Changeset 14673


Ignore:
Timestamp:
04/19/13 15:54:05 (12 years ago)
Author:
Mathieu Morlighem
Message:

BUG: compiler does not supper IssmSeqVec<int> and IssmMatDense<int>, reverted to simple int*

Location:
issm/trunk-jpl/src
Files:
7 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • issm/trunk-jpl/src/c/modules/TriMeshx/TriMeshx.cpp

    r14656 r14673  
    2222/*}}}*/
    2323
    24 void TriMeshx(IssmDenseMat<int>** pindex,IssmSeqVec<IssmPDouble>** px,IssmSeqVec<IssmPDouble>** py,IssmDenseMat<int>** psegments,IssmSeqVec<int>** psegmentmarkerlist,DataSet* domain,DataSet* rifts,double area){
     24void TriMeshx(int** pindex,IssmPDouble** px,IssmPDouble** py,int** psegments,int** psegmentmarkerlist,int* pnels,int* pnods, int* pnsegs,DataSet* domain,DataSet* rifts,double area){
    2525
    2626#if !defined(_HAVE_TRIANGLE_)
    … …  
    3131
    3232        /*output: */
    33         int         *index             = NULL;
    34         IssmDenseMat<int> *index_matrix      = NULL;
    35         double      *x                 = NULL;
    36         double      *y                 = NULL;
    37         int         *segments          = NULL;
    38         IssmDenseMat<int> *segments_matrix   = NULL;
    39         int         *segmentmarkerlist = NULL;
     33        int    *index             = NULL;
     34        double *x                 = NULL;
     35        double *y                 = NULL;
     36        int    *segments          = NULL;
     37        int    *segmentmarkerlist = NULL;
    4038
    4139        /*intermediary: */
    … …  
    197195
    198196        /*Output : */
    199         index_matrix=new IssmDenseMat<int>(index,out.numberoftriangles,3,1);
    200         *pindex=index_matrix;
    201 
    202         segments_matrix=new IssmDenseMat<int>(segments,out.numberofsegments,3,1);
    203         *psegments=segments_matrix;
    204 
    205         *px=new IssmSeqVec<IssmPDouble>(x,out.numberofpoints);
    206         *py=new IssmSeqVec<IssmPDouble>(y,out.numberofpoints);
    207         *psegmentmarkerlist=new IssmSeqVec<int>(segmentmarkerlist,out.numberofsegments);
     197        *pindex=index;
     198        *px=x;
     199        *py=y;
     200        *psegments=segments;
     201        *psegmentmarkerlist=segmentmarkerlist;
     202        *pnels=out.numberoftriangles;
     203        *pnods=out.numberofpoints;
     204        *pnsegs=out.numberofsegments;
    208205#endif
    209206}

  • issm/trunk-jpl/src/c/modules/TriMeshx/TriMeshx.h

    r14656 r14673  
    1111
    1212/* local prototypes: */
    13 void TriMeshx(IssmDenseMat<int>** pindex,IssmSeqVec<IssmPDouble>** px,IssmSeqVec<IssmPDouble>** py,IssmDenseMat<int>** psegments,IssmSeqVec<int>** psegmentmarkerlist,DataSet* domain,DataSet* rifts,double area);
    14 
     13void TriMeshx(int** pindex,IssmPDouble** px,IssmPDouble** py,int** psegments,int** psegmentmarkerlist,int* pnels,int* pnods, int* pnseg,DataSet* domain,DataSet* rifts,double area);
    1514#endif  /* _TRIMESHX_H */

  • issm/trunk-jpl/src/wrappers/TriMesh/TriMesh.cpp

    r14656 r14673  
    1717       
    1818        /*intermediary: */
    19         double  area;
     19        double   area;
    2020        DataSet *domain = NULL;
    2121        DataSet *rifts  = NULL;
    2222
    2323        /* output: */
    24         IssmDenseMat<int>    *index             = NULL;
    25         IssmSeqVec<double> *x                 = NULL;
    26         IssmSeqVec<double> *y                 = NULL;
    27         IssmDenseMat<int>    *segments          = NULL;
    28         IssmSeqVec<int>    *segmentmarkerlist = NULL;
     24        int    *index             = NULL;
     25        double *x                 = NULL;
     26        double *y                 = NULL;
     27        int    *segments          = NULL;
     28        int    *segmentmarkerlist = NULL;
     29        int     nels,nods,nsegs;
    2930
    3031        /*Boot module: */
    … …  
    4041
    4142        /*call x core: */
    42         TriMeshx(&index,&x,&y,&segments,&segmentmarkerlist,domain,rifts,area);
     43        TriMeshx(&index,&x,&y,&segments,&segmentmarkerlist,&nels,&nods,&nsegs,domain,rifts,area);
    4344
    4445        /*write outputs: */
    45         WriteData(INDEX,index);
    46         WriteData(X,x);
    47         WriteData(Y,y);
    48         WriteData(SEGMENTS,segments);
    49         WriteData(SEGMENTMARKERLIST,segmentmarkerlist);
     46        WriteData(INDEX,index,nels,3);
     47        WriteData(X,x,nods);
     48        WriteData(Y,y,nods);
     49        WriteData(SEGMENTS,segments,nsegs,3);
     50        WriteData(SEGMENTMARKERLIST,segmentmarkerlist,nsegs);
    5051
    5152        /*free ressources: */

  • issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/WriteMatlabData.cpp

    r14656 r14673  
    7474                vector_matlab=(double*)mxMalloc(M*sizeof(double));
    7575                for(int i=0;i<M;i++) vector_matlab[i]=vector[i];
     76                dataref = mxCreateDoubleMatrix(0,0,mxREAL);
     77                mxSetM(dataref,(mwSize)M);
     78                mxSetN(dataref,(mwSize)1);
     79                mxSetPr(dataref,vector_matlab);
     80        }
     81        else{
     82                dataref = mxCreateDoubleMatrix(0,0,mxREAL);
     83        }
     84
     85        *pdataref=dataref;
     86}
     87/*}}}*/
     88/*FUNCTION WriteData(mxArray** pdataref,int* vector, int M){{{*/
     89void WriteData(mxArray** pdataref,int* vector, int M){
     90
     91        mxArray* dataref       = NULL;
     92        double*  vector_matlab = NULL;
     93
     94        if(vector){
     95
     96                /*create the matlab vector with Matlab's memory manager */
     97                vector_matlab=(double*)mxMalloc(M*sizeof(double));
     98                for(int i=0;i<M;i++) vector_matlab[i]=double(vector[i]);
    7699                dataref = mxCreateDoubleMatrix(0,0,mxREAL);
    77100                mxSetM(dataref,(mwSize)M);
    … …  
    290313}
    291314/*}}}*/
    292 /*FUNCTION WriteData(mxArray** pdataref,IssmDenseMat<int>* matrix){{{*/
    293 void WriteData(mxArray** pdataref,IssmDenseMat<int>* matrix){
    294 
    295         int      i,j;
    296         int      rows,cols;
    297         mxArray *dataref     = NULL;
    298         int     *matrix_ptr  = NULL;
    299         double  *tmatrix_ptr = NULL;
    300 
    301         if(matrix){
    302 
    303                 matrix_ptr=matrix->ToSerial();
    304                 matrix->GetSize(&rows,&cols);
    305 
    306                 /*Now transpose the matrix and allocate with Matlab's memory manager: */
    307                 tmatrix_ptr=(double*)mxMalloc(rows*cols*sizeof(double));
    308                 for(i=0;i<rows;i++){
    309                         for(j=0;j<cols;j++){
    310                                 tmatrix_ptr[j*rows+i]=(double)matrix_ptr[i*cols+j];
    311                         }
    312                 }
    313 
    314                 /*create matlab matrix: */
    315                 dataref=mxCreateDoubleMatrix(0,0,mxREAL);
    316                 mxSetM(dataref,rows);
    317                 mxSetN(dataref,cols);
    318                 mxSetPr(dataref,tmatrix_ptr);
    319 
    320                 /*Free ressources:*/
    321                 xDelete<int>(matrix_ptr);
    322         }
    323         else{
    324                 dataref = mxCreateDoubleMatrix(0,0,mxREAL);
    325         }
    326 
    327         *pdataref=dataref;
    328 }
    329 /*}}}*/
    330 /*FUNCTION WriteData(mxArray** pdataref,IssmSeqVec<int>* vector){{{*/
    331 void WriteData(mxArray** pdataref,IssmSeqVec<int>* vector){
    332 
    333         mxArray* dataref=NULL;
    334         int*     vector_ptr=NULL;
    335         double*  vector_matlab=NULL;
    336         int      rows;
    337 
    338         if(vector){
    339                 /*call toolkit routine: */
    340                 vector_ptr=vector->ToMPISerial();
    341                 vector->GetSize(&rows);
    342 
    343                 /*now create the matlab vector with Matlab's memory manager */
    344                 vector_matlab=(double*)mxMalloc(rows*sizeof(double));
    345                 for(int i=0;i<rows;i++) vector_matlab[i]=(double)vector_ptr[i];
    346 
    347                 dataref = mxCreateDoubleMatrix(0,0,mxREAL);                         
    348                 mxSetM(dataref,rows);
    349                 mxSetN(dataref,1);                                                                                         
    350                 mxSetPr(dataref,vector_matlab);           
    351         }
    352         else{
    353                 dataref = mxCreateDoubleMatrix(0,0,mxREAL);
    354         }
    355 
    356         /*Clean-up and return*/
    357         xDelete<int>(vector_ptr);
    358         *pdataref=dataref;
    359 }
    360 /*}}}*/
    361315/*FUNCTION WriteData(mxArray** pdataref,RiftStruct* riftstruct){{{*/
    362316void WriteData(mxArray** pdataref,RiftStruct* riftstruct){

  • issm/trunk-jpl/src/wrappers/matlab/io/matlabio.h

    r14656 r14673  
    1818#include "../../c/toolkits/toolkits.h"
    1919
    20 void WriteData(mxArray** pdataref,IssmDenseMat<int>* matrix);
    2120void WriteData(mxArray** pdataref,IssmDenseMat<double>* matrix);
    2221void WriteData(mxArray** pdataref,double* matrix, int M,int N);
    2322void WriteData(mxArray** pdataref,int*    matrix, int M,int N);
    24 void WriteData(mxArray** pdataref,IssmSeqVec<int>* vector);
    2523void WriteData(mxArray** pdataref,IssmSeqVec<double>* vector);
    2624void WriteData(mxArray** pdataref,double* vector, int M);
     25void WriteData(mxArray** pdataref,int* vector, int M);
    2726void WriteData(mxArray** pdataref,int integer);
    2827void WriteData(mxArray** pdataref,bool boolean);

  • issm/trunk-jpl/src/wrappers/python/io/WritePythonData.cpp

    r14656 r14673  
    7474
    7575        PyTuple_SetItem(tuple, index, array);
     76}/*}}}*/
     77/*FUNCTION WriteData(PyObject* py_tuple,int index, double* vector, int M){{{*/
     78void WriteData(PyObject* py_tuple, int index, double* vector, int M){
     79
     80        double   *buffer = NULL;
     81        npy_intp  dim   = 10;
     82        PyObject *array = NULL;
     83
     84        /*Copy vector*/
     85        buffer=xNew<double>(M);
     86        for(int i=0;i<M;i++)buffer[i]=vector[i];
     87
     88        dim=(npy_intp)M;
     89        array=PyArray_SimpleNewFromData(1,&dim,NPY_DOUBLE,buffer);
     90
     91        PyTuple_SetItem(py_tuple, index, array);
     92
     93}/*}}}*/
     94/*FUNCTION WriteData(PyObject* py_tuple,int index, int* vector, int M){{{*/
     95void WriteData(PyObject* py_tuple, int index, int* vector, int M){
     96
     97        long* lvector=NULL;
     98        npy_intp dim=10;
     99        PyObject* array=NULL;
     100
     101        /*transform into long matrix: */
     102        lvector=xNew<long>(M);
     103        for(int i=0;i<M;i++)lvector[i]=(long)vector[i];
     104
     105        dim=(npy_intp)M;
     106        array=PyArray_SimpleNewFromData(1,&dim,NPY_INT64,lvector);
     107
     108        PyTuple_SetItem(py_tuple, index, array);
     109
    76110}/*}}}*/
    77111/*FUNCTION WriteData(PyObject* py_tuple,int index){{{*/
    … …  
    164198}
    165199/*}}}*/
    166 /*FUNCTION WriteData(PyObject* py_tuple,int index,IssmDenseMat<int>* matrix){{{*/
    167 void WriteData(PyObject* py_tuple,int index,IssmDenseMat<int>* matrix){
    168 
    169         int M,N;
    170         int* ibuffer=NULL;
    171         npy_intp dims[2]={0,0};
    172         PyObject* array=NULL;
    173 
    174         matrix->GetSize(&M,&N);
    175         ibuffer=matrix->ToSerial();
    176 
    177         /*convert to long*/
    178         long* lbuffer=xNew<long>(M*N);
    179         for(int i=0;i<M*N;i++) lbuffer[i]=(long)ibuffer[i];
    180         xDelete<int>(ibuffer);
    181 
    182         dims[0]=(npy_intp)M;
    183         dims[1]=(npy_intp)N;
    184         array=PyArray_SimpleNewFromData(2,dims,NPY_INT64,lbuffer);
    185 
    186         PyTuple_SetItem(py_tuple, index, array);
    187 
    188 }/*}}}*/
    189 /*FUNCTION WriteData(PyObject* py_tuple,int index,IssmSeqVec<int>* vector){{{*/
    190 void WriteData(PyObject* py_tuple,int index,IssmSeqVec<int>* vector){
    191 
    192         int M;
    193         int* ibuffer=NULL;
    194         npy_intp dim=10;
    195         PyObject* array=NULL;
    196 
    197         vector->GetSize(&M);
    198         ibuffer=vector->ToMPISerial();
    199 
    200         /*convert to long*/
    201         long* lbuffer=xNew<long>(M);
    202         for(int i=0;i<M;i++) lbuffer[i]=(long)ibuffer[i];
    203         xDelete<int>(ibuffer);
    204 
    205         dim=(npy_intp)M;
    206         array=PyArray_SimpleNewFromData(1,&dim,NPY_INT64,lbuffer);
    207 
    208         PyTuple_SetItem(py_tuple, index, array);
    209 }
    210 /*}}}*/
    211 /*FUNCTION WriteData(PyObject* py_tuple,int index,IssmDenseMat<bool>* matrix){{{*/
    212 void WriteData(PyObject* py_tuple,int index,IssmDenseMat<bool>* matrix){
    213 
    214         int M,N;
    215         bool* buffer=NULL;
    216         npy_intp dims[2]={0,0};
    217         PyObject* array=NULL;
    218 
    219         matrix->GetSize(&M,&N);
    220         buffer=matrix->ToSerial();
    221 
    222         dims[0]=(npy_intp)M;
    223         dims[1]=(npy_intp)N;
    224         array=PyArray_SimpleNewFromData(2,dims,NPY_BOOL,buffer);
    225 
    226         PyTuple_SetItem(py_tuple, index, array);
    227 
    228 }/*}}}*/
    229 /*FUNCTION WriteData(PyObject* py_tuple,int index,IssmSeqVec<bool>* vector){{{*/
    230 void WriteData(PyObject* py_tuple,int index,IssmSeqVec<bool>* vector){
    231 
    232         int M;
    233         bool* buffer=NULL;
    234         npy_intp dim=10;
    235         PyObject* array=NULL;
    236 
    237         vector->GetSize(&M);
    238         buffer=vector->ToMPISerial();
    239 
    240         dim=(npy_intp)M;
    241         array=PyArray_SimpleNewFromData(1,&dim,NPY_BOOL,buffer);
    242 
    243         PyTuple_SetItem(py_tuple, index, array);
    244 }
    245 /*}}}*/
    246200/*FUNCTION WriteData(PyObject* py_tuple,int index,RiftStruct* riftstruct){{{*/
    247201void WriteData(PyObject* py_tuple,int index,RiftStruct* riftstruct){

  • issm/trunk-jpl/src/wrappers/python/io/pythonio.h

    r14656 r14673  
    2121void WriteData(PyObject* py_tuple,int index, bool* matrix, int M,int N);
    2222void WriteData(PyObject* py_tuple,int index, int integer);
     23void WriteData(PyObject* py_tuple,int index, double* vector, int M);
     24void WriteData(PyObject* py_tuple,int index, int* vector, int M);
    2325void WriteData(PyObject* py_tuple,int index, char* string);
    2426void WriteData(PyObject* py_tuple,int index);
    2527void WriteData(PyObject* py_tuple,int index, IssmDenseMat<double>* matrix);
    2628void WriteData(PyObject* py_tuple,int index, IssmSeqVec<double>* vector);
    27 void WriteData(PyObject* py_tuple,int index, IssmDenseMat<int>* matrix);
    28 void WriteData(PyObject* py_tuple,int index, IssmSeqVec<int>* vector);
    29 void WriteData(PyObject* py_tuple,int index, IssmDenseMat<bool>* matrix);
    30 void WriteData(PyObject* py_tuple,int index, IssmSeqVec<bool>* vector);
    3129void WriteData(PyObject* py_tuple,int index, BamgGeom* bamggeom);
    3230void WriteData(PyObject* py_tuple,int index, BamgMesh* bamgmesh);
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.