Changeset 9625


Ignore:
Timestamp:
09/06/11 14:56:59 (14 years ago)
Author:
Mathieu Morlighem
Message:

Added miscellaneous class

Location:
issm/trunk
Files:
2 added
1 deleted
36 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • issm/trunk/src/c/EnumDefinitions/EnumDefinitions.h

    r9622 r9625  
    3434        SettingsLowmemEnum,
    3535        SettingsIoGatherEnum,
     36        MiscellaneousNameEnum, //FIXME: only used by qmu, should not be marshalled (already in queueing script)
    3637        /*}}}*/
    3738        /*Datasets {{{1*/
    … …  
    417418        PrognosticDGEnum,
    418419        PressureloadEnum,
    419         NameEnum,
    420420        VerticesTypeEnum,
    421421        SpcvzEnum,

  • issm/trunk/src/c/modules/EnumToStringx/EnumToStringx.cpp

    r9622 r9625  
    3838                case SettingsLowmemEnum : return "SettingsLowmem";
    3939                case SettingsIoGatherEnum : return "SettingsIoGather";
     40                case MiscellaneousNameEnum : return "MiscellaneousName";
    4041                case ConstraintsEnum : return "Constraints";
    4142                case ElementsEnum : return "Elements";
    … …  
    360361                case PrognosticDGEnum : return "PrognosticDG";
    361362                case PressureloadEnum : return "Pressureload";
    362                 case NameEnum : return "Name";
    363363                case VerticesTypeEnum : return "VerticesType";
    364364                case SpcvzEnum : return "Spcvz";

  • issm/trunk/src/c/modules/ModelProcessorx/Qmu/CreateParametersQmu.cpp

    r9571 r9625  
    6868        if(dakota_analysis){
    6969
    70                 iomodel->Constant(&name,NameEnum);
     70                iomodel->Constant(&name,MiscellaneousNameEnum);
    7171                iomodel->Constant(&numberofresponses,NumberOfResponsesEnum);
    7272                iomodel->Constant(&numberofvertices,NumberOfVerticesEnum);

  • issm/trunk/src/c/modules/StringToEnumx/StringToEnumx.cpp

    r9622 r9625  
    3636        else if (strcmp(name,"SettingsLowmem")==0) return SettingsLowmemEnum;
    3737        else if (strcmp(name,"SettingsIoGather")==0) return SettingsIoGatherEnum;
     38        else if (strcmp(name,"MiscellaneousName")==0) return MiscellaneousNameEnum;
    3839        else if (strcmp(name,"Constraints")==0) return ConstraintsEnum;
    3940        else if (strcmp(name,"Elements")==0) return ElementsEnum;
    … …  
    358359        else if (strcmp(name,"PrognosticDG")==0) return PrognosticDGEnum;
    359360        else if (strcmp(name,"Pressureload")==0) return PressureloadEnum;
    360         else if (strcmp(name,"Name")==0) return NameEnum;
    361361        else if (strcmp(name,"VerticesType")==0) return VerticesTypeEnum;
    362362        else if (strcmp(name,"Spcvz")==0) return SpcvzEnum;

  • issm/trunk/src/m/classes/clusters/castor.m

    r9614 r9625  
    5858
    5959                         %retrieve parameters
    60                          modelname=md.name;
     60                         modelname=md.miscellaneous.name;
    6161                         solution_type=md.private.solution;
    6262
    … …  
    9393                               
    9494                                %compress the files into one zip.
    95                                 compressstring=['tar -zcf ' md.private.runtimename '.tar.gz ' md.name '.bin ' md.name '.queue '  md.name '.petsc '];
     95                                compressstring=['tar -zcf ' md.private.runtimename '.tar.gz ' md.miscellaneous.name '.bin ' md.miscellaneous.name '.queue '  md.miscellaneous.name '.petsc '];
    9696                                if md.dakota_analysis,
    97                                         compressstring=[compressstring md.name '.qmu.in'];
     97                                        compressstring=[compressstring md.miscellaneous.name '.qmu.in'];
    9898                                end
    9999                                system(compressstring);
    … …  
    123123
    124124                        %What packages are we picking up from remote cluster
    125                         packages={[md.name '.outlog'],[md.name '.errlog']};
     125                        packages={[md.miscellaneous.name '.outlog'],[md.miscellaneous.name '.errlog']};
    126126                        if md.dakota_analysis,
    127                                 packages{end+1}=[md.name '.qmu.err'];
    128                                 packages{end+1}=[md.name '.qmu.out'];
     127                                packages{end+1}=[md.miscellaneous.name '.qmu.err'];
     128                                packages{end+1}=[md.miscellaneous.name '.qmu.out'];
    129129                                if isfield(md.qmu_params,'tabular_graphics_data'),
    130130                                        if md.qmu_params.tabular_graphics_data==true,
    … …  
    133133                                end
    134134                        else
    135                                 packages{end+1}=[md.name '.outbin'];
     135                                packages{end+1}=[md.miscellaneous.name '.outbin'];
    136136                        end
    137137

  • issm/trunk/src/m/classes/clusters/cosmos.m

    r9614 r9625  
    5858
    5959                         %retrieve parameters
    60                          modelname=md.name;
     60                         modelname=md.miscellaneous.name;
    6161                         solution_type=md.private.solution;
    6262
    … …  
    9292                               
    9393                                %compress the files into one zip.
    94                                 compressstring=['tar -zcf ' md.private.runtimename '.tar.gz ' md.name '.bin ' md.name '.queue '  md.name '.petsc '];
     94                                compressstring=['tar -zcf ' md.private.runtimename '.tar.gz ' md.miscellaneous.name '.bin ' md.miscellaneous.name '.queue '  md.miscellaneous.name '.petsc '];
    9595                                if md.dakota_analysis,
    96                                         compressstring=[compressstring md.name '.qmu.in'];
     96                                        compressstring=[compressstring md.miscellaneous.name '.qmu.in'];
    9797                                end
    9898                                system(compressstring);
    … …  
    122122
    123123                        %What packages are we picking up from remote cluster
    124                         packages={[md.name '.outlog'],[md.name '.errlog']};
     124                        packages={[md.miscellaneous.name '.outlog'],[md.miscellaneous.name '.errlog']};
    125125                        if md.dakota_analysis,
    126                                 packages{end+1}=[md.name '.qmu.err'];
    127                                 packages{end+1}=[md.name '.qmu.out'];
     126                                packages{end+1}=[md.miscellaneous.name '.qmu.err'];
     127                                packages{end+1}=[md.miscellaneous.name '.qmu.out'];
    128128                                if isfield(md.qmu_params,'tabular_graphics_data'),
    129129                                        if md.qmu_params.tabular_graphics_data==true,
    … …  
    132132                                end
    133133                        else
    134                                 packages{end+1}=[md.name '.outbin'];
     134                                packages{end+1}=[md.miscellaneous.name '.outbin'];
    135135                        end
    136136

  • issm/trunk/src/m/classes/clusters/gemini.m

    r9614 r9625  
    5858
    5959                         %retrieve parameters
    60                          modelname=md.name;
     60                         modelname=md.miscellaneous.name;
    6161                         solution_type=md.private.solution;
    6262
    … …  
    9393                               
    9494                                %compress the files into one zip.
    95                                 compressstring=['tar -zcf ' md.private.runtimename '.tar.gz ' md.name '.bin ' md.name '.queue '  md.name '.petsc '];
     95                                compressstring=['tar -zcf ' md.private.runtimename '.tar.gz ' md.miscellaneous.name '.bin ' md.miscellaneous.name '.queue '  md.miscellaneous.name '.petsc '];
    9696                                if md.dakota_analysis,
    97                                         compressstring=[compressstring md.name '.qmu.in'];
     97                                        compressstring=[compressstring md.miscellaneous.name '.qmu.in'];
    9898                                end
    9999                                system(compressstring);
    … …  
    123123
    124124                        %What packages are we picking up from remote cluster
    125                         packages={[md.name '.outlog'],[md.name '.errlog']};
     125                        packages={[md.miscellaneous.name '.outlog'],[md.miscellaneous.name '.errlog']};
    126126                        if md.dakota_analysis,
    127                                 packages{end+1}=[md.name '.qmu.err'];
    128                                 packages{end+1}=[md.name '.qmu.out'];
     127                                packages{end+1}=[md.miscellaneous.name '.qmu.err'];
     128                                packages{end+1}=[md.miscellaneous.name '.qmu.out'];
    129129                                if isfield(md.qmu_params,'tabular_graphics_data'),
    130130                                        if md.qmu_params.tabular_graphics_data==true,
    … …  
    133133                                end
    134134                        else
    135                                 packages{end+1}=[md.name '.outbin'];
     135                                packages{end+1}=[md.miscellaneous.name '.outbin'];
    136136                        end
    137137

  • issm/trunk/src/m/classes/clusters/generic.m

    r9622 r9625  
    7272                 
    7373                         %retrieve parameters
    74                          modelname=md.name;
     74                         modelname=md.miscellaneous.name;
    7575                         solution_type=md.private.solution;
    7676                         isvalgrind=md.debug.valgrind;
    … …  
    117117                         %lauch command, to be executed via ssh
    118118                         launchcommand=['cd ' cluster.executionpath ' && rm -rf ./' md.private.runtimename ' && mkdir ' md.private.runtimename ...
    119                                         ' && cd ' md.private.runtimename ' && mv ../' md.private.runtimename '.tar.gz ./ && tar -zxf ' md.private.runtimename '.tar.gz  && source  ' md.name '.queue '];
     119                                        ' && cd ' md.private.runtimename ' && mv ../' md.private.runtimename '.tar.gz ./ && tar -zxf ' md.private.runtimename '.tar.gz  && source  ' md.miscellaneous.name '.queue '];
    120120
    121121                        if ~strcmpi(options.batch,'yes'),
    122122                               
    123123                                %compress the files into one zip.
    124                                 compressstring=['tar -zcf ' md.private.runtimename '.tar.gz ' md.name '.bin ' md.name '.queue '  md.name '.petsc '];
     124                                compressstring=['tar -zcf ' md.private.runtimename '.tar.gz ' md.miscellaneous.name '.bin ' md.miscellaneous.name '.queue '  md.miscellaneous.name '.petsc '];
    125125                                if md.dakota_analysis,
    126                                         compressstring=[compressstring md.name '.qmu.in'];
     126                                        compressstring=[compressstring md.miscellaneous.name '.qmu.in'];
    127127                                end
    128128                                if cluster.interactive,
    129                                         compressstring=[compressstring ' ' md.name '.errlog ' md.name '.outlog '];
     129                                        compressstring=[compressstring ' ' md.miscellaneous.name '.errlog ' md.miscellaneous.name '.outlog '];
    130130                                end
    131131                                system(compressstring);
    … …  
    153153
    154154                        %What packages are we picking up from remote cluster
    155                         packages={[md.name '.outlog'],[md.name '.errlog']};
     155                        packages={[md.miscellaneous.name '.outlog'],[md.miscellaneous.name '.errlog']};
    156156                        if md.dakota_analysis,
    157                                 packages{end+1}=[md.name '.qmu.err'];
    158                                 packages{end+1}=[md.name '.qmu.out'];
     157                                packages{end+1}=[md.miscellaneous.name '.qmu.err'];
     158                                packages{end+1}=[md.miscellaneous.name '.qmu.out'];
    159159                                if isfield(md.qmu_params,'tabular_graphics_data'),
    160160                                        if md.qmu_params.tabular_graphics_data==true,
    … …  
    163163                                end
    164164                        else
    165                                 packages{end+1}=[md.name '.outbin'];
     165                                packages{end+1}=[md.miscellaneous.name '.outbin'];
    166166                        end
    167167

  • issm/trunk/src/m/classes/clusters/pfe.m

    r9622 r9625  
    108108
    109109                         %retrieve parameters
    110                          modelname=md.name;
     110                         modelname=md.miscellaneous.name;
    111111                         solution_type=md.private.solution;
    112112                         isvalgrind=md.debug.valgrind;
    … …  
    173173                         if ~cluster.interactive,
    174174                                launchcommand=['cd ' cluster.executionpath ' && rm -rf ./' md.private.runtimename ' && mkdir ' md.private.runtimename ...
    175                                         ' && cd ' md.private.runtimename ' && mv ../' md.private.runtimename '.tar.gz ./ && tar -zxf ' md.private.runtimename '.tar.gz  && qsub ' md.name '.queue '];
     175                                        ' && cd ' md.private.runtimename ' && mv ../' md.private.runtimename '.tar.gz ./ && tar -zxf ' md.private.runtimename '.tar.gz  && qsub ' md.miscellaneous.name '.queue '];
    176176                        else
    177177                                launchcommand=['cd ' cluster.executionpath '/Interactive' num2str(cluster.interactive) ' && tar -zxf ' md.private.runtimename '.tar.gz'];
    … …  
    181181                               
    182182                                %compress the files into one zip.
    183                                 compressstring=['tar -zcf ' md.private.runtimename '.tar.gz ' md.name '.bin ' md.name '.queue '  md.name '.petsc '];
     183                                compressstring=['tar -zcf ' md.private.runtimename '.tar.gz ' md.miscellaneous.name '.bin ' md.miscellaneous.name '.queue '  md.miscellaneous.name '.petsc '];
    184184                                if md.dakota_analysis,
    185                                         compressstring=[compressstring md.name '.qmu.in '];
     185                                        compressstring=[compressstring md.miscellaneous.name '.qmu.in '];
    186186                                end
    187187                                if cluster.interactive,
    188                                         compressstring=[compressstring md.name '.run ' md.name '.errlog ' md.name '.outlog '];
     188                                        compressstring=[compressstring md.miscellaneous.name '.run ' md.miscellaneous.name '.errlog ' md.miscellaneous.name '.outlog '];
    189189                                end
    190190                                system(compressstring);
    … …  
    230230                        %What packages are we picking up from remote cluster
    231231                        if ~cluster.interactive,
    232                                 packages={[md.name '.outlog'],[md.name '.errlog']};
     232                                packages={[md.miscellaneous.name '.outlog'],[md.miscellaneous.name '.errlog']};
    233233                        else
    234234                                packages={};
    235235                        end
    236236                        if md.dakota_analysis,
    237                                 packages{end+1}=[md.name '.qmu.err'];
    238                                 packages{end+1}=[md.name '.qmu.out'];
     237                                packages{end+1}=[md.miscellaneous.name '.qmu.err'];
     238                                packages{end+1}=[md.miscellaneous.name '.qmu.out'];
    239239                                if isfield(md.qmu_params,'tabular_graphics_data'),
    240240                                        if md.qmu_params.tabular_graphics_data==true,
    … …  
    243243                                end
    244244                        else
    245                                 packages{end+1}=[md.name '.outbin'];
     245                                packages{end+1}=[md.miscellaneous.name '.outbin'];
    246246                        end
    247247

  • issm/trunk/src/m/classes/clusters/pollux.m

    r9614 r9625  
    5858
    5959                         %retrieve parameters
    60                          modelname=md.name;
     60                         modelname=md.miscellaneous.name;
    6161                         solution_type=md.private.solution;
    6262
    … …  
    9393                               
    9494                                %compress the files into one zip.
    95                                 compressstring=['tar -zcf ' md.private.runtimename '.tar.gz ' md.name '.bin ' md.name '.queue '  md.name '.petsc '];
     95                                compressstring=['tar -zcf ' md.private.runtimename '.tar.gz ' md.miscellaneous.name '.bin ' md.miscellaneous.name '.queue '  md.miscellaneous.name '.petsc '];
    9696                                if md.dakota_analysis,
    97                                         compressstring=[compressstring md.name '.qmu.in'];
     97                                        compressstring=[compressstring md.miscellaneous.name '.qmu.in'];
    9898                                end
    9999                                system(compressstring);
    … …  
    123123
    124124                        %What packages are we picking up from remote cluster
    125                         packages={[md.name '.outlog'],[md.name '.errlog']};
     125                        packages={[md.miscellaneous.name '.outlog'],[md.miscellaneous.name '.errlog']};
    126126                        if md.dakota_analysis,
    127                                 packages{end+1}=[md.name '.qmu.err'];
    128                                 packages{end+1}=[md.name '.qmu.out'];
     127                                packages{end+1}=[md.miscellaneous.name '.qmu.err'];
     128                                packages{end+1}=[md.miscellaneous.name '.qmu.out'];
    129129                                if isfield(md.qmu_params,'tabular_graphics_data'),
    130130                                        if md.qmu_params.tabular_graphics_data==true,
    … …  
    133133                                end
    134134                        else
    135                                 packages{end+1}=[md.name '.outbin'];
     135                                packages{end+1}=[md.miscellaneous.name '.outbin'];
    136136                        end
    137137

  • issm/trunk/src/m/classes/model/model.m

    r9624 r9625  
    2323                 settings  = modelfield('default',0,'marshall',true);
    2424                 radaroverlay = modelfield('default',0,'marshall',false);
     25                 miscellaneous = modelfield('default',0,'marshall',true);
    2526
    2627                 %FIXME: all other fields should belong to other classes
    27 
    28                  %Model general information
    29                  notes           = modelfield('default','','marshall',false);
    30                  name            = modelfield('default','','marshall',true,'format','String');
    3128
    3229                 %Mesh
    … …  
    209206                 waitonlock    = modelfield('default',0,'marshall',true,'format','Boolean');
    210207
    211                  %dummy
    212                  dummy = modelfield('default',NaN,'marshall',false);
    213 
    214208                 %qmu
    215209                 variables                       = modelfield('default',struct(),'marshall',false);
    … …  
    256250
    257251                                 % This is a Matlab bug: all the fields of md have their default value
    258                                  % md.name = {''    [1]    'String'}
    259                                  % instead of recovering the saved fields
    260                                  %
    261252                                 % Example of error message:
    262253                                 % Warning: Error loading an object of class 'model':
    … …  
    290281                         switch nargin
    291282                                 case 0
    292 
    293                                          %set default parameters
    294283                                         md=setdefaultparameters(md);
    295 
    296284                                 case 1
    297285                                         in=varargin{1};
    … …  
    324312                         %name
    325313                         disp(sprintf('   Name:'));
    326                          if isempty(md.name),
     314                         if isempty(md.miscellaneous.name),
    327315                                 disp(sprintf('      N/A'));
    328316                         else
    329                                  disp(sprintf('      %s',md.name));
    330                          end
    331 
    332                          %notes: md.notes is a cell array of strings
     317                                 disp(sprintf('      %s',md.miscellaneous.name));
     318                         end
     319
     320                         %notes: md.miscellaneous.notes is a cell array of strings
    333321                         disp(sprintf('   Notes:'));
    334                          if isempty(md.notes),
     322                         if isempty(md.miscellaneous.notes),
    335323                                 disp(sprintf('      N/A'));
    336324                         else
    337                                  if iscell(md.notes),
    338                                          strings=md.notes;
     325                                 if iscell(md.miscellaneous.notes),
     326                                         strings=md.miscellaneous.notes;
    339327                                         for i=1:length(strings),
    340328                                                 string=char(strings(i));
    … …  
    345333                                                 end
    346334                                         end
    347                                  elseif ischar(md.notes),
    348                                          disp(sprintf('      %s',md.notes));
     335                                 elseif ischar(md.miscellaneous.notes),
     336                                         disp(sprintf('      %s',md.miscellaneous.notes));
    349337                                 else
    350338                                         disp('display error message: ''notes'' for model is neither a cell array of string, nor a string. Cannot display.');
    … …  
    430418                         if isfield(structmd,'hydro_CR'), md.hydrology.CR=structmd.hydro_CR; end
    431419                         if isfield(structmd,'hydro_kn'), md.hydrology.kn=structmd.hydro_kn; end
     420                         if isfield(structmd,'name'), md.miscellaneous.name=structmd.name; end
     421                         if isfield(structmd,'notes'), md.miscellaneous.notes=structmd.notes; end
     422                         if isfield(structmd,'dummy'), md.miscellaneous.dummy=structmd.dummy; end
    432423
    433424                         %Field changes
    … …  
    544535                         md.settings=settings;
    545536                         md.radaroverlay=radaroverlay;
     537                         md.miscellaneous=miscellaneous;
    546538
    547539                         %Materials parameters

  • issm/trunk/src/m/kml/kml_mesh_write.m

    r8298 r9625  
    113113
    114114kdoc=kml_document();
    115 kdoc.name      =sprintf('ISSM Mesh: %s',md.name);
     115kdoc.name      =sprintf('ISSM Mesh: %s',md.miscellaneous.name);
    116116kdoc.open      =1;
    117117ifirst=true;
    118 for i=1:numel(md.notes)
    119     if ~isempty(md.notes{i})
     118for i=1:numel(md.miscellaneous.notes)
     119    if ~isempty(md.miscellaneous.notes{i})
    120120        if ~ifirst
    121121            kdoc.descript  =[kdoc.descript sprintf('\n')];
    122122        end
    123123        ifirst=false;
    124         kdoc.descript  =[kdoc.descript sprintf('%s',md.notes{i})];
     124        kdoc.descript  =[kdoc.descript sprintf('%s',md.miscellaneous.notes{i})];
    125125    end
    126126end

  • issm/trunk/src/m/model/addnote.m

    r9605 r9625  
    1515        error('addnote error message: second input argument should be a string');
    1616end
    17 notes=md.notes;
     17notes=md.miscellaneous.notes;
    1818
    1919if ischar(notes),
    … …  
    2929end
    3030
    31 md.notes=newnotes;
     31md.miscellaneous.notes=newnotes;

  • issm/trunk/src/m/model/ismodelselfconsistent.m

    r9622 r9625  
    4343%}}}
    4444%NAME{{{1
    45 if isempty(md.name),
     45if isempty(md.miscellaneous.name),
    4646        message(['model is not correctly configured: missing name!']);
    4747end
    … …  
    111111if ~isempty(md.requested_outputs),
    112112        if(size(md.requested_outputs,2)~=1),
    113                 message(['model ' md.name ' requested outputs should be a column vector']);
     113                message(['model ' md.miscellaneous.name ' requested outputs should be a column vector']);
    114114        end
    115115end
    … …  
    117117%THICKNESS = SURFACE - BED {{{1
    118118if any((md.thickness-md.surface+md.bed)>tolerance),
    119         message(['model not consistent: model ' md.name ' violates the equality thickness=surface-bed!']);
     119        message(['model not consistent: model ' md.miscellaneous.name ' violates the equality thickness=surface-bed!']);
    120120end
    121121%GROUNDING LINE MIGRATION {{{1
    122122if ~ismember({md.groundingline_migration},{'None' 'AgressiveMigration' 'SoftMigration'}),
    123         message(['model not consistent: model ' md.name ' groundingline_migration field should be ''None'' ''AgressiveMigration'' or ''SoftMigration''']);
     123        message(['model not consistent: model ' md.miscellaneous.name ' groundingline_migration field should be ''None'' ''AgressiveMigration'' or ''SoftMigration''']);
    124124end
    125125if ~strcmp(md.groundingline_migration,'None'),
    126126        if (md.dim==3 | strcmpi(md.cluster.name,'none')),
    127                 message(['model ' md.name ' requesting grounding line migration, but grounding line module only implemented for 2d models and parallel runs!']);
     127                message(['model ' md.miscellaneous.name ' requesting grounding line migration, but grounding line module only implemented for 2d models and parallel runs!']);
    128128        end
    129129        if isnan(md.bathymetry),
    130                 message(['model not consistent: model ' md.name ' requesting grounding line migration, but bathymetry is absent!']);
     130                message(['model not consistent: model ' md.miscellaneous.name ' requesting grounding line migration, but bathymetry is absent!']);
    131131        end
    132132        pos=find(md.nodeonicesheet);
    133133        if any(md.bed(pos)-md.bathymetry(pos)),
    134                 message(['model not consistent: model ' md.name ' bathymetry not equal to bed on icesheet!']);
     134                message(['model not consistent: model ' md.miscellaneous.name ' bathymetry not equal to bed on icesheet!']);
    135135        end
    136136        pos=find(md.nodeoniceshelf);
    137137        if any(md.bathymetry(pos)-md.bed(pos)>tolerance),
    138                 message(['model not consistent: model ' md.name ' bathymetry superior to bed on iceshelf!']);
     138                message(['model not consistent: model ' md.miscellaneous.name ' bathymetry superior to bed on iceshelf!']);
    139139        end
    140140
    … …  
    152152        if ~isempty(find(md.segmentmarkers>=2)),
    153153                %We have segments with rift markers, but no rift structure!
    154                 message(['model not consistent: model ' md.name ' should be processed for rifts (run meshprocessrifts)!']);
     154                message(['model not consistent: model ' md.miscellaneous.name ' should be processed for rifts (run meshprocessrifts)!']);
    155155        end
    156156        %Check that rifts are filled with proper material
    … …  
    170170end
    171171if ~ismember(md.settings.lowmem,[0 1]),
    172         message(['model not consistent: model ' md.name ' settings.lowmem field should be 0 or 1']);
     172        message(['model not consistent: model ' md.miscellaneous.name ' settings.lowmem field should be 0 or 1']);
    173173end
    174174if ~ismember(md.time_adapt,[0 1]),
    175         message(['model not consistent: model ' md.name ' time_adapt field should be 0 or 1']);
     175        message(['model not consistent: model ' md.miscellaneous.name ' time_adapt field should be 0 or 1']);
    176176end
    177177if ~ismember(md.hydrostatic_adjustment,{'Absolute' 'Incremental'}),
    178         message(['model not consistent: model ' md.name ' hydrostatic_adjustment field should be AbsoluteEnum or IncrementalEnum']);
     178        message(['model not consistent: model ' md.miscellaneous.name ' hydrostatic_adjustment field should be AbsoluteEnum or IncrementalEnum']);
    179179end
    180180if ~ismember({md.rheology_law},{'None' 'Paterson' 'Arrhenius'}),
    181         message(['model not consistent: model ' md.name ' rheology_law field should be ''none'' ''paterson'' or ''arrhenius''']);
     181        message(['model not consistent: model ' md.miscellaneous.name ' rheology_law field should be ''none'' ''paterson'' or ''arrhenius''']);
    182182end
    183183%}}}
    … …  
    204204        num_costfunc=size(md.cm_responses,2);
    205205        if ~iscell(md.control_type)
    206                 message(['model not consistent: model ' md.name ' control_type field should be a cell of strings']);
     206                message(['model not consistent: model ' md.miscellaneous.name ' control_type field should be a cell of strings']);
    207207        end
    208208        if ~ismember(md.control_type,{'Dhdt' 'DragCoefficient' 'RheologyBbar' 'Vx' 'Vy'});
    209                 message(['model not consistent: model ' md.name ' control_type field should be ''Dhdt'' ''DragCoefficient'' ''RheologyBbar'' ''Vx'' ''Vy''']);
     209                message(['model not consistent: model ' md.miscellaneous.name ' control_type field should be ''Dhdt'' ''DragCoefficient'' ''RheologyBbar'' ''Vx'' ''Vy''']);
    210210        end
    211211
    … …  
    243243                pos=find(md.thickness<=0);
    244244                if any(isnan(md.spcthickness(pos))),
    245                         message(['model not consistent: model ' md.name ' has some nodes with 0 thickness']);
     245                        message(['model not consistent: model ' md.miscellaneous.name ' has some nodes with 0 thickness']);
    246246                end
    247247        end
    … …  
    295295        end
    296296        if(md.cfl_coefficient>1 | md.cfl_coefficient<0),
    297                 message(['model not consistent: model ' md.name ' cfl_coefficient field should between  0 and 1']);
     297                message(['model not consistent: model ' md.miscellaneous.name ' cfl_coefficient field should between  0 and 1']);
    298298        end
    299299        if(md.cfl_coefficient>1 | md.cfl_coefficient<0),
    300                 message(['model not consistent: model ' md.name ' cfl_coefficient field should between  0 and 1']);
     300                message(['model not consistent: model ' md.miscellaneous.name ' cfl_coefficient field should between  0 and 1']);
    301301        end
    302302        if ~ismember(md.isdiagnostic,[0 1]),
    … …  
    340340
    341341        if(md.cfl_coefficient>1 | md.cfl_coefficient<0),
    342                 message(['model not consistent: model ' md.name ' cfl_coefficient field should between  0 and 1']);
     342                message(['model not consistent: model ' md.miscellaneous.name ' cfl_coefficient field should between  0 and 1']);
    343343        end
    344344end
    … …  
    365365                        %SINGULAR
    366366                        if ~any((~isnan(md.spcvx)+~isnan(md.spcvy))==2),
    367                                 message(['model not consistent: model ' md.name ' is not well posed (singular). You need at least one node with fixed velocity!'])
     367                                message(['model not consistent: model ' md.miscellaneous.name ' is not well posed (singular). You need at least one node with fixed velocity!'])
    368368                        end
    369369
    … …  
    371371                        %CHECK THAT EACH LINES CONTAINS ONLY NAN VALUES OR NO NAN VALUES
    372372                        if any(sum(isnan(md.diagnostic_ref),2)~=0 & sum(isnan(md.diagnostic_ref),2)~=6),
    373                                 message(['model not consistent: model ' md.name ' has problem with rotated spc. Each line of diagnostic_ref should contain either only NaN values or no NaN values']);
     373                                message(['model not consistent: model ' md.miscellaneous.name ' has problem with rotated spc. Each line of diagnostic_ref should contain either only NaN values or no NaN values']);
    374374                        end
    375375                        %CHECK THAT THE TWO VECTORS PROVIDED ARE ORTHOGONAL
    … …  
    378378                                if any(dot(md.diagnostic_ref(pos,1:3),md.diagnostic_ref(pos,4:6))),
    379379                                        dot(md.diagnostic_ref(pos,1:3),md.diagnostic_ref(pos,4:6))
    380                                         message(['model not consistent: model ' md.name ' has problem with rotated spc. Vectors in diagnostic_ref (colums 1 to 3 and 4 to 6) must be orthogonal']);
     380                                        message(['model not consistent: model ' md.miscellaneous.name ' has problem with rotated spc. Vectors in diagnostic_ref (colums 1 to 3 and 4 to 6) must be orthogonal']);
    381381                                end
    382382
    … …  
    386386                                pos=find(sum(isnan(md.diagnostic_ref),2)==0  & md.nodeonmacayeal);
    387387                                if any(md.diagnostic_ref(pos,3:5)~=0);
    388                                         message(['model not consistent: model ' md.name ' has problem with rotated spc. The rotation should be in the (x,y) plane for 2D diagnostic models (nodeonmacayeal)']);
     388                                        message(['model not consistent: model ' md.miscellaneous.name ' has problem with rotated spc. The rotation should be in the (x,y) plane for 2D diagnostic models (nodeonmacayeal)']);
    389389                                end
    390390                        end
    … …  
    464464                                pos=find(md.thickness<=0);
    465465                                if any(isnan(md.spcthickness(pos))),
    466                                         message(['model not consistent: model ' md.name ' has some nodes with 0 thickness']);
     466                                        message(['model not consistent: model ' md.miscellaneous.name ' has some nodes with 0 thickness']);
    467467                                end
    468468                        end
    … …  
    493493                        %CHECK THAT WE ARE NOT FULLY CONSTRAINED
    494494                        if ~any(~isnan(md.spctemperature))
    495                                 message(['model not consistent: model ' md.name ' is totally constrained for temperature, no need to solve!']);
     495                                message(['model not consistent: model ' md.miscellaneous.name ' is totally constrained for temperature, no need to solve!']);
    496496                        end
    497497
    … …  
    519519                                %CHECK SPCTEMPERATURE that are not NaN are >0.
    520520                                if find(any(md.spctemperature(find(~isnan(md.spctemperature(1:md.numberofnodes,:))))<=0)),
    521                                         message(['model not consistent: model ' md.name ' is constrained with negative or nil temperatures!']);
     521                                        message(['model not consistent: model ' md.miscellaneous.name ' is constrained with negative or nil temperatures!']);
    522522                                end
    523523
    … …  
    718718                if size(field,1)==md.numberofnodes,
    719719                        if ~size(field,2)==1,
    720                                 message(['model not consistent: model ' md.name ': ' fields{i} ' should have only one column as there are md.numberofnodes lines']);
     720                                message(['model not consistent: model ' md.miscellaneous.name ': ' fields{i} ' should have only one column as there are md.numberofnodes lines']);
    721721                        end
    722722                elseif size(field,1)==md.numberofnodes+1
    723723                        if any(field(end,:)~=sort(field(end,:))),
    724                                 message(['model not consistent: model ' md.name ': ' fields{i} ' columns should be chronological']);
     724                                message(['model not consistent: model ' md.miscellaneous.name ': ' fields{i} ' columns should be chronological']);
    725725                        end
    726726                        if any(field(end,1:end-1)==field(end,2:end)),
    727                                 message(['model not consistent: model ' md.name ': ' fields{i} ' columns must not contain duplicate timesteps']);
     727                                message(['model not consistent: model ' md.miscellaneous.name ': ' fields{i} ' columns must not contain duplicate timesteps']);
    728728                        end
    729729                else
    730                         message(['model not consistent: model ' md.name ': ' fields{i} ' should have md.numberofnodes or md.numberofnodes+1 lines']);
     730                        message(['model not consistent: model ' md.miscellaneous.name ': ' fields{i} ' should have md.numberofnodes or md.numberofnodes+1 lines']);
    731731                end
    732732        end

  • issm/trunk/src/m/model/loadresultsfromcluster.m

    r9614 r9625  
    1616
    1717%read log files onto  fields
    18 if exist([md.name '.errlog'],'file'),
    19         md.errlog=char(textread([md.name '.errlog'],'%s','delimiter','\n'));
     18if exist([md.miscellaneous.name '.errlog'],'file'),
     19        md.errlog=char(textread([md.miscellaneous.name '.errlog'],'%s','delimiter','\n'));
    2020else
    2121        md.errlog='';
    2222end
    2323
    24 if exist([md.name '.outlog'],'file'),
    25         md.outlog=char(textread([md.name '.outlog'],'%s','delimiter','\n'));
     24if exist([md.miscellaneous.name '.outlog'],'file'),
     25        md.outlog=char(textread([md.miscellaneous.name '.outlog'],'%s','delimiter','\n'));
    2626else
    2727        md.outlog='';
    … …  
    3333
    3434%If we are here, no errors in the solution sequence, call loadresultsfromdisk.
    35 md=loadresultsfromdisk(md,[md.name '.outbin']);
     35md=loadresultsfromdisk(md,[md.miscellaneous.name '.outbin']);
    3636
    3737%erase the log and output files
    3838if md.dakota_analysis,
    39         delete([['qmu' num2str(feature('GetPid')) '/'] md.name '.outlog']);
    40         delete([['qmu' num2str(feature('GetPid')) '/']  md.name '.errlog']);
     39        delete([['qmu' num2str(feature('GetPid')) '/'] md.miscellaneous.name '.outlog']);
     40        delete([['qmu' num2str(feature('GetPid')) '/']  md.miscellaneous.name '.errlog']);
    4141else
    42         delete([md.name '.outlog']);
    43         delete([md.name '.errlog']);
    44         delete([md.name '.outbin']);
     42        delete([md.miscellaneous.name '.outlog']);
     43        delete([md.miscellaneous.name '.errlog']);
     44        delete([md.miscellaneous.name '.outbin']);
    4545        delete([md.private.runtimename '.tar.gz']);
    4646end
    … …  
    5050if strcmpi(hostname,cluster.name),
    5151        if md.dakota_analysis,
    52                 delete([['qmu' num2str(feature('GetPid')) '/'] md.name '.bin']);
    53                 delete([['qmu' num2str(feature('GetPid')) '/'] md.name '.queue']);
     52                delete([['qmu' num2str(feature('GetPid')) '/'] md.miscellaneous.name '.bin']);
     53                delete([['qmu' num2str(feature('GetPid')) '/'] md.miscellaneous.name '.queue']);
    5454        else
    55                 delete([md.name '.bin']);
    56                 delete([md.name '.queue']);
    57                 delete([md.name '.petsc']);
     55                delete([md.miscellaneous.name '.bin']);
     56                delete([md.miscellaneous.name '.queue']);
     57                delete([md.miscellaneous.name '.petsc']);
    5858        end
    5959end

  • issm/trunk/src/m/model/marshall.m

    r9597 r9625  
    88%      marshall(md)
    99
    10 disp(['marshalling file ' md.name '.bin']);
     10disp(['marshalling file ' md.miscellaneous.name '.bin']);
    1111
    1212%open file for binary writing
    13 fid=fopen([ md.name '.bin'],'wb');
     13fid=fopen([ md.miscellaneous.name '.bin'],'wb');
    1414if fid==-1,
    15         error(['marshall error message: could not open ' [md.name '.bin'],' file for binary writing']);
     15        error(['marshall error message: could not open ' [md.miscellaneous.name '.bin'],' file for binary writing']);
    1616end
    1717
    … …  
    2626st=fclose(fid);
    2727if st==-1,
    28         error(['marshall error message: could not close file ' [md.name '.bin']]);
     28        error(['marshall error message: could not close file ' [md.miscellaneous.name '.bin']]);
    2929end
    3030

  • issm/trunk/src/m/model/parameterization/parameterize.m

    r9451 r9625  
    5454
    5555%Name and notes
    56 if isempty(md.name),
     56if isempty(md.miscellaneous.name),
    5757        [path,root,ext]=fileparts(parametername);
    58         md.name=root;
     58        md.miscellaneous.name=root;
    5959end
    6060md=addnote(md,['Model created by using parameter file: ' parametername ' on: ' datestr(now)]);

  • issm/trunk/src/m/model/solve.m

    r9614 r9625  
    6161
    6262%write a template file for issm to use, in parallel
    63 PetscFile(md.solver,[md.name '.petsc']);
     63PetscFile(md.solver,[md.miscellaneous.name '.petsc']);
    6464
    6565%If running in parallel, we have a different way of launching the solution

  • issm/trunk/src/m/model/solveparallel.m

    r9614 r9625  
    1414        %First, build a runtime name that is unique, that we will use to create
    1515        %directories, name jobs, etc ...
    16         c=clock; md.private.runtimename=sprintf('%s-%i-%i-%i-%i-%i-%i-%i',md.name,c(2),c(3),c(1),c(4),c(5),floor(c(6)),feature('GetPid'));
     16        c=clock; md.private.runtimename=sprintf('%s-%i-%i-%i-%i-%i-%i-%i',md.miscellaneous.name,c(2),c(3),c(1),c(4),c(5),floor(c(6)),feature('GetPid'));
    1717
    1818        %Now, we need to build the queuing script, used by the cluster to launch the job.

  • issm/trunk/src/m/model/waitonlock.m

    r9614 r9625  
    1414port=md.cluster.port;
    1515timelimit=md.waitonlock;
    16 filename=[executionpath '/' md.private.runtimename '/' md.name '.lock'];
     16filename=[executionpath '/' md.private.runtimename '/' md.miscellaneous.name '.lock'];
    1717
    1818%waitonlock will work if the lock is on the same machine only:

  • issm/trunk/src/m/qmu/postqmu.m

    r9571 r9625  
    44
    55%  check to see if dakota returned errors in the err file
    6 qmuerrfile=[md.name '.qmu.err'];
     6qmuerrfile=[md.miscellaneous.name '.qmu.err'];
    77
    88if exist(qmuerrfile,'file')
    … …  
    2525
    2626%parse inputs and results from dakota
    27 qmuinfile=[md.name '.qmu.in'];
    28 qmuoutfile=[md.name '.qmu.out'];
     27qmuinfile=[md.miscellaneous.name '.qmu.in'];
     28qmuoutfile=[md.miscellaneous.name '.qmu.out'];
    2929
    3030%[method,dvar,dresp_in]=dakota_in_parse(qmuinfile);

  • issm/trunk/src/m/qmu/preqmu.m

    r9560 r9625  
    3333cd(options.qmudir)
    3434
    35 %when running in library mode, the in file needs to be called md.name.qmu.in
    36 options.qmufile=[md.name ];
     35%when running in library mode, the in file needs to be called md.miscellaneous.name.qmu.in
     36options.qmufile=[md.miscellaneous.name ];
    3737
    3838%retrieve variables and resposnes for this particular analysis.
    … …  
    7474%create in file for dakota
    7575dakota_in_data(md.qmu_method(options.imethod),variables,responses,md.qmu_params(options.iparams),options.qmufile);
    76 system(['rm -rf ' md.name '.m']);
     76system(['rm -rf ' md.miscellaneous.name '.m']);
    7777
    7878%build a list of variables and responses descriptors. the list is not expanded. {{{1

  • issm/trunk/src/m/qmu/qmumarshall.m

    r9560 r9625  
    1313end
    1414
    15 disp(['qmu marshalling file ' md.name '.bin']);
     15disp(['qmu marshalling file ' md.miscellaneous.name '.bin']);
    1616
    1717%open file for binary adding
    18 fid=fopen([ md.name '.bin'],'ab');
     18fid=fopen([ md.miscellaneous.name '.bin'],'ab');
    1919if fid==-1,
    20         error(['qmumarshall error message: could not open ' [md.name '.bin'],' file for binary adding']);
     20        error(['qmumarshall error message: could not open ' [md.miscellaneous.name '.bin'],' file for binary adding']);
    2121end
    2222
    … …  
    6666st=fclose(fid);
    6767if st==-1,
    68         error(['qmumarshall error message: could not close file ' [md.name '.bin']]);
     68        error(['qmumarshall error message: could not close file ' [md.miscellaneous.name '.bin']]);
    6969end
    7070

  • issm/trunk/src/m/qmu/qmuname.m

    r356 r9625  
    1313
    1414%modify model name by appending number to the name
    15 md.name=[md.name num2str(number)];
     15md.miscellaneous.name=[md.miscellaneous.name num2str(number)];

  • issm/trunk/src/m/solutions/NewFemModel.m

    r9002 r9625  
    1717   femmodel.analysis_type_list=analysis_types;
    1818
    19         issmprintf(VerboseMProcessor(),'\n   reading data from input file %s.bin...',md.name);
    20    [femmodel.elements,femmodel.nodes,femmodel.vertices,femmodel.constraints,femmodel.loads,femmodel.materials,femmodel.parameters]=ModelProcessor([md.name '.bin'],solution_type,femmodel.analysis_type_list);
     19        issmprintf(VerboseMProcessor(),'\n   reading data from input file %s.bin...',md.miscellaneous.name);
     20   [femmodel.elements,femmodel.nodes,femmodel.vertices,femmodel.constraints,femmodel.loads,femmodel.materials,femmodel.parameters]=ModelProcessor([md.miscellaneous.name '.bin'],solution_type,femmodel.analysis_type_list);
    2121   
    2222        %Initialize some fiels with empty celils

  • issm/trunk/src/m/solutions/flaim.m

    r9605 r9625  
    8080
    8181display('Calling KMLMeshWrite.');
    82 KMLMeshWrite(md.name,md.notes,md.elements,md.nodeconnectivity,md.lat,md.long,md.part,md.flaim.criterion,options.cmap,filekml);
     82KMLMeshWrite(md.miscellaneous.name,md.miscellaneous.notes,md.elements,md.nodeconnectivity,md.lat,md.long,md.part,md.flaim.criterion,options.cmap,filekml);
    8383%  for testing
    8484%filekml='issm-split-geikie1-targets.kml';

  • issm/trunk/src/m/solutions/issm.m

    r9594 r9625  
    1919       
    2020        %process petsc options:
    21         femmodel.parameters=ParsePetscOptions(femmodel.parameters,[md.name '.petsc']);
     21        femmodel.parameters=ParsePetscOptions(femmodel.parameters,[md.miscellaneous.name '.petsc']);
    2222
    2323        %retrieve parameters

  • issm/trunk/template

    r9623 r9625  
    6363        elementonwater
    6464
    65 }}}
    66 rifts{{{
    67         rifts
    68         numrifts
    69         riftproperties
    7065}}}
    7166materials{{{
    … …  
    8277        rheology_n
    8378        rheology_law
    84 }}}
    85 friction{{{
    86         drag_coefficient
    87         drag_p
    88         drag_q
    8979}}}
    9080flowequation{{{
    … …  
    225215        vwgt -> vertex_weight
    226216}}}
    227 
    228 cluster{{{
    229         waitonlock -> cluster dependent to be added to all cluster classes
    230         -> already exists
    231 }}}
    232217timestepping{{{
    233218        dt ->time_step
    … …  
    236221        cfl_coefficient
    237222}}}
     223
     224%To be completed
     225cluster{{{
     226        waitonlock -> cluster dependent to be added to all cluster classes
     227          -> already exists
     228}}}
    238229results{{{
    239230        results_on_vertices
    240         output_frequency
    241         outlog
    242         errlog
     231          output_frequency
     232          outlog
     233          errlog
    243234          + all model results ??? (DiagnosticSolution and others?)
    244235}}}
    245 constants{{{
    246         %not material dependent
    247 g
    248 yts
    249 referencetemperature
    250 }}}
    251 radaroverlay{{{
    252         sarpwr %error message if database does not exist
    253         sarxm
    254         sarym
    255 }}}
    256 miscelaneous {{{
    257         notes
    258         name
    259         dummy
    260 }}}
    261 private {{{
    262         runtimename
    263         solution_type -> erase and get this from the outbin
    264         bamg
    265 }}}

  • issm/trunk/test/Miscellaneous/GJM_test1/SquareShelf.par

    r8307 r9625  
    4040%Change name so that no test have the same name
    4141A=dbstack;
    42 if (length(A)>2), md.name=A(3).file(1:end-2); end
     42if (length(A)>2), md.miscellaneous.name=A(3).file(1:end-2); end

  • issm/trunk/test/Par/79North.par

    r9611 r9625  
    4747%Change name so that no test have the same name
    4848A=dbstack;
    49 if (length(A)>2), md.name=A(3).file(1:end-2); end
     49if (length(A)>2), md.miscellaneous.name=A(3).file(1:end-2); end

  • issm/trunk/test/Par/Pig.par

    r9610 r9625  
    4343%Change name so that no test have the same name
    4444A=dbstack;
    45 if (length(A)>2), md.name=A(3).file(1:end-2); end
     45if (length(A)>2), md.miscellaneous.name=A(3).file(1:end-2); end

  • issm/trunk/test/Par/RoundSheetShelf.par

    r9611 r9625  
    8989%Change name so that no test have the same name
    9090A=dbstack;
    91 if (length(A)>2), md.name=A(3).file(1:end-2); end
     91if (length(A)>2), md.miscellaneous.name=A(3).file(1:end-2); end

  • issm/trunk/test/Par/SquareSheetConstrained.par

    r9610 r9625  
    4646%Change name so that no test have the same name
    4747A=dbstack;
    48 if (length(A)>2), md.name=A(3).file(1:end-2); end
     48if (length(A)>2), md.miscellaneous.name=A(3).file(1:end-2); end

  • issm/trunk/test/Par/SquareSheetShelf.par

    r9611 r9625  
    5353%Change name so that no test have the same name
    5454A=dbstack;
    55 if (length(A)>2), md.name=A(3).file(1:end-2); end
     55if (length(A)>2), md.miscellaneous.name=A(3).file(1:end-2); end

  • issm/trunk/test/Par/SquareShelf.par

    r9610 r9625  
    4646%Change name so that no test have the same name
    4747A=dbstack;
    48 if (length(A)>2), md.name=A(3).file(1:end-2); end
     48if (length(A)>2), md.miscellaneous.name=A(3).file(1:end-2); end

  • issm/trunk/test/Par/SquareShelfConstrained.par

    r9611 r9625  
    5050%Change name so that no test have the same name
    5151A=dbstack;
    52 if (length(A)>2), md.name=A(3).file(1:end-2); end
     52if (length(A)>2), md.miscellaneous.name=A(3).file(1:end-2); end
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.