Changeset 4700


Ignore:
Timestamp:
07/21/10 15:00:15 (15 years ago)
Author:
jschierm
Message:

Scotch: Create versions of libraries without file i/o and without matlab links for use by modules.

Location:
issm/trunk/externalpackages/scotch
Files:
5 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • issm/trunk/externalpackages/scotch/Makefile.inc

    r3060 r4700  
    1717#LDFLAGS        = -lz -lm -lrt -Wl,-rpath-link,${MATLAB_DIR}/bin/glnxa64 -L${MATLAB_DIR}/bin/glnxa64 -lmex -lmat
    1818LDFLAGS = -lz -lm -lrt
    19 MFLAGS  = -DCOMMON_RANDOM_FIXED_SEED -DSCOTCH_RENAME -Du_int32_t=uint32_t -Du_int64_t=uint64_t -DCOMMON_TIMING_OLD -DMATLAB -I${MATLAB_DIR}/extern/include -largeArrayDims
     19MFLAGS  = -DCOMMON_RANDOM_FIXED_SEED -DSCOTCH_RENAME -Du_int32_t=uint32_t -Du_int64_t=uint64_t -DCOMMON_TIMING_OLD -DNOFILEIO -DMATLAB -I${MATLAB_DIR}/extern/include -largeArrayDims
    2020CP      = cp
    2121LEX     = flex

  • issm/trunk/externalpackages/scotch/install.sh

    r4653 r4700  
    2020
    2121# Apply patches (all at once, since many)
    22 # (written by diff -rc src ~/Libs/scotch_5.1 > scotch.patch)
    23 patch -R -p0 < scotch.patch
    24 #patch -p0 < scotch.patch
    25 
    26 
     22# (written by diff -rc old_src new_src > scotch.patch)
     23patch -p0 < scotch.patch
    2724
    2825# Build scotch
    … …  
    3330# For stand-alone scotch modules:
    3431make -j $NUMCPUS scotch
    35 #make clean
    36 # For mex scotch modules:
    37 #make mexscotch
     32make clean
     33# For no-file-io scotch modules:
     34make -j $NUMCPUS nfioscotch
    3835# Clean up
    3936make clean
    … …  
    5653#cp -p gmap.m install/bin
    5754#cp -p gpart.m install/bin
     55

  • issm/trunk/externalpackages/scotch/mex/Gmap.c

    r4629 r4700  
    44/*  Gmap structures and prototypes  */
    55
    6 #ifdef MATLAB
    7                 #include "mat.h"
    8                 #include "mex.h"
    9                 #include "matrix.h"
    10 
    11                 #define printf mexPrintf
    12                 #define fprintf(file,...) (file == stdout || file == stderr ? mexPrintf(__VA_ARGS__) : fprintf(file,__VA_ARGS__))
    13                 #define malloc mxMalloc
    14                 #define calloc mxCalloc
    15                 #define realloc mxRealloc
    16                 #define free mxFree
    17                 #define exit(status) mexErrMsgTxt("exit=" #status)
    18 #endif
     6#include "mat.h"
     7#include "mex.h"
     8#include "matrix.h"
    199
    2010void GmapUsage( void );
    … …  
    260250        imo++;
    261251
    262         if (argvm)
    263                 for (i=argcm-1; i>=0; i--)
    264                         free(argvm[i]);
    265252        if (api)     free(api);
    266253        if (archtyp) free(archtyp);
    … …  
    270257        if (adjjc)   free(adjjc);
    271258        if (adjir)   free(adjir);
     259        if (argvm) {
     260                for (i=argcm-1; i>=0; i--)
     261                        free(argvm[i]);
     262                free(argvm);
     263        }
    272264
    273265        return;

  • issm/trunk/externalpackages/scotch/mex/Makefile

    r4629 r4700  
    3434#includedir     = ../../include
    3535#libdir         = ../../lib
    36 bindir          = ${SCOTCH_DIR}/../src/bin
    37 includedir      = ${SCOTCH_DIR}/../src/include
    38 libdir          = ${SCOTCH_DIR}/../src/lib
     36#bindir         = ${SCOTCH_DIR}/../src/bin
     37#includedir     = ${SCOTCH_DIR}/../src/include
     38#libdir         = ${SCOTCH_DIR}/../src/lib
     39bindir          = ${SCOTCH_DIR}/bin
     40includedir      = ${SCOTCH_DIR}/include
     41libdir          = ${SCOTCH_DIR}/lib
    3942
    4043##
    … …  
    5861
    5962mexscotch                       :       clean
    60                                         $(MAKE) CFLAGS="$(CFLAGS) -DMATLAB -I${MATLAB_DIR}/extern/include" CC="$(CCS)" CCD="$(CCS)" LDFLAGS="$(LDFLAGS) -Wl,-rpath-link,${MATLAB_DIR}/bin/glnxa64 -L${MATLAB_DIR}/bin/glnxa64 -lmex -lmat" SCOTCHLIB=scotch \
     63                                        $(MAKE) CFLAGS="$(CFLAGS) -DNOFILEIO" CC="$(CCS)" CCD="$(CCS)" SCOTCHLIB=nfioscotch \
    6164                    Gmapx$(OBJ)
    62                                         $(MAKE) CFLAGS="$(CFLAGS) -DMATLAB -I${MATLAB_DIR}/extern/include" CC="$(CCS)" LDFLAGS="$(LDFLAGS) -Wl,-rpath-link,${MATLAB_DIR}/bin/glnxa64 -L${MATLAB_DIR}/bin/glnxa64 -lmex -lmat Gmapx$(OBJ)" SCOTCHLIB=scotch      \
     65                                        $(MAKE) CFLAGS="$(CFLAGS) -DNOFILEIO -DMATLAB -I${MATLAB_DIR}/extern/include" CC="$(CCS)" LDFLAGS="$(LDFLAGS) -Wl,-rpath-link,${MATLAB_DIR}/bin/glnxa64 -L${MATLAB_DIR}/bin/glnxa64 -lmex -lmat Gmapx$(OBJ)" SCOTCHLIB=nfioscotch       \
    6366                                        Gmap$(MEX)
    6467
    … …  
    8285                                        ${SCOTCH_DIR}/../src/src/libscotch/common.h                     \
    8386                                        $(includedir)/scotch.h                  \
    84                                         $(libdir)/libscotch$(LIB)               \
    85                                         $(libdir)/libscotcherrexit$(LIB)        \
     87                                        $(libdir)/libnfioscotch$(LIB)           \
     88                                        $(libdir)/libnfioscotcherrexit$(LIB)    \
    8689                                        ${SCOTCH_DIR}/../src/src/scotch/gmap.h
    8790
    … …  
    9093                                        ${SCOTCH_DIR}/../src/src/libscotch/common.h                     \
    9194                                        $(includedir)/scotch.h                  \
    92                                         $(libdir)/libscotch$(LIB)               \
    93                                         $(libdir)/libscotcherrexit$(LIB)        \
     95                                        $(libdir)/libnfioscotch$(LIB)           \
     96                                        $(libdir)/libnfioscotcherrexit$(LIB)    \
    9497                                        ${SCOTCH_DIR}/../src/src/scotch/gmap.h
    9598

  • issm/trunk/externalpackages/scotch/scotch.patch

    r4655 r4700  
    1 Only in src: bin
    2 Only in src: include
    3 Only in src: lib
    4 diff -rc src/src/libscotch/arch.c old/src/libscotch/arch.c
    5 *** src/src/libscotch/arch.c    2010-07-19 12:08:20.485684277 -0700
    6 --- old/src/libscotch/arch.c    2008-09-27 07:48:01.000000000 -0700
    7 ***************
    8 *** 173,203 ****
    9   int
    10   archLoad (
    11   Arch * restrict const       archptr,
    12 ! FILE * const                stream
    13 ! #ifdef MATLAB
    14 !                                   ,
    15 ! const char *                archtyp,
    16 ! const Anum                  napar,
    17 ! const Anum *                archpar
    18 ! #endif /* MATLAB */
    19 !                                    )
    20   {
    21     const ArchClass * restrict  class;              /* Pointer to architecture class */
    22     char                        name[256];          /* Architecture name string      */
    23  
    24 - #ifdef MATLAB
    25 -   printf("archLoad - stream=%p; archtyp=\"%s\"\n",stream,archtyp);
    26 -   printf("archLoad - napar=%d,archpar=%p\n",napar,archpar);
    27 - #endif /* MATLAB */
    28 -
    29 - #ifndef MATLAB
    30     if (fscanf (stream, "%255s", name) != 1) {      /* Read architecture name */
    31       errorPrint ("archLoad: cannot load architecture type");
    32       return     (1);
    33     }
    34 - #else /* MATLAB */
    35 -   strcpy(name,archtyp);
    36 - #endif /* MATLAB */
    37     name[255] = '\0';                               /* Set end of string */
    38  
    39     if ((class = archClass (name)) == NULL) {       /* Get class from its name */
    40 --- 173,187 ----
     1Only in new5: bin
     2Only in new5: include
     3Only in new5: lib
     4diff -rc src/src/libscotch/arch.c new5/src/libscotch/arch.c
     5*** src/src/libscotch/arch.c    2008-09-27 07:48:01.000000000 -0700
     6--- new5/src/libscotch/arch.c   2010-07-20 10:07:11.591403732 -0700
     7***************
     8*** 173,187 ****
    419  int
    4210  archLoad (
    … …  
    5422 
    5523    if ((class = archClass (name)) == NULL) {       /* Get class from its name */
    56 ***************
    57 *** 206,216 ****
     24--- 173,203 ----
     25  int
     26  archLoad (
     27  Arch * restrict const       archptr,
     28! FILE * const                stream
     29! #ifdef NOFILEIO
     30!                                   ,
     31! const char *                archtyp,
     32! const Anum                  napar,
     33! const Anum *                archpar
     34! #endif /* NOFILEIO */
     35!                                    )
     36  {
     37    const ArchClass * restrict  class;              /* Pointer to architecture class */
     38    char                        name[256];          /* Architecture name string      */
     39 
     40+ #ifdef NOFILEIO
     41+ //  printf("archLoad - stream=%p; archtyp=\"%s\"\n",stream,archtyp);
     42+ //  printf("archLoad - napar=%d,archpar=%p\n",napar,archpar);
     43+ #endif /* NOFILEIO */
     44+
     45+ #ifndef NOFILEIO
     46    if (fscanf (stream, "%255s", name) != 1) {      /* Read architecture name */
     47      errorPrint ("archLoad: cannot load architecture type");
     48      return     (1);
     49    }
     50+ #else /* NOFILEIO */
     51+   strcpy(name,archtyp);
     52+ #endif /* NOFILEIO */
     53    name[255] = '\0';                               /* Set end of string */
     54 
     55    if ((class = archClass (name)) == NULL) {       /* Get class from its name */
     56***************
     57*** 190,196 ****
     58--- 206,216 ----
    5859    }
    5960 
    6061    if (class->archLoad != NULL) {                  /* If class has loading function */
    61 - #ifndef MATLAB
     62+ #ifndef NOFILEIO
    6263      if (class->archLoad (&archptr->data, stream) != 0) { /* Load class data        */
    63 - #else /* MATLAB */
    64 -     if (class->archLoad (&archptr->data, stream, napar, archpar) != 0) { /* Load class data        */
    65 - #endif /* MATLAB */
     64+ #else /* NOFILEIO */
     65+     if (class->archLoad (&archptr->data, stream, napar, archpar) != 0) { /* Load class data        */
     66+ #endif /* NOFILEIO */
    6667        errorPrint ("archLoad: cannot load architecture data");
    6768        memset     (archptr, 0, sizeof (Arch));     /* Initialize architecture body */
    6869        return     (1);
    69 --- 190,196 ----
    70 diff -rc src/src/libscotch/arch_cmplt.c old/src/libscotch/arch_cmplt.c
    71 *** src/src/libscotch/arch_cmplt.c      2010-07-19 12:08:20.488684298 -0700
    72 --- old/src/libscotch/arch_cmplt.c      2008-05-22 06:44:41.000000000 -0700
    73 ***************
    74 *** 90,109 ****
    75   int
    76   archCmpltArchLoad (
    77   ArchCmplt * restrict const  archptr,
    78 ! FILE * restrict const       stream
    79 ! #ifdef MATLAB
    80 !                                   ,
    81 ! const Anum                  napar,
    82 ! const Anum *                archpar
    83 ! #endif /* MATLAB */
    84 !                                    )
    85   {
    86     long                numnbr;
    87  
    88 - #ifdef MATLAB
    89 -   printf("archCmpltArchLoad - napar=%d,archpar=%p\n",napar,archpar);
    90 - #endif /* MATLAB */
    91 -
    92   #ifdef SCOTCH_DEBUG_ARCH1
    93     if ((sizeof (ArchCmplt)    > sizeof (ArchDummy)) ||
    94         (sizeof (ArchCmpltDom) > sizeof (ArchDomDummy))) {
    95 --- 90,99 ----
     70diff -rc src/src/libscotch/arch_cmplt.c new5/src/libscotch/arch_cmplt.c
     71*** src/src/libscotch/arch_cmplt.c      2008-05-22 06:44:41.000000000 -0700
     72--- new5/src/libscotch/arch_cmplt.c     2010-07-20 10:08:51.983495478 -0700
     73***************
     74*** 90,99 ****
    9675  int
    9776  archCmpltArchLoad (
    … …  
    10483    if ((sizeof (ArchCmplt)    > sizeof (ArchDummy)) ||
    10584        (sizeof (ArchCmpltDom) > sizeof (ArchDomDummy))) {
    106 ***************
    107 *** 112,124 ****
     85--- 90,109 ----
     86  int
     87  archCmpltArchLoad (
     88  ArchCmplt * restrict const  archptr,
     89! FILE * restrict const       stream
     90! #ifdef NOFILEIO
     91!                                   ,
     92! const Anum                  napar,
     93! const Anum *                archpar
     94! #endif /* NOFILEIO */
     95!                                    )
     96  {
     97    long                numnbr;
     98 
     99+ #ifdef NOFILEIO
     100+ //  printf("archCmpltArchLoad - napar=%d,archpar=%p\n",napar,archpar);
     101+ #endif /* NOFILEIO */
     102+
     103  #ifdef SCOTCH_DEBUG_ARCH1
     104    if ((sizeof (ArchCmplt)    > sizeof (ArchDummy)) ||
     105        (sizeof (ArchCmpltDom) > sizeof (ArchDomDummy))) {
     106***************
     107*** 102,109 ****
     108--- 112,124 ----
    108109    }
    109110  #endif /* SCOTCH_DEBUG_ARCH1 */
    110111 
    111 - #ifndef MATLAB
     112+ #ifndef NOFILEIO
    112113    if ((fscanf (stream, "%ld", &numnbr) != 1) ||
    113114        (numnbr < 1)) {
    114 - #else /* MATLAB */
    115 -   if ((napar < 1) ||
    116 -       ((numnbr=(long)archpar[0]) < 1)) {
    117 - #endif /* MATLAB */
     115+ #else /* NOFILEIO */
     116+   if ((napar < 1) ||
     117+       ((numnbr=(long)archpar[0]) < 1)) {
     118+ #endif /* NOFILEIO */
    118119      errorPrint ("archCmpltArchLoad: bad input");
    119120      return     (1);
    120121    }
    121 --- 102,109 ----
    122 diff -rc src/src/libscotch/arch_cmplt.h old/src/libscotch/arch_cmplt.h
    123 *** src/src/libscotch/arch_cmplt.h      2010-07-19 12:08:20.490684312 -0700
    124 --- old/src/libscotch/arch_cmplt.h      2008-05-22 06:44:41.000000000 -0700
    125 ***************
    126 *** 87,97 ****
     122diff -rc src/src/libscotch/arch_cmplt.h new5/src/libscotch/arch_cmplt.h
     123*** src/src/libscotch/arch_cmplt.h      2008-05-22 06:44:41.000000000 -0700
     124--- new5/src/libscotch/arch_cmplt.h     2010-07-19 14:57:40.109618053 -0700
     125***************
     126*** 87,93 ****
     127--- 87,97 ----
    127128  #define static
    128129  #endif
    129130 
    130 - #ifndef MATLAB
     131+ #ifndef NOFILEIO
    131132  int                         archCmpltArchLoad   (ArchCmplt * restrict const, FILE * restrict const);
    132 - #else /* MATLAB */
    133 - int                         archCmpltArchLoad   (ArchCmplt * restrict const, FILE * restrict const, const Anum, const Anum *);
    134 - #endif /* MATLAB */
     133+ #else /* NOFILEIO */
     134+ int                         archCmpltArchLoad   (ArchCmplt * restrict const, FILE * restrict const, const Anum, const Anum *);
     135+ #endif /* NOFILEIO */
    135136  int                         archCmpltArchSave   (const ArchCmplt * const, FILE * restrict const);
    136137  #define archCmpltArchFree           NULL
    137138  ArchDomNum                  archCmpltDomNum     (const ArchCmplt * const, const ArchCmpltDom * const);
    138 --- 87,93 ----
    139 diff -rc src/src/libscotch/arch_cmpltw.c old/src/libscotch/arch_cmpltw.c
    140 *** src/src/libscotch/arch_cmpltw.c     2010-07-19 12:08:20.493684332 -0700
    141 --- old/src/libscotch/arch_cmpltw.c     2008-08-27 14:22:22.000000000 -0700
    142 ***************
    143 *** 200,221 ****
    144   int
    145   archCmpltwArchLoad (
    146   ArchCmpltw * restrict const  archptr,
    147 ! FILE * restrict const       stream
    148 ! #ifdef MATLAB
    149 !                                   ,
    150 ! const Anum                  napar,
    151 ! const Anum *                archpar
    152 ! #endif /* MATLAB */
    153 !                                    )
    154   {
    155     long                vertnbr;
    156     Gnum                velosum;
    157     Anum                vertnum;
    158  
    159 - #ifdef MATLAB
    160 -   printf("archCmpltwArchLoad - napar=%d,archpar=%p\n",napar,archpar);
    161 - #endif /* MATLAB */
    162 -
    163   #ifdef SCOTCH_DEBUG_ARCH1
    164     if ((sizeof (ArchCmpltw)    > sizeof (ArchDummy)) ||
    165         (sizeof (ArchCmpltwDom) > sizeof (ArchDomDummy))) {
    166 --- 200,211 ----
     139diff -rc src/src/libscotch/arch_cmpltw.c new5/src/libscotch/arch_cmpltw.c
     140*** src/src/libscotch/arch_cmpltw.c     2008-08-27 14:22:22.000000000 -0700
     141--- new5/src/libscotch/arch_cmpltw.c    2010-07-20 10:09:00.028502844 -0700
     142***************
     143*** 200,211 ****
    167144  int
    168145  archCmpltwArchLoad (
    … …  
    177154    if ((sizeof (ArchCmpltw)    > sizeof (ArchDummy)) ||
    178155        (sizeof (ArchCmpltwDom) > sizeof (ArchDomDummy))) {
    179 ***************
    180 *** 224,236 ****
     156--- 200,221 ----
     157  int
     158  archCmpltwArchLoad (
     159  ArchCmpltw * restrict const  archptr,
     160! FILE * restrict const       stream
     161! #ifdef NOFILEIO
     162!                                   ,
     163! const Anum                  napar,
     164! const Anum *                archpar
     165! #endif /* NOFILEIO */
     166!                                    )
     167  {
     168    long                vertnbr;
     169    Gnum                velosum;
     170    Anum                vertnum;
     171 
     172+ #ifdef NOFILEIO
     173+ //  printf("archCmpltwArchLoad - napar=%d,archpar=%p\n",napar,archpar);
     174+ #endif /* NOFILEIO */
     175+
     176  #ifdef SCOTCH_DEBUG_ARCH1
     177    if ((sizeof (ArchCmpltw)    > sizeof (ArchDummy)) ||
     178        (sizeof (ArchCmpltwDom) > sizeof (ArchDomDummy))) {
     179***************
     180*** 214,221 ****
     181--- 224,236 ----
    181182    }
    182183  #endif /* SCOTCH_DEBUG_ARCH1 */
    183184 
    184 - #ifndef MATLAB
     185+ #ifndef NOFILEIO
    185186    if ((fscanf (stream, "%ld", &vertnbr) != 1) ||
    186187        (vertnbr < 1)) {
    187 - #else /* MATLAB */
    188 -   if ((napar < 1) ||
    189 -       ((vertnbr=(long)archpar[0]) < 1)) {
    190 - #endif /* MATLAB */
     188+ #else /* NOFILEIO */
     189+   if ((napar < 1) ||
     190+       ((vertnbr=(long)archpar[0]) < 1)) {
     191+ #endif /* NOFILEIO */
    191192      errorPrint ("archCmpltwArchLoad: bad input (1)");
    192193      return     (1);
    193194    }
    194 --- 214,221 ----
    195 ***************
    196 *** 245,257 ****
     195***************
     196*** 230,237 ****
     197--- 245,257 ----
    197198      long                veloval;
    198199      Gnum                velotmp;
    199200 
    200 - #ifndef MATLAB
     201+ #ifndef NOFILEIO
    201202      if ((fscanf (stream, "%ld", &veloval) != 1) ||
    202203          (veloval < 1)) {
    203 - #else /* MATLAB */
    204 -     if ((napar < 1+(vertnum+1)) ||
    205 -         ((veloval=(long)archpar[1+(vertnum+1)]) < 1)) {
    206 - #endif /* MATLAB */
     204+ #else /* NOFILEIO */
     205+     if ((napar < 1+(vertnum+1)) ||
     206+         ((veloval=(long)archpar[1+(vertnum+1)]) < 1)) {
     207+ #endif /* NOFILEIO */
    207208        errorPrint ("archCmpltwArchLoad: bad input (2)");
    208209        return     (1);
    209210      }
    210 --- 230,237 ----
    211 diff -rc src/src/libscotch/arch_cmpltw.h old/src/libscotch/arch_cmpltw.h
    212 *** src/src/libscotch/arch_cmpltw.h     2010-07-19 12:08:20.496684353 -0700
    213 --- old/src/libscotch/arch_cmpltw.h     2008-05-22 06:44:41.000000000 -0700
    214 ***************
    215 *** 86,96 ****
     211diff -rc src/src/libscotch/arch_cmpltw.h new5/src/libscotch/arch_cmpltw.h
     212*** src/src/libscotch/arch_cmpltw.h     2008-05-22 06:44:41.000000000 -0700
     213--- new5/src/libscotch/arch_cmpltw.h    2010-07-19 14:57:58.393634859 -0700
     214***************
     215*** 86,92 ****
     216--- 86,96 ----
    216217  #endif
    217218 
    218219  int                         archCmpltwArchBuild (ArchCmpltw * restrict const archptr, const Gnum, const Gnum * restrict const);
    219 - #ifndef MATLAB
     220+ #ifndef NOFILEIO
    220221  int                         archCmpltwArchLoad  (ArchCmpltw * restrict const, FILE * restrict const);
    221 - #else /* MATLAB */
    222 - int                         archCmpltwArchLoad  (ArchCmpltw * restrict const, FILE * restrict const, const Anum, const Anum *);
    223 - #endif /* MATLAB */
     222+ #else /* NOFILEIO */
     223+ int                         archCmpltwArchLoad  (ArchCmpltw * restrict const, FILE * restrict const, const Anum, const Anum *);
     224+ #endif /* NOFILEIO */
    224225  int                         archCmpltwArchSave  (const ArchCmpltw * const, FILE * restrict const);
    225226  int                         archCmpltwArchFree  (ArchCmpltw * restrict const);
    226227  ArchDomNum                  archCmpltwDomNum    (const ArchCmpltw * const, const ArchCmpltwDom * const);
    227 --- 86,92 ----
    228 diff -rc src/src/libscotch/arch_deco.c old/src/libscotch/arch_deco.c
    229 *** src/src/libscotch/arch_deco.c       2010-07-19 12:08:20.498684367 -0700
    230 --- old/src/libscotch/arch_deco.c       2008-09-28 06:35:27.000000000 -0700
    231 ***************
    232 *** 211,223 ****
    233   int
    234   archDecoArchLoad (
    235   ArchDeco * restrict const   archptr,
    236 ! FILE * restrict const       stream
    237 ! #ifdef MATLAB
    238 !                                   ,
    239 ! const Anum                  napar,
    240 ! const Anum *                archpar
    241 ! #endif /* MATLAB */
    242 !                                    )
    243   {
    244     INT                         decotype;           /* Type of decomposition                            */
    245     INT                         termdomnbr;         /* Number of terminal domains (ie processors)       */
    246 --- 211,217 ----
     228diff -rc src/src/libscotch/arch_deco.c new5/src/libscotch/arch_deco.c
     229*** src/src/libscotch/arch_deco.c       2008-09-28 06:35:27.000000000 -0700
     230--- new5/src/libscotch/arch_deco.c      2010-07-20 10:09:13.608515282 -0700
     231***************
     232*** 211,217 ****
    247233  int
    248234  archDecoArchLoad (
    … …  
    252238    INT                         decotype;           /* Type of decomposition                            */
    253239    INT                         termdomnbr;         /* Number of terminal domains (ie processors)       */
    254 ***************
    255 *** 226,237 ****
     240--- 211,223 ----
     241  int
     242  archDecoArchLoad (
     243  ArchDeco * restrict const   archptr,
     244! FILE * restrict const       stream
     245! #ifdef NOFILEIO
     246!                                   ,
     247! const Anum                  napar,
     248! const Anum *                archpar
     249! #endif /* NOFILEIO */
     250!                                    )
     251  {
     252    INT                         decotype;           /* Type of decomposition                            */
     253    INT                         termdomnbr;         /* Number of terminal domains (ie processors)       */
     254***************
     255*** 220,225 ****
     256--- 226,237 ----
    256257    Anum * restrict             termdisttab;        /* Table of terminal-to-terminal distances          */
    257258    INT                         i, j;
    258259 
    259 - #ifdef MATLAB
    260 -   printf("archDecoArchLoad - napar=%d,archpar=%p\n",napar,archpar);
    261 -   errorPrint ("archDecoArchLoad - not yet converted to matlab matrices");
    262 -   return     (1);
    263 - #endif /* MATLAB */
    264 -
     260+ #ifdef NOFILEIO
     261+ //  printf("archDecoArchLoad - napar=%d,archpar=%p\n",napar,archpar);
     262+   errorPrint ("archDecoArchLoad - not yet converted to matlab matrices");
     263+   return     (1);
     264+ #endif /* NOFILEIO */
     265+
    265266  #ifdef SCOTCH_DEBUG_ARCH1
    266267    if ((sizeof (ArchDeco)    > sizeof (ArchDummy)) ||
    267268        (sizeof (ArchDecoDom) > sizeof (ArchDomDummy))) {
    268 --- 220,225 ----
    269 diff -rc src/src/libscotch/arch_deco.h old/src/libscotch/arch_deco.h
    270 *** src/src/libscotch/arch_deco.h       2010-07-19 12:08:20.501684388 -0700
    271 --- old/src/libscotch/arch_deco.h       2008-09-27 07:49:46.000000000 -0700
    272 ***************
    273 *** 113,123 ****
     269diff -rc src/src/libscotch/arch_deco.h new5/src/libscotch/arch_deco.h
     270*** src/src/libscotch/arch_deco.h       2008-09-27 07:49:46.000000000 -0700
     271--- new5/src/libscotch/arch_deco.h      2010-07-19 14:58:09.531645102 -0700
     272***************
     273*** 113,119 ****
     274--- 113,123 ----
    274275  #endif
    275276 
    276277  int                         archDecoArchBuild   (ArchDeco * const, const Anum, const Anum, const ArchDecoTermVert * const, const Anum  * const);
    277 - #ifndef MATLAB
     278+ #ifndef NOFILEIO
    278279  int                         archDecoArchLoad    (ArchDeco * const, FILE * restrict const);
    279 - #else /* MATLAB */
    280 - int                         archDecoArchLoad    (ArchDeco * const, FILE * restrict const, const Anum, const Anum *);
    281 - #endif /* MATLAB */
     280+ #else /* NOFILEIO */
     281+ int                         archDecoArchLoad    (ArchDeco * const, FILE * restrict const, const Anum, const Anum *);
     282+ #endif /* NOFILEIO */
    282283  int                         archDecoArchSave    (const ArchDeco * const, FILE * restrict const);
    283284  int                         archDecoArchFree    (ArchDeco * const);
    284285  Anum                        archDecoArchSize    (ArchDeco * const, const Anum);
    285 --- 113,119 ----
    286 diff -rc src/src/libscotch/arch.h old/src/libscotch/arch.h
    287 *** src/src/libscotch/arch.h    2010-07-19 12:08:20.503684402 -0700
    288 --- old/src/libscotch/arch.h    2009-04-28 08:11:27.000000000 -0700
    289 ***************
    290 *** 175,185 ****
     286diff -rc src/src/libscotch/arch.h new5/src/libscotch/arch.h
     287*** src/src/libscotch/arch.h    2009-04-28 08:11:27.000000000 -0700
     288--- new5/src/libscotch/arch.h   2010-07-19 14:58:14.368649552 -0700
     289***************
     290*** 175,181 ****
     291--- 175,185 ----
    291292  int                         archInit            (Arch * restrict const);
    292293  int                         archExit            (Arch * restrict const);
    293294  int                         archFree            (Arch * restrict const);
    294 - #ifndef MATLAB
     295+ #ifndef NOFILEIO
    295296  int                         archLoad            (Arch * restrict const, FILE * const);
    296 - #else /* MATLAB */
    297 - int                         archLoad            (Arch * restrict const, FILE * const, const char *, const Anum, const Anum *);
    298 - #endif /* MATLAB */
     297+ #else /* NOFILEIO */
     298+ int                         archLoad            (Arch * restrict const, FILE * const, const char *, const Anum, const Anum *);
     299+ #endif /* NOFILEIO */
    299300  int                         archSave            (const Arch * const, FILE * const);
    300301  char *                      archName            (const Arch * const);
    301302  const ArchClass *           archClass           (const char * const);
    302 --- 175,181 ----
    303 diff -rc src/src/libscotch/arch_hcub.c old/src/libscotch/arch_hcub.c
    304 *** src/src/libscotch/arch_hcub.c       2010-07-19 12:08:20.506684423 -0700
    305 --- old/src/libscotch/arch_hcub.c       2008-05-22 06:44:41.000000000 -0700
    306 ***************
    307 *** 88,105 ****
    308   int
    309   archHcubArchLoad (
    310   ArchHcub * restrict const   archptr,
    311 ! FILE * restrict const       stream
    312 ! #ifdef MATLAB
    313 !                                   ,
    314 ! const Anum                  napar,
    315 ! const Anum *                archpar
    316 ! #endif /* MATLAB */
    317 !                                    )
    318 ! {
    319 ! #ifdef MATLAB
    320 !   printf("archHcubArchLoad - napar=%d,archpar=%p\n",napar,archpar);
    321 ! #endif /* MATLAB */
    322 !
    323   #ifdef SCOTCH_DEBUG_ARCH1
    324     if ((sizeof (ArchHcub)    > sizeof (ArchDummy)) ||
    325         (sizeof (ArchHcubDom) > sizeof (ArchDomDummy))) {
    326 --- 88,95 ----
     303diff -rc src/src/libscotch/arch_hcub.c new5/src/libscotch/arch_hcub.c
     304*** src/src/libscotch/arch_hcub.c       2008-05-22 06:44:41.000000000 -0700
     305--- new5/src/libscotch/arch_hcub.c      2010-07-20 10:09:19.956521099 -0700
     306***************
     307*** 88,95 ****
    327308  int
    328309  archHcubArchLoad (
    … …  
    333314    if ((sizeof (ArchHcub)    > sizeof (ArchDummy)) ||
    334315        (sizeof (ArchHcubDom) > sizeof (ArchDomDummy))) {
    335 ***************
    336 *** 108,120 ****
     316--- 88,105 ----
     317  int
     318  archHcubArchLoad (
     319  ArchHcub * restrict const   archptr,
     320! FILE * restrict const       stream
     321! #ifdef NOFILEIO
     322!                                   ,
     323! const Anum                  napar,
     324! const Anum *                archpar
     325! #endif /* NOFILEIO */
     326!                                    )
     327! {
     328! #ifdef NOFILEIO
     329! //  printf("archHcubArchLoad - napar=%d,archpar=%p\n",napar,archpar);
     330! #endif /* NOFILEIO */
     331!
     332  #ifdef SCOTCH_DEBUG_ARCH1
     333    if ((sizeof (ArchHcub)    > sizeof (ArchDummy)) ||
     334        (sizeof (ArchHcubDom) > sizeof (ArchDomDummy))) {
     335***************
     336*** 98,105 ****
     337--- 108,120 ----
    337338    }
    338339  #endif /* SCOTCH_DEBUG_ARCH1 */
    339340 
    340 - #ifndef MATLAB
     341+ #ifndef NOFILEIO
    341342    if ((intLoad (stream, &archptr->dimmax) != 1) ||
    342343        (archptr->dimmax < 1)                     ||
    343 - #else /* MATLAB */
    344 -   if ((napar < 1)                        ||
    345 -       ((archptr->dimmax=archpar[0]) < 1) ||
    346 - #endif /* MATLAB */
     344+ #else /* NOFILEIO */
     345+   if ((napar < 1)                        ||
     346+       ((archptr->dimmax=archpar[0]) < 1) ||
     347+ #endif /* NOFILEIO */
    347348        (archptr->dimmax > (sizeof (archptr->dimmax) << 3))) {
    348349      errorPrint ("archHcubArchLoad: bad input");
    349350      return     (1);
    350 --- 98,105 ----
    351 diff -rc src/src/libscotch/arch_hcub.h old/src/libscotch/arch_hcub.h
    352 *** src/src/libscotch/arch_hcub.h       2010-07-19 12:08:20.508684437 -0700
    353 --- old/src/libscotch/arch_hcub.h       2008-05-22 06:44:41.000000000 -0700
    354 ***************
    355 *** 85,95 ****
     351diff -rc src/src/libscotch/arch_hcub.h new5/src/libscotch/arch_hcub.h
     352*** src/src/libscotch/arch_hcub.h       2008-05-22 06:44:41.000000000 -0700
     353--- new5/src/libscotch/arch_hcub.h      2010-07-19 14:58:27.010661184 -0700
     354***************
     355*** 85,91 ****
     356--- 85,95 ----
    356357  #define static
    357358  #endif
    358359 
    359 - #ifndef MATLAB
     360+ #ifndef NOFILEIO
    360361  int                         archHcubArchLoad    (ArchHcub * restrict const, FILE * restrict const);
    361 - #else /* MATLAB */
    362 - int                         archHcubArchLoad    (ArchHcub * restrict const, FILE * restrict const, const Anum, const Anum *);
    363 - #endif /* MATLAB */
     362+ #else /* NOFILEIO */
     363+ int                         archHcubArchLoad    (ArchHcub * restrict const, FILE * restrict const, const Anum, const Anum *);
     364+ #endif /* NOFILEIO */
    364365  int                         archHcubArchSave    (const ArchHcub * const, FILE * restrict const);
    365366  #define archHcubArchFree            NULL
    366367  ArchDomNum                  archHcubDomNum      (const ArchHcub * const, const ArchHcubDom * const);
    367 --- 85,91 ----
    368 diff -rc src/src/libscotch/arch_mesh.c old/src/libscotch/arch_mesh.c
    369 *** src/src/libscotch/arch_mesh.c       2010-07-19 12:08:20.511684458 -0700
    370 --- old/src/libscotch/arch_mesh.c       2008-05-22 06:44:41.000000000 -0700
    371 ***************
    372 *** 96,113 ****
    373   int
    374   archMesh2ArchLoad (
    375   ArchMesh2 * restrict const  archptr,
    376 ! FILE * restrict const       stream
    377 ! #ifdef MATLAB
    378 !                                   ,
    379 ! const Anum                  napar,
    380 ! const Anum *                archpar
    381 ! #endif /* MATLAB */
    382 !                                    )
    383 ! {
    384 ! #ifdef MATLAB
    385 !   printf("archMesh2ArchLoad - napar=%d,archpar=%p\n",napar,archpar);
    386 ! #endif /* MATLAB */
    387 !
    388   #ifdef SCOTCH_DEBUG_ARCH1
    389     if ((sizeof (ArchMesh2)    > sizeof (ArchDummy)) ||
    390         (sizeof (ArchMesh2Dom) > sizeof (ArchDomDummy))) {
    391 --- 96,103 ----
     368diff -rc src/src/libscotch/arch_mesh.c new5/src/libscotch/arch_mesh.c
     369*** src/src/libscotch/arch_mesh.c       2008-05-22 06:44:41.000000000 -0700
     370--- new5/src/libscotch/arch_mesh.c      2010-07-20 10:09:26.031526666 -0700
     371***************
     372*** 96,103 ****
    392373  int
    393374  archMesh2ArchLoad (
    … …  
    398379    if ((sizeof (ArchMesh2)    > sizeof (ArchDummy)) ||
    399380        (sizeof (ArchMesh2Dom) > sizeof (ArchDomDummy))) {
    400 ***************
    401 *** 116,130 ****
     381--- 96,113 ----
     382  int
     383  archMesh2ArchLoad (
     384  ArchMesh2 * restrict const  archptr,
     385! FILE * restrict const       stream
     386! #ifdef NOFILEIO
     387!                                   ,
     388! const Anum                  napar,
     389! const Anum *                archpar
     390! #endif /* NOFILEIO */
     391!                                    )
     392! {
     393! #ifdef NOFILEIO
     394! //  printf("archMesh2ArchLoad - napar=%d,archpar=%p\n",napar,archpar);
     395! #endif /* NOFILEIO */
     396!
     397  #ifdef SCOTCH_DEBUG_ARCH1
     398    if ((sizeof (ArchMesh2)    > sizeof (ArchDummy)) ||
     399        (sizeof (ArchMesh2Dom) > sizeof (ArchDomDummy))) {
     400***************
     401*** 106,114 ****
     402--- 116,130 ----
    402403    }
    403404  #endif /* SCOTCH_DEBUG_ARCH1 */
    404405 
    405 - #ifndef MATLAB
     406+ #ifndef NOFILEIO
    406407    if ((intLoad (stream, &archptr->c[0]) != 1) ||
    407408        (intLoad (stream, &archptr->c[1]) != 1) ||
    408409        (archptr->c[0] < 1) || (archptr->c[1] < 1)) {
    409 - #else /* MATLAB */
    410 -   if ((napar < 2)                      ||
    411 -       ((archptr->c[0]=archpar[0]) < 1) ||
    412 -       ((archptr->c[1]=archpar[1]) < 1)) {
    413 - #endif /* MATLAB */
     410+ #else /* NOFILEIO */
     411+   if ((napar < 2)                      ||
     412+       ((archptr->c[0]=archpar[0]) < 1) ||
     413+       ((archptr->c[1]=archpar[1]) < 1)) {
     414+ #endif /* NOFILEIO */
    414415      errorPrint ("archMesh2ArchLoad: bad input");
    415416      return     (1);
    416417    }
    417 --- 106,114 ----
    418 ***************
    419 *** 437,454 ****
    420   int
    421   archMesh3ArchLoad (
    422   ArchMesh3 * restrict const  archptr,
    423 ! FILE * restrict const       stream
    424 ! #ifdef MATLAB
    425 !                                   ,
    426 ! const Anum                  napar,
    427 ! const Anum *                archpar
    428 ! #endif /* MATLAB */
    429 !                                    )
    430 ! {
    431 ! #ifdef MATLAB
    432 !   printf("archMesh3ArchLoad - napar=%d,archpar=%p\n",napar,archpar);
    433 ! #endif /* MATLAB */
    434 !
    435   #ifdef SCOTCH_DEBUG_ARCH1
    436     if ((sizeof (ArchMesh3)    > sizeof (ArchDummy)) ||
    437         (sizeof (ArchMesh3Dom) > sizeof (ArchDomDummy))) {
    438 --- 421,428 ----
     418***************
     419*** 421,428 ****
    439420  int
    440421  archMesh3ArchLoad (
    … …  
    445426    if ((sizeof (ArchMesh3)    > sizeof (ArchDummy)) ||
    446427        (sizeof (ArchMesh3Dom) > sizeof (ArchDomDummy))) {
    447 ***************
    448 *** 457,473 ****
     428--- 437,454 ----
     429  int
     430  archMesh3ArchLoad (
     431  ArchMesh3 * restrict const  archptr,
     432! FILE * restrict const       stream
     433! #ifdef NOFILEIO
     434!                                   ,
     435! const Anum                  napar,
     436! const Anum *                archpar
     437! #endif /* NOFILEIO */
     438!                                    )
     439! {
     440! #ifdef NOFILEIO
     441! //  printf("archMesh3ArchLoad - napar=%d,archpar=%p\n",napar,archpar);
     442! #endif /* NOFILEIO */
     443!
     444  #ifdef SCOTCH_DEBUG_ARCH1
     445    if ((sizeof (ArchMesh3)    > sizeof (ArchDummy)) ||
     446        (sizeof (ArchMesh3Dom) > sizeof (ArchDomDummy))) {
     447***************
     448*** 431,440 ****
     449--- 457,473 ----
    449450    }
    450451  #endif /* SCOTCH_DEBUG_ARCH1 */
    451452 
    452 - #ifndef MATLAB
     453+ #ifndef NOFILEIO
    453454    if ((intLoad (stream, &archptr->c[0]) != 1) ||
    454455        (intLoad (stream, &archptr->c[1]) != 1) ||
    455456        (intLoad (stream, &archptr->c[2]) != 1) ||
    456457        (archptr->c[0] < 1) || (archptr->c[1] < 1) || (archptr->c[2] < 1)) {
    457 - #else /* MATLAB */
    458 -   if ((napar < 3)                      ||
    459 -       ((archptr->c[0]=archpar[0]) < 1) ||
    460 -       ((archptr->c[1]=archpar[1]) < 1) ||
    461 -       ((archptr->c[2]=archpar[2]) < 1)) {
    462 - #endif /* MATLAB */
     458+ #else /* NOFILEIO */
     459+   if ((napar < 3)                      ||
     460+       ((archptr->c[0]=archpar[0]) < 1) ||
     461+       ((archptr->c[1]=archpar[1]) < 1) ||
     462+       ((archptr->c[2]=archpar[2]) < 1)) {
     463+ #endif /* NOFILEIO */
    463464      errorPrint ("archMesh3ArchLoad: bad input");
    464465      return     (1);
    465466    }
    466 --- 431,440 ----
    467 diff -rc src/src/libscotch/arch_mesh.h old/src/libscotch/arch_mesh.h
    468 *** src/src/libscotch/arch_mesh.h       2010-07-19 12:08:20.514684479 -0700
    469 --- old/src/libscotch/arch_mesh.h       2008-05-22 06:44:41.000000000 -0700
    470 ***************
    471 *** 96,106 ****
     467diff -rc src/src/libscotch/arch_mesh.h new5/src/libscotch/arch_mesh.h
     468*** src/src/libscotch/arch_mesh.h       2008-05-22 06:44:41.000000000 -0700
     469--- new5/src/libscotch/arch_mesh.h      2010-07-19 14:58:58.560698969 -0700
     470***************
     471*** 96,102 ****
     472--- 96,106 ----
    472473  #define static
    473474  #endif
    474475 
    475 - #ifndef MATLAB
     476+ #ifndef NOFILEIO
    476477  int                         archMesh2ArchLoad   (ArchMesh2 * restrict const, FILE * restrict const);
    477 - #else /* MATLAB */
    478 - int                         archMesh2ArchLoad   (ArchMesh2 * restrict const, FILE * restrict const, const Anum, const Anum *);
    479 - #endif /* MATLAB */
     478+ #else /* NOFILEIO */
     479+ int                         archMesh2ArchLoad   (ArchMesh2 * restrict const, FILE * restrict const, const Anum, const Anum *);
     480+ #endif /* NOFILEIO */
    480481  int                         archMesh2ArchSave   (const ArchMesh2 * const, FILE * restrict const);
    481482  #define archMesh2ArchFree           NULL
    482483  ArchDomNum                  archMesh2DomNum     (const ArchMesh2 * const, const ArchMesh2Dom * const);
    483 --- 96,102 ----
    484 ***************
    485 *** 118,128 ****
     484***************
     485*** 114,120 ****
     486--- 118,128 ----
    486487  int                         archMesh2DomMpiType (const ArchMesh2 * const, MPI_Datatype * const);
    487488  #endif /* SCOTCH_PTSCOTCH */
    488489 
    489 - #ifndef MATLAB
     490+ #ifndef NOFILEIO
    490491  int                         archMesh3ArchLoad   (ArchMesh3 * restrict const, FILE * restrict const);
    491 - #else /* MATLAB */
    492 - int                         archMesh3ArchLoad   (ArchMesh3 * restrict const, FILE * restrict const, const Anum, const Anum *);
    493 - #endif /* MATLAB */
     492+ #else /* NOFILEIO */
     493+ int                         archMesh3ArchLoad   (ArchMesh3 * restrict const, FILE * restrict const, const Anum, const Anum *);
     494+ #endif /* NOFILEIO */
    494495  int                         archMesh3ArchSave   (const ArchMesh3 * const, FILE * restrict const);
    495496  #define archMesh3ArchFree           NULL
    496497  ArchDomNum                  archMesh3DomNum     (const ArchMesh3 * const, const ArchMesh3Dom * const);
    497 --- 114,120 ----
    498 diff -rc src/src/libscotch/arch_tleaf.c old/src/libscotch/arch_tleaf.c
    499 *** src/src/libscotch/arch_tleaf.c      2010-07-19 12:08:20.517684499 -0700
    500 --- old/src/libscotch/arch_tleaf.c      2008-05-22 06:44:41.000000000 -0700
    501 ***************
    502 *** 92,109 ****
    503   int
    504   archTleafArchLoad (
    505   ArchTleaf * restrict const  archptr,
    506 ! FILE * restrict const       stream
    507 ! #ifdef MATLAB
    508 !                                   ,
    509 ! const Anum                  napar,
    510 ! const Anum *                archpar
    511 ! #endif /* MATLAB */
    512 !                                    )
    513 ! {
    514 ! #ifdef MATLAB
    515 !   printf("archTleafArchLoad - napar=%d,archpar=%p\n",napar,archpar);
    516 ! #endif /* MATLAB */
    517 !
    518   #ifdef SCOTCH_DEBUG_ARCH1
    519     if ((sizeof (ArchTleaf)    > sizeof (ArchDummy)) ||
    520         (sizeof (ArchTleafDom) > sizeof (ArchDomDummy))) {
    521 --- 92,99 ----
     498diff -rc src/src/libscotch/arch_tleaf.c new5/src/libscotch/arch_tleaf.c
     499*** src/src/libscotch/arch_tleaf.c      2008-05-22 06:44:41.000000000 -0700
     500--- new5/src/libscotch/arch_tleaf.c     2010-07-20 10:09:30.666530915 -0700
     501***************
     502*** 92,99 ****
    522503  int
    523504  archTleafArchLoad (
    … …  
    528509    if ((sizeof (ArchTleaf)    > sizeof (ArchDummy)) ||
    529510        (sizeof (ArchTleafDom) > sizeof (ArchDomDummy))) {
    530 ***************
    531 *** 112,118 ****
     511--- 92,109 ----
     512  int
     513  archTleafArchLoad (
     514  ArchTleaf * restrict const  archptr,
     515! FILE * restrict const       stream
     516! #ifdef NOFILEIO
     517!                                   ,
     518! const Anum                  napar,
     519! const Anum *                archpar
     520! #endif /* NOFILEIO */
     521!                                    )
     522! {
     523! #ifdef NOFILEIO
     524! //  printf("archTleafArchLoad - napar=%d,archpar=%p\n",napar,archpar);
     525! #endif /* NOFILEIO */
     526!
     527  #ifdef SCOTCH_DEBUG_ARCH1
     528    if ((sizeof (ArchTleaf)    > sizeof (ArchDummy)) ||
     529        (sizeof (ArchTleafDom) > sizeof (ArchDomDummy))) {
     530***************
     531*** 102,107 ****
     532--- 112,118 ----
    532533    }
    533534  #endif /* SCOTCH_DEBUG_ARCH1 */
    534535 
    535 - #ifndef MATLAB
     536+ #ifndef NOFILEIO
    536537    if ((intLoad (stream, &archptr->leafdep) != 1) ||
    537538        (intLoad (stream, &archptr->clusdep) != 1) ||
    538539        (intLoad (stream, &archptr->linkval) != 1) ||
    539 --- 102,107 ----
    540 ***************
    541 *** 120,132 ****
     540***************
     541*** 109,114 ****
     542--- 120,132 ----
    542543        (archptr->clusdep < 0)                     ||
    543544        (archptr->clusdep > archptr->leafdep)      ||
    544545        (archptr->linkval < 1)) {
    545 - #else /* MATLAB */
    546 -   if ((napar < 3)                            ||
    547 -       ((archptr->leafdep=archpar[0]) < 1)    ||
    548 -       ((archptr->clusdep=archpar[1]) < 0)    ||
    549 -       ( archptr->clusdep > archptr->leafdep) ||
    550 -       ((archptr->linkval=archpar[2]) < 1)) {
    551 - #endif /* MATLAB */
     546+ #else /* NOFILEIO */
     547+   if ((napar < 3)                            ||
     548+       ((archptr->leafdep=archpar[0]) < 1)    ||
     549+       ((archptr->clusdep=archpar[1]) < 0)    ||
     550+       ( archptr->clusdep > archptr->leafdep) ||
     551+       ((archptr->linkval=archpar[2]) < 1)) {
     552+ #endif /* NOFILEIO */
    552553      errorPrint ("archTleafArchLoad: bad input");
    553554      return     (1);
    554555    }
    555 --- 109,114 ----
    556 diff -rc src/src/libscotch/arch_tleaf.h old/src/libscotch/arch_tleaf.h
    557 *** src/src/libscotch/arch_tleaf.h      2010-07-19 12:08:20.519684513 -0700
    558 --- old/src/libscotch/arch_tleaf.h      2008-05-22 06:44:41.000000000 -0700
    559 ***************
    560 *** 89,99 ****
     556diff -rc src/src/libscotch/arch_tleaf.h new5/src/libscotch/arch_tleaf.h
     557*** src/src/libscotch/arch_tleaf.h      2008-05-22 06:44:41.000000000 -0700
     558--- new5/src/libscotch/arch_tleaf.h     2010-07-19 14:59:12.907720214 -0700
     559***************
     560*** 89,95 ****
     561--- 89,99 ----
    561562  #define static
    562563  #endif
    563564 
    564 - #ifndef MATLAB
     565+ #ifndef NOFILEIO
    565566  int                         archTleafArchLoad   (ArchTleaf * restrict const, FILE * restrict const);
    566 - #else /* MATLAB */
    567 - int                         archTleafArchLoad   (ArchTleaf * restrict const, FILE * restrict const, const Anum, const Anum *);
    568 - #endif /* MATLAB */
     567+ #else /* NOFILEIO */
     568+ int                         archTleafArchLoad   (ArchTleaf * restrict const, FILE * restrict const, const Anum, const Anum *);
     569+ #endif /* NOFILEIO */
    569570  int                         archTleafArchSave   (const ArchTleaf * const, FILE * restrict const);
    570571  #define archTleafArchFree           NULL
    571572  ArchDomNum                  archTleafDomNum     (const ArchTleaf * const, const ArchTleafDom * const);
    572 --- 89,95 ----
    573 diff -rc src/src/libscotch/arch_torus.c old/src/libscotch/arch_torus.c
    574 *** src/src/libscotch/arch_torus.c      2010-07-19 12:08:20.522684534 -0700
    575 --- old/src/libscotch/arch_torus.c      2008-05-22 06:44:41.000000000 -0700
    576 ***************
    577 *** 90,107 ****
    578   int
    579   archTorus2ArchLoad (
    580   ArchTorus2 * restrict const archptr,
    581 ! FILE * restrict const       stream
    582 ! #ifdef MATLAB
    583 !                                   ,
    584 ! const Anum                  napar,
    585 ! const Anum *                archpar
    586 ! #endif /* MATLAB */
    587 !                                    )
    588 ! {
    589 ! #ifdef MATLAB
    590 !   printf("archTorus2ArchLoad - napar=%d,archpar=%p\n",napar,archpar);
    591 ! #endif /* MATLAB */
    592 !
    593   #ifdef SCOTCH_DEBUG_ARCH1
    594     if ((sizeof (ArchTorus2)    > sizeof (ArchDummy)) ||
    595         (sizeof (ArchTorus2Dom) > sizeof (ArchDomDummy))) {
    596 --- 90,97 ----
     573diff -rc src/src/libscotch/arch_torus.c new5/src/libscotch/arch_torus.c
     574*** src/src/libscotch/arch_torus.c      2008-05-22 06:44:41.000000000 -0700
     575--- new5/src/libscotch/arch_torus.c     2010-07-20 10:09:36.887536618 -0700
     576***************
     577*** 90,97 ****
    597578  int
    598579  archTorus2ArchLoad (
    … …  
    603584    if ((sizeof (ArchTorus2)    > sizeof (ArchDummy)) ||
    604585        (sizeof (ArchTorus2Dom) > sizeof (ArchDomDummy))) {
    605 ***************
    606 *** 110,124 ****
     586--- 90,107 ----
     587  int
     588  archTorus2ArchLoad (
     589  ArchTorus2 * restrict const archptr,
     590! FILE * restrict const       stream
     591! #ifdef NOFILEIO
     592!                                   ,
     593! const Anum                  napar,
     594! const Anum *                archpar
     595! #endif /* NOFILEIO */
     596!                                    )
     597! {
     598! #ifdef NOFILEIO
     599! //  printf("archTorus2ArchLoad - napar=%d,archpar=%p\n",napar,archpar);
     600! #endif /* NOFILEIO */
     601!
     602  #ifdef SCOTCH_DEBUG_ARCH1
     603    if ((sizeof (ArchTorus2)    > sizeof (ArchDummy)) ||
     604        (sizeof (ArchTorus2Dom) > sizeof (ArchDomDummy))) {
     605***************
     606*** 100,108 ****
     607--- 110,124 ----
    607608    }
    608609  #endif /* SCOTCH_DEBUG_ARCH1 */
    609610 
    610 - #ifndef MATLAB
     611+ #ifndef NOFILEIO
    611612    if ((intLoad (stream, &archptr->c[0]) != 1) ||
    612613        (intLoad (stream, &archptr->c[1]) != 1) ||
    613614        (archptr->c[0] < 1) || (archptr->c[1] < 1)) {
    614 - #else /* MATLAB */
    615 -   if ((napar < 2)                      ||
    616 -       ((archptr->c[0]=archpar[0]) < 1) ||
    617 -       ((archptr->c[1]=archpar[1]) < 1)) {
    618 - #endif /* MATLAB */
     615+ #else /* NOFILEIO */
     616+   if ((napar < 2)                      ||
     617+       ((archptr->c[0]=archpar[0]) < 1) ||
     618+       ((archptr->c[1]=archpar[1]) < 1)) {
     619+ #endif /* NOFILEIO */
    619620      errorPrint ("archTorus2ArchLoad: bad input");
    620621      return     (1);
    621622    }
    622 --- 100,108 ----
    623 ***************
    624 *** 379,396 ****
    625   int
    626   archTorus3ArchLoad (
    627   ArchTorus3 * restrict const archptr,
    628 ! FILE * restrict const       stream
    629 ! #ifdef MATLAB
    630 !                                   ,
    631 ! const Anum                  napar,
    632 ! const Anum *                archpar
    633 ! #endif /* MATLAB */
    634 !                                    )
    635 ! {
    636 ! #ifdef MATLAB
    637 !   printf("archTorus3ArchLoad - napar=%d,archpar=%p\n",napar,archpar);
    638 ! #endif /* MATLAB */
    639 !
    640   #ifdef SCOTCH_DEBUG_ARCH1
    641     if ((sizeof (ArchTorus3)    > sizeof (ArchDummy)) ||
    642         (sizeof (ArchTorus3Dom) > sizeof (ArchDomDummy))) {
    643 --- 363,370 ----
     623***************
     624*** 363,370 ****
    644625  int
    645626  archTorus3ArchLoad (
    … …  
    650631    if ((sizeof (ArchTorus3)    > sizeof (ArchDummy)) ||
    651632        (sizeof (ArchTorus3Dom) > sizeof (ArchDomDummy))) {
    652 ***************
    653 *** 399,415 ****
     633--- 379,396 ----
     634  int
     635  archTorus3ArchLoad (
     636  ArchTorus3 * restrict const archptr,
     637! FILE * restrict const       stream
     638! #ifdef NOFILEIO
     639!                                   ,
     640! const Anum                  napar,
     641! const Anum *                archpar
     642! #endif /* NOFILEIO */
     643!                                    )
     644! {
     645! #ifdef NOFILEIO
     646! //  printf("archTorus3ArchLoad - napar=%d,archpar=%p\n",napar,archpar);
     647! #endif /* NOFILEIO */
     648!
     649  #ifdef SCOTCH_DEBUG_ARCH1
     650    if ((sizeof (ArchTorus3)    > sizeof (ArchDummy)) ||
     651        (sizeof (ArchTorus3Dom) > sizeof (ArchDomDummy))) {
     652***************
     653*** 373,382 ****
     654--- 399,415 ----
    654655    }
    655656  #endif /* SCOTCH_DEBUG_ARCH1 */
    656657 
    657 - #ifndef MATLAB
     658+ #ifndef NOFILEIO
    658659    if ((intLoad (stream, &archptr->c[0]) != 1) ||
    659660        (intLoad (stream, &archptr->c[1]) != 1) ||
    660661        (intLoad (stream, &archptr->c[2]) != 1) ||
    661662        (archptr->c[0] < 1) || (archptr->c[1] < 1) || (archptr->c[2] < 1)) {
    662 - #else /* MATLAB */
    663 -   if ((napar < 3)                      ||
    664 -       ((archptr->c[0]=archpar[0]) < 1) ||
    665 -       ((archptr->c[1]=archpar[1]) < 1) ||
    666 -       ((archptr->c[2]=archpar[2]) < 1)) {
    667 - #endif /* MATLAB */
     663+ #else /* NOFILEIO */
     664+   if ((napar < 3)                      ||
     665+       ((archptr->c[0]=archpar[0]) < 1) ||
     666+       ((archptr->c[1]=archpar[1]) < 1) ||
     667+       ((archptr->c[2]=archpar[2]) < 1)) {
     668+ #endif /* NOFILEIO */
    668669      errorPrint ("archTorus3ArchLoad: bad input");
    669670      return     (1);
    670671    }
    671 --- 373,382 ----
    672 diff -rc src/src/libscotch/arch_torus.h old/src/libscotch/arch_torus.h
    673 *** src/src/libscotch/arch_torus.h      2010-07-19 12:08:20.524684548 -0700
    674 --- old/src/libscotch/arch_torus.h      2008-05-22 06:44:41.000000000 -0700
    675 ***************
    676 *** 96,106 ****
     672diff -rc src/src/libscotch/arch_torus.h new5/src/libscotch/arch_torus.h
     673*** src/src/libscotch/arch_torus.h      2008-05-22 06:44:41.000000000 -0700
     674--- new5/src/libscotch/arch_torus.h     2010-07-19 14:59:34.966752838 -0700
     675***************
     676*** 96,102 ****
     677--- 96,106 ----
    677678  #define static
    678679  #endif
    679680 
    680 - #ifndef MATLAB
     681+ #ifndef NOFILEIO
    681682  int                         archTorus2ArchLoad  (ArchTorus2 * restrict const, FILE * restrict const);
    682 - #else /* MATLAB */
    683 - int                         archTorus2ArchLoad  (ArchTorus2 * restrict const, FILE * restrict const, const Anum, const Anum *);
    684 - #endif /* MATLAB */
     683+ #else /* NOFILEIO */
     684+ int                         archTorus2ArchLoad  (ArchTorus2 * restrict const, FILE * restrict const, const Anum, const Anum *);
     685+ #endif /* NOFILEIO */
    685686  int                         archTorus2ArchSave  (const ArchTorus2 * const, FILE * restrict const);
    686687  #define archTorus2ArchFree          NULL
    687688  ArchDomNum                  archTorus2DomNum    (const ArchTorus2 * const, const ArchTorus2Dom * const);
    688 --- 96,102 ----
    689 ***************
    690 *** 118,128 ****
     689***************
     690*** 114,120 ****
     691--- 118,128 ----
    691692  int                         archTorus2DomMpiType (const ArchTorus2 * const, MPI_Datatype * const);
    692693  #endif /* SCOTCH_PTSCOTCH */
    693694 
    694 - #ifndef MATLAB
     695+ #ifndef NOFILEIO
    695696  int                         archTorus3ArchLoad  (ArchTorus3 * restrict const, FILE * restrict const);
    696 - #else /* MATLAB */
    697 - int                         archTorus3ArchLoad  (ArchTorus3 * restrict const, FILE * restrict const, const Anum, const Anum *);
    698 - #endif /* MATLAB */
     697+ #else /* NOFILEIO */
     698+ int                         archTorus3ArchLoad  (ArchTorus3 * restrict const, FILE * restrict const, const Anum, const Anum *);
     699+ #endif /* NOFILEIO */
    699700  int                         archTorus3ArchSave  (const ArchTorus3 * const, FILE * restrict const);
    700701  #define archTorus3ArchFree          NULL
    701702  ArchDomNum                  archTorus3DomNum    (const ArchTorus3 * const, const ArchTorus3Dom * const);
    702 --- 114,120 ----
    703 diff -rc src/src/libscotch/common.c old/src/libscotch/common.c
    704 *** src/src/libscotch/common.c  2010-07-19 12:08:20.527684569 -0700
    705 --- old/src/libscotch/common.c  2008-05-22 06:44:41.000000000 -0700
    706 ***************
    707 *** 100,112 ****
     703diff -rc src/src/libscotch/common.c new5/src/libscotch/common.c
     704*** src/src/libscotch/common.c  2008-05-22 06:44:41.000000000 -0700
     705--- new5/src/libscotch/common.c 2010-07-15 15:09:01.721095620 -0700
     706***************
     707*** 100,106 ****
     708--- 100,112 ----
    708709  {
    709710    const char **       cptr;
    710711 
    711 - #ifndef MATLAB
     712+ #ifndef MATLAB
    712713    fprintf (stream, "Usage is:\n");
    713714    for (cptr = data; *cptr != NULL; cptr ++)
    714715      fprintf (stream, "  %s\n", *cptr);
    715 - #else /* MATLAB */
    716 -   mexPrintf ("Usage is:\n");
    717 -   for (cptr = data; *cptr != NULL; cptr ++)
    718 -     mexPrintf ("  %s\n", *cptr);
    719 - #endif /* MATLAB */
     716+ #else /* MATLAB */
     717+   mexPrintf ("Usage is:\n");
     718+   for (cptr = data; *cptr != NULL; cptr ++)
     719+     mexPrintf ("  %s\n", *cptr);
     720+ #endif /* MATLAB */
    720721  }
    721 --- 100,106 ----
    722 diff -rc src/src/libscotch/common.h old/src/libscotch/common.h
    723 *** src/src/libscotch/common.h  2010-07-19 12:08:20.529684583 -0700
    724 --- old/src/libscotch/common.h  2009-02-06 14:20:55.000000000 -0800
    725 ***************
    726 *** 1,5 ****
    727 - #ifndef _SCOTCH_COMMON_H_
    728 - #define _SCOTCH_COMMON_H_
     722diff -rc src/src/libscotch/common.h new5/src/libscotch/common.h
     723*** src/src/libscotch/common.h  2009-02-06 14:20:55.000000000 -0800
     724--- new5/src/libscotch/common.h 2010-07-21 14:16:02.178336967 -0700
     725***************
     726*** 1,3 ****
     727--- 1,5 ----
     728+ #ifndef _SCOTCH_COMMON_H_
     729+ #define _SCOTCH_COMMON_H_
    729730  /* Copyright 2004,2007-2009 ENSEIRB, INRIA & CNRS
    730731  **
    731732  ** This file is part of the Scotch software package for static mapping,
    732 --- 1,3 ----
    733 ***************
    734 *** 81,87 ****
     733***************
     734*** 79,84 ****
     735--- 81,87 ----
    735736  #include            <sys/resource.h>
    736737  #endif /* COMMON_TIMING_OLD */
    737738  #include            <unistd.h>
    738 - #include            <sys/param.h>
     739+ #include            <sys/param.h>
    739740 
    740741  #ifdef SCOTCH_PTSCOTCH
    741742  #include            <mpi.h>
    742 --- 79,84 ----
    743 ***************
    744 *** 109,114 ****
    745 --- 106,113 ----
     743***************
     744*** 106,113 ****
    746745  #define memCpy(dst,src,siz)         memcpy((dst),(src),(siz))
    747746  #define memMov(dst,src,siz)         memmove((dst),(src),(siz))
    748747 
    749 + #define MIN(x,y)                    (((x) < (y)) ? (x) : (y))
    750 + #define MAX(x,y)                    (((x) < (y)) ? (y) : (x))
     748- #define MIN(x,y)                    (((x) < (y)) ? (x) : (y))
     749- #define MAX(x,y)                    (((x) < (y)) ? (y) : (x))
    751750  #define ABS(x)                      MAX ((x), -(x))
    752751  #define SIGN(x)                     (((x) < 0) ? -1 : 1)
    753752 
    754 ***************
    755 *** 202,219 ****
     753--- 109,114 ----
     754***************
     755*** 201,214 ****
     756--- 202,224 ----
    756757  int                         fileUncompressType  (const char * const);
    757758  int                         fileNameDistExpand  (char ** const, const int, const int, const int);
    758759 
    759 - #ifdef __cplusplus
    760 - extern "C" {
    761 - #endif /* __cplusplus */
    762 -
     760+ #ifdef __cplusplus
     761+ extern "C" {
     762+ #endif /* __cplusplus */
     763+
    763764  void                        errorProg           (const char * const);
    764765  void                        errorPrint          (const char * const, ...);
    765766  void                        errorPrintW         (const char * const, ...);
    766767 
    767 - #ifdef __cplusplus
    768 - }
    769 - #endif /* __cplusplus */
    770 -
     768+ #ifdef __cplusplus
     769+ }
     770+ #endif /* __cplusplus */
     771+
    771772  int                         intLoad             (FILE * const, INT * const);
    772773  int                         intSave             (FILE * const, const INT);
    773774  void                        intAscn             (INT * const, const INT, const INT);
    774 --- 201,210 ----
    775 ***************
    776 *** 258,262 ****
     775  void                        intPerm             (INT * const, const INT);
     776+ void                        intRandResetStatic  (void);
     777  void                        intRandReset        (void);
     778  void                        intRandInit         (void);
     779  INT                         intRandVal          (INT);
     780***************
     781*** 249,251 ****
     782--- 259,263 ----
    777783  void nl##__ pl                                   \
    778784  { nu pc; }                                       \
    779785  void nu pl
    780 -
    781 - #endif //#ifndef _SCOTCH_COMMON_H_
    782 --- 249,251 ----
    783 diff -rc src/src/libscotch/common_integer.c old/src/libscotch/common_integer.c
    784 *** src/src/libscotch/common_integer.c  2010-07-19 12:11:35.015039059 -0700
    785 --- old/src/libscotch/common_integer.c  2009-01-21 01:32:32.000000000 -0800
    786 ***************
    787 *** 191,205 ****
     786+
     787+ #endif //#ifndef _SCOTCH_COMMON_H_
     788diff -rc src/src/libscotch/common_integer.c new5/src/libscotch/common_integer.c
     789*** src/src/libscotch/common_integer.c  2009-01-21 01:32:32.000000000 -0800
     790--- new5/src/libscotch/common_integer.c 2010-07-20 10:11:29.029639629 -0700
     791***************
     792*** 191,196 ****
     793--- 191,209 ----
    788794  static volatile int intrandflag = 0;              /*+ Flag set if generator already initialized +*/
    789795  static unsigned int intrandseed = 1;              /*+ Random seed                               +*/
    790796 
    791 - void
    792 - intRandResetStatic (void)
    793 - {
    794 -   printf("intRandResetStatic begin -- intrandflag=%d,intrandseed=%d\n",intrandflag,intrandseed);
    795 -   intrandflag = 0;              /*+ Flag set if generator already initialized +*/
    796 -   intrandseed = 1;              /*+ Random seed                               +*/
    797 -   printf("intRandResetStatic end   -- intrandflag=%d,intrandseed=%d\n",intrandflag,intrandseed);
    798 - }
    799 -
     797+ void
     798+ intRandResetStatic (void)
     799+ {
     800+ #ifdef MATLAB
     801+ //  printf("intRandResetStatic begin - intrandflag=%d,intrandseed=%d\n",intrandflag,intrandseed);
     802+ #endif /* MATLAB */
     803+   intrandflag = 0;              /*+ Flag set if generator already initialized +*/
     804+   intrandseed = 1;              /*+ Random seed                               +*/
     805+ #ifdef MATLAB
     806+ //  printf("intRandResetStatic end   - intrandflag=%d,intrandseed=%d\n",intrandflag,intrandseed);
     807+ #endif /* MATLAB */
     808+ }
     809+
    800810  /* This routine initializes the pseudo-random
    801811  ** generator if necessary. In order for multi-sequential
    802812  ** programs to have exactly the same behavior on any
    803 --- 191,196 ----
    804 ***************
    805 *** 214,220 ****
     813***************
     814*** 205,210 ****
     815--- 218,226 ----
    806816  void
    807817  intRandInit (void)
    808818  {
    809 -   printf("intRandInit begin -- intrandflag=%d,intrandseed=%d\n",intrandflag,intrandseed);
     819+ #ifdef MATLAB
     820+ //  printf("intRandInit begin - intrandflag=%d,intrandseed=%d\n",intrandflag,intrandseed);
     821+ #endif /* MATLAB */
    810822    if (intrandflag == 0) {                         /* If generator not yet initialized */
    811823  #if ! ((defined COMMON_DEBUG) || (defined COMMON_RANDOM_FIXED_SEED) || (defined SCOTCH_DETERMINISTIC))
    812824      intrandseed = time (NULL);                    /* Set random seed if needed */
    813 --- 205,210 ----
    814 ***************
    815 *** 226,232 ****
     825***************
     826*** 216,221 ****
     827--- 232,240 ----
    816828  #endif /* COMMON_RANDOM_RAND */
    817829      intrandflag = 1;                              /* Generator has been initialized */
    818830    }
    819 -   printf("intRandInit end   -- intrandflag=%d,intrandseed=%d\n",intrandflag,intrandseed);
     831+ #ifdef MATLAB
     832+ //  printf("intRandInit end   - intrandflag=%d,intrandseed=%d\n",intrandflag,intrandseed);
     833+ #endif /* MATLAB */
    820834  }
    821835 
    822836  /* This routine reinitializes the pseudo-random
    823 --- 216,221 ----
    824 ***************
    825 *** 239,245 ****
     837***************
     838*** 228,233 ****
     839--- 247,255 ----
    826840  void
    827841  intRandReset (void)
    828842  {
    829 -   printf("intRandReset begin -- intrandflag=%d,intrandseed=%d\n",intrandflag,intrandseed);
     843+ #ifdef MATLAB
     844+ //  printf("intRandReset begin - intrandflag=%d,intrandseed=%d\n",intrandflag,intrandseed);
     845+ #endif /* MATLAB */
    830846    if (intrandflag != 0) {                         /* Keep seed computed during first initialization */
    831847  #ifdef COMMON_RANDOM_RAND
    832848      srand (intrandseed);
    833 --- 228,233 ----
    834 ***************
    835 *** 249,255 ****
     849***************
     850*** 237,242 ****
     851--- 259,267 ----
    836852    }
    837853    else
    838854      intRandInit ();
    839 -   printf("intRandReset end   -- intrandflag=%d,intrandseed=%d\n",intrandflag,intrandseed);
     855+ #ifdef MATLAB
     856+ //  printf("intRandReset end   - intrandflag=%d,intrandseed=%d\n",intrandflag,intrandseed);
     857+ #endif /* MATLAB */
    840858  }
    841859 
    842860  /*********************/
    843 --- 237,242 ----
    844 diff -rc src/src/libscotch/common_memory.c old/src/libscotch/common_memory.c
    845 *** src/src/libscotch/common_memory.c   2010-07-19 12:08:20.535684625 -0700
    846 --- old/src/libscotch/common_memory.c   2009-01-03 02:16:11.000000000 -0800
    847 ***************
    848 *** 87,95 ****
     861diff -rc src/src/libscotch/common_memory.c new5/src/libscotch/common_memory.c
     862*** src/src/libscotch/common_memory.c   2009-01-03 02:16:11.000000000 -0800
     863--- new5/src/libscotch/common_memory.c  2010-07-15 15:09:01.740095640 -0700
     864***************
     865*** 87,93 ****
     866--- 87,95 ----
    849867    size_t              newadd;
    850868    byte *              newptr;
    851869 
    852 -   printf("memAllocRecord begin -- memorysiz=%d,memorymax=%d\n",memorysiz,memorymax);
     870+   printf("memAllocRecord begin -- memorysiz=%d,memorymax=%d\n",memorysiz,memorymax);
    853871  #if (defined (COMMON_PTHREAD) || defined (SCOTCH_PTHREAD))
    854 -   printf("memAllocRecord begin -- muteflag=%d,mutelocdat=%p\n",muteflag,mutelocdat);
     872+   printf("memAllocRecord begin -- muteflag=%d,mutelocdat=%p\n",muteflag,mutelocdat);
    855873    if (muteflag != 0) {                            /* Unsafe code with respect to race conditions but should work as first allocs are sequential */
    856874      muteflag = 0;
    857875      pthread_mutex_init (&mutelocdat, NULL);       /* Initialize local mutex */
    858 --- 87,93 ----
    859 ***************
    860 *** 111,120 ****
     876***************
     877*** 109,116 ****
     878--- 111,120 ----
    861879 
    862880  #if (defined (COMMON_PTHREAD) || defined (SCOTCH_PTHREAD))
    863881    pthread_mutex_unlock (&mutelocdat);             /* Unlock local mutex */
    864 -   printf("memAllocRecord end   -- muteflag=%d,mutelocdat=%p\n",muteflag,mutelocdat);
     882+   printf("memAllocRecord end   -- muteflag=%d,mutelocdat=%p\n",muteflag,mutelocdat);
    865883  #endif /* (defined (COMMON_PTHREAD) || defined (SCOTCH_PTHREAD)) */
    866884 
    867 -   printf("memAllocRecord end   -- memorysiz=%d,memorymax=%d\n",memorysiz,memorymax);
     885+   printf("memAllocRecord end   -- memorysiz=%d,memorymax=%d\n",memorysiz,memorymax);
    868886    return ((void *) newptr);                       /* Return skewed pointer or NULL */
    869887  }
    870888 
    871 --- 109,116 ----
    872 ***************
    873 *** 128,139 ****
     889***************
     890*** 124,133 ****
     891--- 128,139 ----
    874892    size_t              oldsiz;
    875893    size_t              newadd;
    876894 
    877 -   printf("memReallocRecord begin -- memorysiz=%d,memorymax=%d\n",memorysiz,memorymax);
     895+   printf("memReallocRecord begin -- memorysiz=%d,memorymax=%d\n",memorysiz,memorymax);
    878896    tmpptr = ((byte *) oldptr) - COMMON_MEMORY_SKEW;
    879897    oldsiz = *((size_t *) tmpptr);
    880898 
    881899  #if (defined (COMMON_PTHREAD) || defined (SCOTCH_PTHREAD))
    882 -   printf("memReallocRecord begin -- muteflag=%d,mutelocdat=%p\n",muteflag,mutelocdat);
     900+   printf("memReallocRecord begin -- muteflag=%d,mutelocdat=%p\n",muteflag,mutelocdat);
    883901    pthread_mutex_lock (&mutelocdat);               /* Lock local mutex */
    884902  #endif /* (defined (COMMON_PTHREAD) || defined (SCOTCH_PTHREAD)) */
    885903 
    886 --- 124,133 ----
    887 ***************
    888 *** 151,160 ****
     904***************
     905*** 145,152 ****
     906--- 151,160 ----
    889907 
    890908  #if (defined (COMMON_PTHREAD) || defined (SCOTCH_PTHREAD))
    891909    pthread_mutex_unlock (&mutelocdat);             /* Unlock local mutex */
    892 -   printf("memReallocRecord end   -- muteflag=%d,mutelocdat=%p\n",muteflag,mutelocdat);
     910+   printf("memReallocRecord end   -- muteflag=%d,mutelocdat=%p\n",muteflag,mutelocdat);
    893911  #endif /* (defined (COMMON_PTHREAD) || defined (SCOTCH_PTHREAD)) */
    894912 
    895 -   printf("memReallocRecord end   -- memorysiz=%d,memorymax=%d\n",memorysiz,memorymax);
     913+   printf("memReallocRecord end   -- memorysiz=%d,memorymax=%d\n",memorysiz,memorymax);
    896914    return ((void *) newptr);                       /* Return skewed pointer or NULL */
    897915  }
    898916 
    899 --- 145,152 ----
    900 ***************
    901 *** 165,176 ****
     917***************
     918*** 157,166 ****
     919--- 165,176 ----
    902920    byte *              tmpptr;
    903921    size_t              oldsiz;
    904922 
    905 -   printf("memFreeRecord begin -- memorysiz=%d,memorymax=%d\n",memorysiz,memorymax);
     923+   printf("memFreeRecord begin -- memorysiz=%d,memorymax=%d\n",memorysiz,memorymax);
    906924    tmpptr = ((byte *) oldptr) - COMMON_MEMORY_SKEW;
    907925    oldsiz = *((size_t *) tmpptr);
    908926 
    909927  #if (defined (COMMON_PTHREAD) || defined (SCOTCH_PTHREAD))
    910 -   printf("memFreeRecord begin -- muteflag=%d,mutelocdat=%p\n",muteflag,mutelocdat);
     928+   printf("memFreeRecord begin -- muteflag=%d,mutelocdat=%p\n",muteflag,mutelocdat);
    911929    pthread_mutex_lock (&mutelocdat);               /* Lock local mutex */
    912930  #endif /* (defined (COMMON_PTHREAD) || defined (SCOTCH_PTHREAD)) */
    913931 
    914 --- 157,166 ----
    915 ***************
    916 *** 179,187 ****
     932***************
     933*** 169,175 ****
     934--- 179,187 ----
    917935 
    918936  #if (defined (COMMON_PTHREAD) || defined (SCOTCH_PTHREAD))
    919937    pthread_mutex_unlock (&mutelocdat);             /* Unlock local mutex */
    920 -   printf("memFreeRecord end   -- muteflag=%d,mutelocdat=%p\n",muteflag,mutelocdat);
     938+   printf("memFreeRecord end   -- muteflag=%d,mutelocdat=%p\n",muteflag,mutelocdat);
    921939  #endif /* (defined (COMMON_PTHREAD) || defined (SCOTCH_PTHREAD)) */
    922 -   printf("memFreeRecord end   -- memorysiz=%d,memorymax=%d\n",memorysiz,memorymax);
     940+   printf("memFreeRecord end   -- memorysiz=%d,memorymax=%d\n",memorysiz,memorymax);
    923941  }
    924942 
    925943  size_t
    926 --- 169,175 ----
    927 ***************
    928 *** 189,197 ****
     944***************
     945*** 177,183 ****
     946--- 189,197 ----
    929947  {
    930948    size_t              curmax;
    931949 
    932 -   printf("memMax begin -- memorysiz=%d,memorymax=%d\n",memorysiz,memorymax);
     950+   printf("memMax begin -- memorysiz=%d,memorymax=%d\n",memorysiz,memorymax);
    933951  #if (defined (COMMON_PTHREAD) || defined (SCOTCH_PTHREAD))
    934 -   printf("memMax begin -- muteflag=%d,mutelocdat=%p\n",muteflag,mutelocdat);
     952+   printf("memMax begin -- muteflag=%d,mutelocdat=%p\n",muteflag,mutelocdat);
    935953    pthread_mutex_lock (&mutelocdat);               /* Lock local mutex */
    936954  #endif /* (defined (COMMON_PTHREAD) || defined (SCOTCH_PTHREAD)) */
    937955 
    938 --- 177,183 ----
    939 ***************
    940 *** 199,208 ****
     956***************
     957*** 185,192 ****
     958--- 199,208 ----
    941959 
    942960  #if (defined (COMMON_PTHREAD) || defined (SCOTCH_PTHREAD))
    943961    pthread_mutex_unlock (&mutelocdat);             /* Unlock local mutex */
    944 -   printf("memMax end   -- muteflag=%d,mutelocdat=%p\n",muteflag,mutelocdat);
     962+   printf("memMax end   -- muteflag=%d,mutelocdat=%p\n",muteflag,mutelocdat);
    945963  #endif /* (defined (COMMON_PTHREAD) || defined (SCOTCH_PTHREAD)) */
    946964 
    947 -   printf("memMax end   -- memorysiz=%d,memorymax=%d\n",memorysiz,memorymax);
     965+   printf("memMax end   -- memorysiz=%d,memorymax=%d\n",memorysiz,memorymax);
    948966    return (curmax);
    949967  }
    950968  #endif /* COMMON_MEMORY_TRACE */
    951 --- 185,192 ----
    952 diff -rc src/src/libscotch/dummysizes.c old/src/libscotch/dummysizes.c
    953 *** src/src/libscotch/dummysizes.c      2010-07-19 12:08:20.538684646 -0700
    954 --- old/src/libscotch/dummysizes.c      2009-05-09 16:08:02.000000000 -0700
    955 ***************
    956 *** 267,273 ****
     969diff -rc src/src/libscotch/dummysizes.c new5/src/libscotch/dummysizes.c
     970*** src/src/libscotch/dummysizes.c      2009-05-09 16:08:02.000000000 -0700
     971--- new5/src/libscotch/dummysizes.c     2010-07-15 15:09:01.746095647 -0700
     972***************
     973*** 267,271 ****
     974--- 267,273 ----
    957975    }
    958976  #endif /* SCOTCH_DEBUG_MAIN1 */
    959977 
    960 - #ifndef MATLAB
     978+ #ifndef MATLAB
    961979    exit (0);
    962 - #endif /* MATLAB */
     980+ #endif /* MATLAB */
    963981  }
    964 --- 267,271 ----
    965 diff -rc src/src/libscotch/graph.c old/src/libscotch/graph.c
    966 *** src/src/libscotch/graph.c   2010-07-19 12:08:20.540684660 -0700
    967 --- old/src/libscotch/graph.c   2008-05-22 06:44:42.000000000 -0700
    968 ***************
    969 *** 135,144 ****
     982diff -rc src/src/libscotch/graph.c new5/src/libscotch/graph.c
     983*** src/src/libscotch/graph.c   2008-05-22 06:44:42.000000000 -0700
     984--- new5/src/libscotch/graph.c  2010-07-15 15:09:01.752095654 -0700
     985***************
     986*** 135,141 ****
     987      if ((grafptr->velotax != NULL) &&             /* Free graph tables             */
     988          ((grafptr->flagval & GRAPHVERTGROUP) == 0))
     989        memFree (grafptr->velotax + grafptr->baseval);
     990!     if (grafptr->vlbltax != NULL)
     991        memFree (grafptr->vlbltax + grafptr->baseval);
     992      if ((grafptr->edlotax != NULL) &&
     993          ((grafptr->flagval & GRAPHEDGEGROUP) == 0))
     994--- 135,144 ----
    970995      if ((grafptr->velotax != NULL) &&             /* Free graph tables             */
    971996          ((grafptr->flagval & GRAPHVERTGROUP) == 0))
    … …  
    9781003      if ((grafptr->edlotax != NULL) &&
    9791004          ((grafptr->flagval & GRAPHEDGEGROUP) == 0))
    980 --- 135,141 ----
    981       if ((grafptr->velotax != NULL) &&             /* Free graph tables             */
    982           ((grafptr->flagval & GRAPHVERTGROUP) == 0))
    983         memFree (grafptr->velotax + grafptr->baseval);
    984 !     if (grafptr->vlbltax != NULL)
    985         memFree (grafptr->vlbltax + grafptr->baseval);
    986       if ((grafptr->edlotax != NULL) &&
    987           ((grafptr->flagval & GRAPHEDGEGROUP) == 0))
    988 diff -rc src/src/libscotch/graph.h old/src/libscotch/graph.h
    989 *** src/src/libscotch/graph.h   2010-07-19 12:08:20.543684680 -0700
    990 --- old/src/libscotch/graph.h   2008-06-01 02:49:11.000000000 -0700
    991 ***************
    992 *** 159,169 ****
     1005diff -rc src/src/libscotch/graph.h new5/src/libscotch/graph.h
     1006*** src/src/libscotch/graph.h   2008-06-01 02:49:11.000000000 -0700
     1007--- new5/src/libscotch/graph.h  2010-07-19 15:00:58.693876214 -0700
     1008***************
     1009*** 159,165 ****
     1010--- 159,169 ----
    9931011  int                         graphInit           (Graph * const);
    9941012  void                        graphExit           (Graph * const);
    9951013  void                        graphFree           (Graph * const);
    996 - #ifndef MATLAB
     1014+ #ifndef NOFILEIO
    9971015  int                         graphLoad           (Graph * const, FILE * const, const Gnum, const GraphFlag);
    998 - #else /* MATLAB */
    999 - int                         graphLoad           (Graph * const, FILE * const, const Gnum, const GraphFlag, const Gnum, const Gnum, const Gnum*, const Gnum*, const Gnum*, const Gnum*, const Gnum*);
    1000 - #endif /* MATLAB */
     1016+ #else /* NOFILEIO */
     1017+ int                         graphLoad           (Graph * const, FILE * const, const Gnum, const GraphFlag, const Gnum, const Gnum, const Gnum*, const Gnum*, const Gnum*, const Gnum*, const Gnum*);
     1018+ #endif /* NOFILEIO */
    10011019  int                         graphLoad2          (const Gnum, const Gnum, const Gnum * const, const Gnum * const, Gnum * restrict const, const Gnum, const Gnum * const);
    10021020  int                         graphSave           (const Graph * const, FILE * const);
    10031021  Gnum                        graphBase           (Graph * const, const Gnum);
    1004 --- 159,165 ----
    1005 diff -rc src/src/libscotch/graph_io.c old/src/libscotch/graph_io.c
    1006 *** src/src/libscotch/graph_io.c        2010-07-19 12:08:20.546684701 -0700
    1007 --- old/src/libscotch/graph_io.c        2008-05-22 06:44:42.000000000 -0700
    1008 ***************
    1009 *** 86,103 ****
     1022diff -rc src/src/libscotch/graph_io.c new5/src/libscotch/graph_io.c
     1023*** src/src/libscotch/graph_io.c        2008-05-22 06:44:42.000000000 -0700
     1024--- new5/src/libscotch/graph_io.c       2010-07-20 10:06:59.951393115 -0700
     1025***************
     1026*** 86,92 ****
     1027  Graph * restrict const      grafptr,              /* Graph structure to fill              */
     1028  FILE * const                stream,               /* Stream from which to read graph data */
     1029  const Gnum                  baseval,              /* Base value (-1 means keep file base) */
     1030! const GraphFlag             flagval)              /* Graph loading flags                  */
     1031  {
     1032    Gnum                edgenum;                    /* Number of edges really allocated */
     1033    Gnum                edgennd;
     1034--- 86,103 ----
    10101035  Graph * restrict const      grafptr,              /* Graph structure to fill              */
    10111036  FILE * const                stream,               /* Stream from which to read graph data */
    10121037  const Gnum                  baseval,              /* Base value (-1 means keep file base) */
    10131038! const GraphFlag             flagval               /* Graph loading flags                  */
    1014 ! #ifdef MATLAB
     1039! #ifdef NOFILEIO
    10151040!                                    ,
    10161041! const Gnum                  nvert,
    … …  
    10211046! const Gnum*                 vertwgt,
    10221047! const Gnum*                 edgewgt
    1023 ! #endif /* MATLAB */
     1048! #endif /* NOFILEIO */
    10241049!                                    )
    10251050  {
    10261051    Gnum                edgenum;                    /* Number of edges really allocated */
    10271052    Gnum                edgennd;
    1028 --- 86,92 ----
    1029   Graph * restrict const      grafptr,              /* Graph structure to fill              */
    1030   FILE * const                stream,               /* Stream from which to read graph data */
    1031   const Gnum                  baseval,              /* Base value (-1 means keep file base) */
    1032 ! const GraphFlag             flagval)              /* Graph loading flags                  */
    1033   {
    1034     Gnum                edgenum;                    /* Number of edges really allocated */
    1035     Gnum                edgennd;
    1036 ***************
    1037 *** 115,141 ****
     1053***************
     1054*** 104,120 ****
     1055--- 115,141 ----
    10381056    char                proptab[4];
    10391057    Gnum                vertnum;
    10401058 
    1041 - #ifdef MATLAB
    1042 -   printf("graphLoad - stream=%p; nvert=%d,nedge2=%d\n",stream,nvert,nedge2);
    1043 -   printf("graphLoad - adjir=%p,adjjc=%p,vertlab=%p,vertwgt=%p,edgewgt=%p\n",
    1044 -          adjir,adjjc,vertlab,vertwgt,edgewgt);
    1045 - #endif /* MATLAB */
     1059+ #ifdef NOFILEIO
     1060+ //  printf("graphLoad - stream=%p; nvert=%d,nedge2=%d\n",stream,nvert,nedge2);
     1061+ //  printf("graphLoad - adjir=%p,adjjc=%p,vertlab=%p,vertwgt=%p,edgewgt=%p\n",
     1062+ //         adjir,adjjc,vertlab,vertwgt,edgewgt);
     1063+ #endif /* NOFILEIO */
    10461064    memSet (grafptr, 0, sizeof (Graph));
    10471065 
    1048 - #ifndef MATLAB
     1066+ #ifndef NOFILEIO
    10491067    if (intLoad (stream, &versval) != 1) {          /* Read version number */
    10501068      errorPrint ("graphLoad: bad input (1)");
    10511069      return     (1);
    10521070    }
    1053 - #else /* MATLAB */
    1054 -   versval=0;
    1055 - #endif /* MATLAB */
     1071+ #else /* NOFILEIO */
     1072+   versval=0;
     1073+ #endif /* NOFILEIO */
    10561074    if (versval != 0) {                             /* If version not zero */
    10571075      errorPrint ("graphLoad: old-style graph format no longer supported");
    … …  
    10591077    }
    10601078 
    1061 - #ifndef MATLAB
     1079+ #ifndef NOFILEIO
    10621080    if ((intLoad (stream, &grafptr->vertnbr) != 1) || /* Read rest of header */
    10631081        (intLoad (stream, &grafptr->edgenbr) != 1) ||
    10641082        (intLoad (stream, &baseadj)          != 1) ||
    1065 --- 104,120 ----
    1066 ***************
    1067 *** 145,159 ****
     1083***************
     1084*** 124,129 ****
     1085--- 145,159 ----
    10681086      errorPrint ("graphLoad: bad input (2)");
    10691087      return     (1);
    10701088    }
    1071 - #else /* MATLAB */
    1072 -   grafptr->vertnbr=nvert;
    1073 -   grafptr->edgenbr=nedge2;
    1074 -   baseadj=1;
    1075 -   propval=0;
    1076 -   if (vertlab) propval+=100;
    1077 -   if (edgewgt) propval+= 10;
    1078 -   if (vertwgt) propval+=  1;
    1079 - #endif /* MATLAB */
     1089+ #else /* NOFILEIO */
     1090+   grafptr->vertnbr=nvert;
     1091+   grafptr->edgenbr=nedge2;
     1092+   baseadj=1;
     1093+   propval=0;
     1094+   if (vertlab) propval+=100;
     1095+   if (edgewgt) propval+= 10;
     1096+   if (vertwgt) propval+=  1;
     1097+ #endif /* NOFILEIO */
    10801098    sprintf (proptab, "%3.3d", (int) propval);      /* Compute file properties */
    10811099    proptab[0] -= '0';                              /* Vertex labels flag      */
    10821100    proptab[1] -= '0';                              /* Edge weights flag       */
    1083 --- 124,129 ----
    1084 ***************
    1085 *** 170,179 ****
     1101***************
     1102*** 140,145 ****
     1103--- 170,179 ----
    10861104    }
    10871105    if (proptab[0] != 0)                            /* If vertex labels, no base adjust */
    10881106      baseadj = 0;
    1089 - #ifdef MATLAB
    1090 -   printf("graphLoad - baseadj=%d,baseval=%d,grafptr->baseval=%d\n",
    1091 -          baseadj,baseval,grafptr->baseval);
    1092 - #endif /* MATLAB */
     1107+ #ifdef NOFILEIO
     1108+ //  printf("graphLoad - baseadj=%d,baseval=%d,grafptr->baseval=%d\n",
     1109+ //         baseadj,baseval,grafptr->baseval);
     1110+ #endif /* NOFILEIO */
    10931111 
    10941112    velonbr = ((proptab[2] != 0) && ((flagval & GRAPHIONOLOADVERT) == 0)) ? grafptr->vertnbr : 0;
    10951113    vlblnbr = (proptab[0] != 0) ? grafptr->vertnbr : 0;
    1096 --- 140,145 ----
    1097 ***************
    1098 *** 212,226 ****
     1114***************
     1115*** 178,188 ****
     1116--- 212,226 ----
    10991117      if (grafptr->vlbltax != NULL) {               /* If must read label               */
    11001118        Gnum                vlblval;                /* Value where to read vertex label */
    11011119 
    1102 - #ifndef MATLAB
     1120+ #ifndef NOFILEIO
    11031121        if (intLoad (stream, &vlblval) != 1) {      /* Read label data */
    11041122          errorPrint ("graphLoad: bad input (3)");
    … …  
    11061124          return     (1);
    11071125        }
    1108 - #else /* MATLAB */
    1109 -       vlblval=vertlab[vertnum-grafptr->baseval];
    1110 - #endif /* MATLAB */
     1126+ #else /* NOFILEIO */
     1127+       vlblval=vertlab[vertnum-grafptr->baseval];
     1128+ #endif /* NOFILEIO */
    11111129        grafptr->vlbltax[vertnum] = vlblval;
    11121130        if (grafptr->vlbltax[vertnum] > vlblmax)    /* Get maximum vertex label */
    11131131          vlblmax = grafptr->vlbltax[vertnum];
    1114 --- 178,188 ----
    1115 ***************
    1116 *** 228,257 ****
     1132***************
     1133*** 190,209 ****
     1134--- 228,257 ----
    11171135      if (proptab[2] != 0) {                        /* If must read vertex load        */
    11181136        Gnum                veloval;                /* Value where to read vertex load */
    11191137 
    1120 - #ifndef MATLAB
     1138+ #ifndef NOFILEIO
    11211139        if (intLoad (stream, &veloval) != 1) {      /* Read vertex load data    */
    11221140          errorPrint ("graphLoad: bad input (4)");
    … …  
    11241142          return     (1);
    11251143        }
    1126 - #else /* MATLAB */
    1127 -       veloval=vertwgt[vertnum-grafptr->baseval];
    1128 - #endif /* MATLAB */
     1144+ #else /* NOFILEIO */
     1145+       veloval=vertwgt[vertnum-grafptr->baseval];
     1146+ #endif /* NOFILEIO */
    11291147        if (grafptr->velotax != NULL)
    11301148          velosum                  +=
    11311149          grafptr->velotax[vertnum] = veloval;
    11321150      }
    1133 - #ifndef MATLAB
     1151+ #ifndef NOFILEIO
    11341152      if (intLoad (stream, &degrval) != 1) {        /* Read vertex degree */
    11351153        errorPrint ("graphLoad: bad input (5)");
    … …  
    11371155        return     (1);
    11381156      }
    1139 - #else /* MATLAB */
    1140 - //    printf("old degrval=%d; new degrval=%d\n",
    1141 - //           degrval,adjjc[vertnum-grafptr->baseval+1]-adjjc[vertnum-grafptr->baseval]);
    1142 -     degrval=adjjc[vertnum-grafptr->baseval+1]-adjjc[vertnum-grafptr->baseval];
    1143 - #endif /* MATLAB */
     1157+ #else /* NOFILEIO */
     1158+ //    printf("old degrval=%d; new degrval=%d\n",
     1159+ //           degrval,adjjc[vertnum-grafptr->baseval+1]-adjjc[vertnum-grafptr->baseval]);
     1160+     degrval=adjjc[vertnum-grafptr->baseval+1]-adjjc[vertnum-grafptr->baseval];
     1161+ #endif /* NOFILEIO */
    11441162      if (degrmax < degrval)                        /* Set maximum degree */
    11451163        degrmax = degrval;
    11461164 
    1147 --- 190,209 ----
    1148 ***************
    1149 *** 267,301 ****
     1165***************
     1166*** 219,238 ****
     1167--- 267,301 ----
    11501168        if (proptab[1] != 0) {                      /* If must read edge load        */
    11511169          Gnum                edloval;              /* Value where to read edge load */
    11521170 
    1153 - #ifndef MATLAB
     1171+ #ifndef NOFILEIO
    11541172          if (intLoad (stream, &edloval) != 1) {    /* Read edge load data    */
    11551173            errorPrint ("graphLoad: bad input (6)");
    … …  
    11571175            return     (1);
    11581176          }
    1159 - #else /* MATLAB */
    1160 -         edloval=edgewgt[edgenum-grafptr->baseval];
    1161 - #endif /* MATLAB */
     1177+ #else /* NOFILEIO */
     1178+         edloval=edgewgt[edgenum-grafptr->baseval];
     1179+ #endif /* NOFILEIO */
    11621180          if (grafptr->edlotax != NULL)
    11631181            edlosum                  +=
    11641182            grafptr->edlotax[edgenum] = (Gnum) edloval;
    11651183        }
    1166 - #ifndef MATLAB
     1184+ #ifndef NOFILEIO
    11671185        if (intLoad (stream, &edgeval) != 1) {      /* Read edge data */
    11681186          errorPrint ("graphLoad: bad input (7)");
    … …  
    11701188          return     (1);
    11711189        }
    1172 - #else /* MATLAB */
    1173 - //      printf("edgenum=%d: old edgeval=%d; new edgeval[%d]=%d\n",
    1174 - //            edgenum,edgeval,edgenum-grafptr->baseval,adjir[edgenum-grafptr->baseval]+1);
    1175 - /*  if vertex labels are supplied, they must be referenced  (jes, 1/05/10)  */
    1176 - //      edgeval=adjir[edgenum-grafptr->baseval]+1;
    1177 -       if (vertlab)
    1178 -         edgeval=vertlab[adjir[edgenum-grafptr->baseval]  ];
    1179 -       else
    1180 -         edgeval=        adjir[edgenum-grafptr->baseval]+1;
    1181 - #endif /* MATLAB */
     1190+ #else /* NOFILEIO */
     1191+ //      printf("edgenum=%d: old edgeval=%d; new edgeval[%d]=%d\n",
     1192+ //            edgenum,edgeval,edgenum-grafptr->baseval,adjir[edgenum-grafptr->baseval]+1);
     1193+ /*  if vertex labels are supplied, they must be referenced  (jes, 1/05/10)  */
     1194+ //      edgeval=adjir[edgenum-grafptr->baseval]+1;
     1195+       if (vertlab)
     1196+         edgeval=vertlab[adjir[edgenum-grafptr->baseval]  ];
     1197+       else
     1198+         edgeval=        adjir[edgenum-grafptr->baseval]+1;
     1199+ #endif /* NOFILEIO */
    11821200        grafptr->edgetax[edgenum] = edgeval + baseadj;
    11831201      }
    11841202    }
    1185 --- 219,238 ----
    1186 ***************
    1187 *** 342,351 ****
     1203***************
     1204*** 279,284 ****
     1205--- 342,351 ----
    11881206    Gnum                vertnum;                    /* Number of current vertex        */
    11891207    Gnum * restrict     indxtab;                    /* Vertex label/number index table */
    11901208 
    1191 - #ifdef MATLAB
    1192 -   printf("graphLoad2 - baseval=%d,vertnnd=%d,vlblmax=%d\n",
    1193 -          baseval,vertnnd,vlblmax);
    1194 - #endif /* MATLAB */
     1209+ #ifdef NOFILEIO
     1210+   printf("graphLoad2 - baseval=%d,vertnnd=%d,vlblmax=%d\n",
     1211+          baseval,vertnnd,vlblmax);
     1212+ #endif /* NOFILEIO */
    11951213    if ((indxtab = (Gnum *) memAlloc ((vlblmax + 1) * sizeof (Gnum))) == NULL) {
    11961214      errorPrint  ("graphLoad2: out of memory");
    11971215      return      (1);
    1198 --- 279,284 ----
    1199 ***************
    1200 *** 353,362 ****
     1216***************
     1217*** 286,291 ****
     1218--- 353,362 ----
    12011219 
    12021220    memSet (indxtab, ~0, (vlblmax + 1) * sizeof (Gnum)); /* Assume labels not used */
    12031221    for (vertnum = baseval; vertnum < vertnnd; vertnum ++) {
    1204 - #ifdef MATLAB
    1205 - //    printf("graphLoad2 - vertnum=%d; vlbltax=%d,indxtab=%d\n",
    1206 - //           vertnum,vlbltax[vertnum],indxtab[vlbltax[vertnum]]);
    1207 - #endif /* MATLAB */
     1222+ #ifdef NOFILEIO
     1223+ //    printf("graphLoad2 - vertnum=%d; vlbltax=%d,indxtab=%d\n",
     1224+ //           vertnum,vlbltax[vertnum],indxtab[vlbltax[vertnum]]);
     1225+ #endif /* NOFILEIO */
    12081226      if (indxtab[vlbltax[vertnum]] != ~0) {        /* If vertex label already used */
    12091227        errorPrint  ("graphLoad2: duplicate vertex label");
    12101228        memFree     (indxtab);
    1211 --- 286,291 ----
    1212 ***************
    1213 *** 365,374 ****
     1229***************
     1230*** 294,299 ****
     1231--- 365,374 ----
    12141232      indxtab[vlbltax[vertnum]] = vertnum;          /* Set vertex number index */
    12151233    }
    12161234    for (vertnum = baseval; vertnum < vertnnd; vertnum ++) {
    1217 - #ifdef MATLAB
    1218 - //    printf("graphLoad2 - vertnum=%d; vlbltax=%d,indxtab=%d\n",
    1219 - //           vertnum,vlbltax[vertnum],indxtab[vlbltax[vertnum]]);
    1220 - #endif /* MATLAB */
     1235+ #ifdef NOFILEIO
     1236+ //    printf("graphLoad2 - vertnum=%d; vlbltax=%d,indxtab=%d\n",
     1237+ //           vertnum,vlbltax[vertnum],indxtab[vlbltax[vertnum]]);
     1238+ #endif /* NOFILEIO */
    12211239      Gnum                edgenum;                  /* Number of current edge */
    12221240 
    12231241      for (edgenum = verttax[vertnum]; edgenum < vendtax[vertnum]; edgenum ++) {
    1224 --- 294,299 ----
    1225 ***************
    1226 *** 382,396 ****
     1242***************
     1243*** 307,313 ****
     1244--- 382,396 ----
    12271245          memFree    (indxtab);
    12281246          return     (1);
    12291247        }
    1230 - #ifdef MATLAB
    1231 - //      printf("graphLoad2 - edgenum=%d; old edgetax=%d,",
    1232 - //             edgenum,edgetax[edgenum]);
    1233 - #endif /* MATLAB */
     1248+ #ifdef NOFILEIO
     1249+ //      printf("graphLoad2 - edgenum=%d; old edgetax=%d,",
     1250+ //             edgenum,edgetax[edgenum]);
     1251+ #endif /* NOFILEIO */
    12341252        edgetax[edgenum] = indxtab[edgetax[edgenum]]; /* Replace label by number */
    1235 - #ifdef MATLAB
    1236 - //      printf("new edgetax=%d\n",
    1237 - //             edgetax[edgenum]);
    1238 - #endif /* MATLAB */
     1253+ #ifdef NOFILEIO
     1254+ //      printf("new edgetax=%d\n",
     1255+ //             edgetax[edgenum]);
     1256+ #endif /* NOFILEIO */
    12391257      }
    12401258    }
    12411259 
    1242 --- 307,313 ----
    1243 diff -rc src/src/libscotch/graph_io_scot.c old/src/libscotch/graph_io_scot.c
    1244 *** src/src/libscotch/graph_io_scot.c   2010-07-19 12:08:20.549684722 -0700
    1245 --- old/src/libscotch/graph_io_scot.c   2008-05-22 06:44:42.000000000 -0700
    1246 ***************
    1247 *** 89,99 ****
     1260diff -rc src/src/libscotch/graph_io_scot.c new5/src/libscotch/graph_io_scot.c
     1261*** src/src/libscotch/graph_io_scot.c   2008-05-22 06:44:42.000000000 -0700
     1262--- new5/src/libscotch/graph_io_scot.c  2010-07-19 15:02:03.105970631 -0700
     1263***************
     1264*** 89,95 ****
     1265--- 89,99 ----
    12481266    int                           o;
    12491267 
    12501268    if (filesrcptr != NULL) {
    1251 - #ifndef MATLAB
     1269+ #ifndef NOFILEIO
    12521270      if (graphLoad (grafptr, filesrcptr, -1, 0) != 0)
    1253 - #else /* MATLAB */
    1254 -     if (graphLoad (grafptr, filesrcptr, -1, 0, 0, 0, NULL, NULL, NULL, NULL, NULL) != 0)
    1255 - #endif /* MATLAB */
     1271+ #else /* NOFILEIO */
     1272+     if (graphLoad (grafptr, filesrcptr, -1, 0, 0, 0, NULL, NULL, NULL, NULL, NULL) != 0)
     1273+ #endif /* NOFILEIO */
    12561274        return (1);
    12571275    }
    12581276 
    1259 --- 89,95 ----
    1260 diff -rc src/src/libscotch/library_arch.c old/src/libscotch/library_arch.c
    1261 *** src/src/libscotch/library_arch.c    2010-07-19 12:08:20.550684729 -0700
    1262 --- old/src/libscotch/library_arch.c    2008-05-22 06:44:42.000000000 -0700
    1263 ***************
    1264 *** 120,139 ****
    1265   int
    1266   SCOTCH_archLoad (
    1267   SCOTCH_Arch * const         archptr,
    1268 ! FILE * const                stream
    1269 ! #ifdef MATLAB
    1270 !                                   ,
    1271 ! const char *                archtyp,
    1272 ! const SCOTCH_Num            napar,
    1273 ! const SCOTCH_Num *          archpar
    1274 ! #endif /* MATLAB */
    1275 !                                    )
    1276   {
    1277 - #ifndef MATLAB
    1278     return (archLoad ((Arch *) archptr, stream));
    1279 - #else /* MATLAB */
    1280 -   return (archLoad ((Arch *) archptr, stream, archtyp, napar, archpar));
    1281 - #endif /* MATLAB */
    1282   }
    1283  
    1284   /*+ This routine saves the given opaque
    1285 --- 120,128 ----
     1277diff -rc src/src/libscotch/library_arch.c new5/src/libscotch/library_arch.c
     1278*** src/src/libscotch/library_arch.c    2008-05-22 06:44:42.000000000 -0700
     1279--- new5/src/libscotch/library_arch.c   2010-07-19 15:02:10.011980730 -0700
     1280***************
     1281*** 120,128 ****
    12861282  int
    12871283  SCOTCH_archLoad (
    … …  
    12931289 
    12941290  /*+ This routine saves the given opaque
    1295 diff -rc src/src/libscotch/library_arch_f.c old/src/libscotch/library_arch_f.c
    1296 *** src/src/libscotch/library_arch_f.c  2010-07-19 12:08:20.552684743 -0700
    1297 --- old/src/libscotch/library_arch_f.c  2008-05-22 06:44:42.000000000 -0700
    1298 ***************
    1299 *** 121,131 ****
     1291--- 120,139 ----
     1292  int
     1293  SCOTCH_archLoad (
     1294  SCOTCH_Arch * const         archptr,
     1295! FILE * const                stream
     1296! #ifdef NOFILEIO
     1297!                                   ,
     1298! const char *                archtyp,
     1299! const SCOTCH_Num            napar,
     1300! const SCOTCH_Num *          archpar
     1301! #endif /* NOFILEIO */
     1302!                                    )
     1303  {
     1304+ #ifndef NOFILEIO
     1305    return (archLoad ((Arch *) archptr, stream));
     1306+ #else /* NOFILEIO */
     1307+   return (archLoad ((Arch *) archptr, stream, archtyp, napar, archpar));
     1308+ #endif /* NOFILEIO */
     1309  }
     1310 
     1311  /*+ This routine saves the given opaque
     1312diff -rc src/src/libscotch/library_arch_f.c new5/src/libscotch/library_arch_f.c
     1313*** src/src/libscotch/library_arch_f.c  2008-05-22 06:44:42.000000000 -0700
     1314--- new5/src/libscotch/library_arch_f.c 2010-07-19 15:02:16.632990408 -0700
     1315***************
     1316*** 121,127 ****
     1317--- 121,131 ----
    13001318    }
    13011319    setbuf (stream, NULL);                          /* Do not buffer on input */
    13021320 
    1303 - #ifndef MATLAB
     1321+ #ifndef NOFILEIO
    13041322    o = SCOTCH_archLoad (archptr, stream);
    1305 - #else /* MATLAB */
    1306 -   o = SCOTCH_archLoad (archptr, stream, "", 0, NULL);
    1307 - #endif /* MATLAB */
     1323+ #else /* NOFILEIO */
     1324+   o = SCOTCH_archLoad (archptr, stream, "", 0, NULL);
     1325+ #endif /* NOFILEIO */
    13081326 
    13091327    fclose (stream);                                /* This closes filenum too */
    13101328 
    1311 --- 121,127 ----
    1312 diff -rc src/src/libscotch/library_error_exit.c old/src/libscotch/library_error_exit.c
    1313 *** src/src/libscotch/library_error_exit.c      2010-07-19 12:08:20.556684771 -0700
    1314 --- old/src/libscotch/library_error_exit.c      2009-01-20 00:36:33.000000000 -0800
    1315 ***************
    1316 *** 114,120 ****
     1329diff -rc src/src/libscotch/library_error_exit.c new5/src/libscotch/library_error_exit.c
     1330*** src/src/libscotch/library_error_exit.c      2009-01-20 00:36:33.000000000 -0800
     1331--- new5/src/libscotch/library_error_exit.c     2010-07-15 15:09:01.789095694 -0700
     1332***************
     1333*** 114,119 ****
     1334--- 114,120 ----
    13171335    int                 proclocnum;
    13181336  #endif /* SCOTCH_PTSCOTCH */
    13191337 
    1320 - #ifndef MATLAB
     1338+ #ifndef MATLAB
    13211339    fprintf  (stderr, "%s", _SCOTCHerrorProgName);
    13221340  #ifdef SCOTCH_PTSCOTCH
    13231341    if ((MPI_Initialized (&proclocnum) == MPI_SUCCESS) &&
    1324 --- 114,119 ----
    1325 ***************
    1326 *** 132,155 ****
     1342***************
     1343*** 131,136 ****
     1344--- 132,155 ----
    13271345    fprintf  (stderr, "\n");
    13281346    fflush   (stderr);                              /* In case it has been set to buffered mode */
    13291347 
    1330 - #else /* MATLAB */
    1331 -   mexPrintf  ("%s", _SCOTCHerrorProgName);
    1332 - #ifdef SCOTCH_PTSCOTCH
    1333 -   if ((MPI_Initialized (&proclocnum) == MPI_SUCCESS) &&
    1334 -       (proclocnum != 0)                              &&
    1335 -       (MPI_Comm_rank (MPI_COMM_WORLD, &proclocnum) == MPI_SUCCESS))
    1336 -     mexPrintf ("(%d): ", proclocnum);
    1337 - #else /* SCOTCH_PTSCOTCH */
    1338 -   if (_SCOTCHerrorProgName[0] != '\0')
    1339 -     mexPrintf  (": ");
    1340 - #endif /* SCOTCH_PTSCOTCH */
    1341 -   mexPrintf  ("ERROR: ");
    1342 -   va_start (errlist, errstr);
    1343 -   mexPrintf (errstr, errlist);             /* Print arguments */
    1344 -   va_end   (errlist);
    1345 -   mexPrintf  ("\n");
    1346 - #endif /* MATLAB */
    1347 -
     1348+ #else /* MATLAB */
     1349+   mexPrintf  ("%s", _SCOTCHerrorProgName);
     1350+ #ifdef SCOTCH_PTSCOTCH
     1351+   if ((MPI_Initialized (&proclocnum) == MPI_SUCCESS) &&
     1352+       (proclocnum != 0)                              &&
     1353+       (MPI_Comm_rank (MPI_COMM_WORLD, &proclocnum) == MPI_SUCCESS))
     1354+     mexPrintf ("(%d): ", proclocnum);
     1355+ #else /* SCOTCH_PTSCOTCH */
     1356+   if (_SCOTCHerrorProgName[0] != '\0')
     1357+     mexPrintf  (": ");
     1358+ #endif /* SCOTCH_PTSCOTCH */
     1359+   mexPrintf  ("ERROR: ");
     1360+   va_start (errlist, errstr);
     1361+   mexPrintf (errstr, errlist);             /* Print arguments */
     1362+   va_end   (errlist);
     1363+   mexPrintf  ("\n");
     1364+ #endif /* MATLAB */
     1365+
    13481366  #ifdef SCOTCH_ERROR_SLEEP
    13491367    sleep (SCOTCH_ERROR_SLEEP);                     /* Wait for messages to be propagated */
    13501368  #endif /* SCOTCH_ERROR_SLEEP */
    1351 --- 131,136 ----
    1352 ***************
    1353 *** 174,180 ****
     1369***************
     1370*** 155,160 ****
     1371--- 174,180 ----
    13541372    int                 proclocnum;
    13551373  #endif /* SCOTCH_PTSCOTCH */
    13561374 
    1357 - #ifndef MATLAB
     1375+ #ifndef MATLAB
    13581376    fprintf  (stderr, "%s", _SCOTCHerrorProgName);
    13591377  #ifdef SCOTCH_PTSCOTCH
    13601378    if ((MPI_Initialized (&proclocnum) == MPI_SUCCESS) &&
    1361 --- 155,160 ----
    1362 ***************
    1363 *** 191,212 ****
     1379***************
     1380*** 171,174 ****
     1381--- 191,212 ----
    13641382    va_end   (errlist);
    13651383    fprintf  (stderr, "\n");
    13661384    fflush   (stderr);                              /* In case it has been set to buffered mode */
    1367 -
    1368 - #else /* MATLAB */
    1369 -   mexPrintf  ("%s", _SCOTCHerrorProgName);
    1370 - #ifdef SCOTCH_PTSCOTCH
    1371 -   if ((MPI_Initialized (&proclocnum) == MPI_SUCCESS) &&
    1372 -       (proclocnum != 0)                              &&
    1373 -       (MPI_Comm_rank (MPI_COMM_WORLD, &proclocnum) == MPI_SUCCESS))
    1374 -     mexPrintf ("(%d): ", proclocnum);
    1375 - #else /* SCOTCH_PTSCOTCH */
    1376 -   if (_SCOTCHerrorProgName[0] != '\0')
    1377 -     mexPrintf  (": ");
    1378 - #endif /* SCOTCH_PTSCOTCH */
    1379 -   mexPrintf  ("WARNING: ");
    1380 -   va_start (errlist, errstr);
    1381 -   mexPrintf (errstr, errlist);             /* Print arguments */
    1382 -   va_end   (errlist);
    1383 -   mexPrintf  ("\n");
    1384 - #endif /* MATLAB */
     1385+
     1386+ #else /* MATLAB */
     1387+   mexPrintf  ("%s", _SCOTCHerrorProgName);
     1388+ #ifdef SCOTCH_PTSCOTCH
     1389+   if ((MPI_Initialized (&proclocnum) == MPI_SUCCESS) &&
     1390+       (proclocnum != 0)                              &&
     1391+       (MPI_Comm_rank (MPI_COMM_WORLD, &proclocnum) == MPI_SUCCESS))
     1392+     mexPrintf ("(%d): ", proclocnum);
     1393+ #else /* SCOTCH_PTSCOTCH */
     1394+   if (_SCOTCHerrorProgName[0] != '\0')
     1395+     mexPrintf  (": ");
     1396+ #endif /* SCOTCH_PTSCOTCH */
     1397+   mexPrintf  ("WARNING: ");
     1398+   va_start (errlist, errstr);
     1399+   mexPrintf (errstr, errlist);             /* Print arguments */
     1400+   va_end   (errlist);
     1401+   mexPrintf  ("\n");
     1402+ #endif /* MATLAB */
    13851403  }
    1386 --- 171,174 ----
    1387 diff -rc src/src/libscotch/library_graph.c old/src/libscotch/library_graph.c
    1388 *** src/src/libscotch/library_graph.c   2010-07-19 12:08:20.559684792 -0700
    1389 --- old/src/libscotch/library_graph.c   2008-05-22 07:28:12.000000000 -0700
    1390 ***************
    1391 *** 137,154 ****
     1404diff -rc src/src/libscotch/library_graph.c new5/src/libscotch/library_graph.c
     1405*** src/src/libscotch/library_graph.c   2008-05-22 07:28:12.000000000 -0700
     1406--- new5/src/libscotch/library_graph.c  2010-07-19 15:03:08.833066562 -0700
     1407***************
     1408*** 137,143 ****
     1409  SCOTCH_Graph * const        grafptr,
     1410  FILE * const                stream,
     1411  const SCOTCH_Num            baseval,
     1412! const SCOTCH_Num            flagval)
     1413  {
     1414    GraphFlag           srcgrafflag;                /* Graph flags */
     1415 
     1416--- 137,154 ----
    13921417  SCOTCH_Graph * const        grafptr,
    13931418  FILE * const                stream,
    13941419  const SCOTCH_Num            baseval,
    13951420! const SCOTCH_Num            flagval
    1396 ! #ifdef MATLAB
     1421! #ifdef NOFILEIO
    13971422!                                    ,
    13981423! const SCOTCH_Num            nvert,
    … …  
    14031428! const SCOTCH_Num*           vertwgt,
    14041429! const SCOTCH_Num*           edgewgt
    1405 ! #endif /* MATLAB */
     1430! #endif /* NOFILEIO */
    14061431!                                    )
    14071432  {
    14081433    GraphFlag           srcgrafflag;                /* Graph flags */
    14091434 
    1410 --- 137,143 ----
    1411   SCOTCH_Graph * const        grafptr,
    1412   FILE * const                stream,
    1413   const SCOTCH_Num            baseval,
    1414 ! const SCOTCH_Num            flagval)
    1415   {
    1416     GraphFlag           srcgrafflag;                /* Graph flags */
    1417  
    1418 ***************
    1419 *** 164,174 ****
     1435***************
     1436*** 153,159 ****
     1437--- 164,174 ----
    14201438    srcgrafflag = (((flagval & 1) != 0) ? GRAPHIONOLOADVERT : 0) +
    14211439                  (((flagval & 2) != 0) ? GRAPHIONOLOADEDGE : 0);
    14221440 
    1423 - #ifndef MATLAB
     1441+ #ifndef NOFILEIO
    14241442    return (graphLoad ((Graph * const) grafptr, stream, (Gnum) baseval, srcgrafflag));
    1425 - #else /* MATLAB */
    1426 -   return (graphLoad ((Graph * const) grafptr, stream, (Gnum) baseval, srcgrafflag, (const Gnum) nvert, (const Gnum) nedge2, (const Gnum *) adjir, (const Gnum *) adjjc, (const Gnum *) vertlab, (const Gnum *) vertwgt, (const Gnum *) edgewgt));
    1427 - #endif /* MATLAB */
     1443+ #else /* NOFILEIO */
     1444+   return (graphLoad ((Graph * const) grafptr, stream, (Gnum) baseval, srcgrafflag, (const Gnum) nvert, (const Gnum) nedge2, (const Gnum *) adjir, (const Gnum *) adjjc, (const Gnum *) vertlab, (const Gnum *) vertwgt, (const Gnum *) edgewgt));
     1445+ #endif /* NOFILEIO */
    14281446  }
    14291447 
    14301448  /*+ This routine saves the contents of the given
    1431 --- 153,159 ----
    1432 diff -rc src/src/libscotch/library_graph_f.c old/src/libscotch/library_graph_f.c
    1433 *** src/src/libscotch/library_graph_f.c 2010-07-19 12:08:20.561684806 -0700
    1434 --- old/src/libscotch/library_graph_f.c 2008-05-22 06:44:43.000000000 -0700
    1435 ***************
    1436 *** 136,146 ****
     1449diff -rc src/src/libscotch/library_graph_f.c new5/src/libscotch/library_graph_f.c
     1450*** src/src/libscotch/library_graph_f.c 2008-05-22 06:44:43.000000000 -0700
     1451--- new5/src/libscotch/library_graph_f.c        2010-07-19 15:03:14.148074301 -0700
     1452***************
     1453*** 136,142 ****
     1454--- 136,146 ----
    14371455    }
    14381456    setbuf (stream, NULL);                          /* Do not buffer on input */
    14391457 
    1440 - #ifndef MATLAB
     1458+ #ifndef NOFILEIO
    14411459    o = SCOTCH_graphLoad (grafptr, stream, *baseptr, *flagptr);
    1442 - #else /* MATLAB */
    1443 -   o = SCOTCH_graphLoad (grafptr, stream, *baseptr, *flagptr, 0, 0, NULL, NULL, NULL, NULL, NULL);
    1444 - #endif /* MATLAB */
     1460+ #else /* NOFILEIO */
     1461+   o = SCOTCH_graphLoad (grafptr, stream, *baseptr, *flagptr, 0, 0, NULL, NULL, NULL, NULL, NULL);
     1462+ #endif /* NOFILEIO */
    14451463 
    14461464    fclose (stream);                                /* This closes filenum too */
    14471465 
    1448 --- 136,142 ----
    1449 diff -rc src/src/libscotch/library_graph_map.c old/src/libscotch/library_graph_map.c
    1450 *** src/src/libscotch/library_graph_map.c       2010-07-19 12:08:20.563684820 -0700
    1451 --- old/src/libscotch/library_graph_map.c       2008-09-28 04:04:05.000000000 -0700
    1452 ***************
    1453 *** 182,200 ****
     1466diff -rc src/src/libscotch/library_graph_map.c new5/src/libscotch/library_graph_map.c
     1467*** src/src/libscotch/library_graph_map.c       2008-09-28 04:04:05.000000000 -0700
     1468--- new5/src/libscotch/library_graph_map.c      2010-07-19 15:03:29.338096404 -0700
     1469***************
     1470*** 182,192 ****
     1471--- 182,200 ----
    14541472 
    14551473  int
    14561474  SCOTCH_graphMapSave (
    1457 - #ifdef MATLAB
    1458 - Gnum *pnvert,
    1459 - Gnum (**pmaptab)[2],
    1460 - #endif /* MATLAB */
     1475+ #ifdef NOFILEIO
     1476+ Gnum *pnvert,
     1477+ Gnum (**pmaptab)[2],
     1478+ #endif /* NOFILEIO */
    14611479  const SCOTCH_Graph * const    grafptr,            /*+ Graph to order  +*/
    14621480  const SCOTCH_Mapping * const  mappptr,            /*+ Mapping to save +*/
    14631481  FILE * const                  stream)             /*+ Output stream   +*/
    14641482  {
    1465 - #ifndef MATLAB
     1483+ #ifndef NOFILEIO
    14661484    return (mapSave (&((LibMapping *) mappptr)->m, ((Graph *) grafptr)->vlbltax, stream));
    1467 - #else /* MATLAB */
    1468 -   return (mapSave (pnvert, pmaptab, &((LibMapping *) mappptr)->m, ((Graph *) grafptr)->vlbltax, stream));
    1469 - #endif /* MATLAB */
     1485+ #else /* NOFILEIO */
     1486+   return (mapSave (pnvert, pmaptab, &((LibMapping *) mappptr)->m, ((Graph *) grafptr)->vlbltax, stream));
     1487+ #endif /* NOFILEIO */
    14701488  }
    14711489 
    14721490  /*+ This routine computes a mapping
    1473 --- 182,192 ----
    1474 diff -rc src/src/libscotch/library_graph_map_f.c old/src/libscotch/library_graph_map_f.c
    1475 *** src/src/libscotch/library_graph_map_f.c     2010-07-19 12:08:20.565684834 -0700
    1476 --- old/src/libscotch/library_graph_map_f.c     2008-06-28 03:44:26.000000000 -0700
    1477 ***************
    1478 *** 183,193 ****
     1491diff -rc src/src/libscotch/library_graph_map_f.c new5/src/libscotch/library_graph_map_f.c
     1492*** src/src/libscotch/library_graph_map_f.c     2008-06-28 03:44:26.000000000 -0700
     1493--- new5/src/libscotch/library_graph_map_f.c    2010-07-19 15:03:34.344103682 -0700
     1494***************
     1495*** 183,189 ****
     1496--- 183,193 ----
    14791497      return;
    14801498    }
    14811499 
    1482 - #ifndef MATLAB
     1500+ #ifndef NOFILEIO
    14831501    o = SCOTCH_graphMapSave (grafptr, mapptr, stream);
    1484 - #else /* MATLAB */
    1485 -   o = SCOTCH_graphMapSave (NULL, NULL, grafptr, mapptr, stream);
    1486 - #endif /* MATLAB */
     1502+ #else /* NOFILEIO */
     1503+   o = SCOTCH_graphMapSave (NULL, NULL, grafptr, mapptr, stream);
     1504+ #endif /* NOFILEIO */
    14871505 
    14881506    fclose (stream);                                /* This closes filenum too */
    14891507 
    1490 --- 183,189 ----
    1491 diff -rc src/src/libscotch/library.h old/src/libscotch/library.h
    1492 *** src/src/libscotch/library.h 2010-07-19 12:08:20.568684854 -0700
    1493 --- old/src/libscotch/library.h 2009-05-09 16:08:03.000000000 -0700
    1494 ***************
    1495 *** 1,5 ****
    1496 - #ifndef _SCOTCH_H_
    1497 - #define _SCOTCH_H_
     1508diff -rc src/src/libscotch/library.h new5/src/libscotch/library.h
     1509*** src/src/libscotch/library.h 2009-05-09 16:08:03.000000000 -0700
     1510--- new5/src/libscotch/library.h        2010-07-21 11:55:39.022504459 -0700
     1511***************
     1512*** 1,3 ****
     1513--- 1,5 ----
     1514+ #ifndef _SCOTCH_H_
     1515+ #define _SCOTCH_H_
    14981516  /* Copyright 2004,2007-2009 ENSEIRB, INRIA & CNRS
    14991517  **
    15001518  ** This file is part of the Scotch software package for static mapping,
    1501 --- 1,3 ----
    1502 ***************
    1503 *** 280,284 ****
     1519***************
     1520*** 134,140 ****
     1521--- 136,146 ----
     1522 
     1523  int                         SCOTCH_archInit     (SCOTCH_Arch * const);
     1524  void                        SCOTCH_archExit     (SCOTCH_Arch * const);
     1525+ #ifndef NOFILEIO
     1526  int                         SCOTCH_archLoad     (SCOTCH_Arch * const, FILE * const);
     1527+ #else /* NOFILEIO */
     1528+ int                         SCOTCH_archLoad     (SCOTCH_Arch * const, FILE * const, const char *, const SCOTCH_Num, const SCOTCH_Num *);
     1529+ #endif /* NOFILEIO */
     1530  int                         SCOTCH_archSave     (const SCOTCH_Arch * const, FILE * const);
     1531  int                         SCOTCH_archBuild    (SCOTCH_Arch * const, const SCOTCH_Graph * const, const SCOTCH_Num, const SCOTCH_Num * const, const SCOTCH_Strat * const);
     1532  int                         SCOTCH_archCmplt    (SCOTCH_Arch * const, const SCOTCH_Num);
     1533***************
     1534*** 191,197 ****
     1535--- 197,207 ----
     1536  int                         SCOTCH_graphInit    (SCOTCH_Graph * const);
     1537  void                        SCOTCH_graphExit    (SCOTCH_Graph * const);
     1538  void                        SCOTCH_graphFree    (SCOTCH_Graph * const);
     1539+ #ifndef NOFILEIO
     1540  int                         SCOTCH_graphLoad    (SCOTCH_Graph * const, FILE * const, const SCOTCH_Num, const SCOTCH_Num);
     1541+ #else /* NOFILEIO */
     1542+ int                         SCOTCH_graphLoad    (SCOTCH_Graph * const, FILE * const, const SCOTCH_Num, const SCOTCH_Num, const SCOTCH_Num, const SCOTCH_Num, const SCOTCH_Num *, const SCOTCH_Num *, const SCOTCH_Num *, const SCOTCH_Num *, const SCOTCH_Num *);
     1543+ #endif /* NOFILEIO */
     1544  int                         SCOTCH_graphSave    (const SCOTCH_Graph * const, FILE * const);
     1545  int                         SCOTCH_graphBuild   (SCOTCH_Graph * const, const SCOTCH_Num, const SCOTCH_Num, const SCOTCH_Num * const, const SCOTCH_Num * const, const SCOTCH_Num * const, const SCOTCH_Num * const, const SCOTCH_Num, const SCOTCH_Num * const, const SCOTCH_Num * const);
     1546  SCOTCH_Num                  SCOTCH_graphBase    (SCOTCH_Graph * const, const SCOTCH_Num baseval);
     1547***************
     1548*** 210,216 ****
     1549--- 220,230 ----
     1550  int                         SCOTCH_graphMapInit (const SCOTCH_Graph * const, SCOTCH_Mapping * const, const SCOTCH_Arch * const, SCOTCH_Num * const);
     1551  void                        SCOTCH_graphMapExit (const SCOTCH_Graph * const, SCOTCH_Mapping * const);
     1552  int                         SCOTCH_graphMapLoad (const SCOTCH_Graph * const, const SCOTCH_Mapping * const, FILE * const);
     1553+ #ifndef NOFILEIO
     1554  int                         SCOTCH_graphMapSave (const SCOTCH_Graph * const, const SCOTCH_Mapping * const, FILE * const);
     1555+ #else /* NOFILEIO */
     1556+ int                         SCOTCH_graphMapSave (SCOTCH_Num *, SCOTCH_Num (**)[2], const SCOTCH_Graph * const, const SCOTCH_Mapping * const, FILE * const);
     1557+ #endif /* NOFILEIO */
     1558  int                         SCOTCH_graphMapView (const SCOTCH_Graph * const, const SCOTCH_Mapping * const, FILE * const);
     1559  int                         SCOTCH_graphMapCompute (const SCOTCH_Graph * const, SCOTCH_Mapping * const, const SCOTCH_Strat * const);
     1560  int                         SCOTCH_graphMap     (const SCOTCH_Graph * const, const SCOTCH_Arch * const, const SCOTCH_Strat * const, SCOTCH_Num * const);
     1561***************
     1562*** 278,280 ****
     1563--- 292,296 ----
    15041564  #ifdef __cplusplus
    15051565  }
    15061566  #endif /* __cplusplus */
    1507 -
    1508 - #endif //#ifndef _SCOTCH_H_
    1509 --- 278,280 ----
    1510 diff -rc src/src/libscotch/Makefile old/src/libscotch/Makefile
    1511 *** src/src/libscotch/Makefile  2010-07-19 12:08:20.573684889 -0700
    1512 --- old/src/libscotch/Makefile  2009-05-09 16:08:04.000000000 -0700
     1567+
     1568+ #endif //#ifndef _SCOTCH_H_
     1569diff -rc src/src/libscotch/Makefile new5/src/libscotch/Makefile
     1570*** src/src/libscotch/Makefile  2009-05-09 16:08:04.000000000 -0700
     1571--- new5/src/libscotch/Makefile 2010-07-19 16:00:02.225745769 -0700
    15131572***************
    15141573*** 49,55 ****
    … …  
    15161575  ##
    15171576 
    1518 ! .PHONY                                :       ptscotch        scotch  mexscotch       ptinstall       install clean   realclean
     1577! .PHONY                                :       ptscotch        scotch  ptinstall       install clean   realclean
    15191578 
    15201579  scotch                                :       clean
    … …  
    15241583  ##
    15251584 
    1526 ! .PHONY                                :       ptscotch        scotch  ptinstall       install clean   realclean
     1585! .PHONY                                :       ptscotch        scotch  nfioscotch      mexscotch       ptinstall       install nfioinstall     mexinstall      clean   realclean
    15271586 
    15281587  scotch                                :       clean
    15291588                                        $(MAKE) CC="$(CCS)" CCD="$(CCS)" SCOTCHLIB=scotch       \
    15301589***************
    1531 *** 68,83 ****
     1590*** 68,73 ****
     1591--- 68,93 ----
    15321592                                        libptscotcherr$(LIB)                                                            \
    15331593                                        libptscotcherrexit$(LIB)
    15341594 
    1535 - mexscotch                     :       clean
    1536 -                                       $(MAKE) CFLAGS="$(CFLAGS)" CC="$(CCS)" CCD="$(CCS)" LDFLAGS="$(LDFLAGS)" SCOTCHLIB=scotch       \
    1537 -                                       dummysizes$(EXE)
    1538 -                                       $(MAKE) CFLAGS="$(CFLAGS) -DMATLAB -I${MATLAB_DIR}/extern/include" CC="$(CCS)" CCD="$(CCS)" LDFLAGS="$(LDFLAGS) -Wl,-rpath-link,${MATLAB_DIR}/bin/glnxa64 -L${MATLAB_DIR}/bin/glnxa64 -lmex -lmat" SCOTCHLIB=scotch     \
    1539 -                                       scotch.h                                                \
    1540 -                                       scotchf.h                                               \
    1541 -                                       libmexscotch$(LIB)                                              \
    1542 -                                       libmexscotcherr$(LIB)                                   \
    1543 -                                       libmexscotcherrexit$(LIB)
    1544 -
     1595+ nfioscotch                            :       clean
     1596+                                       $(MAKE) CFLAGS="$(CFLAGS)" CC="$(CCS)" CCD="$(CCS)" LDFLAGS="$(LDFLAGS)" SCOTCHLIB=scotch       \
     1597+                                       dummysizes$(EXE)
     1598+                                       $(MAKE) CFLAGS="$(CFLAGS) -DNOFILEIO" CC="$(CCS)" CCD="$(CCS)" SCOTCHLIB=nfioscotch     \
     1599+                                       scotch.h                                                \
     1600+                                       scotchf.h                                               \
     1601+                                       libnfioscotch$(LIB)                                             \
     1602+                                       libnfioscotcherr$(LIB)                                  \
     1603+                                       libnfioscotcherrexit$(LIB)
     1604+
     1605+ mexscotch                     :       clean
     1606+                                       $(MAKE) CFLAGS="$(CFLAGS)" CC="$(CCS)" CCD="$(CCS)" LDFLAGS="$(LDFLAGS)" SCOTCHLIB=scotch       \
     1607+                                       dummysizes$(EXE)
     1608+                                       $(MAKE) CFLAGS="$(CFLAGS) -DNOFILEIO -DMATLAB -I${MATLAB_DIR}/extern/include" CC="$(CCS)" CCD="$(CCS)" LDFLAGS="$(LDFLAGS) -Wl,-rpath-link,${MATLAB_DIR}/bin/glnxa64 -L${MATLAB_DIR}/bin/glnxa64 -lmex -lmat" SCOTCHLIB=mexscotch       \
     1609+                                       scotch.h                                                \
     1610+                                       scotchf.h                                               \
     1611+                                       libmexscotch$(LIB)                                              \
     1612+                                       libmexscotcherr$(LIB)                                   \
     1613+                                       libmexscotcherrexit$(LIB)
     1614+
    15451615  install                               :
    15461616                                        -$(CP) scotch.h scotchf.h $(includedir)
    15471617                                        -$(CP) libscotch$(LIB) libscotcherr*$(LIB) $(libdir)
    1548 --- 68,73 ----
    1549 ***************
    1550 *** 87,96 ****
     1618***************
     1619*** 77,82 ****
     1620--- 97,110 ----
    15511621                                        -$(CP) scotchf.h $(includedir)/ptscotchf.h
    15521622                                        -$(CP) libptscotch*$(LIB) $(libdir)
    15531623 
    1554 - mexinstall                            :
    1555 -                                       -$(CP) scotch.h scotchf.h $(includedir)
    1556 -                                       -$(CP) libmexscotch$(LIB) libmexscotcherr*$(LIB) $(libdir)
    1557 -
     1624+ nfioinstall                           :
     1625+                                       -$(CP) scotch.h scotchf.h $(includedir)
     1626+                                       -$(CP) libnfioscotch$(LIB) libnfioscotcherr*$(LIB) $(libdir)
     1627+
     1628+ mexinstall                            :
     1629+                                       -$(CP) scotch.h scotchf.h $(includedir)
     1630+                                       -$(CP) libmexscotch$(LIB) libmexscotcherr*$(LIB) $(libdir)
     1631+
    15581632  clean                         :
    15591633                                        -$(RM) *~ *$(OBJ) lib*$(LIB) common2* parser_yy.c parser_ly.h parser_ll.c *scotch.h *scotchf.h y.output dummysizes$(EXE)
    15601634 
    1561 --- 77,82 ----
    1562 ***************
    1563 *** 2466,2632 ****
     1635***************
     1636*** 2452,2457 ****
     1637--- 2480,2807 ----
    15641638                                        $(AR) $(ARFLAGS) lib$(SCOTCHLIB)$(LIB) $(?)
    15651639                                        -$(RANLIB) lib$(SCOTCHLIB)$(LIB)
    15661640 
    1567 - libmexscotch$(LIB)                    :       arch$(OBJ)                              \
    1568 -                                       arch_build$(OBJ)                        \
    1569 -                                       arch_cmplt$(OBJ)                        \
    1570 -                                       arch_cmpltw$(OBJ)                       \
    1571 -                                       arch_deco$(OBJ)                         \
    1572 -                                       arch_hcub$(OBJ)                         \
    1573 -                                       arch_mesh$(OBJ)                         \
    1574 -                                       arch_tleaf$(OBJ)                        \
    1575 -                                       arch_torus$(OBJ)                        \
    1576 -                                       arch_vcmplt$(OBJ)                       \
    1577 -                                       arch_vhcub$(OBJ)                        \
    1578 -                                       bgraph$(OBJ)                            \
    1579 -                                       bgraph_bipart_bd$(OBJ)                  \
    1580 -                                       bgraph_bipart_df$(OBJ)                  \
    1581 -                                       bgraph_bipart_ex$(OBJ)                  \
    1582 -                                       bgraph_bipart_fm$(OBJ)                  \
    1583 -                                       bgraph_bipart_gg$(OBJ)                  \
    1584 -                                       bgraph_bipart_gp$(OBJ)                  \
    1585 -                                       bgraph_bipart_ml$(OBJ)                  \
    1586 -                                       bgraph_bipart_st$(OBJ)                  \
    1587 -                                       bgraph_bipart_zr$(OBJ)                  \
    1588 -                                       bgraph_check$(OBJ)                      \
    1589 -                                       bgraph_store$(OBJ)                      \
    1590 -                                       common$(OBJ)                            \
    1591 -                                       common_file$(OBJ)                       \
    1592 -                                       common_file_compress$(OBJ)              \
    1593 -                                       common_file_uncompress$(OBJ)            \
    1594 -                                       common_integer$(OBJ)                    \
    1595 -                                       common_memory$(OBJ)                     \
    1596 -                                       common_stub$(OBJ)                       \
    1597 -                                       gain$(OBJ)                              \
    1598 -                                       geom$(OBJ)                              \
    1599 -                                       graph$(OBJ)                             \
    1600 -                                       graph_base$(OBJ)                        \
    1601 -                                       graph_check$(OBJ)                       \
    1602 -                                       graph_coarsen$(OBJ)                     \
    1603 -                                       graph_induce$(OBJ)                      \
    1604 -                                       graph_io$(OBJ)                          \
    1605 -                                       graph_io_chac$(OBJ)                     \
    1606 -                                       graph_io_habo$(OBJ)                     \
    1607 -                                       graph_io_mmkt$(OBJ)                     \
    1608 -                                       graph_io_scot$(OBJ)                     \
    1609 -                                       graph_list$(OBJ)                        \
    1610 -                                       hall_order_hd$(OBJ)                     \
    1611 -                                       hall_order_hf$(OBJ)                     \
    1612 -                                       hall_order_hx$(OBJ)                     \
    1613 -                                       hgraph$(OBJ)                            \
    1614 -                                       hgraph_check$(OBJ)                      \
    1615 -                                       hgraph_induce$(OBJ)                     \
    1616 -                                       hgraph_order_bl$(OBJ)                   \
    1617 -                                       hgraph_order_cp$(OBJ)                   \
    1618 -                                       hgraph_order_gp$(OBJ)                   \
    1619 -                                       hgraph_order_hd$(OBJ)                   \
    1620 -                                       hgraph_order_hf$(OBJ)                   \
    1621 -                                       hgraph_order_hx$(OBJ)                   \
    1622 -                                       hgraph_order_nd$(OBJ)                   \
    1623 -                                       hgraph_order_si$(OBJ)                   \
    1624 -                                       hgraph_order_st$(OBJ)                   \
    1625 -                                       hmesh$(OBJ)                             \
    1626 -                                       hmesh_check$(OBJ)                       \
    1627 -                                       hmesh_hgraph$(OBJ)                      \
    1628 -                                       hmesh_induce$(OBJ)                      \
    1629 -                                       hmesh_mesh$(OBJ)                        \
    1630 -                                       hmesh_order_bl$(OBJ)                    \
    1631 -                                       hmesh_order_cp$(OBJ)                    \
    1632 -                                       hmesh_order_gr$(OBJ)                    \
    1633 -                                       hmesh_order_gp$(OBJ)                    \
    1634 -                                       hmesh_order_hd$(OBJ)                    \
    1635 -                                       hmesh_order_hf$(OBJ)                    \
    1636 -                                       hmesh_order_hx$(OBJ)                    \
    1637 -                                       hmesh_order_nd$(OBJ)                    \
    1638 -                                       hmesh_order_si$(OBJ)                    \
    1639 -                                       hmesh_order_st$(OBJ)                    \
    1640 -                                       kgraph$(OBJ)                            \
    1641 -                                       kgraph_map_rb$(OBJ)                     \
    1642 -                                       kgraph_map_rb_map$(OBJ)                 \
    1643 -                                       kgraph_map_rb_part$(OBJ)                \
    1644 -                                       kgraph_map_st$(OBJ)                     \
    1645 -                                       library_arch$(OBJ)                      \
    1646 -                                       library_arch_f$(OBJ)                    \
    1647 -                                       library_arch_build$(OBJ)                \
    1648 -                                       library_arch_build_f$(OBJ)              \
    1649 -                                       library_arch_cmpltw$(OBJ)               \
    1650 -                                       library_arch_cmpltw_f$(OBJ)             \
    1651 -                                       library_geom$(OBJ)                      \
    1652 -                                       library_geom_f$(OBJ)                    \
    1653 -                                       library_graph$(OBJ)                     \
    1654 -                                       library_graph_f$(OBJ)                   \
    1655 -                                       library_graph_base$(OBJ)                \
    1656 -                                       library_graph_base_f$(OBJ)              \
    1657 -                                       library_graph_check$(OBJ)               \
    1658 -                                       library_graph_check_f$(OBJ)             \
    1659 -                                       library_graph_io_chac$(OBJ)             \
    1660 -                                       library_graph_io_chac_f$(OBJ)           \
    1661 -                                       library_graph_io_habo$(OBJ)             \
    1662 -                                       library_graph_io_habo_f$(OBJ)           \
    1663 -                                       library_graph_io_mmkt$(OBJ)             \
    1664 -                                       library_graph_io_mmkt_f$(OBJ)           \
    1665 -                                       library_graph_io_scot$(OBJ)             \
    1666 -                                       library_graph_io_scot_f$(OBJ)           \
    1667 -                                       library_graph_map$(OBJ)                 \
    1668 -                                       library_graph_map_f$(OBJ)               \
    1669 -                                       library_graph_map_view$(OBJ)            \
    1670 -                                       library_graph_map_view_f$(OBJ)          \
    1671 -                                       library_graph_order$(OBJ)               \
    1672 -                                       library_graph_order_f$(OBJ)             \
    1673 -                                       library_mesh$(OBJ)                      \
    1674 -                                       library_mesh_f$(OBJ)                    \
    1675 -                                       library_mesh_graph$(OBJ)                \
    1676 -                                       library_mesh_graph_f$(OBJ)              \
    1677 -                                       library_mesh_io_habo$(OBJ)              \
    1678 -                                       library_mesh_io_habo_f$(OBJ)            \
    1679 -                                       library_mesh_io_scot$(OBJ)              \
    1680 -                                       library_mesh_io_scot_f$(OBJ)            \
    1681 -                                       library_mesh_order$(OBJ)                \
    1682 -                                       library_mesh_order_f$(OBJ)              \
    1683 -                                       library_parser$(OBJ)                    \
    1684 -                                       library_parser_f$(OBJ)                  \
    1685 -                                       library_random$(OBJ)                    \
    1686 -                                       library_random_f$(OBJ)                  \
    1687 -                                       mapping$(OBJ)                           \
    1688 -                                       mapping_io$(OBJ)                        \
    1689 -                                       mesh$(OBJ)                              \
    1690 -                                       mesh_check$(OBJ)                        \
    1691 -                                       mesh_coarsen$(OBJ)                      \
    1692 -                                       mesh_graph$(OBJ)                        \
    1693 -                                       mesh_induce_sepa$(OBJ)                  \
    1694 -                                       mesh_io$(OBJ)                           \
    1695 -                                       mesh_io_habo$(OBJ)                      \
    1696 -                                       mesh_io_scot$(OBJ)                      \
    1697 -                                       order$(OBJ)                             \
    1698 -                                       order_check$(OBJ)                       \
    1699 -                                       order_io$(OBJ)                          \
    1700 -                                       parser$(OBJ)                            \
    1701 -                                       parser_ll$(OBJ)                         \
    1702 -                                       parser_yy$(OBJ)                         \
    1703 -                                       vgraph$(OBJ)                            \
    1704 -                                       vgraph_check$(OBJ)                      \
    1705 -                                       vgraph_separate_bd$(OBJ)                \
    1706 -                                       vgraph_separate_es$(OBJ)                \
    1707 -                                       vgraph_separate_fm$(OBJ)                \
    1708 -                                       vgraph_separate_gg$(OBJ)                \
    1709 -                                       vgraph_separate_gp$(OBJ)                \
    1710 -                                       vgraph_separate_ml$(OBJ)                \
    1711 -                                       vgraph_separate_st$(OBJ)                \
    1712 -                                       vgraph_separate_th$(OBJ)                \
    1713 -                                       vgraph_separate_vw$(OBJ)                \
    1714 -                                       vgraph_separate_zr$(OBJ)                \
    1715 -                                       vgraph_store$(OBJ)                      \
    1716 -                                       vmesh$(OBJ)                             \
    1717 -                                       vmesh_check$(OBJ)                       \
    1718 -                                       vmesh_separate_fm$(OBJ)                 \
    1719 -                                       vmesh_separate_gg$(OBJ)                 \
    1720 -                                       vmesh_separate_gr$(OBJ)                 \
    1721 -                                       vmesh_separate_ml$(OBJ)                 \
    1722 -                                       vmesh_separate_zr$(OBJ)                 \
    1723 -                                       vmesh_separate_st$(OBJ)                 \
    1724 -                                       vmesh_store$(OBJ)
    1725 -                                       $(AR) $(ARFLAGS) $(@) $(?)
    1726 -                                       -$(RANLIB) $(@)
    1727 -
     1641+ libnfioscotch$(LIB)                   :       arch$(OBJ)                              \
     1642+                                       arch_build$(OBJ)                        \
     1643+                                       arch_cmplt$(OBJ)                        \
     1644+                                       arch_cmpltw$(OBJ)                       \
     1645+                                       arch_deco$(OBJ)                         \
     1646+                                       arch_hcub$(OBJ)                         \
     1647+                                       arch_mesh$(OBJ)                         \
     1648+                                       arch_tleaf$(OBJ)                        \
     1649+                                       arch_torus$(OBJ)                        \
     1650+                                       arch_vcmplt$(OBJ)                       \
     1651+                                       arch_vhcub$(OBJ)                        \
     1652+                                       bgraph$(OBJ)                            \
     1653+                                       bgraph_bipart_bd$(OBJ)                  \
     1654+                                       bgraph_bipart_df$(OBJ)                  \
     1655+                                       bgraph_bipart_ex$(OBJ)                  \
     1656+                                       bgraph_bipart_fm$(OBJ)                  \
     1657+                                       bgraph_bipart_gg$(OBJ)                  \
     1658+                                       bgraph_bipart_gp$(OBJ)                  \
     1659+                                       bgraph_bipart_ml$(OBJ)                  \
     1660+                                       bgraph_bipart_st$(OBJ)                  \
     1661+                                       bgraph_bipart_zr$(OBJ)                  \
     1662+                                       bgraph_check$(OBJ)                      \
     1663+                                       bgraph_store$(OBJ)                      \
     1664+                                       common$(OBJ)                            \
     1665+                                       common_file$(OBJ)                       \
     1666+                                       common_file_compress$(OBJ)              \
     1667+                                       common_file_uncompress$(OBJ)            \
     1668+                                       common_integer$(OBJ)                    \
     1669+                                       common_memory$(OBJ)                     \
     1670+                                       common_stub$(OBJ)                       \
     1671+                                       gain$(OBJ)                              \
     1672+                                       geom$(OBJ)                              \
     1673+                                       graph$(OBJ)                             \
     1674+                                       graph_base$(OBJ)                        \
     1675+                                       graph_check$(OBJ)                       \
     1676+                                       graph_coarsen$(OBJ)                     \
     1677+                                       graph_induce$(OBJ)                      \
     1678+                                       graph_io$(OBJ)                          \
     1679+                                       graph_io_chac$(OBJ)                     \
     1680+                                       graph_io_habo$(OBJ)                     \
     1681+                                       graph_io_mmkt$(OBJ)                     \
     1682+                                       graph_io_scot$(OBJ)                     \
     1683+                                       graph_list$(OBJ)                        \
     1684+                                       hall_order_hd$(OBJ)                     \
     1685+                                       hall_order_hf$(OBJ)                     \
     1686+                                       hall_order_hx$(OBJ)                     \
     1687+                                       hgraph$(OBJ)                            \
     1688+                                       hgraph_check$(OBJ)                      \
     1689+                                       hgraph_induce$(OBJ)                     \
     1690+                                       hgraph_order_bl$(OBJ)                   \
     1691+                                       hgraph_order_cp$(OBJ)                   \
     1692+                                       hgraph_order_gp$(OBJ)                   \
     1693+                                       hgraph_order_hd$(OBJ)                   \
     1694+                                       hgraph_order_hf$(OBJ)                   \
     1695+                                       hgraph_order_hx$(OBJ)                   \
     1696+                                       hgraph_order_nd$(OBJ)                   \
     1697+                                       hgraph_order_si$(OBJ)                   \
     1698+                                       hgraph_order_st$(OBJ)                   \
     1699+                                       hmesh$(OBJ)                             \
     1700+                                       hmesh_check$(OBJ)                       \
     1701+                                       hmesh_hgraph$(OBJ)                      \
     1702+                                       hmesh_induce$(OBJ)                      \
     1703+                                       hmesh_mesh$(OBJ)                        \
     1704+                                       hmesh_order_bl$(OBJ)                    \
     1705+                                       hmesh_order_cp$(OBJ)                    \
     1706+                                       hmesh_order_gr$(OBJ)                    \
     1707+                                       hmesh_order_gp$(OBJ)                    \
     1708+                                       hmesh_order_hd$(OBJ)                    \
     1709+                                       hmesh_order_hf$(OBJ)                    \
     1710+                                       hmesh_order_hx$(OBJ)                    \
     1711+                                       hmesh_order_nd$(OBJ)                    \
     1712+                                       hmesh_order_si$(OBJ)                    \
     1713+                                       hmesh_order_st$(OBJ)                    \
     1714+                                       kgraph$(OBJ)                            \
     1715+                                       kgraph_map_rb$(OBJ)                     \
     1716+                                       kgraph_map_rb_map$(OBJ)                 \
     1717+                                       kgraph_map_rb_part$(OBJ)                \
     1718+                                       kgraph_map_st$(OBJ)                     \
     1719+                                       library_arch$(OBJ)                      \
     1720+                                       library_arch_f$(OBJ)                    \
     1721+                                       library_arch_build$(OBJ)                \
     1722+                                       library_arch_build_f$(OBJ)              \
     1723+                                       library_arch_cmpltw$(OBJ)               \
     1724+                                       library_arch_cmpltw_f$(OBJ)             \
     1725+                                       library_geom$(OBJ)                      \
     1726+                                       library_geom_f$(OBJ)                    \
     1727+                                       library_graph$(OBJ)                     \
     1728+                                       library_graph_f$(OBJ)                   \
     1729+                                       library_graph_base$(OBJ)                \
     1730+                                       library_graph_base_f$(OBJ)              \
     1731+                                       library_graph_check$(OBJ)               \
     1732+                                       library_graph_check_f$(OBJ)             \
     1733+                                       library_graph_io_chac$(OBJ)             \
     1734+                                       library_graph_io_chac_f$(OBJ)           \
     1735+                                       library_graph_io_habo$(OBJ)             \
     1736+                                       library_graph_io_habo_f$(OBJ)           \
     1737+                                       library_graph_io_mmkt$(OBJ)             \
     1738+                                       library_graph_io_mmkt_f$(OBJ)           \
     1739+                                       library_graph_io_scot$(OBJ)             \
     1740+                                       library_graph_io_scot_f$(OBJ)           \
     1741+                                       library_graph_map$(OBJ)                 \
     1742+                                       library_graph_map_f$(OBJ)               \
     1743+                                       library_graph_map_view$(OBJ)            \
     1744+                                       library_graph_map_view_f$(OBJ)          \
     1745+                                       library_graph_order$(OBJ)               \
     1746+                                       library_graph_order_f$(OBJ)             \
     1747+                                       library_mesh$(OBJ)                      \
     1748+                                       library_mesh_f$(OBJ)                    \
     1749+                                       library_mesh_graph$(OBJ)                \
     1750+                                       library_mesh_graph_f$(OBJ)              \
     1751+                                       library_mesh_io_habo$(OBJ)              \
     1752+                                       library_mesh_io_habo_f$(OBJ)            \
     1753+                                       library_mesh_io_scot$(OBJ)              \
     1754+                                       library_mesh_io_scot_f$(OBJ)            \
     1755+                                       library_mesh_order$(OBJ)                \
     1756+                                       library_mesh_order_f$(OBJ)              \
     1757+                                       library_parser$(OBJ)                    \
     1758+                                       library_parser_f$(OBJ)                  \
     1759+                                       library_random$(OBJ)                    \
     1760+                                       library_random_f$(OBJ)                  \
     1761+                                       mapping$(OBJ)                           \
     1762+                                       mapping_io$(OBJ)                        \
     1763+                                       mesh$(OBJ)                              \
     1764+                                       mesh_check$(OBJ)                        \
     1765+                                       mesh_coarsen$(OBJ)                      \
     1766+                                       mesh_graph$(OBJ)                        \
     1767+                                       mesh_induce_sepa$(OBJ)                  \
     1768+                                       mesh_io$(OBJ)                           \
     1769+                                       mesh_io_habo$(OBJ)                      \
     1770+                                       mesh_io_scot$(OBJ)                      \
     1771+                                       order$(OBJ)                             \
     1772+                                       order_check$(OBJ)                       \
     1773+                                       order_io$(OBJ)                          \
     1774+                                       parser$(OBJ)                            \
     1775+                                       parser_ll$(OBJ)                         \
     1776+                                       parser_yy$(OBJ)                         \
     1777+                                       vgraph$(OBJ)                            \
     1778+                                       vgraph_check$(OBJ)                      \
     1779+                                       vgraph_separate_bd$(OBJ)                \
     1780+                                       vgraph_separate_es$(OBJ)                \
     1781+                                       vgraph_separate_fm$(OBJ)                \
     1782+                                       vgraph_separate_gg$(OBJ)                \
     1783+                                       vgraph_separate_gp$(OBJ)                \
     1784+                                       vgraph_separate_ml$(OBJ)                \
     1785+                                       vgraph_separate_st$(OBJ)                \
     1786+                                       vgraph_separate_th$(OBJ)                \
     1787+                                       vgraph_separate_vw$(OBJ)                \
     1788+                                       vgraph_separate_zr$(OBJ)                \
     1789+                                       vgraph_store$(OBJ)                      \
     1790+                                       vmesh$(OBJ)                             \
     1791+                                       vmesh_check$(OBJ)                       \
     1792+                                       vmesh_separate_fm$(OBJ)                 \
     1793+                                       vmesh_separate_gg$(OBJ)                 \
     1794+                                       vmesh_separate_gr$(OBJ)                 \
     1795+                                       vmesh_separate_ml$(OBJ)                 \
     1796+                                       vmesh_separate_zr$(OBJ)                 \
     1797+                                       vmesh_separate_st$(OBJ)                 \
     1798+                                       vmesh_store$(OBJ)
     1799+                                       $(AR) $(ARFLAGS) lib$(SCOTCHLIB)$(LIB) $(?)
     1800+                                       -$(RANLIB) lib$(SCOTCHLIB)$(LIB)
     1801+
     1802+ libmexscotch$(LIB)                    :       arch$(OBJ)                              \
     1803+                                       arch_build$(OBJ)                        \
     1804+                                       arch_cmplt$(OBJ)                        \
     1805+                                       arch_cmpltw$(OBJ)                       \
     1806+                                       arch_deco$(OBJ)                         \
     1807+                                       arch_hcub$(OBJ)                         \
     1808+                                       arch_mesh$(OBJ)                         \
     1809+                                       arch_tleaf$(OBJ)                        \
     1810+                                       arch_torus$(OBJ)                        \
     1811+                                       arch_vcmplt$(OBJ)                       \
     1812+                                       arch_vhcub$(OBJ)                        \
     1813+                                       bgraph$(OBJ)                            \
     1814+                                       bgraph_bipart_bd$(OBJ)                  \
     1815+                                       bgraph_bipart_df$(OBJ)                  \
     1816+                                       bgraph_bipart_ex$(OBJ)                  \
     1817+                                       bgraph_bipart_fm$(OBJ)                  \
     1818+                                       bgraph_bipart_gg$(OBJ)                  \
     1819+                                       bgraph_bipart_gp$(OBJ)                  \
     1820+                                       bgraph_bipart_ml$(OBJ)                  \
     1821+                                       bgraph_bipart_st$(OBJ)                  \
     1822+                                       bgraph_bipart_zr$(OBJ)                  \
     1823+                                       bgraph_check$(OBJ)                      \
     1824+                                       bgraph_store$(OBJ)                      \
     1825+                                       common$(OBJ)                            \
     1826+                                       common_file$(OBJ)                       \
     1827+                                       common_file_compress$(OBJ)              \
     1828+                                       common_file_uncompress$(OBJ)            \
     1829+                                       common_integer$(OBJ)                    \
     1830+                                       common_memory$(OBJ)                     \
     1831+                                       common_stub$(OBJ)                       \
     1832+                                       gain$(OBJ)                              \
     1833+                                       geom$(OBJ)                              \
     1834+                                       graph$(OBJ)                             \
     1835+                                       graph_base$(OBJ)                        \
     1836+                                       graph_check$(OBJ)                       \
     1837+                                       graph_coarsen$(OBJ)                     \
     1838+                                       graph_induce$(OBJ)                      \
     1839+                                       graph_io$(OBJ)                          \
     1840+                                       graph_io_chac$(OBJ)                     \
     1841+                                       graph_io_habo$(OBJ)                     \
     1842+                                       graph_io_mmkt$(OBJ)                     \
     1843+                                       graph_io_scot$(OBJ)                     \
     1844+                                       graph_list$(OBJ)                        \
     1845+                                       hall_order_hd$(OBJ)                     \
     1846+                                       hall_order_hf$(OBJ)                     \
     1847+                                       hall_order_hx$(OBJ)                     \
     1848+                                       hgraph$(OBJ)                            \
     1849+                                       hgraph_check$(OBJ)                      \
     1850+                                       hgraph_induce$(OBJ)                     \
     1851+                                       hgraph_order_bl$(OBJ)                   \
     1852+                                       hgraph_order_cp$(OBJ)                   \
     1853+                                       hgraph_order_gp$(OBJ)                   \
     1854+                                       hgraph_order_hd$(OBJ)                   \
     1855+                                       hgraph_order_hf$(OBJ)                   \
     1856+                                       hgraph_order_hx$(OBJ)                   \
     1857+                                       hgraph_order_nd$(OBJ)                   \
     1858+                                       hgraph_order_si$(OBJ)                   \
     1859+                                       hgraph_order_st$(OBJ)                   \
     1860+                                       hmesh$(OBJ)                             \
     1861+                                       hmesh_check$(OBJ)                       \
     1862+                                       hmesh_hgraph$(OBJ)                      \
     1863+                                       hmesh_induce$(OBJ)                      \
     1864+                                       hmesh_mesh$(OBJ)                        \
     1865+                                       hmesh_order_bl$(OBJ)                    \
     1866+                                       hmesh_order_cp$(OBJ)                    \
     1867+                                       hmesh_order_gr$(OBJ)                    \
     1868+                                       hmesh_order_gp$(OBJ)                    \
     1869+                                       hmesh_order_hd$(OBJ)                    \
     1870+                                       hmesh_order_hf$(OBJ)                    \
     1871+                                       hmesh_order_hx$(OBJ)                    \
     1872+                                       hmesh_order_nd$(OBJ)                    \
     1873+                                       hmesh_order_si$(OBJ)                    \
     1874+                                       hmesh_order_st$(OBJ)                    \
     1875+                                       kgraph$(OBJ)                            \
     1876+                                       kgraph_map_rb$(OBJ)                     \
     1877+                                       kgraph_map_rb_map$(OBJ)                 \
     1878+                                       kgraph_map_rb_part$(OBJ)                \
     1879+                                       kgraph_map_st$(OBJ)                     \
     1880+                                       library_arch$(OBJ)                      \
     1881+                                       library_arch_f$(OBJ)                    \
     1882+                                       library_arch_build$(OBJ)                \
     1883+                                       library_arch_build_f$(OBJ)              \
     1884+                                       library_arch_cmpltw$(OBJ)               \
     1885+                                       library_arch_cmpltw_f$(OBJ)             \
     1886+                                       library_geom$(OBJ)                      \
     1887+                                       library_geom_f$(OBJ)                    \
     1888+                                       library_graph$(OBJ)                     \
     1889+                                       library_graph_f$(OBJ)                   \
     1890+                                       library_graph_base$(OBJ)                \
     1891+                                       library_graph_base_f$(OBJ)              \
     1892+                                       library_graph_check$(OBJ)               \
     1893+                                       library_graph_check_f$(OBJ)             \
     1894+                                       library_graph_io_chac$(OBJ)             \
     1895+                                       library_graph_io_chac_f$(OBJ)           \
     1896+                                       library_graph_io_habo$(OBJ)             \
     1897+                                       library_graph_io_habo_f$(OBJ)           \
     1898+                                       library_graph_io_mmkt$(OBJ)             \
     1899+                                       library_graph_io_mmkt_f$(OBJ)           \
     1900+                                       library_graph_io_scot$(OBJ)             \
     1901+                                       library_graph_io_scot_f$(OBJ)           \
     1902+                                       library_graph_map$(OBJ)                 \
     1903+                                       library_graph_map_f$(OBJ)               \
     1904+                                       library_graph_map_view$(OBJ)            \
     1905+                                       library_graph_map_view_f$(OBJ)          \
     1906+                                       library_graph_order$(OBJ)               \
     1907+                                       library_graph_order_f$(OBJ)             \
     1908+                                       library_mesh$(OBJ)                      \
     1909+                                       library_mesh_f$(OBJ)                    \
     1910+                                       library_mesh_graph$(OBJ)                \
     1911+                                       library_mesh_graph_f$(OBJ)              \
     1912+                                       library_mesh_io_habo$(OBJ)              \
     1913+                                       library_mesh_io_habo_f$(OBJ)            \
     1914+                                       library_mesh_io_scot$(OBJ)              \
     1915+                                       library_mesh_io_scot_f$(OBJ)            \
     1916+                                       library_mesh_order$(OBJ)                \
     1917+                                       library_mesh_order_f$(OBJ)              \
     1918+                                       library_parser$(OBJ)                    \
     1919+                                       library_parser_f$(OBJ)                  \
     1920+                                       library_random$(OBJ)                    \
     1921+                                       library_random_f$(OBJ)                  \
     1922+                                       mapping$(OBJ)                           \
     1923+                                       mapping_io$(OBJ)                        \
     1924+                                       mesh$(OBJ)                              \
     1925+                                       mesh_check$(OBJ)                        \
     1926+                                       mesh_coarsen$(OBJ)                      \
     1927+                                       mesh_graph$(OBJ)                        \
     1928+                                       mesh_induce_sepa$(OBJ)                  \
     1929+                                       mesh_io$(OBJ)                           \
     1930+                                       mesh_io_habo$(OBJ)                      \
     1931+                                       mesh_io_scot$(OBJ)                      \
     1932+                                       order$(OBJ)                             \
     1933+                                       order_check$(OBJ)                       \
     1934+                                       order_io$(OBJ)                          \
     1935+                                       parser$(OBJ)                            \
     1936+                                       parser_ll$(OBJ)                         \
     1937+                                       parser_yy$(OBJ)                         \
     1938+                                       vgraph$(OBJ)                            \
     1939+                                       vgraph_check$(OBJ)                      \
     1940+                                       vgraph_separate_bd$(OBJ)                \
     1941+                                       vgraph_separate_es$(OBJ)                \
     1942+                                       vgraph_separate_fm$(OBJ)                \
     1943+                                       vgraph_separate_gg$(OBJ)                \
     1944+                                       vgraph_separate_gp$(OBJ)                \
     1945+                                       vgraph_separate_ml$(OBJ)                \
     1946+                                       vgraph_separate_st$(OBJ)                \
     1947+                                       vgraph_separate_th$(OBJ)                \
     1948+                                       vgraph_separate_vw$(OBJ)                \
     1949+                                       vgraph_separate_zr$(OBJ)                \
     1950+                                       vgraph_store$(OBJ)                      \
     1951+                                       vmesh$(OBJ)                             \
     1952+                                       vmesh_check$(OBJ)                       \
     1953+                                       vmesh_separate_fm$(OBJ)                 \
     1954+                                       vmesh_separate_gg$(OBJ)                 \
     1955+                                       vmesh_separate_gr$(OBJ)                 \
     1956+                                       vmesh_separate_ml$(OBJ)                 \
     1957+                                       vmesh_separate_zr$(OBJ)                 \
     1958+                                       vmesh_separate_st$(OBJ)                 \
     1959+                                       vmesh_store$(OBJ)
     1960+                                       $(AR) $(ARFLAGS) lib$(SCOTCHLIB)$(LIB) $(?)
     1961+                                       -$(RANLIB) lib$(SCOTCHLIB)$(LIB)
     1962+
    17281963  libptscotcherr$(LIB)          :       library_error$(OBJ)
    17291964                                        $(AR) $(ARFLAGS) $(@) $(?)
    17301965                                        -$(RANLIB) $(@)
    1731 --- 2452,2457 ----
    1732 ***************
    1733 *** 2642,2651 ****
     1966***************
     1967*** 2467,2469 ****
     1968--- 2817,2835 ----
    17341969  libscotcherrexit$(LIB)                :       library_error_exit$(OBJ)
    17351970                                        $(AR) $(ARFLAGS) $(@) $(?)
    17361971                                        -$(RANLIB) $(@)
    1737 - libmexscotcherr$(LIB)         :       library_error$(OBJ)
    1738 -                                       $(AR) $(ARFLAGS) $(@) $(?)
    1739 -                                       -$(RANLIB) $(@)
    1740 -
    1741 - libmexscotcherrexit$(LIB)             :       library_error_exit$(OBJ)
    1742 -                                       $(AR) $(ARFLAGS) $(@) $(?)
    1743 -                                       -$(RANLIB) $(@)
    1744 --- 2467,2469 ----
    1745 diff -rc src/src/libscotch/mapping.h old/src/libscotch/mapping.h
    1746 *** src/src/libscotch/mapping.h 2010-07-19 12:08:20.575684903 -0700
    1747 --- old/src/libscotch/mapping.h 2008-10-27 08:27:47.000000000 -0700
    1748 ***************
    1749 *** 106,116 ****
     1972+
     1973+ libnfioscotcherr$(LIB)                :       library_error$(OBJ)
     1974+                                       $(AR) $(ARFLAGS) $(@) $(?)
     1975+                                       -$(RANLIB) $(@)
     1976+
     1977+ libnfioscotcherrexit$(LIB)            :       library_error_exit$(OBJ)
     1978+                                       $(AR) $(ARFLAGS) $(@) $(?)
     1979+                                       -$(RANLIB) $(@)
     1980+
     1981+ libmexscotcherr$(LIB)         :       library_error$(OBJ)
     1982+                                       $(AR) $(ARFLAGS) $(@) $(?)
     1983+                                       -$(RANLIB) $(@)
     1984+
     1985+ libmexscotcherrexit$(LIB)             :       library_error_exit$(OBJ)
     1986+                                       $(AR) $(ARFLAGS) $(@) $(?)
     1987+                                       -$(RANLIB) $(@)
     1988diff -rc src/src/libscotch/mapping.h new5/src/libscotch/mapping.h
     1989*** src/src/libscotch/mapping.h 2008-10-27 08:27:47.000000000 -0700
     1990--- new5/src/libscotch/mapping.h        2010-07-19 15:03:48.720124571 -0700
     1991***************
     1992*** 106,112 ****
     1993--- 106,116 ----
    17501994  int                         mapInit2            (Mapping * restrict const, const Gnum, const Gnum, const Arch * restrict const, const ArchDom * restrict const);
    17511995  void                        mapExit             (Mapping * const);
    17521996  int                         mapLoad             (Mapping * restrict const, const Gnum * restrict const, FILE * restrict const);
    1753 - #ifndef MATLAB
     1997+ #ifndef NOFILEIO
    17541998  int                         mapSave             (const Mapping * restrict const, const Gnum * restrict const, FILE * restrict const);
    1755 - #else /* MATLAB */
    1756 - int                         mapSave             (Gnum *, Gnum (**)[2], const Mapping * restrict const, const Gnum * restrict const, FILE * restrict const);
    1757 - #endif /* MATLAB */
     1999+ #else /* NOFILEIO */
     2000+ int                         mapSave             (Gnum *, Gnum (**)[2], const Mapping * restrict const, const Gnum * restrict const, FILE * restrict const);
     2001+ #endif /* NOFILEIO */
    17582002  int                         mapView             (const Mapping * restrict const, const Graph * restrict const, FILE * const);
    17592003 
    17602004  #undef static
    1761 --- 106,112 ----
    1762 diff -rc src/src/libscotch/mapping_io.c old/src/libscotch/mapping_io.c
    1763 *** src/src/libscotch/mapping_io.c      2010-07-19 12:08:20.578684924 -0700
    1764 --- old/src/libscotch/mapping_io.c      2008-05-22 06:44:43.000000000 -0700
    1765 ***************
    1766 *** 199,208 ****
     2005diff -rc src/src/libscotch/mapping_io.c new5/src/libscotch/mapping_io.c
     2006*** src/src/libscotch/mapping_io.c      2008-05-22 06:44:43.000000000 -0700
     2007--- new5/src/libscotch/mapping_io.c     2010-07-20 10:07:35.070425160 -0700
     2008***************
     2009*** 199,204 ****
     2010--- 199,208 ----
    17672011 
    17682012  int
    17692013  mapSave (
    1770 - #ifdef MATLAB
    1771 - Gnum *pnvert,
    1772 - Gnum (**pmaptab)[2],
    1773 - #endif /* MATLAB */
     2014+ #ifdef NOFILEIO
     2015+ Gnum *pnvert,
     2016+ Gnum (**pmaptab)[2],
     2017+ #endif /* NOFILEIO */
    17742018  const Mapping * restrict const  mappptr,
    17752019  const Gnum * restrict const     vlbltab,
    17762020  FILE * restrict const           stream)
    1777 --- 199,204 ----
    1778 ***************
    1779 *** 210,258 ****
     2021***************
     2022*** 206,226 ****
    17802023    const Gnum * restrict vlbltax;
    17812024    Gnum                  vertnum;
    17822025 
    1783 - #ifdef MATLAB
    1784 -   printf("mapSave - stream=%p\n",stream);
    1785 - #endif /* MATLAB */
    17862026    vlbltax = (vlbltab != NULL) ? (vlbltab - mappptr->baseval) : NULL;
    17872027 
    1788 - #ifndef MATLAB
    17892028    if (fprintf (stream, "%ld\n", (long) mappptr->vertnbr) == EOF) {
    17902029      errorPrint ("mapSave: bad output (1)");
    17912030      return     (1);
    17922031    }
    1793 - #else /* MATLAB */
    1794 -   if (pnvert) {
    1795 -     *pnvert=mappptr->vertnbr;
    1796 -     printf("mapSave - nvert=%d\n",*pnvert);
    1797 -   }
    1798 -   if (pmaptab) {
    1799 -     *pmaptab = (Gnum (*)[2]) malloc(mappptr->vertnbr*2*sizeof(Gnum));
    1800 -     printf("mapSave - maptab=%p\n",*pmaptab);
    1801 -   }
    1802 - #endif /* MATLAB */
    1803  
    1804 - #ifndef MATLAB
     2032 
     2033    for (vertnum = mappptr->baseval; vertnum < (mappptr->vertnbr + mappptr->baseval); vertnum ++) {
     2034      if (fprintf (stream, "%ld\t%ld\n",
     2035!                  (long) ((vlbltax != NULL) ? vlbltax[vertnum] : vertnum),
     2036                   (long) archDomNum (&mappptr->archdat, &mappptr->domntab[mappptr->parttax[vertnum]])) == EOF) {
     2037        errorPrint ("mapSave: bad output (2)");
     2038        return     (1);
     2039      }
     2040    }
     2041 
     2042    return (0);
     2043  }
     2044--- 210,258 ----
     2045    const Gnum * restrict vlbltax;
     2046    Gnum                  vertnum;
     2047 
     2048+ #ifdef NOFILEIO
     2049+ //  printf("mapSave - stream=%p\n",stream);
     2050+ #endif /* NOFILEIO */
     2051    vlbltax = (vlbltab != NULL) ? (vlbltab - mappptr->baseval) : NULL;
     2052 
     2053+ #ifndef NOFILEIO
     2054    if (fprintf (stream, "%ld\n", (long) mappptr->vertnbr) == EOF) {
     2055      errorPrint ("mapSave: bad output (1)");
     2056      return     (1);
     2057    }
     2058+ #else /* NOFILEIO */
     2059+   if (pnvert) {
     2060+     *pnvert=mappptr->vertnbr;
     2061+ //    printf("mapSave - nvert=%d\n",*pnvert);
     2062+   }
     2063+   if (pmaptab) {
     2064+     *pmaptab = (Gnum (*)[2]) malloc(mappptr->vertnbr*2*sizeof(Gnum));
     2065+ //    printf("mapSave - maptab=%p\n",*pmaptab);
     2066+   }
     2067+ #endif /* NOFILEIO */
     2068 
     2069+ #ifndef NOFILEIO
    18052070    for (vertnum = mappptr->baseval; vertnum < (mappptr->vertnbr + mappptr->baseval); vertnum ++) {
    18062071      if (fprintf (stream, "%ld\t%ld\n",
    … …  
    18132078      }
    18142079    }
    1815 - #else /* MATLAB */
    1816 -   if (pmaptab && *pmaptab)
    1817 -     for (vertnum = mappptr->baseval; vertnum < (mappptr->vertnbr + mappptr->baseval); vertnum ++) {
    1818 - /*  not sure why, but need to offset vlbltax in other direction (jes, 12/11/09)  */
    1819 - //      (*pmaptab)[vertnum-mappptr->baseval][0]=((vlbltax != NULL) ? vlbltax[vertnum] : vertnum);
    1820 -       (*pmaptab)[vertnum-mappptr->baseval][0]=((vlbltax != NULL) ? vlbltax[vertnum+mappptr->baseval] : vertnum);
    1821 -       (*pmaptab)[vertnum-mappptr->baseval][1]=archDomNum (&mappptr->archdat, &mappptr->domntab[mappptr->parttax[vertnum]]);
    1822 - //    printf("mapSave - vertnum=%d; vlbltax=%d,archDomNum=%d\n",
    1823 - //           vertnum,((vlbltax != NULL) ? vlbltax[vertnum+mappptr->baseval] : -1),archDomNum (&mappptr->archdat, &mappptr->domntab[mappptr->parttax[vertnum]]));
    1824 -     }
    1825 - #endif /* MATLAB */
     2080+ #else /* NOFILEIO */
     2081+   if (pmaptab && *pmaptab)
     2082+     for (vertnum = mappptr->baseval; vertnum < (mappptr->vertnbr + mappptr->baseval); vertnum ++) {
     2083+ /*  not sure why, but need to offset vlbltax in other direction (jes, 12/11/09)  */
     2084+ //      (*pmaptab)[vertnum-mappptr->baseval][0]=((vlbltax != NULL) ? vlbltax[vertnum] : vertnum);
     2085+       (*pmaptab)[vertnum-mappptr->baseval][0]=((vlbltax != NULL) ? vlbltax[vertnum+mappptr->baseval] : vertnum);
     2086+       (*pmaptab)[vertnum-mappptr->baseval][1]=archDomNum (&mappptr->archdat, &mappptr->domntab[mappptr->parttax[vertnum]]);
     2087+ //    printf("mapSave - vertnum=%d; vlbltax=%d,archDomNum=%d\n",
     2088+ //           vertnum,((vlbltax != NULL) ? vlbltax[vertnum+mappptr->baseval] : -1),archDomNum (&mappptr->archdat, &mappptr->domntab[mappptr->parttax[vertnum]]));
     2089+     }
     2090+ #endif /* NOFILEIO */
    18262091 
    18272092    return (0);
    18282093  }
    1829 --- 206,226 ----
    1830     const Gnum * restrict vlbltax;
    1831     Gnum                  vertnum;
    1832  
    1833     vlbltax = (vlbltab != NULL) ? (vlbltab - mappptr->baseval) : NULL;
    1834  
    1835     if (fprintf (stream, "%ld\n", (long) mappptr->vertnbr) == EOF) {
    1836       errorPrint ("mapSave: bad output (1)");
    1837       return     (1);
    1838     }
    1839  
    1840     for (vertnum = mappptr->baseval; vertnum < (mappptr->vertnbr + mappptr->baseval); vertnum ++) {
    1841       if (fprintf (stream, "%ld\t%ld\n",
    1842 !                  (long) ((vlbltax != NULL) ? vlbltax[vertnum] : vertnum),
    1843                    (long) archDomNum (&mappptr->archdat, &mappptr->domntab[mappptr->parttax[vertnum]])) == EOF) {
    1844         errorPrint ("mapSave: bad output (2)");
    1845         return     (1);
    1846       }
    1847     }
    1848  
    1849     return (0);
    1850   }
    1851 diff -rc src/src/libscotch/mesh_io_scot.c old/src/libscotch/mesh_io_scot.c
    1852 *** src/src/libscotch/mesh_io_scot.c    2010-07-19 12:08:20.581684945 -0700
    1853 --- old/src/libscotch/mesh_io_scot.c    2008-05-22 06:44:43.000000000 -0700
    1854 ***************
    1855 *** 85,95 ****
     2094diff -rc src/src/libscotch/mesh_io_scot.c new5/src/libscotch/mesh_io_scot.c
     2095*** src/src/libscotch/mesh_io_scot.c    2008-05-22 06:44:43.000000000 -0700
     2096--- new5/src/libscotch/mesh_io_scot.c   2010-07-19 15:04:11.402157488 -0700
     2097***************
     2098*** 85,91 ****
     2099--- 85,95 ----
    18562100    int                           o;
    18572101 
    18582102    if (filesrcptr != NULL) {
    1859 - #ifndef MATLAB
     2103+ #ifndef NOFILEIO
    18602104      if (graphLoad (meshptr, filesrcptr, -1, 0) != 0)
    1861 - #else /* MATLAB */
    1862 -     if (graphLoad (meshptr, filesrcptr, -1, 0, 0, 0, NULL, NULL, NULL, NULL, NULL) != 0)
    1863 - #endif /* MATLAB */
     2105+ #else /* NOFILEIO */
     2106+     if (graphLoad (meshptr, filesrcptr, -1, 0, 0, 0, NULL, NULL, NULL, NULL, NULL) != 0)
     2107+ #endif /* NOFILEIO */
    18642108        return (1);
    18652109    }
    18662110 
    1867 --- 85,91 ----
    1868 diff -rc src/src/libscotch/module.h old/src/libscotch/module.h
    1869 *** src/src/libscotch/module.h  2010-07-19 12:08:20.584684966 -0700
    1870 --- old/src/libscotch/module.h  2009-04-26 23:07:14.000000000 -0700
    1871 ***************
    1872 *** 1,5 ****
    1873 - #ifndef _SCOTCH_MODULE_H_
    1874 - #define _SCOTCH_MODULE_H_
     2111diff -rc src/src/libscotch/module.h new5/src/libscotch/module.h
     2112*** src/src/libscotch/module.h  2009-04-26 23:07:14.000000000 -0700
     2113--- new5/src/libscotch/module.h 2010-07-21 12:00:44.312746389 -0700
     2114***************
     2115*** 1,3 ****
     2116--- 1,5 ----
     2117+ #ifndef _SCOTCH_MODULE_H_
     2118+ #define _SCOTCH_MODULE_H_
    18752119  /* Copyright 2004,2007-2009 ENSEIRB, INRIA & CNRS
    18762120  **
    18772121  ** This file is part of the Scotch software package for static mapping,
    1878 --- 1,3 ----
    1879 ***************
    1880 *** 57,65 ****
     2122***************
     2123*** 55,60 ****
     2124--- 57,65 ----
    18812125 
    18822126  #define MODULE_H
    18832127 
    1884 - /*Don't forget stdint.h:*/
    1885 - #include "stdint.h"
    1886 -
     2128+ /*Don't forget stdint.h:*/
     2129+ #include "stdint.h"
     2130+
    18872131  /*
    18882132  ** Collective communication handling.
    18892133  */
    1890 --- 55,60 ----
    1891 ***************
    1892 *** 686,690 ****
     2134***************
     2135*** 156,161 ****
     2136--- 161,167 ----
     2137  #define intSave                     _SCOTCHintSave
     2138  #define intAscn                     _SCOTCHintAscn
     2139  #define intPerm                     _SCOTCHintPerm
     2140+ #define intRandResetStatic          _SCOTCHintRandResetStatic
     2141  #define intRandReset                _SCOTCHintRandReset
     2142  #define intRandInit                 _SCOTCHintRandInit
     2143  /* #define intRandVal               _SCOTCHintRandVal Already a macro */
     2144***************
     2145*** 681,683 ****
     2146--- 687,691 ----
    18932147  #define vmeshStoreSave              _SCOTCHvmeshStoreSave
    18942148  #define vmeshStoreUpdt              _SCOTCHvmeshStoreUpdt
    18952149  #endif /* SCOTCH_RENAME */
    1896 -
    1897 - #endif //#ifndef _SCOTCH_MODULE_H_
    1898 --- 681,683 ----
    1899 diff -rc src/src/libscotch/parser_ll.l old/src/libscotch/parser_ll.l
    1900 *** src/src/libscotch/parser_ll.l       2010-07-19 12:08:20.586684980 -0700
    1901 --- old/src/libscotch/parser_ll.l       2008-05-22 06:44:43.000000000 -0700
    1902 ***************
    1903 *** 192,214 ****
     2150+
     2151+ #endif //#ifndef _SCOTCH_MODULE_H_
     2152diff -rc src/src/libscotch/parser_ll.l new5/src/libscotch/parser_ll.l
     2153*** src/src/libscotch/parser_ll.l       2008-05-22 06:44:43.000000000 -0700
     2154--- new5/src/libscotch/parser_ll.l      2010-07-15 15:09:01.866095777 -0700
     2155***************
     2156*** 192,197 ****
     2157--- 192,214 ----
    19042158  stratParserInit (
    19052159  const char * const          string)               /*+ Strategy string to parse +*/
    19062160  {
    1907 - /*  reset static variables from previous runs (jes, 4/29/10)  */
    1908 -   yy_current_buffer = 0;
    1909 -   yy_hold_char = (char) 0;
    1910 -   yy_n_chars=0;          /* number of characters read into yy_ch_buf */
    1911 -   yy_c_buf_p = (char *) 0;
    1912 -   yy_init = 1;         /* whether we need to initialize */
    1913 -   yy_start = 0;        /* start state number */
    1914 -   yy_did_buffer_switch_on_eof=0;
    1915 -   yy_last_accepting_state=0;
    1916 -   yy_last_accepting_cpos = (char *) 0;
    1917 -   stratparserstringptr = (char *) 0; /* Pointer to the string to parse */
    1918 - #if YY_STACK_USED
    1919 -   yy_start_stack_ptr = 0;
    1920 -   yy_start_stack_depth = 0;
    1921 -   yy_start_stack = 0;
    1922 - #endif
    1923 -
     2161+ /*  reset static variables from previous runs (jes, 4/29/10)  */
     2162+   yy_current_buffer = 0;
     2163+   yy_hold_char = (char) 0;
     2164+   yy_n_chars=0;          /* number of characters read into yy_ch_buf */
     2165+   yy_c_buf_p = (char *) 0;
     2166+   yy_init = 1;         /* whether we need to initialize */
     2167+   yy_start = 0;        /* start state number */
     2168+   yy_did_buffer_switch_on_eof=0;
     2169+   yy_last_accepting_state=0;
     2170+   yy_last_accepting_cpos = (char *) 0;
     2171+   stratparserstringptr = (char *) 0; /* Pointer to the string to parse */
     2172+ #if YY_STACK_USED
     2173+   yy_start_stack_ptr = 0;
     2174+   yy_start_stack_depth = 0;
     2175+   yy_start_stack = 0;
     2176+ #endif
     2177+
    19242178  #ifdef FLEX_SCANNER
    19252179    yyrestart (yyin);                               /* (Re-)initialize the parser */
    19262180  #endif /* FLEX_SCANNER */
    1927 --- 192,197 ----
    1928 diff -rc src/src/libscotch/parser_yy.y old/src/libscotch/parser_yy.y
    1929 *** src/src/libscotch/parser_yy.y       2010-07-19 12:08:20.589685001 -0700
    1930 --- old/src/libscotch/parser_yy.y       2008-10-22 15:12:48.000000000 -0700
    1931 ***************
    1932 *** 774,780 ****
     2181diff -rc src/src/libscotch/parser_yy.y new5/src/libscotch/parser_yy.y
     2182*** src/src/libscotch/parser_yy.y       2008-10-22 15:12:48.000000000 -0700
     2183--- new5/src/libscotch/parser_yy.y      2010-07-15 15:09:01.874095786 -0700
     2184***************
     2185*** 774,779 ****
     2186--- 774,780 ----
    19332187    stratParserInit (string);                       /* Initialize the lexical parser           */
    19342188    parserstrattab  = strattab;                     /* Point to the parsing tables             */
    19352189    parserstratcurr = NULL;                         /* Clear up the temporary strategy pointer */
    1936 -   parserparamcurr = NULL;                         /* reset the last static (jes, 4/29/10)    */
     2190+   parserparamcurr = NULL;                         /* reset the last static (jes, 4/29/10)    */
    19372191 
    19382192    if (stratParserParse2 () != 0) {                /* Parse the strategy string */
    19392193      if (parserstratcurr != NULL)
    1940 --- 774,779 ----
    1941 diff -rc src/src/libscotch/vgraph_separate_vw.c old/src/libscotch/vgraph_separate_vw.c
    1942 *** src/src/libscotch/vgraph_separate_vw.c      2010-07-19 12:08:20.592685021 -0700
    1943 --- old/src/libscotch/vgraph_separate_vw.c      2008-05-22 06:44:43.000000000 -0700
    1944 ***************
    1945 *** 83,89 ****
     2194diff -rc src/src/libscotch/vgraph_separate_vw.c new5/src/libscotch/vgraph_separate_vw.c
     2195*** src/src/libscotch/vgraph_separate_vw.c      2008-05-22 06:44:43.000000000 -0700
     2196--- new5/src/libscotch/vgraph_separate_vw.c     2010-07-15 15:09:01.882095795 -0700
     2197***************
     2198*** 83,88 ****
     2199--- 83,89 ----
    19462200    FILE * restrict     fileptr;
    19472201    Gnum                vertnum;                    /* Vertex number */
    19482202 
    1949 -   printf("vgraphSeparateVw begin -- vgraphseparatevwfilenum=%d\n",vgraphseparatevwfilenum);
     2203+   printf("vgraphSeparateVw begin -- vgraphseparatevwfilenum=%d\n",vgraphseparatevwfilenum);
    19502204    sprintf (nametab, "vgraphseparatevw_output_%08d.map", vgraphseparatevwfilenum ++);
    19512205    if ((fileptr = fopen (nametab, "w+")) == NULL) {
    19522206      errorPrint ("vgraphSeparateVw: cannot open partition file");
    1953 --- 83,88 ----
    1954 ***************
    1955 *** 103,108 ****
     2207***************
     2208*** 102,106 ****
     2209--- 103,108 ----
    19562210      }
    19572211    }
    19582212 
    1959 -   printf("vgraphSeparateVw end   -- vgraphseparatevwfilenum=%d\n",vgraphseparatevwfilenum);
     2213+   printf("vgraphSeparateVw end   -- vgraphseparatevwfilenum=%d\n",vgraphseparatevwfilenum);
    19602214    return (0);
    19612215  }
    1962 --- 102,106 ----
    1963 diff -rc src/src/Makefile old/src/Makefile
    1964 *** src/src/Makefile    2010-07-19 12:08:20.594685035 -0700
    1965 --- old/src/Makefile    2008-09-15 05:50:51.000000000 -0700
    1966 ***************
    1967 *** 97,106 ****
     2216diff -rc src/src/Makefile new5/src/Makefile
     2217*** src/src/Makefile    2008-09-15 05:50:51.000000000 -0700
     2218--- new5/src/Makefile   2010-07-19 15:29:59.056369854 -0700
     2219***************
     2220*** 97,102 ****
     2221--- 97,109 ----
    19682222                                        (cd scotch ;         $(MAKE) VERSION=\"$(VERSION)\" ptscotch && $(MAKE) ptinstall)
    19692223                                        (cd libscotchmetis ; $(MAKE)                        ptscotch && $(MAKE) ptinstall)
    19702224 
    1971 - mexscotch                     :       required
    1972 -                                       (cd libscotch ;      $(MAKE) VERSION=\"$(VERSION)\" mexscotch && $(MAKE) mexinstall)
    1973 -                                       (cd scotch ;         $(MAKE) VERSION=\"$(VERSION)\" mexscotch && $(MAKE) mexinstall)
    1974 -
     2225+ nfioscotch                    :       required
     2226+                                       (cd libscotch ;      $(MAKE) VERSION=\"$(VERSION)\" nfioscotch && $(MAKE) nfioinstall)
     2227+
     2228+ mexscotch                     :       required
     2229+                                       (cd libscotch ;      $(MAKE) VERSION=\"$(VERSION)\" mexscotch && $(MAKE) mexinstall)
     2230+                                       (cd scotch ;         $(MAKE) VERSION=\"$(VERSION)\" mexscotch && $(MAKE) mexinstall)
     2231+
    19752232  install                               :       required        $(bindir)       $(includedir)   $(libdir)       $(mandir)/man1
    19762233                                        -$(CP) -f ../bin/[agm]*$(EXE) $(bindir)
    19772234                                        -$(CP) -f ../include/*scotch*.h $(includedir)
    1978 --- 97,102 ----
    1979 Only in src/src: Makefile.inc
    1980 diff -rc src/src/scotch/gmap.h old/src/scotch/gmap.h
    1981 *** src/src/scotch/gmap.h       2010-07-19 12:08:20.597685056 -0700
    1982 --- old/src/scotch/gmap.h       2008-06-18 11:05:17.000000000 -0700
    1983 ***************
    1984 *** 1,5 ****
    1985 - #ifndef _SCOTCH_GMAP_H_
    1986 - #define _SCOTCH_GMAP_H_
     2235Only in new5/src: Makefile.inc
     2236diff -rc src/src/scotch/gmap.h new5/src/scotch/gmap.h
     2237*** src/src/scotch/gmap.h       2008-06-18 11:05:17.000000000 -0700
     2238--- new5/src/scotch/gmap.h      2010-07-21 11:29:31.069238000 -0700
     2239***************
     2240*** 1,3 ****
     2241--- 1,5 ----
     2242+ #ifndef _SCOTCH_GMAP_H_
     2243+ #define _SCOTCH_GMAP_H_
    19872244  /* Copyright 2004,2007,2008 ENSEIRB, INRIA & CNRS
    19882245  **
    19892246  ** This file is part of the Scotch software package for static mapping,
    1990 --- 1,3 ----
    1991 ***************
    1992 *** 89,93 ****
     2247***************
     2248*** 87,89 ****
     2249--- 89,93 ----
    19932250  #define C_FLAGVERBSTR               0x0002        /* Verbose flags */
    19942251  #define C_FLAGVERBTIM               0x0004
    19952252  #define C_FLAGVERBMAP               0x0008
    1996 -
    1997 - #endif //#ifndef _SCOTCH_GMAP_H_
    1998 --- 87,89 ----
    1999 Only in src/src/scotch: gmap_mex.c
    2000 Only in src/src/scotch: gmapx.c
    2001 diff -rc src/src/scotch/Makefile old/src/scotch/Makefile
    2002 *** src/src/scotch/Makefile     2010-07-19 12:08:20.599685070 -0700
    2003 --- old/src/scotch/Makefile     2009-04-27 02:19:43.000000000 -0700
    2004 ***************
    2005 *** 49,62 ****
     2253+
     2254+ #endif //#ifndef _SCOTCH_GMAP_H_
     2255Only in new5/src/scotch: gmap_mex.c
     2256Only in new5/src/scotch: gmapx.c
     2257diff -rc src/src/scotch/Makefile new5/src/scotch/Makefile
     2258*** src/src/scotch/Makefile     2009-04-27 02:19:43.000000000 -0700
     2259--- new5/src/scotch/Makefile    2010-07-20 10:38:13.641149208 -0700
     2260***************
     2261*** 49,59 ****
    20062262  %$(EXE)       :       %.c
    20072263                                $(CC) $(CFLAGS) -I$(includedir) -I../libscotch -DSCOTCH_VERSION=\"$(VERSION)\" $(<) -o $(@) -L$(libdir) -l$(SCOTCHLIB) -l$(SCOTCHLIB)errexit $(LDFLAGS)
    20082264 
    2009 - %$(MEX)       :       %.c
    2010 -                               $(CCM) $(MFLAGS) -I$(includedir) -I../libscotch -DSCOTCH_VERSION=\"$(VERSION)\" $(<) -o $(@) -L$(libdir) -l$(SCOTCHLIB) -l$(SCOTCHLIB)errexit $(LDFLAGS)
    2011 -
    20122265  ##
    20132266  ##  Project rules.
    20142267  ##
    20152268 
    2016 ! .PHONY                                :       ptscotch        scotch  mexscotch       ptinstall       install mexinstall      clean   realclean
     2269! .PHONY                                :       ptscotch        scotch  ptinstall       install clean   realclean
    20172270 
    20182271  scotch                                :       clean
    20192272                                        $(MAKE) CC="$(CCS)" SCOTCHLIB=scotch    \
    2020 --- 49,59 ----
     2273--- 49,62 ----
    20212274  %$(EXE)       :       %.c
    20222275                                $(CC) $(CFLAGS) -I$(includedir) -I../libscotch -DSCOTCH_VERSION=\"$(VERSION)\" $(<) -o $(@) -L$(libdir) -l$(SCOTCHLIB) -l$(SCOTCHLIB)errexit $(LDFLAGS)
    20232276 
     2277+ %$(MEX)       :       %.c
     2278+                               $(CCM) $(MFLAGS) -I$(includedir) -I../libscotch -DSCOTCH_VERSION=\"$(VERSION)\" $(<) -o $(@) -L$(libdir) -l$(SCOTCHLIB) -l$(SCOTCHLIB)errexit $(LDFLAGS)
     2279+
    20242280  ##
    20252281  ##  Project rules.
    20262282  ##
    20272283 
    2028 ! .PHONY                                :       ptscotch        scotch  ptinstall       install clean   realclean
     2284! .PHONY                                :       ptscotch        scotch  mexscotch       ptinstall       install mexinstall      clean   realclean
    20292285 
    20302286  scotch                                :       clean
    20312287                                        $(MAKE) CC="$(CCS)" SCOTCHLIB=scotch    \
    20322288***************
    2033 *** 97,108 ****
     2289*** 94,99 ****
     2290--- 97,108 ----
    20342291                                        dgscat$(EXE)                            \
    20352292                                        dgtst$(EXE)
    20362293 
    2037 - mexscotch                     :       clean
    2038 -                                       $(MAKE) CFLAGS="$(CFLAGS) -DMATLAB -I${MATLAB_DIR}/extern/include" CC="$(CCS)" CCD="$(CCS)" LDFLAGS="$(LDFLAGS) -Wl,-rpath-link,${MATLAB_DIR}/bin/glnxa64 -L${MATLAB_DIR}/bin/glnxa64 -lmex -lmat" SCOTCHLIB=scotch \
    2039 -                     gmapx$(OBJ)
    2040 -                                       $(MAKE) CFLAGS="$(CFLAGS) -DMATLAB -I${MATLAB_DIR}/extern/include" CC="$(CCS)" LDFLAGS="$(LDFLAGS) -Wl,-rpath-link,${MATLAB_DIR}/bin/glnxa64 -L${MATLAB_DIR}/bin/glnxa64 -lmex -lmat gmapx$(OBJ)" SCOTCHLIB=scotch      \
    2041 -                                       gmap_mex$(MEX)
    2042 -
     2294+ mexscotch                     :       clean
     2295+                                       $(MAKE) CFLAGS="$(CFLAGS) -DNOFILEIO -DMATLAB -I${MATLAB_DIR}/extern/include" CC="$(CCS)" CCD="$(CCS)" LDFLAGS="$(LDFLAGS) -Wl,-rpath-link,${MATLAB_DIR}/bin/glnxa64 -L${MATLAB_DIR}/bin/glnxa64 -lmex -lmat" SCOTCHLIB=mexscotch \
     2296+                     gmapx$(OBJ)
     2297+                                       $(MAKE) CFLAGS="$(CFLAGS) -DNOFILEIO -DMATLAB -I${MATLAB_DIR}/extern/include" CC="$(CCS)" LDFLAGS="$(LDFLAGS) -Wl,-rpath-link,${MATLAB_DIR}/bin/glnxa64 -L${MATLAB_DIR}/bin/glnxa64 -lmex -lmat gmapx$(OBJ)" SCOTCHLIB=mexscotch        \
     2298+                                       gmap_mex$(MEX)
     2299+
    20432300  install                               :
    20442301                                        -$(CP) acpl$(EXE) amk_ccc$(EXE) amk_fft2$(EXE) amk_grf$(EXE) amk_hy$(EXE) amk_m2$(EXE) amk_p2$(EXE) atst$(EXE) gbase$(EXE) gcv$(EXE) gmap$(EXE) gmk_hy$(EXE) gmk_m2$(EXE) gmk_m3$(EXE) gmk_msh$(EXE) gmk_ub2$(EXE) gmtst$(EXE) gord$(EXE) gotst$(EXE) gout$(EXE) *gtst$(EXE) gscat$(EXE) mcv$(EXE) mmk_m2$(EXE) mmk_m3$(EXE) mord$(EXE) mtst$(EXE) $(bindir)
    20452302                                        -$(RM) $(bindir)/gpart$(EXE)
    2046 --- 94,99 ----
    2047 ***************
    2048 *** 113,126 ****
     2303***************
     2304*** 104,111 ****
     2305--- 113,126 ----
    20492306                                        -$(RM) $(bindir)/dgpart$(EXE)
    20502307                                        -$(LN) $(bindir)/dgmap$(EXE) $(bindir)/dgpart$(EXE)
    20512308 
    2052 - mexinstall                    :
    2053 -                                       -$(CP) gmap_mex$(MEX) $(bindir)
    2054 -                                       -$(RM) $(bindir)/gpart_mex$(MEX)
    2055 -                                       -$(LN) $(bindir)/gmap_mex$(MEX) $(bindir)/gpart_mex$(MEX)
    2056 -
     2309+ mexinstall                    :
     2310+                                       -$(CP) gmap_mex$(MEX) $(bindir)
     2311+                                       -$(RM) $(bindir)/gpart_mex$(MEX)
     2312+                                       -$(LN) $(bindir)/gmap_mex$(MEX) $(bindir)/gpart_mex$(MEX)
     2313+
    20572314  clean                         :
    20582315                                        -$(RM) *~ *$(OBJ) acpl$(EXE) amk_ccc$(EXE) amk_fft2$(EXE) amk_grf$(EXE) amk_hy$(EXE) amk_m2$(EXE) amk_p2$(EXE) atst$(EXE) gbase$(EXE) gcv$(EXE) *gmap$(EXE) gmk_hy$(EXE) gmk_m2$(EXE) gmk_m3$(EXE) gmk_msh$(EXE) gmk_ub2$(EXE) gmtst$(EXE) *gord$(EXE) gotst$(EXE) gout$(EXE) *gpart$(EXE) *gscat$(EXE) *gtst$(EXE) mcv$(EXE) mmk_m2$(EXE) mmk_m3$(EXE) mord$(EXE) mtst$(EXE)
    2059 -                                       -$(RM) gmap_mex$(MEX)
     2316+                                       -$(RM) gmap_mex$(MEX)
    20602317 
    20612318  realclean                     :       clean
    20622319 
    2063 --- 104,111 ----
    2064 ***************
    2065 *** 380,403 ****
     2320***************
     2321*** 365,367 ****
     2322--- 380,403 ----
    20662323                                        $(libdir)/libscotch$(LIB)               \
    20672324                                        $(libdir)/libscotcherrexit$(LIB)        \
    20682325                                        mtst.h
    2069 -
    2070 - gmapx$(OBJ)                   :       gmapx.c                                 \
    2071 -                                       ../libscotch/module.h                   \
    2072 -                                       ../libscotch/common.h                   \
    2073 -                                       $(includedir)/scotch.h                  \
    2074 -                                       $(libdir)/libscotch$(LIB)               \
    2075 -                                       $(libdir)/libscotcherrexit$(LIB)        \
    2076 -                                       gmap.h
    2077 -
    2078 - gmap_mex$(MEX)                :       gmap_mex.c                                      \
    2079 -                                       ../libscotch/module.h                   \
    2080 -                                       ../libscotch/common.h                   \
    2081 -                                       $(includedir)/scotch.h                  \
    2082 -                                       $(libdir)/libscotch$(LIB)               \
    2083 -                                       $(libdir)/libscotcherrexit$(LIB)        \
    2084 -                                       gmap.h
    2085 -
    2086 - gpart_mex$(MEX)                       :       gmap_mex$(MEX)
    2087 -                                       -$(RM) gpart_mex$(MEX)
    2088 -                                       -$(LN) gmap_mex$(MEX) gpart_mex$(MEX)
    2089 -
    2090 --- 365,367 ----
     2326+
     2327+ gmapx$(OBJ)                   :       gmapx.c                                 \
     2328+                                       ../libscotch/module.h                   \
     2329+                                       ../libscotch/common.h                   \
     2330+                                       $(includedir)/scotch.h                  \
     2331+                                       $(libdir)/libmexscotch$(LIB)            \
     2332+                                       $(libdir)/libmexscotcherrexit$(LIB)     \
     2333+                                       gmap.h
     2334+
     2335+ gmap_mex$(MEX)                :       gmap_mex.c                                      \
     2336+                                       ../libscotch/module.h                   \
     2337+                                       ../libscotch/common.h                   \
     2338+                                       $(includedir)/scotch.h                  \
     2339+                                       $(libdir)/libmexscotch$(LIB)            \
     2340+                                       $(libdir)/libmexscotcherrexit$(LIB)     \
     2341+                                       gmap.h
     2342+
     2343+ gpart_mex$(MEX)                       :       gmap_mex$(MEX)
     2344+                                       -$(RM) gpart_mex$(MEX)
     2345+                                       -$(LN) gmap_mex$(MEX) gpart_mex$(MEX)
     2346+
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.