Changeset 20571


Ignore:
Timestamp:
04/28/16 15:08:18 (9 years ago)
Author:
Mathieu Morlighem
Message:

CHG: testing ISSM_PREFIX for jenkins

Location:
issm/trunk-jpl/src/m/classes/clusters
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/clusters/generic.m

    r20430 r20571  
    88        properties (SetAccess=public)
    99                % {{{
    10                 name='';
    11                 login='';
    12                 np=1;
    13                 port=0;
    14                 interactive=1;
    15                 codepath=[issmdir() '/bin'];
    16                 etcpath=[issmdir() '/etc'];
    17                 executionpath=[issmdir() '/execution'];
    18                 valgrind=[issmdir() '/externalpackages/valgrind/install/bin/valgrind'];
    19                 valgrindlib=[issmdir() '/externalpackages/valgrind/install/lib/libmpidebug.so'];
    20                 valgrindsup=[issmdir() '/externalpackages/valgrind/issm.supp'];
    21                 verbose=1;
    22                 shell='/bin/sh';
     10                name          = '';
     11                login         = '';
     12                np            = 1;
     13                port          = 0;
     14                interactive   = 1;
     15                codepath      = [IssmConfig('ISSM_PREFIX') '/bin'];
     16                etcpath       = [issmdir() '/etc'];
     17                executionpath = [issmdir() '/execution'];
     18                valgrind      = [issmdir() '/externalpackages/valgrind/install/bin/valgrind'];
     19                valgrindlib   = [issmdir() '/externalpackages/valgrind/install/lib/libmpidebug.so'];
     20                valgrindsup   = [issmdir() '/externalpackages/valgrind/issm.supp'];
     21                verbose       = 1;
     22                shell         = '/bin/sh';
    2323                %}}}
    2424        end
  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/clusters/greenplanet.m

    r19673 r20571  
    6969                 end
    7070                 %}}}
    71                  function BuildKrigingQueueScript(cluster,modelname,solution,io_gather,isvalgrind,isgprof) % {{{
     71                 function BuildKrigingQueueScript(cluster,dirname,modelname,solution,io_gather,isvalgrind,isgprof) % {{{
    7272
    7373                         if(isvalgrind), disp('valgrind not supported by cluster, ignoring...'); end
     
    7676                         %write queuing script
    7777                         fid=fopen([modelname '.queue'],'w');
    78                          fprintf(fid,'#PBS -S /bin/bash\n');
    79                          fprintf(fid,'#PBS -N %s\n',modelname);
    80                          fprintf(fid,'#PBS -q %s \n',cluster.queue);
    81                          fprintf(fid,'#PBS -l nodes=%i:ppn=%i\n',cluster.numnodes,cluster.cpuspernode);
    82                          fprintf(fid,'#PBS -l walltime=%i\n',cluster.time*60);%walltime is in seconds.
    83                          fprintf(fid,'#PBS -l mem=%igb\n',cluster.memory);
    84                          fprintf(fid,'#PBS -m bea\n');
    85                          fprintf(fid,'#PBS -M mmorligh@uci.edu\n');
    86                          fprintf(fid,'#PBS -o %s.outlog \n',modelname);
    87                          fprintf(fid,'#PBS -e %s.errlog \n\n',modelname);
     78                         fprintf(fid,'#!/bin/bash\n');
     79                         fprintf(fid,'#SBATCH --job-name=%s\n',modelname);
     80                         fprintf(fid,'#SBATCH -p %s \n',cluster.queue);
     81                         fprintf(fid,'#SBATCH -N %i -n %i\n',cluster.numnodes,cluster.cpuspernode);
     82                         fprintf(fid,'#SBATCH --time=%i\n',cluster.time*60); %walltime is in seconds.
     83                         fprintf(fid,'#SBATCH --mem-per-cpu=%igb\n',cluster.memory);
     84                         fprintf(fid,'#SBATCH -o %s.outlog \n',modelname);
     85                         fprintf(fid,'#SBATCH -e %s.errlog \n\n',modelname);
    8886                         fprintf(fid,'export ISSM_DIR="%s/../"\n',cluster.codepath); %FIXME
    8987                         fprintf(fid,'source $ISSM_DIR/etc/environment.sh\n');       %FIXME
    90                          fprintf(fid,'cd %s/%s\n\n',cluster.executionpath,modelname);
     88                         fprintf(fid,'cd %s/%s\n\n',cluster.executionpath,dirname);
    9189                         fprintf(fid,'mpiexec -np %i %s/kriging.exe %s %s\n',cluster.np,cluster.codepath,[cluster.executionpath '/' modelname],modelname);
    9290                         if ~io_gather, %concatenate the output files:
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.