Index: /issm/trunk/m4/issm_options.m4
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--- /issm/trunk/m4/issm_options.m4	(revision 9998)
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 		AC_MSG_CHECKING(for Metis headers and libraries in $METIS_ROOT)
 
+		dnl first figure out version of metis: does the VERSION file exist?
+		if test -e "$METIS_ROOT/VERSION"; then
+			METIS_VERSION=4
+		else
+			METIS_VERSION=5
+		fi
+
 		dnl defaults
 		HAVE_METIS=yes
 		
-		case "${host_os}" in
-			*cygwin*)
-			METISLIB="-LIBPATH:\"$METIS_ROOT\" libmetis.lib"
-			;;
-			*linux*)
-			METISLIB=-L"$METIS_ROOT/ -lmetis"
-			;;
-			*darwin*)
-			METISLIB=-L"$METIS_ROOT/ -lmetis"
-			;;
-		esac
-			                          
-		METISINCL=-I"$METIS_ROOT/Lib"
+					                          
+		if test "$METIS_VERSION" = "4" ; then
+
+			case "${host_os}" in
+				*cygwin*)
+				METISLIB="-LIBPATH:\"$METIS_ROOT\" libmetis.lib"
+				;;
+				*linux*)
+				METISLIB=-L"$METIS_ROOT/ -lmetis"
+				;;
+				*darwin*)
+				METISLIB=-L"$METIS_ROOT/ -lmetis"
+				;;
+			esac
+
+   			METISINCL=-I"$METIS_ROOT/Lib" 
+   			AC_DEFINE([_METIS_VERSION_],[4],[ Metis version number])
+		fi
+		if test "$METIS_VERSION" = "5" ; then
+	
+			case "${host_os}" in
+				*cygwin*)
+				METISLIB="-LIBPATH:\"$METIS_ROOT\" libmetis.lib"
+				;;
+				*linux*)
+				METISLIB=-L"$METIS_ROOT/lib -lmetis"
+				;;
+				*darwin*)
+				METISLIB=-L"$METIS_ROOT/lib -lmetis"
+				;;
+			esac
+	
+			METISINCL=-I"$METIS_ROOT/include" 
+			AC_DEFINE([_METIS_VERSION_],[5],[ Metis version number])
+		fi
+
 
 		AC_DEFINE([_HAVE_METIS_],[1],[with Metis in ISSM src])