethicknessBoundary(void){/*{{{*/
    731 
    732         ElementMatrix* Ke=CreateKMatrixBalancethicknessBoundary();
    733         if(Ke) Ke->Transpose();
    734         return Ke;
    735 }
    736 /*}}}*/
    737 ElementVector* Numericalflux::CreatePVectorMasstransport(void){/*{{{*/
    738 
    739         switch(this->flux_type){
    740                 case InternalEnum:
    741                         return CreatePVectorMasstransportInternal();
    742                 case BoundaryEnum:
    743                         return CreatePVectorMasstransportBoundary();
    744                 default:
    745                         _error_("type not supported yet");
    746         }
    747 }
    748 /*}}}*/
    749 ElementVector* Numericalflux::CreatePVectorMasstransportInternal(void){/*{{{*/
    750 
    751         /*Nothing added to PVector*/
     737ElementVector* Numericalflux::CreatePVectorAdjointBalancethickness(void){/*{{{*/
     738
     739        /*No PVector for the Adjoint*/
    752740        return NULL;
    753 
    754 }
    755 /*}}}*/
    756 ElementVector* Numericalflux::CreatePVectorMasstransportBoundary(void){/*{{{*/
    757 
    758         /* constants*/
    759         const int numdof=NDOF1*NUMNODES_BOUNDARY;
    760 
    761         /* Intermediaries*/
    762         int        i,ig,index1,index2;
    763         IssmDouble     DL,Jdet,dt,vx,vy,mean_vx,mean_vy,UdotN,thickness;
    764         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    765         IssmDouble     normal[2];
    766         IssmDouble     L[numdof];
    767         GaussTria *gauss;
    768 
    769         /*Initialize Load Vector and return if necessary*/
    770         ElementVector* pe = NULL;
    771         Tria*  tria=(Tria*)element;
    772         if(!tria->IsIceInElement()) return NULL;
    773 
    774         /*Retrieve all inputs and parameters*/
    775         GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
    776         parameters->FindParam(&dt,TimesteppingTimeStepEnum);
    777         Input* vxaverage_input   =tria->inputs->GetInput(VxEnum);                     _assert_(vxaverage_input);
    778         Input* vyaverage_input   =tria->inputs->GetInput(VyEnum);                     _assert_(vyaverage_input);
    779         Input* spcthickness_input=tria->inputs->GetInput(MasstransportSpcthicknessEnum); _assert_(spcthickness_input);
    780         GetNormal(&normal[0],xyz_list);
    781 
    782         /*Check wether it is an inflow or outflow BC (0 is the middle of the segment)*/
    783         index1=tria->GetNodeIndex(nodes[0]);
    784         index2=tria->GetNodeIndex(nodes[1]);
    785 
    786         gauss=new GaussTria();
    787         gauss->GaussEdgeCenter(index1,index2);
    788         vxaverage_input->GetInputValue(&mean_vx,gauss);
    789         vyaverage_input->GetInputValue(&mean_vy,gauss);
    790         delete gauss;
    791 
    792         UdotN=mean_vx*normal[0]+mean_vy*normal[1];
    793         if (UdotN>0){
    794                 return NULL; /*(u,n)>0 -> outflow, PenaltyCreateKMatrix will take care of it*/
    795         }
    796         else{
    797                 pe=new ElementVector(nodes,NUMNODES_BOUNDARY,this->parameters);
    798         }
    799 
    800         /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    801         gauss=new GaussTria(index1,index2,2);
    802         for(ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    803 
    804                 gauss->GaussPoint(ig);
    805 
    806                 tria->GetSegmentNodalFunctions(&L[0],gauss,index1,index2,tria->FiniteElement());
    807 
    808                 vxaverage_input->GetInputValue(&vx,gauss);
    809                 vyaverage_input->GetInputValue(&vy,gauss);
    810                 spcthickness_input->GetInputValue(&thickness,gauss);
    811                 if(xIsNan<IssmDouble>(thickness)) _error_("Cannot weakly apply constraint because NaN was provided");
    812 
    813                 UdotN=vx*normal[0]+vy*normal[1];
    814                 tria->GetSegmentJacobianDeterminant(&Jdet,&xyz_list[0][0],gauss);
    815                 DL= - gauss->weight*Jdet*dt*UdotN*thickness;
    816 
    817                 for(i=0;i<numdof;i++) pe->values[i] += DL*L[i];
    818         }
    819 
    820         /*Clean up and return*/
    821         delete gauss;
    822         return pe;
    823741}
    824742/*}}}*/
    … …  
    833751                        _error_("type not supported yet");
    834752        }
    835 }
    836 /*}}}*/
    837 ElementVector* Numericalflux::CreatePVectorBalancethicknessInternal(void){/*{{{*/
    838 
    839         /*Nothing added to PVector*/
    840         return NULL;
    841 
    842753}
    843754/*}}}*/
    … …  
    908819}
    909820/*}}}*/
    910 ElementVector* Numericalflux::CreatePVectorAdjointBalancethickness(void){/*{{{*/
    911 
    912         /*No PVector for the Adjoint*/
     821ElementVector* Numericalflux::CreatePVectorBalancethicknessInternal(void){/*{{{*/
     822
     823        /*Nothing added to PVector*/
    913824        return NULL;
    914 }
    915 /*}}}*/
    916 void Numericalflux:: GetNormal(IssmDouble* normal,IssmDouble xyz_list[4][3]){/*{{{*/
     825
     826}
     827/*}}}*/
     828ElementVector* Numericalflux::CreatePVectorMasstransport(void){/*{{{*/
     829
     830        switch(this->flux_type){
     831                case InternalEnum:
     832                        return CreatePVectorMasstransportInternal();
     833                case BoundaryEnum:
     834                        return CreatePVectorMasstransportBoundary();
     835                default:
     836                        _error_("type not supported yet");
     837        }
     838}
     839/*}}}*/
     840ElementVector* Numericalflux::CreatePVectorMasstransportBoundary(void){/*{{{*/
     841
     842        /* constants*/
     843        const int numdof=NDOF1*NUMNODES_BOUNDARY;
     844
     845        /* Intermediaries*/
     846        int        i,ig,index1,index2;
     847        IssmDouble     DL,Jdet,dt,vx,vy,mean_vx,mean_vy,UdotN,thickness;
     848        IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
     849        IssmDouble     normal[2];
     850        IssmDouble     L[numdof];
     851        GaussTria *gauss;
     852
     853        /*Initialize Load Vector and return if necessary*/
     854        ElementVector* pe = NULL;
     855        Tria*  tria=(Tria*)element;
     856        if(!tria->IsIceInElement()) return NULL;
     857
     858        /*Retrieve all inputs and parameters*/
     859        GetVerticesCoordinates(&xyz_list[0][0],vertices,NUMVERTICES);
     860        parameters->FindParam(&dt,TimesteppingTimeStepEnum);
     861        Input* vxaverage_input   =tria->inputs->GetInput(VxEnum);                     _assert_(vxaverage_input);
     862        Input* vyaverage_input   =tria->inputs->GetInput(VyEnum);                     _assert_(vyaverage_input);
     863        Input* spcthickness_input=tria->inputs->GetInput(MasstransportSpcthicknessEnum); _assert_(spcthickness_input);
     864        GetNormal(&normal[0],xyz_list);
     865
     866        /*Check wether it is an inflow or outflow BC (0 is the middle of the segment)*/
     867        index1=tria->GetNodeIndex(nodes[0]);
     868        index2=tria->GetNodeIndex(nodes[1]);
     869
     870        gauss=new GaussTria();
     871        gauss->GaussEdgeCenter(index1,index2);
     872        vxaverage_input->GetInputValue(&mean_vx,gauss);
     873        vyaverage_input->GetInputValue(&mean_vy,gauss);
     874        delete gauss;
     875
     876        UdotN=mean_vx*normal[0]+mean_vy*normal[1];
     877        if (UdotN>0){
     878                return NULL; /*(u,n)>0 -> outflow, PenaltyCreateKMatrix will take care of it*/
     879        }
     880        else{
     881                pe=new ElementVector(nodes,NUMNODES_BOUNDARY,this->parameters);
     882        }
     883
     884        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
     885        gauss=new GaussTria(index1,index2,2);
     886        for(ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     887
     888                gauss->GaussPoint(ig);
     889
     890                tria->GetSegmentNodalFunctions(&L[0],gauss,index1,index2,tria->FiniteElement());
     891
     892                vxaverage_input->GetInputValue(&vx,gauss);
     893                vyaverage_input->GetInputValue(&vy,gauss);
     894                spcthickness_input->GetInputValue(&thickness,gauss);
     895                if(xIsNan<IssmDouble>(thickness)) _error_("Cannot weakly apply constraint because NaN was provided");
     896
     897                UdotN=vx*normal[0]+vy*normal[1];
     898                tria->GetSegmentJacobianDeterminant(&Jdet,&xyz_list[0][0],gauss);
     899                DL= - gauss->weight*Jdet*dt*UdotN*thickness;
     900
     901                for(i=0;i<numdof;i++) pe->values[i] += DL*L[i];
     902        }
     903
     904        /*Clean up and return*/
     905        delete gauss;
     906        return pe;
     907}
     908/*}}}*/
     909ElementVector* Numericalflux::CreatePVectorMasstransportInternal(void){/*{{{*/
     910
     911        /*Nothing added to PVector*/
     912        return NULL;
     913
     914}
     915/*}}}*/
     916void           Numericalflux::GetNormal(IssmDouble* normal,IssmDouble xyz_list[4][3]){/*{{{*/
    917917
    918918        /*Build unit outward pointing vector*/

  • issm/trunk/src/c/classes/Loads/Numericalflux.h

    r18301 r19105  
    4040                /*}}}*/
    4141                /*Object virtual functions definitions:{{{ */
     42                Object *copy();
     43                void    DeepEcho();
    4244                void    Echo();
    43                 void    DeepEcho();
    4445                int     Id();
    4546                int     ObjectEnum();
    46                 Object *copy();
    4747                /*}}}*/
    4848                /*Update virtual functions resolution: {{{*/
    49                 void InputUpdateFromVector(IssmDouble* vector, int name, int type){/*Do nothing*/}
    50                 void InputUpdateFromMatrixDakota(IssmDouble* matrix, int nrows, int ncols, int name, int type){/*Do nothing*/}
    51                 void InputUpdateFromVectorDakota(IssmDouble* vector, int name, int type){/*Do nothing*/}
    5249                void InputUpdateFromConstant(IssmDouble constant, int name){/*Do nothing*/};
    5350                void InputUpdateFromConstant(int constant, int name){/*Do nothing*/};
    5451                void InputUpdateFromConstant(bool constant, int name){_error_("Not implemented yet!");}
    5552                void InputUpdateFromIoModel(int index, IoModel* iomodel){_error_("not implemented yet");};
     53                void InputUpdateFromMatrixDakota(IssmDouble* matrix, int nrows, int ncols, int name, int type){/*Do nothing*/}
     54                void InputUpdateFromVector(IssmDouble* vector, int name, int type){/*Do nothing*/}
     55                void InputUpdateFromVectorDakota(IssmDouble* vector, int name, int type){/*Do nothing*/}
    5656                /*}}}*/
    5757                /*Load virtual functions definitions: {{{*/
    5858                void Configure(Elements* elements,Loads* loads,Nodes* nodes,Vertices* vertices,Materials* materials,Parameters* parameters);
    59                 void SetCurrentConfiguration(Elements* elements,Loads* loads,Nodes* nodes,Vertices* vertices,Materials* materials,Parameters* parameters);
    60                 void ResetHooks();
     59                void CreateJacobianMatrix(Matrix<IssmDouble>* Jff){_error_("Not implemented yet");};
    6160                void CreateKMatrix(Matrix<IssmDouble>* Kff, Matrix<IssmDouble>* Kfs);
    6261                void CreatePVector(Vector<IssmDouble>* pf);
     62                void GetNodesLidList(int* lidlist);
    6363                void GetNodesSidList(int* sidlist);
    64                 void GetNodesLidList(int* lidlist);
    6564                int  GetNumberOfNodes(void);
    66                 void CreateJacobianMatrix(Matrix<IssmDouble>* Jff){_error_("Not implemented yet");};
     65                bool InAnalysis(int analysis_type);
    6766                bool IsPenalty(void);
    6867                void PenaltyCreateJacobianMatrix(Matrix<IssmDouble>* Jff,IssmDouble kmax){_error_("Not implemented yet");};
    6968                void PenaltyCreateKMatrix(Matrix<IssmDouble>* Kff, Matrix<IssmDouble>* kfs, IssmDouble kmax);
    7069                void PenaltyCreatePVector(Vector<IssmDouble>* pf, IssmDouble kmax);
     70                void ResetHooks();
    7171                void SetwiseNodeConnectivity(int* d_nz,int* o_nz,Node* node,bool* flags,int* flagsindices,int set1_enum,int set2_enum);
    72                 bool InAnalysis(int analysis_type);
     72                void SetCurrentConfiguration(Elements* elements,Loads* loads,Nodes* nodes,Vertices* vertices,Materials* materials,Parameters* parameters);
    7373                /*}}}*/
    7474                /*Numericalflux management:{{{*/
     75                ElementMatrix* CreateKMatrixAdjointBalancethickness(void);
     76                ElementMatrix* CreateKMatrixAdjointBalancethicknessBoundary(void);
     77                ElementMatrix* CreateKMatrixAdjointBalancethicknessInternal(void);
     78                ElementMatrix* CreateKMatrixBalancethickness(void);
     79                ElementMatrix* CreateKMatrixBalancethicknessBoundary(void);
     80                ElementMatrix* CreateKMatrixBalancethicknessInternal(void);
     81                ElementMatrix* CreateKMatrixMasstransport(void);
     82                ElementMatrix* CreateKMatrixMasstransportBoundary(void);
     83                ElementMatrix* CreateKMatrixMasstransportInternal(void);
     84                ElementVector* CreatePVectorAdjointBalancethickness(void);
     85                ElementVector* CreatePVectorBalancethickness(void);
     86                ElementVector* CreatePVectorBalancethicknessBoundary(void);
     87                ElementVector* CreatePVectorBalancethicknessInternal(void);
     88                ElementVector* CreatePVectorMasstransport(void);
     89                ElementVector* CreatePVectorMasstransportBoundary(void);
     90                ElementVector* CreatePVectorMasstransportInternal(void);
    7591                void           GetNormal(IssmDouble* normal,IssmDouble xyz_list[4][3]);
    76                 ElementMatrix* CreateKMatrixMasstransport(void);
    77                 ElementMatrix* CreateKMatrixMasstransportInternal(void);
    78                 ElementMatrix* CreateKMatrixMasstransportBoundary(void);
    79                 ElementMatrix* CreateKMatrixBalancethickness(void);
    80                 ElementMatrix* CreateKMatrixBalancethicknessInternal(void);
    81                 ElementMatrix* CreateKMatrixBalancethicknessBoundary(void);
    82                 ElementMatrix* CreateKMatrixAdjointBalancethickness(void);
    83                 ElementMatrix* CreateKMatrixAdjointBalancethicknessInternal(void);
    84                 ElementMatrix* CreateKMatrixAdjointBalancethicknessBoundary(void);
    85                 ElementVector* CreatePVectorMasstransport(void);
    86                 ElementVector* CreatePVectorMasstransportInternal(void);
    87                 ElementVector* CreatePVectorMasstransportBoundary(void);
    88                 ElementVector* CreatePVectorBalancethickness(void);
    89                 ElementVector* CreatePVectorBalancethicknessInternal(void);
    90                 ElementVector* CreatePVectorBalancethicknessBoundary(void);
    91                 ElementVector* CreatePVectorAdjointBalancethickness(void);
    9292                /*}}}*/
    9393

  • issm/trunk/src/c/classes/Loads/Pengrid.cpp

    r18301 r19105  
    8181
    8282/*Object virtual functions definitions:*/
    83 void Pengrid::Echo(void){/*{{{*/
    84         this->DeepEcho();
    85 }
    86 /*}}}*/
    87 void Pengrid::DeepEcho(void){/*{{{*/
     83Object* Pengrid::copy() {/*{{{*/
     84
     85        Pengrid* pengrid=NULL;
     86
     87        pengrid=new Pengrid();
     88
     89        /*copy fields: */
     90        pengrid->id=this->id;
     91        pengrid->analysis_type=this->analysis_type;
     92
     93        /*point parameters: */
     94        pengrid->parameters=this->parameters;
     95
     96        /*now deal with hooks and objects: */
     97        pengrid->hnode=(Hook*)this->hnode->copy();
     98        pengrid->hmatpar=(Hook*)this->hmatpar->copy();
     99        pengrid->helement=(Hook*)this->helement->copy();
     100
     101        /*corresponding fields*/
     102        pengrid->node  =(Node*)pengrid->hnode->delivers();
     103        pengrid->matpar =(Matpar*)pengrid->hmatpar->delivers();
     104        pengrid->element=(Element*)pengrid->helement->delivers();
     105
     106        //let's not forget internals
     107        pengrid->active=this->active=0;
     108        pengrid->zigzag_counter=this->zigzag_counter=0;
     109
     110        return pengrid;
     111
     112}
     113/*}}}*/
     114void    Pengrid::DeepEcho(void){/*{{{*/
    88115
    89116        _printf_("Pengrid:\n");
    … …  
    99126}
    100127/*}}}*/
    101 int    Pengrid::Id(void){ return id; }/*{{{*/
    102 /*}}}*/
    103 int Pengrid::ObjectEnum(void){/*{{{*/
     128void    Pengrid::Echo(void){/*{{{*/
     129        this->DeepEcho();
     130}
     131/*}}}*/
     132int     Pengrid::Id(void){ return id; }/*{{{*/
     133/*}}}*/
     134int     Pengrid::ObjectEnum(void){/*{{{*/
    104135
    105136        return PengridEnum;
    106 }
    107 /*}}}*/
    108 Object* Pengrid::copy() {/*{{{*/
    109 
    110         Pengrid* pengrid=NULL;
    111 
    112         pengrid=new Pengrid();
    113 
    114         /*copy fields: */
    115         pengrid->id=this->id;
    116         pengrid->analysis_type=this->analysis_type;
    117 
    118         /*point parameters: */
    119         pengrid->parameters=this->parameters;
    120 
    121         /*now deal with hooks and objects: */
    122         pengrid->hnode=(Hook*)this->hnode->copy();
    123         pengrid->hmatpar=(Hook*)this->hmatpar->copy();
    124         pengrid->helement=(Hook*)this->helement->copy();
    125 
    126         /*corresponding fields*/
    127         pengrid->node  =(Node*)pengrid->hnode->delivers();
    128         pengrid->matpar =(Matpar*)pengrid->hmatpar->delivers();
    129         pengrid->element=(Element*)pengrid->helement->delivers();
    130 
    131         //let's not forget internals
    132         pengrid->active=this->active=0;
    133         pengrid->zigzag_counter=this->zigzag_counter=0;
    134 
    135         return pengrid;
    136 
    137137}
    138138/*}}}*/
    … …  
    154154        /*point parameters to real dataset: */
    155155        this->parameters=parametersin;
    156 }
    157 /*}}}*/
    158 void  Pengrid::SetCurrentConfiguration(Elements* elementsin,Loads* loadsin,Nodes* nodesin,Vertices* verticesin,Materials* materialsin,Parameters* parametersin){/*{{{*/
    159 
    160 }
    161 /*}}}*/
    162 void  Pengrid::ResetHooks(){/*{{{*/
    163 
    164         this->node=NULL;
    165         this->element=NULL;
    166         this->matpar=NULL;
    167         this->parameters=NULL;
    168 
    169         /*Get Element type*/
    170         this->hnode->reset();
    171         this->helement->reset();
    172         this->hmatpar->reset();
    173 
    174156}
    175157/*}}}*/
    … …  
    203185}
    204186/*}}}*/
     187void  Pengrid::GetNodesLidList(int* lidlist){/*{{{*/
     188
     189        _assert_(lidlist);
     190        _assert_(node);
     191
     192        lidlist[0]=node->Lid();
     193}
     194/*}}}*/
    205195void  Pengrid::GetNodesSidList(int* sidlist){/*{{{*/
    206196
    … …  
    211201}
    212202/*}}}*/
    213 void  Pengrid::GetNodesLidList(int* lidlist){/*{{{*/
    214 
    215         _assert_(lidlist);
    216         _assert_(node);
    217 
    218         lidlist[0]=node->Lid();
    219 }
    220 /*}}}*/
    221203int   Pengrid::GetNumberOfNodes(void){/*{{{*/
    222204
    223205        return NUMVERTICES;
     206}
     207/*}}}*/
     208bool  Pengrid::InAnalysis(int in_analysis_type){/*{{{*/
     209        if (in_analysis_type==this->analysis_type)return true;
     210        else return false;
     211}
     212/*}}}*/
     213bool  Pengrid::IsPenalty(void){/*{{{*/
     214        return true;
    224215}
    225216/*}}}*/
    … …  
    282273}
    283274/*}}}*/
    284 bool  Pengrid::InAnalysis(int in_analysis_type){/*{{{*/
    285         if (in_analysis_type==this->analysis_type)return true;
    286         else return false;
    287 }
    288 /*}}}*/
    289 bool  Pengrid::IsPenalty(void){/*{{{*/
    290         return true;
     275void  Pengrid::ResetHooks(){/*{{{*/
     276
     277        this->node=NULL;
     278        this->element=NULL;
     279        this->matpar=NULL;
     280        this->parameters=NULL;
     281
     282        /*Get Element type*/
     283        this->hnode->reset();
     284        this->helement->reset();
     285        this->hmatpar->reset();
     286
     287}
     288/*}}}*/
     289void  Pengrid::SetCurrentConfiguration(Elements* elementsin,Loads* loadsin,Nodes* nodesin,Vertices* verticesin,Materials* materialsin,Parameters* parametersin){/*{{{*/
     290
    291291}
    292292/*}}}*/
    … …  
    343343
    344344/*Update virtual functions definitions:*/
    345 void  Pengrid::InputUpdateFromVector(IssmDouble* vector, int name, int type){/*{{{*/
    346         /*Nothing updated yet*/
    347 }
    348 /*}}}*/
    349 void  Pengrid::InputUpdateFromMatrixDakota(IssmDouble* matrix, int nrows, int ncols, int name, int type){/*{{{*/
    350         /*Nothing updated yet*/
    351 }
    352 /*}}}*/
    353 void  Pengrid::InputUpdateFromVectorDakota(IssmDouble* vector, int name, int type){/*{{{*/
    354         /*Nothing updated yet*/
    355 }
    356 /*}}}*/
    357345void  Pengrid::InputUpdateFromConstant(IssmDouble constant, int name){/*{{{*/
    358346        /*Nothing*/
    … …  
    374362}
    375363/*}}}*/
     364void  Pengrid::InputUpdateFromMatrixDakota(IssmDouble* matrix, int nrows, int ncols, int name, int type){/*{{{*/
     365        /*Nothing updated yet*/
     366}
     367/*}}}*/
     368void  Pengrid::InputUpdateFromVector(IssmDouble* vector, int name, int type){/*{{{*/
     369        /*Nothing updated yet*/
     370}
     371/*}}}*/
     372void  Pengrid::InputUpdateFromVectorDakota(IssmDouble* vector, int name, int type){/*{{{*/
     373        /*Nothing updated yet*/
     374}
     375/*}}}*/
    376376
    377377/*Pengrid management:*/
    378 void  Pengrid::ConstraintActivate(int* punstable){/*{{{*/
     378void           Pengrid::ConstraintActivate(int* punstable){/*{{{*/
    379379
    380380        int analysis_type;
    … …  
    404404}
    405405/*}}}*/
    406 void  Pengrid::ConstraintActivateThermal(int* punstable){/*{{{*/
    407 
    408         //   The penalty is stable if it doesn't change during to successive iterations.   
    409         IssmDouble pressure;
    410         IssmDouble temperature;
    411         IssmDouble t_pmp;
    412         int        new_active;
    413         int        unstable=0;
    414         int        penalty_lock;
    415 
    416         /*recover pointers: */
    417         Penta* penta=(Penta*)element;
    418 
    419         /*check that pengrid is not a clone (penalty to be added only once)*/
    420         if (node->IsClone()){
    421                 unstable=0;
    422                 *punstable=unstable;
    423                 return;
    424         }
    425 
    426         //First recover pressure and temperature values, using the element: */
    427         penta->GetInputValue(&pressure,node,PressureEnum);
    428         penta->GetInputValue(&temperature,node,TemperaturePicardEnum);
    429 
    430         //Recover our data:
    431         parameters->FindParam(&penalty_lock,ThermalPenaltyLockEnum);
    432 
    433         //Compute pressure melting point
    434         t_pmp=matpar->TMeltingPoint(pressure);
    435 
    436         //Figure out if temperature is over melting_point, in which case, this penalty needs to be activated.
    437 
    438         if (temperature>t_pmp){
    439                 new_active=1;
    440         }
    441         else{
    442                 new_active=0;
    443         }
    444 
    445         //Figure out stability of this penalty
    446         if (active==new_active){
    447                 unstable=0;
    448         }
    449         else{
    450                 unstable=1;
    451                 if(penalty_lock)zigzag_counter++;
    452         }
    453 
    454         /*If penalty keeps zigzagging more than 5 times: */
    455         if(penalty_lock){
    456                 if(zigzag_counter>penalty_lock){
    457                         unstable=0;
    458                         active=1;
    459                 }
    460         }
    461 
    462         //Set penalty flag
    463         active=new_active;
    464 
    465         //*Assign output pointers:*/
    466         *punstable=unstable;
    467 }
    468 /*}}}*/
    469 ElementMatrix* Pengrid::PenaltyCreateKMatrixMelting(IssmDouble kmax){/*{{{*/
    470 
    471         IssmDouble pressure,temperature,t_pmp;
    472         IssmDouble penalty_factor;
    473 
    474         Penta* penta=(Penta*)element;
    475 
    476         /*check that pengrid is not a clone (penalty to be added only once)*/
    477         if (node->IsClone()) return NULL;
    478         ElementMatrix* Ke=new ElementMatrix(&node,1,this->parameters);
    479 
    480         /*Retrieve all parameters*/
    481         penta->GetInputValue(&pressure,node,PressureEnum);
    482         penta->GetInputValue(&temperature,node,TemperatureEnum);
    483         parameters->FindParam(&penalty_factor,ThermalPenaltyFactorEnum);
    484 
    485         /*Compute pressure melting point*/
    486         t_pmp=matpar->GetMeltingPoint()-matpar->GetBeta()*pressure;
    487 
    488         /*Add penalty load*/
    489         if (temperature<t_pmp){ //If T<Tpmp, there must be no melting. Therefore, melting should be  constrained to 0 when T<Tpmp, instead of using spcs, use penalties
    490                 Ke->values[0]=kmax*pow(10.,penalty_factor);
    491         }
    492 
    493         /*Clean up and return*/
    494         return Ke;
    495 }
    496 /*}}}*/
    497 ElementMatrix* Pengrid::PenaltyCreateKMatrixThermal(IssmDouble kmax){/*{{{*/
    498 
    499         IssmDouble    penalty_factor;
    500 
    501         /*Initialize Element matrix and return if necessary*/
    502         if(!this->active) return NULL;
    503         ElementMatrix* Ke=new ElementMatrix(&node,NUMVERTICES,this->parameters);
    504 
    505         /*recover parameters: */
    506         parameters->FindParam(&penalty_factor,ThermalPenaltyFactorEnum);
    507 
    508         Ke->values[0]=kmax*pow(10.,penalty_factor);
    509 
    510         /*Clean up and return*/
    511         return Ke;
    512 }
    513 /*}}}*/
    514 ElementVector* Pengrid::PenaltyCreatePVectorMelting(IssmDouble kmax){/*{{{*/
    515 
    516         IssmDouble pressure;
    517         IssmDouble temperature;
    518         IssmDouble melting_offset;
    519         IssmDouble t_pmp;
    520         IssmDouble dt,penalty_factor;
    521 
    522         /*recover pointers: */
    523         Penta* penta=(Penta*)element;
    524 
    525         /*check that pengrid is not a clone (penalty to be added only once)*/
    526         if (node->IsClone()) return NULL;
    527         ElementVector* pe=new ElementVector(&node,NUMVERTICES,this->parameters);
    528 
    529         /*Retrieve all parameters*/
    530         penta->GetInputValue(&pressure,node,PressureEnum);
    531         penta->GetInputValue(&temperature,node,TemperatureEnum);
    532         parameters->FindParam(&melting_offset,MeltingOffsetEnum);
    533         parameters->FindParam(&dt,TimesteppingTimeStepEnum);
    534         parameters->FindParam(&penalty_factor,ThermalPenaltyFactorEnum);
    535 
    536         /*Compute pressure melting point*/
    537         t_pmp=matpar->GetMeltingPoint()-matpar->GetBeta()*pressure;
    538 
    539         /*Add penalty load
    540           This time, the penalty must have the same value as the one used for the thermal computation
    541           so that the corresponding melting can be computed correctly
    542           In the thermal computation, we used kmax=melting_offset, and the same penalty_factor*/
    543         if (temperature<t_pmp){ //%no melting
    544                 pe->values[0]=0;
    545         }
    546         else{
    547                 if (reCast<bool>(dt)) pe->values[0]=melting_offset*pow(10.,penalty_factor)*(temperature-t_pmp)/dt;
    548                 else    pe->values[0]=melting_offset*pow(10.,penalty_factor)*(temperature-t_pmp);
    549         }
    550 
    551         /*Clean up and return*/
    552         return pe;
    553 }
    554 /*}}}*/
    555 ElementVector* Pengrid::PenaltyCreatePVectorThermal(IssmDouble kmax){/*{{{*/
    556 
    557         IssmDouble pressure;
    558         IssmDouble t_pmp;
    559         IssmDouble penalty_factor;
    560 
    561         Penta* penta=(Penta*)element;
    562 
    563         /*Initialize Element matrix and return if necessary*/
    564         if(!this->active) return NULL;
    565         ElementVector* pe=new ElementVector(&node,1,this->parameters);
    566 
    567         /*Retrieve all parameters*/
    568         penta->GetInputValue(&pressure,node,PressureEnum);
    569         parameters->FindParam(&penalty_factor,ThermalPenaltyFactorEnum);
    570 
    571         /*Compute pressure melting point*/
    572         t_pmp=matpar->GetMeltingPoint()-matpar->GetBeta()*pressure;
    573 
    574         pe->values[0]=kmax*pow(10.,penalty_factor)*t_pmp;
    575 
    576         /*Clean up and return*/
    577         return pe;
    578 }
    579 /*}}}*/
    580 void  Pengrid::ConstraintActivateHydrologyDCInefficient(int* punstable){/*{{{*/
     406void           Pengrid::ConstraintActivateHydrologyDCInefficient(int* punstable){/*{{{*/
    581407
    582408        //   The penalty is stable if it doesn't change during two consecutive iterations.   
    … …  
    638464}
    639465/*}}}*/
     466void           Pengrid::ConstraintActivateThermal(int* punstable){/*{{{*/
     467
     468        //   The penalty is stable if it doesn't change during to successive iterations.   
     469        IssmDouble pressure;
     470        IssmDouble temperature;
     471        IssmDouble t_pmp;
     472        int        new_active;
     473        int        unstable=0;
     474        int        penalty_lock;
     475
     476        /*recover pointers: */
     477        Penta* penta=(Penta*)element;
     478
     479        /*check that pengrid is not a clone (penalty to be added only once)*/
     480        if (node->IsClone()){
     481                unstable=0;
     482                *punstable=unstable;
     483                return;
     484        }
     485
     486        //First recover pressure and temperature values, using the element: */
     487        penta->GetInputValue(&pressure,node,PressureEnum);
     488        penta->GetInputValue(&temperature,node,TemperaturePicardEnum);
     489
     490        //Recover our data:
     491        parameters->FindParam(&penalty_lock,ThermalPenaltyLockEnum);
     492
     493        //Compute pressure melting point
     494        t_pmp=matpar->TMeltingPoint(pressure);
     495
     496        //Figure out if temperature is over melting_point, in which case, this penalty needs to be activated.
     497
     498        if (temperature>t_pmp){
     499                new_active=1;
     500        }
     501        else{
     502                new_active=0;
     503        }
     504
     505        //Figure out stability of this penalty
     506        if (active==new_active){
     507                unstable=0;
     508        }
     509        else{
     510                unstable=1;
     511                if(penalty_lock)zigzag_counter++;
     512        }
     513
     514        /*If penalty keeps zigzagging more than 5 times: */
     515        if(penalty_lock){
     516                if(zigzag_counter>penalty_lock){
     517                        unstable=0;
     518                        active=1;
     519                }
     520        }
     521
     522        //Set penalty flag
     523        active=new_active;
     524
     525        //*Assign output pointers:*/
     526        *punstable=unstable;
     527}
     528/*}}}*/
     529ElementVector* Pengrid::CreatePVectorHydrologyDCInefficient(void){/*{{{*/
     530
     531        IssmDouble moulin_load,dt;
     532
     533        /*Initialize Element matrix*/
     534        ElementVector* pe=new ElementVector(&node,1,this->parameters);
     535
     536        this->element->GetInputValue(&moulin_load,node,HydrologydcBasalMoulinInputEnum);
     537        parameters->FindParam(&dt,TimesteppingTimeStepEnum);
     538
     539        if(dt!=0.0) pe->values[0]=moulin_load*dt;
     540
     541        /*Clean up and return*/
     542        return pe;
     543 }
     544/*}}}*/
    640545ElementMatrix* Pengrid::PenaltyCreateKMatrixHydrologyDCInefficient(IssmDouble kmax){/*{{{*/
    641546        IssmDouble    penalty_factor;
    … …  
    647552        if(!this->active) return NULL;
    648553        ElementMatrix* Ke=new ElementMatrix(&node,NUMVERTICES,this->parameters);
     554
     555        Ke->values[0]=kmax*pow(10.,penalty_factor);
     556
     557        /*Clean up and return*/
     558        return Ke;
     559}
     560/*}}}*/
     561ElementMatrix* Pengrid::PenaltyCreateKMatrixMelting(IssmDouble kmax){/*{{{*/
     562
     563        IssmDouble pressure,temperature,t_pmp;
     564        IssmDouble penalty_factor;
     565
     566        Penta* penta=(Penta*)element;
     567
     568        /*check that pengrid is not a clone (penalty to be added only once)*/
     569        if (node->IsClone()) return NULL;
     570        ElementMatrix* Ke=new ElementMatrix(&node,1,this->parameters);
     571
     572        /*Retrieve all parameters*/
     573        penta->GetInputValue(&pressure,node,PressureEnum);
     574        penta->GetInputValue(&temperature,node,TemperatureEnum);
     575        parameters->FindParam(&penalty_factor,ThermalPenaltyFactorEnum);
     576
     577        /*Compute pressure melting point*/
     578        t_pmp=matpar->GetMaterialParameter(MaterialsMeltingpointEnum)-matpar->GetMaterialParameter(MaterialsBetaEnum)*pressure;
     579
     580        /*Add penalty load*/
     581        if (temperature<t_pmp){ //If T<Tpmp, there must be no melting. Therefore, melting should be  constrained to 0 when T<Tpmp, instead of using spcs, use penalties
     582                Ke->values[0]=kmax*pow(10.,penalty_factor);
     583        }
     584
     585        /*Clean up and return*/
     586        return Ke;
     587}
     588/*}}}*/
     589ElementMatrix* Pengrid::PenaltyCreateKMatrixThermal(IssmDouble kmax){/*{{{*/
     590
     591        IssmDouble    penalty_factor;
     592
     593        /*Initialize Element matrix and return if necessary*/
     594        if(!this->active) return NULL;
     595        ElementMatrix* Ke=new ElementMatrix(&node,NUMVERTICES,this->parameters);
     596
     597        /*recover parameters: */
     598        parameters->FindParam(&penalty_factor,ThermalPenaltyFactorEnum);
    649599
    650600        Ke->values[0]=kmax*pow(10.,penalty_factor);
    … …  
    678628}
    679629/*}}}*/
    680 ElementVector* Pengrid::CreatePVectorHydrologyDCInefficient(void){/*{{{*/
    681 
    682         IssmDouble moulin_load,dt;
    683 
    684         /*Initialize Element matrix*/
    685         ElementVector* pe=new ElementVector(&node,1,this->parameters);
    686 
    687         this->element->GetInputValue(&moulin_load,node,HydrologydcBasalMoulinInputEnum);
     630ElementVector* Pengrid::PenaltyCreatePVectorMelting(IssmDouble kmax){/*{{{*/
     631
     632        IssmDouble pressure;
     633        IssmDouble temperature;
     634        IssmDouble melting_offset;
     635        IssmDouble t_pmp;
     636        IssmDouble dt,penalty_factor;
     637
     638        /*recover pointers: */
     639        Penta* penta=(Penta*)element;
     640
     641        /*check that pengrid is not a clone (penalty to be added only once)*/
     642        if (node->IsClone()) return NULL;
     643        ElementVector* pe=new ElementVector(&node,NUMVERTICES,this->parameters);
     644
     645        /*Retrieve all parameters*/
     646        penta->GetInputValue(&pressure,node,PressureEnum);
     647        penta->GetInputValue(&temperature,node,TemperatureEnum);
     648        parameters->FindParam(&melting_offset,MeltingOffsetEnum);
    688649        parameters->FindParam(&dt,TimesteppingTimeStepEnum);
    689 
    690         if(dt!=0.0) pe->values[0]=moulin_load*dt;
     650        parameters->FindParam(&penalty_factor,ThermalPenaltyFactorEnum);
     651
     652        /*Compute pressure melting point*/
     653        t_pmp=matpar->GetMaterialParameter(MaterialsMeltingpointEnum)-matpar->GetMaterialParameter(MaterialsBetaEnum)*pressure;
     654
     655        /*Add penalty load
     656          This time, the penalty must have the same value as the one used for the thermal computation
     657          so that the corresponding melting can be computed correctly
     658          In the thermal computation, we used kmax=melting_offset, and the same penalty_factor*/
     659        if (temperature<t_pmp){ //%no melting
     660                pe->values[0]=0;
     661        }
     662        else{
     663                if (reCast<bool>(dt)) pe->values[0]=melting_offset*pow(10.,penalty_factor)*(temperature-t_pmp)/dt;
     664                else    pe->values[0]=melting_offset*pow(10.,penalty_factor)*(temperature-t_pmp);
     665        }
    691666
    692667        /*Clean up and return*/
    693668        return pe;
    694  }
    695 /*}}}*/
    696 void  Pengrid::ResetConstraint(void){/*{{{*/
     669}
     670/*}}}*/
     671ElementVector* Pengrid::PenaltyCreatePVectorThermal(IssmDouble kmax){/*{{{*/
     672
     673        IssmDouble pressure;
     674        IssmDouble t_pmp;
     675        IssmDouble penalty_factor;
     676
     677        Penta* penta=(Penta*)element;
     678
     679        /*Initialize Element matrix and return if necessary*/
     680        if(!this->active) return NULL;
     681        ElementVector* pe=new ElementVector(&node,1,this->parameters);
     682
     683        /*Retrieve all parameters*/
     684        penta->GetInputValue(&pressure,node,PressureEnum);
     685        parameters->FindParam(&penalty_factor,ThermalPenaltyFactorEnum);
     686
     687        /*Compute pressure melting point*/
     688        t_pmp=matpar->GetMaterialParameter(MaterialsMeltingpointEnum)-matpar->GetMaterialParameter(MaterialsBetaEnum)*pressure;
     689
     690        pe->values[0]=kmax*pow(10.,penalty_factor)*t_pmp;
     691
     692        /*Clean up and return*/
     693        return pe;
     694}
     695/*}}}*/
     696void           Pengrid::ResetConstraint(void){/*{{{*/
    697697        active         = 0;
    698698        zigzag_counter = 0;

  • issm/trunk/src/c/classes/Loads/Penpair.cpp

    r18301 r19105  
    4545
    4646/*Object virtual functions definitions:*/
    47 void Penpair::Echo(void){/*{{{*/
     47Object* Penpair::copy() {/*{{{*/
     48
     49        Penpair* penpair=NULL;
     50
     51        penpair=new Penpair();
     52
     53        /*copy fields: */
     54        penpair->id=this->id;
     55        penpair->analysis_type=this->analysis_type;
     56
     57        /*now deal with hooks and objects: */
     58        penpair->hnodes=(Hook*)this->hnodes->copy();
     59        penpair->nodes =(Node**)penpair->hnodes->deliverp();
     60
     61        /*point parameters: */
     62        penpair->parameters=this->parameters;
     63
     64        return penpair;
     65
     66}
     67/*}}}*/
     68void    Penpair::DeepEcho(void){/*{{{*/
     69
     70        _printf_("Penpair:\n");
     71        _printf_("   id: " << id << "\n");
     72        _printf_("   analysis_type: " << EnumToStringx(analysis_type) << "\n");
     73        hnodes->DeepEcho();
     74
     75        return;
     76}               
     77/*}}}*/
     78void    Penpair::Echo(void){/*{{{*/
    4879
    4980        _printf_("Penpair:\n");
    … …  
    5586}
    5687/*}}}*/
    57 void Penpair::DeepEcho(void){/*{{{*/
    58 
    59         _printf_("Penpair:\n");
    60         _printf_("   id: " << id << "\n");
    61         _printf_("   analysis_type: " << EnumToStringx(analysis_type) << "\n");
    62         hnodes->DeepEcho();
    63 
    64         return;
    65 }               
    66 /*}}}*/
    67 int  Penpair::Id(void){ return id; }/*{{{*/
    68 /*}}}*/
    69 int  Penpair::ObjectEnum(void){/*{{{*/
     88int     Penpair::Id(void){ return id; }/*{{{*/
     89/*}}}*/
     90int     Penpair::ObjectEnum(void){/*{{{*/
    7091
    7192        return PenpairEnum;
    72 }
    73 /*}}}*/
    74 Object* Penpair::copy() {/*{{{*/
    75 
    76         Penpair* penpair=NULL;
    77 
    78         penpair=new Penpair();
    79 
    80         /*copy fields: */
    81         penpair->id=this->id;
    82         penpair->analysis_type=this->analysis_type;
    83 
    84         /*now deal with hooks and objects: */
    85         penpair->hnodes=(Hook*)this->hnodes->copy();
    86         penpair->nodes =(Node**)penpair->hnodes->deliverp();
    87 
    88         /*point parameters: */
    89         penpair->parameters=this->parameters;
    90 
    91         return penpair;
    92 
    9393}
    9494/*}}}*/
    … …  
    109109}
    110110/*}}}*/
    111 void  Penpair::SetCurrentConfiguration(Elements* elementsin,Loads* loadsin,Nodes* nodesin,Vertices* verticesin,Materials* materialsin,Parameters* parametersin){/*{{{*/
    112 
    113 }
    114 /*}}}*/
    115 void  Penpair::ResetHooks(){/*{{{*/
    116 
    117         this->nodes=NULL;
    118         this->parameters=NULL;
    119 
    120         /*Get Element type*/
    121         this->hnodes->reset();
    122 
     111void  Penpair::CreateJacobianMatrix(Matrix<IssmDouble>* Jff){/*{{{*/
     112        this->CreateKMatrix(Jff,NULL);
    123113}
    124114/*}}}*/
    … …  
    137127}
    138128/*}}}*/
    139 void  Penpair::CreateJacobianMatrix(Matrix<IssmDouble>* Jff){/*{{{*/
    140         this->CreateKMatrix(Jff,NULL);
    141 }
    142 /*}}}*/
    143129void  Penpair::GetNodesSidList(int* sidlist){/*{{{*/
    144130
    … …  
    162148}
    163149/*}}}*/
     150bool  Penpair::InAnalysis(int in_analysis_type){/*{{{*/
     151        if (in_analysis_type==this->analysis_type)return true;
     152        else return false;
     153}
     154/*}}}*/
    164155bool  Penpair::IsPenalty(void){/*{{{*/
    165156        return true;
     157}
     158/*}}}*/
     159void  Penpair::PenaltyCreateJacobianMatrix(Matrix<IssmDouble>* Jff,IssmDouble kmax){/*{{{*/
     160        this->PenaltyCreateKMatrix(Jff,NULL,kmax);
    166161}
    167162/*}}}*/
    … …  
    196191}
    197192/*}}}*/
    198 void  Penpair::PenaltyCreateJacobianMatrix(Matrix<IssmDouble>* Jff,IssmDouble kmax){/*{{{*/
    199         this->PenaltyCreateKMatrix(Jff,NULL,kmax);
    200 }
    201 /*}}}*/
    202 bool  Penpair::InAnalysis(int in_analysis_type){/*{{{*/
    203         if (in_analysis_type==this->analysis_type)return true;
    204         else return false;
     193void  Penpair::ResetHooks(){/*{{{*/
     194
     195        this->nodes=NULL;
     196        this->parameters=NULL;
     197
     198        /*Get Element type*/
     199        this->hnodes->reset();
     200
     201}
     202/*}}}*/
     203void  Penpair::SetCurrentConfiguration(Elements* elementsin,Loads* loadsin,Nodes* nodesin,Vertices* verticesin,Materials* materialsin,Parameters* parametersin){/*{{{*/
     204
    205205}
    206206/*}}}*/
    … …  
    279279
    280280/*Penpair management:*/
     281ElementMatrix* Penpair::PenaltyCreateKMatrixMasstransport(IssmDouble kmax){/*{{{*/
     282
     283        const int numdof=NUMVERTICES*NDOF1;
     284        IssmDouble penalty_factor;
     285
     286        /*Initialize Element vector and return if necessary*/
     287        ElementMatrix* Ke=new ElementMatrix(nodes,NUMVERTICES,this->parameters);
     288
     289        /*recover parameters: */
     290        parameters->FindParam(&penalty_factor,MasstransportPenaltyFactorEnum);
     291
     292        //Create elementary matrix: add penalty to
     293        Ke->values[0*numdof+0]=+kmax*pow(10.,penalty_factor);
     294        Ke->values[0*numdof+1]=-kmax*pow(10.,penalty_factor);
     295        Ke->values[1*numdof+0]=-kmax*pow(10.,penalty_factor);
     296        Ke->values[1*numdof+1]=+kmax*pow(10.,penalty_factor);
     297
     298        /*Clean up and return*/
     299        return Ke;
     300}
     301/*}}}*/
     302ElementMatrix* Penpair::PenaltyCreateKMatrixStressbalanceFS(IssmDouble kmax){/*{{{*/
     303
     304        const int  numdof=NUMVERTICES*NDOF3;
     305        IssmDouble penalty_offset;
     306
     307        /*Initialize Element vector and return if necessary*/
     308        ElementMatrix* Ke=new ElementMatrix(nodes,NUMVERTICES,this->parameters);
     309
     310        /*recover parameters: */
     311        parameters->FindParam(&penalty_offset,StressbalancePenaltyFactorEnum);
     312
     313        //Create elementary matrix: add penalty to
     314        Ke->values[0*numdof+0]=+kmax*pow(10.,penalty_offset);
     315        Ke->values[0*numdof+3]=-kmax*pow(10.,penalty_offset);
     316        Ke->values[3*numdof+0]=-kmax*pow(10.,penalty_offset);
     317        Ke->values[3*numdof+3]=+kmax*pow(10.,penalty_offset);
     318
     319        Ke->values[1*numdof+1]=+kmax*pow(10.,penalty_offset);
     320        Ke->values[1*numdof+4]=-kmax*pow(10.,penalty_offset);
     321        Ke->values[4*numdof+1]=-kmax*pow(10.,penalty_offset);
     322        Ke->values[4*numdof+4]=+kmax*pow(10.,penalty_offset);
     323
     324        Ke->values[2*numdof+2]=+kmax*pow(10.,penalty_offset);
     325        Ke->values[2*numdof+5]=-kmax*pow(10.,penalty_offset);
     326        Ke->values[5*numdof+2]=-kmax*pow(10.,penalty_offset);
     327        Ke->values[5*numdof+5]=+kmax*pow(10.,penalty_offset);
     328
     329        /*Clean up and return*/
     330        return Ke;
     331}
     332/*}}}*/
    281333ElementMatrix* Penpair::PenaltyCreateKMatrixStressbalanceHoriz(IssmDouble kmax){/*{{{*/
    282334
    … …  
    338390}
    339391/*}}}*/
    340 ElementMatrix* Penpair::PenaltyCreateKMatrixStressbalanceFS(IssmDouble kmax){/*{{{*/
    341 
    342         const int  numdof=NUMVERTICES*NDOF3;
    343         IssmDouble penalty_offset;
    344 
    345         /*Initialize Element vector and return if necessary*/
    346         ElementMatrix* Ke=new ElementMatrix(nodes,NUMVERTICES,this->parameters);
    347 
    348         /*recover parameters: */
    349         parameters->FindParam(&penalty_offset,StressbalancePenaltyFactorEnum);
    350 
    351         //Create elementary matrix: add penalty to
    352         Ke->values[0*numdof+0]=+kmax*pow(10.,penalty_offset);
    353         Ke->values[0*numdof+3]=-kmax*pow(10.,penalty_offset);
    354         Ke->values[3*numdof+0]=-kmax*pow(10.,penalty_offset);
    355         Ke->values[3*numdof+3]=+kmax*pow(10.,penalty_offset);
    356 
    357         Ke->values[1*numdof+1]=+kmax*pow(10.,penalty_offset);
    358         Ke->values[1*numdof+4]=-kmax*pow(10.,penalty_offset);
    359         Ke->values[4*numdof+1]=-kmax*pow(10.,penalty_offset);
    360         Ke->values[4*numdof+4]=+kmax*pow(10.,penalty_offset);
    361 
    362         Ke->values[2*numdof+2]=+kmax*pow(10.,penalty_offset);
    363         Ke->values[2*numdof+5]=-kmax*pow(10.,penalty_offset);
    364         Ke->values[5*numdof+2]=-kmax*pow(10.,penalty_offset);
    365         Ke->values[5*numdof+5]=+kmax*pow(10.,penalty_offset);
    366 
    367         /*Clean up and return*/
    368         return Ke;
    369 }
    370 /*}}}*/
    371 ElementMatrix* Penpair::PenaltyCreateKMatrixMasstransport(IssmDouble kmax){/*{{{*/
    372 
    373         const int numdof=NUMVERTICES*NDOF1;
    374         IssmDouble penalty_factor;
    375 
    376         /*Initialize Element vector and return if necessary*/
    377         ElementMatrix* Ke=new ElementMatrix(nodes,NUMVERTICES,this->parameters);
    378 
    379         /*recover parameters: */
    380         parameters->FindParam(&penalty_factor,MasstransportPenaltyFactorEnum);
    381 
    382         //Create elementary matrix: add penalty to
    383         Ke->values[0*numdof+0]=+kmax*pow(10.,penalty_factor);
    384         Ke->values[0*numdof+1]=-kmax*pow(10.,penalty_factor);
    385         Ke->values[1*numdof+0]=-kmax*pow(10.,penalty_factor);
    386         Ke->values[1*numdof+1]=+kmax*pow(10.,penalty_factor);
    387 
    388         /*Clean up and return*/
    389         return Ke;
    390 }
    391 /*}}}*/

  • issm/trunk/src/c/classes/Loads/Penpair.h

    r18301 r19105  
    3131                /*}}}*/
    3232                /*Object virtual functions definitions:{{{ */
    33                 void  Echo();
    34                 void  DeepEcho();
    35                 int   Id();
    36                 int   ObjectEnum();
    3733                Object* copy();
     34                void     DeepEcho();
     35                void     Echo();
     36                int      Id();
     37                int      ObjectEnum();
    3838                /*}}}*/
    3939                /*Update virtual functions resolution: {{{*/
    40                 void  InputUpdateFromVector(IssmDouble* vector, int name, int type);
    41                 void  InputUpdateFromMatrixDakota(IssmDouble* matrix, int nrow, int ncols,int name, int type){_error_("Not implemented yet!");}
    42                 void  InputUpdateFromVectorDakota(IssmDouble* vector, int name, int type){_error_("Not implemented yet!");}
    4340                void  InputUpdateFromConstant(IssmDouble constant, int name);
    4441                void  InputUpdateFromConstant(int constant, int name);
    4542                void  InputUpdateFromConstant(bool constant, int name);
    4643                void  InputUpdateFromIoModel(int index, IoModel* iomodel){_error_("not implemented yet");};
     44                void  InputUpdateFromMatrixDakota(IssmDouble* matrix, int nrow, int ncols,int name, int type){_error_("Not implemented yet!");}
     45                void  InputUpdateFromVector(IssmDouble* vector, int name, int type);
     46                void  InputUpdateFromVectorDakota(IssmDouble* vector, int name, int type){_error_("Not implemented yet!");}
    4747                /*}}}*/
    4848                        /*Load virtual functions definitions: {{{*/
    4949                void  Configure(Elements* elements,Loads* loads,Nodes* nodes,Vertices* vertices,Materials* materials,Parameters* parameters);
     50                void  CreateJacobianMatrix(Matrix<IssmDouble>* Jff);
     51                void  CreateKMatrix(Matrix<IssmDouble>* Kff, Matrix<IssmDouble>* Kfs);
     52                void  CreatePVector(Vector<IssmDouble>* pf);
     53                void  GetNodesLidList(int* lidlist);
     54                void  GetNodesSidList(int* sidlist);
     55                int   GetNumberOfNodes(void);
     56                bool  InAnalysis(int analysis_type);
     57                bool  IsPenalty(void);
     58                void  PenaltyCreateJacobianMatrix(Matrix<IssmDouble>* Jff,IssmDouble kmax);
     59                void  PenaltyCreateKMatrix(Matrix<IssmDouble>* Kff,Matrix<IssmDouble>* Kfs,IssmDouble kmax);
     60                void  PenaltyCreatePVector(Vector<IssmDouble>* pf, IssmDouble kmax);
    5061                void  ResetHooks();
    5162                void  SetCurrentConfiguration(Elements* elements,Loads* loads,Nodes* nodes,Vertices* vertices,Materials* materials,Parameters* parameters);
    52                 void  CreateKMatrix(Matrix<IssmDouble>* Kff, Matrix<IssmDouble>* Kfs);
    53                 void  CreatePVector(Vector<IssmDouble>* pf);
    54                 void  CreateJacobianMatrix(Matrix<IssmDouble>* Jff);
    55                 void  GetNodesSidList(int* sidlist);
    56                 void  GetNodesLidList(int* lidlist);
    57                 int   GetNumberOfNodes(void);
    58                 bool  IsPenalty(void);
    59                 void  PenaltyCreateKMatrix(Matrix<IssmDouble>* Kff,Matrix<IssmDouble>* Kfs,IssmDouble kmax);
    60                 void  PenaltyCreatePVector(Vector<IssmDouble>* pf, IssmDouble kmax);
    61                 void  PenaltyCreateJacobianMatrix(Matrix<IssmDouble>* Jff,IssmDouble kmax);
    6263                void  SetwiseNodeConnectivity(int* d_nz,int* o_nz,Node* node,bool* flags,int* flagsindices,int set1_enum,int set2_enum);
    63                 bool  InAnalysis(int analysis_type);
    6464                /*}}}*/
    6565                        /*Penpair management: {{{*/
     66                ElementMatrix* PenaltyCreateKMatrixMasstransport(IssmDouble kmax);
     67                ElementMatrix* PenaltyCreateKMatrixStressbalanceFS(IssmDouble kmax);
    6668                ElementMatrix* PenaltyCreateKMatrixStressbalanceHoriz(IssmDouble kmax);
    6769                ElementMatrix* PenaltyCreateKMatrixStressbalanceSSAHO(IssmDouble kmax);
    68                 ElementMatrix* PenaltyCreateKMatrixStressbalanceFS(IssmDouble kmax);
    69                 ElementMatrix* PenaltyCreateKMatrixMasstransport(IssmDouble kmax);
    7070                /*}}}*/
    7171};

  • issm/trunk/src/c/classes/Loads/Riftfront.cpp

    r18301 r19105  
    108108
    109109/*Object virtual functions definitions:*/
    110 void Riftfront::Echo(void){/*{{{*/
     110Object* Riftfront::copy() {/*{{{*/
     111
     112        Riftfront* riftfront=NULL;
     113
     114        riftfront=new Riftfront();
     115
     116        /*copy fields: */
     117        riftfront->id=this->id;
     118        riftfront->analysis_type=this->analysis_type;
     119        riftfront->type=this->type;
     120        riftfront->fill=this->fill;
     121        riftfront->friction=this->friction;
     122        riftfront->fractionincrement=this->fractionincrement;
     123        riftfront->shelf=this->shelf;
     124
     125        /*point parameters: */
     126        riftfront->parameters=this->parameters;
     127
     128        /*now deal with hooks and objects: */
     129        riftfront->hnodes=(Hook*)this->hnodes->copy();
     130        riftfront->helements=(Hook*)this->helements->copy();
     131        riftfront->hmatpar=(Hook*)this->hmatpar->copy();
     132
     133        /*corresponding fields*/
     134        riftfront->nodes   =(Node**)riftfront->hnodes->deliverp();
     135        riftfront->elements=(Element**)riftfront->helements->deliverp();
     136        riftfront->matpar  =(Matpar*)riftfront->hmatpar->delivers();
     137
     138        /*internal data: */
     139        riftfront->penalty_lock=this->penalty_lock;
     140        riftfront->active=this->active;
     141        riftfront->frozen=this->frozen;
     142        riftfront->state=this->state;
     143        riftfront->counter=this->counter;
     144        riftfront->prestable=this->prestable;
     145        riftfront->material_converged=this->material_converged;
     146        riftfront->normal[0]=this->normal[0];
     147        riftfront->normal[1]=this->normal[1];
     148        riftfront->length=this->length;
     149        riftfront->fraction=this->fraction;
     150
     151        return riftfront;
     152
     153}
     154/*}}}*/
     155void    Riftfront::DeepEcho(void){/*{{{*/
     156
     157        _printf_("Riftfront:\n");
     158        _printf_("   id: " << id << "\n");
     159        _printf_("   analysis_type: " << EnumToStringx(analysis_type) << "\n");
     160        hnodes->DeepEcho();
     161        helements->DeepEcho();
     162        hmatpar->DeepEcho();
     163        _printf_("   parameters\n");
     164        if(parameters)parameters->DeepEcho();
     165}
     166/*}}}*/
     167void    Riftfront::Echo(void){/*{{{*/
    111168
    112169        _printf_("Riftfront:\n");
    … …  
    134191}
    135192/*}}}*/
    136 void Riftfront::DeepEcho(void){/*{{{*/
    137 
    138         _printf_("Riftfront:\n");
    139         _printf_("   id: " << id << "\n");
    140         _printf_("   analysis_type: " << EnumToStringx(analysis_type) << "\n");
    141         hnodes->DeepEcho();
    142         helements->DeepEcho();
    143         hmatpar->DeepEcho();
    144         _printf_("   parameters\n");
    145         if(parameters)parameters->DeepEcho();
    146 }
    147 /*}}}*/
    148 int    Riftfront::Id(void){ return id; }/*{{{*/
    149 /*}}}*/
    150 int Riftfront::ObjectEnum(void){/*{{{*/
     193int     Riftfront::Id(void){ return id; }/*{{{*/
     194/*}}}*/
     195int     Riftfront::ObjectEnum(void){/*{{{*/
    151196
    152197        return RiftfrontEnum;
    153 
    154 }
    155 /*}}}*/
    156 Object* Riftfront::copy() {/*{{{*/
    157 
    158         Riftfront* riftfront=NULL;
    159 
    160         riftfront=new Riftfront();
    161 
    162         /*copy fields: */
    163         riftfront->id=this->id;
    164         riftfront->analysis_type=this->analysis_type;
    165         riftfront->type=this->type;
    166         riftfront->fill=this->fill;
    167         riftfront->friction=this->friction;
    168         riftfront->fractionincrement=this->fractionincrement;
    169         riftfront->shelf=this->shelf;
    170 
    171         /*point parameters: */
    172         riftfront->parameters=this->parameters;
    173 
    174         /*now deal with hooks and objects: */
    175         riftfront->hnodes=(Hook*)this->hnodes->copy();
    176         riftfront->helements=(Hook*)this->helements->copy();
    177         riftfront->hmatpar=(Hook*)this->hmatpar->copy();
    178 
    179         /*corresponding fields*/
    180         riftfront->nodes   =(Node**)riftfront->hnodes->deliverp();
    181         riftfront->elements=(Element**)riftfront->helements->deliverp();
    182         riftfront->matpar  =(Matpar*)riftfront->hmatpar->delivers();
    183 
    184         /*internal data: */
    185         riftfront->penalty_lock=this->penalty_lock;
    186         riftfront->active=this->active;
    187         riftfront->frozen=this->frozen;
    188         riftfront->state=this->state;
    189         riftfront->counter=this->counter;
    190         riftfront->prestable=this->prestable;
    191         riftfront->material_converged=this->material_converged;
    192         riftfront->normal[0]=this->normal[0];
    193         riftfront->normal[1]=this->normal[1];
    194         riftfront->length=this->length;
    195         riftfront->fraction=this->fraction;
    196 
    197         return riftfront;
    198198
    199199}
    … …  
    234234}
    235235/*}}}*/
    236 void  Riftfront::ResetHooks(){/*{{{*/
    237 
    238         this->nodes=NULL;
    239         this->elements=NULL;
    240         this->matpar=NULL;
    241         this->parameters=NULL;
    242 
    243         /*Get Element type*/
    244         this->hnodes->reset();
    245         this->helements->reset();
    246         this->hmatpar->reset();
    247 
     236void  Riftfront::CreateKMatrix(Matrix<IssmDouble>* Kff, Matrix<IssmDouble>* Kfs){/*{{{*/
     237        /*do nothing: */
     238        return;
     239}
     240/*}}}*/
     241void  Riftfront::CreatePVector(Vector<IssmDouble>* pf){/*{{{*/
     242        /*do nothing: */
     243        return;
     244}
     245/*}}}*/
     246void  Riftfront::GetNodesLidList(int* lidlist){/*{{{*/
     247
     248        _assert_(lidlist);
     249        _assert_(nodes);
     250
     251        for(int i=0;i<NUMVERTICES;i++) lidlist[i]=nodes[i]->Lid();
     252}
     253/*}}}*/
     254void  Riftfront::GetNodesSidList(int* sidlist){/*{{{*/
     255
     256        _assert_(sidlist);
     257        _assert_(nodes);
     258
     259        for(int i=0;i<NUMVERTICES;i++) sidlist[i]=nodes[i]->Sid();
     260}
     261/*}}}*/
     262int   Riftfront::GetNumberOfNodes(void){/*{{{*/
     263
     264        return NUMVERTICES;
     265}
     266/*}}}*/
     267bool  Riftfront::InAnalysis(int in_analysis_type){/*{{{*/
     268        if (in_analysis_type==this->analysis_type) return true;
     269        else return false;
    248270}
    249271/*}}}*/
    250272bool  Riftfront::IsPenalty(void){/*{{{*/
    251273        return true;
    252 }
    253 /*}}}*/
    254 void  Riftfront::SetCurrentConfiguration(Elements* elementsin,Loads* loadsin,Nodes* nodesin,Vertices* verticesin,Materials* materialsin,Parameters* parametersin){/*{{{*/
    255 
    256274}
    257275/*}}}*/
    … …  
    306324}
    307325/*}}}*/
    308 void  Riftfront::CreateKMatrix(Matrix<IssmDouble>* Kff, Matrix<IssmDouble>* Kfs){/*{{{*/
    309         /*do nothing: */
    310         return;
    311 }
    312 /*}}}*/
    313 void  Riftfront::CreatePVector(Vector<IssmDouble>* pf){/*{{{*/
    314         /*do nothing: */
    315         return;
    316 }
    317 /*}}}*/
    318 void  Riftfront::GetNodesSidList(int* sidlist){/*{{{*/
    319 
    320         _assert_(sidlist);
    321         _assert_(nodes);
    322 
    323         for(int i=0;i<NUMVERTICES;i++) sidlist[i]=nodes[i]->Sid();
    324 }
    325 /*}}}*/
    326 void  Riftfront::GetNodesLidList(int* lidlist){/*{{{*/
    327 
    328         _assert_(lidlist);
    329         _assert_(nodes);
    330 
    331         for(int i=0;i<NUMVERTICES;i++) lidlist[i]=nodes[i]->Lid();
    332 }
    333 /*}}}*/
    334 int   Riftfront::GetNumberOfNodes(void){/*{{{*/
    335 
    336         return NUMVERTICES;
    337 }
    338 /*}}}*/
    339 bool  Riftfront::InAnalysis(int in_analysis_type){/*{{{*/
    340         if (in_analysis_type==this->analysis_type) return true;
    341         else return false;
     326void  Riftfront::ResetHooks(){/*{{{*/
     327
     328        this->nodes=NULL;
     329        this->elements=NULL;
     330        this->matpar=NULL;
     331        this->parameters=NULL;
     332
     333        /*Get Element type*/
     334        this->hnodes->reset();
     335        this->helements->reset();
     336        this->hmatpar->reset();
     337
     338}
     339/*}}}*/
     340void  Riftfront::SetCurrentConfiguration(Elements* elementsin,Loads* loadsin,Nodes* nodesin,Vertices* verticesin,Materials* materialsin,Parameters* parametersin){/*{{{*/
     341
    342342}
    343343/*}}}*/
    … …  
    505505
    506506        /*Get some inputs: */
    507         rho_ice=matpar->GetRhoIce();
    508         rho_water=matpar->GetRhoWater();
    509         gravity=matpar->GetG();
     507        rho_ice=matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
     508        rho_water=matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoSeawaterEnum);
     509        gravity=matpar->GetMaterialParameter(ConstantsGEnum);
    510510        tria1->GetInputValue(&h[0],nodes[0],ThicknessEnum);
    511511        tria2->GetInputValue(&h[1],nodes[1],ThicknessEnum);

  • issm/trunk/src/c/classes/Loads/Riftfront.h

    r18301 r19105  
    5757                /*}}}*/
    5858                /*Object virtual functions definitions:{{{ */
    59                 void  Echo();
    60                 void  DeepEcho();
    61                 int   Id();
    62                 int   ObjectEnum();
    63                 Object* copy();
     59                Object*  copy();
     60                void     DeepEcho();
     61                void     Echo();
     62                int      Id();
     63                int      ObjectEnum();
    6464                /*}}}*/
    6565                /*Update virtual functions resolution: {{{*/
    66                 void    InputUpdateFromVector(IssmDouble* vector, int name, int type);
    67                 void    InputUpdateFromMatrixDakota(IssmDouble* matrix, int nrows,int ncols, int name, int type){_error_("Not implemented yet!");}
    68                 void    InputUpdateFromVectorDakota(IssmDouble* vector, int name, int type){_error_("Not implemented yet!");}
    6966                void    InputUpdateFromConstant(IssmDouble constant, int name);
    7067                void    InputUpdateFromConstant(int constant, int name){_error_("Not implemented yet!");}
    7168                void    InputUpdateFromConstant(bool constant, int name);
    7269                void    InputUpdateFromIoModel(int index, IoModel* iomodel){_error_("not implemented yet");};
     70                void    InputUpdateFromMatrixDakota(IssmDouble* matrix, int nrows,int ncols, int name, int type){_error_("Not implemented yet!");}
     71                void    InputUpdateFromVector(IssmDouble* vector, int name, int type);
     72                void    InputUpdateFromVectorDakota(IssmDouble* vector, int name, int type){_error_("Not implemented yet!");}
    7373                /*}}}*/
    7474                /*Load virtual functions definitions: {{{*/
    7575                void  Configure(Elements* elements,Loads* loads,Nodes* nodes,Vertices* vertices,Materials* materials,Parameters* parameters);
    76                 void  ResetHooks();
    77                 void  SetCurrentConfiguration(Elements* elements,Loads* loads,Nodes* nodes,Vertices* vertices,Materials* materials,Parameters* parameters);
     76                void  CreateJacobianMatrix(Matrix<IssmDouble>* Jff){_error_("Not implemented yet");};
    7877                void  CreateKMatrix(Matrix<IssmDouble>* Kff, Matrix<IssmDouble>* Kfs);
    7978                void  CreatePVector(Vector<IssmDouble>* pf);
    80                 void  CreateJacobianMatrix(Matrix<IssmDouble>* Jff){_error_("Not implemented yet");};
     79                void  GetNodesLidList(int* lidlist);
    8180                void  GetNodesSidList(int* sidlist);
    82                 void  GetNodesLidList(int* lidlist);
    8381                int   GetNumberOfNodes(void);
     82                bool  InAnalysis(int analysis_type);
    8483                bool  IsPenalty(void);
    8584                void  PenaltyCreateJacobianMatrix(Matrix<IssmDouble>* Jff,IssmDouble kmax){_error_("Not implemented yet");};
    8685                void  PenaltyCreateKMatrix(Matrix<IssmDouble>* Kff, Matrix<IssmDouble>* kfs, IssmDouble kmax);
    8786                void  PenaltyCreatePVector(Vector<IssmDouble>* pf, IssmDouble kmax);
     87                void  ResetHooks();
     88                void  SetCurrentConfiguration(Elements* elements,Loads* loads,Nodes* nodes,Vertices* vertices,Materials* materials,Parameters* parameters);
    8889                void  SetwiseNodeConnectivity(int* d_nz,int* o_nz,Node* node,bool* flags,int* flagsindices,int set1_enum,int set2_enum);
    89                 bool  InAnalysis(int analysis_type);
    9090                /*}}}*/
    9191                /*Riftfront specific routines: {{{*/
     92                int            Constrain(int* punstable);
     93                void           FreezeConstraints(void);
     94                bool           IsFrozen(void);
    9295                ElementMatrix* PenaltyCreateKMatrixStressbalanceHoriz(IssmDouble kmax);
    9396                ElementVector* PenaltyCreatePVectorStressbalanceHoriz(IssmDouble kmax);
    94                 int   Constrain(int* punstable);
    95                 void  FreezeConstraints(void);
    96                 bool  IsFrozen(void);
    9797                /*}}}*/
    9898};

  • issm/trunk/src/c/classes/Massfluxatgate.h

    r18301 r19105  
    2020        public:
    2121
     22                int         definitionenum;
    2223                char*       name;
    2324                int         numsegments;
    … …  
    3031                /*Massfluxatgate constructors, destructors :*/
    3132                Massfluxatgate(){/*{{{*/
     33                        this->definitionenum        = -1;
    3234                        this->name        = 0;
    3335                        this->numsegments = 0;
    … …  
    3537                }
    3638                /*}}}*/
    37                 Massfluxatgate(char* in_name, int in_numsegments, doubletype* in_segments) {/*{{{*/
     39                Massfluxatgate(char* in_name, int in_definitionenum, int in_numsegments, doubletype* in_segments) {/*{{{*/
    3840                       
    3941                        int i;
     42
     43                        this->definitionenum=in_definitionenum;
    4044
    4145                        this->name   = xNew<char>(strlen(in_name)+1);
    … …  
    6165                }
    6266                /*}}}*/
    63                 Massfluxatgate(char* in_name, int in_numsegments, doubletype* in_x1, doubletype* in_y1, doubletype* in_x2, doubletype* in_y2,int* in_elements){/*{{{*/
     67                Massfluxatgate(char* in_name, int in_definitionenum, int in_numsegments, doubletype* in_x1, doubletype* in_y1, doubletype* in_x2, doubletype* in_y2,int* in_elements){/*{{{*/
    6468
     69                        this->definitionenum=in_definitionenum;
    6570                        this->name   = xNew<char>(strlen(in_name)+1);
    6671                        xMemCpy<char>(this->name,in_name,strlen(in_name)+1);
    … …  
    9095                /*Object virtual function resolutoin: */
    9196                void Echo(void){/*{{{*/
    92                         _printf_(" Massfluxatgate: " << name << "\n");
     97                        _printf_(" Massfluxatgate: " << name << " " << this->definitionenum << "\n");
    9398                        _printf_("    numsegments: " << numsegments << "\n");
    9499                        if(numsegments){
    … …  
    113118                /*}}}*/
    114119                Object* copy() {/*{{{*/
    115                         return new Massfluxatgate(this->name,this->numsegments,this->x1,this->y1,this->x2,this->y2,this->elements);
     120                        return new Massfluxatgate(this->name,this->definitionenum,this->numsegments,this->x1,this->y1,this->x2,this->y2,this->elements);
    116121                }
    117122                /*}}}*/
    … …  
    123128
    124129                        return name2;
     130                }
     131                /*}}}*/
     132                int DefinitionEnum(){/*{{{*/
     133
     134                        return this->definitionenum;
    125135                }
    126136                /*}}}*/

  • issm/trunk/src/c/classes/Materials/Material.h

    r18301 r19105  
    2525                virtual Material*  copy2(Element* element)=0;
    2626                virtual void       Configure(Elements* elements)=0;
     27                virtual IssmDouble GetA()=0;
     28                virtual IssmDouble GetAbar()=0;
     29                virtual IssmDouble GetB()=0;
     30                virtual IssmDouble GetBbar()=0;
     31                virtual IssmDouble GetD()=0;
     32                virtual IssmDouble GetDbar()=0;
     33                virtual IssmDouble GetN()=0;
    2734                virtual void       GetViscosity(IssmDouble* pviscosity,IssmDouble epseff)=0;
    28                 virtual void       GetViscosity_B(IssmDouble* pviscosity,IssmDouble epseff)=0;
    29                 virtual void       GetViscosity_D(IssmDouble* pviscosity,IssmDouble epseff)=0;
    3035                virtual void       GetViscosityBar(IssmDouble* pviscosity,IssmDouble epseff)=0;
    3136                virtual void       GetViscosityComplement(IssmDouble* pviscosity_complement, IssmDouble* pepsilon)=0;
    3237                virtual void       GetViscosityDComplement(IssmDouble* pviscosity_complement, IssmDouble* pepsilon)=0;
    3338                virtual void       GetViscosityDerivativeEpsSquare(IssmDouble* pmu_prime, IssmDouble* pepsilon)=0;
     39                virtual void       GetViscosity_B(IssmDouble* pviscosity,IssmDouble epseff)=0;
     40                virtual void       GetViscosity_D(IssmDouble* pviscosity,IssmDouble epseff)=0;
    3441                virtual void       GetViscosity2dDerivativeEpsSquare(IssmDouble* pmu_prime, IssmDouble* pepsilon)=0;
    35                 virtual IssmDouble GetA()=0;
    36                 virtual IssmDouble GetAbar()=0;
    37                 virtual IssmDouble GetB()=0;
    38                 virtual IssmDouble GetBbar()=0;
    39                 virtual IssmDouble GetN()=0;
    40                 virtual IssmDouble GetD()=0;
    41                 virtual IssmDouble GetDbar()=0;
    4242                virtual bool       IsDamage()=0;
    4343                virtual void       ResetHooks()=0;

  • issm/trunk/src/c/classes/Materials/Materials.cpp

    r18301 r19105  
    3737        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    3838
    39                 material=dynamic_cast<Material*>(*object);
     39                material=xDynamicCast<Material*>(*object);
    4040                material->Configure(elements);
    4141
    … …  
    5151        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    5252
    53                 material=dynamic_cast<Material*>((*object));
     53                material=xDynamicCast<Material*>((*object));
    5454                material->ResetHooks();
    5555

  • issm/trunk/src/c/classes/Materials/Matice.cpp

    r18301 r19105  
    6464
    6565/*Object virtual functions definitions:*/
    66 void Matice::Echo(void){/*{{{*/
    67 
    68         _printf_("Matice:\n");
    69         _printf_("   mid: " << mid << "\n");
    70         _printf_("   element:\n");
    71         helement->Echo();
    72 }
    73 /*}}}*/
    74 void Matice::DeepEcho(void){/*{{{*/
     66Object*   Matice::copy() {/*{{{*/
     67
     68        /*Output*/
     69        Matice* matice=NULL;
     70
     71        /*Initialize output*/
     72        matice=new Matice();
     73
     74        /*copy fields: */
     75        matice->mid=this->mid;
     76        matice->helement=(Hook*)this->helement->copy();
     77        matice->element =(Element*)this->helement->delivers();
     78        matice->isdamaged = this->isdamaged;
     79
     80        return matice;
     81}
     82/*}}}*/
     83Material* Matice::copy2(Element* element_in) {/*{{{*/
     84
     85        /*Output*/
     86        Matice* matice=NULL;
     87
     88        /*Initialize output*/
     89        matice=new Matice();
     90
     91        /*copy fields: */
     92        matice->mid=this->mid;
     93        matice->helement=(Hook*)this->helement->copy();
     94        matice->element =element_in;
     95        matice->isdamaged = this->isdamaged;
     96
     97        return matice;
     98}
     99/*}}}*/
     100void      Matice::DeepEcho(void){/*{{{*/
    75101
    76102        _printf_("Matice:\n");
    … …  
    80106}               
    81107/*}}}*/
    82 int    Matice::Id(void){ return mid; }/*{{{*/
    83 /*}}}*/
    84 int Matice::ObjectEnum(void){/*{{{*/
     108void      Matice::Echo(void){/*{{{*/
     109
     110        _printf_("Matice:\n");
     111        _printf_("   mid: " << mid << "\n");
     112        _printf_("   element:\n");
     113        helement->Echo();
     114}
     115/*}}}*/
     116int       Matice::Id(void){ return mid; }/*{{{*/
     117/*}}}*/
     118int       Matice::ObjectEnum(void){/*{{{*/
    85119
    86120        return MaticeEnum;
    87121
    88 }
    89 /*}}}*/
    90 Object* Matice::copy() {/*{{{*/
    91 
    92         /*Output*/
    93         Matice* matice=NULL;
    94 
    95         /*Initialize output*/
    96         matice=new Matice();
    97 
    98         /*copy fields: */
    99         matice->mid=this->mid;
    100         matice->helement=(Hook*)this->helement->copy();
    101         matice->element =(Element*)this->helement->delivers();
    102         matice->isdamaged = this->isdamaged;
    103 
    104         return matice;
    105 }
    106 /*}}}*/
    107 Material* Matice::copy2(Element* element_in) {/*{{{*/
    108 
    109         /*Output*/
    110         Matice* matice=NULL;
    111 
    112         /*Initialize output*/
    113         matice=new Matice();
    114 
    115         /*copy fields: */
    116         matice->mid=this->mid;
    117         matice->helement=(Hook*)this->helement->copy();
    118         matice->element =element_in;
    119         matice->isdamaged = this->isdamaged;
    120 
    121         return matice;
    122122}
    123123/*}}}*/

  • issm/trunk/src/c/classes/Materials/Matpar.cpp

    r18301 r19105  
    2020
    2121        bool isefficientlayer;
    22         int  hydrology_model,smb_model;
     22        int  hydrology_model,smb_model,materials_type;
    2323        iomodel->Constant(&hydrology_model,HydrologyModelEnum);
    2424        iomodel->Constant(&smb_model,SurfaceforcingsEnum);
     25        iomodel->Constant(&materials_type,MaterialsEnum);
    2526
    2627        this->mid = matpar_mid;
    27         iomodel->Constant(&this->rho_ice,MaterialsRhoIceEnum);
    28         iomodel->Constant(&this->rho_water,MaterialsRhoSeawaterEnum);
    29         iomodel->Constant(&this->rho_freshwater,MaterialsRhoFreshwaterEnum);
    30         iomodel->Constant(&this->mu_water,MaterialsMuWaterEnum);
    31         iomodel->Constant(&this->heatcapacity,MaterialsHeatcapacityEnum);
    32         iomodel->Constant(&this->thermalconductivity,MaterialsThermalconductivityEnum);
    33         iomodel->Constant(&this->temperateiceconductivity,MaterialsTemperateiceconductivityEnum);
    34         iomodel->Constant(&this->latentheat,MaterialsLatentheatEnum);
    35         iomodel->Constant(&this->beta,MaterialsBetaEnum);
    36         iomodel->Constant(&this->meltingpoint,MaterialsMeltingpointEnum);
    37         iomodel->Constant(&this->referencetemperature,ConstantsReferencetemperatureEnum);
    38         iomodel->Constant(&this->mixed_layer_capacity,MaterialsMixedLayerCapacityEnum);
    39         iomodel->Constant(&this->thermal_exchange_velocity,MaterialsThermalExchangeVelocityEnum);
    40         iomodel->Constant(&this->g,ConstantsGEnum);
    41 
    42         switch(smb_model){
    43                 case SMBEnum:
    44                         /*Nothing to add*/
    45                         break;
    46                 case SMBpddEnum:
    47                         iomodel->Constant(&this->desfac,SurfaceforcingsDesfacEnum);
    48                         iomodel->Constant(&this->s0p,SurfaceforcingsS0pEnum);
    49                         break;
    50                 case SMBgradientsEnum:
    51                         /*Nothing to add*/
    52                         break;
    53                 case SMBhenningEnum:
    54                         /*Nothing to add*/
    55                         break;
    56                 case SMBcomponentsEnum:
    57                         /*Nothing to add*/
    58                         break;
    59                 case SMBmeltcomponentsEnum:
    60                         /*Nothing to add*/
     28
     29        switch(materials_type){
     30                case MaticeEnum:
     31                case MatdamageiceEnum:
     32                        iomodel->Constant(&this->rho_ice,MaterialsRhoIceEnum);
     33                        iomodel->Constant(&this->rho_water,MaterialsRhoSeawaterEnum);
     34                        iomodel->Constant(&this->rho_freshwater,MaterialsRhoFreshwaterEnum);
     35                        iomodel->Constant(&this->mu_water,MaterialsMuWaterEnum);
     36                        iomodel->Constant(&this->heatcapacity,MaterialsHeatcapacityEnum);
     37                        iomodel->Constant(&this->thermalconductivity,MaterialsThermalconductivityEnum);
     38                        iomodel->Constant(&this->temperateiceconductivity,MaterialsTemperateiceconductivityEnum);
     39                        iomodel->Constant(&this->latentheat,MaterialsLatentheatEnum);
     40                        iomodel->Constant(&this->beta,MaterialsBetaEnum);
     41                        iomodel->Constant(&this->meltingpoint,MaterialsMeltingpointEnum);
     42                        iomodel->Constant(&this->referencetemperature,ConstantsReferencetemperatureEnum);
     43                        iomodel->Constant(&this->mixed_layer_capacity,MaterialsMixedLayerCapacityEnum);
     44                        iomodel->Constant(&this->thermal_exchange_velocity,MaterialsThermalExchangeVelocityEnum);
     45                        iomodel->Constant(&this->g,ConstantsGEnum);
     46
     47                        switch(smb_model){
     48                                case SMBEnum:
     49                                        /*Nothing to add*/
     50                                        break;
     51                                case SMBpddEnum:
     52                                        iomodel->Constant(&this->desfac,SurfaceforcingsDesfacEnum);
     53                                        iomodel->Constant(&this->s0p,SurfaceforcingsS0pEnum);
     54                                        iomodel->Constant(&this->s0t,SurfaceforcingsS0tEnum);
     55                                        iomodel->Constant(&this->rlaps,SurfaceforcingsRlapsEnum);
     56                                        iomodel->Constant(&this->rlapslgm,SurfaceforcingsRlapslgmEnum);
     57                                        break;
     58                                case SMBgradientsEnum:
     59                                        /*Nothing to add*/
     60                                        break;
     61                                case SMBhenningEnum:
     62                                        /*Nothing to add*/
     63                                        break;
     64                                case SMBcomponentsEnum:
     65                                        /*Nothing to add*/
     66                                        break;
     67                                case SMBmeltcomponentsEnum:
     68                                        /*Nothing to add*/
     69                                        break;
     70                                default:
     71                                        _error_("Surface mass balance model "<<EnumToStringx(smb_model)<<" not supported yet");
     72                        }
     73                        if(hydrology_model==HydrologydcEnum){
     74                                iomodel->Constant(&this->sediment_compressibility,HydrologydcSedimentCompressibilityEnum);
     75                                iomodel->Constant(&this->sediment_porosity,HydrologydcSedimentPorosityEnum);
     76                                iomodel->Constant(&this->sediment_thickness,HydrologydcSedimentThicknessEnum);
     77                                iomodel->Constant(&this->water_compressibility,HydrologydcWaterCompressibilityEnum);
     78                                iomodel->Constant(&isefficientlayer,HydrologydcIsefficientlayerEnum);
     79
     80                                if(isefficientlayer){
     81                                        iomodel->Constant(&this->epl_compressibility,HydrologydcEplCompressibilityEnum);
     82                                        iomodel->Constant(&this->epl_porosity,HydrologydcEplPorosityEnum);
     83                                        iomodel->Constant(&this->epl_init_thickness,HydrologydcEplInitialThicknessEnum);
     84                                        iomodel->Constant(&this->epl_colapse_thickness,HydrologydcEplColapseThicknessEnum);
     85                                        iomodel->Constant(&this->epl_max_thickness,HydrologydcEplMaxThicknessEnum);
     86                                        iomodel->Constant(&this->epl_conductivity,HydrologydcEplConductivityEnum);
     87                                }
     88                        }
     89                        else if(hydrology_model==HydrologyshreveEnum){
     90                                /*Nothing to add*/
     91                        }
     92                        else{
     93                                _error_("Hydrology model "<<EnumToStringx(hydrology_model)<<" not supported yet");
     94                        }
     95
     96                        /*gia: */
     97                        iomodel->Constant(&this->lithosphere_shear_modulus,MaterialsLithosphereShearModulusEnum);
     98                        iomodel->Constant(&this->lithosphere_density,MaterialsLithosphereDensityEnum);
     99                        iomodel->Constant(&this->mantle_shear_modulus,MaterialsMantleShearModulusEnum);
     100                        iomodel->Constant(&this->mantle_density,MaterialsMantleDensityEnum);
    61101                        break;
    62102                default:
    63                         _error_("Surface mass balance model "<<EnumToStringx(smb_model)<<" not supported yet");
    64         }
    65         if(hydrology_model==HydrologydcEnum){
    66                 iomodel->Constant(&this->sediment_compressibility,HydrologydcSedimentCompressibilityEnum);
    67                 iomodel->Constant(&this->sediment_porosity,HydrologydcSedimentPorosityEnum);
    68                 iomodel->Constant(&this->sediment_thickness,HydrologydcSedimentThicknessEnum);
    69                 iomodel->Constant(&this->water_compressibility,HydrologydcWaterCompressibilityEnum);
    70                 iomodel->Constant(&isefficientlayer,HydrologydcIsefficientlayerEnum);
    71 
    72                 if(isefficientlayer){
    73                                 iomodel->Constant(&this->epl_compressibility,HydrologydcEplCompressibilityEnum);
    74                                 iomodel->Constant(&this->epl_porosity,HydrologydcEplPorosityEnum);
    75                                 iomodel->Constant(&this->epl_init_thickness,HydrologydcEplInitialThicknessEnum);
    76                                 iomodel->Constant(&this->epl_max_thickness,HydrologydcEplMaxThicknessEnum);
    77                                 iomodel->Constant(&this->epl_conductivity,HydrologydcEplConductivityEnum);
    78                 }
    79         }
    80         else if(hydrology_model==HydrologyshreveEnum){
    81                 /*Nothing to add*/
    82         }
    83         else{
    84                 _error_("Hydrology model "<<EnumToStringx(hydrology_model)<<" not supported yet");
    85         }
    86 
    87         /*gia: */
    88         iomodel->Constant(&this->lithosphere_shear_modulus,MaterialsLithosphereShearModulusEnum);
    89         iomodel->Constant(&this->lithosphere_density,MaterialsLithosphereDensityEnum);
    90         iomodel->Constant(&this->mantle_shear_modulus,MaterialsMantleShearModulusEnum);
    91         iomodel->Constant(&this->mantle_density,MaterialsMantleDensityEnum);
     103                        _error_("Material "<< EnumToStringx(materials_type) <<" not supported yet");
     104        }
    92105}
    93106/*}}}*/
    … …  
    118131        _printf_("   desfac: " << desfac << "\n");
    119132        _printf_("   s0p: " << s0p << "\n");
     133        _printf_("   s0t: " << s0t << "\n");
     134        _printf_("   rlaps: " << rlaps << "\n");
     135        _printf_("   rlapslgm: " << rlapslgm << "\n");
    120136        return;
    121137}
    … …  
    160176        matpar->desfac=this->desfac;
    161177        matpar->s0p=this->s0p;
     178        matpar->s0t=this->s0t;
     179        matpar->rlaps=this->rlaps;
     180        matpar->rlapslgm=this->rlapslgm;
    162181
    163182        matpar->sediment_compressibility=this->sediment_compressibility;
    … …  
    169188        matpar->epl_porosity=this->epl_porosity;
    170189        matpar->epl_init_thickness=this->epl_init_thickness;
     190        matpar->epl_colapse_thickness=this->epl_colapse_thickness;
    171191        matpar->epl_max_thickness=this->epl_max_thickness;
    172192        matpar->epl_conductivity=this->epl_conductivity;
    … …  
    245265                        this->s0p=constant;
    246266                        break;
     267                case SurfaceforcingsS0tEnum:
     268                        this->s0t=constant;
     269                        break;
     270                case SurfaceforcingsRlapsEnum:
     271                        this->rlaps=constant;
     272                        break;
     273                case SurfaceforcingsRlapslgmEnum:
     274                        this->rlapslgm=constant;
     275                        break;
    247276                default:
    248277                        break;
    … …  
    261290
    262291/*Matpar management: */
    263 void  Matpar::Configure(Elements* elementsin){/*{{{*/
     292void       Matpar::Configure(Elements* elementsin){/*{{{*/
    264293
    265294        /*nothing done yet!*/
    266295
     296}
     297/*}}}*/
     298void       Matpar::EnthalpyToThermal(IssmDouble* ptemperature,IssmDouble* pwaterfraction,IssmDouble enthalpy,IssmDouble pressure){/*{{{*/
     299
     300        /*Ouput*/
     301        IssmDouble temperature,waterfraction;
     302
     303        if(enthalpy<PureIceEnthalpy(pressure)){
     304                temperature=referencetemperature+enthalpy/heatcapacity;
     305                waterfraction=0.;
     306        }
     307        else{
     308                temperature=TMeltingPoint(pressure);
     309                waterfraction=(enthalpy-PureIceEnthalpy(pressure))/latentheat;
     310        }
     311
     312        /*Assign output pointers:*/
     313        *pwaterfraction=waterfraction;
     314        *ptemperature=temperature;
     315}
     316/*}}}*/
     317IssmDouble Matpar::GetEnthalpyDiffusionParameter(IssmDouble enthalpy,IssmDouble pressure){/*{{{*/
     318        if (enthalpy<PureIceEnthalpy(pressure))
     319                return thermalconductivity/heatcapacity;
     320        else
     321                return temperateiceconductivity/heatcapacity;
     322}
     323/*}}}*/
     324IssmDouble Matpar::GetEnthalpyDiffusionParameterVolume(int numvertices,IssmDouble* enthalpy,IssmDouble* pressure){/*{{{*/
     325
     326        int         iv;
     327        IssmDouble  lambda;                 // fraction of cold ice
     328        IssmDouble  kappa,kappa_c,kappa_t;  //enthalpy conductivities
     329        IssmDouble  Hc,Ht;
     330        IssmDouble* PIE   = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     331        IssmDouble* dHpmp = xNew<IssmDouble>(numvertices);
     332
     333        for(iv=0; iv<numvertices; iv++){
     334                PIE[iv]=PureIceEnthalpy(pressure[iv]);
     335                dHpmp[iv]=enthalpy[iv]-PIE[iv];
     336        }
     337
     338        bool allequalsign=true;
     339        if(dHpmp[0]<0)
     340                for(iv=1; iv<numvertices;iv++) allequalsign=(allequalsign && (dHpmp[iv]<0));
     341        else
     342                for(iv=1; iv<numvertices;iv++) allequalsign=(allequalsign && (dHpmp[iv]>=0));
     343
     344        if(allequalsign){
     345                kappa=GetEnthalpyDiffusionParameter(enthalpy[0], pressure[0]);
     346        }
     347        else {
     348                /* return harmonic mean of thermal conductivities, weighted by fraction of cold/temperate ice,
     349                 cf Patankar 1980, pp44 */
     350                kappa_c=GetEnthalpyDiffusionParameter(PureIceEnthalpy(0.)-1.,0.);
     351                kappa_t=GetEnthalpyDiffusionParameter(PureIceEnthalpy(0.)+1.,0.);
     352                Hc=0.; Ht=0.;
     353                for(iv=0; iv<numvertices;iv++){
     354                        if(enthalpy[iv]<PIE[iv])
     355                         Hc+=(PIE[iv]-enthalpy[iv]);
     356                        else
     357                         Ht+=(enthalpy[iv]-PIE[iv]);
     358                }
     359                _assert_((Hc+Ht)>0.);
     360                lambda = Hc/(Hc+Ht);
     361                kappa  = 1./(lambda/kappa_c + (1.-lambda)/kappa_t);
     362        }
     363
     364        /*Clean up and return*/
     365        xDelete<IssmDouble>(PIE);
     366        xDelete<IssmDouble>(dHpmp);
     367        return kappa;
    267368}
    268369/*}}}*/
    … …  
    271372        switch(enum_in){
    272373                case MaterialsRhoIceEnum:                    return this->rho_ice;
    273                 case MaterialsRhoSeawaterEnum:                  return this->rho_water;
     374                case MaterialsRhoSeawaterEnum:               return this->rho_water;
    274375                case MaterialsRhoFreshwaterEnum:             return this->rho_freshwater;
    275376                case MaterialsMuWaterEnum:                   return this->mu_water;
    … …  
    290391                case HydrologydcEplConductivityEnum:         return this->epl_conductivity;
    291392                case HydrologydcEplInitialThicknessEnum:     return this->epl_init_thickness;
     393                case HydrologydcEplColapseThicknessEnum:     return this->epl_colapse_thickness;
    292394                case HydrologydcEplMaxThicknessEnum:         return this->epl_max_thickness;
    293395                case HydrologydcWaterCompressibilityEnum:    return this->water_compressibility;
    294396                case ConstantsGEnum:                         return this->g;
     397                case SurfaceforcingsDesfacEnum:              return this->desfac;
     398                case SurfaceforcingsS0pEnum:                 return this->s0p;
     399                case SurfaceforcingsS0tEnum:                 return this->s0t;
     400                case SurfaceforcingsRlapsEnum:               return this->rlaps;
     401                case SurfaceforcingsRlapslgmEnum:            return this->rlapslgm;
     402                case MaterialsLithosphereShearModulusEnum:   return this->lithosphere_shear_modulus;
     403                case MaterialsLithosphereDensityEnum:        return this->lithosphere_density;
     404                case MaterialsMantleDensityEnum:             return this->mantle_density;
     405                case MaterialsMantleShearModulusEnum:        return this->mantle_shear_modulus;
    295406                default: _error_("Enum "<<EnumToStringx(enum_in)<<" not supported yet");
    296407        }
    … …  
    298409}
    299410/*}}}*/
    300 IssmDouble Matpar::GetBeta(){/*{{{*/
    301         return beta;
    302 }
    303 /*}}}*/
    304 IssmDouble Matpar::GetG(){/*{{{*/
    305         return g;
    306 }
    307 /*}}}*/
    308 IssmDouble Matpar::GetMeltingPoint(){/*{{{*/
    309         return meltingpoint;
    310 }
    311 /*}}}*/
    312 IssmDouble Matpar::GetRhoIce(){/*{{{*/
    313 
    314         return rho_ice;
    315 }
    316 /*}}}*/
    317 IssmDouble Matpar::GetRhoWater(){/*{{{*/
    318         return rho_water;
    319 }
    320 /*}}}*/
    321 IssmDouble Matpar::GetRhoFreshwater(){/*{{{*/
    322         return rho_freshwater;
    323 }
    324 /*}}}*/
    325 IssmDouble Matpar::GetDesFac(){/*{{{*/
    326         return desfac;
    327 }
    328 /*}}}*/
    329 IssmDouble Matpar::GetS0p(){/*{{{*/
    330         return s0p;
     411IssmDouble Matpar::PureIceEnthalpy(IssmDouble pressure){/*{{{*/
     412        return heatcapacity*(TMeltingPoint(pressure)-referencetemperature);
     413}
     414/*}}}*/
     415void       Matpar::ResetHooks(){/*{{{*/
     416
     417        //Nothing to be done
     418        return;
     419}
     420/*}}}*/
     421void       Matpar::ThermalToEnthalpy(IssmDouble * penthalpy,IssmDouble temperature,IssmDouble waterfraction,IssmDouble pressure){/*{{{*/
     422
     423        /*Ouput*/
     424        IssmDouble enthalpy;
     425
     426        if(temperature<TMeltingPoint(pressure)){
     427                enthalpy=heatcapacity*(temperature-referencetemperature);
     428        }
     429        else{
     430                enthalpy=PureIceEnthalpy(pressure)+latentheat*waterfraction;
     431        }
     432
     433        /*Assign output pointers:*/
     434        *penthalpy=enthalpy;
    331435}
    332436/*}}}*/
    … …  
    335439}
    336440/*}}}*/
    337 IssmDouble Matpar::PureIceEnthalpy(IssmDouble pressure){/*{{{*/
    338         return heatcapacity*(TMeltingPoint(pressure)-referencetemperature);
    339 }
    340 /*}}}*/
    341 IssmDouble Matpar::GetEnthalpyDiffusionParameter(IssmDouble enthalpy,IssmDouble pressure){/*{{{*/
    342         if (enthalpy<PureIceEnthalpy(pressure))
    343                 return thermalconductivity/heatcapacity;
    344         else
    345                 return temperateiceconductivity/heatcapacity;
    346 }
    347 /*}}}*/
    348 IssmDouble Matpar::GetEnthalpyDiffusionParameterVolume(int numvertices,IssmDouble* enthalpy,IssmDouble* pressure){/*{{{*/
    349 
    350         int         iv;
    351         IssmDouble  lambda;                 // fraction of cold ice
    352         IssmDouble  kappa,kappa_c,kappa_t;  //enthalpy conductivities
    353         IssmDouble  Hc,Ht;
    354         IssmDouble* PIE   = xNew<IssmDouble>(numvertices);
    355         IssmDouble* dHpmp = xNew<IssmDouble>(numvertices);
    356 
    357         for(iv=0; iv<numvertices; iv++){
    358                 PIE[iv]=PureIceEnthalpy(pressure[iv]);
    359                 dHpmp[iv]=enthalpy[iv]-PIE[iv];
    360         }
    361 
    362         bool allequalsign=true;
    363         if(dHpmp[0]<0)
    364                 for(iv=1; iv<numvertices;iv++) allequalsign=(allequalsign && (dHpmp[iv]<0));
    365         else
    366                 for(iv=1; iv<numvertices;iv++) allequalsign=(allequalsign && (dHpmp[iv]>=0));
    367 
    368         if(allequalsign){
    369                 kappa=GetEnthalpyDiffusionParameter(enthalpy[0], pressure[0]);
    370         }
    371         else {
    372                 /* return harmonic mean of thermal conductivities, weighted by fraction of cold/temperate ice,
    373                  cf Patankar 1980, pp44 */
    374                 kappa_c=GetEnthalpyDiffusionParameter(PureIceEnthalpy(0.)-1.,0.);
    375                 kappa_t=GetEnthalpyDiffusionParameter(PureIceEnthalpy(0.)+1.,0.);
    376                 Hc=0.; Ht=0.;
    377                 for(iv=0; iv<numvertices;iv++){
    378                         if(enthalpy[iv]<PIE[iv])
    379                          Hc+=(PIE[iv]-enthalpy[iv]);
    380                         else
    381                          Ht+=(enthalpy[iv]-PIE[iv]);
    382                 }
    383                 _assert_((Hc+Ht)>0.);
    384                 lambda = Hc/(Hc+Ht);
    385                 kappa  = 1./(lambda/kappa_c + (1.-lambda)/kappa_t);
    386         }
    387 
    388         /*Clean up and return*/
    389         xDelete<IssmDouble>(PIE);
    390         xDelete<IssmDouble>(dHpmp);
    391         return kappa;
    392 }
    393 /*}}}*/
    394 void Matpar::EnthalpyToThermal(IssmDouble* ptemperature,IssmDouble* pwaterfraction,IssmDouble enthalpy,IssmDouble pressure){/*{{{*/
    395 
    396         /*Ouput*/
    397         IssmDouble temperature,waterfraction;
    398 
    399         if(enthalpy<PureIceEnthalpy(pressure)){
    400                 temperature=referencetemperature+enthalpy/heatcapacity;
    401                 waterfraction=0.;
    402         }
    403         else{
    404                 temperature=TMeltingPoint(pressure);
    405                 waterfraction=(enthalpy-PureIceEnthalpy(pressure))/latentheat;
    406         }
    407 
    408         /*Assign output pointers:*/
    409         *pwaterfraction=waterfraction;
    410         *ptemperature=temperature;
    411 }
    412 /*}}}*/
    413 void Matpar::ThermalToEnthalpy(IssmDouble * penthalpy,IssmDouble temperature,IssmDouble waterfraction,IssmDouble pressure){/*{{{*/
    414 
    415         /*Ouput*/
    416         IssmDouble enthalpy;
    417 
    418         if(temperature<TMeltingPoint(pressure)){
    419                 enthalpy=heatcapacity*(temperature-referencetemperature);
    420         }
    421         else{
    422                 enthalpy=PureIceEnthalpy(pressure)+latentheat*waterfraction;
    423         }
    424 
    425         /*Assign output pointers:*/
    426         *penthalpy=enthalpy;
    427 }
    428 /*}}}*/
    429 IssmDouble Matpar::GetLithosphereShearModulus(){                 /*{{{*/
    430         return lithosphere_shear_modulus;                       
    431 }               
    432 /*}}}*/
    433 IssmDouble Matpar::GetLithosphereDensity(){              /*{{{*/
    434         return lithosphere_density;                     
    435 }               
    436 /*}}}*/
    437 IssmDouble Matpar::GetMantleDensity(){           /*{{{*/
    438         return mantle_density;                   
    439 }               
    440 /*}}}*/
    441 IssmDouble Matpar::GetMantleShearModulus(){              /*{{{*/
    442         return mantle_shear_modulus;                     
    443 }               
    444 /*}}}*/
    445 void  Matpar::ResetHooks(){/*{{{*/
    446 
    447         //Nothing to be done
    448         return;
    449 }
    450 /*}}}*/

  • issm/trunk/src/c/classes/Materials/Matpar.h

    r18301 r19105  
    3030                IssmDouble  thermal_exchange_velocity;
    3131                IssmDouble  g;
     32                IssmDouble  omega;
    3233                IssmDouble  desfac;
    3334                IssmDouble  s0p;
     35                IssmDouble  s0t;
     36                IssmDouble  rlaps;
     37                IssmDouble  rlapslgm;
    3438
    3539                /*hydrology Dual Porous Continuum: */   
    … …  
    4246                IssmDouble  epl_porosity;
    4347                IssmDouble  epl_init_thickness;
     48                IssmDouble  epl_colapse_thickness;
    4449                IssmDouble  epl_max_thickness;
    4550                IssmDouble  epl_conductivity;   
    … …  
    5055                IssmDouble mantle_shear_modulus;
    5156                IssmDouble mantle_density;
     57
     58                /*Sea ice*/
     59                IssmDouble poisson;
     60                IssmDouble young_modulus;
     61                IssmDouble ridging_exponent;
     62                IssmDouble cohesion;
     63                IssmDouble internal_friction_coef;
     64                IssmDouble compression_coef;
     65                IssmDouble traction_coef;
     66                IssmDouble time_relaxation_stress;
     67                IssmDouble time_relaxation_damage;
    5268
    5369        public:
    … …  
    94110                /*}}}*/
    95111                /*Numerics: {{{*/
    96                 IssmDouble GetG();
    97                 IssmDouble GetRhoIce();
    98                 IssmDouble GetRhoWater();
    99                 IssmDouble GetRhoFreshwater();
    100                 IssmDouble GetBeta();
    101                 IssmDouble GetMeltingPoint();
    102                 IssmDouble TMeltingPoint(IssmDouble pressure);
    103                 IssmDouble PureIceEnthalpy(IssmDouble pressure);
     112                void       EnthalpyToThermal(IssmDouble* ptemperature,IssmDouble* pwaterfraction,IssmDouble enthalpy,IssmDouble pressure);
    104113                IssmDouble GetEnthalpyDiffusionParameter(IssmDouble enthalpy,IssmDouble pressure);
    105114                IssmDouble GetEnthalpyDiffusionParameterVolume(int numvertices,IssmDouble* enthalpy,IssmDouble* pressure);
    106                 IssmDouble GetLithosphereShearModulus();
    107                 IssmDouble GetLithosphereDensity();
    108                 IssmDouble GetMantleShearModulus();
    109                 IssmDouble GetMantleDensity();
    110                 void       EnthalpyToThermal(IssmDouble* ptemperature,IssmDouble* pwaterfraction,IssmDouble enthalpy,IssmDouble pressure);
     115                IssmDouble GetMaterialParameter(int in_enum);
     116                IssmDouble PureIceEnthalpy(IssmDouble pressure);
    111117                void       ThermalToEnthalpy(IssmDouble* penthalpy,IssmDouble temperature,IssmDouble waterfraction,IssmDouble pressure);
    112                 IssmDouble GetDesFac();
    113                 IssmDouble GetS0p();
    114                 IssmDouble GetMaterialParameter(int in_enum);
     118                IssmDouble TMeltingPoint(IssmDouble pressure);
    115119                /*}}}*/
    116120

  • issm/trunk/src/c/classes/Misfit.h

    r18301 r19105  
    1515#include "../modules/SurfaceAreax/SurfaceAreax.h"
    1616#include "../classes/Params/Parameters.h"
     17#include "../classes/Inputs/Input.h"
     18#include "../classes/gauss/Gauss.h"
    1719/*}}}*/
     20IssmDouble OutputDefinitionsResponsex(FemModel* femmodel,int output_enum);
    1821
    1922class Misfit: public Object, public Definition{
    … …  
    2124        public:
    2225
     26                int         definitionenum;
    2327                char*       name;
    2428                int         model_enum;
    … …  
    2630                int         weights_enum;
    2731                char*       timeinterpolation;
     32                bool        local;     
    2833               
    2934                IssmDouble  misfit; //value carried over in time.
    … …  
    3338                Misfit(){/*{{{*/
    3439
     40                        this->definitionenum = -1;
    3541                        this->name = NULL;
    3642                        this->model_enum = UNDEF;
    … …  
    3844                        this->weights_enum = UNDEF;
    3945                        this->timeinterpolation=NULL;
     46                        this->local=true;
    4047                        this->misfit=0;
    4148                        this->lock=0;
    … …  
    4350                }
    4451                /*}}}*/
    45                 Misfit(char* in_name, int in_model_enum, int in_observation_enum, char* in_timeinterpolation, int in_weights_enum){/*{{{*/
     52                Misfit(char* in_name, int in_definitionenum, int in_model_enum, int in_observation_enum, char* in_timeinterpolation, bool in_local, int in_weights_enum){/*{{{*/
    4653
     54                        this->definitionenum=in_definitionenum;
    4755                        this->name   = xNew<char>(strlen(in_name)+1);
    4856                        xMemCpy<char>(this->name,in_name,strlen(in_name)+1);
    … …  
    5462                        this->observation_enum=in_observation_enum;
    5563                        this->weights_enum=in_weights_enum;
     64                        this->local=in_local;
    5665                       
    5766                        this->misfit=0;
    … …  
    6877                /*Object virtual function resolutoin: */
    6978                void Echo(void){/*{{{*/
    70                         _printf_(" Misfit: " << name << "\n");
     79                        _printf_(" Misfit: " << name << " " << this->definitionenum << "\n");
    7180                        _printf_("    model_enum: " << model_enum << " " << EnumToStringx(model_enum) << "\n");
    7281                        _printf_("    observation_enum: " << observation_enum << " " << EnumToStringx(observation_enum) << "\n");
    7382                        _printf_("    weights_enum: " << weights_enum << " " << EnumToStringx(weights_enum) << "\n");
    7483                        _printf_("    timeinterpolation: " << timeinterpolation << "\n");
     84                        _printf_("    local: " << local << "\n");
    7585                }
    7686                /*}}}*/
    … …  
    8898                /*}}}*/
    8999                Object* copy() {/*{{{*/
    90                         Misfit* mf = new Misfit(this->name,this->model_enum,this->observation_enum,this->timeinterpolation,this->weights_enum);
     100                        Misfit* mf = new Misfit(this->name,this->definitionenum, this->model_enum,this->observation_enum,this->timeinterpolation,this->local,this->weights_enum);
    91101                        mf->misfit=this->misfit;
    92102                        mf->lock=this->lock;
    … …  
    103113                }
    104114                /*}}}*/
     115                int DefinitionEnum(){/*{{{*/
     116
     117                        return this->definitionenum;
     118                }
     119                /*}}}*/
    105120                 IssmDouble Response(FemModel* femmodel){/*{{{*/
    106 
    107                          int i;
    108                          IssmDouble misfit_t=0.;
    109                          IssmDouble all_misfit_t=0.;
     121                                 
     122                         /*diverse: */
     123                         IssmDouble time,starttime,finaltime;
    110124                         IssmDouble dt;
    111                          IssmDouble area_t=0.;
    112                          IssmDouble all_area_t;
    113                          IssmDouble time,starttime,finaltime;
    114 
     125                         
     126                         /*recover time parameters: */
    115127                         femmodel->parameters->FindParam(&starttime,TimesteppingStartTimeEnum);
    116128                         femmodel->parameters->FindParam(&finaltime,TimesteppingFinalTimeEnum);
    117129                         femmodel->parameters->FindParam(&time,TimeEnum);
    118 
    119                          /*If we are locked, return time average: */
    120                          if(this->lock)return misfit/(time-starttime);
    121 
    122 
    123                          for(i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    124                                  Element* element=(Element*)femmodel->elements->GetObjectByOffset(i);
    125                                  misfit_t+=element->Misfit(model_enum,observation_enum,weights_enum);
    126                                  area_t+=element->MisfitArea(weights_enum);
    127                          }
    128 
    129                          ISSM_MPI_Allreduce ( (void*)&misfit_t,(void*)&all_misfit_t,1,ISSM_MPI_DOUBLE,ISSM_MPI_SUM,IssmComm::GetComm());
    130                          ISSM_MPI_Allreduce ( (void*)&area_t,(void*)&all_area_t,1,ISSM_MPI_DOUBLE,ISSM_MPI_SUM,IssmComm::GetComm());
    131                          area_t=all_area_t;
    132                          misfit_t=all_misfit_t;
    133                          
    134                          /*Divide by surface area if not nill!: */
    135                          if (area_t!=0) misfit_t=misfit_t/area_t;
    136 
    137                          /*Recover delta_t: */
    138130                         femmodel->parameters->FindParam(&dt,TimesteppingTimeStepEnum);
    139131
    140                          /*Add this time's contribution to curent misfit: */
    141                          misfit+=dt*misfit_t;
     132                         if (this->local){ /*local computation: {{{*/
    142133
    143                          /*Do we lock? i.e. are we at final_time? :*/
    144                          if(time==finaltime)this->lock=1;
     134                                 int i;
     135                                 IssmDouble misfit_t=0.;
     136                                 IssmDouble all_misfit_t=0.;
     137                                 IssmDouble area_t=0.;
     138                                 IssmDouble all_area_t;
    145139
    146                          /*What we return is the value of misfit / time: */
    147                          return misfit/(time-starttime);
     140                       
     141                                 /*If we are locked, return time average: */
     142                                 if(this->lock)return misfit/(time-starttime);
     143
     144                                 for(i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
     145                                         Element* element=(Element*)femmodel->elements->GetObjectByOffset(i);
     146                                         misfit_t+=element->Misfit(model_enum,observation_enum,weights_enum);
     147                                         area_t+=element->MisfitArea(weights_enum);
     148                                 }
     149
     150                                 ISSM_MPI_Allreduce ( (void*)&misfit_t,(void*)&all_misfit_t,1,ISSM_MPI_DOUBLE,ISSM_MPI_SUM,IssmComm::GetComm());
     151                                 ISSM_MPI_Allreduce ( (void*)&area_t,(void*)&all_area_t,1,ISSM_MPI_DOUBLE,ISSM_MPI_SUM,IssmComm::GetComm());
     152                                 area_t=all_area_t;
     153                                 misfit_t=all_misfit_t;
     154                                 
     155                                 /*Divide by surface area if not nill!: */
     156                                 if (area_t!=0) misfit_t=misfit_t/area_t;
     157
     158                                 /*Add this time's contribution to curent misfit: */
     159                                 misfit+=dt*misfit_t;
     160
     161                                 /*Do we lock? i.e. are we at final_time? :*/
     162                                 if(time==finaltime)this->lock=1;
     163
     164                                 /*What we return is the value of misfit / time: */
     165                                 return misfit/(time-starttime);
     166                         } /*}}}*/
     167                         else{ /*global computation: {{{ */
     168                                 
     169                                 IssmDouble model, observation;
     170                                 
     171                                 /*If we are locked, return time average: */
     172                                 if(this->lock)return misfit/(time-starttime);
     173
     174                                 /*First, the global  model response: */
     175                                 model=OutputDefinitionsResponsex(femmodel,this->model_enum);
     176                                 /*Now, the observation is buried inside the elements, go fish it in the first element (cludgy, needs fixing): */
     177                                 Element* element=(Element*)femmodel->elements->GetObjectByOffset(0); _assert_(element);
     178                                 Input* input = element->GetInput(observation_enum); _assert_(input);
     179                                 input->GetInputAverage(&observation);
     180                                 
     181                                 /*Add this time's contribution to curent misfit: */
     182                                 misfit+=dt*(model-observation);
     183                                 
     184                                 /*Do we lock? i.e. are we at final_time? :*/
     185                                 if(time==finaltime)this->lock=1;
     186                                 
     187                                 /*What we return is the value of misfit / time: */
     188                                 return misfit/(time-starttime);
     189                         } /*}}}*/
     190
    148191                 }
    149192                        /*}}}*/

  • issm/trunk/src/c/classes/Node.cpp

    r18301 r19105  
    9494                                analysis_enum==BalancethicknessAnalysisEnum ||
    9595                                analysis_enum==HydrologyDCInefficientAnalysisEnum ||
    96                                 analysis_enum==DamageEvolutionAnalysisEnum ||
    9796                                analysis_enum==HydrologyDCEfficientAnalysisEnum ||
    9897                                analysis_enum==LevelsetAnalysisEnum ||

  • issm/trunk/src/c/classes/Nodes.cpp

    r18301 r19105  
    4949        /*Go through objects, and distribute dofs locally, from 0 to numberofdofsperobject*/
    5050        for(i=0;i<this->Size();i++){
    51                 Node* node=dynamic_cast<Node*>(this->GetObjectByOffset(i));
     51                Node* node=xDynamicCast<Node*>(this->GetObjectByOffset(i));
    5252
    5353                /*Check that this node corresponds to our analysis currently being carried out: */
    … …  
    7272        for(i=0;i<this->Size();i++){
    7373                /*Check that this node corresponds to our analysis currently being carried out: */
    74                 Node* node=dynamic_cast<Node*>(this->GetObjectByOffset(i));
     74                Node* node=xDynamicCast<Node*>(this->GetObjectByOffset(i));
    7575                if (node->InAnalysis(analysis_type)){
    7676                        node->OffsetDofs(dofcount,setenum);
    … …  
    8989
    9090        for(i=0;i<this->Size();i++){
    91                 Node* node=dynamic_cast<Node*>(this->GetObjectByOffset(i));
     91                Node* node=xDynamicCast<Node*>(this->GetObjectByOffset(i));
    9292                if (node->InAnalysis(analysis_type)){
    9393                        node->ShowTrueDofs(truedofs,maxdofspernode,setenum);//give maxdofspernode, column size, so that nodes can index into truedofs
    … …  
    9999        /* Now every cpu knows the true dofs of everyone else that is not a clone*/
    100100        for(i=0;i<this->Size();i++){
    101                 Node* node=dynamic_cast<Node*>(this->GetObjectByOffset(i));
     101                Node* node=xDynamicCast<Node*>(this->GetObjectByOffset(i));
    102102                if (node->InAnalysis(analysis_type)){
    103103                        node->UpdateCloneDofs(alltruedofs,maxdofspernode,setenum);
    … …  
    107107        /*Update indexingupdateflag*/
    108108        for(i=0;i<this->Size();i++){
    109                 Node* node=dynamic_cast<Node*>(this->GetObjectByOffset(i));
     109                Node* node=xDynamicCast<Node*>(this->GetObjectByOffset(i));
    110110                if (node->InAnalysis(analysis_type)){
    111111                        node->ReindexingDone();
    … …  
    148148        for(i=0;i<this->Size();i++){
    149149
    150                 Node* node=dynamic_cast<Node*>(this->GetObjectByOffset(i));
     150                Node* node=xDynamicCast<Node*>(this->GetObjectByOffset(i));
    151151
    152152                /*Check that this node corresponds to our analysis currently being carried out: */
    … …  
    172172        for(int i=0;i<this->Size();i++){
    173173
    174                 Node* node=dynamic_cast<Node*>(this->GetObjectByOffset(i));
     174                Node* node=xDynamicCast<Node*>(this->GetObjectByOffset(i));
    175175
    176176                /*Check that this node corresponds to our analysis currently being carried out: */
    … …  
    197197        if(!sorted){
    198198                for(int i=0;i<this->Size();i++){
    199                         Node* node=dynamic_cast<Node*>(this->GetObjectByOffset(i));
     199                        Node* node=xDynamicCast<Node*>(this->GetObjectByOffset(i));
    200200                        id=node->Id();
    201201                        if(id>max)max=id;
    … …  
    207207                }
    208208                else{
    209                         Node* node=dynamic_cast<Node*>(this->GetObjectByOffset(this->Size()-1));
     209                        Node* node=xDynamicCast<Node*>(this->GetObjectByOffset(this->Size()-1));
    210210                        max = node->Id();
    211211                }
    … …  
    238238        for(int i=0;i<this->Size();i++){
    239239
    240                 Node* node=dynamic_cast<Node*>(this->GetObjectByOffset(i));
     240                Node* node=xDynamicCast<Node*>(this->GetObjectByOffset(i));
    241241
    242242                /*Check that this node corresponds to our analysis currently being carried out: */
    … …  
    262262        /*Now go through all nodes, and get how many dofs they own, unless they are clone nodes: */
    263263        for(int i=0;i<this->Size();i++){
    264                 Node* node=dynamic_cast<Node*>(this->GetObjectByOffset(i));
     264                Node* node=xDynamicCast<Node*>(this->GetObjectByOffset(i));
    265265
    266266                /*Ok, this object is a node, ask it to plug values into partition: */
    … …  
    284284        for(i=0;i<this->Size();i++){
    285285
    286                 Node* node=dynamic_cast<Node*>(this->GetObjectByOffset(i));
     286                Node* node=xDynamicCast<Node*>(this->GetObjectByOffset(i));
    287287
    288288                /*Check that this node corresponds to our analysis currently being carried out: */
    … …  
    316316        for(int i=0;i<this->Size();i++){
    317317
    318                 Node* node=dynamic_cast<Node*>(this->GetObjectByOffset(i));
     318                Node* node=xDynamicCast<Node*>(this->GetObjectByOffset(i));
    319319
    320320                /*Check that this node corresponds to our analysis currently being carried out: */
    … …  
    335335        for(int i=0;i<this->Size();i++){
    336336
    337                 Node* node=dynamic_cast<Node*>(this->GetObjectByOffset(i));
     337                Node* node=xDynamicCast<Node*>(this->GetObjectByOffset(i));
    338338
    339339                /*Check that this node corresponds to our analysis currently being carried out: */

  • issm/trunk/src/c/classes/Options/GenericOption.h

    r15104 r19105  
    132132/*}}}*/
    133133
     134/*Special destructors when there is a pointer*/
     135template <> inline GenericOption<char*>::~GenericOption(){ /*{{{*/
     136
     137        if(name)   xDelete<char>(name);
     138        if(size)   xDelete<int>(size);
     139        if(value)  xDelete<char>(value);
     140}
     141/*}}}*/
     142
    134143#endif  /* _OPTIONOBJECT_H */

  • issm/trunk/src/c/classes/Options/Options.cpp

    r18301 r19105  
    5252        for(object=objects.begin();object<objects.end();object++){
    5353
    54                 option=dynamic_cast<Option*>(*object);
     54                option=xDynamicCast<Option*>(*object);
    5555                if (!strcmp(option->Name(),name)){
    5656                        _error_("Options \"" << name << "\" found multiple times");
    … …  
    7373        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    7474
    75                 option=dynamic_cast<Option*>(*object);
     75                option=xDynamicCast<Option*>(*object);
     76                //option=(Option*)(*object); //C-like cast
     77                /*There is a crash on some machines (Einar Olason) that needs to be fixed*/
     78                if(!option){
     79                        _printf_("The dynamic_cast from Object* to Option* is failing.\n");
     80                        _printf_("\n");
     81                        _printf_("A quick qorkaround consists of using a C-like cast\n");
     82                        _printf_("\n");
     83                        _printf_("Open Options.cpp and change the dynamic_cast in Options::GetOption by a C-like cast\n");
     84                        //_printf_("Open Options.h and replace the dynamic_cast of all the Get functions to C-like cats\n");
     85                        _printf_("\n");
     86                        _error_("Make the fix above and recompile ISSM");
     87                }
     88
    7689                if (!strncmp(name,option->Name(),strlen(option->Name()))){
    7790

  • issm/trunk/src/c/classes/Options/Options.h

    r15104 r19105  
    2626
    2727                        /*Get option*/
    28                         GenericOption<OptionType>* genericoption=dynamic_cast<GenericOption<OptionType>*>(GetOption(name));
     28                        GenericOption<OptionType>* genericoption=xDynamicCast<GenericOption<OptionType>*>(GetOption(name));
    2929
    3030                        /*If the pointer is not NULL, the option has been found*/
    … …  
    4141
    4242                        /*Get option*/
    43                         GenericOption<OptionType>* genericoption=dynamic_cast<GenericOption<OptionType>*>(GetOption(name));
     43                        GenericOption<OptionType>* genericoption=xDynamicCast<GenericOption<OptionType>*>(GetOption(name));
    4444
    4545                        /*If the pointer is not NULL, the option has been found*/
    … …  
    5757
    5858                        /*Get option*/
    59                         GenericOption<OptionType>* genericoption=dynamic_cast<GenericOption<OptionType>*>(GetOption(name));
     59                        GenericOption<OptionType>* genericoption=xDynamicCast<GenericOption<OptionType>*>(GetOption(name));
    6060
    6161                        /*If the pointer is not NULL, the option has been found*/
    … …  
    7272
    7373                        /*Get option*/
    74                         GenericOption<OptionType>* genericoption=dynamic_cast<GenericOption<OptionType>*>(GetOption(name));
     74                        GenericOption<OptionType>* genericoption=xDynamicCast<GenericOption<OptionType>*>(GetOption(name));
    7575
    7676                        /*If the pointer is not NULL, the option has been found*/
    … …  
    9292
    9393        /*Get option*/
    94         GenericOption<char*>* genericoption=dynamic_cast<GenericOption<char*>*>(GetOption(name));
     94        GenericOption<char*>* genericoption=xDynamicCast<GenericOption<char*>*>(GetOption(name));
    9595
    9696        /*If the pointer is not NULL, the option has been found*/

  • issm/trunk/src/c/classes/Params/Parameters.cpp

    r18301 r19105  
    5757
    5858        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    59                 param=dynamic_cast<Param*>(*object);
     59                param=xDynamicCast<Param*>(*object);
    6060                if(param->InstanceEnum()==enum_type) return true;
    6161        }
    … …  
    7070        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    7171
    72                 param=dynamic_cast<Param*>(*object);
     72                param=xDynamicCast<Param*>(*object);
    7373                if(param->InstanceEnum()==enum_type){
    7474                        param->GetParameterValue(pbool);
    … …  
    8686        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    8787
    88                 param=dynamic_cast<Param*>(*object);
     88                param=xDynamicCast<Param*>(*object);
    8989                if(param->InstanceEnum()==enum_type){
    9090                        param->GetParameterValue(pinteger);
    … …  
    102102        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    103103
    104                 param=dynamic_cast<Param*>(*object);
     104                param=xDynamicCast<Param*>(*object);
    105105                if(param->InstanceEnum()==enum_type){
    106106                        param->GetParameterValue(pscalar);
    … …  
    118118        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    119119
    120                 param=dynamic_cast<Param*>(*object);
     120                param=xDynamicCast<Param*>(*object);
    121121                if(param->InstanceEnum()==enum_type){
    122122                        param->GetParameterValue(pscalar,time);
    … …  
    134134        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    135135
    136                 param=dynamic_cast<Param*>(*object);
     136                param=xDynamicCast<Param*>(*object);
    137137                if(param->InstanceEnum()==enum_type){
    138138                        param->GetParameterValue(pstring);
    … …  
    151151        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    152152
    153                 param=dynamic_cast<Param*>(*object);
     153                param=xDynamicCast<Param*>(*object);
    154154                if(param->InstanceEnum()==enum_type){
    155155                        param->GetParameterValue(pstringarray,pM);
    … …  
    168168        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    169169
    170                 param=dynamic_cast<Param*>(*object);
     170                param=xDynamicCast<Param*>(*object);
    171171                if(param->InstanceEnum()==enum_type){
    172172                        param->GetParameterValue(pintarray,pM);
    … …  
    185185        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    186186
    187                 param=dynamic_cast<Param*>(*object);
     187                param=xDynamicCast<Param*>(*object);
    188188                if(param->InstanceEnum()==enum_type){
    189189                        param->GetParameterValue(pintarray,pM,pN);
    … …  
    202202        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    203203
    204                 param=dynamic_cast<Param*>(*object);
     204                param=xDynamicCast<Param*>(*object);
    205205                if(param->InstanceEnum()==enum_type){
    206206                        param->GetParameterValue(pIssmDoublearray,pM);
    … …  
    219219        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    220220
    221                 param=dynamic_cast<Param*>(*object);
     221                param=xDynamicCast<Param*>(*object);
    222222                if(param->InstanceEnum()==enum_type){
    223223                        param->GetParameterValue(pIssmDoublearray,pM,pN);
    … …  
    236236        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    237237
    238                 param=dynamic_cast<Param*>(*object);
     238                param=xDynamicCast<Param*>(*object);
    239239                if(param->InstanceEnum()==enum_type){
    240240                        param->GetParameterValue(parray,pM,pmdims_array,pndims_array);
    … …  
    252252        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    253253
    254                 param=dynamic_cast<Param*>(*object);
     254                param=xDynamicCast<Param*>(*object);
    255255                if(param->InstanceEnum()==enum_type){
    256256                        param->GetParameterValue(pvec);
    … …  
    269269        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    270270
    271                 param=dynamic_cast<Param*>(*object);
     271                param=xDynamicCast<Param*>(*object);
    272272                if(param->InstanceEnum()==enum_type){
    273273                        param->GetParameterValue(pmat);
    … …  
    286286        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    287287
    288                 param=dynamic_cast<Param*>(*object);
     288                param=xDynamicCast<Param*>(*object);
    289289                if(param->InstanceEnum()==enum_type){
    290290                        param->GetParameterValue(pfid);
    … …  
    303303        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    304304
    305                 param=dynamic_cast<Param*>(*object);
     305                param=xDynamicCast<Param*>(*object);
    306306                if(param->InstanceEnum()==enum_type){
    307307                        param->GetParameterValue(pdataset);
    … …  
    318318
    319319        /*first, figure out if the param has already been created: */
    320         param=dynamic_cast<Param*>(this->FindParamObject(enum_type));
     320        param=xDynamicCast<Param*>(this->FindParamObject(enum_type));
    321321
    322322        if(param) param->SetValue(boolean); //already exists, just set it.
    … …  
    329329
    330330        /*first, figure out if the param has already been created: */
    331         param=dynamic_cast<Param*>(this->FindParamObject(enum_type));
     331        param=xDynamicCast<Param*>(this->FindParamObject(enum_type));
    332332
    333333        if(param) param->SetValue(integer); //already exists, just set it.
    … …  
    340340
    341341        /*first, figure out if the param has already been created: */
    342         param=dynamic_cast<Param*>(this->FindParamObject(enum_type));
     342        param=xDynamicCast<Param*>(this->FindParamObject(enum_type));
    343343
    344344        if(param) param->SetValue(scalar); //already exists, just set it.
    … …  
    351351
    352352        /*first, figure out if the param has already been created: */
    353         param=dynamic_cast<Param*>(this->FindParamObject(enum_type));
     353        param=xDynamicCast<Param*>(this->FindParamObject(enum_type));
    354354
    355355        if(param) param->SetValue(string); //already exists, just set it.
    … …  
    362362
    363363        /*first, figure out if the param has already been created: */
    364         param=dynamic_cast<Param*>(this->FindParamObject(enum_type));
     364        param=xDynamicCast<Param*>(this->FindParamObject(enum_type));
    365365
    366366        if(param) param->SetValue(stringarray,M); //already exists, just set it.
    … …  
    373373
    374374        /*first, figure out if the param has already been created: */
    375         param=dynamic_cast<Param*>(this->FindParamObject(enum_type));
     375        param=xDynamicCast<Param*>(this->FindParamObject(enum_type));
    376376
    377377        if(param) param->SetValue(IssmDoublearray,M); //already exists, just set it.
    … …  
    384384
    385385        /*first, figure out if the param has already been created: */
    386         param=dynamic_cast<Param*>(this->FindParamObject(enum_type));
     386        param=xDynamicCast<Param*>(this->FindParamObject(enum_type));
    387387
    388388        if(param) param->SetValue(IssmDoublearray,M,N); //already exists, just set it.
    … …  
    395395
    396396        /*first, figure out if the param has already been created: */
    397         param=dynamic_cast<Param*>(this->FindParamObject(enum_type));
     397        param=xDynamicCast<Param*>(this->FindParamObject(enum_type));
    398398
    399399        if(param) param->SetValue(intarray,M); //already exists, just set it.
    … …  
    406406
    407407        /*first, figure out if the param has already been created: */
    408         param=dynamic_cast<Param*>(this->FindParamObject(enum_type));
     408        param=xDynamicCast<Param*>(this->FindParamObject(enum_type));
    409409
    410410        if(param) param->SetValue(intarray,M,N); //already exists, just set it.
    … …  
    417417
    418418        /*first, figure out if the param has already been created: */
    419         param=dynamic_cast<Param*>(this->FindParamObject(enum_type));
     419        param=xDynamicCast<Param*>(this->FindParamObject(enum_type));
    420420
    421421        if(param) param->SetValue(vector); //already exists, just set it.
    … …  
    428428
    429429        /*first, figure out if the param has already been created: */
    430         param=dynamic_cast<Param*>(this->FindParamObject(enum_type));
     430        param=xDynamicCast<Param*>(this->FindParamObject(enum_type));
    431431
    432432        if(param) param->SetValue(matrix); //already exists, just set it.
    … …  
    439439
    440440        /*first, figure out if the param has already been created: */
    441         param=dynamic_cast<Param*>(this->FindParamObject(enum_type));
     441        param=xDynamicCast<Param*>(this->FindParamObject(enum_type));
    442442
    443443        if(param) param->SetValue(fid); //already exists, just set it.
    … …  
    450450
    451451        /*first, figure out if the param has already been created: */
    452         param=dynamic_cast<Param*>(this->FindParamObject(enum_type));
     452        param=xDynamicCast<Param*>(this->FindParamObject(enum_type));
    453453
    454454        if(param) param->SetValue(dataset); //already exists, just set it.
    … …  
    464464        for ( object=objects.begin() ; object < objects.end(); object++ ){
    465465
    466                 param=dynamic_cast<Param*>(*object);
     466                param=xDynamicCast<Param*>(*object);
    467467                if(param->InstanceEnum()==enum_type){
    468468                        return (*object);

  • issm/trunk/src/c/classes/Vertex.cpp

    r18301 r19105  
    3232        this->domaintype     = iomodel->domaintype;
    3333
    34         _assert_(iomodel->Data(BaseEnum) && iomodel->Data(ThicknessEnum) && iomodel->numbernodetoelementconnectivity);
    3534        switch(iomodel->domaintype){
    3635                case Domain3DEnum:
    37                 case Domain2DhorizontalEnum:
     36                        _assert_(iomodel->Data(BaseEnum) && iomodel->Data(ThicknessEnum));
    3837                        this->sigma = (iomodel->Data(MeshZEnum)[i]-iomodel->Data(BaseEnum)[i])/(iomodel->Data(ThicknessEnum)[i]);
    3938                        break;
     39                case Domain2DhorizontalEnum:
     40                        this->sigma = 0.;
     41                        break;
    4042                case Domain2DverticalEnum:
     43                        _assert_(iomodel->Data(BaseEnum) && iomodel->Data(ThicknessEnum));
    4144                        this->sigma = (iomodel->Data(MeshYEnum)[i]-iomodel->Data(BaseEnum)[i])/(iomodel->Data(ThicknessEnum)[i]);
    4245                        break;
    4346        }
    4447
     48        _assert_(iomodel->numbernodetoelementconnectivity);
    4549        this->connectivity = iomodel->numbernodetoelementconnectivity[i];
    4650

  • issm/trunk/src/c/classes/Vertices.cpp

    r18301 r19105  
    5252        /*Go through objects, and distribute pids locally, from 0 to numberofpidsperobject*/
    5353        for (i=0;i<this->Size();i++){
    54                 Vertex* vertex=dynamic_cast<Vertex*>(this->GetObjectByOffset(i));
     54                Vertex* vertex=xDynamicCast<Vertex*>(this->GetObjectByOffset(i));
    5555                vertex->DistributePids(&pidcount);
    5656        }
    … …  
    7272        }
    7373        for (i=0;i<this->Size();i++){
    74                 Vertex* vertex=dynamic_cast<Vertex*>(this->GetObjectByOffset(i));
     74                Vertex* vertex=xDynamicCast<Vertex*>(this->GetObjectByOffset(i));
    7575                vertex->OffsetPids(pidcount);
    7676        }
    … …  
    8282        alltruepids=xNewZeroInit<int>(numberofobjects);
    8383        for (i=0;i<this->Size();i++){
    84                 Vertex* vertex=dynamic_cast<Vertex*>(this->GetObjectByOffset(i));
     84                Vertex* vertex=xDynamicCast<Vertex*>(this->GetObjectByOffset(i));
    8585                vertex->ShowTruePids(truepids);
    8686        }
    … …  
    8989        /* Now every cpu knows the true pids of everyone else that is not a clone*/
    9090        for(i=0;i<this->Size();i++){
    91                 Vertex* vertex=dynamic_cast<Vertex*>(this->GetObjectByOffset(i));
     91                Vertex* vertex=xDynamicCast<Vertex*>(this->GetObjectByOffset(i));
    9292                vertex->UpdateClonePids(alltruepids);
    9393        }
    … …  
    128128        for(i=0;i<this->Size();i++){
    129129                /*For this object, decide whether it is a clone: */
    130                 Vertex* vertex=dynamic_cast<Vertex*>(this->GetObjectByOffset(i));
     130                Vertex* vertex=xDynamicCast<Vertex*>(this->GetObjectByOffset(i));
    131131                vertex->SetClone(minranks);
    132132        }
    … …  
    145145
    146146        for(i=0;i<this->Size();i++){
    147                 Vertex* vertex=dynamic_cast<Vertex*>(this->GetObjectByOffset(i));
     147                Vertex* vertex=xDynamicCast<Vertex*>(this->GetObjectByOffset(i));
    148148                sid=vertex->Sid();
    149149                if (sid>max_sid)max_sid=sid;
    … …  
    172172        for(int i=0;i<this->Size();i++){
    173173                /*Plug rank into ranks, according to id: */
    174                 Vertex* vertex=dynamic_cast<Vertex*>(this->GetObjectByOffset(i));
     174                Vertex* vertex=xDynamicCast<Vertex*>(this->GetObjectByOffset(i));
    175175                sid=vertex->Sid();
    176176                ranks[sid]=my_rank;
    … …  
    202202
    203203                /*let vertex fill matrix: */
    204                 Vertex* vertex=dynamic_cast<Vertex*>(this->GetObjectByOffset(i));
     204                Vertex* vertex=xDynamicCast<Vertex*>(this->GetObjectByOffset(i));
    205205                vertex->ToXYZ(xyz);
    206206        }

  • issm/trunk/src/c/classes/classes.h

    r17806 r19105  
    1919#include "./Massfluxatgate.h"
    2020#include "./Misfit.h"
     21#include "./Masscon.h"
     22#include "./Massconaxpby.h"
    2123
    2224/*Constraints: */

  • issm/trunk/src/c/classes/gauss/GaussPenta.cpp

    r18301 r19105  
    88#include "../../shared/Exceptions/exceptions.h"
    99#include "../../shared/MemOps/MemOps.h"
     10#include "../../shared/Numerics/recast.h"
    1011#include "../../shared/Enum/Enum.h"
    1112#include "../../shared/Numerics/GaussPoints.h"
    … …  
    750751
    751752        _assert_(gauss->Enum()==GaussTriaEnum);
    752         GaussTria* gauss_tria = dynamic_cast<GaussTria*>(gauss);
     753        GaussTria* gauss_tria = xDynamicCast<GaussTria*>(gauss);
    753754
    754755        gauss_tria->coord1=this->coord1;

  • issm/trunk/src/c/classes/kriging/Observation.cpp

    r18301 r19105  
    44
    55#include <stdlib.h>
     6#include <cmath>
     7#include <utility>
    68#include "../classes.h"
    79
    … …  
    2325}
    2426/*}}}*/
     27Observation::Observation(double x_in, double y_in,double value_in){
     28        this->x = x_in;
     29        this->y = y_in;
     30        this->value = value_in;
     31
     32        this->xi     = 0;
     33        this->yi     = 0;
     34        this->index  = 0;
     35        this->weight = 0.;
     36}
    2537Observation::~Observation(){/*{{{*/
    2638        return;
    … …  
    5971}
    6072/*}}}*/
     73
     74/*Covertree*/
     75void Observation::print(void) const{/*{{{*/
     76
     77        _printf_("Observation\n");
     78        _printf_("   x     : " << this->x << "\n");
     79        _printf_("   y     : " << this->y << "\n");
     80        _printf_("   value : " << this->value << "\n");
     81}
     82/*}}}*/
     83double Observation::distance(const Observation& ob) const
     84{
     85        return std::sqrt( (std::pow( (ob.x - this->x), 2 ) + std::pow((ob.y - this->y), 2) ));
     86}
     87
     88bool Observation::operator==(const Observation& ob) const
     89{
     90        return (ob.x == this->x && ob.y == this->y && ob.value == this->value);
     91}
     92
     93void Observation::WriteXYObs(const Observation& ob, double* px, double* py, double* pobs){
     94    *px   = ob.x;
     95    *py   = ob.y;
     96    *pobs = ob.value;
     97}

  • issm/trunk/src/c/classes/kriging/Observation.h

    r18301 r19105  
    2020                Observation();
    2121                Observation(double x_in,double y_in,int xi_in,int yi_in,int index_in,double value_in);
     22                Observation(double x_in,double y_in,double value_in);
    2223                ~Observation();
    2324
    2425                /*Object virtual functions definitions*/
     26                double  distance(const Observation& ob) const;
     27
    2528                void    Echo();
     29                void    print() const;
    2630                void    DeepEcho()  {_error_("Not implemented yet"); };
    2731                int     Id()        {_error_("Not implemented yet"); };
    2832                int     ObjectEnum(){_error_("Not implemented yet"); };
     33                bool operator==(const Observation& ob) const;
    2934                Object *copy();
    3035
    3136                /*Management*/
     37                void WriteXYObs(const Observation& ob, double* px, double* py, double* pobs);
    3238                void WriteXYObs(double* px,double* py,double* pobs);
    3339};

  • issm/trunk/src/c/classes/kriging/Observations.cpp

    r18301 r19105  
    2323
    2424#include "./Quadtree.h"
     25#include "./Covertree.h"
    2526#include "./Variogram.h"
    2627#include "../../toolkits/toolkits.h"
    … …  
    3132/*Object constructors and destructor*/
    3233Observations::Observations(){/*{{{*/
    33         this->quadtree = NULL;
     34        this->treetype  = 0;
     35        this->quadtree  = NULL;
     36        this->covertree = NULL;
    3437        return;
    3538}
    3639/*}}}*/
    3740Observations::Observations(IssmPDouble* observations_list,IssmPDouble* x,IssmPDouble* y,int n,Options* options){/*{{{*/
     41
     42        /*Check that there are observations*/
     43        if(n<=0) _error_("No observation found");
     44
     45        /*Get tree type (FIXME)*/
     46        IssmDouble dtree = 0.;
     47        options->Get(&dtree,"treetype",1.);
     48        this->treetype = reCast<int>(dtree);
     49        switch(this->treetype){
     50                case 1:
     51                        this->covertree = NULL;
     52                        this->InitQuadtree(observations_list,x,y,n,options);
     53                        break;
     54                case 2:
     55                        this->quadtree = NULL;
     56                        this->InitCovertree(observations_list,x,y,n,options);
     57                        break;
     58                default:
     59                        _error_("Tree type "<<this->treetype<<" not supported yet (1: quadtree, 2: covertree)");
     60        }
     61
     62
     63
     64}
     65/*}}}*/
     66Observations::~Observations(){/*{{{*/
     67        switch(this->treetype){
     68                case 1:
     69                        delete this->quadtree;
     70                        break;
     71                case 2:
     72                        delete this->covertree;
     73                        break;
     74                default:
     75                        _error_("Tree type "<<this->treetype<<" not supported yet (1: quadtree, 2: covertree)");
     76        }
     77        return;
     78}
     79/*}}}*/
     80
     81/*Initialize data structures*/
     82void Observations::InitQuadtree(IssmPDouble* observations_list,IssmPDouble* x,IssmPDouble* y,int n,Options* options){/*{{{*/
    3883
    3984        /*Intermediaries*/
    … …  
    4489        Observation *observation = NULL;
    4590
    46         /*Check that observations is not empty*/
    47         if(n==0) _error_("No observation found");
     91        /*Checks*/
     92        _assert_(n);
    4893
    4994        /*Get extrema*/
    … …  
    89134                this->quadtree->ClosestObs(&index,x[i],y[i]);
    90135                if(index>=0){
    91                         observation=dynamic_cast<Observation*>(this->GetObjectByOffset(index));
     136                        observation=xDynamicCast<Observation*>(this->GetObjectByOffset(index));
    92137                        if(pow(observation->x-x[i],2)+pow(observation->y-y[i],2) < minspacing) continue;
    93138                }
    … …  
    110155}
    111156/*}}}*/
    112 Observations::~Observations(){/*{{{*/
    113         delete quadtree;
    114         return;
     157void Observations::InitCovertree(IssmPDouble* observations_list,IssmPDouble* x,IssmPDouble* y,int n,Options* options){/*{{{*/
     158
     159    int maxdepth = 20;
     160         _printf0_("Generating covertree with a maximum depth " <<  maxdepth <<"... ");
     161    this->covertree=new Covertree(maxdepth);
     162
     163    for(int i=0;i<n;i++){
     164                 this->covertree->insert(Observation(x[i],y[i],observations_list[i]));
     165    }
     166         _printf0_("done\n");
    115167}
    116168/*}}}*/
    … …  
    131183        this->quadtree->ClosestObs(&index,x_interp,y_interp);
    132184        if(index>=0){
    133                 observation=dynamic_cast<Observation*>(this->GetObjectByOffset(index));
     185                observation=xDynamicCast<Observation*>(this->GetObjectByOffset(index));
    134186                hmin = sqrt((observation->x-x_interp)*(observation->x-x_interp) + (observation->y-y_interp)*(observation->y-y_interp));
    135187                if(hmin<radius) radius=hmin;
    … …  
    139191        this->quadtree->RangeSearch(&indices,&nobs,x_interp,y_interp,radius);
    140192        for (i=0;i<nobs;i++){
    141                 observation=dynamic_cast<Observation*>(this->GetObjectByOffset(indices[i]));
     193                observation=xDynamicCast<Observation*>(this->GetObjectByOffset(indices[i]));
    142194                h2 = (observation->x-x_interp)*(observation->x-x_interp) + (observation->y-y_interp)*(observation->y-y_interp);
    143195                if(i==0){
    … …  
    155207        /*Assign output pointer*/
    156208        if(nobs || hmin==radius){
    157                 observation=dynamic_cast<Observation*>(this->GetObjectByOffset(index));
     209                observation=xDynamicCast<Observation*>(this->GetObjectByOffset(index));
    158210                *px   = observation->x;
    159211                *py   = observation->y;
    … …  
    183235}/*}}}*/
    184236void Observations::ObservationList(IssmPDouble **px,IssmPDouble **py,IssmPDouble **pobs,int* pnobs,IssmPDouble x_interp,IssmPDouble y_interp,IssmPDouble radius,int maxdata){/*{{{*/
     237
     238        if(this->treetype==2){
     239                this->ObservationList2(px,py,pobs,pnobs,x_interp,y_interp,radius,maxdata);
     240                return;
     241        }
    185242
    186243        /*Output and Intermediaries*/
    … …  
    210267        nobs = 0;
    211268        for(i=0;i<tempnobs;i++){
    212                 observation=dynamic_cast<Observation*>(this->GetObjectByOffset(tempindices[i]));
     269                observation=xDynamicCast<Observation*>(this->GetObjectByOffset(tempindices[i]));
    213270                h2 = (observation->x-x_interp)*(observation->x-x_interp) + (observation->y-y_interp)*(observation->y-y_interp);
    214271
    … …  
    252309                /*Loop over all observations and fill in x, y and obs*/
    253310                for(i=0;i<nobs;i++){
    254                         observation=dynamic_cast<Observation*>(this->GetObjectByOffset(indices[i]));
     311                        observation=xDynamicCast<Observation*>(this->GetObjectByOffset(indices[i]));
    255312                        observation->WriteXYObs(&x[i],&y[i],&obs[i]);
    256313                }
    … …  
    280337                obs = xNew<IssmPDouble>(nobs);
    281338                for(int i=0;i<this->Size();i++){
    282                         observation=dynamic_cast<Observation*>(this->GetObjectByOffset(i));
     339                        observation=xDynamicCast<Observation*>(this->GetObjectByOffset(i));
    283340                        observation->WriteXYObs(&x[i],&y[i],&obs[i]);
    284341                }
    … …  
    510567void Observations::QuadtreeColoring(IssmPDouble* A,IssmPDouble *x,IssmPDouble *y,int n){/*{{{*/
    511568
     569        if(this->treetype!=1) _error_("Tree type is not quadtree");
    512570        int xi,yi,level;
    513571
    … …  
    532590
    533591        for(i=0;i<this->Size();i++){
    534                 observation1=dynamic_cast<Observation*>(this->GetObjectByOffset(i));
     592                observation1=xDynamicCast<Observation*>(this->GetObjectByOffset(i));
    535593
    536594                for(j=i+1;j<this->Size();j++){
    537                         observation2=dynamic_cast<Observation*>(this->GetObjectByOffset(j));
     595                        observation2=xDynamicCast<Observation*>(this->GetObjectByOffset(j));
    538596
    539597                        distance=sqrt(pow(observation1->x - observation2->x,2) + pow(observation1->y - observation2->y,2));
    … …  
    558616        xDelete<IssmPDouble>(counter);
    559617}/*}}}*/
     618
     619void Observations::ObservationList2(double **px,double **py,double **pobs,int* pnobs,double x_interp,double y_interp,double radius,int maxdata){/*{{{*/
     620   
     621
     622    double *x            = NULL;
     623    double *y            = NULL;
     624    double *obs          = NULL;
     625    Observation observation=Observation(x_interp,y_interp,0.);
     626    std::vector<Observation> kNN;
     627
     628         kNN=(this->covertree->kNearestNeighbors(observation, maxdata));
     629         //cout << "kNN's size: " << kNN.size() << " (maxdata = " <<maxdata<<")"<<endl;
     630       
     631        //kNN is sort from closest to farthest neighbor
     632        //searches for the first neighbor that is out of radius
     633        //deletes and resizes the kNN vector
     634        vector<Observation>::iterator it;
     635        if(radius>0.){
     636                for (it = kNN.begin(); it != kNN.end(); ++it) {
     637                        //(*it).print();
     638                        //cout << "\n" << (*it).distance(observation) << endl;
     639                        if ((*it).distance(observation) > radius) {
     640                                break;
     641                        }
     642                }
     643                kNN.erase(it, kNN.end());
     644        }
     645   
     646        /*Allocate vectors*/
     647        x   = new double[kNN.size()];
     648        y   = new double[kNN.size()];
     649        obs = new double[kNN.size()];
     650
     651        /*Loop over all observations and fill in x, y and obs*/
     652        int i = 0;
     653        for(it = kNN.begin(); it != kNN.end(); ++it) {
     654                (*it).WriteXYObs((*it), &x[i], &y[i], &obs[i]);
     655                i++;
     656        }
     657   
     658    *px=x;
     659    *py=y;
     660    *pobs=obs;
     661         *pnobs = kNN.size();
     662}/*}}}*/

  • issm/trunk/src/c/classes/kriging/Observations.h

    r15396 r19105  
    33
    44class Quadtree;
     5class Covertree;
    56class Variogram;
    67class Options;
    … …  
    1617
    1718        private:
    18                 Quadtree* quadtree;
     19                int        treetype;
     20                Quadtree*  quadtree;
     21                Covertree* covertree;
    1922
    2023        public:
    … …  
    2427                Observations(IssmDouble* observations_list,IssmDouble* x,IssmDouble* y,int n,Options* options);
    2528                ~Observations();
     29
     30                /*Initialize data structures*/
     31                void InitQuadtree(IssmDouble* observations_list,IssmDouble* x,IssmDouble* y,int n,Options* options);
     32                void InitCovertree(IssmDouble* observations_list,IssmDouble* x,IssmDouble* y,int n,Options* options);
    2633
    2734                /*Methods*/
    … …  
    3441                void ObservationList(IssmDouble **px,IssmDouble **py,IssmDouble **pobs,int* pnobs);
    3542                void ObservationList(IssmDouble **px,IssmDouble **py,IssmDouble **pobs,int* pnobs,IssmDouble x_interp,IssmDouble y_interp,IssmDouble radius,int maxdata);
     43                void ObservationList2(IssmDouble **px,IssmDouble **py,IssmDouble **pobs,int* pnobs,IssmDouble x_interp,IssmDouble y_interp,IssmDouble radius,int maxdata);
    3644                void QuadtreeColoring(IssmDouble* A,IssmDouble *x,IssmDouble *y,int n);
    3745                void Variomap(IssmDouble* gamma,IssmDouble *x,int n);

  • issm/trunk/src/c/classes/kriging/krigingobjects.h

    r15396 r19105  
    1313#include "./PowerVariogram.h"
    1414#include "./Quadtree.h"
     15#include "./Covertree.h"
    1516#include "./Observation.h"
    1617#include "./Observations.h"

  • issm/trunk/src/c/classes/matrix/ElementMatrix.cpp

    r18301 r19105  
    329329}
    330330/*}}}*/
     331void ElementMatrix::AddDiagonalToGlobal(Vector<IssmDouble>* pf){/*{{{*/
     332
     333        IssmDouble* localvalues=NULL;
     334
     335        /*Check that pf is not NULL*/
     336        _assert_(pf);
     337
     338        /*In debugging mode, check consistency (no NaN, and values not too big)*/
     339        this->CheckConsistency();
     340
     341        if(this->dofsymmetrical){
     342                /*only use row dofs to add values into global matrices: */
     343
     344                if(this->row_fsize){
     345                        /*first, retrieve values that are in the f-set from the g-set values matrix: */
     346                        localvalues=xNew<IssmDouble>(this->row_fsize);
     347                        for(int i=0;i<this->row_fsize;i++){
     348                                localvalues[i] = this->values[this->ncols*this->row_flocaldoflist[i]+ this->row_flocaldoflist[i]];
     349                        }
     350
     351                        /*add local values into global  matrix, using the fglobaldoflist: */
     352                        pf->SetValues(this->row_fsize,this->row_fglobaldoflist,localvalues,ADD_VAL);
     353
     354                        /*Free ressources:*/
     355                        xDelete<IssmDouble>(localvalues);
     356                }
     357        }
     358        else{
     359                _error_("non dofsymmetrical matrix AddToGlobal routine not support yet!");
     360        }
     361
     362}
     363/*}}}*/
    331364void ElementMatrix::CheckConsistency(void){/*{{{*/
    332365        /*Check element matrix values, only in debugging mode*/
    … …  
    339372        }
    340373        #endif
     374}
     375/*}}}*/
     376void ElementMatrix::Lump(void){/*{{{*/
     377
     378        if(!dofsymmetrical) _error_("not supported yet");
     379
     380        for(int i=0;i<this->nrows;i++){
     381                for(int j=0;j<this->ncols;j++){
     382                        if(i!=j){
     383                                this->values[i*this->ncols+i] += this->values[i*this->ncols+j];
     384                                this->values[i*this->ncols+j]  = 0.;
     385                        }
     386                }
     387        }
     388
     389        return;
    341390}
    342391/*}}}*/

  • issm/trunk/src/c/classes/matrix/ElementMatrix.h

    r16560 r19105  
    6060                void AddToGlobal(Matrix<IssmDouble>* Kff, Matrix<IssmDouble>* Kfs);
    6161                void AddToGlobal(Matrix<IssmDouble>* Jff);
     62                void AddDiagonalToGlobal(Vector<IssmDouble>* pf);
    6263                void Echo(void);
    6364                void CheckConsistency(void);
    6465                void StaticCondensation(int numindices,int* indices);
     66                void Lump(void);
    6567                void Transpose(void);
    6668                void Init(ElementMatrix* Ke);

  • issm/trunk/src/c/cores/WrapperCorePointerFromSolutionEnum.cpp

    r18301 r19105  
    4747                        case 2: solutioncore=controlm1qn3_core; break;
    4848                        case 3: solutioncore=controlvalidation_core; break;
     49                        case 4: solutioncore=controlad_core; break;
    4950                        default: _error_("control type not supported");
    5051                }

  • issm/trunk/src/c/cores/ad_core.cpp

    r16518 r19105  
    2828        bool    isautodiff       = false;
    2929        char   *driver           = NULL;
    30         size_t  tape_stats[11];
     30        size_t  tape_stats[15];
    3131
    3232        /*state variables: */
    … …  
    4545                        /*First, stop tracing: */
    4646                        trace_off();
    47                
    48                         /*retrieve parameters: */
    49                         femmodel->parameters->FindParam(&num_dependents,AutodiffNumDependentsEnum);
    50                         femmodel->parameters->FindParam(&num_independents,AutodiffNumIndependentsEnum);
    51        
    52                         /*if no dependents, no point in running a driver: */
    53                         if(!(num_dependents*num_independents)) return;
    54 
    55                         /*for adolc to run in parallel, we 0 out on rank~=0:*/
    56                         if (my_rank!=0){
    57                                 num_dependents=0; num_independents=0;
    58                         }
    5947                       
    6048                        /*Print tape statistics so that user can kill this run if something is off already:*/
    61                         tapestats(my_rank,tape_stats); //reading of tape statistics
    62                         if(VerboseAutodiff()){
     49                        if(VerboseAutodiff()){ /*{{{*/
     50                                tapestats(my_rank,tape_stats); //reading of tape statistics
    6351                                int commSize=IssmComm::GetSize();
    6452                                int *sstats=new int[7];
    … …  
    9987                                }
    10088                                delete [] sstats;
     89                        } /*}}}*/
     90
     91                        /*retrieve parameters: */
     92                        femmodel->parameters->FindParam(&num_dependents,AutodiffNumDependentsEnum);
     93                        femmodel->parameters->FindParam(&num_independents,AutodiffNumIndependentsEnum);
     94       
     95                        /*if no dependents, no point in running a driver: */
     96                        if(!(num_dependents*num_independents)) return;
     97
     98                        /*for adolc to run in parallel, we 0 out on rank~=0:*/
     99                        if (my_rank!=0){
     100                                num_dependents=0; num_independents=0;
    101101                        }
    102 
     102                       
    103103                        /*retrieve state variable: */
    104104                        femmodel->parameters->FindParam(&axp,&dummy,AutodiffXpEnum);
    … …  
    111111
    112112                        /*get the EDF pointer:*/
    113                         ext_diff_fct *anEDF_for_solverx_p=dynamic_cast<GenericParam<Adolc_edf> * >(femmodel->parameters->FindParamObject(AdolcParamEnum))->GetParameterValue().myEDF_for_solverx_p;
     113                        ext_diff_fct *anEDF_for_solverx_p=xDynamicCast<GenericParam<Adolc_edf> * >(femmodel->parameters->FindParamObject(AdolcParamEnum))->GetParameterValue().myEDF_for_solverx_p;
    114114
    115115                        /*Branch according to AD driver: */
    … …  
    258258                                /*call driver: */
    259259                                fos_reverse(my_rank,num_dependents,num_independents, aWeightVector, weightVectorTimesJac );
    260                                 if(VerboseAutodiff())_printf0_("   done with fos_reverse\n");
    261260
    262261                                /*add to results*/

  • issm/trunk/src/c/cores/adjointstressbalance_core.cpp

    r17989 r19105  
    1616        bool save_results;
    1717        bool conserve_loads   = true;
     18        int fe_FS;
    1819
    1920        /*retrieve parameters:*/
    2021        femmodel->parameters->FindParam(&isFS,FlowequationIsFSEnum);
    2122        femmodel->parameters->FindParam(&save_results,SaveResultsEnum);
     23        femmodel->parameters->FindParam(&fe_FS,FlowequationFeFSEnum);
    2224
    2325        /*Compute velocities*/
    2426        if(VerboseSolution()) _printf0_("   computing velocities\n");
    2527        femmodel->SetCurrentConfiguration(StressbalanceAnalysisEnum);
    26         solutionsequence_nonlinear(femmodel,conserve_loads);
     28
     29        if(VerboseSolution()) _printf0_("   computing velocities\n");
     30        femmodel->SetCurrentConfiguration(StressbalanceAnalysisEnum);
     31        if(isFS){
     32                if (fe_FS==LATaylorHoodEnum || fe_FS==LACrouzeixRaviartEnum)
     33                 solutionsequence_la(femmodel);
     34                else
     35                 solutionsequence_nonlinear(femmodel,conserve_loads);
     36        }
     37        else{
     38                solutionsequence_nonlinear(femmodel,conserve_loads);
     39        }
    2740
    2841        /*Call SurfaceAreax, because some it might be needed by PVector*/
    … …  
    3750        if(save_results || true){
    3851                if(VerboseSolution()) _printf0_("   saving results\n");
    39                 if (isFS){
    40                         //int outputs[4] = {AdjointxEnum,AdjointyEnum,AdjointzEnum,AdjointpEnum};
    41                         //femmodel->RequestedOutputsx(&femmodel->results,&outputs[0],4);
    42                         int outputs[3] = {AdjointxEnum,AdjointyEnum,AdjointpEnum};
    43                         femmodel->RequestedOutputsx(&femmodel->results,&outputs[0],3);
     52                if(isFS){
     53                        if(fe_FS==LATaylorHoodEnum || fe_FS==LACrouzeixRaviartEnum){
     54                                int outputs[2] = {AdjointxEnum,AdjointyEnum};
     55                                femmodel->RequestedOutputsx(&femmodel->results,&outputs[0],2);
     56                        }
     57                        else{
     58                                int outputs[3] = {AdjointxEnum,AdjointyEnum,AdjointpEnum};
     59                                femmodel->RequestedOutputsx(&femmodel->results,&outputs[0],3);
     60                        }
    4461                }
    4562                else{

  • issm/trunk/src/c/cores/balancethickness2_core.cpp

    r17989 r19105  
    1313
    1414        /*parameters: */
    15         bool save_results;
    16 
    17         /*activate formulation: */
    18         femmodel->SetCurrentConfiguration(Balancethickness2AnalysisEnum);
     15        bool        save_results;
     16        IssmDouble  l = 3.;
    1917
    2018        /*recover parameters: */
    2119        femmodel->parameters->FindParam(&save_results,SaveResultsEnum);
    2220
     21        if(VerboseSolution()) _printf0_("computing smooth surface slopes:\n");
     22        //femmodel->parameters->SetParam(l,SmoothThicknessMultiplierEnum);
     23        //femmodel->SetCurrentConfiguration(SmoothAnalysisEnum);
     24        //femmodel->parameters->SetParam(SurfaceSlopeXEnum,InputToSmoothEnum);
     25        //solutionsequence_linear(femmodel);
     26        //femmodel->parameters->SetParam(SurfaceSlopeYEnum,InputToSmoothEnum);
     27        //solutionsequence_linear(femmodel);
     28        surfaceslope_core(femmodel);
     29
    2330        if(VerboseSolution()) _printf0_("call computational core:\n");
     31        femmodel->SetCurrentConfiguration(Balancethickness2AnalysisEnum);
    2432        solutionsequence_linear(femmodel);
     33        //solutionsequence_nonlinear(femmodel,false);
    2534
    2635        if(save_results){
    2736                if(VerboseSolution()) _printf0_("   saving results\n");
    28                 int outputs[4] = {ThicknessEnum,PotentialEnum,VxEnum,VyEnum};
    29                 femmodel->RequestedOutputsx(&femmodel->results,&outputs[0],4);
     37                const int numoutputs = 6;
     38                int outputs[numoutputs] = {SurfaceEnum,SurfaceSlopeXEnum,SurfaceSlopeYEnum,VxEnum,VyEnum,VelEnum};
     39                //const int numoutputs = 4;
     40                //int outputs[numoutputs] = {SurfaceEnum,VxEnum,VyEnum,VelEnum};
     41                femmodel->RequestedOutputsx(&femmodel->results,&outputs[0],numoutputs);
    3042        }
    3143

  • issm/trunk/src/c/cores/balancevelocity_core.cpp

    r16529 r19105  
    1313
    1414        /*parameters: */
    15         bool save_results;
     15        bool        save_results;
     16        IssmDouble  l = 8.;
    1617
    1718        /*recover parameters: */
    1819        femmodel->parameters->FindParam(&save_results,SaveResultsEnum);
    1920
    20         if(VerboseSolution()) _printf0_("computing smoothed slopes:\n");
    21         femmodel->SetCurrentConfiguration(SmoothedSurfaceSlopeXAnalysisEnum);
     21        if(VerboseSolution()) _printf0_("computing smooth driving stress:\n");
     22        femmodel->parameters->SetParam(l,SmoothThicknessMultiplierEnum);
     23        femmodel->SetCurrentConfiguration(SmoothAnalysisEnum);
     24        femmodel->parameters->SetParam(DrivingStressXEnum,InputToSmoothEnum);
    2225        solutionsequence_linear(femmodel);
    23         femmodel->SetCurrentConfiguration(SmoothedSurfaceSlopeYAnalysisEnum);
     26        femmodel->parameters->SetParam(DrivingStressYEnum,InputToSmoothEnum);
    2427        solutionsequence_linear(femmodel);
    25         //surfaceslope_core(femmodel);
    2628
    2729        if(VerboseSolution()) _printf0_("call computational core:\n");
    … …  
    3133        if(save_results){
    3234                if(VerboseSolution()) _printf0_("   saving results\n");
    33                 int outputs[3] = {SurfaceSlopeXEnum,SurfaceSlopeYEnum,VelEnum};
     35                int outputs[3] = {DrivingStressXEnum,DrivingStressYEnum,VelEnum};
    3436                femmodel->RequestedOutputsx(&femmodel->results,&outputs[0],3);
    3537        }

  • issm/trunk/src/c/cores/controlm1qn3_core.cpp

    r18301 r19105  
    1111#include "../solutionsequences/solutionsequences.h"
    1212
    13 #if defined (_HAVE_M1QN3_)
     13#if defined (_HAVE_M1QN3_) & !defined(_HAVE_ADOLC_)
    1414/*m1qn3 prototypes*/
    1515extern "C" void *ctonbe_; // DIS mode : Conversion
    … …  
    3232        double       f,dxmin,gttol;
    3333        int          maxsteps,maxiter;
    34         int          intn,num_controls,solution_type;
     34        int          intn,numberofvertices,num_controls,solution_type;
     35        IssmDouble  *scaling_factors = NULL;
    3536        IssmDouble  *X  = NULL;
    3637        IssmDouble  *G  = NULL;
    … …  
    4344        femmodel->parameters->FindParam(&dxmin,InversionDxminEnum);
    4445        femmodel->parameters->FindParam(&gttol,InversionGttolEnum);
     46        femmodel->parameters->FindParam(&scaling_factors,NULL,InversionControlScalingFactorsEnum);
    4547        femmodel->parameters->SetParam(false,SaveResultsEnum);
     48        numberofvertices=femmodel->vertices->NumberOfVertices();
    4649
    4750        /*Initialize M1QN3 parameters*/
    … …  
    6063
    6164        /*Optimization criterions*/
    62         long      niter        = long(maxsteps); /*Maximum number of iterations*/
    63         long      nsim         = long(maxiter);/*Maximum number of function calls*/
     65        long niter = long(maxsteps); /*Maximum number of iterations*/
     66        long nsim  = long(maxiter);/*Maximum number of function calls*/
    6467
    6568        /*Get initial guess*/
    … …  
    6972        Xpetsc->GetSize(&intn);
    7073        delete Xpetsc;
     74        _assert_(intn==numberofvertices*num_controls);
    7175
    7276        /*Get problem dimension and initialize gradient and initial guess*/
    7377        long n = long(intn);
    7478        G = xNew<double>(n);
     79
     80        /*Scale control for M1QN3*/
     81        for(int i=0;i<numberofvertices;i++){
     82                for(int c=0;c<num_controls;c++){
     83                        int index = num_controls*i+c;
     84                        X[index] = X[index]/scaling_factors[c];
     85                }
     86        }
    7587
    7688        /*Allocate m1qn3 working arrays (see doc)*/
    … …  
    8193        if(VerboseControl())_printf0_("   Computing initial solution\n");
    8294        _printf0_("\n");
    83         _printf0_("Cost function f(x)   |  List of contributions\n");
    84         _printf0_("_____________________________________________\n");
    85         indic = 0; //no adjoint required
     95        _printf0_("Cost function f(x)   | Gradient norm |g(x)| |  List of contributions\n");
     96        _printf0_("____________________________________________________________________\n");
     97
     98        /*Initialize Gradient and cost function of M1QN3*/
     99        indic = 4; //adjoint and gradient required
    86100        simul(&indic,&n,X,&f,G,izs,rzs,(void*)femmodel);
    87         double f1=f;
    88 
    89         indic = 4; //adjoint and gradient required
     101
     102        /*Estimation of the expected decrease in f during the first iteration*/
     103        double df1=f;
     104
     105        /*Call M1QN3 solver*/
    90106        m1qn3_(costfuncion,prosca,&ctonbe_,&ctcabe_,
    91                                 &n,X,&f,G,&dxmin,&f1,
     107                                &n,X,&f,G,&dxmin,&df1,
    92108                                &gttol,normtype,&impres,&io,imode,&omode,&niter,&nsim,iz,dz,&ndz,
    93109                                &reverse,&indic,izs,rzs,(void*)femmodel);
    … …  
    105121        }
    106122
    107         /*Get solution*/
     123        /*Constrain solution vector*/
     124        IssmDouble  *XL = NULL;
     125        IssmDouble  *XU = NULL;
     126        GetVectorFromControlInputsx(&XL,femmodel->elements,femmodel->nodes,femmodel->vertices,femmodel->loads,femmodel->materials,femmodel->parameters,"lowerbound");
     127        GetVectorFromControlInputsx(&XU,femmodel->elements,femmodel->nodes,femmodel->vertices,femmodel->loads,femmodel->materials,femmodel->parameters,"upperbound");
     128        for(int i=0;i<numberofvertices;i++){
     129                for(int c=0;c<num_controls;c++){
     130                        int index = num_controls*i+c;
     131                        X[index] = X[index]*scaling_factors[c];
     132                        if(X[index]>XU[index]) X[index]=XU[index];
     133                        if(X[index]<XL[index]) X[index]=XL[index];
     134                }
     135        }
    108136        SetControlInputsFromVectorx(femmodel,X);
    109137        ControlInputSetGradientx(femmodel->elements,femmodel->nodes,femmodel->vertices,femmodel->loads,femmodel->materials,femmodel->parameters,G);
    … …  
    122150        xDelete<double>(X);
    123151        xDelete<double>(dz);
     152        xDelete<double>(XU);
     153        xDelete<double>(XL);
     154        xDelete<double>(scaling_factors);
    124155}
    125156
    … …  
    132163
    133164        /*Recover number of cost functions responses*/
    134         int num_responses;
     165        int num_responses,num_controls,numberofvertices;
     166        IssmDouble* scaling_factors = NULL;
    135167        femmodel->parameters->FindParam(&num_responses,InversionNumCostFunctionsEnum);
     168        femmodel->parameters->FindParam(&num_controls,InversionNumControlParametersEnum);
     169        femmodel->parameters->FindParam(&scaling_factors,NULL,InversionControlScalingFactorsEnum);
     170        numberofvertices=femmodel->vertices->NumberOfVertices();
    136171
    137172        /*Constrain input vector*/
    … …  
    140175        GetVectorFromControlInputsx(&XL,femmodel->elements,femmodel->nodes,femmodel->vertices,femmodel->loads,femmodel->materials,femmodel->parameters,"lowerbound");
    141176        GetVectorFromControlInputsx(&XU,femmodel->elements,femmodel->nodes,femmodel->vertices,femmodel->loads,femmodel->materials,femmodel->parameters,"upperbound");
    142         for(long i=0;i<*n;i++){
    143                 if(X[i]>XU[i]) X[i]=XU[i];
    144                 if(X[i]<XL[i]) X[i]=XL[i];
     177        for(int i=0;i<numberofvertices;i++){
     178                for(int c=0;c<num_controls;c++){
     179                        int index = num_controls*i+c;
     180                        X[index] = X[index]*scaling_factors[c];
     181                        if(X[index]>XU[index]) X[index]=XU[index];
     182                        if(X[index]<XL[index]) X[index]=XL[index];
     183                }
    145184        }
    146185
    … …  
    162201        _printf0_("f(x) = "<<setw(12)<<setprecision(7)<<*pf<<"  |  ");
    163202
    164         /*Retrieve objective functions independently*/
    165         for(int i=0;i<num_responses;i++) _printf0_(" "<<setw(12)<<setprecision(7)<<Jlist[i]);
    166         _printf0_("\n");
    167         xDelete<IssmDouble>(Jlist);
    168 
    169         if(indic==0){
     203        if(*indic==0){
    170204                /*dry run, no gradient required*/
     205
     206                /*Retrieve objective functions independently*/
     207                _printf0_("            N/A |\n");
     208                for(int i=0;i<num_responses;i++) _printf0_(" "<<setw(12)<<setprecision(7)<<Jlist[i]);
     209                _printf0_("\n");
     210
     211                xDelete<IssmDouble>(Jlist);
    171212                xDelete<IssmDouble>(XU);
    172213                xDelete<IssmDouble>(XL);
    … …  
    185226
    186227        /*Constrain Gradient*/
    187         for(long i=0;i<*n;i++){
    188                 if(X[i]>=XU[i]) G[i]=0.;
    189                 if(X[i]<=XL[i]) G[i]=0.;
    190         }
     228        IssmDouble  Gnorm = 0.;
     229        for(int i=0;i<numberofvertices;i++){
     230                for(int c=0;c<num_controls;c++){
     231                        int index = num_controls*i+c;
     232                        if(X[index]>=XU[index]) G[index]=0.;
     233                        if(X[index]<=XL[index]) G[index]=0.;
     234                        G[index] = G[index]*scaling_factors[c];
     235                        X[index] = X[index]/scaling_factors[c];
     236                        Gnorm += G[index]*G[index];
     237                }
     238        }
     239        Gnorm = sqrt(Gnorm);
     240
     241        /*Print info*/
     242        _printf0_("       "<<setw(12)<<setprecision(7)<<Gnorm<<" |");
     243        for(int i=0;i<num_responses;i++) _printf0_(" "<<setw(12)<<setprecision(7)<<Jlist[i]);
     244        _printf0_("\n");
    191245
    192246        /*Clean-up and return*/
     247        xDelete<IssmDouble>(Jlist);
    193248        xDelete<IssmDouble>(XU);
    194249        xDelete<IssmDouble>(XL);
     250        xDelete<IssmDouble>(scaling_factors);
    195251}
    196252

  • issm/trunk/src/c/cores/controltao_core.cpp

    r18301 r19105  
    129129        TaoFinalize();
    130130        #endif
     131        G->pvector->vector = NULL;
     132        delete G;
    131133}
    132134

  • issm/trunk/src/c/cores/controlvalidation_core.cpp

    r18301 r19105  
    1212
    1313        int         solution_type,n;
    14         IssmDouble  j0,j;
     14        int         num_responses;
     15        IssmDouble  j0,j,yts;
    1516        IssmDouble  Ialpha,exponent,alpha;
     17        IssmDouble* scaling_factors = NULL;
     18        IssmDouble* jlist = NULL;
    1619        IssmDouble *G = NULL;
    1720        IssmDouble *X = NULL;
    … …  
    2528        femmodel->parameters->FindParam(&solution_type,SolutionTypeEnum);
    2629        femmodel->parameters->SetParam(false,SaveResultsEnum);
     30        femmodel->parameters->FindParam(&num_responses,InversionNumCostFunctionsEnum);
     31        femmodel->parameters->FindParam(&yts,ConstantsYtsEnum);
     32        femmodel->parameters->FindParam(&scaling_factors,NULL,InversionControlScalingFactorsEnum);
    2733
    2834        /*Get initial guess*/
    … …  
    3339        delete Xpetsc;
    3440
    35         /*Allocate Gradient and current vector*/
    36         G = xNew<IssmDouble>(n);
     41        /*Allocate current vector*/
    3742        X = xNew<IssmDouble>(n);
    3843
    … …  
    4550        if(VerboseControl()) _printf0_("   Compute Adjoint\n");
    4651        adjointcore(femmodel);
     52
    4753        if(VerboseControl()) _printf0_("   Compute Initial cost function\n");
    48         femmodel->CostFunctionx(&j0,NULL,NULL);
     54        femmodel->CostFunctionx(&j0,&jlist,NULL);
     55        _printf0_("Initial cost function J(x) = "<<setw(12)<<setprecision(7)<<j0<<"\n");
     56        xDelete<IssmDouble>(jlist);
     57
    4958        if(VerboseControl()) _printf0_("   Compute Gradient\n");
    5059        Gradjx(&G,NULL,femmodel->elements,femmodel->nodes,femmodel->vertices,femmodel->loads,femmodel->materials,femmodel->parameters);
    5160        for(int i=0;i<n;i++) G[i] = -G[i];
    5261
    53         /*Range of tests*/
    54         IssmDouble exp0 = 0.;
    55         IssmDouble incr = -0.2;
    56         IssmDouble exp1 = -10.;
    57         int        num  = reCast<int,IssmDouble>((exp1-exp0)/incr);
    58 
    5962        /*Allocate output*/
     63        int num = 26;
    6064        IssmDouble* output = xNew<IssmDouble>(2*num);
    6165
    … …  
    6569        for(int m=0;m<num;m++){
    6670
    67                 /*Calculate alpha = 10^-exponent*/
    68                 exponent = exp0+m*incr;
    69                 alpha    = pow(10.,exponent);
    70 
    7171                /*Create new vector*/
    72                 for(int i=0;i<n;i++) X[i] = X0[i] + alpha;
     72                alpha    = pow(2.,-m);
     73                for(int i=0;i<n;i++) X[i] = X0[i] + alpha*scaling_factors[0];
    7374
    7475                /*Calculate j(k+alpha delta k) */
    … …  
    7879
    7980                IssmDouble Den = 0.;
    80                 for(int i=0;i<n;i++) Den += alpha * G[i] * 1.;
     81                for(int i=0;i<n;i++) Den += alpha* G[i] * scaling_factors[0];
    8182                Ialpha = fabs((j - j0)/Den - 1.);
    8283
    … …  
    9596        femmodel->results->AddObject(new GenericExternalResult<IssmPDouble*>(femmodel->results->Size()+1,JEnum,output,num,2,1,0));
    9697        #endif
     98        ControlInputSetGradientx(femmodel->elements,femmodel->nodes,femmodel->vertices,femmodel->loads,femmodel->materials,femmodel->parameters,G);
     99        femmodel->OutputControlsx(&femmodel->results);
    97100
    98101        /*Clean up and return*/
     102        xDelete<IssmDouble>(output);
    99103        xDelete<IssmDouble>(G);
    100104        xDelete<IssmDouble>(X);

  • issm/trunk/src/c/cores/cores.h

    r18301 r19105  
    2929void controltao_core(FemModel* femmodel);
    3030void controlm1qn3_core(FemModel* femmodel);
     31void controlad_core(FemModel* femmodel);
    3132void controlvalidation_core(FemModel* femmodel);
    3233void masstransport_core(FemModel* femmodel);
    … …  
    4243void dakota_core(FemModel* femmodel);
    4344void ad_core(FemModel* femmodel);
     45void adgradient_core(FemModel* femmodel);
    4446void dummy_core(FemModel* femmodel);
    4547void gia_core(FemModel* femmodel);
    … …  
    5759
    5860//solution configuration
    59 void AnalysisConfiguration(int** pcores,int* pnumcores, int solutiontype);
    6061void CorePointerFromSolutionEnum(void (**psolutioncore)(FemModel*),Parameters* parameters,int solutiontype);
    6162void WrapperCorePointerFromSolutionEnum(void (**psolutioncore)(FemModel*),Parameters* parameters,int solutiontype,bool nodakotacore=false);

  • issm/trunk/src/c/cores/damage_core.cpp

    r18301 r19105  
    3434                femmodel->RequestedOutputsx(&femmodel->results,requested_outputs,numoutputs);
    3535        }
    36        
     36
    3737        /*Free resources:*/     
    3838        if(numoutputs){

  • issm/trunk/src/c/cores/extrudefrombase_core.cpp

    r17989 r19105  
    2727        if(elementtype==PentaEnum){
    2828                int inputenum; femmodel->parameters->FindParam(&inputenum,InputToExtrudeEnum);
    29                 InputExtrudex(femmodel,inputenum);
     29                InputExtrudex(femmodel,inputenum,-1);
    3030        }
    3131        else{

  • issm/trunk/src/c/cores/extrudefromtop_core.cpp

    r16518 r19105  
    1212void extrudefromtop_core(FemModel* femmodel){
    1313
     14        /*Intermediaries*/
     15        int elementtype,domaintype;
     16
    1417        if(VerboseSolution()) _printf0_("extruding solution from top...\n");
    1518
    16         /*Call on core computations: */
    17         femmodel->SetCurrentConfiguration(ExtrudeFromTopAnalysisEnum);
    18         femmodel->UpdateConstraintsExtrudeFromTopx();
    19         solutionsequence_linear(femmodel);
     19        /*Get parameters*/
     20        femmodel->parameters->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
     21        femmodel->parameters->FindParam(&elementtype,MeshElementtypeEnum);
    2022
     23        /*If this is a 2D horizontal domain, return (no need to extrude)*/
     24        if(domaintype==Domain2DhorizontalEnum) return;
     25
     26        /*Special method for Penta, otherwise call solution sequence*/
     27        if(elementtype==PentaEnum){
     28                int inputenum; femmodel->parameters->FindParam(&inputenum,InputToExtrudeEnum);
     29                InputExtrudex(femmodel,inputenum,+1);
     30        }
     31        else{
     32                /*Call on core computations: */
     33                femmodel->SetCurrentConfiguration(ExtrudeFromTopAnalysisEnum);
     34                femmodel->UpdateConstraintsExtrudeFromTopx();
     35                solutionsequence_linear(femmodel);
     36        }
    2137}

  • issm/trunk/src/c/cores/masstransport_core.cpp

    r18301 r19105  
    1616        bool   save_results;
    1717        bool   isFS,isfreesurface,dakota_analysis;
    18         int    solution_type;
     18        int    solution_type,stabilization;
    1919        char** requested_outputs = NULL;
    2020
    … …  
    2929        femmodel->parameters->FindParam(&domaintype,DomainTypeEnum);
    3030        femmodel->parameters->FindParam(&numoutputs,MasstransportNumRequestedOutputsEnum);
     31        femmodel->parameters->FindParam(&stabilization,MasstransportStabilizationEnum);
    3132        if(numoutputs) femmodel->parameters->FindParam(&requested_outputs,&numoutputs,MasstransportRequestedOutputsEnum);
    3233
    … …  
    4950        else{
    5051                if(VerboseSolution()) _printf0_("   call computational core\n");
    51                 solutionsequence_linear(femmodel);
     52                if(stabilization==4){
     53                        solutionsequence_fct(femmodel);
     54                }
     55                else{
     56                        solutionsequence_linear(femmodel);
     57                }
    5258                femmodel->parameters->SetParam(ThicknessEnum,InputToExtrudeEnum);
    5359                extrudefrombase_core(femmodel);

  • issm/trunk/src/c/cores/thermal_core.cpp

    r18301 r19105  
    2828
    2929        if(isenthalpy){
    30 
    31                 if(VerboseSolution()) _printf0_("   computing enthalpy\n");
    32                 femmodel->SetCurrentConfiguration(EnthalpyAnalysisEnum);
    33                 solutionsequence_nonlinear(femmodel,true);
    34 
    35                 /*transfer enthalpy to enthalpy picard for the next step: */
    36                 InputDuplicatex(femmodel,EnthalpyEnum,EnthalpyPicardEnum);
    37 
    38                 if(solution_type!=SteadystateSolutionEnum){
    39                         /*Post process*/
    40                         enthalpy_analysis = new EnthalpyAnalysis();
    41                         enthalpy_analysis->PostProcessing(femmodel);
    42                         delete enthalpy_analysis;
    43                 }
     30                enthalpy_analysis = new EnthalpyAnalysis();
     31                enthalpy_analysis->Core(femmodel);
     32                delete enthalpy_analysis;
    4433        }
    4534        else{

  • issm/trunk/src/c/cores/transient_core.cpp

    r18301 r19105  
    2121        /*parameters: */
    2222        IssmDouble starttime,finaltime,dt,yts;
    23         bool       isstressbalance,ismasstransport,isFS,isthermal,isgroundingline,isgia,islevelset,isdamageevolution,ishydrology;
     23        bool       isstressbalance,ismasstransport,isFS,isthermal,isgroundingline,isgia,islevelset,isdamageevolution,ishydrology,iscalving;
    2424        bool       save_results,dakota_analysis;
    2525        bool       time_adapt=false;
    … …  
    5353        femmodel->parameters->FindParam(&ishydrology,TransientIshydrologyEnum);
    5454        femmodel->parameters->FindParam(&isFS,FlowequationIsFSEnum);
     55        femmodel->parameters->FindParam(&iscalving,TransientIscalvingEnum);
    5556        if(isgroundingline) femmodel->parameters->FindParam(&groundingline_migration,GroundinglineMigrationEnum);
    5657        femmodel->parameters->FindParam(&numoutputs,TransientNumRequestedOutputsEnum);
    … …  
    101102
    102103                if(islevelset){
    103                         if(VerboseSolution()) _printf0_("   computing movement of ice boundaries\n");
     104                        if(iscalving) Calvingx(femmodel);
     105                        if(VerboseSolution()) _printf0_("   computing levelset transport\n");
    104106                        /* smoothen slope of lsf for computation of normal on ice domain*/
    105107                        levelsetfunctionslope_core(femmodel);
    … …  
    107109                        /* extrapolate velocities onto domain with no ice */
    108110                        Analysis* extanalysis = new ExtrapolationAnalysis();
    109                         const int nvars=2;
    110                         int vars[nvars] = {VxEnum, VyEnum};
     111                        const int nvars=3;
     112                        int vars[nvars] = {VxEnum, VyEnum, ThicknessEnum};
    111113                        for(int iv=0;iv<nvars;iv++){
    112114                                femmodel->parameters->SetParam(vars[iv],ExtrapolationVariableEnum);
    … …  
    139141                        GroundinglineMigrationx(femmodel->elements,femmodel->nodes,femmodel->vertices,femmodel->loads,femmodel->materials,femmodel->parameters);
    140142
    141                         if(groundingline_migration==ContactEnum){
    142                                 femmodel->parameters->SetParam(MaskGroundediceLevelsetEnum,InputToExtrudeEnum);
    143                                 extrudefrombase_core(femmodel);
    144                                 femmodel->parameters->SetParam(BaseEnum,InputToExtrudeEnum);
    145                                 extrudefrombase_core(femmodel);
    146                         }
     143                        femmodel->parameters->SetParam(MaskGroundediceLevelsetEnum,InputToExtrudeEnum);
     144                        extrudefrombase_core(femmodel);
     145                        femmodel->parameters->SetParam(BaseEnum,InputToExtrudeEnum);
     146                        extrudefrombase_core(femmodel);
     147                        femmodel->parameters->SetParam(SurfaceEnum,InputToExtrudeEnum);
     148                        extrudefrombase_core(femmodel);
     149                               
    147150                        if(save_results){
    148151                                int outputs[3] = {SurfaceEnum,BaseEnum,MaskGroundediceLevelsetEnum};

  • issm/trunk/src/c/main/kriging.cpp

    r16560 r19105  
    5858                results->AddObject(new GenericExternalResult<double*>(results->Size()+1,1,error,ninterp,1,1,0));
    5959                for(int i=0;i<results->Size();i++){
    60                         ExternalResult* result=dynamic_cast<ExternalResult*>(results->GetObjectByOffset(i));
     60                        ExternalResult* result=xDynamicCast<ExternalResult*>(results->GetObjectByOffset(i));
    6161                        result->WriteData(output_fid,1);
    6262                }

  • issm/trunk/src/c/modules

    • Property svn:ignore set to
      .deps

  • issm/trunk/src/c/modules/AllocateSystemMatricesx/AllocateSystemMatricesx.cpp

    r16560 r19105  
    134134        k=0;
    135135        for(i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    136                 element = dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     136                element = xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    137137                lidlist = xNew<int>(element->GetNumberOfNodes());
    138138                element->GetNodesLidList(lidlist);
    … …  
    157157        k=0;
    158158        for(i=0;i<femmodel->loads->Size();i++){
    159                 load = dynamic_cast<Load*>(femmodel->loads->GetObjectByOffset(i));
     159                load = xDynamicCast<Load*>(femmodel->loads->GetObjectByOffset(i));
    160160                if(!load->InAnalysis(configuration_type)) continue;
    161161                lidlist = xNew<int>(load->GetNumberOfNodes());
    … …  
    190190        /*Create connectivity vector*/
    191191        for(i=0;i<femmodel->nodes->Size();i++){
    192                 Node* node=dynamic_cast<Node*>(femmodel->nodes->GetObjectByOffset(i));
     192                Node* node=xDynamicCast<Node*>(femmodel->nodes->GetObjectByOffset(i));
    193193                if(node->InAnalysis(configuration_type)){
    194194
    … …  
    214214                        for(j=head_e[node->Lid()];j!=-1;j=next_e[j]){
    215215                                offset=count2offset_e[j];
    216                                 element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(offset));
     216                                element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(offset));
    217217                                element->SetwiseNodeConnectivity(&d_nz,&o_nz,node,flags,flagsindices,set1enum,set2enum);
    218218                                if(node->IsClone()){
    … …  
    226226                        for(j=head_l[node->Lid()];j!=-1;j=next_l[j]){
    227227                                offset=count2offset_l[j];
    228                                 load=dynamic_cast<Load*>(femmodel->loads->GetObjectByOffset(offset));
     228                                load=xDynamicCast<Load*>(femmodel->loads->GetObjectByOffset(offset));
    229229                                load->SetwiseNodeConnectivity(&d_nz,&o_nz,node,flags,flagsindices,set1enum,set2enum);
    230230                                if(node->IsClone()){
    … …  
    256256                o_nnz=xNew<int>(m);
    257257                for(i=0;i<femmodel->nodes->Size();i++){
    258                         Node* node=dynamic_cast<Node*>(femmodel->nodes->GetObjectByOffset(i));
     258                        Node* node=xDynamicCast<Node*>(femmodel->nodes->GetObjectByOffset(i));
    259259                        if(node->InAnalysis(configuration_type) && !node->IsClone()){
    260260                                for(j=0;j<node->indexing.fsize;j++){

  • issm/trunk/src/c/modules/AverageOntoPartitionx/AverageOntoPartitionx.cpp

    r16560 r19105  
    4141        /*loop on each element, and add contribution of the element to the partition (surface weighted average): */
    4242        for(int i=0;i<elements->Size();i++){
    43                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     43                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    4444                element->AverageOntoPartition(partition_contributions,partition_areas,vertex_response,qmu_part);
    4545        }

  • issm/trunk/src/c/modules/ConfigureObjectsx/ConfigureObjectsx.cpp

    r16560 r19105  
    2424        if(VerboseMProcessor()) _printf0_("      Configuring elements...\n");
    2525        for(i=0;i<elements->Size();i++){
    26                 element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     26                element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    2727                element->Configure(elements,loads,nodes,vertices,materials,parameters);
    2828        }

  • issm/trunk/src/c/modules/CreateJacobianMatrixx/CreateJacobianMatrixx.cpp

    r17806 r19105  
    2929        /*Create and assemble matrix*/
    3030        for(i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    31                 element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     31                element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    3232                ElementMatrix* Je = analysis->CreateJacobianMatrix(element);
    3333                if(Je) Je->AddToGlobal(Jff);

  • issm/trunk/src/c/modules/DragCoefficientAbsGradientx/DragCoefficientAbsGradientx.cpp

    r17989 r19105  
    1616        /*Compute Misfit: */
    1717        for(int i=0;i<elements->Size();i++){
    18                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     18                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    1919                J+=DragCoefficientAbsGradient(element);
    2020        }

  • issm/trunk/src/c/modules/FloatingiceMeltingRatex

    • Property svn:ignore

      •  

        old new  
        11.deps
         2.dirstamp

  • issm/trunk/src/c/modules/FloatingiceMeltingRatex/FloatingiceMeltingRatex.cpp

    r18093 r19105  
    3333
    3434        for(int i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    35                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     35                Element* element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    3636                element->LinearFloatingiceMeltingRate();
    3737        }

  • issm/trunk/src/c/modules/GetSolutionFromInputsx/GetSolutionFromInputsx.cpp

    r17806 r19105  
    3232        Analysis* analysis = EnumToAnalysis(analysisenum);
    3333        for(int i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    34                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     34                Element* element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    3535                analysis->GetSolutionFromInputs(solution,element);
    3636        }

  • issm/trunk/src/c/modules/GetVectorFromControlInputsx/GetVectorFromControlInputsx.cpp

    r15396 r19105  
    77#include "../../toolkits/toolkits.h"
    88
    9 void GetVectorFromControlInputsx(Vector<IssmDouble>** pvector, Elements* elements,Nodes* nodes, Vertices* vertices, Loads* loads, Materials* materials, Parameters* parameters,const char* data){
     9void GetVectorFromControlInputsx(Vector<IssmDouble>** pvector, Elements* elements,Nodes* nodes, Vertices* vertices, Loads* loads, Materials* materials, Parameters* parameters,const char* data,bool onsid){
    1010
    1111        int  num_controls;
    … …  
    2323                for(int j=0;j<elements->Size();j++){
    2424                        Element* element=(Element*)elements->GetObjectByOffset(j);
    25                         element->GetVectorFromControlInputs(vector,control_type[i],i,data);
     25                        element->GetVectorFromControlInputs(vector,control_type[i],i,data,onsid);
    2626                }
    2727        }
    … …  
    3434}
    3535
    36 void GetVectorFromControlInputsx( IssmDouble** pvector, Elements* elements,Nodes* nodes, Vertices* vertices, Loads* loads, Materials* materials, Parameters* parameters, const char* data){
     36void GetVectorFromControlInputsx( IssmDouble** pvector, Elements* elements,Nodes* nodes, Vertices* vertices, Loads* loads, Materials* materials, Parameters* parameters, const char* data,bool onsid){
    3737
    3838        /*output: */
    … …  
    4242        Vector<IssmDouble>* vec_vector=NULL;
    4343
    44         GetVectorFromControlInputsx( &vec_vector, elements,nodes, vertices, loads, materials, parameters,data);
     44        GetVectorFromControlInputsx( &vec_vector, elements,nodes, vertices, loads, materials, parameters,data,onsid);
    4545        vector=vec_vector->ToMPISerial();
    4646

  • issm/trunk/src/c/modules/GetVectorFromControlInputsx/GetVectorFromControlInputsx.h

    r15396 r19105  
    88
    99/* local prototypes: */
    10 void    GetVectorFromControlInputsx( Vector<IssmDouble>** pvector, Elements* elements,Nodes* nodes, Vertices* vertices,Loads* loads, Materials* materials,  Parameters* parameters,const char* data="value");
    11 void    GetVectorFromControlInputsx( IssmDouble** pvector, Elements* elements,Nodes* nodes, Vertices* vertices,Loads* loads, Materials* materials,  Parameters* parameters,const char* data="value");
     10void    GetVectorFromControlInputsx( Vector<IssmDouble>** pvector, Elements* elements,Nodes* nodes, Vertices* vertices,Loads* loads, Materials* materials,  Parameters* parameters,const char* data="value",bool onsid=false);
     11void    GetVectorFromControlInputsx( IssmDouble** pvector, Elements* elements,Nodes* nodes, Vertices* vertices,Loads* loads, Materials* materials,  Parameters* parameters,const char* data="value",bool onsid=false);
    1212
    1313#endif  /* _GETVECTORFROMCONTROLINPUTSXX_H */

  • issm/trunk/src/c/modules/GetVectorFromInputsx/GetVectorFromInputsx.cpp

    r17806 r19105  
    77#include "../../toolkits/toolkits.h"
    88
    9 void GetVectorFromInputsx( Vector<IssmDouble>** pvector,FemModel* femmodel,int name,int type){
     9void GetVectorFromInputsx(Vector<IssmDouble>** pvector,FemModel* femmodel,int name,int type){
    1010
    1111        int i;
    1212        Vector<IssmDouble>* vector=NULL;
    1313
    14         if(type==VertexEnum){
    15 
    16                 /*Allocate vector*/
     14        switch(type){
     15        case VertexPIdEnum: case VertexSIdEnum:
    1716                vector=new Vector<IssmDouble>(femmodel->vertices->NumberOfVertices());
    18 
    19                 /*Look up in elements*/
    20                 for(i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    21                         Element* element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    22                         element->GetVectorFromInputs(vector,name);
    23                 }
     17                break;
     18        case NodesEnum:case NodeSIdEnum:
     19                vector=new Vector<IssmDouble>(femmodel->nodes->NumberOfNodes());
     20                break;
     21        default:
     22                        _error_("vector type: " << EnumToStringx(type) << " not supported yet!");
    2423        }
    25         else{
    26                 _error_("vector type: " << EnumToStringx(type) << " not supported yet!");
     24        /*Look up in elements*/
     25        for(i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
     26                Element* element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     27                element->GetVectorFromInputs(vector,name,type);
    2728        }
    2829

  • issm/trunk/src/c/modules/GroundinglineMigrationx/GroundinglineMigrationx.cpp

    r18301 r19105  
    1515        Element            *element                          = NULL;
    1616
    17         if(VerboseModule()) _printf0_("   Migrating grounding line\n");
    1817
    1918        /*retrieve parameters: */
    … …  
    2221
    2322        if(migration_style==NoneEnum) return;
     23       
     24        if(VerboseModule()) _printf0_("   Migrating grounding line\n");
    2425
    2526        /*Set toolkit to default*/
    … …  
    3940                case SubelementMigrationEnum:
    4041                case SubelementMigration2Enum:
     42                case GroundingOnlyEnum:
    4143                        /*Nothing additional to do here, MigrateGroundingLine takes care of everything*/
    4244                        break;
    … …  
    4749        /*Migrate grounding line : */
    4850        for(int i=0;i<elements->Size();i++){
    49                 element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     51                element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    5052                element->MigrateGroundingLine(phi_ungrounding);
    5153        }
    … …  
    7274        /*Fill vector vertices_potentially_floating: */
    7375        for(int i=0;i<elements->Size();i++){
    74                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     76                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    7577                element->FSContactMigration(vertexgrounded,vertexfloating);
    7678        }
    … …  
    8183        serial_vertexgrounded=vertexgrounded->ToMPISerial();
    8284        serial_vertexfloating=vertexfloating->ToMPISerial();
    83 
    84         /*find vertices on GL */
    8585        for(int i=0;i<numberofvertices;i++){
    86                 if(serial_vertexgrounded[i]==1. && serial_vertexfloating[i]==1.){
    87                         phi[i]=0.;
    88                 }
    89                 else if(serial_vertexgrounded[i]==1.){
    90                         phi[i]=1.;
    91                 }
    92                 else if(serial_vertexfloating[i]==1.){
    93                         phi[i]=-1.;
    94                 }
    95                 else{
    96                         phi[i]=9999.;
    97                 }
     86                        if (serial_vertexgrounded[i]==1. && serial_vertexfloating[i]==1.) phi[i]=0.;
     87                        else if (serial_vertexgrounded[i]==1) phi[i]=1;
     88                        else if (serial_vertexfloating[i]==1) phi[i]=-1;
     89                        else if (serial_vertexgrounded[i]>10) phi[i]=9999;
     90                        else phi[i]=-9999;
    9891        }
    9992
    … …  
    120113        /*Fill vector vertices_potentially_floating: */
    121114        for(i=0;i<elements->Size();i++){
    122                 element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     115                element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    123116                element->PotentialUngrounding(vec_vertices_potentially_ungrounding);
    124117        }
    … …  
    148141        vec_phi=new Vector<IssmDouble>(vertices->NumberOfVertices());
    149142        for(i=0;i<elements->Size();i++){
    150                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    151                 element->GetVectorFromInputs(vec_phi,MaskGroundediceLevelsetEnum);
     143                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     144                element->GetVectorFromInputs(vec_phi,MaskGroundediceLevelsetEnum,VertexPIdEnum);
    152145        }
    153146        vec_phi->Assemble();
    … …  
    162155                /*Figure out if any of the nodes of the element will be floating -> elements neighbouting the floating ice*/
    163156                for(i=0;i<elements->Size();i++){
    164                         element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     157                        element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    165158                        vec_elements_neighboring_floatingice->SetValue(element->Sid(),element->IsNodeOnShelfFromFlags(phi)?1.0:0.0,INS_VAL);
    166159                }
    … …  
    173166                local_nflipped=0;
    174167                for(i=0;i<elements->Size();i++){
    175                         element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     168                        element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    176169                        if(reCast<int,IssmDouble>(elements_neighboring_floatingce[element->Sid()])){
    177170                                local_nflipped+=element->UpdatePotentialUngrounding(vertices_potentially_ungrounding,vec_phi,phi);

  • issm/trunk/src/c/modules/InputControlUpdatex/InputControlUpdatex.cpp

    r15396 r19105  
    1212        /*Go through elemnets, and ask to carry out the operation on inputs: */
    1313        for(int i=0;i<elements->Size();i++){
    14                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     14                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    1515                element->InputControlUpdate(scalar,save_parameter);
    1616        }

  • issm/trunk/src/c/modules/InputDepthAverageAtBasex/InputDepthAverageAtBasex.cpp

    r17862 r19105  
    1010void InputDepthAverageAtBasex(FemModel* femmodel,int original_enum, int new_enum){
    1111        for(int i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    12                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     12                Element* element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    1313                element->InputDepthAverageAtBase(original_enum,new_enum);
    1414        }

  • issm/trunk/src/c/modules/InputDuplicatex/InputDuplicatex.cpp

    r17806 r19105  
    1111        /*Go through elemnets, and ask to reinitialie the input: */
    1212        for(int i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    13                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     13                Element* element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    1414                element->InputDuplicate(original_enum,new_enum);
    1515        }

  • issm/trunk/src/c/modules/InputExtrudex/InputExtrudex.cpp

    r17862 r19105  
    88#include "../../toolkits/toolkits.h"
    99
    10 void InputExtrudex(FemModel* femmodel,int input_enum){
     10void InputExtrudex(FemModel* femmodel,int input_enum,int start){
    1111        for(int i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    12                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    13                 element->InputExtrude(input_enum);
     12                Element* element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     13                element->InputExtrude(input_enum,start);
    1414        }
    1515}

  • issm/trunk/src/c/modules/InputExtrudex/InputExtrudex.h

    r17862 r19105  
    99
    1010/* local prototypes: */
    11 void InputExtrudex(FemModel* femmodel,int input_enum);
     11void InputExtrudex(FemModel* femmodel,int input_enum,int start);
    1212
    1313#endif  /* _INPUTDUPLICATEX_H */

  • issm/trunk/src/c/modules/InputScalex/InputScalex.cpp

    r15396 r19105  
    1515        /*Go through elemnets, and ask to reinitialie the input: */
    1616        for(i=0;i<elements->Size();i++){
    17                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     17                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    1818                element->InputScale(enum_type,scale_factor);
    1919        }

  • issm/trunk/src/c/modules/InputUpdateFromConstantx/InputUpdateFromConstantx.cpp

    r16560 r19105  
    1414        /*Elements and loads drive the update: */
    1515        for(i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    16                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     16                Element* element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    1717                element->InputUpdateFromConstant(constant,name);
    1818        }
    … …  
    3535        /*Elements and loads drive the update: */
    3636        for(i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    37                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     37                Element* element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    3838                element->InputUpdateFromConstant(constant,name);
    3939        }
    … …  
    5656        /*Elements and loads drive the update: */
    5757        for(i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    58                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     58                Element* element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    5959                element->InputUpdateFromConstant(constant,name);
    6060        }
    … …  
    7878        /*Elements and loads drive the update: */
    7979        for(i=0;i<elements->Size();i++){
    80                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     80                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    8181                element->InputUpdateFromConstant(constant,name);
    8282        }

  • issm/trunk/src/c/modules/InputUpdateFromMatrixDakotax/InputUpdateFromMatrixDakotax.cpp

    r16137 r19105  
    2020                /*Update elements, nodes, loads and materials from inputs: */
    2121                for(i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    22                         Element* element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     22                        Element* element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    2323                        element->InputUpdateFromMatrixDakota(matrix,nrows,ncols,name,type);
    2424                }

  • issm/trunk/src/c/modules/InputUpdateFromSolutionx/InputUpdateFromSolutionx.cpp

    r18301 r19105  
    3030        Analysis* analysis = EnumToAnalysis(analysisenum);
    3131        for(int i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    32                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     32                Element* element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    3333                analysis->InputUpdateFromSolution(solution,element);
    3434        }

  • issm/trunk/src/c/modules/InputUpdateFromVectorDakotax/InputUpdateFromVectorDakotax.cpp

    r16137 r19105  
    2222        /*Update elements, nodes, loads and materials from inputs: */
    2323        for(i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    24                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     24                Element* element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    2525                element->InputUpdateFromVectorDakota(vector,name,type);
    2626        }

  • issm/trunk/src/c/modules/InputUpdateFromVectorx/InputUpdateFromVectorx.cpp

    r16137 r19105  
    2020        /*Update elements, nodes, loads and materials from inputs: */
    2121        for(i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    22                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     22                Element* element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    2323                element->InputUpdateFromVector(vector,name,type);
    2424        }

  • issm/trunk/src/c/modules/InterpFromMeshToMesh2dx/InterpFromMeshToMesh2dx.cpp

    r16560 r19105  
    4949
    5050        /*read background mesh*/
    51         Mesh Th(index_data,x_data,y_data,nods_data,nels_data);
     51        Mesh* Th=new Mesh(index_data,x_data,y_data,nods_data,nels_data);
    5252
    5353        /*Get reference number (for subdomains)*/
    54         long* reft = xNew<long>(Th.nbt);
    55         Th.TriangleReferenceList(reft);
    56         Th.CreateSingleVertexToTriangleConnectivity();
     54        long* reft = xNew<long>(Th->nbt);
     55        Th->TriangleReferenceList(reft);
     56        Th->CreateSingleVertexToTriangleConnectivity();
    5757
    5858        /*Get domain boundaries*/
    … …  
    7979                /*Get current point coordinates*/
    8080                r.x=x_interp[i]; r.y=y_interp[i];
    81                 I2 I=Th.R2ToI2(r);
     81                I2 I=Th->R2ToI2(r);
    8282
    8383                /*Find triangle holding r/I*/
    84                 Triangle &tb=*Th.TriangleFindFromCoord(I,dete);
     84                Triangle &tb=*Th->TriangleFindFromCoord(I,dete);
    8585
    8686                /*point inside convex*/
    … …  
    9292                        areacoord[2]= (double) dete[2]/tb.det;
    9393                        /*3 vertices of the triangle*/
    94                         i0=Th.GetId(tb[0]);
    95                         i1=Th.GetId(tb[1]);
    96                         i2=Th.GetId(tb[2]);
     94                        i0=Th->GetId(tb[0]);
     95                        i1=Th->GetId(tb[1]);
     96                        i2=Th->GetId(tb[2]);
    9797                        /*triangle number*/
    98                         it=Th.GetId(tb);
     98                        it=Th->GetId(tb);
    9999
    100100                        /*Inside convex but outside mesh*/
    … …  
    120120                                areacoord[OppositeVertex[k]] = 1 - aa -bb;
    121121                                //3 vertices of the triangle
    122                                 i0=Th.GetId(tc[0]);
    123                                 i1=Th.GetId(tc[1]);
    124                                 i2=Th.GetId(tc[2]);
     122                                i0=Th->GetId(tc[0]);
     123                                i1=Th->GetId(tc[1]);
     124                                i2=Th->GetId(tc[2]);
    125125                                //triangle number
    126                                 it=Th.GetId(tc);
     126                                it=Th->GetId(tc);
    127127                        }
    128128                }
    … …  
    145145
    146146        /*clean-up and return*/
     147        delete Th;
    147148        xDelete<long>(reft);
    148149        *pdata_interp=data_interp;

  • issm/trunk/src/c/modules/MeshProfileIntersectionx/MeshProfileIntersectionx.cpp

    r16560 r19105  
    129129                ysegment[0]=yc[i];
    130130                ysegment[1]=yc[i+1];
    131                 ElementSegment(segments_dataset,el, xnodes,ynodes,xsegment,ysegment);
    132         }
    133 }/*}}}*/
    134 void ElementSegment(DataSet* segments_dataset,int el,double* xnodes,double* ynodes,double* xsegment,double* ysegment){/*{{{*/
     131                /*if (el==318 && i==9){
     132                        _printf_("contour: " << i << " " << xsegment[0] << " " << ysegment[0] << " " << xsegment[1] << " " << ysegment[1]
     133                                << " " << xnodes[0] << " " << xnodes[1] << " " << xnodes[2] << " " << ynodes[0] << " " << ynodes[1] << " " <<
     134                                ynodes[2] << "\n");
     135                }*/
     136                ElementSegment(segments_dataset,el, i, xnodes,ynodes,xsegment,ysegment);
     137        }
     138}/*}}}*/
     139void ElementSegment(DataSet* segments_dataset,int el, int contouri, double* xnodes,double* ynodes,double* xsegment,double* ysegment){/*{{{*/
    135140
    136141        /*We have a tria element (xnodes,ynodes) and a segment (xsegment,ysegment). Find whether they intersect.
    … …  
    159164        edge3=SegmentIntersect(&gamma1,&gamma2, xel,yel,xsegment,ysegment);
    160165
    161         /*edge can be either IntersectEnum (one iand only one intersection between the edge and the segment), ColinearEnum (edge and segment are collinear) and SeparateEnum (no intersection): */
     166        /*edge can be either IntersectEnum (one and only one intersection between the edge and the segment), ColinearEnum (edge and segment are collinear) and SeparateEnum (no intersection): */
     167               
     168        /*if (el==318 && contouri==9){
     169                _printf_(edge1 << " " << edge2 << " " << edge3 << " "  << alpha1 << " " << alpha2 << " " << beta1 << " " << beta2 << " " << gamma1 << " " << gamma2 << " " << xsegment[0] << " "  << xsegment[1] << " " << ysegment[0] << " " << ysegment[1] << " " << xnodes[0] << " " << xnodes[1] << " " << xnodes[2] << " " << ynodes[0] << " " << ynodes[1] << " " << ynodes[2]);
     170       
     171        _printf_("Bool" << (edge1==IntersectEnum) || (edge2==IntersectEnum) || (edge3==IntersectEnum));
     172        }*/
    162173
    163174        if(    (edge1==IntersectEnum) && (edge2==IntersectEnum) && (edge3==IntersectEnum)   ){
    164                 /*This case is impossible: */
    165                 _error_("error: a line cannot go through 3 different vertices!");
     175
     176                /*This can only be the case if the segment intersected through one vertex, meaning a pair from alpha1, beta1 or gamma1  is 0:*/
     177                if (alpha1!=0 && alpha1!=1){
     178                        /*The vertex opposite edge 1 was intersected:*/
     179                        xfinal[0]=xsegment[0]+alpha1*(xsegment[1]-xsegment[0]);
     180                        yfinal[0]=ysegment[0]+alpha1*(ysegment[1]-ysegment[0]);
     181                        xfinal[1]=xnodes[2];
     182                        yfinal[1]=ynodes[2];
     183                }
     184                else if (beta1!=0 && beta1!=1){
     185                        /*The vertex opposite edge 2 was intersected:*/
     186                        xfinal[0]=xsegment[0]+beta1*(xsegment[1]-xsegment[0]);
     187                        yfinal[0]=ysegment[0]+beta1*(ysegment[1]-ysegment[0]);
     188                        xfinal[1]=xnodes[0];
     189                        yfinal[1]=ynodes[0];
     190                }
     191                else if (gamma1!=0 && gamma1!=1){
     192                        /*The vertex opposite edge 3 was intersected:*/
     193                        xfinal[0]=xsegment[0]+gamma1*(xsegment[1]-xsegment[0]);
     194                        yfinal[0]=ysegment[0]+gamma1*(ysegment[1]-ysegment[0]);
     195                        xfinal[1]=xnodes[1];
     196                        yfinal[1]=ynodes[1];
     197                }
     198                segments_dataset->AddObject(new  Segment<double>(el+1,xfinal[0],yfinal[0],xfinal[1],yfinal[1]));
     199
     200               
     201                /*This case is impossible: not quite! */
     202                //_printf_(alpha1 << " " << alpha2 << " " << beta1 << " " << beta2 << " " << gamma1 << " " << gamma2 << " " << xsegment[0] << " "  << xsegment[1] << " " << ysegment[0] << " " << ysegment[1] << " " << xnodes[0] << " " << xnodes[1] << " " << xnodes[2] << " " << ynodes[0] << " " << ynodes[1] << " " << ynodes[2]);
     203                /* _error_("error: a line cannot go through 3 different vertices!");*/
    166204        }
    167205        else if(    ((edge1==IntersectEnum) && (edge2==IntersectEnum)) || ((edge2==IntersectEnum) && (edge3==IntersectEnum)) || ((edge3==IntersectEnum) && (edge1==IntersectEnum))   ){
    … …  
    187225        }
    188226        else if(  (edge1==IntersectEnum) || (edge2==IntersectEnum) || (edge3==IntersectEnum)   ){
     227       
     228                /*if (el==318 && contouri==9){
     229                        _printf_("hello" <<  " NodeInElement 0 " << (NodeInElement(xnodes,ynodes,xsegment[0],ysegment[0])) <<  " NodeInElement 1 " << (NodeInElement(xnodes,ynodes,xsegment[1],ysegment[1])));
     230                }*/
    189231
    190232                /*segment intersect only 1 edge. Figure out where the first point in the segment is, inside or outside the element,
    … …  
    196238                        if(edge3==IntersectEnum){coord2=gamma1;}
    197239                }
    198                 else{
     240                else if (NodeInElement(xnodes,ynodes,xsegment[1],ysegment[1])){
    199241                        if(edge1==IntersectEnum){coord1=alpha1;}
    200242                        if(edge2==IntersectEnum){coord1=beta1;}
    201243                        if(edge3==IntersectEnum){coord1=gamma1;}
    202244                        coord2=1.0;
     245                }
     246                else{
     247                        double tolerance=1e-10;
     248                        /*Ok, we have an issue here. Probably one of the segments' end is on a vertex, within a certain tolerance!*/
     249                        if (IsIdenticalNode(xnodes[0],ynodes[0],xsegment[0],ysegment[0],tolerance) ||
     250                                IsIdenticalNode(xnodes[1],ynodes[1],xsegment[0],ysegment[0],tolerance) ||
     251                                IsIdenticalNode(xnodes[2],ynodes[2],xsegment[0],ysegment[0],tolerance)){
     252                               
     253                                /*ok, segments[0] is common to one of our vertices: */
     254                                //if (el==318 && contouri==9){ _printf_("ok1" << "\n"); }
     255                                coord1=0;
     256                                if(edge1==IntersectEnum){coord2=alpha1;}
     257                                if(edge2==IntersectEnum){coord2=beta1;}
     258                                if(edge3==IntersectEnum){coord2=gamma1;}
     259                        }
     260                        else if (IsIdenticalNode(xnodes[0],ynodes[0],xsegment[1],ysegment[1],tolerance) ||
     261                                     IsIdenticalNode(xnodes[1],ynodes[1],xsegment[1],ysegment[1],tolerance) ||
     262                                     IsIdenticalNode(xnodes[2],ynodes[2],xsegment[1],ysegment[1],tolerance)){
     263
     264                                /*ok, segments[1] is common to one of our vertices: */
     265                                //if (el==318 && contouri==9){ _printf_("ok2" << "\n"); }
     266                                if(edge1==IntersectEnum){coord1=alpha1;}
     267                                if(edge2==IntersectEnum){coord1=beta1;}
     268                                if(edge3==IntersectEnum){coord1=gamma1;}
     269                                coord2=1.0;
     270                        }
    203271                }
    204272
    … …  
    344412        return IntersectEnum;
    345413}/*}}}*/
     414bool IsIdenticalNode(double x1, double y1, double x2, double y2, double tolerance){ /*{{{*/
     415
     416        if (sqrt(pow(x1-x2,2.0) + pow(y1-y2,2))<tolerance)return true;
     417        else return false;
     418
     419}/*}}}*/

  • issm/trunk/src/c/modules/MeshProfileIntersectionx/MeshProfileIntersectionx.h

    r15396 r19105  
    1313void MeshSegmentsIntersection(double** psegments, int* pnumsegs,int* index, double* x, double* y, int nel, int nods, double* xc, double* yc, int numnodes);
    1414void ElementSegmentsIntersection(DataSet* segments_dataset,int el, double* xnodes,double* ynodes,double* xc,double* yc,int numnodes);
    15 void ElementSegment(DataSet* segments_dataset,int el,double* xnodes,double* ynodes,double* xsegment,double* ysegment);
     15void ElementSegment(DataSet* segments_dataset,int el,int contouri, double* xnodes,double* ynodes,double* xsegment,double* ysegment);
    1616int  SegmentIntersect(double* palpha, double* pbeta, double* x1, double* y1, double* x2, double* y2);
    1717bool NodeInElement(double* xnodes, double* ynodes, double x, double y);
     18bool IsIdenticalNode(double x1, double y1, double x2, double y2, double tolerance);
    1819
    1920#endif /* _MESHPROFILEINTERSECTIONX_H */

  • issm/trunk/src/c/modules/ModelProcessorx/Autodiff/CreateParametersAutodiff.cpp

    r16560 r19105  
    115115                parameters->AddObject(new DataSetParam(AutodiffIndependentObjectsEnum,iomodel->independent_objects));
    116116                /*}}}*/
    117 
    118                 #endif
    119         }
    120 
    121         #ifdef _HAVE_ADOLC_
    122117                /*initialize a placeholder to store solver pointers: {{{*/
    123118                GenericParam<Adolc_edf> *theAdolcEDF_p=new GenericParam<Adolc_edf>(AdolcParamEnum);
    … …  
    159154                /*}}}*/
    160155        #endif
    161 
     156        }
    162157}

  • issm/trunk/src/c/modules/ModelProcessorx/Control/CreateParametersControl.cpp

    r18301 r19105  
    1313        int         inversiontype;
    1414        int         nsteps;
    15         int         num_control_type;
    16         int         num_cm_responses;
     15        int         num_controls;
     16        int         num_costfunc;
    1717        int        *control_type     = NULL;
    1818        int        *maxiter          = NULL;
    … …  
    2020        IssmDouble *cm_jump          = NULL;
    2121        IssmDouble *optscal          = NULL;
     22        IssmDouble *control_scaling_factors = NULL;
    2223
    2324        /*retrieve some parameters: */
    … …  
    3031                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(InversionNumControlParametersEnum));
    3132                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(InversionNumCostFunctionsEnum));
    32                 parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(InversionIncompleteAdjointEnum));
    3333
    3434                /*What solution type?*/
    … …  
    4141
    4242                /*Now, recover fit, optscal and maxiter as vectors: */
    43                 iomodel->FetchData(&control_type,NULL,&num_control_type,InversionControlParametersEnum);
    44                 iomodel->FetchData(&cm_responses,NULL,&num_cm_responses,InversionCostFunctionsEnum);
    45                 parameters->AddObject(new IntVecParam(InversionControlParametersEnum,control_type,num_control_type));
    46                 parameters->AddObject(new IntVecParam(InversionCostFunctionsEnum,cm_responses,num_cm_responses));
     43                iomodel->FetchData(&control_type,NULL,&num_controls,InversionControlParametersEnum);
     44                iomodel->FetchData(&cm_responses,NULL,&num_costfunc,InversionCostFunctionsEnum);
     45                parameters->AddObject(new IntVecParam(InversionControlParametersEnum,control_type,num_controls));
     46                parameters->AddObject(new IntVecParam(InversionCostFunctionsEnum,cm_responses,num_costfunc));
    4747
    4848                /*Inversion type specifics*/
    4949                switch(inversiontype){
    5050                        case 0:/*Brent Search*/
     51                                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(InversionIncompleteAdjointEnum));
    5152                                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(InversionNstepsEnum));
    5253                                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(InversionCostFunctionThresholdEnum));
    … …  
    5455                                iomodel->FetchData(&optscal,NULL,NULL,InversionGradientScalingEnum);
    5556                                iomodel->FetchData(&maxiter,NULL,NULL,InversionMaxiterPerStepEnum);
    56                                 parameters->AddObject(new DoubleMatParam(InversionGradientScalingEnum,optscal,nsteps,num_control_type));
     57                                parameters->AddObject(new DoubleMatParam(InversionGradientScalingEnum,optscal,nsteps,num_controls));
    5758                                parameters->AddObject(new DoubleVecParam(InversionStepThresholdEnum,cm_jump,nsteps));
    5859                                parameters->AddObject(new IntVecParam(InversionMaxiterPerStepEnum,maxiter,nsteps));
    5960                                break;
    6061                        case 1:/*TAO*/
     62                                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(InversionIncompleteAdjointEnum));
    6163                                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(InversionFatolEnum));
    6264                                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(InversionFrtolEnum));
    … …  
    6971                                break;
    7072                        case 2:/*M1QN3*/
     73                                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(InversionIncompleteAdjointEnum));
    7174                                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(InversionDxminEnum));
    7275                                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(InversionGttolEnum));
    7376                                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(InversionMaxstepsEnum));
    7477                                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(InversionMaxiterEnum));
     78                                iomodel->FetchData(&control_scaling_factors,NULL,NULL,InversionControlScalingFactorsEnum);
     79                                parameters->AddObject(new DoubleVecParam(InversionControlScalingFactorsEnum,control_scaling_factors,num_controls));
    7580                                break;
    7681                        case 3:/*Validation*/
     82                                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(InversionIncompleteAdjointEnum));
     83                                iomodel->FetchData(&control_scaling_factors,NULL,NULL,InversionControlScalingFactorsEnum);
     84                                parameters->AddObject(new DoubleVecParam(InversionControlScalingFactorsEnum,control_scaling_factors,num_controls));
     85                                break;
     86                        case 4:/*M1QN3 AD*/
     87                                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(InversionDxminEnum));
     88                                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(InversionGttolEnum));
     89                                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(InversionMaxstepsEnum));
     90                                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(InversionMaxiterEnum));
     91                                iomodel->FetchData(&control_scaling_factors,NULL,NULL,InversionControlScalingFactorsEnum);
     92                                parameters->AddObject(new DoubleVecParam(InversionControlScalingFactorsEnum,control_scaling_factors,num_controls));
    7793                                break;
    7894                        default:
    … …  
    84100                xDelete<int>(cm_responses);
    85101                xDelete<int>(maxiter);
     102                xDelete<IssmDouble>(control_scaling_factors);
    86103                iomodel->DeleteData(cm_jump,InversionStepThresholdEnum);
    87104                iomodel->DeleteData(optscal,InversionGradientScalingEnum);

  • issm/trunk/src/c/modules/ModelProcessorx/Control/UpdateElementsAndMaterialsControl.cpp

    r18301 r19105  
    1212
    1313        /*Intermediary*/
    14         int       control;
     14        int       control,cost_function,domaintype;
    1515        Element  *element = NULL;
    1616        Material *material = NULL;
    17         int       num_control_type;
     17        int       num_control_type,num_cost_functions;
    1818        bool      control_analysis;
    1919
    … …  
    2323
    2424        /*Now, return if no control*/
    25         if (!control_analysis) return;
    26 
    27         /*Fetch data needed: */
    28         iomodel->FetchDataToInput(elements,InversionVxObsEnum,0.);
    29         iomodel->FetchDataToInput(elements,InversionVyObsEnum,0.);
    30         iomodel->FetchDataToInput(elements,InversionThicknessObsEnum,0.);
     25        if(!control_analysis) return;
    3126
    3227        iomodel->FetchData(5,InversionControlParametersEnum,InversionCostFunctionsEnum,InversionCostFunctionsCoefficientsEnum,InversionMinParametersEnum,InversionMaxParametersEnum);
     28
     29        /*Fetch Observations */
     30        iomodel->Constant(&num_cost_functions,InversionNumCostFunctionsEnum);
     31        iomodel->Constant(&domaintype,DomainTypeEnum);
     32        for(int i=0;i<num_cost_functions;i++){
     33                cost_function= reCast<int,IssmDouble>(iomodel->Data(InversionCostFunctionsEnum)[i]);
     34                if(     cost_function==ThicknessAbsMisfitEnum) iomodel->FetchDataToInput(elements,InversionThicknessObsEnum);
     35                else if(cost_function==SurfaceAbsMisfitEnum)   iomodel->FetchDataToInput(elements,InversionSurfaceObsEnum);
     36                else if(cost_function==SurfaceAbsVelMisfitEnum
     37                          || cost_function==SurfaceRelVelMisfitEnum
     38                          || cost_function==SurfaceLogVelMisfitEnum
     39                          || cost_function==SurfaceLogVxVyMisfitEnum
     40                          || cost_function==SurfaceAverageVelMisfitEnum){
     41                        iomodel->FetchDataToInput(elements,InversionVxObsEnum);
     42                        if (domaintype!=Domain2DverticalEnum) iomodel->FetchDataToInput(elements,InversionVyObsEnum);
     43                }
     44        }
    3345
    3446        for(int i=0;i<num_control_type;i++){
    … …  
    3648                switch(control){
    3749                        /*List of supported controls*/
    38                         case BalancethicknessThickeningRateEnum:
     50                  case BalancethicknessThickeningRateEnum:
    3951                        case VxEnum:
    4052                        case VyEnum:
    4153                        case ThicknessEnum:
    42                         case FrictionCoefficientEnum:
    43                         case BalancethicknessNuxEnum:
    44                         case BalancethicknessNuyEnum:
    45                         case BalancethicknessApparentMassbalanceEnum:
     54                  case FrictionCoefficientEnum:
     55                  case FrictionAsEnum:
     56                  case BalancethicknessApparentMassbalanceEnum:
     57                        case BalancethicknessOmegaEnum:
     58                        case MaterialsRheologyBEnum:
    4659                                iomodel->FetchData(1,control);
    4760                                break;

  • issm/trunk/src/c/modules/ModelProcessorx/CreateNodes.cpp

    r18301 r19105  
    533533                        }
    534534                        break;
     535                case LACrouzeixRaviartEnum:
     536                        _assert_(approximation==FSApproximationEnum);
     537                        /*P2b velocity*/
     538                        EdgesPartitioning(&my_edges,iomodel);
     539                        for(i=0;i<iomodel->numberofvertices;i++){
     540                                if(iomodel->my_vertices[i]){
     541                                        nodes->AddObject(new Node(id0+i+1,i,lid++,i,iomodel,analysis,FSvelocityEnum));
     542                                }
     543                        }
     544                        for(i=0;i<iomodel->numberofedges;i++){
     545                                if(my_edges[i]){
     546                                        nodes->AddObject(new Node(id0+iomodel->numberofvertices+i+1,iomodel->numberofvertices+i,lid++,0,iomodel,analysis,FSvelocityEnum));
     547                                }
     548                        }
     549                        id0 = id0+iomodel->numberofvertices+iomodel->numberofedges;
     550                        if(iomodel->meshelementtype==PentaEnum){
     551                                FacesPartitioning(&my_faces,iomodel);
     552                                for(i=0;i<iomodel->numberoffaces;i++){
     553                                        if(iomodel->faces[i*iomodel->facescols+2]==2){/*Vertical quads*/
     554                                                if(my_faces[i]){
     555                                                        node = new Node(id0+i+1,iomodel->numberofvertices+iomodel->numberofedges+i,lid++,0,iomodel,analysis,FSvelocityEnum);
     556                                                        nodes->AddObject(node);
     557                                                }
     558                                        }
     559                                        else if(iomodel->faces[i*iomodel->facescols+2]==1){/*Triangular base/top*/
     560                                                /*Nothing*/
     561                                        }
     562                                        else{
     563                                                _error_("not supported");
     564                                        }
     565                                }
     566                                id0 = id0+iomodel->numberoffaces;
     567                        }
     568                        for(i=0;i<iomodel->numberofelements;i++){
     569                                if(iomodel->my_elements[i]){
     570                                        nodes->AddObject(new Node(id0+i+1,id0-iomodel->nodecounter+i,lid++,0,iomodel,analysis,FSvelocityEnum));
     571                                }
     572                        }
     573
     574                        /*No pressure*/
     575                        break;
    535576
    536577                default:

  • issm/trunk/src/c/modules/ModelProcessorx/CreateOutputDefinitions.cpp

    r17806 r19105  
    2828                               
    2929                                /*massfluxatgate variables: */
    30                                 int          numgates;
     30                                int          temp,numgates;
    3131                                char       **gatenames               = NULL;
     32                                int        *gatedefinitionenums      = NULL;
    3233                                IssmDouble **gatesegments            = NULL;
    3334                                int         *gatesegments_M          = NULL;
    … …  
    3637                                /*Fetch segments and names: */
    3738                                iomodel->FetchMultipleData(&gatenames,&numgates,MassfluxatgateNameEnum);
    38                                 iomodel->FetchMultipleData(&gatesegments,&gatesegments_M,NULL,&numgates,MassfluxatgateSegmentsEnum);
     39                                iomodel->FetchMultipleData(&gatedefinitionenums,&temp,MassfluxatgateDefinitionenumEnum); _assert_(temp==numgates);
     40                                iomodel->FetchMultipleData(&gatesegments,&gatesegments_M,NULL,&temp,MassfluxatgateSegmentsEnum);_assert_(temp==numgates);
    3941
    4042                                for(j=0;j<numgates;j++){
    41                                         output_definitions->AddObject(new Massfluxatgate<IssmDouble>(gatenames[j],gatesegments_M[j],gatesegments[j]));
     43                                        output_definitions->AddObject(new Massfluxatgate<IssmDouble>(gatenames[j],gatedefinitionenums[j],gatesegments_M[j],gatesegments[j]));
    4244                                }
    4345                                /*Free ressources:*/
    … …  
    4951                                xDelete<IssmDouble*>(gatesegments);
    5052                                xDelete<int>(gatesegments_M);
     53                                xDelete<int>(gatedefinitionenums);
    5154                                /*}}}*/
    5255                        }
    … …  
    5760                                int          nummisfits;
    5861                                char**       misfit_name_s             = NULL;   
     62                                int*         misfit_definitionenums_s             = NULL;   
    5963                                int*         misfit_model_enum_s        = NULL;
    6064                                IssmDouble** misfit_observation_s      = NULL;
    … …  
    6266                                int*         misfit_observation_M_s    = NULL;
    6367                                int*         misfit_observation_N_s    = NULL;
     68                                int*         misfit_local_s = NULL;
    6469                                char**       misfit_timeinterpolation_s = NULL;
    6570                                IssmDouble** misfit_weights_s           = NULL;
    … …  
    7075                                /*Fetch name, model_enum, observation, observation_enum, etc ... (see src/m/classes/misfit.m): */
    7176                                iomodel->FetchMultipleData(&misfit_name_s,&nummisfits,MisfitNameEnum);
     77                                iomodel->FetchMultipleData(&misfit_definitionenums_s,&nummisfits,MisfitDefinitionenumEnum);
    7278                                iomodel->FetchMultipleData(&misfit_model_enum_s,&nummisfits,MisfitModelEnumEnum);
    7379                                iomodel->FetchMultipleData(&misfit_observation_s,&misfit_observation_M_s,&misfit_observation_N_s,&nummisfits,MisfitObservationEnum);
    7480                                iomodel->FetchMultipleData(&misfit_observation_enum_s,&nummisfits,MisfitObservationEnumEnum);
    7581                                iomodel->FetchMultipleData(&misfit_timeinterpolation_s,&nummisfits,MisfitTimeinterpolationEnum);
     82                                iomodel->FetchMultipleData(&misfit_local_s,&nummisfits,MisfitLocalEnum);
    7683                                iomodel->FetchMultipleData(&misfit_weights_s,&misfit_weights_M_s,&misfit_weights_N_s,&nummisfits,MisfitWeightsEnum);
    7784                                iomodel->FetchMultipleData(&misfit_weights_enum_s,&nummisfits,MisfitWeightsEnumEnum);
    … …  
    8087
    8188                                        /*First create a misfit object for that specific enum (misfit_model_enum_s[j]):*/
    82                                         output_definitions->AddObject(new Misfit(misfit_name_s[j],misfit_model_enum_s[j],misfit_observation_enum_s[j],misfit_timeinterpolation_s[j],misfit_weights_enum_s[j]));
     89                                        output_definitions->AddObject(new Misfit(misfit_name_s[j],misfit_definitionenums_s[j],misfit_model_enum_s[j],misfit_observation_enum_s[j],misfit_timeinterpolation_s[j],(bool)misfit_local_s[j],misfit_weights_enum_s[j]));
    8390
    8491                                        /*Now, for this particular misfit object, make sure we plug into the elements: the observation, and the weights.*/
    8592                                        for(i=0;i<elements->Size();i++){
    86                                                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     93                                                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    8794                                                element->InputCreate(misfit_observation_s[j], iomodel,misfit_observation_M_s[j],misfit_observation_N_s[j],1,misfit_observation_enum_s[j],7);
    8895                                                element->InputCreate(misfit_weights_s[j], iomodel,misfit_weights_M_s[j],misfit_weights_N_s[j],1,misfit_weights_enum_s[j],7);
    … …  
    103110                                xDelete<char*>(misfit_name_s);
    104111                                xDelete<int>(misfit_model_enum_s);
     112                                xDelete<int>(misfit_definitionenums_s);
    105113                                xDelete<IssmDouble*>(misfit_observation_s);
    106114                                xDelete<int>(misfit_observation_enum_s);
    107115                                xDelete<int>(misfit_observation_M_s);
    108116                                xDelete<int>(misfit_observation_N_s);
     117                                xDelete<int>(misfit_local_s);
    109118                                xDelete<char*>(misfit_timeinterpolation_s);
    110119                                xDelete<IssmDouble*>(misfit_weights_s);
    … …  
    114123                                /*}}}*/
    115124                        }
    116 
     125                        else if (output_definition_enums[i]==MassconEnum){
     126                                /*Deal with masscons: {{{*/
     127                               
     128                                /*masscon variables: */
     129                                int          nummasscons;
     130                                char**       masscon_name_s             = NULL;   
     131                                int*         masscon_definitionenum_s   = NULL;   
     132                                IssmDouble** masscon_levelset_s           = NULL;
     133                                int*         masscon_levelset_M_s    = NULL;
     134                                int*         masscon_levelset_N_s    = NULL;
     135
     136                                /*Fetch name and levelset, etc ... (see src/m/classes/masscon.m): */
     137                                iomodel->FetchMultipleData(&masscon_name_s,&nummasscons,MassconNameEnum);
     138                                iomodel->FetchMultipleData(&masscon_definitionenum_s,&nummasscons,MassconDefinitionenumEnum);
     139                                iomodel->FetchMultipleData(&masscon_levelset_s,&masscon_levelset_M_s,&masscon_levelset_N_s,&nummasscons,MassconLevelsetEnum);
     140                                for(j=0;j<nummasscons;j++){
     141
     142                                        /*Create a masscon object: */
     143                                        output_definitions->AddObject(new Masscon(masscon_name_s[j],masscon_definitionenum_s[j],masscon_levelset_s[j],masscon_levelset_M_s[j]));
     144
     145                                }
     146
     147                                /*Free ressources:*/
     148                                for(j=0;j<nummasscons;j++){
     149                                        char* string=NULL;
     150                                        IssmDouble* matrix = NULL;
     151
     152                                        string = masscon_name_s[j];    xDelete<char>(string);
     153                                        matrix = masscon_levelset_s[j]; xDelete<IssmDouble>(matrix);
     154                                }
     155                                xDelete<char*>(masscon_name_s);
     156                                xDelete<IssmDouble*>(masscon_levelset_s);
     157                                xDelete<int>(masscon_levelset_M_s);
     158                                xDelete<int>(masscon_levelset_N_s);
     159                                xDelete<int>(masscon_definitionenum_s);
     160                                /*}}}*/
     161                        }
     162                        else if (output_definition_enums[i]==MassconaxpbyEnum){
     163                                /*Deal with masscon combinations: {{{*/
     164                               
     165                                /*masscon variables: */
     166                                char**       masscon_name_s             = NULL;   
     167                                int*         masscon_definitionenum_s             = NULL;   
     168                                char**       masscon_namex_s             = NULL;   
     169                                char**       masscon_namey_s             = NULL;   
     170                                IssmDouble*  masscon_alpha_s     = NULL;
     171                                IssmDouble*  masscon_beta_s     = NULL;
     172                                int          num;
     173
     174                                /*Fetch names and multiplicators, etc ... (see src/m/classes/masscon_axpby.m): */
     175                                iomodel->FetchMultipleData(&masscon_name_s,&num,MassconaxpbyNameEnum);
     176                                iomodel->FetchMultipleData(&masscon_definitionenum_s,&num,MassconaxpbyDefinitionenumEnum);
     177                                iomodel->FetchMultipleData(&masscon_namex_s,&num,MassconaxpbyNamexEnum);
     178                                iomodel->FetchMultipleData(&masscon_namey_s,&num,MassconaxpbyNameyEnum);
     179                                iomodel->FetchMultipleData(&masscon_alpha_s,&num,MassconaxpbyAlphaEnum);
     180                                iomodel->FetchMultipleData(&masscon_beta_s,&num,MassconaxpbyBetaEnum);
     181                                for(j=0;j<num;j++){
     182
     183                                        /*Create a masscon axpyb object: */
     184                                        output_definitions->AddObject(new Massconaxpby(masscon_name_s[j],masscon_definitionenum_s[j],masscon_namex_s[j],masscon_namey_s[j],masscon_alpha_s[j],masscon_beta_s[j]));
     185
     186                                }
     187
     188                                /*Free ressources:*/
     189                                for(j=0;j<num;j++){
     190                                        char* string=NULL;
     191                                        string = masscon_name_s[j];    xDelete<char>(string);
     192                                        string = masscon_namex_s[j];    xDelete<char>(string);
     193                                        string = masscon_namey_s[j];    xDelete<char>(string);
     194                                }
     195                                xDelete<char*>(masscon_name_s);
     196                                xDelete<char*>(masscon_namex_s);
     197                                xDelete<char*>(masscon_namey_s);
     198                                xDelete<int>(masscon_definitionenum_s);
     199                                xDelete<IssmDouble>(masscon_alpha_s);
     200                                xDelete<IssmDouble>(masscon_beta_s);
     201                                /*}}}*/
     202                        }
    117203                        else _error_("output definition enum " << output_definition_enums[i] << "not supported yet!");
    118204                }

  • issm/trunk/src/c/modules/ModelProcessorx/CreateParameters.cpp

    r18301 r19105  
    2222        char**      requestedoutputs = NULL;
    2323        IssmDouble  time;
    24         bool        isdelta18o;
     24        bool        isdelta18o,ismungsm;
    2525
    2626        /*parameters for mass flux:*/
    … …  
    3737        int          count;
    3838
     39        IssmDouble *temp = NULL;
     40        IssmDouble  yts;
     41        int         N,M;
     42
    3943        /*Make sure current dataset is empty*/
    4044        _assert_(parameters->Size()==0);
    … …  
    4347        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(DomainTypeEnum));
    4448        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(DomainDimensionEnum));
    45         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(MeshElementtypeEnum));
    4649        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(SettingsOutputFrequencyEnum));
    47         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(SteadystateReltolEnum));
    48         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(SteadystateMaxiterEnum));
    4950        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(ConstantsYtsEnum));
    5051        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(TimesteppingStartTimeEnum));
    … …  
    5758        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(DebugProfilingEnum));
    5859        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(MeshAverageVertexConnectivityEnum));
    59         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(ConstantsReferencetemperatureEnum));
    6060        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(SettingsWaitonlockEnum));
    6161        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(MeshNumberofelementsEnum));
    … …  
    6363        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(SettingsResultsOnNodesEnum));
    6464        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(SettingsIoGatherEnum));
    65         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(GroundinglineMigrationEnum));
    66         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(TransientIsstressbalanceEnum));
    67         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(TransientIsmasstransportEnum));
    68         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(TransientIsthermalEnum));
    69         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(TransientIsgroundinglineEnum));
    70         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(TransientIsgiaEnum));
    71         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(TransientIslevelsetEnum));
    72         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(TransientIsdamageevolutionEnum));
    73         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(TransientIshydrologyEnum));
    74         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(MaterialsRheologyLawEnum));
    7565        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(AutodiffIsautodiffEnum));
    7666        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(QmuIsdakotaEnum));
    7767        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(InversionIscontrolEnum));
    7868        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(InversionTypeEnum));
    79         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(GiaCrossSectionShapeEnum));
    80 
    81         /*For stress balance only*/
    82         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(FlowequationIsFSEnum));
    83         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(StressbalanceRiftPenaltyThresholdEnum));
    84         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(StressbalanceMaxiterEnum));
    85         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(StressbalanceRestolEnum));
    86         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(StressbalanceReltolEnum));
    87         parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(StressbalanceAbstolEnum));
    88         if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum)
    89          parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(MeshNumberoflayersEnum));
     69        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(CalvingLawEnum));
     70        {/*This is specific to ice...*/
     71                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(MeshElementtypeEnum));
     72                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(SteadystateReltolEnum));
     73                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(SteadystateMaxiterEnum));
     74                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(ConstantsReferencetemperatureEnum));
     75                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(GroundinglineMigrationEnum));
     76                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(TransientIsstressbalanceEnum));
     77                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(TransientIsmasstransportEnum));
     78                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(TransientIsthermalEnum));
     79                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(TransientIsgroundinglineEnum));
     80                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(TransientIsgiaEnum));
     81                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(TransientIslevelsetEnum));
     82                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(TransientIsdamageevolutionEnum));
     83                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(TransientIshydrologyEnum));
     84                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(TransientIscalvingEnum));
     85                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(MaterialsRheologyLawEnum));
     86                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(GiaCrossSectionShapeEnum));
     87
     88                /*For stress balance only*/
     89                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(FlowequationIsFSEnum));
     90                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(StressbalanceRiftPenaltyThresholdEnum));
     91                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(StressbalanceMaxiterEnum));
     92                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(StressbalanceRestolEnum));
     93                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(StressbalanceReltolEnum));
     94                parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(StressbalanceAbstolEnum));
     95                if(iomodel->domaintype==Domain3DEnum)
     96                 parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(MeshNumberoflayersEnum));
     97        }
    9098
    9199        /*Surface mass balance parameters*/
    … …  
    98106                case SMBpddEnum:
    99107                        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(SurfaceforcingsIsdelta18oEnum));
     108                        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(SurfaceforcingsIsmungsmEnum));
    100109                        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(SurfaceforcingsDesfacEnum));
    101110                        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(SurfaceforcingsS0pEnum));
     111                        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(SurfaceforcingsS0tEnum));
     112                        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(SurfaceforcingsRlapsEnum));
     113                        parameters->AddObject(iomodel->CopyConstantObject(SurfaceforcingsRlapslgmEnum));
    102114                        iomodel->Constant(&isdelta18o,SurfaceforcingsIsdelta18oEnum);
     115                        iomodel->Constant(&ismungsm,SurfaceforcingsIsmungsmEnum);
     116
     117                        if(ismungsm){
     118                          iomodel->FetchData(&temp,&N,&M,SurfaceforcingsPfacEnum); _assert_(N==2);
     119                          for(i=0;i<M;i++) temp[M+i]=temp[M+i];
     120                          parameters->AddObject(new TransientParam(SurfaceforcingsPfacEnum,&temp[0],&temp[M],M));
     121                          iomodel->DeleteData(temp,SurfaceforcingsPfacEnum);
     122                       
     123                          iomodel->FetchData(&temp,&N,&M,SurfaceforcingsTdiffEnum); _assert_(N==2);
     124                          for(i=0;i<M;i++) temp[M+i]=temp[M+i];
     125                          parameters->AddObject(new TransientParam(SurfaceforcingsTdiffEnum,&temp[0],&temp[M],M));
     126                          iomodel->DeleteData(temp,SurfaceforcingsTdiffEnum);
     127
     128                          iomodel->FetchData(&temp,&N,&M,SurfaceforcingsSealevEnum); _assert_(N==2);
     129                          for(i=0;i<M;i++) temp[M+i]=temp[M+i];
     130                          parameters->AddObject(new TransientParam(SurfaceforcingsSealevEnum,&temp[0],&temp[M],M));
     131                          iomodel->DeleteData(temp,SurfaceforcingsSealevEnum);
     132                        }
     133
    103134                        if(isdelta18o){
    104                                 IssmDouble *temp = NULL;
    105                                 IssmDouble  yts;
    106                                 int         N,M;
    107135                                iomodel->Constant(&yts,ConstantsYtsEnum);
     136
    108137                                iomodel->FetchData(&temp,&N,&M,SurfaceforcingsDelta18oEnum); _assert_(N==2);
    109138                                for(i=0;i<M;i++) temp[M+i]=yts*temp[M+i];

  • issm/trunk/src/c/modules/ModelProcessorx/ModelProcessorx.cpp

    r17806 r19105  
    1313#include "./ModelProcessorx.h"
    1414
    15 void ModelProcessorx(Elements** pelements, Nodes** pnodes, Vertices** pvertices, Materials** pmaterials, Constraints** pconstraints, Loads** ploads, Parameters** pparameters, FILE* IOMODEL,FILE* toolkitfile, char* rootpath,const int solution_enum,const int nummodels,const int* analysis_enum_list){
     15void ModelProcessorx(Elements** pelements, Nodes** pnodes, Vertices** pvertices, Materials** pmaterials, Constraints** pconstraints, Loads** ploads, Parameters** pparameters,IoModel* iomodel,FILE* toolkitfile, char* rootpath,const int solution_enum,const int nummodels,const int* analysis_enum_list){
    1616
    1717        int   i,analysis_enum,verbose;
    18         bool  isthermal,ismasstransport,isstressbalance,isgroundingline,isenthalpy,islevelset,isdamage,ishydrology;
    1918
    2019        /*Initialize datasets*/
    … …  
    2726        Parameters  *parameters  = new Parameters();
    2827
    29         /*Initialize IoModel from input file*/
    30         IoModel* iomodel = new IoModel(IOMODEL);
    31 
    3228        /*Fetch parameters: */
    3329        iomodel->Constant(&verbose,VerboseEnum);
    34         iomodel->Constant(&isthermal,TransientIsthermalEnum);
    35         iomodel->Constant(&isenthalpy,ThermalIsenthalpyEnum);
    36         iomodel->Constant(&islevelset,TransientIslevelsetEnum);
    37         iomodel->Constant(&ismasstransport,TransientIsmasstransportEnum);
    38         iomodel->Constant(&isstressbalance,TransientIsstressbalanceEnum);
    39         iomodel->Constant(&isgroundingline,TransientIsgroundinglineEnum);
    40         iomodel->Constant(&isdamage,TransientIsdamageevolutionEnum);
    41         iomodel->Constant(&ishydrology,TransientIshydrologyEnum);
    42 
    4330        SetVerbosityLevel(verbose);
    4431
    … …  
    5845                analysis_enum=analysis_enum_list[i];
    5946                parameters->AddObject(new IntParam(AnalysisCounterEnum,i));
    60 
    61                 /*Hack for trasient runs (FIXME: to be improved)*/
    62                 if(solution_enum==TransientSolutionEnum && analysis_enum==ThermalAnalysisEnum  && iomodel->domaintype==Domain2DhorizontalEnum) continue;
    63                 if(solution_enum==TransientSolutionEnum && analysis_enum==MeltingAnalysisEnum  && iomodel->domaintype==Domain2DhorizontalEnum) continue;
    64                 if(solution_enum==TransientSolutionEnum && analysis_enum==EnthalpyAnalysisEnum && iomodel->domaintype==Domain2DhorizontalEnum) continue;
    65                 if(solution_enum==TransientSolutionEnum && analysis_enum==ThermalAnalysisEnum && isthermal==false) continue;
    66                 if(solution_enum==TransientSolutionEnum && analysis_enum==MeltingAnalysisEnum && isthermal==false) continue;
    67                 if(solution_enum==TransientSolutionEnum && analysis_enum==EnthalpyAnalysisEnum && isthermal==false) continue;
    68                 if(solution_enum==TransientSolutionEnum && analysis_enum==ThermalAnalysisEnum && isenthalpy==true) continue;
    69                 if(solution_enum==TransientSolutionEnum && analysis_enum==MeltingAnalysisEnum && isenthalpy==true) continue;
    70                 if(solution_enum==TransientSolutionEnum && analysis_enum==EnthalpyAnalysisEnum && isenthalpy==false) continue;
    71                 if(solution_enum==TransientSolutionEnum && analysis_enum==MasstransportAnalysisEnum && ismasstransport==false && isgroundingline==false) continue;
    72                 if(solution_enum==TransientSolutionEnum && analysis_enum==StressbalanceAnalysisEnum && isstressbalance==false) continue;
    73                 if(solution_enum==TransientSolutionEnum && analysis_enum==StressbalanceVerticalAnalysisEnum && isstressbalance==false) continue;
    74                 if(solution_enum==TransientSolutionEnum && analysis_enum==StressbalanceSIAAnalysisEnum && isstressbalance==false) continue;
    75                 if(solution_enum==SteadystateSolutionEnum && analysis_enum==ThermalAnalysisEnum && isenthalpy==true) continue;
    76                 if(solution_enum==SteadystateSolutionEnum && analysis_enum==MeltingAnalysisEnum && isenthalpy==true) continue;
    77                 if(solution_enum==SteadystateSolutionEnum && analysis_enum==EnthalpyAnalysisEnum && isenthalpy==false) continue;
    78                 if(solution_enum==TransientSolutionEnum && analysis_enum==LevelsetAnalysisEnum && islevelset==false) continue;
    79                 if(solution_enum==TransientSolutionEnum && analysis_enum==ExtrapolationAnalysisEnum && islevelset==false) continue;
    80                 if(solution_enum==TransientSolutionEnum && analysis_enum==LsfReinitializationAnalysisEnum && islevelset==false) continue;
    81                 if(solution_enum==TransientSolutionEnum && analysis_enum==HydrologyShreveAnalysisEnum && ishydrology==false) continue;
    82                 if(solution_enum==TransientSolutionEnum && analysis_enum==HydrologyDCEfficientAnalysisEnum && ishydrology==false) continue;
    83                 if(solution_enum==TransientSolutionEnum && analysis_enum==HydrologyDCInefficientAnalysisEnum && ishydrology==false) continue;
    84                 if(solution_enum==TransientSolutionEnum && analysis_enum==DamageEvolutionAnalysisEnum && isdamage==false) continue;
    8547
    8648                if(VerboseMProcessor()) _printf0_("   creating datasets for analysis " << EnumToStringx(analysis_enum) << "\n");
    … …  
    12890        if(VerboseMProcessor()) _printf0_("   done with model processor \n");
    12991
    130         /*Free resources:*/
    131         delete iomodel;
    132 
    13392        /*Assign output pointers:*/
    13493        *pelements    = elements;

  • issm/trunk/src/c/modules/ModelProcessorx/ModelProcessorx.h

    r17989 r19105  
    99#include "../../analyses/analyses.h"
    1010
    11 void ModelProcessorx(Elements** pelements, Nodes** pnodes, Vertices** pvertices, Materials** pmaterials, Constraints** pconstraints, Loads** ploads, Parameters** pparameters, FILE* iomodel_handle,FILE* toolkitfile, char* rootpath,const int solution_type,const int nummodels,const int* analysis_type_listh);
     11void ModelProcessorx(Elements** pelements, Nodes** pnodes, Vertices** pvertices, Materials** pmaterials, Constraints** pconstraints, Loads** ploads, Parameters** pparameters,IoModel* iomodel,FILE* toolkitfile, char* rootpath,const int solution_type,const int nummodels,const int* analysis_type_listh);
    1212
    1313/*Creation of fem datasets: general drivers*/

  • issm/trunk/src/c/modules/ModelProcessorx/NodesPartitioning.cpp

    r17806 r19105  
    6565
    6666        /*First: add all the nodes of all the elements belonging to this cpu*/
    67         if(iomodel->domaintype==Domain2DhorizontalEnum){
     67        if(iomodel->domaintype==Domain2DhorizontalEnum || iomodel->domaintype==Domain2DverticalEnum){
    6868                for (i=0;i<iomodel->numberofelements;i++){
    6969                        if (my_elements[i]){
    … …  
    8383        CreateFaces(iomodel);
    8484
    85         /*!All elements have been partitioned above, only create elements for this CPU: */
    86         for(int i=0;i<iomodel->numberoffaces;i++){
     85        if(iomodel->domaintype==Domain2DhorizontalEnum){
     86                /*!All elements have been partitioned above, only create elements for this CPU: */
     87                for(int i=0;i<iomodel->numberoffaces;i++){
    8788
    88                 /*Get left and right elements*/
    89                 e1=iomodel->faces[4*i+2]-1; //faces are [node1 node2 elem1 elem2]
    90                 e2=iomodel->faces[4*i+3]-1; //faces are [node1 node2 elem1 elem2]
     89                        /*Get left and right elements*/
     90                        e1=iomodel->faces[4*i+2]-1; //faces are [node1 node2 elem1 elem2]
     91                        e2=iomodel->faces[4*i+3]-1; //faces are [node1 node2 elem1 elem2]
    9192
    92                 /* 1) If the element e1 is in the current partition
    93                 * 2) and if the face of the element is shared by another element (internal face)
    94                 * 3) and if this element is not in the same partition:
    95                 * we must clone the nodes on this partition so that the loads (Numericalflux)
    96                 * will have access to their properties (dofs,...)*/
    97                 if(my_elements[e1] && e2!=-2 && !my_elements[e2]){
     93                        /* 1) If the element e1 is in the current partition
     94                        * 2) and if the face of the element is shared by another element (internal face)
     95                        * 3) and if this element is not in the same partition:
     96                        * we must clone the nodes on this partition so that the loads (Numericalflux)
     97                        * will have access to their properties (dofs,...)*/
     98                        if(my_elements[e1] && e2!=-2 && !my_elements[e2]){
    9899
    99                         /*1: Get vertices ids*/
    100                         i1=iomodel->faces[4*i+0];
    101                         i2=iomodel->faces[4*i+1];
     100                                /*1: Get vertices ids*/
     101                                i1=iomodel->faces[4*i+0];
     102                                i2=iomodel->faces[4*i+1];
    102103
    103                         /*2: Get the column where these ids are located in the index*/
    104                         pos=UNDEF;
    105                         for(int j=0;j<3;j++){
    106                                 if(iomodel->elements[3*e2+j]==i1) pos=j;
    107                         }
     104                                /*2: Get the column where these ids are located in the index*/
     105                                pos=UNDEF;
     106                                for(int j=0;j<3;j++){
     107                                        if(iomodel->elements[3*e2+j]==i1) pos=j;
     108                                }
    108109
    109                         /*3: We have the id of the elements and the position of the vertices in the index
    110                          * we can now create the corresponding nodes:*/
    111                         if(pos==0){
    112                                 my_nodes[e2*3+0]=true;
    113                                 my_nodes[e2*3+2]=true;
    114                         }
    115                         else if(pos==1){
    116                                 my_nodes[e2*3+1]=true;
    117                                 my_nodes[e2*3+0]=true;
    118                         }
    119                         else if(pos==2){
    120                                 my_nodes[e2*3+2]=true;
    121                                 my_nodes[e2*3+1]=true;
    122                         }
    123                         else{
    124                                 _error_("Problem in faces creation");
     110                                /*3: We have the id of the elements and the position of the vertices in the index
     111                                 * we can now create the corresponding nodes:*/
     112                                if(pos==0){
     113                                        my_nodes[e2*3+0]=true;
     114                                        my_nodes[e2*3+2]=true;
     115                                }
     116                                else if(pos==1){
     117                                        my_nodes[e2*3+1]=true;
     118                                        my_nodes[e2*3+0]=true;
     119                                }
     120                                else if(pos==2){
     121                                        my_nodes[e2*3+2]=true;
     122                                        my_nodes[e2*3+1]=true;
     123                                }
     124                                else{
     125                                        _error_("Problem in faces creation");
     126                                }
    125127                        }
    126128                }

  • issm/trunk/src/c/modules/NodalValuex/NodalValuex.cpp

    r16560 r19105  
    2020         *element, figure out  if they hold the vertex, and the data. If so, return it: */
    2121        for(int i=0;i<elements->Size();i++){
    22                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     22                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    2323                found=element->NodalValue(&value,index,natureofdataenum);
    2424                if(found){

  • issm/trunk/src/c/modules/OutputDefinitionsResponsex/OutputDefinitionsResponsex.cpp

    r17806 r19105  
    1010IssmDouble OutputDefinitionsResponsex(FemModel* femmodel,const char* output_string){
    1111
    12         Definition *definition         = NULL;
    13         DataSet    *output_definitions = NULL;
    14         IssmDouble  return_value;
    15 
    1612        /*Ok, go find the output definitions dataset in the parameters, where our responses are hiding: */
    17         output_definitions=((DataSetParam*)femmodel->parameters->FindParamObject(OutputdefinitionEnum))->value;
     13        DataSet* output_definitions=((DataSetParam*)femmodel->parameters->FindParamObject(OutputdefinitionEnum))->value;
    1814
    1915        /*Now, go through the output definitions, and retrieve the object which corresponds to our requested response, output_string: */
    2016        for(int i=0;i<output_definitions->Size();i++){
    2117               
    22                 definition=dynamic_cast<Definition*>(output_definitions->GetObjectByOffset(i));
     18                //Definition* definition=xDynamicCast<Definition*>(output_definitions->GetObjectByOffset(i));
     19                Definition* definition=dynamic_cast<Definition*>(output_definitions->GetObjectByOffset(i));
    2320
    2421                char* name = definition->Name();
    25                 if (strcmp(name,output_string)==0){
     22                if(strcmp(name,output_string)==0){
    2623
    2724                        /*This is the object that we have been chasing for. compute the response and return: */
    28                         return_value=definition->Response(femmodel);
     25                        IssmDouble return_value=definition->Response(femmodel);
    2926               
    3027                        /*cleanup: */
    … …  
    4138
    4239}
     40
     41IssmDouble OutputDefinitionsResponsex(FemModel* femmodel,int output_enum){
     42
     43        /*Ok, go find the output definitions dataset in the parameters, where our responses are hiding: */
     44        DataSet* output_definitions=((DataSetParam*)femmodel->parameters->FindParamObject(OutputdefinitionEnum))->value;
     45
     46        /*Now, go through the output definitions, and retrieve the object which corresponds to our requested response, output_enum: */
     47        for(int i=0;i<output_definitions->Size();i++){
     48               
     49                //Definition* definition=xDynamicCast<Definition*>(output_definitions->GetObjectByOffset(i));
     50                Definition* definition=dynamic_cast<Definition*>(output_definitions->GetObjectByOffset(i));
     51
     52                int en = definition->DefinitionEnum();
     53                if(en==output_enum){
     54
     55                        /*This is the object that we have been chasing for. compute the response and return: */
     56                        IssmDouble return_value=definition->Response(femmodel);
     57               
     58                        /*return:*/
     59                        return return_value;
     60                }
     61        }
     62       
     63        /*If we are here, did not find the definition for this response, not good!: */
     64        _error_("Could not find the response for output definition " << output_enum << " because could not find the definition itself!");
     65
     66}

  • issm/trunk/src/c/modules/OutputDefinitionsResponsex/OutputDefinitionsResponsex.h

    r16470 r19105  
    99/* local prototypes: */
    1010IssmDouble OutputDefinitionsResponsex(FemModel* femmodel,const char* output_string);
     11IssmDouble OutputDefinitionsResponsex(FemModel* femmodel,int output_enum);
    1112
    1213#endif  /* _OUTPUTDEFINITIONSRESPONSEXX_H */

  • issm/trunk/src/c/modules/ResetFSBasalBoundaryConditionx/ResetFSBasalBoundaryConditionx.cpp

    r17322 r19105  
    1212
    1313        for (int i=0;i<elements->Size();i++){
    14                 element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     14                element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    1515                element->ResetFSBasalBoundaryCondition();
    1616        }

  • issm/trunk/src/c/modules/RheologyBbarAbsGradientx/RheologyBbarAbsGradientx.cpp

    r17989 r19105  
    1616        /*Compute Misfit: */
    1717        for(int i=0;i<elements->Size();i++){
    18                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     18                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    1919                J+=RheologyBbarAbsGradient(element);
    2020        }

  • issm/trunk/src/c/modules/SetActiveNodesLSMx/SetActiveNodesLSMx.cpp

    r17700 r19105  
    2222
    2323        for(i=0;i<elements->Size();i++){
    24                 Element    *element  = dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     24                Element    *element  = xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    2525                int         numnodes = element->GetNumberOfNodes();
    2626                IssmDouble *mask     = xNew<IssmDouble>(numnodes);
    … …  
    5959                                        analysis_type==BalancethicknessAnalysisEnum ||
    6060                                        analysis_type==HydrologyDCInefficientAnalysisEnum ||
    61                                         analysis_type==DamageEvolutionAnalysisEnum ||
     61                                        //analysis_type==DamageEvolutionAnalysisEnum ||
    6262                                        analysis_type==HydrologyDCEfficientAnalysisEnum ||
    6363                                        analysis_type==LevelsetAnalysisEnum ||
    … …  
    104104        /*Fill vector with values: */
    105105        for(i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    106                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     106                Element* element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    107107                SetMaskOfIceElement(vec_mask_ice, element);
    108108        }
    … …  
    115115        /*Clean up and return*/
    116116        delete vec_mask_ice;
    117         delete mask_ice;
     117        xDelete<IssmDouble>(mask_ice);
    118118
    119119}/*}}}*/

  • issm/trunk/src/c/modules/SurfaceAbsVelMisfitx/SurfaceAbsVelMisfitx.cpp

    r17989 r19105  
    1616        /*Compute Misfit: */
    1717        for(int i=0;i<elements->Size();i++){
    18                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     18                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    1919                J+=SurfaceAbsVelMisfit(element);
    2020        }

  • issm/trunk/src/c/modules/SurfaceAreax/SurfaceAreax.cpp

    r16137 r19105  
    2020        /*Compute gradients: */
    2121        for(int i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    22                 element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     22                element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    2323                S+=element->SurfaceArea();
    2424        }

  • issm/trunk/src/c/modules/SurfaceAverageVelMisfitx/SurfaceAverageVelMisfitx.cpp

    r17989 r19105  
    1717        /*Compute Misfit: */
    1818        for(int i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    19                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     19                Element* element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    2020                J+=SurfaceAverageVelMisfit(element);
    2121        }

  • issm/trunk/src/c/modules/SurfaceLogVelMisfitx/SurfaceLogVelMisfitx.cpp

    r17989 r19105  
    1616        /*Compute Misfit: */
    1717        for(int i=0;i<elements->Size();i++){
    18                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     18                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    1919                J+=SurfaceLogVelMisfit(element);
    2020        }

  • issm/trunk/src/c/modules/SurfaceLogVxVyMisfitx/SurfaceLogVxVyMisfitx.cpp

    r17989 r19105  
    1616        /*Compute Misfit: */
    1717        for(int i=0;i<elements->Size();i++){
    18                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     18                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    1919                J+=SurfaceLogVxVyMisfit(element);
    2020        }

  • issm/trunk/src/c/modules/SurfaceMassBalancex/SurfaceMassBalancex.cpp

    r18301 r19105  
    1111        /*Intermediaties*/
    1212        int  smb_model;
    13         bool isdelta18o;
     13        bool isdelta18o,ismungsm;
    1414
    1515        /*First, get SMB model from parameters*/
    … …  
    2323                case SMBpddEnum:
    2424                        femmodel->parameters->FindParam(&isdelta18o,SurfaceforcingsIsdelta18oEnum);
     25                        femmodel->parameters->FindParam(&ismungsm,SurfaceforcingsIsmungsmEnum);
    2526                        if(isdelta18o){
    26                                 if(VerboseSolution()) _printf0_("   call Delta18oParametrization module\n");
     27                                if(VerboseSolution()) _printf0_("   call Delta18oParameterization module\n");
    2728                                Delta18oParameterizationx(femmodel);
     29                        }
     30                        if(ismungsm){
     31                                if(VerboseSolution()) _printf0_("   call MungsmtpParameterization module\n");
     32                                MungsmtpParameterizationx(femmodel);
    2833                        }
    2934                        if(VerboseSolution()) _printf0_("   call positive degree day module\n");
    … …  
    3136                        break;
    3237                case SMBgradientsEnum:
    33                         if(VerboseSolution())_printf_(" call smb gradients module\n");
     38                        if(VerboseSolution())_printf0_("        call smb gradients module\n");
    3439                        SmbGradientsx(femmodel);
    3540                        break;
    3641                case SMBhenningEnum:
    37                         if(VerboseSolution())_printf_("  call smb Henning module\n");
     42                        if(VerboseSolution())_printf0_("  call smb Henning module\n");
    3843                        SmbHenningx(femmodel);
    3944                        break;
    4045                case SMBcomponentsEnum:
    41                         if(VerboseSolution())_printf_("  call smb Components module\n");
     46                        if(VerboseSolution())_printf0_("  call smb Components module\n");
    4247                        SmbComponentsx(femmodel);
    4348                        break;
    4449                case SMBmeltcomponentsEnum:
    45                         if(VerboseSolution())_printf_("  call smb Melt Components module\n");
     50                        if(VerboseSolution())_printf0_("  call smb Melt Components module\n");
    4651                        SmbMeltComponentsx(femmodel);
    4752                        break;
    … …  
    6469        /*Loop over all the elements of this partition*/
    6570        for(int i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    66                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     71                Element* element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    6772
    6873                /*Allocate all arrays*/
    … …  
    8590
    8691                /*Get material parameters :*/
    87                 rho_ice=element->matpar->GetRhoIce();
    88                 rho_water=element->matpar->GetRhoFreshwater();
     92                rho_ice=element->matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoIceEnum);
     93                rho_water=element->matpar->GetMaterialParameter(MaterialsRhoFreshwaterEnum);
    8994
    9095                // loop over all vertices
    … …  
    113118
    114119        for(int i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    115                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     120                Element* element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    116121                element->Delta18oParameterization();
     122        }
     123
     124}/*}}}*/
     125void MungsmtpParameterizationx(FemModel* femmodel){/*{{{*/
     126
     127        for(int i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
     128                Element* element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     129                element->MungsmtpParameterization();
    117130        }
    118131
    … …  
    144157        IssmDouble tstar; // monthly mean surface temp
    145158
     159        bool ismungsm;
     160
    146161        IssmDouble *pdds    = NULL;
    147162        IssmDouble *pds     = NULL;
    … …  
    150165        pdds=xNew<IssmDouble>(NPDMAX+1);
    151166        pds=xNew<IssmDouble>(NPDCMAX+1);
     167
     168        // Get ismungsm parameter
     169        femmodel->parameters->FindParam(&ismungsm,SurfaceforcingsIsmungsmEnum);
    152170
    153171        /* initialize PDD (creation of a lookup table)*/
    … …  
    204222
    205223        for(i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    206                 element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    207                 element->PositiveDegreeDay(pdds,pds,signorm);
    208         }
    209 
     224                element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     225                element->PositiveDegreeDay(pdds,pds,signorm,ismungsm);
     226        }
    210227        /*free ressouces: */
    211228        xDelete<IssmDouble>(pdds);
    … …  
    234251        /*Loop over all the elements of this partition*/
    235252        for(int i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    236                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     253                Element* element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    237254
    238255                /*Get reference SMB (uncorrected) and allocate all arrays*/
    … …  
    263280                        }
    264281           
    265             /* Compute smb including anomaly,
    266              correct for number of seconds in a year [s/yr]*/
    267             smb = smb + anomaly*yts;
    268            
     282                        /* Compute smb including anomaly,
     283                                correct for number of seconds in a year [s/yr]*/
     284                        smb = smb/yts + anomaly;
     285
     286
    269287                        /*Update array accordingly*/
    270288                        smblist[v] = smb;
    … …  
    292310        /*Loop over all the elements of this partition*/
    293311        for(int i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    294                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     312                Element* element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    295313
    296314                /*Allocate all arrays*/
    … …  
    333351        /*Loop over all the elements of this partition*/
    334352        for(int i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    335                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     353                Element* element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    336354
    337355                /*Allocate all arrays*/

  • issm/trunk/src/c/modules/SurfaceMassBalancex/SurfaceMassBalancex.h

    r18301 r19105  
    1212void SmbGradientsx(FemModel* femmodel);
    1313void Delta18oParameterizationx(FemModel* femmodel);
     14void MungsmtpParameterizationx(FemModel* femmodel);
    1415void PositiveDegreeDayx(FemModel* femmodel);
    1516void SmbHenningx(FemModel* femmodel);

  • issm/trunk/src/c/modules/SurfaceRelVelMisfitx/SurfaceRelVelMisfitx.cpp

    r17989 r19105  
    1616        /*Compute Misfit: */
    1717        for(int i=0;i<elements->Size();i++){
    18                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     18                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    1919                J+=SurfaceRelVelMisfit(element);
    2020        }

  • issm/trunk/src/c/modules/SystemMatricesx/SystemMatricesx.cpp

    r17806 r19105  
    3131        Analysis* analysis = EnumToAnalysis(analysisenum);
    3232
     33        /*Check if there are penalties*/
     34        bool ispenalty = femmodel->loads->IsPenalty(configuration_type);
     35
    3336        /*First, we might need to do a dry run to get kmax if penalties are employed*/
    34         if(femmodel->loads->IsPenalty(configuration_type)){
     37        if(ispenalty){
    3538
    3639                /*Allocate Kff_temp*/
    … …  
    4043                /*Get complete stiffness matrix without penalties*/
    4144                for (i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    42                         element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     45                        element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    4346                        ElementMatrix* Ke = analysis->CreateKMatrix(element);
    4447                        ElementVector* pe = analysis->CreatePVector(element);
    … …  
    5053
    5154                for (i=0;i<femmodel->loads->Size();i++){
    52                         load=dynamic_cast<Load*>(femmodel->loads->GetObjectByOffset(i));
     55                        load=xDynamicCast<Load*>(femmodel->loads->GetObjectByOffset(i));
    5356                        if(load->InAnalysis(configuration_type)) load->CreateKMatrix(Kff_temp,NULL);
    5457                }
    … …  
    7174        /*Fill stiffness matrix and load vector from elements*/
    7275        for (i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    73                 element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     76                element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    7477                ElementMatrix* Ke = analysis->CreateKMatrix(element);
    7578                ElementVector* pe = analysis->CreatePVector(element);
    … …  
    8588        /*Fill stiffness matrix and load vector from loads*/
    8689        for(i=0;i<femmodel->loads->Size();i++){
    87                 load=dynamic_cast<Load*>(femmodel->loads->GetObjectByOffset(i));
     90                load=xDynamicCast<Load*>(femmodel->loads->GetObjectByOffset(i));
    8891                if(load->InAnalysis(configuration_type)){
    8992                        load->CreateKMatrix(Kff,Kfs);
    … …  
    9396
    9497        /*Now deal with penalties (only in loads)*/
    95         if(femmodel->loads->IsPenalty(configuration_type)){
     98        if(ispenalty){
    9699                for (i=0;i<femmodel->loads->Size();i++){
    97                         load=dynamic_cast<Load*>(femmodel->loads->GetObjectByOffset(i));
     100                        load=xDynamicCast<Load*>(femmodel->loads->GetObjectByOffset(i));
    98101                        if(load->InAnalysis(configuration_type)){
    99102                                load->PenaltyCreateKMatrix(Kff,Kfs,kmax);
    … …  
    106109        if(pdf){
    107110                for(i=0;i<femmodel->elements->Size();i++){
    108                         element=dynamic_cast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
     111                        element=xDynamicCast<Element*>(femmodel->elements->GetObjectByOffset(i));
    109112                        ElementVector* de=analysis->CreateDVector(element);
    110113                        if(de) de->InsertIntoGlobal(df);

  • issm/trunk/src/c/modules/ThicknessAbsMisfitx/ThicknessAbsMisfitx.cpp

    r17989 r19105  
    1616        /*Compute Misfit: */
    1717        for(int i=0;i<elements->Size();i++){
    18                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     18                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    1919                J+=ThicknessAbsMisfit(element);
    2020        }

  • issm/trunk/src/c/modules/ThicknessAcrossGradientx/ThicknessAcrossGradientx.cpp

    r17989 r19105  
    1616        /*Compute Misfit: */
    1717        for(int i=0;i<elements->Size();i++){
    18                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     18                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    1919                J+=ThicknessAcrossGradient(element);
    2020        }

  • issm/trunk/src/c/modules/ThicknessAlongGradientx/ThicknessAlongGradientx.cpp

    r17989 r19105  
    1616        /*Compute Misfit: */
    1717        for(int i=0;i<elements->Size();i++){
    18                 Element* element=dynamic_cast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
     18                Element* element=xDynamicCast<Element*>(elements->GetObjectByOffset(i));
    1919                J+=ThicknessAlongGradient(element);
    2020        }

  • issm/trunk/src/c/modules/modules.h

    r18301 r19105  
    1212#include "./BamgConvertMeshx/BamgConvertMeshx.h"
    1313#include "./BamgTriangulatex/BamgTriangulatex.h"
     14#include "./Calvingx/Calvingx.h"
    1415#include "./Chacox/Chacox.h"
    1516#include "./ConfigureObjectsx/ConfigureObjectsx.h"
    … …  
    2021#include "./CreateJacobianMatrixx/CreateJacobianMatrixx.h"
    2122#include "./DragCoefficientAbsGradientx/DragCoefficientAbsGradientx.h"
     23#include "./ExpToLevelSetx/ExpToLevelSetx.h"
    2224#include "./ElementConnectivityx/ElementConnectivityx.h"
    2325#include "./GetSolutionFromInputsx/GetSolutionFromInputsx.h"
    … …  
    7678#include "./ResetFSBasalBoundaryConditionx/ResetFSBasalBoundaryConditionx.h"
    7779#include "./RheologyBbarAbsGradientx/RheologyBbarAbsGradientx.h"
     80#include "./RheologyBAbsGradientx/RheologyBAbsGradientx.h"
    7881#include "./Scotchx/Scotchx.h"
    7982#include "./Shp2Kmlx/Shp2Kmlx.h"

  • issm/trunk/src/c/shared/Elements/ComputeDelta18oTemperaturePrecipitation.cpp

    r16560 r19105  
    1717  IssmDouble glacialindex; // used to vary present day temperature
    1818
    19   glacialindex = 0.;//(Delta18oTime-Delta18oPresent-delta18oLapseRate*(Delta18oSurfaceTime-Delta18oSurfacePresent))
    20   //  /(Delta18oLgm-Delta18oPresent-delta18oLapseRate*(Delta18oSurfaceLgm-Delta18oSurfacePresent));
     19  glacialindex = (Delta18oTime-Delta18oPresent-delta18oLapseRate*(Delta18oSurfaceTime-Delta18oSurfacePresent))
     20    /(Delta18oLgm-Delta18oPresent-delta18oLapseRate*(Delta18oSurfaceLgm-Delta18oSurfacePresent)); // Tarasov 2004 paper
    2121
    22   for (int imonth = 0; imonth<12; imonth++){ 
     22  for (int imonth = 0; imonth<12; imonth++){
    2323    monthlytemperaturestmp[imonth] = glacialindex*TemperaturesLgm[imonth] + (1.-glacialindex)*TemperaturesPresentday[imonth];
    24     //monthlyprectmp[imonth] = 1.5*pow(2,((monthlytemperaturestmp[imonth]-273.15-0)/10)); //equation from rob's paper
    2524    monthlyprectmp[imonth] = PrecipitationsPresentday[imonth];
    2625
    … …  
    2928    *(monthlyprecout+imonth) = monthlyprectmp[imonth];
    3029  }
    31   // printf(" tempera %f\n",monthlytemperaturestmp[1]);
    3230}

  • issm/trunk/src/c/shared/Elements/PddSurfaceMassBalance.cpp

    r15396 r19105  
    11/* file:  PddSurfaceMassBlance.cpp
    22   Calculating the surface mass balance using the positive degree day method.
     3   Updating the precipitation and temperature to the new elevation
    34 */
    45
    … …  
    67#include "../Numerics/numerics.h"
    78
    8 IssmDouble PddSurfaceMassBlance(IssmDouble* monthlytemperatures, IssmDouble* monthlyprec, IssmDouble* pdds, IssmDouble* pds, IssmDouble signorm, IssmDouble yts, IssmDouble h, IssmDouble s, IssmDouble rho_ice, IssmDouble rho_water, IssmDouble desfac, IssmDouble s0p){
     9IssmDouble PddSurfaceMassBalance(IssmDouble* monthlytemperatures, IssmDouble* monthlyprec,
     10                                 IssmDouble* pdds, IssmDouble* pds, IssmDouble signorm,
     11                                 IssmDouble yts, IssmDouble h, IssmDouble s, IssmDouble desfac,
     12                                 IssmDouble s0t,IssmDouble s0p, IssmDouble rlaps,IssmDouble rlapslgm,
     13                                 IssmDouble TdiffTime,IssmDouble sealevTime,
     14                                 IssmDouble rho_water,IssmDouble rho_ice){
    915
    1016  // output:
    … …  
    2026  IssmDouble sconv; //rhow_rain/rhoi / 12 months
    2127
    22   IssmDouble lapser=6.5, sealev=0.;    // lapse rate. degrees per meter. 7.5 lev's 99 paper, 9 Marshall 99 paper
    23   // IssmDouble desfac = 0.5;                 // desert elevation factor
    24   // IssmDouble s0p=0.;         // should be set to elevation from precip source
    25   IssmDouble s0t=0.;         // should be set to elevation from temperature source
     28  //IssmDouble  sealev=0.;         // degrees per meter. 7.5 lev's 99 paper, 9 Marshall 99 paper
     29  //IssmDouble  Pfac=0.5,Tdiff=0.5;
     30  IssmDouble rtlaps;
     31  // IssmDouble lapser=6.5         // lapse rate
     32  // IssmDouble desfac = 0.3;      // desert elevation factor
     33  // IssmDouble s0p=0.;            // should be set to elevation from precip source
     34  // IssmDouble s0t=0.;         // should be set to elevation from temperature source
    2635  IssmDouble st;             // elevation between altitude of the temp record and current altitude
    2736  IssmDouble sp;             // elevation between altitude of the prec record and current altitude
     37  IssmDouble deselcut=1.0;
    2838
    2939  // PDD and PD constants and variables
    … …  
    3545  IssmDouble pddt, pd; // pd: snow/precip fraction, precipitation falling as snow
    3646
    37   IssmDouble q, qmpt; // q is desert/elev. fact, hnpfac is huybrect fact, and pd is normal dist.
    38   IssmDouble qm = 0.;        // snow part of the precipitation
    39   IssmDouble qmt = 0.;       // precipitation without desertification effect adjustment
    40   IssmDouble qmp = 0.;       // desertification taken into account
     47  IssmDouble q, qmpt;   // q is desert/elev. fact, hnpfac is huybrect fact, and pd is normal dist.
     48  IssmDouble qm = 0.;   // snow part of the precipitation
     49  IssmDouble qmt = 0.;  // precipitation without desertification effect adjustment
     50  IssmDouble qmp = 0.;  // desertification taken into account
    4151  IssmDouble pdd = 0.;     
    4252  IssmDouble frzndd = 0.; 
    … …  
    6878
    6979  // seasonal loop
    70     for (iqj = 0; iqj < 12; iqj++){
    71       imonth =  ismon[iqj];
    72 
    73       st=(s-s0t)/1000.;
    74       tstar = monthlytemperatures[imonth] - lapser *max(st,sealev);
    75       Tsurf = tstar*deltm+Tsurf;       
     80  for (iqj = 0; iqj < 12; iqj++){
     81    imonth =  ismon[iqj];
     82   
     83    /*********compute lapse rate ****************/
     84    st=(s-s0t)/1000.;
     85    rtlaps=TdiffTime*rlapslgm + (1.-TdiffTime)*rlaps; // lapse rate
     86   
     87    /*********compute Surface temperature *******/
     88    monthlytemperatures[imonth]=monthlytemperatures[imonth] - rtlaps *max(st,sealevTime*0.001);
     89    tstar = monthlytemperatures[imonth];
     90    Tsurf = tstar*deltm+Tsurf;       
    7691
    7792      /*********compute PD ****************/
    … …  
    8398
    8499      /******exp des/elev precip reduction*******/
    85       sp=(s-s0p)/1000.; // deselev effect is wrt chng in topo
     100      sp=(s-s0p)/1000.-deselcut; // deselev effect is wrt chng in topo
    86101      if (sp>0.0){q = exp(-desfac*sp);}
    87102      else {q = 1.0;}
    88103
    89       qmt= qmt + monthlyprec[imonth]*sconv;  //*sconv to convert in m of ice equivalent per month
     104      qmt= qmt + monthlyprec[imonth]*sconv;  //*sconv to convert in m of ice equivalent per month 
    90105      qmpt= q*monthlyprec[imonth]*sconv;           
    91106      qmp= qmp + qmpt;
    … …  
    95110      // ndd(month)=-(tstar-pdd(month)) since ndd+pdd gives expectation of
    96111      // gaussian=T_m, so ndd=-(Tsurf-pdd)
    97       if (iqj>5 &&  iqj<9){ Tsum=Tsum+tstar;}
     112      if (iqj>5 && iqj<9){ Tsum=Tsum+tstar;}
    98113
    99114      if (tstar >= siglim) {pdd = pdd + tstar*deltm;}
    … …  
    103118        frzndd = frzndd - (tstar-pddsig)*deltm;}
    104119      else{frzndd = frzndd - tstar*deltm; }
     120
     121      /*Assign output pointer*/
     122      *(monthlytemperatures+imonth) = monthlytemperatures[imonth];
     123      *(monthlyprec+imonth) = monthlyprec[imonth];     
    105124  } // end of seasonal loop
    106125  //******************************************************************

  • issm/trunk/src/c/shared/Elements/elements.h

    r17806 r19105  
    1313IssmDouble LliboutryDuval(IssmDouble enthalpy, IssmDouble pressure, IssmDouble n, IssmDouble betaCC, IssmDouble referencetemperature, IssmDouble heatcapacity, IssmDouble latentheat);
    1414// IssmDouble LliboutryDuval(IssmDouble temperature, IssmDouble waterfraction, IssmDouble depth,IssmDouble n);
    15 IssmDouble PddSurfaceMassBlance(IssmDouble* monthlytemperatures,  IssmDouble* monthlyprec, IssmDouble* pdds, IssmDouble* pds,
    16                                 IssmDouble signorm, IssmDouble yts, IssmDouble h, IssmDouble s,
    17                                 IssmDouble rho_ice, IssmDouble rho_water, IssmDouble desfac, IssmDouble s0p);
     15IssmDouble PddSurfaceMassBalance(IssmDouble* monthlytemperatures,  IssmDouble* monthlyprec,
     16                                 IssmDouble* pdds, IssmDouble* pds,IssmDouble signorm, IssmDouble yts,
     17                                 IssmDouble h, IssmDouble s, IssmDouble desfac,IssmDouble s0t,
     18                                 IssmDouble s0p, IssmDouble rlaps, IssmDouble rlapslgm,
     19                                 IssmDouble TdiffTime,IssmDouble sealevTime,
     20                                 IssmDouble rho_water, IssmDouble rho_ice);
    1821void ComputeDelta18oTemperaturePrecipitation(IssmDouble Delta18oSurfacePresent, IssmDouble Delta18oSurfaceLgm, IssmDouble Delta18oSurfaceTime,
    19                                      IssmDouble Delta18oPresent, IssmDouble Delta18oLgm, IssmDouble Delta18oTime,
    20                                      IssmDouble* PrecipitationsPresentday,
    21                                      IssmDouble* TemperaturesLgm, IssmDouble* TemperaturesPresentday,
    22                                           IssmDouble* monthlytemperaturesout, IssmDouble* monthlyprecout);
     22                                             IssmDouble Delta18oPresent, IssmDouble Delta18oLgm, IssmDouble Delta18oTime,
     23                                             IssmDouble* PrecipitationsPresentday,
     24                                             IssmDouble* TemperaturesLgm, IssmDouble* TemperaturesPresentday,
     25                                             IssmDouble* monthlytemperaturesout, IssmDouble* monthlyprecout);
     26void ComputeMungsmTemperaturePrecipitation(IssmDouble TdiffTime, IssmDouble PfacTime,
     27                                           IssmDouble* PrecipitationsLgm,IssmDouble* PrecipitationsPresentday,
     28                                           IssmDouble* TemperaturesLgm, IssmDouble* TemperaturesPresentday,
     29                                           IssmDouble* monthlytemperaturesout, IssmDouble* monthlyprecout);
    2330IssmDouble DrainageFunctionWaterfraction(IssmDouble waterfraction, IssmDouble dt=0.);
     31IssmDouble StressIntensityIntegralWeight(IssmDouble depth, IssmDouble water_depth, IssmDouble thickness);
    2432
    2533/*Print arrays*/

  • issm/trunk/src/c/shared/Enum/EnumDefinitions.h

    r18301 r19105  
    5050        BaseEnum,
    5151        ConstantsGEnum,
     52        ConstantsOmegaEnum,
    5253        ConstantsReferencetemperatureEnum,
    5354        ConstantsYtsEnum,
    … …  
    8788        FlowequationFeFSEnum,
    8889        FlowequationVertexEquationEnum,
     90        FrictionAsEnum,
    8991        FrictionCoefficientEnum,
    9092        FrictionPEnum,
    … …  
    9395        FrictionCEnum,
    9496        FrictionLawEnum,
     97        FrictionGammaEnum,
     98        FrictionWaterLayerEnum,
     99        FrictionEffectivePressureEnum,
    95100        GeometryHydrostaticRatioEnum,
    96101        HydrologyModelEnum,
    … …  
    107112        EplHeadSlopeXEnum,
    108113        EplHeadSlopeYEnum,
     114        EplZigZagCounterEnum,
    109115        HydrologydcMaxIterEnum,
    110116        HydrologydcRelTolEnum,
    … …  
    121127        HydrologydcEplPorosityEnum,
    122128        HydrologydcEplInitialThicknessEnum,
     129        HydrologydcEplColapseThicknessEnum,
    123130        HydrologydcEplMaxThicknessEnum,
    124131        HydrologydcEplThicknessEnum,
    125132        HydrologydcEplThicknessOldEnum,
     133        HydrologydcEplThickCompEnum,
    126134        HydrologydcEplConductivityEnum,
    127135        HydrologydcIsefficientlayerEnum,
    … …  
    132140        HydrologydcPenaltyFactorEnum,
    133141        HydrologydcPenaltyLockEnum,
     142        HydrologydcEplflipLockEnum,
    134143        HydrologydcBasalMoulinInputEnum,
    135144        HydrologyLayerEnum,
    … …  
    139148        IndependentObjectEnum,
    140149        InversionControlParametersEnum,
     150        InversionControlScalingFactorsEnum,
    141151        InversionCostFunctionThresholdEnum,
    142152        InversionCostFunctionsCoefficientsEnum,
    … …  
    163173        InversionStepThresholdEnum,
    164174        InversionThicknessObsEnum,
     175        InversionSurfaceObsEnum,
    165176        InversionVxObsEnum,
    166177        InversionVyObsEnum,
    … …  
    198209        DamageEvolutionNumRequestedOutputsEnum,
    199210        DamageEvolutionRequestedOutputsEnum,
     211        DamageEnum,
    200212        NewDamageEnum,
     213        StressIntensityFactorEnum,
     214        CalvingLawEnum,
     215        CalvingCalvingrateEnum,
     216        CalvingMeltingrateEnum,
     217        CalvingLevermannEnum,
     218        CalvingPiEnum,
     219        CalvingDevEnum,
     220        DefaultCalvingEnum,
     221        CalvingRequestedOutputsEnum,
     222        CalvinglevermannCoeffEnum,
     223        CalvinglevermannMeltingrateEnum,
     224        CalvingpiCoeffEnum,
     225        CalvingpiMeltingrateEnum,
     226        CalvingratexEnum,
     227        CalvingrateyEnum,
     228        CalvingratexAverageEnum,
     229        CalvingrateyAverageEnum,
     230        StrainRateparallelEnum,
     231        StrainRateperpendicularEnum,
     232        StrainRateeffectiveEnum,
    201233        MaterialsRhoIceEnum,
    202234        MaterialsRhoSeawaterEnum,
    … …  
    238270        MasstransportPenaltyFactorEnum,
    239271        MasstransportSpcthicknessEnum,
    240         MasstransportCalvingrateEnum,
    241272        MasstransportStabilizationEnum,
    242273        MasstransportVertexPairingEnum,
    … …  
    271302        ThermalIsenthalpyEnum,
    272303        ThermalIsdynamicbasalspcEnum,
     304        ThermalReltolEnum,
    273305        ThermalMaxiterEnum,
    274306        ThermalPenaltyFactorEnum,
    … …  
    295327        TransientIsdamageevolutionEnum,
    296328        TransientIshydrologyEnum,
     329        TransientIscalvingEnum,
    297330        TransientNumRequestedOutputsEnum,
    298331        TransientRequestedOutputsEnum,
    … …  
    301334        BalancethicknessApparentMassbalanceEnum,
    302335        Balancethickness2MisfitEnum,
    303         BalancethicknessNuxEnum,
    304         BalancethicknessNuyEnum,
    305         BalancethicknessVxObsEnum,
    306         BalancethicknessVyObsEnum,
    307         BalancethicknessThicknessObsEnum,
     336        BalancethicknessDiffusionCoefficientEnum,
     337        BalancethicknessCmuEnum,
     338        BalancethicknessOmegaEnum,
     339        BalancethicknessD0Enum,
    308340        /*}}}*/
    309341        /*Surfaceforcings{{{*/
    … …  
    315347        SurfaceforcingsDelta18oSurfaceEnum,
    316348        SurfaceforcingsIsdelta18oEnum,
     349        SurfaceforcingsIsmungsmEnum,
    317350        SurfaceforcingsPrecipitationsPresentdayEnum,
     351        SurfaceforcingsPrecipitationsLgmEnum,
    318352        SurfaceforcingsTemperaturesPresentdayEnum,
    319353        SurfaceforcingsTemperaturesLgmEnum,
    … …  
    321355        SurfaceforcingsDesfacEnum,
    322356        SurfaceforcingsS0pEnum,
     357        SurfaceforcingsS0tEnum,
     358        SurfaceforcingsRlapsEnum,
     359        SurfaceforcingsRlapslgmEnum,
     360        SurfaceforcingsPfacEnum,
     361        SurfaceforcingsTdiffEnum,
     362        SurfaceforcingsSealevEnum,
    323363        SMBgradientsEnum,
    324364        SurfaceforcingsMonthlytemperaturesEnum,
    … …  
    383423        SteadystateSolutionEnum,
    384424        SurfaceSlopeSolutionEnum,
    385         SmoothedSurfaceSlopeXAnalysisEnum,
    386         SmoothedSurfaceSlopeYAnalysisEnum,
     425        SmoothAnalysisEnum,
    387426        ThermalAnalysisEnum,
    388427        ThermalSolutionEnum,
    … …  
    394433        MeshdeformationAnalysisEnum,
    395434        LevelsetAnalysisEnum,
     435        LevelsetStabilizationEnum,
    396436        ExtrapolationAnalysisEnum,
    397437        LsfReinitializationAnalysisEnum,
    … …  
    443483        InputToL2ProjectEnum,
    444484        InputToDepthaverageEnum,
     485        InputToSmoothEnum,
     486        SmoothThicknessMultiplierEnum,
    445487        IntParamEnum,
    446488        IntVecParamEnum,
    … …  
    457499        ProfilerEnum,
    458500        MatrixParamEnum,
     501        MassconEnum,
     502        MassconNameEnum,
     503        MassconDefinitionenumEnum,
     504        MassconLevelsetEnum,
     505        MassconaxpbyEnum,
     506        MassconaxpbyNameEnum,
     507        MassconaxpbyDefinitionenumEnum,
     508        MassconaxpbyNamexEnum,
     509        MassconaxpbyNameyEnum,
     510        MassconaxpbyAlphaEnum,
     511        MassconaxpbyBetaEnum,
    459512        NodeSIdEnum,
    460513        VectorParamEnum,
    … …  
    524577        TemperaturePicardEnum,
    525578        ThicknessAbsMisfitEnum,
     579        SurfaceAbsMisfitEnum,
    526580        VelEnum,
    527581        VelocityEnum,
    … …  
    547601        IntMatParamEnum,
    548602        RheologyBbarAbsGradientEnum,
     603        RheologyBAbsGradientEnum,
    549604        DragCoefficientAbsGradientEnum,
    550605        TransientInputEnum,
    … …  
    555610        HydrologyWaterVxEnum,
    556611        HydrologyWaterVyEnum,
     612        DrivingStressXEnum,
     613        DrivingStressYEnum,
    557614        SigmaNNEnum,
    558615        StressTensorEnum,
    … …  
    563620        StressTensoryzEnum,
    564621        StressTensorzzEnum,
     622        StressMaxPrincipalEnum,
    565623        DeviatoricStressEnum,
    566624        DeviatoricStressxxEnum,
    … …  
    578636        StrainRatezzEnum,
    579637        DivergenceEnum,
     638        MaxDivergenceEnum,
    580639        GiaCrossSectionShapeEnum,
    581640        GiadWdtEnum,
    … …  
    604663        OneLayerP4zEnum,
    605664        CrouzeixRaviartEnum,
     665        LACrouzeixRaviartEnum,
    606666        /*}}}*/
    607667        /*Results{{{*/
    … …  
    619679        /*Output Definitions{{{*/
    620680        OutputdefinitionEnum,
     681        Outputdefinition1Enum,
     682        Outputdefinition2Enum,
     683        Outputdefinition3Enum,
     684        Outputdefinition4Enum,
     685        Outputdefinition5Enum,
     686        Outputdefinition6Enum,
     687        Outputdefinition7Enum,
     688        Outputdefinition8Enum,
     689        Outputdefinition9Enum,
     690        Outputdefinition10Enum,
     691        Outputdefinition11Enum,
     692        Outputdefinition12Enum,
     693        Outputdefinition13Enum,
     694        Outputdefinition14Enum,
     695        Outputdefinition15Enum,
     696        Outputdefinition16Enum,
     697        Outputdefinition17Enum,
     698        Outputdefinition18Enum,
     699        Outputdefinition19Enum,
     700        Outputdefinition20Enum,
     701        Outputdefinition21Enum,
     702        Outputdefinition22Enum,
     703        Outputdefinition23Enum,
     704        Outputdefinition24Enum,
     705        Outputdefinition25Enum,
     706        Outputdefinition26Enum,
     707        Outputdefinition27Enum,
     708        Outputdefinition28Enum,
     709        Outputdefinition29Enum,
     710        Outputdefinition30Enum,
     711        Outputdefinition31Enum,
     712        Outputdefinition32Enum,
     713        Outputdefinition33Enum,
     714        Outputdefinition34Enum,
     715        Outputdefinition35Enum,
     716        Outputdefinition36Enum,
     717        Outputdefinition37Enum,
     718        Outputdefinition38Enum,
     719        Outputdefinition39Enum,
     720        Outputdefinition40Enum,
     721        Outputdefinition41Enum,
     722        Outputdefinition42Enum,
     723        Outputdefinition43Enum,
     724        Outputdefinition44Enum,
     725        Outputdefinition45Enum,
     726        Outputdefinition46Enum,
     727        Outputdefinition47Enum,
     728        Outputdefinition48Enum,
     729        Outputdefinition49Enum,
     730        Outputdefinition50Enum,
     731        Outputdefinition51Enum,
     732        Outputdefinition52Enum,
     733        Outputdefinition53Enum,
     734        Outputdefinition54Enum,
     735        Outputdefinition55Enum,
     736        Outputdefinition56Enum,
     737        Outputdefinition57Enum,
     738        Outputdefinition58Enum,
     739        Outputdefinition59Enum,
     740        Outputdefinition60Enum,
     741        Outputdefinition61Enum,
     742        Outputdefinition62Enum,
     743        Outputdefinition63Enum,
     744        Outputdefinition64Enum,
     745        Outputdefinition65Enum,
     746        Outputdefinition66Enum,
     747        Outputdefinition67Enum,
     748        Outputdefinition68Enum,
     749        Outputdefinition69Enum,
     750        Outputdefinition70Enum,
     751        Outputdefinition71Enum,
     752        Outputdefinition72Enum,
     753        Outputdefinition73Enum,
     754        Outputdefinition74Enum,
     755        Outputdefinition75Enum,
     756        Outputdefinition76Enum,
     757        Outputdefinition77Enum,
     758        Outputdefinition78Enum,
     759        Outputdefinition79Enum,
     760        Outputdefinition80Enum,
     761        Outputdefinition81Enum,
     762        Outputdefinition82Enum,
     763        Outputdefinition83Enum,
     764        Outputdefinition84Enum,
     765        Outputdefinition85Enum,
     766        Outputdefinition86Enum,
     767        Outputdefinition87Enum,
     768        Outputdefinition88Enum,
     769        Outputdefinition89Enum,
     770        Outputdefinition90Enum,
     771        Outputdefinition91Enum,
     772        Outputdefinition92Enum,
     773        Outputdefinition93Enum,
     774        Outputdefinition94Enum,
     775        Outputdefinition95Enum,
     776        Outputdefinition96Enum,
     777        Outputdefinition97Enum,
     778        Outputdefinition98Enum,
     779        Outputdefinition99Enum,
     780        Outputdefinition100Enum,   
    621781        OutputdefinitionListEnum,
    622782        MassfluxatgateEnum,
    623783        MassfluxatgateNameEnum,
     784        MassfluxatgateDefinitionenumEnum,
    624785        MassfluxatgateSegmentsEnum,
    625786        MisfitNameEnum,
     787        MisfitDefinitionenumEnum,
    626788        MisfitModelEnumEnum,
    627789        MisfitObservationEnum,
    628790        MisfitObservationEnumEnum,
     791        MisfitLocalEnum,
    629792        MisfitTimeinterpolationEnum,
    630793        MisfitWeightsEnum,
    … …  
    632795        SurfaceObservationEnum,
    633796        WeightsSurfaceObservationEnum,
     797        VxObsEnum,
     798        WeightsVxObsEnum,
     799        VyObsEnum,
     800        WeightsVyObsEnum,
    634801        /*}}}*/
    635802        /*Responses{{{*/
    … …  
    645812        MaxVzEnum,
    646813        MaxAbsVzEnum,
     814        IceMassEnum,
    647815        IceVolumeEnum,
    648816        IceVolumeAboveFloatationEnum,
    … …  
    665833        SubelementMigration2Enum,
    666834        ContactEnum,
     835        GroundingOnlyEnum,
    667836        MaskGroundediceLevelsetEnum,
    668837        /*}}}*/
    … …  
    693862        OldGradientEnum,
    694863        OutputFilePointerEnum,
     864        ToolkitsFileNameEnum,
     865        RootPathEnum,
    695866        OutputFileNameEnum,
     867        InputFileNameEnum,
    696868        LockFileNameEnum,
    697869        ToolkitsOptionsAnalysesEnum,

  • issm/trunk/src/c/shared/Enum/EnumToStringx.cpp

    r18301 r19105  
    5858                case BaseEnum : return "Base";
    5959                case ConstantsGEnum : return "ConstantsG";
     60                case ConstantsOmegaEnum : return "ConstantsOmega";
    6061                case ConstantsReferencetemperatureEnum : return "ConstantsReferencetemperature";
    6162                case ConstantsYtsEnum : return "ConstantsYts";
    … …  
    9596                case FlowequationFeFSEnum : return "FlowequationFeFS";
    9697                case FlowequationVertexEquationEnum : return "FlowequationVertexEquation";
     98                case FrictionAsEnum : return "FrictionAs";
    9799                case FrictionCoefficientEnum : return "FrictionCoefficient";
    98100                case FrictionPEnum : return "FrictionP";
    … …  
    101103                case FrictionCEnum : return "FrictionC";
    102104                case FrictionLawEnum : return "FrictionLaw";
     105                case FrictionGammaEnum : return "FrictionGamma";
     106                case FrictionWaterLayerEnum : return "FrictionWaterLayer";
     107                case FrictionEffectivePressureEnum : return "FrictionEffectivePressure";
    103108                case GeometryHydrostaticRatioEnum : return "GeometryHydrostaticRatio";
    104109                case HydrologyModelEnum : return "HydrologyModel";
    … …  
    115120                case EplHeadSlopeXEnum : return "EplHeadSlopeX";
    116121                case EplHeadSlopeYEnum : return "EplHeadSlopeY";
     122                case EplZigZagCounterEnum : return "EplZigZagCounter";
    117123                case HydrologydcMaxIterEnum : return "HydrologydcMaxIter";
    118124                case HydrologydcRelTolEnum : return "HydrologydcRelTol";
    … …  
    129135                case HydrologydcEplPorosityEnum : return "HydrologydcEplPorosity";
    130136                case HydrologydcEplInitialThicknessEnum : return "HydrologydcEplInitialThickness";
     137                case HydrologydcEplColapseThicknessEnum : return "HydrologydcEplColapseThickness";
    131138                case HydrologydcEplMaxThicknessEnum : return "HydrologydcEplMaxThickness";
    132139                case HydrologydcEplThicknessEnum : return "HydrologydcEplThickness";
    133140                case HydrologydcEplThicknessOldEnum : return "HydrologydcEplThicknessOld";
     141                case HydrologydcEplThickCompEnum : return "HydrologydcEplThickComp";
    134142                case HydrologydcEplConductivityEnum : return "HydrologydcEplConductivity";
    135143                case HydrologydcIsefficientlayerEnum : return "HydrologydcIsefficientlayer";
    … …  
    140148                case HydrologydcPenaltyFactorEnum : return "HydrologydcPenaltyFactor";
    141149                case HydrologydcPenaltyLockEnum : return "HydrologydcPenaltyLock";
     150                case HydrologydcEplflipLockEnum : return "HydrologydcEplflipLock";
    142151                case HydrologydcBasalMoulinInputEnum : return "HydrologydcBasalMoulinInput";
    143152                case HydrologyLayerEnum : return "HydrologyLayer";
    … …  
    147156                case IndependentObjectEnum : return "IndependentObject";
    148157                case InversionControlParametersEnum : return "InversionControlParameters";
     158                case InversionControlScalingFactorsEnum : return "InversionControlScalingFactors";
    149159                case InversionCostFunctionThresholdEnum : return "InversionCostFunctionThreshold";
    150160                case InversionCostFunctionsCoefficientsEnum : return "InversionCostFunctionsCoefficients";
    … …  
    171181                case InversionStepThresholdEnum : return "InversionStepThreshold";
    172182                case InversionThicknessObsEnum : return "InversionThicknessObs";
     183                case InversionSurfaceObsEnum : return "InversionSurfaceObs";
    173184                case InversionVxObsEnum : return "InversionVxObs";
    174185                case InversionVyObsEnum : return "InversionVyObs";
    … …  
    206217                case DamageEvolutionNumRequestedOutputsEnum : return "DamageEvolutionNumRequestedOutputs";
    207218                case DamageEvolutionRequestedOutputsEnum : return "DamageEvolutionRequestedOutputs";
     219                case DamageEnum : return "Damage";
    208220                case NewDamageEnum : return "NewDamage";
     221                case StressIntensityFactorEnum : return "StressIntensityFactor";
     222                case CalvingLawEnum : return "CalvingLaw";
     223                case CalvingCalvingrateEnum : return "CalvingCalvingrate";
     224                case CalvingMeltingrateEnum : return "CalvingMeltingrate";
     225                case CalvingLevermannEnum : return "CalvingLevermann";
     226                case CalvingPiEnum : return "CalvingPi";
     227                case CalvingDevEnum : return "CalvingDev";
     228                case DefaultCalvingEnum : return "DefaultCalving";
     229                case CalvingRequestedOutputsEnum : return "CalvingRequestedOutputs";
     230                case CalvinglevermannCoeffEnum : return "CalvinglevermannCoeff";
     231                case CalvinglevermannMeltingrateEnum : return "CalvinglevermannMeltingrate";
     232                case CalvingpiCoeffEnum : return "CalvingpiCoeff";
     233                case CalvingpiMeltingrateEnum : return "CalvingpiMeltingrate";
     234                case CalvingratexEnum : return "Calvingratex";
     235                case CalvingrateyEnum : return "Calvingratey";
     236                case CalvingratexAverageEnum : return "CalvingratexAverage";
     237                case CalvingrateyAverageEnum : return "CalvingrateyAverage";
     238                case StrainRateparallelEnum : return "StrainRateparallel";
     239                case StrainRateperpendicularEnum : return "StrainRateperpendicular";
     240                case StrainRateeffectiveEnum : return "StrainRateeffective";
    209241                case MaterialsRhoIceEnum : return "MaterialsRhoIce";
    210242                case MaterialsRhoSeawaterEnum : return "MaterialsRhoSeawater";
    … …  
    246278                case MasstransportPenaltyFactorEnum : return "MasstransportPenaltyFactor";
    247279                case MasstransportSpcthicknessEnum : return "MasstransportSpcthickness";
    248                 case MasstransportCalvingrateEnum : return "MasstransportCalvingrate";
    249280                case MasstransportStabilizationEnum : return "MasstransportStabilization";
    250281                case MasstransportVertexPairingEnum : return "MasstransportVertexPairing";
    … …  
    279310                case ThermalIsenthalpyEnum : return "ThermalIsenthalpy";
    280311                case ThermalIsdynamicbasalspcEnum : return "ThermalIsdynamicbasalspc";
     312                case ThermalReltolEnum : return "ThermalReltol";
    281313                case ThermalMaxiterEnum : return "ThermalMaxiter";
    282314                case ThermalPenaltyFactorEnum : return "ThermalPenaltyFactor";
    … …  
    303335                case TransientIsdamageevolutionEnum : return "TransientIsdamageevolution";
    304336                case TransientIshydrologyEnum : return "TransientIshydrology";
     337                case TransientIscalvingEnum : return "TransientIscalving";
    305338                case TransientNumRequestedOutputsEnum : return "TransientNumRequestedOutputs";
    306339                case TransientRequestedOutputsEnum : return "TransientRequestedOutputs";
    … …  
    309342                case BalancethicknessApparentMassbalanceEnum : return "BalancethicknessApparentMassbalance";
    310343                case Balancethickness2MisfitEnum : return "Balancethickness2Misfit";
    311                 case BalancethicknessNuxEnum : return "BalancethicknessNux";
    312                 case BalancethicknessNuyEnum : return "BalancethicknessNuy";
    313                 case BalancethicknessVxObsEnum : return "BalancethicknessVxObs";
    314                 case BalancethicknessVyObsEnum : return "BalancethicknessVyObs";
    315                 case BalancethicknessThicknessObsEnum : return "BalancethicknessThicknessObs";
     344                case BalancethicknessDiffusionCoefficientEnum : return "BalancethicknessDiffusionCoefficient";
     345                case BalancethicknessCmuEnum : return "BalancethicknessCmu";
     346                case BalancethicknessOmegaEnum : return "BalancethicknessOmega";
     347                case BalancethicknessD0Enum : return "BalancethicknessD0";
    316348                case SurfaceforcingsEnum : return "Surfaceforcings";
    317349                case SMBEnum : return "SMB";
    … …  
    321353                case SurfaceforcingsDelta18oSurfaceEnum : return "SurfaceforcingsDelta18oSurface";
    322354                case SurfaceforcingsIsdelta18oEnum : return "SurfaceforcingsIsdelta18o";
     355                case SurfaceforcingsIsmungsmEnum : return "SurfaceforcingsIsmungsm";
    323356                case SurfaceforcingsPrecipitationsPresentdayEnum : return "SurfaceforcingsPrecipitationsPresentday";
     357                case SurfaceforcingsPrecipitationsLgmEnum : return "SurfaceforcingsPrecipitationsLgm";
    324358                case SurfaceforcingsTemperaturesPresentdayEnum : return "SurfaceforcingsTemperaturesPresentday";
    325359                case SurfaceforcingsTemperaturesLgmEnum : return "SurfaceforcingsTemperaturesLgm";
    … …  
    327361                case SurfaceforcingsDesfacEnum : return "SurfaceforcingsDesfac";
    328362                case SurfaceforcingsS0pEnum : return "SurfaceforcingsS0p";
     363                case SurfaceforcingsS0tEnum : return "SurfaceforcingsS0t";
     364                case SurfaceforcingsRlapsEnum : return "SurfaceforcingsRlaps";
     365                case SurfaceforcingsRlapslgmEnum : return "SurfaceforcingsRlapslgm";
     366                case SurfaceforcingsPfacEnum : return "SurfaceforcingsPfac";
     367                case SurfaceforcingsTdiffEnum : return "SurfaceforcingsTdiff";
     368                case SurfaceforcingsSealevEnum : return "SurfaceforcingsSealev";
    329369                case SMBgradientsEnum : return "SMBgradients";
    330370                case SurfaceforcingsMonthlytemperaturesEnum : return "SurfaceforcingsMonthlytemperatures";
    … …  
    386426                case SteadystateSolutionEnum : return "SteadystateSolution";
    387427                case SurfaceSlopeSolutionEnum : return "SurfaceSlopeSolution";
    388                 case SmoothedSurfaceSlopeXAnalysisEnum : return "SmoothedSurfaceSlopeXAnalysis";
    389                 case SmoothedSurfaceSlopeYAnalysisEnum : return "SmoothedSurfaceSlopeYAnalysis";
     428                case SmoothAnalysisEnum : return "SmoothAnalysis";
    390429                case ThermalAnalysisEnum : return "ThermalAnalysis";
    391430                case ThermalSolutionEnum : return "ThermalSolution";
    … …  
    397436                case MeshdeformationAnalysisEnum : return "MeshdeformationAnalysis";
    398437                case LevelsetAnalysisEnum : return "LevelsetAnalysis";
     438                case LevelsetStabilizationEnum : return "LevelsetStabilization";
    399439                case ExtrapolationAnalysisEnum : return "ExtrapolationAnalysis";
    400440                case LsfReinitializationAnalysisEnum : return "LsfReinitializationAnalysis";
    … …  
    440480                case InputToL2ProjectEnum : return "InputToL2Project";
    441481                case InputToDepthaverageEnum : return "InputToDepthaverage";
     482                case InputToSmoothEnum : return "InputToSmooth";
     483                case SmoothThicknessMultiplierEnum : return "SmoothThicknessMultiplier";
    442484                case IntParamEnum : return "IntParam";
    443485                case IntVecParamEnum : return "IntVecParam";
    … …  
    454496                case ProfilerEnum : return "Profiler";
    455497                case MatrixParamEnum : return "MatrixParam";
     498                case MassconEnum : return "Masscon";
     499                case MassconNameEnum : return "MassconName";
     500                case MassconDefinitionenumEnum : return "MassconDefinitionenum";
     501                case MassconLevelsetEnum : return "MassconLevelset";
     502                case MassconaxpbyEnum : return "Massconaxpby";
     503                case MassconaxpbyNameEnum : return "MassconaxpbyName";
     504                case MassconaxpbyDefinitionenumEnum : return "MassconaxpbyDefinitionenum";
     505                case MassconaxpbyNamexEnum : return "MassconaxpbyNamex";
     506                case MassconaxpbyNameyEnum : return "MassconaxpbyNamey";
     507                case MassconaxpbyAlphaEnum : return "MassconaxpbyAlpha";
     508                case MassconaxpbyBetaEnum : return "MassconaxpbyBeta";
    456509                case NodeSIdEnum : return "NodeSId";
    457510                case VectorParamEnum : return "VectorParam";
    … …  
    515568                case TemperaturePicardEnum : return "TemperaturePicard";
    516569                case ThicknessAbsMisfitEnum : return "ThicknessAbsMisfit";
     570                case SurfaceAbsMisfitEnum : return "SurfaceAbsMisfit";
    517571                case VelEnum : return "Vel";
    518572                case VelocityEnum : return "Velocity";
    … …  
    538592                case IntMatParamEnum : return "IntMatParam";
    539593                case RheologyBbarAbsGradientEnum : return "RheologyBbarAbsGradient";
     594                case RheologyBAbsGradientEnum : return "RheologyBAbsGradient";
    540595                case DragCoefficientAbsGradientEnum : return "DragCoefficientAbsGradient";
    541596                case TransientInputEnum : return "TransientInput";
    … …  
    546601                case HydrologyWaterVxEnum : return "HydrologyWaterVx";
    547602                case HydrologyWaterVyEnum : return "HydrologyWaterVy";
     603                case DrivingStressXEnum : return "DrivingStressX";
     604                case DrivingStressYEnum : return "DrivingStressY";
    548605                case SigmaNNEnum : return "SigmaNN";
    549606                case StressTensorEnum : return "StressTensor";
    … …  
    554611                case StressTensoryzEnum : return "StressTensoryz";
    555612                case StressTensorzzEnum : return "StressTensorzz";
     613                case StressMaxPrincipalEnum : return "StressMaxPrincipal";
    556614                case DeviatoricStressEnum : return "DeviatoricStress";
    557615                case DeviatoricStressxxEnum : return "DeviatoricStressxx";
    … …  
    569627                case StrainRatezzEnum : return "StrainRatezz";
    570628                case DivergenceEnum : return "Divergence";
     629                case MaxDivergenceEnum : return "MaxDivergence";
    571630                case GiaCrossSectionShapeEnum : return "GiaCrossSectionShape";
    572631                case GiadWdtEnum : return "GiadWdt";
    … …  
    593652                case OneLayerP4zEnum : return "OneLayerP4z";
    594653                case CrouzeixRaviartEnum : return "CrouzeixRaviart";
     654                case LACrouzeixRaviartEnum : return "LACrouzeixRaviart";
    595655                case SaveResultsEnum : return "SaveResults";
    596656                case BoolExternalResultEnum : return "BoolExternalResult";
    … …  
    604664                case WaterColumnOldEnum : return "WaterColumnOld";
    605665                case OutputdefinitionEnum : return "Outputdefinition";
     666                case Outputdefinition1Enum : return "Outputdefinition1";
     667                case Outputdefinition2Enum : return "Outputdefinition2";
     668                case Outputdefinition3Enum : return "Outputdefinition3";
     669                case Outputdefinition4Enum : return "Outputdefinition4";
     670                case Outputdefinition5Enum : return "Outputdefinition5";
     671                case Outputdefinition6Enum : return "Outputdefinition6";
     672                case Outputdefinition7Enum : return "Outputdefinition7";
     673                case Outputdefinition8Enum : return "Outputdefinition8";
     674                case Outputdefinition9Enum : return "Outputdefinition9";
     675                case Outputdefinition10Enum : return "Outputdefinition10";
     676                case Outputdefinition11Enum : return "Outputdefinition11";
     677                case Outputdefinition12Enum : return "Outputdefinition12";
     678                case Outputdefinition13Enum : return "Outputdefinition13";
     679                case Outputdefinition14Enum : return "Outputdefinition14";
     680                case Outputdefinition15Enum : return "Outputdefinition15";
     681                case Outputdefinition16Enum : return "Outputdefinition16";
     682                case Outputdefinition17Enum : return "Outputdefinition17";
     683                case Outputdefinition18Enum : return "Outputdefinition18";
     684                case Outputdefinition19Enum : return "Outputdefinition19";
     685                case Outputdefinition20Enum : return "Outputdefinition20";
     686                case Outputdefinition21Enum : return "Outputdefinition21";
     687                case Outputdefinition22Enum : return "Outputdefinition22";
     688                case Outputdefinition23Enum : return "Outputdefinition23";
     689                case Outputdefinition24Enum : return "Outputdefinition24";
     690                case Outputdefinition25Enum : return "Outputdefinition25";
     691                case Outputdefinition26Enum : return "Outputdefinition26";
     692                case Outputdefinition27Enum : return "Outputdefinition27";
     693                case Outputdefinition28Enum : return "Outputdefinition28";
     694                case Outputdefinition29Enum : return "Outputdefinition29";
     695                case Outputdefinition30Enum : return "Outputdefinition30";
     696                case Outputdefinition31Enum : return "Outputdefinition31";
     697                case Outputdefinition32Enum : return "Outputdefinition32";
     698                case Outputdefinition33Enum : return "Outputdefinition33";
     699                case Outputdefinition34Enum : return "Outputdefinition34";
     700                case Outputdefinition35Enum : return "Outputdefinition35";
     701                case Outputdefinition36Enum : return "Outputdefinition36";
     702                case Outputdefinition37Enum : return "Outputdefinition37";
     703                case Outputdefinition38Enum : return "Outputdefinition38";
     704                case Outputdefinition39Enum : return "Outputdefinition39";
     705                case Outputdefinition40Enum : return "Outputdefinition40";
     706                case Outputdefinition41Enum : return "Outputdefinition41";
     707                case Outputdefinition42Enum : return "Outputdefinition42";
     708                case Outputdefinition43Enum : return "Outputdefinition43";
     709                case Outputdefinition44Enum : return "Outputdefinition44";
     710                case Outputdefinition45Enum : return "Outputdefinition45";
     711                case Outputdefinition46Enum : return "Outputdefinition46";
     712                case Outputdefinition47Enum : return "Outputdefinition47";
     713                case Outputdefinition48Enum : return "Outputdefinition48";
     714                case Outputdefinition49Enum : return "Outputdefinition49";
     715                case Outputdefinition50Enum : return "Outputdefinition50";
     716                case Outputdefinition51Enum : return "Outputdefinition51";
     717                case Outputdefinition52Enum : return "Outputdefinition52";
     718                case Outputdefinition53Enum : return "Outputdefinition53";
     719                case Outputdefinition54Enum : return "Outputdefinition54";
     720                case Outputdefinition55Enum : return "Outputdefinition55";
     721                case Outputdefinition56Enum : return "Outputdefinition56";
     722                case Outputdefinition57Enum : return "Outputdefinition57";
     723                case Outputdefinition58Enum : return "Outputdefinition58";
     724                case Outputdefinition59Enum : return "Outputdefinition59";
     725                case Outputdefinition60Enum : return "Outputdefinition60";
     726                case Outputdefinition61Enum : return "Outputdefinition61";
     727                case Outputdefinition62Enum : return "Outputdefinition62";
     728                case Outputdefinition63Enum : return "Outputdefinition63";
     729                case Outputdefinition64Enum : return "Outputdefinition64";
     730                case Outputdefinition65Enum : return "Outputdefinition65";
     731                case Outputdefinition66Enum : return "Outputdefinition66";
     732                case Outputdefinition67Enum : return "Outputdefinition67";
     733                case Outputdefinition68Enum : return "Outputdefinition68";
     734                case Outputdefinition69Enum : return "Outputdefinition69";
     735                case Outputdefinition70Enum : return "Outputdefinition70";
     736                case Outputdefinition71Enum : return "Outputdefinition71";
     737                case Outputdefinition72Enum : return "Outputdefinition72";
     738                case Outputdefinition73Enum : return "Outputdefinition73";
     739                case Outputdefinition74Enum : return "Outputdefinition74";
     740                case Outputdefinition75Enum : return "Outputdefinition75";
     741                case Outputdefinition76Enum : return "Outputdefinition76";
     742                case Outputdefinition77Enum : return "Outputdefinition77";
     743                case Outputdefinition78Enum : return "Outputdefinition78";
     744                case Outputdefinition79Enum : return "Outputdefinition79";
     745                case Outputdefinition80Enum : return "Outputdefinition80";
     746                case Outputdefinition81Enum : return "Outputdefinition81";
     747                case Outputdefinition82Enum : return "Outputdefinition82";
     748                case Outputdefinition83Enum : return "Outputdefinition83";
     749                case Outputdefinition84Enum : return "Outputdefinition84";
     750                case Outputdefinition85Enum : return "Outputdefinition85";
     751                case Outputdefinition86Enum : return "Outputdefinition86";
     752                case Outputdefinition87Enum : return "Outputdefinition87";
     753                case Outputdefinition88Enum : return "Outputdefinition88";
     754                case Outputdefinition89Enum : return "Outputdefinition89";
     755                case Outputdefinition90Enum : return "Outputdefinition90";
     756                case Outputdefinition91Enum : return "Outputdefinition91";
     757                case Outputdefinition92Enum : return "Outputdefinition92";
     758                case Outputdefinition93Enum : return "Outputdefinition93";
     759                case Outputdefinition94Enum : return "Outputdefinition94";
     760                case Outputdefinition95Enum : return "Outputdefinition95";
     761                case Outputdefinition96Enum : return "Outputdefinition96";
     762                case Outputdefinition97Enum : return "Outputdefinition97";
     763                case Outputdefinition98Enum : return "Outputdefinition98";
     764                case Outputdefinition99Enum : return "Outputdefinition99";
     765                case Outputdefinition100Enum : return "Outputdefinition100";
    606766                case OutputdefinitionListEnum : return "OutputdefinitionList";
    607767                case MassfluxatgateEnum : return "Massfluxatgate";
    608768                case MassfluxatgateNameEnum : return "MassfluxatgateName";
     769                case MassfluxatgateDefinitionenumEnum : return "MassfluxatgateDefinitionenum";
    609770                case MassfluxatgateSegmentsEnum : return "MassfluxatgateSegments";
    610771                case MisfitNameEnum : return "MisfitName";
     772                case MisfitDefinitionenumEnum : return "MisfitDefinitionenum";
    611773                case MisfitModelEnumEnum : return "MisfitModelEnum";
    612774                case MisfitObservationEnum : return "MisfitObservation";
    613775                case MisfitObservationEnumEnum : return "MisfitObservationEnum";
     776                case MisfitLocalEnum : return "MisfitLocal";
    614777                case MisfitTimeinterpolationEnum : return "MisfitTimeinterpolation";
    615778                case MisfitWeightsEnum : return "MisfitWeights";
    … …  
    617780                case SurfaceObservationEnum : return "SurfaceObservation";
    618781                case WeightsSurfaceObservationEnum : return "WeightsSurfaceObservation";
     782                case VxObsEnum : return "VxObs";
     783                case WeightsVxObsEnum : return "WeightsVxObs";
     784                case VyObsEnum : return "VyObs";
     785                case WeightsVyObsEnum : return "WeightsVyObs";
    619786                case MinVelEnum : return "MinVel";
    620787                case MaxVelEnum : return "MaxVel";
    … …  
    628795                case MaxVzEnum : return "MaxVz";
    629796                case MaxAbsVzEnum : return "MaxAbsVz";
     797                case IceMassEnum : return "IceMass";
    630798                case IceVolumeEnum : return "IceVolume";
    631799                case IceVolumeAboveFloatationEnum : return "IceVolumeAboveFloatation";
    … …  
    644812                case SubelementMigration2Enum : return "SubelementMigration2";
    645813                case ContactEnum : return "Contact";
     814                case GroundingOnlyEnum : return "GroundingOnly";
    646815                case MaskGroundediceLevelsetEnum : return "MaskGroundediceLevelset";
    647816                case GaussSegEnum : return "GaussSeg";
    … …  
    666835                case OldGradientEnum : return "OldGradient";
    667836                case OutputFilePointerEnum : return "OutputFilePointer";
     837                case ToolkitsFileNameEnum : return "ToolkitsFileName";
     838                case RootPathEnum : return "RootPath";
    668839                case OutputFileNameEnum : return "OutputFileName";
     840                case InputFileNameEnum : return "InputFileName";
    669841                case LockFileNameEnum : return "LockFileName";
    670842                case ToolkitsOptionsAnalysesEnum : return "ToolkitsOptionsAnalyses";

  • issm/trunk/src/c/shared/Enum/StringToEnumx.cpp

    r18301 r19105  
    5858              else if (strcmp(name,"Base")==0) return BaseEnum;
    5959              else if (strcmp(name,"ConstantsG")==0) return ConstantsGEnum;
     60              else if (strcmp(name,"ConstantsOmega")==0) return ConstantsOmegaEnum;
    6061              else if (strcmp(name,"ConstantsReferencetemperature")==0) return ConstantsReferencetemperatureEnum;
    6162              else if (strcmp(name,"ConstantsYts")==0) return ConstantsYtsEnum;
    … …  
    9596              else if (strcmp(name,"FlowequationFeFS")==0) return FlowequationFeFSEnum;
    9697              else if (strcmp(name,"FlowequationVertexEquation")==0) return FlowequationVertexEquationEnum;
     98              else if (strcmp(name,"FrictionAs")==0) return FrictionAsEnum;
    9799              else if (strcmp(name,"FrictionCoefficient")==0) return FrictionCoefficientEnum;
    98100              else if (strcmp(name,"FrictionP")==0) return FrictionPEnum;
    … …  
    101103              else if (strcmp(name,"FrictionC")==0) return FrictionCEnum;
    102104              else if (strcmp(name,"FrictionLaw")==0) return FrictionLawEnum;
     105              else if (strcmp(name,"FrictionGamma")==0) return FrictionGammaEnum;
     106              else if (strcmp(name,"FrictionWaterLayer")==0) return FrictionWaterLayerEnum;
     107              else if (strcmp(name,"FrictionEffectivePressure")==0) return FrictionEffectivePressureEnum;
    103108              else if (strcmp(name,"GeometryHydrostaticRatio")==0) return GeometryHydrostaticRatioEnum;
    104109              else if (strcmp(name,"HydrologyModel")==0) return HydrologyModelEnum;
    … …  
    115120              else if (strcmp(name,"EplHeadSlopeX")==0) return EplHeadSlopeXEnum;
    116121              else if (strcmp(name,"EplHeadSlopeY")==0) return EplHeadSlopeYEnum;
     122              else if (strcmp(name,"EplZigZagCounter")==0) return EplZigZagCounterEnum;
    117123              else if (strcmp(name,"HydrologydcMaxIter")==0) return HydrologydcMaxIterEnum;
    118124              else if (strcmp(name,"HydrologydcRelTol")==0) return HydrologydcRelTolEnum;
    … …  
    129135              else if (strcmp(name,"HydrologydcEplPorosity")==0) return HydrologydcEplPorosityEnum;
    130136              else if (strcmp(name,"HydrologydcEplInitialThickness")==0) return HydrologydcEplInitialThicknessEnum;
     137              else if (strcmp(name,"HydrologydcEplColapseThickness")==0) return HydrologydcEplColapseThicknessEnum;
    131138              else if (strcmp(name,"HydrologydcEplMaxThickness")==0) return HydrologydcEplMaxThicknessEnum;
    132               else if (strcmp(name,"HydrologydcEplThickness")==0) return HydrologydcEplThicknessEnum;
     139         else stage=2;
     140   }
     141   if(stage==2){
     142              if (strcmp(name,"HydrologydcEplThickness")==0) return HydrologydcEplThicknessEnum;
    133143              else if (strcmp(name,"HydrologydcEplThicknessOld")==0) return HydrologydcEplThicknessOldEnum;
     144              else if (strcmp(name,"HydrologydcEplThickComp")==0) return HydrologydcEplThickCompEnum;
    134145              else if (strcmp(name,"HydrologydcEplConductivity")==0) return HydrologydcEplConductivityEnum;
    135146              else if (strcmp(name,"HydrologydcIsefficientlayer")==0) return HydrologydcIsefficientlayerEnum;
    … …  
    137148              else if (strcmp(name,"HydrologydcSedimentlimit")==0) return HydrologydcSedimentlimitEnum;
    138149              else if (strcmp(name,"HydrologydcTransferFlag")==0) return HydrologydcTransferFlagEnum;
    139          else stage=2;
    140    }
    141    if(stage==2){
    142               if (strcmp(name,"HydrologydcLeakageFactor")==0) return HydrologydcLeakageFactorEnum;
     150              else if (strcmp(name,"HydrologydcLeakageFactor")==0) return HydrologydcLeakageFactorEnum;
    143151              else if (strcmp(name,"HydrologydcPenaltyFactor")==0) return HydrologydcPenaltyFactorEnum;
    144152              else if (strcmp(name,"HydrologydcPenaltyLock")==0) return HydrologydcPenaltyLockEnum;
     153              else if (strcmp(name,"HydrologydcEplflipLock")==0) return HydrologydcEplflipLockEnum;
    145154              else if (strcmp(name,"HydrologydcBasalMoulinInput")==0) return HydrologydcBasalMoulinInputEnum;
    146155              else if (strcmp(name,"HydrologyLayer")==0) return HydrologyLayerEnum;
    … …  
    150159              else if (strcmp(name,"IndependentObject")==0) return IndependentObjectEnum;
    151160              else if (strcmp(name,"InversionControlParameters")==0) return InversionControlParametersEnum;
     161              else if (strcmp(name,"InversionControlScalingFactors")==0) return InversionControlScalingFactorsEnum;
    152162              else if (strcmp(name,"InversionCostFunctionThreshold")==0) return InversionCostFunctionThresholdEnum;
    153163              else if (strcmp(name,"InversionCostFunctionsCoefficients")==0) return InversionCostFunctionsCoefficientsEnum;
    … …  
    174184              else if (strcmp(name,"InversionStepThreshold")==0) return InversionStepThresholdEnum;
    175185              else if (strcmp(name,"InversionThicknessObs")==0) return InversionThicknessObsEnum;
     186              else if (strcmp(name,"InversionSurfaceObs")==0) return InversionSurfaceObsEnum;
    176187              else if (strcmp(name,"InversionVxObs")==0) return InversionVxObsEnum;
    177188              else if (strcmp(name,"InversionVyObs")==0) return InversionVyObsEnum;
    … …  
    209220              else if (strcmp(name,"DamageEvolutionNumRequestedOutputs")==0) return DamageEvolutionNumRequestedOutputsEnum;
    210221              else if (strcmp(name,"DamageEvolutionRequestedOutputs")==0) return DamageEvolutionRequestedOutputsEnum;
     222              else if (strcmp(name,"Damage")==0) return DamageEnum;
    211223              else if (strcmp(name,"NewDamage")==0) return NewDamageEnum;
     224              else if (strcmp(name,"StressIntensityFactor")==0) return StressIntensityFactorEnum;
     225              else if (strcmp(name,"CalvingLaw")==0) return CalvingLawEnum;
     226              else if (strcmp(name,"CalvingCalvingrate")==0) return CalvingCalvingrateEnum;
     227              else if (strcmp(name,"CalvingMeltingrate")==0) return CalvingMeltingrateEnum;
     228              else if (strcmp(name,"CalvingLevermann")==0) return CalvingLevermannEnum;
     229              else if (strcmp(name,"CalvingPi")==0) return CalvingPiEnum;
     230              else if (strcmp(name,"CalvingDev")==0) return CalvingDevEnum;
     231              else if (strcmp(name,"DefaultCalving")==0) return DefaultCalvingEnum;
     232              else if (strcmp(name,"CalvingRequestedOutputs")==0) return CalvingRequestedOutputsEnum;
     233              else if (strcmp(name,"CalvinglevermannCoeff")==0) return CalvinglevermannCoeffEnum;
     234              else if (strcmp(name,"CalvinglevermannMeltingrate")==0) return CalvinglevermannMeltingrateEnum;
     235              else if (strcmp(name,"CalvingpiCoeff")==0) return CalvingpiCoeffEnum;
     236              else if (strcmp(name,"CalvingpiMeltingrate")==0) return CalvingpiMeltingrateEnum;
     237              else if (strcmp(name,"Calvingratex")==0) return CalvingratexEnum;
     238              else if (strcmp(name,"Calvingratey")==0) return CalvingrateyEnum;
     239              else if (strcmp(name,"CalvingratexAverage")==0) return CalvingratexAverageEnum;
     240              else if (strcmp(name,"CalvingrateyAverage")==0) return CalvingrateyAverageEnum;
     241              else if (strcmp(name,"StrainRateparallel")==0) return StrainRateparallelEnum;
     242              else if (strcmp(name,"StrainRateperpendicular")==0) return StrainRateperpendicularEnum;
     243              else if (strcmp(name,"StrainRateeffective")==0) return StrainRateeffectiveEnum;
    212244              else if (strcmp(name,"MaterialsRhoIce")==0) return MaterialsRhoIceEnum;
    213245              else if (strcmp(name,"MaterialsRhoSeawater")==0) return MaterialsRhoSeawaterEnum;
    … …  
    228260              else if (strcmp(name,"MeshNumberofelements")==0) return MeshNumberofelementsEnum;
    229261              else if (strcmp(name,"MeshNumberoflayers")==0) return MeshNumberoflayersEnum;
    230               else if (strcmp(name,"MeshNumberofvertices2d")==0) return MeshNumberofvertices2dEnum;
     262         else stage=3;
     263   }
     264   if(stage==3){
     265              if (strcmp(name,"MeshNumberofvertices2d")==0) return MeshNumberofvertices2dEnum;
    231266              else if (strcmp(name,"MeshNumberofvertices")==0) return MeshNumberofverticesEnum;
    232267              else if (strcmp(name,"MeshUpperelements")==0) return MeshUpperelementsEnum;
    … …  
    249284              else if (strcmp(name,"MasstransportPenaltyFactor")==0) return MasstransportPenaltyFactorEnum;
    250285              else if (strcmp(name,"MasstransportSpcthickness")==0) return MasstransportSpcthicknessEnum;
    251               else if (strcmp(name,"MasstransportCalvingrate")==0) return MasstransportCalvingrateEnum;
    252286              else if (strcmp(name,"MasstransportStabilization")==0) return MasstransportStabilizationEnum;
    253287              else if (strcmp(name,"MasstransportVertexPairing")==0) return MasstransportVertexPairingEnum;
    … …  
    260294              else if (strcmp(name,"QmuNumberofpartitions")==0) return QmuNumberofpartitionsEnum;
    261295              else if (strcmp(name,"QmuNumberofresponses")==0) return QmuNumberofresponsesEnum;
    262          else stage=3;
    263    }
    264    if(stage==3){
    265               if (strcmp(name,"QmuPartition")==0) return QmuPartitionEnum;
     296              else if (strcmp(name,"QmuPartition")==0) return QmuPartitionEnum;
    266297              else if (strcmp(name,"QmuResponsedescriptors")==0) return QmuResponsedescriptorsEnum;
    267298              else if (strcmp(name,"QmuVariabledescriptors")==0) return QmuVariabledescriptorsEnum;
    … …  
    285316              else if (strcmp(name,"ThermalIsenthalpy")==0) return ThermalIsenthalpyEnum;
    286317              else if (strcmp(name,"ThermalIsdynamicbasalspc")==0) return ThermalIsdynamicbasalspcEnum;
     318              else if (strcmp(name,"ThermalReltol")==0) return ThermalReltolEnum;
    287319              else if (strcmp(name,"ThermalMaxiter")==0) return ThermalMaxiterEnum;
    288320              else if (strcmp(name,"ThermalPenaltyFactor")==0) return ThermalPenaltyFactorEnum;
    … …  
    309341              else if (strcmp(name,"TransientIsdamageevolution")==0) return TransientIsdamageevolutionEnum;
    310342              else if (strcmp(name,"TransientIshydrology")==0) return TransientIshydrologyEnum;
     343              else if (strcmp(name,"TransientIscalving")==0) return TransientIscalvingEnum;
    311344              else if (strcmp(name,"TransientNumRequestedOutputs")==0) return TransientNumRequestedOutputsEnum;
    312345              else if (strcmp(name,"TransientRequestedOutputs")==0) return TransientRequestedOutputsEnum;
    … …  
    315348              else if (strcmp(name,"BalancethicknessApparentMassbalance")==0) return BalancethicknessApparentMassbalanceEnum;
    316349              else if (strcmp(name,"Balancethickness2Misfit")==0) return Balancethickness2MisfitEnum;
    317               else if (strcmp(name,"BalancethicknessNux")==0) return BalancethicknessNuxEnum;
    318               else if (strcmp(name,"BalancethicknessNuy")==0) return BalancethicknessNuyEnum;
    319               else if (strcmp(name,"BalancethicknessVxObs")==0) return BalancethicknessVxObsEnum;
    320               else if (strcmp(name,"BalancethicknessVyObs")==0) return BalancethicknessVyObsEnum;
    321               else if (strcmp(name,"BalancethicknessThicknessObs")==0) return BalancethicknessThicknessObsEnum;
     350              else if (strcmp(name,"BalancethicknessDiffusionCoefficient")==0) return BalancethicknessDiffusionCoefficientEnum;
     351              else if (strcmp(name,"BalancethicknessCmu")==0) return BalancethicknessCmuEnum;
     352              else if (strcmp(name,"BalancethicknessOmega")==0) return BalancethicknessOmegaEnum;
     353              else if (strcmp(name,"BalancethicknessD0")==0) return BalancethicknessD0Enum;
    322354              else if (strcmp(name,"Surfaceforcings")==0) return SurfaceforcingsEnum;
    323355              else if (strcmp(name,"SMB")==0) return SMBEnum;
    … …  
    327359              else if (strcmp(name,"SurfaceforcingsDelta18oSurface")==0) return SurfaceforcingsDelta18oSurfaceEnum;
    328360              else if (strcmp(name,"SurfaceforcingsIsdelta18o")==0) return SurfaceforcingsIsdelta18oEnum;
     361              else if (strcmp(name,"SurfaceforcingsIsmungsm")==0) return SurfaceforcingsIsmungsmEnum;
    329362              else if (strcmp(name,"SurfaceforcingsPrecipitationsPresentday")==0) return SurfaceforcingsPrecipitationsPresentdayEnum;
     363              else if (strcmp(name,"SurfaceforcingsPrecipitationsLgm")==0) return SurfaceforcingsPrecipitationsLgmEnum;
    330364              else if (strcmp(name,"SurfaceforcingsTemperaturesPresentday")==0) return SurfaceforcingsTemperaturesPresentdayEnum;
    331365              else if (strcmp(name,"SurfaceforcingsTemperaturesLgm")==0) return SurfaceforcingsTemperaturesLgmEnum;
    … …  
    333367              else if (strcmp(name,"SurfaceforcingsDesfac")==0) return SurfaceforcingsDesfacEnum;
    334368              else if (strcmp(name,"SurfaceforcingsS0p")==0) return SurfaceforcingsS0pEnum;
     369              else if (strcmp(name,"SurfaceforcingsS0t")==0) return SurfaceforcingsS0tEnum;
     370              else if (strcmp(name,"SurfaceforcingsRlaps")==0) return SurfaceforcingsRlapsEnum;
     371              else if (strcmp(name,"SurfaceforcingsRlapslgm")==0) return SurfaceforcingsRlapslgmEnum;
     372              else if (strcmp(name,"SurfaceforcingsPfac")==0) return SurfaceforcingsPfacEnum;
     373              else if (strcmp(name,"SurfaceforcingsTdiff")==0) return SurfaceforcingsTdiffEnum;
     374              else if (strcmp(name,"SurfaceforcingsSealev")==0) return SurfaceforcingsSealevEnum;
    335375              else if (strcmp(name,"SMBgradients")==0) return SMBgradientsEnum;
    336376              else if (strcmp(name,"SurfaceforcingsMonthlytemperatures")==0) return SurfaceforcingsMonthlytemperaturesEnum;
    … …  
    343383              else if (strcmp(name,"SurfaceforcingsAccumulation")==0) return SurfaceforcingsAccumulationEnum;
    344384              else if (strcmp(name,"SurfaceforcingsEvaporation")==0) return SurfaceforcingsEvaporationEnum;
    345               else if (strcmp(name,"SurfaceforcingsRunoff")==0) return SurfaceforcingsRunoffEnum;
     385         else stage=4;
     386   }
     387   if(stage==4){
     388              if (strcmp(name,"SurfaceforcingsRunoff")==0) return SurfaceforcingsRunoffEnum;
    346389              else if (strcmp(name,"SMBmeltcomponents")==0) return SMBmeltcomponentsEnum;
    347390              else if (strcmp(name,"SurfaceforcingsMelt")==0) return SurfaceforcingsMeltEnum;
    … …  
    383426              else if (strcmp(name,"MeltingAnalysis")==0) return MeltingAnalysisEnum;
    384427              else if (strcmp(name,"MasstransportAnalysis")==0) return MasstransportAnalysisEnum;
    385          else stage=4;
    386    }
    387    if(stage==4){
    388               if (strcmp(name,"MasstransportSolution")==0) return MasstransportSolutionEnum;
     428              else if (strcmp(name,"MasstransportSolution")==0) return MasstransportSolutionEnum;
    389429              else if (strcmp(name,"FreeSurfaceBaseAnalysis")==0) return FreeSurfaceBaseAnalysisEnum;
    390430              else if (strcmp(name,"FreeSurfaceTopAnalysis")==0) return FreeSurfaceTopAnalysisEnum;
    … …  
    395435              else if (strcmp(name,"SteadystateSolution")==0) return SteadystateSolutionEnum;
    396436              else if (strcmp(name,"SurfaceSlopeSolution")==0) return SurfaceSlopeSolutionEnum;
    397               else if (strcmp(name,"SmoothedSurfaceSlopeXAnalysis")==0) return SmoothedSurfaceSlopeXAnalysisEnum;
    398               else if (strcmp(name,"SmoothedSurfaceSlopeYAnalysis")==0) return SmoothedSurfaceSlopeYAnalysisEnum;
     437              else if (strcmp(name,"SmoothAnalysis")==0) return SmoothAnalysisEnum;
    399438              else if (strcmp(name,"ThermalAnalysis")==0) return ThermalAnalysisEnum;
    400439              else if (strcmp(name,"ThermalSolution")==0) return ThermalSolutionEnum;
    … …  
    406445              else if (strcmp(name,"MeshdeformationAnalysis")==0) return MeshdeformationAnalysisEnum;
    407446              else if (strcmp(name,"LevelsetAnalysis")==0) return LevelsetAnalysisEnum;
     447              else if (strcmp(name,"LevelsetStabilization")==0) return LevelsetStabilizationEnum;
    408448              else if (strcmp(name,"ExtrapolationAnalysis")==0) return ExtrapolationAnalysisEnum;
    409449              else if (strcmp(name,"LsfReinitializationAnalysis")==0) return LsfReinitializationAnalysisEnum;
    … …  
    449489              else if (strcmp(name,"InputToL2Project")==0) return InputToL2ProjectEnum;
    450490              else if (strcmp(name,"InputToDepthaverage")==0) return InputToDepthaverageEnum;
     491              else if (strcmp(name,"InputToSmooth")==0) return InputToSmoothEnum;
     492              else if (strcmp(name,"SmoothThicknessMultiplier")==0) return SmoothThicknessMultiplierEnum;
    451493              else if (strcmp(name,"IntParam")==0) return IntParamEnum;
    452494              else if (strcmp(name,"IntVecParam")==0) return IntVecParamEnum;
    … …  
    463505              else if (strcmp(name,"Profiler")==0) return ProfilerEnum;
    464506              else if (strcmp(name,"MatrixParam")==0) return MatrixParamEnum;
     507              else if (strcmp(name,"Masscon")==0) return MassconEnum;
     508         else stage=5;
     509   }
     510   if(stage==5){
     511              if (strcmp(name,"MassconName")==0) return MassconNameEnum;
     512              else if (strcmp(name,"MassconDefinitionenum")==0) return MassconDefinitionenumEnum;
     513              else if (strcmp(name,"MassconLevelset")==0) return MassconLevelsetEnum;
     514              else if (strcmp(name,"Massconaxpby")==0) return MassconaxpbyEnum;
     515              else if (strcmp(name,"MassconaxpbyName")==0) return MassconaxpbyNameEnum;
     516              else if (strcmp(name,"MassconaxpbyDefinitionenum")==0) return MassconaxpbyDefinitionenumEnum;
     517              else if (strcmp(name,"MassconaxpbyNamex")==0) return MassconaxpbyNamexEnum;
     518              else if (strcmp(name,"MassconaxpbyNamey")==0) return MassconaxpbyNameyEnum;
     519              else if (strcmp(name,"MassconaxpbyAlpha")==0) return MassconaxpbyAlphaEnum;
     520              else if (strcmp(name,"MassconaxpbyBeta")==0) return MassconaxpbyBetaEnum;
    465521              else if (strcmp(name,"NodeSId")==0) return NodeSIdEnum;
    466522              else if (strcmp(name,"VectorParam")==0) return VectorParamEnum;
    … …  
    506562              else if (strcmp(name,"Internal")==0) return InternalEnum;
    507563              else if (strcmp(name,"MassFlux")==0) return MassFluxEnum;
    508          else stage=5;
    509    }
    510    if(stage==5){
    511               if (strcmp(name,"MeltingOffset")==0) return MeltingOffsetEnum;
     564              else if (strcmp(name,"MeltingOffset")==0) return MeltingOffsetEnum;
    512565              else if (strcmp(name,"Misfit")==0) return MisfitEnum;
    513566              else if (strcmp(name,"Pressure")==0) return PressureEnum;
    … …  
    527580              else if (strcmp(name,"TemperaturePicard")==0) return TemperaturePicardEnum;
    528581              else if (strcmp(name,"ThicknessAbsMisfit")==0) return ThicknessAbsMisfitEnum;
     582              else if (strcmp(name,"SurfaceAbsMisfit")==0) return SurfaceAbsMisfitEnum;
    529583              else if (strcmp(name,"Vel")==0) return VelEnum;
    530584              else if (strcmp(name,"Velocity")==0) return VelocityEnum;
    … …  
    550604              else if (strcmp(name,"IntMatParam")==0) return IntMatParamEnum;
    551605              else if (strcmp(name,"RheologyBbarAbsGradient")==0) return RheologyBbarAbsGradientEnum;
     606              else if (strcmp(name,"RheologyBAbsGradient")==0) return RheologyBAbsGradientEnum;
    552607              else if (strcmp(name,"DragCoefficientAbsGradient")==0) return DragCoefficientAbsGradientEnum;
    553608              else if (strcmp(name,"TransientInput")==0) return TransientInputEnum;
    … …  
    558613              else if (strcmp(name,"HydrologyWaterVx")==0) return HydrologyWaterVxEnum;
    559614              else if (strcmp(name,"HydrologyWaterVy")==0) return HydrologyWaterVyEnum;
     615              else if (strcmp(name,"DrivingStressX")==0) return DrivingStressXEnum;
     616              else if (strcmp(name,"DrivingStressY")==0) return DrivingStressYEnum;
    560617              else if (strcmp(name,"SigmaNN")==0) return SigmaNNEnum;
    561618              else if (strcmp(name,"StressTensor")==0) return StressTensorEnum;
    … …  
    566623              else if (strcmp(name,"StressTensoryz")==0) return StressTensoryzEnum;
    567624              else if (strcmp(name,"StressTensorzz")==0) return StressTensorzzEnum;
     625              else if (strcmp(name,"StressMaxPrincipal")==0) return StressMaxPrincipalEnum;
    568626              else if (strcmp(name,"DeviatoricStress")==0) return DeviatoricStressEnum;
    569627              else if (strcmp(name,"DeviatoricStressxx")==0) return DeviatoricStressxxEnum;
    … …  
    571629              else if (strcmp(name,"DeviatoricStressxz")==0) return DeviatoricStressxzEnum;
    572630              else if (strcmp(name,"DeviatoricStressyy")==0) return DeviatoricStressyyEnum;
    573               else if (strcmp(name,"DeviatoricStressyz")==0) return DeviatoricStressyzEnum;
     631         else stage=6;
     632   }
     633   if(stage==6){
     634              if (strcmp(name,"DeviatoricStressyz")==0) return DeviatoricStressyzEnum;
    574635              else if (strcmp(name,"DeviatoricStresszz")==0) return DeviatoricStresszzEnum;
    575636              else if (strcmp(name,"StrainRate")==0) return StrainRateEnum;
    … …  
    581642              else if (strcmp(name,"StrainRatezz")==0) return StrainRatezzEnum;
    582643              else if (strcmp(name,"Divergence")==0) return DivergenceEnum;
     644              else if (strcmp(name,"MaxDivergence")==0) return MaxDivergenceEnum;
    583645              else if (strcmp(name,"GiaCrossSectionShape")==0) return GiaCrossSectionShapeEnum;
    584646              else if (strcmp(name,"GiadWdt")==0) return GiadWdtEnum;
    … …  
    605667              else if (strcmp(name,"OneLayerP4z")==0) return OneLayerP4zEnum;
    606668              else if (strcmp(name,"CrouzeixRaviart")==0) return CrouzeixRaviartEnum;
     669              else if (strcmp(name,"LACrouzeixRaviart")==0) return LACrouzeixRaviartEnum;
    607670              else if (strcmp(name,"SaveResults")==0) return SaveResultsEnum;
    608671              else if (strcmp(name,"BoolExternalResult")==0) return BoolExternalResultEnum;
    … …  
    616679              else if (strcmp(name,"WaterColumnOld")==0) return WaterColumnOldEnum;
    617680              else if (strcmp(name,"Outputdefinition")==0) return OutputdefinitionEnum;
     681              else if (strcmp(name,"Outputdefinition1")==0) return Outputdefinition1Enum;
     682              else if (strcmp(name,"Outputdefinition2")==0) return Outputdefinition2Enum;
     683              else if (strcmp(name,"Outputdefinition3")==0) return Outputdefinition3Enum;
     684              else if (strcmp(name,"Outputdefinition4")==0) return Outputdefinition4Enum;
     685              else if (strcmp(name,"Outputdefinition5")==0) return Outputdefinition5Enum;
     686              else if (strcmp(name,"Outputdefinition6")==0) return Outputdefinition6Enum;
     687              else if (strcmp(name,"Outputdefinition7")==0) return Outputdefinition7Enum;
     688              else if (strcmp(name,"Outputdefinition8")==0) return Outputdefinition8Enum;
     689              else if (strcmp(name,"Outputdefinition9")==0) return Outputdefinition9Enum;
     690              else if (strcmp(name,"Outputdefinition10")==0) return Outputdefinition10Enum;
     691              else if (strcmp(name,"Outputdefinition11")==0) return Outputdefinition11Enum;
     692              else if (strcmp(name,"Outputdefinition12")==0) return Outputdefinition12Enum;
     693              else if (strcmp(name,"Outputdefinition13")==0) return Outputdefinition13Enum;
     694              else if (strcmp(name,"Outputdefinition14")==0) return Outputdefinition14Enum;
     695              else if (strcmp(name,"Outputdefinition15")==0) return Outputdefinition15Enum;
     696              else if (strcmp(name,"Outputdefinition16")==0) return Outputdefinition16Enum;
     697              else if (strcmp(name,"Outputdefinition17")==0) return Outputdefinition17Enum;
     698              else if (strcmp(name,"Outputdefinition18")==0) return Outputdefinition18Enum;
     699              else if (strcmp(name,"Outputdefinition19")==0) return Outputdefinition19Enum;
     700              else if (strcmp(name,"Outputdefinition20")==0) return Outputdefinition20Enum;
     701              else if (strcmp(name,"Outputdefinition21")==0) return Outputdefinition21Enum;
     702              else if (strcmp(name,"Outputdefinition22")==0) return Outputdefinition22Enum;
     703              else if (strcmp(name,"Outputdefinition23")==0) return Outputdefinition23Enum;
     704              else if (strcmp(name,"Outputdefinition24")==0) return Outputdefinition24Enum;
     705              else if (strcmp(name,"Outputdefinition25")==0) return Outputdefinition25Enum;
     706              else if (strcmp(name,"Outputdefinition26")==0) return Outputdefinition26Enum;
     707              else if (strcmp(name,"Outputdefinition27")==0) return Outputdefinition27Enum;
     708              else if (strcmp(name,"Outputdefinition28")==0) return Outputdefinition28Enum;
     709              else if (strcmp(name,"Outputdefinition29")==0) return Outputdefinition29Enum;
     710              else if (strcmp(name,"Outputdefinition30")==0) return Outputdefinition30Enum;
     711              else if (strcmp(name,"Outputdefinition31")==0) return Outputdefinition31Enum;
     712              else if (strcmp(name,"Outputdefinition32")==0) return Outputdefinition32Enum;
     713              else if (strcmp(name,"Outputdefinition33")==0) return Outputdefinition33Enum;
     714              else if (strcmp(name,"Outputdefinition34")==0) return Outputdefinition34Enum;
     715              else if (strcmp(name,"Outputdefinition35")==0) return Outputdefinition35Enum;
     716              else if (strcmp(name,"Outputdefinition36")==0) return Outputdefinition36Enum;
     717              else if (strcmp(name,"Outputdefinition37")==0) return Outputdefinition37Enum;
     718              else if (strcmp(name,"Outputdefinition38")==0) return Outputdefinition38Enum;
     719              else if (strcmp(name,"Outputdefinition39")==0) return Outputdefinition39Enum;
     720              else if (strcmp(name,"Outputdefinition40")==0) return Outputdefinition40Enum;
     721              else if (strcmp(name,"Outputdefinition41")==0) return Outputdefinition41Enum;
     722              else if (strcmp(name,"Outputdefinition42")==0) return Outputdefinition42Enum;
     723              else if (strcmp(name,"Outputdefinition43")==0) return Outputdefinition43Enum;
     724              else if (strcmp(name,"Outputdefinition44")==0) return Outputdefinition44Enum;
     725              else if (strcmp(name,"Outputdefinition45")==0) return Outputdefinition45Enum;
     726              else if (strcmp(name,"Outputdefinition46")==0) return Outputdefinition46Enum;
     727              else if (strcmp(name,"Outputdefinition47")==0) return Outputdefinition47Enum;
     728              else if (strcmp(name,"Outputdefinition48")==0) return Outputdefinition48Enum;
     729              else if (strcmp(name,"Outputdefinition49")==0) return Outputdefinition49Enum;
     730              else if (strcmp(name,"Outputdefinition50")==0) return Outputdefinition50Enum;
     731              else if (strcmp(name,"Outputdefinition51")==0) return Outputdefinition51Enum;
     732              else if (strcmp(name,"Outputdefinition52")==0) return Outputdefinition52Enum;
     733              else if (strcmp(name,"Outputdefinition53")==0) return Outputdefinition53Enum;
     734              else if (strcmp(name,"Outputdefinition54")==0) return Outputdefinition54Enum;
     735              else if (strcmp(name,"Outputdefinition55")==0) return Outputdefinition55Enum;
     736              else if (strcmp(name,"Outputdefinition56")==0) return Outputdefinition56Enum;
     737              else if (strcmp(name,"Outputdefinition57")==0) return Outputdefinition57Enum;
     738              else if (strcmp(name,"Outputdefinition58")==0) return Outputdefinition58Enum;
     739              else if (strcmp(name,"Outputdefinition59")==0) return Outputdefinition59Enum;
     740              else if (strcmp(name,"Outputdefinition60")==0) return Outputdefinition60Enum;
     741              else if (strcmp(name,"Outputdefinition61")==0) return Outputdefinition61Enum;
     742              else if (strcmp(name,"Outputdefinition62")==0) return Outputdefinition62Enum;
     743              else if (strcmp(name,"Outputdefinition63")==0) return Outputdefinition63Enum;
     744              else if (strcmp(name,"Outputdefinition64")==0) return Outputdefinition64Enum;
     745              else if (strcmp(name,"Outputdefinition65")==0) return Outputdefinition65Enum;
     746              else if (strcmp(name,"Outputdefinition66")==0) return Outputdefinition66Enum;
     747              else if (strcmp(name,"Outputdefinition67")==0) return Outputdefinition67Enum;
     748              else if (strcmp(name,"Outputdefinition68")==0) return Outputdefinition68Enum;
     749              else if (strcmp(name,"Outputdefinition69")==0) return Outputdefinition69Enum;
     750              else if (strcmp(name,"Outputdefinition70")==0) return Outputdefinition70Enum;
     751              else if (strcmp(name,"Outputdefinition71")==0) return Outputdefinition71Enum;
     752              else if (strcmp(name,"Outputdefinition72")==0) return Outputdefinition72Enum;
     753              else if (strcmp(name,"Outputdefinition73")==0) return Outputdefinition73Enum;
     754         else stage=7;
     755   }
     756   if(stage==7){
     757              if (strcmp(name,"Outputdefinition74")==0) return Outputdefinition74Enum;
     758              else if (strcmp(name,"Outputdefinition75")==0) return Outputdefinition75Enum;
     759              else if (strcmp(name,"Outputdefinition76")==0) return Outputdefinition76Enum;
     760              else if (strcmp(name,"Outputdefinition77")==0) return Outputdefinition77Enum;
     761              else if (strcmp(name,"Outputdefinition78")==0) return Outputdefinition78Enum;
     762              else if (strcmp(name,"Outputdefinition79")==0) return Outputdefinition79Enum;
     763              else if (strcmp(name,"Outputdefinition80")==0) return Outputdefinition80Enum;
     764              else if (strcmp(name,"Outputdefinition81")==0) return Outputdefinition81Enum;
     765              else if (strcmp(name,"Outputdefinition82")==0) return Outputdefinition82Enum;
     766              else if (strcmp(name,"Outputdefinition83")==0) return Outputdefinition83Enum;
     767              else if (strcmp(name,"Outputdefinition84")==0) return Outputdefinition84Enum;
     768              else if (strcmp(name,"Outputdefinition85")==0) return Outputdefinition85Enum;
     769              else if (strcmp(name,"Outputdefinition86")==0) return Outputdefinition86Enum;
     770              else if (strcmp(name,"Outputdefinition87")==0) return Outputdefinition87Enum;
     771              else if (strcmp(name,"Outputdefinition88")==0) return Outputdefinition88Enum;
     772              else if (strcmp(name,"Outputdefinition89")==0) return Outputdefinition89Enum;
     773              else if (strcmp(name,"Outputdefinition90")==0) return Outputdefinition90Enum;
     774              else if (strcmp(name,"Outputdefinition91")==0) return Outputdefinition91Enum;
     775              else if (strcmp(name,"Outputdefinition92")==0) return Outputdefinition92Enum;
     776              else if (strcmp(name,"Outputdefinition93")==0) return Outputdefinition93Enum;
     777              else if (strcmp(name,"Outputdefinition94")==0) return Outputdefinition94Enum;
     778              else if (strcmp(name,"Outputdefinition95")==0) return Outputdefinition95Enum;
     779              else if (strcmp(name,"Outputdefinition96")==0) return Outputdefinition96Enum;
     780              else if (strcmp(name,"Outputdefinition97")==0) return Outputdefinition97Enum;
     781              else if (strcmp(name,"Outputdefinition98")==0) return Outputdefinition98Enum;
     782              else if (strcmp(name,"Outputdefinition99")==0) return Outputdefinition99Enum;
     783              else if (strcmp(name,"Outputdefinition100")==0) return Outputdefinition100Enum;
    618784              else if (strcmp(name,"OutputdefinitionList")==0) return OutputdefinitionListEnum;
    619785              else if (strcmp(name,"Massfluxatgate")==0) return MassfluxatgateEnum;
    620786              else if (strcmp(name,"MassfluxatgateName")==0) return MassfluxatgateNameEnum;
     787              else if (strcmp(name,"MassfluxatgateDefinitionenum")==0) return MassfluxatgateDefinitionenumEnum;
    621788              else if (strcmp(name,"MassfluxatgateSegments")==0) return MassfluxatgateSegmentsEnum;
    622789              else if (strcmp(name,"MisfitName")==0) return MisfitNameEnum;
     790              else if (strcmp(name,"MisfitDefinitionenum")==0) return MisfitDefinitionenumEnum;
    623791              else if (strcmp(name,"MisfitModelEnum")==0) return MisfitModelEnumEnum;
    624792              else if (strcmp(name,"MisfitObservation")==0) return MisfitObservationEnum;
    625793              else if (strcmp(name,"MisfitObservationEnum")==0) return MisfitObservationEnumEnum;
     794              else if (strcmp(name,"MisfitLocal")==0) return MisfitLocalEnum;
    626795              else if (strcmp(name,"MisfitTimeinterpolation")==0) return MisfitTimeinterpolationEnum;
    627796              else if (strcmp(name,"MisfitWeights")==0) return MisfitWeightsEnum;
    … …  
    629798              else if (strcmp(name,"SurfaceObservation")==0) return SurfaceObservationEnum;
    630799              else if (strcmp(name,"WeightsSurfaceObservation")==0) return WeightsSurfaceObservationEnum;
    631          else stage=6;
    632    }
    633    if(stage==6){
    634               if (strcmp(name,"MinVel")==0) return MinVelEnum;
     800              else if (strcmp(name,"VxObs")==0) return VxObsEnum;
     801              else if (strcmp(name,"WeightsVxObs")==0) return WeightsVxObsEnum;
     802              else if (strcmp(name,"VyObs")==0) return VyObsEnum;
     803              else if (strcmp(name,"WeightsVyObs")==0) return WeightsVyObsEnum;
     804              else if (strcmp(name,"MinVel")==0) return MinVelEnum;
    635805              else if (strcmp(name,"MaxVel")==0) return MaxVelEnum;
    636806              else if (strcmp(name,"MinVx")==0) return MinVxEnum;
    … …  
    643813              else if (strcmp(name,"MaxVz")==0) return MaxVzEnum;
    644814              else if (strcmp(name,"MaxAbsVz")==0) return MaxAbsVzEnum;
     815              else if (strcmp(name,"IceMass")==0) return IceMassEnum;
    645816              else if (strcmp(name,"IceVolume")==0) return IceVolumeEnum;
    646817              else if (strcmp(name,"IceVolumeAboveFloatation")==0) return IceVolumeAboveFloatationEnum;
    … …  
    659830              else if (strcmp(name,"SubelementMigration2")==0) return SubelementMigration2Enum;
    660831              else if (strcmp(name,"Contact")==0) return ContactEnum;
     832              else if (strcmp(name,"GroundingOnly")==0) return GroundingOnlyEnum;
    661833              else if (strcmp(name,"MaskGroundediceLevelset")==0) return MaskGroundediceLevelsetEnum;
    662834              else if (strcmp(name,"GaussSeg")==0) return GaussSegEnum;
    … …  
    681853              else if (strcmp(name,"OldGradient")==0) return OldGradientEnum;
    682854              else if (strcmp(name,"OutputFilePointer")==0) return OutputFilePointerEnum;
     855              else if (strcmp(name,"ToolkitsFileName")==0) return ToolkitsFileNameEnum;
     856              else if (strcmp(name,"RootPath")==0) return RootPathEnum;
    683857              else if (strcmp(name,"OutputFileName")==0) return OutputFileNameEnum;
     858              else if (strcmp(name,"InputFileName")==0) return InputFileNameEnum;
    684859              else if (strcmp(name,"LockFileName")==0) return LockFileNameEnum;
    685860              else if (strcmp(name,"ToolkitsOptionsAnalyses")==0) return ToolkitsOptionsAnalysesEnum;
    … …  
    700875              else if (strcmp(name,"Dense")==0) return DenseEnum;
    701876              else if (strcmp(name,"MpiDense")==0) return MpiDenseEnum;
    702               else if (strcmp(name,"MpiSparse")==0) return MpiSparseEnum;
     877         else stage=8;
     878   }
     879   if(stage==8){
     880              if (strcmp(name,"MpiSparse")==0) return MpiSparseEnum;
    703881              else if (strcmp(name,"Seq")==0) return SeqEnum;
    704882              else if (strcmp(name,"Mpi")==0) return MpiEnum;
    … …  
    720898              else if (strcmp(name,"LevelsetfunctionPicard")==0) return LevelsetfunctionPicardEnum;
    721899              else if (strcmp(name,"MaximumNumberOfDefinitions")==0) return MaximumNumberOfDefinitionsEnum;
    722          else stage=7;
     900         else stage=9;
    723901   }
    724902        /*If we reach this point, the string provided has not been found*/

  • issm/trunk/src/c/shared/Enum/Synchronize.sh

    r17989 r19105  
    7474if test \"x$"  toupper($1)"\" = \"xyes\"; then\n\
    7575        HAVE_"  toupper($1)"=yes\n\
    76         AC_DEFINE([_HAVE_"  toupper($1)"_],[1],[with " $1"capability])\n\
     76        AC_DEFINE([_HAVE_"  toupper($1)"_],[1],[with " $1" capability])\n\
    7777fi\n\
    7878AM_CONDITIONAL([" toupper($1)"], [test x$HAVE_" toupper($1)" = xyes])\n\

  • issm/trunk/src/c/shared/FSanalyticals/fsanalyticals.cpp

    r18301 r19105  
    5151                        z=y;
    5252                        return 32.0/5.0*pow(PI, 2)*sin(8*PI*z);
     53                case 13:
     54                        z=y;
     55                        return 8.0*pow(PI, 2)*pow(x, 2)*(z - 2)*sin(4*PI*x*z) - 4.0*PI*x*cos(4*PI*x*z) + 16.0*pow(PI, 2)*pow(z, 2)*(z - 2)*sin(4*PI*x*z) - 0.25*PI*((16*pow(PI, 2)*x*z*(PI*x*z - PI*x)*cos(4*PI*x*z) + 4*pow(PI, 2)*x*z*(8*pow(PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*sin(4*PI*x*z) + 4*pow(PI, 2)*x*z*sin(4*PI*x*z) - 4*PI*x*(-PI*z + PI)*sin(4*PI*x*z) - 16*PI*x*(pow(PI, 2)*x*pow(z, 2) - 2*pow(PI, 2)*x*z)*cos(4*PI*x*z) - 16*PI*z*(pow(PI, 2)*pow(x, 2)*z - pow(PI, 2)*pow(x, 2))*cos(4*PI*x*z) + 4*PI*(PI*x*z - PI*x)*sin(4*PI*x*z) - 8*(pow(PI, 2)*x*z - pow(PI, 2)*x)*sin(4*PI*x*z) - PI*(8*pow(PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*PI*x*z) - PI*cos(4*PI*x*z))/(pow(PI, 3)*pow(x, 3)) + 3*(-4*PI*x*(PI*x*z - PI*x)*sin(4*PI*x*z) + PI*x*(8*pow(PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*PI*x*z) + PI*x*cos(4*PI*x*z) + 4*(pow(PI, 2)*pow(x, 2)*z - pow(PI, 2)*pow(x, 2))*sin(4*PI*x*z))/(pow(PI, 3)*pow(x, 4))) + 4*PI*sin(4*PI*z)*cos(4*PI*x);
     56                case 14:
     57                        z=y;
     58                        return 8.0*pow(2, 1.0L/3.0L)*pow(M_PI, 2)*pow(z, 2)*(z - 2)*sin(4*M_PI*x*z)/pow(4.0*pow(M_PI, 2)*pow(z, 2)*pow(z - 2, 2)*pow(cos(4*M_PI*x*z), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(2.0*M_PI*x*(z - 2)*cos(4*M_PI*x*z) - 0.0625*M_PI*(16*sin(4*M_PI*x)/(M_PI*pow(x, 2)) + 4*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*cos(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 2)*pow(x, 3)) + 4*(-4*M_PI*z*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) + M_PI*z*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - (-M_PI*z + M_PI)*cos(4*M_PI*x*z) + 4*(pow(M_PI, 2)*x*pow(z, 2) - 2*pow(M_PI, 2)*x*z)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 3)) - 3*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*sin(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4)) - 3*(4*(M_PI*x*z - M_PI*x)*cos(4*M_PI*x*z) + (8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4))) + 0.5*sin(4*M_PI*x*z) + (2.0L/5.0L)*M_PI*cos(4*M_PI*x), 2) + pow(M_PI*x*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) - 0.25*M_PI*x*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - 0.25*M_PI*x*cos(4*M_PI*x*z) - (pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - pow(M_PI, 2)*pow(x, 2))*sin(4*M_PI*x*z), 2)/(pow(M_PI, 4)*pow(x, 6)), 1.0L/3.0L) - 0.0266666666666667*pow(2, 1.0L/3.0L)*M_PI*z*(z - 2)*(800.0*pow(M_PI, 3)*pow(z, 3)*pow(z - 2, 2)*sin(4*M_PI*x*z)*cos(4*M_PI*x*z) - (-10.0*M_PI*x*(z - 2)*cos(4*M_PI*x*z) + 0.3125*M_PI*(16*sin(4*M_PI*x)/(M_PI*pow(x, 2)) + 4*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*cos(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 2)*pow(x, 3)) + 4*(-4*M_PI*z*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) + M_PI*z*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - (-M_PI*z + M_PI)*cos(4*M_PI*x*z) + 4*(pow(M_PI, 2)*x*pow(z, 2) - 2*pow(M_PI, 2)*x*z)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 3)) - 3*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*sin(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4)) - 3*(4*(M_PI*x*z - M_PI*x)*cos(4*M_PI*x*z) + (8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4))) - 2.5*sin(4*M_PI*x*z) - 2*M_PI*cos(4*M_PI*x))*(40.0*pow(M_PI, 2)*x*z*(z - 2)*sin(4*M_PI*x*z) - 10.0*M_PI*z*cos(4*M_PI*x*z) - 10.0*M_PI*(z - 2)*cos(4*M_PI*x*z) + 1.25*M_PI*(32*cos(4*M_PI*x)/pow(x, 2) - 4*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*sin(4*M_PI*x)/(M_PI*pow(x, 3)) - 4*(4*pow(M_PI, 2)*pow(z, 2)*(M_PI*x*z - M_PI*x)*cos(4*M_PI*x*z) + pow(M_PI, 2)*pow(z, 2)*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*sin(4*M_PI*x*z) - 2*M_PI*z*(-M_PI*z + M_PI)*sin(4*M_PI*x*z) - 8*M_PI*z*(pow(M_PI, 2)*x*pow(z, 2) - 2*pow(M_PI, 2)*x*z)*cos(4*M_PI*x*z) - (pow(M_PI, 2)*pow(z, 2) - 2*pow(M_PI, 2)*z)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 3)) - 20*sin(4*M_PI*x)/(M_PI*pow(x, 3)) - 6*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*cos(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 2)*pow(x, 4)) - 6*(-4*M_PI*z*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) + M_PI*z*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - (-M_PI*z + M_PI)*cos(4*M_PI*x*z) + 4*(pow(M_PI, 2)*x*pow(z, 2) - 2*pow(M_PI, 2)*x*z)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4)) + 3*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*sin(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 5)) + 3*(4*(M_PI*x*z - M_PI*x)*cos(4*M_PI*x*z) + (8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 5))) + 8*pow(M_PI, 2)*sin(4*M_PI*x)) - (50*M_PI*x*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) - 12.5*M_PI*x*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - 12.5*M_PI*x*cos(4*M_PI*x*z) - 50*(pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - pow(M_PI, 2)*pow(x, 2))*sin(4*M_PI*x*z))*(4*pow(M_PI, 2)*x*z*(M_PI*x*z - M_PI*x)*cos(4*M_PI*x*z) + pow(M_PI, 2)*x*z*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*sin(4*M_PI*x*z) + pow(M_PI, 2)*x*z*sin(4*M_PI*x*z) - M_PI*x*(-M_PI*z + M_PI)*sin(4*M_PI*x*z) - 4.0*M_PI*x*(pow(M_PI, 2)*x*pow(z, 2) - 2*pow(M_PI, 2)*x*z)*cos(4*M_PI*x*z) - 4*M_PI*z*(pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - pow(M_PI, 2)*pow(x, 2))*cos(4*M_PI*x*z) + M_PI*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) - 2*(pow(M_PI, 2)*x*z - pow(M_PI, 2)*x)*sin(4*M_PI*x*z) - 0.25*M_PI*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - 0.25*M_PI*cos(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 4)*pow(x, 6)) + 150*pow(M_PI*x*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) - 0.25*M_PI*x*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - 0.25*M_PI*x*cos(4*M_PI*x*z) - (pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - pow(M_PI, 2)*pow(x, 2))*sin(4*M_PI*x*z), 2)/(pow(M_PI, 4)*pow(x, 7)))*cos(4*M_PI*x*z)/pow(4.0*pow(M_PI, 2)*pow(z, 2)*pow(z - 2, 2)*pow(cos(4*M_PI*x*z), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(2.0*M_PI*x*(z - 2)*cos(4*M_PI*x*z) - 0.0625*M_PI*(16*sin(4*M_PI*x)/(M_PI*pow(x, 2)) + 4*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*cos(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 2)*pow(x, 3)) + 4*(-4*M_PI*z*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) + M_PI*z*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - (-M_PI*z + M_PI)*cos(4*M_PI*x*z) + 4*(pow(M_PI, 2)*x*pow(z, 2) - 2*pow(M_PI, 2)*x*z)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 3)) - 3*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*sin(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4)) - 3*(4*(M_PI*x*z - M_PI*x)*cos(4*M_PI*x*z) + (8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4))) + 0.5*sin(4*M_PI*x*z) + (2.0L/5.0L)*M_PI*cos(4*M_PI*x), 2) + pow(M_PI*x*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) - 0.25*M_PI*x*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - 0.25*M_PI*x*cos(4*M_PI*x*z) - (pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - pow(M_PI, 2)*pow(x, 2))*sin(4*M_PI*x*z), 2)/(pow(M_PI, 4)*pow(x, 6)), 4.0L/3.0L) + (1.0L/10.0L)*pow(2, 1.0L/3.0L)*(40.0*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*(z - 2)*sin(4*M_PI*x*z) - 20.0*M_PI*x*cos(4*M_PI*x*z) - 1.25*M_PI*((16*pow(M_PI, 2)*x*z*(M_PI*x*z - M_PI*x)*cos(4*M_PI*x*z) + 4*pow(M_PI, 2)*x*z*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*sin(4*M_PI*x*z) + 4*pow(M_PI, 2)*x*z*sin(4*M_PI*x*z) - 4*M_PI*x*(-M_PI*z + M_PI)*sin(4*M_PI*x*z) - 16*M_PI*x*(pow(M_PI, 2)*x*pow(z, 2) - 2*pow(M_PI, 2)*x*z)*cos(4*M_PI*x*z) - 16*M_PI*z*(pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - pow(M_PI, 2)*pow(x, 2))*cos(4*M_PI*x*z) + 4*M_PI*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) - 8*(pow(M_PI, 2)*x*z - pow(M_PI, 2)*x)*sin(4*M_PI*x*z) - M_PI*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - M_PI*cos(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 3)) + 3*(-4*M_PI*x*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) + M_PI*x*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) + M_PI*x*cos(4*M_PI*x*z) + 4*(pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - pow(M_PI, 2)*pow(x, 2))*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4))))/pow(4.0*pow(M_PI, 2)*pow(z, 2)*pow(z - 2, 2)*pow(cos(4*M_PI*x*z), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(2.0*M_PI*x*(z - 2)*cos(4*M_PI*x*z) - 0.0625*M_PI*(16*sin(4*M_PI*x)/(M_PI*pow(x, 2)) + 4*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*cos(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 2)*pow(x, 3)) + 4*(-4*M_PI*z*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) + M_PI*z*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - (-M_PI*z + M_PI)*cos(4*M_PI*x*z) + 4*(pow(M_PI, 2)*x*pow(z, 2) - 2*pow(M_PI, 2)*x*z)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 3)) - 3*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*sin(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4)) - 3*(4*(M_PI*x*z - M_PI*x)*cos(4*M_PI*x*z) + (8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4))) + 0.5*sin(4*M_PI*x*z) + (2.0L/5.0L)*M_PI*cos(4*M_PI*x), 2) + pow(M_PI*x*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) - 0.25*M_PI*x*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - 0.25*M_PI*x*cos(4*M_PI*x*z) - (pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - pow(M_PI, 2)*pow(x, 2))*sin(4*M_PI*x*z), 2)/(pow(M_PI, 4)*pow(x, 6)), 1.0L/3.0L) + 4*M_PI*sin(4*M_PI*z)*cos(4*M_PI*x) + (1.0L/150.0L)*pow(2, 1.0L/3.0L)*(-10.0*M_PI*x*(z - 2)*cos(4*M_PI*x*z) + 0.3125*M_PI*(16*sin(4*M_PI*x)/(M_PI*pow(x, 2)) + 4*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*cos(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 2)*pow(x, 3)) + 4*(-4*M_PI*z*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) + M_PI*z*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - (-M_PI*z + M_PI)*cos(4*M_PI*x*z) + 4*(pow(M_PI, 2)*x*pow(z, 2) - 2*pow(M_PI, 2)*x*z)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 3)) - 3*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*sin(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4)) - 3*(4*(M_PI*x*z - M_PI*x)*cos(4*M_PI*x*z) + (8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4))) - 2.5*sin(4*M_PI*x*z) - 2*M_PI*cos(4*M_PI*x))*(160.0*pow(M_PI, 3)*x*pow(z, 2)*pow(z - 2, 2)*sin(4*M_PI*x*z)*cos(4*M_PI*x*z) - 40.0*pow(M_PI, 2)*pow(z, 2)*(z - 2)*pow(cos(4*M_PI*x*z), 2) - 40.0*pow(M_PI, 2)*z*pow(z - 2, 2)*pow(cos(4*M_PI*x*z), 2) + (-8.0*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*(z - 2)*sin(4*M_PI*x*z) + 4.0*M_PI*x*cos(4*M_PI*x*z) + 0.25*M_PI*((16*pow(M_PI, 2)*x*z*(M_PI*x*z - M_PI*x)*cos(4*M_PI*x*z) + 4*pow(M_PI, 2)*x*z*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*sin(4*M_PI*x*z) + 4*pow(M_PI, 2)*x*z*sin(4*M_PI*x*z) - 4*M_PI*x*(-M_PI*z + M_PI)*sin(4*M_PI*x*z) - 16*M_PI*x*(pow(M_PI, 2)*x*pow(z, 2) - 2*pow(M_PI, 2)*x*z)*cos(4*M_PI*x*z) - 16*M_PI*z*(pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - pow(M_PI, 2)*pow(x, 2))*cos(4*M_PI*x*z) + 4*M_PI*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) - 8*(pow(M_PI, 2)*x*z - pow(M_PI, 2)*x)*sin(4*M_PI*x*z) - M_PI*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - M_PI*cos(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 3)) + 3*(-4*M_PI*x*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) + M_PI*x*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) + M_PI*x*cos(4*M_PI*x*z) + 4*(pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - pow(M_PI, 2)*pow(x, 2))*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4))))*(-10.0*M_PI*x*(z - 2)*cos(4*M_PI*x*z) + 0.3125*M_PI*(16*sin(4*M_PI*x)/(M_PI*pow(x, 2)) + 4*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*cos(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 2)*pow(x, 3)) + 4*(-4*M_PI*z*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) + M_PI*z*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - (-M_PI*z + M_PI)*cos(4*M_PI*x*z) + 4*(pow(M_PI, 2)*x*pow(z, 2) - 2*pow(M_PI, 2)*x*z)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 3)) - 3*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*sin(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4)) - 3*(4*(M_PI*x*z - M_PI*x)*cos(4*M_PI*x*z) + (8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4))) - 2.5*sin(4*M_PI*x*z) - 2*M_PI*cos(4*M_PI*x)) - (10*M_PI*x*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) - 2.5*M_PI*x*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - 2.5*M_PI*x*cos(4*M_PI*x*z) - 10*(pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - pow(M_PI, 2)*pow(x, 2))*sin(4*M_PI*x*z))*(4*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*(M_PI*x*z - M_PI*x)*cos(4*M_PI*x*z) + pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*sin(4*M_PI*x*z) + pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*sin(4*M_PI*x*z) - 8.0*M_PI*x*(pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - pow(M_PI, 2)*pow(x, 2))*cos(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 4)*pow(x, 6)))/pow(4.0*pow(M_PI, 2)*pow(z, 2)*pow(z - 2, 2)*pow(cos(4*M_PI*x*z), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(2.0*M_PI*x*(z - 2)*cos(4*M_PI*x*z) - 0.0625*M_PI*(16*sin(4*M_PI*x)/(M_PI*pow(x, 2)) + 4*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*cos(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 2)*pow(x, 3)) + 4*(-4*M_PI*z*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) + M_PI*z*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - (-M_PI*z + M_PI)*cos(4*M_PI*x*z) + 4*(pow(M_PI, 2)*x*pow(z, 2) - 2*pow(M_PI, 2)*x*z)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 3)) - 3*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*sin(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4)) - 3*(4*(M_PI*x*z - M_PI*x)*cos(4*M_PI*x*z) + (8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4))) + 0.5*sin(4*M_PI*x*z) + (2.0L/5.0L)*M_PI*cos(4*M_PI*x), 2) + pow(M_PI*x*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) - 0.25*M_PI*x*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - 0.25*M_PI*x*cos(4*M_PI*x*z) - (pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - pow(M_PI, 2)*pow(x, 2))*sin(4*M_PI*x*z), 2)/(pow(M_PI, 4)*pow(x, 6)), 4.0L/3.0L);
    5359                case 21:
    5460                        z=y;
    55                         return z - 4.0L/3.0L*pow(2, 1.0L/3.0L)*(pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1))*(4*(pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1))*(pow(x, 2)*z*(z - 1)*(2*z - 1) + 4*x*z*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + z*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1)) + 4*(2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - 3*pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + z*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1))*(2*pow(z, 3)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) - 3*pow(z, 2)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) + z*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x)) + (2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - pow(z, 4)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1))*(2*pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*(x - 1)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + 2*x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + x*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - 3*pow(z, 4)*(2*x - 1) + 6*pow(z, 3)*(2*x - 1) - 3*pow(z, 2)*(2*x - 1)))/pow(4*pow(pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1), 2) + 4*pow(2*pow(z, 3)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) - 3*pow(z, 2)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) + z*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - pow(z, 4)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1), 2), 4.0L/3.0L) - 1.0L/3.0L*pow(2, 1.0L/3.0L)*(4*(pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1))*(2*pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*(x - 1)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + 2*x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + x*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1)) + 4*(2*pow(z, 3)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) - 3*pow(z, 2)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) + z*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x))*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x + 6*pow(z, 2)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) - 6*z*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x)) + (2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2) + 2*pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) - 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 3*pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - z*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1))*(2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - pow(z, 4)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1)))*(2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - pow(z, 4)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1))/pow(4*pow(pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1), 2) + 4*pow(2*pow(z, 3)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) - 3*pow(z, 2)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) + z*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - pow(z, 4)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1), 2), 4.0L/3.0L) + 2*pow(2, 1.0L/3.0L)*(pow(x, 2)*z*(z - 1)*(2*z - 1) + 4*x*z*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + z*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1))/pow(4*pow(pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1), 2) + 4*pow(2*pow(z, 3)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) - 3*pow(z, 2)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) + z*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - pow(z, 4)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1), 2), 1.0L/3.0L) - 1.0L/2.0L + pow(2, 1.0L/3.0L)*(2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2) + 2*pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) - 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 3*pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - z*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1))/pow(4*pow(pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1), 2) + 4*pow(2*pow(z, 3)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) - 3*pow(z, 2)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) + z*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - pow(z, 4)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1), 2), 1.0L/3.0L);
     61                        return z - 4.0L/3.0L*pow(2, 1.0L/3.0L)*(pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1))*(4*(pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1))*(pow(x, 2)*z*(z - 1)*(2*z - 1) + 4*x*z*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + z*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1)) + 4*(2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - 3*pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + z*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1))*(2*pow(z, 3)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) - 3*pow(z, 2)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) + z*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x)) + (2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - pow(z, 4)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1))*(2*pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*(x - 1)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + 2*x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + x*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - 3*pow(z, 4)*(2*x - 1) + 6*pow(z, 3)*(2*x - 1) - 3*pow(z, 2)*(2*x - 1)))/pow(4*pow(pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1), 2) + 4*pow(2*pow(z, 3)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) - 3*pow(z, 2)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) + z*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - pow(z, 4)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1), 2), 4.0L/3.0L) - 1.0L/3.0L*pow(2, 1.0L/3.0L)*(4*(pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1))*(2*pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*(x - 1)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + 2*x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + x*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1)) + 4*(2*pow(z, 3)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) - 3*pow(z, 2)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) + z*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x))*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x + 6*pow(z, 2)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) - 6*z*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x)) + (2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2) + 2*pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) - 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 3*pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - z*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1))*(2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - pow(z, 4)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1)))*(2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - pow(z, 4)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1))/pow(4*pow(pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1), 2) + 4*pow(2*pow(z, 3)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) - 3*pow(z, 2)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) + z*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - pow(z, 4)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1), 2), 4.0L/3.0L) + 2*pow(2, 1.0L/3.0L)*(pow(x, 2)*z*(z - 1)*(2*z - 1) + 4*x*z*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + z*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1))/pow(4*pow(pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1), 2) + 4*pow(2*pow(z, 3)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) - 3*pow(z, 2)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) + z*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - pow(z, 4)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1), 2), 1.0L/3.0L) - 0.5 + pow(2, 1.0L/3.0L)*(2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2) + 2*pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) - 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 3*pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - z*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1))/pow(4*pow(pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1), 2) + 4*pow(2*pow(z, 3)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) - 3*pow(z, 2)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) + z*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - pow(z, 4)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1), 2), 1.0L/3.0L);
     62                case 22:
     63                        z=y;
     64                        return -2*pow(2, 1.0L/3.0L)*(pow(x, 2)*z*pow(z - 2, 2) + 4*x*z*(x - 2)*pow(z - 2, 2) + z*pow(x - 2, 2)*pow(z - 2, 2))/pow(8*pow(x, 8) - 64*pow(x, 7) + 192*pow(x, 6) - 256*pow(x, 5) + 128*pow(x, 4) + (1.0L/2.0L)*pow(z, 8)*(9*pow(x, 4) - 36*pow(x, 3) + 48*pow(x, 2) - 24*x + 4) - 16.0L/3.0L*pow(z, 7)*(9*pow(x, 4) - 36*pow(x, 3) + 48*pow(x, 2) - 24*x + 4) + (1.0L/9.0L)*pow(z, 6)*(207*pow(x, 6) - 1242*pow(x, 5) + 4518*pow(x, 4) - 9792*pow(x, 3) + 10536*pow(x, 2) - 4800*x + 800) - 8.0L/3.0L*pow(z, 5)*(69*pow(x, 6) - 414*pow(x, 5) + 1050*pow(x, 4) - 1440*pow(x, 3) + 1080*pow(x, 2) - 384*x + 64) + (1.0L/6.0L)*pow(z, 4)*(27*pow(x, 8) - 216*pow(x, 7) + 3984*pow(x, 6) - 20880*pow(x, 5) + 45952*pow(x, 4) - 48640*pow(x, 3) + 24256*pow(x, 2) - 4608*x + 768) - 8.0L/3.0L*pow(z, 3)*(9*pow(x, 8) - 72*pow(x, 7) + 504*pow(x, 6) - 2016*pow(x, 5) + 3920*pow(x, 4) - 3590*pow(x, 3) + 1298*pow(x, 2) - 12*x) + 4*pow(z, 2)*(11*pow(x, 8) - 88*pow(x, 7) + 368*pow(x, 6) - 976*pow(x, 5) + 1536*pow(x, 4) - 1296*pow(x, 3) + 496*pow(x, 2) - 32*x) - 32*z*(pow(x, 8) - 8*pow(x, 7) + 24*pow(x, 6) - 32*pow(x, 5) + 16*pow(x, 4) - 2*pow(x, 3) + 6*pow(x, 2) - 4*x) + 2, 1.0L/3.0L) + (2.0L/9.0L)*pow(2, 1.0L/3.0L)*(2*pow(x, 2)*z*(x - 2)*pow(z - 2, 2) + 2*x*z*pow(x - 2, 2)*pow(z - 2, 2) + 1)*(96*pow(x, 7) - 672*pow(x, 6) + 1728*pow(x, 5) - 1920*pow(x, 4) + 768*pow(x, 3) + 9*pow(z, 8)*(3*pow(x, 3) - 9*pow(x, 2) + 8*x - 2) - 96*pow(z, 7)*(3*pow(x, 3) - 9*pow(x, 2) + 8*x - 2) + pow(z, 6)*(207*pow(x, 5) - 1035*pow(x, 4) + 3012*pow(x, 3) - 4896*pow(x, 2) + 3512*x - 800) - 24*pow(z, 5)*(69*pow(x, 5) - 345*pow(x, 4) + 700*pow(x, 3) - 720*pow(x, 2) + 360*x - 64) + 2*pow(z, 4)*(27*pow(x, 7) - 189*pow(x, 6) + 2988*pow(x, 5) - 13050*pow(x, 4) + 22976*pow(x, 3) - 18240*pow(x, 2) + 6064*x - 576) - 8*pow(z, 3)*(36*pow(x, 7) - 252*pow(x, 6) + 1512*pow(x, 5) - 5040*pow(x, 4) + 7840*pow(x, 3) - 5385*pow(x, 2) + 1298*x - 6) + 48*pow(z, 2)*(11*pow(x, 7) - 77*pow(x, 6) + 276*pow(x, 5) - 610*pow(x, 4) + 768*pow(x, 3) - 486*pow(x, 2) + 124*x - 4) - 96*z*(4*pow(x, 7) - 28*pow(x, 6) + 72*pow(x, 5) - 80*pow(x, 4) + 32*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + 6*x - 2))/pow(8*pow(x, 8) - 64*pow(x, 7) + 192*pow(x, 6) - 256*pow(x, 5) + 128*pow(x, 4) + (1.0L/2.0L)*pow(z, 8)*(9*pow(x, 4) - 36*pow(x, 3) + 48*pow(x, 2) - 24*x + 4) - 16.0L/3.0L*pow(z, 7)*(9*pow(x, 4) - 36*pow(x, 3) + 48*pow(x, 2) - 24*x + 4) + (1.0L/9.0L)*pow(z, 6)*(207*pow(x, 6) - 1242*pow(x, 5) + 4518*pow(x, 4) - 9792*pow(x, 3) + 10536*pow(x, 2) - 4800*x + 800) - 8.0L/3.0L*pow(z, 5)*(69*pow(x, 6) - 414*pow(x, 5) + 1050*pow(x, 4) - 1440*pow(x, 3) + 1080*pow(x, 2) - 384*x + 64) + (1.0L/6.0L)*pow(z, 4)*(27*pow(x, 8) - 216*pow(x, 7) + 3984*pow(x, 6) - 20880*pow(x, 5) + 45952*pow(x, 4) - 48640*pow(x, 3) + 24256*pow(x, 2) - 4608*x + 768) - 8.0L/3.0L*pow(z, 3)*(9*pow(x, 8) - 72*pow(x, 7) + 504*pow(x, 6) - 2016*pow(x, 5) + 3920*pow(x, 4) - 3590*pow(x, 3) + 1298*pow(x, 2) - 12*x) + 4*pow(z, 2)*(11*pow(x, 8) - 88*pow(x, 7) + 368*pow(x, 6) - 976*pow(x, 5) + 1536*pow(x, 4) - 1296*pow(x, 3) + 496*pow(x, 2) - 32*x) - 32*z*(pow(x, 8) - 8*pow(x, 7) + 24*pow(x, 6) - 32*pow(x, 5) + 16*pow(x, 4) - 2*pow(x, 3) + 6*pow(x, 2) - 4*x) + 2, 4.0L/3.0L) - pow(2, 1.0L/3.0L)*(pow(x, 2)*z*pow(x - 2, 2) + 2*pow(x, 2)*pow(x - 2, 2)*(z - 2) - 2*pow(z, 3)*(3*pow(x, 2) - 6*x + 2) + 8*pow(z, 2)*(3*pow(x, 2) - 6*x + 2) - 8*z*(3*pow(x, 2) - 6*x + 2))/pow(8*pow(x, 8) - 64*pow(x, 7) + 192*pow(x, 6) - 256*pow(x, 5) + 128*pow(x, 4) + (1.0L/2.0L)*pow(z, 8)*(9*pow(x, 4) - 36*pow(x, 3) + 48*pow(x, 2) - 24*x + 4) - 16.0L/3.0L*pow(z, 7)*(9*pow(x, 4) - 36*pow(x, 3) + 48*pow(x, 2) - 24*x + 4) + (1.0L/9.0L)*pow(z, 6)*(207*pow(x, 6) - 1242*pow(x, 5) + 4518*pow(x, 4) - 9792*pow(x, 3) + 10536*pow(x, 2) - 4800*x + 800) - 8.0L/3.0L*pow(z, 5)*(69*pow(x, 6) - 414*pow(x, 5) + 1050*pow(x, 4) - 1440*pow(x, 3) + 1080*pow(x, 2) - 384*x + 64) + (1.0L/6.0L)*pow(z, 4)*(27*pow(x, 8) - 216*pow(x, 7) + 3984*pow(x, 6) - 20880*pow(x, 5) + 45952*pow(x, 4) - 48640*pow(x, 3) + 24256*pow(x, 2) - 4608*x + 768) - 8.0L/3.0L*pow(z, 3)*(9*pow(x, 8) - 72*pow(x, 7) + 504*pow(x, 6) - 2016*pow(x, 5) + 3920*pow(x, 4) - 3590*pow(x, 3) + 1298*pow(x, 2) - 12*x) + 4*pow(z, 2)*(11*pow(x, 8) - 88*pow(x, 7) + 368*pow(x, 6) - 976*pow(x, 5) + 1536*pow(x, 4) - 1296*pow(x, 3) + 496*pow(x, 2) - 32*x) - 32*z*(pow(x, 8) - 8*pow(x, 7) + 24*pow(x, 6) - 32*pow(x, 5) + 16*pow(x, 4) - 2*pow(x, 3) + 6*pow(x, 2) - 4*x) + 2, 1.0L/3.0L) - 1.0L/27.0L*pow(2, 1.0L/3.0L)*(6*pow(x, 2)*z*pow(x - 2, 2)*(z - 2) + 3*pow(x, 2)*pow(x - 2, 2)*pow(z - 2, 2) - 3*pow(z, 4)*(3*pow(x, 2) - 6*x + 2) + 16*pow(z, 3)*(3*pow(x, 2) - 6*x + 2) - 24*pow(z, 2)*(3*pow(x, 2) - 6*x + 2))*(48*pow(x, 8) - 384*pow(x, 7) + 1152*pow(x, 6) - 1536*pow(x, 5) + 768*pow(x, 4) - 96*pow(x, 3) + 288*pow(x, 2) - 192*x - 6*pow(z, 7)*(9*pow(x, 4) - 36*pow(x, 3) + 48*pow(x, 2) - 24*x + 4) + 56*pow(z, 6)*(9*pow(x, 4) - 36*pow(x, 3) + 48*pow(x, 2) - 24*x + 4) - pow(z, 5)*(207*pow(x, 6) - 1242*pow(x, 5) + 4518*pow(x, 4) - 9792*pow(x, 3) + 10536*pow(x, 2) - 4800*x + 800) + 20*pow(z, 4)*(69*pow(x, 6) - 414*pow(x, 5) + 1050*pow(x, 4) - 1440*pow(x, 3) + 1080*pow(x, 2) - 384*x + 64) - pow(z, 3)*(27*pow(x, 8) - 216*pow(x, 7) + 3984*pow(x, 6) - 20880*pow(x, 5) + 45952*pow(x, 4) - 48640*pow(x, 3) + 24256*pow(x, 2) - 4608*x + 768) + 12*pow(z, 2)*(9*pow(x, 8) - 72*pow(x, 7) + 504*pow(x, 6) - 2016*pow(x, 5) + 3920*pow(x, 4) - 3590*pow(x, 3) + 1298*pow(x, 2) - 12*x) - 12*z*(11*pow(x, 8) - 88*pow(x, 7) + 368*pow(x, 6) - 976*pow(x, 5) + 1536*pow(x, 4) - 1296*pow(x, 3) + 496*pow(x, 2) - 32*x))/pow(8*pow(x, 8) - 64*pow(x, 7) + 192*pow(x, 6) - 256*pow(x, 5) + 128*pow(x, 4) + (1.0L/2.0L)*pow(z, 8)*(9*pow(x, 4) - 36*pow(x, 3) + 48*pow(x, 2) - 24*x + 4) - 16.0L/3.0L*pow(z, 7)*(9*pow(x, 4) - 36*pow(x, 3) + 48*pow(x, 2) - 24*x + 4) + (1.0L/9.0L)*pow(z, 6)*(207*pow(x, 6) - 1242*pow(x, 5) + 4518*pow(x, 4) - 9792*pow(x, 3) + 10536*pow(x, 2) - 4800*x + 800) - 8.0L/3.0L*pow(z, 5)*(69*pow(x, 6) - 414*pow(x, 5) + 1050*pow(x, 4) - 1440*pow(x, 3) + 1080*pow(x, 2) - 384*x + 64) + (1.0L/6.0L)*pow(z, 4)*(27*pow(x, 8) - 216*pow(x, 7) + 3984*pow(x, 6) - 20880*pow(x, 5) + 45952*pow(x, 4) - 48640*pow(x, 3) + 24256*pow(x, 2) - 4608*x + 768) - 8.0L/3.0L*pow(z, 3)*(9*pow(x, 8) - 72*pow(x, 7) + 504*pow(x, 6) - 2016*pow(x, 5) + 3920*pow(x, 4) - 3590*pow(x, 3) + 1298*pow(x, 2) - 12*x) + 4*pow(z, 2)*(11*pow(x, 8) - 88*pow(x, 7) + 368*pow(x, 6) - 976*pow(x, 5) + 1536*pow(x, 4) - 1296*pow(x, 3) + 496*pow(x, 2) - 32*x) - 32*z*(pow(x, 8) - 8*pow(x, 7) + 24*pow(x, 6) - 32*pow(x, 5) + 16*pow(x, 4) - 2*pow(x, 3) + 6*pow(x, 2) - 4*x) + 2, 4.0L/3.0L) + 4*M_PI*cos(4*M_PI*x + (1.0L/3.0L)*M_PI);
    5665                case 24:
    5766                        return 2*pow(2, 1.0L/3.0L)*pow(PI, 2)*pow(p, 2)*sin(PI*p*y)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*x)/pow(6*pow(PI, 2)*pow(p, 2)*pow(sin(PI*p*x), 2)*pow(sin(PI*p*y), 2)*pow(sin(PI*p*z), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(-2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*x), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*z), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*x) - 2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*z), 2), 1.0L/3.0L) - 2.0L/3.0L*pow(2, 1.0L/3.0L)*PI*p*(12*pow(PI, 3)*pow(p, 3)*sin(PI*p*x)*pow(sin(PI*p*y), 2)*pow(sin(PI*p*z), 2)*cos(PI*p*x) - (-2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*x))*(pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*x)*sin(PI*p*z) - 2*pow(PI, 2)*pow(p, 2)*sin(PI*p*x)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*y)) + (pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*z))*(pow(PI, 3)*pow(p, 3)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*cos(PI*p*x)*cos(PI*p*y) + pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*y) - 1)*cos(PI*p*x)*cos(PI*p*z)) - (pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*x) - 2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*z))*(pow(PI, 3)*pow(p, 3)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*x)*sin(PI*p*y) - 2*pow(PI, 2)*pow(p, 2)*sin(PI*p*x)*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*z)))*sin(PI*p*x)*sin(PI*p*y)*sin(PI*p*z)/pow(6*pow(PI, 2)*pow(p, 2)*pow(sin(PI*p*x), 2)*pow(sin(PI*p*y), 2)*pow(sin(PI*p*z), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(-2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*x), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*z), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*x) - 2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*z), 2), 4.0L/3.0L) + PI*q*sin(PI*q*y)*sin(PI*q*z)*cos(PI*q*x) - 1.0L/6.0L*pow(2, 1.0L/3.0L)*(-2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*x))*(12*pow(PI, 3)*pow(p, 3)*pow(sin(PI*p*x), 2)*sin(PI*p*y)*pow(sin(PI*p*z), 2)*cos(PI*p*y) + (-2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*x))*(2*pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*y)*sin(PI*p*z) - pow(PI, 2)*pow(p, 2)*sin(PI*p*y)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*x)) - (pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*z))*(pow(PI, 3)*pow(p, 3)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*x)*sin(PI*p*y) + pow(PI, 2)*pow(p, 2)*sin(PI*p*x)*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*z)) + (pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*x) - 2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*z))*(pow(PI, 3)*pow(p, 3)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*cos(PI*p*x)*cos(PI*p*y) - 2*pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*x) - 1)*cos(PI*p*y)*cos(PI*p*z)))/pow(6*pow(PI, 2)*pow(p, 2)*pow(sin(PI*p*x), 2)*pow(sin(PI*p*y), 2)*pow(sin(PI*p*z), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(-2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*x), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*z), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*x) - 2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*z), 2), 4.0L/3.0L) - 1.0L/6.0L*pow(2, 1.0L/3.0L)*(pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*x) - 2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*z))*(12*pow(PI, 3)*pow(p, 3)*pow(sin(PI*p*x), 2)*pow(sin(PI*p*y), 2)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*z) + (-2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*x))*(-2*pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*x) - 1)*cos(PI*p*y)*cos(PI*p*z) + pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*y) - 1)*cos(PI*p*x)*cos(PI*p*z)) - (pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*z))*(pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*x)*sin(PI*p*z) + pow(PI, 2)*pow(p, 2)*sin(PI*p*x)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*y)) + (pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*x) - 2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*z))*(2*pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*y)*sin(PI*p*z) - pow(PI, 2)*pow(p, 2)*sin(PI*p*y)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*x)))/pow(6*pow(PI, 2)*pow(p, 2)*pow(sin(PI*p*x), 2)*pow(sin(PI*p*y), 2)*pow(sin(PI*p*z), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(-2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*x), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*z), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*x) - 2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*z), 2), 4.0L/3.0L) + pow(2, 1.0L/3.0L)*(2*pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*y)*sin(PI*p*z) - pow(PI, 2)*pow(p, 2)*sin(PI*p*y)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*x))/pow(6*pow(PI, 2)*pow(p, 2)*pow(sin(PI*p*x), 2)*pow(sin(PI*p*y), 2)*pow(sin(PI*p*z), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(-2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*x), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*z), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*x) - 2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*z), 2), 1.0L/3.0L);
    … …  
    99108                        z=y;
    100109                        return 32.0/5.0*pow(PI, 2)*sin(8*PI*x) - 100;
     110                case 13:
     111                        z=y;
     112                        return 8.0*pow(PI, 2)*x*z*(z - 2)*sin(4*PI*x*z) - 2.0*PI*z*cos(4*PI*x*z) - 2.0*PI*(z - 2)*cos(4*PI*x*z) + 0.25*PI*(32*cos(4*PI*x)/pow(x, 2) - 4*(8*pow(PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*sin(4*PI*x)/(PI*pow(x, 3)) - 4*(4*pow(PI, 2)*pow(z, 2)*(PI*x*z - PI*x)*cos(4*PI*x*z) + pow(PI, 2)*pow(z, 2)*(8*pow(PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*sin(4*PI*x*z) - 2*PI*z*(-PI*z + PI)*sin(4*PI*x*z) - 8*PI*z*(pow(PI, 2)*x*pow(z, 2) - 2*pow(PI, 2)*x*z)*cos(4*PI*x*z) - (pow(PI, 2)*pow(z, 2) - 2*pow(PI, 2)*z)*sin(4*PI*x*z))/(pow(PI, 3)*pow(x, 3)) - 20*sin(4*PI*x)/(PI*pow(x, 3)) - 6*(8*pow(PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*cos(4*PI*x)/(pow(PI, 2)*pow(x, 4)) - 6*(-4*PI*z*(PI*x*z - PI*x)*sin(4*PI*x*z) + PI*z*(8*pow(PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*PI*x*z) - (-PI*z + PI)*cos(4*PI*x*z) + 4*(pow(PI, 2)*x*pow(z, 2) - 2*pow(PI, 2)*x*z)*sin(4*PI*x*z))/(pow(PI, 3)*pow(x, 4)) + 3*(8*pow(PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*sin(4*PI*x)/(pow(PI, 3)*pow(x, 5)) + 3*(4*(PI*x*z - PI*x)*cos(4*PI*x*z) + (8*pow(PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*sin(4*PI*x*z))/(pow(PI, 3)*pow(x, 5))) + 4*PI*sin(4*PI*x)*cos(4*PI*z) + (8.0L/5.0L)*pow(PI, 2)*sin(4*PI*x) + 2*(-4.0*pow(PI, 2)*pow(x, 2)*(PI*x*z - PI*x)*cos(4*PI*x*z) - 1.0*pow(PI, 2)*pow(x, 2)*(8*pow(PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*sin(4*PI*x*z) - 1.0*pow(PI, 2)*pow(x, 2)*sin(4*PI*x*z) + 8.0*PI*x*(pow(PI, 2)*pow(x, 2)*z - pow(PI, 2)*pow(x, 2))*cos(4*PI*x*z))/(pow(PI, 2)*pow(x, 3));
     113                case 14:
     114                        z=y;
     115                        return 4*M_PI*sin(4*M_PI*x)*cos(4*M_PI*z) + (1.0L/10.0L)*pow(2, 1.0L/3.0L)*(40.0*pow(M_PI, 2)*x*z*(z - 2)*sin(4*M_PI*x*z) - 10.0*M_PI*z*cos(4*M_PI*x*z) - 10.0*M_PI*(z - 2)*cos(4*M_PI*x*z) + 1.25*M_PI*(32*cos(4*M_PI*x)/pow(x, 2) - 4*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*sin(4*M_PI*x)/(M_PI*pow(x, 3)) - 4*(4*pow(M_PI, 2)*pow(z, 2)*(M_PI*x*z - M_PI*x)*cos(4*M_PI*x*z) + pow(M_PI, 2)*pow(z, 2)*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*sin(4*M_PI*x*z) - 2*M_PI*z*(-M_PI*z + M_PI)*sin(4*M_PI*x*z) - 8*M_PI*z*(pow(M_PI, 2)*x*pow(z, 2) - 2*pow(M_PI, 2)*x*z)*cos(4*M_PI*x*z) - (pow(M_PI, 2)*pow(z, 2) - 2*pow(M_PI, 2)*z)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 3)) - 20*sin(4*M_PI*x)/(M_PI*pow(x, 3)) - 6*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*cos(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 2)*pow(x, 4)) - 6*(-4*M_PI*z*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) + M_PI*z*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - (-M_PI*z + M_PI)*cos(4*M_PI*x*z) + 4*(pow(M_PI, 2)*x*pow(z, 2) - 2*pow(M_PI, 2)*x*z)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4)) + 3*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*sin(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 5)) + 3*(4*(M_PI*x*z - M_PI*x)*cos(4*M_PI*x*z) + (8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 5))) + 8*pow(M_PI, 2)*sin(4*M_PI*x))/pow(4.0*pow(M_PI, 2)*pow(z, 2)*pow(z - 2, 2)*pow(cos(4*M_PI*x*z), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(2.0*M_PI*x*(z - 2)*cos(4*M_PI*x*z) - 0.0625*M_PI*(16*sin(4*M_PI*x)/(M_PI*pow(x, 2)) + 4*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*cos(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 2)*pow(x, 3)) + 4*(-4*M_PI*z*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) + M_PI*z*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - (-M_PI*z + M_PI)*cos(4*M_PI*x*z) + 4*(pow(M_PI, 2)*x*pow(z, 2) - 2*pow(M_PI, 2)*x*z)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 3)) - 3*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*sin(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4)) - 3*(4*(M_PI*x*z - M_PI*x)*cos(4*M_PI*x*z) + (8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4))) + 0.5*sin(4*M_PI*x*z) + (2.0L/5.0L)*M_PI*cos(4*M_PI*x), 2) + pow(M_PI*x*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) - 0.25*M_PI*x*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - 0.25*M_PI*x*cos(4*M_PI*x*z) - (pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - pow(M_PI, 2)*pow(x, 2))*sin(4*M_PI*x*z), 2)/(pow(M_PI, 4)*pow(x, 6)), 1.0L/3.0L) + (1.0L/750.0L)*pow(2, 1.0L/3.0L)*(-10.0*M_PI*x*(z - 2)*cos(4*M_PI*x*z) + 0.3125*M_PI*(16*sin(4*M_PI*x)/(M_PI*pow(x, 2)) + 4*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*cos(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 2)*pow(x, 3)) + 4*(-4*M_PI*z*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) + M_PI*z*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - (-M_PI*z + M_PI)*cos(4*M_PI*x*z) + 4*(pow(M_PI, 2)*x*pow(z, 2) - 2*pow(M_PI, 2)*x*z)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 3)) - 3*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*sin(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4)) - 3*(4*(M_PI*x*z - M_PI*x)*cos(4*M_PI*x*z) + (8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4))) - 2.5*sin(4*M_PI*x*z) - 2*M_PI*cos(4*M_PI*x))*(800.0*pow(M_PI, 3)*pow(z, 3)*pow(z - 2, 2)*sin(4*M_PI*x*z)*cos(4*M_PI*x*z) - (-10.0*M_PI*x*(z - 2)*cos(4*M_PI*x*z) + 0.3125*M_PI*(16*sin(4*M_PI*x)/(M_PI*pow(x, 2)) + 4*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*cos(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 2)*pow(x, 3)) + 4*(-4*M_PI*z*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) + M_PI*z*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - (-M_PI*z + M_PI)*cos(4*M_PI*x*z) + 4*(pow(M_PI, 2)*x*pow(z, 2) - 2*pow(M_PI, 2)*x*z)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 3)) - 3*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*sin(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4)) - 3*(4*(M_PI*x*z - M_PI*x)*cos(4*M_PI*x*z) + (8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4))) - 2.5*sin(4*M_PI*x*z) - 2*M_PI*cos(4*M_PI*x))*(40.0*pow(M_PI, 2)*x*z*(z - 2)*sin(4*M_PI*x*z) - 10.0*M_PI*z*cos(4*M_PI*x*z) - 10.0*M_PI*(z - 2)*cos(4*M_PI*x*z) + 1.25*M_PI*(32*cos(4*M_PI*x)/pow(x, 2) - 4*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*sin(4*M_PI*x)/(M_PI*pow(x, 3)) - 4*(4*pow(M_PI, 2)*pow(z, 2)*(M_PI*x*z - M_PI*x)*cos(4*M_PI*x*z) + pow(M_PI, 2)*pow(z, 2)*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*sin(4*M_PI*x*z) - 2*M_PI*z*(-M_PI*z + M_PI)*sin(4*M_PI*x*z) - 8*M_PI*z*(pow(M_PI, 2)*x*pow(z, 2) - 2*pow(M_PI, 2)*x*z)*cos(4*M_PI*x*z) - (pow(M_PI, 2)*pow(z, 2) - 2*pow(M_PI, 2)*z)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 3)) - 20*sin(4*M_PI*x)/(M_PI*pow(x, 3)) - 6*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*cos(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 2)*pow(x, 4)) - 6*(-4*M_PI*z*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) + M_PI*z*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - (-M_PI*z + M_PI)*cos(4*M_PI*x*z) + 4*(pow(M_PI, 2)*x*pow(z, 2) - 2*pow(M_PI, 2)*x*z)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4)) + 3*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*sin(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 5)) + 3*(4*(M_PI*x*z - M_PI*x)*cos(4*M_PI*x*z) + (8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 5))) + 8*pow(M_PI, 2)*sin(4*M_PI*x)) - (50*M_PI*x*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) - 12.5*M_PI*x*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - 12.5*M_PI*x*cos(4*M_PI*x*z) - 50*(pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - pow(M_PI, 2)*pow(x, 2))*sin(4*M_PI*x*z))*(4*pow(M_PI, 2)*x*z*(M_PI*x*z - M_PI*x)*cos(4*M_PI*x*z) + pow(M_PI, 2)*x*z*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*sin(4*M_PI*x*z) + pow(M_PI, 2)*x*z*sin(4*M_PI*x*z) - M_PI*x*(-M_PI*z + M_PI)*sin(4*M_PI*x*z) - 4.0*M_PI*x*(pow(M_PI, 2)*x*pow(z, 2) - 2*pow(M_PI, 2)*x*z)*cos(4*M_PI*x*z) - 4*M_PI*z*(pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - pow(M_PI, 2)*pow(x, 2))*cos(4*M_PI*x*z) + M_PI*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) - 2*(pow(M_PI, 2)*x*z - pow(M_PI, 2)*x)*sin(4*M_PI*x*z) - 0.25*M_PI*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - 0.25*M_PI*cos(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 4)*pow(x, 6)) + 150*pow(M_PI*x*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) - 0.25*M_PI*x*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - 0.25*M_PI*x*cos(4*M_PI*x*z) - (pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - pow(M_PI, 2)*pow(x, 2))*sin(4*M_PI*x*z), 2)/(pow(M_PI, 4)*pow(x, 7)))/pow(4.0*pow(M_PI, 2)*pow(z, 2)*pow(z - 2, 2)*pow(cos(4*M_PI*x*z), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(2.0*M_PI*x*(z - 2)*cos(4*M_PI*x*z) - 0.0625*M_PI*(16*sin(4*M_PI*x)/(M_PI*pow(x, 2)) + 4*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*cos(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 2)*pow(x, 3)) + 4*(-4*M_PI*z*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) + M_PI*z*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - (-M_PI*z + M_PI)*cos(4*M_PI*x*z) + 4*(pow(M_PI, 2)*x*pow(z, 2) - 2*pow(M_PI, 2)*x*z)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 3)) - 3*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*sin(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4)) - 3*(4*(M_PI*x*z - M_PI*x)*cos(4*M_PI*x*z) + (8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4))) + 0.5*sin(4*M_PI*x*z) + (2.0L/5.0L)*M_PI*cos(4*M_PI*x), 2) + pow(M_PI*x*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) - 0.25*M_PI*x*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - 0.25*M_PI*x*cos(4*M_PI*x*z) - (pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - pow(M_PI, 2)*pow(x, 2))*sin(4*M_PI*x*z), 2)/(pow(M_PI, 4)*pow(x, 6)), 4.0L/3.0L) - pow(2, 1.0L/3.0L)*(4.0*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*(M_PI*x*z - M_PI*x)*cos(4*M_PI*x*z) + pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*sin(4*M_PI*x*z) + pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*sin(4*M_PI*x*z) - 8.0*M_PI*x*(pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - pow(M_PI, 2)*pow(x, 2))*cos(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 2)*pow(x, 3)*pow(4.0*pow(M_PI, 2)*pow(z, 2)*pow(z - 2, 2)*pow(cos(4*M_PI*x*z), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(2.0*M_PI*x*(z - 2)*cos(4*M_PI*x*z) - 0.0625*M_PI*(16*sin(4*M_PI*x)/(M_PI*pow(x, 2)) + 4*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*cos(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 2)*pow(x, 3)) + 4*(-4*M_PI*z*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) + M_PI*z*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - (-M_PI*z + M_PI)*cos(4*M_PI*x*z) + 4*(pow(M_PI, 2)*x*pow(z, 2) - 2*pow(M_PI, 2)*x*z)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 3)) - 3*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*sin(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4)) - 3*(4*(M_PI*x*z - M_PI*x)*cos(4*M_PI*x*z) + (8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4))) + 0.5*sin(4*M_PI*x*z) + (2.0L/5.0L)*M_PI*cos(4*M_PI*x), 2) + pow(M_PI*x*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) - 0.25*M_PI*x*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - 0.25*M_PI*x*cos(4*M_PI*x*z) - (pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - pow(M_PI, 2)*pow(x, 2))*sin(4*M_PI*x*z), 2)/(pow(M_PI, 4)*pow(x, 6)), 1.0L/3.0L)) - 1.0L/15.0L*pow(2, 1.0L/3.0L)*(M_PI*x*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) - 0.25*M_PI*x*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - 0.25*M_PI*x*cos(4*M_PI*x*z) + (-1.0*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z + pow(M_PI, 2)*pow(x, 2))*sin(4*M_PI*x*z))*(160.0*pow(M_PI, 3)*x*pow(z, 2)*pow(z - 2, 2)*sin(4*M_PI*x*z)*cos(4*M_PI*x*z) - 40.0*pow(M_PI, 2)*pow(z, 2)*(z - 2)*pow(cos(4*M_PI*x*z), 2) - 40.0*pow(M_PI, 2)*z*pow(z - 2, 2)*pow(cos(4*M_PI*x*z), 2) + (-8.0*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*(z - 2)*sin(4*M_PI*x*z) + 4.0*M_PI*x*cos(4*M_PI*x*z) + 0.25*M_PI*((16*pow(M_PI, 2)*x*z*(M_PI*x*z - M_PI*x)*cos(4*M_PI*x*z) + 4*pow(M_PI, 2)*x*z*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*sin(4*M_PI*x*z) + 4*pow(M_PI, 2)*x*z*sin(4*M_PI*x*z) - 4*M_PI*x*(-M_PI*z + M_PI)*sin(4*M_PI*x*z) - 16*M_PI*x*(pow(M_PI, 2)*x*pow(z, 2) - 2*pow(M_PI, 2)*x*z)*cos(4*M_PI*x*z) - 16*M_PI*z*(pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - pow(M_PI, 2)*pow(x, 2))*cos(4*M_PI*x*z) + 4*M_PI*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) - 8*(pow(M_PI, 2)*x*z - pow(M_PI, 2)*x)*sin(4*M_PI*x*z) - M_PI*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - M_PI*cos(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 3)) + 3*(-4*M_PI*x*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) + M_PI*x*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) + M_PI*x*cos(4*M_PI*x*z) + 4*(pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - pow(M_PI, 2)*pow(x, 2))*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4))))*(-10.0*M_PI*x*(z - 2)*cos(4*M_PI*x*z) + 0.3125*M_PI*(16*sin(4*M_PI*x)/(M_PI*pow(x, 2)) + 4*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*cos(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 2)*pow(x, 3)) + 4*(-4*M_PI*z*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) + M_PI*z*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - (-M_PI*z + M_PI)*cos(4*M_PI*x*z) + 4*(pow(M_PI, 2)*x*pow(z, 2) - 2*pow(M_PI, 2)*x*z)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 3)) - 3*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*sin(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4)) - 3*(4*(M_PI*x*z - M_PI*x)*cos(4*M_PI*x*z) + (8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4))) - 2.5*sin(4*M_PI*x*z) - 2*M_PI*cos(4*M_PI*x)) - (10*M_PI*x*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) - 2.5*M_PI*x*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - 2.5*M_PI*x*cos(4*M_PI*x*z) - 10*(pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - pow(M_PI, 2)*pow(x, 2))*sin(4*M_PI*x*z))*(4*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*(M_PI*x*z - M_PI*x)*cos(4*M_PI*x*z) + pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*sin(4*M_PI*x*z) + pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*sin(4*M_PI*x*z) - 8.0*M_PI*x*(pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - pow(M_PI, 2)*pow(x, 2))*cos(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 4)*pow(x, 6)))/(pow(M_PI, 2)*pow(x, 3)*pow(4.0*pow(M_PI, 2)*pow(z, 2)*pow(z - 2, 2)*pow(cos(4*M_PI*x*z), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(2.0*M_PI*x*(z - 2)*cos(4*M_PI*x*z) - 0.0625*M_PI*(16*sin(4*M_PI*x)/(M_PI*pow(x, 2)) + 4*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*cos(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 2)*pow(x, 3)) + 4*(-4*M_PI*z*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) + M_PI*z*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - (-M_PI*z + M_PI)*cos(4*M_PI*x*z) + 4*(pow(M_PI, 2)*x*pow(z, 2) - 2*pow(M_PI, 2)*x*z)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 3)) - 3*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2) + 1)*sin(4*M_PI*x)/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4)) - 3*(4*(M_PI*x*z - M_PI*x)*cos(4*M_PI*x*z) + (8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*sin(4*M_PI*x*z))/(pow(M_PI, 3)*pow(x, 4))) + 0.5*sin(4*M_PI*x*z) + (2.0L/5.0L)*M_PI*cos(4*M_PI*x), 2) + pow(M_PI*x*(M_PI*x*z - M_PI*x)*sin(4*M_PI*x*z) - 0.25*M_PI*x*(8*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*pow(z, 2) - 16*pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - 1)*cos(4*M_PI*x*z) - 0.25*M_PI*x*cos(4*M_PI*x*z) - (pow(M_PI, 2)*pow(x, 2)*z - pow(M_PI, 2)*pow(x, 2))*sin(4*M_PI*x*z), 2)/(pow(M_PI, 4)*pow(x, 6)), 4.0L/3.0L));
    101116                case 21:
    102117                        z=y;
    103                         return x + (4.0L/3.0L)*pow(2, 1.0L/3.0L)*(2*pow(z, 3)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) - 3*pow(z, 2)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) + z*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x))*(4*(pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1))*(2*pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*(x - 1)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + 2*x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + x*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1)) + 4*(2*pow(z, 3)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) - 3*pow(z, 2)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) + z*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x))*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x + 6*pow(z, 2)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) - 6*z*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x)) + (2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2) + 2*pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) - 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 3*pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - z*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1))*(2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - pow(z, 4)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1)))/pow(4*pow(pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1), 2) + 4*pow(2*pow(z, 3)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) - 3*pow(z, 2)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) + z*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - pow(z, 4)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1), 2), 4.0L/3.0L) - 1.0L/3.0L*pow(2, 1.0L/3.0L)*(4*(pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1))*(pow(x, 2)*z*(z - 1)*(2*z - 1) + 4*x*z*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + z*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1)) + 4*(2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - 3*pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + z*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1))*(2*pow(z, 3)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) - 3*pow(z, 2)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) + z*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x)) + (2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - pow(z, 4)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1))*(2*pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*(x - 1)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + 2*x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + x*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - 3*pow(z, 4)*(2*x - 1) + 6*pow(z, 3)*(2*x - 1) - 3*pow(z, 2)*(2*x - 1)))*(2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - pow(z, 4)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1))/pow(4*pow(pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1), 2) + 4*pow(2*pow(z, 3)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) - 3*pow(z, 2)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) + z*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - pow(z, 4)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1), 2), 4.0L/3.0L) - 1.0L/2.0L - 2*pow(2, 1.0L/3.0L)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x + 6*pow(z, 2)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) - 6*z*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x))/pow(4*pow(pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1), 2) + 4*pow(2*pow(z, 3)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) - 3*pow(z, 2)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) + z*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - pow(z, 4)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1), 2), 1.0L/3.0L) + pow(2, 1.0L/3.0L)*(2*pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*(x - 1)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + 2*x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + x*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - 3*pow(z, 4)*(2*x - 1) + 6*pow(z, 3)*(2*x - 1) - 3*pow(z, 2)*(2*x - 1))/pow(4*pow(pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1), 2) + 4*pow(2*pow(z, 3)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) - 3*pow(z, 2)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) + z*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - pow(z, 4)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1), 2), 1.0L/3.0L);
     118                        return x + (4.0L/3.0L)*pow(2, 1.0L/3.0L)*(2*pow(z, 3)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) - 3*pow(z, 2)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) + z*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x))*(4*(pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1))*(2*pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*(x - 1)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + 2*x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + x*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1)) + 4*(2*pow(z, 3)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) - 3*pow(z, 2)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) + z*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x))*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x + 6*pow(z, 2)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) - 6*z*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x)) + (2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2) + 2*pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) - 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 3*pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - z*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1))*(2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - pow(z, 4)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1)))/pow(4*pow(pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1), 2) + 4*pow(2*pow(z, 3)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) - 3*pow(z, 2)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) + z*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - pow(z, 4)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1), 2), 4.0L/3.0L) - 1.0L/3.0L*pow(2, 1.0L/3.0L)*(4*(pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1))*(pow(x, 2)*z*(z - 1)*(2*z - 1) + 4*x*z*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + z*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1)) + 4*(2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - 3*pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + z*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1))*(2*pow(z, 3)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) - 3*pow(z, 2)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) + z*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x)) + (2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - pow(z, 4)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1))*(2*pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*(x - 1)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + 2*x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + x*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - 3*pow(z, 4)*(2*x - 1) + 6*pow(z, 3)*(2*x - 1) - 3*pow(z, 2)*(2*x - 1)))*(2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - pow(z, 4)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1))/pow(4*pow(pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1), 2) + 4*pow(2*pow(z, 3)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) - 3*pow(z, 2)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) + z*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - pow(z, 4)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1), 2), 4.0L/3.0L) - 0.5 - 2*pow(2, 1.0L/3.0L)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x + 6*pow(z, 2)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) - 6*z*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x))/pow(4*pow(pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1), 2) + 4*pow(2*pow(z, 3)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) - 3*pow(z, 2)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) + z*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - pow(z, 4)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1), 2), 1.0L/3.0L) + pow(2, 1.0L/3.0L)*(2*pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*(x - 1)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + 2*x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + x*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - 3*pow(z, 4)*(2*x - 1) + 6*pow(z, 3)*(2*x - 1) - 3*pow(z, 2)*(2*x - 1))/pow(4*pow(pow(x, 2)*z*(x - 1)*(z - 1)*(2*z - 1) + x*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1), 2) + 4*pow(2*pow(z, 3)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) - 3*pow(z, 2)*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x) + z*(2*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + x), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(2*pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(z - 1) + pow(x, 2)*z*pow(x - 1, 2)*(2*z - 1) + pow(x, 2)*pow(x - 1, 2)*(z - 1)*(2*z - 1) - pow(z, 4)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) + 2*pow(z, 3)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1) - pow(z, 2)*(6*pow(x, 2) - 6*x + 1), 2), 1.0L/3.0L);
     119                case 22:
     120                        z=y;
     121                        return (2.0L/9.0L)*pow(2, 1.0L/3.0L)*(4*pow(z, 3)*(pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + 2*x) - 16*pow(z, 2)*(pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + 2*x) + 16*z*(pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + 2*x) + 1)*(48*pow(x, 8) - 384*pow(x, 7) + 1152*pow(x, 6) - 1536*pow(x, 5) + 768*pow(x, 4) - 96*pow(x, 3) + 288*pow(x, 2) - 192*x - 6*pow(z, 7)*(9*pow(x, 4) - 36*pow(x, 3) + 48*pow(x, 2) - 24*x + 4) + 56*pow(z, 6)*(9*pow(x, 4) - 36*pow(x, 3) + 48*pow(x, 2) - 24*x + 4) - pow(z, 5)*(207*pow(x, 6) - 1242*pow(x, 5) + 4518*pow(x, 4) - 9792*pow(x, 3) + 10536*pow(x, 2) - 4800*x + 800) + 20*pow(z, 4)*(69*pow(x, 6) - 414*pow(x, 5) + 1050*pow(x, 4) - 1440*pow(x, 3) + 1080*pow(x, 2) - 384*x + 64) - pow(z, 3)*(27*pow(x, 8) - 216*pow(x, 7) + 3984*pow(x, 6) - 20880*pow(x, 5) + 45952*pow(x, 4) - 48640*pow(x, 3) + 24256*pow(x, 2) - 4608*x + 768) + 12*pow(z, 2)*(9*pow(x, 8) - 72*pow(x, 7) + 504*pow(x, 6) - 2016*pow(x, 5) + 3920*pow(x, 4) - 3590*pow(x, 3) + 1298*pow(x, 2) - 12*x) - 12*z*(11*pow(x, 8) - 88*pow(x, 7) + 368*pow(x, 6) - 976*pow(x, 5) + 1536*pow(x, 4) - 1296*pow(x, 3) + 496*pow(x, 2) - 32*x))/pow(8*pow(x, 8) - 64*pow(x, 7) + 192*pow(x, 6) - 256*pow(x, 5) + 128*pow(x, 4) + (1.0L/2.0L)*pow(z, 8)*(9*pow(x, 4) - 36*pow(x, 3) + 48*pow(x, 2) - 24*x + 4) - 16.0L/3.0L*pow(z, 7)*(9*pow(x, 4) - 36*pow(x, 3) + 48*pow(x, 2) - 24*x + 4) + (1.0L/9.0L)*pow(z, 6)*(207*pow(x, 6) - 1242*pow(x, 5) + 4518*pow(x, 4) - 9792*pow(x, 3) + 10536*pow(x, 2) - 4800*x + 800) - 8.0L/3.0L*pow(z, 5)*(69*pow(x, 6) - 414*pow(x, 5) + 1050*pow(x, 4) - 1440*pow(x, 3) + 1080*pow(x, 2) - 384*x + 64) + (1.0L/6.0L)*pow(z, 4)*(27*pow(x, 8) - 216*pow(x, 7) + 3984*pow(x, 6) - 20880*pow(x, 5) + 45952*pow(x, 4) - 48640*pow(x, 3) + 24256*pow(x, 2) - 4608*x + 768) - 8.0L/3.0L*pow(z, 3)*(9*pow(x, 8) - 72*pow(x, 7) + 504*pow(x, 6) - 2016*pow(x, 5) + 3920*pow(x, 4) - 3590*pow(x, 3) + 1298*pow(x, 2) - 12*x) + 4*pow(z, 2)*(11*pow(x, 8) - 88*pow(x, 7) + 368*pow(x, 6) - 976*pow(x, 5) + 1536*pow(x, 4) - 1296*pow(x, 3) + 496*pow(x, 2) - 32*x) - 32*z*(pow(x, 8) - 8*pow(x, 7) + 24*pow(x, 6) - 32*pow(x, 5) + 16*pow(x, 4) - 2*pow(x, 3) + 6*pow(x, 2) - 4*x) + 2, 4.0L/3.0L) + 4*pow(2, 1.0L/3.0L)*(4*pow(x, 3) - 12*pow(x, 2) + 8*x + 3*pow(z, 2)*(pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + 2*x) - 8*z*(pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + 2*x))/pow(8*pow(x, 8) - 64*pow(x, 7) + 192*pow(x, 6) - 256*pow(x, 5) + 128*pow(x, 4) + (1.0L/2.0L)*pow(z, 8)*(9*pow(x, 4) - 36*pow(x, 3) + 48*pow(x, 2) - 24*x + 4) - 16.0L/3.0L*pow(z, 7)*(9*pow(x, 4) - 36*pow(x, 3) + 48*pow(x, 2) - 24*x + 4) + (1.0L/9.0L)*pow(z, 6)*(207*pow(x, 6) - 1242*pow(x, 5) + 4518*pow(x, 4) - 9792*pow(x, 3) + 10536*pow(x, 2) - 4800*x + 800) - 8.0L/3.0L*pow(z, 5)*(69*pow(x, 6) - 414*pow(x, 5) + 1050*pow(x, 4) - 1440*pow(x, 3) + 1080*pow(x, 2) - 384*x + 64) + (1.0L/6.0L)*pow(z, 4)*(27*pow(x, 8) - 216*pow(x, 7) + 3984*pow(x, 6) - 20880*pow(x, 5) + 45952*pow(x, 4) - 48640*pow(x, 3) + 24256*pow(x, 2) - 4608*x + 768) - 8.0L/3.0L*pow(z, 3)*(9*pow(x, 8) - 72*pow(x, 7) + 504*pow(x, 6) - 2016*pow(x, 5) + 3920*pow(x, 4) - 3590*pow(x, 3) + 1298*pow(x, 2) - 12*x) + 4*pow(z, 2)*(11*pow(x, 8) - 88*pow(x, 7) + 368*pow(x, 6) - 976*pow(x, 5) + 1536*pow(x, 4) - 1296*pow(x, 3) + 496*pow(x, 2) - 32*x) - 32*z*(pow(x, 8) - 8*pow(x, 7) + 24*pow(x, 6) - 32*pow(x, 5) + 16*pow(x, 4) - 2*pow(x, 3) + 6*pow(x, 2) - 4*x) + 2, 1.0L/3.0L) + (1.0L/27.0L)*pow(2, 1.0L/3.0L)*(6*pow(x, 2)*z*pow(x - 2, 2)*(z - 2) + 3*pow(x, 2)*pow(x - 2, 2)*pow(z - 2, 2) - 3*pow(z, 4)*(3*pow(x, 2) - 6*x + 2) + 16*pow(z, 3)*(3*pow(x, 2) - 6*x + 2) - 24*pow(z, 2)*(3*pow(x, 2) - 6*x + 2))*(96*pow(x, 7) - 672*pow(x, 6) + 1728*pow(x, 5) - 1920*pow(x, 4) + 768*pow(x, 3) + 9*pow(z, 8)*(3*pow(x, 3) - 9*pow(x, 2) + 8*x - 2) - 96*pow(z, 7)*(3*pow(x, 3) - 9*pow(x, 2) + 8*x - 2) + pow(z, 6)*(207*pow(x, 5) - 1035*pow(x, 4) + 3012*pow(x, 3) - 4896*pow(x, 2) + 3512*x - 800) - 24*pow(z, 5)*(69*pow(x, 5) - 345*pow(x, 4) + 700*pow(x, 3) - 720*pow(x, 2) + 360*x - 64) + 2*pow(z, 4)*(27*pow(x, 7) - 189*pow(x, 6) + 2988*pow(x, 5) - 13050*pow(x, 4) + 22976*pow(x, 3) - 18240*pow(x, 2) + 6064*x - 576) - 8*pow(z, 3)*(36*pow(x, 7) - 252*pow(x, 6) + 1512*pow(x, 5) - 5040*pow(x, 4) + 7840*pow(x, 3) - 5385*pow(x, 2) + 1298*x - 6) + 48*pow(z, 2)*(11*pow(x, 7) - 77*pow(x, 6) + 276*pow(x, 5) - 610*pow(x, 4) + 768*pow(x, 3) - 486*pow(x, 2) + 124*x - 4) - 96*z*(4*pow(x, 7) - 28*pow(x, 6) + 72*pow(x, 5) - 80*pow(x, 4) + 32*pow(x, 3) - 3*pow(x, 2) + 6*x - 2))/pow(8*pow(x, 8) - 64*pow(x, 7) + 192*pow(x, 6) - 256*pow(x, 5) + 128*pow(x, 4) + (1.0L/2.0L)*pow(z, 8)*(9*pow(x, 4) - 36*pow(x, 3) + 48*pow(x, 2) - 24*x + 4) - 16.0L/3.0L*pow(z, 7)*(9*pow(x, 4) - 36*pow(x, 3) + 48*pow(x, 2) - 24*x + 4) + (1.0L/9.0L)*pow(z, 6)*(207*pow(x, 6) - 1242*pow(x, 5) + 4518*pow(x, 4) - 9792*pow(x, 3) + 10536*pow(x, 2) - 4800*x + 800) - 8.0L/3.0L*pow(z, 5)*(69*pow(x, 6) - 414*pow(x, 5) + 1050*pow(x, 4) - 1440*pow(x, 3) + 1080*pow(x, 2) - 384*x + 64) + (1.0L/6.0L)*pow(z, 4)*(27*pow(x, 8) - 216*pow(x, 7) + 3984*pow(x, 6) - 20880*pow(x, 5) + 45952*pow(x, 4) - 48640*pow(x, 3) + 24256*pow(x, 2) - 4608*x + 768) - 8.0L/3.0L*pow(z, 3)*(9*pow(x, 8) - 72*pow(x, 7) + 504*pow(x, 6) - 2016*pow(x, 5) + 3920*pow(x, 4) - 3590*pow(x, 3) + 1298*pow(x, 2) - 12*x) + 4*pow(z, 2)*(11*pow(x, 8) - 88*pow(x, 7) + 368*pow(x, 6) - 976*pow(x, 5) + 1536*pow(x, 4) - 1296*pow(x, 3) + 496*pow(x, 2) - 32*x) - 32*z*(pow(x, 8) - 8*pow(x, 7) + 24*pow(x, 6) - 32*pow(x, 5) + 16*pow(x, 4) - 2*pow(x, 3) + 6*pow(x, 2) - 4*x) + 2, 4.0L/3.0L) - pow(2, 1.0L/3.0L)*(2*pow(x, 2)*z*(x - 2)*(z - 2) + pow(x, 2)*(x - 2)*pow(z - 2, 2) + 2*x*z*pow(x - 2, 2)*(z - 2) + x*pow(x - 2, 2)*pow(z - 2, 2) - 3*pow(z, 4)*(x - 1) + 16*pow(z, 3)*(x - 1) - 24*pow(z, 2)*(x - 1))/pow(8*pow(x, 8) - 64*pow(x, 7) + 192*pow(x, 6) - 256*pow(x, 5) + 128*pow(x, 4) + (1.0L/2.0L)*pow(z, 8)*(9*pow(x, 4) - 36*pow(x, 3) + 48*pow(x, 2) - 24*x + 4) - 16.0L/3.0L*pow(z, 7)*(9*pow(x, 4) - 36*pow(x, 3) + 48*pow(x, 2) - 24*x + 4) + (1.0L/9.0L)*pow(z, 6)*(207*pow(x, 6) - 1242*pow(x, 5) + 4518*pow(x, 4) - 9792*pow(x, 3) + 10536*pow(x, 2) - 4800*x + 800) - 8.0L/3.0L*pow(z, 5)*(69*pow(x, 6) - 414*pow(x, 5) + 1050*pow(x, 4) - 1440*pow(x, 3) + 1080*pow(x, 2) - 384*x + 64) + (1.0L/6.0L)*pow(z, 4)*(27*pow(x, 8) - 216*pow(x, 7) + 3984*pow(x, 6) - 20880*pow(x, 5) + 45952*pow(x, 4) - 48640*pow(x, 3) + 24256*pow(x, 2) - 4608*x + 768) - 8.0L/3.0L*pow(z, 3)*(9*pow(x, 8) - 72*pow(x, 7) + 504*pow(x, 6) - 2016*pow(x, 5) + 3920*pow(x, 4) - 3590*pow(x, 3) + 1298*pow(x, 2) - 12*x) + 4*pow(z, 2)*(11*pow(x, 8) - 88*pow(x, 7) + 368*pow(x, 6) - 976*pow(x, 5) + 1536*pow(x, 4) - 1296*pow(x, 3) + 496*pow(x, 2) - 32*x) - 32*z*(pow(x, 8) - 8*pow(x, 7) + 24*pow(x, 6) - 32*pow(x, 5) + 16*pow(x, 4) - 2*pow(x, 3) + 6*pow(x, 2) - 4*x) + 2, 1.0L/3.0L) - 10;
    104122                case 24:
    105123                        return -pow(2, 1.0L/3.0L)*pow(PI, 2)*pow(p, 2)*sin(PI*p*x)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*y)/pow(6*pow(PI, 2)*pow(p, 2)*pow(sin(PI*p*x), 2)*pow(sin(PI*p*y), 2)*pow(sin(PI*p*z), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(-2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*x), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*z), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*x) - 2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*z), 2), 1.0L/3.0L) + (1.0L/3.0L)*pow(2, 1.0L/3.0L)*PI*p*(12*pow(PI, 3)*pow(p, 3)*pow(sin(PI*p*x), 2)*sin(PI*p*y)*pow(sin(PI*p*z), 2)*cos(PI*p*y) + (-2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*x))*(2*pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*y)*sin(PI*p*z) - pow(PI, 2)*pow(p, 2)*sin(PI*p*y)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*x)) - (pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*z))*(pow(PI, 3)*pow(p, 3)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*x)*sin(PI*p*y) + pow(PI, 2)*pow(p, 2)*sin(PI*p*x)*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*z)) + (pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*x) - 2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*z))*(pow(PI, 3)*pow(p, 3)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*cos(PI*p*x)*cos(PI*p*y) - 2*pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*x) - 1)*cos(PI*p*y)*cos(PI*p*z)))*sin(PI*p*x)*sin(PI*p*y)*sin(PI*p*z)/pow(6*pow(PI, 2)*pow(p, 2)*pow(sin(PI*p*x), 2)*pow(sin(PI*p*y), 2)*pow(sin(PI*p*z), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(-2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*x), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*z), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*x) - 2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*z), 2), 4.0L/3.0L) + PI*q*sin(PI*q*x)*sin(PI*q*z)*cos(PI*q*y) - 1.0L/6.0L*pow(2, 1.0L/3.0L)*(-2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*x))*(12*pow(PI, 3)*pow(p, 3)*sin(PI*p*x)*pow(sin(PI*p*y), 2)*pow(sin(PI*p*z), 2)*cos(PI*p*x) - (-2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*x))*(pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*x)*sin(PI*p*z) - 2*pow(PI, 2)*pow(p, 2)*sin(PI*p*x)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*y)) + (pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*z))*(pow(PI, 3)*pow(p, 3)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*cos(PI*p*x)*cos(PI*p*y) + pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*y) - 1)*cos(PI*p*x)*cos(PI*p*z)) - (pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*x) - 2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*z))*(pow(PI, 3)*pow(p, 3)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*x)*sin(PI*p*y) - 2*pow(PI, 2)*pow(p, 2)*sin(PI*p*x)*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*z)))/pow(6*pow(PI, 2)*pow(p, 2)*pow(sin(PI*p*x), 2)*pow(sin(PI*p*y), 2)*pow(sin(PI*p*z), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(-2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*x), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*z), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*x) - 2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*z), 2), 4.0L/3.0L) - 1.0L/6.0L*pow(2, 1.0L/3.0L)*(pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*z))*(12*pow(PI, 3)*pow(p, 3)*pow(sin(PI*p*x), 2)*pow(sin(PI*p*y), 2)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*z) + (-2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*x))*(-2*pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*x) - 1)*cos(PI*p*y)*cos(PI*p*z) + pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*y) - 1)*cos(PI*p*x)*cos(PI*p*z)) - (pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*z))*(pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*x)*sin(PI*p*z) + pow(PI, 2)*pow(p, 2)*sin(PI*p*x)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*y)) + (pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*x) - 2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*z))*(2*pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*y)*sin(PI*p*z) - pow(PI, 2)*pow(p, 2)*sin(PI*p*y)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*x)))/pow(6*pow(PI, 2)*pow(p, 2)*pow(sin(PI*p*x), 2)*pow(sin(PI*p*y), 2)*pow(sin(PI*p*z), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(-2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*x), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*z), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*x) - 2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*z), 2), 4.0L/3.0L) - 1.0L/2.0L*pow(2, 1.0L/3.0L)*(pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*x)*sin(PI*p*z) - 2*pow(PI, 2)*pow(p, 2)*sin(PI*p*x)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*y))/pow(6*pow(PI, 2)*pow(p, 2)*pow(sin(PI*p*x), 2)*pow(sin(PI*p*y), 2)*pow(sin(PI*p*z), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(-2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*x), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*z), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*x) - 2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*z), 2), 1.0L/3.0L) - 1.0L/2.0L*pow(2, 1.0L/3.0L)*(pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*x)*sin(PI*p*z) + pow(PI, 2)*pow(p, 2)*sin(PI*p*x)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*y))/pow(6*pow(PI, 2)*pow(p, 2)*pow(sin(PI*p*x), 2)*pow(sin(PI*p*y), 2)*pow(sin(PI*p*z), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(-2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*z)*cos(PI*p*x), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*y) + PI*p*(cos(PI*p*y) - 1)*sin(PI*p*x)*cos(PI*p*z), 2) + (1.0L/2.0L)*pow(pow(PI, 2)*pow(p, 2)*(cos(PI*p*z)/(PI*p) - 1/(PI*p))*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*x) - 2*PI*p*(cos(PI*p*x) - 1)*sin(PI*p*y)*cos(PI*p*z), 2), 1.0L/3.0L);
    … …  
    118136
    119137        switch(testid){
    120                 case 1: case 2: case 7: case 8: case 11:  case 12: case 18: case 21:
     138                case 1: case 2: case 7: case 8: case 11:  case 12: case 13: case 14: case 18: case 21: case 22:
    121139                        return 0.;
    122140                case 3:
    … …  
    144162
    145163        switch(testid){
    146                 case 1: case 2: case 3: case 4: case 5: case 6: case 7: case 8: case 9: case 10: case 11: case 12: case 21:
     164                case 1: case 2: case 3: case 4: case 5: case 6: case 7: case 8: case 9: case 10: case 11: case 12: case 13: case 14: case 21: case 22:
    147165                        return 0.;
    148166                case 18:

  • issm/trunk/src/c/shared/Matrix/MatrixUtils.cpp

    r18301 r19105  
    333333
    334334}/*}}}*/
     335void Matrix2x2Eigen(IssmDouble* plambda1,IssmDouble* plambda2,IssmDouble* pvx, IssmDouble* pvy,IssmDouble a11, IssmDouble a21,IssmDouble a22){/*{{{*/
     336        /*From symetric matrix (a11,a21;a21,a22), get eigen values lambda1 and lambda2 and one eigen vector v*/
     337
     338        /*Output*/
     339        IssmDouble lambda1,lambda2;
     340        IssmDouble vx,vy;
     341
     342        /*To get the eigen values, we must solve the following equation:
     343         *     | a11 - lambda    a21        |
     344         * det |                            | = 0
     345         *     | a21             a22-lambda |
     346         *
     347         * We have to solve the following polynom:
     348         *  lamda^2 + ( -a11 -a22)*lambda + (a11*a22-a21*a21) = 0*/
     349
     350        /*Compute polynom determinant*/
     351        IssmDouble b=-a11-a22;
     352        IssmDouble delta=b*b - 4*(a11*a22-a21*a21);
     353
     354        /*Compute norm of M to avoid round off errors*/
     355        IssmDouble normM=a11*a11 + a22*a22 + a21*a21;
     356
     357        /*1: normM too small: eigen values = 0*/
     358        if(normM<1.e-30){
     359                lambda1=0.;
     360                lambda2=0.;
     361                vx=1.;
     362                vy=0.;
     363        }
     364        /*2: delta is small -> double root*/
     365        else if (delta < 1.e-5*normM){
     366                lambda1=-b/2.;
     367                lambda2=-b/2.;
     368                vx=1.;
     369                vy=0.;
     370        }
     371        /*3: general case -> two roots*/
     372        else{
     373                delta   = sqrt(delta);
     374                lambda1 = (-b-delta)/2.;
     375                lambda2 = (-b+delta)/2.;
     376
     377                /*Now, one must find the eigen vectors. For that we use the following property of the inner product
     378                 *    <Ax,y> = <x,tAy>
     379                 * Here, M'(M-lambda*Id) is symmetrical, which gives:
     380                 *    ∀(x,y)∈R²xR² <M'x,y> = <M'y,x>
     381                 * And we have the following:
     382                 *    if y∈Ker(M'), ∀x∈R² <M'x,y> = <x,M'y> = 0
     383                 * We have shown that
     384                 *    Im(M') ⊥ Ker(M')
     385                 *
     386                 * To find the eigen vectors of M, we only have to find two vectors
     387                 * of the image of M' and take their perpendicular as long as they are
     388                 * not 0.
     389                 * To do that, we take the images (1,0) and (0,1):
     390                 *  x1 = (a11 - lambda)      x2 = a21
     391                 *  y1 = a21                 y2 = (a22-lambda)
     392                 *
     393                 * We take the vector that has the larger norm and take its perpendicular.*/
     394
     395                IssmDouble norm1 = (a11-lambda1)*(a11-lambda1) + a21*a21;
     396                IssmDouble norm2 = a21*a21 + (a22-lambda1)*(a22-lambda1);
     397
     398                if(norm2<norm1){
     399                        norm1=sqrt(norm1);
     400                        vx = - a21/norm1;
     401                        vy = (a11-lambda1)/norm1;
     402                }
     403                else{
     404                        norm2=sqrt(norm2);
     405                        vx = - (a22-lambda1)/norm2;
     406                        vy = a21/norm2;
     407                }
     408        }
     409
     410        /*Assign output*/
     411        *plambda1 = lambda1;
     412        *plambda2 = lambda2;
     413        *pvx      = vx;
     414        *pvy      = vy;
     415
     416
     417}/*}}}*/
    335418
    336419void Matrix3x3Determinant(IssmDouble* Adet,IssmDouble* A){/*{{{*/

  • issm/trunk/src/c/shared/Matrix/matrix.h

    r18301 r19105  
    1414void Matrix2x2Invert(IssmDouble* Ainv, IssmDouble* A);
    1515void Matrix2x2Determinant(IssmDouble* Adet,IssmDouble* A);
     16void Matrix2x2Eigen(IssmDouble* plambda1,IssmDouble* plambda2,IssmDouble* pvx, IssmDouble* pvy,IssmDouble a11, IssmDouble a21,IssmDouble a22);
    1617
    1718void Matrix3x3Invert(IssmDouble* Ainv, IssmDouble* A);

  • issm/trunk/src/c/shared/Numerics/numerics.h

    r18301 r19105  
    3333void        cross(IssmDouble *result,IssmDouble*vector1,IssmDouble*vector2);
    3434void        XZvectorsToCoordinateSystem(IssmDouble *T,IssmDouble*xzvectors);
    35 int         cubic(IssmDouble a, IssmDouble b, IssmDouble c, IssmDouble d, double X[3], int *num);
     35int         cubic(IssmDouble a, IssmDouble b, IssmDouble c, IssmDouble d,IssmDouble X[3], int *num);
    3636
    3737int         NewtonSolveDnorm(IssmDouble* pdnorm,IssmDouble c1,IssmDouble c2,IssmDouble c3,IssmDouble n,IssmDouble dnorm);

  • issm/trunk/src/c/shared/Numerics/recast.h

    r15396 r19105  
    4040#endif
    4141
     42/*Morlighem's change: we do not want dynamic_casts because of performance
     43 * issue, so for now, we just use C-like cast*/
     44template<class To,class From> To xDynamicCast(const From& from) {
     45
     46        /*C-like cast (fast but not safe)*/
     47        return (To) from;
     48
     49        /*C++ dynamic_cast, poor performance but safer*/
     50        //return dynamic_cast<To>(from);
     51}
     52
    4253#endif

  • issm/trunk/src/c/solutionsequences/convergence.cpp

    r16137 r19105  
    77#include "../shared/shared.h"
    88
    9 void convergence(bool* pconverged, Matrix<IssmDouble>* Kff,Vector<IssmDouble>* pf,Vector<IssmDouble>* uf,Vector<IssmDouble>* old_uf,Parameters* parameters){
     9void convergence(bool* pconverged, Matrix<IssmDouble>* Kff,Vector<IssmDouble>* pf,Vector<IssmDouble>* uf,Vector<IssmDouble>* old_uf,IssmDouble eps_res,IssmDouble eps_rel,IssmDouble eps_abs){
    1010
    1111        /*output*/
    … …  
    2323        IssmDouble nF;
    2424        IssmDouble solver_residue,res;
    25 
    26         /*convergence options*/
    27         IssmDouble eps_res;
    28         IssmDouble eps_rel;
    29         IssmDouble eps_abs;
    30         IssmDouble yts;
     25        int analysis_type;
    3126
    3227        if(VerboseModule()) _printf0_("   checking convergence\n");
    … …  
    3833                return;
    3934        }
    40 
    41         /*get convergence options*/
    42         parameters->FindParam(&eps_res,StressbalanceRestolEnum);
    43         parameters->FindParam(&eps_rel,StressbalanceReltolEnum);
    44         parameters->FindParam(&eps_abs,StressbalanceAbstolEnum);
    45         parameters->FindParam(&yts,ConstantsYtsEnum);
    4635
    4736        /*Display solver caracteristics*/
    … …  
    130119                //print
    131120                if (!xIsNan<IssmDouble>(eps_abs)){
    132                         if ((nduinf*yts)<eps_abs){
    133                                 if(VerboseConvergence()) _printf0_(setw(50) << left << "   Convergence criterion: max(du)" << nduinf*yts << " < " << eps_abs << " m/yr\n");
     121                        if ((nduinf)<eps_abs){
     122                                if(VerboseConvergence()) _printf0_(setw(50) << left << "   Convergence criterion: max(du)" << nduinf << " < " << eps_abs << "\n");
    134123                        }
    135124                        else{
    136                                 if(VerboseConvergence()) _printf0_(setw(50) << left << "   Convergence criterion: max(du)" << nduinf*yts << " > " << eps_abs << " m/yr\n");
     125                                if(VerboseConvergence()) _printf0_(setw(50) << left << "   Convergence criterion: max(du)" << nduinf << " > " << eps_abs << "\n");
    137126                                converged=false;
    138127                        }
    139128                }
    140                 else  _printf0_(setw(50) << left << "   Convergence criterion: max(du)" << nduinf*yts << " m/yr\n");
     129                else  _printf0_(setw(50) << left << "   Convergence criterion: max(du)" << nduinf << "\n");
    141130
    142131        }

  • issm/trunk/src/c/solutionsequences/solutionsequence_hydro_nonlinear.cpp

    r17806 r19105  
    4646        IssmDouble ndu_sed,nu_sed;
    4747        IssmDouble ndu_epl,nu_epl;
    48 
     48        IssmDouble ThickCount,L2Count;
     49       
    4950        /*Recover parameters: */
    5051        femmodel->SetCurrentConfiguration(HydrologyDCInefficientAnalysisEnum);
    … …  
    6970                /*Initialize the element mask*/
    7071                inefanalysis->ElementizeEplMask(femmodel);
     72                effanalysis->InitZigZagCounter(femmodel);
    7173        }
    7274        /*The real computation starts here, outermost loop is on the two layer system*/
    … …  
    9092                femmodel->parameters->SetParam(HydrologySedimentEnum,HydrologyLayerEnum);
    9193               
    92                 /*Reset constraint on the ZigZag Lock, this thing doesn't work, it have to disapear*/
     94                /*Reset constraint on the ZigZag Lock*/
    9395                ResetConstraintsx(femmodel);
    9496
    95                 /* {{{ *//*Treating the sediment*/
     97                /*{{{*//*Treating the sediment*/
    9698                for(;;){
    9799                        sedconverged=false;
    98100                        uf_sed_sub_iter=uf_sed->Duplicate();_assert_(uf_sed_sub_iter);
    99101                        uf_sed->Copy(uf_sed_sub_iter);
    100                         /* {{{ *//*Loop on the sediment layer to deal with the penalization*/
     102                        /*{{{*//*Loop on the sediment layer to deal with the penalization*/
    101103                        for(;;){
    102                                 /* {{{ *//*Core of the computation*/
     104                                /*{{{*/ /*Core of the computation*/
    103105                                if(VerboseSolution()) _printf0_("Building Sediment Matrix...\n");
    104106                                SystemMatricesx(&Kff,&Kfs,&pf,&df,&sediment_kmax,femmodel);
    … …  
    112114                                InputUpdateFromSolutionx(femmodel,ug_sed);
    113115                                ConstraintsStatex(&constraints_converged,&num_unstable_constraints,femmodel);
    114                                 /* }}} */
     116                                /*}}}*/
    115117                                if (!sedconverged){
    116118                                        if(VerboseConvergence()) _printf0_("   # Sediment unstable constraints = " << num_unstable_constraints << "\n");
    … …  
    125127                        }
    126128               
    127                         /* }}} *//*End of the sediment penalization loop*/
    128                         /*Update EPL mask*/
    129                         if(isefficientlayer){
    130                                 inefanalysis->ElementizeEplMask(femmodel);
    131                         }
     129                        /*}}}*//*End of the sediment penalization loop*/
    132130                        sedconverged=false;
    133131                       
    … …  
    155153                        }
    156154                }
    157                 /* }}} *//*End of the global sediment loop*/
    158                 /* {{{ *//*Now dealing with the EPL in the same way*/
     155                /*}}}*//*End of the global sediment loop*/
     156                /*{{{*//*Now dealing with the EPL in the same way*/
    159157                if(isefficientlayer){
    160158                        femmodel->SetCurrentConfiguration(HydrologyDCEfficientAnalysisEnum);
    161159                        /*updating mask*/
    162                         femmodel->HydrologyEPLupdateDomainx();
     160                        femmodel->HydrologyEPLupdateDomainx(&ThickCount);
     161                        inefanalysis->ElementizeEplMask(femmodel);
    163162                        InputUpdateFromConstantx(femmodel,true,ResetPenaltiesEnum);
    164163                        InputUpdateFromConstantx(femmodel,false,ConvergedEnum);
    … …  
    169168                                ug_epl_sub_iter=ug_epl->Duplicate();_assert_(ug_epl_sub_iter);
    170169                                ug_epl->Copy(ug_epl_sub_iter);
    171                                 /* {{{ *//*Retrieve the EPL head slopes and compute EPL Thickness*/
     170                                /*{{{*//*Retrieve the EPL head slopes and compute EPL Thickness*/
    172171                                if(VerboseSolution()) _printf0_("computing EPL Head slope...\n");
     172                                //inefanalysis->ElementizeEplMask(femmodel);
     173                                femmodel->SetCurrentConfiguration(L2ProjectionEPLAnalysisEnum);
     174                                femmodel->UpdateConstraintsL2ProjectionEPLx(&L2Count);
    173175                                inefanalysis->ElementizeEplMask(femmodel);
    174                                 femmodel->SetCurrentConfiguration(L2ProjectionEPLAnalysisEnum);
    175                                 femmodel->UpdateConstraintsL2ProjectionEPLx();
    176176                                femmodel->parameters->SetParam(EplHeadSlopeXEnum,InputToL2ProjectEnum);
    177177                                solutionsequence_linear(femmodel);
    178178                                femmodel->parameters->SetParam(EplHeadSlopeYEnum,InputToL2ProjectEnum);
    179179                                solutionsequence_linear(femmodel);
     180
    180181                                femmodel->SetCurrentConfiguration(HydrologyDCEfficientAnalysisEnum);
    181 
    182182                                effanalysis->ComputeEPLThickness(femmodel);
    183 
    184183                                //updating mask after the computation of the epl thickness (Allow to close too thin EPL)
    185                                 femmodel->HydrologyEPLupdateDomainx();
     184                                femmodel->HydrologyEPLupdateDomainx(&ThickCount);
    186185                                inefanalysis->ElementizeEplMask(femmodel);
    187                                 /* }}} */
     186                                /*}}}*/
    188187                                       
    189188                                if(VerboseSolution()) _printf0_("Building EPL Matrix...\n");
    … …  
    215214                                        _error_("   maximum number of EPL iterations (" << hydro_maxiter << ") exceeded");
    216215                                }
     216                                //If there is some colapse go through sediment again
     217                                if(ThickCount<L2Count)eplconverged=true;
    217218                                eplcount++;
    218219                               
    … …  
    222223                                        InputUpdateFromConstantx(femmodel,eplconverged,ConvergedEnum);
    223224                                        InputUpdateFromSolutionx(femmodel,ug_epl);
     225                                        effanalysis->ResetCounter(femmodel);
    224226                                        break;
    225227                                }
    226228                        }
    227229                }
    228                 /* }}} */ /*End of the global EPL loop*/
    229 
    230                 /* {{{ */ /*Now dealing with the convergence of the whole system*/
     230                /*}}}*/ /*End of the global EPL loop*/
     231
     232                /*{{{*/ /*Now dealing with the convergence of the whole system*/
    231233                if(!hydroconverged){
    232234                        //compute norm(du)/norm(u)
    … …  
    268270                if(hydroconverged)break;
    269271        }
    270         /* }}} */
     272        /*}}}*/
    271273        if(isefficientlayer)InputUpdateFromSolutionx(femmodel,ug_epl);
    272274        femmodel->SetCurrentConfiguration(HydrologyDCInefficientAnalysisEnum);

  • issm/trunk/src/c/solutionsequences/solutionsequence_la.cpp

    r18301 r19105  
    3939
    4040        /*Convergence criterion*/
    41         int  count = 0;
    42         Vector<IssmDouble>* vel     = NULL;
    43         Vector<IssmDouble>* vel_old = NULL;
    44         GetVectorFromInputsx(&vel,femmodel,VxEnum,VertexEnum);
    45         GetVectorFromInputsx(&pug,femmodel,PressureEnum,VertexEnum);
     41        int  count       = 0;
     42        int  count_local = 0;
     43        Vector<IssmDouble>* vel           = NULL;
     44        Vector<IssmDouble>* vel_old       = NULL;
     45        Vector<IssmDouble>* vel_old_local = NULL;
     46        GetVectorFromInputsx(&vel,femmodel,VxEnum,VertexPIdEnum);
     47        GetVectorFromInputsx(&pug,femmodel,PressureEnum,VertexPIdEnum);
    4648
    4749        while(true){
    … …  
    4951
    5052                /*save pointer to old velocity*/
    51                 delete vel_old;vel_old=vel;
     53                delete vel_old;vel_old=vel->Duplicate(); vel->Copy(vel_old);
    5254                delete pug_old;pug_old=pug;
    5355                pressure_converged=false; vel_converged=false;
    5456
    55                 /*Solve KU=F*/
    56                 femmodel->SetCurrentConfiguration(StressbalanceAnalysisEnum);
    57                 femmodel->parameters->FindParam(&configuration_type,ConfigurationTypeEnum);
    58                 SystemMatricesx(&Kff,&Kfs,&pf,&df,NULL,femmodel);
    59                 CreateNodalConstraintsx(&ys,femmodel->nodes,configuration_type);
    60                 Reduceloadx(pf, Kfs, ys); delete Kfs;
    61                 Solverx(&uf, Kff, pf, NULL, df, femmodel->parameters);
    62                 delete Kff; delete pf; delete df;
    63                 Mergesolutionfromftogx(&ug, uf,ys,femmodel->nodes,femmodel->parameters);delete uf; delete ys;
     57                while(true){
     58                        count_local++;
     59                        delete vel_old_local;vel_old_local=vel;
     60                        /*Solve KU=F*/
     61                        femmodel->SetCurrentConfiguration(StressbalanceAnalysisEnum);
     62                        femmodel->parameters->FindParam(&configuration_type,ConfigurationTypeEnum);
     63                        SystemMatricesx(&Kff,&Kfs,&pf,&df,NULL,femmodel);
     64                        CreateNodalConstraintsx(&ys,femmodel->nodes,configuration_type);
     65                        Reduceloadx(pf, Kfs, ys); delete Kfs;
     66                        Solverx(&uf, Kff, pf, NULL, df, femmodel->parameters);
     67                        delete Kff; delete pf; delete df;
     68                        Mergesolutionfromftogx(&ug, uf,ys,femmodel->nodes,femmodel->parameters);delete uf; delete ys;
    6469
    65                 /*Update solution*/
    66                 InputUpdateFromSolutionx(femmodel,ug); delete ug;
    67                 GetVectorFromInputsx(&vel,femmodel,VxEnum,VertexEnum);
     70                        /*Update solution*/
     71                        InputUpdateFromSolutionx(femmodel,ug); delete ug;
     72                        GetVectorFromInputsx(&vel,femmodel,VxEnum,VertexPIdEnum);
     73                        /*Check for convergence*/
     74                        Vector<IssmDouble>* dvel_local=vel_old_local->Duplicate(); vel_old_local->Copy(dvel_local); dvel_local->AYPX(vel,-1.0);
     75                        IssmDouble ndu=dvel_local->Norm(NORM_TWO);   delete dvel_local;
     76                        IssmDouble nu =vel_old_local->Norm(NORM_TWO);
     77                        if (xIsNan<IssmDouble>(ndu) || xIsNan<IssmDouble>(nu)) _error_("convergence criterion is NaN!");
     78                        if((ndu/nu)<eps_rel){
     79                                if(VerboseConvergence()) _printf0_(setw(50) << left << "   Convergence criterion: norm(du)/norm(u)" << ndu/nu*100 << " < " << eps_rel*100 << " %\n");
     80                                break;
     81                        }
     82                        else{
     83                                if(VerboseConvergence()) _printf0_(setw(50) << left << "   Convergence criterion: norm(du)/norm(u)" << ndu/nu*100 << " > " << eps_rel*100 << " %\n");
     84                        }
     85                        if(count_local>=max_nonlinear_iterations){
     86                                _printf0_("   maximum number of nonlinear iterations (" << max_nonlinear_iterations << ") exceeded\n");
     87                                break;
     88                        }
     89                }
     90                count_local=0;
    6891
    6992                femmodel->SetCurrentConfiguration(UzawaPressureAnalysisEnum);
    … …  
    78101                /*Update solution*/
    79102                InputUpdateFromSolutionx(femmodel,pug); delete pug;
    80                 GetVectorFromInputsx(&pug,femmodel,PressureEnum,VertexEnum);
     103                GetVectorFromInputsx(&pug,femmodel,PressureEnum,VertexPIdEnum);
    81104
    82105                /*Check for convergence*/
    83                 Vector<IssmDouble>* dvel=vel_old->Duplicate(); vel_old->Copy(dvel); dvel->AYPX(vel,-1.0);
     106                Vector<IssmDouble>* dvel=vel_old_local->Duplicate(); vel_old_local->Copy(dvel); dvel->AYPX(vel,-1.0);
    84107                IssmDouble ndu=dvel->Norm(NORM_TWO);   delete dvel;
    85                 IssmDouble nu =vel_old->Norm(NORM_TWO);
     108                IssmDouble nu =vel_old_local->Norm(NORM_TWO);
    86109                if (xIsNan<IssmDouble>(ndu) || xIsNan<IssmDouble>(nu)) _error_("convergence criterion is NaN!");
    87110                if((ndu/nu)<eps_rel){
    … …  
    119142        delete vel; 
    120143        delete vel_old; 
     144        delete vel_old_local; 
    121145        delete stressanalysis;
    122146        delete pressureanalysis;

  • issm/trunk/src/c/solutionsequences/solutionsequence_la_theta.cpp

    r17806 r19105  
    4141        Vector<IssmDouble>* vx     = NULL;
    4242        Vector<IssmDouble>* vx_old = NULL;
    43         GetVectorFromInputsx(&vx,femmodel,VxEnum,VertexEnum);
     43        GetVectorFromInputsx(&vx,femmodel,VxEnum,VertexPIdEnum);
    4444
    4545        while(true){
    … …  
    6969                analysis->InputUpdateFromSolutionFSXTH_d(  femmodel->elements,femmodel->parameters);
    7070                analysis->InputUpdateFromSolutionFSXTH_tau(femmodel->elements,femmodel->parameters);
    71                 GetVectorFromInputsx(&vx,femmodel,VxEnum,VertexEnum);
     71                GetVectorFromInputsx(&vx,femmodel,VxEnum,VertexPIdEnum);
    7272
    7373                /*Check for convergence*/

  • issm/trunk/src/c/solutionsequences/solutionsequence_newton.cpp

    r17989 r19105  
    3030        /*parameters:*/
    3131        int max_nonlinear_iterations;
    32         int  configuration_type;
     32        int configuration_type;
     33        IssmDouble eps_res,eps_rel,eps_abs;
    3334
    3435        /*Recover parameters: */
    … …  
    3637        femmodel->parameters->FindParam(&configuration_type,ConfigurationTypeEnum);
    3738        femmodel->parameters->FindParam(&newton,StressbalanceIsnewtonEnum);
     39        femmodel->parameters->FindParam(&eps_res,StressbalanceRestolEnum);
     40        femmodel->parameters->FindParam(&eps_rel,StressbalanceReltolEnum);
     41        femmodel->parameters->FindParam(&eps_abs,StressbalanceAbstolEnum);
    3842        femmodel->UpdateConstraintsx();
    3943
    … …  
    8387
    8488                /*Check convergence*/
    85                 convergence(&converged,Kff,pf,uf,old_uf,femmodel->parameters);
     89                convergence(&converged,Kff,pf,uf,old_uf,eps_res,eps_rel,eps_abs);
    8690                delete Kff; delete pf;
    8791                if(converged==true){   

  • issm/trunk/src/c/solutionsequences/solutionsequence_nonlinear.cpp

    r17806 r19105  
    3131        int max_nonlinear_iterations;
    3232        int configuration_type;
     33        IssmDouble eps_res,eps_rel,eps_abs;
     34
    3335
    3436        /*Recover parameters: */
    3537        femmodel->parameters->FindParam(&min_mechanical_constraints,StressbalanceRiftPenaltyThresholdEnum);
    3638        femmodel->parameters->FindParam(&max_nonlinear_iterations,StressbalanceMaxiterEnum);
     39        femmodel->parameters->FindParam(&eps_res,StressbalanceRestolEnum);
     40        femmodel->parameters->FindParam(&eps_rel,StressbalanceReltolEnum);
     41        femmodel->parameters->FindParam(&eps_abs,StressbalanceAbstolEnum);
    3742        femmodel->parameters->FindParam(&configuration_type,ConfigurationTypeEnum);
    3843        femmodel->UpdateConstraintsx();
    … …  
    6671                Mergesolutionfromftogx(&ug, uf,ys,femmodel->nodes,femmodel->parameters);delete ys;
    6772
    68                 convergence(&converged,Kff,pf,uf,old_uf,femmodel->parameters); delete Kff; delete pf; delete df;
     73                convergence(&converged,Kff,pf,uf,old_uf,eps_res,eps_rel,eps_abs); delete Kff; delete pf; delete df;
    6974                InputUpdateFromConstantx(femmodel,converged,ConvergedEnum);
    7075                InputUpdateFromSolutionx(femmodel,ug);

  • issm/trunk/src/c/solutionsequences/solutionsequence_stokescoupling_nonlinear.cpp

    r16137 r19105  
    3333        int  max_nonlinear_iterations;
    3434        int  configuration_type;
     35        IssmDouble eps_res,eps_rel,eps_abs;
    3536
    3637        /*Recover parameters: */
    3738        femmodel->parameters->FindParam(&min_mechanical_constraints,StressbalanceRiftPenaltyThresholdEnum);
    3839        femmodel->parameters->FindParam(&max_nonlinear_iterations,StressbalanceMaxiterEnum);
     40        femmodel->parameters->FindParam(&eps_res,StressbalanceRestolEnum);
     41        femmodel->parameters->FindParam(&eps_rel,StressbalanceReltolEnum);
     42        femmodel->parameters->FindParam(&eps_abs,StressbalanceAbstolEnum);
    3943        femmodel->UpdateConstraintsx();
    4044
    … …  
    6872                InputUpdateFromSolutionx(femmodel,ug_horiz);
    6973
    70                 convergence(&converged,Kff_horiz,pf_horiz,uf_horiz,old_uf_horiz,femmodel->parameters); delete Kff_horiz; delete pf_horiz; delete df_horiz;
     74                convergence(&converged,Kff_horiz,pf_horiz,uf_horiz,old_uf_horiz,eps_res,eps_rel,eps_abs); delete Kff_horiz; delete pf_horiz; delete df_horiz;
    7175
    7276                /*Second compute vertical velocity: */

  • issm/trunk/src/c/solutionsequences/solutionsequence_thermal_nonlinear.cpp

    r17806 r19105  
    33 */
    44
     5#include "./solutionsequences.h"
    56#include "../toolkits/toolkits.h"
    67#include "../classes/classes.h"
    … …  
    2425
    2526        bool converged;
     27        bool isenthalpy, isdynamicbasalspc;
    2628        int constraints_converged;
    2729        int num_unstable_constraints;
    … …  
    3234        /*parameters:*/
    3335        int  configuration_type;
     36        IssmDouble eps_rel;
    3437
    3538        /*Recover parameters: */
    36         femmodel->parameters->FindParam(&thermal_penalty_threshold,ThermalPenaltyThresholdEnum);
     39        femmodel->parameters->FindParam(&isenthalpy,ThermalIsenthalpyEnum);
    3740        femmodel->parameters->FindParam(&configuration_type,ConfigurationTypeEnum);
    3841        femmodel->parameters->FindParam(&thermal_maxiter,ThermalMaxiterEnum);
    3942
     43        converged=false;
     44        InputUpdateFromConstantx(femmodel,converged,ConvergedEnum);
     45
     46        if(isenthalpy){
     47                femmodel->parameters->FindParam(&isdynamicbasalspc,ThermalIsdynamicbasalspcEnum);
     48                femmodel->parameters->FindParam(&eps_rel,ThermalReltolEnum);
     49                femmodel->UpdateConstraintsx();
     50
     51                //Update the solution to make sure that tf and tf_old are similar (for next step in transient or steadystate)
     52                GetSolutionFromInputsx(&tg,femmodel);
     53                Reducevectorgtofx(&tf, tg, femmodel->nodes,femmodel->parameters);
     54                InputUpdateFromSolutionx(femmodel,tg);
     55        }
     56        else{
     57                femmodel->parameters->FindParam(&thermal_penalty_threshold,ThermalPenaltyThresholdEnum);
     58                InputUpdateFromConstantx(femmodel,true,ResetPenaltiesEnum);
     59                femmodel->UpdateConstraintsx();
     60        }
     61
    4062        count=1;
    41         converged=false;
     63       
     64        for(;;){
     65                delete tf_old;tf_old=tf;
    4266
    43         InputUpdateFromConstantx(femmodel,true,ResetPenaltiesEnum);
    44         InputUpdateFromConstantx(femmodel,false,ConvergedEnum);
    45         femmodel->UpdateConstraintsx();
    46 
    47         for(;;){
    48 
    49                 delete tf_old; tf_old=tf;
    50                 SystemMatricesx(&Kff, &Kfs, &pf,&df, &melting_offset,femmodel);
     67                if(isenthalpy){
     68                        SystemMatricesx(&Kff,&Kfs,&pf,&df,NULL,femmodel);
     69                        /*Update old solution, such that sizes of tf_old and tf are comparable*/
     70                        if(isdynamicbasalspc){
     71                                delete tf_old;
     72                                Reducevectorgtofx(&tf_old, tg, femmodel->nodes,femmodel->parameters);
     73                        }
     74                }
     75                else SystemMatricesx(&Kff, &Kfs, &pf,&df, &melting_offset,femmodel);
     76                delete tg;
    5177                CreateNodalConstraintsx(&ys,femmodel->nodes,configuration_type);
    5278                Reduceloadx(pf, Kfs, ys); delete Kfs;
    53                 Solverx(&tf, Kff, pf,tf_old, df, femmodel->parameters);
    54                 delete Kff;delete pf;delete tg; delete df;
     79                Solverx(&tf, Kff, pf, tf_old, df, femmodel->parameters);
    5580                Mergesolutionfromftogx(&tg, tf,ys,femmodel->nodes,femmodel->parameters); delete ys;
     81                if(isenthalpy){
     82                        convergence(&converged,Kff,pf,tf,tf_old,0.05,eps_rel,NAN);
     83                        InputUpdateFromConstantx(femmodel,converged,ConvergedEnum);
     84                }
     85                delete Kff; delete pf; delete df;
    5686                InputUpdateFromSolutionx(femmodel,tg);
     87                ConstraintsStatex(&constraints_converged,&num_unstable_constraints,femmodel);
     88                if(VerboseConvergence()) _printf0_("   number of unstable constraints: " << num_unstable_constraints << "\n");
    5789
    58                 ConstraintsStatex(&constraints_converged,&num_unstable_constraints,femmodel);
     90                if(isenthalpy){ // enthalpy method
     91                        IssmDouble dt;
     92                        femmodel->parameters->FindParam(&dt,TimesteppingTimeStepEnum);
    5993
    60                 if (!converged){
    61                         if(VerboseConvergence()) _printf0_("   #unstable constraints = " << num_unstable_constraints << "\n");
    62                         if (num_unstable_constraints <= thermal_penalty_threshold)converged=true;
    63                         if (count>=thermal_maxiter){
     94                        count++;
     95                        bool max_iteration_state=false;
     96                        if(count>=thermal_maxiter){
     97                                _printf0_("   maximum number of nonlinear iterations (" << thermal_maxiter << ") exceeded\n");
    6498                                converged=true;
    65                                 _printf0_("   maximum number of iterations (" << thermal_maxiter << ") exceeded\n");
     99                                InputUpdateFromConstantx(femmodel,converged,ConvergedEnum);
     100                                InputUpdateFromSolutionx(femmodel,tg);         
     101                                max_iteration_state=true;
     102                        }
     103                        if(converged==true){
     104                                int step; IssmDouble time;
     105                                femmodel->parameters->FindParam(&time,TimeEnum);
     106                                femmodel->parameters->FindParam(&step,StepEnum);
     107                                femmodel->results->AddObject(new GenericExternalResult<bool>(femmodel->results->Size()+1, MaxIterationConvergenceFlagEnum, max_iteration_state, step, time));
     108                                break;
     109                        }
     110                        else if(dt==0.){
     111                                EnthalpyAnalysis::ComputeBasalMeltingrate(femmodel);
     112                                EnthalpyAnalysis::UpdateBasalConstraints(femmodel);
    66113                        }
    67114                }
    68                 count++;
    69 
    70                 InputUpdateFromConstantx(femmodel,converged,ConvergedEnum);
    71 
    72                 if(converged)break;
     115                else{ // dry ice method
     116                        if(!converged){
     117                                if(num_unstable_constraints<=thermal_penalty_threshold) converged=true;
     118                                if(count>=thermal_maxiter){
     119                                        converged=true;
     120                                        _printf0_("   maximum number of iterations (" << thermal_maxiter << ") exceeded\n");
     121                                }
     122                        }
     123                        count++;
     124                        InputUpdateFromConstantx(femmodel,converged,ConvergedEnum);
     125                        if(converged)break;
     126                }
    73127        }
    74128
    75         InputUpdateFromSolutionx(femmodel,tg);
    76         femmodel->parameters->SetParam(melting_offset,MeltingOffsetEnum);
     129        if(isenthalpy){
     130                if(VerboseConvergence()) _printf0_("\n   total number of iterations: " << count-1 << "\n");
     131        }
     132        else{
     133                InputUpdateFromSolutionx(femmodel,tg);
     134                femmodel->parameters->SetParam(melting_offset,MeltingOffsetEnum);
     135        }
    77136
    78137        /*Free ressources: */

  • issm/trunk/src/c/solutionsequences/solutionsequences.h

    r18301 r19105  
    1616void solutionsequence_nonlinear(FemModel* femmodel,bool conserve_loads);
    1717void solutionsequence_newton(FemModel* femmodel);
     18void solutionsequence_fct(FemModel* femmodel);
    1819void solutionsequence_FScoupling_nonlinear(FemModel* femmodel,bool conserve_loads);
    1920void solutionsequence_linear(FemModel* femmodel);
    … …  
    2324
    2425/*convergence*/
    25 void convergence(bool* pconverged, Matrix<IssmDouble>* K_ff,Vector<IssmDouble>* p_f,Vector<IssmDouble>* u_f,Vector<IssmDouble>* u_f_old,Parameters* parameters);
     26void convergence(bool* pconverged, Matrix<IssmDouble>* K_ff,Vector<IssmDouble>* p_f,Vector<IssmDouble>* u_f,Vector<IssmDouble>* u_f_old,IssmDouble eps_res,IssmDouble eps_rel,IssmDouble eps_abs);
    2627
    2728#endif

  • issm/trunk/src/c/toolkits/gsl/DenseGslSolve.cpp

    r17806 r19105  
    235235        IssmPDouble* pdoubleEDFout=xNew<IssmPDouble>(n);           // provide space to transfer outputs during call_ext_fct
    236236        // call the wrapped solver through the registry entry we retrieve from parameters
    237         call_ext_fct(dynamic_cast<GenericParam<Adolc_edf> * >(parameters->FindParamObject(AdolcParamEnum))->GetParameterValue().myEDF_for_solverx_p,
     237        call_ext_fct(xDynamicCast<GenericParam<Adolc_edf> * >(parameters->FindParamObject(AdolcParamEnum))->GetParameterValue().myEDF_for_solverx_p,
    238238                     n*(n+1), pdoubleEDFin, adoubleEDFin,
    239239                     n, pdoubleEDFout,X);

  • issm/trunk/src/c/toolkits/mumps/MpiDenseMumpsSolve.cpp

    r16560 r19105  
    244244  IssmPDouble *passiveSol=xNew<IssmPDouble>(n);
    245245  IssmDouble *sol=xNew<IssmDouble>(n);
    246   call_ext_fct(dynamic_cast<GenericParam<Adolc_edf> * >(parameters->FindParamObject(AdolcParamEnum))->GetParameterValue().myEDF_for_solverx_p,
     246  call_ext_fct(xDynamicCast<GenericParam<Adolc_edf> * >(parameters->FindParamObject(AdolcParamEnum))->GetParameterValue().myEDF_for_solverx_p,
    247247               packedDimsSparseArrLength, packedDimsSparseArr,
    248248               local_nnz+n, passivePack_A_rhs, pack_A_rhs,

  • issm/trunk/src/c/toolkits/mumps/MumpsSolve.cpp

    r17989 r19105  
    324324  IssmPDouble *passiveSol=xNew<IssmPDouble>(n);
    325325  IssmDouble *sol=xNew<IssmDouble>(n);
    326   call_ext_fct(dynamic_cast<GenericParam<Adolc_edf> * >(parameters->FindParamObject(AdolcParamEnum))->GetParameterValue().myEDF_for_solverx_p,
     326  call_ext_fct(xDynamicCast<GenericParam<Adolc_edf> * >(parameters->FindParamObject(AdolcParamEnum))->GetParameterValue().myEDF_for_solverx_p,
    327327               packedDimsSparseArrLength, packedDimsSparseArr,
    328328               local_nnz+n, passivePack_A_rhs, pack_A_rhs,

  • issm/trunk/src/dox/issm.dox

    r18301 r19105  
    4747</th>
    4848<tr>
    49 <th  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:left;"> C++ </th><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">453</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">15861</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">18188</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">68849</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">102898</td>
     49<th  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:left;"> C++ </th><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">445</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">15967</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">16145</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">70397</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">102509</td>
    5050</tr>
    5151<tr>
    52 <th  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:left;"> MATLAB </th><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">1378</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">8341</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">16259</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">38645</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">63245</td>
     52<th  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:left;"> MATLAB </th><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">1422</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">8497</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">16638</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">39538</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">64673</td>
    5353</tr>
    5454<tr>
    55 <th  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:left;"> C/C++  Header </th><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">421</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">3504</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">3753</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">15489</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">22746</td>
     55<th  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:left;"> C/C++  Header </th><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">411</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">3443</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">3528</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">15243</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">22214</td>
    5656</tr>
    5757<tr>
    58 <th  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:left;"> m4 </th><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">9</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">1588</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">151</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">11565</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">13304</td>
     58<th  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:left;"> m4 </th><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">8</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">1036</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">149</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">9756</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">10941</td>
    5959</tr>
    6060<tr>
    61 <th  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:left;"> Python </th><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">144</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">2330</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">2559</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">9348</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">14237</td>
    62 </tr>
    63 <tr>
    64 <th  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:left;"> XML </th><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">4</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">160</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">92</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">3075</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">3327</td>
    65 </tr>
    66 <tr>
    67 <th  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:left;"> Java </th><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">18</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">719</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">891</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">2321</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">3931</td>
     61<th  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:left;"> Python </th><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">151</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">2421</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">2623</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">9733</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">14777</td>
    6862</tr>
    6963<tr>
    … …  
    7165</tr>
    7266<tr>
    73 <th  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:left;"> Bourne  Shell </th><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">3</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">61</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">88</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">266</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">415</td>
     67<th  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:left;"> Bourne  Shell </th><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">2</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">59</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">84</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">262</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">405</td>
    7468</tr>
    7569<tr>
    76 <th  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:left;"> XSD </th><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">2</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">30</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">36</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">229</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">295</td>
    77 </tr>
    78 <tr>
    79 <th  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:left;"> Perl </th><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">1</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">6</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">9</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">196</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">211</td>
    80 </tr>
    81 <tr>
    82 <th  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:left;"> Ant </th><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">1</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">16</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">7</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">103</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">126</td>
    83 </tr>
    84 <tr>
    85 <th  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:left;"> SUM: </th><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">2441</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">32620</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">42335</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">150451</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">225406</td>
     70<th  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:left;"> SUM: </th><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">2446</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">31427</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">39469</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">145294</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">216190</td>
    8671</tr>
    8772</table>

  • issm/trunk/src/m/classes/SMB.m

    r17806 r19105  
    99        end
    1010        methods
    11         function createxml(obj,fid) % {{{
     11        function createxml(self,fid) % {{{
    1212            fprintf(fid, '\n\n');
    1313            fprintf(fid, '%s\n', '<!-- surfaceforcings(SMB) -->');
    14                          fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="mass_balance" type="',class(obj.mass_balance),'" default="',obj.mass_balance,'">','     <section name="surfaceforcings(SMB)" />','     <help> surface mass balance [m/yr ice eq] </help>','</parameter>');
     14                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="mass_balance" type="',class(self.mass_balance),'" default="',self.mass_balance,'">','     <section name="surfaceforcings(SMB)" />','     <help> surface mass balance [m/yr ice eq] </help>','</parameter>');
    1515           
    1616        end % }}}
    17                 function obj = SMB(varargin) % {{{
     17                function self = SMB(varargin) % {{{
    1818                        switch nargin
    1919                                case 0
    … …  
    3535
    3636                end % }}}
    37                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     37                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    3838
    3939                        if ismember(MasstransportAnalysisEnum(),analyses),
    40                                 md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.mass_balance','forcing',1,'NaN',1);
     40                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.mass_balance','timeseries',1,'NaN',1);
    4141                        end
    4242                        if ismember(BalancethicknessAnalysisEnum(),analyses),
    … …  
    4444                        end
    4545                end % }}}
    46                 function disp(obj) % {{{
     46                function disp(self) % {{{
    4747                        disp(sprintf('   surface forcings parameters:'));
    48                         fielddisplay(obj,'mass_balance','surface mass balance [m/yr ice eq]');
     48                        fielddisplay(self,'mass_balance','surface mass balance [m/yr ice eq]');
    4949                end % }}}
    50                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
     50                function marshall(self,md,fid) % {{{
    5151
    5252                        yts=365.0*24.0*3600.0;
    5353
    5454                        WriteData(fid,'enum',SurfaceforcingsEnum(),'data',SMBEnum(),'format','Integer');
    55                         WriteData(fid,'object',obj,'class','surfaceforcings','fieldname','mass_balance','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
     55                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','mass_balance','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
    5656                end % }}}
    5757        end

  • issm/trunk/src/m/classes/SMB.py

    r17806 r19105  
    3838
    3939                if MasstransportAnalysisEnum() in analyses:
    40                         md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.mass_balance','forcing',1,'NaN',1)
     40                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.mass_balance','timeseries',1,'NaN',1)
    4141
    4242                if BalancethicknessAnalysisEnum() in analyses:
    … …  
    5050
    5151                WriteData(fid,'enum',SurfaceforcingsEnum(),'data',SMBEnum(),'format','Integer');
    52                 WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','mass_balance','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
     52                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','mass_balance','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
    5353        # }}}

  • issm/trunk/src/m/classes/SMBcomponents.m

    r18301 r19105  
    1111        end
    1212        methods
    13                 function obj = SMBcomponents(varargin) % {{{
     13                function self = SMBcomponents(varargin) % {{{
    1414                        switch nargin
    1515                                case 0
    … …  
    4141
    4242                end % }}}
    43                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     43                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    4444
    4545                        if ismember(MasstransportAnalysisEnum(),analyses),
    46                                 md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.accumulation','forcing',1,'NaN',1);
     46                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.accumulation','timeseries',1,'NaN',1);
    4747                        end
    4848                        if ismember(BalancethicknessAnalysisEnum(),analyses),
    … …  
    5050                        end
    5151                        if ismember(MasstransportAnalysisEnum(),analyses),
    52                                 md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.runoff','forcing',1,'NaN',1);
     52                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.runoff','timeseries',1,'NaN',1);
    5353                        end
    5454                        if ismember(BalancethicknessAnalysisEnum(),analyses),
    … …  
    5656                        end
    5757                        if ismember(MasstransportAnalysisEnum(),analyses),
    58                                 md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.evaporation','forcing',1,'NaN',1);
     58                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.evaporation','timeseries',1,'NaN',1);
    5959                        end
    6060                        if ismember(BalancethicknessAnalysisEnum(),analyses),
    … …  
    6262                        end
    6363                end % }}}
    64                 function disp(obj) % {{{
     64                function disp(self) % {{{
    6565                        disp(sprintf('   surface forcings parameters (SMB=accumulation-runoff-evaporation) :'));
    66                         fielddisplay(obj,'accumulation','accumulated snow [m/yr ice eq]');
    67                         fielddisplay(obj,'runoff','amount of ice melt lost from the ice column [m/yr ice eq]');
    68                         fielddisplay(obj,'evaporation','amount of ice lost to evaporative processes [m/yr ice eq]');
     66                        fielddisplay(self,'accumulation','accumulated snow [m/yr ice eq]');
     67                        fielddisplay(self,'runoff','amount of ice melt lost from the ice column [m/yr ice eq]');
     68                        fielddisplay(self,'evaporation','amount of ice lost to evaporative processes [m/yr ice eq]');
    6969                end % }}}
    70                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
     70                function marshall(self,md,fid) % {{{
    7171
    7272                        yts=365.0*24.0*3600.0;
    7373
    7474                        WriteData(fid,'enum',SurfaceforcingsEnum(),'data',SMBcomponentsEnum(),'format','Integer');
    75                         WriteData(fid,'object',obj,'class','surfaceforcings','fieldname','accumulation','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
    76                         WriteData(fid,'object',obj,'class','surfaceforcings','fieldname','runoff','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
    77                         WriteData(fid,'object',obj,'class','surfaceforcings','fieldname','evaporation','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
     75                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','accumulation','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
     76                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','runoff','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
     77                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','evaporation','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
    7878                end % }}}
    7979        end

  • issm/trunk/src/m/classes/SMBcomponents.py

    r18301 r19105  
    5151
    5252                if MasstransportAnalysisEnum() in analyses:
    53                         md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.accumulation','forcing',1,'NaN',1)
     53                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.accumulation','timeseries',1,'NaN',1)
    5454
    5555                if BalancethicknessAnalysisEnum() in analyses:
    … …  
    5757
    5858                if MasstransportAnalysisEnum() in analyses:
    59                         md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.runoff','forcing',1,'NaN',1)
     59                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.runoff','timeseries',1,'NaN',1)
    6060
    6161                if BalancethicknessAnalysisEnum() in analyses:
    … …  
    6363
    6464                if MasstransportAnalysisEnum() in analyses:
    65                         md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.evaporation','forcing',1,'NaN',1)
     65                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.evaporation','timeseries',1,'NaN',1)
    6666
    6767                if BalancethicknessAnalysisEnum() in analyses:
    … …  
    7575
    7676                WriteData(fid,'enum',SurfaceforcingsEnum(),'data',SMBcomponentsEnum(),'format','Integer');
    77                 WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','accumulation','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
    78                 WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','runoff','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
    79                 WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','evaporation','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
     77                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','accumulation','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
     78                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','runoff','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
     79                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','evaporation','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
    8080        # }}}

  • issm/trunk/src/m/classes/SMBgradients.m

    r18301 r19105  
    1212        end
    1313        methods
    14                 function obj = SMBgradients(varargin) % {{{
     14                function self = SMBgradients(varargin) % {{{
    1515                        switch nargin
    1616                                case 0
    17                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     17                                        self=setdefaultparameters(self);
    1818                                otherwise
    1919                                        error('constructor not supported');
    … …  
    3030
    3131                end % }}}
    32                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     32                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    3333
    3434                        %Nothing for now
    3535
    3636                end % }}}
    37                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     37                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    3838
    3939                        if ismember(MasstransportAnalysisEnum(),analyses),
    40                                 md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.href','forcing',1,'NaN',1);
    41                                 md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.smbref','forcing',1,'NaN',1);
    42                                 md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.b_pos','forcing',1,'NaN',1);
    43                                 md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.b_neg','forcing',1,'NaN',1);
     40                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.href','timeseries',1,'NaN',1);
     41                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.smbref','timeseries',1,'NaN',1);
     42                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.b_pos','timeseries',1,'NaN',1);
     43                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.b_neg','timeseries',1,'NaN',1);
    4444                        end
    4545                end % }}}
    46                 function disp(obj) % {{{
     46                function disp(self) % {{{
    4747                        disp(sprintf('   surface forcings parameters:'));
    4848
    4949                        disp(sprintf('\n   SMB gradients parameters:'));
    50                         fielddisplay(obj,'href',' reference elevation from which deviation is used to calculate SMB adjustment in smb gradients method [m]');
    51                         fielddisplay(obj,'smbref',' reference smb from which deviation is calculated in smb gradients method [mm/yr water equiv]');
    52                         fielddisplay(obj,'b_pos',' slope of hs - smb regression line for accumulation regime required if smb gradients is activated');
    53                         fielddisplay(obj,'b_neg',' slope of hs - smb regression line for ablation regime required if smb gradients is activated');
     50                        fielddisplay(self,'href',' reference elevation from which deviation is used to calculate SMB adjustment in smb gradients method [m]');
     51                        fielddisplay(self,'smbref',' reference smb from which deviation is calculated in smb gradients method [mm/yr water equiv]');
     52                        fielddisplay(self,'b_pos',' slope of hs - smb regression line for accumulation regime required if smb gradients is activated');
     53                        fielddisplay(self,'b_neg',' slope of hs - smb regression line for ablation regime required if smb gradients is activated');
    5454
    5555                end % }}}
    56                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
     56                function marshall(self,md,fid) % {{{
    5757
    5858                        yts=365.0*24.0*3600.0;
    5959
    6060                        WriteData(fid,'enum',SurfaceforcingsEnum(),'data',SMBgradientsEnum(),'format','Integer');
    61                         WriteData(fid,'object',obj,'class','surfaceforcings','fieldname','href','format','DoubleMat','mattype',1,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
    62                         WriteData(fid,'object',obj,'class','surfaceforcings','fieldname','smbref','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
    63                         WriteData(fid,'object',obj,'class','surfaceforcings','fieldname','b_pos','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
    64                         WriteData(fid,'object',obj,'class','surfaceforcings','fieldname','b_neg','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
     61                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','href','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
     62                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','smbref','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
     63                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','b_pos','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
     64                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','b_neg','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
    6565
    6666                end % }}}

  • issm/trunk/src/m/classes/SMBgradients.py

    r17806 r19105  
    4444
    4545                if MasstransportAnalysisEnum() in analyses:
    46                         md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.href','forcing',1,'NaN',1)
    47                         md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.smbref','forcing',1,'NaN',1)
    48                         md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.b_pos','forcing',1,'NaN',1)
    49                         md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.b_neg','forcing',1,'NaN',1)
     46                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.href','timeseries',1,'NaN',1)
     47                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.smbref','timeseries',1,'NaN',1)
     48                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.b_pos','timeseries',1,'NaN',1)
     49                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.b_neg','timeseries',1,'NaN',1)
    5050
    5151                return md
    … …  
    5656
    5757                WriteData(fid,'enum',SurfaceforcingsEnum(),'data',SMBgradientsEnum(),'format','Integer');
    58                 WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','href','format','DoubleMat','mattype',1,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
    59                 WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','smbref','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
    60                 WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','b_pos','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
    61                 WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','b_neg','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
     58                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','href','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
     59                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','smbref','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
     60                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','b_pos','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
     61                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','b_neg','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
    6262        # }}}

  • issm/trunk/src/m/classes/SMBhenning.m

    r17806 r19105  
    99        end
    1010        methods
    11                 function obj = SMBhenning(varargin) % {{{
     11                function self = SMBhenning(varargin) % {{{
    1212                        switch nargin
    1313                                case 0
    … …  
    2929
    3030                end % }}}
    31                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     31                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    3232
    3333                        if ismember(MasstransportAnalysisEnum(),analyses),
    34                                 md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.smbref','forcing',1,'NaN',1);
     34                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.smbref','timeseries',1,'NaN',1);
    3535                        end
    3636                        if ismember(BalancethicknessAnalysisEnum(),analyses),
    … …  
    3838                        end
    3939                end % }}}
    40                 function disp(obj) % {{{
     40                function disp(self) % {{{
    4141                        disp(sprintf('   surface forcings parameters:'));
    42                         fielddisplay(obj,'smbref','reference smb from which deviation is calculated [m/yr ice eq]');
     42                        fielddisplay(self,'smbref','reference smb from which deviation is calculated [m/yr ice eq]');
    4343                end % }}}
    44                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
     44                function marshall(self,md,fid) % {{{
    4545
    4646                        yts=365.0*24.0*3600.0;
    4747
    4848                        WriteData(fid,'enum',SurfaceforcingsEnum(),'data',SMBhenningEnum(),'format','Integer');
    49                         WriteData(fid,'object',obj,'class','surfaceforcings','fieldname','smbref','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
     49                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','smbref','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
    5050                end % }}}
    5151        end

  • issm/trunk/src/m/classes/SMBmeltcomponents.m

    r18301 r19105  
    1212        end
    1313        methods
    14                 function obj = SMBmeltcomponents(varargin) % {{{
     14                function self = SMBmeltcomponents(varargin) % {{{
    1515                        switch nargin
    1616                                case 0
    … …  
    4747
    4848                end % }}}
    49                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     49                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    5050
    5151                        if ismember(MasstransportAnalysisEnum(),analyses),
    52                                 md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.accumulation','forcing',1,'NaN',1);
     52                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.accumulation','timeseries',1,'NaN',1);
    5353                        end
    5454                        if ismember(BalancethicknessAnalysisEnum(),analyses),
    … …  
    5656                        end
    5757                        if ismember(MasstransportAnalysisEnum(),analyses),
    58                                 md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.evaporation','forcing',1,'NaN',1);
     58                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.evaporation','timeseries',1,'NaN',1);
    5959                        end
    6060                        if ismember(BalancethicknessAnalysisEnum(),analyses),
    … …  
    6262                        end
    6363                        if ismember(MasstransportAnalysisEnum(),analyses),
    64                                 md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.refreeze','forcing',1,'NaN',1);
     64                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.refreeze','timeseries',1,'NaN',1);
    6565                        end
    6666                        if ismember(BalancethicknessAnalysisEnum(),analyses),
    … …  
    6868                        end
    6969                        if ismember(MasstransportAnalysisEnum(),analyses),
    70                                 md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.melt','forcing',1,'NaN',1);
     70                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.melt','timeseries',1,'NaN',1);
    7171                        end
    7272                        if ismember(BalancethicknessAnalysisEnum(),analyses),
    … …  
    7474                        end
    7575                end % }}}
    76                 function disp(obj) % {{{
     76                function disp(self) % {{{
    7777                        disp(sprintf('   surface forcings parameters with melt (SMB=accumulation-evaporation-melt+refreeze) :'));
    78                         fielddisplay(obj,'accumulation','accumulated snow [m/yr ice eq]');
    79                         fielddisplay(obj,'evaporation','amount of ice lost to evaporative processes [m/yr ice eq]');
    80                         fielddisplay(obj,'melt','amount of ice melt in ice column [m/yr ice eq]');
    81                         fielddisplay(obj,'refreeze','amount of ice melt refrozen in ice column [m/yr ice eq]');
     78                        fielddisplay(self,'accumulation','accumulated snow [m/yr ice eq]');
     79                        fielddisplay(self,'evaporation','amount of ice lost to evaporative processes [m/yr ice eq]');
     80                        fielddisplay(self,'melt','amount of ice melt in ice column [m/yr ice eq]');
     81                        fielddisplay(self,'refreeze','amount of ice melt refrozen in ice column [m/yr ice eq]');
    8282                end % }}}
    83                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
     83                function marshall(self,md,fid) % {{{
    8484
    8585                        yts=365.0*24.0*3600.0;
    8686
    8787                        WriteData(fid,'enum',SurfaceforcingsEnum(),'data',SMBmeltcomponentsEnum(),'format','Integer');
    88                         WriteData(fid,'object',obj,'class','surfaceforcings','fieldname','accumulation','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
    89                         WriteData(fid,'object',obj,'class','surfaceforcings','fieldname','evaporation','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
    90                         WriteData(fid,'object',obj,'class','surfaceforcings','fieldname','melt','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
    91                         WriteData(fid,'object',obj,'class','surfaceforcings','fieldname','refreeze','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
     88                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','accumulation','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
     89                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','evaporation','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
     90                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','melt','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
     91                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','refreeze','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
    9292                end % }}}
    9393        end

  • issm/trunk/src/m/classes/SMBmeltcomponents.py

    r18301 r19105  
    5757
    5858                if MasstransportAnalysisEnum() in analyses:
    59                         md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.accumulation','forcing',1,'NaN',1)
     59                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.accumulation','timeseries',1,'NaN',1)
    6060
    6161                if BalancethicknessAnalysisEnum() in analyses:
    … …  
    6363
    6464                if MasstransportAnalysisEnum() in analyses:
    65                         md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.melt','forcing',1,'NaN',1)
     65                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.melt','timeseries',1,'NaN',1)
    6666
    6767                if BalancethicknessAnalysisEnum() in analyses:
    … …  
    6969
    7070                if MasstransportAnalysisEnum() in analyses:
    71                         md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.refreeze','forcing',1,'NaN',1)
     71                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.refreeze','timeseries',1,'NaN',1)
    7272
    7373                if BalancethicknessAnalysisEnum() in analyses:
    … …  
    7575
    7676                if MasstransportAnalysisEnum() in analyses:
    77                         md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.evaporation','forcing',1,'NaN',1)
     77                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.evaporation','timeseries',1,'NaN',1)
    7878
    7979                if BalancethicknessAnalysisEnum() in analyses:
    … …  
    8787
    8888                WriteData(fid,'enum',SurfaceforcingsEnum(),'data',SMBmeltcomponentsEnum(),'format','Integer');
    89                 WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','accumulation','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
    90                 WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','evaporation','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
    91                 WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','melt','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
    92                 WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','refreeze','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
     89                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','accumulation','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
     90                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','evaporation','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
     91                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','melt','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
     92                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','refreeze','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
    9393        # }}}

  • issm/trunk/src/m/classes/SMBpdd.m

    r17806 r19105  
    88                precipitation             = NaN;
    99                monthlytemperatures       = NaN;
    10                 desfac                    = 0.5;
     10                desfac                    = 0;
    1111                s0p                       = 0;
     12                s0t                       = 0;
     13                rlaps                     = 0;
     14                rlapslgm                  = 0;               
     15                Pfac                      = NaN;
     16                Tdiff                     = NaN;
     17                sealev                    = NaN;
    1218                isdelta18o                = 0;
     19                ismungsm                  = 0;
    1320                delta18o                  = NaN;
    1421                delta18o_surface          = NaN;
    … …  
    1623                temperatures_lgm          = NaN;
    1724                precipitations_presentday = NaN;
     25                precipitations_lgm        = NaN;
    1826        end
    1927        methods
    20                 function obj = SMBpdd(varargin) % {{{
     28                function self = SMBpdd(varargin) % {{{
    2129                        switch nargin
    2230                                case 0
    23                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     31                                        self=setdefaultparameters(self);
    2432                                otherwise
    2533                                        error('constructor not supported');
    … …  
    2735                end % }}}
    2836                function self = extrude(self,md) % {{{
    29 
    30                         self.precipitation=project3d(md,'vector',self.precipitation,'type','node');
    31                         self.monthlytemperatures=project3d(md,'vector',self.monthlytemperatures,'type','node');
     37                        if(self.isdelta18o==0 & self.ismungsm==0),self.precipitation=project3d(md,'vector',self.precipitation,'type','node');end
     38                        if(self.isdelta18o==0 & self.ismungsm==0),self.monthlytemperatures=project3d(md,'vector',self.monthlytemperatures,'type','node');end
    3239                        if(self.isdelta18o),self.temperatures_lgm=project3d(md,'vector',self.temperatures_lgm,'type','node');end
    3340                        if(self.isdelta18o),self.temperatures_presentday=project3d(md,'vector',self.temperatures_presentday,'type','node');end
    3441                        if(self.isdelta18o),self.precipitations_presentday=project3d(md,'vector',self.precipitations_presentday,'type','node');end
    35 
     42                        if(self.isdelta18o),self.precipitations_lgm=project3d(md,'vector',self.precipitations_lgm,'type','node');end
     43                        if(self.ismungsm),self.temperatures_lgm=project3d(md,'vector',self.temperatures_lgm,'type','node');end
     44                        if(self.ismungsm),self.temperatures_presentday=project3d(md,'vector',self.temperatures_presentday,'type','node');end
     45                        if(self.ismungsm),self.precipitations_presentday=project3d(md,'vector',self.precipitations_presentday,'type','node');end
     46                        if(self.ismungsm),self.precipitations_lgm=project3d(md,'vector',self.precipitations_lgm,'type','node');end
    3647
    3748                end % }}}
    3849                function self = initialize(self,md) % {{{
    39 
    40                         if isnan(self.precipitation),
    41                                 self.precipitation=zeros(md.mesh.numberofvertices,1);
    42                                 disp('      no SMBpdd.precipitation specified: values set as zero');
    43                         end
     50                   
     51                        % if isnan(self.precipitation),
     52                        %       self.precipitation=zeros(md.mesh.numberofvertices,1);
     53                        %       disp('      no SMBpdd.precipitation specified: values set as zero');
     54                        % end
    4455
    4556                end % }}}
    46                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     57                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    4758
    48                   obj.isdelta18o = 0;
    49                   obj.desfac     = 0.5;
    50                   obj.s0p        = 0;
     59                  self.isdelta18o = 0;
     60                  self.ismungsm   = 0;
     61                  self.desfac     = 0.5;
     62                  self.s0p        = 0;
     63                  self.s0t        = 0;
     64                  self.rlaps      = 6.5;
     65                  self.rlapslgm   = 6.5;
     66                 
    5167                end % }}}
    52                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     68                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    5369
    5470                        if ismember(MasstransportAnalysisEnum(),analyses),
    5571                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.desfac','<=',1,'numel',1);
    5672                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.s0p','>=',0,'numel',1);
    57                                 if(obj.isdelta18o==0)
    58                                         md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.monthlytemperatures','forcing',1,'NaN',1);
    59                                         md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.precipitation','forcing',1,'NaN',1);
    60                                 else
     73                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.s0t','>=',0,'numel',1);
     74                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.rlaps','>=',0,'numel',1);
     75                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.rlapslgm','>=',0,'numel',1);
     76                                if(self.isdelta18o==0 & self.ismungsm==0)
     77                                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.monthlytemperatures','timeseries',1,'NaN',1);
     78                                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.precipitation','timeseries',1,'NaN',1);
     79                                elseif(self.isdelta18o==1)
    6180                                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.delta18o','NaN',1);
    6281                                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.delta18o_surface','NaN',1);
    … …  
    6483                                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.temperatures_lgm','size',[md.mesh.numberofvertices+1 12],'NaN',1);
    6584                                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.precipitations_presentday','size',[md.mesh.numberofvertices+1 12],'NaN',1);
     85                                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.precipitations_lgm','size',[md.mesh.numberofvertices+1 12],'NaN',1);                                       
     86                                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.Tdiff','NaN',1);
     87                                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.sealev','NaN',1);
     88                                elseif(self.ismungsm==1)
     89                                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.temperatures_presentday','size',[md.mesh.numberofvertices+1 12],'NaN',1);
     90                                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.temperatures_lgm','size',[md.mesh.numberofvertices+1 12],'NaN',1);
     91                                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.precipitations_presentday','size',[md.mesh.numberofvertices+1 12],'NaN',1);
     92                                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.precipitations_lgm','size',[md.mesh.numberofvertices+1 12],'NaN',1);                                       
     93                                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.Pfac','NaN',1,'size',[2,NaN]);
     94                                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.Tdiff','NaN',1);
     95                                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.sealev','NaN',1);
    6696                                end
    6797                        end
    6898                end % }}}
    69                 function disp(obj) % {{{
     99                function disp(self) % {{{
    70100                        disp(sprintf('   surface forcings parameters:'));
    71101
    72102                        disp(sprintf('\n   PDD and deltaO18 parameters:'));
    73                         fielddisplay(obj,'isdelta18o','is temperature and precipitation delta18o parametrisation activated (0 or 1, default is 0)');
    74                         fielddisplay(obj,'desfac','desertification elevation factor (between 0 and 1, default is 0.5) [m]');
    75                         fielddisplay(obj,'s0p','should be set to elevation from precip source (between 0 and a few 1000s m, default is 0) [m]');
    76                         fielddisplay(obj,'monthlytemperatures','monthly surface temperatures [K], required if pdd is activated and delta18o not activated');
    77                         fielddisplay(obj,'precipitation','surface precipitation [m/yr water eq]');
    78                         fielddisplay(obj,'temperatures_presentday','monthly present day surface temperatures [K], required if pdd is activated and delta18o activated');
    79                         fielddisplay(obj,'temperatures_lgm','monthly LGM surface temperatures [K], required if pdd is activated and delta18o activated');
    80                         fielddisplay(obj,'precipitations_presentday','monthly surface precipitation [m/yr water eq], required if pdd is activated and delta18o activated');
    81                         fielddisplay(obj,'delta18o','delta18o, required if pdd is activated and delta18o activated');
    82                         fielddisplay(obj,'delta18o_surface','surface elevation of the delta18o site, required if pdd is activated and delta18o activated');
    83 
     103                        fielddisplay(self,'isdelta18o','is temperature and precipitation delta18o parametrisation activated (0 or 1, default is 0)');
     104                        fielddisplay(self,'ismungsm','is temperature and precipitation mungsm parametrisation activated (0 or 1, default is 0)');
     105                        fielddisplay(self,'desfac','desertification elevation factor (between 0 and 1, default is 0.5) [m]');
     106                        fielddisplay(self,'s0p','should be set to elevation from precip source (between 0 and a few 1000s m, default is 0) [m]');
     107                        fielddisplay(self,'s0t','should be set to elevation from temperature source (between 0 and a few 1000s m, default is 0) [m]');
     108                        fielddisplay(self,'rlaps','present day lapse rate [degree/km]');
     109                        fielddisplay(self,'rlapslgm','LGM lapse rate [degree/km]');
     110                        if(self.isdelta18o==0 & self.ismungsm==0)
     111                            fielddisplay(self,'monthlytemperatures',['monthly surface temperatures [K], required if pdd is activated and delta18o not activated']);
     112                            fielddisplay(self,'precipitation',['monthly surface precipitation [m/yr water eq], required if pdd is activated and delta18o or mungsm not activated']);
     113                        elseif(self.isdelta18o==1)
     114                            fielddisplay(self,'delta18o','delta18o, required if pdd is activated and delta18o activated');
     115                            fielddisplay(self,'delta18o_surface','surface elevation of the delta18o site, required if pdd is activated and delta18o activated');
     116                            fielddisplay(self,'temperatures_presentday','monthly present day surface temperatures [K], required if delta18o/mungsm is activated');
     117                            fielddisplay(self,'temperatures_lgm','monthly LGM surface temperatures [K], required if delta18o or mungsm is activated');
     118                            fielddisplay(self,'precipitations_presentday','monthly surface precipitation [m/yr water eq], required if delta18o or mungsm is activated');
     119                            fielddisplay(self,'precipitations_lgm','monthly surface precipitation [m/yr water eq], required if delta18o or mungsm is activated');
     120                            fielddisplay(self,'Tdiff','time interpolation parameter for temperature, 1D(year), required if mungsm is activated');
     121                            fielddisplay(self,'sealev','sea level [m], 1D(year), required if mungsm is activated');
     122                        elseif(self.ismungsm==1)
     123                            fielddisplay(self,'temperatures_presentday','monthly present day surface temperatures [K], required if delta18o/mungsm is activated');
     124                            fielddisplay(self,'temperatures_lgm','monthly LGM surface temperatures [K], required if delta18o or mungsm is activated');
     125                            fielddisplay(self,'precipitations_presentday','monthly surface precipitation [m/yr water eq], required if delta18o or mungsm is activated');
     126                            fielddisplay(self,'precipitations_lgm','monthly surface precipitation [m/yr water eq], required if delta18o or mungsm is activated');
     127                            fielddisplay(self,'Pfac','time interpolation parameter for precipitation, 1D(year), required if mungsm is activated');
     128                            fielddisplay(self,'Tdiff','time interpolation parameter for temperature, 1D(year), required if mungsm is activated');
     129                            fielddisplay(self,'sealev','sea level [m], 1D(year), required if mungsm is activated');
     130                        end
    84131                end % }}}
    85                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
     132                function marshall(self,md,fid) % {{{
    86133
    87134                        yts=365.0*24.0*3600.0;
    … …  
    89136                        WriteData(fid,'enum',SurfaceforcingsEnum(),'data',SMBpddEnum(),'format','Integer');
    90137
    91                         WriteData(fid,'object',obj,'class','surfaceforcings','fieldname','precipitation','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
    92                         WriteData(fid,'object',obj,'class','surfaceforcings','fieldname','desfac','format','Double');
    93                         WriteData(fid,'object',obj,'class','surfaceforcings','fieldname','s0p','format','Double');
    94                         WriteData(fid,'object',obj,'class','surfaceforcings','fieldname','isdelta18o','format','Boolean');
    95                         if obj.isdelta18o
    96                                 WriteData(fid,'object',obj,'class','surfaceforcings','fieldname','temperatures_presentday','format','DoubleMat','mattype',1);
    97                                 WriteData(fid,'object',obj,'class','surfaceforcings','fieldname','temperatures_lgm','format','DoubleMat','mattype',1);
    98                                 WriteData(fid,'object',obj,'class','surfaceforcings','fieldname','precipitations_presentday','format','DoubleMat','mattype',1);
    99                                 WriteData(fid,'object',obj,'class','surfaceforcings','fieldname','delta18o_surface','format','DoubleMat','mattype',1);
    100                                 WriteData(fid,'object',obj,'class','surfaceforcings','fieldname','delta18o','format','DoubleMat','mattype',1);
    101                         else
    102                                 WriteData(fid,'object',obj,'class','surfaceforcings','fieldname','monthlytemperatures','format','DoubleMat','mattype',1,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
     138                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','isdelta18o','format','Boolean');
     139                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','ismungsm','format','Boolean');
     140                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','desfac','format','Double');
     141                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','s0p','format','Double');
     142                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','s0t','format','Double');
     143                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','rlaps','format','Double');
     144                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','rlapslgm','format','Double');
     145
     146                        if(self.isdelta18o==0 & self.ismungsm==0)
     147                                %WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','monthlytemperatures','format','DoubleMat','mattype',1);
     148                                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','monthlytemperatures','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
     149                                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','precipitation','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
     150                        elseif self.isdelta18o
     151                                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','temperatures_presentday','format','DoubleMat','mattype',1);
     152                                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','temperatures_lgm','format','DoubleMat','mattype',1);
     153                                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','precipitations_presentday','format','DoubleMat','mattype',1);
     154                                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','precipitations_lgm','format','DoubleMat','mattype',1);
     155                                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','delta18o_surface','format','DoubleMat','mattype',1);
     156                                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','delta18o','format','DoubleMat','mattype',1);
     157                                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','Tdiff','format','DoubleMat','mattype',1);
     158                                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','sealev','format','DoubleMat','mattype',1);
     159                        elseif self.ismungsm
     160                                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','temperatures_presentday','format','DoubleMat','mattype',1);
     161                                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','temperatures_lgm','format','DoubleMat','mattype',1);
     162                                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','precipitations_presentday','format','DoubleMat','mattype',1);
     163                                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','precipitations_lgm','format','DoubleMat','mattype',1);
     164                                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','Pfac','format','DoubleMat','mattype',1);
     165                                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','Tdiff','format','DoubleMat','mattype',1);
     166                                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','sealev','format','DoubleMat','mattype',1);
    103167                        end
    104168                end % }}}

  • issm/trunk/src/m/classes/SMBpdd.py

    r17806 r19105  
    1919                self.desfac                    = 0.
    2020                self.s0p                       = 0.
     21                self.s0t                       = 0.
     22                self.rlaps                     = 0.
     23                self.rlapslgm                  = 0.
     24                self.Pfac                      = float('NaN')
     25                self.Tdiff                     = float('NaN')
     26                self.sealev                    = float('NaN')
    2127                self.isdelta18o                = 0
     28                self.ismungsm                  = 0
    2229                self.delta18o                  = float('NaN')
    2330                self.delta18o_surface          = float('NaN')
    … …  
    2532                self.temperatures_lgm          = float('NaN')
    2633                self.precipitations_presentday = float('NaN')
     34                self.precipitations_lgm        = float('NaN')
    2735
    2836                #set defaults
    … …  
    3240                string="   surface forcings parameters:"
    3341
    34                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'precipitation','surface precipitation [m/yr water eq]'))
     42                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'isdelta18o','is temperature and precipitation delta18o parametrisation activated (0 or 1, default is 0)'))
     43                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'ismungsm','is temperature and precipitation mungsm parametrisation activated (0 or 1, default is 0)'))
    3544                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'desfac','desertification elevation factor (between 0 and 1, default is 0.5) [m]'))
    36                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'isdelta18o','is temperature and precipitation delta18o parametrisation activated (0 or 1, default is 0)'))
    3745                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'s0p','should be set to elevation from precip source (between 0 and a few 1000s m, default is 0) [m]'))
    38                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'monthlytemperatures','monthly surface temperatures [K], required if pdd is activated and delta18o not activated'))
    39                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'temperatures_presentday','monthly present day surface temperatures [K], required if pdd is activated and delta18o activated'))
    40                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'temperatures_lgm','monthly LGM surface temperatures [K], required if pdd is activated and delta18o activated'))
    41                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'precipitations_presentday','monthly surface precipitation [m/yr water eq], required if pdd is activated and delta18o activated'))
    42                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'delta18o','delta18o, required if pdd is activated and delta18o activated'))
    43                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'delta18o_surface','surface elevation of the delta18o site, required if pdd is activated and delta18o activated'))
    44 
     46                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'s0t','should be set to elevation from temperature source (between 0 and a few 1000s m, default is 0) [m]'))
     47                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'rlaps','present day lapse rate [degree/km]'))
     48                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'rlapslgm','LGM lapse rate [degree/km]'))
     49                if not (self.isdelta18o and self.ismungsm):
     50                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'monthlytemperatures',['monthly surface temperatures [K], required if pdd is activated and delta18o not activated']))
     51                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'precipitation',['monthly surface precipitation [m/yr water eq], required if pdd is activated and delta18o or mungsm not activated']))
     52                        if self.isdelta18o:
     53                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'delta18o','delta18o, required if pdd is activated and delta18o activated'))
     54                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'delta18o_surface','surface elevation of the delta18o site, required if pdd is activated and delta18o activated'))
     55                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'temperatures_presentday','monthly present day surface temperatures [K], required if delta18o/mungsm is activated'))
     56                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'temperatures_lgm','monthly LGM surface temperatures [K], required if delta18o or mungsm is activated'))
     57                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'precipitations_presentday','monthly surface precipitation [m/yr water eq], required if delta18o or mungsm is activated'))
     58                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'precipitations_lgm','monthly surface precipitation [m/yr water eq], required if delta18o or mungsm is activated'))
     59                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'Tdiff','time interpolation parameter for temperature, 1D(year), required if mungsm is activated'))
     60                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'sealev','sea level [m], 1D(year), required if mungsm is activated'))
     61                        if self.ismungsm:
     62                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'temperatures_presentday','monthly present day surface temperatures [K], required if delta18o/mungsm is activated'))
     63                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'temperatures_lgm','monthly LGM surface temperatures [K], required if delta18o or mungsm is activated'))
     64                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'precipitations_presentday','monthly surface precipitation [m/yr water eq], required if delta18o or mungsm is activated'))
     65                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'precipitations_lgm','monthly surface precipitation [m/yr water eq], required if delta18o or mungsm is activated'))
     66                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'Pfac','time interpolation parameter for precipitation, 1D(year), required if mungsm is activated'))
     67                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'Tdiff','time interpolation parameter for temperature, 1D(year), required if mungsm is activated'))
     68                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'sealev','sea level [m], 1D(year), required if mungsm is activated'))
    4569                return string
    4670                #}}}
    4771        def extrude(self,md): # {{{
    4872
    49                 self.precipitation=project3d(md,'vector',self.precipitation,'type','node');
    50                 self.monthlytemperatures=project3d(md,'vector',self.monthlytemperatures,'type','node');
     73                if not (self.isdelta18o and self.ismungsm):
     74                        self.precipitation=project3d(md,'vector',self.precipitation,'type','node')
     75                        self.monthlytemperatures=project3d(md,'vector',self.monthlytemperatures,'type','node')
    5176                if self.isdelta18o: self.temperatures_lgm=project3d(md,'vector',self.temperatures_lgm,'type','node')
    5277                if self.isdelta18o: self.temperatures_presentday=project3d(md,'vector',self.temperatures_presentday,'type','node')
    5378                if self.isdelta18o: self.precipitations_presentday=project3d(md,'vector',self.precipitations_presentday,'type','node')
     79                if self.isdelta18o: self.precipitations_lgm=project3d(md,'vector',self.precipitations_lgm,'type','node')
     80                if self.ismungsm: self.temperatures_lgm=project3d(md,'vector',self.temperatures_lgm,'type','node')
     81                if self.ismungsm: self.temperatures_presentday=project3d(md,'vector',self.temperatures_presentday,'type','node')
     82                if self.ismungsm: self.precipitations_presentday=project3d(md,'vector',self.precipitations_presentday,'type','node')
     83                if self.ismungsm: self.precipitations_lgm=project3d(md,'vector',self.precipitations_lgm,'type','node')
    5484                return self
    5585        #}}}
    5686        def initialize(self,md): # {{{
    5787
    58                 if numpy.all(numpy.isnan(self.precipitation)):
    59                         self.precipitation=numpy.zeros((md.mesh.numberofvertices,1))
    60                         print "      no SMBpdd.precipitation specified: values set as zero"
    61 
    62                 return self
     88                # if numpy.all(numpy.isnan(self.precipitation)):
     89                #       self.precipitation=numpy.zeros((md.mesh.numberofvertices,1))
     90                #       print "      no SMBpdd.precipitation specified: values set as zero"
     91                #
     92                 return self
    6393        #}}}
    6494        def setdefaultparameters(self): # {{{
    65                  
     95
    6696                #pdd method not used in default mode
    6797                self.isdelta18o = 0
     98                self.ismungsm   = 0
    6899                self.desfac     = 0.5
    69100                self.s0p        = 0.
     101                self.s0t        = 0.
     102                self.rlaps      = 6.5
     103                self.rlapslgm   = 6.5
    70104
    71105                return self
    … …  
    74108
    75109                if MasstransportAnalysisEnum() in analyses:
    76                         md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.desfac','<=',1,'numel',[1]);
    77                         md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.s0p','>=',0,'numel',[1]);
    78                         if not self.isdelta18o:
    79                                 md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.monthlytemperatures','forcing',1,'NaN',1)
    80                                 md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.precipitation','forcing',1,'NaN',1)
    81                         else:
     110                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.desfac','<=',1,'numel',[1])
     111                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.s0p','>=',0,'numel',[1])
     112                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.s0t','>=',0,'numel',[1])
     113                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.rlaps','>=',0,'numel',[1])
     114                        md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.rlapslgm','>=',0,'numel',[1])
     115
     116                        if (self.isdelta18o==0 and self.ismungsm==0):
     117                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.monthlytemperatures','NaN',1)
     118                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.precipitation','NaN',1)
     119                        elif self.isdelta18o:
    82120                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.delta18o','NaN',1)
    83121                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.delta18o_surface','NaN',1)
    … …  
    85123                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.temperatures_lgm','size',[md.mesh.numberofvertices+1,12],'NaN',1)
    86124                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.precipitations_presentday','size',[md.mesh.numberofvertices+1,12],'NaN',1)
     125                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.precipitations_lgm','size',[md.mesh.numberofvertices+1,12],'NaN',1)                                       
     126                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.Tdiff','NaN',1,'size',[2,numpy.nan])
     127                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.sealev','NaN',1,'size',[2,numpy.nan])
     128                        elif self.ismungsm:
     129                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.temperatures_presentday','size',[md.mesh.numberofvertices+1,12],'NaN',1)
     130                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.temperatures_lgm','size',[md.mesh.numberofvertices+1,12],'NaN',1)
     131                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.precipitations_presentday','size',[md.mesh.numberofvertices+1,12],'NaN',1)
     132                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.precipitations_lgm','size',[md.mesh.numberofvertices+1,12],'NaN',1)                                       
     133                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.Pfac','NaN',1,'size',[2,numpy.nan])
     134                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.Tdiff','NaN',1,'size',[2,numpy.nan])
     135                                md = checkfield(md,'fieldname','surfaceforcings.sealev','NaN',1,'size',[2,numpy.nan])
    87136
    88137                return md
    … …  
    92141                yts=365.0*24.0*3600.0
    93142
    94                 WriteData(fid,'enum',SurfaceforcingsEnum(),'data',SMBpddEnum(),'format','Integer');
     143                WriteData(fid,'enum',SurfaceforcingsEnum(),'data',SMBpddEnum(),'format','Integer')
    95144
    96                 WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','precipitation','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
    97145                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','isdelta18o','format','Boolean')
    98                 WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','desfac','format','Double');
    99                 WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','s0p','format','Double');
    100                 if self.isdelta18o:
     146                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','ismungsm','format','Boolean')
     147                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','desfac','format','Double')
     148                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','s0p','format','Double')
     149                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','s0t','format','Double')
     150                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','rlaps','format','Double')
     151                WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','rlapslgm','format','Double')
     152
     153                if (self.isdelta18o==0 and self.ismungsm==0):
     154                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','monthlytemperatures','format','DoubleMat','mattype',1)
     155                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','precipitation','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
     156                elif self.isdelta18o:
    101157                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','temperatures_presentday','format','DoubleMat','mattype',1)
    102158                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','temperatures_lgm','format','DoubleMat','mattype',1)
    103159                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','precipitations_presentday','format','DoubleMat','mattype',1)
     160                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','precipitations_lgm','format','DoubleMat','mattype',1)
    104161                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','delta18o_surface','format','DoubleMat','mattype',1)
    105162                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','delta18o','format','DoubleMat','mattype',1)
    106                 else:
    107                         WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','monthlytemperatures','format','DoubleMat','mattype',1,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
     163                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','Tdiff','format','DoubleMat','mattype',1)
     164                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','sealev','format','DoubleMat','mattype',1)                   
     165                elif self.ismungsm:
     166                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','temperatures_presentday','format','DoubleMat','mattype',1)
     167                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','temperatures_lgm','format','DoubleMat','mattype',1)
     168                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','precipitations_presentday','format','DoubleMat','mattype',1)
     169                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','precipitations_lgm','format','DoubleMat','mattype',1)
     170                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','Pfac','format','DoubleMat','mattype',1)
     171                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','Tdiff','format','DoubleMat','mattype',1)
     172                        WriteData(fid,'object',self,'class','surfaceforcings','fieldname','sealev','format','DoubleMat','mattype',1)
    108173        # }}}

  • issm/trunk/src/m/classes/autodiff.m

    r17806 r19105  
    2020                %}}}
    2121        methods
    22         function createxml(obj,fid) % {{{
     22        function createxml(self,fid) % {{{
    2323            fprintf(fid, '<!-- autodiff -->\n');           
    2424                   
    2525            % automatic differentiation parameters
    2626            fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="automatic differentiation parameters">','<section name="autodiff" />');                   
    27                 fprintf(fid,'%s%s%s\n%s\n%s%s%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="isautodiff" type="',class(obj.isautodiff),'" optional="false">','     <section name="autodiff" />','         <option value="',convert2str(obj.isautodiff),'" type="string" default="true"></option>','     <help> indicates if the automatic differentiation is activated </help>','  </parameter>');
     27                fprintf(fid,'%s%s%s\n%s\n%s%s%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="isautodiff" type="',class(self.isautodiff),'" optional="false">','     <section name="autodiff" />','         <option value="',convert2str(self.isautodiff),'" type="string" default="true"></option>','     <help> indicates if the automatic differentiation is activated </help>','  </parameter>');
    2828             
    29                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="dependents" type="',class(obj.dependents),'" default="',convert2str(obj.dependents),'">','     <section name="autodiff" />','     <help> list of dependent variables </help>','  </parameter>');
    30                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="independents" type="',class(obj.independents),'" default="',convert2str(obj.independents),'">','     <section name="autodiff" />','     <help> list of independent variables </help>','  </parameter>');
    31                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="driver" type="',class(obj.driver),'" default="',convert2str(obj.driver),'">','     <section name="autodiff" />','     <help> ADOLC driver (''fos_forward'' or ''fov_forward'') </help>','  </parameter>');
    32                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="obufsize" type="',class(obj.obufsize),'" default="',convert2str(obj.obufsize),'">','     <section name="autodiff" />','     <help> Number of operations per buffer (==OBUFSIZE in usrparms.h)  </help>','  </parameter>');
    33                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="lbufsize" type="',class(obj.lbufsize),'" default="',convert2str(obj.lbufsize),'">','     <section name="autodiff" />','     <help> Number of locations per buffer (==LBUFSIZE in usrparms.h) </help>','  </parameter>');
    34                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="cbufsize" type="',class(obj.cbufsize),'" default="',convert2str(obj.cbufsize),'">','     <section name="autodiff" />','     <help> Number of values per buffer (==CBUFSIZE in usrparms.h) </help>','  </parameter>');
    35                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="tbufsize" type="',class(obj.tbufsize),'" default="',convert2str(obj.tbufsize),'">','     <section name="autodiff" />','     <help> Number of taylors per buffer (&amp;lt;=TBUFSIZE in usrparms.h) </help>','  </parameter>');
    36                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="gcTriggerRatio" type="',class(obj.gcTriggerRatio),'" default="',convert2str(obj.gcTriggerRatio),'">','     <section name="autodiff" />','     <help> free location block sorting/consolidation triggered if the ratio between allocated and used locations exceeds gcTriggerRatio </help>','  </parameter>');
    37                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="gcTriggerRatio" type="',class(obj.gcTriggerRatio),'" default="',convert2str(obj.gcTriggerRatio),'">','     <section name="autodiff" />','     <help> free location block sorting/consolidation triggered if the allocated locations exceed gcTriggerMaxSize </help>','  </parameter>');
     29                fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="dependents" type="',class(self.dependents),'" default="',convert2str(self.dependents),'">','     <section name="autodiff" />','     <help> list of dependent variables </help>','  </parameter>');
     30                fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="independents" type="',class(self.independents),'" default="',convert2str(self.independents),'">','     <section name="autodiff" />','     <help> list of independent variables </help>','  </parameter>');
     31                fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="driver" type="',class(self.driver),'" default="',convert2str(self.driver),'">','     <section name="autodiff" />','     <help> ADOLC driver (''fos_forward'' or ''fov_forward'') </help>','  </parameter>');
     32                fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="obufsize" type="',class(self.obufsize),'" default="',convert2str(self.obufsize),'">','     <section name="autodiff" />','     <help> Number of operations per buffer (==OBUFSIZE in usrparms.h)  </help>','  </parameter>');
     33                fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="lbufsize" type="',class(self.lbufsize),'" default="',convert2str(self.lbufsize),'">','     <section name="autodiff" />','     <help> Number of locations per buffer (==LBUFSIZE in usrparms.h) </help>','  </parameter>');
     34                fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="cbufsize" type="',class(self.cbufsize),'" default="',convert2str(self.cbufsize),'">','     <section name="autodiff" />','     <help> Number of values per buffer (==CBUFSIZE in usrparms.h) </help>','  </parameter>');
     35                fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="tbufsize" type="',class(self.tbufsize),'" default="',convert2str(self.tbufsize),'">','     <section name="autodiff" />','     <help> Number of taylors per buffer (&amp;lt;=TBUFSIZE in usrparms.h) </help>','  </parameter>');
     36                fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="gcTriggerRatio" type="',class(self.gcTriggerRatio),'" default="',convert2str(self.gcTriggerRatio),'">','     <section name="autodiff" />','     <help> free location block sorting/consolidation triggered if the ratio between allocated and used locations exceeds gcTriggerRatio </help>','  </parameter>');
     37                fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="gcTriggerRatio" type="',class(self.gcTriggerRatio),'" default="',convert2str(self.gcTriggerRatio),'">','     <section name="autodiff" />','     <help> free location block sorting/consolidation triggered if the allocated locations exceed gcTriggerMaxSize </help>','  </parameter>');
    3838           
    3939            fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');   
    4040       
    4141        end % }}}
    42                 function obj = autodiff(varargin) % {{{
     42                function self = autodiff(varargin) % {{{
    4343                        switch nargin
    4444                                case 0
    45                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     45                                        self=setdefaultparameters(self);
    4646                                otherwise
    4747                                        error('constructor not supported');
    4848                        end
    4949                end % }}}
    50                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
    51                 obj.obufsize     = 524288;
    52                 obj.lbufsize     = 524288;
    53                 obj.cbufsize     = 524288;
    54                 obj.tbufsize     = 524288;
    55                 obj.gcTriggerRatio=2.0;
    56                 obj.gcTriggerMaxSize=65536;
    57                 end % }}}
    58                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     50                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
     51                self.obufsize     = 524288;
     52                self.lbufsize     = 524288;
     53                self.cbufsize     = 524288;
     54                self.tbufsize     = 524288;
     55                self.gcTriggerRatio=2.0;
     56                self.gcTriggerMaxSize=65536;
     57                end % }}}
     58                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    5959
    6060                        %Early return
    61                         if ~obj.isautodiff, return; end
     61                        if ~self.isautodiff, return; end
    6262
    6363                        %Driver value:
    … …  
    7373
    7474                        %go through our dependents and independents and check consistency:
    75                         for i=1:numel(obj.dependents),
    76                                 dep=obj.dependents{i};
     75                        for i=1:numel(self.dependents),
     76                                dep=self.dependents{i};
    7777                                md=checkconsistency(dep,md,solution,analyses);
    7878                        end
    79                         for i=1:numel(obj.independents),
    80                                 indep=obj.independents{i};
    81                                 md=checkconsistency(indep,md,i,solution,analyses,obj.driver);
    82                         end
    83 
    84                 end % }}}
    85                 function disp(obj) % {{{
     79                        for i=1:numel(self.independents),
     80                                indep=self.independents{i};
     81                                md=checkconsistency(indep,md,i,solution,analyses,self.driver);
     82                        end
     83
     84                end % }}}
     85                function disp(self) % {{{
    8686                        disp(sprintf('   automatic differentiation parameters:'));
    87                         fielddisplay(obj,'isautodiff','indicates if the automatic differentiation is activated');
    88                         fielddisplay(obj,'dependents','list of dependent variables');
    89                         fielddisplay(obj,'independents','list of independent variables');
    90                         fielddisplay(obj,'driver','ADOLC driver (''fos_forward'' or ''fov_forward'')');
    91                         fielddisplay(obj,'obufsize','Number of operations per buffer (==OBUFSIZE in usrparms.h)');
    92                         fielddisplay(obj,'lbufsize','Number of locations per buffer (==LBUFSIZE in usrparms.h)');
    93                         fielddisplay(obj,'cbufsize','Number of values per buffer (==CBUFSIZE in usrparms.h)');
    94                         fielddisplay(obj,'tbufsize','Number of taylors per buffer (<=TBUFSIZE in usrparms.h)');
    95                         fielddisplay(obj,'gcTriggerRatio','free location block sorting/consolidation triggered if the ratio between allocated and used locations exceeds gcTriggerRatio');
    96                         fielddisplay(obj,'gcTriggerMaxSize','free location block sorting/consolidation triggered if the allocated locations exceed gcTriggerMaxSize');
    97                 end % }}}
    98                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
    99 
    100                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','isautodiff','format','Boolean');
    101                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','driver','format','String');
     87                        fielddisplay(self,'isautodiff','indicates if the automatic differentiation is activated');
     88                        fielddisplay(self,'dependents','list of dependent variables');
     89                        fielddisplay(self,'independents','list of independent variables');
     90                        fielddisplay(self,'driver','ADOLC driver (''fos_forward'' or ''fov_forward'')');
     91                        fielddisplay(self,'obufsize','Number of operations per buffer (==OBUFSIZE in usrparms.h)');
     92                        fielddisplay(self,'lbufsize','Number of locations per buffer (==LBUFSIZE in usrparms.h)');
     93                        fielddisplay(self,'cbufsize','Number of values per buffer (==CBUFSIZE in usrparms.h)');
     94                        fielddisplay(self,'tbufsize','Number of taylors per buffer (<=TBUFSIZE in usrparms.h)');
     95                        fielddisplay(self,'gcTriggerRatio','free location block sorting/consolidation triggered if the ratio between allocated and used locations exceeds gcTriggerRatio');
     96                        fielddisplay(self,'gcTriggerMaxSize','free location block sorting/consolidation triggered if the allocated locations exceed gcTriggerMaxSize');
     97                end % }}}
     98                function marshall(self,md,fid) % {{{
     99
     100                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','isautodiff','format','Boolean');
     101                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','driver','format','String');
    102102
    103103                        %early return
    104                         if ~obj.isautodiff,
     104                        if ~self.isautodiff,
    105105                                WriteData(fid,'data',false,'enum',AutodiffMassFluxSegmentsPresentEnum(),'format','Boolean');
    106106                                WriteData(fid,'data',false,'enum',AutodiffKeepEnum(),'format','Boolean');
    … …  
    109109
    110110                        %buffer sizes {{{
    111                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','obufsize','format','Double');
    112                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','lbufsize','format','Double');
    113                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','cbufsize','format','Double');
    114                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','tbufsize','format','Double');
    115                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','gcTriggerRatio','format','Double');
    116                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','gcTriggerMaxSize','format','Double');
     111                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','obufsize','format','Double');
     112                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','lbufsize','format','Double');
     113                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','cbufsize','format','Double');
     114                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','tbufsize','format','Double');
     115                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','gcTriggerRatio','format','Double');
     116                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','gcTriggerMaxSize','format','Double');
    117117                        %}}}
    118118                        %process dependent variables {{{
    119                         num_dependent_objects=numel(obj.dependents);
     119                        num_dependent_objects=numel(self.dependents);
    120120                        WriteData(fid,'data',num_dependent_objects,'enum',AutodiffNumDependentObjectsEnum(),'format','Integer');
    121121
    … …  
    126126
    127127                                for i=1:num_dependent_objects,
    128                                         dep=obj.dependents{i};
     128                                        dep=self.dependents{i};
    129129
    130130                                        names{i}=dep.name;
    … …  
    138138                        %}}}
    139139                        %process independent variables {{{
    140                         num_independent_objects=numel(obj.independents);
     140                        num_independent_objects=numel(self.independents);
    141141                        WriteData(fid,'data',num_independent_objects,'enum',AutodiffNumIndependentObjectsEnum(),'format','Integer');
    142142
    … …  
    146146
    147147                                for i=1:num_independent_objects,
    148                                         indep=obj.independents{i};
     148                                        indep=self.independents{i};
    149149
    150150                                        names(i)=StringToEnum(indep.name);
    … …  
    156156                        %}}}
    157157                        %if driver is fos_forward, build index:  {{{
    158                         if strcmpi(obj.driver,'fos_forward'),
     158                        if strcmpi(self.driver,'fos_forward'),
    159159                                index=0;
    160160
    161161                                for i=1:num_independent_objects,
    162                                         indep=obj.independents{i};
     162                                        indep=self.independents{i};
    163163                                        if ~isnan(indep.fos_forward_index),
    164164                                                index=index+indep.fos_forward_index;
    … …  
    177177                        %}}}
    178178                        %if driver is fos_reverse, build index:  {{{
    179                         if strcmpi(obj.driver,'fos_reverse'),
     179                        if strcmpi(self.driver,'fos_reverse'),
    180180                                index=0;
    181181
    182182                                for i=1:num_dependent_objects,
    183                                         dep=obj.dependents{i};
     183                                        dep=self.dependents{i};
    184184                                        if ~isnan(dep.fos_reverse_index),
    185185                                                index=index+dep.fos_reverse_index;
    … …  
    198198                        %}}}
    199199                        %if driver is fov_forward, build indices:  {{{
    200                         if strcmpi(obj.driver,'fov_forward'),
     200                        if strcmpi(self.driver,'fov_forward'),
    201201                                indices=0;
    202202
    203203                                for i=1:num_independent_objects,
    204                                         indep=obj.independents{i};
     204                                        indep=self.independents{i};
    205205                                        if ~isempty(indep.fos_forward_index),
    206206                                                indices=indices+indep.fov_forward_indices;
    … …  
    221221                        mass_flux_segments=cell(0,1);
    222222                        for i=1:num_dependent_objects,
    223                                 dep=obj.dependents{i};
     223                                dep=self.dependents{i};
    224224                                if strcmpi(dep.name,'MassFlux'),
    225225                                        mass_flux_segments{end+1,1}=dep.segments;
    … …  
    244244                        %
    245245
    246                         if length(obj.driver)<=3,
     246                        if length(self.driver)<=3,
    247247                                keep=false; %there is no "_reverse" string within the driver string:
    248248                        else
    249                                 if strncmpi(obj.driver(4:end),'_reverse',8),
     249                                if strncmpi(self.driver(4:end),'_reverse',8),
    250250                                        keep=true;
    251251                                else

  • issm/trunk/src/m/classes/balancethickness.m

    r17989 r19105  
    99                thickening_rate   = NaN;
    1010                stabilization     = 0;
     11
     12                omega             = NaN;
    1113        end
    1214        methods
    13         function createxml(obj,fid) % {{{
    14             fprintf(fid, '\n\n');
    15             fprintf(fid, '%s\n', '<!-- balancethickness -->');
    16            
    17                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="spcthickness" type="',     class(obj.spcthickness),'" default="',        convert2str(obj.spcthickness),'">',       '     <section name="balancethickness" />','     <help> thickness constraints (NaN means no constraint) [m] </help>','</parameter>');
    18             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="thickening_rate" type="',      class(obj.thickening_rate),'" default="',            convert2str(obj.thickening_rate),'">',     '     <section name="balancethickness" />','     <help> ice thickening rate used in the mass conservation (dh/dt) [m/yr] </help>','</parameter>');
    19            
    20             % balancethickness drop-down (1,2, or 3)
    21             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n',        '<parameter key ="stabilization" type="alternative" optional="false">','     <section name="balancethickness" />','     <help> 0: None, 1: SU, 2: SSAs artificial diffusivity, 3:DG </help>');
    22             fprintf(fid,'%s\n','       <option value="1" type="string" default="true"> </option>');
    23             fprintf(fid,'%s\n','       <option value="2" type="string" default="false"> </option>');
    24             fprintf(fid,'%s\n%s\n','       <option value="3" type="string" default="false"> </option>','</parameter>');
    25 
    26         end % }}}
    27                 function obj = balancethickness(varargin) % {{{
     15                function self = balancethickness(varargin) % {{{
    2816                        switch nargin
    2917                                case 0
    30                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     18                                        self=setdefaultparameters(self);
    3119                                otherwise
    3220                                        error('constructor not supported');
    3321                        end
    3422                end % }}}
    35                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     23                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    3624
    3725                        %Type of stabilization used
    38                         obj.stabilization=1;
     26                        self.stabilization=1;
    3927
    4028                end % }}}
    41                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     29                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    4230                        %Early return
    4331                        if solution~=BalancethicknessSolutionEnum(), return; end
    … …  
    4634                        md = checkfield(md,'fieldname','balancethickness.thickening_rate','size',[md.mesh.numberofvertices 1],'NaN',1);
    4735                        md = checkfield(md,'fieldname','balancethickness.stabilization','size',[1 1],'values',[0 1 2 3]);
     36
     37                        %md = checkfield(md,'fieldname','balancethickness.omega','size',[md.mesh.numberofvertices 1],'NaN',1,'>=',0);
    4838                end % }}}
    49                 function disp(obj) % {{{
     39                function disp(self) % {{{
    5040                        disp(sprintf('   balance thickness solution parameters:'));
    5141
    52                         fielddisplay(obj,'spcthickness','thickness constraints (NaN means no constraint) [m]');
    53                         fielddisplay(obj,'thickening_rate','ice thickening rate used in the mass conservation (dh/dt) [m/yr]');
    54                         fielddisplay(obj,'stabilization','0: None, 1: SU, 2: SSA''s artificial diffusivity, 3:DG');
     42                        fielddisplay(self,'spcthickness','thickness constraints (NaN means no constraint) [m]');
     43                        fielddisplay(self,'thickening_rate','ice thickening rate used in the mass conservation (dh/dt) [m/yr]');
     44                        fielddisplay(self,'stabilization','0: None, 1: SU, 2: SSA''s artificial diffusivity, 3:DG');
    5545
    5646                end % }}}
    57                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
     47                function marshall(self,md,fid) % {{{
    5848
    5949                        yts=365.0*24.0*3600.0;
    6050
    61                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','spcthickness','format','DoubleMat','mattype',1);
    62                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','thickening_rate','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts);
    63                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','stabilization','format','Integer');
     51                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','spcthickness','format','DoubleMat','mattype',1);
     52                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','thickening_rate','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts);
     53                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','stabilization','format','Integer');
     54
     55                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','omega','format','DoubleMat','mattype',1);
    6456                end % }}}
    6557        end

  • issm/trunk/src/m/classes/bamgmesh.m

    r12706 r19105  
    2323                CrackedVertices=[];
    2424                CrackedEdges=[];
     25                PreviousNumbering=[];
    2526                % }}}
    2627        end

  • issm/trunk/src/m/classes/basalforcings.m

    r18301 r19105  
    1111        end
    1212        methods
    13         function createxml(obj,fid) % {{{
    14             fprintf(fid, '\n\n');
    15             fprintf(fid, '%s\n', '<!-- basalforcings -->');
    16                          fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="melting_rate" type="',            class(obj.melting_rate),'" default="',              num2str(obj.melting_rate),'">',              '     <section name="basalforcings" />','     <help> basal melting rate (positive if melting) [m/yr] </help>','</parameter>');
    17              fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n',        '<parameter key ="geothermalflux" type="',          class(obj.geothermalflux),'" default="',            num2str(obj.geothermalflux),'">',            '     <section name="basalforcings" />','     <help> geothermal heat flux [W/m^2] </help>','</parameter>');
    18              
    19         end % }}}
    20                 function obj = basalforcings(varargin) % {{{
     13                function createxml(self,fid) % {{{
     14                        fprintf(fid, '\n\n');
     15                        fprintf(fid, '%s\n', '<!-- basalforcings -->');
     16                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="melting_rate" type="',            class(self.melting_rate),'" default="',              num2str(self.melting_rate),'">',              '     <section name="basalforcings" />','     <help> basal melting rate (positive if melting) [m/yr] </help>','</parameter>');
     17                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n',        '<parameter key ="geothermalflux" type="',          class(self.geothermalflux),'" default="',            num2str(self.geothermalflux),'">',            '     <section name="basalforcings" />','     <help> geothermal heat flux [W/m^2] </help>','</parameter>');
     18
     19                end % }}}
     20                function self = extrude(self,md) % {{{
     21                        self.groundedice_melting_rate=project3d(md,'vector',self.groundedice_melting_rate,'type','node','layer',1);
     22                        self.floatingice_melting_rate=project3d(md,'vector',self.floatingice_melting_rate,'type','node','layer',1);
     23                        self.geothermalflux=project3d(md,'vector',self.geothermalflux,'type','node','layer',1); %bedrock only gets geothermal flux
     24                end % }}}
     25                function self = basalforcings(varargin) % {{{
    2126                        switch nargin
    2227                                case 0
    23                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     28                                        self=setdefaultparameters(self);
    2429                                otherwise
    2530                                        error('constructor not supported');
    … …  
    3944
    4045                end % }}}
    41                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     46                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    4247
    4348                end % }}}
    44                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     49                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    4550
    4651                        if ismember(MasstransportAnalysisEnum(),analyses) & ~(solution==TransientSolutionEnum() & md.transient.ismasstransport==0),
    47                                 md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.groundedice_melting_rate','NaN',1,'forcing',1);
    48                                 md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.floatingice_melting_rate','NaN',1,'forcing',1);
     52                                md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.groundedice_melting_rate','NaN',1,'timeseries',1);
     53                                md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.floatingice_melting_rate','NaN',1,'timeseries',1);
    4954                        end
    5055                        if ismember(BalancethicknessAnalysisEnum(),analyses),
    … …  
    5358                        end
    5459                        if ismember(ThermalAnalysisEnum(),analyses) & ~(solution==TransientSolutionEnum() & md.transient.isthermal==0),
    55                                 md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.groundedice_melting_rate','NaN',1,'forcing',1);
    56                                 md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.floatingice_melting_rate','NaN',1,'forcing',1);
    57                                 md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.geothermalflux','NaN',1,'forcing',1,'>=',0);
     60                                md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.groundedice_melting_rate','NaN',1,'timeseries',1);
     61                                md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.floatingice_melting_rate','NaN',1,'timeseries',1);
     62                                md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.geothermalflux','NaN',1,'timeseries',1,'>=',0);
    5863                        end
    5964                end % }}}
    60                 function disp(obj) % {{{
     65                function disp(self) % {{{
    6166                        disp(sprintf('   basal forcings parameters:'));
    6267
    63                         fielddisplay(obj,'groundedice_melting_rate','basal melting rate (positive if melting) [m/yr]');
    64                         fielddisplay(obj,'floatingice_melting_rate','basal melting rate (positive if melting) [m/yr]');
    65                         fielddisplay(obj,'geothermalflux','geothermal heat flux [W/m^2]');
     68                        fielddisplay(self,'groundedice_melting_rate','basal melting rate (positive if melting) [m/yr]');
     69                        fielddisplay(self,'floatingice_melting_rate','basal melting rate (positive if melting) [m/yr]');
     70                        fielddisplay(self,'geothermalflux','geothermal heat flux [W/m^2]');
    6671
    6772                end % }}}
    68                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
     73                function marshall(self,md,fid) % {{{
    6974
    7075                        yts=365.0*24.0*3600.0;
    7176
    7277                        WriteData(fid,'enum',BasalforcingsEnum(),'data',FloatingMeltRateEnum(),'format','Integer');
    73                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','groundedice_melting_rate','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
    74                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','floatingice_melting_rate','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
    75                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','geothermalflux','format','DoubleMat','mattype',1,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
     78                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','groundedice_melting_rate','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
     79                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','floatingice_melting_rate','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
     80                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','geothermalflux','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
    7681                end % }}}
    7782        end

  • issm/trunk/src/m/classes/basalforcings.py

    r18301 r19105  
    11from fielddisplay import fielddisplay
     2from project3d import project3d
    23from EnumDefinitions import *
    34from checkfield import checkfield
    … …  
    3031                return string
    3132                #}}}
     33        def extrude(self,md): # {{{
     34                self.groundedice_melting_rate=project3d(md,'vector',self.groundedice_melting_rate,'type','node','layer',1)
     35                self.floatingice_melting_rate=project3d(md,'vector',self.floatingice_melting_rate,'type','node','layer',1)
     36                self.geothermalflux=project3d(md,'vector',self.geothermalflux,'type','node','layer',1)    #bedrock only gets geothermal flux
     37                return self
     38        #}}}
    3239        def initialize(self,md): # {{{
    3340
    … …  
    4855
    4956                if MasstransportAnalysisEnum() in analyses and not (solution==TransientSolutionEnum() and not md.transient.ismasstransport):
    50                         md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.groundedice_melting_rate','NaN',1,'forcing',1)
    51                         md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.floatingice_melting_rate','NaN',1,'forcing',1)
     57                        md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.groundedice_melting_rate','NaN',1,'timeseries',1)
     58                        md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.floatingice_melting_rate','NaN',1,'timeseries',1)
    5259
    5360                if BalancethicknessAnalysisEnum() in analyses:
    … …  
    5663
    5764                if ThermalAnalysisEnum() in analyses and not (solution==TransientSolutionEnum() and not md.transient.isthermal):
    58                         md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.groundedice_melting_rate','NaN',1,'forcing',1)
    59                         md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.floatingice_melting_rate','NaN',1,'forcing',1)
    60                         md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.geothermalflux','NaN',1,'forcing',1,'>=',0)
     65                        md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.groundedice_melting_rate','NaN',1,'timeseries',1)
     66                        md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.floatingice_melting_rate','NaN',1,'timeseries',1)
     67                        md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.geothermalflux','NaN',1,'timeseries',1,'>=',0)
    6168
    6269                return md
    … …  
    6774
    6875                WriteData(fid,'enum',BasalforcingsEnum(),'data',FloatingMeltRateEnum(),'format','Integer');
    69                 WriteData(fid,'object',self,'fieldname','groundedice_melting_rate','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
    70                 WriteData(fid,'object',self,'fieldname','floatingice_melting_rate','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
    71                 WriteData(fid,'object',self,'fieldname','geothermalflux','format','DoubleMat','mattype',1,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
     76                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','groundedice_melting_rate','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
     77                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','floatingice_melting_rate','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
     78                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','geothermalflux','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
    7279        # }}}

  • issm/trunk/src/m/classes/clusters/acenet.m

    r17806 r19105  
    99    properties (SetAccess=public)
    1010                 % {{{
    11                  name='glacdyn.ace-net.ca'
    12                  %name='placentia.ace-net.ca'
     11                 %name='glacdyn.ace-net.ca'
     12                 name='placentia.ace-net.ca'
    1313                 %name='brasdor.ace-net.ca'
    1414                 login='klemorza';
    … …  
    1919                 % codepath='/usr/local/issm-r11321/bin'; % this one is for issm on acenet global
    2020                 codepath='/home/klemorza/issm/trunk-jpl/bin'; % this one is for issm on my acenet directory
    21                  executionpath='/home/klemorza/issm/trunk-jpl/execution';
     21                 %executionpath='/home/klemorza/issm/trunk-jpl/execution';
     22                 %executionpath='/home/klemorza/scratch/issmres.dir';
     23                 executionpath='/net/glacdyn-data/glacdyn/1/klemorza/issm.dir';
    2224                 %}}}
    2325         end
    … …  
    5052
    5153                         available_queues={'debug','shortq','longq'};
    52                          queue_requirements_time=[60*1 60*3 60*17];
     54                         queue_requirements_time=[48*1 48*2 48*5];
    5355                         queue_requirements_np=[32 128 256];
    5456
    … …  
    6668                         fprintf(fid,'#$ -cwd\n');
    6769          fprintf(fid,'#$ -N issm\n');
    68           fprintf(fid,'#$ -l h_rt=96:0:0\n');
     70          %fprintf(fid,'#$ -l h_rt=25:00:0\n');
     71          %fprintf(fid,'#$ -l h_rt=47:59:00\n');
     72          %fprintf(fid,'#$ -l h_rt=72:00:0\n');
     73          fprintf(fid,'#$ -l h_rt=96:00:0\n');
     74          fprintf(fid,'#$ -l h_vmem=4G\n');
    6975          fprintf(fid,'#$ -pe ompi* %i\n',cluster.np);
    7076          fprintf(fid,'#$ -j y\n');
     77          fprintf(fid,'#$ -l h=cl27*|cl28*|cl29*|cl30*|cl31*|cl320|cl267|cl268|cl269|cl338 \n');
     78          %fprintf(fid,'#$ -l h=cl338 \n');
     79          %fprintf(fid,'#$ -pe openmp 20 \n');
     80          %fprintf(fid,'#$ -q !tarasov.q\n'); %
     81          fprintf(fid,'#$ -pe openmp 8\n');
    7182          fprintf(fid,'module purge\n');
    72           fprintf(fid,'module load gcc openmpi/gcc\n');
    73           fprintf(fid,'module load issm\n');
    74                          fprintf(fid,'export ISSM_DIR="%s/../"\n',cluster.codepath); %FIXME
    75                          fprintf(fid,'source $ISSM_DIR/etc/environment.sh\n');       %FIXME
     83          %fprintf(fid,'module load gcc openmpi/gcc\n');
     84          %fprintf(fid,'module unload openmpi\n');
     85          fprintf(fid,'module load intel/12.1.7.367\n');
     86          fprintf(fid,'module load openmpi/intel/1.2.9\n');
     87
     88          fprintf(fid,'module load gsl\n');
     89          %fprintf(fid,'module load issm\n');
     90          fprintf(fid,'export ISSM_DIR="%s/../"\n',cluster.codepath); %FIXME
     91          fprintf(fid,'source $ISSM_DIR/etc/environment.sh\n');       %FIXME
    7692          fprintf(fid,'\n');
    77           fprintf(fid,'mpiexec -np %i %s/issm.exe %s %s %s 2> %s.errlog >%s.outlog ',...
    78                    cluster.np,cluster.codepath,EnumToString(solution),[cluster.executionpath '/' dirname],modelname,modelname,modelname);
     93          fprintf(fid,'mpiexec %s/issm.exe %s %s %s 2> %s.errlog >%s.outlog\n',...
     94                   cluster.codepath,EnumToString(solution),[cluster.executionpath '/' dirname],modelname,modelname,modelname);
     95          %fprintf(fid,'echo $HOSTNAME >>%s.outlog',modelname);
    7996                         fclose(fid);
    8097
    … …  
    95112                         disp('launching solution sequence on remote cluster');
    96113                         launchcommand=['cd ' cluster.executionpath ' && rm -rf ./' dirname ' && mkdir ' dirname ...
    97                                  ' && cd ' dirname ' && mv ../' dirname '.tar.gz ./ && tar -zxf ' dirname '.tar.gz  && qsub ' modelname '.queue '];
     114                                 ' && cd ' dirname ' && mv ../' dirname '.tar.gz ./ && tar -zxf ' dirname '.tar.gz && qsub ' modelname '.queue '];
    98115                         issmssh(cluster.name,cluster.login,cluster.port,launchcommand);
    99116                 end %}}}

  • issm/trunk/src/m/classes/clusters/discover.m

    r17806 r19105  
    5858                 function md = checkconsistency(cluster,md,solution,analyses) % {{{
    5959
    60                          available_queues={'general_long','general','general_small','debug'};
    61                          queue_requirements_time=[24*60 12*60 12*60 60];
    62                          queue_requirements_np=[516 1024 16 32];
     60                         available_queues={'general_long','general','debug'};
     61                         queue_requirements_time=[24*60 12*60 60];
     62                         queue_requirements_np=[516 1024 32];
    6363
    6464                         QueueRequirements(available_queues,queue_requirements_time,queue_requirements_np,cluster.queue,cluster.np,cluster.time)
    6565
    66                          if ( strcmpi(cluster.queue,'general') & cluster.cpuspernode*cluster.numnodes < 17)
    67                                  md = checkmessage(md,'cpus must be greater than 17 for general queue');
    68                          end
    6966                         %now, check cluster.cpuspernode according to processor type
    70                          if ( strcmpi(cluster.processor,'neha')),
    71                                  if ((cluster.cpuspernode>8 ) | (cluster.cpuspernode<1)),
    72                                          md = checkmessage(md,'cpuspernode should be between 1 and 8 for ''neha'' processors');
     67                         if ( strcmpi(cluster.processor,'sand')),
     68                                 if ((cluster.cpuspernode>16 ) | (cluster.cpuspernode<1)),
     69                                         md = checkmessage(md,'cpuspernode should be between 1 and 16 for ''sand'' processors');
    7370                                 end
    7471                         elseif strcmpi(cluster.processor,'west'),
    … …  
    7774                                 end
    7875                         else
    79                                  md = checkmessage(md,'unknown processor type, should be ''neha'' or ''west'' ');
     76                                 md = checkmessage(md,'unknown processor type, should be ''sand'' or ''west'' ');
    8077                         end
    8178
    … …  
    10097                         fprintf(fid,'#PBS -l select=%i:mpiprocs=%i:proc=%s\n',cluster.numnodes,cluster.cpuspernode,cluster.processor);
    10198                         fprintf(fid,'#PBS -l walltime=%i:00\n',cluster.time); %SLURM walltime is in minutes:
    102                          fprintf(fid,'#PBS -q %s \n',cluster.queue);
     99                         if ~strcmp(cluster.queue,'general'),
     100                                 fprintf(fid,'#PBS -q %s \n',cluster.queue);
     101                         end
    103102                         fprintf(fid,'#PBS -W group_list=s1010\n');
    104103                         fprintf(fid,'#PBS -m e\n');

  • issm/trunk/src/m/classes/clusters/generic.m

    r18301 r19105  
    2424        end
    2525        methods
    26         function createxml(obj,fid) % {{{
     26        function createxml(self,fid) % {{{
    2727            fprintf(fid, '\n\n');
    2828            fprintf(fid, '%s\n', '<!-- generic -->');
    2929           
    30                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="name" type="',class(obj.name),'" default="',convert2str(obj.name),'">',    '     <section name="cluster" />','     <help> N/A </help>','</parameter>');
    31             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="login" type="',class(obj.login),'" default="',convert2str(obj.login),'">',     '     <section name="cluster" />','     <help> N/A </help>','</parameter>');
    32             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',     '<parameter key ="np" type="',class(obj.np),'" default="',convert2str(obj.np),'">',     '     <section name="cluster" />','     <help> N/A </help>','</parameter>');
    33             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="port" type="',class(obj.port),'" default="',convert2str(obj.port),'">',        '     <section name="cluster" />','     <help> N/A </help>','</parameter>');
    34             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="codepath" type="',class(obj.codepath),'" default="',convert2str(obj.codepath),'">',     '     <section name="cluster" />','     <help> N/A </help>','</parameter>');
     30                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="name" type="',class(self.name),'" default="',convert2str(self.name),'">',  '     <section name="cluster" />','     <help> N/A </help>','</parameter>');
     31            fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="login" type="',class(self.login),'" default="',convert2str(self.login),'">',     '     <section name="cluster" />','     <help> N/A </help>','</parameter>');
     32            fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',     '<parameter key ="np" type="',class(self.np),'" default="',convert2str(self.np),'">',   '     <section name="cluster" />','     <help> N/A </help>','</parameter>');
     33            fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="port" type="',class(self.port),'" default="',convert2str(self.port),'">',      '     <section name="cluster" />','     <help> N/A </help>','</parameter>');
     34            fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="codepath" type="',class(self.codepath),'" default="',convert2str(self.codepath),'">',     '     <section name="cluster" />','     <help> N/A </help>','</parameter>');
    3535             
    36             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="executionpath" type="',class(obj.executionpath),'" default="',convert2str(obj.executionpath),'">',     '     <section name="cluster" />','     <help> N/A </help>','</parameter>');
    37             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="etcpath" type="',class(obj.etcpath),'" default="',convert2str(obj.etcpath),'">',     '     <section name="cluster" />','     <help> N/A </help>','</parameter>');
    38             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="valgrind" type="',class(obj.valgrind),'" default="',convert2str(obj.valgrind),'">',    '     <section name="cluster" />','     <help> N/A </help>','</parameter>');
    39             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="valgrindlib" type="',class(obj.valgrindlib),'" default="',convert2str(obj.valgrindlib),'">',     '     <section name="cluster" />','     <help> N/A </help>','</parameter>');
    40             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="valgrindsup" type="',class(obj.valgrindsup),'" default="',convert2str(obj.valgrindsup),'">',     '     <section name="cluster" />','     <help> N/A </help>','</parameter>');
    41             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n',         '<parameter key ="verbose" type="',class(obj.verbose),'" default="',convert2str(obj.verbose),'">',      '     <section name="cluster" />','     <help> N/A </help>','</parameter>');
     36            fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="executionpath" type="',class(self.executionpath),'" default="',convert2str(self.executionpath),'">',   '     <section name="cluster" />','     <help> N/A </help>','</parameter>');
     37            fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="etcpath" type="',class(self.etcpath),'" default="',convert2str(self.etcpath),'">',     '     <section name="cluster" />','     <help> N/A </help>','</parameter>');
     38            fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="valgrind" type="',class(self.valgrind),'" default="',convert2str(self.valgrind),'">',  '     <section name="cluster" />','     <help> N/A </help>','</parameter>');
     39            fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="valgrindlib" type="',class(self.valgrindlib),'" default="',convert2str(self.valgrindlib),'">',     '     <section name="cluster" />','     <help> N/A </help>','</parameter>');
     40            fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="valgrindsup" type="',class(self.valgrindsup),'" default="',convert2str(self.valgrindsup),'">',     '     <section name="cluster" />','     <help> N/A </help>','</parameter>');
     41            fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n',         '<parameter key ="verbose" type="',class(self.verbose),'" default="',convert2str(self.verbose),'">',    '     <section name="cluster" />','     <help> N/A </help>','</parameter>');
    4242             
    4343        end % }}}
    4444                function cluster=generic(varargin) % {{{
     45
     46                        %Change the defaults if ispc
     47                        if ispc,
     48                                cluster.codepath      = [issmdir() '\bin'];
     49                                cluster.etcpath       = [issmdir() '\etc'];
     50                                cluster.executionpath = [issmdir() '\execution'];
     51                        end
    4552
    4653                        %use provided options to change fields

  • issm/trunk/src/m/classes/clusters/greenplanet.m

    r17806 r19105  
    99    properties (SetAccess=public) 
    1010                 % {{{
    11                  name='greenplanet'
    12                  login='';
    13                  numnodes=20;
    14                  cpuspernode=8;
    15                  port=8000;
    16                  queue='c6145';
    17                  codepath='';
    18                  executionpath='';
    19                  interactive=0;
    20                  time=24*60;
    21                  memory=2;
     11                 name          = 'greenplanet'
     12                 login         = '';
     13                 numnodes      = 20;
     14                 cpuspernode   = 8;
     15                 port          = 8000;
     16                 queue         = 'c6145';
     17                 codepath      = '';
     18                 executionpath = '';
     19                 interactive   = 0;
     20                 time          = 24*60;
     21                 memory        = 2;
    2222         end
    2323         properties (SetAccess=private)
    … …  
    8787                         fprintf(fid,'#PBS -o %s.outlog \n',modelname);
    8888                         fprintf(fid,'#PBS -e %s.errlog \n\n',modelname);
    89                          %fprintf(fid,'cd %s/%s\n\n',cluster.executionpath,dirname);
     89                         fprintf(fid,'export ISSM_DIR="%s/../"\n',cluster.codepath); %FIXME
     90                         fprintf(fid,'source $ISSM_DIR/etc/environment.sh\n');       %FIXME
     91                         fprintf(fid,'cd %s/%s\n\n',cluster.executionpath,modelname);
    9092                         fprintf(fid,'mpiexec -np %i %s/kriging.exe %s %s\n',cluster.np,cluster.codepath,[cluster.executionpath '/' modelname],modelname);
    9193                         if ~io_gather, %concatenate the output files:

  • issm/trunk/src/m/classes/clusters/pfe.m

    r16560 r19105  
    1616                 queue          = 'long';
    1717                 time           = 12*60;
    18                  processor      = 'neh';
     18                 processor      = 'wes';
    1919                 codepath       = '';
    2020                 executionpath  = '';
    … …  
    126126                         fprintf(fid,'#PBS -W group_list=%s\n',cluster.grouplist);
    127127                         fprintf(fid,'#PBS -m e\n');
    128                          fprintf(fid,'#PBS -o %s.outlog \n',modelname);
    129                          fprintf(fid,'#PBS -e %s.errlog \n\n',modelname);
     128                         fprintf(fid,'#PBS -o %s.outlog \n',[cluster.executionpath '/' dirname '/' modelname]);
     129                         fprintf(fid,'#PBS -e %s.errlog \n\n',[cluster.executionpath '/' dirname '/' modelname]);
    130130                         fprintf(fid,'. /usr/share/modules/init/bash\n\n');
    131                          fprintf(fid,'module load comp-intel/2013.1.117\n');
    132                          fprintf(fid,'module load mpi-sgi/mpt.2.06rp16\n');
     131                         fprintf(fid,'module load comp-intel/2015.0.090\n');
     132                         fprintf(fid,'module load mpi-sgi/mpt.2.11r13\n');
    133133                         fprintf(fid,'export PATH="$PATH:."\n\n');
    134134                         fprintf(fid,'export MPI_GROUP_MAX=64\n\n');
    … …  
    136136                         fprintf(fid,'source $ISSM_DIR/etc/environment.sh\n');       %FIXME
    137137                         fprintf(fid,'cd %s/%s/\n\n',cluster.executionpath,dirname);
    138                          fprintf(fid,'mpiexec -np %i %s/issm.exe %s %s %s\n',cluster.np,cluster.codepath,EnumToString(solution),[cluster.executionpath '/' dirname],modelname);
     138                         if ~isvalgrind,
     139                                 fprintf(fid,'mpiexec -np %i %s/issm.exe %s %s %s\n',cluster.np,cluster.codepath,EnumToString(solution),[cluster.executionpath '/' dirname],modelname);
     140                         else
     141                                 fprintf(fid,'mpiexec -np %i valgrind --leak-check=full %s/issm.exe %s %s %s\n',cluster.np,cluster.codepath,EnumToString(solution),[cluster.executionpath '/' dirname],modelname);
     142                         end
    139143                         if ~io_gather, %concatenate the output files:
    140144                                 fprintf(fid,'cat %s.outbin.* > %s.outbin',modelname,modelname);
    … …  
    179183                         fprintf(fid,'#PBS -e %s.errlog \n\n',modelname);
    180184                         fprintf(fid,'. /usr/share/modules/init/bash\n\n');
    181                          fprintf(fid,'module load comp-intel/2013.1.117\n');
    182                          fprintf(fid,'module load mpi-sgi/mpt.2.06rp16\n');
     185                         fprintf(fid,'module load comp-intel/2015.0.090\n');
     186                         fprintf(fid,'module load mpi-sgi/mpt.2.11r13\n');
    183187                         fprintf(fid,'export PATH="$PATH:."\n');
    184188                         fprintf(fid,'export ISSM_DIR="%s/../"\n',cluster.codepath); %FIXME
    … …  
    210214                         end
    211215                 end %}}}
     216                 function BuildOceanQueueScript(np,cluster,modelname) % {{{
     217
     218                         %write queuing script
     219                         fid=fopen([modelname '.queue'],'w');
     220                         fprintf(fid,'#PBS -S /bin/bash\n');
     221                         fprintf(fid,'#PBS -l select=1:ncpus=%i:model=%s\n',np,cluster.processor);
     222                         fprintf(fid,'#PBS -l walltime=%i\n',cluster.time); %walltime is in seconds.
     223                         fprintf(fid,'#PBS -q %s \n',cluster.queue);
     224                         fprintf(fid,'#PBS -W group_list=%s\n',cluster.grouplist);
     225                         fprintf(fid,'#PBS -m e\n');
     226                         fprintf(fid,'#PBS -o %s.outlog \n',modelname);
     227                         fprintf(fid,'#PBS -e %s.errlog \n\n',modelname);
     228                         fprintf(fid,'. /usr/share/modules/init/bash\n\n');
     229                         fprintf(fid,'module load comp-intel/2015.0.090\n');
     230                         fprintf(fid,'module load test/mpt.2.11r8\n');
     231                         fprintf(fid,'module load netcdf/4.0\n');
     232                         fprintf(fid,'module load mpi-mvapich2/1.4.1/gcc\n');
     233                         fprintf(fid,'module load gcc/4.4.4\n');
     234                         fprintf(fid,'export PATH="$PATH:."\n');
     235                         fprintf(fid,'export MPI_GROUP_MAX=64\n\n');
     236                         fprintf(fid,['cd ' pwd() ' \n\n']);
     237                         fprintf(fid,'mpiexec -np %i ./mitgcmuv\n',np);
     238                %        if ~io_gather, %concatenate the output files:
     239                %                fprintf(fid,'cat %s.outbin.* > %s.outbin',modelname,modelname);
     240                %        end
     241                         fclose(fid);
     242
     243                 end %}}}
    212244                 function LaunchQueueJob(cluster,modelname,dirname,filelist)% {{{
    213245

  • issm/trunk/src/m/classes/constants.m

    r17806 r19105  
    66classdef constants
    77        properties (SetAccess=public)
    8                 g                    = 0;
    9                 yts                  = 0;
    10                 referencetemperature = 0;
     8                g                    = 0.;
     9                omega                = 0.;
     10                yts                  = 0.;
     11                referencetemperature = 0.;
    1112        end
    1213        methods
    13         function createxml(obj,fid) % {{{
     14        function createxml(self,fid) % {{{
    1415            fprintf(fid, '\n\n');
    1516            fprintf(fid, '%s\n', '<!-- constants -->');
    16                          fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="g" type="',class(obj.g),'" default="',num2str(obj.g),'">','     <section name="constants" />','     <help> gravitational acceleration [m/s^2] </help>','</parameter>');
    17              fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="yts" type="',class(obj.yts),'" default="',num2str(obj.yts),'">','     <section name="constants" />','     <help> number of seconds in a year [s/yr] </help>','</parameter>');
    18              fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="referencetemperature" type="',class(obj.referencetemperature),'" default="',num2str(obj.referencetemperature),'">','     <section name="constants" />','     <help> reference temperature used in the enthalpy model [K] </help>','</parameter>');
     17                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="g" type="',class(self.g),'" default="',num2str(self.g),'">','     <section name="constants" />','     <help> gravitational acceleration [m/s^2] </help>','</parameter>');
     18             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="yts" type="',class(self.yts),'" default="',num2str(self.yts),'">','     <section name="constants" />','     <help> number of seconds in a year [s/yr] </help>','</parameter>');
     19             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="referencetemperature" type="',class(self.referencetemperature),'" default="',num2str(self.referencetemperature),'">','     <section name="constants" />','     <help> reference temperature used in the enthalpy model [K] </help>','</parameter>');
    1920                end % }}}
    20                 function obj = constants(varargin) % {{{
     21                function self = constants(varargin) % {{{
    2122                        switch nargin
    2223                                case 0
    23                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     24                                        self=setdefaultparameters(self);
    2425                                otherwise
    2526                                        error('constructor not supported');
    2627                        end
    2728                end % }}}
    28                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     29                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    2930
    3031                        %acceleration due to gravity (m/s^2)
    31                         obj.g=9.81;
     32                        self.g=9.81;
     33
     34                        %Earth's rotation speed
     35                        self.omega = 7.292*1e-5;
    3236
    3337                        %converstion from year to seconds
    34                         obj.yts=365*24*3600;
     38                        self.yts=365*24*3600;
    3539
    3640                        %the reference temperature for enthalpy model (cf Aschwanden)
    37                         obj.referencetemperature=223.15;
     41                        self.referencetemperature=223.15;
    3842
    3943                end % }}}
    40                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     44                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    4145
    42 %                       md = checkfield(md,'fieldname','constants.g','>',0,'size',[1 1]);
     46                        md = checkfield(md,'fieldname','constants.g','>=',0,'size',[1 1]); %We allow 0 for validation tests
     47                        md = checkfield(md,'fieldname','constants.omega','>=',0,'size',[1 1]);
    4348                        md = checkfield(md,'fieldname','constants.yts','>',0,'size',[1 1]);
    4449                        md = checkfield(md,'fieldname','constants.referencetemperature','size',[1 1]);
    4550
    4651                end % }}}
    47                 function disp(obj) % {{{
     52                function disp(self) % {{{
    4853                        disp(sprintf('   constants parameters:'));
    4954
    50                         fielddisplay(obj,'g','gravitational acceleration [m/s^2]');
    51                         fielddisplay(obj,'yts','number of seconds in a year [s/yr]');
    52                         fielddisplay(obj,'referencetemperature','reference temperature used in the enthalpy model [K]');
     55                        fielddisplay(self,'g','gravitational acceleration [m/s^2]');
     56                        fielddisplay(self,'omega','angular velocity of Earth [rad/s]');
     57                        fielddisplay(self,'yts','number of seconds in a year [s/yr]');
     58                        fielddisplay(self,'referencetemperature','reference temperature used in the enthalpy model [K]');
    5359
    5460                end % }}}
    55                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
    56                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','g','format','Double');
    57                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','yts','format','Double');
    58                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','referencetemperature','format','Double');
     61                function marshall(self,md,fid) % {{{
     62                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','g','format','Double');
     63                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','omega','format','Double');
     64                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','yts','format','Double');
     65                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','referencetemperature','format','Double');
    5966                end % }}}
    6067        end

  • issm/trunk/src/m/classes/damage.m

    r18301 r19105  
    3232        end
    3333        methods
    34                 function createxml(obj,fid) % {{{
     34                function createxml(self,fid) % {{{
    3535                        fprintf(fid, '\n\n');
    3636                        fprintf(fid, '%s\n', '<!-- damage -->');
    3737                        fprintf(fid, '%s\n', '<!-- Note: this class depends on different input of law -->');
    3838
    39                         %fprintf(fid,'%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="law" type="logical"',           '" default="',                num2str(obj.law),'">',   '     <section name="damage" />','     <help> damage law (string) from {"undamaged","pralong"} </help>','</parameter>');
     39                        %fprintf(fid,'%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="law" type="logical"',           '" default="',                num2str(self.law),'">',   '     <section name="damage" />','     <help> damage law (string) from {"undamaged","pralong"} </help>','</parameter>');
    4040                        % drop-down
    4141                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n\t%s\n','<parameter key ="law" type="','alternative','" optional="','false','">','<section name="damage" />');
    … …  
    4949                        fprintf(fid,'\t%s%s%s%s%s\n\t\t%s\n','<option value="pralong" type="','string','" default="','false','">','<help> law = pralong </help>');
    5050
    51                         fprintf(fid,'\t\t%s%s%s%s%s\n\t\t\t%s\n\t\t%s\n',   '<parameter key ="stress_threshold" type="',class(obj.stress_threshold),'" default="',num2str(obj.stress_threshold),'">','<help> damage stress threshold [Pa] </help>','</parameter>');
    52                         fprintf(fid,'\t\t%s%s%s%s%s\n\t\t\t%s\n\t\t%s\n',       '<parameter key ="c1" type="', class(obj.c1),'" default="',   num2str(obj.c1),'">',   '<help> damage parameter 1 </help>','</parameter>');
    53                         fprintf(fid,'\t\t%s%s%s%s%s\n\t\t\t%s\n\t\t%s\n',       '<parameter key ="c2" type="',          class(obj.c2),'" default="',            num2str(obj.c2),'">','<help> damage parameter 2 </help>','</parameter>');
    54                         fprintf(fid,'\t\t%s%s%s%s%s\n\t\t\t%s\n\t\t%s\n',       '<parameter key ="c3" type="',          class(obj.c3),'" default="',            num2str(obj.c3),'">','<help> damage parameter 3 [W/m^2] </help>','</parameter>');
    55                         fprintf(fid,'\t\t%s%s%s%s%s\n\t\t\t%s\n\t\t%s\n',       '<parameter key ="c4" type="',            class(obj.c4),'" default="',              num2str(obj.c4),'">','<help> damage parameter 4 </help>','</parameter>');
    56                         fprintf(fid,'\t\t%s%s%s%s%s\n\t\t\t%s\n\t\t%s\n',       '<parameter key ="healing" type="', class(obj.healing),'" default="',   num2str(obj.healing),'">','<help> damage healing parameter 1 </help>','</parameter>');
    57                         fprintf(fid,'\t\t%s%s%s%s%s\n\t\t\t%s\n\t\t%s\n',       '<parameter key ="equiv_stress" type="',          class(obj.equiv_stress),'" default="',convert2str(obj.equiv_stress),'">','<help> 0: von Mises </help>','</parameter>');
    58                         fprintf(fid,'\t\t%s%s%s%s%s\n\t\t\t%s\n\t\t%s\n',       '<parameter key ="requested_outputs" type="',          class(obj.requested_outputs),'" default="',convert2str(obj.requested_outputs),'">','<help> additional outputs requested </help>','</parameter>');
     51                        fprintf(fid,'\t\t%s%s%s%s%s\n\t\t\t%s\n\t\t%s\n',   '<parameter key ="stress_threshold" type="',class(self.stress_threshold),'" default="',num2str(self.stress_threshold),'">','<help> damage stress threshold [Pa] </help>','</parameter>');
     52                        fprintf(fid,'\t\t%s%s%s%s%s\n\t\t\t%s\n\t\t%s\n',       '<parameter key ="c1" type="', class(self.c1),'" default="',   num2str(self.c1),'">',   '<help> damage parameter 1 </help>','</parameter>');
     53                        fprintf(fid,'\t\t%s%s%s%s%s\n\t\t\t%s\n\t\t%s\n',       '<parameter key ="c2" type="',          class(self.c2),'" default="',            num2str(self.c2),'">','<help> damage parameter 2 </help>','</parameter>');
     54                        fprintf(fid,'\t\t%s%s%s%s%s\n\t\t\t%s\n\t\t%s\n',       '<parameter key ="c3" type="',          class(self.c3),'" default="',            num2str(self.c3),'">','<help> damage parameter 3 [W/m^2] </help>','</parameter>');
     55                        fprintf(fid,'\t\t%s%s%s%s%s\n\t\t\t%s\n\t\t%s\n',       '<parameter key ="c4" type="',            class(self.c4),'" default="',              num2str(self.c4),'">','<help> damage parameter 4 </help>','</parameter>');
     56                        fprintf(fid,'\t\t%s%s%s%s%s\n\t\t\t%s\n\t\t%s\n',       '<parameter key ="healing" type="', class(self.healing),'" default="',   num2str(self.healing),'">','<help> damage healing parameter 1 </help>','</parameter>');
     57                        fprintf(fid,'\t\t%s%s%s%s%s\n\t\t\t%s\n\t\t%s\n',       '<parameter key ="equiv_stress" type="',          class(self.equiv_stress),'" default="',convert2str(self.equiv_stress),'">','<help> 0: von Mises </help>','</parameter>');
     58                        fprintf(fid,'\t\t%s%s%s%s%s\n\t\t\t%s\n\t\t%s\n',       '<parameter key ="requested_outputs" type="',          class(self.requested_outputs),'" default="',convert2str(self.requested_outputs),'">','<help> additional outputs requested </help>','</parameter>');
    5959
    6060
    … …  
    6767
    6868
    69                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="D" type="',              class(obj.D),'" default="',                  num2str(obj.D),'">',              '     <section name="damage" />','     <help> damage tensor (scalar) </help>','</parameter>');
    70                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="law" type="',            class(obj.law),'" default="',                num2str(obj.law),'">',   '     <section name="damage" />','     <help> damage law (string) from {"undamaged","pralong"} </help>','</parameter>');
    71                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',        '<parameter key ="spcdamage" type="',      class(obj.spcdamage),'" default="',          num2str(obj.spcdamage),'">',            '     <section name="damage" />','     <help> damage constraints (NaN means no constraint) </help>','</parameter>');
    72                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',        '<parameter key ="max_damage" type="',     class(obj.max_damage),'" default="',         num2str(obj.max_damage),'">',            '     <section name="damage" />','     <help> maximum possible damage (0&amp;lt;=max_damage&amp;lt;1) </help>','</parameter>');
     69                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="D" type="',              class(self.D),'" default="',                  num2str(self.D),'">',              '     <section name="damage" />','     <help> damage tensor (scalar) </help>','</parameter>');
     70                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="law" type="',            class(self.law),'" default="',                num2str(self.law),'">',   '     <section name="damage" />','     <help> damage law (string) from {"undamaged","pralong"} </help>','</parameter>');
     71                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',        '<parameter key ="spcdamage" type="',      class(self.spcdamage),'" default="',          num2str(self.spcdamage),'">',            '     <section name="damage" />','     <help> damage constraints (NaN means no constraint) </help>','</parameter>');
     72                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',        '<parameter key ="max_damage" type="',     class(self.max_damage),'" default="',         num2str(self.max_damage),'">',            '     <section name="damage" />','     <help> maximum possible damage (0&amp;lt;=max_damage&amp;lt;1) </help>','</parameter>');
    7373
    7474                        % stabilization (0,1, or 2) drop-down
    … …  
    7979                        fprintf(fid, '%s\n','</parameter>');
    8080
    81                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="maxiter" type="',             class(obj.maxiter),'" default="',   num2str(obj.maxiter),'">',   '     <section name="damage" />','     <help> maximum number of non linear iterations </help>','</parameter>');
    82                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',        '<parameter key ="penalty_lock" type="',        class(obj.penalty_lock),'" default="',            num2str(obj.penalty_lock),'">',            '     <section name="damage" />','     <help> stabilize unstable damage constraints that keep zigzagging after n iteration (default is 0, no stabilization) </help>','</parameter>');
    83                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',        '<parameter key ="penalty_threshold" type="',   class(obj.penalty_threshold),'" default="',            num2str(obj.penalty_threshold),'">',            '     <section name="damage" />','     <help> threshold to declare convergence of damage evolution solution (default is 0) </help>','</parameter>');
    84                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',        '<parameter key ="penalty_factor" type="',      class(obj.penalty_factor),'" default="',            num2str(obj.penalty_factor),'">',            '     <section name="damage" />','     <help> scaling exponent (default is 3) </help>','</parameter>');
    85 
    86                 end % }}}
    87        
    88                 function obj = damage(varargin) % {{{
     81                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="maxiter" type="',             class(self.maxiter),'" default="',   num2str(self.maxiter),'">',   '     <section name="damage" />','     <help> maximum number of non linear iterations </help>','</parameter>');
     82                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',        '<parameter key ="penalty_lock" type="',        class(self.penalty_lock),'" default="',            num2str(self.penalty_lock),'">',            '     <section name="damage" />','     <help> stabilize unstable damage constraints that keep zigzagging after n iteration (default is 0, no stabilization) </help>','</parameter>');
     83                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',        '<parameter key ="penalty_threshold" type="',   class(self.penalty_threshold),'" default="',            num2str(self.penalty_threshold),'">',            '     <section name="damage" />','     <help> threshold to declare convergence of damage evolution solution (default is 0) </help>','</parameter>');
     84                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',        '<parameter key ="penalty_factor" type="',      class(self.penalty_factor),'" default="',            num2str(self.penalty_factor),'">',            '     <section name="damage" />','     <help> scaling exponent (default is 3) </help>','</parameter>');
     85
     86                end % }}}
     87                function self = damage(varargin) % {{{
    8988                        switch nargin
    9089                                case 0
    91                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     90                                        self=setdefaultparameters(self);
    9291                                case 1
    9392                                        inputstruct=varargin{1};
    … …  
    9796                                                fieldname = list1{i};
    9897                                                if ismember(fieldname,list2),
    99                                                         obj.(fieldname) = inputstruct.(fieldname);
     98                                                        self.(fieldname) = inputstruct.(fieldname);
    10099                                                end
    101100                                        end
    … …  
    104103                        end
    105104                end % }}}
    106                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     105                function self = extrude(self,md) % {{{
     106                        self.D=project3d(md,'vector',self.D,'type','node');
     107                        self.spcdamage=project3d(md,'vector',self.spcdamage,'type','node');
     108                end % }}}
     109                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    107110
    108111                        %damage parameters:
    109                         obj.isdamage=0;
    110                         obj.D=0;
    111                         obj.law=0;
    112                        
    113                         obj.max_damage=1-1e-5; %if damage reaches 1, solve becomes singular, as viscosity becomes nil
     112                        self.isdamage=0;
     113                        self.D=0;
     114                        self.law=0;
     115                       
     116                        self.max_damage=1-1e-5; %if damage reaches 1, solve becomes singular, as viscosity becomes nil
    114117               
    115118                        %Type of stabilization used
    116                         obj.stabilization=2;
     119                        self.stabilization=2;
    117120                       
    118121                        %Maximum number of iterations
    119                         obj.maxiter=100;
     122                        self.maxiter=100;
    120123
    121124                        %finite element interpolation
    122                         obj.elementinterp='P1';
     125                        self.elementinterp='P1';
    123126
    124127                        %factor used to compute the values of the penalties: kappa=max(stiffness matrix)*10^penalty_factor
    125                         obj.penalty_factor=3;
     128                        self.penalty_factor=3;
    126129                       
    127130                        %stabilize unstable damage constraints that keep zigzagging after n iteration (default is 0, no stabilization)
    128                         obj.penalty_lock=0;
     131                        self.penalty_lock=0;
    129132                       
    130133                        %threshold to declare convergence of thermal solution (default is 0)
    131                         obj.penalty_threshold=0;
     134                        self.penalty_threshold=0;
    132135               
    133136                        %damage evolution parameters
    134                         obj.stress_threshold=0;
    135                         obj.healing=0;
    136                         obj.c1=0;
    137                         obj.c2=0;
    138                         obj.c3=0;
    139                         obj.c4=0;
    140                         obj.equiv_stress=0;
     137                        self.stress_threshold=0;
     138                        self.healing=0;
     139                        self.c1=0;
     140                        self.c2=0;
     141                        self.c3=0;
     142                        self.c4=0;
     143                        self.equiv_stress=0;
    141144
    142145                         %output default:
    143                          obj.requested_outputs={'default'};
    144 
    145                 end % }}}
    146                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     146                         self.requested_outputs={'default'};
     147
     148                end % }}}
     149                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    147150                       
    148151                        md = checkfield(md,'fieldname','damage.isdamage','values',[1,0]);
    149                         if obj.isdamage,
     152                        if self.isdamage,
    150153                                md = checkfield(md,'fieldname','damage.law','numel',[1],'values',[0,1,2]);
    151                                 md = checkfield(md,'fieldname','damage.D','>=',0,'<=',obj.max_damage,'size',[md.mesh.numberofvertices 1]);
    152                                 md = checkfield(md,'fieldname','damage.spcdamage','forcing',1);
     154                                md = checkfield(md,'fieldname','damage.D','>=',0,'<=',self.max_damage,'size',[md.mesh.numberofvertices 1]);
     155                                md = checkfield(md,'fieldname','damage.spcdamage','timeseries',1);
    153156                                md = checkfield(md,'fieldname','damage.max_damage','<',1,'>=',0);
    154157                                md = checkfield(md,'fieldname','damage.stabilization','numel',[1],'values',[0 1 2]);
    … …  
    166169                                md = checkfield(md,'fieldname','damage.equiv_stress','numel',[1],'values',[0 1]);
    167170                                md = checkfield(md,'fieldname','damage.requested_outputs','stringrow',1);
    168                         elseif (obj.law~=0),
     171                        elseif (self.law~=0),
    169172                                if (solution==DamageEvolutionSolutionEnum),
    170173                                        error('Invalid evolution law (md.damage.law) for a damage solution');
    … …  
    180183                        end
    181184                end % }}}
    182                 function disp(obj) % {{{
     185                function disp(self) % {{{
    183186                        disp(sprintf('   Damage:\n'));
    184187
    185                         fielddisplay(obj,'isdamage','is damage mechanics being used? {true,false}');
    186                         if obj.isdamage,
    187                                 fielddisplay(obj,'law','damage law {''0: undamaged'',''1: pralong''}');
    188                                 fielddisplay(obj,'D','damage tensor (scalar)');
    189                                 fielddisplay(obj,'spcdamage','damage constraints (NaN means no constraint)');
    190                                 fielddisplay(obj,'max_damage','maximum possible damage (0<=max_damage<1)');
     188                        fielddisplay(self,'isdamage','is damage mechanics being used? {true,false}');
     189                        if self.isdamage,
     190                                fielddisplay(self,'law','damage law {''0: undamaged'',''1: pralong''}');
     191                                fielddisplay(self,'D','damage tensor (scalar)');
     192                                fielddisplay(self,'spcdamage','damage constraints (NaN means no constraint)');
     193                                fielddisplay(self,'max_damage','maximum possible damage (0<=max_damage<1)');
    191194                               
    192                                 fielddisplay(obj,'stabilization','0: no, 1: artificial_diffusivity, 2: SUPG');
    193                                 fielddisplay(obj,'maxiter','maximum number of non linear iterations');
    194                                 fielddisplay(obj,'elementinterp','interpolation scheme for finite elements {''P1'',''P2''}');
    195                                 fielddisplay(obj,'penalty_lock','stabilize unstable damage constraints that keep zigzagging after n iteration (default is 0, no stabilization)');
    196                                 fielddisplay(obj,'penalty_threshold','threshold to declare convergence of damage evolution solution (default is 0)');
    197                                 fielddisplay(obj,'penalty_factor','scaling exponent (default is 3)');
    198                                 fielddisplay(obj,'c1','damage parameter 1');
    199                                 fielddisplay(obj,'c2','damage parameter 2');
    200                                 fielddisplay(obj,'c3','damage parameter 3');
    201                                 fielddisplay(obj,'c4','damage parameter 4');
    202                                 fielddisplay(obj,'healing','damage healing parameter');
    203                                 fielddisplay(obj,'stress_threshold','damage stress threshold [Pa]');
    204                                 fielddisplay(obj,'equiv_stress','0: von Mises, 1: max principal');
    205                                 fielddisplay(obj,'requested_outputs','additional outputs requested');
    206                         end
    207 
    208                 end % }}}
    209                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
    210                
    211                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','isdamage','format','Boolean');
    212                         if obj.isdamage,
    213                                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','law','format','Integer');
    214                                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','D','format','DoubleMat','mattype',1);
    215                                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','spcdamage','format','DoubleMat','mattype',1,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
    216                                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','max_damage','format','Double');
    217 
    218                                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','stabilization','format','Integer');
    219                                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','maxiter','format','Integer');
    220                                 WriteData(fid,'enum',DamageElementinterpEnum(),'data',StringToEnum(obj.elementinterp),'format','Integer');
    221                                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','penalty_threshold','format','Integer');
    222                                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','penalty_lock','format','Integer');
    223                                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','penalty_factor','format','Double');
    224                                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','c1','format','Double');
    225                                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','c2','format','Double');
    226                                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','c3','format','Double');
    227                                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','c4','format','Double');
    228                                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','stress_threshold','format','Double');
    229                                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','healing','format','Double');
    230                                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','equiv_stress','format','Integer');
     195                                fielddisplay(self,'stabilization','0: no, 1: artificial_diffusivity, 2: SUPG');
     196                                fielddisplay(self,'maxiter','maximum number of non linear iterations');
     197                                fielddisplay(self,'elementinterp','interpolation scheme for finite elements {''P1'',''P2''}');
     198                                fielddisplay(self,'penalty_lock','stabilize unstable damage constraints that keep zigzagging after n iteration (default is 0, no stabilization)');
     199                                fielddisplay(self,'penalty_threshold','threshold to declare convergence of damage evolution solution (default is 0)');
     200                                fielddisplay(self,'penalty_factor','scaling exponent (default is 3)');
     201                                fielddisplay(self,'c1','damage parameter 1');
     202                                fielddisplay(self,'c2','damage parameter 2');
     203                                fielddisplay(self,'c3','damage parameter 3');
     204                                fielddisplay(self,'c4','damage parameter 4');
     205                                fielddisplay(self,'healing','damage healing parameter');
     206                                fielddisplay(self,'stress_threshold','damage stress threshold [Pa]');
     207                                fielddisplay(self,'equiv_stress','0: von Mises, 1: max principal');
     208                                fielddisplay(self,'requested_outputs','additional outputs requested');
     209                        end
     210
     211                end % }}}
     212                function marshall(self,md,fid) % {{{
     213               
     214                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','isdamage','format','Boolean');
     215                        if self.isdamage,
     216                                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','law','format','Integer');
     217                                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','D','format','DoubleMat','mattype',1);
     218                                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','spcdamage','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
     219                                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','max_damage','format','Double');
     220
     221                                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','stabilization','format','Integer');
     222                                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','maxiter','format','Integer');
     223                                WriteData(fid,'enum',DamageElementinterpEnum(),'data',StringToEnum(self.elementinterp),'format','Integer');
     224                                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','penalty_threshold','format','Integer');
     225                                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','penalty_lock','format','Integer');
     226                                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','penalty_factor','format','Double');
     227                                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','c1','format','Double');
     228                                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','c2','format','Double');
     229                                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','c3','format','Double');
     230                                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','c4','format','Double');
     231                                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','stress_threshold','format','Double');
     232                                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','healing','format','Double');
     233                                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','equiv_stress','format','Integer');
    231234                        end
    232235
    233236                        %process requested outputs
    234                         outputs = obj.requested_outputs;
     237                        outputs = self.requested_outputs;
    235238                        pos = find(ismember(outputs,'default'));
    236239                        if ~isempty(pos),
    237240                                outputs(pos) = [];                         %remove 'default' from outputs
    238                                 outputs      = [outputs defaultoutputs(obj,md)]; %add defaults
    239                         end
    240                         if obj.isdamage,
     241                                outputs      = [outputs defaultoutputs(self,md)]; %add defaults
     242                        end
     243                        if self.isdamage,
    241244                                WriteData(fid,'data',outputs,'enum',DamageEvolutionRequestedOutputsEnum,'format','StringArray');
    242245                        end

  • issm/trunk/src/m/classes/damage.py

    r18301 r19105  
    11from fielddisplay import fielddisplay
     2from project3d import project3d
    23from EnumDefinitions import *
    34from StringToEnum import StringToEnum
    … …  
    7475                return s
    7576        # }}}
     77        def extrude(self,md): # {{{
     78                self.D=project3d(md,'vector',self.D,'type','node')
     79                self.spcdamage=project3d(md,'vector',self.spcdamage,'type','node')
     80                return self
     81        #}}}
    7682        def setdefaultparameters(self):    # {{{
    7783
    … …  
    131137                        md = checkfield(md,'fieldname','damage.max_damage','<',1,'>=',0)
    132138                        md = checkfield(md,'fieldname','damage.law','numel',[1],'values',[0,1,2,3])
    133                         md = checkfield(md,'fieldname','damage.spcdamage','forcing',1)
     139                        md = checkfield(md,'fieldname','damage.spcdamage','timeseries',1)
    134140                        md = checkfield(md,'fieldname','damage.stabilization','numel',[1],'values',[0,1,2])
    135141                        md = checkfield(md,'fieldname','damage.maxiter','>=0',0)
    … …  
    159165                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','D','format','DoubleMat','mattype',1)
    160166                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','law','format','Integer')
    161                         WriteData(fid,'object',self,'fieldname','spcdamage','format','DoubleMat','mattype',1,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
     167                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','spcdamage','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
    162168                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','max_damage','format','Double')
    163169                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','stabilization','format','Integer')

  • issm/trunk/src/m/classes/debug.m

    r17989 r19105  
    1111        end
    1212        methods
    13         function createxml(obj,fid) % {{{
     13        function createxml(self,fid) % {{{
    1414            fprintf(fid, '\n\n');
    1515            fprintf(fid, '%s\n', '<!-- Debug -->');
    … …  
    2020            fprintf(fid,'%s\n%s\n','       <option value="1" type="string" default="false"> </option>','</parameter>');
    2121         
    22             fprintf(fid,'%s%s%s\n%s\n%s%s%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="gprof" type="',              class(obj.gprof),'" optional="false">',              '     <section name="debug" />','        <option value="',convert2str(obj.gprof),'" type="string" default="true"></option>','     <help> use gnu-profiler to find out where the time is spent </help>','</parameter>');
    23             fprintf(fid,'%s%s%s\n%s\n%s%s%s\n%s\n',    '<parameter key ="profiling" type="',              class(obj.profiling),'" optional="false">',              '     <section name="debug" />','        <option value="',convert2str(obj.profiling),'" type="string" default="true"></option>','     <help> enables profiling (memory, flops, time) </help>','</parameter>');
     22            fprintf(fid,'%s%s%s\n%s\n%s%s%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="gprof" type="',              class(self.gprof),'" optional="false">',              '     <section name="debug" />','        <option value="',convert2str(self.gprof),'" type="string" default="true"></option>','     <help> use gnu-profiler to find out where the time is spent </help>','</parameter>');
     23            fprintf(fid,'%s%s%s\n%s\n%s%s%s\n%s\n',    '<parameter key ="profiling" type="',              class(self.profiling),'" optional="false">',              '     <section name="debug" />','        <option value="',convert2str(self.profiling),'" type="string" default="true"></option>','     <help> enables profiling (memory, flops, time) </help>','</parameter>');
    2424        end % }}}
    25                 function obj = debug(varargin) % {{{
     25                function self = debug(varargin) % {{{
    2626                        switch nargin
    2727                                case 0
    28                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     28                                        self=setdefaultparameters(self);
    2929                                otherwise
    3030                                        error('constructor not supported');
    3131                                end
    3232                        end % }}}
    33                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     33                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    3434
    3535                end % }}}
    36                 function disp(obj) % {{{
     36                function disp(self) % {{{
    3737                        disp(sprintf('   debug parameters:'));
    3838
    39                         fielddisplay(obj,'valgrind','use Valgrind to debug (0 or 1)');
    40                         fielddisplay(obj,'gprof','use gnu-profiler to find out where the time is spent');
    41                         fielddisplay(obj,'profiling','enables profiling (memory, flops, time)');
     39                        fielddisplay(self,'valgrind','use Valgrind to debug (0 or 1)');
     40                        fielddisplay(self,'gprof','use gnu-profiler to find out where the time is spent');
     41                        fielddisplay(self,'profiling','enables profiling (memory, flops, time)');
    4242
    4343                end % }}}
    44                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
    45                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','profiling','format','Boolean');
     44                function marshall(self,md,fid) % {{{
     45                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','profiling','format','Boolean');
    4646                end % }}}
    4747        end

  • issm/trunk/src/m/classes/dependent.m

    r13975 r19105  
    1515        end
    1616        methods
    17                 function obj = dependent(varargin) % {{{
     17                function self = dependent(varargin) % {{{
    1818
    1919                        %use provided options to change fields
    2020                        options=pairoptions(varargin{:});
    2121
    22                         obj.name=getfieldvalue(options,'name','');
    23                         obj.type=getfieldvalue(options,'type','');
    24                         obj.exp=getfieldvalue(options,'exp','');
    25                         obj.segments=getfieldvalue(options,'segments',[]);
    26                         obj.index=getfieldvalue(options,'index',-1);
    27                         obj.nods=getfieldvalue(options,'nods',0);
     22                        self.name=getfieldvalue(options,'name','');
     23                        self.type=getfieldvalue(options,'type','');
     24                        self.exp=getfieldvalue(options,'exp','');
     25                        self.segments=getfieldvalue(options,'segments',[]);
     26                        self.index=getfieldvalue(options,'index',-1);
     27                        self.nods=getfieldvalue(options,'nods',0);
    2828
    2929                        %if name is mass flux:
    30                         if strcmpi(obj.name,'MassFlux'),
     30                        if strcmpi(self.name,'MassFlux'),
    3131                                %make sure that we supplied a file and that it exists!
    32                                 if exist(obj.exp)~=2,
     32                                if exist(self.exp)~=2,
    3333                                        error('dependent checkconsistency: specified ''exp'' file does not exist!');
    3434                                end
    3535                                %process the file and retrieve segments
    3636                                mesh=getfieldvalue(options,'mesh');
    37                                 obj.segments=MeshProfileIntersection(mesh.elements,mesh.x,mesh.y,obj.exp);
     37                                self.segments=MeshProfileIntersection(mesh.elements,mesh.x,mesh.y,self.exp);
    3838                        end
    3939                end
    4040                %}}}
    41                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     41                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    4242                        %do nothing
    4343                end % }}}
    44                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
    45                         if strcmpi(obj.name,'MassFlux'),
    46                                 if isempty(obj.segments),
     44                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
     45                        if strcmpi(self.name,'MassFlux'),
     46                                if isempty(self.segments),
    4747                                        error('dependent checkconsistency error: need segments to compute this dependent response');
    4848                                end
    49                                 if obj.index<=0,
     49                                if self.index<=0,
    5050                                        error('dependent checkconsistency error: index for segments should be >=1');
    5151                                end
    5252                        end
    53                         if ~isnan(obj.fos_reverse_index),
     53                        if ~isnan(self.fos_reverse_index),
    5454                                if ~strcmpi(driver,'fos_reverse'),
    5555                                        error('cannot declare a dependent with a fos_reverse_index when the driver is not fos_reverse!');
    5656                                end
    57                                 if obj.nods==0,
     57                                if self.nods==0,
    5858                                        error('dependent checkconsistency error: nods should be set to the size of the independent variable');
    5959                                end
    … …  
    6161
    6262                end % }}}
    63                 function disp(obj) % {{{
     63                function disp(self) % {{{
    6464                        disp(sprintf('   dependent variable:'));
    6565
    66                         fielddisplay(obj,'name','variable name (must match corresponding Enum)');
    67                         fielddisplay(obj,'type','type of variable (''vertex'' or ''scalar'')');
     66                        fielddisplay(self,'name','variable name (must match corresponding Enum)');
     67                        fielddisplay(self,'type','type of variable (''vertex'' or ''scalar'')');
    6868
    69                         if ~isnan(obj.fos_reverse_index),
    70                                 fielddisplay(obj,'fos_reverse_index','index for fos_reverse driver of ADOLC');
     69                        if ~isnan(self.fos_reverse_index),
     70                                fielddisplay(self,'fos_reverse_index','index for fos_reverse driver of ADOLC');
    7171                        end
    72                         if ~isempty(obj.exp),
    73                                 fielddisplay(obj,'exp','file needed to compute dependent variable');
    74                                 fielddisplay(obj,'segments','mass flux segments');
     72                        if ~isempty(self.exp),
     73                                fielddisplay(self,'exp','file needed to compute dependent variable');
     74                                fielddisplay(self,'segments','mass flux segments');
    7575                        end
    7676
    7777                end % }}}
    78                 function scalar=typetoscalar(obj) % {{{
    79                         if strcmpi(obj.type,'scalar'),
     78                function scalar=typetoscalar(self) % {{{
     79                        if strcmpi(self.type,'scalar'),
    8080                                scalar=0;
    81                         elseif strcmpi(obj.type,'vertex'),
     81                        elseif strcmpi(self.type,'vertex'),
    8282                                scalar=1;
    8383                        end

  • issm/trunk/src/m/classes/flaim.m

    r17806 r19105  
    2121        end
    2222        methods
    23                 function createxml(obj,fid) % {{{
     23                function createxml(self,fid) % {{{
    2424            fprintf(fid, '<!-- flaim -->\n');           
    2525                   
    2626            % Input
    2727            fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="Input:">','<section name="flaim" />');                   
    28             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="targets" type="',class(obj.targets),'" default="',convert2str(obj.targets),'">','     <section name="flaim" />','     <help> name of kml output targets file </help>','  </parameter>');
    29             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="tracks" type="',class(obj.tracks),'" default="',convert2str(obj.tracks),'">','     <section name="flaim" />','     <help> name of kml input tracks file </help>','  </parameter>');
    30             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="flightreqs" type="',class(obj.flightreqs),'" default="',convert2str(obj.flightreqs),'">','     <section name="flaim" />','     <help> structure of kml flight requirements (not used yet) </help>','  </parameter>');
    31             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="criterion" type="',class(obj.criterion),'" default="',convert2str(obj.criterion),'">','     <section name="flaim" />','     <help> element or nodal criterion for flight path evaluation (metric) </help>','  </parameter>');
     28            fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="targets" type="',class(self.targets),'" default="',convert2str(self.targets),'">','     <section name="flaim" />','     <help> name of kml output targets file </help>','  </parameter>');
     29            fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="tracks" type="',class(self.tracks),'" default="',convert2str(self.tracks),'">','     <section name="flaim" />','     <help> name of kml input tracks file </help>','  </parameter>');
     30            fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="flightreqs" type="',class(self.flightreqs),'" default="',convert2str(self.flightreqs),'">','     <section name="flaim" />','     <help> structure of kml flight requirements (not used yet) </help>','  </parameter>');
     31            fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="criterion" type="',class(self.criterion),'" default="',convert2str(self.criterion),'">','     <section name="flaim" />','     <help> element or nodal criterion for flight path evaluation (metric) </help>','  </parameter>');
    3232                fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');   
    3333           
    3434            % Arguments
    3535            fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="2" label="Arguments:">','<section name="flaim" />');                   
    36             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="gridsatequator" type="',class(obj.gridsatequator),'" default="',convert2str(obj.gridsatequator),'">','     <section name="flaim" />','     <help> number of grids at equator (determines resolution) </help>','  </parameter>');
    37             fprintf(fid,'%s%s%s\n%s\n%s%s%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="usevalueordering" type="',class(obj.usevalueordering),'" optional="false">','     <section name="flaim" />','         <option value="',convert2str(obj.usevalueordering),'" type="string" default="true"></option>','     <help> flag to consider target values for flight path evaluation </help>','  </parameter>');
    38             fprintf(fid,'%s%s%s\n%s\n%s%s%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="split_antimeridian" type="',class(obj.split_antimeridian),'" optional="false">','     <section name="flaim" />','         <option value="',convert2str(obj.split_antimeridian),'" type="string" default="true"></option>','     <help> flag to split polygons on the antimeridian </help>','  </parameter>');
     36            fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="gridsatequator" type="',class(self.gridsatequator),'" default="',convert2str(self.gridsatequator),'">','     <section name="flaim" />','     <help> number of grids at equator (determines resolution) </help>','  </parameter>');
     37            fprintf(fid,'%s%s%s\n%s\n%s%s%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="usevalueordering" type="',class(self.usevalueordering),'" optional="false">','     <section name="flaim" />','         <option value="',convert2str(self.usevalueordering),'" type="string" default="true"></option>','     <help> flag to consider target values for flight path evaluation </help>','  </parameter>');
     38            fprintf(fid,'%s%s%s\n%s\n%s%s%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="split_antimeridian" type="',class(self.split_antimeridian),'" optional="false">','     <section name="flaim" />','         <option value="',convert2str(self.split_antimeridian),'" type="string" default="true"></option>','     <help> flag to split polygons on the antimeridian </help>','  </parameter>');
    3939            fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');   
    4040           
    4141            % Optimization
    4242            fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="3" label="Optimization:">','<section name="flaim" />');                   
    43             fprintf(fid,'%s%s%s\n%s\n%s%s%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="path_optimize" type="',class(obj.path_optimize),'" optional="false">','     <section name="flaim" />','         <option value="',convert2str(obj.path_optimize),'" type="string" default="true"></option>','     <help> optimize? (default false) </help>','  </parameter>');
    44             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="opt_ndir" type="',class(obj.opt_ndir),'" default="',convert2str(obj.opt_ndir),'">','     <section name="flaim" />','     <help> number of directions to test when moving a point.  If this value = 1, a random direction is tested. A value > 1 results in directions equally spaced from [0, 2*PI] being tested. For example, 4 would result in directions [0, PI/2, PI, 3PI/2] </help>','  </parameter>');
    45             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="opt_dist" type="',class(obj.opt_dist),'" default="',convert2str(obj.opt_dist),'">','     <section name="flaim" />','     <help> specifies the distance in km (default 25) to move a randomly selected path point on each iteration </help>','  </parameter>');
    46             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="opt_niter" type="',class(obj.opt_niter),'" default="',convert2str(obj.opt_niter),'">','     <section name="flaim" />','     <help> number of iterations (default 30,000) to run for flightplan optimization, i.e. the number of times to randomly select a point and move it. </help>','  </parameter>');
     43            fprintf(fid,'%s%s%s\n%s\n%s%s%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="path_optimize" type="',class(self.path_optimize),'" optional="false">','     <section name="flaim" />','         <option value="',convert2str(self.path_optimize),'" type="string" default="true"></option>','     <help> optimize? (default false) </help>','  </parameter>');
     44            fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="opt_ndir" type="',class(self.opt_ndir),'" default="',convert2str(self.opt_ndir),'">','     <section name="flaim" />','     <help> number of directions to test when moving a point.  If this value = 1, a random direction is tested. A value > 1 results in directions equally spaced from [0, 2*PI] being tested. For example, 4 would result in directions [0, PI/2, PI, 3PI/2] </help>','  </parameter>');
     45            fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="opt_dist" type="',class(self.opt_dist),'" default="',convert2str(self.opt_dist),'">','     <section name="flaim" />','     <help> specifies the distance in km (default 25) to move a randomly selected path point on each iteration </help>','  </parameter>');
     46            fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="opt_niter" type="',class(self.opt_niter),'" default="',convert2str(self.opt_niter),'">','     <section name="flaim" />','     <help> number of iterations (default 30,000) to run for flightplan optimization, i.e. the number of times to randomly select a point and move it. </help>','  </parameter>');
    4747                fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');     
    4848           
    4949            % Output
    5050            fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="4" label="Output:">','<section name="flaim" />');                   
    51             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="solution" type="',class(obj.solution),'" default="',convert2str(obj.solution),'">','     <section name="flaim" />','     <help> name of kml solution file </help>','  </parameter>');
    52             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="quality" type="',class(obj.quality),'" default="',convert2str(obj.quality),'">','     <section name="flaim" />','     <help> quality of kml solution </help>','  </parameter>');
     51            fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="solution" type="',class(self.solution),'" default="',convert2str(self.solution),'">','     <section name="flaim" />','     <help> name of kml solution file </help>','  </parameter>');
     52            fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="quality" type="',class(self.quality),'" default="',convert2str(self.quality),'">','     <section name="flaim" />','     <help> quality of kml solution </help>','  </parameter>');
    5353            fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');             
    5454       
    5555        end % }}}
    56                 function obj = flaim(varargin) % {{{
     56                function self = flaim(varargin) % {{{
    5757                        switch nargin
    5858                                case 0
    59                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     59                                        self=setdefaultparameters(self);
    6060                                otherwise
    6161                                        error('constructor not supported');
    6262                        end
    6363                end % }}}
    64                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     64                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    6565
    6666                end % }}}
    67                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     67                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    6868
    6969                        %Early return
    … …  
    7878
    7979                end % }}}
    80                 function disp(obj) % {{{
     80                function disp(self) % {{{
    8181
    8282                        disp(sprintf('   FLAIM - Flight Line Adaptation using Ice sheet Modeling:'));
    8383
    8484                        disp(sprintf('\n      Input:'));
    85                         fielddisplay(obj,'targets'            ,'name of kml output targets file ');
    86                         fielddisplay(obj,'tracks'             ,'name of kml input tracks file ');
    87                         fielddisplay(obj,'flightreqs'         ,'structure of kml flight requirements (not used yet)');
    88                         fielddisplay(obj,'criterion'          ,'element or nodal criterion for flight path evaluation (metric)');
     85                        fielddisplay(self,'targets'            ,'name of kml output targets file ');
     86                        fielddisplay(self,'tracks'             ,'name of kml input tracks file ');
     87                        fielddisplay(self,'flightreqs'         ,'structure of kml flight requirements (not used yet)');
     88                        fielddisplay(self,'criterion'          ,'element or nodal criterion for flight path evaluation (metric)');
    8989
    9090                        disp(sprintf('\n      Arguments:'));
    91                         fielddisplay(obj,'gridsatequator'     ,'number of grids at equator (determines resolution)');
    92                         fielddisplay(obj,'usevalueordering'   ,'flag to consider target values for flight path evaluation');
    93                         fielddisplay(obj,'split_antimeridian' ,'flag to split polygons on the antimeridian');
     91                        fielddisplay(self,'gridsatequator'     ,'number of grids at equator (determines resolution)');
     92                        fielddisplay(self,'usevalueordering'   ,'flag to consider target values for flight path evaluation');
     93                        fielddisplay(self,'split_antimeridian' ,'flag to split polygons on the antimeridian');
    9494
    9595                        disp(sprintf('\n      Optimization:'));
    96                         fielddisplay(obj,'path_optimize'     ,'optimize? (default false)');
    97                         fielddisplay(obj,'opt_ndir'     ,{'number of directions to test when moving a point.  If this value = 1, a random direction is tested.',...
     96                        fielddisplay(self,'path_optimize'     ,'optimize? (default false)');
     97                        fielddisplay(self,'opt_ndir'     ,{'number of directions to test when moving a point.  If this value = 1, a random direction is tested.',...
    9898                                                                                          'A value > 1 results in directions equally spaced from [0, 2*PI] being tested.',...
    9999                                                                                          'For example, 4 would result in directions [0, PI/2, PI, 3PI/2].'});
    100                         fielddisplay(obj,'opt_dist'     ,'specifies the distance in km (default 25) to move a randomly selected path point on each iteration');
    101                         fielddisplay(obj,'opt_niter'     ,{'number of iterations (default 30,000) to run for flightplan optimization',...
     100                        fielddisplay(self,'opt_dist'     ,'specifies the distance in km (default 25) to move a randomly selected path point on each iteration');
     101                        fielddisplay(self,'opt_niter'     ,{'number of iterations (default 30,000) to run for flightplan optimization',...
    102102                                                                                           'i.e. the number of times to randomly select a point and move it.'});
    103103
    104104                        disp(sprintf('\n      Output:'));
    105                         fielddisplay(obj,'solution'           ,'name of kml solution file');
    106                         fielddisplay(obj,'quality'            ,'quality of kml solution');
     105                        fielddisplay(self,'solution'           ,'name of kml solution file');
     106                        fielddisplay(self,'quality'            ,'quality of kml solution');
    107107                end % }}}
    108108        end

  • issm/trunk/src/m/classes/flowequation.m

    r18301 r19105  
    2626        end
    2727        methods (Static)
    28                 function obj = loadobj(obj) % {{{
     28                function self = loadobj(self) % {{{
    2929                        % This function is directly called by matlab when a model object is
    3030                        % loaded. If the input is a struct it is an old version of this class and
    … …  
    4444                        end
    4545
    46                         if isstruct(obj)
     46                        if isstruct(self)
    4747                                disp('Recovering flowequation from older version');
    48                                 objstruct = obj;
    49                                 obj = structtoobj(flowequation(),objstruct);
     48                                objstruct = self;
     49                                self = structtoobj(flowequation(),objstruct);
    5050
    5151                                %2013 July 23rd
    52                                 if isfield(objstruct,'ishutter'),      obj.isSIA     = objstruct.ishutter;       end;
    53                                 if isfield(objstruct,'ismacayeal'),    obj.isSSA     = objstruct.ismacayeal;     end;
    54                                 if isfield(objstruct,'ispattyn'),      obj.isHO      = objstruct.ispattyn;       end;
    55                                 if isfield(objstruct,'isstokes'),      obj.isFS      = objstruct.isstokes;       end;
    56                                 if isfield(objstruct,'bordermacayeal'),obj.borderSSA = objstruct.bordermacayeal; end;
    57                                 if isfield(objstruct,'borderpattyn'),  obj.borderHO  = objstruct.borderpattyn;   end;
    58                                 if isfield(objstruct,'borderstokes'),  obj.borderFS  = objstruct.borderstokes;   end;
     52                                if isfield(objstruct,'ishutter'),      self.isSIA     = objstruct.ishutter;       end;
     53                                if isfield(objstruct,'ismacayeal'),    self.isSSA     = objstruct.ismacayeal;     end;
     54                                if isfield(objstruct,'ispattyn'),      self.isHO      = objstruct.ispattyn;       end;
     55                                if isfield(objstruct,'isstokes'),      self.isFS      = objstruct.isstokes;       end;
     56                                if isfield(objstruct,'bordermacayeal'),self.borderSSA = objstruct.bordermacayeal; end;
     57                                if isfield(objstruct,'borderpattyn'),  self.borderHO  = objstruct.borderpattyn;   end;
     58                                if isfield(objstruct,'borderstokes'),  self.borderFS  = objstruct.borderstokes;   end;
    5959                        end
    6060
    … …  
    6262        end
    6363        methods
    64                 function createxml(obj,fid) % {{{
     64                function createxml(self,fid) % {{{
    6565                        fprintf(fid, '\n\n');
    6666                        fprintf(fid, '%s\n', '<!-- flowequation -->');
    6767                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="Flow equation parameters">','<section name="flowequation" />');                   
    6868
    69                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="isSIA" type="',              class(obj.isSIA),'" default="',                  convert2str(obj.isSIA),'">',              '     <section name="flowequation" />','     <help> is the Shallow Ice Approximation (SIA) used ? </help>','</parameter>');
    70                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="isSSA" type="',            class(obj.isSSA),'" default="',                convert2str(obj.isSSA),'">',   '     <section name="flowequation" />','     <help> is the Shelfy-Stream Approximation (SSA) used ? </help>','</parameter>');
    71                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',        '<parameter key ="isL1L2" type="',      class(obj.isL1L2),'" default="',          convert2str(obj.isL1L2),'">',            '     <section name="flowequation" />','     <help> is the L1L2 approximation used ? </help>','</parameter>');
    72                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',        '<parameter key ="isHO" type="',     class(obj.isHO),'" default="',         convert2str(obj.isHO),'">',            '     <section name="flowequation" />','     <help> is the Higher-Order (HO) approximation used ? </help>','</parameter>');
    73 
    74                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="isFS" type="',       class(obj.isFS),'" default="',              convert2str(obj.isFS),'">',              '     <section name="flowequation" />','     <help> are the Full-FS (FS) equations used ? </help>','</parameter>');
     69                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="isSIA" type="',              class(self.isSIA),'" default="',                  convert2str(self.isSIA),'">',              '     <section name="flowequation" />','     <help> is the Shallow Ice Approximation (SIA) used ? </help>','</parameter>');
     70                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="isSSA" type="',            class(self.isSSA),'" default="',                convert2str(self.isSSA),'">',   '     <section name="flowequation" />','     <help> is the Shelfy-Stream Approximation (SSA) used ? </help>','</parameter>');
     71                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',        '<parameter key ="isL1L2" type="',      class(self.isL1L2),'" default="',          convert2str(self.isL1L2),'">',            '     <section name="flowequation" />','     <help> is the L1L2 approximation used ? </help>','</parameter>');
     72                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',        '<parameter key ="isHO" type="',     class(self.isHO),'" default="',         convert2str(self.isHO),'">',            '     <section name="flowequation" />','     <help> is the Higher-Order (HO) approximation used ? </help>','</parameter>');
     73
     74                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="isFS" type="',       class(self.isFS),'" default="',              convert2str(self.isFS),'">',              '     <section name="flowequation" />','     <help> are the Full-FS (FS) equations used ? </help>','</parameter>');
    7575
    7676                        % fe_SSA drop-down (P1, P1bubble, P1bubblecondensed, P2)
    … …  
    9898                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','       <option value="TaylorHood" type="string" default="false"> </option>','</parameter>');
    9999
    100                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',        '<parameter key ="vertex_equation" type="',      class(obj.vertex_equation),'" default="',            convert2str(obj.vertex_equation),'">',            '     <section name="flowequation" />','     <help> flow equation for each vertex </help>','</parameter>');
    101 
    102                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="element_equation" type="',            class(obj.element_equation),'" default="',              convert2str(obj.element_equation),'">',              '     <section name="flowequation" />','     <help> flow equation for each element </help>','</parameter>');
    103                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="borderSSA" type="', class(obj.borderSSA),'" default="',   convert2str(obj.borderSSA),'">',   '     <section name="flowequation" />','     <help> vertices on SSAs border (for tiling) </help>','</parameter>');
    104                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',        '<parameter key ="borderHO" type="',          class(obj.borderHO),'" default="',            convert2str(obj.borderHO),'">',            '     <section name="flowequation" />','     <help> vertices on HOs border (for tiling) </help>','</parameter>');
    105                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n',        '<parameter key ="borderFS" type="',          class(obj.borderFS),'" default="',            convert2str(obj.borderFS),'">',            '     <section name="flowequation" />','     <help> vertices on FS border (for tiling) </help>','</parameter>');
     100                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',        '<parameter key ="vertex_equation" type="',      class(self.vertex_equation),'" default="',            convert2str(self.vertex_equation),'">',            '     <section name="flowequation" />','     <help> flow equation for each vertex </help>','</parameter>');
     101
     102                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="element_equation" type="',            class(self.element_equation),'" default="',              convert2str(self.element_equation),'">',              '     <section name="flowequation" />','     <help> flow equation for each element </help>','</parameter>');
     103                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="borderSSA" type="', class(self.borderSSA),'" default="',   convert2str(self.borderSSA),'">',   '     <section name="flowequation" />','     <help> vertices on SSAs border (for tiling) </help>','</parameter>');
     104                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',        '<parameter key ="borderHO" type="',          class(self.borderHO),'" default="',            convert2str(self.borderHO),'">',            '     <section name="flowequation" />','     <help> vertices on HOs border (for tiling) </help>','</parameter>');
     105                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n',        '<parameter key ="borderFS" type="',          class(self.borderFS),'" default="',            convert2str(self.borderFS),'">',            '     <section name="flowequation" />','     <help> vertices on FS border (for tiling) </help>','</parameter>');
    106106
    107107                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
    108108                end % }}}
    109                 function obj = flowequation(varargin) % {{{
     109                function self = extrude(self,md) % {{{
     110                        self.element_equation=project3d(md,'vector',self.element_equation,'type','element');
     111                        self.vertex_equation=project3d(md,'vector',self.vertex_equation,'type','node');
     112                        self.borderSSA=project3d(md,'vector',self.borderSSA,'type','node');
     113                        self.borderHO=project3d(md,'vector',self.borderHO,'type','node');
     114                        self.borderFS=project3d(md,'vector',self.borderFS,'type','node');
     115                end % }}}
     116                function self = flowequation(varargin) % {{{
    110117                        switch nargin
    111118                                case 0
    112                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     119                                        self=setdefaultparameters(self);
    113120                                otherwise
    114121                                        error('constructor not supported');
    115122                        end
    116123                end % }}}
    117                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     124                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    118125
    119126                        %P1 for SSA
    120                         obj.fe_SSA= 'P1';
     127                        self.fe_SSA= 'P1';
    121128
    122129                        %P1 for HO
    123                         obj.fe_HO= 'P1';
     130                        self.fe_HO= 'P1';
    124131
    125132                        %MINI condensed element for FS by default
    126                         obj.fe_FS = 'MINIcondensed';
    127                 end % }}}
    128                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
    129 
    130                         if ismember(StressbalanceAnalysisEnum(),analyses),
    131 
    132                                 md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.isSIA','numel',[1],'values',[0 1]);
    133                                 md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.isSSA','numel',[1],'values',[0 1]);
    134                                 md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.isL1L2','numel',[1],'values',[0 1]);
    135                                 md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.isHO','numel',[1],'values',[0 1]);
    136                                 md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.isFS','numel',[1],'values',[0 1]);
    137                                 md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.fe_SSA','values',{'P1','P1bubble','P1bubblecondensed','P2','P2bubble'});
    138                                 md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.fe_HO' ,'values',{'P1','P1bubble','P1bubblecondensed','P1xP2','P2xP1','P2','P2bubble','P1xP3','P2xP4'});
    139                                 md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.fe_FS' ,'values',{'P1P1','P1P1GLS','MINIcondensed','MINI','TaylorHood','LATaylorHood','XTaylorHood','OneLayerP4z','CrouzeixRaviart'});
    140                                 md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.augmented_lagrangian_r','numel',[1],'>',0.);
    141                                 md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.augmented_lagrangian_rlambda','numel',[1],'>',0.);
    142                                 md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.augmented_lagrangian_rhop','numel',[1],'>',0.);
    143                                 md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.augmented_lagrangian_rholambda','numel',[1],'>',0.);
    144                                 md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.XTH_theta','numel',[1],'>=',0.,'<',0.5);
    145                                 md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.borderSSA','size',[md.mesh.numberofvertices 1],'values',[0 1]);
    146                                 md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.borderHO','size',[md.mesh.numberofvertices 1],'values',[0 1]);
    147                                 md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.borderFS','size',[md.mesh.numberofvertices 1],'values',[0 1]);
    148                                 if strcmp(domaintype(md.mesh),'2Dhorizontal')
    149                                         md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.vertex_equation','size',[md.mesh.numberofvertices 1],'values',[1:2]);
    150                                         md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.element_equation','size',[md.mesh.numberofelements 1],'values',[1:2]);
    151                                 elseif strcmp(domaintype(md.mesh),'2Dvertical')
    152                                         md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.vertex_equation','size',[md.mesh.numberofvertices 1],'values',[2,4,5]);
    153                                         md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.element_equation','size',[md.mesh.numberofelements 1],'values',[2,4,5]);
    154                                 elseif strcmp(domaintype(md.mesh),'3D'),
    155                                         md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.vertex_equation','size',[md.mesh.numberofvertices 1],'values',[0:8]);
    156                                         md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.element_equation','size',[md.mesh.numberofelements 1],'values',[0:8]);
    157                                 else
    158                                         error('Case not supported yet');
    159                                 end
    160                                 if ~(obj.isSIA || obj.isSSA || obj.isL1L2 || obj.isHO || obj.isFS),
    161                                         md = checkmessage(md,['no element types set for this model']);
    162                                 end
     133                        self.fe_FS = 'MINIcondensed';
     134                end % }}}
     135                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
     136
     137
     138                        %Early return
     139                        if (~ismember(StressbalanceAnalysisEnum(),analyses) & ~ismember(StressbalanceSIAAnalysisEnum(),analyses)) | (solution==TransientSolutionEnum() & md.transient.isstressbalance==0), return; end
     140
     141                        md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.isSIA','numel',[1],'values',[0 1]);
     142                        md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.isSSA','numel',[1],'values',[0 1]);
     143                        md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.isL1L2','numel',[1],'values',[0 1]);
     144                        md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.isHO','numel',[1],'values',[0 1]);
     145                        md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.isFS','numel',[1],'values',[0 1]);
     146                        md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.fe_SSA','values',{'P1','P1bubble','P1bubblecondensed','P2','P2bubble'});
     147                        md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.fe_HO' ,'values',{'P1','P1bubble','P1bubblecondensed','P1xP2','P2xP1','P2','P2bubble','P1xP3','P2xP4'});
     148                        md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.fe_FS' ,'values',{'P1P1','P1P1GLS','MINIcondensed','MINI','TaylorHood','LATaylorHood','XTaylorHood','OneLayerP4z','CrouzeixRaviart','LACrouzeixRaviart'});
     149                        md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.augmented_lagrangian_r','numel',[1],'>',0.);
     150                        md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.augmented_lagrangian_rlambda','numel',[1],'>',0.);
     151                        md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.augmented_lagrangian_rhop','numel',[1],'>',0.);
     152                        md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.augmented_lagrangian_rholambda','numel',[1],'>',0.);
     153                        md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.XTH_theta','numel',[1],'>=',0.,'<',0.5);
     154                        md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.borderSSA','size',[md.mesh.numberofvertices 1],'values',[0 1]);
     155                        md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.borderHO','size',[md.mesh.numberofvertices 1],'values',[0 1]);
     156                        md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.borderFS','size',[md.mesh.numberofvertices 1],'values',[0 1]);
     157                        if strcmp(domaintype(md.mesh),'2Dhorizontal')
     158                                md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.vertex_equation','size',[md.mesh.numberofvertices 1],'values',[1:2]);
     159                                md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.element_equation','size',[md.mesh.numberofelements 1],'values',[1:2]);
     160                        elseif strcmp(domaintype(md.mesh),'3Dsurface')
     161                                md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.vertex_equation','size',[md.mesh.numberofvertices 1],'values',[1:2]);
     162                                md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.element_equation','size',[md.mesh.numberofelements 1],'values',[1:2]);
     163                        elseif strcmp(domaintype(md.mesh),'2Dvertical')
     164                                md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.vertex_equation','size',[md.mesh.numberofvertices 1],'values',[2,4,5]);
     165                                md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.element_equation','size',[md.mesh.numberofelements 1],'values',[2,4,5]);
     166                        elseif strcmp(domaintype(md.mesh),'3D'),
     167                                md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.vertex_equation','size',[md.mesh.numberofvertices 1],'values',[0:8]);
     168                                md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.element_equation','size',[md.mesh.numberofelements 1],'values',[0:8]);
     169                        else
     170                                error('Case not supported yet');
     171                        end
     172                        if ~(self.isSIA || self.isSSA || self.isL1L2 || self.isHO || self.isFS),
     173                                md = checkmessage(md,['no element types set for this model']);
    163174                        end
    164175                        if ismember(StressbalanceSIAAnalysisEnum(),analyses),
    165                                 if any(obj.element_equation==1),
    166                                         if(obj.vertex_equation & md.mask.groundedice_levelset<0.),
     176                                if any(self.element_equation==1),
     177                                        if(self.vertex_equation & md.mask.groundedice_levelset<0.),
    167178                                                disp(sprintf('\n !!! Warning: SIA''s model is not consistent on ice shelves !!!\n'));
    168179                                        end
    … …  
    171182
    172183                end % }}}
    173                 function disp(obj) % {{{
     184                function disp(self) % {{{
    174185                        disp(sprintf('   flow equation parameters:'));
    175186
    176                         fielddisplay(obj,'isSIA','is the Shallow Ice Approximation (SIA) used ?');
    177                         fielddisplay(obj,'isSSA','is the Shelfy-Stream Approximation (SSA) used ?');
    178                         fielddisplay(obj,'isL1L2','is the L1L2 approximation used ?');
    179                         fielddisplay(obj,'isHO','is the Higher-Order (HO) approximation used ?');
    180                         fielddisplay(obj,'isFS','are the Full-FS (FS) equations used ?');
    181                         fielddisplay(obj,'fe_SSA','Finite Element for SSA  ''P1'', ''P1bubble'' ''P1bubblecondensed'' ''P2''');
    182                         fielddisplay(obj,'fe_HO', 'Finite Element for HO   ''P1'' ''P1bubble'' ''P1bubblecondensed'' ''P1xP2'' ''P2xP1'' ''P2''');
    183                         fielddisplay(obj,'fe_FS', 'Finite Element for FS   ''P1P1'' (debugging only) ''P1P1GLS'' ''MINIcondensed'' ''MINI'' ''TaylorHood'' ''XTaylorHood''');
    184                         fielddisplay(obj,'vertex_equation','flow equation for each vertex');
    185                         fielddisplay(obj,'element_equation','flow equation for each element');
    186                         fielddisplay(obj,'borderSSA','vertices on SSA''s border (for tiling)');
    187                         fielddisplay(obj,'borderHO','vertices on HO''s border (for tiling)');
    188                         fielddisplay(obj,'borderFS','vertices on FS'' border (for tiling)');
    189 
    190                 end % }}}
    191                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
    192                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','isSIA','format','Boolean');
    193                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','isSSA','format','Boolean');
    194                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','isL1L2','format','Boolean');
    195                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','isHO','format','Boolean');
    196                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','isFS','format','Boolean');
    197                         WriteData(fid,'enum',FlowequationFeSSAEnum(),'data',StringToEnum(obj.fe_SSA),'format','Integer');
    198                         WriteData(fid,'enum',FlowequationFeHOEnum() ,'data',StringToEnum(obj.fe_HO) ,'format','Integer');
    199                         WriteData(fid,'enum',FlowequationFeFSEnum() ,'data',StringToEnum(obj.fe_FS) ,'format','Integer');
    200                         WriteData(fid,'enum',AugmentedLagrangianREnum(),'data',obj.augmented_lagrangian_r ,'format','Double');
    201                         WriteData(fid,'enum',AugmentedLagrangianRhopEnum(),'data',obj.augmented_lagrangian_rhop ,'format','Double');
    202                         WriteData(fid,'enum',AugmentedLagrangianRlambdaEnum(),'data',obj.augmented_lagrangian_rlambda ,'format','Double');
    203                         WriteData(fid,'enum',AugmentedLagrangianRholambdaEnum(),'data',obj.augmented_lagrangian_rholambda ,'format','Double');
    204                         WriteData(fid,'enum',AugmentedLagrangianThetaEnum() ,'data',obj.XTH_theta ,'format','Double');
    205                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','borderSSA','format','DoubleMat','mattype',1);
    206                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','borderHO','format','DoubleMat','mattype',1);
    207                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','borderFS','format','DoubleMat','mattype',1);
     187                        fielddisplay(self,'isSIA','is the Shallow Ice Approximation (SIA) used ?');
     188                        fielddisplay(self,'isSSA','is the Shelfy-Stream Approximation (SSA) used ?');
     189                        fielddisplay(self,'isL1L2','is the L1L2 approximation used ?');
     190                        fielddisplay(self,'isHO','is the Higher-Order (HO) approximation used ?');
     191                        fielddisplay(self,'isFS','are the Full-FS (FS) equations used ?');
     192                        fielddisplay(self,'fe_SSA','Finite Element for SSA  ''P1'', ''P1bubble'' ''P1bubblecondensed'' ''P2''');
     193                        fielddisplay(self,'fe_HO', 'Finite Element for HO   ''P1'' ''P1bubble'' ''P1bubblecondensed'' ''P1xP2'' ''P2xP1'' ''P2''');
     194                        fielddisplay(self,'fe_FS', 'Finite Element for FS   ''P1P1'' (debugging only) ''P1P1GLS'' ''MINIcondensed'' ''MINI'' ''TaylorHood'' ''XTaylorHood''');
     195                        fielddisplay(self,'vertex_equation','flow equation for each vertex');
     196                        fielddisplay(self,'element_equation','flow equation for each element');
     197                        fielddisplay(self,'borderSSA','vertices on SSA''s border (for tiling)');
     198                        fielddisplay(self,'borderHO','vertices on HO''s border (for tiling)');
     199                        fielddisplay(self,'borderFS','vertices on FS'' border (for tiling)');
     200
     201                end % }}}
     202                function marshall(self,md,fid) % {{{
     203                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','isSIA','format','Boolean');
     204                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','isSSA','format','Boolean');
     205                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','isL1L2','format','Boolean');
     206                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','isHO','format','Boolean');
     207                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','isFS','format','Boolean');
     208                        WriteData(fid,'enum',FlowequationFeSSAEnum(),'data',StringToEnum(self.fe_SSA),'format','Integer');
     209                        WriteData(fid,'enum',FlowequationFeHOEnum() ,'data',StringToEnum(self.fe_HO) ,'format','Integer');
     210                        WriteData(fid,'enum',FlowequationFeFSEnum() ,'data',StringToEnum(self.fe_FS) ,'format','Integer');
     211                        WriteData(fid,'enum',AugmentedLagrangianREnum(),'data',self.augmented_lagrangian_r ,'format','Double');
     212                        WriteData(fid,'enum',AugmentedLagrangianRhopEnum(),'data',self.augmented_lagrangian_rhop ,'format','Double');
     213                        WriteData(fid,'enum',AugmentedLagrangianRlambdaEnum(),'data',self.augmented_lagrangian_rlambda ,'format','Double');
     214                        WriteData(fid,'enum',AugmentedLagrangianRholambdaEnum(),'data',self.augmented_lagrangian_rholambda ,'format','Double');
     215                        WriteData(fid,'enum',AugmentedLagrangianThetaEnum() ,'data',self.XTH_theta ,'format','Double');
     216                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','borderSSA','format','DoubleMat','mattype',1);
     217                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','borderHO','format','DoubleMat','mattype',1);
     218                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','borderFS','format','DoubleMat','mattype',1);
    208219                        %convert approximations to enums
    209                         data=obj.vertex_equation;
     220                        data=self.vertex_equation;
    210221                        pos=find(data==0); data(pos,end)=NoneApproximationEnum();
    211222                        pos=find(data==1); data(pos,end)=SIAApproximationEnum();
    … …  
    219230                        pos=find(data==8); data(pos,end)=SSAFSApproximationEnum();
    220231                        WriteData(fid,'data',data,'enum',FlowequationVertexEquationEnum(),'format','DoubleMat','mattype',1);
    221                         data=obj.element_equation;
     232                        data=self.element_equation;
    222233                        pos=find(data==0); data(pos,end)=NoneApproximationEnum();
    223234                        pos=find(data==1); data(pos,end)=SIAApproximationEnum();

  • issm/trunk/src/m/classes/flowequation.py

    r18301 r19105  
    11import numpy
    22import copy
     3from project3d import project3d
    34from fielddisplay import fielddisplay
    45from EnumDefinitions import *
    … …  
    5859                return string
    5960                #}}}
     61        def extrude(self,md): # {{{
     62                self.element_equation=project3d(md,'vector',self.element_equation,'type','element')
     63                self.vertex_equation=project3d(md,'vector',self.vertex_equation,'type','node')
     64                self.borderSSA=project3d(md,'vector',self.borderSSA,'type','node')
     65                self.borderHO=project3d(md,'vector',self.borderHO,'type','node')
     66                self.borderFS=project3d(md,'vector',self.borderFS,'type','node')
     67                return self
     68        #}}}
    6069        def setdefaultparameters(self): # {{{
    6170
    … …  
    7382        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    7483
    75                 if StressbalanceAnalysisEnum() in analyses:
    76                         md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.isSIA','numel',[1],'values',[0,1])
    77                         md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.isSSA','numel',[1],'values',[0,1])
    78                         md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.isL1L2','numel',[1],'values',[0,1])
    79                         md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.isHO','numel',[1],'values',[0,1])
    80                         md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.isFS','numel',[1],'values',[0,1])
    81                         md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.fe_SSA','values',['P1','P1bubble','P1bubblecondensed','P2','P2bubble'])
    82                         md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.fe_HO' ,'values',['P1','P1bubble','P1bubblecondensed','P1xP2','P2xP1','P2','P2bubble','P1xP3','P2xP4'])
    83                         md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.fe_FS' ,'values',['P1P1','P1P1GLS','MINIcondensed','MINI','TaylorHood','XTaylorHood','OneLayerP4z','CrouzeixRaviart'])
    84                         md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.borderSSA','size',[md.mesh.numberofvertices],'values',[0,1])
    85                         md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.borderHO','size',[md.mesh.numberofvertices],'values',[0,1])
    86                         md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.borderFS','size',[md.mesh.numberofvertices],'values',[0,1])
    87                         md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.augmented_lagrangian_r','numel',[1],'>',0.)
    88                         md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.augmented_lagrangian_rhop','numel',[1],'>',0.)
    89                         md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.augmented_lagrangian_rlambda','numel',[1],'>',0.)
    90                         md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.augmented_lagrangian_rholambda','numel',[1],'>',0.)
    91                         md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.XTH_theta','numel',[1],'>=',0.,'<',.5)
    92                         if m.strcmp(md.mesh.domaintype(),'2Dhorizontal'):
    93                                 md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.vertex_equation','size',[md.mesh.numberofvertices],'values',[1,2])
    94                                 md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.element_equation','size',[md.mesh.numberofelements],'values',[1,2])
    95                         elif m.strcmp(md.mesh.domaintype(),'3D'):
    96                                 md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.vertex_equation','size',[md.mesh.numberofvertices],'values',numpy.arange(0,8+1))
    97                                 md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.element_equation','size',[md.mesh.numberofelements],'values',numpy.arange(0,8+1))
    98                         else:
    99                                 raise RuntimeError('mesh type not supported yet')
    100                         if not (self.isSIA or self.isSSA or self.isL1L2 or self.isHO or self.isFS):
    101                                 md.checkmessage("no element types set for this model")
     84                #Early return
     85                if (StressbalanceAnalysisEnum() not in analyses and StressbalanceSIAAnalysisEnum() not in analyses) or (solution==TransientSolutionEnum() and not md.transient.isstressbalance):
     86                        return md
     87
     88                md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.isSIA','numel',[1],'values',[0,1])
     89                md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.isSSA','numel',[1],'values',[0,1])
     90                md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.isL1L2','numel',[1],'values',[0,1])
     91                md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.isHO','numel',[1],'values',[0,1])
     92                md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.isFS','numel',[1],'values',[0,1])
     93                md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.fe_SSA','values',['P1','P1bubble','P1bubblecondensed','P2','P2bubble'])
     94                md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.fe_HO' ,'values',['P1','P1bubble','P1bubblecondensed','P1xP2','P2xP1','P2','P2bubble','P1xP3','P2xP4'])
     95                md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.fe_FS' ,'values',['P1P1','P1P1GLS','MINIcondensed','MINI','TaylorHood','XTaylorHood','OneLayerP4z','CrouzeixRaviart'])
     96                md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.borderSSA','size',[md.mesh.numberofvertices],'values',[0,1])
     97                md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.borderHO','size',[md.mesh.numberofvertices],'values',[0,1])
     98                md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.borderFS','size',[md.mesh.numberofvertices],'values',[0,1])
     99                md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.augmented_lagrangian_r','numel',[1],'>',0.)
     100                md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.augmented_lagrangian_rhop','numel',[1],'>',0.)
     101                md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.augmented_lagrangian_rlambda','numel',[1],'>',0.)
     102                md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.augmented_lagrangian_rholambda','numel',[1],'>',0.)
     103                md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.XTH_theta','numel',[1],'>=',0.,'<',.5)
     104                if m.strcmp(md.mesh.domaintype(),'2Dhorizontal'):
     105                        md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.vertex_equation','size',[md.mesh.numberofvertices],'values',[1,2])
     106                        md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.element_equation','size',[md.mesh.numberofelements],'values',[1,2])
     107                elif m.strcmp(md.mesh.domaintype(),'3D'):
     108                        md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.vertex_equation','size',[md.mesh.numberofvertices],'values',numpy.arange(0,8+1))
     109                        md = checkfield(md,'fieldname','flowequation.element_equation','size',[md.mesh.numberofelements],'values',numpy.arange(0,8+1))
     110                else:
     111                        raise RuntimeError('mesh type not supported yet')
     112                if not (self.isSIA or self.isSSA or self.isL1L2 or self.isHO or self.isFS):
     113                        md.checkmessage("no element types set for this model")
    102114
    103115                if StressbalanceSIAAnalysisEnum() in analyses:

  • issm/trunk/src/m/classes/friction.m

    r17989 r19105  
    1111        end
    1212        methods
    13         function createxml(obj,fid) % {{{
    14             fprintf(fid, '\n\n');
    15             fprintf(fid, '%s\n', '<!-- Friction: Sigma= drag^2 * Neff ^r * u ^s, with Neff=rho_ice*g*thickness+rho_water*g*bed, r=q/p and s=1/p -->');
    16             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="Friction: Sigma= drag^2 * Neff ^r * u ^s, with Neff=rho_ice*g*thickness+rho_water*g*bed, r=q/p and s=1/p">','<section name="friction" />');   
    17             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="coefficient" type="',          class(obj.coefficient),'" default="',           convert2str(obj.coefficient),'">',              '     <section name="friction" />','     <help> friction coefficient [SI] </help>','</parameter>');
    18             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="p" type="',               class(obj.p),'" default="',                 convert2str(obj.p),'">',   '     <section name="friction" />','     <help> p exponent </help>','</parameter>');
    19             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n',        '<parameter key ="q" type="',               class(obj.q),'" default="',                 convert2str(obj.q),'">',            '     <section name="friction" />','     <help> q exponent </help>','</parameter>');
    20             fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
    21         end % }}}
    22                 function obj = friction(varargin) % {{{
     13                function createxml(self,fid) % {{{
     14                        fprintf(fid, '\n\n');
     15                        fprintf(fid, '%s\n', '<!-- Friction: Sigma= drag^2 * Neff ^r * u ^s, with Neff=rho_ice*g*thickness+rho_water*g*bed, r=q/p and s=1/p -->');
     16                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="Friction: Sigma= drag^2 * Neff ^r * u ^s, with Neff=rho_ice*g*thickness+rho_water*g*bed, r=q/p and s=1/p">','<section name="friction" />');   
     17                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="coefficient" type="',      class(self.coefficient),'" default="',          convert2str(self.coefficient),'">',              '     <section name="friction" />','     <help> friction coefficient [SI] </help>','</parameter>');
     18                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="p" type="',               class(self.p),'" default="',                 convert2str(self.p),'">',   '     <section name="friction" />','     <help> p exponent </help>','</parameter>');
     19                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n',        '<parameter key ="q" type="',               class(self.q),'" default="',                 convert2str(self.q),'">',            '     <section name="friction" />','     <help> q exponent </help>','</parameter>');
     20                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
     21                end % }}}
     22                function self = extrude(self,md) % {{{
     23                        self.coefficient=project3d(md,'vector',self.coefficient,'type','node','layer',1);
     24                        self.p=project3d(md,'vector',self.p,'type','element');
     25                        self.q=project3d(md,'vector',self.q,'type','element');
     26                end % }}}
     27                function self = friction(varargin) % {{{
    2328                        switch nargin
    2429                                case 0
    25                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     30                                        self=setdefaultparameters(self);
    2631                                otherwise
    2732                                        error('constructor not supported');
    2833                        end
    2934                end % }}}
    30                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     35                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    3136
    3237                end % }}}
    33                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     38                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    3439
    3540                        %Early return
    3641                        if ~ismember(StressbalanceAnalysisEnum(),analyses) & ~ismember(ThermalAnalysisEnum(),analyses), return; end
    37                         md = checkfield(md,'fieldname','friction.coefficient','forcing',1,'NaN',1);
     42                        md = checkfield(md,'fieldname','friction.coefficient','timeseries',1,'NaN',1);
    3843                        md = checkfield(md,'fieldname','friction.q','NaN',1,'size',[md.mesh.numberofelements 1]);
    3944                        md = checkfield(md,'fieldname','friction.p','NaN',1,'size',[md.mesh.numberofelements 1]);
    4045                end % }}}
    41                 function disp(obj) % {{{
     46                function disp(self) % {{{
    4247                        disp(sprintf('Basal shear stress parameters: Sigma_b = coefficient^2 * Neff ^r * |u_b|^(s-1) * u_b\n(effective stress Neff=rho_ice*g*thickness+rho_water*g*bed, r=q/p and s=1/p)'));
    43                         fielddisplay(obj,'coefficient','friction coefficient [SI]');
    44                         fielddisplay(obj,'p','p exponent');
    45                         fielddisplay(obj,'q','q exponent');
     48                        fielddisplay(self,'coefficient','friction coefficient [SI]');
     49                        fielddisplay(self,'p','p exponent');
     50                        fielddisplay(self,'q','q exponent');
    4651                end % }}}
    47                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
     52                function marshall(self,md,fid) % {{{
    4853                        yts=365.0*24.0*3600.0;
    4954
    5055                        WriteData(fid,'enum',FrictionLawEnum,'data',1,'format','Integer');
    51                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','coefficient','format','DoubleMat','mattype',1,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
    52                         %WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','coefficient','format','DoubleMat','mattype',1);
    53                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','p','format','DoubleMat','mattype',2);
    54                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','q','format','DoubleMat','mattype',2);
     56                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','coefficient','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
     57                        %WriteData(fid,'object',self,'fieldname','coefficient','format','DoubleMat','mattype',1);
     58                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','p','format','DoubleMat','mattype',2);
     59                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','q','format','DoubleMat','mattype',2);
    5560                       
    5661

  • issm/trunk/src/m/classes/friction.py

    r17989 r19105  
    11from fielddisplay import fielddisplay
     2from project3d import project3d
    23from EnumDefinitions import *
    34from checkfield import checkfield
    … …  
    2930                return string
    3031                #}}}
     32        def extrude(self,md): # {{{
     33                self.coefficient=project3d(md,'vector',self.coefficient,'type','node','layer',1)
     34                self.p=project3d(md,'vector',self.p,'type','element')
     35                self.q=project3d(md,'vector',self.q,'type','element')
     36                return self
     37        #}}}
    3138        def setdefaultparameters(self): # {{{
    3239                return self
    … …  
    3845                        return md
    3946
    40                 md = checkfield(md,'fieldname','friction.coefficient','forcing',1,'NaN',1)
     47                md = checkfield(md,'fieldname','friction.coefficient','timeseries',1,'NaN',1)
    4148                md = checkfield(md,'fieldname','friction.q','NaN',1,'size',[md.mesh.numberofelements])
    4249                md = checkfield(md,'fieldname','friction.p','NaN',1,'size',[md.mesh.numberofelements])

  • issm/trunk/src/m/classes/frictionweertman.m

    r17989 r19105  
    1010        end
    1111        methods
    12         function createxml(obj,fid) % {{{
    13             fprintf(fid, '\n\n');
    14             fprintf(fid, '%s\n', '<!-- Friction: Sigma= drag^2 * Neff ^r * u ^s, with Neff=rho_ice*g*thickness+rho_water*g*bed, r=q/p and s=1/p -->');
    15             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="Friction: Sigma= drag^2 * Neff ^r * u ^s, with Neff=rho_ice*g*thickness+rho_water*g*bed, r=q/p and s=1/p">','<section name="frictionweertman" />');   
    16             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="coefficient" type="',          class(obj.coefficient),'" default="',           convert2str(obj.coefficient),'">',              '     <section name="frictionweertman" />','     <help> frictionweertman coefficient [SI] </help>','</parameter>');
    17             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="p" type="',               class(obj.p),'" default="',                 convert2str(obj.p),'">',   '     <section name="frictionweertman" />','     <help> p exponent </help>','</parameter>');
    18             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n',        '<parameter key ="q" type="',               class(obj.q),'" default="',                 convert2str(obj.q),'">',            '     <section name="frictionweertman" />','     <help> q exponent </help>','</parameter>');
    19             fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
    20         end % }}}
    21                 function obj = frictionweertman(varargin) % {{{
     12                function createxml(self,fid) % {{{
     13                        fprintf(fid, '\n\n');
     14                        fprintf(fid, '%s\n', '<!-- Friction: Sigma= drag^2 * Neff ^r * u ^s, with Neff=rho_ice*g*thickness+rho_water*g*bed, r=q/p and s=1/p -->');
     15                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="Friction: Sigma= drag^2 * Neff ^r * u ^s, with Neff=rho_ice*g*thickness+rho_water*g*bed, r=q/p and s=1/p">','<section name="frictionweertman" />');   
     16                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="coefficient" type="',      class(self.coefficient),'" default="',          convert2str(self.coefficient),'">',              '     <section name="frictionweertman" />','     <help> frictionweertman coefficient [SI] </help>','</parameter>');
     17                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="p" type="',               class(self.p),'" default="',                 convert2str(self.p),'">',   '     <section name="frictionweertman" />','     <help> p exponent </help>','</parameter>');
     18                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n',        '<parameter key ="q" type="',               class(self.q),'" default="',                 convert2str(self.q),'">',            '     <section name="frictionweertman" />','     <help> q exponent </help>','</parameter>');
     19                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
     20                end % }}}
     21                function self = frictionweertman(varargin) % {{{
    2222                        switch nargin
    2323                                case 0
    24                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     24                                        self=setdefaultparameters(self);
    2525                                otherwise
    2626                                        error('constructor not supported');
    2727                        end
    2828                end % }}}
    29                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     29                function self = extrude(self,md) % {{{
     30                        md.friction.C=project3d(md,'vector',md.friction.C,'type','node','layer',1);
     31                        md.friction.m=project3d(md,'vector',md.friction.m,'type','element');
     32                end % }}}
     33                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    3034
    3135                end % }}}
    32                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     36                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    3337
    3438                        %Early return
    3539                        if ~ismember(StressbalanceAnalysisEnum(),analyses) & ~ismember(ThermalAnalysisEnum(),analyses), return; end
    36                         md = checkfield(md,'fieldname','frictionweertman.C','forcing',1,'NaN',1);
    37                         md = checkfield(md,'fieldname','frictionweertman.m','NaN',1,'size',[md.mesh.numberofelements 1]);
     40                        md = checkfield(md,'fieldname','friction.C','timeseries',1,'NaN',1);
     41                        md = checkfield(md,'fieldname','friction.m','NaN',1,'size',[md.mesh.numberofelements 1]);
    3842                end % }}}
    39                 function disp(obj) % {{{
    40                         disp(sprintf('Weertman sliding law parameters: Sigma_b = C^2 * |u_b|^(1/m-1) * u_b'));
    41                         fielddisplay(obj,'coefficient','friction coefficient [SI]');
    42                         fielddisplay(obj,'m','m exponent');
     43                function disp(self) % {{{
     44                        disp('Weertman sliding law parameters:');
     45                        disp('   Weertman''s sliding law reads:');
     46                        disp('      v_b = C * Sigma_b^m');
     47                        disp('   In ISSM, this law is rewritten as:');
     48                        disp('      Sigma_b = C^(-1/m) * |u_b|^(1/m-1)  u_b');
     49                        disp(' ');
     50                        fielddisplay(self,'C','friction coefficient [SI]');
     51                        fielddisplay(self,'m','m exponent');
    4352                end % }}}
    44                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
     53                function marshall(self,md,fid) % {{{
    4554                        yts=365.0*24.0*3600.0;
    4655
    47                         WriteData(fid,'enum',FrictionLawEnum,'data',1,'format','Integer');
    48                         WriteData(fid,'class','friction','object',obj,'fieldname','C','format','DoubleMat','mattype',1,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
    49                         WriteData(fid,'class','friction','object',obj,'fieldname','m','format','DoubleMat','mattype',2);
     56                        WriteData(fid,'enum',FrictionLawEnum,'data',2,'format','Integer');
     57                        WriteData(fid,'class','friction','object',self,'fieldname','C','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
     58                        WriteData(fid,'class','friction','object',self,'fieldname','m','format','DoubleMat','mattype',2);
    5059                       
    5160

  • issm/trunk/src/m/classes/frictionweertman.py

    r17989 r19105  
    11from fielddisplay import fielddisplay
     2from project3d import project3d
    23from EnumDefinitions import *
    34from checkfield import checkfield
    … …  
    2122                #}}}
    2223        def __repr__(self): # {{{
    23                 string="Weertman sliding law parameters: Sigma_b = C^2 * |u_b|^(1/m-1) * u_b"
     24                string="Weertman sliding law parameters: Sigma_b = C^(-1/m) * |u_b|^(1/m-1) * u_b"
    2425
    2526                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"C","friction coefficient [SI]"))
    … …  
    3637                        return md
    3738
    38                 md = checkfield(md,'fieldname','friction.C','forcing',1,'NaN',1)
     39                md = checkfield(md,'fieldname','friction.C','timeseries',1,'NaN',1)
    3940                md = checkfield(md,'fieldname','friction.m','NaN',1,'size',[md.mesh.numberofelements])
    4041

  • issm/trunk/src/m/classes/geometry.m

    r17989 r19105  
    1313        end
    1414        methods (Static)
    15                 function obj = loadobj(obj) % {{{
     15                function self = loadobj(self) % {{{
    1616                        % This function is directly called by matlab when a model object is
    1717                        % loaded. Update old properties here
    1818
    1919                        %2014 March 26th
    20                         if isstruct(obj),
     20                        if isstruct(self),
    2121                                disp('WARNING: updating geometry');
    2222                                disp('         md.geometry.bed        is now md.geometry.base');
    2323                                disp('         md.geometry.bathymetry is now md.geometry.bed');
    24                                 obj2=obj;
    25                                 obj=geometry();
    26                                 obj.surface    = obj2.surface;
    27                                 obj.thickness  = obj2.thickness;
    28                                 obj.base       = obj2.bed;
    29                                 obj.bed        = obj2.bathymetry;
     24                                obj2 = self;
     25                                self = geometry();
     26                                self.surface    = obj2.surface;
     27                                self.thickness  = obj2.thickness;
     28                                self.base       = obj2.bed;
     29                                self.bed        = obj2.bathymetry;
    3030                        end
    3131
    … …  
    3333        end
    3434        methods
    35         %function createxml(obj,fid)
    36         function createxml(obj, fid)% {{{
    37             fprintf(fid, '\n\n');
    38             fprintf(fid, '%s\n', '<!-- geometry -->');
    39             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="Geometry parameters">','<section name="geometry" />');
     35                function createxml(self, fid)% {{{
     36                        fprintf(fid, '\n\n');
     37                        fprintf(fid, '%s\n', '<!-- geometry -->');
     38                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="Geometry parameters">','<section name="geometry" />');
    4039                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="surface" type="','path','" optional="','false','">','     <section name="geometry" />','     <help> surface elevation [m] </help>','</parameter>');
    41             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="thickness" type="','path','" optional="','false','">','     <section name="geometry" />','     <help> ice thickness [m] </help>','</parameter>');
    42             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="bed" type="','path','" optional="','false','">','     <section name="geometry" />','     <help> bed elevation [m] </help>','</parameter>');
    43             %fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="bathymetry" type="',class(obj.bathymetry),'" default="',convert2str(obj.bathymetry),'">','     <section name="geometry" />','     <help> bathymetry elevation [m] </help>','</parameter>');
    44             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="hydrostatic_ratio" type="',class(obj.hydrostatic_ratio),'" default="',convert2str(obj.hydrostatic_ratio),'">','     <section name="geometry" />','     <help> coefficient for ice shelves; thickness correction: hydrostatic_ratio H_obs+ (1-hydrostatic_ratio) H_hydro </help>','</parameter>');
    45             fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
    46         end % }}}
    47                 function obj = geometry(varargin) % {{{
     40                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="thickness" type="','path','" optional="','false','">','     <section name="geometry" />','     <help> ice thickness [m] </help>','</parameter>');
     41                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="bed" type="','path','" optional="','false','">','     <section name="geometry" />','     <help> bed elevation [m] </help>','</parameter>');
     42                        %fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="bathymetry" type="',class(self.bathymetry),'" default="',convert2str(self.bathymetry),'">','     <section name="geometry" />','     <help> bathymetry elevation [m] </help>','</parameter>');
     43                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="hydrostatic_ratio" type="',class(self.hydrostatic_ratio),'" default="',convert2str(self.hydrostatic_ratio),'">','     <section name="geometry" />','     <help> coefficient for ice shelves; thickness correction: hydrostatic_ratio H_obs+ (1-hydrostatic_ratio) H_hydro </help>','</parameter>');
     44                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
     45                end % }}}
     46                function self = extrude(self,md) % {{{
     47                        self.surface=project3d(md,'vector',self.surface,'type','node');
     48                        self.thickness=project3d(md,'vector',self.thickness,'type','node');
     49                        self.hydrostatic_ratio=project3d(md,'vector',self.hydrostatic_ratio,'type','node');
     50                        self.base=project3d(md,'vector',self.base,'type','node');
     51                        self.bed=project3d(md,'vector',self.bed,'type','node');
     52                end % }}}
     53                function self = geometry(varargin) % {{{
    4854                        switch nargin
    4955                                case 0
    50                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     56                                        self=setdefaultparameters(self);
    5157                                otherwise
    5258                                        error('constructor not supported');
    5359                        end
    5460                end % }}}
    55                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     61                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    5662
    5763                end % }}}
    58                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     64                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    5965
    6066                        if (solution==TransientSolutionEnum() & md.transient.isgia) | (solution==GiaSolutionEnum()),
    61                                 md = checkfield(md,'fieldname','geometry.thickness','forcing',1,'NaN',1,'>=',0);
     67                                md = checkfield(md,'fieldname','geometry.thickness','timeseries',1,'NaN',1,'>=',0);
    6268                        else
    6369                                md = checkfield(md,'fieldname','geometry.surface'  ,'NaN',1,'size',[md.mesh.numberofvertices 1]);
    6470                                md = checkfield(md,'fieldname','geometry.base'      ,'NaN',1,'size',[md.mesh.numberofvertices 1]);
    6571                                md = checkfield(md,'fieldname','geometry.thickness','NaN',1,'size',[md.mesh.numberofvertices 1],'>',0);
    66                                 if any((obj.thickness-obj.surface+obj.base)>10^-9),
     72                                if any((self.thickness-self.surface+self.base)>10^-9),
    6773                                        md = checkmessage(md,['equality thickness=surface-base violated']);
    6874                                end
    … …  
    7278                        end
    7379                end % }}}
    74                 function disp(obj) % {{{
     80                function disp(self) % {{{
    7581                        disp(sprintf('   geometry parameters:'));
    7682
    77                         fielddisplay(obj,'surface','ice upper surface elevation [m]');
    78                         fielddisplay(obj,'thickness','ice thickness [m]');
    79                         fielddisplay(obj,'base','ice base elevation [m]');
    80                         fielddisplay(obj,'bed','bed elevation [m]');
     83                        fielddisplay(self,'surface','ice upper surface elevation [m]');
     84                        fielddisplay(self,'thickness','ice thickness [m]');
     85                        fielddisplay(self,'base','ice base elevation [m]');
     86                        fielddisplay(self,'bed','bed elevation [m]');
    8187
    8288                end % }}}
    83                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
    84                         WriteData(fid,'data',obj.surface,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',SurfaceEnum());
    85                         WriteData(fid,'data',obj.thickness,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',ThicknessEnum(),'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
    86                         WriteData(fid,'data',obj.base,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',BaseEnum());
    87                         WriteData(fid,'data',obj.bed,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',BedEnum());
    88                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','hydrostatic_ratio','format','DoubleMat','mattype',1);
     89                function marshall(self,md,fid) % {{{
     90                        WriteData(fid,'data',self.surface,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',SurfaceEnum());
     91                        WriteData(fid,'data',self.thickness,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',ThicknessEnum(),'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
     92                        WriteData(fid,'data',self.base,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',BaseEnum());
     93                        WriteData(fid,'data',self.bed,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',BedEnum());
     94                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','hydrostatic_ratio','format','DoubleMat','mattype',1);
    8995                end % }}}
    9096        end

  • issm/trunk/src/m/classes/geometry.py

    r17806 r19105  
     1from project3d import project3d
    12from fielddisplay import fielddisplay
    23from EnumDefinitions import *
    … …  
    3233                return string
    3334                #}}}
     35        def extrude(self,md): # {{{
     36                self.surface=project3d(md,'vector',self.surface,'type','node')
     37                self.thickness=project3d(md,'vector',self.thickness,'type','node')
     38                self.hydrostatic_ratio=project3d(md,'vector',self.hydrostatic_ratio,'type','node')
     39                self.base=project3d(md,'vector',self.base,'type','node')
     40                self.bed=project3d(md,'vector',self.bed,'type','node')
     41                return self
     42        #}}}
    3443        def setdefaultparameters(self): # {{{
    3544                return self
    … …  
    3948                md = checkfield(md,'fieldname','geometry.surface'  ,'NaN',1,'size',[md.mesh.numberofvertices])
    4049                md = checkfield(md,'fieldname','geometry.base'      ,'NaN',1,'size',[md.mesh.numberofvertices])
    41                 md = checkfield(md,'fieldname','geometry.thickness','NaN',1,'size',[md.mesh.numberofvertices],'>',0,'forcing',1)
     50                md = checkfield(md,'fieldname','geometry.thickness','NaN',1,'size',[md.mesh.numberofvertices],'>',0,'timeseries',1)
    4251                if any((self.thickness-self.surface+self.base)>10**-9):
    4352                        md.checkmessage("equality thickness=surface-base violated")
    … …  
    4958        def marshall(self,md,fid):    # {{{
    5059                WriteData(fid,'data',self.surface,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',SurfaceEnum())
    51                 WriteData(fid,'data',self.thickness,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',ThicknessEnum(),'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
     60                WriteData(fid,'data',self.thickness,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',ThicknessEnum(),'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
    5261                WriteData(fid,'data',self.base,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',BaseEnum())
    5362                WriteData(fid,'data',self.bed,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',BedEnum())

  • issm/trunk/src/m/classes/gia.m

    r17989 r19105  
    1111        end
    1212        methods
    13          function createxml(obj,fid) % {{{
    14             fprintf(fid, '<!-- gia -->\n');           
    15                    
    16             % gia solution parameters
    17             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="gia parameters">','<section name="gia" />');                   
    18             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="mantle_viscosity" type="',class(obj.mantle_viscosity),'" default="',convert2str(obj.mantle_viscosity),'">','     <section name="gia" />','     <help> mantle viscosity[Pa s] </help>','  </parameter>');
    19             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="lithosphere_thickness" type="',class(obj.lithosphere_thickness),'" default="',convert2str(obj.lithosphere_thickness),'">','     <section name="gia" />','     <help> lithosphere thickness (km) </help>','  </parameter>');
    20             %cross_section_shape drop-down (1 o r 2)
    21             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="cross_section_shape" type="alternative" optional="false">','     <section name="gia" />','     <help> 1: square-edged (default). 2: elliptical.  See iedge in GiaDeflectionCore </help>');
    22             fprintf(fid,'%s\n','       <option value="1" type="string" default="true"> </option>');
    23             fprintf(fid,'%s\n%s\n','       <option value="2" type="string" default="false"> </option>','</parameter>');
    24            
    25             fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');   
    26        
    27         end % }}}
    28                 function obj = gia(varargin) % {{{
     13                function createxml(self,fid) % {{{
     14                        fprintf(fid, '<!-- gia -->\n');           
     15
     16                        % gia solution parameters
     17                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="gia parameters">','<section name="gia" />');                   
     18                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="mantle_viscosity" type="',class(self.mantle_viscosity),'" default="',convert2str(self.mantle_viscosity),'">','     <section name="gia" />','     <help> mantle viscosity[Pa s] </help>','  </parameter>');
     19                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="lithosphere_thickness" type="',class(self.lithosphere_thickness),'" default="',convert2str(self.lithosphere_thickness),'">','     <section name="gia" />','     <help> lithosphere thickness (km) </help>','  </parameter>');
     20                        %cross_section_shape drop-down (1 o r 2)
     21                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="cross_section_shape" type="alternative" optional="false">','     <section name="gia" />','     <help> 1: square-edged (default). 2: elliptical.  See iedge in GiaDeflectionCore </help>');
     22                        fprintf(fid,'%s\n','       <option value="1" type="string" default="true"> </option>');
     23                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','       <option value="2" type="string" default="false"> </option>','</parameter>');
     24
     25                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');   
     26
     27                end % }}}
     28                function self = extrude(self,md) % {{{
     29                        self.mantle_viscosity=project3d(md,'vector',self.mantle_viscosity,'type','node');
     30                        self.lithosphere_thickness=project3d(md,'vector',self.lithosphere_thickness,'type','node');
     31                end % }}}
     32                function self = gia(varargin) % {{{
    2933                        switch nargin
    3034                                case 0
    31                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     35                                        self=setdefaultparameters(self);
    3236                                otherwise
    3337                                        error('constructor not supported');
    3438                        end
    3539                end % }}}
    36                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
    37                 obj.cross_section_shape=1; %square as default (see iedge in GiaDeflectionCorex)
     40                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
     41                self.cross_section_shape=1; %square as default (see iedge in GiaDeflectionCorex)
    3842                end % }}}
    39                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     43                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    4044
    4145                        if ~ismember(GiaAnalysisEnum(),analyses), return; end
    … …  
    6064
    6165                end % }}}
    62                 function disp(obj) % {{{
     66                function disp(self) % {{{
    6367                        disp(sprintf('   gia parameters:'));
    6468
    65                         fielddisplay(obj,'mantle_viscosity','mantle viscosity[Pa s]');
    66                         fielddisplay(obj,'lithosphere_thickness','lithosphere thickness (km)');
    67                         fielddisplay(obj,'cross_section_shape','1: square-edged (default). 2: elliptical.  See iedge in GiaDeflectionCore');
     69                        fielddisplay(self,'mantle_viscosity','mantle viscosity[Pa s]');
     70                        fielddisplay(self,'lithosphere_thickness','lithosphere thickness (km)');
     71                        fielddisplay(self,'cross_section_shape','1: square-edged (default). 2: elliptical.  See iedge in GiaDeflectionCore');
    6872
    6973                end % }}}
    70                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
    71                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','mantle_viscosity','format','DoubleMat','mattype',1);
    72                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','lithosphere_thickness','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',10^3); %from km to m
    73                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','cross_section_shape','format','Integer');
     74                function marshall(self,md,fid) % {{{
     75                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','mantle_viscosity','format','DoubleMat','mattype',1);
     76                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','lithosphere_thickness','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',10^3); %from km to m
     77                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','cross_section_shape','format','Integer');
    7478                end % }}}
    7579        end

  • issm/trunk/src/m/classes/gia.py

    r17806 r19105  
    11from fielddisplay import fielddisplay
     2from project3d import project3d
    23from EnumDefinitions import *
    34from checkfield import checkfield
    … …  
    3031                return string
    3132                #}}}
     33        def extrude(self,md): # {{{
     34                self.mantle_viscosity=project3d(md,'vector',self.mantle_viscosity,'type','node')
     35                self.lithosphere_thickness=project3d(md,'vector',self.lithosphere_thickness,'type','node')
     36                return self
     37        #}}}
    3238        def setdefaultparameters(self): # {{{
    3339

  • issm/trunk/src/m/classes/groundingline.m

    r18301 r19105  
    99        end
    1010        methods
    11          function createxml(obj,fid) % {{{
    12             fprintf(fid, '\n\n');
    13             fprintf(fid, '%s\n', '<!-- groundingline -->');
    14            
    15             % Convergence criteria         
    16             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="Grounding line migration parameters">','<section name="groundingline" />'); 
    17                        
    18             % migration (SoftMigration, AggressiveMigration, or None)drop-down
    19             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="migration" type="alternative" optional="false">','     <section name="groundingline" />','     <help> type of grounding line migration: "SoftMigration","AggressiveMigration" or "None" </help>');
    20             fprintf(fid,'%s\n','       <option value="SoftMigration" type="string" default="true"> </option>');
    21             fprintf(fid,'%s\n','       <option value="AggressiveMigration" type="string" default="false"> </option>');
    22             fprintf(fid, '%s\n%s\n','       <option value="None" type="string" default="false"></option>','</parameter>');
     11                function createxml(self,fid) % {{{
     12                        fprintf(fid, '\n\n');
     13                        fprintf(fid, '%s\n', '<!-- groundingline -->');
    2314
    24             fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
    25         end % }}}
    26                 function obj = groundingline(varargin) % {{{
     15                        % Convergence criteria         
     16                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="Grounding line migration parameters">','<section name="groundingline" />'); 
     17
     18                        % migration (SoftMigration, AggressiveMigration, or None)drop-down
     19                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="migration" type="alternative" optional="false">','     <section name="groundingline" />','     <help> type of grounding line migration: "SoftMigration","AggressiveMigration" or "None" </help>');
     20                        fprintf(fid,'%s\n','       <option value="SoftMigration" type="string" default="true"> </option>');
     21                        fprintf(fid,'%s\n','       <option value="AggressiveMigration" type="string" default="false"> </option>');
     22                        fprintf(fid, '%s\n%s\n','       <option value="None" type="string" default="false"></option>','</parameter>');
     23
     24                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
     25                end % }}}
     26                function self = groundingline(varargin) % {{{
    2727                        switch nargin
    2828                                case 0
    29                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     29                                        self=setdefaultparameters(self);
    3030                                otherwise
    3131                                        error('constructor not supported');
    3232                        end
    3333                end % }}}
    34                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     34                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    3535
    3636                        %Type of migration
    37                         obj.migration='None';
     37                        self.migration='None';
    3838
    3939                end % }}}
    40                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     40                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    4141
    42                         md = checkfield(md,'fieldname','groundingline.migration','values',{'None' 'AggressiveMigration' 'SoftMigration' 'SubelementMigration' 'SubelementMigration2' 'Contact' 'None'});
     42                        md = checkfield(md,'fieldname','groundingline.migration','values',{'None' 'AggressiveMigration' 'SoftMigration' 'SubelementMigration' 'SubelementMigration2' 'Contact' 'None' 'GroundingOnly'});
    4343
    44                         if ~strcmp(obj.migration,'None'),
     44                        if ~strcmp(self.migration,'None'),
    4545                                if isnan(md.geometry.bed),
    4646                                        md = checkmessage(md,['requesting grounding line migration, but bathymetry is absent!']);
    … …  
    4848                                pos=find(md.mask.groundedice_levelset>0.);
    4949                                if any(abs(md.geometry.base(pos)-md.geometry.bed(pos))>10^-10),
    50                                         md = checkmessage(md,['bathymetry not equal to bed on grounded ice!']);
     50                                        md = checkmessage(md,['base not equal to bed on grounded ice!']);
    5151                                end
    5252                                if any(md.geometry.bed - md.geometry.base > 10^-9),
    53                                         md = checkmessage(md,['bathymetry superior to bed on floating ice!']);
     53                                        md = checkmessage(md,['bed superior to base on floating ice!']);
    5454                                end
    5555                        end
    5656
    5757                end % }}}
    58                 function disp(obj) % {{{
     58                function disp(self) % {{{
    5959                        disp(sprintf('   grounding line migration parameters:'));
    60                         fielddisplay(obj,'migration','type of grounding line migration: ''SoftMigration'',''AggressiveMigration'' or ''None''');
     60                        fielddisplay(self,'migration','type of grounding line migration: ''SoftMigration'',''AggressiveMigration'',''SubelementMigration'',''SubelementMigration2'' or ''None''');
    6161
    6262                end % }}}
    63                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
    64                         WriteData(fid,'data',StringToEnum(obj.migration),'enum',GroundinglineMigrationEnum(),'format','Integer');
     63                function marshall(self,md,fid) % {{{
     64                        WriteData(fid,'data',StringToEnum(self.migration),'enum',GroundinglineMigrationEnum(),'format','Integer');
    6565                end % }}}
    6666        end

  • issm/trunk/src/m/classes/groundingline.py

    r18301 r19105  
    3737        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    3838
    39                 md = checkfield(md,'fieldname','groundingline.migration','values',['None','AggressiveMigration','SoftMigration','SubelementMigration','SubelementMigration2','Contact'])
     39                md = checkfield(md,'fieldname','groundingline.migration','values',['None','AggressiveMigration','SoftMigration','SubelementMigration','SubelementMigration2','Contact','GroundingOnly'])
    4040
    4141                if not m.strcmp(self.migration,'None'):
    … …  
    4444                        pos=numpy.nonzero(md.mask.groundedice_levelset>0.)[0]
    4545                        if any(numpy.abs(md.geometry.base[pos]-md.geometry.bed[pos])>10**-10):
    46                                 md.checkmessage("bathymetry not equal to bed on grounded ice!")
     46                                md.checkmessage("base not equal to bed on grounded ice!")
    4747                        if any(md.geometry.bed - md.geometry.base > 10**-9):
    48                                 md.checkmessage("bathymetry superior to bed on floating ice!")
     48                                md.checkmessage("bed superior to base on floating ice!")
    4949
    5050                return md

  • issm/trunk/src/m/classes/hydrologydc.m

    r17806 r19105  
    3030                epl_porosity             = 0;
    3131                epl_initial_thickness    = 0;
    32                 epl_max_thickness    = 0;
     32                epl_colapse_thickness    = 0;
     33                epl_thick_comp           = 0;
     34                epl_max_thickness        = 0;
    3335                epl_conductivity         = 0;
     36                eplflip_lock             = 0;
    3437  end
    3538        methods
    36                 % {{{ function obj = hydrologydc(varargin)
    37                 function obj = hydrologydc(varargin)
     39                function self = extrude(self,md) % {{{
     40                        self.spcsediment_head=project3d(md,'vector',self.spcsediment_head,'type','node','layer',1);
     41                        self.mask_eplactive_node=project3d(md,'vector',self.mask_eplactive_node,'type','node','layer',1);
     42                        self.sediment_transmitivity=project3d(md,'vector',self.sediment_transmitivity,'type','node','layer',1);
     43                        self.basal_moulin_input=project3d(md,'vector',self.basal_moulin_input,'type','node','layer',1);
     44                        if(self.isefficientlayer==1);
     45                                self.spcepl_head=project3d(md,'vector',self.spcepl_head,'type','node','layer',1);
     46                        end
     47                end % }}}
     48                % {{{ function self = hydrologydc(varargin)
     49                function self = hydrologydc(varargin)
    3850                        switch nargin
    3951                                case 0
    40                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     52                                        self=setdefaultparameters(self);
    4153                                otherwise
    4254                                        error('constructor not supported');
    43             end
     55                        end
    4456                end
    4557                % }}}
    … …  
    5163
    5264                end % }}}
    53                 % {{{ function obj = setdefaultparameters(obj)
    54                 function obj = setdefaultparameters(obj)
    55 
    56                 %Parameters from de Fleurian 2014
    57                         obj.water_compressibility    = 5.04e-10;
    58                         obj.isefficientlayer         = 1;
    59                         obj.penalty_factor           = 3;
    60                         obj.rel_tol                  = 1.0e-06;
    61                         obj.max_iter                 = 100;
    62                         obj.sedimentlimit_flag       = 0;
    63                         obj.sedimentlimit            = 0;
    64                         obj.transfer_flag            = 0;
    65                         obj.leakage_factor           = 10.0;
    66 
    67                         obj.sediment_compressibility = 1.0e-08;
    68                         obj.sediment_porosity        = 0.4;
    69                         obj.sediment_thickness       = 20.0;
    70                         obj.sediment_transmitivity   = 8.0e-04;
    71 
    72                         obj.epl_compressibility      = 1.0e-08;
    73                         obj.epl_porosity             = 0.4;
    74                         obj.epl_initial_thickness    = 1.0;
    75                         obj.epl_max_thickness    = 5.0;
    76                         obj.epl_conductivity         = 8.0e-02;
    77 
    78                 end
    79                 % }}}
    80                 % {{{ function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses)
    81                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses)
    82                 %Early return
     65                % {{{ function self = setdefaultparameters(self)
     66                function self = setdefaultparameters(self)
     67
     68                        %Parameters from de Fleurian 2014
     69                        self.water_compressibility    = 5.04e-10;
     70                        self.isefficientlayer         = 1;
     71                        self.penalty_factor           = 3;
     72                        self.penalty_lock             = 0;
     73                        self.rel_tol                  = 1.0e-06;
     74                        self.max_iter                 = 100;
     75                        self.sedimentlimit_flag       = 0;
     76                        self.sedimentlimit            = 0;
     77                        self.transfer_flag            = 0;
     78                        self.leakage_factor           = 10.0;
     79
     80                        self.sediment_compressibility = 1.0e-08;
     81                        self.sediment_porosity        = 0.4;
     82                        self.sediment_thickness       = 20.0;
     83                        self.sediment_transmitivity   = 8.0e-04;
     84
     85                        self.epl_compressibility      = 1.0e-08;
     86                        self.epl_porosity             = 0.4;
     87                        self.epl_initial_thickness    = 1.0;
     88                        self.epl_colapse_thickness    = 1.0e-3;
     89                        self.epl_thick_comp           = 1;
     90                        self.epl_max_thickness        = 5.0;
     91                        self.epl_conductivity         = 8.0e-02;
     92                        self.eplflip_lock             = 0;
     93                end
     94                % }}}
     95                % {{{ function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses)
     96                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses)
     97                        %Early return
    8398                        if ~ismember(HydrologyDCInefficientAnalysisEnum(),analyses) & ~ismember(HydrologyDCEfficientAnalysisEnum(),analyses),
    8499                                return;
    … …  
    88103                        md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.isefficientlayer','numel',[1],'values',[0 1]);
    89104                        md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.penalty_factor','>',0,'numel',1);
     105                        md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.penalty_lock','>=',0,'numel',1);
    90106                        md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.rel_tol','>',0,'numel',1);
    91107                        md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.max_iter','>',0,'numel',1);
    92108                        md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.sedimentlimit_flag','numel',[1],'values',[0 1 2 3]);
    93109                        md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.transfer_flag','numel',[1],'values',[0 1]);
    94                         if obj.sedimentlimit_flag==1,
     110                        if self.sedimentlimit_flag==1,
    95111                                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.sedimentlimit','>',0,'numel',1);
    96             end
    97                         if obj.transfer_flag==1,
     112                        end
     113                        if self.transfer_flag==1,
    98114                                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.leakage_factor','>',0,'numel',1);
    99             end
    100                         md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.basal_moulin_input','NaN',1,'forcing',1);
    101 
    102                         md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.spcsediment_head','forcing',1);
     115                        end
     116                        md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.basal_moulin_input','NaN',1,'timeseries',1);
     117
     118                        md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.spcsediment_head','timeseries',1);
    103119                        md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.sediment_compressibility','>',0,'numel',1);
    104120                        md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.sediment_porosity','>',0,'numel',1);
    … …  
    106122                        md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.sediment_transmitivity','>=',0,'size',[md.mesh.numberofvertices 1]);
    107123
    108                         if obj.isefficientlayer==1,
    109                                 md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.spcepl_head','forcing',1);
     124                        if self.isefficientlayer==1,
     125                                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.spcepl_head','timeseries',1);
    110126                                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.mask_eplactive_node','size',[md.mesh.numberofvertices 1],'values',[0 1]);
    111127                                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.epl_compressibility','>',0,'numel',1);
    112128                                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.epl_porosity','>',0,'numel',1);
    113129                                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.epl_initial_thickness','>',0,'numel',1);
     130                                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.epl_colapse_thickness','>',0,'numel',1);
     131                                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.epl_thick_comp','numel',[1],'values',[0 1]);
    114132                                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.epl_max_thickness','>',0,'numel',1);
    115133                                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.epl_conductivity','>',0,'numel',1);
    116             end
    117                 end
    118                 % }}}
    119                 % {{{ function disp(obj)
    120                 function disp(obj)
     134                                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.eplflip_lock','>=',0,'numel',1);
     135                                if (self.epl_colapse_thickness>self.epl_initial_thickness),
     136                                        md = checkmessage(md,'Colapsing thickness for EPL larger than initial thickness');
     137                                end
     138                        end
     139                end
     140                % }}}
     141                % {{{ function disp(self)
     142                function disp(self)
    121143                        disp(sprintf('   hydrology Dual Porous Continuum Equivalent parameters:'));
    122144                        disp(sprintf('   - general parameters'));
    123                         fielddisplay(obj,'water_compressibility','compressibility of water [Pa^-1]');
    124                         fielddisplay(obj,'isefficientlayer','do we use an efficient drainage system [1: true; 0: false]');
    125                         fielddisplay(obj,'penalty_factor','exponent of the value used in the penalisation method [dimensionless]');
    126                         fielddisplay(obj,'penalty_lock','stabilize unstable constraints that keep zigzagging after n iteration (default is 0, no stabilization)');
    127                         fielddisplay(obj,'rel_tol','tolerance of the nonlinear iteration for the transfer between layers [dimensionless]');
    128                         fielddisplay(obj,'max_iter','maximum number of nonlinear iteration');
    129                         fielddisplay(obj,'sedimentlimit_flag','what kind of upper limit is applied for the inefficient layer');
     145                        fielddisplay(self,'water_compressibility','compressibility of water [Pa^-1]');
     146                        fielddisplay(self,'isefficientlayer','do we use an efficient drainage system [1: true; 0: false]');
     147                        fielddisplay(self,'penalty_factor','exponent of the value used in the penalisation method [dimensionless]');
     148                        fielddisplay(self,'penalty_lock','stabilize unstable constraints that keep zigzagging after n iteration (default is 0, no stabilization)');
     149                        fielddisplay(self,'rel_tol','tolerance of the nonlinear iteration for the transfer between layers [dimensionless]');
     150                        fielddisplay(self,'max_iter','maximum number of nonlinear iteration');
     151                        fielddisplay(self,'sedimentlimit_flag','what kind of upper limit is applied for the inefficient layer');
    130152                        disp(sprintf('%55s  0: no limit',' '));
    131153                        disp(sprintf('%55s  1: user defined: %s',' ','sedimentlimit'));
    132154                        disp(sprintf('%55s  2: hydrostatic pressure',' '));
    133155                        disp(sprintf('%55s  3: normal stress',' '));
    134                         if obj.sedimentlimit_flag==1,
    135                                 fielddisplay(obj,'sedimentlimit','user defined upper limit for the inefficient layer [m]');
    136             end
    137                         fielddisplay(obj,'transfer_flag',['what kind of transfer method is applied between the layers']);
     156                        if self.sedimentlimit_flag==1,
     157                                fielddisplay(self,'sedimentlimit','user defined upper limit for the inefficient layer [m]');
     158                        end
     159                        fielddisplay(self,'transfer_flag',['what kind of transfer method is applied between the layers']);
    138160                        disp(sprintf('%55s  0: no transfer',' '));
    139161                        disp(sprintf('%55s  1: constant leakage factor: %s',' ','leakage_factor'));
    140                         if obj.transfer_flag==1,
    141                                 fielddisplay(obj,'leakage_factor','user defined leakage factor [m]');
    142             end
    143                         fielddisplay(obj,'basal_moulin_input','Figure out what it is');
     162                        if self.transfer_flag==1,
     163                                fielddisplay(self,'leakage_factor','user defined leakage factor [m]');
     164                        end
     165                        fielddisplay(self,'basal_moulin_input','water flux at a given point [m3 s-1]');
    144166                        disp(sprintf('   - for the sediment layer'));
    145                         fielddisplay(obj,'spcsediment_head','sediment water head constraints (NaN means no constraint) [m above MSL]');
    146                         fielddisplay(obj,'sediment_compressibility','sediment compressibility [Pa^-1]');
    147                         fielddisplay(obj,'sediment_porosity','sediment [dimensionless]');
    148                         fielddisplay(obj,'sediment_thickness','sediment thickness [m]');
    149                         fielddisplay(obj,'sediment_transmitivity','sediment transmitivity [m^2/s]');
    150 
    151                         if obj.isefficientlayer==1,
     167                        fielddisplay(self,'spcsediment_head','sediment water head constraints (NaN means no constraint) [m above MSL]');
     168                        fielddisplay(self,'sediment_compressibility','sediment compressibility [Pa^-1]');
     169                        fielddisplay(self,'sediment_porosity','sediment [dimensionless]');
     170                        fielddisplay(self,'sediment_thickness','sediment thickness [m]');
     171                        fielddisplay(self,'sediment_transmitivity','sediment transmitivity [m^2/s]');
     172
     173                        if self.isefficientlayer==1,
    152174                                disp(sprintf('   - for the epl layer'));
    153                                 fielddisplay(obj,'spcepl_head','epl water head constraints (NaN means no constraint) [m above MSL]');
    154                                 fielddisplay(obj,'mask_eplactive_node','active (1) or not (0) EPL');
    155                                 fielddisplay(obj,'epl_compressibility','epl compressibility [Pa^-1]');
    156                                 fielddisplay(obj,'epl_porosity','epl [dimensionless]');
    157                                 fielddisplay(obj,'epl_initial_thickness','epl initial thickness [m]');
    158                                 fielddisplay(obj,'epl_max_thickness','epl maximal thickness [m]');
    159                                 fielddisplay(obj,'epl_conductivity','epl conductivity [m^2/s]');
    160             end
    161 
    162                 end
    163                 % }}}
    164                 % {{{ function marshall(obj,md,fid)
    165                 function marshall(obj,md,fid)
     175                                fielddisplay(self,'spcepl_head','epl water head constraints (NaN means no constraint) [m above MSL]');
     176                                fielddisplay(self,'mask_eplactive_node','active (1) or not (0) EPL');
     177                                fielddisplay(self,'epl_compressibility','epl compressibility [Pa^-1]');
     178                                fielddisplay(self,'epl_porosity','epl [dimensionless]');
     179                                fielddisplay(self,'epl_initial_thickness','epl initial thickness [m]');
     180                                fielddisplay(self,'epl_colapse_thickness','epl colapsing thickness [m]');
     181                                fielddisplay(self,'epl_thick_comp','epl thickness computation flag');
     182                                fielddisplay(self,'epl_max_thickness','epl maximal thickness [m]');
     183                                fielddisplay(self,'epl_conductivity','epl conductivity [m^2/s]');
     184                                fielddisplay(self,'eplflip_lock','lock the epl activation to avoid fli-floping (default is 0, no stabilization)');
     185                        end
     186
     187                end
     188                % }}}
     189                % {{{ function marshall(self,md,fid)
     190                function marshall(self,md,fid)
    166191                        WriteData(fid,'enum',HydrologyModelEnum(),'data',HydrologydcEnum(),'format','Integer');
    167                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','water_compressibility','format','Double');
    168                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','isefficientlayer','format','Boolean');
    169                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','penalty_factor','format','Double');
    170                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','penalty_lock','format','Integer');
    171                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','rel_tol','format','Double');
    172                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','max_iter','format','Integer');
    173                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','sedimentlimit_flag','format','Integer');
    174                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','transfer_flag','format','Integer');
    175                         if obj.sedimentlimit_flag==1,
    176                                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','sedimentlimit','format','Double');
    177             end
    178                         if obj.transfer_flag==1,
    179                                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','leakage_factor','format','Double');
    180             end
    181                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','basal_moulin_input','format','DoubleMat','mattype',1,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
    182 
    183                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','spcsediment_head','format','DoubleMat','mattype',1,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
    184                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','sediment_compressibility','format','Double');                   
    185                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','sediment_porosity','format','Double');                 
    186                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','sediment_thickness','format','Double');
    187                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','sediment_transmitivity','format','DoubleMat','mattype',1');             
    188 
    189                         if obj.isefficientlayer==1,     
    190                                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','spcepl_head','format','DoubleMat','mattype',1,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);     
    191                                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','mask_eplactive_node','format','DoubleMat','mattype',1);
    192                                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','epl_compressibility','format','Double');                       
    193                                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','epl_porosity','format','Double');                       
    194                                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','epl_initial_thickness','format','Double');
    195                                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','epl_max_thickness','format','Double');
    196                                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','epl_conductivity','format','Double');
    197                         end
    198                 end
    199 % }}}
    200   end
     192                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','water_compressibility','format','Double');
     193                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','isefficientlayer','format','Boolean');
     194                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','penalty_factor','format','Double');
     195                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','penalty_lock','format','Integer');
     196                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','rel_tol','format','Double');
     197                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','max_iter','format','Integer');
     198                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','sedimentlimit_flag','format','Integer');
     199                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','transfer_flag','format','Integer');
     200                        if self.sedimentlimit_flag==1,
     201                                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','sedimentlimit','format','Double');
     202                        end
     203                        if self.transfer_flag==1,
     204                                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','leakage_factor','format','Double');
     205                        end
     206                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','basal_moulin_input','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
     207
     208                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','spcsediment_head','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
     209                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','sediment_compressibility','format','Double');                 
     210                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','sediment_porosity','format','Double');                 
     211                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','sediment_thickness','format','Double');
     212                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','sediment_transmitivity','format','DoubleMat','mattype',1');           
     213
     214                        if self.isefficientlayer==1,   
     215                                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','spcepl_head','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1); 
     216                                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','mask_eplactive_node','format','DoubleMat','mattype',1);
     217                                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','epl_compressibility','format','Double');                       
     218                                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','epl_porosity','format','Double');                     
     219                                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','epl_initial_thickness','format','Double');
     220                                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','epl_colapse_thickness','format','Double');
     221                                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','epl_thick_comp','format','Integer');
     222                                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','epl_max_thickness','format','Double');
     223                                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','epl_conductivity','format','Double');
     224                                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','eplflip_lock','format','Integer');
     225                        end
     226                end
     227                % }}}
     228        end
    201229end

  • issm/trunk/src/m/classes/hydrologydc.py

    r17806 r19105  
     1import numpy
     2from project3d import project3d
    13from fielddisplay import fielddisplay
    24from EnumDefinitions import *
    … …  
    57
    68class hydrologydc(object):
    7     """
    8     Hydrologydc class definition
    9    
    10     Usage:
    11     hydrologydc=hydrologydc();
    12     """
    13 
    14     def __init__(self): # {{{
     9        """
     10        Hydrologydc class definition
     11
     12        Usage:
     13                hydrologydc=hydrologydc();
     14        """
     15
     16        def __init__(self): # {{{
    1517                self.water_compressibility    = 0
    1618                self.isefficientlayer         = 0
    … …  
    2325                self.transfer_flag            = 0
    2426                self.leakage_factor           = 0
     27                self.basal_moulin_input       = float('NaN')
    2528
    2629                self.spcsediment_head         = float('NaN')
    … …  
    3639                self.epl_porosity             = 0
    3740                self.epl_initial_thickness    = 0
     41                self.epl_colapse_thickness    = 0
     42                self.epl_thick_comp           = 0
     43                self.epl_max_thickness        = 0
    3844                self.epl_conductivity         = 0
    39                
     45                self.eplflip_lock             = 0
     46                                 
    4047                #set defaults
    4148                self.setdefaultparameters()
    42                 #}}}
    43                
     49        #}}}
    4450        def __repr__(self): # {{{
    45             string='   hydrology Dual Porous Continuum Equivalent parameters:'
    46             string='   - general parameters'
    47             string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'water_compressibility','compressibility of water [Pa^-1]'))
    48             string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'isefficientlayer','do we use an efficient drainage system [1: true 0: false]'))
    49             string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'penalty_factor','exponent of the value used in the penalisation method [dimensionless]'))
    50             string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'penalty_lock','stabilize unstable constraints that keep zigzagging after n iteration (default is 0, no stabilization)'))
    51             string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'rel_tol','tolerance of the nonlinear iteration for the transfer between layers [dimensionless]'))
    52             string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'max_iter','maximum number of nonlinear iteration'))
    53             string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'sedimentlimit_flag','what kind of upper limit is applied for the inefficient layer'))
    54             string='%55s  0: no limit',' '
    55             string='%55s  1: user defined: %s',' ','sedimentlimit'
    56             string='%55s  2: hydrostatic pressure',' '
    57             string='%55s  3: normal stress',' '
    58 
    59             if self.sedimentlimit_flag==1:
    60                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'sedimentlimit','user defined upper limit for the inefficient layer [m]'))
    61                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'transfer_flag',['what kind of transfer method is applied between the layers']))
    62                 string='%55s  0: no transfer',' '
    63                 string='%55s  1: constant leakage factor: %s',' ','leakage_factor'
    64                
    65             if self.transfer_flag is 1:
    66                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'leakage_factor','user defined leakage factor [m]'))
    67                 string='   - for the sediment layer'
    68                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'spcsediment_head','sediment water head constraints (NaN means no constraint) [m above MSL]'))
    69                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'sediment_compressibility','sediment compressibility [Pa^-1]'))
    70                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'sediment_porosity','sediment [dimensionless]'))
    71                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'sediment_thickness','sediment thickness [m]'))
    72                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'sediment_transmitivity','sediment transmitivity [m^2/s]'))
    73            
    74             if self.isefficientlayer==1:
    75                 string='   - for the epl layer'
    76                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'spcepl_head','epl water head constraints (NaN means no constraint) [m above MSL]'))
    77                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'mask_eplactive_node','active (1) or not (0) EPL'))
    78                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'epl_compressibility','epl compressibility [Pa^-1]'))
    79                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'epl_porosity','epl [dimensionless]'))
    80                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'epl_initial_thickness','epl initial thickness [m]'))
    81                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'epl_conductivity','epl conductivity [m^2/s]'))
    82            
    83             #}}}
    84     def setdefaultparameters(self): #{{{
    85        
    86         #Parameters from de Fleurian 2014
    87         self.water_compressibility    = 5.04e-10
    88         self.isefficientlayer         = 1
    89         self.penalty_factor           = 3
    90         self.rel_tol                  = 1.0e-06
    91         self.max_iter                 = 100
    92         self.sedimentlimit_flag       = 0
    93         self.sedimentlimit            = 0
    94         self.transfer_flag            = 0
    95         self.leakage_factor           = 10.0
    96        
    97         self.sediment_compressibility = 1.0e-08
    98         self.sediment_porosity        = 0.4
    99         self.sediment_thickness       = 20.0
    100         self.sediment_transmitivity   = 8.0e-04
    101        
    102         self.epl_compressibility      = 1.0e-08
    103         self.epl_porosity             = 0.4
    104         self.epl_initial_thickness    = 1.0
    105         self.epl_conductivity         = 8.0e-02
    106        
    107         return self
    108     # }}}
    109    
    110     def checkconsistency(self,md,solution,analyses): #{{{
    111        
    112         #Early return
    113         if HydrologyDCInefficientAnalysisEnum() not in analyses:
    114             return md
    115 
    116         md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.water_compressibility','>',0,'numel',1)
    117         md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.isefficientlayer','numel',[1],'values',[0 1])
    118         md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.penalty_factor','>',0,'numel',1)
    119         md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.rel_tol','>',0,'numel',1)
    120         md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.max_iter','>',0,'numel',1)
    121         md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.sedimentlimit_flag','numel',[1],'values',[0 1 2 3])
    122         md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.transfer_flag','numel',[1],'values',[0 1])
    123        
    124         if self.sedimentlimit_flag==1:
    125             md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.sedimentlimit','>',0,'numel',1)
    126    
    127         if self.transfer_flag==1:
    128             md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.leakage_factor','>',0,'numel',1)
    129            
    130         md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.spcsediment_head','forcing',1)
    131         md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.sediment_compressibility','>',0,'numel',1)
    132         md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.sediment_porosity','>',0,'numel',1)
    133         md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.sediment_thickness','>',0,'numel',1)
    134         md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.sediment_transmitivity','>=',0,'size',[md.mesh.numberofvertices 1])
    135         if self.isefficientlayer==1:
    136             md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.spcepl_head','forcing',1)
    137             md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.mask_eplactive_node','size',[md.mesh.numberofvertices 1],'values',[0 1])
    138             md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.epl_compressibility','>',0,'numel',1)
    139             md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.epl_porosity','>',0,'numel',1)
    140             md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.epl_initial_thickness','>',0,'numel',1)
    141             md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.epl_conductivity','>',0,'numel',1)
    142 
    143         # }}}
    144     def marshall(self,md,fid): #{{{
    145         WriteData(fid,'enum',HydrologyModelEnum(),'data',HydrologydcEnum(),'format','Integer')
    146         WriteData(fid,'object',self,'fieldname','water_compressibility','format','Double')
    147         WriteData(fid,'object',self,'fieldname','isefficientlayer','format','Boolean')
    148         WriteData(fid,'object',self,'fieldname','penalty_factor','format','Double')
    149         WriteData(fid,'object',self,'fieldname','penalty_lock','format','Integer')
    150         WriteData(fid,'object',self,'fieldname','rel_tol','format','Double')
    151         WriteData(fid,'object',self,'fieldname','max_iter','format','Integer')
    152         WriteData(fid,'object',self,'fieldname','sedimentlimit_flag','format','Integer')
    153         WriteData(fid,'object',self,'fieldname','transfer_flag','format','Integer')
    154 
    155         if self.sedimentlimit_flag==1:
    156             WriteData(fid,'object',self,'fieldname','sedimentlimit','format','Double')
    157 
    158         if self.transfer_flag==1:
    159             WriteData(fid,'object',self,'fieldname','leakage_factor','format','Double')
    160 
    161         WriteData(fid,'object',self,'fieldname','spcsediment_head','format','DoubleMat','mattype',1,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
    162         WriteData(fid,'object',self,'fieldname','sediment_compressibility','format','Double')
    163         WriteData(fid,'object',self,'fieldname','sediment_porosity','format','Double')                 
    164         WriteData(fid,'object',self,'fieldname','sediment_thickness','format','Double')
    165         WriteData(fid,'object',self,'fieldname','sediment_transmitivity','format','DoubleMat','mattype',1)             
    166 
    167         if self.isefficientlayer==1:   
    168             WriteData(fid,'object',self,'fieldname','spcepl_head','format','DoubleMat','mattype',1,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1) 
    169             WriteData(fid,'object',self,'fieldname','mask_eplactive_node','format','DoubleMat','mattype',1)
    170             WriteData(fid,'object',self,'fieldname','epl_compressibility','format','Double')                   
    171             WriteData(fid,'object',self,'fieldname','epl_porosity','format','Double')                   
    172             WriteData(fid,'object',self,'fieldname','epl_initial_thickness','format','Double')
    173             WriteData(fid,'object',self,'fieldname','epl_conductivity','format','Double')
    174 # }}}
    175 
     51                string='   hydrology Dual Porous Continuum Equivalent parameters:'
     52                string='   - general parameters'
     53                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'water_compressibility','compressibility of water [Pa^-1]'))
     54                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'isefficientlayer','do we use an efficient drainage system [1: true 0: false]'))
     55                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'penalty_factor','exponent of the value used in the penalisation method [dimensionless]'))
     56                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'penalty_lock','stabilize unstable constraints that keep zigzagging after n iteration (default is 0, no stabilization)'))
     57                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'rel_tol','tolerance of the nonlinear iteration for the transfer between layers [dimensionless]'))
     58                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'max_iter','maximum number of nonlinear iteration'))
     59                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'basal_moulin_input','water flux at a given point [m3 s-1]'))
     60                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'sedimentlimit_flag','what kind of upper limit is applied for the inefficient layer'))
     61                string="%s\n\t\t%s"%(string,'0: no limit')
     62                string="%s\n\t\t%s"%(string,'1: user defined sedimentlimit')
     63                string="%s\n\t\t%s"%(string,'2: hydrostatic pressure')
     64                string="%s\n\t\t%s"%(string,'3: normal stress')
     65       
     66                if self.sedimentlimit_flag==1:
     67                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'sedimentlimit','user defined upper limit for the inefficient layer [m]'))
     68
     69                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'transfer_flag','what kind of transfer method is applied between the layers'))
     70                string="%s\n\t\t%s"%(string,'0: no transfer')
     71                string="%s\n\t\t%s"%(string,'1: constant leakage factor: leakage_factor')
     72                         
     73                if self.transfer_flag is 1:
     74                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'leakage_factor','user defined leakage factor [m]'))
     75
     76                string="%s\n%s"%(string,'   - for the sediment layer')
     77                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'spcsediment_head','sediment water head constraints (NaN means no constraint) [m above MSL]'))
     78                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'sediment_compressibility','sediment compressibility [Pa^-1]'))
     79                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'sediment_porosity','sediment [dimensionless]'))
     80                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'sediment_thickness','sediment thickness [m]'))
     81                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'sediment_transmitivity','sediment transmitivity [m^2/s]'))
     82
     83                if self.isefficientlayer==1:
     84                        string="%s\n%s"%(string,'   - for the epl layer')
     85                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'spcepl_head','epl water head constraints (NaN means no constraint) [m above MSL]'))
     86                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'mask_eplactive_node','active (1) or not (0) EPL'))
     87                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'epl_compressibility','epl compressibility [Pa^-1]'))
     88                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'epl_porosity','epl [dimensionless]'))
     89                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'epl_max_thickness','epl initial thickness [m]'))
     90                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'epl_initial_thickness','epl initial thickness [m]'))                 
     91                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'epl_colapse_thickness','epl colapsing thickness [m]'))
     92                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'epl_thick_comp','epl thickness computation flag'))
     93                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'epl_conductivity','epl conductivity [m^2/s]'))
     94                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'eplflip_lock','lock epl activity to avoid flip-floping (default is 0, no stabilization)'))
     95                return string
     96#}}}
     97        def extrude(self,md): # {{{
     98                self.spcsediment_head=project3d(md,'vector',self.spcsediment_head,'type','node','layer',1)
     99                self.spcepl_head=project3d(md,'vector',self.spcepl_head,'type','node','layer',1)
     100                self.mask_eplactive_node=project3d(md,'vector',self.mask_eplactive_node,'type','node','layer',1)
     101                self.sediment_transmitivity=project3d(md,'vector',self.sediment_transmitivity,'type','node','layer',1)
     102                self.basal_moulin_input=project3d(md,'vector',self.basal_moulin_input,'type','node','layer',1)
     103                if self.isefficientlayer==1 :
     104                        self.spcepl_head=project3d(md,'vector',self.spcepl_head,'type','node','layer',1)
     105                return self
     106        #}}}
     107        def setdefaultparameters(self): #{{{
     108
     109                #Parameters from de Fleurian 2014
     110                self.water_compressibility    = 5.04e-10
     111                self.isefficientlayer         = 1
     112                self.penalty_factor           = 3
     113                self.penalty_lock             = 0
     114                self.rel_tol                  = 1.0e-06
     115                self.max_iter                 = 100
     116                self.sedimentlimit_flag       = 0
     117                self.sedimentlimit            = 0
     118                self.transfer_flag            = 0
     119                self.leakage_factor           = 10.0
     120
     121                self.sediment_compressibility = 1.0e-08
     122                self.sediment_porosity        = 0.4
     123                self.sediment_thickness       = 20.0
     124                self.sediment_transmitivity   = 8.0e-04
     125
     126                self.epl_compressibility      = 1.0e-08
     127                self.epl_porosity             = 0.4
     128                self.epl_initial_thickness    = 1.0
     129                self.epl_colapse_thickness    = 1.0e-3
     130                self.epl_thick_comp           = 1
     131                self.epl_max_thickness        = 5.0
     132                self.epl_conductivity         = 8.0e-02
     133                self.eplflip_lock             = 0
     134               
     135                return self
     136        # }}}
     137        def initialize(self,md): # {{{
     138                if numpy.all(numpy.isnan(self.basal_moulin_input)):
     139                        self.basal_moulin_input=numpy.zeros((md.mesh.numberofvertices,1))
     140                        print"      no hydrology.basal_moulin_input specified: values set as zero"
     141
     142                return self
     143        # }}}
     144        def checkconsistency(self,md,solution,analyses): #{{{
     145
     146                #Early return
     147                if HydrologyDCInefficientAnalysisEnum() not in analyses and HydrologyDCEfficientAnalysisEnum() not in analyses:
     148                        return md
     149
     150                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.water_compressibility','numel',[1],'>',0.)
     151                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.isefficientlayer','numel',[1],'values',[0,1])
     152                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.penalty_factor','>',0.,'numel',[1])
     153                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.penalty_lock','>=',0.,'numel',[1])
     154                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.rel_tol','>',0.,'numel',[1])
     155                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.max_iter','>',0.,'numel',[1])
     156                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.sedimentlimit_flag','numel',[1],'values',[0,1,2,3])
     157                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.transfer_flag','numel',[1],'values',[0,1])
     158
     159                if self.sedimentlimit_flag==1:
     160                        md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.sedimentlimit','>',0.,'numel',[1])
     161
     162                if self.transfer_flag==1:
     163                        md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.leakage_factor','>',0.,'numel',[1])
     164
     165                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.basal_moulin_input','NaN',1,'timeseries',1)
     166                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.spcsediment_head','timeseries',1)
     167                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.sediment_compressibility','>',0.,'numel',[1])
     168                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.sediment_porosity','>',0.,'numel',[1])
     169                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.sediment_thickness','>',0.,'numel',[1])
     170                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.sediment_transmitivity','>=',0,'size',[md.mesh.numberofvertices,1])
     171                if self.isefficientlayer==1:
     172                        md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.spcepl_head','timeseries',1)
     173                        md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.mask_eplactive_node','size',[md.mesh.numberofvertices,1],'values',[0,1])
     174                        md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.epl_compressibility','>',0.,'numel',[1])
     175                        md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.epl_porosity','>',0.,'numel',[1])
     176                        md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.epl_max_thickness','numel',[1],'>',0.)
     177                        md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.epl_initial_thickness','numel',[1],'>',0.)
     178                        md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.epl_colapse_thickness','numel',[1],'>',0.)
     179                        md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.epl_thick_comp','numel',[1],'values',[0,1])
     180                        md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.eplflip_lock','>=',0.,'numel',[1])
     181                        if self.epl_colapse_thickness > self.epl_initial_thickness:
     182                                md.checkmessage('Colapsing thickness for EPL larger than initial thickness')
     183                        md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.epl_conductivity','numel',[1],'>',0.)
     184        # }}}
     185        def marshall(self,md,fid): #{{{
     186                WriteData(fid,'enum',HydrologyModelEnum(),'data',HydrologydcEnum(),'format','Integer')
     187                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','water_compressibility','format','Double')
     188                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','isefficientlayer','format','Boolean')
     189                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','penalty_factor','format','Double')
     190                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','penalty_lock','format','Integer')
     191                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','rel_tol','format','Double')
     192                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','max_iter','format','Integer')
     193                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','sedimentlimit_flag','format','Integer')
     194                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','transfer_flag','format','Integer')
     195                if self.sedimentlimit_flag==1:
     196                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','sedimentlimit','format','Double')
     197
     198                if self.transfer_flag==1:
     199                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','leakage_factor','format','Double')
     200
     201                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','basal_moulin_input','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
     202                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','spcsediment_head','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
     203                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','sediment_compressibility','format','Double')
     204                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','sediment_porosity','format','Double')                 
     205                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','sediment_thickness','format','Double')
     206                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','sediment_transmitivity','format','DoubleMat','mattype',1)             
     207
     208                if self.isefficientlayer==1:   
     209                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','spcepl_head','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)   
     210                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','mask_eplactive_node','format','DoubleMat','mattype',1)
     211                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','epl_compressibility','format','Double')                       
     212                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','epl_porosity','format','Double')                       
     213                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','epl_max_thickness','format','Double')
     214                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','epl_initial_thickness','format','Double')                     
     215                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','epl_colapse_thickness','format','Double')
     216                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','epl_thick_comp','format','Integer')                   
     217                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','epl_conductivity','format','Double')
     218                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','eplflip_lock','format','Integer')
     219        # }}}

  • issm/trunk/src/m/classes/hydrologyshreve.m

    r17989 r19105  
    1010        end
    1111        methods
    12         function createxml(obj,fid) % {{{
    13             fprintf(fid, '\n\n');
    14             fprintf(fid, '%s\n', '<!-- Hydrology -->');
    15            
    16             % Convergence criteria           
    17             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="Hydrologyshreve solution parameters">','<section name="hydrologyshreve" />');                   
    18            
    19                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="spcwatercolumn" type="',      class(obj.spcwatercolumn),'" default="',        convert2str(obj.spcwatercolumn),'">',        '     <section name="hydrologyshreve" />','     <help> water thickness constraints (NaN means no constraint) [m] </help>','</parameter>');
    20             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="stabilization" type="',         class(obj.stabilization),'" default="',           convert2str(obj.stabilization),'">', '     <section name="hydrologyshreve" />','     <help> artificial diffusivity (default is 1). can be more than 1 to increase diffusivity. </help>','</parameter>');
    21             fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
    22         end % }}}
    23                 function obj = hydrologyshreve(varargin) % {{{
     12                function createxml(self,fid) % {{{
     13                        fprintf(fid, '\n\n');
     14                        fprintf(fid, '%s\n', '<!-- Hydrology -->');
     15
     16                        % Convergence criteria           
     17                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="Hydrologyshreve solution parameters">','<section name="hydrologyshreve" />');                   
     18
     19                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="spcwatercolumn" type="',      class(self.spcwatercolumn),'" default="',        convert2str(self.spcwatercolumn),'">',      '     <section name="hydrologyshreve" />','     <help> water thickness constraints (NaN means no constraint) [m] </help>','</parameter>');
     20                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="stabilization" type="',         class(self.stabilization),'" default="',           convert2str(self.stabilization),'">',   '     <section name="hydrologyshreve" />','     <help> artificial diffusivity (default is 1). can be more than 1 to increase diffusivity. </help>','</parameter>');
     21                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
     22                end % }}}
     23                function self = extrude(self,md) % {{{
     24                end % }}}
     25                function self = hydrologyshreve(varargin) % {{{
    2426                        switch nargin
    2527                                case 0
    26                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     28                                        self=setdefaultparameters(self);
    2729                                case 1
    28                                         obj=structtoobj(obj,varargin{1});
     30                                        self=structtoobj(self,varargin{1});
    2931                                otherwise
    3032                                        error('constructor not supported');
    3133                        end
    3234                end % }}}
    33                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     35                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    3436
    3537                        %Type of stabilization to use 0:nothing 1:artificial_diffusivity
    36                         obj.stabilization=1;
     38                        self.stabilization=1;
    3739                end % }}}
    38                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     40                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    3941
    4042                        %Early return
    … …  
    4345                        end
    4446
    45                         md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.spcwatercolumn','forcing',1);
     47                        md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.spcwatercolumn','timeseries',1);
    4648                        md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.stabilization','>=',0);
    4749                end % }}}
    48                 function disp(obj) % {{{
     50                function disp(self) % {{{
    4951                        disp(sprintf('   hydrologyshreve solution parameters:'));
    50                         fielddisplay(obj,'spcwatercolumn','water thickness constraints (NaN means no constraint) [m]');
    51                         fielddisplay(obj,'stabilization','artificial diffusivity (default is 1). can be more than 1 to increase diffusivity.');
     52                        fielddisplay(self,'spcwatercolumn','water thickness constraints (NaN means no constraint) [m]');
     53                        fielddisplay(self,'stabilization','artificial diffusivity (default is 1). can be more than 1 to increase diffusivity.');
    5254
    5355                end % }}}
    54                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
     56                function marshall(self,md,fid) % {{{
    5557                        WriteData(fid,'enum',HydrologyModelEnum(),'data',HydrologyshreveEnum(),'format','Integer');
    56                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','spcwatercolumn','format','DoubleMat','mattype',1,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
    57                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','stabilization','format','Double');
     58                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','spcwatercolumn','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
     59                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','stabilization','format','Double');
    5860                end % }}}
    5961        end

  • issm/trunk/src/m/classes/hydrologyshreve.py

    r17989 r19105  
    2727                return string
    2828                #}}}
     29        def extrude(self,md): # {{{
     30                return self
     31        #}}}
    2932        def setdefaultparameters(self): # {{{
    3033               
    … …  
    4043                        return md
    4144
    42                 md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.spcwatercolumn','forcing',1)
     45                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.spcwatercolumn','timeseries',1)
    4346                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.stabilization','>=',0)
    4447
    … …  
    4750        def marshall(self,md,fid):    # {{{
    4851                WriteData(fid,'enum',HydrologyModelEnum(),'data',HydrologyshreveEnum(),'format','Integer');
    49                 WriteData(fid,'object',self,'fieldname','spcwatercolumn','format','DoubleMat','mattype',1,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
     52                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','spcwatercolumn','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
    5053                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','stabilization','format','Double')
    5154        # }}}

  • issm/trunk/src/m/classes/independent.m

    r17806 r19105  
    1313        end
    1414        methods
    15                 function obj = independent(varargin) % {{{
     15                function self = independent(varargin) % {{{
    1616
    1717                        %use provided options to change fields
    … …  
    1919
    2020                        %OK get other fields
    21                         obj=AssignObjectFields(pairoptions(varargin{:}),obj);
     21                        self=AssignObjectFields(pairoptions(varargin{:}),self);
    2222
    2323                end
    2424                %}}}
    25                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     25                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    2626                        %do nothing
    2727
    2828                end % }}}
    29                 function md = checkconsistency(obj,md,i,solution,analyses,driver) % {{{
    30                         if ~isnan(obj.fos_forward_index),
     29                function md = checkconsistency(self,md,i,solution,analyses,driver) % {{{
     30                        if ~isnan(self.fos_forward_index),
    3131                                if ~strcmpi(driver,'fos_forward'),
    3232                                        error('cannot declare an independent with a fos_forward_index when the driver is not fos_forward!');
    3333                                end
    34                                 if obj.nods==0,
     34                                if self.nods==0,
    3535                                        error('independent checkconsistency error: nods should be set to the size of the independent variable');
    3636                                end
    3737                        end
    3838
    39                         if ~isempty(obj.fov_forward_indices),
     39                        if ~isempty(self.fov_forward_indices),
    4040                                if ~strcmpi(driver,'fov_forward'),
    4141                                        error('cannot declare an independent with fov_forward_indices when the driver is not fov_forward!');
    4242                                end
    43                                 if obj.nods==0,
     43                                if self.nods==0,
    4444                                        error('independent checkconsistency error: nods should be set to the size of the independent variable');
    4545                                end
    46                                 md = checkfield(md,'fieldname',['autodiff.independents{' num2str(i) '}.fov_forward_indices'],'>=',1,'<=',obj.nods,'size',[NaN 1]);
     46                                md = checkfield(md,'fieldname',['autodiff.independents{' num2str(i) '}.fov_forward_indices'],'>=',1,'<=',self.nods,'size',[NaN 1]);
    4747                        end
    4848
    4949                end % }}}
    50                 function disp(obj) % {{{
     50                function disp(self) % {{{
    5151                        disp(sprintf('   independent variable:'));
    5252
    53                         fielddisplay(obj,'name','variable name (must match corresponding Enum)');
    54                         fielddisplay(obj,'type','type of variable (''vertex'' or ''scalar'')');
    55                         if ~isnan(obj.fos_forward_index),
    56                                 fielddisplay(obj,'fos_forward_index','index for fos_foward driver of ADOLC');
     53                        fielddisplay(self,'name','variable name (must match corresponding Enum)');
     54                        fielddisplay(self,'type','type of variable (''vertex'' or ''scalar'')');
     55                        fielddisplay(self,'nods','size of dependent variables');
     56                        if ~isnan(self.fos_forward_index),
     57                                fielddisplay(self,'fos_forward_index','index for fos_foward driver of ADOLC');
    5758                        end
    58                         if ~isnan(obj.fov_forward_indices),
    59                                 fielddisplay(obj,'fov_forward_indices','indices for fov_foward driver of ADOLC');
     59                        if ~isnan(self.fov_forward_indices),
     60                                fielddisplay(self,'fov_forward_indices','indices for fov_foward driver of ADOLC');
    6061                        end
    6162                end % }}}
    62                 function scalartype=typetoscalar(obj) % {{{
    63                         if strcmpi(obj.type,'scalar'),
     63                function scalartype=typetoscalar(self) % {{{
     64                        if strcmpi(self.type,'scalar'),
    6465                                scalartype=0;
    65                         elseif strcmpi(obj.type,'vertex'),
     66                        elseif strcmpi(self.type,'vertex'),
    6667                                scalartype=1;
    67                         elseif strcmpi(obj.type,'matrix'),
     68                        elseif strcmpi(self.type,'matrix'),
    6869                                scalartype=1;
    69                         else error([obj.type ' not supported yet!']);
     70                        else error([self.type ' not supported yet!']);
    7071                        end
    7172                end % }}}

  • issm/trunk/src/m/classes/initialization.m

    r17806 r19105  
    1919        end
    2020        methods
    21         function createxml(obj,fid) % {{{
    22             fprintf(fid, '\n\n');
    23             fprintf(fid, '%s\n', '<!-- initialization -->');
    24             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="Initial field values">','<section name="initialization" />');                   
    25            
    26                          fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="vx" type="',class(obj.vx),'" default="',obj.vx,'">','     <section name="initialization" />','     <help> x component of velocity [m/yr] </help>','</parameter>');
    27              fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="vy" type="',class(obj.vy),'" default="',obj.vy,'">','     <section name="initialization" />','     <help> y component of velocity [m/yr] </help>','</parameter>');
    28              fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="vz" type="',class(obj.vz),'" default="',obj.vz,'">','     <section name="initialization" />','     <help> z component of velocity [m/yr] </help>','</parameter>');
    29              fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="vel" type="',class(obj.vel),'" default="',obj.vel,'">','     <section name="initialization" />','     <help> velocity norm [m/yr] </help>','</parameter>');
    30              fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="pressure" type="',class(obj.pressure),'" default="',obj.pressure,'">','     <section name="initialization" />','     <help> pressure field [Pa] </help>','</parameter>');
    31                  fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="temperature" type="',class(obj.temperature),'" default="',obj.temperature,'">','     <section name="initialization" />','     <help> fraction of water in the ice </help>','</parameter>');
    32              fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="waterfraction" type="',class(obj.waterfraction),'" default="',obj.waterfraction,'">','     <section name="initialization" />','     <help> ice thickness [m] </help>','</parameter>');
    33              fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="sediment_head" type="',class(obj.sediment_head),'" default="',obj.sediment_head,'">','     <section name="initialization" />','     <help> sediment water head of subglacial system [m] </help>','</parameter>');
    34              fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="epl_head" type="',class(obj.epl_head),'" default="',obj.epl_head,'">','     <section name="initialization" />','     <help> epl water head of subglacial system [m] </help>','</parameter>');
    35              fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="watercolumn" type="',class(obj.watercolumn),'" default="',obj.watercolumn,'">','     <section name="initialization" />','     <help> thickness of subglacial water [m] </help>','</parameter>');
    36             fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
    37         end % }}}
    38                 function obj = initialization(varargin) % {{{
     21                function createxml(self,fid) % {{{
     22                        fprintf(fid, '\n\n');
     23                        fprintf(fid, '%s\n', '<!-- initialization -->');
     24                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="Initial field values">','<section name="initialization" />');                   
     25
     26                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="vx" type="',class(self.vx),'" default="',self.vx,'">','     <section name="initialization" />','     <help> x component of velocity [m/yr] </help>','</parameter>');
     27                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="vy" type="',class(self.vy),'" default="',self.vy,'">','     <section name="initialization" />','     <help> y component of velocity [m/yr] </help>','</parameter>');
     28                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="vz" type="',class(self.vz),'" default="',self.vz,'">','     <section name="initialization" />','     <help> z component of velocity [m/yr] </help>','</parameter>');
     29                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="vel" type="',class(self.vel),'" default="',self.vel,'">','     <section name="initialization" />','     <help> velocity norm [m/yr] </help>','</parameter>');
     30                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="pressure" type="',class(self.pressure),'" default="',self.pressure,'">','     <section name="initialization" />','     <help> pressure field [Pa] </help>','</parameter>');
     31                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="temperature" type="',class(self.temperature),'" default="',self.temperature,'">','     <section name="initialization" />','     <help> fraction of water in the ice </help>','</parameter>');
     32                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="waterfraction" type="',class(self.waterfraction),'" default="',self.waterfraction,'">','     <section name="initialization" />','     <help> ice thickness [m] </help>','</parameter>');
     33                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="sediment_head" type="',class(self.sediment_head),'" default="',self.sediment_head,'">','     <section name="initialization" />','     <help> sediment water head of subglacial system [m] </help>','</parameter>');
     34                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="epl_head" type="',class(self.epl_head),'" default="',self.epl_head,'">','     <section name="initialization" />','     <help> epl water head of subglacial system [m] </help>','</parameter>');
     35                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="watercolumn" type="',class(self.watercolumn),'" default="',self.watercolumn,'">','     <section name="initialization" />','     <help> thickness of subglacial water [m] </help>','</parameter>');
     36                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
     37                end % }}}
     38                function self = extrude(self,md) % {{{
     39                        self.vx=project3d(md,'vector',self.vx,'type','node');
     40                        self.vy=project3d(md,'vector',self.vy,'type','node');
     41                        self.vz=project3d(md,'vector',self.vz,'type','node');
     42                        self.vel=project3d(md,'vector',self.vel,'type','node');
     43                        self.temperature=project3d(md,'vector',self.temperature,'type','node');
     44                        self.waterfraction=project3d(md,'vector',self.waterfraction,'type','node');
     45                        self.watercolumn=project3d(md,'vector',self.watercolumn,'type','node','layer',1);
     46                        self.sediment_head=project3d(md,'vector',self.sediment_head,'type','node','layer',1);
     47                        self.epl_head=project3d(md,'vector',self.epl_head,'type','node','layer',1);
     48                        self.epl_thickness=project3d(md,'vector',self.epl_thickness,'type','node','layer',1);
     49
     50                        %Lithostatic pressure by default
     51                        self.pressure=md.constants.g*md.materials.rho_ice*(md.geometry.surface-md.mesh.z);
     52                end % }}}
     53                function self = initialization(varargin) % {{{
    3954                        switch nargin
    4055                                case 0
    41                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     56                                        self=setdefaultparameters(self);
    4257                                otherwise
    4358                                        error('constructor not supported');
    4459                        end
    4560                end % }}}
    46                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     61                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    4762
    4863                end % }}}
    49                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     64                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    5065                        if ismember(StressbalanceAnalysisEnum(),analyses)
    5166                                if ~(isnan(md.initialization.vx) | isnan(md.initialization.vy)),
    … …  
    7388                                end
    7489                                md = checkfield(md,'fieldname','initialization.pressure','NaN',1,'size',[md.mesh.numberofvertices 1]);
     90                                md = checkfield(md,'fieldname','initialization.temperature','NaN',1,'size',[md.mesh.numberofvertices 1]);
    7591                        end
    7692                        if (ismember(EnthalpyAnalysisEnum(),analyses) & md.thermal.isenthalpy)
    … …  
    91107                                if isa(md.hydrology,'hydrologydc'),
    92108                                        if md.hydrology.isefficientlayer==1,
    93                                                 md = checkfield(md,'fieldname', ...
    94                                                                                                                 'initialization.epl_head','NaN',1,'size',[md.mesh.numberofvertices 1]);
     109                                                md = checkfield(md,'fieldname','initialization.epl_head','NaN',1,'size',[md.mesh.numberofvertices 1]);
    95110                                                md = checkfield(md,'fieldname','initialization.epl_thickness','NaN',1,'size',[md.mesh.numberofvertices 1]);
    96111                                        end
    … …  
    98113                        end
    99114                end % }}}
    100                 function disp(obj) % {{{
     115                function disp(self) % {{{
    101116                        disp(sprintf('   initial field values:'));
    102117
    103                         fielddisplay(obj,'vx','x component of velocity [m/yr]');
    104                         fielddisplay(obj,'vy','y component of velocity [m/yr]');
    105                         fielddisplay(obj,'vz','z component of velocity [m/yr]');
    106                         fielddisplay(obj,'vel','velocity norm [m/yr]');
    107                         fielddisplay(obj,'pressure','pressure field [Pa]');
    108                         fielddisplay(obj,'temperature','temperature [K]');
    109                         fielddisplay(obj,'waterfraction','fraction of water in the ice');
    110                         fielddisplay(obj,'sediment_head','sediment water head of subglacial system [m]');
    111                         fielddisplay(obj,'epl_head','epl water head of subglacial system [m]');
    112                         fielddisplay(obj,'epl_thickness','epl layer thickness [m]');
    113                         fielddisplay(obj,'watercolumn','thickness of subglacial water [m]');
     118                        fielddisplay(self,'vx','x component of velocity [m/yr]');
     119                        fielddisplay(self,'vy','y component of velocity [m/yr]');
     120                        fielddisplay(self,'vz','z component of velocity [m/yr]');
     121                        fielddisplay(self,'vel','velocity norm [m/yr]');
     122                        fielddisplay(self,'pressure','pressure field [Pa]');
     123                        fielddisplay(self,'temperature','temperature [K]');
     124                        fielddisplay(self,'waterfraction','fraction of water in the ice');
     125                        fielddisplay(self,'sediment_head','sediment water head of subglacial system [m]');
     126                        fielddisplay(self,'epl_head','epl water head of subglacial system [m]');
     127                        fielddisplay(self,'epl_thickness','epl layer thickness [m]');
     128                        fielddisplay(self,'watercolumn','thickness of subglacial water [m]');
    114129
    115130                end % }}}
    116                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
     131                function marshall(self,md,fid) % {{{
    117132
    118133                        yts=365.0*24.0*3600.0;
    119134
    120                         WriteData(fid,'data',obj.vx,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',VxEnum,'scale',1./yts);
    121                         WriteData(fid,'data',obj.vy,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',VyEnum,'scale',1./yts);
    122                         WriteData(fid,'data',obj.vz,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',VzEnum,'scale',1./yts);
    123                         WriteData(fid,'data',obj.pressure,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',PressureEnum);
    124                         WriteData(fid,'data',obj.temperature,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',TemperatureEnum);
    125                         WriteData(fid,'data',obj.waterfraction,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',WaterfractionEnum);
    126                         WriteData(fid,'data',obj.sediment_head,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',SedimentHeadEnum);
    127                         WriteData(fid,'data',obj.epl_head,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',EplHeadEnum);
    128                         WriteData(fid,'data',obj.epl_thickness,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',HydrologydcEplThicknessEnum);
    129                         WriteData(fid,'data',obj.watercolumn,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',WatercolumnEnum);
     135                        WriteData(fid,'data',self.vx,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',VxEnum,'scale',1./yts);
     136                        WriteData(fid,'data',self.vy,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',VyEnum,'scale',1./yts);
     137                        WriteData(fid,'data',self.vz,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',VzEnum,'scale',1./yts);
     138                        WriteData(fid,'data',self.pressure,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',PressureEnum);
     139                        WriteData(fid,'data',self.temperature,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',TemperatureEnum);
     140                        WriteData(fid,'data',self.waterfraction,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',WaterfractionEnum);
     141                        WriteData(fid,'data',self.sediment_head,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',SedimentHeadEnum);
     142                        WriteData(fid,'data',self.epl_head,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',EplHeadEnum);
     143                        WriteData(fid,'data',self.epl_thickness,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',HydrologydcEplThicknessEnum);
     144                        WriteData(fid,'data',self.watercolumn,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',WatercolumnEnum);
    130145
    131146                        if md.thermal.isenthalpy,
    132147                                tpmp = md.materials.meltingpoint - md.materials.beta*md.initialization.pressure;
    133                                 pos  = find(md.initialization.temperature>tpmp);
     148                                pos  = find(md.initialization.temperature>=tpmp);
    134149                                enthalpy      = md.materials.heatcapacity*(md.initialization.temperature-md.constants.referencetemperature);
    135                                 enthalpy(pos) = md.materials.heatcapacity*tpmp(pos) - md.constants.referencetemperature + md.materials.latentheat*md.initialization.waterfraction(pos);
     150                                enthalpy(pos) = md.materials.heatcapacity*(tpmp(pos) - md.constants.referencetemperature) + md.materials.latentheat*md.initialization.waterfraction(pos);
    136151                                WriteData(fid,'data',enthalpy,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',EnthalpyEnum());
    137152                        end

  • issm/trunk/src/m/classes/initialization.py

    r17806 r19105  
    11import numpy
     2from project3d import project3d
    23from fielddisplay import fielddisplay
    34from EnumDefinitions import *
    … …  
    910        """
    1011        INITIALIZATION class definition
    11 
    12            Usage:
    13               initialization=initialization();
     12       
     13        Usage:
     14        initialization=initialization();
    1415        """
    1516
    1617        def __init__(self): # {{{
    17                
     18                                       
    1819                self.vx            = float('NaN')
    1920                self.vy            = float('NaN')
    … …  
    2425                self.waterfraction = float('NaN')
    2526                self.watercolumn   = float('NaN')
    26                 self.sediment_head  = float('NaN')
     27                self.sediment_head = float('NaN')
     28                self.epl_head      = float('NaN')
     29                self.epl_thickness = float('NaN')
    2730
    2831                #set defaults
    … …  
    3235        def __repr__(self): # {{{
    3336                string='   initial field values:'
    34 
    3537                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'vx','x component of velocity [m/yr]'))
    3638                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'vy','y component of velocity [m/yr]'))
    … …  
    4244                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'watercolumn','thickness of subglacial water [m]'))
    4345                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'sediment_head','sediment water head of subglacial system [m]'))
     46                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'epl_head','epl water head of subglacial system [m]'))
     47                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'epl_thickness','thickness of the epl [m]'))
    4448
    4549                return string
    4650                #}}}
     51        def extrude(self,md): # {{{
     52                self.vx=project3d(md,'vector',self.vx,'type','node')
     53                self.vy=project3d(md,'vector',self.vy,'type','node')
     54                self.vz=project3d(md,'vector',self.vz,'type','node')
     55                self.vel=project3d(md,'vector',self.vel,'type','node')
     56                self.temperature=project3d(md,'vector',self.temperature,'type','node')
     57                self.waterfraction=project3d(md,'vector',self.waterfraction,'type','node')
     58                self.watercolumn=project3d(md,'vector',self.watercolumn,'type','node')
     59                self.sediment_head=project3d(md,'vector',self.sediment_head,'type','node','layer',1)
     60                self.epl_head=project3d(md,'vector',self.epl_head,'type','node','layer',1)
     61                self.epl_thickness=project3d(md,'vector',self.epl_thickness,'type','node','layer',1)
     62
     63                #Lithostatic pressure by default
     64                self.pressure=md.constants.g*md.materials.rho_ice*(md.geometry.surface-md.mesh.z.reshape(-1,1))
     65                return self
     66        #}}}
    4767        def setdefaultparameters(self): # {{{
    4868                return self
    … …  
    6686                        md = checkfield(md,'fieldname','initialization.vx','NaN',1,'size',[md.mesh.numberofvertices])
    6787                        md = checkfield(md,'fieldname','initialization.vy','NaN',1,'size',[md.mesh.numberofvertices])
     88                        md = checkfield(md,'fieldname','initialization.temperature','NaN',1,'size',[md.mesh.numberofvertices])
    6889                        if md.mesh.dimension()==3:
    6990                                md = checkfield(md,'fieldname','initialization.vz','NaN',1,'size',[md.mesh.numberofvertices])
    7091                        md = checkfield(md,'fieldname','initialization.pressure','NaN',1,'size',[md.mesh.numberofvertices])
    71                 if (EnthalpyAnalysisEnum() in analyses and md.thermal.isenthalpy):
    72                         md = checkfield(md,'fieldname','initialization.waterfraction','>=',0,'size',[md.mesh.numberofvertices])
    73                         md = checkfield(md,'fieldname','initialization.watercolumn'  ,'>=',0,'size',[md.mesh.numberofvertices])
     92                        if (EnthalpyAnalysisEnum() in analyses and md.thermal.isenthalpy):
     93                                md = checkfield(md,'fieldname','initialization.waterfraction','>=',0,'size',[md.mesh.numberofvertices])
     94                                md = checkfield(md,'fieldname','initialization.watercolumn'  ,'>=',0,'size',[md.mesh.numberofvertices])
    7495                if HydrologyShreveAnalysisEnum() in analyses:
    75                         md = checkfield(md,'fieldname','initialization.watercolumn','NaN',1,'size',[md.mesh.numberofvertices])
     96                        if hasattr(md.hydrology,'hydrologyshreve'):
     97                                md = checkfield(md,'fieldname','initialization.watercolumn','NaN',1,'size',[md.mesh.numberofvertices])
     98                if HydrologyDCInefficientAnalysisEnum() in analyses:
     99                        if hasattr(md.hydrology,'hydrologydc'):
     100                                md = checkfield(md,'fieldname','initialization.sediment_head','NaN',1,'size',[md.mesh.numberofvertices,1])
     101                if HydrologyDCEfficientAnalysisEnum() in analyses:
     102                        if hasattr(md.hydrology,'hydrologydc'):
     103                                if md.hydrology.isefficientlayer==1:
     104                                        md = checkfield(md,'fieldname','initialization.epl_head','NaN',1,'size',[md.mesh.numberofvertices,1])
     105                                        md = checkfield(md,'fieldname','initialization.epl_thickness','NaN',1,'size',[md.mesh.numberofvertices,1])
     106
    76107                return md
    77108        # }}}
    … …  
    88119                WriteData(fid,'data',self.watercolumn,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',WatercolumnEnum())
    89120                WriteData(fid,'data',self.sediment_head,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',SedimentHeadEnum())
     121                WriteData(fid,'data',self.epl_head,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',EplHeadEnum())
     122                WriteData(fid,'data',self.epl_thickness,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',HydrologydcEplThicknessEnum())
    90123
     124               
    91125                if md.thermal.isenthalpy:
    92126                        tpmp = md.materials.meltingpoint - md.materials.beta*md.initialization.pressure;

  • issm/trunk/src/m/classes/inversion.m

    r18301 r19105  
    2323                vel_obs                     = NaN
    2424                thickness_obs               = NaN
     25                surface_obs                 = NaN
    2526        end
    2627        methods
    27                 function createxml(obj,fid) % {{{
     28                function createxml(self,fid) % {{{
    2829                        fprintf(fid, '<!-- inversion -->\n');           
    2930
    3031                        % inversion parameters
    3132                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="inversion parameters">','<section name="inversion" />');                   
    32                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="iscontrol" type="',class(obj.iscontrol),'" default="',convert2str(obj.iscontrol),'">','     <section name="inversion" />','     <help> is inversion activated? </help>','  </parameter>');
     33                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="iscontrol" type="',class(self.iscontrol),'" default="',convert2str(self.iscontrol),'">','     <section name="inversion" />','     <help> is inversion activated? </help>','  </parameter>');
    3334
    3435                        % incompleteadjoing drop-down (0 or 1)
    … …  
    3738                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','       <option value="1" type="string" default="false"> </option>','</parameter>');
    3839
    39                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="control_parameters" type="',class(obj.control_parameters),'" default="',convert2str(obj.control_parameters),'">','     <section name="inversion" />','     <help> ex: {''FrictionCoefficient''}, or {''MaterialsRheologyBbar''} </help>','  </parameter>');
    40 
    41                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="nsteps" type="',class(obj.nsteps),'" default="',convert2str(obj.nsteps),'">','     <section name="inversion" />','     <help> number of optimization searches </help>','  </parameter>');
    42                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="cost_functions" type="',class(obj.cost_functions),'" default="',convert2str(obj.cost_functions),'">','     <section name="inversion" />','     <help> indicate the type of response for each optimization step  </help>','  </parameter>');
    43                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="cost_functions_coefficients" type="',class(obj.cost_functions_coefficients),'" default="',convert2str(obj.cost_functions_coefficients),'">','     <section name="inversion" />','     <help> cost_functions_coefficients applied to the misfit of each vertex and for each control_parameter </help>','  </parameter>');
    44 
    45                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="cost_function_threshold" type="',class(obj.cost_function_threshold),'" default="',convert2str(obj.cost_function_threshold),'">','     <section name="inversion" />','     <help> misfit convergence criterion. Default is 1%, NaN if not applied </help>','  </parameter>');
    46                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="maxiter_per_step" type="',class(obj.maxiter_per_step),'" default="',convert2str(obj.maxiter_per_step),'">','     <section name="inversion" />','     <help> maximum iterations during each optimization step  </help>','  </parameter>');
    47                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="gradient_scaling" type="',class(obj.gradient_scaling),'" default="',convert2str(obj.gradient_scaling),'">','     <section name="inversion" />','     <help> scaling factor on gradient direction during optimization, for each optimization step </help>','  </parameter>');
    48 
    49                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="step_threshold" type="',class(obj.step_threshold),'" default="',convert2str(obj.step_threshold),'">','     <section name="inversion" />','     <help> decrease threshold for misfit, default is 30% </help>','  </parameter>');
    50                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="min_parameters" type="',class(obj.min_parameters),'" default="',convert2str(obj.min_parameters),'">','     <section name="inversion" />','     <help> absolute minimum acceptable value of the inversed parameter on each vertex </help>','  </parameter>');
    51                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="max_parameters" type="',class(obj.max_parameters),'" default="',convert2str(obj.max_parameters),'">','     <section name="inversion" />','     <help> absolute maximum acceptable value of the inversed parameter on each vertex </help>','  </parameter>');
    52 
    53                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vx_obs" type="',class(obj.vx_obs),'" default="',convert2str(obj.vx_obs),'">','     <section name="inversion" />','     <help> observed velocity x component [m/yr] </help>','  </parameter>');
    54                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vy_obs" type="',class(obj.vy_obs),'" default="',convert2str(obj.vy_obs),'">','     <section name="inversion" />','     <help> observed velocity y component [m/yr]  </help>','  </parameter>');
    55                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vel_obs" type="',class(obj.vel_obs),'" default="',convert2str(obj.vel_obs),'">','     <section name="inversion" />','     <help> observed velocity magnitude [m/yr] </help>','  </parameter>');
    56                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="thickness_obs" type="',class(obj.thickness_obs),'" default="',convert2str(obj.thickness_obs),'">','     <section name="inversion" />','     <help> observed thickness [m]) </help>','  </parameter>');
     40                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="control_parameters" type="',class(self.control_parameters),'" default="',convert2str(self.control_parameters),'">','     <section name="inversion" />','     <help> ex: {''FrictionCoefficient''}, or {''MaterialsRheologyBbar''} </help>','  </parameter>');
     41
     42                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="nsteps" type="',class(self.nsteps),'" default="',convert2str(self.nsteps),'">','     <section name="inversion" />','     <help> number of optimization searches </help>','  </parameter>');
     43                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="cost_functions" type="',class(self.cost_functions),'" default="',convert2str(self.cost_functions),'">','     <section name="inversion" />','     <help> indicate the type of response for each optimization step  </help>','  </parameter>');
     44                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="cost_functions_coefficients" type="',class(self.cost_functions_coefficients),'" default="',convert2str(self.cost_functions_coefficients),'">','     <section name="inversion" />','     <help> cost_functions_coefficients applied to the misfit of each vertex and for each control_parameter </help>','  </parameter>');
     45
     46                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="cost_function_threshold" type="',class(self.cost_function_threshold),'" default="',convert2str(self.cost_function_threshold),'">','     <section name="inversion" />','     <help> misfit convergence criterion. Default is 1%, NaN if not applied </help>','  </parameter>');
     47                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="maxiter_per_step" type="',class(self.maxiter_per_step),'" default="',convert2str(self.maxiter_per_step),'">','     <section name="inversion" />','     <help> maximum iterations during each optimization step  </help>','  </parameter>');
     48                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="gradient_scaling" type="',class(self.gradient_scaling),'" default="',convert2str(self.gradient_scaling),'">','     <section name="inversion" />','     <help> scaling factor on gradient direction during optimization, for each optimization step </help>','  </parameter>');
     49
     50                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="step_threshold" type="',class(self.step_threshold),'" default="',convert2str(self.step_threshold),'">','     <section name="inversion" />','     <help> decrease threshold for misfit, default is 30% </help>','  </parameter>');
     51                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="min_parameters" type="',class(self.min_parameters),'" default="',convert2str(self.min_parameters),'">','     <section name="inversion" />','     <help> absolute minimum acceptable value of the inversed parameter on each vertex </help>','  </parameter>');
     52                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="max_parameters" type="',class(self.max_parameters),'" default="',convert2str(self.max_parameters),'">','     <section name="inversion" />','     <help> absolute maximum acceptable value of the inversed parameter on each vertex </help>','  </parameter>');
     53
     54                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vx_obs" type="',class(self.vx_obs),'" default="',convert2str(self.vx_obs),'">','     <section name="inversion" />','     <help> observed velocity x component [m/yr] </help>','  </parameter>');
     55                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vy_obs" type="',class(self.vy_obs),'" default="',convert2str(self.vy_obs),'">','     <section name="inversion" />','     <help> observed velocity y component [m/yr]  </help>','  </parameter>');
     56                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vel_obs" type="',class(self.vel_obs),'" default="',convert2str(self.vel_obs),'">','     <section name="inversion" />','     <help> observed velocity magnitude [m/yr] </help>','  </parameter>');
     57                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="thickness_obs" type="',class(self.thickness_obs),'" default="',convert2str(self.thickness_obs),'">','     <section name="inversion" />','     <help> observed thickness [m]) </help>','  </parameter>');
    5758
    5859                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');   
    … …  
    7475
    7576                end % }}}       
    76                 function obj = inversion(varargin) % {{{
     77                function self = inversion(varargin) % {{{
    7778                        switch nargin
    7879                                case 0
    79                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     80                                        self=setdefaultparameters(self);
    8081                                case 1
    81                                         obj=structtoobj(inversion(),varargin{1});
     82                                        self =structtoobj(inversion(),varargin{1});
    8283                                otherwise
    8384                                        error('constructor not supported');
    8485                        end
    8586                end % }}}
    86                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     87                function self = extrude(self,md) % {{{
     88                        self.vx_obs=project3d(md,'vector',self.vx_obs,'type','node');
     89                        self.vy_obs=project3d(md,'vector',self.vy_obs,'type','node');
     90                        self.vel_obs=project3d(md,'vector',self.vel_obs,'type','node');
     91                        self.thickness_obs=project3d(md,'vector',self.thickness_obs,'type','node');
     92                        if numel(self.cost_functions_coefficients)>1,self.cost_functions_coefficients=project3d(md,'vector',self.cost_functions_coefficients,'type','node');end;
     93                        if numel(self.min_parameters)>1,self.min_parameters=project3d(md,'vector',self.min_parameters,'type','node');end;
     94                        if numel(self.max_parameters)>1,self.max_parameters=project3d(md,'vector',self.max_parameters,'type','node');end;
     95                end % }}}
     96                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    8797
    8898                        %default is incomplete adjoint for now
    89                         obj.incomplete_adjoint=1;
     99                        self.incomplete_adjoint=1;
    90100
    91101                        %parameter to be inferred by control methods (only
    92102                        %drag and B are supported yet)
    93                         obj.control_parameters={'FrictionCoefficient'};
     103                        self.control_parameters={'FrictionCoefficient'};
    94104
    95105                        %number of steps in the control methods
    96                         obj.nsteps=20;
     106                        self.nsteps=20;
    97107
    98108                        %maximum number of iteration in the optimization algorithm for
    99109                        %each step
    100                         obj.maxiter_per_step=20*ones(obj.nsteps,1);
     110                        self.maxiter_per_step=20*ones(self.nsteps,1);
    101111
    102112                        %the inversed parameter is updated as follows:
    … …  
    105115                        %inversed parameter (10^8 for B, 50 for drag) and can be decreased
    106116                        %after the first iterations
    107                         obj.gradient_scaling=50*ones(obj.nsteps,1);
     117                        self.gradient_scaling=50*ones(self.nsteps,1);
    108118
    109119                        %several responses can be used:
    110                         obj.cost_functions=101;
     120                        self.cost_functions=101;
    111121
    112122                        %step_threshold is used to speed up control method. When
    113                         %misfit(1)/misfit(0) < obj.step_threshold, we go directly to
     123                        %misfit(1)/misfit(0) < self.step_threshold, we go directly to
    114124                        %the next step
    115                         obj.step_threshold=.7*ones(obj.nsteps,1); %30 per cent decrement.
     125                        self.step_threshold=.7*ones(self.nsteps,1); %30 per cent decrement.
    116126
    117127                        %cost_function_threshold is a criteria to stop the control methods.
    118128                        %if J[n]-J[n-1]/J[n] < criteria, the control run stops
    119129                        %NaN if not applied
    120                         obj.cost_function_threshold=NaN; %not activated
    121 
    122                 end % }}}
    123                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     130                        self.cost_function_threshold=NaN; %not activated
     131
     132                end % }}}
     133                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    124134
    125135                        %Early return
    126                         if ~obj.iscontrol, return; end
     136                        if ~self.iscontrol, return; end
    127137
    128138                        num_controls=numel(md.inversion.control_parameters);
    … …  
    131141                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.iscontrol','values',[0 1]);
    132142                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.incomplete_adjoint','values',[0 1]);
    133                         md = checkfield(md,'fieldname','inversion.control_parameters','cell',1,'values',...
    134                                 {'BalancethicknessThickeningRate' 'FrictionCoefficient' 'MaterialsRheologyBbar' 'DamageDbar' 'Vx' 'Vy' 'Thickness' 'BalancethicknessNux' 'BalancethicknessNuy' 'BalancethicknessApparentMassbalance'});
     143                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.control_parameters','cell',1,'values',supportedcontrols());
    135144                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.nsteps','numel',1,'>=',0);
    136145                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.maxiter_per_step','size',[md.inversion.nsteps 1],'>=',0);
    137146                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.step_threshold','size',[md.inversion.nsteps 1]);
    138                         md = checkfield(md,'fieldname','inversion.cost_functions','size',[1 num_costfunc],'values',[101:105 201 501:507]);
     147                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.cost_functions','size',[1 num_costfunc],'values',supportedcostfunctions());
    139148                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.cost_functions_coefficients','size',[md.mesh.numberofvertices num_costfunc],'>=',0);
    140149                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.gradient_scaling','size',[md.inversion.nsteps num_controls]);
    … …  
    144153                        %Only SSA, HO and FS are supported right now
    145154                        if solution==StressbalanceSolutionEnum()
    146                                 if ~(md.flowequation.isSSA || md.flowequation.isHO || md.flowequation.isFS),
     155                                if ~(md.flowequation.isSSA || md.flowequation.isHO || md.flowequation.isFS || md.flowequation.isL1L2),
    147156                                        md = checkmessage(md,['inversion can only be performed for SSA, HO or FS ice flow models']);
    148157                                end
    … …  
    158167                        end
    159168                end % }}}
    160                 function disp(obj) % {{{
     169                function disp(self) % {{{
    161170                        disp(sprintf('   inversion parameters:'));
    162                         fielddisplay(obj,'iscontrol','is inversion activated?');
    163                         fielddisplay(obj,'incomplete_adjoint','1: linear viscosity, 0: non-linear viscosity');
    164                         fielddisplay(obj,'control_parameters','ex: {''FrictionCoefficient''}, or {''MaterialsRheologyBbar''}');
    165                         fielddisplay(obj,'nsteps','number of optimization searches');
    166                         fielddisplay(obj,'cost_functions','indicate the type of response for each optimization step');
    167                         fielddisplay(obj,'cost_functions_coefficients','cost_functions_coefficients applied to the misfit of each vertex and for each control_parameter');
    168                         fielddisplay(obj,'cost_function_threshold','misfit convergence criterion. Default is 1%, NaN if not applied');
    169                         fielddisplay(obj,'maxiter_per_step','maximum iterations during each optimization step');
    170                         fielddisplay(obj,'gradient_scaling','scaling factor on gradient direction during optimization, for each optimization step');
    171                         fielddisplay(obj,'step_threshold','decrease threshold for misfit, default is 30%');
    172                         fielddisplay(obj,'min_parameters','absolute minimum acceptable value of the inversed parameter on each vertex');
    173                         fielddisplay(obj,'max_parameters','absolute maximum acceptable value of the inversed parameter on each vertex');
    174                         fielddisplay(obj,'vx_obs','observed velocity x component [m/yr]');
    175                         fielddisplay(obj,'vy_obs','observed velocity y component [m/yr]');
    176                         fielddisplay(obj,'vel_obs','observed velocity magnitude [m/yr]');
    177                         fielddisplay(obj,'thickness_obs','observed thickness [m]');
     171                        fielddisplay(self,'iscontrol','is inversion activated?');
     172                        fielddisplay(self,'incomplete_adjoint','1: linear viscosity, 0: non-linear viscosity');
     173                        fielddisplay(self,'control_parameters','ex: {''FrictionCoefficient''}, or {''MaterialsRheologyBbar''}');
     174                        fielddisplay(self,'nsteps','number of optimization searches');
     175                        fielddisplay(self,'cost_functions','indicate the type of response for each optimization step');
     176                        fielddisplay(self,'cost_functions_coefficients','cost_functions_coefficients applied to the misfit of each vertex and for each control_parameter');
     177                        fielddisplay(self,'cost_function_threshold','misfit convergence criterion. Default is 1%, NaN if not applied');
     178                        fielddisplay(self,'maxiter_per_step','maximum iterations during each optimization step');
     179                        fielddisplay(self,'gradient_scaling','scaling factor on gradient direction during optimization, for each optimization step');
     180                        fielddisplay(self,'step_threshold','decrease threshold for misfit, default is 30%');
     181                        fielddisplay(self,'min_parameters','absolute minimum acceptable value of the inversed parameter on each vertex');
     182                        fielddisplay(self,'max_parameters','absolute maximum acceptable value of the inversed parameter on each vertex');
     183                        fielddisplay(self,'vx_obs','observed velocity x component [m/yr]');
     184                        fielddisplay(self,'vy_obs','observed velocity y component [m/yr]');
     185                        fielddisplay(self,'vel_obs','observed velocity magnitude [m/yr]');
     186                        fielddisplay(self,'thickness_obs','observed thickness [m]');
     187                        fielddisplay(self,'surface_obs','observed surface elevation [m]');
    178188                        disp('Available cost functions:');
    179189                        disp('   101: SurfaceAbsVelMisfit');
    … …  
    187197                        disp('   503: ThicknessAbsGradient');
    188198                end % }}}
    189                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
     199                function marshall(self,md,fid) % {{{
    190200
    191201                        yts=365.0*24.0*3600.0;
    192202
    193203                        WriteData(fid,'enum',InversionTypeEnum(),'data',0,'format','Integer');
    194                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','iscontrol','format','Boolean');
    195                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','incomplete_adjoint','format','Boolean');
    196                         if ~obj.iscontrol, return; end
    197                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','nsteps','format','Integer');
    198                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','maxiter_per_step','format','IntMat','mattype',3);
    199                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','cost_functions_coefficients','format','DoubleMat','mattype',1);
    200                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','gradient_scaling','format','DoubleMat','mattype',3);
    201                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','cost_function_threshold','format','Double');
    202                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','min_parameters','format','DoubleMat','mattype',3);
    203                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','max_parameters','format','DoubleMat','mattype',3);
    204                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','step_threshold','format','DoubleMat','mattype',3);
    205                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','vx_obs','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts);
    206                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','vy_obs','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts);
    207                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','vz_obs','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts);
    208                         if(numel(obj.thickness_obs)==md.mesh.numberofelements),
     204                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','iscontrol','format','Boolean');
     205                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','incomplete_adjoint','format','Boolean');
     206                        if ~self.iscontrol, return; end
     207                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','nsteps','format','Integer');
     208                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','maxiter_per_step','format','IntMat','mattype',3);
     209                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','cost_functions_coefficients','format','DoubleMat','mattype',1);
     210                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','gradient_scaling','format','DoubleMat','mattype',3);
     211                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','cost_function_threshold','format','Double');
     212                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','min_parameters','format','DoubleMat','mattype',3);
     213                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','max_parameters','format','DoubleMat','mattype',3);
     214                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','step_threshold','format','DoubleMat','mattype',3);
     215                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','vx_obs','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts);
     216                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','vy_obs','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts);
     217                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','vz_obs','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts);
     218                        if(numel(self.thickness_obs)==md.mesh.numberofelements),
    209219                                mattype=2;
    210220                        else
    211221                                mattype=1;
    212222                        end
    213                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','thickness_obs','format','DoubleMat','mattype',mattype);
     223                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','thickness_obs','format','DoubleMat','mattype',mattype);
     224                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','surface_obs','format','DoubleMat','mattype',mattype);
    214225
    215226
    216227                        %process control parameters
    217                         num_control_parameters=numel(obj.control_parameters);
     228                        num_control_parameters=numel(self.control_parameters);
    218229                        data=zeros(1,num_control_parameters);
    219230                        for i=1:num_control_parameters,
    220                                 data(i)=StringToEnum(obj.control_parameters{i});
     231                                data(i)=StringToEnum(self.control_parameters{i});
    221232                        end
    222233                        WriteData(fid,'data',data,'enum',InversionControlParametersEnum(),'format','DoubleMat','mattype',3);
    … …  
    224235
    225236                        %process cost functions
    226                         num_cost_functions=size(obj.cost_functions,2);
    227                         data=obj.cost_functions;
    228                         pos=find(obj.cost_functions==101); data(pos)=SurfaceAbsVelMisfitEnum();
    229                         pos=find(obj.cost_functions==102); data(pos)=SurfaceRelVelMisfitEnum();
    230                         pos=find(obj.cost_functions==103); data(pos)=SurfaceLogVelMisfitEnum();
    231                         pos=find(obj.cost_functions==104); data(pos)=SurfaceLogVxVyMisfitEnum();
    232                         pos=find(obj.cost_functions==105); data(pos)=SurfaceAverageVelMisfitEnum();
    233                         pos=find(obj.cost_functions==201); data(pos)=ThicknessAbsMisfitEnum();
    234                         pos=find(obj.cost_functions==501); data(pos)=DragCoefficientAbsGradientEnum();
    235                         pos=find(obj.cost_functions==502); data(pos)=RheologyBbarAbsGradientEnum();
    236                         pos=find(obj.cost_functions==503); data(pos)=ThicknessAbsGradientEnum();
    237                         pos=find(obj.cost_functions==504); data(pos)=ThicknessAlongGradientEnum();
    238                         pos=find(obj.cost_functions==505); data(pos)=ThicknessAcrossGradientEnum();
    239                         pos=find(obj.cost_functions==506); data(pos)=BalancethicknessMisfitEnum();
    240                         pos=find(obj.cost_functions==507); data(pos)=Balancethickness2MisfitEnum();
     237                        num_cost_functions=size(self.cost_functions,2);
     238                        data=marshallcostfunctions(self.cost_functions);
    241239                        WriteData(fid,'data',data,'enum',InversionCostFunctionsEnum(),'format','DoubleMat','mattype',3);
    242240                        WriteData(fid,'data',num_cost_functions,'enum',InversionNumCostFunctionsEnum(),'format','Integer');

  • issm/trunk/src/m/classes/inversion.py

    r17989 r19105  
    11import numpy
    2 import copy
     2from project3d import project3d
    33from fielddisplay import fielddisplay
    44from EnumDefinitions import *
    … …  
    66from checkfield import checkfield
    77from WriteData import WriteData
     8from supportedcontrols import supportedcontrols
     9from supportedcostfunctions import supportedcostfunctions
     10from marshallcostfunctions import marshallcostfunctions
    811
    912class inversion(object):
    … …  
    3336                self.vel_obs                     = float('NaN')
    3437                self.thickness_obs               = float('NaN')
     38                self.surface_obs                 = float('NaN')
    3539
    3640                #set defaults
    … …  
    5660                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'vel_obs','observed velocity magnitude [m/yr]'))
    5761                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'thickness_obs','observed thickness [m]'))
     62                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'surface_obs','observed surface elevation [m]'))
    5863                string="%s\n%s"%(string,'Available cost functions:')
    5964                string="%s\n%s"%(string,'   101: SurfaceAbsVelMisfit')
    … …  
    6873                return string
    6974                #}}}
     75        def extrude(self,md): # {{{
     76                self.vx_obs=project3d(md,'vector',self.vx_obs,'type','node')
     77                self.vy_obs=project3d(md,'vector',self.vy_obs,'type','node')
     78                self.vel_obs=project3d(md,'vector',self.vel_obs,'type','node')
     79                self.thickness_obs=project3d(md,'vector',self.thickness_obs,'type','node')
     80                if not numpy.any(numpy.isnan(self.cost_functions_coefficients)):
     81                        self.cost_functions_coefficients=project3d(md,'vector',self.cost_functions_coefficients,'type','node')
     82                if not numpy.any(numpy.isnan(self.min_parameters)):
     83                        self.min_parameters=project3d(md,'vector',self.min_parameters,'type','node')
     84                if not numpy.any(numpy.isnan(self.max_parameters)):
     85                        self.max_parameters=project3d(md,'vector',self.max_parameters,'type','node')
     86                return self
     87        #}}}
    7088        def setdefaultparameters(self): # {{{
    7189               
    … …  
    117135                md = checkfield(md,'fieldname','inversion.iscontrol','values',[0,1])
    118136                md = checkfield(md,'fieldname','inversion.incomplete_adjoint','values',[0,1])
    119                 md = checkfield(md,'fieldname','inversion.control_parameters','cell',1,'values',['BalancethicknessThickeningRate','FrictionCoefficient','MaterialsRheologyBbar','DamageDbar','Vx','Vy'])
     137                md = checkfield(md,'fieldname','inversion.control_parameters','cell',1,'values',supportedcontrols())
    120138                md = checkfield(md,'fieldname','inversion.nsteps','numel',[1],'>=',0)
    121139                md = checkfield(md,'fieldname','inversion.maxiter_per_step','size',[md.inversion.nsteps],'>=',0)
    122140                md = checkfield(md,'fieldname','inversion.step_threshold','size',[md.inversion.nsteps])
    123                 md = checkfield(md,'fieldname','inversion.cost_functions','size',[num_costfunc],'values',[101,102,103,104,105,201,501,502,503,504,505])
     141                md = checkfield(md,'fieldname','inversion.cost_functions','size',[num_costfunc],'values',supportedcostfunctions())
    124142                md = checkfield(md,'fieldname','inversion.cost_functions_coefficients','size',[md.mesh.numberofvertices,num_costfunc],'>=',0)
    125143                md = checkfield(md,'fieldname','inversion.gradient_scaling','size',[md.inversion.nsteps,num_controls])
    … …  
    129147                #Only SSA, HO and FS are supported right now
    130148                if solution==StressbalanceSolutionEnum():
    131                         if not (md.flowequation.isSSA or md.flowequation.isHO or md.flowequation.isFS):
     149                        if not (md.flowequation.isSSA or md.flowequation.isHO or md.flowequation.isFS or md.flowequation.isL1L2):
    132150                                md.checkmessage("'inversion can only be performed for SSA, HO or FS ice flow models");
    133151
    … …  
    161179                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','vz_obs','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts)
    162180                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','thickness_obs','format','DoubleMat','mattype',1)
     181                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','surface_obs','format','DoubleMat','mattype',1)
    163182
    164183                #process control parameters
    … …  
    170189                #process cost functions
    171190                num_cost_functions=numpy.size(self.cost_functions)
    172                 data=copy.deepcopy(self.cost_functions)
    173                 pos=[i for i,x in enumerate(self.cost_functions) if x==101];
    174                 for i in pos: data[i]=SurfaceAbsVelMisfitEnum()       
    175                 pos=[i for i,x in enumerate(self.cost_functions) if x==102];
    176                 for i in pos: data[i]=SurfaceRelVelMisfitEnum()       
    177                 pos=[i for i,x in enumerate(self.cost_functions) if x==103];
    178                 for i in pos: data[i]=SurfaceLogVelMisfitEnum()       
    179                 pos=[i for i,x in enumerate(self.cost_functions) if x==104];
    180                 for i in pos: data[i]=SurfaceLogVxVyMisfitEnum()       
    181                 pos=[i for i,x in enumerate(self.cost_functions) if x==105];
    182                 for i in pos: data[i]=SurfaceAverageVelMisfitEnum()   
    183                 pos=[i for i,x in enumerate(self.cost_functions) if x==201];
    184                 for i in pos: data[i]=ThicknessAbsMisfitEnum()         
    185                 pos=[i for i,x in enumerate(self.cost_functions) if x==501];
    186                 for i in pos: data[i]=DragCoefficientAbsGradientEnum()
    187                 pos=[i for i,x in enumerate(self.cost_functions) if x==502];
    188                 for i in pos: data[i]=RheologyBbarAbsGradientEnum()   
    189                 pos=[i for i,x in enumerate(self.cost_functions) if x==503];
    190                 for i in pos: data[i]=ThicknessAbsGradientEnum()       
    191                 pos=[i for i,x in enumerate(self.cost_functions) if x==504];
    192                 for i in pos: data[i]=ThicknessAlongGradientEnum()     
    193                 pos=[i for i,x in enumerate(self.cost_functions) if x==505];
    194                 for i in pos: data[i]=ThicknessAcrossGradientEnum()   
     191                data=marshallcostfunctions(self.cost_functions)
    195192                WriteData(fid,'data',numpy.array(data).reshape(1,-1),'enum',InversionCostFunctionsEnum(),'format','DoubleMat','mattype',3)
    196193                WriteData(fid,'data',num_cost_functions,'enum',InversionNumCostFunctionsEnum(),'format','Integer')

  • issm/trunk/src/m/classes/inversionvalidation.m

    r18301 r19105  
    99                incomplete_adjoint          = 0
    1010                control_parameters          = NaN
     11                control_scaling_factors     = NaN
    1112                cost_functions              = NaN
    1213                cost_functions_coefficients = NaN
    … …  
    1819                vel_obs                     = NaN
    1920                thickness_obs               = NaN
     21                surface_obs                 = NaN
    2022        end
    2123        methods
    22                 function obj = inversionvalidation(varargin) % {{{
     24                function self = extrude(self,md) % {{{
     25                        self.vx_obs=project3d(md,'vector',self.vx_obs,'type','node');
     26                        self.vy_obs=project3d(md,'vector',self.vy_obs,'type','node');
     27                        self.vel_obs=project3d(md,'vector',self.vel_obs,'type','node');
     28                        self.thickness_obs=project3d(md,'vector',self.thickness_obs,'type','node');
     29                        if numel(self.cost_functions_coefficients)>1,self.cost_functions_coefficients=project3d(md,'vector',self.cost_functions_coefficients,'type','node');end;
     30                        if numel(self.min_parameters)>1,self.min_parameters=project3d(md,'vector',self.min_parameters,'type','node');end;
     31                        if numel(self.max_parameters)>1,self.max_parameters=project3d(md,'vector',self.max_parameters,'type','node');end;
     32                end % }}}
     33                function self = inversionvalidation(varargin) % {{{
    2334                        switch nargin
    2435                                case 0
    25                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     36                                        self=setdefaultparameters(self);
    2637                                case 1
    27                                         obj=structtoobj(inversionvalidation(),varargin{1});
     38                                        self=structtoobj(inversionvalidation(),varargin{1});
    2839                                otherwise
    2940                                        error('constructor not supported');
    … …  
    3950                        self.control_parameters={'FrictionCoefficient'};
    4051
     52                        %Scaling factor for each control
     53                        self.control_scaling_factors=1;
     54
    4155                        %several responses can be used:
    4256                        self.cost_functions=101;
    4357                end % }}}
    44                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     58                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    4559
    4660                        %Early return
    47                         if ~obj.iscontrol, return; end
     61                        if ~self.iscontrol, return; end
    4862
    4963                        num_controls=numel(md.inversion.control_parameters);
    … …  
    5266                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.iscontrol','values',[0 1]);
    5367                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.incomplete_adjoint','values',[0 1]);
    54                         md = checkfield(md,'fieldname','inversion.control_parameters','cell',1,'values',...
    55                                 {'BalancethicknessThickeningRate' 'FrictionCoefficient' 'MaterialsRheologyBbar' 'MaterialsRheologyZbar' 'Vx' 'Vy' 'Thickness' 'BalancethicknessApparentMassbalance'});
    56                         md = checkfield(md,'fieldname','inversion.cost_functions','size',[1 num_costfunc],'values',[101:105 201 501:507]);
     68                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.control_parameters','cell',1,'values',supportedcontrols());
     69                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.control_scaling_factors','size',[1 num_controls],'>',0,'NaN',1);
     70                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.cost_functions','size',[1 num_costfunc],'values',supportedcostfunctions());
    5771                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.cost_functions_coefficients','size',[md.mesh.numberofvertices num_costfunc],'>=',0);
    5872                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.min_parameters','size',[md.mesh.numberofvertices num_controls]);
    … …  
    7084                        end
    7185                end % }}}
    72                 function disp(obj) % {{{
     86                function disp(self) % {{{
    7387                        disp(sprintf('   inversionvalidation parameters:'));
    74                         fielddisplay(obj,'iscontrol','is inversion activated?');
    75                         fielddisplay(obj,'incomplete_adjoint','1: linear viscosity, 0: non-linear viscosity');
    76                         fielddisplay(obj,'control_parameters','ex: {''FrictionCoefficient''}, or {''MaterialsRheologyBbar''}');
    77                         fielddisplay(obj,'cost_functions','indicate the type of response for each optimization step');
    78                         fielddisplay(obj,'cost_functions_coefficients','cost_functions_coefficients applied to the misfit of each vertex and for each control_parameter');
    79                         fielddisplay(obj,'min_parameters','absolute minimum acceptable value of the inversed parameter on each vertex');
    80                         fielddisplay(obj,'max_parameters','absolute maximum acceptable value of the inversed parameter on each vertex');
    81                         fielddisplay(obj,'vx_obs','observed velocity x component [m/yr]');
    82                         fielddisplay(obj,'vy_obs','observed velocity y component [m/yr]');
    83                         fielddisplay(obj,'vel_obs','observed velocity magnitude [m/yr]');
    84                         fielddisplay(obj,'thickness_obs','observed thickness [m]');
     88                        fielddisplay(self,'iscontrol','is inversion activated?');
     89                        fielddisplay(self,'incomplete_adjoint','1: linear viscosity, 0: non-linear viscosity');
     90                        fielddisplay(self,'control_parameters','ex: {''FrictionCoefficient''}, or {''MaterialsRheologyBbar''}');
     91                        fielddisplay(self,'control_scaling_factors','order of magnitude of each control (useful for multi-parameter optimization)');
     92                        fielddisplay(self,'cost_functions','indicate the type of response for each optimization step');
     93                        fielddisplay(self,'cost_functions_coefficients','cost_functions_coefficients applied to the misfit of each vertex and for each control_parameter');
     94                        fielddisplay(self,'min_parameters','absolute minimum acceptable value of the inversed parameter on each vertex');
     95                        fielddisplay(self,'max_parameters','absolute maximum acceptable value of the inversed parameter on each vertex');
     96                        fielddisplay(self,'vx_obs','observed velocity x component [m/yr]');
     97                        fielddisplay(self,'vy_obs','observed velocity y component [m/yr]');
     98                        fielddisplay(self,'vel_obs','observed velocity magnitude [m/yr]');
     99                        fielddisplay(self,'thickness_obs','observed thickness [m]');
     100                        fielddisplay(self,'surface_obs','observed surface elevation [m]');
    85101                        disp('Available cost functions:');
    86102                        disp('   101: SurfaceAbsVelMisfit');
    … …  
    94110                        disp('   503: ThicknessAbsGradient');
    95111                end % }}}
    96                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
     112                function marshall(self,md,fid) % {{{
    97113
    98114                        yts=365.0*24.0*3600.0;
    99115
    100                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','iscontrol','format','Boolean');
     116                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','iscontrol','format','Boolean');
    101117                        WriteData(fid,'enum',InversionTypeEnum(),'data',3,'format','Integer');
    102                         if ~obj.iscontrol, return; end
    103                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','incomplete_adjoint','format','Boolean');
    104                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','cost_functions_coefficients','format','DoubleMat','mattype',1);
    105                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','min_parameters','format','DoubleMat','mattype',3);
    106                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','max_parameters','format','DoubleMat','mattype',3);
    107                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','vx_obs','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts);
    108                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','vy_obs','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts);
    109                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','vz_obs','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts);
    110                         if(numel(obj.thickness_obs)==md.mesh.numberofelements),
     118                        if ~self.iscontrol, return; end
     119                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','incomplete_adjoint','format','Boolean');
     120                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','control_scaling_factors','format','DoubleMat','mattype',3);
     121                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','cost_functions_coefficients','format','DoubleMat','mattype',1);
     122                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','min_parameters','format','DoubleMat','mattype',3);
     123                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','max_parameters','format','DoubleMat','mattype',3);
     124                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','vx_obs','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts);
     125                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','vy_obs','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts);
     126                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','vz_obs','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts);
     127                        if(numel(self.thickness_obs)==md.mesh.numberofelements),
    111128                                mattype=2;
    112129                        else
    113130                                mattype=1;
    114131                        end
    115                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','thickness_obs','format','DoubleMat','mattype',mattype);
     132                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','thickness_obs','format','DoubleMat','mattype',mattype);
     133                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','surface_obs','format','DoubleMat','mattype',mattype);
    116134
    117135                        %process control parameters
    118                         num_control_parameters=numel(obj.control_parameters);
     136                        num_control_parameters=numel(self.control_parameters);
    119137                        data=zeros(1,num_control_parameters);
    120138                        for i=1:num_control_parameters,
    121                                 data(i)=StringToEnum(obj.control_parameters{i});
     139                                data(i)=StringToEnum(self.control_parameters{i});
    122140                        end
    123141                        WriteData(fid,'data',data,'enum',InversionControlParametersEnum(),'format','DoubleMat','mattype',3);
    … …  
    125143
    126144                        %process cost functions
    127                         num_cost_functions=size(obj.cost_functions,2);
    128                         data=obj.cost_functions;
    129                         pos=find(obj.cost_functions==101); data(pos)=SurfaceAbsVelMisfitEnum();
    130                         pos=find(obj.cost_functions==102); data(pos)=SurfaceRelVelMisfitEnum();
    131                         pos=find(obj.cost_functions==103); data(pos)=SurfaceLogVelMisfitEnum();
    132                         pos=find(obj.cost_functions==104); data(pos)=SurfaceLogVxVyMisfitEnum();
    133                         pos=find(obj.cost_functions==105); data(pos)=SurfaceAverageVelMisfitEnum();
    134                         pos=find(obj.cost_functions==201); data(pos)=ThicknessAbsMisfitEnum();
    135                         pos=find(obj.cost_functions==501); data(pos)=DragCoefficientAbsGradientEnum();
    136                         pos=find(obj.cost_functions==502); data(pos)=RheologyBbarAbsGradientEnum();
    137                         pos=find(obj.cost_functions==503); data(pos)=ThicknessAbsGradientEnum();
    138                         pos=find(obj.cost_functions==504); data(pos)=ThicknessAlongGradientEnum();
    139                         pos=find(obj.cost_functions==505); data(pos)=ThicknessAcrossGradientEnum();
    140                         pos=find(obj.cost_functions==506); data(pos)=BalancethicknessMisfitEnum();
    141                         pos=find(obj.cost_functions==507); data(pos)=Balancethickness2MisfitEnum();
     145                        num_cost_functions=size(self.cost_functions,2);
     146                        data=marshallcostfunctions(self.cost_functions);
    142147                        WriteData(fid,'data',data,'enum',InversionCostFunctionsEnum(),'format','DoubleMat','mattype',3);
    143148                        WriteData(fid,'data',num_cost_functions,'enum',InversionNumCostFunctionsEnum(),'format','Integer');

  • issm/trunk/src/m/classes/linearbasalforcings.m

    r18301 r19105  
    1313        end
    1414        methods
    15      function createxml(obj,fid) % {{{
     15     function createxml(self,fid) % {{{
    1616            fprintf(fid, '\n\n');
    1717            fprintf(fid, '%s\n', '<!-- basalforcings -->');
    18                          fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="melting_rate" type="',            class(obj.melting_rate),'" default="',              num2str(obj.melting_rate),'">',              '     <section name="basalforcings" />','     <help> basal melting rate (positive if melting) [m/yr] </help>','</parameter>');
    19              fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n',        '<parameter key ="geothermalflux" type="',          class(obj.geothermalflux),'" default="',            num2str(obj.geothermalflux),'">',            '     <section name="basalforcings" />','     <help> geothermal heat flux [W/m^2] </help>','</parameter>');
     18                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="melting_rate" type="',            class(self.melting_rate),'" default="',              num2str(self.melting_rate),'">',              '     <section name="basalforcings" />','     <help> basal melting rate (positive if melting) [m/yr] </help>','</parameter>');
     19             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n',        '<parameter key ="geothermalflux" type="',          class(self.geothermalflux),'" default="',            num2str(self.geothermalflux),'">',            '     <section name="basalforcings" />','     <help> geothermal heat flux [W/m^2] </help>','</parameter>');
    2020             
    2121        end % }}}
    22                 function obj = linearbasalforcings(varargin) % {{{
     22                function self = linearbasalforcings(varargin) % {{{
    2323                        switch nargin
    2424                                case 0
    25                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     25                                        self=setdefaultparameters(self);
    2626                                case 1
    27                                         obj=structtoobj(linearbasalforcings(),varargin{1});
     27                                        self=structtoobj(linearbasalforcings(),varargin{1});
    2828                                otherwise
    2929                                        error('constructor not supported');
    … …  
    3838
    3939                end % }}}
    40                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     40                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    4141
    4242                        %default values for melting parameterization
    43                         obj.deepwater_melting_rate = 50;
    44                         obj.deepwater_elevation    = -800;
    45                         obj.upperwater_elevation   = -400;
     43                        self.deepwater_melting_rate = 50;
     44                        self.deepwater_elevation    = -800;
     45                        self.upperwater_elevation   = -400;
    4646
    4747                end % }}}
    48                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     48                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    4949
    5050                        if ismember(MasstransportAnalysisEnum(),analyses) & ~(solution==TransientSolutionEnum() & md.transient.ismasstransport==0),
    51                                 md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.groundedice_melting_rate','NaN',1,'forcing',1);
     51                                md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.groundedice_melting_rate','NaN',1,'timeseries',1);
    5252                                md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.deepwater_melting_rate','>=',0,'numel',1);
    5353                                md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.deepwater_elevation','<','basalforcings.upperwater_elevation','numel',1);
    … …  
    6161                        end
    6262                        if ismember(ThermalAnalysisEnum(),analyses) & ~(solution==TransientSolutionEnum() & md.transient.isthermal==0),
    63                                 md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.groundedice_melting_rate','NaN',1,'forcing',1);
     63                                md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.groundedice_melting_rate','NaN',1,'timeseries',1);
    6464                                md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.deepwater_melting_rate','>=',0,'numel',1);
    6565                                md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.deepwater_elevation','<','basalforcings.upperwater_elevation','numel',1);
    6666                                md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.upperwater_elevation','<',0,'numel',1);
    67                                 md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.geothermalflux','NaN',1,'forcing',1,'>=',0);
     67                                md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.geothermalflux','NaN',1,'timeseries',1,'>=',0);
    6868                        end
    6969                end % }}}
    70                 function disp(obj) % {{{
     70                function disp(self) % {{{
    7171                        disp(sprintf('   basal forcings parameters:'));
    7272
    73                         fielddisplay(obj,'groundedice_melting_rate','basal melting rate (positive if melting) [m/yr]');
    74                         fielddisplay(obj,'deepwater_melting_rate','basal melting rate (positive if melting applied for floating ice whith base < deepwater_elevation) [m/yr]');
    75                         fielddisplay(obj,'deepwater_elevation','elevation of ocean deepwater [m]');
    76                         fielddisplay(obj,'upperwater_elevation','elevation of ocean upperwater [m]');
    77                         fielddisplay(obj,'geothermalflux','geothermal heat flux [W/m^2]');
     73                        fielddisplay(self,'groundedice_melting_rate','basal melting rate (positive if melting) [m/yr]');
     74                        fielddisplay(self,'deepwater_melting_rate','basal melting rate (positive if melting applied for floating ice whith base < deepwater_elevation) [m/yr]');
     75                        fielddisplay(self,'deepwater_elevation','elevation of ocean deepwater [m]');
     76                        fielddisplay(self,'upperwater_elevation','elevation of ocean upperwater [m]');
     77                        fielddisplay(self,'geothermalflux','geothermal heat flux [W/m^2]');
    7878
    7979                end % }}}
    80                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
     80                function marshall(self,md,fid) % {{{
    8181
    8282                        yts=365.0*24.0*3600.0;
    … …  
    8787                        floatingice_melting_rate(pos)=md.basalforcings.deepwater_melting_rate*(md.geometry.base(pos)-md.basalforcings.upperwater_elevation)/(md.basalforcings.deepwater_elevation-md.basalforcings.upperwater_elevation);
    8888                        WriteData(fid,'enum',BasalforcingsEnum(),'data',LinearFloatingMeltRateEnum(),'format','Integer');
    89                         WriteData(fid,'data',floatingice_melting_rate,'format','DoubleMat','enum',BasalforcingsFloatingiceMeltingRateEnum(),'mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
    90                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','groundedice_melting_rate','format','DoubleMat','enum',BasalforcingsGroundediceMeltingRateEnum(),'mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
    91                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','geothermalflux','enum',BasalforcingsGeothermalfluxEnum(),'format','DoubleMat','mattype',1,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
    92                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','deepwater_melting_rate','format','Double','enum',BasalforcingsDeepwaterMeltingRateEnum(),'scale',1./yts)
    93                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','deepwater_elevation','format','Double','enum',BasalforcingsDeepwaterElevationEnum())
    94                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','upperwater_elevation','format','Double','enum',BasalforcingsUpperwaterElevationEnum())
     89                        WriteData(fid,'data',floatingice_melting_rate,'format','DoubleMat','enum',BasalforcingsFloatingiceMeltingRateEnum(),'mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
     90                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','groundedice_melting_rate','format','DoubleMat','enum',BasalforcingsGroundediceMeltingRateEnum(),'mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
     91                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','geothermalflux','enum',BasalforcingsGeothermalfluxEnum(),'format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
     92                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','deepwater_melting_rate','format','Double','enum',BasalforcingsDeepwaterMeltingRateEnum(),'scale',1./yts)
     93                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','deepwater_elevation','format','Double','enum',BasalforcingsDeepwaterElevationEnum())
     94                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','upperwater_elevation','format','Double','enum',BasalforcingsUpperwaterElevationEnum())
    9595                end % }}}
    9696        end

  • issm/trunk/src/m/classes/linearbasalforcings.py

    r18301 r19105  
    6969
    7070                if MasstransportAnalysisEnum() in analyses and not (solution==TransientSolutionEnum() and not md.transient.ismasstransport):
    71                         md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.groundedice_melting_rate','NaN',1,'forcing',1)
     71                        md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.groundedice_melting_rate','NaN',1,'timeseries',1)
    7272                        md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.deepwater_melting_rate','>=',0);
    7373                        md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.deepwater_elevation','<',md.basalforcings.upperwater_elevation);
    … …  
    8181
    8282                if ThermalAnalysisEnum() in analyses and not (solution==TransientSolutionEnum() and not md.transient.isthermal):
    83                         md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.groundedice_melting_rate','NaN',1,'forcing',1)
     83                        md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.groundedice_melting_rate','NaN',1,'timeseries',1)
    8484                        md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.deepwater_melting_rate','>=',0);
    8585                        md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.deepwater_elevation','<',md.basalforcings.upperwater_elevation);
    8686                        md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.upperwater_elevation','<',0);
    87                         md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.geothermalflux','NaN',1,'forcing',1,'>=',0)
     87                        md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.geothermalflux','NaN',1,'timeseries',1,'>=',0)
    8888
    8989                return md
    … …  
    100100
    101101                WriteData(fid,'enum',BasalforcingsEnum(),'data',LinearFloatingMeltRateEnum(),'format','Integer');
    102                 WriteData(fid,'object',self,'fieldname','groundedice_melting_rate','enum',BasalforcingsGroundediceMeltingRateEnum(),'format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
    103                 WriteData(fid,'data',floatingice_melting_rate,'enum',BasalforcingsFloatingiceMeltingRateEnum(),'format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
    104                 WriteData(fid,'object',self,'fieldname','geothermalflux','enum',BasalforcingsGeothermalfluxEnum(),'format','DoubleMat','mattype',1,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
     102                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','groundedice_melting_rate','enum',BasalforcingsGroundediceMeltingRateEnum(),'format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
     103                WriteData(fid,'data',floatingice_melting_rate,'enum',BasalforcingsFloatingiceMeltingRateEnum(),'format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
     104                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','geothermalflux','enum',BasalforcingsGeothermalfluxEnum(),'format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
    105105                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','deepwater_melting_rate','enum',BasalforcingsDeepwaterMeltingRateEnum(),'format','Double','scale',1./yts)
    106106                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','deepwater_elevation','enum',BasalforcingsDeepwaterElevationEnum(),'format','Double')

  • issm/trunk/src/m/classes/m1qn3inversion.m

    r18301 r19105  
    99                incomplete_adjoint          = 0
    1010                control_parameters          = NaN
     11                control_scaling_factors     = NaN
    1112                maxsteps                    = 0
    1213                maxiter                     = 0
    13                 dxmin                       = 0;
    14                 gttol                       = 0;
     14                dxmin                       = 0
     15                gttol                       = 0
    1516                cost_functions              = NaN
    1617                cost_functions_coefficients = NaN
    … …  
    2223                vel_obs                     = NaN
    2324                thickness_obs               = NaN
     25                surface_obs                 = NaN
    2426
    2527        end
    2628        methods
    27                 function obj = m1qn3inversion(varargin) % {{{
     29                function self = m1qn3inversion(varargin) % {{{
    2830                        switch nargin
    2931                                case 0
    30                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     32                                        self=setdefaultparameters(self);
    3133                                case 1
    32                                         obj=structtoobj(m1qn3inversion(),varargin{1});
     34                                        self=structtoobj(m1qn3inversion(),varargin{1});
    3335                                otherwise
    3436                                        error('constructor not supported');
    3537                        end
     38                end % }}}
     39                function self = extrude(self,md) % {{{
     40                        self.vx_obs=project3d(md,'vector',self.vx_obs,'type','node');
     41                        self.vy_obs=project3d(md,'vector',self.vy_obs,'type','node');
     42                        self.vel_obs=project3d(md,'vector',self.vel_obs,'type','node');
     43                        self.thickness_obs=project3d(md,'vector',self.thickness_obs,'type','node');
     44                        if numel(self.cost_functions_coefficients)>1,self.cost_functions_coefficients=project3d(md,'vector',self.cost_functions_coefficients,'type','node');end;
     45                        if numel(self.min_parameters)>1,self.min_parameters=project3d(md,'vector',self.min_parameters,'type','node');end;
     46                        if numel(self.max_parameters)>1,self.max_parameters=project3d(md,'vector',self.max_parameters,'type','node');end;
    3647                end % }}}
    3748                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    … …  
    4354                        %drag and B are supported yet)
    4455                        self.control_parameters={'FrictionCoefficient'};
     56
     57                        %Scaling factor for each control
     58                        self.control_scaling_factors=1;
    4559
    4660                        %number of iterations
    … …  
    5670
    5771                end % }}}
    58                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     72                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    5973
    6074                        %Early return
    61                         if ~obj.iscontrol, return; end
     75                        if ~self.iscontrol, return; end
    6276
    6377                        if ~IssmConfig('_HAVE_M1QN3_'),
    6478                                md = checkmessage(md,['M1QN3 has not been installed, ISSM needs to be reconfigured and recompiled with M1QN3']);
    6579                        end
    66 
    6780                        num_controls=numel(md.inversion.control_parameters);
    6881                        num_costfunc=size(md.inversion.cost_functions,2);
    … …  
    7083                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.iscontrol','values',[0 1]);
    7184                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.incomplete_adjoint','values',[0 1]);
    72                         md = checkfield(md,'fieldname','inversion.control_parameters','cell',1,'values',...
    73                                 {'BalancethicknessThickeningRate' 'FrictionCoefficient' 'MaterialsRheologyBbar' 'MaterialsRheologyZbar' 'Vx' 'Vy' 'Thickness' 'BalancethicknessApparentMassbalance'});
     85                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.control_parameters','cell',1,'values',supportedcontrols());
     86                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.control_scaling_factors','size',[1 num_controls],'>',0,'NaN',1);
    7487                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.maxsteps','numel',1,'>=',0);
    7588                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.maxiter','numel',1,'>=',0);
    7689                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.dxmin','numel',1,'>',0);
    7790                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.gttol','numel',1,'>',0);
    78                         md = checkfield(md,'fieldname','inversion.cost_functions','size',[1 num_costfunc],'values',[101:105 201 501:507]);
     91                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.cost_functions','size',[1 num_costfunc],'values',supportedcostfunctions());
    7992                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.cost_functions_coefficients','size',[md.mesh.numberofvertices num_costfunc],'>=',0);
    8093                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.min_parameters','size',[md.mesh.numberofvertices num_controls]);
    … …  
    8396                        if solution==BalancethicknessSolutionEnum()
    8497                                md = checkfield(md,'fieldname','inversion.thickness_obs','size',[md.mesh.numberofvertices 1],'NaN',1);
     98                                md = checkfield(md,'fieldname','inversion.surface_obs','size',[md.mesh.numberofvertices 1],'NaN',1);
    8599                        elseif solution==BalancethicknessSoftSolutionEnum()
    86100                                md = checkfield(md,'fieldname','inversion.thickness_obs','size',[md.mesh.numberofvertices 1],'NaN',1);
    … …  
    92106                        end
    93107                end % }}}
    94                 function disp(obj) % {{{
     108                function disp(self) % {{{
    95109                        disp(sprintf('   m1qn3inversion parameters:'));
    96                         fielddisplay(obj,'iscontrol','is inversion activated?');
    97                         fielddisplay(obj,'incomplete_adjoint','1: linear viscosity, 0: non-linear viscosity');
    98                         fielddisplay(obj,'control_parameters','ex: {''FrictionCoefficient''}, or {''MaterialsRheologyBbar''}');
    99                         fielddisplay(obj,'maxsteps','maximum number of iterations (gradient computation)');
    100                         fielddisplay(obj,'maxiter','maximum number of Function evaluation (forward run)');
    101                         fielddisplay(obj,'dxmin','convergence criterion: two points less than dxmin from eachother (sup-norm) are considered identical');
    102                         fielddisplay(obj,'gttol','convergence criterion: ||g(X)||/||g(X0)|| (g(X0): gradient at initial guess X0)');
    103                         fielddisplay(obj,'cost_functions','indicate the type of response for each optimization step');
    104                         fielddisplay(obj,'cost_functions_coefficients','cost_functions_coefficients applied to the misfit of each vertex and for each control_parameter');
    105                         fielddisplay(obj,'min_parameters','absolute minimum acceptable value of the inversed parameter on each vertex');
    106                         fielddisplay(obj,'max_parameters','absolute maximum acceptable value of the inversed parameter on each vertex');
    107                         fielddisplay(obj,'vx_obs','observed velocity x component [m/yr]');
    108                         fielddisplay(obj,'vy_obs','observed velocity y component [m/yr]');
    109                         fielddisplay(obj,'vel_obs','observed velocity magnitude [m/yr]');
    110                         fielddisplay(obj,'thickness_obs','observed thickness [m]');
     110                        fielddisplay(self,'iscontrol','is inversion activated?');
     111                        fielddisplay(self,'incomplete_adjoint','1: linear viscosity, 0: non-linear viscosity');
     112                        fielddisplay(self,'control_parameters','ex: {''FrictionCoefficient''}, or {''MaterialsRheologyBbar''}');
     113                        fielddisplay(self,'control_scaling_factors','order of magnitude of each control (useful for multi-parameter optimization)');
     114                        fielddisplay(self,'maxsteps','maximum number of iterations (gradient computation)');
     115                        fielddisplay(self,'maxiter','maximum number of Function evaluation (forward run)');
     116                        fielddisplay(self,'dxmin','convergence criterion: two points less than dxmin from eachother (sup-norm) are considered identical');
     117                        fielddisplay(self,'gttol','convergence criterion: ||g(X)||/||g(X0)|| (g(X0): gradient at initial guess X0)');
     118                        fielddisplay(self,'cost_functions','indicate the type of response for each optimization step');
     119                        fielddisplay(self,'cost_functions_coefficients','cost_functions_coefficients applied to the misfit of each vertex and for each control_parameter');
     120                        fielddisplay(self,'min_parameters','absolute minimum acceptable value of the inversed parameter on each vertex');
     121                        fielddisplay(self,'max_parameters','absolute maximum acceptable value of the inversed parameter on each vertex');
     122                        fielddisplay(self,'vx_obs','observed velocity x component [m/yr]');
     123                        fielddisplay(self,'vy_obs','observed velocity y component [m/yr]');
     124                        fielddisplay(self,'vel_obs','observed velocity magnitude [m/yr]');
     125                        fielddisplay(self,'thickness_obs','observed thickness [m]');
     126                        fielddisplay(self,'surface_obs','observed surface elevation [m]');
    111127                        disp('Available cost functions:');
    112128                        disp('   101: SurfaceAbsVelMisfit');
    … …  
    120136                        disp('   503: ThicknessAbsGradient');
    121137                end % }}}
    122                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
     138                function marshall(self,md,fid) % {{{
    123139
    124140                        yts=365.0*24.0*3600.0;
    125141
    126                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','iscontrol','format','Boolean');
     142                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','iscontrol','format','Boolean');
    127143                        WriteData(fid,'enum',InversionTypeEnum(),'data',2,'format','Integer');
    128                         if ~obj.iscontrol, return; end
    129                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','incomplete_adjoint','format','Boolean');
    130                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','maxsteps','format','Integer');
    131                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','maxiter','format','Integer');
    132                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','dxmin','format','Double');
    133                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','gttol','format','Double');
    134                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','cost_functions_coefficients','format','DoubleMat','mattype',1);
    135                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','min_parameters','format','DoubleMat','mattype',3);
    136                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','max_parameters','format','DoubleMat','mattype',3);
    137                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','vx_obs','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts);
    138                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','vy_obs','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts);
    139                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','vz_obs','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts);
    140                         if(numel(obj.thickness_obs)==md.mesh.numberofelements),
     144                        if ~self.iscontrol, return; end
     145                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','incomplete_adjoint','format','Boolean');
     146                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','control_scaling_factors','format','DoubleMat','mattype',3);
     147                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','maxsteps','format','Integer');
     148                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','maxiter','format','Integer');
     149                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','dxmin','format','Double');
     150                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','gttol','format','Double');
     151                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','cost_functions_coefficients','format','DoubleMat','mattype',1);
     152                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','min_parameters','format','DoubleMat','mattype',3);
     153                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','max_parameters','format','DoubleMat','mattype',3);
     154                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','vx_obs','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts);
     155                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','vy_obs','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts);
     156                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','vz_obs','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts);
     157                        if(numel(self.thickness_obs)==md.mesh.numberofelements),
    141158                                mattype=2;
    142159                        else
    143160                                mattype=1;
    144161                        end
    145                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','thickness_obs','format','DoubleMat','mattype',mattype);
     162                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','thickness_obs','format','DoubleMat','mattype',mattype);
     163                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','surface_obs','format','DoubleMat','mattype',mattype);
    146164
    147165                        %process control parameters
    148                         num_control_parameters=numel(obj.control_parameters);
     166                        num_control_parameters=numel(self.control_parameters);
    149167                        data=zeros(1,num_control_parameters);
    150168                        for i=1:num_control_parameters,
    151                                 data(i)=StringToEnum(obj.control_parameters{i});
     169                                data(i)=StringToEnum(self.control_parameters{i});
    152170                        end
    153171                        WriteData(fid,'data',data,'enum',InversionControlParametersEnum(),'format','DoubleMat','mattype',3);
    … …  
    155173
    156174                        %process cost functions
    157                         num_cost_functions=size(obj.cost_functions,2);
    158                         data=obj.cost_functions;
    159                         pos=find(obj.cost_functions==101); data(pos)=SurfaceAbsVelMisfitEnum();
    160                         pos=find(obj.cost_functions==102); data(pos)=SurfaceRelVelMisfitEnum();
    161                         pos=find(obj.cost_functions==103); data(pos)=SurfaceLogVelMisfitEnum();
    162                         pos=find(obj.cost_functions==104); data(pos)=SurfaceLogVxVyMisfitEnum();
    163                         pos=find(obj.cost_functions==105); data(pos)=SurfaceAverageVelMisfitEnum();
    164                         pos=find(obj.cost_functions==201); data(pos)=ThicknessAbsMisfitEnum();
    165                         pos=find(obj.cost_functions==501); data(pos)=DragCoefficientAbsGradientEnum();
    166                         pos=find(obj.cost_functions==502); data(pos)=RheologyBbarAbsGradientEnum();
    167                         pos=find(obj.cost_functions==503); data(pos)=ThicknessAbsGradientEnum();
    168                         pos=find(obj.cost_functions==504); data(pos)=ThicknessAlongGradientEnum();
    169                         pos=find(obj.cost_functions==505); data(pos)=ThicknessAcrossGradientEnum();
    170                         pos=find(obj.cost_functions==506); data(pos)=BalancethicknessMisfitEnum();
    171                         pos=find(obj.cost_functions==507); data(pos)=Balancethickness2MisfitEnum();
     175                        num_cost_functions=size(self.cost_functions,2);
     176                        data=marshallcostfunctions(self.cost_functions);
    172177                        WriteData(fid,'data',data,'enum',InversionCostFunctionsEnum(),'format','DoubleMat','mattype',3);
    173178                        WriteData(fid,'data',num_cost_functions,'enum',InversionNumCostFunctionsEnum(),'format','Integer');

  • issm/trunk/src/m/classes/m1qn3inversion.py

    r17989 r19105  
    11import numpy
    2 import copy
     2from project3d import project3d
    33from fielddisplay import fielddisplay
    44from EnumDefinitions import *
    … …  
    66from checkfield import checkfield
    77from WriteData import WriteData
     8from supportedcontrols import supportedcontrols
     9from supportedcostfunctions import supportedcostfunctions
     10from marshallcostfunctions import marshallcostfunctions
    811
    912class m1qn3inversion(object):
    … …  
    2225                        self.incomplete_adjoint          = 0
    2326                        self.control_parameters          = float('NaN')
     27                        self.control_scaling_factors     = float('NaN')
    2428                        self.maxsteps                    = 0
    2529                        self.maxiter                     = 0
    … …  
    4145                        print 'converting inversion to m1qn3inversion'
    4246                        inv=args[0]
     47                        #first call setdefaultparameters:
     48                        self.setdefaultparameters()
     49
     50                        #then go fish whatever is available in the inversion object provided to the constructor
    4351                        self.iscontrol                   = inv.iscontrol
    4452                        self.incomplete_adjoint          = inv.incomplete_adjoint
    … …  
    6270                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'incomplete_adjoint','1: linear viscosity, 0: non-linear viscosity'))
    6371                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'control_parameters','ex: [''FrictionCoefficient''], or [''MaterialsRheologyBbar'']'))
     72                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'control_scaling_factors','order of magnitude of each control (useful for multi-parameter optimization)'))
    6473                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'maxsteps','maximum number of iterations (gradient computation)'))
    6574                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'maxiter','maximum number of Function evaluation (forward run)'))
    … …  
    8695                return string
    8796                #}}}
     97        def extrude(self,md): # {{{
     98                self.vx_obs=project3d(md,'vector',self.vx_obs,'type','node')
     99                self.vy_obs=project3d(md,'vector',self.vy_obs,'type','node')
     100                self.vel_obs=project3d(md,'vector',self.vel_obs,'type','node')
     101                self.thickness_obs=project3d(md,'vector',self.thickness_obs,'type','node')
     102                if not numpy.any(numpy.isnan(self.cost_functions_coefficients)):
     103                        self.cost_functions_coefficients=project3d(md,'vector',self.cost_functions_coefficients,'type','node')
     104                if not numpy.any(numpy.isnan(self.min_parameters)):
     105                        self.min_parameters=project3d(md,'vector',self.min_parameters,'type','node')
     106                if not numpy.any(numpy.isnan(self.max_parameters)):
     107                        self.max_parameters=project3d(md,'vector',self.max_parameters,'type','node')
     108                return self
     109        #}}}
    88110        def setdefaultparameters(self): # {{{
    89111               
    … …  
    94116                #drag and B are supported yet)
    95117                self.control_parameters='FrictionCoefficient'
     118               
     119                #Scaling factor for each control
     120                self.control_scaling_factors=1
    96121
    97122                #number of iterations
    … …  
    119144                md = checkfield(md,'fieldname','inversion.iscontrol','values',[0,1])
    120145                md = checkfield(md,'fieldname','inversion.incomplete_adjoint','values',[0,1])
    121                 md = checkfield(md,'fieldname','inversion.control_parameters','cell',1,'values',['BalancethicknessThickeningRate','FrictionCoefficient','MaterialsRheologyBbar','DamageDbar','Vx','Vy','Thickness'])
     146                md = checkfield(md,'fieldname','inversion.control_parameters','cell',1,'values',supportedcontrols())
     147                md = checkfield(md,'fieldname','inversion.control_scaling_factors','size',[num_controls],'>',0,'NaN',1)
    122148                md = checkfield(md,'fieldname','inversion.maxsteps','numel',[1],'>=',0)
    123149                md = checkfield(md,'fieldname','inversion.maxiter','numel',[1],'>=',0)
    124150                md = checkfield(md,'fieldname','inversion.dxmin','numel',[1],'>',0.)
    125151                md = checkfield(md,'fieldname','inversion.gttol','numel',[1],'>',0.)
    126                 md = checkfield(md,'fieldname','inversion.cost_functions','size',[num_costfunc],'values',[101,102,103,104,105,201,501,502,503,504,505])
     152                md = checkfield(md,'fieldname','inversion.cost_functions','size',[num_costfunc],'values',supportedcostfunctions())
    127153                md = checkfield(md,'fieldname','inversion.cost_functions_coefficients','size',[md.mesh.numberofvertices,num_costfunc],'>=',0)
    128154                md = checkfield(md,'fieldname','inversion.min_parameters','size',[md.mesh.numberofvertices,num_controls])
    … …  
    146172                        return
    147173                WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','incomplete_adjoint','format','Boolean')
     174                WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','control_scaling_factors','format','DoubleMat','mattype',3)
    148175                WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','maxsteps','format','Integer')
    149176                WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','maxiter','format','Integer')
    … …  
    166193                #process cost functions
    167194                num_cost_functions=numpy.size(self.cost_functions)
    168                 data=copy.deepcopy(self.cost_functions)
    169                 pos=[i for i,x in enumerate(self.cost_functions) if x==101];
    170                 for i in pos: data[i]=SurfaceAbsVelMisfitEnum()       
    171                 pos=[i for i,x in enumerate(self.cost_functions) if x==102];
    172                 for i in pos: data[i]=SurfaceRelVelMisfitEnum()       
    173                 pos=[i for i,x in enumerate(self.cost_functions) if x==103];
    174                 for i in pos: data[i]=SurfaceLogVelMisfitEnum()       
    175                 pos=[i for i,x in enumerate(self.cost_functions) if x==104];
    176                 for i in pos: data[i]=SurfaceLogVxVyMisfitEnum()       
    177                 pos=[i for i,x in enumerate(self.cost_functions) if x==105];
    178                 for i in pos: data[i]=SurfaceAverageVelMisfitEnum()   
    179                 pos=[i for i,x in enumerate(self.cost_functions) if x==201];
    180                 for i in pos: data[i]=ThicknessAbsMisfitEnum()         
    181                 pos=[i for i,x in enumerate(self.cost_functions) if x==501];
    182                 for i in pos: data[i]=DragCoefficientAbsGradientEnum()
    183                 pos=[i for i,x in enumerate(self.cost_functions) if x==502];
    184                 for i in pos: data[i]=RheologyBbarAbsGradientEnum()   
    185                 pos=[i for i,x in enumerate(self.cost_functions) if x==503];
    186                 for i in pos: data[i]=ThicknessAbsGradientEnum()       
    187                 pos=[i for i,x in enumerate(self.cost_functions) if x==504];
    188                 for i in pos: data[i]=ThicknessAlongGradientEnum()     
    189                 pos=[i for i,x in enumerate(self.cost_functions) if x==505];
    190                 for i in pos: data[i]=ThicknessAcrossGradientEnum()   
     195                data=marshallcostfunctions(self.cost_functions)
    191196                WriteData(fid,'data',numpy.array(data).reshape(1,-1),'enum',InversionCostFunctionsEnum(),'format','DoubleMat','mattype',3)
    192197                WriteData(fid,'data',num_cost_functions,'enum',InversionNumCostFunctionsEnum(),'format','Integer')

  • issm/trunk/src/m/classes/mask.m

    r18301 r19105  
    1010        end
    1111        methods (Static)
    12                 function obj = loadobj(obj) % {{{
     12                function self = loadobj(self) % {{{
    1313                        % This function is directly called by matlab when a model object is
    1414                        % loaded. Update old properties here
    1515
    1616                        %2014 February 5th
    17                         if numel(obj.ice_levelset)>1 & all(obj.ice_levelset>=0),
     17                        if numel(self.ice_levelset)>1 & all(self.ice_levelset>=0),
    1818                                disp('WARNING: md.mask.ice_levelset>=0, you probably need to change the sign of this levelset');
    1919                        end
    … …  
    2222        end
    2323        methods
    24         function createxml(obj,fid) % {{{
    25             fprintf(fid, '\n\n');
    26             fprintf(fid, '%s\n', '<!-- mask -->');
    27                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="groundedice_levelset" type="',class(obj.groundedice_levelset),'" default="',obj.groundedice_levelset,'">','     <section name="mask" />','     <help> is ice grounded ? grounded ice if > 0, grounding line position if = 0, floating ice if &amp;lt; 0 </help>','</parameter>');
    28             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="ice_levelset" type="',class(obj.ice_levelset),'" default="',obj.ice_levelset,'">','     <section name="mask" />','     <help> presence of ice if > 0, icefront position if = 0, no ice if &amp;lt; 0 </help>','</parameter>');
     24                function createxml(self,fid) % {{{
     25                        fprintf(fid, '\n\n');
     26                        fprintf(fid, '%s\n', '<!-- mask -->');
     27                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="groundedice_levelset" type="',class(self.groundedice_levelset),'" default="',self.groundedice_levelset,'">','     <section name="mask" />','     <help> is ice grounded ? grounded ice if > 0, grounding line position if = 0, floating ice if &amp;lt; 0 </help>','</parameter>');
     28                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="ice_levelset" type="',class(self.ice_levelset),'" default="',self.ice_levelset,'">','     <section name="mask" />','     <help> presence of ice if > 0, icefront position if = 0, no ice if &amp;lt; 0 </help>','</parameter>');
    2929                end % }}}
    30                 function obj = mask(varargin) % {{{
     30                function self = extrude(self,md) % {{{
     31                        self.groundedice_levelset=project3d(md,'vector',self.groundedice_levelset,'type','node');
     32                        self.ice_levelset=project3d(md,'vector',self.ice_levelset,'type','node');
     33                end % }}}
     34                function self = mask(varargin) % {{{
    3135                        switch nargin
    3236                                case 0
    33                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     37                                        self=setdefaultparameters(self);
    3438                                otherwise
    3539                                        error('constructor not supported');
    3640                        end
    3741                end % }}}
    38                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     42                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    3943
    4044                end % }}}
    41                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     45                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    4246
    4347                        md = checkfield(md,'fieldname','mask.groundedice_levelset','size',[md.mesh.numberofvertices 1]);
    … …  
    5054                                warning('no ice front provided');
    5155                        end
     56                        icefront=sum(md.mask.ice_levelset(md.mesh.elements)==0,2);
     57                        if (max(icefront)==3 & strcmp(elementtype(md.mesh),'Tria')) | (max(icefront==6) & strcmp(elementtype(md.mesh),'Penta')),
     58                                error('At least one element has all nodes on ice front, change md.mask.ice_levelset to fix it')
     59                        end
    5260                end % }}}
    53                 function disp(obj) % {{{
     61                function disp(self) % {{{
    5462                        disp(sprintf('   masks:'));
    5563
    56                         fielddisplay(obj,'groundedice_levelset','is ice grounded ? grounded ice if > 0, grounding line position if = 0, floating ice if < 0');
    57                         fielddisplay(obj,'ice_levelset','presence of ice if < 0, icefront position if = 0, no ice if > 0');
     64                        fielddisplay(self,'groundedice_levelset','is ice grounded ? grounded ice if > 0, grounding line position if = 0, floating ice if < 0');
     65                        fielddisplay(self,'ice_levelset','presence of ice if < 0, icefront position if = 0, no ice if > 0');
    5866                end % }}}
    59                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
    60                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','groundedice_levelset','format','DoubleMat','mattype',1);
    61                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','ice_levelset','format','DoubleMat','mattype',1);
     67                function marshall(self,md,fid) % {{{
     68                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','groundedice_levelset','format','DoubleMat','mattype',1);
     69                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','ice_levelset','format','DoubleMat','mattype',1);
    6270
    6371                        % get mask of vertices of elements with ice

  • issm/trunk/src/m/classes/mask.py

    r18301 r19105  
    11import numpy
    22from fielddisplay import fielddisplay
     3from project3d import project3d
    34from EnumDefinitions import *
    45from checkfield import checkfield
    … …  
    2829                return string
    2930                #}}}
     31        def extrude(self,md): # {{{
     32                self.ice_levelset=project3d(md,'vector',self.ice_levelset,'type','node')
     33                self.groundedice_levelset=project3d(md,'vector',self.groundedice_levelset,'type','node')
     34                return self
     35        #}}}
    3036        def setdefaultparameters(self): # {{{
    3137                return self
    … …  
    3743                if numpy.sum(isice)==0:
    3844                        raise TypeError("no ice present in the domain")
     45
     46                icefront=numpy.sum(md.mask.ice_levelset[md.mesh.elements-1]==0,axis=1)
     47                if (max(icefront)==3 and m.strcmp(md.mesh.elementtype(),'Tria')) or (max(icefront==6) and m.strcmp(md.mesh.elementtype(),'Penta')):
     48                        raise TypeError("At least one element has all nodes on ice front, change md.mask.ice_levelset to fix it")
    3949
    4050                return md

  • issm/trunk/src/m/classes/massfluxatgate.m

    r16560 r19105  
    33%   Usage:
    44%      massfluxatgate=massfluxatgate();
    5 %      massfluxatgate=massfluxatgate('GateName','PathToExpFile');
     5%      massfluxatgate=massfluxatgate('name','GateName','definitionname',Outputdefinition1Enum,'profilename','PathToExpFile');
    66
    77classdef massfluxatgate
    88        properties (SetAccess=public) 
    99                %massfluxatgate
    10                 name                = '';
    11                 profilename            = '';
     10                name            = '';
     11                definitionenum  = 0;
     12                profilename     = '';
    1213        end
    1314        properties (SetAccess=private) 
    14                 segments            = NaN;
     15                segments        = NaN;
    1516        end
    1617        methods
    17                 function obj = massfluxatgate(varargin) % {{{
    18                         switch nargin
    19                                 case 0
    20                                         obj=setdefaultparameters(obj);
    21                                 case 1
    22                                         obj.name=varargin{1};
    23                                 case 2
    24                                         obj.name=varargin{1};
    25                                         obj.profilename=varargin{2};
    26                                 otherwise
    27                                         error('constructor not supported');
     18                function self = massfluxatgate(varargin) % {{{
     19                        if nargin==0,
     20                                self=setdefaultparameters(self);
     21                        else
     22                                %use provided options to change fields
     23                                options=pairoptions(varargin{:});
     24
     25                                %get name
     26                                self.name=getfieldvalue(options,'name','');
     27                                self.definitionenum=getfieldvalue(options,'definitionenum');
     28                                self.profilename=getfieldvalue(options,'profilename');
    2829                        end
    2930                end % }}}
    30                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     31                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    3132                end % }}}
    32                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     33                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    3334                       
    34                         if ~ischar(obj.name),
     35                        if ~ischar(self.name),
    3536                                error('massfluxatgate error message: ''name'' field should be a string!');
    3637                        end
    37                         if ~ischar(obj.profilename),
     38                        if ~ischar(self.profilename),
    3839                                error('massfluxatgate error message: ''profilename'' field should be a string!');
    3940                        end
     41                       
     42                        md = checkfield(md,'field',self.definitionenum,'values',[Outputdefinition1Enum():Outputdefinition100Enum()]);
    4043
    4144                        %check the profilename points to a file!:
    42                         if exist(obj.profilename,'file')~=2,
     45                        if exist(self.profilename,'file')~=2,
    4346                                error('massfluxatgate error message: file name for profile corresponding to gate does not point to a legitimate file on disk!');
    4447                        end
    4548                end % }}}
    46                 function disp(obj) % {{{
     49                function disp(self) % {{{
    4750                        disp(sprintf('   Massfluxatgate:\n'));
    4851
    49                         fielddisplay(obj,'name','identifier for this massfluxatgate response');
    50                         fielddisplay(obj,'profilename','name of file (shapefile or argus file) defining a profile (or gate)');
     52                        fielddisplay(self,'name','identifier for this massfluxatgate response');
     53                        fielddisplay(self,'profilename','name of file (shapefile or argus file) defining a profile (or gate)');
     54                        fielddisplay(self,'definitionenum','enum that identifies this output definition uniquely, from Outputdefinition[1-10]Enum');
    5155                       
    5256                end % }}}
    53                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
     57                function marshall(self,md,fid) % {{{
    5458
    5559                %before marshalling, we need to create the segments out of the profilename:
    56                 obj.segments=MeshProfileIntersection(md.mesh.elements,md.mesh.x,md.mesh.y,obj.profilename);
     60                self.segments=MeshProfileIntersection(md.mesh.elements,md.mesh.x,md.mesh.y,self.profilename);
    5761
    5862                %ok, marshall name and segments:
    59                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','name','format','String');
    60                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','segments','format','DoubleMat','mattype',1);
     63                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','name','format','String');
     64                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','definitionenum','format','Integer');
     65                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','segments','format','DoubleMat','mattype',1);
    6166
    6267                end % }}}

  • issm/trunk/src/m/classes/massfluxatgate.py

    r17806 r19105  
    11from fielddisplay import fielddisplay
    22from EnumDefinitions import *
     3from pairoptions import pairoptions
    34from checkfield import checkfield
    45from WriteData import WriteData
    … …  
    1415        """
    1516
    16         def __init__(self,name,profilename): # {{{
    17                 self.name           = name
    18                 self.profilename    = profilename
    19                 self.segments       = float('NaN')
     17        def __init__(self,*args): # {{{
     18
     19                self.name            = ''
     20                self.definitionenum  = 0
     21                self.profilename     = ''
     22                self.segments        = float('NaN')
     23
     24                #set defaults
     25                self.setdefaultparameters()
     26
     27                #use provided options to change fields
     28                options=pairoptions(*args)
     29
     30                #OK get other fields
     31                self=options.AssignObjectFields(self)
    2032
    2133                #}}}
    … …  
    2436                string="   Massfluxatgate:"
    2537                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'name','identifier for this massfluxatgate response'))
     38                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'definitionenum','enum that identifies this output definition uniquely, from Outputdefinition[1-10]Enum'))
    2639                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'profilename','name of file (shapefile or argus file) defining a profile (or gate)'))
    2740                return string
    … …  
    3750                if  not isinstance(self.profilename, basestring):
    3851                        raise RuntimeError("massfluxatgate error message: 'profilename' field should be a string!")
     52
     53                        md = checkfield(md,'field',self.definitionenum,'values',[Outputdefinition1Enum(),Outputdefinition2Enum(),Outputdefinition3Enum(),Outputdefinition4Enum(),Outputdefinition5Enum(),Outputdefinition6Enum(),Outputdefinition7Enum(),Outputdefinition8Enum(),Outputdefinition9Enum(),Outputdefinition10Enum()])
    3954               
    4055                #check the profilename points to a file!:
    … …  
    5166                #ok, marshall name and segments:
    5267                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','name','format','String')
     68                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','definitionenum','format','Integer')
    5369                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','segments','format','DoubleMat','mattype',1)
    5470

  • issm/trunk/src/m/classes/masstransport.m

    r17989 r19105  
    77        properties (SetAccess=public)
    88                 spcthickness           = NaN;
    9                  calvingrate            = NaN;
    109                 isfreesurface          = 0;
    1110                 min_thickness          = 0;
    … …  
    1716        end
    1817        methods (Static)
    19                 function obj = loadobj(obj) % {{{
     18                function self = loadobj(self) % {{{
    2019                        % This function is directly called by matlab when a model object is
    2120                        % loaded. If the input is a struct it is an old version of this class and
    … …  
    3534                        end
    3635
    37                         if isstruct(obj)
     36                        if isstruct(self)
    3837                                disp('Recovering masstransport from older version');
    39                                 objstruct = obj;
    40                                 obj = structtoobj(masstransport(),objstruct);
     38                                self = structtoobj(masstransport(),self);
    4139                        end
    4240                end% }}}
    4341        end
    4442        methods
    45          function createxml(obj,fid) % {{{
    46             fprintf(fid, '<!-- masstransport -->\n');           
    47                    
    48             % Masstransport solution parameters
    49             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="Masstransport solution parameters">','<section name="masstransport" />');                   
    50             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="spcthickness" type="',class(obj.spcthickness),'" default="',convert2str(obj.spcthickness),'">','     <section name="masstransport" />','     <help> thickness constraints (NaN means no constraint) [m] </help>','  </parameter>');
    51             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="calvingrate" type="',class(obj.calvingrate),'" default="',convert2str(obj.calvingrate),'">','     <section name="masstransport" />','     <help> calving rate at given location [m/a] </help>','  </parameter>');
    52             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="isfreesurface" type="',class(obj.isfreesurface),'" default="',convert2str(obj.isfreesurface),'">','     <section name="masstransport" />','     <help> do we use free surfaces (FS only) are mass conservation </help>','  </parameter>');
    53             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="min_thickness" type="',class(obj.min_thickness),'" default="',convert2str(obj.min_thickness),'">','     <section name="masstransport" />','     <help> minimum ice thickness allowed [m] </help>','  </parameter>');
    54            
    55             % hydrostatic_adjustment drop-down (incremental or absolute )
    56             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="hydrostatic_adjustment" type="alternative" optional ="false">','     <section name="masstransport" />','     <help> adjustment of ice shelves surface and bed elevations: ''Incremental'' or ''Absolute''  </help>');
    57             fprintf(fid,'%s\n','       <option value="Incremental" type="string" default="true"> </option>');
    58             fprintf(fid,'%s\n%s\n','       <option value="Absolute" type="string" default="false"> </option>','</parameter>');
    59            
    60             %stabilization drop-down (0, 1, 2, or 3)
    61             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="stabilization" type="alternative" optional="false">','     <section name="masstransport" />','     <help> 0: no, 1:  artificial_diffusivity, 2: streamline upwinding, 3: discontinuous Galerkin </help>');
    62             fprintf(fid,'%s\n','       <option value="0" type="string" default="true"> </option>');
    63             fprintf(fid,'%s\n','       <option value="1" type="string" default="false"> </option>');
    64             fprintf(fid,'%s\n','       <option value="2" type="string" default="false"> </option>');
    65             fprintf(fid,'%s\n%s\n','       <option value="3" type="string" default="false"> </option>','</parameter>');
    66 
    67             fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');   
    68            
    69             %Penalty options
    70             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="2" label="Penalty options">','<section name="masstransport" />');
    71             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vertex_pairing" type="',class(obj.vertex_pairing),'" default="',convert2str(obj.vertex_pairing),'">','     <section name="masstransport" />','     <help> offset used by penalties: penalty = Kmax*10^offset </help>','  </parameter>');
    72             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="penalty_factor" type="',class(obj.penalty_factor),'" default="',convert2str(obj.penalty_factor),'">','     <section name="masstransport" />','     <help> pairs of vertices that are penalized </help>','  </parameter>');
    73             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="requested_outputs" type="',class(obj.requested_outputs),'" default="',convert2str(obj.requested_outputs),'">','     <section name="masstransport" />','     <help> additional outputs requested </help>','  </parameter>');
    74             fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
    75        
    76         end % }}}
    77                 function obj = masstransport(varargin) % {{{
     43                function self = masstransport(varargin) % {{{
    7844                        switch nargin
    7945                                case 0
    80                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     46                                        self=setdefaultparameters(self);
    8147                                case 1
    8248                                        inputstruct=varargin{1};
    … …  
    8652                                                fieldname = list1{i};
    8753                                                if ismember(fieldname,list2),
    88                                                         obj.(fieldname) = inputstruct.(fieldname);
     54                                                        self.(fieldname) = inputstruct.(fieldname);
    8955                                                end
    9056                                        end
    … …  
    9359                        end
    9460                end % }}}
     61                function self = extrude(self,md) % {{{
     62                        self.spcthickness=project3d(md,'vector',self.spcthickness,'type','node');
     63                end % }}}
    9564                function list = defaultoutputs(self,md) % {{{
    9665
    … …  
    9867
    9968                end % }}}
    100                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     69                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    10170
    10271                        %Type of stabilization to use 0:nothing 1:artificial_diffusivity 3:Discontinuous Galerkin
    103                         obj.stabilization=1;
     72                        self.stabilization=1;
    10473
    10574                        %Factor applied to compute the penalties kappa=max(stiffness matrix)*10^penalty_factor
    106                         obj.penalty_factor=3;
     75                        self.penalty_factor=3;
    10776
    10877                        %Minimum ice thickness that can be used
    109                         obj.min_thickness=1;
     78                        self.min_thickness=1;
    11079
    11180                        %Hydrostatic adjustment
    112                         obj.hydrostatic_adjustment='Absolute';
     81                        self.hydrostatic_adjustment='Absolute';
    11382
    11483                        %default output
    115                         obj.requested_outputs={'default'};
     84                        self.requested_outputs={'default'};
    11685                end % }}}
    117                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     86                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    11887
    11988                        %Early return
    12089                        if ~ismember(MasstransportAnalysisEnum(),analyses) |  (solution==TransientSolutionEnum() & md.transient.ismasstransport==0), return; end
    12190
    122                         md = checkfield(md,'fieldname','masstransport.spcthickness','forcing',1);
    123                         if(ismember(LevelsetAnalysisEnum(), analyses) & md.transient.islevelset)
    124                                 md = checkfield(md,'fieldname','masstransport.calvingrate','NaN',1,'size',[md.mesh.numberofvertices 1],'>=',0);
    125                         end
    126 
     91                        md = checkfield(md,'fieldname','masstransport.spcthickness','timeseries',1);
    12792                        md = checkfield(md,'fieldname','masstransport.isfreesurface','values',[0 1]);
    12893                        md = checkfield(md,'fieldname','masstransport.hydrostatic_adjustment','values',{'Absolute' 'Incremental'});
    129                         md = checkfield(md,'fieldname','masstransport.stabilization','values',[0 1 2 3]);
     94                        md = checkfield(md,'fieldname','masstransport.stabilization','values',[0 1 2 3 4]);
    13095                        md = checkfield(md,'fieldname','masstransport.min_thickness','>',0);
    13196                        md = checkfield(md,'fieldname','masstransport.requested_outputs','stringrow',1);
    13297
    13398                end % }}}
    134                 function disp(obj) % {{{
     99                function disp(self) % {{{
    135100                        disp(sprintf('   Masstransport solution parameters:'));
    136                         fielddisplay(obj,'spcthickness','thickness constraints (NaN means no constraint) [m]');
    137                         fielddisplay(obj,'calvingrate','calving rate at given location [m/a]');
    138                         fielddisplay(obj,'isfreesurface','do we use free surfaces (FS only) are mass conservation');
    139                         fielddisplay(obj,'min_thickness','minimum ice thickness allowed [m]');
    140                         fielddisplay(obj,'hydrostatic_adjustment','adjustment of ice shelves surface and bed elevations: ''Incremental'' or ''Absolute'' ');
    141                         fielddisplay(obj,'stabilization','0: no, 1: artificial_diffusivity, 2: streamline upwinding, 3: discontinuous Galerkin');
     101                        fielddisplay(self,'spcthickness','thickness constraints (NaN means no constraint) [m]');
     102                        fielddisplay(self,'isfreesurface','do we use free surfaces (FS only) are mass conservation');
     103                        fielddisplay(self,'min_thickness','minimum ice thickness allowed [m]');
     104                        fielddisplay(self,'hydrostatic_adjustment','adjustment of ice shelves surface and bed elevations: ''Incremental'' or ''Absolute'' ');
     105                        fielddisplay(self,'stabilization','0: no, 1: artificial_diffusivity, 2: streamline upwinding, 3: discontinuous Galerkin, 4: Flux Correction Transport');
    142106
    143107                        disp(sprintf('\n      %s','Penalty options:'));
    144                         fielddisplay(obj,'penalty_factor','offset used by penalties: penalty = Kmax*10^offset');
    145                         fielddisplay(obj,'vertex_pairing','pairs of vertices that are penalized');
    146                         fielddisplay(obj,'requested_outputs','additional outputs requested');
     108                        fielddisplay(self,'penalty_factor','offset used by penalties: penalty = Kmax*10^offset');
     109                        fielddisplay(self,'vertex_pairing','pairs of vertices that are penalized');
     110                        fielddisplay(self,'requested_outputs','additional outputs requested');
    147111
    148112                end % }}}
    149                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
     113                function marshall(self,md,fid) % {{{
    150114
    151115                        yts=365.*24.*3600.;
    152116
    153                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','spcthickness','format','DoubleMat','mattype',1,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
    154                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','calvingrate','format','DoubleMat','mattype',1,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1,'scale',1./yts);
    155                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','isfreesurface','format','Boolean');
    156                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','min_thickness','format','Double');
    157                         WriteData(fid,'data',StringToEnum(obj.hydrostatic_adjustment),'format','Integer','enum',MasstransportHydrostaticAdjustmentEnum());
    158                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','stabilization','format','Integer');
    159                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','vertex_pairing','format','DoubleMat','mattype',3);
    160                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','penalty_factor','format','Double');
     117                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','spcthickness','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
     118                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','isfreesurface','format','Boolean');
     119                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','min_thickness','format','Double');
     120                        WriteData(fid,'data',StringToEnum(self.hydrostatic_adjustment),'format','Integer','enum',MasstransportHydrostaticAdjustmentEnum());
     121                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','stabilization','format','Integer');
     122                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','vertex_pairing','format','DoubleMat','mattype',3);
     123                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','penalty_factor','format','Double');
    161124                       
    162125                        %process requested outputs
    163                         outputs = obj.requested_outputs;
     126                        outputs = self.requested_outputs;
    164127                        pos  = find(ismember(outputs,'default'));
    165128                        if ~isempty(pos),
    166129                                outputs(pos) = [];                         %remove 'default' from outputs
    167                                 outputs      = [outputs defaultoutputs(obj,md)]; %add defaults
     130                                outputs      = [outputs defaultoutputs(self,md)]; %add defaults
    168131                        end
    169132                        WriteData(fid,'data',outputs,'enum',MasstransportRequestedOutputsEnum,'format','StringArray');

  • issm/trunk/src/m/classes/masstransport.py

    r17806 r19105  
    11from fielddisplay import fielddisplay
     2from project3d import project3d
    23from EnumDefinitions import *
    34from StringToEnum import StringToEnum
    … …  
    1516        def __init__(self): # {{{
    1617                self.spcthickness           = float('NaN')
    17                 self.calvingrate            = float('NaN')
    1818                self.isfreesurface          = 0
    19                 self.min_thickness          = 0
     19                self.min_thickness          = 0.
    2020                self.hydrostatic_adjustment = 0
    2121                self.stabilization          = 0
    … …  
    3131                string='   Masstransport solution parameters:'
    3232                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'spcthickness','thickness constraints (NaN means no constraint) [m]'))
    33                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'calvingrate','calving rate at given location [m/a]'))
    3433                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'isfreesurface','do we use free surfaces (FS only) are mass conservation'))
    3534                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'min_thickness','minimum ice thickness allowed [m]'))
    3635                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'hydrostatic_adjustment','adjustment of ice shelves surface and bed elevations: ''Incremental'' or ''Absolute'' '))
    37                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'stabilization','0: no, 1: artificial_diffusivity, 2: streamline upwinding, 3: discontinuous Galerkin'))
     36                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'stabilization','0: no, 1: artificial_diffusivity, 2: streamline upwinding, 3: discontinuous Galerkin, 4: Flux Correction Transport'))
    3837                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'requested_outputs','additional outputs requested'))
    3938
    4039                return string
    4140                #}}}
     41        def extrude(self,md): # {{{
     42                self.spcthickness=project3d(md,'vector',self.spcthickness,'type','node')
     43                return self
     44        #}}}
    4245        def defaultoutputs(self,md): # {{{
    4346
    … …  
    4649        #}}}
    4750        def setdefaultparameters(self): # {{{
    48                
     51
    4952                #Type of stabilization to use 0:nothing 1:artificial_diffusivity 3:Discontinuous Galerkin
    5053                self.stabilization=1
    … …  
    6972                        return md
    7073
    71                 md = checkfield(md,'fieldname','masstransport.spcthickness','forcing',1)
    72                 if LevelsetAnalysisEnum() in analyses and md.transient.islevelset:
    73                         md = checkfield(md,'fieldname','masstransport.calvingrate','NaN',1,'size',[md.mesh.numberofvertices],'>=',0)
     74                md = checkfield(md,'fieldname','masstransport.spcthickness','timeseries',1)
    7475                md = checkfield(md,'fieldname','masstransport.isfreesurface','values',[0,1])
    7576                md = checkfield(md,'fieldname','masstransport.hydrostatic_adjustment','values',['Absolute','Incremental'])
    76                 md = checkfield(md,'fieldname','masstransport.stabilization','values',[0,1,2,3])
     77                md = checkfield(md,'fieldname','masstransport.stabilization','values',[0,1,2,3,4])
    7778                md = checkfield(md,'fieldname','masstransport.min_thickness','>',0)
    7879                md = checkfield(md,'fieldname','masstransport.requested_outputs','stringrow',1)
    … …  
    8485                yts=365.*24.*3600.
    8586
    86                 WriteData(fid,'object',self,'fieldname','spcthickness','format','DoubleMat','mattype',1,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
    87                 WriteData(fid,'object',self,'fieldname','calvingrate','format','DoubleMat','mattype',1,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1,'scale',1./yts)
     87                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','spcthickness','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
    8888                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','isfreesurface','format','Boolean')
    8989                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','min_thickness','format','Double')

  • issm/trunk/src/m/classes/matdamageice.m

    r17989 r19105  
    3030        end
    3131        methods
    32                 function createxml(obj,fid) % {{{
     32                function createxml(self,fid) % {{{
    3333                        fprintf(fid, '\n\n');
    3434                        fprintf(fid, '<!-- materials -->\n');
    35                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="rho_ice" type="',class(obj.rho_ice),'" default="',convert2str(obj.rho_ice),'">','     <section name="materials" />','     <help> ice density [kg/m^3] </help>','</parameter>');
    36                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="rho_water" type="',class(obj.rho_water),'" default="',convert2str(obj.rho_water),'">','     <section name="materials" />','     <help> ocean water density [kg/m^3] </help>','</parameter>');
    37                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="rho_freshwater" type="',class(obj.rho_freshwater),'" default="',convert2str(obj.rho_freshwater),'">','     <section name="materials" />','     <help> fresh water density [kg/m^3] </help>','</parameter>');
    38 
    39 
    40                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="mu_water" type="',class(obj.mu_water),'" default="',convert2str(obj.mu_water),'">','     <section name="materials" />','     <help> water viscosity [N s/m^2] </help>','</parameter>');
    41                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="heatcapacity" type="',class(obj.heatcapacity),'" default="',convert2str(obj.heatcapacity),'">','     <section name="materials" />','     <help> heat capacity [J/kg/K] </help>','</parameter>');
    42                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="latentheat" type="',class(obj.latentheat),'" default="',convert2str(obj.latentheat),'">','     <section name="materials" />','     <help> latent heat of fusion [J/kg] </help>','</parameter>');
    43 
    44 
    45                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="thermalconductivity" type="',class(obj.thermalconductivity),'" default="',convert2str(obj.thermalconductivity),'">','     <section name="materials" />','     <help> ice thermal conductivity [W/m/K] </help>','</parameter>');
    46                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="temperateiceconductivity" type="',class(obj.temperateiceconductivity),'" default="',convert2str(obj.temperateiceconductivity),'">','     <section name="materials" />','     <help> temperate ice thermal conductivity [W/m/K] </help>','</parameter>');
    47                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="meltingpoint" type="',class(obj.meltingpoint),'" default="',convert2str(obj.meltingpoint),'">','     <section name="materials" />','     <help> melting point of ice at 1atm in K </help>','</parameter>');
    48 
    49 
    50                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="beta" type="',class(obj.beta),'" default="',convert2str(obj.beta),'">','     <section name="materials" />','     <help> rate of change of melting point with pressure [K/Pa] </help>','</parameter>');
    51                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="mixed_layer_capacity" type="',class(obj.mixed_layer_capacity),'" default="',convert2str(obj.mixed_layer_capacity),'">','     <section name="materials" />','     <help> mixed layer capacity [W/kg/K] </help>','</parameter>');
    52                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="thermal_exchange_velocity" type="',class(obj.thermal_exchange_velocity),'" default="',convert2str(obj.thermal_exchange_velocity),'">','     <section name="materials" />','     <help> thermal exchange velocity [m/s] </help>','</parameter>');
    53 
    54 
    55                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="rheology_B" type="',class(obj.rheology_B),'" default="',convert2str(obj.rheology_B),'">','     <section name="materials" />','     <help> flow law parameter [Pa/s^(1/n)] </help>','</parameter>');
    56                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="rheology_n" type="',class(obj.rheology_n),'" default="',convert2str(obj.rheology_n),'">','     <section name="materials" />','     <help> Glens flow law exponent </help>','</parameter>');
    57                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="rheology_law" type="',class(obj.rheology_law),'" default="',convert2str(obj.rheology_law),'">','     <section name="materials" />','     <help> law for the temperature dependance of the rheology: "None", "Paterson",  "Arrhenius" or "LliboutryDuval" </help>','</parameter>');
    58 
    59                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="lithosphere_shear_modulus" type="',class(obj.lithosphere_shear_modulus),'" default="',convert2str(obj.lithosphere_shear_modulus),'">','     <section name="materials" />','     <help> Lithosphere shear modulus [Pa] </help>','</parameter>');
    60                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="lithosphere_density" type="',class(obj.lithosphere_density),'" default="',convert2str(obj.lithosphere_density),'">','     <section name="materials" />','     <help> Lithosphere density [g/cm^-3] </help>','</parameter>');
    61                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="mantle_shear_modulus" type="',class(obj.mantle_shear_modulus),'" default="',convert2str(obj.mantle_shear_modulus),'">','     <section name="materials" />','     <help> Mantle shear modulus [Pa] </help>','</parameter>');
    62                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="mantle_density" type="',class(obj.mantle_density),'" default="',convert2str(obj.mantle_density),'">','     <section name="materials" />','     <help> Mantle density [g/cm^-3] </help>','</parameter>');
    63 
    64 
    65                 end % }}}
    66                 function obj = matdamageice(varargin) % {{{
     35                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="rho_ice" type="',class(self.rho_ice),'" default="',convert2str(self.rho_ice),'">','     <section name="materials" />','     <help> ice density [kg/m^3] </help>','</parameter>');
     36                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="rho_water" type="',class(self.rho_water),'" default="',convert2str(self.rho_water),'">','     <section name="materials" />','     <help> ocean water density [kg/m^3] </help>','</parameter>');
     37                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="rho_freshwater" type="',class(self.rho_freshwater),'" default="',convert2str(self.rho_freshwater),'">','     <section name="materials" />','     <help> fresh water density [kg/m^3] </help>','</parameter>');
     38
     39
     40                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="mu_water" type="',class(self.mu_water),'" default="',convert2str(self.mu_water),'">','     <section name="materials" />','     <help> water viscosity [N s/m^2] </help>','</parameter>');
     41                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="heatcapacity" type="',class(self.heatcapacity),'" default="',convert2str(self.heatcapacity),'">','     <section name="materials" />','     <help> heat capacity [J/kg/K] </help>','</parameter>');
     42                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="latentheat" type="',class(self.latentheat),'" default="',convert2str(self.latentheat),'">','     <section name="materials" />','     <help> latent heat of fusion [J/kg] </help>','</parameter>');
     43
     44
     45                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="thermalconductivity" type="',class(self.thermalconductivity),'" default="',convert2str(self.thermalconductivity),'">','     <section name="materials" />','     <help> ice thermal conductivity [W/m/K] </help>','</parameter>');
     46                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="temperateiceconductivity" type="',class(self.temperateiceconductivity),'" default="',convert2str(self.temperateiceconductivity),'">','     <section name="materials" />','     <help> temperate ice thermal conductivity [W/m/K] </help>','</parameter>');
     47                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="meltingpoint" type="',class(self.meltingpoint),'" default="',convert2str(self.meltingpoint),'">','     <section name="materials" />','     <help> melting point of ice at 1atm in K </help>','</parameter>');
     48
     49
     50                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="beta" type="',class(self.beta),'" default="',convert2str(self.beta),'">','     <section name="materials" />','     <help> rate of change of melting point with pressure [K/Pa] </help>','</parameter>');
     51                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="mixed_layer_capacity" type="',class(self.mixed_layer_capacity),'" default="',convert2str(self.mixed_layer_capacity),'">','     <section name="materials" />','     <help> mixed layer capacity [W/kg/K] </help>','</parameter>');
     52                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="thermal_exchange_velocity" type="',class(self.thermal_exchange_velocity),'" default="',convert2str(self.thermal_exchange_velocity),'">','     <section name="materials" />','     <help> thermal exchange velocity [m/s] </help>','</parameter>');
     53
     54
     55                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="rheology_B" type="',class(self.rheology_B),'" default="',convert2str(self.rheology_B),'">','     <section name="materials" />','     <help> flow law parameter [Pa/s^(1/n)] </help>','</parameter>');
     56                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="rheology_n" type="',class(self.rheology_n),'" default="',convert2str(self.rheology_n),'">','     <section name="materials" />','     <help> Glens flow law exponent </help>','</parameter>');
     57                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="rheology_law" type="',class(self.rheology_law),'" default="',convert2str(self.rheology_law),'">','     <section name="materials" />','     <help> law for the temperature dependance of the rheology: "None", "Paterson",  "Arrhenius" or "LliboutryDuval" </help>','</parameter>');
     58
     59                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="lithosphere_shear_modulus" type="',class(self.lithosphere_shear_modulus),'" default="',convert2str(self.lithosphere_shear_modulus),'">','     <section name="materials" />','     <help> Lithosphere shear modulus [Pa] </help>','</parameter>');
     60                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="lithosphere_density" type="',class(self.lithosphere_density),'" default="',convert2str(self.lithosphere_density),'">','     <section name="materials" />','     <help> Lithosphere density [g/cm^-3] </help>','</parameter>');
     61                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="mantle_shear_modulus" type="',class(self.mantle_shear_modulus),'" default="',convert2str(self.mantle_shear_modulus),'">','     <section name="materials" />','     <help> Mantle shear modulus [Pa] </help>','</parameter>');
     62                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="mantle_density" type="',class(self.mantle_density),'" default="',convert2str(self.mantle_density),'">','     <section name="materials" />','     <help> Mantle density [g/cm^-3] </help>','</parameter>');
     63
     64
     65                end % }}}
     66                function self = extrude(self,md) % {{{
     67                        self.rheology_B=project3d(md,'vector',self.rheology_B,'type','node');
     68                        self.rheology_n=project3d(md,'vector',self.rheology_n,'type','element');
     69                end % }}}
     70                function self = matdamageice(varargin) % {{{
    6771                        switch nargin
    6872                                case 0
    69                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     73                                        self=setdefaultparameters(self);
    7074                                case 1
    7175                                        inputstruct=varargin{1};
    … …  
    7579                                                fieldname = list1{i};
    7680                                                if ismember(fieldname,list2),
    77                                                         obj.(fieldname) = inputstruct.(fieldname);
     81                                                        self.(fieldname) = inputstruct.(fieldname);
    7882                                                end
    7983                                        end
    … …  
    8286                        end
    8387                end % }}}
    84                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     88                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    8589
    8690                        %ice density (kg/m^3)
    87                         obj.rho_ice=917.;
     91                        self.rho_ice=917.;
    8892
    8993                        %ocean water density (kg/m^3)
    90                         obj.rho_water=1023.;
     94                        self.rho_water=1023.;
    9195
    9296                        %fresh water density (kg/m^3)
    93                         obj.rho_freshwater=1000.;
     97                        self.rho_freshwater=1000.;
    9498
    9599                        %water viscosity (N.s/m^2)
    96                         obj.mu_water=0.001787; 
     100                        self.mu_water=0.001787; 
    97101
    98102                        %ice heat capacity cp (J/kg/K)
    99                         obj.heatcapacity=2093.;
     103                        self.heatcapacity=2093.;
    100104
    101105                        %ice latent heat of fusion L (J/kg)
    102                         obj.latentheat=3.34*10^5;
     106                        self.latentheat=3.34*10^5;
    103107
    104108                        %ice thermal conductivity (W/m/K)
    105                         obj.thermalconductivity=2.4;
     109                        self.thermalconductivity=2.4;
    106110                       
    107111                        %wet ice thermal conductivity (W/m/K)
    108                         obj.temperateiceconductivity=.24;
     112                        self.temperateiceconductivity=.24;
    109113
    110114                        %the melting point of ice at 1 atmosphere of pressure in K
    111                         obj.meltingpoint=273.15;
     115                        self.meltingpoint=273.15;
    112116
    113117                        %rate of change of melting point with pressure (K/Pa)
    114                         obj.beta=9.8*10^-8;
     118                        self.beta=9.8*10^-8;
    115119
    116120                        %mixed layer (ice-water interface) heat capacity (J/kg/K)
    117                         obj.mixed_layer_capacity=3974.;
     121                        self.mixed_layer_capacity=3974.;
    118122
    119123                        %thermal exchange velocity (ice-water interface) (m/s)
    120                         obj.thermal_exchange_velocity=1.00*10^-4;
     124                        self.thermal_exchange_velocity=1.00*10^-4;
    121125
    122126                        %Rheology law: what is the temperature dependence of B with T
    123127                        %available: none, paterson and arrhenius
    124                         obj.rheology_law='Paterson';
     128                        self.rheology_law='Paterson';
    125129
    126130                        % GIA:
    127                         obj.lithosphere_shear_modulus  = 6.7*10^10;  % (Pa)
    128                         obj.lithosphere_density        = 3.32;       % (g/cm^-3)
    129                         obj.mantle_shear_modulus       = 1.45*10^11; % (Pa)
    130                         obj.mantle_density             = 3.34;       % (g/cm^-3)
    131 
    132                 end % }}}
    133                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     131                        self.lithosphere_shear_modulus  = 6.7*10^10;  % (Pa)
     132                        self.lithosphere_density        = 3.32;       % (g/cm^-3)
     133                        self.mantle_shear_modulus       = 1.45*10^11; % (Pa)
     134                        self.mantle_density             = 3.34;       % (g/cm^-3)
     135
     136                end % }}}
     137                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    134138                        md = checkfield(md,'fieldname','materials.rho_ice','>',0);
    135139                        md = checkfield(md,'fieldname','materials.rho_water','>',0);
    … …  
    148152
    149153                end % }}}
    150                 function disp(obj) % {{{
     154                function disp(self) % {{{
    151155                        disp(sprintf('   Materials:'));
    152156
    153                         fielddisplay(obj,'rho_ice','ice density [kg/m^3]');
    154                         fielddisplay(obj,'rho_water','ocean water density [kg/m^3]');
    155                         fielddisplay(obj,'rho_freshwater','fresh water density [kg/m^3]');
    156                         fielddisplay(obj,'mu_water','water viscosity [N s/m^2]');
    157                         fielddisplay(obj,'heatcapacity','heat capacity [J/kg/K]');
    158                         fielddisplay(obj,'thermalconductivity',['ice thermal conductivity [W/m/K]']);
    159                         fielddisplay(obj,'temperateiceconductivity','temperate ice thermal conductivity [W/m/K]');
    160                         fielddisplay(obj,'meltingpoint','melting point of ice at 1atm in K');
    161                         fielddisplay(obj,'latentheat','latent heat of fusion [J/kg]');
    162                         fielddisplay(obj,'beta','rate of change of melting point with pressure [K/Pa]');
    163                         fielddisplay(obj,'mixed_layer_capacity','mixed layer capacity [W/kg/K]');
    164                         fielddisplay(obj,'thermal_exchange_velocity','thermal exchange velocity [m/s]');
    165                         fielddisplay(obj,'rheology_B','flow law parameter [Pa/s^(1/n)]');
    166                         fielddisplay(obj,'rheology_n','Glen''s flow law exponent');
    167                         fielddisplay(obj,'rheology_law',['law for the temperature dependance of the rheology: ''None'', ''Cuffey'', ''Paterson'', ''Arrhenius'' or ''LliboutryDuval''']);
    168                         fielddisplay(obj,'lithosphere_shear_modulus','Lithosphere shear modulus [Pa]');
    169                         fielddisplay(obj,'lithosphere_density','Lithosphere density [g/cm^-3]');
    170                         fielddisplay(obj,'mantle_shear_modulus','Mantle shear modulus [Pa]');
    171                         fielddisplay(obj,'mantle_density','Mantle density [g/cm^-3]');
    172                 end % }}}
    173                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
     157                        fielddisplay(self,'rho_ice','ice density [kg/m^3]');
     158                        fielddisplay(self,'rho_water','ocean water density [kg/m^3]');
     159                        fielddisplay(self,'rho_freshwater','fresh water density [kg/m^3]');
     160                        fielddisplay(self,'mu_water','water viscosity [N s/m^2]');
     161                        fielddisplay(self,'heatcapacity','heat capacity [J/kg/K]');
     162                        fielddisplay(self,'thermalconductivity',['ice thermal conductivity [W/m/K]']);
     163                        fielddisplay(self,'temperateiceconductivity','temperate ice thermal conductivity [W/m/K]');
     164                        fielddisplay(self,'meltingpoint','melting point of ice at 1atm in K');
     165                        fielddisplay(self,'latentheat','latent heat of fusion [J/kg]');
     166                        fielddisplay(self,'beta','rate of change of melting point with pressure [K/Pa]');
     167                        fielddisplay(self,'mixed_layer_capacity','mixed layer capacity [W/kg/K]');
     168                        fielddisplay(self,'thermal_exchange_velocity','thermal exchange velocity [m/s]');
     169                        fielddisplay(self,'rheology_B','flow law parameter [Pa/s^(1/n)]');
     170                        fielddisplay(self,'rheology_n','Glen''s flow law exponent');
     171                        fielddisplay(self,'rheology_law',['law for the temperature dependance of the rheology: ''None'', ''Cuffey'', ''Paterson'', ''Arrhenius'' or ''LliboutryDuval''']);
     172                        fielddisplay(self,'lithosphere_shear_modulus','Lithosphere shear modulus [Pa]');
     173                        fielddisplay(self,'lithosphere_density','Lithosphere density [g/cm^-3]');
     174                        fielddisplay(self,'mantle_shear_modulus','Mantle shear modulus [Pa]');
     175                        fielddisplay(self,'mantle_density','Mantle density [g/cm^-3]');
     176                end % }}}
     177                function marshall(self,md,fid) % {{{
    174178                        WriteData(fid,'enum',MaterialsEnum(),'data',MatdamageiceEnum(),'format','Integer');
    175                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','rho_ice','format','Double');
    176                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','rho_water','enum',MaterialsRhoSeawaterEnum(),'format','Double');
    177                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','rho_freshwater','format','Double');
    178                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','mu_water','format','Double');
    179                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','heatcapacity','format','Double');
    180                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','latentheat','format','Double');
    181                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','thermalconductivity','format','Double');
    182                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','temperateiceconductivity','format','Double');
    183                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','meltingpoint','format','Double');
    184                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','beta','format','Double');
    185                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','mixed_layer_capacity','format','Double');
    186                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','thermal_exchange_velocity','format','Double');
    187                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','rheology_B','format','DoubleMat','mattype',1);
    188                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','rheology_n','format','DoubleMat','mattype',2);
    189                         WriteData(fid,'data',StringToEnum(obj.rheology_law),'enum',MaterialsRheologyLawEnum(),'format','Integer');
    190 
    191                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','lithosphere_shear_modulus','format','Double');
    192                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','lithosphere_density','format','Double','scale',10^3);
    193                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','mantle_shear_modulus','format','Double');
    194                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','mantle_density','format','Double','scale',10^3);
     179                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','rho_ice','format','Double');
     180                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','rho_water','enum',MaterialsRhoSeawaterEnum(),'format','Double');
     181                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','rho_freshwater','format','Double');
     182                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','mu_water','format','Double');
     183                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','heatcapacity','format','Double');
     184                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','latentheat','format','Double');
     185                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','thermalconductivity','format','Double');
     186                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','temperateiceconductivity','format','Double');
     187                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','meltingpoint','format','Double');
     188                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','beta','format','Double');
     189                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','mixed_layer_capacity','format','Double');
     190                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','thermal_exchange_velocity','format','Double');
     191                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','rheology_B','format','DoubleMat','mattype',1);
     192                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','rheology_n','format','DoubleMat','mattype',2);
     193                        WriteData(fid,'data',StringToEnum(self.rheology_law),'enum',MaterialsRheologyLawEnum(),'format','Integer');
     194
     195                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','lithosphere_shear_modulus','format','Double');
     196                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','lithosphere_density','format','Double','scale',10^3);
     197                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','mantle_shear_modulus','format','Double');
     198                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','mantle_density','format','Double','scale',10^3);
    195199                end % }}}
    196200        end

  • issm/trunk/src/m/classes/matdamageice.py

    r17989 r19105  
    11from fielddisplay import fielddisplay
     2from project3d import project3d
    23from EnumDefinitions import MaterialsEnum, MatdamageiceEnum, MaterialsRheologyLawEnum, MaterialsRhoSeawaterEnum
    34from StringToEnum import StringToEnum
    … …  
    6364                return string
    6465                #}}}
     66        def extrude(self,md): # {{{
     67                self.rheology_B=project3d(md,'vector',self.rheology_B,'type','node')
     68                self.rheology_n=project3d(md,'vector',self.rheology_n,'type','element')
     69                return self
     70        #}}}
    6571        def setdefaultparameters(self): # {{{
    6672                #ice density (kg/m^3)

  • issm/trunk/src/m/classes/matice.m

    r17989 r19105  
    3030        end
    3131        methods
    32                 function createxml(obj,fid) % {{{
     32                function createxml(self,fid) % {{{
    3333                        fprintf(fid, '\n\n');
    3434                        fprintf(fid, '<!-- materials -->\n');
    35                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="rho_ice" type="',class(obj.rho_ice),'" default="',convert2str(obj.rho_ice),'">','     <section name="materials" />','     <help> ice density [kg/m^3] </help>','</parameter>');
    36                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="rho_water" type="',class(obj.rho_water),'" default="',convert2str(obj.rho_water),'">','     <section name="materials" />','     <help> ocean water density [kg/m^3] </help>','</parameter>');
    37                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="rho_freshwater" type="',class(obj.rho_freshwater),'" default="',convert2str(obj.rho_freshwater),'">','     <section name="materials" />','     <help> fresh water density [kg/m^3] </help>','</parameter>');
    38 
    39 
    40                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="mu_water" type="',class(obj.mu_water),'" default="',convert2str(obj.mu_water),'">','     <section name="materials" />','     <help> water viscosity [N s/m^2] </help>','</parameter>');
    41                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="heatcapacity" type="',class(obj.heatcapacity),'" default="',convert2str(obj.heatcapacity),'">','     <section name="materials" />','     <help> heat capacity [J/kg/K] </help>','</parameter>');
    42                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="latentheat" type="',class(obj.latentheat),'" default="',convert2str(obj.latentheat),'">','     <section name="materials" />','     <help> latent heat of fusion [J/kg] </help>','</parameter>');
    43 
    44 
    45                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="thermalconductivity" type="',class(obj.thermalconductivity),'" default="',convert2str(obj.thermalconductivity),'">','     <section name="materials" />','     <help> ice thermal conductivity [W/m/K] </help>','</parameter>');
    46                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="temperateiceconductivity" type="',class(obj.temperateiceconductivity),'" default="',convert2str(obj.temperateiceconductivity),'">','     <section name="materials" />','     <help> temperate ice thermal conductivity [W/m/K] </help>','</parameter>');
    47                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="meltingpoint" type="',class(obj.meltingpoint),'" default="',convert2str(obj.meltingpoint),'">','     <section name="materials" />','     <help> melting point of ice at 1atm in K </help>','</parameter>');
    48 
    49 
    50                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="beta" type="',class(obj.beta),'" default="',convert2str(obj.beta),'">','     <section name="materials" />','     <help> rate of change of melting point with pressure [K/Pa] </help>','</parameter>');
    51                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="mixed_layer_capacity" type="',class(obj.mixed_layer_capacity),'" default="',convert2str(obj.mixed_layer_capacity),'">','     <section name="materials" />','     <help> mixed layer capacity [W/kg/K] </help>','</parameter>');
    52                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="thermal_exchange_velocity" type="',class(obj.thermal_exchange_velocity),'" default="',convert2str(obj.thermal_exchange_velocity),'">','     <section name="materials" />','     <help> thermal exchange velocity [m/s] </help>','</parameter>');
    53 
    54 
    55                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="rheology_B" type="',class(obj.rheology_B),'" default="',convert2str(obj.rheology_B),'">','     <section name="materials" />','     <help> flow law parameter [Pa/s^(1/n)] </help>','</parameter>');
    56                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="rheology_n" type="',class(obj.rheology_n),'" default="',convert2str(obj.rheology_n),'">','     <section name="materials" />','     <help> Glens flow law exponent </help>','</parameter>');
     35                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="rho_ice" type="',class(self.rho_ice),'" default="',convert2str(self.rho_ice),'">','     <section name="materials" />','     <help> ice density [kg/m^3] </help>','</parameter>');
     36                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="rho_water" type="',class(self.rho_water),'" default="',convert2str(self.rho_water),'">','     <section name="materials" />','     <help> ocean water density [kg/m^3] </help>','</parameter>');
     37                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="rho_freshwater" type="',class(self.rho_freshwater),'" default="',convert2str(self.rho_freshwater),'">','     <section name="materials" />','     <help> fresh water density [kg/m^3] </help>','</parameter>');
     38
     39
     40                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="mu_water" type="',class(self.mu_water),'" default="',convert2str(self.mu_water),'">','     <section name="materials" />','     <help> water viscosity [N s/m^2] </help>','</parameter>');
     41                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="heatcapacity" type="',class(self.heatcapacity),'" default="',convert2str(self.heatcapacity),'">','     <section name="materials" />','     <help> heat capacity [J/kg/K] </help>','</parameter>');
     42                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="latentheat" type="',class(self.latentheat),'" default="',convert2str(self.latentheat),'">','     <section name="materials" />','     <help> latent heat of fusion [J/kg] </help>','</parameter>');
     43
     44
     45                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="thermalconductivity" type="',class(self.thermalconductivity),'" default="',convert2str(self.thermalconductivity),'">','     <section name="materials" />','     <help> ice thermal conductivity [W/m/K] </help>','</parameter>');
     46                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="temperateiceconductivity" type="',class(self.temperateiceconductivity),'" default="',convert2str(self.temperateiceconductivity),'">','     <section name="materials" />','     <help> temperate ice thermal conductivity [W/m/K] </help>','</parameter>');
     47                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="meltingpoint" type="',class(self.meltingpoint),'" default="',convert2str(self.meltingpoint),'">','     <section name="materials" />','     <help> melting point of ice at 1atm in K </help>','</parameter>');
     48
     49
     50                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="beta" type="',class(self.beta),'" default="',convert2str(self.beta),'">','     <section name="materials" />','     <help> rate of change of melting point with pressure [K/Pa] </help>','</parameter>');
     51                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="mixed_layer_capacity" type="',class(self.mixed_layer_capacity),'" default="',convert2str(self.mixed_layer_capacity),'">','     <section name="materials" />','     <help> mixed layer capacity [W/kg/K] </help>','</parameter>');
     52                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="thermal_exchange_velocity" type="',class(self.thermal_exchange_velocity),'" default="',convert2str(self.thermal_exchange_velocity),'">','     <section name="materials" />','     <help> thermal exchange velocity [m/s] </help>','</parameter>');
     53
     54
     55                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="rheology_B" type="',class(self.rheology_B),'" default="',convert2str(self.rheology_B),'">','     <section name="materials" />','     <help> flow law parameter [Pa/s^(1/n)] </help>','</parameter>');
     56                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="rheology_n" type="',class(self.rheology_n),'" default="',convert2str(self.rheology_n),'">','     <section name="materials" />','     <help> Glens flow law exponent </help>','</parameter>');
    5757
    5858                        % rheology_law drop-down
    … …  
    6464
    6565
    66                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="lithosphere_shear_modulus" type="',class(obj.lithosphere_shear_modulus),'" default="',convert2str(obj.lithosphere_shear_modulus),'">','     <section name="materials" />','     <help> Lithosphere shear modulus [Pa] </help>','</parameter>');
    67                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="lithosphere_density" type="',class(obj.lithosphere_density),'" default="',convert2str(obj.lithosphere_density),'">','     <section name="materials" />','     <help> Lithosphere density [g/cm^-3] </help>','</parameter>');
    68                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="mantle_shear_modulus" type="',class(obj.mantle_shear_modulus),'" default="',convert2str(obj.mantle_shear_modulus),'">','     <section name="materials" />','     <help> Mantle shear modulus [Pa] </help>','</parameter>');
    69                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="mantle_density" type="',class(obj.mantle_density),'" default="',convert2str(obj.mantle_density),'">','     <section name="materials" />','     <help> Mantle density [g/cm^-3] </help>','</parameter>');
    70 
    71 
    72                 end % }}}
    73                 function obj = matice(varargin) % {{{
     66                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="lithosphere_shear_modulus" type="',class(self.lithosphere_shear_modulus),'" default="',convert2str(self.lithosphere_shear_modulus),'">','     <section name="materials" />','     <help> Lithosphere shear modulus [Pa] </help>','</parameter>');
     67                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="lithosphere_density" type="',class(self.lithosphere_density),'" default="',convert2str(self.lithosphere_density),'">','     <section name="materials" />','     <help> Lithosphere density [g/cm^-3] </help>','</parameter>');
     68                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="mantle_shear_modulus" type="',class(self.mantle_shear_modulus),'" default="',convert2str(self.mantle_shear_modulus),'">','     <section name="materials" />','     <help> Mantle shear modulus [Pa] </help>','</parameter>');
     69                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="mantle_density" type="',class(self.mantle_density),'" default="',convert2str(self.mantle_density),'">','     <section name="materials" />','     <help> Mantle density [g/cm^-3] </help>','</parameter>');
     70
     71
     72                end % }}}
     73                function self = extrude(self,md) % {{{
     74                        self.rheology_B=project3d(md,'vector',self.rheology_B,'type','node');
     75                        self.rheology_n=project3d(md,'vector',self.rheology_n,'type','element');
     76                end % }}}
     77                function self = matice(varargin) % {{{
    7478                        switch nargin
    7579                                case 0
    76                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     80                                        self=setdefaultparameters(self);
    7781                                case 1
    7882                                        inputstruct=varargin{1};
    … …  
    8286                                                fieldname = list1{i};
    8387                                                if ismember(fieldname,list2),
    84                                                         obj.(fieldname) = inputstruct.(fieldname);
     88                                                        self.(fieldname) = inputstruct.(fieldname);
    8589                                                end
    8690                                        end
    … …  
    8993                        end
    9094                end % }}}
    91                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     95                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    9296
    9397                        %ice density (kg/m^3)
    94                         obj.rho_ice=917.;
     98                        self.rho_ice=917.;
    9599
    96100                        %ocean water density (kg/m^3)
    97                         obj.rho_water=1023.;
     101                        self.rho_water=1023.;
    98102
    99103                        %fresh water density (kg/m^3)
    100                         obj.rho_freshwater=1000.;
     104                        self.rho_freshwater=1000.;
    101105
    102106                        %water viscosity (N.s/m^2)
    103                         obj.mu_water=0.001787; 
     107                        self.mu_water=0.001787; 
    104108
    105109                        %ice heat capacity cp (J/kg/K)
    106                         obj.heatcapacity=2093.;
     110                        self.heatcapacity=2093.;
    107111
    108112                        %ice latent heat of fusion L (J/kg)
    109                         obj.latentheat=3.34*10^5;
     113                        self.latentheat=3.34*10^5;
    110114
    111115                        %ice thermal conductivity (W/m/K)
    112                         obj.thermalconductivity=2.4;
     116                        self.thermalconductivity=2.4;
    113117                       
    114118                        %wet ice thermal conductivity (W/m/K)
    115                         obj.temperateiceconductivity=.24;
     119                        self.temperateiceconductivity=.24;
    116120
    117121                        %the melting point of ice at 1 atmosphere of pressure in K
    118                         obj.meltingpoint=273.15;
     122                        self.meltingpoint=273.15;
    119123
    120124                        %rate of change of melting point with pressure (K/Pa)
    121                         obj.beta=9.8*10^-8;
     125                        self.beta=9.8*10^-8;
    122126
    123127                        %mixed layer (ice-water interface) heat capacity (J/kg/K)
    124                         obj.mixed_layer_capacity=3974.;
     128                        self.mixed_layer_capacity=3974.;
    125129
    126130                        %thermal exchange velocity (ice-water interface) (m/s)
    127                         obj.thermal_exchange_velocity=1.00*10^-4;
     131                        self.thermal_exchange_velocity=1.00*10^-4;
    128132
    129133                        %Rheology law: what is the temperature dependence of B with T
    130134                        %available: none, paterson and arrhenius
    131                         obj.rheology_law='Paterson';
     135                        self.rheology_law='Paterson';
    132136
    133137                        % GIA:
    134                         obj.lithosphere_shear_modulus  = 6.7*10^10;  % (Pa)
    135                         obj.lithosphere_density        = 3.32;       % (g/cm^-3)
    136                         obj.mantle_shear_modulus       = 1.45*10^11; % (Pa)
    137                         obj.mantle_density             = 3.34;       % (g/cm^-3)
    138 
    139                 end % }}}
    140                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     138                        self.lithosphere_shear_modulus  = 6.7*10^10;  % (Pa)
     139                        self.lithosphere_density        = 3.32;       % (g/cm^-3)
     140                        self.mantle_shear_modulus       = 1.45*10^11; % (Pa)
     141                        self.mantle_density             = 3.34;       % (g/cm^-3)
     142
     143                end % }}}
     144                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    141145                        md = checkfield(md,'fieldname','materials.rho_ice','>',0);
    142146                        md = checkfield(md,'fieldname','materials.rho_water','>',0);
    143147                        md = checkfield(md,'fieldname','materials.rho_freshwater','>',0);
    144148                        md = checkfield(md,'fieldname','materials.mu_water','>',0);
    145                         md = checkfield(md,'fieldname','materials.rheology_B','>',0,'size',[md.mesh.numberofvertices 1]);
     149                        md = checkfield(md,'fieldname','materials.rheology_B','>',0,'timeseries',1,'NaN',1);
    146150                        md = checkfield(md,'fieldname','materials.rheology_n','>',0,'size',[md.mesh.numberofelements 1]);
    147151                        md = checkfield(md,'fieldname','materials.rheology_law','values',{'None' 'Cuffey' 'Paterson' 'Arrhenius' 'LliboutryDuval'});
    … …  
    155159
    156160                end % }}}
    157                 function disp(obj) % {{{
     161                function disp(self) % {{{
    158162                        disp(sprintf('   Materials:'));
    159163
    160                         fielddisplay(obj,'rho_ice','ice density [kg/m^3]');
    161                         fielddisplay(obj,'rho_water','ocean water density [kg/m^3]');
    162                         fielddisplay(obj,'rho_freshwater','fresh water density [kg/m^3]');
    163                         fielddisplay(obj,'mu_water','water viscosity [N s/m^2]');
    164                         fielddisplay(obj,'heatcapacity','heat capacity [J/kg/K]');
    165                         fielddisplay(obj,'thermalconductivity',['ice thermal conductivity [W/m/K]']);
    166                         fielddisplay(obj,'temperateiceconductivity','temperate ice thermal conductivity [W/m/K]');
    167                         fielddisplay(obj,'meltingpoint','melting point of ice at 1atm in K');
    168                         fielddisplay(obj,'latentheat','latent heat of fusion [J/kg]');
    169                         fielddisplay(obj,'beta','rate of change of melting point with pressure [K/Pa]');
    170                         fielddisplay(obj,'mixed_layer_capacity','mixed layer capacity [W/kg/K]');
    171                         fielddisplay(obj,'thermal_exchange_velocity','thermal exchange velocity [m/s]');
    172                         fielddisplay(obj,'rheology_B','flow law parameter [Pa/s^(1/n)]');
    173                         fielddisplay(obj,'rheology_n','Glen''s flow law exponent');
    174                         fielddisplay(obj,'rheology_law',['law for the temperature dependance of the rheology: ''None'', ''Cuffey'', ''Paterson'', ''Arrhenius'' or ''LliboutryDuval''']);
    175                         fielddisplay(obj,'lithosphere_shear_modulus','Lithosphere shear modulus [Pa]');
    176                         fielddisplay(obj,'lithosphere_density','Lithosphere density [g/cm^-3]');
    177                         fielddisplay(obj,'mantle_shear_modulus','Mantle shear modulus [Pa]');
    178                         fielddisplay(obj,'mantle_density','Mantle density [g/cm^-3]');
    179                 end % }}}
    180                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
     164                        fielddisplay(self,'rho_ice','ice density [kg/m^3]');
     165                        fielddisplay(self,'rho_water','ocean water density [kg/m^3]');
     166                        fielddisplay(self,'rho_freshwater','fresh water density [kg/m^3]');
     167                        fielddisplay(self,'mu_water','water viscosity [N s/m^2]');
     168                        fielddisplay(self,'heatcapacity','heat capacity [J/kg/K]');
     169                        fielddisplay(self,'thermalconductivity',['ice thermal conductivity [W/m/K]']);
     170                        fielddisplay(self,'temperateiceconductivity','temperate ice thermal conductivity [W/m/K]');
     171                        fielddisplay(self,'meltingpoint','melting point of ice at 1atm in K');
     172                        fielddisplay(self,'latentheat','latent heat of fusion [J/kg]');
     173                        fielddisplay(self,'beta','rate of change of melting point with pressure [K/Pa]');
     174                        fielddisplay(self,'mixed_layer_capacity','mixed layer capacity [W/kg/K]');
     175                        fielddisplay(self,'thermal_exchange_velocity','thermal exchange velocity [m/s]');
     176                        fielddisplay(self,'rheology_B','flow law parameter [Pa/s^(1/n)]');
     177                        fielddisplay(self,'rheology_n','Glen''s flow law exponent');
     178                        fielddisplay(self,'rheology_law',['law for the temperature dependance of the rheology: ''None'', ''Cuffey'', ''Paterson'', ''Arrhenius'' or ''LliboutryDuval''']);
     179                        fielddisplay(self,'lithosphere_shear_modulus','Lithosphere shear modulus [Pa]');
     180                        fielddisplay(self,'lithosphere_density','Lithosphere density [g/cm^-3]');
     181                        fielddisplay(self,'mantle_shear_modulus','Mantle shear modulus [Pa]');
     182                        fielddisplay(self,'mantle_density','Mantle density [g/cm^-3]');
     183                end % }}}
     184                function marshall(self,md,fid) % {{{
    181185                        WriteData(fid,'enum',MaterialsEnum(),'data',MaticeEnum(),'format','Integer');
    182                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','rho_ice','format','Double');
    183                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','rho_water','enum',MaterialsRhoSeawaterEnum(),'format','Double');
    184                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','rho_freshwater','format','Double');
    185                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','mu_water','format','Double');
    186                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','heatcapacity','format','Double');
    187                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','latentheat','format','Double');
    188                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','thermalconductivity','format','Double');
    189                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','temperateiceconductivity','format','Double');
    190                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','meltingpoint','format','Double');
    191                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','beta','format','Double');
    192                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','mixed_layer_capacity','format','Double');
    193                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','thermal_exchange_velocity','format','Double');
    194                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','rheology_B','format','DoubleMat','mattype',1);
    195                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','rheology_n','format','DoubleMat','mattype',2);
    196                         WriteData(fid,'data',StringToEnum(obj.rheology_law),'enum',MaterialsRheologyLawEnum(),'format','Integer');
    197 
    198                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','lithosphere_shear_modulus','format','Double');
    199                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','lithosphere_density','format','Double','scale',10^3);
    200                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','mantle_shear_modulus','format','Double');
    201                         WriteData(fid,'object',obj,'class','materials','fieldname','mantle_density','format','Double','scale',10^3);
     186                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','rho_ice','format','Double');
     187                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','rho_water','enum',MaterialsRhoSeawaterEnum(),'format','Double');
     188                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','rho_freshwater','format','Double');
     189                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','mu_water','format','Double');
     190                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','heatcapacity','format','Double');
     191                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','latentheat','format','Double');
     192                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','thermalconductivity','format','Double');
     193                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','temperateiceconductivity','format','Double');
     194                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','meltingpoint','format','Double');
     195                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','beta','format','Double');
     196                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','mixed_layer_capacity','format','Double');
     197                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','thermal_exchange_velocity','format','Double');
     198                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','rheology_B','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
     199                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','rheology_n','format','DoubleMat','mattype',2);
     200                        WriteData(fid,'data',StringToEnum(self.rheology_law),'enum',MaterialsRheologyLawEnum(),'format','Integer');
     201
     202                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','lithosphere_shear_modulus','format','Double');
     203                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','lithosphere_density','format','Double','scale',10^3);
     204                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','mantle_shear_modulus','format','Double');
     205                        WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','mantle_density','format','Double','scale',10^3);
    202206                end % }}}
    203207        end

  • issm/trunk/src/m/classes/matice.py

    r17989 r19105  
    11from fielddisplay import fielddisplay
     2from project3d import project3d
    23from EnumDefinitions import *
    34from StringToEnum import StringToEnum
    … …  
    6364                return string
    6465                #}}}
     66        def extrude(self,md): # {{{
     67                self.rheology_B=project3d(md,'vector',self.rheology_B,'type','node')
     68                self.rheology_n=project3d(md,'vector',self.rheology_n,'type','element')
     69                return self
     70        #}}}
    6571        def setdefaultparameters(self): # {{{
    6672                #ice density (kg/m^3)
    … …  
    117123                md = checkfield(md,'fieldname','materials.rho_freshwater','>',0)
    118124                md = checkfield(md,'fieldname','materials.mu_water','>',0)
    119                 md = checkfield(md,'fieldname','materials.rheology_B','>',0,'size',[md.mesh.numberofvertices])
     125                md = checkfield(md,'fieldname','materials.rheology_B','>',0,'timeseries',1,'NaN',1)
    120126                md = checkfield(md,'fieldname','materials.rheology_n','>',0,'size',[md.mesh.numberofelements])
    121127                md = checkfield(md,'fieldname','materials.rheology_law','values',['None','Cuffey','Paterson','Arrhenius','LliboutryDuval'])
    … …  
    140146                WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','mixed_layer_capacity','format','Double')
    141147                WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','thermal_exchange_velocity','format','Double')
     148                WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','rheology_B','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
    142149                WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','rheology_B','format','DoubleMat','mattype',1)
    143150                WriteData(fid,'object',self,'class','materials','fieldname','rheology_n','format','DoubleMat','mattype',2)

  • issm/trunk/src/m/classes/mesh2d.m

    r17989 r19105  
    88                x                           = NaN;
    99                y                           = NaN;
    10                 elements                    = NaN
     10                elements                    = NaN;
    1111                numberofelements            = 0;
    1212                numberofvertices            = 0;
    1313                numberofedges               = 0;
    1414
    15                 lat                         = NaN
    16                 long                        = NaN
    17                 hemisphere                  = NaN
     15                lat                         = NaN;
     16                long                        = NaN;
     17                epsg                        = 0;
    1818
    19                 vertexonboundary            = NaN
     19                vertexonboundary            = NaN;
    2020
    21                 edges                       = NaN
    22                 segments                    = NaN
    23                 segmentmarkers              = NaN
    24                 vertexconnectivity          = NaN
    25                 elementconnectivity         = NaN
     21                edges                       = NaN;
     22                segments                    = NaN;
     23                segmentmarkers              = NaN;
     24                vertexconnectivity          = NaN;
     25                elementconnectivity         = NaN;
    2626                average_vertex_connectivity = 0;
    2727
    28                 extractedvertices           = NaN
    29                 extractedelements           = NaN
     28                extractedvertices           = NaN;
     29                extractedelements           = NaN;
     30        end
     31        methods (Static)
     32                function self = loadobj(self) % {{{
     33                        % This function is directly called by matlab when a model selfect is
     34                        % loaded. Update old properties here
     35
     36                        %2014 Oct. 1st
     37                        if isstruct(self),
     38                                oldself=self;
     39                                %Assign property values from struct
     40                                self=structtoobj(mesh2d(),oldself);
     41                                if isfield(oldself,'hemisphere'),
     42                                        disp('md.mesh.hemisphere has been automatically converted to EPSG code');
     43                                        if strcmpi(oldself.hemisphere,'n'),
     44                                                self.epsg=3413;
     45                                        else
     46                                                self.epsg=3031;
     47                                        end
     48                                end
     49                        end
     50
     51                end% }}}
    3052        end
    3153        methods
    … …  
    4870                        end
    4971                end % }}}
    50                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     72                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    5173
    5274                        %the connectivity is the averaged number of nodes linked to a
    … …  
    5577                        %give a good memory/time ration. This value can be checked in
    5678                        %trunk/test/Miscellaneous/runme.m
    57                         obj.average_vertex_connectivity=25;
     79                        self.average_vertex_connectivity=25;
    5880                end % }}}
    59                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     81                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    6082
    6183                        md = checkfield(md,'fieldname','mesh.x','NaN',1,'size',[md.mesh.numberofvertices 1]);
    … …  
    7597                        end
    7698                end % }}}
    77                 function disp(obj) % {{{
     99                function disp(self) % {{{
    78100                        disp(sprintf('   2D tria Mesh (horizontal):'));
    79101
    80102                        disp(sprintf('\n      Elements and vertices:'));
    81                         fielddisplay(obj,'numberofelements','number of elements');
    82                         fielddisplay(obj,'numberofvertices','number of vertices');
    83                         fielddisplay(obj,'elements','vertex indices of the mesh elements');
    84                         fielddisplay(obj,'x','vertices x coordinate [m]');
    85                         fielddisplay(obj,'y','vertices y coordinate [m]');
    86                         fielddisplay(obj,'edges','edges of the 2d mesh (vertex1 vertex2 element1 element2)');
    87                         fielddisplay(obj,'numberofedges','number of edges of the 2d mesh');
     103                        fielddisplay(self,'numberofelements','number of elements');
     104                        fielddisplay(self,'numberofvertices','number of vertices');
     105                        fielddisplay(self,'elements','vertex indices of the mesh elements');
     106                        fielddisplay(self,'x','vertices x coordinate [m]');
     107                        fielddisplay(self,'y','vertices y coordinate [m]');
     108                        fielddisplay(self,'edges','edges of the 2d mesh (vertex1 vertex2 element1 element2)');
     109                        fielddisplay(self,'numberofedges','number of edges of the 2d mesh');
    88110
    89111                        disp(sprintf('\n      Properties:'));
    90                         fielddisplay(obj,'vertexonboundary','vertices on the boundary of the domain flag list');
    91                         fielddisplay(obj,'segments','edges on domain boundary (vertex1 vertex2 element)');
    92                         fielddisplay(obj,'segmentmarkers','number associated to each segment');
    93                         fielddisplay(obj,'vertexconnectivity','list of vertices connected to vertex_i');
    94                         fielddisplay(obj,'elementconnectivity','list of vertices connected to element_i');
    95                         fielddisplay(obj,'average_vertex_connectivity','average number of vertices connected to one vertex');
     112                        fielddisplay(self,'vertexonboundary','vertices on the boundary of the domain flag list');
     113                        fielddisplay(self,'segments','edges on domain boundary (vertex1 vertex2 element)');
     114                        fielddisplay(self,'segmentmarkers','number associated to each segment');
     115                        fielddisplay(self,'vertexconnectivity','list of vertices connected to vertex_i');
     116                        fielddisplay(self,'elementconnectivity','list of vertices connected to element_i');
     117                        fielddisplay(self,'average_vertex_connectivity','average number of vertices connected to one vertex');
    96118
    97119                        disp(sprintf('\n      Extracted model:'));
    98                         fielddisplay(obj,'extractedvertices','vertices extracted from the model');
    99                         fielddisplay(obj,'extractedelements','elements extracted from the model');
     120                        fielddisplay(self,'extractedvertices','vertices extracted from the model');
     121                        fielddisplay(self,'extractedelements','elements extracted from the model');
    100122
    101123                        disp(sprintf('\n      Projection:'));
    102                         fielddisplay(obj,'lat','vertices latitude [degrees]');
    103                         fielddisplay(obj,'long','vertices longitude [degrees]');
    104                         fielddisplay(obj,'hemisphere','Indicate hemisphere ''n'' or ''s'' ');
     124                        fielddisplay(self,'lat','vertices latitude [degrees]');
     125                        fielddisplay(self,'long','vertices longitude [degrees]');
     126                        fielddisplay(self,'epsg','EPSG code (ex: 3413 for UPS Greenland, 3031 for UPS Antarctica)');
    105127                end % }}}
    106         function createxml(obj,fid) % {{{
    107             fprintf(fid, '<!-- 2D tria Mesh (horizontal) -->\n');
    108            
    109             %elements and vertices
    110             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="Elements and vertices">','<section name="mesh" />');
    111             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="numberofelements" type="',class(obj.numberofelements),'" default="',convert2str(obj.numberofelements),'">','     <section name="mesh" />','     <help> number of elements </help>','  </parameter>');
    112             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="numberofvertices" type="',class(obj.numberofvertices),'" default="',convert2str(obj.numberofvertices),'">','     <section name="mesh" />','     <help> number of vertices </help>','  </parameter>');
    113             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="elements" type="',class(obj.elements),'" default="',convert2str(obj.elements),'">','     <section name="mesh" />','     <help> vertex indices of the mesh elements </help>','  </parameter>');
    114             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="x" type="',class(obj.x),'" default="',convert2str(obj.x),'">','     <section name="mesh" />','     <help> vertices x coordinate [m] </help>','  </parameter>');
    115             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="y" type="',class(obj.y),'" default="',convert2str(obj.y),'">','     <section name="mesh" />','     <help> vertices y coordinate [m] </help>','  </parameter>');
    116             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="edges" type="',class(obj.edges),'" default="',convert2str(obj.edges),'">','     <section name="mesh" />','     <help> edges of the 2d mesh (vertex1 vertex2 element1 element2) </help>','  </parameter>');
    117             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="numberofedges" type="',class(obj.numberofedges),'" default="',convert2str(obj.numberofedges),'">','     <section name="mesh" />','     <help> number of edges of the 2d mesh </help>','  </parameter>');
    118             fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
    119      
    120             % properties
    121             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="2" label="Properties">','<section name="mesh" />');             
    122             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vertexonboundary" type="',class(obj.vertexonboundary),'" default="',convert2str(obj.vertexonboundary),'">','     <section name="mesh" />','     <help> vertices on the boundary of the domain flag list </help>','  </parameter>');
    123             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="segments" type="',class(obj.segments),'" default="',convert2str(obj.segments),'">','     <section name="mesh" />','     <help> edges on domain boundary (vertex1 vertex2 element) </help>','  </parameter>');
    124             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="segmentmarkers" type="',class(obj.segmentmarkers),'" default="',convert2str(obj.segmentmarkers),'">','     <section name="mesh" />','     <help> number associated to each segment </help>','  </parameter>');
    125             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vertexconnectivity" type="',class(obj.vertexconnectivity),'" default="',convert2str(obj.vertexconnectivity),'">','     <section name="mesh" />','     <help> list of vertices connected to vertex_i </help>','  </parameter>');
    126             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="elementconnectivity" type="',class(obj.elementconnectivity),'" default="',convert2str(obj.elementconnectivity),'">','     <section name="mesh" />','     <help> list of vertices connected to element_i </help>','  </parameter>');
    127             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="average_vertex_connectivity" type="',class(obj.average_vertex_connectivity),'" default="',convert2str(obj.average_vertex_connectivity),'">','     <section name="mesh" />','     <help> average number of vertices connected to one vertex </help>','  </parameter>');
    128             fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
    129            
    130             %extracted model
    131             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="3" label="Extracted Model">','<section name="mesh" />');
    132             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="extractedvertices" type="',class(obj.extractedvertices),'" default="',convert2str(obj.extractedvertices),'">','     <section name="mesh" />','     <help> vertices extracted from the model </help>','  </parameter>');
    133             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="extractedelements" type="',class(obj.extractedelements),'" default="',convert2str(obj.extractedelements),'">','     <section name="mesh" />','     <help> elements extracted from the model </help>','  </parameter>');
    134             fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
    135            
    136             %projection
    137             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="4" label="Projection">','<section name="mesh" />');
    138             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="lat" type="',class(obj.lat),'" default="',convert2str(obj.lat),'">','     <section name="mesh" />','     <help> vertices latitude [degrees] </help>','  </parameter>');
    139             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="long" type="',class(obj.long),'" default="',convert2str(obj.long),'">','     <section name="mesh" />','     <help> verticies longitude [degrees] </help>','  </parameter>');
    140             % choice (hemisphere) 'n' or 's'
    141             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="hemisphere" type="alternative" optional="false">','     <section name="mesh" />','     <help> Indicate hemisphere ''n'' or ''s'' </help>');
    142             fprintf(fid,'%s\n','       <option value="n" type="string" default="true"> </option>');
    143             fprintf(fid,'%s\n','       <option value="s" type="string" default="false"> </option>');
    144             fprintf(fid,'%s\n','  </parameter>');
    145             fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
    146        
    147         end % }}}
    148                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
    149                         WriteData(fid,'enum',DomainTypeEnum(),'data',StringToEnum(['Domain' domaintype(obj)]),'format','Integer');
    150                         WriteData(fid,'enum',DomainDimensionEnum(),'data',dimension(obj),'format','Integer');
    151                         WriteData(fid,'enum',MeshElementtypeEnum(),'data',StringToEnum(elementtype(obj)),'format','Integer');
    152                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','x','format','DoubleMat','mattype',1);
    153                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','y','format','DoubleMat','mattype',1);
    154                         WriteData(fid,'enum',MeshZEnum(),'data',zeros(obj.numberofvertices,1),'format','DoubleMat','mattype',1);
    155                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','elements','format','DoubleMat','mattype',2);
    156                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','numberofelements','format','Integer');
    157                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','numberofvertices','format','Integer');
    158                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','average_vertex_connectivity','format','Integer');
    159                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','vertexonboundary','format','DoubleMat','mattype',1);
     128                function createxml(self,fid) % {{{
     129                        fprintf(fid, '<!-- 2D tria Mesh (horizontal) -->\n');
     130
     131                        %elements and vertices
     132                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="Elements and vertices">','<section name="mesh" />');
     133                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="numberofelements" type="',class(self.numberofelements),'" default="',convert2str(self.numberofelements),'">','     <section name="mesh" />','     <help> number of elements </help>','  </parameter>');
     134                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="numberofvertices" type="',class(self.numberofvertices),'" default="',convert2str(self.numberofvertices),'">','     <section name="mesh" />','     <help> number of vertices </help>','  </parameter>');
     135                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="elements" type="',class(self.elements),'" default="',convert2str(self.elements),'">','     <section name="mesh" />','     <help> vertex indices of the mesh elements </help>','  </parameter>');
     136                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="x" type="',class(self.x),'" default="',convert2str(self.x),'">','     <section name="mesh" />','     <help> vertices x coordinate [m] </help>','  </parameter>');
     137                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="y" type="',class(self.y),'" default="',convert2str(self.y),'">','     <section name="mesh" />','     <help> vertices y coordinate [m] </help>','  </parameter>');
     138                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="edges" type="',class(self.edges),'" default="',convert2str(self.edges),'">','     <section name="mesh" />','     <help> edges of the 2d mesh (vertex1 vertex2 element1 element2) </help>','  </parameter>');
     139                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="numberofedges" type="',class(self.numberofedges),'" default="',convert2str(self.numberofedges),'">','     <section name="mesh" />','     <help> number of edges of the 2d mesh </help>','  </parameter>');
     140                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
     141
     142                        % properties
     143                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="2" label="Properties">','<section name="mesh" />');             
     144                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vertexonboundary" type="',class(self.vertexonboundary),'" default="',convert2str(self.vertexonboundary),'">','     <section name="mesh" />','     <help> vertices on the boundary of the domain flag list </help>','  </parameter>');
     145                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="segments" type="',class(self.segments),'" default="',convert2str(self.segments),'">','     <section name="mesh" />','     <help> edges on domain boundary (vertex1 vertex2 element) </help>','  </parameter>');
     146                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="segmentmarkers" type="',class(self.segmentmarkers),'" default="',convert2str(self.segmentmarkers),'">','     <section name="mesh" />','     <help> number associated to each segment </help>','  </parameter>');
     147                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vertexconnectivity" type="',class(self.vertexconnectivity),'" default="',convert2str(self.vertexconnectivity),'">','     <section name="mesh" />','     <help> list of vertices connected to vertex_i </help>','  </parameter>');
     148                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="elementconnectivity" type="',class(self.elementconnectivity),'" default="',convert2str(self.elementconnectivity),'">','     <section name="mesh" />','     <help> list of vertices connected to element_i </help>','  </parameter>');
     149                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="average_vertex_connectivity" type="',class(self.average_vertex_connectivity),'" default="',convert2str(self.average_vertex_connectivity),'">','     <section name="mesh" />','     <help> average number of vertices connected to one vertex </help>','  </parameter>');
     150                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
     151
     152                        %extracted model
     153                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="3" label="Extracted Model">','<section name="mesh" />');
     154                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="extractedvertices" type="',class(self.extractedvertices),'" default="',convert2str(self.extractedvertices),'">','     <section name="mesh" />','     <help> vertices extracted from the model </help>','  </parameter>');
     155                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="extractedelements" type="',class(self.extractedelements),'" default="',convert2str(self.extractedelements),'">','     <section name="mesh" />','     <help> elements extracted from the model </help>','  </parameter>');
     156                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
     157
     158                        %projection
     159                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="4" label="Projection">','<section name="mesh" />');
     160                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="lat" type="',class(self.lat),'" default="',convert2str(self.lat),'">','     <section name="mesh" />','     <help> vertices latitude [degrees] </help>','  </parameter>');
     161                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="long" type="',class(self.long),'" default="',convert2str(self.long),'">','     <section name="mesh" />','     <help> verticies longitude [degrees] </help>','  </parameter>');
     162                        % choice (epsg) 'n' or 's'
     163                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="epsg" type="alternative" optional="false">','     <section name="mesh" />','     <help> Indicate epsg ''n'' or ''s'' </help>');
     164                        fprintf(fid,'%s\n','       <option value="n" type="string" default="true"> </option>');
     165                        fprintf(fid,'%s\n','       <option value="s" type="string" default="false"> </option>');
     166                        fprintf(fid,'%s\n','  </parameter>');
     167                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
     168
    160169                end % }}}
    161                 function t = domaintype(obj) % {{{
     170                function marshall(self,md,fid) % {{{
     171                        WriteData(fid,'enum',DomainTypeEnum(),'data',StringToEnum(['Domain' domaintype(self)]),'format','Integer');
     172                        WriteData(fid,'enum',DomainDimensionEnum(),'data',dimension(self),'format','Integer');
     173                        WriteData(fid,'enum',MeshElementtypeEnum(),'data',StringToEnum(elementtype(self)),'format','Integer');
     174                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','x','format','DoubleMat','mattype',1);
     175                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','y','format','DoubleMat','mattype',1);
     176                        WriteData(fid,'enum',MeshZEnum(),'data',zeros(self.numberofvertices,1),'format','DoubleMat','mattype',1);
     177                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','elements','format','DoubleMat','mattype',2);
     178                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','numberofelements','format','Integer');
     179                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','numberofvertices','format','Integer');
     180                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','average_vertex_connectivity','format','Integer');
     181                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','vertexonboundary','format','DoubleMat','mattype',1);
     182                end % }}}
     183                function t = domaintype(self) % {{{
    162184                        t = '2Dhorizontal';
    163185                end % }}}
    164                 function d = dimension(obj) % {{{
     186                function d = dimension(self) % {{{
    165187                        d = 2;
    166188                end % }}}
    167                 function s = elementtype(obj) % {{{
     189                function s = elementtype(self) % {{{
    168190                        s = 'Tria';
    169191                end % }}}

  • issm/trunk/src/m/classes/mesh2d.py

    r17806 r19105  
    2424                self.lat                         = float('NaN');
    2525                self.long                        = float('NaN');
    26                 self.hemisphere                  = float('NaN');
     26                self.epsg                        = 0;
    2727
    2828                self.vertexonboundary            = float('NaN');
    … …  
    6868                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"lat","vertices latitude [degrees]"))
    6969                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"long","vertices longitude [degrees]"))
    70                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"hemisphere","Indicate hemisphere 'n' or 's'"))
     70                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"epsg","EPSG code (ex: 3413 for UPS Greenland, 3031 for UPS Antarctica)"))
    7171                return string
    7272                #}}}

  • issm/trunk/src/m/classes/mesh2dvertical.m

    r17989 r19105  
    88                x                           = NaN;
    99                y                           = NaN;
    10                 elements                    = NaN
     10                elements                    = NaN;
    1111                numberofelements            = 0;
    1212                numberofvertices            = 0;
    1313                numberofedges               = 0;
    1414
    15                 lat                         = NaN
    16                 long                        = NaN
    17                 hemisphere                  = NaN
    18 
    19                 vertexonboundary            = NaN
    20                 vertexonbase                 = NaN
    21                 vertexonsurface             = NaN
    22 
    23                 edges                       = NaN
    24                 segments                    = NaN
    25                 segmentmarkers              = NaN
    26                 vertexconnectivity          = NaN
    27                 elementconnectivity         = NaN
     15                lat                         = NaN;
     16                long                        = NaN;
     17                epsg                        = NaN;
     18
     19                vertexonboundary            = NaN;
     20                vertexonbase                = NaN;
     21                vertexonsurface             = NaN;
     22
     23                edges                       = NaN;
     24                segments                    = NaN;
     25                segmentmarkers              = NaN;
     26                vertexconnectivity          = NaN;
     27                elementconnectivity         = NaN;
    2828                average_vertex_connectivity = 0;
    2929        end
     30        methods (Static)
     31                function self = loadobj(self) % {{{
     32                        % This function is directly called by matlab when a model selfect is
     33                        % loaded. Update old properties here
     34
     35                        %2014 Oct. 1st
     36                        if isstruct(self),
     37                                oldself=self;
     38                                %Assign property values from struct
     39                                self=structtoobj(mesh2dvertical(),oldself);
     40                                if isfield(oldself,'hemisphere'),
     41                                        disp('md.mesh.hemisphere has been automatically converted to EPSG code');
     42                                        if strcmpi(oldself.hemisphere,'n'),
     43                                                self.epsg=3413;
     44                                        else
     45                                                self.epsg=3031;
     46                                        end
     47                                end
     48                        end
     49
     50                end% }}}
     51        end
    3052        methods
    31                 function createxml(obj,fid) % {{{
    32             fprintf(fid, '<!-- 2d Mesh (Vertical) -->\n');
    33            
    34             %elements and vertices
    35             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','       <frame key="1" label="Elements and vertices">','       <section name="mesh" />');
    36             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','          <parameter key ="numberofelements" type="',class(obj.numberofelements),'" default="',convert2str(obj.numberofelements),'">','              <help> number of elements </help>','          </parameter>');
    37             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','          <parameter key ="numberofvertices" type="',class(obj.numberofvertices),'" default="',convert2str(obj.numberofvertices),'">','              <help> number of vertices </help>','          </parameter>');
    38             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','          <parameter key ="elements" type="',class(obj.elements),'" default="',convert2str(obj.elements),'">','              <help> vertex indices of the mesh elements </help>','          </parameter>');
    39             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="x" type="',class(obj.x),'" default="',convert2str(obj.x),'">','     <section name="mesh" />','     <help> vertices x coordinate [m] </help>','  </parameter>');
    40             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="y" type="',class(obj.y),'" default="',convert2str(obj.y),'">','     <section name="mesh" />','     <help> vertices y coordinate [m] </help>','  </parameter>');
    41             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="edges" type="',class(obj.edges),'" default="',convert2str(obj.edges),'">','     <section name="mesh" />','     <help> edges of the 2d mesh (vertex1 vertex2 element1 element2) </help>','  </parameter>');
    42             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="numberofedges" type="',class(obj.numberofedges),'" default="',convert2str(obj.numberofedges),'">','     <section name="mesh" />','     <help> number of edges of the 2d mesh </help>','  </parameter>');
    43             fprintf(fid,'%s\n%s\n','       </frame>');
    44      
    45             % properties
    46             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="2" label="Properties">','<section name="mesh" />');             
    47             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vertexonboundary" type="',class(obj.vertexonboundary),'" default="',convert2str(obj.vertexonboundary),'">','     <section name="mesh" />','     <help> vertices on the boundary of the domain flag list </help>','  </parameter>');
    48             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vertexonbase" type="',class(obj.vertexonbase),'" default="',convert2str(obj.vertexonbase),'">','     <section name="mesh" />','     <help> vertices on the bed of the domain flag list </help>','  </parameter>');           
    49             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="segments" type="',class(obj.segments),'" default="',convert2str(obj.segments),'">','     <section name="mesh" />','     <help> edges on domain boundary (vertex1 vertex2 element) </help>','  </parameter>');
    50             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="segmentmarkers" type="',class(obj.segmentmarkers),'" default="',convert2str(obj.segmentmarkers),'">','     <section name="mesh" />','     <help> number associated to each segment </help>','  </parameter>');
    51             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vertexconnectivity" type="',class(obj.vertexconnectivity),'" default="',convert2str(obj.vertexconnectivity),'">','     <section name="mesh" />','     <help> list of vertices connected to vertex_i </help>','  </parameter>');
    52             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="elementconnectivity" type="',class(obj.elementconnectivity),'" default="',convert2str(obj.elementconnectivity),'">','     <section name="mesh" />','     <help> list of vertices connected to element_i </help>','  </parameter>');
    53             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="average_vertex_connectivity" type="',class(obj.average_vertex_connectivity),'" default="',convert2str(obj.average_vertex_connectivity),'">','     <section name="mesh" />','     <help> average number of vertices connected to one vertex </help>','  </parameter>');
    54             fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
    55 
    56             %projection
    57             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="3" label="Projection">','<section name="mesh" />');
    58             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="lat" type="',class(obj.lat),'" default="',convert2str(obj.lat),'">','     <section name="mesh" />','     <help> vertices latitude [degrees] </help>','  </parameter>');
    59             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="long" type="',class(obj.long),'" default="',convert2str(obj.long),'">','     <section name="mesh" />','     <help> verticies longitude [degrees] </help>','  </parameter>');
    60             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="hemisphere" type="',class(obj.hemisphere),'" default="',convert2str(obj.hemisphere),'">','     <section name="mesh" />','     <help> Indicate hemisphere ''n'' or ''s'' </help>','  </parameter>');
    61             fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
    62        
    63         end % }}}
    64                 function obj = mesh2dvertical(varargin) % {{{
     53                function createxml(self,fid) % {{{
     54                        fprintf(fid, '<!-- 2d Mesh (Vertical) -->\n');
     55
     56                        %elements and vertices
     57                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','       <frame key="1" label="Elements and vertices">','       <section name="mesh" />');
     58                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','          <parameter key ="numberofelements" type="',class(self.numberofelements),'" default="',convert2str(self.numberofelements),'">','              <help> number of elements </help>','          </parameter>');
     59                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','          <parameter key ="numberofvertices" type="',class(self.numberofvertices),'" default="',convert2str(self.numberofvertices),'">','              <help> number of vertices </help>','          </parameter>');
     60                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','          <parameter key ="elements" type="',class(self.elements),'" default="',convert2str(self.elements),'">','              <help> vertex indices of the mesh elements </help>','          </parameter>');
     61                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="x" type="',class(self.x),'" default="',convert2str(self.x),'">','     <section name="mesh" />','     <help> vertices x coordinate [m] </help>','  </parameter>');
     62                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="y" type="',class(self.y),'" default="',convert2str(self.y),'">','     <section name="mesh" />','     <help> vertices y coordinate [m] </help>','  </parameter>');
     63                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="edges" type="',class(self.edges),'" default="',convert2str(self.edges),'">','     <section name="mesh" />','     <help> edges of the 2d mesh (vertex1 vertex2 element1 element2) </help>','  </parameter>');
     64                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="numberofedges" type="',class(self.numberofedges),'" default="',convert2str(self.numberofedges),'">','     <section name="mesh" />','     <help> number of edges of the 2d mesh </help>','  </parameter>');
     65                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','       </frame>');
     66
     67                        % properties
     68                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="2" label="Properties">','<section name="mesh" />');             
     69                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vertexonboundary" type="',class(self.vertexonboundary),'" default="',convert2str(self.vertexonboundary),'">','     <section name="mesh" />','     <help> vertices on the boundary of the domain flag list </help>','  </parameter>');
     70                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vertexonbase" type="',class(self.vertexonbase),'" default="',convert2str(self.vertexonbase),'">','     <section name="mesh" />','     <help> vertices on the bed of the domain flag list </help>','  </parameter>');           
     71                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="segments" type="',class(self.segments),'" default="',convert2str(self.segments),'">','     <section name="mesh" />','     <help> edges on domain boundary (vertex1 vertex2 element) </help>','  </parameter>');
     72                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="segmentmarkers" type="',class(self.segmentmarkers),'" default="',convert2str(self.segmentmarkers),'">','     <section name="mesh" />','     <help> number associated to each segment </help>','  </parameter>');
     73                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vertexconnectivity" type="',class(self.vertexconnectivity),'" default="',convert2str(self.vertexconnectivity),'">','     <section name="mesh" />','     <help> list of vertices connected to vertex_i </help>','  </parameter>');
     74                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="elementconnectivity" type="',class(self.elementconnectivity),'" default="',convert2str(self.elementconnectivity),'">','     <section name="mesh" />','     <help> list of vertices connected to element_i </help>','  </parameter>');
     75                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="average_vertex_connectivity" type="',class(self.average_vertex_connectivity),'" default="',convert2str(self.average_vertex_connectivity),'">','     <section name="mesh" />','     <help> average number of vertices connected to one vertex </help>','  </parameter>');
     76                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
     77
     78                        %projection
     79                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="3" label="Projection">','<section name="mesh" />');
     80                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="lat" type="',class(self.lat),'" default="',convert2str(self.lat),'">','     <section name="mesh" />','     <help> vertices latitude [degrees] </help>','  </parameter>');
     81                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="long" type="',class(self.long),'" default="',convert2str(self.long),'">','     <section name="mesh" />','     <help> verticies longitude [degrees] </help>','  </parameter>');
     82                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="epsg" type="',class(self.epsg),'" default="',convert2str(self.epsg),'">','     <section name="mesh" />','     <help> Indicate epsg ''n'' or ''s'' </help>','  </parameter>');
     83                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
     84
     85                end % }}}
     86                function self = mesh2dvertical(varargin) % {{{
    6587                        switch nargin
    6688                                case 0
    67                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     89                                        self=setdefaultparameters(self);
    6890                                case 1
    6991                                        inputstruct=varargin{1};
    … …  
    7395                                                fieldname = list1{i};
    7496                                                if ismember(fieldname,list2),
    75                                                         obj.(fieldname) = inputstruct.(fieldname);
     97                                                        self.(fieldname) = inputstruct.(fieldname);
    7698                                                end
    7799                                        end
    … …  
    80102                        end
    81103                end % }}}
    82                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     104                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    83105
    84106                        %the connectivity is the averaged number of nodes linked to a
    … …  
    87109                        %give a good memory/time ration. This value can be checked in
    88110                        %trunk/test/Miscellaneous/runme.m
    89                         obj.average_vertex_connectivity=25;
    90                 end % }}}
    91                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     111                        self.average_vertex_connectivity=25;
     112                end % }}}
     113                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    92114
    93115                        md = checkfield(md,'fieldname','mesh.x','NaN',1,'size',[md.mesh.numberofvertices 1]);
    … …  
    109131                        end
    110132                end % }}}
    111                 function disp(obj) % {{{
     133                function disp(self) % {{{
    112134                        disp(sprintf('   2D tria Mesh (vertical):'));
    113135
    114136                        disp(sprintf('\n      Elements and vertices:'));
    115                         fielddisplay(obj,'numberofelements','number of elements');
    116                         fielddisplay(obj,'numberofvertices','number of vertices');
    117                         fielddisplay(obj,'elements','vertex indices of the mesh elements');
    118                         fielddisplay(obj,'x','vertices x coordinate [m]');
    119                         fielddisplay(obj,'y','vertices y coordinate [m]');
    120                         fielddisplay(obj,'edges','edges of the 2d mesh (vertex1 vertex2 element1 element2)');
    121                         fielddisplay(obj,'numberofedges','number of edges of the 2d mesh');
     137                        fielddisplay(self,'numberofelements','number of elements');
     138                        fielddisplay(self,'numberofvertices','number of vertices');
     139                        fielddisplay(self,'elements','vertex indices of the mesh elements');
     140                        fielddisplay(self,'x','vertices x coordinate [m]');
     141                        fielddisplay(self,'y','vertices y coordinate [m]');
     142                        fielddisplay(self,'edges','edges of the 2d mesh (vertex1 vertex2 element1 element2)');
     143                        fielddisplay(self,'numberofedges','number of edges of the 2d mesh');
    122144
    123145                        disp(sprintf('\n      Properties:'));
    124                         fielddisplay(obj,'vertexonboundary','vertices on the boundary of the domain flag list');
    125                         fielddisplay(obj,'vertexonbase','vertices on the bed of the domain flag list');
    126                         fielddisplay(obj,'vertexonsurface','vertices on the surface of the domain flag list');
    127                         fielddisplay(obj,'segments','edges on domain boundary (vertex1 vertex2 element)');
    128                         fielddisplay(obj,'segmentmarkers','number associated to each segment');
    129                         fielddisplay(obj,'vertexconnectivity','list of vertices connected to vertex_i');
    130                         fielddisplay(obj,'elementconnectivity','list of vertices connected to element_i');
    131                         fielddisplay(obj,'average_vertex_connectivity','average number of vertices connected to one vertex');
     146                        fielddisplay(self,'vertexonboundary','vertices on the boundary of the domain flag list');
     147                        fielddisplay(self,'vertexonbase','vertices on the bed of the domain flag list');
     148                        fielddisplay(self,'vertexonsurface','vertices on the surface of the domain flag list');
     149                        fielddisplay(self,'segments','edges on domain boundary (vertex1 vertex2 element)');
     150                        fielddisplay(self,'segmentmarkers','number associated to each segment');
     151                        fielddisplay(self,'vertexconnectivity','list of vertices connected to vertex_i');
     152                        fielddisplay(self,'elementconnectivity','list of vertices connected to element_i');
     153                        fielddisplay(self,'average_vertex_connectivity','average number of vertices connected to one vertex');
    132154
    133155                        disp(sprintf('\n      Projection:'));
    134                         fielddisplay(obj,'lat','vertices latitude [degrees]');
    135                         fielddisplay(obj,'long','vertices longitude [degrees]');
    136                         fielddisplay(obj,'hemisphere','Indicate hemisphere ''n'' or ''s'' ');
    137                 end % }}}
    138                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
    139                         WriteData(fid,'enum',DomainTypeEnum(),'data',StringToEnum(['Domain' domaintype(obj)]),'format','Integer');
    140                         WriteData(fid,'enum',DomainDimensionEnum(),'data',dimension(obj),'format','Integer');
    141                         WriteData(fid,'enum',MeshElementtypeEnum(),'data',StringToEnum(elementtype(obj)),'format','Integer');
    142                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','x','format','DoubleMat','mattype',1);
    143                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','y','format','DoubleMat','mattype',1);
    144                         WriteData(fid,'enum',MeshZEnum(),'data',zeros(obj.numberofvertices,1),'format','DoubleMat','mattype',1);
    145                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','elements','format','DoubleMat','mattype',2);
    146                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','numberofelements','format','Integer');
    147                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','numberofvertices','format','Integer');
    148                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','vertexonbase','format','BooleanMat','mattype',1);
    149                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','vertexonsurface','format','BooleanMat','mattype',1);
    150                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','average_vertex_connectivity','format','Integer');
    151                 end % }}}
    152                 function t = domaintype(obj) % {{{
     156                        fielddisplay(self,'lat','vertices latitude [degrees]');
     157                        fielddisplay(self,'long','vertices longitude [degrees]');
     158                        fielddisplay(self,'epsg','EPSG code (ex: 3413 for UPS Greenland, 3031 for UPS Antarctica)');
     159                end % }}}
     160                function marshall(self,md,fid) % {{{
     161                        WriteData(fid,'enum',DomainTypeEnum(),'data',StringToEnum(['Domain' domaintype(self)]),'format','Integer');
     162                        WriteData(fid,'enum',DomainDimensionEnum(),'data',dimension(self),'format','Integer');
     163                        WriteData(fid,'enum',MeshElementtypeEnum(),'data',StringToEnum(elementtype(self)),'format','Integer');
     164                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','x','format','DoubleMat','mattype',1);
     165                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','y','format','DoubleMat','mattype',1);
     166                        WriteData(fid,'enum',MeshZEnum(),'data',zeros(self.numberofvertices,1),'format','DoubleMat','mattype',1);
     167                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','elements','format','DoubleMat','mattype',2);
     168                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','numberofelements','format','Integer');
     169                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','numberofvertices','format','Integer');
     170                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','vertexonbase','format','BooleanMat','mattype',1);
     171                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','vertexonsurface','format','BooleanMat','mattype',1);
     172                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','average_vertex_connectivity','format','Integer');
     173                end % }}}
     174                function t = domaintype(self) % {{{
    153175                        t = '2Dvertical';
    154176                end % }}}
    155                 function d = dimension(obj) % {{{
     177                function d = dimension(self) % {{{
    156178                        d = 2;
    157179                end % }}}
    158                 function s = elementtype(obj) % {{{
     180                function s = elementtype(self) % {{{
    159181                        s = 'Tria';
    160182                end % }}}

  • issm/trunk/src/m/classes/mesh3dprisms.m

    r18301 r19105  
    88                x                           = NaN;
    99                y                           = NaN;
    10                 z                           = NaN
    11                 elements                    = NaN
     10                z                           = NaN;
     11                elements                    = NaN;
    1212                numberoflayers              = 0;
    1313                numberofelements            = 0;
    1414                numberofvertices            = 0;
    1515
    16                 lat                         = NaN
    17                 long                        = NaN
    18                 hemisphere                  = NaN
    19 
    20                 vertexonbase                 = NaN
    21                 vertexonsurface             = NaN
    22                 lowerelements               = NaN
    23                 lowervertex                 = NaN
    24                 upperelements               = NaN
    25                 uppervertex                 = NaN
    26                 vertexonboundary            = NaN
    27 
    28                 vertexconnectivity          = NaN
    29                 elementconnectivity         = NaN
     16                lat                         = NaN;
     17                long                        = NaN;
     18                epsg                        = 0;
     19
     20                vertexonbase                = NaN;
     21                vertexonsurface             = NaN;
     22                lowerelements               = NaN;
     23                lowervertex                 = NaN;
     24                upperelements               = NaN;
     25                uppervertex                 = NaN;
     26                vertexonboundary            = NaN;
     27
     28                vertexconnectivity          = NaN;
     29                elementconnectivity         = NaN;
    3030                average_vertex_connectivity = 0;
    3131
    32                 x2d                         = NaN
    33                 y2d                         = NaN
    34                 elements2d                  = NaN
     32                x2d                         = NaN;
     33                y2d                         = NaN;
     34                elements2d                  = NaN;
    3535                numberofvertices2d          = 0;
    3636                numberofelements2d          = 0;
    3737
    38                 extractedvertices           = NaN
    39                 extractedelements           = NaN
     38                extractedvertices           = NaN;
     39                extractedelements           = NaN;
     40        end
     41        methods (Static)
     42                function self = loadobj(self) % {{{
     43                        % This function is directly called by matlab when a model selfect is
     44                        % loaded. Update old properties here
     45
     46                        %2014 Oct. 1st
     47                        if isstruct(self),
     48                                oldself=self;
     49                                %Assign property values from struct
     50                                self=structtoobj(mesh3dprisms(),oldself);
     51                                if isfield(oldself,'hemisphere'),
     52                                        disp('md.mesh.hemisphere has been automatically converted to EPSG code');
     53                                        if strcmpi(oldself.hemisphere,'n'),
     54                                                self.epsg=3413;
     55                                        else
     56                                                self.epsg=3031;
     57                                        end
     58                                end
     59                        end
     60
     61                end% }}}
    4062        end
    4163        methods
    42            function createxml(obj,fid) % {{{
    43             fprintf(fid, '<!-- 3D prism Mesh -->\n');
    44            
    45             % Elements and verticies of the original 2d mesh
    46             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','       <frame key="1" label="Elements and vertices of the orginal 2d mesh">','       <section name="mesh3dprisms" />');
    47             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','          <parameter key ="numberofelements2d" type="',class(obj.numberofelements2d),'" default="',convert2str(obj.numberofelements2d),'">','              <help> number of elements </help>','          </parameter>');
    48             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','          <parameter key ="numberofvertices2d" type="',class(obj.numberofvertices2d),'" default="',convert2str(obj.numberofvertices2d),'">','              <help> number of vertices </help>','          </parameter>');
    49             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','          <parameter key ="elements2d" type="',class(obj.elements2d),'" default="',convert2str(obj.elements2d),'">','              <help> vertex indices of the mesh elements </help>','          </parameter>');
    50             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="x2d" type="',class(obj.x2d),'" default="',convert2str(obj.x2d),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> vertices x coordinate [m] </help>','  </parameter>');
    51             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="y2d" type="',class(obj.y2d),'" default="',convert2str(obj.y2d),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> vertices y coordinate [m] </help>','  </parameter>');
    52             fprintf(fid,'%s\n%s\n','       </frame>');
    53            
    54             % Elements and vertices of the extruded 3d mesh
    55             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','       <frame key="2" label="Elements and vertices of the orginal 3d mesh">','       <section name="mesh3dprisms" />');
    56             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','          <parameter key ="numberofelements" type="',class(obj.numberofelements),'" default="',convert2str(obj.numberofelements),'">','              <help> number of elements </help>','          </parameter>');
    57             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','          <parameter key ="numberofvertices" type="',class(obj.numberofvertices),'" default="',convert2str(obj.numberofvertices),'">','              <help> number of vertices </help>','          </parameter>');
    58             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','          <parameter key ="elements" type="',class(obj.elements),'" default="',convert2str(obj.elements),'">','              <help> vertex indices of the mesh elements </help>','          </parameter>');
    59             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="x" type="',class(obj.x),'" default="',convert2str(obj.x),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> vertices x coordinate [m] </help>','  </parameter>');
    60             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="y" type="',class(obj.y),'" default="',convert2str(obj.y),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> vertices y coordinate [m] </help>','  </parameter>');
    61             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="z" type="',class(obj.y),'" default="',convert2str(obj.y),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> vertices z coordinate [m] </help>','  </parameter>');
    62             fprintf(fid,'%s\n%s\n','       </frame>');
    63      
    64             % properties
    65             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="3" label="Properties">','<section name="mesh3dprisms" />');             
    66             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="numberoflayers" type="',class(obj.numberoflayers),'" default="',convert2str(obj.numberoflayers),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> number of extrusion layers </help>','  </parameter>');
    67             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vertexonbase" type="',class(obj.vertexonbase),'" default="',convert2str(obj.vertexonbase),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> lower vertices flags list </help>','  </parameter>');
    68             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="elementontbase" type="',class(obj.elementontbase),'" default="',convert2str(obj.elementontbase),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> lower elements flags list </help>','  </parameter>');
    69             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vertexonsurface" type="',class(obj.vertexonsurface),'" default="',convert2str(obj.vertexonsurface),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> upper vertices flags list </help>','  </parameter>');
    70             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="elementontsurface" type="',class(obj.elementontsurface),'" default="',convert2str(obj.elementontsurface),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> upper elements flags list </help>','  </parameter>');
    71             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="uppervertex" type="',class(obj.uppervertex),'" default="',convert2str(obj.uppervertex),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> upper vertex list (NaN for vertex on the upper surface) </help>','  </parameter>');
    72             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="upperelements" type="',class(obj.upperelements),'" default="',convert2str(obj.upperelements),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> upper element list (NaN for element on the upper layer) </help>','  </parameter>');
    73             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="lowervertex" type="',class(obj.lowervertex),'" default="',convert2str(obj.lowervertex),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> lower vertex list (NaN for vertex on the lower surface) </help>','  </parameter>');
    74             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="lowerelements" type="',class(obj.lowerelements),'" default="',convert2str(obj.lowerelements),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> element list (NaN for element on the lower layer) </help>','  </parameter>');
    75             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vertexonboundary" type="',class(obj.vertexonboundary),'" default="',convert2str(obj.vertexonboundary),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> vertices on the boundary of the domain flag list </help>','  </parameter>');
    76             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vertexconnectivity" type="',class(obj.vertexconnectivity),'" default="',convert2str(obj.vertexconnectivity),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> list of vertices connected to vertex_i </help>','  </parameter>');
    77             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="elementconnectivity" type="',class(obj.elementconnectivity),'" default="',convert2str(obj.elementconnectivity),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> average number of vertices connected to one vertex </help>','  </parameter>');
    78             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="average_vertex_connectivity" type="',class(obj.average_vertex_connectivity),'" default="',convert2str(obj.average_vertex_connectivity),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> average number of vertices connected to one vertex </help>','  </parameter>');
    79             fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
    80            
    81             % Extracted model
    82             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="4" label="Extracted Model">','<section name="mesh3dprisms" />');
    83             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="extractedvertices" type="',class(obj.extractedvertices),'" default="',convert2str(obj.extractedvertices),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> vertices extracted from the model </help>','  </parameter>');
    84             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="extractedelements" type="',class(obj.extractedelements),'" default="',convert2str(obj.extractedelements),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> elements extracted from the model </help>','  </parameter>');
    85             fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
    86            
    87             % Projection
    88             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="5" label="Projection">','<section name="mesh3dprisms" />');
    89             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="lat" type="',class(obj.lat),'" default="',convert2str(obj.lat),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> vertices latitude [degrees] </help>','  </parameter>');
    90             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="long" type="',class(obj.long),'" default="',convert2str(obj.long),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> verticies longitude [degrees] </help>','  </parameter>');
    91             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="hemisphere" type="',class(obj.hemisphere),'" default="',convert2str(obj.hemisphere),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> Indicate hemisphere ''n'' or ''s'' </help>','  </parameter>');
    92             fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
    93        
    94         end % }}}cd
     64                function createxml(self,fid) % {{{
     65                        fprintf(fid, '<!-- 3D prism Mesh -->\n');
     66
     67                        % Elements and verticies of the original 2d mesh
     68                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','       <frame key="1" label="Elements and vertices of the orginal 2d mesh">','       <section name="mesh3dprisms" />');
     69                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','          <parameter key ="numberofelements2d" type="',class(self.numberofelements2d),'" default="',convert2str(self.numberofelements2d),'">','              <help> number of elements </help>','          </parameter>');
     70                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','          <parameter key ="numberofvertices2d" type="',class(self.numberofvertices2d),'" default="',convert2str(self.numberofvertices2d),'">','              <help> number of vertices </help>','          </parameter>');
     71                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','          <parameter key ="elements2d" type="',class(self.elements2d),'" default="',convert2str(self.elements2d),'">','              <help> vertex indices of the mesh elements </help>','          </parameter>');
     72                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="x2d" type="',class(self.x2d),'" default="',convert2str(self.x2d),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> vertices x coordinate [m] </help>','  </parameter>');
     73                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="y2d" type="',class(self.y2d),'" default="',convert2str(self.y2d),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> vertices y coordinate [m] </help>','  </parameter>');
     74                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','       </frame>');
     75
     76                        % Elements and vertices of the extruded 3d mesh
     77                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','       <frame key="2" label="Elements and vertices of the orginal 3d mesh">','       <section name="mesh3dprisms" />');
     78                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','          <parameter key ="numberofelements" type="',class(self.numberofelements),'" default="',convert2str(self.numberofelements),'">','              <help> number of elements </help>','          </parameter>');
     79                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','          <parameter key ="numberofvertices" type="',class(self.numberofvertices),'" default="',convert2str(self.numberofvertices),'">','              <help> number of vertices </help>','          </parameter>');
     80                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','          <parameter key ="elements" type="',class(self.elements),'" default="',convert2str(self.elements),'">','              <help> vertex indices of the mesh elements </help>','          </parameter>');
     81                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="x" type="',class(self.x),'" default="',convert2str(self.x),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> vertices x coordinate [m] </help>','  </parameter>');
     82                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="y" type="',class(self.y),'" default="',convert2str(self.y),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> vertices y coordinate [m] </help>','  </parameter>');
     83                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="z" type="',class(self.y),'" default="',convert2str(self.y),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> vertices z coordinate [m] </help>','  </parameter>');
     84                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','       </frame>');
     85
     86                        % properties
     87                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="3" label="Properties">','<section name="mesh3dprisms" />');             
     88                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="numberoflayers" type="',class(self.numberoflayers),'" default="',convert2str(self.numberoflayers),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> number of extrusion layers </help>','  </parameter>');
     89                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vertexonbase" type="',class(self.vertexonbase),'" default="',convert2str(self.vertexonbase),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> lower vertices flags list </help>','  </parameter>');
     90                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="elementontbase" type="',class(self.elementontbase),'" default="',convert2str(self.elementontbase),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> lower elements flags list </help>','  </parameter>');
     91                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vertexonsurface" type="',class(self.vertexonsurface),'" default="',convert2str(self.vertexonsurface),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> upper vertices flags list </help>','  </parameter>');
     92                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="elementontsurface" type="',class(self.elementontsurface),'" default="',convert2str(self.elementontsurface),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> upper elements flags list </help>','  </parameter>');
     93                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="uppervertex" type="',class(self.uppervertex),'" default="',convert2str(self.uppervertex),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> upper vertex list (NaN for vertex on the upper surface) </help>','  </parameter>');
     94                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="upperelements" type="',class(self.upperelements),'" default="',convert2str(self.upperelements),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> upper element list (NaN for element on the upper layer) </help>','  </parameter>');
     95                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="lowervertex" type="',class(self.lowervertex),'" default="',convert2str(self.lowervertex),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> lower vertex list (NaN for vertex on the lower surface) </help>','  </parameter>');
     96                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="lowerelements" type="',class(self.lowerelements),'" default="',convert2str(self.lowerelements),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> element list (NaN for element on the lower layer) </help>','  </parameter>');
     97                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vertexonboundary" type="',class(self.vertexonboundary),'" default="',convert2str(self.vertexonboundary),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> vertices on the boundary of the domain flag list </help>','  </parameter>');
     98                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vertexconnectivity" type="',class(self.vertexconnectivity),'" default="',convert2str(self.vertexconnectivity),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> list of vertices connected to vertex_i </help>','  </parameter>');
     99                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="elementconnectivity" type="',class(self.elementconnectivity),'" default="',convert2str(self.elementconnectivity),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> average number of vertices connected to one vertex </help>','  </parameter>');
     100                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="average_vertex_connectivity" type="',class(self.average_vertex_connectivity),'" default="',convert2str(self.average_vertex_connectivity),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> average number of vertices connected to one vertex </help>','  </parameter>');
     101                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
     102
     103                        % Extracted model
     104                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="4" label="Extracted Model">','<section name="mesh3dprisms" />');
     105                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="extractedvertices" type="',class(self.extractedvertices),'" default="',convert2str(self.extractedvertices),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> vertices extracted from the model </help>','  </parameter>');
     106                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="extractedelements" type="',class(self.extractedelements),'" default="',convert2str(self.extractedelements),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> elements extracted from the model </help>','  </parameter>');
     107                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
     108
     109                        % Projection
     110                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="5" label="Projection">','<section name="mesh3dprisms" />');
     111                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="lat" type="',class(self.lat),'" default="',convert2str(self.lat),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> vertices latitude [degrees] </help>','  </parameter>');
     112                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="long" type="',class(self.long),'" default="',convert2str(self.long),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> verticies longitude [degrees] </help>','  </parameter>');
     113                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="epsg" type="',class(self.epsg),'" default="',convert2str(self.epsg),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> Indicate epsg ''n'' or ''s'' </help>','  </parameter>');
     114                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
     115
     116                end % }}}cd
    95117                function self = mesh3dprisms(varargin) % {{{
    96118                        switch nargin
    … …  
    111133                        end
    112134                end % }}}
    113                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     135                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    114136
    115137                        %the connectivity is the averaged number of nodes linked to a
    … …  
    118140                        %give a good memory/time ration. This value can be checked in
    119141                        %trunk/test/Miscellaneous/runme.m
    120                         obj.average_vertex_connectivity=25;
    121                 end % }}}
    122                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     142                        self.average_vertex_connectivity=25;
     143                end % }}}
     144                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    123145
    124146                        md = checkfield(md,'fieldname','mesh.x','NaN',1,'size',[md.mesh.numberofvertices 1]);
    … …  
    133155                        md = checkfield(md,'fieldname','mesh.numberofelements','>',0);
    134156                        md = checkfield(md,'fieldname','mesh.numberofvertices','>',0);
    135                         %no checks for numberofedges lat long and hemisphere
    136157                        md = checkfield(md,'fieldname','mesh.vertexonbase','size',[md.mesh.numberofvertices 1],'values',[0 1]);
    137158                        md = checkfield(md,'fieldname','mesh.vertexonsurface','size',[md.mesh.numberofvertices 1],'values',[0 1]);
    … …  
    140161                        md = checkfield(md,'fieldname','mesh.average_vertex_connectivity','>=',24,'message','''mesh.average_vertex_connectivity'' should be at least 24 in 3d');
    141162                end % }}}
    142                 function disp(obj) % {{{
     163                function disp(self) % {{{
    143164                        disp(sprintf('   3D prism Mesh:'));
    144165
    145166                        disp(sprintf('\n      Elements and vertices of the original 2d mesh:'));
    146                         fielddisplay(obj,'numberofelements2d','number of elements');
    147                         fielddisplay(obj,'numberofvertices2d','number of vertices');
    148                         fielddisplay(obj,'elements2d','vertex indices of the mesh elements');
    149                         fielddisplay(obj,'x2d','vertices x coordinate [m]');
    150                         fielddisplay(obj,'y2d','vertices y coordinate [m]');
     167                        fielddisplay(self,'numberofelements2d','number of elements');
     168                        fielddisplay(self,'numberofvertices2d','number of vertices');
     169                        fielddisplay(self,'elements2d','vertex indices of the mesh elements');
     170                        fielddisplay(self,'x2d','vertices x coordinate [m]');
     171                        fielddisplay(self,'y2d','vertices y coordinate [m]');
    151172
    152173                        disp(sprintf('\n      Elements and vertices of the extruded 3d mesh:'));
    153                         fielddisplay(obj,'numberofelements','number of elements');
    154                         fielddisplay(obj,'numberofvertices','number of vertices');
    155                         fielddisplay(obj,'elements','vertex indices of the mesh elements');
    156                         fielddisplay(obj,'x','vertices x coordinate [m]');
    157                         fielddisplay(obj,'y','vertices y coordinate [m]');
    158                         fielddisplay(obj,'z','vertices z coordinate [m]');
     174                        fielddisplay(self,'numberofelements','number of elements');
     175                        fielddisplay(self,'numberofvertices','number of vertices');
     176                        fielddisplay(self,'elements','vertex indices of the mesh elements');
     177                        fielddisplay(self,'x','vertices x coordinate [m]');
     178                        fielddisplay(self,'y','vertices y coordinate [m]');
     179                        fielddisplay(self,'z','vertices z coordinate [m]');
    159180
    160181                        disp(sprintf('\n      Properties:'));
    161                         fielddisplay(obj,'numberoflayers','number of extrusion layers');
    162                         fielddisplay(obj,'vertexonbase','lower vertices flags list');
    163                         fielddisplay(obj,'vertexonsurface','upper vertices flags list');
    164                         fielddisplay(obj,'uppervertex','upper vertex list (NaN for vertex on the upper surface)');
    165                         fielddisplay(obj,'upperelements','upper element list (NaN for element on the upper layer)');
    166                         fielddisplay(obj,'lowervertex','lower vertex list (NaN for vertex on the lower surface)');
    167                         fielddisplay(obj,'lowerelements','lower element list (NaN for element on the lower layer');
    168                         fielddisplay(obj,'vertexonboundary','vertices on the boundary of the domain flag list');
    169 
    170                         fielddisplay(obj,'vertexconnectivity','list of vertices connected to vertex_i');
    171                         fielddisplay(obj,'elementconnectivity','list of vertices connected to element_i');
    172                         fielddisplay(obj,'average_vertex_connectivity','average number of vertices connected to one vertex');
     182                        fielddisplay(self,'numberoflayers','number of extrusion layers');
     183                        fielddisplay(self,'vertexonbase','lower vertices flags list');
     184                        fielddisplay(self,'vertexonsurface','upper vertices flags list');
     185                        fielddisplay(self,'uppervertex','upper vertex list (NaN for vertex on the upper surface)');
     186                        fielddisplay(self,'upperelements','upper element list (NaN for element on the upper layer)');
     187                        fielddisplay(self,'lowervertex','lower vertex list (NaN for vertex on the lower surface)');
     188                        fielddisplay(self,'lowerelements','lower element list (NaN for element on the lower layer');
     189                        fielddisplay(self,'vertexonboundary','vertices on the boundary of the domain flag list');
     190
     191                        fielddisplay(self,'vertexconnectivity','list of vertices connected to vertex_i');
     192                        fielddisplay(self,'elementconnectivity','list of vertices connected to element_i');
     193                        fielddisplay(self,'average_vertex_connectivity','average number of vertices connected to one vertex');
    173194
    174195                        disp(sprintf('\n      Extracted model:'));
    175                         fielddisplay(obj,'extractedvertices','vertices extracted from the model');
    176                         fielddisplay(obj,'extractedelements','elements extracted from the model');
     196                        fielddisplay(self,'extractedvertices','vertices extracted from the model');
     197                        fielddisplay(self,'extractedelements','elements extracted from the model');
    177198
    178199                        disp(sprintf('\n      Projection:'));
    179                         fielddisplay(obj,'lat','vertices latitude [degrees]');
    180                         fielddisplay(obj,'long','vertices longitude [degrees]');
    181                         fielddisplay(obj,'hemisphere','Indicate hemisphere ''n'' or ''s'' ');
    182                 end % }}}
    183                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
    184                         WriteData(fid,'enum',DomainTypeEnum(),'data',StringToEnum(['Domain' domaintype(obj)]),'format','Integer');
    185                         WriteData(fid,'enum',DomainDimensionEnum(),'data',dimension(obj),'format','Integer');
    186                         WriteData(fid,'enum',MeshElementtypeEnum(),'data',StringToEnum(elementtype(obj)),'format','Integer');
    187                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','x','format','DoubleMat','mattype',1);
    188                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','y','format','DoubleMat','mattype',1);
    189                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','z','format','DoubleMat','mattype',1);
    190                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','elements','format','DoubleMat','mattype',2);
    191                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','numberoflayers','format','Integer');
    192                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','numberofelements','format','Integer');
    193                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','numberofvertices','format','Integer');
    194                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','vertexonbase','format','BooleanMat','mattype',1);
    195                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','vertexonsurface','format','BooleanMat','mattype',1);
    196                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','lowerelements','format','DoubleMat','mattype',2);
    197                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','upperelements','format','DoubleMat','mattype',2);
    198                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','average_vertex_connectivity','format','Integer');
    199                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','elements2d','format','DoubleMat','mattype',3);
    200                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','numberofvertices2d','format','Integer');
    201                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','numberofelements2d','format','Integer');
    202                 end % }}}
    203                 function type = domaintype(obj) % {{{
     200                        fielddisplay(self,'lat','vertices latitude [degrees]');
     201                        fielddisplay(self,'long','vertices longitude [degrees]');
     202                        fielddisplay(self,'epsg','EPSG code (ex: 3413 for UPS Greenland, 3031 for UPS Antarctica)');
     203                end % }}}
     204                function marshall(self,md,fid) % {{{
     205                        WriteData(fid,'enum',DomainTypeEnum(),'data',StringToEnum(['Domain' domaintype(self)]),'format','Integer');
     206                        WriteData(fid,'enum',DomainDimensionEnum(),'data',dimension(self),'format','Integer');
     207                        WriteData(fid,'enum',MeshElementtypeEnum(),'data',StringToEnum(elementtype(self)),'format','Integer');
     208                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','x','format','DoubleMat','mattype',1);
     209                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','y','format','DoubleMat','mattype',1);
     210                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','z','format','DoubleMat','mattype',1);
     211                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','elements','format','DoubleMat','mattype',2);
     212                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','numberoflayers','format','Integer');
     213                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','numberofelements','format','Integer');
     214                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','numberofvertices','format','Integer');
     215                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','vertexonbase','format','BooleanMat','mattype',1);
     216                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','vertexonsurface','format','BooleanMat','mattype',1);
     217                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','lowerelements','format','DoubleMat','mattype',2);
     218                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','upperelements','format','DoubleMat','mattype',2);
     219                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','average_vertex_connectivity','format','Integer');
     220                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','elements2d','format','DoubleMat','mattype',3);
     221                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','numberofvertices2d','format','Integer');
     222                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','numberofelements2d','format','Integer');
     223                end % }}}
     224                function type = domaintype(self) % {{{
    204225                        type = '3D';
    205226                end % }}}
    206                 function d = dimension(obj) % {{{
     227                function d = dimension(self) % {{{
    207228                        d = 3;
    208229                end % }}}
    209                 function s = elementtype(obj) % {{{
     230                function s = elementtype(self) % {{{
    210231                        s = 'Penta';
    211232                end % }}}

  • issm/trunk/src/m/classes/mesh3dprisms.py

    r18301 r19105  
    2525                self.lat                         = float('NaN');
    2626                self.long                        = float('NaN');
    27                 self.hemisphere                  = float('NaN');
     27                self.epsg                        = 0;
    2828
    29                 self.vertexonbase                 = float('NaN');
     29                self.vertexonbase                = float('NaN');
    3030                self.vertexonsurface             = float('NaN');
    3131                self.lowerelements               = float('NaN');
    … …  
    9090                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"lat","vertices latitude [degrees]"))
    9191                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"long","vertices longitude [degrees]"))
    92                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"hemisphere","Indicate hemisphere 'n' or 's'"))
     92                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"epsg","EPSG code (ex: 3413 for UPS Greenland, 3031 for UPS Antarctica)"))
    9393                return string
    9494                #}}}
    … …  
    116116                md = checkfield(md,'fieldname','mesh.numberofelements','>',0)
    117117                md = checkfield(md,'fieldname','mesh.numberofvertices','>',0)
    118                 #no checks for numberofedges lat long and hemisphere
    119118                md = checkfield(md,'fieldname','mesh.vertexonbase','size',[md.mesh.numberofvertices],'values',[0,1])
    120119                md = checkfield(md,'fieldname','mesh.vertexonsurface','size',[md.mesh.numberofvertices],'values',[0,1])

  • issm/trunk/src/m/classes/mesh3dtetras.m

    r17989 r19105  
    88                x                           = NaN;
    99                y                           = NaN;
    10                 z                           = NaN
    11                 elements                    = NaN
     10                z                           = NaN;
     11                elements                    = NaN;
    1212                numberoflayers              = 0;
    1313                numberofelements            = 0;
    1414                numberofvertices            = 0;
    1515
    16                 lat                         = NaN
    17                 long                        = NaN
    18                 hemisphere                  = NaN
    19 
    20                 vertexonbase                 = NaN
    21                 vertexonsurface             = NaN
    22                 lowerelements               = NaN
    23                 lowervertex                 = NaN
    24                 upperelements               = NaN
    25                 uppervertex                 = NaN
    26                 vertexonboundary            = NaN
    27 
    28                 vertexconnectivity          = NaN
    29                 elementconnectivity         = NaN
     16                lat                         = NaN;
     17                long                        = NaN;
     18                epsg                        = 0;
     19
     20                vertexonbase                = NaN;
     21                vertexonsurface             = NaN;
     22                lowerelements               = NaN;
     23                lowervertex                 = NaN;
     24                upperelements               = NaN;
     25                uppervertex                 = NaN;
     26                vertexonboundary            = NaN;
     27
     28                vertexconnectivity          = NaN;
     29                elementconnectivity         = NaN;
    3030                average_vertex_connectivity = 0;
    3131
    32                 x2d                         = NaN
    33                 y2d                         = NaN
    34                 elements2d                  = NaN
     32                x2d                         = NaN;
     33                y2d                         = NaN;
     34                elements2d                  = NaN;
    3535                numberofvertices2d          = 0;
    3636                numberofelements2d          = 0;
    3737
    38                 extractedvertices           = NaN
    39                 extractedelements           = NaN
     38                extractedvertices           = NaN;
     39                extractedelements           = NaN;
     40        end
     41        methods (Static)
     42                function self = loadobj(self) % {{{
     43                        % This function is directly called by matlab when a model selfect is
     44                        % loaded. Update old properties here
     45
     46                        %2014 Oct. 1st
     47                        if isstruct(self),
     48                                oldself=self;
     49                                %Assign property values from struct
     50                                self=structtoobj(mesh3dtetras(),oldself);
     51                                if isfield(oldself,'hemisphere'),
     52                                        disp('md.mesh.hemisphere has been automatically converted to EPSG code');
     53                                        if strcmpi(oldself.hemisphere,'n'),
     54                                                self.epsg=3413;
     55                                        else
     56                                                self.epsg=3031;
     57                                        end
     58                                end
     59                        end
     60
     61                end% }}}
    4062        end
    4163        methods
    42         function createxml(obj,fid) % {{{
    43             fprintf(fid, '<!-- 3D Tetra Mesh -->\n');
    44            
    45             % Elements and verticies of the original 2d mesh
    46             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','       <frame key="1" label="Elements and vertices of the orginal 2d mesh">','       <section name="mesh3dprisms" />');
    47             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','          <parameter key ="numberofelements2d" type="',class(obj.numberofelements2d),'" default="',convert2str(obj.numberofelements2d),'">','              <help> number of elements </help>','          </parameter>');
    48             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','          <parameter key ="numberofvertices2d" type="',class(obj.numberofvertices2d),'" default="',convert2str(obj.numberofvertices2d),'">','              <help> number of vertices </help>','          </parameter>');
    49             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','          <parameter key ="elements2d" type="',class(obj.elements2d),'" default="',convert2str(obj.elements2d),'">','              <help> vertex indices of the mesh elements </help>','          </parameter>');
    50             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="x2d" type="',class(obj.x2d),'" default="',convert2str(obj.x2d),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> vertices x coordinate [m] </help>','  </parameter>');
    51             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="y2d" type="',class(obj.y2d),'" default="',convert2str(obj.y2d),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> vertices y coordinate [m] </help>','  </parameter>');
    52             fprintf(fid,'%s\n%s\n','       </frame>');
    53            
    54             % Elements and vertices of the extruded 3d mesh
    55             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','       <frame key="2" label="Elements and vertices of the orginal 3d mesh">','       <section name="mesh3dprisms" />');
    56             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','          <parameter key ="numberofelements" type="',class(obj.numberofelements),'" default="',convert2str(obj.numberofelements),'">','              <help> number of elements </help>','          </parameter>');
    57             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','          <parameter key ="numberofvertices" type="',class(obj.numberofvertices),'" default="',convert2str(obj.numberofvertices),'">','              <help> number of vertices </help>','          </parameter>');
    58             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','          <parameter key ="elements" type="',class(obj.elements),'" default="',convert2str(obj.elements),'">','              <help> vertex indices of the mesh elements </help>','          </parameter>');
    59             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="x" type="',class(obj.x),'" default="',convert2str(obj.x),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> vertices x coordinate [m] </help>','  </parameter>');
    60             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="y" type="',class(obj.y),'" default="',convert2str(obj.y),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> vertices y coordinate [m] </help>','  </parameter>');
    61             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="z" type="',class(obj.y),'" default="',convert2str(obj.y),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> vertices z coordinate [m] </help>','  </parameter>');
    62             fprintf(fid,'%s\n%s\n','       </frame>');
    63      
    64             % properties
    65             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="3" label="Properties">','<section name="mesh3dprisms" />');             
    66             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="numberoflayers" type="',class(obj.numberoflayers),'" default="',convert2str(obj.numberoflayers),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> number of extrusion layers </help>','  </parameter>');
    67             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vertexonbase" type="',class(obj.vertexonbase),'" default="',convert2str(obj.vertexonbase),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> lower vertices flags list </help>','  </parameter>');
    68             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="elementontbase" type="',class(obj.elementontbase),'" default="',convert2str(obj.elementontbase),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> lower elements flags list </help>','  </parameter>');
    69             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vertexonsurface" type="',class(obj.vertexonsurface),'" default="',convert2str(obj.vertexonsurface),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> upper vertices flags list </help>','  </parameter>');
    70             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="elementontsurface" type="',class(obj.elementontsurface),'" default="',convert2str(obj.elementontsurface),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> upper elements flags list </help>','  </parameter>');
    71             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="uppervertex" type="',class(obj.uppervertex),'" default="',convert2str(obj.uppervertex),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> upper vertex list (NaN for vertex on the upper surface) </help>','  </parameter>');
    72             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="upperelements" type="',class(obj.upperelements),'" default="',convert2str(obj.upperelements),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> upper element list (NaN for element on the upper layer) </help>','  </parameter>');
    73             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="lowervertex" type="',class(obj.lowervertex),'" default="',convert2str(obj.lowervertex),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> lower vertex list (NaN for vertex on the lower surface) </help>','  </parameter>');
    74             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="lowerelements" type="',class(obj.lowerelements),'" default="',convert2str(obj.lowerelements),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> element list (NaN for element on the lower layer) </help>','  </parameter>');
    75             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vertexonboundary" type="',class(obj.vertexonboundary),'" default="',convert2str(obj.vertexonboundary),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> vertices on the boundary of the domain flag list </help>','  </parameter>');
    76             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vertexconnectivity" type="',class(obj.vertexconnectivity),'" default="',convert2str(obj.vertexconnectivity),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> list of vertices connected to vertex_i </help>','  </parameter>');
    77             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="elementconnectivity" type="',class(obj.elementconnectivity),'" default="',convert2str(obj.elementconnectivity),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> average number of vertices connected to one vertex </help>','  </parameter>');
    78             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="average_vertex_connectivity" type="',class(obj.average_vertex_connectivity),'" default="',convert2str(obj.average_vertex_connectivity),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> average number of vertices connected to one vertex </help>','  </parameter>');
    79             fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
    80            
    81             % Extracted model
    82             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="4" label="Extracted Model">','<section name="mesh3dprisms" />');
    83             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="extractedvertices" type="',class(obj.extractedvertices),'" default="',convert2str(obj.extractedvertices),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> vertices extracted from the model </help>','  </parameter>');
    84             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="extractedelements" type="',class(obj.extractedelements),'" default="',convert2str(obj.extractedelements),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> elements extracted from the model </help>','  </parameter>');
    85             fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
    86            
    87             % Projection
    88             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="5" label="Projection">','<section name="mesh3dprisms" />');
    89             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="lat" type="',class(obj.lat),'" default="',convert2str(obj.lat),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> vertices latitude [degrees] </help>','  </parameter>');
    90             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="long" type="',class(obj.long),'" default="',convert2str(obj.long),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> verticies longitude [degrees] </help>','  </parameter>');
    91             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="hemisphere" type="',class(obj.hemisphere),'" default="',convert2str(obj.hemisphere),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> Indicate hemisphere ''n'' or ''s'' </help>','  </parameter>');
    92             fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
    93        
    94         end % }}}cd
     64                function createxml(self,fid) % {{{
     65                        fprintf(fid, '<!-- 3D Tetra Mesh -->\n');
     66
     67                        % Elements and verticies of the original 2d mesh
     68                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','       <frame key="1" label="Elements and vertices of the orginal 2d mesh">','       <section name="mesh3dprisms" />');
     69                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','          <parameter key ="numberofelements2d" type="',class(self.numberofelements2d),'" default="',convert2str(self.numberofelements2d),'">','              <help> number of elements </help>','          </parameter>');
     70                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','          <parameter key ="numberofvertices2d" type="',class(self.numberofvertices2d),'" default="',convert2str(self.numberofvertices2d),'">','              <help> number of vertices </help>','          </parameter>');
     71                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','          <parameter key ="elements2d" type="',class(self.elements2d),'" default="',convert2str(self.elements2d),'">','              <help> vertex indices of the mesh elements </help>','          </parameter>');
     72                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="x2d" type="',class(self.x2d),'" default="',convert2str(self.x2d),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> vertices x coordinate [m] </help>','  </parameter>');
     73                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="y2d" type="',class(self.y2d),'" default="',convert2str(self.y2d),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> vertices y coordinate [m] </help>','  </parameter>');
     74                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','       </frame>');
     75
     76                        % Elements and vertices of the extruded 3d mesh
     77                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','       <frame key="2" label="Elements and vertices of the orginal 3d mesh">','       <section name="mesh3dprisms" />');
     78                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','          <parameter key ="numberofelements" type="',class(self.numberofelements),'" default="',convert2str(self.numberofelements),'">','              <help> number of elements </help>','          </parameter>');
     79                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','          <parameter key ="numberofvertices" type="',class(self.numberofvertices),'" default="',convert2str(self.numberofvertices),'">','              <help> number of vertices </help>','          </parameter>');
     80                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','          <parameter key ="elements" type="',class(self.elements),'" default="',convert2str(self.elements),'">','              <help> vertex indices of the mesh elements </help>','          </parameter>');
     81                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="x" type="',class(self.x),'" default="',convert2str(self.x),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> vertices x coordinate [m] </help>','  </parameter>');
     82                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="y" type="',class(self.y),'" default="',convert2str(self.y),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> vertices y coordinate [m] </help>','  </parameter>');
     83                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="z" type="',class(self.y),'" default="',convert2str(self.y),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> vertices z coordinate [m] </help>','  </parameter>');
     84                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','       </frame>');
     85
     86                        % properties
     87                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="3" label="Properties">','<section name="mesh3dprisms" />');             
     88                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="numberoflayers" type="',class(self.numberoflayers),'" default="',convert2str(self.numberoflayers),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> number of extrusion layers </help>','  </parameter>');
     89                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vertexonbase" type="',class(self.vertexonbase),'" default="',convert2str(self.vertexonbase),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> lower vertices flags list </help>','  </parameter>');
     90                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="elementontbase" type="',class(self.elementontbase),'" default="',convert2str(self.elementontbase),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> lower elements flags list </help>','  </parameter>');
     91                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vertexonsurface" type="',class(self.vertexonsurface),'" default="',convert2str(self.vertexonsurface),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> upper vertices flags list </help>','  </parameter>');
     92                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="elementontsurface" type="',class(self.elementontsurface),'" default="',convert2str(self.elementontsurface),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> upper elements flags list </help>','  </parameter>');
     93                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="uppervertex" type="',class(self.uppervertex),'" default="',convert2str(self.uppervertex),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> upper vertex list (NaN for vertex on the upper surface) </help>','  </parameter>');
     94                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="upperelements" type="',class(self.upperelements),'" default="',convert2str(self.upperelements),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> upper element list (NaN for element on the upper layer) </help>','  </parameter>');
     95                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="lowervertex" type="',class(self.lowervertex),'" default="',convert2str(self.lowervertex),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> lower vertex list (NaN for vertex on the lower surface) </help>','  </parameter>');
     96                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="lowerelements" type="',class(self.lowerelements),'" default="',convert2str(self.lowerelements),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> element list (NaN for element on the lower layer) </help>','  </parameter>');
     97                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vertexonboundary" type="',class(self.vertexonboundary),'" default="',convert2str(self.vertexonboundary),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> vertices on the boundary of the domain flag list </help>','  </parameter>');
     98                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vertexconnectivity" type="',class(self.vertexconnectivity),'" default="',convert2str(self.vertexconnectivity),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> list of vertices connected to vertex_i </help>','  </parameter>');
     99                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="elementconnectivity" type="',class(self.elementconnectivity),'" default="',convert2str(self.elementconnectivity),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> average number of vertices connected to one vertex </help>','  </parameter>');
     100                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="average_vertex_connectivity" type="',class(self.average_vertex_connectivity),'" default="',convert2str(self.average_vertex_connectivity),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> average number of vertices connected to one vertex </help>','  </parameter>');
     101                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
     102
     103                        % Extracted model
     104                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="4" label="Extracted Model">','<section name="mesh3dprisms" />');
     105                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="extractedvertices" type="',class(self.extractedvertices),'" default="',convert2str(self.extractedvertices),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> vertices extracted from the model </help>','  </parameter>');
     106                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="extractedelements" type="',class(self.extractedelements),'" default="',convert2str(self.extractedelements),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> elements extracted from the model </help>','  </parameter>');
     107                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
     108
     109                        % Projection
     110                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="5" label="Projection">','<section name="mesh3dprisms" />');
     111                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="lat" type="',class(self.lat),'" default="',convert2str(self.lat),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> vertices latitude [degrees] </help>','  </parameter>');
     112                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="long" type="',class(self.long),'" default="',convert2str(self.long),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> verticies longitude [degrees] </help>','  </parameter>');
     113                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="epsg" type="',class(self.epsg),'" default="',convert2str(self.epsg),'">','     <section name="mesh3dprisms" />','     <help> Indicate epsg ''n'' or ''s'' </help>','  </parameter>');
     114                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
     115
     116                end % }}}cd
    95117                function self = mesh3dtetras(varargin) % {{{
    96118                        switch nargin
    … …  
    111133                        end
    112134                end % }}}
    113                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     135                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    114136
    115137                        %the connectivity is the averaged number of nodes linked to a
    … …  
    118140                        %give a good memory/time ration. This value can be checked in
    119141                        %trunk/test/Miscellaneous/runme.m
    120                         obj.average_vertex_connectivity=25;
    121                 end % }}}
    122                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     142                        self.average_vertex_connectivity=25;
     143                end % }}}
     144                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    123145
    124146                        md = checkfield(md,'fieldname','mesh.x','NaN',1,'size',[md.mesh.numberofvertices 1]);
    … …  
    133155                        md = checkfield(md,'fieldname','mesh.numberofelements','>',0);
    134156                        md = checkfield(md,'fieldname','mesh.numberofvertices','>',0);
    135                         %no checks for numberofedges lat long and hemisphere
    136157                        md = checkfield(md,'fieldname','mesh.vertexonbase','size',[md.mesh.numberofvertices 1],'values',[0 1]);
    137158                        md = checkfield(md,'fieldname','mesh.vertexonsurface','size',[md.mesh.numberofvertices 1],'values',[0 1]);
    … …  
    140161                        md = checkfield(md,'fieldname','mesh.average_vertex_connectivity','>=',24,'message','''mesh.average_vertex_connectivity'' should be at least 24 in 3d');
    141162                end % }}}
    142                 function disp(obj) % {{{
     163                function disp(self) % {{{
    143164                        disp(sprintf('   3D tetra Mesh:'));
    144165
    145166                        disp(sprintf('\n      Elements and vertices of the original 2d mesh:'));
    146                         fielddisplay(obj,'numberofelements2d','number of elements');
    147                         fielddisplay(obj,'numberofvertices2d','number of vertices');
    148                         fielddisplay(obj,'elements2d','vertex indices of the mesh elements');
    149                         fielddisplay(obj,'x2d','vertices x coordinate [m]');
    150                         fielddisplay(obj,'y2d','vertices y coordinate [m]');
     167                        fielddisplay(self,'numberofelements2d','number of elements');
     168                        fielddisplay(self,'numberofvertices2d','number of vertices');
     169                        fielddisplay(self,'elements2d','vertex indices of the mesh elements');
     170                        fielddisplay(self,'x2d','vertices x coordinate [m]');
     171                        fielddisplay(self,'y2d','vertices y coordinate [m]');
    151172
    152173                        disp(sprintf('\n      Elements and vertices of the extruded 3d mesh:'));
    153                         fielddisplay(obj,'numberofelements','number of elements');
    154                         fielddisplay(obj,'numberofvertices','number of vertices');
    155                         fielddisplay(obj,'elements','vertex indices of the mesh elements');
    156                         fielddisplay(obj,'x','vertices x coordinate [m]');
    157                         fielddisplay(obj,'y','vertices y coordinate [m]');
    158                         fielddisplay(obj,'z','vertices z coordinate [m]');
     174                        fielddisplay(self,'numberofelements','number of elements');
     175                        fielddisplay(self,'numberofvertices','number of vertices');
     176                        fielddisplay(self,'elements','vertex indices of the mesh elements');
     177                        fielddisplay(self,'x','vertices x coordinate [m]');
     178                        fielddisplay(self,'y','vertices y coordinate [m]');
     179                        fielddisplay(self,'z','vertices z coordinate [m]');
    159180
    160181                        disp(sprintf('\n      Properties:'));
    161                         fielddisplay(obj,'numberoflayers','number of extrusion layers');
    162                         fielddisplay(obj,'vertexonbase','lower vertices flags list');
    163                         fielddisplay(obj,'vertexonsurface','upper vertices flags list');
    164                         fielddisplay(obj,'uppervertex','upper vertex list (NaN for vertex on the upper surface)');
    165                         fielddisplay(obj,'upperelements','upper element list (NaN for element on the upper layer)');
    166                         fielddisplay(obj,'lowervertex','lower vertex list (NaN for vertex on the lower surface)');
    167                         fielddisplay(obj,'lowerelements','lower element list (NaN for element on the lower layer');
    168                         fielddisplay(obj,'vertexonboundary','vertices on the boundary of the domain flag list');
    169 
    170                         fielddisplay(obj,'vertexconnectivity','list of vertices connected to vertex_i');
    171                         fielddisplay(obj,'elementconnectivity','list of vertices connected to element_i');
    172                         fielddisplay(obj,'average_vertex_connectivity','average number of vertices connected to one vertex');
     182                        fielddisplay(self,'numberoflayers','number of extrusion layers');
     183                        fielddisplay(self,'vertexonbase','lower vertices flags list');
     184                        fielddisplay(self,'vertexonsurface','upper vertices flags list');
     185                        fielddisplay(self,'uppervertex','upper vertex list (NaN for vertex on the upper surface)');
     186                        fielddisplay(self,'upperelements','upper element list (NaN for element on the upper layer)');
     187                        fielddisplay(self,'lowervertex','lower vertex list (NaN for vertex on the lower surface)');
     188                        fielddisplay(self,'lowerelements','lower element list (NaN for element on the lower layer');
     189                        fielddisplay(self,'vertexonboundary','vertices on the boundary of the domain flag list');
     190
     191                        fielddisplay(self,'vertexconnectivity','list of vertices connected to vertex_i');
     192                        fielddisplay(self,'elementconnectivity','list of vertices connected to element_i');
     193                        fielddisplay(self,'average_vertex_connectivity','average number of vertices connected to one vertex');
    173194
    174195                        disp(sprintf('\n      Extracted model:'));
    175                         fielddisplay(obj,'extractedvertices','vertices extracted from the model');
    176                         fielddisplay(obj,'extractedelements','elements extracted from the model');
     196                        fielddisplay(self,'extractedvertices','vertices extracted from the model');
     197                        fielddisplay(self,'extractedelements','elements extracted from the model');
    177198
    178199                        disp(sprintf('\n      Projection:'));
    179                         fielddisplay(obj,'lat','vertices latitude [degrees]');
    180                         fielddisplay(obj,'long','vertices longitude [degrees]');
    181                         fielddisplay(obj,'hemisphere','Indicate hemisphere ''n'' or ''s'' ');
    182                 end % }}}
    183                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
    184                         WriteData(fid,'enum',DomainTypeEnum(),'data',StringToEnum(['Domain' domaintype(obj)]),'format','Integer');
    185                         WriteData(fid,'enum',DomainDimensionEnum(),'data',dimension(obj),'format','Integer');
    186                         WriteData(fid,'enum',MeshElementtypeEnum(),'data',StringToEnum(elementtype(obj)),'format','Integer');
    187                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','x','format','DoubleMat','mattype',1);
    188                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','y','format','DoubleMat','mattype',1);
    189                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','z','format','DoubleMat','mattype',1);
    190                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','elements','format','DoubleMat','mattype',2);
    191                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','numberoflayers','format','Integer');
    192                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','numberofelements','format','Integer');
    193                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','numberofvertices','format','Integer');
    194                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','vertexonbase','format','BooleanMat','mattype',1);
    195                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','vertexonsurface','format','BooleanMat','mattype',1);
    196                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','lowerelements','format','DoubleMat','mattype',2);
    197                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','upperelements','format','DoubleMat','mattype',2);
    198                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','average_vertex_connectivity','format','Integer');
    199                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','elements2d','format','DoubleMat','mattype',3);
    200                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','numberofvertices2d','format','Integer');
    201                         WriteData(fid,'object',obj,'class','mesh','fieldname','numberofelements2d','format','Integer');
    202                 end % }}}
    203                 function t = domaintype(obj) % {{{
     200                        fielddisplay(self,'lat','vertices latitude [degrees]');
     201                        fielddisplay(self,'long','vertices longitude [degrees]');
     202                        fielddisplay(self,'epsg','EPSG code (ex: 3413 for UPS Greenland, 3031 for UPS Antarctica)');
     203                end % }}}
     204                function marshall(self,md,fid) % {{{
     205                        WriteData(fid,'enum',DomainTypeEnum(),'data',StringToEnum(['Domain' domaintype(self)]),'format','Integer');
     206                        WriteData(fid,'enum',DomainDimensionEnum(),'data',dimension(self),'format','Integer');
     207                        WriteData(fid,'enum',MeshElementtypeEnum(),'data',StringToEnum(elementtype(self)),'format','Integer');
     208                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','x','format','DoubleMat','mattype',1);
     209                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','y','format','DoubleMat','mattype',1);
     210                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','z','format','DoubleMat','mattype',1);
     211                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','elements','format','DoubleMat','mattype',2);
     212                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','numberoflayers','format','Integer');
     213                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','numberofelements','format','Integer');
     214                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','numberofvertices','format','Integer');
     215                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','vertexonbase','format','BooleanMat','mattype',1);
     216                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','vertexonsurface','format','BooleanMat','mattype',1);
     217                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','lowerelements','format','DoubleMat','mattype',2);
     218                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','upperelements','format','DoubleMat','mattype',2);
     219                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','average_vertex_connectivity','format','Integer');
     220                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','elements2d','format','DoubleMat','mattype',3);
     221                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','numberofvertices2d','format','Integer');
     222                        WriteData(fid,'object',self,'class','mesh','fieldname','numberofelements2d','format','Integer');
     223                end % }}}
     224                function t = domaintype(self) % {{{
    204225                        t = '3D';
    205226                end % }}}
    206                 function d = dimension(obj) % {{{
     227                function d = dimension(self) % {{{
    207228                        d = 3;
    208229                end % }}}
    209                 function s = elementtype(obj) % {{{
     230                function s = elementtype(self) % {{{
    210231                        s = 'Tetra';
    211232                end % }}}

  • issm/trunk/src/m/classes/miscellaneous.m

    r17806 r19105  
    1111        end
    1212        methods
    13         function createxml(obj,fid) % {{{
     13        function createxml(self,fid) % {{{
    1414            fprintf(fid, '<!-- miscellaneous -->\n');           
    1515                   
    1616            % miscellaneous solution parameters
    1717            fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="miscellaneous parameters">','<section name="miscellaneous" />');                   
    18                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="notes" type="',class(obj.notes),'" default="',convert2str(obj.notes),'">','     <section name="miscellaneous" />','     <help> notes in a cell of strings </help>','  </parameter>');
    19                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="name" type="',class(obj.name),'" default="',convert2str(obj.name),'">','     <section name="miscellaneous" />','     <help> model name </help>','  </parameter>');
    20                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="dummy" type="',class(obj.dummy),'" default="',convert2str(obj.dummy),'">','     <section name="miscellaneous" />','     <help> empty field to store some data </help>','  </parameter>');
     18                fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="notes" type="',class(self.notes),'" default="',convert2str(self.notes),'">','     <section name="miscellaneous" />','     <help> notes in a cell of strings </help>','  </parameter>');
     19                fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="name" type="',class(self.name),'" default="',convert2str(self.name),'">','     <section name="miscellaneous" />','     <help> model name </help>','  </parameter>');
     20                fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="dummy" type="',class(self.dummy),'" default="',convert2str(self.dummy),'">','     <section name="miscellaneous" />','     <help> empty field to store some data </help>','  </parameter>');
    2121            fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');   
    2222       
    2323        end % }}}       
    24                 function obj = miscellaneous(varargin) % {{{
     24                function self = miscellaneous(varargin) % {{{
    2525                        switch nargin
    2626                                case 0
    27                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     27                                        self=setdefaultparameters(self);
    2828                                otherwise
    2929                                        error('constructor not supported');
    3030                        end
    3131                end % }}}
    32                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     32                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    3333
    3434                        md = checkfield(md,'fieldname','miscellaneous.name','empty',1);
    3535
    3636                end % }}}
    37                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     37                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    3838
    3939                end % }}}
    40                 function disp(obj) % {{{
     40                function disp(self) % {{{
    4141                        disp(sprintf('   miscellaneous parameters:'));
    4242
    43                         fielddisplay(obj,'notes','notes in a cell of strings');
    44                         fielddisplay(obj,'name','model name');
    45                         fielddisplay(obj,'dummy','empty field to store some data');
     43                        fielddisplay(self,'notes','notes in a cell of strings');
     44                        fielddisplay(self,'name','model name');
     45                        fielddisplay(self,'dummy','empty field to store some data');
    4646
    4747                end % }}}
    48                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
    49                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','name','format','String');
     48                function marshall(self,md,fid) % {{{
     49                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','name','format','String');
    5050                end % }}}
    5151        end

  • issm/trunk/src/m/classes/misfit.m

    r17806 r19105  
    44%      misfit=misfit();
    55%      misfit=misfit('name','SurfaceAltimetry',...
    6 %                    'model_enum',SurfaceEnum,...
     6%                    'definitionenum',Outputdefinition1Enum, 'model_enum',SurfaceEnum,...
    77%                    'observation_enum',SurfaceObservationsEnum,...
    88%                    'observation',md.geometry.surface,...
    99%                    'timeinterpolation','nearestneighbor',...
     10%                    'local',1,...
    1011%                    'weights',ones(md.mesh.numberofvertices,1),...
    1112%                    'weights_enum',WeightsSurfaceObservationsEnum);
    … …  
    1718                %misfit
    1819                name              = '';
     20                definitionenum   = NaN; %enum that identifies this output definition uniquely, from Outputdefinition[1-10]Enum
    1921                model_enum        = NaN; %enum for field that is modeled
    2022                observation       = NaN; %observed field that we compare the model against
    2123                observation_enum  = NaN; %enum for observed field.
    2224                timeinterpolation = '';
     25                local             = 1;
    2326                weights           = NaN; %weight coefficients for every vertex
    2427                weights_enum      = NaN; %enum to identify this particular set of weights
    … …  
    2730       
    2831        methods
    29                 function obj = misfit(varargin) % {{{
     32                function self = misfit(varargin) % {{{
    3033                        if nargin==0,
    31                                 obj=setdefaultparameters(obj);
     34                                self=setdefaultparameters(self);
    3235                        else
    3336                                %use provided options to change fields
    … …  
    3538
    3639                                %get name
    37                                 obj.name=getfieldvalue(options,'name','');
    38                                 obj.model_enum=getfieldvalue(options,'model_enum');
    39                                 obj.observation=getfieldvalue(options,'observation',NaN);
    40                                 obj.observation_enum=getfieldvalue(options,'observation_enum');
    41                                 obj.timeinterpolation=getfieldvalue(options,'timeinterpolation','nearestneighbor');
    42                                 obj.weights=getfieldvalue(options,'weights',NaN);
    43                                 obj.weights_enum=getfieldvalue(options,'weights_enum',NaN);
     40                                self.name=getfieldvalue(options,'name','');
     41                                self.definitionenum=getfieldvalue(options,'definitionenum');
     42                                self.model_enum=getfieldvalue(options,'model_enum');
     43                                self.observation=getfieldvalue(options,'observation',NaN);
     44                                self.observation_enum=getfieldvalue(options,'observation_enum');
     45                                self.local=getfieldvalue(options,'local',1);
     46                                self.timeinterpolation=getfieldvalue(options,'timeinterpolation','nearestneighbor');
     47                                self.weights=getfieldvalue(options,'weights',NaN);
     48                                self.weights_enum=getfieldvalue(options,'weights_enum',NaN);
    4449
    4550                        end
    4651                end % }}}
    47                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
    48                         obj.timeinterpolation='nearestneighbor';
     52                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
     53                        self.local=1;
     54                        self.timeinterpolation='nearestneighbor';
    4955                end % }}}
    50                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     56                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    5157
    52                         if ~ischar(obj.name),
     58                        if ~ischar(self.name),
    5359                                error('misfit error message: ''name'' field should be a string!');
    5460                        end
     61                        md = checkfield(md,'fieldname','self.definitionenum','field',self.definitionenum,'values',[Outputdefinition1Enum:Outputdefinition100Enum]);
    5562
    56                         if ~ischar(obj.timeinterpolation),
     63                        if ~ischar(self.timeinterpolation),
    5764                                error('misfit error message: ''timeinterpolation'' field should be a string!');
    5865                        end
    59                         md = checkfield(md,'fieldname','obj.observation','field',obj.observation,'forcing',1,'NaN',1);
    60                         md = checkfield(md,'fieldname','obj.timeinterpolation','field',obj.timeinterpolation,'values',{'nearestneighbor'});
    61                         md = checkfield(md,'fieldname','obj.weights','field',obj.weights,'forcing',1,'NaN',1);
     66                        md = checkfield(md,'fieldname','self.observation','field',self.observation,'timeseries',1,'NaN',1);
     67                        md = checkfield(md,'fieldname','self.timeinterpolation','field',self.timeinterpolation,'values',{'nearestneighbor'});
     68                        md = checkfield(md,'fieldname','self.weights','field',self.weights,'timeseries',1,'NaN',1);
    6269
    6370                end % }}}
    64                 function md = disp(obj) % {{{
     71                function md = disp(self) % {{{
    6572               
    6673                        disp(sprintf('   Misfit:\n'));
    6774
    68                         fielddisplay(obj,'name','identifier for this misfit response');
    69                         fielddisplay(obj,'model_enum','enum for field that is modeled');
    70                         fielddisplay(obj,'observation','observed field that we compare the model against');
    71                         fielddisplay(obj,'observation_enum','observation enum');
    72                         fielddisplay(obj,'timeinterpolation','interpolation routine used to interpolate misfit between two time steps (default is ''nearestneighbor''');
    73                         fielddisplay(obj,'weights','weights (at vertices) to apply to the misfit');
    74                         fielddisplay(obj,'weights_enum','enum for weights for identification purposes');
     75                        fielddisplay(self,'name','identifier for this misfit response');
     76                        fielddisplay(self,'definitionenum','enum that identifies this output definition uniquely, from Outputdefinition[1-10]Enum');
     77                        fielddisplay(self,'model_enum','enum for field that is modeled');
     78                        fielddisplay(self,'observation','observed field that we compare the model against');
     79                        fielddisplay(self,'observation_enum','observation enum');
     80                        fielddisplay(self,'local','is the response local to the elements, or global? (default is 1)''');
     81                        fielddisplay(self,'timeinterpolation','interpolation routine used to interpolate misfit between two time steps (default is ''nearestneighbor''');
     82                        fielddisplay(self,'weights','weights (at vertices) to apply to the misfit');
     83                        fielddisplay(self,'weights_enum','enum for weights for identification purposes');
    7584
    7685                end % }}}
    77                 function md = marshall(obj,md,fid) % {{{
     86                function md = marshall(self,md,fid) % {{{
    7887
    79                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','name','format','String');
    80                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','model_enum','format','Integer');
    81                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','observation','format','DoubleMat','mattype',1,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
    82                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','observation_enum','format','Integer');
    83                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','timeinterpolation','format','String');
    84                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','weights','format','DoubleMat','mattype',1,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
    85                 WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','weights_enum','format','Integer');
     88                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','name','format','String');
     89                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','definitionenum','format','Integer');
     90                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','model_enum','format','Integer');
     91                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','observation','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
     92                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','observation_enum','format','Integer');
     93                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','local','format','Integer');
     94                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','timeinterpolation','format','String');
     95                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','weights','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
     96                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','weights_enum','format','Integer');
    8697
    8798                end % }}}

  • issm/trunk/src/m/classes/model.m

    r18301 r19105  
    3737                steadystate      = 0;
    3838                transient        = 0;
     39                calving          = 0;
    3940                gia              = 0;
    4041
    … …  
    124125                                end
    125126                        end
     127                        %2014 November 12
     128                        if isa(md.calving,'double');
     129                                md.calving=calving();
     130                        end
    126131                end% }}}
    127132        end
    … …  
    132137                                case 0
    133138                                        md=setdefaultparameters(md);
     139                                case 1
     140                                        error('model constructor not supported yet');
     141
    134142                                otherwise
    135143                                        error('model constructor error message: 0 of 1 argument only in input.');
    … …  
    162170                        %Start with changing all the fields from the 3d mesh
    163171
     172                        %dealing with the friciton law
    164173                        %drag is limited to nodes that are on the bedrock.
    165                         md.friction.coefficient=project2d(md,md.friction.coefficient,1);
    166 
    167                         %p and q (same deal, except for element that are on the bedrock: )
    168                         md.friction.p=project2d(md,md.friction.p,1);
    169                         md.friction.q=project2d(md,md.friction.q,1);
     174                        if isa(md.friction,'friction'),
     175                                md.friction.coefficient=project2d(md,md.friction.coefficient,1);
     176                                md.friction.p=project2d(md,md.friction.p,1);
     177                                md.friction.q=project2d(md,md.friction.q,1);
     178                        elseif isa(md.friction,'frictionhydro'),
     179                                md.friction.q=project2d(md,md.friction.q,1);
     180                                md.friction.C=project2d(md,md.friction.C,1);
     181                                md.friction.As=project2d(md,md.friction.As,1);
     182                                md.friction.effective_pressure=project2d(md,md.friction.effective_pressure,1);
     183                        elseif isa(md.friction,'frictionwaterlayer'),
     184                                md.friction.coefficient=project2d(md,md.friction.coefficient,1);
     185                                md.friction.p=project2d(md,md.friction.p,1);
     186                                md.friction.q=project2d(md,md.friction.q,1);
     187                                md.friction.water_layer=project2d(md,md.friction.water_layer,1);
     188                        elseif isa(md.friction,'frictionweertman'),
     189                                md.friction.C=project2d(md,md.friction.C,1);
     190                                md.friction.m=project2d(md,md.friction.m,1);
     191            end
    170192
    171193                        %observations
    … …  
    187209                        if ~isnan(md.initialization.vel),md.initialization.vel=DepthAverage(md,md.initialization.vel);end;
    188210                        if ~isnan(md.initialization.temperature),md.initialization.temperature=DepthAverage(md,md.initialization.temperature);end;
    189 
     211                        if ~isnan(md.initialization.pressure),md.initialization.pressure=project2d(md,md.initialization.pressure,1);end;
     212                        if ~isnan(md.initialization.sediment_head),md.initialization.sediment_head=project2d(md,md.initialization.sediment_head,1);end;
     213                        if ~isnan(md.initialization.epl_head),md.initialization.epl_head=project2d(md,md.initialization.epl_head,1);end;
     214                        if ~isnan(md.initialization.epl_thickness),md.initialization.epl_thickness=project2d(md,md.initialization.epl_thickness,1);end;
    190215                        %gia
    191216                        if ~isnan(md.gia.mantle_viscosity), md.gia.mantle_viscosity=project2d(md,md.gia.mantle_viscosity,1); end
    … …  
    211236                        md.thermal.spctemperature=project2d(md,md.thermal.spctemperature,md.mesh.numberoflayers);
    212237
     238                        % Hydrologydc variables
     239                        if isa(md.hydrology,'hydrologydc');
     240                                md.hydrology.spcsediment_head=project2d(md,md.hydrology.spcsediment_head,1);
     241                                md.hydrology.mask_eplactive_node=project2d(md,md.hydrology.mask_eplactive_node,1);
     242                                md.hydrology.sediment_transmitivity=project2d(md,md.hydrology.sediment_transmitivity,1);
     243                                md.hydrology.basal_moulin_input=project2d(md,md.hydrology.basal_moulin_input,1);
     244                                if(md.hydrology.isefficientlayer==1)
     245                                        md.hydrology.spcepl_head=project2d(md,md.hydrology.spcepl_head,1);
     246                    end
     247            end
     248                       
    213249                        %materials
    214250                        md.materials.rheology_B=DepthAverage(md,md.materials.rheology_B);
    … …  
    221257
    222258                        %special for thermal modeling:
    223                         md.basalforcings.groundedice_melting_rate=project2d(md,md.basalforcings.groundedice_melting_rate,1);
    224                         md.basalforcings.floatingice_melting_rate=project2d(md,md.basalforcings.floatingice_melting_rate,1);
     259                        if ~isnan(md.basalforcings.groundedice_melting_rate),
     260                                md.basalforcings.groundedice_melting_rate=project2d(md,md.basalforcings.groundedice_melting_rate,1);
     261                        end
     262                        if ~isnan(md.basalforcings.floatingice_melting_rate),
     263                                md.basalforcings.floatingice_melting_rate=project2d(md,md.basalforcings.floatingice_melting_rate,1);
     264                        end
    225265                        md.basalforcings.geothermalflux=project2d(md,md.basalforcings.geothermalflux,1); %bedrock only gets geothermal flux
    226266
    … …  
    236276                        md.geometry.thickness=project2d(md,md.geometry.thickness,1);
    237277                        md.geometry.base=project2d(md,md.geometry.base,1);
    238                         md.geometry.bed=project2d(md,md.geometry.bed,1);
    239 
    240                         md.mask.groundedice_levelset=project2d(md,md.mask.groundedice_levelset,1);
    241                         md.mask.ice_levelset=project2d(md,md.mask.ice_levelset,1);
     278                        if ~isnan(md.geometry.bed),
     279                                md.geometry.bed=project2d(md,md.geometry.bed,1);
     280                        end
     281
     282                        if ~isnan(md.mask.groundedice_levelset),
     283                                md.mask.groundedice_levelset=project2d(md,md.mask.groundedice_levelset,1);
     284                        end
     285                        if ~isnan(md.mask.ice_levelset),
     286                                md.mask.ice_levelset=project2d(md,md.mask.ice_levelset,1);
     287                        end
    242288
    243289                        %lat long
    … …  
    255301                        if ~isnan(md.mesh.elementconnectivity), mesh.elementconnectivity=project2d(md,md.mesh.elementconnectivity,1); end
    256302                        md.mesh=mesh;
     303                        md.mesh.vertexconnectivity=NodeConnectivity(md.mesh.elements,md.mesh.numberofvertices);
     304                        md.mesh.elementconnectivity=ElementConnectivity(md.mesh.elements,md.mesh.vertexconnectivity);
     305                        md.mesh.segments=contourenvelope(md);
    257306
    258307                end % }}}
    … …  
    613662                        md.mesh.lat                         = mesh2d.lat;
    614663                        md.mesh.long                        = mesh2d.long;
    615                         md.mesh.hemisphere                  = mesh2d.hemisphere;
     664                        md.mesh.epsg                        = mesh2d.epsg;
    616665
    617666                        md.mesh.vertexonboundary            = mesh2d.vertexonboundary;
    … …  
    679728                        %Ok, now deal with the other fields from the 2d mesh:
    680729
     730                        %bedinfo and surface info
     731                        md.mesh.vertexonbase=project3d(md,'vector',ones(md.mesh.numberofvertices2d,1),'type','node','layer',1);
     732                        md.mesh.vertexonsurface=project3d(md,'vector',ones(md.mesh.numberofvertices2d,1),'type','node','layer',md.mesh.numberoflayers);
     733                        md.mesh.vertexonboundary=project3d(md,'vector',md.mesh.vertexonboundary,'type','node');
     734
    681735                        %lat long
    682736                        md.mesh.lat=project3d(md,'vector',md.mesh.lat,'type','node');
    683737                        md.mesh.long=project3d(md,'vector',md.mesh.long,'type','node');
    684738
    685                         %drag coefficient is limited to nodes that are on the bedrock.
    686                         md.friction.coefficient=project3d(md,'vector',md.friction.coefficient,'type','node','layer',1);
    687 
    688                         %p and q (same deal, except for element that are on the bedrock: )
    689                         md.friction.p=project3d(md,'vector',md.friction.p,'type','element');
    690                         md.friction.q=project3d(md,'vector',md.friction.q,'type','element');
    691 
    692                         %observations
    693                         md.inversion.vx_obs=project3d(md,'vector',md.inversion.vx_obs,'type','node');
    694                         md.inversion.vy_obs=project3d(md,'vector',md.inversion.vy_obs,'type','node');
    695                         md.inversion.vel_obs=project3d(md,'vector',md.inversion.vel_obs,'type','node');
    696                         md.inversion.thickness_obs=project3d(md,'vector',md.inversion.thickness_obs,'type','node');
     739                        md.geometry=extrude(md.geometry,md);
     740                        md.friction  = extrude(md.friction,md);
     741                        md.inversion = extrude(md.inversion,md);
    697742                        md.surfaceforcings = extrude(md.surfaceforcings,md);
    698                         md.balancethickness.thickening_rate=project3d(md,'vector',md.balancethickness.thickening_rate,'type','node');
    699 
    700                         %results
    701                         if ~isnan(md.initialization.vx),md.initialization.vx=project3d(md,'vector',md.initialization.vx,'type','node');end;
    702                         if ~isnan(md.initialization.vy),md.initialization.vy=project3d(md,'vector',md.initialization.vy,'type','node');end;
    703                         if ~isnan(md.initialization.vz),md.initialization.vz=project3d(md,'vector',md.initialization.vz,'type','node');end;
    704                         if ~isnan(md.initialization.vel),md.initialization.vel=project3d(md,'vector',md.initialization.vel,'type','node');end;
    705                         if ~isnan(md.initialization.temperature),md.initialization.temperature=project3d(md,'vector',md.initialization.temperature,'type','node');end;
    706                         if ~isnan(md.initialization.waterfraction),md.initialization.waterfraction=project3d(md,'vector',md.initialization.waterfraction,'type','node');end;
    707       if ~isnan(md.initialization.watercolumn),md.initialization.watercolumn=project3d(md,'vector',md.initialization.watercolumn,'type','node','layer',1);end;
    708       if ~isnan(md.initialization.sediment_head),md.initialization.sediment_head=project3d(md,'vector',md.initialization.sediment_head,'type','node','layer',1);end;
    709       if ~isnan(md.initialization.epl_head),md.initialization.epl_head=project3d(md,'vector',md.initialization.epl_head,'type','node','layer',1);end;
    710       if ~isnan(md.initialization.epl_thickness),md.initialization.epl_thickness=project3d(md,'vector',md.initialization.epl_thickness,'type','node','layer',1);end;
    711 
    712                         %bedinfo and surface info
    713                         md.mesh.vertexonbase=project3d(md,'vector',ones(md.mesh.numberofvertices2d,1),'type','node','layer',1);
    714                         md.mesh.vertexonsurface=project3d(md,'vector',ones(md.mesh.numberofvertices2d,1),'type','node','layer',md.mesh.numberoflayers);
    715 
    716                         %elementstype
    717                         if ~isnan(md.flowequation.element_equation)
    718                                 oldelements_type=md.flowequation.element_equation;
    719                                 md.flowequation.element_equation=zeros(number_el3d,1);
    720                                 md.flowequation.element_equation=project3d(md,'vector',oldelements_type,'type','element');
    721                         end
    722 
    723                         %verticestype
    724                         if ~isnan(md.flowequation.vertex_equation)
    725                                 oldvertices_type=md.flowequation.vertex_equation;
    726                                 md.flowequation.vertex_equation=zeros(number_nodes3d,1);
    727                                 md.flowequation.vertex_equation=project3d(md,'vector',oldvertices_type,'type','node');
    728                         end
    729                         md.flowequation.borderSSA=project3d(md,'vector',md.flowequation.borderSSA,'type','node');
    730                         md.flowequation.borderHO=project3d(md,'vector',md.flowequation.borderHO,'type','node');
    731                         md.flowequation.borderFS=project3d(md,'vector',md.flowequation.borderFS,'type','node');
    732 
    733                         %boundary conditions
    734                         md.stressbalance.spcvx=project3d(md,'vector',md.stressbalance.spcvx,'type','node');
    735                         md.stressbalance.spcvy=project3d(md,'vector',md.stressbalance.spcvy,'type','node');
    736                         md.stressbalance.spcvz=project3d(md,'vector',md.stressbalance.spcvz,'type','node');
    737                         md.thermal.spctemperature=project3d(md,'vector',md.thermal.spctemperature,'type','node','layer',md.mesh.numberoflayers,'padding',NaN);
    738                         if (length(md.initialization.temperature)==md.mesh.numberofvertices),
    739                                 md.thermal.spctemperature=NaN*ones(md.mesh.numberofvertices,1);
    740                                 if isprop(md.mesh,'vertexonsurface'),
    741                                         pos=find(md.mesh.vertexonsurface);
    742                                         md.thermal.spctemperature(pos)=md.initialization.temperature(pos); %impose observed temperature on surface
    743                                 end
    744                         end
    745                         md.masstransport.spcthickness=project3d(md,'vector',md.masstransport.spcthickness,'type','node');
    746                         md.masstransport.calvingrate=project3d(md,'vector',md.masstransport.calvingrate,'type','node');
    747                         md.balancethickness.spcthickness=project3d(md,'vector',md.balancethickness.spcthickness,'type','node');
    748                         md.damage.spcdamage=project3d(md,'vector',md.damage.spcdamage,'type','node');
    749                         md.stressbalance.referential=project3d(md,'vector',md.stressbalance.referential,'type','node');
    750                         md.stressbalance.loadingforce=project3d(md,'vector',md.stressbalance.loadingforce,'type','node');
    751 
    752                         % Hydrologydc variables
    753                         if isa(md.hydrology,'hydrologydc');
    754                                 md.hydrology.spcsediment_head=project3d(md,'vector',md.hydrology.spcsediment_head,'type','node','layer',1);
    755                                 md.hydrology.spcepl_head=project3d(md,'vector',md.hydrology.spcepl_head,'type','node','layer',1);
    756                                 md.hydrology.mask_eplactive_node=project3d(md,'vector',md.hydrology.mask_eplactive_node,'type','node','layer',1);
    757                                 md.hydrology.sediment_transmitivity=project3d(md,'vector',md.hydrology.sediment_transmitivity,'type','node','layer',1);
    758                                 md.hydrology.basal_moulin_input=project3d(md,'vector',md.hydrology.basal_moulin_input,'type','node','layer',1);
    759             end
     743                        md.initialization = extrude(md.initialization,md);
     744
     745                        md.flowequation=md.flowequation.extrude(md);
     746                        md.stressbalance=extrude(md.stressbalance,md);
     747                        md.thermal=md.thermal.extrude(md);
     748                        md.masstransport=md.masstransport.extrude(md);
     749                        md.calving=extrude(md.calving,md);
     750                        md.hydrology = extrude(md.hydrology,md);
    760751
    761752                        %connectivity
    … …  
    770761                        end
    771762
    772                         %materials
    773                         md.materials.rheology_B=project3d(md,'vector',md.materials.rheology_B,'type','node');
    774                         md.materials.rheology_n=project3d(md,'vector',md.materials.rheology_n,'type','element');
    775                                
    776                         %damage
    777                         md.damage.D=project3d(md,'vector',md.damage.D,'type','node');
    778 
    779                         %parameters
    780                         md.geometry.surface=project3d(md,'vector',md.geometry.surface,'type','node');
    781                         md.geometry.thickness=project3d(md,'vector',md.geometry.thickness,'type','node');
    782                         md.gia.mantle_viscosity=project3d(md,'vector',md.gia.mantle_viscosity,'type','node');
    783                         md.gia.lithosphere_thickness=project3d(md,'vector',md.gia.lithosphere_thickness,'type','node');
    784                         md.geometry.hydrostatic_ratio=project3d(md,'vector',md.geometry.hydrostatic_ratio,'type','node');
    785                         md.geometry.base=project3d(md,'vector',md.geometry.base,'type','node');
    786                         md.geometry.bed=project3d(md,'vector',md.geometry.bed,'type','node');
    787                         md.mesh.vertexonboundary=project3d(md,'vector',md.mesh.vertexonboundary,'type','node');
    788                         md.mask.groundedice_levelset=project3d(md,'vector',md.mask.groundedice_levelset,'type','node');
    789                         md.mask.ice_levelset=project3d(md,'vector',md.mask.ice_levelset,'type','node');
    790                         if ~isnan(md.inversion.cost_functions_coefficients),md.inversion.cost_functions_coefficients=project3d(md,'vector',md.inversion.cost_functions_coefficients,'type','node');end;
    791                         if ~isnan(md.inversion.min_parameters),md.inversion.min_parameters=project3d(md,'vector',md.inversion.min_parameters,'type','node');end;
    792                         if ~isnan(md.inversion.max_parameters),md.inversion.max_parameters=project3d(md,'vector',md.inversion.max_parameters,'type','node');end;
    793                         if ~isnan(md.qmu.partition),md.qmu.partition=project3d(md,'vector',md.qmu.partition','type','node');end
    794 
    795                         %Put lithostatic pressure if there is an existing pressure
    796                         if ~isnan(md.initialization.pressure),
    797                                 md.initialization.pressure=md.constants.g*md.materials.rho_ice*(md.geometry.surface-md.mesh.z);
    798                         end
    799 
    800                         %special for thermal modeling:
    801                         md.basalforcings.groundedice_melting_rate=project3d(md,'vector',md.basalforcings.groundedice_melting_rate,'type','node','layer',1);
    802                         md.basalforcings.floatingice_melting_rate=project3d(md,'vector',md.basalforcings.floatingice_melting_rate,'type','node','layer',1);
    803                         if ~isnan(md.basalforcings.geothermalflux)
    804                                 md.basalforcings.geothermalflux=project3d(md,'vector',md.basalforcings.geothermalflux,'type','node','layer',1); %bedrock only gets geothermal flux
    805                         end
     763                        md.materials=extrude(md.materials,md);
     764                        md.damage=extrude(md.damage,md);
     765                        md.mask=extrude(md.mask,md);
     766                        md.qmu=extrude(md.qmu,md);
     767                        md.basalforcings=extrude(md.basalforcings,md);
    806768
    807769                        %increase connectivity if less than 25:
    … …  
    825787                        if isfield(structmd,'p'), md.friction.p=structmd.p; end
    826788                        if isfield(structmd,'q'), md.friction.q=structmd.p; end
    827                         if isfield(structmd,'melting'), md.basalforcings.melting_rate=structmd.melting; end
     789                        if isfield(structmd,'melting'), md.basalforcings.floatingice_melting_rate=structmd.melting; end
    828790                        if isfield(structmd,'melting_rate'), md.basalforcings.floatingice_melting_rate=structmd.melting_rate; end
     791                        if isfield(structmd,'melting_rate'), md.basalforcings.groundedice_melting_rate=structmd.melting_rate; end
    829792                        if isfield(structmd,'accumulation'), md.surfaceforcings.mass_balance=structmd.accumulation; end
    830793                        if isfield(structmd,'numberofgrids'), md.mesh.numberofvertices=structmd.numberofgrids; end
    … …  
    923886                        if isfield(structmd,'extractedelements'), md.mesh.extractedelements=structmd.extractedelements; end
    924887                        if isfield(structmd,'nodeonboundary'), md.mesh.vertexonboundary=structmd.nodeonboundary; end
    925                         if isfield(structmd,'hemisphere'), md.mesh.hemisphere=structmd.hemisphere; end
    926888                        if isfield(structmd,'lat'), md.mesh.lat=structmd.lat; end
    927889                        if isfield(structmd,'long'), md.mesh.long=structmd.long; end
    … …  
    11061068                        md.steadystate      = steadystate();
    11071069                        md.transient        = transient();
     1070                        md.calving          = calving();
    11081071                        md.gia              = gia();
    11091072                        md.autodiff         = autodiff();
    … …  
    12481211                        end
    12491212                end % }}}
    1250                 function disp(obj) % {{{
    1251                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','mesh'            ,['[1x1 ' class(obj.mesh) ']'],'mesh properties'));
    1252                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','mask'            ,['[1x1 ' class(obj.mask) ']'],'defines grounded and floating elements'));
    1253                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','geometry'        ,['[1x1 ' class(obj.geometry) ']'],'surface elevation, bedrock topography, ice thickness,...'));
    1254                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','constants'       ,['[1x1 ' class(obj.constants) ']'],'physical constants'));
    1255                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','surfaceforcings' ,['[1x1 ' class(obj.surfaceforcings) ']'],'surface forcings'));
    1256                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','basalforcings'   ,['[1x1 ' class(obj.basalforcings) ']'],'bed forcings'));
    1257                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','materials'       ,['[1x1 ' class(obj.materials) ']'],'material properties'));
    1258                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','damage'          ,['[1x1 ' class(obj.damage) ']'],'parameters for damage evolution solution'));
    1259                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','friction'        ,['[1x1 ' class(obj.friction) ']'],'basal friction/drag properties'));
    1260                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','flowequation'    ,['[1x1 ' class(obj.flowequation) ']'],'flow equations'));
    1261                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','timestepping'    ,['[1x1 ' class(obj.timestepping) ']'],'time stepping for transient models'));
    1262                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','initialization'  ,['[1x1 ' class(obj.initialization) ']'],'initial guess/state'));
    1263                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','rifts'           ,['[1x1 ' class(obj.rifts) ']'],'rifts properties'));
    1264                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','debug'           ,['[1x1 ' class(obj.debug) ']'],'debugging tools (valgrind, gprof)'));
    1265                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','verbose'         ,['[1x1 ' class(obj.verbose) ']'],'verbosity level in solve'));
    1266                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','settings'        ,['[1x1 ' class(obj.settings) ']'],'settings properties'));
    1267                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','toolkits'          ,['[1x1 ' class(obj.toolkits) ']'],'PETSc options for each solution'));
    1268                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','cluster'         ,['[1x1 ' class(obj.cluster) ']'],'cluster parameters (number of cpus...)'));
    1269                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','balancethickness',['[1x1 ' class(obj.balancethickness) ']'],'parameters for balancethickness solution'));
    1270                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','stressbalance'      ,['[1x1 ' class(obj.stressbalance) ']'],'parameters for stressbalance solution'));
    1271                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','groundingline'   ,['[1x1 ' class(obj.groundingline) ']'],'parameters for groundingline solution'));
    1272                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','hydrology'       ,['[1x1 ' class(obj.hydrology) ']'],'parameters for hydrology solution'));
    1273                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','masstransport'      ,['[1x1 ' class(obj.masstransport) ']'],'parameters for masstransport solution'));
    1274                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','thermal'         ,['[1x1 ' class(obj.thermal) ']'],'parameters for thermal solution'));
    1275                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','steadystate'     ,['[1x1 ' class(obj.steadystate) ']'],'parameters for steadystate solution'));
    1276                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','transient'       ,['[1x1 ' class(obj.transient) ']'],'parameters for transient solution'));
    1277                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','gia'       ,['[1x1 ' class(obj.gia) ']'],'parameters for gia solution'));
    1278                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','autodiff'        ,['[1x1 ' class(obj.autodiff) ']'],'automatic differentiation parameters'));
    1279                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','flaim'           ,['[1x1 ' class(obj.flaim) ']'],'flaim parameters'));
    1280                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','inversion'       ,['[1x1 ' class(obj.inversion) ']'],'parameters for inverse methods'));
    1281                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','qmu'             ,['[1x1 ' class(obj.qmu) ']'],'dakota properties'));
    1282                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','outputdefinition',['[1x1 ' class(obj.outputdefinition) ']'],'output definition'));
    1283                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','results'         ,['[1x1 ' class(obj.results) ']'],'model results'));
    1284                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','radaroverlay'    ,['[1x1 ' class(obj.radaroverlay) ']'],'radar image for plot overlay'));
    1285                         disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','miscellaneous'   ,['[1x1 ' class(obj.miscellaneous) ']'],'miscellaneous fields'));
     1213                function disp(self) % {{{
     1214                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','mesh'            ,['[1x1 ' class(self.mesh) ']'],'mesh properties'));
     1215                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','mask'            ,['[1x1 ' class(self.mask) ']'],'defines grounded and floating elements'));
     1216                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','geometry'        ,['[1x1 ' class(self.geometry) ']'],'surface elevation, bedrock topography, ice thickness,...'));
     1217                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','constants'       ,['[1x1 ' class(self.constants) ']'],'physical constants'));
     1218                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','surfaceforcings' ,['[1x1 ' class(self.surfaceforcings) ']'],'surface forcings'));
     1219                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','basalforcings'   ,['[1x1 ' class(self.basalforcings) ']'],'bed forcings'));
     1220                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','materials'       ,['[1x1 ' class(self.materials) ']'],'material properties'));
     1221                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','damage'          ,['[1x1 ' class(self.damage) ']'],'parameters for damage evolution solution'));
     1222                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','friction'        ,['[1x1 ' class(self.friction) ']'],'basal friction/drag properties'));
     1223                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','flowequation'    ,['[1x1 ' class(self.flowequation) ']'],'flow equations'));
     1224                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','timestepping'    ,['[1x1 ' class(self.timestepping) ']'],'time stepping for transient models'));
     1225                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','initialization'  ,['[1x1 ' class(self.initialization) ']'],'initial guess/state'));
     1226                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','rifts'           ,['[1x1 ' class(self.rifts) ']'],'rifts properties'));
     1227                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','debug'           ,['[1x1 ' class(self.debug) ']'],'debugging tools (valgrind, gprof)'));
     1228                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','verbose'         ,['[1x1 ' class(self.verbose) ']'],'verbosity level in solve'));
     1229                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','settings'        ,['[1x1 ' class(self.settings) ']'],'settings properties'));
     1230                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','toolkits'        ,['[1x1 ' class(self.toolkits) ']'],'PETSc options for each solution'));
     1231                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','cluster'         ,['[1x1 ' class(self.cluster) ']'],'cluster parameters (number of cpus...)'));
     1232                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','balancethickness',['[1x1 ' class(self.balancethickness) ']'],'parameters for balancethickness solution'));
     1233                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','stressbalance'   ,['[1x1 ' class(self.stressbalance) ']'],'parameters for stressbalance solution'));
     1234                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','groundingline'   ,['[1x1 ' class(self.groundingline) ']'],'parameters for groundingline solution'));
     1235                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','hydrology'       ,['[1x1 ' class(self.hydrology) ']'],'parameters for hydrology solution'));
     1236                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','masstransport'   ,['[1x1 ' class(self.masstransport) ']'],'parameters for masstransport solution'));
     1237                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','thermal'         ,['[1x1 ' class(self.thermal) ']'],'parameters for thermal solution'));
     1238                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','steadystate'     ,['[1x1 ' class(self.steadystate) ']'],'parameters for steadystate solution'));
     1239                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','transient'       ,['[1x1 ' class(self.transient) ']'],'parameters for transient solution'));
     1240                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','calving'         ,['[1x1 ' class(self.calving) ']'],'parameters for calving'));
     1241                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','gia'             ,['[1x1 ' class(self.gia) ']'],'parameters for gia solution'));
     1242                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','autodiff'        ,['[1x1 ' class(self.autodiff) ']'],'automatic differentiation parameters'));
     1243                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','flaim'           ,['[1x1 ' class(self.flaim) ']'],'flaim parameters'));
     1244                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','inversion'       ,['[1x1 ' class(self.inversion) ']'],'parameters for inverse methods'));
     1245                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','qmu'             ,['[1x1 ' class(self.qmu) ']'],'dakota properties'));
     1246                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','outputdefinition',['[1x1 ' class(self.outputdefinition) ']'],'output definition'));
     1247                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','results'         ,['[1x1 ' class(self.results) ']'],'model results'));
     1248                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','radaroverlay'    ,['[1x1 ' class(self.radaroverlay) ']'],'radar image for plot overlay'));
     1249                        disp(sprintf('%19s: %-22s -- %s','miscellaneous'   ,['[1x1 ' class(self.miscellaneous) ']'],'miscellaneous fields'));
    12861250                end % }}}
    1287                 function memory(obj) % {{{
     1251                function memory(self) % {{{
    12881252
    12891253                disp(sprintf('\nMemory imprint:\n'));
    … …  
    12931257
    12941258                for i=1:length(fields),
    1295                         field=obj.(fields{i});
     1259                        field=self.(fields{i});
    12961260                        s=whos('field');
    12971261                        mem=mem+s.bytes/1e6;
    … …  
    13011265                disp(sprintf('%19s: %g Mb','Total',mem));
    13021266                end % }}}
    1303                 function netcdf(obj,filename) % {{{
     1267                function netcdf(self,filename) % {{{
    13041268                %NETCDF - save model as netcdf
    13051269                %
    … …  
    13141278                ncid=netcdf.create(filename,'CLOBBER');
    13151279                netcdf.putAtt(ncid,netcdf.getConstant('NC_GLOBAL'),'Conventions','CF-1.4');
    1316                 netcdf.putAtt(ncid,netcdf.getConstant('NC_GLOBAL'),'Title',['ISSM model (' obj.miscellaneous.name ')']);
     1280                netcdf.putAtt(ncid,netcdf.getConstant('NC_GLOBAL'),'Title',['ISSM model (' self.miscellaneous.name ')']);
    13171281                netcdf.putAtt(ncid,netcdf.getConstant('NC_GLOBAL'),'Author',getenv('USER'));
    13181282                netcdf.putAtt(ncid,netcdf.getConstant('NC_GLOBAL'),'Date',datestr(now));
    … …  
    13231287                for step=1:2,
    13241288                        counter=0;
    1325                         [var_id,counter]=structtonc(ncid,'md',obj,0,var_id,counter,step);
     1289                        [var_id,counter]=structtonc(ncid,'md',self,0,var_id,counter,step);
    13261290                        if step==1, netcdf.endDef(ncid); end
    13271291                end
    … …  
    13331297                netcdf.close(ncid)
    13341298                end % }}}
    1335                 function xylim(obj) % {{{
    1336 
    1337                         xlim([min(obj.mesh.x) max(obj.mesh.x)]);
    1338                         ylim([min(obj.mesh.y) max(obj.mesh.y)])
     1299                function xylim(self) % {{{
     1300
     1301                        xlim([min(self.mesh.x) max(self.mesh.x)]);
     1302                        ylim([min(self.mesh.y) max(self.mesh.y)])
    13391303                end % }}}
    13401304                function md=upload(md) % {{{

  • issm/trunk/src/m/classes/model.py

    r18301 r19105  
    1515from basalforcings import basalforcings
    1616from matice import matice
     17from calving import calving
     18from calvinglevermann import calvinglevermann
     19#from calvingpi import calvingpi
    1720from damage import damage
    1821from friction import friction
    … …  
    3033from groundingline import groundingline
    3134from hydrologyshreve import hydrologyshreve
     35from hydrologydc import hydrologydc
    3236from masstransport import masstransport
    3337from thermal import thermal
    … …  
    5963        #properties
    6064        def __init__(self):#{{{
     65
     66                # classtype=model.properties
     67                               
     68                # for classe in dict.keys(classtype):
     69                #       print classe
     70                #       self.__dict__[classe] = classtype[str(classe)]
     71
    6172                self.mesh             = mesh2d()
    6273                self.mask             = mask()
    … …  
    8091
    8192                self.balancethickness = balancethickness()
    82                 self.stressbalance       = stressbalance()
     93                self.stressbalance    = stressbalance()
    8394                self.groundingline    = groundingline()
    8495                self.hydrology        = hydrologyshreve()
    85                 self.masstransport       = masstransport()
     96                self.masstransport    = masstransport()
    8697                self.thermal          = thermal()
    8798                self.steadystate      = steadystate()
    8899                self.transient        = transient()
     100                self.calving          = calving()
    89101                self.gia              = gia()
    90102
    … …  
    128140                        'steadystate',\
    129141                        'transient',\
    130                                   'gia',\
     142                        'calving',\
     143                                                'gia',\
    131144                        'autodiff',\
    132145                        'flaim',\
    … …  
    167180                string="%s\n%s" % (string,"%19s: %-22s -- %s" % ("steadystate","[%s,%s]" % ("1x1",obj.steadystate.__class__.__name__),"parameters for steadystate solution"))
    168181                string="%s\n%s" % (string,"%19s: %-22s -- %s" % ("transient","[%s,%s]" % ("1x1",obj.transient.__class__.__name__),"parameters for transient solution"))
     182                string="%s\n%s" % (string,"%19s: %-22s -- %s" % ("calving","[%s,%s]" % ("1x1",obj.calving.__class__.__name__),"parameters for calving"))
    169183                string="%s\n%s" % (string,"%19s: %-22s -- %s" % ("autodiff","[%s,%s]" % ("1x1",obj.autodiff.__class__.__name__),"automatic differentiation parameters"))
    170184                string="%s\n%s" % (string,"%19s: %-22s -- %s" % ("flaim","[%s,%s]" % ("1x1",obj.flaim.__class__.__name__),"flaim parameters"))
    … …  
    517531                md.mesh.lat                         = mesh2d.lat
    518532                md.mesh.long                        = mesh2d.long
    519                 md.mesh.hemisphere                  = mesh2d.hemisphere
     533                md.mesh.epsg                        = mesh2d.epsg
    520534
    521535                md.mesh.vertexonboundary            = mesh2d.vertexonboundary
    … …  
    581595                #Ok, now deal with the other fields from the 2d mesh:
    582596
     597                #bedinfo and surface info
     598                md.mesh.vertexonbase=project3d(md,'vector',numpy.ones(md.mesh.numberofvertices2d,bool),'type','node','layer',1)
     599                md.mesh.vertexonsurface=project3d(md,'vector',numpy.ones(md.mesh.numberofvertices2d,bool),'type','node','layer',md.mesh.numberoflayers)
     600                md.mesh.vertexonboundary=project3d(md,'vector',md.mesh.vertexonboundary,'type','node')
     601
    583602                #lat long
    584603                md.mesh.lat=project3d(md,'vector',md.mesh.lat,'type','node')
    585604                md.mesh.long=project3d(md,'vector',md.mesh.long,'type','node')
    586605
    587                 #drag coefficient is limited to nodes that are on the bedrock.
    588                 md.friction.coefficient=project3d(md,'vector',md.friction.coefficient,'type','node','layer',1)
    589 
    590                 #p and q (same deal, except for element that are on the bedrock: )
    591                 md.friction.p=project3d(md,'vector',md.friction.p,'type','element')
    592                 md.friction.q=project3d(md,'vector',md.friction.q,'type','element')
    593 
    594                 #observations
    595                 md.inversion.vx_obs=project3d(md,'vector',md.inversion.vx_obs,'type','node')
    596                 md.inversion.vy_obs=project3d(md,'vector',md.inversion.vy_obs,'type','node')
    597                 md.inversion.vel_obs=project3d(md,'vector',md.inversion.vel_obs,'type','node')
    598                 md.inversion.thickness_obs=project3d(md,'vector',md.inversion.thickness_obs,'type','node')
     606                md.geometry.extrude(md)
     607                md.friction.extrude(md)
     608                md.inversion.extrude(md)
    599609                md.surfaceforcings.extrude(md)
    600                 md.balancethickness.thickening_rate=project3d(md,'vector',md.balancethickness.thickening_rate,'type','node')
    601 
    602                 #results
    603                 if not numpy.any(numpy.isnan(md.initialization.vx)):
    604                         md.initialization.vx=project3d(md,'vector',md.initialization.vx,'type','node')
    605                 if not numpy.any(numpy.isnan(md.initialization.vy)):
    606                         md.initialization.vy=project3d(md,'vector',md.initialization.vy,'type','node')
    607                 if not numpy.any(numpy.isnan(md.initialization.vz)):
    608                         md.initialization.vz=project3d(md,'vector',md.initialization.vz,'type','node')
    609                 if not numpy.any(numpy.isnan(md.initialization.vel)):
    610                         md.initialization.vel=project3d(md,'vector',md.initialization.vel,'type','node')
    611                 if not numpy.any(numpy.isnan(md.initialization.temperature)):
    612                         md.initialization.temperature=project3d(md,'vector',md.initialization.temperature,'type','node')
    613                 if not numpy.any(numpy.isnan(md.initialization.waterfraction)):
    614                         md.initialization.waterfraction=project3d(md,'vector',md.initialization.waterfraction,'type','node')
    615                 if not numpy.any(numpy.isnan(md.initialization.watercolumn)):
    616                         md.initialization.watercolumn=project3d(md,'vector',md.initialization.watercolumn,'type','node')
    617 
    618 
    619                 #bedinfo and surface info
    620                 md.mesh.vertexonbase=project3d(md,'vector',numpy.ones(md.mesh.numberofvertices2d,bool),'type','node','layer',1)
    621                 md.mesh.vertexonsurface=project3d(md,'vector',numpy.ones(md.mesh.numberofvertices2d,bool),'type','node','layer',md.mesh.numberoflayers)
    622 
    623                 #elementstype
    624                 if not numpy.any(numpy.isnan(md.flowequation.element_equation)):
    625                         oldelements_type=md.flowequation.element_equation
    626                         md.flowequation.element_equation=numpy.zeros(number_el3d,int)
    627                         md.flowequation.element_equation=project3d(md,'vector',oldelements_type,'type','element')
    628 
    629                 #verticestype
    630                 if not numpy.any(numpy.isnan(md.flowequation.vertex_equation)):
    631                         oldvertices_type=md.flowequation.vertex_equation
    632                         md.flowequation.vertex_equation=numpy.zeros(number_nodes3d,int)
    633                         md.flowequation.vertex_equation=project3d(md,'vector',oldvertices_type,'type','node')
    634 
    635                 md.flowequation.borderSSA=project3d(md,'vector',md.flowequation.borderSSA,'type','node')
    636                 md.flowequation.borderHO=project3d(md,'vector',md.flowequation.borderHO,'type','node')
    637                 md.flowequation.borderFS=project3d(md,'vector',md.flowequation.borderFS,'type','node')
    638 
    639                 #boundary conditions
    640                 md.stressbalance.spcvx=project3d(md,'vector',md.stressbalance.spcvx,'type','node')
    641                 md.stressbalance.spcvy=project3d(md,'vector',md.stressbalance.spcvy,'type','node')
    642                 md.stressbalance.spcvz=project3d(md,'vector',md.stressbalance.spcvz,'type','node')
    643                 md.thermal.spctemperature=project3d(md,'vector',md.thermal.spctemperature,'type','node','layer',md.mesh.numberoflayers,'padding',numpy.nan)
    644                 if isinstance(md.initialization.temperature,numpy.ndarray) and numpy.size(md.initialization.temperature,axis=0)==md.mesh.numberofvertices:
    645                         md.thermal.spctemperature=numpy.nan*numpy.ones((md.mesh.numberofvertices,1))
    646                         if hasattr(md.mesh,'vertexonsurface'):
    647                                 pos=numpy.nonzero(md.mesh.vertexonsurface)[0]
    648                                 md.thermal.spctemperature[pos]=md.initialization.temperature[pos]    #impose observed temperature on surface
    649                 md.masstransport.spcthickness=project3d(md,'vector',md.masstransport.spcthickness,'type','node')
    650                 md.balancethickness.spcthickness=project3d(md,'vector',md.balancethickness.spcthickness,'type','node')
    651                 md.damage.spcdamage=project3d(md,'vector',md.damage.spcdamage,'type','node')
    652                 md.stressbalance.referential=project3d(md,'vector',md.stressbalance.referential,'type','node')
    653                 md.stressbalance.loadingforce=project3d(md,'vector',md.stressbalance.loadingforce,'type','node')
    654                 md.masstransport.calvingrate=project3d(md,'vector',md.masstransport.calvingrate,'type','node')
     610                md.initialization.extrude(md)
     611                md.flowequation.extrude(md)
     612
     613                md.stressbalance.extrude(md)
     614                md.thermal.extrude(md)
     615                md.masstransport.extrude(md)
     616
     617                # Calving variables
     618                md.hydrology.extrude(md)
     619                md.calving.extrude(md)
    655620
    656621                #connectivity
    … …  
    663628                                md.mesh.elementconnectivity[numpy.nonzero(md.mesh.elementconnectivity<0)]=0
    664629
    665                 #materials
    666                 md.materials.rheology_B=project3d(md,'vector',md.materials.rheology_B,'type','node')
    667                 md.materials.rheology_n=project3d(md,'vector',md.materials.rheology_n,'type','element')
    668 
    669                 #damage
    670                 md.damage.D=project3d(md,'vector',md.damage.D,'type','node')
    671 
    672                 #parameters
    673                 md.geometry.surface=project3d(md,'vector',md.geometry.surface,'type','node')
    674                 md.geometry.thickness=project3d(md,'vector',md.geometry.thickness,'type','node')
    675                 md.gia.mantle_viscosity=project3d(md,'vector',md.gia.mantle_viscosity,'type','node')
    676                 md.gia.lithosphere_thickness=project3d(md,'vector',md.gia.lithosphere_thickness,'type','node')
    677                 md.geometry.hydrostatic_ratio=project3d(md,'vector',md.geometry.hydrostatic_ratio,'type','node')
    678                 md.geometry.base=project3d(md,'vector',md.geometry.base,'type','node')
    679                 md.geometry.bed=project3d(md,'vector',md.geometry.bed,'type','node')
    680                 md.mesh.vertexonboundary=project3d(md,'vector',md.mesh.vertexonboundary,'type','node')
    681                 md.mask.ice_levelset=project3d(md,'vector',md.mask.ice_levelset,'type','node')
    682                 md.mask.groundedice_levelset=project3d(md,'vector',md.mask.groundedice_levelset,'type','node')
    683                 if not numpy.any(numpy.isnan(md.inversion.cost_functions_coefficients)):
    684                         md.inversion.cost_functions_coefficients=project3d(md,'vector',md.inversion.cost_functions_coefficients,'type','node')
    685                 if not numpy.any(numpy.isnan(md.inversion.min_parameters)):
    686                         md.inversion.min_parameters=project3d(md,'vector',md.inversion.min_parameters,'type','node')
    687                 if not numpy.any(numpy.isnan(md.inversion.max_parameters)):
    688                         md.inversion.max_parameters=project3d(md,'vector',md.inversion.max_parameters,'type','node')
    689                 if not numpy.any(numpy.isnan(md.qmu.partition)):
    690                         md.qmu.partition=project3d(md,'vector',numpy.transpose(md.qmu.partition),'type','node')
    691 
    692                 #Put lithostatic pressure if there is an existing pressure
    693                 if not numpy.any(numpy.isnan(md.initialization.pressure)):
    694                         md.initialization.pressure=md.constants.g*md.materials.rho_ice*(md.geometry.surface-md.mesh.z.reshape(-1,1))
    695 
    696                 #special for thermal modeling:
    697                 md.basalforcings.groundedice_melting_rate=project3d(md,'vector',md.basalforcings.groundedice_melting_rate,'type','node','layer',1)
    698                 md.basalforcings.floatingice_melting_rate=project3d(md,'vector',md.basalforcings.floatingice_melting_rate,'type','node','layer',1)
    699                 if not numpy.any(numpy.isnan(md.basalforcings.geothermalflux)):
    700                         md.basalforcings.geothermalflux=project3d(md,'vector',md.basalforcings.geothermalflux,'type','node','layer',1)    #bedrock only gets geothermal flux
     630                md.materials.extrude(md)
     631                md.damage.extrude(md)
     632                md.gia.extrude(md)
     633                md.mask.extrude(md)
     634                md.qmu.extrude(md)
     635                md.basalforcings.extrude(md)
    701636
    702637                #increase connectivity if less than 25:
    … …  
    746681                if not numpy.isnan(md.initialization.vel).all(): md.initialization.vel=DepthAverage(md,md.initialization.vel)
    747682                if not numpy.isnan(md.initialization.temperature).all(): md.initialization.temperature=DepthAverage(md,md.initialization.temperature)
     683                if not numpy.isnan(md.initialization.pressure).all(): md.initialization.pressure=project2d(md,md.initialization.pressure,1)
     684                if not numpy.isnan(md.initialization.sediment_head).all(): md.initialization.sediment_head=project2d(md,md.initialization.sediment_head,1)
     685                if not numpy.isnan(md.initialization.epl_head).all(): md.initialization.epl_head=project2d(md,md.initialization.epl_head,1)
     686                if not numpy.isnan(md.initialization.epl_thickness).all(): md.initialization.epl_thickness=project2d(md,md.initialization.epl_thickness,1)
    748687
    749688                #gia
    … …  
    758697                        md.flowequation.borderHO=project2d(md,md.flowequation.borderHO,1)
    759698                        md.flowequation.borderFS=project2d(md,md.flowequation.borderFS,1)
     699
     700
     701                # Hydrologydc variables
     702                if hasattr(md.hydrology,'hydrologydc'):
     703                        md.hydrology.spcsediment_head=project2d(md,md.hydrology.spcsediment_head,1)
     704                        md.hydrology.mask_eplactive_node=project2d(md,md.hydrology.mask_eplactive_node,1)
     705                        md.hydrology.sediment_transmitivity=project2d(md,md.hydrology.sediment_transmitivity,1)
     706                        md.hydrology.basal_moulin_input=project2d(md,md.hydrology.basal_moulin_input,1)
     707                if md.hydrology.isefficientlayer == 1:
     708                        md.hydrology.spcepl_head=project2d(md,md.hydrology.spcepl_head,1)
    760709
    761710                #boundary conditions

  • issm/trunk/src/m/classes/modellist.m

    r17806 r19105  
    122122
    123123                end % }}}
    124                 function obj = modellist(varargin) % {{{
     124                function self = modellist(varargin) % {{{
    125125
    126126                        %initialize list
    … …  
    146146                                end
    147147
    148                                 obj.models  = celllist;
    149                                 obj.cluster = obj.models{1}.cluster;
    150                         end
    151                 end % }}}
    152                 function val = get(obj, propName)% {{{
     148                                self.models  = celllist;
     149                                self.cluster = self.models{1}.cluster;
     150                        end
     151                end % }}}
     152                function val = get(self, propName)% {{{
    153153                %GET - gets model propertie from a specified object ans returns the value
    154154                %
    … …  
    158158                        switch propName
    159159                                case 'numberofelements'
    160                                         val = obj.numberofelements;
     160                                        val = self.numberofelements;
    161161                                case 'numberofnodes'
    162                                         val = obj.numberofnodes;
     162                                        val = self.numberofnodes;
    163163                                case 'elements'
    164                                         val = obj.elements;
     164                                        val = self.elements;
    165165                                case 'x'
    166                                         val = obj.x;
     166                                        val = self.x;
    167167                                case 'y'
    168                                         val = obj.y;
     168                                        val = self.y;
    169169                                case 'z'
    170                                         val = obj.z;
     170                                        val = self.z;
    171171                                otherwise
    172172                                        error(['get error message: ' propName,' is not a valid model property'])
    173173                        end
    174174                end % }}}
    175                 function obj = loadmultipleresultsfromcluster(obj) % {{{
     175                function self = loadmultipleresultsfromcluster(self) % {{{
    176176                        %LOADMULTIPLERESULTSFROMCLUSTER - load multiple results of solution sequences from cluster
    177177                        %
    178178                        %   Usage:
    179                         %      obj=loadresultsfromcluster(obj);
    180 
    181                         nummodels=length(obj.models);
     179                        %      self=loadresultsfromcluster(self);
     180
     181                        nummodels=length(self.models);
    182182
    183183                        %Get cluster settings
    184                         cluster=obj.cluster;
    185                         name=obj.name;
     184                        cluster=self.cluster;
     185                        name=self.name;
    186186                        cluster_rc_location=which('cluster.rc');
    187187                        [codepath,executionpath]=ClusterParameters(cluster,cluster_rc_location);
    … …  
    200200                        for i=1:nummodels,
    201201                                %load  results for this model
    202                                 obj.models{i}=loadresultsfromdisk(obj.models{i},[name '-' num2str(i) 'vs' num2str(nummodels) '.outbin']);
     202                                self.models{i}=loadresultsfromdisk(self.models{i},[name '-' num2str(i) 'vs' num2str(nummodels) '.outbin']);
    203203
    204204                                delete([name '-' num2str(i) 'vs' num2str(nummodels) '.outbin']);
    … …  
    208208                        delete('ModelResults.tar.gz');
    209209                end % }}}
    210                 function obj = solve(obj,varargin)% {{{
     210                function self = solve(self,varargin)% {{{
    211211                        %SOLVE - apply solution sequence for  a list of models. Used in batch mode.
    212212                        %
    213213                        %   Usage:
    214                         %      obj=solve(obj,varargin)
     214                        %      self=solve(self,varargin)
    215215                        %      where varargin is a lit of paired arguments.
    216216                        %      arguments can be: 'analysis_type': 'stressbalance','thermal','masstransport','transient'
    217217                        %
    218218                        %   Examples:
    219                         %      obj=solve(obj,'analysis_type','stressbalance');
     219                        %      self=solve(self,'analysis_type','stressbalance');
    220220
    221221                        %recover options
    … …  
    226226
    227227                        %length of list
    228                         nummodels=length(obj.models);
     228                        nummodels=length(self.models);
    229229
    230230                        %name of queue: to make it unique, add a time stamp
    231                         name=[obj.name '-' datestr(now,1) '-' datestr(now,'HH-MM-SS') ];
     231                        name=[self.name '-' datestr(now,1) '-' datestr(now,'HH-MM-SS') ];
    232232
    233233                        %name of cluster will be first name of list
    234                         cluster=obj.cluster;
     234                        cluster=self.cluster;
    235235
    236236                        %Figure out parameters for this particular cluster
    … …  
    242242
    243243                                %model
    244                                 mdex=obj.models{i};
     244                                mdex=self.models{i};
    245245
    246246                                %recover some fields
    … …  
    248248
    249249                                mdex.name=[name '-' num2str(i) 'vs' num2str(nummodels)];
    250                                 mdex.time=obj.time;
    251                                 mdex.queue=obj.queue;
    252                                 mdex.cluster=obj.cluster;
    253                                 if ~isnan(obj.np),
    254                                         mdex.np=obj.np;
     250                                mdex.time=self.time;
     251                                mdex.queue=self.queue;
     252                                mdex.cluster=self.cluster;
     253                                if ~isnan(self.np),
     254                                        mdex.np=self.np;
    255255                                end
    256256
    … …  
    263263
    264264                                %feed back
    265                                 obj.models{i}=mdex;
     265                                self.models{i}=mdex;
    266266                        end
    267267
    … …  
    287287
    288288                        %save name:
    289                         obj.name=name;
     289                        self.name=name;
    290290                end % }}}
    291291        end

  • issm/trunk/src/m/classes/organizer.py

    r17806 r19105  
    151151                return bool
    152152        #}}}
    153         def savemodel(self,md):    # {{{
     153        def savemodel(self,md, name='default'):    # {{{
    154154
    155155                #check
    … …  
    159159                        raise RuntimeError("Cannot save model because organizer (org) is not up to date!")
    160160
    161                 name=os.path.join(self.repository,self.prefix+'.step#'+self.steps[self._currentstep-1]['string']+'.python')
     161                if (name=='default'):
     162                        name=os.path.join(self.repository,self.prefix+'.step#'+self.steps[self._currentstep-1]['string']+'.python')
    162163                print "saving model as: '%s'" % name
    163164

  • issm/trunk/src/m/classes/outputdefinition.m

    r17806 r19105  
    99        end
    1010        methods
    11            function createxml(obj,fid) % {{{
     11           function createxml(self,fid) % {{{
    1212            fprintf(fid, '<!-- outputdefinition -->\n');           
    1313                   
    1414            % outputdefinition solution parameters
    1515            fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="outputdefinition">','<section name="outputdefinition" />');                   
    16                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="definitions" type="',class(obj.definitions),'" default="',convert2str(obj.definitions),'">','     <section name="outputdefinition" />','     <help> list of potential outputs that can be requested, but which need additional data to be defined </help>','  </parameter>');
     16                fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="definitions" type="',class(self.definitions),'" default="',convert2str(self.definitions),'">','     <section name="outputdefinition" />','     <help> list of potential outputs that can be requested, but which need additional data to be defined </help>','  </parameter>');
    1717            fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');   
    1818       
    1919        end % }}}
    20                 function obj = outputdefinition(varargin) % {{{
     20                function self = outputdefinition(varargin) % {{{
    2121                        switch nargin
    2222                                case 0
    23                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     23                                        self=setdefaultparameters(self);
    2424                                otherwise
    2525                                        error('constructor not supported');
    2626                        end
    2727                end % }}}
    28                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     28                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    2929
    30                         obj.definitions={};
     30                        self.definitions={};
    3131
    3232                end % }}}
    33                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     33                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    3434
    3535                        md = checkfield(md,'fieldname','outputdefinition.definitions','cell',1);
    3636
    37                         for i=1:length(obj.definitions),
    38                                 md=checkconsistency(obj.definitions{i},md,solution,analyses);
     37                        for i=1:length(self.definitions),
     38                                md=checkconsistency(self.definitions{i},md,solution,analyses);
    3939                        end
    4040
    4141                end % }}}
    42                 function disp(obj) % {{{
     42                function disp(self) % {{{
    4343                        disp(sprintf('   outputdefinition:'));
    44                         fielddisplay(obj,'definitions','list of potential outputs that can be requested, but which need additional data to be defined');
     44                        fielddisplay(self,'definitions','list of potential outputs that can be requested, but which need additional data to be defined');
    4545
    4646                end % }}}
    47                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
     47                function marshall(self,md,fid) % {{{
    4848
    49                 enums=zeros(length(obj.definitions),1);
    50                 for i=1:length(obj.definitions),
    51                         obj.definitions{i}.marshall(md,fid);
    52                         classdefinition=class(obj.definitions{i});
     49                enums=zeros(length(self.definitions),1);
     50                for i=1:length(self.definitions),
     51                        self.definitions{i}.marshall(md,fid);
     52                        classdefinition=class(self.definitions{i});
    5353                        classdefinition(1)=upper(classdefinition(1)); %so it matches our enums definitions.
    5454                        enums(i)=StringToEnum(classdefinition);

  • issm/trunk/src/m/classes/pairoptions.m

    r15396 r19105  
    1111        end
    1212        methods
    13                 function obj = pairoptions(varargin) % {{{
     13                function self = pairoptions(varargin) % {{{
    1414
    1515                        %get calling function name
    1616                        a=dbstack;
    1717                        if length(a)>1,
    18                                 obj.functionname=a(2).file(1:end-2);
    19                         else
    20                                 obj.functionname='';
     18                                self.functionname=a(2).file(1:end-2);
     19                        else
     20                                self.functionname='';
    2121                        end
    2222
    … …  
    2525                                %Do nothing,
    2626                        else
    27                                 obj=buildlist(obj,varargin{:});
    28                         end
    29                 end % }}}
    30                 function obj = buildlist(obj,varargin) % {{{
     27                                self=buildlist(self,varargin{:});
     28                        end
     29                end % }}}
     30                function self = buildlist(self,varargin) % {{{
    3131                %BUILDLIST - build list of obj from input
    3232
    … …  
    3838
    3939                        %Allocate memory
    40                         obj.list=cell(numoptions,3);
     40                        self.list=cell(numoptions,3);
    4141
    4242                        %go through varargin and build list of obj
    4343                        for i=1:numoptions,
    4444                                if ischar(varargin{2*i-1}),
    45                                         obj.list{i,1}=varargin{2*i-1};
    46                                         obj.list{i,2}=varargin{2*i};
    47                                         obj.list{i,3}=false; %used?
     45                                        self.list{i,1}=varargin{2*i-1};
     46                                        self.list{i,2}=varargin{2*i};
     47                                        self.list{i,3}=false; %used?
    4848                                else
    4949                                        %option is not a string, ignore it
    5050                                        disp(['WARNING: option number ' num2str(i) ' is not a string, it will be ignored']);
    51                                         obj.list(i,:)=[];
     51                                        self.list(i,:)=[];
    5252                                        continue
    5353                                end
    5454                        end
    5555                end % }}}
    56                 function obj = addfield(obj,field,value) % {{{
     56                function self = addfield(self,field,value) % {{{
    5757                        if ischar(field),
    58                                 obj.list{end+1,1} = field;
    59                                 obj.list{end,2}   = value;
    60                                 obj.list{end,3}   = false;
    61                         end
    62                 end % }}}
    63                 function obj = addfielddefault(obj,field,value) % {{{
     58                                self.list{end+1,1} = field;
     59                                self.list{end,2}   = value;
     60                                self.list{end,3}   = false;
     61                        end
     62                end % }}}
     63                function self = addfielddefault(self,field,value) % {{{
    6464                %ADDFIELDDEFAULT - add a field to an options list if it does not exist
    6565                        if ischar(field),
    66                                 if ~exist(obj,field),
    67                                         obj.list{end+1,1} = field;
    68                                         obj.list{end,2}   = value;
    69                                         obj.list{end,3}   = true;  %It is a default so user will not be notified if not used
     66                                if ~exist(self,field),
     67                                        self.list{end+1,1} = field;
     68                                        self.list{end,2}   = value;
     69                                        self.list{end,3}   = true;  %It is a default so user will not be notified if not used
    7070                                end
    7171                        end
    … …  
    8484                        end
    8585                end % }}}
    86                 function obj = changefieldvalue(obj,field,newvalue) % {{{
     86                function self = changefieldvalue(self,field,newvalue) % {{{
    8787                %CHANGEOPTIONVALUE - change the value of an option in an option list
    8888
    8989                        %track occurrence of field
    90                         lines=find(strcmpi(obj.list(:,1),field));
     90                        lines=find(strcmpi(self.list(:,1),field));
    9191
    9292                        %replace value
    9393                        if isempty(lines),
    9494                                %add new field if not found
    95                                 obj=addfield(obj,field,newvalue);
    96                                 obj.list{end,3}=true; % do not notify user if unused
     95                                self=addfield(self,field,newvalue);
     96                                self.list{end,3}=true; % do not notify user if unused
    9797                        else
    9898                                for i=1:length(lines),
    99                                         obj.list{lines(i),2}=newvalue;
    100                                 end
    101                         end
    102                 end % }}}
    103                 function obj = deleteduplicates(obj,warn) % {{{
     99                                        self.list{lines(i),2}=newvalue;
     100                                end
     101                        end
     102                end % }}}
     103                function self = deleteduplicates(self,warn) % {{{
    104104                %DELETEDUPLICATES - delete duplicates in an option list
    105105
    106106                        %track the first occurrence of each option
    107                         [dummy lines]=unique(obj.list(:,1),'first');
     107                        [dummy lines]=unique(self.list(:,1),'first');
    108108                        clear dummy
    109109
    110110                        %warn user if requested
    111111                        if warn,
    112                                 numoptions=size(obj.list,1);
     112                                numoptions=size(self.list,1);
    113113                                for i=1:numoptions,
    114114                                        if ~ismember(i,lines),
    115                                                 disp(['WARNING: option ' obj.list{i,1} ' appeared more than once. Only its first occurrence will be kept'])
     115                                                disp(['WARNING: option ' self.list{i,1} ' appeared more than once. Only its first occurrence will be kept'])
    116116                                        end
    117117                                end
    … …  
    119119
    120120                        %remove duplicates from the options list
    121                         obj.list=obj.list(lines,:);
    122                 end % }}}
    123                 function displayunused(obj) % {{{
     121                        self.list=self.list(lines,:);
     122                end % }}}
     123                function displayunused(self) % {{{
    124124                        %DISPLAYUNUSED - display unused options
    125125
    126                         numoptions=size(obj.list,1);
     126                        numoptions=size(self.list,1);
    127127                        for i=1:numoptions,
    128                                 if ~obj.list{i,3},
    129                                         disp(['WARNING: option ' obj.list{i,1} ' was not used'])
    130                                 end
    131                         end
    132                 end % }}}
    133                 function disp(obj) % {{{
    134                         disp(sprintf('   functionname: %s',obj.functionname));
    135                         if ~isempty(obj.list),
    136                                 disp(sprintf('   list: (%ix%i)\n',size(obj.list,1),size(obj.list,2)));
    137                                 for i=1:size(obj.list,1),
    138                                         if ischar(obj.list{i,2}),
    139                                                 disp(sprintf('     field: %-10s value: ''%s''',obj.list{i,1},obj.list{i,2}));
    140                                         elseif isnumeric(obj.list{i,2}) & length(obj.list{i,2})==1,
    141                                                 disp(sprintf('     field: %-10s value: %g',obj.list{i,1},obj.list{i,2}));
    142                                         elseif isnumeric(obj.list{i,2}) & length(obj.list{i,2})==2,
    143                                                 disp(sprintf('     field: %-10s value: [%g %g]',obj.list{i,1},obj.list{i,2}));
     128                                if ~self.list{i,3},
     129                                        disp(['WARNING: option ' self.list{i,1} ' was not used'])
     130                                end
     131                        end
     132                end % }}}
     133                function disp(self) % {{{
     134                        disp(sprintf('   functionname: %s',self.functionname));
     135                        if ~isempty(self.list),
     136                                disp(sprintf('   list: (%ix%i)\n',size(self.list,1),size(self.list,2)));
     137                                for i=1:size(self.list,1),
     138                                        if ischar(self.list{i,2}),
     139                                                disp(sprintf('     field: %-10s value: ''%s''',self.list{i,1},self.list{i,2}));
     140                                        elseif isnumeric(self.list{i,2}) & length(self.list{i,2})==1,
     141                                                disp(sprintf('     field: %-10s value: %g',self.list{i,1},self.list{i,2}));
     142                                        elseif isnumeric(self.list{i,2}) & length(self.list{i,2})==2,
     143                                                disp(sprintf('     field: %-10s value: [%g %g]',self.list{i,1},self.list{i,2}));
    144144                                        else
    145                                                 disp(sprintf('     field: %-10s value: (%ix%i)',obj.list{i,1},size(obj.list{i,2},1),size(obj.list{i,2},2)));
     145                                                disp(sprintf('     field: %-10s value: (%ix%i)',self.list{i,1},size(self.list{i,2},1),size(self.list{i,2},2)));
    146146                                        end
    147147                                end
    … …  
    150150                        end
    151151                end % }}}
    152                 function bool = exist(obj,field) % {{{
     152                function bool = exist(self,field) % {{{
    153153                %EXIST - check if the option exists
    154154
    … …  
    162162
    163163                        %Recover option
    164                         pos=find(strcmpi(field,obj.list(:,1)));
     164                        pos=find(strcmpi(field,self.list(:,1)));
    165165                        if ~isempty(pos),
    166166                                bool=true;
    167                                 obj.list{pos,3}   = true;  %It is a default so user will not be notified if not used
     167                                self.list{pos,3}   = true;  %It is a default so user will not be notified if not used
    168168                        else
    169169                                bool=false;
    170170                        end
    171171                end % }}}
    172                 function num = fieldoccurrences(obj,field), % {{{
     172                function num = fieldoccurrences(self,field), % {{{
    173173                %FIELDOCCURRENCES - get number of occurrence of a field
    174174
    … …  
    179179
    180180                        %get number of occurrence
    181                         num=sum(strcmpi(field,obj.list(:,1)));
    182                 end % }}}
    183                 function value = getfieldvalue(obj,field,varargin), % {{{
     181                        num=sum(strcmpi(field,self.list(:,1)));
     182                end % }}}
     183                function value = getfieldvalue(self,field,varargin), % {{{
    184184                %GETOPTION - get the value of an option
    185185                %
    186186                %   Usage:
    187                 %      value=getfieldvalue(obj,field,varargin)
     187                %      value=getfieldvalue(self,field,varargin)
    188188                %
    189189                %   Find an option value from a field. A default option
    … …  
    205205
    206206                        %Recover option
    207                         pos=find(strcmpi(obj.list(:,1),field));
     207                        pos=find(strcmpi(self.list(:,1),field));
    208208                        if ~isempty(pos),
    209                                 value=obj.list{pos(1),2}; % ignore extra entry
    210                                 obj.list{pos(1),3}=true;  % option used
     209                                value=self.list{pos(1),2}; % ignore extra entry
     210                                self.list{pos(1),3}=true;  % option used
    211211                                return;
    212212                        end
    … …  
    219219                        end
    220220                end % }}}
    221                 function obj = removefield(obj,field,warn)% {{{
     221                function self = removefield(self,field,warn)% {{{
    222222                %REMOVEFIELD - delete a field in an option list
    223223                %
    224224                %   Usage:
    225                 %      obj=removefield(obj,field,warn)
     225                %      self=removefield(self,field,warn)
    226226                %
    227227                %   if warn==1 display an info message to warn user that
    … …  
    229229
    230230                        %check is field exist
    231                         if exist(obj,field),
     231                        if exist(self,field),
    232232
    233233                                %find where the field is located
    234                                 lines=find(~strcmpi(obj.list(:,1),field));
     234                                lines=find(~strcmpi(self.list(:,1),field));
    235235
    236236                                %remove duplicates from the options list
    237                                 obj.list=obj.list(lines,:);
     237                                self.list=self.list(lines,:);
    238238
    239239                                %warn user if requested
    … …  
    243243                        end
    244244                end % }}}
    245                 function marshall(obj,fid,firstindex)% {{{
    246 
    247                         for i=1:size(obj.list,1),
    248                                 name  = obj.list{i,1};
    249                                 value = obj.list{i,2};
     245                function marshall(self,fid,firstindex)% {{{
     246
     247                        for i=1:size(self.list,1),
     248                                name  = self.list{i,1};
     249                                value = self.list{i,2};
    250250
    251251                                %Write option name

  • issm/trunk/src/m/classes/private.m

    r13395 r19105  
    1212        end
    1313        methods
    14                 function obj = private(varargin) % {{{
     14                function self = private(varargin) % {{{
    1515                        switch nargin
    1616                                case 0
    17                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     17                                        self=setdefaultparameters(self);
    1818                                otherwise
    1919                                        error('constructor not supported');
    2020                        end
    2121                end % }}}
    22                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     22                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    2323
    2424                end % }}}
    25                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     25                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    2626
    2727                end % }}}
    28                 function disp(obj) % {{{
     28                function disp(self) % {{{
    2929                        disp(sprintf('   private parameters: do not change'));
    3030
    31                         fielddisplay(obj,'isconsistent','is model self consistent');
    32                         fielddisplay(obj,'runtimename','name of the run launched');
    33                         fielddisplay(obj,'bamg','structure with mesh properties constructed if bamg is used to mesh the domain');
    34                         fielddisplay(obj,'solution','type of solution launched');
     31                        fielddisplay(self,'isconsistent','is model self consistent');
     32                        fielddisplay(self,'runtimename','name of the run launched');
     33                        fielddisplay(self,'bamg','structure with mesh properties constructed if bamg is used to mesh the domain');
     34                        fielddisplay(self,'solution','type of solution launched');
    3535
    3636                end % }}}

  • issm/trunk/src/m/classes/qmu.m

    r17806 r19105  
    2424        end
    2525        methods
    26         function createxml(obj,fid) % {{{
    27             fprintf(fid, '<!-- qmu -->\n');           
    28                    
    29             % qmu solution parameters
    30             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="qmu parameters">','<section name="qmu" />');                   
    31                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="isdakota" type="',class(obj.isdakota),'" default="',convert2str(obj.isdakota),'">','     <section name="qmu" />','     <help> is qmu analysis activated? </help>','  </parameter>');
    32                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="variables" type="',class(obj.variables),'" default="',convert2str(obj.variables),'">','     <section name="qmu" />','     <help> (arrays of each variable class) </help>','  </parameter>');
    33                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="responses" type="',class(obj.responses),'" default="',convert2str(obj.responses),'">','     <section name="qmu" />','     <help> (arrays of each response class) </help>','  </parameter>');
    34                
    35                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="numberofresponses" type="',class(obj.numberofresponses),'" default="',convert2str(obj.numberofresponses),'">','     <section name="qmu" />','     <help> number of responses </help>','  </parameter>');
    36                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="params" type="',class(obj.params),'" default="',convert2str(obj.params),'">','     <section name="qmu" />','     <help> (array of method-independent parameters)  </help>','  </parameter>');
    37                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="results" type="',class(obj.results),'" default="',convert2str(obj.results),'">','     <section name="qmu" />','     <help> (information from dakota files) </help>','  </parameter>');
    38                
    39                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="partition" type="',class(obj.partition),'" default="',convert2str(obj.partition),'">','     <section name="qmu" />','     <help> user provided mesh partitioning, defaults to metis if not specified </help>','  </parameter>');
    40                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="numberofpartitions" type="',class(obj.numberofpartitions),'" default="',convert2str(obj.numberofpartitions),'">','     <section name="qmu" />','     <help> number of partitions for semi-discrete qmu  </help>','  </parameter>');
    41                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="variabledescriptors" type="',class(obj.variabledescriptors),'" default="',convert2str(obj.variabledescriptors),'">','     <section name="qmu" />','     <help>  </help>','  </parameter>');
    42            
    43                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="responsedescriptors" type="',class(obj.responsedescriptors),'" default="',convert2str(obj.responsedescriptors),'">','     <section name="qmu" />','     <help> use an enthalpy formulation to include temperate ice (default is 0) </help>','  </parameter>');
    44                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="method" type="',class(obj.method),'" default="',convert2str(obj.method),'">','     <section name="qmu" />','     <help> array of dakota_method class </help>','  </parameter>');
    45                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="mass_flux_profile_directory" type="',class(obj.mass_flux_profile_directory),'" default="',convert2str(obj.mass_flux_profile_directory),'">','     <section name="qmu" />','     <help> directory for mass flux profiles </help>','  </parameter>');
    46                
    47                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="mass_flux_profiles" type="',class(obj.mass_flux_profiles),'" default="',convert2str(obj.mass_flux_profiles),'">','     <section name="qmu" />','     <help>  </help>','  </parameter>');
    48                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="mass_flux_segments" type="',class(obj.mass_flux_segments),'" default="',convert2str(obj.mass_flux_segments),'">','     <section name="qmu" />','     <help>  </help>','  </parameter>');
    49                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="adjacency" type="',class(obj.adjacency),'" default="',convert2str(obj.adjacency),'">','     <section name="qmu" />','     <help> additional outputs requested </help>','  </parameter>');
    50                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vertex_weight" type="',class(obj.vertex_weight),'" default="',convert2str(obj.vertex_weight),'">','     <section name="qmu" />','     <help> weight applied to each mesh vertex </help>','  </parameter>');
    51            
    52             fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');   
    53        
    54         end % }}}       
    55                 function obj = qmu(varargin) % {{{
     26                function createxml(self,fid) % {{{
     27                        fprintf(fid, '<!-- qmu -->\n');           
     28
     29                        % qmu solution parameters
     30                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="qmu parameters">','<section name="qmu" />');                   
     31                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="isdakota" type="',class(self.isdakota),'" default="',convert2str(self.isdakota),'">','     <section name="qmu" />','     <help> is qmu analysis activated? </help>','  </parameter>');
     32                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="variables" type="',class(self.variables),'" default="',convert2str(self.variables),'">','     <section name="qmu" />','     <help> (arrays of each variable class) </help>','  </parameter>');
     33                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="responses" type="',class(self.responses),'" default="',convert2str(self.responses),'">','     <section name="qmu" />','     <help> (arrays of each response class) </help>','  </parameter>');
     34
     35                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="numberofresponses" type="',class(self.numberofresponses),'" default="',convert2str(self.numberofresponses),'">','     <section name="qmu" />','     <help> number of responses </help>','  </parameter>');
     36                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="params" type="',class(self.params),'" default="',convert2str(self.params),'">','     <section name="qmu" />','     <help> (array of method-independent parameters)  </help>','  </parameter>');
     37                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="results" type="',class(self.results),'" default="',convert2str(self.results),'">','     <section name="qmu" />','     <help> (information from dakota files) </help>','  </parameter>');
     38
     39                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="partition" type="',class(self.partition),'" default="',convert2str(self.partition),'">','     <section name="qmu" />','     <help> user provided mesh partitioning, defaults to metis if not specified </help>','  </parameter>');
     40                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="numberofpartitions" type="',class(self.numberofpartitions),'" default="',convert2str(self.numberofpartitions),'">','     <section name="qmu" />','     <help> number of partitions for semi-discrete qmu  </help>','  </parameter>');
     41                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="variabledescriptors" type="',class(self.variabledescriptors),'" default="',convert2str(self.variabledescriptors),'">','     <section name="qmu" />','     <help>  </help>','  </parameter>');
     42
     43                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="responsedescriptors" type="',class(self.responsedescriptors),'" default="',convert2str(self.responsedescriptors),'">','     <section name="qmu" />','     <help> use an enthalpy formulation to include temperate ice (default is 0) </help>','  </parameter>');
     44                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="method" type="',class(self.method),'" default="',convert2str(self.method),'">','     <section name="qmu" />','     <help> array of dakota_method class </help>','  </parameter>');
     45                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="mass_flux_profile_directory" type="',class(self.mass_flux_profile_directory),'" default="',convert2str(self.mass_flux_profile_directory),'">','     <section name="qmu" />','     <help> directory for mass flux profiles </help>','  </parameter>');
     46
     47                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="mass_flux_profiles" type="',class(self.mass_flux_profiles),'" default="',convert2str(self.mass_flux_profiles),'">','     <section name="qmu" />','     <help>  </help>','  </parameter>');
     48                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="mass_flux_segments" type="',class(self.mass_flux_segments),'" default="',convert2str(self.mass_flux_segments),'">','     <section name="qmu" />','     <help>  </help>','  </parameter>');
     49                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="adjacency" type="',class(self.adjacency),'" default="',convert2str(self.adjacency),'">','     <section name="qmu" />','     <help> additional outputs requested </help>','  </parameter>');
     50                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vertex_weight" type="',class(self.vertex_weight),'" default="',convert2str(self.vertex_weight),'">','     <section name="qmu" />','     <help> weight applied to each mesh vertex </help>','  </parameter>');
     51
     52                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');   
     53
     54                end % }}}       
     55                function self = extrude(self,md) % {{{
     56                        self.partition=project3d(md,'vector',self.partition','type','node');
     57                end % }}}
     58                function self = qmu(varargin) % {{{
    5659                        switch nargin
    5760                                case 0
    58                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     61                                        self=setdefaultparameters(self);
    5962                                otherwise
    6063                                        error('constructor not supported');
    6164                        end
    6265                end % }}}
    63                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     66                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    6467
    6568                end % }}}
    66                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     69                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    6770
    6871                        %Early return
    … …  
    9093                        end
    9194                end % }}}
    92                 function disp(obj) % {{{
     95                function disp(self) % {{{
    9396                        disp(sprintf('   qmu parameters:'));
    9497
    95                         fielddisplay(obj,'isdakota','is qmu analysis activated?');
    96                         for i=1:numel(obj.variables)
     98                        fielddisplay(self,'isdakota','is qmu analysis activated?');
     99                        for i=1:numel(self.variables)
    97100                                disp(sprintf('         variables%s:  (arrays of each variable class)',...
    98                                         string_dim(obj.variables,i)));
    99                                 fnames=fieldnames(obj.variables(i));
     101                                        string_dim(self.variables,i)));
     102                                fnames=fieldnames(self.variables(i));
    100103                                maxlen=0;
    101104                                for j=1:numel(fnames)
    … …  
    105108                                for j=1:numel(fnames)
    106109                                        disp(sprintf(['            %-' num2str(maxlen+1) 's:    [%ix%i]    ''%s'''],...
    107                                                 fnames{j},size(obj.variables.(fnames{j})),class(obj.variables.(fnames{j}))));
     110                                                fnames{j},size(self.variables.(fnames{j})),class(self.variables.(fnames{j}))));
    108111                                end
    109112                        end
    110                         for i=1:numel(obj.responses)
     113                        for i=1:numel(self.responses)
    111114                                disp(sprintf('         responses%s:  (arrays of each response class)',...
    112                                         string_dim(obj.responses,i)));
    113                                 fnames=fieldnames(obj.responses(i));
     115                                        string_dim(self.responses,i)));
     116                                fnames=fieldnames(self.responses(i));
    114117                                maxlen=0;
    115118                                for j=1:numel(fnames)
    … …  
    119122                                for j=1:numel(fnames)
    120123                                        disp(sprintf(['            %-' num2str(maxlen+1) 's:    [%ix%i]    ''%s'''],...
    121                                                 fnames{j},size(obj.responses.(fnames{j})),class(obj.responses.(fnames{j}))));
     124                                                fnames{j},size(self.responses.(fnames{j})),class(self.responses.(fnames{j}))));
    122125                                end
    123126                        end
    124                         fielddisplay(obj,'numberofresponses','number of responses')
    125                         for i=1:numel(obj.method);
    126                                 if strcmp(class(obj.method(i)),'dakota_method')
     127                        fielddisplay(self,'numberofresponses','number of responses')
     128                        for i=1:numel(self.method);
     129                                if strcmp(class(self.method(i)),'dakota_method')
    127130                                        disp(sprintf('            method%s :    ''%s''',...
    128                                                 string_dim(obj.method,i),obj.method(i).method));
     131                                                string_dim(self.method,i),self.method(i).method));
    129132                                end
    130133                        end
    131                         for i=1:numel(obj.params)
     134                        for i=1:numel(self.params)
    132135                                disp(sprintf('         params%s:  (array of method-independent parameters)',...
    133                                         string_dim(obj.params,i)));
    134                                 fnames=fieldnames(obj.params(i));
     136                                        string_dim(self.params,i)));
     137                                fnames=fieldnames(self.params(i));
    135138                                maxlen=0;
    136139                                for j=1:numel(fnames)
    … …  
    140143                                for j=1:numel(fnames)
    141144                                        disp(sprintf(['            %-' num2str(maxlen+1) 's: %s'],...
    142                                                 fnames{j},any2str(obj.params(i).(fnames{j}))));
     145                                                fnames{j},any2str(self.params(i).(fnames{j}))));
    143146                                end
    144147                        end
    145                         for i=1:numel(obj.results)
     148                        for i=1:numel(self.results)
    146149                                disp(sprintf('         results%s:  (information from dakota files)',...
    147                                         string_dim(obj.results,i)));
    148                                 fnames=fieldnames(obj.results(i));
     150                                        string_dim(self.results,i)));
     151                                fnames=fieldnames(self.results(i));
    149152                                maxlen=0;
    150153                                for j=1:numel(fnames)
    … …  
    154157                                for j=1:numel(fnames)
    155158                                        disp(sprintf(['            %-' num2str(maxlen+1) 's:    [%ix%i]    ''%s'''],...
    156                                                 fnames{j},size(obj.results.(fnames{j})),class(obj.results.(fnames{j}))));
     159                                                fnames{j},size(self.results.(fnames{j})),class(self.results.(fnames{j}))));
    157160                                end
    158161                        end
    159                         fielddisplay(obj,'partition','user provided mesh partitioning, defaults to metis if not specified')
    160                         fielddisplay(obj,'numberofpartitions','number of partitions for semi-discrete qmu')
    161                         fielddisplay(obj,'variabledescriptors','');
    162                         fielddisplay(obj,'responsedescriptors','');
    163                         fielddisplay(obj,'method','array of dakota_method class');
    164                         fielddisplay(obj,'mass_flux_profile_directory','directory for mass flux profiles');
    165                         fielddisplay(obj,'mass_flux_profiles','list of mass_flux profiles');
    166                         fielddisplay(obj,'mass_flux_segments','');
    167                         fielddisplay(obj,'adjacency','');
    168                         fielddisplay(obj,'vertex_weight','weight applied to each mesh vertex');
     162                        fielddisplay(self,'partition','user provided mesh partitioning, defaults to metis if not specified')
     163                        fielddisplay(self,'numberofpartitions','number of partitions for semi-discrete qmu')
     164                        fielddisplay(self,'variabledescriptors','');
     165                        fielddisplay(self,'responsedescriptors','');
     166                        fielddisplay(self,'method','array of dakota_method class');
     167                        fielddisplay(self,'mass_flux_profile_directory','directory for mass flux profiles');
     168                        fielddisplay(self,'mass_flux_profiles','list of mass_flux profiles');
     169                        fielddisplay(self,'mass_flux_segments','');
     170                        fielddisplay(self,'adjacency','');
     171                        fielddisplay(self,'vertex_weight','weight applied to each mesh vertex');
    169172
    170173                end % }}}
    171                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
    172                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','isdakota','format','Boolean');
    173                         if ~obj.isdakota,
     174                function marshall(self,md,fid) % {{{
     175                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','isdakota','format','Boolean');
     176                        if ~self.isdakota,
    174177                                WriteData(fid,'data',false,'enum',QmuMassFluxSegmentsPresentEnum,'format','Boolean');
    175178                                return;
    176179                        end
    177                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','partition','format','DoubleMat','mattype',2);
    178                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','numberofpartitions','format','Integer');
    179                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','numberofresponses','format','Integer');
    180                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','variabledescriptors','format','StringArray');
    181                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','responsedescriptors','format','StringArray');
    182                         if ~isempty(obj.mass_flux_segments),
    183                                 WriteData(fid,'data',obj.mass_flux_segments,'enum',MassFluxSegmentsEnum,'format','MatArray');
     180                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','partition','format','DoubleMat','mattype',2);
     181                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','numberofpartitions','format','Integer');
     182                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','numberofresponses','format','Integer');
     183                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','variabledescriptors','format','StringArray');
     184                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','responsedescriptors','format','StringArray');
     185                        if ~isempty(self.mass_flux_segments),
     186                                WriteData(fid,'data',self.mass_flux_segments,'enum',MassFluxSegmentsEnum,'format','MatArray');
    184187                                flag=true;
    185188                        else

  • issm/trunk/src/m/classes/qmu.py

    r17806 r19105  
    11import numpy
     2from project3d import project3d
    23from collections import OrderedDict
    34from fielddisplay import fielddisplay
    … …  
    3738
    3839                #}}}
     40        def __repr__(self):    # {{{
     41                s ='   qmu parameters:\n'
     42
     43                s+="%s\n" % fielddisplay(self,'isdakota','is qmu analysis activated?')
     44                for i,variable in enumerate(self.variables.iteritems()):
     45                        s+="         variables%s:  (arrays of each variable class)\n" % \
     46                                        string_dim(self.variables,i)
     47                        fnames=vars(variable)
     48                        maxlen=0
     49                        for fname in fnames:
     50                                maxlen=max(maxlen,len(fname))
     51
     52                        for fname in fnames:
     53                                s+="'            %-*s:    [%ix%i]    '%s'\n" % \
     54                                                (maxlen+1,fname,size(getattr(variable,fname)),type(getattr(variable,fname)))
     55
     56                for i,response in enumerate(self.responses.iteritems()):
     57                        s+="         responses%s:  (arrays of each response class)\n" % \
     58                                        string_dim(self.responses,i)
     59                        fnames=vars(response)
     60                        maxlen=0
     61                        for fname in fnames:
     62                                maxlen=max(maxlen,len(fname))
     63
     64                        for fname in fnames:
     65                                s+="            %-*s:    [%ix%i]    '%s'\n" % \
     66                                                (maxlen+1,fname,size(getattr(response,fname)),type(getattr(response,fname)))
     67
     68                s+="%s\n" % fielddisplay(self,'numberofresponses','number of responses')
     69
     70                for i,method in enumerate(self.method.iteritems()):
     71                        if isinstance(method,'dakota_method'):
     72                                s+="            method%s :    '%s'\n" % \
     73                                                (string_dim(method,i),method.method)
     74
     75                for i,param in enumerate(self.params.iteritems()):
     76                        s+="         params%s:  (array of method-independent parameters)\n" % \
     77                                        string_dim(self.params,i)
     78                        fnames=vars(param)
     79                        maxlen=0
     80                        for fname in fnames:
     81                                maxlen=max(maxlen,len(fname))
     82
     83                        for fname in fnames:
     84                                s+="            %-*s: %s\n" % \
     85                                                (maxlen+1,fname,any2str(getattr(param,fname)))
     86
     87                for i,result in enumerate(self.results.iteritems()):
     88                        s+="         results%s:  (information from dakota files)\n" % \
     89                                        string_dim(self.results,i)
     90                        fnames=vars(result)
     91                        maxlen=0
     92                        for fname in fnames:
     93                                maxlen=max(maxlen,len(fname))
     94
     95                        for fname in fnames:
     96                                s+="            %-*s:    [%ix%i]    '%s'\n" % \
     97                                                (maxlen+1,fname,size(getattr(result,fname)),type(getattr(result,fname)))
     98
     99                s+="%s\n" % fielddisplay(self,'partition','user provided mesh partitioning, defaults to metis if not specified')
     100                s+="%s\n" % fielddisplay(self,'numberofpartitions','number of partitions for semi-discrete qmu')
     101                s+="%s\n" % fielddisplay(self,'variabledescriptors','')
     102                s+="%s\n" % fielddisplay(self,'responsedescriptors','')
     103                s+="%s\n" % fielddisplay(self,'method','array of dakota_method class')
     104                s+="%s\n" % fielddisplay(self,'mass_flux_profile_directory','directory for mass flux profiles')
     105                s+="%s\n" % fielddisplay(self,'mass_flux_profiles','list of mass_flux profiles')
     106                s+="%s\n" % fielddisplay(self,'mass_flux_segments','')
     107                s+="%s\n" % fielddisplay(self,'adjacency','')
     108                s+="%s\n" % fielddisplay(self,'vertex_weight','weight applied to each mesh vertex')
     109
     110                return s
     111        # }}}
     112        def extrude(self,md): # {{{
     113                self.partition=project3d(md,'vector',numpy.transpose(self.partition),'type','node')
     114                return self
     115        #}}}
    39116        def setdefaultparameters(self): # {{{
    40117                return self
    … …  
    62139                return md
    63140        # }}}
    64         def __repr__(self):    # {{{
    65                 s ='   qmu parameters:\n'
    66 
    67                 s+="%s\n" % fielddisplay(self,'isdakota','is qmu analysis activated?')
    68                 for i,variable in enumerate(self.variables.iteritems()):
    69                         s+="         variables%s:  (arrays of each variable class)\n" % \
    70                                 string_dim(self.variables,i)
    71                         fnames=vars(variable)
    72                         maxlen=0
    73                         for fname in fnames:
    74                                 maxlen=max(maxlen,len(fname))
    75 
    76                         for fname in fnames:
    77                                 s+="'            %-*s:    [%ix%i]    '%s'\n" % \
    78                                         (maxlen+1,fname,size(getattr(variable,fname)),type(getattr(variable,fname)))
    79 
    80                 for i,response in enumerate(self.responses.iteritems()):
    81                         s+="         responses%s:  (arrays of each response class)\n" % \
    82                                 string_dim(self.responses,i)
    83                         fnames=vars(response)
    84                         maxlen=0
    85                         for fname in fnames:
    86                                 maxlen=max(maxlen,len(fname))
    87 
    88                         for fname in fnames:
    89                                 s+="            %-*s:    [%ix%i]    '%s'\n" % \
    90                                         (maxlen+1,fname,size(getattr(response,fname)),type(getattr(response,fname)))
    91 
    92                 s+="%s\n" % fielddisplay(self,'numberofresponses','number of responses')
    93 
    94                 for i,method in enumerate(self.method.iteritems()):
    95                         if isinstance(method,'dakota_method'):
    96                                 s+="            method%s :    '%s'\n" % \
    97                                         (string_dim(method,i),method.method)
    98 
    99                 for i,param in enumerate(self.params.iteritems()):
    100                         s+="         params%s:  (array of method-independent parameters)\n" % \
    101                                 string_dim(self.params,i)
    102                         fnames=vars(param)
    103                         maxlen=0
    104                         for fname in fnames:
    105                                 maxlen=max(maxlen,len(fname))
    106 
    107                         for fname in fnames:
    108                                 s+="            %-*s: %s\n" % \
    109                                         (maxlen+1,fname,any2str(getattr(param,fname)))
    110 
    111                 for i,result in enumerate(self.results.iteritems()):
    112                         s+="         results%s:  (information from dakota files)\n" % \
    113                                 string_dim(self.results,i)
    114                         fnames=vars(result)
    115                         maxlen=0
    116                         for fname in fnames:
    117                                 maxlen=max(maxlen,len(fname))
    118 
    119                         for fname in fnames:
    120                                 s+="            %-*s:    [%ix%i]    '%s'\n" % \
    121                                         (maxlen+1,fname,size(getattr(result,fname)),type(getattr(result,fname)))
    122 
    123                 s+="%s\n" % fielddisplay(self,'partition','user provided mesh partitioning, defaults to metis if not specified')
    124                 s+="%s\n" % fielddisplay(self,'numberofpartitions','number of partitions for semi-discrete qmu')
    125                 s+="%s\n" % fielddisplay(self,'variabledescriptors','')
    126                 s+="%s\n" % fielddisplay(self,'responsedescriptors','')
    127                 s+="%s\n" % fielddisplay(self,'method','array of dakota_method class')
    128                 s+="%s\n" % fielddisplay(self,'mass_flux_profile_directory','directory for mass flux profiles')
    129                 s+="%s\n" % fielddisplay(self,'mass_flux_profiles','list of mass_flux profiles')
    130                 s+="%s\n" % fielddisplay(self,'mass_flux_segments','')
    131                 s+="%s\n" % fielddisplay(self,'adjacency','')
    132                 s+="%s\n" % fielddisplay(self,'vertex_weight','weight applied to each mesh vertex')
    133 
    134                 return s
    135         # }}}
    136141        def marshall(self,md,fid):    # {{{
    137142                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','isdakota','format','Boolean')

  • issm/trunk/src/m/classes/radaroverlay.m

    r15396 r19105  
    1111        end
    1212        methods
    13                 function obj = radaroverlay(varargin) % {{{
     13                function self = radaroverlay(varargin) % {{{
    1414                        switch nargin
    1515                                case 0
    16                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     16                                        self=setdefaultparameters(self);
    1717                                otherwise
    1818                                        error('constructor not supported');
    1919                        end
    2020                end % }}}
    21                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     21                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    2222
    2323                end % }}}
    24                 function disp(obj) % {{{
     24                function disp(self) % {{{
    2525                        disp(sprintf('   radaroverlay parameters:'));
    2626
    27                         fielddisplay(obj,'pwr','radar power image (matrix)');
    28                         fielddisplay(obj,'x','corresponding x coordinates [m]');
    29                         fielddisplay(obj,'y','corresponding y coordinates [m]');
     27                        fielddisplay(self,'pwr','radar power image (matrix)');
     28                        fielddisplay(self,'x','corresponding x coordinates [m]');
     29                        fielddisplay(self,'y','corresponding y coordinates [m]');
    3030
    3131                end % }}}

  • issm/trunk/src/m/classes/rifts.m

    r17806 r19105  
    1010        end
    1111        methods
    12         function createxml(obj,fid) % {{{
     12        function createxml(self,fid) % {{{
    1313            fprintf(fid, '\n\n');
    1414            fprintf(fid, '%s\n', '<!-- rifts -->');
    15                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="riftstruct" type="',              class(obj.riftstruct),'" default="',                  obj.riftstruct,'">',              '     <section name="rifts" />','     <help> structure containing all rift information (vertices coordinates, segments, type of melange, ...) </help>','</parameter>');
    16             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="riftproperties" type="',            class(obj.riftproperties),'" default="',                obj.riftproperties,'">',   '     <section name="rifts" />','     <help> N/A </help>','</parameter>');
     15                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="riftstruct" type="',              class(self.riftstruct),'" default="',                  self.riftstruct,'">',              '     <section name="rifts" />','     <help> structure containing all rift information (vertices coordinates, segments, type of melange, ...) </help>','</parameter>');
     16            fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="riftproperties" type="',            class(self.riftproperties),'" default="',                self.riftproperties,'">',   '     <section name="rifts" />','     <help> N/A </help>','</parameter>');
    1717   
    1818        end % }}}
    19                 function obj = rifts(varargin) % {{{
     19                function self = rifts(varargin) % {{{
    2020                        switch nargin
    2121                                case 0
    22                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     22                                        self=setdefaultparameters(self);
    2323                                otherwise
    2424                                        error('constructor not supported');
    2525                        end
    2626                end % }}}
    27                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     27                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    2828
    2929                end % }}}
    30                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
    31                         if isempty(obj.riftstruct) | isnans(obj.riftstruct),
     30                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
     31                        if isempty(self.riftstruct) | isnans(self.riftstruct),
    3232                                numrifts=0;
    3333                        else
    34                                 numrifts=numel(obj.riftstruct);
     34                                numrifts=numel(self.riftstruct);
    3535                        end
    3636                        if numrifts,
    … …  
    3838                                        md = checkmessage(md,['models with rifts are only supported in 2d for now!']);
    3939                                end
    40                                 if ~isstruct(obj.riftstruct),
     40                                if ~isstruct(self.riftstruct),
    4141                                        md = checkmessage(md,['rifts.riftstruct should be a structure!']);
    4242                                end
    … …  
    4949                                end
    5050                        else
    51                                 if ~isnans(obj.riftstruct),
     51                                if ~isnans(self.riftstruct),
    5252                                        md = checkmessage(md,['riftstruct should be NaN since numrifts is 0!']);
    5353                                end
    5454                        end
    5555                end % }}}
    56                 function disp(obj) % {{{
     56                function disp(self) % {{{
    5757                        disp(sprintf('   rifts parameters:'));
    5858
    59                         fielddisplay(obj,'riftstruct','structure containing all rift information (vertices coordinates, segments, type of melange, ...)');
    60                         fielddisplay(obj,'riftproperties','');
     59                        fielddisplay(self,'riftstruct','structure containing all rift information (vertices coordinates, segments, type of melange, ...)');
     60                        fielddisplay(self,'riftproperties','');
    6161
    6262                end % }}}
    63                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
     63                function marshall(self,md,fid) % {{{
    6464
    6565                        %Process rift info
    66                         if isempty(obj.riftstruct) | isnans(obj.riftstruct),
     66                        if isempty(self.riftstruct) | isnans(self.riftstruct),
    6767                                numrifts=0;
    6868                        else
    69                                 numrifts=numel(obj.riftstruct);
     69                                numrifts=numel(self.riftstruct);
    7070                        end
    7171                        numpairs=0;
    7272                        for i=1:numrifts,
    73                                 numpairs=numpairs+size(obj.riftstruct(i).penaltypairs,1);
     73                                numpairs=numpairs+size(self.riftstruct(i).penaltypairs,1);
    7474                        end
    7575
    … …  
    7878                        count=1;
    7979                        for i=1:numrifts,
    80                                 numpairsforthisrift=size(obj.riftstruct(i).penaltypairs,1);
    81                                 data(count:count+numpairsforthisrift-1,1:7)=obj.riftstruct(i).penaltypairs;
    82                                 data(count:count+numpairsforthisrift-1,8)=obj.riftstruct(i).fill;
    83                                 data(count:count+numpairsforthisrift-1,9)=obj.riftstruct(i).friction;
    84                                 data(count:count+numpairsforthisrift-1,10)=obj.riftstruct(i).fraction;
    85                                 data(count:count+numpairsforthisrift-1,11)=obj.riftstruct(i).fractionincrement;
    86                                 data(count:count+numpairsforthisrift-1,12)=obj.riftstruct(i).state;
     80                                numpairsforthisrift=size(self.riftstruct(i).penaltypairs,1);
     81                                data(count:count+numpairsforthisrift-1,1:7)=self.riftstruct(i).penaltypairs;
     82                                data(count:count+numpairsforthisrift-1,8)=self.riftstruct(i).fill;
     83                                data(count:count+numpairsforthisrift-1,9)=self.riftstruct(i).friction;
     84                                data(count:count+numpairsforthisrift-1,10)=self.riftstruct(i).fraction;
     85                                data(count:count+numpairsforthisrift-1,11)=self.riftstruct(i).fractionincrement;
     86                                data(count:count+numpairsforthisrift-1,12)=self.riftstruct(i).state;
    8787                                count=count+numpairsforthisrift;
    8888                        end

  • issm/trunk/src/m/classes/settings.m

    r17989 r19105  
    1919        end
    2020        methods
    21         function createxml(obj,fid) % {{{
     21        function createxml(self,fid) % {{{
    2222            fprintf(fid, '\n\n');
    2323            fprintf(fid, '%s\n', '<!-- settings -->');
    24                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="results_on_nodes" type="',      class(obj.results_on_nodes),'" default="',        convert2str(obj.results_on_nodes),'">',  '     <section name="settings" />','     <help> results are output for all the nodes of each element </help>','</parameter>');
    25             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="io_gather" type="',          class(obj.io_gather),'" default="',           convert2str(obj.io_gather),'">',     '     <section name="settings" />','     <help> I/O gathering strategy for result outputs (default 1) </help>','</parameter>');
     24                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="results_on_nodes" type="',      class(self.results_on_nodes),'" default="',        convert2str(self.results_on_nodes),'">',        '     <section name="settings" />','     <help> results are output for all the nodes of each element </help>','</parameter>');
     25            fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="io_gather" type="',          class(self.io_gather),'" default="',           convert2str(self.io_gather),'">',     '     <section name="settings" />','     <help> I/O gathering strategy for result outputs (default 1) </help>','</parameter>');
    2626           
    2727            % lowmen drop-down (0 or 1)
    … …  
    3030            fprintf(fid,'%s\n%s\n','       <option value="1" type="string" default="false"> </option>','</parameter>');
    3131
    32             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="output_frequency" type="',          class(obj.output_frequency),'" default="',           convert2str(obj.output_frequency),'">',       '     <section name="settings" />','     <help> frequency at which results are saved in all solutions with multiple time_steps </help>','</parameter>');
    33             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="waitonlock" type="',   class(obj.waitonlock),'" default="',      convert2str(obj.waitonlock),'">',     '     <section name="settings" />','     <help> maximum number of minutes to wait for batch results (NaN to deactivate) </help>','</parameter>');
    34             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="upload_server" type="',         class(obj.upload_server),'" default="',          convert2str(obj.upload_server),'">',  '     <section name="settings" />','     <help> server hostname where model should be uploaded </help>','</parameter>');
    35             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="upload_path" type="',             class(obj.upload_path),'" default="',              convert2str(obj.upload_path),'">',     '     <section name="settings" />','     <help> path on server where model should be uploaded </help>','</parameter>');
    36             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="upload_login" type="',        class(obj.upload_login),'" default="',         convert2str(obj.upload_login),'">',       '     <section name="settings" />','     <help> server login </help>','</parameter>');
    37             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="upload_port" type="',          class(obj.upload_port),'" default="',      convert2str(obj.upload_port),'">',     '     <section name="settings" />','     <help> port login (default is 0) </help>','</parameter>');
    38             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n',         '<parameter key ="upload_filename" type="',         class(obj.upload_filename),'" default="',          convert2str(obj.upload_filename),'">',   '     <section name="settings" />','     <help> unique id generated when uploading the file to server </help>','</parameter>');
     32            fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="output_frequency" type="',          class(self.output_frequency),'" default="',           convert2str(self.output_frequency),'">',     '     <section name="settings" />','     <help> frequency at which results are saved in all solutions with multiple time_steps </help>','</parameter>');
     33            fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="waitonlock" type="',   class(self.waitonlock),'" default="',      convert2str(self.waitonlock),'">',     '     <section name="settings" />','     <help> maximum number of minutes to wait for batch results (NaN to deactivate) </help>','</parameter>');
     34            fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="upload_server" type="',         class(self.upload_server),'" default="',          convert2str(self.upload_server),'">',        '     <section name="settings" />','     <help> server hostname where model should be uploaded </help>','</parameter>');
     35            fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="upload_path" type="',             class(self.upload_path),'" default="',              convert2str(self.upload_path),'">',     '     <section name="settings" />','     <help> path on server where model should be uploaded </help>','</parameter>');
     36            fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="upload_login" type="',        class(self.upload_login),'" default="',         convert2str(self.upload_login),'">',     '     <section name="settings" />','     <help> server login </help>','</parameter>');
     37            fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="upload_port" type="',          class(self.upload_port),'" default="',      convert2str(self.upload_port),'">',     '     <section name="settings" />','     <help> port login (default is 0) </help>','</parameter>');
     38            fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n',         '<parameter key ="upload_filename" type="',         class(self.upload_filename),'" default="',          convert2str(self.upload_filename),'">', '     <section name="settings" />','     <help> unique id generated when uploading the file to server </help>','</parameter>');
    3939             
    4040        end % }}}
    41                 function obj = settings(varargin) % {{{
     41                function self = settings(varargin) % {{{
    4242                        switch nargin
    4343                                case 0
    44                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     44                                        self=setdefaultparameters(self);
    4545                                otherwise
    4646                                        error('constructor not supported');
    4747                        end
    4848                end % }}}
    49                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     49                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    5050
    5151                        %are we short in memory ? (0 faster but requires more memory)
    52                         obj.lowmem=0;
     52                        self.lowmem=0;
    5353
    5454                        %i/o:
    55                         obj.io_gather=1;
     55                        self.io_gather=1;
    5656
    5757                        %results frequency by default every step
    58                         obj.output_frequency=1;
     58                        self.output_frequency=1;
    5959
    6060                        %this option can be activated to load automatically the results
    … …  
    6262                        %N minutes that is generated once the solution has converged
    6363                        %0 to deactivate
    64                         obj.waitonlock=Inf;
     64                        self.waitonlock=Inf;
    6565
    6666                        %upload options:
    … …  
    6868
    6969                end % }}}
    70                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     70                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    7171
    7272                        md = checkfield(md,'fieldname','settings.results_on_nodes','numel',[1],'values',[0 1]);
    … …  
    7777
    7878                end % }}}
    79                 function disp(obj) % {{{
     79                function disp(self) % {{{
    8080                        disp(sprintf('   general settings parameters:'));
    8181
    82                         fielddisplay(obj,'results_on_nodes','results are output for all the nodes of each element');
    83                         fielddisplay(obj,'io_gather','I/O gathering strategy for result outputs (default 1)');
    84                         fielddisplay(obj,'lowmem','is the memory limited ? (0 or 1)');
    85                         fielddisplay(obj,'output_frequency','frequency at which results are saved in all solutions with multiple time_steps');
    86                         fielddisplay(obj,'waitonlock','maximum number of minutes to wait for batch results (NaN to deactivate)');
    87                         fielddisplay(obj,'upload_server','server hostname where model should be uploaded');
    88                         fielddisplay(obj,'upload_path','path on server where model should be uploaded');
    89                         fielddisplay(obj,'upload_login','server login');
    90                         fielddisplay(obj,'upload_port','port login (default is 0)');
    91                         fielddisplay(obj,'upload_filename','unique id generated when uploading the file to server');
     82                        fielddisplay(self,'results_on_nodes','results are output for all the nodes of each element');
     83                        fielddisplay(self,'io_gather','I/O gathering strategy for result outputs (default 1)');
     84                        fielddisplay(self,'lowmem','is the memory limited ? (0 or 1)');
     85                        fielddisplay(self,'output_frequency','frequency at which results are saved in all solutions with multiple time_steps');
     86                        fielddisplay(self,'waitonlock','maximum number of minutes to wait for batch results (NaN to deactivate)');
     87                        fielddisplay(self,'upload_server','server hostname where model should be uploaded');
     88                        fielddisplay(self,'upload_path','path on server where model should be uploaded');
     89                        fielddisplay(self,'upload_login','server login');
     90                        fielddisplay(self,'upload_port','port login (default is 0)');
     91                        fielddisplay(self,'upload_filename','unique id generated when uploading the file to server');
    9292
    9393                end % }}}
    94                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
    95                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','results_on_nodes','format','Boolean');
    96                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','io_gather','format','Boolean');
    97                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','lowmem','format','Boolean');
    98                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','output_frequency','format','Integer');
    99                         if obj.waitonlock>0,
     94                function marshall(self,md,fid) % {{{
     95                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','results_on_nodes','format','Boolean');
     96                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','io_gather','format','Boolean');
     97                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','lowmem','format','Boolean');
     98                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','output_frequency','format','Integer');
     99                        if self.waitonlock>0,
    100100                                WriteData(fid,'enum',SettingsWaitonlockEnum(),'data',true,'format','Boolean');
    101101                        else

  • issm/trunk/src/m/classes/snowpack.m

    r17806 r19105  
    105105        end
    106106        methods
    107                 function obj = snowpack(varargin) % {{{
     107                function self = snowpack(varargin) % {{{
    108108                        switch nargin
    109109                                case 0
    110                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     110                                        self=setdefaultparameters(self);
    111111                                case 1
    112112                                        inputstruct=varargin{1};
    … …  
    116116                                                fieldname = list1{i};
    117117                                                if ismember(fieldname,list2),
    118                                                         obj.(fieldname) = inputstruct.(fieldname);
     118                                                        self.(fieldname) = inputstruct.(fieldname);
    119119                                                end
    120120                                        end
    … …  
    123123                        end
    124124                end % }}}
    125                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     125                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    126126
    127127                %snowpack:  %{{{
    128                 obj.snowpack_meas_tss = 1;
    129                 obj.snowpack_enforce_measured_snow_heights = 0;
    130                 obj.snowpack_sw_mode = 0;
    131                 obj.snowpack_incoming_longwave = 1;
    132                 obj.snowpack_height_of_wind_value = 12.;
    133                 obj.snowpack_height_of_meteo_values = 12.;
    134                 obj.snowpack_neutral = 0;
    135                 obj.snowpack_roughness_length = 0.002;
    136                 obj.snowpack_number_slopes = 1;
    137                 obj.snowpack_snow_redistribution = 1;
    138                 obj.snowpack_calculation_step_length = 15.0;
    139                 obj.snowpack_change_bc = 0;
    140                 obj.snowpack_thresh_change_bc = -1.0;
    141                 obj.snowpack_snp_soil = 0;
    142                 obj.snowpack_soil_flux = 0;
    143                 obj.snowpack_geo_heat = 0.06;
    144                 obj.snowpack_canopy = 0;
     128                self.snowpack_meas_tss = 1;
     129                self.snowpack_enforce_measured_snow_heights = 0;
     130                self.snowpack_sw_mode = 0;
     131                self.snowpack_incoming_longwave = 1;
     132                self.snowpack_height_of_wind_value = 12.;
     133                self.snowpack_height_of_meteo_values = 12.;
     134                self.snowpack_neutral = 0;
     135                self.snowpack_roughness_length = 0.002;
     136                self.snowpack_number_slopes = 1;
     137                self.snowpack_snow_redistribution = 1;
     138                self.snowpack_calculation_step_length = 15.0;
     139                self.snowpack_change_bc = 0;
     140                self.snowpack_thresh_change_bc = -1.0;
     141                self.snowpack_snp_soil = 0;
     142                self.snowpack_soil_flux = 0;
     143                self.snowpack_geo_heat = 0.06;
     144                self.snowpack_canopy = 0;
    145145                %}}}
    146146                %snowpackadvanced:  %{{{
    147                 obj.snowpackadvanced_variant = 'ANTARCTICA'; % use 320 kg m-3 for fixed density
    148                 obj.snowpackadvanced_hn_density = 'EVENT';
     147                self.snowpackadvanced_variant = 'ANTARCTICA'; % use 320 kg m-3 for fixed density
     148                self.snowpackadvanced_hn_density = 'EVENT';
    149149                %}}}
    150150                %general:  %{{{
    151                 obj.general_pluginpath = '/usr/local/lib/meteoio/plugins/';
    152                 obj.general_buff_chunk_size = 90;
    153                 obj.general_buff_before = 1.5;
     151                self.general_pluginpath = '/usr/local/lib/meteoio/plugins/';
     152                self.general_buff_chunk_size = 90;
     153                self.general_buff_before = 1.5;
    154154                %}}}
    155155                %input {{{
    156                 obj.input_coordsys = 'ch1903';
    157                 obj.input_coordparam = 'null';
    158                 obj.input_time_zone = 8;
    159                 obj.input_meteo = 'smet';
    160                 obj.input_meteopath = './input';
    161                 obj.input_station1 = 'domec.smet';
    162                 obj.input_snowfile1 = 'domec.sno';
     156                self.input_coordsys = 'ch1903';
     157                self.input_coordparam = 'null';
     158                self.input_time_zone = 8;
     159                self.input_meteo = 'smet';
     160                self.input_meteopath = './input';
     161                self.input_station1 = 'domec.smet';
     162                self.input_snowfile1 = 'domec.sno';
    163163                %}}}
    164164                %output {{{
    165                 obj.output_coordsys = 'ch1903';
    166                 obj.output_coordparam = 'null';
    167                 obj.output_time_zone = 8;
    168                 obj.output_meteopath = './output';
    169                 obj.output_experiment = 'smet';
    170                 obj.output_ts_write = 1;
    171                 obj.output_ts_start = 0.0;
    172                 obj.output_ts_days_between = 0.04166667;
    173                 obj.output_profile = 'ascii';
    174                 obj.output_prof_write = 1;
    175                 obj.output_prof_start = 0.0;
    176                 obj.output_prof_days_between = 0.04166667;
     165                self.output_coordsys = 'ch1903';
     166                self.output_coordparam = 'null';
     167                self.output_time_zone = 8;
     168                self.output_meteopath = './output';
     169                self.output_experiment = 'smet';
     170                self.output_ts_write = 1;
     171                self.output_ts_start = 0.0;
     172                self.output_ts_days_between = 0.04166667;
     173                self.output_profile = 'ascii';
     174                self.output_prof_write = 1;
     175                self.output_prof_start = 0.0;
     176                self.output_prof_days_between = 0.04166667;
    177177                %}}}
    178178                %interpolations1d %{{{
    179                 obj.interpolations1d_window_size = 439200; %that is 5 d and 2 h; 1 d = 86400
    180                 obj.interpolations1d_hnw_resample = 'none';
    181                 obj.interpolations1d_hs_resample = 'linear';
    182                 obj.interpolations1d_tsg_resample = 'linear';
    183                 obj.interpolations1d_rho_hn_resample = 'none';
    184                 obj.interpolations1d_vw_resample = 'nearest_neighbour';
    185                 obj.interpolations1d_vw_args = 'extrapolate';
     179                self.interpolations1d_window_size = 439200; %that is 5 d and 2 h; 1 d = 86400
     180                self.interpolations1d_hnw_resample = 'none';
     181                self.interpolations1d_hs_resample = 'linear';
     182                self.interpolations1d_tsg_resample = 'linear';
     183                self.interpolations1d_rho_hn_resample = 'none';
     184                self.interpolations1d_vw_resample = 'nearest_neighbour';
     185                self.interpolations1d_vw_args = 'extrapolate';
    186186                %}}}
    187187                %filters {{{
    188                 obj.filters_ta_filter1 = 'min_max';
    189                 obj.filters_ta_arg1 = [190 280];
    190                 obj.filters_rh_filter1 = 'min_max';
    191                 obj.filters_rh_arg1 = [0.01 1.2];
    192                 obj.filters_rh_filter2 = 'min_max';
    193                 obj.filters_rh_arg2 = {'soft' 0.01 1.0};
    194                 obj.filters_iswr_filter1 = 'min_max';
    195                 obj.filters_iswr_arg1 = [-10 1500];
    196                 obj.filters_iswr_filter2 = 'min_max';
    197                 obj.filters_iswr_arg2 = {'soft' 0 1500};
    198                 obj.filters_rswr_filter1 = 'min_max';
    199                 obj.filters_rswr_arg1 = [-10 1500];
    200                 obj.filters_rswr_filter2 = 'min_max';
    201                 obj.filters_rswr_arg2 = {'soft' 0 1500};
     188                self.filters_ta_filter1 = 'min_max';
     189                self.filters_ta_arg1 = [190 280];
     190                self.filters_rh_filter1 = 'min_max';
     191                self.filters_rh_arg1 = [0.01 1.2];
     192                self.filters_rh_filter2 = 'min_max';
     193                self.filters_rh_arg2 = {'soft' 0.01 1.0};
     194                self.filters_iswr_filter1 = 'min_max';
     195                self.filters_iswr_arg1 = [-10 1500];
     196                self.filters_iswr_filter2 = 'min_max';
     197                self.filters_iswr_arg2 = {'soft' 0 1500};
     198                self.filters_rswr_filter1 = 'min_max';
     199                self.filters_rswr_arg1 = [-10 1500];
     200                self.filters_rswr_filter2 = 'min_max';
     201                self.filters_rswr_arg2 = {'soft' 0 1500};
    202202
    203203                %for ta between 190 and 280 k;
    204                 obj.filters_ilwr_filter1 = 'min_max';
    205                 obj.filters_ilwr_arg1 = [30 355];
    206                 obj.filters_ilwr_filter2 = 'min_max';
    207                 obj.filters_ilwr_arg2 = {'soft' 35 350};
    208                 obj.filters_tss_filter1 = 'min_max';
    209                 obj.filters_tss_arg1 = [180 275];
    210                 obj.filters_tsg_filter1 = 'min_max';
    211                 obj.filters_tsg_arg1 = [200 275];
    212                 obj.filters_vw_filter1 = 'min_max';
    213                 obj.filters_vw_arg1 = [-2 70];
    214                 obj.filters_vw_filter2 = 'min_max';
    215                 obj.filters_vw_arg2 = {'soft' 0 50};
     204                self.filters_ilwr_filter1 = 'min_max';
     205                self.filters_ilwr_arg1 = [30 355];
     206                self.filters_ilwr_filter2 = 'min_max';
     207                self.filters_ilwr_arg2 = {'soft' 35 350};
     208                self.filters_tss_filter1 = 'min_max';
     209                self.filters_tss_arg1 = [180 275];
     210                self.filters_tsg_filter1 = 'min_max';
     211                self.filters_tsg_arg1 = [200 275];
     212                self.filters_vw_filter1 = 'min_max';
     213                self.filters_vw_arg1 = [-2 70];
     214                self.filters_vw_filter2 = 'min_max';
     215                self.filters_vw_arg2 = {'soft' 0 50};
    216216                %}}}
    217217
    218218                end % }}}
    219                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     219                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    220220                        %snowpack:  %{{{
    221221                        md=checkfield(md,'fieldname','snowpack.snowpack_meas_tss','values',[0 1]);
    … …  
    337337                        %}}}
    338338                end % }}}
    339                 function disp(obj) % {{{
     339                function disp(self) % {{{
    340340
    341341                        disp(sprintf('   Snowpack solution parameters:'));
    342342                        disp(sprintf('\n        %s','Snowpack parameters:')); % {{{
    343                         fielddisplay(obj,'snowpack_meas_tss',{'A measured surface temperature is available and can be reliably ','used for various consistency tests (it needs to be set to true if enabling CHANGE_BC) (0 or 1)'});
    344                         fielddisplay(obj,'snowpack_enforce_measured_snow_heights','Input mode by which a measurement of snow depth is used to drive the snow cover mass balance (0 or 1)');
    345                         fielddisplay(obj,'snowpack_sw_mode',{'Define the shortwave radiation input:',...
     343                        fielddisplay(self,'snowpack_meas_tss',{'A measured surface temperature is available and can be reliably ','used for various consistency tests (it needs to be set to true if enabling CHANGE_BC) (0 or 1)'});
     344                        fielddisplay(self,'snowpack_enforce_measured_snow_heights','Input mode by which a measurement of snow depth is used to drive the snow cover mass balance (0 or 1)');
     345                        fielddisplay(self,'snowpack_sw_mode',{'Define the shortwave radiation input:',...
    346346                                '0 Incoming shortwave radiation is measured and albedo estimated by the model',...
    347347                                '1 Reflected shortwave radiation is available as input and albedo is estimated by the model (IMIS standard)',...
    348348                                '2 Incoming and reflected shortwave radiation are both measured and the albedo is estimated from both measurements subject to plausibility checks.'});
    349                         fielddisplay(obj,'snowpack_incoming_longwave','Use the provided incoming long wave on the virtual slopes? (0 or 1)');
    350                         fielddisplay(obj,'snowpack_height_of_wind_value',{'The instrument height (or model layer height) for wind input data; note that height ',...
     349                        fielddisplay(self,'snowpack_incoming_longwave','Use the provided incoming long wave on the virtual slopes? (0 or 1)');
     350                        fielddisplay(self,'snowpack_height_of_wind_value',{'The instrument height (or model layer height) for wind input data; note that height ',...
    351351                                'is above ground for a standard SNOWPACK application but above surface (snow or ground) for Alpine3D applications '});
    352                         fielddisplay(obj,'snowpack_height_of_meteo_values',{'The instrument height (or model layer height) for meteorological input data except for wind,',...
     352                        fielddisplay(self,'snowpack_height_of_meteo_values',{'The instrument height (or model layer height) for meteorological input data except for wind,',...
    353353                                'which may be at a different height; note that height is above ground for a standard SNOWPACK ',...
    354354                                'application but above surface (snow or ground) for Alpine3D applications. '});
    355                         fielddisplay(obj,'snowpack_neutral',{'Select the atmospheric stability correction model:',...
     355                        fielddisplay(self,'snowpack_neutral',{'Select the atmospheric stability correction model:',...
    356356                                '-1 use a simplified Richardson number stability correction',...
    357357                                '0 assume standard Monin-Obukhov bulk formulation for surface exchange iteration with Paulson, Stearns and Weidner (can be used with BC_CHANGE=0)',...
    358358                                '1 force Monin-Obukhov formulation to assume neutral conditions regardless of the actual stratification; it has been shown to work well in ',...
    359359                                'complex terrain settings. It should be used with BC_CHANGE=1, i.e., Dirichlet /* but also is recommended with Neumann b.c., i.e., BC_CHANGE=0.'});
    360                         fielddisplay(obj,'snowpack_roughness_length',{'Aerodynamic roughness length as a parameter for the Monin-Obukhov bulk formulation;',...
     360                        fielddisplay(self,'snowpack_roughness_length',{'Aerodynamic roughness length as a parameter for the Monin-Obukhov bulk formulation;',...
    361361                                'A typical value for complex terrain is 0.01 m and for snow covered flat sites 0.001 m. '});
    362                         fielddisplay(obj,'snowpack_number_slopes',{'Based on meteorological input from a (flat field) automatic station or numerical weather model,',...
     362                        fielddisplay(self,'snowpack_number_slopes',{'Based on meteorological input from a (flat field) automatic station or numerical weather model,',...
    363363                                'up to 8 expositions can be calculated in addition to the flat field if the corresponding *.sno files are provided. For example,',...
    364364                                'if you provide a flat field *.snow file (mandatory), which is named KLO3.sno and you want 4 slopes to be calculated the corresponding',...
    365365                                'slope files should be named KLO21.sno, ...,KLO24.sno '});
    366                         fielddisplay(obj,'snowpack_snow_redistribution',{'Specifies if redistribution of snow is allowed from (upwind) expositions to lee slopes.',...
     366                        fielddisplay(self,'snowpack_snow_redistribution',{'Specifies if redistribution of snow is allowed from (upwind) expositions to lee slopes.',...
    367367                                'In case just the flat field is calculated, snow erosion is enabled but only for "ENFORCE_MEASURED_SNOW_HEIGHTS".'});
    368                                 fielddisplay(obj,'snowpack_calculation_step_length',{'Internal time step (in minutes) used for model simulation. Please note that this MUST ',...
     368                                fielddisplay(self,'snowpack_calculation_step_length',{'Internal time step (in minutes) used for model simulation. Please note that this MUST ',...
    369369                                'be the same as HNW::accumulate (the latter being in seconds) if re-acumulating precipitation, otherwise it would lead to wrong results.'});
    370                         fielddisplay(obj,'snowpack_change_bc',{'Use measured surface temperature as Dirichlet temperature BC for sub-freezing snowpacks and switch to ',...
     370                        fielddisplay(self,'snowpack_change_bc',{'Use measured surface temperature as Dirichlet temperature BC for sub-freezing snowpacks and switch to ',...
    371371                        'Neumann only for melting snowpacks. If set to false, assumes Neumann boundary conditions.'});
    372                         fielddisplay(obj,'snowpack_thresh_change_bc','Threshold value (small number below freezing), which switches from Dirichlet to Neumann BCs if CHANGE_BC is selected');
    373                         fielddisplay(obj,'snowpack_snp_soil','Soil layers as defined by the *.sno files are included in the simulation');
    374                         fielddisplay(obj,'snowpack_soil_flux','Assume that the lower temperature boundary condition is given by GEO_HEAT (Neumann) and not by a measured temperature');
    375                         fielddisplay(obj,'snowpack_geo_heat','Constant geothermal heat flux at great) depth W m-2): Lower flux boundary condition for temperature equation if BC is Neumann');
    376                         fielddisplay(obj,'snowpack_canopy','Switch to tell the model that canopy is present (note that Canopy parameters should then be provided in the *.sno file)');
     372                        fielddisplay(self,'snowpack_thresh_change_bc','Threshold value (small number below freezing), which switches from Dirichlet to Neumann BCs if CHANGE_BC is selected');
     373                        fielddisplay(self,'snowpack_snp_soil','Soil layers as defined by the *.sno files are included in the simulation');
     374                        fielddisplay(self,'snowpack_soil_flux','Assume that the lower temperature boundary condition is given by GEO_HEAT (Neumann) and not by a measured temperature');
     375                        fielddisplay(self,'snowpack_geo_heat','Constant geothermal heat flux at great) depth W m-2): Lower flux boundary condition for temperature equation if BC is Neumann');
     376                        fielddisplay(self,'snowpack_canopy','Switch to tell the model that canopy is present (note that Canopy parameters should then be provided in the *.sno file)');
    377377                        % }}}
    378378                        disp(sprintf('\n        %s','Snowpackadvanced parameters:')); % {{{
    379                         fielddisplay(obj,'snowpackadvanced_variant','variant selection (includes a choice of specific models, DEFAULT, ANTARCTICA and JAPAN )'); % use 320 kg m-3 for fixed density
    380                         fielddisplay(obj,'snowpackadvanced_hn_density',{'Fixed value to be used as new snow density if a constant density model is chosen, otherwise the choices are "PARAMETERIZED" "EVENT" "MEASURED"'});
     379                        fielddisplay(self,'snowpackadvanced_variant','variant selection (includes a choice of specific models, DEFAULT, ANTARCTICA and JAPAN )'); % use 320 kg m-3 for fixed density
     380                        fielddisplay(self,'snowpackadvanced_hn_density',{'Fixed value to be used as new snow density if a constant density model is chosen, otherwise the choices are "PARAMETERIZED" "EVENT" "MEASURED"'});
    381381                        % }}}
    382382                        disp(sprintf('\n        %s','General parameters:')); % {{{
    383                         fielddisplay(obj,'general_pluginpath','');
    384                         fielddisplay(obj,'general_buff_chunk_size','Size in days of a chunk of data to read at once.');
    385                         fielddisplay(obj,'general_buff_before','Alternate way of buffer centering: When rebuffering, the new date will be located BUFF_BEFORE days from the beginning of the buffer (therefore, it takes a value in days). ');
     383                        fielddisplay(self,'general_pluginpath','');
     384                        fielddisplay(self,'general_buff_chunk_size','Size in days of a chunk of data to read at once.');
     385                        fielddisplay(self,'general_buff_before','Alternate way of buffer centering: When rebuffering, the new date will be located BUFF_BEFORE days from the beginning of the buffer (therefore, it takes a value in days). ');
    386386                        % }}}
    387387                        disp(sprintf('\n        %s','Input  parameter:')); % {{{
    388                         fielddisplay(obj,'input_coordsys','coordinates in the Swiss Grid (http://geomatics.ladetto.ch/ch1903_wgs84_de.pdf). One of CH1903,UTM,UPS,PROJ4 or LOCAL');
    389                         fielddisplay(obj,'input_coordparam',' ');
    390                         fielddisplay(obj,'input_time_zone',' ');
    391                         fielddisplay(obj,'input_meteo','plugin for METEO data (one of BORMA,COSMO,GEOTOP,GRIB,GS,IMIS,SMET,SNOWPACK');
    392                         fielddisplay(obj,'input_meteopath','string containing the path to the xml files.');
    393                         fielddisplay(obj,'input_station1','Meteorology file for station number #');
    394                         fielddisplay(obj,'input_snowfile1','File name for the initial snow profile for station number #');
     388                        fielddisplay(self,'input_coordsys','coordinates in the Swiss Grid (http://geomatics.ladetto.ch/ch1903_wgs84_de.pdf). One of CH1903,UTM,UPS,PROJ4 or LOCAL');
     389                        fielddisplay(self,'input_coordparam',' ');
     390                        fielddisplay(self,'input_time_zone',' ');
     391                        fielddisplay(self,'input_meteo','plugin for METEO data (one of BORMA,COSMO,GEOTOP,GRIB,GS,IMIS,SMET,SNOWPACK');
     392                        fielddisplay(self,'input_meteopath','string containing the path to the xml files.');
     393                        fielddisplay(self,'input_station1','Meteorology file for station number #');
     394                        fielddisplay(self,'input_snowfile1','File name for the initial snow profile for station number #');
    395395                        % }}}
    396396                        disp(sprintf('\n        %s','Output parameters:')); % {{{
    397                         fielddisplay(obj,'output_coordsys','Coordinates in the Swiss Grid http://geomatics.ladetto.ch/ch1903_wgs84_de.pdf. One of CH1903,UTM,UPS,PROJ4 or LOCAL ');
    398                         fielddisplay(obj,'output_coordparam','');
    399                         fielddisplay(obj,'output_time_zone','');
    400                         fielddisplay(obj,'output_meteopath','Path to the outputs (this path MUST exist, it won''t be created)');
    401                         fielddisplay(obj,'output_experiment','Option to give an additional simulation specific output name to the run in addition to "STATION_NAME"');
    402                         fielddisplay(obj,'output_ts_write','Write meteo data out? (0 or 1)');
    403                         fielddisplay(obj,'output_ts_start','When to start writing meteo data out (offset, in days)');
    404                         fielddisplay(obj,'output_ts_days_between','How often to write meteo data out (in days: 3 hours=.125, 1 hour=4.1666e-2)');
    405                         fielddisplay(obj,'output_profile','How to write the profiles (default: ASCII, choice is ASCII,IMIS or ASCII IMIS)');
     397                        fielddisplay(self,'output_coordsys','Coordinates in the Swiss Grid http://geomatics.ladetto.ch/ch1903_wgs84_de.pdf. One of CH1903,UTM,UPS,PROJ4 or LOCAL ');
     398                        fielddisplay(self,'output_coordparam','');
     399                        fielddisplay(self,'output_time_zone','');
     400                        fielddisplay(self,'output_meteopath','Path to the outputs (this path MUST exist, it won''t be created)');
     401                        fielddisplay(self,'output_experiment','Option to give an additional simulation specific output name to the run in addition to "STATION_NAME"');
     402                        fielddisplay(self,'output_ts_write','Write meteo data out? (0 or 1)');
     403                        fielddisplay(self,'output_ts_start','When to start writing meteo data out (offset, in days)');
     404                        fielddisplay(self,'output_ts_days_between','How often to write meteo data out (in days: 3 hours=.125, 1 hour=4.1666e-2)');
     405                        fielddisplay(self,'output_profile','How to write the profiles (default: ASCII, choice is ASCII,IMIS or ASCII IMIS)');
    406406)');
    407                         fielddisplay(obj,'output_prof_write','Write profile data out? (0 or 1) ');
    408                         fielddisplay(obj,'output_prof_start','When to start writing profile data out (offset, in days)');
    409                         fielddisplay(obj,'output_prof_days_between','How often to write profile data out (in days: 3 hours=.125, 1 hour=4.1666e-2)');
     407                        fielddisplay(self,'output_prof_write','Write profile data out? (0 or 1) ');
     408                        fielddisplay(self,'output_prof_start','When to start writing profile data out (offset, in days)');
     409                        fielddisplay(self,'output_prof_days_between','How often to write profile data out (in days: 3 hours=.125, 1 hour=4.1666e-2)');
    410410                        % }}}
    411411                        disp(sprintf('\n        %s','Interpolations1d parameters:')); % {{{
    412                         fielddisplay(obj,'interpolations1d_window_size','Affects resampling: expresses (in seconds) how far a valid point can be searched for when re-interpolating a missing value');
    413                         fielddisplay(obj,'interpolations1d_hnw_resample','NONE, NEAREST_NEIGHBOUR, ACCUMULATE or LINEAR');
     412                        fielddisplay(self,'interpolations1d_window_size','Affects resampling: expresses (in seconds) how far a valid point can be searched for when re-interpolating a missing value');
     413                        fielddisplay(self,'interpolations1d_hnw_resample','NONE, NEAREST_NEIGHBOUR, ACCUMULATE or LINEAR');
    414414 ');
    415                         fielddisplay(obj,'interpolations1d_hs_resample','Mean average processing. The mean average filter returns the mean value of all values within a user given time window. (NONE, NEAREST_NEIGHBOUR, ACCUMULATE or LINEAR)');
    416                         fielddisplay(obj,'interpolations1d_tsg_resample','Mean average processing. The mean average filter returns the mean value of all values within a user given time window.(NONE, NEAREST_NEIGHBOUR, ACCUMULATE or LINEAR)');
    417                         fielddisplay(obj,'interpolations1d_rho_hn_resample','(NONE, NEAREST_NEIGHBOUR, ACCUMULATE or LINEAR)');
    418                         fielddisplay(obj,'interpolations1d_vw_resample','(NONE, NEAREST_NEIGHBOUR, ACCUMULATE or LINEAR)');
    419                         fielddisplay(obj,'interpolations1d_vw_args','default nothing, otherwise, ''extrapolcate''');
     415                        fielddisplay(self,'interpolations1d_hs_resample','Mean average processing. The mean average filter returns the mean value of all values within a user given time window. (NONE, NEAREST_NEIGHBOUR, ACCUMULATE or LINEAR)');
     416                        fielddisplay(self,'interpolations1d_tsg_resample','Mean average processing. The mean average filter returns the mean value of all values within a user given time window.(NONE, NEAREST_NEIGHBOUR, ACCUMULATE or LINEAR)');
     417                        fielddisplay(self,'interpolations1d_rho_hn_resample','(NONE, NEAREST_NEIGHBOUR, ACCUMULATE or LINEAR)');
     418                        fielddisplay(self,'interpolations1d_vw_resample','(NONE, NEAREST_NEIGHBOUR, ACCUMULATE or LINEAR)');
     419                        fielddisplay(self,'interpolations1d_vw_args','default nothing, otherwise, ''extrapolcate''');
    420420                        % }}}
    421421                        disp(sprintf('\n        %s','Filters parameters:')); % {{{
    422                         fielddisplay(obj,'filters_ta_filter1',' ');
    423                         fielddisplay(obj,'filters_ta_arg1','');
    424                         fielddisplay(obj,'filters_rh_filter1',' ');
    425                         fielddisplay(obj,'filters_rh_arg1','');
    426                         fielddisplay(obj,'filters_rh_filter2',' ');
    427                         fielddisplay(obj,'filters_rh_arg2','');
    428                         fielddisplay(obj,'filters_iswr_filter1',' ');
    429                         fielddisplay(obj,'filters_iswr_arg1','');
    430                         fielddisplay(obj,'filters_iswr_filter2',' ');
    431                         fielddisplay(obj,'filters_iswr_arg2','');
    432                         fielddisplay(obj,'filters_rswr_filter1',' ');
    433                         fielddisplay(obj,'filters_rswr_arg1','');
    434                         fielddisplay(obj,'filters_rswr_filter2',' ');
    435                         fielddisplay(obj,'filters_rswr_arg2','');
     422                        fielddisplay(self,'filters_ta_filter1',' ');
     423                        fielddisplay(self,'filters_ta_arg1','');
     424                        fielddisplay(self,'filters_rh_filter1',' ');
     425                        fielddisplay(self,'filters_rh_arg1','');
     426                        fielddisplay(self,'filters_rh_filter2',' ');
     427                        fielddisplay(self,'filters_rh_arg2','');
     428                        fielddisplay(self,'filters_iswr_filter1',' ');
     429                        fielddisplay(self,'filters_iswr_arg1','');
     430                        fielddisplay(self,'filters_iswr_filter2',' ');
     431                        fielddisplay(self,'filters_iswr_arg2','');
     432                        fielddisplay(self,'filters_rswr_filter1',' ');
     433                        fielddisplay(self,'filters_rswr_arg1','');
     434                        fielddisplay(self,'filters_rswr_filter2',' ');
     435                        fielddisplay(self,'filters_rswr_arg2','');
    436436
    437437                        %for ta between 190 and 280 k;
    438                         fielddisplay(obj,'filters_ilwr_filter1',' ');
    439                         fielddisplay(obj,'filters_ilwr_arg1','');
    440                         fielddisplay(obj,'filters_ilwr_filter2',' ');
    441                         fielddisplay(obj,'filters_ilwr_arg2','');
    442                         fielddisplay(obj,'filters_tss_filter1',' ');
    443                         fielddisplay(obj,'filters_tss_arg1','');
    444                         fielddisplay(obj,'filters_tsg_filter1',' ');
    445                         fielddisplay(obj,'filters_tsg_arg1','');
    446                         fielddisplay(obj,'filters_vw_filter1',' ');
    447                         fielddisplay(obj,'filters_vw_arg1','');
    448                         fielddisplay(obj,'filters_vw_filter2',' ');
    449                         fielddisplay(obj,'filters_vw_arg2','');
     438                        fielddisplay(self,'filters_ilwr_filter1',' ');
     439                        fielddisplay(self,'filters_ilwr_arg1','');
     440                        fielddisplay(self,'filters_ilwr_filter2',' ');
     441                        fielddisplay(self,'filters_ilwr_arg2','');
     442                        fielddisplay(self,'filters_tss_filter1',' ');
     443                        fielddisplay(self,'filters_tss_arg1','');
     444                        fielddisplay(self,'filters_tsg_filter1',' ');
     445                        fielddisplay(self,'filters_tsg_arg1','');
     446                        fielddisplay(self,'filters_vw_filter1',' ');
     447                        fielddisplay(self,'filters_vw_arg1','');
     448                        fielddisplay(self,'filters_vw_filter2',' ');
     449                        fielddisplay(self,'filters_vw_arg2','');
    450450                        % }}}
    451451
    452452                end % }}}
    453                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
     453                function marshall(self,md,fid) % {{{
    454454
    455455                        yts=365.0*24.0*3600.0;
    456456
    457                         WriteData(fid,'object',obj,'class','snowpack','fieldname','spcvx','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
    458                         WriteData(fid,'object',obj,'class','snowpack','fieldname','spcvy','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
    459                         WriteData(fid,'object',obj,'class','snowpack','fieldname','spcvz','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
    460                         WriteData(fid,'object',obj,'class','snowpack','fieldname','restol','format','Double');
    461                         WriteData(fid,'object',obj,'class','snowpack','fieldname','reltol','format','Double');
    462                         WriteData(fid,'object',obj,'class','snowpack','fieldname','abstol','format','Double');
    463                         WriteData(fid,'object',obj,'class','snowpack','fieldname','isnewton','format','Integer');
    464                         WriteData(fid,'object',obj,'class','snowpack','fieldname','FSreconditioning','format','Double');
    465                         WriteData(fid,'object',obj,'class','snowpack','fieldname','viscosity_overshoot','format','Double');
    466                         WriteData(fid,'object',obj,'class','snowpack','fieldname','maxiter','format','Integer');
    467                         WriteData(fid,'object',obj,'class','snowpack','fieldname','shelf_dampening','format','Integer');
    468                         WriteData(fid,'object',obj,'class','snowpack','fieldname','vertex_pairing','format','DoubleMat','mattype',3);
    469                         WriteData(fid,'object',obj,'class','snowpack','fieldname','penalty_factor','format','Double');
    470                         WriteData(fid,'object',obj,'class','snowpack','fieldname','rift_penalty_lock','format','Integer');
    471                         WriteData(fid,'object',obj,'class','snowpack','fieldname','rift_penalty_threshold','format','Integer');
    472                         WriteData(fid,'object',obj,'class','snowpack','fieldname','referential','format','DoubleMat','mattype',1);
    473                         WriteData(fid,'object',obj,'class','snowpack','fieldname','requested_outputs','format','StringArray');
    474                         WriteData(fid,'data',obj.loadingforce(:,1),'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',LoadingforceXEnum);
    475                         WriteData(fid,'data',obj.loadingforce(:,2),'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',LoadingforceYEnum);
    476                         WriteData(fid,'data',obj.loadingforce(:,3),'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',LoadingforceZEnum);
     457                        WriteData(fid,'object',self,'class','snowpack','fieldname','spcvx','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
     458                        WriteData(fid,'object',self,'class','snowpack','fieldname','spcvy','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
     459                        WriteData(fid,'object',self,'class','snowpack','fieldname','spcvz','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
     460                        WriteData(fid,'object',self,'class','snowpack','fieldname','restol','format','Double');
     461                        WriteData(fid,'object',self,'class','snowpack','fieldname','reltol','format','Double');
     462                        WriteData(fid,'object',self,'class','snowpack','fieldname','abstol','format','Double');
     463                        WriteData(fid,'object',self,'class','snowpack','fieldname','isnewton','format','Integer');
     464                        WriteData(fid,'object',self,'class','snowpack','fieldname','FSreconditioning','format','Double');
     465                        WriteData(fid,'object',self,'class','snowpack','fieldname','viscosity_overshoot','format','Double');
     466                        WriteData(fid,'object',self,'class','snowpack','fieldname','maxiter','format','Integer');
     467                        WriteData(fid,'object',self,'class','snowpack','fieldname','shelf_dampening','format','Integer');
     468                        WriteData(fid,'object',self,'class','snowpack','fieldname','vertex_pairing','format','DoubleMat','mattype',3);
     469                        WriteData(fid,'object',self,'class','snowpack','fieldname','penalty_factor','format','Double');
     470                        WriteData(fid,'object',self,'class','snowpack','fieldname','rift_penalty_lock','format','Integer');
     471                        WriteData(fid,'object',self,'class','snowpack','fieldname','rift_penalty_threshold','format','Integer');
     472                        WriteData(fid,'object',self,'class','snowpack','fieldname','referential','format','DoubleMat','mattype',1);
     473                        WriteData(fid,'object',self,'class','snowpack','fieldname','requested_outputs','format','StringArray');
     474                        WriteData(fid,'data',self.loadingforce(:,1),'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',LoadingforceXEnum);
     475                        WriteData(fid,'data',self.loadingforce(:,2),'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',LoadingforceYEnum);
     476                        WriteData(fid,'data',self.loadingforce(:,3),'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',LoadingforceZEnum);
    477477                end % }}}
    478478        end

  • issm/trunk/src/m/classes/spheremesh.m

    r17806 r19105  
    2222        end
    2323        methods
    24                 function obj = spheremesh(varargin) % {{{
     24                function self = spheremesh(varargin) % {{{
    2525                        switch nargin
    2626                                case 0
    27                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     27                                        self=setdefaultparameters(self);
    2828                                otherwise
    2929                                        error('constructor not supported');
    3030                        end
    3131                end % }}}
    32                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     32                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    3333
    3434                        %the connectivity is the avergaded number of nodes linked to a
    … …  
    3737                        %give a good memory/time ration. This value can be checked in
    3838                        %trunk/test/Miscellaneous/runme.m
    39                         obj.average_vertex_connectivity=25;
     39                        self.average_vertex_connectivity=25;
    4040                end % }}}
    41                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     41                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    4242
    4343                        md = checkfield(md,'fieldname','spheremesh.x','NaN',1,'size',[md.spheremesh.numberofvertices 1]);
    … …  
    5757                        md = checkfield(md,'fieldname','spheremesh.elementconnectivity','size',[md.spheremesh.numberofelements 3],'NaN',1);
    5858                end % }}}
    59                 function disp(obj) % {{{
     59                function disp(self) % {{{
    6060                        disp(sprintf('   Mesh:'));
    6161
    6262                        disp(sprintf('\n      Elements and vertices:'));
    63                         fielddisplay(obj,'numberofelements','number of elements');
    64                         fielddisplay(obj,'numberofvertices','number of vertices');
    65                         fielddisplay(obj,'elements','vertex indices of the mesh elements');
    66                         fielddisplay(obj,'x','vertices x coordinate [m]');
    67                         fielddisplay(obj,'y','vertices y coordinate [m]');
    68                         fielddisplay(obj,'z','vertices z coordinate [m]');
    69                         fielddisplay(obj,'r','vertices r coordinate [m]');
    70                         fielddisplay(obj,'theta','vertices theta coordinate [degrees]');
    71                         fielddisplay(obj,'phi','vertices phi coordinate [degrees]');
     63                        fielddisplay(self,'numberofelements','number of elements');
     64                        fielddisplay(self,'numberofvertices','number of vertices');
     65                        fielddisplay(self,'elements','vertex indices of the mesh elements');
     66                        fielddisplay(self,'x','vertices x coordinate [m]');
     67                        fielddisplay(self,'y','vertices y coordinate [m]');
     68                        fielddisplay(self,'z','vertices z coordinate [m]');
     69                        fielddisplay(self,'r','vertices r coordinate [m]');
     70                        fielddisplay(self,'theta','vertices theta coordinate [degrees]');
     71                        fielddisplay(self,'phi','vertices phi coordinate [degrees]');
    7272
    7373                        disp(sprintf('\n      Properties:'));
    74                         fielddisplay(obj,'numberoflayers','number of extrusion layers');
     74                        fielddisplay(self,'numberoflayers','number of extrusion layers');
    7575
    76                         fielddisplay(obj,'vertexconnectivity','list of vertices connected to vertex_i');
    77                         fielddisplay(obj,'elementconnectivity','list of vertices connected to element_i');
    78                         fielddisplay(obj,'average_vertex_connectivity','average number of vertices connected to one vertex');
     76                        fielddisplay(self,'vertexconnectivity','list of vertices connected to vertex_i');
     77                        fielddisplay(self,'elementconnectivity','list of vertices connected to element_i');
     78                        fielddisplay(self,'average_vertex_connectivity','average number of vertices connected to one vertex');
    7979
    8080                end % }}}
    81                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
    82                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','x','format','DoubleMat','mattype',1);
    83                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','y','format','DoubleMat','mattype',1);
    84                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','z','format','DoubleMat','mattype',1);
    85                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','r','format','DoubleMat','mattype',1);
    86                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','theta','format','DoubleMat','mattype',1);
    87                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','phi','format','DoubleMat','mattype',1);
    88                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','elements','format','DoubleMat','mattype',2);
    89                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','numberoflayers','format','Integer');
    90                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','numberofelements','format','Integer');
    91                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','numberofvertices','format','Integer');
    92                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','elementconnectivity','format','DoubleMat','mattype',3);
    93                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','average_vertex_connectivity','format','Integer');
     81                function marshall(self,md,fid) % {{{
     82                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','x','format','DoubleMat','mattype',1);
     83                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','y','format','DoubleMat','mattype',1);
     84                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','z','format','DoubleMat','mattype',1);
     85                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','r','format','DoubleMat','mattype',1);
     86                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','theta','format','DoubleMat','mattype',1);
     87                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','phi','format','DoubleMat','mattype',1);
     88                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','elements','format','DoubleMat','mattype',2);
     89                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','numberoflayers','format','Integer');
     90                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','numberofelements','format','Integer');
     91                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','numberofvertices','format','Integer');
     92                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','elementconnectivity','format','DoubleMat','mattype',3);
     93                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','average_vertex_connectivity','format','Integer');
    9494                end % }}}
    9595        end

  • issm/trunk/src/m/classes/steadystate.m

    r17806 r19105  
    1111        end
    1212        methods
    13         function createxml(obj,fid) % {{{
     13        function createxml(self,fid) % {{{
    1414            fprintf(fid, '<!-- steadystate -->\n');           
    1515                   
    1616            % steadystate solution parameters
    1717            fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="steadystate solution parameters">','<section name="steadystate" />');                   
    18                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="reltol" type="',class(obj.reltol),'" default="',convert2str(obj.reltol),'">','     <section name="steadystate" />','     <help> relative tolerance criterion [K] </help>','  </parameter>');
    19                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="maxiter" type="',class(obj.maxiter),'" default="',convert2str(obj.maxiter),'">','     <section name="steadystate" />','     <help> maximum number of iterations </help>','  </parameter>');
    20                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="requested_outputs" type="',class(obj.requested_outputs),'" default="',convert2str(obj.requested_outputs),'">','     <section name="steadystate" />','     <help> additional requested outputs </help>','  </parameter>');
     18                fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="reltol" type="',class(self.reltol),'" default="',convert2str(self.reltol),'">','     <section name="steadystate" />','     <help> relative tolerance criterion [K] </help>','  </parameter>');
     19                fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="maxiter" type="',class(self.maxiter),'" default="',convert2str(self.maxiter),'">','     <section name="steadystate" />','     <help> maximum number of iterations </help>','  </parameter>');
     20                fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="requested_outputs" type="',class(self.requested_outputs),'" default="',convert2str(self.requested_outputs),'">','     <section name="steadystate" />','     <help> additional requested outputs </help>','  </parameter>');
    2121            fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');   
    2222       
    2323        end % }}}
    24                 function obj = steadystate(varargin) % {{{
     24                function self = steadystate(varargin) % {{{
    2525                        switch nargin
    2626                                case 0
    27                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     27                                        self=setdefaultparameters(self);
    2828                                otherwise
    2929                                        error('constructor not supported');
    3030                        end
    3131                end % }}}
    32                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     32                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    3333                        %maximum of steady state iterations
    34                         obj.maxiter=100;
     34                        self.maxiter=100;
    3535
    3636                        %Relative tolerance for the steadystate convertgence
    37                         obj.reltol=0.01;
     37                        self.reltol=0.01;
    3838
    3939                        %default output
    40                         obj.requested_outputs={'default'};
     40                        self.requested_outputs={'default'};
    4141                end % }}}
    4242                function list=defaultoutputs(self,md) % {{{
    … …  
    4545
    4646                end % }}}
    47                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     47                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    4848
    4949                        %Early return
    … …  
    5959                        end
    6060                end % }}}
    61                 function disp(obj) % {{{
     61                function disp(self) % {{{
    6262                        disp(sprintf('   steadystate solution parameters:'));
    6363
    64                         fielddisplay(obj,'reltol','relative tolerance criterion');
    65                         fielddisplay(obj,'maxiter','maximum number of iterations');
    66                         fielddisplay(obj,'requested_outputs','additional requested outputs');
     64                        fielddisplay(self,'reltol','relative tolerance criterion');
     65                        fielddisplay(self,'maxiter','maximum number of iterations');
     66                        fielddisplay(self,'requested_outputs','additional requested outputs');
    6767
    6868                end % }}}
    69                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
    70                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','reltol','format','Double');
    71                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','maxiter','format','Integer');
     69                function marshall(self,md,fid) % {{{
     70                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','reltol','format','Double');
     71                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','maxiter','format','Integer');
    7272
    7373                        %process requested outputs
    74                         outputs = obj.requested_outputs;
     74                        outputs = self.requested_outputs;
    7575                        pos  = find(ismember(outputs,'default'));
    7676                        if ~isempty(pos),
    7777                                outputs(pos) = [];                         %remove 'default' from outputs
    78                                 outputs      = [outputs defaultoutputs(obj,md)]; %add defaults
     78                                outputs      = [outputs defaultoutputs(self,md)]; %add defaults
    7979                        end
    8080                        WriteData(fid,'data',outputs,'enum',SteadystateRequestedOutputsEnum,'format','StringArray');

  • issm/trunk/src/m/classes/stressbalance.m

    r17989 r19105  
    2626        end
    2727        methods
    28         function createxml(obj,fid) % {{{
    29             fprintf(fid, '\n\n');
    30             fprintf(fid, '%s\n', '<!-- StressBalance solution parameters: -->');
    31            
    32             % Convergence criteria           
    33             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="Convergence criteria">','<section name="stressbalance" />');
    34                          fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="restol" type="',      class(obj.restol),'" default="',        convert2str(obj.restol),'">',       '     <section name="stressbalance" />','     <help> mechanical equilibrium residual convergence criterion </help>','</parameter>');
    35              fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="reltol" type="',          class(obj.reltol),'" default="',            convert2str(obj.reltol),'">',     '     <section name="stressbalance" />','     <help> velocity relative convergence criterion, NaN: not applied </help>','</parameter>');
    36              fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="abstol" type="',        class(obj.abstol),'" default="',          convert2str(obj.abstol),'">',       '     <section name="stressbalance" />','     <help> velocity absolute convergence criterion, NaN: not applied </help>','</parameter>');
    37              
    38              %is newton drop-down (0,1,or 2)
    39              fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="isnewton" type="alternative" optional="false">',      '     <section name="stressbalance" />','     <help> 0: Picards fixed point, 1: Newtons method, 2: hybrid </help>');
    40              fprintf(fid,'%s\n','       <option value="0" type="string" default="true"> </option>');
    41              fprintf(fid,'%s\n','       <option value="1" type="string" default="false"> </option>');
    42              fprintf(fid,'%s\n%s\n','       <option value="2" type="string" default="false"> </option>','</parameter>');
    43    
    44              fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="maxiter" type="',     class(obj.maxiter),'" default="',       convert2str(obj.maxiter),'">',     '     <section name="stressbalance" />','     <help> maximum number of nonlinear iterations </help>','</parameter>');
    45              fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="viscosity_overshoot" type="',         class(obj.viscosity_overshoot),'" default="',           convert2str(obj.viscosity_overshoot),'">',      '     <section name="stressbalance" />','     <help> over-shooting constant new=new+C*(new-old) </help>','</parameter>');
    46             fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
    47            
    48             % boundary conditions   
    49             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="2" label="Boundary conditions">','<section name="stressbalance" />');                       
    50              fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="spcvx" type="',       class(obj.spcvx),'" default="',         convert2str(obj.spcvx),'">',     '     <section name="stressbalance" />','     <help> x-axis velocity constraint (NaN means no constraint) [m/yr] </help>','</parameter>');
    51              fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="spcvy" type="',       class(obj.spcvy),'" default="',         convert2str(obj.spcvy),'">',    '     <section name="stressbalance" />','     <help> y-axis velocity constraint (NaN means no constraint) [m/yr] </help>','</parameter>');
    52              fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="spcvz" type="',       class(obj.spcvz),'" default="',         convert2str(obj.spcvz),'">',     '     <section name="stressbalance" />','     <help> z-axis velocity constraint (NaN means no constraint) [m/yr] </help>','</parameter>');
    53             fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
    54            
    55             % Rift options   
    56             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="3" label="Rift options">','<section name="stressbalance" />');     
    57              fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="rift_penalty_threshold" type="',      class(obj.rift_penalty_threshold),'" default="',       convert2str(obj.rift_penalty_threshold),'">',     '     <section name="stressbalance" />','     <help> threshold for instability of mechanical constraints </help>','</parameter>');
    58              fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',            '<parameter key ="rift_penalty_lock" type="',         class(obj.rift_penalty_lock),'" default="',           convert2str(obj.rift_penalty_lock),'">',    '     <section name="stressbalance" />','     <help> number of iterations before rift penalties are locked </help>','</parameter>');
    59             fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
    60            
    61             %others
    62             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="4" label="Other">','<section name="stressbalance" />');     
    63              fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="shelf_dampening" type="',     class(obj.shelf_dampening),'" default="',       convert2str(obj.shelf_dampening),'">',     '     <section name="stressbalance" />','     <help> use dampening for floating ice ? Only for FS model </help>','</parameter>');
    64              fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="FSreconditioning" type="',    class(obj.FSreconditioning),'" default="',           convert2str(obj.FSreconditioning),'">',    '     <section name="stressbalance" />','     <help> multiplier for incompressibility equation. Only for FS model </help>','</parameter>');
    65              fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="referential" type="',         class(obj.referential),'" default="',       convert2str(obj.referential),'">',     '     <section name="stressbalance" />','     <help> local referential </help>','</parameter>');
    66              fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="loadingforce" type="',        class(obj.loadingforce),'" default="',           convert2str(obj.loadingforce),'">',    '     <section name="stressbalance" />','     <help> loading force applied on each point [N/m^3] </help>','</parameter>');
    67              fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="requested_outputs" type="',   class(obj.requested_outputs),'" default="',       convert2str(obj.requested_outputs),'">',     '     <section name="stressbalance" />','     <help> additional outputs requested </help>','</parameter>');
    68              
    69            
    70             fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
    71         end % }}}
    72                 function obj = stressbalance(varargin) % {{{
     28                function createxml(self,fid) % {{{
     29                        fprintf(fid, '\n\n');
     30                        fprintf(fid, '%s\n', '<!-- StressBalance solution parameters: -->');
     31
     32                        % Convergence criteria           
     33                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="Convergence criteria">','<section name="stressbalance" />');
     34                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="restol" type="',      class(self.restol),'" default="',        convert2str(self.restol),'">',      '     <section name="stressbalance" />','     <help> mechanical equilibrium residual convergence criterion </help>','</parameter>');
     35                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="reltol" type="',          class(self.reltol),'" default="',            convert2str(self.reltol),'">',     '     <section name="stressbalance" />','     <help> velocity relative convergence criterion, NaN: not applied </help>','</parameter>');
     36                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n', '<parameter key ="abstol" type="',        class(self.abstol),'" default="',          convert2str(self.abstol),'">',     '     <section name="stressbalance" />','     <help> velocity absolute convergence criterion, NaN: not applied </help>','</parameter>');
     37
     38                        %is newton drop-down (0,1,or 2)
     39                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="isnewton" type="alternative" optional="false">',   '     <section name="stressbalance" />','     <help> 0: Picards fixed point, 1: Newtons method, 2: hybrid </help>');
     40                        fprintf(fid,'%s\n','       <option value="0" type="string" default="true"> </option>');
     41                        fprintf(fid,'%s\n','       <option value="1" type="string" default="false"> </option>');
     42                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','       <option value="2" type="string" default="false"> </option>','</parameter>');
     43
     44                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="maxiter" type="',          class(self.maxiter),'" default="',       convert2str(self.maxiter),'">',     '     <section name="stressbalance" />','     <help> maximum number of nonlinear iterations </help>','</parameter>');
     45                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="viscosity_overshoot" type="',         class(self.viscosity_overshoot),'" default="',           convert2str(self.viscosity_overshoot),'">', '     <section name="stressbalance" />','     <help> over-shooting constant new=new+C*(new-old) </help>','</parameter>');
     46                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
     47
     48                        % boundary conditions   
     49                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="2" label="Boundary conditions">','<section name="stressbalance" />');                   
     50                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="spcvx" type="',            class(self.spcvx),'" default="',        convert2str(self.spcvx),'">',     '     <section name="stressbalance" />','     <help> x-axis velocity constraint (NaN means no constraint) [m/yr] </help>','</parameter>');
     51                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="spcvy" type="',            class(self.spcvy),'" default="',        convert2str(self.spcvy),'">',   '     <section name="stressbalance" />','     <help> y-axis velocity constraint (NaN means no constraint) [m/yr] </help>','</parameter>');
     52                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="spcvz" type="',            class(self.spcvz),'" default="',        convert2str(self.spcvz),'">',     '     <section name="stressbalance" />','     <help> z-axis velocity constraint (NaN means no constraint) [m/yr] </help>','</parameter>');
     53                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
     54
     55                        % Rift options   
     56                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="3" label="Rift options">','<section name="stressbalance" />'); 
     57                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="rift_penalty_threshold" type="',           class(self.rift_penalty_threshold),'" default="',       convert2str(self.rift_penalty_threshold),'">',     '     <section name="stressbalance" />','     <help> threshold for instability of mechanical constraints </help>','</parameter>');
     58                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',         '<parameter key ="rift_penalty_lock" type="',         class(self.rift_penalty_lock),'" default="',           convert2str(self.rift_penalty_lock),'">',  '     <section name="stressbalance" />','     <help> number of iterations before rift penalties are locked </help>','</parameter>');
     59                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
     60
     61                        %others
     62                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="4" label="Other">','<section name="stressbalance" />');         
     63                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="shelf_dampening" type="',          class(self.shelf_dampening),'" default="',       convert2str(self.shelf_dampening),'">',     '     <section name="stressbalance" />','     <help> use dampening for floating ice ? Only for FS model </help>','</parameter>');
     64                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',         '<parameter key ="FSreconditioning" type="',    class(self.FSreconditioning),'" default="',           convert2str(self.FSreconditioning),'">',  '     <section name="stressbalance" />','     <help> multiplier for incompressibility equation. Only for FS model </help>','</parameter>');
     65                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="referential" type="',      class(self.referential),'" default="',       convert2str(self.referential),'">',     '     <section name="stressbalance" />','     <help> local referential </help>','</parameter>');
     66                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',         '<parameter key ="loadingforce" type="',        class(self.loadingforce),'" default="',           convert2str(self.loadingforce),'">',  '     <section name="stressbalance" />','     <help> loading force applied on each point [N/m^3] </help>','</parameter>');
     67                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="requested_outputs" type="',        class(self.requested_outputs),'" default="',       convert2str(self.requested_outputs),'">',     '     <section name="stressbalance" />','     <help> additional outputs requested </help>','</parameter>');
     68
     69
     70                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');
     71                end % }}}
     72                function self = extrude(self,md) % {{{
     73                        self.spcvx=project3d(md,'vector',self.spcvx,'type','node');
     74                        self.spcvy=project3d(md,'vector',self.spcvy,'type','node');
     75                        self.spcvz=project3d(md,'vector',self.spcvz,'type','node');
     76                        self.referential=project3d(md,'vector',self.referential,'type','node');
     77                        self.loadingforce=project3d(md,'vector',self.loadingforce,'type','node');
     78
     79                end % }}}
     80                function self = stressbalance(varargin) % {{{
    7381                        switch nargin
    7482                                case 0
    75                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     83                                        self=setdefaultparameters(self);
    7684                                case 1
    7785                                        inputstruct=varargin{1};
    … …  
    8189                                                fieldname = list1{i};
    8290                                                if ismember(fieldname,list2),
    83                                                         obj.(fieldname) = inputstruct.(fieldname);
     91                                                        self.(fieldname) = inputstruct.(fieldname);
    8492                                                end
    8593                                        end
    … …  
    8896                        end
    8997                end % }}}
    90                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     98                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    9199
    92100                         %maximum of non-linear iterations.
    93                          obj.maxiter=100;
     101                         self.maxiter=100;
    94102
    95103                         %Convergence criterion: absolute, relative and residual
    96                          obj.restol=10^-4;
    97                          obj.reltol=0.01;
    98                          obj.abstol=10;
    99 
    100                          obj.FSreconditioning=10^13;
    101                          obj.shelf_dampening=0;
     104                         self.restol=10^-4;
     105                         self.reltol=0.01;
     106                         self.abstol=10;
     107
     108                         self.FSreconditioning=10^13;
     109                         self.shelf_dampening=0;
    102110
    103111                         %Penalty factor applied kappa=max(stiffness matrix)*10^penalty_factor
    104                          obj.penalty_factor=3;
     112                         self.penalty_factor=3;
    105113
    106114                         %coefficient to update the viscosity between each iteration of
    107115                         %a stressbalance according to the following formula
    108116                         %viscosity(n)=viscosity(n)+viscosity_overshoot(viscosity(n)-viscosity(n-1))
    109                          obj.viscosity_overshoot=0;
     117                         self.viscosity_overshoot=0;
    110118
    111119                         %Stop the iterations of rift if below a threshold
    112                          obj.rift_penalty_threshold=0;
     120                         self.rift_penalty_threshold=0;
    113121
    114122                         %in some solutions, it might be needed to stop a run when only
    115123                         %a few constraints remain unstable. For thermal computation, this
    116124                         %parameter is often used.
    117                          obj.rift_penalty_lock=10;
     125                         self.rift_penalty_lock=10;
    118126
    119127                         %output default:
    120                          obj.requested_outputs={'default'};
    121 
    122                 end % }}}
    123                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     128                         self.requested_outputs={'default'};
     129
     130                end % }}}
     131                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    124132
    125133                        %Early return
    126134                        if ~ismember(StressbalanceAnalysisEnum(),analyses), return; end
    127135
    128                         md = checkfield(md,'fieldname','stressbalance.spcvx','forcing',1);
    129                         md = checkfield(md,'fieldname','stressbalance.spcvy','forcing',1);
    130                         md = checkfield(md,'fieldname','stressbalance.spcvz','forcing',1);
     136                        md = checkfield(md,'fieldname','stressbalance.spcvx','timeseries',1);
     137                        md = checkfield(md,'fieldname','stressbalance.spcvy','timeseries',1);
     138                        md = checkfield(md,'fieldname','stressbalance.spcvz','timeseries',1);
    131139                        md = checkfield(md,'fieldname','stressbalance.restol','size',[1 1],'>',0,'NaN',1);
    132140                        md = checkfield(md,'fieldname','stressbalance.reltol','size',[1 1]);
    … …  
    141149
    142150                        %singular solution
    143                         if ~(any(~isnan(md.stressbalance.spcvx)) | any(~isnan(md.stressbalance.spcvy))),
     151                        if ((~(any(~isnan(md.stressbalance.spcvx)) | any(~isnan(md.stressbalance.spcvy)))) & ~any(md.mask.groundedice_levelset>0)),
    144152                                md = checkmessage(md,['model is not well posed (singular). You need at least one node with fixed velocity!']);
    145153                        end
    … …  
    175183
    176184                end % }}}
    177                 function disp(obj) % {{{
     185                function disp(self) % {{{
    178186
    179187                        disp(sprintf('   StressBalance solution parameters:'));
    180188
    181189                        disp(sprintf('\n      %s','Convergence criteria:'));
    182                         fielddisplay(obj,'restol','mechanical equilibrium residual convergence criterion');
    183                         fielddisplay(obj,'reltol','velocity relative convergence criterion, NaN: not applied');
    184                         fielddisplay(obj,'abstol','velocity absolute convergence criterion, NaN: not applied');
    185                         fielddisplay(obj,'isnewton','0: Picard''s fixed point, 1: Newton''s method, 2: hybrid');
    186                         fielddisplay(obj,'maxiter','maximum number of nonlinear iterations');
    187                         fielddisplay(obj,'viscosity_overshoot','over-shooting constant new=new+C*(new-old)');
     190                        fielddisplay(self,'restol','mechanical equilibrium residual convergence criterion');
     191                        fielddisplay(self,'reltol','velocity relative convergence criterion, NaN: not applied');
     192                        fielddisplay(self,'abstol','velocity absolute convergence criterion, NaN: not applied');
     193                        fielddisplay(self,'isnewton','0: Picard''s fixed point, 1: Newton''s method, 2: hybrid');
     194                        fielddisplay(self,'maxiter','maximum number of nonlinear iterations');
     195                        fielddisplay(self,'viscosity_overshoot','over-shooting constant new=new+C*(new-old)');
    188196
    189197                        disp(sprintf('\n      %s','boundary conditions:'));
    190                         fielddisplay(obj,'spcvx','x-axis velocity constraint (NaN means no constraint) [m/yr]');
    191                         fielddisplay(obj,'spcvy','y-axis velocity constraint (NaN means no constraint) [m/yr]');
    192                         fielddisplay(obj,'spcvz','z-axis velocity constraint (NaN means no constraint) [m/yr]');
     198                        fielddisplay(self,'spcvx','x-axis velocity constraint (NaN means no constraint) [m/yr]');
     199                        fielddisplay(self,'spcvy','y-axis velocity constraint (NaN means no constraint) [m/yr]');
     200                        fielddisplay(self,'spcvz','z-axis velocity constraint (NaN means no constraint) [m/yr]');
    193201
    194202                        disp(sprintf('\n      %s','Rift options:'));
    195                         fielddisplay(obj,'rift_penalty_threshold','threshold for instability of mechanical constraints');
    196                         fielddisplay(obj,'rift_penalty_lock','number of iterations before rift penalties are locked');
     203                        fielddisplay(self,'rift_penalty_threshold','threshold for instability of mechanical constraints');
     204                        fielddisplay(self,'rift_penalty_lock','number of iterations before rift penalties are locked');
    197205
    198206                        disp(sprintf('\n      %s','Penalty options:'));
    199                         fielddisplay(obj,'penalty_factor','offset used by penalties: penalty = Kmax*10^offset');
    200                         fielddisplay(obj,'vertex_pairing','pairs of vertices that are penalized');
     207                        fielddisplay(self,'penalty_factor','offset used by penalties: penalty = Kmax*10^offset');
     208                        fielddisplay(self,'vertex_pairing','pairs of vertices that are penalized');
    201209
    202210                        disp(sprintf('\n      %s','Other:'));
    203                         fielddisplay(obj,'shelf_dampening','use dampening for floating ice ? Only for FS model');
    204                         fielddisplay(obj,'FSreconditioning','multiplier for incompressibility equation. Only for FS model');
    205                         fielddisplay(obj,'referential','local referential');
    206                         fielddisplay(obj,'loadingforce','loading force applied on each point [N/m^3]');
    207                         fielddisplay(obj,'requested_outputs','additional outputs requested');
    208 
    209                 end % }}}
    210                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
     211                        fielddisplay(self,'shelf_dampening','use dampening for floating ice ? Only for FS model');
     212                        fielddisplay(self,'FSreconditioning','multiplier for incompressibility equation. Only for FS model');
     213                        fielddisplay(self,'referential','local referential');
     214                        fielddisplay(self,'loadingforce','loading force applied on each point [N/m^3]');
     215                        fielddisplay(self,'requested_outputs','additional outputs requested');
     216
     217                end % }}}
     218                function marshall(self,md,fid) % {{{
     219
     220                        WriteData(fid,'object',self,'class','stressbalance','fieldname','vertex_pairing','format','DoubleMat','mattype',3);
    211221
    212222                        yts=365.0*24.0*3600.0;
    213223
    214                         WriteData(fid,'object',obj,'class','stressbalance','fieldname','spcvx','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
    215                         WriteData(fid,'object',obj,'class','stressbalance','fieldname','spcvy','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
    216                         WriteData(fid,'object',obj,'class','stressbalance','fieldname','spcvz','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
    217                         WriteData(fid,'object',obj,'class','stressbalance','fieldname','restol','format','Double');
    218                         WriteData(fid,'object',obj,'class','stressbalance','fieldname','reltol','format','Double');
    219                         WriteData(fid,'object',obj,'class','stressbalance','fieldname','abstol','format','Double');
    220                         WriteData(fid,'object',obj,'class','stressbalance','fieldname','isnewton','format','Integer');
    221                         WriteData(fid,'object',obj,'class','stressbalance','fieldname','FSreconditioning','format','Double');
    222                         WriteData(fid,'object',obj,'class','stressbalance','fieldname','viscosity_overshoot','format','Double');
    223                         WriteData(fid,'object',obj,'class','stressbalance','fieldname','maxiter','format','Integer');
    224                         WriteData(fid,'object',obj,'class','stressbalance','fieldname','shelf_dampening','format','Integer');
    225                         WriteData(fid,'object',obj,'class','stressbalance','fieldname','vertex_pairing','format','DoubleMat','mattype',3);
    226                         WriteData(fid,'object',obj,'class','stressbalance','fieldname','penalty_factor','format','Double');
    227                         WriteData(fid,'object',obj,'class','stressbalance','fieldname','rift_penalty_lock','format','Integer');
    228                         WriteData(fid,'object',obj,'class','stressbalance','fieldname','rift_penalty_threshold','format','Integer');
    229                         WriteData(fid,'object',obj,'class','stressbalance','fieldname','referential','format','DoubleMat','mattype',1);
    230 
    231                         WriteData(fid,'data',obj.loadingforce(:,1),'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',LoadingforceXEnum);
    232                         WriteData(fid,'data',obj.loadingforce(:,2),'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',LoadingforceYEnum);
    233                         WriteData(fid,'data',obj.loadingforce(:,3),'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',LoadingforceZEnum);
     224                        WriteData(fid,'object',self,'class','stressbalance','fieldname','spcvx','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
     225                        WriteData(fid,'object',self,'class','stressbalance','fieldname','spcvy','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
     226                        WriteData(fid,'object',self,'class','stressbalance','fieldname','spcvz','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
     227                        WriteData(fid,'object',self,'class','stressbalance','fieldname','restol','format','Double');
     228                        WriteData(fid,'object',self,'class','stressbalance','fieldname','reltol','format','Double');
     229                        WriteData(fid,'object',self,'class','stressbalance','fieldname','abstol','format','Double','scale',1./yts);
     230                        WriteData(fid,'object',self,'class','stressbalance','fieldname','isnewton','format','Integer');
     231                        WriteData(fid,'object',self,'class','stressbalance','fieldname','FSreconditioning','format','Double');
     232                        WriteData(fid,'object',self,'class','stressbalance','fieldname','viscosity_overshoot','format','Double');
     233                        WriteData(fid,'object',self,'class','stressbalance','fieldname','maxiter','format','Integer');
     234                        WriteData(fid,'object',self,'class','stressbalance','fieldname','shelf_dampening','format','Integer');
     235                        WriteData(fid,'object',self,'class','stressbalance','fieldname','penalty_factor','format','Double');
     236                        WriteData(fid,'object',self,'class','stressbalance','fieldname','rift_penalty_lock','format','Integer');
     237                        WriteData(fid,'object',self,'class','stressbalance','fieldname','rift_penalty_threshold','format','Integer');
     238                        WriteData(fid,'object',self,'class','stressbalance','fieldname','referential','format','DoubleMat','mattype',1);
     239
     240                        WriteData(fid,'data',self.loadingforce(:,1),'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',LoadingforceXEnum);
     241                        WriteData(fid,'data',self.loadingforce(:,2),'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',LoadingforceYEnum);
     242                        WriteData(fid,'data',self.loadingforce(:,3),'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',LoadingforceZEnum);
    234243
    235244                        %process requested outputs
    236                         outputs = obj.requested_outputs;
     245                        outputs = self.requested_outputs;
    237246                        pos  = find(ismember(outputs,'default'));
    238247                        if ~isempty(pos),
    239248                                outputs(pos) = [];                         %remove 'default' from outputs
    240                                 outputs      = [outputs defaultoutputs(obj,md)]; %add defaults
     249                                outputs      = [outputs defaultoutputs(self,md)]; %add defaults
    241250                        end
    242251                        WriteData(fid,'data',outputs,'enum',StressbalanceRequestedOutputsEnum,'format','StringArray');

  • issm/trunk/src/m/classes/stressbalance.py

    r17806 r19105  
    22import sys
    33import copy
     4from project3d import project3d
    45from fielddisplay import fielddisplay
    56from EnumDefinitions import *
    … …  
    7576                return string
    7677                #}}}
     78        def extrude(self,md): # {{{
     79                self.spcvx=project3d(md,'vector',self.spcvx,'type','node')
     80                self.spcvy=project3d(md,'vector',self.spcvy,'type','node')
     81                self.spcvz=project3d(md,'vector',self.spcvz,'type','node')
     82                self.referential=project3d(md,'vector',self.referential,'type','node')
     83                self.loadingforce=project3d(md,'vector',self.loadingforce,'type','node')
     84
     85                return self
     86        #}}}
    7787        def setdefaultparameters(self): # {{{
    7888                #maximum of non-linear iterations.
    … …  
    123133                        return md
    124134
    125                 md = checkfield(md,'fieldname','stressbalance.spcvx','forcing',1)
    126                 md = checkfield(md,'fieldname','stressbalance.spcvy','forcing',1)
     135                md = checkfield(md,'fieldname','stressbalance.spcvx','timeseries',1)
     136                md = checkfield(md,'fieldname','stressbalance.spcvy','timeseries',1)
    127137                if m.strcmp(md.mesh.domaintype(),'3D'):
    128                         md = checkfield(md,'fieldname','stressbalance.spcvz','forcing',1)
     138                        md = checkfield(md,'fieldname','stressbalance.spcvz','timeseries',1)
    129139                md = checkfield(md,'fieldname','stressbalance.restol','size',[1],'>',0)
    130140                md = checkfield(md,'fieldname','stressbalance.reltol','size',[1])
    … …  
    168178                yts=365.0*24.0*3600.0
    169179
    170                 WriteData(fid,'object',self,'class','stressbalance','fieldname','spcvx','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
    171                 WriteData(fid,'object',self,'class','stressbalance','fieldname','spcvy','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
    172                 WriteData(fid,'object',self,'class','stressbalance','fieldname','spcvz','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
     180                WriteData(fid,'object',self,'class','stressbalance','fieldname','spcvx','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
     181                WriteData(fid,'object',self,'class','stressbalance','fieldname','spcvy','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
     182                WriteData(fid,'object',self,'class','stressbalance','fieldname','spcvz','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
    173183                WriteData(fid,'object',self,'class','stressbalance','fieldname','restol','format','Double')
    174184                WriteData(fid,'object',self,'class','stressbalance','fieldname','reltol','format','Double')
    175                 WriteData(fid,'object',self,'class','stressbalance','fieldname','abstol','format','Double')
     185                WriteData(fid,'object',self,'class','stressbalance','fieldname','abstol','format','Double','scale',1./yts)
    176186                WriteData(fid,'object',self,'class','stressbalance','fieldname','isnewton','format','Integer')
    177187                WriteData(fid,'object',self,'class','stressbalance','fieldname','FSreconditioning','format','Double')

  • issm/trunk/src/m/classes/taoinversion.m

    r18301 r19105  
    2626                vel_obs                     = NaN
    2727                thickness_obs               = NaN
     28                surface_obs               = NaN
    2829        end
    2930        methods
    30                 function obj = taoinversion(varargin) % {{{
     31                function self = extrude(self,md) % {{{
     32                        self.vx_obs=project3d(md,'vector',self.vx_obs,'type','node');
     33                        self.vy_obs=project3d(md,'vector',self.vy_obs,'type','node');
     34                        self.vel_obs=project3d(md,'vector',self.vel_obs,'type','node');
     35                        self.thickness_obs=project3d(md,'vector',self.thickness_obs,'type','node');
     36                        if numel(self.cost_functions_coefficients)>1,self.cost_functions_coefficients=project3d(md,'vector',self.cost_functions_coefficients,'type','node');end;
     37                        if numel(self.min_parameters)>1,self.min_parameters=project3d(md,'vector',self.min_parameters,'type','node');end;
     38                        if numel(self.max_parameters)>1,self.max_parameters=project3d(md,'vector',self.max_parameters,'type','node');end;
     39                end % }}}
     40                function self = taoinversion(varargin) % {{{
    3141                        switch nargin
    3242                                case 0
    33                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     43                                        self=setdefaultparameters(self);
    3444                                case 1
    35                                         obj=structtoobj(taoinversion(),varargin{1});
     45                                        self=structtoobj(taoinversion(),varargin{1});
    3646                                otherwise
    3747                                        error('constructor not supported');
    3848                        end
    3949                end % }}}
    40                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     50                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    4151
    4252                        %default is incomplete adjoint for now
    43                         obj.incomplete_adjoint=1;
     53                        self.incomplete_adjoint=1;
    4454
    4555                        %parameter to be inferred by control methods (only
    4656                        %drag and B are supported yet)
    47                         obj.control_parameters={'FrictionCoefficient'};
     57                        self.control_parameters={'FrictionCoefficient'};
    4858
    4959                        %number of iterations and steps
    50                         obj.maxsteps=20;
    51                         obj.maxiter =30;
     60                        self.maxsteps=20;
     61                        self.maxiter =30;
    5262
    5363                        %default tolerances
    54                         obj.fatol = 0;
    55                         obj.frtol = 0;
    56                         obj.gatol = 0;
    57                         obj.grtol = 0;
    58                         obj.gttol = 1e-4;
     64                        self.fatol = 0;
     65                        self.frtol = 0;
     66                        self.gatol = 0;
     67                        self.grtol = 0;
     68                        self.gttol = 1e-4;
    5969
    6070                        %minimization algorithm
    61                         obj.algorithm = 'tao_blmvm';
     71                        PETSCMAJOR = IssmConfig('_PETSC_MAJOR_');
     72                        PETSCMINOR = IssmConfig('_PETSC_MINOR_');
     73                        if(PETSCMAJOR>3 | (PETSCMAJOR==3 & PETSCMINOR>=5))
     74                                self.algorithm = 'blmvm';
     75                        else
     76                                self.algorithm = 'tao_blmvm';
     77                        end
    6278
    6379                        %several responses can be used:
    64                         obj.cost_functions=101;
    65 
    66                 end % }}}
    67                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     80                        self.cost_functions=101;
     81
     82                end % }}}
     83                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    6884
    6985                        %Early return
    70                         if ~obj.iscontrol, return; end
     86                        if ~self.iscontrol, return; end
    7187
    7288                        if ~IssmConfig('_HAVE_TAO_'),
    … …  
    7995                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.iscontrol','values',[0 1]);
    8096                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.incomplete_adjoint','values',[0 1]);
    81                         md = checkfield(md,'fieldname','inversion.control_parameters','cell',1,'values',...
    82                                 {'BalancethicknessThickeningRate' 'FrictionCoefficient' 'MaterialsRheologyBbar' 'MaterialsRheologyZbar' 'Vx' 'Vy' 'Thickness'});
     97                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.control_parameters','cell',1,'values',supportedcontrols());
    8398                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.maxsteps','numel',1,'>=',0);
    8499                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.maxiter','numel',1,'>=',0);
    … …  
    88103                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.grtol','numel',1,'>=',0);
    89104                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.gttol','numel',1,'>=',0);
    90                         md = checkfield(md,'fieldname','inversion.algorithm','values',{'tao_blmvm','tao_cg','tao_lmvm'});
    91                         md = checkfield(md,'fieldname','inversion.cost_functions','size',[1 num_costfunc],'values',[101:105 201 501:506]);
     105
     106                        PETSCMAJOR = IssmConfig('_PETSC_MAJOR_');
     107                        PETSCMINOR = IssmConfig('_PETSC_MINOR_');
     108                        if(PETSCMAJOR>3 | (PETSCMAJOR==3 & PETSCMINOR>=5))
     109                                md = checkfield(md,'fieldname','inversion.algorithm','values',{'blmvm','cg','lmvm'});
     110                        else
     111                                md = checkfield(md,'fieldname','inversion.algorithm','values',{'tao_blmvm','tao_cg','tao_lmvm'});
     112                        end
     113
     114                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.cost_functions','size',[1 num_costfunc],'values',supportedcostfunctions());
    92115                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.cost_functions_coefficients','size',[md.mesh.numberofvertices num_costfunc],'>=',0);
    93116                        md = checkfield(md,'fieldname','inversion.min_parameters','size',[md.mesh.numberofvertices num_controls]);
    … …  
    103126                        end
    104127                end % }}}
    105                 function disp(obj) % {{{
     128                function disp(self) % {{{
    106129                        disp(sprintf('   taoinversion parameters:'));
    107                         fielddisplay(obj,'iscontrol','is inversion activated?');
    108                         fielddisplay(obj,'incomplete_adjoint','1: linear viscosity, 0: non-linear viscosity');
    109                         fielddisplay(obj,'control_parameters','ex: {''FrictionCoefficient''}, or {''MaterialsRheologyBbar''}');
    110                         fielddisplay(obj,'maxsteps','maximum number of iterations (gradient computation)');
    111                         fielddisplay(obj,'maxiter','maximum number of Function evaluation (forward run)');
    112                         fielddisplay(obj,'fatol','convergence criterion: f(X)-f(X*) (X: current iteration, X*: "true" solution, f: cost function)');
    113                         fielddisplay(obj,'frtol','convergence criterion: |f(X)-f(X*)|/|f(X*)|');
    114                         fielddisplay(obj,'gatol','convergence criterion: ||g(X)|| (g: gradient of the cost function)');
    115                         fielddisplay(obj,'grtol','convergence criterion: ||g(X)||/|f(X)|');
    116                         fielddisplay(obj,'gttol','convergence criterion: ||g(X)||/||g(X0)|| (g(X0): gradient at initial guess X0)');
    117                         fielddisplay(obj,'algorithm','minimization algorithm: ''tao_blmvm'', ''tao_cg'', ''tao_lmvm''');
    118                         fielddisplay(obj,'cost_functions','indicate the type of response for each optimization step');
    119                         fielddisplay(obj,'cost_functions_coefficients','cost_functions_coefficients applied to the misfit of each vertex and for each control_parameter');
    120                         fielddisplay(obj,'min_parameters','absolute minimum acceptable value of the inversed parameter on each vertex');
    121                         fielddisplay(obj,'max_parameters','absolute maximum acceptable value of the inversed parameter on each vertex');
    122                         fielddisplay(obj,'vx_obs','observed velocity x component [m/yr]');
    123                         fielddisplay(obj,'vy_obs','observed velocity y component [m/yr]');
    124                         fielddisplay(obj,'vel_obs','observed velocity magnitude [m/yr]');
    125                         fielddisplay(obj,'thickness_obs','observed thickness [m]');
     130                        fielddisplay(self,'iscontrol','is inversion activated?');
     131                        fielddisplay(self,'incomplete_adjoint','1: linear viscosity, 0: non-linear viscosity');
     132                        fielddisplay(self,'control_parameters','ex: {''FrictionCoefficient''}, or {''MaterialsRheologyBbar''}');
     133                        fielddisplay(self,'maxsteps','maximum number of iterations (gradient computation)');
     134                        fielddisplay(self,'maxiter','maximum number of Function evaluation (forward run)');
     135                        fielddisplay(self,'fatol','convergence criterion: f(X)-f(X*) (X: current iteration, X*: "true" solution, f: cost function)');
     136                        fielddisplay(self,'frtol','convergence criterion: |f(X)-f(X*)|/|f(X*)|');
     137                        fielddisplay(self,'gatol','convergence criterion: ||g(X)|| (g: gradient of the cost function)');
     138                        fielddisplay(self,'grtol','convergence criterion: ||g(X)||/|f(X)|');
     139                        fielddisplay(self,'gttol','convergence criterion: ||g(X)||/||g(X0)|| (g(X0): gradient at initial guess X0)');
     140                        fielddisplay(self,'algorithm','minimization algorithm: ''tao_blmvm'', ''tao_cg'', ''tao_lmvm''');
     141                        fielddisplay(self,'cost_functions','indicate the type of response for each optimization step');
     142                        fielddisplay(self,'cost_functions_coefficients','cost_functions_coefficients applied to the misfit of each vertex and for each control_parameter');
     143                        fielddisplay(self,'min_parameters','absolute minimum acceptable value of the inversed parameter on each vertex');
     144                        fielddisplay(self,'max_parameters','absolute maximum acceptable value of the inversed parameter on each vertex');
     145                        fielddisplay(self,'vx_obs','observed velocity x component [m/yr]');
     146                        fielddisplay(self,'vy_obs','observed velocity y component [m/yr]');
     147                        fielddisplay(self,'vel_obs','observed velocity magnitude [m/yr]');
     148                        fielddisplay(self,'thickness_obs','observed thickness [m]');
     149                        fielddisplay(self,'surface_obs','observed surface elevation [m]');
    126150                        disp('Available cost functions:');
    127151                        disp('   101: SurfaceAbsVelMisfit');
    … …  
    135159                        disp('   503: ThicknessAbsGradient');
    136160                end % }}}
    137                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
     161                function marshall(self,md,fid) % {{{
    138162
    139163                        yts=365.0*24.0*3600.0;
    140164
    141                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','iscontrol','format','Boolean');
     165                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','iscontrol','format','Boolean');
    142166                        WriteData(fid,'enum',InversionTypeEnum(),'data',1,'format','Integer');
    143                         if ~obj.iscontrol, return; end
    144                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','incomplete_adjoint','format','Boolean');
    145                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','maxsteps','format','Integer');
    146                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','maxiter','format','Integer');
    147                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','fatol','format','Double');
    148                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','frtol','format','Double');
    149                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','gatol','format','Double');
    150                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','grtol','format','Double');
    151                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','gttol','format','Double');
    152                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','algorithm','format','String');
    153                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','cost_functions_coefficients','format','DoubleMat','mattype',1);
    154                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','min_parameters','format','DoubleMat','mattype',3);
    155                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','max_parameters','format','DoubleMat','mattype',3);
    156                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','vx_obs','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts);
    157                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','vy_obs','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts);
    158                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','vz_obs','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts);
    159                         WriteData(fid,'object',obj,'class','inversion','fieldname','thickness_obs','format','DoubleMat','mattype',1);
     167                        if ~self.iscontrol, return; end
     168                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','incomplete_adjoint','format','Boolean');
     169                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','maxsteps','format','Integer');
     170                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','maxiter','format','Integer');
     171                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','fatol','format','Double');
     172                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','frtol','format','Double');
     173                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','gatol','format','Double');
     174                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','grtol','format','Double');
     175                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','gttol','format','Double');
     176                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','algorithm','format','String');
     177                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','cost_functions_coefficients','format','DoubleMat','mattype',1);
     178                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','min_parameters','format','DoubleMat','mattype',3);
     179                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','max_parameters','format','DoubleMat','mattype',3);
     180                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','vx_obs','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts);
     181                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','vy_obs','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts);
     182                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','vz_obs','format','DoubleMat','mattype',1,'scale',1./yts);
     183                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','thickness_obs','format','DoubleMat','mattype',1);
     184                        WriteData(fid,'object',self,'class','inversion','fieldname','surface_obs','format','DoubleMat','mattype',1);
    160185
    161186                        %process control parameters
    162                         num_control_parameters=numel(obj.control_parameters);
     187                        num_control_parameters=numel(self.control_parameters);
    163188                        data=zeros(1,num_control_parameters);
    164189                        for i=1:num_control_parameters,
    165                                 data(i)=StringToEnum(obj.control_parameters{i});
     190                                data(i)=StringToEnum(self.control_parameters{i});
    166191                        end
    167192                        WriteData(fid,'data',data,'enum',InversionControlParametersEnum(),'format','DoubleMat','mattype',3);
    … …  
    169194
    170195                        %process cost functions
    171                         num_cost_functions=size(obj.cost_functions,2);
    172                         data=obj.cost_functions;
    173                         pos=find(obj.cost_functions==101); data(pos)=SurfaceAbsVelMisfitEnum();
    174                         pos=find(obj.cost_functions==102); data(pos)=SurfaceRelVelMisfitEnum();
    175                         pos=find(obj.cost_functions==103); data(pos)=SurfaceLogVelMisfitEnum();
    176                         pos=find(obj.cost_functions==104); data(pos)=SurfaceLogVxVyMisfitEnum();
    177                         pos=find(obj.cost_functions==105); data(pos)=SurfaceAverageVelMisfitEnum();
    178                         pos=find(obj.cost_functions==201); data(pos)=ThicknessAbsMisfitEnum();
    179                         pos=find(obj.cost_functions==501); data(pos)=DragCoefficientAbsGradientEnum();
    180                         pos=find(obj.cost_functions==502); data(pos)=RheologyBbarAbsGradientEnum();
    181                         pos=find(obj.cost_functions==503); data(pos)=ThicknessAbsGradientEnum();
    182                         pos=find(obj.cost_functions==504); data(pos)=ThicknessAlongGradientEnum();
    183                         pos=find(obj.cost_functions==505); data(pos)=ThicknessAcrossGradientEnum();
    184                         pos=find(obj.cost_functions==506); data(pos)=BalancethicknessMisfitEnum();
    185                         pos=find(obj.cost_functions==507); data(pos)=Balancethickness2MisfitEnum();
     196                        num_cost_functions=size(self.cost_functions,2);
     197                        data=marshallcostfunctions(self.cost_functions);
    186198                        WriteData(fid,'data',data,'enum',InversionCostFunctionsEnum(),'format','DoubleMat','mattype',3);
    187199                        WriteData(fid,'data',num_cost_functions,'enum',InversionNumCostFunctionsEnum(),'format','Integer');

  • issm/trunk/src/m/classes/thermal.m

    r18301 r19105  
    99                penalty_threshold = 0;
    1010                stabilization     = 0;
     11                reltol                          = 0;
    1112                maxiter           = 0;
    1213                penalty_lock      = 0;
    … …  
    1718        end
    1819        methods
    19         function createxml(obj,fid) % {{{
    20             fprintf(fid, '<!-- thermal -->\n');           
    21                    
    22             % thermal solution parameters
    23             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="Thermal solution parameters">','<section name="thermal" />');                   
    24             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="spctemperature" type="',class(obj.spctemperature),'" default="',convert2str(obj.spctemperature),'">','     <section name="thermal" />','     <help> temperature constraints (NaN means no constraint) [K] </help>','  </parameter>');
    25                
    26             % penalty_threshold drop-down (0, 1, or 2)
    27             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="penalty_threshold" type="alternative"  optional="false">','     <section name="thermal" />','     <help> 0: no, 1: artificial_diffusivity, 2: SUPG </help>');
    28             fprintf(fid,'%s\n','       <option value="0" type="string" default="true"> </option>');
    29             fprintf(fid,'%s\n','       <option value="1" type="string" default="false"> </option>');
    30             fprintf(fid,'%s\n%s\n','       <option value="2" type="string" default="false"> </option>','</parameter>');
     20                function createxml(self,fid) % {{{
     21                        fprintf(fid, '<!-- thermal -->\n');           
    3122
    32             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="stabilization" type="',class(obj.stabilization),'" default="',convert2str(obj.stabilization),'">','     <section name="thermal" />','     <help> maximum number of non linear iterations </help>','  </parameter>');
    33             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="maxiter" type="',class(obj.maxiter),'" default="',convert2str(obj.maxiter),'">','     <section name="thermal" />','     <help> stabilize unstable thermal constraints that keep zigzagging after n iteration (default is 0, no stabilization) </help>','  </parameter>');
    34             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="penalty_lock" type="',class(obj.penalty_lock),'" default="',convert2str(obj.penalty_lock),'">','     <section name="thermal" />','     <help> threshold to declare convergence of thermal solution (default is 0)  </help>','  </parameter>');
    35             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="penalty_factor" type="',class(obj.penalty_factor),'" default="',convert2str(obj.penalty_factor),'">','     <section name="thermal" />','     <help> scaling exponent (default is 3) </help>','  </parameter>');
    36             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="isenthalpy" type="',class(obj.isenthalpy),'" default="',convert2str(obj.isenthalpy),'">','     <section name="thermal" />','     <help> use an enthalpy formulation to include temperate ice (default is 0) </help>','  </parameter>');
    37             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="isdynamicbasalspc" type="',class(obj.isdynamicbasalspc),'" default="',convert2str(obj.isdynamicbasalspc),'">','     <section name="thermal" />','     <help> enable dynamic setting of basal forcing. required for enthalpy formulation (default is 0)  </help>','  </parameter>');
    38             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="requested_outputs" type="',class(obj.requested_outputs),'" default="',convert2str(obj.requested_outputs),'">','     <section name="thermal" />','     <help> additional outputs requested </help>','  </parameter>');
    39             fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');   
    40        
    41         end % }}}
    42                 function obj = thermal(varargin) % {{{
     23                        % thermal solution parameters
     24                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="Thermal solution parameters">','<section name="thermal" />');                   
     25                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="spctemperature" type="',class(self.spctemperature),'" default="',convert2str(self.spctemperature),'">','     <section name="thermal" />','     <help> temperature constraints (NaN means no constraint) [K] </help>','  </parameter>');
     26
     27                        % penalty_threshold drop-down (0, 1, or 2)
     28                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="penalty_threshold" type="alternative"  optional="false">','     <section name="thermal" />','     <help> 0: no, 1: artificial_diffusivity, 2: SUPG </help>');
     29                        fprintf(fid,'%s\n','       <option value="0" type="string" default="true"> </option>');
     30                        fprintf(fid,'%s\n','       <option value="1" type="string" default="false"> </option>');
     31                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','       <option value="2" type="string" default="false"> </option>','</parameter>');
     32
     33                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="stabilization" type="',class(self.stabilization),'" default="',convert2str(self.stabilization),'">','     <section name="thermal" />','     <help> maximum number of non linear iterations </help>','  </parameter>');
     34                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="reltol" type="',class(self.reltol),'" default="',convert2str(self.reltol),'">','     <section name="steadystate" />','     <help> relative tolerance criterion [K] </help>','  </parameter>');
     35                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="maxiter" type="',class(self.maxiter),'" default="',convert2str(self.maxiter),'">','     <section name="thermal" />','     <help> stabilize unstable thermal constraints that keep zigzagging after n iteration (default is 0, no stabilization) </help>','  </parameter>');
     36                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="penalty_lock" type="',class(self.penalty_lock),'" default="',convert2str(self.penalty_lock),'">','     <section name="thermal" />','     <help> threshold to declare convergence of thermal solution (default is 0)  </help>','  </parameter>');
     37                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="penalty_factor" type="',class(self.penalty_factor),'" default="',convert2str(self.penalty_factor),'">','     <section name="thermal" />','     <help> scaling exponent (default is 3) </help>','  </parameter>');
     38                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="isenthalpy" type="',class(self.isenthalpy),'" default="',convert2str(self.isenthalpy),'">','     <section name="thermal" />','     <help> use an enthalpy formulation to include temperate ice (default is 0) </help>','  </parameter>');
     39                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="isdynamicbasalspc" type="',class(self.isdynamicbasalspc),'" default="',convert2str(self.isdynamicbasalspc),'">','     <section name="thermal" />','     <help> enable dynamic setting of basal forcing. recommended for enthalpy formulation (default is 0)  </help>','  </parameter>');
     40                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="requested_outputs" type="',class(self.requested_outputs),'" default="',convert2str(self.requested_outputs),'">','     <section name="thermal" />','     <help> additional outputs requested </help>','  </parameter>');
     41                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');   
     42
     43                end % }}}
     44                function self = extrude(self,md) % {{{
     45                        self.spctemperature=project3d(md,'vector',self.spctemperature,'type','node','layer',md.mesh.numberoflayers,'padding',NaN);
     46                        if (length(md.initialization.temperature)==md.mesh.numberofvertices),
     47                                self.spctemperature=NaN(md.mesh.numberofvertices,1);
     48                                pos=find(md.mesh.vertexonsurface);
     49                                self.spctemperature(pos)=md.initialization.temperature(pos); %impose observed temperature on surface
     50                        end
     51                end % }}}
     52                function self = thermal(varargin) % {{{
    4353                        switch nargin
    4454                                case 0
    45                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     55                                        self=setdefaultparameters(self);
    4656                                otherwise
    4757                                        error('constructor not supported');
    … …  
    5767
    5868                end % }}}
    59                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     69                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    6070
    6171                        %Number of unstable constraints acceptable
    62                         obj.penalty_threshold=0;
     72                        self.penalty_threshold=0;
    6373
    6474                        %Type of stabilization used
    65                         obj.stabilization=1;
     75                        self.stabilization=1;
     76
     77                        %Relative tolerance for the enthalpy convergence
     78                        self.reltol=0.01;
    6679
    6780                        %Maximum number of iterations
    68                         obj.maxiter=100;
     81                        self.maxiter=100;
    6982
    7083                        %factor used to compute the values of the penalties: kappa=max(stiffness matrix)*10^penalty_factor
    71                         obj.penalty_factor=3;
     84                        self.penalty_factor=3;
    7285
    7386                        %Should we use cold ice (default) or enthalpy formulation
    74                         obj.isenthalpy=0;
     87                        self.isenthalpy=0;
    7588
    7689                        %will basal boundary conditions be set dynamically
    77                         obj.isdynamicbasalspc=0;
     90                        self.isdynamicbasalspc=0;
    7891
    7992                        %default output
    80                         obj.requested_outputs={'default'};
     93                        self.requested_outputs={'default'};
    8194                end % }}}
    82                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     95                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    8396
    8497                        %Early return
    … …  
    8699
    87100                        md = checkfield(md,'fieldname','thermal.stabilization','numel',[1],'values',[0 1 2]);
    88                         md = checkfield(md,'fieldname','thermal.spctemperature','forcing',1);
     101                        md = checkfield(md,'fieldname','thermal.spctemperature','timeseries',1);
    89102                        if (ismember(EnthalpyAnalysisEnum(),analyses) & md.thermal.isenthalpy & dimension(md.mesh)==3),
    90103                                pos=find(md.thermal.spctemperature(1:md.mesh.numberofvertices,:)~=NaN);
    91104                                replicate=repmat(md.geometry.surface-md.mesh.z,1,size(md.thermal.spctemperature,2));
    92                                 md = checkfield(md,'fieldname','thermal.spctemperature(find(md.thermal.spctemperature(1:md.mesh.numberofvertices,:)~=NaN))','<',md.materials.meltingpoint-md.materials.beta*md.materials.rho_ice*md.constants.g*replicate(pos),'message','spctemperature should be below the adjusted melting point');
     105                                md = checkfield(md,'fieldname','thermal.spctemperature(find(md.thermal.spctemperature(1:md.mesh.numberofvertices,:)~=NaN))','<=',md.materials.meltingpoint-md.materials.beta*md.materials.rho_ice*md.constants.g*replicate(pos)+10^-5,'message','spctemperature should be less or equal than the adjusted melting point');
    93106                                md = checkfield(md,'fieldname','thermal.isenthalpy','numel',[1],'values',[0 1]);
    94107                                md = checkfield(md,'fieldname','thermal.isdynamicbasalspc','numel', [1],'values',[0 1]);
    95108                                if(md.thermal.isenthalpy)
    96                                         md = checkfield(md,'fieldname','thermal.isdynamicbasalspc','numel', [1],'values',[1], 'message',['for enthalpy run thermal.isdynamicbasalspc should be 1']);
     109                                        if isnan(md.stressbalance.reltol),
     110                                                md = checkmessage(md,['for a steadystate computation, thermal.reltol (relative convergence criterion) must be defined!']);
     111                                        end
     112                                        md = checkfield(md,'fieldname','thermal.reltol','>',0.,'message','reltol must be larger than zero');
    97113                                end
    98114            end
    … …  
    100116                 md = checkfield(md,'fieldname','thermal.requested_outputs','stringrow',1);
    101117    end % }}}
    102                 function disp(obj) % {{{
     118                function disp(self) % {{{
    103119                        disp(sprintf('   Thermal solution parameters:'));
    104120
    105                         fielddisplay(obj,'spctemperature','temperature constraints (NaN means no constraint) [K]');
    106                         fielddisplay(obj,'stabilization','0: no, 1: artificial_diffusivity, 2: SUPG');
    107                         fielddisplay(obj,'maxiter','maximum number of non linear iterations');
    108                         fielddisplay(obj,'penalty_lock','stabilize unstable thermal constraints that keep zigzagging after n iteration (default is 0, no stabilization)');
    109                         fielddisplay(obj,'penalty_threshold','threshold to declare convergence of thermal solution (default is 0)');
    110                         fielddisplay(obj,'penalty_factor','scaling exponent (default is 3)');
    111                         fielddisplay(obj,'isenthalpy','use an enthalpy formulation to include temperate ice (default is 0)');
    112                         fielddisplay(obj,'isdynamicbasalspc',['enable dynamic setting of basal forcing. required for enthalpy formulation (default is 0)']);
    113                         fielddisplay(obj,'requested_outputs','additional outputs requested');
     121                        fielddisplay(self,'spctemperature','temperature constraints (NaN means no constraint) [K]');
     122                        fielddisplay(self,'stabilization','0: no, 1: artificial_diffusivity, 2: SUPG');
     123                        fielddisplay(self,'reltol','relative tolerance convergence criterion for enthalpy');
     124                        fielddisplay(self,'maxiter','maximum number of non linear iterations');
     125                        fielddisplay(self,'penalty_lock','stabilize unstable thermal constraints that keep zigzagging after n iteration (default is 0, no stabilization)');
     126                        fielddisplay(self,'penalty_threshold','threshold to declare convergence of thermal solution (default is 0)');
     127                        fielddisplay(self,'penalty_factor','scaling exponent (default is 3)');
     128                        fielddisplay(self,'isenthalpy','use an enthalpy formulation to include temperate ice (default is 0)');
     129                        fielddisplay(self,'isdynamicbasalspc',['enable dynamic setting of basal forcing. required for enthalpy formulation (default is 0)']);
     130                        fielddisplay(self,'requested_outputs','additional outputs requested');
    114131
    115132                end % }}}
    116                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
    117                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','spctemperature','format','DoubleMat','mattype',1,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1);
    118                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','penalty_threshold','format','Integer');
    119                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','stabilization','format','Integer');
    120                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','maxiter','format','Integer');
    121                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','penalty_lock','format','Integer');
    122                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','penalty_factor','format','Double');
    123                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','isenthalpy','format','Boolean');
    124                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','isdynamicbasalspc','format','Boolean');
     133                function marshall(self,md,fid) % {{{
     134                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','spctemperature','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1);
     135                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','penalty_threshold','format','Integer');
     136                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','stabilization','format','Integer');
     137                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','reltol','format','Double');
     138                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','maxiter','format','Integer');
     139                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','penalty_lock','format','Integer');
     140                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','penalty_factor','format','Double');
     141                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','isenthalpy','format','Boolean');
     142                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','isdynamicbasalspc','format','Boolean');
    125143
    126144                        %process requested outputs
    127                         outputs = obj.requested_outputs;
     145                        outputs = self.requested_outputs;
    128146                        pos  = find(ismember(outputs,'default'));
    129147                        if ~isempty(pos),
    130148                                outputs(pos) = [];                         %remove 'default' from outputs
    131                                 outputs      = [outputs defaultoutputs(obj,md)]; %add defaults
     149                                outputs      = [outputs defaultoutputs(self,md)]; %add defaults
    132150                        end
    133151                        WriteData(fid,'data',outputs,'enum',ThermalRequestedOutputsEnum(),'format','StringArray');

  • issm/trunk/src/m/classes/thermal.py

    r18301 r19105  
    11import numpy
     2from project3d import project3d
    23from fielddisplay import fielddisplay
    34from EnumDefinitions import *
    … …  
    1819                self.penalty_threshold = 0
    1920                self.stabilization     = 0
     21                self.reltol            = 0
    2022                self.maxiter           = 0
    2123                self.penalty_lock      = 0
    … …  
    3436                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'stabilization','0: no, 1: artificial_diffusivity, 2: SUPG'))
    3537                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'maxiter','maximum number of non linear iterations'))
     38                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'reltol','relative tolerance criterion'))
    3639                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'penalty_lock','stabilize unstable thermal constraints that keep zigzagging after n iteration (default is 0, no stabilization)'))
    3740                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'penalty_threshold','threshold to declare convergence of thermal solution (default is 0)'))
    … …  
    4144                return string
    4245                #}}}
     46        def extrude(self,md): # {{{
     47                self.spctemperature=project3d(md,'vector',self.spctemperature,'type','node','layer',md.mesh.numberoflayers,'padding',numpy.nan)
     48                if isinstance(md.initialization.temperature,numpy.ndarray) and numpy.size(md.initialization.temperature,axis=0)==md.mesh.numberofvertices:
     49                        self.spctemperature=numpy.nan*numpy.ones((md.mesh.numberofvertices,1))
     50                        pos=numpy.nonzero(md.mesh.vertexonsurface)[0]
     51                        self.spctemperature[pos]=md.initialization.temperature[pos]    #impose observed temperature on surface
     52                return self
     53        #}}}
    4354        def defaultoutputs(self,md): # {{{
    4455
    … …  
    5667                #Type of stabilization used
    5768                self.stabilization=1
     69
     70                #Relative tolerance for the enthalpy convergence
     71                self.reltol=0.01
    5872
    5973                #Maximum number of iterations
    … …  
    8195
    8296                md = checkfield(md,'fieldname','thermal.stabilization','numel',[1],'values',[0,1,2])
    83                 md = checkfield(md,'fieldname','thermal.spctemperature','forcing',1)
     97                md = checkfield(md,'fieldname','thermal.spctemperature','timeseries',1)
    8498                if EnthalpyAnalysisEnum() in analyses and md.thermal.isenthalpy and md.mesh.dimension()==3:
    8599                        pos=numpy.nonzero(numpy.logical_not(numpy.isnan(md.thermal.spctemperature[0:md.mesh.numberofvertices])))
    … …  
    89103                        md = checkfield(md,'fieldname','thermal.isdynamicbasalspc','numel',[1],'values',[0,1]);
    90104                        if(md.thermal.isenthalpy):
    91                                 md = checkfield(md,'fieldname','thermal.isdynamicbasalspc','numel', [1],'values',[1], 'message',"for enthalpy run thermal.isdynamicbasalspc should be true")
     105                                if numpy.isnan(md.stressbalance.reltol):
     106                                        md.checkmessage("for a steadystate computation, thermal.reltol (relative convergence criterion) must be defined!")
     107                                md = checkfield(md,'fieldname','thermal.reltol','>',0.,'message',"reltol must be larger than zero");
    92108                md = checkfield(md,'fieldname','thermal.requested_outputs','stringrow',1)
    93109
    … …  
    95111        # }}}
    96112        def marshall(self,md,fid):    # {{{
    97                 WriteData(fid,'object',self,'fieldname','spctemperature','format','DoubleMat','mattype',1,'forcinglength',md.mesh.numberofvertices+1)
     113                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','spctemperature','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1)
    98114                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','penalty_threshold','format','Integer')
    99115                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','stabilization','format','Integer')
     116                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','reltol','format','Double');
    100117                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','maxiter','format','Integer')
    101118                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','penalty_lock','format','Integer')

  • issm/trunk/src/m/classes/timestepping.m

    r18301 r19105  
    1212                cfl_coefficient = 0.;
    1313                interp_forcings = 1;
     14                in_years        = 1;
    1415        end
    1516        methods
    16        function createxml(obj,fid) % {{{
     17       function createxml(self,fid) % {{{
    1718            fprintf(fid, '\n\n');
    1819            fprintf(fid, '%s\n', '<!-- Timestepping -->');
    19                         fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="start_time" type="',              class(obj.start_time),'" default="',                  convert2str(obj.start_time),'">',              '     <section name="timestepping" />','     <help> simulation starting time [yr] </help>','</parameter>');
    20             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="final_time" type="',            class(obj.final_time),'" default="',                convert2str(obj.final_time),'">',   '     <section name="timestepping" />','     <help> final time to stop the simulation [yr] </help>','</parameter>');
    21             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',        '<parameter key ="time_step" type="',      class(obj.time_step),'" default="',          convert2str(obj.time_step),'">',            '     <section name="timestepping" />','     <help> length of time steps [yr] </help>','</parameter>');
     20                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="start_time" type="',              class(self.start_time),'" default="',                  convert2str(self.start_time),'">',              '     <section name="timestepping" />','     <help> simulation starting time [yr] </help>','</parameter>');
     21            fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="final_time" type="',            class(self.final_time),'" default="',                convert2str(self.final_time),'">',   '     <section name="timestepping" />','     <help> final time to stop the simulation [yr] </help>','</parameter>');
     22            fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',        '<parameter key ="time_step" type="',      class(self.time_step),'" default="',          convert2str(self.time_step),'">',            '     <section name="timestepping" />','     <help> length of time steps [yr] </help>','</parameter>');
    2223            % time_adapt 0 or 1 drop down
    2324            fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n%s\n','<parameter key ="time_adapt" type="alternative" optional="false">','     <section name="timestepping" />','     <help> use cfl condition to define time step ? (0 or 1)  </help>');
    2425            fprintf(fid, '%s\n',   '       <option value="0" type="string" default="true"></option>');
    2526            fprintf(fid, '%s\n%s\n',   '       <option value="1" type="string" default="false"></option>','</parameter>');
    26             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="cfl_coefficient" type="',       class(obj.cfl_coefficient),'" default="',              convert2str(obj.cfl_coefficient),'">',              '     <section name="timestepping" />','     <help> coefficient applied to cfl condition </help>','</parameter>');
     27            fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="cfl_coefficient" type="',       class(self.cfl_coefficient),'" default="',              convert2str(self.cfl_coefficient),'">',              '     <section name="timestepping" />','     <help> coefficient applied to cfl condition </help>','</parameter>');
    2728           
    2829        end % }}}
    2930       
    30                 function obj = timestepping(varargin) % {{{
     31                function self = timestepping(varargin) % {{{
    3132                        switch nargin
    3233                                case 0
    33                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     34                                        self=setdefaultparameters(self);
    3435                                otherwise
    3536                                        error('constructor not supported');
    3637                        end
    3738                end % }}}
    38                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     39                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    3940
    4041                        %time between 2 time steps
    41                         obj.time_step=1./2.;
     42                        self.time_step=1./2.;
    4243
    4344                        %final time
    44                         obj.final_time=10.*obj.time_step;
     45                        self.final_time=10.*self.time_step;
    4546
    4647                        %time adaptation?
    47                         obj.time_adapt=0;
    48                         obj.cfl_coefficient=0.5;
     48                        self.time_adapt=0;
     49                        self.cfl_coefficient=0.5;
    4950
    5051                        %should we interpolate forcings between timesteps?
    51                         obj.interp_forcings=1;
     52                        self.interp_forcings=1;
     53
     54                        %In years by default
     55                        self.in_years = 1;
    5256                end % }}}
    53                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     57                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    5458
    5559                        md = checkfield(md,'fieldname','timestepping.start_time','numel',[1],'NaN',1);
    … …  
    5963                        md = checkfield(md,'fieldname','timestepping.cfl_coefficient','numel',[1],'>',0,'<=',1);
    6064                        md = checkfield(md,'fieldname','timestepping.interp_forcings','numel',[1],'values',[0 1]);
    61                         if obj.final_time-obj.start_time<0,
     65                        if self.final_time-self.start_time<0,
    6266                                md = checkmessage(md,'timestepping.final_time should be larger than timestepping.start_time');
    6367                        end
    6468                end % }}}
    65                 function disp(obj) % {{{
     69                function disp(self) % {{{
    6670                        disp(sprintf('   timestepping parameters:'));
    6771
    68                         fielddisplay(obj,'start_time','simulation starting time [yr]');
    69                         fielddisplay(obj,'final_time','final time to stop the simulation [yr]');
    70                         fielddisplay(obj,'time_step','length of time steps [yr]');
    71                         fielddisplay(obj,'time_adapt','use cfl condition to define time step ? (0 or 1) ');
    72                         fielddisplay(obj,'cfl_coefficient','coefficient applied to cfl condition');
    73                         fielddisplay(obj,'interp_forcings','interpolate in time between requested forcing values ? (0 or 1)');
     72                        if(self.in_years)
     73                                unit = 'yr';
     74                        else
     75                                unit = 's';
     76                        end
     77                        fielddisplay(self,'start_time',['simulation starting time [' unit ']']);
     78                        fielddisplay(self,'final_time',['final time to stop the simulation [' unit ']']);
     79                        fielddisplay(self,'time_step',['length of time steps [' unit ']']);
     80                        fielddisplay(self,'time_adapt','use cfl condition to define time step ? (0 or 1) ');
     81                        fielddisplay(self,'cfl_coefficient','coefficient applied to cfl condition');
     82                        fielddisplay(self,'interp_forcings','interpolate in time between requested forcing values ? (0 or 1)');
     83                        fielddisplay(self,'in_years','time unit, 1: years, 0: seconds');
    7484
    7585                end % }}}
    76                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
     86                function marshall(self,md,fid) % {{{
    7787
    78                         yts=365.0*24.0*3600.0;
    79 
    80                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','start_time','format','Double','scale',yts);
    81                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','final_time','format','Double','scale',yts);
    82                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','time_step','format','Double','scale',yts);
    83                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','time_adapt','format','Boolean');
    84                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','cfl_coefficient','format','Double');
    85                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','interp_forcings','format','Boolean');
     88                        if self.in_years,
     89                                scale = 365.0*24.0*3600.0;
     90                        else
     91                                scale = 1.;
     92                        end
     93                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','start_time','format','Double','scale',scale);
     94                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','final_time','format','Double','scale',scale);
     95                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','time_step','format','Double','scale',scale);
     96                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','time_adapt','format','Boolean');
     97                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','cfl_coefficient','format','Double');
     98                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','interp_forcings','format','Boolean');
    8699                end % }}}
    87100        end

  • issm/trunk/src/m/classes/toolkits.m

    r16560 r19105  
    22%
    33%   Usage:
    4 %      obj=toolkits();
     4%      self=toolkits();
    55
    66classdef toolkits < dynamicprops
    … …  
    1010         end
    1111         methods
    12                  function obj = toolkits(varargin) % {{{
     12                 function self = toolkits(varargin) % {{{
    1313                         switch nargin
    1414                                 case 0
    15                                          obj=setdefaultparameters(obj);
     15                                         self=setdefaultparameters(self);
    1616                                 case 1
    17                                          obj=structtoobj(obj,varargin{1});
     17                                         self=structtoobj(self,varargin{1});
    1818                                 otherwise
    1919                                         error('constructor not supported');
    2020                                 end
    2121                         end % }}}
    22                  function obj = addoptions(obj,analysis,varargin) % {{{
     22                 function self = addoptions(self,analysis,varargin) % {{{
    2323                 % Usage example:
    2424                 %    md.toolkits=addoptions(md.toolkits,StressbalanceAnalysisEnum(),FSoptions());
    … …  
    2929
    3030                         %Create dynamic property if property does not exist yet
    31                          if ~ismember(analysis,properties(obj)),
    32                                  obj.addprop(analysis);
     31                         if ~ismember(analysis,properties(self)),
     32                                 self.addprop(analysis);
    3333                         end
    3434
    3535                         %Add toolkits options to analysis
    36                          if nargin==3, obj.(analysis) = varargin{1}; end
     36                         if nargin==3, self.(analysis) = varargin{1}; end
    3737                 end
    3838                 %}}}
    39                  function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     39                 function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    4040
    4141                         %default toolkits:
    … …  
    4343                                 %MUMPS is the default toolkits
    4444                                 if IssmConfig('_HAVE_MUMPS_'),
    45                                          obj.DefaultAnalysis           = mumpsoptions();
     45                                         self.DefaultAnalysis           = mumpsoptions();
    4646                                 else
    47                                          obj.DefaultAnalysis           = iluasmoptions();
     47                                         self.DefaultAnalysis           = iluasmoptions();
    4848                                 end
    4949                         else
    5050                                 if IssmConfig('_HAVE_MUMPS_'),
    51                                          obj.DefaultAnalysis           = issmmumpssolver();
     51                                         self.DefaultAnalysis           = issmmumpssolver();
    5252                                 elseif IssmConfig('_HAVE_GSL_'),
    53                                          obj.DefaultAnalysis           = issmgslsolver();
     53                                         self.DefaultAnalysis           = issmgslsolver();
    5454                                 else
    5555                                         error('Need at least Mumps or Gsl to define an issm solver type');
    … …  
    5858
    5959                 end % }}}
    60                  function disp(obj) % {{{
    61                          analyses=properties(obj);
     60                 function disp(self) % {{{
     61                         analyses=properties(self);
    6262                         disp(sprintf('List of toolkits options per analysis:\n'));
    6363                         for i=1:numel(analyses),
    6464                                 analysis=analyses{i};
    6565                                 disp([analysis ':']);
    66                                  disp(obj.(analysis));
     66                                 disp(self.(analysis));
    6767                         end
    6868                 end % }}}
    69                  function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
    70                          analyses=properties(obj);
     69                 function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
     70                         analyses=properties(self);
    7171                         for i=1:numel(analyses),
    72                                  if isempty(fieldnames(obj.(analyses{i})))
     72                                 if isempty(fieldnames(self.(analyses{i})))
    7373                                         md = checkmessage(md,['md.toolkits.' analyses{i} ' is empty']);
    7474                                 end

  • issm/trunk/src/m/classes/toolkits.py

    r17806 r19105  
    1212
    1313           Usage:
    14               obj=toolkits();
     14              self=toolkits();
    1515        """
    1616

  • issm/trunk/src/m/classes/transient.m

    r17989 r19105  
    1313                isdamageevolution = 0;
    1414                islevelset        = 0;
     15                iscalving         = 0;
    1516                ishydrology       = 0;
    1617                requested_outputs = {};
    1718        end
    1819        methods
    19         function createxml(obj,fid) % {{{
     20        function createxml(self,fid) % {{{
    2021            fprintf(fid, '<!-- transient -->\n');           
    2122                   
    2223            % transient solution parameters
    2324            fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="transient solution parameters">','<section name="transient" />');                   
    24                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="ismasstransport" type="',class(obj.ismasstransport),'" default="',convert2str(obj.ismasstransport),'">','     <section name="transient" />','     <help> indicates whether a masstransport solution is used in the transient </help>','  </parameter>');
    25                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="isstressbalance" type="',class(obj.isstressbalance),'" default="',convert2str(obj.isstressbalance),'">','     <section name="transient" />','     <help> indicates whether a stressbalance solution is used in the transient </help>','  </parameter>');
    26                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="isthermal" type="',class(obj.isthermal),'" default="',convert2str(obj.isthermal),'">','     <section name="transient" />','     <help> indicates whether a thermal solution is used in the transient </help>','  </parameter>');
    27                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="isgroundingline" type="',class(obj.isgroundingline),'" default="',convert2str(obj.isgroundingline),'">','     <section name="transient" />','     <help> indicates whether a groundingline migration is used in the transient </help>','  </parameter>');
    28                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="isgia" type="',class(obj.isgia),'" default="',convert2str(obj.isgia),'">','     <section name="transient" />','     <help> indicates whether a postglacial rebound model is used in the transient </help>','  </parameter>');
    29                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="isdamageevolution" type="',class(obj.isdamageevolution),'" default="',convert2str(obj.isdamageevolution),'">','     <section name="transient" />','     <help> indicates whether damage evolution is used in the transient </help>','  </parameter>');
    30                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="islevelset" type="',class(obj.islevelset),'" default="',convert2str(obj.islevelset),'">','     <section name="transient" />','     <help> LEVEL SET DESCRIPTION...  </help>','  </parameter>');
    31                 fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="requested_outputs" type="',class(obj.requested_outputs),'" default="',convert2str(obj.requested_outputs),'">','     <section name="transient" />','     <help> list of additional outputs requested </help>','  </parameter>');
     25                fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="ismasstransport" type="',class(self.ismasstransport),'" default="',convert2str(self.ismasstransport),'">','     <section name="transient" />','     <help> indicates whether a masstransport solution is used in the transient </help>','  </parameter>');
     26                fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="isstressbalance" type="',class(self.isstressbalance),'" default="',convert2str(self.isstressbalance),'">','     <section name="transient" />','     <help> indicates whether a stressbalance solution is used in the transient </help>','  </parameter>');
     27                fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="isthermal" type="',class(self.isthermal),'" default="',convert2str(self.isthermal),'">','     <section name="transient" />','     <help> indicates whether a thermal solution is used in the transient </help>','  </parameter>');
     28                fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="isgroundingline" type="',class(self.isgroundingline),'" default="',convert2str(self.isgroundingline),'">','     <section name="transient" />','     <help> indicates whether a groundingline migration is used in the transient </help>','  </parameter>');
     29                fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="isgia" type="',class(self.isgia),'" default="',convert2str(self.isgia),'">','     <section name="transient" />','     <help> indicates whether a postglacial rebound model is used in the transient </help>','  </parameter>');
     30                fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="isdamageevolution" type="',class(self.isdamageevolution),'" default="',convert2str(self.isdamageevolution),'">','     <section name="transient" />','     <help> indicates whether damage evolution is used in the transient </help>','  </parameter>');
     31                fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="islevelset" type="',class(self.islevelset),'" default="',convert2str(self.islevelset),'">','     <section name="transient" />','     <help> LEVEL SET DESCRIPTION...  </help>','  </parameter>');
     32                fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="iscalving" type="',class(self.iscalving),'" default="',convert2str(self.iscalving),'">','     <section name="transient" />','     <help> indicates whether calving is used in the transient </help>','  </parameter>');
     33                fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="requested_outputs" type="',class(self.requested_outputs),'" default="',convert2str(self.requested_outputs),'">','     <section name="transient" />','     <help> list of additional outputs requested </help>','  </parameter>');
    3234            fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');   
    3335       
    3436        end % }}}
    35                 function obj = transient(varargin) % {{{
     37                function self = transient(varargin) % {{{
    3638                        switch nargin
    3739                                case 0
    38                                         obj=setdefaultparameters(obj);
     40                                        self = setdefaultparameters(self);
    3941                                otherwise
    4042                                        error('constructor not supported');
    4143                        end
    4244                end % }}}
    43                 function obj = deactivateall(obj) % {{{
     45                function self = deactivateall(self) % {{{
    4446
    4547                        %full analysis: Stressbalance, Masstransport and Thermal but no groundingline migration for now
    46                         obj.ismasstransport = 0;
    47                         obj.isstressbalance = 0;
    48                         obj.isthermal       = 0;
    49                         obj.isgroundingline = 0;
    50                         obj.isgia           = 0;
    51                         obj.isdamageevolution = 0;
    52                         obj.islevelset      = 0;
    53                         obj.ishydrology     = 0;
     48                        self.ismasstransport = 0;
     49                        self.isstressbalance = 0;
     50                        self.isthermal       = 0;
     51                        self.isgroundingline = 0;
     52                        self.isgia           = 0;
     53                        self.isdamageevolution = 0;
     54                        self.islevelset      = 0;
     55                        self.iscalving       =0;
     56                        self.ishydrology     = 0;
    5457
    5558                        %default output
    56                         obj.requested_outputs={};
     59                        self.requested_outputs={};
    5760                end % }}}
    58                 function obj = setdefaultparameters(obj) % {{{
     61                function self = setdefaultparameters(self) % {{{
    5962
    6063                        %full analysis: Stressbalance, Masstransport and Thermal but no groundingline migration for now
    61                         obj.ismasstransport = 1;
    62                         obj.isstressbalance = 1;
    63                         obj.isthermal       = 1;
    64                         obj.isgroundingline = 0;
    65                         obj.isgia           = 0;
    66                         obj.isdamageevolution = 0;
    67                         obj.islevelset      = 0;
    68                         obj.ishydrology     = 0;
     64                        self.ismasstransport = 1;
     65                        self.isstressbalance = 1;
     66                        self.isthermal       = 1;
     67                        self.isgroundingline = 0;
     68                        self.isgia           = 0;
     69                        self.isdamageevolution = 0;
     70                        self.islevelset      = 0;
     71                        self.iscalving       = 0;
     72                        self.ishydrology     = 0;
    6973
    7074                        %default output
    71                         obj.requested_outputs={'default'};
     75                        self.requested_outputs={'default'};
    7276                end % }}}
    7377                function list = defaultoutputs(self,md) % {{{
    … …  
    7882                        end
    7983                end % }}}
    80                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     84                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    8185
    8286                        %Early return
    … …  
    9094                        md = checkfield(md,'fieldname','transient.isdamageevolution','numel',[1],'values',[0 1]);
    9195                        md = checkfield(md,'fieldname','transient.islevelset','numel',[1],'values',[0 1]);
     96                        md = checkfield(md,'fieldname','transient.iscalving','numel',[1],'values',[0 1]);
    9297                        md = checkfield(md,'fieldname','transient.ishydrology','numel',[1],'values',[0 1]);
    9398                        md = checkfield(md,'fieldname','transient.requested_outputs','stringrow',1);
    9499
    95100                end % }}}
    96                 function disp(obj) % {{{
     101                function disp(self) % {{{
    97102                        disp(sprintf('   transient solution parameters:'));
    98103
    99                         fielddisplay(obj,'ismasstransport','indicates whether a masstransport solution is used in the transient');
    100                         fielddisplay(obj,'isstressbalance','indicates whether a stressbalance solution is used in the transient');
    101                         fielddisplay(obj,'isthermal','indicates whether a thermal solution is used in the transient');
    102                         fielddisplay(obj,'isgroundingline','indicates whether a groundingline migration is used in the transient');
    103                         fielddisplay(obj,'isgia','indicates whether a postglacial rebound model is used in the transient');
    104                         fielddisplay(obj,'isdamageevolution','indicates whether damage evolution is used in the transient');
    105                         fielddisplay(obj,'islevelset','LEVEL SET DESCRIPTION...');
    106                         fielddisplay(obj,'ishydrology','indicates whether an hydrology model is used');
    107                         fielddisplay(obj,'requested_outputs','list of additional outputs requested');
     104                        fielddisplay(self,'ismasstransport','indicates whether a masstransport solution is used in the transient');
     105                        fielddisplay(self,'isstressbalance','indicates whether a stressbalance solution is used in the transient');
     106                        fielddisplay(self,'isthermal','indicates whether a thermal solution is used in the transient');
     107                        fielddisplay(self,'isgroundingline','indicates whether a groundingline migration is used in the transient');
     108                        fielddisplay(self,'isgia','indicates whether a postglacial rebound model is used in the transient');
     109                        fielddisplay(self,'isdamageevolution','indicates whether damage evolution is used in the transient');
     110                        fielddisplay(self,'islevelset','LEVEL SET DESCRIPTION...');
     111                        fielddisplay(self,'iscalving','indicates whether calving is used in the transient');
     112                        fielddisplay(self,'ishydrology','indicates whether an hydrology model is used');
     113                        fielddisplay(self,'requested_outputs','list of additional outputs requested');
    108114
    109115                end % }}}
    110                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
    111                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','ismasstransport','format','Boolean');
    112                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','isstressbalance','format','Boolean');
    113                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','isthermal','format','Boolean');
    114                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','isgroundingline','format','Boolean');
    115                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','isgia','format','Boolean');
    116                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','isdamageevolution','format','Boolean');
    117                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','ishydrology','format','Boolean');
    118                         WriteData(fid,'object',obj,'fieldname','islevelset','format','Boolean');
     116                function marshall(self,md,fid) % {{{
     117                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','ismasstransport','format','Boolean');
     118                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','isstressbalance','format','Boolean');
     119                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','isthermal','format','Boolean');
     120                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','isgroundingline','format','Boolean');
     121                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','isgia','format','Boolean');
     122                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','isdamageevolution','format','Boolean');
     123                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','ishydrology','format','Boolean');
     124                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','islevelset','format','Boolean');
     125                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','iscalving','format','Boolean');
    119126
    120127                        %process requested outputs
    121                         outputs = obj.requested_outputs;
     128                        outputs = self.requested_outputs;
    122129                        pos  = find(ismember(outputs,'default'));
    123130                        if ~isempty(pos),
    124131                                outputs(pos) = [];                         %remove 'default' from outputs
    125                                 outputs      = [outputs defaultoutputs(obj,md)]; %add defaults
     132                                outputs      = [outputs defaultoutputs(self,md)]; %add defaults
    126133                        end
    127134                        WriteData(fid,'data',outputs,'enum',TransientRequestedOutputsEnum,'format','StringArray');

  • issm/trunk/src/m/classes/transient.py

    r17806 r19105  
    2020                self.isdamageevolution = False
    2121                self.islevelset        = False
     22                self.iscalving         = False
    2223                self.ishydrology       = False
    2324                self.requested_outputs = []
    … …  
    3637                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'isdamageevolution','indicates whether damage evolution is used in the transient'))
    3738                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'islevelset','LEVELSET METHOD DESCRIPTION'))
     39                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'iscalving','indicates whether calving is used in the transient'))
    3840                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'ishydrology','indicates whether an hydrology model is used'))
    3941                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'requested_outputs','list of additional outputs requested'))
    … …  
    5153               
    5254                #Nothing done
    53                 self.ismasstransport = False
    54                 self.isstressbalance = False
    55                 self.isthermal       = False
    56                 self.isgroundingline = False
    57                 self.isgia           = False
     55                self.ismasstransport   = False
     56                self.isstressbalance   = False
     57                self.isthermal         = False
     58                self.isgroundingline   = False
     59                self.isgia             = False
    5860                self.isdamageevolution = False
    59                 self.islevelset      = False
    60                 self.ishydrology     = False
     61                self.islevelset        = False
     62                self.iscalving         = False
     63                self.ishydrology       = False
    6164
    6265                #default output
    … …  
    7477                self.isdamageevolution = False
    7578                self.islevelset      = False
    76                 self.ishydrology     = False
     79                self.iscalving       = False
     80                self.ishydrology     = False
    7781
    7882                #default output
    … …  
    9498                md = checkfield(md,'fieldname','transient.islevelset','numel',[1],'values',[0,1])
    9599                md = checkfield(md,'fieldname','transient.ishydrology','numel',[1],'values',[0,1])
     100                md = checkfield(md,'fieldname','transient.iscalving','numel',[1],'values',[0,1]);
    96101                md = checkfield(md,'fieldname','transient.requested_outputs','stringrow',1)
    97102
    … …  
    107112                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','islevelset','format','Boolean')
    108113                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','ishydrology','format','Boolean')
     114                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','iscalving','format','Boolean')
    109115
    110116                #process requested outputs

  • issm/trunk/src/m/classes/verbose.m

    r17806 r19105  
    3838        %}}}
    3939        methods
    40         function createxml(obj,fid) % {{{
    41             fprintf(fid, '\n\n');
    42             fprintf(fid, '%s\n', '<!-- verbose -->');
    43              
    44              fprintf(fid,'%s%s%s\n%s\n%s%s%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="mprocessor" type="',              class(obj.mprocessor),'" optional="false">',              '     <section name="verbose" />','        <option value="',convert2str(obj.mprocessor),'" type="string" default="true"></option>','     <help>  </help>','</parameter>');
    45              fprintf(fid,'%s%s%s\n%s\n%s%s%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="module" type="',              class(obj.module),'" optional="false">',              '     <section name="verbose" />','        <option value="',convert2str(obj.module),'" type="string" default="true"></option>','     <help>  </help>','</parameter>');
    46              fprintf(fid,'%s%s%s\n%s\n%s%s%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="solution" type="',              class(obj.solution),'" optional="false">',              '     <section name="verbose" />','        <option value="',convert2str(obj.solution),'" type="string" default="true"></option>','     <help>  </help>','</parameter>');
    47              fprintf(fid,'%s%s%s\n%s\n%s%s%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="solver" type="',              class(obj.solver),'" optional="false">',              '     <section name="verbose" />','        <option value="',convert2str(obj.solver),'" type="string" default="true"></option>','     <help>  </help>','</parameter>');
    48              fprintf(fid,'%s%s%s\n%s\n%s%s%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="convergence" type="',              class(obj.convergence),'" optional="false">',              '     <section name="verbose" />','        <option value="',convert2str(obj.convergence),'" type="string" default="true"></option>','     <help>  </help>','</parameter>');
    49              fprintf(fid,'%s%s%s\n%s\n%s%s%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="control" type="',              class(obj.control),'" optional="false">',              '     <section name="verbose" />','        <option value="',convert2str(obj.control),'" type="string" default="true"></option>','     <help>  </help>','</parameter>');
    50              fprintf(fid,'%s%s%s\n%s\n%s%s%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="qmu" type="',              class(obj.qmu),'" optional="false">',              '     <section name="verbose" />','        <option value="',convert2str(obj.qmu),'" type="string" default="true"></option>','     <help>  </help>','</parameter>');
    51              fprintf(fid,'%s%s%s\n%s\n%s%s%s\n%s\n',    '<parameter key ="autodiff" type="',              class(obj.autodiff),'" optional="false">',              '     <section name="verbose" />','        <option value="',convert2str(obj.autodiff),'" type="string" default="true"></option>','     <help>  </help>','</parameter>');
    52              
    53              
    54         end % }}}
     40                function createxml(self,fid) % {{{
     41                        fprintf(fid, '\n\n');
     42                        fprintf(fid, '%s\n', '<!-- verbose -->');
     43
     44                        fprintf(fid,'%s%s%s\n%s\n%s%s%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="mprocessor" type="',              class(self.mprocessor),'" optional="false">',              '     <section name="verbose" />','        <option value="',convert2str(self.mprocessor),'" type="string" default="true"></option>','     <help>  </help>','</parameter>');
     45                        fprintf(fid,'%s%s%s\n%s\n%s%s%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="module" type="',              class(self.module),'" optional="false">',              '     <section name="verbose" />','        <option value="',convert2str(self.module),'" type="string" default="true"></option>','     <help>  </help>','</parameter>');
     46                        fprintf(fid,'%s%s%s\n%s\n%s%s%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="solution" type="',              class(self.solution),'" optional="false">',              '     <section name="verbose" />','        <option value="',convert2str(self.solution),'" type="string" default="true"></option>','     <help>  </help>','</parameter>');
     47                        fprintf(fid,'%s%s%s\n%s\n%s%s%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="solver" type="',              class(self.solver),'" optional="false">',              '     <section name="verbose" />','        <option value="',convert2str(self.solver),'" type="string" default="true"></option>','     <help>  </help>','</parameter>');
     48                        fprintf(fid,'%s%s%s\n%s\n%s%s%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="convergence" type="',              class(self.convergence),'" optional="false">',              '     <section name="verbose" />','        <option value="',convert2str(self.convergence),'" type="string" default="true"></option>','     <help>  </help>','</parameter>');
     49                        fprintf(fid,'%s%s%s\n%s\n%s%s%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="control" type="',              class(self.control),'" optional="false">',              '     <section name="verbose" />','        <option value="',convert2str(self.control),'" type="string" default="true"></option>','     <help>  </help>','</parameter>');
     50                        fprintf(fid,'%s%s%s\n%s\n%s%s%s\n%s\n%s\n',    '<parameter key ="qmu" type="',              class(self.qmu),'" optional="false">',              '     <section name="verbose" />','        <option value="',convert2str(self.qmu),'" type="string" default="true"></option>','     <help>  </help>','</parameter>');
     51                        fprintf(fid,'%s%s%s\n%s\n%s%s%s\n%s\n',    '<parameter key ="autodiff" type="',              class(self.autodiff),'" optional="false">',              '     <section name="verbose" />','        <option value="',convert2str(self.autodiff),'" type="string" default="true"></option>','     <help>  </help>','</parameter>');
     52
     53
     54                end % }}}
    5555                function verbose=verbose(varargin) % {{{
    5656
    … …  
    123123                end
    124124                %}}}
    125                 function md = checkconsistency(obj,md,solution,analyses) % {{{
     125                function md = checkconsistency(self,md,solution,analyses) % {{{
    126126
    127127                end % }}}
    … …  
    142142                end
    143143                %}}}
    144                 function marshall(obj,md,fid) % {{{
    145                         WriteData(fid,'data',VerboseToBinary(obj),'enum',VerboseEnum(),'format','Integer');
     144                function marshall(self,md,fid) % {{{
     145                        WriteData(fid,'data',VerboseToBinary(self),'enum',VerboseEnum(),'format','Integer');
    146146                end % }}}
    147147        end

  • issm/trunk/src/m/consistency/checkfield.m

    r18301 r19105  
    1414%      - <=: smaller or equal to provided value
    1515%      - < vec:  smallerthan provided values on each vertex
    16 %      - forcing: 1 if check forcing consistency (size and time)
     16%      - timeseries: 1 if check time series consistency (size and time)
    1717%      - values: cell of strings or vector of acceptable values
    1818%      - numel: list of acceptable number of elements
    … …  
    198198
    199199%Check forcings (size and times)
    200 if getfieldvalue(options,'forcing',0),
     200if getfieldvalue(options,'timeseries',0),
    201201        if size(field,1)==md.mesh.numberofvertices,
    202202                if ~size(field,2)==1,

  • issm/trunk/src/m/consistency/checkfield.py

    r18301 r19105  
    2121              - <=: smaller or equal to provided value
    2222              - < vec:  smallerthan provided values on each vertex
    23               - forcing: 1 if check forcing consistency (size and time)
     23              - timeseries: 1 if check time series consistency (size and time)
    2424              - values: cell of strings or vector of acceptable values
    2525              - numel: list of acceptable number of elements
    … …  
    151151
    152152        #Check forcings (size and times)
    153         if options.getfieldvalue('forcing',0):
     153        if options.getfieldvalue('timeseries',0):
    154154                if   numpy.size(field,0)==md.mesh.numberofvertices:
    155155                        if numpy.ndim(field)>1 and not numpy.size(field,1)==1:

  • issm/trunk/src/m/contrib/bamg/gmsh3d.m

    r18301 r19105  
    9797%call gmsh
    9898fprintf('%s\n','      call gmsh...');
    99 system([issmdir() '/externalpackages/gmsh/install/gmsh -3 model.geo']);
     99system([issmdir() '/externalpackages/gmsh/install/gmsh -3 -v 0 model.geo']);
    100100
    101101%plug new mesh

  • issm/trunk/src/m/contrib/gslib/gslib.m

    r17806 r19105  
    1 function [B E] = gslib(x,y,data,xmin,ymin,nx,ny,deltax,deltay)
     1function [B E] = gslib(x,y,data,xmin,ymin,nx,ny,deltax,deltay,varargin)
    22%GSLIB - use gslib for Kriging
    33%
    … …  
    55%      output = gslib(x,y,data,varargin)
    66
     7%process options
     8options = pairoptions(varargin{:});
     9
    710%Variogram
    8 nugget=10;
    9 sill  =164;
    10 range =25763;
     11nugget= getfieldvalue(options,'nugget',10);
     12sill  = getfieldvalue(options,'sill',164);
     13range = getfieldvalue(options,'range',25763);
    1114
    1215%Kriging options
    13 mindata = 1;
    14 maxdata = 50;
    15 maxsearchradius = 50000;
     16mindata = getfieldvalue(options,'mindata',1);
     17maxdata = getfieldvalue(options,'maxdata',50);
     18maxsearchradius = getfieldvalue(options,'searchrange',50000);
    1619
    1720%Some intermediaries (Convert to gslib's parameters);

  • issm/trunk/src/m/contrib/paraview/exportVTK.m

    r18514 r19105  
    2525if dimension(model.mesh)==2,
    2626        points=[model.mesh.x model.mesh.y zeros(model.mesh.numberofvertices,1)];
     27        [num_of_points,dim]=size(points);
     28        [num_of_elt]=size(model.mesh.elements,1);
     29        [point_per_elt]=size(model.mesh.elements,2);
    2730else
    2831        points=[model.mesh.x model.mesh.y model.mesh.z];
     32        [num_of_points,dim]=size(points);
     33        [num_of_elt]=size(model.mesh.elements,1);
     34        [point_per_elt]=size(model.mesh.elements,2);
    2935end
    3036
    31 [num_of_points,dim]=size(points);
    32 [num_of_elt]=size(model.mesh.elements,1);
    33 [point_per_elt]=size(model.mesh.elements,2);
    3437
    3538%Select the type of element function of the number of nodes per elements
    … …  
    6568        timestep=step;
    6669
    67         fid = fopen(strcat(path,filesep,name,filesep,name,'.vtk',int2str(timestep),'.vtk'),'w+');
     70        fid = fopen(strcat(path,filesep,name,filesep,'timestep.vtk',int2str(timestep),'.vtk'),'w+');
    6871        fprintf(fid,'# vtk DataFile Version 2.0 \n');
    6972        fprintf(fid,'Data for run %s \n',model.miscellaneous.name);
    … …  
    8689  end
    8790        s=cell2mat(horzcat(s,{'\n'}));
    88         fprintf(fid,s,[(point_per_elt)*ones(num_of_elt,1) model.mesh.elements-1]');
     91                fprintf(fid,s,[(point_per_elt)*ones(num_of_elt,1)       model.mesh.elements-1]');
    8992       
    9093        fprintf(fid,'CELL_TYPES %d\n',num_of_elt);

  • issm/trunk/src/m/coordsystems/utm2ll.m

    r6341 r19105  
    1 function  [Lat,Lon] = utm2ll(xx,yy,utmzone)
    2 % -------------------------------------------------------------------------
    3 % [Lat,Lon] = utm2ll(x,y,utmzone)
     1function [lat,lon]=utm2ll(x,y,f,datum,varargin)
     2%UTM2LL UTM to Lat/Lon coordinates precise conversion.
     3%       [LAT,LON]=UTM2LL(X,Y,ZONE) converts UTM coordinates X,Y (in meters)
     4%       defined in the UTM ZONE (integer) to latitude LAT and longitude LON
     5%       (in degrees). Default datum is WGS84.
    46%
    5 % Description: Function to convert vectors of UTM coordinates into Lat/Lon vectors (WGS84).
    6 % Some code has been extracted from UTMIP.m function by Gabriel Ruiz Martinez.
     7%       X and Y can be scalars, vectors or matrix. Outputs LAT and LON will
     8%       have the same size as inputs.
    79%
    8 % Inputs:on)
    9 %    -3.485713    7.801235 -119.955246  -17.759537  -94.799019  121.640266
     10%       For southern hemisphere points, use negative zone -ZONE.
    1011%
    11 % Example 2: If you need Lat/Lon coordinates in Degrees, Minutes and Seconds
    12 % [Lat, Lon]=utm2ll(x,y,utmzone);
    13 % LatDMS=dms2mat(deg2dms(Lat))
    14 %LatDMS =
    15 %    40.00         18.00         55.55
    16 %    46.00         17.00          2.01
    17 %    37.00         34.00         40.17
    18 %    28.00         38.00         44.33
    19 %    38.00         51.00         19.96
    20 %    25.00          3.00         42.41
    21 % LonDMS=dms2mat(deg2dms(Lon))
    22 %LonDMS =
    23 %    -3.00         29.00          8.61
    24 %     7.00         48.00          4.40
    25 %  -119.00         57.00         18.93
    26 %   -17.00         45.00         34.33
    27 %   -94.00         47.00         56.47
    28 %   121.00         38.00         24.96
     12%       UTM2LL(X,Y,ZONE,DATUM) uses specific DATUM for conversion. DATUM can be
     13%       a string in the following list:
     14%               'wgs84': World Geodetic System 1984 (default)
     15%               'nad27': North American Datum 1927
     16%               'clk66': Clarke 1866
     17%               'nad83': North American Datum 1983
     18%               'grs80': Geodetic Reference System 1980
     19%               'int24': International 1924 / Hayford 1909
     20%       or DATUM can be a 2-element vector [A,F] where A is semimajor axis (in
     21%       meters) and F is flattening of the user-defined ellipsoid.
    2922%
    30 % Author:
    31 %   Rafael Palacios
    32 %   Universidad Pontificia Comillas
    33 %   Madrid, Spain
    34 % Version: Apr/06, Jun/06, Aug/06
    35 % Aug/06: corrected m-Lint warnings
    36 %-------------------------------------------------------------------------
     23%       Notice:
     24%               - UTM2LL does not perform cross-datum conversion.
     25%               - precision is near a millimeter.
     26%
     27%
     28%       Reference:
     29%               I.G.N., Projection cartographique Mercator Transverse: Algorithmes,
     30%                  Notes Techniques NT/G 76, janvier 1995.
     31%
     32%       Author: Francois Beauducel, <beauducel@ipgp.fr>
     33%       Created: 2001-08-23
     34%       Updated: 2014-04-20
    3735
    38 % Argument checking
     36
     37%       Copyright (c) 2001-2014, François Beauducel, covered by BSD License.
     38%       All rights reserved.
    3939%
    40 error(nargchk(3, 3, nargin)); %3 arguments required
    41 n1=length(xx);
    42 n2=length(yy);
    43 n3=size(utmzone,1);
    44 if (n1~=n2 || n1~=n3)
    45         error('x,y and utmzone vectors should have the same number or rows');
    46 end
    47 c=size(utmzone,2);
    48 if (c~=4)
    49         error('utmzone should be a vector of strings like "30 T"');
     40%       Redistribution and use in source and binary forms, with or without
     41%       modification, are permitted provided that the following conditions are
     42%       met:
     43%
     44%          * Redistributions of source code must retain the above copyright
     45%            notice, this list of conditions and the following disclaimer.
     46%          * Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
     47%            notice, this list of conditions and the following disclaimer in
     48%            the documentation and/or other materials provided with the distribution
     49%                                 
     50%       THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS "AS IS"
     51%       AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
     52%       IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE
     53%       ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT OWNER OR CONTRIBUTORS BE
     54%       LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR
     55%       CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF
     56%       SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS
     57%       INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN
     58%       CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE)
     59%       ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE
     60%       POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
     61
     62% Available datums
     63datums = [ ...
     64        { 'wgs84', 6378137.0, 298.257223563 };
     65        { 'nad83', 6378137.0, 298.257222101 };
     66        { 'grs80', 6378137.0, 298.257222101 };
     67        { 'nad27', 6378206.4, 294.978698214 };
     68        { 'int24', 6378388.0, 297.000000000 };
     69        { 'clk66', 6378206.4, 294.978698214 };
     70];
     71
     72if nargin < 3
     73        error('Not enough input arguments.')
    5074end
    5175
    52 % Memory pre-allocation
    53 %
    54 Lat=zeros(n1,1);
    55 Lon=zeros(n1,1);
     76if all([numel(x),numel(y)] > 1) && any(size(x) ~= size(y))
     77        error('X and Y must be the same size or scalars.')
     78end
    5679
    57 % Main Loop
    58 %
    59 for i=1:n1
    60         if (utmzone(i,4)>'X' || utmzone(i,4)<'C')
    61                 fprintf('utm2ll: Warning utmzone should be a vector of strings like "30 T", not "30 t"\n');
     80if ~isnumeric(f) || ~isscalar(f) || f ~= round(f)
     81        error('ZONE must be a scalar integer.')
     82end
     83
     84if nargin < 4
     85        datum = 'wgs84';
     86end
     87
     88if ischar(datum)
     89        if ~any(strcmpi(datum,datums(:,1)))
     90                error('Unkown DATUM name "%s"',datum);
    6291        end
    63         if (utmzone(i,4)>'M')
    64                 hemis='N';   % Northern hemisphere
    65         else
    66                 hemis='S';
     92        k = find(strcmpi(datum,datums(:,1)));
     93        A1 = datums{k,2};
     94        F1 = datums{k,3};       
     95else
     96        if numel(datum) ~= 2
     97                error('User defined DATUM must be a vector [A,F].');
    6798        end
     99        A1 = datum(1);
     100        F1 = datum(2);
     101end
    68102
    69         x=xx(i);
    70         y=yy(i);
    71         zone=str2double(utmzone(i,1:2));
     103% constants
     104D0 = 180/pi;    % conversion rad to deg
     105maxiter = 100;  % maximum iteration for latitude computation
     106eps = 1e-11;    % minimum residue for latitude computation
    72107
    73         sa = 6378137.000000 ; sb = 6356752.314245;
     108K0 = 0.9996;                                    % UTM scale factor
     109X0 = 500000;                                    % UTM false East (m)
     110Y0 = 1e7*(f < 0);                               % UTM false North (m)
     111P0 = 0;                                         % UTM origin latitude (rad)
     112L0 = (6*abs(f) - 183)/D0;                       % UTM origin longitude (rad)
     113E1 = sqrt((A1^2 - (A1*(1 - 1/F1))^2)/A1^2);     % ellpsoid excentricity
     114N = K0*A1;
    74115
    75         %   e = ( ( ( sa ^ 2 ) - ( sb ^ 2 ) ) ^ 0.5 ) / sa;
    76         e2 = ( ( ( sa ^ 2 ) - ( sb ^ 2 ) ) ^ 0.5 ) / sb;
    77         e2cuadrada = e2 ^ 2;
    78         c = ( sa ^ 2 ) / sb;
    79         %   alpha = ( sa - sb ) / sa;             %f
    80         %   ablandamiento = 1 / alpha;   % 1/f
     116% computing parameters for Mercator Transverse projection
     117C = coef(E1,0);
     118YS = Y0 - N*(C(1)*P0 + C(2)*sin(2*P0) + C(3)*sin(4*P0) + C(4)*sin(6*P0) + C(5)*sin(8*P0));
    81119
    82         X = x - 500000;
     120C = coef(E1,1);
     121zt = complex((y - YS)/N/C(1),(x - X0)/N/C(1));
     122z = zt - C(2)*sin(2*zt) - C(3)*sin(4*zt) - C(4)*sin(6*zt) - C(5)*sin(8*zt);
     123L = real(z);
     124LS = imag(z);
    83125
    84         if hemis == 'S' || hemis == 's'
    85                 Y = y - 10000000;
    86         else
    87                 Y = y;
    88         end
     126l = L0 + atan(sinh(LS)./cos(L));
     127p = asin(sin(L)./cosh(LS));
    89128
    90         S = ( ( zone * 6 ) - 183 );
    91         lat =  Y / ( 6366197.724 * 0.9996 );
    92         v = ( c / ( ( 1 + ( e2cuadrada * ( cos(lat) ) ^ 2 ) ) ) ^ 0.5 ) * 0.9996;
    93         a = X / v;
    94         a1 = sin( 2 * lat );
    95         a2 = a1 * ( cos(lat) ) ^ 2;
    96         j2 = lat + ( a1 / 2 );
    97         j4 = ( ( 3 * j2 ) + a2 ) / 4;
    98         j6 = ( ( 5 * j4 ) + ( a2 * ( cos(lat) ) ^ 2) ) / 3;
    99         alfa = ( 3 / 4 ) * e2cuadrada;
    100         beta = ( 5 / 3 ) * alfa ^ 2;
    101         gama = ( 35 / 27 ) * alfa ^ 3;
    102         Bm = 0.9996 * c * ( lat - alfa * j2 + beta * j4 - gama * j6 );
    103         b = ( Y - Bm ) / v;
    104         Epsi = ( ( e2cuadrada * a^ 2 ) / 2 ) * ( cos(lat) )^ 2;
    105         Eps = a * ( 1 - ( Epsi / 3 ) );
    106         nab = ( b * ( 1 - Epsi ) ) + lat;
    107         senoheps = ( exp(Eps) - exp(-Eps) ) / 2;
    108         Delt = atan(senoheps / (cos(nab) ) );
    109         TaO = atan(cos(Delt) * tan(nab));
    110         longitude = (Delt *(180 / pi ) ) + S;
    111         latitude = ( lat + ( 1 + e2cuadrada* (cos(lat)^ 2) - ( 3 / 2 ) * e2cuadrada * sin(lat) * cos(lat) * ( TaO - lat ) ) * ( TaO - lat ) ) * ...
    112                 (180 / pi);
     129L = log(tan(pi/4 + p/2));
    113130
    114         Lat(i)=latitude;
    115         Lon(i)=longitude;
     131% calculates latitude from the isometric latitude
     132p = 2*atan(exp(L)) - pi/2;
     133p0 = NaN;
     134n = 0;
     135while any(isnan(p0) | abs(p - p0) > eps) & n < maxiter
     136        p0 = p;
     137        es = E1*sin(p0);
     138        p = 2*atan(((1 + es)./(1 - es)).^(E1/2).*exp(L)) - pi/2;
     139        n = n + 1;
     140end
    116141
     142if nargout < 2
     143        lat = D0*[p(:),l(:)];
     144else
     145        lat = p*D0;
     146        lon = l*D0;
    117147end
     148
     149
     150%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
     151function c = coef(e,m)
     152%COEF Projection coefficients
     153%       COEF(E,M) returns a vector of 5 coefficients from:
     154%               E = first ellipsoid excentricity
     155%               M = 0 for transverse mercator
     156%               M = 1 for transverse mercator reverse coefficients
     157%               M = 2 for merdian arc
     158
     159
     160if nargin < 2
     161        m = 0;
     162end
     163
     164switch m
     165        case 0
     166        c0 = [-175/16384, 0,   -5/256, 0,  -3/64, 0, -1/4, 0, 1;
     167           -105/4096, 0, -45/1024, 0,  -3/32, 0, -3/8, 0, 0;
     168           525/16384, 0,  45/1024, 0, 15/256, 0,    0, 0, 0;
     169          -175/12288, 0, -35/3072, 0,      0, 0,    0, 0, 0;
     170          315/131072, 0,        0, 0,      0, 0,    0, 0, 0];
     171         
     172        case 1
     173        c0 = [-175/16384, 0,   -5/256, 0,  -3/64, 0, -1/4, 0, 1;
     174             1/61440, 0,   7/2048, 0,   1/48, 0,  1/8, 0, 0;
     175          559/368640, 0,   3/1280, 0,  1/768, 0,    0, 0, 0;
     176          283/430080, 0, 17/30720, 0,      0, 0,    0, 0, 0;
     177       4397/41287680, 0,        0, 0,      0, 0,    0, 0, 0];
     178
     179        case 2
     180        c0 = [-175/16384, 0,   -5/256, 0,  -3/64, 0, -1/4, 0, 1;
     181         -901/184320, 0,  -9/1024, 0,  -1/96, 0,  1/8, 0, 0;
     182         -311/737280, 0,  17/5120, 0, 13/768, 0,    0, 0, 0;
     183          899/430080, 0, 61/15360, 0,      0, 0,    0, 0, 0;
     184      49561/41287680, 0,        0, 0,      0, 0,    0, 0, 0];
     185   
     186end
     187c = zeros(size(c0,1),1);
     188
     189for i = 1:size(c0,1)
     190    c(i) = polyval(c0(i,:),e);
     191end

  • issm/trunk/src/m/dev/issmversion.m

    r17989 r19105  
    1515disp([' ']);
    1616disp(['Build date: ' IssmConfig('PACKAGE_BUILD_DATE')]);
    17 disp(['Copyright (c) 2009-2014 California Institute of Technology']);
     17disp(['Compiled on ' IssmConfig('HOST_VENDOR') ' ' IssmConfig('HOST_OS') ' ' IssmConfig('HOST_ARCH') ' by ' IssmConfig('USER_NAME')]);
     18disp([' ']);
     19disp(['Copyright (c) 2009-2015 California Institute of Technology']);
    1820disp([' ']);
    1921disp(['    to get started type: issmdoc']);

  • issm/trunk/src/m/enum/EnumDefinitions.py

    r18301 r19105  
    5050def BaseEnum(): return StringToEnum("Base")[0]
    5151def ConstantsGEnum(): return StringToEnum("ConstantsG")[0]
     52def ConstantsOmegaEnum(): return StringToEnum("ConstantsOmega")[0]
    5253def ConstantsReferencetemperatureEnum(): return StringToEnum("ConstantsReferencetemperature")[0]
    5354def ConstantsYtsEnum(): return StringToEnum("ConstantsYts")[0]
    … …  
    8788def FlowequationFeFSEnum(): return StringToEnum("FlowequationFeFS")[0]
    8889def FlowequationVertexEquationEnum(): return StringToEnum("FlowequationVertexEquation")[0]
     90def FrictionAsEnum(): return StringToEnum("FrictionAs")[0]
    8991def FrictionCoefficientEnum(): return StringToEnum("FrictionCoefficient")[0]
    9092def FrictionPEnum(): return StringToEnum("FrictionP")[0]
    … …  
    9395def FrictionCEnum(): return StringToEnum("FrictionC")[0]
    9496def FrictionLawEnum(): return StringToEnum("FrictionLaw")[0]
     97def FrictionGammaEnum(): return StringToEnum("FrictionGamma")[0]
     98def FrictionWaterLayerEnum(): return StringToEnum("FrictionWaterLayer")[0]
     99def FrictionEffectivePressureEnum(): return StringToEnum("FrictionEffectivePressure")[0]
    95100def GeometryHydrostaticRatioEnum(): return StringToEnum("GeometryHydrostaticRatio")[0]
    96101def HydrologyModelEnum(): return StringToEnum("HydrologyModel")[0]
    … …  
    107112def EplHeadSlopeXEnum(): return StringToEnum("EplHeadSlopeX")[0]
    108113def EplHeadSlopeYEnum(): return StringToEnum("EplHeadSlopeY")[0]
     114def EplZigZagCounterEnum(): return StringToEnum("EplZigZagCounter")[0]
    109115def HydrologydcMaxIterEnum(): return StringToEnum("HydrologydcMaxIter")[0]
    110116def HydrologydcRelTolEnum(): return StringToEnum("HydrologydcRelTol")[0]
    … …  
    121127def HydrologydcEplPorosityEnum(): return StringToEnum("HydrologydcEplPorosity")[0]
    122128def HydrologydcEplInitialThicknessEnum(): return StringToEnum("HydrologydcEplInitialThickness")[0]
     129def HydrologydcEplColapseThicknessEnum(): return StringToEnum("HydrologydcEplColapseThickness")[0]
    123130def HydrologydcEplMaxThicknessEnum(): return StringToEnum("HydrologydcEplMaxThickness")[0]
    124131def HydrologydcEplThicknessEnum(): return StringToEnum("HydrologydcEplThickness")[0]
    125132def HydrologydcEplThicknessOldEnum(): return StringToEnum("HydrologydcEplThicknessOld")[0]
     133def HydrologydcEplThickCompEnum(): return StringToEnum("HydrologydcEplThickComp")[0]
    126134def HydrologydcEplConductivityEnum(): return StringToEnum("HydrologydcEplConductivity")[0]
    127135def HydrologydcIsefficientlayerEnum(): return StringToEnum("HydrologydcIsefficientlayer")[0]
    … …  
    132140def HydrologydcPenaltyFactorEnum(): return StringToEnum("HydrologydcPenaltyFactor")[0]
    133141def HydrologydcPenaltyLockEnum(): return StringToEnum("HydrologydcPenaltyLock")[0]
     142def HydrologydcEplflipLockEnum(): return StringToEnum("HydrologydcEplflipLock")[0]
    134143def HydrologydcBasalMoulinInputEnum(): return StringToEnum("HydrologydcBasalMoulinInput")[0]
    135144def HydrologyLayerEnum(): return StringToEnum("HydrologyLayer")[0]
    … …  
    139148def IndependentObjectEnum(): return StringToEnum("IndependentObject")[0]
    140149def InversionControlParametersEnum(): return StringToEnum("InversionControlParameters")[0]
     150def InversionControlScalingFactorsEnum(): return StringToEnum("InversionControlScalingFactors")[0]
    141151def InversionCostFunctionThresholdEnum(): return StringToEnum("InversionCostFunctionThreshold")[0]
    142152def InversionCostFunctionsCoefficientsEnum(): return StringToEnum("InversionCostFunctionsCoefficients")[0]
    … …  
    163173def InversionStepThresholdEnum(): return StringToEnum("InversionStepThreshold")[0]
    164174def InversionThicknessObsEnum(): return StringToEnum("InversionThicknessObs")[0]
     175def InversionSurfaceObsEnum(): return StringToEnum("InversionSurfaceObs")[0]
    165176def InversionVxObsEnum(): return StringToEnum("InversionVxObs")[0]
    166177def InversionVyObsEnum(): return StringToEnum("InversionVyObs")[0]
    167178def InversionVzObsEnum(): return StringToEnum("InversionVzObs")[0]
    168179def MaskIceLevelsetEnum(): return StringToEnum("MaskIceLevelset")[0]
    169 def QmuMaskIceLevelsetEnum(): return StringToEnum("QmuMaskIceLevelset")[0]
    170180def MaterialsBetaEnum(): return StringToEnum("MaterialsBeta")[0]
    171181def MaterialsHeatcapacityEnum(): return StringToEnum("MaterialsHeatcapacity")[0]
    … …  
    180190def DamageDEnum(): return StringToEnum("DamageD")[0]
    181191def DamageFEnum(): return StringToEnum("DamageF")[0]
    182 def QmuDamageDEnum(): return StringToEnum("QmuDamageD")[0]
    183192def DamageDbarEnum(): return StringToEnum("DamageDbar")[0]
    184193def DamageLawEnum(): return StringToEnum("DamageLaw")[0]
    … …  
    200209def DamageEvolutionNumRequestedOutputsEnum(): return StringToEnum("DamageEvolutionNumRequestedOutputs")[0]
    201210def DamageEvolutionRequestedOutputsEnum(): return StringToEnum("DamageEvolutionRequestedOutputs")[0]
     211def DamageEnum(): return StringToEnum("Damage")[0]
    202212def NewDamageEnum(): return StringToEnum("NewDamage")[0]
     213def StressIntensityFactorEnum(): return StringToEnum("StressIntensityFactor")[0]
     214def CalvingLawEnum(): return StringToEnum("CalvingLaw")[0]
     215def CalvingCalvingrateEnum(): return StringToEnum("CalvingCalvingrate")[0]
     216def CalvingMeltingrateEnum(): return StringToEnum("CalvingMeltingrate")[0]
     217def CalvingLevermannEnum(): return StringToEnum("CalvingLevermann")[0]
     218def CalvingPiEnum(): return StringToEnum("CalvingPi")[0]
     219def CalvingDevEnum(): return StringToEnum("CalvingDev")[0]
     220def DefaultCalvingEnum(): return StringToEnum("DefaultCalving")[0]
     221def CalvingRequestedOutputsEnum(): return StringToEnum("CalvingRequestedOutputs")[0]
     222def CalvinglevermannCoeffEnum(): return StringToEnum("CalvinglevermannCoeff")[0]
     223def CalvinglevermannMeltingrateEnum(): return StringToEnum("CalvinglevermannMeltingrate")[0]
     224def CalvingpiCoeffEnum(): return StringToEnum("CalvingpiCoeff")[0]
     225def CalvingpiMeltingrateEnum(): return StringToEnum("CalvingpiMeltingrate")[0]
     226def CalvingratexEnum(): return StringToEnum("Calvingratex")[0]
     227def CalvingrateyEnum(): return StringToEnum("Calvingratey")[0]
     228def CalvingratexAverageEnum(): return StringToEnum("CalvingratexAverage")[0]
     229def CalvingrateyAverageEnum(): return StringToEnum("CalvingrateyAverage")[0]
     230def StrainRateparallelEnum(): return StringToEnum("StrainRateparallel")[0]
     231def StrainRateperpendicularEnum(): return StringToEnum("StrainRateperpendicular")[0]
     232def StrainRateeffectiveEnum(): return StringToEnum("StrainRateeffective")[0]
    203233def MaterialsRhoIceEnum(): return StringToEnum("MaterialsRhoIce")[0]
    204234def MaterialsRhoSeawaterEnum(): return StringToEnum("MaterialsRhoSeawater")[0]
    … …  
    240270def MasstransportPenaltyFactorEnum(): return StringToEnum("MasstransportPenaltyFactor")[0]
    241271def MasstransportSpcthicknessEnum(): return StringToEnum("MasstransportSpcthickness")[0]
    242 def MasstransportCalvingrateEnum(): return StringToEnum("MasstransportCalvingrate")[0]
    243272def MasstransportStabilizationEnum(): return StringToEnum("MasstransportStabilization")[0]
    244273def MasstransportVertexPairingEnum(): return StringToEnum("MasstransportVertexPairing")[0]
    … …  
    254283def QmuResponsedescriptorsEnum(): return StringToEnum("QmuResponsedescriptors")[0]
    255284def QmuVariabledescriptorsEnum(): return StringToEnum("QmuVariabledescriptors")[0]
    256 def QmuMaterialsRheologyBEnum(): return StringToEnum("QmuMaterialsRheologyB")[0]
    257285def RiftsNumriftsEnum(): return StringToEnum("RiftsNumrifts")[0]
    258286def RiftsRiftstructEnum(): return StringToEnum("RiftsRiftstruct")[0]
    … …  
    274302def ThermalIsenthalpyEnum(): return StringToEnum("ThermalIsenthalpy")[0]
    275303def ThermalIsdynamicbasalspcEnum(): return StringToEnum("ThermalIsdynamicbasalspc")[0]
     304def ThermalReltolEnum(): return StringToEnum("ThermalReltol")[0]
    276305def ThermalMaxiterEnum(): return StringToEnum("ThermalMaxiter")[0]
    277306def ThermalPenaltyFactorEnum(): return StringToEnum("ThermalPenaltyFactor")[0]
    … …  
    298327def TransientIsdamageevolutionEnum(): return StringToEnum("TransientIsdamageevolution")[0]
    299328def TransientIshydrologyEnum(): return StringToEnum("TransientIshydrology")[0]
     329def TransientIscalvingEnum(): return StringToEnum("TransientIscalving")[0]
    300330def TransientNumRequestedOutputsEnum(): return StringToEnum("TransientNumRequestedOutputs")[0]
    301331def TransientRequestedOutputsEnum(): return StringToEnum("TransientRequestedOutputs")[0]
    … …  
    304334def BalancethicknessApparentMassbalanceEnum(): return StringToEnum("BalancethicknessApparentMassbalance")[0]
    305335def Balancethickness2MisfitEnum(): return StringToEnum("Balancethickness2Misfit")[0]
    306 def BalancethicknessNuxEnum(): return StringToEnum("BalancethicknessNux")[0]
    307 def BalancethicknessNuyEnum(): return StringToEnum("BalancethicknessNuy")[0]
    308 def BalancethicknessVxObsEnum(): return StringToEnum("BalancethicknessVxObs")[0]
    309 def BalancethicknessVyObsEnum(): return StringToEnum("BalancethicknessVyObs")[0]
    310 def BalancethicknessThicknessObsEnum(): return StringToEnum("BalancethicknessThicknessObs")[0]
     336def BalancethicknessDiffusionCoefficientEnum(): return StringToEnum("BalancethicknessDiffusionCoefficient")[0]
     337def BalancethicknessCmuEnum(): return StringToEnum("BalancethicknessCmu")[0]
     338def BalancethicknessOmegaEnum(): return StringToEnum("BalancethicknessOmega")[0]
     339def BalancethicknessD0Enum(): return StringToEnum("BalancethicknessD0")[0]
    311340def SurfaceforcingsEnum(): return StringToEnum("Surfaceforcings")[0]
    312341def SMBEnum(): return StringToEnum("SMB")[0]
    … …  
    316345def SurfaceforcingsDelta18oSurfaceEnum(): return StringToEnum("SurfaceforcingsDelta18oSurface")[0]
    317346def SurfaceforcingsIsdelta18oEnum(): return StringToEnum("SurfaceforcingsIsdelta18o")[0]
     347def SurfaceforcingsIsmungsmEnum(): return StringToEnum("SurfaceforcingsIsmungsm")[0]
    318348def SurfaceforcingsPrecipitationsPresentdayEnum(): return StringToEnum("SurfaceforcingsPrecipitationsPresentday")[0]
     349def SurfaceforcingsPrecipitationsLgmEnum(): return StringToEnum("SurfaceforcingsPrecipitationsLgm")[0]
    319350def SurfaceforcingsTemperaturesPresentdayEnum(): return StringToEnum("SurfaceforcingsTemperaturesPresentday")[0]
    320351def SurfaceforcingsTemperaturesLgmEnum(): return StringToEnum("SurfaceforcingsTemperaturesLgm")[0]
    … …  
    322353def SurfaceforcingsDesfacEnum(): return StringToEnum("SurfaceforcingsDesfac")[0]
    323354def SurfaceforcingsS0pEnum(): return StringToEnum("SurfaceforcingsS0p")[0]
     355def SurfaceforcingsS0tEnum(): return StringToEnum("SurfaceforcingsS0t")[0]
     356def SurfaceforcingsRlapsEnum(): return StringToEnum("SurfaceforcingsRlaps")[0]
     357def SurfaceforcingsRlapslgmEnum(): return StringToEnum("SurfaceforcingsRlapslgm")[0]
     358def SurfaceforcingsPfacEnum(): return StringToEnum("SurfaceforcingsPfac")[0]
     359def SurfaceforcingsTdiffEnum(): return StringToEnum("SurfaceforcingsTdiff")[0]
     360def SurfaceforcingsSealevEnum(): return StringToEnum("SurfaceforcingsSealev")[0]
    324361def SMBgradientsEnum(): return StringToEnum("SMBgradients")[0]
    325362def SurfaceforcingsMonthlytemperaturesEnum(): return StringToEnum("SurfaceforcingsMonthlytemperatures")[0]
    … …  
    381418def SteadystateSolutionEnum(): return StringToEnum("SteadystateSolution")[0]
    382419def SurfaceSlopeSolutionEnum(): return StringToEnum("SurfaceSlopeSolution")[0]
    383 def SmoothedSurfaceSlopeXAnalysisEnum(): return StringToEnum("SmoothedSurfaceSlopeXAnalysis")[0]
    384 def SmoothedSurfaceSlopeYAnalysisEnum(): return StringToEnum("SmoothedSurfaceSlopeYAnalysis")[0]
     420def SmoothAnalysisEnum(): return StringToEnum("SmoothAnalysis")[0]
    385421def ThermalAnalysisEnum(): return StringToEnum("ThermalAnalysis")[0]
    386422def ThermalSolutionEnum(): return StringToEnum("ThermalSolution")[0]
    … …  
    392428def MeshdeformationAnalysisEnum(): return StringToEnum("MeshdeformationAnalysis")[0]
    393429def LevelsetAnalysisEnum(): return StringToEnum("LevelsetAnalysis")[0]
     430def LevelsetStabilizationEnum(): return StringToEnum("LevelsetStabilization")[0]
    394431def ExtrapolationAnalysisEnum(): return StringToEnum("ExtrapolationAnalysis")[0]
    395432def LsfReinitializationAnalysisEnum(): return StringToEnum("LsfReinitializationAnalysis")[0]
    … …  
    435472def InputToL2ProjectEnum(): return StringToEnum("InputToL2Project")[0]
    436473def InputToDepthaverageEnum(): return StringToEnum("InputToDepthaverage")[0]
     474def InputToSmoothEnum(): return StringToEnum("InputToSmooth")[0]
     475def SmoothThicknessMultiplierEnum(): return StringToEnum("SmoothThicknessMultiplier")[0]
    437476def IntParamEnum(): return StringToEnum("IntParam")[0]
    438477def IntVecParamEnum(): return StringToEnum("IntVecParam")[0]
    … …  
    449488def ProfilerEnum(): return StringToEnum("Profiler")[0]
    450489def MatrixParamEnum(): return StringToEnum("MatrixParam")[0]
     490def MassconEnum(): return StringToEnum("Masscon")[0]
     491def MassconNameEnum(): return StringToEnum("MassconName")[0]
     492def MassconDefinitionenumEnum(): return StringToEnum("MassconDefinitionenum")[0]
     493def MassconLevelsetEnum(): return StringToEnum("MassconLevelset")[0]
     494def MassconaxpbyEnum(): return StringToEnum("Massconaxpby")[0]
     495def MassconaxpbyNameEnum(): return StringToEnum("MassconaxpbyName")[0]
     496def MassconaxpbyDefinitionenumEnum(): return StringToEnum("MassconaxpbyDefinitionenum")[0]
     497def MassconaxpbyNamexEnum(): return StringToEnum("MassconaxpbyNamex")[0]
     498def MassconaxpbyNameyEnum(): return StringToEnum("MassconaxpbyNamey")[0]
     499def MassconaxpbyAlphaEnum(): return StringToEnum("MassconaxpbyAlpha")[0]
     500def MassconaxpbyBetaEnum(): return StringToEnum("MassconaxpbyBeta")[0]
    451501def NodeSIdEnum(): return StringToEnum("NodeSId")[0]
    452502def VectorParamEnum(): return StringToEnum("VectorParam")[0]
    … …  
    496546def PressureEnum(): return StringToEnum("Pressure")[0]
    497547def PressurePicardEnum(): return StringToEnum("PressurePicard")[0]
    498 def QmuPressureEnum(): return StringToEnum("QmuPressure")[0]
    499 def QmuVxEnum(): return StringToEnum("QmuVx")[0]
    500 def QmuVyEnum(): return StringToEnum("QmuVy")[0]
    501 def QmuVzEnum(): return StringToEnum("QmuVz")[0]
    502 def QmuThicknessEnum(): return StringToEnum("QmuThickness")[0]
    503 def QmuBaseEnum(): return StringToEnum("QmuBase")[0]
    504 def QmuSurfaceEnum(): return StringToEnum("QmuSurface")[0]
    505 def QmuMeltingEnum(): return StringToEnum("QmuMelting")[0]
    506 def QmuVxMeshEnum(): return StringToEnum("QmuVxMesh")[0]
    507 def QmuVyMeshEnum(): return StringToEnum("QmuVyMesh")[0]
    508 def QmuVzMeshEnum(): return StringToEnum("QmuVzMesh")[0]
    509548def AndroidFrictionCoefficientEnum(): return StringToEnum("AndroidFrictionCoefficient")[0]
    510549def ResetPenaltiesEnum(): return StringToEnum("ResetPenalties")[0]
    … …  
    521560def TemperaturePicardEnum(): return StringToEnum("TemperaturePicard")[0]
    522561def ThicknessAbsMisfitEnum(): return StringToEnum("ThicknessAbsMisfit")[0]
     562def SurfaceAbsMisfitEnum(): return StringToEnum("SurfaceAbsMisfit")[0]
    523563def VelEnum(): return StringToEnum("Vel")[0]
    524564def VelocityEnum(): return StringToEnum("Velocity")[0]
    … …  
    544584def IntMatParamEnum(): return StringToEnum("IntMatParam")[0]
    545585def RheologyBbarAbsGradientEnum(): return StringToEnum("RheologyBbarAbsGradient")[0]
     586def RheologyBAbsGradientEnum(): return StringToEnum("RheologyBAbsGradient")[0]
    546587def DragCoefficientAbsGradientEnum(): return StringToEnum("DragCoefficientAbsGradient")[0]
    547588def TransientInputEnum(): return StringToEnum("TransientInput")[0]
    … …  
    550591def BasalFrictionEnum(): return StringToEnum("BasalFriction")[0]
    551592def ViscousHeatingEnum(): return StringToEnum("ViscousHeating")[0]
    552 def QmuTemperatureEnum(): return StringToEnum("QmuTemperature")[0]
    553593def HydrologyWaterVxEnum(): return StringToEnum("HydrologyWaterVx")[0]
    554594def HydrologyWaterVyEnum(): return StringToEnum("HydrologyWaterVy")[0]
     595def DrivingStressXEnum(): return StringToEnum("DrivingStressX")[0]
     596def DrivingStressYEnum(): return StringToEnum("DrivingStressY")[0]
    555597def SigmaNNEnum(): return StringToEnum("SigmaNN")[0]
    556598def StressTensorEnum(): return StringToEnum("StressTensor")[0]
    … …  
    561603def StressTensoryzEnum(): return StringToEnum("StressTensoryz")[0]
    562604def StressTensorzzEnum(): return StringToEnum("StressTensorzz")[0]
     605def StressMaxPrincipalEnum(): return StringToEnum("StressMaxPrincipal")[0]
    563606def DeviatoricStressEnum(): return StringToEnum("DeviatoricStress")[0]
    564607def DeviatoricStressxxEnum(): return StringToEnum("DeviatoricStressxx")[0]
    … …  
    576619def StrainRatezzEnum(): return StringToEnum("StrainRatezz")[0]
    577620def DivergenceEnum(): return StringToEnum("Divergence")[0]
     621def MaxDivergenceEnum(): return StringToEnum("MaxDivergence")[0]
    578622def GiaCrossSectionShapeEnum(): return StringToEnum("GiaCrossSectionShape")[0]
    579623def GiadWdtEnum(): return StringToEnum("GiadWdt")[0]
    … …  
    600644def OneLayerP4zEnum(): return StringToEnum("OneLayerP4z")[0]
    601645def CrouzeixRaviartEnum(): return StringToEnum("CrouzeixRaviart")[0]
     646def LACrouzeixRaviartEnum(): return StringToEnum("LACrouzeixRaviart")[0]
    602647def SaveResultsEnum(): return StringToEnum("SaveResults")[0]
    603648def BoolExternalResultEnum(): return StringToEnum("BoolExternalResult")[0]
    … …  
    611656def WaterColumnOldEnum(): return StringToEnum("WaterColumnOld")[0]
    612657def OutputdefinitionEnum(): return StringToEnum("Outputdefinition")[0]
     658def Outputdefinition1Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition1")[0]
     659def Outputdefinition2Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition2")[0]
     660def Outputdefinition3Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition3")[0]
     661def Outputdefinition4Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition4")[0]
     662def Outputdefinition5Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition5")[0]
     663def Outputdefinition6Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition6")[0]
     664def Outputdefinition7Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition7")[0]
     665def Outputdefinition8Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition8")[0]
     666def Outputdefinition9Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition9")[0]
     667def Outputdefinition10Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition10")[0]
     668def Outputdefinition11Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition11")[0]
     669def Outputdefinition12Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition12")[0]
     670def Outputdefinition13Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition13")[0]
     671def Outputdefinition14Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition14")[0]
     672def Outputdefinition15Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition15")[0]
     673def Outputdefinition16Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition16")[0]
     674def Outputdefinition17Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition17")[0]
     675def Outputdefinition18Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition18")[0]
     676def Outputdefinition19Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition19")[0]
     677def Outputdefinition20Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition20")[0]
     678def Outputdefinition21Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition21")[0]
     679def Outputdefinition22Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition22")[0]
     680def Outputdefinition23Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition23")[0]
     681def Outputdefinition24Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition24")[0]
     682def Outputdefinition25Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition25")[0]
     683def Outputdefinition26Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition26")[0]
     684def Outputdefinition27Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition27")[0]
     685def Outputdefinition28Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition28")[0]
     686def Outputdefinition29Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition29")[0]
     687def Outputdefinition30Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition30")[0]
     688def Outputdefinition31Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition31")[0]
     689def Outputdefinition32Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition32")[0]
     690def Outputdefinition33Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition33")[0]
     691def Outputdefinition34Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition34")[0]
     692def Outputdefinition35Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition35")[0]
     693def Outputdefinition36Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition36")[0]
     694def Outputdefinition37Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition37")[0]
     695def Outputdefinition38Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition38")[0]
     696def Outputdefinition39Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition39")[0]
     697def Outputdefinition40Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition40")[0]
     698def Outputdefinition41Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition41")[0]
     699def Outputdefinition42Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition42")[0]
     700def Outputdefinition43Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition43")[0]
     701def Outputdefinition44Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition44")[0]
     702def Outputdefinition45Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition45")[0]
     703def Outputdefinition46Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition46")[0]
     704def Outputdefinition47Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition47")[0]
     705def Outputdefinition48Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition48")[0]
     706def Outputdefinition49Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition49")[0]
     707def Outputdefinition50Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition50")[0]
     708def Outputdefinition51Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition51")[0]
     709def Outputdefinition52Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition52")[0]
     710def Outputdefinition53Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition53")[0]
     711def Outputdefinition54Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition54")[0]
     712def Outputdefinition55Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition55")[0]
     713def Outputdefinition56Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition56")[0]
     714def Outputdefinition57Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition57")[0]
     715def Outputdefinition58Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition58")[0]
     716def Outputdefinition59Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition59")[0]
     717def Outputdefinition60Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition60")[0]
     718def Outputdefinition61Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition61")[0]
     719def Outputdefinition62Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition62")[0]
     720def Outputdefinition63Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition63")[0]
     721def Outputdefinition64Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition64")[0]
     722def Outputdefinition65Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition65")[0]
     723def Outputdefinition66Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition66")[0]
     724def Outputdefinition67Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition67")[0]
     725def Outputdefinition68Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition68")[0]
     726def Outputdefinition69Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition69")[0]
     727def Outputdefinition70Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition70")[0]
     728def Outputdefinition71Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition71")[0]
     729def Outputdefinition72Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition72")[0]
     730def Outputdefinition73Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition73")[0]
     731def Outputdefinition74Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition74")[0]
     732def Outputdefinition75Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition75")[0]
     733def Outputdefinition76Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition76")[0]
     734def Outputdefinition77Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition77")[0]
     735def Outputdefinition78Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition78")[0]
     736def Outputdefinition79Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition79")[0]
     737def Outputdefinition80Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition80")[0]
     738def Outputdefinition81Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition81")[0]
     739def Outputdefinition82Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition82")[0]
     740def Outputdefinition83Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition83")[0]
     741def Outputdefinition84Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition84")[0]
     742def Outputdefinition85Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition85")[0]
     743def Outputdefinition86Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition86")[0]
     744def Outputdefinition87Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition87")[0]
     745def Outputdefinition88Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition88")[0]
     746def Outputdefinition89Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition89")[0]
     747def Outputdefinition90Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition90")[0]
     748def Outputdefinition91Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition91")[0]
     749def Outputdefinition92Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition92")[0]
     750def Outputdefinition93Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition93")[0]
     751def Outputdefinition94Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition94")[0]
     752def Outputdefinition95Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition95")[0]
     753def Outputdefinition96Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition96")[0]
     754def Outputdefinition97Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition97")[0]
     755def Outputdefinition98Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition98")[0]
     756def Outputdefinition99Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition99")[0]
     757def Outputdefinition100Enum(): return StringToEnum("Outputdefinition100")[0]
    613758def OutputdefinitionListEnum(): return StringToEnum("OutputdefinitionList")[0]
    614759def MassfluxatgateEnum(): return StringToEnum("Massfluxatgate")[0]
    615760def MassfluxatgateNameEnum(): return StringToEnum("MassfluxatgateName")[0]
     761def MassfluxatgateDefinitionenumEnum(): return StringToEnum("MassfluxatgateDefinitionenum")[0]
    616762def MassfluxatgateSegmentsEnum(): return StringToEnum("MassfluxatgateSegments")[0]
    617763def MisfitNameEnum(): return StringToEnum("MisfitName")[0]
     764def MisfitDefinitionenumEnum(): return StringToEnum("MisfitDefinitionenum")[0]
    618765def MisfitModelEnumEnum(): return StringToEnum("MisfitModelEnum")[0]
    619766def MisfitObservationEnum(): return StringToEnum("MisfitObservation")[0]
    620767def MisfitObservationEnumEnum(): return StringToEnum("MisfitObservationEnum")[0]
     768def MisfitLocalEnum(): return StringToEnum("MisfitLocal")[0]
    621769def MisfitTimeinterpolationEnum(): return StringToEnum("MisfitTimeinterpolation")[0]
    622770def MisfitWeightsEnum(): return StringToEnum("MisfitWeights")[0]
    … …  
    624772def SurfaceObservationEnum(): return StringToEnum("SurfaceObservation")[0]
    625773def WeightsSurfaceObservationEnum(): return StringToEnum("WeightsSurfaceObservation")[0]
     774def VxObsEnum(): return StringToEnum("VxObs")[0]
     775def WeightsVxObsEnum(): return StringToEnum("WeightsVxObs")[0]
     776def VyObsEnum(): return StringToEnum("VyObs")[0]
     777def WeightsVyObsEnum(): return StringToEnum("WeightsVyObs")[0]
    626778def MinVelEnum(): return StringToEnum("MinVel")[0]
    627779def MaxVelEnum(): return StringToEnum("MaxVel")[0]
    … …  
    635787def MaxVzEnum(): return StringToEnum("MaxVz")[0]
    636788def MaxAbsVzEnum(): return StringToEnum("MaxAbsVz")[0]
     789def IceMassEnum(): return StringToEnum("IceMass")[0]
    637790def IceVolumeEnum(): return StringToEnum("IceVolume")[0]
    638791def IceVolumeAboveFloatationEnum(): return StringToEnum("IceVolumeAboveFloatation")[0]
    … …  
    651804def SubelementMigration2Enum(): return StringToEnum("SubelementMigration2")[0]
    652805def ContactEnum(): return StringToEnum("Contact")[0]
     806def GroundingOnlyEnum(): return StringToEnum("GroundingOnly")[0]
    653807def MaskGroundediceLevelsetEnum(): return StringToEnum("MaskGroundediceLevelset")[0]
    654 def QmuMaskGroundediceLevelsetEnum(): return StringToEnum("QmuMaskGroundediceLevelset")[0]
    655808def GaussSegEnum(): return StringToEnum("GaussSeg")[0]
    656809def GaussTriaEnum(): return StringToEnum("GaussTria")[0]
    … …  
    674827def OldGradientEnum(): return StringToEnum("OldGradient")[0]
    675828def OutputFilePointerEnum(): return StringToEnum("OutputFilePointer")[0]
     829def ToolkitsFileNameEnum(): return StringToEnum("ToolkitsFileName")[0]
     830def RootPathEnum(): return StringToEnum("RootPath")[0]
    676831def OutputFileNameEnum(): return StringToEnum("OutputFileName")[0]
     832def InputFileNameEnum(): return StringToEnum("InputFileName")[0]
    677833def LockFileNameEnum(): return StringToEnum("LockFileName")[0]
    678834def ToolkitsOptionsAnalysesEnum(): return StringToEnum("ToolkitsOptionsAnalyses")[0]

  • issm/trunk/src/m/exp/expdisp.m

    r17806 r19105  
    55%
    66%   Usage:
    7 %      expdisp(domainoutline,varargin)
    8 %      expdisp(domainoutline,figurenumber,linestyle,linewidth,unitmultiplier)
     7%      expdisp(domainoutline,options)
     8%
     9%   Available options:
     10%      - 'figure'     : figure number or handle
     11%      - 'linestyle'  : line style ('r--','-y',...)
     12%      - 'linewidth'  : line width (1,2,...)
     13%      - 'multiplier' : coordinate multiplier (10^3 if the plot is in km)
     14%      - 'title'      : do we add contour names to each contour
     15%      - 'patch'      : do we want the contour to be filled
    916%
    1017%   Example:
    11 %      expdisp('Domain.exp',1,'--r',2,10^3);
     18%      expdisp('Domain.exp','figure',1,'linestyle','--r','linewidth',2,'multiplier',10^3);
    1219%
    1320%   See also EXPMASTER, EXPDOC
    1421
    15 %check nargin
    16 if ~nargin | nargin>5
    17         help expdisp
    18         error('expdisp error message: bad usage');
    19 end
     22%Get and process options
     23options = pairoptions(varargin{:});
     24unitmultiplier = getfieldvalue(options,'multiplier',1);
     25linewidth      = getfieldvalue(options,'linewidth',1);
     26linestyle      = getfieldvalue(options,'linestyle','-r');
     27ispatch        = getfieldvalue(options,'patch',0);
    2028
    21 %parse input
    22 if nargin<=1,
    23         figurenumber=1;
    24 else
    25         figurenumber=varargin{1};
    26 end
    27 if nargin<=2
    28         linestyle='r-';
    29 else
    30         linestyle=varargin{2};
    31 end
    32 if nargin<=3
    33         linewidth=1;
    34 else
    35         linewidth=varargin{3};
    36 end
    37 if nargin<=4
    38         unitmultiplier=1;
    39 else
    40         unitmultiplier=varargin{4}; if isnan(unitmultiplier), unitmultiplier=1; end
    41 end
    42 
     29%read file
    4330domain=expread(domainoutline);
    4431
    45 figure(figurenumber),hold on
     32%Create figure if needed and hold
     33if exist(options,'figure'),
     34        figure(getfieldvalue(options,'figure'));
     35end
     36hold on
     37
    4638for i=1:length(domain),         
    4739        if domain(i).nods==1
    4840                plot(domain(i).x*unitmultiplier,domain(i).y*unitmultiplier,'o','MarkerEdgeColor','k','MarkerFaceColor','r','MarkerSize',10);
     41                if exist(options,'title')
     42                        text(domain(i).x*unitmultiplier,domain(i).y*unitmultiplier,domain(i).name,'BackgroundColor',[1. .0 .0]);
     43                end
    4944        else
    50                 if (isnumeric(linestyle))
    51                         plot(domain(i).x*unitmultiplier,domain(i).y*unitmultiplier,'Color',linestyle,'linewidth',linewidth);
     45                if ispatch,
     46                        patch(domain(i).x*unitmultiplier,domain(i).y*unitmultiplier,linestyle);
    5247                else
    53                         plot(domain(i).x*unitmultiplier,domain(i).y*unitmultiplier,linestyle,'linewidth',linewidth);
    54           end
    55   end
     48                        if (isnumeric(linestyle))
     49                                plot(domain(i).x*unitmultiplier,domain(i).y*unitmultiplier,'Color',linestyle,'linewidth',linewidth);
     50                        else
     51                                plot(domain(i).x*unitmultiplier,domain(i).y*unitmultiplier,linestyle,'linewidth',linewidth);
     52                        end
     53                end
     54                if exist(options,'title')
     55                        text(domain(i).x(1)*unitmultiplier,domain(i).y(1)*unitmultiplier,domain(i).name,'BackgroundColor',[.7 .9 .7]);
     56                end
     57        end
    5658end
    57 

  • issm/trunk/src/m/exp/masktoexp.m

    r15396 r19105  
    2424%Create exp structure
    2525A=struct();
     26if(j-1<1), error('no contour found'); end
    2627for i=1:j-1,
    2728        A(i).x=s(i).x;

  • issm/trunk/src/m/mesh/bamg.m

    r17806 r19105  
    349349        %Now, build the connectivity tables for this mesh.
    350350        md.mesh.vertexonboundary=zeros(md.mesh.numberofvertices,1); md.mesh.vertexonboundary(md.mesh.segments(:,1:2))=1;
    351 else
     351
     352elseif getfieldvalue(options,'3dsurface',0),
     353       
     354        md.mesh=mesh3dsurface();
     355        md.mesh.x=bamgmesh_out.Vertices(:,1);
     356        md.mesh.y=bamgmesh_out.Vertices(:,2);
     357        md.mesh.z=md.mesh.x; md.mesh.z(:)=0;
     358        md.mesh.elements=bamgmesh_out.Triangles(:,1:3);
     359        md.mesh.edges=bamgmesh_out.IssmEdges;
     360        md.mesh.segments=bamgmesh_out.IssmSegments(:,1:3);
     361        md.mesh.segmentmarkers=bamgmesh_out.IssmSegments(:,4);
     362
     363        %Fill in rest of fields:
     364        md.mesh.numberofelements=size(md.mesh.elements,1);
     365        md.mesh.numberofvertices=length(md.mesh.x);
     366        md.mesh.numberofedges=size(md.mesh.edges,1);
     367        md.mesh.vertexonboundary=zeros(md.mesh.numberofvertices,1); md.mesh.vertexonboundary(md.mesh.segments(:,1:2))=1;
     368
     369else
    352370        md.mesh=mesh2d();
    353371        md.mesh.x=bamgmesh_out.Vertices(:,1);

  • issm/trunk/src/m/miscellaneous/vorticity.m

    r17806 r19105  
    2929rot=dvxdy - dvydx;
    3030
    31 if strcmpi(meshtype(md.mesh),'3D'),
     31if strcmpi(domaintype(md.mesh),'3D'),
    3232        rot=project3d(md,'vector',rot,'type','element');
    3333end

  • issm/trunk/src/m/plot/applyoptions.m

    r17806 r19105  
    66%
    77%   See also: PLOTMODEL, PARSE_OPTIONS
    8 
    9 %some defaults
    10 if isfield(md.mesh,'hemisphere'),
    11         if strcmpi(md.mesh.hemisphere,'n'), options=addfielddefault(options,'hemisphere','n');
    12         elseif strcmpi(md.mesh.hemisphere,'s'), options=addfielddefault(options,'hemisphere','s');
    13         end
    14 end
    158
    169%fontsize
    … …  
    6861        elseif strcmp(domaintype(md.mesh),'2Dvertical'),
    6962                axis auto tight
     63        elseif strcmp(domaintype(md.mesh),'3Dsurface'),
     64                axis auto tight
     65
    7066        elseif strcmp(domaintype(md.mesh),'2Dhorizontal'),
    7167                axis tight equal;
    … …  
    261257                        linewidthi=linewidth{i};
    262258                end
    263                 expdisp(filenamei,gcf,stylei,linewidthi,getfieldvalue(options,'unit',1));
     259                expdisp(filenamei,'linestyle',stylei,'linewidthi',linewidthi,'multiplier',getfieldvalue(options,'unit',1));
    264260        end
    265261end
    … …  
    365361        axis equal off
    366362        %box off
    367         if strcmpi(md.mesh.hemisphere,'n') | strcmpi(md.mesh.hemisphere,'north'),
     363        if md.mesh.epsg==3413,
    368364                A=expread('/u/astrid-r1b/ModelData/Exp/GreenlandBoxFront.exp');
    369365                [A.x A.y]=ll2xy(A.x,A.y,+1,45,70);
    370366                A.x = A.x(1:30:end);
    371367                A.y = A.y(1:30:end);
    372         elseif strcmpi(md.mesh.hemisphere,'s') | strcmpi(md.mesh.hemisphere,'south'),
     368        elseif md.mesh.epsg==3031,
    373369                A=expread('/u/astrid-r1b/ModelData/Exp/Antarctica.exp');
    374370        else
    375                 error('applyoptions error message: hemisphere not defined');
     371                error('applyoptions error message: md.mesh.epsg not defined');
    376372        end
    377373        offset=3*10^4;
    … …  
    434430        end
    435431        hold on,p=plot(x,y,'k.');
    436         markersize=getfieldvalue(options,'markersize',5);
     432        markersize=getfieldvalue(options,'markersize',12);
    437433        color=getfieldvalue(options,'cloudcolor','k');
    438434        set(p,'Color',color);

  • issm/trunk/src/m/plot/applyoptions.py

    r18301 r19105  
    2424                See also: PLOTMODEL, PARSE_OPTIONS
    2525        '''
    26 
    27         #some defaults (this seems to be adding a field that already exists...)
    28         #if not isnan(md.mesh.hemisphere):
    29         #       options.addfielddefault('hemisphere',md.mesh.hemisphere)
    3026
    3127        # get handle to current figure and axes instance

  • issm/trunk/src/m/plot/checkplotoptions.py

    r18301 r19105  
    115115
    116116        #expdisp
    117         expdispvaluesarray=[0,0]
    118         expstylevaluesarray=[0,0]
    119         expstylevalues=[0,0]
     117        expdispvaluesarray=[]
     118        expstylevaluesarray=[]
     119        expstylevalues=[]
    120120        if options.exist('expstyle'):
    121                 expstylevalues=options.getfieldvalue('expstyle')
     121                expstylevalues=options.getfieldvalue('expstyle')
     122                if type(expstylevalues)==str:
     123                    expstylevalues=[expstylevalues]
    122124        if options.exist('expdisp'):
    123125                expdispvalues=options.getfieldvalue('expdisp')
     126                if type(expdispvalues)==str:
     127                    expdispvalues=[expdispvalues]
    124128                for i in npy.arange(len(expdispvalues)):
    125129                        expdispvaluesarray.append(expdispvalues[i])
    126                         if len(expstylevalues)>i+1:
     130                        if len(expstylevalues)>i:
    127131                                expstylevaluesarray.append(expstylevalues[i])
    128132                        else:
    … …  
    154158        #log scale
    155159        if options.exist('log'):
    156                 if options.exist('caxis'):
    157                         options.changefieldvalue('caxis',log(options.getfieldvalue('caxis'))/log(options.getfieldvalue('log')))
     160                if options.exist('clim'):
     161                        options.changefieldvalue('clim',log(options.getfieldvalue('clim'))/log(options.getfieldvalue('log')))
    158162                options.changefieldvalue('cutoff',log(options.getfieldvalue('cutoff',1.5))/log(options.getfieldvalue('log')))
    159163

  • issm/trunk/src/m/plot/googlemaps.m

    r15396 r19105  
    2222        end
    2323end
     24
     25if md.mesh.epsg==0,
     26        error('md.mesh.epsg not defined');
     27end
    2428if nargin==1,
    2529        %Get xlim and ylim (used to extract Google maps image)
    2630        xlim=getfieldvalue(options,'xlim',[min(md.mesh.x) max(md.mesh.x)]);
    2731        ylim=getfieldvalue(options,'ylim',[min(md.mesh.y) max(md.mesh.y)]);
    28         if strcmpi(md.mesh.hemisphere,'n'),
     32        if md.mesh.epsg==3413,
    2933                [latlist lonlist]= xy2ll(...
    3034                        [linspace(xlim(1),xlim(2),100) linspace(xlim(2),xlim(2),100) linspace(xlim(2),xlim(1),100) linspace(xlim(1),xlim(1),100)],...
    3135                        [linspace(ylim(1),ylim(1),100) linspace(ylim(1),ylim(2),100) linspace(ylim(2),ylim(2),100) linspace(ylim(2),ylim(1),100)],...
    3236                        +1,45,70);
    33         elseif strcmpi(md.mesh.hemisphere,'s'),
     37        elseif md.mesh.epsg==3031,
    3438                [latlist lonlist]= xy2ll(...
    3539                        [linspace(xlim(1),xlim(2),100) linspace(xlim(2),xlim(2),100) linspace(xlim(2),xlim(1),100) linspace(xlim(1),xlim(1),100)],...
    … …  
    3741                        -1,0,71);
    3842        else
    39                 error('field hemisphere should either be ''n'' or ''s''');
     43                error('EPSG code not supported yet');
    4044        end
    4145
    … …  
    5054%Get region specific projection parameters
    5155EPSGgoogle = 'EPSG:3785';   % Mercator       http://www.spatialreference.org/ref/epsg/3785/
    52 if strcmpi(md.mesh.hemisphere,'n'),
    53         EPSGlocal = 'EPSG:3413'; % UPS Greenland  http://www.spatialreference.org/ref/epsg/3413/
    54 elseif strcmpi(md.mesh.hemisphere,'s'),
    55         EPSGlocal = 'EPSG:3031'; % UPS Antarctica http://www.spatialreference.org/ref/epsg/3031/
    56 else
    57         error('field hemisphere should either be ''n'' or ''s''');
    58 end
     56EPSGlocal  = ['EPSG:' num2str(md.mesh.epsg)];
    5957
    6058%Find optimal zoom
    … …  
    130128        [gX gY]=meshgrid(ulx:ulx+size(final,2)-1,uly:-1:uly-size(final,1)+1);
    131129        [LAT LON]=pixelstolatlon(gX,gY, zoom);
    132         if strcmpi(md.mesh.hemisphere,'n'),
     130        if md.mesh.epsg==3413,
    133131                [X Y]=ll2xy(LAT,LON,+1,45,70);
    134         elseif strcmpi(md.mesh.hemisphere,'s'),
     132        elseif md.mesh.epsg==3031,
    135133                [X Y]=ll2xy(LAT,LON,-1,0,71);
    136134        else
    137                 error('field hemisphere should either be ''n'' or ''s''');
     135                error('EPSG code not supported yet');
    138136        end
    139137        md.radaroverlay.pwr=final;
    … …  
    153151        [gX gY]=meshgrid(ulx:ulx+size(final,2)-1,uly:-1:uly-size(final,1)+1);
    154152        [LAT LON]=pixelstolatlon(gX,gY, zoom);
    155         if strcmpi(md.mesh.hemisphere,'n'),
     153        if md.mesh.epsg==3413,
    156154                [X Y]=ll2xy(LAT,LON,+1,45,70);
    157         elseif strcmpi(md.mesh.hemisphere,'s'),
     155        elseif md.mesh.epsg==3031,
    158156                [X Y]=ll2xy(LAT,LON,-1,0,71);
    159157        else
    160                 error('field hemisphere should either be ''n'' or ''s''');
     158                error('EPSG code not supported yet');
    161159        end
    162160        md.radaroverlay.pwr=final;

  • issm/trunk/src/m/plot/latlonoverlay.m

    r14310 r19105  
    6666        latitudes =lat*ones(size(longitudes));
    6767
    68         if strcmpi(md.mesh.hemisphere,'n'),
     68        if md.mesh.epsg==3413,
    6969                if lat<0, continue; end
    7070                [x,y]=ll2xy(latitudes,longitudes,+1,45,70);
    71         elseif strcmpi(md.mesh.hemisphere,'s'),
     71        elseif md.mesh.epsg==3031,
    7272                if lat>0, continue; end
    7373                [x,y]=ll2xy(latitudes,longitudes,-1, 0,71);
    74         else error('field hemisphere should either be ''n'' or ''s'''); end
     74        else error('field md.mesh.epsg not supported yet'); end
    7575
    7676        pos=find(x<=xlimits(2) & x>=xlimits(1) & y<=ylimits(2) & y>=ylimits(1));
    … …  
    105105for lon=-180:lonstep:180
    106106
    107         if strcmpi(md.mesh.hemisphere,'n'),
     107        if md.mesh.epsg==3413,
    108108                latitudes =0:resolution:90;
    109109                longitudes=lon*ones(size(latitudes));
    110110                [x,y]=ll2xy(latitudes,longitudes,+1,45,70);
    111         elseif strcmpi(md.mesh.hemisphere,'s'),
     111        elseif md.mesh.epsg==3031,
    112112                latitudes =-90:resolution:0;
    113113                longitudes=lon*ones(size(latitudes));
    114114                [x,y]=ll2xy(latitudes,longitudes,-1, 0,71);
    115115        else
    116                 error('field hemisphere should either be ''n'' or ''s''');
     116                error('field md.mesh.epsg not supported yet');
    117117        end
    118118

  • issm/trunk/src/m/plot/manualcb.m

    r16137 r19105  
    102102
    103103if exist(options,'title'),
    104         title(getfieldvalue(options,'title'),'FontSize',fontsize);
     104        title(getfieldvalue(options,'title'),'FontSize',getfieldvalue(options,'titlefontsize',fontsize));
    105105end
    106106if exist(options,'ylabel'),

  • issm/trunk/src/m/plot/plot_googlemaps.m

    r15396 r19105  
    2525        xlim=getfieldvalue(options,'xlim',[min(x) max(x)]);
    2626        ylim=getfieldvalue(options,'ylim',[min(y) max(y)]);
    27         if strcmpi(md.mesh.hemisphere,'n'),
     27        if md.mesh.epsg==3413,
    2828                [latlist lonlist]= xy2ll(...
    2929                        [linspace(xlim(1),xlim(2),100) linspace(xlim(2),xlim(2),100) linspace(xlim(2),xlim(1),100) linspace(xlim(1),xlim(1),100)],...
    3030                        [linspace(ylim(1),ylim(1),100) linspace(ylim(1),ylim(2),100) linspace(ylim(2),ylim(2),100) linspace(ylim(2),ylim(1),100)],...
    3131                        +1,45,70);
    32         elseif strcmpi(md.mesh.hemisphere,'s'),
     32        elseif md.mesh.epsg==3031,
    3333                [latlist lonlist]= xy2ll(...
    3434                        [linspace(xlim(1),xlim(2),100) linspace(xlim(2),xlim(2),100) linspace(xlim(2),xlim(1),100) linspace(xlim(1),xlim(1),100)],...
    … …  
    3636                        -1,0,71);
    3737        else
    38                 error('field hemisphere should either be ''n'' or ''s''');
     38                latlist = md.mesh.lat; %That might work?
     39                lonlist = md.mesh.long;
     40                error('EPSG code not supported yet');
    3941        end
    4042

  • issm/trunk/src/m/plot/plot_gridded.m

    r16137 r19105  
    8686
    8787%Apply options
    88 if ~isnan(data_min),
     88if ~isnan(data_min) & ~isinf(data_min),
    8989        options=changefieldvalue(options,'caxis',[data_min data_max]); % force caxis so that the colorbar is ready
    9090end

  • issm/trunk/src/m/plot/plot_rifts.m

    r13975 r19105  
    6363        A=elements(:,1); B=elements(:,2); C=elements(:,3);
    6464        patch( 'Faces', [A B C], 'Vertices', [x y z],'FaceVertexCData', [1 1 1],'FaceColor','none','EdgeColor','black');
     65elseif isplanet,
     66        A=elements(:,1); B=elements(:,2); C=elements(:,3);
     67        patch( 'Faces', [A B C], 'Vertices', [x y z],'FaceVertexCData', [1 1 1],'FaceColor','none','EdgeColor','black');
    6568else
    6669        A=elements(:,1); B=elements(:,2); C=elements(:,3); D=elements(:,4); E=elements(:,5); F=elements(:,6);

  • issm/trunk/src/m/plot/plot_scatter.m

    r18301 r19105  
    3737
    3838%OK, should we create a new colorbar for the occasion?
    39 if isempty(findobj(gcf,'tag','TMW_COLORBAR')),
     39if isempty(findobj(gcf,'tag','TMW_COLORBAR')) && isempty(findobj(gcf,'Type','Colorbar')),
    4040        alreadyplot=false;
    4141else
    … …  
    4646if (alreadyplot),
    4747        phch = get(findall(gcf,'type','image','tag','TMW_COLORBAR'),{'parent'});
    48         h    = phch{1};
    49         ylim=get(h,'YLim');
     48        if ~isempty(phch),
     49                h    = phch{1};
     50                ylim=get(h,'YLim');
     51        else
     52                %R2014b +
     53                h = findobj(gcf,'Type','Colorbar');
     54                ylim = h.Limits;
     55        end
    5056        palette=colormap;
    5157        numcolors=size(palette,1);

  • issm/trunk/src/m/plot/plot_section.m

    r17806 r19105  
    5353                        resolution=getfieldvalue(options,'resolution');
    5454                else %Default resolution
    55                         resolution=[1000 10*md.mesh.numberoflayers];
     55                        if is2d,
     56                                resolution=[1000 1];
     57                        else
     58                                resolution=[1000 10*md.mesh.numberoflayers];
     59                        end
    5660                        disp(['plot_section warning: no resolution specified, use default resolution: [horizontal_resolution vertical_resolution]=[' num2str(resolution)  ']']);
    5761                end

  • issm/trunk/src/m/plot/plot_tensor_principalaxis.m

    r17806 r19105  
    2929%take the center of each element if ~isonnode
    3030if datatype==1,
    31         x=mean(md.mesh.x(md.mesh.elements'))'; y=mean(md.mesh.y(md.mesh.elements'))'; z=mean(md.mesh.z(md.mesh.elements'))';
     31        x=mean(x(elements'))'; y=mean(y(elements'))'; z=mean(z(elements'))';
    3232end
    3333

  • issm/trunk/src/m/plot/plotdoc.m

    r18301 r19105  
    5454disp('                  - ''quiver'': quiver plot');
    5555
    56 disp('       ''alloptions'': apply the options to all subplots if ''on''');
    5756disp('       ''axis'': same as standard matlab option (''equal'',''off'',''equal on'',...)');
    5857disp('       ''basin'': zoom on a given basin (''pineislandglacier'',''ronneiceshelf'', use isbasin to identify a basin');
    59 disp('                 ''hemisphere'': specify +1 or -1');
    6058disp('                 ''basindeltax'': in m');
    6159disp('                 ''showbasins'': write lables for every existing basin name around the center of the plot');
    … …  
    109107disp('       ''contrast'': (default 1) coefficient to add contrast to the radar amplitude image used in overlays');
    110108disp('       ''highres'': resolution of overlayed radar amplitude image (default is 0, high resolution is 1).');
    111 disp('       ''hem'': specify hemisphere ''n'' or ''s'' (default is ''s'').');
    112109disp('       ''alpha'': transparency coefficient (the higher, the more transparent). Default is 1.5');
    113110disp('       ''scaling'': scaling factor used by quiver plots. Default is 0.4');

  • issm/trunk/src/m/plot/processdata.m

    r18301 r19105  
    2525        end
    2626        choice=input(['please enter the field number? (between 1 and ' num2str(numel(F)) ')  ']);
    27         [data datatype]=processdata(md,data.(F{choice}),options);
     27        [data datatype]=processdata(md,data(1).(F{choice}),options);
    2828end
    2929
    … …  
    189189        clear databak
    190190end
     191if datatype==3,
     192        %Mask?
     193        if exist(options,'mask'),
     194                flags=getfieldvalue(options,'mask');
     195                pos=find(~flags);
     196                if length(flags)==md.mesh.numberofvertices,
     197                        data(pos,:)=NaN;
     198                elseif length(flags)==md.mesh.numberofelements
     199                        data(md.mesh.elements(pos,:),:)=NaN;
     200                else
     201                        disp('plotmodel warning: mask length not supported yet (supported length are md.mesh.numberofvertices and md.mesh.numberofelements');
     202                end
     203        end
     204end
    191205
    192206%OK, if datatype=0 error out

  • issm/trunk/src/m/plot/processmesh.m

    r17806 r19105  
    2121end
    2222
    23 %first load x,y, etc ... to speed up plot
     23%special case for mesh 3dsurface
     24if strcmp(domaintype(md.mesh),'3Dsurface'),
     25        [x y z elements is2d isplanet] = processmesh(md.mesh,options);
     26        return;
     27end
     28
    2429if ~strcmpi(getfieldvalue(options,'coord','xy'),'latlon'),
    2530        x=md.mesh.x;

  • issm/trunk/src/m/plot/radarpower.m

    r17806 r19105  
    3636%figure out if we should go look for Greenland or Antarctica geotiff, or if user provided one.
    3737if ~exist(options,'overlay_image'),
    38         if strcmpi(md.mesh.hemisphere,'n'),
     38        if md.mesh.epsg==3413,
    3939                %if ~exist(['/u/astrid-r1b/ModelData/MOG/mog150_greenland_map.jpg']),
    4040                %       error(['radarpower error message: file ' '/u/astrid-r1b/ModelData/MOG/mog150_greenland_map.jpg not found.']);
    … …  
    106106                system('rm -rf ./temp.tif');
    107107
    108         elseif strcmpi(md.mesh.hemisphere,'s'),
     108        elseif md.mesh.epsg==3031,
    109109                if ~exist(options,'geotiff_name'),
    110110                        if highres,
    … …  
    138138
    139139        else
    140                 error('field hemisphere should either be ''n'' or ''s''');
     140                error('EPSG code not supported yet (ex: 3413 for UPS Greenland, 3031 for UPS Antarctica)');
    141141        end
    142142else

  • issm/trunk/src/m/plot/showregion.m

    r16137 r19105  
    1515axis equal off
    1616%box off
    17 if strcmpi(md.mesh.hemisphere,'n') | strcmpi(md.mesh.hemisphere,'north'),
     17if md.mesh.epsg==3413,
    1818        A=expread(['/u/astrid-r1b/ModelData/Exp/Greenland.exp']);
    19 elseif strcmpi(md.mesh.hemisphere,'s') | strcmpi(md.mesh.hemisphere,'south'),
     19elseif md.mesh.epsg==3031,
    2020        A=expread(['/u/astrid-r1b/ModelData/Exp/Antarctica.exp']);
    2121else
    22         error('applyoptions error message: hemisphere not defined');
     22        error('md.mesh.epsg not supported yet');
    2323end
    2424

  • issm/trunk/src/m/qmu/dakota_out_parse.m

    r14310 r19105  
    219219dquart3=prctile_issm(data,75,1);
    220220dmax   =max         (data,[],1);
     221dmin95=prctile_issm(data,5,1);
     222dmax95=prctile_issm(data,95,1);
    221223
    222224%  same as Dakota scm, Excel correl
    … …  
    237239    dresp(i).quart3    =dquart3(i);
    238240    dresp(i).max       =dmax(i);
     241         dresp(i).dmin95    =dmin95(i);
     242         dresp(i).dmax95    =dmax95(i);
    239243end
    240244

  • issm/trunk/src/m/qmu/plot/plot_hist_norm.m

    r14310 r19105  
    4444%    ymin2         (numeric, minimum of cdf y-axis)
    4545%    ymax2         (numeric, maximum of cdf y-axis)
    46 %    nrmplt        (char, 'line' or 'off' to change nrm plots from 'bar')
     46%    nrmplt        (char, pass 'l' or 'off' to change nrm plots
     47%                   from default of 'bar' or 'b' to 'line' instead,
     48%                   pass 's' to change nrm plot to 'stairs')                                                 
    4749%    cdfplt        (char, 'off' to turn off cdf line plots)
    4850%    cdfleg        (char, 'off' to turn off cdf legends)
    … …  
    174176
    175177%  parameters
    176 
     178LineWidth=1;
    177179while (iarg <= nargin-1)
    178180    if ischar(varargin{iarg})
    … …  
    180182                {'hmin','hmax','hnint',...
    181183                 'ymin1','ymax1','ymin2','ymax2',...
    182                  'nrmplt','EdgeColor','FaceColor','cdfplt','cdfleg','nrmleg','cmap','titleplt','xlabelplt','ylabelplt','FontSize'},...
     184                 'nrmplt','EdgeColor','FaceColor','LineWidth','cdfplt',...
     185                                     'cdfleg','nrmleg','cmap','titleplt','xlabelplt','ylabelplt','FontSize'},...
    183186                'exact'))
    184187            eval([varargin{iarg} '=varargin{iarg+1};']);
    … …  
    251254    hl1(1*ncol+1:2*ncol)=...
    252255        line(edges(1:end-1),dhistc(1:end-1,1*ncol+1:2*ncol),...
    253              'LineWidth',2);
     256             'LineWidth',LineWidth);
     257elseif strncmpi(nrmplt,'s',1)
     258         hl1=stairs(edges(1:end-1)-(hmax-hmin)/hnint/2,dhistc(1:end-1,1:ncol));
    254259elseif strncmpi(nrmplt,'off',3)
    255260    hl1=bar (edges(1:end-1),dhistc(1:end-1,1:1*ncol));
    … …  
    269274
    270275%set face and edge color
    271 for i=1:length(hl1)
    272         set(hl1(i),'EdgeColor',EdgeColor,'FaceColor',FaceColor);
     276if ~strncmpi(nrmplt,'s',1)
     277        for i=1:length(hl1)
     278                set(hl1(i),'EdgeColor',EdgeColor,'FaceColor',FaceColor,'LineWidth',LineWidth);
     279        end
    273280end
    274281
    … …  
    282289cmap=colormap;
    283290for i=1:length(hl1)
    284     if (length(hl1) > 1)
    285         imap=round((i-1)/(length(hl1)-1)*(size(cmap,1)-1))+1;
    286     else
    287         imap=1;
    288     end
    289     if     strcmpi(get(hl1(i),'Type'),'hggroup')
    290         if ischar(get(hl1(i),'FaceColor')) && ...
    291            strcmpi(get(hl1(i),'FaceColor'),'flat')
    292             set(hl1(i),'FaceColor',cmap(imap,:))
    293         else
    294             set(hl1(i),'FaceColor',get(hl1(i),'FaceColor'))
    295         end
    296     elseif strcmpi(get(hl1(i),'Type'),'line')
    297         set(hl1(i),'Color',cmap(imap,:))
    298     end
     291        if (length(hl1) > 1)
     292                imap=round((i-1)/(length(hl1)-1)*(size(cmap,1)-1))+1;
     293        else
     294                imap=1;
     295        end
     296        if ~strncmpi(nrmplt,'s',1) && strcmpi(get(hl1(i),'Type'),'hggroup')
     297                if ischar(get(hl1(i),'FaceColor')) && ...
     298                                strcmpi(get(hl1(i),'FaceColor'),'flat')
     299                        set(hl1(i),'FaceColor',cmap(imap,:))
     300                else
     301                        set(hl1(i),'FaceColor',get(hl1(i),'FaceColor'))
     302                end
     303        elseif strcmpi(get(hl1(i),'Type'),'line')
     304                set(hl1(i),'Color',cmap(imap,:))
     305        elseif strncmpi(nrmplt,'s',1)
     306                set(hl1(i),'Color',EdgeColor,'LineWidth',2)
     307        end
    299308end
    300309

  • issm/trunk/src/m/solve/WriteData.m

    r17989 r19105  
    2727format  = getfieldvalue(options,'format');
    2828mattype = getfieldvalue(options,'mattype',0);    %only required for matrices
    29 forcinglength = getfieldvalue(options,'forcinglength',-1);
     29timeserieslength = getfieldvalue(options,'timeserieslength',-1);
    3030
    3131%Process sparse matrices
    … …  
    3737if exist(options,'scale'),
    3838        scale = getfieldvalue(options,'scale');
    39         if size(data,1)==forcinglength,
     39        if size(data,1)==timeserieslength,
    4040                data(1:end-1,:) = scale.*data(1:end-1,:);
    4141        else
    … …  
    4343        end
    4444end
    45 if(size(data,1)==forcinglength),
     45if(size(data,1)==timeserieslength),
    4646        yts=365.0*24.0*3600.0;
    4747        data(end,:) = data(end,:)*yts;

  • issm/trunk/src/m/solve/WriteData.py

    r17989 r19105  
    3535        format  = options.getfieldvalue('format')
    3636        mattype = options.getfieldvalue('mattype',0)    #only required for matrices
    37         forcinglength = options.getfieldvalue('forcinglength',-1)
     37        timeserieslength = options.getfieldvalue('timeserieslength',-1)
    3838
    3939        #Process sparse matrices
    … …  
    4646                scale = options.getfieldvalue('scale')
    4747                if numpy.size(data) > 1 :
    48                         if numpy.size(data,0)==forcinglength:
     48                        if numpy.size(data,0)==timeserieslength:
    4949                                data=numpy.array(data)
    5050                                data[0:-1,:] = scale*data[0:-1,:]
    … …  
    5454                        data  = scale*data
    5555        if numpy.size(data) > 1 :
    56                 if numpy.size(data,0)==forcinglength:
     56                if numpy.size(data,0)==timeserieslength:
    5757                        yts=365.0*24.0*3600.0
    5858                        data[-1,:] = yts*data[-1,:]

  • issm/trunk/src/m/solve/parseresultsfromdisk.m

    r18301 r19105  
    184184        elseif strcmp(fieldname,'SurfaceforcingsMassBalance'),
    185185                field = field*yts;
     186        elseif strcmp(fieldname,'CalvingCalvingrate'),
     187                field = field*yts;
    186188        end
    187189

  • issm/trunk/src/m/solve/parseresultsfromdisk.py

    r18301 r19105  
    184184                elif m.strcmp(fieldname,'SurfaceforcingsMassBalance'):
    185185                        field = field*yts
     186                elif m.strcmp(fieldname,'CalvingCalvingrate'):
     187                        field = field*yts
     188
    186189
    187190                result=OrderedDict()

  • issm/trunk/src/m/solve/waitonlock.m

    r17806 r19105  
    2727
    2828%If we are using the generic cluster in interactive mode, job is already complete
    29 if isa(cluster,'generic') & cluster.interactive
     29if (isa(cluster,'generic') & cluster.interactive) | isa(cluster,'generic_static'),
    3030        %We are in interactive mode, no need to check for job completion
    3131        ispresent=1;

  • issm/trunk/src/wrappers

    • Property svn:ignore

      •  

        old new  
        1616*.mexw32.map
        1717*.exe.manifest
         18.dirstamp

  • issm/trunk/src/wrappers/ExpSimplify/ExpSimplify.cpp

    r15396 r19105  
    1818        _printf_("   Example:\n");
    1919        _printf_("      ExpSimplify('file.exp',100);\n");
    20         _printf_("      ExpSimplify('file.exp',100,'remove1',false);\n");
     20        _printf_("      ExpSimplify('file.exp',100,'min',4);\n");
    2121}/*}}}*/
    2222void simplify(Contour<double>* contour,bool* flags,int ind0,int ind1,double tolerance){/*{{{*/

  • issm/trunk/src/wrappers/InterpFromMeshToMesh2d/InterpFromMeshToMesh2d.cpp

    r15396 r19105  
    7676
    7777        /*end module: */
     78        xDelete<int>(index);
     79        xDelete<double>(x_data);
     80        xDelete<double>(y_data);
     81        xDelete<double>(data);
     82        xDelete<double>(x_interp);
     83        xDelete<double>(y_interp);
     84        xDelete<double>(data_interp);
     85        delete options;
    7886        MODULEEND();
    7987}

  • issm/trunk/src/wrappers/IssmConfig/IssmConfig.cpp

    r17989 r19105  
    7676                #endif
    7777        }
     78        else if(strcmp(name,"_PETSC_MINOR_")==0){
     79                #ifdef _PETSC_MINOR_
     80                value = IssmDouble(_PETSC_MINOR_);
     81                #else
     82                _error_("_PETSC_MINOR_ not found in config.h");
     83                #endif
     84        }
    7885        else if(strcmp(name,"_DAKOTA_VERSION_")==0){
    7986                #ifdef _DAKOTA_VERSION_
    … …  
    115122                xMemCpy<char>(svalue,PACKAGE_BUILD_DATE,(strlen(PACKAGE_BUILD_DATE)+1));
    116123        }
     124        else if(strcmp(name,"HOST_OS")==0){
     125                isstring = true;
     126                svalue =xNew<char>(strlen(HOST_OS)+1);
     127                xMemCpy<char>(svalue,HOST_OS,(strlen(HOST_OS)+1));
     128        }
     129        else if(strcmp(name,"USER_NAME")==0){
     130                isstring = true;
     131                svalue =xNew<char>(strlen(USER_NAME)+1);
     132                xMemCpy<char>(svalue,USER_NAME,(strlen(USER_NAME)+1));
     133        }
     134        else if(strcmp(name,"HOST_VENDOR")==0){
     135                isstring = true;
     136                svalue =xNew<char>(strlen(HOST_VENDOR)+1);
     137                xMemCpy<char>(svalue,HOST_VENDOR,(strlen(HOST_VENDOR)+1));
     138        }
     139        else if(strcmp(name,"HOST_OS")==0){
     140                isstring = true;
     141                svalue =xNew<char>(strlen(HOST_OS)+1);
     142                xMemCpy<char>(svalue,HOST_OS,(strlen(HOST_OS)+1));
     143        }
     144        else if(strcmp(name,"HOST_ARCH")==0){
     145                isstring = true;
     146                svalue =xNew<char>(strlen(HOST_ARCH)+1);
     147                xMemCpy<char>(svalue,HOST_ARCH,(strlen(HOST_ARCH)+1));
     148        }
    117149        else{
    118150                _error_("variable " << name << " not supported yet");

  • issm/trunk/src/wrappers/matlab/Makefile.am

    r18301 r19105  
    88
    99#matlab io{{{
    10 lib_LIBRARIES = libISSMMatlab.a
    11 if SHAREDLIBS
    1210lib_LTLIBRARIES = libISSMMatlab.la
    13 else
    14 lib_LTLIBRARIES =
    15 endif
    16 
    17 io_sources= ./include/matlabincludes.h\
    18                                 ./io/matlabio.h\
    19                                 ./io/CheckNumMatlabArguments.cpp\
     11
     12io_sources= ./io/CheckNumMatlabArguments.cpp\
    2013                                ./io/WriteMatlabData.cpp\
    2114                                ./io/FetchMatlabData.cpp
    2215
    23 ALLCXXFLAGS= -fPIC -D_GNU_SOURCE -fno-omit-frame-pointer -pthread -D_CPP_ -D_WRAPPERS_ $(CXXFLAGS) $(CXXOPTFLAGS)
    24 
    25 libISSMMatlab_a_SOURCES = $(io_sources)
    26 libISSMMatlab_a_CXXFLAGS= $(ALLCXXFLAGS)
    27 if SHAREDLIBS
     16ALLCXXFLAGS= -fPIC -D_WRAPPERS_ $(CXXFLAGS) $(CXXOPTFLAGS)
     17
    2818libISSMMatlab_la_SOURCES = $(io_sources)
    29 endif
     19libISSMMatlab_la_CXXFLAGS= $(ALLCXXFLAGS)
    3020#}}}
    3121#api io{{{
    32 lib_LIBRARIES += libISSMApi.a
    33 if SHAREDLIBS
    3422lib_LTLIBRARIES += libISSMApi.la
    35 else
    36 lib_LTLIBRARIES +=
    37 endif
    3823
    3924api_sources= ./io/ApiPrintf.cpp
    4025
    41 libISSMApi_a_SOURCES = $(api_sources)
    42 libISSMApi_a_CXXFLAGS= $(ALLCXXFLAGS)
    43 if SHAREDLIBS
    4426libISSMApi_la_SOURCES = $(api_sources)
    45 endif
     27libISSMApi_la_CXXFLAGS= $(ALLCXXFLAGS)
    4628#}}}
    4729#Wrappers {{{
    … …  
    5436                                                 EnumToString.la\
    5537                                                 ExpSimplify.la\
     38                                                 ExpToLevelSet.la\
    5639                                                 InterpFromGridToMesh.la\
    5740                                                 InterpFromMeshToMesh2d.la\
    … …  
    6245                                                 Ll2xy.la\
    6346                                                 NodeConnectivity.la\
     47                                                 M1qn3.la\
    6448                                                 MeshPartition.la\
    6549                                                 MeshProfileIntersection.la\
    … …  
    9579
    9680#Matlab part
    97 AM_LDFLAGS = -module $(MEXLINK) -shrext ${EXEEXT}  -L/usr/lib
     81AM_LDFLAGS = -module $(MEXLINK) -shrext ${EXEEXT} --export-dynamic -rdynamic
    9882if VERSION
    9983AM_LDFLAGS +=
    … …  
    10286endif
    10387
    104 AM_CXXFLAGS +=  -D_HAVE_MATLAB_MODULES_  -D_GNU_SOURCE -fPIC -fno-omit-frame-pointer -pthread
    105 
    106 if SHAREDLIBS
     88if STANDALONE_MODULES
     89AM_LDFLAGS += -Wl,-static
     90endif
     91
     92AM_CXXFLAGS +=  -D_HAVE_MATLAB_MODULES_ -fPIC
     93
    10794deps += ./libISSMMatlab.la ../../c/libISSMModules.la ../../c/libISSMCore.la ./libISSMApi.la
    10895
    109 else
    110 deps += ./libISSMMatlab.a ../../c/libISSMModules.a ../../c/libISSMCore.a ./libISSMApi.a
    11196if ADOLC
    11297deps += $(ADOLCLIB)
    11398endif
     99
     100if FORTRAN
     101deps += $(FLIBS) $(FORTRANLIB)
    114102endif
    115103
    … …  
    121109#}}}
    122110# Module sources and dependencies {{{
    123 libISSMMatlab_la_LIBADD = ./../../c/libISSMCore.la ./../../c/libISSMModules.la $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(MATHLIB) $(MEXLIB)
    124 libISSMMatlab_la_LDFLAGS = -module -export-dynamic
    125 
    126 libISSMApi_la_LIBADD = $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(MATHLIB) $(MEXLIB)
    127 libISSMApi_la_LDFLAGS = -module -export-dynamic
    128 
    129 BamgMesher_la_SOURCES = ../BamgMesher/BamgMesher.cpp\
    130                                                                 ../BamgMesher/BamgMesher.h
    131 BamgMesher_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
    132 
    133 BamgConvertMesh_la_SOURCES = ../BamgConvertMesh/BamgConvertMesh.cpp\
    134                                                                           ../BamgConvertMesh/BamgConvertMesh.h
    135 BamgConvertMesh_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
    136 
    137 BamgTriangulate_la_SOURCES = ../BamgTriangulate/BamgTriangulate.cpp\
    138                                                                           ../BamgTriangulate/BamgTriangulate.h
    139 BamgTriangulate_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
    140 
    141 Chaco_la_SOURCES = ../Chaco/Chaco.cpp\
    142                                                  ../Chaco/Chaco.h
    143 Chaco_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(CHACOLIB) $(GSLLIB) $(PETSCLIB)
    144 
    145 ContourToMesh_la_SOURCES = ../ContourToMesh/ContourToMesh.cpp\
    146                                                                         ../ContourToMesh/ContourToMesh.h
    147 ContourToMesh_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(GSLLIB)
    148 
    149 ContourToNodes_la_SOURCES = ../ContourToNodes/ContourToNodes.cpp\
    150                                                                          ../ContourToNodes/ContourToNodes.h
    151 ContourToNodes_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
    152 
    153 ElementConnectivity_la_SOURCES = ../ElementConnectivity/ElementConnectivity.cpp\
    154                                                                                         ../ElementConnectivity/ElementConnectivity.h
    155 ElementConnectivity_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
    156 
    157 EnumToString_la_SOURCES = ../EnumToString/EnumToString.cpp\
    158                                                                   ../EnumToString/EnumToString.h
    159 EnumToString_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
    160 
    161 StringToEnum_la_SOURCES = ../StringToEnum/StringToEnum.cpp\
    162                                                                   ../StringToEnum/StringToEnum.h
    163 StringToEnum_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
    164 
    165 InterpFromGridToMesh_la_SOURCES = ../InterpFromGridToMesh/InterpFromGridToMesh.cpp\
    166                                                                                          ../InterpFromGridToMesh/InterpFromGridToMesh.h
    167 InterpFromGridToMesh_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(GSLLIB)
    168 
    169 InterpFromMeshToMesh2d_la_SOURCES = ../InterpFromMeshToMesh2d/InterpFromMeshToMesh2d.cpp\
    170                                                                                                 ../InterpFromMeshToMesh2d/InterpFromMeshToMesh2d.h
    171 InterpFromMeshToMesh2d_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(GSLLIB)
    172 
    173 InterpFromMeshToMesh3d_la_SOURCES = ../InterpFromMeshToMesh3d/InterpFromMeshToMesh3d.cpp\
    174                                                                                                 ../InterpFromMeshToMesh3d/InterpFromMeshToMesh3d.h
    175 InterpFromMeshToMesh3d_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
    176 
    177 InterpFromMeshToGrid_la_SOURCES = ../InterpFromMeshToGrid/InterpFromMeshToGrid.cpp\
    178                                                                                          ../InterpFromMeshToGrid/InterpFromMeshToGrid.h
    179 InterpFromMeshToGrid_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
    180 
    181 InterpFromMesh2d_la_SOURCES = ../InterpFromMesh2d/InterpFromMesh2d.cpp\
    182                                                                                 ../InterpFromMesh2d/InterpFromMesh2d.h
    183 InterpFromMesh2d_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(GSLLIB)
    184 
    185 IssmConfig_la_SOURCES = ../IssmConfig/IssmConfig.cpp\
    186                                                                                 ../IssmConfig/IssmConfig.h
     111libISSMMatlab_la_LIBADD = ./../../c/libISSMCore.la ./../../c/libISSMModules.la $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB) $(MATHLIB) $(MEXLIB)
     112
     113if STANDALONE_LIBRARIES
     114libISSMMatlab_la_LDFLAGS = -static
     115endif
     116
     117libISSMApi_la_LIBADD = $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB) $(MATHLIB) $(MEXLIB)
     118
     119if STANDALONE_LIBRARIES
     120libISSMApi_la_LDFLAGS = -static
     121endif
     122
     123BamgMesher_la_SOURCES = ../BamgMesher/BamgMesher.cpp
     124BamgMesher_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     125
     126BamgConvertMesh_la_SOURCES = ../BamgConvertMesh/BamgConvertMesh.cpp
     127BamgConvertMesh_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     128
     129BamgTriangulate_la_SOURCES = ../BamgTriangulate/BamgTriangulate.cpp
     130BamgTriangulate_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     131
     132Chaco_la_SOURCES = ../Chaco/Chaco.cpp
     133Chaco_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(CHACOLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB) $(PETSCLIB)
     134
     135ContourToMesh_la_SOURCES = ../ContourToMesh/ContourToMesh.cpp
     136ContourToMesh_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     137
     138ExpToLevelSet_la_SOURCES = ../ExpToLevelSet/ExpToLevelSet.cpp
     139ExpToLevelSet_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     140
     141
     142ContourToNodes_la_SOURCES = ../ContourToNodes/ContourToNodes.cpp
     143ContourToNodes_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     144
     145ElementConnectivity_la_SOURCES = ../ElementConnectivity/ElementConnectivity.cpp
     146ElementConnectivity_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     147
     148EnumToString_la_SOURCES = ../EnumToString/EnumToString.cpp
     149EnumToString_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     150
     151StringToEnum_la_SOURCES = ../StringToEnum/StringToEnum.cpp
     152StringToEnum_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     153
     154InterpFromGridToMesh_la_SOURCES = ../InterpFromGridToMesh/InterpFromGridToMesh.cpp
     155InterpFromGridToMesh_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     156
     157InterpFromMeshToMesh2d_la_SOURCES = ../InterpFromMeshToMesh2d/InterpFromMeshToMesh2d.cpp
     158InterpFromMeshToMesh2d_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     159
     160InterpFromMeshToMesh3d_la_SOURCES = ../InterpFromMeshToMesh3d/InterpFromMeshToMesh3d.cpp
     161InterpFromMeshToMesh3d_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     162
     163InterpFromMeshToGrid_la_SOURCES = ../InterpFromMeshToGrid/InterpFromMeshToGrid.cpp
     164InterpFromMeshToGrid_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     165
     166InterpFromMesh2d_la_SOURCES = ../InterpFromMesh2d/InterpFromMesh2d.cpp
     167InterpFromMesh2d_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     168
     169IssmConfig_la_SOURCES = ../IssmConfig/IssmConfig.cpp
    187170IssmConfig_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB)
    188171
    189 KMLFileRead_la_SOURCES = ../KMLFileRead/KMLFileRead.cpp\
    190                                                                  ../KMLFileRead/KMLFileRead.h
    191 KMLFileRead_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
    192 
    193 KMLMeshWrite_la_SOURCES = ../KMLMeshWrite/KMLMeshWrite.cpp\
    194                                                                   ../KMLMeshWrite/KMLMeshWrite.h
    195 KMLMeshWrite_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
    196 
    197 KMLOverlay_la_SOURCES = ../KMLOverlay/KMLOverlay.cpp\
    198                                                                 ../KMLOverlay/KMLOverlay.h
    199 KMLOverlay_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
    200 
    201 Xy2ll_la_SOURCES = ../Xy2ll/Xy2ll.cpp\
    202                                                  ../Xy2ll/Xy2ll.h
    203 Xy2ll_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
    204 
    205 Ll2xy_la_SOURCES = ../Ll2xy/Ll2xy.cpp\
    206                                                  ../Ll2xy/Ll2xy.h
    207 Ll2xy_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
    208 
    209 ExpSimplify_la_SOURCES = ../ExpSimplify/ExpSimplify.cpp\
    210                                                         ../ExpSimplify/ExpSimplify.h
    211 ExpSimplify_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
    212 
    213 Exp2Kml_la_SOURCES = ../Exp2Kml/Exp2Kml.cpp\
    214                                                         ../Exp2Kml/Exp2Kml.h
    215 Exp2Kml_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
    216 
    217 Kml2Exp_la_SOURCES = ../Kml2Exp/Kml2Exp.cpp\
    218                                                         ../Kml2Exp/Kml2Exp.h
    219 Kml2Exp_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
    220 
    221 Kriging_la_SOURCES = ../Kriging/Kriging.cpp\
    222                                                         ../Kriging/Kriging.h
    223 Kriging_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(GSLLIB)
    224 
    225 MeshPartition_la_SOURCES = ../MeshPartition/MeshPartition.cpp\
    226                                                                         ../MeshPartition/MeshPartition.h
    227 MeshPartition_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(METISLIB) $(GSLLIB)
    228 
    229 MeshProfileIntersection_la_SOURCES = ../MeshProfileIntersection/MeshProfileIntersection.cpp\
    230                                                                                                  ../MeshProfileIntersection/MeshProfileIntersection.h
    231 MeshProfileIntersection_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
    232 
    233 NodeConnectivity_la_SOURCES = ../NodeConnectivity/NodeConnectivity.cpp\
    234                                                                                 ../NodeConnectivity/NodeConnectivity.h
    235 NodeConnectivity_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
    236 
    237 PointCloudFindNeighbors_la_SOURCES = ../PointCloudFindNeighbors/PointCloudFindNeighbors.cpp\
    238                                                                                                  ../PointCloudFindNeighbors/PointCloudFindNeighbors.h
    239 PointCloudFindNeighbors_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(GSLLIB)
    240 
    241 PropagateFlagsFromConnectivity_la_SOURCES = ../PropagateFlagsFromConnectivity/PropagateFlagsFromConnectivity.cpp\
    242                                                                                                                   ../PropagateFlagsFromConnectivity/PropagateFlagsFromConnectivity.h
    243 PropagateFlagsFromConnectivity_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
    244 
    245 Scotch_la_SOURCES = ../Scotch/Scotch.cpp\
    246                                                   ../Scotch/Scotch.h
     172KMLFileRead_la_SOURCES = ../KMLFileRead/KMLFileRead.cpp
     173KMLFileRead_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     174
     175KMLMeshWrite_la_SOURCES = ../KMLMeshWrite/KMLMeshWrite.cpp
     176KMLMeshWrite_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     177
     178KMLOverlay_la_SOURCES = ../KMLOverlay/KMLOverlay.cpp
     179KMLOverlay_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     180
     181Xy2ll_la_SOURCES = ../Xy2ll/Xy2ll.cpp
     182Xy2ll_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     183
     184Ll2xy_la_SOURCES = ../Ll2xy/Ll2xy.cpp
     185Ll2xy_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     186
     187ExpSimplify_la_SOURCES = ../ExpSimplify/ExpSimplify.cpp
     188ExpSimplify_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     189
     190Exp2Kml_la_SOURCES = ../Exp2Kml/Exp2Kml.cpp
     191Exp2Kml_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     192
     193Kml2Exp_la_SOURCES = ../Kml2Exp/Kml2Exp.cpp
     194Kml2Exp_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     195
     196Kriging_la_SOURCES = ../Kriging/Kriging.cpp
     197Kriging_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     198
     199MeshPartition_la_SOURCES = ../MeshPartition/MeshPartition.cpp
     200MeshPartition_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(METISLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     201
     202M1qn3_la_SOURCES = ../M1qn3/M1qn3.cpp
     203M1qn3_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(METISLIB) $(M1QN3LIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     204
     205MeshProfileIntersection_la_SOURCES = ../MeshProfileIntersection/MeshProfileIntersection.cpp
     206MeshProfileIntersection_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     207
     208NodeConnectivity_la_SOURCES = ../NodeConnectivity/NodeConnectivity.cpp
     209NodeConnectivity_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     210
     211PointCloudFindNeighbors_la_SOURCES = ../PointCloudFindNeighbors/PointCloudFindNeighbors.cpp
     212PointCloudFindNeighbors_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     213
     214PropagateFlagsFromConnectivity_la_SOURCES = ../PropagateFlagsFromConnectivity/PropagateFlagsFromConnectivity.cpp
     215PropagateFlagsFromConnectivity_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     216
     217Scotch_la_SOURCES = ../Scotch/Scotch.cpp
    247218Scotch_la_LIBADD = ${deps} $(SCOTCHLIB) $(MPILIB) $(BLASLAPACKLIB)
    248219
    249 ShpRead_la_SOURCES = ../ShpRead/ShpRead.cpp\
    250                                                         ../ShpRead/ShpRead.h
    251 ShpRead_la_LIBADD = ${deps} $(SHAPELIBLIB) $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
    252 
    253 Shp2Kml_la_SOURCES = ../Shp2Kml/Shp2Kml.cpp\
    254                                                         ../Shp2Kml/Shp2Kml.h
    255 Shp2Kml_la_LIBADD = ${deps} $(SHAPELIBLIB) $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
    256 
    257 TriaSearch_la_SOURCES = ../TriaSearch/TriaSearch.cpp\
    258                                                                 ../TriaSearch/TriaSearch.h
    259 TriaSearch_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
    260 
    261 TriMesh_la_SOURCES = ../TriMesh/TriMesh.cpp\
    262                                                         ../TriMesh/TriMesh.h
    263 TriMesh_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(TRIANGLELIB) $(GSLLIB)
    264 
    265 TriMeshProcessRifts_la_SOURCES = ../TriMeshProcessRifts/TriMeshProcessRifts.cpp\
    266                                                                                         ../TriMeshProcessRifts/TriMeshProcessRifts.h
    267 TriMeshProcessRifts_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
    268 #}}}
     220ShpRead_la_SOURCES = ../ShpRead/ShpRead.cpp
     221ShpRead_la_LIBADD = ${deps} $(SHAPELIBLIB) $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     222
     223Shp2Kml_la_SOURCES = ../Shp2Kml/Shp2Kml.cpp
     224Shp2Kml_la_LIBADD = ${deps} $(SHAPELIBLIB) $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     225
     226TriaSearch_la_SOURCES = ../TriaSearch/TriaSearch.cpp
     227TriaSearch_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     228
     229TriMesh_la_SOURCES = ../TriMesh/TriMesh.cpp
     230TriMesh_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(TRIANGLELIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     231
     232TriMeshProcessRifts_la_SOURCES = ../TriMeshProcessRifts/TriMeshProcessRifts.cpp
     233TriMeshProcessRifts_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     234#}}}

  • issm/trunk/src/wrappers/matlab/io/WriteMatlabData.cpp

    r15396 r19105  
    192192        int         i;
    193193        mxArray    *dataref           = NULL;
    194         const int   numfields         = 16;
     194        const int   numfields         = 17;
    195195        const char *fnames[numfields];
    196196        mwSize      ndim              = 2;
    … …  
    215215        fnames[i++] = "CrackedVertices";
    216216        fnames[i++] = "CrackedEdges";
     217        fnames[i++] = "PreviousNumbering";
    217218        _assert_(i==numfields);
    218219
    … …  
    238239        i++; SetStructureField(dataref,"CrackedVertices", bamgmesh->CrackedVerticesSize[0],bamgmesh->CrackedVerticesSize[1], bamgmesh->CrackedVertices);
    239240        i++; SetStructureField(dataref,"CrackedEdges",bamgmesh->CrackedEdgesSize[0], bamgmesh->CrackedEdgesSize[1],bamgmesh->CrackedEdges);
     241        i++; SetStructureField(dataref,"PreviousNumbering",bamgmesh->VerticesSize[0],1,bamgmesh->PreviousNumbering);
    240242        _assert_(i==numfields);
    241243

  • issm/trunk/src/wrappers/python/Makefile.am

    r18301 r19105  
    88
    99#python io{{{
    10 lib_LIBRARIES = libISSMPython.a
    11 if SHAREDLIBS
    1210lib_LTLIBRARIES = libISSMPython.la
    13 else
    14 lib_LTLIBRARIES =
    15 endif
    1611
    17 io_sources= ./include/pythonincludes.h\
    18                                 ./io/pythonio.h\
    19                                 ./io/WritePythonData.cpp\
     12io_sources= ./io/WritePythonData.cpp\
    2013                                ./io/CheckNumPythonArguments.cpp\
    2114                                ./io/FetchPythonData.cpp
    2215
    23 ALLCXXFLAGS= -fPIC -D_GNU_SOURCE -fno-omit-frame-pointer -pthread -D_CPP_  -D_WRAPPERS_ $(CXXFLAGS) $(CXXOPTFLAGS)
    24 libISSMPython_a_SOURCES = $(io_sources)
    25 libISSMPython_a_CXXFLAGS= $(ALLCXXFLAGS)
    26 if SHAREDLIBS
     16ALLCXXFLAGS= -fPIC -D_WRAPPERS_ $(CXXFLAGS) $(CXXOPTFLAGS)
    2717libISSMPython_la_SOURCES = $(io_sources)
    28 endif
     18libISSMPython_la_CXXFLAGS= $(ALLCXXFLAGS)
    2919#}}}
    3020#api io{{{
    31 lib_LIBRARIES += libISSMApi.a
    32 if SHAREDLIBS
    3321lib_LTLIBRARIES += libISSMApi.la
    34 else
    35 lib_LTLIBRARIES +=
    36 endif
    3722
    3823api_sources= ./io/ApiPrintf.cpp
    3924
    40 libISSMApi_a_SOURCES = $(api_sources)
    41 libISSMApi_a_CXXFLAGS= $(ALLCXXFLAGS)
    42 if SHAREDLIBS
    4325libISSMApi_la_SOURCES = $(api_sources)
    44 endif
     26libISSMApi_la_CXXFLAGS= $(ALLCXXFLAGS)
    4527#}}}
    4628#Wrappers {{{
     29if WRAPPERS
    4730lib_LTLIBRARIES += BamgConvertMesh.la\
    48                                                  BamgMesher.la\
    49                                                  ContourToMesh.la\
    50                                                  ContourToNodes.la\
    51                                                  ElementConnectivity.la\
    52                                                  EnumToString.la\
    53                                                  InterpFromMeshToMesh2d.la\
    54                                                  InterpFromMeshToMesh3d.la\
    55                                                  InterpFromGridToMesh.la\
    56                                                  InterpFromMeshToGrid.la\
    57                                                  IssmConfig.la\
    58                                                  MeshProfileIntersection.la\
    59                                                  NodeConnectivity.la\
    60                                                  StringToEnum.la\
    61                                                  TriMesh.la\
    62                                                  TriMeshProcessRifts.la
     31                                                BamgMesher.la\
     32                                                ContourToMesh.la\
     33                                                ContourToNodes.la\
     34                                                ElementConnectivity.la\
     35                                                EnumToString.la\
     36                                                InterpFromMeshToMesh2d.la\
     37                                                InterpFromMeshToMesh3d.la\
     38                                                InterpFromGridToMesh.la\
     39                                                InterpFromMeshToGrid.la\
     40                                                IssmConfig.la\
     41                                                MeshProfileIntersection.la\
     42                                                NodeConnectivity.la\
     43                                                StringToEnum.la\
     44                                                TriMesh.la\
     45                                                TriMeshProcessRifts.la
     46endif
    6347#}}}
    6448#Flags and libraries {{{
    65 #if SHAREDLIBS
    66 #deps = ../../c/libISSMCore.la ../../c/libISSMModules.la
    67 #else
    68 #deps = ../../c/libISSMCore.a ../../c/libISSMModules.a
    69 #endif
    70 #deps +=  $(MATHLIB) ${PYTHONLIB}
    7149deps =  $(MATHLIB) ${PYTHONLIB}
    7250
    … …  
    8159AM_LDFLAGS += -avoid-version
    8260endif
    83 if SHAREDLIBS
     61
     62if STANDALONE_MODULES
     63AM_LDFLAGS += -Wl,-static
     64endif
     65
    8466deps += ./libISSMPython.la
    85 else
    86 deps += ./libISSMPython.a
    8767AM_LDFLAGS += --no-warnings
    88 endif
    8968
    9069AM_CXXFLAGS +=  -D_HAVE_PYTHON_MODULES_   -fPIC
    … …  
    9372endif
    9473
    95 if SHAREDLIBS           
    96 deps +=                 
    97 else             
    98 deps += ../../c/libISSMModules.a ../../c/libISSMCore.a           
     74deps += ../../c/libISSMModules.la ../../c/libISSMCore.la
    9975if ADOLC
    10076deps += $(ADOLCLIB)
    10177endif
    10278
    103 if SHAREDLIBS
    10479deps += ./libISSMApi.la
    105 else
    106 deps += ./libISSMApi.a
     80
     81if STANDALONE_LIBRARIES
     82libISSMPython_la_LDFLAGS = -static
    10783endif
    108 
    109 
    110 
    111 endif
     84if STANDALONE_LIBRARIES
     85libISSMApi_la_LDFLAGS = -static
     86endif
    11287
    11388#Optimization flags:
    … …  
    11590#}}}
    11691#Bin sources {{{
    117 BamgConvertMesh_la_SOURCES = ../BamgConvertMesh/BamgConvertMesh.cpp\
    118                                                                           ../BamgConvertMesh/BamgConvertMesh.h
    119 BamgConvertMesh_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
     92BamgConvertMesh_la_SOURCES = ../BamgConvertMesh/BamgConvertMesh.cpp
     93BamgConvertMesh_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    12094
    121 BamgMesher_la_SOURCES = ../BamgMesher/BamgMesher.cpp\
    122                                                                 ../BamgMesher/BamgMesher.h
    123 BamgMesher_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
     95BamgMesher_la_SOURCES = ../BamgMesher/BamgMesher.cpp
     96BamgMesher_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    12497
    125 ContourToMesh_la_SOURCES = ../ContourToMesh/ContourToMesh.cpp\
    126                                                                          ../ContourToMesh/ContourToMesh.h
    127 ContourToMesh_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
     98ContourToMesh_la_SOURCES = ../ContourToMesh/ContourToMesh.cpp
     99ContourToMesh_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    128100
    129 ContourToNodes_la_SOURCES = ../ContourToNodes/ContourToNodes.cpp\
    130                                                                          ../ContourToNodes/ContourToNodes.h
    131 ContourToNodes_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
     101ContourToNodes_la_SOURCES = ../ContourToNodes/ContourToNodes.cpp
     102ContourToNodes_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    132103
    133 ElementConnectivity_la_SOURCES = ../ElementConnectivity/ElementConnectivity.cpp\
    134                                                                                         ../ElementConnectivity/ElementConnectivity.h
    135 ElementConnectivity_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
     104ElementConnectivity_la_SOURCES = ../ElementConnectivity/ElementConnectivity.cpp
     105ElementConnectivity_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    136106
    137 EnumToString_la_SOURCES = ../EnumToString/EnumToString.cpp\
    138                                                                   ../EnumToString/EnumToString.h
    139 EnumToString_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
     107EnumToString_la_SOURCES = ../EnumToString/EnumToString.cpp
     108EnumToString_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    140109
    141 InterpFromMeshToMesh2d_la_SOURCES = ../InterpFromMeshToMesh2d/InterpFromMeshToMesh2d.cpp\
    142                                                                                                 ../InterpFromMeshToMesh2d/InterpFromMeshToMesh2d.h
    143 InterpFromMeshToMesh2d_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(GSLLIB)
     110InterpFromMeshToMesh2d_la_SOURCES = ../InterpFromMeshToMesh2d/InterpFromMeshToMesh2d.cpp
     111InterpFromMeshToMesh2d_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    144112
    145 InterpFromMeshToMesh3d_la_SOURCES = ../InterpFromMeshToMesh3d/InterpFromMeshToMesh3d.cpp\
    146                                                                                                 ../InterpFromMeshToMesh3d/InterpFromMeshToMesh3d.h
    147 InterpFromMeshToMesh3d_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(GSLLIB)
     113InterpFromMeshToMesh3d_la_SOURCES = ../InterpFromMeshToMesh3d/InterpFromMeshToMesh3d.cpp
     114InterpFromMeshToMesh3d_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    148115
    149 InterpFromGridToMesh_la_SOURCES = ../InterpFromGridToMesh/InterpFromGridToMesh.cpp\
    150                                                                                                 ../InterpFromGridToMesh/InterpFromGridToMesh.h
    151 InterpFromGridToMesh_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(GSLLIB)
     116InterpFromGridToMesh_la_SOURCES = ../InterpFromGridToMesh/InterpFromGridToMesh.cpp
     117InterpFromGridToMesh_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    152118
    153 InterpFromMeshToGrid_la_SOURCES = ../InterpFromMeshToGrid/InterpFromMeshToGrid.cpp\
    154                                                                                                 ../InterpFromMeshToGrid/InterpFromMeshToGrid.h
    155 InterpFromMeshToGrid_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(GSLLIB)
     119InterpFromMeshToGrid_la_SOURCES = ../InterpFromMeshToGrid/InterpFromMeshToGrid.cpp
     120InterpFromMeshToGrid_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    156121
    157 IssmConfig_la_SOURCES = ../IssmConfig/IssmConfig.cpp\
    158                                                                                          ../IssmConfig/IssmConfig.h
     122IssmConfig_la_SOURCES = ../IssmConfig/IssmConfig.cpp
    159123IssmConfig_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB)
    160124
    161 MeshProfileIntersection_la_SOURCES = ../MeshProfileIntersection/MeshProfileIntersection.cpp\
    162                                                                                 ../MeshProfileIntersection/MeshProfileIntersection.h
    163 MeshProfileIntersection_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
     125MeshProfileIntersection_la_SOURCES = ../MeshProfileIntersection/MeshProfileIntersection.cpp
     126MeshProfileIntersection_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    164127
    165 NodeConnectivity_la_SOURCES = ../NodeConnectivity/NodeConnectivity.cpp\
    166                                                                                 ../NodeConnectivity/NodeConnectivity.h
    167 NodeConnectivity_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
     128NodeConnectivity_la_SOURCES = ../NodeConnectivity/NodeConnectivity.cpp
     129NodeConnectivity_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    168130
    169 StringToEnum_la_SOURCES = ../StringToEnum/StringToEnum.cpp\
    170                                                                   ../StringToEnum/StringToEnum.h
    171 StringToEnum_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
     131StringToEnum_la_SOURCES = ../StringToEnum/StringToEnum.cpp
     132StringToEnum_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    172133
    173 TriMesh_la_SOURCES = ../TriMesh/TriMesh.cpp\
    174                                                         ../TriMesh/TriMesh.h
    175 TriMesh_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(TRIANGLELIB) $(GSLLIB)
     134TriMesh_la_SOURCES = ../TriMesh/TriMesh.cpp
     135TriMesh_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(TRIANGLELIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    176136
    177 TriMeshProcessRifts_la_SOURCES = ../TriMeshProcessRifts/TriMeshProcessRifts.cpp\
    178                                                                                         ../TriMeshProcessRifts/TriMeshProcessRifts.h
    179 TriMeshProcessRifts_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB)
     137TriMeshProcessRifts_la_SOURCES = ../TriMeshProcessRifts/TriMeshProcessRifts.cpp
     138TriMeshProcessRifts_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    180139#}}}

  • issm/trunk/src/wrappers/python/include/wrapper_macros.h

    r16560 r19105  
    1515/* MODULEBOOT/MODULEEND {{{*/
    1616
    17 /*The following macros hide the error exception handling in a matlab module. Just put
     17/*The following macros hide the error exception handling in a python module. Just put
    1818 * MODULEBOOT(); and MODULEEND(); at the beginning and end of a module, and c++ exceptions
    1919 * will be trapped*/

  • issm/trunk/src/wrappers/python/io/WritePythonData.cpp

    r15396 r19105  
    3535        PyObject* array=NULL;
    3636
    37         dims[0]=(npy_intp)M;
    38         dims[1]=(npy_intp)N;
    39         array=PyArray_SimpleNewFromData(2,dims,NPY_DOUBLE,matrix);
     37        /*copy matrix: */
     38        double* matrix_python=xNew<double>(M*N);
     39        memcpy(matrix_python,matrix,M*N*sizeof(double));
     40
     41        dims[0]=(npy_intp)M;
     42        dims[1]=(npy_intp)N;
     43        array=PyArray_SimpleNewFromData(2,dims,NPY_DOUBLE,matrix_python);
    4044
    4145        PyTuple_SetItem(tuple, index, array);
    … …  
    4751        PyObject* array=NULL;
    4852
    49         /*intermediary:*/
    50         long* lmatrix=NULL;
    51         int i;
    52 
    5353        /*transform into long matrix: */
    54         lmatrix=xNew<long>(M*N);
    55         for(i=0;i<M*N;i++)lmatrix[i]=(long)matrix[i];
     54        long* lmatrix=xNew<long>(M*N);
     55        for(int i=0;i<M*N;i++)lmatrix[i]=(long)matrix[i];
    5656
    5757        dims[0]=(npy_intp)M;
    … …  
    6767        PyObject* array=NULL;
    6868
    69         dims[0]=(npy_intp)M;
    70         dims[1]=(npy_intp)N;
    71         array=PyArray_SimpleNewFromData(2,dims,NPY_BOOL,matrix);
     69        /*copy matrix: */
     70        bool* matrix_python=xNew<bool>(M*N);
     71        memcpy(matrix_python,matrix,M*N*sizeof(bool));
     72
     73        dims[0]=(npy_intp)M;
     74        dims[1]=(npy_intp)N;
     75        array=PyArray_SimpleNewFromData(2,dims,NPY_BOOL,matrix_python);
    7276
    7377        PyTuple_SetItem(tuple, index, array);
    … …  
    7680void WriteData(PyObject* py_tuple, int index, double* vector, int M){
    7781
    78         double   *buffer = NULL;
    7982        npy_intp  dim   = 10;
    8083        PyObject *array = NULL;
    8184
    82         /*Copy vector*/
    83         buffer=xNew<double>(M);
    84         for(int i=0;i<M;i++)buffer[i]=vector[i];
     85
     86        /*copy vector: */
     87        double* vector_python=xNew<double>(M);
     88        memcpy(vector_python,vector,M*sizeof(double));
    8589
    8690        dim=(npy_intp)M;
    87         array=PyArray_SimpleNewFromData(1,&dim,NPY_DOUBLE,buffer);
     91        array=PyArray_SimpleNewFromData(1,&dim,NPY_DOUBLE,vector_python);
    8892
    8993        PyTuple_SetItem(py_tuple, index, array);
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.