Changeset 23716


Ignore:
Timestamp:
02/12/19 06:10:51 (6 years ago)
Author:
bdef
Message:

CHG: shifting to py3 version of python interface (py2 compatible)

Location:
issm/trunk-jpl/src/m
Files:
165 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • issm/trunk-jpl/src/m/archive/arch.py

    r21303 r23716  
    11import numpy as np
    2 import math
    32import struct
    4 import sys
    5 import os
     3from os import path
    64from collections import OrderedDict
    75
    … …  
    1816        # open file
    1917        try:
    20                 if not os.path.isfile(filename):
     18                if not path.isfile(filename):
    2119                        fid=open(filename,'wb')
    2220                else:
    … …  
    3129                name=args[2*i]
    3230                write_field_name(fid,name)
    33                
     31
    3432                # write data associated with field name
    3533                data=args[2*i+1]
    … …  
    4341                else:
    4442                        raise ValueError("archwrite : error writing data, invalid code entered '%d'" % code)
    45        
     43
    4644        fid.close()
    4745
    … …  
    5553        """
    5654        try:
    57                 if os.path.isfile(filename):
     55                if path.isfile(filename):
    5856                        fid=open(filename,'rb')
    5957                else:
    … …  
    6159        except IOError as e:
    6260                raise IOError("archread error : could not open file '%s' to read from" % filename)
    63        
     61
    6462        archive_results=[]
    6563
    6664        # read first result
    6765        result=read_field(fid)
     66
    6867        while result:
    6968                if fieldname == result['field_name']:
    … …  
    7170                        archive_results=result['data']; # we only want the data
    7271                        break
    73                
     72
    7473                # read next result
    7574                result=read_field(fid)
    76        
     75
    7776        # close file
    7877        fid.close()
    79        
     78
    8079        return archive_results
    8180# }}}
    … …  
    8887        """
    8988        try:
    90                 if os.path.isfile(filename):
     89                if path.isfile(filename):
    9190                        fid=open(filename,'rb')
    9291                else:
    … …  
    9493        except IOError as e:
    9594                raise IOError("archread error : could not open file '%s' to read from" % filename)
    96        
    97         print 'Source file: '
    98         print '\t{0}'.format(filename)
    99         print 'Variables: '
     95
     96        print('Source file: ')
     97        print(('\t{0}'.format(filename)))
     98        print('Variables: ')
    10099
    101100        result=read_field(fid)
    102101        while result:
    103                 print '\t{0}'.format(result['field_name'])
    104                 print '\t\tSize:\t\t{0}'.format(result['size'])
    105                 print '\t\tDatatype:\t{0}'.format(result['data_type'])
     102                print(('\t{0}'.format(result['field_name'])))
     103                print(('\t\tSize:\t\t{0}'.format(result['size'])))
     104                print(('\t\tDatatype:\t{0}'.format(result['data_type'])))
    106105                # go to next result
    107106                result=read_field(fid)
    108        
     107
    109108        # close file
    110109        fid.close()
    … …  
    112111# }}}
    113112
    114 # Helper functions 
     113# Helper functions
    115114def write_field_name(fid,data): # {{{
    116115        """
    … …  
    121120        reclen=len(data)+4+4
    122121        fid.write(struct.pack('>i',reclen))
    123        
     122
    124123        # write format code
    125124        code=format_archive_code(data);
    … …  
    130129        # write string length, and then the string
    131130        fid.write(struct.pack('>i',len(data)))
    132         fid.write(struct.pack('>%ds' % len(data),data))
     131        fid.write(struct.pack('>{}s'.format(len(data)),data.encode('utf8')))
    133132# }}}
    134133def write_scalar(fid,data): # {{{
    … …  
    143142        # write the format code (2 for scalar)
    144143        fid.write(struct.pack('>i',2))
    145        
     144
    146145        # write the double
    147146        fid.write(struct.pack('>d',data))
    … …  
    154153        # Make sure our vector is the correct shape.
    155154        # Reshape it into a row vector if it is not correct.
    156         if isinstance(data,(bool,int,long,float)):
     155        if isinstance(data,(bool,int,float)):
    157156                data=np.array([data])
    158157        elif isinstance(data,(list,tuple)):
    159158                data=np.array(data).reshape(-1,)
    160        
     159
    161160        if np.ndim(data) == 1:
    162161                if np.size(data):
    … …  
    164163                else:
    165164                        data=data.reshape(0,0)
    166        
     165
    167166        # get size of data
    168167        sz=data.shape
    … …  
    175174                raise ValueError("archwrite error : can not write vector to binary file because it is too large")
    176175        fid.write(struct.pack('>i',reclen))
    177        
     176
    178177        # write format code
    179178        fid.write(struct.pack('>i',3))
    … …  
    182181        fid.write(struct.pack('>i',sz[0]))
    183182        fid.write(struct.pack('>i',sz[1]))
    184         for i in xrange(sz[0]):
    185                 for j in xrange(sz[1]):
     183        for i in range(sz[0]):
     184                for j in range(sz[1]):
    186185                        fid.write(struct.pack('>d',float(data[i][j])))
    187186
    … …  
    204203                        raise ValueError('archread error : a string was not present at the start of the arch file')
    205204                namelen=struct.unpack('>i',fid.read(struct.calcsize('>i')))[0]
    206                 fieldname=struct.unpack('>%ds' % namelen,fid.read(namelen))[0]
    207                
     205                fieldname=struct.unpack('>{}s'.format(namelen),fid.read(namelen))[0]
     206
    208207                # then, read the data
    209208                datalen=struct.unpack('>i',fid.read(struct.calcsize('>i')))[0]
    … …  
    211210
    212211                if data_type==2:
    213                         # unpack scalar
     212                        # struct.upack scalar
    214213                        data=struct.unpack('>d',fid.read(struct.calcsize('>d')))[0]
    215214                elif data_type==3:
    … …  
    217216                        cols=struct.unpack('>i',fid.read(struct.calcsize('>i')))[0]
    218217                        raw_data=np.zeros(shape=(rows,cols),dtype=float)
    219                         for i in xrange(rows):
    220                                 raw_data[i,:]=struct.unpack('>%dd' % cols,fid.read(cols*struct.calcsize('>d')))
    221                         # The matrix will be unpacked in order and will be filled left -> right by column
     218                        for i in range(rows):
     219                                raw_data[i,:]=struct.unpack('>{}d'.format(cols),fid.read(cols*struct.calcsize('>d')))
     220                        # The matrix will be struct.upacked in order and will be filled left -> right by column
    222221                        # We need to reshape and transpose the matrix so it can be read correctly
    223222                        data=raw_data.reshape(raw_data.shape[::-1]).T
    224223                else:
    225224                        raise TypeError("Cannot read data type %d" % data_type)
    226                        
     225
    227226                # give additional data to user
    228227                if data_type==2:
    … …  
    234233
    235234                result=OrderedDict()
    236                 result['field_name']=fieldname
     235                result['field_name']=fieldname.decode('utf8')
    237236                result['size']=data_size
    238237                result['data_type']=data_type_str
    … …  
    255254
    256255        """
    257         if isinstance(format,basestring):
     256        if isinstance(format,str):
    258257                code=1
    259258        elif format.shape[0] == 1 and format.shape[1] == 1:

  • issm/trunk-jpl/src/m/array/MatlabArray.py

    r23095 r23716  
    55#move this later
    66from helpers import *
     7from functools import reduce
    78
    89def allempty(cin):
    … …  
    2829'''
    2930        if type(ain) != type(aval):
    30                 print allequal.__doc__
     31                print((allequal.__doc__))
    3132                raise RuntimeError("ain and aval must be of the same type")
    3233       
    … …  
    247248        try:
    248249                # I tried other methods, but this is, unfortunately, the best behaving by far
    249                 exec 'from '+cstr+' import *'
     250                exec('from '+cstr+' import *')
    250251        except:
    251252                raise RuntimeError('MatlabArray.struc_class Class Error: class "'+cstr+'" does not exist')

  • issm/trunk-jpl/src/m/boundaryconditions/SetIceSheetBC.py

    r22133 r23716  
    2626        #Dirichlet Values
    2727        if isinstance(md.inversion.vx_obs,np.ndarray) and np.size(md.inversion.vx_obs,axis=0)==md.mesh.numberofvertices and isinstance(md.inversion.vy_obs,np.ndarray) and np.size(md.inversion.vy_obs,axis=0)==md.mesh.numberofvertices:
    28                 print "      boundary conditions for stressbalance model: spc set as observed velocities"
     28                print("      boundary conditions for stressbalance model: spc set as observed velocities")
    2929                md.stressbalance.spcvx[pos]=md.inversion.vx_obs[pos]
    3030                md.stressbalance.spcvy[pos]=md.inversion.vy_obs[pos]
    3131        else:
    32                 print "      boundary conditions for stressbalance model: spc set as zero"
     32                print("      boundary conditions for stressbalance model: spc set as zero")
    3333
    3434        #No ice front -> do nothing
    … …  
    4141        if np.all(np.isnan(md.balancethickness.thickening_rate)):
    4242                md.balancethickness.thickening_rate=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    43                 print "      no balancethickness.thickening_rate specified: values set as zero"
     43                print("      no balancethickness.thickening_rate specified: values set as zero")
    4444        md.masstransport.spcthickness=float('nan')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    4545        md.balancethickness.spcthickness=float('nan')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    … …  
    5454                        md.basalforcings.geothermalflux=50.*10**-3*np.ones((md.mesh.numberofvertices))    #50 mW/m^2
    5555        else:
    56                 print "      no thermal boundary conditions created: no observed temperature found"
     56                print("      no thermal boundary conditions created: no observed temperature found")
    5757
    5858        return md

  • issm/trunk-jpl/src/m/boundaryconditions/SetIceShelfBC.py

    r21303 r23716  
    7070                if np.ndim(md.inversion.vy_obs)==1:
    7171                        md.inversion.vy_obs=md.inversion.vy_obs.reshape(-1,)
    72                 print "      boundary conditions for stressbalance model: spc set as observed velocities"
     72                print("      boundary conditions for stressbalance model: spc set as observed velocities")
    7373                md.stressbalance.spcvx[pos]=md.inversion.vx_obs[pos]
    7474                md.stressbalance.spcvy[pos]=md.inversion.vy_obs[pos]
    7575        else:
    76                 print "      boundary conditions for stressbalance model: spc set as zero"
     76                print("      boundary conditions for stressbalance model: spc set as zero")
    7777
    7878        #Create zeros basalforcings and smb
    … …  
    8383        if np.all(np.isnan(md.balancethickness.thickening_rate)):
    8484                md.balancethickness.thickening_rate=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    85                 print "      no balancethickness.thickening_rate specified: values set as zero"
     85                print("      no balancethickness.thickening_rate specified: values set as zero")
    8686        md.masstransport.spcthickness=float('nan')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    8787        md.balancethickness.spcthickness=float('nan')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    … …  
    9696                        md.basalforcings.geothermalflux=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    9797        else:
    98                 print "      no thermal boundary conditions created: no observed temperature found"
     98                print("      no thermal boundary conditions created: no observed temperature found")
    9999
    100100        return md

  • issm/trunk-jpl/src/m/boundaryconditions/SetMarineIceSheetBC.py

    r21303 r23716  
    4040        pos=np.nonzero(np.logical_and(md.mesh.vertexonboundary,np.logical_not(vertexonicefront)))[0]
    4141        if not np.size(pos):
    42                 print "SetMarineIceSheetBC warning: ice front all around the glacier, no dirichlet found. Dirichlet must be added manually."
     42                print("SetMarineIceSheetBC warning: ice front all around the glacier, no dirichlet found. Dirichlet must be added manually.")
    4343
    4444        md.stressbalance.spcvx=float('nan')*np.ones(md.mesh.numberofvertices)
    … …  
    5858                numbernodesfront=2
    5959        else:
    60                         raise StandardError("Mesh type not supported")
     60                        raise Exception("Mesh type not supported")
    6161        if any(md.mask.ice_levelset<=0):
    6262                values=md.mask.ice_levelset[md.mesh.segments[:,0:-1]-1]
    … …  
    7474        #Dirichlet Values
    7575        if isinstance(md.inversion.vx_obs,np.ndarray) and np.size(md.inversion.vx_obs,axis=0)==md.mesh.numberofvertices and isinstance(md.inversion.vy_obs,np.ndarray) and np.size(md.inversion.vy_obs,axis=0)==md.mesh.numberofvertices:
    76                 print "      boundary conditions for stressbalance model: spc set as observed velocities"
     76                print("      boundary conditions for stressbalance model: spc set as observed velocities")
    7777                md.stressbalance.spcvx[pos]=md.inversion.vx_obs[pos]
    7878                md.stressbalance.spcvy[pos]=md.inversion.vy_obs[pos]
    7979        else:
    80                 print "      boundary conditions for stressbalance model: spc set as zero"
     80                print("      boundary conditions for stressbalance model: spc set as zero")
    8181
    8282        md.hydrology.spcwatercolumn=np.zeros((md.mesh.numberofvertices,2))
    … …  
    9191        if np.all(np.isnan(md.balancethickness.thickening_rate)):
    9292                md.balancethickness.thickening_rate=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    93                 print "      no balancethickness.thickening_rate specified: values set as zero"
     93                print("      no balancethickness.thickening_rate specified: values set as zero")
    9494
    9595        md.masstransport.spcthickness=float('nan')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    … …  
    106106                        md.basalforcings.geothermalflux[np.nonzero(md.mask.groundedice_levelset>0.)]=50.*10.**-3    #50mW/m2
    107107        else:
    108                 print "      no thermal boundary conditions created: no observed temperature found"
     108                print("      no thermal boundary conditions created: no observed temperature found")
    109109
    110110        return md

  • issm/trunk-jpl/src/m/boundaryconditions/love_numbers.py

    r22359 r23716  
    2020        if len(varargin)==0:
    2121                frame='CM';
    22                 print 'Info: computation is done in Center of Mass (CM) reference frame by default'
     22                print('Info: computation is done in Center of Mass (CM) reference frame by default')
    2323        elif len(varargin)==1:
    2424                reference_frame = varargin[0]

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/SMBcomponents.py

    r21303 r23716  
    4040                if np.all(np.isnan(self.accumulation)):
    4141                        self.accumulation=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    42                         print "      no SMB.accumulation specified: values set as zero"
     42                        print("      no SMB.accumulation specified: values set as zero")
    4343
    4444                if np.all(np.isnan(self.runoff)):
    4545                        self.runoff=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    46                         print "      no SMB.runoff specified: values set as zero"
     46                        print("      no SMB.runoff specified: values set as zero")
    4747
    4848                if np.all(np.isnan(self.evaporation)):
    4949                        self.evaporation=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    50                         print "      no SMB.evaporation specified: values set as zero"
     50                        print("      no SMB.evaporation specified: values set as zero")
    5151
    5252                return self

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/SMBd18opdd.py

    r22855 r23716  
    9494                if np.all(np.isnan(self.s0p)):
    9595                        self.s0p=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    96                         print "      no SMBd18opdd.s0p specified: values set as zero"
     96                        print("      no SMBd18opdd.s0p specified: values set as zero")
    9797
    9898                if np.all(np.isnan(self.s0t)):
    9999                        self.s0t=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    100                         print "      no SMBd18opdd.s0t specified: values set as zero"
     100                        print("      no SMBd18opdd.s0t specified: values set as zero")
    101101                       
    102102                return self

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/SMBforcing.py

    r21711 r23716  
    3535                if np.all(np.isnan(self.mass_balance)):
    3636                        self.mass_balance=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    37                         print "      no SMBforcing.mass_balance specified: values set as zero"
     37                        print("      no SMBforcing.mass_balance specified: values set as zero")
    3838
    3939                return self

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/SMBgemb.py

    r23468 r23716  
    1414
    1515        def __init__(self): # {{{
    16                 #each one of these properties is a transient forcing to the GEMB model, loaded from meteorological data derived 
    17                 #from an automatic weather stations (AWS). Each property is therefore a matrix, of size (numberofvertices x number 
     16                #each one of these properties is a transient forcing to the GEMB model, loaded from meteorological data derived
     17                #from an automatic weather stations (AWS). Each property is therefore a matrix, of size (numberofvertices x number
    1818                #of time steps. )
    1919
    … …  
    2727                #ismelt
    2828                #isdensification
    29                 #isturbulentflux   
    30 
    31                 #inputs: 
     29                #isturbulentflux
     30
     31                #inputs:
    3232                Ta    = float('NaN')    #2 m air temperature, in Kelvin
    3333                V     = float('NaN')    #wind speed (m/s-1)
    … …  
    3737                eAir  = float('NaN')    #screen level vapor pressure [Pa]
    3838                pAir  = float('NaN')    #surface pressure [Pa]
    39                
    4039                Tmean = float('NaN')    #mean annual temperature [K]
    41                 Vmean = float('NaN')    #mean annual wind velocity [m s-1]
     40                Vmean = float('NaN')    #mean annual wind velocity [m s-1]
    4241                C     = float('NaN')    #mean annual snow accumulation [kg m-2 yr-1]
    4342                Tz    = float('NaN')    #height above ground at which temperature (T) was sampled [m]
    … …  
    4746                aValue  = float('NaN') #Albedo forcing at every element.  Used only if aIdx == 0.
    4847                teValue = float('NaN') #Outward longwave radiation thermal emissivity forcing at every element (default in code is 1)
    49        
     48
    5049                # Initialization of snow properties
    5150                Dzini = float('NaN')    #cell depth (m)
    … …  
    6059                Sizeini = float('NaN')  #Number of layers
    6160
    62                 #settings: 
     61                #settings:
    6362                aIdx   = float('NaN')   #method for calculating albedo and subsurface absorption (default is 1)
    64                            # 0: direct input from aValue parameter
    65                                           # 1: effective grain radius [Gardner & Sharp, 2009]
    66                                           # 2: effective grain radius [Brun et al., 2009]
    67                                           # 3: density and cloud amount [Greuell & Konzelmann, 1994]
    68                                           # 4: exponential time decay & wetness [Bougamont & Bamber, 2005]
    69                                           # 5: ingest MODIS mode, direct input from aValue parameter applied to surface ice only
    70 
     63                # 0: direct input from aValue parameter
     64                # 1: effective grain radius [Gardner & Sharp, 2009]
     65                # 2: effective grain radius [Brun et al., 2009]
     66                # 3: density and cloud amount [Greuell & Konzelmann, 1994]
     67                # 4: exponential time decay & wetness [Bougamont & Bamber, 2005]
     68                # 5: ingest MODIS mode, direct input from aValue parameter applied to surface ice only
    7169                swIdx  = float('NaN')   # apply all SW to top grid cell (0) or allow SW to penetrate surface (1) (default 1)
    72 
    7370                denIdx = float('NaN')   #densification model to use (default is 2):
    74                                         # 1 = emperical model of Herron and Langway (1980)
    75                                         # 2 = semi-emperical model of Anthern et al. (2010)
    76                                         # 3 = DO NOT USE: physical model from Appix B of Anthern et al. (2010)
    77                                         # 4 = DO NOT USE: emperical model of Li and Zwally (2004)
    78                                         # 5 = DO NOT USE: modified emperical model (4) by Helsen et al. (2008)
    79                                         # 6 = Antarctica semi-emperical model of Ligtenberg et al. (2011)
    80                                         # 7 = Greenland semi-emperical model of Kuipers Munneke et al. (2015)
    81                                        
    82                 dsnowIdx = float('NaN') #model for fresh snow accumulation density (default is 1):
    83                                         # 0 = Original GEMB value, 150 kg/m^3
    84                                         # 1 = Antarctica value of fresh snow density, 350 kg/m^3
    85                                         # 2 = Greenland value of fresh snow density, 315 kg/m^3, Fausto et al. (2008)
    86                                         # 3 = Antarctica model of Kaspers et al. (2004)
    87                                         # 4 = Greenland model of Kuipers Munneke et al. (2015)
    88 
     71                # 1 = emperical model of Herron and Langway (1980)
     72                # 2 = semi-emperical model of Anthern et al. (2010)
     73                # 3 = DO NOT USE: physical model from Appix B of Anthern et al. (2010)
     74                # 4 = DO NOT USE: emperical model of Li and Zwally (2004)
     75                # 5 = DO NOT USE: modified emperical model (4) by Helsen et al. (2008)
     76                # 6 = Antarctica semi-emperical model of Ligtenberg et al. (2011)
     77                # 7 = Greenland semi-emperical model of Kuipers Munneke et al. (2015)
     78                dsnowIdx = float('NaN') #model for fresh snow accumulation density (default is 1):
     79                # 0 = Original GEMB value, 150 kg/m^3
     80                # 1 = Antarctica value of fresh snow density, 350 kg/m^3
     81                # 2 = Greenland value of fresh snow density, 315 kg/m^3, Fausto et al. (2008)
     82                # 3 = Antarctica model of Kaspers et al. (2004)
     83                # 4 = Greenland model of Kuipers Munneke et al. (2015)
    8984                zTop  = float('NaN')    # depth over which grid length is constant at the top of the snopack (default 10) [m]
    90                 dzTop = float('NaN')    # initial top vertical grid spacing (default .05) [m] 
    91                 dzMin = float('NaN')    # initial min vertical allowable grid spacing (default dzMin/2) [m] 
     85                dzTop = float('NaN')    # initial top vertical grid spacing (default .05) [m]
     86                dzMin = float('NaN')    # initial min vertical allowable grid spacing (default dzMin/2) [m]
    9287                zY    = float('NaN')    # strech grid cells bellow top_z by a [top_dz * y ^ (cells bellow top_z)]
    9388                zMax = float('NaN')     #initial max model depth (default is min(thickness,500)) [m]
    … …  
    9590                outputFreq = float('NaN')       #output frequency in days (default is monthly, 30)
    9691
    97                 #specific albedo parameters: 
    98                 #Method 1 and 2: 
     92                #specific albedo parameters:
     93                #Method 1 and 2:
    9994                aSnow = float('NaN')    # new snow albedo (0.64 - 0.89)
    10095                aIce  = float('NaN')    # range 0.27-0.58 for old snow
    101                         #Method 3: Radiation Correction Factors -> only used for met station data and Greuell & Konzelmann, 1994 albedo
     96                #Method 3: Radiation Correction Factors -> only used for met station data and Greuell & Konzelmann, 1994 albedo
    10297                cldFrac = float('NaN')  # average cloud amount
    103                         #Method 4: additonal tuning parameters albedo as a funtion of age and water content (Bougamont et al., 2005)
    104                 t0wet = float('NaN')    # time scale for wet snow (15-21.9) 
    105                 t0dry = float('NaN')    # warm snow timescale (30) 
    106                 K     = float('NaN')    # time scale temperature coef. (7) 
     98                #Method 4: additonal tuning parameters albedo as a funtion of age and water content (Bougamont et al., 2005)
     99                t0wet = float('NaN')    # time scale for wet snow (15-21.9)
     100                t0dry = float('NaN')    # warm snow timescale (30)
     101                K     = float('NaN')    # time scale temperature coef. (7)
    107102                adThresh = float('NaN') # Apply aIdx method to all areas with densities below this value,
    108                                         # or else apply direct input value from aValue, allowing albedo to be altered.
    109                                                                                 # Default value is rho water (1023 kg m-3).
     103                # or else apply direct input value from aValue, allowing albedo to be altered.
     104                # Default value is rho water (1023 kg m-3).
    110105
    111106                #densities:
    … …  
    114109                #thermo:
    115110                ThermoDeltaTScaling = float('NaN') #scaling factor to multiply the thermal diffusion timestep (delta t)
    116                
     111
    117112                requested_outputs      = []
    118113
    119                 #Several fields are missing from the standard GEMB model, which are capture intrinsically by ISSM. 
    120                 #dateN: that's the last row of the above fields. 
    121                 #dt:    included in dateN. Not an input. 
     114                #Several fields are missing from the standard GEMB model, which are capture intrinsically by ISSM.
     115                #dateN: that's the last row of the above fields.
     116                #dt:    included in dateN. Not an input.
    122117                #elev:  this is taken from the ISSM surface itself.
    123118
    … …  
    128123                #string = "#s\n#s"%(string,fielddisplay(self,'requested_outputs','additional outputs requested'))
    129124                string = '   surface forcings for SMB GEMB model :'
    130                        
    131                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'issmbgradients','is smb gradients method activated (0 or 1, default is 0)'))
     125                string = "%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'issmbgradients','is smb gradients method activated (0 or 1, default is 0)'))
    132126                string = "%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'isgraingrowth','run grain growth module (default true)'))
    133127                string = "%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'isalbedo','run albedo module (default true)'))
    … …  
    147141                string = "%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'Tmean','mean annual temperature [K]'))
    148142                string = "%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'C','mean annual snow accumulation [kg m-2 yr-1]'))
    149                 string = "%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'Vmean','mean annual temperature [m s-1] (default 10 m/s)'))
     143                string = "%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'Vmean','mean annual temperature [m s-1] (default 10 m/s)'))
    150144                string = "%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'Tz','height above ground at which temperature (T) was sampled [m]'))
    151145                string = "%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'Vz','height above ground at which wind (V) eas sampled [m]'))
    … …  
    161155                string = "%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'adThresh','Apply aIdx method to all areas with densities below this value,','or else apply direct input value from aValue, allowing albedo to be altered.'))
    162156                string = "%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'aIdx',['method for calculating albedo and subsurface absorption (default is 1)',
    163                                  '0: direct input from aValue parameter',
    164                                                 '1: effective grain radius [Gardner & Sharp, 2009]',
    165                                                 '2: effective grain radius [Brun et al., 2009]',
    166                                                 '3: density and cloud amount [Greuell & Konzelmann, 1994]',
    167                                                 '4: exponential time decay & wetness [Bougamont & Bamber, 2005]']))
    168 
     157                                                                                                                                                                                                                                '0: direct input from aValue parameter',
     158                                                                                                                                                                                                                                '1: effective grain radius [Gardner & Sharp, 2009]',
     159                                                                                                                                                                                                                                '2: effective grain radius [Brun et al., 2009]',
     160                                                                                                                                                                                                                                '3: density and cloud amount [Greuell & Konzelmann, 1994]',
     161                                                                                                                                                                                                                                '4: exponential time decay & wetness [Bougamont & Bamber, 2005]']))
    169162                string = "%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'teValue','Outward longwave radiation thermal emissivity forcing at every element (default in code is 1)'))
    170                                
    171163                #snow properties init
    172164                string = "%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'Dzini','Initial cell depth when restart [m]'))
    … …  
    180172                string = "%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'Tini','Initial snow temperature when restart [K]'))
    181173                string = "%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'Sizeini','Initial number of layers when restart [K]'))
    182                        
    183                 #additional albedo parameters: 
     174
     175                #additional albedo parameters:
    184176                if type(self.aIdx) == list or type(self.aIdx) == type(np.array([1,2])) and (self.aIdx == [1,2] or (1 in self.aIdx and 2 in self.aIdx)):
    185177                        string = "%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'aSnow','new snow albedo (0.64 - 0.89)'))
    … …  
    195187                        string = "%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'t0dry','warm snow timescale (30) [d]'))
    196188                        string = "%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'K','time scale temperature coef. (7) [d]'))
    197                
     189
    198190                string = "%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'swIdx','apply all SW to top grid cell (0) or allow SW to penetrate surface (1) [default 1]'))
    199191                string = "%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'denIdx',['densification model to use (default is 2):',
    200                                                 '1 = emperical model of Herron and Langway (1980)',
    201                                                 '2 = semi-emperical model of Anthern et al. (2010)',
    202                                                 '3 = DO NOT USE: physical model from Appix B of Anthern et al. (2010)',
    203                                                 '4 = DO NOT USE: emperical model of Li and Zwally (2004)',
    204                                                 '5 = DO NOT USE: modified emperical model (4) by Helsen et al. (2008)',
    205                                                 '6 = Antarctica semi-emperical model of Ligtenberg et al. (2011)',
    206                                                 '7 = Greenland semi-emperical model of Kuipers Munneke et al. (2015)']))
    207 
    208                 string = "%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'dsnowIdx',['model for fresh snow accumulation density (default is 1):',
    209                                                 '0 = Original GEMB value, 150 kg/m^3',
    210                                                 '1 = Antarctica value of fresh snow density, 350 kg/m^3',
    211                                                 '2 = Greenland value of fresh snow density, 315 kg/m^3, Fausto et al. (2008)',
    212                                                 '3 = Antarctica model of Kaspers et al. (2004), Make sure to set Vmean accurately',
    213                                                 '4 = Greenland model of Kuipers Munneke et al. (2015)']));
    214 
     192                                                                                                                                                                                                                                        '1 = emperical model of Herron and Langway (1980)',
     193                                                                                                                                                                                                                                        '2 = semi-emperical model of Anthern et al. (2010)',
     194                                                                                                                                                                                                                                        '3 = DO NOT USE: physical model from Appix B of Anthern et al. (2010)',
     195                                                                                                                                                                                                                                        '4 = DO NOT USE: emperical model of Li and Zwally (2004)',
     196                                                                                                                                                                                                                                        '5 = DO NOT USE: modified emperical model (4) by Helsen et al. (2008)',
     197                                                                                                                                                                                                                                        '6 = Antarctica semi-emperical model of Ligtenberg et al. (2011)',
     198                                                                                                                                                                                                                                        '7 = Greenland semi-emperical model of Kuipers Munneke et al. (2015)']))
     199                string = "%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'dsnowIdx',['model for fresh snow accumulation density (default is 1):',
     200                                                                                                                                                                                                                                                '0 = Original GEMB value, 150 kg/m^3',
     201                                                                                                                                                                                                                                                '1 = Antarctica value of fresh snow density, 350 kg/m^3',
     202                                                                                                                                                                                                                                                '2 = Greenland value of fresh snow density, 315 kg/m^3, Fausto et al. (2008)',
     203                                                                                                                                                                                                                                                '3 = Antarctica model of Kaspers et al. (2004), Make sure to set Vmean accurately',
     204                                                                                                                                                                                                                                                '4 = Greenland model of Kuipers Munneke et al. (2015)']));
    215205                string = "%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'requested_outputs','additional outputs requested'))
    216206                return string
    … …  
    247237                self.isdensification = 1
    248238                self.isturbulentflux = 1
    249        
     239
    250240                self.aIdx = 1
    251241                self.swIdx = 1
    252242                self.denIdx = 2
    253                 self.dsnowIdx = 1
     243                self.dsnowIdx = 1
    254244                self.zTop = 10*np.ones((mesh.numberofelements,))
    255245                self.dzTop = .05* np.ones((mesh.numberofelements,))
    … …  
    258248                self.ThermoDeltaTScaling = 1/11.0
    259249
    260                 self.Vmean = 10*np.ones((mesh.numberofelements,))
    261                
     250                self.Vmean = 10*np.ones((mesh.numberofelements,))
     251
    262252                self.zMax = 250*np.ones((mesh.numberofelements,))
    263253                self.zMin = 130*np.ones((mesh.numberofelements,))
    … …  
    268258                self.aSnow = 0.85
    269259                self.aIce = 0.48
    270                 self.cldFrac = 0.1 
     260                self.cldFrac = 0.1
    271261                self.t0wet = 15
    272262                self.t0dry = 30
    … …  
    276266                self.teValue = np.ones((mesh.numberofelements,));
    277267                self.aValue = self.aSnow*np.ones(mesh.numberofelements,);
    278        
     268
    279269                self.Dzini = 0.05*np.ones((mesh.numberofelements,2))
    280                 self.Dini = 910.0*np.ones((mesh.numberofelements,2)) 
     270                self.Dini = 910.0*np.ones((mesh.numberofelements,2))
    281271                self.Reini = 2.5*np.ones((mesh.numberofelements,2))
    282272                self.Gdnini = 0.0*np.ones((mesh.numberofelements,2))
    … …  
    286276                self.Aini = self.aSnow*np.ones((mesh.numberofelements,2))
    287277                self.Tini = 273.15*np.ones((mesh.numberofelements,2))
    288 #               /!\ Default value of Tini must be equal to Tmean but don't know Tmean yet (computed when atmospheric forcings are interpolated on mesh). 
    289 #               If initialization without restart, this value will be overwritten when snow parameters are retrieved in Element.cpp 
     278#               /!\ Default value of Tini must be equal to Tmean but don't know Tmean yet (computed when atmospheric forcings are interpolated on mesh).
     279#               If initialization without restart, this value will be overwritten when snow parameters are retrieved in Element.cpp
    290280                self.Sizeini = 2*np.ones((mesh.numberofelements,))
    291281        #}}}
    … …  
    310300
    311301                md = checkfield(md,'fieldname','smb.Tmean','size',[md.mesh.numberofelements],'NaN',1,'Inf',1,'>',273-100,'<',273+100) #-100/100 celsius min/max value
    312                 md = checkfield(md,'fieldname','smb.C','size',[md.mesh.numberofelements],'NaN',1,'Inf',1,'> = ',0) 
    313                 md = checkfield(md,'fieldname','smb.Vmean','size',[md.mesh.numberofelements],'NaN',1,'Inf',1,'> = ',0)
    314                 md = checkfield(md,'fieldname','smb.Tz','size',[md.mesh.numberofelements],'NaN',1,'Inf',1,'> = ',0,'< = ',5000) 
    315                 md = checkfield(md,'fieldname','smb.Vz','size',[md.mesh.numberofelements],'NaN',1,'Inf',1,'> = ',0,'< = ',5000) 
     302                md = checkfield(md,'fieldname','smb.C','size',[md.mesh.numberofelements],'NaN',1,'Inf',1,'> = ',0)
     303                md = checkfield(md,'fieldname','smb.Vmean','size',[md.mesh.numberofelements],'NaN',1,'Inf',1,'> = ',0)
     304                md = checkfield(md,'fieldname','smb.Tz','size',[md.mesh.numberofelements],'NaN',1,'Inf',1,'> = ',0,'< = ',5000)
     305                md = checkfield(md,'fieldname','smb.Vz','size',[md.mesh.numberofelements],'NaN',1,'Inf',1,'> = ',0,'< = ',5000)
    316306
    317307                md = checkfield(md,'fieldname','smb.teValue','timeseries',1,'NaN',1,'Inf',1,'>=',0,'<=',1);
    … …  
    320310                md = checkfield(md,'fieldname','smb.swIdx','NaN',1,'Inf',1,'values',[0,1])
    321311                md = checkfield(md,'fieldname','smb.denIdx','NaN',1,'Inf',1,'values',[1,2,3,4,5,6,7])
    322                 md = checkfield(md,'fieldname','smb.dsnowIdx','NaN',1,'Inf',1,'values',[0,1,2,3,4])
     312                md = checkfield(md,'fieldname','smb.dsnowIdx','NaN',1,'Inf',1,'values',[0,1,2,3,4])
    323313
    324314                md = checkfield(md,'fieldname','smb.zTop','NaN',1,'Inf',1,'> = ',0)
    … …  
    326316                md = checkfield(md,'fieldname','smb.dzMin','NaN',1,'Inf',1,'>',0)
    327317                md = checkfield(md,'fieldname','smb.zY','NaN',1,'Inf',1,'> = ',1)
    328                 md = checkfield(md,'fieldname','smb.outputFreq','NaN',1,'Inf',1,'>',0,'<',10*365) #10 years max 
     318                md = checkfield(md,'fieldname','smb.outputFreq','NaN',1,'Inf',1,'>',0,'<',10*365) #10 years max
    329319                md = checkfield(md,'fieldname','smb.InitDensityScaling','NaN',1,'Inf',1,'> = ',0,'< = ',1)
    330320                md = checkfield(md,'fieldname','smb.ThermoDeltaTScaling','NaN',1,'Inf',1,'> = ',0,'< = ',1)
    … …  
    342332                        md = checkfield(md,'fieldname','smb.t0dry','NaN',1,'Inf',1,'> = ',30,'< = ',30)
    343333                        md = checkfield(md,'fieldname','smb.K','NaN',1,'Inf',1,'> = ',7,'< = ',7)
    344                        
     334
    345335
    346336                #check zTop is < local thickness:
    … …  
    348338                if np.any(he<self.zTop):
    349339                        error('SMBgemb consistency check error: zTop should be smaller than local ice thickness')
    350                
     340
    351341                md = checkfield(md,'fieldname','smb.requested_outputs','stringrow',1)
    352342                return md
    … …  
    358348
    359349                WriteData(fid,prefix,'name','md.smb.model','data',8,'format','Integer')
    360                        
     350
    361351                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','smb','fieldname','isgraingrowth','format','Boolean')
    362352                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','smb','fieldname','isalbedo','format','Boolean')
    … …  
    367357                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','smb','fieldname','isdensification','format','Boolean')
    368358                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','smb','fieldname','isturbulentflux','format','Boolean')
    369            
     359
    370360                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','smb','fieldname','Ta','format','DoubleMat','mattype',2,'timeserieslength',md.mesh.numberofelements+1,'yts',md.constants.yts)
    371361                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','smb','fieldname','V','format','DoubleMat','mattype',2,'timeserieslength',md.mesh.numberofelements+1,'yts',md.constants.yts)
    … …  
    374364                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','smb','fieldname','P','format','DoubleMat','mattype',2,'timeserieslength',md.mesh.numberofelements+1,'yts',md.constants.yts)
    375365                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','smb','fieldname','eAir','format','DoubleMat','mattype',2,'timeserieslength',md.mesh.numberofelements+1,'yts',md.constants.yts)
    376                 WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','smb','fieldname','pAir','format','DoubleMat','mattype',2,'timeserieslength',md.mesh.numberofelements+1,'yts',md.constants.yts)         
     366                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','smb','fieldname','pAir','format','DoubleMat','mattype',2,'timeserieslength',md.mesh.numberofelements+1,'yts',md.constants.yts)
    377367
    378368                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','smb','fieldname','Tmean','format','DoubleMat','mattype',2)
    379369                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','smb','fieldname','C','format','DoubleMat','mattype',2)
    380                 WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','smb','fieldname','Vmean','format','DoubleMat','mattype',2)
     370                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','smb','fieldname','Vmean','format','DoubleMat','mattype',2)
    381371                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','smb','fieldname','Tz','format','DoubleMat','mattype',2)
    382372                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','smb','fieldname','Vz','format','DoubleMat','mattype',2)
    … …  
    387377                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','smb','fieldname','zMax','format','DoubleMat','mattype',2)
    388378                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','smb','fieldname','zMin','format','DoubleMat','mattype',2)
    389                
     379
    390380                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','smb','fieldname','aIdx','format','Integer')
    391381                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','smb','fieldname','swIdx','format','Integer')
    392382                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','smb','fieldname','denIdx','format','Integer')
    393                 WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','smb','fieldname','dsnowIdx','format','Integer')
     383                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','smb','fieldname','dsnowIdx','format','Integer')
    394384                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','smb','fieldname','InitDensityScaling','format','Double')
    395385                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','smb','fieldname','ThermoDeltaTScaling','format','Double')
    … …  
    405395                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','smb','fieldname','aValue','format','DoubleMat','mattype',2,'timeserieslength',md.mesh.numberofelements+1,'yts',md.constants.yts);
    406396                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','smb','fieldname','teValue','format','DoubleMat','mattype',2,'timeserieslength',md.mesh.numberofelements+1,'yts',md.constants.yts);
    407            
     397
    408398                #snow properties init
    409399                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','smb','fieldname','Dzini','format','DoubleMat','mattype',3)
    … …  
    418408                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','smb','fieldname','Sizeini','format','IntMat','mattype',2)
    419409
    420                 #figure out dt from forcings: 
     410                #figure out dt from forcings:
    421411                time = self.Ta[-1] #assume all forcings are on the same time step
    422412                dtime = np.diff(time,n=1,axis=0)
    423413                dt = min(dtime) / yts
    424            
     414
    425415                WriteData(fid,prefix,'data',dt,'name','md.smb.dt','format','Double','scale',yts)
    426416
    427417                # Check if smb_dt goes evenly into transient core time step
    428418                if (md.timestepping.time_step % dt >=  1e-10):
    429                         error('smb_dt/dt = #f. The number of SMB time steps in one transient core time step has to be an an integer',md.timestepping.time_step/dt)
    430                        
     419                        error('smb_dt/dt = #f. The number of SMB time steps in one transient core time step has to be an an integer',md.timestepping.time_step/dt)
     420
    431421                #process requested outputs
    432422                outputs = self.requested_outputs
    … …  
    435425                        outputscopy=outputs[0:max(0,indices[0]-1)]+self.defaultoutputs(md)+outputs[indices[0]+1:]
    436426                        outputs    =outputscopy
    437                
     427
    438428                WriteData(fid,prefix,'data',outputs,'name','md.smb.requested_outputs','format','StringArray')
    439429        # }}}
    440 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/SMBmeltcomponents.py

    r22846 r23716  
    4242                if np.all(np.isnan(self.accumulation)):
    4343                        self.accumulation=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    44                         print "      no SMB.accumulation specified: values set as zero"
     44                        print("      no SMB.accumulation specified: values set as zero")
    4545
    4646                if np.all(np.isnan(self.evaporation)):
    4747                        self.evaporation=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    48                         print "      no SMB.evaporation specified: values set as zero"
     48                        print("      no SMB.evaporation specified: values set as zero")
    4949
    5050                if np.all(np.isnan(self.melt)):
    5151                        self.melt=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    52                         print "      no SMB.melt specified: values set as zero"
     52                        print("      no SMB.melt specified: values set as zero")
    5353
    5454                if np.all(np.isnan(self.refreeze)):
    5555                        self.refreeze=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    56                         print "      no SMB.refreeze specified: values set as zero"
     56                        print("      no SMB.refreeze specified: values set as zero")
    5757
    5858                return self

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/SMBpdd.py

    r22448 r23716  
    9797                if np.all(np.isnan(self.s0p)):
    9898                        self.s0p=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    99                         print "      no SMBpdd.s0p specified: values set as zero"
     99                        print("      no SMBpdd.s0p specified: values set as zero")
    100100
    101101                if np.all(np.isnan(self.s0t)):
    102102                        self.s0t=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    103                         print "      no SMBpdd.s0t specified: values set as zero"
     103                        print("      no SMBpdd.s0t specified: values set as zero")
    104104
    105105                return self

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/SMBpddSicopolis.py

    r23333 r23716  
    6060                if np.isnan(self.s0p):
    6161                        self.s0p = np.zeros((md.mesh.numberofvertices,))
    62                         print '      no SMBpddSicopolis.s0p specified: values set as zero'
     62                        print('      no SMBpddSicopolis.s0p specified: values set as zero')
    6363               
    6464                if np.isnan(self.s0t):
    6565                        self.s0t = np.zeros((md.mesh.numberofvertices,))
    66                         print '      no SMBpddSicopolis.s0t specified: values set as zero'
     66                        print('      no SMBpddSicopolis.s0t specified: values set as zero')
    6767               
    6868                if np.isnan(self.temperature_anomaly):
    6969                        self.temperature_anomaly = np.zeros((md.mesh.numberofvertices,))
    70                         print '      no SMBpddSicopolis.temperature_anomaly specified: values set as zero'
     70                        print('      no SMBpddSicopolis.temperature_anomaly specified: values set as zero')
    7171               
    7272                if np.isnan(self.precipitation_anomaly):
    7373                        self.precipitation_anomaly = np.ones((md.mesh.numberofvertices,))
    74                         print '      no SMBpddSicopolis.precipitation_anomaly specified: values set as ones'
     74                        print('      no SMBpddSicopolis.precipitation_anomaly specified: values set as ones')
    7575               
    7676                if np.isnan(self.smb_corr):
    7777                        self.smb_corr = np.zeros((md.mesh.numberofvertices,))
    78                         print '      no SMBpddSicopolis.smb_corr specified: values set as zero'
     78                        print('      no SMBpddSicopolis.smb_corr specified: values set as zero')
    7979        # }}}
    8080

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/autodiff.py

    r23245 r23716  
    55from checkfield import checkfield
    66from WriteData import WriteData
    7 from MatlabFuncs import *
    87
    98class autodiff(object):
    … …  
    1514        """
    1615        def __init__(self,*args):    # {{{
    17                 self.isautodiff   = False
    18                 self.dependents   = []
    19                 self.independents = []
    20                 self.driver       = 'fos_forward'
    21                 self.obufsize     = float('NaN')
    22                 self.lbufsize     = float('NaN')
    23                 self.cbufsize     = float('NaN')
    24                 self.tbufsize     = float('NaN')
    25                 self.gcTriggerMaxSize     = float('NaN')
    26                 self.gcTriggerRatio     = float('NaN')
    27                 self.tapeAlloc = float('NaN')
     16                self.isautodiff                         = False
     17                self.dependents                         = []
     18                self.independents                       = []
     19                self.driver                                             = 'fos_forward'
     20                self.obufsize                                   = float('NaN')
     21                self.lbufsize                                   = float('NaN')
     22                self.cbufsize                                   = float('NaN')
     23                self.tbufsize                                   = float('NaN')
     24                self.gcTriggerMaxSize = float('NaN')
     25                self.gcTriggerRatio   = float('NaN')
     26                self.tapeAlloc                          = float('NaN')
    2827                if not len(args):
    2928                        self.setdefaultparameters()
    … …  
    3130                        raise RuntimeError("constructor not supported")
    3231        # }}}
     32
    3333        def __repr__(self):    # {{{
    3434                s ="      automatic differentiation parameters:\n"
    35 
    3635                s+="%s\n" % fielddisplay(self,'isautodiff',"indicates if the automatic differentiation is activated")
    3736                s+="%s\n" % fielddisplay(self,'dependents',"list of dependent variables")
    … …  
    4443                s+="%s\n" % fielddisplay(self,'gcTriggerRatio',"free location block sorting/consolidation triggered if the ratio between allocated and used locations exceeds gcTriggerRatio")
    4544                s+="%s\n" % fielddisplay(self,'gcTriggerMaxSize',"free location block sorting/consolidation triggered if the allocated locations exceed gcTriggerMaxSize)")
    46                 s+="%s\n" % fielddisplay(self,'tapeAlloc','Iteration count of a priori memory allocation of the AD tape');
     45                s+="%s\n" % fielddisplay(self,'tapeAlloc','Iteration count of a priori memory allocation of the AD tape');
    4746
    4847                return s
    4948        # }}}
     49
    5050        def setdefaultparameters(self):    # {{{
    51                
    52                 self.obufsize     = 524288
    53                 self.lbufsize     = 524288
    54                 self.cbufsize     = 524288
    55                 self.tbufsize     = 524288
    56                 self.gcTriggerRatio=2.0
    57                 self.gcTriggerMaxSize=65536
    58                 self.tapeAlloc    = 15000000;
     51                self.obufsize                                   = 524288
     52                self.lbufsize                                   = 524288
     53                self.cbufsize                                   = 524288
     54                self.tbufsize                                   = 524288
     55                self.gcTriggerRatio             =       2.0
     56                self.gcTriggerMaxSize   =       65536
     57                self.tapeAlloc                          = 15000000;
    5958                return self
    6059        # }}}
     60
    6161        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    62 
    63                 #Early return
     62                #Early return
    6463                if not self.isautodiff:
    65                         return md 
    66                
     64                        return md
     65
    6766                md = checkfield(md,'fieldname','autodiff.obufsize','>=',524288)
    6867                md = checkfield(md,'fieldname','autodiff.lbufsize','>=',524288)
    … …  
    7170                md = checkfield(md,'fieldname','autodiff.gcTriggerRatio','>=',2.0)
    7271                md = checkfield(md,'fieldname','autodiff.gcTriggerMaxSize','>=',65536)
    73                 md = checkfield(md,'fieldname','autodiff.tapeAlloc','>=',0);
     72                md = checkfield(md,'fieldname','autodiff.tapeAlloc','>=',0);
    7473
    7574                #Driver value:
    7675                md = checkfield(md,'fieldname','autodiff.driver','values',['fos_forward','fov_forward','fov_forward_all','fos_reverse','fov_reverse','fov_reverse_all'])
    7776
    78                 #go through our dependents and independents and check consistency: 
     77                #go through our dependents and independents and check consistency:
    7978                for dep in self.dependents:
    8079                        dep.checkconsistency(md,solution,analyses)
    … …  
    8483                return md
    8584        # }}}
     85
    8686        def marshall(self,prefix,md,fid):    # {{{
    8787                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','isautodiff','format','Boolean')
    … …  
    9393                        WriteData(fid,prefix,'data',False,'name','md.autodiff.keep','format','Boolean')
    9494                        return
    95                        
     95
    9696                #buffer sizes {{{
    9797                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','obufsize','format','Double');
    … …  
    101101                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','gcTriggerRatio','format','Double');
    102102                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','gcTriggerMaxSize','format','Double');
    103                 WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','tapeAlloc','format','Integer');
    104                 #}}}
     103                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','tapeAlloc','format','Integer');
     104                #}}}
    105105                #process dependent variables {{{
    106106                num_dependent_objects=len(self.dependents)
    … …  
    200200                keep=False
    201201
    202                 #From ADOLC userdoc: 
    203                 # The optional integer argument keep of trace on determines whether the numerical values of all active variables are 
    204                 # recorded in a buffered temporary array or file called the taylor stack. This option takes effect if keep = 1 and 
    205                 # prepares the scene for an immediately following gradient evaluation by a call to a routine implementing the reverse 
    206                 # mode as described in the Section 4 and Section 5. 
     202                #From ADOLC userdoc:
     203                # The optional integer argument keep of trace on determines whether the numerical values of all active variables are
     204                # recorded in a buffered temporary array or file called the taylor stack. This option takes effect if keep = 1 and
     205                # prepares the scene for an immediately following gradient evaluation by a call to a routine implementing the reverse
     206                # mode as described in the Section 4 and Section 5.
    207207                #
    208208
    209209                if len(self.driver)<=3:
    210                         keep=False    #there is no "_reverse" string within the driver string: 
     210                        keep=False    #there is no "_reverse" string within the driver string:
    211211                else:
    212212                        if strncmpi(self.driver[3:],'_reverse',8):

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/bamggeom.py

    r21303 r23716  
    2525                elif len(args) == 1:
    2626                        object=args[0]
    27                         for field in object.iterkeys():
     27                        for field in list(object.keys()):
    2828                                if field in vars(self):
    2929                                        setattr(self,field,object[field])

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/bamgmesh.py

    r21676 r23716  
    3232                elif len(args) == 1:
    3333                        object=args[0]
    34                         for field in object.iterkeys():
     34                        for field in list(object.keys()):
    3535                                if field in vars(self):
    3636                                        setattr(self,field,object[field])

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/basalforcings.py

    r22267 r23716  
    4040                if np.all(np.isnan(self.groundedice_melting_rate)):
    4141                        self.groundedice_melting_rate=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    42                         print "      no basalforcings.groundedice_melting_rate specified: values set as zero"
     42                        print("      no basalforcings.groundedice_melting_rate specified: values set as zero")
    4343
    4444                if np.all(np.isnan(self.floatingice_melting_rate)):
    4545                        self.floatingice_melting_rate=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    46                         print "      no basalforcings.floatingice_melting_rate specified: values set as zero"
     46                        print("      no basalforcings.floatingice_melting_rate specified: values set as zero")
    4747                #if np.all(np.isnan(self.geothermalflux)):
    4848                        #self.geothermalflux=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/clusters/cyclone.py

    r21576 r23716  
    1010        from cyclone_settings import cyclone_settings
    1111except ImportError:
    12         print 'You need cyclone_settings.py to proceed, check presence and sys.path'
     12        print('You need cyclone_settings.py to proceed, check presence and sys.path')
    1313       
    1414class cyclone(object):
    … …  
    101101                subprocess.call(compressstring,shell=True)
    102102
    103                 print 'uploading input file and queueing script'
     103                print('uploading input file and queueing script')
    104104                issmscpout(self.name,self.executionpath,self.login,self.port,[dirname+'.tar.gz'])
    105105
    … …  
    108108                # {{{
    109109
    110                 print 'launching solution sequence on remote cluster'
     110                print('launching solution sequence on remote cluster')
    111111                if restart:
    112112                        launchcommand='cd %s && cd %s && qsub %s.queue' % (self.executionpath,dirname,modelname)

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/clusters/fram.py

    r22203 r23716  
    1111        from fram_settings import fram_settings
    1212except ImportError:
    13         print 'You need fram_settings.py to proceed, check presence and sys.path'
     13        print('You need fram_settings.py to proceed, check presence and sys.path')
    1414       
    1515class fram(object):
    … …  
    143143                subprocess.call(compressstring,shell=True)
    144144
    145                 print 'uploading input file and queueing script'
     145                print('uploading input file and queueing script')
    146146                issmscpout(self.name,self.executionpath,self.login,self.port,[dirname+'.tar.gz'])
    147147
    … …  
    150150                # {{{
    151151
    152                 print 'launching solution sequence on remote cluster'
     152                print('launching solution sequence on remote cluster')
    153153                if restart:
    154154                        launchcommand='cd %s && cd %s && sbatch %s.queue' % (self.executionpath,dirname,modelname)

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/clusters/generic.py

    r23095 r23716  
    4141                #initialize cluster using user settings if provided
    4242                if os.path.exists(self.name+'_settings.py'):
    43                         execfile(self.name+'_settings.py',globals())
     43                        exec(compile(open(self.name+'_settings.py').read(), self.name+'_settings.py', 'exec'),globals())
    4444
    4545                #OK get other fields
    … …  
    180180                subprocess.call(compressstring,shell=True)
    181181
    182                 print 'uploading input file and queueing script'
     182                print('uploading input file and queueing script')
    183183                issmscpout(self.name,self.executionpath,self.login,self.port,[dirname+'.tar.gz'])
    184184
    … …  
    186186        def LaunchQueueJob(self,modelname,dirname,filelist,restart,batch):    # {{{
    187187
    188                 print 'launching solution sequence on remote cluster'
     188                print('launching solution sequence on remote cluster')
    189189                if restart:
    190190                        launchcommand='cd %s && cd %s chmod 777 %s.queue && ./%s.queue' % (self.executionpath,dirname,modelname,modelname)

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/clusters/hexagon.py

    r21576 r23716  
    1010        from hexagon_settings import hexagon_settings
    1111except ImportError:
    12         print 'You need hexagon_settings.py to proceed, check presence and sys.path'
    13        
     12        print('You need hexagon_settings.py to proceed, check presence and sys.path')
     13
    1414class hexagon(object):
    1515        """
    1616        Hexagon cluster class definition
    17         Hexagon have nodes built of 2*16 CPUs. Nodes are dedicated to one job so the best usage is to use 32 procs per nodes (16 per cores) as it is what is billed anyway. 
     17        Hexagon have nodes built of 2*16 CPUs. Nodes are dedicated to one job so the best usage is to use 32 procs per nodes (16 per cores) as it is what is billed anyway.
    1818        You can reduce this number if you run out of memory as the total node memory is divided by the number of procs
    1919           Usage:
    … …  
    4646                self.np=self.numnodes*self.procspernodes
    4747                # }}}
     48
    4849        def __repr__(self):
    4950                # {{{
    … …  
    6263                s = "%s\n%s"%(s,fielddisplay(self,'accountname','your cluster account'))
    6364                return s
    64                 # }}}
     65        # }}}
     66
    6567        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):
    6668                # {{{
    6769                #mem should not be over 32000mb
    6870                #numprocs should not be over 4096
    69                 #we have cpupernodes*numberofcpus=mppwidth and mppnppn=cpupernodes, 
     71                #we have cpupernodes*numberofcpus=mppwidth and mppnppn=cpupernodes,
    7072                #Miscelaneous
    7173                if not self.login:
    … …  
    8082                        md = md.checkmessage('asking too much memory max is 32000 per node')
    8183                return self
    82                 # }}}
     84        # }}}
     85
    8386        def BuildQueueScript(self,dirname,modelname,solution,io_gather,isvalgrind,isgprof,isdakota,isoceancoupling):
    8487                # {{{
    85 
    8688                executable='issm.exe'
    8789                if isdakota:
    … …  
    9395                        executable='issm_ocean.exe'
    9496
    95                 #write queuing script 
     97                #write queuing script
    9698                shortname=modelname[0:min(12,len(modelname))]
    9799                fid=open(modelname+'.queue','w')
    … …  
    99101                fid.write('#PBS -N %s \n' % shortname)
    100102                fid.write('#PBS -l mppwidth=%i,mppnppn=%i\n' % (self.np,self.procspernodes))
    101                 timeobj=datetime.timedelta(minutes=self.time)
    102                 m,s=divmod(timeobj.total_seconds(), 60)
    103                 h,m=divmod(m, 60)
    104                 timestring="%02d:%02d:%02d" % (h, m, s)
     103                timeobj=datetime.timedelta(minutes=self.time)
     104                m,s=divmod(timeobj.total_seconds(), 60)
     105                h,m=divmod(m, 60)
     106                timestring="%02d:%02d:%02d" % (h, m, s)
    105107                fid.write('#PBS -l walltime=%s\n' % timestring) #walltime is hh:mm:ss
    106108                fid.write('#PBS -l mppmem=%imb\n' % int(self.mem/self.procspernodes))
    107                 fid.write('#PBS -A %s\n' % self.accountname) 
     109                fid.write('#PBS -A %s\n' % self.accountname)
    108110                fid.write('#PBS -o %s/%s/%s.outlog \n' % (self.executionpath,dirname,modelname))
    109111                fid.write('#PBS -e %s/%s/%s.errlog \n\n' % (self.executionpath,dirname,modelname))
    … …  
    118120                fid.write('aprun -B %s/%s %s %s/%s %s\n' % (self.codepath,executable,str(solution),self.executionpath,dirname,modelname))
    119121                fid.close()
     122                # }}}
    120123
    121                 # }}}
    122124        def UploadQueueJob(self,modelname,dirname,filelist):
    123125                # {{{
    124 
    125126                #compress the files into one zip.
    126127                compressstring='tar -zcf %s.tar.gz ' % dirname
    … …  
    129130                subprocess.call(compressstring,shell=True)
    130131
    131                 print 'uploading input file and queueing script'
     132                print('uploading input file and queueing script')
    132133                issmscpout(self.name,self.executionpath,self.login,self.port,[dirname+'.tar.gz'])
     134                # }}}
    133135
    134                 # }}}
    135136        def LaunchQueueJob(self,modelname,dirname,filelist,restart,batch):
    136137                # {{{
    137 
    138                 print 'launching solution sequence on remote cluster'
     138                print('launching solution sequence on remote cluster')
    139139                if restart:
    140140                        launchcommand='cd %s && cd %s && qsub %s.queue' % (self.executionpath,dirname,modelname)
    … …  
    142142                        launchcommand='cd %s && rm -rf ./%s && mkdir %s && cd %s && mv ../%s.tar.gz ./ && tar -zxf %s.tar.gz  && qsub %s.queue' % (self.executionpath,dirname,dirname,dirname,dirname,dirname,modelname)
    143143                issmssh(self.name,self.login,self.port,launchcommand)
     144                # }}}
    144145
    145                 # }}}
    146146        def Download(self,dirname,filelist):
    147147                # {{{

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/clusters/pfe.py

    r21576 r23716  
    1212        from pfe_settings import pfe_settings
    1313except ImportError:
    14         print 'You need pfe_settings.py to proceed, check presence and sys.path'
     14        print('You need pfe_settings.py to proceed, check presence and sys.path')
    1515       
    1616class pfe(object):
    … …  
    177177                subprocess.call(compressstring,shell=True)
    178178
    179                 print 'uploading input file and queueing script'
     179                print('uploading input file and queueing script')
    180180                issmscpout(self.name,self.executionpath,self.login,self.port,[dirname+'.tar.gz'])
    181181
    … …  
    184184                        # {{{
    185185
    186                 print 'launching solution sequence on remote cluster'
     186                print('launching solution sequence on remote cluster')
    187187                if restart:
    188188                        launchcommand='cd %s && cd %s && qsub %s.queue' % (self.executionpath,dirname,modelname)

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/clusters/stallo.py

    r23378 r23716  
    1111        from stallo_settings import stallo_settings
    1212except ImportError:
    13         print 'You need stallo_settings.py to proceed, check presence and sys.path'
     13        print('You need stallo_settings.py to proceed, check presence and sys.path')
    1414
    1515class stallo(object):
    … …  
    151151                subprocess.call(compressstring,shell=True)
    152152
    153                 print 'uploading input file and queueing script'
     153                print('uploading input file and queueing script')
    154154                issmscpout(self.name,self.executionpath,self.login,self.port,[dirname+'.tar.gz'])
    155155
    … …  
    158158                # {{{
    159159
    160                 print 'launching solution sequence on remote cluster'
     160                print('launching solution sequence on remote cluster')
    161161                if restart:
    162162                        launchcommand='cd %s && cd %s && sbatch %s.queue' % (self.executionpath,dirname,modelname)

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/clusters/vilje.py

    r22173 r23716  
    1010        from vilje_settings import vilje_settings
    1111except ImportError:
    12         print 'You need vilje_settings.py to proceed, check presence and sys.path'
    13        
     12        print('You need vilje_settings.py to proceed, check presence and sys.path')
     13
    1414class vilje(object):
    1515        """
    1616        Vilje cluster class definition
    17  
     17
    1818           Usage:
    1919              cluster=vilje();
    … …  
    4343                #OK get other fields
    4444                self=options.AssignObjectFields(self)
    45                 self.np=self.numnodes*self.procspernodes               
    46                 # }}}
     45                self.np=self.numnodes*self.procspernodes
     46        # }}}
     47
    4748        def __repr__(self):
    4849                # {{{
    … …  
    6263                s = "%s\n%s"%(s,fielddisplay(self,'accountname','your cluster account'))
    6364                return s
    64                 # }}}
     65        # }}}
     66
    6567        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):
    6668                # {{{
    67                 #Queue dictionarry  gives queu name as key and max walltime and cpus as var
     69                #Queue dictionarry  gives queu name as key and max walltime and cpus as var
    6870                queuedict = {'workq':[5*24*60, 30],
    6971                                                                 'test':[30,4]}
    … …  
    8082                        md = md.checkmessage('interactive mode not implemented')
    8183                return self
    82                 # }}}
     84        # }}}
     85
    8386        def BuildQueueScript(self,dirname,modelname,solution,io_gather,isvalgrind,isgprof,isdakota,isoceancoupling):
    8487                # {{{
    85 
    8688                executable='issm.exe'
    8789                if isdakota:
    … …  
    9395                        executable='issm_ocean.exe'
    9496
    95                 #write queuing script 
     97                #write queuing script
    9698                shortname=modelname[0:min(12,len(modelname))]
    9799                fid=open(modelname+'.queue','w')
    … …  
    106108                fid.write('#PBS -l walltime=%s\n' % timestring) #walltime is hh:mm:ss
    107109                #fid.write('#PBS -l mem=%igb\n' % self.mem)
    108                 fid.write('#PBS -A %s\n' % self.accountname) 
     110                fid.write('#PBS -A %s\n' % self.accountname)
    109111                fid.write('#PBS -o %s/%s/%s.outlog \n' % (self.executionpath,dirname,modelname))
    110112                fid.write('#PBS -e %s/%s/%s.errlog \n\n' % (self.executionpath,dirname,modelname))
    111113                fid.write('export ISSM_DIR="%s/../"\n' % self.codepath)
    112                 fid.write('module load intelcomp/17.0.0\n') 
     114                fid.write('module load intelcomp/17.0.0\n')
    113115                fid.write('module load mpt/2.14\n')
    114116                fid.write('module load petsc/3.7.4d\n')
    115                 fid.write('module load parmetis/4.0.3\n') 
     117                fid.write('module load parmetis/4.0.3\n')
    116118                fid.write('module load mumps/5.0.2\n')
    117119                fid.write('cd %s/%s/\n\n' % (self.executionpath,dirname))
    118120                fid.write('mpiexec_mpt -np %i %s/%s %s %s/%s %s\n' % (self.np,self.codepath,executable,str(solution),self.executionpath,dirname,modelname))
    119                 fid.close()
     121                fid.close()
     122                # }}}
    120123
    121                 # }}}
    122124        def UploadQueueJob(self,modelname,dirname,filelist):
    123125                # {{{
    … …  
    128130                subprocess.call(compressstring,shell=True)
    129131
    130                 print 'uploading input file and queueing script'
     132                print('uploading input file and queueing script')
    131133                issmscpout(self.name,self.executionpath,self.login,self.port,[dirname+'.tar.gz'])
     134                # }}}
    132135
    133                 # }}}
    134136        def LaunchQueueJob(self,modelname,dirname,filelist,restart,batch):
    135137                # {{{
    136 
    137                 print 'launching solution sequence on remote cluster'
     138                print('launching solution sequence on remote cluster')
    138139                if restart:
    139140                        launchcommand='cd %s && cd %s && qsub %s.queue' % (self.executionpath,dirname,modelname)
    … …  
    141142                        launchcommand='cd %s && rm -rf ./%s && mkdir %s && cd %s && mv ../%s.tar.gz ./ && tar -zxf %s.tar.gz  && qsub %s.queue' % (self.executionpath,dirname,dirname,dirname,dirname,dirname,modelname)
    142143                issmssh(self.name,self.login,self.port,launchcommand)
     144                # }}}
    143145
    144                 # }}}
    145146        def Download(self,dirname,filelist):
    146147                # {{{
    147 
    148148                #copy files from cluster to current directory
    149149                directory='%s/%s/' % (self.executionpath,dirname)
    150150                issmscpin(self.name,self.login,self.port,directory,filelist)
    151                 # }}}
     151                # }}}

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/damage.py

    r21049 r23716  
    33from checkfield import checkfield
    44from WriteData import WriteData
    5 import MatlabFuncs as m
    65
    76class damage(object):
    … …  
    1413
    1514        def __init__(self,*args):    # {{{
    16                        
    17                 #damage:
    18                 self.isdamage           = 0.
    19                 self.D                  = float('NaN')
    20                 self.law                = float('NaN')
    21                 self.spcdamage          = float('NaN')
    22                 self.max_damage         = float('NaN')
    23                
     15                #damage:
     16                self.isdamage   = 0.
     17                self.D                                  = float('NaN')
     18                self.law                                = float('NaN')
     19                self.spcdamage  = float('NaN')
     20                self.max_damage = float('NaN')
     21
    2422                #numerical
    25                 self.stabilization      = float('NaN')
    26                 self.maxiter            = float('NaN')
    27                 self.elementinterp      = ''
     23                self.stabilization = float('NaN')
     24                self.maxiter                     = float('NaN')
     25                self.elementinterp = ''
    2826
    29                 #general parameters for evolution law: 
    30                 self.stress_threshold   = float('NaN')
    31                 self.kappa              = float('NaN')
    32                 self.c1                 = float('NaN')
    33                 self.c2                 = float('NaN')
    34                 self.c3                 = float('NaN')
    35                 self.c4                 = float('NaN')
    36                 self.healing            = float('NaN')
    37                 self.equiv_stress       = float('NaN')
    38                 self.requested_outputs  = []
     27                #general parameters for evolution law:
     28                self.stress_threshold  = float('NaN')
     29                self.kappa             = float('NaN')
     30                self.c1                = float('NaN')
     31                self.c2                = float('NaN')
     32                self.c3                = float('NaN')
     33                self.c4                = float('NaN')
     34                self.healing                                     = float('NaN')
     35                self.equiv_stress      = float('NaN')
     36                self.requested_outputs = []
    3937
    4038                if not len(args):
    … …  
    4240                else:
    4341                        raise RuntimeError("constructor not supported")
     42        # }}}
    4443
    45         # }}}
    4644        def __repr__(self):    # {{{
    4745                s ='   Damage:\n'
    48                
    4946                s+="%s\n" % fielddisplay(self,"isdamage","is damage mechanics being used? [0 (default) or 1]")
    5047                if self.isdamage:
    … …  
    5350                        s+="%s\n" % fielddisplay(self,"spcdamage","damage constraints (NaN means no constraint)")
    5451                        s+="%s\n" % fielddisplay(self,"max_damage","maximum possible damage (0<=max_damage<1)")
    55 
    56                         s+="%s\n" % fielddisplay(self,"stabilization","0: no, 1: artificial_diffusivity, 2: SUPG (not working), 4: Flux corrected transport")
     52                        s+="%s\n" % fielddisplay(self,"stabilization","0: no, 1: artificial_diffusivity, 2: SUPG (not working), 4: Flux corrected transport")
    5753                        s+="%s\n" % fielddisplay(self,"maxiter","maximum number of non linear iterations")
    5854                        s+="%s\n" %     fielddisplay(self,"elementinterp","interpolation scheme for finite elements [''P1'',''P2'']")
    … …  
    6965                return s
    7066        # }}}
     67
    7168        def extrude(self,md): # {{{
    7269                self.D=project3d(md,'vector',self.D,'type','node')
    … …  
    7471                return self
    7572        #}}}
     73
    7674        def setdefaultparameters(self):    # {{{
     75                #damage parameters:
     76                self.isdamage           =       0
     77                self.D                                  =       0
     78                self.law                                =       0
     79                self.max_damage =       1-1e-5 #if damage reaches 1, solve becomes singular, as viscosity becomes nil
    7780
    78                 #damage parameters:
    79                 self.isdamage=0
    80                 self.D=0
    81                 self.law=0
    82 
    83                 self.max_damage=1-1e-5 #if damage reaches 1, solve becomes singular, as viscosity becomes nil
    84                
    8581                #Type of stabilization used
    8682                self.stabilization=4
    87                        
     83
    8884                #Maximum number of iterations
    8985                self.maxiter=100
    … …  
    9288                self.elementinterp='P1'
    9389
    94                 #damage evolution parameters 
     90                #damage evolution parameters
    9591                self.stress_threshold=1.3e5
    9692                self.kappa=2.8
    … …  
    107103                return self
    108104        # }}}
     105
    109106        def defaultoutputs(self,md): # {{{
    110                
    111107                if md.mesh.domaintype().lower()=='2dhorizontal':
    112108                        list = ['DamageDbar']
    … …  
    114110                        list = ['DamageD']
    115111                return list
     112        #}}}
    116113
    117         #}}}
    118114        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    119 
    120115                md = checkfield(md,'fieldname','damage.isdamage','numel',[1],'values',[0,1])
    121116                if self.isdamage:
    … …  
    143138                return md
    144139        # }}}
     140
    145141        def marshall(self,prefix,md,fid):    # {{{
    146 
    147142                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','isdamage','format','Boolean')
    148143                if self.isdamage:
    … …  
    162157                        WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','healing','format','Double')
    163158                        WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','equiv_stress','format','Integer')
    164                        
     159
    165160                #process requested outputs
    166161                outputs = self.requested_outputs

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/esa.py

    r22352 r23716  
    99        """
    1010        ESA class definition
    11        
     11
    1212                Usage:
    1313                  esa=esa();
    1414        """
    15        
     15
    1616        def __init__(self): # {{{
    1717                self.deltathickness    = float('NaN')
    … …  
    2222                self.requested_outputs = []
    2323                self.transitions       = []
    24                
     24
    2525                #set defaults
    2626                self.setdefaultparameters()
    2727                #}}}
     28
    2829        def __repr__(self): # {{{
    2930                        string='   esa parameters:'
    … …  
    3132                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'love_h','load Love number for radial displacement'))
    3233                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'love_l','load Love number for horizontal displaements'))
    33                         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'hemisphere','North-south, East-west components of 2-D horiz displacement vector: -1 south, 1 north'))
     34                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'hemisphere','North-south, East-west components of 2-D horiz displacement vector: -1 south, 1 north'))
    3435                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'degacc','accuracy (default .01 deg) for numerical discretization of the Green''s functions'))
    3536                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'transitions','indices into parts of the mesh that will be icecaps'))
    … …  
    3839                        return string
    3940                # }}}
     41
    4042        def setdefaultparameters(self): # {{{
    41                
    4243                #numerical discretization accuracy
    4344                self.degacc=.01
    44        
    45                 #computational flags:
    46                 self.hemisphere=0;
     45
     46                #computational flags:
     47                self.hemisphere=0;
    4748
    4849                #output default:
    4950                self.requested_outputs=['default']
    5051
    51                 #transitions should be a cell array of vectors: 
     52                #transitions should be a cell array of vectors:
    5253                self.transitions=[]
    5354
    … …  
    5657                return self
    5758                #}}}
     59
    5860        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    59 
    6061                #Early return
    6162                if (solution!='EsaAnalysis'):
    … …  
    6970                md = checkfield(md,'fieldname','esa.requested_outputs','stringrow',1)
    7071
    71                 #check that love numbers are provided at the same level of accuracy: 
     72                #check that love numbers are provided at the same level of accuracy:
    7273                if (size(self.love_h,0) != size(self.love_l,0)):
    7374                        error('esa error message: love numbers should be provided at the same level of accuracy')
    7475                return md
    7576        # }}}
     77
    7678        def defaultoutputs(self,md): # {{{
    7779                return ['EsaUmotion']
    7880        # }}}
     81
    7982        def marshall(self,prefix,md,fid): # {{{
    8083                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','deltathickness','format','DoubleMat','mattype',2)
    … …  
    8487                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','degacc','format','Double')
    8588                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','transitions','format','MatArray')
    86        
     89
    8790                #process requested outputs
    8891                outputs = self.requested_outputs

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/flowequation.py

    r23537 r23716  
    118118                        if any(self.element_equation==1):
    119119                                if np.any(np.logical_and(self.vertex_equation,md.mask.groundedice_levelset)):
    120                                         print "\n !!! Warning: SIA's model is not consistent on ice shelves !!!\n"
     120                                        print("\n !!! Warning: SIA's model is not consistent on ice shelves !!!\n")
    121121
    122122                return md

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/fourierlove.py

    r23095 r23716  
    1010              fourierlove=fourierlove();
    1111        """
    12 
    1312        def __init__(self): # {{{
    14                 self.nfreq                = 0;
    15                 self.frequencies          =  0;
    16                 self.sh_nmax              =  0;
    17                 self.sh_nmin              =  0;
    18                 self.g0                   =  0;
    19                 self.r0                   =  0;
    20                 self.mu0                  =  0;
    21                 self.allow_layer_deletion = 0;
    22                 self.love_kernels         = 0;
    23                 self.forcing_type         =  0;
     13                self.nfreq                = 0;
     14                self.frequencies          = 0;
     15                self.sh_nmax              = 0;
     16                self.sh_nmin              = 0;
     17                self.g0                   = 0;
     18                self.r0                   = 0;
     19                self.mu0                  = 0;
     20                self.allow_layer_deletion = 0;
     21                self.love_kernels                                       = 0;
     22                self.forcing_type         = 0;
    2423
    2524                #set defaults
    2625                self.setdefaultparameters()
     26                #}}}
    2727
     28        def __repr__(self): # {{{
     29                string='   Fourier Love class:'
     30                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'nfreq','number of frequencies sampled (default 1, elastic) [Hz]'))
     31                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'frequencies','frequencies sampled (convention defaults to 0 for the elastic case) [Hz]'))
     32                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'sh_nmax','maximum spherical harmonic degree (default 256, .35 deg, or 40 km at equator)'))
     33                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'sh_nmin','minimum spherical harmonic degree (default 1)'))
     34                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'g0','adimensioning constant for gravity (default 10) [m/s^2]'))
     35                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'r0','adimensioning constant for radius (default 6378*10^3) [m]'))
     36                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'mu0','adimensioning constant for stress (default 10^11) [Pa]'))
     37                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'allow_layer_deletion','allow for migration of the integration boundary with increasing spherical harmonics degree (default 1)'))
     38                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'love_kernels','compute love numbers at depth? (default 0)'))
     39                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'forcing_type','integer indicating the nature and depth of the forcing for the Love number calculation (default 11) :'))
     40                string="%s\n%s"%(string,'                                                     1:  Inner core boundary -- Volumic Potential')
     41                string="%s\n%s"%(string,'                                                     2:  Inner core boundary -- Pressure')
     42                string="%s\n%s"%(string,'                                                     3:  Inner core boundary -- Loading')
     43                string="%s\n%s"%(string,'                                                     4:  Inner core boundary -- Tangential traction')
     44                string="%s\n%s"%(string,'                                                     5:  Core mantle boundary -- Volumic Potential')
     45                string="%s\n%s"%(string,'                                                     6:  Core mantle boundary -- Pressure')
     46                string="%s\n%s"%(string,'                                                     7:  Core mantle boundary -- Loading')
     47                string="%s\n%s"%(string,'                                                     8:  Core mantle boundary -- Tangential traction')
     48                string="%s\n%s"%(string,'                                                     9:  Surface -- Volumic Potential')
     49                string="%s\n%s"%(string,'                                                     10: Surface -- Pressure')
     50                string="%s\n%s"%(string,'                                                     11: Surface -- Loading')
     51                string="%s\n%s"%(string,'                                                     12: Surface -- Tangential traction ')
     52
     53                return string;
    2854                #}}}
    29         def __repr__(self): # {{{
    30                
    31                 string='   Fourier Love class:'
    32                
    33                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'nfreq','number of frequencies sampled (default 1, elastic) [Hz]'))
    34                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'frequencies','frequencies sampled (convention defaults to 0 for the elastic case) [Hz]'))
    35                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'sh_nmax','maximum spherical harmonic degree (default 256, .35 deg, or 40 km at equator)'))
    36                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'sh_nmin','minimum spherical harmonic degree (default 1)'))
    37                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'g0','adimensioning constant for gravity (default 10) [m/s^2]'))
    38                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'r0','adimensioning constant for radius (default 6378*10^3) [m]'))
    39                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'mu0','adimensioning constant for stress (default 10^11) [Pa]'))
    40                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'allow_layer_deletion','allow for migration of the integration boundary with increasing spherical harmonics degree (default 1)'))
    41                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'love_kernels','compute love numbers at depth? (default 0)'))
    42                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'forcing_type','integer indicating the nature and depth of the forcing for the Love number calculation (default 11) :'))
    43                 string="%s\n%s"%(string,'                                                     1:  Inner core boundary -- Volumic Potential')
    44                 string="%s\n%s"%(string,'                                                     2:  Inner core boundary -- Pressure')
    45                 string="%s\n%s"%(string,'                                                     3:  Inner core boundary -- Loading')
    46                 string="%s\n%s"%(string,'                                                     4:  Inner core boundary -- Tangential traction')
    47                 string="%s\n%s"%(string,'                                                     5:  Core mantle boundary -- Volumic Potential')
    48                 string="%s\n%s"%(string,'                                                     6:  Core mantle boundary -- Pressure')
    49                 string="%s\n%s"%(string,'                                                     7:  Core mantle boundary -- Loading')
    50                 string="%s\n%s"%(string,'                                                     8:  Core mantle boundary -- Tangential traction')
    51                 string="%s\n%s"%(string,'                                                     9:  Surface -- Volumic Potential')
    52                 string="%s\n%s"%(string,'                                                     10: Surface -- Pressure')
    53                 string="%s\n%s"%(string,'                                                     11: Surface -- Loading')
    54                 string="%s\n%s"%(string,'                                                     12: Surface -- Tangential traction ')
    5555
    56                 return string;
    57 
    58 
    59                 #}}}
    6056        def extrude(self,md): # {{{
    6157                return self
    6258        #}}}
     59
    6360        def setdefaultparameters(self): # {{{
     61                #we setup an elastic love number computation by default.
     62                self.nfreq=1
     63                self.frequencies=[0]; #Hz
     64                self.sh_nmax=256 # .35 degree, 40 km at the equator.
     65                self.sh_nmin=1
     66                self.g0=10 # m/s^2
     67                self.r0=6378*1e3 #m
     68                self.mu0=1e11 # Pa
     69                self.allow_layer_deletion=1
     70                self.love_kernels=0
     71                self.forcing_type = 11
    6472
    65             #we setup an elastic love number computation by default.
    66             self.nfreq=1
    67             self.frequencies=[0]; #Hz
    68             self.sh_nmax=256 # .35 degree, 40 km at the equator.
    69             self.sh_nmin=1
    70             self.g0=10 # m/s^2
    71             self.r0=6378*1e3 #m
    72             self.mu0=1e11 # Pa
    73             self.allow_layer_deletion=1
    74             self.love_kernels=0
    75             self.forcing_type = 11
     73                return self
     74        #}}}
    7675
    77             return self
    78         #}}}
    7976        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
     77                md = checkfield(md,'fieldname','love.nfreq','NaN',1,'Inf',1,'numel',[1],'>',0);
     78                md = checkfield(md,'fieldname','love.frequencies','NaN',1,'Inf',1,'numel',[md.love.nfreq]);
     79                md = checkfield(md,'fieldname','love.sh_nmax','NaN',1,'Inf',1,'numel',[1],'>',0);
     80                md = checkfield(md,'fieldname','love.sh_nmin','NaN',1,'Inf',1,'numel',[1],'>',0);
     81                md = checkfield(md,'fieldname','love.g0','NaN',1,'Inf',1,'numel',[1],'>',0);
     82                md = checkfield(md,'fieldname','love.r0','NaN',1,'Inf',1,'numel',[1],'>',0);
     83                md = checkfield(md,'fieldname','love.mu0','NaN',1,'Inf',1,'numel',[1],'>',0);
     84                md = checkfield(md,'fieldname','love.allow_layer_deletion','values',[0,1]);
     85                md = checkfield(md,'fieldname','love.love_kernels','values',[0,1]);
     86                md = checkfield(md,'fieldname','love.forcing_type','NaN',1,'Inf',1,'numel',[1],'>',0, '<=', 12);
     87                if md.love.sh_nmin<=1 and md.love.forcing_type==9:
     88                        raise RuntimeError("Degree 1 not supported for Volumetric Potential forcing. Use sh_min>=2 for this kind of calculation.")
    8089
    81             md = checkfield(md,'fieldname','love.nfreq','NaN',1,'Inf',1,'numel',[1],'>',0);
    82             md = checkfield(md,'fieldname','love.frequencies','NaN',1,'Inf',1,'numel',[md.love.nfreq]);
    83             md = checkfield(md,'fieldname','love.sh_nmax','NaN',1,'Inf',1,'numel',[1],'>',0);
    84             md = checkfield(md,'fieldname','love.sh_nmin','NaN',1,'Inf',1,'numel',[1],'>',0);
    85             md = checkfield(md,'fieldname','love.g0','NaN',1,'Inf',1,'numel',[1],'>',0);
    86             md = checkfield(md,'fieldname','love.r0','NaN',1,'Inf',1,'numel',[1],'>',0);
    87             md = checkfield(md,'fieldname','love.mu0','NaN',1,'Inf',1,'numel',[1],'>',0);
    88             md = checkfield(md,'fieldname','love.allow_layer_deletion','values',[0,1]);
    89             md = checkfield(md,'fieldname','love.love_kernels','values',[0,1]);
    90             md = checkfield(md,'fieldname','love.forcing_type','NaN',1,'Inf',1,'numel',[1],'>',0, '<=', 12);
    91             if md.love.sh_nmin<=1 and md.love.forcing_type==9:
    92                 raise RuntimeError("Degree 1 not supported for Volumetric Potential forcing. Use sh_min>=2 for this kind of calculation.")
     90                return md
     91        # }}}
    9392
    94             return md
     93        def marshall(self,prefix,md,fid):    # {{{
     94                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','nfreq','format','Integer');
     95                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','frequencies','format','DoubleMat','mattype',3);
     96                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','sh_nmax','format','Integer');
     97                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','sh_nmin','format','Integer');
     98                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','g0','format','Double');
     99                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','r0','format','Double');
     100                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','mu0','format','Double');
     101                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','allow_layer_deletion','format','Boolean');
     102                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','love_kernels','format','Boolean');
     103                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','forcing_type','format','Integer');
    95104        # }}}
    96         def marshall(self,prefix,md,fid):    # {{{
    97            
    98             WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','nfreq','format','Integer');
    99             WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','frequencies','format','DoubleMat','mattype',3);
    100             WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','sh_nmax','format','Integer');
    101             WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','sh_nmin','format','Integer');
    102             WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','g0','format','Double');
    103             WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','r0','format','Double');
    104             WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','mu0','format','Double');
    105             WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','allow_layer_deletion','format','Boolean');
    106             WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','love_kernels','format','Boolean');
    107             WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','forcing_type','format','Integer');
    108 
    109         # }}}

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/frictioncoulomb.py

    r22052 r23716  
    55
    66class frictioncoulomb(object):
    7     """
    8     FRICTIONCOULOMB class definition
     7        """
     8        FRICTIONCOULOMB class definition
    99
    10     Usage:
    11         frictioncoulomb=frictioncoulomb()
    12     """
     10        Usage:
     11        frictioncoulomb=frictioncoulomb()
     12        """
    1313
    14     def __init__(self): # {{{
    15         self.coefficient = float('NaN')
    16         self.coefficientcoulomb = float('NaN')
    17         self.p = float('NaN')
    18         self.q = float('NaN')
    19         self.coupling    = 0
    20         self.effective_pressure = float('NaN')
    21         #set defaults
    22         self.setdefaultparameters()
     14        def __init__(self): # {{{
     15                self.coefficient = float('NaN')
     16                self.coefficientcoulomb = float('NaN')
     17                self.p = float('NaN')
     18                self.q = float('NaN')
     19                self.coupling    = 0
     20                self.effective_pressure = float('NaN')
     21                #set defaults
     22                self.setdefaultparameters()
     23    #}}}
    2324
    24     #}}}
    25     def __repr__(self): # {{{
    26         string="Basal shear stress parameters: Sigma_b = min(coefficient^2 * Neff ^r * |u_b|^(s-1) * u_b,\n coefficientcoulomb^2 * rho_i * g * (h-h_f)), (effective stress Neff=rho_ice*g*thickness+rho_water*g*bed, r=q/p and s=1/p)."
     25        def __repr__(self): # {{{
     26                string="Basal shear stress parameters: Sigma_b = min(coefficient^2 * Neff ^r * |u_b|^(s-1) * u_b,\n coefficientcoulomb^2 * rho_i * g * (h-h_f)), (effective stress Neff=rho_ice*g*thickness+rho_water*g*bed, r=q/p and s=1/p)."
     27                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"coefficient","power law (Weertman) friction coefficient [SI]"))
     28                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"coefficientcoulomb","Coulomb friction coefficient [SI]"))
     29                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"p","p exponent"))
     30                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"q","q exponent"))
     31                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'coupling','Coupling flag: 0 for default, 1 for forcing(provide md.friction.effective_pressure)  and 2 for coupled(not implemented yet)'))
     32                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'effective_pressure','Effective Pressure for the forcing if not coupled [Pa]'))
     33                return string
     34        #}}}
     35        def extrude(self,md): # {{{
     36                self.coefficient=project3d(md,'vector',self.coefficient,'type','node','layer',1)
     37                self.coefficientcoulomb=project3d(md,'vector',self.coefficientcoulomb,'type','node','layer',1)
     38                self.p=project3d(md,'vector',self.p,'type','element')
     39                self.q=project3d(md,'vector',self.q,'type','element')
     40                if self.coupling==1:
     41                        self.effective_pressure=project3d(md,'vector',self.effective_pressure,'type','node','layer',1)
     42                elif self.coupling==2:
     43                        raise ValueError('coupling not supported yet')
     44                elif self.coupling > 2:
     45                        raise ValueError('md.friction.coupling larger than 2, not supported yet')
     46                return self
     47        #}}}
    2748
    28         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"coefficient","power law (Weertman) friction coefficient [SI]"))
    29         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"coefficientcoulomb","Coulomb friction coefficient [SI]"))
    30         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"p","p exponent"))
    31         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"q","q exponent"))
    32         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'coupling','Coupling flag: 0 for default, 1 for forcing(provide md.friction.effective_pressure)  and 2 for coupled(not implemented yet)'))
    33         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'effective_pressure','Effective Pressure for the forcing if not coupled [Pa]'))
    34         return string
    35     #}}}
    36     def extrude(self,md): # {{{
    37         self.coefficient=project3d(md,'vector',self.coefficient,'type','node','layer',1)
    38         self.coefficientcoulomb=project3d(md,'vector',self.coefficientcoulomb,'type','node','layer',1)
    39         self.p=project3d(md,'vector',self.p,'type','element')
    40         self.q=project3d(md,'vector',self.q,'type','element')
    41         if self.coupling==1:
    42                 self.effective_pressure=project3d(md,'vector',self.effective_pressure,'type','node','layer',1)
    43         elif self.coupling==2:
    44                 raise ValueError('coupling not supported yet')
    45         elif self.coupling > 2:
    46                 raise ValueError('md.friction.coupling larger than 2, not supported yet')       
    47         return self
    48     #}}}
    49     def setdefaultparameters(self): # {{{
    50         return self
    51     #}}}
    52     def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
     49        def setdefaultparameters(self): # {{{
     50                return self
     51        #}}}
    5352
    54         #Early return
    55         if 'StressbalanceAnalysis' not in analyses and 'ThermalAnalysis' not in analyses:
    56             return md
     53        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
     54                #Early return
     55                if 'StressbalanceAnalysis' not in analyses and 'ThermalAnalysis' not in analyses:
     56                        return md
    5757
    58         md = checkfield(md,'fieldname','friction.coefficient','timeseries',1,'NaN',1,'Inf',1)
    59         md = checkfield(md,'fieldname','friction.coefficientcoulomb','timeseries',1,'NaN',1,'Inf',1)
    60         md = checkfield(md,'fieldname','friction.q','NaN',1,'Inf',1,'size',[md.mesh.numberofelements])
    61         md = checkfield(md,'fieldname','friction.p','NaN',1,'Inf',1,'size',[md.mesh.numberofelements])
    62         if self.coupling==1:
    63                 md = checkfield(md,'fieldname','friction.effective_pressure','NaN',1,'Inf',1,'timeseries',1)
    64         elif self.coupling==2:
    65                 raise ValueError('coupling not supported yet')
    66         elif self.coupling > 2:
    67                 raise ValueError('md.friction.coupling larger than 2, not supported yet')
    68         return md
     58                md = checkfield(md,'fieldname','friction.coefficient','timeseries',1,'NaN',1,'Inf',1)
     59                md = checkfield(md,'fieldname','friction.coefficientcoulomb','timeseries',1,'NaN',1,'Inf',1)
     60                md = checkfield(md,'fieldname','friction.q','NaN',1,'Inf',1,'size',[md.mesh.numberofelements])
     61                md = checkfield(md,'fieldname','friction.p','NaN',1,'Inf',1,'size',[md.mesh.numberofelements])
     62                if self.coupling==1:
     63                        md = checkfield(md,'fieldname','friction.effective_pressure','NaN',1,'Inf',1,'timeseries',1)
     64                elif self.coupling==2:
     65                        raise ValueError('coupling not supported yet')
     66                elif self.coupling > 2:
     67                        raise ValueError('md.friction.coupling larger than 2, not supported yet')
     68                return md
     69    # }}}
    6970
     71        def marshall(self,prefix,md,fid):    # {{{
     72                WriteData(fid,prefix,'name','md.friction.law','data',7,'format','Integer')
     73                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','coefficient','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1,'yts',md.constants.yts)
     74                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','coefficientcoulomb','format','DoubleMat','mattype',1)
     75                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','p','format','DoubleMat','mattype',2)
     76                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','q','format','DoubleMat','mattype',2)
     77                WriteData(fid,prefix,'class','friction','object',self,'fieldname','coupling','format','Integer')
     78                if self.coupling==1:
     79                        WriteData(fid,prefix,'class','friction','object',self,'fieldname','effective_pressure','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1,'yts',md.constants.yts)
     80                elif self.coupling==2:
     81                        raise ValueError('coupling not supported yet')
     82                elif self.coupling > 2:
     83                        raise ValueError('md.friction.coupling larger than 2, not supported yet')
    7084    # }}}
    71     def marshall(self,prefix,md,fid):    # {{{
    72         WriteData(fid,prefix,'name','md.friction.law','data',7,'format','Integer')
    73         WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','coefficient','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1,'yts',md.constants.yts)
    74         WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','coefficientcoulomb','format','DoubleMat','mattype',1)
    75         WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','p','format','DoubleMat','mattype',2)
    76         WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','q','format','DoubleMat','mattype',2)
    77         WriteData(fid,prefix,'class','friction','object',self,'fieldname','coupling','format','Integer')
    78         if self.coupling==1:
    79                 WriteData(fid,prefix,'class','friction','object',self,'fieldname','effective_pressure','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1,'yts',md.constants.yts)
    80         elif self.coupling==2:
    81                 raise ValueError('coupling not supported yet')
    82         elif self.coupling > 2:
    83                 raise ValueError('md.friction.coupling larger than 2, not supported yet')       
    84     # }}}

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/frictionshakti.py

    r23020 r23716  
    55
    66class frictionshakti(object):
    7     """
    8     FRICTIONSHAKTI class definition
     7        """
     8        FRICTIONSHAKTI class definition
    99
    10     Usage:
    11         friction=frictionshakti()
    12     """
     10        Usage:
     11        friction=frictionshakti()
     12        """
    1313
    14     def __init__(self,md): # {{{
    15         self.coefficient = md.friction.coefficient
    16         #set defaults
    17         self.setdefaultparameters()
     14        def __init__(self,md): # {{{
     15                self.coefficient = md.friction.coefficient
     16                #set defaults
     17                self.setdefaultparameters()
     18        #}}}
    1819
    19     #}}}
    20     def __repr__(self): # {{{
    21         string="Basal shear stress parameters: Sigma_b = coefficient^2 * Neff * u_b\n(effective stress Neff=rho_ice*g*thickness+rho_water*g*(head-b))"
     20        def __repr__(self): # {{{
     21                string="Basal shear stress parameters: Sigma_b = coefficient^2 * Neff * u_b\n(effective stress Neff=rho_ice*g*thickness+rho_water*g*(head-b))"
     22                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"coefficient","friction coefficient [SI]"))
     23                return string
     24        #}}}
    2225
    23         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"coefficient","friction coefficient [SI]"))
    24         return string
    25     #}}}
    26     def extrude(self,md): # {{{
    27         self.coefficient=project3d(md,'vector',self.coefficient,'type','node','layer',1)       
    28         return self
    29     #}}}
    30     def setdefaultparameters(self): # {{{
    31         return self
    32     #}}}
    33     def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
     26        def extrude(self,md): # {{{
     27                self.coefficient=project3d(md,'vector',self.coefficient,'type','node','layer',1)
     28                return self
     29        #}}}
    3430
    35         #Early return
    36         if 'StressbalanceAnalysis' not in analyses and 'ThermalAnalysis' not in analyses:
    37             return md
     31        def setdefaultparameters(self): # {{{
     32                return self
     33        #}}}
    3834
    39         md = checkfield(md,'fieldname','friction.coefficient','timeseries',1,'NaN',1,'Inf',1)
    40         return md
     35        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
     36                #Early return
     37                if 'StressbalanceAnalysis' not in analyses and 'ThermalAnalysis' not in analyses:
     38                        return md
    4139
     40                md = checkfield(md,'fieldname','friction.coefficient','timeseries',1,'NaN',1,'Inf',1)
     41                return md
     42        # }}}
     43
     44        def marshall(self,prefix,md,fid):    # {{{
     45                yts=md.constants.yts
     46                WriteData(fid,prefix,'name','md.friction.law','data',8,'format','Integer')
     47                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','coefficient','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1,'yts',md.constants.yts)
    4248    # }}}
    43     def marshall(self,prefix,md,fid):    # {{{
    44         yts=md.constants.yts
    45         WriteData(fid,prefix,'name','md.friction.law','data',8,'format','Integer')
    46         WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','coefficient','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1,'yts',md.constants.yts)     
    47     # }}}

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/frontalforcings.py

    r23658 r23716  
    1313
    1414        def __init__(self): # {{{
    15 
    1615                self.meltingrate   = float('NaN')
    1716
    1817                #set defaults
    1918                self.setdefaultparameters()
     19                #}}}
    2020
    21                 #}}}
    2221        def __repr__(self): # {{{
    2322                string='   Frontalforcings parameters:'
    … …  
    2625                return string
    2726                #}}}
     27
    2828        def extrude(self,md): # {{{
    2929                self.meltingrate=project3d(md,'vector',self.meltingrate,'type','node')
    3030                return self
    3131        #}}}
     32
    3233        def setdefaultparameters(self): # {{{
    33 
    3434                return self
    3535        #}}}
     36
    3637        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
     38                #Early return
     39                if (solution!='TransientSolution') or (not md.transient.ismovingfront):
     40                        return md
    3741
    38                 #Early return
    39                 if (solution!='TransientSolution') or (not md.transient.ismovingfront):
    40                     return md
    41 
    42                 md = checkfield(md,'fieldname','frontalforcings.meltingrate','NaN',1,'Inf',1,'timeseries',1,'>=',0);
    43 
     42                md = checkfield(md,'fieldname','frontalforcings.meltingrate','NaN',1,'Inf',1,'timeseries',1,'>=',0);
    4443                return md
    4544        # }}}
     45
    4646        def marshall(self,prefix,md,fid):    # {{{
    47 
    48             yts=md.constants.yts
    49 
    50             WriteData(fid,prefix,'name','md.frontalforcings.parameterization','data',1,'format','Integer')
    51             WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','meltingrate','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1,'yts',md.constants.yts,'scale',1./yts);
    52 
    53         # }}}
     47                yts=md.constants.yts
     48                WriteData(fid,prefix,'name','md.frontalforcings.parameterization','data',1,'format','Integer')
     49                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','meltingrate','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1,'yts',md.constants.yts,'scale',1./yts);
     50        # }}}

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/hydrologydc.py

    r23664 r23716  
    148148
    149149        def defaultoutputs(self,md): # {{{
    150                 list = ['SedimentHeadHydrostep','SedimentHeadResidual','EffectivePressureHydrostep','HydrologydcMaskThawedNode','HydrologydcMaskThawedElt']
     150                list = ['SedimentHeadHydrostep','SedimentHeadResidual','EffectivePressureHydrostep']
    151151                if self.isefficientlayer==1:
    152152                        list.extend(['EplHeadHydrostep','HydrologydcMaskEplactiveNode','HydrologydcMaskEplactiveElt','EplHeadSlopeX','EplHeadSlopeY','HydrologydcEplThicknessHydrostep'])
    … …  
    162162                if np.all(np.isnan(self.basal_moulin_input)):
    163163                        self.basal_moulin_input=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    164                         print"      no hydrology.basal_moulin_input specified: values set as zero"
     164                        print("      no hydrology.basal_moulin_input specified: values set as zero")
    165165
    166166                return self
    … …  
    204204                        md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.epl_max_thickness','numel',[1],'>',0.)
    205205                        md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.epl_initial_thickness','numel',[1],'>',0.)
    206                         md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.epl_colapse_thickness','numel',[1],'>',0.,'<',self.epl_initial_thickness)
     206                        md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.epl_colapse_thickness','numel',[1],'>',0.)
    207207                        md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.epl_thick_comp','numel',[1],'values',[0,1])
    208208                        md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.eplflip_lock','>=',0.,'numel',[1])

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/hydrologyshakti.py

    r23025 r23716  
    3030                #}}}
    3131        def __repr__(self): # {{{
    32                
    3332                string='   hydrologyshakti solution parameters:'
    3433                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'head','subglacial hydrology water head (m)'))
    … …  
    4544                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'requested_outputs','additional outputs requested'))
    4645                return string
    47                 #}}}
     46        #}}}
     47
    4848        def extrude(self,md): # {{{
    4949                return self
    5050        #}}}
     51
    5152        def setdefaultparameters(self): # {{{
    52                 # Set under-relaxation parameter to be 1 (no under-relaxation of nonlinear iteration)   
     53                # Set under-relaxation parameter to be 1 (no under-relaxation of nonlinear iteration)
    5354                self.relaxation=1
    5455                self.storage=0
    … …  
    5657                return self
    5758        #}}}
     59
    5860        def defaultoutputs(self,md): # {{{
    5961                list = ['HydrologyHead','HydrologyGapHeight','EffectivePressure','HydrologyBasalFlux','DegreeOfChannelization']
    … …  
    6264
    6365        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    64                
    6566                #Early return
    6667                if 'HydrologyShaktiAnalysis' not in analyses:
    … …  
    7677                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.neumannflux','timeseries',1,'NaN',1,'Inf',1)
    7778                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.spchead','size',[md.mesh.numberofvertices])
    78                 md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.relaxation','>=',0)   
     79                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.relaxation','>=',0)
    7980                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.storage','>=',0)
    8081                md = checkfield(md,'fieldname','hydrology.requested_outputs','stringrow',1)
    81 
    8282                return md
    8383        # }}}
     84
    8485        def marshall(self,prefix,md,fid):    # {{{
    8586                yts=md.constants.yts

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/levelset.py

    r23170 r23716  
    1818                self.reinit_frequency = 0
    1919                self.calving_max      = 0.
    20                 self.fe               = 'P1'
     20                self.fe               = 'P1'
    2121
    2222                #set defaults
    … …  
    3030                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'reinit_frequency','Amount of time steps after which the levelset function in re-initialized'))
    3131                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'calving_max','maximum allowed calving rate (m/a)'))
    32                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'fe','Finite Element type: ''P1'' (default), or ''P2'''))
     32                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'fe','Finite Element type: ''P1'' (default), or ''P2'''))
    3333
    3434                return string
    … …  
    4141
    4242                #stabilization = 1 by default
    43                 self.stabilization = 1
     43                self.stabilization              = 1
    4444                self.reinit_frequency = 5
    4545                self.calving_max      = 3000.
    4646
    47                 #Linear elements by default
    48                 self.fe='P1'
     47                #Linear elements by default
     48                self.fe='P1'
    4949
    5050                return self
    … …  
    5959                md = checkfield(md,'fieldname','levelset.stabilization','values',[0,1,2]);
    6060                md = checkfield(md,'fieldname','levelset.calving_max','NaN',1,'Inf',1,'>',0);
    61                 md = checkfield(md,'fieldname','levelset.fe','values',['P1','P2']);
     61                md = checkfield(md,'fieldname','levelset.fe','values',['P1','P2']);
    6262
    6363                return md
    … …  
    7171                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','reinit_frequency','format','Integer');
    7272                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','calving_max','format','Double','scale',1./yts);
    73                 WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','fe','format','String');
     73                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','fe','format','String');
    7474        # }}}

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/linearbasalforcings.py

    r22505 r23716  
    1515
    1616                if not len(args):
    17                         print 'empty init'
     17                        print('empty init')
    1818                        self.groundedice_melting_rate  = float('NaN')
    1919                        self.deepwater_melting_rate    = 0.
    … …  
    2525                        self.setdefaultparameters()
    2626                elif len(args)==1 and args[0].__module__=='basalforcings':
    27                         print 'converting basalforings to linearbasalforcings'
     27                        print('converting basalforings to linearbasalforcings')
    2828                        inv=args[0]
    2929                        self.groundedice_melting_rate  = inv.groundedice_melting_rate
    … …  
    5353                if np.all(np.isnan(self.groundedice_melting_rate)):
    5454                        self.groundedice_melting_rate=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    55                         print "      no basalforcings.groundedice_melting_rate specified: values set as zero"
     55                        print("      no basalforcings.groundedice_melting_rate specified: values set as zero")
    5656
    5757                return self

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/m1qn3inversion.py

    r21303 r23716  
    1919
    2020                if not len(args):
    21                         print 'empty init'
     21                        print('empty init')
    2222                        self.iscontrol                   = 0
    2323                        self.incomplete_adjoint          = 0
    … …  
    4141                        self.setdefaultparameters()
    4242                elif len(args)==1 and args[0].__module__=='inversion':
    43                         print 'converting inversion to m1qn3inversion'
     43                        print('converting inversion to m1qn3inversion')
    4444                        inv=args[0]
    4545                        #first call setdefaultparameters:

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/massfluxatgate.py

    r21808 r23716  
    4646        #}}}
    4747        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    48                
    49                 if  not isinstance(self.name, basestring):
     48
     49                if  not isinstance(self.name, str):
    5050                        raise RuntimeError("massfluxatgate error message: 'name' field should be a string!")
    51                        
    52                 if  not isinstance(self.profilename, basestring):
    53                         raise RuntimeError("massfluxatgate error message: 'profilename' field should be a string!") 
    54                
     51
     52                if  not isinstance(self.profilename, str):
     53                        raise RuntimeError("massfluxatgate error message: 'profilename' field should be a string!")
     54
    5555                OutputdefinitionStringArray=[]
    5656                for i in range(1,100):
    5757                        x='Outputdefinition'+str(i)
    5858                        OutputdefinitionStringArray.append(x)
    59                        
     59
    6060                md = checkfield(md,'field',self.definitionstring,'values',OutputdefinitionStringArray)
    61                
    62                 #check the profilename points to a file!: 
     61
     62                #check the profilename points to a file!:
    6363                if not os.path.isfile(self.profilename):
    6464                        raise RuntimeError("massfluxatgate error message: file name for profile corresponding to gate does not point to a legitimate file on disk!")
    … …  
    6767        # }}}
    6868        def marshall(self,prefix,md,fid):    # {{{
    69                
    70                 #before marshalling, we need to create the segments out of the profilename: 
     69
     70                #before marshalling, we need to create the segments out of the profilename:
    7171                self.segments=MeshProfileIntersection(md.mesh.elements,md.mesh.x,md.mesh.y,self.profilename)[0]
    7272
    73                 #ok, marshall name and segments: 
     73                #ok, marshall name and segments:
    7474                WriteData(fid,prefix,'data',self.name,'name','md.massfluxatgate.name','format','String');
    7575                WriteData(fid,prefix,'data',self.definitionstring,'name','md.massfluxatgate.definitionstring','format','String');

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/matdamageice.py

    r23703 r23716  
    3030                self.rheology_law              = ''
    3131
    32                 #giaivins: 
     32                #giaivins:
    3333                self.lithosphere_shear_modulus  = 0.
    3434                self.lithosphere_density        = 0.
    3535                self.mantle_shear_modulus       = 0.
    3636                self.mantle_density             = 0.
    37                
     37
    3838                #SLR
    3939                self.earth_density= 5512;  # average density of the Earth, (kg/m^3)
    4040
    41 
    4241                self.setdefaultparameters()
    4342                #}}}
     43
    4444        def __repr__(self): # {{{
    4545                string="   Materials:"
    46 
    4746                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"rho_ice","ice density [kg/m^3]"))
    4847                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"rho_water","water density [kg/m^3]"))
    … …  
    5251                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"thermalconductivity","ice thermal conductivity [W/m/K]"))
    5352                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"temperateiceconductivity","temperate ice thermal conductivity [W/m/K]"))
    54                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"effectiveconductivity_averaging","computation of effective conductivity: (0) arithmetic mean, (1) harmonic mean, (2) geometric mean (default)"))
     53                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"effectiveconductivity_averaging","computation of effectiveconductivity: (0) arithmetic mean, (1) harmonic mean, (2) geometric mean (default)"))
    5554                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"meltingpoint","melting point of ice at 1atm in K"))
    5655                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"latentheat","latent heat of fusion [J/m^3]"))
    … …  
    6665                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"mantle_density","Mantle density [g/cm^-3]"))
    6766                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"earth_density","Mantle density [kg/m^-3]"))
    68 
    69 
    7067                return string
    7168                #}}}
     69
    7270        def extrude(self,md): # {{{
    7371                self.rheology_B=project3d(md,'vector',self.rheology_B,'type','node')
    … …  
    7573                return self
    7674        #}}}
     75
    7776        def setdefaultparameters(self): # {{{
    7877                #ice density (kg/m^3)
    7978                self.rho_ice=917.
    80 
    8179                #ocean water density (kg/m^3)
    8280                self.rho_water=1023.
    83 
    8481                #fresh water density (kg/m^3)
    8582                self.rho_freshwater=1000.
    86 
    8783                #water viscosity (N.s/m^2)
    88                 self.mu_water=0.001787 
    89 
     84                self.mu_water=0.001787
    9085                #ice heat capacity cp (J/kg/K)
    9186                self.heatcapacity=2093.
    92 
    9387                #ice latent heat of fusion L (J/kg)
    9488                self.latentheat=3.34*10**5
    95 
    9689                #ice thermal conductivity (W/m/K)
    9790                self.thermalconductivity=2.4
    98 
    9991                #temperate ice thermal conductivity (W/m/K)
    10092                self.temperateiceconductivity=0.24
    101 
    102                 #computation of effective conductivity
     93    #computation of effective conductivity
    10394                self.effectiveconductivity_averaging=1
    104        
    10595                #the melting point of ice at 1 atmosphere of pressure in K
    10696                self.meltingpoint=273.15
    107 
    10897                #rate of change of melting point with pressure (K/Pa)
    10998                self.beta=9.8*10**-8
    110 
    11199                #mixed layer (ice-water interface) heat capacity (J/kg/K)
    112100                self.mixed_layer_capacity=3974.
    113 
    114101                #thermal exchange velocity (ice-water interface) (m/s)
    115102                self.thermal_exchange_velocity=1.00*10**-4
    116 
    117103                #Rheology law: what is the temperature dependence of B with T
    118104                #available: none, paterson and arrhenius
    … …  
    124110                self.mantle_shear_modulus       = 1.45*10**11 # (Pa)
    125111                self.mantle_density             = 3.34        # (g/cm^-3)
    126                
     112
    127113                #SLR
    128114                self.earth_density= 5512;  #average density of the Earth, (kg/m^3)
    129 
    130 
    131115                return self
    132116                #}}}
     117
    133118        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    134119                md = checkfield(md,'fieldname','materials.rho_ice','>',0)
    … …  
    139124                md = checkfield(md,'fieldname','materials.rheology_n','>',0,'size',[md.mesh.numberofelements])
    140125                md = checkfield(md,'fieldname','materials.rheology_law','values',['None', 'BuddJacka', 'Cuffey', 'CuffeyTemperate', 'Paterson','Arrhenius','LliboutryDuval'])
     126                md = checkfield(md,'fieldname','materials.effectiveconductivity_averaging','numel',[1],'values',[0,1,2])
    141127                md = checkfield(md,'fieldname','materials.lithosphere_shear_modulus','>',0,'numel',[1]);
    142128                md = checkfield(md,'fieldname','materials.lithosphere_density','>',0,'numel',[1]);
    … …  
    144130                md = checkfield(md,'fieldname','materials.mantle_density','>',0,'numel',[1]);
    145131                md = checkfield(md,'fieldname','materials.earth_density','>',0,'numel',[1]);
    146                 md = checkfield(md,'fieldname','materials.effectiveconductivity_averaging','numel',[1],'values',[0,1,2])
    147 
    148132                return md
    149133        # }}}
     134
    150135        def marshall(self,prefix,md,fid):    # {{{
    151136                WriteData(fid,prefix,'name','md.materials.type','data',1,'format','Integer');
    … …  
    166151                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','rheology_n','format','DoubleMat','mattype',2)
    167152                WriteData(fid,prefix,'data',self.rheology_law,'name','md.materials.rheology_law','format','String')
    168 
    169153                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','lithosphere_shear_modulus','format','Double');
    170154                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','lithosphere_density','format','Double','scale',10.**3.);

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/matenhancedice.py

    r23703 r23716  
    2626                self.mixed_layer_capacity      = 0.
    2727                self.thermal_exchange_velocity = 0.
    28                 self.rheology_E               = float('NaN')
     28                self.rheology_E                                                         = float('NaN')
    2929                self.rheology_B                = float('NaN')
    3030                self.rheology_n                = float('NaN')
    3131                self.rheology_law              = ''
    3232
    33                 #giaivins: 
     33                #giaivins:
    3434                self.lithosphere_shear_modulus  = 0.
    3535                self.lithosphere_density        = 0.
    3636                self.mantle_shear_modulus       = 0.
    3737                self.mantle_density             = 0.
    38                
     38
    3939                #SLR
    4040                self.earth_density= 0  # average density of the Earth, (kg/m^3)
    … …  
    4242                self.setdefaultparameters()
    4343                #}}}
     44
    4445        def __repr__(self): # {{{
    4546                string="   Materials:"
    46 
    4747                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"rho_ice","ice density [kg/m^3]"))
    4848                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"rho_water","water density [kg/m^3]"))
    … …  
    5252                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"thermalconductivity","ice thermal conductivity [W/m/K]"))
    5353                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"temperateiceconductivity","temperate ice thermal conductivity [W/m/K]"))
    54                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"effectiveconductivity_averaging","computation of effective conductivity: (0) arithmetic mean, (1) harmonic mean, (2) geometric mean (default)"))
     54                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"effectiveconductivity_averaging","computation of effectiveconductivity: (0) arithmetic mean, (1) harmonic mean, (2) geometric mean (default)"))
    5555                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"meltingpoint","melting point of ice at 1atm in K"))
    5656                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"latentheat","latent heat of fusion [J/m^3]"))
    … …  
    6767                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"mantle_density","Mantle density [g/cm^-3]"))
    6868                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"earth_density","Mantle density [kg/m^-3]"))
    69 
    7069                return string
    7170                #}}}
     71
    7272        def extrude(self,md): # {{{
    7373                self.rheology_E=project3d(md,'vector',self.rheology_E,'type','node')
    … …  
    7676                return self
    7777        #}}}
     78
    7879        def setdefaultparameters(self): # {{{
    7980                #ice density (kg/m^3)
    8081                self.rho_ice=917.
    81 
    8282                #ocean water density (kg/m^3)
    8383                self.rho_water=1023.
    84 
    8584                #fresh water density (kg/m^3)
    8685                self.rho_freshwater=1000.
    87 
    8886                #water viscosity (N.s/m^2)
    89                 self.mu_water=0.001787 
    90 
     87                self.mu_water=0.001787
    9188                #ice heat capacity cp (J/kg/K)
    9289                self.heatcapacity=2093.
    93 
    9490                #ice latent heat of fusion L (J/kg)
    9591                self.latentheat=3.34*10**5
    96 
    9792                #ice thermal conductivity (W/m/K)
    9893                self.thermalconductivity=2.4
    99 
    10094                #temperate ice thermal conductivity (W/m/K)
    10195                self.temperateiceconductivity=0.24
    102        
    103                 #computation of effective conductivity
     96    #computation of effective conductivity
    10497                self.effectiveconductivity_averaging=1
    105 
    10698                #the melting point of ice at 1 atmosphere of pressure in K
    10799                self.meltingpoint=273.15
    108 
    109100                #rate of change of melting point with pressure (K/Pa)
    110101                self.beta=9.8*10**-8
    111 
    112102                #mixed layer (ice-water interface) heat capacity (J/kg/K)
    113103                self.mixed_layer_capacity=3974.
    114 
    115104                #thermal exchange velocity (ice-water interface) (m/s)
    116105                self.thermal_exchange_velocity=1.00*10**-4
    117 
    118106                #Rheology law: what is the temperature dependence of B with T
    119107                #available: none, paterson and arrhenius
    … …  
    125113                self.mantle_shear_modulus       = 1.45*10**11 # (Pa)
    126114                self.mantle_density             = 3.34        # (g/cm^-3)
    127                
     115
    128116                #SLR
    129117                self.earth_density= 5512  #average density of the Earth, (kg/m^3)
    … …  
    131119                return self
    132120                #}}}
     121
    133122        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    134123                md = checkfield(md,'fieldname','materials.rho_ice','>',0)
    … …  
    141130                md = checkfield(md,'fieldname','materials.rheology_law','values',['None','BuddJacka','Cuffey','CuffeyTemperate','Paterson','Arrhenius','LliboutryDuval'])
    142131                md = checkfield(md,'fieldname','materials.effectiveconductivity_averaging','numel',[1],'values',[0,1,2])
    143        
     132
    144133                if 'GiaAnalysis' in analyses:
    145134                        md = checkfield(md,'fieldname','materials.lithosphere_shear_modulus','>',0,'numel',1)
    … …  
    151140                return md
    152141        # }}}
     142
    153143        def marshall(self,prefix,md,fid):    # {{{
    154144                WriteData(fid,prefix,'name','md.materials.type','data',4,'format','Integer')
    … …  
    170160                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','rheology_n','format','DoubleMat','mattype',2)
    171161                WriteData(fid,prefix,'data',self.rheology_law,'name','md.materials.rheology_law','format','String')
    172 
    173162                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','lithosphere_shear_modulus','format','Double')
    174163                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','lithosphere_density','format','Double','scale',10^3)

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/materials.py

    r23005 r23716  
    44from checkfield import checkfield
    55from WriteData import WriteData
    6                
     6
    77def naturetointeger(strnat): #{{{
    8    
    9     intnat=np.zeros(len(strnat))
    10     for i in range(len(intnat)):
    11         if strnat[i]=='damageice':
    12             intnat[i]=1
    13         elif strnat[i]=='estar':
    14             intnat[i]=2
    15         elif strnat[i]=='ice':
    16             intnat[i]=3
    17         elif strnat[i]=='enhancedice':
    18             intnat[i]=4
    19         elif strnat[i]=='litho':
    20             intnat[i]=5
    21         else:
    22             raise RuntimeError("materials constructor error message: nature of the material not supported yet! (''ice'' or ''litho'')");
    23    
    24     return intnat
     8
     9        intnat=np.zeros(len(strnat))
     10        for i in range(len(intnat)):
     11                if strnat[i]=='damageice':
     12                        intnat[i]=1
     13                elif strnat[i]=='estar':
     14                        intnat[i]=2
     15                elif strnat[i]=='ice':
     16                        intnat[i]=3
     17                elif strnat[i]=='enhancedice':
     18                        intnat[i]=4
     19                elif strnat[i]=='litho':
     20                        intnat[i]=5
     21                else:
     22                        raise RuntimeError("materials constructor error message: nature of the material not supported yet! (''ice'' or ''litho'')");
     23
     24                return intnat
    2525# }}}
     26
    2627class materials(object):
    2728        """
    … …  
    3334
    3435        def __init__(self,*args): # {{{
    35                
    36                 self.nature                    = []
    37 
    38                 if not len(args):
    39                     self.nature=['ice']
    40                 else:
    41                     self.nature=args
    42 
    43                 for i in range(len(self.nature)):
    44                     if not(self.nature[i] == 'litho' or self.nature[i]=='ice'):
    45                         raise RuntimeError("materials constructor error message: nature of the material not supported yet! ('ice' or 'litho')")
    46                    
    47                 #start filling in the dynamic fields:
    48                 for i in range(len(self.nature)):
    49                     nat=self.nature[i];
    50                     if nat=='ice':
    51                         setattr(self,'rho_ice',0)
    52                         setattr(self,'rho_ice',0);
    53                         setattr(self,'rho_water',0);
    54                         setattr(self,'rho_freshwater',0);
    55                         setattr(self,'mu_water',0);
    56                         setattr(self,'heatcapacity',0);
    57                         setattr(self,'latentheat',0);
    58                         setattr(self,'thermalconductivity',0);
    59                         setattr(self,'temperateiceconductivity',0);
    60                         setattr(self,'meltingpoint',0);
    61                         setattr(self,'beta',0);
    62                         setattr(self,'mixed_layer_capacity',0);
    63                         setattr(self,'thermal_exchange_velocity',0);
    64                         setattr(self,'rheology_B',0);
    65                         setattr(self,'rheology_n',0);
    66                         setattr(self,'rheology_law',0);
    67                     elif nat=='litho':
    68                         setattr(self,'numlayers',0);
    69                         setattr(self,'radius',0);
    70                         setattr(self,'viscosity',0);
    71                         setattr(self,'lame_lambda',0);
    72                         setattr(self,'lame_mu',0);
    73                         setattr(self,'burgers_viscosity',0);
    74                         setattr(self,'burgers_mu',0);
    75                         setattr(self,'isburgers',0);
    76                         setattr(self,'density',0);
    77                         setattr(self,'issolid',0);
    78                     else:
    79                         raise RuntimeError("materials constructor error message: nature of the material not supported yet! ('ice' or 'litho')");
    80                 #set default parameters:
     36                self.nature                    = []
     37                if not len(args):
     38                        self.nature=['ice']
     39                else:
     40                        self.nature=args
     41
     42                for i in range(len(self.nature)):
     43                        if not(self.nature[i] == 'litho' or self.nature[i]=='ice'):
     44                                raise RuntimeError("materials constructor error message: nature of the material not supported yet! ('ice' or 'litho')")
     45
     46                #start filling in the dynamic fields:
     47                for i in range(len(self.nature)):
     48                        nat=self.nature[i];
     49                        if nat=='ice':
     50                                setattr(self,'rho_ice',0)
     51                                setattr(self,'rho_ice',0);
     52                                setattr(self,'rho_water',0);
     53                                setattr(self,'rho_freshwater',0);
     54                                setattr(self,'mu_water',0);
     55                                setattr(self,'heatcapacity',0);
     56                                setattr(self,'latentheat',0);
     57                                setattr(self,'thermalconductivity',0);
     58                                setattr(self,'temperateiceconductivity',0);
     59                                setattr(self,'meltingpoint',0);
     60                                setattr(self,'beta',0);
     61                                setattr(self,'mixed_layer_capacity',0);
     62                                setattr(self,'thermal_exchange_velocity',0);
     63                                setattr(self,'rheology_B',0);
     64                                setattr(self,'rheology_n',0);
     65                                setattr(self,'rheology_law',0);
     66                        elif nat=='litho':
     67                                setattr(self,'numlayers',0);
     68                                setattr(self,'radius',0);
     69                                setattr(self,'viscosity',0);
     70                                setattr(self,'lame_lambda',0);
     71                                setattr(self,'lame_mu',0);
     72                                setattr(self,'burgers_viscosity',0);
     73                                setattr(self,'burgers_mu',0);
     74                                setattr(self,'isburgers',0);
     75                                setattr(self,'density',0);
     76                                setattr(self,'issolid',0);
     77                        else:
     78                                raise RuntimeError("materials constructor error message: nature of the material not supported yet! ('ice' or 'litho')");
     79                        #set default parameters:
    8180                self.setdefaultparameters()
    8281                #}}}
     82
    8383        def __repr__(self): # {{{
    8484                string="   Materials:"
    85                 for i in range(len(self.nature)):
    86                     nat=self.nature[i];
    87                     if nat=='ice':
    88                         string="%s\n%s"%(string,'Ice:');
    89                         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"rho_ice","ice density [kg/m^3]"))
    90                         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"rho_water","water density [kg/m^3]"))
    91                         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"rho_freshwater","fresh water density [kg/m^3]"))
    92                         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"mu_water","water viscosity [N s/m^2]"))
    93                         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"heatcapacity","heat capacity [J/kg/K]"))
    94                         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"thermalconductivity","ice thermal conductivity [W/m/K]"))
    95                         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"temperateiceconductivity","temperate ice thermal conductivity [W/m/K]"))
    96                         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"meltingpoint","melting point of ice at 1atm in K"))
    97                         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"latentheat","latent heat of fusion [J/m^3]"))
    98                         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"beta","rate of change of melting point with pressure [K/Pa]"))
    99                         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"mixed_layer_capacity","mixed layer capacity [W/kg/K]"))
    100                         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"thermal_exchange_velocity","thermal exchange velocity [m/s]"))
    101                         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"rheology_B","flow law parameter [Pa s^(1/n)]"))
    102                         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"rheology_n","Glen's flow law exponent"))
    103                         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"rheology_law","law for the temperature dependance of the rheology: 'None', 'BuddJacka', 'Cuffey', 'CuffeyTemperate', 'Paterson', 'Arrhenius' or 'LliboutryDuval'"))
    104                     elif nat=='litho':
    105                         string="%s\n%s"%(string,'Litho:');
    106                         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'numlayers','number of layers (default 2)'))
    107                         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'radius','array describing the radius for each interface (numlayers+1) [m]'))
    108                         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'viscosity','array describing each layer''s viscosity (numlayers) [Pa.s]'))
    109                         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'lame_lambda','array describing the lame lambda parameter (numlayers) [Pa]'))
    110                         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'lame_mu','array describing the shear modulus for each layers (numlayers) [Pa]'))
    111                         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'burgers_viscosity','array describing each layer''s transient viscosity, only for Burgers rheologies  (numlayers) [Pa.s]'))
    112                         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'burgers_mu','array describing each layer''s transient shear modulus, only for Burgers rheologies  (numlayers) [Pa]'))
    113                         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'isburgers','array describing whether we adopt a MaxWell (0) or Burgers (1) rheology (default 0)'))
    114                         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'density','array describing each layer''s density (numlayers) [kg/m^3]'))
    115                         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'issolid','array describing whether the layer is solid or liquid (default 1) (numlayers)'))
    116 
    117                     else:
    118                         raise RuntimeError("materials constructor error message: nature of the material not supported yet! ('ice' or 'litho')");
     85                for i in range(len(self.nature)):
     86                        nat=self.nature[i];
     87                        if nat=='ice':
     88                                string="%s\n%s"%(string,'Ice:');
     89                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"rho_ice","ice density [kg/m^3]"))
     90                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"rho_water","water density [kg/m^3]"))
     91                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"rho_freshwater","fresh water density [kg/m^3]"))
     92                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"mu_water","water viscosity [N s/m^2]"))
     93                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"heatcapacity","heat capacity [J/kg/K]"))
     94                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"thermalconductivity","ice thermal conductivity [W/m/K]"))
     95                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"temperateiceconductivity","temperate ice thermal conductivity [W/m/K]"))
     96                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"meltingpoint","melting point of ice at 1atm in K"))
     97                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"latentheat","latent heat of fusion [J/m^3]"))
     98                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"beta","rate of change of melting point with pressure [K/Pa]"))
     99                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"mixed_layer_capacity","mixed layer capacity [W/kg/K]"))
     100                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"thermal_exchange_velocity","thermal exchange velocity [m/s]"))
     101                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"rheology_B","flow law parameter [Pa s^(1/n)]"))
     102                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"rheology_n","Glen's flow law exponent"))
     103                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"rheology_law","law for the temperature dependance of the rheology: 'None', 'BuddJacka', 'Cuffey', 'CuffeyTemperate', 'Paterson', 'Arrhenius' or 'LliboutryDuval'"))
     104                        elif nat=='litho':
     105                                string="%s\n%s"%(string,'Litho:');
     106                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'numlayers','number of layers (default 2)'))
     107                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'radius','array describing the radius for each interface (numlayers+1) [m]'))
     108                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'viscosity','array describing each layer''s viscosity (numlayers) [Pa.s]'))
     109                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'lame_lambda','array describing the lame lambda parameter (numlayers) [Pa]'))
     110                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'lame_mu','array describing the shear modulus for each layers (numlayers) [Pa]'))
     111                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'burgers_viscosity','array describing each layer''s transient viscosity, only for Burgers rheologies  (numlayers) [Pa.s]'))
     112                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'burgers_mu','array describing each layer''s transient shear modulus, only for Burgers rheologies  (numlayers) [Pa]'))
     113                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'isburgers','array describing whether we adopt a MaxWell (0) or Burgers (1) rheology (default 0)'))
     114                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'density','array describing each layer''s density (numlayers) [kg/m^3]'))
     115                                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'issolid','array describing whether the layer is solid or liquid (default 1) (numlayers)'))
     116
     117                        else:
     118                                raise RuntimeError("materials constructor error message: nature of the material not supported yet! ('ice' or 'litho')");
    119119
    120120                return string
    121121                #}}}
     122
    122123        def extrude(self,md): # {{{
    123             for i in range(len(self.nature)):
    124                 nat=self.nature[i];
    125                 if nat=='ice':
    126                     self.rheology_B=project3d(md,'vector',self.rheology_B,'type','node')
    127                     self.rheology_n=project3d(md,'vector',self.rheology_n,'type','element')
    128             return self
     124                for i in range(len(self.nature)):
     125                        nat=self.nature[i];
     126                        if nat=='ice':
     127                                self.rheology_B=project3d(md,'vector',self.rheology_B,'type','node')
     128                                self.rheology_n=project3d(md,'vector',self.rheology_n,'type','element')
     129                        return self
    129130        #}}}
     131
    130132        def setdefaultparameters(self): # {{{
    131             for i in range(len(self.nature)):
    132                 nat=self.nature[i];
    133                 if nat=='ice':
    134                     #ice density (kg/m^3)
    135                     self.rho_ice=917.
    136 
    137                     #ocean water density (kg/m^3)
    138                     self.rho_water=1023.
    139 
    140                     #fresh water density (kg/m^3)
    141                     self.rho_freshwater=1000.
    142 
    143                     #water viscosity (N.s/m^2)
    144                     self.mu_water=0.001787 
    145 
    146                     #ice heat capacity cp (J/kg/K)
    147                     self.heatcapacity=2093.
    148 
    149                     #ice latent heat of fusion L (J/kg)
    150                     self.latentheat=3.34*10^5
    151 
    152                     #ice thermal conductivity (W/m/K)
    153                     self.thermalconductivity=2.4
    154                    
    155                     #wet ice thermal conductivity (W/m/K)
    156                     self.temperateiceconductivity=.24
    157 
    158                     #the melting point of ice at 1 atmosphere of pressure in K
    159                     self.meltingpoint=273.15
    160 
    161                     #rate of change of melting point with pressure (K/Pa)
    162                     self.beta=9.8*10^-8
    163 
    164                     #mixed layer (ice-water interface) heat capacity (J/kg/K)
    165                     self.mixed_layer_capacity=3974.
    166 
    167                     #thermal exchange velocity (ice-water interface) (m/s)
    168                     self.thermal_exchange_velocity=1.00*10^-4
    169 
    170                     #Rheology law: what is the temperature dependence of B with T
    171                     #available: none, paterson and arrhenius
    172                     self.rheology_law='Paterson'
    173 
    174                 elif nat=='litho':
    175                     #we default to a configuration that enables running GIA solutions using giacaron and/or giaivins.
    176                     self.numlayers=2
    177 
    178                     #center of the earth (approximation, must not be 0), then the lab (lithosphere/asthenosphere boundary) then the surface
    179                     #(with 1d3 to avoid numerical singularities)
    180                     self.radius=[1e3,6278*1e3,6378*1e3]
    181 
    182                     self.viscosity=[1e21,1e40] #mantle and lithosphere viscosity (respectively) [Pa.s]
    183                     self.lame_mu=[1.45*1e11,6.7*1e10]  # (Pa) #lithosphere and mantle shear modulus (respectively) [Pa]
    184                     self.lame_lambda=self.lame_mu  # (Pa) #mantle and lithosphere lamba parameter (respectively) [Pa]
    185                     self.burgers_viscosity=[np.nan,np.nan]
    186                     self.burgers_mu=[np.nan,np.nan]
    187                     self.isburgers=[0,0]
    188                     self.density=[5.51*1e3,5.50*1e3]  # (Pa) #mantle and lithosphere density [kg/m^3]
    189                     self.issolid=[1,1] # is layer solid or liquid.
    190 
    191                 else:
    192                     raise RuntimeError("materials setdefaultparameters error message: nature of the material not supported yet! ('ice' or 'litho')");
     133                for i in range(len(self.nature)):
     134                        nat=self.nature[i];
     135                        if nat=='ice':
     136                                #ice density (kg/m^3)
     137                                self.rho_ice=917.
     138                                #ocean water density (kg/m^3)
     139                                self.rho_water=1023.
     140                                #fresh water density (kg/m^3)
     141                                self.rho_freshwater=1000.
     142                                #water viscosity (N.s/m^2)
     143                                self.mu_water=0.001787
     144                                #ice heat capacity cp (J/kg/K)
     145                                self.heatcapacity=2093.
     146                                #ice latent heat of fusion L (J/kg)
     147                                self.latentheat=3.34*10^5
     148                                #ice thermal conductivity (W/m/K)
     149                                self.thermalconductivity=2.4
     150                                #wet ice thermal conductivity (W/m/K)
     151                                self.temperateiceconductivity=.24
     152                                #the melting point of ice at 1 atmosphere of pressure in K
     153                                self.meltingpoint=273.15
     154                                #rate of change of melting point with pressure (K/Pa)
     155                                self.beta=9.8*10^-8
     156                                #mixed layer (ice-water interface) heat capacity (J/kg/K)
     157                                self.mixed_layer_capacity=3974.
     158                                #thermal exchange velocity (ice-water interface) (m/s)
     159                                self.thermal_exchange_velocity=1.00*10^-4
     160                                #Rheology law: what is the temperature dependence of B with T
     161                                #available: none, paterson and arrhenius
     162                                self.rheology_law='Paterson'
     163
     164                        elif nat=='litho':
     165                                #we default to a configuration that enables running GIA solutions using giacaron and/or giaivins.
     166                                self.numlayers=2
     167                                #center of the earth (approximation, must not be 0), then the lab (lithosphere/asthenosphere boundary) then the surface
     168                                #(with 1d3 to avoid numerical singularities)
     169                                self.radius=[1e3,6278*1e3,6378*1e3]
     170                                self.viscosity=[1e21,1e40] #mantle and lithosphere viscosity (respectively) [Pa.s]
     171                                self.lame_mu=[1.45*1e11,6.7*1e10]  # (Pa) #lithosphere and mantle shear modulus (respectively) [Pa]
     172                                self.lame_lambda=self.lame_mu  # (Pa) #mantle and lithosphere lamba parameter (respectively) [Pa]
     173                                self.burgers_viscosity=[np.nan,np.nan]
     174                                self.burgers_mu=[np.nan,np.nan]
     175                                self.isburgers=[0,0]
     176                                self.density=[5.51*1e3,5.50*1e3]  # (Pa) #mantle and lithosphere density [kg/m^3]
     177                                self.issolid=[1,1] # is layer solid or liquid.
     178
     179                        else:
     180                                raise RuntimeError("materials setdefaultparameters error message: nature of the material not supported yet! ('ice' or 'litho')");
    193181
    194182                return self
    195183                #}}}
    196184        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    197             for i in range(len(self.nature)):
    198                 nat=self.nature[i];
    199                 if nat=='ice':
    200                     md = checkfield(md,'fieldname','materials.rho_ice','>',0)
    201                     md = checkfield(md,'fieldname','materials.rho_water','>',0)
    202                     md = checkfield(md,'fieldname','materials.rho_freshwater','>',0)
    203                     md = checkfield(md,'fieldname','materials.mu_water','>',0)
    204                     md = checkfield(md,'fieldname','materials.rheology_B','>',0,'timeseries',1,'NaN',1,'Inf',1)
    205                     md = checkfield(md,'fieldname','materials.rheology_n','>',0,'size',[md.mesh.numberofelements])
    206                     md = checkfield(md,'fieldname','materials.rheology_law','values',['None','BuddJacka','Cuffey','CuffeyTemperate','Paterson','Arrhenius','LliboutryDuval'])
    207                 elif nat=='litho':
    208                     if 'LoveAnalysis' not in analyses:
    209                         return md
    210 
    211                     md = checkfield(md,'fieldname','materials.numlayers','NaN',1,'Inf',1,'>',0,'numel',[1])
    212                     md = checkfield(md,'fieldname','materials.radius','NaN',1,'Inf',1,'size',[md.materials.numlayers+1,1],'>',0)
    213                     md = checkfield(md,'fieldname','materials.lame_mu','NaN',1,'Inf',1,'size',[md.materials.numlayers,1],'>=',0)
    214                     md = checkfield(md,'fieldname','materials.lame_lambda','NaN',1,'Inf',1,'size',[md.materials.numlayers,1],'>=',0)
    215                     md = checkfield(md,'fieldname','materials.issolid','NaN',1,'Inf',1,'size',[md.materials.numlayers,1],'>=',0,'<',2)
    216                     md = checkfield(md,'fieldname','materials.density','NaN',1,'Inf',1,'size',[md.materials.numlayers,1],'>',0)
    217                     md = checkfield(md,'fieldname','materials.viscosity','NaN',1,'Inf',1,'size',[md.materials.numlayers,1],'>=',0)
    218                     md = checkfield(md,'fieldname','materials.isburgers','NaN',1,'Inf',1,'size',[md.materials.numlayers,1],'>=',0,'<=',1)
    219                     md = checkfield(md,'fieldname','materials.burgers_viscosity','Inf',1,'size',[md.materials.numlayers,1],'>=',0)
    220                     md = checkfield(md,'fieldname','materials.burgers_mu','Inf',1,'size',[md.materials.numlayers,1],'>=',0)
    221 
    222                     for i in range(md.materials.numlayers):
    223                         if md.materials.isburgers[i] and (np.isnan(md.materials.burgers_viscosity[i] or np.isnan(md.materials.burgers_mu[i]))):
    224                             raise RuntimeError("materials checkconsistency error message: Litho burgers_viscosity or burgers_mu has NaN values, inconsistent with isburgers choice")
    225                        
    226                     if md.materials.issolid[0]==0 or md.materials.lame_mu[0]==0:
    227                         raise RuntimeError('First layer must be solid (issolid(1) > 0 AND lame_mu(1) > 0). Add a weak inner core if necessary.')
    228                    
    229                     for i in range(md.materials.numlayers-1):
    230                         if (not md.materials.issolid[i]) and (not md.materials.issolid[i+1]): #if there are at least two consecutive indices that contain issolid = 0
    231                             raise RuntimeError("%s%i%s"%('2 or more adjacent fluid layers detected starting at layer ',i,'. This is not supported yet. Consider merging them.'))
    232 
    233                 else:
    234                     raise RuntimeError("materials checkconsistency error message: nature of the material not supported yet! ('ice' or 'litho')");
     185                for i in range(len(self.nature)):
     186                        nat=self.nature[i];
     187                        if nat=='ice':
     188                                md = checkfield(md,'fieldname','materials.rho_ice','>',0)
     189                                md = checkfield(md,'fieldname','materials.rho_water','>',0)
     190                                md = checkfield(md,'fieldname','materials.rho_freshwater','>',0)
     191                                md = checkfield(md,'fieldname','materials.mu_water','>',0)
     192                                md = checkfield(md,'fieldname','materials.rheology_B','>',0,'timeseries',1,'NaN',1,'Inf',1)
     193                                md = checkfield(md,'fieldname','materials.rheology_n','>',0,'size',[md.mesh.numberofelements])
     194                                md = checkfield(md,'fieldname','materials.rheology_law','values',['None','BuddJacka','Cuffey','CuffeyTemperate','Paterson','Arrhenius','LliboutryDuval'])
     195
     196                        elif nat=='litho':
     197                                if 'LoveAnalysis' not in analyses:
     198                                        return md
     199
     200                                md = checkfield(md,'fieldname','materials.numlayers','NaN',1,'Inf',1,'>',0,'numel',[1])
     201                                md = checkfield(md,'fieldname','materials.radius','NaN',1,'Inf',1,'size',[md.materials.numlayers+1,1],'>',0)
     202                                md = checkfield(md,'fieldname','materials.lame_mu','NaN',1,'Inf',1,'size',[md.materials.numlayers,1],'>=',0)
     203                                md = checkfield(md,'fieldname','materials.lame_lambda','NaN',1,'Inf',1,'size',[md.materials.numlayers,1],'>=',0)
     204                                md = checkfield(md,'fieldname','materials.issolid','NaN',1,'Inf',1,'size',[md.materials.numlayers,1],'>=',0,'<',2)
     205                                md = checkfield(md,'fieldname','materials.density','NaN',1,'Inf',1,'size',[md.materials.numlayers,1],'>',0)
     206                                md = checkfield(md,'fieldname','materials.viscosity','NaN',1,'Inf',1,'size',[md.materials.numlayers,1],'>=',0)
     207                                md = checkfield(md,'fieldname','materials.isburgers','NaN',1,'Inf',1,'size',[md.materials.numlayers,1],'>=',0,'<=',1)
     208                                md = checkfield(md,'fieldname','materials.burgers_viscosity','Inf',1,'size',[md.materials.numlayers,1],'>=',0)
     209                                md = checkfield(md,'fieldname','materials.burgers_mu','Inf',1,'size',[md.materials.numlayers,1],'>=',0)
     210
     211                                for i in range(md.materials.numlayers):
     212                                        if md.materials.isburgers[i] and (np.isnan(md.materials.burgers_viscosity[i] or np.isnan(md.materials.burgers_mu[i]))):
     213                                                raise RuntimeError("materials checkconsistency error message: Litho burgers_viscosity or burgers_mu has NaN values, inconsistent with isburgers choice")
     214
     215                                        if md.materials.issolid[0]==0 or md.materials.lame_mu[0]==0:
     216                                                raise RuntimeError('First layer must be solid (issolid(1) > 0 AND lame_mu(1) > 0). Add a weak inner core if necessary.')
     217
     218                                        for i in range(md.materials.numlayers-1):
     219                                                if (not md.materials.issolid[i]) and (not md.materials.issolid[i+1]): #if there are at least two consecutive indices that contain issolid = 0
     220                                                        raise RuntimeError("%s%i%s"%('2 or more adjacent fluid layers detected starting at layer ',i,'. This is not supported yet. Consider merging them.'))
     221
     222                                                else:
     223                                                        raise RuntimeError("materials checkconsistency error message: nature of the material not supported yet! ('ice' or 'litho')");
    235224
    236225                return md
    237226        # }}}
     227
    238228        def marshall(self,prefix,md,fid):    # {{{
    239 
    240             #1: MatdamageiceEnum 2: MatestarEnum 3: MaticeEnum 4: MatenhancediceEnum 5: MaterialsEnum
    241             WriteData(fid,prefix,'name','md.materials.type','data',6,'format','Integer')
    242             WriteData(fid,prefix,'name','md.materials.nature','data',naturetointeger(self.nature),'format','IntMat','mattype',3)
    243 
    244             for i in range(len(self.nature)):
    245                 nat=self.nature[i];
    246                 if nat=='ice':
    247 
    248                     WriteData(fid,prefix,'name','md.materials.type','data',3,'format','Integer')
    249                     WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','rho_ice','format','Double')
    250                     WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','rho_water','format','Double')
    251                     WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','rho_freshwater','format','Double')
    252                     WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','mu_water','format','Double')
    253                     WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','heatcapacity','format','Double')
    254                     WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','latentheat','format','Double')
    255                     WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','thermalconductivity','format','Double')
    256                     WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','temperateiceconductivity','format','Double')
    257                     WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','meltingpoint','format','Double')
    258                     WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','beta','format','Double')
    259                     WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','mixed_layer_capacity','format','Double')
    260                     WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','thermal_exchange_velocity','format','Double')
    261                     WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','rheology_B','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1,'yts',md.constants.yts)
    262                     WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','rheology_n','format','DoubleMat','mattype',2)
    263                     WriteData(fid,prefix,'data',self.rheology_law,'name','md.materials.rheology_law','format','String')
    264 
    265                 elif nat=='litho':
    266                     WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','numlayers','format','Integer')
    267                     WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','radius','format','DoubleMat','mattype',3)
    268                     WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','lame_mu','format','DoubleMat','mattype',3)
    269                     WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','lame_lambda','format','DoubleMat','mattype',3)
    270                     WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','issolid','format','DoubleMat','mattype',3)
    271                     WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','density','format','DoubleMat','mattype',3)
    272                     WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','viscosity','format','DoubleMat','mattype',3)
    273                     WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','isburgers','format','DoubleMat','mattype',3)
    274                     WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','burgers_viscosity','format','DoubleMat','mattype',3)
    275                     WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','burgers_mu','format','DoubleMat','mattype',3)
    276 
    277                 else:
    278                     raise RuntimeError("materials constructor error message: nature of the material not supported yet! (''ice'' or ''litho'')")
    279 
     229                #1: MatdamageiceEnum 2: MatestarEnum 3: MaticeEnum 4: MatenhancediceEnum 5: MaterialsEnum
     230                WriteData(fid,prefix,'name','md.materials.type','data',6,'format','Integer')
     231                WriteData(fid,prefix,'name','md.materials.nature','data',naturetointeger(self.nature),'format','IntMat','mattype',3)
     232
     233                for i in range(len(self.nature)):
     234                        nat=self.nature[i];
     235                        if nat=='ice':
     236                                WriteData(fid,prefix,'name','md.materials.type','data',3,'format','Integer')
     237                                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','rho_ice','format','Double')
     238                                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','rho_water','format','Double')
     239                                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','rho_freshwater','format','Double')
     240                                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','mu_water','format','Double')
     241                                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','heatcapacity','format','Double')
     242                                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','latentheat','format','Double')
     243                                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','thermalconductivity','format','Double')
     244                                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','temperateiceconductivity','format','Double')
     245                                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','meltingpoint','format','Double')
     246                                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','beta','format','Double')
     247                                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','mixed_layer_capacity','format','Double')
     248                                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','thermal_exchange_velocity','format','Double')
     249                                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','rheology_B','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1,'yts',md.constants.yts)
     250                                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','rheology_n','format','DoubleMat','mattype',2)
     251                                WriteData(fid,prefix,'data',self.rheology_law,'name','md.materials.rheology_law','format','String')
     252
     253                        elif nat=='litho':
     254                                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','numlayers','format','Integer')
     255                                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','radius','format','DoubleMat','mattype',3)
     256                                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','lame_mu','format','DoubleMat','mattype',3)
     257                                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','lame_lambda','format','DoubleMat','mattype',3)
     258                                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','issolid','format','DoubleMat','mattype',3)
     259                                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','density','format','DoubleMat','mattype',3)
     260                                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','viscosity','format','DoubleMat','mattype',3)
     261                                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','isburgers','format','DoubleMat','mattype',3)
     262                                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','burgers_viscosity','format','DoubleMat','mattype',3)
     263                                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','burgers_mu','format','DoubleMat','mattype',3)
     264
     265                        else:
     266                                raise RuntimeError("materials constructor error message: nature of the material not supported yet! (''ice'' or ''litho'')")
    280267        # }}}

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/matestar.py

    r23703 r23716  
    1414
    1515        def __init__(self): # {{{
    16                
    17                 rho_ice                    = 0.
    18                 rho_water                  = 0.
    19                 rho_freshwater             = 0.
    20                 mu_water                   = 0.
    21                 heatcapacity               = 0.
    22                 latentheat                 = 0.
    23                 thermalconductivity        = 0.
    24                 temperateiceconductivity   = 0.
     16                rho_ice                   = 0.
     17                rho_water                 = 0.
     18                rho_freshwater            = 0.
     19                mu_water                  = 0.
     20                heatcapacity              = 0.
     21                latentheat                = 0.
     22                thermalconductivity       = 0.
     23                temperateiceconductivity  = 0.
    2524                self.effectiveconductivity_averaging = 0.
    26                 meltingpoint               = 0.
    27                 beta                       = 0.
    28                 mixed_layer_capacity       = 0.
    29                 thermal_exchange_velocity  = 0.
    30                 rheology_B    = float('NaN')
    31                 rheology_Ec   = float('NaN')
    32                 rheology_Es   = float('NaN')
    33                 rheology_law = ''
     25                meltingpoint              = 0.
     26                beta                      = 0.
     27                mixed_layer_capacity      = 0.
     28                thermal_exchange_velocity = 0.
     29                rheology_B                                                              = float('NaN')
     30                rheology_Ec                                                             = float('NaN')
     31                rheology_Es                                                             = float('NaN')
     32                rheology_law                                                    = ''
    3433
    35                 #giaivins: 
     34                #giaivins:
    3635                lithosphere_shear_modulus  = 0.
    3736                lithosphere_density        = 0.
    … …  
    4241                earth_density              = 0
    4342
    44                 #set default parameters:
     43                #set default parameters:
    4544                self.setdefaultparameters()
    4645        #}}}
     46
    4747        def __repr__(self): # {{{
    4848                string="   Materials:"
    49 
    5049                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'rho_ice','ice density [kg/m^3]'))
    5150                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'rho_water','ocean water density [kg/m^3]'))
    … …  
    5554                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'thermalconductivity',['ice thermal conductivity [W/m/K]']))
    5655                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'temperateiceconductivity','temperate ice thermal conductivity [W/m/K]'))
    57                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"effectiveconductivity_averaging","computation of effective conductivity: (0) arithmetic mean, (1) harmonic mean, (2) geometric mean (default)"))
     56                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"effectiveconductivity_averaging","computation of effectiveconductivity: (0) arithmetic mean, (1) harmonic mean, (2) geometric mean (default)"))
    5857                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'meltingpoint','melting point of ice at 1atm in K'))
    5958                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'latentheat','latent heat of fusion [J/kg]'))
    … …  
    7069                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'mantle_density','Mantle density [g/cm^-3]'))
    7170                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'earth_density','Mantle density [kg/m^-3]'))
    72 
    7371                return string
    7472        #}}}
     73
    7574        def extrude(self,md): # {{{
    7675                self.rheology_B=project3d(md,'vector',self.rheology_B,'type','node')
    7776                self.rheology_Ec=project3d(md,'vector',self.rheology_Ec,'type','node')
    7877                self.rheology_Es=project3d(md,'vector',self.rheology_Es,'type','node')
    79                 return self
     78                return self
    8079        #}}}
     80
    8181        def setdefaultparameters(self): # {{{
    8282                #ice density (kg/m^3)
    8383                self.rho_ice=917.
    84 
    8584                #ocean water density (kg/m^3)
    8685                self.rho_water=1023.
    87 
    8886                #fresh water density (kg/m^3)
    8987                self.rho_freshwater=1000.
    90 
    9188                #water viscosity (N.s/m^2)
    92                 self.mu_water=0.001787
    93 
     89                self.mu_water=0.001787
    9490                #ice heat capacity cp (J/kg/K)
    9591                self.heatcapacity=2093.
    96 
    9792                #ice latent heat of fusion L (J/kg)
    9893                self.latentheat=3.34*10**5
    99 
    10094                #ice thermal conductivity (W/m/K)
    10195                self.thermalconductivity=2.4
    102                        
    10396                #wet ice thermal conductivity (W/m/K)
    10497                self.temperateiceconductivity=.24
    105 
    106                 #computation of effective conductivity
     98    #computation of effective conductivity
    10799                self.effectiveconductivity_averaging=1
    108        
    109100                #the melting point of ice at 1 atmosphere of pressure in K
    110101                self.meltingpoint=273.15
    111 
    112102                #rate of change of melting point with pressure (K/Pa)
    113103                self.beta=9.8*10**-8
    114 
    115104                #mixed layer (ice-water interface) heat capacity (J/kg/K)
    116105                self.mixed_layer_capacity=3974.
    117 
    118106                #thermal exchange velocity (ice-water interface) (m/s)
    119107                self.thermal_exchange_velocity=1.00*10**-4
    120 
    121108                #Rheology law: what is the temperature dependence of B with T
    122109                #available: none, paterson and arrhenius
    123110                self.rheology_law='Paterson'
    124 
    125111                # GIA:
    126112                self.lithosphere_shear_modulus  = 6.7*10**10  # (Pa)
    … …  
    128114                self.mantle_shear_modulus       = 1.45*10**11 # (Pa)
    129115                self.mantle_density             = 3.34      # (g/cm^-3)
    130 
    131116                #SLR
    132117                self.earth_density= 5512  # average density of the Earth, (kg/m^3)
    … …  
    134119                return self
    135120        #}}}
     121
    136122        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    137123                md = checkfield(md,'fieldname','materials.rho_ice','>',0)
    … …  
    150136                        md = checkfield(md,'fieldname','materials.mantle_shear_modulus','>',0,'numel',1)
    151137                        md = checkfield(md,'fieldname','materials.mantle_density','>',0,'numel',1)
     138
    152139                if 'SealevelriseAnalysis' in analyses:
    153140                        md = checkfield(md,'fieldname','materials.earth_density','>',0,'numel',1)
    … …  
    155142                return md
    156143        # }}}
     144
    157145        def marshall(self,prefix,md,fid):    # {{{
    158146                WriteData(fid,prefix,'name','md.materials.type','data',2,'format','Integer')
    … …  
    174162                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','rheology_Es','format','DoubleMat','mattype',1)
    175163                WriteData(fid,prefix,'data',self.rheology_law,'name','md.materials.rheology_law','format','String')
    176 
    177164                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','lithosphere_shear_modulus','format','Double')
    178165                WriteData(fid,prefix,'object',self,'class','materials','fieldname','lithosphere_density','format','Double','scale',10^3)

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/matice.py

    r23704 r23716  
    3030                self.rheology_law              = ''
    3131
    32                 #giaivins: 
     32                #giaivins:
    3333                self.lithosphere_shear_modulus  = 0.
    3434                self.lithosphere_density        = 0.
    3535                self.mantle_shear_modulus       = 0.
    36                 self.mantle_density             = 0. 
    37                
     36                self.mantle_density             = 0.
     37
    3838                #SLR
    39                 self.earth_density= 5512; 
    40 
    41 
     39                self.earth_density= 5512;
    4240
    4341                self.setdefaultparameters()
    4442                #}}}
     43
    4544        def __repr__(self): # {{{
    4645                string="   Materials:"
    … …  
    5352                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"thermalconductivity","ice thermal conductivity [W/m/K]"))
    5453                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"temperateiceconductivity","temperate ice thermal conductivity [W/m/K]"))
    55                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"effectiveconductivity_averaging","computation of effective conductivity: (0) arithmetic mean, (1) harmonic mean, (2) geometric mean (default)"))
     54                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"effectiveconductivity_averaging","computation of effectiveconductivity: (0) arithmetic mean, (1) harmonic mean, (2) geometric mean (default)"))
    5655                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"meltingpoint","melting point of ice at 1atm in K"))
    5756                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"latentheat","latent heat of fusion [J/m^3]"))
    … …  
    6766                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"mantle_density","Mantle density [g/cm^-3]"))
    6867                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"earth_density","Mantle density [kg/m^-3]"))
    69 
    70 
    7168                return string
    7269                #}}}
     70
    7371        def extrude(self,md): # {{{
    7472                self.rheology_B=project3d(md,'vector',self.rheology_B,'type','node')
    … …  
    7674                return self
    7775        #}}}
     76
    7877        def setdefaultparameters(self): # {{{
    7978                #ice density (kg/m^3)
    8079                self.rho_ice=917.
    81 
    8280                #ocean water density (kg/m^3)
    8381                self.rho_water=1023.
    84 
    8582                #fresh water density (kg/m^3)
    8683                self.rho_freshwater=1000.
    87 
    8884                #water viscosity (N.s/m^2)
    89                 self.mu_water=0.001787 
    90 
     85                self.mu_water=0.001787
    9186                #ice heat capacity cp (J/kg/K)
    9287                self.heatcapacity=2093.
    93 
    9488                #ice latent heat of fusion L (J/kg)
    9589                self.latentheat=3.34*10**5
    96 
    9790                #ice thermal conductivity (W/m/K)
    9891                self.thermalconductivity=2.4
    99 
     92    #computation of effective conductivity
     93                self.effectiveconductivity_averaging=1
    10094                #temperate ice thermal conductivity (W/m/K)
    10195                self.temperateiceconductivity=0.24
    102 
    103                 #computation of effective conductivity
    104                 self.effectiveconductivity_averaging=1
    105 
    10696                #the melting point of ice at 1 atmosphere of pressure in K
    10797                self.meltingpoint=273.15
    108 
    10998                #rate of change of melting point with pressure (K/Pa)
    11099                self.beta=9.8*10**-8
    111 
    112100                #mixed layer (ice-water interface) heat capacity (J/kg/K)
    113101                self.mixed_layer_capacity=3974.
    114 
    115102                #thermal exchange velocity (ice-water interface) (m/s)
    116103                self.thermal_exchange_velocity=1.00*10**-4
    117 
    118104                #Rheology law: what is the temperature dependence of B with T
    119105                #available: none, paterson and arrhenius
    … …  
    125111                self.mantle_shear_modulus       = 1.45*10**11 # (Pa)
    126112                self.mantle_density             = 3.34        # (g/cm^-3)
    127                
     113
    128114                #SLR
    129115                self.earth_density= 5512;  # average density of the Earth, (kg/m^3)
    130 
    131 
    132116                return self
    133117                #}}}
     118
    134119        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    135120                md = checkfield(md,'fieldname','materials.rho_ice','>',0)
    … …  
    140125                md = checkfield(md,'fieldname','materials.rheology_n','>',0,'size',[md.mesh.numberofelements])
    141126                md = checkfield(md,'fieldname','materials.rheology_law','values',['None','BuddJacka','Cuffey','CuffeyTemperate','Paterson','Arrhenius','LliboutryDuval'])
     127                md = checkfield(md,'fieldname','materials.effectiveconductivity_averaging','numel',[1],'values',[0,1,2])
    142128                md = checkfield(md,'fieldname','materials.lithosphere_shear_modulus','>',0,'numel',[1]);
    143129                md = checkfield(md,'fieldname','materials.lithosphere_density','>',0,'numel',[1]);
    … …  
    145131                md = checkfield(md,'fieldname','materials.mantle_density','>',0,'numel',[1]);
    146132                md = checkfield(md,'fieldname','materials.earth_density','>',0,'numel',[1]);
    147                 md = checkfield(md,'fieldname','materials.effectiveconductivity_averaging','numel',[1],'values',[0,1,2])
    148 
    149133                return md
    150134        # }}}
     135
    151136        def marshall(self,prefix,md,fid):    # {{{
    152137                WriteData(fid,prefix,'name','md.materials.type','data',3,'format','Integer');

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/mismipbasalforcings.py

    r22505 r23716  
    66
    77class mismipbasalforcings(object):
    8     """
    9     MISMIP Basal Forcings class definition
     8        """
     9        MISMIP Basal Forcings class definition
    1010
    11         Usage:
    12             mismipbasalforcings=mismipbasalforcings()
    13     """
     11        Usage:
     12        mismipbasalforcings=mismipbasalforcings()
     13        """
    1414
    15     def __init__(self): # {{{
     15        def __init__(self): # {{{
     16                self.groundedice_melting_rate = float('NaN')
     17                self.meltrate_factor = float('NaN')
     18                self.threshold_thickness = float('NaN')
     19                self.upperdepth_melt = float('NaN')
     20                self.geothermalflux = float('NaN')
     21                self.setdefaultparameters()
    1622
    17         self.groundedice_melting_rate = float('NaN')
    18         self.meltrate_factor = float('NaN')
    19         self.threshold_thickness = float('NaN')
    20         self.upperdepth_melt = float('NaN')
    21         self.geothermalflux = float('NaN')
     23                #}}}
     24        def __repr__(self): # {{{
     25                string=" MISMIP+ basal melt parameterization\n"
     26                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"groundedice_melting_rate","basal melting rate (positive if melting) [m/yr]"))
     27                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"meltrate_factor","Melt-rate rate factor [1/yr] (sign is opposite to MISMIP+ benchmark to remain consistent with ISSM convention of positive values for melting)"))
     28                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"threshold_thickness","Threshold thickness for saturation of basal melting [m]"))
     29                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"upperdepth_melt","Depth above which melt rate is zero [m]"))
     30                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"geothermalflux","Geothermal heat flux [W/m^2]"))
     31                return string
     32        #}}}
     33        def extrude(self,md): # {{{
     34                self.groundedice_melting_rate=project3d(md,'vector',self.groundedice_melting_rate,'type','node','layer',1)
     35                self.geothermalflux=project3d(md,'vector',self.geothermalflux,'type','node','layer',1)    #bedrock only gets geothermal flux
     36                return self
     37        #}}}
     38        def initialize(self,md): # {{{
     39                if np.all(np.isnan(self.groundedice_melting_rate)):
     40                        self.groundedice_melting_rate=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
     41                        print(' no basalforcings.groundedice_melting_rate specified: values set as zero')
     42                if np.all(np.isnan(self.geothermalflux)):
     43                        self.geothermalflux=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
     44                        print("      no basalforcings.geothermalflux specified: values set as zero")
     45                return self
     46        #}}}
     47        def setdefaultparameters(self): # {{{
     48                # default values for melting parameterization
     49                self.meltrate_factor = 0.2
     50                self.threshold_thickness = 75.
     51                self.upperdepth_melt = -100.
     52                return self
     53        #}}}
     54        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
     55                #Early return
     56                if 'MasstransportAnalysis' in analyses and not (solution=='TransientSolution' and md.transient.ismasstransport==0):
     57                        md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.groundedice_melting_rate','NaN',1,'Inf',1,'timeseries',1)
     58                        md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.meltrate_factor','>=',0,'numel',[1])
     59                        md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.threshold_thickness','>=',0,'numel',[1])
     60                        md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.upperdepth_melt','<=',0,'numel',[1])
    2261
    23         self.setdefaultparameters()
     62                if 'BalancethicknessAnalysis' in analyses:
     63                        md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.groundedice_melting_rate','NaN',1,'Inf',1,'size',[md.mesh.numberofvertices])
     64                        md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.meltrate_factor','>=',0,'numel',[1])
     65                        md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.threshold_thickness','>=',0,'numel',[1])
     66                        md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.upperdepth_melt','<=',0,'numel',[1])
    2467
    25     #}}}
    26     def __repr__(self): # {{{
    27         string=" MISMIP+ basal melt parameterization\n"
    28         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"groundedice_melting_rate","basal melting rate (positive if melting) [m/yr]"))
    29         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"meltrate_factor","Melt-rate rate factor [1/yr] (sign is opposite to MISMIP+ benchmark to remain consistent with ISSM convention of positive values for melting)"))
    30         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"threshold_thickness","Threshold thickness for saturation of basal melting [m]"))
    31         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"upperdepth_melt","Depth above which melt rate is zero [m]"))
    32         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"geothermalflux","Geothermal heat flux [W/m^2]"))
    33         return string
    34     #}}}
    35     def extrude(self,md): # {{{
    36         self.groundedice_melting_rate=project3d(md,'vector',self.groundedice_melting_rate,'type','node','layer',1)
    37         self.geothermalflux=project3d(md,'vector',self.geothermalflux,'type','node','layer',1)    #bedrock only gets geothermal flux
    38         return self
    39     #}}}
    40     def initialize(self,md): # {{{
    41         if np.all(np.isnan(self.groundedice_melting_rate)):
    42             self.groundedice_melting_rate=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    43             print ' no basalforcings.groundedice_melting_rate specified: values set as zero'
    44         if np.all(np.isnan(self.geothermalflux)):
    45                         self.geothermalflux=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    46                         print "      no basalforcings.geothermalflux specified: values set as zero"
    47         return self
    48     #}}}
    49     def setdefaultparameters(self): # {{{
    50         # default values for melting parameterization
    51         self.meltrate_factor = 0.2
    52         self.threshold_thickness = 75.
    53         self.upperdepth_melt = -100.
    54         return self
    55     #}}}
    56     def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
     68                if 'ThermalAnalysis' in analyses and not (solution=='TransientSolution' and md.transient.isthermal==0):
     69                        md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.groundedice_melting_rate','NaN',1,'Inf',1,'timeseries',1)
     70                        md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.meltrate_factor','>=',0,'numel',[1])
     71                        md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.threshold_thickness','>=',0,'numel',[1])
     72                        md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.upperdepth_melt','<=',0,'numel',[1])
     73                        md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.geothermalflux','NaN',1,'Inf',1,'timeseries',1,'>=',0)
     74                return md
     75        # }}}
     76        def marshall(self,prefix,md,fid):    # {{{
     77                yts=md.constants.yts
     78                if yts!=365.2422*24.*3600.:
     79                        print('WARNING: value of yts for MISMIP+ runs different from ISSM default!')
    5780
    58         #Early return
    59         if 'MasstransportAnalysis' in analyses and not (solution=='TransientSolution' and md.transient.ismasstransport==0):
    60 
    61             md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.groundedice_melting_rate','NaN',1,'Inf',1,'timeseries',1)
    62             md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.meltrate_factor','>=',0,'numel',[1])
    63             md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.threshold_thickness','>=',0,'numel',[1])
    64             md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.upperdepth_melt','<=',0,'numel',[1])
    65 
    66         if 'BalancethicknessAnalysis' in analyses:
    67 
    68             md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.groundedice_melting_rate','NaN',1,'Inf',1,'size',[md.mesh.numberofvertices])
    69             md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.meltrate_factor','>=',0,'numel',[1])
    70             md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.threshold_thickness','>=',0,'numel',[1])
    71             md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.upperdepth_melt','<=',0,'numel',[1])
    72 
    73         if 'ThermalAnalysis' in analyses and not (solution=='TransientSolution' and md.transient.isthermal==0):
    74 
    75             md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.groundedice_melting_rate','NaN',1,'Inf',1,'timeseries',1)
    76             md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.meltrate_factor','>=',0,'numel',[1])
    77             md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.threshold_thickness','>=',0,'numel',[1])
    78             md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.upperdepth_melt','<=',0,'numel',[1])
    79             md = checkfield(md,'fieldname','basalforcings.geothermalflux','NaN',1,'Inf',1,'timeseries',1,'>=',0)
    80         return md
     81                WriteData(fid,prefix,'name','md.basalforcings.model','data',3,'format','Integer')
     82                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','groundedice_melting_rate','format','DoubleMat','name','md.basalforcings.groundedice_melting_rate','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1,'yts',md.constants.yts)
     83                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','geothermalflux','name','md.basalforcings.geothermalflux','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1,'yts',md.constants.yts)
     84                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','meltrate_factor','format','Double','scale',1./yts)
     85                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','threshold_thickness','format','Double')
     86                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','upperdepth_melt','format','Double')
    8187    # }}}
    82     def marshall(self,prefix,md,fid):    # {{{
    83 
    84         yts=md.constants.yts
    85         if yts!=365.2422*24.*3600.:
    86             print 'WARNING: value of yts for MISMIP+ runs different from ISSM default!'
    87 
    88         WriteData(fid,prefix,'name','md.basalforcings.model','data',3,'format','Integer')
    89         WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','groundedice_melting_rate','format','DoubleMat','name','md.basalforcings.groundedice_melting_rate','mattype',1,'scale',1./yts,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1,'yts',md.constants.yts)
    90         WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','geothermalflux','name','md.basalforcings.geothermalflux','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1,'yts',md.constants.yts)
    91         WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','meltrate_factor','format','Double','scale',1./yts)
    92         WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','threshold_thickness','format','Double')
    93         WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','upperdepth_melt','format','Double')
    94 
    95     # }}}

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/model.py

    r23664 r23716  
    8181                #       self.__dict__[classe] = classtype[str(classe)]
    8282
    83                 self.mesh             = mesh2d()
    84                 self.mask             = mask()
    85                 self.geometry         = geometry()
    86                 self.constants        = constants()
    87                 self.smb              = SMBforcing()
    88                 self.basalforcings    = basalforcings()
    89                 self.materials        = matice()
    90                 self.damage           = damage()
    91                 self.friction         = friction()
    92                 self.flowequation     = flowequation()
    93                 self.timestepping     = timestepping()
    94                 self.initialization   = initialization()
    95                 self.rifts            = rifts()
    96                 self.slr              = slr()
    97 
    98                 self.debug            = debug()
    99                 self.verbose          = verbose()
    100                 self.settings         = issmsettings()
    101                 self.toolkits         = toolkits()
    102                 self.cluster          = generic()
     83                self.mesh           = mesh2d()
     84                self.mask           = mask()
     85                self.geometry       = geometry()
     86                self.constants      = constants()
     87                self.smb            = SMBforcing()
     88                self.basalforcings  = basalforcings()
     89                self.materials      = matice()
     90                self.damage         = damage()
     91                self.friction       = friction()
     92                self.flowequation   = flowequation()
     93                self.timestepping   = timestepping()
     94                self.initialization = initialization()
     95                self.rifts          = rifts()
     96                self.slr            = slr()
     97
     98                self.debug    = debug()
     99                self.verbose  = verbose()
     100                self.settings = issmsettings()
     101                self.toolkits = toolkits()
     102                self.cluster  = generic()
    103103
    104104                self.balancethickness = balancethickness()
    … …  
    112112                self.levelset         = levelset()
    113113                self.calving          = calving()
    114                 self.frontalforcings  = frontalforcings()
    115                 self.gia              = giaivins()
    116                 self.love             = fourierlove()
    117                 self.esa              = esa()
    118                 self.autodiff         = autodiff()
    119                 self.inversion        = inversion()
    120                 self.qmu              = qmu()
    121                 self.amr              = amr()
     114                self.frontalforcings  = frontalforcings()
     115                self.gia              = giaivins()
     116                self.love                                                       = fourierlove()
     117                self.esa                                                        = esa()
     118                self.autodiff                                   = autodiff()
     119                self.inversion                          = inversion()
     120                self.qmu                                                        = qmu()
     121                self.amr                                                        = amr()
    122122
    123123                self.results          = results()
    … …  
    129129        def properties(self):    # {{{
    130130                # ordered list of properties since vars(self) is random
    131                 return ['mesh',
     131                return ['mesh',
    132132                        'mask',
    133133                        'geometry',
    … …  
    158158                        'levelset',
    159159                        'calving',
    160                         'frontalforcings',
    161                         'love',
    162                         'gia',
    163                         'esa',
     160                                                'frontalforcings',
     161                                                'love',
     162                                                'gia',
     163                                                'esa',
    164164                        'autodiff',
    165165                        'inversion',
    … …  
    218218        # }}}
    219219        def checkmessage(self,string):    # {{{
    220                 print "model not consistent: ", string
     220                print(("model not consistent: ", string))
    221221                self.private.isconsistent=False
    222222                return self
    … …  
    399399                #Penalties
    400400                if np.any(np.logical_not(np.isnan(md2.stressbalance.vertex_pairing))):
    401                         for i in xrange(np.size(md1.stressbalance.vertex_pairing,axis=0)):
     401                        for i in range(np.size(md1.stressbalance.vertex_pairing,axis=0)):
    402402                                md2.stressbalance.vertex_pairing[i,:]=Pnode[md1.stressbalance.vertex_pairing[i,:]]
    403403                        md2.stressbalance.vertex_pairing=md2.stressbalance.vertex_pairing[np.nonzero(md2.stressbalance.vertex_pairing[:,0])[0],:]
    404404                if np.any(np.logical_not(np.isnan(md2.masstransport.vertex_pairing))):
    405                         for i in xrange(np.size(md1.masstransport.vertex_pairing,axis=0)):
     405                        for i in range(np.size(md1.masstransport.vertex_pairing,axis=0)):
    406406                                md2.masstransport.vertex_pairing[i,:]=Pnode[md1.masstransport.vertex_pairing[i,:]]
    407407                        md2.masstransport.vertex_pairing=md2.masstransport.vertex_pairing[np.nonzero(md2.masstransport.vertex_pairing[:,0])[0],:]
    … …  
    419419                        md2.mesh.elementconnectivity=ElementConnectivity(md2.mesh.elements2d,md2.mesh.vertexconnectivity)[0]
    420420                        segments=contourenvelope(md2)
    421                         md2.mesh.vertexonboundary=np.zeros(numberofvertices2/md2.mesh.numberoflayers,bool)
     421                        md2.mesh.vertexonboundary=np.zeros(int(numberofvertices2/md2.mesh.numberoflayers),bool)
    422422                        md2.mesh.vertexonboundary[segments[:,0:2]-1]=True
    423423                        md2.mesh.vertexonboundary=np.tile(md2.mesh.vertexonboundary,md2.mesh.numberoflayers)
    … …  
    440440                                md2.stressbalance.spcvx[nodestoflag2]=np.nan
    441441                                md2.stressbalance.spcvy[nodestoflag2]=np.nan
    442                                 print "\n!! extract warning: spc values should be checked !!\n\n"
     442                                print("\n!! extract warning: spc values should be checked !!\n\n")
    443443                        #put 0 for vz
    444444                        md2.stressbalance.spcvz[nodestoflag2]=0
    … …  
    449449                if md1.results:
    450450                        md2.results=results()
    451                         for solutionfield,field in md1.results.__dict__.iteritems():
     451                        for solutionfield,field in list(md1.results.__dict__.items()):
    452452                                if   isinstance(field,list):
    453453                                        setattr(md2.results,solutionfield,[])
    … …  
    458458                                                        fieldr=getattr(md2.results,solutionfield)[i]
    459459                                                        #get subfields
    460                                                         for solutionsubfield,subfield in fieldi.__dict__.iteritems():
     460                                                        for solutionsubfield,subfield in list(fieldi.__dict__.items()):
    461461                                                                if   np.size(subfield)==numberofvertices1:
    462462                                                                        setattr(fieldr,solutionsubfield,subfield[pos_node])
    … …  
    472472                                                fieldr=getattr(md2.results,solutionfield)
    473473                                                #get subfields
    474                                                 for solutionsubfield,subfield in field.__dict__.iteritems():
     474                                                for solutionsubfield,subfield in list(field.__dict__.items()):
    475475                                                        if   np.size(subfield)==numberofvertices1:
    476476                                                                setattr(fieldr,solutionsubfield,subfield[pos_node])
    … …  
    482482                #OutputDefinitions fields
    483483                if md1.outputdefinition.definitions:
    484                         for solutionfield,field in md1.outputdefinition.__dict__.iteritems():
     484                        for solutionfield,field in list(md1.outputdefinition.__dict__.items()):
    485485                                if isinstance(field,list):
    486486                                        #get each definition
    … …  
    489489                                                        fieldr=getattr(md2.outputdefinition,solutionfield)[i]
    490490                                                        #get subfields
    491                                                         for solutionsubfield,subfield in fieldi.__dict__.iteritems():
     491                                                        for solutionsubfield,subfield in list(fieldi.__dict__.items()):
    492492                                                                if   np.size(subfield)==numberofvertices1:
    493493                                                                        setattr(fieldr,solutionsubfield,subfield[pos_node])
    … …  
    593593
    594594                #Create the new layers
    595                 for i in xrange(numlayers):
     595                for i in range(numlayers):
    596596                        x3d=np.concatenate((x3d,md.mesh.x))
    597597                        y3d=np.concatenate((y3d,md.mesh.y))
    … …  
    602602                #Extrude elements
    603603                elements3d=np.empty((0,6),int)
    604                 for i in xrange(numlayers-1):
     604                for i in range(numlayers-1):
    605605                        elements3d=np.vstack((elements3d,np.hstack((md.mesh.elements+i*md.mesh.numberofvertices,md.mesh.elements+(i+1)*md.mesh.numberofvertices))))    #Create the elements of the 3d mesh for the non extruded part
    606606                number_el3d=np.size(elements3d,axis=0)    #number of 3d nodes for the non extruded part of the mesh
    … …  
    669669                #connectivity
    670670                md.mesh.elementconnectivity=np.tile(md.mesh.elementconnectivity,(numlayers-1,1))
    671                 md.mesh.elementconnectivity[np.nonzero(md.mesh.elementconnectivity==0)]=-sys.maxint-1
     671                md.mesh.elementconnectivity[np.nonzero(md.mesh.elementconnectivity==0)]=-sys.maxsize-1
    672672                if not np.isnan(md.mesh.elementconnectivity).all():
    673                         for i in xrange(1,numlayers-1):
     673                        for i in range(1,numlayers-1):
    674674                                md.mesh.elementconnectivity[i*md.mesh.numberofelements2d:(i+1)*md.mesh.numberofelements2d,:] \
    675675                                                =md.mesh.elementconnectivity[i*md.mesh.numberofelements2d:(i+1)*md.mesh.numberofelements2d,:]+md.mesh.numberofelements2d
    … …  
    704704                #Check that the model is really a 3d model
    705705                if md.mesh.domaintype().lower() != '3d':
    706                         raise StandardError("only a 3D model can be collapsed")
     706                        raise Exception("only a 3D model can be collapsed")
    707707
    708708                #dealing with the friction law
    … …  
    783783
    784784                # Hydrologydc variables
    785                 hydrofields=md.hydrology.__dict__.keys()
    786                 for field in hydrofields:
    787                         try:
    788                                 isvector=np.logical_or(np.shape(md.hydrology.__dict__[field])[0]==md.mesh.numberofelements,
    789                                                                                                                          np.shape(md.hydrology.__dict__[field])[0]==md.mesh.numberofvertices)
    790                         except IndexError:
    791                                 isvector=False
    792                         #we colpase only fields that are vertices or element based
    793                         if isvector:
    794                                 md.hydrology.__dict__[field]=project2d(md,md.hydrology.__dict__[field],1)
     785                if type(md.hydrology) is 'hydrologydc':
     786                        md.hydrology.spcsediment_head=project2d(md,md.hydrology.spcsediment_head,1)
     787                        md.hydrology.sediment_transmitivity=project2d(md,md.hydrology.sediment_transmitivity,1)
     788                        md.hydrology.basal_moulin_input=project2d(md,md.hydrology.basal_moulin_input,1)
     789                        md.hydrology.mask_thawed_node=project2d(md,md.hydrology.mask_thawed_node,1)
     790                        if md.hydrology.isefficientlayer == 1:
     791                                md.hydrology.mask_eplactive_node=project2d(md,md.hydrology.mask_eplactive_node,1)
     792                                md.hydrology.spcepl_head=project2d(md,md.hydrology.spcepl_head,1)
    795793
    796794                #boundary conditions
    … …  
    836834                #OutputDefinitions
    837835                if md.outputdefinition.definitions:
    838                         for solutionfield,field in md.outputdefinition.__dict__.iteritems():
     836                        for solutionfield,field in list(md.outputdefinition.__dict__.items()):
    839837                                if isinstance(field,list):
    840838                                        #get each definition
    … …  
    843841                                                        fieldr=getattr(md.outputdefinition,solutionfield)[i]
    844842                                                        #get subfields
    845                                                         for solutionsubfield,subfield in fieldi.__dict__.iteritems():
     843                                                        for solutionsubfield,subfield in list(fieldi.__dict__.items()):
    846844                                                                if   np.size(subfield)==md.mesh.numberofvertices:
    847845                                                                        setattr(fieldr,solutionsubfield,project2d(md,subfield,1))

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/organizer.py

    r20689 r23716  
    66from savevars import savevars
    77from model import model
    8 from whichdb import whichdb
     8from dbm.ndbm import whichdb
    99import MatlabFuncs as m
    1010
    … …  
    3939                #Get prefix
    4040                prefix=options.getfieldvalue('prefix','model.')
    41                 if not isinstance(prefix,(str,unicode)):
     41                if not isinstance(prefix,str):
    4242                        raise TypeError("prefix is not a string")
    4343                if not m.strcmp(prefix,prefix.strip()) or len(prefix.split()) > 1:
    … …  
    4747                #Get repository
    4848                repository=options.getfieldvalue('repository','./')
    49                 if not isinstance(repository,(str,unicode)):
     49                if not isinstance(repository,str):
    5050                        raise TypeError("repository is not a string")
    5151                if not os.path.isdir(repository):
    … …  
    5959                if options.exist('trunkprefix'):
    6060                        trunkprefix=options.getfieldvalue('trunkprefix','')
    61                         if not isinstance(trunkprefix,(str,unicode)):
     61                        if not isinstance(trunkprefix,str):
    6262                                raise TypeError("trunkprefix is not a string")
    6363                        if not m.strcmp(trunkprefix,trunkprefix.strip()) or len(trunkprefix.split()) > 1:
    … …  
    7979
    8080                #Get model path
    81                 if not isinstance(string,(str,unicode)):
     81                if not isinstance(string,str):
    8282                        raise TypeError("argument provided is not a string")
    8383                path=os.path.join(self.repository,self.prefix+string)
    … …  
    8686                if os.path.exists(path):
    8787                        struc=loadvars(path)
    88                         name=name=[key for key in struc.iterkeys()]
     88                        name=name=[key for key in list(struc.keys())]
    8989                        md=struc.name[0]
    9090                else:
    … …  
    9696
    9797                #Get model path
    98                 if not isinstance(string,(str,unicode)):
     98                if not isinstance(string,str):
    9999                        raise TypeError("argument provided is not a string")
    100100                path1=os.path.join(self.repository,self.prefix+string+'.python')
    … …  
    115115                                raise IOError("Could find neither '%s' nor '%s'" % (path,path2))
    116116                        else:
    117                                 print "--> Branching '%s' from trunk '%s'" % (self.prefix,self.trunkprefix)
     117                                print(("--> Branching '%s' from trunk '%s'" % (self.prefix,self.trunkprefix)))
    118118                                md=loadmodel(path2)
    119119                                return md
    … …  
    126126
    127127                #Some checks
    128                 if not isinstance(string,(str,unicode)):
     128                if not isinstance(string,str):
    129129                        raise TypeError("Step provided should be a string")
    130130                if not m.strcmp(string,string.strip()) or len(string.split()) > 1:
    … …  
    142142                if 0 in self.requestedsteps:
    143143                        if self._currentstep==1:
    144                                 print "   prefix: %s" % self.prefix
    145                         print "   step #%i : %s" % (self.steps[self._currentstep-1]['id'],self.steps[self._currentstep-1]['string'])
     144                                print(("   prefix: %s" % self.prefix))
     145                        print(("   step #%i : %s" % (self.steps[self._currentstep-1]['id'],self.steps[self._currentstep-1]['string'])))
    146146
    147147                #Ok, now if _currentstep is a member of steps, return true
    148148                if self._currentstep in self.requestedsteps:
    149                         print "\n   step #%i : %s\n" % (self.steps[self._currentstep-1]['id'],self.steps[self._currentstep-1]['string'])
     149                        print(("\n   step #%i : %s\n" % (self.steps[self._currentstep-1]['id'],self.steps[self._currentstep-1]['string'])))
    150150                        bool=True
    151151
    … …  
    167167                else:
    168168                        name=os.path.join(self.repository,name)
    169                 print "saving model as: '%s'" % name
     169                print(("saving model as: '%s'" % name))
    170170
    171171                #check that md is a model

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/pairoptions.py

    r20919 r23716  
    55        """
    66        PAIROPTIONS class definition
    7  
     7
    88           Usage:
    99              pairoptions=pairoptions();
    … …  
    2727        # }}}
    2828        def __repr__(self):    # {{{
    29                 s="   functionname: '%s'\n" % self.functionname
     29                s="   functionname: '{}'\n".format(self.functionname)
    3030                if self.list:
    31                         s+="   list: (%ix%i)\n\n" % (len(self.list),2)
    32                         for item in self.list.iteritems():
    33                                 if   isinstance(item[1],(str,unicode)):
    34                                         s+="     field: %-10s value: '%s'\n" % (item[0],item[1])
    35                                 elif isinstance(item[1],(bool,int,long,float)):
    36                                         s+="     field: %-10s value: %g\n" % (item[0],item[1])
    37                                 else:
    38                                         s+="     field: %-10s value: %s\n" % (item[0],type(item[1]))
     31                        s+="   list: ({}x{}) \n\n".format(len(self.list),2)
     32                        for item in list(self.list.items()):
     33                                #if   isinstance(item[1],str):
     34                                s+="     field: {} value: '{}'\n".format((item[0],item[1]))
     35                                # elif isinstance(item[1],(bool,int,float)):
     36                                #       s+="     field: %-10s value: %g\n" % (item[0],item[1])
     37                                # else:
     38                                #       s+="     field: %-10s value: %s\n" % (item[0],type(item[1]))
    3939                else:
    4040                        s+="   list: empty\n"
    … …  
    4646                #check length of input
    4747                if len(arg) % 2:
    48                         raise TypeError('Invalid parameter/value pair arguments') 
    49                 numoptions = len(arg)/2
     48                        raise TypeError('Invalid parameter/value pair arguments')
     49                numoptions = int(len(arg)/2)
    5050
    5151                #go through arg and build list of objects
    52                 for i in xrange(numoptions):
    53                         if isinstance(arg[2*i],(str,unicode)):
     52                for i in range(numoptions):
     53                        if isinstance(arg[2*i],str):
    5454                                self.list[arg[2*i]] = arg[2*i+1];
    5555                        else:
    5656                                #option is not a string, ignore it
    57                                 print "WARNING: option number %d is not a string and will be ignored." % (i+1)
     57                                print(("WARNING: option number {} is not a string and will be ignored.".format(i+1)))
    5858        # }}}
    5959        def addfield(self,field,value):    # {{{
    6060                """ADDFIELD - add a field to an options list"""
    61                 if isinstance(field,(str,unicode)):
     61                if isinstance(field,str):
    6262                        if field in self.list:
    63                                 print "WARNING: field '%s' with value=%s exists and will be overwritten with value=%s." % (field,str(self.list[field]),str(value))
     63                                print(("WARNING: field '{}' with value={} exists and will be overwritten with value={}.".format(field,str(self.list[field]),str(value))))
    6464                        self.list[field] = value
    6565        # }}}
    6666        def addfielddefault(self,field,value):    # {{{
    6767                """ADDFIELDDEFAULT - add a field to an options list if it does not already exist"""
    68                 if isinstance(field,(str,unicode)):
     68                if isinstance(field,str):
    6969                        if field not in self.list:
    7070                                self.list[field] = value
    … …  
    7272        def AssignObjectFields(self,obj2):    # {{{
    7373                """ASSIGNOBJECTFIELDS - assign object fields from options"""
    74                 for item in self.list.iteritems():
     74                for item in list(self.list.items()):
    7575                        if item[0] in dir(obj2):
    7676                                setattr(obj2,item[0],item[1])
    7777                        else:
    78                                 print "WARNING: field '%s' is not a property of '%s'." % (item[0],type(obj2))
     78                                print(("WARNING: field '%s' is not a property of '%s'." % (item[0],type(obj2))))
    7979                return obj2
    8080        # }}}
    … …  
    8787                """EXIST - check if the option exist"""
    8888
    89                 #some argument checking: 
     89                #some argument checking:
    9090                if field == None or field == '':
    9191                        raise ValueError('exist error message: bad usage');
    92                 if not isinstance(field,(str,unicode)):
     92                if not isinstance(field,str):
    9393                        raise TypeError("exist error message: field '%s' should be a string." % str(field));
    9494
    … …  
    102102                """
    103103                GETOPTION - get the value of an option
    104        
     104
    105105                Usage:
    106106                   value=options.getfieldvalue(field,default)
    107          
     107
    108108                Find an option value from a field. A default option
    109109                can be given in input if the field does not exist
    110          
     110
    111111                Examples:
    112112                   value=options.getfieldvalue(options,'caxis')
    … …  
    114114                """
    115115
    116                 #some argument checking: 
     116                #some argument checking:
    117117                if field == None or field == '':
    118118                        raise ValueError('getfieldvalue error message: bad usage');
    119                 if not isinstance(field,(str,unicode)):
     119                if not isinstance(field,str):
    120120                        raise TypeError("getfieldvalue error message: field '%s' should be a string." % str(field));
    121121
    … …  
    134134                """
    135135                REMOVEFIELD - delete a field in an option list
    136          
     136
    137137                Usage:
    138138                   obj=removefield(self,field,warn)
    139          
     139
    140140                if warn==1 display an info message to warn user that
    141141                some of his options have been removed.
    … …  
    150150                        #warn user if requested
    151151                        if warn:
    152                                 print "removefield info: option '%s' has been removed from the list of options." % field
     152                                print(("removefield info: option '%s' has been removed from the list of options." % field))
    153153        # }}}
    154154        def marshall(self,md,fid,firstindex):    # {{{
    155155
    156                 for i,item in enumerate(self.list.iteritems()):
     156                for i,item in enumerate(self.list.items()):
    157157                        name  = item[0]
    158158                        value = item[1]

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/plotoptions.py

    r23563 r23716  
    2323                if self.list:
    2424                        s+="    list: (%ix%i)\n" % (len(self.list),2)
    25                         for item in self.list.iteritems():
     25                        for item in list(self.list.items()):
    2626                                #s+="   options of plot number %i\n" % item
    27                                 if   isinstance(item[1],(str,unicode)):
     27                                if   isinstance(item[1],str):
    2828                                        s+="    field: %-10s value: '%s'\n" % (item[0],item[1])
    29                                 elif isinstance(item[1],(bool,int,long,float)):
     29                                elif isinstance(item[1],(bool,int,float)):
    3030                                        s+="    field: %-10s value: '%g'\n" % (item[0],item[1])
    3131                                else:
    … …  
    4242                #go through args and build list (like pairoptions)
    4343                rawoptions=pairoptions.pairoptions(*arg)
    44                 numoptions=len(arg)/2
     44                numoptions=int(len(arg)/2)
    4545                rawlist=[] # cannot be a dict since they do not support duplicate keys
    4646
    47                 for i in xrange(numoptions):
    48                         if isinstance(arg[2*i],(str,unicode)):
     47                for i in range(numoptions):
     48                        if isinstance(arg[2*i],str):
    4949                                rawlist.append([arg[2*i],arg[2*i+1]])
    5050                        else:
    5151                                #option is not a string, ignore it
    52                                 print "WARNING: option number %d is not a string and will be ignored." % (i+1)
     52                                print(("WARNING: option number %d is not a string and will be ignored." % (i+1)))
    5353
    5454                #get figure number
    … …  
    6868                #initialize self.list (will need a list of dict's (or nested dict) for numberofplots>1)
    6969                #self.list=defaultdict(dict)
    70                 for i in xrange(numberofplots):
     70                for i in range(numberofplots):
    7171                        self.list[i]=pairoptions.pairoptions()
    7272
    7373                #process plot options
    74                 for i in xrange(len(rawlist)):
     74                for i in range(len(rawlist)):
    7575
    7676                        #if alloptions flag is on, apply to all plots
    7777                        if (allflag and 'data' not in rawlist[i][0] and '#' not in rawlist[i][0]):
    7878
    79                                 for j in xrange(numberofplots):
     79                                for j in range(numberofplots):
    8080                                        self.list[j].addfield(rawlist[i][0],rawlist[i][1])
    8181
    … …  
    8888
    8989                                #loop over plotnums
    90                                 for k in xrange(len(plotnums)):
     90                                for k in range(len(plotnums)):
    9191                                        plotnum=plotnums[k]
    9292
    … …  
    9696                                        # '#all'
    9797                                        elif 'all' in plotnum:
    98                                                 for j in xrange(numberofplots):
     98                                                for j in range(numberofplots):
    9999                                                        self.list[j].addfield(field,rawlist[i][1])
    100100
    … …  
    105105                                                if False in [x.isdigit() for x in nums]:
    106106                                                        raise ValueError('error: in option i-j both i and j must be integers')
    107                                                 for j in xrange(int(nums[0])-1,int(nums[1])):
     107                                                for j in range(int(nums[0])-1,int(nums[1])):
    108108                                                        self.list[j].addfield(field,rawlist[i][1])
    109109
    … …  
    125125                                                j=j+1
    126126                                if j+1>numberofplots:
    127                                         print "WARNING: too many instances of '%s' in options" % rawlist[i][0]
     127                                        print(("WARNING: too many instances of '%s' in options" % rawlist[i][0]))
    128128        #}}}

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/plumebasalforcings.py

    r22267 r23716  
    3232
    3333        def __repr__(self): # {{{
    34                 print '   mantle plume basal melt parameterization:'
     34                print('   mantle plume basal melt parameterization:')
    3535
    3636                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'groundedice_melting_rate','basal melting rate (positive if melting) [m/yr]'))
    … …  
    5555                if np.all(np.isnan(self.groundedice_melting_rate)):
    5656                        self.groundedice_melting_rate=np.zeros((md.mesh.numberofvertices,))
    57                         print '      no basalforcings.groundedice_melting_rate specified: values set as zero'
     57                        print('      no basalforcings.groundedice_melting_rate specified: values set as zero')
    5858                if np.all(np.isnan(self.floatingice_melting_rate)):
    5959                        self.floatingice_melting_rate=np.zeros((md.mesh.numberofvertices,))
    60                         print '      no basalforcings.floatingice_melting_rate specified: values set as zero'
     60                        print('      no basalforcings.floatingice_melting_rate specified: values set as zero')
    6161                return
    6262        #}}}

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/qmu.py

    r23433 r23716  
    8080                        params = np.hstack(np.atleast_1d(np.array(self.params)))
    8181                for param in params:
    82                         print type(param)
    83                         print param
     82                        print(type(param))
     83                        print(param)
    8484                        s+="         params:  (array of method-independent parameters)\n"
    8585                        fnames=vars(param)

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/qmu/@dakota_method/dakota_method.py

    r23095 r23716  
    5454                #properites
    5555                self.params   =struct()
    56        
     56
    5757        @staticmethod
    5858        def dakota_method(*args):
    59 
    6059                dm = dakota_method()
    61 
    6260                #  return a default object
    6361                if len(args) == 0:
    … …  
    7270                                #dm=method
    7371                                object=method
    74                                 for field in object.iterkeys():
     72                                for field in object.keys():
    7573                                        if field in vars(dm):
    7674                                                setattr(dm,field,object[field])
    … …  
    7977                        #given argument was a way of constructing a method
    8078                        else:
    81                                 mlist=[
    82                                     'dot_bfgs',
    83                                     'dot_frcg',
    84                                     'dot_mmfd',
    85                                     'dot_slp',
    86                                     'dot_sqp',
    87                                     'npsol_sqp',
    88                                     'conmin_frcg',
    89                                     'conmin_mfd',
    90                                     'optpp_cg',
    91                                     'optpp_q_newton',
    92                                     'optpp_fd_newton',
    93                                     'optpp_newton',
    94                                     'optpp_pds',
    95                                     'asynch_pattern_search',
    96                                     'coliny_cobyla',
    97                                     'coliny_direct',
    98                                     'coliny_ea',
    99                                     'coliny_pattern_search',
    100                                     'coliny_solis_wets',
    101                                     'ncsu_direct',
    102                                     'surrogate_based_local',
    103                                     'surrogate_based_global',
    104                                     'moga',
    105                                     'soga',
    106                                     'nl2sol',
    107                                     'nlssol_sqp',
    108                                     'optpp_g_newton',
    109                                     'nond_sampling',
    110                                     'nond_local_reliability',
    111                                     'nond_global_reliability',
    112                                     'nond_polynomial_chaos',
    113                                     'nond_stoch_collocation',
    114                                     'nond_evidence',
    115                                     'dace',
    116                                     'fsu_quasi_mc',
    117                                     'fsu_cvt',
    118                                     'vector_parameter_study',
    119                                     'list_parameter_study',
    120                                     'centered_parameter_study',
    121                                     'multidim_parameter_study',
    122                                     'bayes_calibration']
    123 
    124                                 mlist2=[]
     79                                mlist=['dot_bfgs',
     80                                                         'dot_frcg',
     81                                                         'dot_mmfd',
     82                                                         'dot_slp',
     83                                                         'dot_sqp',
     84                                                         'npsol_sqp',
     85                                                         'conmin_frcg',
     86                                                         'conmin_mfd',
     87                                                         'optpp_cg',
     88                                                         'optpp_q_newton',
     89                                                         'optpp_fd_newton',
     90                                                         'optpp_newton',
     91                                                         'optpp_pds',
     92                                                         'asynch_pattern_search',
     93                                                         'coliny_cobyla',
     94                                                         'coliny_direct',
     95                                                         'coliny_ea',
     96                                                         'coliny_pattern_search',
     97                                                         'coliny_solis_wets',
     98                                                         'ncsu_direct',
     99                                                         'surrogate_based_local',
     100                                                         'surrogate_based_global',
     101                                                         'moga',
     102                                                         'soga',
     103                                                         'nl2sol',
     104                                                         'nlssol_sqp',
     105                                                         'optpp_g_newton',
     106                                                         'nond_sampling',
     107                                                         'nond_local_reliability',
     108                                                         'nond_global_reliability',
     109                                                         'nond_polynomial_chaos',
     110                                                         'nond_stoch_collocation',
     111                                                         'nond_evidence',
     112                                                         'dace',
     113                                                         'fsu_quasi_mc',
     114                                                         'fsu_cvt',
     115                                                         'vector_parameter_study',
     116                                                         'list_parameter_study',
     117                                                         'centered_parameter_study',
     118                                                         'multidim_parameter_study',
     119                                                         'bayes_calibration']
     120
     121                                mlist2=[]
    125122                                for i in range(len(mlist)):
    126                                         if strncmpi(method,mlist[i],len(method)):
    127                                                 mlist2.append(mlist[i])
    128 
    129                                 #  check for a unique match in the list of methods
    130 
    131                                 l = len(mlist2)
    132                                 if l == 0:
    133                                         raise RuntimeError('Unrecognized method: '+str(method)+'.')
    134                                 elif l == 1:
    135                                         dm.method=mlist2[0]
    136                                 else:
    137                                         raise RuntimeError('Non-unique method: '+str(method)+' matches '+string_cell(mlist2))
    138                                
     123                                        if strncmpi(method,mlist[i],len(method)):
     124                                                mlist2.append(mlist[i])
     125                                                #  check for a unique match in the list of methods
     126                                l = len(mlist2)
     127                                if l == 0:
     128                                        raise RuntimeError('Unrecognized method: '+str(method)+'.')
     129                                elif l == 1:
     130                                        dm.method=mlist2[0]
     131                                else:
     132                                        raise RuntimeError('Non-unique method: '+str(method)+' matches '+string_cell(mlist2))
     133
    139134                                #  assign the default values for the method
    140                                 #switch dm.method
    141                                 if dm.method in ['dot_bfgs',
    142                                                    'dot_frcg']:
    143                                         dm.type     ='dot'
    144                                         dm.variables=['continuous_design',
    145                                                         'continuous_state']
    146                                         dm.lcspec   =[]
    147                                         dm.responses=['objective_function']
    148                                         dm.ghspec   =['grad']
    149                                         dm.params.max_iterations=False
    150                                         dm.params.max_function_evaluations=False
    151                                         dm.params.convergence_tolerance=False
    152                                         dm.params.constraint_tolerance=False
    153                                         dm.params.output=False
    154                                         dm.params.speculative=False
    155                                         dm.params.scaling=False
    156                                         dm.params.optimization_type='minimize'
    157                                 elif dm.method in ['dot_mmfd',
    158                                                      'dot_slp',
    159                                                      'dot_sqp']:
    160                                         dm.type     ='dot'
    161                                         dm.variables=['continuous_design',
    162                                                         'continuous_state']
    163                                         dm.lcspec   =['linear_inequality_constraint',
    164                                                         'linear_equality_constraint']
    165                                         dm.responses=['objective_function',
    166                                                         'nonlinear_inequality_constraint',
    167                                                         'nonlinear_equality_constraint']
    168                                         dm.ghspec   =['grad']
    169                                         dm.params.max_iterations=False
    170                                         dm.params.max_function_evaluations=False
    171                                         dm.params.convergence_tolerance=False
    172                                         dm.params.constraint_tolerance=False
    173                                         dm.params.output=False
    174                                         dm.params.speculative=False
    175                                         dm.params.scaling=False
    176                                         dm.params.optimization_type='minimize'
     135                          # switch dm.method
     136                                if dm.method in ['dot_bfgs','dot_frcg']:
     137                                        dm.type     ='dot'
     138                                        dm.variables=['continuous_design',
     139                                                                                                'continuous_state']
     140                                        dm.lcspec   =[]
     141                                        dm.responses=['objective_function']
     142                                        dm.ghspec   =['grad']
     143                                        dm.params.max_iterations=False
     144                                        dm.params.max_function_evaluations=False
     145                                        dm.params.convergence_tolerance=False
     146                                        dm.params.constraint_tolerance=False
     147                                        dm.params.output=False
     148                                        dm.params.speculative=False
     149                                        dm.params.scaling=False
     150                                        dm.params.optimization_type='minimize'
     151
     152                                elif dm.method in ['dot_mmfd','dot_slp','dot_sqp']:
     153                                        dm.type     ='dot'
     154                                        dm.variables=['continuous_design',
     155                                                                                                'continuous_state']
     156                                        dm.lcspec   =['linear_inequality_constraint',
     157                                                                                                'linear_equality_constraint']
     158                                        dm.responses=['objective_function',
     159                                                                                                'nonlinear_inequality_constraint',
     160                                                                                                'nonlinear_equality_constraint']
     161                                        dm.ghspec   =['grad']
     162                                        dm.params.max_iterations=False
     163                                        dm.params.max_function_evaluations=False
     164                                        dm.params.convergence_tolerance=False
     165                                        dm.params.constraint_tolerance=False
     166                                        dm.params.output=False
     167                                        dm.params.speculative=False
     168                                        dm.params.scaling=False
     169                                        dm.params.optimization_type='minimize'
    177170
    178171                                elif dm.method == 'npsol_sqp':
    179172                                        dm.type     ='npsol'
    180                                         dm.variables=['continuous_design',
    181                                                         'continuous_state']
    182                                         dm.lcspec   =['linear_inequality_constraint',
    183                                                         'linear_equality_constraint']
    184                                         dm.responses=['objective_function',
    185                                                         'nonlinear_inequality_constraint',
    186                                                         'nonlinear_equality_constraint']
    187                                         dm.ghspec   =['grad']
    188                                         dm.params.max_iterations=False
    189                                         dm.params.max_function_evaluations=False
    190                                         dm.params.convergence_tolerance=False
    191                                         dm.params.constraint_tolerance=False
    192                                         dm.params.output=False
    193                                         dm.params.speculative=False
    194                                         dm.params.scaling=False
    195                                         dm.params.verify_level=-1
    196                                         dm.params.function_precision=1.0e-10
    197                                         dm.params.linesearch_tolerance=0.9
     173                                        dm.variables=['continuous_design',
     174                                                                                                'continuous_state']
     175                                        dm.lcspec   =['linear_inequality_constraint',
     176                                                                                                'linear_equality_constraint']
     177                                        dm.responses=['objective_function',
     178                                                                                                'nonlinear_inequality_constraint',
     179                                                                                                'nonlinear_equality_constraint']
     180                                        dm.ghspec   =['grad']
     181                                        dm.params.max_iterations=False
     182                                        dm.params.max_function_evaluations=False
     183                                        dm.params.convergence_tolerance=False
     184                                        dm.params.constraint_tolerance=False
     185                                        dm.params.output=False
     186                                        dm.params.speculative=False
     187                                        dm.params.scaling=False
     188                                        dm.params.verify_level=-1
     189                                        dm.params.function_precision=1.0e-10
     190                                        dm.params.linesearch_tolerance=0.9
    198191
    199192                                elif dm.method == 'conmin_frcg':
    200                                         dm.type     ='conmin'
    201                                         dm.variables=['continuous_design',
    202                                                         'continuous_state']
    203                                         dm.lcspec   =[]
    204                                         dm.responses=['objective_function']
    205                                         dm.ghspec   =['grad']
    206                                         dm.params.max_iterations=False
    207                                         dm.params.max_function_evaluations=False
    208                                         dm.params.convergence_tolerance=False
    209                                         dm.params.constraint_tolerance=False
    210                                         dm.params.output=False
    211                                         dm.params.speculative=False
    212                                         dm.params.scaling=False
     193                                        dm.type     ='conmin'
     194                                        dm.variables=['continuous_design',
     195                                                                                                'continuous_state']
     196                                        dm.lcspec   =[]
     197                                        dm.responses=['objective_function']
     198                                        dm.ghspec   =['grad']
     199                                        dm.params.max_iterations=False
     200                                        dm.params.max_function_evaluations=False
     201                                        dm.params.convergence_tolerance=False
     202                                        dm.params.constraint_tolerance=False
     203                                        dm.params.output=False
     204                                        dm.params.speculative=False
     205                                        dm.params.scaling=False
     206
    213207                                elif dm.method == 'conmin_mfd':
    214                                         dm.type     ='conmin'
    215                                         dm.variables=['continuous_design',
    216                                                         'continuous_state']
    217                                         dm.lcspec   =['linear_inequality_constraint',
    218                                                         'linear_equality_constraint']
    219                                         dm.responses=['objective_function',
    220                                                         'nonlinear_inequality_constraint',
    221                                                         'nonlinear_equality_constraint']
    222                                         dm.ghspec   =['grad']
    223                                         dm.params.max_iterations=False
    224                                         dm.params.max_function_evaluations=False
    225                                         dm.params.convergence_tolerance=False
    226                                         dm.params.constraint_tolerance=False
    227                                         dm.params.output=False
    228                                         dm.params.speculative=False
    229                                         dm.params.scaling=False
     208                                        dm.type     ='conmin'
     209                                        dm.variables=['continuous_design',
     210                                                                                                'continuous_state']
     211                                        dm.lcspec   =['linear_inequality_constraint',
     212                                                                                                'linear_equality_constraint']
     213                                        dm.responses=['objective_function',
     214                                                                                                'nonlinear_inequality_constraint',
     215                                                                                                'nonlinear_equality_constraint']
     216                                        dm.ghspec   =['grad']
     217                                        dm.params.max_iterations=False
     218                                        dm.params.max_function_evaluations=False
     219                                        dm.params.convergence_tolerance=False
     220                                        dm.params.constraint_tolerance=False
     221                                        dm.params.output=False
     222                                        dm.params.speculative=False
     223                                        dm.params.scaling=False
    230224
    231225                                elif dm.method == 'optpp_cg':
    232                                         dm.type     ='optpp'
    233                                         dm.variables=['continuous_design',
    234                                                         'continuous_state']
    235                                         dm.lcspec   =[]
    236                                         dm.responses=['objective_function']
    237                                         dm.ghspec   =['grad']
    238                                         dm.params.max_iterations=False
    239                                         dm.params.max_function_evaluations=False
    240                                         dm.params.convergence_tolerance=False
    241                                         dm.params.output=False
    242                                         dm.params.speculative=False
    243                                         dm.params.scaling=False
    244                                         dm.params.max_step=1000.
    245                                         dm.params.gradient_tolerance=1.0e-4
     226                                        dm.type     ='optpp'
     227                                        dm.variables=['continuous_design',
     228                                                                                                'continuous_state']
     229                                        dm.lcspec   =[]
     230                                        dm.responses=['objective_function']
     231                                        dm.ghspec   =['grad']
     232                                        dm.params.max_iterations=False
     233                                        dm.params.max_function_evaluations=False
     234                                        dm.params.convergence_tolerance=False
     235                                        dm.params.output=False
     236                                        dm.params.speculative=False
     237                                        dm.params.scaling=False
     238                                        dm.params.max_step=1000.
     239                                        dm.params.gradient_tolerance=1.0e-4
     240
    246241                                elif dm.method in ['optpp_q_newton',
    247                                                     'optpp_fd_newton',
    248                                                     'optpp_newton']:
    249                                         dm.type     ='optpp'
    250                                         dm.variables=['continuous_design',
    251                                                         'continuous_state']
    252                                         dm.lcspec   =['linear_inequality_constraint',
    253                                                         'linear_equality_constraint']
    254                                         dm.responses=['objective_function',
    255                                                         'nonlinear_inequality_constraint',
    256                                                         'nonlinear_equality_constraint']
    257                                         dm.ghspec   =['grad']
    258                                         dm.params.max_iterations=False
    259                                         dm.params.max_function_evaluations=False
    260                                         dm.params.convergence_tolerance=False
    261                                         dm.params.output=False
    262                                         dm.params.speculative=False
    263                                         dm.params.scaling=False
    264                                         dm.params.value_based_line_search=False
    265                                         dm.params.gradient_based_line_search=False
    266                                         dm.params.trust_region=False
    267                                         dm.params.tr_pds=False
    268                                         dm.params.max_step=1000.
    269                                         dm.params.gradient_tolerance=1.0e-4
    270                                         dm.params.merit_function='argaez_tapia'
    271                                         dm.params.central_path=dm.params.merit_function
    272                                         dm.params.steplength_to_boundary=0.99995
    273                                         dm.params.centering_parameter=0.2
     242                                                                                                         'optpp_fd_newton',
     243                                                                                                         'optpp_newton']:
     244                                        dm.type     ='optpp'
     245                                        dm.variables=['continuous_design',
     246                                                                                                'continuous_state']
     247                                        dm.lcspec   =['linear_inequality_constraint',
     248                                                                                                'linear_equality_constraint']
     249                                        dm.responses=['objective_function',
     250                                                                                                'nonlinear_inequality_constraint',
     251                                                                                                'nonlinear_equality_constraint']
     252                                        dm.ghspec   =['grad']
     253                                        dm.params.max_iterations=False
     254                                        dm.params.max_function_evaluations=False
     255                                        dm.params.convergence_tolerance=False
     256                                        dm.params.output=False
     257                                        dm.params.speculative=False
     258                                        dm.params.scaling=False
     259                                        dm.params.value_based_line_search=False
     260                                        dm.params.gradient_based_line_search=False
     261                                        dm.params.trust_region=False
     262                                        dm.params.tr_pds=False
     263                                        dm.params.max_step=1000.
     264                                        dm.params.gradient_tolerance=1.0e-4
     265                                        dm.params.merit_function='argaez_tapia'
     266                                        dm.params.central_path=dm.params.merit_function
     267                                        dm.params.steplength_to_boundary=0.99995
     268                                        dm.params.centering_parameter=0.2
     269
    274270                                elif dm.method == 'optpp_pds':
    275                                         dm.type     ='optpp'
    276                                         dm.variables=['continuous_design',
    277                                                         'continuous_state']
    278                                         dm.lcspec   =[]
    279                                         dm.responses=['objective_function']
    280                                         dm.ghspec   =['grad']
    281                                         dm.params.max_iterations=False
    282                                         dm.params.max_function_evaluations=False
    283                                         dm.params.convergence_tolerance=False
    284                                         dm.params.output=False
    285                                         dm.params.speculative=False
    286                                         dm.params.scaling=False
    287                                         dm.params.search_scheme_size=32
     271                                        dm.type     ='optpp'
     272                                        dm.variables=['continuous_design',
     273                                                                                                'continuous_state']
     274                                        dm.lcspec   =[]
     275                                        dm.responses=['objective_function']
     276                                        dm.ghspec   =['grad']
     277                                        dm.params.max_iterations=False
     278                                        dm.params.max_function_evaluations=False
     279                                        dm.params.convergence_tolerance=False
     280                                        dm.params.output=False
     281                                        dm.params.speculative=False
     282                                        dm.params.scaling=False
     283                                        dm.params.search_scheme_size=32
    288284
    289285                                elif dm.method == 'asynch_pattern_search':
    290                                         dm.type     ='apps'
    291                                         dm.variables=['continuous_design',
    292                                                         'continuous_state']
    293                                         dm.lcspec   =['linear_inequality_constraint',
    294                                                         'linear_equality_constraint']
    295                                         dm.responses=['objective_function',
    296                                                         'nonlinear_inequality_constraint',
    297                                                         'nonlinear_equality_constraint']
    298                                         dm.ghspec   =['grad']
    299                                         dm.params.max_function_evaluations=False
    300                                         dm.params.constraint_tolerance=False
    301                                         dm.params.output=False
    302                                         dm.params.scaling=False
    303                                         dm.params.initial_delta=1.0
    304                                         dm.params.threshold_delta=0.01
    305                                         dm.params.contraction_factor=0.5
    306                                         dm.params.solution_target=False
    307                                         dm.params.synchronization='nonblocking'
    308                                         dm.params.merit_function='merit2_smooth'
    309                                         dm.params.constraint_penalty=1.0
    310                                         dm.params.smoothing_factor=1.0
     286                                        dm.type     ='apps'
     287                                        dm.variables=['continuous_design',
     288                                                                                                'continuous_state']
     289                                        dm.lcspec   =['linear_inequality_constraint',
     290                                                                                                'linear_equality_constraint']
     291                                        dm.responses=['objective_function',
     292                                                                                                'nonlinear_inequality_constraint',
     293                                                                                                'nonlinear_equality_constraint']
     294                                        dm.ghspec   =['grad']
     295                                        dm.params.max_function_evaluations=False
     296                                        dm.params.constraint_tolerance=False
     297                                        dm.params.output=False
     298                                        dm.params.scaling=False
     299                                        dm.params.initial_delta=1.0
     300                                        dm.params.threshold_delta=0.01
     301                                        dm.params.contraction_factor=0.5
     302                                        dm.params.solution_target=False
     303                                        dm.params.synchronization='nonblocking'
     304                                        dm.params.merit_function='merit2_smooth'
     305                                        dm.params.constraint_penalty=1.0
     306                                        dm.params.smoothing_factor=1.0
    311307
    312308                                elif dm.method == 'coliny_cobyla':
    313                                         dm.type     ='coliny'
    314                                         dm.variables=['continuous_design',
    315                                                         'continuous_state']
    316                                         dm.lcspec   =[]
    317                                         dm.responses=['objective_function',
    318                                                         'nonlinear_inequality_constraint',
    319                                                         'nonlinear_equality_constraint']
    320                                         dm.ghspec   =['grad']
    321                                         dm.params.max_iterations=False
    322                                         dm.params.max_function_evaluations=False
    323                                         dm.params.convergence_tolerance=False
    324                                         dm.params.output=False
    325                                         dm.params.scaling=False
    326                                         dm.params.show_misc_options=False
    327                                         dm.params.misc_options=[]
    328                                         dm.params.solution_accuracy=-np.inf
    329                                         dm.params.initial_delta=[]
    330                                         dm.params.threshold_delta=[]
     309                                        dm.type     ='coliny'
     310                                        dm.variables=['continuous_design',
     311                                                                                                'continuous_state']
     312                                        dm.lcspec   =[]
     313                                        dm.responses=['objective_function',
     314                                                                                                'nonlinear_inequality_constraint',
     315                                                                                                'nonlinear_equality_constraint']
     316                                        dm.ghspec   =['grad']
     317                                        dm.params.max_iterations=False
     318                                        dm.params.max_function_evaluations=False
     319                                        dm.params.convergence_tolerance=False
     320                                        dm.params.output=False
     321                                        dm.params.scaling=False
     322                                        dm.params.show_misc_options=False
     323                                        dm.params.misc_options=[]
     324                                        dm.params.solution_accuracy=-np.inf
     325                                        dm.params.initial_delta=[]
     326                                        dm.params.threshold_delta=[]
     327
    331328                                elif dm.method == 'coliny_direct':
    332                                         dm.type     ='coliny'
    333                                         dm.variables=['continuous_design',
    334                                                         'continuous_state']
    335                                         dm.lcspec   =[]
    336                                         dm.responses=['objective_function',
    337                                                         'nonlinear_inequality_constraint',
    338                                                         'nonlinear_equality_constraint']
    339                                         dm.ghspec   =['grad']
    340                                         dm.params.max_iterations=False
    341                                         dm.params.max_function_evaluations=False
    342                                         dm.params.convergence_tolerance=False
    343                                         dm.params.output=False
    344                                         dm.params.scaling=False
    345                                         dm.params.show_misc_options=False
    346                                         dm.params.misc_options=[]
    347                                         dm.params.solution_accuracy=-np.inf
    348                                         dm.params.division='major_dimension'
    349                                         dm.params.global_balance_parameter=0.0
    350                                         dm.params.local_balance_parameter=1.0e-8
    351                                         dm.params.max_boxsize_limit=0.0
    352                                         dm.params.min_boxsize_limit=0.0001
    353                                         dm.params.constraint_penalty=1000.0
     329                                        dm.type     ='coliny'
     330                                        dm.variables=['continuous_design',
     331                                                                                                'continuous_state']
     332                                        dm.lcspec   =[]
     333                                        dm.responses=['objective_function',
     334                                                                                                'nonlinear_inequality_constraint',
     335                                                                                                'nonlinear_equality_constraint']
     336                                        dm.ghspec   =['grad']
     337                                        dm.params.max_iterations=False
     338                                        dm.params.max_function_evaluations=False
     339                                        dm.params.convergence_tolerance=False
     340                                        dm.params.output=False
     341                                        dm.params.scaling=False
     342                                        dm.params.show_misc_options=False
     343                                        dm.params.misc_options=[]
     344                                        dm.params.solution_accuracy=-np.inf
     345                                        dm.params.division='major_dimension'
     346                                        dm.params.global_balance_parameter=0.0
     347                                        dm.params.local_balance_parameter=1.0e-8
     348                                        dm.params.max_boxsize_limit=0.0
     349                                        dm.params.min_boxsize_limit=0.0001
     350                                        dm.params.constraint_penalty=1000.0
     351
    354352                                elif dm.method == 'coliny_ea':
    355                                         dm.type     ='coliny'
    356                                         dm.variables=['continuous_design',
    357                                                         'continuous_state']
    358                                         dm.lcspec   =[]
    359                                         dm.responses=['objective_function',
    360                                                         'nonlinear_inequality_constraint',
    361                                                         'nonlinear_equality_constraint']
    362                                         dm.ghspec   =['grad']
    363                                         dm.params.max_iterations=False
    364                                         dm.params.max_function_evaluations=False
    365                                         dm.params.convergence_tolerance=False
    366                                         dm.params.output=False
    367                                         dm.params.scaling=False
    368                                         dm.params.show_misc_options=False
    369                                         dm.params.misc_options=[]
    370                                         dm.params.solution_accuracy=-np.inf
    371                                         dm.params.seed=False
    372                                         dm.params.population_size=50
    373                                         dm.params.initialization_type='unique_random'
    374                                         dm.params.fitness_type='linear_rank'
    375                                         dm.params.replacement_type='elitist'
    376                                         dm.params.random=[]
    377                                         dm.params.chc=[]
    378                                         dm.params.elitist=[]
    379                                         dm.params.new_solutions_generated='population_size - replacement_size'
    380                                         dm.params.crossover_type='two_point'
    381                                         dm.params.crossover_rate=0.8
    382                                         dm.params.mutation_type='offset_normal'
    383                                         dm.params.mutation_scale=0.1
    384                                         dm.params.mutation_range=1
    385                                         dm.params.dimension_ratio=1.0
    386                                         dm.params.mutation_rate=1.0
    387                                         dm.params.non_adaptive=False
     353                                        dm.type     ='coliny'
     354                                        dm.variables=['continuous_design',
     355                                                                                                'continuous_state']
     356                                        dm.lcspec   =[]
     357                                        dm.responses=['objective_function',
     358                                                                                                'nonlinear_inequality_constraint',
     359                                                                                                'nonlinear_equality_constraint']
     360                                        dm.ghspec   =['grad']
     361                                        dm.params.max_iterations=False
     362                                        dm.params.max_function_evaluations=False
     363                                        dm.params.convergence_tolerance=False
     364                                        dm.params.output=False
     365                                        dm.params.scaling=False
     366                                        dm.params.show_misc_options=False
     367                                        dm.params.misc_options=[]
     368                                        dm.params.solution_accuracy=-np.inf
     369                                        dm.params.seed=False
     370                                        dm.params.population_size=50
     371                                        dm.params.initialization_type='unique_random'
     372                                        dm.params.fitness_type='linear_rank'
     373                                        dm.params.replacement_type='elitist'
     374                                        dm.params.random=[]
     375                                        dm.params.chc=[]
     376                                        dm.params.elitist=[]
     377                                        dm.params.new_solutions_generated='population_size - replacement_size'
     378                                        dm.params.crossover_type='two_point'
     379                                        dm.params.crossover_rate=0.8
     380                                        dm.params.mutation_type='offset_normal'
     381                                        dm.params.mutation_scale=0.1
     382                                        dm.params.mutation_range=1
     383                                        dm.params.dimension_ratio=1.0
     384                                        dm.params.mutation_rate=1.0
     385                                        dm.params.non_adaptive=False
     386
    388387                                elif dm.method == 'coliny_pattern_search':
    389                                         dm.type     ='coliny'
    390                                         dm.variables=['continuous_design',
    391                                                         'continuous_state']
    392                                         dm.lcspec   =[]
    393                                         dm.responses=['objective_function',
    394                                                         'nonlinear_inequality_constraint',
    395                                                         'nonlinear_equality_constraint']
    396                                         dm.ghspec   =['grad']
    397                                         dm.params.max_iterations=False
    398                                         dm.params.max_function_evaluations=False
    399                                         dm.params.convergence_tolerance=False
    400                                         dm.params.output=False
    401                                         dm.params.scaling=False
    402                                         dm.params.show_misc_options=False
    403                                         dm.params.misc_options=[]
    404                                         dm.params.solution_accuracy=-np.inf
    405                                         dm.params.stochastic=False
    406                                         dm.params.seed=False
    407                                         dm.params.initial_delta=[]
    408                                         dm.params.threshold_delta=[]
    409                                         dm.params.constraint_penalty=1.0
    410                                         dm.params.constant_penalty=False
    411                                         dm.params.pattern_basis='coordinate'
    412                                         dm.params.total_pattern_size=False
    413                                         dm.params.no_expansion=False
    414                                         dm.params.expand_after_success=1
    415                                         dm.params.contraction_factor=0.5
    416                                         dm.params.synchronization='nonblocking'
    417                                         dm.params.exploratory_moves='basic_pattern'
     388                                        dm.type     ='coliny'
     389                                        dm.variables=['continuous_design',
     390                                                                                                'continuous_state']
     391                                        dm.lcspec   =[]
     392                                        dm.responses=['objective_function',
     393                                                                                                'nonlinear_inequality_constraint',
     394                                                                                                'nonlinear_equality_constraint']
     395                                        dm.ghspec   =['grad']
     396                                        dm.params.max_iterations=False
     397                                        dm.params.max_function_evaluations=False
     398                                        dm.params.convergence_tolerance=False
     399                                        dm.params.output=False
     400                                        dm.params.scaling=False
     401                                        dm.params.show_misc_options=False
     402                                        dm.params.misc_options=[]
     403                                        dm.params.solution_accuracy=-np.inf
     404                                        dm.params.stochastic=False
     405                                        dm.params.seed=False
     406                                        dm.params.initial_delta=[]
     407                                        dm.params.threshold_delta=[]
     408                                        dm.params.constraint_penalty=1.0
     409                                        dm.params.constant_penalty=False
     410                                        dm.params.pattern_basis='coordinate'
     411                                        dm.params.total_pattern_size=False
     412                                        dm.params.no_expansion=False
     413                                        dm.params.expand_after_success=1
     414                                        dm.params.contraction_factor=0.5
     415                                        dm.params.synchronization='nonblocking'
     416                                        dm.params.exploratory_moves='basic_pattern'
     417
    418418                                elif dm.method == 'coliny_solis_wets':
    419                                         dm.type     ='coliny'
    420                                         dm.variables=['continuous_design',
    421                                                         'continuous_state']
    422                                         dm.lcspec   =[]
    423                                         dm.responses=['objective_function',
    424                                                         'nonlinear_inequality_constraint',
    425                                                         'nonlinear_equality_constraint']
    426                                         dm.ghspec   =['grad']
    427                                         dm.params.max_iterations=False
    428                                         dm.params.max_function_evaluations=False
    429                                         dm.params.convergence_tolerance=False
    430                                         dm.params.output=False
    431                                         dm.params.scaling=False
    432                                         dm.params.show_misc_options=False
    433                                         dm.params.misc_options=[]
    434                                         dm.params.solution_accuracy=-np.inf
    435                                         dm.params.seed=False
    436                                         dm.params.initial_delta=[]
    437                                         dm.params.threshold_delta=[]
    438                                         dm.params.no_expansion=False
    439                                         dm.params.expand_after_success=5
    440                                         dm.params.contract_after_failure=3
    441                                         dm.params.contraction_factor=0.5
    442                                         dm.params.constraint_penalty=1.0
    443                                         dm.params.constant_penalty=False
     419                                        dm.type     ='coliny'
     420                                        dm.variables=['continuous_design',
     421                                                                                                'continuous_state']
     422                                        dm.lcspec   =[]
     423                                        dm.responses=['objective_function',
     424                                                                                                'nonlinear_inequality_constraint',
     425                                                                                                'nonlinear_equality_constraint']
     426                                        dm.ghspec   =['grad']
     427                                        dm.params.max_iterations=False
     428                                        dm.params.max_function_evaluations=False
     429                                        dm.params.convergence_tolerance=False
     430                                        dm.params.output=False
     431                                        dm.params.scaling=False
     432                                        dm.params.show_misc_options=False
     433                                        dm.params.misc_options=[]
     434                                        dm.params.solution_accuracy=-np.inf
     435                                        dm.params.seed=False
     436                                        dm.params.initial_delta=[]
     437                                        dm.params.threshold_delta=[]
     438                                        dm.params.no_expansion=False
     439                                        dm.params.expand_after_success=5
     440                                        dm.params.contract_after_failure=3
     441                                        dm.params.contraction_factor=0.5
     442                                        dm.params.constraint_penalty=1.0
     443                                        dm.params.constant_penalty=False
    444444
    445445                                elif dm.method == 'ncsu_direct':
    446                                         dm.type     ='ncsu'
    447                                         dm.variables=['continuous_design',
    448                                                         'continuous_state']
    449                                         dm.lcspec   =['linear_inequality_constraint',
    450                                                         'linear_equality_constraint']  #  ?
    451                                         dm.responses=['objective_function',
    452                                                         'nonlinear_inequality_constraint',
    453                                                         'nonlinear_equality_constraint']  #  ?
    454                                         dm.ghspec   =['grad']
    455                                         dm.params.max_iterations=False
    456                                         dm.params.max_function_evaluations=False
    457                                         dm.params.scaling=False
    458                                         dm.params.solution_accuracy=0.
    459                                         dm.params.min_boxsize_limit=1.0e-8
    460                                         dm.params.vol_boxsize_limit=1.0e-8
    461 
    462         #                               if dm.method in ['surrogate_based_local',
    463         #                                                  'surrogate_based_global']:
     446                                        dm.type     ='ncsu'
     447                                        dm.variables=['continuous_design',
     448                                                                                                'continuous_state']
     449                                        dm.lcspec   =['linear_inequality_constraint',
     450                                                                                                'linear_equality_constraint']  #  ?
     451                                        dm.responses=['objective_function',
     452                                                                                                'nonlinear_inequality_constraint',
     453                                                                                                'nonlinear_equality_constraint']  #  ?
     454                                        dm.ghspec   =['grad']
     455                                        dm.params.max_iterations=False
     456                                        dm.params.max_function_evaluations=False
     457                                        dm.params.scaling=False
     458                                        dm.params.solution_accuracy=0.
     459                                        dm.params.min_boxsize_limit=1.0e-8
     460                                        dm.params.vol_boxsize_limit=1.0e-8
     461
     462                                        #if dm.method in ['surrogate_based_local',
     463                                        #'surrogate_based_global']:
    464464
    465465                                elif dm.method == 'moga':
    466                                         dm.type     ='jega'
    467                                         dm.variables=['continuous_design',
    468                                                         'continuous_state']
    469                                         dm.lcspec   =['linear_inequality_constraint',
    470                                                         'linear_equality_constraint']
    471                                         dm.responses=['objective_function',
    472                                                         'nonlinear_inequality_constraint',
    473                                                         'nonlinear_equality_constraint']
    474                                         dm.ghspec   =['grad']
    475                                         dm.params.max_iterations=False
    476                                         dm.params.max_function_evaluations=False
    477                                         dm.params.output=False
    478                                         dm.params.scaling=False
    479                                         dm.params.seed=False
    480                                         dm.params.log_file='JEGAGlobal.log'
    481                                         dm.params.population_size=50
    482                                         dm.params.print_each_pop=False
    483         #                               according to documentation, uses method-indepent control
    484         #                               dm.params.output='normal'
    485                                         dm.params.initialization_type='unique_random'
    486                                         dm.params.mutation_type='replace_uniform'
    487                                         dm.params.mutation_scale=0.15
    488                                         dm.params.mutation_rate=0.08
    489                                         dm.params.replacement_type=''
    490                                         dm.params.below_limit=6
    491                                         dm.params.shrinkage_percentage=0.9
    492                                         dm.params.crossover_type='shuffle_random'
    493                                         dm.params.multi_point_binary=[]
    494                                         dm.params.multi_point_parameterized_binary=[]
    495                                         dm.params.multi_point_real=[]
    496                                         dm.params.shuffle_random=[]
    497                                         dm.params.num_parents=2
    498                                         dm.params.num_offspring=2
    499                                         dm.params.crossover_rate=0.8
    500                                         dm.params.fitness_type=''
    501                                         dm.params.niching_type=False
    502                                         dm.params.radial=[0.01]
    503                                         dm.params.distance=[0.01]
    504                                         dm.params.metric_tracker=False
    505                                         dm.params.percent_change=0.1
    506                                         dm.params.num_generations=10
    507                                         dm.params.postprocessor_type=False
    508                                         dm.params.orthogonal_distance=[0.01]
     466                                        dm.type     ='jega'
     467                                        dm.variables=['continuous_design',
     468                                                                                                'continuous_state']
     469                                        dm.lcspec   =['linear_inequality_constraint',
     470                                                                                                'linear_equality_constraint']
     471                                        dm.responses=['objective_function',
     472                                                                                                'nonlinear_inequality_constraint',
     473                                                                                                'nonlinear_equality_constraint']
     474                                        dm.ghspec   =['grad']
     475                                        dm.params.max_iterations=False
     476                                        dm.params.max_function_evaluations=False
     477                                        dm.params.output=False
     478                                        dm.params.scaling=False
     479                                        dm.params.seed=False
     480                                        dm.params.log_file='JEGAGlobal.log'
     481                                        dm.params.population_size=50
     482                                        dm.params.print_each_pop=False
     483                                        #according to documentation, uses method-indepent control
     484                                        #dm.params.output='normal'
     485                                        dm.params.initialization_type='unique_random'
     486                                        dm.params.mutation_type='replace_uniform'
     487                                        dm.params.mutation_scale=0.15
     488                                        dm.params.mutation_rate=0.08
     489                                        dm.params.replacement_type=''
     490                                        dm.params.below_limit=6
     491                                        dm.params.shrinkage_percentage=0.9
     492                                        dm.params.crossover_type='shuffle_random'
     493                                        dm.params.multi_point_binary=[]
     494                                        dm.params.multi_point_parameterized_binary=[]
     495                                        dm.params.multi_point_real=[]
     496                                        dm.params.shuffle_random=[]
     497                                        dm.params.num_parents=2
     498                                        dm.params.num_offspring=2
     499                                        dm.params.crossover_rate=0.8
     500                                        dm.params.fitness_type=''
     501                                        dm.params.niching_type=False
     502                                        dm.params.radial=[0.01]
     503                                        dm.params.distance=[0.01]
     504                                        dm.params.metric_tracker=False
     505                                        dm.params.percent_change=0.1
     506                                        dm.params.num_generations=10
     507                                        dm.params.postprocessor_type=False
     508                                        dm.params.orthogonal_distance=[0.01]
     509
    509510                                elif dm.method == 'soga':
    510                                         dm.type     ='jega'
    511                                         dm.variables=['continuous_design',
    512                                                         'continuous_state']
    513                                         dm.lcspec   =['linear_inequality_constraint',
    514                                                         'linear_equality_constraint']
    515                                         dm.responses=['objective_function',
    516                                                         'nonlinear_inequality_constraint',
    517                                                         'nonlinear_equality_constraint']
    518                                         dm.ghspec   =['grad']
    519                                         dm.params.max_iterations=False
    520                                         dm.params.max_function_evaluations=False
    521                                         dm.params.output=False
    522                                         dm.params.scaling=False
    523                                         dm.params.seed=False
    524                                         dm.params.log_file='JEGAGlobal.log'
    525                                         dm.params.population_size=50
    526                                         dm.params.print_each_pop=False
    527                                         dm.params.output='normal'
    528                                         dm.params.initialization_type='unique_random'
    529                                         dm.params.mutation_type='replace_uniform'
    530                                         dm.params.mutation_scale=0.15
    531                                         dm.params.mutation_rate=0.08
    532                                         dm.params.replacement_type=''
    533                                         dm.params.below_limit=6
    534                                         dm.params.shrinkage_percentage=0.9
    535                                         dm.params.crossover_type='shuffle_random'
    536                                         dm.params.multi_point_binary=[]
    537                                         dm.params.multi_point_parameterized_binary=[]
    538                                         dm.params.multi_point_real=[]
    539                                         dm.params.shuffle_random=[]
    540                                         dm.params.num_parents=2
    541                                         dm.params.num_offspring=2
    542                                         dm.params.crossover_rate=0.8
    543                                         dm.params.fitness_type='merit_function'
    544                                         dm.params.constraint_penalty=1.0
    545                                         dm.params.replacement_type=''
    546                                         dm.params.convergence_type=False
    547                                         dm.params.num_generations=10
    548                                         dm.params.percent_change=0.1
     511                                        dm.type     ='jega'
     512                                        dm.variables=['continuous_design',
     513                                                                                                'continuous_state']
     514                                        dm.lcspec   =['linear_inequality_constraint',
     515                                                                                                'linear_equality_constraint']
     516                                        dm.responses=['objective_function',
     517                                                                                                'nonlinear_inequality_constraint',
     518                                                                                                'nonlinear_equality_constraint']
     519                                        dm.ghspec   =['grad']
     520                                        dm.params.max_iterations=False
     521                                        dm.params.max_function_evaluations=False
     522                                        dm.params.output=False
     523                                        dm.params.scaling=False
     524                                        dm.params.seed=False
     525                                        dm.params.log_file='JEGAGlobal.log'
     526                                        dm.params.population_size=50
     527                                        dm.params.print_each_pop=False
     528                                        dm.params.output='normal'
     529                                        dm.params.initialization_type='unique_random'
     530                                        dm.params.mutation_type='replace_uniform'
     531                                        dm.params.mutation_scale=0.15
     532                                        dm.params.mutation_rate=0.08
     533                                        dm.params.replacement_type=''
     534                                        dm.params.below_limit=6
     535                                        dm.params.shrinkage_percentage=0.9
     536                                        dm.params.crossover_type='shuffle_random'
     537                                        dm.params.multi_point_binary=[]
     538                                        dm.params.multi_point_parameterized_binary=[]
     539                                        dm.params.multi_point_real=[]
     540                                        dm.params.shuffle_random=[]
     541                                        dm.params.num_parents=2
     542                                        dm.params.num_offspring=2
     543                                        dm.params.crossover_rate=0.8
     544                                        dm.params.fitness_type='merit_function'
     545                                        dm.params.constraint_penalty=1.0
     546                                        dm.params.replacement_type=''
     547                                        dm.params.convergence_type=False
     548                                        dm.params.num_generations=10
     549                                        dm.params.percent_change=0.1
    549550
    550551                                elif dm.method == 'nl2sol':
    551                                         dm.type     ='lsq'
    552                                         dm.variables=['continuous_design',
    553                                                         'continuous_state']
    554                                         dm.lcspec   =[]
    555                                         dm.responses=['least_squares_term']
    556                                         dm.ghspec   =['grad']
    557                                         dm.params.max_iterations=False
    558                                         dm.params.max_function_evaluations=False
    559                                         dm.params.convergence_tolerance=False
    560                                         dm.params.output=False
    561                                         dm.params.scaling=False
    562                                         dm.params.function_precision=1.0e-10
    563                                         dm.params.absolute_conv_tol=-1.
    564                                         dm.params.x_conv_tol=-1.
    565                                         dm.params.singular_conv_tol=-1.
    566                                         dm.params.singular_radius=-1.
    567                                         dm.params.False_conv_tol=-1.
    568                                         dm.params.initial_trust_radius=-1.
    569                                         dm.params.covariance=0
    570                                         dm.params.regression_stressbalances=False
     552                                        dm.type     ='lsq'
     553                                        dm.variables=['continuous_design',
     554                                                                                                'continuous_state']
     555                                        dm.lcspec   =[]
     556                                        dm.responses=['least_squares_term']
     557                                        dm.ghspec   =['grad']
     558                                        dm.params.max_iterations=False
     559                                        dm.params.max_function_evaluations=False
     560                                        dm.params.convergence_tolerance=False
     561                                        dm.params.output=False
     562                                        dm.params.scaling=False
     563                                        dm.params.function_precision=1.0e-10
     564                                        dm.params.absolute_conv_tol=-1.
     565                                        dm.params.x_conv_tol=-1.
     566                                        dm.params.singular_conv_tol=-1.
     567                                        dm.params.singular_radius=-1.
     568                                        dm.params.False_conv_tol=-1.
     569                                        dm.params.initial_trust_radius=-1.
     570                                        dm.params.covariance=0
     571                                        dm.params.regression_stressbalances=False
     572
    571573                                elif dm.method == 'nlssol_sqp':
    572                                         dm.type     ='lsq'
    573                                         dm.variables=['continuous_design',
    574                                                         'continuous_state']
    575                                         dm.lcspec   =['linear_inequality_constraint',
    576                                                         'linear_equality_constraint']
    577                                         dm.responses=['least_squares_term',
    578                                                         'nonlinear_inequality_constraint',
    579                                                         'nonlinear_equality_constraint']
    580                                         dm.ghspec   =['grad']
    581                                         dm.params.max_iterations=False
    582                                         dm.params.max_function_evaluations=False
    583                                         dm.params.convergence_tolerance=False
    584                                         dm.params.constraint_tolerance=False
    585                                         dm.params.output=False
    586                                         dm.params.speculative=False
    587                                         dm.params.scaling=False
    588                                         dm.params.verify_level=-1
    589                                         dm.params.function_precision=1.0e-10
    590                                         dm.params.linesearch_tolerance=0.9
     574                                        dm.type     ='lsq'
     575                                        dm.variables=['continuous_design',
     576                                                                                                'continuous_state']
     577                                        dm.lcspec   =['linear_inequality_constraint',
     578                                                                                                'linear_equality_constraint']
     579                                        dm.responses=['least_squares_term',
     580                                                                                                'nonlinear_inequality_constraint',
     581                                                                                                'nonlinear_equality_constraint']
     582                                        dm.ghspec   =['grad']
     583                                        dm.params.max_iterations=False
     584                                        dm.params.max_function_evaluations=False
     585                                        dm.params.convergence_tolerance=False
     586                                        dm.params.constraint_tolerance=False
     587                                        dm.params.output=False
     588                                        dm.params.speculative=False
     589                                        dm.params.scaling=False
     590                                        dm.params.verify_level=-1
     591                                        dm.params.function_precision=1.0e-10
     592                                        dm.params.linesearch_tolerance=0.9
     593
    591594                                elif dm.method == 'optpp_g_newton':
    592                                         dm.type     ='lsq'
    593                                         dm.variables=['continuous_design',
    594                                                         'continuous_state']
    595                                         dm.lcspec   =['linear_inequality_constraint',
    596                                                         'linear_equality_constraint']
    597                                         dm.responses=['least_squares_term',
    598                                                         'nonlinear_inequality_constraint',
    599                                                         'nonlinear_equality_constraint']
    600                                         dm.ghspec   =['grad']
    601                                         dm.params.max_iterations=False
    602                                         dm.params.max_function_evaluations=False
    603                                         dm.params.convergence_tolerance=False
    604                                         dm.params.output=False
    605                                         dm.params.speculative=False
    606                                         dm.params.scaling=False
    607                                         dm.params.value_based_line_search=False
    608                                         dm.params.gradient_based_line_search=False
    609                                         dm.params.trust_region=False
    610                                         dm.params.tr_pds=False
    611                                         dm.params.max_step=1000.
    612                                         dm.params.gradient_tolerance=1.0e-4
    613                                         dm.params.merit_function='argaez_tapia'
    614                                         dm.params.central_path=dm.params.merit_function
    615                                         dm.params.steplength_to_boundary=0.99995
    616                                         dm.params.centering_parameter=0.2
     595                                        dm.type     ='lsq'
     596                                        dm.variables=['continuous_design',
     597                                                                                                'continuous_state']
     598                                        dm.lcspec   =['linear_inequality_constraint',
     599                                                                                                'linear_equality_constraint']
     600                                        dm.responses=['least_squares_term',
     601                                                                                                'nonlinear_inequality_constraint',
     602                                                                                                'nonlinear_equality_constraint']
     603                                        dm.ghspec   =['grad']
     604                                        dm.params.max_iterations=False
     605                                        dm.params.max_function_evaluations=False
     606                                        dm.params.convergence_tolerance=False
     607                                        dm.params.output=False
     608                                        dm.params.speculative=False
     609                                        dm.params.scaling=False
     610                                        dm.params.value_based_line_search=False
     611                                        dm.params.gradient_based_line_search=False
     612                                        dm.params.trust_region=False
     613                                        dm.params.tr_pds=False
     614                                        dm.params.max_step=1000.
     615                                        dm.params.gradient_tolerance=1.0e-4
     616                                        dm.params.merit_function='argaez_tapia'
     617                                        dm.params.central_path=dm.params.merit_function
     618                                        dm.params.steplength_to_boundary=0.99995
     619                                        dm.params.centering_parameter=0.2
    617620
    618621                                elif dm.method == 'nond_sampling':
    619                                         dm.type     ='nond'
    620                                         dm.variables=['normal_uncertain',
    621                                                         'uniform_uncertain',
    622                                                         'continuous_state']
    623                                         dm.lcspec   =[]
    624                                         dm.responses=['response_function']
    625                                         dm.ghspec   =[]
    626         #                               not documented, but apparently works
    627                                         dm.params.output=False
    628                                         dm.params.seed=False
    629                                         dm.params.fixed_seed=False
    630                                         dm.params.rng=False
    631                                         dm.params.samples=False
    632                                         dm.params.sample_type='lhs'
    633                                         dm.params.all_variables=False
    634                                         dm.params.variance_based_decomp=False
    635                                         dm.params.previous_samples=0
     622                                        dm.type     ='nond'
     623                                        dm.variables=['normal_uncertain',
     624                                                                                                'uniform_uncertain',
     625                                                                                                'continuous_state']
     626                                        dm.lcspec   =[]
     627                                        dm.responses=['response_function']
     628                                        dm.ghspec   =[]
     629                                        #                               not documented, but apparently works
     630                                        dm.params.output=False
     631                                        dm.params.seed=False
     632                                        dm.params.fixed_seed=False
     633                                        dm.params.rng=False
     634                                        dm.params.samples=False
     635                                        dm.params.sample_type='lhs'
     636                                        dm.params.all_variables=False
     637                                        dm.params.variance_based_decomp=False
     638                                        dm.params.previous_samples=0
     639
    636640                                elif dm.method == 'nond_local_reliability':
    637                                         dm.type     ='nond'
    638                                         dm.variables=['normal_uncertain',
    639                                                         'uniform_uncertain',
    640                                                         'continuous_state']
    641                                         dm.lcspec   =[]
    642                                         dm.responses=['response_function']
    643                                         dm.ghspec   =['grad']
    644         #                               not documented, but may work
    645                                         dm.params.output=False
    646                                         dm.params.max_iterations=False
    647                                         dm.params.convergence_tolerance=False
    648                                         dm.params.mpp_search=False
    649                                         dm.params.sqp=False
    650                                         dm.params.nip=False
    651                                         dm.params.integration='first_order'
    652                                         dm.params.refinement=False
    653                                         dm.params.samples=0
    654                                         dm.params.seed=False
     641                                        dm.type     ='nond'
     642                                        dm.variables=['normal_uncertain',
     643                                                                                                'uniform_uncertain',
     644                                                                                                'continuous_state']
     645                                        dm.lcspec   =[]
     646                                        dm.responses=['response_function']
     647                                        dm.ghspec   =['grad']
     648                                        #                               not documented, but may work
     649                                        dm.params.output=False
     650                                        dm.params.max_iterations=False
     651                                        dm.params.convergence_tolerance=False
     652                                        dm.params.mpp_search=False
     653                                        dm.params.sqp=False
     654                                        dm.params.nip=False
     655                                        dm.params.integration='first_order'
     656                                        dm.params.refinement=False
     657                                        dm.params.samples=0
     658                                        dm.params.seed=False
     659
    655660                                elif dm.method == 'nond_global_reliability':
    656                                         dm.type     ='nond'
    657                                         dm.variables=['normal_uncertain',
    658                                                         'uniform_uncertain',
    659                                                         'continuous_state']
    660                                         dm.lcspec   =[]
    661                                         dm.responses=['response_function']
    662                                         dm.ghspec   =['grad']
    663         #                               not documented, but may work
    664                                         dm.params.output=False
    665                                         dm.params.x_gaussian_process=False
    666                                         dm.params.u_gaussian_process=False
    667                                         dm.params.all_variables=False
    668                                         dm.params.seed=False
     661                                        dm.type     ='nond'
     662                                        dm.variables=['normal_uncertain',
     663                                                                                                'uniform_uncertain',
     664                                                                                                'continuous_state']
     665                                        dm.lcspec   =[]
     666                                        dm.responses=['response_function']
     667                                        dm.ghspec   =['grad']
     668                                        #                               not documented, but may work
     669                                        dm.params.output=False
     670                                        dm.params.x_gaussian_process=False
     671                                        dm.params.u_gaussian_process=False
     672                                        dm.params.all_variables=False
     673                                        dm.params.seed=False
     674
    669675                                elif dm.method == 'nond_polynomial_chaos':
    670                                         dm.type     ='nond'
    671                                         dm.variables=['normal_uncertain',
    672                                                         'uniform_uncertain',
    673                                                         'continuous_state']
    674                                         dm.lcspec   =[]
    675                                         dm.responses=['response_function']
    676                                         dm.ghspec   =['grad']
    677         #                               not documented, but may work
    678                                         dm.params.output=False
    679                                         dm.params.expansion_order=[]
    680                                         dm.params.expansion_terms=[]
    681                                         dm.params.quadrature_order=[]
    682                                         dm.params.sparse_grid_level=[]
    683                                         dm.params.expansion_samples=[]
    684                                         dm.params.incremental_lhs=False
    685                                         dm.params.collocation_points=[]
    686                                         dm.params.collocation_ratio=[]
    687                                         dm.params.reuse_samples=False
    688                                         dm.params.expansion_import_file=''
    689                                         dm.params.seed=False
    690                                         dm.params.fixed_seed=False
    691                                         dm.params.samples=0
    692                                         dm.params.sample_type='lhs'
    693                                         dm.params.all_variables=False
     676                                        dm.type     ='nond'
     677                                        dm.variables=['normal_uncertain',
     678                                                                                                'uniform_uncertain',
     679                                                                                                'continuous_state']
     680                                        dm.lcspec   =[]
     681                                        dm.responses=['response_function']
     682                                        dm.ghspec   =['grad']
     683                                        #                               not documented, but may work
     684                                        dm.params.output=False
     685                                        dm.params.expansion_order=[]
     686                                        dm.params.expansion_terms=[]
     687                                        dm.params.quadrature_order=[]
     688                                        dm.params.sparse_grid_level=[]
     689                                        dm.params.expansion_samples=[]
     690                                        dm.params.incremental_lhs=False
     691                                        dm.params.collocation_points=[]
     692                                        dm.params.collocation_ratio=[]
     693                                        dm.params.reuse_samples=False
     694                                        dm.params.expansion_import_file=''
     695                                        dm.params.seed=False
     696                                        dm.params.fixed_seed=False
     697                                        dm.params.samples=0
     698                                        dm.params.sample_type='lhs'
     699                                        dm.params.all_variables=False
     700
    694701                                elif dm.method == 'nond_stoch_collocation':
    695                                         dm.type     ='nond'
    696                                         dm.variables=['normal_uncertain',
    697                                                         'uniform_uncertain',
    698                                                         'continuous_state']
    699                                         dm.lcspec   =[]
    700                                         dm.responses=['response_function']
    701                                         dm.ghspec   =['grad']
    702         #                               not documented, but may work
    703                                         dm.params.output=False
    704                                         dm.params.quadrature_order=[]
    705                                         dm.params.sparse_grid_level=[]
    706                                         dm.params.seed=False
    707                                         dm.params.fixed_seed=False
    708                                         dm.params.samples=0
    709                                         dm.params.sample_type='lhs'
    710                                         dm.params.all_variables=False
     702                                        dm.type     ='nond'
     703                                        dm.variables=['normal_uncertain',
     704                                                                                                'uniform_uncertain',
     705                                                                                                'continuous_state']
     706                                        dm.lcspec   =[]
     707                                        dm.responses=['response_function']
     708                                        dm.ghspec   =['grad']
     709                                        #                               not documented, but may work
     710                                        dm.params.output=False
     711                                        dm.params.quadrature_order=[]
     712                                        dm.params.sparse_grid_level=[]
     713                                        dm.params.seed=False
     714                                        dm.params.fixed_seed=False
     715                                        dm.params.samples=0
     716                                        dm.params.sample_type='lhs'
     717                                        dm.params.all_variables=False
     718
    711719                                elif dm.method == 'nond_evidence':
    712                                         dm.type     ='nond'
    713                                         dm.variables=['normal_uncertain',
    714                                                         'uniform_uncertain',
    715                                                         'continuous_state']
    716                                         dm.lcspec   =[]
    717                                         dm.responses=['response_function']
    718                                         dm.ghspec   =['grad']
    719         #                               not documented, but may work
    720                                         dm.params.output=False
    721                                         dm.params.seed=False
    722                                         dm.params.samples=10000
     720                                        dm.type     ='nond'
     721                                        dm.variables=['normal_uncertain',
     722                                                                                                'uniform_uncertain',
     723                                                                                                'continuous_state']
     724                                        dm.lcspec   =[]
     725                                        dm.responses=['response_function']
     726                                        dm.ghspec   =['grad']
     727                                        #                               not documented, but may work
     728                                        dm.params.output=False
     729                                        dm.params.seed=False
     730                                        dm.params.samples=10000
    723731
    724732                                elif dm.method == 'dace':
    725                                         dm.type     ='dace'
    726                                         dm.variables=['continuous_design',
    727                                                         'continuous_state']
    728                                         dm.lcspec   =[]
    729                                         dm.responses=['objective_function',
    730                                                         'response_function']
    731                                         dm.ghspec   =[]
    732                                         dm.params.grid=False
    733                                         dm.params.random=False
    734                                         dm.params.oas=False
    735                                         dm.params.lhs=False
    736                                         dm.params.oa_lhs=False
    737                                         dm.params.box_behnken=False
    738                                         dm.params.central_composite=False
    739                                         dm.params.seed=False
    740                                         dm.params.fixed_seed=False
    741                                         dm.params.samples=False
    742                                         dm.params.symbols=False
    743                                         dm.params.quality_metrics=False
    744                                         dm.params.variance_based_decomp=False
     733                                        dm.type     ='dace'
     734                                        dm.variables=['continuous_design',
     735                                                                                                'continuous_state']
     736                                        dm.lcspec   =[]
     737                                        dm.responses=['objective_function',
     738                                                                                                'response_function']
     739                                        dm.ghspec   =[]
     740                                        dm.params.grid=False
     741                                        dm.params.random=False
     742                                        dm.params.oas=False
     743                                        dm.params.lhs=False
     744                                        dm.params.oa_lhs=False
     745                                        dm.params.box_behnken=False
     746                                        dm.params.central_composite=False
     747                                        dm.params.seed=False
     748                                        dm.params.fixed_seed=False
     749                                        dm.params.samples=False
     750                                        dm.params.symbols=False
     751                                        dm.params.quality_metrics=False
     752                                        dm.params.variance_based_decomp=False
     753
    745754                                elif dm.method == 'fsu_quasi_mc':
    746                                         dm.type     ='dace'
    747                                         dm.variables=['continuous_design',
    748                                                         'continuous_state']
    749                                         dm.lcspec   =[]
    750                                         dm.responses=['objective_function',
    751                                                         'response_function']
    752                                         dm.ghspec   =[]
    753                                         dm.params.halton=False
    754                                         dm.params.hammersley=False
    755                                         dm.params.samples=0
    756                                         dm.params.sequence_start=[0]
    757                                         dm.params.sequence_leap=[1]
    758                                         dm.params.prime_base=False
    759                                         dm.params.fixed_sequence=False
    760                                         dm.params.latinize=False
    761                                         dm.params.variance_based_decomp=False
    762                                         dm.params.quality_metrics=False
     755                                        dm.type     ='dace'
     756                                        dm.variables=['continuous_design',
     757                                                                                                'continuous_state']
     758                                        dm.lcspec   =[]
     759                                        dm.responses=['objective_function',
     760                                                                                                'response_function']
     761                                        dm.ghspec   =[]
     762                                        dm.params.halton=False
     763                                        dm.params.hammersley=False
     764                                        dm.params.samples=0
     765                                        dm.params.sequence_start=[0]
     766                                        dm.params.sequence_leap=[1]
     767                                        dm.params.prime_base=False
     768                                        dm.params.fixed_sequence=False
     769                                        dm.params.latinize=False
     770                                        dm.params.variance_based_decomp=False
     771                                        dm.params.quality_metrics=False
     772
    763773                                elif dm.method == 'fsu_cvt':
    764                                         dm.type     ='dace'
    765                                         dm.variables=['continuous_design',
    766                                                         'continuous_state']
    767                                         dm.lcspec   =[]
    768                                         dm.responses=['objective_function',
    769                                                         'response_function']
    770                                         dm.ghspec   =[]
    771                                         dm.params.seed=False
    772                                         dm.params.fixed_seed=False
    773                                         dm.params.samples=0
    774                                         dm.params.num_trials=10000
    775                                         dm.params.trial_type='random'
    776                                         dm.params.latinize=False
    777                                         dm.params.variance_based_decomp=False
    778                                         dm.params.quality_metrics=False
     774                                        dm.type     ='dace'
     775                                        dm.variables=['continuous_design',
     776                                                                                                'continuous_state']
     777                                        dm.lcspec   =[]
     778                                        dm.responses=['objective_function',
     779                                                                                                'response_function']
     780                                        dm.ghspec   =[]
     781                                        dm.params.seed=False
     782                                        dm.params.fixed_seed=False
     783                                        dm.params.samples=0
     784                                        dm.params.num_trials=10000
     785                                        dm.params.trial_type='random'
     786                                        dm.params.latinize=False
     787                                        dm.params.variance_based_decomp=False
     788                                        dm.params.quality_metrics=False
    779789
    780790                                elif dm.method == 'vector_parameter_study':
    781                                         dm.type     ='param'
    782                                         dm.variables=['continuous_design',
    783                                                         'normal_uncertain',
    784                                                         'uniform_uncertain',
    785                                                         'continuous_state']
    786                                         dm.lcspec   =[]
    787                                         dm.responses=['objective_function',
    788                                                         'response_function']
    789                                         dm.ghspec   =[]
    790                                         dm.params.output=False
    791                                         dm.params.final_point=[]
    792                                         dm.params.step_length=[]
    793                                         dm.params.num_steps=[]
    794                                         dm.params.step_vector=[]
    795                                         dm.params.num_steps=[]
     791                                        dm.type     ='param'
     792                                        dm.variables=['continuous_design',
     793                                                                                                'normal_uncertain',
     794                                                                                                'uniform_uncertain',
     795                                                                                                'continuous_state']
     796                                        dm.lcspec   =[]
     797                                        dm.responses=['objective_function',
     798                                                                                                'response_function']
     799                                        dm.ghspec   =[]
     800                                        dm.params.output=False
     801                                        dm.params.final_point=[]
     802                                        dm.params.step_length=[]
     803                                        dm.params.num_steps=[]
     804                                        dm.params.step_vector=[]
     805                                        dm.params.num_steps=[]
     806
    796807                                elif dm.method == 'list_parameter_study':
    797                                         dm.type     ='param'
    798                                         dm.variables=['continuous_design',
    799                                                         'normal_uncertain',
    800                                                         'uniform_uncertain',
    801                                                         'continuous_state']
    802                                         dm.lcspec   =[]
    803                                         dm.responses=['objective_function',
    804                                                         'response_function']
    805                                         dm.ghspec   =[]
    806                                         dm.params.output=False
    807                                         dm.params.list_of_points=[]
     808                                        dm.type     ='param'
     809                                        dm.variables=['continuous_design',
     810                                                                                                'normal_uncertain',
     811                                                                                                'uniform_uncertain',
     812                                                                                                'continuous_state']
     813                                        dm.lcspec   =[]
     814                                        dm.responses=['objective_function',
     815                                                                                                'response_function']
     816                                        dm.ghspec   =[]
     817                                        dm.params.output=False
     818                                        dm.params.list_of_points=[]
     819
    808820                                elif dm.method == 'centered_parameter_study':
    809                                         dm.type     ='param'
    810                                         dm.variables=['continuous_design',
    811                                                         'normal_uncertain',
    812                                                         'uniform_uncertain',
    813                                                         'continuous_state']
    814                                         dm.lcspec   =[]
    815                                         dm.responses=['objective_function',
    816                                                         'response_function']
    817                                         dm.ghspec   =[]
    818                                         dm.params.output=False
    819                                         dm.params.percent_delta=[]
    820                                         dm.params.deltas_per_variable=[]
     821                                        dm.type     ='param'
     822                                        dm.variables=['continuous_design',
     823                                                                                                'normal_uncertain',
     824                                                                                                'uniform_uncertain',
     825                                                                                                'continuous_state']
     826                                        dm.lcspec   =[]
     827                                        dm.responses=['objective_function',
     828                                                                                                'response_function']
     829                                        dm.ghspec   =[]
     830                                        dm.params.output=False
     831                                        dm.params.percent_delta=[]
     832                                        dm.params.deltas_per_variable=[]
     833
    821834                                elif dm.method == 'multidim_parameter_study':
    822                                         dm.type     ='param'
    823                                         dm.variables=['continuous_design',
    824                                                         'normal_uncertain',
    825                                                         'uniform_uncertain',
    826                                                         'continuous_state']
    827                                         dm.lcspec   =[]
    828                                         dm.responses=['objective_function',
    829                                                         'response_function']
    830                                         dm.ghspec   =[]
    831                                         dm.params.output=False
    832                                         dm.params.partitions=[]
     835                                        dm.type     ='param'
     836                                        dm.variables=['continuous_design',
     837                                                                                                'normal_uncertain',
     838                                                                                                'uniform_uncertain',
     839                                                                                                'continuous_state']
     840                                        dm.lcspec   =[]
     841                                        dm.responses=['objective_function',
     842                                                                                                'response_function']
     843                                        dm.ghspec   =[]
     844                                        dm.params.output=False
     845                                        dm.params.partitions=[]
     846
    833847                                elif dm.method == 'bayes_calibration':
    834                                         dm.type     ='bayes'
    835                                         dm.variables=['continuous_design',
    836                                                         'normal_uncertain',
    837                                                         'uniform_uncertain',
    838                                                         'continuous_state']
    839                                         dm.lcspec   =[]
    840                                         dm.responses=['objective_function',
    841                                                         'response_function',
    842                                                                                                                                 'calibration_function']
    843                                         dm.ghspec   =[]
    844                                         dm.params.queso=False
     848                                        dm.type     ='bayes'
     849                                        dm.variables=['continuous_design',
     850                                                                                                'normal_uncertain',
     851                                                                                                'uniform_uncertain',
     852                                                                                                'continuous_state']
     853                                        dm.lcspec   =[]
     854                                        dm.responses=['objective_function',
     855                                                                                                'response_function',
     856                                                                                                'calibration_function']
     857                                        dm.ghspec   =[]
     858                                        dm.params.queso=False
    845859                                        dm.params.dream=False
    846860                                        dm.params.gpmsa=False
    847                                         dm.params.samples=0
    848                                         dm.params.seed=False
    849                                         dm.params.output=False
    850                                        
     861                                        dm.params.samples=0
     862                                        dm.params.seed=False
     863                                        dm.params.output=False
    851864                                        dm.params.metropolis_hastings=False
    852                                        
    853865                                        dm.params.proposal_covariance=False
    854866                                        dm.params.diagonal=False
    … …  
    856868
    857869                                else:
    858                                         raise RuntimeError('Unimplemented method: '+str(dm.method)+'.')
     870                                        raise RuntimeError('Unimplemented method: {}.'.format(dm.method))
    859871
    860872                #  if more than one argument, issue warning
    861873                else:
    862                         print 'Warning: dakota_method:extra_arg: Extra arguments for object of class '+str(type(dm))+'.'
     874                        print('Warning: dakota_method:extra_arg: Extra arguments for object of class '+str(type(dm))+'.')
    863875                return dm
    864876
    … …  
    886898                for i in range(len(fnames)):
    887899                        maxlen=max(maxlen,len(fnames[i]))
    888                        
     900
    889901                for i in fnames:
    890902                        string += '       params.{:{space}s}: {}\n'.format(str(i),str(dm.params.__dict__[i]),space=maxlen+1)
    … …  
    892904                        #with maxlen+1 spaces between x and :
    893905                return string
    894 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/qmu/@dakota_method/dmeth_params_set.py

    r23095 r23716  
    1616                if isfield(dm.params,args[i]):
    1717                        #vars(dresp)[fnames[i]]
    18                         exec('dm.params.%s = args[i+1]')%(args[i])
     18                        exec(('dm.params.%s = args[i+1]')%(args[i]))
    1919                        #vars(dm.params)[args[i]]=args[i+1]
    2020                else:
    21                         print 'WARNING: dmeth_params_set:unknown_param No parameter \''+str(args[i])+'\' for dakota_method \''+str(dm.method)+'\'.'
     21                        print('WARNING: dmeth_params_set:unknown_param No parameter \''+str(args[i])+'\' for dakota_method \''+str(dm.method)+'\'.')
    2222
    2323        return dm
    24    
    25 
    26 
    27 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/qmu/@dakota_method/dmeth_params_write.py

    r23095 r23716  
    4141                #switch dm.method
    4242                if dm.method in ['dot_bfgs',
    43                                  'dot_frcg',
    44                                  'dot_mmfd',
    45                                  'dot_slp',
    46                                  'dot_sqp']:
    47                         param_write(fid,sbeg,'optimization_type',' = ','\n',dm.params)
    48 
    49                 else:
    50                         raise RuntimeError('Unrecognized '+dm.type+' method: '+dm.method+'.')
    51                
     43                                                                                 'dot_frcg',
     44                                                                                 'dot_mmfd',
     45                                                                                 'dot_slp',
     46                                                                                 'dot_sqp']:
     47                        param_write(fid,sbeg,'optimization_type',' = ','\n',dm.params)
     48
     49                else:
     50                        raise RuntimeError('Unrecognized '+dm.type+' method: '+dm.method+'.')
    5251
    5352        elif dm.type == 'npsol':
    … …  
    6766                else:
    6867                        raise RuntimeError('Unrecognized '+dm.type+' method: '+dm.method+'.')
    69                
    7068
    7169        elif dm.type == 'conmin':
    … …  
    7876                param_write(fid,sbeg,'scaling','','\n',dm.params)
    7977                #switch dm.method
    80                 if dm.method in ['conmin_frcg',
    81                           'conmin_mfd']:
     78                if dm.method in ['conmin_frcg','conmin_mfd']:
    8279                        pass
    8380                else:
    8481                        raise RuntimeError('Unrecognized '+dm.type+' method: '+dm.method+'.')
    85                
    8682
    8783        elif dm.type == 'optpp':
    … …  
    9490                #switch dm.method
    9591                if dm.method == 'optpp_cg':
    96                         param_write(fid,sbeg,'max_step','           = ','\n',dm.params)
    97                         param_write(fid,sbeg,'gradient_tolerance',' = ','\n',dm.params)
    98 
    99                 elif dm.method in ['optpp_q_newton',
    100                           'optpp_fd_newton',
    101                           'optpp_newton']:
    102                         if (dm.params.value_based_line_search +
    103                             dm.params.gradient_based_line_search +
    104                             dm.params.trust_region +
    105                             dm.params.tr_pds > 1):
    106                                 raise RuntimeError('#s'' method must have only one algorithm.',
    107                                         dm.method)
    108                        
    109                         param_write(fid,sbeg,'value_based_line_search','','\n',dm.params)
    110                         param_write(fid,sbeg,'gradient_based_line_search','','\n',dm.params)
    111                         param_write(fid,sbeg,'trust_region','','\n',dm.params)
    112                         param_write(fid,sbeg,'tr_pds','','\n',dm.params)
    113                         param_write(fid,sbeg,'max_step','               = ','\n',dm.params)
    114                         param_write(fid,sbeg,'gradient_tolerance','     = ','\n',dm.params)
    115                         param_write(fid,sbeg,'merit_function','         = ','\n',dm.params)
    116                         param_write(fid,sbeg,'central_path','           = ','\n',dm.params)
    117                         param_write(fid,sbeg,'steplength_to_boundary',' = ','\n',dm.params)
    118                         param_write(fid,sbeg,'centering_parameter','    = ','\n',dm.params)
     92                        param_write(fid,sbeg,'max_step','           = ','\n',dm.params)
     93                        param_write(fid,sbeg,'gradient_tolerance',' = ','\n',dm.params)
     94
     95                elif dm.method in ['optpp_q_newton','optpp_fd_newton','optpp_newton']:
     96                        if (dm.params.value_based_line_search +
     97                                        dm.params.gradient_based_line_search +
     98                                        dm.params.trust_region +
     99                                        dm.params.tr_pds > 1):
     100                                raise RuntimeError('#s'' method must have only one algorithm.',
     101                                                                                                         dm.method)
     102                        param_write(fid,sbeg,'value_based_line_search','','\n',dm.params)
     103                        param_write(fid,sbeg,'gradient_based_line_search','','\n',dm.params)
     104                        param_write(fid,sbeg,'trust_region','','\n',dm.params)
     105                        param_write(fid,sbeg,'tr_pds','','\n',dm.params)
     106                        param_write(fid,sbeg,'max_step','               = ','\n',dm.params)
     107                        param_write(fid,sbeg,'gradient_tolerance','     = ','\n',dm.params)
     108                        param_write(fid,sbeg,'merit_function','         = ','\n',dm.params)
     109                        param_write(fid,sbeg,'central_path','           = ','\n',dm.params)
     110                        param_write(fid,sbeg,'steplength_to_boundary',' = ','\n',dm.params)
     111                        param_write(fid,sbeg,'centering_parameter','    = ','\n',dm.params)
    119112
    120113                elif dm.method == 'optpp_pds':
    121                         param_write(fid,sbeg,'search_scheme_size',' = ','\n',dm.params)
    122 
    123                 else:
    124                         raise RuntimeError('Unrecognized '+dm.type+' method: '+dm.method+'.')
    125                
     114                        param_write(fid,sbeg,'search_scheme_size',' = ','\n',dm.params)
     115
     116                else:
     117                        raise RuntimeError('Unrecognized '+dm.type+' method: '+dm.method+'.')
    126118
    127119        elif dm.type == 'apps':
    … …  
    132124                #switch dm.method
    133125                if dm.method == 'asynch_pattern_search':
    134                         param_write(fid,sbeg,'initial_delta','      = ','\n',dm.params)
    135                         param_write(fid,sbeg,'threshold_delta','    = ','\n',dm.params)
    136                         param_write(fid,sbeg,'contraction_factor',' = ','\n',dm.params)
    137                         param_write(fid,sbeg,'solution_target','    = ','\n',dm.params)
    138                         param_write(fid,sbeg,'synchronization','    = ','\n',dm.params)
    139                         param_write(fid,sbeg,'merit_function','     = ','\n',dm.params)
    140                         param_write(fid,sbeg,'constraint_penalty',' = ','\n',dm.params)
    141                         param_write(fid,sbeg,'smoothing_factor','   = ','\n',dm.params)
    142 
    143                 else:
    144                         raise RuntimeError('Unrecognized '+dm.type+' method: '+dm.method+'.')
    145                
     126                        param_write(fid,sbeg,'initial_delta','      = ','\n',dm.params)
     127                        param_write(fid,sbeg,'threshold_delta','    = ','\n',dm.params)
     128                        param_write(fid,sbeg,'contraction_factor',' = ','\n',dm.params)
     129                        param_write(fid,sbeg,'solution_target','    = ','\n',dm.params)
     130                        param_write(fid,sbeg,'synchronization','    = ','\n',dm.params)
     131                        param_write(fid,sbeg,'merit_function','     = ','\n',dm.params)
     132                        param_write(fid,sbeg,'constraint_penalty',' = ','\n',dm.params)
     133                        param_write(fid,sbeg,'smoothing_factor','   = ','\n',dm.params)
     134
     135                else:
     136                        raise RuntimeError('Unrecognized '+dm.type+' method: '+dm.method+'.')
    146137
    147138        elif dm.type == 'coliny':
    … …  
    151142                param_write(fid,sbeg,'output',' ','\n',dm.params)
    152143                param_write(fid,sbeg,'scaling','','\n',dm.params)
    153 
    154144                param_write(fid,sbeg,'show_misc_options','','\n',dm.params)
    155145                param_write(fid,sbeg,'misc_options','      = ','\n',dm.params)
    … …  
    157147                #switch dm.method
    158148                if dm.method == 'coliny_cobyla':
    159                         param_write(fid,sbeg,'initial_delta','   = ','\n',dm.params)
    160                         param_write(fid,sbeg,'threshold_delta',' = ','\n',dm.params)
     149                        param_write(fid,sbeg,'initial_delta','   = ','\n',dm.params)
     150                        param_write(fid,sbeg,'threshold_delta',' = ','\n',dm.params)
    161151
    162152                elif dm.method == 'coliny_direct':
    163                         param_write(fid,sbeg,'division','                 = ','\n',dm.params)
    164                         param_write(fid,sbeg,'global_balance_parameter',' = ','\n',dm.params)
    165                         param_write(fid,sbeg,'local_balance_parameter','  = ','\n',dm.params)
    166                         param_write(fid,sbeg,'max_boxsize_limit','        = ','\n',dm.params)
    167                         param_write(fid,sbeg,'min_boxsize_limit','        = ','\n',dm.params)
    168                         param_write(fid,sbeg,'constraint_penalty','       = ','\n',dm.params)
     153                        param_write(fid,sbeg,'division','                 = ','\n',dm.params)
     154                        param_write(fid,sbeg,'global_balance_parameter',' = ','\n',dm.params)
     155                        param_write(fid,sbeg,'local_balance_parameter','  = ','\n',dm.params)
     156                        param_write(fid,sbeg,'max_boxsize_limit','        = ','\n',dm.params)
     157                        param_write(fid,sbeg,'min_boxsize_limit','        = ','\n',dm.params)
     158                        param_write(fid,sbeg,'constraint_penalty','       = ','\n',dm.params)
    169159
    170160                elif dm.method == 'coliny_ea':
    171                         param_write(fid,sbeg,'seed','                    = ','\n',dm.params)
    172                         param_write(fid,sbeg,'population_size','         = ','\n',dm.params)
    173                         param_write(fid,sbeg,'initialization_type','     = ','\n',dm.params)
    174                         param_write(fid,sbeg,'fitness_type','            = ','\n',dm.params)
    175                         param_write(fid,sbeg,'replacement_type','        = ','\n',dm.params)
    176                         param_write(fid,sbeg,'random','                  = ','\n',dm.params)
    177                         param_write(fid,sbeg,'chc','                     = ','\n',dm.params)
    178                         param_write(fid,sbeg,'elitist','                 = ','\n',dm.params)
    179                         param_write(fid,sbeg,'new_solutions_generated',' = ','\n',dm.params)
    180                         param_write(fid,sbeg,'crossover_type','          = ','\n',dm.params)
    181                         param_write(fid,sbeg,'crossover_rate','          = ','\n',dm.params)
    182                         param_write(fid,sbeg,'mutation_type','           = ','\n',dm.params)
    183                         param_write(fid,sbeg,'mutation_scale','          = ','\n',dm.params)
    184                         param_write(fid,sbeg,'mutation_range','          = ','\n',dm.params)
    185                         param_write(fid,sbeg,'dimension_ratio','         = ','\n',dm.params)
    186                         param_write(fid,sbeg,'mutation_rate','           = ','\n',dm.params)
    187                         param_write(fid,sbeg,'non_adaptive','','\n',dm.params)
     161                        param_write(fid,sbeg,'seed','                    = ','\n',dm.params)
     162                        param_write(fid,sbeg,'population_size','         = ','\n',dm.params)
     163                        param_write(fid,sbeg,'initialization_type','     = ','\n',dm.params)
     164                        param_write(fid,sbeg,'fitness_type','            = ','\n',dm.params)
     165                        param_write(fid,sbeg,'replacement_type','        = ','\n',dm.params)
     166                        param_write(fid,sbeg,'random','                  = ','\n',dm.params)
     167                        param_write(fid,sbeg,'chc','                     = ','\n',dm.params)
     168                        param_write(fid,sbeg,'elitist','                 = ','\n',dm.params)
     169                        param_write(fid,sbeg,'new_solutions_generated',' = ','\n',dm.params)
     170                        param_write(fid,sbeg,'crossover_type','          = ','\n',dm.params)
     171                        param_write(fid,sbeg,'crossover_rate','          = ','\n',dm.params)
     172                        param_write(fid,sbeg,'mutation_type','           = ','\n',dm.params)
     173                        param_write(fid,sbeg,'mutation_scale','          = ','\n',dm.params)
     174                        param_write(fid,sbeg,'mutation_range','          = ','\n',dm.params)
     175                        param_write(fid,sbeg,'dimension_ratio','         = ','\n',dm.params)
     176                        param_write(fid,sbeg,'mutation_rate','           = ','\n',dm.params)
     177                        param_write(fid,sbeg,'non_adaptive','','\n',dm.params)
    188178
    189179                elif dm.method == 'coliny_pattern_search':
    190                         param_write(fid,sbeg,'stochastic','','\n',dm.params)
    191                         param_write(fid,sbeg,'seed','                 = ','\n',dm.params)
    192                         param_write(fid,sbeg,'initial_delta','        = ','\n',dm.params)
    193                         param_write(fid,sbeg,'threshold_delta','      = ','\n',dm.params)
    194                         param_write(fid,sbeg,'constraint_penalty','   = ','\n',dm.params)
    195                         param_write(fid,sbeg,'constant_penalty','','\n',dm.params)
    196                         param_write(fid,sbeg,'pattern_basis','        = ','\n',dm.params)
    197                         param_write(fid,sbeg,'total_pattern_size','   = ','\n',dm.params)
    198                         param_write(fid,sbeg,'no_expansion','','\n',dm.params)
    199                         param_write(fid,sbeg,'expand_after_success',' = ','\n',dm.params)
    200                         param_write(fid,sbeg,'contraction_factor','   = ','\n',dm.params)
    201                         param_write(fid,sbeg,'synchronization','      = ','\n',dm.params)
    202                         param_write(fid,sbeg,'exploratory_moves','    = ','\n',dm.params)
     180                        param_write(fid,sbeg,'stochastic','','\n',dm.params)
     181                        param_write(fid,sbeg,'seed','                 = ','\n',dm.params)
     182                        param_write(fid,sbeg,'initial_delta','        = ','\n',dm.params)
     183                        param_write(fid,sbeg,'threshold_delta','      = ','\n',dm.params)
     184                        param_write(fid,sbeg,'constraint_penalty','   = ','\n',dm.params)
     185                        param_write(fid,sbeg,'constant_penalty','','\n',dm.params)
     186                        param_write(fid,sbeg,'pattern_basis','        = ','\n',dm.params)
     187                        param_write(fid,sbeg,'total_pattern_size','   = ','\n',dm.params)
     188                        param_write(fid,sbeg,'no_expansion','','\n',dm.params)
     189                        param_write(fid,sbeg,'expand_after_success',' = ','\n',dm.params)
     190                        param_write(fid,sbeg,'contraction_factor','   = ','\n',dm.params)
     191                        param_write(fid,sbeg,'synchronization','      = ','\n',dm.params)
     192                        param_write(fid,sbeg,'exploratory_moves','    = ','\n',dm.params)
    203193
    204194                elif dm.method == 'coliny_solis_wets':
    205                         param_write(fid,sbeg,'seed','                   = ','\n',dm.params)
    206                         param_write(fid,sbeg,'initial_delta','          = ','\n',dm.params)
    207                         param_write(fid,sbeg,'threshold_delta','        = ','\n',dm.params)
    208                         param_write(fid,sbeg,'no_expansion','','\n',dm.params)
    209                         param_write(fid,sbeg,'expand_after_success','   = ','\n',dm.params)
    210                         param_write(fid,sbeg,'contract_after_failure',' = ','\n',dm.params)
    211                         param_write(fid,sbeg,'contraction_factor','     = ','\n',dm.params)
    212                         param_write(fid,sbeg,'constraint_penalty','     = ','\n',dm.params)
    213                         param_write(fid,sbeg,'constant_penalty','','\n',dm.params)
    214 
    215                 else:
    216                         raise RuntimeError('Unrecognized '+dm.type+' method: '+dm.method+'.')
    217                
     195                        param_write(fid,sbeg,'seed','                   = ','\n',dm.params)
     196                        param_write(fid,sbeg,'initial_delta','          = ','\n',dm.params)
     197                        param_write(fid,sbeg,'threshold_delta','        = ','\n',dm.params)
     198                        param_write(fid,sbeg,'no_expansion','','\n',dm.params)
     199                        param_write(fid,sbeg,'expand_after_success','   = ','\n',dm.params)
     200                        param_write(fid,sbeg,'contract_after_failure',' = ','\n',dm.params)
     201                        param_write(fid,sbeg,'contraction_factor','     = ','\n',dm.params)
     202                        param_write(fid,sbeg,'constraint_penalty','     = ','\n',dm.params)
     203                        param_write(fid,sbeg,'constant_penalty','','\n',dm.params)
     204
     205                else:
     206                        raise RuntimeError('Unrecognized '+dm.type+' method: '+dm.method+'.')
    218207
    219208        elif dm.type == 'ncsu':
    … …  
    223212                #switch dm.method
    224213                if dm.method == 'ncsu_direct':
    225                         param_write(fid,sbeg,'solution_accuracy',' = ','\n',dm.params)
    226                         param_write(fid,sbeg,'min_boxsize_limit',' = ','\n',dm.params)
    227                         param_write(fid,sbeg,'vol_boxsize_limit',' = ','\n',dm.params)
    228 
    229                 else:
    230                         raise RuntimeError('Unrecognized '+dm.type+' method: '+dm.method+'.')
    231                
     214                        param_write(fid,sbeg,'solution_accuracy',' = ','\n',dm.params)
     215                        param_write(fid,sbeg,'min_boxsize_limit',' = ','\n',dm.params)
     216                        param_write(fid,sbeg,'vol_boxsize_limit',' = ','\n',dm.params)
     217
     218                else:
     219                        raise RuntimeError('Unrecognized '+dm.type+' method: '+dm.method+'.')
    232220
    233221        elif dm.type == 'jega':
    … …  
    236224                param_write(fid,sbeg,'output',' ','\n',dm.params)
    237225                param_write(fid,sbeg,'scaling','','\n',dm.params)
    238 
    239226                param_write(fid,sbeg,'seed','                             = ','\n',dm.params)
    240227                param_write(fid,sbeg,'log_file','                         = ','\n',dm.params)
    … …  
    260247                #switch dm.method
    261248                if dm.method == 'moga':
    262                         param_write(fid,sbeg,'fitness_type','        = ','\n',dm.params)
    263                         param_write(fid,sbeg,'niching_type','        = ','\n',dm.params)
    264                         if not isempty(dm.params.radial) and not isempty(dm.params.distance):
    265                                 raise RuntimeError('#s'' method must have only one niching distance.',
    266                                         dm.method)
    267                        
    268                         param_write(fid,sbeg,'radial','              = ','\n',dm.params)
    269                         param_write(fid,sbeg,'distance','            = ','\n',dm.params)
    270                         param_write(fid,sbeg,'metric_tracker','','\n',dm.params)
    271                         param_write(fid,sbeg,'percent_change','      = ','\n',dm.params)
    272                         param_write(fid,sbeg,'num_generations','     = ','\n',dm.params)
    273                         param_write(fid,sbeg,'postprocessor_type','  = ','\n',dm.params)
    274                         param_write(fid,sbeg,'orthogonal_distance',' = ','\n',dm.params)
     249                        param_write(fid,sbeg,'fitness_type','        = ','\n',dm.params)
     250                        param_write(fid,sbeg,'niching_type','        = ','\n',dm.params)
     251                        if not isempty(dm.params.radial) and not isempty(dm.params.distance):
     252                                raise RuntimeError('#s'' method must have only one niching distance.',
     253                                                                                                         dm.method)
     254                        param_write(fid,sbeg,'radial','              = ','\n',dm.params)
     255                        param_write(fid,sbeg,'distance','            = ','\n',dm.params)
     256                        param_write(fid,sbeg,'metric_tracker','','\n',dm.params)
     257                        param_write(fid,sbeg,'percent_change','      = ','\n',dm.params)
     258                        param_write(fid,sbeg,'num_generations','     = ','\n',dm.params)
     259                        param_write(fid,sbeg,'postprocessor_type','  = ','\n',dm.params)
     260                        param_write(fid,sbeg,'orthogonal_distance',' = ','\n',dm.params)
    275261
    276262                elif dm.method == 'soga':
    277                         param_write(fid,sbeg,'fitness_type','       = ','\n',dm.params)
    278                         param_write(fid,sbeg,'constraint_penalty',' = ','\n',dm.params)
    279                         param_write(fid,sbeg,'replacement_type','   = ','\n',dm.params)
    280                         param_write(fid,sbeg,'convergence_type','   = ','\n',dm.params)
    281                         param_write(fid,sbeg,'num_generations','    = ','\n',dm.params)
    282                         param_write(fid,sbeg,'percent_change','     = ','\n',dm.params)
    283 
    284                 else:
    285                         raise RuntimeError('Unrecognized '+dm.type+' method: '+dm.method+'.')
    286                
     263                        param_write(fid,sbeg,'fitness_type','       = ','\n',dm.params)
     264                        param_write(fid,sbeg,'constraint_penalty',' = ','\n',dm.params)
     265                        param_write(fid,sbeg,'replacement_type','   = ','\n',dm.params)
     266                        param_write(fid,sbeg,'convergence_type','   = ','\n',dm.params)
     267                        param_write(fid,sbeg,'num_generations','    = ','\n',dm.params)
     268                        param_write(fid,sbeg,'percent_change','     = ','\n',dm.params)
     269
     270                else:
     271                        raise RuntimeError('Unrecognized '+dm.type+' method: '+dm.method+'.')
    287272
    288273        elif dm.type == 'lsq':
    289274                #switch dm.method
    290275                if dm.method == 'nl2sol':
    291                         param_write(fid,sbeg,'max_iterations','           = ','\n',dm.params)
    292                         param_write(fid,sbeg,'max_function_evaluations',' = ','\n',dm.params)
    293                         param_write(fid,sbeg,'convergence_tolerance','    = ','\n',dm.params)
    294                         param_write(fid,sbeg,'output',' ','\n',dm.params)
    295                         param_write(fid,sbeg,'scaling','','\n',dm.params)
    296 
    297                         param_write(fid,sbeg,'function_precision','   = ','\n',dm.params)
    298                         param_write(fid,sbeg,'absolute_conv_tol','    = ','\n',dm.params)
    299                         param_write(fid,sbeg,'x_conv_tol','           = ','\n',dm.params)
    300                         param_write(fid,sbeg,'singular_conv_tol','    = ','\n',dm.params)
    301                         param_write(fid,sbeg,'singular_radius','      = ','\n',dm.params)
    302                         param_write(fid,sbeg,'false_conv_tol','       = ','\n',dm.params)
    303                         param_write(fid,sbeg,'initial_trust_radius',' = ','\n',dm.params)
    304                         param_write(fid,sbeg,'covariance','           = ','\n',dm.params)
    305                         param_write(fid,sbeg,'regression_stressbalances','','\n',dm.params)
     276                        param_write(fid,sbeg,'max_iterations','           = ','\n',dm.params)
     277                        param_write(fid,sbeg,'max_function_evaluations',' = ','\n',dm.params)
     278                        param_write(fid,sbeg,'convergence_tolerance','    = ','\n',dm.params)
     279                        param_write(fid,sbeg,'output',' ','\n',dm.params)
     280                        param_write(fid,sbeg,'scaling','','\n',dm.params)
     281                        param_write(fid,sbeg,'function_precision','   = ','\n',dm.params)
     282                        param_write(fid,sbeg,'absolute_conv_tol','    = ','\n',dm.params)
     283                        param_write(fid,sbeg,'x_conv_tol','           = ','\n',dm.params)
     284                        param_write(fid,sbeg,'singular_conv_tol','    = ','\n',dm.params)
     285                        param_write(fid,sbeg,'singular_radius','      = ','\n',dm.params)
     286                        param_write(fid,sbeg,'false_conv_tol','       = ','\n',dm.params)
     287                        param_write(fid,sbeg,'initial_trust_radius',' = ','\n',dm.params)
     288                        param_write(fid,sbeg,'covariance','           = ','\n',dm.params)
     289                        param_write(fid,sbeg,'regression_stressbalances','','\n',dm.params)
    306290
    307291                elif dm.method == 'nlssol_sqp':
    308                         param_write(fid,sbeg,'max_iterations','           = ','\n',dm.params)
    309                         param_write(fid,sbeg,'max_function_evaluations',' = ','\n',dm.params)
    310                         param_write(fid,sbeg,'convergence_tolerance','    = ','\n',dm.params)
    311                         param_write(fid,sbeg,'constraint_tolerance','     = ','\n',dm.params)
    312                         param_write(fid,sbeg,'output',' ','\n',dm.params)
    313                         param_write(fid,sbeg,'speculative','','\n',dm.params)
    314                         param_write(fid,sbeg,'scaling','','\n',dm.params)
    315 
    316                         param_write(fid,sbeg,'verify_level','         = ','\n',dm.params)
    317                         param_write(fid,sbeg,'function_precision','   = ','\n',dm.params)
    318                         param_write(fid,sbeg,'linesearch_tolerance',' = ','\n',dm.params)
     292                        param_write(fid,sbeg,'max_iterations','           = ','\n',dm.params)
     293                        param_write(fid,sbeg,'max_function_evaluations',' = ','\n',dm.params)
     294                        param_write(fid,sbeg,'convergence_tolerance','    = ','\n',dm.params)
     295                        param_write(fid,sbeg,'constraint_tolerance','     = ','\n',dm.params)
     296                        param_write(fid,sbeg,'output',' ','\n',dm.params)
     297                        param_write(fid,sbeg,'speculative','','\n',dm.params)
     298                        param_write(fid,sbeg,'scaling','','\n',dm.params)
     299                        param_write(fid,sbeg,'verify_level','         = ','\n',dm.params)
     300                        param_write(fid,sbeg,'function_precision','   = ','\n',dm.params)
     301                        param_write(fid,sbeg,'linesearch_tolerance',' = ','\n',dm.params)
    319302
    320303                elif dm.method == 'optpp_g_newton':
    321                         param_write(fid,sbeg,'max_iterations','           = ','\n',dm.params)
    322                         param_write(fid,sbeg,'max_function_evaluations',' = ','\n',dm.params)
    323                         param_write(fid,sbeg,'convergence_tolerance','    = ','\n',dm.params)
    324                         param_write(fid,sbeg,'output',' ','\n',dm.params)
    325                         param_write(fid,sbeg,'speculative','','\n',dm.params)
    326                         param_write(fid,sbeg,'scaling','','\n',dm.params)
    327 
    328                         if (dm.params.value_based_line_search +
    329                             dm.params.gradient_based_line_search +
    330                             dm.params.trust_region +
    331                             dm.params.tr_pds > 1):
    332                                 raise RuntimeError('#s'' method must have only one algorithm.',
    333                                         dm.method)
    334                        
    335                         param_write(fid,sbeg,'value_based_line_search','','\n',dm.params)
    336                         param_write(fid,sbeg,'gradient_based_line_search','','\n',dm.params)
    337                         param_write(fid,sbeg,'trust_region','','\n',dm.params)
    338                         param_write(fid,sbeg,'tr_pds','','\n',dm.params)
    339                         param_write(fid,sbeg,'max_step','               = ','\n',dm.params)
    340                         param_write(fid,sbeg,'gradient_tolerance','     = ','\n',dm.params)
    341                         param_write(fid,sbeg,'merit_function','         = ','\n',dm.params)
    342                         param_write(fid,sbeg,'central_path','           = ','\n',dm.params)
    343                         param_write(fid,sbeg,'steplength_to_boundary',' = ','\n',dm.params)
    344                         param_write(fid,sbeg,'centering_parameter','    = ','\n',dm.params)
    345 
    346                 else:
    347                         raise RuntimeError('Unrecognized '+dm.type+' method: '+dm.method+'.')
    348                
     304                        param_write(fid,sbeg,'max_iterations','           = ','\n',dm.params)
     305                        param_write(fid,sbeg,'max_function_evaluations',' = ','\n',dm.params)
     306                        param_write(fid,sbeg,'convergence_tolerance','    = ','\n',dm.params)
     307                        param_write(fid,sbeg,'output',' ','\n',dm.params)
     308                        param_write(fid,sbeg,'speculative','','\n',dm.params)
     309                        param_write(fid,sbeg,'scaling','','\n',dm.params)
     310
     311                        if (dm.params.value_based_line_search +
     312                                        dm.params.gradient_based_line_search +
     313                                        dm.params.trust_region +
     314                                        dm.params.tr_pds > 1):
     315                                raise RuntimeError('#s'' method must have only one algorithm.',
     316                                                                                                         dm.method)
     317
     318                        param_write(fid,sbeg,'value_based_line_search','','\n',dm.params)
     319                        param_write(fid,sbeg,'gradient_based_line_search','','\n',dm.params)
     320                        param_write(fid,sbeg,'trust_region','','\n',dm.params)
     321                        param_write(fid,sbeg,'tr_pds','','\n',dm.params)
     322                        param_write(fid,sbeg,'max_step','               = ','\n',dm.params)
     323                        param_write(fid,sbeg,'gradient_tolerance','     = ','\n',dm.params)
     324                        param_write(fid,sbeg,'merit_function','         = ','\n',dm.params)
     325                        param_write(fid,sbeg,'central_path','           = ','\n',dm.params)
     326                        param_write(fid,sbeg,'steplength_to_boundary',' = ','\n',dm.params)
     327                        param_write(fid,sbeg,'centering_parameter','    = ','\n',dm.params)
     328
     329                else:
     330                        raise RuntimeError('Unrecognized '+dm.type+' method: '+dm.method+'.')
    349331
    350332        elif dm.type == 'nond':
    351333                #switch dm.method
    352334                if dm.method == 'nond_sampling':
    353                         param_write(fid,sbeg,'seed','             = ','\n',dm.params)
    354                         param_write(fid,sbeg,'fixed_seed','','\n',dm.params)
     335                        param_write(fid,sbeg,'seed','             = ','\n',dm.params)
     336                        param_write(fid,sbeg,'fixed_seed','','\n',dm.params)
    355337                        dver = str(IssmConfig('_DAKOTA_VERSION_')[0])
    356                         if ((int(dver[0])==4 and int(dver[2])>2) or int(dver[0])>4):
    357                                 param_write(fid,sbeg,'rng','                ','\n',dm.params)
    358                        
    359                         param_write(fid,sbeg,'samples','          = ','\n',dm.params)
    360                         param_write(fid,sbeg,'sample_type','        ','\n',dm.params)
    361                         param_write(fid,sbeg,'all_variables','','\n',dm.params)
    362                         param_write(fid,sbeg,'variance_based_decomp','','\n',dm.params)
    363                         if strcmp(dm.params.sample_type,'incremental_random') or strcmp(dm.params.sample_type,'incremental_lhs'):
    364                                 param_write(fid,sbeg,'previous_samples',' = ','\n',dm.params)
    365                        
    366                         param_write(fid,sbeg,'output',' ','\n',dm.params)
     338                        if ((int(dver[0])==4 and int(dver[2])>2) or int(dver[0])>4):
     339                                param_write(fid,sbeg,'rng','                ','\n',dm.params)
     340                                param_write(fid,sbeg,'samples','          = ','\n',dm.params)
     341                                param_write(fid,sbeg,'sample_type','        ','\n',dm.params)
     342                                param_write(fid,sbeg,'all_variables','','\n',dm.params)
     343                                param_write(fid,sbeg,'variance_based_decomp','','\n',dm.params)
     344                                if strcmp(dm.params.sample_type,'incremental_random') or strcmp(dm.params.sample_type,'incremental_lhs'):
     345                                        param_write(fid,sbeg,'previous_samples',' = ','\n',dm.params)
     346                                        param_write(fid,sbeg,'output',' ','\n',dm.params)
    367347
    368348                elif dm.method == 'nond_local_reliability':
    369                         param_write(fid,sbeg,'max_iterations','           = ','\n',dm.params)
    370                         param_write(fid,sbeg,'convergence_tolerance','    = ','\n',dm.params)
    371 
    372                         param_write(fid,sbeg,'mpp_search','  = ','\n',dm.params)
    373                         if type(dm.params.mpp_search) == str:
    374                                 if (dm.params.sqp +
    375                                     dm.params.nip > 1):
    376                                         raise RuntimeError('#s'' method must have only one algorithm.',
    377                                                 dm.method)
    378                            
     349                        param_write(fid,sbeg,'max_iterations','           = ','\n',dm.params)
     350                        param_write(fid,sbeg,'convergence_tolerance','    = ','\n',dm.params)
     351                        param_write(fid,sbeg,'mpp_search','  = ','\n',dm.params)
     352                        if type(dm.params.mpp_search) == str:
     353                                if (dm.params.sqp +dm.params.nip > 1):
     354                                        raise RuntimeError('#s'' method must have only one algorithm.',
     355                                                                                                                 dm.method)
     356
    379357                                param_write(fid,sbeg,'sqp','','\n',dm.params)
    380358                                param_write(fid,sbeg,'nip','','\n',dm.params)
    381359                                param_write(fid,sbeg,'integration','   ','\n',dm.params)
    382360                                param_write(fid,sbeg,'refinement','  = ','\n',dm.params)
    383                                 if type(dm.params.refinement) == str:
    384                                         param_write(fid,sbeg,'samples','     = ','\n',dm.params)
    385                                         param_write(fid,sbeg,'seed','        = ','\n',dm.params)
    386                            
    387                        
    388                         param_write(fid,sbeg,'output',' ','\n',dm.params)
     361                                if type(dm.params.refinement) == str:
     362                                        param_write(fid,sbeg,'samples','     = ','\n',dm.params)
     363                                        param_write(fid,sbeg,'seed','        = ','\n',dm.params)
     364                                        param_write(fid,sbeg,'output',' ','\n',dm.params)
    389365
    390366                elif dm.method == 'nond_global_reliability':
    391367                        if (dm.params.x_gaussian_process + dm.params.u_gaussian_process != 1):
    392                                 raise RuntimeError('#s'' method must have one and only one algorithm.',
    393                                         dm.method)
    394                        
    395                         param_write(fid,sbeg,'x_gaussian_process','','\n',dm.params)
    396                         param_write(fid,sbeg,'u_gaussian_process','','\n',dm.params)
    397                         param_write(fid,sbeg,'all_variables','','\n',dm.params)
    398                         param_write(fid,sbeg,'seed',' = ','\n',dm.params)
     368                                raise RuntimeError('#s'' method must have one and only one algorithm.',
     369                                                                                                         dm.method)
     370
     371                        param_write(fid,sbeg,'x_gaussian_process','','\n',dm.params)
     372                        param_write(fid,sbeg,'u_gaussian_process','','\n',dm.params)
     373                        param_write(fid,sbeg,'all_variables','','\n',dm.params)
     374                        param_write(fid,sbeg,'seed',' = ','\n',dm.params)
    399375
    400376                elif dm.method == 'nond_polynomial_chaos':
    401                         param_write(fid,sbeg,'expansion_order','       = ','\n',dm.params)
    402                         param_write(fid,sbeg,'expansion_terms','       = ','\n',dm.params)
    403                         param_write(fid,sbeg,'quadrature_order','      = ','\n',dm.params)
    404                         param_write(fid,sbeg,'sparse_grid_level','     = ','\n',dm.params)
    405                         param_write(fid,sbeg,'expansion_samples','     = ','\n',dm.params)
    406                         param_write(fid,sbeg,'incremental_lhs','','\n',dm.params)
    407                         param_write(fid,sbeg,'collocation_points','    = ','\n',dm.params)
    408                         param_write(fid,sbeg,'collocation_ratio','     = ','\n',dm.params)
    409                         param_write(fid,sbeg,'reuse_samples','','\n',dm.params)
    410                         param_write(fid,sbeg,'expansion_import_file',' = ','\n',dm.params)
    411                         param_write(fid,sbeg,'seed','                  = ','\n',dm.params)
    412                         param_write(fid,sbeg,'fixed_seed','','\n',dm.params)
    413                         param_write(fid,sbeg,'samples','               = ','\n',dm.params)
    414                         param_write(fid,sbeg,'sample_type','           = ','\n',dm.params)
    415                         param_write(fid,sbeg,'all_variables','','\n',dm.params)
     377                        param_write(fid,sbeg,'expansion_order','       = ','\n',dm.params)
     378                        param_write(fid,sbeg,'expansion_terms','       = ','\n',dm.params)
     379                        param_write(fid,sbeg,'quadrature_order','      = ','\n',dm.params)
     380                        param_write(fid,sbeg,'sparse_grid_level','     = ','\n',dm.params)
     381                        param_write(fid,sbeg,'expansion_samples','     = ','\n',dm.params)
     382                        param_write(fid,sbeg,'incremental_lhs','','\n',dm.params)
     383                        param_write(fid,sbeg,'collocation_points','    = ','\n',dm.params)
     384                        param_write(fid,sbeg,'collocation_ratio','     = ','\n',dm.params)
     385                        param_write(fid,sbeg,'reuse_samples','','\n',dm.params)
     386                        param_write(fid,sbeg,'expansion_import_file',' = ','\n',dm.params)
     387                        param_write(fid,sbeg,'seed','                  = ','\n',dm.params)
     388                        param_write(fid,sbeg,'fixed_seed','','\n',dm.params)
     389                        param_write(fid,sbeg,'samples','               = ','\n',dm.params)
     390                        param_write(fid,sbeg,'sample_type','           = ','\n',dm.params)
     391                        param_write(fid,sbeg,'all_variables','','\n',dm.params)
    416392
    417393                elif dm.method == 'nond_stoch_collocation':
    418                         param_write(fid,sbeg,'quadrature_order','  = ','\n',dm.params)
    419                         param_write(fid,sbeg,'sparse_grid_level',' = ','\n',dm.params)
    420                         param_write(fid,sbeg,'seed','              = ','\n',dm.params)
    421                         param_write(fid,sbeg,'fixed_seed','','\n',dm.params)
    422                         param_write(fid,sbeg,'samples','           = ','\n',dm.params)
    423                         param_write(fid,sbeg,'sample_type','       = ','\n',dm.params)
    424                         param_write(fid,sbeg,'all_variables','','\n',dm.params)
     394                        param_write(fid,sbeg,'quadrature_order','  = ','\n',dm.params)
     395                        param_write(fid,sbeg,'sparse_grid_level',' = ','\n',dm.params)
     396                        param_write(fid,sbeg,'seed','              = ','\n',dm.params)
     397                        param_write(fid,sbeg,'fixed_seed','','\n',dm.params)
     398                        param_write(fid,sbeg,'samples','           = ','\n',dm.params)
     399                        param_write(fid,sbeg,'sample_type','       = ','\n',dm.params)
     400                        param_write(fid,sbeg,'all_variables','','\n',dm.params)
    425401
    426402                elif dm.method == 'nond_evidence':
    427                         param_write(fid,sbeg,'seed','    = ','\n',dm.params)
    428                         param_write(fid,sbeg,'samples',' = ','\n',dm.params)
    429 
    430                 else:
    431                         raise RuntimeError('Unrecognized '+dm.type+' method: '+dm.method+'.')
    432                
     403                        param_write(fid,sbeg,'seed','    = ','\n',dm.params)
     404                        param_write(fid,sbeg,'samples',' = ','\n',dm.params)
     405
     406                else:
     407                        raise RuntimeError('Unrecognized '+dm.type+' method: '+dm.method+'.')
     408
    433409
    434410        elif dm.type == 'dace':
    … …  
    436412                if dm.method == 'dace':
    437413                        if (dm.params.grid + dm.params.random + dm.params.oas + dm.params.lhs + dm.params.oa_lhs + dm.params.box_behnken + dm.params.central_composite != 1):
    438                                 raise RuntimeError('#s'' method must have one and only one algorithm.',
    439                                         dm.method)
    440                        
    441                         param_write(fid,sbeg,'grid','','\n',dm.params)
    442                         param_write(fid,sbeg,'random','','\n',dm.params)
    443                         param_write(fid,sbeg,'oas','','\n',dm.params)
    444                         param_write(fid,sbeg,'lhs','','\n',dm.params)
    445                         param_write(fid,sbeg,'oa_lhs','','\n',dm.params)
    446                         param_write(fid,sbeg,'box_behnken','','\n',dm.params)
    447                         param_write(fid,sbeg,'central_composite','','\n',dm.params)
    448                         param_write(fid,sbeg,'seed','    = ','\n',dm.params)
    449                         param_write(fid,sbeg,'fixed_seed','','\n',dm.params)
    450                         param_write(fid,sbeg,'samples',' = ','\n',dm.params)
    451                         param_write(fid,sbeg,'symbols',' = ','\n',dm.params)
    452                         param_write(fid,sbeg,'quality_metrics','','\n',dm.params)
    453                         param_write(fid,sbeg,'variance_based_decomp','','\n',dm.params)
     414                                raise RuntimeError('#s'' method must have one and only one algorithm.',
     415                                                                                                         dm.method)
     416
     417                        param_write(fid,sbeg,'grid','','\n',dm.params)
     418                        param_write(fid,sbeg,'random','','\n',dm.params)
     419                        param_write(fid,sbeg,'oas','','\n',dm.params)
     420                        param_write(fid,sbeg,'lhs','','\n',dm.params)
     421                        param_write(fid,sbeg,'oa_lhs','','\n',dm.params)
     422                        param_write(fid,sbeg,'box_behnken','','\n',dm.params)
     423                        param_write(fid,sbeg,'central_composite','','\n',dm.params)
     424                        param_write(fid,sbeg,'seed','    = ','\n',dm.params)
     425                        param_write(fid,sbeg,'fixed_seed','','\n',dm.params)
     426                        param_write(fid,sbeg,'samples',' = ','\n',dm.params)
     427                        param_write(fid,sbeg,'symbols',' = ','\n',dm.params)
     428                        param_write(fid,sbeg,'quality_metrics','','\n',dm.params)
     429                        param_write(fid,sbeg,'variance_based_decomp','','\n',dm.params)
    454430
    455431                elif dm.method == 'fsu_quasi_mc':
    456                         if (dm.params.halton + dm.params.hammersley != 1):
    457                                 raise RuntimeError('#s'' method must have one and only one sequence type.',dm.method)
    458                        
    459                         param_write(fid,sbeg,'halton','','\n',dm.params)
    460                         param_write(fid,sbeg,'hammersley','','\n',dm.params)
    461                         param_write(fid,sbeg,'samples','        = ','\n',dm.params)
    462                         param_write(fid,sbeg,'sequence_start',' = ','\n',dm.params)
    463                         param_write(fid,sbeg,'sequence_leap','  = ','\n',dm.params)
    464                         param_write(fid,sbeg,'prime_base','     = ','\n',dm.params)
    465                         param_write(fid,sbeg,'fixed_sequence','','\n',dm.params)
    466                         param_write(fid,sbeg,'latinize','','\n',dm.params)
    467                         param_write(fid,sbeg,'variance_based_decomp','','\n',dm.params)
    468                         param_write(fid,sbeg,'quality_metrics','','\n',dm.params)
     432                        if (dm.params.halton + dm.params.hammersley != 1):
     433                                raise RuntimeError('#s'' method must have one and only one sequence type.',dm.method)
     434
     435                        param_write(fid,sbeg,'halton','','\n',dm.params)
     436                        param_write(fid,sbeg,'hammersley','','\n',dm.params)
     437                        param_write(fid,sbeg,'samples','        = ','\n',dm.params)
     438                        param_write(fid,sbeg,'sequence_start',' = ','\n',dm.params)
     439                        param_write(fid,sbeg,'sequence_leap','  = ','\n',dm.params)
     440                        param_write(fid,sbeg,'prime_base','     = ','\n',dm.params)
     441                        param_write(fid,sbeg,'fixed_sequence','','\n',dm.params)
     442                        param_write(fid,sbeg,'latinize','','\n',dm.params)
     443                        param_write(fid,sbeg,'variance_based_decomp','','\n',dm.params)
     444                        param_write(fid,sbeg,'quality_metrics','','\n',dm.params)
    469445
    470446                elif dm.method == 'fsu_cvt':
    471                         param_write(fid,sbeg,'seed','       = ','\n',dm.params)
    472                         param_write(fid,sbeg,'fixed_seed','','\n',dm.params)
    473                         param_write(fid,sbeg,'samples','    = ','\n',dm.params)
    474                         param_write(fid,sbeg,'num_trials',' = ','\n',dm.params)
    475                         param_write(fid,sbeg,'trial_type',' = ','\n',dm.params)
    476                         param_write(fid,sbeg,'latinize','','\n',dm.params)
    477                         param_write(fid,sbeg,'variance_based_decomp','','\n',dm.params)
    478                         param_write(fid,sbeg,'quality_metrics','','\n',dm.params)
    479 
    480                 else:
    481                         raise RuntimeError('Unrecognized '+dm.type+' method: '+dm.method+'.')
    482                
     447                        param_write(fid,sbeg,'seed','       = ','\n',dm.params)
     448                        param_write(fid,sbeg,'fixed_seed','','\n',dm.params)
     449                        param_write(fid,sbeg,'samples','    = ','\n',dm.params)
     450                        param_write(fid,sbeg,'num_trials',' = ','\n',dm.params)
     451                        param_write(fid,sbeg,'trial_type',' = ','\n',dm.params)
     452                        param_write(fid,sbeg,'latinize','','\n',dm.params)
     453                        param_write(fid,sbeg,'variance_based_decomp','','\n',dm.params)
     454                        param_write(fid,sbeg,'quality_metrics','','\n',dm.params)
     455
     456                else:
     457                        raise RuntimeError('Unrecognized '+dm.type+' method: '+dm.method+'.')
    483458
    484459        elif dm.type == 'param':
    … …  
    486461                #switch dm.method
    487462                if dm.method == 'vector_parameter_study':
    488                         if not np.logical_xor(isempty(dm.params.final_point),isempty(dm.params.step_vector)):
    489                                 raise RuntimeError(str(dm.method)+' method must have one and only one specification.')
    490                        
    491                         if not isempty(dm.params.final_point):
    492                                 param_write(fid,sbeg,'final_point',' = ','\n',dm.params)
    493                                 param_write(fid,sbeg,'step_length',' = ','\n',dm.params)
    494                                 param_write(fid,sbeg,'num_steps','   = ','\n',dm.params)
    495                         elif not isempty(dm.params.step_vector):
    496                                 param_write(fid,sbeg,'step_vector',' = ','\n',dm.params)
    497                                 param_write(fid,sbeg,'num_steps','  = ','\n',dm.params)
    498                        
     463                        if not np.logical_xor(isempty(dm.params.final_point),isempty(dm.params.step_vector)):
     464                                raise RuntimeError(str(dm.method)+' method must have one and only one specification.')
     465
     466                        if not isempty(dm.params.final_point):
     467                                param_write(fid,sbeg,'final_point',' = ','\n',dm.params)
     468                                param_write(fid,sbeg,'step_length',' = ','\n',dm.params)
     469                                param_write(fid,sbeg,'num_steps','   = ','\n',dm.params)
     470
     471                        elif not isempty(dm.params.step_vector):
     472                                param_write(fid,sbeg,'step_vector',' = ','\n',dm.params)
     473                                param_write(fid,sbeg,'num_steps','   = ','\n',dm.params)
    499474
    500475                elif dm.method == 'list_parameter_study':
    501                         param_write(fid,sbeg,'list_of_points',' = ','\n',dm.params)
     476                        param_write(fid,sbeg,'list_of_points',' = ','\n',dm.params)
    502477
    503478                elif dm.method == 'centered_parameter_study':
    504                         param_write(fid,sbeg,'percent_delta','       = ','\n',dm.params)
    505                         param_write(fid,sbeg,'deltas_per_variable',' = ','\n',dm.params)
     479                        param_write(fid,sbeg,'percent_delta','       = ','\n',dm.params)
     480                        param_write(fid,sbeg,'deltas_per_variable',' = ','\n',dm.params)
    506481
    507482                elif dm.method == 'multidim_parameter_study':
    508                         param_write(fid,sbeg,'partitions',' = ','\n',dm.params)
    509 
    510                 else:
    511                         raise RuntimeError('Unrecognized '+dm.type+' method: '+dm.method+'.')
    512                
     483                        param_write(fid,sbeg,'partitions',' = ','\n',dm.params)
     484
     485                else:
     486                        raise RuntimeError('Unrecognized '+dm.type+' method: '+dm.method+'.')
     487
    513488
    514489        elif dm.type == 'bayes':
    515490                #switch dm.method
    516491                if dm.method == 'bayes_calibration':
    517                 # if (dm.params.queso + 
    518                 #    dm.params.dream + 
     492                # if (dm.params.queso +
     493                #    dm.params.dream +
    519494                #        dm.params.gpmsa ~= 1)
    520495                #    raise RuntimeError('''#s'' method must have one and only one bayes type. YOU SUCK',
    521496                #       dm.method)
    522                 # 
     497                #
    523498                        param_write(fid,sbeg,'queso','','\n',dm.params)
    524                         param_write(fid,sbeg,'dream','','\n',dm.params)
    525                         param_write(fid,sbeg,'gpmsa','','\n',dm.params)
    526                         param_write(fid,sbeg,'samples','        = ','\n',dm.params)
    527                         param_write(fid,sbeg,'seed','      = ','\n',dm.params)
     499                        param_write(fid,sbeg,'dream','','\n',dm.params)
     500                        param_write(fid,sbeg,'gpmsa','','\n',dm.params)
     501                        param_write(fid,sbeg,'samples','        = ','\n',dm.params)
     502                        param_write(fid,sbeg,'seed','      = ','\n',dm.params)
    528503                        param_write(fid,sbeg,'output','    =','\n',dm.params)
    529504                        param_write(fid,sbeg,'metropolis_hastings','','\n',dm.params)
    … …  
    531506                        param_write(fid,sbeg,'diagonal','','\n',dm.params)
    532507                        param_write(fid,sbeg,'values','     = ','\n',dm.params)
    533                
     508
    534509        else:
    535510                raise RuntimeError('Unrecognized '+dm.type+' method: '+dm.method+'.')
    536511
    537 
    538512##  function to write a structure of parameters
    539 
    540513def param_struc_write(fidi,sbeg,smid,s,params):
    541 
    542514        #  loop through each parameter field in the structure
    543 
    544515        fnames=fieldnames(params)
    545 
    546516        for i in range(np.size(fnames)):
    547517                param_write(fidi,sbeg,fnames[i],smid,s,params)
    … …  
    550520
    551521##  function to write a parameter
    552 
    553522def param_write(fidi,sbeg,pname,smid,s,params):
    554 
    555523        #  check for errors
    556 
    557524        if not isfield(params,pname):
    558525                warning('param_write:param_not_found',
    … …  
    562529                return
    563530        elif isempty(vars(params)[pname]):
    564                 print 'Warning: param_write:param_empty: Parameter '+pname+' requires input of type '+type(vars(params)[pname])+'.'
     531                print('Warning: param_write:param_empty: Parameter {} requires input of type {}.'.format(pname,type(vars(params)[pname])))
    565532                return
    566533
    567 
    568534        #  construct the parameter string based on type
    569 
    570535        if type(vars(params)[pname]) == bool:
    571536                fidi.write(sbeg+str(pname)+s)
     537
    572538        elif type(vars(params)[pname]) in [int,float]:
    573539                fidi.write(sbeg+str(pname)+smid+str(vars(params)[pname])+s)
     540
    574541        elif type(vars(params)[pname]) == list:
    575542                fidi.write(sbeg+str(pname)+smid+str(vars(params)[pname][0]))
    576543                for i in range(1,np.size(vars(params)[pname])):
    577544                        fidi.write(' '+str(vars(params)[pname][i]))
    578    
     545
    579546                fidi.write(s)
     547
    580548        elif type(vars(params)[pname]) == str:
    581549                fidi.write(sbeg+str(pname)+smid+str(vars(params)[pname])+s)
     550
    582551        else:
    583                 print 'Warning: param_write:param_unrecog: Parameter '+pname+' is of unrecognized type '+type(vars(params)[pname])+'.'
     552                print('Warning: param_write:param_unrecog: Parameter {} is of unrecognized type {}.'.format(pname,type(vars(params)[pname])))
    584553                return
    585 
    586 
    587 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/qmu/calibration_function.py

    r23095 r23716  
    4242                                asizec = array_size(*args[0:min(nargin,4)])
    4343                                cf = [calibration_function() for i in range(asizec[0]) for j in range(asizec[1])]
    44                                                                
     44
    4545                        for i in range(np.size(cf)):
    4646                                if (np.size(args[0]) > 1):
    … …  
    5959                                        cf[i].weight = args[3]
    6060                        if nargin > 4:
    61                                 print 'WARNING: calibration_function:extra_arg: Extra arguments for object of class '+str(type(cf))+'.'         
     61                                print('WARNING: calibration_function:extra_arg: Extra arguments for object of class '+str(type(cf))+'.')
    6262
    6363                return cf
    … …  
    7171                string += '         scale: '+str(self.scale) + '\n'
    7272                string += '        weight: '+str(self.weight) + '\n'
    73 
    7473                return string
    7574
    7675        # from here on, cf is either a single, or a 1d vector of, calibration_function
    77 
    78         @staticmethod
    79         def prop_desc(cf,dstr):
     76        @staticmethod
     77        def prop_desc(cf,dstr):
    8078                if type(cf) not in [list,np.ndarray]:
    8179                        if cf.descriptor != '' or type(cf.descriptor) != str:
    … …  
    9593                        else:
    9694                                desc[i] = 'cf'+str(string_dim(cf,i,'vector'))
    97                
     95
    9896                desc = allempty(desc)
    99 
    10097                return desc
    10198
    102         @staticmethod   
     99        @staticmethod
    103100        def prop_stype(cf):
    104101                stype=''
    105102                return stype
    106103
    107         @staticmethod
     104        @staticmethod
    108105        def prop_weight(cf):
    109106                weight=[]
    110107                return weight
    111108
    112         @staticmethod
     109        @staticmethod
    113110        def prop_lower(cf):
    114111                lower=[]
    115112                return lower
    116113
    117         @staticmethod
     114        @staticmethod
    118115        def prop_upper(cf):
    119116                upper=[]
    120117                return upper
    121118
    122         @staticmethod
     119        @staticmethod
    123120        def prop_target(cf):
    124121                target=[]
    125122                return target
    126123
    127         @staticmethod
     124        @staticmethod
    128125        def prop_scale(cf):
    129126                scale=[]
    130127                return scale
    131128
    132         @staticmethod
    133         def dakota_write(fidi,dresp,rdesc):
     129        @staticmethod
     130        def dakota_write(fidi,dresp,rdesc):
    134131                # collect only the responses of the appropriate class
    135132                cf = [struc_class(i,'calibration_function','cf') for i in dresp]
    … …  
    139136                return rdesc
    140137
    141         @staticmethod
     138        @staticmethod
    142139        def dakota_rlev_write(fidi,dresp,params):
    143140                return

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/qmu/continuous_design.py

    r23095 r23716  
    9696
    9797                        if (nargin > 6):
    98                                 print 'WARNING: continuous_design:extra_arg: Extra arguments for object of class '+str(type(cdv))+'.'
     98                                print('WARNING: continuous_design:extra_arg: Extra arguments for object of class '+str(type(cdv))+'.')
    9999
    100100                return cdv

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/qmu/continuous_state.py

    r23095 r23716  
    7676
    7777                        if (nargin > 4):
    78                                 print 'continuous_state:extra_arg','Extra arguments for object of class '+str(type(csv))+'.'
     78                                print('continuous_state:extra_arg','Extra arguments for object of class '+str(type(csv))+'.')
    7979
    8080                return csv

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/qmu/least_squares_term.py

    r23095 r23716  
    2626                self.scale      =  1.
    2727                self.weight     =  1.
    28    
     28
    2929        @staticmethod
    3030        def least_squares_term(*args):
    … …  
    3232
    3333                #create a default object
    34                 if nargin == 0:
     34                if nargin == 0:
    3535                        return least_squares_term()
    3636
    3737                #copy the object or create the object from the input
    38                 else:
     38                else:
    3939                        if  (nargin == 1) and isinstance(args[0],least_squares_term):
    4040                                lst = args[0]
    … …  
    4242                                asizec = np.shape(*args[0:min(nargin,4)])
    4343                                lst = [least_squares_term() for i in range(asizec[0]) for j in range(asizec[1])]
    44                        
     44
    4545                                for i in range(np.size(lst)):
    4646                                        if (np.size(args[0]) > 1):
    47                                                 lst[i].descriptor         = args[0][i]
     47                                                lst[i].descriptor = args[0][i]
    4848                                        else:
    49                                                 lst[i].descriptor         = str(args[0])+string_dim(lst,i,'vector')
     49                                                lst[i].descriptor = str(args[0])+string_dim(lst,i,'vector')
    5050
    51                                 if (nargin >= 2):                           
     51                                if (nargin >= 2):
    5252                                        for i in range(np.size(lst)):
    5353                                                if (np.size(args[1]) > 1):
    … …  
    5959                                        for i in range(np.size(lst)):
    6060                                                if (np.size(args[2]) > 1):
    61                                                         lst[i].scale      = args[2][i]
     61                                                        lst[i].scale = args[2][i]
    6262                                                else:
    63                                                         lst[i].scale      = args[2]
     63                                                        lst[i].scale = args[2]
    6464
    6565                                if (nargin >= 4):
    6666                                        for i in range(np.size(lst)):
    6767                                                if (np.size(args[3]) > 1):
    68                                                         lst[i].weight     = args[3][i]
     68                                                        lst[i].weight = args[3][i]
    6969                                                else:
    70                                                         lst[i].weight     = args[3]
    71            
     70                                                        lst[i].weight = args[3]
     71
    7272                                if (nargin > 4):
    73                                         print 'WARNING: least_squares_term:extra_arg Extra arguments for object of class '+str(type(lst))+'.'
     73                                        print('WARNING: least_squares_term:extra_arg Extra arguments for object of class '+str(type(lst))+'.')
    7474
    7575                return lst
    … …  
    8383                string += '         scale: '+str(self.scale) + '\n'
    8484                string += '        weight: '+str(self.weight) + '\n'
    85 
    8685                return string
    8786
    8887        @staticmethod
    89         def prop_desc(lst,dstr):
     88        def prop_desc(lst,dstr):
    9089                if type(lst) not in [list,np.ndarray]:
    9190                        lst = [lst]
    … …  
    101100
    102101                desc = allempty(desc)
    103 
    104102                return desc
    105103
    106104        @staticmethod
    107         def prop_stype(lst):
     105        def prop_stype(lst):
    108106                if type(lst) not in [list,np.ndarray]:
    109107                        return str(lst.scale_type)
    … …  
    112110                for i in range(np.size(lst)):
    113111                        stype[i] = str(lst[i].scale_type)
    114            
     112
    115113                stype = allequal(stype,'none')
    116 
    117114                return stype
    118115
    119116        @staticmethod
    120         def prop_scale(lst):
     117        def prop_scale(lst):
    121118                if type(lst) not in [list,np.ndarray]:
    122119                        return lst.scale
    … …  
    125122                for i in range(np.size(lst)):
    126123                        scale[i] = lst[i].scale
    127            
     124
    128125                scale = allequal(scale,1.)
    129 
    130126                return scale
    131127
    … …  
    138134                for i in range(np.size(lst)):
    139135                        weight[i] = lst[i].weight
    140            
     136
    141137                weight = allequal(weight,1.)
    142 
    143138                return weight
    144139
    145140        @staticmethod
    146         def prop_lower(lst):
     141        def prop_lower(lst):
    147142                lower=[]
    148143                return lower
    149144
    150145        @staticmethod
    151         def prop_upper(lst):
     146        def prop_upper(lst):
    152147                upper=[]
    153148                return upper
    154149
    155150        @staticmethod
    156         def prop_target(lst):
     151        def prop_target(lst):
    157152                target=[]
    158153                return target
    … …  
    166161                rdesc = rlist_write(fidi,'least_squares_terms','least_squares_term',lst,rdesc)
    167162                return rdesc
    168        
     163
    169164        @staticmethod
    170         def dakota_rlev_write(fidi,dresp,params):
    171                 return
     165        def dakota_rlev_write(fidi,dresp,params):
     166                return

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/qmu/linear_equality_constraint.py

    r23095 r23716  
    8181
    8282                        if (nargin > 4):
    83                                 print 'WARNING: linear_equality_constraint:extra_arg: Extra arguments for object of class '+str(type(lec))+'.'
     83                                print('WARNING: linear_equality_constraint:extra_arg: Extra arguments for object of class '+str(type(lec))+'.')
    8484
    8585                return lec

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/qmu/linear_inequality_constraint.py

    r23095 r23716  
    9494
    9595                        if (nargin > 5):
    96                                 print 'WARNING: linear_inequality_constraint:extra_arg: Extra arguments for object of class '+str(type(lic))+'.'
     96                                print('WARNING: linear_inequality_constraint:extra_arg: Extra arguments for object of class '+str(type(lic))+'.')
    9797
    9898                return lic

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/qmu/nonlinear_equality_constraint.py

    r23095 r23716  
    7272
    7373                        if (nargin > 4):
    74                                 print 'WARNING: nonlinear_equality_constraint:extra_arg: Extra arguments for object of class '+str(type(nec))+'.'
     74                                print('WARNING: nonlinear_equality_constraint:extra_arg: Extra arguments for object of class '+str(type(nec))+'.')
    7575
    7676                return nec

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/qmu/nonlinear_inequality_constraint.py

    r23095 r23716  
    8383                               
    8484                        if (nargin > 5):
    85                                 print 'WARNING: nonlinear_inequality_constraint:extra_arg: Extra arguments for object of class '+str(type(nic))+'.'
     85                                print('WARNING: nonlinear_inequality_constraint:extra_arg: Extra arguments for object of class '+str(type(nic))+'.')
    8686
    8787                return nic

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/qmu/normal_uncertain.py

    r23095 r23716  
    11import numpy as np
    2 from vlist_write import *
     2#from vlist_write import *
    33from MatlabArray import *
    44
    … …  
    2929                self.upper      = np.Inf
    3030
    31         @staticmethod   
     31        @staticmethod
    3232        def normal_uncertain(*args):
    3333                nargin = len(args)
    … …  
    3838
    3939                # copy the object
    40                 elif nargin == 1:
     40                elif nargin == 1:
    4141                        if isinstance(args[0],normal_uncertain):
    4242                                nuv = args[0]
    … …  
    4545
    4646                # not enough arguments
    47                 elif nargin == 2:
    48                     raise RuntimeError('Construction of "normal_uncertain" class object requires at least 3 inputs.')
     47                elif nargin == 2:
     48                        raise RuntimeError('Construction of "normal_uncertain" class object requires at least 3 inputs.')
    4949
    5050                # create the object from the input
    51                 else:
     51                else:
    5252                        # lines differ here in other classes/tests; see asizec problem in notes
    5353                        nuv=normal_uncertain()
    54 
    5554                        nuv.descriptor = str(args[0])
    56                         nuv.mean   = args[1]     
     55                        nuv.mean   = args[1]
    5756                        nuv.stddev = args[2]
    5857                        if nargin >= 4:
    … …  
    6160                                nuv.upper = args[4]
    6261                        if nargin > 5:
    63                                 print 'WARNING: normal_uncertain:extra_arg: Extra arguments for object of class '+str(type(nuv))+'.'
     62                                print('WARNING: normal_uncertain:extra_arg: Extra arguments for object of class '+str(type(nuv))+'.')
    6463
    6564                return [nuv]
    … …  
    9897                        else:
    9998                                desc[i] = 'nuv'+str(string_dim(nuv,i,'vector'))
    100                
     99
    101100                desc = allempty(desc)
    102101
    103102                return desc
    104103
    105         @staticmethod       
     104        @staticmethod
    106105        def prop_initpt(nuv):
    107106                initpt=[]
    108107                return initpt
    109108
    110         @staticmethod       
     109        @staticmethod
    111110        def prop_lower(nuv):
    112111                if type(nuv) not in [list,np.ndarray]:
    … …  
    121120                return lower
    122121
    123         @staticmethod       
     122        @staticmethod
    124123        def prop_upper(nuv):
    125124                if type(nuv) not in [list,np.ndarray]:
    … …  
    131130
    132131                upper = allequal(upper,-np.inf)
    133 
    134132                return upper
    135133
    136         @staticmethod       
     134        @staticmethod
    137135        def prop_mean(nuv):
    138136                if type(nuv) not in [list,np.ndarray]:
    … …  
    145143                return mean
    146144
    147         @staticmethod       
     145        @staticmethod
    148146        def prop_stddev(nuv):
    149147                if type(nuv) not in [list,np.ndarray]:
    … …  
    154152                        stddev[i] = nuv[i].stddev
    155153
    156                 return stddev       
     154                return stddev
    157155
    158156        @staticmethod
    … …  
    161159                return initst
    162160
    163         @staticmethod       
     161        @staticmethod
    164162        def prop_stype(nuv):
    165163                stype=[]
    166164                return stype
    167165
    168         @staticmethod       
     166        @staticmethod
    169167        def prop_scale(nuv):
    170168                scale=[]
    171                 return scale
     169                return scale
    172170
    173171        @staticmethod
    … …  
    176174                nuv = [struc_class(i,'normal_uncertain','nuv') for i in dvar]
    177175
    178                 # possible namespace pollution, the above import seems not to work             
    179                 from vlist_write import *
     176                # possible namespace pollution, the above import seems not to work
     177                from vlist_write import vlist_write
    180178                # write variables
    181179                vlist_write(fidi,'normal_uncertain','nuv',nuv)

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/qmu/objective_function.py

    r23095 r23716  
    3636
    3737                #  copy the object or create the object from the input
    38                 else:
     38                else:
    3939                        if  (nargin == 1) and isinstance(args[0],objective_function):
    4040                                of = args[0]
    … …  
    4343                                of = [objective_function() for i in range(shapec[0]) for j in range(shapec[1])]
    4444
    45                                 for i in range(np.size(of)):
     45                                for i in range(np.size(of)):
    4646                                        if (np.size(args[0]) > 1):
    47                                                 of[i].descriptor         = args[0][i]
     47                                                of[i].descriptor = args[0][i]
    4848                                        else:
    49                                                 of[i].descriptor         = str(args[0])+string_dim(of,i,'vector')
     49                                                of[i].descriptor = str(args[0])+string_dim(of,i,'vector')
    5050
    51                                 if (nargin >= 2):                           
     51                                if (nargin >= 2):
    5252                                        for i in range(np.size(of)):
    5353                                                if (np.size(args[1]) > 1):
    … …  
    5959                                        for i in range(np.size(of)):
    6060                                                if (np.size(args[2]) > 1):
    61                                                         of[i].scale      = args[2][i]
     61                                                        of[i].scale = args[2][i]
    6262                                                else:
    63                                                         of[i].scale      = args[2]
     63                                                        of[i].scale = args[2]
    6464
    6565                                if (nargin >= 4):
    6666                                        for i in range(np.size(of)):
    6767                                                if (np.size(args[3]) > 1):
    68                                                         of[i].weight     = args[3][i]
     68                                                        of[i].weight = args[3][i]
    6969                                                else:
    70                                                         of[i].weight     = args[3]
     70                                                        of[i].weight = args[3]
    7171
    7272                                if (nargin > 4):
    73                                         print 'WARNING: objective_function:extra_arg Extra arguments for object of class '+str(type(of))+'.'
     73                                        print('WARNING: objective_function:extra_arg Extra arguments for object of class '+str(type(of))+'.')
    7474
    7575                return of
    … …  
    8484                string += '         scale: '  +str(self.scale) + '\n'
    8585                string += '        weight: '  +str(self.weight) + '\n'
    86        
    8786                return string
    8887
    … …  
    106105                        else:
    107106                                desc[i] = 'of'+str(string_dim(of,i,'vector'))
    108                
     107
    109108                desc = allempty(desc)
    110 
    111109                return desc
    112110
    … …  
    134132                for i in range(np.size(of)):
    135133                        weight[i] = of[i].weight
    136                
     134
    137135                weight = allequal(weight,1.)
    138 
    139136                return weight
    140137
    … …  
    147144                for i in range(np.size(of)):
    148145                        stype[i] = str(of[i].scale_type)
    149                
     146
    150147                stype = allequal(stype,'none')
    151 
    152148                return stype
    153149
    … …  
    160156                for i in range(np.size(of)):
    161157                        scale[i] = of[i].scale
    162                
     158
    163159                scale = allequal(scale,1.)
     160                return scale
    164161
    165                 return scale
    166    
    167162        @staticmethod
    168163        def dakota_write(fidi,dresp,rdesc):

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/qmu/response_function.py

    r23095 r23716  
    11import numpy as np
    2 from rlist_write import *
     2#from rlist_write import *
    33from rlev_write import *
    44from MatlabArray import *
    … …  
    3535
    3636        @staticmethod
    37         def response_function(*args):
     37        def response_function(*args):
    3838
    3939                nargin = len(args)
    … …  
    4949                                asizec = array_size(*args[0:min(nargin,1)])
    5050                                rf = [response_function() for i in range(asizec[0]) for j in range(asizec[1])]
    51                        
     51
    5252                                for i in range(np.size(rf)):
    5353                                        if (np.size(args[0]) > 1):
    … …  
    7373
    7474                                if nargin > 5:
    75                                         print 'WARNING: response_function:extra_arg: Extra arguments for object of class '+str(type(rf))+'.'
     75                                        print('WARNING: response_function:extra_arg: Extra arguments for object of class '+str(type(rf))+'.')
    7676
    7777                return rf
    7878
    79            
    8079        def __repr__(self):
    8180                #  display the object
    … …  
    109108                        else:
    110109                                desc[i] = 'rf'+str(string_dim(rf,i,'vector'))
    111                
     110
    112111                desc = allempty(desc)
    113 
    114112                return desc
    115113
    … …  
    118116                stype=[]
    119117                return stype
    120        
     118
    121119        @staticmethod
    122120        def prop_scale(rf):
    123121                scale=[]
    124122                return scale
    125        
     123
    126124        @staticmethod
    127125        def prop_weight(rf):
    128126                weight=[]
    129127                return weight
    130        
     128
    131129        @staticmethod
    132130        def prop_lower(rf):
    133131                lower=[]
    134132                return lower
    135        
     133
    136134        @staticmethod
    137135        def prop_upper(rf):
    138136                upper=[]
    139137                return upper
    140        
     138
    141139        @staticmethod
    142140        def prop_target(rf):
    143141                target=[]
    144142                return target
    145        
     143
    146144        @staticmethod
    147145        def prop_levels(rf):
    … …  
    151149
    152150                respl = empty_nd_list(np.size(rf))
    153 
    154151                probl = empty_nd_list(np.size(rf))
    155 
    156152                rell = empty_nd_list(np.size(rf))
    157 
    158153                grell = empty_nd_list(np.size(rf))
    159154
    160155                for i in range(np.size(rf)):
    161156                        respl[i] = rf[i].respl
    162                         probl[i] = rf[i].probl
     157                        probl[i] = rf[i].probl
    163158                        rell [i] = rf[i].rell
    164                         grell[i] = rf[i].grell
    165            
     159                        grell[i] = rf[i].grell
     160
    166161                respl = allempty(respl)
    167162                probl = allempty(probl)
    168163                rell  = allempty(rell)
    169164                grell = allempty(grell)
    170        
    171                 return [respl,probl,rell,grell]
     165                return [respl,probl,rell,grell]
    172166
    173167        @staticmethod

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/qmu/uniform_uncertain.py

    r23095 r23716  
    11import numpy as np
    2 from vlist_write import *
     2#from vlist_write import *
    33from MatlabArray import *
    44
    … …  
    4141
    4242                # not enough arguments
    43 
    4443                elif nargin == 2:
    4544                        raise RuntimeError('Construction of "uniform_uncertain" class object requires at least 3 inputs.')
    … …  
    5049                        #asizec=array_size(*args[0:min(nargin,3)])
    5150                        #uuv = [uniform_uncertain() for i in range(asizec[0]) for j in range(asizec[1])]
    52 
    53                         uuv = uniform_uncertain()
    54 
     51                        uuv = uniform_uncertain()
    5552                        uuv.descriptor = str(args[0])
    5653                        uuv.lower      = args[1]
    5754                        uuv.upper      = args[2]
    5855                if (nargin > 3):
    59                         print 'WARNING: uniform_uncertain:extra_arg: Extra arguments for object of class '+type(uuv)+'.'
     56                        print('WARNING: uniform_uncertain:extra_arg: Extra arguments for object of class '+type(uuv)+'.')
    6057
    6158                return [uuv]
    6259
    63 
    64         def __repr__(self):
     60        def __repr__(self):
    6561                # display an individual object
    6662                string = '\n'
    … …  
    9389                        else:
    9490                                desc[i] = 'uuv'+str(string_dim(uuv,i,'vector'))
    95                
     91
    9692                        desc = allempty(desc)
    9793
    9894                return desc
    99        
     95
    10096        @staticmethod
    10197        def prop_initpt(uuv):
    10298                initpt=[]
    10399                return initpt
    104        
     100
    105101        @staticmethod
    106102        def prop_lower(uuv):
    … …  
    111107                for i in range(np.size(uuv)):
    112108                        lower[i] = uuv[i].lower
    113            
     109
    114110                lower = allequal(lower,-np.Inf)
    115111
    116112                return lower
    117        
     113
    118114        @staticmethod
    119115        def prop_upper(uuv):
    … …  
    124120                for i in range(np.size(uuv)):
    125121                        upper[i] = uuv[i].upper
    126            
     122
    127123                upper = allequal(upper, np.Inf)
    128124
    129125                return upper
    130        
     126
    131127        @staticmethod
    132128        def prop_mean(uuv):
    133129                mean=[]
    134130                return mean
    135        
     131
    136132        @staticmethod
    137133        def prop_stddev(uuv):
    138134                stddev=[]
    139135                return stddev
    140        
     136
    141137        @staticmethod
    142138        def prop_initst(uuv):
    143139                initst=[]
    144140                return initst
    145        
     141
    146142        @staticmethod
    147143        def prop_stype(uuv):
    148144                stype=[]
    149145                return stype
    150        
     146
    151147        @staticmethod
    152148        def prop_scale(uuv):
    153149                scale=[]
    154150                return scale
    155        
     151
    156152        @staticmethod
    157153        def dakota_write(fidi,dvar):
    158154                # collect only the variables of the appropriate class
    159155                uuv = [struc_class(i,'uniform_uncertain','uuv') for i in dvar]
    160                
    161                 # possible namespace pollution, the above import seems not to work             
    162                 from vlist_write import *
     156                # possible namespace pollution, the above import seems not to work
     157                from vlist_write import vlist_write
    163158                # write variables
    164159                vlist_write(fidi,'uniform_uncertain','uuv',uuv)

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/regionaloutput.py

    r21827 r23716  
    7575        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    7676               
    77                 if  not isinstance(self.name, basestring):
     77                if  not isinstance(self.name, str):
    7878                        raise RuntimeError("regionaloutput error message: 'name' field should be a string!")
    7979                       
    80                 if  not isinstance(self.outputnamestring, basestring):
     80                if  not isinstance(self.outputnamestring, str):
    8181                        raise RuntimeError("regionaloutput error message: 'outputnamestring' field should be a string!")
    8282               

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/results.py

    r21303 r23716  
    2525                        s+="%s\n" % fielddisplay(self,'SolutionType',"solution type")
    2626
    27                 for name in self.__dict__.iterkeys():
     27                for name in list(self.__dict__.keys()):
    2828                        if name not in ['step','time','SolutionType','errlog','outlog']:
    2929                                if   isinstance(getattr(self,name),list):

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/rifts.py

    r21303 r23716  
    4747                                md.checkmessage("model should be processed for rifts (run meshprocessrifts)!")
    4848                        for i,rift in enumerate(self.riftstruct):
    49                                 md = checkfield(md,'fieldname',"rifts.riftstruct[%d]['fill']" % i,'values',['Water','Air','Ice','Melange',0,1,2,3])
     49                                md = checkfield(md,'fieldname',"rifts.riftstruct[{}]['fill']".format(i),'values',['Water','Air','Ice','Melange',0,1,2,3])
    5050                else:
    5151                        if self.riftstruct and np.any(np.logical_not(isnans(self.riftstruct))):

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/slr.py

    r23088 r23716  
    99        """
    1010        SLR class definition
    11        
     11
    1212                Usage:
    1313                  slr=slr()
    1414        """
    15        
    1615        def __init__(self): # {{{
    1716                self.deltathickness         = float('NaN')
    1817                self.sealevel               = float('NaN')
    19                 self.spcthickness           = float('NaN')
     18                self.spcthickness                                               = float('NaN')
    2019                self.maxiter                = 0
    2120                self.reltol                 = 0
    … …  
    2625                self.tide_love_k            = 0 #ideam
    2726                self.tide_love_h            = 0 #ideam
    28                 self.fluid_love             = 0 
    29                 self.equatorial_moi         = 0 
    30                 self.polar_moi              = 0 
     27                self.fluid_love             = 0
     28                self.equatorial_moi         = 0
     29                self.polar_moi              = 0
    3130                self.angular_velocity       = 0
    3231                self.rigid                  = 0
    … …  
    4443                self.requested_outputs      = []
    4544                self.transitions            = []
    46                
     45
    4746                #set defaults
    4847                self.setdefaultparameters()
    4948                #}}}
     49
    5050        def __repr__(self): # {{{
    5151                        string='   slr parameters:'
    52                         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'deltathickness','thickness change: ice height equivalent [m]'))
     52                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'deltathickness','thickness change: ice height equivalent [m]'))
    5353                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'sealevel','current sea level (prior to computation) [m]'))
    5454                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'spcthickness','thickness constraints (NaN means no constraint) [m]'))
    … …  
    6464                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'equatorial_moi','mean equatorial moment of inertia [kg m^2]'))
    6565                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'polar_moi','polar moment of inertia [kg m^2]'))
    66                         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'angular_velocity','mean rotational velocity of earth [per second]')) 
     66                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'angular_velocity','mean rotational velocity of earth [per second]'))
    6767                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'ocean_area_scaling','correction for model representation of ocean area [default: No correction]'))
    6868                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'steric_rate','rate of steric ocean expansion [mm/yr]'))
    69                         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'Ngia','rate of viscous (GIA) geoid expansion (in mm/yr)')) 
     69                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'Ngia','rate of viscous (GIA) geoid expansion (in mm/yr)'))
    7070                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'Ugia','rate of viscous (GIA) bedrock uplift (in mm/yr)'))
    7171                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'loop_increment','vector assembly (in the convolution) framentation'))
    … …  
    8181                        return string
    8282                # }}}
     83
    8384        def setdefaultparameters(self): # {{{
    84                
    8585                #Convergence criterion: absolute, relative and residual
    86                 self.reltol=0.01 #default
    87                 self.abstol=float('NaN') #1 mm of sea level rise
     86                self.reltol     =       0.01 #default
     87                self.abstol     =       float('NaN') #1 mm of sea level rise
    8888
    8989                #maximum of non-linear iterations.
    90                 self.maxiter=5
    91                 self.loop_increment=200
    92 
    93                 #computational flags: 
    94                 self.geodetic=0
    95                 self.rigid=1
    96                 self.elastic=1
    97                 self.ocean_area_scaling=0
    98                 self.rotation=1
    99 
    100                 #tidal love numbers: 
    101                 self.tide_love_h=0.6149 #degree 2
    102                 self.tide_love_k=0.3055 #degree 2
    103                
    104       #secular fluid love number: 
    105                 self.fluid_love=0.942
    106                
    107                 #moment of inertia: 
    108                 self.equatorial_moi=8.0077*10**37 # [kg m^2]
    109                 self.polar_moi      =8.0345*10**37 # [kg m^2]
    110                
    111                 #mean rotational velocity of earth 
    112                 self.angular_velocity=7.2921*10**-5 # [s^-1]
     90                self.maxiter                            =       5
     91                self.loop_increment     =       200
     92
     93                #computational flags:
     94                self.geodetic                                           =       0
     95                self.rigid                                                      =       1
     96                self.elastic                                            =       1
     97                self.ocean_area_scaling =       0
     98                self.rotation                                           =       1
     99
     100                #tidal love numbers:
     101                self.tide_love_h = 0.6149 #degree 2
     102                self.tide_love_k = 0.3055 #degree 2
     103
     104      #secular fluid love number:
     105                self.fluid_love =       0.942
     106
     107                #moment of inertia:
     108                self.equatorial_moi     =       8.0077*10**37 # [kg m^2]
     109                self.polar_moi      =   8.0345*10**37 # [kg m^2]
     110
     111                #mean rotational velocity of earth
     112                self.angular_velocity   =       7.2921*10**-5 # [s^-1]
    113113
    114114                #numerical discretization accuracy
    115                 self.degacc=.01
     115                self.degacc     =       .01
    116116
    117117                #steric:
    118                 self.steric_rate=0
     118                self.steric_rate = 0
    119119
    120120                #how many time steps we skip before we run SLR solver during transient
    121                 self.geodetic_run_frequency=1
    122                
     121                self.geodetic_run_frequency     =       1
     122
    123123                #output default:
    124                 self.requested_outputs=['default']
    125 
    126                 #transitions should be a cell array of vectors: 
    127                 self.transitions=[]
     124                self.requested_outputs = ['default']
     125
     126                #transitions should be a cell array of vectors:
     127                self.transitions = []
    128128
    129129                #horizontal displacement?  (not by default)
    130                 self.horiz=0
     130                self.horiz = 0
    131131
    132132                return self
    133133                #}}}
     134
    134135        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    135 
    136136                #Early return
    137137                if (solution!='SealevelriseAnalysis'):
    … …  
    162162                md = checkfield(md,'fieldname','slr.Ugia','NaN',1,'Inf',1,'size',[md.mesh.numberofvertices])
    163163
    164                 #check that love numbers are provided at the same level of accuracy: 
     164                #check that love numbers are provided at the same level of accuracy:
    165165                if (size(self.love_h,0) != size(self.love_k,0) | size(self.love_h,0) != size(self.love_l,0)):
    166166                        error('slr error message: love numbers should be provided at the same level of accuracy')
    167167
    168                 #cross check that whereever we have an ice load, the mask is <0 on each vertex: 
     168                #cross check that whereever we have an ice load, the mask is <0 on each vertex:
    169169                pos=np.where(self.deltathickness)
    170                 maskpos=md.mask.ice_levelset[md.mesh.elements[pos,:]] 
     170                maskpos=md.mask.ice_levelset[md.mesh.elements[pos,:]]
    171171                els=np.where(maskpos>0)
    172172                if len(els[0])>0:
    173173                        warnings.warn('slr checkconsistency fail: there are elements with ice loads where some vertices are not on the ice!')
    174                
    175                 #check that  if geodetic is requested, we are a mesh3dsurface model (planet), or if we are not, 
    176                 #a coupler to a planet model is provided. 
     174
     175                #check that  if geodetic is requested, we are a mesh3dsurface model (planet), or if we are not,
     176                #a coupler to a planet model is provided.
    177177                if self.geodetic and not md.transient.iscoupler and domaintype(md.mesh)!='mesh3dsurface':
    178178                        error('model is requesting geodetic computations without being a mesh3dsurface, or being coupled to one!')
    179179                return md
    180180        # }}}
     181
    181182        def defaultoutputs(self,md): # {{{
    182183                return ['Sealevel']
    183184        # }}}
     185
    184186        def marshall(self,prefix,md,fid): # {{{
    185187                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','deltathickness','format','DoubleMat','mattype',2)
    … …  
    211213                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','horiz','format','Integer')
    212214                WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','geodetic','format','Integer')
    213        
     215
    214216                #process requested outputs
    215217                outputs = self.requested_outputs

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/stressbalance.py

    r23088 r23716  
    142142#               if ~any((~isnan(md.stressbalance.spcvx)+~isnan(md.stressbalance.spcvy))==2),
    143143                if not np.any(np.logical_and(np.logical_not(np.isnan(md.stressbalance.spcvx)),np.logical_not(np.isnan(md.stressbalance.spcvy)))):
    144                         print "\n !!! Warning: no spc applied, model might not be well posed if no basal friction is applied, check for solution crash\n"
     144                        print("\n !!! Warning: no spc applied, model might not be well posed if no basal friction is applied, check for solution crash\n")
    145145                #CHECK THAT EACH LINES CONTAINS ONLY NAN VALUES OR NO NAN VALUES
    146146#               if any(sum(isnan(md.stressbalance.referential),2)~=0 & sum(isnan(md.stressbalance.referential),2)~=6),

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/timesteppingadaptive.py

    r22460 r23716  
    2020                        self.interp_forcings = 1
    2121                        self.coupling_time   = 0.
    22                        
     22
    2323                        #set defaults
    2424                        self.setdefaultparameters()
    … …  
    2626                elif len(args)==1 and args[0].__module__=='timestepping':
    2727                        old=args[0]
    28                         #first call setdefaultparameters: 
     28                        #first call setdefaultparameters:
    2929                        self.setdefaultparameters()
    30                         self.start_time      = old.start_time     
    31                         self.final_time      = old.final_time     
    32                         self.interp_forcings = old.interp_forcings 
    33                         self.coupling_time   = old.coupling_time
     30                        self.start_time      = old.start_time
     31                        self.final_time      = old.final_time
     32                        self.interp_forcings = old.interp_forcings
     33                        self.coupling_time   = old.coupling_time
    3434
    3535                else:
    3636                        raise Exception('constructor not supported')
    37                 #}}}
     37        #}}}
     38
    3839        def __repr__(self): # {{{
    3940                string="   timesteppingadaptive parameters:"
    … …  
    4647                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"coupling_time","coupling time steps with ocean model [yr]"))
    4748                return string
    48                 #}}}
     49        # }}}
     50
    4951        def setdefaultparameters(self): # {{{
    50                
     52
    5153                #time between 2 time steps
    5254                self.time_step_min=0.01
    … …  
    5658                self.final_time=10.*self.time_step_max
    5759
    58                 #time adaptation? 
     60                #time adaptation?
    5961                self.cfl_coefficient=0.5
    60                
     62
    6163                #should we interpolate forcings between timesteps?
    6264                self.interp_forcings=1
    … …  
    6466                return self
    6567        #}}}
     68
    6669        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    67 
    6870                md = checkfield(md,'fieldname','timestepping.start_time','numel',[1],'NaN',1,'Inf',1)
    6971                md = checkfield(md,'fieldname','timestepping.final_time','numel',[1],'NaN',1,'Inf',1)
    … …  
    7880                return md
    7981        # }}}
     82
    8083        def marshall(self,prefix,md,fid):    # {{{
    81 
    8284                yts=md.constants.yts
    8385                WriteData(fid,prefix,'name','md.timestepping.type','data',2,'format','Integer');

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/toolkits.py

    r22843 r23716  
    3535        def __repr__(self):    # {{{
    3636                s ="List of toolkits options per analysis:\n\n"
    37                 for analysis in vars(self).iterkeys():
     37                for analysis in list(vars(self).keys()):
    3838                        s+="%s\n" % fielddisplay(self,analysis,'')
    3939
    … …  
    5656        # }}}
    5757        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    58                 for analysis in vars(self).iterkeys():
     58                for analysis in list(vars(self).keys()):
    5959                        if not getattr(self,analysis):
    6060                                md.checkmessage("md.toolkits.%s is empty" % analysis)
    … …  
    8383
    8484                #start writing options
    85                 for analysis in vars(self).iterkeys():
     85                for analysis in list(vars(self).keys()):
    8686                        options=getattr(self,analysis)
    8787
    … …  
    8989                        fid.write("\n+%s\n" % analysis)    #append a + to recognize it's an analysis enum
    9090                        #now, write options
    91                         for optionname,optionvalue in options.iteritems():
     91                        for optionname,optionvalue in list(options.items()):
    9292
    9393                                if not optionvalue:
    … …  
    9696                                else:
    9797                                        #option with value. value can be string or scalar
    98                                         if   isinstance(optionvalue,(bool,int,long,float)):
     98                                        if   isinstance(optionvalue,(bool,int,float)):
    9999                                                fid.write("-%s %g\n" % (optionname,optionvalue))
    100                                         elif isinstance(optionvalue,(str,unicode)):
     100                                        elif isinstance(optionvalue,str):
    101101                                                fid.write("-%s %s\n" % (optionname,optionvalue))
    102102                                        else:

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/verbose.py

    r21049 r23716  
    5050                elif len(args) == 1:
    5151                        binary=args[0]
    52                         if   isinstance(binary,(str,unicode)):
     52                        if   isinstance(binary,str):
    5353                                if binary.lower()=='all':
    5454                                        binary=2**11-1    #all ones
    … …  
    5858                                        binary=int(binary,2)
    5959                                        self.BinaryToVerbose(binary)
    60                         elif isinstance(binary,(int,long,float)):
     60                        elif isinstance(binary,(int,float)):
    6161                                self.BinaryToVerbose(int(binary))
    6262
    … …  
    6767                        #Cast to logicals
    6868                        listproperties=vars(self)
    69                         for fieldname,fieldvalue in listproperties.iteritems():
    70                                 if isinstance(fieldvalue,bool) or isinstance(fieldvalue,(int,long,float)):
     69                        for fieldname,fieldvalue in list(listproperties.items()):
     70                                if isinstance(fieldvalue,bool) or isinstance(fieldvalue,(int,float)):
    7171                                        setattr(self,fieldname,bool(fieldvalue))
    7272                                else:

  • issm/trunk-jpl/src/m/consistency/checkfield.py

    r23705 r23716  
    11import numpy as np
    22import os
     3from re import findall,split
    34from pairoptions import pairoptions
    45from operator import attrgetter
    … …  
    4243        else:
    4344                fieldname=options.getfieldvalue('fieldname')
    44                 exec("field=md.{}".format(fieldname))
    45 
    46         if isinstance(field,(bool,int,long,float)):
     45                fieldprefix=split(r'\[(.*?)\]',fieldname)[0]
     46                fieldindexes=findall(r'\[(.*?)\]',fieldname)
     47                field=attrgetter(fieldprefix)(md)
     48                for index in fieldindexes:
     49                        try:
     50                                field=field[index.strip("\'")]
     51                        except TypeError:
     52                                field=field[int(index)] #looking for an index and not a key
     53
     54# that works for py2
     55#               exec("field=md.{}".format(fieldname))
     56#               exec("field=md.{}".format(fieldname),namespace)
     57
     58
     59        if isinstance(field,(bool,int,float)):
    4760                field=np.array([field])
    4861
    … …  
    6578                                try:
    6679                                        exec("md.{}=np.squeeze(field)".format(fieldname))
    67                                         print('{} had been squeezed if it was a matrix with only one column'.format(fieldname))
     80                                        print(('{} had been squeezed if it was a matrix with only one column'.format(fieldname)))
    6881                                except IndexError:
    6982                                        md = md.checkmessage(options.getfieldvalue('message',"field {} should have {} dimension".format(fieldname,len(fieldsize))))
    … …  
    102115                                "NaN values found in field '%s'" % fieldname))
    103116
     117
    104118        #check Inf
    105119        if options.getfieldvalue('Inf',0):
    … …  
    107121                        md = md.checkmessage(options.getfieldvalue('message',\
    108122                                "Inf values found in field '%s'" % fieldname))
     123
    109124
    110125        #check cell
    … …  
    206221                                else:
    207222                                        maxval=np.nanmax(field[0])
     223
    208224                                if maxval>=upperbound:
    209                                         md = md.checkmessage(options.getfieldvalue('message',"field '{}' should have values below {}".format(fieldname,upperbound)))
     225                                        md = md.checkmessage(options.getfieldvalue('message',"field '%s' should have values below %d" % (fieldname,upperbound)))
    210226
    211227        #check file

  • issm/trunk-jpl/src/m/consistency/ismodelselfconsistent.py

    r22004 r23716  
    11def AnalysisConfiguration(solutiontype): #{{{
    22        """
    3         ANALYSISCONFIGURATION - return type of analyses, number of analyses 
     3        ANALYSISCONFIGURATION - return type of analyses, number of analyses
    44
    55                Usage:
    … …  
    99        if   solutiontype == 'StressbalanceSolution':
    1010                analyses=['StressbalanceAnalysis','StressbalanceVerticalAnalysis','StressbalanceSIAAnalysis','L2ProjectionBaseAnalysis']
    11 
    1211        elif solutiontype == 'SteadystateSolution':
    1312                analyses=['StressbalanceAnalysis','StressbalanceVerticalAnalysis','StressbalanceSIAAnalysis','L2ProjectionBaseAnalysis','ThermalAnalysis','MeltingAnalysis','EnthalpyAnalysis']
    14 
    1513        elif solutiontype == 'ThermalSolution':
    1614                analyses=['EnthalpyAnalysis','ThermalAnalysis','MeltingAnalysis']
    17 
    1815        elif solutiontype == 'MasstransportSolution':
    1916                analyses=['MasstransportAnalysis']
    20 
    2117        elif solutiontype == 'BalancethicknessSolution':
    2218                analyses=['BalancethicknessAnalysis']
    23 
    2419        elif solutiontype == 'SurfaceSlopeSolution':
    2520                analyses=['L2ProjectionBaseAnalysis']
    26 
    2721        elif solutiontype == 'BalancevelocitySolution':
    2822                analyses=['BalancevelocityAnalysis']
    29 
    3023        elif solutiontype == 'BedSlopeSolution':
    3124                analyses=['L2ProjectionBaseAnalysis']
    32 
    3325        elif solutiontype == 'GiaSolution':
    3426                analyses=['GiaIvinsAnalysis']
    35 
    36         elif solutiontype == 'LoveSolution':
    37                 analyses=['LoveAnalysis']
    38 
     27        elif solutiontype == 'LoveSolution':
     28                analyses=['LoveAnalysis']
    3929        elif solutiontype == 'TransientSolution':
    4030                analyses=['StressbalanceAnalysis','StressbalanceVerticalAnalysis','StressbalanceSIAAnalysis','L2ProjectionBaseAnalysis','ThermalAnalysis','MeltingAnalysis','EnthalpyAnalysis','MasstransportAnalysis']
    41 
    4231        elif solutiontype == 'HydrologySolution':
    4332                analyses=['L2ProjectionBaseAnalysis','HydrologyShreveAnalysis','HydrologyDCInefficientAnalysis','HydrologyDCEfficientAnalysis']
    44 
    4533        elif 'DamageEvolutionSolution':
    4634                analyses=['DamageEvolutionAnalysis']
    … …  
    8674        if not md.private.isconsistent:
    8775                raise RuntimeError('Model not consistent, see messages above.')
    88 

  • issm/trunk-jpl/src/m/contrib/defleurian/netCDF/ClassTry.py

    r21530 r23716  
    1313                def netCDFread(filename):
    1414                        def walktree(data):
    15                                 keys = data.groups.keys()
     15                                keys = list(data.groups.keys())
    1616                                yield keys
    1717                                for key in keys:
    … …  
    2020
    2121                        if path.exists(filename):
    22                                 print ('Opening {} for reading '.format(filename))
     22                                print(('Opening {} for reading '.format(filename)))
    2323                                NCData=Dataset(filename, 'r')
    2424                                class_dict={}
    … …  
    3535                        classtype=self.default_prop()
    3636                       
    37                 module=map(__import__,dict.values(classtype))
     37                module=list(map(__import__,dict.values(classtype)))
    3838
    3939                for i,mod in enumerate(dict.keys(classtype)):

  • issm/trunk-jpl/src/m/contrib/defleurian/netCDF/export_netCDF.py

    r23633 r23716  
    1111        #Now going on Real treatment
    1212        if path.exists(filename):
    13                 print ('File {} allready exist'.format(filename))
    14                 newname=raw_input('Give a new name or "delete" to replace: ')
     13                print(('File {} allready exist'.format(filename)))
     14                newname=eval(input('Give a new name or "delete" to replace: '))
    1515                if newname=='delete':
    1616                        remove(filename)
    1717                else:
    18                         print ('New file name is {}'.format(newname))
     18                        print(('New file name is {}'.format(newname)))
    1919                        filename=newname
    2020
    … …  
    3434        dimlist=[2,md.mesh.numberofelements,md.mesh.numberofvertices,np.shape(md.mesh.elements)[1]]
    3535        for i in range(0,4):
    36                 if dimlist[i] not in DimDict.keys():
     36                if dimlist[i] not in list(DimDict.keys()):
    3737                        dimindex+=1
    3838                        NewDim=NCData.createDimension('DimNum'+str(dimindex),dimlist[i])
    3939                        DimDict[len(NewDim)]='DimNum'+str(dimindex)
    4040
    41         typelist=[bool,str,unicode,int,float,complex,
     41        typelist=[bool,str,str,int,float,complex,
    4242                                                collections.OrderedDict,
    4343                                                np.int64,np.ndarray,np.float64]
    … …  
    9393                                DimDict=CreateVar(NCData,Var,field,NCgroup,DimDict)
    9494                        elif md.__dict__[group].__dict__[field] is None:
    95                                 print( 'field md.{}.{} is None'.format(group,field))
     95                                print(( 'field md.{}.{} is None'.format(group,field)))
    9696                                #do nothing
    9797                        #if it is a masked array
    … …  
    140140        #Now define and fill up variable
    141141        #treating scalar string or bool as atribute
    142         if val_type in [str,unicode,bool]:
     142        if val_type in [str,str,bool]:
    143143                Group.__setattr__(str(field).swapcase(), str(var))
    144144        #treating list as string table
    … …  
    182182                        ncvar[:] = var
    183183        else:
    184                 print('WARNING type "{}" is unknown for "{}.{}"'.format(val_type,Group.name,field))
     184                print(('WARNING type "{}" is unknown for "{}.{}"'.format(val_type,Group.name,field)))
    185185        return DimDict
    186186
    … …  
    200200                                        DimDict[len(NewDim)]='DimNum'+str(index)
    201201                                        output=output+[str(DimDict[shape[dim]])]
    202                 elif type(shape[0])==str or type(shape[0])==unicode:#dealling with a dictionnary
     202                elif type(shape[0])==str or type(shape[0])==str:#dealling with a dictionnary
    203203                        try:
    204204                                #dimension5 is 2 to treat with dict

  • issm/trunk-jpl/src/m/contrib/defleurian/netCDF/read_netCDF.py

    r19408 r23716  
    77       
    88        def walktree(data):
    9                 keys = data.groups.keys()
     9                keys = list(data.groups.keys())
    1010                yield keys
    1111                for key in keys:
    … …  
    1414                               
    1515        if path.exists(filename):
    16                 print ('Opening {} for reading '.format(filename))
     16                print(('Opening {} for reading '.format(filename)))
    1717                NCData=Dataset(filename, 'r')
    1818                class_dict={}
    … …  
    2222                                class_dict[str(child)]=str(getattr(NCData.groups[str(child)],'classtype')+'()')
    2323
    24                 print class_dict
     24                print(class_dict)
    2525                               

  • issm/trunk-jpl/src/m/contrib/defleurian/paraview/enveloppeVTK.py

    r23526 r23716  
    2727
    2828        if os.path.exists(filename):
    29                 print ('File {} allready exist'.format(filename))
    30                 newname=raw_input('Give a new name or "delete" to replace: ')
     29                print(('File {} allready exist'.format(filename)))
     30                newname=eval(input('Give a new name or "delete" to replace: '))
    3131                if newname=='delete':
    3232                        filelist = glob.glob(filename+'/*')
    … …  
    3434                                os.remove(oldfile)
    3535                else:
    36                         print ('New file name is {}'.format(newname))
     36                        print(('New file name is {}'.format(newname)))
    3737                        filename=newname
    3838                        os.mkdir(filename)

  • issm/trunk-jpl/src/m/contrib/defleurian/paraview/exportVTK.py

    r23211 r23716  
    2727
    2828        if os.path.exists(filename):
    29                 print ('File {} allready exist'.format(filename))
    30                 newname=raw_input('Give a new name or "delete" to replace: ')
     29                print(('File {} allready exist'.format(filename)))
     30                newname=eval(input('Give a new name or "delete" to replace: '))
    3131                if newname=='delete':
    3232                        filelist = glob.glob(filename+'/*')
    … …  
    3434                                os.remove(oldfile)
    3535                else:
    36                         print ('New file name is {}'.format(newname))
     36                        print(('New file name is {}'.format(newname)))
    3737                        filename=newname
    3838                        os.mkdir(filename)
    … …  
    101101                                fid.write('6 %d %d %d %d %d %d\n' %(model.mesh.elements[elt,0]-1,model.mesh.elements[elt,1]-1,model.mesh.elements[elt,2]-1,model.mesh.elements[elt,3]-1,model.mesh.elements[elt,4]-1,model.mesh.elements[elt,5]-1))
    102102                else:
    103                         print 'Number of nodes per element not supported'
     103                        print('Number of nodes per element not supported')
    104104
    105105                fid.write('CELL_TYPES %d\n' %num_of_elt)
    … …  
    193193                                                        for node in range(0,num_of_points):
    194194                                                                #paraview does not like NaN, replacing
    195                                                                 print other_struct.__dict__[field][node]
     195                                                                print((other_struct.__dict__[field][node]))
    196196                                                                if np.isnan(other_struct.__dict__[field][node]):
    197197                                                                        fid.write('%e\n' % -9999.9999)

  • issm/trunk-jpl/src/m/contrib/morlighem/bamg/YamsCall.py

    r21303 r23716  
    2929        #Compute Hessian
    3030        t1=time.time()
    31         print "%s" % '      computing Hessian...'
     31        print(("%s" % '      computing Hessian...'))
    3232        hessian=ComputeHessian(md.mesh.elements,md.mesh.x,md.mesh.y,field,'node')
    3333        t2=time.time()
    34         print "%s%d%s\n" % (' done (',t2-t1,' seconds)')
     34        print(("%s%d%s\n" % (' done (',t2-t1,' seconds)')))
    3535
    3636        #Compute metric
    3737        t1=time.time()
    38         print "%s" % '      computing metric...'
     38        print(("%s" % '      computing metric...'))
    3939        metric=ComputeMetric(hessian,scale,epsilon,hmin,hmax,np.empty(0,int))
    4040        t2=time.time()
    41         print "%s%d%s\n" % (' done (',t2-t1,' seconds)')
     41        print(("%s%d%s\n" % (' done (',t2-t1,' seconds)')))
    4242
    4343        #write files
    4444        t1=time.time()
    45         print "%s" % '      writing initial mesh files...'
     45        print(("%s" % '      writing initial mesh files...'))
    4646        np.savetxt('carre0.met',metric)
    4747
    … …  
    5656        #Vertices
    5757        f.write("\n%s\n%i\n\n" % ('Vertices',md.mesh.numberofvertices))
    58         for i in xrange(0,md.mesh.numberofvertices):
     58        for i in range(0,md.mesh.numberofvertices):
    5959                f.write("%8g %8g %i\n" % (md.mesh.x[i],md.mesh.y[i],0))
    6060
    6161        #Triangles
    6262        f.write("\n\n%s\n%i\n\n" % ('Triangles',md.mesh.numberofelements))
    63         for i in xrange(0,md.mesh.numberofelements):
     63        for i in range(0,md.mesh.numberofelements):
    6464                f.write("%i %i %i %i\n" % (md.mesh.elements[i,0],md.mesh.elements[i,1],md.mesh.elements[i,2],0))
    6565        numberofelements1=md.mesh.numberofelements
    … …  
    8080        f.close()
    8181        t2=time.time()
    82         print "%s%d%s\n" % (' done (',t2-t1,' seconds)')
     82        print(("%s%d%s\n" % (' done (',t2-t1,' seconds)')))
    8383
    8484        #call yams
    85         print "%s\n" % '      call Yams...'
     85        print(("%s\n" % '      call Yams...'))
    8686        if   m.ispc():
    8787                #windows
    … …  
    9696        #plug new mesh
    9797        t1=time.time()
    98         print "\n%s" % '      reading final mesh files...'
     98        print(("\n%s" % '      reading final mesh files...'))
    9999        Tria=np.loadtxt('carre1.tria',int)
    100100        Coor=np.loadtxt('carre1.coor',float)
    … …  
    107107        numberofelements2=md.mesh.numberofelements
    108108        t2=time.time()
    109         print "%s%d%s\n\n" % (' done (',t2-t1,' seconds)')
     109        print(("%s%d%s\n\n" % (' done (',t2-t1,' seconds)')))
    110110
    111111        #display number of elements
    112         print "\n%s %i" % ('      inital number of elements:',numberofelements1)
    113         print "\n%s %i\n\n" % ('      new    number of elements:',numberofelements2)
     112        print(("\n%s %i" % ('      inital number of elements:',numberofelements1)))
     113        print(("\n%s %i\n\n" % ('      new    number of elements:',numberofelements2)))
    114114
    115115        #clean up:

  • issm/trunk-jpl/src/m/coordsystems/gmtmask.py

    r22133 r23716  
    2121
    2222        if recursive:
    23                 print '             recursing: num vertices #'+str(lenlat)
     23                print(('             recursing: num vertices #'+str(lenlat)))
    2424        else:
    25                 print 'gmtmask: num vertices #'+str(lenlat)
     25                print(('gmtmask: num vertices #'+str(lenlat)))
    2626       
    2727        #Check lat and long size is not more than 50,000 If so, recursively call gmtmask:
    … …  
    3232                        if j>lenlat:
    3333                                j=lenlat
    34                         mask[i:j]=gmtmask(lat[i:j],long[i:j],1)
     34                        mask[i:j]=gmtmask(lat[i:j],int[i:j],1)
    3535                return mask
    3636       
    … …  
    3838        #First, write our lat,long file for gmt:
    3939        nv=lenlat
    40         np.savetxt('./all_vertices.txt',np.transpose([long, lat, np.arange(1,nv+1)]),delimiter='\t',fmt='%.10f')
     40        np.savetxt('./all_vertices.txt',np.transpose([int, lat, np.arange(1,nv+1)]),delimiter='\t',fmt='%.10f')
    4141
    4242        #Avoid bypassing of the ld library path by Matlab (:()
    … …  
    7777        subprocess.call('rm -rf ./all_vertices.txt ./oce_vertices.txt ./gmt.history',shell=True)
    7878        if not recursive:
    79                 print 'gmtmask: done'
     79                print('gmtmask: done')
    8080        return mask

  • issm/trunk-jpl/src/m/coordsystems/ll2xy.py

    r21303 r23716  
    2323                delta = 45
    2424                slat = 70
    25                 print '         ll2xy: creating coordinates in north polar stereographic (Std Latitude: 70N Meridian: 45)'
     25                print('         ll2xy: creating coordinates in north polar stereographic (Std Latitude: 70N Meridian: 45)')
    2626        else:
    2727                delta = central_meridian
    2828                slat = standard_parallel
    29                 print '         ll2xy: creating coordinates in south polar stereographic (Std Latitude: 71S Meridian: 0)'
     29                print('         ll2xy: creating coordinates in south polar stereographic (Std Latitude: 71S Meridian: 0)')
    3030       
    3131        # Conversion constant from degrees to radians

  • issm/trunk-jpl/src/m/coordsystems/xy2ll.py

    r22493 r23716  
    2727                        delta = 45.
    2828                        slat = 70.
    29                         print '         xy2ll: creating coordinates in north polar stereographic (Std Latitude: 70degN Meridian: 45deg)'
     29                        print('         xy2ll: creating coordinates in north polar stereographic (Std Latitude: 70degN Meridian: 45deg)')
    3030                elif sgn == -1:
    3131                        delta = 0. 
    3232                        slat = 71.
    33                         print '         xy2ll: creating coordinates in south polar stereographic (Std Latitude: 71degS Meridian: 0deg)'
     33                        print('         xy2ll: creating coordinates in south polar stereographic (Std Latitude: 71degS Meridian: 0deg)')
    3434                else:
    3535                        raise ValueError('sgn should be either +1 or -1')
    3636        else:
    37                 raise StandardError('bad usage: type "help(xy2ll)" for details')
     37                raise Exception('bad usage: type "help(xy2ll)" for details')
    3838
    3939        # if x,y passed as lists, convert to np.arrays

  • issm/trunk-jpl/src/m/dev/ISSM.py

    r23095 r23716  
    1 print 'WARNING: EXPERIMENTAL FEATURE ISSM.py: universal Python ISSM import'
     1print('WARNING: EXPERIMENTAL FEATURE ISSM.py: universal Python ISSM import')
    22
    33#Most common imports
    … …  
    4242def python_help():
    4343        '''Prints out key code fragments that may be useful to users'''
    44         print 'Differences between Python and Matlab code:'
     44        print('Differences between Python and Matlab code:')
    4545        #...
    4646

  • issm/trunk-jpl/src/m/dev/devpath.py

    r23095 r23716  
    44
    55#Recover ISSM_DIR and USERNAME
    6 ISSM_DIR = os.getenv('ISSM_DIR')
     6ISSM_DIR = os.getenv('ISSM_DEV_DIR')
    77USERNAME = os.getenv('USER')
    88JPL_SVN  = os.getenv('JPL_SVN')
    … …  
    1010        raise NameError('"ISSM_DIR" environment variable is empty! You should define ISSM_DIR in your .cshrc or .bashrc!')
    1111
    12 #Go through src/m and append any directory that contains a *.py file to PATH 
     12#Go through src/m and append any directory that contains a *.py file to PATH
    1313for root,dirs,files in os.walk(ISSM_DIR+ '/src/m'):
    1414        if '.svn' in dirs:
    … …  
    2222#Also add the Nightly run directory
    2323sys.path.append(ISSM_DIR + '/test/NightlyRun')
    24                                
     24
    2525sys.path.append(ISSM_DIR + '/lib')
    2626sys.path.append(ISSM_DIR + '/src/wrappers/python/.libs')
    … …  
    4242#c.InteractiveShellApp.exec_lines.append('print "Warning: disable autoreload in startup.py to improve performance." ')
    4343
    44 print("\n  ISSM development path correctly loaded\n\n")
     44print("\n  ISSM development path correctly loaded")
     45print(("Current path is {}\n\n".format(ISSM_DIR)))

  • issm/trunk-jpl/src/m/dev/issmversion.py

    r23696 r23716  
    99        """
    1010
    11 print ' '
    12 print IssmConfig('PACKAGE_NAME')[0]+' Version '+IssmConfig('PACKAGE_VERSION')[0]
    13 print '(website: '+IssmConfig('PACKAGE_URL')[0]+' contact: '+IssmConfig('PACKAGE_BUGREPORT')[0]+')'
    14 print ' '
    15 print 'Build date: '+IssmConfig('PACKAGE_BUILD_DATE')[0]
    16 print 'Copyright (c) 2009-2019 California Institute of Technology'
    17 print ' '
    18 print '    to get started type: issmdoc'
    19 print ' '
     11
     12print(' ')
     13print((IssmConfig('PACKAGE_NAME')[0]+' Version '+IssmConfig('PACKAGE_VERSION')[0]))
     14print(('(website: '+IssmConfig('PACKAGE_URL')[0]+' contact: '+IssmConfig('PACKAGE_BUGREPORT')[0]+')'))
     15print(' ')
     16print(('Build date: '+IssmConfig('PACKAGE_BUILD_DATE')[0]))
     17print('Copyright (c) 2009-2018 California Institute of Technology')
     18print(' ')
     19print('    to get started type: issmdoc')
     20print(' ')

  • issm/trunk-jpl/src/m/exp/expcoarsen.py

    r21303 r23716  
    2323                raise OSError("expcoarsen error message: file '%s' not found!" % oldfile)
    2424        if os.path.exists(newfile):
    25                 choice=raw_input('A file ' + newfile + ' already exists, do you want to modify it? (y/n)')
     25                choice=eval(input('A file ' + newfile + ' already exists, do you want to modify it? (y/n)'))
    2626                if choice not in 'y':
    2727                        print('no modification done ... exiting')

  • issm/trunk-jpl/src/m/exp/expdisp.py

    r21303 r23716  
    55
    66def expdisp(ax,options):
    7     '''
    8     plot the contents of a domain outline file
     7        '''
     8        plot the contents of a domain outline file
    99
    10     This routine reads in an exp file and plots all of the x,y points/lines/patches
     10        This routine reads in an exp file and plots all of the x,y points/lines/patches
    1111
    12     'ax' is a handle to the current plot axes, onto which we want to plot
     12        'ax' is a handle to the current plot axes, onto which we want to plot
    1313
    14     Usage:
    15         expdisp(ax,options)
     14        Usage:
     15        expdisp(ax,options)
    1616
    17     List of options passable to plotmodel:
    18         'expdisp'      : path (or list of paths) to the exp file to be plotted
    19         'explinewidth' : linewidth
    20         'explinestyle' : matplotlib linestyle string
    21         'explinecolor' : matplotlib color string
    22         'expfill'      : (True/False) fill a closed contour
    23         'expfillcolor' : Color for a filled contour, only used if expfill is True
    24         'expfillalpha' : alpha transparency for filled contour
     17        List of options passable to plotmodel:
     18        'expdisp'      : path (or list of paths) to the exp file to be plotted
     19        'explinewidth' : linewidth
     20        'explinestyle' : matplotlib linestyle string
     21        'explinecolor' : matplotlib color string
     22        'expfill'      : (True/False) fill a closed contour
     23        'expfillcolor' : Color for a filled contour, only used if expfill is True
     24        'expfillalpha' : alpha transparency for filled contour
    2525
    26     All options should be passed as lists of length len(number of exp files passed)
    27     '''
     26        All options should be passed as lists of length len(number of exp files passed)
     27        '''
    2828
    29     filenames=options.getfieldvalue('expdisp')
    30     linewidth=options.getfieldvalue('explinewidth',[1]*len(filenames))
    31     linestyle=options.getfieldvalue('explinestyle',['-']*len(filenames))
    32     linecolor=options.getfieldvalue('explinecolor',['k']*len(filenames))
    33     fill=options.getfieldvalue('expfill',[0]*len(filenames))
    34     alpha=options.getfieldvalue('expfillalpha',[1]*len(filenames))
    35     facecolor=options.getfieldvalue('expfillcolor',['r']*len(filenames))
    36     unitmultiplier=options.getfieldvalue('unit',1)
    37     for i in xrange(len(filenames)):
    38         linestylei=linestyle[i]
    39         linecolori=linecolor[i]
    40         linewidthi=linewidth[i]
    41         alphai=alpha[i]
    42         facecolori=facecolor[i]
    43         filenamei=filenames[i]
    44         filli=fill[i]
    45         domain=expread(filenamei)
    46         for j in xrange(len(domain)):
    47             if domain[j]['nods']==1:
    48                 ax.plot(domain[j]['x']*unitmultiplier,domain[j]['y']*unitmultiplier,'o',mec='k',mfc='r',ms=10)
    49             elif filli:
    50                 verts=np.column_stack((domain[j]['x'],domain[j]['y']))
    51                 codes=[Path.MOVETO] + [Path.LINETO]*(len(domain[j]['x'])-2) + [Path.CLOSEPOLY]
    52                 path=Path(verts, codes)
    53                 patch=patches.PathPatch(path,facecolor=facecolori,edgecolor=linecolori,alpha=alphai,
    54                         lw=linewidthi)
    55                 ax.add_patch(patch)
    56             else:
    57                 x=domain[j]['x'].tolist() # since expread returns a string representation of the arrays
    58                 y=domain[j]['y'].tolist()
    59                 ax.plot(x*unitmultiplier,y*unitmultiplier,ls=linestylei,lw=linewidthi,c=linecolori)
     29        filenames=options.getfieldvalue('expdisp')
     30        linewidth=options.getfieldvalue('explinewidth',[1]*len(filenames))
     31        linestyle=options.getfieldvalue('explinestyle',['-']*len(filenames))
     32        linecolor=options.getfieldvalue('explinecolor',['k']*len(filenames))
     33        fill=options.getfieldvalue('expfill',[0]*len(filenames))
     34        alpha=options.getfieldvalue('expfillalpha',[1]*len(filenames))
     35        facecolor=options.getfieldvalue('expfillcolor',['r']*len(filenames))
     36        unitmultiplier=options.getfieldvalue('unit',1)
     37        for i in range(len(filenames)):
     38                linestylei=linestyle[i]
     39                linecolori=linecolor[i]
     40                linewidthi=linewidth[i]
     41                alphai=alpha[i]
     42                facecolori=facecolor[i]
     43                filenamei=filenames[i]
     44                filli=fill[i]
     45                domain=expread(filenamei)
     46                for j in range(len(domain)):
     47                        if domain[j]['nods']==1:
     48                                ax.plot(domain[j]['x']*unitmultiplier,domain[j]['y']*unitmultiplier,'o',mec='k',mfc='r',ms=10)
     49                        elif filli:
     50                                verts=np.column_stack((domain[j]['x'],domain[j]['y']))
     51                                codes=[Path.MOVETO] + [Path.LINETO]*(len(domain[j]['x'])-2) + [Path.CLOSEPOLY]
     52                                path=Path(verts, codes)
     53                                patch=patches.PathPatch(path,facecolor=facecolori,edgecolor=linecolori,alpha=alphai,
     54                                                                                                                                lw=linewidthi)
     55                                ax.add_patch(patch)
     56                        else:
     57                                x=domain[j]['x'].tolist() # since expread returns a string representation of the arrays
     58                                y=domain[j]['y'].tolist()
     59                                ax.plot(x*unitmultiplier,y*unitmultiplier,ls=linestylei,lw=linewidthi,c=linecolori)

  • issm/trunk-jpl/src/m/exp/expread.py

    r21303 r23716  
    7676                contour['x']=np.empty(contour['nods'])
    7777                contour['y']=np.empty(contour['nods'])
    78                 for i in xrange(int(contour['nods'])):
     78                for i in range(int(contour['nods'])):
    7979                        A=fid.readline().split()
    8080                        contour['x'][i]=float(A[0])

  • issm/trunk-jpl/src/m/extrusion/DepthAverage.py

    r21303 r23716  
    2020        # coerce to array in case float is passed
    2121        if type(vector)!=np.ndarray:
    22                 print 'coercing array'
     22                print('coercing array')
    2323                vector=np.array(value)
    2424
    … …  
    3131        if vector.shape[0]==md.mesh.numberofvertices:
    3232                vector_average=np.zeros(md.mesh.numberofvertices2d)
    33                 for i in xrange(1,md.mesh.numberoflayers):
     33                for i in range(1,md.mesh.numberoflayers):
    3434                        vector_average=vector_average+(project2d(md,vector,i)+project2d(md,vector,i+1))/2.*(project2d(md,md.mesh.z,i+1)-project2d(md,md.mesh.z,i))
    3535                vector_average=vector_average/project2d(md,md.geometry.thickness,1)
    … …  
    3838        elif vector.shape[0]==md.mesh.numberofelements:
    3939                vector_average=np.zeros(md.mesh.numberofelements2d)
    40                 for i in xrange(1,md.mesh.numberoflayers):
     40                for i in range(1,md.mesh.numberoflayers):
    4141                        vector_average=vector_average+project2d(md,vector,i)*(project2d(md,md.mesh.z,i+1)-project2d(md,md.mesh.z,i))
    4242                vector_average=vector_average/project2d(md,md.geometry.thickness,1)

  • issm/trunk-jpl/src/m/extrusion/project2d.py

    r21303 r23716  
    1919
    2020        if md3d.mesh.domaintype().lower() != '3d':
    21                 raise StandardError("model passed to project2d function should be 3D")
     21                raise Exception("model passed to project2d function should be 3D")
    2222
    2323        if layer<1 or layer>md3d.mesh.numberoflayers:
    … …  
    2626        # coerce to array in case float is passed
    2727        if type(value)!=np.ndarray:
    28                 print 'coercing array'
     28                print('coercing array')
    2929                value=np.array(value)
    3030

  • issm/trunk-jpl/src/m/extrusion/project3d.py

    r21303 r23716  
    4141                vector2d=vector2d.reshape(-1,)
    4242
    43         if isinstance(vector2d,(bool,int,long,float)) or np.size(vector2d)==1:
     43        if isinstance(vector2d,(bool,int,float)) or np.size(vector2d)==1:
    4444                projected_vector=vector2d
    4545
    … …  
    5858                        #Fill in
    5959                        if layer==0:
    60                                 for i in xrange(md.mesh.numberoflayers):
     60                                for i in range(md.mesh.numberoflayers):
    6161                                        projected_vector[(i*md.mesh.numberofvertices2d):((i+1)*md.mesh.numberofvertices2d)]=vector2d
    6262                        else:
    … …  
    7373                        #Fill in
    7474                        if layer==0:
    75                                 for i in xrange(md.mesh.numberoflayers):
     75                                for i in range(md.mesh.numberoflayers):
    7676                                        projected_vector[(i*md.mesh.numberofvertices2d):((i+1)*md.mesh.numberofvertices2d),:]=vector2d
    7777                        else:
    … …  
    9393                        #Fill in
    9494                        if layer==0:
    95                                 for i in xrange(md.mesh.numberoflayers-1):
     95                                for i in range(md.mesh.numberoflayers-1):
    9696                                        projected_vector[(i*md.mesh.numberofelements2d):((i+1)*md.mesh.numberofelements2d)]=vector2d
    9797                        else:
    … …  
    108108                        #Fill in
    109109                        if layer==0:
    110                                 for i in xrange(md.mesh.numberoflayers-1):
     110                                for i in range(md.mesh.numberoflayers-1):
    111111                                        projected_vector[(i*md.mesh.numberofelements2d):((i+1)*md.mesh.numberofelements2d),:]=vector2d
    112112                        else:

  • issm/trunk-jpl/src/m/geometry/FlagElements.py

    r21303 r23716  
    2222        """
    2323
    24         if   isinstance(region,(str,unicode)):
     24        if   isinstance(region,str):
    2525                if   not region:
    2626                        flag=np.zeros(md.mesh.numberofelements,bool)

  • issm/trunk-jpl/src/m/geometry/NowickiProfile.py

    r22267 r23716  
    2828
    2929        #upstream of the GL
    30         for i in range(np.size(x) / 2):
     30        for i in range(int(np.size(x)/2)):
    3131                ss = np.roots([1, 4 * lamda * beta, 0, 0, 6 * lamda * ms * x[i]**2 +
    3232                                12 * lamda * q * x[i] - hg**4 - 4 * lamda * beta * hg**3])
    … …  
    3838
    3939        #downstream of the GL
    40         for i in range(np.size(x) / 2, np.size(x)):
     40        for i in range(int(np.size(x)/2), int(np.size(x))):
    4141                h[i] = (x[i] / (4. * (delta+1) * q) + hg**(-2))**(-0.5) # ice thickness for ice shelf from (3.1)
    4242                b[i] = sea - h[i] * (1. / (1+delta))

  • issm/trunk-jpl/src/m/interp/SectionValues.py

    r21303 r23716  
    4545        S=np.array([0.])  #curvilinear coordinate
    4646       
    47         for i in xrange(nods-1):
     47        for i in range(nods-1):
    4848       
    4949                x_start=x[i]
    … …  
    6060                s_segment=np.zeros(portion)
    6161
    62                 for j in xrange(int(portion)):
     62                for j in range(int(portion)):
    6363                        x_segment[j]=x_start+(j)*(x_end-x_start)/portion
    6464                        y_segment[j]=y_start+(j)*(y_end-y_start)/portion
    … …  
    8888       
    8989                #Compute index
    90                 index=np.array([range(1,numberofnodes),range(2,numberofnodes+1)]).T
     90                index=np.array([list(range(1,numberofnodes)),list(range(2,numberofnodes+1))]).T
    9191       
    9292        else:
    … …  
    116116       
    117117                #Get new coordinates in 3d
    118                 for i in xrange(1,layers+1):
     118                for i in range(1,layers+1):
    119119                        X3[i-1::layers]=X
    120120                        Y3[i-1::layers]=Y

  • issm/trunk-jpl/src/m/interp/averaging.py

    r21335 r23716  
    55        from scipy.sparse import csc_matrix
    66except ImportError:
    7         print "could not import scipy, no averaging capabilities enabled"
     7        print("could not import scipy, no averaging capabilities enabled")
    88
    99def averaging(md,data,iterations,layer=0):
    … …  
    3030
    3131        if len(data)!=md.mesh.numberofelements and len(data)!=md.mesh.numberofvertices:
    32                 raise StandardError('averaging error message: data not supported yet')
     32                raise Exception('averaging error message: data not supported yet')
    3333        if md.mesh.dimension()==3 and layer!=0:
    3434                if layer<=0 or layer>md.mesh.numberoflayers:

  • issm/trunk-jpl/src/m/interp/holefiller.py

    r21303 r23716  
    2626
    2727        if len(x) != len(data) or len(y) != len(data):
    28                 raise StandardError('nearestneighbors error: x and y should have the same length as "data"')
     28                raise Exception('nearestneighbors error: x and y should have the same length as "data"')
    2929
    3030        filled=data

  • issm/trunk-jpl/src/m/interp/interp.py

    r21303 r23716  
    66        import matplotlib.pyplot as plt
    77except ImportError:
    8         print 'could not import matplotlib, no plotting functions enabled.\
    9                         Set plotonly=False in function call'
     8        print('could not import matplotlib, no plotting functions enabled.\
     9                        Set plotonly=False in function call')
    1010
    1111def MeshSplineToMesh2d(x,y,data,xi,yi,tol=1e-6,fill_nans=False,**kwargs):#{{{
    … …  
    6363        ind=np.nonzero(mask)[0]
    6464        if len(ind) and fill_nans:
    65                 print "         WARNING: filling nans using spline fit through good data points, which may or may not be appropriate. Check results carefully."
     65                print("         WARNING: filling nans using spline fit through good data points, which may or may not be appropriate. Check results carefully.")
    6666        subdata=np.delete(subdata,ind)
    6767        points=np.delete(points,ind,axis=0)
    … …  
    133133        # create points array and flattened data array
    134134        if len(x)==data.shape[1] and len(y)==data.shape[0]:
    135                 print '         x,y taken to define the center of data grid cells'
     135                print('         x,y taken to define the center of data grid cells')
    136136                xind=np.nonzero(np.logical_and(x>xlim[0],x<xlim[1]))[0]
    137137                yind=np.nonzero(np.logical_and(y>ylim[0],y<ylim[1]))[0]
    … …  
    139139                subdata=data[yind[0]:yind[-1]+1,xind[0]:xind[-1]+1]
    140140        elif len(x)==data.shape[1]+1 and len(y)==data.shape[0]+1:
    141                 print '         x,y taken to define the corners of data grid cells'
     141                print('         x,y taken to define the corners of data grid cells')
    142142                xcenter=np.fromiter(((x[i]+x[i+1])/2 for i in range(len(x)-1)),np.float)
    143143                ycenter=np.fromiter(((y[i]+y[i+1])/2 for i in range(len(y)-1)),np.float)
    … …  
    161161        ind=np.nonzero(mask)[0]
    162162        if len(ind) and fill_nans:
    163                 print "         WARNING: filling nans using spline fit through good data points, which may or may not be appropriate. Check results carefully."
     163                print("         WARNING: filling nans using spline fit through good data points, which may or may not be appropriate. Check results carefully.")
    164164        goodsubdata=np.delete(flatsubdata,ind)
    165165        goodpoints=np.delete(points,ind,axis=0)

  • issm/trunk-jpl/src/m/io/loadmodel.py

    r21235 r23716  
    11from loadvars import loadvars
    2 from whichdb import whichdb
     2from dbm.ndbm import whichdb
    33from netCDF4 import Dataset
    44
    … …  
    2727        #recover model on file and name it md
    2828        struc=loadvars(path)
    29         name=[key for key in struc.iterkeys()]
     29        name=[key for key in list(struc.keys())]
    3030        if len(name)>1:
    3131                raise IOError("loadmodel error message: file '%s' contains several variables. Only one model should be present." % path)

  • issm/trunk-jpl/src/m/io/loadvars.py

    r22843 r23716  
    77from os import path
    88from collections import OrderedDict
    9 from whichdb import whichdb
     9from dbm.ndbm import whichdb
    1010from model import *
    1111
    … …  
    3131        nvdict={}
    3232
    33         if len(args) >= 1 and isinstance(args[0],(str,unicode)):
     33        if len(args) >= 1 and isinstance(args[0],str):
    3434                filename=args[0]
    3535                if not filename:
    … …  
    3939                raise TypeError("Missing file name.")
    4040
    41         if   len(args) >= 2 and isinstance(args[1],(str,unicode)):    # (filename,name)
     41        if   len(args) >= 2 and isinstance(args[1],str):    # (filename,name)
    4242                for name in args[1:]:
    4343                        nvdict[name]=None
    … …  
    5757
    5858        if whichdb(filename):
    59                 print "Loading variables from file '%s'." % filename
     59                print(("Loading variables from file '%s'." % filename))
    6060
    6161                my_shelf = shelve.open(filename,'r') # 'r' for read-only
    6262                if nvdict:
    63                         for name in nvdict.iterkeys():
     63                        for name in list(nvdict.keys()):
    6464                                try:
    6565                                        nvdict[name] = my_shelf[name]
    66                                         print "Variable '%s' loaded." % name
     66                                        print(("Variable '%s' loaded." % name))
    6767                                except KeyError:
    6868                                        value = None
    69                                         print "Variable '%s' not found." % name
     69                                        print(("Variable '%s' not found." % name))
    7070
    7171                else:
    72                         for name in my_shelf.iterkeys():
     72                        for name in list(my_shelf.keys()):
    7373                                nvdict[name] = my_shelf[name]
    74                                 print "Variable '%s' loaded." % name
     74                                print(("Variable '%s' loaded." % name))
    7575
    7676                my_shelf.close()
    … …  
    173173                                                                strings1=[str(arg[0]) for arg in varval if arg[0]!='toolkits']
    174174                                                                strings2=[str(arg[1]) for arg in varval if arg[0]!='toolkits']
    175                                                                 Tree.__dict__[str(var)].update(zip(strings1, strings2))
     175                                                                Tree.__dict__[str(var)].update(list(zip(strings1, strings2)))
    176176                                                        else:
    177177                                                                if type(Tree)==list:
    … …  
    194194                                                                Tree.__dict__[str(var)]=varval[:,:,:]
    195195                                                else:
    196                                                         print 'table dimension greater than 3 not implemented yet'
     196                                                        print('table dimension greater than 3 not implemented yet')
    197197                                for attr in listclass.ncattrs():
    198198                                        if  attr!='classtype': #classtype is for treatment, don't get it back
    … …  
    210210                                                                Tree.__dict__[str(attr).swapcase()]=False
    211211                NCFile.close()
    212         if   len(args) >= 2 and isinstance(args[1],(str,unicode)):    # (value)
     212        if   len(args) >= 2 and isinstance(args[1],str):    # (value)
    213213                value=[nvdict[name] for name in args[1:]]
    214214                return value
    … …  
    223223
    224224def netCDFread(filename):
    225         print ('Opening {} for reading '.format(filename))
     225        print(('Opening {} for reading '.format(filename)))
    226226        NCData=Dataset(filename, 'r')
    227227        class_dict={}
    … …  
    244244                                        class_tree[classe]=[group,]
    245245                        except AttributeError:
    246                                 print('group {} is empty'.format(group))
     246                                print(('group {} is empty'.format(group)))
    247247        NCData.close()
    248248        return class_dict,class_tree

  • issm/trunk-jpl/src/m/io/savevars.py

    r13950 r23716  
    2323        nvdict={}
    2424
    25         if len(args) >= 1 and isinstance(args[0],(str,unicode)):
     25        if len(args) >= 1 and isinstance(args[0],str):
    2626                filename=args[0]
    2727                if not filename:
    … …  
    3131                raise TypeError("Missing file name.")
    3232
    33         if   len(args) >= 3 and isinstance(args[1],(str,unicode)):    # (filename,name,value)
    34                 for i in xrange(1,len(args),2):
     33        if   len(args) >= 3 and isinstance(args[1],str):    # (filename,name,value)
     34                for i in range(1,len(args),2):
    3535                        nvdict[args[i]]=args[i+1]
    3636
    … …  
    4646
    4747        if os.path.exists(filename):
    48                 print "Shelving variables to existing file '%s'." % filename
     48                print(("Shelving variables to existing file '%s'." % filename))
    4949        else:
    50                 print "Shelving variables to new file '%s'." % filename
     50                print(("Shelving variables to new file '%s'." % filename))
    5151
    5252        my_shelf = shelve.open(filename,'c') # 'c' for create if not exist, else 'n' for new
    5353
    54         for name,value in nvdict.iteritems():
     54        for name,value in list(nvdict.items()):
    5555                try:
    5656                        my_shelf[name] = value
    57                         print "Variable '%s' shelved." % name
     57                        print(("Variable '%s' shelved." % name))
    5858                except TypeError:
    59                         print "Variable '%s' not shelved." % name
     59                        print(("Variable '%s' not shelved." % name))
    6060
    6161        my_shelf.close()

  • issm/trunk-jpl/src/m/mech/analyticaldamage.py

    r21303 r23716  
    5858        # check inputs
    5959        if 'strainrate' not in md.results.__dict__:
    60                 raise StandardError('md.results.strainrate not present.  Calculate using md=mechanicalproperties(md,vx,vy)')
     60                raise Exception('md.results.strainrate not present.  Calculate using md=mechanicalproperties(md,vx,vy)')
    6161        if not '2d' in md.mesh.__doc__:
    62                 raise StandardError('only 2d (planview) model supported currently')
     62                raise Exception('only 2d (planview) model supported currently')
    6363        if np.any(md.flowequation.element_equation!=2):
    64                 print 'Warning: the model has some non SSA elements. These will be treated like SSA elements'
     64                print('Warning: the model has some non SSA elements. These will be treated like SSA elements')
    6565
    6666        a,b,theta,ex=thomasparams(md,eq=eq,smoothing=smoothing,coordsys=coordsys)

  • issm/trunk-jpl/src/m/mech/backstressfrominversion.py

    r21303 r23716  
    5050        # some checks
    5151        if not hasattr(md.results,'strainrate'):
    52                 raise StandardError('md.results.strainrate not present.  Calculate using md=mechanicalproperties(md,vx,vy)')
     52                raise Exception('md.results.strainrate not present.  Calculate using md=mechanicalproperties(md,vx,vy)')
    5353        if not '2d' in md.mesh.__doc__:
    54                 raise StandardError('only 2d (planview) model supported currently')
     54                raise Exception('only 2d (planview) model supported currently')
    5555        if any(md.flowequation.element_equation!=2):
    56                 raise StandardError('Warning: the model has some non-SSA elements.  These will be treated like SSA elements')
     56                raise Exception('Warning: the model has some non-SSA elements.  These will be treated like SSA elements')
    5757
    5858        T=0.5*md.materials.rho_ice*md.constants.g*(1-md.materials.rho_ice/md.materials.rho_water)*md.geometry.thickness

  • issm/trunk-jpl/src/m/mech/calcbackstress.py

    r21303 r23716  
    4444        # some checks
    4545        if not hasattr(md.results,'strainrate'):
    46                 raise StandardError('md.results.strainrate not present.  Calculate using md=mechanicalproperties(md,vx,vy)')
     46                raise Exception('md.results.strainrate not present.  Calculate using md=mechanicalproperties(md,vx,vy)')
    4747        if not '2d' in md.mesh.__doc__:
    48                 raise StandardError('only 2d (planview) model supported currently')
     48                raise Exception('only 2d (planview) model supported currently')
    4949        if any(md.flowequation.element_equation!=2):
    50                 raise StandardError('Warning: the model has some non-SSA elements.  These will be treated like SSA elements')
     50                raise Exception('Warning: the model has some non-SSA elements.  These will be treated like SSA elements')
    5151
    5252        T=0.5*md.materials.rho_ice*md.constants.g*(1-md.materials.rho_ice/md.materials.rho_water)*md.geometry.thickness

  • issm/trunk-jpl/src/m/mech/damagefrominversion.py

    r21303 r23716  
    1919        # check inputs
    2020        if not hasattr(md.results,'strainrate'):
    21                 raise StandardError('md.results.strainrate is not present.  Calculate using md=mechanicalproperties(md,vx,vy)')
     21                raise Exception('md.results.strainrate is not present.  Calculate using md=mechanicalproperties(md,vx,vy)')
    2222        if not '2d' in md.mesh.__doc__:
    23                 raise StandardError('only 2d (planview) model supported currently')
     23                raise Exception('only 2d (planview) model supported currently')
    2424        if any(md.flowequation.element_equation!=2):
    25                 raise StandardError('Warning: the model has some non-SSA elements.  These will be treated like SSA elements')
     25                raise Exception('Warning: the model has some non-SSA elements.  These will be treated like SSA elements')
    2626        if np.ndim(md.results.StressbalanceSolution.MaterialsRheologyBbar)==2:
    2727                Bi=md.results.StressbalanceSolution.MaterialsRheologyBbar.reshape(-1,)

  • issm/trunk-jpl/src/m/mech/mechanicalproperties.py

    r22754 r23716  
    2828
    2929        if np.any(md.flowequation.element_equation!=2):
    30                 print 'Warning: the model has some non SSA elements. These will be treated like SSA elements'
     30                print('Warning: the model has some non SSA elements. These will be treated like SSA elements')
    3131
    3232        #unpack kwargs
    … …  
    8585                nu[location]=10^18
    8686        elif 'matdamageice' in md.materials.__module__ and damage is not None:
    87                 print 'computing damage-dependent properties!'
     87                print('computing damage-dependent properties!')
    8888                Zinv=np.dot(1-damage[index-1],summation/3.).reshape(-1,)
    8989                location=np.nonzero(second_inv)
    … …  
    9393                #clear Zinv
    9494        else:
    95                 raise StandardError('class of md.materials (' + md.materials.__module__ + ') not recognized or not supported')
     95                raise Exception('class of md.materials (' + md.materials.__module__ + ') not recognized or not supported')
    9696       
    9797        #compute stress

  • issm/trunk-jpl/src/m/mech/steadystateiceshelftemp.py

    r21303 r23716  
    4848                temperature[pos]=-( (Tb[pos]-Ts[pos])*ki/wi[pos] + Hi[pos]*Tb[pos] - (Hi[pos]*Ts[pos] + (Tb[pos]-Ts[pos])*ki/wi[pos])*np.exp(Hi[pos]*wi[pos]/ki) )/( Hi[pos]*(np.exp(Hi[pos]*wi[pos]/ki)-1))
    4949        except FloatingPointError:
    50                 print 'steadystateiceshelf warning: overflow encountered in multipy/divide/exp, trying another formulation.'
     50                print('steadystateiceshelf warning: overflow encountered in multipy/divide/exp, trying another formulation.')
    5151                temperature[pos]=-( ((Tb[pos]-Ts[pos])*ki/wi[pos] + Hi[pos]*Tb[pos])/np.exp(Hi[pos]*wi[pos]/ki) - Hi[pos]*Ts[pos] + (Tb[pos]-Ts[pos])*ki/wi[pos])/( Hi[pos]*(1-np.exp(-Hi[pos]*wi[pos]/ki)))
    5252       

  • issm/trunk-jpl/src/m/mech/thomasparams.py

    r21303 r23716  
    6161        # some checks
    6262        if not hasattr(md.results,'strainrate'):
    63                 raise StandardError('md.results.strainrate not present.  Calculate using md=mechanicalproperties(md,vx,vy)')
     63                raise Exception('md.results.strainrate not present.  Calculate using md=mechanicalproperties(md,vx,vy)')
    6464        if not '2d' in md.mesh.__doc__:
    65                 raise StandardError('only 2d (planview) model supported currently')
     65                raise Exception('only 2d (planview) model supported currently')
    6666        if any(md.flowequation.element_equation!=2):
    67                 raise StandardError('Warning: the model has some non-SSA elements.  These will be treated like SSA elements')
     67                raise Exception('Warning: the model has some non-SSA elements.  These will be treated like SSA elements')
    6868
    6969        # average element strain rates onto vertices
    … …  
    7777        pos=np.nonzero(e1==0)
    7878        if np.any(pos==1):
    79                 print 'WARNING: first principal strain rate equal to zero.  Value set to 1e-13 s^-1'
     79                print('WARNING: first principal strain rate equal to zero.  Value set to 1e-13 s^-1')
    8080                e1[pos]=1.e-13
    8181        pos=np.nonzero(e2==0)
    8282        if np.any(pos==1):
    83                 print 'WARNING: second principal strain rate equal to zero.  Value set to 1e-13 s^-1'
     83                print('WARNING: second principal strain rate equal to zero.  Value set to 1e-13 s^-1')
    8484                e2[pos]=1.e-13
    8585       
    … …  
    126126        pos=np.nonzero(np.abs((np.abs(a)-2.))<1.e-3)
    127127        if len(pos)>0:
    128                 print 'Warning: ', len(pos), ' vertices have alpha within 1e-3 of -2'
     128                print(('Warning: ', len(pos), ' vertices have alpha within 1e-3 of -2'))
    129129        a[pos]=-2+1e-3
    130130

  • issm/trunk-jpl/src/m/mesh/ComputeMetric.py

    r21303 r23716  
    5555        pos=np.nonzero(np.isnan(metric))[0]
    5656        if np.size(pos):
    57                 print(" %i NaN found in the metric. Use Numpy routine..." % np.size(pos))
     57                print((" %i NaN found in the metric. Use Numpy routine..." % np.size(pos)))
    5858                for posi in pos:
    5959                        H=np.array([[hessian[posi,0],hessian[posi,1]],[hessian[posi,1],hessian[posi,2]]])

  • issm/trunk-jpl/src/m/mesh/bamg.py

    r22300 r23716  
    226226                                elif np.any(np.logical_not(flags)):
    227227                                        #We LOTS of work to do
    228                                         print "Rift tip outside of or on the domain has been detected and is being processed..."
     228                                        print("Rift tip outside of or on the domain has been detected and is being processed...")
    229229
    230230                                        #check that only one point is outside (for now)
    … …  
    247247                                        x2=rifti['x'][1]
    248248                                        y2=rifti['y'][1]
    249                                         for j in xrange(0,np.size(domain[0]['x'])-1):
     249                                        for j in range(0,np.size(domain[0]['x'])-1):
    250250                                                if SegIntersect(np.array([[x1,y1],[x2,y2]]),np.array([[domain[0]['x'][j],domain[0]['y'][j]],[domain[0]['x'][j+1],domain[0]['y'][j+1]]])):
    251251
    … …  
    269269
    270270                                                        if np.min(tipdis)/segdis < options.getfieldvalue('toltip',0):
    271                                                                 print "moving tip-domain intersection point"
     271                                                                print("moving tip-domain intersection point")
    272272
    273273                                                                #Get position of the closer point
    … …  
    323323                        #read tracks
    324324                        track=options.getfieldvalue('tracks')
    325                         if all(isinstance(track,(str,unicode))):
     325                        if all(isinstance(track,str)):
    326326                                A=expread(track)
    327327                                track=np.hstack((A.x.reshape(-1,),A.y.reshape(-1,)))
    … …  
    487487        raise RuntimeError("bamg.py/processgeometry is not complete.")
    488488        #Deal with edges
    489         print "Checking Edge crossing..."
     489        print("Checking Edge crossing...")
    490490        i=0
    491491        while (i<np.size(geom.Edges,axis=0)):
    … …  
    542542
    543543        #Check point outside
    544         print "Checking for points outside the domain..."
     544        print("Checking for points outside the domain...")
    545545        i=0
    546546        num=0
    … …  
    572572
    573573        if num:
    574                 print "WARNING: %d points outside the domain outline have been removed" % num
     574                print(("WARNING: %d points outside the domain outline have been removed" % num))
    575575
    576576        """

  • issm/trunk-jpl/src/m/mesh/squaremesh.py

    r21410 r23716  
    2727
    2828        #create coordinates
    29         for n in xrange(0,nx):
    30                 for m in xrange(0,ny):
     29        for n in range(0,nx):
     30                for m in range(0,ny):
    3131                        x[n*ny+m]=float(n)
    3232                        y[n*ny+m]=float(m)
    3333
    3434        #create index
    35         for n in xrange(0,nx-1):
    36                 for m in xrange(0,ny-1):
     35        for n in range(0,nx-1):
     36                for m in range(0,ny-1):
    3737                        A=n*ny+(m+1)
    3838                        B=A+1

  • issm/trunk-jpl/src/m/mesh/triangle.py

    r23238 r23716  
    3737        #Check that mesh was not already run, and warn user:
    3838        if md.mesh.numberofelements:
    39                 choice = raw_input('This model already has a mesh. Are you sure you want to go ahead? (y/n)')
     39                choice = eval(input('This model already has a mesh. Are you sure you want to go ahead? (y/n)'))
    4040                if not m.strcmp(choice,'y'):
    41                         print 'no meshing done ... exiting'
     41                        print('no meshing done ... exiting')
    4242                        return None
    4343

  • issm/trunk-jpl/src/m/miscellaneous/fielddisplay.py

    r21303 r23716  
    2121
    2222        #string
    23         if isinstance(field,(str,unicode)):
     23        if isinstance(field,str):
    2424
    2525                if len(field)>30:
    … …  
    2929
    3030        #numeric
    31         elif isinstance(field,(int,long,float)):
     31        elif isinstance(field,(int,float)):
    3232                string=displayunit(offset,name,str(field),comment)
    3333
    … …  
    6767                offset+='   '
    6868
    69                 for structure_field,sfield in field.iteritems():
     69                for structure_field,sfield in list(field.items()):
    7070                        string+=parsedisplay(offset,str(structure_field),sfield,'')+'\n'
    7171
    … …  
    9393        if len(field)<5:
    9494                for fieldi in field:
    95                         if   isinstance(fieldi,(str,unicode)):
     95                        if   isinstance(fieldi,str):
    9696                                string+="'%s'," % fieldi
    97                         elif isinstance(fieldi,(bool,int,long,float)):
     97                        elif isinstance(fieldi,(bool,int,float)):
    9898                                string+="%s," % str(fieldi)
    9999                        else:
    … …  
    127127                string="%s%-23s: %-15s" % (offset,name,characterization)
    128128        else:
    129                 if   isinstance(comment,(str,unicode)):
     129                if   isinstance(comment,str):
    130130                        string="%s%-23s: %-15s -- %s" % (offset,name,characterization,comment)
    131131                elif isinstance(comment,list):

  • issm/trunk-jpl/src/m/miscellaneous/parallelrange.py

    r13010 r23716  
    99
    1010        #We use floor. we under distribute rows. The rows left are then redistributed, therefore resulting in a more even distribution.
    11         num_local_rows=[int(globalsize/numprocs) for i in xrange(numprocs)]
     11        num_local_rows=[int(globalsize/numprocs) for i in range(numprocs)]
    1212
    1313        #There may be some rows left. Distribute evenly.
    1414        row_rest=globalsize - numprocs*int(globalsize/numprocs)
    1515
    16         for i in xrange(row_rest):
     16        for i in range(row_rest):
    1717                num_local_rows[i]=num_local_rows[i]+1
    1818
    1919        i1=0
    20         for i in xrange(rank-1):
     20        for i in range(rank-1):
    2121                i1+=num_local_rows[i]
    2222        i2=i1+num_local_rows[rank-1]-1

  • issm/trunk-jpl/src/m/modules/MeshPartition.py

    r23284 r23716  
    1515'''
    1616        if md == None or numpartitions == None:
    17                 print MeshPartition.__doc__
     17                print((MeshPartition.__doc__))
    1818                raise RuntimeError('Wrong usage (see above)')
    1919

  • issm/trunk-jpl/src/m/os/issmscpin.py

    r19157 r23716  
    4343                                raise OSError("issmscpin error message: could not find ISSM_DIR_WIN environment variable.")
    4444
    45                         username=raw_input('Username: (quoted string) ')
    46                         key=raw_input('Key: (quoted string) ')
     45                        username=eval(input('Username: (quoted string) '))
     46                        key=eval(input('Key: (quoted string) '))
    4747
    4848                        for package in packages:

  • issm/trunk-jpl/src/m/os/issmscpout.py

    r17480 r23716  
    3636                                raise OSError("issmscpout error message: could not find ISSM_DIR_WIN environment variable.")
    3737
    38                         username=raw_input('Username: (quoted string) ')
    39                         key=raw_input('Key: (quoted string) ')
     38                        username=eval(input('Username: (quoted string) '))
     39                        key=eval(input('Key: (quoted string) '))
    4040
    4141                        for package in packages:

  • issm/trunk-jpl/src/m/os/issmssh.py

    r20674 r23716  
    2929                                raise OSError("issmssh error message: could not find ISSM_DIR_WIN environment variable.")
    3030
    31                         username=raw_input('Username: (quoted string) ')
    32                         key=raw_input('Key: (quoted string) ')
     31                        username=eval(input('Username: (quoted string) '))
     32                        key=eval(input('Key: (quoted string) '))
    3333
    3434                        subprocess.call('%s/externalpackages/ssh/plink.exe -ssh -l "%s" -pw "%s" %s "%s"' % (ISSM_DIR,username,key,host,command),shell=True);

  • issm/trunk-jpl/src/m/parameterization/contourenvelope.py

    r21303 r23716  
    2727                flags=args[0]
    2828
    29                 if   isinstance(flags,(str,unicode)):
     29                if   isinstance(flags,str):
    3030                        file=flags
    3131                        if not os.path.exists(file):
    3232                                raise IOError("contourenvelope error message: file '%s' not found" % file)
    3333                        isfile=1
    34                 elif isinstance(flags,(bool,int,long,float)):
     34                elif isinstance(flags,(bool,int,float)):
    3535                        #do nothing for now
    3636                        isfile=0
    … …  
    118118                        nods1=elements[el1,:]
    119119                        flag=np.setdiff1d(nods1,elements[els2,:])
    120                         for j in xrange(0,3):
     120                        for j in range(0,3):
    121121                                nods=np.delete(nods1,j)
    122122                                if np.any(m.ismember(flag,nods)):

  • issm/trunk-jpl/src/m/parameterization/parameterize.py

    r13030 r23716  
    2222
    2323        #Try and run parameter file.
    24         execfile(parametername)
     24        exec(compile(open(parametername).read(), parametername, 'exec'))
    2525
    2626        #Name and notes

  • issm/trunk-jpl/src/m/parameterization/setflowequation.py

    r21303 r23716  
    1111           'SIA','SSA','HO','L1L2','FS' and 'fill' are the possible options
    1212           that must be followed by the corresponding exp file or flags list
    13            It can either be a domain file (argus type, .exp extension), or an array of element flags. 
    14            If user wants every element outside the domain to be 
     13           It can either be a domain file (argus type, .exp extension), or an array of element flags.
     14           If user wants every element outside the domain to be
    1515           setflowequationd, add '~' to the name of the domain file (ex: '~HO.exp');
    1616           an empty string '' will be considered as an empty domain
    … …  
    5858        #check that each element has only one flag
    5959        if any(SIAflag+SSAflag+L1L2flag+HOflag+FSflag>1):
    60                 print "setflowequation warning message: some elements have several types, higher order type is used for them"
     60                print("setflowequation warning message: some elements have several types, higher order type is used for them")
    6161                SIAflag[np.where(np.logical_and(SIAflag,SSAflag))]=False
    6262                SIAflag[np.where(np.logical_and(SIAflag,HOflag))]=False
    … …  
    9696
    9797        #Then complete with NoneApproximation or the other model used if there is no FS
    98         if any(FSflag): 
     98        if any(FSflag):
    9999                if   any(HOflag):    #fill with HO
    100100                        HOflag[~FSflag]=True
    … …  
    103103                        SSAflag[~FSflag]=True
    104104                        nodeonSSA[md.mesh.elements[np.where(SSAflag),:]-1]=True
    105                 else:    #fill with none 
     105                else:    #fill with none
    106106                        noneflag[np.where(~FSflag)]=True
    107107
    … …  
    123123                if np.all(np.logical_not(np.isnan(bordernodes2d))):
    124124                        penalties=np.zeros((0,2))
    125                         for     i in xrange(1,numlayers):
     125                        for     i in range(1,numlayers):
    126126                                penalties=np.vstack((penalties,np.vstack((bordernodes2d,bordernodes2d+md.mesh.numberofvertices2d*(i))).T))
    127127                        md.stressbalance.vertex_pairing=penalties
    … …  
    285285
    286286        return md
    287 

  • issm/trunk-jpl/src/m/parameterization/setmask.py

    r22133 r23716  
    1010        SETMASK - establish boundaries between grounded and floating ice.
    1111
    12            By default, ice is considered grounded. The contour floatingicename defines nodes 
    13            for which ice is floating. The contour groundedicename defines nodes inside an floatingice, 
     12           By default, ice is considered grounded. The contour floatingicename defines nodes
     13           for which ice is floating. The contour groundedicename defines nodes inside an floatingice,
    1414           that are grounded (ie: ice rises, islands, etc ...)
    1515           All input files are in the Argus format (extension .exp).
    … …  
    3939        #Assign elementonfloatingice, elementongroundedice, vertexongroundedice and vertexonfloatingice. Only change at your own peril! This is synchronized heavily with the GroundingLineMigration module. {{{
    4040        elementonfloatingice = FlagElements(md, floatingicename)
    41         elementongroundedice = FlagElements(md, groundedicename) 
     41        elementongroundedice = FlagElements(md, groundedicename)
    4242
    43         #Because groundedice nodes and elements can be included into an floatingice, we need to update. Remember, all the previous 
    44         #arrays come from domain outlines that can intersect one another: 
     43        #Because groundedice nodes and elements can be included into an floatingice, we need to update. Remember, all the previous
     44        #arrays come from domain outlines that can intersect one another:
    4545
    4646        elementonfloatingice = np.logical_and(elementonfloatingice,np.logical_not(elementongroundedice))

  • issm/trunk-jpl/src/m/partition/partitioner.py

    r23440 r23716  
    5959                md=adjacency(md)
    6060        else:
    61                 print 'skipping adjacency matrix computation as requested in the options'
     61                print('skipping adjacency matrix computation as requested in the options')
    6262
    6363        if m.strcmpi(package,'chaco'):
    … …  
    104104                if (npart == md.mesh.numberofelements) or (md.qmu.numberofpartitions == md.mesh.numberofelements):
    105105                        part=np.arange(1,1+md.mesh.numberofelements,1)
    106                         print 'Linear partitioner requesting partitions on elements'
     106                        print('Linear partitioner requesting partitions on elements')
    107107                else:
    108108                        part=np.arange(1,1+md.mesh.numberofvertices,1)
    … …  
    113113
    114114        else:
    115                 print help
     115                print(help)
    116116                raise RuntimeError('partitioner error message: could not find '+str(package)+' partitioner')
    117117

  • issm/trunk-jpl/src/m/plot/applyoptions.py

    r23563 r23716  
    1212        import matplotlib.pyplot as plt
    1313except ImportError:
    14         print "could not import pylab, matplotlib has not been installed, no plotting capabilities enabled"
     14        print("could not import pylab, matplotlib has not been installed, no plotting capabilities enabled")
    1515
    1616def applyoptions(md,data,options,fig,axgrid,gridindex):
    … …  
    142142        # }}}
    143143        # {{{ xlim, ylim, zlim
    144         if options.exist('xlim'):
     144        if options.exist('xlim'):
    145145                ax.set_xlim(options.getfieldvalue('xlim'))
    146146        if options.exist('ylim'):

  • issm/trunk-jpl/src/m/plot/checkplotoptions.py

    r21303 r23716  
    2929                if 'on' in options.getfieldvalue('showsection','on'):
    3030                        options.changefieldvalue('showsection',4)
    31         # }}}   
     31        # }}}
    3232        # {{{ smooth values
    3333        if options.exist('smooth'):
    … …  
    5454                textlist.extend([text] if isinstance(text,str) else text)
    5555                numtext=len(textlist)
    56                 # text position 
     56                # text position
    5757                textpos=options.getfieldvalue('textposition',[0.5,0.5])
    5858                if not isinstance(textpos,list):
    5959                        raise Exception('textposition should be passed as a list')
    6060                if any(isinstance(i,list) for i in textpos):
    61                     textx=[item[0] for item in textpos]
    62                     texty=[item[1] for item in textpos]
    63                 else:
    64                     textx=[textpos[0]]
    65                     texty=[textpos[1]]
     61                        textx=[item[0] for item in textpos]
     62                        texty=[item[1] for item in textpos]
     63                else:
     64                        textx=[textpos[0]]
     65                        texty=[textpos[1]]
    6666                if len(textx)!=numtext or len(texty)!=numtext:
    6767                        raise Exception('textposition should contain one list of x,y vertices for every text instance')

  • issm/trunk-jpl/src/m/plot/colormaps/cmaptools.py

    r21303 r23716  
    44        import matplotlib as mpl
    55except ImportError:
    6         print 'cannot import matplotlib, no plotting capabilities enabled'
     6        print('cannot import matplotlib, no plotting capabilities enabled')
    77
    88def truncate_colormap(cmap, minval=0.0, maxval=1.0, n=100):

  • issm/trunk-jpl/src/m/plot/export_gl.py

    r21303 r23716  
    4242        #Deal with contour {{{
    4343        print ('getting contour')
    44         print (md.mesh.segments)
    45         segmenets0 = map(lambda s: s - 1, md.mesh.segments[:,0]);
    46         segmenets1 = map(lambda s: s - 1, md.mesh.segments[:,1]);
     44        print((md.mesh.segments))
     45        segmenets0 = [s - 1 for s in md.mesh.segments[:,0]];
     46        segmenets1 = [s - 1 for s in md.mesh.segments[:,1]];
    4747       
    4848        contour_lat1=md.mesh.lat.take(segmenets0)
    … …  
    5656        R2=6371000*np.ones(len(contour_surface2))+scaling_factor*contour_surface2;
    5757
    58         model.contourx1 = map(lambda r, lat, long: r * math.cos(math.radians(lat)) * math.cos(math.radians(long)), R1, contour_lat1, contour_long1);
    59         model.contoury1 = map(lambda r, lat, long: r * math.cos(math.radians(lat)) * math.sin(math.radians(long)), R1, contour_lat1, contour_long1);
    60         model.contourz1 = map(lambda r, lat: r * math.sin(math.radians(lat)), R1, contour_lat1);
     58        model.contourx1 = list(map(lambda r, lat, int: r * math.cos(math.radians(lat)) * math.cos(math.radians(int)), R1, contour_lat1, contour_long1));
     59        model.contoury1 = list(map(lambda r, lat, int: r * math.cos(math.radians(lat)) * math.sin(math.radians(int)), R1, contour_lat1, contour_long1));
     60        model.contourz1 = list(map(lambda r, lat: r * math.sin(math.radians(lat)), R1, contour_lat1));
    6161       
    62         model.contourx2 = map(lambda r, lat, long: r * math.cos(math.radians(lat)) * math.cos(math.radians(long)), R2, contour_lat2, contour_long2);
    63         model.contoury2 = map(lambda r, lat, long: r * math.cos(math.radians(lat)) * math.sin(math.radians(long)), R2, contour_lat2, contour_long2);
    64         model.contourz2 = map(lambda r, lat: r * math.sin(math.radians(lat)), R2, contour_lat2);
     62        model.contourx2 = list(map(lambda r, lat, int: r * math.cos(math.radians(lat)) * math.cos(math.radians(int)), R2, contour_lat2, contour_long2));
     63        model.contoury2 = list(map(lambda r, lat, int: r * math.cos(math.radians(lat)) * math.sin(math.radians(int)), R2, contour_lat2, contour_long2));
     64        model.contourz2 = list(map(lambda r, lat: r * math.sin(math.radians(lat)), R2, contour_lat2));
    6565
    6666        #}}}
    … …  
    7272        R=6371000*np.ones(len(md.mesh.lat))+scaling_factor*surface;
    7373       
    74         x = map(lambda r, lat, long: r * math.cos(math.radians(lat)) * math.cos(math.radians(long)), R, md.mesh.lat,md.mesh.long);
    75         y = map(lambda r, lat, long: r * math.cos(math.radians(lat)) * math.sin(math.radians(long)), R, md.mesh.lat,md.mesh.long);
    76         z = map(lambda r, lat: r * math.sin(math.radians(lat)), R, md.mesh.lat);
     74        x = list(map(lambda r, lat, int: r * math.cos(math.radians(lat)) * math.cos(math.radians(int)), R, md.mesh.lat,md.mesh.long));
     75        y = list(map(lambda r, lat, int: r * math.cos(math.radians(lat)) * math.sin(math.radians(int)), R, md.mesh.lat,md.mesh.long));
     76        z = list(map(lambda r, lat: r * math.sin(math.radians(lat)), R, md.mesh.lat));
    7777       
    7878        #Deal with triangulation:
    … …  
    8888        #Deal with data:
    8989        print('getting data')
    90         for i in xrange(0,len(optionslist)):
     90        for i in range(0,len(optionslist)):
    9191                options=optionslist[i];
    9292                options=checkplotoptions(md,options);

  • issm/trunk-jpl/src/m/plot/plot_BC.py

    r21656 r23716  
    22        import pylab as p
    33except ImportError:
    4         print "could not import pylab, matplotlib has not been installed, no plotting capabilities enabled"
     4        print("could not import pylab, matplotlib has not been installed, no plotting capabilities enabled")
    55
    66import numpy as  np

  • issm/trunk-jpl/src/m/plot/plot_contour.py

    r21254 r23716  
    55        import matplotlib.pyplot as plt
    66except ImportError:
    7         print "could not import pylab, matplotlib has not been installed, no plotting capabilities enabled"
     7        print("could not import pylab, matplotlib has not been installed, no plotting capabilities enabled")
    88
    99def plot_contour(md,datain,options,ax):

  • issm/trunk-jpl/src/m/plot/plot_elementnumbering.py

    r21478 r23716  
    22        import pylab as p
    33except ImportError:
    4         print "could not import pylab, matplotlib has not been installed, no plotting capabilities enabled"
     4        print("could not import pylab, matplotlib has not been installed, no plotting capabilities enabled")
    55
    66import numpy as  np
    … …  
    2626                ax.triplot(x,y,elements)
    2727        else:
    28                 print 'Not Implemented Yet'
     28                print('Not Implemented Yet')
    2929
    3030        XLims=[np.min(x),np.max(x)]

  • issm/trunk-jpl/src/m/plot/plot_icefront.py

    r21611 r23716  
    22        import pylab as p
    33except ImportError:
    4         print "could not import pylab, matplotlib has not been installed, no plotting capabilities enabled"
     4        print("could not import pylab, matplotlib has not been installed, no plotting capabilities enabled")
    55import numpy as  np
    66from processmesh import processmesh

  • issm/trunk-jpl/src/m/plot/plot_manager.py

    r23563 r23716  
    33        import matplotlib.pyplot as plt
    44except ImportError:
    5         print "could not import pylab, matplotlib has not been installed, no plotting capabilities enabled"
     5        print("could not import pylab, matplotlib has not been installed, no plotting capabilities enabled")
    66
    77from checkplotoptions import checkplotoptions
    … …  
    1919        overlaysupport=True
    2020except ImportError:
    21         print 'osgeo/gdal for python not installed, overlay plots are not enabled'
     21        print('osgeo/gdal for python not installed, overlay plots are not enabled')
    2222        overlaysupport=False
    2323
    … …  
    6060        # }}}
    6161        # {{{ dealing with special plot
    62         if isinstance(data,(str,unicode)):
     62        if isinstance(data,str):
    6363                if data=='mesh':
    6464                        plot_mesh(md,options,fig,axgrid,gridindex)
    … …  
    7676                        return
    7777                elif data=='none':
    78                         print 'no data provided to plot (TODO: write plot_none.py)'
     78                        print('no data provided to plot (TODO: write plot_none.py)')
    7979                        applyoptions(md,[],options,fig,axgrid,gridindex)
    8080                        return
    8181                else:
    82                         print "WARNING: '%s' is not implemented or is not a valid string for option 'data'" % data
     82                        print(("WARNING: '%s' is not implemented or is not a valid string for option 'data'" % data))
    8383        # }}}
    8484        # {{{ Gridded plot TODO

  • issm/trunk-jpl/src/m/plot/plot_mesh.py

    r21588 r23716  
    22        import pylab as p
    33except ImportError:
    4         print "could not import pylab, matplotlib has not been installed, no plotting capabilities enabled"
     4        print("could not import pylab, matplotlib has not been installed, no plotting capabilities enabled")
    55
    66import numpy as np
    … …  
    4646               
    4747                for triangle in triel:
    48                         tri=zip(x[triangle],y[triangle],z[triangle])
     48                        tri=list(zip(x[triangle],y[triangle],z[triangle]))
    4949                        pl3=Line3DCollection([tri],edgecolor='r')
    5050                        ax.add_collection3d(pl3)

  • issm/trunk-jpl/src/m/plot/plot_overlay.py

    r23563 r23716  
    99        from mpl_toolkits.basemap import Basemap
    1010except ImportError:
    11         print 'Basemap toolkit not installed'
     11        print('Basemap toolkit not installed')
    1212try:
    1313        from osgeo import gdal
    1414except ImportError:
    15         print 'osgeo/gdal for python not installed, plot_overlay is disabled'
     15        print('osgeo/gdal for python not installed, plot_overlay is disabled')
    1616
    1717
    … …  
    3232
    3333        if not is2d:
    34                 raise StandardError('overlay plot not supported for 3D meshes, project on a 2D layer first')
     34                raise Exception('overlay plot not supported for 3D meshes, project on a 2D layer first')
    3535
    3636        if not options.exist('overlay_image'):
    37                 raise StandardError('overlay error: provide overlay_image with path to geotiff file')
     37                raise Exception('overlay error: provide overlay_image with path to geotiff file')
    3838        image=options.getfieldvalue('overlay_image')
    3939
    … …  
    111111                        lon_0=0
    112112                else:
    113                         hemisphere=raw_input('epsg code {} is not supported chose your hemisphere (1 for North, -1 for south)'.format(mesh.epsg))
     113                        hemisphere=eval(input('epsg code {} is not supported chose your hemisphere (1 for North, -1 for south)'.format(mesh.epsg)))
    114114
    115115                lat,lon=xy2ll(xlim,ylim,hemisphere,lon_0,st_lat)

  • issm/trunk-jpl/src/m/plot/plot_quiver.py

    r21303 r23716  
    1515        #scaling of arrow length (giving info to change as it seems that there is no better way to work arround it)
    1616        scale=options.getfieldvalue('scaling',scaler)
    17         print('the current value for "scaling" is {}, increase it to shorten the arrows'.format(scale))
     17        print(('the current value for "scaling" is {}, increase it to shorten the arrows'.format(scale)))
    1818        #sizing of the arrows
    1919        width=options.getfieldvalue('width',5.0e-3)

  • issm/trunk-jpl/src/m/plot/plot_streamlines.py

    r23563 r23716  
    88        from scipy.interpolate import griddata
    99except ImportError:
    10         print "could not import pylab, matplotlib has not been installed, no plotting capabilities enabled"
     10        print("could not import pylab, matplotlib has not been installed, no plotting capabilities enabled")
    1111
    1212def plot_streamlines(md,options,ax):
    … …  
    4242
    4343    if not is2d:
    44         raise StandardError('plot_streamlines error: streamlines option not supported for 3D plots')
     44        raise Exception('plot_streamlines error: streamlines option not supported for 3D plots')
    4545
    4646    # format data for matplotlib streamplot function

  • issm/trunk-jpl/src/m/plot/plot_unit.py

    r23563 r23716  
    1010        from mpl_toolkits.mplot3d.art3d import Poly3DCollection
    1111except ImportError:
    12         print "could not import pylab, matplotlib has not been installed, no plotting capabilities enabled"
     12        print("could not import pylab, matplotlib has not been installed, no plotting capabilities enabled")
    1313
    1414def plot_unit(x,y,z,elements,data,is2d,isplanet,datatype,options,fig,axgrid,gridindex):
    … …  
    116116                        recindex=eltind[idx[np.where(recur==1)]]
    117117                        for i,rectangle in enumerate(recel):
    118                                 rec=zip(x[rectangle],y[rectangle],z[rectangle])
     118                                rec=list(zip(x[rectangle],y[rectangle],z[rectangle]))
    119119                                pl3=Poly3DCollection([rec])
    120120                                color=loccmap.to_rgba(data[recindex[i]])
    … …  
    133133                        triindex=eltind[idx[np.where(recur==1)]]
    134134                        for i,triangle in enumerate(triel):
    135                                 tri=zip(x[triangle],y[triangle],z[triangle])
     135                                tri=list(zip(x[triangle],y[triangle],z[triangle]))
    136136                                pl3=Poly3DCollection([tri])
    137137                                color=loccmap.to_rgba(data[triindex[i]])
    … …  
    182182                        recel= recface[idx[np.where(recur==1)]]
    183183                        for rectangle in recel:
    184                                 rec=zip(x[rectangle],y[rectangle],z[rectangle])
     184                                rec=list(zip(x[rectangle],y[rectangle],z[rectangle]))
    185185                                pl3=Poly3DCollection([rec])
    186186                                color=loccmap.to_rgba(np.mean(data[rectangle]))
    … …  
    196196                        triel= triface[idx[np.where(recur==1)]]
    197197                        for triangle in triel:
    198                                 tri=zip(x[triangle],y[triangle],z[triangle])
     198                                tri=list(zip(x[triangle],y[triangle],z[triangle]))
    199199                                pl3=Poly3DCollection([tri])
    200200                                color=loccmap.to_rgba(np.mean(data[triangle]))
    … …  
    222222
    223223        elif datatype==4:
    224                 print 'plot_unit message: P1 patch plot not implemented yet'
     224                print('plot_unit message: P1 patch plot not implemented yet')
    225225                return
    226226
    … …  
    229229
    230230        elif datatype==5:
    231                 print 'plot_unit message: P0 patch plot not implemented yet'
     231                print('plot_unit message: P0 patch plot not implemented yet')
    232232                return
    233233

  • issm/trunk-jpl/src/m/plot/plot_vertexnumbering.py

    r21478 r23716  
    22        import pylab as p
    33except ImportError:
    4         print "could not import pylab, matplotlib has not been installed, no plotting capabilities enabled"
     4        print("could not import pylab, matplotlib has not been installed, no plotting capabilities enabled")
    55
    66import numpy as  np
    … …  
    2828                ax.triplot(x,y,elements)
    2929        else:
    30                 print 'Not Implemented Yet'
     30                print('Not Implemented Yet')
    3131
    3232        XPad=0.1*(np.max(x)-np.min(x))

  • issm/trunk-jpl/src/m/plot/plotdoc.py

    r21444 r23716  
    170170        print("   Options: ")
    171171        print("     'data' : and a model field or one of the following options.")
    172         for key in pydata.keys():
    173                 print("     - {} : {}".format(key,pydata[key]))
     172        for key in list(pydata.keys()):
     173                print(("     - {} : {}".format(key,pydata[key])))
    174174        print("")
    175175        print("   The general look of the plot is then given by the following keywords")
    176176        for key in sorted(pyoptions):
    177                 print("     - {} : {}".format(key,pyoptions[key]))
     177                print(("     - {} : {}".format(key,pyoptions[key])))
    178178        print("       any options (except 'data') can be followed by '#i' where 'i' is the subplot number, or '#all' if applied to all plots")

  • issm/trunk-jpl/src/m/plot/plotmodel.py

    r21444 r23716  
    1111        from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
    1212except ImportError:
    13         print "could not import pylab, matplotlib has not been installed, no plotting capabilities enabled"
     13        print("could not import pylab, matplotlib has not been installed, no plotting capabilities enabled")
    1414
    1515def plotmodel(md,*args):
    … …  
    4848        #check that nrows and ncols were given at the same time!
    4949        if not nr==nc:
    50                 raise StandardError('error: nrows and ncols need to be specified together, or not at all')
     50                raise Exception('error: nrows and ncols need to be specified together, or not at all')
    5151
    5252        #Go through plots
    5353        if numberofplots:
    54                 #if plt.fignum_exists(figurenumber): 
     54                #if plt.fignum_exists(figurenumber):
    5555                #       plt.cla()
    5656
    … …  
    7272                # options needed to define plot grid
    7373                plotnum=options.numberofplots
     74                if plotnum==1:
     75                        plotnum=None
    7476                direction=options.list[0].getfieldvalue('direction','row') # row,column
    7577                axes_pad=options.list[0].getfieldvalue('axes_pad',0.25)
    … …  
    8183                cbar_location=options.list[0].getfieldvalue('colorbarpos','right') # right,top
    8284                cbar_size=options.list[0].getfieldvalue('colorbarsize','5%')
    83                 cbar_pad=options.list[0].getfieldvalue('colorbarpad','2.5%') # None or %
     85                cbar_pad=options.list[0].getfieldvalue('colorbarpad',0.025) # None or %
    8486
    8587                axgrid=ImageGrid(fig,111,
    … …  
    9799
    98100                if cbar_mode=='None':
    99                         for ax in axgrid.cbar_axes: 
     101                        for ax in axgrid.cbar_axes:
    100102                                fig._axstack.remove(ax)
    101103
    … …  
    104106                fig.show()
    105107        else:
    106                 raise StandardError('plotmodel error message: no output data found.')
     108                raise Exception('plotmodel error message: no output data found.')

  • issm/trunk-jpl/src/m/plot/processdata.py

    r21303 r23716  
    5757                options.addfielddefault('clim',[lb,ub])
    5858                options.addfielddefault('cmap_set_under','1')
    59                 print "WARNING: nan's treated as", nanfill, "by default.  Change using pairoption 'nan',nan_fill_value in plotmodel call"
     59                print(("WARNING: nan's treated as", nanfill, "by default.  Change using pairoption 'nan',nan_fill_value in plotmodel call"))
    6060  # }}} 
    6161        # {{{ log
    … …  
    117117                datatype=2
    118118                spccol=options.getfieldvalue('spccol',0)
    119                 print 'multiple-column spc field; specify column to plot using option "spccol"'
    120                 print 'column ', spccol, ' plotted for time: ', procdata[-1,spccol]
     119                print('multiple-column spc field; specify column to plot using option "spccol"')
     120                print(('column ', spccol, ' plotted for time: ', procdata[-1,spccol]))
    121121                procdata=procdata[0:-1,spccol]
    122122   

  • issm/trunk-jpl/src/m/plot/writejsfield.py

    r21303 r23716  
    1111                fid.write('<!-- {0}{{{{{{-->\n'.format(name))
    1212                fid.write('{0}=['.format(name))
    13                 for i in xrange(0, nods-1):
     13                for i in range(0, nods-1):
    1414                        fid.write('{0},'.format(variable[i]))
    1515                fid.write('{0}];\n'.format(variable[-1]))
    … …  
    1919                fid.write('<!-- {0}{{{{{{-->\n'.format(name))
    2020                fid.write('{0}=[]\n'.format(name))
    21                 for i in xrange(0, len(variable[2])):
     21                for i in range(0, len(variable[2])):
    2222                        fid.write('{0}["{1}"]=['.format(name,i))
    23                         for j in xrange(1, nods-1):
     23                        for j in range(1, nods-1):
    2424                                fid.write('{0},'.format(variable[j][i]))
    2525                        fid.write('{0}];\n'.format(variable[-1][i]))

  • issm/trunk-jpl/src/m/plot/writejsfile.py

    r21303 r23716  
    2020        fid.write('<!-- model["index"]{{{-->\n')
    2121        fid.write('model["index"]=[')
    22         for i in xrange(0, nel-1):
     22        for i in range(0, nel-1):
    2323                fid.write('[{0}, {1}, {2}],'.format(model.index[i][0],model.index[i][1],model.index[i][2]))
    2424        fid.write('[{0}, {1}, {2}]];\n'.format(model.index[-1][0],model.index[-1][1],model.index[-1][2]))
    … …  
    4040        fid.write('results={};\n')
    4141
    42         for i in xrange(0,len(results)):
     42        for i in range(0,len(results)):
    4343                fid.write('result={};\n')
    4444                writejsfield(fid,'result["data"]',results[i].data,nods)

  • issm/trunk-jpl/src/m/qmu/dakota_in_data.py

    r23095 r23716  
    4545        #  get default set of parameters
    4646        params=dakota_in_params(struct())
    47 
    4847        #  merge specified parameters into default set, whether or not
    4948        #  they already exist
    5049        fnames=fieldnames(dparams)
    5150
    52         for i in range(np.size(fnames)):
    53                 if not isfield(params,fnames[i]):
    54                         print 'WARNING: dakota_in_data:unknown_param: No parameter '+str(fnames[i])+' in default parameter set.'       
    55                        
    56                 exec('params.%s = vars(dparams)[fnames[i]]')%(fnames[i])
     51        for fieldname in fnames:
     52                if not isfield(params,fieldname):
     53                        print('WARNING: dakota_in_data:unknown_param: No parameter {} in default parameter set.'.format(str(fieldname)))
     54                exec('params.{} = vars(dparams)[fieldname]'.format(fieldname))
    5755
    5856        # use matlab even though we are running python
    … …  
    7674        for i in range(len(fnames)):
    7775                # currently all variable types can just be copied
    78                 exec('dvar.%s = vars(variables)[fnames[i]]')%(fnames[i])
     76                exec(('dvar.%s = vars(variables)[fnames[i]]')%(fnames[i]))
    7977
    8078        ##  responses
    … …  
    8381        for i in range(len(fnames)):
    8482                #  currently all response types can just be copied
    85                 exec('dresp.%s = vars(responses)[fnames[i]]')%(fnames[i])
     83                exec(('dresp.%s = vars(responses)[fnames[i]]')%(fnames[i]))
    8684
    8785

  • issm/trunk-jpl/src/m/qmu/dakota_in_params.py

    r23095 r23716  
    182182
    183183        return params
    184 

  • issm/trunk-jpl/src/m/qmu/dakota_in_write.py

    r23231 r23716  
    4343        #  process the input parameters
    4444        if len(fieldnames(method)) == 0:
    45                 method=str(input('Method?  '))
     45                method=str(eval(input('Method?  ')))
    4646
    4747        if type(method) == str:
    … …  
    5353
    5454        if len(filei) == 0:
    55                 filei=str(input('Dakota input file to write?  '))
     55                filei=str(eval(input('Dakota input file to write?  ')))
    5656
    5757        [pathstr,name,ext] = fileparts(filei)
    … …  
    6262        filei2=fullfile(pathstr,name+ext)
    6363
    64         print 'Opening Dakota input file \''+filei2 + '\'.'
     64        print('Opening Dakota input file \''+filei2 + '\'.')
    6565        try:
    6666                with open(filei2,'w+') as fidi:
    … …  
    9393
    9494        except IOError:
    95                 print filei2 + ' could not be opened.'
    96 
    97         print 'End of file successfully written.'
     95                print(filei2 + ' could not be opened.')
     96
     97        print('End of file successfully written.')
    9898
    9999
    … …  
    102102def strategy_write(fidi,params):
    103103
    104         print 'Writing strategy section of Dakota input file.'
     104        print('Writing strategy section of Dakota input file.')
    105105
    106106        fidi.write('strategy,\n')
    … …  
    116116def environment_write(fidi,params):
    117117
    118         print 'Writing environment section of Dakota input file.'
     118        print('Writing environment section of Dakota input file.')
    119119
    120120        fidi.write('environment,\n')
    … …  
    129129def method_write(fidi,dmeth,dresp,params):
    130130
    131         print 'Writing method section of Dakota input file.'
     131        print('Writing method section of Dakota input file.')
    132132
    133133        fidi.write('method,\n')
    … …  
    151151def model_write(fidi):
    152152
    153         print 'Writing model section of Dakota input file.'
     153        print('Writing model section of Dakota input file.')
    154154
    155155        fidi.write('model,\n')
    … …  
    161161def variables_write(fidi,dmeth,dvar):
    162162
    163         print 'Writing variables section of Dakota input file.'
     163        print('Writing variables section of Dakota input file.')
    164164
    165165        fidi.write('variables,\n')
    … …  
    174174                str_name = dmeth.variables[j]
    175175
    176                 # organize so that multiple instances of the same qmu class 
    177                 # (2 different variable instances of "normal_uncertain" for example) 
     176                # organize so that multiple instances of the same qmu class
     177                # (2 different variable instances of "normal_uncertain" for example)
    178178                # are in the same dakota_write call regardless of individual size;
    179179                # but that each class has its own dakota_write call
    … …  
    205205def interface_write(fidi,params):
    206206
    207         print 'Writing interface section of Dakota input file.'
     207        print('Writing interface section of Dakota input file.')
    208208
    209209        fidi.write('interface,\n')
    … …  
    213213        elif params.system+params.fork+params.direct > 1:
    214214                raise RuntimeError('Too many interfaces selected.')
    215 
    216215        if params.system or params.fork:
    217216                param_write(fidi,'\t','asynchronous','','\n',params)
    … …  
    230229                if len(params.input_filter) != 0:
    231230                        param_write(fidi,'\t  ','input_filter','    = ','\n',params)
    232                
     231
    233232                if len(params.output_filter) != 0:
    234233                        param_write(fidi,'\t  ','output_filter','   = ','\n',params)
    235                
     234
    236235                param_write(fidi,'\t  ','failure_capture','   ','\n',params)
    237236                param_write(fidi,'\t  ','deactivate','        ','\n',params)
    238                 param_write(fidi,'\t  ','parameters_file',' = ','\n',params)
    239                 param_write(fidi,'\t  ','results_file','    = ','\n',params)
     237                param_write(fidi,'\t  ','parameters_file',' =  \'','\'\n',params)
     238                param_write(fidi,'\t  ','results_file',' =  \'','\'\n',params)
    240239                param_write(fidi,'\t  ','verbatim', '','\n',params)
    241240                param_write(fidi,'\t  ','aprepro', '','\n',params)
    … …  
    257256                        if ext != '':
    258257                                ext='.py'
    259                
     258
    260259                        params.analysis_components=fullfile(pathstr,name+ext)
    261260                        param_write(fidi,'\t  ','analysis_components',' = \'','\'\n',params)
    262                
     261
    263262                if len(params.input_filter) != 0:
    264263                        param_write(fidi,'\t  ','input_filter','    = ','\n',params)
    265                
     264
    266265                if len(params.output_filter) != 0:
    267266                        param_write(fidi,'\t  ','output_filter','   = ','\n',params)
    268                
     267
    269268                param_write(fidi,'\t  ','failure_capture','   ','\n',params)
    270269                param_write(fidi,'\t  ','deactivate','        ','\n',params)
    … …  
    278277def responses_write(fidi,dmeth,dresp,params):
    279278
    280         print 'Writing responses section of Dakota input file.'
     279        print('Writing responses section of Dakota input file.')
    281280
    282281        fidi.write('responses,\n')
    … …  
    312311                elif (params.numerical_gradients+params.analytic_gradients > 1):
    313312                        raise RuntimeError('Too many gradients selected.')
    314                
     313
    315314                if params.numerical_gradients:
    316315                        param_write(fidi,'\t','numerical_gradients','','\n',params)
    … …  
    329328        else:
    330329                fidi.write('\tno_hessians\n')
    331 
    332 
    333 

  • issm/trunk-jpl/src/m/qmu/dakota_out_parse.py

    r23231 r23716  
    5454
    5555        if not isfile(filei) or getsize(filei) == 0:
    56                 filei=str(input('Input file?  '))
     56                filei=str(eval(input('Input file?  ')))
    5757       
    5858        #fidi=fopen(sprintf('%s',filei),'r')
    … …  
    8888                                [ntokens,tokens]=fltokens(fline)
    8989                                method=tokens[0].strip()
    90                                 print 'Dakota method =\''+method+'\'.'
     90                                print('Dakota method =\''+method+'\'.')
    9191                        elif fline[6] in ['N','n']:
    9292                                fline=findline(fidi,'methodName = ');
    9393                                [ntokens,tokens]=fltokens(fline)
    9494                                method=tokens[2].strip()
    95                                 print 'Dakota methodName="'+method+'".'
     95                                print('Dakota methodName="'+method+'".')
    9696
    9797                ##  loop through the file to find the function evaluation summary
    … …  
    160160                #     return
    161161                #
    162                 print 'End of file successfully reached.'
     162                print('End of file successfully reached.')
    163163                #close(fidi)
    164164        #except Exception as err:
    … …  
    173173##  function to parse the dakota tabular output file
    174174
    175         print 'Reading Dakota tabular output file.'
     175        print('Reading Dakota tabular output file.')
    176176
    177177        #  process column headings of matrix (skipping eval_id)
    … …  
    190190                desc[0][i]=str(tokens[i+offset])
    191191
    192         print "Number of columns (Dakota V+R)="+str(ntokens-2)+'.'
     192        print("Number of columns (Dakota V+R)="+str(ntokens-2)+'.')
    193193
    194194        #  process rows of matrix
    … …  
    213213                nrow=nrow+1
    214214               
    215         print 'Number of rows (Dakota func evals)='+str(nrow)+'.'
     215        print('Number of rows (Dakota func evals)='+str(nrow)+'.')
    216216
    217217        #  calculate statistics
    … …  
    297297        [ntokens,tokens]=fltokens(fline)
    298298        nfeval=tokens[4]
    299         print '  Dakota function evaluations='+str(int(nfeval))+'.'
     299        print('  Dakota function evaluations='+str(int(nfeval))+'.')
    300300
    301301        return nfeval
    … …  
    311311        [ntokens,tokens]=fltokens(fline)
    312312        nsamp=tokens[3]
    313         print '  Dakota samples='+str(int(nsamp))+'.'
     313        print('  Dakota samples='+str(int(nsamp))+'.')
    314314
    315315        return nsamp
    … …  
    323323                return
    324324
    325         print 'Reading moments for response functions:'
     325        print('Reading moments for response functions:')
    326326       
    327327        while True:
    … …  
    336336                dresp.append(struct())
    337337                dresp[-1].descriptor=tokens[ 0]
    338                 print '  '+str(dresp[-1].descriptor)
     338                print('  '+str(dresp[-1].descriptor))
    339339                dresp[-1].mean      =tokens[ 3]
    340340                dresp[-1].stddev    =tokens[ 6]
    341341                dresp[-1].coefvar   =tokens[12]
    342342
    343         print '  Number of Dakota response functions='+str(len(dresp))+'.'
     343        print('  Number of Dakota response functions='+str(len(dresp))+'.')
    344344
    345345        return dresp
    … …  
    353353                return
    354354
    355         print 'Reading moment-based statistics for response functions:'
     355        print('Reading moment-based statistics for response functions:')
    356356
    357357        #  skip column headings of moment-based statistics
    … …  
    370370                dresp.append(struct())
    371371                dresp[-1].descriptor=tokens[ 0]
    372                 print '  '+str(dresp[-1].descriptor)
     372                print('  '+str(dresp[-1].descriptor))
    373373                dresp[-1].mean      =tokens[ 1]
    374374                dresp[-1].stddev    =tokens[ 2]
    … …  
    376376                dresp[-1].kurtosis  =tokens[ 4]
    377377       
    378         print '  Number of Dakota response functions='+str(len(dresp))+'.'
     378        print('  Number of Dakota response functions='+str(len(dresp))+'.')
    379379
    380380        return dresp
    … …  
    388388                return
    389389
    390         print 'Reading 95% confidence intervals for response functions:'
     390        print('Reading 95% confidence intervals for response functions:')
    391391
    392392        while True:
    … …  
    418418                        dresp.append(struct())
    419419                        dresp[idresp].descriptor=tokens[0]
    420                         print '  '+str(dresp[idresp].descriptor)
     420                        print('  '+str(dresp[idresp].descriptor))
    421421               
    422422                #  add confidence intervals to response functions
    … …  
    435435                        dresp[i].stddevci[1,0]=tokens[ 4]
    436436
    437         print '  Number of Dakota response functions='+str(len(dresp))+'.'
     437        print('  Number of Dakota response functions='+str(len(dresp))+'.')
    438438
    439439        return dresp
    … …  
    450450                                return
    451451
    452         print 'Reading CDF''s for response functions:'
     452        print('Reading CDF''s for response functions:')
    453453
    454454        while fline == '' or fline.isspace():
    … …  
    475475                                dresp.append(struct())
    476476                                dresp[idresp].descriptor=tokens[ 5]
    477                                 print '  '+str(dresp(idresp).descriptor)
     477                                print('  '+str(dresp(idresp).descriptor))
    478478                       
    479479
    … …  
    501501                                fline=fidi.readline()
    502502
    503         print '  Number of Dakota response functions='+str(len(dresp))+'.'
     503        print('  Number of Dakota response functions='+str(len(dresp))+'.')
    504504
    505505        return dresp
    … …  
    513513                return
    514514
    515         print 'Reading PDF''s for response functions:'
     515        print('Reading PDF''s for response functions:')
    516516
    517517        while (fline != '' and not fline.isspace()):
    … …  
    539539                                dresp.append(struct)
    540540                                dresp[idresp].descriptor=tokens[ 2]
    541                                 print '  '+str(dresp[idresp].descriptor)
     541                                print('  '+str(dresp[idresp].descriptor))
    542542                       
    543543
    … …  
    561561                                fline=fidi.readline()
    562562
    563         print '  Number of Dakota response functions='+str(len(dresp))+'.'
     563        print('  Number of Dakota response functions='+str(len(dresp))+'.')
    564564
    565565        return dresp
    … …  
    575575                        return
    576576
    577         print 'Reading ' +fline+ '.'
     577        print('Reading ' +fline+ '.')
    578578
    579579        cmat.title=fline
    … …  
    627627                        return
    628628
    629         print 'Reading MV statistics for response functions:'
     629        print('Reading MV statistics for response functions:')
    630630
    631631        ndresp=0
    … …  
    638638                dresp.append(struct())
    639639                dresp[-1].descriptor=tokens[3]
    640                 print '  '+str(dresp[-1].descriptor)
     640                print('  '+str(dresp[-1].descriptor))
    641641                fline=fidi.readline()
    642642                [ntokens,tokens]=fltokens(fline)
    … …  
    674674
    675675                if not idvar:
    676                         print '    Importance Factors not available.'
     676                        print('    Importance Factors not available.')
    677677                        dresp[-1].var   =[]
    678678                        dresp[-1].impfac=[]
    … …  
    709709                                dresp.append(struct())
    710710                                dresp[idresp].descriptor=tokens[ 5]
    711                                 print '  '+str(dresp[idresp].descriptor)
     711                                print('  '+str(dresp[idresp].descriptor))
    712712                       
    713713                        #  skip column headings of cdf
    … …  
    736736
    737737                if not icdf:
    738                         print '    Cumulative Distribution Function not available.'
     738                        print('    Cumulative Distribution Function not available.')
    739739                        dresp[ndresp].cdf=[]
    740740                        while (fline != '' and not fline.isspace()) and not strncmpi(fline,'MV Statistics for ',18) and not strncmp (fline,'-',1):
    741741                                fline=fidi.readline()
    742742
    743         print '  Number of Dakota response functions='+str(len(dresp))+'.'
     743        print('  Number of Dakota response functions='+str(len(dresp))+'.')
    744744
    745745        return dresp
    … …  
    758758                dresp[-1].best=struct()
    759759       
    760         print 'Reading values for best function evaluation:'
     760        print('Reading values for best function evaluation:')
    761761
    762762        while (fline != '' and not fline.isspace()) and strncmpi(fline,'<<<<< Best ',11):
    … …  
    766766
    767767                if strncmpi(str(tokens[2]),'parameter', 9):
    768                         print '  '+fline
     768                        print('  '+fline)
    769769
    770770                        fline=fidi.readline()
    … …  
    782782
    783783                elif strncmpi(str(tokens[2]),'objective', 9) and strncmpi(str(tokens[3]),'function' , 8):
    784                         print '  '+fline
     784                        print('  '+fline)
    785785
    786786                        fline=fidi.readline()
    … …  
    796796
    797797                elif strncmpi(str(tokens[2]),'residual', 8) and strncmpi(str(tokens[3]),'norm'    , 4):
    798                         print '  '+fline
     798                        print('  '+fline)
    799799                        dresp.best.norm   =        tokens[ 5]
    800800                        dresp.best.hnormsq=        tokens[10]
    … …  
    808808
    809809                elif strncmpi(str(tokens[2]),'residual', 8) and strncmpi(str(tokens[3]),'term'    , 4):
    810                         print '  '+fline
     810                        print('  '+fline)
    811811
    812812                        fline=fidi.readline()
    … …  
    822822
    823823                elif strncmpi(str(tokens[2]),'constraint',10) and strncmpi(str(tokens[3]),'value'     , 5):
    824                         print '  '+fline
     824                        print('  '+fline)
    825825
    826826                        fline=fidi.readline()
    … …  
    836836
    837837                elif strncmpi(str(tokens[2]),'data'    , 4) and strncmpi(str(tokens[3]),'captured', 8):
    838                         print '  '+fline
     838                        print('  '+fline)
    839839                        dresp.best.eval=        tokens[7]
    840840
    … …  
    846846                        #  read until next best or blank or end
    847847                else:
    848                         print '  '+fline+'  (ignored)'
     848                        print('  '+fline+'  (ignored)')
    849849
    850850                        fline=fidi.readline()
    … …  
    868868                dresp[-1].vum=[]
    869869       
    870         print 'Reading measures for volumetric uniformity.'
     870        print('Reading measures for volumetric uniformity.')
    871871
    872872        fline=fidi.readline()
    … …  
    904904        [ntokens,tokens]=fltokens(fline)
    905905        method=tokens[2]
    906         print 'Dakota iterator \''+str(method)+'\' completed.'
     906        print('Dakota iterator \''+str(method)+'\' completed.')
    907907
    908908        return method
    … …  
    927927
    928928        #  issue warning and reset file position
    929         print 'Warning: findline:str_not_found: String '+str(string)+' not found in file.'
     929        print('Warning: findline:str_not_found: String '+str(string)+' not found in file.')
    930930        fidi.seek(ipos,0)
    931931        return None
    … …  
    947947        strings = re.split(':| ',fline)
    948948        # remove blank strings
    949         strings = filter(lambda a: (a != '' and not a.isspace()),strings)
     949        strings = [a for a in strings if (a != '' and not a.isspace())]
    950950
    951951        ntokens=0

  • issm/trunk-jpl/src/m/qmu/expandresponses.py

    r23095 r23716  
    1212        for k in fnames:
    1313                v = eval('responses.{}'.format(k))
    14                 exec 'dresp.{} = type(v)()'.format(k)
     14                exec('dresp.{} = type(v)()'.format(k))
    1515                for j in range(len(v)):
    1616                        #call setupdesign
    17                         exec 'dresp.{}=QmuSetupResponses(md,dresp.{},v[j])'.format(k,k)
     17                        exec('dresp.{}=QmuSetupResponses(md,dresp.{},v[j])'.format(k,k))
    1818
    1919        return dresp

  • issm/trunk-jpl/src/m/qmu/expandvariables.py

    r23095 r23716  
    1616                #  for linear constraints, just copy
    1717                if isinstance(v,linear_inequality_constraint) or isinstance(v,linear_equality_constraint):
    18                         exec 'dvar.{} = v'.format(k)
     18                        exec('dvar.{} = v'.format(k))
    1919
    2020                #  for variables, call the setup function
    2121                else:
    22                         exec 'dvar.{} = type(v)()'.format(k)
     22                        exec('dvar.{} = type(v)()'.format(k))
    2323                        for j in range(len(v)):
    2424                                #call setupdesign
    25                                 exec 'dvar.{}=QmuSetupVariables(md,dvar.{},v[j])'.format(k,k)
     25                                exec('dvar.{}=QmuSetupVariables(md,dvar.{},v[j])'.format(k,k))
    2626
    2727

  • issm/trunk-jpl/src/m/qmu/helpers.py

    r23333 r23716  
    128128
    129129                for a,b in zip(args[0::2],args[1::2]):
    130                         exec('self.%s = b')%(a)
     130                        exec(('self.%s = b')%(a))
    131131                return
    132132
    … …  
    155155                # re-route calls to vars(x) and x.__dict__
    156156                if attr == '__dict__':
    157                         return OrderedDict(self.items())
     157                        return OrderedDict(list(self.items()))
    158158                else:
    159159                        return object.__getattribute__(self, attr)
    … …  
    186186                # unless redefined as an entirely different structure
    187187                newInstance = type(self)()
    188                 for k,v in self.items():
    189                         exec('newInstance.%s = v')%(k)
     188                for k,v in list(self.items()):
     189                        exec(('newInstance.%s = v')%(k))
    190190                return newInstance
    191191
    … …  
    197197                # but will generally work in this case
    198198                newInstance = type(self)()
    199                 for k,v in self.items():
    200                         exec('newInstance.%s = deepcopy(v)')%(k)
     199                for k,v in list(self.items()):
     200                        exec(('newInstance.%s = deepcopy(v)')%(k))
    201201                return newInstance
    202202
    … …  
    217217                return self._v
    218218        def items(self):
    219                 return zip(self._k,self._v)
     219                return list(zip(self._k,self._v))
    220220
    221221def isempty(x):
    … …  
    256256        '''returns a list of fields of x
    257257        ignore_internals ignores all fieldnames starting with '_' and is True by default'''
    258         result = vars(x).keys()
     258        result = list(vars(x).keys())
    259259
    260260        if ignore_internals:
    261                 result = filter(lambda i: i[0] != '_',result)
     261                result = [i for i in result if i[0] != '_']
    262262
    263263        return result

  • issm/trunk-jpl/src/m/qmu/lclist_write.py

    r23095 r23716  
    3838        #  write linear constraints
    3939
    40         print '  Writing '+str(nvar)+' '+cstring+' linear constraints.'
     40        print('  Writing '+str(nvar)+' '+cstring+' linear constraints.')
    4141
    4242        if len(pmatrix) != 0:

  • issm/trunk-jpl/src/m/qmu/param_write.py

    r23095 r23716  
    77'''
    88        if not isfield(params,pname):
    9                 print 'WARNING: param_write:param_not_found: Parameter '+str(pname)+' not found in structure.'
     9                print('WARNING: param_write:param_not_found: Parameter {} not found in structure.'.format(pname))
    1010                return
    1111
    … …  
    1919
    2020        elif type(params_pname) in [str]:
    21                 fidi.write(sbeg+str(pname)+smid+params_pname+s)
     21                fidi.write(sbeg+pname+smid+params_pname+s)
    2222
    2323        elif type(params_pname) in [int, float]:
    2424                fidi.write(sbeg+str(pname)+smid+str(params_pname)+s)
    25 
    26 
    27 

  • issm/trunk-jpl/src/m/qmu/postqmu.py

    r23095 r23716  
    2222                with open(qmuerrfile,'r') as fide:
    2323                        fline=fide.read()
    24                         print fline
     24                        print(fline)
    2525
    2626                raise RuntimeError('Dakota returned error in '+str(qmuerrfile)+' file.  '+str(qmudir)+' directory retained.')

  • issm/trunk-jpl/src/m/qmu/preqmu.py

    r23256 r23716  
    2626'''
    2727
    28         print 'preprocessing dakota inputs'
     28        print('preprocessing dakota inputs')
    2929        qmudir    = options.getfieldvalue('qmudir','qmu'+str(os.getpid()))
    3030        # qmudir = ['qmu_' datestr(now,'yyyymmdd_HHMMSS')]

  • issm/trunk-jpl/src/m/qmu/rlev_write.py

    r23095 r23716  
    11import numpy as np
    2 
    32#move this later
    43from helpers import *
    5 
    64from vector_write import *
    75from param_write import *
     6
    87#import relevent qmu classes
    9 
    108from MatlabArray import *
    119
    … …  
    2321        else:
    2422                fidi.write(' ' + str(len(levels)))
    25        
     23
    2624        fidi.write('\n')
    27 
    2825        fidi.write('\t  '+str(ltype)+' =\n')
    2926
    … …  
    3532        else:
    3633                vector_write(fidi,'\t    ',levels,8,76)
    37        
     34
    3835        return
    3936
    … …  
    9592            rlevi_write(fidi,'response_levels',respl)
    9693            param_write(fidi,'\t  ','compute',' ','\n',params)
    97          
     94
    9895        if len(probl) != 0:
    9996            rlevi_write(fidi,'probability_levels',probl)
    100        
     97
    10198        if len(rell) != 0:
    10299            rlevi_write(fidi,'reliability_levels',rell)
    103        
     100
    104101        if len(grell) != 0:
    105102            rlevi_write(fidi,'gen_reliability_levels',grell)

  • issm/trunk-jpl/src/m/qmu/rlist_write.py

    r23095 r23716  
    4848        # write responses
    4949
    50         print '  Writing '+str(nresp)+' '+cstring+' responses.'
     50        print('  Writing '+str(nresp)+' '+cstring+' responses.')
    5151
    5252        if strcmp(cstring,'calibration_terms')==1:

  • issm/trunk-jpl/src/m/qmu/vlist_write.py

    r23095 r23716  
    4141        if dvar == None:
    4242                return
    43         from uniform_uncertain import *
     43        #from uniform_uncertain import *
    4444        func = eval(cstring)
    4545
    4646        # put variables into lists for writing
    47        
     47
    4848        if type(dvar) not in [list,np.ndarray]:
    4949                dvar = [dvar]
    … …  
    8989
    9090        # write variables
    91         print '  Writing '+str(nvar)+' '+cstring+' variables.'
     91        print('  Writing '+str(nvar)+' '+cstring+' variables.')
    9292
    9393        fidi.write('\t'+cstring+' = '+str(nvar)+'\n')

  • issm/trunk-jpl/src/m/solve/WriteData.py

    r23365 r23716  
    11import numpy as np
    2 import struct
     2from struct import pack,unpack
    33import pairoptions
    4 import MatlabFuncs as m
    54
    65def WriteData(fid,prefix,*args):
    … …  
    3130                name = options.getfieldvalue('name')
    3231
    33         format  = options.getfieldvalue('format')
     32        datatype  = options.getfieldvalue('format')
    3433        mattype = options.getfieldvalue('mattype',0)    #only required for matrices
    3534        timeserieslength = options.getfieldvalue('timeserieslength',-1)
    … …  
    5655
    5756        #Step 1: write the enum to identify this record uniquely
    58         fid.write(struct.pack('i',len(name)))
    59         fid.write(struct.pack('%ds' % len(name),name))
     57        fid.write(pack('i',len(name)))
     58        fid.write(pack('{}s'.format(len(name)),name.encode()))
     59
    6060
    6161        #Step 2: write the data itself.
    62         if   m.strcmpi(format,'Boolean'):    # {{{
     62        if datatype=='Boolean':    # {{{
     63#               if len(data) !=1:
     64#                       raise ValueError('fi eld %s cannot be marshalled as it has more than one element!' % name[0])
     65
     66                #first write length of record
     67                fid.write(pack('i',4+4))  #1 bool (disguised as an int)+code
     68
     69                #write data code:
     70                fid.write(pack('i',FormatToCode(datatype)))
     71
     72                #now write integer
     73                fid.write(pack('i',int(data)))  #send an int, not easy to send a bool
     74                # }}}
     75
     76        elif datatype=='Integer':    # {{{
    6377#               if len(data) !=1:
    6478#                       raise ValueError('field %s cannot be marshalled as it has more than one element!' % name[0])
    6579
    6680                #first write length of record
    67                 fid.write(struct.pack('i',4+4))  #1 bool (disguised as an int)+code
    68 
    69                 #write data code:
    70                 fid.write(struct.pack('i',FormatToCode(format)))
     81                fid.write(pack('i',4+4))  #1 integer + code
     82
     83                #write data code:
     84                fid.write(pack('i',FormatToCode(datatype)))
    7185
    7286                #now write integer
    73                 fid.write(struct.pack('i',int(data)))  #send an int, not easy to send a bool
    74                 # }}}
    75 
    76         elif m.strcmpi(format,'Integer'):    # {{{
     87                fid.write(pack('i',int(data))) #force an int,
     88                # }}}
     89
     90        elif datatype=='Double':    # {{{
    7791#               if len(data) !=1:
    7892#                       raise ValueError('field %s cannot be marshalled as it has more than one element!' % name[0])
    7993
    8094                #first write length of record
    81                 fid.write(struct.pack('i',4+4))  #1 integer + code
    82 
    83                 #write data code:
    84                 fid.write(struct.pack('i',FormatToCode(format)))
    85 
    86                 #now write integer
    87                 fid.write(struct.pack('i',data))
    88                 # }}}
    89 
    90         elif m.strcmpi(format,'Double'):    # {{{
    91 #               if len(data) !=1:
    92 #                       raise ValueError('field %s cannot be marshalled as it has more than one element!' % name[0])
    93 
    94                 #first write length of record
    95                 fid.write(struct.pack('i',8+4))  #1 double+code
    96 
    97                 #write data code:
    98                 fid.write(struct.pack('i',FormatToCode(format)))
     95                fid.write(pack('i',8+4))  #1 double+code
     96
     97                #write data code:
     98                fid.write(pack('i',FormatToCode(datatype)))
    9999
    100100                #now write double
    101                 fid.write(struct.pack('d',data))
    102                 # }}}
    103 
    104         elif m.strcmpi(format,'String'):    # {{{
    105                 #first write length of record
    106                 fid.write(struct.pack('i',len(data)+4+4))  #string + string size + code
    107 
    108                 #write data code:
    109                 fid.write(struct.pack('i',FormatToCode(format)))
     101                fid.write(pack('d',data))
     102                # }}}
     103
     104        elif datatype=='String':    # {{{
     105                #first write length of record
     106                fid.write(pack('i',len(data)+4+4))  #string + string size + code
     107
     108                #write data code:
     109                fid.write(pack('i',FormatToCode(datatype)))
    110110
    111111                #now write string
    112                 fid.write(struct.pack('i',len(data)))
    113                 fid.write(struct.pack('%ds' % len(data),data))
    114                 # }}}
    115 
    116         elif m.strcmpi(format,'BooleanMat'):    # {{{
    117 
    118                 if   isinstance(data,bool):
     112                fid.write(pack('i',len(data)))
     113                fid.write(pack('{}s'.format(len(data)),data.encode()))
     114                # }}}
     115
     116        elif datatype in ['IntMat','BooleanMat']:    # {{{
     117
     118                if isinstance(data,(int,bool)):
    119119                        data=np.array([data])
    120120                elif isinstance(data,(list,tuple)):
    … …  
    133133
    134134                #first write length of record
    135                 fid.write(struct.pack('i',4+4+8*np.product(s)+4+4))    #2 integers (32 bits) + the double matrix + code + matrix type
     135                fid.write(pack('i',4+4+8*np.product(s)+4+4))    #2 integers (32 bits) + the double matrix + code + matrix type
    136136
    137137                #write data code and matrix type:
    138                 fid.write(struct.pack('i',FormatToCode(format)))
    139                 fid.write(struct.pack('i',mattype))
     138                fid.write(pack('i',FormatToCode(datatype)))
     139                fid.write(pack('i',mattype))
    140140
    141141                #now write matrix
    142                 if np.ndim(data)==1:
    143                         fid.write(struct.pack('i',s[0]))
    144                         fid.write(struct.pack('i',1))
    145                         for i in xrange(s[0]):
    146                                 fid.write(struct.pack('d',float(data[i])))    #get to the "c" convention, hence the transpose
    147                 else:
    148                         fid.write(struct.pack('i',s[0]))
    149                         fid.write(struct.pack('i',s[1]))
    150                         for i in xrange(s[0]):
    151                                 for j in xrange(s[1]):
    152                                         fid.write(struct.pack('d',float(data[i][j])))    #get to the "c" convention, hence the transpose
    153                 # }}}
    154 
    155         elif m.strcmpi(format,'IntMat'):    # {{{
    156 
    157                 if   isinstance(data,(int,long)):
    158                         data=np.array([data])
    159                 elif isinstance(data,(list,tuple)):
    160                         data=np.array(data).reshape(-1,)
    161                 if np.ndim(data) == 1:
    162                         if np.size(data):
    163                                 data=data.reshape(np.size(data),)
    164                         else:
    165                                 data=data.reshape(0,0)
    166 
    167                 #Get size
    168                 s=data.shape
    169                 #if matrix = NaN, then do not write anything
    170                 if np.ndim(data)==2 and np.product(s)==1 and np.all(np.isnan(data)):
    171                         s=(0,0)
    172 
    173                 #first write length of record
    174                 fid.write(struct.pack('i',4+4+8*np.product(s)+4+4))    #2 integers (32 bits) + the double matrix + code + matrix type
    175 
    176                 #write data code and matrix type:
    177                 fid.write(struct.pack('i',FormatToCode(format)))
    178                 fid.write(struct.pack('i',mattype))
    179 
    180                 #now write matrix
    181                 if np.ndim(data) == 1:
    182                         fid.write(struct.pack('i',s[0]))
    183                         fid.write(struct.pack('i',1))
    184                         for i in xrange(s[0]):
    185                                 fid.write(struct.pack('d',float(data[i])))    #get to the "c" convention, hence the transpose
    186                 else:
    187                         fid.write(struct.pack('i',s[0]))
    188                         fid.write(struct.pack('i',s[1]))
    189                         for i in xrange(s[0]):
    190                                 for j in xrange(s[1]):
    191                                         fid.write(struct.pack('d',float(data[i][j])))    #get to the "c" convention, hence the transpose
    192                 # }}}
    193 
    194         elif m.strcmpi(format,'DoubleMat'):    # {{{
    195 
    196                 if   isinstance(data,(bool,int,long,float)):
     142                if np.ndim(data) == 1:
     143                        fid.write(pack('i',s[0]))
     144                        fid.write(pack('i',1))
     145                        for i in range(s[0]):
     146                                fid.write(pack('d',float(data[i])))    #get to the "c" convention, hence the transpose
     147                else:
     148                        fid.write(pack('i',s[0]))
     149                        fid.write(pack('i',s[1]))
     150                        for i in range(s[0]):
     151                                for j in range(s[1]):
     152                                        fid.write(pack('d',float(data[i][j])))    #get to the "c" convention, hence the transpose
     153                # }}}
     154
     155        elif datatype=='DoubleMat':    # {{{
     156
     157                if   isinstance(data,(bool,int,float)):
    197158                        data=np.array([data])
    198159                elif isinstance(data,(list,tuple)):
    … …  
    213174                recordlength=4+4+8*np.product(s)+4+4; #2 integers (32 bits) + the double matrix + code + matrix type
    214175                if recordlength > 4**31 :
    215                         raise ValueError('field %s cannot be marshalled because it is larger than 4^31 bytes!' % enum)
    216 
    217                 fid.write(struct.pack('i',recordlength))  #2 integers (32 bits) + the double matrix + code + matrix type
     176                        raise ValueError('field {} cannot be marshalled because it is larger than 4^31 bytes!'.format(enum))
     177
     178                fid.write(pack('i',recordlength))  #2 integers (32 bits) + the double matrix + code + matrix type
    218179
    219180                #write data code and matrix type:
    220                 fid.write(struct.pack('i',FormatToCode(format)))
    221                 fid.write(struct.pack('i',mattype))
     181                fid.write(pack('i',FormatToCode(datatype)))
     182                fid.write(pack('i',mattype))
    222183
    223184                #now write matrix
    224185                if np.ndim(data) == 1:
    225                         fid.write(struct.pack('i',s[0]))
    226                         fid.write(struct.pack('i',1))
    227                         for i in xrange(s[0]):
    228                                 fid.write(struct.pack('d',float(data[i])))    #get to the "c" convention, hence the transpose
    229                 else:
    230                         fid.write(struct.pack('i',s[0]))
    231                         fid.write(struct.pack('i',s[1]))
    232                         for i in xrange(s[0]):
    233                                 for j in xrange(s[1]):
    234                                         fid.write(struct.pack('d',float(data[i][j])))    #get to the "c" convention, hence the transpose
    235                 # }}}
    236 
    237         elif m.strcmpi(format,'CompressedMat'):    # {{{
    238 
    239                 if   isinstance(data,(bool,int,long,float)):
     186                        fid.write(pack('i',s[0]))
     187                        fid.write(pack('i',1))
     188                        for i in range(s[0]):
     189                                fid.write(pack('d',float(data[i])))    #get to the "c" convention, hence the transpose
     190                else:
     191                        fid.write(pack('i',s[0]))
     192                        fid.write(pack('i',s[1]))
     193                        for i in range(s[0]):
     194                                for j in range(s[1]):
     195                                        fid.write(pack('d',float(data[i][j])))    #get to the "c" convention, hence the transpose
     196                # }}}
     197
     198        elif datatype=='CompressedMat':    # {{{
     199
     200                if   isinstance(data,(bool,int,float)):
    240201                        data=np.array([data])
    241202                elif isinstance(data,(list,tuple)):
    … …  
    264225                        raise ValueError('field %s cannot be marshalled because it is larger than 4^31 bytes!' % enum)
    265226
    266                 fid.write(struct.pack('i',recordlength))  #2 integers (32 bits) + the matrix + code + matrix type
     227                fid.write(pack('i',recordlength))  #2 integers (32 bits) + the matrix + code + matrix type
    267228
    268229                #write data code and matrix type:
    269                 fid.write(struct.pack('i',FormatToCode(format)))
    270                 fid.write(struct.pack('i',mattype))
     230                fid.write(pack('i',FormatToCode(datatype)))
     231                fid.write(pack('i',mattype))
    271232
    272233                #Write offset and range
    … …  
    282243                #now write matrix
    283244                if np.ndim(data) == 1:
    284                         fid.write(struct.pack('i',s[0]))
    285                         fid.write(struct.pack('i',1))
    286                         fid.write(struct.pack('d',float(offsetA)))
    287                         fid.write(struct.pack('d',float(rangeA)))
    288                         for i in xrange(s[0]-1):
    289                                 fid.write(struct.pack('B',int(A[i])))
    290 
    291                         fid.write(struct.pack('d',float(data[s[0]-1])))    #get to the "c" convention, hence the transpose
     245                        fid.write(pack('i',s[0]))
     246                        fid.write(pack('i',1))
     247                        fid.write(pack('d',float(offsetA)))
     248                        fid.write(pack('d',float(rangeA)))
     249                        for i in range(s[0]-1):
     250                                fid.write(pack('B',int(A[i])))
     251
     252                        fid.write(pack('d',float(data[s[0]-1])))    #get to the "c" convention, hence the transpose
    292253
    293254                elif np.product(s) > 0:
    294                         fid.write(struct.pack('i',s[0]))
    295                         fid.write(struct.pack('i',s[1]))
    296                         fid.write(struct.pack('d',float(offsetA)))
    297                         fid.write(struct.pack('d',float(rangeA)))
    298                         for i in xrange(s[0]-1):
    299                                 for j in xrange(s[1]):
    300                                         fid.write(struct.pack('B',int(A[i][j])))    #get to the "c" convention, hence the transpose
    301 
    302                         for j in xrange(s[1]):
    303                                 fid.write(struct.pack('d',float(data[s[0]-1][j])))
    304 
    305                 # }}}
    306 
    307         elif m.strcmpi(format,'MatArray'):    # {{{
     255                        fid.write(pack('i',s[0]))
     256                        fid.write(pack('i',s[1]))
     257                        fid.write(pack('d',float(offsetA)))
     258                        fid.write(pack('d',float(rangeA)))
     259                        for i in range(s[0]-1):
     260                                for j in range(s[1]):
     261                                        fid.write(pack('B',int(A[i][j])))    #get to the "c" convention, hence the transpose
     262
     263                        for j in range(s[1]):
     264                                fid.write(pack('d',float(data[s[0]-1][j])))
     265
     266                # }}}
     267
     268        elif datatype=='MatArray':    # {{{
    308269
    309270                #first get length of record
    310271                recordlength=4+4    #number of records + code
    311272                for matrix in data:
    312                         if   isinstance(matrix,(bool,int,long,float)):
     273                        if   isinstance(matrix,(bool,int,float)):
    313274                                matrix=np.array([matrix])
    314275                        elif isinstance(matrix,(list,tuple)):
    … …  
    324285
    325286                #write length of record
    326                 fid.write(struct.pack('i',recordlength))
    327 
    328                 #write data code:
    329                 fid.write(struct.pack('i',FormatToCode(format)))
     287                fid.write(pack('i',recordlength))
     288
     289                #write data code:
     290                fid.write(pack('i',FormatToCode(datatype)))
    330291
    331292                #write data, first number of records
    332                 fid.write(struct.pack('i',len(data)))
     293                fid.write(pack('i',len(data)))
    333294
    334295                for matrix in data:
    335                         if   isinstance(matrix,(bool,int,long,float)):
     296                        if   isinstance(matrix,(bool,int,float)):
    336297                                matrix=np.array([matrix])
    337298                        elif isinstance(matrix,(list,tuple)):
    … …  
    343304
    344305                        if np.ndim(matrix) == 1:
    345                                 fid.write(struct.pack('i',s[0]))
    346                                 fid.write(struct.pack('i',1))
    347                                 for i in xrange(s[0]):
    348                                         fid.write(struct.pack('d',float(matrix[i])))    #get to the "c" convention, hence the transpose
     306                                fid.write(pack('i',s[0]))
     307                                fid.write(pack('i',1))
     308                                for i in range(s[0]):
     309                                        fid.write(pack('d',float(matrix[i])))    #get to the "c" convention, hence the transpose
    349310                        else:
    350                                 fid.write(struct.pack('i',s[0]))
    351                                 fid.write(struct.pack('i',s[1]))
    352                                 for i in xrange(s[0]):
    353                                         for j in xrange(s[1]):
    354                                                 fid.write(struct.pack('d',float(matrix[i][j])))
    355                 # }}}
    356 
    357         elif m.strcmpi(format,'StringArray'):    # {{{
     311                                fid.write(pack('i',s[0]))
     312                                fid.write(pack('i',s[1]))
     313                                for i in range(s[0]):
     314                                        for j in range(s[1]):
     315                                                fid.write(pack('d',float(matrix[i][j])))
     316                # }}}
     317
     318        elif datatype=='StringArray':    # {{{
    358319
    359320                #first get length of record
    … …  
    363324
    364325                #write length of record
    365                 fid.write(struct.pack('i',recordlength))
    366 
    367                 #write data code:
    368                 fid.write(struct.pack('i',FormatToCode(format)))
     326                fid.write(pack('i',recordlength))
     327
     328                #write data code:
     329                fid.write(pack('i',FormatToCode(datatype)))
    369330
    370331                #now write length of string array
    371                 fid.write(struct.pack('i',len(data)))
     332                fid.write(pack('i',len(data)))
    372333
    373334                #now write the strings
    374335                for string in data:
    375                         fid.write(struct.pack('i',len(string)))
    376                         fid.write(struct.pack('%ds' % len(string),string))
     336                        fid.write(pack('i',len(string)))
     337                        fid.write(pack('{}s'.format(len(string)),string.encode()))
    377338                # }}}
    378339
    379340        else:    # {{{
    380                 raise TypeError('WriteData error message: data type: %d not supported yet! (%s)' % (format,enum))
     341                raise TypeError('WriteData error message: data type: {} not supported yet! ({})'.format(datatype,enum))
    381342        # }}}
    382343
    383 def FormatToCode(format): # {{{
     344def FormatToCode(datatype): # {{{
    384345        """
    385         This routine takes the format string, and hardcodes it into an integer, which
     346        This routine takes the datatype string, and hardcodes it into an integer, which
    386347        is passed along the record, in order to identify the nature of the dataset being
    387348        sent.
    388349        """
    389350
    390         if   m.strcmpi(format,'Boolean'):
     351        if datatype=='Boolean':
    391352                code=1
    392         elif m.strcmpi(format,'Integer'):
     353        elif datatype=='Integer':
    393354                code=2
    394         elif m.strcmpi(format,'Double'):
     355        elif datatype=='Double':
    395356                code=3
    396         elif m.strcmpi(format,'String'):
     357        elif datatype=='String':
    397358                code=4
    398         elif m.strcmpi(format,'BooleanMat'):
     359        elif datatype=='BooleanMat':
    399360                code=5
    400         elif m.strcmpi(format,'IntMat'):
     361        elif datatype=='IntMat':
    401362                code=6
    402         elif m.strcmpi(format,'DoubleMat'):
     363        elif datatype=='DoubleMat':
    403364                code=7
    404         elif m.strcmpi(format,'MatArray'):
     365        elif datatype=='MatArray':
    405366                code=8
    406         elif m.strcmpi(format,'StringArray'):
     367        elif datatype=='StringArray':
    407368                code=9
    408         elif m.strcmpi(format,'CompressedMat'):
     369        elif datatype=='CompressedMat':
    409370                code=10
    410371        else:

  • issm/trunk-jpl/src/m/solve/loadresultsfromcluster.py

    r23095 r23716  
    3737                        md=loadresultsfromdisk(md,md.miscellaneous.name+'.outbin')
    3838                else:
    39                         print 'WARNING, outbin file is empty for run '+md.miscellaneous.name
     39                        print(('WARNING, outbin file is empty for run '+md.miscellaneous.name))
    4040        elif not md.qmu.isdakota:
    41                 print 'WARNING, outbin file does not exist '+md.miscellaneous.name
     41                print(('WARNING, outbin file does not exist '+md.miscellaneous.name))
    4242               
    4343        #erase the log and output files
    … …  
    8888                os.remove(filename+extension)
    8989        except OSError:
    90                 print 'WARNING, no '+extension+'  is present for run '+filename
     90                print(('WARNING, no '+extension+'  is present for run '+filename))

  • issm/trunk-jpl/src/m/solve/loadresultsfromdisk.py

    r23098 r23716  
    22from results import results
    33from parseresultsfromdisk import parseresultsfromdisk
    4 import MatlabFuncs as m
    54from postqmu import postqmu
    65
    76def loadresultsfromdisk(md,filename):
    87        """
    9         LOADRESULTSFROMDISK - load results of solution sequence from disk file "filename"           
    10  
     8        LOADRESULTSFROMDISK - load results of solution sequence from disk file "filename"
     9
    1110           Usage:
    1211              md=loadresultsfromdisk(md=False,filename=False);
    … …  
    2120                #Check that file exists
    2221                if not os.path.exists(filename):
    23                         raise OSError("binary file '%s' not found." % filename)
     22                        raise OSError("binary file '{}' not found.".format(filename))
    2423
    2524                #initialize md.results if not a structure yet
    … …  
    3029                structure=parseresultsfromdisk(md,filename,not md.settings.io_gather)
    3130                if not len(structure):
    32                         raise RuntimeError("No result found in binary file '%s'. Check for solution crash." % filename)
     31                        raise RuntimeError("No result found in binary file '{}'. Check for solution crash.".format(filename))
     32
    3333                setattr(md.results,structure[0].SolutionType,structure)
    3434
    … …  
    5353
    5454                #if only one solution, extract it from list for user friendliness
    55                 if len(structure) == 1 and not m.strcmp(structure[0].SolutionType,'TransientSolution'):
     55                if len(structure) == 1 and not structure[0].SolutionType=='TransientSolution':
    5656                        setattr(md.results,structure[0].SolutionType,structure[0])
    5757

  • issm/trunk-jpl/src/m/solve/marshall.py

    r23095 r23716  
    1212        """
    1313        if md.verbose.solution:
    14                 print "marshalling file '%s.bin'." % md.miscellaneous.name
     14                print(("marshalling file '%s.bin'." % md.miscellaneous.name))
    1515
    1616        #open file for binary writing

  • issm/trunk-jpl/src/m/solve/parseresultsfromdisk.py

    r22539 r23716  
    99        else:
    1010                saveres=parseresultsfromdiskioserial(md,filename)
    11 
    1211        return saveres
    1312
    … …  
    1716                fid=open(filename,'rb')
    1817        except IOError as e:
    19                 raise IOError("loadresultsfromdisk error message: could not open '%s' for binary reading." % filename)
    20 
    21         #initialize results: 
     18                raise IOError("loadresultsfromdisk error message: could not open '{}' for binary reading.".format(filename))
     19
     20        #initialize results:
    2221        saveres=[]
    2322
    … …  
    3029
    3130        while loadres:
    32                 #check that the new result does not add a step, which would be an error: 
     31                #check that the new result does not add a step, which would be an error:
    3332                if check_nomoresteps:
    3433                        if loadres['step']>=1:
    … …  
    4241                #Add result
    4342                if loadres['step']==0:
    44                         #if we have a step = 0, this is a steady state solution, don't expect more steps. 
     43                        #if we have a step = 0, this is a steady state solution, don't expect more steps.
    4544                        index = 0;
    4645                        check_nomoresteps=1
    … …  
    4948                else:
    5049                        index = counter;
    51                
     50
    5251                if index > len(saveres)-1:
    53                         for i in xrange(len(saveres)-1,index-1):
     52                        for i in range(len(saveres)-1,index-1):
    5453                                saveres.append(None)
    5554                        saveres.append(resultsclass.results())
    5655                elif saveres[index] is None:
    5756                        saveres[index]=resultsclass.results()
    58                        
     57
    5958                #Get time and step
    6059                if loadres['step'] != -9999.:
    … …  
    7978                fid=open(filename,'rb')
    8079        except IOError as e:
    81                 raise IOError("loadresultsfromdisk error message: could not open '%s' for binary reading." % filename)
     80                raise IOError("loadresultsfromdisk error message: could not open '{}' for binary reading.".format(filename))
    8281
    8382        saveres=[]
    8483
    85         #if we have done split I/O, ie, we have results that are fragmented across patches, 
     84        #if we have done split I/O, ie, we have results that are fragmented across patches,
    8685        #do a first pass, and figure out the structure of results
    8786        loadres=ReadDataDimensions(fid)
    … …  
    9089                #Get time and step
    9190                if loadres['step'] > len(saveres):
    92                         for i in xrange(len(saveres),loadres['step']-1):
     91                        for i in range(len(saveres),loadres['step']-1):
    9392                                saveres.append(None)
    9493                        saveres.append(resultsclass.results())
    9594                setattr(saveres[loadres['step']-1],'step',loadres['step'])
    96                 setattr(saveres[loadres['step']-1],'time',loadres['time']) 
     95                setattr(saveres[loadres['step']-1],'time',loadres['time'])
    9796
    9897                #Add result
    … …  
    117116                #Get time and step
    118117                if loadres['step']> len(saveres):
    119                         for i in xrange(len(saveres),loadres['step']-1):
     118                        for i in range(len(saveres),loadres['step']-1):
    120119                                saveres.append(None)
    121120                        saveres.append(saveresclass.saveres())
    122121                setattr(saveres[loadres['step']-1],'step',loadres['step'])
    123                 setattr(saveres[loadres['step']-1],'time',loadres['time']) 
     122                setattr(saveres[loadres['step']-1],'time',loadres['time'])
    124123
    125124                #Add result
    … …  
    134133        return saveres
    135134        # }}}
     135
    136136def ReadData(fid,md):    # {{{
    137137        """
    138138        READDATA - ...
    139          
     139
    140140            Usage:
    141141               field=ReadData(fid,md)
    … …  
    145145        try:
    146146                length=struct.unpack('i',fid.read(struct.calcsize('i')))[0]
    147 
    148                 fieldname=struct.unpack('%ds' % length,fid.read(length))[0][:-1]
     147                fieldname=struct.unpack('{}s'.format(length),fid.read(length))[0][:-1]
     148                fieldname=fieldname.decode() #strings are booleans when stored so need to be converted back
    149149                time=struct.unpack('d',fid.read(struct.calcsize('d')))[0]
    150150                step=struct.unpack('i',fid.read(struct.calcsize('i')))[0]
    151 
    152                 type=struct.unpack('i',fid.read(struct.calcsize('i')))[0]
     151                datatype=struct.unpack('i',fid.read(struct.calcsize('i')))[0]
    153152                M=struct.unpack('i',fid.read(struct.calcsize('i')))[0]
    154                 if   type==1:
    155                         field=np.array(struct.unpack('%dd' % M,fid.read(M*struct.calcsize('d'))),dtype=float)
    156                 elif type==2:
    157                         field=struct.unpack('%ds' % M,fid.read(M))[0][:-1]
    158                 elif type==3:
     153                if   datatype==1:
     154                        field=np.array(struct.unpack('{}d'.format(M),fid.read(M*struct.calcsize('d'))),dtype=float)
     155
     156                elif datatype==2:
     157                        field=struct.unpack('{}s'.format(M),fid.read(M))[0][:-1]
     158                        field=field.decode()
     159
     160                elif datatype==3:
    159161                        N=struct.unpack('i',fid.read(struct.calcsize('i')))[0]
    160162#                       field=transpose(fread(fid,[N M],'double'));
    161163                        field=np.zeros(shape=(M,N),dtype=float)
    162                         for i in xrange(M):
    163                                 field[i,:]=struct.unpack('%dd' % N,fid.read(N*struct.calcsize('d')))
    164                 elif type==4:
     164                        for i in range(M):
     165                                field[i,:]=struct.unpack('{}d'.format(N),fid.read(N*struct.calcsize('d')))
     166
     167                elif datatype==4:
    165168                        N=struct.unpack('i',fid.read(struct.calcsize('i')))[0]
    166169#                       field=transpose(fread(fid,[N M],'int'));
    167170                        field=np.zeros(shape=(M,N),dtype=int)
    168                         for i in xrange(M):
    169                                 field[i,:]=struct.unpack('%ii' % N,fid.read(N*struct.calcsize('i')))
     171                        for i in range(M):
     172                                field[i,:]=struct.unpack('{}i'.format(N),fid.read(N*struct.calcsize('i')))
     173
    170174                else:
    171                         raise TypeError("cannot read data of type %d" % type)
     175                        raise TypeError("cannot read data of datatype {}".format(datatype))
    172176
    173177                #Process units here FIXME: this should not be done here!
    … …  
    209213                elif fieldname=='SmbRunoff':
    210214                        field = field*yts
    211                 elif fieldname=='SmbEvaporation':
    212                         field = field*yts;
    213                 elif fieldname=='SmbRefreeze':
    214                         field = field*yts;
     215                elif fieldname=='SmbEvaporation':
     216                        field = field*yts;
     217                elif fieldname=='SmbRefreeze':
     218                        field = field*yts;
    215219                elif fieldname=='SmbEC':
    216220                        field = field*yts
    … …  
    219223                elif fieldname=='SmbMelt':
    220224                        field = field*yts
    221                 elif fieldname=='SmbMAdd':
    222                         field = field*yts
     225                elif fieldname=='SmbMAdd':
     226                        field = field*yts
    223227                elif fieldname=='CalvingCalvingrate':
    224228                        field = field*yts
    … …  
    256260        """
    257261        READDATADIMENSIONS - read data dimensions, step and time, but not the data itself.
    258          
     262
    259263            Usage:
    260264               field=ReadDataDimensions(fid)
    … …  
    264268        try:
    265269                length=struct.unpack('i',fid.read(struct.calcsize('i')))[0]
    266 
    267                 fieldname=struct.unpack('%ds' % length,fid.read(length))[0][:-1]
     270                fieldname=struct.unpack('{}s'.format(length),fid.read(length))[0][:-1]
    268271                time=struct.unpack('d',fid.read(struct.calcsize('d')))[0]
    269272                step=struct.unpack('i',fid.read(struct.calcsize('i')))[0]
    270 
    271                 type=struct.unpack('i',fid.read(struct.calcsize('i')))[0]
     273                dtattype=struct.unpack('i',fid.read(struct.calcsize('i')))[0]
    272274                M=struct.unpack('i',fid.read(struct.calcsize('i')))[0]
    273275                N=1    #default
    274                 if   type==1:
     276                if   datatype==1:
    275277                        fid.seek(M*8,1)
    276                 elif type==2:
     278                elif datatype==2:
    277279                        fid.seek(M,1)
    278                 elif type==3:
     280                elif datatype==3:
    279281                        N=struct.unpack('i',fid.read(struct.calcsize('i')))[0]
    280282                        fid.seek(N*M*8,1)
    281283                else:
    282                         raise TypeError("cannot read data of type %d" % type)
     284                        raise TypeError("cannot read data of datatype {}".format(datatype))
    283285
    284286                saveres=OrderedDict()

  • issm/trunk-jpl/src/m/solve/solve.py

    r23095 r23716  
    1313        """
    1414        SOLVE - apply solution sequence for this model
    15  
     15
    1616           Usage:
    1717              md=solve(md,solutionstring,varargin)
    1818              where varargin is a list of paired arguments of string OR enums
    19  
     19
    2020                solution types available comprise:
    2121                 - 'Stressbalance'    or 'sb'
    … …  
    3939                  - checkconsistency : 'yes' or 'no' (default is 'yes'), ensures checks on consistency of model
    4040                  - restart: 'directory name (relative to the execution directory) where the restart file is located.
    41  
     41
    4242           Examples:
    4343              md=solve(md,'Stressbalance');
    … …  
    4949                solutionstring = 'StressbalanceSolution';
    5050        elif solutionstring.lower() == 'mt' or solutionstring.lower() == 'masstransport':
    51                 solutionstring = 'MasstransportSolution';       
     51                solutionstring = 'MasstransportSolution';
    5252        elif solutionstring.lower() == 'th' or solutionstring.lower() == 'thermal':
    5353                solutionstring = 'ThermalSolution';
    … …  
    7070        elif solutionstring.lower() == 'gia' or solutionstring.lower() == 'gia':
    7171                solutionstring = 'GiaSolution';
    72         elif solutionstring.lower() == 'lv' or solutionstring.lower() == 'love':
    73                 solutionstring = 'LoveSolution';
     72        elif solutionstring.lower() == 'lv' or solutionstring.lower() == 'love':
     73                solutionstring = 'LoveSolution';
    7474        elif solutionstring.lower() == 'esa':
    7575                solutionstring = 'EsaSolution';
    7676        elif solutionstring.lower() == 'slr' or solutionstring.lower() == 'sealevelrise':
    7777                solutionstring = 'SealevelriseSolution';
    78         else:   
     78        else:
    7979                raise ValueError("solutionstring '%s' not supported!" % solutionstring)
    8080        options=pairoptions('solutionstring',solutionstring,*args)
    … …  
    8282        #recover some fields
    8383        md.private.solution=solutionstring
    84         cluster=md.cluster 
     84        cluster=md.cluster
    8585        if options.getfieldvalue('batch','no')=='yes':
    8686                batch=1
    … …  
    9191        if options.getfieldvalue('checkconsistency','yes')=='yes':
    9292                if md.verbose.solution:
    93                         print "checking model consistency"
     93                        print("checking model consistency")
    9494                ismodelselfconsistent(md)
    9595
    … …  
    106106                                md.private.runtimename="%s-%02i-%02i-%04i-%02i-%02i-%02i-%i" % (md.miscellaneous.name,c.month,c.day,c.year,c.hour,c.minute,c.second,os.getpid())
    107107                        else:
    108                                 md.private.runtimename=md.miscellaneous.name 
     108                                md.private.runtimename=md.miscellaneous.name
    109109
    110110        #if running qmu analysis, some preprocessing of dakota files using models
    111         #fields needs to be carried out. 
     111        #fields needs to be carried out.
    112112        if md.qmu.isdakota:
    113113                md=preqmu(md,options)
    … …  
    120120
    121121        #Write all input files
    122         marshall(md)                                          # bin file
    123         md.toolkits.ToolkitsFile(md.miscellaneous.name+'.toolkits')    # toolkits file
    124         cluster.BuildQueueScript(md.private.runtimename,md.miscellaneous.name,md.private.solution,md.settings.io_gather,md.debug.valgrind,md.debug.gprof,md.qmu.isdakota,md.transient.isoceancoupling)    # queue file
     122        marshall(md)                                                                                                                                                                    # bin file
     123        md.toolkits.ToolkitsFile(md.miscellaneous.name+'.toolkits')              # toolkits file
     124        cluster.BuildQueueScript(md.private.runtimename,md.miscellaneous.name,md.private.solution,md.settings.io_gather,md.debug.valgrind,md.debug.gprof,md.qmu.isdakota,md.transient.isoceancoupling)          # queue file
    125125
    126126        #Stop here if batch mode
    127127        if options.getfieldvalue('batch','no')=='yes':
    128                 print 'batch mode requested: not launching job interactively'
    129                 print 'launch solution sequence on remote cluster by hand'
     128                print('batch mode requested: not launching job interactively')
     129                print('launch solution sequence on remote cluster by hand')
    130130                return md
    131131
    132         #Upload all required files: 
     132        #Upload all required files:
    133133        modelname = md.miscellaneous.name
    134134        filelist  = [modelname+'.bin ',modelname+'.toolkits ',modelname+'.queue ']
    … …  
    138138        if not restart:
    139139                cluster.UploadQueueJob(md.miscellaneous.name,md.private.runtimename,filelist)
    140        
     140
    141141        #Launch job
    142142        cluster.LaunchQueueJob(md.miscellaneous.name,md.private.runtimename,filelist,restart,batch)
    … …  
    147147                islock=waitonlock(md)
    148148                if islock==0:    #no results to be loaded
    149                         print 'The results must be loaded manually with md=loadresultsfromcluster(md).'
     149                        print('The results must be loaded manually with md=loadresultsfromcluster(md).')
    150150                else:            #load results
    151151                        if md.verbose.solution:
    152                                 print 'loading results from cluster'
     152                                print('loading results from cluster')
    153153                        md=loadresultsfromcluster(md)
    154154

  • issm/trunk-jpl/src/m/solve/waitonlock.py

    r20886 r23716  
    2626        if not m.strcmpi(gethostname(),cluster):
    2727
    28                 print 'solution launched on remote cluster. log in to detect job completion.'
    29                 choice=raw_input('Is the job successfully completed? (y/n) ')
     28                print('solution launched on remote cluster. log in to detect job completion.')
     29                choice=eval(input('Is the job successfully completed? (y/n) '))
    3030                if not m.strcmp(choice,'y'):
    31                         print 'Results not loaded... exiting'
     31                        print('Results not loaded... exiting')
    3232                        flag=0
    3333                else:
    … …  
    4444                etime=0
    4545                ispresent=0
    46                 print "waiting for '%s' hold on... (Ctrl+C to exit)" % filename
     46                print(("waiting for '%s' hold on... (Ctrl+C to exit)" % filename))
    4747
    4848                #loop till file .lock exist or time is up
    … …  
    5454                #build output
    5555                if etime>timelimit:
    56                         print 'Time limit exceeded. Increase md.settings.waitonlock'
    57                         print 'The results must be loaded manually with md=loadresultsfromcluster(md).'
     56                        print('Time limit exceeded. Increase md.settings.waitonlock')
     57                        print('The results must be loaded manually with md=loadresultsfromcluster(md).')
    5858                        raise RuntimeError('waitonlock error message: time limit exceeded.')
    5959                        flag=0

  • issm/trunk-jpl/src/m/solvers/mumpsoptions.py

    r23430 r23716  
    1717        #default mumps options
    1818        PETSC_MAJOR=IssmConfig('_PETSC_MAJOR_')[0]
    19         PETSC_MINOR=IssmConfig('_PETSC_MINOR_')[0]
     19        PETSC_MINOR=IssmConfig('_PETSC_MINOR_')[0]
    2020        if PETSC_MAJOR==2.:
    2121                mumps['toolkit']='petsc'
    … …  
    2929                mumps['ksp_type']=options.getfieldvalue('ksp_type','preonly')
    3030                mumps['pc_type']=options.getfieldvalue('pc_type','lu')
    31                 if PETSC_MINOR>8.:
    32                     mumps['pc_factor_mat_solver_type']=options.getfieldvalue('pc_factor_mat_solver_type','mumps')
    33                 else:
    34                     mumps['pc_factor_mat_solver_package']=options.getfieldvalue('pc_factor_mat_solver_package','mumps')
     31                if PETSC_MINOR>8.:
     32                        mumps['pc_factor_mat_solver_type']=options.getfieldvalue('pc_factor_mat_solver_type','mumps')
     33                else:
     34                        mumps['pc_factor_mat_solver_package']=options.getfieldvalue('pc_factor_mat_solver_package','mumps')
    3535                mumps['mat_mumps_icntl_14']=options.getfieldvalue('mat_mumps_icntl_14',120)
    3636
    3737        return mumps
    38 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.