Changeset 24663


Ignore:
Timestamp:
03/13/20 16:02:32 (5 years ago)
Author:
jdquinn
Message:

BUG: Attempting to fix seg fault on launch of MATLAB during testing (not happening locally, only on Pine Island)

Location:
issm/trunk-jpl
Files:
1 added
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • issm/trunk-jpl/externalpackages/dakota/install-6.2-mac.sh

    r24655 r24663  
    1212export BLAS_LIBS="-L${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install/lib -lfblas -L/usr/local/gfortran/lib -lgfortran" # Need to export BLAS_LIBS *and* pass it as an option to CMake to ensure that external packages also find it
    1313export BOOST_ROOT=${ISSM_DIR}/externalpackages/boost/install
    14 export CXXFLAGS='-std=c++98' # Setting CXXFLAGS to deal with C++11 incompatibility with Matlab's Boost (absolutely necessary for this version)
    1514export DAK_BUILD=${DAK_ROOT}/build
    1615export DAK_INSTALL=${DAK_ROOT}/install
    … …  
    5453        -DCMAKE_Fortran_COMPILER=${MPI_HOME}/bin/mpif77 \
    5554        -DCMAKE_CXX_FLAGS="-fdelayed-template-parsing" \
     55        -DBoost_NO_BOOST_CMAKE=TRUE \
    5656        -DHAVE_ACRO=OFF \
    5757        -DHAVE_JEGA=OFF \

  • issm/trunk-jpl/jenkins/pine_island-mac-dakota

    r24661 r24663  
    4747        cmake           install.sh
    4848        petsc           install-3.12-mac.sh
    49         boost           install-1.55-mac.sh
     49        boost           install-1.72-mac.sh
    5050        dakota          install-6.2-mac.sh
    5151        triangle        install-mac.sh

  • issm/trunk-jpl/m4/issm_options.m4

    r24649 r24663  
    560560                        *darwin*)
    561561                                if test "${DAKOTA_VERSION}" == "5.1" || test "${DAKOTA_VERSION}" == "5.2"; then
    562                                         DAKOTALIB="-L${DAKOTA_ROOT}/lib -ldakota -lteuchos -lpecos -llhs -lsparsegrid -lsurfpack -lconmin -lddace -lfsudace -ljega -lcport -loptpp -lpsuade -lncsuopt -lcolin -linterfaces -lmomh -lscolib -lpebbl -ltinyxml -lutilib -l3po -lhopspack -lnidr -lamplsolver -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system"
     562                                        DAKOTALIB="-L${DAKOTA_ROOT}/lib -ldakota -lteuchos -lpecos -llhs -lsparsegrid -lsurfpack -lconmin -lddace -lfsudace -ljega -lcport -loptpp -lpsuade -lncsuopt -lcolin -linterfaces -lmomh -lscolib -lpebbl -ltinyxml -lutilib -l3po -lhopspack -lnidr -lamplsolver -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system -ldl"
    563563                                elif test "${DAKOTA_VERSION}" == "5.3" || test "${DAKOTA_VERSION}" == "5.3.1"; then
    564564                                        DAKOTAFLAGS="-DDISABLE_DAKOTA_CONFIG_H -DBOOST_MULTI_INDEX_DISABLE_SERIALIZATION -DDAKOTA_PLUGIN -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DDAKOTA_HAVE_BOOST_FS -DHAVE_UNISTD_H -DHAVE_SYSTEM -DHAVE_WORKING_FORK -DHAVE_WORKING_VFORK -DHAVE_SYS_WAIT_H -DHAVE_USLEEP -DDAKOTA_F90 -DDAKOTA_HAVE_MPI -DHAVE_PECOS -DHAVE_SURFPACK -DDAKOTA_COLINY -DDAKOTA_UTILIB -DHAVE_ADAPTIVE_SAMPLING -DHAVE_CONMIN -DDAKOTA_DDACE -DHAVE_FSUDACE -DDAKOTA_HOPS -DHAVE_JEGA -DHAVE_NCSU -DHAVE_NL2SOL -DHAVE_OPTPP -DDAKOTA_OPTPP -DHAVE_PSUADE -DHAVE_AMPL"
    565565                                        DAKOTALIB="-L${DAKOTA_ROOT}/lib -L${BOOST_ROOT}/lib -ldakota_src -lpecos_src -lscolib -ljega_fe -llhs -lpebbl -lcolin -linterfaces -lmods -lmoga -loptpp -lsampling -lsoga -lsurfpack -lutilib -lconmin -ldakota_src_fortran -lmod -lncsuopt -lsurfpack_fortran -lteuchos -l3po -lamplsolver -lanalyzer -lbose -lcport -ldace -ldfftpack -leutils -lfsudace -lhopspack -ljega -lnidr -lpecos -lpsuade -lrandom -ltinyxml -lutilities -lsparsegrid -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system"
    566566                                        AC_DEFINE([DISABLE_DAKOTA_CONFIG_H], [1], [disabling DAKOTA_CONFIG_H])
    567                                         AC_DEFINE([DAKOTA_HAVE_MPI], [1], [enabling parallel MPI])
     567                                        AC_DEFINE([DAKOTA_HAVE_MPI], [1], [enabling Dakota with MPI])
    568568                                elif test "${DAKOTA_VERSION}" == "6.1" || test "${DAKOTA_VERSION}" == "6.2"; then
    569                                         DAKOTAFLAGS="-DDISABLE_DAKOTA_CONFIG_H -DBOOST_MULTI_INDEX_DISABLE_SERIALIZATION -DDAKOTA_PLUGIN -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DDAKOTA_HAVE_BOOST_FS -DHAVE_UNISTD_H -DHAVE_SYSTEM -DHAVE_WORKING_FORK -DHAVE_WORKING_VFORK -DHAVE_SYS_WAIT_H -DHAVE_USLEEP -DDAKOTA_F90 -DDAKOTA_HAVE_MPI -DHAVE_PECOS -DHAVE_SURFPACK -DDAKOTA_UTILIB -DHAVE_ADAPTIVE_SAMPLING -DHAVE_CONMIN -DDAKOTA_DDACE -DHAVE_FSUDACE -DDAKOTA_HOPS -DHAVE_NCSU -DHAVE_NL2SOL -DHAVE_OPTPP -DDAKOTA_OPTPP -DHAVE_PSUADE -DHAVE_AMPL"
    570                                         if test "x${enable_standalone_executables}" == "xyes"; then
    571                                                 DAKOTALIB="-L${DAKOTA_ROOT}/lib -ldakota_src -ldream -lfsudace -lddace -lnomad -lpecos_src -llhs -llhs_mods -loptpp -lsurfpack -lconmin -ldakota_src_fortran -llhs_mod -lncsuopt -lsurfpack_fortran -lteuchos -lamplsolver -lcport -ldfftpack -lfsudace -lhopspack -lnidr -lpecos -lpsuade -lsparsegrid ${BOOST_ROOT}/lib/libboost_serialization.a ${BOOST_ROOT}/lib/libboost_signals.a ${BOOST_ROOT}/lib/libboost_regex.a ${BOOST_ROOT}/lib/libboost_filesystem.a ${BOOST_ROOT}/lib/libboost_system.a"
    572                                         else
    573                                                 DAKOTALIB="-L${DAKOTA_ROOT}/lib -L${BOOST_ROOT}/lib -ldakota_src -ldream -lfsudace -lddace -lnomad -lpecos_src -llhs -llhs_mods -loptpp -lsurfpack -lconmin -ldakota_src_fortran -llhs_mod -lncsuopt -lsurfpack_fortran -lteuchos -lamplsolver -lcport -ldfftpack -lfsudace -lhopspack -lnidr -lpecos -lpsuade -lsparsegrid -lboost_serialization -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system"
     569                                        if test "${BOOST_VERSION_MAJOR}" == "1"; then
     570                                                if test "${BOOST_VERSION_MINOR}" == "55"; then
     571                                                        DAKOTAFLAGS="-DDISABLE_DAKOTA_CONFIG_H -DBOOST_MULTI_INDEX_DISABLE_SERIALIZATION -DDAKOTA_PLUGIN -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DDAKOTA_HAVE_BOOST_FS -DHAVE_UNISTD_H -DHAVE_SYSTEM -DHAVE_WORKING_FORK -DHAVE_WORKING_VFORK -DHAVE_SYS_WAIT_H -DHAVE_USLEEP -DDAKOTA_F90 -DDAKOTA_HAVE_MPI -DHAVE_PECOS -DHAVE_SURFPACK -DDAKOTA_UTILIB -DHAVE_ADAPTIVE_SAMPLING -DHAVE_CONMIN -DDAKOTA_DDACE -DHAVE_FSUDACE -DDAKOTA_HOPS -DHAVE_NCSU -DHAVE_NL2SOL -DHAVE_OPTPP -DDAKOTA_OPTPP -DHAVE_PSUADE -DHAVE_AMPL"
     572                                                        DAKOTALIB="-L${DAKOTA_ROOT}/lib -ldakota_src -ldream -lfsudace -lddace -lnomad -lpecos_src -llhs -llhs_mods -loptpp -lsurfpack -lconmin -ldakota_src_fortran -llhs_mod -lncsuopt -lsurfpack_fortran -lteuchos -lamplsolver -lcport -ldfftpack -lfsudace -lhopspack -lnidr -lpecos -lpsuade -lsparsegrid -L${BOOST_ROOT}/lib -lboost_serialization -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system ${BLASLAPACKLIB}"
     573                                                elif test "${BOOST_VERSION_MINOR}" = "72"; then
     574                                                        DAKOTAFLAGS="-DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_CONFIG_H -DDISABLE_DAKOTA_CONFIG_H -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DHAVE_UNISTD_H -DHAVE_SYSTEM -DHAVE_WORKING_FORK -DHAVE_WORKING_VFORK -DHAVE_SYS_WAIT_H -DHAVE_USLEEP -DDAKOTA_F90 -DDAKOTA_HAVE_MPI -DHAVE_PECOS -DHAVE_SURFPACK -DHAVE_ADAPTIVE_SAMPLING -DHAVE_ESM -DHAVE_CONMIN -DHAVE_DDACE -DHAVE_DREAM -DHAVE_FSUDACE -DDAKOTA_HOPS -DHAVE_NCSU -DHAVE_NL2SOL -DHAVE_NOMAD -DHAVE_OPTPP -DDAKOTA_OPTPP -DHAVE_PSUADE -DHAVE_AMPL"
     575                                                        dnl See $ISSM_DIR/dakota/build/src/Makefile.export.Dakota -> Dakota_LIBRARIES
     576                                                        DAKOTALIB="-L${DAKOTA_ROOT}/lib -ldakota_src -ldakota_src_fortran -lnidr -lteuchos -lpecos -lpecos_src -llhs -llhs_mods -llhs_mod -ldfftpack -lsparsegrid -lsurfpack -lsurfpack -lsurfpack_fortran -lconmin -lddace -ldream -lfsudace -lhopspack -lncsuopt -lcport -lnomad -loptpp -lpsuade -lamplsolver -L${BOOST_ROOT}/lib -lboost_filesystem -lboost_program_options -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system ${BLASLAPACKLIB}"
     577                                                fi
    574578                                        fi
    575579                                        AC_DEFINE([DISABLE_DAKOTA_CONFIG_H], [1], [disabling DAKOTA_CONFIG_H])
    576580                                        AC_DEFINE([DAKOTA_HAVE_MPI], [1], [enabling Dakota with MPI])
    577581                                elif test "${DAKOTA_VERSION}" == "6.11"; then
    578                                         DAKOTAFLAGS="-DDISABLE_DAKOTA_CONFIG_H -DBOOST_MULTI_INDEX_DISABLE_SERIALIZATION -DDAKOTA_PLUGIN -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DDAKOTA_HAVE_BOOST_FS -DHAVE_UNISTD_H -DHAVE_SYSTEM -DHAVE_WORKING_FORK -DHAVE_WORKING_VFORK -DHAVE_SYS_WAIT_H -DHAVE_USLEEP -DDAKOTA_F90 -DDAKOTA_HAVE_MPI -DHAVE_PECOS -DHAVE_SURFPACK -DDAKOTA_UTILIB -DHAVE_ADAPTIVE_SAMPLING -DHAVE_CONMIN -DDAKOTA_DDACE -DHAVE_FSUDACE -DDAKOTA_HOPS -DHAVE_NCSU -DHAVE_NL2SOL -DHAVE_OPTPP -DDAKOTA_OPTPP -DHAVE_PSUADE -DHAVE_AMPL"
    579                                         dnl See $ISSM_DIR/dakota/build/src/Makefile.export.Dakota -> Dakota_LIBRARIES
    580                                         DAKOTALIB="-L${DAKOTA_ROOT}/lib -ldakota_src -ldakota_src_fortran -lnidr -lteuchosremainder -lteuchosnumerics -lteuchoscomm -lteuchosparameterlist -lteuchosparser -lteuchoscore -lpecos_util -lpecos_src -llhs -llhs_mods -llhs_mod -ldfftpack -lsparsegrid -lsurfpack -lsurfpack -lsurfpack_fortran -lapproxnn -lconmin -lddace -ldream -lfsudace -lhopspack -lncsuopt -lcport -lnomad -loptpp -lpsuade -lamplsolver -L${BOOST_ROOT}/lib -lboost_serialization -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system"
     582                                        if test "${BOOST_VERSION_MAJOR}" == "1"; then
     583                                                if test "${BOOST_VERSION_MINOR}" == "55"; then
     584                                                        DAKOTAFLAGS="-DDISABLE_DAKOTA_CONFIG_H -DBOOST_MULTI_INDEX_DISABLE_SERIALIZATION -DDAKOTA_PLUGIN -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DDAKOTA_HAVE_BOOST_FS -DHAVE_UNISTD_H -DHAVE_SYSTEM -DHAVE_WORKING_FORK -DHAVE_WORKING_VFORK -DHAVE_SYS_WAIT_H -DHAVE_USLEEP -DDAKOTA_F90 -DDAKOTA_HAVE_MPI -DHAVE_PECOS -DHAVE_SURFPACK -DDAKOTA_UTILIB -DHAVE_ADAPTIVE_SAMPLING -DHAVE_CONMIN -DDAKOTA_DDACE -DHAVE_FSUDACE -DDAKOTA_HOPS -DHAVE_NCSU -DHAVE_NL2SOL -DHAVE_OPTPP -DDAKOTA_OPTPP -DHAVE_PSUADE -DHAVE_AMPL"
     585                                                        DAKOTALIB="-L${DAKOTA_ROOT}/lib -ldakota_src -ldream -lfsudace -lddace -lnomad -lpecos_src -llhs -llhs_mods -loptpp -lsurfpack -lconmin -ldakota_src_fortran -llhs_mod -lncsuopt -lsurfpack_fortran -lteuchos -lamplsolver -lcport -ldfftpack -lfsudace -lhopspack -lnidr -lpecos -lpsuade -lsparsegrid -L$BOOST_ROOT/lib -lboost_serialization -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system ${BLASLAPACKLIB}"
     586                                                elif test "${BOOST_VERSION_MINOR}" == "72"; then
     587                                                        DAKOTAFLAGS="-DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_CONFIG_H -DDISABLE_DAKOTA_CONFIG_H -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DHAVE_UNISTD_H -DHAVE_SYSTEM -DHAVE_WORKING_FORK -DHAVE_WORKING_VFORK -DHAVE_SYS_WAIT_H -DHAVE_USLEEP -DDAKOTA_F90 -DDAKOTA_HAVE_MPI -DHAVE_PECOS -DHAVE_SURFPACK -DHAVE_ADAPTIVE_SAMPLING -DHAVE_ESM -DHAVE_CONMIN -DHAVE_DDACE -DHAVE_DREAM -DHAVE_FSUDACE -DDAKOTA_HOPS -DHAVE_NCSU -DHAVE_NL2SOL -DHAVE_NOMAD -DHAVE_OPTPP -DDAKOTA_OPTPP -DHAVE_PSUADE -DHAVE_AMPL"
     588                                                        DAKOTALIB="-L${DAKOTA_ROOT}/lib -ldakota_src -ldakota_src_fortran -lnidr -lteuchosremainder -lteuchosnumerics -lteuchoscomm -lteuchosparameterlist -lteuchosparser -lteuchoscore -lpecos_util -lpecos_src -llhs -llhs_mods -llhs_mod -ldfftpack -lsparsegrid -lsurfpack -lsurfpack -lsurfpack_fortran -lapproxnn -lconmin -lddace -ldream -lfsudace -lhopspack -lncsuopt -lcport -lnomad -loptpp -lpsuade -lamplsolver -L${BOOST_ROOT}/lib -lboost_filesystem -lboost_program_options -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system ${BLASLAPACKLIB}"
     589                                                fi
     590                                        fi
    581591                                        AC_DEFINE([DISABLE_DAKOTA_CONFIG_H], [1], [disabling DAKOTA_CONFIG_H])
    582592                                        AC_DEFINE([DAKOTA_HAVE_MPI], [1], [enabling Dakota with MPI])
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.