Index: /issm/trunk/scripts/Update.sh
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--- /issm/trunk/scripts/Update.sh	(revision 9951)
+++ /issm/trunk/scripts/Update.sh	(revision 9951)
@@ -0,0 +1,74 @@
+#!/bin/bash
+FILE=$1
+if [ $# -ne 1 ];
+then
+	echo "Usage: ./SubstituteM.sh file. Exiting..."  1>&2
+	exit 1
+fi
+if [ ! -f $FILE ]; then
+	echo "File $FILE does not exist or is empty. Exiting."  1>&2
+	exit 1
+fi
+
+cat $FILE | sed -e "s/md\.spcvx/md.diagnostic.spcvx/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.spcvy/md.diagnostic.spcvy/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.spcvz/md.diagnostic.spcvz/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.vx_obs/md.inversion.vx_obs/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.vy_obs/md.inversion.vy_obs/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.vel_obs/md.inverion.vel_obs/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.vx/md.initialization.vx/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.vy/md.initialization.vy/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.vz/md.initialization.vz/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.vel/md.initialization.vel/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.temperature/md.initialization.temperature/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.pressure/md.initialization.pressure/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.thickness/md.geometry.thickness/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.bed/md.geometry.bed/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.surface/md.geometry.surface/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.x/md.mesh.x/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.y/md.mesh.y/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.z/md.mesh.z/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.lat/md.mesh.lat/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.long/md.mesh.long/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.hemisphere/md.mesh.hemisphere/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.numberofnodes/md.mesh.numberofvertices/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.numberofelements/md.mesh.numberofelements/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.drag_coefficient/md.friction.coefficient/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.drag_p/md.friction.p/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.drag_q/md.friction.q/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/setelementstype/setflowequation/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.rheology_B/md.materials.rheology_B/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.nodeonbed/md.mesh.vertexonbed/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.eps_rel/md.diagnostic.reltol/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.eps_res/md.diagnostic.restol/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.eps_abs/md.diagnostic.abstol/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.eps_cm/md.inversion.cost_function_threshold/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.cm_responses/md.inversion.cost_functions/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.nsteps/md.inversion.nsteps/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.weights/md.inversion.cost_functions_coefficients/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.optscal/md.inversion.gradient_scaling/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.cm_jump/md.inversion.step_threshold/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.control_type/md.inversion.control_parameters/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.waitonlock/md.settings.waitonlock/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.cm_min/md.inversion.min_parameters/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.cm_max/md.inversion.max_parameters/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.control_type/md.inversion.control_parameters/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.control_type/md.inversion.control_parameters/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.min_thermal_constraints/md.thermal.penalty_threshold/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.control_analysis/md.inversion.iscontrol/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/SurfaceAbsVelMisfitEnum/101/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/SurfaceRelVelMisfitEnum/102/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/SurfaceLogVelMisfitEnum/103/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/SurfaceLogVxVyMisfitEnum/104/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/SurfaceAverageVelMisfitEnum/105/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/ThicknessAbsMisfitEnum/201/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/DragCoefficientAbsGradientEnum/501/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/RheologyBbarAbsGradientEnum/502/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/ThicknessAbsGradientEnum/503/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/DragCoefficientEnum/{'FrictionCoefficient'}/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.elementoniceshelf/md.mask.elementonfloatingice/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.nodeoniceshelf/md.mask.vertexonfloatingice/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.elementonicesheet/md.mask.elementongroundedice/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.nodeonicesheet/md.mask.vertexongroundedice/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.elements/md.mesh.elements/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.rheology_n/md.materials.rheology_n/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE