Changeset 18318


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08/01/14 10:27:13 (11 years ago)
Author:
Mathieu Morlighem
Message:

CHG: added bamg optionnaly and fixed kriging dependensies to modules

Location:
issm/trunk-jpl
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  • issm/trunk-jpl/m4/issm_options.m4

    r18313 r18318  
    16231623
    16241624        dnl Capabilities
     1625        dnl with-bamg{{{
     1626        AC_ARG_WITH([bamg],
     1627                AS_HELP_STRING([--with-bamg = YES],[compile with bamg capabilities (default is yes)]),
     1628                [BAMG=$withval],[BAMG=yes])
     1629        AC_MSG_CHECKING(for bamg capability compilation)
     1630
     1631        HAVE_BAMG=no
     1632        if test "x$BAMG" = "xyes"; then
     1633                HAVE_BAMG=yes
     1634                AC_DEFINE([_HAVE_BAMG_],[1],[with bamg meshing capability])
     1635        fi
     1636        AM_CONDITIONAL([BAMG], [test x$HAVE_BAMG = xyes])
     1637        AC_MSG_RESULT($HAVE_BAMG)
     1638        dnl }}}
    16251639        dnl with-kml{{{
    16261640        AC_ARG_WITH([kml],

  • issm/trunk-jpl/src/c/Makefile.am

    r18315 r18318  
    459459endif
    460460#}}}
    461 #Petsc sources  {{{
    462 if PETSC
    463 issm_sources += ./toolkits/petsc\
    464                                         ./toolkits/petsc/patches\
    465                                         ./toolkits/petsc/patches/SolverEnum.h\
    466                                         ./toolkits/petsc/patches/petscpatches.h\
    467                                         ./toolkits/petsc/patches/VecToMPISerial.cpp\
    468                                         ./toolkits/petsc/patches/MatToSerial.cpp\
    469                                         ./toolkits/petsc/patches/VecMerge.cpp\
    470                                         ./toolkits/petsc/patches/NewVec.cpp\
    471                                         ./toolkits/petsc/patches/PetscOptionsDetermineSolverType.cpp\
    472                                         ./toolkits/petsc/patches/PetscOptionsInsertMultipleString.cpp\
    473                                         ./toolkits/petsc/patches/NewMat.cpp\
    474                                         ./toolkits/petsc/patches/VecFree.cpp\
    475                                         ./toolkits/petsc/patches/KSPFree.cpp\
    476                                         ./toolkits/petsc/patches/MatFree.cpp\
    477                                         ./toolkits/petsc/patches/MatMultPatch.cpp\
    478                                         ./toolkits/petsc/patches/ISSMToPetscMatrixType.cpp\
    479                                         ./toolkits/petsc/patches/ISSMToPetscInsertMode.cpp\
    480                                         ./toolkits/petsc/patches/ISSMToPetscNormMode.cpp\
    481                                         ./toolkits/petsc/objects/petscobjects.h\
    482                                         ./toolkits/petsc/objects/PetscMat.h\
    483                                         ./toolkits/petsc/objects/PetscMat.cpp\
    484                                         ./toolkits/petsc/objects/PetscVec.h\
    485                                         ./toolkits/petsc/objects/PetscVec.cpp\
    486                                         ./toolkits/petsc/objects/PetscSolver.cpp\
    487                                         ./toolkits/petsc/objects/PetscSolver.h\
    488                                         ./toolkits/petsc/petscincludes.h
    489 endif
    490 #}}}
    491 #Mumps sources  {{{
    492 if MUMPS
    493 issm_sources += ./toolkits/mumps\
    494                                         ./toolkits/mumps/mumpsincludes.h\
    495                                         ./toolkits/mumps/MumpsSolve.cpp
    496 endif
    497 #}}}
    498 #Gsl sources  {{{
    499 if GSL
    500 issm_sources += ./toolkits/gsl\
    501                                         ./toolkits/gsl/gslincludes.h\
    502                                         ./toolkits/gsl/DenseGslSolve.cpp
    503 endif
    504 #}}}
    505 #Analyses{{{
    506 if ADJOINTBALANCETHICKNESS
    507 issm_sources += ./analyses/AdjointBalancethicknessAnalysis.cpp
    508 endif
    509 if ADJOINTBALANCETHICKNESS2
    510 issm_sources += ./analyses/AdjointBalancethickness2Analysis.cpp
    511 endif
    512 if ADJOINTHORIZ
    513 issm_sources += ./analyses/AdjointHorizAnalysis.cpp
    514 endif
    515 if BALANCETHICKNESS
    516 issm_sources += ./analyses/BalancethicknessAnalysis.cpp
    517 endif
    518 if BALANCETHICKNESS2
    519 issm_sources += ./analyses/Balancethickness2Analysis.cpp
    520 endif
    521 if BALANCETHICKNESSSOFT
    522 issm_sources += ./analyses/BalancethicknessSoftAnalysis.cpp
    523 endif
    524 if BALANCEVELOCITY
    525 issm_sources += ./analyses/BalancevelocityAnalysis.cpp
    526 endif
    527 if L2PROJECTIONBASE
    528 issm_sources += ./analyses/L2ProjectionBaseAnalysis.cpp
    529 endif
    530 if DAMAGEEVOLUTION
    531 issm_sources += ./analyses/DamageEvolutionAnalysis.cpp
    532 endif
    533 if STRESSBALANCE
    534 issm_sources += ./analyses/StressbalanceAnalysis.cpp
    535 endif
    536 if UZAWAPRESSURE
    537 issm_sources += ./analyses/UzawaPressureAnalysis.cpp
    538 endif
    539 if STRESSBALANCESIA
    540 issm_sources += ./analyses/StressbalanceSIAAnalysis.cpp
    541 endif
    542 if STRESSBALANCEVERTICAL
    543 issm_sources += ./analyses/StressbalanceVerticalAnalysis.cpp
    544 endif
    545 if ENTHALPY
    546 issm_sources += ./analyses/EnthalpyAnalysis.cpp
    547 endif
    548 if HYDROLOGYSHREVE
    549 issm_sources += ./analyses/HydrologyShreveAnalysis.cpp
    550 endif
    551 if HYDROLOGYDCINEFFICIENT
    552 issm_sources += ./analyses/HydrologyDCInefficientAnalysis.cpp
    553 endif
    554 if HYDROLOGYDCEFFICIENT
    555 issm_sources += ./analyses/HydrologyDCEfficientAnalysis.cpp
    556 endif
    557 if L2PROJECTIONEPL
    558 issm_sources += ./analyses/L2ProjectionEPLAnalysis.cpp
    559 endif
    560 if MELTING
    561 issm_sources += ./analyses/MeltingAnalysis.cpp
    562 endif
    563 if MASSTRANSPORT
    564 issm_sources += ./analyses/MasstransportAnalysis.cpp
    565 endif
    566 if FREESURFACEBASE
    567 issm_sources += ./analyses/FreeSurfaceBaseAnalysis.cpp
    568 endif
    569 if FREESURFACETOP
    570 issm_sources += ./analyses/FreeSurfaceTopAnalysis.cpp
    571 endif
    572 if EXTRUDEFROMBASE
    573 issm_sources += ./analyses/ExtrudeFromBaseAnalysis.cpp
    574 endif
    575 if EXTRUDEFROMTOP
    576 issm_sources += ./analyses/ExtrudeFromTopAnalysis.cpp
    577 endif
    578 if DEPTHAVERAGE
    579 issm_sources += ./analyses/DepthAverageAnalysis.cpp
    580 endif
    581 if THERMAL
    582 issm_sources += ./analyses/ThermalAnalysis.cpp
    583 endif
    584 if SMOOTHEDSURFACESLOPEX
    585 issm_sources += ./analyses/SmoothedSurfaceSlopeXAnalysis.cpp
    586 endif
    587 if SMOOTHEDSURFACESLOPEY
    588 issm_sources += ./analyses/SmoothedSurfaceSlopeYAnalysis.cpp
    589 endif
    590 if MESHDEFORMATION
    591 issm_sources += ./analyses/MeshdeformationAnalysis.cpp
    592 endif
    593 if LEVELSET
    594 issm_sources += ./analyses/LevelsetAnalysis.cpp
    595 endif
    596 if EXTRAPOLATION
    597 issm_sources += ./analyses/ExtrapolationAnalysis.cpp
    598 endif
    599 if LSFREINITIALIZATION
    600 issm_sources += ./analyses/LsfReinitializationAnalysis.cpp
    601 endif
    602 #}}}
    603 #Gia sources  {{{
    604 if GIA
    605 issm_sources +=  ./cores/gia_core.cpp\
    606                                         ./analyses/GiaAnalysis.cpp\
    607                                         ./modules/GiaDeflectionCorex/GiaDeflectionCorex.cpp\
    608                                         ./modules/GiaDeflectionCorex/distme.f\
    609                                         ./modules/GiaDeflectionCorex/freed.f\
    610                                         ./modules/GiaDeflectionCorex/ojrule.f\
    611                                         ./modules/GiaDeflectionCorex/pwise.f\
    612                                         ./modules/GiaDeflectionCorex/qwise.f\
    613                                         ./modules/GiaDeflectionCorex/stot.f\
    614                                         ./modules/GiaDeflectionCorex/what0.f
    615 endif
    616 #}}}
    617 #Mpi sources  {{{
    618 if MPI
    619 issm_sources += ./toolkits/issm/IssmMpiDenseMat.h\
    620                                          ./toolkits/issm/IssmMpiVec.h
    621 endif
    622 #}}}
    623 #Metis sources  {{{
    624 if METIS
    625 issm_sources += ./toolkits/metis/patches/metispatches.h\
    626                                         ./toolkits/metis/patches/METIS_PartMeshNodalPatch.cpp
    627 endif
    628 #}}}
    629 
    630 #Wrapper sources
    631 #Bamg sources  {{{
    632 bamg_sources =  ./bamg/bamgobjects.h\
     461#BAMG sources  {{{
     462if BAMG
     463issm_sources += ./bamg/bamgobjects.h\
    633464                                         ./bamg/BamgGeom.h\
    634465                                         ./bamg/BamgGeom.cpp\
    … …  
    695526                                         ./modules/BamgTriangulatex/BamgTriangulatex.cpp\
    696527                                         ./modules/BamgTriangulatex/BamgTriangulatex.h
    697 #}}}
    698 #Kriging sources  {{{
    699 if KRIGING
    700 kriging_sources = ./classes/kriging/Observations.h\
    701                                         ./classes/kriging/Observations.cpp\
    702                                         ./classes/kriging/Variogram.h \
    703                                         ./classes/kriging/GaussianVariogram.h\
    704                                         ./classes/kriging/GaussianVariogram.cpp\
    705                                         ./classes/kriging/ExponentialVariogram.h\
    706                                         ./classes/kriging/ExponentialVariogram.cpp\
    707                                         ./classes/kriging/SphericalVariogram.h\
    708                                         ./classes/kriging/SphericalVariogram.cpp\
    709                                         ./classes/kriging/PowerVariogram.h\
    710                                         ./classes/kriging/PowerVariogram.cpp\
    711                                         ./classes/kriging/Quadtree.h\
    712                                         ./classes/kriging/Quadtree.cpp\
    713                                         ./classes/kriging/Observation.h\
    714                                         ./classes/kriging/Observation.cpp\
    715                                         ./modules/Krigingx/Krigingx.cpp\
    716                                         ./modules/Krigingx/Krigingx.h\
    717                                         ./modules/Krigingx/pKrigingx.cpp
    718 issm_sources +=$(kriging_sources)
    719 endif
     528endif
     529#}}}
     530#Petsc sources  {{{
     531if PETSC
     532issm_sources += ./toolkits/petsc\
     533                                        ./toolkits/petsc/patches\
     534                                        ./toolkits/petsc/patches/SolverEnum.h\
     535                                        ./toolkits/petsc/patches/petscpatches.h\
     536                                        ./toolkits/petsc/patches/VecToMPISerial.cpp\
     537                                        ./toolkits/petsc/patches/MatToSerial.cpp\
     538                                        ./toolkits/petsc/patches/VecMerge.cpp\
     539                                        ./toolkits/petsc/patches/NewVec.cpp\
     540                                        ./toolkits/petsc/patches/PetscOptionsDetermineSolverType.cpp\
     541                                        ./toolkits/petsc/patches/PetscOptionsInsertMultipleString.cpp\
     542                                        ./toolkits/petsc/patches/NewMat.cpp\
     543                                        ./toolkits/petsc/patches/VecFree.cpp\
     544                                        ./toolkits/petsc/patches/KSPFree.cpp\
     545                                        ./toolkits/petsc/patches/MatFree.cpp\
     546                                        ./toolkits/petsc/patches/MatMultPatch.cpp\
     547                                        ./toolkits/petsc/patches/ISSMToPetscMatrixType.cpp\
     548                                        ./toolkits/petsc/patches/ISSMToPetscInsertMode.cpp\
     549                                        ./toolkits/petsc/patches/ISSMToPetscNormMode.cpp\
     550                                        ./toolkits/petsc/objects/petscobjects.h\
     551                                        ./toolkits/petsc/objects/PetscMat.h\
     552                                        ./toolkits/petsc/objects/PetscMat.cpp\
     553                                        ./toolkits/petsc/objects/PetscVec.h\
     554                                        ./toolkits/petsc/objects/PetscVec.cpp\
     555                                        ./toolkits/petsc/objects/PetscSolver.cpp\
     556                                        ./toolkits/petsc/objects/PetscSolver.h\
     557                                        ./toolkits/petsc/petscincludes.h
     558endif
     559#}}}
     560#Mumps sources  {{{
     561if MUMPS
     562issm_sources += ./toolkits/mumps\
     563                                        ./toolkits/mumps/mumpsincludes.h\
     564                                        ./toolkits/mumps/MumpsSolve.cpp
     565endif
     566#}}}
     567#Gsl sources  {{{
     568if GSL
     569issm_sources += ./toolkits/gsl\
     570                                        ./toolkits/gsl/gslincludes.h\
     571                                        ./toolkits/gsl/DenseGslSolve.cpp
     572endif
     573#}}}
     574#Analyses{{{
     575if ADJOINTBALANCETHICKNESS
     576issm_sources += ./analyses/AdjointBalancethicknessAnalysis.cpp
     577endif
     578if ADJOINTBALANCETHICKNESS2
     579issm_sources += ./analyses/AdjointBalancethickness2Analysis.cpp
     580endif
     581if ADJOINTHORIZ
     582issm_sources += ./analyses/AdjointHorizAnalysis.cpp
     583endif
     584if BALANCETHICKNESS
     585issm_sources += ./analyses/BalancethicknessAnalysis.cpp
     586endif
     587if BALANCETHICKNESS2
     588issm_sources += ./analyses/Balancethickness2Analysis.cpp
     589endif
     590if BALANCETHICKNESSSOFT
     591issm_sources += ./analyses/BalancethicknessSoftAnalysis.cpp
     592endif
     593if BALANCEVELOCITY
     594issm_sources += ./analyses/BalancevelocityAnalysis.cpp
     595endif
     596if L2PROJECTIONBASE
     597issm_sources += ./analyses/L2ProjectionBaseAnalysis.cpp
     598endif
     599if DAMAGEEVOLUTION
     600issm_sources += ./analyses/DamageEvolutionAnalysis.cpp
     601endif
     602if STRESSBALANCE
     603issm_sources += ./analyses/StressbalanceAnalysis.cpp
     604endif
     605if UZAWAPRESSURE
     606issm_sources += ./analyses/UzawaPressureAnalysis.cpp
     607endif
     608if STRESSBALANCESIA
     609issm_sources += ./analyses/StressbalanceSIAAnalysis.cpp
     610endif
     611if STRESSBALANCEVERTICAL
     612issm_sources += ./analyses/StressbalanceVerticalAnalysis.cpp
     613endif
     614if ENTHALPY
     615issm_sources += ./analyses/EnthalpyAnalysis.cpp
     616endif
     617if HYDROLOGYSHREVE
     618issm_sources += ./analyses/HydrologyShreveAnalysis.cpp
     619endif
     620if HYDROLOGYDCINEFFICIENT
     621issm_sources += ./analyses/HydrologyDCInefficientAnalysis.cpp
     622endif
     623if HYDROLOGYDCEFFICIENT
     624issm_sources += ./analyses/HydrologyDCEfficientAnalysis.cpp
     625endif
     626if L2PROJECTIONEPL
     627issm_sources += ./analyses/L2ProjectionEPLAnalysis.cpp
     628endif
     629if MELTING
     630issm_sources += ./analyses/MeltingAnalysis.cpp
     631endif
     632if MASSTRANSPORT
     633issm_sources += ./analyses/MasstransportAnalysis.cpp
     634endif
     635if FREESURFACEBASE
     636issm_sources += ./analyses/FreeSurfaceBaseAnalysis.cpp
     637endif
     638if FREESURFACETOP
     639issm_sources += ./analyses/FreeSurfaceTopAnalysis.cpp
     640endif
     641if EXTRUDEFROMBASE
     642issm_sources += ./analyses/ExtrudeFromBaseAnalysis.cpp
     643endif
     644if EXTRUDEFROMTOP
     645issm_sources += ./analyses/ExtrudeFromTopAnalysis.cpp
     646endif
     647if DEPTHAVERAGE
     648issm_sources += ./analyses/DepthAverageAnalysis.cpp
     649endif
     650if THERMAL
     651issm_sources += ./analyses/ThermalAnalysis.cpp
     652endif
     653if SMOOTHEDSURFACESLOPEX
     654issm_sources += ./analyses/SmoothedSurfaceSlopeXAnalysis.cpp
     655endif
     656if SMOOTHEDSURFACESLOPEY
     657issm_sources += ./analyses/SmoothedSurfaceSlopeYAnalysis.cpp
     658endif
     659if MESHDEFORMATION
     660issm_sources += ./analyses/MeshdeformationAnalysis.cpp
     661endif
     662if LEVELSET
     663issm_sources += ./analyses/LevelsetAnalysis.cpp
     664endif
     665if EXTRAPOLATION
     666issm_sources += ./analyses/ExtrapolationAnalysis.cpp
     667endif
     668if LSFREINITIALIZATION
     669issm_sources += ./analyses/LsfReinitializationAnalysis.cpp
     670endif
     671#}}}
     672#Gia sources  {{{
     673if GIA
     674issm_sources +=  ./cores/gia_core.cpp\
     675                                        ./analyses/GiaAnalysis.cpp\
     676                                        ./modules/GiaDeflectionCorex/GiaDeflectionCorex.cpp\
     677                                        ./modules/GiaDeflectionCorex/distme.f\
     678                                        ./modules/GiaDeflectionCorex/freed.f\
     679                                        ./modules/GiaDeflectionCorex/ojrule.f\
     680                                        ./modules/GiaDeflectionCorex/pwise.f\
     681                                        ./modules/GiaDeflectionCorex/qwise.f\
     682                                        ./modules/GiaDeflectionCorex/stot.f\
     683                                        ./modules/GiaDeflectionCorex/what0.f
     684endif
     685#}}}
     686#Mpi sources  {{{
     687if MPI
     688issm_sources += ./toolkits/issm/IssmMpiDenseMat.h\
     689                                         ./toolkits/issm/IssmMpiVec.h
     690endif
     691#}}}
     692#Metis sources  {{{
     693if METIS
     694issm_sources += ./toolkits/metis/patches/metispatches.h\
     695                                        ./toolkits/metis/patches/METIS_PartMeshNodalPatch.cpp
     696endif
     697#}}}
     698
     699#Wrapper sources
     700#Bamg sources  {{{
     701
    720702#}}}
    721703#Kml sources  {{{
    … …  
    845827endif
    846828#}}}
     829
     830#kriging (WRAPPER and executable)
     831#Kriging sources  {{{
     832if KRIGING
     833issm_sources +=./classes/kriging/Observations.h\
     834                                        ./classes/kriging/Observations.cpp\
     835                                        ./classes/kriging/Variogram.h \
     836                                        ./classes/kriging/GaussianVariogram.h\
     837                                        ./classes/kriging/GaussianVariogram.cpp\
     838                                        ./classes/kriging/ExponentialVariogram.h\
     839                                        ./classes/kriging/ExponentialVariogram.cpp\
     840                                        ./classes/kriging/SphericalVariogram.h\
     841                                        ./classes/kriging/SphericalVariogram.cpp\
     842                                        ./classes/kriging/PowerVariogram.h\
     843                                        ./classes/kriging/PowerVariogram.cpp\
     844                                        ./classes/kriging/Quadtree.h\
     845                                        ./classes/kriging/Quadtree.cpp\
     846                                        ./classes/kriging/Observation.h\
     847                                        ./classes/kriging/Observation.cpp\
     848                                        ./modules/Krigingx/pKrigingx.cpp
     849
     850modules_sources +=./modules/Krigingx/Krigingx.cpp\
     851                                                ./modules/Krigingx/Krigingx.h\
     852                                                ./modules/Krigingx/pKrigingx.cpp
     853endif
     854#}}}
    847855#}}}
    848856#Library flags and sources {{{
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