Index: /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/ApiPrintf.cpp
===================================================================
--- /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/ApiPrintf.cpp	(revision 15268)
+++ /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/ApiPrintf.cpp	(revision 15269)
@@ -10,5 +10,4 @@
 
 #include "./matlabio.h"
-#include "../../c/shared/shared.h"
 
 /*Matlab printf i/o: */
Index: /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/CheckNumMatlabArguments.cpp
===================================================================
--- /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/CheckNumMatlabArguments.cpp	(revision 15268)
+++ /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/CheckNumMatlabArguments.cpp	(revision 15269)
@@ -4,5 +4,4 @@
 
 #include "./matlabio.h"
-#include "../../c/shared/Exceptions/exceptions.h"
 
 int CheckNumMatlabArguments(int nlhs,int NLHS, int nrhs,int NRHS, const char* THISFUNCTION, void (*function)( void )){
Index: /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/FetchMatlabData.cpp
===================================================================
--- /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/FetchMatlabData.cpp	(revision 15268)
+++ /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/FetchMatlabData.cpp	(revision 15269)
@@ -10,5 +10,4 @@
 
 #include "./matlabio.h"
-#include "../../c/shared/shared.h"
 
 /*Primitive data types*/
Index: /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/MatlabMatrixToDoubleMatrix.cpp
===================================================================
--- /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/MatlabMatrixToDoubleMatrix.cpp	(revision 15268)
+++ /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/MatlabMatrixToDoubleMatrix.cpp	(revision 15269)
@@ -11,5 +11,4 @@
 /*Matlab includes: */
 #include "./matlabio.h"
-#include "../../c/shared/shared.h"
 
 int MatlabMatrixToDoubleMatrix(double** pmatrix,int* pmatrix_rows,int* pmatrix_cols,const mxArray* mxmatrix){
Index: /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/MatlabMatrixToIssmMat.cpp
===================================================================
--- /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/MatlabMatrixToIssmMat.cpp	(revision 15268)
+++ /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/MatlabMatrixToIssmMat.cpp	(revision 15269)
@@ -9,9 +9,5 @@
 #endif
 
-#include <stdio.h>
-#include <string.h>
 #include "./matlabio.h"
-#include "../../c/toolkits/toolkits.h"
-#include "../../c/shared/shared.h"
 
 IssmMat<double>* MatlabMatrixToIssmMat(const mxArray* dataref){
Index: /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/MatlabMatrixToMatrix.cpp
===================================================================
--- /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/MatlabMatrixToMatrix.cpp	(revision 15268)
+++ /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/MatlabMatrixToMatrix.cpp	(revision 15269)
@@ -8,9 +8,5 @@
 #endif
 
-#include <stdio.h>
-#include <string.h>
 #include "./matlabio.h"
-#include "../../c/shared/shared.h"
-#include "../../c/toolkits/toolkits.h"
 
 Matrix<double>* MatlabMatrixToMatrix(const mxArray* mxmatrix){
Index: /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/MatlabNArrayToNArray.cpp
===================================================================
--- /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/MatlabNArrayToNArray.cpp	(revision 15268)
+++ /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/MatlabNArrayToNArray.cpp	(revision 15269)
@@ -10,5 +10,4 @@
 
 #include "./matlabio.h"
-#include "../../c/shared/shared.h"
 
 /*FUNCTION MatlabNArrayToNArray(double** pmatrix,int* pmatrix_numel,int* pmatrix_ndims,int** pmatrix_size,const mxArray* mxmatrix){{{*/
Index: /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/MatlabVectorToDoubleVector.cpp
===================================================================
--- /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/MatlabVectorToDoubleVector.cpp	(revision 15268)
+++ /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/MatlabVectorToDoubleVector.cpp	(revision 15269)
@@ -9,9 +9,6 @@
 #endif
 
-#include <string.h>
-
 /*Matlab includes: */
 #include "./matlabio.h"
-#include "../../c/shared/shared.h"
 
 int MatlabVectorToDoubleVector(double** pvector,int* pvector_rows,const mxArray* mxvector){
Index: /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/MatlabVectorToIssmSeqVec.cpp
===================================================================
--- /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/MatlabVectorToIssmSeqVec.cpp	(revision 15268)
+++ /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/MatlabVectorToIssmSeqVec.cpp	(revision 15269)
@@ -3,10 +3,5 @@
 
 /*Headers:*/
-#include <mex.h>
-#include <stdio.h>
-#include <string.h>
 #include "./matlabio.h"
-#include "../../c/toolkits/toolkits.h"
-#include "../../c/shared/shared.h"
 
 IssmSeqVec<double>* MatlabVectorToIssmSeqVec(const mxArray* dataref){
Index: /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/MatlabVectorToIssmVec.cpp
===================================================================
--- /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/MatlabVectorToIssmVec.cpp	(revision 15268)
+++ /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/MatlabVectorToIssmVec.cpp	(revision 15269)
@@ -3,10 +3,5 @@
 
 /*Headers:*/
-#include <mex.h>
-#include <stdio.h>
-#include <string.h>
 #include "./matlabio.h"
-#include "../../c/toolkits/toolkits.h"
-#include "../../c/shared/shared.h"
 
 IssmVec<double>* MatlabVectorToIssmVec(const mxArray* dataref){
Index: /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/MatlabVectorToPetscVec.cpp
===================================================================
--- /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/MatlabVectorToPetscVec.cpp	(revision 15268)
+++ /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/MatlabVectorToPetscVec.cpp	(revision 15269)
@@ -9,12 +9,6 @@
 #endif
 
-/*Petsc includes: */
-#include <petscmat.h>
-#include <petscvec.h>
-#include <petscksp.h>
-
 /*Matlab includes: */
 #include "./matlabio.h"
-#include "../../c/shared/shared.h"
 
 PetscVec* MatlabVectorToPetscVec(const mxArray* mxvector){
Index: /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/MatlabVectorToVector.cpp
===================================================================
--- /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/MatlabVectorToVector.cpp	(revision 15268)
+++ /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/MatlabVectorToVector.cpp	(revision 15269)
@@ -8,9 +8,5 @@
 #error "Cannot compile with HAVE_CONFIG_H symbol! run configure first!"
 #endif
-#include <stdio.h>
-#include <string.h>
 #include "./matlabio.h"
-#include "../../c/shared/shared.h"
-#include "../../c/toolkits/toolkits.h"
 
 Vector<double>* MatlabVectorToVector(const mxArray* mxvector){
Index: /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/OptionParse.cpp
===================================================================
--- /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/OptionParse.cpp	(revision 15268)
+++ /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/OptionParse.cpp	(revision 15269)
@@ -10,6 +10,4 @@
 #include <cstring> 
 #include "./matlabio.h"
-#include "../../c/shared/shared.h"
-#include "../../c/shared/io/io.h"
 
 GenericOption<double>* OptionDoubleParse( char* name, const mxArray* prhs[]){ /*{{{*/
Index: /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/WriteMatlabData.cpp
===================================================================
--- /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/WriteMatlabData.cpp	(revision 15268)
+++ /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/WriteMatlabData.cpp	(revision 15269)
@@ -10,5 +10,5 @@
 
 #include "./matlabio.h"
-#include "../../c/shared/shared.h"
+#include "./../../../c/datastructures/datastructures.h"
 
 /*Primitive data types*/
Index: /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/matlabio.h
===================================================================
--- /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/matlabio.h	(revision 15268)
+++ /issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/matlabio.h	(revision 15269)
@@ -13,8 +13,8 @@
 
 #include "../include/matlabincludes.h"
-#include "../../c/bamg/bamgobjects.h"
-#include "../../c/classes/classes.h"
-#include "../../c/toolkits/toolkits.h"
-#include "../../c/shared/shared.h"
+#include "../../../c/bamg/bamgobjects.h"
+#include "../../../c/classes/classes.h"
+#include "../../../c/toolkits/toolkits.h"
+#include "../../../c/shared/shared.h"
 
 void WriteData(mxArray** pdataref,IssmDenseMat<double>* matrix);