Changeset 21411


Ignore:
Timestamp:
11/22/16 04:36:54 (8 years ago)
Author:
bdef
Message:

BUG: fixing remnant errors

Location:
issm/trunk-jpl/test/NightlyRun
Files:
29 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • issm/trunk-jpl/test/NightlyRun/test1101.py

    r21408 r21411  
    3535
    3636        #Create dirichlet on the bed only
    37         md.stressbalance.spcvx=float('NaN')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    38         md.stressbalance.spcvy=float('NaN')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    39         md.stressbalance.spcvz=float('NaN')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     37        md.stressbalance.spcvx=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     38        md.stressbalance.spcvy=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     39        md.stressbalance.spcvz=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    4040
    4141        pos=np.where(md.mesh.vertexonbase)

  • issm/trunk-jpl/test/NightlyRun/test1102.py

    r21408 r21411  
    4747
    4848        #Compute the stressbalance
    49         md.stressbalance.abstol=float('NaN')
    50         md.stressbalance.reltol=float('NaN')
     49        md.stressbalance.abstol=np.nan
     50        md.stressbalance.reltol=np.nan
    5151        md.stressbalance.restol=1.
    5252        md.cluster=generic('name',gethostname(),'np',8)

  • issm/trunk-jpl/test/NightlyRun/test1103.py

    r21408 r21411  
    3434
    3535        #Create dirichlet on the bed only
    36         md.stressbalance.spcvx=float('NaN')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    37         md.stressbalance.spcvy=float('NaN')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    38         md.stressbalance.spcvz=float('NaN')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     36        md.stressbalance.spcvx=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     37        md.stressbalance.spcvy=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     38        md.stressbalance.spcvz=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    3939        pos=np.nonzero(md.mesh.vertexonbase)
    4040        md.stressbalance.spcvx[pos]=0.

  • issm/trunk-jpl/test/NightlyRun/test1104.py

    r21408 r21411  
    2828
    2929        #Create dirichlet on the bed only
    30         md.stressbalance.spcvx=float('NaN')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    31         md.stressbalance.spcvy=float('NaN')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    32         md.stressbalance.spcvz=float('NaN')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     30        md.stressbalance.spcvx=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     31        md.stressbalance.spcvy=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     32        md.stressbalance.spcvz=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    3333
    3434        pos=np.where(md.mesh.vertexonbase)
    … …  
    4646        print np.shape(md.stressbalance.vertex_pairing)
    4747        #Compute the stressbalance
    48         md.stressbalance.abstol=float('NaN')
     48        md.stressbalance.abstol=np.nan
    4949        md.cluster=generic('name',gethostname(),'np',8)
    5050        md=solve(md,'Stressbalance')

  • issm/trunk-jpl/test/NightlyRun/test1105.py

    r21408 r21411  
    3434
    3535        #Create MPCs to have periodic boundary conditions
    36         md.stressbalance.spcvx=float('NaN')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    37         md.stressbalance.spcvy=float('NaN')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    38         md.stressbalance.spcvz=float('NaN')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     36        md.stressbalance.spcvx=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     37        md.stressbalance.spcvy=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     38        md.stressbalance.spcvz=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    3939
    4040        posx=np.where(np.logical_and.reduce((md.mesh.x==0.,md.mesh.y!=0.,md.mesh.y!=L)))[0]

  • issm/trunk-jpl/test/NightlyRun/test1107.py

    r21408 r21411  
    3434
    3535        #We need one grd on dirichlet: the 4 corners are set to zero
    36         md.stressbalance.spcvx=float('NaN')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    37         md.stressbalance.spcvy=float('NaN')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    38         md.stressbalance.spcvz=float('NaN')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     36        md.stressbalance.spcvx=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     37        md.stressbalance.spcvy=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     38        md.stressbalance.spcvz=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    3939
    4040        #Create MPCs to have periodic boundary conditions

  • issm/trunk-jpl/test/NightlyRun/test1108.py

    r21408 r21411  
    3131
    3232        #We need one grd on dirichlet: the 4 corners are set to zero
    33         md.stressbalance.spcvx=float('NaN')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    34         md.stressbalance.spcvy=float('NaN')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    35         md.stressbalance.spcvz=float('NaN')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     33        md.stressbalance.spcvx=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     34        md.stressbalance.spcvy=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     35        md.stressbalance.spcvz=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    3636       
    3737        pos=np.nonzero(logical_and.reduce_n(md.mesh.vertexonbase,np.logical_or.reduce(md.mesh.x==0.,md.mesh.x==np.max(md.mesh.x)),np.logical_or.reduce(md.mesh.y==0.,md.mesh.y==np.max(md.mesh.y))))
    … …  
    5353        md.verbose=verbose('convergence',True)
    5454        md=solve(md,'Stressbalance')
    55         md.stressbalance.reltol=float('NaN')
    56         md.stressbalance.abstol=float('NaN')
     55        md.stressbalance.reltol=np.nan
     56        md.stressbalance.abstol=np.nan
    5757        md.stressbalance.vertex_pairing=np.empty((0,2))
    5858        #We need one grid on dirichlet: the 4 corners are set to zero
    59         md.stressbalance.spcvx=float('NaN')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    60         md.stressbalance.spcvy=float('NaN')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    61         md.stressbalance.spcvz=float('NaN')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     59        md.stressbalance.spcvx=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     60        md.stressbalance.spcvy=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     61        md.stressbalance.spcvz=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    6262        pos=np.nonzero(logical_or.reduce_n(md.mesh.y==0.,md.mesh.x==0.,md.mesh.x==np.max(md.mesh.x),md.mesh.y==np.max(md.mesh.y)))    #Don't take the same nodes two times
    6363        md.stressbalance.spcvx[pos]=md.results.StressbalanceSolution.Vx[pos]

  • issm/trunk-jpl/test/NightlyRun/test1201.py

    r21408 r21411  
    3939        pos=np.where(md.mesh.y>199999.9)[0]
    4040        times=np.arange(0,501)
    41         md.masstransport.spcthickness=float('NaN')*np.ones((md.mesh.numberofvertices+1,np.size(times)))
     41        md.masstransport.spcthickness=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices+1,np.size(times)))
    4242        md.masstransport.spcthickness[-1,:]=times
    4343        md.masstransport.spcthickness[pos,:]=500.+100.*np.sin(2.*np.pi*times/200.)

  • issm/trunk-jpl/test/NightlyRun/test1601.py

    r21408 r21411  
    1515md=parameterize(md,'../Par/SquareShelf.py')
    1616md=setflowequation(md,'SSA','all')
    17 md.stressbalance.spcvx[np.nonzero(md.mesh.y>0.)]=float('NaN')
     17md.stressbalance.spcvx[np.nonzero(md.mesh.y>0.)]=np.nan
    1818md.initialization.vx[:]=0.
    1919md.initialization.vy[:]=0.
    … …  
    4040#Now, put CS back to normal except on the side where the spc are applied
    4141pos=np.nonzero(np.logical_or.reduce(x==0.,x==1000000.))[0]
    42 md.stressbalance.referential[:]=float('NaN')
     42md.stressbalance.referential[:]=np.nan
    4343md.stressbalance.referential[pos,0:3]=np.tile([np.cos(theta),np.sin(theta),0],(len(pos)))
    4444md.stressbalance.referential[pos,3: ]=np.tile([0,0,1],(len(pos)))

  • issm/trunk-jpl/test/NightlyRun/test1602.py

    r21408 r21411  
    1616md.extrude(5,1.)
    1717md=setflowequation(md,'HO','all')
    18 md.stressbalance.spcvx[np.nonzero(md.mesh.y>0.)]=float('NaN')
     18md.stressbalance.spcvx[np.nonzero(md.mesh.y>0.)]=np.nan
    1919md.initialization.vx[:]=0.
    2020md.initialization.vy[:]=0.

  • issm/trunk-jpl/test/NightlyRun/test211.py

    r21408 r21411  
    11#Test Name: SquareShelfTranFS
    2 
    32from model import *
    43from socket import gethostname
    … …  
    1615md.extrude(3,1.)
    1716md=setflowequation(md,'FS','all')
    18 md.stressbalance.reltol=NaN
     17md.stressbalance.reltol=np.NaN
    1918md.cluster=generic('name',gethostname(),'np',3)
    2019md=solve(md,'Transient')
    … …  
    2322# Fields and tolerances to track changes
    2423
    25 field_names=[\
    26         'Vx1','Vy1','Vz1','Vel1','Pressure1','Bed1','Surface1','Thickness1','Temperature1','BasalforcingsGroundediceMeltingRate1', \
    27         'Vx2','Vy2','Vz2','Vel2','Pressure2','Bed2','Surface2','Thickness2','Temperature2','BasalforcingsGroundediceMeltingRate2', \
    28         'Vx3','Vy3','Vz3','Vel3','Pressure3','Bed3','Surface3','Thickness3','Temperature3','BasalforcingsGroundediceMeltingRate3']
    29 field_tolerances=[\
    30                 2e-08,2e-08,5e-05,2e-08,1e-08,1e-08,1e-08,1e-08,1e-08,1e-08,\
    31                 5e-06,5e-06,8e-05,5e-06,1e-07,5e-07,5e-07,5e-07,3e-06,5e-05,\
    32                 8e-06,8e-06,8e-05,8e-06,5e-07,8e-07,8e-07,8e-07,5e-06,8e-05]
    33 field_values=[\
    34         md.results.TransientSolution[0].Vx,\
    35         md.results.TransientSolution[0].Vy,\
    36         md.results.TransientSolution[0].Vz,\
    37         md.results.TransientSolution[0].Vel,\
    38         md.results.TransientSolution[0].Pressure,\
    39         md.results.TransientSolution[0].Base,\
    40         md.results.TransientSolution[0].Surface,\
    41         md.results.TransientSolution[0].Thickness,\
    42         md.results.TransientSolution[0].Temperature,\
    43         md.results.TransientSolution[0].BasalforcingsGroundediceMeltingRate,\
    44         md.results.TransientSolution[1].Vx,\
    45         md.results.TransientSolution[1].Vy,\
    46         md.results.TransientSolution[1].Vz,\
    47         md.results.TransientSolution[1].Vel,\
    48         md.results.TransientSolution[1].Pressure,\
    49         md.results.TransientSolution[1].Base,\
    50         md.results.TransientSolution[1].Surface,\
    51         md.results.TransientSolution[1].Thickness,\
    52         md.results.TransientSolution[1].Temperature,\
    53         md.results.TransientSolution[1].BasalforcingsGroundediceMeltingRate,\
    54         md.results.TransientSolution[2].Vx,\
    55         md.results.TransientSolution[2].Vy,\
    56         md.results.TransientSolution[2].Vz,\
    57         md.results.TransientSolution[2].Vel,\
    58         md.results.TransientSolution[2].Pressure,\
    59         md.results.TransientSolution[2].Base,\
    60         md.results.TransientSolution[2].Surface,\
    61         md.results.TransientSolution[2].Thickness,\
    62         md.results.TransientSolution[2].Temperature,\
    63         md.results.TransientSolution[2].BasalforcingsGroundediceMeltingRate,\
    64         ]
     24field_names=['Vx1','Vy1','Vz1','Vel1','Pressure1','Bed1','Surface1','Thickness1','Temperature1','BasalforcingsGroundediceMeltingRate1',
     25                                                 'Vx2','Vy2','Vz2','Vel2','Pressure2','Bed2','Surface2','Thickness2','Temperature2','BasalforcingsGroundediceMeltingRate2',
     26                                                 'Vx3','Vy3','Vz3','Vel3','Pressure3','Bed3','Surface3','Thickness3','Temperature3','BasalforcingsGroundediceMeltingRate3']
     27field_tolerances=[2e-08,2e-08,5e-05,2e-08,1e-08,1e-08,1e-08,1e-08,1e-08,1e-08,
     28                                                                        5e-06,5e-06,8e-05,5e-06,1e-07,5e-07,5e-07,5e-07,3e-06,5e-05,
     29                                                                        8e-06,8e-06,8e-05,8e-06,5e-07,8e-07,8e-07,8e-07,5e-06,8e-05]
     30field_values=[md.results.TransientSolution[0].Vx,
     31                                                        md.results.TransientSolution[0].Vy,
     32                                                        md.results.TransientSolution[0].Vz,
     33                                                        md.results.TransientSolution[0].Vel,
     34                                                        md.results.TransientSolution[0].Pressure,
     35                                                        md.results.TransientSolution[0].Base,
     36                                                        md.results.TransientSolution[0].Surface,
     37                                                        md.results.TransientSolution[0].Thickness,
     38                                                        md.results.TransientSolution[0].Temperature,
     39                                                        md.results.TransientSolution[0].BasalforcingsGroundediceMeltingRate,
     40                                                        md.results.TransientSolution[1].Vx,
     41                                                        md.results.TransientSolution[1].Vy,
     42                                                        md.results.TransientSolution[1].Vz,
     43                                                        md.results.TransientSolution[1].Vel,
     44                                                        md.results.TransientSolution[1].Pressure,
     45                                                        md.results.TransientSolution[1].Base,
     46                                                        md.results.TransientSolution[1].Surface,
     47                                                        md.results.TransientSolution[1].Thickness,
     48                                                        md.results.TransientSolution[1].Temperature,
     49                                                        md.results.TransientSolution[1].BasalforcingsGroundediceMeltingRate,
     50                                                        md.results.TransientSolution[2].Vx,
     51                                                        md.results.TransientSolution[2].Vy,
     52                                                        md.results.TransientSolution[2].Vz,
     53                                                        md.results.TransientSolution[2].Vel,
     54                                                        md.results.TransientSolution[2].Pressure,
     55                                                        md.results.TransientSolution[2].Base,
     56                                                        md.results.TransientSolution[2].Surface,
     57                                                        md.results.TransientSolution[2].Thickness,
     58                                                        md.results.TransientSolution[2].Temperature,
     59                                                        md.results.TransientSolution[2].BasalforcingsGroundediceMeltingRate]

  • issm/trunk-jpl/test/NightlyRun/test212.py

    r21408 r21411  
    11#Test Name: SquareShelfCMBSSA2d
    2 
    32from model import *
    43from socket import gethostname
    … …  
    1615md=setflowequation(md,'SSA','all')
    1716
    18 
    1917# control parameters
    2018
    2119md.inversion.iscontrol=1
    2220md.inversion.control_parameters=['MaterialsRheologyBbar']
    23 md.inversion.min_parameters=10**6*ones((md.mesh.numberofvertices))
    24 md.inversion.max_parameters=2.*10**9*ones((md.mesh.numberofvertices))
     21md.inversion.min_parameters=1.0e6*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     22md.inversion.max_parameters=2.0e9*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    2523md.inversion.nsteps=2
    2624md.inversion.cost_functions=[101]
    27 md.inversion.cost_functions_coefficients=ones((md.mesh.numberofvertices))
    28 md.inversion.gradient_scaling=10**7*ones((md.inversion.nsteps))
    29 md.inversion.maxiter_per_step=2.*ones((md.inversion.nsteps))
    30 md.inversion.step_threshold=0.3*ones((md.inversion.nsteps))
     25md.inversion.cost_functions_coefficients=np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     26md.inversion.gradient_scaling=1.0e7*np.ones((md.inversion.nsteps))
     27md.inversion.maxiter_per_step=2.*np.ones((md.inversion.nsteps))
     28md.inversion.step_threshold=0.3*np.ones((md.inversion.nsteps))
    3129md.inversion.vx_obs=md.initialization.vx
    3230md.inversion.vy_obs=md.initialization.vy
    … …  
    4139field_names     =['Gradient','Misfits','MaterialsRheologyBbar','Pressure','Vel','Vx','Vy']
    4240field_tolerances=[1e-13,1e-13,1e-13,1e-13,1e-13,1e-13,1e-13,1e-13,1e-13,1e-13]
    43 field_values=[\
    44 md.results.StressbalanceSolution.Gradient1,\
    45 md.results.StressbalanceSolution.J,\
    46 md.results.StressbalanceSolution.MaterialsRheologyBbar,\
    47 md.results.StressbalanceSolution.Pressure,\
    48 md.results.StressbalanceSolution.Vel,\
    49 md.results.StressbalanceSolution.Vx,\
    50 md.results.StressbalanceSolution.Vy,\
    51 ]
     41field_values=[md.results.StressbalanceSolution.Gradient1,
     42                                                        md.results.StressbalanceSolution.J,
     43                                                        md.results.StressbalanceSolution.MaterialsRheologyBbar,
     44                                                        md.results.StressbalanceSolution.Pressure,
     45                                                        md.results.StressbalanceSolution.Vel,
     46                                                        md.results.StressbalanceSolution.Vx,
     47                                                        md.results.StressbalanceSolution.Vy]

  • issm/trunk-jpl/test/NightlyRun/test213.py

    r21408 r21411  
    2222md.inversion.iscontrol=1
    2323md.inversion.control_parameters=['MaterialsRheologyBbar']
    24 md.inversion.min_parameters=10**6*ones((md.mesh.numberofvertices))
    25 md.inversion.max_parameters=2.*10**9*ones((md.mesh.numberofvertices))
     24md.inversion.min_parameters=10**6*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     25md.inversion.max_parameters=2.*10**9*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    2626md.inversion.nsteps=2
    2727md.inversion.cost_functions=[101]
    28 md.inversion.cost_functions_coefficients=ones((md.mesh.numberofvertices))
    29 md.inversion.gradient_scaling=10**7*ones((md.inversion.nsteps))
    30 md.inversion.maxiter_per_step=2.*ones((md.inversion.nsteps))
    31 md.inversion.step_threshold=0.3*ones((md.inversion.nsteps))
     28md.inversion.cost_functions_coefficients=np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     29md.inversion.gradient_scaling=10**7*np.ones((md.inversion.nsteps))
     30md.inversion.maxiter_per_step=2.*np.ones((md.inversion.nsteps))
     31md.inversion.step_threshold=0.3*np.ones((md.inversion.nsteps))
    3232md.inversion.vx_obs=md.initialization.vx
    3333md.inversion.vy_obs=md.initialization.vy
    … …  
    4343field_tolerances=[1e-13,1e-13,1e-13,1e-13,1e-13,1e-13,1e-13]
    4444#field_tolerances=[1e-13,1e-13,1e-13,1e-13,1e-13,1e-13,1e-13,1e-13,1e-13,1e-13]
    45 field_values=[\
    46         md.results.StressbalanceSolution.Gradient1,\
    47         md.results.StressbalanceSolution.J,\
    48         md.results.StressbalanceSolution.MaterialsRheologyBbar,\
    49         md.results.StressbalanceSolution.Pressure,\
    50         md.results.StressbalanceSolution.Vel,\
    51         md.results.StressbalanceSolution.Vx,\
    52         md.results.StressbalanceSolution.Vy,\
    53 ]
     45field_values=[md.results.StressbalanceSolution.Gradient1,
     46                                                        md.results.StressbalanceSolution.J,
     47                                                        md.results.StressbalanceSolution.MaterialsRheologyBbar,
     48                                                        md.results.StressbalanceSolution.Pressure,
     49                                                        md.results.StressbalanceSolution.Vel,
     50                                                        md.results.StressbalanceSolution.Vx,
     51                                                        md.results.StressbalanceSolution.Vy]

  • issm/trunk-jpl/test/NightlyRun/test214.py

    r21408 r21411  
    2222md.inversion.iscontrol=1
    2323md.inversion.control_parameters=['MaterialsRheologyBbar']
    24 md.inversion.min_parameters=10**6*ones((md.mesh.numberofvertices))
    25 md.inversion.max_parameters=2.*10**9*ones((md.mesh.numberofvertices))
     24md.inversion.min_parameters=1e6*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     25md.inversion.max_parameters=2.*1e9*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    2626md.inversion.nsteps=2
    2727md.inversion.cost_functions=[101]
    28 md.inversion.cost_functions_coefficients=ones((md.mesh.numberofvertices))
    29 md.inversion.gradient_scaling=10**7*ones((md.inversion.nsteps))
    30 md.inversion.maxiter_per_step=2.*ones((md.inversion.nsteps))
    31 md.inversion.step_threshold=0.3*ones((md.inversion.nsteps))
     28md.inversion.cost_functions_coefficients=np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     29md.inversion.gradient_scaling=1e7*np.ones((md.inversion.nsteps))
     30md.inversion.maxiter_per_step=2.*np.ones((md.inversion.nsteps))
     31md.inversion.step_threshold=0.3*np.ones((md.inversion.nsteps))
    3232md.inversion.vx_obs=md.initialization.vx
    3333md.inversion.vy_obs=md.initialization.vy
    … …  
    4242field_names     =['Gradient','Misfits','MaterialsRheologyBbar','Pressure','Vel','Vx','Vy']
    4343field_tolerances=[1e-07,1e-08,1e-08,1e-08,1e-08,1e-08,1e-08,1e-08,1e-08,1e-08]
    44 field_values=[\
    45         md.results.StressbalanceSolution.Gradient1,\
    46         md.results.StressbalanceSolution.J,\
    47         md.results.StressbalanceSolution.MaterialsRheologyBbar,\
    48         md.results.StressbalanceSolution.Pressure,\
    49         md.results.StressbalanceSolution.Vel,\
    50         md.results.StressbalanceSolution.Vx,\
    51         md.results.StressbalanceSolution.Vy
    52 ]
     44field_values=[md.results.StressbalanceSolution.Gradient1,
     45                                                        md.results.StressbalanceSolution.J,
     46                                                        md.results.StressbalanceSolution.MaterialsRheologyBbar,
     47                                                        md.results.StressbalanceSolution.Pressure,
     48                                                        md.results.StressbalanceSolution.Vel,
     49                                                        md.results.StressbalanceSolution.Vx,
     50                                                        md.results.StressbalanceSolution.Vy]

  • issm/trunk-jpl/test/NightlyRun/test215.py

    r21408 r21411  
    2222md.inversion.iscontrol=1
    2323md.inversion.control_parameters=['MaterialsRheologyBbar']
    24 md.inversion.min_parameters=10**6*ones((md.mesh.numberofvertices))
    25 md.inversion.max_parameters=2.*10**9*ones((md.mesh.numberofvertices))
     24md.inversion.min_parameters=1e6*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     25md.inversion.max_parameters=2e9*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    2626md.inversion.nsteps=2
    2727md.inversion.cost_functions=[101]
    28 md.inversion.cost_functions_coefficients=ones((md.mesh.numberofvertices))
    29 md.inversion.gradient_scaling=10**7*ones((md.inversion.nsteps))
    30 md.inversion.maxiter_per_step=2.*ones((md.inversion.nsteps))
    31 md.inversion.step_threshold=0.3*ones((md.inversion.nsteps))
     28md.inversion.cost_functions_coefficients=np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     29md.inversion.gradient_scaling=1e7*np.ones((md.inversion.nsteps))
     30md.inversion.maxiter_per_step=2.*np.ones((md.inversion.nsteps))
     31md.inversion.step_threshold=0.3*np.ones((md.inversion.nsteps))
    3232md.inversion.vx_obs=md.initialization.vx
    3333md.inversion.vy_obs=md.initialization.vy
    … …  
    4242field_names     =['Gradient','Misfits','MaterialsRheologyBbar','Pressure','Vel','Vx','Vy']
    4343field_tolerances=[4.6e-08,1e-08,2e-09,1e-08,2e-09,5e-09,2e-09]
    44 field_values=[\
    45         md.results.StressbalanceSolution.Gradient1,\
    46         md.results.StressbalanceSolution.J,\
    47         md.results.StressbalanceSolution.MaterialsRheologyBbar,\
    48         md.results.StressbalanceSolution.Pressure,\
    49         md.results.StressbalanceSolution.Vel,\
    50         md.results.StressbalanceSolution.Vx,\
    51         md.results.StressbalanceSolution.Vy
    52 ]
     44field_values=[md.results.StressbalanceSolution.Gradient1,
     45                                                        md.results.StressbalanceSolution.J,
     46                                                        md.results.StressbalanceSolution.MaterialsRheologyBbar,
     47                                                        md.results.StressbalanceSolution.Pressure,
     48                                                        md.results.StressbalanceSolution.Vel,
     49                                                        md.results.StressbalanceSolution.Vx,
     50                                                        md.results.StressbalanceSolution.Vy]

  • issm/trunk-jpl/test/NightlyRun/test217.py

    r21408 r21411  
    11#Test Name: SquareShelfConstrained
    2 
    32from model import *
    43from socket import gethostname
    … …  
    2322
    2423# tighten
    25 md.stressbalance.restol=10**-4
     24md.stressbalance.restol=1e-4
    2625
    2726# needed later
    … …  
    3433
    3534h=1000.
    36 md.geometry.thickness=h*ones((md.mesh.numberofvertices))
     35md.geometry.thickness=h*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    3736md.geometry.base=-md.materials.rho_ice/md.materials.rho_water*md.geometry.thickness
    3837md.geometry.surface=md.geometry.base+md.geometry.thickness
    3938
    4039# Initial velocity and pressure
    41 md.initialization.vx=zeros((md.mesh.numberofvertices))
    42 md.initialization.vy=zeros((md.mesh.numberofvertices))
    43 md.initialization.vz=zeros((md.mesh.numberofvertices))
    44 md.initialization.pressure=zeros((md.mesh.numberofvertices))
     40md.initialization.vx=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
     41md.initialization.vy=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
     42md.initialization.vz=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
     43md.initialization.pressure=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    4544
    4645# Materials
    47 md.initialization.temperature=(273.-20.)*ones((md.mesh.numberofvertices))
     46md.initialization.temperature=(273.-20.)*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    4847md.materials.rheology_B=paterson(md.initialization.temperature)
    49 md.materials.rheology_n=3.*ones((md.mesh.numberofelements))
     48md.materials.rheology_n=3.*np.ones((md.mesh.numberofelements))
    5049
    5150# Boundary conditions:
    52 md.stressbalance.spcvx=float(nan)*ones((md.mesh.numberofvertices))
    53 md.stressbalance.spcvy=float(nan)*ones((md.mesh.numberofvertices))
    54 md.stressbalance.spcvz=float(nan)*ones((md.mesh.numberofvertices))
     51md.stressbalance.spcvx=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     52md.stressbalance.spcvy=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     53md.stressbalance.spcvz=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    5554
    5655# constrain flanks to 0 normal velocity
    57 pos=np.nonzero(np.logical_or.reduce(md.mesh.x==xmin,md.mesh.x==xmax))
     56pos=np.where(np.logical_or(md.mesh.x==xmin,md.mesh.x==xmax))
    5857md.stressbalance.spcvx[pos]=0
    59 md.stressbalance.spcvz[pos]=float(nan)
     58md.stressbalance.spcvz[pos]=np.nan
    6059
    6160# constrain grounding line to 0 velocity
    62 pos=np.nonzero(md.mesh.y==ymin)
     61pos=np.where(md.mesh.y==ymin)
    6362md.stressbalance.spcvx[pos]=0
    6463md.stressbalance.spcvy[pos]=0
    6564
    6665# icefront
    67 nodeonicefront=zeros(md.mesh.numberofvertices)
    68 pos=np.nonzero(md.mesh.y==ymax)
     66nodeonicefront=np.zeros(md.mesh.numberofvertices)
     67pos=np.where(md.mesh.y==ymax)
    6968nodeonicefront[pos]=1
    7069md.mask.ice_levelset=-1+nodeonicefront
    … …  
    7978field_names     =['Vy']
    8079field_tolerances=[1e-13]
    81 field_values=[\
    82         md.results.StressbalanceSolution.Vy,\
    83         ]
     80field_values=[md.results.StressbalanceSolution.Vy]

  • issm/trunk-jpl/test/NightlyRun/test270.py

    r21408 r21411  
    22import numpy as np
    33from model import *
    4  from socket import gethostnamemodel
     4from socket import gethostname
    55from triangle import triangle
    66from setmask import setmask
    … …  
    2626field_names     =['Vx','Vy','Vel','Pressure']
    2727field_tolerances=[1e-13,1e-13,1e-13,1e-13]
    28 field_values=[\
    29         md.results.StressbalanceSolution.Vx,\
    30         md.results.StressbalanceSolution.Vy,\
    31         md.results.StressbalanceSolution.Vel,\
    32         md.results.StressbalanceSolution.Pressure,\
    33         ]
     28field_values=[md.results.StressbalanceSolution.Vx,
     29                                                        md.results.StressbalanceSolution.Vy,
     30                                                        md.results.StressbalanceSolution.Vel,
     31                                                        md.results.StressbalanceSolution.Pressure]

  • issm/trunk-jpl/test/NightlyRun/test272.py

    r21408 r21411  
    22import numpy as np
    33from model import *
    4  from socket import gethostnamemodel
     4from socket import gethostname
    55from triangle import triangle
    66from setmask import setmask
    … …  
    4141field_names     =['Gradient','Misfits','DamageDbar','Pressure','Vel','Vx','Vy']
    4242field_tolerances=[1e-12,1e-12,1e-12,1e-12,1e-12,1e-12,1e-12,1e-12,1e-12,1e-12]
    43 field_values=[\
    44    md.results.StressbalanceSolution.Gradient1,\
    45    md.results.StressbalanceSolution.J,\
    46    md.results.StressbalanceSolution.DamageDbar,\
    47    md.results.StressbalanceSolution.Pressure,\
    48    md.results.StressbalanceSolution.Vel,\
    49    md.results.StressbalanceSolution.Vx,\
    50    md.results.StressbalanceSolution.Vy,\
    51 ]
     43field_values=[md.results.StressbalanceSolution.Gradient1,
     44                                                        md.results.StressbalanceSolution.J,
     45                                                        md.results.StressbalanceSolution.DamageDbar,
     46                                                        md.results.StressbalanceSolution.Pressure,
     47                                                        md.results.StressbalanceSolution.Vel,
     48                                                        md.results.StressbalanceSolution.Vx,
     49                                                        md.results.StressbalanceSolution.Vy]

  • issm/trunk-jpl/test/NightlyRun/test273.py

    r21408 r21411  
    22import numpy as np
    33from model import *
    4  from socket import gethostnamemodel
     4from socket import gethostname
    55from triangle import triangle
    66from setmask import setmask
    … …  
    3131field_names     =['Vx','Vy','Vel','Pressure','NewDamage']
    3232field_tolerances=[1e-13,1e-13,1e-13,1e-13,1e-13]
    33 field_values=[\
    34         md.results.StressbalanceSolution.Vx,\
    35         md.results.StressbalanceSolution.Vy,\
    36         md.results.StressbalanceSolution.Vel,\
    37         md.results.StressbalanceSolution.Pressure,\
    38         md.results.StressbalanceSolution.NewDamage,\
    39         ]
     33field_values=[md.results.StressbalanceSolution.Vx,
     34                                                        md.results.StressbalanceSolution.Vy,
     35                                                        md.results.StressbalanceSolution.Vel,
     36                                                        md.results.StressbalanceSolution.Pressure,
     37                                                        md.results.StressbalanceSolution.NewDamage]

  • issm/trunk-jpl/test/NightlyRun/test274.py

    r21408 r21411  
    22import numpy as np
    33from model import *
    4  from socket import gethostnamemodel
     4from socket import gethostname
    55from triangle import triangle
    66from setmask import setmask
    … …  
    3030field_names     =['Vx','Vy','Vel','Pressure']
    3131field_tolerances=[7e-8,3e-8,3e-8,1e-11]
    32 field_values=[\
    33            md.results.StressbalanceSolution.Vx,\
    34            md.results.StressbalanceSolution.Vy,\
    35            md.results.StressbalanceSolution.Vel,\
    36            md.results.StressbalanceSolution.Pressure,\
    37            ]
     32field_values=[md.results.StressbalanceSolution.Vx,
     33                                                        md.results.StressbalanceSolution.Vy,
     34                                                        md.results.StressbalanceSolution.Vel,
     35                                                        md.results.StressbalanceSolution.Pressure]

  • issm/trunk-jpl/test/NightlyRun/test275.py

    r21408 r21411  
    33from triangle import triangle
    44from model import *
    5  from socket import gethostnamemodel
     5from socket import gethostname
    66from setmask import setmask
    77from parameterize import parameterize
    … …  
    3737field_names=['D','F']
    3838field_tolerances=[1.e-13,1.e-13]
    39 field_values=[\
    40                 md.results.DamageEvolutionSolution.DamageDbar,\
    41                 md.results.DamageEvolutionSolution.DamageF,\
    42                 ]
     39field_values=[md.results.DamageEvolutionSolution.DamageDbar,
     40                                                        md.results.DamageEvolutionSolution.DamageF]

  • issm/trunk-jpl/test/NightlyRun/test3300.py

    r21408 r21411  
    2828md.hydrology.sediment_thickness=20.0
    2929md.initialization.sediment_head=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    30 md.hydrology.spcsediment_head=float('NaN')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     30md.hydrology.spcsediment_head=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    3131md.basalforcings.groundedice_melting_rate = 2.0*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    3232md.hydrology.sediment_transmitivity=1.5e-4*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    … …  
    3434md.initialization.epl_head=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    3535md.initialization.epl_thickness=np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    36 md.hydrology.spcepl_head=float('NaN')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     36md.hydrology.spcepl_head=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    3737md.hydrology.mask_eplactive_node=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    3838

  • issm/trunk-jpl/test/NightlyRun/test332.py

    r21408 r21411  
    2929md.hydrology.sedimentlimit=8000.0
    3030md.initialization.sediment_head=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    31 md.hydrology.spcsediment_head=float('NaN')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     31md.hydrology.spcsediment_head=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    3232pos=np.nonzero(md.mesh.y==0.)[0]
    3333md.hydrology.spcsediment_head[pos]=0.0

  • issm/trunk-jpl/test/NightlyRun/test333.py

    r21408 r21411  
    2828md.hydrology.sedimentlimit=800.0
    2929md.initialization.sediment_head=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    30 md.hydrology.spcsediment_head=float('NaN')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     30md.hydrology.spcsediment_head=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    3131
    3232md.basalforcings.groundedice_melting_rate = 2.0*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    … …  
    3636md.initialization.epl_head=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    3737md.initialization.epl_thickness=np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    38 md.hydrology.spcepl_head=float('NaN')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     38md.hydrology.spcepl_head=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    3939md.hydrology.mask_eplactive_node=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    4040md.hydrology.epl_conductivity=30

  • issm/trunk-jpl/test/NightlyRun/test334.py

    r21408 r21411  
    2727md.hydrology.sedimentlimit=8000.0
    2828md.initialization.sediment_head=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    29 md.hydrology.spcsediment_head=float('NaN')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     29md.hydrology.spcsediment_head=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    3030md.hydrology.spcsediment_head[np.where(md.mesh.y==0)]=0.0
    3131

  • issm/trunk-jpl/test/NightlyRun/test335.py

    r21408 r21411  
    2828md.hydrology.sedimentlimit=800.0
    2929md.initialization.sediment_head=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    30 md.hydrology.spcsediment_head=float('NaN')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     30md.hydrology.spcsediment_head=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    3131md.basalforcings.groundedice_melting_rate = 2.0*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    3232md.basalforcings.floatingice_melting_rate = np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    … …  
    3535md.initialization.epl_head=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    3636md.initialization.epl_thickness=np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    37 md.hydrology.spcepl_head=float('NaN')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     37md.hydrology.spcepl_head=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    3838md.hydrology.mask_eplactive_node=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    3939md.hydrology.epl_conductivity=30

  • issm/trunk-jpl/test/NightlyRun/test514.py

    r21408 r21411  
    3939
    4040#refine existing mesh 3
    41 hVertices=float('nan')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     41hVertices=np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    4242hVertices[np.nonzero(md.mesh.vertexonboundary)]=500.
    4343md2=bamg(copy.deepcopy(md),'metric',md.miscellaneous.dummy,'hmin',1000.,'hmax',20000.,'gradation',3.,'geometricalmetric',1,'anisomax',1.,'hVertices',hVertices)
    … …  
    5858field_names     =['x1','y1','x2','y2','x3','y3','x4','y4','x5','y5','x6','y6','x7','y7']
    5959field_tolerances = [2e-10,7e-10,1e-13,1e-13,1e-13,1e-13,1e-13,1e-13,1e-13,1e-13,1e-13,1e-13,1e-13,1e-13]
    60 field_values=[\
    61         x1, y1,\
    62         y2, y2,\
    63         y3, y3,\
    64         y4, y4,\
    65         y5, y5,\
    66         y6, y6,\
    67         y7, y7,\
    68         ]
     60field_values=[x1, y1,   y2, y2, y3, y3, y4, y4, y5, y5, y6, y6, y7, y7]

  • issm/trunk-jpl/test/NightlyRun/test806.py

    r21408 r21411  
    3838md.calving.coeff=4.89e13*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    3939md.calving.meltingrate=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    40 md.levelset.spclevelset=np.float('NaN')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     40md.levelset.spclevelset=np.np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    4141
    4242md.transient.requested_outputs=['default','StrainRateparallel','StrainRateperpendicular','Calvingratex','Calvingratey','CalvingCalvingrate']

  • issm/trunk-jpl/test/NightlyRun/test807.py

    r21408 r21411  
    3737md.calving.calvingrate=np.zeros((md.mesh.numberofvertices))
    3838md.calving.meltingrate=10000*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    39 md.levelset.spclevelset=np.float('NaN')*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
     39md.levelset.spclevelset=np.np.nan*np.ones((md.mesh.numberofvertices))
    4040
    4141md=solve(md,'Transient')
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.