Ignore:
Timestamp:
09/19/12 09:32:34 (12 years ago)
Author:
Mathieu Morlighem
Message:

merged trunk-jpl and trunk for revision 13393

Location:
issm/trunk
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • issm/trunk

  • issm/trunk/etc/environment.csh

    r12707 r13395  
    11#ISSM_DIR and ISSM_ARCH should have been defined already in your shell settings file (.bashrc, .cshrc, etc ...)
    2 source $ISSM_DIR/etc/environment_variables.csh
    32
    4 #Do we have any command line arguments? (such as MATLAB_DIR=otherdirthandefault), source them before exporting the variables
    5 #to environment.
    6 
    7 #foreach i ($@)
    8 #eval $i
    9 #end
    10 
    11 #CRON utilities
    12 setenv PATH {$PATH}:{$ISSM_DIR}/cron
    13 
    14 #SCRIPTS utilities
     3#Load ISSM scripts
    154setenv PATH {$PATH}:{$ISSM_DIR}/scripts
    165
    176#MATLAB
    18 setenv MATLAB_DIR {$MATLAB_DIR}
    19 setenv PATH {$MATLAB_DIR}/bin:{$PATH}
    20 setenv LD_LIBRARY_PATH {$LD_LIBRARY_PATH}:$MATLAB_DIR/lib
     7set MATLAB_DIR="$ISSM_DIR/externalpackages/matlab/install"
     8if (-d MATLAB_DIR) then
     9        setenv MATLAB_DIR {$MATLAB_DIR}
     10        setenv PATH {$MATLAB_DIR}/bin:{$PATH}
     11        setenv LD_LIBRARY_PATH {$LD_LIBRARY_PATH}:{$MATLAB_DIR}/bin/glnxa64
     12endif
    2113
    2214#MPI
    23 setenv MPI_DIR {$MPI_DIR}
    24 setenv PATH {$MPI_DIR}/bin:{$PATH}
    25 setenv LD_LIBRARY_PATH {$LD_LIBRARY_PATH}:$MPI_DIR/lib
    26 setenv MANPATH {$MANPATH}:$MPI_DIR/man
    27 setenv MPIRUN_NPROCS 8
     15set MPI_DIR="$ISSM_DIR/externalpackages/mpich2/install"
     16if (-d $MPI_DIR) then
     17        setenv MPI_DIR {$MPI_DIR}
     18        setenv PATH {$MPI_DIR}/bin:{$PATH}
     19        setenv LD_LIBRARY_PATH {$LD_LIBRARY_PATH}:$MPI_DIR/lib
     20        setenv MANPATH {$MANPATH}:$MPI_DIR/man
     21endif
    2822
    2923#PETSC
    30 setenv PETSC_DIR {$PETSC_DIR}
    31 setenv LD_LIBRARY_PATH {$LD_LIBRARY_PATH}:$PETSC_DIR/lib/{$ISSM_ARCH}
     24set PETSC_DIR="$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install"
     25if (-d $PETSC_DIR) then
     26        setenv PETSC_DIR {$PETSC_DIR}
     27        setenv LD_LIBRARY_PATH {$LD_LIBRARY_PATH}:$PETSC_DIR/lib/{$ISSM_ARCH}
     28endif
    3229
    3330#SLEPC
    34 setenv SLEPC_DIR {$SLEPC_DIR}
    35 setenv LD_LIBRARY_PATH {$LD_LIBRARY_PATH}:$SLEPC_DIR/lib/{$ISSM_ARCH}
     31set SLEPC_DIR="$ISSM_DIR/externalpackages/slepc/install"
     32if (-d $SLEPC_DIR) then
     33        setenv LD_LIBRARY_PATH {$LD_LIBRARY_PATH}:$SLEPC_DIR/lib/{$ISSM_ARCH}
     34endif
    3635
     36#PETSC
     37set TAO_DIR="$ISSM_DIR/externalpackages/tao/install"
     38if (-d $TAO_DIR) then
     39        setenv LD_LIBRARY_PATH {$LD_LIBRARY_PATH}:$TAO_DIR/lib/{$ISSM_ARCH}
     40endif
    3741
    3842#Dakota
    39 setenv DAKOTA_DIR {$DAKOTA_DIR}
    40 setenv PATH {$PATH}:{$DAKOTA_DIR}/bin
    41 setenv MANPATH {$MANPATH}:{$MPI_DIR}/man:{$DAKOTA_DIR}/docs/man:{$DAKOTA_DIR}/docs/man-ref
    42 
    43 #Qhull
    44 setenv QHULL_DIR {$QHULL_DIR}
    45 setenv LD_LIBRARY_PATH {$LD_LIBRARY_PATH}:{$QHULL_DIR}/lib
    46 
     43set DAKOTA_DIR="$ISSM_DIR/externalpackages/dakota/install"
     44if (-d $DAKOTA_DIR) then
     45        setenv PATH {$PATH}:{$DAKOTA_DIR}/bin
     46        setenv MANPATH {$MANPATH}:{$MPI_DIR}/man:{$DAKOTA_DIR}/docs/man:{$DAKOTA_DIR}/docs/man-ref
     47endif
    4748
    4849#Doxygen
    49 setenv DOXYGEN_DIR {$DOXYGEN_DIR}
    50 setenv MANPATH {$MANPATH}:{$DOXYGEN_DIR}/man
    51 setenv PATH {$PATH}:{$DOXYGEN_DIR}/bin
     50set DOXYGEN_DIR="$ISSM_DIR/externalpackages/doxygen/install"
     51if (-d $DOXYGEN_DIR) then
     52        setenv MANPATH {$MANPATH}:{$DOXYGEN_DIR}/man
     53        setenv PATH {$PATH}:{$DOXYGEN_DIR}/bin
     54endif
    5255
    53 #MTOC
    54 setenv MTOC_DIR {$MTOC_DIR}
    55 setenv PATH {$PATH}:{$MTOC_DIR}
     56#AUTOTOOLS
     57set AUTOTOOLS_DIR="$ISSM_DIR/externalpackages/autotools/install"
     58if (-d $AUTOTOOLS_DIR) then
     59        setenv PATH {$AUTOTOOLS_DIR}/bin:{$PATH}
     60endif
    5661
    57 #MATLAB
    58 setenv MATLAB_DIR {$MATLAB_DIR}
    59 setenv LD_LIBRARY_PATH {$LD_LIBRARY_PATH}:{$MATLAB_DIR}/bin/glnxa64
    60 setenv PATH {$PATH}:{$MATLAB_DIR}/bin
     62#SSH
     63set SSH_DIR="$ISSM_DIR/externalpackages/ssh"
     64if (-d $SSH_DIR) then
     65        setenv PATH {$PATH}:{$SSH_DIR}
     66endif
    6167
    62 #TRIANGLE
    63 setenv TRIANGLE_DIR {$TRIANGLE_DIR}
     68#VALGRIND
     69set VALGRIND_DIR="$ISSM_DIR/externalpackages/valgrind/install/bin"
     70if (-d $VALGRIND_DIR) then
     71        setenv PATH {$PATH}:{$VALGRIND_DIR}
     72endif
    6473
    65 #METIS
    66 setenv METIS_DIR {$METIS_DIR}
    67        
    68 #BLAS
    69 setenv BLAS_DIR {$BLAS_DIR}
     74#MERCURIAL
     75set MERCURIAL_DIR="$ISSM_DIR/externalpackages/mercurial/install"
     76if (-d $MERCURIAL_DIR) then
     77        setenv PYTHONPATH {$MERCURIAL_DIR}/mercurial/pure/
     78        setenv PATH {$PATH}:{$MERCURIAL_DIR}
     79endif
    7080
    71 #LAPACK
    72 setenv LAPACK_DIR {$LAPACK_DIR}
     81#GSL
     82set GSL_DIR="$ISSM_DIR/externalpackages/gsl/install"
     83if (-d $GSL_DIR) then
     84        setenv LD_LIBRARY_PATH {$LD_LIBRARY_PATH}:{$GSL_DIR}/lib
     85endif
    7386
    74 #SCALAPACK
    75 setenv SCALAPACK_DIR {$SCALAPACK_DIR}
    76 
    77 #PLAPACK
    78 setenv PLAPACK_DIR {$PLAPACK_DIR}
    79 
    80 #BLACS
    81 setenv BLACS_DIR {$BLACS_DIR}
     87#CMAKE
     88set CMAKE_DIR="$ISSM_DIR/externalpackages/cmake/install"
     89if (-d $CMAKE_DIR) then
     90        setenv PATH {$PATH}:{$CMAKE_DIR}/bin
     91endif
    8292
    8393#YAMS
    84 setenv YAMS_DIR {$YAMS_DIR}
    85 setenv PATH {$PATH}:{$YAMS_DIR}
    86 
    87 #TEX2IM
    88 setenv TEX2IM_DIR {$TEX2IM_DIR}
    89 setenv PATH {$PATH}:{$TEX2IM_DIR}
    90 
    91 #SOWING
    92 setenv SOWING_DIR {$SOWING_DIR}
    93 setenv PATH {$PATH}:{$SOWING_DIR}/bin
    94 setenv LD_LIBRARY_PATH {$LD_LIBRARY_PATH}:{$SOWING_DIR}/lib
    95 setenv MANPATH {$MANPATH}:{$SOWING_DIR}/man
    96 
    97 #Chaco
    98 setenv CHACO_DIR {$CHACO_DIR}
    99 setenv PATH {$PATH}:{$CHACO_DIR}
    100 
    101 #MeshPart
    102 setenv MESHPART_DIR {$MESHPART_DIR}
    103 setenv PATH {$PATH}:{$MESHPART_DIR}
    104 
    105 #SCOTCH
    106 setenv SCOTCH_DIR {$SCOTCH_DIR}
    107 setenv PATH {$PATH}:{$SCOTCH_DIR}
    108 setenv MANPATH {$MANPATH}:{$SCOTCH_DIR}/man
    109 
    110 #AUTOCONF
    111 setenv AUTOCONF_DIR {$AUTOCONF_DIR}
    112 setenv PATH {$AUTOCONF_DIR}/bin:{$PATH}
    113 
    114 #AUTOMAKE
    115 setenv AUTOMAKE_DIR {$AUTOMAKE_DIR}
    116 setenv PATH {$AUTOMAKE_DIR}/bin:{$PATH}
    117 
    118 #BORLAND
    119 setenv BORLAND_DIR {$BORLAND_DIR}
    120 setenv PATH {$PATH}:{$BORLAND_DIR}/Bin
    121 
    122 #SSH
    123 setenv SSH_DIR {$SSH_DIR}
    124 setenv PATH {$PATH}:{$SSH_DIR}
    125 
    126 #VALGRIND
    127 setenv VALGRIND_DIR {$VALGRIND_DIR}
    128 setenv PATH {$PATH}:{$VALGRIND_DIR}
    129 
    130 #MERCURIAL
    131 #setenv PYTHONPATH {$PYTHONPATH}:{$MERCURIAL_DIR}/mercurial/pure/
    132 setenv PYTHONPATH {$MERCURIAL_DIR}/mercurial/pure/
    133 setenv PATH {$PATH}:{$MERCURIAL_DIR}
    134 
    135 #GSL
    136 setenv GSL_DIR {$GSL_DIR}
    137 setenv LD_LIBRARY_PATH {$LD_LIBRARY_PATH}:{$GSL_DIR}/lib
    138 
    139 #CMAKE
    140 setenv PATH {$PATH}:{$CMAKE_DIR}/bin
     94set YAMS_DIR="$ISSM_DIR/externalpackages/yams/install"
     95if (-d $YAMS_DIR) then
     96        setenv PATH {$PATH}:{$YAMS_DIR}/bin
     97endif
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.