Changeset 17920


Ignore:
Timestamp:
05/02/14 10:42:14 (11 years ago)
Author:
Mathieu Morlighem
Message:

CHG: better conversions between classes

Location:
issm/trunk-jpl/src/m/classes
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/inversion.m

    r17895 r17920  
    2525        end
    2626        methods
    27          function createxml(obj,fid) % {{{
    28             fprintf(fid, '<!-- inversion -->\n');           
    29                    
    30             % inversion parameters
    31             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="inversion parameters">','<section name="inversion" />');                   
    32             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="iscontrol" type="',class(obj.iscontrol),'" default="',convert2str(obj.iscontrol),'">','     <section name="inversion" />','     <help> is inversion activated? </help>','  </parameter>');
    33             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="incomplete_adjoint" type="',class(obj.incomplete_adjoint),'" default="',convert2str(obj.incomplete_adjoint),'">','     <section name="inversion" />','     <help> 1: linear viscosity, 0: non-linear viscosity </help>','  </parameter>');
    34             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="control_parameters" type="',class(obj.control_parameters),'" default="',convert2str(obj.control_parameters),'">','     <section name="inversion" />','     <help> ex: {''FrictionCoefficient''}, or {''MaterialsRheologyBbar''} </help>','  </parameter>');
    35                
    36             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="nsteps" type="',class(obj.nsteps),'" default="',convert2str(obj.nsteps),'">','     <section name="inversion" />','     <help> number of optimization searches </help>','  </parameter>');
    37             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="cost_functions" type="',class(obj.cost_functions),'" default="',convert2str(obj.cost_functions),'">','     <section name="inversion" />','     <help> indicate the type of response for each optimization step  </help>','  </parameter>');
    38             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="cost_functions_coefficients" type="',class(obj.cost_functions_coefficients),'" default="',convert2str(obj.cost_functions_coefficients),'">','     <section name="inversion" />','     <help> cost_functions_coefficients applied to the misfit of each vertex and for each control_parameter </help>','  </parameter>');
    39                
    40             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="cost_function_threshold" type="',class(obj.cost_function_threshold),'" default="',convert2str(obj.cost_function_threshold),'">','     <section name="inversion" />','     <help> misfit convergence criterion. Default is 1%, NaN if not applied </help>','  </parameter>');
    41             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="maxiter_per_step" type="',class(obj.maxiter_per_step),'" default="',convert2str(obj.maxiter_per_step),'">','     <section name="inversion" />','     <help> maximum iterations during each optimization step  </help>','  </parameter>');
    42             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="gradient_scaling" type="',class(obj.gradient_scaling),'" default="',convert2str(obj.gradient_scaling),'">','     <section name="inversion" />','     <help> scaling factor on gradient direction during optimization, for each optimization step </help>','  </parameter>');
    43                
    44             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="step_threshold" type="',class(obj.step_threshold),'" default="',convert2str(obj.step_threshold),'">','     <section name="inversion" />','     <help> decrease threshold for misfit, default is 30% </help>','  </parameter>');
    45             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="min_parameters" type="',class(obj.min_parameters),'" default="',convert2str(obj.min_parameters),'">','     <section name="inversion" />','     <help> absolute minimum acceptable value of the inversed parameter on each vertex </help>','  </parameter>');
    46             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="max_parameters" type="',class(obj.max_parameters),'" default="',convert2str(obj.max_parameters),'">','     <section name="inversion" />','     <help> absolute maximum acceptable value of the inversed parameter on each vertex </help>','  </parameter>');
    47                
    48             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vx_obs" type="',class(obj.vx_obs),'" default="',convert2str(obj.vx_obs),'">','     <section name="inversion" />','     <help> observed velocity x component [m/yr] </help>','  </parameter>');
    49             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vy_obs" type="',class(obj.vy_obs),'" default="',convert2str(obj.vy_obs),'">','     <section name="inversion" />','     <help> observed velocity y component [m/yr]  </help>','  </parameter>');
    50             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vel_obs" type="',class(obj.vel_obs),'" default="',convert2str(obj.vel_obs),'">','     <section name="inversion" />','     <help> observed velocity magnitude [m/yr] </help>','  </parameter>');
    51             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="thickness_obs" type="',class(obj.thickness_obs),'" default="',convert2str(obj.thickness_obs),'">','     <section name="inversion" />','     <help> observed thickness [m]) </help>','  </parameter>');
    52                
    53             fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');   
    54            
    55             fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="2" label="Available cost functions">','<section name="inversion" />');                   
    56             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="SurfaceAbsVelMisfit" type="','string','" default="','101','">','     <section name="inversion" />','     <help>  </help>','  </parameter>');
    57             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="SurfaceRelVelMisfit" type="','string','" default="','102','">','     <section name="inversion" />','     <help>   </help>','  </parameter>');
    58             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="SurfaceLogVelMisfit" type="','string','" default="','103','">','     <section name="inversion" />','     <help>  </help>','  </parameter>');
    59                
    60             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="SurfaceLogVxVyMisfit" type="','string','" default="','104','">','     <section name="inversion" />','     <help>  </help>','  </parameter>');
    61             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="SurfaceAverageVelMisfit" type="','string','" default="','105','">','     <section name="inversion" />','     <help>   </help>','  </parameter>');
    62             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="ThicknessAbsMisfit" type="','string','" default="','106','">','     <section name="inversion" />','     <help>  </help>','  </parameter>');
    63                
    64             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="DragCoefficientAbsGradient" type="','string','" default="','107','">','     <section name="inversion" />','     <help>  </help>','  </parameter>');
    65             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="RheologyBbarAbsGradient" type="','string','" default="','108','">','     <section name="inversion" />','     <help>  </help>','  </parameter>');
    66             fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="ThicknessAbsGradient" type="','string','" default="','109','">','     <section name="inversion" />','     <help> </help>','  </parameter>');
    67                
    68             fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');   
    69        
    70         end % }}}       
     27                function createxml(obj,fid) % {{{
     28                        fprintf(fid, '<!-- inversion -->\n');           
     29
     30                        % inversion parameters
     31                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="1" label="inversion parameters">','<section name="inversion" />');                   
     32                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="iscontrol" type="',class(obj.iscontrol),'" default="',convert2str(obj.iscontrol),'">','     <section name="inversion" />','     <help> is inversion activated? </help>','  </parameter>');
     33                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="incomplete_adjoint" type="',class(obj.incomplete_adjoint),'" default="',convert2str(obj.incomplete_adjoint),'">','     <section name="inversion" />','     <help> 1: linear viscosity, 0: non-linear viscosity </help>','  </parameter>');
     34                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="control_parameters" type="',class(obj.control_parameters),'" default="',convert2str(obj.control_parameters),'">','     <section name="inversion" />','     <help> ex: {''FrictionCoefficient''}, or {''MaterialsRheologyBbar''} </help>','  </parameter>');
     35
     36                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="nsteps" type="',class(obj.nsteps),'" default="',convert2str(obj.nsteps),'">','     <section name="inversion" />','     <help> number of optimization searches </help>','  </parameter>');
     37                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="cost_functions" type="',class(obj.cost_functions),'" default="',convert2str(obj.cost_functions),'">','     <section name="inversion" />','     <help> indicate the type of response for each optimization step  </help>','  </parameter>');
     38                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="cost_functions_coefficients" type="',class(obj.cost_functions_coefficients),'" default="',convert2str(obj.cost_functions_coefficients),'">','     <section name="inversion" />','     <help> cost_functions_coefficients applied to the misfit of each vertex and for each control_parameter </help>','  </parameter>');
     39
     40                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="cost_function_threshold" type="',class(obj.cost_function_threshold),'" default="',convert2str(obj.cost_function_threshold),'">','     <section name="inversion" />','     <help> misfit convergence criterion. Default is 1%, NaN if not applied </help>','  </parameter>');
     41                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="maxiter_per_step" type="',class(obj.maxiter_per_step),'" default="',convert2str(obj.maxiter_per_step),'">','     <section name="inversion" />','     <help> maximum iterations during each optimization step  </help>','  </parameter>');
     42                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="gradient_scaling" type="',class(obj.gradient_scaling),'" default="',convert2str(obj.gradient_scaling),'">','     <section name="inversion" />','     <help> scaling factor on gradient direction during optimization, for each optimization step </help>','  </parameter>');
     43
     44                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="step_threshold" type="',class(obj.step_threshold),'" default="',convert2str(obj.step_threshold),'">','     <section name="inversion" />','     <help> decrease threshold for misfit, default is 30% </help>','  </parameter>');
     45                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="min_parameters" type="',class(obj.min_parameters),'" default="',convert2str(obj.min_parameters),'">','     <section name="inversion" />','     <help> absolute minimum acceptable value of the inversed parameter on each vertex </help>','  </parameter>');
     46                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="max_parameters" type="',class(obj.max_parameters),'" default="',convert2str(obj.max_parameters),'">','     <section name="inversion" />','     <help> absolute maximum acceptable value of the inversed parameter on each vertex </help>','  </parameter>');
     47
     48                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vx_obs" type="',class(obj.vx_obs),'" default="',convert2str(obj.vx_obs),'">','     <section name="inversion" />','     <help> observed velocity x component [m/yr] </help>','  </parameter>');
     49                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vy_obs" type="',class(obj.vy_obs),'" default="',convert2str(obj.vy_obs),'">','     <section name="inversion" />','     <help> observed velocity y component [m/yr]  </help>','  </parameter>');
     50                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="vel_obs" type="',class(obj.vel_obs),'" default="',convert2str(obj.vel_obs),'">','     <section name="inversion" />','     <help> observed velocity magnitude [m/yr] </help>','  </parameter>');
     51                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="thickness_obs" type="',class(obj.thickness_obs),'" default="',convert2str(obj.thickness_obs),'">','     <section name="inversion" />','     <help> observed thickness [m]) </help>','  </parameter>');
     52
     53                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');   
     54
     55                        fprintf(fid,'%s\n%s\n%s\n','<frame key="2" label="Available cost functions">','<section name="inversion" />');                   
     56                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="SurfaceAbsVelMisfit" type="','string','" default="','101','">','     <section name="inversion" />','     <help>  </help>','  </parameter>');
     57                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="SurfaceRelVelMisfit" type="','string','" default="','102','">','     <section name="inversion" />','     <help>   </help>','  </parameter>');
     58                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="SurfaceLogVelMisfit" type="','string','" default="','103','">','     <section name="inversion" />','     <help>  </help>','  </parameter>');
     59
     60                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="SurfaceLogVxVyMisfit" type="','string','" default="','104','">','     <section name="inversion" />','     <help>  </help>','  </parameter>');
     61                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="SurfaceAverageVelMisfit" type="','string','" default="','105','">','     <section name="inversion" />','     <help>   </help>','  </parameter>');
     62                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="ThicknessAbsMisfit" type="','string','" default="','106','">','     <section name="inversion" />','     <help>  </help>','  </parameter>');
     63
     64                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="DragCoefficientAbsGradient" type="','string','" default="','107','">','     <section name="inversion" />','     <help>  </help>','  </parameter>');
     65                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="RheologyBbarAbsGradient" type="','string','" default="','108','">','     <section name="inversion" />','     <help>  </help>','  </parameter>');
     66                        fprintf(fid,'%s%s%s%s%s\n%s\n%s\n%s\n','  <parameter key ="ThicknessAbsGradient" type="','string','" default="','109','">','     <section name="inversion" />','     <help> </help>','  </parameter>');
     67
     68                        fprintf(fid,'%s\n%s\n','</frame>');   
     69
     70                end % }}}       
    7171                function obj = inversion(varargin) % {{{
    7272                        switch nargin
     
    7474                                        obj=setdefaultparameters(obj);
    7575                                case 1
    76                                         if isa(varargin{1},'taoinversion'),
    77                                                 disp('converting taoinversion');
    78                                                 in=varargin{1};
    79                                                 obj=inversion();
    80                                                 obj.iscontrol                   = in.iscontrol;
    81                                                 obj.incomplete_adjoint          = in.incomplete_adjoint;
    82                                                 obj.control_parameters          = in.control_parameters;
    83                                                 obj.nsteps                      = in.nsteps;
    84                                                 obj.maxiter_per_step            = 10*ones(in.nsteps,1);
    85                                                 obj.cost_functions              = in.cost_functions;
    86                                                 obj.cost_functions_coefficients = in.cost_functions_coefficients;
    87                                                 obj.gradient_scaling            = 100*ones(in.nsteps,1);
    88                                                 obj.cost_function_threshold     = NaN;
    89                                                 obj.min_parameters              = in.min_parameters;
    90                                                 obj.max_parameters              = in.max_parameters;
    91                                                 obj.step_threshold              = .99*ones(in.nsteps,1);
    92                                                 obj.vx_obs                      = in.vx_obs;
    93                                                 obj.vy_obs                      = in.vy_obs;
    94                                                 obj.vz_obs                      = in.vz_obs;
    95                                                 obj.vel_obs                     = in.vel_obs;
    96                                                 obj.thickness_obs               = in.thickness_obs;
    97                                         elseif isa(varargin{1},'inversion'),
    98                                                 obj = varargin{1};
    99                                         else
    100                                                 error('constructor not supported');
    101                                         end
     76                                        obj=structtoobj(inversion(),varargin{1});
    10277                                otherwise
    10378                                        error('constructor not supported');
  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/m1qn3inversion.m

    r17918 r17920  
    3030                                        obj=setdefaultparameters(obj);
    3131                                case 1
    32                                         obj=structtoobj(obj,varargin{1});
     32                                        obj=structtoobj(m1qn3inversion(),varargin{1});
    3333                                otherwise
    3434                                        error('constructor not supported');
  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/taoinversion.m

    r17918 r17920  
    3333                                        obj=setdefaultparameters(obj);
    3434                                case 1
    35                                         obj=structtoobj(obj,varargin{1});
     35                                        obj=structtoobj(taoinversion(),varargin{1});
    3636                                otherwise
    3737                                        error('constructor not supported');
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.