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04/12/16 21:32:01 (9 years ago)
Author:
Mathieu Morlighem
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merged trunk-jpl and trunk for revision 20497

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issm/trunk
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  • issm/trunk/m4/issm_options.m4

    r19105 r20500  
    173173                        export CFLAGS="-DWIN32 -D_INTEL_WIN_"
    174174                        export CXXFLAGS="-DWIN32 -D_INTEL_WIN_"
     175                        IS_WINDOWS=yes
    175176                elif  test $VENDOR = intel-win7-32; then
    176177                        export CC=cl
    177                         export CXX=cccl
     178                        export CXX=cl
    178179                        export CXXFLAGS="-DWIN32 -D_INTEL_WIN_ -EHsc"
    179180                        export CFLAGS="-DWIN32 -D_INTEL_WIN_ -EHsc"
    … …  
    181182                        export OS_LDFLAG="-Wl,"
    182183                        export RANLIB=true
     184                        IS_WINDOWS=yes
    183185                        OSLIBS="-Wl,kernel32.lib -Wl,user32.lib -Wl,gdi32.lib -Wl,winspool.lib -Wl,comdlg32.lib -Wl,advapi32.lib -Wl,shell32.lib -Wl,ole32.lib -Wl,oleaut32.lib -Wl,uuid.lib -Wl,odbc32.lib -Wl,odbccp32.lib"
    184186                elif  test $VENDOR = intel-win7-64; then
    185187                        export CC=cl
    186                         export CXX=cccl
     188                        export CXX=cl
    187189                        export CXXFLAGS="-DWIN32 -D_INTEL_WIN_ -EHsc"
    188190                        export CFLAGS="-DWIN32 -D_INTEL_WIN_ -EHsc"
    … …  
    190192                        export OS_LDFLAG="-Wl,"
    191193                        export RANLIB=true
     194                        IS_WINDOWS=yes
     195                        OSLIBS="-Wl,kernel32.lib -Wl,user32.lib -Wl,gdi32.lib -Wl,winspool.lib -Wl,comdlg32.lib -Wl,advapi32.lib -Wl,shell32.lib -Wl,ole32.lib -Wl,oleaut32.lib -Wl,uuid.lib -Wl,odbc32.lib -Wl,odbccp32.lib"
     196                elif  test $VENDOR = MSVC-Win64; then
     197                        export CC=cl
     198                        export CXX=cl
     199                        export CXXFLAGS="-DWIN32 -D_INTEL_WIN_ -D_HAVE_PETSC_MPI_ -EHsc"
     200                        export CFLAGS="-DWIN32 -D_INTEL_WIN_ -D_HAVE_PETSC_MPI_ -EHsc"
     201                        export AR="ar-lib lib"
     202                        export OS_LDFLAG="-Wl,"
     203                        export RANLIB=true
     204                        IS_WINDOWS=yes
     205                        OSLIBS="-Wl,kernel32.lib -Wl,user32.lib -Wl,gdi32.lib -Wl,winspool.lib -Wl,comdlg32.lib -Wl,advapi32.lib -Wl,shell32.lib -Wl,ole32.lib -Wl,oleaut32.lib -Wl,uuid.lib -Wl,odbc32.lib -Wl,odbccp32.lib"
     206                elif  test $VENDOR = MSVC-Win64-par; then
     207                        export CC=cl
     208                        export CXX=cl
     209                        export CXXFLAGS="-DWIN32 -D_INTEL_WIN_ -EHsc"
     210                        export CFLAGS="-DWIN32 -D_INTEL_WIN_ -EHsc"
     211                        export AR="ar-lib lib"
     212                        export OS_LDFLAG="-Wl,"
     213                        export RANLIB=true
     214                        IS_WINDOWS=yes
    192215                        OSLIBS="-Wl,kernel32.lib -Wl,user32.lib -Wl,gdi32.lib -Wl,winspool.lib -Wl,comdlg32.lib -Wl,advapi32.lib -Wl,shell32.lib -Wl,ole32.lib -Wl,oleaut32.lib -Wl,uuid.lib -Wl,odbc32.lib -Wl,odbccp32.lib"
    193216                elif test $VENDOR = intel-linux; then
    … …  
    201224                        export CFLAGS=" -D_INTEL_LINUX_"
    202225                        export CXXFLAGS=" -D_INTEL_LINUX_"
     226                elif test $VENDOR = intel-lonestar; then
     227                        export CC=icc
     228                        export CXX=icpc
    203229                elif test $VENDOR = intel-discover; then
    204230                        export CC=icc
    … …  
    255281
    256282                AC_DEFINE([_HAVE_MATLAB_],[1],[with matlab in ISSM src])
    257                 MATLABINCL="-I$MATLAB_ROOT/extern/include/"
    258283               
    259284                dnl 4. get MEXLIB MEXLINK and MEXEXT (experimental) except for windows
    … …  
    262287                        *cygwin*)
    263288                                if  test $VENDOR = intel-win7-32; then
    264                                         MEXLIB="-Wl,./../../c/libISSMCore.a -Wl,libISSMApi.a -Wl,libISSMMatlab.a -Wl,./../../c/libISSMModules.a -Wl,libmx.lib -Wl,libmex.lib -Wl,libmat.lib ${OSLIBS} -Wl,libf2cblas.lib -Wl,libf2clapack.lib"
    265                MEXLINK="-Wl,/LIBPATH:`cygpath -m ${MATLAB_ROOT}/extern/lib/win32/microsoft` -no-undefined -Wl,/export:mexFunction -Wl,/LD"
     289                                        MEXLIB="-Wl,libmx.lib -Wl,libmex.lib -Wl,libmat.lib ${OSLIBS} -Wl,libf2cblas.lib -Wl,libf2clapack.lib"
     290               MEXLINK="-Wl,/LIBPATH:`cygpath -m ${MATLAB_ROOT}/extern/lib/win32/microsoft` -Wl,/link -Wl,/EXPORT:mexFunction -Wl,/DLL"
    266291                                        MEXEXT=`$MATLAB_ROOT/bin/mexext.bat`
    267292                                        MEXEXT=".$MEXEXT"
    268                                 elif  test l-win7-64; then
    269                                         MEXLIB="-Wl,./../../c/libISSMCore.a -Wl,libISSMApi.a -Wl,libISSMMatlab.a -Wl,./../../c/libISSMModules.a -Wl,libmx.lib -Wl,libmex.lib -Wl,libmat.lib ${OSLIBS} -Wl,libf2cblas.lib -Wl,libf2clapack.lib"
    270                MEXLINK="-Wl,/LIBPATH:`cygpath -m ${MATLAB_ROOT}/extern/lib/win64/microsoft` -no-undefined -Wl,/export:mexFunction -Wl,/LD"
     293                                elif test $VENDOR = intel-win7-64; then
     294                                        MEXLIB="-Wl,libmx.lib -Wl,libmex.lib -Wl,libmat.lib ${OSLIBS} -Wl,libf2cblas.lib -Wl,libf2clapack.lib"
     295               MEXLINK="-Wl,/LIBPATH:`cygpath -m ${MATLAB_ROOT}/extern/lib/win64/microsoft` -Wl,/link -Wl,/EXPORT:mexFunction -Wl,/DLL"
     296                                        MEXEXT=".mexw64"
     297                                elif test $VENDOR = MSVC-Win64 || test $VENDOR = MSVC-Win64-par; then
     298                                        MEXLIB="-Wl,libmx.lib -Wl,libmex.lib -Wl,libmat.lib ${OSLIBS} -Wl,libf2cblas.lib -Wl,libf2clapack.lib"
     299               MEXLINK="-Wl,/link -Wl,/LIBPATH:`cygpath -m ${MATLAB_ROOT}/extern/lib/win64/microsoft` -Wl,/link -Wl,/EXPORT:mexFunction -Wl,/DLL"
     300                                        MATLABINCL="-I`cygpath -m $MATLAB_ROOT/extern/include/`"
    271301                                        MEXEXT=".mexw64"
    272302                                fi
    273 
    274303                        ;;
    275304                   *)
     305           MATLABINCL="-I$MATLAB_ROOT/extern/include/"
    276306           MEXLINK=$($MATLAB_ROOT/bin/mex -v 2>&1 < /dev/null | grep LDFLAGS     | sed -e "s/         LDFLAGS            = //g")
    277            MEXLIB=$( $MATLAB_ROOT/bin/mex -v 2>&1 < /dev/null | grep CXXLIBS     | sed -e "s/         CXXLIBS            = //g")
     307                          MEXLIB=$( $MATLAB_ROOT/bin/mex -v 2>&1 < /dev/null | grep CXXLIBS     | sed -e "s/         CXXLIBS            = //g")
    278308                     MEXEXT=$( $MATLAB_ROOT/bin/mex -v 2>&1 < /dev/null | grep LDEXTENSION | sed -e "s/         LDEXTENSION        = //g")
    279309                                dnl version 2014 and up
    … …  
    290320
    291321                                dnl Make sure mexFunction.map is not in MEXLIB to avoid problems with global variables
    292                                 MEXLINK=$(echo $MEXLINK | sed -e "s/,-expo.*mexFunction\\.map\"//g" | sed -e "s/-[[^ ]]*mexFunction\\.map//g")
     322                                dnl MEXLINK=$(echo $MEXLINK | sed -e "s/,-expo.*mexFunction\\.map\"//g" | sed -e "s/-[[^ ]]*mexFunction\\.map//g")
     323                                MEXLINK="" dnl We actually don't need MEXLINK????
    293324
    294325                        ;;
    … …  
    299330           fi
    300331
     332                AC_MSG_CHECKING([whether matlab is enabled])
     333
    301334                AC_SUBST([MATLABINCL])
    302335                MATLABWRAPPEREXT=$MEXEXT
    … …  
    306339        fi
    307340        dnl }}}
     341        dnl windows {{{
     342        AC_MSG_CHECKING([Checking if this is a Win build... ])
     343        AM_CONDITIONAL([WINDOWS], [test x$IS_WINDOWS = xyes])
     344        AC_MSG_RESULT(done)
     345        dnl }}}
     346        dnl javascript{{{
     347        AC_ARG_WITH([javascript],
     348          AS_HELP_STRING([--with-javascript], [compile javascript wrappers? default is no.]),
     349          [JAVASCRIPT=$withval],[JAVASCRIPT="no"])
     350
     351        dnl Check whether javascript wrappers are desired
     352        AC_MSG_CHECKING([for javascript])
     353        if test "x$JAVASCRIPT" = "xno" ; then
     354                HAVE_JAVASCRIPT=no
     355        else
     356                HAVE_JAVASCRIPT=yes
     357                AC_DEFINE([_HAVE_JAVASCRIPT_],[1],[with javascript])
     358        fi
     359        AC_MSG_RESULT($HAVE_JAVASCRIPT)
     360        AM_CONDITIONAL([JAVASCRIPT],[test x$HAVE_JAVASCRIPT = xyes])
     361        JAVASCRIPTWRAPPEREXT=.js
     362        AC_SUBST([JAVASCRIPTWRAPPEREXT])
     363
     364        dnl }}}
    308365        dnl triangle {{{
    309366        AC_ARG_WITH([triangle-dir],
    … …  
    332389                case "${host_os}" in
    333390                                *cygwin*)
     391                                TRIANGLEINCL="/I`cygpath -m $TRIANGLE_ROOT/`"
    334392                                TRIANGLELIB="-Wl,`cygpath -m $TRIANGLE_ROOT/`triangle.lib"
    335393                                ;;
    … …  
    338396                                ;;
    339397                                *darwin*)
    340                                 TRIANGLELIB=$TRIANGLE_ROOT/triangle.a
     398                                if test "x$HAVE_JAVASCRIPT" = "xyes"; then
     399                                        dnl go to the bit code, not the library.
     400                                        TRIANGLELIB=$TRIANGLE_ROOT/triangle.o
     401                                else
     402                                        TRIANGLELIB=$TRIANGLE_ROOT/triangle.a
     403                                fi
    341404                                ;;
    342405                        esac
    … …  
    396459
    397460                AC_MSG_CHECKING(for dakota version)
    398                 if test -f "$DAKOTA_ROOT/../src/src/CommandLineHandler.C"; then
    399                         DAKOTA_VERSION=`cat $DAKOTA_ROOT/../src/src/CommandLineHandler.C | grep 'DAKOTA version' | grep 'release' | grep -v // | sed 's/.*DAKOTA version //' | sed 's/ .*//' `
     461                if test -f "$DAKOTA_ROOT/VERSION"; then
     462                 DAKOTA_VERSION=`cat $DAKOTA_ROOT/VERSION | grep 'DAKOTA Version' | sed 's/.*DAKOTA Version //' | sed 's/ .*//' `
     463                else if test -f "$DAKOTA_ROOT/../src/src/CommandLineHandler.C"; then
     464                 DAKOTA_VERSION=`cat $DAKOTA_ROOT/../src/src/CommandLineHandler.C | grep 'DAKOTA version' | grep 'release' | grep -v // | sed 's/.*DAKOTA version //' | sed 's/ .*//' `
    400465                else if test -f "$DAKOTA_ROOT/../src/src/CommandLineHandler.cpp"; then
    401                         DAKOTA_VERSION=`cat $DAKOTA_ROOT/../src/src/CommandLineHandler.cpp | grep 'DAKOTA version' | grep 'release' | grep -v // | sed 's/.*DAKOTA version //' | sed 's/ .*//' `
     466                 DAKOTA_VERSION=`cat $DAKOTA_ROOT/../src/src/CommandLineHandler.cpp | grep 'DAKOTA version' | grep 'release' | grep -v // | sed 's/.*DAKOTA version //' | sed 's/ .*//' `
    402467                else
    403                         AC_MSG_ERROR([Dakota CommandLineHandler.C or CommandLineHandler.cpp file not found to determine DAKOTA_VERSION!]);
     468                 AC_MSG_ERROR([Dakota CommandLineHandler.C or CommandLineHandler.cpp file not found to determine DAKOTA_VERSION!]);
     469                fi
    404470                fi
    405471                fi
    … …  
    410476                case "${host_os}" in
    411477                        *cygwin*)
    412                                 if      test x$DAKOTA_VERSION = x4.2 || test x$DAKOTA_VERSION = x4.2+; then
    413                                         DAKOTALIB="-L$DAKOTA_ROOT/lib -ldakota -lteuchos -lpecos -lfftw3 -llhs -levidence -lsurfpack -lconmin -lddace -lfsudace -ljega -lcport -lopt -lpsuade -lnewmat -lncsuopt -lgsl -lquadrature -lcoliny -lcolin -lpebbl -lutilib -l3po -lnappspack -lappspack -lconveyor -lshared -lcdd -lamplsolver"
    414                                 else if test x$DAKOTA_VERSION = x5.1 || test x$DAKOTA_VERSION = x5.2; then
     478                                if test x$DAKOTA_VERSION = x5.1 || test x$DAKOTA_VERSION = x5.2; then
    415479                                        DAKOTALIB="-L$DAKOTA_ROOT/lib -L$BOOST_ROOT/lib -ldakota -lteuchos -lpecos -llhs -lsparsegrid -lsurfpack -lconmin -lddace -lfsudace -ljega -lcport -loptpp -lpsuade -lncsuopt -lcolin -linterfaces -lmomh -lscolib -lpebbl -ltinyxml -lutilib -l3po -lhopspack -lnidr -lamplsolver -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem"
     480                                else if test x$DAKOTA_VERSION = x6.1 || test x$DAKOTA_VERSION = x6.2; then
     481                                   DAKOTAFLAGS="-DDISABLE_DAKOTA_CONFIG_H -DBOOST_MULTI_INDEX_DISABLE_SERIALIZATION -DDAKOTA_PLUGIN -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DDAKOTA_HAVE_BOOST_FS -DHAVE_UNISTD_H -DHAVE_SYSTEM -DHAVE_WORKING_FORK -DHAVE_WORKING_VFORK -DHAVE_SYS_WAIT_H -DHAVE_USLEEP -DDAKOTA_F90 -DDAKOTA_HAVE_MPI -DHAVE_PECOS -DHAVE_SURFPACK -DDAKOTA_COLINY -DDAKOTA_UTILIB -DHAVE_ADAPTIVE_SAMPLING -DHAVE_CONMIN -DDAKOTA_DDACE -DHAVE_FSUDACE -DDAKOTA_HOPS -DHAVE_JEGA -DHAVE_NCSU -DHAVE_NL2SOL -DHAVE_OPTPP -DDAKOTA_OPTPP -DHAVE_PSUADE -DHAVE_AMPL"
     482                                        DAKOTALIB="-L$DAKOTA_ROOT/lib -L$BOOST_ROOT/lib -ldakota_src -ldream -lfsudace -lddace -lnomad -lpecos_src -lscolib -ljega_fe -llhs -lpebbl -lcolin -linterfaces -llhs_mods -lmoga -loptpp -lsoga -lsurfpack -lutilib -lconmin -ldakota_src_fortran -llhs_mod -lncsuopt -lsurfpack_fortran -lteuchos -l3po -lamplsolver -lcport -ldfftpack -leutils -lfsudace -lhopspack -ljega -lnidr -lpecos -lpsuade -ltinyxml -lutilities -lsparsegrid -lboost_serialization -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system"
     483                                        AC_DEFINE([DISABLE_DAKOTA_CONFIG_H],[1],[disabling DAKOTA_CONFIG_H])
     484                                        AC_DEFINE([DAKOTA_HAVE_MPI],[1],[enabling parallel MPI])
    416485                                else
    417486                                        AC_MSG_ERROR([Dakota version not found or version ($DAKOTA_VERSION) not supported!]);
    … …  
    420489                        ;;
    421490                        *linux*)
    422                                 if      test x$DAKOTA_VERSION = x4.2 || test x$DAKOTA_VERSION = x4.2+; then
    423                                         DAKOTALIB="-L$DAKOTA_ROOT/lib -ldakota -lteuchos -lpecos -lfftw3 -llhs -levidence -lsurfpack -lconmin -lddace -lfsudace -ljega -lcport -lopt -lpsuade -lnewmat -lncsuopt -lgsl -lquadrature -lcoliny -lcolin -lpebbl -lutilib -l3po -lnappspack -lappspack -lconveyor -lshared -lcdd -lamplsolver"
    424                                 else if test x$DAKOTA_VERSION = x5.1 || test x$DAKOTA_VERSION = x5.2; then
     491                                if test x$DAKOTA_VERSION = x5.1 || test x$DAKOTA_VERSION = x5.2; then
    425492                                        DAKOTALIB="-L$DAKOTA_ROOT/lib -ldakota -lteuchos -lpecos -llhs -lsparsegrid -lsurfpack -lconmin -lddace -lfsudace -ljega -lcport -loptpp -lpsuade -lncsuopt -lcolin -linterfaces -lmomh -lscolib -lpebbl -ltinyxml -lutilib -l3po -lhopspack -lnidr -lamplsolver -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system -ldl"
    426493                                else if test x$DAKOTA_VERSION = x5.3 || test x$DAKOTA_VERSION = x5.3.1; then
    427494                                        DAKOTAFLAGS="-DDISABLE_DAKOTA_CONFIG_H -DBOOST_MULTI_INDEX_DISABLE_SERIALIZATION -DDAKOTA_PLUGIN -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DDAKOTA_HAVE_BOOST_FS -DHAVE_UNISTD_H -DHAVE_SYSTEM -DHAVE_WORKING_FORK -DHAVE_WORKING_VFORK -DHAVE_SYS_WAIT_H -DHAVE_USLEEP -DDAKOTA_F90 -DDAKOTA_HAVE_MPI -DHAVE_PECOS -DHAVE_SURFPACK -DDAKOTA_COLINY -DDAKOTA_UTILIB -DHAVE_ADAPTIVE_SAMPLING -DHAVE_CONMIN -DDAKOTA_DDACE -DHAVE_FSUDACE -DDAKOTA_HOPS -DHAVE_JEGA -DHAVE_NCSU -DHAVE_NL2SOL -DHAVE_OPTPP -DDAKOTA_OPTPP -DHAVE_PSUADE -DHAVE_AMPL"
    428495                                        DAKOTALIB="-L$DAKOTA_ROOT/lib -L$BOOST_ROOT/lib -ldakota_src -lpecos_src -lscolib -ljega_fe -llhs -lpebbl -lcolin -linterfaces -lmods -lmoga -loptpp -lsampling -lsoga -lsurfpack -lutilib -lconmin -ldakota_src_fortran -lmod -lncsuopt -lsurfpack_fortran -lteuchos -l3po -lamplsolver -lanalyzer -lbose -lcport -ldace -ldfftpack -leutils -lfsudace -lhopspack -ljega -lnidr -lpecos -lpsuade -lrandom -ltinyxml -lutilities -lsparsegrid -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system"
     496                                        AC_DEFINE([DISABLE_DAKOTA_CONFIG_H],[1],[disabling DAKOTA_CONFIG_H])
     497                                        AC_DEFINE([DAKOTA_HAVE_MPI],[1],[enabling parallel MPI])
     498                                else if test x$DAKOTA_VERSION = x6.1 || test x$DAKOTA_VERSION = x6.2; then
     499                                   DAKOTAFLAGS="-DDISABLE_DAKOTA_CONFIG_H -DBOOST_MULTI_INDEX_DISABLE_SERIALIZATION -DDAKOTA_PLUGIN -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DDAKOTA_HAVE_BOOST_FS -DHAVE_UNISTD_H -DHAVE_SYSTEM -DHAVE_WORKING_FORK -DHAVE_WORKING_VFORK -DHAVE_SYS_WAIT_H -DHAVE_USLEEP -DDAKOTA_F90 -DDAKOTA_HAVE_MPI -DHAVE_PECOS -DHAVE_SURFPACK -DDAKOTA_UTILIB -DHAVE_ADAPTIVE_SAMPLING -DHAVE_CONMIN -DDAKOTA_DDACE -DHAVE_FSUDACE -DDAKOTA_HOPS -DHAVE_NCSU -DHAVE_NL2SOL -DHAVE_OPTPP -DDAKOTA_OPTPP -DHAVE_PSUADE -DHAVE_AMPL"
     500                                        DAKOTALIB="-L$DAKOTA_ROOT/lib -L$BOOST_ROOT/lib -ldakota_src -ldream -lfsudace -lddace -lnomad -lpecos_src -llhs -llhs_mods -loptpp -lsurfpack -lconmin -ldakota_src_fortran -llhs_mod -lncsuopt -lsurfpack_fortran -lteuchos -lamplsolver -lcport -ldfftpack -lfsudace -lhopspack -lnidr -lpecos -lpsuade -lsparsegrid -lboost_serialization -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system"
     501                                        AC_DEFINE([DISABLE_DAKOTA_CONFIG_H],[1],[disabling DAKOTA_CONFIG_H])
     502                                        AC_DEFINE([DAKOTA_HAVE_MPI],[1],[enabling parallel MPI])
    429503                                else
    430504                                        AC_MSG_ERROR([Dakota version not found or version ($DAKOTA_VERSION) not supported!]);
    … …  
    434508                        ;;
    435509                        *darwin*)
    436                                 if      test x$DAKOTA_VERSION = x4.2 || test x$DAKOTA_VERSION = x4.2+; then
    437                                         DAKOTALIB="-L$DAKOTA_ROOT/lib -ldakota -lteuchos -lpecos -lfftw3 -llhs -levidence -lsurfpack -lconmin -lddace -lfsudace -ljega -lcport -lopt -lpsuade -lnewmat -lncsuopt -lgsl -lquadrature -lcoliny -lcolin -lpebbl -lutilib -l3po -lnappspack -lappspack -lconveyor -lshared -lcdd -lamplsolver"
    438                                         dnl DAKOTALIB+= "-lgslcblas -L/usr/lib -lblas -llapack"
    439                                 else if test x$DAKOTA_VERSION = x5.1 || test x$DAKOTA_VERSION = x5.2; then
     510                                if test x$DAKOTA_VERSION = x5.1 || test x$DAKOTA_VERSION = x5.2; then
    440511                                        DAKOTALIB="-L$DAKOTA_ROOT/lib -ldakota -lteuchos -lpecos -llhs -lsparsegrid -lsurfpack -lconmin -lddace -lfsudace -ljega -lcport -loptpp -lpsuade -lncsuopt -lcolin -linterfaces -lmomh -lscolib -lpebbl -ltinyxml -lutilib -l3po -lhopspack -lnidr -lamplsolver -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system"
    441512                                        dnl DAKOTALIB+= "-lgslcblas -L/usr/lib -lblas -llapack"
    … …  
    443514                                        DAKOTAFLAGS="-DDISABLE_DAKOTA_CONFIG_H -DBOOST_MULTI_INDEX_DISABLE_SERIALIZATION -DDAKOTA_PLUGIN -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DDAKOTA_HAVE_BOOST_FS -DHAVE_UNISTD_H -DHAVE_SYSTEM -DHAVE_WORKING_FORK -DHAVE_WORKING_VFORK -DHAVE_SYS_WAIT_H -DHAVE_USLEEP -DDAKOTA_F90 -DDAKOTA_HAVE_MPI -DHAVE_PECOS -DHAVE_SURFPACK -DDAKOTA_COLINY -DDAKOTA_UTILIB -DHAVE_ADAPTIVE_SAMPLING -DHAVE_CONMIN -DDAKOTA_DDACE -DHAVE_FSUDACE -DDAKOTA_HOPS -DHAVE_JEGA -DHAVE_NCSU -DHAVE_NL2SOL -DHAVE_OPTPP -DDAKOTA_OPTPP -DHAVE_PSUADE -DHAVE_AMPL"
    444515                                        DAKOTALIB="-L$DAKOTA_ROOT/lib -L$BOOST_ROOT/lib -ldakota_src -lpecos_src -lscolib -ljega_fe -llhs -lpebbl -lcolin -linterfaces -lmods -lmoga -loptpp -lsampling -lsoga -lsurfpack -lutilib -lconmin -ldakota_src_fortran -lmod -lncsuopt -lsurfpack_fortran -lteuchos -l3po -lamplsolver -lanalyzer -lbose -lcport -ldace -ldfftpack -leutils -lfsudace -lhopspack -ljega -lnidr -lpecos -lpsuade -lrandom -ltinyxml -lutilities -lsparsegrid -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system"
     516                                        AC_DEFINE([DISABLE_DAKOTA_CONFIG_H],[1],[disabling DAKOTA_CONFIG_H])
     517                                        AC_DEFINE([DAKOTA_HAVE_MPI],[1],[enabling parallel MPI])
     518                                else if test x$DAKOTA_VERSION = x6.1 || test x$DAKOTA_VERSION = x6.2; then
     519                                   DAKOTAFLAGS="-DDISABLE_DAKOTA_CONFIG_H -DBOOST_MULTI_INDEX_DISABLE_SERIALIZATION -DDAKOTA_PLUGIN -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DDAKOTA_HAVE_BOOST_FS -DHAVE_UNISTD_H -DHAVE_SYSTEM -DHAVE_WORKING_FORK -DHAVE_WORKING_VFORK -DHAVE_SYS_WAIT_H -DHAVE_USLEEP -DDAKOTA_F90 -DDAKOTA_HAVE_MPI -DHAVE_PECOS -DHAVE_SURFPACK -DDAKOTA_UTILIB -DHAVE_ADAPTIVE_SAMPLING -DHAVE_CONMIN -DDAKOTA_DDACE -DHAVE_FSUDACE -DDAKOTA_HOPS -DHAVE_NCSU -DHAVE_NL2SOL -DHAVE_OPTPP -DDAKOTA_OPTPP -DHAVE_PSUADE -DHAVE_AMPL"
     520                                        DAKOTALIB="-L$DAKOTA_ROOT/lib -L$BOOST_ROOT/lib -ldakota_src -ldream -lfsudace -lddace -lnomad -lpecos_src -llhs -llhs_mods -loptpp -lsurfpack -lconmin -ldakota_src_fortran -llhs_mod -lncsuopt -lsurfpack_fortran -lteuchos -lamplsolver -lcport -ldfftpack -lfsudace -lhopspack -lnidr -lpecos -lpsuade -lsparsegrid -lboost_serialization -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system"
     521                                        AC_DEFINE([DISABLE_DAKOTA_CONFIG_H],[1],[disabling DAKOTA_CONFIG_H])
     522                                        AC_DEFINE([DAKOTA_HAVE_MPI],[1],[enabling parallel MPI])
    445523                                else
    446524                                        AC_MSG_ERROR([Dakota version not found or version ($DAKOTA_VERSION) not supported!]);
    447525                                fi
    448526                                fi
    449                                 fi
     527                                fi
    450528                        ;;
    451529                esac
    … …  
    486564                AC_SUBST([DAKOTALIB])
    487565        fi
     566        AM_CONDITIONAL([ISSM_DAKOTA],[test x$DAKOTA_MAJOR = x6])
    488567        dnl }}}
    489568        dnl python{{{
    … …  
    508587        dnl python specifics
    509588        if test "x$HAVE_PYTHON" = "xyes"; then
    510                 AC_MSG_CHECKING(for python version)
     589                AC_MSG_CHECKING([for python version])
    511590                dnl Query Python for its version number.  Getting [:3] seems to be the
    512591                dnl best way to do this; it's what "site.py" does in the standard library.
    … …  
    523602                fi
    524603
    525                 PYTHONINCL=-I$PYTHON_ROOT/include
     604                AC_MSG_CHECKING([for python header file Python.h])
     605                dnl Python.h mighty be in different locations:
     606                if test -f "$PYTHON_ROOT/include/Python.h"; then
     607                        PYTHONINCL=-I$PYTHON_ROOT/include
     608                else if test -f "$PYTHON_ROOT/include/python$PYTHON_VERSION/Python.h"; then
     609                        PYTHONINCL=-I$PYTHON_ROOT/include/python$PYTHON_VERSION
     610                else
     611                        AC_MSG_ERROR([Python.h not found, locate this file and contact ISSM developers]);
     612                fi
     613                fi
     614                AC_MSG_RESULT(found)
     615
    526616                PYTHONLIB="-L$PYTHON_ROOT/lib -lpython$PYTHON_VERSION"
    527617                PYTHONEXT=.so
    … …  
    624714        fi
    625715        dnl }}}
     716        dnl esmf{{{
     717        AC_ARG_WITH([esmf-dir],
     718                AS_HELP_STRING([--with-esmf-dir=DIR], [esmf root directory.]),
     719                [ESMF_ROOT=$withval],[ESMF_ROOT="no"])
     720
     721        dnl Check whether esmf is enabled
     722        AC_MSG_CHECKING([for esmf])
     723        if test "x$ESMF_ROOT" = "xno" ; then
     724                HAVE_ESMF=no
     725        else
     726                HAVE_ESMF=yes
     727                if ! test -d "$ESMF_ROOT"; then
     728                        AC_MSG_ERROR([esmf directory provided ($ESMF_ROOT) does not exist]);
     729                fi
     730        fi
     731        AC_MSG_RESULT($HAVE_ESMF)
     732       
     733        dnl esmf headers and libraries
     734        if test "x$HAVE_ESMF" == "xyes"; then
     735                ESMFINCL="-I$ESMF_ROOT/include"
     736                ESMFLIB="-L$ESMF_ROOT/lib -lesmf"
     737                AC_DEFINE([_HAVE_ESMF_],[1],[with esmf in ISSM src])
     738                AC_SUBST([ESMFINCL])
     739                AC_SUBST([ESMFLIB])
     740        fi
     741        AM_CONDITIONAL([ESMF], [test x$HAVE_ESMF = xyes])
     742        dnl }}}
    626743        dnl adolc{{{
    627744        AC_ARG_WITH([adolc-dir],
    … …  
    651768        fi
    652769        AM_CONDITIONAL([ADOLC], [test x$HAVE_ADOLC = xyes])
     770        AM_COND_IF(ADOLC,[CXXFLAGS+=" -std=c++11"])
    653771        dnl }}}
    654772        dnl adolc-version{{{
    … …  
    840958                if  test x$VENDOR = xintel-win7-32; then
    841959                        MPI_LIBDIR=`cygpath -m $MPI_LIBDIR`
    842                         MPIINCL=`cygpath -m $MPI_INCLUDE`
     960                        MPI_INCLUDE=`cygpath -m $MPI_INCLUDE`
    843961                elif test x$VENDOR = xintel-win7-64; then
     962                        MPI_LIBDIR="/I`cygpath -m $MPI_LIBDIR`"
     963                        MPI_INCLUDE=`cygpath -m $MPI_INCLUDE`
     964                elif test x$VENDOR = xMSVC-Win64 || test x$VENDOR = xMSVC-Win64-par; then
    844965                        MPI_LIBDIR=`cygpath -m $MPI_LIBDIR`
    845966                        MPI_INCLUDE=`cygpath -m $MPI_INCLUDE`
    … …  
    847968
    848969                if test -z "$MPI_LIBDIR"; then
    849                         MPIINCL=-I"$MPI_INCLUDE"
    850970                        MPILIB="$MPI_LIBFLAGS"
    851971                else
     972                        MPILIB="-L$MPI_LIBDIR $MPI_LIBFLAGS"
     973                fi
     974
     975                if  test x$IS_WINDOWS = xyes; then
     976                        MPIINCL=/I"$MPI_INCLUDE"
     977                else
    852978                        MPIINCL=-I"$MPI_INCLUDE"
    853                         MPILIB="-L$MPI_LIBDIR $MPI_LIBFLAGS"
    854                 fi
     979                fi
     980
    855981                AC_DEFINE([_HAVE_MPI_],[1],[with Mpi in ISSM src])
    856982                AC_DEFINE([HAVE_MPI],[1],[Mpi Flag for Dakota (DO NOT REMOVE)])
    … …  
    9251051                                        PETSCLIB=-Wl,/LIBPATH:`cygpath -w $PETSC_ROOT/lib`  -Wl,libpetscksp.lib  -Wl,libpetscdm.lib  -Wl,libpetscmat.lib  -Wl,libpetscvec.lib  -Wl,libpetscsnes.lib  -Wl,libpetscts.lib  -Wl,libmpiuni.lib  -Wl,libpetsc.lib
    9261052                                else
    927                                         PETSCLIB="-L$PETSC_ROOT/lib  -Wl,libpetsc.lib"
    928                                         if test $PETSC_MAJOR -gt 3 || test $PETSC_MINOR -ge 3; then PETSCLIB+="  -Wl,libmetis.lib"; fi
     1053                                        PETSCLIB="/link -Wl,/LIBPATH:`cygpath -m $PETSC_ROOT/lib`  -Wl,libpetsc.lib"
     1054                                        PETSCINCL="/I`cygpath -m $PETSC_ROOT/include`"
    9291055                                fi
    9301056                                ;;
    … …  
    9361062                                        if test $PETSC_MAJOR -gt 3 || test $PETSC_MINOR -ge 3; then PETSCLIB+=" -lmetis"; fi
    9371063                                fi
     1064                                if test "x$host_os_version" = "x3.0.101-0.31.1_1.0502.8394-cray_gem_s" ; then
     1065                                        PETSCLIB="-L$PETSC_ROOT/lib -lcraypetsc_gnu_real -lmetis"
     1066                                fi
    9381067                                ;;
    9391068                                *darwin*)
    … …  
    9531082        dnl }}}
    9541083        dnl metis{{{
    955         if test "$HAVE_PETSC" = "yes" && test "x$PETSC_MAJOR" = "x3" && test $PETSC_MINOR -ge 3; then
     1084        if test "$HAVE_PETSC" = "yes" && test "x$PETSC_MAJOR" = "x3" && test $PETSC_MINOR -ge 3 && test "x$VENDOR" != "xMSVC-Win64" && test "x$VENDOR" != "xMSVC-Win64-par"; then
    9561085                dnl in petsc >=3.3, metis is provided
    9571086                HAVE_METIS="yes"
    … …  
    9911120                                case "${host_os}" in
    9921121                                        *cygwin*)
    993                                         METISLIB="-L$METIS_ROOT -Wl,libmetis.lib"
     1122                                        METISINCL="/I`cygpath -m $METIS_ROOT/Lib`"
     1123                                        METISLIB="-Wl,/link -Wl,/LIBPATH:`cygpath -m $METIS_ROOT` -Wl,libmetis.lib"
    9941124                                        ;;
    9951125                                        *linux*)
    … …  
    12131343                BLASLAPACKINCL=""
    12141344                if test x$VENDOR = xintel-discover; then
    1215                         BLASLAPACKLIB=-L"$BLASLAPACK_ROOT -lmkl_lapack -lmkl -lguide -lpthread"
     1345                   dnl works for intel 11
     1346                        dnl BLASLAPACKLIB=-L"$BLASLAPACK_ROOT -lmkl_lapack -lmkl -lguide -lpthread "
     1347                        dnl dnl works for intel 13
     1348                        BLASLAPACKLIB=-L"$BLASLAPACK_ROOT -lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_rt "
    12161349                else
    12171350                        dnl: branch on whether we are running on windows or linux.
    … …  
    12521385        dnl mkl headers and libraries
    12531386        if test "x$HAVE_MKL" == "xyes"; then
     1387         dnl look at $ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install/lib/petsc/conf/petscvariables BLASLAPACK_LIB
    12541388                MKLINCL=""
    12551389                if test x$VENDOR = xintel-pleiades; then
    1256                         MKLLIB=-L"$MKL_ROOT -lmkl_core -lmkl_blas95_lp64 -lmkl_lapack95_lp64 -liomp5 -lpthread -lmkl_intel_thread -lmkl_intel_sp2dp"
     1390         MKLLIB="-Wl,-rpath,$MKL_ROOT -L/$MKL_ROOT -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread -lm"
     1391                elif test x$VENDOR = xintel-discover; then
     1392                        MKLLIB=-L"$MKL_ROOT -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -L/usr/lib64/ -lpthread -lm"
    12571393                elif test x$VENDOR = xintel-acenet; then
    12581394                        MKLLIB=-L"$MKL_ROOT -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread -lm"
    12591395                elif test x$VENDOR = xintel-gp; then
     1396                        MKLLIB=-L"$MKL_ROOT -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread -lm"
     1397                elif test x$VENDOR = xintel-lonestar; then
    12601398                        MKLLIB=-L"$MKL_ROOT -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread -lm"
    12611399                else
    … …  
    18461984        AC_ARG_WITH([cxxoptflags],
    18471985          AS_HELP_STRING([--with-cxxoptflags = CXXOPTFLAGS], [optimization using CXX flags, ex: --with-cxxoptflags=-march=opteron -O3]),
    1848           [CXXOPTFLAGS=$withval],[CXXOPTFLAGS="-g -O2"])
     1986          [CXXOPTFLAGS=$withval],[CXXOPTFLAGS="-g -O2 -fPIC"])
    18491987        AC_MSG_CHECKING(for c++ optimization flags)
    18501988        AC_SUBST([CXXOPTFLAGS])
    … …  
    18712009                ;;
    18722010                *darwin*)
    1873                 MULTITHREADINGLIB="-L/usr/lib/ -lpthread"
     2011                MULTITHREADINGLIB="-lpthread"
    18742012                ;;
    18752013                esac
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.