Changeset 6039 for issm/trunk


Ignore:
Timestamp:
09/26/10 15:49:28 (15 years ago)
Author:
Eric.Larour
Message:

To download files from cluster, we now use the Download method
from the cluster class. More object oriented, and allows some
nifty codes for peculiar clusters.

Location:
issm/trunk/src/m
Files:
10 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • issm/trunk/src/m/clusters/astrid.m

    r6038 r6039  
    9494                                disp('uploading input file and queueing script');
    9595                                issmscpout(md.cluster.name,md.cluster.executionpath,md.cluster.login,md.cluster.port,{[md.runtimename '.tar.gz']});
     96
     97                                disp('launching solution sequence on remote cluster');
     98                                issmssh(md.cluster.name,md.cluster.login,md.cluster.port,launchcommand);
    9699                        else
    97100                                disp('batch mode requested: not launching job interactively');
    … …  
    99102                        end
    100103
    101                  end
    102                  %}}}
     104                 end %}}}
     105                 function Download(cluster,md)%{{{1
     106
     107                        %some check
     108                        if isempty(md.runtimename),
     109                                error('pfe Download error message: supply runtime name for results to be loaded!');
     110                        end
     111
     112                        %Figure out the  directory where all the files are in:
     113                        directory=[executionpath '/' md.runtimename '/'];
     114
     115                        %What packages are we picking up from remote cluster
     116                        packages={[md.name '.outlog'],[md.name '.errlog']};
     117                        if md.qmu_analysis,
     118                                packages{end+1}=[md.name '.qmu.err'];
     119                                packages{end+1}=[md.name '.qmu.out'];
     120                                if isfield(md.qmu_params,'tabular_graphics_data'),
     121                                        if md.qmu_params.tabular_graphics_data==true,
     122                                                packages{end+1}='dakota_tabular.dat';
     123                                        end
     124                                end
     125                        else
     126                                packages{end+1}=[md.name '.outbin'];
     127                        end
     128
     129                        %copy files from cluster to present directory
     130                        issmscpin(clustername, login, port, directory, packages);
     131                end %}}}
    103132        end
    104133end

  • issm/trunk/src/m/clusters/castor.m

    r6038 r6039  
    9797                                disp('uploading input file and queueing script');
    9898                                issmscpout(md.cluster.name,md.cluster.executionpath,md.cluster.login,md.cluster.port,{[md.runtimename '.tar.gz']});
     99                               
     100                                disp('launching solution sequence on remote cluster');
     101                                issmssh(md.cluster.name,md.cluster.login,md.cluster.port,launchcommand);
     102
    99103                        else
    100104                                disp('batch mode requested: not launching job interactively');
    … …  
    104108                 end
    105109                 %}}}
     110                 function Download(cluster,md)%{{{1
     111
     112                        %some check
     113                        if isempty(md.runtimename),
     114                                error('pfe Download error message: supply runtime name for results to be loaded!');
     115                        end
     116
     117                        %Figure out the  directory where all the files are in:
     118                        directory=[executionpath '/' md.runtimename '/'];
     119
     120                        %What packages are we picking up from remote cluster
     121                        packages={[md.name '.outlog'],[md.name '.errlog']};
     122                        if md.qmu_analysis,
     123                                packages{end+1}=[md.name '.qmu.err'];
     124                                packages{end+1}=[md.name '.qmu.out'];
     125                                if isfield(md.qmu_params,'tabular_graphics_data'),
     126                                        if md.qmu_params.tabular_graphics_data==true,
     127                                                packages{end+1}='dakota_tabular.dat';
     128                                        end
     129                                end
     130                        else
     131                                packages{end+1}=[md.name '.outbin'];
     132                        end
     133
     134                        %copy files from cluster to present directory
     135                        issmscpin(clustername, login, port, directory, packages);
     136                end %}}}
    106137        end
    107138end

  • issm/trunk/src/m/clusters/cosmos.m

    r6038 r6039  
    9696                                disp('uploading input file and queueing script');
    9797                                issmscpout(md.cluster.name,md.cluster.executionpath,md.cluster.login,md.cluster.port,{[md.runtimename '.tar.gz']});
     98                               
     99                                disp('launching solution sequence on remote cluster');
     100                                issmssh(md.cluster.name,md.cluster.login,md.cluster.port,launchcommand);
     101
    98102                        else
    99103                                disp('batch mode requested: not launching job interactively');
    … …  
    103107                 end
    104108                 %}}}
     109                 function Download(cluster,md)%{{{1
     110
     111                        %some check
     112                        if isempty(md.runtimename),
     113                                error('pfe Download error message: supply runtime name for results to be loaded!');
     114                        end
     115
     116                        %Figure out the  directory where all the files are in:
     117                        directory=[executionpath '/' md.runtimename '/'];
     118
     119                        %What packages are we picking up from remote cluster
     120                        packages={[md.name '.outlog'],[md.name '.errlog']};
     121                        if md.qmu_analysis,
     122                                packages{end+1}=[md.name '.qmu.err'];
     123                                packages{end+1}=[md.name '.qmu.out'];
     124                                if isfield(md.qmu_params,'tabular_graphics_data'),
     125                                        if md.qmu_params.tabular_graphics_data==true,
     126                                                packages{end+1}='dakota_tabular.dat';
     127                                        end
     128                                end
     129                        else
     130                                packages{end+1}=[md.name '.outbin'];
     131                        end
     132
     133                        %copy files from cluster to present directory
     134                        issmscpin(clustername, login, port, directory, packages);
     135                end %}}}
    105136        end
    106137end

  • issm/trunk/src/m/clusters/ericmac.m

    r6038 r6039  
    9393                                disp('uploading input file and queueing script');
    9494                                issmscpout(md.cluster.name,md.cluster.executionpath,md.cluster.login,md.cluster.port,{[md.runtimename '.tar.gz']});
     95                               
     96                                disp('launching solution sequence on remote cluster');
     97                                issmssh(md.cluster.name,md.cluster.login,md.cluster.port,launchcommand);
     98
    9599                        else
    96100                                disp('batch mode requested: not launching job interactively');
    … …  
    100104                 end
    101105                 %}}}
     106                 function Download(cluster,md)%{{{1
     107
     108                        %some check
     109                        if isempty(md.runtimename),
     110                                error('pfe Download error message: supply runtime name for results to be loaded!');
     111                        end
     112
     113                        %Figure out the  directory where all the files are in:
     114                        directory=[executionpath '/' md.runtimename '/'];
     115
     116                        %What packages are we picking up from remote cluster
     117                        packages={[md.name '.outlog'],[md.name '.errlog']};
     118                        if md.qmu_analysis,
     119                                packages{end+1}=[md.name '.qmu.err'];
     120                                packages{end+1}=[md.name '.qmu.out'];
     121                                if isfield(md.qmu_params,'tabular_graphics_data'),
     122                                        if md.qmu_params.tabular_graphics_data==true,
     123                                                packages{end+1}='dakota_tabular.dat';
     124                                        end
     125                                end
     126                        else
     127                                packages{end+1}=[md.name '.outbin'];
     128                        end
     129
     130                        %copy files from cluster to present directory
     131                        issmscpin(clustername, login, port, directory, packages);
     132                end %}}}
    102133        end
    103134end

  • issm/trunk/src/m/clusters/gemini.m

    r6038 r6039  
    9797                                disp('uploading input file and queueing script');
    9898                                issmscpout(md.cluster.name,md.cluster.executionpath,md.cluster.login,md.cluster.port,{[md.runtimename '.tar.gz']});
     99                               
     100                                disp('launching solution sequence on remote cluster');
     101                                issmssh(md.cluster.name,md.cluster.login,md.cluster.port,launchcommand);
     102
    99103                        else
    100104                                disp('batch mode requested: not launching job interactively');
    … …  
    104108                 end
    105109                 %}}}
     110                 function Download(cluster,md)%{{{1
     111
     112                        %some check
     113                        if isempty(md.runtimename),
     114                                error('pfe Download error message: supply runtime name for results to be loaded!');
     115                        end
     116
     117                        %Figure out the  directory where all the files are in:
     118                        directory=[executionpath '/' md.runtimename '/'];
     119
     120                        %What packages are we picking up from remote cluster
     121                        packages={[md.name '.outlog'],[md.name '.errlog']};
     122                        if md.qmu_analysis,
     123                                packages{end+1}=[md.name '.qmu.err'];
     124                                packages{end+1}=[md.name '.qmu.out'];
     125                                if isfield(md.qmu_params,'tabular_graphics_data'),
     126                                        if md.qmu_params.tabular_graphics_data==true,
     127                                                packages{end+1}='dakota_tabular.dat';
     128                                        end
     129                                end
     130                        else
     131                                packages{end+1}=[md.name '.outbin'];
     132                        end
     133
     134                        %copy files from cluster to present directory
     135                        issmscpin(clustername, login, port, directory, packages);
     136                end %}}}
    106137        end
    107138end

  • issm/trunk/src/m/clusters/larsen.m

    r6038 r6039  
    9393                                disp('uploading input file and queueing script');
    9494                                issmscpout(md.cluster.name,md.cluster.executionpath,md.cluster.login,md.cluster.port,{[md.runtimename '.tar.gz']});
     95                               
     96                                disp('launching solution sequence on remote cluster');
     97                                issmssh(md.cluster.name,md.cluster.login,md.cluster.port,launchcommand);
     98
    9599                        else
    96100                                disp('batch mode requested: not launching job interactively');
    … …  
    100104                 end
    101105                 %}}}
     106                 function Download(cluster,md)%{{{1
     107
     108                        %some check
     109                        if isempty(md.runtimename),
     110                                error('pfe Download error message: supply runtime name for results to be loaded!');
     111                        end
     112
     113                        %Figure out the  directory where all the files are in:
     114                        directory=[executionpath '/' md.runtimename '/'];
     115
     116                        %What packages are we picking up from remote cluster
     117                        packages={[md.name '.outlog'],[md.name '.errlog']};
     118                        if md.qmu_analysis,
     119                                packages{end+1}=[md.name '.qmu.err'];
     120                                packages{end+1}=[md.name '.qmu.out'];
     121                                if isfield(md.qmu_params,'tabular_graphics_data'),
     122                                        if md.qmu_params.tabular_graphics_data==true,
     123                                                packages{end+1}='dakota_tabular.dat';
     124                                        end
     125                                end
     126                        else
     127                                packages{end+1}=[md.name '.outbin'];
     128                        end
     129
     130                        %copy files from cluster to present directory
     131                        issmscpin(clustername, login, port, directory, packages);
     132                end %}}}
    102133        end
    103134end

  • issm/trunk/src/m/clusters/pfe.m

    r6038 r6039  
    122122                                 fclose(fid);
    123123                         end
    124                  end
    125                  %}}}
     124                 end %}}}
    126125                 function LaunchQueueJob(cluster,md,options)%{{{1
    127126                         
    … …  
    139138                                compressstring=['tar -zcf ' md.runtimename '.tar.gz ' md.name '.bin ' md.name '.queue '  md.name '.petsc '];
    140139                                if md.qmu_analysis,
    141                                         compressstring=[compressstring md.name '.qmu.in'];
     140                                        compressstring=[compressstring md.name '.qmu.in '];
    142141                                end
    143142                                if cluster.interactive,
    … …  
    166165                 end
    167166                 %}}}
     167                 function Download(cluster,md)%{{{1
     168
     169                        %some check
     170                        if isempty(md.runtimename),
     171                                if ~cluster.interactive,
     172                                        error('pfe Download error message: supply runtime name for results to be loaded!');
     173                                end
     174                        end
     175
     176                        %Figure out the  directory where all the files are in:
     177                        if ~cluster.interactive,
     178                                directory=[executionpath '/' md.runtimename '/'];
     179                        else
     180                                directory=[executionpath '/Interactive/'];
     181                        end
     182
     183                        %What packages are we picking up from remote cluster
     184                        packages={[md.name '.outlog'],[md.name '.errlog']};
     185                        if md.qmu_analysis,
     186                                packages{end+1}=[md.name '.qmu.err'];
     187                                packages{end+1}=[md.name '.qmu.out'];
     188                                if isfield(md.qmu_params,'tabular_graphics_data'),
     189                                        if md.qmu_params.tabular_graphics_data==true,
     190                                                packages{end+1}='dakota_tabular.dat';
     191                                        end
     192                                end
     193                        else
     194                                packages{end+1}=[md.name '.outbin'];
     195                        end
     196
     197                        %copy files from cluster to present directory
     198                        issmscpin(clustername, login, port, directory, packages);
     199                end %}}}
    168200        end
    169201end

  • issm/trunk/src/m/clusters/pollux.m

    r6038 r6039  
    9797                                disp('uploading input file and queueing script');
    9898                                issmscpout(md.cluster.name,md.cluster.executionpath,md.cluster.login,md.cluster.port,{[md.runtimename '.tar.gz']});
     99                               
     100                                disp('launching solution sequence on remote cluster');
     101                                issmssh(md.cluster.name,md.cluster.login,md.cluster.port,launchcommand);
     102
    99103                        else
    100104                                disp('batch mode requested: not launching job interactively');
    … …  
    104108                 end
    105109                 %}}}
     110                 function Download(cluster,md)%{{{1
     111
     112                        %some check
     113                        if isempty(md.runtimename),
     114                                error('pfe Download error message: supply runtime name for results to be loaded!');
     115                        end
     116
     117                        %Figure out the  directory where all the files are in:
     118                        directory=[executionpath '/' md.runtimename '/'];
     119
     120                        %What packages are we picking up from remote cluster
     121                        packages={[md.name '.outlog'],[md.name '.errlog']};
     122                        if md.qmu_analysis,
     123                                packages{end+1}=[md.name '.qmu.err'];
     124                                packages{end+1}=[md.name '.qmu.out'];
     125                                if isfield(md.qmu_params,'tabular_graphics_data'),
     126                                        if md.qmu_params.tabular_graphics_data==true,
     127                                                packages{end+1}='dakota_tabular.dat';
     128                                        end
     129                                end
     130                        else
     131                                packages{end+1}=[md.name '.outbin'];
     132                        end
     133
     134                        %copy files from cluster to present directory
     135                        issmscpin(clustername, login, port, directory, packages);
     136                end %}}}
    106137        end
    107138end

  • issm/trunk/src/m/clusters/wilkes.m

    r6038 r6039  
    9393                                disp('uploading input file and queueing script');
    9494                                issmscpout(md.cluster.name,md.cluster.executionpath,md.cluster.login,md.cluster.port,{[md.runtimename '.tar.gz']});
     95                               
     96                                disp('launching solution sequence on remote cluster');
     97                                issmssh(md.cluster.name,md.cluster.login,md.cluster.port,launchcommand);
     98
    9599                        else
    96100                                disp('batch mode requested: not launching job interactively');
    … …  
    100104                 end
    101105                 %}}}
     106                 function Download(cluster,md)%{{{1
     107
     108                        %some check
     109                        if isempty(md.runtimename),
     110                                error('pfe Download error message: supply runtime name for results to be loaded!');
     111                        end
     112
     113                        %Figure out the  directory where all the files are in:
     114                        directory=[executionpath '/' md.runtimename '/'];
     115
     116                        %What packages are we picking up from remote cluster
     117                        packages={[md.name '.outlog'],[md.name '.errlog']};
     118                        if md.qmu_analysis,
     119                                packages{end+1}=[md.name '.qmu.err'];
     120                                packages{end+1}=[md.name '.qmu.out'];
     121                                if isfield(md.qmu_params,'tabular_graphics_data'),
     122                                        if md.qmu_params.tabular_graphics_data==true,
     123                                                packages{end+1}='dakota_tabular.dat';
     124                                        end
     125                                end
     126                        else
     127                                packages{end+1}=[md.name '.outbin'];
     128                        end
     129
     130                        %copy files from cluster to present directory
     131                        issmscpin(clustername, login, port, directory, packages);
     132                end %}}}
    102133        end
    103134end

  • issm/trunk/src/m/model/loadresultsfromcluster.m

    r5963 r6039  
    55%      md=loadresultsfromcluster(md,runtimename);
    66
    7 %Figure out parameters for this particular cluster
    8 codepath=md.cluster.codepath;
    9 executionpath=md.cluster.executionpath;
    10 login=md.cluster.login;
    11 port=md.cluster.port;
    12 clustername=md.cluster.name;
     7%retrieve cluster, to be able to call its methods
     8cluster=md.cluster;
    139
    1410if nargin==2,
    … …  
    1612end
    1713
    18 if isempty(md.runtimename),
    19         error('supply runtime name for results to be loaded!');
    20 end
    21 
    22 %Figure out the  directory where all the files are in:
    23 directory=[executionpath '/' md.runtimename '/'];
    24 
    25 %What packages are we picking up from remote cluster
    26 packages={[md.name '.outlog'],[md.name '.errlog']};
    27 if md.qmu_analysis,
    28         packages{end+1}=[md.name '.qmu.err'];
    29         packages{end+1}=[md.name '.qmu.out'];
    30         if isfield(md.qmu_params,'tabular_graphics_data'),
    31                 if md.qmu_params.tabular_graphics_data==true,
    32                         packages{end+1}='dakota_tabular.dat';
    33                 end
    34         end
    35 else
    36         packages{end+1}=[md.name '.outbin'];
    37 end
    38 
    39 %copy files from cluster to present directory
    40 issmscpin(clustername, login, port, directory, packages);
     14%Download outputs from the cluster
     15cluster.Download(md);
    4116
    4217%read log files onto  fields
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.