Changeset 5956


Ignore:
Timestamp:
09/22/10 13:55:09 (14 years ago)
Author:
Mathieu Morlighem
Message:

some fixing in cluster fields

Location:
issm/trunk/src/m
Files:
13 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • issm/trunk/src/m/clusters/QueueRequirements.m

    r5954 r5956  
    55% Usage: QueueRequirements(available_queues,queue_requirements_time,queue_requirements_np,np,time)
    66%
    7 
    87
    98%Ok, go through requirements for current queue:
    … …  
    2524%check on time requirements
    2625rtime=queue_requirements_time(index);
    27 
    2826if time<=0,
    2927        error('QueueRequirements: time should be a positive number');
    3028end
    31 
    3229if time>rtime,
    3330        error(['QueueRequirements: time should be < ' num2str(rtime) ' for queue: ' queue]);
    … …  
    3734rnp=queue_requirements_np(index);
    3835rmod=queue_requirements_modulo(index);
    39 
    4036if np<=0,
    4137        error('QueueRequirements: np should be a positive number');
    4238end
    43 
    4439if np>rnp,
    4540        error(['QueueRequirements: np should be < ' num2str(rnp) ' for queue: ' queue]);

  • issm/trunk/src/m/clusters/README

    r5954 r5956  
    88is much more manageable and powerful.
    99
    10 
    1110How to add your cluster?
    1211use an existing cluster script, such as pleiades.m, and rename it to your cluster name.

  • issm/trunk/src/m/clusters/astrid.m

    r5954 r5956  
    66classdef astrid
    77    properties (SetAccess=public)
    8         %{{{1
     8        % {{{1
    99                name='astrid'
    1010        np   =15; %number of processors
    11                 codepath=[issmdir '/bin'];
    12                 executionpath=[issmdir '../execution'];
    13                 valgrind=[issmdir '/externalpackages/valgrind/install/bin/valgrind'];
    14                 valgrindlib=[issmdir '/externalpackages/valgrind/install/lib/libmpidebug.so'];
    15                 valgrindsup=[issmdir 'externalpackages/valgrind/issm.supp'];
     11                codepath=[issmdir() '/bin'];
     12                executionpath=[issmdir() '/../execution'];
     13                valgrind=[issmdir() '/externalpackages/valgrind/install/bin/valgrind'];
     14                valgrindlib=[issmdir() '/externalpackages/valgrind/install/lib/libmpidebug.so'];
     15                valgrindsup=[issmdir() '/externalpackages/valgrind/issm.supp'];
    1616                login='larour';
    1717                port=0;
    … …  
    1919    end
    2020    methods
    21                 function []=disp(md) %{{{1
     21                function []=disp(md) % {{{1
    2222                %  display the object
    2323                disp(sprintf('class ''%s'' object ''%s'' = ',class(md),inputname(1)));
    … …  
    3131                end
    3232                %}}}
    33                 function IsConsistent(md) %{{{1
     33                function IsConsistent(md) % {{{1
    3434                        if md.np>16,
    3535                                error('IsConsistent error message: number of processors should be lest than 16!');
    … …  
    4040                end
    4141                %}}}
    42                 function BuildQueueScript(md,modelname,analysis_type,mem_debug) %{{{1
     42                function BuildQueueScript(md,modelname,analysis_type,mem_debug) % {{{1
    4343               
    4444                %open file for writing:
    … …  
    5959                end
    6060                %}}}
    61                 function command=LaunchCommand(md,modelruntimename,modelname)%{{{1
     61                function command=LaunchCommand(md,modelruntimename,modelname)% {{{1
    6262                command=['cd ' md.executionpath ' && rm -rf ./' modelruntimename ' && mkdir ' modelruntimename ' && cd ' modelruntimename ' && mv ../' modelruntimename '.tar.gz ./ && tar -zxf ' modelruntimename '.tar.gz  && source  ' modelname '.queue '];
    6363                end

  • issm/trunk/src/m/clusters/castor.m

    r5954 r5956  
    66classdef castor
    77    properties (SetAccess=public)
    8         %{{{1
     8        % {{{1
    99                name='castor'
    10         np   =128; %number of processors
     10                np   =128; %number of processors
    1111                queue='shortc';
    1212                time=180;
    13                 codepath=/workp/edw/larour/issm-2.0/bin
    14                 executionpath=/workp/edw/larour/Testing/Execution
     13                codepath='/workp/edw/larour/issm-2.0/bin'
     14                executionpath='/workp/edw/larour/Testing/Execution'
    1515                login='larour';
    1616                port=0;
    … …  
    1818    end
    1919    methods
    20                 function []=disp(md) %{{{1
     20                function []=disp(md) % {{{1
    2121                %  display the object
    2222                disp(sprintf('class ''%s'' object ''%s'' = ',class(md),inputname(1)));
    … …  
    2929                end
    3030                %}}}
    31                 function IsConsistent(md) %{{{1
     31                function IsConsistent(md) % {{{1
    3232
    3333                available_queues={'shortc','longc'};
    … …  
    3838                end
    3939                %}}}
    40                 function BuildQueueScript(md,modelname,analysis_type,mem_debug) %{{{1
     40                function BuildQueueScript(md,modelname,analysis_type,mem_debug) % {{{1
    4141               
    4242                %open file for writing:
    … …  
    6363                end
    6464                %}}}
    65                 function command=LaunchCommand(md,modelruntimename,modelname)%{{{1
     65                function command=LaunchCommand(md,modelruntimename,modelname)% {{{1
    6666                command=['cd ' md.executionpath ' && rm -rf ./' modelruntimename ' && mkdir ' modelruntimename ' && cd ' modelruntimename ' && mv ../' modelruntimename '.tar.gz ./ && tar -zxf ' modelruntimename '.tar.gz  && qsub ' modelname '.queue '];
    6767                end

  • issm/trunk/src/m/clusters/cosmos.m

    r5954 r5956  
    66classdef cosmos
    77    properties (SetAccess=public)
    8         %{{{1
     8        % {{{1
    99                name='cosmos'
    10         np   =128; %number of processors
     10                np   =128; %number of processors
    1111                queue='shortq';
    1212                time=3*60;
    1313                codepath='/work00/edw/larour/issm-2.0/bin';
    14         executionpath='/work00/edw/larour/Execution';
     14                executionpath='/work00/edw/larour/Execution';
    1515                login='larour';
    1616                port=0;
    … …  
    1818    end
    1919    methods
    20                 function []=disp(md) %{{{1
     20                function []=disp(md) % {{{1
    2121                %  display the object
    2222                disp(sprintf('class ''%s'' object ''%s'' = ',class(md),inputname(1)));
    … …  
    2929                end
    3030                %}}}
    31                 function IsConsistent(md) %{{{1
     31                function IsConsistent(md) % {{{1
    3232
    3333                available_queues={'debug','shortq','longq'};
    … …  
    3838                end
    3939                %}}}
    40                 function BuildQueueScript(md,modelname,analysis_type,mem_debug) %{{{1
     40                function BuildQueueScript(md,modelname,analysis_type,mem_debug) % {{{1
    4141               
    4242                %open file for writing:
    … …  
    6262                end
    6363                %}}}
    64                 function command=LaunchCommand(md,modelruntimename,modelname)%{{{1
     64                function command=LaunchCommand(md,modelruntimename,modelname)% {{{1
    6565                command=['cd ' md.executionpath ' && rm -rf ./' modelruntimename ' && mkdir ' modelruntimename ' && cd ' modelruntimename ' && mv ../' modelruntimename '.tar.gz ./ && tar -zxf ' modelruntimename '.tar.gz  && qsub -S/bin/sh ' modelname '.queue '];
    6666                end

  • issm/trunk/src/m/clusters/eric-mac.m

    r5954 r5956  
    66classdef astrid
    77    properties (SetAccess=public)
    8         %{{{1
     8        % {{{1
    99                name='eric-mac'
    1010        np   =3; %number of processors
    11                 codepath=[issmdir '/bin'];
    12                 executionpath=[issmdir '../execution'];
    13                 valgrind=[issmdir '/externalpackages/valgrind/install/bin/valgrind'];
    14                 valgrindlib=[issmdir '/externalpackages/valgrind/install/lib/libmpidebug.so'];
    15                 valgrindsup=[issmdir 'externalpackages/valgrind/issm.supp'];
     11                codepath=[issmdir() '/bin'];
     12                executionpath=[issmdir() '/../execution'];
     13                valgrind=[issmdir() '/externalpackages/valgrind/install/bin/valgrind'];
     14                valgrindlib=[issmdir() '/externalpackages/valgrind/install/lib/libmpidebug.so'];
     15                valgrindsup=[issmdir() '/externalpackages/valgrind/issm.supp'];
    1616                login='larour';
    1717                port=0;
    … …  
    1919    end
    2020    methods
    21                 function []=disp(md) %{{{1
     21                function []=disp(md) % {{{1
    2222                %  display the object
    2323                disp(sprintf('class ''%s'' object ''%s'' = ',class(md),inputname(1)));
    … …  
    3131                end
    3232                %}}}
    33                 function IsConsistent(md) %{{{1
     33                function IsConsistent(md) % {{{1
    3434                        if md.np>4,
    3535                                error('IsConsistent error message: number of processors should be lest than 16!');
    … …  
    4040                end
    4141                %}}}
    42                 function BuildQueueScript(md,modelname,analysis_type,mem_debug) %{{{1
     42                function BuildQueueScript(md,modelname,analysis_type,mem_debug) % {{{1
    4343               
    4444                %open file for writing:
    … …  
    5959                end
    6060                %}}}
    61                 function command=LaunchCommand(md,modelruntimename,modelname)%{{{1
     61                function command=LaunchCommand(md,modelruntimename,modelname)% {{{1
    6262                command=['cd ' md.executionpath ' && rm -rf ./' modelruntimename ' && mkdir ' modelruntimename ' && cd ' modelruntimename ' && mv ../' modelruntimename '.tar.gz ./ && tar -zxf ' modelruntimename '.tar.gz  && source  ' modelname '.queue '];
    6363                end

  • issm/trunk/src/m/clusters/gemini.m

    r5954 r5956  
    66classdef gemini
    77    properties (SetAccess=public)
    8         %{{{1
     8        % {{{1
    99                name='gemini'
    10         np   =50; %number of processors
     10                np   =50; %number of processors
    1111                queue='debug';
    1212                time=60;
    13                 codepath=/workg/edw/larour/issm-2.0/bin
    14                 executionpath=/workg/edw/larour/Testing/Execution
     13                codepath='/workg/edw/larour/issm-2.0/bin'
     14                executionpath='/workg/edw/larour/Testing/Execution'
    1515                login='larour';
    1616                port=0;
    … …  
    1818    end
    1919    methods
    20                 function []=disp(md) %{{{1
     20                function []=disp(md) % {{{1
    2121                %  display the object
    2222                disp(sprintf('class ''%s'' object ''%s'' = ',class(md),inputname(1)));
    … …  
    2929                end
    3030                %}}}
    31                 function IsConsistent(md) %{{{1
     31                function IsConsistent(md) % {{{1
    3232
    3333                available_queues={'debug','shortg','longg'};
    … …  
    3838                end
    3939                %}}}
    40                 function BuildQueueScript(md,modelname,analysis_type,mem_debug) %{{{1
     40                function BuildQueueScript(md,modelname,analysis_type,mem_debug) % {{{1
    4141               
    4242                %open file for writing:
    … …  
    6363                end
    6464                %}}}
    65                 function command=LaunchCommand(md,modelruntimename,modelname)%{{{1
     65                function command=LaunchCommand(md,modelruntimename,modelname)% {{{1
    6666                command=['cd ' md.executionpath ' && rm -rf ./' modelruntimename ' && mkdir ' modelruntimename ' && cd ' modelruntimename ' && mv ../' modelruntimename '.tar.gz ./ && tar -zxf ' modelruntimename '.tar.gz  && qsub ' modelname '.queue '];
    6767                end
    … …  
    6969        end
    7070end
    71 
    72 
    73 

  • issm/trunk/src/m/clusters/larsen.m

    r5954 r5956  
    66classdef larsen
    77    properties (SetAccess=public)
    8         %{{{1
     8        % {{{1
    99                name='larsen'
    10         np   =7; %number of processors
    11                 codepath=[issmdir '/bin'];
    12                 executionpath=[issmdir '../execution'];
    13                 valgrind=[issmdir '/externalpackages/valgrind/install/bin/valgrind'];
    14                 valgrindlib=[issmdir '/externalpackages/valgrind/install/lib/libmpidebug.so'];
    15                 valgrindsup=[issmdir 'externalpackages/valgrind/issm.supp'];
     10                np=7;
     11                codepath=[issmdir() '/bin'];
     12                executionpath=[issmdir() '/../execution'];
     13                valgrind=[issmdir() '/externalpackages/valgrind/install/bin/valgrind'];
     14                valgrindlib=[issmdir() '/externalpackages/valgrind/install/lib/libmpidebug.so'];
     15                valgrindsup=[issmdir() '/externalpackages/valgrind/issm.supp'];
    1616                login='larour';
    1717                port=0;
    … …  
    1919    end
    2020    methods
    21                 function []=disp(md) %{{{1
     21                function []=disp(md) % {{{1
    2222                %  display the object
    2323                disp(sprintf('class ''%s'' object ''%s'' = ',class(md),inputname(1)));
    … …  
    3131                end
    3232                %}}}
    33                 function IsConsistent(md) %{{{1
     33                function IsConsistent(md) % {{{1
    3434                        if md.np>8,
    3535                                error('IsConsistent error message: number of processors should be lest than 16!');
    … …  
    4040                end
    4141                %}}}
    42                 function BuildQueueScript(md,modelname,analysis_type,mem_debug) %{{{1
     42                function BuildQueueScript(md,modelname,analysis_type,mem_debug) % {{{1
    4343               
    4444                %open file for writing:
    … …  
    5959                end
    6060                %}}}
    61                 function command=LaunchCommand(md,modelruntimename,modelname)%{{{1
     61                function command=LaunchCommand(md,modelruntimename,modelname)% {{{1
    6262                command=['cd ' md.executionpath ' && rm -rf ./' modelruntimename ' && mkdir ' modelruntimename ' && cd ' modelruntimename ' && mv ../' modelruntimename '.tar.gz ./ && tar -zxf ' modelruntimename '.tar.gz  && source  ' modelname '.queue '];
    6363                end

  • issm/trunk/src/m/clusters/none.m

    r5954 r5956  
    88                name='none'
    99    end
    10    
    1110    methods
    12                 function []=disp(md) %{{{1
     11                function []=disp(md) % {{{1
    1312                %  display the object
    1413                disp(sprintf('cluster class ''%s'' object ''%s'' = ',class(md),inputname(1)));
    … …  
    1615                end
    1716                %}}}
    18                 function IsConsistent(md) %{{{1
     17                function IsConsistent(md) % {{{1
    1918                end
    2019                %}}}
    21                 function BuildQueueScript(md,modelname,analysis_type,mem_debug) %{{{1
     20                function BuildQueueScript(md,modelname,analysis_type,mem_debug) % {{{1
    2221                error('none.BuildQueueScript error message: serial cluster cannot build queue script');
    2322                end

  • issm/trunk/src/m/clusters/pfe.m

    r5954 r5956  
    66classdef pfe
    77    properties (SetAccess=public) 
    8                 %{{{1
     8                % {{{1
    99                name='pfe'
    1010                numnodes=20;
    11         cpuspernode=8;
     11                cpuspernode=8;
    1212                queue='long';
    1313                time=12*60;
    … …  
    2323    end
    2424    methods
    25                 function []=disp(md) %{{{1
     25                function []=disp(md) % {{{1
    2626                %  display the object
    2727                disp(sprintf('class ''%s'' object ''%s'' = ',class(md),inputname(1)));
    … …  
    3737                end
    3838                %}}}
    39                 function IsConsistent(md) %{{{1
     39                function IsConsistent(md) % {{{1
    4040
    4141                        available_queues={'long'};
    … …  
    6060                end
    6161                %}}}
    62                 function BuildQueueScript(md,modelname,analysis_type,mem_debug) %{{{1
     62                function BuildQueueScript(md,modelname,analysis_type,mem_debug) % {{{1
    6363md.np=md.numnodes*md.cpuspernode;
    6464                       
    … …  
    9393                end
    9494                %}}}
    95                 function command=LaunchCommand(md,modelruntimename,modelname)%{{{1
     95                function command=LaunchCommand(md,modelruntimename,modelname)% {{{1
    9696                        command=['cd ' md.executionpath ' && rm -rf ./' modelruntimename ' && mkdir ' modelruntimename ' && cd ' modelruntimename ' && mv ../' modelruntimename '.tar.gz ./ && tar -zxf ' modelruntimename '.tar.gz  && qsub ' modelname '.queue '];
    9797                end

  • issm/trunk/src/m/clusters/pollux.m

    r5954 r5956  
    66classdef pollux
    77    properties (SetAccess=public)
    8         %{{{1
     8        % {{{1
    99                name='pollux'
    10         np   =128; %number of processors
     10                np   =128; %number of processors
    1111                queue='shortp';
    1212                time=180;
    13                 codepath=/workc/edw/larour/issm-2.0/bin
    14                 executionpath=/workc/edw/larour/Testing/Execution
     13                codepath='/workc/edw/larour/issm-2.0/bin'
     14                executionpath='/workc/edw/larour/Testing/Execution'
    1515                login='larour';
    1616                port=0;
    … …  
    1818    end
    1919    methods
    20                 function []=disp(md) %{{{1
     20                function []=disp(md) % {{{1
    2121                %  display the object
    2222                disp(sprintf('class ''%s'' object ''%s'' = ',class(md),inputname(1)));
    … …  
    2929                end
    3030                %}}}
    31                 function IsConsistent(md) %{{{1
     31                function IsConsistent(md) % {{{1
    3232
    3333                available_queues={'shortp','longp'};
    … …  
    3838                end
    3939                %}}}
    40                 function BuildQueueScript(md,modelname,analysis_type,mem_debug) %{{{1
     40                function BuildQueueScript(md,modelname,analysis_type,mem_debug) % {{{1
    4141               
    4242                %open file for writing:
    … …  
    6363                end
    6464                %}}}
    65                 function command=LaunchCommand(md,modelruntimename,modelname)%{{{1
     65                function command=LaunchCommand(md,modelruntimename,modelname)% {{{1
    6666                command=['cd ' md.executionpath ' && rm -rf ./' modelruntimename ' && mkdir ' modelruntimename ' && cd ' modelruntimename ' && mv ../' modelruntimename '.tar.gz ./ && tar -zxf ' modelruntimename '.tar.gz  && qsub ' modelname '.queue '];
    6767                end
    … …  
    6969        end
    7070end
    71 
    72 
    73 

  • issm/trunk/src/m/clusters/wilkes.m

    r5954 r5956  
    66classdef wilkes
    77    properties (SetAccess=public)
    8         %{{{1
     8        % {{{1
    99                name='wilkes'
    1010        np   =7; %number of processors
    11                 codepath=[issmdir '/bin'];
    12                 executionpath=[issmdir '../execution'];
    13                 valgrind=[issmdir '/externalpackages/valgrind/install/bin/valgrind'];
    14                 valgrindlib=[issmdir '/externalpackages/valgrind/install/lib/libmpidebug.so'];
    15                 valgrindsup=[issmdir 'externalpackages/valgrind/issm.supp'];
     11                codepath=[issmdir() '/bin'];
     12                executionpath=[issmdir() '/../execution'];
     13                valgrind=[issmdir() '/externalpackages/valgrind/install/bin/valgrind'];
     14                valgrindlib=[issmdir() '/externalpackages/valgrind/install/lib/libmpidebug.so'];
     15                valgrindsup=[issmdir() '/externalpackages/valgrind/issm.supp'];
    1616                login='larour';
    1717                port=0;
    … …  
    1919    end
    2020    methods
    21                 function []=disp(md) %{{{1
     21                function []=disp(md) % {{{1
    2222                %  display the object
    2323                disp(sprintf('class ''%s'' object ''%s'' = ',class(md),inputname(1)));
    … …  
    3131                end
    3232                %}}}
    33                 function IsConsistent(md) %{{{1
     33                function IsConsistent(md) % {{{1
    3434                        if md.np>8,
    3535                                error('IsConsistent error message: number of processors should be lest than 16!');
    … …  
    4040                end
    4141                %}}}
    42                 function BuildQueueScript(md,modelname,analysis_type,mem_debug) %{{{1
     42                function BuildQueueScript(md,modelname,analysis_type,mem_debug) % {{{1
    4343               
    4444                %open file for writing:
    … …  
    5959                end
    6060                %}}}
    61                 function command=LaunchCommand(md,modelruntimename,modelname)%{{{1
     61                function command=LaunchCommand(md,modelruntimename,modelname)% {{{1
    6262                command=['cd ' md.executionpath ' && rm -rf ./' modelruntimename ' && mkdir ' modelruntimename ' && cd ' modelruntimename ' && mv ../' modelruntimename '.tar.gz ./ && tar -zxf ' modelruntimename '.tar.gz  && source  ' modelname '.queue '];
    6363                end

  • issm/trunk/src/m/model/ismodelselfconsistent.m

    r5954 r5956  
    190190%}}}
    191191%PARALLEL{{{1
    192 md.cluster.IsConsistent;
     192IsConsistent(md.cluster);
    193193%}}}
    194194
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.