Changeset 24593


Ignore:
Timestamp:
02/26/20 22:46:55 (5 years ago)
Author:
jdquinn
Message:

CHG: Added new configurations for Linux binaries, including support for Python bindings under Dakota, shipping of dynamic copy of libgfortran; external package configurations; cleanup of m4/issm_options.m4, Makefile.am’s, Jenkins configuration files; addition of Linux binaries packaging and testing scripts

Location:
issm/trunk-jpl
Files:
65 added
30 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • issm/trunk-jpl/externalpackages/boost/install-1.55-linux.sh

    r23435 r24593  
    11#!/bin/bash
    2 #set -eu
    3 #unhook set -eu because some target do fail and it is not a big deal
     2#set -eu # Do not `run set -eu` because it causes some targets to fail
    43
    5 #Note of caution:  stop after boostrap phase, and run
    6 #bjam --debug-configuration, to figure out which paths boost is using to include
    7 #python. make sure everyone of these paths is covered by python. If not, just make
    8 #symlinks in externalpackages/python to what boost is expecting. Ther is NO WAY
    9 #to get the boost library to include python support without doing that.
    104
    11 #Some cleanup
    12 rm -rf install boost_1_55_0 src
     5# NOTE:
     6# - Stop after bootstrap step and run `bjam --debug-configuration` to figure
     7#       out which paths Boost is using to include Python. Make sure that each of
     8#       the listed paths is covered by Python. If not, you must create a symbolic
     9#       link from $ISSM_DIR/externalpackages/python to the location of the file
     10#       that Boost is expecting. There is no way to get the Boost to compile with
     11#       Python otherwise.
     12#
     13
     14## Constants
     15#
     16VER="1_55_0"
     17
     18## Evnrionment
     19#
     20export CXXFLAGS='-std=c++98' # Setting CXXFLAGS to deal with C++11 incompatibility with Matlab's Boost
     21
     22# Download source
     23$ISSM_DIR/scripts/DownloadExternalPackage.sh "https://issm.ess.uci.edu/files/externalpackages/boost_${VER}.tar.gz" "boost_${VER}.tar.gz"
     24
     25# Unpack source
     26tar -zxvf boost_${VER}.tar.gz
     27
     28# Cleanup
     29rm -rf install src
    1330mkdir install src
    1431
    15 #Download from ISSM server
    16 $ISSM_DIR/scripts/DownloadExternalPackage.sh 'https://issm.ess.uci.edu/files/externalpackages/boost_1_55_0.tar.gz' 'boost_1_55_0.tar.gz'
     32# Move source into 'src' directory
     33mv boost_${VER}/* src/
     34rm -rf boost_${VER}
    1735
    18 #Untar
    19 tar -zxvf  boost_1_55_0.tar.gz
     36# Copy customized source and configuration files to 'src' driectory
     37cp configs/1.55/linux/boost/multi_index/ordered_index.hpp src/boost/multi_index
    2038
    21 #Move boost into install directory
    22 mv boost_1_55_0/* src
    23 rm -rf boost_1_55_0
     39# Configure
     40cd src
     41./bootstrap.sh \
     42        --prefix="${ISSM_DIR}/externalpackages/boost/install" \
     43        --with-python=python2.7 \
     44        --with-python-root="${ISSM_DIR}/externalpackages/python/install"
    2445
    25 #Setting CXXFLAGS to deal with C++11 incompatibility with Matlab's Boost
    26 export CXXFLAGS='-std=c++98'
     46# Modify project config to enable MPI
     47printf "\n# Enable MPI\nusing mpi ;\n" >> project-config.jam
    2748
    28 #Configure and compile
    29 cd src
    30 ./bootstrap.sh \
    31         --prefix="$ISSM_DIR/externalpackages/boost/install" \
    32         --with-python=python2.7 \
    33         --with-python-root="$ISSM_DIR/externalpackages/python/install"
    34 
    35 #Compile boost
     49# Compile and install
    3650./bjam install
    3751
    38 #put bjam into install also:
     52# Copy binary to install directory
    3953mkdir ../install/bin
    4054cp bjam ../install/bin

  • issm/trunk-jpl/externalpackages/cmake/install.sh

    r24518 r24593  
    11#!/bin/bash
    2 set -eu
     2set -eu
     3
     4
     5## Constants
     6#
    37VER="3.16.2"
    48
    5 #Some cleanup
    6 rm -rf install cmake-$VER
     9# Download source
     10$ISSM_DIR/scripts/DownloadExternalPackage.sh "https://issm.ess.uci.edu/files/externalpackages/cmake-${VER}.tar.gz" "cmake-${VER}.tar.gz"
    711
    8 #Download from ISSM server
    9 $ISSM_DIR/scripts/DownloadExternalPackage.sh "https://issm.ess.uci.edu/files/externalpackages/cmake-$VER.tar.gz" "cmake-$VER.tar.gz"
     12# Unpack source
     13tar -zxvf cmake-${VER}.tar.gz
    1014
    11 #Untar
    12 tar -zxvf  cmake-$VER.tar.gz
     15# Cleanup
     16rm -rf install
    1317
    14 #Move cmake into install directory
    15 mv cmake-$VER install
     18# Move source into 'install' directory
     19mv cmake-${VER} install
    1620
    17 #Compile cmake
    18 cd install
    19 #./bootstrap --prefix=$ISSM_DIR/externalpackages/cmake/install #(Breaks on ronne)
    20 ./configure --prefix=$ISSM_DIR/externalpackages/cmake/install
     21# Configure
     22cd install
     23#./bootstrap \
     24#       --prefix=${ISSM_DIR}/externalpackages/cmake/install # Breaks on ronne
     25./configure \
     26        --prefix=${ISSM_DIR}/externalpackages/cmake/install
     27
     28# Compile
    2129if [ $# -eq 0 ]; then
    2230        make
    23 else 
    24         make -j$1;
     31else
     32        make -j $1;
    2533fi

  • issm/trunk-jpl/externalpackages/lapack/install-3.8-linux.sh

    r24330 r24593  
    1010VER="3.8.0"
    1111
     12## Environment
     13#
     14export CC="${ISSM_DIR}/externalpackages/mpich/install/bin/mpicc"
     15export CXX="${ISSM_DIR}/externalpackages/mpich/install/bin/mpicxx"
     16export FC="${ISSM_DIR}/externalpackages/mpich/install/bin/mpif77"
     17
    1218# Download source
    1319$ISSM_DIR/scripts/DownloadExternalPackage.sh "https://issm.ess.uci.edu/files/externalpackages/lapack-${VER}.tar.gz" "lapack-${VER}.tar.gz"
    1420
    1521# Unpack source
    16 tar -zxvf lapack-$VER.tar.gz
     22tar -zxvf lapack-${VER}.tar.gz
    1723
    1824# Cleanup
    … …  
    2127
    2228# Move source to 'src' directory
    23 mv lapack-$VER/* src
    24 rm -rf lapack-$VER
     29mv lapack-${VER}/* src
     30rm -rf lapack-${VER}
    2531
    2632# Configure

  • issm/trunk-jpl/externalpackages/mpich/install-3.3.sh

    r24418 r24593  
    1111
    1212# Unpack source
    13 tar -zxvf  mpich-$VER.tar.gz
     13tar -zxvf mpich-${VER}.tar.gz
    1414
    1515# Cleanup
    … …  
    1818
    1919# Move source into 'src' directory
    20 mv mpich-$VER/* src
    21 rm -rf mpich-$VER
     20mv mpich-${VER}/* src
     21rm -rf mpich-${VER}
    2222
    2323# Configure
    … …  
    2525./configure \
    2626        --prefix="${ISSM_DIR}/externalpackages/mpich/install" \
    27         --enable-shared
     27        --disable-static \
     28        --disable-dependency-tracking \
     29        --enable-fast=all
    2830
    2931# Compile and install
    … …  
    3537        make -j $1 install
    3638fi
    37 
    38 # Return to initial directory
    39 cd ..

  • issm/trunk-jpl/jenkins/ross-debian_linux

    r24420 r24593  
    1 #-------------------------------#
    2 # 1: ISSM general configuration #
    3 #-------------------------------#
     1#--------------------#
     2# ISSM Configuration #
     3#--------------------#
    44
    5 # MATLAB path
    65MATLAB_PATH="/usr/local/MATLAB/R2019b"
    7 
    8 # ISSM CONFIGURATION
    96ISSM_CONFIG='\
    10         --prefix=$ISSM_DIR \
     7        --prefix=${ISSM_DIR} \
    118        --disable-static \
    12         --with-matlab-dir=$MATLAB_PATH \
    13         --with-fortran-lib="-L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/8 -lgfortran" \
    14         --with-mpi-include=$ISSM_DIR/externalpackages/mpich/install/include \
    15         --with-mpi-libflags="-L${ISSM_DIR}/externalpackages/mpich/install/lib -lmpi -lmpicxx -lmpifort" \
    16         --with-blas-lapack-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/lapack/install \
    17         --with-metis-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    18         --with-scalapack-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    19         --with-mumps-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    20         --with-petsc-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    21         --with-triangle-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/triangle/install \
    22         --with-chaco-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/chaco/install \
    23         --with-m1qn3-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/m1qn3/install \
    24         --with-semic-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/semic/install \
    25         --with-numthreads=4 \
    269        --enable-development \
    2710        --enable-debugging \
     11        --with-numthreads=4 \
     12        --with-matlab-dir=${MATLAB_PATH} \
     13        --with-fortran-lib="-L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/8 -lgfortran" \
     14        --with-mpi-include=${ISSM_DIR}/externalpackages/mpich/install/include \
     15        --with-mpi-libflags="-L${ISSM_DIR}/externalpackages/mpich/install/lib -lmpi -lmpicxx -lmpifort" \
     16        --with-blas-lapack-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/lapack/install \
     17        --with-metis-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     18        --with-scalapack-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     19        --with-mumps-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     20        --with-petsc-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     21        --with-triangle-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/triangle/install \
     22        --with-chaco-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/chaco/install \
     23        --with-m1qn3-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/m1qn3/install \
     24        --with-semic-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/semic/install \
    2825'
     26
     27#-------------------#
     28# External Packages #
     29#-------------------#
     30
     31EXTERNALPACKAGES="
     32        autotools       install-debian-linux.sh
     33        cmake           install.sh
     34        mpich           install-3.3.sh
     35        lapack          install-3.8-linux.sh
     36        petsc           install-3.7-linux.sh
     37        triangle        install-linux.sh
     38        chaco           install.sh
     39        m1qn3           install.sh
     40        semic           install.sh
     41        shell2junit     install.sh
     42"
     43
     44#---------#
     45# Testing #
     46#---------#
    2947
    3048# Test suites
    … …  
    3351JAVASCRIPT_TEST=0
    3452EXAMPLES_TEST=0
    35 
    36 #-----------------------------------#
    37 # 3: External packages installation #
    38 #-----------------------------------#
    39 
    40 # List of external packages to be installed and their installation scripts
    41 #
    42 EXTERNALPACKAGES="
    43         autotools       install-debian.sh
    44         cmake           install.sh
    45         mpich           install-3.3.sh
    46         lapack          install-3.8-linux.sh
    47         petsc           install-3.7-linux.sh
    48         triangle        install-linux64.sh
    49         chaco           install.sh
    50         m1qn3           install.sh
    51         semic           install.sh
    52         shell2junit     install.sh
    53 "
    54 
    55 #-----------------#
    56 # 4: test options #
    57 #-----------------#
    5853
    5954# Number of CPUs used in ISSM compilation

  • issm/trunk-jpl/jenkins/ross-debian_linux-adolc-ampioff

    r24420 r24593  
    1 #-------------------------------#
    2 # 1: ISSM general configuration #
    3 #-------------------------------#
     1#--------------------#
     2# ISSM Configuration #
     3#--------------------#
    44
    5 #MATLAB path
    65MATLAB_PATH="/usr/local/MATLAB/R2019b"
    7 
    8 #ISSM CONFIGURATION
    96ISSM_CONFIG='\
    10         --prefix=$ISSM_DIR \
     7        --prefix=${ISSM_DIR} \
    118        --disable-static \
     9        --enable-development \
     10        --enable-debugging \
     11        --with-numthreads=4 \
    1212        --without-kriging \
    1313        --without-kml \
    1414        --without-GiaIvins \
    1515        --without-Love \
    16         --with-matlab-dir=$MATLAB_PATH \
     16        --with-matlab-dir=${MATLAB_PATH} \
    1717        --with-python-dir=/usr \
    1818        --with-python-numpy-dir=/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/numpy \
    1919        --with-fortran-lib="-L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/8 -lgfortran" \
    20         --with-mpi-include=$ISSM_DIR/externalpackages/mpich/install/include  \
    21         --with-mpi-libflags="-L$ISSM_DIR/externalpackages/mpich/install/lib -lmpi -lmpicxx -lmpifort" \
    22         --with-metis-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    23         --with-blas-lapack-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/lapack/install \
    24         --with-scalapack-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    25         --with-mumps-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    26         --with-triangle-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/triangle/install \
    27         --with-gsl-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/gsl/install \
    28         --with-adolc-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/adolc/install \
    29         --with-numthreads=4 \
    30         --enable-development \
    31         --enable-debugging \
     20        --with-mpi-include=${ISSM_DIR}/externalpackages/mpich/install/include  \
     21        --with-mpi-libflags="-L${ISSM_DIR}/externalpackages/mpich/install/lib -lmpi -lmpicxx -lmpifort" \
     22        --with-metis-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     23        --with-blas-lapack-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/lapack/install \
     24        --with-scalapack-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     25        --with-mumps-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     26        --with-triangle-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/triangle/install \
     27        --with-gsl-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/gsl/install \
     28        --with-adolc-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/adolc/install \
    3229'
     30
     31#-------------------#
     32# External Packages #
     33#-------------------#
     34
     35# NOTE: The PETSc libraries are compiled but not used as they conflict with
     36#               ADOL-C: PETSc is really just being used as an installer for other
     37#               external packages.
     38#
     39EXTERNALPACKAGES="
     40        autotools       install-debian-linux.sh
     41        cmake           install.sh
     42        mpich           install-3.3.sh
     43        lapack          install-3.8-linux.sh
     44        petsc           install-3.7-linux.sh
     45        triangle        install-linux.sh
     46        gsl                     install-linux64.sh
     47        adolc           install.sh
     48        shell2junit     install.sh
     49"
     50
     51#---------#
     52# Testing #
     53#---------#
    3354
    3455# Test suites
    … …  
    3758JAVASCRIPT_TEST=0
    3859EXAMPLES_TEST=0
    39 
    40 #-----------------------------------#
    41 # 3: External packages installation #
    42 #-----------------------------------#
    43 
    44 #List of external pakages to be installed and their installation scripts
    45 #
    46 # NOTE: The PETSc libraries are compiled but not used as they conflict with
    47 #               ADOL-C: PETSc is really just being used as an installer for other
    48 #               external packages.
    49 EXTERNALPACKAGES="
    50         autotools       install-debian.sh
    51         cmake           install.sh
    52         mpich           install-3.3.sh
    53         lapack          install-3.8-linux.sh
    54         petsc           install-3.7-linux.sh
    55         triangle        install-linux64.sh
    56         gsl                     install-linux64.sh
    57         adolc           install.sh
    58         shell2junit     install.sh
    59 "
    60 
    61 #-----------------#
    62 # 4: test options #
    63 #-----------------#
    6460
    6561# Number of CPUs used in ISSM compilation

  • issm/trunk-jpl/jenkins/ross-debian_linux-adolc-ampion

    r24420 r24593  
    1 #-------------------------------#
    2 # 1: ISSM general configuration #
    3 #-------------------------------#
     1#--------------------#
     2# ISSM Configuration #
     3#--------------------#
    44
    5 #MATLAB path
    65MATLAB_PATH="/usr/local/MATLAB/R2019b"
    7 
    8 #ISSM CONFIGURATION
    96ISSM_CONFIG='\
    10         --prefix=$ISSM_DIR \
     7        --prefix=${ISSM_DIR} \
    118        --disable-static \
     9        --enable-development \
     10        --enable-debugging \
     11        --with-numthreads=4 \
    1212        --without-kriging \
    1313        --without-kml \
    1414        --without-GiaIvins \
    1515        --without-Love \
    16         --with-matlab-dir=$MATLAB_PATH \
     16        --with-matlab-dir=${MATLAB_PATH} \
    1717        --with-python-dir=/usr \
    1818        --with-python-numpy-dir=/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/numpy \
    1919        --with-fortran-lib="-L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/8 -lgfortran" \
    20         --with-mpi-include=$ISSM_DIR/externalpackages/mpich/install/include  \
    21         --with-mpi-libflags="-L$ISSM_DIR/externalpackages/mpich/install/lib -lmpi -lmpicxx -lmpifort" \
    22         --with-ampi-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/adjoinablempi/install \
    23         --with-metis-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    24         --with-blas-lapack-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/lapack/install \
    25         --with-scalapack-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    26         --with-mumps-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    27         --with-triangle-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/triangle/install \
    28         --with-gsl-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/gsl/install \
    29         --with-adolc-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/adolc/install \
    30         --with-numthreads=4 \
    31         --enable-development \
    32         --enable-debugging \
     20        --with-mpi-include=${ISSM_DIR}/externalpackages/mpich/install/include  \
     21        --with-mpi-libflags="-L${ISSM_DIR}/externalpackages/mpich/install/lib -lmpi -lmpicxx -lmpifort" \
     22        --with-ampi-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/adjoinablempi/install \
     23        --with-metis-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     24        --with-blas-lapack-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/lapack/install \
     25        --with-scalapack-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     26        --with-mumps-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     27        --with-triangle-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/triangle/install \
     28        --with-gsl-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/gsl/install \
     29        --with-adolc-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/adolc/install \
    3330'
     31
     32#-------------------#
     33# External Packages #
     34#-------------------#
     35
     36# NOTE: The PETSc libraries are compiled but not used as they conflict with
     37#               ADOL-C: PETSc is really just being used as an installer for other
     38#               external packages.
     39#
     40EXTERNALPACKAGES="
     41        autotools               install-debian-linux.sh
     42        cmake                   install.sh
     43        mpich                   install-3.3.sh
     44        lapack                  install-3.8-linux.sh
     45        petsc                   install-3.7-linux.sh
     46        triangle                install-linux.sh
     47        gsl                             install-linux64.sh
     48        adjoinablempi   install.sh
     49        adolc                   install-withampi.sh
     50        shell2junit             install.sh
     51"
     52
     53#---------#
     54# Testing #
     55#---------#
    3456
    3557# PYTHON and MATLAB testing
    … …  
    3860JAVASCRIPT_TEST=0
    3961EXAMPLES_TEST=0
    40 
    41 #-----------------------------------#
    42 # 3: External packages installation #
    43 #-----------------------------------#
    44 
    45 #List of external pakages to be installed and their installation scripts
    46 #
    47 # NOTE: The PETSc libraries are compiled but not used as they conflict with
    48 #               ADOL-C: PETSc is really just being used as an installer for other
    49 #               external packages.
    50 EXTERNALPACKAGES="
    51         autotools               install-debian.sh
    52         cmake                   install.sh
    53         mpich                   install-3.3.sh
    54         lapack                  install-3.8-linux.sh
    55         petsc                   install-3.7-linux.sh
    56         triangle                install-linux64.sh
    57         gsl                             install-linux64.sh
    58         adjoinablempi   install.sh
    59         adolc                   install-withampi.sh
    60         shell2junit             install.sh
    61 "
    62 
    63 #-----------------#
    64 # 4: test options #
    65 #-----------------#
    6662
    6763# Number of CPUs used in ISSM compilation

  • issm/trunk-jpl/jenkins/ross-debian_linux-codipack

    r24526 r24593  
    1 #-------------------------------#
    2 # 1: ISSM general configuration #
    3 #-------------------------------#
     1#--------------------#
     2# ISSM Configuration #
     3#--------------------#
    44
    5 # MATLAB path
    65MATLAB_PATH="/usr/local/MATLAB/R2019b"
    7 
    8 # ISSM CONFIGURATION
    96ISSM_CONFIG='\
    10         --prefix=$ISSM_DIR \
     7        --prefix=${ISSM_DIR} \
     8        --enable-tape-alloc \
     9        --enable-development \
     10        --enable-debugging \
     11        --with-numthreads=4 \
    1112        --without-kriging \
    1213        --without-kml \
    1314        --without-GiaIvins \
    1415        --without-Love \
    15         --with-matlab-dir=$MATLAB_PATH \
     16        --with-matlab-dir=${MATLAB_PATH} \
    1617        --with-fortran-lib="-L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/8 -lgfortran" \
    17         --with-mpi-libflags="-L$ISSM_DIR/externalpackages/mpich/install/lib -lmpi -lmpicxx -lmpifort" \
    18         --with-mpi-include=$ISSM_DIR/externalpackages/mpich/install/include \
    19         --with-blas-lapack-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/lapack/install \
    20         --with-metis-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    21         --with-scalapack-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    22         --with-mumps-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    23         --with-triangle-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/triangle/install \
    24         --with-chaco-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/chaco/install \
    25         --with-m1qn3-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/m1qn3/install \
    26         --with-semic-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/semic/install \
    27         --with-gsl-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/gsl/install \
    28         --with-medipack-dir="$ISSM_DIR/externalpackages/medipack/install" \
    29         --with-codipack-dir="$ISSM_DIR/externalpackages/codipack/install" \
    30         --with-numthreads=4 \
    31         --enable-tape-alloc \
    32         --enable-development \
    33         --enable-debugging \
     18        --with-mpi-libflags="-L${ISSM_DIR}/externalpackages/mpich/install/lib -lmpi -lmpicxx -lmpifort" \
     19        --with-mpi-include=${ISSM_DIR}/externalpackages/mpich/install/include \
     20        --with-blas-lapack-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/lapack/install \
     21        --with-metis-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     22        --with-scalapack-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     23        --with-mumps-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     24        --with-triangle-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/triangle/install \
     25        --with-chaco-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/chaco/install \
     26        --with-m1qn3-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/m1qn3/install \
     27        --with-semic-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/semic/install \
     28        --with-gsl-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/gsl/install \
     29        --with-medipack-dir="${ISSM_DIR}/externalpackages/medipack/install" \
     30        --with-codipack-dir="${ISSM_DIR}/externalpackages/codipack/install" \
    3431'
    3532
    36 # Test suites
    37 MATLAB_TEST=1
    38 PYTHON_TEST=0
    39 JAVASCRIPT_TEST=0
    40 EXAMPLES_TEST=0
     33#-------------------#
     34# External Packages #
     35#-------------------#
    4136
    42 #-----------------------------------#
    43 # 3: External packages installation #
    44 #-----------------------------------#
    45 
    46 #List of external pakages to be installed and their installation scripts
    4737EXTERNALPACKAGES="
    48         autotools       install-debian.sh
     38        autotools       install-debian-linux.sh
    4939        cmake           install.sh
    5040        mpich           install-3.3.sh
    5141        lapack          install-3.8-linux.sh
    5242        petsc           install-3.7-linux.sh
    53         triangle        install-linux64.sh
     43        triangle        install-linux.sh
    5444        chaco           install.sh
    5545        m1qn3           install.sh
    … …  
    6151"
    6252
    63 #-----------------#
    64 # 4: test options #
    65 #-----------------#
     53#---------#
     54# Testing #
     55#---------#
     56
     57# Test suites
     58MATLAB_TEST=1
     59PYTHON_TEST=0
     60JAVASCRIPT_TEST=0
     61EXAMPLES_TEST=0
    6662
    6763# Number of CPUs used in ISSM compilation

  • issm/trunk-jpl/jenkins/ross-debian_linux-dakota

    r24526 r24593  
    1 #-------------------------------#
    2 # 1: ISSM general configuration #
    3 #-------------------------------#
     1#--------------------#
     2# ISSM Configuration #
     3#--------------------#
    44
    5 #MATLAB path
    65MATLAB_PATH="/usr/local/MATLAB/R2019b"
    7 
    8 #ISSM CONFIGURATION
    96ISSM_CONFIG='\
    10         --prefix=$ISSM_DIR \
     7        --prefix=${ISSM_DIR} \
    118        --disable-static \
    12         --with-matlab-dir=$MATLAB_PATH \
     9        --enable-development \
     10        --enable-debugging \
     11        --with-cxxoptflags="-std=c++11" \
     12        --with-pic \
     13        --with-numthreads=4 \
     14        --with-matlab-dir=${MATLAB_PATH} \
    1315        --with-python-dir=/usr \
    1416        --with-python-numpy-dir=/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/numpy \
    1517        --with-fortran-lib="-L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/8 -lgfortran" \
    16         --with-mpi-include=$ISSM_DIR/externalpackages/mpich/install/include \
    17         --with-mpi-libflags="-L$ISSM_DIR/externalpackages/mpich/install/lib -lmpi -lmpicxx -lmpifort" \
    18         --with-blas-lapack-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/lapack/install \
    19         --with-metis-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    20         --with-scalapack-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    21         --with-mumps-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    22         --with-petsc-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    23         --with-triangle-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/triangle/install \
    24         --with-chaco-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/chaco/install \
    25         --with-dakota-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/dakota/install \
    26         --with-boost-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/boost/install \
    27         --with-cxxoptflags="-std=c++11" \
    28         --with-m1qn3-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/m1qn3/install \
    29         --with-numthreads=4 \
    30         --enable-development \
    31         --enable-debugging \
     18        --with-mpi-include=${ISSM_DIR}/externalpackages/mpich/install/include \
     19        --with-mpi-libflags="-L${ISSM_DIR}/externalpackages/mpich/install/lib -lmpi -lmpicxx -lmpifort" \
     20        --with-blas-lapack-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/lapack/install \
     21        --with-metis-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     22        --with-scalapack-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     23        --with-mumps-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     24        --with-petsc-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     25        --with-dakota-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/dakota/install \
     26        --with-boost-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/boost/install \
     27        --with-triangle-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/triangle/install \
     28        --with-chaco-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/chaco/install \
     29        --with-m1qn3-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/m1qn3/install \
     30        --with-semic-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/semic/install \
    3231'
     32
     33#-------------------#
     34# External Packages #
     35#-------------------#
     36
     37EXTERNALPACKAGES="
     38        autotools       install-debian-linux.sh
     39        cmake           install.sh
     40        mpich           install-3.3.sh
     41        lapack          install-3.8-linux.sh
     42        petsc           install-3.7-linux.sh
     43        boost           install-1.55-linux.sh
     44        dakota          install-6.2-linux.sh
     45        triangle        install-linux.sh
     46        chaco           install.sh
     47        m1qn3           install.sh
     48        semic           install.sh
     49        shell2junit     install.sh
     50"
     51
     52#---------#
     53# Testing #
     54#---------#
    3355
    3456# Test suites
    … …  
    3759JAVASCRIPT_TEST=0
    3860EXAMPLES_TEST=0
    39 
    40 #-----------------------------------#
    41 # 3: External packages installation #
    42 #-----------------------------------#
    43 
    44 #List of external pakages to be installed and their installation scripts
    45 EXTERNALPACKAGES="
    46         autotools       install-debian.sh
    47         cmake           install.sh
    48         mpich           install-3.3.sh
    49         lapack          install-3.8-linux.sh
    50         petsc           install-3.7-linux.sh
    51         triangle        install-linux64.sh
    52         boost           install-1.55-linux.sh
    53         dakota          install-6.2-linux64.sh
    54         chaco           install.sh
    55         m1qn3           install.sh
    56         shell2junit     install.sh
    57 "
    58 
    59 #-----------------#
    60 # 4: test options #
    61 #-----------------#
    6261
    6362# Number of CPUs used in ISSM compilation

  • issm/trunk-jpl/jenkins/ross-debian_linux-gia

    r24526 r24593  
    1 #-------------------------------#
    2 # 1: ISSM general configuration #
    3 #-------------------------------#
     1#--------------------#
     2# ISSM Configuration #
     3#--------------------#
    44
    5 #MATLAB path
    65MATLAB_PATH="/usr/local/MATLAB/R2019b"
    7 
    8 #ISSM CONFIGURATION
    96ISSM_CONFIG='\
    10         --prefix=$ISSM_DIR \
     7        --prefix=${ISSM_DIR} \
    118        --disable-static \
    12         --with-matlab-dir=$MATLAB_PATH \
     9        --enable-development \
     10        --enable-debugging \
     11        --with-gia=yes \
     12        --with-numthreads=4
     13        --with-matlab-dir=${MATLAB_PATH} \
    1314        --with-python-dir=/usr \
    1415        --with-python-numpy-dir=/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy \
    1516        --with-fortran-lib="-L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/8 -lgfortran" \
    16         --with-mpi-include=$ISSM_DIR/externalpackages/mpich/install/include \
    17         --with-mpi-libflags="-L$ISSM_DIR/externalpackages/mpich/install/lib -lmpi -lmpicxx -lmpifort" \
    18         --with-blas-lapack-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/lapack/install \
    19         --with-metis-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    20         --with-scalapack-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    21         --with-mumps-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    22         --with-petsc-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    23         --with-triangle-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/triangle/install \
    24         --with-math77-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/math77/install \
    25         --with-gia=yes \
    26         --with-numthreads=4 \
    27         --enable-development \
    28         --enable-debugging \
     17        --with-mpi-include=${ISSM_DIR}/externalpackages/mpich/install/include \
     18        --with-mpi-libflags="-L${ISSM_DIR}/externalpackages/mpich/install/lib -lmpi -lmpicxx -lmpifort" \
     19        --with-blas-lapack-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/lapack/install \
     20        --with-metis-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     21        --with-scalapack-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     22        --with-mumps-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     23        --with-petsc-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     24        --with-triangle-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/triangle/install \
     25        --with-math77-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/math77/install \
    2926'
     27
     28#-------------------#
     29# External Packages #
     30#-------------------#
     31
     32EXTERNALPACKAGES="
     33        autotools       install-debian-linux.sh
     34        cmake           install.sh
     35        mpich           install-3.3.sh
     36        lapack          install-3.8-linux.sh
     37        petsc           install-3.7-linux.sh
     38        triangle        install-linux.sh
     39        math77          install.sh
     40        gmsh            install.sh
     41        shell2junit     install.sh
     42"
     43
     44#---------#
     45# Testing #
     46#---------#
    3047
    3148# Test suites
    … …  
    3451JAVASCRIPT_TEST=0
    3552EXAMPLES_TEST=0
    36 
    37 #-----------------------------------#
    38 # 3: External packages installation #
    39 #-----------------------------------#
    40 
    41 #List of external pakages to be installed and their installation scripts
    42 EXTERNALPACKAGES="
    43         autotools       install-debian.sh
    44         cmake           install.sh
    45         mpich           install-3.3.sh
    46         lapack          install-3.8-linux.sh
    47         petsc           install-3.7-linux.sh
    48         triangle        install-linux64.sh
    49         math77          install.sh
    50         gmsh            install.sh
    51         shell2junit     install.sh
    52 "
    53 
    54 #-----------------#
    55 # 4: test options #
    56 #-----------------#
    5753
    5854# Number of CPUs used in ISSM compilation

  • issm/trunk-jpl/jenkins/ross-debian_linux-iceocean

    r24534 r24593  
    1 #-------------------------------#
    2 # 1: ISSM general configuration #
    3 #-------------------------------#
     1#--------------------#
     2# ISSM Configuration #
     3#--------------------#
    44
    5 # MATLAB path
    65MATLAB_PATH="/usr/local/MATLAB/R2019b"
    7 
    8 # ISSM CONFIGURATION
    96ISSM_CONFIG='\
    10         --prefix=$ISSM_DIR \
     7        --prefix=${ISSM_DIR} \
    118        --disable-static \
    12         --with-ocean \
    13         --with-matlab-dir=$MATLAB_PATH \
    14         --with-fortran-lib="-L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/8 -lgfortran" \
    15         --with-mpi-include=$ISSM_DIR/externalpackages/mpich/install/include \
    16         --with-mpi-libflags="-L${ISSM_DIR}/externalpackages/mpich/install/lib -lmpi -lmpicxx -lmpifort" \
    17         --with-blas-lapack-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/lapack/install \
    18         --with-metis-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    19         --with-scalapack-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    20         --with-mumps-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    21         --with-petsc-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    22         --with-triangle-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/triangle/install \
    23         --with-chaco-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/chaco/install \
    24         --with-m1qn3-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/m1qn3/install \
    25         --with-semic-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/semic/install \
    26         --with-numthreads=4 \
    279        --enable-development \
    2810        --enable-debugging \
     11        --with-ocean \
     12        --with-numthreads=4 \
     13        --with-matlab-dir=${MATLAB_PATH} \
     14        --with-fortran-lib="-L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/8 -lgfortran" \
     15        --with-mpi-include=${ISSM_DIR}/externalpackages/mpich/install/include \
     16        --with-mpi-libflags="-L${ISSM_DIR}/externalpackages/mpich/install/lib -lmpi -lmpicxx -lmpifort" \
     17        --with-blas-lapack-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/lapack/install \
     18        --with-metis-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     19        --with-scalapack-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     20        --with-mumps-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     21        --with-petsc-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     22        --with-triangle-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/triangle/install \
     23        --with-chaco-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/chaco/install \
     24        --with-m1qn3-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/m1qn3/install \
     25        --with-semic-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/semic/install \
    2926'
     27
     28#-------------------#
     29# External Packages #
     30#-------------------#
     31
     32EXTERNALPACKAGES="
     33        autotools       install-debian-linux.sh
     34        cmake           install.sh
     35        mpich           install-3.3.sh
     36        lapack          install-3.8-linux.sh
     37        petsc           install-3.7-linux.sh
     38        triangle        install-linux.sh
     39        chaco           install.sh
     40        m1qn3           install.sh
     41        semic           install.sh
     42        shell2junit     install.sh
     43"
     44
     45#---------#
     46# Testing #
     47#---------#
    3048
    3149# Test suites
    … …  
    3452JAVASCRIPT_TEST=0
    3553EXAMPLES_TEST=0
    36 
    37 #-----------------------------------#
    38 # 3: External packages installation #
    39 #-----------------------------------#
    40 
    41 #List of external pakages to be installed and their installation scripts
    42 EXTERNALPACKAGES="
    43         autotools       install-debian.sh
    44         cmake           install.sh
    45         mpich           install-3.3.sh
    46         lapack          install-3.8-linux.sh
    47         petsc           install-3.7-linux.sh
    48         triangle        install-linux64.sh
    49         chaco           install.sh
    50         m1qn3           install.sh
    51         semic           install.sh
    52         shell2junit     install.sh
    53 "
    54 
    55 #-----------------#
    56 # 4: test options #
    57 #-----------------#
    5854
    5955# Number of CPUs used in ISSM compilation

  • issm/trunk-jpl/jenkins/ross-debian_linux-javascript

    r24412 r24593  
    1 #-------------------------------#
    2 # 1: ISSM general configuration #
    3 #-------------------------------#
     1#--------------------#
     2# ISSM Configuration #
     3#--------------------#
    44
    5 # ISSM CONFIGURATION
    65ISSM_CONFIG='\
    7     --prefix=$ISSM_DIR \
     6    --prefix=${ISSM_DIR} \
    87    --disable-shared \
     8    --enable-development \
     9    --enable-debugging \
    910    --with-javascript \
    1011    --without-fortran \
    … …  
    1314    --without-kml \
    1415    --without-kriging \
    15     --with-gsl-dir="$ISSM_DIR/externalpackages/gsl/install-javascript" \
     16    --with-gsl-dir="${ISSM_DIR}/externalpackages/gsl/install-javascript" \
    1617    --with-triangle-dir="${ISSM_DIR}/externalpackages/triangle/install-javascript" \
    1718'
     19
     20#-------------------#
     21# External Packages #
     22#-------------------#
     23
     24EXTERNALPACKAGES="
     25    autotools   install-debian-linux.sh
     26    cmake       install.sh
     27    emscripten  install.sh
     28    gsl         install-javascript.sh
     29    triangle    install-javascript.sh
     30    shell2junit install.sh
     31"
     32
     33#---------#
     34# Testing #
     35#---------#
    1836
    1937# Test suites
    … …  
    2341EXAMPLES_TEST=0
    2442
    25 #-----------------------------------#
    26 # 3: External packages installation #
    27 #-----------------------------------#
    28 
    29 #List of external pakages to be installed and their installation scripts
    30 EXTERNALPACKAGES="
    31     autotools   install-debian.sh
    32     cmake       install.sh
    33         emscripten      install.sh
    34         gsl                     install-javascript.sh
    35         triangle        install-javascript.sh
    36         shell2junit     install.sh
    37 "
    38 
    39 #-----------------#
    40 # 4: test options #
    41 #-----------------#
    42 
    4343# Number of CPUs used in ISSM compilation
    4444#
    4545# NOTE: One is usually safer as some packages are very sensitive to parallel
    46 #               compilation.
     46#       compilation.
    4747#
    4848NUMCPUS_INSTALL=8

  • issm/trunk-jpl/jenkins/ross-debian_linux-python

    r24420 r24593  
    1 #-------------------------------#
    2 # 1: ISSM general configuration #
    3 #-------------------------------#
     1#--------------------#
     2# ISSM Configuration #
     3#--------------------#
    44
    5 #ISSM CONFIGURATION
    65ISSM_CONFIG='\
    7         --prefix=$ISSM_DIR \
     6        --prefix=${ISSM_DIR} \
    87        --disable-static \
     8        --enable-development \
     9        --enable-debugging \
     10        --with-numthreads=4 \
    911        --with-python-dir=/usr \
    1012        --with-python-numpy-dir=/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/numpy \
    1113        --with-fortran-lib="-L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/8 -lgfortran" \
    12         --with-mpi-include=$ISSM_DIR/externalpackages/mpich/install/include \
     14        --with-mpi-include=${ISSM_DIR}/externalpackages/mpich/install/include \
    1315        --with-mpi-libflags="-L${ISSM_DIR}/externalpackages/mpich/install/lib -lmpi -lmpicxx -lmpifort" \
    14         --with-blas-lapack-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/lapack/install \
    15         --with-metis-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    16         --with-scalapack-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    17         --with-mumps-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    18         --with-petsc-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    19         --with-triangle-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/triangle/install \
    20         --with-chaco-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/chaco/install \
    21         --with-m1qn3-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/m1qn3/install \
    22         --with-semic-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/semic/install \
    23         --with-numthreads=4 \
    24         --enable-development \
    25         --enable-debugging \
     16        --with-blas-lapack-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/lapack/install \
     17        --with-metis-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     18        --with-scalapack-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     19        --with-mumps-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     20        --with-petsc-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     21        --with-triangle-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/triangle/install \
     22        --with-chaco-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/chaco/install \
     23        --with-m1qn3-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/m1qn3/install \
     24        --with-semic-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/semic/install \
    2625'
     26
     27#-------------------#
     28# External Packages #
     29#-------------------#
     30
     31# TODO:
     32# - After upgrading Jenkins nodes to Ubuntu 18, use MPICH 3.3 and PETSc 3.11
     33#       (which will install zlib, HDF5, and NetCDF).
     34#
     35EXTERNALPACKAGES="
     36        autotools       install-debian-linux.sh
     37        cmake           install.sh
     38        mpich           install-3.3.sh
     39        lapack          install-3.8-linux.sh
     40        petsc           install-3.7-linux.sh
     41        triangle        install-linux.sh
     42        chaco           install.sh
     43        m1qn3           install.sh
     44        semic           install.sh
     45        shell2junit     install.sh
     46"
     47
     48#---------#
     49# Testing #
     50#---------#
    2751
    2852# Test suites
    … …  
    3155JAVASCRIPT_TEST=0
    3256EXAMPLES_TEST=0
    33 
    34 #-----------------------------------#
    35 # 3: External packages installation #
    36 #-----------------------------------#
    37 
    38 # List of external packages to be installed and their installation scripts
    39 #
    40 # TODO:
    41 # - After upgrading Jenkins nodes to Ubuntu 18, use MPICH 3.3 and PETSc 3.11
    42 #       (which will install zlib, HDF5, and NetCDF).
    43 #
    44 EXTERNALPACKAGES="
    45         autotools       install-debian.sh
    46         cmake           install.sh
    47         mpich           install-3.3.sh
    48         lapack          install-3.8-linux.sh
    49         petsc           install-3.7-linux.sh
    50         triangle        install-linux64.sh
    51         chaco           install.sh
    52         m1qn3           install.sh
    53         semic           install.sh
    54         shell2junit     install.sh
    55 "
    56 
    57 #-----------------#
    58 # 4: test options #
    59 #-----------------#
    6057
    6158# Number of CPUs used in ISSM compilation

  • issm/trunk-jpl/jenkins/ross-debian_linux-solid_earth

    r24523 r24593  
    1 #-------------------------------#
    2 # 1: ISSM general configuration #
    3 #-------------------------------#
     1#--------------------#
     2# ISSM Configuration #
     3#--------------------#
    44
    5 #MATLAB path
    65MATLAB_PATH="/usr/local/MATLAB/R2019b"
    7 
    8 #ISSM CONFIGURATION
    96ISSM_CONFIG='\
    10         --prefix=$ISSM_DIR \
     7        --prefix=${ISSM_DIR} \
    118        --disable-static \
    12         --with-matlab-dir=$MATLAB_PATH \
     9        --enable-development \
     10        --enable-debugging \
     11        --with-numthreads=4 \
     12        --with-matlab-dir=${MATLAB_PATH} \
    1313        --with-python-dir=/usr \
    1414        --with-python-numpy-dir=/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/numpy \
    1515        --with-fortran-lib="-L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/8 -lgfortran" \
    16         --with-mpi-include=$ISSM_DIR/externalpackages/mpich/install/include \
     16        --with-mpi-include=${ISSM_DIR}/externalpackages/mpich/install/include \
    1717        --with-mpi-libflags="-L${ISSM_DIR}/externalpackages/mpich/install/lib -lmpi -lmpicxx -lmpifort" \
    18         --with-blas-lapack-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/lapack/install \
    19         --with-metis-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    20         --with-scalapack-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    21         --with-mumps-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    22         --with-petsc-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install \
    23         --with-triangle-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/triangle/install \
    24         --with-boost-dir=$ISSM_DIR/externalpackages/boost/install \
    25         --with-numthreads=4 \
    26         --enable-development \
    27         --enable-debugging \
     18        --with-blas-lapack-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/lapack/install \
     19        --with-metis-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     20        --with-scalapack-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     21        --with-mumps-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     22        --with-petsc-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/petsc/install \
     23        --with-triangle-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/triangle/install \
     24        --with-boost-dir=${ISSM_DIR}/externalpackages/boost/install \
    2825'
    2926
    30 # Test suites
    31 MATLAB_TEST=1
    32 PYTHON_TEST=1
    33 JAVASCRIPT_TEST=0
    34 EXAMPLES_TEST=0
     27#-------------------#
     28# External Packages #
     29#-------------------#
    3530
    36 #-----------------------------------#
    37 # 3: External packages installation #
    38 #-----------------------------------#
    39 
    40 # List of external packages to be installed and their installation scripts
    4131EXTERNALPACKAGES="
    42         autotools       install-debian.sh
     32        autotools       install-debian-linux.sh
    4333        cmake           install.sh
    4434        mpich           install-3.3.sh
    4535        lapack          install-3.8-linux.sh
    4636        petsc           install-3.7-linux.sh
    47         triangle        install-linux64.sh
     37        triangle        install-linux.sh
    4838        chaco           install.sh
    4939        m1qn3           install.sh
    … …  
    6252"
    6353
    64 #-----------------#
    65 # 4: test options #
    66 #-----------------#
     54#---------#
     55# Testing #
     56#---------#
     57
     58# Test suites
     59MATLAB_TEST=1
     60PYTHON_TEST=1
     61JAVASCRIPT_TEST=0
     62EXAMPLES_TEST=0
    6763
    6864# Number of CPUs used in ISSM compilation

  • issm/trunk-jpl/m4/issm_options.m4

    r24475 r24593  
    11dnl ISSM Options
    22
     3dnl TODO:
     4dnl - Check if we need statements such as,
     5dnl
     6dnl.      AM_CONDITIONAL([JAVASCRIPT], [test "x${HAVE_JAVASCRIPT}" = "xyes"])
     7dnl
     8dnl       when we have already performed a similar check,
     9dnl
     10dnl       if test "x${JAVASCRIPT}" = "xno"; then
     11dnl
     12dnl - Move library dependency checks from end of file to appropriate places
     13dnl   inline
     14dnl - Refactor conditionals that test both -d <file> and -f <file>
     15dnl
     16
    317AC_DEFUN([ISSM_OPTIONS],[
    4 
    518        AC_MSG_NOTICE(============================================================================)
    619        AC_MSG_NOTICE(=                      Checking ISSM specific options                      =)
    … …  
    1023        dnl Build info{{{
    1124
    12         dnl build date
     25        dnl Build date
    1326        AC_PATH_PROGS(DATE, date)
    14         AC_MSG_CHECKING(for build date)
    15         if test "$DATE" ; then
     27        AC_MSG_CHECKING([for build date])
     28        if test "$DATE"; then
    1629                PACKAGE_DATE=`date`
    1730        else
    1831                PACKAGE_DATE="unknown"
    1932        fi
    20         AC_DEFINE_UNQUOTED(PACKAGE_BUILD_DATE,"$PACKAGE_DATE", Build date)
    21         AC_MSG_RESULT($PACKAGE_DATE)
    22 
    23         dnl user name
     33        AC_DEFINE_UNQUOTED(PACKAGE_BUILD_DATE, "$PACKAGE_DATE", [build date])
     34        AC_MSG_RESULT([${PACKAGE_DATE}])
     35
     36        dnl User name
    2437        AC_MSG_CHECKING([user name])
    2538        if test -n "$USER"
    … …  
    2740                user_name="$USER"
    2841        else
    29                 if test -n "$LOGNAME"
    30                 then
    31                         user_name="$LOGNAME"
     42                if test -n "$LOGNAME"; then
     43                        user_name ="$LOGNAME"
    3244                else
    33                    user_name=`(whoami) 2>/dev/null` || user_name=unknown
    34                 fi
    35         fi
    36         AC_DEFINE_UNQUOTED(USER_NAME, "$user_name", Build user name)
    37         AC_MSG_RESULT($user_name)
     45                        user_name =`(whoami) 2>/dev/null` || user_name=unknown
     46                fi
     47        fi
     48        AC_DEFINE_UNQUOTED(USER_NAME, "$user_name", [user name])
     49        AC_MSG_RESULT([${user_name}])
    3850
    3951        AC_MSG_CHECKING([host full OS name and version])
    40         dnl normalize some host OS names
     52        dnl Normalize some host OS names
    4153        case ${host_os} in
    42           dnl linux is linux is linux, regardless of RMS.
    43           linux-gnu* | lignux* )        host_os=linux ;;
     54                dnl linux is linux is linux, regardless of RMS
     55                linux-gnu* | lignux* )  host_os=linux ;;
    4456        esac
    45         AC_DEFINE_UNQUOTED(HOST_OS, "$host_os", Host full OS name and version)
    46         AC_MSG_RESULT($host_os)
    47 
    48   AC_MSG_CHECKING([host cpu])
    49   AC_DEFINE_UNQUOTED(HOST_CPU, "$host_cpu",Host cpu)
    50   AC_MSG_RESULT($host_cpu)
    51 
    52   AC_MSG_CHECKING([vendor])
    53   AC_DEFINE_UNQUOTED(HOST_VENDOR, "$host_vendor",Host vendor)
    54   AC_MSG_RESULT($host_vendor)
    55 
    56   AC_MSG_CHECKING([host OS name])
    57   host_os_name=`echo $host_os | sed 's/\..*//g'`
    58   dnl normalize some OS names
    59   case ${host_os_name} in
    60         dnl linux is linux is linux, regardless of RMS.
    61         linux-gnu* | lignux* )  host_os_name=linux ;;
    62   esac
    63   AC_DEFINE_UNQUOTED(HOST_OS_NAME, "$host_os_name", Host OS name)
    64   AC_MSG_RESULT($host_os_name)
    65 
    66         dnl parse out the OS version of the host
    67   AC_MSG_CHECKING([host OS version])
    68   host_os_version=`echo $host_os | sed 's/^[[^0-9]]*//g'`
    69   if test -z "$host_os_version"
    70   then
    71         host_os_version=`(uname -r) 2>/dev/null` || host_os_version=unknown
    72   fi
    73   AC_DEFINE_UNQUOTED(HOST_OS_VERSION, "$host_os_version", Host OS version)
    74   AC_MSG_RESULT($host_os_version)
    75 
    76 
    77         dnl figure out host architecture (different than CPU)
    78   AC_MSG_CHECKING([host OS architecture])
    79   host_arch=`(uname -m) 2>/dev/null` || host_arch=unknown
    80   dnl normalize some names
    81   case ${host_arch} in
    82         sun4* ) host_arch=sun4 ;;
    83         sun3x ) host_arch=sun3 ;;
    84         sun )   host_arch=`(arch) 2>/dev/null` || host_arch=unknown ;;
    85         i?86 )  host_arch=i386 ;; # all x86 should show up as i386
    86   esac
    87   AC_DEFINE_UNQUOTED(HOST_ARCH, "$host_arch",Host Archictecture)
    88   AC_MSG_RESULT($host_arch)
     57        AC_DEFINE_UNQUOTED(HOST_OS, "$host_os", [host full OS name and version])
     58        AC_MSG_RESULT([${host_os}])
     59
     60        AC_MSG_CHECKING([host cpu])
     61        AC_DEFINE_UNQUOTED(HOST_CPU, "$host_cpu", [host CPU])
     62        AC_MSG_RESULT([${host_cpu}])
     63
     64        AC_MSG_CHECKING([vendor])
     65        AC_DEFINE_UNQUOTED(HOST_VENDOR, "$host_vendor", [host vendor])
     66        AC_MSG_RESULT([${host_vendor}])
     67
     68        AC_MSG_CHECKING([host OS name])
     69        host_os_name=`echo $host_os | sed 's/\..*//g'`
     70        dnl Normalize some OS names
     71        case ${host_os_name} in
     72                dnl linux is linux is linux, regardless of RMS.
     73                linux-gnu* | lignux* )  host_os_name=linux ;;
     74        esac
     75        AC_DEFINE_UNQUOTED(HOST_OS_NAME, "$host_os_name", [host OS name])
     76        AC_MSG_RESULT([${host_os_name}])
     77
     78        dnl Parse out the OS version of the host
     79        AC_MSG_CHECKING([host OS version])
     80        host_os_version=`echo $host_os | sed 's/^[[^0-9]]*//g'`
     81        if test -z "$host_os_version"; then
     82                host_os_version=`(uname -r) 2>/dev/null` || host_os_version=unknown
     83        fi
     84        AC_DEFINE_UNQUOTED(HOST_OS_VERSION, "$host_os_version", [host OS version])
     85        AC_MSG_RESULT([${host_os_version}])
     86
     87        dnl Determine host architecture (different than CPU)
     88        AC_MSG_CHECKING([host OS architecture])
     89        host_arch=`(uname -m) 2>/dev/null` || host_arch=unknown
     90        dnl Normalize some names
     91        case ${host_arch} in
     92                sun4* ) host_arch=sun4 ;;
     93                sun3x ) host_arch=sun3 ;;
     94                sun )   host_arch=`(arch) 2>/dev/null` || host_arch=unknown ;;
     95                i?86 )  host_arch=i386 ;; # all x86 should show up as i386
     96        esac
     97        AC_DEFINE_UNQUOTED(HOST_ARCH, "$host_arch", [host archictecture])
     98        AC_MSG_RESULT([${host_arch}])
    8999
    90100        dnl }}}
    91101        dnl Debugging {{{
    92         AC_ARG_ENABLE([debugging],                                        dnl feature
    93                 AS_HELP_STRING([--enable-debugging],[turn debug support on]),  dnl help string
    94                 [enable_debugging=$enableval],                                 dnl action if given
    95                 [enable_debugging=no])                                         dnl action if not given
    96 
     102        AC_ARG_ENABLE(
     103                [debugging],                                                                                                    dnl feature
     104                AS_HELP_STRING([--enable-debugging], [turn debug support on]),  dnl help string
     105                [enable_debugging=${enableval}],                                                                dnl action if given
     106                [enable_debugging=no]                                                                                   dnl action if not given
     107        )
    97108        AC_MSG_CHECKING(for debugging support)
    98         if test "x$enable_debugging" = xyes; then
    99                 AC_DEFINE([_ISSM_DEBUG_],[1],[Macro to enable debugging in ISSM])
    100         fi
    101         AC_MSG_RESULT($enable_debugging)
     109        if test "x${enable_debugging}" == "xyes"; then
     110                AC_DEFINE([_ISSM_DEBUG_], [1], [Macro to enable debugging in ISSM])
     111        fi
     112        AC_MSG_RESULT([${enable_debugging}])
    102113        dnl }}}
    103114        dnl Development{{{
    104         AC_ARG_ENABLE([development],                                      dnl feature
    105                 AS_HELP_STRING([--enable-development],[turn development on]),  dnl help string
    106                 [enable_development=$enableval],                                 dnl action if given
    107                 [enable_development=no])                                      dnl action if not given
    108 
     115        AC_ARG_ENABLE(
     116                [development],                                                                                                  dnl feature
     117                AS_HELP_STRING([--enable-development], [turn development on]),  dnl help string
     118                [enable_development=${enableval}],                                                              dnl action if given
     119                [enable_development=no]                                                                                 dnl action if not given
     120        )
    109121        AC_MSG_CHECKING(for development support)
    110         if test "x$enable_development" = xyes; then
    111                 AC_DEFINE([_DEVELOPMENT_],[1],[Macro to enable development version in ISSM])
    112         fi
    113         AM_CONDITIONAL([DEVELOPMENT], [test x$enable_development = xyes])
    114         AC_MSG_RESULT($enable_development)
    115          dnl }}}
    116     dnl Standalone Options {{{
    117     AC_ARG_ENABLE([standalone-modules],                                                      dnl feature
    118         AS_HELP_STRING([--enable-standalone-modules], [produce standalone modules]),         dnl help string
    119         [enable_standalone_modules=$enableval],                                              dnl action if given
    120         [enable_standalone_modules=no])                                                      dnl action if not given
     122        if test "x${enable_development}" == "xyes"; then
     123                AC_DEFINE([_DEVELOPMENT_], [1], [enable development support in ISSM])
     124        fi
     125        AM_CONDITIONAL([DEVELOPMENT], [test "x${enable_development}" == "xyes"])
     126        AC_MSG_RESULT([${enable_development}])
     127        dnl }}}
     128        dnl Standalone Options {{{
     129        AC_ARG_ENABLE(
     130                [standalone-modules],                                                                                                                   dnl feature
     131                AS_HELP_STRING([--enable-standalone-modules], [produce standalone modules]),    dnl help string
     132                [enable_standalone_modules=${enableval}],                                                                               dnl action if given
     133                [enable_standalone_modules=no]                                                                                                  dnl action if not given
     134        )
    121135        AC_MSG_CHECKING(for standalone modules build)
    122     AM_CONDITIONAL([STANDALONE_MODULES], [test x$enable_standalone_modules = xyes])
    123         AC_MSG_RESULT($enable_standalone_modules)
    124 
    125     AC_ARG_ENABLE([standalone-executables],                                                  dnl feature
    126         AS_HELP_STRING([--enable-standalone-executables], [produce standalone executables]), dnl help string
    127         [enable_standalone_executables=$enableval],                                          dnl action if given
    128         [enable_standalone_executables=no])                                                  dnl action if not given
     136        AM_CONDITIONAL([STANDALONE_MODULES], [test "x${enable_standalone_modules}" == "xyes"])
     137        AC_MSG_RESULT([${enable_standalone_modules}])
     138
     139        AC_ARG_ENABLE(
     140                [standalone-executables],                                                                                                                               dnl feature
     141                AS_HELP_STRING([--enable-standalone-executables], [produce standalone executables]),    dnl help string
     142                [enable_standalone_executables=${enableval}],                                                                                   dnl action if given
     143                [enable_standalone_executables=no]                                                                                                              dnl action if not given
     144        )
    129145        AC_MSG_CHECKING(for standalone executables build)
    130     AM_CONDITIONAL([STANDALONE_EXECUTABLES], [test x$enable_standalone_executables = xyes])
    131         AC_MSG_RESULT($enable_standalone_executables)
    132 
    133     AC_ARG_ENABLE([standalone-libraries],                                                    dnl feature
    134         AS_HELP_STRING([--enable-standalone-libraries], [produce standalone libraries]),     dnl help string
    135         [enable_standalone_libraries=$enableval],                                            dnl action if given
    136         [enable_standalone_libraries=no])                                                    dnl action if not given
     146        AM_CONDITIONAL([STANDALONE_EXECUTABLES], [test "x${enable_standalone_executables}" == "xyes"])
     147        AC_MSG_RESULT([${enable_standalone_executables}])
     148
     149        AC_ARG_ENABLE(
     150                [standalone-libraries],                                                                                                                         dnl feature
     151                AS_HELP_STRING([--enable-standalone-libraries], [produce standalone libraries]),        dnl help string
     152                [enable_standalone_libraries=${enableval}],                                                                                     dnl action if given
     153                [enable_standalone_libraries=no]                                                                                                        dnl action if not given
     154        )
    137155        AC_MSG_CHECKING(for standalone libraries build)
    138     AM_CONDITIONAL([STANDALONE_LIBRARIES], [test x$enable_standalone_libraries = xyes])
    139         AC_MSG_RESULT($enable_standalone_libraries)
    140     dnl }}}
    141     dnl Version{{{
    142     AC_ARG_ENABLE([version],                                   dnl feature
    143     AS_HELP_STRING([--enable-version],[produce libISSM.so.0]), dnl help string
    144     [enable_version=$enableval],                               dnl action if given
    145     [enable_version=no])                                       dnl action if not given
    146     AM_CONDITIONAL([VERSION], [test x$enable_VERSION = xyes])
    147     dnl }}}
     156        AM_CONDITIONAL([STANDALONE_LIBRARIES], [test "x${enable_standalone_libraries}" == "xyes"])
     157        AC_MSG_RESULT([${enable_standalone_libraries}])
     158        dnl }}}
     159        dnl Version{{{
     160        AC_ARG_ENABLE(
     161                [version],                                                                                                      dnl feature
     162                AS_HELP_STRING([--enable-version], [produce libISSM.so.0]),     dnl help string
     163                [enable_version=${enableval}],                                                          dnl action if given
     164                [enable_version=no]                                                                                     dnl action if not given
     165        )
     166        AM_CONDITIONAL([VERSION], [test "x${enable_version}" == "xyes"])
     167        dnl }}}
    148168        dnl Wrappers build {{{
    149         AC_ARG_WITH([wrappers],                                           dnl feature
    150         AS_HELP_STRING([--with-wrappers = value],[wrappers compilation]), dnl help string
    151         [WRAPPERS_VALUE=$withval],                                        dnl action if given
    152         [WRAPPERS_VALUE="yes"])                                           dnl action if not given
     169        AC_ARG_WITH(
     170                [wrappers],                                                                                                                     dnl feature
     171                AS_HELP_STRING([--with-wrappers = value], [wrappers compilation]),      dnl help string
     172                [WRAPPERS_VALUE=${withval}],                                                                            dnl action if given
     173                [WRAPPERS_VALUE="yes"]                                                                                          dnl action if not given
     174        )
    153175        AC_MSG_CHECKING(for wrappers compilation)
    154         AM_CONDITIONAL([WRAPPERS], [test x$WRAPPERS_VALUE = xyes])
    155         AC_MSG_RESULT($WRAPPERS_VALUE)
     176        AM_CONDITIONAL([WRAPPERS], [test "x${WRAPPERS_VALUE}" == "xyes"])
     177        AC_MSG_RESULT([${WRAPPERS_VALUE}])
    156178        dnl }}}
    157179        dnl Extensions{{{
    … …  
    162184        dnl ISSM's externalpackages
    163185        dnl vendor{{{
    164         AC_ARG_WITH([vendor],                                              dnl feature
    165         AS_HELP_STRING([--with-vendor = VENDOR],[vendor name, ex: intel]), dnl help string
    166         [VENDOR=$withval],                                                 dnl action if given
    167         [VENDOR=""])                                                       dnl action if not given
     186        AC_ARG_WITH(
     187                [vendor],                                                                                                                       dnl feature
     188                AS_HELP_STRING([--with-vendor = VENDOR], [vendor name, ex: intel]),     dnl help string
     189                [VENDOR=${withval}],                                                                                            dnl action if given
     190                [VENDOR=""]                                                                                                                     dnl action if not given
     191        )
    168192        AC_MSG_CHECKING(for vendor compilers)
    169         if test -n "$VENDOR"; then
    170                 if  test $VENDOR = intel-win32; then
     193        if test -n "${VENDOR}"; then
     194                if test "${VENDOR}" == "intel-win32"; then
    171195                        export CC=icl
    172196                        export CXX=icl
    … …  
    174198                        export CXXFLAGS="-DWIN32 -D_INTEL_WIN_"
    175199                        IS_WINDOWS=yes
    176                 elif  test $VENDOR = intel-win7-32; then
     200                elif test "${VENDOR}" == "intel-win7-32"; then
    177201                        export CC=cl
    178202                        export CXX=cl
    … …  
    184208                        IS_WINDOWS=yes
    185209                        OSLIBS="-Wl,kernel32.lib -Wl,user32.lib -Wl,gdi32.lib -Wl,winspool.lib -Wl,comdlg32.lib -Wl,advapi32.lib -Wl,shell32.lib -Wl,ole32.lib -Wl,oleaut32.lib -Wl,uuid.lib -Wl,odbc32.lib -Wl,odbccp32.lib"
    186                 elif  test $VENDOR = intel-win7-64; then
     210                elif test "${VENDOR}" == "intel-win7-64"; then
    187211                        export CC=cl
    188212                        export CXX=cl
    … …  
    194218                        IS_WINDOWS=yes
    195219                        OSLIBS="-Wl,kernel32.lib -Wl,user32.lib -Wl,gdi32.lib -Wl,winspool.lib -Wl,comdlg32.lib -Wl,advapi32.lib -Wl,shell32.lib -Wl,ole32.lib -Wl,oleaut32.lib -Wl,uuid.lib -Wl,odbc32.lib -Wl,odbccp32.lib"
    196                 elif  test $VENDOR = MSVC-Win64; then
     220                elif test "${VENDOR}" == "MSVC-Win64"; then
    197221                        export CC=cl
    198222                        export CXX=cl
    … …  
    204228                        IS_WINDOWS=yes
    205229                        OSLIBS="-Wl,kernel32.lib -Wl,user32.lib -Wl,gdi32.lib -Wl,winspool.lib -Wl,comdlg32.lib -Wl,advapi32.lib -Wl,shell32.lib -Wl,ole32.lib -Wl,oleaut32.lib -Wl,uuid.lib -Wl,odbc32.lib -Wl,odbccp32.lib"
    206                 elif  test $VENDOR = MSVC-Win64-par; then
     230                elif test "${VENDOR}" == "MSVC-Win64-par"; then
    207231                        export CC=cl
    208232                        export CXX=cl
    … …  
    214238                        IS_WINDOWS=yes
    215239                        OSLIBS="-Wl,kernel32.lib -Wl,user32.lib -Wl,gdi32.lib -Wl,winspool.lib -Wl,comdlg32.lib -Wl,advapi32.lib -Wl,shell32.lib -Wl,ole32.lib -Wl,oleaut32.lib -Wl,uuid.lib -Wl,odbc32.lib -Wl,odbccp32.lib"
    216                 elif test $VENDOR = intel-linux; then
     240                elif test "${VENDOR}" == "intel-linux"; then
    217241                        export CC=icc
    218242                        export CXX=icpc
    219                         export CFLAGS=" -D_INTEL_LINUX_"
    220                         export CXXFLAGS=" -D_INTEL_LINUX_"
    221                 elif test $VENDOR = intel-gp; then
     243                        export CFLAGS="-D_INTEL_LINUX_"
     244                        export CXXFLAGS="-D_INTEL_LINUX_"
     245                elif test "${VENDOR}" == "intel-gp"; then
    222246                        export CC=icc
    223247                        export CXX=icpc
    224                         export CFLAGS=" -D_INTEL_LINUX_"
    225                         export CXXFLAGS=" -D_INTEL_LINUX_"
    226                 elif test $VENDOR = intel-lonestar; then
     248                        export CFLAGS="-D_INTEL_LINUX_"
     249                        export CXXFLAGS="-D_INTEL_LINUX_"
     250                elif test "${VENDOR}" == intel-lonestar; then
    227251                        export CC=icc
    228252                        export CXX=icpc
    229                 elif test $VENDOR = intel-aurora; then
     253                elif test "${VENDOR}" == "intel-aurora"; then
    230254                        export CC=icc
    231255                        export CXX=icpc
    232                         export CXXFLAGS=" -O3 -D_INTEL_LINUX_ -DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK"
    233                         export CFLAGS=" -O3 -D_INTEL_LINUX_ -DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK"
    234                 elif test $VENDOR = intel-discover; then
     256                        export CXXFLAGS="-O3 -D_INTEL_LINUX_ -DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK"
     257                        export CFLAGS="-O3 -D_INTEL_LINUX_ -DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK"
     258                elif test "${VENDOR}" == "intel-discover"; then
    235259                        export CC=icc
    236260                        export CXX=icpc
    237                         export CXXFLAGS=" -O3 -D_INTEL_LINUX_ -DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK"
    238                         export CFLAGS=" -O3 -D_INTEL_LINUX_ -DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK"
    239                 elif test $VENDOR = intel-pleiades; then
     261                        export CXXFLAGS="-O3 -D_INTEL_LINUX_ -DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK"
     262                        export CFLAGS="-O3 -D_INTEL_LINUX_ -DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK"
     263                elif test "${VENDOR}" == "intel-pleiades"; then
    240264                        export CC=icc
    241265                        export CXX=icpc
    242                         export CXXFLAGS=" -O3 -D_INTEL_LINUX_ "
    243                         export CFLAGS=" -O3 -D_INTEL_LINUX_ "
    244                 elif test $VENDOR = intel-acenet; then
     266                        export CXXFLAGS="-O3 -D_INTEL_LINUX_"
     267                        export CFLAGS="-O3 -D_INTEL_LINUX_"
     268                elif test "${VENDOR}" == "intel-acenet"; then
    245269                        export CC=icc
    246270                        export CXX=icpc
    247                         export CXXFLAGS=" -D_INTEL_LINUX_ "
    248                         export CFLAGS=" -D_INTEL_LINUX_ "
    249                 elif test $VENDOR = intel-pleiades-gcc; then
     271                        export CXXFLAGS="-D_INTEL_LINUX_"
     272                        export CFLAGS="-D_INTEL_LINUX_"
     273                elif test "${VENDOR}" == "intel-pleiades-gcc"; then
    250274                        export CC=gcc
    251275                        export CXX=g++
    252276                        export CXXFLAGS="-O3 -march=corei7-avx"
    253277                        export CFLAGS="-O3 -march=corei7-avx"
    254         else
    255                 AC_MSG_ERROR([unknown compiler vendor!])
     278                else
     279                        AC_MSG_ERROR([unknown compiler vendor!])
    256280                fi
    257281        fi
    258282        AC_SUBST([OSLIBS])
    259         AC_MSG_RESULT(done)
    260         dnl }}}
    261         dnl matlab{{{
    262 
    263         dnl 1. See if matlab has been provided
    264         AC_ARG_WITH([matlab-dir],                                         dnl feature
    265         AS_HELP_STRING([--with-matlab-dir=DIR],[matlab root directory.]), dnl help string
    266         [MATLAB_ROOT=$withval],                                           dnl action if given
    267         [MATLAB_ROOT="no"])                                               dnl action if not given
    268 
    269         AC_MSG_CHECKING([whether matlab is enabled])
    270         if test "x$MATLAB_ROOT" = "xno" ; then
    271                  HAVE_MATLAB=no
     283        AC_MSG_RESULT([done])
     284        dnl }}}
     285        dnl MATLAB{{{
     286
     287        dnl See if MATLAB has been provided
     288        AC_ARG_WITH(
     289                [matlab-dir],                                                                                                           dnl feature
     290                AS_HELP_STRING([--with-matlab-dir=DIR], [MATLAB root directory]),       dnl help string
     291                [MATLAB_ROOT=${withval}],                                                                                       dnl action if given
     292                [MATLAB_ROOT="no"]                                                                                                      dnl action if not given
     293        )
     294        if test "x${MATLAB_ROOT}" == "xno"; then
     295                HAVE_MATLAB=no
    272296        else
    273297                HAVE_MATLAB=yes
    274                 if ! test -d "$MATLAB_ROOT"; then
    275                   AC_MSG_ERROR([matlab directory provided ($MATLAB_ROOT) does not exist]);
    276                 fi
    277                 if ! test -f "$MATLAB_ROOT/extern/include/mex.h"; then
    278                         AC_MSG_ERROR([Couldn't find mex.h... check your installation of matlab])
    279            fi
    280         fi
    281         AC_MSG_RESULT($HAVE_MATLAB)
    282         AM_CONDITIONAL([MATLAB], [test x$HAVE_MATLAB = xyes])
    283 
    284         dnl 2. Get Matlab libraries
    285         if test "x$HAVE_MATLAB" = "xyes"; then
    286 
    287                 AC_DEFINE([_HAVE_MATLAB_],[1],[with matlab in ISSM src])
    288 
    289                 dnl 4. get MEXLIB MEXLINK and MEXEXT (experimental) except for windows
    290                 AC_MSG_CHECKING([matlab's mex compilation flags])
    291                 case "${host_os}" in
    292                         *cygwin*)
    293                                 if  test $VENDOR = intel-win7-32; then
    294                                         MEXLIB="-Wl,libmx.lib -Wl,libmex.lib -Wl,libmat.lib ${OSLIBS} -Wl,libf2cblas.lib -Wl,libf2clapack.lib"
    295                MEXLINK="-Wl,/LIBPATH:`cygpath -m ${MATLAB_ROOT}/extern/lib/win32/microsoft` -Wl,/link -Wl,/EXPORT:mexFunction -Wl,/DLL"
    296                                         MEXEXT=`$MATLAB_ROOT/bin/mexext.bat`
    297                                         MEXEXT=".$MEXEXT"
    298                                 elif test $VENDOR = intel-win7-64; then
    299                                         MEXLIB="-Wl,libmx.lib -Wl,libmex.lib -Wl,libmat.lib ${OSLIBS} -Wl,libf2cblas.lib -Wl,libf2clapack.lib"
    300                MEXLINK="-Wl,/LIBPATH:`cygpath -m ${MATLAB_ROOT}/extern/lib/win64/microsoft` -Wl,/link -Wl,/EXPORT:mexFunction -Wl,/DLL"
     298                if ! test -d "${MATLAB_ROOT}"; then
     299                        AC_MSG_ERROR([MATLAB directory provided (${MATLAB_ROOT}) does not exist!]);
     300                fi
     301                if ! test -f "${MATLAB_ROOT}/extern/include/mex.h"; then
     302                        AC_MSG_ERROR([Couldn't find mex.h... check your installation of MATLAB])
     303                fi
     304        fi
     305        AC_MSG_RESULT([${HAVE_MATLAB}])
     306        AM_CONDITIONAL([MATLAB], [test "x${HAVE_MATLAB}" == "xyes"])
     307
     308        dnl Set variables
     309        if test "x${HAVE_MATLAB}" == "xyes"; then
     310                AC_DEFINE([_HAVE_MATLAB_], [1], [with MATLAB in ISSM src])
     311
     312                dnl Set MEXLIB, MEXLINK, and MEXEXT
     313                AC_MSG_CHECKING([MATLAB's mex compilation flags])
     314
     315                dnl NOTE: We know $VENDOR cannot be empty at this point, so no need to
     316                dnl               check again in the following conditionals
     317                dnl
     318                case "${host_os}" in
     319                        *cygwin*)
     320                                if test "${VENDOR}" == "intel-win7-32"; then
     321                                        MEXLIB="-Wl,libmx.lib -Wl,libmex.lib -Wl,libmat.lib ${OSLIBS} -Wl,libf2cblas.lib -Wl,libf2clapack.lib"
     322                                        MEXLINK="-Wl,/LIBPATH:`cygpath -m ${MATLAB_ROOT}/extern/lib/win32/microsoft` -Wl,/link -Wl,/EXPORT:mexFunction -Wl,/DLL"
     323                                        MEXEXT=`${MATLAB_ROOT}/bin/mexext.bat`
     324                                        MEXEXT=".${MEXEXT}"
     325                                elif test "${VENDOR}" == "intel-win7-64"; then
     326                                        MEXLIB="-Wl,libmx.lib -Wl,libmex.lib -Wl,libmat.lib ${OSLIBS} -Wl,libf2cblas.lib -Wl,libf2clapack.lib"
     327                                        MEXLINK="-Wl,/LIBPATH:`cygpath -m ${MATLAB_ROOT}/extern/lib/win64/microsoft` -Wl,/link -Wl,/EXPORT:mexFunction -Wl,/DLL"
    301328                                        MEXEXT=".mexw64"
    302                                 elif test $VENDOR = MSVC-Win64 || test $VENDOR = MSVC-Win64-par; then
    303                                         MEXLIB="-Wl,libmx.lib -Wl,libmex.lib -Wl,libmat.lib ${OSLIBS} -Wl,libf2cblas.lib -Wl,libf2clapack.lib"
    304                MEXLINK="-Wl,/link -Wl,/LIBPATH:`cygpath -m ${MATLAB_ROOT}/extern/lib/win64/microsoft` -Wl,/link -Wl,/EXPORT:mexFunction -Wl,/DLL"
    305                                         MATLABINCL="-I`cygpath -m $MATLAB_ROOT/extern/include/`"
     329                                elif test "${VENDOR}" == "MSVC-Win64" || test "${VENDOR}" == "MSVC-Win64-par"; then
     330                                        MEXLIB="-Wl,libmx.lib -Wl,libmex.lib -Wl,libmat.lib ${OSLIBS} -Wl,libf2cblas.lib -Wl,libf2clapack.lib"
     331                                        MEXLINK="-Wl,/link -Wl,/LIBPATH:`cygpath -m ${MATLAB_ROOT}/extern/lib/win64/microsoft` -Wl,/link -Wl,/EXPORT:mexFunction -Wl,/DLL"
     332                                        MATLABINCL="-I`cygpath -m ${MATLAB_ROOT}/extern/include`"
    306333                                        MEXEXT=".mexw64"
    307                                 fi
    308                         ;;
    309                    *)
    310            MATLABINCL="-I$MATLAB_ROOT/extern/include/"
    311            MEXLINK=$($MATLAB_ROOT/bin/mex -v 2>&1 < /dev/null | grep LDFLAGS    | sed -e "s/         LDFLAGS            = //g")
    312                           MEXLIB=$( $MATLAB_ROOT/bin/mex -v 2>&1 < /dev/null | grep CXXLIBS    | sed -e "s/         CXXLIBS            = //g")
    313                      MEXEXT=$( $MATLAB_ROOT/bin/mex -v 2>&1 < /dev/null | grep LDEXTENSION | sed -e "s/         LDEXTENSION        = //g")
     334                                fi
     335                        ;;
     336                        *)
     337                                MATLABINCL="-I${MATLAB_ROOT}/extern/include"
     338                                MEXLINK=$(${MATLAB_ROOT}/bin/mex -v 2>&1 < /dev/null | grep LDFLAGS | sed -e "s/         LDFLAGS            = //g")
     339                                MEXLIB=$(${MATLAB_ROOT}/bin/mex -v 2>&1 < /dev/null | grep CXXLIBS | sed -e "s/         CXXLIBS            = //g")
     340                                MEXEXT=$(${MATLAB_ROOT}/bin/mex -v 2>&1 < /dev/null | grep LDEXTENSION | sed -e "s/         LDEXTENSION        = //g")
    314341                                dnl version 2014 and up
    315                                 if test "x$MEXEXT" = "x" ; then
    316                                          echo "#include <mex.h>" > conftest.cpp
    317                                          echo "void mexFunction(int nlhs, mxArray* plhs[], int nrhs, const mxArray* prhs[]){}" >> conftest.cpp
    318                                          $MATLAB_ROOT/bin/mex -v -lmex conftest.cpp > conftest.tmp 2>&1
    319                                          rm -f conftest.cpp
    320                                          MEXLINK=$(cat conftest.tmp | grep LDFLAGS | sed -e "s/LDFLAGS ://g")
    321                                          MEXLIB=$( cat conftest.tmp | grep LINKLIBS | sed -e "s/LINKLIBS ://g")
    322                                          MEXEXT=$( cat conftest.tmp | grep LDEXT    | sed -e "s/LDEXT ://g" | awk '{print $[1]}')
    323                                          rm -f conftest.tmp
     342                                if test -z "${MEXEXT}"; then
     343                                        echo "#include <mex.h>" > conftest.cpp
     344                                        echo "void mexFunction(int nlhs, mxArray* plhs[], int nrhs, const mxArray* prhs[]){}" >> conftest.cpp
     345                                        ${MATLAB_ROOT}/bin/mex -v -lmex conftest.cpp > conftest.tmp 2>&1
     346                                        rm -f conftest.cpp
     347                                        MEXLINK=$(cat conftest.tmp | grep LDFLAGS | sed -e "s/LDFLAGS ://g")
     348                                        MEXLIB=$(cat conftest.tmp | grep LINKLIBS | sed -e "s/LINKLIBS ://g")
     349                                        MEXEXT=$(cat conftest.tmp | grep LDEXT | sed -e "s/LDEXT ://g" | awk '{print $[1]}')
     350                                        rm -f conftest.tmp
    324351                                fi
    325352
    326353                                dnl Make sure mexFunction.map is not in MEXLIB to avoid problems with global variables
    327                                 dnl MEXLINK=$(echo $MEXLINK | sed -e "s/,-expo.*mexFunction\\.map\"//g" | sed -e "s/-[[^ ]]*mexFunction\\.map//g")
     354                                dnl MEXLINK=$(echo ${MEXLINK} | sed -e "s/,-expo.*mexFunction\\.map\"//g" | sed -e "s/-[[^ ]]*mexFunction\\.map//g")
    328355                                MEXLINK="" dnl We actually don't need MEXLINK????
    329 
    330                         ;;
    331       esac
    332                 AC_MSG_RESULT(done)
    333            if test "x$MEXEXT" = "x" ; then
    334                         AC_MSG_ERROR([Couldn't find mex... check your installation of matlab])
    335            fi
     356                        ;;
     357                esac
     358                AC_MSG_RESULT([done])
     359                if test -z "${MEXEXT}"; then
     360                        AC_MSG_ERROR([Couldn't find mex... check your installation of MATLAB])
     361                fi
    336362
    337363                AC_SUBST([MATLABINCL])
    338                 MATLABWRAPPEREXT=$MEXEXT
     364                MATLABWRAPPEREXT=${MEXEXT}
    339365                AC_SUBST([MATLABWRAPPEREXT])
    340            AC_SUBST([MEXLIB])
     366                AC_SUBST([MEXLIB])
    341367                AC_SUBST([MEXLINK])
    342368        fi
    343369        dnl }}}
    344         dnl windows {{{
    345         AC_MSG_CHECKING([Checking if this is a Win build... ])
    346         AM_CONDITIONAL([WINDOWS], [test x$IS_WINDOWS = xyes])
    347         AC_MSG_RESULT(done)
    348         dnl }}}
    349         dnl javascript{{{
    350         AC_ARG_WITH([javascript],
    351           AS_HELP_STRING([--with-javascript], [compile javascript wrappers? default is no.]),
    352           [JAVASCRIPT=$withval],[JAVASCRIPT="no"])
    353 
    354         dnl Check whether javascript wrappers are desired
    355         AC_MSG_CHECKING([for javascript])
    356         if test "x$JAVASCRIPT" = "xno" ; then
     370        dnl Windows {{{
     371        AC_MSG_CHECKING([Checking if this is a Windows build... ])
     372        AM_CONDITIONAL([WINDOWS], [test "x${IS_WINDOWS}" == "xyes"])
     373        AC_MSG_RESULT([done])
     374        dnl }}}
     375        dnl JavaScript{{{
     376        AC_ARG_WITH(
     377                [javascript],
     378                AS_HELP_STRING([--with-javascript], [compile JavaScript wrappers? (default: no)]),
     379                [JAVASCRIPT=${withval}],
     380                [JAVASCRIPT="no"]
     381        )
     382        AC_MSG_CHECKING([for JavaScript])
     383        if test "x${JAVASCRIPT}" == "xno"; then
    357384                HAVE_JAVASCRIPT=no
    358385        else
    359386                HAVE_JAVASCRIPT=yes
    360                 AC_DEFINE([_HAVE_JAVASCRIPT_],[1],[with javascript])
    361         fi
    362         AC_MSG_RESULT($HAVE_JAVASCRIPT)
    363         AM_CONDITIONAL([JAVASCRIPT],[test x$HAVE_JAVASCRIPT = xyes])
     387                AC_DEFINE([_HAVE_JAVASCRIPT_], [1], [with JavaScript])
     388        fi
     389        AC_MSG_RESULT([${HAVE_JAVASCRIPT}])
     390        AM_CONDITIONAL([JAVASCRIPT], [test "x${HAVE_JAVASCRIPT}" == "xyes"])
    364391        JAVASCRIPTWRAPPEREXT=.js
    365392        AC_SUBST([JAVASCRIPTWRAPPEREXT])
    366 
    367         dnl }}}
    368         dnl triangle {{{
    369         AC_ARG_WITH([triangle-dir],
    370                           AS_HELP_STRING([--with-triangle-dir=DIR], [triangle root directory.]),
    371                          [TRIANGLE_ROOT=$withval],[TRIANGLE_ROOT="no"])
    372 
    373   dnl Check whether triangle is enabled
    374   dnl TODO: After discussing with group, uncomment the following lines to
    375   dnl           replace the existing ones (where applicable), update Jenkins config
    376   dnl           files, then cleanup $ISSM_DIR/externalpackages/triangle.
     393        dnl }}}
     394        dnl Triangle {{{
     395        AC_ARG_WITH(
     396                [triangle-dir],
     397                AS_HELP_STRING([--with-triangle-dir=DIR], [Triangle root directory]),
     398                [TRIANGLE_ROOT=${withval}],
     399                [TRIANGLE_ROOT="no"]
     400        )
    377401        AC_MSG_CHECKING([for triangle])
    378         if test "x$TRIANGLE_ROOT" = "xno" ; then
     402        if test "x${TRIANGLE_ROOT}" == "xno"; then
    379403                HAVE_TRIANGLE=no
    380404        else
    381405                HAVE_TRIANGLE=yes
    382                 if ! test -d "$TRIANGLE_ROOT"; then
    383                         AC_MSG_ERROR([triangle directory provided ($TRIANGLE_ROOT) does not exist]);
    384                 fi
    385                 if ! test -f "$TRIANGLE_ROOT/triangle.h" ; then
     406                if ! test -d "${TRIANGLE_ROOT}"; then
     407                        AC_MSG_ERROR([Triangle directory provided (${TRIANGLE_ROOT}) does not exist!]);
     408                fi
     409                if ! test -f "${TRIANGLE_ROOT}/include/triangle.h"; then
    386410                        AC_MSG_ERROR([Couldn't find triangle.h... check your installation of triangle])
    387411                fi
    388                 dnl if ! test -f "${TRIANGLE_ROOT}/include/triangle.h" ; then
    389                         dnl AC_MSG_ERROR([Couldn't find triangle.h... check your installation of triangle])
    390                 dnl fi
    391         fi
    392         AC_MSG_RESULT($HAVE_TRIANGLE)
    393         AM_CONDITIONAL([TRIANGLE],[test x$HAVE_TRIANGLE = xyes])
    394 
    395         dnl library and header files
    396         if test "x$HAVE_TRIANGLE" = "xyes"; then
    397                 TRIANGLEINCL=-I${TRIANGLE_ROOT}
    398                 dnl TRIANGLEINCL=-I${TRIANGLE_ROOT}/include
     412        fi
     413        AC_MSG_RESULT([${HAVE_TRIANGLE}])
     414        AM_CONDITIONAL([TRIANGLE], [test "x${HAVE_TRIANGLE}" == "xyes"])
     415
     416        dnl Triangle libraries and header files
     417        if test "x${HAVE_TRIANGLE}" == "xyes"; then
     418                TRIANGLEINCL=-I${TRIANGLE_ROOT}/include
    399419                case "${host_os}" in
    400420                        *cygwin*)
    401                         TRIANGLEINCL="/I`cygpath -m $TRIANGLE_ROOT/`"
    402                         TRIANGLELIB="-Wl,`cygpath -m $TRIANGLE_ROOT/`triangle.lib"
     421                                TRIANGLEINCL="/I`cygpath -m ${TRIANGLE_ROOT}`"
     422                                TRIANGLELIB="-Wl,`cygpath -m ${TRIANGLE_ROOT}/`triangle.lib"
     423                        ;;
     424                        *darwin*)
     425                                if test "x${HAVE_JAVASCRIPT}" == "xyes"; then
     426                                        dnl Link to the object file, not the library
     427                                        TRIANGLELIB=${TRIANGLE_ROOT}/share/triangle.o
     428                                else
     429                                        TRIANGLELIB="-L${TRIANGLE_ROOT}/lib -ltriangle"
     430                                fi
    403431                        ;;
    404432                        *linux*)
    405                         if test "x$HAVE_JAVASCRIPT" = "xyes"; then
    406                                 dnl go to the bit code, not the library.
    407                                 TRIANGLELIB=${TRIANGLE_ROOT}/triangle.o
    408                                 dnl TRIANGLELIB=${TRIANGLE_ROOT}/share/triangle.o
    409                         else
    410                                 TRIANGLELIB=$TRIANGLE_ROOT/triangle.a
    411                                 dnl TRIANGLELIB="-L${TRIANGLE_ROOT}/lib -ltriangle"
    412                         fi
    413                         ;;
    414                         *darwin*)
    415                         if test "x$HAVE_JAVASCRIPT" = "xyes"; then
    416                                 dnl go to the bit code, not the library.
    417                                 TRIANGLELIB=$TRIANGLE_ROOT/triangle.o
    418                                 dnl TRIANGLELIB=${TRIANGLE_ROOT}/share/triangle.o
    419                         else
    420                                 TRIANGLELIB=$TRIANGLE_ROOT/triangle.a
    421                                 dnl TRIANGLELIB="-L${TRIANGLE_ROOT}/lib -ltriangle"
    422                         fi
     433                                if test "x${HAVE_JAVASCRIPT}" == "xyes"; then
     434                                        dnl Link to the object file, not the library
     435                                        TRIANGLELIB=${TRIANGLE_ROOT}/share/triangle.o
     436                                else
     437                                        TRIANGLELIB="-L${TRIANGLE_ROOT}/lib -ltriangle"
     438                                fi
    423439                        ;;
    424440                esac
    425                 AC_DEFINE([_HAVE_TRIANGLE_],[1],[with Triangle in ISSM src])
     441                AC_DEFINE([_HAVE_TRIANGLE_], [1], [with Triangle in ISSM src])
    426442                AC_SUBST([TRIANGLEINCL])
    427443                AC_SUBST([TRIANGLELIB])
    428444        fi
    429445        dnl }}}
    430         dnl boost{{{
    431         AC_ARG_WITH([boost-dir],
    432           AS_HELP_STRING([--with-boost-dir=DIR], [boost root directory.]),
    433           [BOOST_ROOT=$withval],[BOOST_ROOT="no"])
    434 
    435         dnl Check whether boost is enabled
    436         AC_MSG_CHECKING([for boost])
    437         if test "x$BOOST_ROOT" = "xno" ; then
     446        dnl Boost{{{
     447        AC_ARG_WITH(
     448                [boost-dir],
     449                AS_HELP_STRING([--with-boost-dir=DIR], [Boost root directory]),
     450                [BOOST_ROOT=${withval}],
     451                [BOOST_ROOT="no"]
     452        )
     453        AC_MSG_CHECKING([for Boost])
     454        if test "x${BOOST_ROOT}" == "xno"; then
    438455                HAVE_BOOST=no
    439456        else
    440457                HAVE_BOOST=yes
    441                 if ! test -d "$BOOST_ROOT"; then
    442                         AC_MSG_ERROR([boost directory provided ($BOOST_ROOT) does not exist]);
    443                 fi
    444         fi
    445         AC_MSG_RESULT($HAVE_BOOST)
    446         AM_CONDITIONAL([BOOST],[test x$HAVE_BOOST = xyes])
    447 
    448         dnl library and header files
    449         if test "x$HAVE_BOOST" = "xyes"; then
    450                 BOOSTINCL=-I$BOOST_ROOT/include
    451                 BOOSTLIB="-L$BOOST_ROOT/lib -lboost_python"
    452                 AC_DEFINE([_HAVE_BOOST_],[1],[with Boost in ISSM src])
     458                if ! test -d "${BOOST_ROOT}"; then
     459                        AC_MSG_ERROR([Boost directory provided (${BOOST_ROOT}) does not exist!]);
     460                fi
     461        fi
     462        AC_MSG_RESULT([${HAVE_BOOST}])
     463        AM_CONDITIONAL([BOOST], [test "x${HAVE_BOOST}" == "xyes"])
     464
     465        dnl Boost libraries and header files
     466        if test "x${HAVE_BOOST}" == "xyes"; then
     467                BOOSTINCL="-I${BOOST_ROOT}/include"
     468                #BOOSTLIB="-L$BOOST_ROOT/lib -lboost_python"
     469                AC_MSG_CHECKING(for Boost version)
     470                BOOST_VERSION=`cat ${BOOST_ROOT}/include/boost/version.hpp | grep "#define BOOST_VERSION " | sed 's/.*BOOST_VERSION //'`
     471                BOOST_VERSION_MAJOR=`expr ${BOOST_VERSION} / 100000`
     472                BOOST_VERSION_MINOR=`expr ${BOOST_VERSION} / 100 % 1000`
     473                AC_MSG_RESULT([${BOOST_VERSION_MAJOR}.${BOOST_VERSION_MINOR}])
     474                AC_DEFINE([_HAVE_BOOST_], [1], [with Boost in ISSM src])
    453475                AC_SUBST([BOOSTINCL])
    454476                AC_SUBST([BOOSTLIB])
    455477        fi
    456478        dnl }}}
    457         dnl dakota{{{
    458         AC_ARG_WITH([dakota-dir],
    459           AS_HELP_STRING([--with-dakota-dir=DIR], [dakota root directory.]),
    460           [DAKOTA_ROOT=$withval],[DAKOTA_ROOT="no"])
    461 
    462         dnl Check whether dakota is enabled
    463         AC_MSG_CHECKING([for dakota])
    464         if test "x$DAKOTA_ROOT" = "xno" ; then
     479        dnl Dakota{{{
     480        AC_ARG_WITH(
     481                [dakota-dir],
     482                AS_HELP_STRING([--with-dakota-dir=DIR], [Dakota root directory]),
     483                [DAKOTA_ROOT=${withval}],
     484                [DAKOTA_ROOT="no"]
     485        )
     486        AC_MSG_CHECKING([for Dakota])
     487        if test "x${DAKOTA_ROOT}" == "xno"; then
    465488                HAVE_DAKOTA=no
    466489        else
    467490                HAVE_DAKOTA=yes
    468                 if ! test -d "$DAKOTA_ROOT"; then
    469                         AC_MSG_ERROR([dakota directory provided ($DAKOTA_ROOT) does not exist]);
    470                 fi
    471         fi
    472         AC_MSG_RESULT($HAVE_DAKOTA)
    473         AM_CONDITIONAL([DAKOTA],[test x$HAVE_DAKOTA = xyes])
    474 
    475         dnl library and header files
    476         if test "x$HAVE_DAKOTA" = "xyes"; then
    477                 DAKOTAINCL=-I$DAKOTA_ROOT/include
    478 
    479                 AC_MSG_CHECKING(for dakota version)
    480                 if test -f "$DAKOTA_ROOT/VERSION"; then
    481                  DAKOTA_VERSION=`cat $DAKOTA_ROOT/VERSION | grep 'DAKOTA Version' | sed 's/.*DAKOTA Version //' | sed 's/ .*//' `
    482                 else if test -f "$DAKOTA_ROOT/../src/src/CommandLineHandler.C"; then
    483                  DAKOTA_VERSION=`cat $DAKOTA_ROOT/../src/src/CommandLineHandler.C | grep 'DAKOTA version' | grep 'release' | grep -v // | sed 's/.*DAKOTA version //' | sed 's/ .*//' `
    484                 else if test -f "$DAKOTA_ROOT/../src/src/CommandLineHandler.cpp"; then
    485                  DAKOTA_VERSION=`cat $DAKOTA_ROOT/../src/src/CommandLineHandler.cpp | grep 'DAKOTA version' | grep 'release' | grep -v // | sed 's/.*DAKOTA version //' | sed 's/ .*//' `
     491                if ! test -d "${DAKOTA_ROOT}"; then
     492                        AC_MSG_ERROR([Dakota directory provided (${DAKOTA_ROOT}) does not exist!]);
     493                fi
     494        fi
     495        AC_MSG_RESULT([${HAVE_DAKOTA}])
     496        AM_CONDITIONAL([DAKOTA], [test "x${HAVE_DAKOTA}" == "xyes"])
     497
     498        dnl Dakota libraries and header files
     499        if test "x${HAVE_DAKOTA}" == "xyes"; then
     500                DAKOTAINCL=-I${DAKOTA_ROOT}/include
     501
     502                AC_MSG_CHECKING(for Dakota version)
     503                dnl TODO:       Check if this method applies to all other versions of
     504                dnl             (it should as long as the Dakota binaries have been
     505                dnl             compiled). If so, we can remove the other methods of
     506                dnl             getting the version.
     507                dnl
     508                DAKOTA_VERSION_OUTPUT=`${DAKOTA_ROOT}/bin/dakota -v`
     509                if test -n "${DAKOTA_VERSION_OUTPUT}"; then
     510                        DAKOTA_VERSION=`echo ${DAKOTA_VERSION_OUTPUT} grep "Dakota version" | sed 's/Dakota version //' | sed 's/ .*//'`
     511                elif test -f "${DAKOTA_ROOT}/VERSION"; then
     512                        DAKOTA_VERSION=`cat ${DAKOTA_ROOT}/VERSION | grep 'DAKOTA Version' | sed 's/.*DAKOTA Version //' | sed 's/ .*//'`
     513                elif test -f "${DAKOTA_ROOT}/../src/src/CommandLineHandler.C"; then
     514                        DAKOTA_VERSION=`cat ${DAKOTA_ROOT}/../src/src/CommandLineHandler.C | grep 'DAKOTA version' | grep 'release' | grep -v // | sed 's/.*DAKOTA version //' | sed 's/ .*//' `
     515                elif test -f "${DAKOTA_ROOT}/../src/src/CommandLineHandler.cpp"; then
     516                        DAKOTA_VERSION=`cat ${DAKOTA_ROOT}/../src/src/CommandLineHandler.cpp | grep 'DAKOTA version' | grep 'release' | grep -v // | sed 's/.*DAKOTA version //' | sed 's/ .*//' `
    486517                else
    487                  AC_MSG_ERROR([Dakota CommandLineHandler.C or CommandLineHandler.cpp file not found to determine DAKOTA_VERSION!]);
    488                 fi
    489                 fi
    490                 fi
    491                 AC_MSG_RESULT($DAKOTA_VERSION)
    492                 AC_DEFINE_UNQUOTED([_DAKOTA_VERSION_],"$DAKOTA_VERSION",[Dakota version number])
     518                        AC_MSG_ERROR([Dakota CommandLineHandler.C or CommandLineHandler.cpp file not found to determine DAKOTA_VERSION!]);
     519                fi
     520                AC_MSG_RESULT([${DAKOTA_VERSION}])
     521                AC_DEFINE_UNQUOTED(_DAKOTA_VERSION_, "${DAKOTA_VERSION}", [Dakota version number])
    493522
    494523                DAKOTAFLAGS=""
    495                 dnl TODO: Should we also be checking if HAVE_BOOST before adding boost libs?
     524
     525                dnl NOTE:
     526                dnl - See $ISSM_DIR/dakota/build/src/Makefile.export.Dakota for the
     527                dnl       flags needed by your combination of Boost and Dakota versions
     528                dnl - We know $DAKOTA_ROOT cannot be empty at this point, so no need to
     529                dnl   check again in the following conditionals
     530                dnl
     531                dnl TODO:
     532                dnl - Should we also be checking if HAVE_BOOST before adding boost libs?
     533                dnl
    496534                case "${host_os}" in
    497535                        *cygwin*)
    498                                 if test x$DAKOTA_VERSION = x5.1 || test x$DAKOTA_VERSION = x5.2; then
    499                                         DAKOTALIB="-L$DAKOTA_ROOT/lib -L$BOOST_ROOT/lib -ldakota -lteuchos -lpecos -llhs -lsparsegrid -lsurfpack -lconmin -lddace -lfsudace -ljega -lcport -loptpp -lpsuade -lncsuopt -lcolin -linterfaces -lmomh -lscolib -lpebbl -ltinyxml -lutilib -l3po -lhopspack -lnidr -lamplsolver -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem"
    500                                 else if test x$DAKOTA_VERSION = x6.1 || test x$DAKOTA_VERSION = x6.2; then
    501                                    DAKOTAFLAGS="-DDISABLE_DAKOTA_CONFIG_H -DBOOST_MULTI_INDEX_DISABLE_SERIALIZATION -DDAKOTA_PLUGIN -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DDAKOTA_HAVE_BOOST_FS -DHAVE_UNISTD_H -DHAVE_SYSTEM -DHAVE_WORKING_FORK -DHAVE_WORKING_VFORK -DHAVE_SYS_WAIT_H -DHAVE_USLEEP -DDAKOTA_F90 -DDAKOTA_HAVE_MPI -DHAVE_PECOS -DHAVE_SURFPACK -DDAKOTA_COLINY -DDAKOTA_UTILIB -DHAVE_ADAPTIVE_SAMPLING -DHAVE_CONMIN -DDAKOTA_DDACE -DHAVE_FSUDACE -DDAKOTA_HOPS -DHAVE_JEGA -DHAVE_NCSU -DHAVE_NL2SOL -DHAVE_OPTPP -DDAKOTA_OPTPP -DHAVE_PSUADE -DHAVE_AMPL"
    502                                         DAKOTALIB="-L$DAKOTA_ROOT/lib -L$BOOST_ROOT/lib -ldakota_src -ldream -lfsudace -lddace -lnomad -lpecos_src -lscolib -ljega_fe -llhs -lpebbl -lcolin -linterfaces -llhs_mods -lmoga -loptpp -lsoga -lsurfpack -lutilib -lconmin -ldakota_src_fortran -llhs_mod -lncsuopt -lsurfpack_fortran -lteuchos -l3po -lamplsolver -lcport -ldfftpack -leutils -lfsudace -lhopspack -ljega -lnidr -lpecos -lpsuade -ltinyxml -lutilities -lsparsegrid -lboost_serialization -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system"
    503                                         AC_DEFINE([DISABLE_DAKOTA_CONFIG_H],[1],[disabling DAKOTA_CONFIG_H])
    504                                         AC_DEFINE([DAKOTA_HAVE_MPI],[1],[enabling parallel MPI])
     536                                if test "${DAKOTA_VERSION}" == "5.1" || test "${DAKOTA_VERSION}" == "5.2"; then
     537                                        DAKOTALIB="-L${DAKOTA_ROOT}/lib -L${BOOST_ROOT}/lib -ldakota -lteuchos -lpecos -llhs -lsparsegrid -lsurfpack -lconmin -lddace -lfsudace -ljega -lcport -loptpp -lpsuade -lncsuopt -lcolin -linterfaces -lmomh -lscolib -lpebbl -ltinyxml -lutilib -l3po -lhopspack -lnidr -lamplsolver -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem"
     538                                elif test "${DAKOTA_VERSION}" == "6.1" || test "${DAKOTA_VERSION}" == "6.2"; then
     539                                        DAKOTAFLAGS="-DDISABLE_DAKOTA_CONFIG_H -DBOOST_MULTI_INDEX_DISABLE_SERIALIZATION -DDAKOTA_PLUGIN -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DDAKOTA_HAVE_BOOST_FS -DHAVE_UNISTD_H -DHAVE_SYSTEM -DHAVE_WORKING_FORK -DHAVE_WORKING_VFORK -DHAVE_SYS_WAIT_H -DHAVE_USLEEP -DDAKOTA_F90 -DDAKOTA_HAVE_MPI -DHAVE_PECOS -DHAVE_SURFPACK -DDAKOTA_COLINY -DDAKOTA_UTILIB -DHAVE_ADAPTIVE_SAMPLING -DHAVE_CONMIN -DDAKOTA_DDACE -DHAVE_FSUDACE -DDAKOTA_HOPS -DHAVE_JEGA -DHAVE_NCSU -DHAVE_NL2SOL -DHAVE_OPTPP -DDAKOTA_OPTPP -DHAVE_PSUADE -DHAVE_AMPL"
     540                                        DAKOTALIB="-L${DAKOTA_ROOT}/lib -L${BOOST_ROOT}/lib -ldakota_src -ldream -lfsudace -lddace -lnomad -lpecos_src -lscolib -ljega_fe -llhs -lpebbl -lcolin -linterfaces -llhs_mods -lmoga -loptpp -lsoga -lsurfpack -lutilib -lconmin -ldakota_src_fortran -llhs_mod -lncsuopt -lsurfpack_fortran -lteuchos -l3po -lamplsolver -lcport -ldfftpack -leutils -lfsudace -lhopspack -ljega -lnidr -lpecos -lpsuade -ltinyxml -lutilities -lsparsegrid -lboost_serialization -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system"
     541                                        AC_DEFINE([DISABLE_DAKOTA_CONFIG_H], [1], [disabling DAKOTA_CONFIG_H])
     542                                        AC_DEFINE([DAKOTA_HAVE_MPI], [1], [enabling parallel MPI])
    505543                                else
    506                                         AC_MSG_ERROR([Dakota version not found or version ($DAKOTA_VERSION) not supported!]);
     544                                        AC_MSG_ERROR([Dakota version not found or version (${DAKOTA_VERSION}) not supported!]);
    507545                                fi
     546                        ;;
     547                        *darwin*)
     548                                if test "${DAKOTA_VERSION}" == "5.1" || test "${DAKOTA_VERSION}" == "5.2"; then
     549                                        DAKOTALIB="-L${DAKOTA_ROOT}/lib -ldakota -lteuchos -lpecos -llhs -lsparsegrid -lsurfpack -lconmin -lddace -lfsudace -ljega -lcport -loptpp -lpsuade -lncsuopt -lcolin -linterfaces -lmomh -lscolib -lpebbl -ltinyxml -lutilib -l3po -lhopspack -lnidr -lamplsolver -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system"
     550                                elif test "${DAKOTA_VERSION}" == "5.3" || test "${DAKOTA_VERSION}" == "5.3.1"; then
     551                                        DAKOTAFLAGS="-DDISABLE_DAKOTA_CONFIG_H -DBOOST_MULTI_INDEX_DISABLE_SERIALIZATION -DDAKOTA_PLUGIN -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DDAKOTA_HAVE_BOOST_FS -DHAVE_UNISTD_H -DHAVE_SYSTEM -DHAVE_WORKING_FORK -DHAVE_WORKING_VFORK -DHAVE_SYS_WAIT_H -DHAVE_USLEEP -DDAKOTA_F90 -DDAKOTA_HAVE_MPI -DHAVE_PECOS -DHAVE_SURFPACK -DDAKOTA_COLINY -DDAKOTA_UTILIB -DHAVE_ADAPTIVE_SAMPLING -DHAVE_CONMIN -DDAKOTA_DDACE -DHAVE_FSUDACE -DDAKOTA_HOPS -DHAVE_JEGA -DHAVE_NCSU -DHAVE_NL2SOL -DHAVE_OPTPP -DDAKOTA_OPTPP -DHAVE_PSUADE -DHAVE_AMPL"
     552                                        DAKOTALIB="-L${DAKOTA_ROOT}/lib -L${BOOST_ROOT}/lib -ldakota_src -lpecos_src -lscolib -ljega_fe -llhs -lpebbl -lcolin -linterfaces -lmods -lmoga -loptpp -lsampling -lsoga -lsurfpack -lutilib -lconmin -ldakota_src_fortran -lmod -lncsuopt -lsurfpack_fortran -lteuchos -l3po -lamplsolver -lanalyzer -lbose -lcport -ldace -ldfftpack -leutils -lfsudace -lhopspack -ljega -lnidr -lpecos -lpsuade -lrandom -ltinyxml -lutilities -lsparsegrid -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system"
     553                                        AC_DEFINE([DISABLE_DAKOTA_CONFIG_H], [1], [disabling DAKOTA_CONFIG_H])
     554                                        AC_DEFINE([DAKOTA_HAVE_MPI], [1], [enabling parallel MPI])
     555                                elif test "${DAKOTA_VERSION}" == "6.1" || test "${DAKOTA_VERSION}" == "6.2"; then
     556                                        DAKOTAFLAGS="-DDISABLE_DAKOTA_CONFIG_H -DBOOST_MULTI_INDEX_DISABLE_SERIALIZATION -DDAKOTA_PLUGIN -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DDAKOTA_HAVE_BOOST_FS -DHAVE_UNISTD_H -DHAVE_SYSTEM -DHAVE_WORKING_FORK -DHAVE_WORKING_VFORK -DHAVE_SYS_WAIT_H -DHAVE_USLEEP -DDAKOTA_F90 -DDAKOTA_HAVE_MPI -DHAVE_PECOS -DHAVE_SURFPACK -DDAKOTA_UTILIB -DHAVE_ADAPTIVE_SAMPLING -DHAVE_CONMIN -DDAKOTA_DDACE -DHAVE_FSUDACE -DDAKOTA_HOPS -DHAVE_NCSU -DHAVE_NL2SOL -DHAVE_OPTPP -DDAKOTA_OPTPP -DHAVE_PSUADE -DHAVE_AMPL"
     557                                        if test "x${enable_standalone_executables}" == "xyes"; then
     558                                                DAKOTALIB="-L${DAKOTA_ROOT}/lib -ldakota_src -ldream -lfsudace -lddace -lnomad -lpecos_src -llhs -llhs_mods -loptpp -lsurfpack -lconmin -ldakota_src_fortran -llhs_mod -lncsuopt -lsurfpack_fortran -lteuchos -lamplsolver -lcport -ldfftpack -lfsudace -lhopspack -lnidr -lpecos -lpsuade -lsparsegrid ${BOOST_ROOT}/lib/libboost_serialization.a ${BOOST_ROOT}/lib/libboost_signals.a ${BOOST_ROOT}/lib/libboost_regex.a ${BOOST_ROOT}/lib/libboost_filesystem.a ${BOOST_ROOT}/lib/libboost_system.a"
     559                                        else
     560                                                DAKOTALIB="-L${DAKOTA_ROOT}/lib -L${BOOST_ROOT}/lib -ldakota_src -ldream -lfsudace -lddace -lnomad -lpecos_src -llhs -llhs_mods -loptpp -lsurfpack -lconmin -ldakota_src_fortran -llhs_mod -lncsuopt -lsurfpack_fortran -lteuchos -lamplsolver -lcport -ldfftpack -lfsudace -lhopspack -lnidr -lpecos -lpsuade -lsparsegrid -lboost_serialization -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system"
     561                                        fi
     562                                        AC_DEFINE([DISABLE_DAKOTA_CONFIG_H], [1], [disabling DAKOTA_CONFIG_H])
     563                                        AC_DEFINE([DAKOTA_HAVE_MPI], [1], [enabling Dakota with MPI])
     564                                elif test "${DAKOTA_VERSION}" == "6.11"; then
     565                                        DAKOTAFLAGS="-DDISABLE_DAKOTA_CONFIG_H -DBOOST_MULTI_INDEX_DISABLE_SERIALIZATION -DDAKOTA_PLUGIN -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DDAKOTA_HAVE_BOOST_FS -DHAVE_UNISTD_H -DHAVE_SYSTEM -DHAVE_WORKING_FORK -DHAVE_WORKING_VFORK -DHAVE_SYS_WAIT_H -DHAVE_USLEEP -DDAKOTA_F90 -DDAKOTA_HAVE_MPI -DHAVE_PECOS -DHAVE_SURFPACK -DDAKOTA_UTILIB -DHAVE_ADAPTIVE_SAMPLING -DHAVE_CONMIN -DDAKOTA_DDACE -DHAVE_FSUDACE -DDAKOTA_HOPS -DHAVE_NCSU -DHAVE_NL2SOL -DHAVE_OPTPP -DDAKOTA_OPTPP -DHAVE_PSUADE -DHAVE_AMPL"
     566                                        dnl See $ISSM_DIR/dakota/build/src/Makefile.export.Dakota -> Dakota_LIBRARIES
     567                                        DAKOTALIB="-L${DAKOTA_ROOT}/lib -ldakota_src -ldakota_src_fortran -lnidr -lteuchosremainder -lteuchosnumerics -lteuchoscomm -lteuchosparameterlist -lteuchosparser -lteuchoscore -lpecos_util -lpecos_src -llhs -llhs_mods -llhs_mod -ldfftpack -lsparsegrid -lsurfpack -lsurfpack -lsurfpack_fortran -lapproxnn -lconmin -lddace -ldream -lfsudace -lhopspack -lncsuopt -lcport -lnomad -loptpp -lpsuade -lamplsolver -L${BOOST_ROOT}/lib -lboost_serialization -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system"
     568                                        AC_DEFINE([DISABLE_DAKOTA_CONFIG_H], [1], [disabling DAKOTA_CONFIG_H])
     569                                        AC_DEFINE([DAKOTA_HAVE_MPI], [1], [enabling Dakota with MPI])
     570                                else
     571                                        AC_MSG_ERROR([Dakota version not found or version (${DAKOTA_VERSION}) not supported!]);
    508572                                fi
    509573                        ;;
    510574                        *linux*)
    511                                 if test x$DAKOTA_VERSION = x5.1 || test x$DAKOTA_VERSION = x5.2; then
    512                                         DAKOTALIB="-L$DAKOTA_ROOT/lib -ldakota -lteuchos -lpecos -llhs -lsparsegrid -lsurfpack -lconmin -lddace -lfsudace -ljega -lcport -loptpp -lpsuade -lncsuopt -lcolin -linterfaces -lmomh -lscolib -lpebbl -ltinyxml -lutilib -l3po -lhopspack -lnidr -lamplsolver -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system -ldl"
    513                                 else if test x$DAKOTA_VERSION = x5.3 || test x$DAKOTA_VERSION = x5.3.1; then
     575                                if test "${DAKOTA_VERSION}" == "5.1" || test "${DAKOTA_VERSION}" == "5.2"; then
     576                                        DAKOTALIB="-L${DAKOTA_ROOT}/lib -ldakota -lteuchos -lpecos -llhs -lsparsegrid -lsurfpack -lconmin -lddace -lfsudace -ljega -lcport -loptpp -lpsuade -lncsuopt -lcolin -linterfaces -lmomh -lscolib -lpebbl -ltinyxml -lutilib -l3po -lhopspack -lnidr -lamplsolver -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system -ldl"
     577                                elif test "${DAKOTA_VERSION}" == "5.3" || test "${DAKOTA_VERSION}" == "5.3.1"; then
    514578                                        DAKOTAFLAGS="-DDISABLE_DAKOTA_CONFIG_H -DBOOST_MULTI_INDEX_DISABLE_SERIALIZATION -DDAKOTA_PLUGIN -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DDAKOTA_HAVE_BOOST_FS -DHAVE_UNISTD_H -DHAVE_SYSTEM -DHAVE_WORKING_FORK -DHAVE_WORKING_VFORK -DHAVE_SYS_WAIT_H -DHAVE_USLEEP -DDAKOTA_F90 -DDAKOTA_HAVE_MPI -DHAVE_PECOS -DHAVE_SURFPACK -DDAKOTA_COLINY -DDAKOTA_UTILIB -DHAVE_ADAPTIVE_SAMPLING -DHAVE_CONMIN -DDAKOTA_DDACE -DHAVE_FSUDACE -DDAKOTA_HOPS -DHAVE_JEGA -DHAVE_NCSU -DHAVE_NL2SOL -DHAVE_OPTPP -DDAKOTA_OPTPP -DHAVE_PSUADE -DHAVE_AMPL"
    515                                         DAKOTALIB="-L$DAKOTA_ROOT/lib -L$BOOST_ROOT/lib -ldakota_src -lpecos_src -lscolib -ljega_fe -llhs -lpebbl -lcolin -linterfaces -lmods -lmoga -loptpp -lsampling -lsoga -lsurfpack -lutilib -lconmin -ldakota_src_fortran -lmod -lncsuopt -lsurfpack_fortran -lteuchos -l3po -lamplsolver -lanalyzer -lbose -lcport -ldace -ldfftpack -leutils -lfsudace -lhopspack -ljega -lnidr -lpecos -lpsuade -lrandom -ltinyxml -lutilities -lsparsegrid -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system"
    516                                         AC_DEFINE([DISABLE_DAKOTA_CONFIG_H],[1],[disabling DAKOTA_CONFIG_H])
    517                                         AC_DEFINE([DAKOTA_HAVE_MPI],[1],[enabling parallel MPI])
    518                                 else if test x$DAKOTA_VERSION = x6.1 || test x$DAKOTA_VERSION = x6.2; then
    519                                    DAKOTAFLAGS="-DDISABLE_DAKOTA_CONFIG_H -DBOOST_MULTI_INDEX_DISABLE_SERIALIZATION -DDAKOTA_PLUGIN -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DDAKOTA_HAVE_BOOST_FS -DHAVE_UNISTD_H -DHAVE_SYSTEM -DHAVE_WORKING_FORK -DHAVE_WORKING_VFORK -DHAVE_SYS_WAIT_H -DHAVE_USLEEP -DDAKOTA_F90 -DDAKOTA_HAVE_MPI -DHAVE_PECOS -DHAVE_SURFPACK -DDAKOTA_UTILIB -DHAVE_ADAPTIVE_SAMPLING -DHAVE_CONMIN -DDAKOTA_DDACE -DHAVE_FSUDACE -DDAKOTA_HOPS -DHAVE_NCSU -DHAVE_NL2SOL -DHAVE_OPTPP -DDAKOTA_OPTPP -DHAVE_PSUADE -DHAVE_AMPL"
    520                                         if test "x$enable_standalone_executables" = "xyes"; then
    521                                                 DAKOTALIB="-L$DAKOTA_ROOT/lib -ldakota_src -ldream -lfsudace -lddace -lnomad -lpecos_src -llhs -llhs_mods -loptpp -lsurfpack -lconmin -ldakota_src_fortran -llhs_mod -lncsuopt -lsurfpack_fortran -lteuchos -lamplsolver -lcport -ldfftpack -lfsudace -lhopspack -lnidr -lpecos -lpsuade -lsparsegrid $BOOST_ROOT/lib/libboost_serialization.a $BOOST_ROOT/lib/libboost_signals.a $BOOST_ROOT/lib/libboost_regex.a $BOOST_ROOT/lib/libboost_filesystem.a $BOOST_ROOT/lib/libboost_system.a"
    522                                         else
    523                                                 DAKOTALIB="-L$DAKOTA_ROOT/lib -L$BOOST_ROOT/lib -ldakota_src -ldream -lfsudace -lddace -lnomad -lpecos_src -llhs -llhs_mods -loptpp -lsurfpack -lconmin -ldakota_src_fortran -llhs_mod -lncsuopt -lsurfpack_fortran -lteuchos -lamplsolver -lcport -ldfftpack -lfsudace -lhopspack -lnidr -lpecos -lpsuade -lsparsegrid -lboost_serialization -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system"
     579                                        DAKOTALIB="-L${DAKOTA_ROOT}/lib -L${BOOST_ROOT}/lib -ldakota_src -lpecos_src -lscolib -ljega_fe -llhs -lpebbl -lcolin -linterfaces -lmods -lmoga -loptpp -lsampling -lsoga -lsurfpack -lutilib -lconmin -ldakota_src_fortran -lmod -lncsuopt -lsurfpack_fortran -lteuchos -l3po -lamplsolver -lanalyzer -lbose -lcport -ldace -ldfftpack -leutils -lfsudace -lhopspack -ljega -lnidr -lpecos -lpsuade -lrandom -ltinyxml -lutilities -lsparsegrid -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system"
     580                                        AC_DEFINE([DISABLE_DAKOTA_CONFIG_H], [1], [disabling DAKOTA_CONFIG_H])
     581                                        AC_DEFINE([DAKOTA_HAVE_MPI], [1], [enabling Dakota with MPI])
     582                                elif test "${DAKOTA_VERSION}" == "6.1" || test "${DAKOTA_VERSION}" == "6.2"; then
     583                                        if test "${BOOST_VERSION_MAJOR}" == "1"; then
     584                                                if test "${BOOST_VERSION_MINOR}" == "55"; then
     585                                                        DAKOTAFLAGS="-DDISABLE_DAKOTA_CONFIG_H -DBOOST_MULTI_INDEX_DISABLE_SERIALIZATION -DDAKOTA_PLUGIN -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DDAKOTA_HAVE_BOOST_FS -DHAVE_UNISTD_H -DHAVE_SYSTEM -DHAVE_WORKING_FORK -DHAVE_WORKING_VFORK -DHAVE_SYS_WAIT_H -DHAVE_USLEEP -DDAKOTA_F90 -DDAKOTA_HAVE_MPI -DHAVE_PECOS -DHAVE_SURFPACK -DDAKOTA_UTILIB -DHAVE_ADAPTIVE_SAMPLING -DHAVE_CONMIN -DDAKOTA_DDACE -DHAVE_FSUDACE -DDAKOTA_HOPS -DHAVE_NCSU -DHAVE_NL2SOL -DHAVE_OPTPP -DDAKOTA_OPTPP -DHAVE_PSUADE -DHAVE_AMPL"
     586                                                        DAKOTALIB="-L${DAKOTA_ROOT}/lib -ldakota_src -ldream -lfsudace -lddace -lnomad -lpecos_src -llhs -llhs_mods -loptpp -lsurfpack -lconmin -ldakota_src_fortran -llhs_mod -lncsuopt -lsurfpack_fortran -lteuchos -lamplsolver -lcport -ldfftpack -lfsudace -lhopspack -lnidr -lpecos -lpsuade -lsparsegrid -L$BOOST_ROOT/lib -lboost_serialization -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system -L${BLASLAPACK_ROOT}/lib -llapack -lblas"
     587                                                elif test "${BOOST_VERSION_MINOR}" = "72"; then
     588                                                        DAKOTAFLAGS="-DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_CONFIG_H -DDISABLE_DAKOTA_CONFIG_H -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DHAVE_UNISTD_H -DHAVE_SYSTEM -DHAVE_WORKING_FORK -DHAVE_WORKING_VFORK -DHAVE_SYS_WAIT_H -DHAVE_USLEEP -DDAKOTA_F90 -DDAKOTA_HAVE_MPI -DHAVE_PECOS -DHAVE_SURFPACK -DHAVE_ADAPTIVE_SAMPLING -DHAVE_ESM -DHAVE_CONMIN -DHAVE_DDACE -DHAVE_DREAM -DHAVE_FSUDACE -DDAKOTA_HOPS -DHAVE_NCSU -DHAVE_NL2SOL -DHAVE_NOMAD -DHAVE_OPTPP -DDAKOTA_OPTPP -DHAVE_PSUADE -DHAVE_AMPL"
     589                                                        dnl See $ISSM_DIR/dakota/build/src/Makefile.export.Dakota -> Dakota_LIBRARIES
     590                                                        DAKOTALIB="-L${DAKOTA_ROOT}/lib -ldakota_src -ldakota_src_fortran -lnidr -lteuchos -lpecos -lpecos_src -llhs -llhs_mods -llhs_mod -ldfftpack -lsparsegrid -lsurfpack -lsurfpack -lsurfpack_fortran -lconmin -lddace -ldream -lfsudace -lhopspack -lncsuopt -lcport -lnomad -loptpp -lpsuade -lamplsolver -L${BOOST_ROOT}/lib -lboost_filesystem -lboost_program_options -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -L${BLASLAPACK_ROOT}/lib -llapack -lblas"
     591                                                fi
    524592                                        fi
    525                                         AC_DEFINE([DISABLE_DAKOTA_CONFIG_H],[1],[disabling DAKOTA_CONFIG_H])
    526                                         AC_DEFINE([DAKOTA_HAVE_MPI],[1],[enabling parallel MPI])
     593                                        AC_DEFINE([DISABLE_DAKOTA_CONFIG_H], [1], [disabling DAKOTA_CONFIG_H])
     594                                        AC_DEFINE([DAKOTA_HAVE_MPI], [1], [enabling Dakota with MPI])
     595                                elif test "${DAKOTA_VERSION}" == "6.11"; then
     596                                        if test "${BOOST_VERSION_MAJOR}" == "1"; then
     597                                                if test "${BOOST_VERSION_MINOR}" == "55"; then
     598                                                        DAKOTAFLAGS="-DDISABLE_DAKOTA_CONFIG_H -DBOOST_MULTI_INDEX_DISABLE_SERIALIZATION -DDAKOTA_PLUGIN -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DDAKOTA_HAVE_BOOST_FS -DHAVE_UNISTD_H -DHAVE_SYSTEM -DHAVE_WORKING_FORK -DHAVE_WORKING_VFORK -DHAVE_SYS_WAIT_H -DHAVE_USLEEP -DDAKOTA_F90 -DDAKOTA_HAVE_MPI -DHAVE_PECOS -DHAVE_SURFPACK -DDAKOTA_UTILIB -DHAVE_ADAPTIVE_SAMPLING -DHAVE_CONMIN -DDAKOTA_DDACE -DHAVE_FSUDACE -DDAKOTA_HOPS -DHAVE_NCSU -DHAVE_NL2SOL -DHAVE_OPTPP -DDAKOTA_OPTPP -DHAVE_PSUADE -DHAVE_AMPL"
     599                                                        DAKOTALIB="-L${DAKOTA_ROOT}/lib -ldakota_src -ldream -lfsudace -lddace -lnomad -lpecos_src -llhs -llhs_mods -loptpp -lsurfpack -lconmin -ldakota_src_fortran -llhs_mod -lncsuopt -lsurfpack_fortran -lteuchos -lamplsolver -lcport -ldfftpack -lfsudace -lhopspack -lnidr -lpecos -lpsuade -lsparsegrid -L$BOOST_ROOT/lib -lboost_serialization -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system -L${BLASLAPACK_ROOT}/lib -llapack -lblas"
     600                                                elif test "${BOOST_VERSION_MINOR}" == "72"; then
     601                                                        DAKOTAFLAGS="-DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_CONFIG_H -DDISABLE_DAKOTA_CONFIG_H -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DHAVE_UNISTD_H -DHAVE_SYSTEM -DHAVE_WORKING_FORK -DHAVE_WORKING_VFORK -DHAVE_SYS_WAIT_H -DHAVE_USLEEP -DDAKOTA_F90 -DDAKOTA_HAVE_MPI -DHAVE_PECOS -DHAVE_SURFPACK -DHAVE_ADAPTIVE_SAMPLING -DHAVE_ESM -DHAVE_CONMIN -DHAVE_DDACE -DHAVE_DREAM -DHAVE_FSUDACE -DDAKOTA_HOPS -DHAVE_NCSU -DHAVE_NL2SOL -DHAVE_NOMAD -DHAVE_OPTPP -DDAKOTA_OPTPP -DHAVE_PSUADE -DHAVE_AMPL"
     602                                                        DAKOTALIB="-L${DAKOTA_ROOT}/lib -ldakota_src -ldakota_src_fortran -lnidr -lteuchosremainder -lteuchosnumerics -lteuchoscomm -lteuchosparameterlist -lteuchosparser -lteuchoscore -lpecos_util -lpecos_src -llhs -llhs_mods -llhs_mod -ldfftpack -lsparsegrid -lsurfpack -lsurfpack -lsurfpack_fortran -lapproxnn -lconmin -lddace -ldream -lfsudace -lhopspack -lncsuopt -lcport -lnomad -loptpp -lpsuade -lamplsolver -L${BOOST_ROOT}/lib -lboost_filesystem -lboost_program_options -lboost_regex -lboost_serialization -lboost_system -L${BLASLAPACK_ROOT}/lib -llapack -lblas"
     603                                                fi
     604                                        fi
     605                                        AC_DEFINE([DISABLE_DAKOTA_CONFIG_H], [1], [disabling DAKOTA_CONFIG_H])
     606                                        AC_DEFINE([DAKOTA_HAVE_MPI], [1], [enabling Dakota with MPI])
    527607                                else
    528                                         AC_MSG_ERROR([Dakota version not found or version ($DAKOTA_VERSION) not supported!]);
     608                                        AC_MSG_ERROR([Dakota version not found or version (${DAKOTA_VERSION}) not supported!]);
    529609                                fi
    530                                 fi
    531                                 fi
    532                         ;;
    533                         *darwin*)
    534                                 if test x$DAKOTA_VERSION = x5.1 || test x$DAKOTA_VERSION = x5.2; then
    535                                         DAKOTALIB="-L$DAKOTA_ROOT/lib -ldakota -lteuchos -lpecos -llhs -lsparsegrid -lsurfpack -lconmin -lddace -lfsudace -ljega -lcport -loptpp -lpsuade -lncsuopt -lcolin -linterfaces -lmomh -lscolib -lpebbl -ltinyxml -lutilib -l3po -lhopspack -lnidr -lamplsolver -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system"
    536                                 else if test x$DAKOTA_VERSION = x5.3 || test x$DAKOTA_VERSION = x5.3.1; then
    537                                         DAKOTAFLAGS="-DDISABLE_DAKOTA_CONFIG_H -DBOOST_MULTI_INDEX_DISABLE_SERIALIZATION -DDAKOTA_PLUGIN -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DDAKOTA_HAVE_BOOST_FS -DHAVE_UNISTD_H -DHAVE_SYSTEM -DHAVE_WORKING_FORK -DHAVE_WORKING_VFORK -DHAVE_SYS_WAIT_H -DHAVE_USLEEP -DDAKOTA_F90 -DDAKOTA_HAVE_MPI -DHAVE_PECOS -DHAVE_SURFPACK -DDAKOTA_COLINY -DDAKOTA_UTILIB -DHAVE_ADAPTIVE_SAMPLING -DHAVE_CONMIN -DDAKOTA_DDACE -DHAVE_FSUDACE -DDAKOTA_HOPS -DHAVE_JEGA -DHAVE_NCSU -DHAVE_NL2SOL -DHAVE_OPTPP -DDAKOTA_OPTPP -DHAVE_PSUADE -DHAVE_AMPL"
    538                                         DAKOTALIB="-L$DAKOTA_ROOT/lib -L$BOOST_ROOT/lib -ldakota_src -lpecos_src -lscolib -ljega_fe -llhs -lpebbl -lcolin -linterfaces -lmods -lmoga -loptpp -lsampling -lsoga -lsurfpack -lutilib -lconmin -ldakota_src_fortran -lmod -lncsuopt -lsurfpack_fortran -lteuchos -l3po -lamplsolver -lanalyzer -lbose -lcport -ldace -ldfftpack -leutils -lfsudace -lhopspack -ljega -lnidr -lpecos -lpsuade -lrandom -ltinyxml -lutilities -lsparsegrid -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system"
    539                                         AC_DEFINE([DISABLE_DAKOTA_CONFIG_H],[1],[disabling DAKOTA_CONFIG_H])
    540                                         AC_DEFINE([DAKOTA_HAVE_MPI],[1],[enabling parallel MPI])
    541                                 else if test x$DAKOTA_VERSION = x6.1 || test x$DAKOTA_VERSION = x6.2; then
    542                                         DAKOTAFLAGS="-DDISABLE_DAKOTA_CONFIG_H -DBOOST_MULTI_INDEX_DISABLE_SERIALIZATION -DDAKOTA_PLUGIN -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DDAKOTA_HAVE_BOOST_FS -DHAVE_UNISTD_H -DHAVE_SYSTEM -DHAVE_WORKING_FORK -DHAVE_WORKING_VFORK -DHAVE_SYS_WAIT_H -DHAVE_USLEEP -DDAKOTA_F90 -DDAKOTA_HAVE_MPI -DHAVE_PECOS -DHAVE_SURFPACK -DDAKOTA_UTILIB -DHAVE_ADAPTIVE_SAMPLING -DHAVE_CONMIN -DDAKOTA_DDACE -DHAVE_FSUDACE -DDAKOTA_HOPS -DHAVE_NCSU -DHAVE_NL2SOL -DHAVE_OPTPP -DDAKOTA_OPTPP -DHAVE_PSUADE -DHAVE_AMPL"
    543                                         if test "x$enable_standalone_executables" = "xyes"; then
    544                                                 DAKOTALIB="-L$DAKOTA_ROOT/lib -ldakota_src -ldream -lfsudace -lddace -lnomad -lpecos_src -llhs -llhs_mods -loptpp -lsurfpack -lconmin -ldakota_src_fortran -llhs_mod -lncsuopt -lsurfpack_fortran -lteuchos -lamplsolver -lcport -ldfftpack -lfsudace -lhopspack -lnidr -lpecos -lpsuade -lsparsegrid $BOOST_ROOT/lib/libboost_serialization.a $BOOST_ROOT/lib/libboost_signals.a $BOOST_ROOT/lib/libboost_regex.a $BOOST_ROOT/lib/libboost_filesystem.a $BOOST_ROOT/lib/libboost_system.a"
    545                                         else
    546                                                 DAKOTALIB="-L$DAKOTA_ROOT/lib -L$BOOST_ROOT/lib -ldakota_src -ldream -lfsudace -lddace -lnomad -lpecos_src -llhs -llhs_mods -loptpp -lsurfpack -lconmin -ldakota_src_fortran -llhs_mod -lncsuopt -lsurfpack_fortran -lteuchos -lamplsolver -lcport -ldfftpack -lfsudace -lhopspack -lnidr -lpecos -lpsuade -lsparsegrid -lboost_serialization -lboost_signals -lboost_regex -lboost_filesystem -lboost_system"
    547                                         fi
    548                                         AC_DEFINE([DISABLE_DAKOTA_CONFIG_H],[1],[disabling DAKOTA_CONFIG_H])
    549                                         AC_DEFINE([DAKOTA_HAVE_MPI],[1],[enabling parallel MPI])
    550                                 else
    551                                         AC_MSG_ERROR([Dakota version not found or version ($DAKOTA_VERSION) not supported!]);
    552                                 fi
    553                                 fi
    554                                 fi
    555610                        ;;
    556611                esac
    557612
    558                 case $DAKOTA_VERSION in
    559                         @<:@1-9@:>@.@<:@0-9@:>@.@<:@0-9@:>@)
    560                                 DAKOTA_MAJOR=`echo $DAKOTA_VERSION | sed -e 's/^\(@<:@0-9@:>@*\)\..*/\1/'`
    561                                 DAKOTA_MINOR=`echo $DAKOTA_VERSION | sed -e 's/^@<:@0-9@:>@*\.\(@<:@0-9@:>@*\)\..*/\1/'`
    562                                 DAKOTA_BUILD=`echo $DAKOTA_VERSION | sed -e 's/^@<:@0-9@:>@*\.@<:@0-9@:>@*\.\(@<:@0-9@:>@*\).*/\1/'`
    563                         ;;
    564                         @<:@1-9@:>@.@<:@0-9@:>@)
    565                                 DAKOTA_MAJOR=`echo $DAKOTA_VERSION | sed -e 's/^\(@<:@0-9@:>@*\)\..*/\1/'`
    566                                 DAKOTA_MINOR=`echo $DAKOTA_VERSION | sed -e 's/^@<:@0-9@:>@*\.\(@<:@0-9@:>@*\).*/\1/'`
     613                case ${DAKOTA_VERSION} in
     614                        @<:@1-9@:>@*.@<:@0-9@:>@*.@<:@0-9@:>@*)
     615                                DAKOTA_MAJOR=`echo ${DAKOTA_VERSION} | sed -e 's/^\(@<:@0-9@:>@*\)\..*/\1/'`
     616                                DAKOTA_MINOR=`echo ${DAKOTA_VERSION} | sed -e 's/^@<:@0-9@:>@*\.\(@<:@0-9@:>@*\)\..*/\1/'`
     617                                DAKOTA_BUILD=`echo ${DAKOTA_VERSION} | sed -e 's/^@<:@0-9@:>@*\.@<:@0-9@:>@*\.\(@<:@0-9@:>@*\).*/\1/'`
     618                        ;;
     619                        @<:@1-9@:>@*.@<:@0-9@:>@*)
     620                                DAKOTA_MAJOR=`echo ${DAKOTA_VERSION} | sed -e 's/^\(@<:@0-9@:>@*\)\..*/\1/'`
     621                                DAKOTA_MINOR=`echo ${DAKOTA_VERSION} | sed -e 's/^@<:@0-9@:>@*\.\(@<:@0-9@:>@*\).*/\1/'`
    567622                                DAKOTA_BUILD=0
    568623                        ;;
    569                         @<:@1-9@:>@.@<:@0-9@:>@+)
    570                                 DAKOTA_MAJOR=`echo $DAKOTA_VERSION | sed -e 's/^\(@<:@0-9@:>@*\)\..*/\1/'`
    571                                 DAKOTA_MINOR=`echo $DAKOTA_VERSION | sed -e 's/^@<:@0-9@:>@*\.\(@<:@0-9@:>@*\).*/\1/'`
    572                                 DAKOTA_BUILD=0
    573                         ;;
    574624                        *)
    575                                 AC_MSG_ERROR([Dakota version ($DAKOTA_VERSION) not supported!]);
    576                    ;;
     625                                AC_MSG_ERROR([Dakota version (${DAKOTA_VERSION}) not supported!])
     626                        ;;
    577627                esac
    578                 AC_MSG_CHECKING(for dakota major version)
    579                 AC_MSG_RESULT($DAKOTA_MAJOR)
    580                 AC_DEFINE_UNQUOTED([_DAKOTA_MAJOR_],$DAKOTA_MAJOR,[Dakota major version number])
    581                 AC_MSG_CHECKING(for dakota minor version)
    582                 AC_MSG_RESULT($DAKOTA_MINOR)
    583                 AC_DEFINE_UNQUOTED([_DAKOTA_MINOR_],$DAKOTA_MINOR,[Dakota minor version number])
     628                AC_MSG_CHECKING(for Dakota major version)
     629                AC_MSG_RESULT(${DAKOTA_MAJOR})
     630                AC_DEFINE_UNQUOTED(_DAKOTA_MAJOR_, $DAKOTA_MAJOR, [Dakota major version number])
     631                AC_MSG_CHECKING(for Dakota minor version)
     632                AC_MSG_RESULT(${DAKOTA_MINOR})
     633                AC_DEFINE_UNQUOTED(_DAKOTA_MINOR_, $DAKOTA_MINOR, [Dakota minor version number])
    584634                AC_MSG_CHECKING(for dakota build version)
    585                 AC_MSG_RESULT($DAKOTA_BUILD)
    586                 AC_DEFINE_UNQUOTED([_DAKOTA_BUILD_],$DAKOTA_BUILD,[Dakota build version number])
    587 
    588                 AC_DEFINE([_HAVE_DAKOTA_],[1],[with Dakota in ISSM src])
     635                AC_MSG_RESULT(${DAKOTA_BUILD})
     636                AC_DEFINE_UNQUOTED(_DAKOTA_BUILD_, $DAKOTA_BUILD, [Dakota build version number])
     637
     638                AC_DEFINE([_HAVE_DAKOTA_], [1], [with Dakota in ISSM src])
    589639                AC_SUBST([DAKOTAINCL])
    590640                AC_SUBST([DAKOTAFLAGS])
    591641                AC_SUBST([DAKOTALIB])
    592642        fi
    593         AM_CONDITIONAL([ISSM_DAKOTA],[test x$DAKOTA_MAJOR = x6])
    594         dnl }}}
    595         dnl python{{{
    596         AC_ARG_WITH([python-dir],
    597           AS_HELP_STRING([--with-python-dir=DIR], [python root directory.]),
    598           [PYTHON_ROOT=$withval],[PYTHON_ROOT="no"])
    599 
    600         AC_ARG_WITH([python-version],
    601           AS_HELP_STRING([--with-python-version=DIR], [python forced version.]),
    602           [PYTHON_VERSION=$withval],[PYTHON_VERSION="no"])
    603 
    604         dnl Check whether python is enabled
    605         AC_MSG_CHECKING([for python])
    606         if test "x$PYTHON_ROOT" = "xno" ; then
     643        AM_CONDITIONAL([ISSM_DAKOTA], [test "x${DAKOTA_MAJOR}" == "x6"])
     644        dnl }}}
     645        dnl Python{{{
     646        AC_ARG_WITH(
     647                [python-dir],
     648                AS_HELP_STRING([--with-python-dir=DIR], [Python root directory]),
     649                [PYTHON_ROOT=${withval}],
     650                [PYTHON_ROOT="no"]
     651        )
     652
     653        AC_ARG_WITH(
     654                [python-version],
     655                AS_HELP_STRING([--with-python-version=DIR], [Python forced version]),
     656                [PYTHON_VERSION=${withval}],
     657                [PYTHON_VERSION="no"]
     658        )
     659        AC_MSG_CHECKING([for Python])
     660        if test "x${PYTHON_ROOT}" == "xno"; then
    607661                HAVE_PYTHON=no
    608662                HAVE_PYTHON3=no
    609663        else
    610664                HAVE_PYTHON=yes
    611                 if ! test -d "$PYTHON_ROOT"; then
    612                         AC_MSG_ERROR([python directory provided ($PYTHON_ROOT) does not exist]);
    613                 fi
    614         fi
    615         AC_MSG_RESULT($HAVE_PYTHON)
    616         AM_CONDITIONAL([PYTHON],[test x$HAVE_PYTHON = xyes])
    617 
    618         dnl python specifics
    619         if test "x$HAVE_PYTHON" = "xyes"; then
    620                 if test "x$PYTHON_VERSION" = "xno" ; then
    621                         AC_MSG_CHECKING([for python version])
    622                         dnl Query Python for its version number. Getting [:3] seems to be the
    623                         dnl best way to do this; it's what "site.py" does in the standard library.
    624                         PYTHON_VERSION=$($PYTHON_ROOT/bin/python -c "import sys; print sys.version[[:3]]")
    625                         AC_MSG_RESULT($PYTHON_VERSION)
     665                if ! test -d "${PYTHON_ROOT}"; then
     666                        AC_MSG_ERROR([Python directory provided (${PYTHON_ROOT}) does not exist!]);
     667                fi
     668        fi
     669        AC_MSG_RESULT([${HAVE_PYTHON}])
     670        AM_CONDITIONAL([PYTHON], [test "x${HAVE_PYTHON}" == "xyes"])
     671
     672        dnl Python specifics
     673        if test "x${HAVE_PYTHON}" == "xyes"; then
     674                if test "x${PYTHON_VERSION}" == "xno"; then
     675                        AC_MSG_CHECKING([for Python version])
     676                        dnl Query Python for its version number. Getting [:3] seems to be
     677                        dnl the best way to do this: it's what "site.py" does in the
     678                        dnl standard library.
     679                        PYTHON_VERSION=$(${PYTHON_ROOT}/bin/python -c "import sys; print sys.version[[:3]]")
     680                        AC_MSG_RESULT([${PYTHON_VERSION}])
    626681                else
    627                         AC_MSG_RESULT([enforced  python version is ]$PYTHON_VERSION)
    628                 fi
    629                 dnl recover major
     682                        AC_MSG_RESULT([enforced Python version is ${PYTHON_VERSION}])
     683                fi
     684                dnl Determine major version
    630685                PYTHON_MAJOR=${PYTHON_VERSION%.*}
    631                 AC_DEFINE_UNQUOTED([_PYTHON_MAJOR_],$PYTHON_MAJOR,[python version major])
    632                 if test "x$PYTHON_MAJOR" = "x3"; then
     686                AC_DEFINE_UNQUOTED(_PYTHON_MAJOR_, $PYTHON_MAJOR, [Python version major])
     687                if test "x${PYTHON_MAJOR}" == "x3"; then
    633688                        HAVE_PYTHON3="yes"
    634689                else
    … …  
    636691                fi
    637692
    638                 AC_MSG_CHECKING([for python header file Python.h])
    639                 dnl Python.h mighty be in different locations:
    640                 if test -f "$PYTHON_ROOT/include/Python.h"; then
    641                         PYTHONINCL=-I$PYTHON_ROOT/include
    642                 else if test -f "$PYTHON_ROOT/include/python$PYTHON_VERSION/Python.h"; then
    643                         PYTHONINCL=-I$PYTHON_ROOT/include/python$PYTHON_VERSION
    644                 else if test -f "$PYTHON_ROOT/include/python$PYTHON_VERSIONm/Python.h"; then
    645                         PYTHONINCL=-I$PYTHON_ROOT/include/python$PYTHON_VERSIONm
     693                AC_MSG_CHECKING([for Python header file Python.h])
     694                dnl Python.h might be in different locations:
     695                if test -f "${PYTHON_ROOT}/include/Python.h"; then
     696                        PYTHONINCL=-I${PYTHON_ROOT}/include
     697                elif test -f "${PYTHON_ROOT}/include/python${PYTHON_VERSION}/Python.h"; then
     698                        PYTHONINCL=-I${PYTHON_ROOT}/include/python${PYTHON_VERSION}
     699                elif test -f "${PYTHON_ROOT}/include/python${PYTHON_VERSION}m/Python.h"; then
     700                        PYTHONINCL=-I${PYTHON_ROOT}/include/python${PYTHON_VERSION}m
    646701                else
    647702                        AC_MSG_ERROR([Python.h not found, locate this file and contact ISSM developers]);
    648703                fi
    649                 fi
    650                 fi
    651                 AC_MSG_RESULT(found)
    652                 if test "x$PYTHON_MAJOR" = "x3"; then
    653                                 PYTHONLIB="-L$PYTHON_ROOT/lib -lpython$PYTHON_VERSION""m"
     704                AC_MSG_RESULT([found])
     705                if test "x${PYTHON_MAJOR}" == "x3"; then
     706                        PYTHONLIB="-L${PYTHON_ROOT}/lib -lpython${PYTHON_VERSION}m"
    654707                else
    655                                 PYTHONLIB="-L$PYTHON_ROOT/lib -lpython$PYTHON_VERSION"
     708                        PYTHONLIB="-L${PYTHON_ROOT}/lib -lpython${PYTHON_VERSION}"
    656709                fi
    657710                PYTHONEXT=.so
    658711                case "${host_os}" in
    659712                        *cygwin*)
    660                         PYTHONLINK="-shared"
     713                                PYTHONLINK="-shared"
    661714                        ;;
    662715                        *linux*)
    663                         PYTHONLINK="-shared"
     716                                PYTHONLINK="-shared"
    664717                        ;;
    665718                        *darwin*)
    666                         PYTHONLINK="-dynamiclib"
     719                                PYTHONLINK="-dynamiclib"
    667720                        ;;
    668721                esac
    669                 AC_DEFINE([_HAVE_PYTHON_],[1],[with python in ISSM src])
     722                AC_DEFINE([_HAVE_PYTHON_], [1], [with Python in ISSM src])
    670723                AC_SUBST([PYTHONINCL])
    671724                AC_SUBST([PYTHONLIB])
    672                 PYTHONWRAPPEREXT=$PYTHONEXT
     725                PYTHONWRAPPEREXT=${PYTHONEXT}
    673726                AC_SUBST([PYTHONWRAPPEREXT])
    674727                AC_SUBST([PYTHONLINK])
    675728        fi
    676         AM_CONDITIONAL([PYTHON3], [test x$HAVE_PYTHON3 = xyes])
    677         dnl }}}
    678         dnl python-numpy{{{
    679         AC_ARG_WITH([python-numpy-dir],
    680           AS_HELP_STRING([--with-python-numpy-dir=DIR], [python-numpy root directory.]),
    681           [PYTHON_NUMPY_ROOT=$withval],[PYTHON_NUMPY_ROOT="no"])
    682 
    683         dnl you can find numpy by typing
    684         dnl >>> import numpy
    685         dnl >>> numpy.__file__
    686         dnl '/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/numpy/__init__.pyc'
    687 
    688         dnl Check whether numpy is enabled
     729        AM_CONDITIONAL([PYTHON3], [test "x${HAVE_PYTHON3}" == "xyes"])
     730        dnl }}}
     731        dnl NumPy{{{
     732        dnl TODO:
     733        dnl - Replace references to python-numpy with numpy (and similar terms)
     734        dnl       project-wide
     735        dnl
     736        AC_ARG_WITH(
     737                [python-numpy-dir],
     738                AS_HELP_STRING([--with-python-numpy-dir=DIR], [python-numpy root directory]),
     739                [PYTHON_NUMPY_ROOT=${withval}],
     740                [PYTHON_NUMPY_ROOT="no"]
     741        )
     742
     743        dnl NOTE: You can find NumPy by running,
     744        dnl
     745        dnl             >>> import numpy
     746        dnl             >>> numpy.__file__
     747        dnl
     748
    689749        AC_MSG_CHECKING(for python-numpy)
    690         if test "x$PYTHON_NUMPY_ROOT" = "xno" ; then
     750        if test "x${PYTHON_NUMPY_ROOT}" == "xno"; then
    691751                HAVE_PYTHON_NUMPY=no
    692752        else
    693753                HAVE_PYTHON_NUMPY=yes
    694                 if ! test -d "$PYTHON_NUMPY_ROOT"; then
    695                         AC_MSG_ERROR([numpy directory provided ($PYTHON_NUMPY_ROOT) does not exist]);
    696                 fi
    697         fi
    698         AC_MSG_RESULT($HAVE_PYTHON_NUMPY)
    699 
    700         dnl numpy lib
    701         if test "x$HAVE_PYTHON_NUMPY" = "xyes"; then
    702                 PYTHON_NUMPYINCL="-I$PYTHON_NUMPY_ROOT -I$PYTHON_NUMPY_ROOT/core/include/numpy"
    703                 AC_DEFINE([_HAVE_PYTHON_NUMPY_],[1],[with Python-Numpy in ISSM src])
     754                if ! test -d "${PYTHON_NUMPY_ROOT}"; then
     755                        AC_MSG_ERROR([NumPy directory provided (${PYTHON_NUMPY_ROOT}) does not exist!]);
     756                fi
     757        fi
     758        AC_MSG_RESULT([${HAVE_PYTHON_NUMPY}])
     759
     760        dnl NumPy libraries and header files
     761        if test "x${HAVE_PYTHON_NUMPY}" == "xyes"; then
     762                PYTHON_NUMPYINCL="-I${PYTHON_NUMPY_ROOT} -I${PYTHON_NUMPY_ROOT}/core/include/numpy"
     763                AC_DEFINE([_HAVE_PYTHON_NUMPY_], [1], [with NumPy in ISSM src])
    704764                AC_SUBST([PYTHON_NUMPYINCL])
    705765        fi
    706766        dnl }}}
    707         dnl chaco{{{
    708         AC_ARG_WITH([chaco-dir],
    709           AS_HELP_STRING([--with-chaco-dir=DIR], [chaco root directory.]),
    710           [CHACO_ROOT=$withval],[CHACO_ROOT="no"])
    711 
    712         dnl Check whether chaco is enabled
    713         AC_MSG_CHECKING([for chaco])
    714         if test "x$CHACO_ROOT" = "xno" ; then
     767        dnl Chaco{{{
     768        AC_ARG_WITH(
     769                [chaco-dir],
     770                AS_HELP_STRING([--with-chaco-dir=DIR], [Chaco root directory]),
     771                [CHACO_ROOT=${withval}],
     772                [CHACO_ROOT="no"]
     773        )
     774        AC_MSG_CHECKING([for Chaco])
     775        if test "x${CHACO_ROOT}" == "xno"; then
    715776                HAVE_CHACO=no
    716777        else
    717778                HAVE_CHACO=yes
    718                 if ! test -d "$CHACO_ROOT"; then
    719                         AC_MSG_ERROR([chaco directory provided ($CHACO_ROOT) does not exist]);
    720                 fi
    721         fi
    722         AC_MSG_RESULT($HAVE_CHACO)
    723         AM_CONDITIONAL([CHACO],[test x$HAVE_CHACO = xyes])
    724 
    725         dnl library and header files
    726         if test "x$HAVE_CHACO" = "xyes"; then
    727                 CHACOINCL=-I$CHACO_ROOT/include
    728                 CHACOLIB="-L$CHACO_ROOT/lib -lchacominusblas"
    729                 AC_DEFINE([_HAVE_CHACO_],[1],[with Chaco in ISSM src])
     779                if ! test -d "${CHACO_ROOT}"; then
     780                        AC_MSG_ERROR([Chaco directory provided (${CHACO_ROOT}) does not exist!]);
     781                fi
     782        fi
     783        AC_MSG_RESULT([${HAVE_CHACO}])
     784        AM_CONDITIONAL([CHACO], [test "x${HAVE_CHACO}" == "xyes"])
     785
     786        dnl Chaco libraries and header files
     787        if test "x${HAVE_CHACO}" == "xyes"; then
     788                CHACOINCL=-I${CHACO_ROOT}/include
     789                CHACOLIB="-L${CHACO_ROOT}/lib -lchacominusblas"
     790                AC_DEFINE([_HAVE_CHACO_], [1], [with Chaco in ISSM src])
    730791                AC_SUBST([CHACOINCL])
    731792                AC_SUBST([CHACOLIB])
    732793        fi
    733794        dnl }}}
    734         dnl scotch{{{
    735         AC_ARG_WITH([scotch-dir],
    736           AS_HELP_STRING([--with-scotch-dir=DIR], [scotch root directory.]),
    737           [SCOTCH_ROOT=$withval],[SCOTCH_ROOT="no"])
    738 
    739   dnl Check whether scotch is enabled
    740         AC_MSG_CHECKING([for scotch])
    741         if test "x$SCOTCH_ROOT" = "xno" ; then
     795        dnl ESMF{{{
     796        AC_ARG_WITH(
     797                [esmf-dir],
     798                AS_HELP_STRING([--with-esmf-dir=DIR], [ESMF root directory]),
     799                [ESMF_ROOT=${withval}],
     800                [ESMF_ROOT="no"]
     801        )
     802        AC_MSG_CHECKING([for ESMF])
     803        if test "x${ESMF_ROOT}" == "xno"; then
     804                HAVE_ESMF=no
     805        else
     806                HAVE_ESMF=yes
     807                if ! test -d "${ESMF_ROOT}"; then
     808                        AC_MSG_ERROR([ESMF directory provided (${ESMF_ROOT}) does not exist!]);
     809                fi
     810        fi
     811        AC_MSG_RESULT([${HAVE_ESMF}])
     812
     813        dnl ESMF libraries and header files
     814        if test "x${HAVE_ESMF}" == "xyes"; then
     815                ESMFINCL="-I${ESMF_ROOT}/include"
     816                ESMFLIB="-L${ESMF_ROOT}/lib -lesmf"
     817                AC_DEFINE([_HAVE_ESMF_], [1], [with ESMF in ISSM src])
     818                AC_SUBST([ESMFINCL])
     819                AC_SUBST([ESMFLIB])
     820        fi
     821        AM_CONDITIONAL([ESMF], [test "x${HAVE_ESMF}" == "xyes"])
     822        dnl }}}
     823        dnl CoDiPack{{{
     824        AC_ARG_WITH(
     825                [codipack-dir],
     826                AS_HELP_STRING([--with-codipack-dir=DIR], [CoDiPack root directory]),
     827                [CODIPACK_ROOT=${withval}],
     828                [CODIPACK_ROOT="no"]
     829        )
     830        AC_MSG_CHECKING([for CoDiPack])
     831        if test "x${CODIPACK_ROOT}" == "xno"; then
     832                HAVE_CODIPACK=no
     833        else
     834                HAVE_CODIPACK=yes
     835                if ! test -d "${CODIPACK_ROOT}"; then
     836                        AC_MSG_ERROR([CoDiPack directory provided (${CODIPACK_ROOT}) does not exist!]);
     837                fi
     838        fi
     839        AC_MSG_RESULT([${HAVE_CODIPACK}])
     840
     841        dnl CoDiPack libraries and header files
     842        if test "x${HAVE_CODIPACK}" == "xyes"; then
     843                CODIPACKINCL="-I${CODIPACK_ROOT}/include"
     844                AC_DEFINE([_HAVE_CODIPACK_], [1], [with CoDiPack in ISSM src])
     845                AC_DEFINE([_HAVE_AD_], [1], [with AD in ISSM src])
     846                AC_SUBST([CODIPACKINCL])
     847        fi
     848        AM_CONDITIONAL([CODIPACK], [test "x${HAVE_CODIPACK}" == "xyes"])
     849        AM_COND_IF(CODIPACK, [CXXFLAGS+=" -std=c++11"])
     850        dnl }}}
     851        dnl Tape Allocation {{{
     852        AC_ARG_ENABLE(
     853                [tape-alloc],                                                                                                                           dnl feature
     854                AS_HELP_STRING([--enable-tape-alloc], [turn tape allocation support on]),
     855                [enable_tape_alloc=${enableval}],
     856                [enable_tape_alloc=no]
     857        )
     858        AC_MSG_CHECKING(for tape allocation)
     859        if test "x${enable_tape_alloc}" == "xyes"; then
     860                AC_DEFINE([_AD_TAPE_ALLOC_], [1], [enable a priori tape allocation for AD])
     861        fi
     862        AC_MSG_RESULT([${enable_tape_alloc}])
     863        dnl }}}
     864        dnl ADOL-C {{{
     865        AC_ARG_WITH(
     866                [adolc-dir],
     867                AS_HELP_STRING([--with-adolc-dir=DIR], [ADOL-C root directory]),
     868                [ADOLC_ROOT=${withval}],
     869                [ADOLC_ROOT="no"]
     870        )
     871        AC_MSG_CHECKING([for ADOL-C])
     872        if test "x${ADOLC_ROOT}" == "xno"; then
     873                HAVE_ADOLC=no
     874        else
     875                HAVE_ADOLC=yes
     876                if ! test -d "${ADOLC_ROOT}"; then
     877                        AC_MSG_ERROR([ADOL-C directory provided (${ADOLC_ROOT}) does not exist!]);
     878                fi
     879        fi
     880        AC_MSG_RESULT([${HAVE_ADOLC}])
     881
     882        dnl ADOL-C libraries and header files
     883        if test "x${HAVE_ADOLC}" == "xyes"; then
     884                ADOLCINCL="-I${ADOLC_ROOT}/include"
     885                dnl ADOLCLIB="-L${ADOLC_ROOT}/lib64 -ladolc" used to be the path
     886                ADOLCLIB="-L${ADOLC_ROOT}/lib -ladolc"
     887                AC_DEFINE([_HAVE_ADOLC_], [1], [with ADOL-C in ISSM src])
     888                AC_DEFINE([_HAVE_AD_], [1], [with AD in ISSM src])
     889                AC_SUBST([ADOLCINCL])
     890                AC_SUBST([ADOLCLIB])
     891        fi
     892        AM_CONDITIONAL([ADOLC], [test "x${HAVE_ADOLC}" == "xyes"])
     893        AM_COND_IF(ADOLC, [CXXFLAGS+=" -std=c++11"])
     894        dnl }}}
     895        dnl ADOL-C version{{{
     896        AC_ARG_WITH(
     897                [adolc-version],
     898                AS_HELP_STRING([--with-adolc-version=number], [ADOL-C version]),
     899                [ADOLC_VERSION=${withval}],
     900                [ADOLC_VERSION=2]
     901        )
     902        AC_MSG_CHECKING(for ADOL-C version)
     903
     904        AC_DEFINE_UNQUOTED(_ADOLC_VERSION_, $ADOLC_VERSION, [ADOL-C version])
     905        AC_MSG_RESULT(${ADOLC_VERSION})
     906        dnl }}}
     907        dnl ADIC2 {{{
     908        AC_ARG_WITH(
     909                [adic2-dir],
     910                AS_HELP_STRING([--with-adic2-dir=DIR], [ADIC2 root directory]),
     911                [ADIC2_ROOT=${withval}],
     912                [ADIC2_ROOT="no"]
     913        )
     914        AC_MSG_CHECKING([for ADIC2])
     915        if test "x${ADIC2_ROOT}" == "xno"; then
     916                HAVE_ADIC2=no
     917        else
     918                HAVE_ADIC2=yes
     919                if ! test -d "${ADIC2_ROOT}"; then
     920                        AC_MSG_ERROR([ADIC2 directory provided (${ADIC2_ROOT}) does not exist!]);
     921                fi
     922        fi
     923        AC_MSG_RESULT([${HAVE_ADIC2}])
     924
     925        dnl ADIC2 libraries and header files
     926        if test "x${HAVE_ADIC2}" == "xyes"; then
     927                ADIC2INCL="-DADIC2_DENSE -I${ADIC2_ROOT}/include -I${ADIC2_ROOT}/share/runtime_dense"
     928                ADIC2LIB=""
     929                AC_DEFINE([_HAVE_ADIC2_], [1], [with ADIC2 in ISSM src])
     930                AC_SUBST([ADIC2INCL])
     931                AC_SUBST([ADIC2LIB])
     932        fi
     933        AM_CONDITIONAL([ADIC2], [test "x${HAVE_ADIC2}" == "xyes"])
     934        dnl }}}
     935        dnl ATLAS {{{
     936        AC_ARG_WITH(
     937                [atlas-dir],
     938                AS_HELP_STRING([--with-atlas-dir=DIR], [ATLAS root directory]),
     939                [ATLAS_ROOT=${withval}],
     940                [ATLAS_ROOT="no"]
     941        )
     942        AC_MSG_CHECKING(for ATLAS and CBLAS libraries)
     943        if test "x${ATLAS_ROOT}" == "xno"; then
     944                HAVE_ATLAS=no
     945        else
     946                HAVE_ATLAS=yes
     947                if ! test -d "${ATLAS_ROOT}"; then
     948                        AC_MSG_ERROR([ATLAS directory provided (${ATLAS_ROOT}) does not exist!]);
     949                fi
     950        fi
     951        AC_MSG_RESULT([${HAVE_ATLAS}])
     952
     953        dnl ATLAS libraries and header files
     954        if test "x${HAVE_ATLAS}" == "xyes"; then
     955                case "${host_os}" in
     956                        *cygwin*)
     957                                ATLASLIB="-L`cygpath -m ${ATLAS_ROOT}` -Wl,libatlas.lib  -Wl,libcblas.lib"
     958                        ;;
     959                        *linux*)
     960                                ATLASLIB="-L${ATLAS_ROOT}/lib -lcblas -latlas -lm "
     961                        ;;
     962                        *darwin*)
     963                                ATLASLIB="-L${ATLAS_ROOT}/lib -lcblas -latlas -lm "
     964                        ;;
     965                esac
     966                AC_DEFINE([_HAVE_ATLAS_], [1], [with ATLAS in ISSM src])
     967                AC_SUBST([ATLASLIB])
     968        fi
     969        dnl }}}
     970        dnl GSL{{{
     971        AC_ARG_WITH(
     972                [gsl-dir],
     973                AS_HELP_STRING([--with-gsl-dir=DIR], [GSL root directory]),
     974                [GSL_ROOT=${withval}],
     975                [GSL_ROOT="no"]
     976        )
     977        AC_MSG_CHECKING([for GSL])
     978        if test "x${GSL_ROOT}" == "xno"; then
     979                HAVE_GSL=no
     980        else
     981                HAVE_GSL=yes
     982                if ! test -d "${GSL_ROOT}"; then
     983                        AC_MSG_ERROR([GSL directory provided (${GSL_ROOT}) does not exist!]);
     984                fi
     985        fi
     986        AC_MSG_RESULT([${HAVE_GSL}])
     987
     988        dnl GSL libraries and header files
     989        if test "x${HAVE_GSL}" == "xyes"; then
     990                GSLINCL="-I${GSL_ROOT}/include"
     991                if test "x${HAVE_ATLAS}" == "xyes"; then
     992                        GSLLIB="-dy -L${GSL_ROOT}/lib -lgsl -L${ATLAS_ROOT}/lib -lcblas -latlas -lm"
     993                else
     994                        GSLLIB="-L${GSL_ROOT}/lib -lgsl -lgslcblas -lm"
     995                fi
     996                AC_DEFINE([_HAVE_GSL_], [1], [with GSL in ISSM src])
     997                AC_SUBST([GSLINCL])
     998                AC_SUBST([GSLLIB])
     999        fi
     1000        AM_CONDITIONAL([GSL], [test "x${HAVE_GSL}" == "xyes"])
     1001        dnl }}}
     1002        dnl AMPI (ADOL-C){{{
     1003        AC_ARG_WITH(
     1004                [ampi-dir],
     1005                AS_HELP_STRING([--with-ampi-dir=DIR], [Adjoinable MPI root directory]),
     1006                [AMPI_ROOT=${withval}],
     1007                [AMPI_ROOT="no"]
     1008        )
     1009        AC_MSG_CHECKING([for AMPI])
     1010        if test "x${AMPI_ROOT}" == "xno"; then
     1011                HAVE_AMPI=no
     1012        else
     1013                HAVE_AMPI=yes
     1014                if ! test -d "${AMPI_ROOT}"; then
     1015                        AC_MSG_ERROR([AMPI directory provided (${AMPI_ROOT}) does not exist!]);
     1016                fi
     1017        fi
     1018        AC_MSG_RESULT([${HAVE_AMPI}])
     1019
     1020        dnl AMPI libraries and header files
     1021        if test "x${HAVE_AMPI}" == "xyes"; then
     1022                AMPIINCL="-I${AMPI_ROOT}/include"
     1023                if test "x${ADOLC_ROOT}" == "xno"; then
     1024                        AC_MSG_ERROR([cannot run AMPI without ADOL-C]);
     1025                fi
     1026                dnl AMPILIB="-dy -L${AMPI_ROOT}/lib -lampiCommon -L${ADOLC_ROOT}/lib -ladolc -L${AMPI_ROOT}/lib -lampiCommon -lampiBookkeeping -lampiTape"
     1027                dnl AMPILIB="-dy -L${AMPI_ROOT}/lib  -L${ADOLC_ROOT}/lib -Wl,--start-group,-lampiCommon,-ladolc,-lampiCommon,-lampiBookkeeping,-lampiTape,-lampiPlainC,-lampiADtoolStubsST,--end-group"
     1028                dnl AMPILIB="-L${AMPI_ROOT}/lib  -L${ADOLC_ROOT}/lib -Wl,--start-group -lampiCommon -ladolc -lampiCommon -lampiBookkeeping -lampiTape -lampiPlainC -lampiADtoolStubsST -Wl,--end-group"
     1029                dnl AMPILIB="${AMPI_ROOT}/lib/libampiCommon.so ${ADOLC_ROOT}/lib/libadolc.so  ${AMPI_ROOT}/lib/libampiCommon.so ${AMPI_ROOT}/lib/libampiBookkeeping.so ${AMPI_ROOT}/lib/libampiTape.so ${AMPI_ROOT}/lib/libampiPlainC.so  ${AMPI_ROOT}/lib/libampiADtoolStubsST.so"
     1030                dnl AMPILIB="-dy -L${AMPI_ROOT}/lib  -L${ADOLC_ROOT}/lib -lampiCommon -ladolc -lampiCommon -lampiBookkeeping -lampiTape -lampiPlainC -lampiADtoolStubsST"
     1031                AMPILIB="-dy -L${AMPI_ROOT}/lib  -lampiCommon -lampiBookkeeping -lampiTape"
     1032                AC_DEFINE([_HAVE_AMPI_], [1], [with AMPI in ISSM src])
     1033                AC_SUBST([AMPIINCL])
     1034                AC_SUBST([AMPILIB])
     1035        fi
     1036        AM_CONDITIONAL([AMPI], [test "x${HAVE_AMPI}" == "xyes"])
     1037        dnl }}}
     1038        dnl Adjoint MPI (CoDiPack){{{
     1039        AC_ARG_WITH(
     1040                [adjointmpi-dir],
     1041                AS_HELP_STRING([--with-adjointmpi-dir=DIR], [Adjoint MPI root directory]),
     1042                [ADJOINTMPI_ROOT=${withval}],
     1043                [ADJOINTMPI_ROOT="no"]
     1044        )
     1045        AC_MSG_CHECKING([for Adjoint MPI])
     1046        if test "x${ADJOINTMPI_ROOT}" == "xno"; then
     1047                HAVE_ADJOINTMPI=no
     1048        else
     1049                HAVE_ADJOINTMPI=yes
     1050                if ! test -d "${ADJOINTMPI_ROOT}"; then
     1051                        AC_MSG_ERROR([Adjoint MPI directory provided (${ADJOINTMPI_ROOT}) does not exist!]);
     1052                fi
     1053        fi
     1054        AC_MSG_RESULT([${HAVE_ADJOINTMPI}])
     1055
     1056        dnl Adjoint MPI libraries and header files
     1057        if test "x${HAVE_ADJOINTMPI}" == "xyes"; then
     1058                if test "x${CODIPACK_ROOT}" == "xno"; then
     1059                        AC_MSG_ERROR([cannot run Adjoint MPI without CoDiPack]);
     1060                fi
     1061                ADJOINTMPIINCL="-I${ADJOINTMPI_ROOT}/include"
     1062                ADJOINTMPILIB="-L${ADJOINTMPI_ROOT}/lib  -lAMPI"
     1063                dnl Also set _HAVE_AMPI_, because the interface is (almost) the same as
     1064                dnl for AMPI
     1065                AC_DEFINE([_HAVE_AMPI_], [1], [with AMPI in ISSM src])
     1066                AC_DEFINE([_HAVE_ADJOINTMPI_], [1], [with Adjoint MPI in ISSM src])
     1067                AC_SUBST([ADJOINTMPIINCL])
     1068                AC_SUBST([ADJOINTMPILIB])
     1069        fi
     1070        AM_CONDITIONAL([ADJOINTMPI], [test "x${HAVE_ADJOINTMPI}" == "xyes"])
     1071        dnl }}}
     1072        dnl MeDiPack (CoDiPack, ADOL-C dev){{{
     1073        AC_ARG_WITH(
     1074                [medipack-dir],
     1075                AS_HELP_STRING([--with-medipack-dir=DIR], [MeDiPack root directory]),
     1076                [MEDIPACK_ROOT=${withval}],
     1077                [MEDIPACK_ROOT="no"]
     1078        )
     1079        AC_MSG_CHECKING([for MeDiPack])
     1080        if test "x${MEDIPACK_ROOT}" == "xno"; then
     1081                HAVE_MEDIPACK=no
     1082        else
     1083                HAVE_MEDIPACK=yes
     1084                if ! test -d "${MEDIPACK_ROOT}"; then
     1085                        AC_MSG_ERROR([MeDiPack directory provided (${MEDIPACK_ROOT}) does not exist!]);
     1086                fi
     1087        fi
     1088        AC_MSG_RESULT([${HAVE_MEDIPACK}])
     1089
     1090        dnl MeDiPack libraries and header files
     1091        if test "x${HAVE_MEDIPACK}" == "xyes"; then
     1092                if test "x${CODIPACK_ROOT}" == "xno"; then
     1093                        AC_MSG_ERROR([cannot run MeDiPack without CoDiPack]);
     1094                fi
     1095                MEDIPACKINCL="-I${MEDIPACK_ROOT}/include -I${MEDIPACK_ROOT}/src"
     1096                dnl Also set _HAVE_AMPI_, because the interface is (almost) the same as
     1097                dnl for AMPI
     1098                AC_DEFINE([_HAVE_AMPI_], [1], [with AMPI in ISSM src])
     1099                AC_DEFINE([_HAVE_MEDIPACK_], [1], [with MeDiPack in ISSM src])
     1100                AC_SUBST([MEDIPACKINCL])
     1101        fi
     1102        AM_CONDITIONAL([MEDIPACK], [test "x${HAVE_MEDIPACK}" == "xyes"])
     1103        dnl }}}
     1104        dnl MPI{{{
     1105        AC_MSG_CHECKING(for MPI)
     1106
     1107        AC_ARG_WITH(
     1108                [mpi-include],
     1109                AS_HELP_STRING([--with-mpi-include=DIR], [MPI include directory, necessary for parallel build]),
     1110                [MPI_INCLUDE=${withval}],
     1111                [MPI_INCLUDE=""]
     1112        )
     1113
     1114        AC_ARG_WITH(
     1115                [mpi-libdir],
     1116                AS_HELP_STRING([--with-mpi-libdir=DIR], [MPI library directory, necessary for parallel build]),
     1117                [MPI_LIBDIR=${withval}],
     1118                [MPI_LIBDIR=""]
     1119        )
     1120
     1121        AC_ARG_WITH(
     1122                [mpi-libflags],
     1123                AS_HELP_STRING([--with-mpi-libflags=LIBS], [MPI libraries to be used, necessary for parallel build]),
     1124                [MPI_LIBFLAGS=${withval}],
     1125                [MPI_LIBFLAGS=""]
     1126        )
     1127
     1128        if test -z "${MPI_INCLUDE}"; then
     1129                HAVE_MPI=no
     1130        else
     1131                HAVE_MPI=yes
     1132
     1133                dnl Processing for Windows
     1134                dnl
     1135                dnl NOTE: We know $VENDOR cannot be empty at this point, so no need to
     1136                dnl               check again in the following conditionals
     1137                dnl
     1138                if test "${VENDOR}" == "intel-win7-32"; then
     1139                        MPI_LIBDIR=`cygpath -m ${MPI_LIBDIR}`
     1140                        MPI_INCLUDE=`cygpath -m ${MPI_INCLUDE}`
     1141                elif test "${VENDOR}" == "intel-win7-64"; then
     1142                        MPI_LIBDIR="/I`cygpath -m ${MPI_LIBDIR}`"
     1143                        MPI_INCLUDE=`cygpath -m ${MPI_INCLUDE}`
     1144                elif test "${VENDOR}" == "MSVC-Win64" || test "${VENDOR}" == "MSVC-Win64-par"; then
     1145                        MPI_LIBDIR=`cygpath -m ${MPI_LIBDIR}`
     1146                        MPI_INCLUDE=`cygpath -m ${MPI_INCLUDE}`
     1147                fi
     1148
     1149                if test -z "${MPI_LIBDIR}"; then
     1150                        MPILIB="${MPI_LIBFLAGS}"
     1151                else
     1152                        MPILIB="-L${MPI_LIBDIR} ${MPI_LIBFLAGS}"
     1153                fi
     1154
     1155                if test "x${IS_WINDOWS}" == "xyes"; then
     1156                        MPIINCL=/I"${MPI_INCLUDE}"
     1157                else
     1158                        MPIINCL="-I${MPI_INCLUDE}"
     1159                fi
     1160
     1161                AC_DEFINE([_HAVE_MPI_], [1], [with MPI in ISSM src])
     1162                AC_DEFINE([HAVE_MPI], [1], [MPI flag for Dakota (DO NOT REMOVE)])
     1163                AC_SUBST([MPIINCL])
     1164                AC_SUBST([MPILIB])
     1165        fi
     1166        AM_CONDITIONAL([MPI], [test "x${HAVE_MPI}" == "xyes"])
     1167        AC_MSG_RESULT([${HAVE_MPI}])
     1168        dnl }}}
     1169        dnl PETSc{{{
     1170        AC_ARG_WITH(
     1171                [petsc-dir],
     1172                AS_HELP_STRING([--with-petsc-dir=DIR], [PETSc root directory, necessary for parallel build]),
     1173                [PETSC_ROOT=${withval}],
     1174                [PETSC_ROOT="no"]
     1175        )
     1176        AC_MSG_CHECKING([for PETSc])
     1177        if test "x${PETSC_ROOT}" == "xno"; then
     1178                HAVE_PETSC=no
     1179        else
     1180                HAVE_PETSC=yes
     1181                if ! test -d "${PETSC_ROOT}"; then
     1182                        AC_MSG_ERROR([PETSc directory provided (${PETSC_ROOT}) does not exist!]);
     1183                fi
     1184        fi
     1185        AC_MSG_RESULT([${HAVE_PETSC}])
     1186        AM_CONDITIONAL([PETSC], [test "x${HAVE_PETSC}" == "xyes"])
     1187
     1188        dnl PETSc libraries and header files
     1189        if test "x${HAVE_PETSC}" == "xyes"; then
     1190                AC_MSG_CHECKING(for PETSc version)
     1191                if ! test -f "${PETSC_ROOT}/include/petscversion.h"; then
     1192                        AC_MSG_ERROR([PETSc not instaled correctly: file (${PETSC_ROOT}/include/petscversion.h) does not exist!]);
     1193                fi
     1194                PETSC_MAJOR=`cat ${PETSC_ROOT}/include/petscversion.h | grep "#define PETSC_VERSION_MAJOR" | sed 's/#define PETSC_VERSION_MAJOR//' | sed 's/ //g'`
     1195                PETSC_MINOR=`cat ${PETSC_ROOT}/include/petscversion.h | grep "#define PETSC_VERSION_MINOR" | sed 's/#define PETSC_VERSION_MINOR//' | sed 's/ //g'`
     1196                AC_DEFINE_UNQUOTED(_PETSC_MAJOR_, $PETSC_MAJOR, [PETSc version major])
     1197                AC_DEFINE_UNQUOTED(_PETSC_MINOR_, $PETSC_MINOR, [PETSc version minor])
     1198                AC_MSG_RESULT([${PETSC_MAJOR}.${PETSC_MINOR}])
     1199
     1200                dnl PETSC_VERSION_DATE_HG=`cat ${PETSC_ROOT}/include/petscversion.h | grep "#define PETSC_VERSION_DATE_HG" | sed 's/#define PETSC_VERSION_DATE_HG//' | sed 's/ //g' | sed -e 's/\"//g' `
     1201                PETSC_RELEASE=`cat ${PETSC_ROOT}/include/petscversion.h | grep "#define PETSC_VERSION_RELEASE" | sed 's/#define PETSC_VERSION_RELEASE//' | sed 's/ //g'`
     1202
     1203                AC_MSG_CHECKING(whether PETSc is the development version)
     1204                dnl if test "x${PETSC_VERSION_DATE_HG}" == "xunknown"; then
     1205                if test "${PETSC_RELEASE}" == "0"; then
     1206                        AC_DEFINE([_HAVE_PETSCDEV_], [1], [with PETSc-dev])
     1207                        AC_MSG_RESULT([yes])
     1208                else
     1209                        AC_MSG_RESULT([no])
     1210                fi
     1211
     1212                AC_ARG_WITH(
     1213                        [petsc-arch],
     1214                        AS_HELP_STRING([--with-petsc-arch=DIR], [PETSc arch, necessary for PETSc < 3.0]),
     1215                        [PETSC_ARCH=${withval}],
     1216                        [PETSC_ARCH=""]
     1217                )
     1218
     1219                AC_MSG_CHECKING(for PETSc libraries and header files in ${PETSC_ROOT})
     1220                dnl To get PETSc's libraries,
     1221                dnl
     1222                dnl             cd $ISSM_DIR/externalpackages/petsc/src
     1223                dnl             make getlinklibs
     1224                dnl
     1225                PETSCINCL=" -I${PETSC_ROOT}/include"
     1226                dnl Add other location (not needed anymore since at least PETSc 3.0)
     1227                if test -n "${PETSC_ARCH}" && test -d "${PETSC_ROOT}/${PETSC_ARCH}/include"; then
     1228                        PETSCINCL+=" ${PETSC_ROOT}/${PETSC_ARCH}/include"
     1229                fi
     1230                if test -n "${PETSC_ARCH}" && test -d "${PETSC_ROOT}/include/${PETSC_ARCH}"; then
     1231                        PETSCINCL+=" ${PETSC_ROOT}/include/${PETSC_ARCH}"
     1232                fi
     1233
     1234                case "${host_os}" in
     1235                        *cygwin*)
     1236                                if test ${PETSC_MAJOR} -lt 3; then
     1237                                        PETSCLIB=-Wl,/LIBPATH:`cygpath -w ${PETSC_ROOT}/lib` -Wl,libpetscksp.lib  -Wl,libpetscdm.lib -Wl,libpetscmat.lib -Wl,libpetscvec.lib -Wl,libpetscsnes.lib  -Wl,libpetscts.lib -Wl,libmpiuni.lib -Wl,libpetsc.lib
     1238                                else
     1239                                        PETSCLIB="/link -Wl,/LIBPATH:`cygpath -m ${PETSC_ROOT}/lib` -Wl,libpetsc.lib"
     1240                                        PETSCINCL="/I`cygpath -m ${PETSC_ROOT}/include`"
     1241                                fi
     1242                        ;;
     1243                        *linux*)
     1244                                if test ${PETSC_MAJOR} -lt 3; then
     1245                                        PETSCLIB="-L${PETSC_ROOT}/lib -lpetscksp -lpetscdm -lpetscmat -lpetscvec -lpetscsnes -lpetscts -lmpiuni -lpetsc"
     1246                                else
     1247                                        PETSCLIB="-L${PETSC_ROOT}/lib -lpetsc -ldl"
     1248                                        if test ${PETSC_MAJOR} -gt 3 || test ${PETSC_MINOR} -ge 3; then
     1249                                                PETSCLIB+=" -lparmetis -lmetis"
     1250                                        fi
     1251                                fi
     1252                                if test "x$host_os_version" = "x3.0.101-0.31.1_1.0502.8394-cray_gem_s"; then
     1253                                        PETSCLIB="-L${PETSC_ROOT}/lib -lcraypetsc_gnu_real -lmetis"
     1254                                fi
     1255                        ;;
     1256                        *darwin*)
     1257                                if test ${PETSC_MAJOR} -lt 3; then
     1258                                        PETSCLIB="-L${PETSC_ROOT}/lib -lpetscksp -lpetscdm -lpetscmat -lpetscvec -lpetscsnes -lpetscts -lpetsc"
     1259                                else
     1260                                        PETSCLIB="-L${PETSC_ROOT}/lib -lpetsc"
     1261                                        if test ${PETSC_MAJOR} -gt 3 || test ${PETSC_MINOR} -ge 3; then
     1262                                                PETSCLIB+=" -lmetis"
     1263                                        fi
     1264                                fi
     1265                        ;;
     1266                esac
     1267                AC_MSG_RESULT([done])
     1268                AC_DEFINE([_HAVE_PETSC_], [1], [with PETSc in ISSM src])
     1269                AC_SUBST([PETSCINCL])
     1270                AC_SUBST([PETSCLIB])
     1271        fi
     1272        dnl }}}
     1273        dnl SCOTCH{{{
     1274        AC_ARG_WITH(
     1275                [scotch-dir],
     1276                AS_HELP_STRING([--with-scotch-dir=DIR], [SCOTCH root directory]),
     1277                [SCOTCH_ROOT=$withval],
     1278                [SCOTCH_ROOT="no"]
     1279        )
     1280        AC_MSG_CHECKING([for SCOTCH])
     1281        if test "x${SCOTCH_ROOT}" == "xno"; then
    7421282                HAVE_SCOTCH=no
    7431283        else
    7441284                HAVE_SCOTCH=yes
    745                 if ! test -d "$SCOTCH_ROOT"; then
    746                         AC_MSG_ERROR([scotch directory provided ($SCOTCH_ROOT) does not exist]);
    747                 fi
    748         fi
    749         AC_MSG_RESULT($HAVE_SCOTCH)
    750         AM_CONDITIONAL([SCOTCH],[test x$HAVE_SCOTCH = xyes])
    751 
    752         dnl scotch libraries
    753         if test "x$HAVE_SCOTCH" = "xyes"; then
    754                 SCOTCHINCL="-DNOFILEIO -I$SCOTCH_ROOT/include -DSCOTCH_VERSION=\\\"UNKNOWN\\\""
    755                 SCOTCHLIB="-L$SCOTCH_ROOT/lib -lnfioscotch -lnfioscotcherr -lnfioscotcherrexit "
    756                 AC_DEFINE([_HAVE_SCOTCH_],[1],[with Scotch in ISSM src])
     1285                if ! test -d "${SCOTCH_ROOT}"; then
     1286                        AC_MSG_ERROR([SCOTCH directory provided (${SCOTCH_ROOT}) does not exist!]);
     1287                fi
     1288        fi
     1289        AC_MSG_RESULT([${HAVE_SCOTCH}])
     1290        AM_CONDITIONAL([SCOTCH], [test "x${HAVE_SCOTCH}" == "xyes"])
     1291
     1292        dnl SCOTCH libraries and header files
     1293        if test "x${HAVE_SCOTCH}" == "xyes"; then
     1294                if test "x${SCOTCH_ROOT}" == "x${PETSC_ROOT}"; then
     1295                        AC_DEFINE([_PETSC_SCOTCH_], [1], [is SCOTCH installed via PETSc])
     1296                        SCOTCHINCL="-DNOFILEIO -I${SCOTCH_ROOT}/include -DSCOTCH_VERSION=\\\"UNKNOWN\\\""
     1297                        SCOTCHLIB="-L${SCOTCH_ROOT}/lib -lnfioscotch -lnfioscotcherr -lnfioscotcherrexit "
     1298                else
     1299                        SCOTCHINCL="-I${SCOTCH_ROOT}/include"
     1300                        SCOTCHLIB="-L${SCOTCH_ROOT}/lib "
     1301                        if test "x${HAVE_MPI}" == "xyes"; then
     1302                                SCOTCHLIB+="-lptesmumps -lptscotch -lptscotcherr -lptscotcherrexit -lscotch"
     1303                        else
     1304                                SCOTCHLIB+="-lscotch -lscotcherr -lscotcherrexit"
     1305                        fi
     1306                fi
     1307                AC_DEFINE([_HAVE_SCOTCH_], [1], [with SCOTCH in ISSM src])
    7571308                AC_SUBST([SCOTCHINCL])
    7581309                AC_SUBST([SCOTCHLIB])
    7591310        fi
    7601311        dnl }}}
    761         dnl esmf{{{
    762         AC_ARG_WITH([esmf-dir],
    763                 AS_HELP_STRING([--with-esmf-dir=DIR], [esmf root directory.]),
    764                 [ESMF_ROOT=$withval],[ESMF_ROOT="no"])
    765 
    766         dnl Check whether esmf is enabled
    767         AC_MSG_CHECKING([for esmf])
    768         if test "x$ESMF_ROOT" = "xno" ; then
    769                 HAVE_ESMF=no
    770         else
    771                 HAVE_ESMF=yes
    772                 if ! test -d "$ESMF_ROOT"; then
    773                         AC_MSG_ERROR([esmf directory provided ($ESMF_ROOT) does not exist]);
    774                 fi
    775         fi
    776         AC_MSG_RESULT($HAVE_ESMF)
    777 
    778         dnl esmf headers and libraries
    779         if test "x$HAVE_ESMF" == "xyes"; then
    780                 ESMFINCL="-I$ESMF_ROOT/include"
    781                 ESMFLIB="-L$ESMF_ROOT/lib -lesmf"
    782                 AC_DEFINE([_HAVE_ESMF_],[1],[with esmf in ISSM src])
    783                 AC_SUBST([ESMFINCL])
    784                 AC_SUBST([ESMFLIB])
    785         fi
    786         AM_CONDITIONAL([ESMF], [test x$HAVE_ESMF = xyes])
    787         dnl }}}
    788         dnl codipack{{{
    789         AC_ARG_WITH([codipack-dir],
    790                 AS_HELP_STRING([--with-codipack-dir=DIR], [CoDiPack root directory.]),
    791                 [CODIPACK_ROOT=$withval],[CODIPACK_ROOT="no"])
    792 
    793         dnl Check whether codipack is enabled
    794         AC_MSG_CHECKING([for CoDiPack])
    795         if test "x$CODIPACK_ROOT" = "xno" ; then
    796                 HAVE_CODIPACK=no
    797         else
    798                 HAVE_CODIPACK=yes
    799                 if ! test -d "$CODIPACK_ROOT"; then
    800                         AC_MSG_ERROR([codipack directory provided ($CODIPACK_ROOT) does not exist]);
    801                 fi
    802         fi
    803         AC_MSG_RESULT($HAVE_CODIPACK)
    804 
    805         dnl codipack headers and libraries
    806         if test "x$HAVE_CODIPACK" == "xyes"; then
    807                 CODIPACKINCL="-I$CODIPACK_ROOT/include"
    808                 AC_DEFINE([_HAVE_CODIPACK_],[1],[with codipack in ISSM src])
    809                 AC_DEFINE([_HAVE_AD_],[1],[with AD in ISSM src])
    810                 AC_SUBST([CODIPACKINCL])
    811         fi
    812         AM_CONDITIONAL([CODIPACK], [test x$HAVE_CODIPACK = xyes])
    813    AM_COND_IF(CODIPACK,[CXXFLAGS+=" -std=c++11"])
    814         dnl }}}
    815         dnl tapeallocation {{{
    816         AC_ARG_ENABLE([tape-alloc], dnl feature
    817                 AS_HELP_STRING([--enable-tape-alloc],[turn tape allocation support on]),
    818                 [enable_tape_alloc=$enableval], [enable_tape_alloc=no])
    819 
    820         dnl check whether enabled
    821         AC_MSG_CHECKING(for tape memory allocation)
    822         if test "x$enable_tape_alloc" = xyes; then
    823                 AC_DEFINE([_AD_TAPE_ALLOC_],[1],[Macro to enable a priori tape allocation for AD])
    824         fi
    825         AC_MSG_RESULT($enable_tape_alloc)
    826         dnl }}}
    827         dnl adolc{{{
    828         AC_ARG_WITH([adolc-dir],
    829                 AS_HELP_STRING([--with-adolc-dir=DIR], [adolc root directory.]),
    830                 [ADOLC_ROOT=$withval],[ADOLC_ROOT="no"])
    831 
    832         dnl Check whether adolc is enabled
    833         AC_MSG_CHECKING([for adolc])
    834         if test "x$ADOLC_ROOT" = "xno" ; then
    835                 HAVE_ADOLC=no
    836         else
    837                 HAVE_ADOLC=yes
    838                 if ! test -d "$ADOLC_ROOT"; then
    839                         AC_MSG_ERROR([adolc directory provided ($ADOLC_ROOT) does not exist]);
    840                 fi
    841         fi
    842         AC_MSG_RESULT($HAVE_ADOLC)
    843 
    844         dnl adolc headers and libraries
    845         if test "x$HAVE_ADOLC" == "xyes"; then
    846                 ADOLCINCL="-I$ADOLC_ROOT/include"
    847                 dnl ADOLCLIB="-L$ADOLC_ROOT/lib64 -ladolc" used to be the path
    848                 ADOLCLIB="-L$ADOLC_ROOT/lib -ladolc"
    849                 AC_DEFINE([_HAVE_ADOLC_],[1],[with adolc in ISSM src])
    850                 AC_DEFINE([_HAVE_AD_],[1],[with AD in ISSM src])
    851                 AC_SUBST([ADOLCINCL])
    852                 AC_SUBST([ADOLCLIB])
    853         fi
    854         AM_CONDITIONAL([ADOLC], [test x$HAVE_ADOLC = xyes])
    855    AM_COND_IF(ADOLC,[CXXFLAGS+=" -std=c++11"])
    856         dnl }}}
    857         dnl adolc-version{{{
    858         AC_ARG_WITH([adolc-version],
    859                 AS_HELP_STRING([--with-adolc-version=number], [adolc version.]),
    860                 [ADOLC_VERSION=$withval],[ADOLC_VERSION=2])
    861         AC_MSG_CHECKING(for adolc-version)
    862 
    863         AC_DEFINE_UNQUOTED([_ADOLC_VERSION_],$ADOLC_VERSION,[ADOLC version])
    864         AC_MSG_RESULT($ADOLC_VERSION)
    865         dnl }}}
    866         dnl adic2{{{
    867         AC_ARG_WITH([adic2-dir],
    868           AS_HELP_STRING([--with-adic2-dir=DIR], [adic2 root directory.]),
    869           [ADIC2_ROOT=$withval],[ADIC2_ROOT="no"])
    870 
    871         dnl Check whether adic2 is enabled
    872         AC_MSG_CHECKING([for adic2])
    873         if test "x$ADIC2_ROOT" = "xno" ; then
    874                 HAVE_ADIC2=no
    875         else
    876                 HAVE_ADIC2=yes
    877                 if ! test -d "$ADIC2_ROOT"; then
    878                         AC_MSG_ERROR([adic2 directory provided ($ADIC2_ROOT) does not exist]);
    879                 fi
    880         fi
    881         AC_MSG_RESULT($HAVE_ADIC2)
    882 
    883         dnl adic2 headers and libraries
    884         if test "x$HAVE_ADIC2" == "xyes"; then
    885                 ADIC2INCL="-DADIC2_DENSE -I$ADIC2_ROOT/include -I$ADIC2_ROOT/share/runtime_dense/"
    886                 ADIC2LIB=""
    887                 AC_DEFINE([_HAVE_ADIC2_],[1],[with adic2 in ISSM src])
    888                 AC_SUBST([ADIC2INCL])
    889                 AC_SUBST([ADIC2LIB])
    890         fi
    891         AM_CONDITIONAL([ADIC2], [test x$HAVE_ADIC2 = xyes])
    892         dnl }}}
    893         dnl atlas{{{
    894         AC_ARG_WITH([atlas-dir],
    895           AS_HELP_STRING([--with-atlas-dir=DIR],[atlas root directory]),
    896           [ATLAS_ROOT=$withval],[ATLAS_ROOT="no"])
    897 
    898         dnl Check whether atlas is enabled
    899         AC_MSG_CHECKING(for atlas and cblas libraries)
    900         if test "x$ATLAS_ROOT" = "xno" ; then
    901                 HAVE_ATLAS=no
    902         else
    903                 HAVE_ATLAS=yes
    904                 if ! test -d "$ATLAS_ROOT"; then
    905                         AC_MSG_ERROR([atlas directory provided ($ATLAS_ROOT) does not exist]);
    906                 fi
    907         fi
    908         AC_MSG_RESULT($HAVE_ATLAS)
    909 
    910         dnl atlas headers and libraries
    911         if test "x$HAVE_ATLAS" == "xyes"; then
    912                 dnl: branch on whether we are running on windows or linux.
    913                 case "${host_os}" in
    914                         *cygwin*)
    915                         ATLASLIB="-L`cygpath -m $ATLAS_ROOT` -Wl,libatlas.lib  -Wl,libcblas.lib"
    916                         ;;
    917                         *linux*)
    918                         ATLASLIB=-L"$ATLAS_ROOT/lib -lcblas -latlas -lm "
    919                         ;;
    920                         *darwin*)
    921                         ATLASLIB=-L"$ATLAS_ROOT/lib -lcblas -latlas -lm"
    922                         ;;
    923                 esac
    924                 AC_DEFINE([_HAVE_ATLAS_],[1],[with ATLAS in ISSM src])
    925                 AC_SUBST([ATLASLIB])
    926         fi
    927         dnl }}}
    928         dnl gsl{{{
    929         AC_ARG_WITH([gsl-dir],
    930           AS_HELP_STRING([--with-gsl-dir=DIR], [gsl root directory.]),
    931           [GSL_ROOT=$withval],[GSL_ROOT="no"])
    932 
    933         dnl Check whether gsl is enabled
    934         AC_MSG_CHECKING([for gsl])
    935         if test "x$GSL_ROOT" = "xno" ; then
    936                 HAVE_GSL=no
    937         else
    938                 HAVE_GSL=yes
    939                 if ! test -d "$GSL_ROOT"; then
    940                         AC_MSG_ERROR([gsl directory provided ($GSL_ROOT) does not exist]);
    941                 fi
    942         fi
    943         AC_MSG_RESULT($HAVE_GSL)
    944 
    945         dnl gsl headers and libraries
    946         if test "x$HAVE_GSL" == "xyes"; then
    947                 GSLINCL="-I$GSL_ROOT/include"
    948                 if test "x$HAVE_ATLAS" = "xyes" ; then
    949                         GSLLIB="-dy -L$GSL_ROOT/lib -lgsl -L$ATLAS_ROOT/lib -lcblas -latlas -lm"
    950                 else
    951                         GSLLIB="-L$GSL_ROOT/lib -lgsl -lgslcblas -lm"
    952                 fi
    953                 AC_DEFINE([_HAVE_GSL_],[1],[with gsl in ISSM src])
    954                 AC_SUBST([GSLINCL])
    955                 AC_SUBST([GSLLIB])
    956         fi
    957         AM_CONDITIONAL([GSL], [test x$HAVE_GSL = xyes])
    958         dnl }}}
    959         dnl ampi (ADOLC){{{
    960         AC_ARG_WITH([ampi-dir],
    961           AS_HELP_STRING([--with-ampi-dir=DIR], [adjoinable mpi root directory.]),
    962           [AMPI_ROOT=$withval],[AMPI_ROOT="no"])
    963 
    964         dnl Check whether ampi is enabled
    965         AC_MSG_CHECKING([for ampi])
    966         if test "x$AMPI_ROOT" = "xno" ; then
    967                 HAVE_AMPI=no
    968         else
    969                 HAVE_AMPI=yes
    970                 if ! test -d "$AMPI_ROOT"; then
    971                         AC_MSG_ERROR([ampi directory provided ($AMPI_ROOT) does not exist]);
    972                 fi
    973         fi
    974         AC_MSG_RESULT($HAVE_AMPI)
    975 
    976         dnl ampi headers and libraries
    977         if test "x$HAVE_AMPI" == "xyes"; then
    978                 AMPIINCL="-I$AMPI_ROOT/include"
    979                 if test "x$ADOLC_ROOT" == "xno"; then
    980                         AC_MSG_ERROR([cannot run adjoinable mpi without adolc]);
    981                 fi
    982                 dnl AMPILIB="-dy -L$AMPI_ROOT/lib -lampiCommon -L$ADOLC_ROOT/lib -ladolc -L$AMPI_ROOT/lib -lampiCommon -lampiBookkeeping -lampiTape"
    983                 dnl AMPILIB="-dy -L$AMPI_ROOT/lib  -L$ADOLC_ROOT/lib -Wl,--start-group,-lampiCommon,-ladolc,-lampiCommon,-lampiBookkeeping,-lampiTape,-lampiPlainC,-lampiADtoolStubsST,--end-group"
    984                 dnl AMPILIB="-L$AMPI_ROOT/lib  -L$ADOLC_ROOT/lib -Wl,--start-group -lampiCommon -ladolc -lampiCommon -lampiBookkeeping -lampiTape -lampiPlainC -lampiADtoolStubsST -Wl,--end-group"
    985                 dnl AMPILIB="$AMPI_ROOT/lib/libampiCommon.so $ADOLC_ROOT/lib/libadolc.so  $AMPI_ROOT/lib/libampiCommon.so $AMPI_ROOT/lib/libampiBookkeeping.so $AMPI_ROOT/lib/libampiTape.so $AMPI_ROOT/lib/libampiPlainC.so  $AMPI_ROOT/lib/libampiADtoolStubsST.so"
    986                 dnl AMPILIB="-dy -L$AMPI_ROOT/lib  -L$ADOLC_ROOT/lib -lampiCommon -ladolc -lampiCommon -lampiBookkeeping -lampiTape -lampiPlainC -lampiADtoolStubsST"
    987                 AMPILIB="-dy -L$AMPI_ROOT/lib  -lampiCommon -lampiBookkeeping -lampiTape"
    988                 AC_DEFINE([_HAVE_AMPI_],[1],[with adjoinable mpi in ISSM src])
    989                 AC_SUBST([AMPIINCL])
    990                 AC_SUBST([AMPILIB])
    991         fi
    992         AM_CONDITIONAL([AMPI], [test x$HAVE_AMPI = xyes])
    993         dnl }}}
    994         dnl adjointmpi (CoDiPack){{{
    995         AC_ARG_WITH([adjointmpi-dir],
    996           AS_HELP_STRING([--with-adjointmpi-dir=DIR], [adjoinable mpi root directory.]),
    997           [ADJOINTMPI_ROOT=$withval],[ADJOINTMPI_ROOT="no"])
    998 
    999         dnl Check whether adjointmpi is enabled
    1000         AC_MSG_CHECKING([for adjointmpi])
    1001         if test "x$ADJOINTMPI_ROOT" = "xno" ; then
    1002                 HAVE_ADJOINTMPI=no
    1003         else
    1004                 HAVE_ADJOINTMPI=yes
    1005                 if ! test -d "$ADJOINTMPI_ROOT"; then
    1006                         AC_MSG_ERROR([adjointmpi directory provided ($ADJOINTMPI_ROOT) does not exist]);
    1007                 fi
    1008         fi
    1009         AC_MSG_RESULT($HAVE_ADJOINTMPI)
    1010 
    1011         dnl adjointmpi headers and libraries
    1012         if test "x$HAVE_ADJOINTMPI" == "xyes"; then
    1013                 if test "x$CODIPACK_ROOT" == "xno"; then
    1014                         AC_MSG_ERROR([cannot run adjoint mpi without CoDiPack]);
    1015                 fi
    1016                 ADJOINTMPIINCL="-I$ADJOINTMPI_ROOT/include"
    1017                 ADJOINTMPILIB="-L$ADJOINTMPI_ROOT/lib  -lAMPI"
    1018                 dnl Also set _HAVE_AMPI_, because the interface is (almost) the
    1019                 dnl same as for adjoinable mpi...
    1020                 AC_DEFINE([_HAVE_AMPI_],[1],[with adjoint mpi in ISSM src])
    1021                 AC_DEFINE([_HAVE_ADJOINTMPI_],[1],[with adjoint mpi in ISSM src])
    1022                 AC_SUBST([ADJOINTMPIINCL])
    1023                 AC_SUBST([ADJOINTMPILIB])
    1024         fi
    1025         AM_CONDITIONAL([ADJOINTMPI], [test x$HAVE_ADJOINTMPI = xyes])
    1026         dnl }}}
    1027         dnl medipack (CoDiPack, ADOLC dev){{{
    1028         AC_ARG_WITH([medipack-dir],
    1029           AS_HELP_STRING([--with-medipack-dir=DIR], [MeDiPack root directory.]),
    1030           [MEDIPACK_ROOT=$withval],[MEDIPACK_ROOT="no"])
    1031 
    1032         dnl Check whether medipack is enabled
    1033         AC_MSG_CHECKING([for medipack])
    1034         if test "x$MEDIPACK_ROOT" = "xno" ; then
    1035                 HAVE_MEDIPACK=no
    1036         else
    1037                 HAVE_MEDIPACK=yes
    1038                 if ! test -d "$MEDIPACK_ROOT"; then
    1039                         AC_MSG_ERROR([medipack directory provided ($MEDIPACK_ROOT) does not exist]);
    1040                 fi
    1041         fi
    1042         AC_MSG_RESULT($HAVE_MEDIPACK)
    1043 
    1044         dnl medipack headers and libraries
    1045         if test "x$HAVE_MEDIPACK" == "xyes"; then
    1046                 if test "x$CODIPACK_ROOT" == "xno"; then
    1047                         AC_MSG_ERROR([cannot run MeDiPack without CoDiPack]);
    1048                 fi
    1049                 MEDIPACKINCL="-I$MEDIPACK_ROOT/include -I$MEDIPACK_ROOT/src"
    1050                 dnl Also set _HAVE_AMPI_, because the interface is (almost) the
    1051                 dnl same as for adjoinable mpi...
    1052                 AC_DEFINE([_HAVE_AMPI_],[1],[with adjoint mpi in ISSM src])
    1053                 AC_DEFINE([_HAVE_MEDIPACK_],[1],[with MeDiPack in ISSM src])
    1054                 AC_SUBST([MEDIPACKINCL])
    1055         fi
    1056         AM_CONDITIONAL([MEDIPACK], [test x$HAVE_MEDIPACK = xyes])
    1057 
    1058         dnl }}}
    1059         dnl rose{{{
    1060         AC_ARG_WITH([rose-dir],
    1061           AS_HELP_STRING([--with-rose-dir=DIR], [rose root directory.]),
    1062           [ROSE_ROOT=$withval],[ROSE_ROOT="no"])
    1063 
    1064         dnl Check whether rose is enabled
    1065         AC_MSG_CHECKING([for rose])
    1066         if test "x$ROSE_ROOT" = "xno" ; then
    1067                 HAVE_ROSE=no
    1068         else
    1069                 HAVE_ROSE=yes
    1070                 if ! test -d "$ROSE_ROOT"; then
    1071                         AC_MSG_ERROR([rose directory provided ($ROSE_ROOT) does not exist]);
    1072                 fi
    1073         fi
    1074         AC_MSG_RESULT($HAVE_ROSE)
    1075         AM_CONDITIONAL([ROSE],[test x$HAVE_ROSE = xyes])
    1076 
    1077         dnl library and header files
    1078         if test "x$HAVE_ROSE" = "xyes"; then
    1079                 ROSEINCL="-I$ROSE_ROOT/include"
    1080                 ROSELIB=""
    1081                 AC_DEFINE([_HAVE_ROSE_],[1],[with rose in ISSM src])
    1082                 AC_SUBST([ROSEINCL])
    1083                 AC_SUBST([ROSELIB])
    1084         fi
    1085         dnl }}}
    1086         dnl mpi{{{
    1087         AC_MSG_CHECKING(for mpi)
    1088 
    1089         AC_ARG_WITH([mpi-include],
    1090           AS_HELP_STRING([--with-mpi-include=DIR],[mpi include directory, necessary for parallel build]),
    1091           [MPI_INCLUDE=$withval],[MPI_INCLUDE=""])
    1092 
    1093         AC_ARG_WITH([mpi-libdir],
    1094           AS_HELP_STRING([--with-mpi-libdir=DIR],[mpi lib directory, necessary for parallel build]),
    1095           [MPI_LIBDIR=$withval],[MPI_LIBDIR=""])
    1096 
    1097         AC_ARG_WITH([mpi-libflags],
    1098           AS_HELP_STRING([--with-mpi-libflags=LIBS],[mpi libraries to be used, necessary for parallel build]),
    1099           [MPI_LIBFLAGS=$withval],[MPI_LIBFLAGS=""])
    1100 
    1101 
    1102         if test -z "$MPI_INCLUDE" ; then
    1103                 HAVE_MPI=no
    1104         else
    1105                 HAVE_MPI=yes
    1106 
    1107                 dnl Processing for windows
    1108                 if  test x$VENDOR = xintel-win7-32; then
    1109                         MPI_LIBDIR=`cygpath -m $MPI_LIBDIR`
    1110                         MPI_INCLUDE=`cygpath -m $MPI_INCLUDE`
    1111                 elif test x$VENDOR = xintel-win7-64; then
    1112                         MPI_LIBDIR="/I`cygpath -m $MPI_LIBDIR`"
    1113                         MPI_INCLUDE=`cygpath -m $MPI_INCLUDE`
    1114                 elif test x$VENDOR = xMSVC-Win64 || test x$VENDOR = xMSVC-Win64-par; then
    1115                         MPI_LIBDIR=`cygpath -m $MPI_LIBDIR`
    1116                         MPI_INCLUDE=`cygpath -m $MPI_INCLUDE`
    1117                 fi
    1118 
    1119                 if test -z "$MPI_LIBDIR"; then
    1120                         MPILIB="$MPI_LIBFLAGS"
    1121                 else
    1122                         MPILIB="-L$MPI_LIBDIR $MPI_LIBFLAGS"
    1123                 fi
    1124 
    1125                 if  test x$IS_WINDOWS = xyes; then
    1126                         MPIINCL=/I"$MPI_INCLUDE"
    1127                 else
    1128                         MPIINCL=-I"$MPI_INCLUDE"
    1129                 fi
    1130 
    1131                 AC_DEFINE([_HAVE_MPI_],[1],[with Mpi in ISSM src])
    1132                 AC_DEFINE([HAVE_MPI],[1],[Mpi Flag for Dakota (DO NOT REMOVE)])
    1133                 AC_SUBST([MPIINCL])
    1134                 AC_SUBST([MPILIB])
    1135         fi
    1136         AM_CONDITIONAL([MPI], [test x$HAVE_MPI = xyes])
    1137         AC_MSG_RESULT($HAVE_MPI)
    1138         dnl }}}
    1139         dnl petsc{{{
    1140         AC_ARG_WITH([petsc-dir],
    1141           AS_HELP_STRING([--with-petsc-dir=DIR],[PETSc root directory, necessary for parallel build]),
    1142           [PETSC_ROOT=$withval],[PETSC_ROOT="no"])
    1143 
    1144         dnl Check whether petsc is enabled
    1145         AC_MSG_CHECKING([for petsc])
    1146         if test "x$PETSC_ROOT" = "xno" ; then
    1147                 HAVE_PETSC=no
    1148         else
    1149                 HAVE_PETSC=yes
    1150                 if ! test -d "$PETSC_ROOT"; then
    1151                         AC_MSG_ERROR([petsc directory provided ($PETSC_ROOT) does not exist]);
    1152                 fi
    1153         fi
    1154         AC_MSG_RESULT($HAVE_PETSC)
    1155         AM_CONDITIONAL([PETSC],[test x$HAVE_PETSC = xyes])
    1156 
    1157         dnl library and header files
    1158         if test "x$HAVE_PETSC" = "xyes"; then
    1159                 AC_MSG_CHECKING(for petsc version)
    1160            if ! test -f "$PETSC_ROOT/include/petscversion.h"; then
    1161                         AC_MSG_ERROR([PETSc not instaled corretly: file ($PETSC_ROOT/include/petscversion.h) does not exist]);
    1162                 fi
    1163                 PETSC_MAJOR=`cat $PETSC_ROOT/include/petscversion.h | grep "#define PETSC_VERSION_MAJOR" | sed 's/#define PETSC_VERSION_MAJOR//' | sed 's/ //g'`
    1164                 PETSC_MINOR=`cat $PETSC_ROOT/include/petscversion.h | grep "#define PETSC_VERSION_MINOR" | sed 's/#define PETSC_VERSION_MINOR//' | sed 's/ //g'`
    1165                 AC_DEFINE_UNQUOTED([_PETSC_MAJOR_],$PETSC_MAJOR,[PETSc version major])
    1166                 AC_DEFINE_UNQUOTED([_PETSC_MINOR_],$PETSC_MINOR,[PETSc version minor])
    1167                 AC_MSG_RESULT($PETSC_MAJOR.$PETSC_MINOR)
    1168 
    1169                 PETSC_VERSION_DATE_HG=`cat $PETSC_ROOT/include/petscversion.h | grep "#define PETSC_VERSION_DATE_HG" | sed 's/#define PETSC_VERSION_DATE_HG//' | sed 's/ //g' | sed -e 's/\"//g' `
    1170                 PETSC_RELEASE=`cat $PETSC_ROOT/include/petscversion.h | grep "#define PETSC_VERSION_RELEASE" | sed 's/#define PETSC_VERSION_RELEASE//' | sed 's/ //g'`
    1171 
    1172                 AC_MSG_CHECKING(whether petsc is the development version)
    1173                 dnl if test x$PETSC_VERSION_DATE_HG = xunknown; then
    1174                 if test "$PETSC_RELEASE" = "0"; then
    1175                    AC_DEFINE([_HAVE_PETSCDEV_],[1],[with PETSc-dev])
    1176                         AC_MSG_RESULT(yes)
    1177                 else
    1178                         AC_MSG_RESULT(no)
    1179                 fi
    1180 
    1181                 AC_ARG_WITH([petsc-arch],
    1182                   AS_HELP_STRING([--with-petsc-arch=DIR],[PETSc arch, necessary for PETSc < 3.0]),
    1183                   [PETSC_ARCH=$withval],[PETSC_ARCH=""])
    1184 
    1185                 AC_MSG_CHECKING(for petsc headers and libraries in $PETSC_ROOT)
    1186                 dnl To ge PETSc's libraries:
    1187                 dnl cd externalpackages/petsc/src
    1188                 dnl make getlinklibs
    1189                 PETSCINCL=" -I$PETSC_ROOT/include"
    1190                 dnl Add other location (not needed anymore since at least PETSc 3.0)
    1191                 if test "x$PETSC_ARCH" != "x" && test -d "$PETSC_ROOT/$PETSC_ARCH/include"; then
    1192                  PETSCINCL+=" $PETSC_ROOT/$PETSC_ARCH/include"
    1193                 fi
    1194                 if test "x$PETSC_ARCH" != "x" && test -d "$PETSC_ROOT/include/$PETSC_ARCH"; then
    1195                  PETSCINCL+=" $PETSC_ROOT/include/$PETSC_ARCH"
    1196                 fi
    1197 
    1198                 case "${host_os}" in
    1199                                 *cygwin*)
    1200                                 if test $PETSC_MAJOR -lt 3 ; then
    1201                                         PETSCLIB=-Wl,/LIBPATH:`cygpath -w $PETSC_ROOT/lib`  -Wl,libpetscksp.lib  -Wl,libpetscdm.lib  -Wl,libpetscmat.lib  -Wl,libpetscvec.lib  -Wl,libpetscsnes.lib  -Wl,libpetscts.lib  -Wl,libmpiuni.lib  -Wl,libpetsc.lib
    1202                                 else
    1203                                         PETSCLIB="/link -Wl,/LIBPATH:`cygpath -m $PETSC_ROOT/lib`  -Wl,libpetsc.lib"
    1204                                         PETSCINCL="/I`cygpath -m $PETSC_ROOT/include`"
    1205                                 fi
    1206                                 ;;
    1207                                 *linux*)
    1208                                 if test $PETSC_MAJOR -lt 3 ; then
    1209                                         PETSCLIB="-L$PETSC_ROOT/lib -lpetscksp -lpetscdm -lpetscmat -lpetscvec -lpetscsnes -lpetscts -lmpiuni -lpetsc"
    1210                                 else
    1211                                         PETSCLIB="-L$PETSC_ROOT/lib -lpetsc -ldl"
    1212                                         if test $PETSC_MAJOR -gt 3 || test $PETSC_MINOR -ge 3; then PETSCLIB+=" -lparmetis -lmetis"; fi
    1213                                 fi
    1214                                 if test "x$host_os_version" = "x3.0.101-0.31.1_1.0502.8394-cray_gem_s" ; then
    1215                                         PETSCLIB="-L$PETSC_ROOT/lib -lcraypetsc_gnu_real -lmetis"
    1216                                 fi
    1217                                 ;;
    1218                                 *darwin*)
    1219                                 if test $PETSC_MAJOR -lt 3 ; then
    1220                                         PETSCLIB="-L$PETSC_ROOT/lib -lpetscksp -lpetscdm -lpetscmat -lpetscvec -lpetscsnes -lpetscts -lpetsc"
    1221                                 else
    1222                                         PETSCLIB="-L$PETSC_ROOT/lib -lpetsc"
    1223                                         if test $PETSC_MAJOR -gt 3 || test $PETSC_MINOR -ge 3; then PETSCLIB+=" -lmetis"; fi
    1224                                 fi
    1225                                 ;;
    1226                 esac
    1227                 AC_MSG_RESULT(done)
    1228                 AC_DEFINE([_HAVE_PETSC_],[1],[with PETSc in ISSM src])
    1229                 AC_SUBST([PETSCINCL])
    1230                 AC_SUBST([PETSCLIB])
    1231         fi
    1232         dnl }}}
    1233         dnl metis{{{
    1234         if test "$HAVE_PETSC" = "yes" && test "x$PETSC_MAJOR" = "x3" && test $PETSC_MINOR -ge 3 && test "x$VENDOR" != "xMSVC-Win64" && test "x$VENDOR" != "xMSVC-Win64-par"; then
    1235                 dnl in petsc >=3.3, metis is provided
     1312        dnl METIS{{{
     1313
     1314        dnl NOTE: We know $VENDOR cannot be empty at this point, so no need to
     1315        dnl               check again in the following conditionals
     1316        dnl
     1317        if test "x${HAVE_PETSC}" == "xyes" && test "x${PETSC_MAJOR}" == "x3" && test ${PETSC_MINOR} -ge 3 && test "${VENDOR}" != "MSVC-Win64" && test "${VENDOR}" != "MSVC-Win64-par"; then
     1318                dnl In PETSc >=3.3, METIS is provided
    12361319                HAVE_METIS="yes"
    1237                 AC_DEFINE([_METIS_VERSION_],[5],[ Metis version number])
    1238                 AC_DEFINE([_HAVE_METIS_],[1],[with Metis in ISSM src])
    1239         else
    1240                 AC_ARG_WITH([metis-dir],
    1241                   AS_HELP_STRING([--with-metis-dir=DIR],[metis root directory. necessary for serial build]),
    1242                   [METIS_ROOT=$withval],[METIS_ROOT="no"])
    1243 
    1244                 dnl Check whether metis is enabled
    1245                 AC_MSG_CHECKING([for metis])
    1246                 if test "x$METIS_ROOT" = "xno" ; then
     1320                AC_DEFINE([_METIS_VERSION_], [5], [METIS version number])
     1321                AC_DEFINE([_HAVE_METIS_], [1], [with METIS in ISSM src])
     1322        else
     1323                AC_ARG_WITH(
     1324                        [metis-dir],
     1325                        AS_HELP_STRING([--with-metis-dir=DIR], [METIS root directory, necessary for serial build]),
     1326                        [METIS_ROOT=${withval}],
     1327                        [METIS_ROOT="no"]
     1328                )
     1329                AC_MSG_CHECKING([for METIS])
     1330                if test "x${METIS_ROOT}" == "xno"; then
    12471331                        HAVE_METIS=no
    12481332                else
    12491333                        HAVE_METIS=yes
    1250                         if ! test -d "$METIS_ROOT"; then
    1251                                 AC_MSG_ERROR([metis directory provided ($METIS_ROOT) does not exist]);
     1334                        if ! test -d "${METIS_ROOT}"; then
     1335                                AC_MSG_ERROR([METIS directory provided (${METIS_ROOT}) does not exist!]);
    12521336                        fi
    12531337                fi
    1254                 AC_MSG_RESULT($HAVE_METIS)
    1255                 AM_CONDITIONAL([METIS],[test x$HAVE_METIS = xyes])
    1256 
    1257                 dnl library and header files
    1258                 if test "x$HAVE_METIS" = "xyes"; then
    1259 
    1260                         AC_MSG_CHECKING(for metis headers and libraries in $METIS_ROOT)
    1261                         dnl first figure out version of metis: does the VERSION file exist?
    1262                         if test -e "$METIS_ROOT/VERSION"; then
     1338                AC_MSG_RESULT([${HAVE_METIS}])
     1339                AM_CONDITIONAL([METIS], [test "x${HAVE_METIS}" == "xyes"])
     1340
     1341                dnl METIS libraries and header files
     1342                if test "x${HAVE_METIS}" == "xyes"; then
     1343                        AC_MSG_CHECKING(for METIS libraries and header files in ${METIS_ROOT})
     1344                        dnl Retrieve METIS version (does the VERSION file exist?)
     1345                        if test -f "${METIS_ROOT}/VERSION"; then
    12631346                                METIS_VERSION=4
    12641347                        else
    … …  
    12661349                        fi
    12671350
    1268                         if test "$METIS_VERSION" = "4" ; then
    1269                                 METISINCL=-I"$METIS_ROOT/Lib"
     1351                        if test "x${METIS_VERSION}" == "x4"; then
     1352                                METISINCL="-I${METIS_ROOT}/Lib"
    12701353                                case "${host_os}" in
    12711354                                        *cygwin*)
    1272                                         METISINCL="/I`cygpath -m $METIS_ROOT/Lib`"
    1273                                         METISLIB="-Wl,/link -Wl,/LIBPATH:`cygpath -m $METIS_ROOT` -Wl,libmetis.lib"
     1355                                                METISINCL="/I`cygpath -m ${METIS_ROOT}/Lib`"
     1356                                                METISLIB="-Wl,/link -Wl,/LIBPATH:`cygpath -m ${METIS_ROOT}` -Wl,libmetis.lib"
    12741357                                        ;;
    12751358                                        *linux*)
    1276                                         METISLIB=-L"$METIS_ROOT/ -lmetis"
     1359                                                METISLIB="-L${METIS_ROOT} -lmetis"
    12771360                                        ;;
    12781361                                        *darwin*)
    1279                                         METISLIB=-L"$METIS_ROOT/ -lmetis"
     1362                                                METISLIB="-L${METIS_ROOT} -lmetis"
    12801363                                        ;;
    12811364                                esac
    1282                                 AC_DEFINE([_METIS_VERSION_],[4],[ Metis version number])
     1365                                AC_DEFINE([_METIS_VERSION_], [4], [ METIS version number])
    12831366                        fi
    12841367
    1285                         if test "$METIS_VERSION" = "5" ; then
     1368                        if test "x${METIS_VERSION}" == "x5"; then
    12861369                                case "${host_os}" in
    12871370                                        *cygwin*)
    1288                                         METISLIB="-L$METIS_ROOT libmetis.lib"
     1371                                                METISLIB="-L${METIS_ROOT} libmetis.lib"
    12891372                                        ;;
    12901373                                        *linux*)
    1291                                         METISLIB=-L"$METIS_ROOT/lib -lmetis"
     1374                                                METISLIB="-L${METIS_ROOT}/lib -lmetis"
    12921375                                        ;;
    12931376                                        *darwin*)
    1294                                         METISLIB=-L"$METIS_ROOT/lib -lmetis"
     1377                                                METISLIB="-L${METIS_ROOT}/lib -lmetis"
    12951378                                        ;;
    12961379                                esac
    1297                                 METISINCL=-I"$METIS_ROOT/include"
    1298                                 AC_DEFINE([_METIS_VERSION_],[5],[ Metis version number])
     1380                                METISINCL="-I${METIS_ROOT}/include"
     1381                                AC_DEFINE([_METIS_VERSION_], [5], [METIS version number])
    12991382                        fi
    13001383
    1301                         AC_DEFINE([_HAVE_METIS_],[1],[with Metis in ISSM src])
     1384                        AC_DEFINE([_HAVE_METIS_], [1], [with METIS in ISSM src])
    13021385                        AC_SUBST([METISINCL])
    13031386                        AC_SUBST([METISLIB])
    13041387                fi
    13051388        fi
    1306         AM_CONDITIONAL([METIS],[test x$HAVE_METIS = xyes])
    1307         dnl }}}
    1308         dnl tao{{{
    1309         AC_ARG_WITH([tao-dir],
    1310                 AS_HELP_STRING([--with-tao-dir=DIR], [tao root directory.]),
    1311                 [TAO_ROOT=$withval],[TAO_ROOT="no"])
    1312 
    1313         dnl Check whether tao is enabled
    1314         AC_MSG_CHECKING([for tao])
    1315 
    1316         if test "$HAVE_PETSC" = "yes" && test "x$PETSC_MAJOR" = "x3" && test $PETSC_MINOR -ge 5; then
    1317                 dnl in petsc >=3.5, tao is provided
     1389        AM_CONDITIONAL([METIS], [test "x${HAVE_METIS}" == "xyes"])
     1390        dnl }}}
     1391        dnl Toolkit for Advanced Optimization (TAO){{{
     1392        AC_ARG_WITH(
     1393                [tao-dir],
     1394                AS_HELP_STRING([--with-tao-dir=DIR], [TAO root directory]),
     1395                [TAO_ROOT=${withval}],
     1396                [TAO_ROOT="no"]
     1397        )
     1398        AC_MSG_CHECKING([for TAO])
     1399
     1400        if test "x${HAVE_PETSC}" == "xyes" && test "x${PETSC_MAJOR}" == "x3" && test ${PETSC_MINOR} -ge 5; then
     1401                dnl In PETSc >= 3.5, TAO is provided
    13181402                HAVE_TAO="yes"
    1319                 AC_DEFINE([_HAVE_TAO_],[1],[with Tao in ISSM src])
    1320                 AC_MSG_RESULT($HAVE_TAO)
    1321         else
    1322 
    1323                 if test "x$TAO_ROOT" = "xno" ; then
     1403                AC_DEFINE([_HAVE_TAO_], [1], [with TAO in ISSM src])
     1404                AC_MSG_RESULT([${HAVE_TAO}])
     1405        else
     1406                if test "x${TAO_ROOT}" == "xno"; then
    13241407                        HAVE_TAO=no
    13251408                else
    13261409                        HAVE_TAO=yes
    1327                         if ! test -d "$TAO_ROOT"; then
    1328                                 AC_MSG_ERROR([tao directory provided ($TAO_ROOT) does not exist]);
     1410                        if ! test -d "${TAO_ROOT}"; then
     1411                                AC_MSG_ERROR([TAO directory provided (${TAO_ROOT}) does not exist!]);
    13291412                        fi
    13301413                fi
    1331                 AC_MSG_RESULT($HAVE_TAO)
    1332 
    1333                 dnl tao headers and libraries
    1334                 if test "x$HAVE_TAO" == "xyes"; then
    1335                   TAOINCL="-I$TAO_ROOT/ -I$TAO_ROOT/include -I$TAO_ROOT/bmake/ "
    1336                   TAOLIB="-L$TAO_ROOT/lib -ltao -lpetsc"
    1337                   AC_DEFINE([_HAVE_TAO_],[1],[with Tao in ISSM src])
    1338                   AC_SUBST([TAOINCL])
    1339                   AC_SUBST([TAOLIB])
    1340                 fi
    1341         fi
    1342         dnl }}}
    1343         dnl m1qn3{{{
    1344         AC_ARG_WITH([m1qn3-dir],
    1345                 AS_HELP_STRING([--with-m1qn3-dir=DIR], [m1qn3 root directory.]),
    1346                 [M1QN3_ROOT=$withval],[M1QN3_ROOT="no"])
    1347 
    1348         dnl Check whether m1qn3 is enabled
    1349         AC_MSG_CHECKING([for m1qn3])
    1350         if test "x$M1QN3_ROOT" = "xno" ; then
     1414                AC_MSG_RESULT([${HAVE_TAO}])
     1415
     1416                dnl TAO libraries and header files
     1417                if test "x${HAVE_TAO}" == "xyes"; then
     1418                        TAOINCL="-I${TAO_ROOT} -I${TAO_ROOT}/include -I${TAO_ROOT}/bmake"
     1419                        TAOLIB="-L${TAO_ROOT}/lib -ltao -lpetsc"
     1420                        AC_DEFINE([_HAVE_TAO_], [1], [with Tao in ISSM src])
     1421                        AC_SUBST([TAOINCL])
     1422                        AC_SUBST([TAOLIB])
     1423                fi
     1424        fi
     1425        dnl }}}
     1426        dnl M1QN3{{{
     1427        AC_ARG_WITH(
     1428                [m1qn3-dir],
     1429                AS_HELP_STRING([--with-m1qn3-dir=DIR], [M1QN3 root directory]),
     1430                [M1QN3_ROOT=${withval}],
     1431                [M1QN3_ROOT="no"]
     1432        )
     1433        AC_MSG_CHECKING([for M1QN3])
     1434        if test "x${M1QN3_ROOT}" == "xno"; then
    13511435                HAVE_M1QN3=no
    13521436        else
    13531437                HAVE_M1QN3=yes
    1354                 if ! test -d "$M1QN3_ROOT"; then
    1355                         AC_MSG_ERROR([m1qn3 directory provided ($M1QN3_ROOT) does not exist]);
    1356                 fi
    1357         fi
    1358         AC_MSG_RESULT($HAVE_M1QN3)
    1359 
    1360         dnl m1qn3 headers and libraries
    1361         if test "x$HAVE_M1QN3" == "xyes"; then
    1362           M1QN3LIB="$M1QN3_ROOT/libm1qn3.a $M1QN3_ROOT/libddot.a"
    1363           AC_DEFINE([_HAVE_M1QN3_],[1],[with M1QN3 in ISSM src])
    1364           AC_SUBST([M1QN3LIB])
    1365         fi
    1366         dnl }}}
    1367         dnl proj.4{{{
    1368         AC_ARG_WITH([proj4-dir],
    1369                 AS_HELP_STRING([--with-proj4-dir=DIR], [proj4 root directory.]),
    1370                 [PROJ4_ROOT=$withval],[PROJ4_ROOT="no"])
    1371 
    1372         dnl Check whether proj4 is enabled
    1373         AC_MSG_CHECKING([for proj.4])
    1374         if test "x$PROJ4_ROOT" = "xno" ; then
     1438                if ! test -d "${M1QN3_ROOT}"; then
     1439                        AC_MSG_ERROR([M1QN3 directory provided (${M1QN3_ROOT}) does not exist!]);
     1440                fi
     1441        fi
     1442        AC_MSG_RESULT([${HAVE_M1QN3}])
     1443
     1444        dnl M1QN3 libraries and header files
     1445        if test "x${HAVE_M1QN3}" == "xyes"; then
     1446                M1QN3LIB="${M1QN3_ROOT}/libm1qn3.a ${M1QN3_ROOT}/libddot.a"
     1447                AC_DEFINE([_HAVE_M1QN3_], [1], [with M1QN3 in ISSM src])
     1448                AC_SUBST([M1QN3LIB])
     1449        fi
     1450        dnl }}}
     1451        dnl PROJ.4{{{
     1452        AC_ARG_WITH(
     1453                [proj4-dir],
     1454                AS_HELP_STRING([--with-proj4-dir=DIR], [PROJ.4 root directory]),
     1455                [PROJ4_ROOT=${withval}],
     1456                [PROJ4_ROOT="no"]
     1457        )
     1458        AC_MSG_CHECKING([for PROJ.4])
     1459        if test "x${PROJ4_ROOT}" == "xno"; then
    13751460                HAVE_PROJ4=no
    13761461        else
    13771462                HAVE_PROJ4=yes
    1378                 if ! test -d "$PROJ4_ROOT"; then
    1379                         AC_MSG_ERROR([proj4 directory provided ($PROJ4_ROOT) does not exist]);
    1380                 fi
    1381         fi
    1382         AC_MSG_RESULT($HAVE_PROJ4)
    1383 
    1384         dnl proj4 headers and libraries
    1385         if test "x$HAVE_PROJ4" == "xyes"; then
    1386           PROJ4INCL="-I$PROJ4_ROOT/include "
    1387           PROJ4LIB="-L$PROJ4_ROOT/lib -lproj"
    1388           AC_DEFINE([_HAVE_PROJ4_],[1],[with PROJ4 in ISSM src])
    1389           AC_SUBST([PROJ4INCL])
    1390           AC_SUBST([PROJ4LIB])
    1391         fi
    1392         AM_CONDITIONAL([PROJ4],[test x$HAVE_PROJ4 = xyes])
    1393         dnl }}}
    1394         dnl slepc{{{
    1395         AC_ARG_WITH([slepc-dir],
    1396           AS_HELP_STRING([--with-slepc-dir=DIR],[slepc root directory]),
    1397           [SLEPC_ROOT=$withval],[SLEPC_ROOT="no"])
    1398 
    1399         dnl Check whether slepc is enabled
    1400         AC_MSG_CHECKING([for slepc])
    1401         if test "x$SLEPC_ROOT" = "xno" ; then
     1463                if ! test -d "${PROJ4_ROOT}"; then
     1464                        AC_MSG_ERROR([PROJ.4 directory provided (${PROJ4_ROOT}) does not exist!]);
     1465                fi
     1466        fi
     1467        AC_MSG_RESULT([${HAVE_PROJ4}])
     1468
     1469        dnl PROJ.4 libraries and header files
     1470        if test "x${HAVE_PROJ4}" == "xyes"; then
     1471                PROJ4INCL="-I${PROJ4_ROOT}/include"
     1472                PROJ4LIB="-L${PROJ4_ROOT}/lib -lproj"
     1473                AC_DEFINE([_HAVE_PROJ4_], [1], [with PROJ4 in ISSM src])
     1474                AC_SUBST([PROJ4INCL])
     1475                AC_SUBST([PROJ4LIB])
     1476        fi
     1477        AM_CONDITIONAL([PROJ4], [test "x${HAVE_PROJ4}" == "xyes"])
     1478        dnl }}}
     1479        dnl SLEPc{{{
     1480        AC_ARG_WITH(
     1481                [slepc-dir],
     1482                AS_HELP_STRING([--with-slepc-dir=DIR], [SLEPc root directory]),
     1483                [SLEPC_ROOT=${withval}],
     1484                [SLEPC_ROOT="no"]
     1485        )
     1486        AC_MSG_CHECKING([for SLEPc])
     1487        if test "x${SLEPC_ROOT}" == "xno"; then
    14021488                HAVE_SLEPC=no
    14031489        else
    14041490                HAVE_SLEPC=yes
    1405                 if ! test -d "$SLEPC_ROOT"; then
    1406                         AC_MSG_ERROR([slepc directory provided ($SLEPC_ROOT) does not exist]);
    1407                 fi
    1408         fi
    1409         AC_MSG_RESULT($HAVE_SLEPC)
    1410 
    1411         dnl slepc headers and libraries
    1412         if test "x$HAVE_SLEPC" == "xyes"; then
    1413                 SLEPCINCL=-I"$SLEPC_ROOT/include"
    1414                 SLEPCLIB=-L"$SLEPC_ROOT/lib/ -lslepc"
    1415                 AC_DEFINE([_HAVE_SLEPC_],[1],[with Slepc in ISSM src])
     1491                if ! test -d "${SLEPC_ROOT}"; then
     1492                        AC_MSG_ERROR([SLEPc directory provided (${SLEPC_ROOT}) does not exist!]);
     1493                fi
     1494        fi
     1495        AC_MSG_RESULT([${HAVE_SLEPC}])
     1496
     1497        dnl SLEPc libraries and header files
     1498        if test "x${HAVE_SLEPC}" == "xyes"; then
     1499                SLEPCINCL="-I${SLEPC_ROOT}/include"
     1500                SLEPCLIB="-L${SLEPC_ROOT}/lib -lslepc"
     1501                AC_DEFINE([_HAVE_SLEPC_], [1], [with SLEPc in ISSM src])
    14161502                AC_SUBST([SLEPCINCL])
    14171503                AC_SUBST([SLEPCLIB])
    … …  
    14191505        dnl }}}
    14201506        dnl shapelib{{{
    1421         AC_ARG_WITH([shapelib-dir],
    1422           AS_HELP_STRING([--with-shapelib-dir=DIR], [shapelib root directory]),
    1423           [SHAPELIB_ROOT=$withval],[SHAPELIB_ROOT="no"])
    1424 
    1425         dnl Check whether shapelib is enabled
     1507        AC_ARG_WITH(
     1508                [shapelib-dir],
     1509                AS_HELP_STRING([--with-shapelib-dir=DIR], [shapelib root directory]),
     1510                [SHAPELIB_ROOT=${withval}],
     1511                [SHAPELIB_ROOT="no"]
     1512        )
    14261513        AC_MSG_CHECKING([for shapelib])
    1427         if test "x$SHAPELIB_ROOT" = "xno" ; then
     1514        if test "x${SHAPELIB_ROOT}" == "xno"; then
    14281515                HAVE_SHAPELIB=no
    14291516        else
    14301517                HAVE_SHAPELIB=yes
    1431                 if ! test -d "$SHAPELIB_ROOT"; then
    1432                         AC_MSG_ERROR([shapelib directory provided ($SHAPELIB_ROOT) does not exist]);
    1433                 fi
    1434         fi
    1435         AC_MSG_RESULT($HAVE_SHAPELIB)
    1436 
    1437         dnl shapelib headers and libraries
    1438         if test "x$HAVE_SHAPELIB" == "xyes"; then
    1439                 SHAPELIBINCL=-I"$SHAPELIB_ROOT/include"
    1440                 SHAPELIBLIB=-L"$SHAPELIB_ROOT/lib/ -lshape"
    1441                 AC_DEFINE([_HAVE_SHAPELIB_],[1],[with Shapelib in ISSM src])
     1518                if ! test -d "${SHAPELIB_ROOT}"; then
     1519                        AC_MSG_ERROR([shapelib directory provided (${SHAPELIB_ROOT}) does not exist!]);
     1520                fi
     1521        fi
     1522        AC_MSG_RESULT([${HAVE_SHAPELIB}])
     1523
     1524        dnl shapelib libraries and header files
     1525        if test "x${HAVE_SHAPELIB}" == "xyes"; then
     1526                SHAPELIBINCL="-I${SHAPELIB_ROOT}/include"
     1527                SHAPELIBLIB="-L${SHAPELIB_ROOT}/lib -lshape"
     1528                AC_DEFINE([_HAVE_SHAPELIB_], [1], [with shapelib in ISSM src])
    14421529                AC_SUBST([SHAPELIBINCL])
    14431530                AC_SUBST([SHAPELIBLIB])
    14441531        fi
    14451532        dnl }}}
    1446         dnl scalapack{{{
    1447 
    1448         dnl Here, either just the directory is provided, or the library, we handle both cases
    1449         AC_ARG_WITH([scalapack-dir],
    1450           AS_HELP_STRING([--with-scalapack-dir=DIR],[scalapack root directory]),
    1451           [SCALAPACK_ROOT=$withval],[SCALAPACK_ROOT="no"])
    1452 
    1453         AC_ARG_WITH([scalapack-lib],
    1454           AS_HELP_STRING([--with-scalapack-lib=LIBS],[scalapack libraries to include]),
    1455           [SCALAPACKLIB=$withval],[SCALAPACKLIB="no"])
    1456 
    1457         dnl Check whether scalapack is enabled
    1458         AC_MSG_CHECKING([for scalapack])
    1459         if test "x$SCALAPACK_ROOT" = "xno" && test "x$SCALAPACKLIB" = "xno"; then
    1460                         HAVE_SCALAPACK=no
    1461                         SCALAPACKLIB=
    1462         else if test "x$SCALAPACK_ROOT" != "xno"; then
    1463                 if ! test -d "$SCALAPACK_ROOT"; then
    1464                  AC_MSG_ERROR([scalapack directory provided ($SCALAPACK_ROOT) does not exist]);
     1533        dnl ScaLAPACK{{{
     1534
     1535        dnl NOTE: User should supply path to root directory or libraries, but not both
     1536        AC_ARG_WITH(
     1537                [scalapack-dir],
     1538                AS_HELP_STRING([--with-scalapack-dir=DIR], [ScaLAPACK root directory]),
     1539                [SCALAPACK_ROOT=${withval}],
     1540                [SCALAPACK_ROOT="no"]
     1541        )
     1542        AC_ARG_WITH(
     1543                [scalapack-lib],
     1544                AS_HELP_STRING([--with-scalapack-lib=LIBS], [ScaLAPACK libraries to link to]),
     1545                [SCALAPACKLIB=${withval}],
     1546                [SCALAPACKLIB="no"]
     1547        )
     1548        AC_MSG_CHECKING([for ScaLAPACK])
     1549        if test "x${SCALAPACK_ROOT}" == "xno" && test "x${SCALAPACKLIB}" == "xno"; then
     1550                HAVE_SCALAPACK=no
     1551                SCALAPACKLIB=""
     1552        elif test "x${SCALAPACK_ROOT}" != "xno"; then
     1553                if ! test -d "${SCALAPACK_ROOT}"; then
     1554                        AC_MSG_ERROR([ScaLAPACK directory provided (${SCALAPACK_ROOT}) does not exist!]);
    14651555                fi
    14661556                HAVE_SCALAPACK=yes
    1467                 #SCALAPACKLIB=-L"$SCALAPACK_ROOT/ -lscalapack-openmpi"
    1468                 SCALAPACKLIB=-L"$SCALAPACK_ROOT/ -lscalapack"
    1469         else if test "x$SCALAPACKLIB" != "xno"; then
     1557                SCALAPACKLIB="-L${SCALAPACK_ROOT}/lib -lscalapack"
     1558        elif test "x${SCALAPACKLIB}" != "xno"; then
     1559                dnl Value of SCALAPACKLIB should be valid here, so no need to set it (as above)
    14701560                HAVE_SCALAPACK=yes
    14711561        else
    1472            AC_MSG_ERROR([cannot provide both scalapack dir and scalapack-lib])
    1473         fi
    1474         fi
    1475         fi
    1476         AC_MSG_RESULT($HAVE_SCALAPACK)
    1477 
    1478         dnl scalapack headers and libraries
    1479         if test "x$HAVE_SCALAPACK" = "xyes"; then
    1480                 AC_DEFINE([_HAVE_SCALAPACK_],[1],[with Scalapack in ISSM src])
     1562                AC_MSG_ERROR([use --with-scalapack-dir or --with-scalapack-lib, but not both])
     1563        fi
     1564        AC_MSG_RESULT([${HAVE_SCALAPACK}])
     1565
     1566        dnl ScaLAPACK libraries and header files
     1567        if test "x${HAVE_SCALAPACK}" == "xyes"; then
     1568                AC_DEFINE([_HAVE_SCALAPACK_], [1], [with ScaLAPACK in ISSM src])
    14811569                AC_SUBST([SCALAPACKLIB])
    14821570        fi
    14831571        dnl }}}
    1484         dnl blas-lapack{{{
    1485         AC_ARG_WITH([blas-lapack-dir],
    1486           AS_HELP_STRING([--with-blas-lapack-dir=DIR],[blas-lapack root directory]),
    1487           [BLASLAPACK_ROOT=$withval],[BLASLAPACK_ROOT="no"])
    1488 
    1489         dnl Check whether blas-lapack is enabled
    1490         AC_MSG_CHECKING([for blas-lapack])
    1491         if test "x$BLASLAPACK_ROOT" = "xno" ; then
     1572        dnl BLAS/LAPACK{{{
     1573        AC_ARG_WITH(
     1574                [blas-lapack-dir],
     1575                AS_HELP_STRING([--with-blas-lapack-dir=DIR], [BLAS/LAPACK root directory]),
     1576                [BLASLAPACK_ROOT=$withval],
     1577                [BLASLAPACK_ROOT="no"]
     1578        )
     1579        AC_MSG_CHECKING([for BLAS/LAPACK])
     1580        if test "x${BLASLAPACK_ROOT}" == "xno" ; then
    14921581                HAVE_BLASLAPACK=no
    14931582        else
    14941583                HAVE_BLASLAPACK=yes
    1495                 if ! test -d "$BLASLAPACK_ROOT"; then
    1496                         AC_MSG_ERROR([blas-lapack directory provided ($BLASLAPACK_ROOT) does not exist]);
    1497                 fi
    1498         fi
    1499         AC_MSG_RESULT($HAVE_BLASLAPACK)
    1500 
    1501         dnl blas-lapack headers and libraries
    1502         if test "x$HAVE_BLASLAPACK" = "xyes"; then
     1584                if ! test -d "${BLASLAPACK_ROOT}"; then
     1585                        AC_MSG_ERROR([BLAS/LAPACK directory provided (${BLASLAPACK_ROOT}) does not exist!]);
     1586                fi
     1587        fi
     1588        AC_MSG_RESULT([${HAVE_BLASLAPACK}])
     1589
     1590        dnl BLAS/LAPACK libraries and header files
     1591        if test "x${HAVE_BLASLAPACK}" == "xyes"; then
    15031592                BLASLAPACKINCL=""
    15041593                case "${host_os}" in
    1505                 *cygwin*)
    1506                   BLASLAPACKLIB="-L`cygpath -m $BLASLAPACK_ROOT` -Wl,libf2cblas.lib  -Wl,libf2clapack.lib"
    1507                   ;;
    1508                 *linux*)
    1509                         BLASLAPACKLIB="-L${BLASLAPACK_ROOT}/lib"
    1510                         if ls ${BLASLAPACK_ROOT}/lib/liblapack.* 1> /dev/null 2>&1; then
    1511                                 BLASLAPACKLIB+=" -llapack -lblas"
    1512                         else
    1513                                 BLASLAPACKLIB+=" -lflapack -lfblas"
    1514                         fi
    1515                 ;;
    1516                 *darwin*)
    1517                         BLASLAPACKLIB="-L${BLASLAPACK_ROOT}/lib"
    1518                         if ls ${BLASLAPACKLIB}/libflapack.* 1> /dev/null 2>&1; then
    1519                                 BLASLAPACKLIB+=" -lflapack -lfblas"
    1520                         else
    1521                                 BLASLAPACKLIB+=" -llapack -lblas"
    1522                         fi
    1523                 ;;
     1594                        *cygwin*)
     1595                                BLASLAPACKLIB="-L`cygpath -m ${BLASLAPACK_ROOT}` -Wl,libf2cblas.lib  -Wl,libf2clapack.lib"
     1596                        ;;
     1597                        *darwin*)
     1598                                BLASLAPACKLIB="-L${BLASLAPACK_ROOT}/lib"
     1599                                if ls ${BLASLAPACK_ROOT}/lib/libopenblas.* 1> /dev/null 2>&1; then
     1600                                        BLASLAPACKLIB+=" -lopenblas"
     1601                                elif ls ${BLASLAPACK_ROOT}/lib/liblapack.* 1> /dev/null 2>&1; then
     1602                                        BLASLAPACKLIB+=" -llapack -lblas"
     1603                                else
     1604                                        BLASLAPACKLIB+=" -lflapack -lfblas"
     1605                                fi
     1606                        ;;
     1607                        *linux*)
     1608                                BLASLAPACKLIB="-L${BLASLAPACK_ROOT}/lib"
     1609                                if ls ${BLASLAPACK_ROOT}/lib/libopenblas.* 1> /dev/null 2>&1; then
     1610                                        BLASLAPACKLIB+=" -lopenblas"
     1611                                elif ls ${BLASLAPACK_ROOT}/lib/liblapack.* 1> /dev/null 2>&1; then
     1612                                        BLASLAPACKLIB+=" -llapack -lblas"
     1613                                else
     1614                                        BLASLAPACKLIB+=" -lflapack -lfblas"
     1615                                fi
     1616                        ;;
    15241617                esac
    1525                 AC_DEFINE([_HAVE_BLASLAPACK_],[1],[with blas lapack in ISSM src])
     1618                AC_DEFINE([_HAVE_BLASLAPACK_], [1], [with BLAS/LAPACK in ISSM src])
    15261619                AC_SUBST([BLASLAPACKLIB])
    15271620                AC_SUBST([BLASLAPACKINCL])
    15281621        fi
    15291622        dnl }}}
    1530         dnl mkl{{{
    1531                 AC_ARG_WITH([mkl-libflags],
    1532                                         AS_HELP_STRING([--with-mkl-libflags=LIBS],[mkl libraries to be used]),
    1533                                         [MKL_LIBFLAGS=$withval],[MKL_LIBFLAGS="no"])
    1534 
    1535                   dnl Check whether mkl is enabled
    1536                   AC_MSG_CHECKING([for mkl])
    1537                   if test "x$MKL_LIBFLAGS" = "xno" ; then
    1538                                 HAVE_MKL=no
    1539                   else
    1540                                 HAVE_MKL=yes
    1541                                 MKLLIB="$MKL_LIBFLAGS"
    1542                                 AC_DEFINE([_HAVE_MKL_],[1],[with mkl in ISSM src])
    1543                                 AC_SUBST([MKLLIB])
    1544                                 AC_SUBST([MKLINCL])
    1545                         fi
    1546                         AC_MSG_RESULT($HAVE_MKL)
    1547         dnl }}}
    1548         dnl plapack{{{
    1549         AC_MSG_CHECKING(for plapack)
    1550 
    1551         AC_ARG_WITH([plapack-lib],
    1552           AS_HELP_STRING([--with-plapack-lib = lib],[plapack library]),
    1553           [PLAPACK_LIB=$withval],[PLAPACK_LIB=""])
    1554 
    1555         AC_ARG_WITH([plapack-include],
    1556                           AS_HELP_STRING([--with-plapack-include = include],
    1557                                                          [plapack include ]),
    1558                           [PLAPACK_INCLUDE=$withval],[PLAPACK_INCLUDE=""])
    1559 
    1560         if test -n "$PLAPACK_LIB"; then
    1561                 if test -n "$PLAPACK_INCLUDE"; then
    1562 
     1623        dnl Math Kernel Library (MKL){{{
     1624        AC_ARG_WITH(
     1625                [mkl-libflags],
     1626                AS_HELP_STRING([--with-mkl-libflags=LIBS], [MKL libraries to be used]),
     1627                [MKL_LIBFLAGS=${withval}],
     1628                [MKL_LIBFLAGS="no"]
     1629        )
     1630        AC_MSG_CHECKING([for MKL])
     1631        if test "x${MKL_LIBFLAGS}" == "xno"; then
     1632                HAVE_MKL=no
     1633        else
     1634                HAVE_MKL=yes
     1635                MKLLIB="${MKL_LIBFLAGS}"
     1636                AC_DEFINE([_HAVE_MKL_], [1], [with MKL in ISSM src])
     1637                AC_SUBST([MKLLIB])
     1638                AC_SUBST([MKLINCL])
     1639        fi
     1640        AC_MSG_RESULT([${HAVE_MKL}])
     1641        dnl }}}
     1642        dnl PlaLAPACK{{{
     1643
     1644        dnl TODO:       Handle user supplying path to root directory *or* individual
     1645        dnl             arguments (like ScaLAPACK)
     1646        dnl
     1647        AC_MSG_CHECKING(for PlaLAPACK)
     1648        AC_ARG_WITH(
     1649                [plapack-lib],
     1650                AS_HELP_STRING([--with-plapack-lib=<LIB>], [PlaLAPACK library]),
     1651                [PLAPACK_LIB=${withval}],
     1652                [PLAPACK_LIB=""]
     1653        )
     1654        AC_ARG_WITH(
     1655                [plapack-include],
     1656                AS_HELP_STRING([--with-plapack-include=<INC>], [PlaLAPACK include]),
     1657                [PLAPACK_INCLUDE=${withval}],
     1658                [PLAPACK_INCLUDE=""]
     1659        )
     1660
     1661        if test -n "${PLAPACK_LIB}"; then
     1662                if test -n "${PLAPACK_INCLUDE}"; then
    15631663                        HAVE_PLAPACK=yes
    1564                         PLAPACKINCL="$PLAPACK_INCLUDE"
    1565                         PLAPACKLIB="$PLAPACK_LIB"
    1566                         AC_DEFINE([_HAVE_PLAPACK_],[1],[with Plapack in ISSM src])
     1664                        PLAPACKINCL="${PLAPACK_INCLUDE}"
     1665                        PLAPACKLIB="${PLAPACK_LIB}"
     1666                        AC_DEFINE([_HAVE_PLAPACK_], [1], [with PlaLAPACK in ISSM src])
    15671667                        AC_SUBST([PLAPACKINCL])
    15681668                        AC_SUBST([PLAPACKLIB])
    … …  
    15701670                        HAVE_PLAPACK=no
    15711671                fi
    1572         else
     1672        elses
    15731673                HAVE_PLAPACK=no
    15741674        fi
    1575         AC_MSG_RESULT($HAVE_PLAPACK)
    1576         dnl }}}
    1577         dnl mumps{{{
    1578         AC_ARG_WITH([mumps-dir],
    1579           AS_HELP_STRING([--with-mumps-dir=DIR],[mumps root directory]),
    1580           [MUMPS_ROOT=$withval],[MUMPS_ROOT="no"])
    1581 
    1582         dnl Check whether mumps is enabled
    1583         AC_MSG_CHECKING([for mumps])
    1584         if test "x$MUMPS_ROOT" = "xno" ; then
     1675        AC_MSG_RESULT([${HAVE_PLAPACK}])
     1676        dnl }}}
     1677        dnl MUMPS{{{
     1678        AC_ARG_WITH(
     1679                [mumps-dir],
     1680                AS_HELP_STRING([--with-mumps-dir=DIR], [MUMPS root directory]),
     1681                [MUMPS_ROOT=${withval}],
     1682                [MUMPS_ROOT="no"]
     1683        )
     1684        AC_MSG_CHECKING([for MUMPS])
     1685        if test "x${MUMPS_ROOT}" == "xno"; then
    15851686                HAVE_MUMPS=no
    15861687        else
    15871688                HAVE_MUMPS=yes
    1588                 if ! test -d "$MUMPS_ROOT"; then
    1589                         AC_MSG_ERROR([mumps directory provided ($MUMPS_ROOT) does not exist]);
    1590                 fi
    1591         fi
    1592         AC_MSG_RESULT($HAVE_MUMPS)
    1593 
    1594         dnl mumps headers and libraries
    1595         if test "x$HAVE_MUMPS" == "xyes"; then
    1596                 MUMPSINCL=-I"$MUMPS_ROOT/include"
    1597                 if test "$PETSC_MAJOR" = "2" ; then
    1598                         MUMPSLIB=-L"$MUMPS_ROOT/lib "
     1689                if ! test -d "${MUMPS_ROOT}"; then
     1690                        AC_MSG_ERROR([MUMPS directory provided (${MUMPS_ROOT}) does not exist!]);
     1691                fi
     1692        fi
     1693        AC_MSG_RESULT([${HAVE_MUMPS}])
     1694
     1695        dnl MUMPS libraries and header files
     1696        if test "x${HAVE_MUMPS}" == "xyes"; then
     1697                MUMPSINCL="-I${MUMPS_ROOT}/include"
     1698                if test "x${MUMPS_ROOT}" == "x${PETSC_ROOT}"; then
     1699                        if test "x${PETSC_MAJOR}" == "x2"; then
     1700                                MUMPSLIB="-L${MUMPS_ROOT}/lib "
     1701                        else
     1702                                MUMPSLIB="-L${MUMPS_ROOT}/lib -ldmumps -lcmumps -lmumps_common -lpord -lparmetis -lzmumps -lmetis"
     1703                        fi
    15991704                else
    1600                         MUMPSLIB=-L"$MUMPS_ROOT/lib -ldmumps -lcmumps  -lmumps_common -lpord -lparmetis -lzmumps -lmetis"
    1601                         dnl MUMPSLIB=-L"$MUMPS_ROOT/lib "
    1602                 fi
    1603                 AC_DEFINE([_HAVE_MUMPS_],[1],[with Mumps in ISSM src])
     1705                        MUMPSLIB="-L${MUMPS_ROOT}/lib -ldmumps -lmumps_common -lpord"
     1706                fi
     1707                AC_DEFINE([_HAVE_MUMPS_], [1], [with MUMPS in ISSM src])
    16041708                AC_SUBST([MUMPSINCL])
    16051709                AC_SUBST([MUMPSLIB])
    16061710        fi
    1607         AM_CONDITIONAL([MUMPS], [test x$HAVE_MUMPS = xyes])
    1608         dnl }}}
    1609         dnl mumps2{{{
    1610         if test "x$HAVE_MUMPS" != "xyes"; then
    1611         AC_MSG_CHECKING(for mumps2 (stand alone))
    1612 
    1613         AC_ARG_WITH([mumps2-include],
    1614           AS_HELP_STRING([--with-mumps2-include=DIR],[mumps2 include directory, necessary for parallel build]),
    1615           [MUMPS_INCLUDE=$withval],[MUMPS_INCLUDE=""])
    1616 
    1617         AC_ARG_WITH([mumps2-libflags],
    1618           AS_HELP_STRING([--with-mumps2-libflags=LIBS],[mumps2 libraries to be used, necessary for parallel build]),
    1619           [MUMPS_LIBFLAGS=$withval],[MUMPS_LIBFLAGS=""])
    1620 
    1621 
    1622         if test -z "$MUMPS_INCLUDE" ; then
    1623                 HAVE_MUMPS=no
    1624         else
    1625                 HAVE_MUMPS=yes
    1626 
    1627                 if test -z "$MUMPS_LIBDIR"; then
    1628                         MUMPSINCL=-I"$MUMPS_INCLUDE"
    1629                         MUMPSLIB="$MUMPS_LIBFLAGS"
     1711        AM_CONDITIONAL([MUMPS], [test "x${HAVE_MUMPS}" == "xyes"])
     1712        dnl }}}
     1713        dnl MUMPS2{{{
     1714        if test "x${HAVE_MUMPS}" != "xyes"; then
     1715                AC_MSG_CHECKING(for MUMPS2 (standalone))
     1716                AC_ARG_WITH(
     1717                        [mumps2-include],
     1718                        AS_HELP_STRING([--with-mumps2-include=DIR], [MUMPS2 include directory, necessary for parallel build]),
     1719                        [MUMPS_INCLUDE=${withval}],
     1720                        [MUMPS_INCLUDE=""]
     1721                )
     1722                AC_ARG_WITH(
     1723                        [mumps2-libflags],
     1724                        AS_HELP_STRING([--with-mumps2-libflags=LIBS], [MUMPS2 libraries to be used, necessary for parallel build]),
     1725                        [MUMPS_LIBFLAGS=${withval}],
     1726                        [MUMPS_LIBFLAGS=""]
     1727                )
     1728                if test -z "${MUMPS_INCLUDE}"; then
     1729                        HAVE_MUMPS=no
    16301730                else
    1631                         MUMPSINCL=-I"$MUMPS_INCLUDE"
    1632                         MUMPSLIB="-L$MUMPS_LIBDIR $MUMPS_LIBFLAGS"
    1633                 fi
    1634                 AC_DEFINE([_HAVE_MUMPS_],[1],[with MUMPS])
    1635                 AC_SUBST([MUMPSINCL])
    1636                 AC_SUBST([MUMPSLIB])
    1637         fi
    1638         AM_CONDITIONAL([MUMPS], [test x$HAVE_MUMPS = xyes])
    1639         AC_MSG_RESULT($HAVE_MUMPS)
    1640 
    1641         fi
    1642         dnl }}}
    1643         dnl blacs{{{
    1644         AC_ARG_WITH([blacs-dir],
    1645                 AS_HELP_STRING([--with-blacs-dir=DIR],[blacs root directory]),
    1646                           [BLACS_ROOT=$withval],[BLACS_ROOT="no"])
    1647 
    1648         dnl Check whether blacs is enabled
    1649         AC_MSG_CHECKING([for blacs])
    1650         if test "x$BLACS_ROOT" = "xno" ; then
     1731                        HAVE_MUMPS=yes
     1732
     1733                        if test -z "${MUMPS_LIBDIR}"; then
     1734                                MUMPSINCL="-I${MUMPS_INCLUDE}"
     1735                                MUMPSLIB="${MUMPS_LIBFLAGS}"
     1736                        else
     1737                                MUMPSINCL="-I${MUMPS_INCLUDE}"
     1738                                MUMPSLIB="-L${MUMPS_LIBDIR} ${MUMPS_LIBFLAGS}"
     1739                        fi
     1740                        AC_DEFINE([_HAVE_MUMPS_], [1], [with MUMPS])
     1741                        AC_SUBST([MUMPSINCL])
     1742                        AC_SUBST([MUMPSLIB])
     1743                fi
     1744                AM_CONDITIONAL([MUMPS], [test "x${HAVE_MUMPS}" == "xyes"])
     1745                AC_MSG_RESULT([${HAVE_MUMPS}])
     1746        fi
     1747        dnl }}}
     1748        dnl BLACS{{{
     1749        AC_ARG_WITH(
     1750                [blacs-dir],
     1751                AS_HELP_STRING([--with-blacs-dir=DIR], [BLACS root directory]),
     1752                [BLACS_ROOT=${withval}],
     1753                [BLACS_ROOT="no"]
     1754        )
     1755        AC_MSG_CHECKING([for BLACS])
     1756        if test "x${BLACS_ROOT}" == "xno"; then
    16511757                HAVE_BLACS=no
    16521758        else
    16531759                HAVE_BLACS=yes
    1654                 if ! test -d "$BLACS_ROOT"; then
    1655                         AC_MSG_ERROR([blacs directory provided ($BLACS_ROOT) does not exist]);
    1656                 fi
    1657         fi
    1658         AC_MSG_RESULT($HAVE_BLACS)
    1659 
    1660         dnl blacs headers and libraries
    1661         if test "x$HAVE_BLACS" == "xyes"; then
     1760                if ! test -d "${BLACS_ROOT}"; then
     1761                        AC_MSG_ERROR([BLACS directory provided (${BLACS_ROOT}) does not exist!]);
     1762                fi
     1763        fi
     1764        AC_MSG_RESULT([${HAVE_BLACS}])
     1765
     1766        dnl BLACS libraries and header files
     1767        if test "x${HAVE_BLACS}" == "xyes"; then
    16621768                BLACSINCL=""
    1663                 BLACSLIB=-L"$BLACS_ROOT/ -lblacs"
    1664                 AC_DEFINE([_HAVE_BLACS_],[1],[with Blacs in ISSM src])
     1769                BLACSLIB="-L${BLACS_ROOT} -lblacs"
     1770                AC_DEFINE([_HAVE_BLACS_], [1], [with BLACS in ISSM src])
    16651771                AC_SUBST([BLACSINCL])
    16661772                AC_SUBST([BLACSLIB])
    16671773        fi
    16681774        dnl }}}
    1669         dnl hypre{{{
    1670         AC_ARG_WITH([hypre-dir],
    1671           AS_HELP_STRING([--with-hypre-dir=DIR],[hypre root directory]),
    1672                           [HYPRE_ROOT=$withval],[HYPRE_ROOT="no"])
    1673 
    1674         dnl Check whether hypre is enabled
    1675         AC_MSG_CHECKING([for hypre])
    1676         if test "x$HYPRE_ROOT" = "xno" ; then
     1775        dnl HYPRE{{{
     1776        AC_ARG_WITH(
     1777                [hypre-dir],
     1778                AS_HELP_STRING([--with-hypre-dir=DIR], [HYPRE root directory]),
     1779                [HYPRE_ROOT=${withval}],
     1780                [HYPRE_ROOT="no"]
     1781        )
     1782        AC_MSG_CHECKING([for HYPRE])
     1783        if test "x${HYPRE_ROOT}" == "xno"; then
    16771784                HAVE_HYPRE=no
    16781785        else
    16791786                HAVE_HYPRE=yes
    1680                 if ! test -d "$HYPRE_ROOT"; then
    1681                         AC_MSG_ERROR([hypre directory provided ($HYPRE_ROOT) does not exist]);
    1682                 fi
    1683         fi
    1684         AC_MSG_RESULT($HAVE_HYPRE)
    1685 
    1686         dnl hypre headers and libraries
    1687         if test "x$HAVE_HYPRE" == "xyes"; then
     1787                if ! test -d "${HYPRE_ROOT}"; then
     1788                        AC_MSG_ERROR([HYPRE directory provided (${HYPRE_ROOT}) does not exist!]);
     1789                fi
     1790        fi
     1791        AC_MSG_RESULT([${HAVE_HYPRE}])
     1792
     1793        dnl HYPRE libraries and header files
     1794        if test "x${HAVE_HYPRE}" == "xyes"; then
    16881795                HYPREINCL=""
    1689                 HYPRELIB=-L"$HYPRE_ROOT/lib -lHYPRE"
    1690                 AC_DEFINE([_HAVE_HYPRE_],[1],[with Hypre in ISSM src])
     1796                HYPRELIB="-L${HYPRE_ROOT}/lib -lHYPRE"
     1797                AC_DEFINE([_HAVE_HYPRE_], [1], [with HYPRE in ISSM src])
    16911798                AC_SUBST([HYPREINCL])
    16921799                AC_SUBST([HYPRELIB])
    16931800        fi
    16941801        dnl }}}
    1695         dnl prometheus{{{
    1696         AC_ARG_WITH([prometheus-dir],
    1697                                 AS_HELP_STRING([--with-prometheus-dir=DIR],[prometheus root directory]),
    1698                                 [PROMETHEUS_ROOT=$withval],[PROMETHEUS_ROOT="no"])
    1699 
    1700                 dnl Check whether prometheus is enabled
    1701                 AC_MSG_CHECKING([for prometheus])
    1702                 if test "x$PROMETHEUS_ROOT" = "xno" ; then
    1703                         HAVE_PROMETHEUS=no
    1704                 else
    1705                         HAVE_PROMETHEUS=yes
    1706                         if ! test -d "$PROMETHEUS_ROOT"; then
    1707                                 AC_MSG_ERROR([prometheus directory provided ($PROMETHEUS_ROOT) does not exist]);
    1708                         fi
    1709                 fi
    1710                 AC_MSG_RESULT($HAVE_PROMETHEUS)
    1711 
    1712                 dnl prometheus headers and libraries
    1713                 if test "x$HAVE_PROMETHEUS" == "xyes"; then
    1714                          PROMETHEUSINCL=-I"$PROMETHEUS_ROOT/include"
    1715                          PROMETHEUSLIB=-L"$PROMETHEUS_ROOT/lib -lpromfei -lprometheus -lparmetis"
    1716                          AC_DEFINE([_HAVE_PROMETHEUS_],[1],[with Prometheus in ISSM src])
    1717                          AC_SUBST([PROMETHEUSINCL])
    1718                          AC_SUBST([PROMETHEUSLIB])
    1719            fi
    1720                 dnl }}}
    1721         dnl semic{{{
    1722         AC_ARG_WITH([semic-dir],
    1723                 AS_HELP_STRING([--with-semic-dir=DIR], [Semic root directory.]),
    1724                 [SEMIC_ROOT=$withval],[SEMIC_ROOT="no"])
    1725 
    1726         dnl Check whether semic is enabled
    1727         AC_MSG_CHECKING([for semic])
    1728         if test "x$SEMIC_ROOT" = "xno" ; then
     1802        dnl Prometheus{{{
     1803        AC_ARG_WITH(
     1804                [prometheus-dir],
     1805                AS_HELP_STRING([--with-prometheus-dir=DIR], [Prometheus root directory]),
     1806                [PROMETHEUS_ROOT=${withval}],
     1807                [PROMETHEUS_ROOT="no"]
     1808        )
     1809        AC_MSG_CHECKING([for Prometheus])
     1810        if test "x${PROMETHEUS_ROOT}" == "xno"; then
     1811                HAVE_PROMETHEUS=no
     1812        else
     1813                HAVE_PROMETHEUS=yes
     1814                if ! test -d "${PROMETHEUS_ROOT}"; then
     1815                        AC_MSG_ERROR([Prometheus directory provided (${PROMETHEUS_ROOT}) does not exist!]);
     1816                fi
     1817        fi
     1818        AC_MSG_RESULT([${HAVE_PROMETHEUS}])
     1819
     1820        dnl Prometheus libraries and header files
     1821        if test "x${HAVE_PROMETHEUS}" == "xyes"; then
     1822                PROMETHEUSINCL="-I${PROMETHEUS_ROOT}/include"
     1823                PROMETHEUSLIB="-L${PROMETHEUS_ROOT}/lib -lpromfei -lprometheus -lparmetis"
     1824                AC_DEFINE([_HAVE_PROMETHEUS_], [1], [with Prometheus in ISSM src])
     1825                AC_SUBST([PROMETHEUSINCL])
     1826                AC_SUBST([PROMETHEUSLIB])
     1827        fi
     1828        dnl }}}
     1829        dnl SEMIC{{{
     1830        AC_ARG_WITH(
     1831                [semic-dir],
     1832                AS_HELP_STRING([--with-semic-dir=DIR], [SEMIC root directory]),
     1833                [SEMIC_ROOT=${withval}],
     1834                [SEMIC_ROOT="no"]
     1835        )
     1836        AC_MSG_CHECKING([for SEMIC])
     1837        if test "x${SEMIC_ROOT}" == "xno"; then
    17291838                HAVE_SEMIC=no
    17301839        else
    17311840                HAVE_SEMIC=yes
    1732                 if ! test -d "$SEMIC_ROOT"; then
    1733                         AC_MSG_ERROR([semic directory provided ($SEMIC_ROOT) does not exist]);
    1734                 fi
    1735         fi
    1736         AC_MSG_RESULT($HAVE_SEMIC)
    1737 
    1738         dnl semic headers and libraries
    1739         if test "x$HAVE_SEMIC" == "xyes"; then
    1740                 SEMICINCL="-I$SEMIC_ROOT/"
    1741                 AC_DEFINE([_HAVE_SEMIC_],[1],[with semic in ISSM src])
    1742                 SEMICLIB="$SEMIC_ROOT/libsurface_physics.a $SEMIC_ROOT/libutils.a"
     1841                if ! test -d "${SEMIC_ROOT}"; then
     1842                        AC_MSG_ERROR([SEMIC directory provided (${SEMIC_ROOT}) does not exist!]);
     1843                fi
     1844        fi
     1845        AC_MSG_RESULT([${HAVE_SEMIC}])
     1846
     1847        dnl SEMIC libraries and header files
     1848        if test "x${HAVE_SEMIC}" == "xyes"; then
     1849                SEMICINCL="-I${SEMIC_ROOT}"
     1850                AC_DEFINE([_HAVE_SEMIC_], [1], [with SEMIC in ISSM src])
     1851                SEMICLIB="-L${SEMIC_ROOT} -lsurface_physics -lutils"
    17431852                AC_SUBST([SEMICLIB])
    17441853                AC_SUBST([SEMICINCL])
    17451854        fi
    1746         AM_CONDITIONAL([SEMIC],[test x$HAVE_SEMIC = xyes])
    1747         dnl }}}
    1748 dnl spai{{{
    1749         AC_ARG_WITH([spai-dir],
    1750                                 AS_HELP_STRING([--with-spai-dir=DIR],[spai root directory]),
    1751                                 [SPAI_ROOT=$withval],[SPAI_ROOT="no"])
    1752 
    1753                 dnl Check whether spai is enabled
    1754                 AC_MSG_CHECKING([for spai])
    1755                 if test "x$SPAI_ROOT" = "xno" ; then
    1756                         HAVE_SPAI=no
    1757                 else
    1758                         HAVE_SPAI=yes
    1759                         if ! test -d "$SPAI_ROOT"; then
    1760                                 AC_MSG_ERROR([spai directory provided ($SPAI_ROOT) does not exist]);
    1761                         fi
    1762                 fi
    1763                 AC_MSG_RESULT($HAVE_SPAI)
    1764 
    1765                 dnl spai headers and libraries
    1766                 if test "x$HAVE_SPAI" == "xyes"; then
    1767                         SPAIINCL=-I"$SPAI_ROOT/include"
    1768                         SPAILIB=-L"$SPAI_ROOT/lib -lspai"
    1769                         AC_DEFINE([_HAVE_SPAI_],[1],[with Spai in ISSM src])
    1770                         AC_SUBST([SPAIINCL])
    1771                         AC_SUBST([SPAILIB])
    1772                 fi
    1773           dnl }}}
    1774 dnl superlu{{{
    1775         AC_ARG_WITH([superlu-dir],
    1776                                 AS_HELP_STRING([--with-superlu-dir=DIR],[superlu root directory]),
    1777                                 [SUPERLU_ROOT=$withval],[SUPERLU_ROOT="no"])
    1778 
    1779         dnl Check whether superlu is enabled
    1780         AC_MSG_CHECKING([for superlu])
    1781         if test "x$SUPERLU_ROOT" = "xno" ; then
     1855        AM_CONDITIONAL([SEMIC], [test "x${HAVE_SEMIC}" == "xyes"])
     1856        dnl }}}
     1857        dnl SPAI{{{
     1858        AC_ARG_WITH(
     1859                [spai-dir],
     1860                AS_HELP_STRING([--with-spai-dir=DIR], [SPAI root directory]),
     1861                [SPAI_ROOT=${withval}],
     1862                [SPAI_ROOT="no"]
     1863        )
     1864        AC_MSG_CHECKING([for SPAI])
     1865        if test "x${SPAI_ROOT}" == "xno"; then
     1866                HAVE_SPAI=no
     1867        else
     1868                HAVE_SPAI=yes
     1869                if ! test -d "${SPAI_ROOT}"; then
     1870                        AC_MSG_ERROR([SPAI directory provided (${SPAI_ROOT}) does not exist!]);
     1871                fi
     1872        fi
     1873        AC_MSG_RESULT([${HAVE_SPAI}])
     1874
     1875        dnl SPAI libraries and header files
     1876        if test "x${HAVE_SPAI}" == "xyes"; then
     1877                SPAIINCL="-I${SPAI_ROOT}/include"
     1878                SPAILIB="-L${SPAI_ROOT}/lib -lspai"
     1879                AC_DEFINE([_HAVE_SPAI_], [1], [with SPAI in ISSM src])
     1880                AC_SUBST([SPAIINCL])
     1881                AC_SUBST([SPAILIB])
     1882        fi
     1883        dnl }}}
     1884        dnl SuperLU{{{
     1885        AC_ARG_WITH(
     1886                [superlu-dir],
     1887                AS_HELP_STRING([--with-superlu-dir=DIR], [SuperLU root directory]),
     1888                [SUPERLU_ROOT=${withval}],
     1889                [SUPERLU_ROOT="no"]
     1890        )
     1891        AC_MSG_CHECKING([for SuperLU])
     1892        if test "x${SUPERLU_ROOT}" == "xno"; then
    17821893                HAVE_SUPERLU=no
    17831894        else
    17841895                HAVE_SUPERLU=yes
    1785                 if ! test -d "$SUPERLU_ROOT"; then
    1786                         AC_MSG_ERROR([superlu directory provided ($SUPERLU_ROOT) does not exist]);
    1787                 fi
    1788         fi
    1789         AC_MSG_RESULT($HAVE_SUPERLU)
    1790 
    1791         dnl superlu headers and libraries
    1792         if test "x$HAVE_SUPERLU" == "xyes"; then
    1793                   SUPERLUINCL=-I"$SUPERLU_ROOT/include"
    1794                   SUPERLULIB=-L"$SUPERLU_ROOT/lib -lsuperlu_dist"
    1795                   AC_DEFINE([_HAVE_SUPERLU_],[1],[with Superlu in ISSM src])
    1796                   AC_SUBST([SUPERLUINCL])
    1797                   AC_SUBST([SUPERLULIB])
    1798          fi
    1799          dnl }}}
    1800 dnl spooles{{{
    1801         AC_ARG_WITH([spooles-dir],
    1802                                 AS_HELP_STRING([--with-spooles-dir=DIR],[spooles root directory]),
    1803                                 [SPOOLES_ROOT=$withval],[SPOOLES_ROOT="no"])
    1804 
    1805         dnl Check whether spooles is enabled
    1806         AC_MSG_CHECKING([for spooles])
    1807         if test "x$SPOOLES_ROOT" = "xno" ; then
     1896                if ! test -d "${SUPERLU_ROOT}"; then
     1897                        AC_MSG_ERROR([SuperLU directory provided (${SUPERLU_ROOT}) does not exist!]);
     1898                fi
     1899        fi
     1900        AC_MSG_RESULT([${HAVE_SUPERLU}])
     1901
     1902        dnl SuperLU libraries and header files
     1903        if test "x${HAVE_SUPERLU}" == "xyes"; then
     1904                SUPERLUINCL="-I${SUPERLU_ROOT}/include"
     1905                SUPERLULIB="-L${SUPERLU_ROOT}/lib -lsuperlu_dist"
     1906                AC_DEFINE([_HAVE_SUPERLU_], [1], [with SuperLU in ISSM src])
     1907                AC_SUBST([SUPERLUINCL])
     1908                AC_SUBST([SUPERLULIB])
     1909        fi
     1910        dnl }}}
     1911        dnl SPOOLES{{{
     1912        AC_ARG_WITH(
     1913                [spooles-dir],
     1914                AS_HELP_STRING([--with-spooles-dir=DIR], [SPOOLES root directory]),
     1915                [SPOOLES_ROOT=${withval}],
     1916                [SPOOLES_ROOT="no"]
     1917        )
     1918        AC_MSG_CHECKING([for SPOOLES])
     1919        if test "x${SPOOLES_ROOT}" == "xno"; then
    18081920                HAVE_SPOOLES=no
    18091921        else
    18101922                HAVE_SPOOLES=yes
    1811                 if ! test -d "$SPOOLES_ROOT"; then
    1812                         AC_MSG_ERROR([spooles directory provided ($SPOOLES_ROOT) does not exist]);
    1813                 fi
    1814         fi
    1815         AC_MSG_RESULT($HAVE_SPOOLES)
    1816 
    1817         dnl spooles headers and libraries
    1818         if test "x$HAVE_SPOOLES" == "xyes"; then
    1819                   SPOOLESINCL=-I"$SPOOLES_ROOT/include"
    1820                   SPOOLESLIB=-L"$SPOOLES_ROOT/lib -lspooles"
    1821                   AC_DEFINE([_HAVE_SPOOLES_],[1],[with Spooles in ISSM src])
    1822                   AC_SUBST([SPOOLESINCL])
    1823                   AC_SUBST([SPOOLESLIB])
    1824          fi
    1825          dnl }}}
    1826 dnl pastix{{{
    1827         AC_ARG_WITH([pastix-dir],
    1828                                 AS_HELP_STRING([--with-pastix-dir=DIR],[pastix root directory]),
    1829                                 [PASTIX_ROOT=$withval],[PASTIX_ROOT="no"])
    1830 
    1831         dnl Check whether pastix is enabled
    1832         AC_MSG_CHECKING([for pastix])
    1833         if test "x$PASTIX_ROOT" = "xno" ; then
     1923                if ! test -d "${SPOOLES_ROOT}"; then
     1924                        AC_MSG_ERROR([SPOOLES directory provided (${SPOOLES_ROOT}) does not exist!]);
     1925                fi
     1926        fi
     1927        AC_MSG_RESULT([${HAVE_SPOOLES}])
     1928
     1929        dnl SPOOLES libraries and header files
     1930        if test "x${HAVE_SPOOLES}" == "xyes"; then
     1931                SPOOLESINCL="-I${SPOOLES_ROOT}/include"
     1932                SPOOLESLIB="-L${SPOOLES_ROOT}/lib -lspooles"
     1933                AC_DEFINE([_HAVE_SPOOLES_], [1], [with SPOOLES in ISSM src])
     1934                AC_SUBST([SPOOLESINCL])
     1935                AC_SUBST([SPOOLESLIB])
     1936        fi
     1937        dnl }}}
     1938        dnl PaStiX{{{
     1939        AC_ARG_WITH(
     1940                [pastix-dir],
     1941                AS_HELP_STRING([--with-pastix-dir=DIR], [PaStiX root directory]),
     1942                [PASTIX_ROOT=${withval}],
     1943                [PASTIX_ROOT="no"]
     1944        )
     1945        AC_MSG_CHECKING([for PaStiX])
     1946        if test "x${PASTIX_ROOT}" == "xno"; then
    18341947                HAVE_PASTIX=no
    18351948        else
    18361949                HAVE_PASTIX=yes
    1837                 if ! test -d "$PASTIX_ROOT"; then
    1838                         AC_MSG_ERROR([pastix directory provided ($PASTIX_ROOT) does not exist]);
    1839                 fi
    1840         fi
    1841         AC_MSG_RESULT($HAVE_PASTIX)
    1842 
    1843         dnl pastix headers and libraries
    1844         if test "x$HAVE_PASTIX" == "xyes"; then
    1845                   PASTIXINCL=-I"$PASTIX_ROOT/include"
    1846                   PASTIXLIB=-L"$PASTIX_ROOT/lib -lpastix_XXbit_mpi_smp_nobubble_int32_simple_real_scotch_i686_pc_linux -lptscotch -lptscotcherr -lpastix"
    1847                   AC_DEFINE([_HAVE_PASTIX_],[1],[with Pastix in ISSM src])
    1848                   AC_SUBST([PASTIXINCL])
    1849                   AC_SUBST([PASTIXLIB])
    1850   fi
    1851   dnl }}}
     1950                if ! test -d "${PASTIX_ROOT}"; then
     1951                        AC_MSG_ERROR([PaStiX directory provided (${PASTIX_ROOT}) does not exist!]);
     1952                fi
     1953        fi
     1954        AC_MSG_RESULT([${HAVE_PASTIX}])
     1955
     1956        dnl PaStiX libraries and header files
     1957        if test "x${HAVE_PASTIX}" == "xyes"; then
     1958                PASTIXINCL="-I${PASTIX_ROOT}/include"
     1959                PASTIXLIB="-L${PASTIX_ROOT}/lib -lpastix_XXbit_mpi_smp_nobubble_int32_simple_real_scotch_i686_pc_linux -lptscotch -lptscotcherr -lpastix"
     1960                AC_DEFINE([_HAVE_PASTIX_], [1], [with PaStiX in ISSM src])
     1961                AC_SUBST([PASTIXINCL])
     1962                AC_SUBST([PASTIXLIB])
     1963        fi
     1964        dnl }}}
     1965        dnl }}}
    18521966        dnl ml{{{
    1853         AC_ARG_WITH([ml-dir],
    1854           AS_HELP_STRING([--with-ml-dir=DIR],[ml root directory]),
    1855                           [ML_ROOT=$withval],[ML_ROOT="no"])
    1856 
    1857         dnl Check whether ml is enabled
     1967        AC_ARG_WITH(
     1968                [ml-dir],
     1969                AS_HELP_STRING([--with-ml-dir=DIR],[ml root directory]),
     1970                [ML_ROOT=$withval],
     1971                [ML_ROOT="no"]
     1972        )
    18581973        AC_MSG_CHECKING([for ml])
    1859         if test "x$ML_ROOT" = "xno" ; then
     1974        if test "x${ML_ROOT}" == "xno"; then
    18601975                HAVE_ML=no
    18611976        else
    18621977                HAVE_ML=yes
    1863                 if ! test -d "$ML_ROOT"; then
    1864                         AC_MSG_ERROR([ml directory provided ($ML_ROOT) does not exist]);
    1865                 fi
    1866         fi
    1867         AC_MSG_RESULT($HAVE_ML)
    1868 
    1869         dnl ml headers and libraries
    1870         if test "x$HAVE_ML" == "xyes"; then
    1871                 MLINCL=-I"$ML_ROOT/include"
    1872                 MLLIB=-L"$ML_ROOT/lib -lml"
    1873                 AC_DEFINE([_HAVE_ML_],[1],[with Blacs in ISSM src])
     1978                if ! test -d "${ML_ROOT}"; then
     1979                        AC_MSG_ERROR([ml directory provided (${ML_ROOT}) does not exist!]);
     1980                fi
     1981        fi
     1982        AC_MSG_RESULT([${HAVE_ML}])
     1983
     1984        dnl ml libraries and header files
     1985        if test "x${HAVE_ML}" == "xyes"; then
     1986                MLINCL=-I"${ML_ROOT}/include"
     1987                MLLIB=-L"${ML_ROOT}/lib -lml"
     1988                AC_DEFINE([_HAVE_ML_], [1], [with ml in ISSM src])
    18741989                AC_SUBST([MLINCL])
    18751990                AC_SUBST([MLLIB])
    18761991        fi
    18771992        dnl }}}
    1878         dnl umfpack{{{
    1879                 AC_ARG_WITH([umfpack-dir],
    1880                   AS_HELP_STRING([--with-umfpack-dir=DIR],[UMFPACK root directory]),
    1881                                         [UMFPACK_ROOT=$withval],[UMFPACK_ROOT="no"])
    1882 
    1883         dnl Check whether umfpack is enabled
    1884         AC_MSG_CHECKING([for umfpack])
    1885         if test "x$UMFPACK_ROOT" = "xno" ; then
     1993        dnl UMFPACK{{{
     1994        AC_ARG_WITH(
     1995                [umfpack-dir],
     1996                AS_HELP_STRING([--with-umfpack-dir=DIR], [UMFPACK root directory]),
     1997                [UMFPACK_ROOT=${withval}],
     1998                [UMFPACK_ROOT="no"]
     1999        )
     2000        AC_MSG_CHECKING([for UMFPACK])
     2001        if test "x${UMFPACK_ROOT}" == "xno"; then
    18862002                HAVE_UMFPACK=no
    18872003        else
    18882004                HAVE_UMFPACK=yes
    1889                 if ! test -d "$UMFPACK_ROOT"; then
    1890                         AC_MSG_ERROR([umfpack directory provided ($UMFPACK_ROOT) does not exist]);
    1891                 fi
    1892         fi
    1893         AC_MSG_RESULT($HAVE_UMFPACK)
    1894 
    1895         dnl umfpack headers and libraries
    1896         if test "x$HAVE_UMFPACK" == "xyes"; then
     2005                if ! test -d "${UMFPACK_ROOT}"; then
     2006                        AC_MSG_ERROR([UMFPACK directory provided (${UMFPACK_ROOT}) does not exist!]);
     2007                fi
     2008        fi
     2009        AC_MSG_RESULT([${HAVE_UMFPACK}])
     2010
     2011        dnl UMFPACK libraries and header files
     2012        if test "x${HAVE_UMFPACK}" == "xyes"; then
    18972013                UMFPACKINCL=""
    1898                 UMFPACKLIB=-L"$UMFPACK_ROOT/lib -lumfpack -lumfpack.5.5.1"
    1899                 AC_DEFINE([_HAVE_UMFPACK_],[1],[with UMFPACK in ISSM src])
     2014                UMFPACKLIB="-L${UMFPACK_ROOT}/lib -lumfpack -lumfpack.5.5.1"
     2015                AC_DEFINE([_HAVE_UMFPACK_], [1], [with UMFPACK in ISSM src])
    19002016                AC_SUBST([UMFPACKINCL])
    19012017                AC_SUBST([UMFPACKLIB])
    19022018        fi
    19032019        dnl }}}
    1904 dnl math{{{
    1905         AC_MSG_CHECKING(for math library)
    1906         AC_ARG_WITH([math-lib],
    1907           AS_HELP_STRING([--with-math-lib = otions],[math options, for ex: "/usr/lib/libm.a]),
    1908           [MATH_LIB=$withval],[MATH_LIB=""])
    1909 
    1910         dnl check that --with-math-lib may have been provided
    1911         if test -n "$MATH_LIB" ; then
     2020        dnl libm (GNU math library){{{
     2021        AC_MSG_CHECKING(for libm)
     2022        AC_ARG_WITH(
     2023                [math-lib],
     2024                AS_HELP_STRING([--with-math-lib=LIB], [libm (GNU math library) to use]),
     2025                [MATH_LIB=${withval}],
     2026                [MATH_LIB=""]
     2027        )
     2028        if test -n "${MATH_LIB}"; then
    19122029                HAVE_MATH=yes
    1913                 MATHLIB="$MATH_LIB"
    1914                 AC_DEFINE([_HAVE_MATH_],[1],[with MATH in ISSM src])
     2030                MATHLIB="${MATH_LIB}"
     2031                AC_DEFINE([_HAVE_MATH_], [1], [with libm (GNU math library) in ISSM src])
    19152032                AC_SUBST([MATHLIB])
    19162033        fi
    1917         AC_MSG_RESULT(done)
    1918         dnl }}}
    1919         dnl math77{{{
    1920                 AC_ARG_WITH([math77-dir],
    1921                                         AS_HELP_STRING([--with-math77-dir=DIR], [math77 root directory.]),
    1922                                         [MATH77_ROOT=$withval],[MATH77_ROOT="no"])
    1923 
    1924         dnl Check whether math77 is enabled
    1925         AC_MSG_CHECKING([for math77])
    1926         if test "x$MATH77_ROOT" = "xno" ; then
     2034        AC_MSG_RESULT([done])
     2035        dnl }}}
     2036        dnl MATH77{{{
     2037        AC_ARG_WITH(
     2038                [math77-dir],
     2039                AS_HELP_STRING([--with-math77-dir=DIR], [MATH77 root directory]),
     2040                [MATH77_ROOT=${withval}],
     2041                [MATH77_ROOT="no"]
     2042        )
     2043        AC_MSG_CHECKING([for MATH77])
     2044        if test "x${MATH77_ROOT}" == "xno"; then
    19272045                HAVE_MATH77=no
    19282046        else
    19292047                HAVE_MATH77=yes
    1930                 if ! test -d "$MATH77_ROOT"; then
    1931                         AC_MSG_ERROR([math77 directory provided ($MATH77_ROOT) does not exist]);
    1932                 fi
    1933         fi
    1934         AC_MSG_RESULT($HAVE_MATH77)
    1935 
    1936         dnl math77 headers and libraries
    1937         if test "x$HAVE_MATH77" == "xyes"; then
    1938                 MATH77LIB="-L$MATH77_ROOT/ -lmath77"
    1939                 AC_DEFINE([_HAVE_MATH77_],[1],[with math77 in ISSM src])
     2048                if ! test -d "${MATH77_ROOT}"; then
     2049                        AC_MSG_ERROR([MATH77 directory provided (${MATH77_ROOT}) does not exist!]);
     2050                fi
     2051        fi
     2052        AC_MSG_RESULT([${HAVE_MATH77}])
     2053
     2054        dnl MATH77 libraries and header files
     2055        if test "x${HAVE_MATH77}" == "xyes"; then
     2056                MATH77LIB="-L${MATH77_ROOT} -lmath77"
     2057                AC_DEFINE([_HAVE_MATH77_], [1], [with MATH77 in ISSM src])
    19402058                AC_SUBST([MATH77LIB])
    1941    fi
    1942         dnl }}}
    1943         dnl fortran{{{
    1944         AC_ARG_WITH([fortran],
    1945                 AS_HELP_STRING([--with-fortran = YES], [do we compile fortran code (default is yes)]),
    1946                 [FORTRAN=$withval],[FORTRAN=yes])
    1947         AC_MSG_CHECKING(for fortran compilation)
    1948         if test "x$FORTRAN" = "xyes"; then
    1949                 dnl defaults
     2059        fi
     2060        dnl }}}
     2061        dnl Fortran{{{
     2062        AC_ARG_WITH(
     2063                [fortran],
     2064                AS_HELP_STRING([--with-fortran=YES], [do we compile Fortran code (default: yes)]),
     2065                [FORTRAN=${withval}],
     2066                [FORTRAN=yes]
     2067        )
     2068        AC_MSG_CHECKING(for Fortran compilation)
     2069        if test "x${FORTRAN}" == "xyes"; then
    19502070                HAVE_FORTRAN=yes
    1951                 AC_DEFINE([_HAVE_FORTRAN_],[1],[with fortran capability])
     2071                AC_DEFINE([_HAVE_FORTRAN_], [1], [with Fortran capability])
    19522072        else
    19532073                HAVE_FORTRAN=no
    19542074        fi
    1955         AM_CONDITIONAL([FORTRAN], [test x$FORTRAN = xyes])
    1956         AC_MSG_RESULT($FORTRAN)
    1957 
    1958         if test "x$FORTRAN" = "xyes"; then
    1959                 dnl fortran library  option
    1960                 AC_MSG_CHECKING(for fortran library)
    1961                 AC_ARG_WITH([fortran-lib],
    1962                   AS_HELP_STRING([--with-fortran-lib = options],[fortran options, for ex: "/usr/lib/gfortran.a]),
    1963                         [FORTRAN_LIB=$withval],[FORTRAN_LIB=""])
    1964 
    1965                 dnl check that --with-fortran-lib may have been provided
    1966                 if test -n "$FORTRAN_LIB" ; then
    1967                         dnl check that library provided EXISTS!
    1968                    FORTRAN_DIR=$(echo $FORTRAN_LIB | sed -e "s/-L//g" | awk '{print $[1]}')
    1969                         if test -d "$FORTRAN_DIR" || test -f "$FORTRAN_DIR"; then
    1970                                 FORTRANLIB="$FORTRAN_LIB"
    1971                                 AC_DEFINE([_HAVE_FORTRAN_],[1],[with FORTRAN in ISSM src])
     2075        AM_CONDITIONAL([FORTRAN], [test "x${FORTRAN}" == "xyes"])
     2076        AC_MSG_RESULT([${FORTRAN}])
     2077
     2078        if test "x${FORTRAN}" == "xyes"; then
     2079                dnl Fortran library
     2080                AC_MSG_CHECKING([for Fortran library])
     2081                AC_ARG_WITH(
     2082                        [fortran-lib],
     2083                        AS_HELP_STRING([--with-fortran-lib=LIB], [Fortran library to use (and, if needed, libraries on which it depends)]),
     2084                        [FORTRAN_LIB=${withval}],
     2085                        [FORTRAN_LIB=""]
     2086                )
     2087                if test -n "${FORTRAN_LIB}"; then
     2088                        FORTRAN_DIR=$(echo ${FORTRAN_LIB} | sed -e "s/-L//g" | awk '{print $[1]}')
     2089                        if test -d "${FORTRAN_DIR}" || test -f "${FORTRAN_DIR}"; then
     2090                                FORTRANLIB="${FORTRAN_LIB}"
     2091                                AC_DEFINE([_HAVE_FORTRAN_], [1], [with Fortran library in ISSM src])
    19722092                                AC_SUBST([FORTRANLIB])
    19732093                        else
    1974                          if test "x$HAVE_MPI" = "xyes"; then
    1975                                 FORTRANLIB=$(mpif77 -print-file-name="libgfortran.a")
    1976                                 if test -f "$FORTRANLIB"; then
    1977                                          AC_MSG_ERROR([fortran library provided ($FORTRAN_LIB) does not exist, MPI suggests the following library: $FORTRANLIB]);
    1978                                 fi
    1979                          fi
    1980                                 AC_MSG_ERROR([fortran library provided ($FORTRAN_LIB) does not exist!]);
     2094                                if test "x${HAVE_MPI}" == "xyes"; then
     2095                                        MPI_REC_FORTRAN_LIB=$(mpif77 -print-file-name="libgfortran.a")
     2096                                        if test -f "${FORTRANLIB}"; then
     2097                                                AC_MSG_ERROR([Fortran library provided (${FORTRAN_LIB}) does not exist! MPI suggests the following library: ${MPI_REC_FORTRAN_LIB}]);
     2098                                        fi
     2099                                fi
     2100                                AC_MSG_ERROR([Fortran library provided (${FORTRAN_LIB}) does not exist!]);
    19812101                        fi
    19822102                fi
    1983                 AC_MSG_RESULT(done)
    1984         fi
    1985         dnl }}}
    1986         dnl graphics{{{
    1987         AC_MSG_CHECKING(for graphics library)
    1988         AC_ARG_WITH([graphics-lib],
    1989           AS_HELP_STRING([--with-graphics-lib = options],[graphics options, for ex: "/usr/X11/lib/libX11.a]),
    1990           [GRAPHICS_LIB=$withval],[GRAPHICS_LIB=""])
    1991 
    1992         dnl check that --with-graphics-lib may have been provided
    1993         if test -n "$GRAPHICS_LIB" ; then
    1994                 dnl check that library provided EXISTS!
    1995                 GRAPHICS_DIR=$(echo $GRAPHICS_LIB | sed -e "s/-L//g" | awk '{print $[1]}')
    1996                 if test -d "$GRAPHICS_DIR" || test -f "$GRAPHICS_DIR"; then
     2103                AC_MSG_RESULT([done])
     2104        fi
     2105        dnl }}}
     2106        dnl Xlib (graphics library){{{
     2107        AC_MSG_CHECKING([for Xlib (graphics library)])
     2108        AC_ARG_WITH(
     2109                [graphics-lib],
     2110                AS_HELP_STRING([--with-graphics-lib=options], [Xlib (graphics library) to use]),
     2111                [GRAPHICS_LIB=${withval}],
     2112                [GRAPHICS_LIB=""]
     2113        )
     2114        if test -n "${GRAPHICS_LIB}"; then
     2115                GRAPHICS_DIR=$(echo ${GRAPHICS_LIB} | sed -e "s/-L//g" | awk '{print $[1]}')
     2116                if test -d "${GRAPHICS_DIR}" || test -f "${GRAPHICS_DIR}"; then
    19972117                        HAVE_GRAPHICS=yes
    1998                         GRAPHICSLIB="$GRAPHICS_LIB"
    1999                         AC_DEFINE([_HAVE_GRAPHICS_],[1],[with GRAPHICS in ISSM src])
     2118                        GRAPHICSLIB="${GRAPHICS_LIB}"
     2119                        AC_DEFINE([_HAVE_GRAPHICS_], [1], [with Xlib (graphics library) in ISSM src])
    20002120                        AC_SUBST([GRAPHICSLIB])
    20012121                else
    2002                         if test -f "$PETSC_ROOT/conf/petscvariables"; then
    2003                                 GRAPHICSLIB=$(cat $PETSC_ROOT/conf/petscvariables | grep X_LIB)
    2004                                 AC_MSG_ERROR([graphics library provided ($GRAPHICS_LIB) does not exist, PETSc suggests the following library: $GRAPHICSLIB]);
     2122                        if test -f "${PETSC_ROOT}/conf/petscvariables"; then
     2123                                PETSC_REC_GRAPHICS_LIB=$(cat ${PETSC_ROOT}/conf/petscvariables | grep X_LIB)
     2124                                AC_MSG_ERROR([Xlib (graphics library) provided (${GRAPHICS_LIB}) does not exist! PETSc suggests the following library: ${PETSC_REC_GRAPHICS_LIB}]);
    20052125                        fi
    2006                         AC_MSG_ERROR([graphics library provided ($GRAPHICS_LIB$) does not exist!]);
    2007                 fi
    2008         fi
    2009         AC_MSG_RESULT(done)
    2010         dnl }}}
    2011         dnl meteoio{{{
    2012         AC_ARG_WITH([meteoio-dir],
    2013           AS_HELP_STRING([--with-meteoio-dir=DIR], [use meteoio in conjunction with snowpack model.]),
    2014           [METEOIO_ROOT=$withval],[METEOIO_ROOT="no"])
    2015 
    2016         dnl Check whether meteoio is enabled
    2017         AC_MSG_CHECKING([for meteoio])
    2018         if test "x$METEOIO_ROOT" = "xno" ; then
     2126                        AC_MSG_ERROR([Xlib (graphics library) provided (${GRAPHICS_LIB}) does not exist!]);
     2127                fi
     2128        fi
     2129        AC_MSG_RESULT([done])
     2130        dnl }}}
     2131        dnl MeteoIO{{{
     2132        AC_ARG_WITH(
     2133                [meteoio-dir],
     2134                AS_HELP_STRING([--with-meteoio-dir=DIR], [use MeteoIO in conjunction with SNOWPACK model]),
     2135                [METEOIO_ROOT=${withval}],
     2136                [METEOIO_ROOT="no"]
     2137        )
     2138        AC_MSG_CHECKING([for MeteoIO])
     2139        if test "x${METEOIO_ROOT}" == "xno"; then
    20192140                HAVE_METEOIO=no
    20202141        else
    20212142                HAVE_METEOIO=yes
    2022                 if ! test -d "$METEOIO_ROOT"; then
    2023                         AC_MSG_ERROR([meteoio directory provided ($METEOIO_ROOT) does not exist]);
    2024                 fi
    2025         fi
    2026         AC_MSG_RESULT($HAVE_METEOIO)
    2027 
    2028         dnl meteoio headers and libraries
    2029         if test "x$HAVE_METEOIO" == "xyes"; then
    2030                 METEOIOINCL="-I$METEOIO_ROOT/include"
    2031                 METEOIOLIB="-dy -L$METEOIO_ROOT/lib  -lmeteoio "
    2032 
    2033                 AC_DEFINE([_HAVE_METEOIO_],[1],[with meteoio])
     2143                if ! test -d "${METEOIO_ROOT}"; then
     2144                        AC_MSG_ERROR([MeteoIO directory provided (${METEOIO_ROOT}) does not exist!]);
     2145                fi
     2146        fi
     2147        AC_MSG_RESULT([${HAVE_METEOIO}])
     2148
     2149        dnl MeteoIO libraries and header files
     2150        if test "x${HAVE_METEOIO}" == "xyes"; then
     2151                METEOIOINCL="-I${METEOIO_ROOT}/include"
     2152                METEOIOLIB="-dy -L${METEOIO_ROOT}/lib -lmeteoio"
     2153
     2154                AC_DEFINE([_HAVE_METEOIO_], [1], [with MeteoIO])
    20342155                AC_SUBST([METEOIOINCL])
    20352156                AC_SUBST([METEOIOLIB])
    20362157        fi
    2037         AM_CONDITIONAL([METEOIO], [test x$HAVE_METEOIO = xyes])
    2038         dnl }}}
    2039         dnl snowpack{{{
    2040         AC_ARG_WITH([snowpack-dir],
    2041           AS_HELP_STRING([--with-snowpack-dir=DIR], [use snowpack for surface mass balance model.]),
    2042           [SNOWPACK_ROOT=$withval],[SNOWPACK_ROOT="no"])
    2043 
    2044         dnl Check whether snowpack is enabled
    2045         AC_MSG_CHECKING([for snowpack])
    2046         if test "x$SNOWPACK_ROOT" = "xno" ; then
     2158        AM_CONDITIONAL([METEOIO], [test "x${HAVE_METEOIO}" == "xyes"])
     2159        dnl }}}
     2160        dnl SNOWPACK{{{
     2161        AC_ARG_WITH(
     2162                [snowpack-dir],
     2163                AS_HELP_STRING([--with-snowpack-dir=DIR], [use SNOWPACK for surface mass balance model]),
     2164                [SNOWPACK_ROOT=${withval}],
     2165                [SNOWPACK_ROOT="no"]
     2166        )
     2167        AC_MSG_CHECKING([for SNOWPACK])
     2168        if test "x${SNOWPACK_ROOT}" == "xno"; then
    20472169                HAVE_SNOWPACK=no
    20482170        else
    20492171                HAVE_SNOWPACK=yes
    2050                 if ! test -d "$SNOWPACK_ROOT"; then
    2051                         AC_MSG_ERROR([snowpack directory provided ($SNOWPACK_ROOT) does not exist]);
    2052                 fi
    2053         fi
    2054         AC_MSG_RESULT($HAVE_SNOWPACK)
    2055 
    2056         dnl snowpack headers and libraries
    2057         if test "x$HAVE_SNOWPACK" == "xyes"; then
    2058                 SNOWPACKINCL="-I$SNOWPACK_ROOT/include"
    2059                 SNOWPACKLIB="-dy -L$SNOWPACK_ROOT/lib  -lsnowpack "
    2060 
    2061                 AC_DEFINE([_HAVE_SNOWPACK_],[1],[with snowpack for surface mass balance model])
     2172                if ! test -d "${SNOWPACK_ROOT}"; then
     2173                        AC_MSG_ERROR([SNOWPACK directory provided (${SNOWPACK_ROOT}) does not exist!]);
     2174                fi
     2175        fi
     2176        AC_MSG_RESULT([${HAVE_SNOWPACK}])
     2177
     2178        dnl SNOWPACK libraries and header files
     2179        if test "x${HAVE_SNOWPACK}" == "xyes"; then
     2180                SNOWPACKINCL="-I${SNOWPACK_ROOT}/include"
     2181                SNOWPACKLIB="-dy -L${SNOWPACK_ROOT}/lib -lsnowpack"
     2182                AC_DEFINE([_HAVE_SNOWPACK_], [1], [with SNOWPACK for surface mass balance model])
    20622183                AC_SUBST([SNOWPACKINCL])
    20632184                AC_SUBST([SNOWPACKLIB])
    20642185        fi
    2065         AM_CONDITIONAL([SNOWPACK], [test x$HAVE_SNOWPACK = xyes])
    2066         dnl }}}
    2067         dnl neopz{{{
    2068         AC_ARG_WITH([neopz-dir],
    2069                 AS_HELP_STRING([--with-neopz-dir=DIR], [neopz root directory.]),
    2070                 [NEOPZ_ROOT=$withval],[NEOPZ_ROOT="no"])
    2071 
    2072         dnl Check whether neopz is enabled
    2073         AC_MSG_CHECKING([for neopz])
    2074         if test "x$NEOPZ_ROOT" = "xno" ; then
     2186        AM_CONDITIONAL([SNOWPACK], [test "x${HAVE_SNOWPACK}" == "xyes"])
     2187        dnl }}}
     2188        dnl NeoPZ{{{
     2189        AC_ARG_WITH(
     2190                [neopz-dir],
     2191                AS_HELP_STRING([--with-neopz-dir=DIR], [NeoPZ root directory]),
     2192                [NEOPZ_ROOT=${withval}],
     2193                [NEOPZ_ROOT="no"]
     2194        )
     2195        AC_MSG_CHECKING([for NeoPZ])
     2196        if test "x${NEOPZ_ROOT}" == "xno"; then
    20752197                HAVE_NEOPZ=no
    20762198        else
    20772199                HAVE_NEOPZ=yes
    2078                 if ! test -d "$NEOPZ_ROOT"; then
    2079                         AC_MSG_ERROR([neopz directory provided ($NEOPZ_ROOT) does not exist]);
    2080                 fi
    2081         fi
    2082         AC_MSG_RESULT($HAVE_NEOPZ)
    2083 
    2084         dnl neopz headers and libraries
    2085         if test "x$HAVE_NEOPZ" == "xyes"; then
    2086           NEOPZLIB="$NEOPZ_ROOT/lib/libpz.a"
    2087      NEOPZINCL=" -I$NEOPZ_ROOT/include"
    2088           NEOPZINCL+=" -I$NEOPZ_ROOT/include/Analysis"
    2089           NEOPZINCL+=" -I$NEOPZ_ROOT/include/Common"
    2090           NEOPZINCL+=" -I$NEOPZ_ROOT/include/External"
    2091           NEOPZINCL+=" -I$NEOPZ_ROOT/include/Frontal"
    2092           NEOPZINCL+=" -I$NEOPZ_ROOT/include/Geom"
    2093           NEOPZINCL+=" -I$NEOPZ_ROOT/include/Integral"
    2094           NEOPZINCL+=" -I$NEOPZ_ROOT/include/LinearSolvers"
    2095           NEOPZINCL+=" -I$NEOPZ_ROOT/include/Material"
    2096           NEOPZINCL+=" -I$NEOPZ_ROOT/include/Matrix"
    2097           NEOPZINCL+=" -I$NEOPZ_ROOT/include/Mesh"
    2098           NEOPZINCL+=" -I$NEOPZ_ROOT/include/Multigrid"
    2099           NEOPZINCL+=" -I$NEOPZ_ROOT/include/PerfUtil"
    2100           NEOPZINCL+=" -I$NEOPZ_ROOT/include/Post"
    2101           NEOPZINCL+=" -I$NEOPZ_ROOT/include/Pre"
    2102           NEOPZINCL+=" -I$NEOPZ_ROOT/include/Refine"
    2103           NEOPZINCL+=" -I$NEOPZ_ROOT/include/Save"
    2104           NEOPZINCL+=" -I$NEOPZ_ROOT/include/Shape"
    2105           NEOPZINCL+=" -I$NEOPZ_ROOT/include/SpecialMaps"
    2106           NEOPZINCL+=" -I$NEOPZ_ROOT/include/StrMatrix"
    2107           NEOPZINCL+=" -I$NEOPZ_ROOT/include/SubStruct"
    2108           NEOPZINCL+=" -I$NEOPZ_ROOT/include/Topology"
    2109           NEOPZINCL+=" -I$NEOPZ_ROOT/include/Util"
    2110           CXXFLAGS+=" -std=c++11"
    2111           AC_DEFINE([_HAVE_NEOPZ_],[1],[with NEOPZ in ISSM src])
    2112           AC_SUBST([NEOPZINCL])
    2113           AC_SUBST([NEOPZLIB])
    2114         fi
    2115         AM_CONDITIONAL([NEOPZ], [test x$HAVE_NEOPZ = xyes])
    2116         dnl }}}
    2117 
     2200                if ! test -d "${NEOPZ_ROOT}"; then
     2201                        AC_MSG_ERROR([NeoPZ directory provided (${NEOPZ_ROOT}) does not exist!]);
     2202                fi
     2203        fi
     2204        AC_MSG_RESULT([${HAVE_NEOPZ}])
     2205
     2206        dnl NeoPZ libraries and header files
     2207        if test "x${HAVE_NEOPZ}" == "xyes"; then
     2208                NEOPZLIB="${NEOPZ_ROOT}/lib/libpz.a"
     2209                NEOPZINCL="-I${NEOPZ_ROOT}/include"
     2210                NEOPZINCL+=" -I${NEOPZ_ROOT}/include/Analysis"
     2211                NEOPZINCL+=" -I${NEOPZ_ROOT}/include/Common"
     2212                NEOPZINCL+=" -I${NEOPZ_ROOT}/include/External"
     2213                NEOPZINCL+=" -I${NEOPZ_ROOT}/include/Frontal"
     2214                NEOPZINCL+=" -I${NEOPZ_ROOT}/include/Geom"
     2215                NEOPZINCL+=" -I${NEOPZ_ROOT}/include/Integral"
     2216                NEOPZINCL+=" -I${NEOPZ_ROOT}/include/LinearSolvers"
     2217                NEOPZINCL+=" -I${NEOPZ_ROOT}/include/Material"
     2218                NEOPZINCL+=" -I${NEOPZ_ROOT}/include/Matrix"
     2219                NEOPZINCL+=" -I${NEOPZ_ROOT}/include/Mesh"
     2220                NEOPZINCL+=" -I${NEOPZ_ROOT}/include/Multigrid"
     2221                NEOPZINCL+=" -I${NEOPZ_ROOT}/include/PerfUtil"
     2222                NEOPZINCL+=" -I${NEOPZ_ROOT}/include/Post"
     2223                NEOPZINCL+=" -I${NEOPZ_ROOT}/include/Pre"
     2224                NEOPZINCL+=" -I${NEOPZ_ROOT}/include/Refine"
     2225                NEOPZINCL+=" -I${NEOPZ_ROOT}/include/Save"
     2226                NEOPZINCL+=" -I${NEOPZ_ROOT}/include/Shape"
     2227                NEOPZINCL+=" -I${NEOPZ_ROOT}/include/SpecialMaps"
     2228                NEOPZINCL+=" -I${NEOPZ_ROOT}/include/StrMatrix"
     2229                NEOPZINCL+=" -I${NEOPZ_ROOT}/include/SubStruct"
     2230                NEOPZINCL+=" -I${NEOPZ_ROOT}/include/Topology"
     2231                NEOPZINCL+=" -I${NEOPZ_ROOT}/include/Util"
     2232                CXXFLAGS+=" -std=c++11"
     2233                AC_DEFINE([_HAVE_NEOPZ_], [1], [with NeoPZ in ISSM src])
     2234                AC_SUBST([NEOPZINCL])
     2235                AC_SUBST([NEOPZLIB])
     2236        fi
     2237        AM_CONDITIONAL([NEOPZ], [test "x${HAVE_NEOPZ}" == "xyes"])
     2238        dnl }}}
    21182239        dnl Capabilities
    21192240        dnl with-bamg{{{
    2120         AC_ARG_WITH([bamg],
    2121                 AS_HELP_STRING([--with-bamg = YES],[compile with bamg capabilities (default is yes)]),
    2122                 [BAMG=$withval],[BAMG=yes])
    2123         AC_MSG_CHECKING(for bamg capability compilation)
    2124 
     2241        AC_ARG_WITH(
     2242                [bamg],
     2243                AS_HELP_STRING([--with-bamg=YES], [compile with BAMG capabilities (default: yes)]),
     2244                [BAMG=${withval}],
     2245                [BAMG=yes]
     2246        )
     2247        AC_MSG_CHECKING([for BAMG capability compilation])
    21252248        HAVE_BAMG=no
    2126         if test "x$BAMG" = "xyes"; then
     2249        if test "x${BAMG}" == "xyes"; then
    21272250                HAVE_BAMG=yes
    2128                 AC_DEFINE([_HAVE_BAMG_],[1],[with bamg meshing capability])
    2129         fi
    2130         AM_CONDITIONAL([BAMG], [test x$HAVE_BAMG = xyes])
    2131         AC_MSG_RESULT($HAVE_BAMG)
     2251                AC_DEFINE([_HAVE_BAMG_], [1], [with BAMG meshing capability])
     2252        fi
     2253        AM_CONDITIONAL([BAMG], [test "x${HAVE_BAMG}" == "xyes"])
     2254        AC_MSG_RESULT([${HAVE_BAMG}])
    21322255        dnl }}}
    21332256        dnl with-ocean{{{
    2134         AC_ARG_WITH([ocean],
    2135                 AS_HELP_STRING([--with-ocean = YES],[compile with ice/ocean coupling (default is no)]),
    2136                 [OCEAN=$withval],[OCEAN=no])
    2137         AC_MSG_CHECKING(for ice/ocean capability compilation)
     2257        AC_ARG_WITH(
     2258                [ocean],
     2259                AS_HELP_STRING([--with-ocean = YES], [compile with ice/ocean coupling capability (default: no)]),
     2260                [OCEAN=${withval}],
     2261                [OCEAN=no]
     2262        )
     2263        AC_MSG_CHECKING(for ice/ocean coupling capability compilation)
    21382264
    21392265        HAVE_OCEAN=no
    2140         if test "x$OCEAN" = "xyes"; then
     2266        if test "x${OCEAN}" == "xyes"; then
    21412267                HAVE_OCEAN=yes
    2142                 AC_DEFINE([_HAVE_OCEAN_],[1],[with ice/ocean coupling capability])
    2143         fi
    2144         AM_CONDITIONAL([OCEAN], [test x$HAVE_OCEAN = xyes])
    2145         AC_MSG_RESULT($HAVE_OCEAN)
     2268                AC_DEFINE([_HAVE_OCEAN_], [1], [with ice/ocean coupling capability])
     2269        fi
     2270        AM_CONDITIONAL([OCEAN], [test "x${HAVE_OCEAN}" == "xyes"])
     2271        AC_MSG_RESULT([${HAVE_OCEAN}])
    21462272        dnl }}}
    21472273        dnl with-kml{{{
    2148         AC_ARG_WITH([kml],
    2149                 AS_HELP_STRING([--with-kml = YES],[compile with kml capabilities (default is no)]),
    2150                 [KML=$withval],[KML=no])
     2274        AC_ARG_WITH(
     2275                [kml],
     2276                AS_HELP_STRING([--with-kml=YES], [compile with kml capabilities (default: no)]),
     2277                [KML=${withval}],
     2278                [KML=no]
     2279        )
    21512280        AC_MSG_CHECKING(for kml capability compilation)
    21522281
    21532282        HAVE_KML=no
    2154         if test "x$KML" = "xyes"; then
     2283        if test "x${KML}" == "xyes"; then
    21552284                HAVE_KML=yes
    2156                 AC_DEFINE([_HAVE_KML_],[1],[with kml capability])
    2157         fi
    2158         AM_CONDITIONAL([KML], [test x$HAVE_KML = xyes])
    2159         AC_MSG_RESULT($HAVE_KML)
     2285                AC_DEFINE([_HAVE_KML_], [1], [with kml capability])
     2286        fi
     2287        AM_CONDITIONAL([KML], [test "x${HAVE_KML}" == "xyes"])
     2288        AC_MSG_RESULT([${HAVE_KML}])
    21602289        dnl }}}
    21612290        dnl with-kriging{{{
    2162         AC_ARG_WITH([kriging],
    2163                 AS_HELP_STRING([--with-kriging = YES],[compile with kriging capabilities (default is yes)]),
    2164                 [KRIGING=$withval],[KRIGING=yes])
     2291        AC_ARG_WITH(
     2292                [kriging],
     2293                AS_HELP_STRING([--with-kriging=YES], [compile with kriging capabilities (default: yes)]),
     2294                [KRIGING=${withval}],
     2295                [KRIGING=yes]
     2296        )
    21652297        AC_MSG_CHECKING(for kriging capability compilation)
    21662298
    21672299        HAVE_KRIGING=no
    2168         if test "x$KRIGING" = "xyes"; then
     2300        if test "x${KRIGING}" == "xyes"; then
    21692301                HAVE_KRIGING=yes
    2170                 AC_DEFINE([_HAVE_KRIGING_],[1],[with kriging capability])
    2171         fi
    2172         AM_CONDITIONAL([KRIGING], [test x$HAVE_KRIGING = xyes])
    2173         AC_MSG_RESULT($HAVE_KRIGING)
     2302                AC_DEFINE([_HAVE_KRIGING_], [1], [with kriging capability])
     2303        fi
     2304        AM_CONDITIONAL([KRIGING], [test "x${HAVE_KRIGING}" == "xyes"])
     2305        AC_MSG_RESULT([${HAVE_KRIGING}])
    21742306        dnl }}}
    21752307
    … …  
    21792311        dnl Platform specifics
    21802312        dnl with-ios{{{
    2181         AC_ARG_WITH([ios],
    2182                 AS_HELP_STRING([--with-ios = YES], [compile with iOS capabilities (default is no, alternatives are yes)]),
    2183                 [IOS=$withval],[IOS=no])
     2313        AC_ARG_WITH(
     2314                [ios],
     2315                AS_HELP_STRING([--with-ios=YES], [compile with iOS capabilities (default: no)]),
     2316                [IOS=${withval}],
     2317                [IOS=no]
     2318        )
    21842319        AC_MSG_CHECKING(for iOS compilation)
    21852320
    2186         if test "x$IOS" = "xyes"; then
    2187                 dnl defaults
     2321        HAVE_IOS=no
     2322        if test "x${IOS}" == "xyes"; then
    21882323                HAVE_IOS=yes
    2189 
    2190                 AC_DEFINE([_HAVE_IOS_],[1],[with android capability])
    2191         elif test "x$IOS" = "xno"; then
    2192                 HAVE_IOS=no
    2193         else
    2194           AC_MSG_ERROR([--with-ios should be either no or yes])
    2195         fi
    2196         AM_CONDITIONAL([IOS], [test x$HAVE_IOS != xno])
    2197         AC_MSG_RESULT($HAVE_IOS)
     2324                AC_DEFINE([_HAVE_IOS_], [1], [with iOS capability])
     2325        fi
     2326        AM_CONDITIONAL([IOS], [test "x${HAVE_IOS}" != "xno"])
     2327        AC_MSG_RESULT([${HAVE_IOS}])
    21982328        dnl }}}
    21992329        dnl with-android{{{
    2200         AC_ARG_WITH([android],
    2201                 AS_HELP_STRING([--with-android = EXE], [compile with android capabilities (default is no, alternatives are exe and jni)]),
    2202                 [ANDROID=$withval],[ANDROID=no])
    2203         AC_MSG_CHECKING(for android capability compilation)
    2204 
    2205         if test "x$ANDROID" = "xjni"; then
    2206 
    2207                 dnl defaults
     2330        AC_ARG_WITH(
     2331                [android],
     2332                AS_HELP_STRING([--with-android=EXE], [compile with Android capabilities (default: "no"; alternatives: "exe", "jni")]),
     2333                [ANDROID=${withval}],
     2334                [ANDROID=no])
     2335        AC_MSG_CHECKING([for Android capability compilation])
     2336
     2337        if test "x${ANDROID}" == "xjni"; then
    22082338                HAVE_ANDROID=jni
    2209                 AC_DEFINE([_HAVE_ANDROID_],[1],[with android capability])
    2210                 AC_DEFINE([_HAVE_ANDROID_JNI_],[1],[with android jni])
    2211         elif test "x$ANDROID" = "xexe"; then
    2212                 dnl defaults
     2339                AC_DEFINE([_HAVE_ANDROID_], [1], [with Android capability])
     2340                AC_DEFINE([_HAVE_ANDROID_JNI_], [1], [with Android Java Native Interface (JNI)])
     2341        elif test "x${ANDROID}" == "xexe"; then
    22132342                HAVE_ANDROID=exe
    2214 
    2215                 AC_DEFINE([_HAVE_ANDROID_],[1],[with android capability])
    2216         elif test "x$ANDROID" = "xno"; then
     2343                AC_DEFINE([_HAVE_ANDROID_], [1], [with Android capability])
     2344        elif test "x${ANDROID}" == "xno"; then
    22172345                HAVE_ANDROID=no
    22182346        else
    2219           AC_MSG_ERROR([--with-android should be either no, exe or jni])
    2220         fi
    2221         AM_CONDITIONAL([ANDROID], [test x$HAVE_ANDROID != xno])
    2222         AM_CONDITIONAL([ANDROIDJNI], [test x$HAVE_ANDROID = xjni])
    2223         AM_CONDITIONAL([ANDROIDEXE], [test x$HAVE_ANDROID = xexe])
    2224         AC_MSG_RESULT($HAVE_ANDROID)
     2347                AC_MSG_ERROR([--with-android should be either "no", "exe" or "jni"])
     2348        fi
     2349        AM_CONDITIONAL([ANDROID], [test "x${HAVE_ANDROID}" != "xno"])
     2350        AM_CONDITIONAL([ANDROIDJNI], [test "x${HAVE_ANDROID}" == "xjni"])
     2351        AM_CONDITIONAL([ANDROIDEXE], [test "x${HAVE_ANDROID}" == "xexe"])
     2352        AC_MSG_RESULT([${HAVE_ANDROID}])
    22252353        dnl }}}
    22262354        dnl with-android-ndk{{{
    2227         AC_ARG_WITH([android-ndk],
    2228           AS_HELP_STRING([--with-android-ndk=DIR], [android-ndk root directory.]),
    2229           [ANDROID_NDK_ROOT=$withval],[ANDROID_NDK_ROOT=""])
    2230         AC_MSG_CHECKING(with android ndk)
    2231 
    2232         if test -d "$ANDROID_NDK_ROOT"; then
    2233                 dnl defaults
     2355        AC_ARG_WITH(
     2356                [android-ndk],
     2357                AS_HELP_STRING([--with-android-ndk=DIR], [Android NDK root directory]),
     2358                [ANDROID_NDK_ROOT=${withval}],
     2359                [ANDROID_NDK_ROOT=""]
     2360        )
     2361        AC_MSG_CHECKING([with Android Native Development Kit (NDK)])
     2362
     2363        if test -d "${ANDROID_NDK_ROOT}"; then
    22342364                HAVE_ANDROID_NDK=yes
    2235                 ANDROID_NDKINCL="-I$ANDROID_NDK_ROOT/arm-linux-android-install/sysroot/usr/include"
    2236 
    2237                 AC_DEFINE([_HAVE_ANDROID_NDK_],[1],[with android ndk in ISSM src])
     2365                ANDROID_NDKINCL="-I${ANDROID_NDK_ROOT}/arm-linux-android-install/sysroot/usr/include"
     2366                AC_DEFINE([_HAVE_ANDROID_NDK_], [1], [with Android NDK in ISSM src])
    22382367                AC_SUBST([ANDROID_NDKINCL])
    22392368        else
    22402369                HAVE_ANDROID_NDK=no
    22412370        fi
    2242         AC_MSG_RESULT($HAVE_ANDROID_NDK)
     2371        AC_MSG_RESULT([${HAVE_ANDROID_NDK}])
    22432372        dnl }}}
    22442373
    … …  
    22462375        dnl optimization{{{
    22472376        dnl -- bypass standard optimization -g -O2 -fPIC ?
    2248         AC_ARG_WITH([cxxoptflags],
    2249           AS_HELP_STRING([--with-cxxoptflags = CXXOPTFLAGS], [optimization using CXX flags, ex: --with-cxxoptflags=-march=opteron -O3]),
    2250           [CXXOPTFLAGS=$withval],[CXXOPTFLAGS="-g -O2 -fPIC"])
    2251         AC_MSG_CHECKING(for c++ optimization flags)
     2377        AC_ARG_WITH(
     2378                [cxxoptflags],
     2379                AS_HELP_STRING([--with-cxxoptflags=CXXOPTFLAGS], [C++ optimization flags (i.e. --with-cxxoptflags="-march=opteron -O3"]),
     2380                [CXXOPTFLAGS=${withval}],
     2381                [CXXOPTFLAGS="-g -O2 -fPIC"]
     2382        )
     2383        AC_MSG_CHECKING(for C++ optimization flags)
    22522384        AC_SUBST([CXXOPTFLAGS])
    2253         AC_MSG_RESULT(done)
     2385        AC_MSG_RESULT([done])
    22542386        dnl }}}
    22552387        dnl multithreading{{{
    2256         AC_ARG_WITH([numthreads],
    2257           AS_HELP_STRING([--with-numthreads = NUMTHREADS_VALUE],[numthreads, default is 1. ]),
    2258           [NUMTHREADS_VALUE=$withval],[NUMTHREADS_VALUE=1])
     2388        AC_ARG_WITH(
     2389                [numthreads],
     2390                AS_HELP_STRING([--with-numthreads=NUMTHREADS_VALUE], [number of threads (default: 1)]),
     2391                [NUMTHREADS_VALUE=${withval}],
     2392                [NUMTHREADS_VALUE=1]
     2393        )
    22592394        AC_MSG_CHECKING(for number of threads)
    2260         dnl defaults
     2395        dnl Check that supplied value is an integer
     2396        if [[ "${NUMTHREADS_VALUE}" != "${NUMTHREADS_VALUE}" 2> /dev/null ]]; then
     2397                AC_MSG_ERROR([Number of threads provided (${NUMTHREADS_VALUE}) is not an integer!]);
     2398        elif test "${NUMTHREADS_VALUE}" == "0"; then
     2399                AC_MSG_ERROR([Number of threads must be at least 1!]);
     2400        fi
    22612401        MULTITHREADING=no
    22622402        MULTITHREADINLIB=""
    2263         if test "$NUMTHREADS_VALUE" != "1"; then
    2264 
     2403        if test "x${NUMTHREADS_VALUE}" != "x1"; then
    22652404                MULTITHREADINGLIB="-lpthread -lrt"
    22662405                case "${host_os}" in
    2267                 *cygwin*)
    2268                 MULTITHREADINGLIB="-lpthread -lrt"
    2269                 ;;
    2270                 *linux*)
    2271                 MULTITHREADINGLIB="-lpthread -lrt"
    2272                 ;;
    2273                 *darwin*)
    2274                 MULTITHREADINGLIB="-lpthread"
    2275                 ;;
     2406                        *cygwin*)
     2407                                MULTITHREADINGLIB="-lpthread -lrt"
     2408                        ;;
     2409                        *linux*)
     2410                                MULTITHREADINGLIB="-lpthread -lrt"
     2411                        ;;
     2412                        *darwin*)
     2413                                MULTITHREADINGLIB="-lpthread"
     2414                        ;;
    22762415                esac
    2277                 AC_DEFINE([_MULTITHREADING_],[1],[with numthreads enabled])
    2278         fi
    2279         dnl check that it is an integer
    2280         if [[ "$NUMTHREADS_VALUE" -eq   "$NUMTHREADS_VALUE" 2> /dev/null ]] ; then
    2281          dnl cool we have an integer !
    2282          :
    2283         else
    2284          AC_MSG_ERROR([Number of threads provided ($NUMTHREADS_VALUE) is not an integer]);
    2285         fi
    2286         AC_DEFINE_UNQUOTED([_NUMTHREADS_],[$NUMTHREADS_VALUE],[number of threads])
     2416                AC_DEFINE([_MULTITHREADING_], [1], [with multithreading enabled])
     2417        fi
     2418        AC_DEFINE_UNQUOTED(_NUMTHREADS_, $NUMTHREADS_VALUE, [number of threads])
    22872419        AC_SUBST([MULTITHREADINGLIB])
    2288         AC_MSG_RESULT($NUMTHREADS_VALUE)
    2289         dnl }}}
    2290         dnl 64bit {{{
    2291         AC_ARG_WITH([64bit-indices],
    2292           AS_HELP_STRING([--with-64bit-indices = bool], [use 64 bit integers, default 0, ex: --with-64bit-indices=1]),
    2293           [USE_64BIT_INDICES=$withval],[USE_64BIT_INDICES=0])
    2294         AC_MSG_CHECKING(for 64 bit indices)
    2295 
    2296         if test "$USE_64BIT_INDICES" == "1"; then
    2297         AC_DEFINE([ISSM_USE_64BIT_INDICES],[1],[with 64 bits indices])
    2298         else
    2299         AC_DEFINE([ISSM_USE_64BIT_INDICES],[0],[with 64 bits indices])
    2300         fi
    2301         AC_MSG_RESULT($USE_64BIT_INDICES)
    2302         dnl }}}
    2303 
    2304         dnl Checks
    2305         dnl checks{{{
    2306                 AC_MSG_CHECKING(consistency between all libraries)
    2307 
    2308                   dnl check that if petsc is requested , mpi should be specified
    2309                   if test "$HAVE_PETSC" = "yes" ; then
    2310                                 if test "$HAVE_MPI" = "NO";  then
    2311                                          AC_MSG_ERROR([petsc requires mpi!]);
    2312                                 fi
    2313                   fi
    2314 
    2315                   dnl check that we have either python or matlab support if we compile the modules
    2316                   if test "$MODULES_VALUE" = "yes"  && test "$HAVE_MATLAB" = "no" && test "$HAVE_PYTHON" = "no"; then
    2317                                 AC_MSG_ERROR([need at least python or matlab support to compile modules (or use --with-modules=no)]);
    2318                   fi
    2319 
    2320        dnl check that fortran is provided if GiaIvins is on
    2321                  if test "$HAVE_GIAIVINS" = "yes" &&  test "$HAVE_FORTRAN" = "no" ; then
    2322                           AC_MSG_ERROR([need fortran compiler to compile GiaIvins (or use --without-GiaIvins )]);
    2323                  fi
    2324 
    2325        dnl check that fortran is provided if Love is on
    2326                  if test "$HAVE_LOVE" = "yes" &&  test "$HAVE_FORTRAN" = "no" ; then
    2327                           AC_MSG_ERROR([need fortran compiler to compile Love (or use --without-Love)]);
    2328                  fi
    2329 
    2330                   dnl check that if we have MPI, we have metis
    2331                   if test "$HAVE_METIS" = "yes"  && test "$HAVE_MPI" = "no" ; then
    2332                                 AC_MSG_ERROR([need mpi if using the metis partitioner!]);
    2333                   fi
    2334 
    2335                 dnl check that if we run adolc, we don't compile krigging.exe
    2336                 if test "$HAVE_ADOLC" = "yes"  && test "$HAVE_KRIGING" = "yes" ; then
    2337                         AC_MSG_ERROR([cannot compile kriging.exe under adolc conditions!]);
    2338                 fi
    2339                 dnl check that if we run adolc, we don't use PETSc for now
    2340                 if test "$HAVE_ADOLC" = "yes"  && test "$HAVE_PETSC" = "yes" ; then
    2341                         AC_MSG_ERROR([cannot compile ISSM with both PETSc and adolc]);
    2342                 fi
    2343                 if test "$HAVE_ADOLC" = "yes"  && test "$HAVE_CODIPACK" = "yes" ; then
    2344                         AC_MSG_ERROR([cannot compile ISSM with both ADOLC and CoDiPack]);
    2345                 fi
    2346                 if test "$HAVE_ADJOINTMPI" = "yes"  && test "$HAVE_MEDIPACK" = "yes" ; then
    2347                         AC_MSG_ERROR([cannot compile ISSM with both MeDiPack and AdjointMPI]);
    2348                 fi
    2349                 dnl check that if we run meteoio, we have snowpack also
    2350                 if test "$HAVE_METEOIO" = "yes"  && test "$HAVE_SNOWPACK" = "no" ; then
    2351                         AC_MSG_ERROR([cannot compile MeteoIO package without Snowpack!]);
    2352                 fi
    2353                 dnl check that if we run snowpack, we have meteoio also
    2354                 if test "$HAVE_METEOIO" = "no"  && test "$HAVE_SNOWPACK" = "yes" ; then
    2355                         AC_MSG_ERROR([cannot compile Snowpack package without MeteoIO!]);
    2356                 fi
    2357 
    2358                 AC_MSG_RESULT(done)
    2359                 dnl }}}
     2420        AC_MSG_RESULT([${NUMTHREADS_VALUE}])
     2421        dnl }}}
     2422        dnl 64-bit indices{{{
     2423        AC_ARG_WITH(
     2424                [64bit-indices],
     2425                AS_HELP_STRING([--with-64bit-indices=bool], [use 64-bit indices (default: 0)]),
     2426                [USE_64BIT_INDICES=${withval}],
     2427                [USE_64BIT_INDICES=0]
     2428        )
     2429        AC_MSG_CHECKING([for 64-bit indices])
     2430
     2431        if test "x${USE_64BIT_INDICES}" == "x1"; then
     2432                AC_DEFINE([ISSM_USE_64BIT_INDICES], [1], [with 64-bit indices])
     2433        else
     2434                AC_DEFINE([ISSM_USE_64BIT_INDICES], [0], [with 64-bit indices])
     2435        fi
     2436        AC_MSG_RESULT([${USE_64BIT_INDICES}])
     2437        dnl }}}
     2438
     2439        dnl Checks {{{
     2440        AC_MSG_CHECKING(consistency between all libraries)
     2441
     2442        dnl Check that if PETSc is requested, MPI is specified
     2443        if test "x${HAVE_PETSC}" == "xyes"; then
     2444                if test "x${HAVE_MPI}" == "xno"; then
     2445                        AC_MSG_ERROR([PETSc requires MPI!]);
     2446                fi
     2447        fi
     2448
     2449        dnl Check that we have MATLAB and/or Python support if we compile the modules
     2450        if test "x${MODULES_VALUE}" == "xyes" && test "${HAVE_MATLAB}" == "xno" && test "${HAVE_PYTHON}" == "xno"; then
     2451                AC_MSG_ERROR([need at least MATLAB and/or Python support to compile modules! (or use --with-modules=no)]);
     2452        fi
     2453
     2454        dnl Check that Fortran is provided if GiaIvins is on
     2455        if test "x${HAVE_GIAIVINS}" == "xyes" &&  test "${HAVE_FORTRAN}" == "xno"; then
     2456                AC_MSG_ERROR([need Fortran compiler to compile GiaIvins! (or use --without-GiaIvins )]);
     2457        fi
     2458
     2459        dnl Check that Fortran is provided if Love is on
     2460        if test "x${HAVE_LOVE}" == "xyes" && test "x${HAVE_FORTRAN}" == "xno"; then
     2461                AC_MSG_ERROR([need Fortran compiler to compile Love! (or use --without-Love)]);
     2462        fi
     2463
     2464        dnl Check that if we have MPI, we have METIS
     2465        if test "x${HAVE_METIS}" == "xyes" && test "x${HAVE_MPI}" == "xno"; then
     2466                AC_MSG_ERROR([need MPI if using the METIS partitioner!]);
     2467        fi
     2468
     2469        dnl Check that if we run ADOL-C, we don't compile kriging.exe
     2470        if test "x$HAVE_ADOLC" == "xyes" && test "${HAVE_KRIGING}" == "xyes"; then
     2471                AC_MSG_ERROR([cannot compile kriging.exe under ADOL-C conditions!]);
     2472        fi
     2473
     2474        dnl Check that if we run ADOL-C, we don't use PETSc for now
     2475        if test "x${HAVE_ADOLC}" == "xyes" && test "x${HAVE_PETSC}" == "xyes"; then
     2476                AC_MSG_ERROR([cannot compile ISSM with both PETSc and ADOL-C!]);
     2477        fi
     2478        if test "x${HAVE_ADOLC}" == "xyes" && test "x${HAVE_CODIPACK}" == "xyes"; then
     2479                AC_MSG_ERROR([cannot compile ISSM with both ADOL-C and CoDiPack!]);
     2480        fi
     2481        if test "x${HAVE_ADJOINTMPI}" == "xyes" && test "x${HAVE_MEDIPACK}" == "xyes"; then
     2482                AC_MSG_ERROR([cannot compile ISSM with both MeDiPack and AdjointMPI!]);
     2483        fi
     2484        dnl Check that if we run MeteoIO, we have SNOWPACK also
     2485        if test "x${HAVE_METEOIO}" == "xyes" && test "x${HAVE_SNOWPACK}" == "xno"; then
     2486                AC_MSG_ERROR([cannot compile MeteoIO package without SNOWPACK!]);
     2487        fi
     2488        dnl Check that if we run SNOWPACK, we have MeteoIO also
     2489        if test "${HAVE_METEOIO}" == "xno" && test "${HAVE_SNOWPACK}" == "xyes"; then
     2490                AC_MSG_ERROR([cannot compile SNOWPACK package without MeteoIO!]);
     2491        fi
     2492
     2493        AC_MSG_RESULT([done])
     2494        dnl }}}
    23602495])

  • issm/trunk-jpl/src/c/Makefile.am

    r24379 r24593  
    88#Library declaration {{{
    99if !WINDOWS
    10 lib_LTLIBRARIES = libISSMCore.la libISSMOverload.la 
     10lib_LTLIBRARIES = libISSMCore.la libISSMOverload.la
    1111if WRAPPERS
    1212lib_LTLIBRARIES += libISSMModules.la
    1313endif
    1414else
    15 noinst_LTLIBRARIES = libISSMCore.la libISSMOverload.la 
     15noinst_LTLIBRARIES = libISSMCore.la libISSMOverload.la
    1616if WRAPPERS
    1717noinst_LTLIBRARIES += libISSMModules.la
    … …  
    2222#Core sources
    2323#BAMG sources  {{{
    24 issm_sources = 
     24issm_sources =
    2525if BAMG
    26 issm_sources += ./bamg/BamgGeom.cpp\
    27                                          ./bamg/BamgMesh.cpp\
    28                                          ./bamg/BamgOpts.cpp\
    29                                          ./bamg/CrackedEdge.cpp\
    30                                          ./bamg/Curve.cpp\
    31                                          ./bamg/Edge.cpp\
    32                                          ./bamg/GeomEdge.cpp\
    33                                          ./bamg/GeomSubDomain.cpp\
    34                                          ./bamg/GeomVertex.cpp\
    35                                          ./bamg/Geometry.cpp\
    36                                          ./bamg/ListofIntersectionTriangles.cpp\
    37                                          ./bamg/EigenMetric.cpp\
    38                                          ./bamg/Metric.cpp\
    39                                          ./bamg/BamgQuadtree.cpp\
    40                                          ./bamg/SetOfE4.cpp\
    41                                          ./bamg/SubDomain.cpp\
    42                                          ./bamg/AdjacentTriangle.cpp\
    43                                          ./bamg/Triangle.cpp\
    44                                          ./bamg/BamgVertex.cpp\
    45                                          ./bamg/VertexOnEdge.cpp\
    46                                          ./bamg/VertexOnGeom.cpp\
    47                                          ./bamg/VertexOnVertex.cpp\
    48                                          ./bamg/Mesh.cpp\
    49                                          ./shared/Bamg/BigPrimeNumber.cpp\
    50                                          ./modules/Bamgx/Bamgx.cpp\
    51                                          ./modules/BamgConvertMeshx/BamgConvertMeshx.cpp\
    52                                          ./modules/BamgTriangulatex/BamgTriangulatex.cpp
     26issm_sources += \
     27        ./bamg/BamgGeom.cpp \
     28        ./bamg/BamgMesh.cpp \
     29        ./bamg/BamgOpts.cpp \
     30        ./bamg/CrackedEdge.cpp \
     31        ./bamg/Curve.cpp \
     32        ./bamg/Edge.cpp \
     33        ./bamg/GeomEdge.cpp \
     34        ./bamg/GeomSubDomain.cpp \
     35        ./bamg/GeomVertex.cpp \
     36        ./bamg/Geometry.cpp \
     37        ./bamg/ListofIntersectionTriangles.cpp \
     38        ./bamg/EigenMetric.cpp \
     39        ./bamg/Metric.cpp \
     40        ./bamg/BamgQuadtree.cpp \
     41        ./bamg/SetOfE4.cpp \
     42        ./bamg/SubDomain.cpp \
     43        ./bamg/AdjacentTriangle.cpp \
     44        ./bamg/Triangle.cpp \
     45        ./bamg/BamgVertex.cpp \
     46        ./bamg/VertexOnEdge.cpp \
     47        ./bamg/VertexOnGeom.cpp \
     48        ./bamg/VertexOnVertex.cpp \
     49        ./bamg/Mesh.cpp \
     50        ./shared/Bamg/BigPrimeNumber.cpp \
     51        ./modules/Bamgx/Bamgx.cpp \
     52        ./modules/BamgConvertMeshx/BamgConvertMeshx.cpp \
     53        ./modules/BamgTriangulatex/BamgTriangulatex.cpp
    5354
    5455#do not include AmrBamg with AD
    5556if ADOLC
    56 issm_sources +=./shared/Numerics/isnan.cpp \
    57                                         ./shared/MemOps/MemOps.cpp
     57issm_sources += \
     58        ./shared/Numerics/isnan.cpp \
     59        ./shared/MemOps/MemOps.cpp
    5860else
    5961if CODIPACK
    60 issm_sources +=./shared/Numerics/isnan.cpp
     62issm_sources += ./shared/Numerics/isnan.cpp
    6163else
    6264issm_sources += ./classes/AmrBamg.cpp
    … …  
    6668#}}}
    6769#Core sources{{{
    68 issm_sources += ./datastructures/DataSet.cpp\
    69                                         ./classes/gauss/GaussSeg.cpp\
    70                                         ./classes/gauss/GaussTria.cpp\
    71                                         ./classes/gauss/GaussTetra.cpp\
    72                                         ./classes/gauss/GaussPenta.cpp\
    73                                         ./classes/IoModel.cpp\
    74                                         ./classes/FemModel.cpp\
    75                                         ./classes/Loads/Friction.cpp\
    76                                         ./classes/Constraints/SpcTransient.cpp\
    77                                         ./classes/DependentObject.cpp\
    78                                         ./classes/Contours.cpp\
    79                                         ./classes/Vertices.cpp\
    80                                         ./classes/Nodes.cpp\
    81                                         ./classes/Numberedcostfunction.cpp\
    82                                         ./classes/Misfit.cpp\
    83                                         ./classes/Cfsurfacesquare.cpp\
    84                                         ./classes/Cfdragcoeffabsgrad.cpp\
    85                                         ./classes/Cfsurfacelogvel.cpp\
    86                                         ./classes/Regionaloutput.cpp\
    87                                         ./classes/Nodalvalue.cpp\
    88                                         ./classes/Node.cpp\
    89                                         ./classes/Vertex.cpp\
    90                                         ./classes/Hook.cpp\
    91                                         ./classes/Radar.cpp\
    92                                         ./classes/ExternalResults/Results.cpp\
    93                                         ./classes/Elements/Element.cpp\
    94                                         ./classes/Elements/Elements.cpp\
    95                                         ./classes/Elements/ElementHook.cpp\
    96                                         ./classes/Elements/Seg.cpp\
    97                                         ./classes/Elements/SegRef.cpp\
    98                                         ./classes/Elements/Tria.cpp\
    99                                         ./classes/Elements/TriaRef.cpp\
    100                                         ./classes/Elements/Tetra.cpp\
    101                                         ./classes/Elements/TetraRef.cpp\
    102                                         ./classes/Elements/Penta.cpp\
    103                                         ./classes/Elements/PentaRef.cpp\
    104                                         ./classes/Materials/Materials.cpp\
    105                                         ./classes/Materials/Matice.cpp\
    106                                         ./classes/Materials/Matlitho.cpp\
    107                                         ./classes/Materials/Matestar.cpp\
    108                                         ./classes/Constraints/Constraints.cpp\
    109                                         ./classes/Constraints/SpcStatic.cpp\
    110                                         ./classes/Constraints/SpcDynamic.cpp\
    111                                         ./classes/Loads/Channel.cpp\
    112                                         ./classes/Loads/Loads.cpp\
    113                                         ./classes/Loads/Penpair.cpp\
    114                                         ./classes/Loads/Pengrid.cpp\
    115                                         ./classes/Loads/Moulin.cpp\
    116                                         ./classes/Loads/Numericalflux.cpp\
    117                                         ./classes/Loads/Neumannflux.cpp\
    118                                         ./classes/matrix/ElementMatrix.cpp\
    119                                         ./classes/matrix/ElementVector.cpp\
    120                                         ./classes/Params/Parameters.cpp\
    121                                         ./classes/Params/BoolParam.cpp\
    122                                         ./classes/Params/IntParam.cpp\
    123                                         ./classes/Params/IntVecParam.cpp\
    124                                         ./classes/Params/IntMatParam.cpp\
    125                                         ./classes/Params/DoubleParam.cpp\
    126                                         ./classes/Params/FileParam.cpp\
    127                                         ./classes/Params/StringArrayParam.cpp\
    128                                         ./classes/Params/DoubleMatParam.cpp\
    129                                         ./classes/Params/DoubleTransientMatParam.cpp\
    130                                         ./classes/Params/DoubleMatArrayParam.cpp\
    131                                         ./classes/Params/DoubleVecParam.cpp\
    132                                         ./classes/Params/StringParam.cpp\
    133                                         ./classes/Params/MatrixParam.cpp\
    134                                         ./classes/Params/VectorParam.cpp\
    135                                         ./classes/Params/TransientParam.cpp\
    136                                         ./classes/Params/TransientArrayParam.cpp\
    137                                         ./classes/Params/DataSetParam.cpp\
    138                                         ./classes/Profiler.cpp\
    139                                         ./shared/Matrix/MatrixUtils.cpp\
    140                                         ./shared/io/Disk/pfopen.cpp\
    141                                         ./shared/io/Disk/pfclose.cpp\
    142                                         ./shared/io/Disk/WriteLockFile.cpp\
    143                                         ./shared/io/Print/PrintfFunction.cpp\
    144                                         ./shared/io/Comm/IssmComm.cpp\
    145                                         ./shared/io/Marshalling/IoCodeConversions.cpp \
    146                                         ./shared/LatLong/Ll2xyx.cpp\
    147                                         ./shared/LatLong/Xy2llx.cpp\
    148                                         ./shared/FSanalyticals/fsanalyticals.cpp\
    149                                         ./shared/Enum/EnumToStringx.cpp\
    150                                         ./shared/Enum/StringToEnumx.cpp\
    151                                         ./shared/Numerics/Verbosity.cpp\
    152                                         ./shared/Numerics/GaussPoints.cpp\
    153                                         ./shared/Numerics/cross.cpp\
    154                                         ./shared/Numerics/cubic.cpp\
    155                                         ./shared/Numerics/NewtonSolveDnorm.cpp\
    156                                         ./shared/Numerics/ODE1.cpp\
    157                                         ./shared/Numerics/extrema.cpp\
    158                                         ./shared/Numerics/legendre.cpp\
    159                                         ./shared/Numerics/XZvectorsToCoordinateSystem.cpp\
    160                                         ./shared/Exceptions/Exceptions.cpp\
    161                                         ./shared/Sorting/binary_search.cpp\
    162                                         ./shared/Elements/Cuffey.cpp\
    163                                         ./shared/Elements/BuddJacka.cpp\
    164                                         ./shared/Elements/CuffeyTemperate.cpp\
    165                                         ./shared/Elements/StressIntensityIntegralWeight.cpp\
    166                                         ./shared/Elements/Paterson.cpp\
    167                                         ./shared/Elements/Arrhenius.cpp\
    168                                         ./shared/Elements/NyeCO2.cpp\
    169                                         ./shared/Elements/NyeH2O.cpp\
    170                                         ./shared/Elements/LliboutryDuval.cpp \
    171                                         ./shared/Elements/PrintArrays.cpp\
    172                                         ./shared/Elements/PddSurfaceMassBalance.cpp\
    173                                         ./shared/Elements/PddSurfaceMassBalanceSicopolis.cpp\
    174                                         ./shared/Elements/ComputeDelta18oTemperaturePrecipitation.cpp\
    175                                         ./shared/Elements/ComputeMungsmTemperaturePrecipitation.cpp\
    176                                         ./shared/Elements/ComputeD18OTemperaturePrecipitationFromPD.cpp\
    177                                         ./shared/Elements/DrainageFunctionWaterfraction.cpp\
    178                                         ./shared/Elements/EstarComponents.cpp\
    179                                         ./shared/String/DescriptorIndex.cpp\
    180                                         ./toolkits/issm/IssmToolkitUtils.cpp\
    181                                         ./toolkits/issm/IssmSolver.cpp\
    182                                         ./toolkits/mpi/issmmpi.cpp\
    183                                         ./toolkits/mpi/commops/DetermineLocalSize.cpp\
    184                                         ./toolkits/mpi/commops/DetermineGlobalSize.cpp\
    185                                         ./toolkits/mpi/commops/DetermineRowRankFromLocalSize.cpp\
    186                                         ./toolkits/mpi/commops/GetOwnershipBoundariesFromRange.cpp\
    187                                         ./toolkits/ToolkitOptions.cpp\
    188                                         ./modules/ModelProcessorx/ModelProcessorx.cpp\
    189                                         ./modules/ModelProcessorx/ElementsAndVerticesPartitioning.cpp\
    190                                         ./modules/ModelProcessorx/NodesPartitioning.cpp\
    191                                         ./modules/ModelProcessorx/EdgesPartitioning.cpp\
    192                                         ./modules/ModelProcessorx/FacesPartitioning.cpp\
    193                                         ./modules/ModelProcessorx/CreateParameters.cpp\
    194                                         ./modules/ModelProcessorx/Autodiff/CreateParametersAutodiff.cpp\
    195                                         ./modules/ModelProcessorx/CreateFaces.cpp\
    196                                         ./modules/ModelProcessorx/CreateEdges.cpp\
    197                                         ./modules/ModelProcessorx/CreateSingleNodeToElementConnectivity.cpp\
    198                                         ./modules/ModelProcessorx/CreateNumberNodeToElementConnectivity.cpp\
    199                                         ./modules/ModelProcessorx/CreateElementsVerticesAndMaterials.cpp\
    200                                         ./modules/ModelProcessorx/CreateNodes.cpp\
    201                                         ./modules/ParseToolkitsOptionsx/ParseToolkitsOptionsx.cpp\
    202                                         ./modules/NodesDofx/NodesDofx.cpp\
    203                                         ./modules/NodalValuex/NodalValuex.cpp\
    204                                         ./modules/VertexCoordinatesx/VertexCoordinatesx.cpp\
    205                                         ./modules/OutputResultsx/OutputResultsx.cpp\
    206                                         ./modules/InputDepthAverageAtBasex/InputDepthAverageAtBasex.cpp\
    207                                         ./modules/InputDuplicatex/InputDuplicatex.cpp\
    208                                         ./modules/InputExtrudex/InputExtrudex.cpp\
    209                                         ./modules/SurfaceAreax/SurfaceAreax.cpp\
    210                                         ./modules/AllocateSystemMatricesx/AllocateSystemMatricesx.cpp\
    211                                         ./modules/CreateJacobianMatrixx/CreateJacobianMatrixx.cpp\
    212                                         ./modules/SystemMatricesx/SystemMatricesx.cpp\
    213                                         ./modules/CreateNodalConstraintsx/CreateNodalConstraintsx.cpp\
    214                                         ./modules/UpdateDynamicConstraintsx/UpdateDynamicConstraintsx.cpp\
    215                                         ./modules/IoModelToConstraintsx/IoModelToConstraintsx.cpp\
    216                                         ./modules/SetActiveNodesLSMx/SetActiveNodesLSMx.cpp\
    217                                         ./modules/InputUpdateFromConstantx/InputUpdateFromConstantx.cpp\
    218                                         ./modules/InputUpdateFromSolutionx/InputUpdateFromSolutionx.cpp\
    219                                         ./modules/GeothermalFluxx/GeothermalFluxx.cpp\
    220                                         ./modules/GetSolutionFromInputsx/GetSolutionFromInputsx.cpp\
    221                                         ./modules/GetVectorFromInputsx/GetVectorFromInputsx.cpp\
    222                                         ./modules/InputUpdateFromVectorx/InputUpdateFromVectorx.cpp\
    223                                         ./modules/FloatingiceMeltingRatex/FloatingiceMeltingRatex.cpp\
    224                                         ./modules/FloatingiceMeltingRatePicox/FloatingiceMeltingRatePicox.cpp\
    225                                         ./modules/FrontalForcingsx/FrontalForcingsx.cpp\
    226                                         ./modules/ConfigureObjectsx/ConfigureObjectsx.cpp\
    227                                         ./modules/SpcNodesx/SpcNodesx.cpp\
    228                                         ./modules/SurfaceMassBalancex/SurfaceMassBalancex.cpp\
    229                                         ./modules/SurfaceMassBalancex/Gembx.cpp\
    230                                         ./modules/Reducevectorgtofx/Reducevectorgtofx.cpp\
    231                                         ./modules/Reduceloadx/Reduceloadx.cpp\
    232                                         ./modules/ConstraintsStatex/ConstraintsStatex.cpp\
    233                                         ./modules/ResetConstraintsx/ResetConstraintsx.cpp\
    234                                         ./modules/ResetFSBasalBoundaryConditionx/ResetFSBasalBoundaryConditionx.cpp\
    235                                         ./modules/Solverx/Solverx.cpp\
    236                                         ./modules/Mergesolutionfromftogx/Mergesolutionfromftogx.cpp\
    237                                         ./cores/ProcessArguments.cpp\
    238                                         ./cores/ResetBoundaryConditions.cpp\
    239                                         ./cores/WrapperCorePointerFromSolutionEnum.cpp\
    240                                         ./cores/CorePointerFromSolutionEnum.cpp\
    241                                         ./cores/ad_core.cpp\
    242                                         ./cores/adgradient_core.cpp\
    243                                         ./main/EnvironmentInit.cpp\
    244                                         ./main/EnvironmentFinalize.cpp\
    245                                         ./analyses/EnumToAnalysis.cpp\
    246                                         ./solutionsequences/solutionsequence_la.cpp\
    247                                         ./solutionsequences/solutionsequence_la_theta.cpp\
    248                                         ./solutionsequences/solutionsequence_linear.cpp\
    249                                         ./solutionsequences/solutionsequence_nonlinear.cpp\
    250                                         ./solutionsequences/solutionsequence_newton.cpp\
    251                                         ./solutionsequences/solutionsequence_fct.cpp\
    252                                         ./solutionsequences/solutionsequence_schurcg.cpp\
    253                                         ./solutionsequences/convergence.cpp\
    254                                         ./classes/Options/Options.cpp\
    255                                         ./classes/Options/OptionUtilities.cpp\
    256                                         ./classes/RiftStruct.cpp\
    257                                         ./modules/ModelProcessorx/Transient/UpdateElementsTransient.cpp \
    258                                         ./cores/transient_core.cpp\
    259                                         ./cores/steadystate_core.cpp\
    260                                         ./cores/masstransport_core.cpp\
    261                                         ./cores/depthaverage_core.cpp\
    262                                         ./cores/extrudefrombase_core.cpp\
    263                                         ./cores/extrudefromtop_core.cpp\
    264                                         ./cores/thermal_core.cpp\
    265                                         ./cores/smb_core.cpp\
    266                                         ./cores/bmb_core.cpp\
    267                                         ./solutionsequences/solutionsequence_thermal_nonlinear.cpp\
    268                                         ./modules/ControlInputSetGradientx/ControlInputSetGradientx.cpp\
    269                                         ./modules/GetVectorFromControlInputsx/GetVectorFromControlInputsx.cpp\
    270                                         ./modules/SetControlInputsFromVectorx/SetControlInputsFromVectorx.cpp\
    271                                         ./modules/ModelProcessorx/Control/CreateParametersControl.cpp\
    272                                         ./modules/ModelProcessorx/Control/UpdateElementsAndMaterialsControl.cpp\
    273                                         ./modules/SurfaceAbsVelMisfitx/SurfaceAbsVelMisfitx.cpp\
    274                                         ./modules/SurfaceRelVelMisfitx/SurfaceRelVelMisfitx.cpp\
    275                                         ./modules/SurfaceLogVelMisfitx/SurfaceLogVelMisfitx.cpp\
    276                                         ./modules/SurfaceLogVxVyMisfitx/SurfaceLogVxVyMisfitx.cpp\
    277                                         ./modules/SurfaceAverageVelMisfitx/SurfaceAverageVelMisfitx.cpp\
    278                                         ./modules/ThicknessAbsMisfitx/ThicknessAbsMisfitx.cpp\
    279                                         ./modules/Gradjx/Gradjx.cpp\
    280                                         ./modules/DragCoefficientAbsGradientx/DragCoefficientAbsGradientx.cpp\
    281                                         ./modules/ThicknessAlongGradientx/ThicknessAlongGradientx.cpp\
    282                                         ./modules/ThicknessAcrossGradientx/ThicknessAcrossGradientx.cpp\
    283                                         ./modules/RheologyBbarAbsGradientx/RheologyBbarAbsGradientx.cpp\
    284                                         ./modules/RheologyBAbsGradientx/RheologyBAbsGradientx.cpp\
    285                                         ./shared/Numerics/BrentSearch.cpp\
    286                                         ./cores/control_core.cpp\
    287                                         ./cores/controltao_core.cpp\
    288                                         ./cores/controlm1qn3_core.cpp\
    289                                         ./cores/controladm1qn3_core.cpp\
    290                                         ./cores/controlvalidation_core.cpp\
    291                                         ./cores/adjointstressbalance_core.cpp\
    292                                         ./cores/adjointbalancethickness_core.cpp\
    293                                         ./cores/adjointbalancethickness2_core.cpp\
    294                                         ./cores/AdjointCorePointerFromSolutionEnum.cpp\
    295                                         ./solutionsequences/solutionsequence_adjoint_linear.cpp\
    296                                         ./cores/hydrology_core.cpp\
    297                                         ./solutionsequences/solutionsequence_hydro_nonlinear.cpp\
    298                                         ./solutionsequences/solutionsequence_shakti_nonlinear.cpp\
    299                                         ./solutionsequences/solutionsequence_glads_nonlinear.cpp\
    300                                         ./cores/stressbalance_core.cpp\
    301                                         ./solutionsequences/solutionsequence_stokescoupling_nonlinear.cpp\
    302                                         ./cores/balancethickness_core.cpp \
    303                                         ./cores/balancethickness2_core.cpp \
    304                                         ./cores/balancevelocity_core.cpp \
    305                                         ./cores/dummy_core.cpp\
    306                                         ./cores/surfaceslope_core.cpp\
    307                                         ./cores/bedslope_core.cpp\
    308                                         ./cores/damage_core.cpp\
    309                                         ./cores/levelsetfunctionslope_core.cpp\
    310                                         ./cores/movingfront_core.cpp\
    311                                         ./modules/GroundinglineMigrationx/GroundinglineMigrationx.cpp\
    312                                         ./classes/Loads/Riftfront.cpp\
    313                                         ./modules/ConstraintsStatex/RiftConstraintsState.cpp\
    314                                         ./modules/ModelProcessorx/CreateOutputDefinitions.cpp\
    315                                         ./modules/OutputDefinitionsResponsex/OutputDefinitionsResponsex.cpp\
    316                                         ./modules/InterpFromMeshToMesh2dx/InterpFromMeshToMesh2dx.cpp\
    317                                         ./classes/Inputs2/Inputs2.cpp\
    318                                         ./classes/Inputs2/BoolInput2.cpp\
    319                                         ./classes/Inputs2/IntInput2.cpp\
    320                                         ./classes/Inputs2/ElementInput2.cpp\
    321                                         ./classes/Inputs2/SegInput2.cpp\
    322                                         ./classes/Inputs2/TriaInput2.cpp\
    323                                         ./classes/Inputs2/PentaInput2.cpp\
    324                                         ./classes/Inputs2/DatasetInput2.cpp\
    325                                         ./classes/Inputs2/ControlInput2.cpp\
    326                                         ./classes/Inputs2/TransientInput2.cpp\
    327                                         ./classes/Inputs2/ArrayInput2.cpp
     70issm_sources += \
     71        ./datastructures/DataSet.cpp \
     72        ./classes/gauss/GaussSeg.cpp \
     73        ./classes/gauss/GaussTria.cpp \
     74        ./classes/gauss/GaussTetra.cpp \
     75        ./classes/gauss/GaussPenta.cpp \
     76        ./classes/IoModel.cpp \
     77        ./classes/FemModel.cpp \
     78        ./classes/Loads/Friction.cpp \
     79        ./classes/Constraints/SpcTransient.cpp \
     80        ./classes/DependentObject.cpp \
     81        ./classes/Contours.cpp \
     82        ./classes/Vertices.cpp \
     83        ./classes/Nodes.cpp \
     84        ./classes/Numberedcostfunction.cpp \
     85        ./classes/Misfit.cpp \
     86        ./classes/Cfsurfacesquare.cpp \
     87        ./classes/Cfdragcoeffabsgrad.cpp \
     88        ./classes/Cfsurfacelogvel.cpp \
     89        ./classes/Regionaloutput.cpp \
     90        ./classes/Nodalvalue.cpp \
     91        ./classes/Node.cpp \
     92        ./classes/Vertex.cpp \
     93        ./classes/Hook.cpp \
     94        ./classes/Radar.cpp \
     95        ./classes/ExternalResults/Results.cpp \
     96        ./classes/Elements/Element.cpp \
     97        ./classes/Elements/Elements.cpp \
     98        ./classes/Elements/ElementHook.cpp \
     99        ./classes/Elements/Seg.cpp \
     100        ./classes/Elements/SegRef.cpp \
     101        ./classes/Elements/Tria.cpp \
     102        ./classes/Elements/TriaRef.cpp \
     103        ./classes/Elements/Tetra.cpp \
     104        ./classes/Elements/TetraRef.cpp \
     105        ./classes/Elements/Penta.cpp \
     106        ./classes/Elements/PentaRef.cpp \
     107        ./classes/Materials/Materials.cpp \
     108        ./classes/Materials/Matice.cpp \
     109        ./classes/Materials/Matlitho.cpp \
     110        ./classes/Materials/Matestar.cpp \
     111        ./classes/Constraints/Constraints.cpp \
     112        ./classes/Constraints/SpcStatic.cpp \
     113        ./classes/Constraints/SpcDynamic.cpp \
     114        ./classes/Loads/Channel.cpp \
     115        ./classes/Loads/Loads.cpp \
     116        ./classes/Loads/Penpair.cpp \
     117        ./classes/Loads/Pengrid.cpp \
     118        ./classes/Loads/Moulin.cpp \
     119        ./classes/Loads/Numericalflux.cpp \
     120        ./classes/Loads/Neumannflux.cpp \
     121        ./classes/matrix/ElementMatrix.cpp \
     122        ./classes/matrix/ElementVector.cpp \
     123        ./classes/Params/Parameters.cpp \
     124        ./classes/Params/BoolParam.cpp \
     125        ./classes/Params/IntParam.cpp \
     126        ./classes/Params/IntVecParam.cpp \
     127        ./classes/Params/IntMatParam.cpp \
     128        ./classes/Params/DoubleParam.cpp \
     129        ./classes/Params/FileParam.cpp \
     130        ./classes/Params/StringArrayParam.cpp \
     131        ./classes/Params/DoubleMatParam.cpp \
     132        ./classes/Params/DoubleTransientMatParam.cpp \
     133        ./classes/Params/DoubleMatArrayParam.cpp \
     134        ./classes/Params/DoubleVecParam.cpp \
     135        ./classes/Params/StringParam.cpp \
     136        ./classes/Params/MatrixParam.cpp \
     137        ./classes/Params/VectorParam.cpp \
     138        ./classes/Params/TransientParam.cpp \
     139        ./classes/Params/TransientArrayParam.cpp \
     140        ./classes/Params/DataSetParam.cpp \
     141        ./classes/Profiler.cpp \
     142        ./shared/Matrix/MatrixUtils.cpp \
     143        ./shared/io/Disk/pfopen.cpp \
     144        ./shared/io/Disk/pfclose.cpp \
     145        ./shared/io/Disk/WriteLockFile.cpp \
     146        ./shared/io/Print/PrintfFunction.cpp \
     147        ./shared/io/Comm/IssmComm.cpp \
     148        ./shared/io/Marshalling/IoCodeConversions.cpp \
     149        ./shared/LatLong/Ll2xyx.cpp \
     150        ./shared/LatLong/Xy2llx.cpp \
     151        ./shared/FSanalyticals/fsanalyticals.cpp \
     152        ./shared/Enum/EnumToStringx.cpp \
     153        ./shared/Enum/StringToEnumx.cpp \
     154        ./shared/Numerics/Verbosity.cpp \
     155        ./shared/Numerics/GaussPoints.cpp \
     156        ./shared/Numerics/cross.cpp \
     157        ./shared/Numerics/cubic.cpp \
     158        ./shared/Numerics/NewtonSolveDnorm.cpp \
     159        ./shared/Numerics/ODE1.cpp \
     160        ./shared/Numerics/extrema.cpp \
     161        ./shared/Numerics/legendre.cpp \
     162        ./shared/Numerics/XZvectorsToCoordinateSystem.cpp \
     163        ./shared/Exceptions/Exceptions.cpp \
     164        ./shared/Sorting/binary_search.cpp \
     165        ./shared/Elements/Cuffey.cpp \
     166        ./shared/Elements/BuddJacka.cpp \
     167        ./shared/Elements/CuffeyTemperate.cpp \
     168        ./shared/Elements/StressIntensityIntegralWeight.cpp \
     169        ./shared/Elements/Paterson.cpp \
     170        ./shared/Elements/Arrhenius.cpp \
     171        ./shared/Elements/NyeCO2.cpp \
     172        ./shared/Elements/NyeH2O.cpp \
     173        ./shared/Elements/LliboutryDuval.cpp \
     174        ./shared/Elements/PrintArrays.cpp \
     175        ./shared/Elements/PddSurfaceMassBalance.cpp \
     176        ./shared/Elements/PddSurfaceMassBalanceSicopolis.cpp \
     177        ./shared/Elements/ComputeDelta18oTemperaturePrecipitation.cpp \
     178        ./shared/Elements/ComputeMungsmTemperaturePrecipitation.cpp \
     179        ./shared/Elements/ComputeD18OTemperaturePrecipitationFromPD.cpp \
     180        ./shared/Elements/DrainageFunctionWaterfraction.cpp \
     181        ./shared/Elements/EstarComponents.cpp \
     182        ./shared/String/DescriptorIndex.cpp \
     183        ./toolkits/issm/IssmToolkitUtils.cpp \
     184        ./toolkits/issm/IssmSolver.cpp \
     185        ./toolkits/mpi/issmmpi.cpp \
     186        ./toolkits/mpi/commops/DetermineLocalSize.cpp \
     187        ./toolkits/mpi/commops/DetermineGlobalSize.cpp \
     188        ./toolkits/mpi/commops/DetermineRowRankFromLocalSize.cpp \
     189        ./toolkits/mpi/commops/GetOwnershipBoundariesFromRange.cpp \
     190        ./toolkits/ToolkitOptions.cpp \
     191        ./modules/ModelProcessorx/ModelProcessorx.cpp \
     192        ./modules/ModelProcessorx/ElementsAndVerticesPartitioning.cpp \
     193        ./modules/ModelProcessorx/NodesPartitioning.cpp \
     194        ./modules/ModelProcessorx/EdgesPartitioning.cpp \
     195        ./modules/ModelProcessorx/FacesPartitioning.cpp \
     196        ./modules/ModelProcessorx/CreateParameters.cpp \
     197        ./modules/ModelProcessorx/Autodiff/CreateParametersAutodiff.cpp \
     198        ./modules/ModelProcessorx/CreateFaces.cpp \
     199        ./modules/ModelProcessorx/CreateEdges.cpp \
     200        ./modules/ModelProcessorx/CreateSingleNodeToElementConnectivity.cpp \
     201        ./modules/ModelProcessorx/CreateNumberNodeToElementConnectivity.cpp \
     202        ./modules/ModelProcessorx/CreateElementsVerticesAndMaterials.cpp \
     203        ./modules/ModelProcessorx/CreateNodes.cpp \
     204        ./modules/ParseToolkitsOptionsx/ParseToolkitsOptionsx.cpp \
     205        ./modules/NodesDofx/NodesDofx.cpp \
     206        ./modules/NodalValuex/NodalValuex.cpp \
     207        ./modules/VertexCoordinatesx/VertexCoordinatesx.cpp \
     208        ./modules/OutputResultsx/OutputResultsx.cpp \
     209        ./modules/InputDepthAverageAtBasex/InputDepthAverageAtBasex.cpp \
     210        ./modules/InputDuplicatex/InputDuplicatex.cpp \
     211        ./modules/InputExtrudex/InputExtrudex.cpp \
     212        ./modules/SurfaceAreax/SurfaceAreax.cpp \
     213        ./modules/AllocateSystemMatricesx/AllocateSystemMatricesx.cpp \
     214        ./modules/CreateJacobianMatrixx/CreateJacobianMatrixx.cpp \
     215        ./modules/SystemMatricesx/SystemMatricesx.cpp \
     216        ./modules/CreateNodalConstraintsx/CreateNodalConstraintsx.cpp \
     217        ./modules/UpdateDynamicConstraintsx/UpdateDynamicConstraintsx.cpp \
     218        ./modules/IoModelToConstraintsx/IoModelToConstraintsx.cpp \
     219        ./modules/SetActiveNodesLSMx/SetActiveNodesLSMx.cpp \
     220        ./modules/InputUpdateFromConstantx/InputUpdateFromConstantx.cpp \
     221        ./modules/InputUpdateFromSolutionx/InputUpdateFromSolutionx.cpp \
     222        ./modules/GeothermalFluxx/GeothermalFluxx.cpp \
     223        ./modules/GetSolutionFromInputsx/GetSolutionFromInputsx.cpp \
     224        ./modules/GetVectorFromInputsx/GetVectorFromInputsx.cpp \
     225        ./modules/InputUpdateFromVectorx/InputUpdateFromVectorx.cpp \
     226        ./modules/FloatingiceMeltingRatex/FloatingiceMeltingRatex.cpp \
     227        ./modules/FloatingiceMeltingRatePicox/FloatingiceMeltingRatePicox.cpp \
     228        ./modules/FrontalForcingsx/FrontalForcingsx.cpp \
     229        ./modules/ConfigureObjectsx/ConfigureObjectsx.cpp \
     230        ./modules/SpcNodesx/SpcNodesx.cpp \
     231        ./modules/SurfaceMassBalancex/SurfaceMassBalancex.cpp \
     232        ./modules/SurfaceMassBalancex/Gembx.cpp \
     233        ./modules/Reducevectorgtofx/Reducevectorgtofx.cpp \
     234        ./modules/Reduceloadx/Reduceloadx.cpp \
     235        ./modules/ConstraintsStatex/ConstraintsStatex.cpp \
     236        ./modules/ResetConstraintsx/ResetConstraintsx.cpp \
     237        ./modules/ResetFSBasalBoundaryConditionx/ResetFSBasalBoundaryConditionx.cpp \
     238        ./modules/Solverx/Solverx.cpp \
     239        ./modules/Mergesolutionfromftogx/Mergesolutionfromftogx.cpp \
     240        ./cores/ProcessArguments.cpp \
     241        ./cores/ResetBoundaryConditions.cpp \
     242        ./cores/WrapperCorePointerFromSolutionEnum.cpp \
     243        ./cores/CorePointerFromSolutionEnum.cpp \
     244        ./cores/ad_core.cpp \
     245        ./cores/adgradient_core.cpp \
     246        ./main/EnvironmentInit.cpp \
     247        ./main/EnvironmentFinalize.cpp \
     248        ./analyses/EnumToAnalysis.cpp \
     249        ./solutionsequences/solutionsequence_la.cpp \
     250        ./solutionsequences/solutionsequence_la_theta.cpp \
     251        ./solutionsequences/solutionsequence_linear.cpp \
     252        ./solutionsequences/solutionsequence_nonlinear.cpp \
     253        ./solutionsequences/solutionsequence_newton.cpp \
     254        ./solutionsequences/solutionsequence_fct.cpp \
     255        ./solutionsequences/solutionsequence_schurcg.cpp \
     256        ./solutionsequences/convergence.cpp \
     257        ./classes/Options/Options.cpp \
     258        ./classes/Options/OptionUtilities.cpp \
     259        ./classes/RiftStruct.cpp \
     260        ./modules/ModelProcessorx/Transient/UpdateElementsTransient.cpp \
     261        ./cores/transient_core.cpp \
     262        ./cores/steadystate_core.cpp \
     263        ./cores/masstransport_core.cpp \
     264        ./cores/depthaverage_core.cpp \
     265        ./cores/extrudefrombase_core.cpp \
     266        ./cores/extrudefromtop_core.cpp \
     267        ./cores/thermal_core.cpp \
     268        ./cores/smb_core.cpp \
     269        ./cores/bmb_core.cpp \
     270        ./solutionsequences/solutionsequence_thermal_nonlinear.cpp \
     271        ./modules/ControlInputSetGradientx/ControlInputSetGradientx.cpp \
     272        ./modules/GetVectorFromControlInputsx/GetVectorFromControlInputsx.cpp \
     273        ./modules/SetControlInputsFromVectorx/SetControlInputsFromVectorx.cpp \
     274        ./modules/ModelProcessorx/Control/CreateParametersControl.cpp \
     275        ./modules/ModelProcessorx/Control/UpdateElementsAndMaterialsControl.cpp \
     276        ./modules/SurfaceAbsVelMisfitx/SurfaceAbsVelMisfitx.cpp \
     277        ./modules/SurfaceRelVelMisfitx/SurfaceRelVelMisfitx.cpp \
     278        ./modules/SurfaceLogVelMisfitx/SurfaceLogVelMisfitx.cpp \
     279        ./modules/SurfaceLogVxVyMisfitx/SurfaceLogVxVyMisfitx.cpp \
     280        ./modules/SurfaceAverageVelMisfitx/SurfaceAverageVelMisfitx.cpp \
     281        ./modules/ThicknessAbsMisfitx/ThicknessAbsMisfitx.cpp \
     282        ./modules/Gradjx/Gradjx.cpp \
     283        ./modules/DragCoefficientAbsGradientx/DragCoefficientAbsGradientx.cpp \
     284        ./modules/ThicknessAlongGradientx/ThicknessAlongGradientx.cpp \
     285        ./modules/ThicknessAcrossGradientx/ThicknessAcrossGradientx.cpp \
     286        ./modules/RheologyBbarAbsGradientx/RheologyBbarAbsGradientx.cpp \
     287        ./modules/RheologyBAbsGradientx/RheologyBAbsGradientx.cpp \
     288        ./shared/Numerics/BrentSearch.cpp \
     289        ./cores/control_core.cpp \
     290        ./cores/controltao_core.cpp \
     291        ./cores/controlm1qn3_core.cpp \
     292        ./cores/controladm1qn3_core.cpp \
     293        ./cores/controlvalidation_core.cpp \
     294        ./cores/adjointstressbalance_core.cpp \
     295        ./cores/adjointbalancethickness_core.cpp \
     296        ./cores/adjointbalancethickness2_core.cpp \
     297        ./cores/AdjointCorePointerFromSolutionEnum.cpp \
     298        ./solutionsequences/solutionsequence_adjoint_linear.cpp \
     299        ./cores/hydrology_core.cpp \
     300        ./solutionsequences/solutionsequence_hydro_nonlinear.cpp \
     301        ./solutionsequences/solutionsequence_shakti_nonlinear.cpp \
     302        ./solutionsequences/solutionsequence_glads_nonlinear.cpp \
     303        ./cores/stressbalance_core.cpp \
     304        ./solutionsequences/solutionsequence_stokescoupling_nonlinear.cpp \
     305        ./cores/balancethickness_core.cpp \
     306        ./cores/balancethickness2_core.cpp \
     307        ./cores/balancevelocity_core.cpp \
     308        ./cores/dummy_core.cpp \
     309        ./cores/surfaceslope_core.cpp \
     310        ./cores/bedslope_core.cpp \
     311        ./cores/damage_core.cpp \
     312        ./cores/levelsetfunctionslope_core.cpp \
     313        ./cores/movingfront_core.cpp \
     314        ./modules/GroundinglineMigrationx/GroundinglineMigrationx.cpp \
     315        ./classes/Loads/Riftfront.cpp \
     316        ./modules/ConstraintsStatex/RiftConstraintsState.cpp \
     317        ./modules/ModelProcessorx/CreateOutputDefinitions.cpp \
     318        ./modules/OutputDefinitionsResponsex/OutputDefinitionsResponsex.cpp \
     319        ./modules/InterpFromMeshToMesh2dx/InterpFromMeshToMesh2dx.cpp \
     320        ./classes/Inputs2/Inputs2.cpp \
     321        ./classes/Inputs2/BoolInput2.cpp \
     322        ./classes/Inputs2/IntInput2.cpp \
     323        ./classes/Inputs2/ElementInput2.cpp \
     324        ./classes/Inputs2/SegInput2.cpp \
     325        ./classes/Inputs2/TriaInput2.cpp \
     326        ./classes/Inputs2/PentaInput2.cpp \
     327        ./classes/Inputs2/DatasetInput2.cpp \
     328        ./classes/Inputs2/ControlInput2.cpp \
     329        ./classes/Inputs2/TransientInput2.cpp \
     330        ./classes/Inputs2/ArrayInput2.cpp
    328331#}}}
    329332#ADJOINTMPI/MeDiPack sources {{{
    … …  
    337340#DAKOTA sources  {{{
    338341if DAKOTA
    339 issm_sources +=  ./classes/Dakota/IssmDirectApplicInterface.h\
    340                                           ./classes/Dakota/IssmParallelDirectApplicInterface.cpp\
    341                                           ./modules/InputUpdateFromDakotax/InputUpdateFromDakotax.cpp\
    342                                           ./modules/InputUpdateFromVectorDakotax/InputUpdateFromVectorDakotax.cpp\
    343                                           ./modules/InputUpdateFromMatrixDakotax/InputUpdateFromMatrixDakotax.cpp\
    344                                           ./modules/AverageOntoPartitionx/AverageOntoPartitionx.cpp\
    345                                           ./modules/ModelProcessorx/Dakota/CreateParametersDakota.cpp\
    346                                           ./modules/ModelProcessorx/Dakota/UpdateElementsAndMaterialsDakota.cpp\
    347                                           ./cores/dakota_core.cpp
     342issm_sources += \
     343        ./classes/Dakota/IssmDirectApplicInterface.h \
     344        ./classes/Dakota/IssmParallelDirectApplicInterface.cpp \
     345        ./modules/InputUpdateFromDakotax/InputUpdateFromDakotax.cpp \
     346        ./modules/InputUpdateFromVectorDakotax/InputUpdateFromVectorDakotax.cpp \
     347        ./modules/InputUpdateFromMatrixDakotax/InputUpdateFromMatrixDakotax.cpp \
     348        ./modules/AverageOntoPartitionx/AverageOntoPartitionx.cpp \
     349        ./modules/ModelProcessorx/Dakota/CreateParametersDakota.cpp \
     350        ./modules/ModelProcessorx/Dakota/UpdateElementsAndMaterialsDakota.cpp \
     351        ./cores/dakota_core.cpp
    348352endif
    349353#}}}
    350354#Petsc sources  {{{
    351355if PETSC
    352 issm_sources += ./toolkits/petsc\
    353                                         ./toolkits/petsc/patches\
    354                                         ./toolkits/petsc/patches/VecToMPISerial.cpp\
    355                                         ./toolkits/petsc/patches/MatToSerial.cpp\
    356                                         ./toolkits/petsc/patches/NewVec.cpp\
    357                                         ./toolkits/petsc/patches/PetscOptionsDetermineSolverType.cpp\
    358                                         ./toolkits/petsc/patches/NewMat.cpp\
    359                                         ./toolkits/petsc/patches/VecFree.cpp\
    360                                         ./toolkits/petsc/patches/KSPFree.cpp\
    361                                         ./toolkits/petsc/patches/MatFree.cpp\
    362                                         ./toolkits/petsc/patches/MatMultPatch.cpp\
    363                                         ./toolkits/petsc/patches/ISSMToPetscMatrixType.cpp\
    364                                         ./toolkits/petsc/patches/ISSMToPetscInsertMode.cpp\
    365                                         ./toolkits/petsc/patches/ISSMToPetscNormMode.cpp\
    366                                         ./toolkits/petsc/objects/PetscMat.cpp\
    367                                         ./toolkits/petsc/objects/PetscVec.cpp\
    368                                         ./toolkits/petsc/objects/PetscSolver.cpp
     356issm_sources += \
     357        ./toolkits/petsc \
     358        ./toolkits/petsc/patches \
     359        ./toolkits/petsc/patches/VecToMPISerial.cpp \
     360        ./toolkits/petsc/patches/MatToSerial.cpp \
     361        ./toolkits/petsc/patches/NewVec.cpp \
     362        ./toolkits/petsc/patches/PetscOptionsDetermineSolverType.cpp \
     363        ./toolkits/petsc/patches/NewMat.cpp \
     364        ./toolkits/petsc/patches/VecFree.cpp \
     365        ./toolkits/petsc/patches/KSPFree.cpp \
     366        ./toolkits/petsc/patches/MatFree.cpp \
     367        ./toolkits/petsc/patches/MatMultPatch.cpp \
     368        ./toolkits/petsc/patches/ISSMToPetscMatrixType.cpp \
     369        ./toolkits/petsc/patches/ISSMToPetscInsertMode.cpp \
     370        ./toolkits/petsc/patches/ISSMToPetscNormMode.cpp \
     371        ./toolkits/petsc/objects/PetscMat.cpp \
     372        ./toolkits/petsc/objects/PetscVec.cpp \
     373        ./toolkits/petsc/objects/PetscSolver.cpp
    369374endif
    370375#}}}
    … …  
    492497endif
    493498#}}}
    494 #Gia sources  (only if have fortran){{{
     499#Gia sources (only if have fortran){{{
    495500if GIAIVINS
    496501if FORTRAN
    497 issm_sources +=  ./cores/gia_core.cpp\
    498                                         ./analyses/GiaIvinsAnalysis.cpp\
    499                                         ./modules/GiaDeflectionCorex/GiaDeflectionCorex.cpp\
    500                                         ./modules/GiaDeflectionCorex/distme.f\
    501                                         ./modules/GiaDeflectionCorex/freed.f\
    502                                         ./modules/GiaDeflectionCorex/ojrule.f\
    503                                         ./modules/GiaDeflectionCorex/pwise.f\
    504                                         ./modules/GiaDeflectionCorex/qwise.f\
    505                                         ./modules/GiaDeflectionCorex/stot.f\
    506                                         ./modules/GiaDeflectionCorex/what0.f
    507 endif
    508 endif
    509 #}}}
    510 #Love sources  (only if have fortran){{{
     502issm_sources += \
     503        ./cores/gia_core.cpp \
     504        ./analyses/GiaIvinsAnalysis.cpp \
     505        ./modules/GiaDeflectionCorex/GiaDeflectionCorex.cpp \
     506        ./modules/GiaDeflectionCorex/distme.f \
     507        ./modules/GiaDeflectionCorex/freed.f \
     508        ./modules/GiaDeflectionCorex/ojrule.f \
     509        ./modules/GiaDeflectionCorex/pwise.f \
     510        ./modules/GiaDeflectionCorex/qwise.f \
     511        ./modules/GiaDeflectionCorex/stot.f \
     512        ./modules/GiaDeflectionCorex/what0.f
     513endif
     514endif
     515#}}}
     516#Love sources (only if have fortran){{{
    511517if LOVE
    512518if FORTRAN
    513 issm_sources +=  ./cores/love_core.cpp\
    514                                  ./analyses/LoveAnalysis.cpp\
    515                                 ./modules/FourierLoveCorex/FourierLoveCorex.cpp\
    516                                 ./modules/FourierLoveCorex/lnb_param.f90\
    517                                 ./modules/FourierLoveCorex/model.f90\
    518                                 ./modules/FourierLoveCorex/util.f90\
    519                                 ./modules/FourierLoveCorex/lovenb_sub.f90\
    520                                 ./modules/FourierLoveCorex/love_numbers.f90
     519issm_sources += \
     520        ./cores/love_core.cpp \
     521        ./analyses/LoveAnalysis.cpp \
     522        ./modules/FourierLoveCorex/FourierLoveCorex.cpp \
     523        ./modules/FourierLoveCorex/lnb_param.f90 \
     524        ./modules/FourierLoveCorex/model.f90 \
     525        ./modules/FourierLoveCorex/util.f90 \
     526        ./modules/FourierLoveCorex/lovenb_sub.f90 \
     527        ./modules/FourierLoveCorex/love_numbers.f90
    521528endif
    522529endif
    523530#}}}
    524531#Esa sources  {{{
    525 if ESA
    526 issm_sources +=  ./cores/esa_core.cpp\
    527                                         ./analyses/EsaAnalysis.cpp
     532if ESA
     533issm_sources += \
     534        ./cores/esa_core.cpp \
     535        ./analyses/EsaAnalysis.cpp
    528536endif
    529537#}}}
    530538#Oceansources  {{{
    531539if OCEAN
    532 issm_sources +=  ./modules/OceanExchangeDatax/OceanExchangeDatax.cpp
     540issm_sources += ./modules/OceanExchangeDatax/OceanExchangeDatax.cpp
    533541endif
    534542#}}}
    535543#Slr sources  {{{
    536544if SEALEVELRISE
    537 issm_sources +=  ./cores/sealevelrise_core.cpp\
    538                                  ./analyses/SealevelriseAnalysis.cpp
     545issm_sources += \
     546        ./cores/sealevelrise_core.cpp \
     547        ./analyses/SealevelriseAnalysis.cpp
    539548endif
    540549#}}}
    … …  
    558567#Wrapper sources
    559568#Kml sources  {{{
    560 kml_sources = ./modules/Exp2Kmlx/Exp2Kmlx.cpp\
    561                                   ./modules/Kml2Expx/Kml2Expx.cpp\
    562                                   ./modules/Shp2Kmlx/Shp2Kmlx.cpp\
    563                                   ./modules/KMLFileReadx/KMLFileReadx.cpp\
    564                                   ./modules/KMLMeshWritex/KMLMeshWritex.cpp\
    565                                   ./modules/KMLOverlayx/KMLOverlayx.cpp\
    566                                   ./kml/KML_Attribute.cpp\
    567                                   ./kml/KML_Comment.cpp\
    568                                   ./kml/KML_ColorStyle.cpp\
    569                                   ./kml/KML_Container.cpp\
    570                                   ./kml/KML_Document.cpp\
    571                                   ./kml/KML_Feature.cpp\
    572                                   ./kml/KML_File.cpp\
    573                                   ./kml/KML_Folder.cpp\
    574                                   ./kml/KML_Geometry.cpp\
    575                                   ./kml/KML_GroundOverlay.cpp\
    576                                   ./kml/KML_Icon.cpp\
    577                                   ./kml/KML_LatLonBox.cpp\
    578                                   ./kml/KML_LinearRing.cpp\
    579                                   ./kml/KML_LineString.cpp\
    580                                   ./kml/KML_LineStyle.cpp\
    581                                   ./kml/KML_MultiGeometry.cpp\
    582                                   ./kml/KML_Object.cpp\
    583                                   ./kml/KML_Overlay.cpp\
    584                                   ./kml/KML_Point.cpp\
    585                                   ./kml/KML_Placemark.cpp\
    586                                   ./kml/KML_Polygon.cpp\
    587                                   ./kml/KML_PolyStyle.cpp\
    588                                   ./kml/KML_Style.cpp\
    589                                   ./kml/KML_StyleSelector.cpp\
    590                                   ./kml/KML_SubStyle.cpp\
    591                                   ./kml/KML_Unknown.cpp\
    592                                   ./kml/KMLFileReadUtils.cpp
     569kml_sources = \
     570        ./modules/Exp2Kmlx/Exp2Kmlx.cpp \
     571        ./modules/Kml2Expx/Kml2Expx.cpp \
     572        ./modules/Shp2Kmlx/Shp2Kmlx.cpp \
     573        ./modules/KMLFileReadx/KMLFileReadx.cpp \
     574        ./modules/KMLMeshWritex/KMLMeshWritex.cpp \
     575        ./modules/KMLOverlayx/KMLOverlayx.cpp \
     576        ./kml/KML_Attribute.cpp \
     577        ./kml/KML_Comment.cpp \
     578        ./kml/KML_ColorStyle.cpp \
     579        ./kml/KML_Container.cpp \
     580        ./kml/KML_Document.cpp \
     581        ./kml/KML_Feature.cpp \
     582        ./kml/KML_File.cpp \
     583        ./kml/KML_Folder.cpp \
     584        ./kml/KML_Geometry.cpp \
     585        ./kml/KML_GroundOverlay.cpp \
     586        ./kml/KML_Icon.cpp \
     587        ./kml/KML_LatLonBox.cpp \
     588        ./kml/KML_LinearRing.cpp \
     589        ./kml/KML_LineString.cpp \
     590        ./kml/KML_LineStyle.cpp \
     591        ./kml/KML_MultiGeometry.cpp \
     592        ./kml/KML_Object.cpp \
     593        ./kml/KML_Overlay.cpp \
     594        ./kml/KML_Point.cpp \
     595        ./kml/KML_Placemark.cpp \
     596        ./kml/KML_Polygon.cpp \
     597        ./kml/KML_PolyStyle.cpp \
     598        ./kml/KML_Style.cpp \
     599        ./kml/KML_StyleSelector.cpp \
     600        ./kml/KML_SubStyle.cpp \
     601        ./kml/KML_Unknown.cpp \
     602        ./kml/KMLFileReadUtils.cpp
    593603#}}}
    594604#NEOPZ sources  {{{
    … …  
    596606#}}}
    597607#Modules sources{{{
    598 modules_sources= ./shared/Threads/LaunchThread.cpp\
    599                         ./shared/Threads/PartitionRange.cpp\
    600                         ./shared/Exp/exp.cpp\
    601                         ./shared/Triangle/AssociateSegmentToElement.cpp\
    602                         ./shared/Triangle/GridInsideHole.cpp\
    603                         ./shared/Triangle/OrderSegments.cpp\
    604                         ./shared/Triangle/SplitMeshForRifts.cpp\
    605                         ./shared/Triangle/TriangleUtils.cpp\
    606                         ./modules/Trianglex/Trianglex.cpp\
    607                         ./modules/ProcessRiftsx/ProcessRiftsx.cpp\
    608                         ./modules/PointCloudFindNeighborsx/PointCloudFindNeighborsx.cpp\
    609                         ./modules/PointCloudFindNeighborsx/PointCloudFindNeighborsxt.cpp\
    610                         ./modules/InterpFromGridToMeshx/InterpFromGridToMeshx.cpp\
    611                         ./modules/InterpFromMesh2dx/InterpFromMesh2dx.cpp\
    612                         ./modules/InterpFromMesh2dx/InterpFromMesh2dxt.cpp\
    613                         ./modules/InterpFromMeshToMesh3dx/InterpFromMeshToMesh3dx.cpp\
    614                         ./modules/InterpFromMeshToGridx/InterpFromMeshToGridx.cpp\
    615                         ./modules/MeshProfileIntersectionx/MeshProfileIntersectionx.cpp\
    616                         ./modules/ContourToMeshx/ContourToMeshx.cpp\
    617                         ./modules/ContourToMeshx/ContourToMeshxt.cpp\
    618                         ./modules/ExpToLevelSetx/ExpToLevelSetx.cpp\
    619                         ./modules/ExpToLevelSetx/ExpToLevelSetxt.cpp\
    620                         ./modules/ContourToNodesx/ContourToNodesx.cpp\
    621                         ./modules/DistanceToMaskBoundaryx/DistanceToMaskBoundaryx.cpp\
    622                         ./modules/DistanceToMaskBoundaryx/DistanceToMaskBoundaryxt.cpp\
    623                         ./modules/NodeConnectivityx/NodeConnectivityx.cpp\
    624                         ./modules/ElementConnectivityx/ElementConnectivityx.cpp\
    625                         ./modules/PropagateFlagsFromConnectivityx/PropagateFlagsFromConnectivityx.cpp
     608modules_sources = \
     609        ./shared/Threads/LaunchThread.cpp \
     610        ./shared/Threads/PartitionRange.cpp \
     611        ./shared/Exp/exp.cpp \
     612        ./shared/Triangle/AssociateSegmentToElement.cpp \
     613        ./shared/Triangle/GridInsideHole.cpp \
     614        ./shared/Triangle/OrderSegments.cpp \
     615        ./shared/Triangle/SplitMeshForRifts.cpp \
     616        ./shared/Triangle/TriangleUtils.cpp \
     617        ./modules/Trianglex/Trianglex.cpp \
     618        ./modules/ProcessRiftsx/ProcessRiftsx.cpp \
     619        ./modules/PointCloudFindNeighborsx/PointCloudFindNeighborsx.cpp \
     620        ./modules/PointCloudFindNeighborsx/PointCloudFindNeighborsxt.cpp \
     621        ./modules/InterpFromGridToMeshx/InterpFromGridToMeshx.cpp \
     622        ./modules/InterpFromMesh2dx/InterpFromMesh2dx.cpp \
     623        ./modules/InterpFromMesh2dx/InterpFromMesh2dxt.cpp \
     624        ./modules/InterpFromMeshToMesh3dx/InterpFromMeshToMesh3dx.cpp \
     625        ./modules/InterpFromMeshToGridx/InterpFromMeshToGridx.cpp \
     626        ./modules/MeshProfileIntersectionx/MeshProfileIntersectionx.cpp \
     627        ./modules/ContourToMeshx/ContourToMeshx.cpp \
     628        ./modules/ContourToMeshx/ContourToMeshxt.cpp \
     629        ./modules/ExpToLevelSetx/ExpToLevelSetx.cpp \
     630        ./modules/ExpToLevelSetx/ExpToLevelSetxt.cpp \
     631        ./modules/ContourToNodesx/ContourToNodesx.cpp \
     632        ./modules/DistanceToMaskBoundaryx/DistanceToMaskBoundaryx.cpp \
     633        ./modules/DistanceToMaskBoundaryx/DistanceToMaskBoundaryxt.cpp \
     634        ./modules/NodeConnectivityx/NodeConnectivityx.cpp \
     635        ./modules/ElementConnectivityx/ElementConnectivityx.cpp \
     636        ./modules/PropagateFlagsFromConnectivityx/PropagateFlagsFromConnectivityx.cpp
     637
    626638if CHACO
    627 modules_sources+= ./modules/Chacox/Chacox.cpp\
    628                                                 ./modules/Chacox/input_parse.cpp\
    629                                                 ./modules/Chacox/chaco_seconds.cpp\
    630                                                 ./modules/Chacox/user_params.cpp
     639modules_sources += \
     640        ./modules/Chacox/Chacox.cpp \
     641        ./modules/Chacox/input_parse.cpp \
     642        ./modules/Chacox/chaco_seconds.cpp \
     643        ./modules/Chacox/user_params.cpp
    631644endif
    632645if SCOTCH
    633 modules_sources+= ./modules/Scotchx/Scotchx.cpp
     646modules_sources += ./modules/Scotchx/Scotchx.cpp
    634647endif
    635648#}}}
    … …  
    638651#Kriging sources  {{{
    639652if KRIGING
    640 issm_sources += ./classes/kriging/Observations.cpp\
    641                                         ./classes/kriging/GaussianVariogram.cpp\
    642                                         ./classes/kriging/ExponentialVariogram.cpp\
    643                                         ./classes/kriging/SphericalVariogram.cpp\
    644                                         ./classes/kriging/PowerVariogram.cpp\
    645                                         ./classes/kriging/Quadtree.cpp\
    646                                         ./classes/kriging/Covertree.cpp\
    647                                         ./classes/kriging/Observation.cpp\
    648                                         ./modules/Krigingx/pKrigingx.cpp
    649 
    650 modules_sources +=./modules/Krigingx/Krigingx.cpp\
    651                                                 ./modules/Krigingx/pKrigingx.cpp
     653issm_sources += \
     654        ./classes/kriging/Observations.cpp \
     655        ./classes/kriging/GaussianVariogram.cpp \
     656        ./classes/kriging/ExponentialVariogram.cpp \
     657        ./classes/kriging/SphericalVariogram.cpp \
     658        ./classes/kriging/PowerVariogram.cpp \
     659        ./classes/kriging/Quadtree.cpp \
     660        ./classes/kriging/Covertree.cpp \
     661        ./classes/kriging/Observation.cpp \
     662        ./modules/Krigingx/pKrigingx.cpp
     663
     664modules_sources += \
     665        ./modules/Krigingx/Krigingx.cpp \
     666        ./modules/Krigingx/pKrigingx.cpp
    652667endif
    653668#}}}
    654669#Library flags and sources {{{
    655 ALLCXXFLAGS= $(CXXFLAGS) $(CXXOPTFLAGS) 
     670ALLCXXFLAGS= $(CXXFLAGS) $(CXXOPTFLAGS)
    656671
    657672libISSMCore_la_SOURCES  = $(issm_sources)
    … …  
    661676if !WINDOWS
    662677if !STANDALONE_LIBRARIES
    663 libISSMCore_la_LIBADD = $(PETSCLIB) $(TAOLIB) $(M1QN3LIB) $(SEMICLIB) $(PLAPACKLIB) $(MUMPSLIB) $(SUPERLULIB) $(SPOOLESLIB) $(SCALAPACKLIB) $(BLACSLIB) $(HYPRELIB) $(SPAILIB) $(PROMETHEUSLIB) $(PASTIXLIB) $(MLLIB) $(DAKOTALIB) $(METISLIB) $(CHACOLIB) $(SCOTCHLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MKLLIB) $(MPILIB) $(MATHLIB) $(GRAPHICSLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(OSLIBS) $(GSLLIB)   $(ADOLCLIB) $(AMPILIB) $(ADJOINTMPILIB) $(METEOIOLIB) $(SNOWPACKLIB)
     678libISSMCore_la_LIBADD = $(PETSCLIB) $(TAOLIB) $(M1QN3LIB) $(SEMICLIB) $(PLAPACKLIB) $(MUMPSLIB) $(SUPERLULIB) $(SPOOLESLIB) $(SCALAPACKLIB) $(BLACSLIB) $(HYPRELIB) $(SPAILIB) $(PROMETHEUSLIB) $(PASTIXLIB) $(MLLIB) $(DAKOTALIB) $(METISLIB) $(CHACOLIB) $(SCOTCHLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MKLLIB) $(MPILIB) $(MATHLIB) $(GRAPHICSLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(OSLIBS) $(GSLLIB) $(ADOLCLIB) $(AMPILIB) $(ADJOINTMPILIB) $(METEOIOLIB) $(SNOWPACKLIB)
    664679if FORTRAN
    665680libISSMCore_la_LIBADD += $(FLIBS) $(FORTRANLIB)
    … …  
    699714
    700715if STANDALONE_EXECUTABLES
    701 issm_LDFLAGS = -static
     716AM_LDFLAGS += -static -Wl,--disable-new-dtags -Wl,-rpath,'$$ORIGIN/../lib'
    702717endif
    703718
    … …  
    708723libISSMModules_la_LDFLAGS = -static
    709724else
    710 libISSMModules_la_LDFLAGS = 
    711 endif
    712 else
    713 libISSMCore_la_LDFLAGS = 
     725libISSMModules_la_LDFLAGS =
     726endif
     727else
     728libISSMCore_la_LDFLAGS =
    714729libISSMOverload_la_LDFLAGS =
    715730endif
    … …  
    724739if ANDROID
    725740if ANDROIDEXE
    726 bin_PROGRAMS = issm  issm_slr
    727 else
    728 bin_PROGRAMS = 
     741bin_PROGRAMS = issm issm_slr
     742else
     743bin_PROGRAMS =
    729744endif
    730745else
    … …  
    732747bin_PROGRAMS =
    733748else
    734 bin_PROGRAMS = issm  issm_slr
     749bin_PROGRAMS = issm issm_slr
    735750endif
    736751endif
    … …  
    743758
    744759#External packages
    745 LDADD +=  $(NEOPZLIB) $(TAOLIB) $(M1QN3LIB) $(SEMICLIB) $(PLAPACKLIB) $(MUMPSLIB) $(SUPERLULIB) $(SPOOLESLIB) $(SCALAPACKLIB) $(BLACSLIB) $(PETSCLIB) $(HYPRELIB) $(SPAILIB) $(PROMETHEUSLIB) $(PASTIXLIB) $(MLLIB) $(DAKOTALIB) $(METISLIB) $(CHACOLIB) $(SCOTCHLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MKLLIB) $(MPILIB) $(MATHLIB) $(GRAPHICSLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(OSLIBS) $(GSLLIB) $(AMPILIB) $(ADJOINTMPILIB) $(ADOLCLIB) $(MPILIB) $(METEOIOLIB) $(SNOWPACKLIB) $(PROJ4LIB)
     760LDADD += $(NEOPZLIB) $(TAOLIB) $(M1QN3LIB) $(SEMICLIB) $(PLAPACKLIB) $(MUMPSLIB) $(SUPERLULIB) $(SPOOLESLIB) $(SCALAPACKLIB) $(BLACSLIB) $(PETSCLIB) $(HYPRELIB) $(SPAILIB) $(PROMETHEUSLIB) $(PASTIXLIB) $(MLLIB) $(DAKOTALIB) $(METISLIB) $(CHACOLIB) $(SCOTCHLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MKLLIB) $(MPILIB) $(MATHLIB) $(GRAPHICSLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(OSLIBS) $(GSLLIB) $(AMPILIB) $(ADJOINTMPILIB) $(ADOLCLIB) $(MPILIB) $(METEOIOLIB) $(SNOWPACKLIB) $(PROJ4LIB)
    746761
    747762if FORTRAN
    … …  
    764779bin_PROGRAMS += kriging
    765780kriging_SOURCES = main/kriging.cpp
    766 kriging_CXXFLAGS= $(CXXFLAGS) $(CXXOPTFLAGS) $(COPTFLAGS) 
     781kriging_CXXFLAGS= $(CXXFLAGS) $(CXXOPTFLAGS) $(COPTFLAGS)
    767782endif
    768783
    … …  
    770785bin_PROGRAMS += issm_dakota
    771786issm_dakota_SOURCES = main/issm_dakota.cpp
    772 issm_dakota_CXXFLAGS= $(CXXFLAGS) $(CXXOPTFLAGS) $(COPTFLAGS) 
     787issm_dakota_CXXFLAGS= $(CXXFLAGS) $(CXXOPTFLAGS) $(COPTFLAGS)
    773788issm_dakota_LDADD= $(LDADD)
    774789endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/cores/dakota_core.cpp

    r23066 r24593  
    11/*!\file:  dakota_core.cpp
    2  * \brief: wrapper to the Dakota capabilities. qmu fires up Dakota, and registers a Dakota Pluggin
    3  * which will be in charge of running the solution sequences repeteadly, to garner statistics.
    4  *
    5  * This routine deals with running ISSM and Dakota in library mode. In library mode, Dakota does not 
    6  * run as an execuatble. Its capabilities are linked into the ISSM software. ISSM calls dakota routines
    7  * directly from the dakota library. qmu.cpp is the code that is in charge of calling those routines.
    8  *
    9  * Dakota has its own way of running in parallel (for embarassingly parallel jobs). We do not want that,
    10  * as ISSM knows exactly how to run "really parallel" jobs that use all CPUS. To bypass Dakota's parallelism, 
     2 * \brief: wrapper to the Dakota capabilities. qmu fires up Dakota, and registers a Dakota Plugin
     3 * which will be in charge of running the solution sequences repeatedly, to garner statistics.
     4 *
     5 * This routine deals with running ISSM and Dakota in library mode. In library mode, Dakota does not
     6 * run as an executable. Its capabilities are linked into the ISSM software. ISSM calls Dakota routines
     7 * directly from the Dakota library. qmu.cpp is the code that is in charge of calling those routines.
     8 *
     9 * Dakota has its own way of running in parallel (for embarrassingly parallel jobs). We do not want that,
     10 * as ISSM knows exactly how to run "really parallel" jobs that use all CPUS. To bypass Dakota's parallelism,
    1111 * we overloaded the constructor for the parallel library (see the Dakota patch in the externalpackages/dakota
    12  * directory). This overloaded constructor fires up Dakota serially on CPU 0 only! We take care of broadcasting 
    13  * to the other CPUS, hence ISSM is running in parallel, and Dakota serially on CPU0. 
    14  *
    15  * Now, how does CPU 0 drive all other CPUS to carry out sensitivity analysese? By synchronizing its call to
    16  * our ISSM cores (stressbalance_core, thermal_core, transient_core, etc ...) on CPU 0 with all other CPUS. 
    17  * This explains the structure of qmu.cpp, where cpu 0 runs Dakota, the Dakota pluggin fires up DakotaSpawnCore.cpp, 
    18  * while the other CPUS are waiting for a broadcast from CPU0, once they get it, they also fire up 
    19  * DakotaSpawnCore. In the end, DakotaSpawnCore is fired up on all CPUS, with CPU0 having Dakota inputs, that it will 
    20  * broacast to other CPUS.
    21  *
    22  * Now, how does dakota call the DakotaSpawnCore routine? The DakotaSpawnCore is embedded into the DakotaPlugin object
    23  * which is derived from the Direct Interface Dakota objct. This is the only way to run Dakota in library
    24  * mode (see their developper guide for more info). Dakota registers the DakotaPlugin object into its own
    25  * database, and calls on the embedded DakotaSpawnCore from CPU0. 
    26  *
    27  */ 
     12 * directory). This overloaded constructor fires up Dakota serially on CPU 0 only! We take care of broadcasting
     13 * to the other CPUS, hence ISSM is running in parallel, and Dakota serially on CPU0.
     14 *
     15 * Now, how does CPU 0 drive all other CPUS to carry out sensitivity analyses? By synchronizing its call to
     16 * our ISSM cores (stressbalance_core, thermal_core, transient_core, etc ...) on CPU 0 with all other CPUS.
     17 * This explains the structure of qmu.cpp, where cpu 0 runs Dakota, the Dakota pluggin fires up DakotaSpawnCore.cpp,
     18 * while the other CPUS are waiting for a broadcast from CPU0, once they get it, they also fire up
     19 * DakotaSpawnCore. In the end, DakotaSpawnCore is fired up on all CPUS, with CPU0 having Dakota inputs, that it will
     20 * broadcast to other CPUS.
     21 *
     22 * Now, how does Dakota call the DakotaSpawnCore routine? The DakotaSpawnCore is embedded into the DakotaPlugin object
     23 * which is derived from the Direct Interface Dakota object. This is the only way to run Dakota in library
     24 * mode (see their developer guide for more info). Dakota registers the DakotaPlugin object into its own
     25 * database, and calls on the embedded DakotaSpawnCore from CPU0.
     26 *
     27 */
    2828
    2929 /* \brief: run core ISSM solution using Dakota inputs coming from CPU 0.
    3030 * \sa qmu.cpp DakotaPlugin.cpp
    3131 *
    32  * This routine needs to be understood simultaneously with qmu.cpp and DakotaPlugin. 
    33  * DakotaSpawnCoreParallel is called by all CPUS, with CPU 0 holding Dakota variable values, along 
    34  * with variable descriptors. 
    35  *
    36  * DakotaSpawnCoreParallel takes care of broadcasting the variables and their descriptors across the MPI 
    37  * ring. Once this is done, we use the variables to modify the inputs for the solution core. 
    38  * For ex, if "rho_ice" is provided, for ex 920, we include "rho_ice" in the inputs, then 
    39  * call the core with the modified inputs. This is the way we get Dakota to explore the parameter 
    40  * spce of the core.
    41  *
    42  * Once the core is called, we process the results of the core, and using the processed results, 
    43  * we compute response functions. The responses are computed on all CPUS, but they are targeted 
    44  * for CPU 0, which will get these values back to the Dakota engine. 
    45  *
    46  */ 
     32 * This routine needs to be understood simultaneously with qmu.cpp and DakotaPlugin.
     33 * DakotaSpawnCoreParallel is called by all CPUS, with CPU 0 holding Dakota variable values, along
     34 * with variable descriptors.
     35 *
     36 * DakotaSpawnCoreParallel takes care of broadcasting the variables and their descriptors across the MPI
     37 * ring. Once this is done, we use the variables to modify the inputs for the solution core.
     38 * For ex, if "rho_ice" is provided, for ex 920, we include "rho_ice" in the inputs, then
     39 * call the core with the modified inputs. This is the way we get Dakota to explore the parameter
     40 * space of the core.
     41 *
     42 * Once the core is called, we process the results of the core, and using the processed results,
     43 * we compute response functions. The responses are computed on all CPUS, but they are targeted
     44 * for CPU 0, which will get these values back to the Dakota engine.
     45 *
     46 */
    4747
    4848/*include config: {{{*/
    … …  
    8080void DakotaFree(double** pvariables,char*** pvariables_descriptors,char*** presponses_descriptors,int numvariables,int numresponses){ /*{{{*/
    8181
    82         /*\brief DakotaFree: free allocations on other cpus, not done by Dakota.*/
     82        /*\brief DakotaFree: free allocations on other CPUs, not done by Dakota.*/
    8383
    8484        int i;
    … …  
    9898        my_rank=IssmComm::GetRank();
    9999
    100         /*Free variables and variables_descriptors only on cpu !=0*/
     100        /*Free variables and variables_descriptors only on CPU !=0*/
    101101        if(my_rank!=0){
    102102                xDelete<double>(variables);
    … …  
    108108        }
    109109
    110         //responses descriptors on every cpu
     110        //responses descriptors on every CPU
    111111        for(i=0;i<numresponses;i++){
    112112                string=responses_descriptors[i];
    … …  
    124124
    125125        /* * \brief: broadcast variables_descriptors, variables, numvariables and numresponses
    126          * from cpu 0 to all other cpus.
    127          */ 
     126         * from CPU 0 to all other CPUs.
     127         */
    128128
    129129        int i;
    … …  
    150150
    151151        /*numvariables: */
    152         ISSM_MPI_Bcast(&numvariables,1,ISSM_MPI_INT,0,IssmComm::GetComm()); 
     152        ISSM_MPI_Bcast(&numvariables,1,ISSM_MPI_INT,0,IssmComm::GetComm());
    153153
    154154        /*variables:*/
    155155        if(my_rank!=0)variables=xNew<double>(numvariables);
    156         ISSM_MPI_Bcast(variables,numvariables,MPI_DOUBLE,0,IssmComm::GetComm()); 
     156        ISSM_MPI_Bcast(variables,numvariables,MPI_DOUBLE,0,IssmComm::GetComm());
    157157
    158158        /*variables_descriptors: */
    … …  
    165165                        string_length=(strlen(string)+1)*sizeof(char);
    166166                }
    167                 ISSM_MPI_Bcast(&string_length,1,ISSM_MPI_INT,0,IssmComm::GetComm()); 
     167                ISSM_MPI_Bcast(&string_length,1,ISSM_MPI_INT,0,IssmComm::GetComm());
    168168                if(my_rank!=0)string=xNew<char>(string_length);
    169                 ISSM_MPI_Bcast(string,string_length,ISSM_MPI_CHAR,0,IssmComm::GetComm()); 
     169                ISSM_MPI_Bcast(string,string_length,ISSM_MPI_CHAR,0,IssmComm::GetComm());
    170170                if(my_rank!=0)variables_descriptors[i]=string;
    171171        }
    172172
    173173        /*numresponses: */
    174         ISSM_MPI_Bcast(&numresponses,1,ISSM_MPI_INT,0,IssmComm::GetComm()); 
     174        ISSM_MPI_Bcast(&numresponses,1,ISSM_MPI_INT,0,IssmComm::GetComm());
    175175
    176176        /*Assign output pointers:*/
    … …  
    182182int  DakotaSpawnCore(double* d_responses, int d_numresponses, double* d_variables, char** d_variables_descriptors,int d_numvariables, void* void_femmodel,int counter){ /*{{{*/
    183183
    184         /*Notice the d_, which prefixes anything that is being provided to us by the Dakota pluggin. Careful. some things are ours, some are dakotas!: */
     184        /*Notice the d_, which prefixes anything that is being provided to us by the Dakota plugin. Careful: some things are ours; some are DDkota's!: */
    185185
    186186        char     **responses_descriptors    = NULL;      //these are our! there are only numresponsedescriptors of them, not d_numresponses!!!
    … …  
    192192        bool       nodakotacore             = true;
    193193
    194         /*If counter==-1 on cpu0, it means that the dakota runs are done. In which case, bail out and return 0: */
    195         ISSM_MPI_Bcast(&counter,1,ISSM_MPI_INT,0,IssmComm::GetComm()); 
     194        /*If counter==-1 on CPU 0, it means that the Dakota runs are done. In which case, bail out and return 0: */
     195        ISSM_MPI_Bcast(&counter,1,ISSM_MPI_INT,0,IssmComm::GetComm());
    196196        if(counter==-1)return 0;
    197197
    198         /*cast void_femmodel to FemModel, and at the same time, make a copy, so we start this new core run for this specific sample 
    199          *with a brand new copy of the model, which has not been tempered with by previous dakota runs: */
     198        /*cast void_femmodel to FemModel, and at the same time, make a copy, so we start this new core run for this specific sample
     199         *with a brand new copy of the model, which has not been tempered with by previous Dakota runs: */
    200200        femmodel=(reinterpret_cast<FemModel*>(void_femmodel))->copy();
    201201
    … …  
    207207        if(VerboseQmu()) _printf0_("qmu iteration: " << counter << "\n");
    208208
    209         /* only cpu 0, running dakota is providing us with variables and variables_descriptors and numresponses: broadcast onto other cpus: */
     209        /* only CPU 0, running Dakota is providing us with variables and variables_descriptors and numresponses: broadcast onto other CPUs: */
    210210        DakotaMPI_Bcast(&d_variables,&d_variables_descriptors,&d_numvariables,&d_numresponses);
    211211
    … …  
    231231
    232232        return 1; //this is critical! do not return 0, otherwise, dakota_core will stop running!
    233 } 
     233}
    234234/*}}}*/
    235235void dakota_core(FemModel* femmodel){  /*{{{*/
    … …  
    255255                char* dakotamode=xNew<char>(strlen("serial")+1);
    256256                xMemCpy<char>(dakotamode,"serial",strlen("serial")+1);
    257                 Dakota::ParallelLibrary parallel_lib(dakotamode); //use our own ISSM Dakota library mode constructor, which only fires up Dakota on CPU 0. 
    258                 Dakota::ProblemDescDB problem_db(parallel_lib); 
     257                Dakota::ParallelLibrary parallel_lib(dakotamode); //use our own ISSM Dakota library mode constructor, which only fires up Dakota on CPU 0.
     258                Dakota::ProblemDescDB problem_db(parallel_lib);
    259259                xDelete<char>(dakotamode);
    260260
    … …  
    289289                selected_strategy.run_strategy();
    290290
    291                 //Warn other cpus that we are done running the dakota iterator, by setting the counter to -1:
     291                //Warn other CPUs that we are done running the Dakota iterator, by setting the counter to -1:
    292292                DakotaSpawnCore(NULL,0, NULL,NULL,0,femmodel,-1);
    293293
    … …  
    296296
    297297                for(;;){
    298                         if(!DakotaSpawnCore(NULL,0, NULL,NULL,0,femmodel,0))break; //counter came in at -1 on cpu0, bail out.
     298                        if(!DakotaSpawnCore(NULL,0, NULL,NULL,0,femmodel,0)) break; //counter came in at -1 on CPU 0, bail out.
    299299                }
    300300        }
    301301
    302         /*Free ressources:*/
     302        /*Free resources:*/
    303303        xDelete<char>(dakota_input_file);
    304304        xDelete<char>(dakota_error_file);
    … …  
    307307} /*}}}*/
    308308#else
    309 void dakota_core(FemModel* femmodel){ 
    310         _error_("dakota_core for versions of Dakota >=6 should not be used anymore! Use instead the issm_dakota  executable!");
     309void dakota_core(FemModel* femmodel){
     310        _error_("dakota_core for versions of Dakota >=6 should not be used anymore! Use instead the issm_dakota executable!");
    311311}
    312312#endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/modules/Scotchx/Scotchx.h

    r15000 r24593  
    11/*!\file:  Scotchxx.h
    22 * \brief header file for Scotch partitioner
    3  */ 
     3 */
    44
    55#ifndef _SCOTCHX_H
    66#define _SCOTCHX_H
    77
    8 #undef __FUNCT__ 
     8#undef __FUNCT__
    99#define __FUNCT__  "Scotchx"
    1010
    … …  
    2323        #define GMAP
    2424
    25         #include "scotch_module.h"
    26         #include "scotch_common.h"
    27         #include "scotch.h"
    28         #include "scotch_gmap.h"
     25        #ifdef _PETSC_SCOTCH_
     26                #include "scotch_module.h"
     27                #include "scotch_common.h"
     28                #include "scotch_gmap.h"
     29        #endif
     30
     31        #ifdef _HAVE_MPI_
     32                #include "ptscotch.h"
     33        #else
     34                #include "scotch.h"
     35        #endif
    2936
    3037        /*

  • issm/trunk-jpl/src/c/shared/Numerics/constants.h

    r23880 r24593  
    11/*!\file: constants.h
    22 * \brief prototypes for constants.h
    3  */ 
     3 */
    44
    55#ifndef _ISSM_CONSTANTS_H_
    … …  
    99#define SQRT2 1.414213562373095048801688724209698078569671875376948073176679738
    1010#define SQRT3 1.732050807568877293527446341505872366942805253810380628055806979
    11 #define PI 3.141592653589793238462643383279502884197169399375105820974944592308
     11const double PI=3.141592653589793238462643383279502884197169399375105820974944592308; // Macro definition conflicts with Dakota's declaration of PI
    1212
    1313#define NDOF1 1
    … …  
    1818// /*Windows specific typefefs: */
    1919// #ifdef _INTEL_WIN_
    20 // 
     20//
    2121// #ifndef NAN
    2222// //For reference, for Intel compile on win64
    23 // //#define NAN 0.0/0.0 
     23// //#define NAN 0.0/0.0
    2424// #define NAN (INFINITY-INFINITY)
    2525// #endif
    26 // 
     26//
    2727// #ifndef INFINITY
    2828// //For reference, for Intel compile on win64
    … …  
    3030// #define INFINITY (DBL_MAX+DBL_MAX)
    3131// #endif
    32 // 
     32//
    3333// #endif /*_INTEL_WIN_*/
    3434

  • issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/mpi/issmmpi.h

    r23766 r24593  
    11/* \file issmmpi.h
    2  * \brief: header file that defines all the mpi wrappers that ISSM requires. The goal is to control 
     2 * \brief: header file that defines all the mpi wrappers that ISSM requires. The goal is to control
    33 * which MPI layer we are using at compile time: the standard mpi, the autodiff mpi or no mpi at all.
    44 */
    … …  
    3939                        #include <ampi/ampi.h>
    4040                #endif
    41         #elif  _HAVE_PETSC_MPI_ // Petsc now hides there MPI header. It can be reached through Petsc.
     41        #elif  _HAVE_PETSC_MPI_ // PETSc now hides their MPI header. It can be reached through PETSc's header file.
    4242                #include <petsc.h>
    43         #else 
     43        #else
    4444                #include <mpi.h>
    4545        #endif
    … …  
    6666        #define ISSM_MPI_INT           AMPI_INT
    6767        #define ISSM_MPI_LONG_LONG_INT AMPI_LONG_LONG_INT
    68        
     68
    6969        // operations
    7070        #define ISSM_MPI_MAX        AMPI_MAX
    … …  
    7272        #define ISSM_MPI_PROD       AMPI_PROD
    7373        #define ISSM_MPI_SUM        AMPI_SUM
    74        
     74
    7575        // others
    7676        #define ISSM_MPI_COMM_WORLD    AMPI_COMM_WORLD
    … …  
    8282                #if defined(_HAVE_AMPI_) && !defined(_WRAPPERS_)
    8383                        #define ISSM_MPI_DOUBLE    AMPI_ADOUBLE
    84                 #else 
     84                #else
    8585                        #define ISSM_MPI_DOUBLE    MPI_DOUBLE
    8686                #endif
    … …  
    106106        #include "./commops/commops.h"
    107107        /*}}}*/
    108 #else 
     108#else
    109109        /*Our ISSM MPI defines: {{{*/
    110110        // types
    … …  
    134134        #define ISSM_MPI_ANY_SOURCE    3
    135135        /*}}}*/
    136 #endif 
     136#endif
    137137
    138138/*Dynamically return ISSM_MPI type from variable type */
    139139template <class T> ISSM_MPI_Datatype TypeToMPIType(){assert(false);};
    140140template <> inline ISSM_MPI_Datatype TypeToMPIType<IssmDouble>(){return ISSM_MPI_DOUBLE;};
    141 #if defined(_HAVE_AD_) && !defined(_WRAPPERS_) 
     141#if defined(_HAVE_AD_) && !defined(_WRAPPERS_)
    142142template <> inline ISSM_MPI_Datatype TypeToMPIType<IssmPDouble>(){return ISSM_MPI_PDOUBLE;};
    143143#endif
    … …  
    154154#ifdef _HAVE_MPI_
    155155# ifdef _HAVE_AMPI_
    156         rc=AMPI_Bcast(buffer, 
     156        rc=AMPI_Bcast(buffer,
    157157                                count,
    158158                                datatype,
    … …  
    160160                                comm);
    161161# else
    162         rc=MPI_Bcast(buffer, 
     162        rc=MPI_Bcast(buffer,
    163163                                count,
    164164                                datatype,
    … …  
    166166                                comm);
    167167# endif
    168 #else 
    169         // nothing to be done here 
     168#else
     169        // nothing to be done here
    170170#endif
    171171        return rc;
    … …  
    173173/* interfaces  {{{*/
    174174int ISSM_MPI_Allgather(void *sendbuf, int sendcount, ISSM_MPI_Datatype sendtype, void *recvbuf, int recvcount, ISSM_MPI_Datatype recvtype, ISSM_MPI_Comm comm);
    175 int ISSM_MPI_Allgatherv(void *sendbuf, int sendcount, ISSM_MPI_Datatype sendtype, void *recvbuf, int *recvcounts, int *displs, ISSM_MPI_Datatype recvtype, ISSM_MPI_Comm comm); 
    176 int ISSM_MPI_Allreduce(void *sendbuf, void *recvbuf, int count, ISSM_MPI_Datatype datatype, ISSM_MPI_Op op, ISSM_MPI_Comm comm); 
     175int ISSM_MPI_Allgatherv(void *sendbuf, int sendcount, ISSM_MPI_Datatype sendtype, void *recvbuf, int *recvcounts, int *displs, ISSM_MPI_Datatype recvtype, ISSM_MPI_Comm comm);
     176int ISSM_MPI_Allreduce(void *sendbuf, void *recvbuf, int count, ISSM_MPI_Datatype datatype, ISSM_MPI_Op op, ISSM_MPI_Comm comm);
    177177int ISSM_MPI_Barrier(ISSM_MPI_Comm comm);
    178178int ISSM_MPI_Bcast(void *buffer, int count, ISSM_MPI_Datatype datatype, int root, ISSM_MPI_Comm comm);
    … …  
    186186int ISSM_MPI_Recv(void *buf, int count, ISSM_MPI_Datatype datatype, int source, int tag, ISSM_MPI_Comm comm, ISSM_MPI_Status *status);
    187187int ISSM_MPI_Reduce(void *sendbuf, void *recvbuf, int count, ISSM_MPI_Datatype datatype, ISSM_MPI_Op op, int root, ISSM_MPI_Comm comm);
    188 int ISSM_MPI_Scatter(void *sendbuf, int sendcnt, ISSM_MPI_Datatype sendtype, void *recvbuf, int recvcnt, ISSM_MPI_Datatype recvtype, int root, ISSM_MPI_Comm comm); 
    189 int ISSM_MPI_Scatterv(void *sendbuf, int *sendcnts, int *displs, ISSM_MPI_Datatype sendtype, void *recvbuf, int recvcnt, ISSM_MPI_Datatype recvtype, int root, ISSM_MPI_Comm comm); 
     188int ISSM_MPI_Scatter(void *sendbuf, int sendcnt, ISSM_MPI_Datatype sendtype, void *recvbuf, int recvcnt, ISSM_MPI_Datatype recvtype, int root, ISSM_MPI_Comm comm);
     189int ISSM_MPI_Scatterv(void *sendbuf, int *sendcnts, int *displs, ISSM_MPI_Datatype sendtype, void *recvbuf, int recvcnt, ISSM_MPI_Datatype recvtype, int root, ISSM_MPI_Comm comm);
    190190int ISSM_MPI_Send(void *buf, int count, ISSM_MPI_Datatype datatype, int dest, int tag, ISSM_MPI_Comm comm);
    191191double ISSM_MPI_Wtime(void);
    … …  
    194194
    195195// special for Adol-C locations when buffers are allocated with new
    196 // this could end up in the xNew template specialized for adoubles 
     196// this could end up in the xNew template specialized for adoubles
    197197// so as to not litter the code with it.
    198198void ISSM_MPI_ContiguousInAdolc(size_t aSize);

  • issm/trunk-jpl/src/m/Makefile.am

    r24550 r24593  
    33#find . -type d -exec ls -d {} \;
    44
    5 bin_SCRIPTS = 
     5bin_SCRIPTS =
    66if WRAPPERS
    77if MATLAB
    88if !DEVELOPMENT
    9 bin_SCRIPTS += ${ISSM_DIR}/src/m/qmu/*.m \
    10                                         ${ISSM_DIR}/src/m/archive/*.m \
    11                                         ${ISSM_DIR}/src/m/qmu/setupdesign/*.m \
    12                                         ${ISSM_DIR}/src/m/qmu/plot/*.m \
    13                                         ${ISSM_DIR}/src/m/qmu/examples/*.m \
    14                                         ${ISSM_DIR}/src/m/kml/*.m \
    15                                         ${ISSM_DIR}/src/m/dev/issmversion.m \
    16                                         ${ISSM_DIR}/src/m/classes/*.m \
    17                                         ${ISSM_DIR}/src/m/classes/qmu/*.m \
    18                                         ${ISSM_DIR}/src/m/classes/qmu/dakota_method/*.m \
    19                                         ${ISSM_DIR}/src/m/classes/clusters/*.m \
    20                                         ${ISSM_DIR}/src/m/consistency/*.m \
    21                                         ${ISSM_DIR}/src/m/array/*.m \
    22                                         ${ISSM_DIR}/src/m/boundaryconditions/*.m \
    23                                         ${ISSM_DIR}/src/m/exp/*.m \
    24                                         ${ISSM_DIR}/src/m/exp/operation/*.m \
    25                                         ${ISSM_DIR}/src/m/geometry/*.m \
    26                                         ${ISSM_DIR}/src/m/interp/*.m \
    27                                         ${ISSM_DIR}/src/m/coordsystems/*.m \
    28                                         ${ISSM_DIR}/src/m/mech/*.m \
    29                                         ${ISSM_DIR}/src/m/mesh/*.m \
    30                                         ${ISSM_DIR}/src/m/mesh/planet/spheretri/*.m \
    31                                         ${ISSM_DIR}/src/m/mesh/planet/gmsh/*.m \
    32                                         ${ISSM_DIR}/src/m/mesh/rifts/*.m \
    33                                         ${ISSM_DIR}/src/m/miscellaneous/*.m \
    34                                         ${ISSM_DIR}/src/m/modules/*.m \
    35                                         ${ISSM_DIR}/src/m/os/*.m \
    36                                         ${ISSM_DIR}/src/m/plot/*.m \
    37                                         ${ISSM_DIR}/src/m/plot/colormaps/*.m \
    38                                         ${ISSM_DIR}/src/m/string/*.m \
    39                                         ${ISSM_DIR}/src/m/extrusion/*.m \
    40                                         ${ISSM_DIR}/src/m/inversions/*.m \
    41                                         ${ISSM_DIR}/src/m/io/*.m \
    42                                         ${ISSM_DIR}/src/m/parameterization/*.m \
    43                                         ${ISSM_DIR}/src/m/partition/*.m \
    44                                         ${ISSM_DIR}/src/m/print/*.m \
    45                                         ${ISSM_DIR}/src/m/regional/*.m \
    46                                         ${ISSM_DIR}/src/m/solve/*.m \
    47                                         ${ISSM_DIR}/src/m/solvers/*.m \
    48                                         ${ISSM_DIR}/src/m/materials/*.m
     9# TODO: There should be a better way of doing this so that manual updating is
     10#               not required when a new subdirectory or module is introduced (search
     11#               all subdirectories for file type, checking against an exclude list)
     12bin_SCRIPTS += \
     13        ${ISSM_DIR}/src/m/archive/*.m \
     14        ${ISSM_DIR}/src/m/array/*.m \
     15        ${ISSM_DIR}/src/m/boundaryconditions/*.m \
     16        ${ISSM_DIR}/src/m/classes/*.m \
     17        ${ISSM_DIR}/src/m/classes/clusters/*.m \
     18        ${ISSM_DIR}/src/m/classes/qmu/*.m \
     19        ${ISSM_DIR}/src/m/classes/qmu/dakota_method/*.m \
     20        ${ISSM_DIR}/src/m/consistency/*.m \
     21        ${ISSM_DIR}/src/m/coordsystems/*.m \
     22        ${ISSM_DIR}/src/m/dev/issmversion.m \
     23        ${ISSM_DIR}/src/m/exp/*.m \
     24        ${ISSM_DIR}/src/m/exp/operation/*.m \
     25        ${ISSM_DIR}/src/m/extrusion/*.m \
     26        ${ISSM_DIR}/src/m/geometry/*.m \
     27        ${ISSM_DIR}/src/m/interp/*.m \
     28        ${ISSM_DIR}/src/m/inversions/*.m \
     29        ${ISSM_DIR}/src/m/io/*.m \
     30        ${ISSM_DIR}/src/m/kml/*.m \
     31        ${ISSM_DIR}/src/m/materials/*.m \
     32        ${ISSM_DIR}/src/m/mech/*.m \
     33        ${ISSM_DIR}/src/m/mesh/*.m \
     34        ${ISSM_DIR}/src/m/mesh/planet/gmsh/*.m \
     35        ${ISSM_DIR}/src/m/mesh/planet/spheretri/*.m \
     36        ${ISSM_DIR}/src/m/mesh/rifts/*.m \
     37        ${ISSM_DIR}/src/m/miscellaneous/*.m \
     38        ${ISSM_DIR}/src/m/modules/*.m \
     39        ${ISSM_DIR}/src/m/os/*.m \
     40        ${ISSM_DIR}/src/m/parameterization/*.m \
     41        ${ISSM_DIR}/src/m/partition/*.m \
     42        ${ISSM_DIR}/src/m/plot/*.m \
     43        ${ISSM_DIR}/src/m/plot/colormaps/*.m \
     44        ${ISSM_DIR}/src/m/print/*.m \
     45        ${ISSM_DIR}/src/m/qmu/*.m \
     46        ${ISSM_DIR}/src/m/qmu/examples/*.m \
     47        ${ISSM_DIR}/src/m/qmu/plot/*.m \
     48        ${ISSM_DIR}/src/m/qmu/setupdesign/*.m \
     49        ${ISSM_DIR}/src/m/regional/*.m \
     50        ${ISSM_DIR}/src/m/solve/*.m \
     51        ${ISSM_DIR}/src/m/solvers/*.m \
     52        ${ISSM_DIR}/src/m/string/*.m
    4953endif
    5054endif
     55
    5156if PYTHON
    5257if !DEVELOPMENT
    53 bin_SCRIPTS += ${ISSM_DIR}/src/m/archive/*.py \
    54                                         ${ISSM_DIR}/src/m/classes/*.py \
    55                                         ${ISSM_DIR}/src/m/classes/clusters/*.py \
    56                                         ${ISSM_DIR}/src/m/consistency/*.py \
    57                                         ${ISSM_DIR}/src/m/dev/issmversion.py \
    58                                         ${ISSM_DIR}/src/m/boundaryconditions/*.py \
    59                                         ${ISSM_DIR}/src/m/exp/*.py \
    60                                         ${ISSM_DIR}/src/m/geometry/*.py \
    61                                         ${ISSM_DIR}/src/m/coordsystems/*.py \
    62                                         ${ISSM_DIR}/src/m/interp/*.py \
    63                                         ${ISSM_DIR}/src/m/inversions/*.py \
    64                                         ${ISSM_DIR}/src/m/mech/*.py \
    65                                         ${ISSM_DIR}/src/m/mesh/*.py \
    66                                         ${ISSM_DIR}/src/m/mesh/rifts/*.py \
    67                                         ${ISSM_DIR}/src/m/mesh/planet/gmsh/*.py \
    68                                         ${ISSM_DIR}/src/m/miscellaneous/*.py \
    69                                         ${ISSM_DIR}/src/m/modules/*.py \
    70                                         ${ISSM_DIR}/src/m/os/*.py \
    71                                         ${ISSM_DIR}/src/m/plot/*.py \
    72                                         ${ISSM_DIR}/src/m/extrusion/*.py \
    73                                         ${ISSM_DIR}/src/m/io/*.py \
    74                                         ${ISSM_DIR}/src/m/parameterization/*.py \
    75                                         ${ISSM_DIR}/src/m/solve/*.py \
    76                                         ${ISSM_DIR}/src/m/solvers/*.py \
    77                                         ${ISSM_DIR}/src/m/materials/*.py
     58# TODO: There should be a better way of doing this so that manual updating is
     59#               not required when a new subdirectory or module is introduced (search
     60#               all subdirectories for file type, checking against an exclude list)
     61bin_SCRIPTS += \
     62        ${ISSM_DIR}/src/m/archive/*.py \
     63        ${ISSM_DIR}/src/m/array/*.py \
     64        ${ISSM_DIR}/src/m/boundaryconditions/*.py \
     65        ${ISSM_DIR}/src/m/classes/*.py \
     66        ${ISSM_DIR}/src/m/classes/clusters/*.py \
     67        ${ISSM_DIR}/src/m/classes/qmu/*.py \
     68        ${ISSM_DIR}/src/m/classes/qmu/dakota_method/*.py \
     69        ${ISSM_DIR}/src/m/consistency/*.py \
     70        ${ISSM_DIR}/src/m/coordsystems/*.py \
     71        ${ISSM_DIR}/src/m/dev/issmversion.py \
     72        ${ISSM_DIR}/src/m/exp/*.py \
     73        ${ISSM_DIR}/src/m/extrusion/*.py \
     74        ${ISSM_DIR}/src/m/geometry/*.py \
     75        ${ISSM_DIR}/src/m/interp/*.py \
     76        ${ISSM_DIR}/src/m/inversions/*.py \
     77        ${ISSM_DIR}/src/m/io/*.py \
     78        ${ISSM_DIR}/src/m/materials/*.py \
     79        ${ISSM_DIR}/src/m/mech/*.py \
     80        ${ISSM_DIR}/src/m/mesh/*.py \
     81        ${ISSM_DIR}/src/m/mesh/planet/gmsh/*.py \
     82        ${ISSM_DIR}/src/m/mesh/rifts/*.py \
     83        ${ISSM_DIR}/src/m/miscellaneous/*.py \
     84        ${ISSM_DIR}/src/m/modules/*.py \
     85        ${ISSM_DIR}/src/m/os/*.py \
     86        ${ISSM_DIR}/src/m/parameterization/*.py \
     87        ${ISSM_DIR}/src/m/partition/*.py \
     88        ${ISSM_DIR}/src/m/plot/*.py \
     89        ${ISSM_DIR}/src/m/plot/colormaps/*.py \
     90        ${ISSM_DIR}/src/m/qmu/*.py \
     91        ${ISSM_DIR}/src/m/qmu/setupdesign/*.py \
     92        ${ISSM_DIR}/src/m/shp/*.py \
     93        ${ISSM_DIR}/src/m/solve/*.py \
     94        ${ISSM_DIR}/src/m/solvers/*.py
    7895endif
    7996endif
    … …  
    8198if JAVASCRIPT
    8299if !DEVELOPMENT
    83 
    84 js_scripts = ${ISSM_DIR}/src/m/array/*.js \
    85                                 ${ISSM_DIR}/src/m/boundaryconditions/*.js \
    86                                 ${ISSM_DIR}/src/m/classes/*.js \
    87                 ${ISSM_DIR}/src/m/classes/clusters/*.js \
    88                                 ${ISSM_DIR}/src/m/consistency/*.js \
    89                                 ${ISSM_DIR}/src/m/exp/*.js \
    90                                 ${ISSM_DIR}/src/m/extrusion/*.js \
    91                                 ${ISSM_DIR}/src/m/geometry/*.js \
    92                                 ${ISSM_DIR}/src/m/inversions/*.js \
    93                                 ${ISSM_DIR}/src/m/io/*.js \
    94                                 ${ISSM_DIR}/src/m/materials/*.js \
    95                                 ${ISSM_DIR}/src/m/mesh/*.js \
    96                                 ${ISSM_DIR}/src/m/miscellaneous/*.js \
    97                                 ${ISSM_DIR}/src/m/parameterization/*.js \
    98                                 ${ISSM_DIR}/src/m/plot/*.js \
    99                                 ${ISSM_DIR}/src/m/print/*.js \
    100                                 ${ISSM_DIR}/src/m/shp/*.js \
    101                                 ${ISSM_DIR}/src/m/solve/*.js \
    102                                 ${ISSM_DIR}/src/m/solvers/*.js
     100# TODO: There should be a better way of doing this so that manual updating is
     101#               not required when a new subdirectory or module is introduced (search
     102#               all subdirectories for file type, checking against an exclude list)
     103js_scripts = \
     104        ${ISSM_DIR}/src/m/array/*.js \
     105        ${ISSM_DIR}/src/m/boundaryconditions/*.js \
     106        ${ISSM_DIR}/src/m/classes/*.js \
     107        ${ISSM_DIR}/src/m/classes/clusters/*.js \
     108        ${ISSM_DIR}/src/m/consistency/*.js \
     109        ${ISSM_DIR}/src/m/exp/*.js \
     110        ${ISSM_DIR}/src/m/extrusion/*.js \
     111        ${ISSM_DIR}/src/m/geometry/*.js \
     112        ${ISSM_DIR}/src/m/inversions/*.js \
     113        ${ISSM_DIR}/src/m/io/*.js \
     114        ${ISSM_DIR}/src/m/materials/*.js \
     115        ${ISSM_DIR}/src/m/mesh/*.js \
     116        ${ISSM_DIR}/src/m/miscellaneous/*.js \
     117        ${ISSM_DIR}/src/m/parameterization/*.js \
     118        ${ISSM_DIR}/src/m/plot/*.js \
     119        ${ISSM_DIR}/src/m/print/*.js \
     120        ${ISSM_DIR}/src/m/shp/*.js \
     121        ${ISSM_DIR}/src/m/solve/*.js \
     122        ${ISSM_DIR}/src/m/solvers/*.js
    103123bin_SCRIPTS +=  issm-bin.js
    104124

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/clusters/generic.m

    r24497 r24593  
    66
    77classdef generic
    8         properties (SetAccess=public) 
     8        properties (SetAccess=public)
    99                % {{{
    1010                name          = '';
    … …  
    7575                %}}}
    7676                function BuildQueueScript(cluster,dirname,modelname,solution,io_gather,isvalgrind,isgprof,isdakota,isoceancoupling) % {{{
    77 
    78                         %write queuing script
    79                         %what is the executable being called?
    80                         executable='issm.exe';
     77                        % Which executable are we calling?
     78                        executable='issm.exe'; % default
     79
    8180                        if isdakota,
    82                                 version=IssmConfig('_DAKOTA_VERSION_'); version=str2num(version(1:3));
     81                                version=IssmConfig('_DAKOTA_VERSION_');
     82                                version=str2num(version(1:3));
    8383                                if (version>=6),
    8484                                        executable='issm_dakota.exe';
    … …  
    9090
    9191                        if ~ispc(),
    92 
    9392                                fid=fopen([modelname '.queue'],'w');
    9493                                fprintf(fid,'#!%s\n',cluster.shell);
    … …  
    112111                                        %Add --gen-suppressions=all to get suppression lines
    113112                                        %fprintf(fid,'LD_PRELOAD=%s \\\n',cluster.valgrindlib); it could be deleted
    114                                         if ismac, 
     113                                        if ismac,
    115114                                                if IssmConfig('_HAVE_MPI_'),
    116115                                                        fprintf(fid,'mpiexec -np %i %s --leak-check=full --error-limit=no --dsymutil=yes --suppressions=%s %s/%s %s %s %s 2> %s.errlog >%s.outlog ',...
    … …  
    161160                %}}}
    162161                function BuildQueueScriptMultipleModels(cluster,dirname,modelname,solution,dirnames,modelnames,nps) % {{{
    163                
    164                         %some checks: 
     162
     163                        %some checks:
    165164                        if isempty(modelname), error('BuildQueueScriptMultipleModels error message: need a non empty model name!');end
    166165
    167                         %what is the executable being called? 
     166                        %what is the executable being called?
    168167                        executable='issm_slr.exe';
    169168
    170169                        if ispc(), error('BuildQueueScriptMultipleModels not support yet on windows machines');end;
    171                        
    172                         %write queuing script 
     170
     171                        %write queuing script
    173172                        fid=fopen([modelname '.queue'],'w');
    174                        
     173
    175174                        fprintf(fid,'#!%s\n',cluster.shell);
    176175
    177                         %number of cpus: 
     176                        %number of cpus:
    178177                        mpistring=sprintf('mpiexec -np %i ',cluster.np);
    179178
    180                         %executable: 
     179                        %executable:
    181180                        mpistring=[mpistring sprintf('%s/%s ',cluster.codepath,executable)];
    182                        
    183                         %solution name: 
     181
     182                        %solution name:
    184183                        mpistring=[mpistring sprintf('%s ',solution)];
    185184
    186                         %execution directory and model name: 
     185                        %execution directory and model name:
    187186                        mpistring=[mpistring sprintf('%s/%s %s',cluster.executionpath,dirname,modelname)];
    188187
    189                         %inform main executable of how many icecaps, glaciers and earth models are being run: 
     188                        %inform main executable of how many icecaps, glaciers and earth models are being run:
    190189                        mpistring=[mpistring sprintf(' %i ',length(dirnames))];
    191                        
     190
    192191                        %icecaps, glaciers and earth location, names and number of processors associated:
    193192                        for i=1:length(dirnames),
    … …  
    195194                        end
    196195
    197                         %log files: 
     196                        %log files:
    198197                        if ~cluster.interactive,
    199198                                mpistring=[mpistring sprintf('2> %s.errlog> %s.outlog',modelname,modelname)];
    200199                        end
    201200
    202                         %write this long string to disk: 
     201                        %write this long string to disk:
    203202                        fprintf(fid,mpistring);
    204203                        fclose(fid);
    … …  
    213212                function BuildQueueScriptIceOcean(cluster,dirname,modelname,solution,io_gather,isvalgrind,isgprof,isdakota) % {{{
    214213
    215                         %write queuing script 
    216                         %what is the executable being called? 
     214                        %write queuing script
     215                        %what is the executable being called?
    217216                        executable='issm_ocean.exe';
    218217
    … …  
    237236                function BuildKrigingQueueScript(cluster,modelname,solution,io_gather,isvalgrind,isgprof) % {{{
    238237
    239                         %write queuing script 
     238                        %write queuing script
    240239                        if ~ispc(),
    241240

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/clusters/generic.py

    r24589 r24593  
    3232        self.valgrindlib = '/usr/lib/x86_64-linux-gnu/openmpi/lib/libmpi.so.20.10.1'
    3333        self.valgrindsup = [issmdir() + '/externalpackages/valgrind/issm.supp']  # add any .supp in list form as needed
     34        self.verbose = 1
     35        self.shell = '/bin/sh'
    3436
    3537        #use provided options to change fields
    … …  
    6365        s += "    valgrindlib: %s\n" % self.valgrindlib
    6466        s += "    valgrindsup: %s\n" % self.valgrindsup
     67        s += "    verbose: %s\n" % self.verbose
     68        s += "    shell: %s\n" % self.shell
    6569        return s
    6670    # }}}
    … …  
    7478    # }}}
    7579    def BuildQueueScript(self, dirname, modelname, solution, io_gather, isvalgrind, isgprof, isdakota, isoceancoupling):  # {{{
    76 
    77         executable = 'issm.exe'
     80        # Which executable are we calling?
     81        executable = 'issm.exe' # default
     82
    7883        if isdakota:
    7984            version = IssmConfig('_DAKOTA_VERSION_')
    … …  
    8489            executable = 'issm_ocean.exe'
    8590
    86         #write queuing script
     91        # Write queueing script
    8792        if not m.ispc():
    8893            fid = open(modelname + '.queue', 'w')
    … …  
    191196        print('launching solution sequence on remote cluster')
    192197        if restart:
    193             launchcommand = 'cd {} && cd {} chmod 777 {}.queue && ./{}.queue'.format(self.executionpath, dirname, modelname, modelname)
     198            launchcommand = 'cd {} && cd {} chmod 755 {}.queue && ./{}.queue'.format(self.executionpath, dirname, modelname, modelname)
    194199        else:
    195200            if batch:
    196201                launchcommand = 'cd {} && rm -rf ./{} && mkdir {} && cd {} && mv ../{}.tar.gz ./&& tar -zxf {}.tar.gz'.format(self.executionpath, dirname, dirname, dirname, dirname, dirname)
    197202            else:
    198                 launchcommand = 'cd {} && rm -rf ./{} && mkdir {} && cd {} && mv ../{}.tar.gz ./&& tar -zxf {}.tar.gz  && chmod 777 {}.queue && ./{}.queue'.format(self.executionpath, dirname, dirname, dirname, dirname, dirname, modelname, modelname)
     203                launchcommand = 'cd {} && rm -rf ./{} && mkdir {} && cd {} && mv ../{}.tar.gz ./&& tar -zxf {}.tar.gz  && chmod 755 {}.queue && ./{}.queue'.format(self.executionpath, dirname, dirname, dirname, dirname, dirname, modelname, modelname)
    199204        issmssh(self.name, self.login, self.port, launchcommand)
    200205    # }}}

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/clusters/generic_static.m

    r21576 r24593  
    55
    66classdef generic_static
    7         properties (SetAccess=public) 
     7        properties (SetAccess=public)
    88                % {{{
    99                name='';
    1010                np=1;
    1111                codepath=fileparts(which('issm.exe'));
    12                 executionpath = '.';
    13                 interactive = 1;
     12                executionpath='.';
     13                interactive=1;
    1414                shell='/bin/sh';
    1515                %}}}
    … …  
    1717        methods
    1818                function cluster=generic_static(varargin) % {{{
    19 
    2019                        %use provided options to change fields
    2120                        options=pairoptions(varargin{:});
    … …  
    5049                %}}}
    5150                function BuildQueueScript(cluster,dirname,modelname,solution,io_gather,isvalgrind,isgprof,isdakota,isoceancoupling) % {{{
     51                        % Which executable are we calling?
     52                        executable='issm.exe'; % default
    5253
    53                         %Check that issm.exe exists in the right path
    54                         if ~exist([cluster.codepath '/issm.exe'],'file'),
    55                                 error(['File ' cluster.codepath '/issm.exe does not exist']);
    56                         end
    57 
    58                         %Now process codepath and replace empty spaces with \ to avoid errors in queuing script
    59                         codepath2=strrep(cluster.codepath,' ','\ ');
    60 
    61                         %write queuing script
    62                         %what is the executable being called?
    63                         executable='issm.exe';
    6454                        if isdakota,
    65                                 version=IssmConfig('_DAKOTA_VERSION_'); version=str2num(version(1:3));
     55                                version=IssmConfig('_DAKOTA_VERSION_');
     56                                version=str2num(version(1:3));
    6657                                if (version>=6),
    6758                                        executable='issm_dakota.exe';
    … …  
    7263                        end
    7364
    74                         %write queuing script
     65                        % Check that executable exists at the right path
     66                        if ~exist([cluster.codepath '/' executable],'file'),
     67                                error(['File ' cluster.codepath '/' executable ' does not exist']);
     68                        end
     69
     70                        % Process codepath and prepend empty spaces with \ to avoid errors in queuing script
     71                        codepath=strrep(cluster.codepath,' ','\ ');
     72
     73                        % Write queueing script
    7574                        fid=fopen([modelname '.queue'],'w');
    7675                        fprintf(fid,'#!%s\n',cluster.shell);
    77                         fprintf(fid,['%s/mpiexec -np %i %s/%s %s %s %s \n'],codepath2,cluster.np,codepath2,executable,solution,'./',modelname);
     76                        fprintf(fid,['%s/mpiexec -np %i %s/%s %s %s %s \n'],codepath,cluster.np,codepath,executable,solution,'./',modelname);
    7877                        fclose(fid);
    7978
    80                         %in interactive mode, create a run file, and errlog and outlog file
    81                         fid=fopen([modelname '.errlog'],'w'); fclose(fid);
    82                         fid=fopen([modelname '.outlog'],'w'); fclose(fid);
     79                        % Create an errlog and outlog file
     80                        fid=fopen([modelname '.errlog'],'w');
     81                        fclose(fid);
     82                        fid=fopen([modelname '.outlog'],'w');
     83                        fclose(fid);
    8384                end
    8485                %}}}
    8586                function UploadQueueJob(cluster,modelname,dirname,filelist)% {{{
    86 
    87                         %do nothing
     87                        % Do nothing
     88                        return;
    8889                end %}}}
    8990                function LaunchQueueJob(cluster,modelname,dirname,filelist,restart,batch)% {{{
    90 
    9191                        if ~ispc,
    92 
    93                                 %figure out what shell extension we will use:
     92                                % Figure out which file extension to use
    9493                                if isempty(strfind(cluster.shell,'csh')),
    9594                                        shellext='sh';
    … …  
    106105                end %}}}
    107106                function Download(cluster,dirname,filelist)% {{{
    108                                 %do nothing
    109                                 return;
     107                        % Do nothing
     108                        return;
    110109                end %}}}
    111110        end

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/model.py

    r24576 r24593  
    144144                'initialization',
    145145                'rifts',
    146                 'slr', 
     146                'slr',
    147147                'dsl',
    148148                'debug',
    … …  
    811811        md.stressbalance.referential = project2d(md, md.stressbalance.referential, md.mesh.numberoflayers)
    812812        md.stressbalance.loadingforce = project2d(md, md.stressbalance.loadingforce, md.mesh.numberoflayers)
    813         md.masstransport.spcthickness = project2d(md, md.masstransport.spcthickness, md.mesh.numberoflayers)
     813        if np.size(md.masstransport.spcthickness) > 1:
     814            md.masstransport.spcthickness = project2d(md, md.masstransport.spcthickness, md.mesh.numberoflayers)
     815        if np.size(md.damage.spcdamage) > 1 and not np.isnan(md.damage.spcdamage).all():
     816            md.damage.spcdamage = project2d(md, md.damage.spcdamage, md.mesh.numberoflayers - 1)
     817        if np.size(md.levelset.spclevelset) > 1:
     818            md.levelset.spclevelset = project2d(md, md.levelset.spclevelset, md.mesh.numberoflayers - 1)
    814819        md.thermal.spctemperature = project2d(md, md.thermal.spctemperature, md.mesh.numberoflayers - 1)
    815         if not np.isnan(md.damage.spcdamage).all():
    816             md.damage.spcdamage = project2d(md, md.damage.spcdamage, md.mesh.numberoflayers - 1)
    817820
    818821        #materials

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/qmu.m

    r24465 r24593  
    55
    66classdef qmu
    7         properties (SetAccess=public) 
     7        properties (SetAccess=public)
    88                isdakota                    = 0;
    99                output                      = 0;
    … …  
    8787                                end
    8888                                if md.cluster.np<=1,
    89                                         md = checkmessage(md,['in parallel library mode, Dakota needs to run on at least 2 cpus, 1 cpu for the master, 1 cpu for the slave. Modify md.cluser.np accordingly.']);
    90                                 end
    91                                        
     89                                        md = checkmessage(md,['in parallel library mode, Dakota needs to run on at least 2 cpus, 1 cpu for the master, 1 cpu for the slave. Modify md.cluster.np accordingly.']);
     90                                end
     91
    9292                                if self.params.processors_per_evaluation<1,
    9393                                        md = checkmessage(md,['in parallel library mode, Dakota needs to run at least one slave on one cpu (md.qmu.params.processors_per_evaluation >=1)!']);
    9494                                end
    95                                 if mod(md.cluster.np-1,self.params.processors_per_evaluation), 
     95                                if mod(md.cluster.np-1,self.params.processors_per_evaluation),
    9696                                        %md = checkmessage(md,['in parallel library mode, the requirement is for md.cluster.np = md.qmu.params.processors_per_evaluation * number_of_slaves, where number_of_slaves will automatically be determined by Dakota. Modify md.cluster.np accordingly']);
    9797                                end
    9898                        end
    9999                        if ~isempty(md.qmu.vpartition) & ~any(isnan(md.qmu.vpartition)),
    100                                 if size(md.qmu.vpartition,1)~=md.mesh.numberofvertices 
     100                                if size(md.qmu.vpartition,1)~=md.mesh.numberofvertices
    101101                                        md = checkmessage(md,['user supplied vertex partition for qmu analysis should have size md.mesh.numberofvertices x 1']);
    102102                                end
    … …  
    109109                        end
    110110                        if ~isempty(md.qmu.epartition) & ~any(isnan(md.qmu.epartition)),
    111                                 if size(md.qmu.epartition,1)~=md.mesh.numberofelements, 
     111                                if size(md.qmu.epartition,1)~=md.mesh.numberofelements,
    112112                                        md = checkmessage(md,['user supplied element partition for qmu analysis should have size md.mesh.numberofelements x 1']);
    113113                                end
    … …  
    157157                                end
    158158                        end
    159                         fielddisplay(self,'numberofresponses','number of responses') 
     159                        fielddisplay(self,'numberofresponses','number of responses')
    160160                        for i=1:numel(self.method);
    161161                                if strcmp(class(self.method(i)),'dakota_method')
    … …  
    194194                        fielddisplay(self,'vpartition','user provided mesh partitioning (vertex based)');
    195195                        fielddisplay(self,'epartition','user provided mesh partitioning (element based)');
    196                         fielddisplay(self,'numberofpartitions','number of partitions for semi-discrete qmu') 
     196                        fielddisplay(self,'numberofpartitions','number of partitions for semi-discrete qmu')
    197197                        fielddisplay(self,'variabledescriptors','');
    198198                        fielddisplay(self,'responsedescriptors','');
    … …  
    208208                        WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','isdakota','format','Boolean');
    209209                        WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','output','format','Boolean');
    210                         if ~self.isdakota, 
     210                        if ~self.isdakota,
    211211                                WriteData(fid,prefix,'data',false,'name','md.qmu.mass_flux_segments_present','format','Boolean');
    212                                 return; 
     212                                return;
    213213                        end
    214214                        WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','vpartition','format','DoubleMat','mattype',2);
    … …  
    218218                        WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','variabledescriptors','format','StringArray');
    219219                        WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','responsedescriptors','format','StringArray');
    220                         if ~isempty(self.mass_flux_segments), 
     220                        if ~isempty(self.mass_flux_segments),
    221221                                WriteData(fid,prefix,'data',self.mass_flux_segments,'name','md.qmu.mass_flux_segments','format','MatArray');
    222                                 flag=true; 
    223                         else 
    224                                 flag=false; 
     222                                flag=true;
     223                        else
     224                                flag=false;
    225225                        end
    226226                        WriteData(fid,prefix,'data',flag,'name','md.qmu.mass_flux_segments_present','format','Boolean');
    227227                end % }}}
    228228                function savemodeljs(self,fid,modelname) % {{{
    229                
     229
    230230                        if self.isdakota,
    231231                                error('qmu savemodeljs error message: not supported yet!');

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/qmu.py

    r24452 r24593  
    149149
    150150            if md.cluster.np <= 1:
    151                 md.checkmessage('in parallel library mode, Dakota needs to run on at least 2 cpus, 1 cpu for the master, 1 cpu for the slave. Modify md.cluser.np accordingly.')
     151                md.checkmessage('in parallel library mode, Dakota needs to run on at least 2 cpus, 1 cpu for the master, 1 cpu for the slave. Modify md.cluster.np accordingly.')
    152152
    153153            if self.params.processors_per_evaluation < 1:

  • issm/trunk-jpl/src/m/miscellaneous/normfit_issm.py

    r24213 r24593  
    55
    66def normfit_issm(x, alpha=None):
    7 
    87    if alpha is None:
    98        alpha = 0.05

  • issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/Makefile.am

    r23482 r24593  
    55
    66#define prefix (from http://www.gnu.org/software/autoconf/manual/autoconf-2.67/html_node/Defining-Directories.html)
    7 AM_CPPFLAGS+= -DISSM_PREFIX='"$(prefix)"'
     7AM_CPPFLAGS += -DISSM_PREFIX='"$(prefix)"'
    88
    99#matlab io{{{
    … …  
    1212else
    1313noinst_LTLIBRARIES = libISSMMatlab.la
    14 lib_LTLIBRARIES =
    15 endif
    16 
    17 io_sources= ./io/CheckNumMatlabArguments.cpp\
    18                                 ./io/WriteMatlabData.cpp\
    19                                 ./io/FetchMatlabData.cpp
    20 
    21 ALLCXXFLAGS= -fPIC -D_WRAPPERS_ $(CXXFLAGS) $(CXXOPTFLAGS)
     14lib_LTLIBRARIES =
     15endif
     16
     17io_sources = \
     18        ./io/CheckNumMatlabArguments.cpp \
     19        ./io/FetchMatlabData.cpp \
     20        ./io/WriteMatlabData.cpp
     21
     22ALLCXXFLAGS= -fPIC -D_WRAPPERS_ $(CXXFLAGS) $(CXXOPTFLAGS)
    2223
    2324libISSMMatlab_la_SOURCES = $(io_sources)
    … …  
    3738#}}}
    3839#Wrappers {{{
    39 lib_LTLIBRARIES += BamgMesher_matlab.la\
    40                                                  BamgConvertMesh_matlab.la\
    41                                                  BamgTriangulate_matlab.la\
    42                                                  ContourToMesh_matlab.la\
    43                                                  ContourToNodes_matlab.la\
    44                                                  DistanceToMaskBoundary_matlab.la\
    45                                                  ElementConnectivity_matlab.la\
    46                                                  ExpSimplify_matlab.la\
    47                                                  ExpToLevelSet_matlab.la\
    48                                                  InterpFromGridToMesh_matlab.la\
    49                                                  InterpFromMeshToMesh2d_matlab.la\
    50                                                  InterpFromMeshToMesh3d_matlab.la\
    51                                                  InterpFromMeshToGrid_matlab.la\
    52                                                  InterpFromMesh2d_matlab.la\
    53                                                  IssmConfig_matlab.la\
    54                                                  NodeConnectivity_matlab.la\
    55                                                  M1qn3_matlab.la\
    56                                                  MeshPartition_matlab.la\
    57                                                  MeshProfileIntersection_matlab.la\
    58                                                  PointCloudFindNeighbors_matlab.la\
    59                                                  PropagateFlagsFromConnectivity_matlab.la\
    60                                                  Triangle_matlab.la\
    61                                                  ProcessRifts_matlab.la\
    62                                                  Scotch_matlab.la
     40lib_LTLIBRARIES += \
     41        BamgMesher_matlab.la \
     42        BamgConvertMesh_matlab.la \
     43        BamgTriangulate_matlab.la \
     44        ContourToMesh_matlab.la \
     45        ContourToNodes_matlab.la \
     46        DistanceToMaskBoundary_matlab.la \
     47        ElementConnectivity_matlab.la \
     48        ExpSimplify_matlab.la \
     49        ExpToLevelSet_matlab.la \
     50        InterpFromGridToMesh_matlab.la \
     51        InterpFromMeshToMesh2d_matlab.la \
     52        InterpFromMeshToMesh3d_matlab.la \
     53        InterpFromMeshToGrid_matlab.la \
     54        InterpFromMesh2d_matlab.la \
     55        IssmConfig_matlab.la \
     56        NodeConnectivity_matlab.la \
     57        M1qn3_matlab.la \
     58        MeshPartition_matlab.la \
     59        MeshProfileIntersection_matlab.la \
     60        PointCloudFindNeighbors_matlab.la \
     61        PropagateFlagsFromConnectivity_matlab.la \
     62        Triangle_matlab.la \
     63        ProcessRifts_matlab.la \
     64        Scotch_matlab.la
    6365
    6466if CHACO
    … …  
    6668endif
    6769if KRIGING
    68 lib_LTLIBRARIES +=  Kriging_matlab.la
     70lib_LTLIBRARIES += Kriging_matlab.la
    6971endif
    7072if KML
    … …  
    7476
    7577# Dependencies {{{
    76 deps =  $(MATHLIB)
     78deps = $(MATHLIB)
    7779
    7880#Triangle library
    … …  
    8183#Matlab part
    8284AM_LDFLAGS = -module $(MEXLINK) -shrext ${EXEEXT} --export-dynamic -rdynamic -no-undefined
    83 if VERSION
    84 AM_LDFLAGS +=
    85 else
     85
     86if !VERSION
    8687AM_LDFLAGS += -avoid-version
    8788endif
    8889
    8990if STANDALONE_MODULES
    90 AM_LDFLAGS += -Wl,-static
    91 endif
    92 
    93 AM_CXXFLAGS +=  -D_HAVE_MATLAB_MODULES_ -fPIC
     91AM_LDFLAGS += -Wl,-static -Wl,--disable-new-dtags -Wl,-rpath,'$$ORIGIN'
     92endif
     93
     94AM_CXXFLAGS += -D_HAVE_MATLAB_MODULES_ -fPIC
    9495
    9596deps += ./libISSMMatlab.la ../../c/libISSMModules.la ../../c/libISSMCore.la ./libISSMApi.la
    … …  
    111112
    112113#Optimization flags:
    113 AM_CXXFLAGS += $(CXXOPTFLAGS) 
     114AM_CXXFLAGS += $(CXXOPTFLAGS)
    114115#}}}
    115116# Module sources and dependencies {{{
    116117if !WINDOWS
    117 libISSMMatlab_la_LIBADD = ./../../c/libISSMCore.la ./../../c/libISSMModules.la $(PETSCLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(MKLLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB) $(MATHLIB) $(MEXLIB)
     118libISSMMatlab_la_LIBADD = ./../../c/libISSMCore.la ./../../c/libISSMModules.la $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(MKLLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB) $(MATHLIB) $(MEXLIB)
    118119endif
    119120
    120121if STANDALONE_LIBRARIES
    121 libISSMMatlab_la_LDFLAGS = -static
    122 deps += $(PETSCLIB) $(TAOLIB) $(NEOPZLIB) $(M1QN3LIB) $(SEMICLIB) $(PLAPACKLIB) $(MUMPSLIB) $(SUPERLULIB) $(SPOOLESLIB) $(TRIANGLELIB) $(SCALAPACKLIB) $(BLACSLIB) $(HYPRELIB) $(SPAILIB) $(PROMETHEUSLIB) $(PASTIXLIB) $(MLLIB) $(DAKOTALIB) $(METISLIB) $(CHACOLIB) $(SCOTCHLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MKLLIB) $(MPILIB) $(MATHLIB) $(GRAPHICSLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(OSLIBS) $(GSLLIB)   $(ADOLCLIB) $(AMPILIB) $(METEOIOLIB) $(SNOWPACKLIB)
    123 endif
    124 
    125 if !WINDOWS
    126 libISSMApi_la_LIBADD = $(PETSCLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB) $(MATHLIB) $(MEXLIB)
    127 endif
    128 
    129 if STANDALONE_LIBRARIES
    130 libISSMApi_la_LDFLAGS = -static
    131 endif
     122libISSMMatlab_la_LDFLAGS = -static
     123libISSMApi_la_LDFLAGS = -static
     124deps += $(PETSCLIB) $(TAOLIB) $(NEOPZLIB) $(M1QN3LIB) $(SEMICLIB) $(PLAPACKLIB) $(MUMPSLIB) $(SUPERLULIB) $(SPOOLESLIB) $(TRIANGLELIB) $(SCALAPACKLIB) $(BLACSLIB) $(HYPRELIB) $(SPAILIB) $(PROMETHEUSLIB) $(PASTIXLIB) $(MLLIB) $(DAKOTALIB) $(METISLIB) $(CHACOLIB) $(SCOTCHLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MKLLIB) $(MPILIB) $(MATHLIB) $(GRAPHICSLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(OSLIBS) $(GSLLIB) $(ADOLCLIB) $(AMPILIB) $(METEOIOLIB) $(SNOWPACKLIB)
     125endif
     126
     127if !WINDOWS
     128libISSMApi_la_LIBADD = $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB) $(MATHLIB) $(MEXLIB)
     129endif
     130
     131BamgConvertMesh_matlab_la_SOURCES = ../BamgConvertMesh/BamgConvertMesh.cpp
     132BamgConvertMesh_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
     133BamgConvertMesh_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    132134
    133135BamgMesher_matlab_la_SOURCES = ../BamgMesher/BamgMesher.cpp
    134136BamgMesher_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    135 BamgMesher_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    136 
    137 BamgConvertMesh_matlab_la_SOURCES = ../BamgConvertMesh/BamgConvertMesh.cpp
    138 BamgConvertMesh_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    139 BamgConvertMesh_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     137BamgMesher_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    140138
    141139BamgTriangulate_matlab_la_SOURCES = ../BamgTriangulate/BamgTriangulate.cpp
    142140BamgTriangulate_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    143 BamgTriangulate_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     141BamgTriangulate_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    144142
    145143if CHACO
    146144Chaco_matlab_la_SOURCES = ../Chaco/Chaco.cpp
    147145Chaco_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    148 Chaco_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(CHACOLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB) $(PETSCLIB) $(NEOPZLIB)
     146Chaco_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(CHACOLIB) $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    149147endif
    150148
    151149ContourToMesh_matlab_la_SOURCES = ../ContourToMesh/ContourToMesh.cpp
    152150ContourToMesh_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    153 ContourToMesh_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(MPILIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     151ContourToMesh_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     152
     153ContourToNodes_matlab_la_SOURCES = ../ContourToNodes/ContourToNodes.cpp
     154ContourToNodes_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
     155ContourToNodes_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     156
     157DistanceToMaskBoundary_matlab_la_SOURCES = ../DistanceToMaskBoundary/DistanceToMaskBoundary.cpp
     158DistanceToMaskBoundary_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
     159DistanceToMaskBoundary_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     160
     161ElementConnectivity_matlab_la_SOURCES = ../ElementConnectivity/ElementConnectivity.cpp
     162ElementConnectivity_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
     163ElementConnectivity_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    154164
    155165ExpToLevelSet_matlab_la_SOURCES = ../ExpToLevelSet/ExpToLevelSet.cpp
    156166ExpToLevelSet_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    157 ExpToLevelSet_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(MPILIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    158 
    159 ContourToNodes_matlab_la_SOURCES = ../ContourToNodes/ContourToNodes.cpp
    160 ContourToNodes_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    161 ContourToNodes_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    162 
    163 DistanceToMaskBoundary_matlab_la_SOURCES = ../DistanceToMaskBoundary/DistanceToMaskBoundary.cpp
    164 DistanceToMaskBoundary_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    165 DistanceToMaskBoundary_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    166 
    167 ElementConnectivity_matlab_la_SOURCES = ../ElementConnectivity/ElementConnectivity.cpp
    168 ElementConnectivity_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    169 ElementConnectivity_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     167ExpToLevelSet_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     168
     169ExpSimplify_matlab_la_SOURCES = ../ExpSimplify/ExpSimplify.cpp
     170ExpSimplify_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
     171ExpSimplify_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB) $(NEOPZLIB)
    170172
    171173InterpFromGridToMesh_matlab_la_SOURCES = ../InterpFromGridToMesh/InterpFromGridToMesh.cpp
    172174InterpFromGridToMesh_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    173 InterpFromGridToMesh_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(MPILIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     175InterpFromGridToMesh_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     176
     177InterpFromMesh2d_matlab_la_SOURCES = ../InterpFromMesh2d/InterpFromMesh2d.cpp
     178InterpFromMesh2d_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
     179InterpFromMesh2d_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     180
     181InterpFromMeshToGrid_matlab_la_SOURCES = ../InterpFromMeshToGrid/InterpFromMeshToGrid.cpp
     182InterpFromMeshToGrid_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
     183InterpFromMeshToGrid_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    174184
    175185InterpFromMeshToMesh2d_matlab_la_SOURCES = ../InterpFromMeshToMesh2d/InterpFromMeshToMesh2d.cpp
    176186InterpFromMeshToMesh2d_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    177 InterpFromMeshToMesh2d_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(MPILIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     187InterpFromMeshToMesh2d_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    178188
    179189InterpFromMeshToMesh3d_matlab_la_SOURCES = ../InterpFromMeshToMesh3d/InterpFromMeshToMesh3d.cpp
    180190InterpFromMeshToMesh3d_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    181 InterpFromMeshToMesh3d_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    182 
    183 InterpFromMeshToGrid_matlab_la_SOURCES = ../InterpFromMeshToGrid/InterpFromMeshToGrid.cpp
    184 InterpFromMeshToGrid_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    185 InterpFromMeshToGrid_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    186 
    187 InterpFromMesh2d_matlab_la_SOURCES = ../InterpFromMesh2d/InterpFromMesh2d.cpp
    188 InterpFromMesh2d_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    189 InterpFromMesh2d_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(MPILIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     191InterpFromMeshToMesh3d_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    190192
    191193IssmConfig_matlab_la_SOURCES = ../IssmConfig/IssmConfig.cpp
    … …  
    193195IssmConfig_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB)
    194196
    195 ExpSimplify_matlab_la_SOURCES = ../ExpSimplify/ExpSimplify.cpp
    196 ExpSimplify_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    197 ExpSimplify_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB) $(NEOPZLIB)
    198 
    199197Kriging_matlab_la_SOURCES = ../Kriging/Kriging.cpp
    200198Kriging_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    201 Kriging_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     199Kriging_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     200
     201M1qn3_matlab_la_SOURCES = ../M1qn3/M1qn3.cpp
     202M1qn3_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
     203M1qn3_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(METISLIB) $(M1QN3LIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    202204
    203205MeshPartition_matlab_la_SOURCES = ../MeshPartition/MeshPartition.cpp
    204206MeshPartition_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    205 MeshPartition_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(MPILIB) $(METISLIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    206 
    207 M1qn3_matlab_la_SOURCES = ../M1qn3/M1qn3.cpp
    208 M1qn3_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    209 M1qn3_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(MPILIB) $(METISLIB) $(M1QN3LIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     207MeshPartition_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(METISLIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    210208
    211209MeshProfileIntersection_matlab_la_SOURCES = ../MeshProfileIntersection/MeshProfileIntersection.cpp
    212210MeshProfileIntersection_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    213 MeshProfileIntersection_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     211MeshProfileIntersection_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    214212
    215213NodeConnectivity_matlab_la_SOURCES = ../NodeConnectivity/NodeConnectivity.cpp
    216214NodeConnectivity_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    217 NodeConnectivity_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     215NodeConnectivity_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    218216
    219217PointCloudFindNeighbors_matlab_la_SOURCES = ../PointCloudFindNeighbors/PointCloudFindNeighbors.cpp
    220218PointCloudFindNeighbors_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    221 PointCloudFindNeighbors_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(MPILIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     219PointCloudFindNeighbors_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    222220
    223221PropagateFlagsFromConnectivity_matlab_la_SOURCES = ../PropagateFlagsFromConnectivity/PropagateFlagsFromConnectivity.cpp
    224222PropagateFlagsFromConnectivity_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    225 PropagateFlagsFromConnectivity_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     223PropagateFlagsFromConnectivity_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    226224
    227225Scotch_matlab_la_SOURCES = ../Scotch/Scotch.cpp
    228226Scotch_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    229 Scotch_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(SCOTCHLIB) $(PETSCLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(BLASLAPACKLIB)
     227Scotch_matlab_la_LIBADD = ${deps}  $(PETSCLIB) $(SCOTCHLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(BLASLAPACKLIB)
    230228
    231229ShpRead_matlab_la_SOURCES = ../ShpRead/ShpRead.cpp
    232230ShpRead_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    233 ShpRead_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(SHAPELIBLIB) $(PETSCLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     231ShpRead_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(SHAPELIBLIB) $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    234232
    235233Triangle_matlab_la_SOURCES = ../Triangle/Triangle.cpp
    236234Triangle_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    237 Triangle_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(MPILIB) $(TRIANGLELIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     235Triangle_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(TRIANGLELIB) $(PETSCLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    238236
    239237ProcessRifts_matlab_la_SOURCES = ../ProcessRifts/ProcessRifts.cpp
    240238ProcessRifts_matlab_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    241 ProcessRifts_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    242 #}}}
     239ProcessRifts_matlab_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     240#}}}

  • issm/trunk-jpl/src/wrappers/python/Makefile.am

    r24027 r24593  
    55
    66#define prefix (from http://www.gnu.org/software/autoconf/manual/autoconf-2.67/html_node/Defining-Directories.html)
    7 AM_CPPFLAGS+= -DISSM_PREFIX='"$(prefix)"'
     7AM_CPPFLAGS += -DISSM_PREFIX='"$(prefix)"'
    88
    99#python io{{{
    1010lib_LTLIBRARIES = libISSMPython.la
    1111
    12 io_sources= ./io/WritePythonData.cpp\
    13                                 ./io/CheckNumPythonArguments.cpp\
    14                                 ./io/FetchPythonData.cpp
     12io_sources = \
     13        ./io/CheckNumPythonArguments.cpp \
     14        ./io/FetchPythonData.cpp \
     15        ./io/WritePythonData.cpp
    1516
    16 ALLCXXFLAGS= -fPIC -D_WRAPPERS_ $(CXXFLAGS) $(CXXOPTFLAGS)
     17ALLCXXFLAGS= -fPIC -D_WRAPPERS_ $(CXXFLAGS) $(CXXOPTFLAGS)
     18
    1719libISSMPython_la_SOURCES = $(io_sources)
    1820libISSMPython_la_CXXFLAGS= $(ALLCXXFLAGS)
    … …  
    2022#api io{{{
    2123lib_LTLIBRARIES += libISSMApi.la
    22 
    23 api_sources= ./io/ApiPrintf.cpp
     24api_sources              = ./io/ApiPrintf.cpp
    2425
    2526libISSMApi_la_SOURCES = $(api_sources)
    … …  
    2728#}}}
    2829#Wrappers {{{
    29 if WRAPPERS
    30 lib_LTLIBRARIES += BamgConvertMesh_python.la\
    31                                                 BamgMesher_python.la\
    32                                                 BamgTriangulate_python.la\
    33                                                 ContourToMesh_python.la\
    34                                                 ContourToNodes_python.la\
    35                                                 ElementConnectivity_python.la\
    36                                                 ExpToLevelSet_python.la\
    37                                                 InterpFromMeshToMesh2d_python.la\
    38                                                 InterpFromMeshToMesh3d_python.la\
    39                                                 InterpFromGridToMesh_python.la\
    40                                                 InterpFromMeshToGrid_python.la\
    41                                                 IssmConfig_python.la\
    42                                                 MeshPartition_python.la\
    43                                                 MeshProfileIntersection_python.la\
    44                                                 NodeConnectivity_python.la\
    45                                                 Triangle_python.la\
    46                                                 ProcessRifts_python.la
     30lib_LTLIBRARIES += \
     31        BamgConvertMesh_python.la \
     32        BamgMesher_python.la \
     33        BamgTriangulate_python.la \
     34        ContourToMesh_python.la \
     35        ContourToNodes_python.la \
     36        ElementConnectivity_python.la \
     37        ExpToLevelSet_python.la \
     38        InterpFromMeshToMesh2d_python.la \
     39        InterpFromMeshToMesh3d_python.la \
     40        InterpFromGridToMesh_python.la \
     41        InterpFromMeshToGrid_python.la \
     42        IssmConfig_python.la \
     43        MeshPartition_python.la \
     44        MeshProfileIntersection_python.la \
     45        NodeConnectivity_python.la \
     46        Triangle_python.la \
     47        ProcessRifts_python.la
    4748
    4849if CHACO
    4950lib_LTLIBRARIES += Chaco_python.la
    5051endif
    51 endif
    5252#}}}
    5353#Flags and libraries {{{
    54 deps =  $(MATHLIB) ${PYTHONLIB}
     54deps = $(MATHLIB) ${PYTHONLIB}
    5555
    5656#Triangle library
    57 AM_CXXFLAGS =  -DTRILIBRARY -DANSI_DECLARATORS -DNO_TIMER -D_WRAPPERS_
     57AM_CXXFLAGS = -DTRILIBRARY -DANSI_DECLARATORS -DNO_TIMER -D_WRAPPERS_
    5858
    5959#Python part
    60 AM_LDFLAGS   = $(PYTHONLINK) -shrext ${EXEEXT} -module
    61 if VERSION
    62 AM_LDFLAGS +=
    63 else
     60AM_LDFLAGS = $(PYTHONLINK) -shrext ${EXEEXT} -module
     61
     62if !VERSION
    6463AM_LDFLAGS += -avoid-version
    6564endif
    6665
    6766if STANDALONE_MODULES
    68 AM_LDFLAGS += -Wl,-static
     67AM_LDFLAGS += -Wl,-static -Wl,--disable-new-dtags -Wl,-rpath,'$$ORIGIN'
    6968endif
    7069
    71 deps += ./libISSMPython.la
    72 AM_LDFLAGS += --no-warnings
     70AM_LDFLAGS      += --no-warnings
     71AM_CXXFLAGS += -D_HAVE_PYTHON_MODULES_ -fPIC
    7372
    74 AM_CXXFLAGS +=  -D_HAVE_PYTHON_MODULES_   -fPIC
    7573if PYTHON3
    76 AM_CXXFLAGS +=  -DNPY_NO_DEPRECATED_API
     74AM_CXXFLAGS += -DNPY_NO_DEPRECATED_API
    7775endif
    7876
    79 deps += ../../c/libISSMModules.la ../../c/libISSMCore.la
     77deps += ./libISSMPython.la ../../c/libISSMModules.la ../../c/libISSMCore.la ./libISSMApi.la
     78
    8079if ADOLC
    8180deps += $(ADOLCLIB)
    8281endif
    8382
    84 deps += ./libISSMApi.la
    85 
    86 if STANDALONE_LIBRARIES
    87 libISSMPython_la_LDFLAGS = -static
    88 endif
    89 if STANDALONE_LIBRARIES
    90 libISSMApi_la_LDFLAGS = -static
     83if FORTRAN
     84deps += $(FLIBS) $(FORTRANLIB)
    9185endif
    9286
    9387#Optimization flags:
    94 AM_CXXFLAGS += $(CXXOPTFLAGS) 
     88AM_CXXFLAGS += $(CXXOPTFLAGS)
    9589#}}}
    96 #Bin sources {{{
     90# Module sources and dependencies {{{
     91libISSMPython_la_LIBADD = ./../../c/libISSMCore.la ./../../c/libISSMModules.la $(PETSCLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(MKLLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB) $(MATHLIB)
     92
     93if STANDALONE_LIBRARIES
     94libISSMPython_la_LDFLAGS = -static
     95libISSMApi_la_LDFLAGS = -static
     96deps += $(DAKOTALIB) $(PETSCLIB) $(TAOLIB) $(NEOPZLIB) $(M1QN3LIB) $(SEMICLIB) $(PLAPACKLIB) $(MUMPSLIB) $(SUPERLULIB) $(SPOOLESLIB) $(TRIANGLELIB) $(SCALAPACKLIB) $(BLACSLIB) $(HYPRELIB) $(SPAILIB) $(PROMETHEUSLIB) $(PASTIXLIB) $(MLLIB) $(METISLIB) $(CHACOLIB) $(SCOTCHLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MKLLIB) $(MPILIB) $(MATHLIB) $(GRAPHICSLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(OSLIBS) $(GSLLIB) $(ADOLCLIB) $(AMPILIB) $(METEOIOLIB) $(SNOWPACKLIB)
     97endif
     98
     99libISSMApi_la_LIBADD = $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB) $(MATHLIB)
     100
    97101BamgConvertMesh_python_la_SOURCES = ../BamgConvertMesh/BamgConvertMesh.cpp
    98102BamgConvertMesh_python_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    99 BamgConvertMesh_python_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     103BamgConvertMesh_python_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    100104
    101105BamgMesher_python_la_SOURCES = ../BamgMesher/BamgMesher.cpp
    102106BamgMesher_python_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    103 BamgMesher_python_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     107BamgMesher_python_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    104108
    105109BamgTriangulate_python_la_SOURCES = ../BamgTriangulate/BamgTriangulate.cpp
    106110BamgTriangulate_python_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    107 BamgTriangulate_python_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     111BamgTriangulate_python_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    108112
    109113if CHACO
    110114Chaco_python_la_SOURCES = ../Chaco/Chaco.cpp
    111115Chaco_python_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    112 Chaco_python_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB)  $(CHACOLIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     116Chaco_python_la_LIBADD = ${deps} $(CHACOLIB) $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    113117endif
    114118
    115119ContourToMesh_python_la_SOURCES = ../ContourToMesh/ContourToMesh.cpp
    116120ContourToMesh_python_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    117 ContourToMesh_python_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     121ContourToMesh_python_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    118122
    119123ContourToNodes_python_la_SOURCES = ../ContourToNodes/ContourToNodes.cpp
    120124ContourToNodes_python_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    121 ContourToNodes_python_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     125ContourToNodes_python_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    122126
    123127ElementConnectivity_python_la_SOURCES = ../ElementConnectivity/ElementConnectivity.cpp
    124128ElementConnectivity_python_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    125 ElementConnectivity_python_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     129ElementConnectivity_python_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    126130
    127131ExpToLevelSet_python_la_SOURCES = ../ExpToLevelSet/ExpToLevelSet.cpp
    128132ExpToLevelSet_python_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    129 ExpToLevelSet_python_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     133ExpToLevelSet_python_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB) $(NEOPZLIB)
    130134
     135InterpFromGridToMesh_python_la_SOURCES = ../InterpFromGridToMesh/InterpFromGridToMesh.cpp
     136InterpFromGridToMesh_python_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
     137InterpFromGridToMesh_python_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     138
     139InterpFromMeshToGrid_python_la_SOURCES = ../InterpFromMeshToGrid/InterpFromMeshToGrid.cpp
     140InterpFromMeshToGrid_python_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
     141InterpFromMeshToGrid_python_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    131142
    132143InterpFromMeshToMesh2d_python_la_SOURCES = ../InterpFromMeshToMesh2d/InterpFromMeshToMesh2d.cpp
    133144InterpFromMeshToMesh2d_python_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    134 InterpFromMeshToMesh2d_python_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     145InterpFromMeshToMesh2d_python_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    135146
    136147InterpFromMeshToMesh3d_python_la_SOURCES = ../InterpFromMeshToMesh3d/InterpFromMeshToMesh3d.cpp
    137148InterpFromMeshToMesh3d_python_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    138 InterpFromMeshToMesh3d_python_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    139 
    140 InterpFromGridToMesh_python_la_SOURCES = ../InterpFromGridToMesh/InterpFromGridToMesh.cpp
    141 InterpFromGridToMesh_python_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    142 InterpFromGridToMesh_python_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    143 
    144 InterpFromMeshToGrid_python_la_SOURCES = ../InterpFromMeshToGrid/InterpFromMeshToGrid.cpp
    145 InterpFromMeshToGrid_python_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    146 InterpFromMeshToGrid_python_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     149InterpFromMeshToMesh3d_python_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    147150
    148151IssmConfig_python_la_SOURCES = ../IssmConfig/IssmConfig.cpp
    149152IssmConfig_python_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    150 IssmConfig_python_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB)
     153IssmConfig_python_la_LIBADD = ${deps} $(DAKOTALIB) $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB)
    151154
    152155MeshPartition_python_la_SOURCES = ../MeshPartition/MeshPartition.cpp
    153156MeshPartition_python_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    154 MeshPartition_python_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     157MeshPartition_python_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(METISLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    155158
    156159MeshProfileIntersection_python_la_SOURCES = ../MeshProfileIntersection/MeshProfileIntersection.cpp
    157160MeshProfileIntersection_python_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    158 MeshProfileIntersection_python_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     161MeshProfileIntersection_python_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    159162
    160163NodeConnectivity_python_la_SOURCES = ../NodeConnectivity/NodeConnectivity.cpp
    161164NodeConnectivity_python_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    162 NodeConnectivity_python_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     165NodeConnectivity_python_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    163166
    164167Triangle_python_la_SOURCES = ../Triangle/Triangle.cpp
    165168Triangle_python_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    166 Triangle_python_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(TRIANGLELIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     169Triangle_python_la_LIBADD = ${deps} $(TRIANGLELIB) $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    167170
    168171ProcessRifts_python_la_SOURCES = ../ProcessRifts/ProcessRifts.cpp
    169172ProcessRifts_python_la_CXXFLAGS = ${AM_CXXFLAGS}
    170 ProcessRifts_python_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
     173ProcessRifts_python_la_LIBADD = ${deps} $(PETSCLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(NEOPZLIB) $(GSLLIB) $(PROJ4LIB)
    171174#}}}
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.