Changeset 26744 for issm/trunk/m4


Ignore:
Timestamp:
12/22/21 10:39:44 (3 years ago)
Author:
Mathieu Morlighem
Message:

merged trunk-jpl and trunk for revision 26742

Location:
issm/trunk
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • issm/trunk

  • issm/trunk/m4/analyses.m4

    r25836 r26744  
    1010[
    1111
     12dnl with-HydrologyTws{{{
     13
     14AC_ARG_WITH([HydrologyTws],
     15
     16        AS_HELP_STRING([--with-HydrologyTws = YES], [compile with HydrologyTws capabilities (default is yes)]),
     17
     18        [HYDROLOGYTWS=$withval],[HYDROLOGYTWS=yes])
     19
     20AC_MSG_CHECKING(for HydrologyTws capability compilation)
     21
     22
     23HAVE_HYDROLOGYTWS=no
     24
     25if test "x$HYDROLOGYTWS" = "xyes"; then
     26
     27        HAVE_HYDROLOGYTWS=yes
     28
     29        AC_DEFINE([_HAVE_HYDROLOGYTWS_],[1],[with HydrologyTws capability])
     30
     31fi
     32
     33AM_CONDITIONAL([HYDROLOGYTWS], [test x$HAVE_HYDROLOGYTWS = xyes])
     34
     35AC_MSG_RESULT($HAVE_HYDROLOGYTWS)
     36
     37dnl }}}
    1238dnl with-AdjointBalancethickness2{{{
     39
    1340AC_ARG_WITH([AdjointBalancethickness2],
     41
    1442        AS_HELP_STRING([--with-AdjointBalancethickness2 = YES], [compile with AdjointBalancethickness2 capabilities (default is yes)]),
     43
    1544        [ADJOINTBALANCETHICKNESS2=$withval],[ADJOINTBALANCETHICKNESS2=yes])
     45
    1646AC_MSG_CHECKING(for AdjointBalancethickness2 capability compilation)
    1747
     48
    1849HAVE_ADJOINTBALANCETHICKNESS2=no
     50
    1951if test "x$ADJOINTBALANCETHICKNESS2" = "xyes"; then
     52
    2053        HAVE_ADJOINTBALANCETHICKNESS2=yes
     54
    2155        AC_DEFINE([_HAVE_ADJOINTBALANCETHICKNESS2_],[1],[with AdjointBalancethickness2 capability])
    22 fi
     56
     57fi
     58
    2359AM_CONDITIONAL([ADJOINTBALANCETHICKNESS2], [test x$HAVE_ADJOINTBALANCETHICKNESS2 = xyes])
     60
    2461AC_MSG_RESULT($HAVE_ADJOINTBALANCETHICKNESS2)
     62
    2563dnl }}}
    2664dnl with-AdjointBalancethickness{{{
     65
    2766AC_ARG_WITH([AdjointBalancethickness],
     67
    2868        AS_HELP_STRING([--with-AdjointBalancethickness = YES], [compile with AdjointBalancethickness capabilities (default is yes)]),
     69
    2970        [ADJOINTBALANCETHICKNESS=$withval],[ADJOINTBALANCETHICKNESS=yes])
     71
    3072AC_MSG_CHECKING(for AdjointBalancethickness capability compilation)
    3173
     74
    3275HAVE_ADJOINTBALANCETHICKNESS=no
     76
    3377if test "x$ADJOINTBALANCETHICKNESS" = "xyes"; then
     78
    3479        HAVE_ADJOINTBALANCETHICKNESS=yes
     80
    3581        AC_DEFINE([_HAVE_ADJOINTBALANCETHICKNESS_],[1],[with AdjointBalancethickness capability])
    36 fi
     82
     83fi
     84
    3785AM_CONDITIONAL([ADJOINTBALANCETHICKNESS], [test x$HAVE_ADJOINTBALANCETHICKNESS = xyes])
     86
    3887AC_MSG_RESULT($HAVE_ADJOINTBALANCETHICKNESS)
     88
    3989dnl }}}
    4090dnl with-AdjointHoriz{{{
     91
    4192AC_ARG_WITH([AdjointHoriz],
     93
    4294        AS_HELP_STRING([--with-AdjointHoriz = YES], [compile with AdjointHoriz capabilities (default is yes)]),
     95
    4396        [ADJOINTHORIZ=$withval],[ADJOINTHORIZ=yes])
     97
    4498AC_MSG_CHECKING(for AdjointHoriz capability compilation)
    4599
     100
    46101HAVE_ADJOINTHORIZ=no
     102
    47103if test "x$ADJOINTHORIZ" = "xyes"; then
     104
    48105        HAVE_ADJOINTHORIZ=yes
     106
    49107        AC_DEFINE([_HAVE_ADJOINTHORIZ_],[1],[with AdjointHoriz capability])
    50 fi
     108
     109fi
     110
    51111AM_CONDITIONAL([ADJOINTHORIZ], [test x$HAVE_ADJOINTHORIZ = xyes])
     112
    52113AC_MSG_RESULT($HAVE_ADJOINTHORIZ)
     114
    53115dnl }}}
    54116dnl with-Balancethickness2{{{
     117
    55118AC_ARG_WITH([Balancethickness2],
     119
    56120        AS_HELP_STRING([--with-Balancethickness2 = YES], [compile with Balancethickness2 capabilities (default is yes)]),
     121
    57122        [BALANCETHICKNESS2=$withval],[BALANCETHICKNESS2=yes])
     123
    58124AC_MSG_CHECKING(for Balancethickness2 capability compilation)
    59125
     126
    60127HAVE_BALANCETHICKNESS2=no
     128
    61129if test "x$BALANCETHICKNESS2" = "xyes"; then
     130
    62131        HAVE_BALANCETHICKNESS2=yes
     132
    63133        AC_DEFINE([_HAVE_BALANCETHICKNESS2_],[1],[with Balancethickness2 capability])
    64 fi
     134
     135fi
     136
    65137AM_CONDITIONAL([BALANCETHICKNESS2], [test x$HAVE_BALANCETHICKNESS2 = xyes])
     138
    66139AC_MSG_RESULT($HAVE_BALANCETHICKNESS2)
     140
    67141dnl }}}
    68142dnl with-Balancethickness{{{
     143
    69144AC_ARG_WITH([Balancethickness],
     145
    70146        AS_HELP_STRING([--with-Balancethickness = YES], [compile with Balancethickness capabilities (default is yes)]),
     147
    71148        [BALANCETHICKNESS=$withval],[BALANCETHICKNESS=yes])
     149
    72150AC_MSG_CHECKING(for Balancethickness capability compilation)
    73151
     152
    74153HAVE_BALANCETHICKNESS=no
     154
    75155if test "x$BALANCETHICKNESS" = "xyes"; then
     156
    76157        HAVE_BALANCETHICKNESS=yes
     158
    77159        AC_DEFINE([_HAVE_BALANCETHICKNESS_],[1],[with Balancethickness capability])
    78 fi
     160
     161fi
     162
    79163AM_CONDITIONAL([BALANCETHICKNESS], [test x$HAVE_BALANCETHICKNESS = xyes])
     164
    80165AC_MSG_RESULT($HAVE_BALANCETHICKNESS)
     166
    81167dnl }}}
    82168dnl with-BalancethicknessSoft{{{
     169
    83170AC_ARG_WITH([BalancethicknessSoft],
     171
    84172        AS_HELP_STRING([--with-BalancethicknessSoft = YES], [compile with BalancethicknessSoft capabilities (default is yes)]),
     173
    85174        [BALANCETHICKNESSSOFT=$withval],[BALANCETHICKNESSSOFT=yes])
     175
    86176AC_MSG_CHECKING(for BalancethicknessSoft capability compilation)
    87177
     178
    88179HAVE_BALANCETHICKNESSSOFT=no
     180
    89181if test "x$BALANCETHICKNESSSOFT" = "xyes"; then
     182
    90183        HAVE_BALANCETHICKNESSSOFT=yes
     184
    91185        AC_DEFINE([_HAVE_BALANCETHICKNESSSOFT_],[1],[with BalancethicknessSoft capability])
    92 fi
     186
     187fi
     188
    93189AM_CONDITIONAL([BALANCETHICKNESSSOFT], [test x$HAVE_BALANCETHICKNESSSOFT = xyes])
     190
    94191AC_MSG_RESULT($HAVE_BALANCETHICKNESSSOFT)
     192
    95193dnl }}}
    96194dnl with-Balancevelocity{{{
     195
    97196AC_ARG_WITH([Balancevelocity],
     197
    98198        AS_HELP_STRING([--with-Balancevelocity = YES], [compile with Balancevelocity capabilities (default is yes)]),
     199
    99200        [BALANCEVELOCITY=$withval],[BALANCEVELOCITY=yes])
     201
    100202AC_MSG_CHECKING(for Balancevelocity capability compilation)
    101203
     204
    102205HAVE_BALANCEVELOCITY=no
     206
    103207if test "x$BALANCEVELOCITY" = "xyes"; then
     208
    104209        HAVE_BALANCEVELOCITY=yes
     210
    105211        AC_DEFINE([_HAVE_BALANCEVELOCITY_],[1],[with Balancevelocity capability])
    106 fi
     212
     213fi
     214
    107215AM_CONDITIONAL([BALANCEVELOCITY], [test x$HAVE_BALANCEVELOCITY = xyes])
     216
    108217AC_MSG_RESULT($HAVE_BALANCEVELOCITY)
     218
    109219dnl }}}
    110220dnl with-DamageEvolution{{{
     221
    111222AC_ARG_WITH([DamageEvolution],
     223
    112224        AS_HELP_STRING([--with-DamageEvolution = YES], [compile with DamageEvolution capabilities (default is yes)]),
     225
    113226        [DAMAGEEVOLUTION=$withval],[DAMAGEEVOLUTION=yes])
     227
    114228AC_MSG_CHECKING(for DamageEvolution capability compilation)
    115229
     230
    116231HAVE_DAMAGEEVOLUTION=no
     232
    117233if test "x$DAMAGEEVOLUTION" = "xyes"; then
     234
    118235        HAVE_DAMAGEEVOLUTION=yes
     236
    119237        AC_DEFINE([_HAVE_DAMAGEEVOLUTION_],[1],[with DamageEvolution capability])
    120 fi
     238
     239fi
     240
    121241AM_CONDITIONAL([DAMAGEEVOLUTION], [test x$HAVE_DAMAGEEVOLUTION = xyes])
     242
    122243AC_MSG_RESULT($HAVE_DAMAGEEVOLUTION)
     244
    123245dnl }}}
    124246dnl with-DepthAverage{{{
     247
    125248AC_ARG_WITH([DepthAverage],
     249
    126250        AS_HELP_STRING([--with-DepthAverage = YES], [compile with DepthAverage capabilities (default is yes)]),
     251
    127252        [DEPTHAVERAGE=$withval],[DEPTHAVERAGE=yes])
     253
    128254AC_MSG_CHECKING(for DepthAverage capability compilation)
    129255
     256
    130257HAVE_DEPTHAVERAGE=no
     258
    131259if test "x$DEPTHAVERAGE" = "xyes"; then
     260
    132261        HAVE_DEPTHAVERAGE=yes
     262
    133263        AC_DEFINE([_HAVE_DEPTHAVERAGE_],[1],[with DepthAverage capability])
    134 fi
     264
     265fi
     266
    135267AM_CONDITIONAL([DEPTHAVERAGE], [test x$HAVE_DEPTHAVERAGE = xyes])
     268
    136269AC_MSG_RESULT($HAVE_DEPTHAVERAGE)
     270
    137271dnl }}}
    138272dnl with-Enthalpy{{{
     273
    139274AC_ARG_WITH([Enthalpy],
     275
    140276        AS_HELP_STRING([--with-Enthalpy = YES], [compile with Enthalpy capabilities (default is yes)]),
     277
    141278        [ENTHALPY=$withval],[ENTHALPY=yes])
     279
    142280AC_MSG_CHECKING(for Enthalpy capability compilation)
    143281
     282
    144283HAVE_ENTHALPY=no
     284
    145285if test "x$ENTHALPY" = "xyes"; then
     286
    146287        HAVE_ENTHALPY=yes
     288
    147289        AC_DEFINE([_HAVE_ENTHALPY_],[1],[with Enthalpy capability])
    148 fi
     290
     291fi
     292
    149293AM_CONDITIONAL([ENTHALPY], [test x$HAVE_ENTHALPY = xyes])
     294
    150295AC_MSG_RESULT($HAVE_ENTHALPY)
     296
    151297dnl }}}
    152298dnl with-Esa{{{
     299
    153300AC_ARG_WITH([Esa],
     301
    154302        AS_HELP_STRING([--with-Esa = YES], [compile with Esa capabilities (default is yes)]),
     303
    155304        [ESA=$withval],[ESA=yes])
     305
    156306AC_MSG_CHECKING(for Esa capability compilation)
    157307
     308
    158309HAVE_ESA=no
     310
    159311if test "x$ESA" = "xyes"; then
     312
    160313        HAVE_ESA=yes
     314
    161315        AC_DEFINE([_HAVE_ESA_],[1],[with Esa capability])
    162 fi
     316
     317fi
     318
    163319AM_CONDITIONAL([ESA], [test x$HAVE_ESA = xyes])
     320
    164321AC_MSG_RESULT($HAVE_ESA)
     322
    165323dnl }}}
    166324dnl with-Extrapolation{{{
     325
    167326AC_ARG_WITH([Extrapolation],
     327
    168328        AS_HELP_STRING([--with-Extrapolation = YES], [compile with Extrapolation capabilities (default is yes)]),
     329
    169330        [EXTRAPOLATION=$withval],[EXTRAPOLATION=yes])
     331
    170332AC_MSG_CHECKING(for Extrapolation capability compilation)
    171333
     334
    172335HAVE_EXTRAPOLATION=no
     336
    173337if test "x$EXTRAPOLATION" = "xyes"; then
     338
    174339        HAVE_EXTRAPOLATION=yes
     340
    175341        AC_DEFINE([_HAVE_EXTRAPOLATION_],[1],[with Extrapolation capability])
    176 fi
     342
     343fi
     344
    177345AM_CONDITIONAL([EXTRAPOLATION], [test x$HAVE_EXTRAPOLATION = xyes])
     346
    178347AC_MSG_RESULT($HAVE_EXTRAPOLATION)
     348
    179349dnl }}}
    180350dnl with-ExtrudeFromBase{{{
     351
    181352AC_ARG_WITH([ExtrudeFromBase],
     353
    182354        AS_HELP_STRING([--with-ExtrudeFromBase = YES], [compile with ExtrudeFromBase capabilities (default is yes)]),
     355
    183356        [EXTRUDEFROMBASE=$withval],[EXTRUDEFROMBASE=yes])
     357
    184358AC_MSG_CHECKING(for ExtrudeFromBase capability compilation)
    185359
     360
    186361HAVE_EXTRUDEFROMBASE=no
     362
    187363if test "x$EXTRUDEFROMBASE" = "xyes"; then
     364
    188365        HAVE_EXTRUDEFROMBASE=yes
     366
    189367        AC_DEFINE([_HAVE_EXTRUDEFROMBASE_],[1],[with ExtrudeFromBase capability])
    190 fi
     368
     369fi
     370
    191371AM_CONDITIONAL([EXTRUDEFROMBASE], [test x$HAVE_EXTRUDEFROMBASE = xyes])
     372
    192373AC_MSG_RESULT($HAVE_EXTRUDEFROMBASE)
     374
    193375dnl }}}
    194376dnl with-ExtrudeFromTop{{{
     377
    195378AC_ARG_WITH([ExtrudeFromTop],
     379
    196380        AS_HELP_STRING([--with-ExtrudeFromTop = YES], [compile with ExtrudeFromTop capabilities (default is yes)]),
     381
    197382        [EXTRUDEFROMTOP=$withval],[EXTRUDEFROMTOP=yes])
     383
    198384AC_MSG_CHECKING(for ExtrudeFromTop capability compilation)
    199385
     386
    200387HAVE_EXTRUDEFROMTOP=no
     388
    201389if test "x$EXTRUDEFROMTOP" = "xyes"; then
     390
    202391        HAVE_EXTRUDEFROMTOP=yes
     392
    203393        AC_DEFINE([_HAVE_EXTRUDEFROMTOP_],[1],[with ExtrudeFromTop capability])
    204 fi
     394
     395fi
     396
    205397AM_CONDITIONAL([EXTRUDEFROMTOP], [test x$HAVE_EXTRUDEFROMTOP = xyes])
     398
    206399AC_MSG_RESULT($HAVE_EXTRUDEFROMTOP)
     400
    207401dnl }}}
    208402dnl with-FreeSurfaceBase{{{
     403
    209404AC_ARG_WITH([FreeSurfaceBase],
     405
    210406        AS_HELP_STRING([--with-FreeSurfaceBase = YES], [compile with FreeSurfaceBase capabilities (default is yes)]),
     407
    211408        [FREESURFACEBASE=$withval],[FREESURFACEBASE=yes])
     409
    212410AC_MSG_CHECKING(for FreeSurfaceBase capability compilation)
    213411
     412
    214413HAVE_FREESURFACEBASE=no
     414
    215415if test "x$FREESURFACEBASE" = "xyes"; then
     416
    216417        HAVE_FREESURFACEBASE=yes
     418
    217419        AC_DEFINE([_HAVE_FREESURFACEBASE_],[1],[with FreeSurfaceBase capability])
    218 fi
     420
     421fi
     422
    219423AM_CONDITIONAL([FREESURFACEBASE], [test x$HAVE_FREESURFACEBASE = xyes])
     424
    220425AC_MSG_RESULT($HAVE_FREESURFACEBASE)
     426
    221427dnl }}}
    222428dnl with-FreeSurfaceTop{{{
     429
    223430AC_ARG_WITH([FreeSurfaceTop],
     431
    224432        AS_HELP_STRING([--with-FreeSurfaceTop = YES], [compile with FreeSurfaceTop capabilities (default is yes)]),
     433
    225434        [FREESURFACETOP=$withval],[FREESURFACETOP=yes])
     435
    226436AC_MSG_CHECKING(for FreeSurfaceTop capability compilation)
    227437
     438
    228439HAVE_FREESURFACETOP=no
     440
    229441if test "x$FREESURFACETOP" = "xyes"; then
     442
    230443        HAVE_FREESURFACETOP=yes
     444
    231445        AC_DEFINE([_HAVE_FREESURFACETOP_],[1],[with FreeSurfaceTop capability])
    232 fi
     446
     447fi
     448
    233449AM_CONDITIONAL([FREESURFACETOP], [test x$HAVE_FREESURFACETOP = xyes])
     450
    234451AC_MSG_RESULT($HAVE_FREESURFACETOP)
     452
    235453dnl }}}
    236454dnl with-GLheightadvection{{{
     455
    237456AC_ARG_WITH([GLheightadvection],
     457
    238458        AS_HELP_STRING([--with-GLheightadvection = YES], [compile with GLheightadvection capabilities (default is yes)]),
     459
    239460        [GLHEIGHTADVECTION=$withval],[GLHEIGHTADVECTION=yes])
     461
    240462AC_MSG_CHECKING(for GLheightadvection capability compilation)
    241463
     464
    242465HAVE_GLHEIGHTADVECTION=no
     466
    243467if test "x$GLHEIGHTADVECTION" = "xyes"; then
     468
    244469        HAVE_GLHEIGHTADVECTION=yes
     470
    245471        AC_DEFINE([_HAVE_GLHEIGHTADVECTION_],[1],[with GLheightadvection capability])
    246 fi
     472
     473fi
     474
    247475AM_CONDITIONAL([GLHEIGHTADVECTION], [test x$HAVE_GLHEIGHTADVECTION = xyes])
     476
    248477AC_MSG_RESULT($HAVE_GLHEIGHTADVECTION)
    249 dnl }}}
    250 dnl with-Gia{{{
    251 AC_ARG_WITH([Gia],
    252         AS_HELP_STRING([--with-Gia= YES], [compile with Gia capabilities (default is yes)]),
    253         [GIA=$withval],[GIA=yes])
    254 AC_MSG_CHECKING(for Gia capability compilation)
    255 
    256 HAVE_GIA=no
    257 if test "x$GIA" = "xyes"; then
    258         HAVE_GIA=yes
    259         AC_DEFINE([_HAVE_GIA_],[1],[with Giacapability])
    260 fi
    261 AM_CONDITIONAL([GIA], [test x$HAVE_GIA = xyes])
    262 AC_MSG_RESULT($HAVE_GIA)
     478
    263479dnl }}}
    264480dnl with-HydrologyDCEfficient{{{
     481
    265482AC_ARG_WITH([HydrologyDCEfficient],
     483
    266484        AS_HELP_STRING([--with-HydrologyDCEfficient = YES], [compile with HydrologyDCEfficient capabilities (default is yes)]),
     485
    267486        [HYDROLOGYDCEFFICIENT=$withval],[HYDROLOGYDCEFFICIENT=yes])
     487
    268488AC_MSG_CHECKING(for HydrologyDCEfficient capability compilation)
    269489
     490
    270491HAVE_HYDROLOGYDCEFFICIENT=no
     492
    271493if test "x$HYDROLOGYDCEFFICIENT" = "xyes"; then
     494
    272495        HAVE_HYDROLOGYDCEFFICIENT=yes
     496
    273497        AC_DEFINE([_HAVE_HYDROLOGYDCEFFICIENT_],[1],[with HydrologyDCEfficient capability])
    274 fi
     498
     499fi
     500
    275501AM_CONDITIONAL([HYDROLOGYDCEFFICIENT], [test x$HAVE_HYDROLOGYDCEFFICIENT = xyes])
     502
    276503AC_MSG_RESULT($HAVE_HYDROLOGYDCEFFICIENT)
     504
    277505dnl }}}
    278506dnl with-HydrologyDCInefficient{{{
     507
    279508AC_ARG_WITH([HydrologyDCInefficient],
     509
    280510        AS_HELP_STRING([--with-HydrologyDCInefficient = YES], [compile with HydrologyDCInefficient capabilities (default is yes)]),
     511
    281512        [HYDROLOGYDCINEFFICIENT=$withval],[HYDROLOGYDCINEFFICIENT=yes])
     513
    282514AC_MSG_CHECKING(for HydrologyDCInefficient capability compilation)
    283515
     516
    284517HAVE_HYDROLOGYDCINEFFICIENT=no
     518
    285519if test "x$HYDROLOGYDCINEFFICIENT" = "xyes"; then
     520
    286521        HAVE_HYDROLOGYDCINEFFICIENT=yes
     522
    287523        AC_DEFINE([_HAVE_HYDROLOGYDCINEFFICIENT_],[1],[with HydrologyDCInefficient capability])
    288 fi
     524
     525fi
     526
    289527AM_CONDITIONAL([HYDROLOGYDCINEFFICIENT], [test x$HAVE_HYDROLOGYDCINEFFICIENT = xyes])
     528
    290529AC_MSG_RESULT($HAVE_HYDROLOGYDCINEFFICIENT)
     530
     531dnl }}}
     532dnl with-HydrologyGlaDS{{{
     533
     534AC_ARG_WITH([HydrologyGlaDS],
     535
     536        AS_HELP_STRING([--with-HydrologyGlaDS = YES], [compile with HydrologyGlaDS capabilities (default is yes)]),
     537
     538        [HYDROLOGYGLADS=$withval],[HYDROLOGYGLADS=yes])
     539
     540AC_MSG_CHECKING(for HydrologyGlaDS capability compilation)
     541
     542
     543HAVE_HYDROLOGYGLADS=no
     544
     545if test "x$HYDROLOGYGLADS" = "xyes"; then
     546
     547        HAVE_HYDROLOGYGLADS=yes
     548
     549        AC_DEFINE([_HAVE_HYDROLOGYGLADS_],[1],[with HydrologyGlaDS capability])
     550
     551fi
     552
     553AM_CONDITIONAL([HYDROLOGYGLADS], [test x$HAVE_HYDROLOGYGLADS = xyes])
     554
     555AC_MSG_RESULT($HAVE_HYDROLOGYGLADS)
     556
     557dnl }}}
     558dnl with-HydrologyPism{{{
     559
     560AC_ARG_WITH([HydrologyPism],
     561
     562        AS_HELP_STRING([--with-HydrologyPism = YES], [compile with HydrologyPism capabilities (default is yes)]),
     563
     564        [HYDROLOGYPISM=$withval],[HYDROLOGYPISM=yes])
     565
     566AC_MSG_CHECKING(for HydrologyPism capability compilation)
     567
     568
     569HAVE_HYDROLOGYPISM=no
     570
     571if test "x$HYDROLOGYPISM" = "xyes"; then
     572
     573        HAVE_HYDROLOGYPISM=yes
     574
     575        AC_DEFINE([_HAVE_HYDROLOGYPISM_],[1],[with HydrologyPism capability])
     576
     577fi
     578
     579AM_CONDITIONAL([HYDROLOGYPISM], [test x$HAVE_HYDROLOGYPISM = xyes])
     580
     581AC_MSG_RESULT($HAVE_HYDROLOGYPISM)
     582
     583dnl }}}
     584dnl with-HydrologyShakti{{{
     585
     586AC_ARG_WITH([HydrologyShakti],
     587
     588        AS_HELP_STRING([--with-HydrologyShakti = YES], [compile with HydrologyShakti capabilities (default is yes)]),
     589
     590        [HYDROLOGYSHAKTI=$withval],[HYDROLOGYSHAKTI=yes])
     591
     592AC_MSG_CHECKING(for HydrologyShakti capability compilation)
     593
     594
     595HAVE_HYDROLOGYSHAKTI=no
     596
     597if test "x$HYDROLOGYSHAKTI" = "xyes"; then
     598
     599        HAVE_HYDROLOGYSHAKTI=yes
     600
     601        AC_DEFINE([_HAVE_HYDROLOGYSHAKTI_],[1],[with HydrologyShakti capability])
     602
     603fi
     604
     605AM_CONDITIONAL([HYDROLOGYSHAKTI], [test x$HAVE_HYDROLOGYSHAKTI = xyes])
     606
     607AC_MSG_RESULT($HAVE_HYDROLOGYSHAKTI)
     608
    291609dnl }}}
    292610dnl with-HydrologyShreve{{{
     611
    293612AC_ARG_WITH([HydrologyShreve],
     613
    294614        AS_HELP_STRING([--with-HydrologyShreve = YES], [compile with HydrologyShreve capabilities (default is yes)]),
     615
    295616        [HYDROLOGYSHREVE=$withval],[HYDROLOGYSHREVE=yes])
     617
    296618AC_MSG_CHECKING(for HydrologyShreve capability compilation)
    297619
     620
    298621HAVE_HYDROLOGYSHREVE=no
     622
    299623if test "x$HYDROLOGYSHREVE" = "xyes"; then
     624
    300625        HAVE_HYDROLOGYSHREVE=yes
     626
    301627        AC_DEFINE([_HAVE_HYDROLOGYSHREVE_],[1],[with HydrologyShreve capability])
    302 fi
     628
     629fi
     630
    303631AM_CONDITIONAL([HYDROLOGYSHREVE], [test x$HAVE_HYDROLOGYSHREVE = xyes])
     632
    304633AC_MSG_RESULT($HAVE_HYDROLOGYSHREVE)
    305 dnl }}}
    306 dnl with-HydrologyGlaDS{{{
    307 AC_ARG_WITH([HydrologyGlaDS],
    308         AS_HELP_STRING([--with-HydrologyGlaDS = YES], [compile with HydrologyGlaDS capabilities (default is yes)]),
    309         [HYDROLOGYGLADS=$withval],[HYDROLOGYGLADS=yes])
    310 AC_MSG_CHECKING(for HydrologyGlaDS capability compilation)
    311 
    312 HAVE_HYDROLOGYGLADS=no
    313 if test "x$HYDROLOGYGLADS" = "xyes"; then
    314         HAVE_HYDROLOGYGLADS=yes
    315         AC_DEFINE([_HAVE_HYDROLOGYGLADS_],[1],[with HydrologyGlaDS capability])
    316 fi
    317 AM_CONDITIONAL([HYDROLOGYGLADS], [test x$HAVE_HYDROLOGYGLADS = xyes])
    318 AC_MSG_RESULT($HAVE_HYDROLOGYGLADS)
    319 dnl }}}
    320 dnl with-HydrologyShakti{{{
    321 AC_ARG_WITH([HydrologyShakti],
    322         AS_HELP_STRING([--with-HydrologyShakti = YES], [compile with HydrologyShakti capabilities (default is yes)]),
    323         [HYDROLOGYSHAKTI=$withval],[HYDROLOGYSHAKTI=yes])
    324 AC_MSG_CHECKING(for HydrologyShakti capability compilation)
    325 
    326 HAVE_HYDROLOGYSHAKTI=no
    327 if test "x$HYDROLOGYSHAKTI" = "xyes"; then
    328         HAVE_HYDROLOGYSHAKTI=yes
    329         AC_DEFINE([_HAVE_HYDROLOGYSHAKTI_],[1],[with HydrologyShakti capability])
    330 fi
    331 AM_CONDITIONAL([HYDROLOGYSHAKTI], [test x$HAVE_HYDROLOGYSHAKTI = xyes])
    332 AC_MSG_RESULT($HAVE_HYDROLOGYSHAKTI)
    333 dnl }}}
    334 dnl with-HydrologyPism{{{
    335 AC_ARG_WITH([HydrologyPism],
    336         AS_HELP_STRING([--with-HydrologyPism = YES], [compile with HydrologyPism capabilities (default is yes)]),
    337         [HYDROLOGYPISM=$withval],[HYDROLOGYPISM=yes])
    338 AC_MSG_CHECKING(for HydrologyPism capability compilation)
    339 
    340 HAVE_HYDROLOGYPISM=no
    341 if test "x$HYDROLOGYPISM" = "xyes"; then
    342         HAVE_HYDROLOGYPISM=yes
    343         AC_DEFINE([_HAVE_HYDROLOGYPISM_],[1],[with HydrologyPism capability])
    344 fi
    345 AM_CONDITIONAL([HYDROLOGYPISM], [test x$HAVE_HYDROLOGYPISM = xyes])
    346 AC_MSG_RESULT($HAVE_HYDROLOGYPISM)
     634
    347635dnl }}}
    348636dnl with-L2ProjectionBase{{{
     637
    349638AC_ARG_WITH([L2ProjectionBase],
     639
    350640        AS_HELP_STRING([--with-L2ProjectionBase = YES], [compile with L2ProjectionBase capabilities (default is yes)]),
     641
    351642        [L2PROJECTIONBASE=$withval],[L2PROJECTIONBASE=yes])
     643
    352644AC_MSG_CHECKING(for L2ProjectionBase capability compilation)
    353645
     646
    354647HAVE_L2PROJECTIONBASE=no
     648
    355649if test "x$L2PROJECTIONBASE" = "xyes"; then
     650
    356651        HAVE_L2PROJECTIONBASE=yes
     652
    357653        AC_DEFINE([_HAVE_L2PROJECTIONBASE_],[1],[with L2ProjectionBase capability])
    358 fi
     654
     655fi
     656
    359657AM_CONDITIONAL([L2PROJECTIONBASE], [test x$HAVE_L2PROJECTIONBASE = xyes])
     658
    360659AC_MSG_RESULT($HAVE_L2PROJECTIONBASE)
     660
    361661dnl }}}
    362662dnl with-L2ProjectionEPL{{{
     663
    363664AC_ARG_WITH([L2ProjectionEPL],
     665
    364666        AS_HELP_STRING([--with-L2ProjectionEPL = YES], [compile with L2ProjectionEPL capabilities (default is yes)]),
     667
    365668        [L2PROJECTIONEPL=$withval],[L2PROJECTIONEPL=yes])
     669
    366670AC_MSG_CHECKING(for L2ProjectionEPL capability compilation)
    367671
     672
    368673HAVE_L2PROJECTIONEPL=no
     674
    369675if test "x$L2PROJECTIONEPL" = "xyes"; then
     676
    370677        HAVE_L2PROJECTIONEPL=yes
     678
    371679        AC_DEFINE([_HAVE_L2PROJECTIONEPL_],[1],[with L2ProjectionEPL capability])
    372 fi
     680
     681fi
     682
    373683AM_CONDITIONAL([L2PROJECTIONEPL], [test x$HAVE_L2PROJECTIONEPL = xyes])
     684
    374685AC_MSG_RESULT($HAVE_L2PROJECTIONEPL)
     686
    375687dnl }}}
    376688dnl with-Levelset{{{
     689
    377690AC_ARG_WITH([Levelset],
     691
    378692        AS_HELP_STRING([--with-Levelset = YES], [compile with Levelset capabilities (default is yes)]),
     693
    379694        [LEVELSET=$withval],[LEVELSET=yes])
     695
    380696AC_MSG_CHECKING(for Levelset capability compilation)
    381697
     698
    382699HAVE_LEVELSET=no
     700
    383701if test "x$LEVELSET" = "xyes"; then
     702
    384703        HAVE_LEVELSET=yes
     704
    385705        AC_DEFINE([_HAVE_LEVELSET_],[1],[with Levelset capability])
    386 fi
     706
     707fi
     708
    387709AM_CONDITIONAL([LEVELSET], [test x$HAVE_LEVELSET = xyes])
     710
    388711AC_MSG_RESULT($HAVE_LEVELSET)
     712
    389713dnl }}}
    390714dnl with-Love{{{
     715
    391716AC_ARG_WITH([Love],
     717
    392718        AS_HELP_STRING([--with-Love = YES], [compile with Love capabilities (default is yes)]),
     719
    393720        [LOVE=$withval],[LOVE=yes])
     721
    394722AC_MSG_CHECKING(for Love capability compilation)
    395723
     724
    396725HAVE_LOVE=no
     726
    397727if test "x$LOVE" = "xyes"; then
     728
    398729        HAVE_LOVE=yes
     730
    399731        AC_DEFINE([_HAVE_LOVE_],[1],[with Love capability])
    400 fi
     732
     733fi
     734
    401735AM_CONDITIONAL([LOVE], [test x$HAVE_LOVE = xyes])
     736
    402737AC_MSG_RESULT($HAVE_LOVE)
     738
    403739dnl }}}
    404740dnl with-Masstransport{{{
     741
    405742AC_ARG_WITH([Masstransport],
     743
    406744        AS_HELP_STRING([--with-Masstransport = YES], [compile with Masstransport capabilities (default is yes)]),
     745
    407746        [MASSTRANSPORT=$withval],[MASSTRANSPORT=yes])
     747
    408748AC_MSG_CHECKING(for Masstransport capability compilation)
    409749
     750
    410751HAVE_MASSTRANSPORT=no
     752
    411753if test "x$MASSTRANSPORT" = "xyes"; then
     754
    412755        HAVE_MASSTRANSPORT=yes
     756
    413757        AC_DEFINE([_HAVE_MASSTRANSPORT_],[1],[with Masstransport capability])
    414 fi
     758
     759fi
     760
    415761AM_CONDITIONAL([MASSTRANSPORT], [test x$HAVE_MASSTRANSPORT = xyes])
     762
    416763AC_MSG_RESULT($HAVE_MASSTRANSPORT)
     764
    417765dnl }}}
    418766dnl with-Melting{{{
     767
    419768AC_ARG_WITH([Melting],
     769
    420770        AS_HELP_STRING([--with-Melting = YES], [compile with Melting capabilities (default is yes)]),
     771
    421772        [MELTING=$withval],[MELTING=yes])
     773
    422774AC_MSG_CHECKING(for Melting capability compilation)
    423775
     776
    424777HAVE_MELTING=no
     778
    425779if test "x$MELTING" = "xyes"; then
     780
    426781        HAVE_MELTING=yes
     782
    427783        AC_DEFINE([_HAVE_MELTING_],[1],[with Melting capability])
    428 fi
     784
     785fi
     786
    429787AM_CONDITIONAL([MELTING], [test x$HAVE_MELTING = xyes])
     788
    430789AC_MSG_RESULT($HAVE_MELTING)
    431 dnl }}}
    432 dnl with-Sealevelrise{{{
    433 AC_ARG_WITH([Sealevelrise],
    434         AS_HELP_STRING([--with-Sealevelrise = YES], [compile with Sealevelrise capabilities (default is yes)]),
    435         [SEALEVELRISE=$withval],[SEALEVELRISE=yes])
    436 AC_MSG_CHECKING(for Sealevelrise capability compilation)
    437 
    438 HAVE_SEALEVELRISE=no
    439 if test "x$SEALEVELRISE" = "xyes"; then
    440         HAVE_SEALEVELRISE=yes
    441         AC_DEFINE([_HAVE_SEALEVELRISE_],[1],[with Sealevelrise capability])
    442 fi
    443 AM_CONDITIONAL([SEALEVELRISE], [test x$HAVE_SEALEVELRISE = xyes])
    444 AC_MSG_RESULT($HAVE_SEALEVELRISE)
     790
     791dnl }}}
     792dnl with-Oceantransport{{{
     793
     794AC_ARG_WITH([Oceantransport],
     795
     796        AS_HELP_STRING([--with-Oceantransport = YES], [compile with Oceantransport capabilities (default is yes)]),
     797
     798        [OCEANTRANSPORT=$withval],[OCEANTRANSPORT=yes])
     799
     800AC_MSG_CHECKING(for Oceantransport capability compilation)
     801
     802
     803HAVE_OCEANTRANSPORT=no
     804
     805if test "x$OCEANTRANSPORT" = "xyes"; then
     806
     807        HAVE_OCEANTRANSPORT=yes
     808
     809        AC_DEFINE([_HAVE_OCEANTRANSPORT_],[1],[with Oceantransport capability])
     810
     811fi
     812
     813AM_CONDITIONAL([OCEANTRANSPORT], [test x$HAVE_OCEANTRANSPORT = xyes])
     814
     815AC_MSG_RESULT($HAVE_OCEANTRANSPORT)
     816
     817dnl }}}
     818dnl with-Recovery{{{
     819
     820AC_ARG_WITH([Recovery],
     821
     822        AS_HELP_STRING([--with-Recovery = YES], [compile with Recovery capabilities (default is yes)]),
     823
     824        [RECOVERY=$withval],[RECOVERY=yes])
     825
     826AC_MSG_CHECKING(for Recovery capability compilation)
     827
     828
     829HAVE_RECOVERY=no
     830
     831if test "x$RECOVERY" = "xyes"; then
     832
     833        HAVE_RECOVERY=yes
     834
     835        AC_DEFINE([_HAVE_RECOVERY_],[1],[with Recovery capability])
     836
     837fi
     838
     839AM_CONDITIONAL([RECOVERY], [test x$HAVE_RECOVERY = xyes])
     840
     841AC_MSG_RESULT($HAVE_RECOVERY)
     842
     843dnl }}}
     844dnl with-Sampling{{{
     845
     846AC_ARG_WITH([Sampling],
     847
     848        AS_HELP_STRING([--with-Sampling = YES], [compile with Sampling capabilities (default is yes)]),
     849
     850        [SAMPLING=$withval],[SAMPLING=yes])
     851
     852AC_MSG_CHECKING(for Sampling capability compilation)
     853
     854
     855HAVE_SAMPLING=no
     856
     857if test "x$SAMPLING" = "xyes"; then
     858
     859        HAVE_SAMPLING=yes
     860
     861        AC_DEFINE([_HAVE_SAMPLING_],[1],[with Sampling capability])
     862
     863fi
     864
     865AM_CONDITIONAL([SAMPLING], [test x$HAVE_SAMPLING = xyes])
     866
     867AC_MSG_RESULT($HAVE_SAMPLING)
     868
     869dnl }}}
     870dnl with-Sealevelchange{{{
     871
     872AC_ARG_WITH([Sealevelchange],
     873
     874        AS_HELP_STRING([--with-Sealevelchange = YES], [compile with Sealevelchange capabilities (default is yes)]),
     875
     876        [SEALEVELCHANGE=$withval],[SEALEVELCHANGE=yes])
     877
     878AC_MSG_CHECKING(for Sealevelchange capability compilation)
     879
     880
     881HAVE_SEALEVELCHANGE=no
     882
     883if test "x$SEALEVELCHANGE" = "xyes"; then
     884
     885        HAVE_SEALEVELCHANGE=yes
     886
     887        AC_DEFINE([_HAVE_SEALEVELCHANGE_],[1],[with Sealevelchange capability])
     888
     889fi
     890
     891AM_CONDITIONAL([SEALEVELCHANGE], [test x$HAVE_SEALEVELCHANGE = xyes])
     892
     893AC_MSG_RESULT($HAVE_SEALEVELCHANGE)
     894
    445895dnl }}}
    446896dnl with-Smb{{{
     897
    447898AC_ARG_WITH([Smb],
     899
    448900        AS_HELP_STRING([--with-Smb = YES], [compile with Smb capabilities (default is yes)]),
     901
    449902        [SMB=$withval],[SMB=yes])
     903
    450904AC_MSG_CHECKING(for Smb capability compilation)
    451905
     906
    452907HAVE_SMB=no
     908
    453909if test "x$SMB" = "xyes"; then
     910
    454911        HAVE_SMB=yes
     912
    455913        AC_DEFINE([_HAVE_SMB_],[1],[with Smb capability])
    456 fi
     914
     915fi
     916
    457917AM_CONDITIONAL([SMB], [test x$HAVE_SMB = xyes])
     918
    458919AC_MSG_RESULT($HAVE_SMB)
     920
    459921dnl }}}
    460922dnl with-Smooth{{{
     923
    461924AC_ARG_WITH([Smooth],
     925
    462926        AS_HELP_STRING([--with-Smooth = YES], [compile with Smooth capabilities (default is yes)]),
     927
    463928        [SMOOTH=$withval],[SMOOTH=yes])
     929
    464930AC_MSG_CHECKING(for Smooth capability compilation)
    465931
     932
    466933HAVE_SMOOTH=no
     934
    467935if test "x$SMOOTH" = "xyes"; then
     936
    468937        HAVE_SMOOTH=yes
     938
    469939        AC_DEFINE([_HAVE_SMOOTH_],[1],[with Smooth capability])
    470 fi
     940
     941fi
     942
    471943AM_CONDITIONAL([SMOOTH], [test x$HAVE_SMOOTH = xyes])
     944
    472945AC_MSG_RESULT($HAVE_SMOOTH)
     946
    473947dnl }}}
    474948dnl with-Stressbalance{{{
     949
    475950AC_ARG_WITH([Stressbalance],
     951
    476952        AS_HELP_STRING([--with-Stressbalance = YES], [compile with Stressbalance capabilities (default is yes)]),
     953
    477954        [STRESSBALANCE=$withval],[STRESSBALANCE=yes])
     955
    478956AC_MSG_CHECKING(for Stressbalance capability compilation)
    479957
     958
    480959HAVE_STRESSBALANCE=no
     960
    481961if test "x$STRESSBALANCE" = "xyes"; then
     962
    482963        HAVE_STRESSBALANCE=yes
     964
    483965        AC_DEFINE([_HAVE_STRESSBALANCE_],[1],[with Stressbalance capability])
    484 fi
     966
     967fi
     968
    485969AM_CONDITIONAL([STRESSBALANCE], [test x$HAVE_STRESSBALANCE = xyes])
     970
    486971AC_MSG_RESULT($HAVE_STRESSBALANCE)
     972
    487973dnl }}}
    488974dnl with-StressbalanceSIA{{{
     975
    489976AC_ARG_WITH([StressbalanceSIA],
     977
    490978        AS_HELP_STRING([--with-StressbalanceSIA = YES], [compile with StressbalanceSIA capabilities (default is yes)]),
     979
    491980        [STRESSBALANCESIA=$withval],[STRESSBALANCESIA=yes])
     981
    492982AC_MSG_CHECKING(for StressbalanceSIA capability compilation)
    493983
     984
    494985HAVE_STRESSBALANCESIA=no
     986
    495987if test "x$STRESSBALANCESIA" = "xyes"; then
     988
    496989        HAVE_STRESSBALANCESIA=yes
     990
    497991        AC_DEFINE([_HAVE_STRESSBALANCESIA_],[1],[with StressbalanceSIA capability])
    498 fi
     992
     993fi
     994
    499995AM_CONDITIONAL([STRESSBALANCESIA], [test x$HAVE_STRESSBALANCESIA = xyes])
     996
    500997AC_MSG_RESULT($HAVE_STRESSBALANCESIA)
     998
    501999dnl }}}
    5021000dnl with-StressbalanceVertical{{{
     1001
    5031002AC_ARG_WITH([StressbalanceVertical],
     1003
    5041004        AS_HELP_STRING([--with-StressbalanceVertical = YES], [compile with StressbalanceVertical capabilities (default is yes)]),
     1005
    5051006        [STRESSBALANCEVERTICAL=$withval],[STRESSBALANCEVERTICAL=yes])
     1007
    5061008AC_MSG_CHECKING(for StressbalanceVertical capability compilation)
    5071009
     1010
    5081011HAVE_STRESSBALANCEVERTICAL=no
     1012
    5091013if test "x$STRESSBALANCEVERTICAL" = "xyes"; then
     1014
    5101015        HAVE_STRESSBALANCEVERTICAL=yes
     1016
    5111017        AC_DEFINE([_HAVE_STRESSBALANCEVERTICAL_],[1],[with StressbalanceVertical capability])
    512 fi
     1018
     1019fi
     1020
    5131021AM_CONDITIONAL([STRESSBALANCEVERTICAL], [test x$HAVE_STRESSBALANCEVERTICAL = xyes])
     1022
    5141023AC_MSG_RESULT($HAVE_STRESSBALANCEVERTICAL)
     1024
    5151025dnl }}}
    5161026dnl with-Thermal{{{
     1027
    5171028AC_ARG_WITH([Thermal],
     1029
    5181030        AS_HELP_STRING([--with-Thermal = YES], [compile with Thermal capabilities (default is yes)]),
     1031
    5191032        [THERMAL=$withval],[THERMAL=yes])
     1033
    5201034AC_MSG_CHECKING(for Thermal capability compilation)
    5211035
     1036
    5221037HAVE_THERMAL=no
     1038
    5231039if test "x$THERMAL" = "xyes"; then
     1040
    5241041        HAVE_THERMAL=yes
     1042
    5251043        AC_DEFINE([_HAVE_THERMAL_],[1],[with Thermal capability])
    526 fi
     1044
     1045fi
     1046
    5271047AM_CONDITIONAL([THERMAL], [test x$HAVE_THERMAL = xyes])
     1048
    5281049AC_MSG_RESULT($HAVE_THERMAL)
     1050
    5291051dnl }}}
    5301052dnl with-UzawaPressure{{{
     1053
    5311054AC_ARG_WITH([UzawaPressure],
     1055
    5321056        AS_HELP_STRING([--with-UzawaPressure = YES], [compile with UzawaPressure capabilities (default is yes)]),
     1057
    5331058        [UZAWAPRESSURE=$withval],[UZAWAPRESSURE=yes])
     1059
    5341060AC_MSG_CHECKING(for UzawaPressure capability compilation)
    5351061
     1062
    5361063HAVE_UZAWAPRESSURE=no
     1064
    5371065if test "x$UZAWAPRESSURE" = "xyes"; then
     1066
    5381067        HAVE_UZAWAPRESSURE=yes
     1068
    5391069        AC_DEFINE([_HAVE_UZAWAPRESSURE_],[1],[with UzawaPressure capability])
    540 fi
     1070
     1071fi
     1072
    5411073AM_CONDITIONAL([UZAWAPRESSURE], [test x$HAVE_UZAWAPRESSURE = xyes])
     1074
    5421075AC_MSG_RESULT($HAVE_UZAWAPRESSURE)
     1076
    5431077dnl }}}
    5441078
  • issm/trunk/m4/issm_options.m4

    r25836 r26744  
    3131                PACKAGE_DATE="unknown"
    3232        fi
    33         AC_DEFINE_UNQUOTED(PACKAGE_BUILD_DATE, "$PACKAGE_DATE", [build date])
     33        AC_DEFINE_UNQUOTED([PACKAGE_BUILD_DATE], "${PACKAGE_DATE}", [build date])
    3434        AC_MSG_RESULT([${PACKAGE_DATE}])
    3535
     
    4646                fi
    4747        fi
    48         AC_DEFINE_UNQUOTED(USER_NAME, "$user_name", [user name])
     48        AC_DEFINE_UNQUOTED([USER_NAME], "${user_name}", [user name])
    4949        AC_MSG_RESULT([${user_name}])
    5050
     
    5555                linux-gnu* | lignux* )  host_os=linux ;;
    5656        esac
    57         AC_DEFINE_UNQUOTED(HOST_OS, "$host_os", [host full OS name and version])
     57        AC_DEFINE_UNQUOTED([HOST_OS], "${host_os}", [host full OS name and version])
    5858        AC_MSG_RESULT([${host_os}])
    5959
    6060        AC_MSG_CHECKING([host cpu])
    61         AC_DEFINE_UNQUOTED(HOST_CPU, "$host_cpu", [host CPU])
     61        AC_DEFINE_UNQUOTED([HOST_CPU], "${host_cpu}", [host CPU])
    6262        AC_MSG_RESULT([${host_cpu}])
    6363
    6464        AC_MSG_CHECKING([vendor])
    65         AC_DEFINE_UNQUOTED(HOST_VENDOR, "$host_vendor", [host vendor])
     65        AC_DEFINE_UNQUOTED([HOST_VENDOR], "${host_vendor}", [host vendor])
    6666        AC_MSG_RESULT([${host_vendor}])
    6767
     
    7373                linux-gnu* | lignux* )  host_os_name=linux ;;
    7474        esac
    75         AC_DEFINE_UNQUOTED(HOST_OS_NAME, "$host_os_name", [host OS name])
     75        AC_DEFINE_UNQUOTED([HOST_OS_NAME], "${host_os_name}", [host OS name])
    7676        AC_MSG_RESULT([${host_os_name}])
    7777
     
    8282                host_os_version=`(uname -r) 2>/dev/null` || host_os_version=unknown
    8383        fi
    84         AC_DEFINE_UNQUOTED(HOST_OS_VERSION, "$host_os_version", [host OS version])
     84        AC_DEFINE_UNQUOTED([HOST_OS_VERSION], "${host_os_version}", [host OS version])
    8585        AC_MSG_RESULT([${host_os_version}])
    8686
     
    9595                i?86 )  host_arch=i386 ;; # all x86 should show up as i386
    9696        esac
    97         AC_DEFINE_UNQUOTED(HOST_ARCH, "$host_arch", [host archictecture])
     97        AC_DEFINE_UNQUOTED([HOST_ARCH], "${host_arch}", [host archictecture])
    9898        AC_MSG_RESULT([${host_arch}])
    9999
     
    219219                AC_MSG_RESULT([no])
    220220        fi
    221         AC_DEFINE_UNQUOTED([_SYSTEM_HAS_FMEMOPEN_], $SYSTEM_FMEMOPEN, [does system copy of libc have fmemopen])
     221        AC_DEFINE_UNQUOTED([_SYSTEM_HAS_FMEMOPEN_], ${SYSTEM_FMEMOPEN}, [does system copy of libc have fmemopen])
    222222        AM_CONDITIONAL([SYSTEM_HAS_FMEMOPEN], [test "${SYSTEM_FMEMOPEN}" == "1"])
    223223
     224        IS_MSYS2=no
    224225        IS_WINDOWS=no
    225226        AC_MSG_CHECKING([for vendor compilers])
     
    290291                        export CFLAGS="-O3 -D_INTEL_LINUX_ -DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK"
    291292                elif test "${VENDOR}" == "intel-discover"; then
    292                         export CC=icc
    293                         export CXX=icpc
    294                         export CXXFLAGS="-O3 -D_INTEL_LINUX_ -DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK"
     293                   export CC=mpicc
     294                   export CXX=mpicxx
     295                        export CXXFLAGS="-O3 -D_INTEL_LINUX_ -DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK -std=c++11"
    295296                        export CFLAGS="-O3 -D_INTEL_LINUX_ -DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK"
    296297                elif test "${VENDOR}" == "intel-pleiades"; then
     
    309310                        export CXXFLAGS="-O3 -march=corei7-avx -std=c++11"
    310311                        export CFLAGS="-O3 -march=corei7-avx"
     312                elif test "${VENDOR}" == "intel-pleiades-mpi"; then
     313                        export CC=mpicc
     314                        export CXX=mpicxx
     315                        export CXXFLAGS="-O3 -march=corei7-avx -std=c++11"
     316                        export CFLAGS="-O3 -march=corei7-avx"
    311317                elif test "${VENDOR}" == "intel-pleiades-icpc"; then
    312318                        export CXXFLAGS="-g -O3 -ipo -axAVX -ipo -no-inline-min-size -inline-max-size=345 -no-inline-max-total-size -no-inline-max-per-routine -no-inline-max-per-compile -restrict -std=c++11"
    313319                        export CFLAGS="-g -O3 -ipo -axAVX -ipo -no-inline-min-size -inline-max-size=345 -no-inline-max-total-size -no-inline-max-per-routine -no-inline-max-per-compile -restrict"
    314320                        AC_DEFINE([_HAVE_RESTRICT_], [1], [with restrict buffers])
     321                elif test "${VENDOR}" == "win-msys2"; then
     322                        export CXXFLAGS="-D_MSYS2_"
     323                        export LDFLAGS="${LDFLAGS} -no-undefined"
     324                        export OSLIBS="-Wl,-L/mingw64/lib/gcc/x86_64-w64-mingw32/10.2.0 -Wl,-L/mingw64/x86_64-w64-mingw32/lib -Wl,-lstdc++ -Wl,-lgfortran -Wl,-lmingw32 -Wl,-lgcc_s -Wl,-lmoldname -Wl,-lmingwex -Wl,-lmsvcrt -Wl,-lm -Wl,-lpthread -Wl,-lshell32 -Wl,-luser32 -Wl,-lgdi32 -Wl,-luser32 -Wl,-ladvapi32 -Wl,-lkernel32 -Wl,-lquadmath -Wl,-lstdc++ -Wl,-lgcc"
     325                        IS_MSYS2=yes
    315326                else
    316327                        AC_MSG_ERROR([unknown compiler vendor!])
    317328                fi
    318329        fi
     330        dnl Set default standard for C++
     331        if test "${CXXFLAGS}" == ""; then
     332                export CXXFLAGS="-std=C++11"
     333        fi
    319334        AC_SUBST([OSLIBS])
    320335        AC_MSG_RESULT([done])
    321336
    322         AC_MSG_CHECKING([if this is a Windows build])
     337        AC_MSG_CHECKING([if this is a MSVC (Windows) build])
    323338        AM_CONDITIONAL([WINDOWS], [test "x${IS_WINDOWS}" == "xyes"])
    324339        AC_MSG_RESULT([${IS_WINDOWS}])
     340
     341        AC_MSG_CHECKING([if this is a MSYS2 (Windows) build])
     342        AM_CONDITIONAL([MSYS2], [test "x${IS_MSYS2}" == "xyes"])
     343        AC_MSG_RESULT([${IS_MSYS2}])
     344        AC_DEFINE([_IS_MSYS2_], [1], [is a MSYS2 (Windows) build])
    325345        dnl }}}
    326346        dnl MATLAB{{{
    327347
    328348        dnl See if MATLAB has been provided
     349        AC_MSG_CHECKING([for MATLAB])
    329350        AC_ARG_WITH(
    330351                [matlab-dir],                                                                                                           dnl feature
     
    333354                [MATLAB_ROOT="no"]                                                                                                      dnl action if not given
    334355        )
    335         AC_MSG_CHECKING([for MATLAB])
    336356        if test "x${MATLAB_ROOT}" == "xno"; then
    337357                HAVE_MATLAB=no
    338358        else
    339                 HAVE_MATLAB=yes
    340359                if ! test -d "${MATLAB_ROOT}"; then
    341360                        AC_MSG_ERROR([MATLAB directory provided (${MATLAB_ROOT}) does not exist!]);
     
    344363                        AC_MSG_ERROR([Couldn't find mex.h... check your installation of MATLAB])
    345364                fi
     365                HAVE_MATLAB=yes
    346366        fi
    347367        AC_MSG_RESULT([${HAVE_MATLAB}])
     
    352372                AC_DEFINE([_HAVE_MATLAB_], [1], [with MATLAB in ISSM src])
    353373
    354                 dnl Set MEXLIB, MEXLINK, and MEXEXT
     374                dnl Set MEX* variable
    355375                AC_MSG_CHECKING([MATLAB's mex compilation flags])
    356376
     
    362382                                if test "${VENDOR}" == "intel-win7-32"; then
    363383                                        MEXLIB="-Wl,libmx.lib -Wl,libmex.lib -Wl,libmat.lib ${OSLIBS} -Wl,libf2cblas.lib -Wl,libf2clapack.lib"
    364                                         MEXLINK="-Wl,/LIBPATH:`cygpath -m ${MATLAB_ROOT}/extern/lib/win32/microsoft` -Wl,/link -Wl,/EXPORT:mexFunction -Wl,/DLL"
     384                                        MEXLINKFLAGS="-Wl,/LIBPATH:`cygpath -m ${MATLAB_ROOT}/extern/lib/win32/microsoft` -Wl,/link -Wl,/EXPORT:mexFunction -Wl,/DLL"
    365385                                        MEXEXT=`${MATLAB_ROOT}/bin/mexext.bat`
    366386                                        MEXEXT=".${MEXEXT}"
    367387                                elif test "${VENDOR}" == "intel-win7-64"; then
    368388                                        MEXLIB="-Wl,libmx.lib -Wl,libmex.lib -Wl,libmat.lib ${OSLIBS} -Wl,libf2cblas.lib -Wl,libf2clapack.lib"
    369                                         MEXLINK="-Wl,/LIBPATH:`cygpath -m ${MATLAB_ROOT}/extern/lib/win64/microsoft` -Wl,/link -Wl,/EXPORT:mexFunction -Wl,/DLL"
     389                                        MEXLINKFLAGS="-Wl,/LIBPATH:`cygpath -m ${MATLAB_ROOT}/extern/lib/win64/microsoft` -Wl,/link -Wl,/EXPORT:mexFunction -Wl,/DLL"
    370390                                        MEXEXT=".mexw64"
    371391                                elif test "${VENDOR}" == "MSVC-Win64" || test "${VENDOR}" == "MSVC-Win64-par"; then
    372392                                        MEXLIB="-Wl,libmx.lib -Wl,libmex.lib -Wl,libmat.lib ${OSLIBS} -Wl,libf2cblas.lib -Wl,libf2clapack.lib"
    373                                         MEXLINK="-Wl,/link -Wl,/LIBPATH:`cygpath -m ${MATLAB_ROOT}/extern/lib/win64/microsoft` -Wl,/link -Wl,/EXPORT:mexFunction -Wl,/DLL"
     393                                        MEXLINKFLAGS="-Wl,/link -Wl,/LIBPATH:`cygpath -m ${MATLAB_ROOT}/extern/lib/win64/microsoft` -Wl,/link -Wl,/EXPORT:mexFunction -Wl,/DLL"
    374394                                        MATLABINCL="-I`cygpath -m ${MATLAB_ROOT}/extern/include`"
    375395                                        MEXEXT=".mexw64"
    376396                                fi
    377397                        ;;
     398                        *mingw*)
     399                                if test "${IS_MSYS2}" == "yes"; then
     400                                        dnl Value to set MEXEXT to can be found on Windows by running $MATLAB_ROOT/bin/mexext.bat
     401                                        MEXEXT=".mexw64"
     402                                        MATLABINCL="-I${MATLAB_ROOT}/extern/include"
     403                                        MEXOPTFLAGS="-O2 -fwrapv -DNDEBUG -g"
     404                                        MEXCFLAGS="-fexceptions -fno-omit-frame-pointer -m64 -DMATLAB_MEX_FILE"
     405                                        MEXCXXFLAGS="-fexceptions -fno-omit-frame-pointer -std=c++11 -m64 -DMATLAB_MEX_FILE"
     406                                        MEXLINKFLAGS="-m64 -Wl,--no-undefined -shared -static -Wl,${MATLAB_ROOT}/extern/lib/win64/mingw64/mexFunction.def"
     407                                        MEXLIB_DIR="${MATLAB_ROOT}/extern/lib/win64/mingw64"
     408                                        MEXLIB="-L${MEXLIB_DIR} -lmx -lmex -lmat -lm -lmwlapack -lmwblas"
     409                                fi
     410                        ;;
     411                        *msys*)
     412                                dnl Value to set MEXEXT to can be found on Windows by running $MATLAB_ROOT/bin/mexext.bat
     413                                MEXEXT=".mexw64"
     414                                MATLABINCL="-I${MATLAB_ROOT}/extern/include"
     415                                MEXOPTFLAGS="-O2 -fwrapv -DNDEBUG -g"
     416                                MEXCFLAGS="-fexceptions -fno-omit-frame-pointer -m64 -DMATLAB_MEX_FILE"
     417                                MEXCXXFLAGS="-fexceptions -fno-omit-frame-pointer -std=c++11 -m64 -DMATLAB_MEX_FILE"
     418                                MEXLINKFLAGS="-m64 -Wl,--no-undefined -shared -static -Wl,${MATLAB_ROOT}/extern/lib/win64/mingw64/mexFunction.def"
     419                                MEXLIB_DIR="${MATLAB_ROOT}/extern/lib/win64/mingw64"
     420                                MEXLIB="-L${MEXLIB_DIR} -lmx -lmex -lmat -lm -lmwlapack -lmwblas"
     421                        ;;
    378422                        *)
     423                                MEXEXT=$(${MATLAB_ROOT}/bin/mex -v 2>&1 < /dev/null | grep LDEXTENSION | sed -e "s/         LDEXTENSION        = //g")
    379424                                MATLABINCL="-I${MATLAB_ROOT}/extern/include"
    380                                 MEXLINK=$(${MATLAB_ROOT}/bin/mex -v 2>&1 < /dev/null | grep LDFLAGS | sed -e "s/         LDFLAGS            = //g")
     425                                MEXLINKFLAGS=$(${MATLAB_ROOT}/bin/mex -v 2>&1 < /dev/null | grep LDFLAGS | sed -e "s/         LDFLAGS            = //g")
    381426                                MEXLIB=$(${MATLAB_ROOT}/bin/mex -v 2>&1 < /dev/null | grep CXXLIBS | sed -e "s/         CXXLIBS            = //g")
    382                                 MEXEXT=$(${MATLAB_ROOT}/bin/mex -v 2>&1 < /dev/null | grep LDEXTENSION | sed -e "s/         LDEXTENSION        = //g")
    383                                 dnl version 2014 and up
    384427                                if test -z "${MEXEXT}"; then
    385428                                        echo "#include <mex.h>" > conftest.cpp
     
    387430                                        ${MATLAB_ROOT}/bin/mex -v -lmex conftest.cpp > conftest.tmp 2>&1
    388431                                        rm -f conftest.cpp
    389                                         MEXLINK=$(cat conftest.tmp | grep LDFLAGS | sed -e "s/LDFLAGS ://g")
     432                                        MEXLINKFLAGS=$(cat conftest.tmp | grep LDFLAGS | sed -e "s/LDFLAGS ://g")
    390433                                        MEXLIB=$(cat conftest.tmp | grep LINKLIBS | sed -e "s/LINKLIBS ://g")
    391434                                        MEXEXT=$(cat conftest.tmp | grep LDEXT | sed -e "s/LDEXT ://g" | awk '{print $[1]}')
     
    397440
    398441                                dnl Make sure mexFunction.map is not in MEXLIB to avoid problems with global variables
    399                                 dnl MEXLINK=$(echo ${MEXLINK} | sed -e "s/,-expo.*mexFunction\\.map\"//g" | sed -e "s/-[[^ ]]*mexFunction\\.map//g")
    400                                 MEXLINK="" dnl We actually don't need MEXLINK????
     442                                dnl MEXLINKFLAGS=$(echo ${MEXLINKFLAGS} | sed -e "s/,-expo.*mexFunction\\.map\"//g" | sed -e "s/-[[^ ]]*mexFunction\\.map//g")
     443                                MEXLINKFLAGS="" dnl We actually don't need MEXLINK????
    401444                        ;;
    402445                esac
     
    406449                fi
    407450
     451                AC_SUBST([MEXEXT])
     452                AC_SUBST([MEXOPTFLAGS])
     453                AC_SUBST([MEXCFLAGS])
     454                AC_SUBST([MEXCXXFLAGS])
    408455                AC_SUBST([MATLABINCL])
    409                 MATLABWRAPPEREXT=${MEXEXT}
    410                 AC_SUBST([MATLABWRAPPEREXT])
     456                AC_SUBST([MEXLINKFLAGS])
    411457                AC_SUBST([MEXLIB])
    412                 AC_SUBST([MEXLINK])
    413458        fi
    414459        dnl }}}
    415460        dnl JavaScript{{{
     461        AC_MSG_CHECKING([for JavaScript])
    416462        AC_ARG_WITH(
    417463                [javascript],
     
    420466                [JAVASCRIPT="no"]
    421467        )
    422         AC_MSG_CHECKING([for JavaScript])
    423468        if test "x${JAVASCRIPT}" == "xno"; then
    424469                HAVE_JAVASCRIPT=no
     
    433478        dnl }}}
    434479        dnl Triangle {{{
     480        AC_MSG_CHECKING([for triangle])
    435481        AC_ARG_WITH(
    436482                [triangle-dir],
     
    439485                [TRIANGLE_ROOT="no"]
    440486        )
    441         AC_MSG_CHECKING([for triangle])
    442487        if test "x${TRIANGLE_ROOT}" == "xno"; then
    443488                HAVE_TRIANGLE=no
     
    478523                                fi
    479524                        ;;
     525                        *mingw*)
     526                                if test "x${HAVE_JAVASCRIPT}" == "xyes"; then
     527                                        dnl Link to the object file, not the library
     528                                        TRIANGLELIB=${TRIANGLE_ROOT}/share/triangle.o
     529                                else
     530                                        TRIANGLELIB="-L${TRIANGLE_ROOT}/lib -ltriangle"
     531                                fi
     532                        ;;
     533                        *msys*)
     534                                if test "x${HAVE_JAVASCRIPT}" == "xyes"; then
     535                                        dnl Link to the object file, not the library
     536                                        TRIANGLELIB=${TRIANGLE_ROOT}/share/triangle.o
     537                                else
     538                                        TRIANGLELIB="-L${TRIANGLE_ROOT}/lib -ltriangle"
     539                                fi
     540                        ;;
    480541                esac
    481542                AC_DEFINE([_HAVE_TRIANGLE_], [1], [with Triangle in ISSM src])
     
    485546        dnl }}}
    486547        dnl Boost{{{
     548        AC_MSG_CHECKING([for Boost])
    487549        AC_ARG_WITH(
    488550                [boost-dir],
     
    491553                [BOOST_ROOT="no"]
    492554        )
    493         AC_MSG_CHECKING([for Boost])
    494555        if test "x${BOOST_ROOT}" == "xno"; then
    495556                HAVE_BOOST=no
     
    518579        dnl }}}
    519580        dnl Dakota{{{
     581        AC_MSG_CHECKING([for Dakota])
    520582        AC_ARG_WITH(
    521583                [dakota-dir],
     
    524586                [DAKOTA_ROOT="no"]
    525587        )
    526         AC_MSG_CHECKING([for Dakota])
    527588        if test "x${DAKOTA_ROOT}" == "xno"; then
    528589                HAVE_DAKOTA=no
     
    541602
    542603                AC_MSG_CHECKING(for Dakota version)
    543                 dnl TODO:       Check if this method applies to all other versions of
    544                 dnl                     Dakota (it should as long as the Dakota binaries have been
    545                 dnl             compiled). If so, we can remove the other methods of
    546                 dnl                     getting the version.
     604                dnl TODO:
     605                dnl - Check if this method applies to all other versions of Dakota (it
     606                dnl   should as long as the Dakota binaries have been compiled). If so,
     607                dnl   we can remove the other methods of getting the version.
     608                dnl - Modify src/wrappers/IssmConfig/IssmConfig.cpp so that strlen is
     609                dnl   not called with _DAKOTA_VERSION_ as an argument so that we can
     610                dnl   do,
    547611                dnl
    548                 DAKOTA_VERSION_OUTPUT=`${DAKOTA_ROOT}/bin/dakota -v`
    549                 if test -n "${DAKOTA_VERSION_OUTPUT}"; then
    550                         DAKOTA_VERSION=`echo ${DAKOTA_VERSION_OUTPUT} grep "Dakota version" | sed 's/Dakota version //' | sed 's/ .*//'`
    551                 elif test -f "${DAKOTA_ROOT}/VERSION"; then
     612                dnl     AC_DEFINE_UNQUOTED([_DAKOTA_VERSION_], ${DAKOTA_VERSION}, [Dakota version number])
     613                dnl
     614                if test -f "${DAKOTA_ROOT}/VERSION"; then
    552615                        DAKOTA_VERSION=`cat ${DAKOTA_ROOT}/VERSION | grep 'DAKOTA Version' | sed 's/.*DAKOTA Version //' | sed 's/ .*//'`
    553                 elif test -f "${DAKOTA_ROOT}/../src/src/CommandLineHandler.C"; then
    554                         DAKOTA_VERSION=`cat ${DAKOTA_ROOT}/../src/src/CommandLineHandler.C | grep 'DAKOTA version' | grep 'release' | grep -v // | sed 's/.*DAKOTA version //' | sed 's/ .*//' `
    555                 elif test -f "${DAKOTA_ROOT}/../src/src/CommandLineHandler.cpp"; then
    556                         DAKOTA_VERSION=`cat ${DAKOTA_ROOT}/../src/src/CommandLineHandler.cpp | grep 'DAKOTA version' | grep 'release' | grep -v // | sed 's/.*DAKOTA version //' | sed 's/ .*//' `
    557616                else
    558                         AC_MSG_ERROR([Dakota CommandLineHandler.C or CommandLineHandler.cpp file not found to determine DAKOTA_VERSION!]);
     617                        DAKOTA_VERSION_OUTPUT=`${DAKOTA_ROOT}/bin/dakota -v`
     618                        if test -n "${DAKOTA_VERSION_OUTPUT}"; then
     619                                DAKOTA_VERSION=`echo ${DAKOTA_VERSION_OUTPUT} grep "Dakota version" | sed 's/Dakota version //' | sed 's/ .*//'`
     620                        elif test -f "${DAKOTA_ROOT}/../src/src/CommandLineHandler.C"; then
     621                                DAKOTA_VERSION=`cat ${DAKOTA_ROOT}/../src/src/CommandLineHandler.C | grep 'DAKOTA version' | grep 'release' | grep -v // | sed 's/.*DAKOTA version //' | sed 's/ .*//' `
     622                        elif test -f "${DAKOTA_ROOT}/../src/src/CommandLineHandler.cpp"; then
     623                                DAKOTA_VERSION=`cat ${DAKOTA_ROOT}/../src/src/CommandLineHandler.cpp | grep 'DAKOTA version' | grep 'release' | grep -v // | sed 's/.*DAKOTA version //' | sed 's/ .*//' `
     624                        else
     625                                AC_MSG_ERROR([Dakota CommandLineHandler.C or CommandLineHandler.cpp file not found to determine DAKOTA_VERSION!]);
     626                        fi
    559627                fi
    560628                AC_MSG_RESULT([${DAKOTA_VERSION}])
     
    674742                AC_MSG_CHECKING(for Dakota major version)
    675743                AC_MSG_RESULT(${DAKOTA_MAJOR})
    676                 AC_DEFINE_UNQUOTED(_DAKOTA_MAJOR_, $DAKOTA_MAJOR, [Dakota major version number])
     744                AC_DEFINE_UNQUOTED([_DAKOTA_MAJOR_], ${DAKOTA_MAJOR}, [Dakota major version number])
    677745                AC_MSG_CHECKING(for Dakota minor version)
    678746                AC_MSG_RESULT(${DAKOTA_MINOR})
    679                 AC_DEFINE_UNQUOTED(_DAKOTA_MINOR_, $DAKOTA_MINOR, [Dakota minor version number])
     747                AC_DEFINE_UNQUOTED([_DAKOTA_MINOR_], ${DAKOTA_MINOR}, [Dakota minor version number])
    680748                AC_MSG_CHECKING(for Dakota build version)
    681749                AC_MSG_RESULT(${DAKOTA_BUILD})
    682                 AC_DEFINE_UNQUOTED(_DAKOTA_BUILD_, $DAKOTA_BUILD, [Dakota build version number])
     750                AC_DEFINE_UNQUOTED([_DAKOTA_BUILD_], ${DAKOTA_BUILD}, [Dakota build version number])
    683751
    684752                AC_DEFINE([_HAVE_DAKOTA_], [1], [with Dakota in ISSM src])
     
    690758        dnl }}}
    691759        dnl Python{{{
     760        AC_MSG_CHECKING([for Python])
    692761        AC_ARG_WITH(
    693762                [python-dir],
     
    703772                [PYTHON_VERSION="no"]
    704773        )
    705         AC_MSG_CHECKING([for Python])
    706774        if test "x${PYTHON_ROOT}" == "xno"; then
    707775                HAVE_PYTHON=no
     
    730798                dnl Determine major version
    731799                PYTHON_MAJOR=${PYTHON_VERSION%.*}
    732                 AC_DEFINE_UNQUOTED(_PYTHON_MAJOR_, $PYTHON_MAJOR, [Python version major])
     800                AC_DEFINE_UNQUOTED([_PYTHON_MAJOR_], ${PYTHON_MAJOR}, [Python version major])
    733801                if test "x${PYTHON_MAJOR}" == "x3"; then
    734802                        HAVE_PYTHON3="yes"
     
    746814                        PYTHONINCL=-I${PYTHON_ROOT}/include/python${PYTHON_VERSION}m
    747815                else
    748                         AC_MSG_ERROR([Python.h not found, locate this file and contact ISSM developers]);
     816                        AC_MSG_ERROR([Python.h not found! Please locate this file and contact ISSM developers via forum or email.]);
    749817                fi
    750818                AC_MSG_RESULT([found])
    751                 if test "x${PYTHON_MAJOR}" == "x3"; then
     819                if ls ${PYTHON_ROOT}/lib/x86_64-linux-gnu/libpython${PYTHON_VERSION}m.* 1> /dev/null 2>&1; then
     820                        PYTHONLIB="-L${PYTHON_ROOT}/lib/x86_64-linux-gnu -lpython${PYTHON_VERSION}m"
     821                elif ls ${PYTHON_ROOT}/lib/x86_64-linux-gnu/libpython${PYTHON_VERSION}.* 1> /dev/null 2>&1; then
     822                        PYTHONLIB="-L${PYTHON_ROOT}/lib/x86_64-linux-gnu -lpython${PYTHON_VERSION}"
     823                elif ls ${PYTHON_ROOT}/lib/libpython${PYTHON_VERSION}m.* 1> /dev/null 2>&1; then
    752824                        PYTHONLIB="-L${PYTHON_ROOT}/lib -lpython${PYTHON_VERSION}m"
    753825                else
     
    759831                                PYTHONLINK="-shared"
    760832                        ;;
     833                        *darwin*)
     834                                PYTHONLINK="-dynamiclib"
     835                        ;;
    761836                        *linux*)
    762837                                PYTHONLINK="-shared"
    763838                        ;;
    764                         *darwin*)
    765                                 PYTHONLINK="-dynamiclib"
     839                        *mingw*)
     840                                PYTHONLINK="-shared"
     841                        ;;
     842                        *msys*)
     843                                PYTHONLINK="-shared"
    766844                        ;;
    767845                esac
     
    776854        dnl }}}
    777855        dnl NumPy{{{
    778         dnl TODO:
    779         dnl - Replace references to python-numpy with numpy (and similar terms)
    780         dnl       project-wide
    781         dnl
    782         AC_ARG_WITH(
    783                 [python-numpy-dir],
    784                 AS_HELP_STRING([--with-python-numpy-dir=DIR], [python-numpy root directory]),
    785                 [PYTHON_NUMPY_ROOT=${withval}],
    786                 [PYTHON_NUMPY_ROOT="no"]
    787         )
    788 
    789856        dnl NOTE: You can find NumPy by running,
    790857        dnl
     
    792859        dnl             >>> numpy.__file__
    793860        dnl
    794 
     861        dnl TODO:
     862        dnl - Replace references to python-numpy with numpy (and similar terms)
     863        dnl       project-wide
     864        dnl
    795865        AC_MSG_CHECKING(for python-numpy)
     866        AC_ARG_WITH(
     867                [python-numpy-dir],
     868                AS_HELP_STRING([--with-python-numpy-dir=DIR], [python-numpy root directory]),
     869                [PYTHON_NUMPY_ROOT=${withval}],
     870                [PYTHON_NUMPY_ROOT="no"]
     871        )
    796872        if test "x${PYTHON_NUMPY_ROOT}" == "xno"; then
    797873                HAVE_PYTHON_NUMPY=no
     
    812888        dnl }}}
    813889        dnl Chaco{{{
     890        AC_MSG_CHECKING([for Chaco])
    814891        AC_ARG_WITH(
    815892                [chaco-dir],
     
    818895                [CHACO_ROOT="no"]
    819896        )
    820         AC_MSG_CHECKING([for Chaco])
    821897        if test "x${CHACO_ROOT}" == "xno"; then
    822898                HAVE_CHACO=no
     
    832908        dnl Chaco libraries and header files
    833909        if test "x${HAVE_CHACO}" == "xyes"; then
    834                 CHACOINCL=-I${CHACO_ROOT}/include
    835                 CHACOLIB="-L${CHACO_ROOT}/lib -lchacominusblas"
     910                CHACOINCL="-I${CHACO_ROOT}/include"
     911                if test "${IS_MSYS2}" == "yes"; then
     912                        CHACOLIB="-Wl,-L${CHACO_ROOT}/lib -Wl,-lchacominusblas"
     913                else
     914                        CHACOLIB="-L${CHACO_ROOT}/lib -lchacominusblas"
     915                fi
    836916                AC_DEFINE([_HAVE_CHACO_], [1], [with Chaco in ISSM src])
    837917                AC_SUBST([CHACOINCL])
     
    840920        dnl }}}
    841921        dnl ESMF{{{
     922        AC_MSG_CHECKING([for ESMF])
    842923        AC_ARG_WITH(
    843924                [esmf-dir],
     
    846927                [ESMF_ROOT="no"]
    847928        )
    848         AC_MSG_CHECKING([for ESMF])
    849929        if test "x${ESMF_ROOT}" == "xno"; then
    850930                HAVE_ESMF=no
     
    860940        if test "x${HAVE_ESMF}" == "xyes"; then
    861941                ESMFINCL="-I${ESMF_ROOT}/include"
    862                 ESMFLIB="-L${ESMF_ROOT}/lib -lesmf"
     942                ESMFLIB="-L${ESMF_ROOT}/lib/libO/Linux.gfortran.64.mpich.default/ -lesmf"
    863943                AC_DEFINE([_HAVE_ESMF_], [1], [with ESMF in ISSM src])
    864944                AC_SUBST([ESMFINCL])
     
    868948        dnl }}}
    869949        dnl CoDiPack{{{
     950        AC_MSG_CHECKING([for CoDiPack])
    870951        AC_ARG_WITH(
    871952                [codipack-dir],
     
    874955                [CODIPACK_ROOT="no"]
    875956        )
    876         AC_MSG_CHECKING([for CoDiPack])
    877957        if test "x${CODIPACK_ROOT}" == "xno"; then
    878958                HAVE_CODIPACK=no
     
    887967        dnl CoDiPack libraries and header files
    888968        if test "x${HAVE_CODIPACK}" == "xyes"; then
     969
     970                AC_MSG_CHECKING(for CoDiPack version)
     971                CODIPACK_MAJOR=`cat ${CODIPACK_ROOT}/include/codi.hpp | grep "#define CODI_MAJOR_VERSION" | sed 's/#define CODI_MAJOR_VERSION//' | sed 's/ //g'`
     972                CODIPACK_MINOR=`cat ${CODIPACK_ROOT}/include/codi.hpp | grep "#define CODI_MINOR_VERSION" | sed 's/#define CODI_MINOR_VERSION//' | sed 's/ //g'`
     973                if test -z "${CODIPACK_MAJOR}"; then
     974                         CODIPACK_MAJOR=`cat ${CODIPACK_ROOT}/include/codi/configure.h | grep "#define CODI_MAJOR_VERSION" | sed 's/#define CODI_MAJOR_VERSION//' | sed 's/ //g'`
     975                         CODIPACK_MINOR=`cat ${CODIPACK_ROOT}/include/codi/configure.h | grep "#define CODI_MINOR_VERSION" | sed 's/#define CODI_MINOR_VERSION//' | sed 's/ //g'`
     976                fi
     977                if test -z "${CODIPACK_MAJOR}"; then
     978                        AC_MSG_ERROR([Couldn't determine CoDiPack version])
     979                fi
     980                AC_DEFINE_UNQUOTED([_CODIPACK_MAJOR_], ${CODIPACK_MAJOR}, [CoDiPack version major])
     981                AC_DEFINE_UNQUOTED([_CODIPACK_MINOR_], ${CODIPACK_MINOR}, [CoDiPack version minor])
     982                AC_MSG_RESULT([${CODIPACK_MAJOR}.${CODIPACK_MINOR}])
     983
    889984                CODIPACKINCL="-I${CODIPACK_ROOT}/include"
    890985                AC_DEFINE([_HAVE_CODIPACK_], [1], [with CoDiPack in ISSM src])
     
    896991        dnl }}}
    897992        dnl Tape Allocation {{{
     993        AC_MSG_CHECKING(for tape allocation)
    898994        AC_ARG_ENABLE(
    899995                [tape-alloc],                                                                                                                           dnl feature
     
    902998                [enable_tape_alloc=no]
    903999        )
    904         AC_MSG_CHECKING(for tape allocation)
    9051000        if test "x${enable_tape_alloc}" == "xyes"; then
    9061001                AC_DEFINE([_AD_TAPE_ALLOC_], [1], [enable a priori tape allocation for AD])
     
    9091004        dnl }}}
    9101005        dnl ADOL-C {{{
     1006        AC_MSG_CHECKING([for ADOL-C])
    9111007        AC_ARG_WITH(
    9121008                [adolc-dir],
     
    9151011                [ADOLC_ROOT="no"]
    9161012        )
    917         AC_MSG_CHECKING([for ADOL-C])
    9181013        if test "x${ADOLC_ROOT}" == "xno"; then
    9191014                HAVE_ADOLC=no
     
    9401035        dnl }}}
    9411036        dnl ADOL-C version{{{
     1037        AC_MSG_CHECKING(for ADOL-C version)
    9421038        AC_ARG_WITH(
    9431039                [adolc-version],
     
    9461042                [ADOLC_VERSION=2]
    9471043        )
    948         AC_MSG_CHECKING(for ADOL-C version)
    949 
    950         AC_DEFINE_UNQUOTED(_ADOLC_VERSION_, $ADOLC_VERSION, [ADOL-C version])
     1044        AC_DEFINE_UNQUOTED([_ADOLC_VERSION_], ${ADOLC_VERSION}, [ADOL-C version])
    9511045        AC_MSG_RESULT(${ADOLC_VERSION})
    9521046        dnl }}}
    9531047        dnl ADIC2 {{{
     1048        AC_MSG_CHECKING([for ADIC2])
    9541049        AC_ARG_WITH(
    9551050                [adic2-dir],
     
    9581053                [ADIC2_ROOT="no"]
    9591054        )
    960         AC_MSG_CHECKING([for ADIC2])
    9611055        if test "x${ADIC2_ROOT}" == "xno"; then
    9621056                HAVE_ADIC2=no
     
    9801074        dnl }}}
    9811075        dnl ATLAS {{{
     1076        AC_MSG_CHECKING(for ATLAS and CBLAS libraries)
    9821077        AC_ARG_WITH(
    9831078                [atlas-dir],
     
    9861081                [ATLAS_ROOT="no"]
    9871082        )
    988         AC_MSG_CHECKING(for ATLAS and CBLAS libraries)
    9891083        if test "x${ATLAS_ROOT}" == "xno"; then
    9901084                HAVE_ATLAS=no
     
    10031097                                ATLASLIB="-L`cygpath -m ${ATLAS_ROOT}` -Wl,libatlas.lib  -Wl,libcblas.lib"
    10041098                        ;;
     1099                        *darwin*)
     1100                                ATLASLIB="-L${ATLAS_ROOT}/lib -lcblas -latlas -lm"
     1101                        ;;
    10051102                        *linux*)
    1006                                 ATLASLIB="-L${ATLAS_ROOT}/lib -lcblas -latlas -lm "
    1007                         ;;
    1008                         *darwin*)
    1009                                 ATLASLIB="-L${ATLAS_ROOT}/lib -lcblas -latlas -lm "
     1103                                ATLASLIB="-L${ATLAS_ROOT}/lib -lcblas -latlas -lm"
     1104                        ;;
     1105                        *mingw*)
     1106                                ATLASLIB="-L${ATLAS_ROOT}/lib -lcblas -latlas -lm"
     1107                        ;;
     1108                        *msys*)
     1109                                ATLASLIB="-L${ATLAS_ROOT}/lib -lcblas -latlas -lm"
    10101110                        ;;
    10111111                esac
     
    10151115        dnl }}}
    10161116        dnl GSL{{{
     1117        AC_MSG_CHECKING([for GSL])
    10171118        AC_ARG_WITH(
    10181119                [gsl-dir],
     
    10211122                [GSL_ROOT="no"]
    10221123        )
    1023         AC_MSG_CHECKING([for GSL])
    10241124        if test "x${GSL_ROOT}" == "xno"; then
    10251125                HAVE_GSL=no
     
    10471147        dnl }}}
    10481148        dnl AMPI (ADOL-C){{{
     1149        AC_MSG_CHECKING([for AMPI])
    10491150        AC_ARG_WITH(
    10501151                [ampi-dir],
     
    10531154                [AMPI_ROOT="no"]
    10541155        )
    1055         AC_MSG_CHECKING([for AMPI])
    10561156        if test "x${AMPI_ROOT}" == "xno"; then
    10571157                HAVE_AMPI=no
     
    10831183        dnl }}}
    10841184        dnl Adjoint MPI (CoDiPack){{{
     1185        AC_MSG_CHECKING([for Adjoint MPI])
    10851186        AC_ARG_WITH(
    10861187                [adjointmpi-dir],
     
    10891190                [ADJOINTMPI_ROOT="no"]
    10901191        )
    1091         AC_MSG_CHECKING([for Adjoint MPI])
    10921192        if test "x${ADJOINTMPI_ROOT}" == "xno"; then
    10931193                HAVE_ADJOINTMPI=no
     
    11171217        dnl }}}
    11181218        dnl MeDiPack (CoDiPack, ADOL-C dev){{{
     1219        AC_MSG_CHECKING([for MeDiPack])
    11191220        AC_ARG_WITH(
    11201221                [medipack-dir],
     
    11231224                [MEDIPACK_ROOT="no"]
    11241225        )
    1125         AC_MSG_CHECKING([for MeDiPack])
    11261226        if test "x${MEDIPACK_ROOT}" == "xno"; then
    11271227                HAVE_MEDIPACK=no
     
    11491249        dnl }}}
    11501250        dnl HDF5 {{{
     1251        AC_MSG_CHECKING(for HDF5 libraries)
    11511252        AC_ARG_WITH(
    11521253                [hdf5-dir],
     
    11551256                [HDF5_ROOT="no"]
    11561257        )
    1157         AC_MSG_CHECKING(for HDF5 libraries)
    11581258        if test "x${HDF5_ROOT}" == "xno"; then
    11591259                HAVE_HDF5=no
     
    11761276                                HDF5LIB="-L`cygpath -m ${HDF5_ROOT}` -Wl,libhdf5.lib  -Wl,libhdf5_hl.lib"
    11771277                        ;;
     1278                        *darwin*)
     1279                                HDF5LIB="-L${HDF5_ROOT}/lib -lhdf5 -lhdf5_hl"
     1280                        ;;
    11781281                        *linux*)
    11791282                                HDF5LIB="-L${HDF5_ROOT}/lib -lhdf5 -lhdf5_hl"
    11801283                        ;;
    1181                         *darwin*)
     1284                        *mingw*)
     1285                                HDF5LIB="-L${HDF5_ROOT}/lib -lhdf5 -lhdf5_hl"
     1286                        ;;
     1287                        *msys*)
    11821288                                HDF5LIB="-L${HDF5_ROOT}/lib -lhdf5 -lhdf5_hl"
    11831289                        ;;
     
    11881294        dnl }}}
    11891295        dnl PETSc{{{
     1296        AC_MSG_CHECKING([for PETSc])
    11901297        AC_ARG_WITH(
    11911298                [petsc-dir],
     
    11941301                [PETSC_ROOT="no"]
    11951302        )
    1196         AC_MSG_CHECKING([for PETSc])
    11971303        if test "x${PETSC_ROOT}" == "xno"; then
    11981304                HAVE_PETSC=no
     
    12151321                PETSC_MAJOR=`cat ${PETSC_ROOT}/include/petscversion.h | grep "#define PETSC_VERSION_MAJOR" | sed 's/#define PETSC_VERSION_MAJOR//' | sed 's/ //g'`
    12161322                PETSC_MINOR=`cat ${PETSC_ROOT}/include/petscversion.h | grep "#define PETSC_VERSION_MINOR" | sed 's/#define PETSC_VERSION_MINOR//' | sed 's/ //g'`
    1217                 AC_DEFINE_UNQUOTED([_PETSC_MAJOR_], [$PETSC_MAJOR], [PETSc version major])
    1218                 AC_DEFINE_UNQUOTED([_PETSC_MINOR_], [$PETSC_MINOR], [PETSc version minor])
     1323                AC_DEFINE_UNQUOTED([_PETSC_MAJOR_], ${PETSC_MAJOR}, [PETSc version major])
     1324                AC_DEFINE_UNQUOTED([_PETSC_MINOR_], ${PETSC_MINOR}, [PETSc version minor])
    12191325                AC_MSG_RESULT([${PETSC_MAJOR}.${PETSC_MINOR}])
    12201326
     
    12571363                                        PETSCLIB="/link -Wl,/LIBPATH:`cygpath -m ${PETSC_ROOT}/lib` -Wl,libpetsc.lib"
    12581364                                        PETSCINCL="/I`cygpath -m ${PETSC_ROOT}/include`"
     1365                                fi
     1366                        ;;
     1367                        *darwin*)
     1368                                if test ${PETSC_MAJOR} -lt 3; then
     1369                                        PETSCLIB="-L${PETSC_ROOT}/lib -lpetscksp -lpetscdm -lpetscmat -lpetscvec -lpetscsnes -lpetscts -lpetsc"
     1370                                else
     1371                                        PETSCLIB="-L${PETSC_ROOT}/lib -lpetsc"
     1372                                        if test ${PETSC_MAJOR} -gt 3 || test ${PETSC_MINOR} -ge 3; then
     1373                                                PETSCLIB+=" -lmetis"
     1374                                        fi
    12591375                                fi
    12601376                        ;;
     
    12751391                                fi
    12761392                        ;;
    1277                         *darwin*)
    1278                                 if test ${PETSC_MAJOR} -lt 3; then
    1279                                         PETSCLIB="-L${PETSC_ROOT}/lib -lpetscksp -lpetscdm -lpetscmat -lpetscvec -lpetscsnes -lpetscts -lpetsc"
    1280                                 else
    1281                                         PETSCLIB="-L${PETSC_ROOT}/lib -lpetsc"
    1282                                         if test ${PETSC_MAJOR} -gt 3 || test ${PETSC_MINOR} -ge 3; then
    1283                                                 PETSCLIB+=" -lmetis"
    1284                                         fi
    1285                                 fi
     1393                        *mingw*)
     1394                                PETSCLIB="-Wl,${PETSC_ROOT}/lib/libpetsc.a"
     1395                        ;;
     1396                        *msys*)
     1397                                PETSCLIB="${PETSC_ROOT}/lib -lpetsc"
    12861398                        ;;
    12871399                esac
     
    12941406        dnl MPI{{{
    12951407        AC_MSG_CHECKING(for MPI)
    1296 
    12971408        AC_ARG_WITH(
    12981409                [mpi-include],
     
    13011412                [MPI_INCLUDE=""]
    13021413        )
    1303 
    13041414        AC_ARG_WITH(
    13051415                [mpi-libdir],
     
    13081418                [MPI_LIBDIR=""]
    13091419        )
    1310 
    13111420        AC_ARG_WITH(
    13121421                [mpi-libflags],
     
    13151424                [MPI_LIBFLAGS=""]
    13161425        )
    1317 
    13181426        if test -z "${MPI_INCLUDE}"; then
    13191427                HAVE_MPI=no
     
    13581466        dnl }}}
    13591467        dnl SCOTCH{{{
     1468        AC_MSG_CHECKING([for SCOTCH])
    13601469        AC_ARG_WITH(
    13611470                [scotch-dir],
     
    13641473                [SCOTCH_ROOT="no"]
    13651474        )
    1366         AC_MSG_CHECKING([for SCOTCH])
    13671475        if test "x${SCOTCH_ROOT}" == "xno"; then
    13681476                HAVE_SCOTCH=no
     
    13971505        dnl }}}
    13981506        dnl METIS{{{
    1399 
    1400         dnl NOTE: We know $VENDOR cannot be empty at this point, so no need to
    1401         dnl               check again in the following conditionals
    1402         dnl
    1403         if test "x${HAVE_PETSC}" == "xyes" && test "x${PETSC_MAJOR}" == "x3" && test ${PETSC_MINOR} -ge 3 && test "${VENDOR}" != "MSVC-Win64" && test "${VENDOR}" != "MSVC-Win64-par"; then
    1404                 dnl In PETSc >=3.3, METIS is provided
    1405                 HAVE_METIS="yes"
    1406                 AC_DEFINE([_METIS_VERSION_], [5], [METIS version number])
     1507        AC_MSG_CHECKING([for METIS])
     1508        AC_ARG_WITH(
     1509                [metis-dir],
     1510                AS_HELP_STRING([--with-metis-dir=DIR], [METIS root directory, necessary for serial build]),
     1511                [METIS_ROOT=${withval}],
     1512                [METIS_ROOT="no"]
     1513        )
     1514        HAVE_METIS=no
     1515        if test "x${METIS_ROOT}" == "xno"; then
     1516                dnl Check if METIS was installed via PETSc
     1517                if test -f ${PETSC_ROOT}/install/include/metis.h; then
     1518                        HAVE_METIS=yes
     1519                        METIS_ROOT="${PETSC_ROOT}"
     1520                fi
     1521        else
     1522                if ! test -d "${METIS_ROOT}"; then
     1523                        AC_MSG_ERROR([METIS directory provided (${METIS_ROOT}) does not exist!]);
     1524                fi
     1525                HAVE_METIS=yes
     1526        fi
     1527        if test "${HAVE_METIS}" = "yes"; then
     1528                METIS_VERSION=$(grep "#define METIS_VER_MAJOR" ${METIS_ROOT}/include/metis.h | sed 's|.*METIS_VER_MAJOR[[:space:]]*||')
     1529                dnl METIS libraries and header files
     1530                if test "x${METIS_VERSION}" == "x4"; then
     1531                        METISINCL="-I${METIS_ROOT}/Lib"
     1532                        case "${host_os}" in
     1533                                *cygwin*)
     1534                                        METISINCL="/I`cygpath -m ${METIS_ROOT}/Lib`"
     1535                                        METISLIB="-Wl,/link -Wl,/LIBPATH:`cygpath -m ${METIS_ROOT}` -Wl,libmetis.lib"
     1536                                ;;
     1537                                *darwin*)
     1538                                        METISLIB="-L${METIS_ROOT} -lmetis"
     1539                                ;;
     1540                                *linux*)
     1541                                        METISLIB="-L${METIS_ROOT} -lmetis"
     1542                                ;;
     1543                                *mingw*)
     1544                                        METISLIB="-Wl,${METIS_ROOT}/lib/libmetis.a"
     1545                                ;;
     1546                                *msys*)
     1547                                        METISLIB="-L${METIS_ROOT} -lmetis"
     1548                                ;;
     1549                        esac
     1550                elif test "x${METIS_VERSION}" == "x5"; then
     1551                        METISINCL="-I${METIS_ROOT}/include"
     1552                        case "${host_os}" in
     1553                                *cygwin*)
     1554                                        METISLIB="-L${METIS_ROOT} libmetis.lib"
     1555                                ;;
     1556                                *darwin*)
     1557                                        METISLIB="-L${METIS_ROOT}/lib -lmetis"
     1558                                ;;
     1559                                *linux*)
     1560                                        METISLIB="-L${METIS_ROOT}/lib -lmetis"
     1561                                ;;
     1562                                *mingw*)
     1563                                        METISLIB="-Wl,${METIS_ROOT}/lib/libmetis.a"
     1564                                ;;
     1565                                *msys*)
     1566                                        METISLIB="-L${METIS_ROOT}/lib -lmetis"
     1567                                ;;
     1568                        esac
     1569                else
     1570                        AC_MSG_ERROR([METIS version ${METIS_VERSION} not yet supported! Please contact ISSM developers via forum or email.])
     1571                fi
    14071572                AC_DEFINE([_HAVE_METIS_], [1], [with METIS in ISSM src])
    1408         else
    1409                 AC_ARG_WITH(
    1410                         [metis-dir],
    1411                         AS_HELP_STRING([--with-metis-dir=DIR], [METIS root directory, necessary for serial build]),
    1412                         [METIS_ROOT=${withval}],
    1413                         [METIS_ROOT="no"]
    1414                 )
    1415                 AC_MSG_CHECKING([for METIS])
    1416                 if test "x${METIS_ROOT}" == "xno"; then
    1417                         HAVE_METIS=no
    1418                 else
    1419                         HAVE_METIS=yes
    1420                         if ! test -d "${METIS_ROOT}"; then
    1421                                 AC_MSG_ERROR([METIS directory provided (${METIS_ROOT}) does not exist!]);
    1422                         fi
    1423                 fi
    1424                 AC_MSG_RESULT([${HAVE_METIS}])
    1425                 AM_CONDITIONAL([METIS], [test "x${HAVE_METIS}" == "xyes"])
    1426 
     1573                AC_DEFINE_UNQUOTED([_METIS_VERSION_], ${METIS_VERSION}, [METIS version number])
     1574                AC_SUBST([METISINCL])
     1575                AC_SUBST([METISLIB])
     1576        fi
     1577        AC_MSG_RESULT([${HAVE_METIS}])
     1578        AM_CONDITIONAL([METIS], [test "x${HAVE_METIS}" = "xyes"])
     1579        dnl }}}
     1580        dnl ParMETIS{{{
     1581        AC_MSG_CHECKING([for ParMETIS])
     1582        AC_ARG_WITH(
     1583                [parmetis-dir],
     1584                AS_HELP_STRING([--with-parmetis-dir=DIR], [ParMETIS root directory, necessary for parallel build]),
     1585                [PARMETIS_ROOT=${withval}],
     1586                [PARMETIS_ROOT="no"]
     1587        )
     1588        HAVE_PARMETIS=no
     1589        if test "x${PARMETIS_ROOT}" == "xno"; then
     1590                dnl Check if ParMETIS was installed via PETSc
     1591                if test -f ${PETSC_ROOT}/install/include/parmetis.h; then
     1592                        HAVE_PARMETIS="yes"
     1593                        PARMETIS_ROOT="${PETSC_ROOT}"
     1594                fi
     1595        else
     1596                if ! test -d "${PARMETIS_ROOT}"; then
     1597                        AC_MSG_ERROR([ParMETIS directory provided (${PARMETIS_ROOT}) does not exist!]);
     1598                fi
     1599                if ! test -d "${METIS_ROOT}"; then
     1600                        AC_MSG_ERROR([If supplying path to ParMETIS with option --with-parmetis-dir, must also supply path to METIS with option --with-metis-dir]);
     1601                fi
     1602                HAVE_PARMETIS="yes"
     1603        fi
     1604        if test "${HAVE_PARMETIS}" == "yes"; then
     1605                #PARMETIS_VERSION=$(grep "#define PARMETIS_MAJOR_VERSION" ${PARMETIS_ROOT}/include/parmetis.h | sed 's|.*PARMETIS_MAJOR_VERSION[[:space:]]*||')
    14271606                dnl METIS libraries and header files
    1428                 if test "x${HAVE_METIS}" == "xyes"; then
    1429                         dnl Retrieve METIS version (does the VERSION file exist?)
    1430                         if test -f "${METIS_ROOT}/VERSION"; then
    1431                                 METIS_VERSION=4
    1432                         else
    1433                                 METIS_VERSION=5
    1434                         fi
    1435 
    1436                         if test "x${METIS_VERSION}" == "x4"; then
    1437                                 METISINCL="-I${METIS_ROOT}/Lib"
    1438                                 case "${host_os}" in
    1439                                         *cygwin*)
    1440                                                 METISINCL="/I`cygpath -m ${METIS_ROOT}/Lib`"
    1441                                                 METISLIB="-Wl,/link -Wl,/LIBPATH:`cygpath -m ${METIS_ROOT}` -Wl,libmetis.lib"
    1442                                         ;;
    1443                                         *linux*)
    1444                                                 METISLIB="-L${METIS_ROOT} -lparmetis -lmetis"
    1445                                         ;;
    1446                                         *darwin*)
    1447                                                 METISLIB="-L${METIS_ROOT} -lparmetis -lmetis"
    1448                                         ;;
    1449                                 esac
    1450                                 AC_DEFINE([_METIS_VERSION_], [4], [ METIS version number])
    1451                         fi
    1452 
    1453                         if test "x${METIS_VERSION}" == "x5"; then
    1454                                 case "${host_os}" in
    1455                                         *cygwin*)
    1456                                                 METISLIB="-L${METIS_ROOT} libmetis.lib"
    1457                                         ;;
    1458                                         *linux*)
    1459                                                 METISLIB="-L${METIS_ROOT}/lib -lparmetis -lmetis"
    1460                                         ;;
    1461                                         *darwin*)
    1462                                                 METISLIB="-L${METIS_ROOT}/lib -lparmetis -lmetis"
    1463                                         ;;
    1464                                 esac
    1465                                 METISINCL="-I${METIS_ROOT}/include"
    1466                                 AC_DEFINE([_METIS_VERSION_], [5], [METIS version number])
    1467                         fi
    1468 
    1469                         AC_DEFINE([_HAVE_METIS_], [1], [with METIS in ISSM src])
    1470                         AC_SUBST([METISINCL])
    1471                         AC_SUBST([METISLIB])
    1472                 fi
    1473         fi
    1474         AM_CONDITIONAL([METIS], [test "x${HAVE_METIS}" == "xyes"])
     1607                #if test "x${PARMETIS_VERSION}" == "x4"; then
     1608                        PARMETISINCL="-I${PARMETIS_ROOT}/include"
     1609                        case "${host_os}" in
     1610                                *cygwin*)
     1611                                        PARMETISLIB="-L${PARMETIS_ROOT}/lib -lparmetis"
     1612                                ;;
     1613                                *darwin*)
     1614                                        PARMETISLIB="-L${PARMETIS_ROOT}/lib -lparmetis"
     1615                                ;;
     1616                                *linux*)
     1617                                        PARMETISLIB="-L${PARMETIS_ROOT}/lib -lparmetis"
     1618                                ;;
     1619                                *mingw*)
     1620                                        PARMETISLIB="-Wl,${PARMETIS_ROOT}/lib/libparmetis.a"
     1621                                ;;
     1622                                *msys*)
     1623                                        PARMETISLIB="-L${PARMETIS_ROOT}/lib -lparmetis"
     1624                                ;;
     1625                        esac
     1626                #else
     1627                #       AC_MSG_ERROR([ParMETIS version ${PARMETIS_VERSION} not yet supported! Please contact ISSM developers via forum or email.])
     1628                #fi
     1629                AC_DEFINE([_HAVE_PARMETIS_], [1], [with ParMETIS in ISSM src])
     1630                #AC_DEFINE([_PARMETIS_VERSION_], [${PARMETIS_VERSION}], [ParMETIS version number])
     1631                AC_SUBST([PARMETISINCL])
     1632                AC_SUBST([PARMETISLIB])
     1633        fi
     1634        AC_MSG_RESULT([${HAVE_PARMETIS}])
     1635        AM_CONDITIONAL([PARMETIS], [test "x${HAVE_PARMETIS}" = "xyes"])
    14751636        dnl }}}
    14761637        dnl Toolkit for Advanced Optimization (TAO){{{
     1638        AC_MSG_CHECKING([for TAO])
    14771639        AC_ARG_WITH(
    14781640                [tao-dir],
     
    14811643                [TAO_ROOT="no"]
    14821644        )
    1483         AC_MSG_CHECKING([for TAO])
    1484 
    14851645        if test "x${HAVE_PETSC}" == "xyes" && test "x${PETSC_MAJOR}" == "x3" && test ${PETSC_MINOR} -ge 5; then
    14861646                dnl In PETSc >= 3.5, TAO is provided
     
    15101670        dnl }}}
    15111671        dnl M1QN3{{{
     1672        AC_MSG_CHECKING([for M1QN3])
    15121673        AC_ARG_WITH(
    15131674                [m1qn3-dir],
     
    15161677                [M1QN3_ROOT="no"]
    15171678        )
    1518         AC_MSG_CHECKING([for M1QN3])
    15191679        if test "x${M1QN3_ROOT}" == "xno"; then
    15201680                HAVE_M1QN3=no
     
    15291689        dnl M1QN3 libraries and header files
    15301690        if test "x${HAVE_M1QN3}" == "xyes"; then
    1531                 M1QN3LIB="${M1QN3_ROOT}/libm1qn3.a ${M1QN3_ROOT}/libddot.a"
     1691                if test "${IS_MSYS2}" == "yes"; then
     1692                        M1QN3LIB="-Wl,${M1QN3_ROOT}/libm1qn3.a -Wl,${M1QN3_ROOT}/libddot.a"
     1693                else
     1694                        M1QN3LIB="${M1QN3_ROOT}/libm1qn3.a ${M1QN3_ROOT}/libddot.a"
     1695                fi
    15321696                AC_DEFINE([_HAVE_M1QN3_], [1], [with M1QN3 in ISSM src])
    15331697                AC_SUBST([M1QN3LIB])
     
    15351699        dnl }}}
    15361700        dnl PROJ{{{
     1701        AC_MSG_CHECKING([for PROJ])
    15371702        AC_ARG_WITH(
    15381703                [proj-dir],
     
    15411706                [PROJ_ROOT="no"]
    15421707        )
    1543         AC_MSG_CHECKING([for PROJ])
    15441708        if test "x${PROJ_ROOT}" == "xno"; then
    15451709                HAVE_PROJ=no
     
    15631727        dnl }}}
    15641728        dnl SLEPc{{{
     1729        AC_MSG_CHECKING([for SLEPc])
    15651730        AC_ARG_WITH(
    15661731                [slepc-dir],
     
    15691734                [SLEPC_ROOT="no"]
    15701735        )
    1571         AC_MSG_CHECKING([for SLEPc])
    15721736        if test "x${SLEPC_ROOT}" == "xno"; then
    15731737                HAVE_SLEPC=no
     
    15901754        dnl }}}
    15911755        dnl shapelib{{{
     1756        AC_MSG_CHECKING([for shapelib])
    15921757        AC_ARG_WITH(
    15931758                [shapelib-dir],
     
    15961761                [SHAPELIB_ROOT="no"]
    15971762        )
    1598         AC_MSG_CHECKING([for shapelib])
    15991763        if test "x${SHAPELIB_ROOT}" == "xno"; then
    16001764                HAVE_SHAPELIB=no
     
    16151779                AC_SUBST([SHAPELIBLIB])
    16161780        fi
     1781        AM_CONDITIONAL([SHP], [test "x${HAVE_SHAPELIB}" == "xyes"])
    16171782        dnl }}}
    16181783        dnl ScaLAPACK{{{
    1619 
    16201784        dnl NOTE: User should supply path to root directory or libraries, but not both
     1785        dnl
     1786        AC_MSG_CHECKING([for ScaLAPACK])
    16211787        AC_ARG_WITH(
    16221788                [scalapack-dir],
     
    16311797                [SCALAPACKLIB="no"]
    16321798        )
    1633         AC_MSG_CHECKING([for ScaLAPACK])
    16341799        if test "x${SCALAPACK_ROOT}" == "xno" && test "x${SCALAPACKLIB}" == "xno"; then
    16351800                HAVE_SCALAPACK=no
     
    16401805                fi
    16411806                HAVE_SCALAPACK=yes
    1642                 SCALAPACKLIB="-L${SCALAPACK_ROOT}/lib -lscalapack"
     1807                if test "${VENDOR}" == "win-msys2"; then
     1808                        SCALAPACKLIB="-Wl,${SCALAPACK_ROOT}/lib/libscalapack.a"
     1809                else
     1810                        SCALAPACKLIB="-L${SCALAPACK_ROOT}/lib -lscalapack"
     1811                fi
    16431812        elif test "x${SCALAPACKLIB}" != "xno"; then
    16441813                dnl Value of SCALAPACKLIB should be valid here, so no need to set it (as above)
     
    16561825        dnl }}}
    16571826        dnl BLAS/LAPACK{{{
     1827        AC_MSG_CHECKING([for BLAS/LAPACK])
     1828        AC_ARG_WITH(
     1829                [blas-dir],
     1830                [AS_HELP_STRING([--with-blas-dir=DIR], [BLAS root directory])],
     1831                [BLAS_ROOT=$withval],
     1832                [BLAS_ROOT="no"]
     1833        )
     1834        AC_ARG_WITH(
     1835                [lapack-dir],
     1836                [AS_HELP_STRING([--with-lapack-dir=DIR], [LAPACK root directory])],
     1837                [LAPACK_ROOT=$withval],
     1838                [LAPACK_ROOT="no"]
     1839        )
    16581840        AC_ARG_WITH(
    16591841                [blas-lapack-dir],
     
    16621844                [BLASLAPACK_ROOT="no"]
    16631845        )
    1664         AC_MSG_CHECKING([for BLAS/LAPACK])
    1665         if test "x${BLASLAPACK_ROOT}" == "xno" ; then
     1846        if (test "x${BLAS_ROOT}" = "xno" || test "x${LAPACK_ROOT}" = "xno") && test "x${BLASLAPACK_ROOT}" = "xno"; then
    16661847                HAVE_BLASLAPACK=no
    16671848        else
    16681849                HAVE_BLASLAPACK=yes
    1669                 if ! test -d "${BLASLAPACK_ROOT}"; then
    1670                         AC_MSG_ERROR([BLAS/LAPACK directory provided (${BLASLAPACK_ROOT}) does not exist!]);
     1850                if ! test -d "${BLAS_ROOT}" || ! test -d "${LAPACK_ROOT}"; then
     1851                        if ! test -d "${BLASLAPACK_ROOT}"; then
     1852                                AC_MSG_ERROR([Use either --with-blas-dir and --with-lapack-dir *or* --with-blaslapack-dir]);
     1853                        fi
    16711854                fi
    16721855        fi
     
    16751858        dnl BLAS/LAPACK libraries and header files
    16761859        if test "x${HAVE_BLASLAPACK}" == "xyes"; then
    1677                 BLASLAPACKINCL=""
    16781860                case "${host_os}" in
    16791861                        *cygwin*)
     
    17041886                                fi
    17051887                        ;;
     1888                        *mingw*)
     1889                                if test -d "${BLASLAPACK_ROOT}"; then
     1890                                        BLASLAPACKLIB="-L${BLASLAPACK_ROOT}/lib"
     1891                                        if ls ${BLASLAPACK_ROOT}/lib/libopenblas.* 1> /dev/null 2>&1; then
     1892                                                BLASLAPACKLIB+=" -lopenblas"
     1893                                        elif ls ${BLASLAPACK_ROOT}/lib/libf2clapack.* 1> /dev/null 2>&1; then
     1894                                                BLASLAPACKLIB+=" -lf2clapack -lf2cblas"
     1895                                        elif ls ${BLASLAPACK_ROOT}/lib/libflapack.* 1> /dev/null 2>&1; then
     1896                                                BLASLAPACKLIB="-Wl,${BLASLAPACK_ROOT}/lib/libflapack.a -Wl,${BLASLAPACK_ROOT}/lib/libfblas.a"
     1897                                        else
     1898                                                BLASLAPACKLIB+=" -llapack -lblas"
     1899                                        fi
     1900                                else
     1901                                        BLASLAPACKLIB="-Wl,${LAPACK_ROOT}/lib/liblapack.a -Wl,${BLAS_ROOT}/lib/libblas.a"
     1902                                fi
     1903                        ;;
     1904                        *msys*)
     1905                                if test -d "${BLASLAPACK_ROOT}"; then
     1906                                        if ls ${BLASLAPACK_ROOT}/lib/libopenblas.* 1> /dev/null 2>&1; then
     1907                                                BLASLAPACKLIB=" -lopenblas"
     1908                                        elif ls ${BLASLAPACK_ROOT}/lib/libf2clapack.* 1> /dev/null 2>&1; then
     1909                                                BLASLAPACKLIB=" -lf2clapack -lf2cblas"
     1910                                        elif ls ${BLASLAPACK_ROOT}/lib/libflapack.* 1> /dev/null 2>&1; then
     1911                                                BLASLAPACKLIB+=" -lflapack -lfblas"
     1912                                        else
     1913                                                BLASLAPACKLIB=" -llapack -lblas"
     1914                                        fi
     1915                                else
     1916                                        BLASLAPACKLIB="-L${LAPACK_ROOT}/lib -llapack -L${BLAS_ROOT}/lib -lblas"
     1917                                fi
     1918                        ;;
    17061919                esac
    17071920                AC_DEFINE([_HAVE_BLASLAPACK_], [1], [with BLAS/LAPACK in ISSM src])
    17081921                AC_SUBST([BLASLAPACKLIB])
    1709                 AC_SUBST([BLASLAPACKINCL])
    17101922        fi
    17111923        dnl }}}
    17121924        dnl Math Kernel Library (MKL){{{
     1925        AC_MSG_CHECKING([for MKL])
    17131926        AC_ARG_WITH(
    17141927                [mkl-libflags],
     
    17171930                [MKL_LIBFLAGS="no"]
    17181931        )
    1719         AC_MSG_CHECKING([for MKL])
    17201932        if test "x${MKL_LIBFLAGS}" == "xno"; then
    17211933                HAVE_MKL=no
     
    17301942        dnl }}}
    17311943        dnl PlaLAPACK{{{
    1732 
    17331944        dnl TODO:       Handle user supplying path to root directory *or* individual
    17341945        dnl             arguments (like ScaLAPACK)
     
    17651976        dnl }}}
    17661977        dnl MUMPS{{{
     1978        AC_MSG_CHECKING([for MUMPS])
    17671979        AC_ARG_WITH(
    17681980                [mumps-dir],
     
    17711983                [MUMPS_ROOT="no"]
    17721984        )
    1773         AC_MSG_CHECKING([for MUMPS])
    17741985        if test "x${MUMPS_ROOT}" == "xno"; then
    17751986                HAVE_MUMPS=no
     
    17861997                MUMPSINCL="-I${MUMPS_ROOT}/include"
    17871998                if test "x${MUMPS_ROOT}" == "x${PETSC_ROOT}"; then
    1788                         if test "x${PETSC_MAJOR}" == "x2"; then
    1789                                 MUMPSLIB="-L${MUMPS_ROOT}/lib "
     1999                        if test "${VENDOR}" == "win-msys2"; then
     2000                                MUMPSLIB="-Wl,${MUMPS_ROOT}/lib/libcmumps.a -Wl,${MUMPS_ROOT}/lib/libdmumps.a -Wl,${MUMPS_ROOT}/lib/libsmumps.a -Wl,${MUMPS_ROOT}/lib/libzmumps.a -Wl,${MUMPS_ROOT}/lib/libmumps_common.a -Wl,${MUMPS_ROOT}/lib/libpord.a"
    17902001                        else
    17912002                                MUMPSLIB="-L${MUMPS_ROOT}/lib -ldmumps -lcmumps -lmumps_common -lpord -lparmetis -lzmumps -lmetis"
    17922003                        fi
    17932004                else
    1794                         MUMPSLIB="-L${MUMPS_ROOT}/lib -ldmumps -lmumps_common -lpord"
     2005                        MUMPSLIB="-L${MUMPS_ROOT}/lib -ldmumps -lmumps_common -lpord -lparmetis"
    17952006                fi
    17962007                AC_DEFINE([_HAVE_MUMPS_], [1], [with MUMPS in ISSM src])
     
    18362047        dnl }}}
    18372048        dnl BLACS{{{
     2049        AC_MSG_CHECKING([for BLACS])
    18382050        AC_ARG_WITH(
    18392051                [blacs-dir],
     
    18422054                [BLACS_ROOT="no"]
    18432055        )
    1844         AC_MSG_CHECKING([for BLACS])
    18452056        if test "x${BLACS_ROOT}" == "xno"; then
    18462057                HAVE_BLACS=no
     
    18632074        dnl }}}
    18642075        dnl HYPRE{{{
     2076        AC_MSG_CHECKING([for HYPRE])
    18652077        AC_ARG_WITH(
    18662078                [hypre-dir],
     
    18692081                [HYPRE_ROOT="no"]
    18702082        )
    1871         AC_MSG_CHECKING([for HYPRE])
    18722083        if test "x${HYPRE_ROOT}" == "xno"; then
    18732084                HAVE_HYPRE=no
     
    18902101        dnl }}}
    18912102        dnl Prometheus{{{
     2103        AC_MSG_CHECKING([for Prometheus])
    18922104        AC_ARG_WITH(
    18932105                [prometheus-dir],
     
    18962108                [PROMETHEUS_ROOT="no"]
    18972109        )
    1898         AC_MSG_CHECKING([for Prometheus])
    18992110        if test "x${PROMETHEUS_ROOT}" == "xno"; then
    19002111                HAVE_PROMETHEUS=no
     
    19172128        dnl }}}
    19182129        dnl SEMIC{{{
     2130        AC_MSG_CHECKING([for SEMIC])
    19192131        AC_ARG_WITH(
    19202132                [semic-dir],
     
    19232135                [SEMIC_ROOT="no"]
    19242136        )
    1925         AC_MSG_CHECKING([for SEMIC])
    19262137        if test "x${SEMIC_ROOT}" == "xno"; then
    19272138                HAVE_SEMIC=no
     
    19372148        if test "x${HAVE_SEMIC}" == "xyes"; then
    19382149                SEMICINCL="-I${SEMIC_ROOT}"
     2150                if test "${IS_MSYS2}" == "yes"; then
     2151                        SEMICLIB="-Wl,-L${SEMIC_ROOT}/lib -Wl,-lsurface_physics -Wl,-lutils"
     2152                else
     2153                        SEMICLIB="-L${SEMIC_ROOT}/lib -lsurface_physics -lutils"
     2154                fi
    19392155                AC_DEFINE([_HAVE_SEMIC_], [1], [with SEMIC in ISSM src])
    1940                 SEMICLIB="-L${SEMIC_ROOT} -lsurface_physics -lutils"
    19412156                AC_SUBST([SEMICLIB])
    19422157                AC_SUBST([SEMICINCL])
     
    19452160        dnl }}}
    19462161        dnl SPAI{{{
     2162        AC_MSG_CHECKING([for SPAI])
    19472163        AC_ARG_WITH(
    19482164                [spai-dir],
     
    19512167                [SPAI_ROOT="no"]
    19522168        )
    1953         AC_MSG_CHECKING([for SPAI])
    19542169        if test "x${SPAI_ROOT}" == "xno"; then
    19552170                HAVE_SPAI=no
     
    19722187        dnl }}}
    19732188        dnl SuperLU{{{
     2189        AC_MSG_CHECKING([for SuperLU])
    19742190        AC_ARG_WITH(
    19752191                [superlu-dir],
     
    19782194                [SUPERLU_ROOT="no"]
    19792195        )
    1980         AC_MSG_CHECKING([for SuperLU])
    19812196        if test "x${SUPERLU_ROOT}" == "xno"; then
    19822197                HAVE_SUPERLU=no
     
    19992214        dnl }}}
    20002215        dnl SPOOLES{{{
     2216        AC_MSG_CHECKING([for SPOOLES])
    20012217        AC_ARG_WITH(
    20022218                [spooles-dir],
     
    20052221                [SPOOLES_ROOT="no"]
    20062222        )
    2007         AC_MSG_CHECKING([for SPOOLES])
    20082223        if test "x${SPOOLES_ROOT}" == "xno"; then
    20092224                HAVE_SPOOLES=no
     
    20262241        dnl }}}
    20272242        dnl PaStiX{{{
     2243        AC_MSG_CHECKING([for PaStiX])
    20282244        AC_ARG_WITH(
    20292245                [pastix-dir],
     
    20322248                [PASTIX_ROOT="no"]
    20332249        )
    2034         AC_MSG_CHECKING([for PaStiX])
    20352250        if test "x${PASTIX_ROOT}" == "xno"; then
    20362251                HAVE_PASTIX=no
     
    20542269        dnl }}}
    20552270        dnl ml{{{
     2271        AC_MSG_CHECKING([for ml])
    20562272        AC_ARG_WITH(
    20572273                [ml-dir],
     
    20602276                [ML_ROOT="no"]
    20612277        )
    2062         AC_MSG_CHECKING([for ml])
    20632278        if test "x${ML_ROOT}" == "xno"; then
    20642279                HAVE_ML=no
     
    20812296        dnl }}}
    20822297        dnl UMFPACK{{{
     2298        AC_MSG_CHECKING([for UMFPACK])
    20832299        AC_ARG_WITH(
    20842300                [umfpack-dir],
     
    20872303                [UMFPACK_ROOT="no"]
    20882304        )
    2089         AC_MSG_CHECKING([for UMFPACK])
    20902305        if test "x${UMFPACK_ROOT}" == "xno"; then
    20912306                HAVE_UMFPACK=no
     
    21242339        dnl }}}
    21252340        dnl MATH77{{{
     2341        AC_MSG_CHECKING([for MATH77])
    21262342        AC_ARG_WITH(
    21272343                [math77-dir],
     
    21302346                [MATH77_ROOT="no"]
    21312347        )
    2132         AC_MSG_CHECKING([for MATH77])
    21332348        if test "x${MATH77_ROOT}" == "xno"; then
    21342349                HAVE_MATH77=no
     
    21492364        dnl }}}
    21502365        dnl Fortran{{{
     2366        AC_MSG_CHECKING(for Fortran compilation)
    21512367        AC_ARG_WITH(
    21522368                [fortran],
     
    21552371                [FORTRAN=yes]
    21562372        )
    2157         AC_MSG_CHECKING(for Fortran compilation)
    21582373        if test "x${FORTRAN}" == "xyes"; then
    21592374                HAVE_FORTRAN=yes
     
    22192434        dnl }}}
    22202435        dnl MeteoIO{{{
     2436        AC_MSG_CHECKING([for MeteoIO])
    22212437        AC_ARG_WITH(
    22222438                [meteoio-dir],
     
    22252441                [METEOIO_ROOT="no"]
    22262442        )
    2227         AC_MSG_CHECKING([for MeteoIO])
    22282443        if test "x${METEOIO_ROOT}" == "xno"; then
    22292444                HAVE_METEOIO=no
     
    22482463        dnl }}}
    22492464        dnl SNOWPACK{{{
     2465        AC_MSG_CHECKING([for SNOWPACK])
    22502466        AC_ARG_WITH(
    22512467                [snowpack-dir],
     
    22542470                [SNOWPACK_ROOT="no"]
    22552471        )
    2256         AC_MSG_CHECKING([for SNOWPACK])
    22572472        if test "x${SNOWPACK_ROOT}" == "xno"; then
    22582473                HAVE_SNOWPACK=no
     
    22762491        dnl }}}
    22772492        dnl NeoPZ{{{
     2493        AC_MSG_CHECKING([for NeoPZ])
    22782494        AC_ARG_WITH(
    22792495                [neopz-dir],
     
    22822498                [NEOPZ_ROOT="no"]
    22832499        )
    2284         AC_MSG_CHECKING([for NeoPZ])
    22852500        if test "x${NEOPZ_ROOT}" == "xno"; then
    22862501                HAVE_NEOPZ=no
     
    23512566                GMSH_VERSION_MAJOR=`${GMSH_ROOT}/bin/gmsh -info | grep "Version" | sed -e "s/Version@<:@@<:@:blank:@:>@@:>@*:@<:@@<:@:blank:@:>@@:>@//" | cut -d "." -f 1`
    23522567                AC_MSG_RESULT([${GMSH_VERSION_MAJOR}])
    2353                 AC_DEFINE_UNQUOTED(_GMSH_VERSION_MAJOR_, $GMSH_VERSION_MAJOR, [Gmsh major version])
     2568                AC_DEFINE_UNQUOTED([_GMSH_VERSION_MAJOR_], ${GMSH_VERSION_MAJOR}, [Gmsh major version])
    23542569        fi     
    23552570        dnl }}}
    23562571        dnl Capabilities
    23572572        dnl with-bamg{{{
     2573        AC_MSG_CHECKING([for BAMG capability compilation])
    23582574        AC_ARG_WITH(
    23592575                [bamg],
     
    23622578                [BAMG=yes]
    23632579        )
    2364         AC_MSG_CHECKING([for BAMG capability compilation])
    23652580        HAVE_BAMG=no
    23662581        if test "x${BAMG}" == "xyes"; then
     
    23722587        dnl }}}
    23732588        dnl with-ocean{{{
     2589        AC_MSG_CHECKING(for ice/ocean coupling capability compilation)
    23742590        AC_ARG_WITH(
    23752591                [ocean],
     
    23782594                [OCEAN=no]
    23792595        )
    2380         AC_MSG_CHECKING(for ice/ocean coupling capability compilation)
    2381 
    23822596        HAVE_OCEAN=no
    23832597        if test "x${OCEAN}" == "xyes"; then
     
    23892603        dnl }}}
    23902604        dnl with-kml{{{
     2605        AC_MSG_CHECKING(for kml capability compilation)
    23912606        AC_ARG_WITH(
    23922607                [kml],
     
    23952610                [KML=no]
    23962611        )
    2397         AC_MSG_CHECKING(for kml capability compilation)
    2398 
    23992612        HAVE_KML=no
    24002613        if test "x${KML}" == "xyes"; then
     
    24062619        dnl }}}
    24072620        dnl with-kriging{{{
     2621        AC_MSG_CHECKING(for kriging capability compilation)
    24082622        AC_ARG_WITH(
    24092623                [kriging],
     
    24122626                [KRIGING=yes]
    24132627        )
    2414         AC_MSG_CHECKING(for kriging capability compilation)
    2415 
    24162628        HAVE_KRIGING=no
    24172629        if test "x${KRIGING}" == "xyes"; then
     
    24282640        dnl Platform specifics
    24292641        dnl with-ios{{{
     2642        AC_MSG_CHECKING(for iOS compilation)
    24302643        AC_ARG_WITH(
    24312644                [ios],
     
    24342647                [IOS=no]
    24352648        )
    2436         AC_MSG_CHECKING(for iOS compilation)
    2437 
    24382649        HAVE_IOS=no
    24392650        if test "x${IOS}" == "xyes"; then
     
    24452656        dnl }}}
    24462657        dnl with-android{{{
     2658        AC_MSG_CHECKING([for Android capability compilation])
    24472659        AC_ARG_WITH(
    24482660                [android],
    24492661                AS_HELP_STRING([--with-android=EXE], [compile with Android capabilities (default: "no"; alternatives: "exe", "jni")]),
    24502662                [ANDROID=${withval}],
    2451                 [ANDROID=no])
    2452         AC_MSG_CHECKING([for Android capability compilation])
    2453 
     2663                [ANDROID=no]
     2664        )
    24542665        if test "x${ANDROID}" == "xjni"; then
    24552666                HAVE_ANDROID=jni
     
    24702681        dnl }}}
    24712682        dnl with-android-ndk{{{
     2683        AC_MSG_CHECKING([with Android Native Development Kit (NDK)])
    24722684        AC_ARG_WITH(
    24732685                [android-ndk],
     
    24762688                [ANDROID_NDK_ROOT=""]
    24772689        )
    2478         AC_MSG_CHECKING([with Android Native Development Kit (NDK)])
    2479 
    24802690        if test -d "${ANDROID_NDK_ROOT}"; then
    24812691                HAVE_ANDROID_NDK=yes
     
    24912701        dnl other options
    24922702        dnl optimization{{{
    2493         dnl -- bypass standard optimization -g -O2 -fPIC -std=c++11?
     2703        dnl -- bypass standard optimization -g -O2 -fPIC?
     2704        AC_MSG_CHECKING(for C++ optimization flags)
    24942705        AC_ARG_WITH(
    24952706                [cxxoptflags],
     
    24982709                [CXXOPTFLAGS="-g -O2 -fPIC -std=c++11"]
    24992710        )
    2500         AC_MSG_CHECKING(for C++ optimization flags)
    25012711        AC_SUBST([CXXOPTFLAGS])
    2502         AC_MSG_RESULT([done])
     2712        AC_MSG_RESULT([${CXXOPTFLAGS}])
    25032713        dnl }}}
    25042714        dnl multithreading{{{
     2715        AC_MSG_CHECKING(for number of threads)
    25052716        AC_ARG_WITH(
    25062717                [numthreads],
     
    25092720                [NUMTHREADS_VALUE=1]
    25102721        )
    2511         AC_MSG_CHECKING(for number of threads)
    25122722        dnl Check that supplied value is an integer
    25132723        if [[ "${NUMTHREADS_VALUE}" != "${NUMTHREADS_VALUE}" 2> /dev/null ]]; then
     
    25242734                                MULTITHREADINGLIB="-lpthread -lrt"
    25252735                        ;;
     2736                        *darwin*)
     2737                                MULTITHREADINGLIB="-lpthread"
     2738                        ;;
    25262739                        *linux*)
    25272740                                MULTITHREADINGLIB="-lpthread -lrt"
    25282741                        ;;
    2529                         *darwin*)
    2530                                 MULTITHREADINGLIB="-lpthread"
     2742                        *mingw*)
     2743                                MULTITHREADINGLIB=""
     2744                        ;;
     2745                        *msys*)
     2746                                MULTITHREADINGLIB=""
    25312747                        ;;
    25322748                esac
    25332749                AC_DEFINE([_MULTITHREADING_], [1], [with multithreading enabled])
    25342750        fi
    2535         AC_DEFINE_UNQUOTED(_NUMTHREADS_, $NUMTHREADS_VALUE, [number of threads])
     2751        AC_DEFINE_UNQUOTED([_NUMTHREADS_], ${NUMTHREADS_VALUE}, [number of threads])
    25362752        AC_SUBST([MULTITHREADINGLIB])
    25372753        AC_MSG_RESULT([${NUMTHREADS_VALUE}])
    25382754        dnl }}}
    25392755        dnl 64-bit indices{{{
     2756        AC_MSG_CHECKING([for 64-bit indices])
    25402757        AC_ARG_WITH(
    25412758                [64bit-indices],
     
    25442761                [USE_64BIT_INDICES=0]
    25452762        )
    2546         AC_MSG_CHECKING([for 64-bit indices])
    2547 
    25482763        if test "x${USE_64BIT_INDICES}" == "x1"; then
    25492764                AC_DEFINE([ISSM_USE_64BIT_INDICES], [1], [with 64-bit indices])
     
    25552770
    25562771        dnl Checks {{{
    2557         AC_MSG_CHECKING(consistency between all libraries)
     2772        AC_MSG_CHECKING(consistency between all external packages)
    25582773
    25592774        dnl Check that if PETSc is requested, MPI is specified
     
    25852800
    25862801        dnl Check that if we run ADOL-C, we don't compile kriging.exe
    2587         if test "x$HAVE_ADOLC" == "xyes" && test "${HAVE_KRIGING}" == "xyes"; then
     2802        if test "x${HAVE_ADOLC}" == "xyes" && test "${HAVE_KRIGING}" == "xyes"; then
    25882803                AC_MSG_ERROR([cannot compile kriging.exe under ADOL-C conditions!]);
    25892804        fi
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.