Changeset 24269


Ignore:
Timestamp:
10/23/19 23:06:43 (5 years ago)
Author:
bdef
Message:

BUG:fixing some space in clusters, and some fixes in plot

Location:
issm/trunk-jpl/src/m
Files:
12 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/clusters/cyclone.py

    r24213 r24269  
    7373        #write queuing script
    7474        fid = open(modelname + '.queue', 'w')
    75         fid.write('export ISSM_DIR = "%s/../ "\n' % self.codepath)
     75        fid.write('export ISSM_DIR="%s/../ "\n' % self.codepath)
    7676        fid.write('source $ISSM_DIR/etc/environment.sh\n')
    7777        fid.write('INTELLIBS = "/opt/intel/intelcompiler-12.04/composerxe-2011.4.191/compiler/lib/intel64"\n')

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/clusters/hexagon.py

    r24213 r24269  
    107107        fid.write('#PBS -o %s/%s/%s.outlog \n' % (self.executionpath, dirname, modelname))
    108108        fid.write('#PBS -e %s/%s/%s.errlog \n\n' % (self.executionpath, dirname, modelname))
    109         fid.write('export ISSM_DIR = "%s/../"\n' % self.codepath)
    110         fid.write('export CRAY_ROOTFS = DSL\n')
     109        fid.write('export ISSM_DIR="%s/../"\n' % self.codepath)
     110        fid.write('export CRAY_ROOTFS=DSL\n')
    111111        fid.write('module swap PrgEnv-cray / 5.2.40 PrgEnv - gnu\n')
    112112        fid.write('module load cray-petsc\n')

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/clusters/pfe.py

    r24213 r24269  
    150150        fid.write('module load comp-intel/2015.0.090\n')
    151151        fid.write('module load mpi-sgi/mpt.2.11r13\n')
    152         fid.write('export PATH = "$PATH:."\n\n')
    153         fid.write('export MPI_GROUP_MAX = 64\n\n')
    154         fid.write('export ISSM_DIR = "%s/../ "\n' % self.codepath)
     152        fid.write('export PATH="$PATH:."\n\n')
     153        fid.write('export MPI_GROUP_MAX=64\n\n')
     154        fid.write('export ISSM_DIR="%s/../ "\n' % self.codepath)
    155155        fid.write('source $ISSM_DIR/etc/environment.sh\n')
    156156        fid.write('cd %s/%s/ \n\n' % (self.executionpath, dirname))

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/clusters/stallo.py

    r24240 r24269  
    124124        fid.write('#SBATCH --error %s/%s/%s.errlog \n\n' % (self.executionpath, dirname, modelname))
    125125
    126         fid.write('export ISSM_DIR = "%s/../"\n' % self.codepath)
     126        fid.write('export ISSM_DIR="%s/../"\n' % self.codepath)
    127127        fid.write('module purge\n')
    128128        fid.write('module load CMake/3.8.0-GCCcore-6.3.0\n')

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/clusters/vilje.py

    r24213 r24269  
    108108        fid.write('#PBS -o %s/%s/%s.outlog \n' % (self.executionpath, dirname, modelname))
    109109        fid.write('#PBS -e %s/%s/%s.errlog \n\n' % (self.executionpath, dirname, modelname))
    110         fid.write('export ISSM_DIR = "%s/../ "\n' % self.codepath)
     110        fid.write('export ISSM_DIR="%s/../ "\n' % self.codepath)
    111111        fid.write('module load intelcomp/17.0.0\n')
    112112        fid.write('module load mpt/2.14\n')

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/pairoptions.py

    r24213 r24269  
    11from collections import OrderedDict
    2 
    32
    43class pairoptions(object):
    … …  
    3130        if self.list:
    3231            s += "   list: ({}x{}) \n\n".format(len(self.list), 2)
    33             for item in list(self.list.items()):
    34                 s += "     field: {} value: '{}'\n".format((item[0], item[1]))
     32            for item in self.list.items():
     33                s += "     field: {} value: '{}'\n".format(item[0], item[1])
     34            print(s)
    3535        else:
    3636            s += "   list: empty\n"

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/plotoptions.py

    r24213 r24269  
    2626            s += "    list: (%ix%i)\n" % (len(self.list), 2)
    2727            for item in list(self.list.items()):
    28                 #s += "    options of plot number %i\n" % item
    29                 if isinstance(item[1], str):
    30                     s += "    field: % - 10s value: '%s'\n" % (item[0], item[1])
    31                 elif isinstance(item[1], (bool, int, float)):
    32                     s += "    field: % - 10s value: '%g'\n" % (item[0], item[1])
    33                 else:
    34                     s += "    field: % - 10s value: '%s'\n" % (item[0], item[1])
     28                s += "    field: {:10} value: '{}'\n".format(item[0], item[1])
     29            print(s)
    3530        else:
    3631            s += "    list: empty\n"

  • issm/trunk-jpl/src/m/contrib/defleurian/paraview/exportVTK.py

    r24261 r24269  
    108108        num_of_points = every_nodes
    109109        if dim == 2:
    110             points = np.column_stack((md.mesh.x, md.mesh.y, md.geometry.surface))
     110            mesh_alti = input('''This is a 2D model, what should be the 3rd dimension of the mesh :
     111                                        1 : md.geometry.surface
     112                                        2 : md.geometry.base
     113                                        3 : md.geometry.bed
     114                                        4 : 0\n''')
     115            if mesh_alti == 1:
     116                points = np.column_stack((md.mesh.x, md.mesh.y, md.geometry.surface))
     117            elif mesh_alti == 2:
     118                points = np.column_stack((md.mesh.x, md.mesh.y, md.geometry.base))
     119            elif mesh_alti == 3:
     120                points = np.column_stack((md.mesh.x, md.mesh.y, md.geometry.bed))
     121            elif mesh_alti == 4:
     122                points = np.column_stack((md.mesh.x, md.mesh.y, 0. * md.mesh.x))
     123            else:
     124                points = np.column_stack((md.mesh.x, md.mesh.y, md.geometry.surface))
    111125        elif dim == 3:
     126            mesh_alti = 1
    112127            points = np.column_stack((md.mesh.x, md.mesh.y, md.mesh.z))
    113128        else:
    … …  
    127142        fid.write('POINTS {:d} float\n'.format(num_of_points))
    128143    #updating z for mesh evolution
    129         if moving_mesh:
     144        if moving_mesh and mesh_alti in [1, 2]:
    130145            base = np.squeeze(res_struct.__dict__['TransientSolution'][step].__dict__['Base'][enveloppe_index])
    131146            thick_change_ratio = (np.squeeze(res_struct.__dict__['TransientSolution'][step].__dict__['Thickness'][enveloppe_index]) / md.geometry.thickness[enveloppe_index])
    … …  
    242257                                fid.write('{:f} {:f} {:f}\n'.format(0, 0, 0))
    243258                    else:
    244                         if (np.size(spe_res_struct.__dict__[field]) == 1):
     259                        if np.size(spe_res_struct.__dict__[field]) == 1:
     260                            if field == 'time':
     261                                current_time = spe_res_struct.__dict__[field]
    245262                            #skipping integers
    246263                            continue
    247                         elif ((np.size(spe_res_struct.__dict__[field])) == every_nodes):
     264                        elif np.size(spe_res_struct.__dict__[field]) == every_nodes:
    248265                            fid.write('SCALARS {} float 1 \n'.format(field))
    249266                            fid.write('LOOKUP_TABLE default\n')
    … …  
    251268                                outval = cleanOutliers(np.squeeze(spe_res_struct.__dict__[field][enveloppe_index[node]]))
    252269                                fid.write('{:f}\n'.format(outval))
    253                         elif (np.shape(spe_res_struct.__dict__[field])[0] == np.size(spe_res_struct.__dict__[field]) == every_cells):
     270                        elif np.shape(spe_res_struct.__dict__[field])[0] == np.size(spe_res_struct.__dict__[field]) == every_cells:
    254271                            saved_cells[field] = np.squeeze(spe_res_struct.__dict__[field])
    255272                        else:
    … …  
    262279            othernames = (dict.keys(other_struct.__dict__))
    263280            for field in othernames:
    264                 if (np.size(other_struct.__dict__[field]) == 1):
     281                if np.size(other_struct.__dict__[field]) == 1:
    265282                    #skipping integers
    266283                    continue
    267                 elif (np.size(other_struct.__dict__[field]) == every_nodes):
     284                elif np.size(other_struct.__dict__[field]) == every_nodes:
    268285                    fid.write('SCALARS {} float 1 \n'.format(field))
    269286                    fid.write('LOOKUP_TABLE default\n')
    … …  
    271288                        outval = cleanOutliers(other_struct.__dict__[field][enveloppe_index[node]])
    272289                        fid.write('{:f}\n'.format(outval))
    273                 elif (np.shape(other_struct.__dict__[field])[0] == np.size(other_struct.__dict__[field]) == every_cells):
     290                elif np.shape(other_struct.__dict__[field])[0] == every_nodes + 1:
     291                    #we are dealing with a forcing of some kind.
     292                    forcing_time = other_struct.__dict__[field][-1, :]
     293                    if any(forcing_time == current_time):
     294                        forcing_index = np.where(forcing_time == current_time)
     295                        forcing_val = other_struct.__dict__[field][:, forcing_index]
     296                    elif forcing_time[0] > current_time:
     297                        forcing_val = other_struct.__dict__[field][:, 0]
     298                    elif forcing_time[-1] < current_time:
     299                        forcing_val = other_struct.__dict__[field][:, -1]
     300                    else:
     301                        forcing_index = np.where(forcing_time < current_time)[-1][-1]
     302                        delta_time = forcing_time[forcing_index + 1] - forcing_time[forcing_index]  #compute forcing Dt
     303                        delta_current = current_time - forcing_time[forcing_index]  # time since last forcing
     304                        ratio = delta_current / delta_time  #compute weighting factor for preceding forcing vallue
     305                        forcing_evol = (other_struct.__dict__[field][:, forcing_index + 1] - other_struct.__dict__[field][:, forcing_index]) * ratio
     306                        forcing_val = other_struct.__dict__[field][:, forcing_index] + forcing_evol
     307                    # and now write it down
     308                    fid.write('SCALARS {}_{} float 1 \n'.format(other, field))
     309                    fid.write('LOOKUP_TABLE default\n')
     310                    for node in range(0, num_of_points):
     311                        outval = cleanOutliers(forcing_val[enveloppe_index[node]])
     312                        fid.write('{:f}\n'.format(outval))
     313                elif np.shape(other_struct.__dict__[field])[0] == np.size(other_struct.__dict__[field]) == every_cells:
    274314                    saved_cells[field] = other_struct.__dict__[field]
    275315                else:

  • issm/trunk-jpl/src/m/plot/plot_BC.py

    r24213 r24269  
    5151                slicesize = len(x)
    5252                fulldata = md.__dict__[str(spc_dict[str(key)][0])].__dict__[str(key)]
    53                 print(key)
    5453                data = fulldata[(plotlayer - 1) * slicesize:plotlayer * slicesize]
    55                 print(np.shape(data))
    5654                mark = spc_dict[str(key)][1]
    5755                color = spc_dict[str(key)][2]

  • issm/trunk-jpl/src/m/plot/plot_manager.py

    r24213 r24269  
    3535    See also: PLOTMODEL, PLOT_UNIT
    3636    '''
    37 
    3837    #parse options and get a structure of options
    3938    options = checkplotoptions(md, options)

  • issm/trunk-jpl/src/m/plot/plot_unit.py

    r24213 r24269  
    2222    """
    2323    #if we are plotting 3d replace the current axis
    24     print(is2d)
    2524    if not is2d:
    2625        axgrid[gridindex].axis('off')
    2726        ax = inset_locator.inset_axes(axgrid[gridindex], width='100%', height='100%', loc=3, borderpad=0, axes_class=Axes3D)
    28         ax.set_axis_bgcolor((0.7, 0.7, 0.7))
    2927    else:
    3028        ax = axgrid[gridindex]

  • issm/trunk-jpl/src/m/plot/plotmodel.py

    r24213 r24269  
    1717    #First process options
    1818    options = plotoptions(*args)
    19 
    2019    #get number of subplots
    2120    subplotwidth = ceil(sqrt(options.numberofplots))
    … …  
    9796            for ax in axgrid.cbar_axes:
    9897                fig._axstack.remove(ax)
    99 
    10098        for i, ax in enumerate(axgrid.axes_all):
    101             plot_manager(options.list[i].getfieldvalue('model', md), options.list[i], fig, axgrid, i)
     99            try:
     100                plot_manager(options.list[i].getfieldvalue('model', md), options.list[i], fig, axgrid, i)
     101            except KeyError:
     102                print("Too many axes present, we delete the overflow")
     103                fig.delaxes(axgrid[i])
    102104        fig.show()
    103105    else:
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.