Index: /issm/trunk/src/m/classes/model.m =================================================================== --- /issm/trunk/src/m/classes/model.m (revision 9508) +++ /issm/trunk/src/m/classes/model.m (revision 9509) @@ -22,13 +22,13 @@ numberofelements = modelfield('default',0,'marshall',true,'format','Integer'); numberofnodes = modelfield('default',0,'marshall',true,'format','Integer'); - elements = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',2); - elements_type = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',2); - vertices_type = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); - x = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); - y = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); - z = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); + elements = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',2); + elements_type = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',2); + vertices_type = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); + x = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); + y = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); + z = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); nodeconnectivity = modelfield('default',NaN,'marshall',false); - elementconnectivity = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',3); - edges = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',3); + elementconnectivity = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',3); + edges = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',3); %I/O @@ -38,5 +38,5 @@ numberofelements2d = modelfield('default',0,'marshall',true,'format','Integer'); numberofnodes2d = modelfield('default',0,'marshall',true,'format','Integer'); - elements2d = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',3); + elements2d = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',3); elements_type2d = modelfield('default',NaN,'marshall',false); vertices_type2d = modelfield('default',NaN,'marshall',false); @@ -61,9 +61,9 @@ %Nodes - nodeonhutter = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); - nodeonmacayeal = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); - nodeonpattyn = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); - nodeonstokes = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); - borderstokes = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',3); + nodeonhutter = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); + nodeonmacayeal = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); + nodeonpattyn = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); + nodeonstokes = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); + borderstokes = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',3); %Stokes @@ -72,5 +72,5 @@ %Penalties - penalties = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',3); + penalties = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',3); penalty_offset = modelfield('default',0,'marshall',true,'format','Double'); penalty_lock = modelfield('default',0,'marshall',true,'format','Integer'); @@ -78,5 +78,5 @@ segmentmarkers = modelfield('default',NaN,'marshall',false); rifts = modelfield('default',NaN,'marshall',false); - riftinfo = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',3); + riftinfo = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',3); riftproperties = modelfield('default',NaN,'marshall',false); numrifts = modelfield('default',0,'marshall',true,'format','Integer'); @@ -84,14 +84,14 @@ %Projections uppernodes = modelfield('default',NaN,'marshall',false); - upperelements = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',2); - lowerelements = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',2); + upperelements = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',2); + lowerelements = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',2); lowernodes = modelfield('default',NaN,'marshall',false); %Extrusion numlayers = modelfield('default',0,'marshall',true,'format','Integer'); - elementonbed = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','BooleanMat','sizetype',2); - elementonsurface = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','BooleanMat','sizetype',2); - nodeonbed = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','BooleanMat','sizetype',1); - nodeonsurface = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','BooleanMat','sizetype',1); + elementonbed = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','BooleanMat','mattype',2); + elementonsurface = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','BooleanMat','mattype',2); + nodeonbed = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','BooleanMat','mattype',1); + nodeonsurface = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','BooleanMat','mattype',1); minh = modelfield('default',0,'marshall',false); @@ -118,45 +118,45 @@ g = modelfield('default',0,'marshall',true,'format','Double'); yts = modelfield('default',0,'marshall',true,'format','Double'); - drag_coefficient = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); - drag_p = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',2); - drag_q = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',2); - rheology_B = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); - rheology_n = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',2); + drag_coefficient = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); + drag_p = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',2); + drag_q = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',2); + rheology_B = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); + rheology_n = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',2); rheology_law = modelfield('default','','marshall',true,'format','String'); %Geometrical parameters - elementoniceshelf = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','BooleanMat','sizetype',2); - elementonicesheet = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','BooleanMat','sizetype',2); - elementonwater = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','BooleanMat','sizetype',2); - nodeoniceshelf = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); - nodeonicesheet = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); - nodeonwater = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); - surface = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); - thickness = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); - thickness_coeff = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); - bed = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); - bathymetry = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); + elementoniceshelf = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','BooleanMat','mattype',2); + elementonicesheet = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','BooleanMat','mattype',2); + elementonwater = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','BooleanMat','mattype',2); + nodeoniceshelf = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); + nodeonicesheet = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); + nodeonwater = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); + surface = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); + thickness = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); + thickness_coeff = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); + bed = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); + bathymetry = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); %Boundary conditions nodeonboundary = modelfield('default',NaN,'marshall',false); - pressureload = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',3); - spcvx = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); - spcvy = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); - spcvz = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); - spctemperature = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); - spcthickness = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); - spcwatercolumn = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); - diagnostic_ref = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); + pressureload = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',3); + spcvx = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); + spcvy = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); + spcvz = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); + spctemperature = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); + spcthickness = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); + spcwatercolumn = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); + diagnostic_ref = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); %Observations - vx_obs = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); - vy_obs = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); + vx_obs = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); + vy_obs = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); vel_obs = modelfield('default',NaN,'marshall',false); - surface_accumulation_rate = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); - surface_ablation_rate = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); - surface_mass_balance = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); - dhdt = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); - geothermalflux = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); - thickness_obs = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); + surface_accumulation_rate = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); + surface_ablation_rate = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); + surface_mass_balance = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); + dhdt = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); + geothermalflux = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); + thickness_obs = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); %Statics parameters @@ -183,15 +183,15 @@ %Control control_analysis = modelfield('default',0,'marshall',true,'format','Boolean'); - control_type = modelfield('default',0,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',3); - weights = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); + control_type = modelfield('default',0,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',3); + weights = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); nsteps = modelfield('default',0,'marshall',true,'format','Integer'); - maxiter = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',3); - cm_responses = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',3); + maxiter = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',3); + cm_responses = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',3); tolx = modelfield('default',0,'marshall',true,'format','Double'); - optscal = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',3); + optscal = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',3); eps_cm = modelfield('default',0,'marshall',true,'format','Double'); - cm_min = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',3); - cm_max = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',3); - cm_jump = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',3); + cm_min = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',3); + cm_max = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',3); + cm_jump = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',3); cm_gradient = modelfield('default',0,'marshall',true,'format','Boolean'); epsvel = modelfield('default',0,'marshall',true,'format','Double'); @@ -200,7 +200,7 @@ num_cm_responses = modelfield('default',0,'marshall',true,'format','Integer'); %Output - requested_outputs = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',3); + requested_outputs = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',3); %Debugging - verbose = modelfield('default',0,'marshall',true,'format','Integer'); + verbose = modelfield('default',0,'marshall',true,'preprocess','marshallverbose','format','Integer'); mem_debug = modelfield('default',0,'marshall',false); gprof = modelfield('default',0,'marshall',false); @@ -211,16 +211,16 @@ outputfilename = modelfield('default','','marshall',true,'format','String'); results = modelfield('default',struct(),'marshall',false); - vx = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); - vy = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); - vz = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); + vx = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); + vy = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); + vz = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); vel = modelfield('default',NaN,'marshall',false); - temperature = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); %temperature solution vector - waterfraction = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); + temperature = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); %temperature solution vector + waterfraction = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); groundingline_melting_rate = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','Double'); - basal_melting_rate = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); - basal_melting_rate_correction = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); - pressure = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); + basal_melting_rate = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); + basal_melting_rate_correction = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); + pressure = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); %Hydrology - watercolumn = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',1); + watercolumn = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',1); %Hydrology @@ -261,5 +261,5 @@ dakotadat = modelfield('default','','marshall',false); qmu_analysis = modelfield('default',0,'marshall',true,'format','Boolean'); - part = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','sizetype',2); + part = modelfield('default',NaN,'marshall',true,'format','DoubleMat','mattype',2); npart = modelfield('default',0,'marshall',true,'format','Integer'); numberofvariables = modelfield('default',0,'marshall',true,'format','Integer'); Index: /issm/trunk/src/m/classes/modelfield.m =================================================================== --- /issm/trunk/src/m/classes/modelfield.m (revision 9508) +++ /issm/trunk/src/m/classes/modelfield.m (revision 9509) @@ -10,5 +10,5 @@ preprocess=''; format='Int'; - sizetype=0; + mattype=0; end methods Index: /issm/trunk/src/m/model/marshall.m =================================================================== --- /issm/trunk/src/m/model/marshall.m (revision 9508) +++ /issm/trunk/src/m/model/marshall.m (revision 9509) @@ -20,18 +20,18 @@ fields=fieldnames(template); for i=1:length(fields), - field=fields{i}; - marshall=template.(field){2}; - if marshall, - if strcmpi(field,'verbose'), - WriteData(fid,field,VerboseToBinary(md.verbose),{'Integer'}); + fieldname=fields{i}; + if template.(fieldname).marshall, + if ~isempty(template.(fieldname).preprocess), + eval(['fieldvalue=' template.(fieldname).preprocess '(md.(fieldname));']); else - WriteData(fid,field,md.(field),template.(field)(3:end)); + fieldvalue=md.(fieldname); end + WriteData(fid,fieldname,fieldvalue,template.(fieldname)); end end %Quick fix: add some fields needed by parameters -WriteData(fid,'numberofvertices',md.numberofnodes,{'Integer'}); -WriteData(fid,'numberofedges',size(md.edges,1),{'Integer'}); +WriteData(fid,'numberofvertices',md.numberofnodes,modelfield('format','Integer')); +WriteData(fid,'numberofedges',size(md.edges,1),modelfield('format','Integer')); %close file @@ -41,17 +41,15 @@ end -function WriteData(fid,fieldname,fieldvalue,fieldtype) % {{{ +function WriteData(fid,fieldname,fieldvalue,fieldprop) % {{{ %WRITEDATA - write model field in binary file % % Usage: -% WriteData(fid,fieldname,fieldvalue,fieldtype) -% -% Example: -% WriteData(fid,'thickness',md.thickness,{'DoubleMat',1}) +% WriteData(fid,fieldname,fieldvalue,fieldprop) +% %first recover data, enum of the data and type of data data=fieldvalue; enum=BuildEnum(fieldname); -data_type=fieldtype{1}; +data_type=fieldprop.format; if issparse(data), @@ -113,5 +111,5 @@ %matrix type: - mattype=fieldtype{2}; + mattype=fieldprop.mattype; %Get size @@ -165,5 +163,5 @@ %matrix type: - mattype=fieldtype{2}; + mattype=fieldprop.mattype; %Get size @@ -338,2 +336,6 @@ error('TypeToCode error message: data type not supported yet!'); end% }}} + +%Some processing, should be moved to the corresponding classes in the future +function out=marshallverbose(in) + out = VerboseToBinary(in);