Changeset 14640


Ignore:
Timestamp:
04/18/13 10:20:16 (12 years ago)
Author:
Mathieu Morlighem
Message:

CHG: added units to all fields and homogenized python classes

Location:
issm/trunk-jpl/src/m/classes
Files:
58 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/autodiff.py

    r13865 r14640  
    1 #module imports
    21import numpy
    32from dependent import *
    … …  
    1615        """
    1716
    18         #properties
    1917        def __init__(self,*args):    # {{{
    2018                self.isautodiff   = False
    … …  
    2826                        raise RuntimeError("constructor not supported")
    2927        # }}}
    30 
    3128        def __repr__(self):    # {{{
    3229                s ="      automatic differentiation parameters:\n"
    … …  
    3936                return s
    4037        # }}}
    41 
    4238        def setdefaultparameters(self):    # {{{
    4339                return self
    4440        # }}}
    45 
    4641        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    4742
    … …  
    6156                return md
    6257        # }}}
    63 
    6458        def marshall(self,fid):    # {{{
    6559                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','isautodiff','format','Boolean')
    … …  
    194188                return
    195189        # }}}
    196 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/balancethickness.m

    r13020 r14640  
    3636                        disp(sprintf('   balance thickness solution parameters:'));
    3737
    38                         fielddisplay(obj,'spcthickness','thickness constraints (NaN means no constraint)');
    39                         fielddisplay(obj,'thickening_rate','ice thickening rate used in the mass conservation (dh/dt)');
     38                        fielddisplay(obj,'spcthickness','thickness constraints (NaN means no constraint) [m]');
     39                        fielddisplay(obj,'thickening_rate','ice thickening rate used in the mass conservation (dh/dt) [m/yr]');
    4040                        fielddisplay(obj,'stabilization','0: None, 1: SU, 2: MacAyeal''s artificial diffusivity, 3:DG');
    4141

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/balancethickness.py

    r14141 r14640  
    1 #module imports
    21from fielddisplay import fielddisplay
    32from EnumDefinitions import *
    … …  
    1312        """
    1413
    15         #properties
    16         def __init__(self):
    17                 # {{{ Properties
     14        def __init__(self): # {{{
    1815                self.spcthickness      = float('NaN')
    1916                self.thickening_rate   = float('NaN')
    … …  
    2421
    2522                #}}}
    26         def __repr__(self):
    27                 # {{{ Display
     23        def __repr__(self): # {{{
    2824               
    2925                string='   balance thickness solution parameters:'
    3026               
    31                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'spcthickness','thickness constraints (NaN means no constraint)'))
    32                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'thickening_rate','ice thickening rate used in the mass conservation (dh/dt)'))
     27                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'spcthickness','thickness constraints (NaN means no constraint) [m]'))
     28                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'thickening_rate','ice thickening rate used in the mass conservation (dh/dt) [m/yr]'))
    3329                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'stabilization',"0: None, 1: SU, 2: MacAyeal's artificial diffusivity, 3:DG"))
    3430                return string
    3531                #}}}
    36         def setdefaultparameters(self):
    37                 # {{{setdefaultparameters
     32        def setdefaultparameters(self): # {{{
    3833               
    3934                #Type of stabilization used
    … …  
    4237                return self
    4338        #}}}
    44 
    4539        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    4640                #Early return
    … …  
    5448                return md
    5549        # }}}
    56 
    5750        def marshall(self,fid):    # {{{
    5851                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','spcthickness','format','DoubleMat','mattype',1)
    … …  
    6053                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','stabilization','format','Integer')
    6154        # }}}
    62 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/bamggeom.py

    r13484 r14640  
    3232                        raise TypeError("bamggeom constructor error message: unknown type of constructor call")
    3333        # }}}
    34 
    3534        def __repr__(self):    # {{{
    3635                s ="class '%s' object '%s' = \n" % (type(self),'self')
    … …  
    4544                return s
    4645        # }}}
    47 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/bamgmesh.py

    r13436 r14640  
    4040                        raise TypeError("bamgmesh constructor error message: unknown type of constructor call")
    4141        # }}}
    42 
    4342        def __repr__(self):    # {{{
    4443                s ="class '%s' object '%s' = \n" % (type(self),'self')
    … …  
    6160                return s
    6261        # }}}
    63 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/basalforcings.m

    r13020 r14640  
    3838                        disp(sprintf('   basal forcings parameters:'));
    3939
    40                         fielddisplay(obj,'melting_rate','basal melting rate (positive if melting)');
    41                         fielddisplay(obj,'melting_rate_correction','additional melting applied when the grounding line retreats');
     40                        fielddisplay(obj,'melting_rate','basal melting rate (positive if melting) [m/yr]');
     41                        fielddisplay(obj,'melting_rate_correction','additional melting applied to compensate for dh/dt [m/yr]');
    4242                        fielddisplay(obj,'geothermalflux','geothermal heat flux [W/m^2]');
    4343

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/basalforcings.py

    r14141 r14640  
    1 #module imports
    21from fielddisplay import fielddisplay
    32from EnumDefinitions import *
    … …  
    1312        """
    1413
    15         #properties
    16         def __init__(self):
    17                 # {{{ Properties
     14        def __init__(self): # {{{
    1815                self.melting_rate             = float('NaN')
    1916                self.melting_rate_correction  = float('NaN')
    … …  
    2421
    2522                #}}}
    26         def __repr__(self):
    27                 # {{{ Display
     23        def __repr__(self): # {{{
    2824                string="   basal forcings parameters:"
    2925
    30                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"melting_rate","basal melting rate (positive if melting)"))
    31                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"melting_rate_correction","additional melting applied when the grounding line retreats"))
     26                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"melting_rate","basal melting rate (positive if melting) [m/yr]"))
     27                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"melting_rate_correction","additional melting applied to compensate for dh/dt [m/yr]"))
    3228                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"geothermalflux","geothermal heat flux [W/m^2]"))
    3329                return string
    3430                #}}}
    35         def setdefaultparameters(self):
    36                 # {{{setdefaultparameters
     31        def setdefaultparameters(self): # {{{
    3732                return self
    3833        #}}}
    39 
    4034        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    4135
    … …  
    5246                return md
    5347        # }}}
    54 
    5548        def marshall(self,fid):    # {{{
    5649                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','melting_rate','format','DoubleMat','mattype',1)
    … …  
    5851                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','geothermalflux','format','DoubleMat','mattype',1)
    5952        # }}}
    60 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/constants.m

    r12663 r14640  
    4141                        disp(sprintf('   constants parameters:'));
    4242
    43                         fielddisplay(obj,'g','gravitational acceleration');
    44                         fielddisplay(obj,'yts','number of seconds in a year');
    45                         fielddisplay(obj,'referencetemperature','reference temperature used in the enthalpy model');
     43                        fielddisplay(obj,'g','gravitational acceleration [m/s^2]');
     44                        fielddisplay(obj,'yts','number of seconds in a year [s/yr]');
     45                        fielddisplay(obj,'referencetemperature','reference temperature used in the enthalpy model [K]');
    4646
    4747                end % }}}

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/constants.py

    r14141 r14640  
    1 #module imports
    21from fielddisplay import fielddisplay
    32from EnumDefinitions import *
    … …  
    1312        """
    1413
    15         #properties
    16         def __init__(self):
    17                 # {{{ Properties
     14        def __init__(self): # {{{
    1815                self.g                    = 0
    1916                self.yts                  = 0
    … …  
    2421
    2522                #}}}
    26         def __repr__(self):
    27                 # {{{ Display
     23        def __repr__(self): # {{{
    2824                string="   constants parameters:"
    2925
    30                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"g","gravitational acceleration"))
    31                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"yts","number of seconds in a year"))
    32                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"referencetemperature","reference temperature used in the enthalpy model"))
     26                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"g","gravitational acceleration [m/s^2]"))
     27                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"yts","number of seconds in a year [s/yr]"))
     28                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"referencetemperature","reference temperature used in the enthalpy model [K]"))
    3329
    3430                return string
    3531                #}}}
    36         def setdefaultparameters(self):
    37                 # {{{setdefaultparameters
     32        def setdefaultparameters(self): # {{{
    3833               
    3934                #acceleration due to gravity (m/s^2)
    … …  
    4843                return self
    4944        #}}}
    50 
    5145        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    5246
    … …  
    5751                return md
    5852        # }}}
    59 
    6053        def marshall(self,fid):    # {{{
    6154                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','g','format','Double')
    … …  
    6356                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','referencetemperature','format','Double')
    6457        # }}}
    65 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/debug.py

    r14141 r14640  
    1 #module imports
    21from fielddisplay import fielddisplay
    32from WriteData import *
    … …  
    1110        """
    1211
    13         #properties
    14         def __init__(self):
    15                 # {{{ Properties
     12        def __init__(self): # {{{
    1613                self.valgrind  = False
    1714                self.gprof     = False
    … …  
    2219
    2320                #}}}
    24         def __repr__(self):
    25                 # {{{ Display
     21        def __repr__(self): # {{{
    2622                string="   debug parameters:"
    2723
    … …  
    3127                return string
    3228                #}}}
    33                
    34         def setdefaultparameters(self):
    35                 # {{{setdefaultparameters
     29        def setdefaultparameters(self): # {{{
    3630                return self
    3731        #}}}
    38 
    3932        def marshall(self,fid):    # {{{
    4033                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','profiling','format','Boolean')
    4134        # }}}
    42 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/dependent.py

    r13991 r14640  
    4747                        self.segments=MeshProfileIntersection(mesh.elements,mesh.x,mesh.y,self.exp)
    4848        # }}}
    49 
    5049        def __repr__(self):    # {{{
    5150                s ="   dependent variable:\n"
    … …  
    6261                return s
    6362        # }}}
    64 
    6563        def setdefaultparameters(self):    # {{{
    6664                #do nothing
    6765                return self
    6866        # }}}
    69 
    7067        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    7168                if strcmpi(self.name,'MassFlux'):
    … …  
    8380                return md
    8481        # }}}
    85 
    8682        def typetoscalar(self):    # {{{
    8783                if   strcmpi(self.type,'scalar'):
    … …  
    9288                return scalar
    9389        # }}}
    94 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/diagnostic.m

    r14531 r14640  
    122122                        disp(sprintf('\n      %s','Convergence criteria:'));
    123123                        fielddisplay(obj,'restol','mechanical equilibrium residual convergence criterion');
    124                         fielddisplay(obj,'reltol','velocity relative convergence criterion, NaN -> not applied');
    125                         fielddisplay(obj,'abstol','velocity absolute convergence criterion, NaN -> not applied');
     124                        fielddisplay(obj,'reltol','velocity relative convergence criterion, NaN: not applied');
     125                        fielddisplay(obj,'abstol','velocity absolute convergence criterion, NaN: not applied');
    126126                        fielddisplay(obj,'isnewton','0: Picard''s fixed point, 1: Newton''s method, 2: hybrid');
    127127                        fielddisplay(obj,'maxiter','maximum number of nonlinear iterations');
    … …  
    129129
    130130                        disp(sprintf('\n      %s','boundary conditions:'));
    131                         fielddisplay(obj,'spcvx','x-axis velocity constraint (NaN means no constraint)');
    132                         fielddisplay(obj,'spcvy','y-axis velocity constraint (NaN means no constraint)');
    133                         fielddisplay(obj,'spcvz','z-axis velocity constraint (NaN means no constraint)');
    134                         fielddisplay(obj,'icefront','segments on ice front list (last column 0-> Air, 1-> Water, 2->Ice)');
     131                        fielddisplay(obj,'spcvx','x-axis velocity constraint (NaN means no constraint) [m/yr]');
     132                        fielddisplay(obj,'spcvy','y-axis velocity constraint (NaN means no constraint) [m/yr]');
     133                        fielddisplay(obj,'spcvz','z-axis velocity constraint (NaN means no constraint) [m/yr]');
     134                        fielddisplay(obj,'icefront','segments on ice front list (last column 0: Air, 1: Water, 2: Ice)');
    135135
    136136                        disp(sprintf('\n      %s','Rift options:'));
    … …  
    146146                        fielddisplay(obj,'stokesreconditioning','multiplier for incompressibility equation. Only for Stokes model');
    147147                        fielddisplay(obj,'referential','local referential');
    148                         fielddisplay(obj,'loadingforce','loading force applied on each point');
     148                        fielddisplay(obj,'loadingforce','loading force applied on each point [N/m^3]');
    149149                        fielddisplay(obj,'requested_outputs','additional outputs requested');
    150150

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/diagnostic.py

    r14530 r14640  
    1 #module imports
    21import numpy
    32import sys
    … …  
    1615        """
    1716
    18         #properties
    19         def __init__(self):
    20                 # {{{ Properties
     17        def __init__(self): # {{{
    2118                self.spcvx                    = float('NaN')
    2219                self.spcvy                    = float('NaN')
    … …  
    4340
    4441                #}}}
    45         def __repr__(self):
    46                 # {{{ Display
     42        def __repr__(self): # {{{
    4743               
    4844                string='   Diagnostic solution parameters:'
    4945                string="%s\n%s"%(string,'      Convergence criteria:')
    50                        
    5146                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'restol','mechanical equilibrium residual convergence criterion'))
    52                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'reltol','velocity relative convergence criterion, NaN -> not applied'))
    53                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'abstol','velocity absolute convergence criterion, NaN -> not applied'))
     47                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'reltol','velocity relative convergence criterion, NaN: not applied'))
     48                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'abstol','velocity absolute convergence criterion, NaN: not applied'))
    5449                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'isnewton',"0: Picard's fixed point, 1: Newton's method, 2: hybrid"))
    5550                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'maxiter','maximum number of nonlinear iterations'))
    … …  
    5752
    5853                string="%s\n%s"%(string,'\n      boundary conditions:')
    59 
    60                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'spcvx','x-axis velocity constraint (NaN means no constraint)'))
    61                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'spcvy','y-axis velocity constraint (NaN means no constraint)'))
    62                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'spcvz','z-axis velocity constraint (NaN means no constraint)'))
    63                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'icefront','segments on ice front list (last column 0-> Air, 1-> Water, 2->Ice'))
     54                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'spcvx','x-axis velocity constraint (NaN means no constraint) [m/yr]'))
     55                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'spcvy','y-axis velocity constraint (NaN means no constraint) [m/yr]'))
     56                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'spcvz','z-axis velocity constraint (NaN means no constraint) [m/yr]'))
     57                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'icefront','segments on ice front list (last column 0: Air, 1: Water, 2: Ice'))
    6458
    6559                string="%s\n%s"%(string,'\n      Rift options:')
    … …  
    7569                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'stokesreconditioning','multiplier for incompressibility equation. Only for Stokes model'))
    7670                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'referential','local referential'))
    77                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'loadingforce','loading force applied on each point'))
     71                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'loadingforce','loading force applied on each point [N/m^3]'))
    7872                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'requested_outputs','additional outputs requested'))
    7973
    8074                return string
    8175                #}}}
    82                
    83         def setdefaultparameters(self):
    84                 # {{{setdefaultparameters
     76        def setdefaultparameters(self): # {{{
    8577                #maximum of non-linear iterations.
    8678                self.maxiter=100
    … …  
    112104                return self
    113105        #}}}
    114 
    115106        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    116107
    … …  
    169160                return md
    170161        # }}}
    171 
    172162        def marshall(self,fid):    # {{{
    173163                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','spcvx','format','DoubleMat','mattype',1)
    … …  
    199189                WriteData(fid,'data',data,'enum',DiagnosticIcefrontEnum(),'format','DoubleMat','mattype',3)
    200190        # }}}
    201 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/flaim.py

    r13116 r14640  
    1 #module imports
    21import numpy
    32from collections import OrderedDict
    … …  
    1514        """
    1615
    17         #properties
    18         def __init__(self):
    19                 # {{{ Properties
     16        def __init__(self): # {{{
    2017                self.targets            = ''
    2118                self.tracks             = ''
    … …  
    3229                self.opt_niter          = 30000
    3330                #}}}
    34         def __repr__(self):
    35                 # {{{ Displa
     31        def __repr__(self): # {{{
    3632                string='   FLAIM - Flight Line Adaptation using Ice sheet Modeling:'
    3733
    … …  
    6157                return string
    6258                #}}}
    63 
    6459        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    6560
    … …  
    7671                return md
    7772        # }}}
    78 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/flowequation.py

    r14141 r14640  
    1 #module imports
    21import numpy
    32import copy
    … …  
    1514        """
    1615
    17         #properties
    18         def __init__(self):
    19                 # {{{ Properties
     16        def __init__(self): # {{{
    2017               
    2118                self.ismacayealpattyn     = 0
    … …  
    3330
    3431                #}}}
    35         def __repr__(self):
    36                 # {{{ Display
     32        def __repr__(self): # {{{
    3733                string='   flow equation parameters:'
    3834
    … …  
    4844                return string
    4945                #}}}
    50                
    51         def setdefaultparameters(self):
    52                 # {{{setdefaultparameters
     46        def setdefaultparameters(self): # {{{
    5347                return self
    5448        #}}}
    55 
    5649        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    5750
    … …  
    8073                return md
    8174        # }}}
    82 
    8375        def marshall(self,fid):    # {{{
    8476                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','ismacayealpattyn','format','Boolean')
    … …  
    113105                WriteData(fid,'data',data,'enum',FlowequationElementEquationEnum(),'format','DoubleMat','mattype',2)
    114106        # }}}
    115 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/friction.py

    r14141 r14640  
    1 #module imports
    21from fielddisplay import fielddisplay
    32from EnumDefinitions import *
    … …  
    1312        """
    1413
    15         #properties
    16         def __init__(self):
    17                 # {{{ Properties
     14        def __init__(self): # {{{
    1815                self.coefficient = float('NaN')
    1916                self.p           = float('NaN')
    … …  
    2421
    2522                #}}}
    26         def __repr__(self):
    27                 # {{{ Display
     23        def __repr__(self): # {{{
    2824                string="Sigma= drag^2 * Neff ^r * u ^s, with Neff=rho_ice*g*thickness+rho_water*g*bed, r=q/p and s=1/p"
    2925
    … …  
    3329                return string
    3430                #}}}
    35 
    36         def setdefaultparameters(self):
    37                 # {{{setdefaultparameters
     31        def setdefaultparameters(self): # {{{
    3832                return self
    3933        #}}}
    40 
    4134        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    4235
    … …  
    5144                return md
    5245        # }}}
    53 
    5446        def marshall(self,fid):    # {{{
    5547                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','coefficient','format','DoubleMat','mattype',1)
    … …  
    5749                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','q','format','DoubleMat','mattype',2)
    5850        # }}}
    59 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/geometry.m

    r13020 r14640  
    3939                        disp(sprintf('   geometry parameters:'));
    4040
    41                         fielddisplay(obj,'surface','surface elevation');
    42                         fielddisplay(obj,'thickness','ice thickness');
    43                         fielddisplay(obj,'bed','bed elevation');
    44                         fielddisplay(obj,'bathymetry','bathymetry elevation');
     41                        fielddisplay(obj,'surface','surface elevation [m]');
     42                        fielddisplay(obj,'thickness','ice thickness [m]');
     43                        fielddisplay(obj,'bed','bed elevation [m]');
     44                        fielddisplay(obj,'bathymetry','bathymetry elevation [m]');
    4545                        fielddisplay(obj,'hydrostatic_ratio','coefficient for ice shelves'' thickness correction: hydrostatic_ratio H_obs+ (1-hydrostatic_ratio) H_hydro');
    4646

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/geometry.py

    r14141 r14640  
    1 #module imports
    21from fielddisplay import fielddisplay
    32from EnumDefinitions import *
    … …  
    1312        """
    1413
    15         #properties
    16         def __init__(self):
    17                 # {{{ Properties
     14        def __init__(self): # {{{
    1815                self.surface           = float('NaN')
    1916                self.thickness         = float('NaN')
    … …  
    2623
    2724                #}}}
    28         def __repr__(self):
    29                 # {{{ Display
     25        def __repr__(self): # {{{
    3026
    3127                string="   geometry parameters:"
    32 
    33                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'surface','surface elevation'))
    34                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'thickness','ice thickness'))
    35                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'bed','bed elevation'))
    36                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'bathymetry','bathymetry elevation'))
     28                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'surface','surface elevation [m]'))
     29                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'thickness','ice thickness [m]'))
     30                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'bed','bed elevation [m]'))
     31                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'bathymetry','bathymetry elevation [m]'))
    3732                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'hydrostatic_ratio','coefficient for ice shelves'' thickness correction: hydrostatic_ratio H_obs+ (1-hydrostatic_ratio) H_hydro'))
    3833                return string
    3934                #}}}
    40                
    41         def setdefaultparameters(self):
    42                 # {{{setdefaultparameters
     35        def setdefaultparameters(self): # {{{
    4336                return self
    4437        #}}}
    45 
    4638        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    4739
    … …  
    5648                return md
    5749        # }}}
    58 
    5950        def marshall(self,fid):    # {{{
    6051                WriteData(fid,'data',self.surface,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',SurfaceEnum())
    … …  
    6455                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','hydrostatic_ratio','format','DoubleMat','mattype',1)
    6556        # }}}
    66 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/groundingline.m

    r14605 r14640  
    1 %CONSTANTS class definition
     1%GROUNDINGLINE class definition
    22%
    33%   Usage:
    … …  
    4848                end % }}}
    4949                function disp(obj) % {{{
    50                         disp(sprintf('   balance thickness solution parameters:'));
    51 
     50                        disp(sprintf('   grounding line migration parameters:'));
    5251                        fielddisplay(obj,'migration','type of grounding line migration: ''SoftMigration'',''AgressiveMigration'' or ''None''');
    53                         fielddisplay(obj,'melting_rate','melting rate applied when previously grounded parts start floating');
     52                        fielddisplay(obj,'melting_rate','melting rate applied when previously grounded parts start floating [m/yr]');
    5453
    5554                end % }}}

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/groundingline.py

    r14605 r14640  
    1 #module imports
    21import numpy
    32from fielddisplay import fielddisplay
    … …  
    109class groundingline(object):
    1110        """
    12         CONSTANTS class definition
     11        GROUNDINGLINE class definition
    1312
    1413           Usage:
    … …  
    1615        """
    1716
    18         #properties
    19         def __init__(self):
    20                 # {{{ Properties
     17        def __init__(self): # {{{
    2118                self.migration=''
    2219                self.melting_rate=float('NaN')
    … …  
    2623
    2724                #}}}
    28         def __repr__(self):
    29                 # {{{ Display
    30                 string='   grounding line solution parameters:'
     25        def __repr__(self): # {{{
     26                string='   grounding line migration parameters:'
    3127
    3228                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'migration','type of grounding line migration: ''SoftMigration'',''AgressiveMigration'' or ''None'''))
    33                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'melting_rate','melting rate applied when previously grounded parts start floating'))
     29                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'melting_rate','melting rate applied when previously grounded parts start floating [m/yr]'))
    3430                return string
    3531                #}}}   
    36         def setdefaultparameters(self):
    37                 # {{{setdefaultparameters
     32        def setdefaultparameters(self): # {{{
    3833
    3934                #Type of migration
    … …  
    4540                return self
    4641        #}}}
    47 
    4842        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    4943
    … …  
    6256                return md
    6357        # }}}
    64 
    6558        def marshall(self,fid):    # {{{
    6659                WriteData(fid,'data',StringToEnum(self.migration)[0],'enum',GroundinglineMigrationEnum(),'format','Integer')
    6760                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','melting_rate','format','Double')
    6861        # }}}
    69 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/hydrologydc.m

    r14587 r14640  
    5050                         disp(sprintf('   hydrology Dual Porous Continuum Equivalent parameters:'));
    5151
    52                          fielddisplay(obj,'spcsediment_head','sediment water head constraints (NaN means no constraint, meters above MSL)');
    53                          fielddisplay(obj,'sediment_compressibility','sediment compressibility (Pa -1)');
    54                          fielddisplay(obj,'sediment_porosity','sediment(dimensionless)');
    55                          fielddisplay(obj,'sediment_thickness','sediment thickness (meters)');
    56                          fielddisplay(obj,'sediment_transmitivity','sediment transmitivity (m2 s-1)');
    57                          fielddisplay(obj,'water_compressibility','water compressibility (Pa -1)');
    58                          fielddisplay(obj,'water_density','water density (kg m 3)');
     52                         fielddisplay(obj,'spcsediment_head','sediment water head constraints (NaN means no constraint) [m above MSL]');
     53                         fielddisplay(obj,'sediment_compressibility','sediment compressibility [Pa^-1]');
     54                         fielddisplay(obj,'sediment_porosity','sediment [dimensionless]');
     55                         fielddisplay(obj,'sediment_thickness','sediment thickness [m]');
     56                         fielddisplay(obj,'sediment_transmitivity','sediment transmitivity [m^2/s]');
     57                         fielddisplay(obj,'water_compressibility','water compressibility [Pa^-1]');
     58                         fielddisplay(obj,'water_density','water density [kg/m^3]');
    5959
    6060                 end % }}}

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/hydrologyshreve.m

    r14618 r14640  
    4848                        disp(sprintf('   hydrologyshreve solution parameters:'));
    4949
    50                         fielddisplay(obj,'spcwatercolumn','water thickness constraints (NaN means no constraint)');
     50                        fielddisplay(obj,'spcwatercolumn','water thickness constraints (NaN means no constraint) [m]');
    5151                        fielddisplay(obj,'n','Manning roughness coefficient');
    5252                        fielddisplay(obj,'CR','tortuosity parameter');

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/hydrologyshreve.py

    r14562 r14640  
    1 #module imports
    21from fielddisplay import fielddisplay
    32from EnumDefinitions import *
    … …  
    1312        """
    1413
    15         #properties
    16         def __init__(self):
    17                 # {{{ Properties
     14        def __init__(self): # {{{
    1815                self.spcwatercolumn = float('NaN')
    1916                self.n              = 0
    … …  
    2825
    2926                #}}}
    30         def __repr__(self):
    31                 # {{{ Display
     27        def __repr__(self): # {{{
    3228               
    3329                string='   hydrologyshreve solution parameters:'
    34                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'spcwatercolumn','water thickness constraints (NaN means no constraint)'))
     30                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'spcwatercolumn','water thickness constraints (NaN means no constraint) [m]'))
    3531                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'n','Manning roughness coefficient'))
    3632                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'CR','tortuosity parameter'))
    … …  
    4137                return string
    4238                #}}}
    43                
    44         def setdefaultparameters(self):
    45                 # {{{setdefaultparameters
     39        def setdefaultparameters(self): # {{{
    4640               
    4741                #Parameters from Johnson's 2002 thesis, section 3.5.4                   
    … …  
    5751                return self
    5852        #}}}
    59 
    6053        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    6154
    … …  
    6962                return md
    7063        # }}}
    71 
    7264        def marshall(self,fid):    # {{{
    7365                WriteData(fid,'enum',HydrologyEnum(),'data',HydrologyshreveEnum(),'format','Integer');
    … …  
    8072                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','stabilization','format','Double')
    8173        # }}}
    82 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/independent.py

    r13865 r14640  
    3030                self=options.AssignObjectFields(self)
    3131        # }}}
    32 
    3332        def __repr__(self):    # {{{
    3433                s ="   independent variable:\n"
    … …  
    4342                return s
    4443        # }}}
    45 
    4644        def setdefaultparameters(self):    # {{{
    4745                #do nothing
    4846                return self
    4947        # }}}
    50 
    5148        def checkconsistency(self,md,i,solution,analyses,driver):    # {{{
    5249                if not numpy.isnan(self.fos_forward_index):
    … …  
    6562                return md
    6663        # }}}
    67 
    6864        def typetoscalar(self):    # {{{
    6965                if   strcmpi(self.type,'scalar'):
    … …  
    7470                return scalar
    7571        # }}}
    76 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/initialization.m

    r14577 r14640  
    6969                        disp(sprintf('   initial field values:'));
    7070
    71                         fielddisplay(obj,'vx','x component of velocity');
    72                         fielddisplay(obj,'vy','y component of velocity');
    73                         fielddisplay(obj,'vz','z component of velocity');
    74                         fielddisplay(obj,'vel','velocity norm');
    75                         fielddisplay(obj,'pressure','pressure field');
    76                         fielddisplay(obj,'temperature','temperature in Kelvins');
    77                         fielddisplay(obj,'surfacetemp','surface temperature in Kelvins');
    78                         fielddisplay(obj,'basaltemp','basal temperature in Kelvins');
     71                        fielddisplay(obj,'vx','x component of velocity [m/yr]');
     72                        fielddisplay(obj,'vy','y component of velocity [m/yr]');
     73                        fielddisplay(obj,'vz','z component of velocity [m/yr]');
     74                        fielddisplay(obj,'vel','velocity norm [m/yr]');
     75                        fielddisplay(obj,'pressure','pressure field [Pa]');
     76                        fielddisplay(obj,'temperature','temperature [K]');
     77                        fielddisplay(obj,'surfacetemp','surface temperature [K]');
     78                        fielddisplay(obj,'basaltemp','basal temperature [K]');
    7979                        fielddisplay(obj,'waterfraction','fraction of water in the ice');
    80                         fielddisplay(obj,'sediment_head','sediment water head of subglacial system (meters)');
    81                         fielddisplay(obj,'watercolumn','thickness of subglacial water');
     80                        fielddisplay(obj,'sediment_head','sediment water head of subglacial system [m]');
     81                        fielddisplay(obj,'watercolumn','thickness of subglacial water [m]');
    8282
    8383                end % }}}

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/initialization.py

    r14577 r14640  
    1 #module imports
    21import numpy
    32from fielddisplay import fielddisplay
    … …  
    1413        """
    1514
    16         #properties
    17         def __init__(self):
    18                 # {{{ Properties
     15        def __init__(self): # {{{
    1916               
    2017                self.vx            = float('NaN')
    … …  
    2926                self.watercolumn   = float('NaN')
    3027                self.sediment_head  = float('NaN')
    31                 self.water_pressure = float('NaN')
    3228
    3329                #set defaults
    … …  
    3531
    3632                #}}}
    37         def __repr__(self):
    38                 # {{{ Display
     33        def __repr__(self): # {{{
    3934                string='   initial field values:'
    4035
    41                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'vx','x component of velocity'))
    42                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'vy','y component of velocity'))
    43                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'vz','z component of velocity'))
    44                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'vel','velocity norm'))
    45                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'pressure','pressure field'))
    46                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'temperature','temperature in Kelvins'))
    47                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'surfacetemp','surface temperature in Kelvins'))
    48                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'basaltemp','basal temperature in Kelvins'))
     36                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'vx','x component of velocity [m/yr]'))
     37                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'vy','y component of velocity [m/yr]'))
     38                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'vz','z component of velocity [m/yr]'))
     39                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'vel','velocity norm [m/yr]'))
     40                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'pressure','pressure [Pa]'))
     41                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'temperature','temperature [K]'))
     42                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'surfacetemp','surface temperature [K]'))
     43                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'basaltemp','basal temperature [K]'))
    4944                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'waterfraction','fraction of water in the ice'))
    50                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'watercolumn','thickness of subglacial water'))
    51                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'sediment_head','sediment water head of subglacial system (meters)'))
    52                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'water_pressure','water pressure due to the sediment head (Pa)'))
     45                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'watercolumn','thickness of subglacial water [m]'))
     46                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'sediment_head','sediment water head of subglacial system [m]'))
    5347
    5448                return string
    5549                #}}}
    56                
    57         def setdefaultparameters(self):
    58                 # {{{setdefaultparameters
     50        def setdefaultparameters(self): # {{{
    5951                return self
    6052        #}}}
    61 
    6253        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    6354                if DiagnosticHorizAnalysisEnum() in analyses:
    … …  
    8677                return md
    8778        # }}}
    88 
    8979        def marshall(self,fid):    # {{{
    9080                WriteData(fid,'data',self.vx,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',VxEnum())
    … …  
    9787                WriteData(fid,'data',self.sediment_head,'format','DoubleMat','mattype',1,'enum',SedimentHeadEnum())
    9888        # }}}
    99 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/inversion.m

    r14170 r14640  
    134134                        disp(sprintf('   inversion parameters:'));
    135135                        fielddisplay(obj,'iscontrol','is inversion activated?');
    136                         fielddisplay(obj,'incomplete_adjoint','do we assume linear viscosity?');
    137                         fielddisplay(obj,'control_parameters','parameter where inverse control is carried out; ex: {''FrictionCoefficient''}, or {''MaterialsRheologyBbar''}');
     136                        fielddisplay(obj,'incomplete_adjoint','1: linear viscosity, 0: non-linear viscosity');
     137                        fielddisplay(obj,'control_parameters','ex: {''FrictionCoefficient''}, or {''MaterialsRheologyBbar''}');
    138138                        fielddisplay(obj,'nsteps','number of optimization searches');
    139139                        fielddisplay(obj,'cost_functions','indicate the type of response for each optimization step');
    … …  
    146146                        fielddisplay(obj,'max_parameters','absolute maximum acceptable value of the inversed parameter on each vertex');
    147147                        fielddisplay(obj,'gradient_only','stop control method solution at gradient');
    148                         fielddisplay(obj,'vx_obs','observed velocity x component [m/a]');
    149                         fielddisplay(obj,'vy_obs','observed velocity y component [m/a]');
    150                         fielddisplay(obj,'vel_obs','observed velocity magnitude [m/a]');
     148                        fielddisplay(obj,'vx_obs','observed velocity x component [m/yr]');
     149                        fielddisplay(obj,'vy_obs','observed velocity y component [m/yr]');
     150                        fielddisplay(obj,'vel_obs','observed velocity magnitude [m/yr]');
    151151                        fielddisplay(obj,'thickness_obs','observed thickness [m]');
    152152                        disp('Available cost functions:');

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/inversion.py

    r14141 r14640  
    1 #module imports
    21import numpy
    32import copy
    … …  
    1615        """
    1716
    18         #properties
    19         def __init__(self):
    20                 # {{{ Properties
     17        def __init__(self): # {{{
    2118                self.iscontrol                   = 0
    2219                self.tao                         = 0
    … …  
    4340
    4441                #}}}
    45         def __repr__(self):
    46                 # {{{ Display
     42        def __repr__(self): # {{{
    4743                string='   inversion parameters:'
    4844                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'iscontrol','is inversion activated?'))
    49                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'incomplete_adjoint','do we assume linear viscosity?'))
    50                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'control_parameters','parameter where inverse control is carried out; ex: {''FrictionCoefficient''}, or {''MaterialsRheologyBbar''}'))
     45                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'incomplete_adjoint','1: linear viscosity, 0: non-linear viscosity'))
     46                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'control_parameters','ex: {''FrictionCoefficient''}, or {''MaterialsRheologyBbar''}'))
    5147                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'nsteps','number of optimization searches'))
    5248                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'cost_functions','indicate the type of response for each optimization step'))
    … …  
    5955                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'max_parameters','absolute maximum acceptable value of the inversed parameter on each vertex'))
    6056                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'gradient_only','stop control method solution at gradient'))
    61                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'vx_obs','observed velocity x component [m/a]'))
    62                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'vy_obs','observed velocity y component [m/a]'))
    63                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'vel_obs','observed velocity magnitude [m/a]'))
     57                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'vx_obs','observed velocity x component [m/yr]'))
     58                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'vy_obs','observed velocity y component [m/yr]'))
     59                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'vel_obs','observed velocity magnitude [m/yr]'))
    6460                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'thickness_obs','observed thickness [m]'))
    6561                string="%s\n%s"%(string,'Available cost functions:')
    … …  
    7571                return string
    7672                #}}}
    77 
    7873        def setdefaultparameters(self): # {{{
    7974               
    … …  
    117112                return self
    118113        #}}}
    119 
    120114        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    121115
    … …  
    149143                return md
    150144        # }}}
    151 
    152145        def marshall(self,fid):    # {{{
    153146
    … …  
    194187                WriteData(fid,'data',num_cost_functions,'enum',InversionNumCostFunctionsEnum(),'format','Integer')
    195188        # }}}
    196 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/mask.py

    r14141 r14640  
    1 #module imports
    21from fielddisplay import fielddisplay
    32from EnumDefinitions import *
    … …  
    1312        """
    1413
    15         #properties
    16         def __init__(self):
    17                 # {{{ Properties
     14        def __init__(self): # {{{
    1815                self.elementonfloatingice = float('NaN')
    1916                self.elementongroundedice = float('NaN')
    … …  
    2724
    2825                #}}}
    29         def __repr__(self):
    30                 # {{{ Display
     26        def __repr__(self): # {{{
    3127                string="   masks:"
    3228
    … …  
    3935                return string
    4036                #}}}
    41                
    42         def setdefaultparameters(self):
    43                 # {{{setdefaultparameters
     37        def setdefaultparameters(self): # {{{
    4438                return self
    4539        #}}}
    46 
    4740        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    4841
    … …  
    5649                return md
    5750        # }}}
    58 
    5951        def marshall(self,fid):    # {{{
    6052                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','elementonfloatingice','format','BooleanMat','mattype',2)
    … …  
    6557                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','vertexonwater','format','DoubleMat','mattype',1)
    6658        # }}}
    67 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/matdamageice.py

    r13624 r14640  
    1 #module imports
    21from fielddisplay import fielddisplay
    32from EnumDefinitions import *
    … …  
    3736
    3837        # }}}
     38        def __repr__(self):    # {{{
     39                s ='   Materials:\n'
    3940
     41                s+="%s\n" % fielddisplay(self,"rho_ice","ice density [kg/m^3]")
     42                s+="%s\n" % fielddisplay(self,"rho_water","ocean water density [kg/m^3]")
     43                s+="%s\n" % fielddisplay(self,"rho_freshwater","fresh water density [kg/m^3]")
     44                s+="%s\n" % fielddisplay(self,"mu_water","water viscosity [N s/m^2]")
     45                s+="%s\n" % fielddisplay(self,"heatcapacity","heat capacity [J/kg/K]")
     46                s+="%s\n" % fielddisplay(self,"thermalconductivity","ice thermal conductivity [W/m/K]")
     47                s+="%s\n" % fielddisplay(self,"meltingpoint","melting point of ice at 1atm in K")
     48                s+="%s\n" % fielddisplay(self,"latentheat","latent heat of fusion [J/m^3]")
     49                s+="%s\n" % fielddisplay(self,"beta","rate of change of melting point with pressure [K/Pa]")
     50                s+="%s\n" % fielddisplay(self,"mixed_layer_capacity","mixed layer capacity [W/kg/K]")
     51                s+="%s\n" % fielddisplay(self,"thermal_exchange_velocity","thermal exchange velocity [m/s]")
     52                s+="%s\n" % fielddisplay(self,"rheology_B","flow law parameter [Pa/s^(1/n)]")
     53                s+="%s\n" % fielddisplay(self,"rheology_n","Glen's flow law exponent")
     54                s+="%s\n" % fielddisplay(self,"rheology_Z","rheology multiplier")
     55                s+="%s\n" % fielddisplay(self,"rheology_law","law for the temperature dependance of the rheology: 'None', 'Paterson' or 'Arrhenius'")
     56
     57                return s
     58        # }}}
    4059        def setdefaultparameters(self):    # {{{
    4160
    … …  
    7796                self.rheology_law='Paterson'
    7897        # }}}
    79 
    8098        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    8199                md = checkfield(md,'materials.rho_ice','>',0)
    … …  
    90108                return md
    91109        # }}}
    92 
    93         def __repr__(self):    # {{{
    94                 s ='   Materials:\n'
    95 
    96                 s+="%s\n" % fielddisplay(self,"rho_ice","ice density [kg/m^3]")
    97                 s+="%s\n" % fielddisplay(self,"rho_water","ocean water density [kg/m^3]")
    98                 s+="%s\n" % fielddisplay(self,"rho_freshwater","fresh water density [kg/m^3]")
    99                 s+="%s\n" % fielddisplay(self,"mu_water","water viscosity [N s/m^2]")
    100                 s+="%s\n" % fielddisplay(self,"heatcapacity","heat capacity [J/kg/K]")
    101                 s+="%s\n" % fielddisplay(self,"thermalconductivity","ice thermal conductivity [W/m/K]")
    102                 s+="%s\n" % fielddisplay(self,"meltingpoint","melting point of ice at 1atm in K")
    103                 s+="%s\n" % fielddisplay(self,"latentheat","latent heat of fusion [J/m^3]")
    104                 s+="%s\n" % fielddisplay(self,"beta","rate of change of melting point with pressure [K/Pa]")
    105                 s+="%s\n" % fielddisplay(self,"mixed_layer_capacity","mixed layer capacity [W/kg/K]")
    106                 s+="%s\n" % fielddisplay(self,"thermal_exchange_velocity","thermal exchange velocity [m/s]")
    107                 s+="%s\n" % fielddisplay(self,"rheology_B","flow law parameter [Pa/s^(1/n)]")
    108                 s+="%s\n" % fielddisplay(self,"rheology_n","Glen's flow law exponent")
    109                 s+="%s\n" % fielddisplay(self,"rheology_Z","rheology multiplier")
    110                 s+="%s\n" % fielddisplay(self,"rheology_law","law for the temperature dependance of the rheology: 'None', 'Paterson' or 'Arrhenius'")
    111 
    112                 return s
    113         # }}}
    114 
    115110        def marshall(self,fid):    # {{{
    116111                WriteData(fid,'enum',MaterialsEnum(),'data',MatdamageiceEnum(),'format','Integer')
    … …  
    131126                WriteData(fid,'data',StringToEnum(self.rheology_law)[0],'enum',MaterialsRheologyLawEnum(),'format','Integer')
    132127        # }}}
    133 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/matice.py

    r14141 r14640  
    1 #module imports
    21from fielddisplay import fielddisplay
    32from EnumDefinitions import *
    … …  
    1413        """
    1514
    16         #properties
    17         def __init__(self):
    18                 # {{{ Properties
     15        def __init__(self): # {{{
    1916                self.rho_ice                    = 0.
    2017                self.rho_water                  = 0.
    … …  
    3431                self.setdefaultparameters()
    3532                #}}}
    36         def __repr__(self):
    37                 # {{{ Display
     33        def __repr__(self): # {{{
    3834                string="   Materials:"
    3935
    … …  
    5551                return string
    5652                #}}}
    57         def setdefaultparameters(self):
    58                 # {{{setdefaultparameters
     53        def setdefaultparameters(self): # {{{
    5954                #ice density (kg/m^3)
    6055                self.rho_ice=917.
    … …  
    9590                return self
    9691                #}}}
    97 
    9892        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    9993                md = checkfield(md,'materials.rho_ice','>',0)
    … …  
    106100                return md
    107101        # }}}
    108 
    109102        def marshall(self,fid):    # {{{
    110103                WriteData(fid,'enum',MaterialsEnum(),'data',MaticeEnum(),'format','Integer');
    … …  
    124117                WriteData(fid,'data',StringToEnum(self.rheology_law)[0],'enum',MaterialsRheologyLawEnum(),'format','Integer')
    125118        # }}}
    126 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/mesh.m

    r14619 r14640  
    143143                                fielddisplay(obj,'numberofvertices2d','number of vertices');
    144144                                fielddisplay(obj,'elements2d','vertex indices of the mesh elements');
    145                                 fielddisplay(obj,'x2d','vertices x coordinate');
    146                                 fielddisplay(obj,'y2d','vertices y coordinate');
     145                                fielddisplay(obj,'x2d','vertices x coordinate [m]');
     146                                fielddisplay(obj,'y2d','vertices y coordinate [m]');
    147147
    148148                                disp(sprintf('\n      Elements and vertices of the extruded 3d mesh:'));
    … …  
    153153                        fielddisplay(obj,'numberofvertices','number of vertices');
    154154                        fielddisplay(obj,'elements','vertex indices of the mesh elements');
    155                         fielddisplay(obj,'x','vertices x coordinate');
    156                         fielddisplay(obj,'y','vertices y coordinate');
    157                         fielddisplay(obj,'z','vertices z coordinate');
     155                        fielddisplay(obj,'x','vertices x coordinate [m]');
     156                        fielddisplay(obj,'y','vertices y coordinate [m]');
     157                        fielddisplay(obj,'z','vertices z coordinate [m]');
    158158                        fielddisplay(obj,'edges','edges of the 2d mesh (vertex1 vertex2 element1 element2)');
    159159                        fielddisplay(obj,'numberofedges','number of edges of the 2d mesh');
    160160
    161161                        disp(sprintf('\n      Properties:'));
    162                         fielddisplay(obj,'dimension','mesh dimension (2d or 3d)');
     162                        fielddisplay(obj,'dimension','mesh dimension');
    163163                        fielddisplay(obj,'numberoflayers','number of extrusion layers');
    164164                        fielddisplay(obj,'vertexonbed','lower vertices flags list');
    … …  
    183183
    184184                        disp(sprintf('\n      Projection:'));
    185                         fielddisplay(obj,'lat','vertices latitude');
    186                         fielddisplay(obj,'long','vertices longitude');
     185                        fielddisplay(obj,'lat','vertices latitude [degrees]');
     186                        fielddisplay(obj,'long','vertices longitude [degrees]');
    187187                        fielddisplay(obj,'hemisphere','Indicate hemisphere ''n'' or ''s'' ');
    188188                end % }}}

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/mesh.py

    r14405 r14640  
    1 #module imports
    21import numpy
    32from fielddisplay import fielddisplay
    … …  
    1413        """
    1514
    16         #properties
    17         def __init__(self):
    18                 # {{{ Properties
     15        def __init__(self): # {{{
    1916                self.x                           = float('NaN');
    2017                self.y                           = float('NaN');
    … …  
    6158
    6259                #}}}
    63         def __repr__(self):
    64                 # {{{ Display
     60        def __repr__(self): # {{{
    6561                string="   Mesh:"
    6662
    … …  
    7268                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"numberofvertices2d","number of vertices"))
    7369                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"elements2d","vertex indices of the mesh elements"))
    74                         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"x2d","vertices x coordinate"))
    75                         string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"y2d","vertices y coordinate"))
     70                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"x2d","vertices x coordinate [m]"))
     71                        string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"y2d","vertices y coordinate [m]"))
    7672
    7773                        string="%s\n%s"%(string,"\n\n      Elements and vertices of the extruded 3d mesh:")
    … …  
    8177                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"numberofvertices","number of vertices"))
    8278                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"elements","vertex indices of the mesh elements"))
    83                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"x","vertices x coordinate"))
    84                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"y","vertices y coordinate"))
    85                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"z","vertices z coordinate"))
     79                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"x","vertices x coordinate [m]"))
     80                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"y","vertices y coordinate [m]"))
     81                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"z","vertices z coordinate [m]"))
    8682                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"edges","edges of the 2d mesh (vertex1 vertex2 element1 element2)"))
    8783                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"numberofedges","number of edges of the 2d mesh"))
    … …  
    110106
    111107                string="%s%s"%(string,"\n\n      Projection:")
    112                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"lat","vertices latitude"))
    113                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"long","vertices longitude"))
     108                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"lat","vertices latitude [degrees]"))
     109                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"long","vertices longitude [degrees]"))
    114110                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"hemisphere","Indicate hemisphere 'n' or 's'"))
    115111                return string
    116112                #}}}
    117                
    118         def setdefaultparameters(self):
    119                 # {{{setdefaultparameters
     113        def setdefaultparameters(self): # {{{
    120114               
    121115                #the connectivity is the averaged number of nodes linked to a
    … …  
    128122                return self
    129123        #}}}
    130 
    131124        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    132125
    … …  
    177170                return md
    178171        # }}}
    179 
    180172        def marshall(self,fid):    # {{{
    181173                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','x','format','DoubleMat','mattype',1)
    … …  
    201193                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','numberofelements2d','format','Integer')
    202194        # }}}
    203 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/miscellaneous.py

    r14141 r14640  
    1 #module imports
    21from collections import OrderedDict
    32from fielddisplay import fielddisplay
    … …  
    1413        """
    1514
    16         #properties
    17         def __init__(self):
    18                 # {{{ Properties
     15        def __init__(self): # {{{
    1916                self.notes = ''
    2017                self.name  = ''
    … …  
    2522
    2623                #}}}
    27         def __repr__(self):
    28                 # {{{ Display
     24        def __repr__(self): # {{{
    2925                string='   miscellaneous parameters:'
    3026
    … …  
    3430                return string
    3531                #}}}
    36                
    37         def setdefaultparameters(self):
    38                 # {{{setdefaultparameters
     32        def setdefaultparameters(self): # {{{
    3933                return self
    4034        #}}}
    41 
    4235        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    4336                md = checkfield(md,'miscellaneous.name','empty',1)
    4437                return md
    4538        # }}}
    46 
    4739        def marshall(self,fid):    #  {{{
    4840                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','name','format','String')
    4941        # }}}
    50 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/organizer.py

    r13955 r14640  
    6363                        self.trunkprefix=trunkprefix
    6464        #}}}
    65 
    6665        def __repr__(self):    # {{{
    6766                s =""
    … …  
    7574                                s+="%s\n" % "   step #%2i: '%s'",step['id'],step['string']
    7675        #}}}
    77 
    7876        def load(self,string):    # {{{
    7977
    … …  
    9391                return md
    9492        #}}}
    95 
    9693        def loadmodel(self,string):    # {{{
    9794
    … …  
    118115                        raise IOerror("Could not find '%s'" % path)
    119116        #}}}
    120 
    121117        def perform(self,string):    # {{{
    122118
    … …  
    153149                return bool
    154150        #}}}
    155 
    156151        def savemodel(self,md):    # {{{
    157152
    … …  
    174169                savevars(name,'md',md)
    175170        #}}}
    176 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/pairoptions.py

    r14101 r14640  
    1111        """
    1212
    13         def __init__(self,*arg):
     13        def __init__(self,*arg): # {{{
    1414                self.functionname = ''
    1515                self.list         = OrderedDict()
    … …  
    2626                        self.buildlist(*arg)
    2727        # }}}
    28 
     28        def __repr__(self):    # {{{
     29                s="   functionname: '%s'\n" % self.functionname
     30                if self.list:
     31                        s+="   list: (%ix%i)\n\n" % (len(self.list),2)
     32                        for item in self.list.iteritems():
     33                                if   isinstance(item[1],(str,unicode)):
     34                                        s+="     field: %-10s value: '%s'\n" % (item[0],item[1])
     35                                elif isinstance(item[1],(bool,int,long,float)):
     36                                        s+="     field: %-10s value: %g\n" % (item[0],item[1])
     37                                else:
     38                                        s+="     field: %-10s value: %s\n" % (item[0],type(item[1]))
     39                else:
     40                        s+="   list: empty\n"
     41                return s
     42        # }}}
    2943        def buildlist(self,*arg):    # {{{
    3044                """BUILDLIST - build list of objects from input"""
    … …  
    4357                                print "WARNING: option number %d is not a string and will be ignored." % (i+1)
    4458        # }}}
    45 
    4659        def addfield(self,field,value):    # {{{
    4760                """ADDFIELD - add a field to an options list"""
    … …  
    5164                        self.list[field] = value
    5265        # }}}
    53 
    5466        def addfielddefault(self,field,value):    # {{{
    5567                """ADDFIELDDEFAULT - add a field to an options list if it does not already exist"""
    … …  
    5870                                self.list[field] = value
    5971        # }}}
    60 
    6172        def AssignObjectFields(self,obj2):    # {{{
    6273                """ASSIGNOBJECTFIELDS - assign object fields from options"""
    … …  
    6879                return obj2
    6980        # }}}
    70 
    7181        def changefieldvalue(self,field,newvalue):    # {{{
    7282                """CHANGEOPTIONVALUE - change the value of an option in an option list"""
    … …  
    7484                self.list[field]=newvalue;
    7585        # }}}
    76 
    77 #       function obj = deleteduplicates(obj,warn) % {{{
    78 #       %DELETEDUPLICATES - delete duplicates in an option list
    79 #
    80 #               %track the first occurrence of each option
    81 #               [dummy lines]=unique(obj.list(:,1),'first');
    82 #               clear dummy
    83 #
    84 #               %warn user if requested
    85 #               if warn,
    86 #                       numoptions=size(obj.list,1);
    87 #                       for i=1:numoptions,
    88 #                               if ~ismember(i,lines),
    89 #                                       disp(['WARNING: option ' obj.list{i,1} ' appeared more than once. Only its first occurrence will be kept'])
    90 #                               end
    91 #                       end
    92 #               end
    93 #
    94 #               %remove duplicates from the options list
    95 #               obj.list=obj.list(lines,:);
    96 #       end % }}}
    97 
    98         def __repr__(self):    # {{{
    99                 s="   functionname: '%s'\n" % self.functionname
    100                 if self.list:
    101                         s+="   list: (%ix%i)\n\n" % (len(self.list),2)
    102                         for item in self.list.iteritems():
    103                                 if   isinstance(item[1],(str,unicode)):
    104                                         s+="     field: %-10s value: '%s'\n" % (item[0],item[1])
    105                                 elif isinstance(item[1],(bool,int,long,float)):
    106                                         s+="     field: %-10s value: %g\n" % (item[0],item[1])
    107                                 else:
    108                                         s+="     field: %-10s value: %s\n" % (item[0],type(item[1]))
    109                 else:
    110                         s+="   list: empty\n"
    111                 return s
    112         # }}}
    113 
    11486        def exist(self,field):    # {{{
    11587                """EXIST - check if the option exist"""
    … …  
    12799                        return False
    128100        # }}}
    129 
    130         #def fieldoccurrences(self,field): #{{{
    131         #       '''
    132         #       FIELDOCCURRENCES - get number of occurrence of a field
    133         #       '''
    134         #
    135         #       #check input
    136         #       if not isinstance(field,(str,unicode)):
    137         #               raise TypeError("fieldoccurrences error message: field should be a string")
    138 
    139         #       #get number of occurrence
    140         #       # ??
    141         #       #return num
    142         #       #% }}}
    143 
    144101        def getfieldvalue(self,field,default=None):    # {{{
    145102                """
    … …  
    174131                return value
    175132        # }}}
    176 
    177133        def removefield(self,field,warn):    # {{{
    178134                """
    … …  
    196152                                print "removefield info: option '%s' has been removed from the list of options." % field
    197153        # }}}
    198 
    199154        def marshall(self,fid,firstindex):    # {{{
    200155
    … …  
    214169                                raise TypeError("Cannot marshall option '%s': format not supported yet." % name)
    215170        # }}}
    216 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/planetmesh.m

    r13646 r14640  
    1 %MESH class definition
     1%PLANETMESH class definition
    22%
    33%   Usage:
    … …  
    1717                numberofelements            = 0;
    1818                numberofvertices            = 0;
    19 
    20                 lat                         = NaN
    21                 long                        = NaN
    2219
    2320                vertexconnectivity          = NaN
    … …  
    6461                        md = checkfield(md,'planetmesh.numberofelements','>',0);
    6562                        md = checkfield(md,'planetmesh.numberofvertices','>',0);
    66                         %no checks for numberofedges lat long and hemisphere
    6763                        if (md.planetmesh.dimension==2),
    6864                                md = checkfield(md,'planetmesh.average_vertex_connectivity','>=',9,'message','''planetmesh.average_vertex_connectivity'' should be at least 9 in 2d');
    … …  
    9288                        fielddisplay(obj,'numberofelements','number of elements');
    9389                        fielddisplay(obj,'numberofvertices','number of vertices');
    94                         fielddisplay(obj,'elements','index into (x,y,z), coordinates of the vertices');
    95                         fielddisplay(obj,'x','vertices x coordinate');
    96                         fielddisplay(obj,'y','vertices y coordinate');
    97                         fielddisplay(obj,'z','vertices z coordinate');
    98                         fielddisplay(obj,'r','vertices r coordinate');
    99                         fielddisplay(obj,'theta','vertices theta coordinate');
    100                         fielddisplay(obj,'phi','vertices phi coordinate');
     90                        fielddisplay(obj,'elements','vertex indices of the mesh elements');
     91                        fielddisplay(obj,'x','vertices x coordinate [m]');
     92                        fielddisplay(obj,'y','vertices y coordinate [m]');
     93                        fielddisplay(obj,'z','vertices z coordinate [m]');
     94                        fielddisplay(obj,'r','vertices r coordinate [m]');
     95                        fielddisplay(obj,'theta','vertices theta coordinate [degrees]');
     96                        fielddisplay(obj,'phi','vertices phi coordinate [degrees]');
    10197
    10298                        disp(sprintf('\n      Properties:'));

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/plotoptions.py

    r14480 r14640  
    1010        '''
    1111
    12         def __init__(self,*arg):
     12        def __init__(self,*arg):# {{{
    1313                self.numberofplots = 0
    1414                self.figurenumber  = 1
    … …  
    1616
    1717                self.buildlist(*arg)
    18 
     18                #}}}
    1919        def __repr__(self): #{{{
    2020                s="\n"

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/private.py

    r13116 r14640  
    1 #module imports
    21from collections import OrderedDict
    32from fielddisplay import fielddisplay
    … …  
    1312        """
    1413
    15         #properties
    16         def __init__(self):
    17                 # {{{ Properties
     14        def __init__(self): # {{{
    1815                self.isconsistent = True
    1916                self.runtimename  = ''
    … …  
    2522
    2623                #}}}
    27         def __repr__(self):
    28                 # {{{ Display
     24        def __repr__(self): # {{{
    2925                string='   private parameters: do not change'
    3026
    … …  
    3531                return string
    3632                #}}}
    37                
    38         def setdefaultparameters(self):
    39                 # {{{setdefaultparameters
     33        def setdefaultparameters(self): # {{{
    4034                return self
    4135        #}}}
    42 
    4336        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    4437                return md
    4538        # }}}
    46 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/prognostic.m

    r13646 r14640  
    5353                function disp(obj) % {{{
    5454                        disp(sprintf('   Prognostic solution parameters:'));
    55                         fielddisplay(obj,'spcthickness','thickness constraints (NaN means no constraint)');
    56                         fielddisplay(obj,'min_thickness','minimum ice thickness allowed');
     55                        fielddisplay(obj,'spcthickness','thickness constraints (NaN means no constraint) [m]');
     56                        fielddisplay(obj,'min_thickness','minimum ice thickness allowed [m]');
    5757                        fielddisplay(obj,'hydrostatic_adjustment','adjustment of ice shelves surface and bed elevations: ''Incremental'' or ''Absolute'' ');
    58                         fielddisplay(obj,'stabilization','0->no, 1->artificial_diffusivity, 2->streamline upwinding, 3->discontinuous Galerkin');
     58                        fielddisplay(obj,'stabilization','0: no, 1: artificial_diffusivity, 2: streamline upwinding, 3: discontinuous Galerkin');
    5959
    6060                        disp(sprintf('\n      %s','Penalty options:'));

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/prognostic.py

    r14141 r14640  
    1 #module imports
    21from fielddisplay import fielddisplay
    32from EnumDefinitions import *
    … …  
    1413        """
    1514
    16         #properties
    17         def __init__(self):
    18                 # {{{ Properties
     15        def __init__(self): # {{{
    1916                self.spcthickness           = float('NaN')
    2017                self.min_thickness          = 0
    … …  
    2926
    3027                #}}}
    31         def __repr__(self):
    32                 # {{{ Display
     28        def __repr__(self): # {{{
    3329                string='   Prognostic solution parameters:'
    34                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'spcthickness','thickness constraints (NaN means no constraint)'))
    35                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'min_thickness','minimum ice thickness allowed'))
     30                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'spcthickness','thickness constraints (NaN means no constraint) [m]'))
     31                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'min_thickness','minimum ice thickness allowed [m]'))
    3632                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'hydrostatic_adjustment','adjustment of ice shelves surface and bed elevations: ''Incremental'' or ''Absolute'' '))
    37                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'stabilization','0->no, 1->artificial_diffusivity, 2->streamline upwinding, 3->discontinuous Galerkin'))
     33                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'stabilization','0: no, 1: artificial_diffusivity, 2: streamline upwinding, 3: discontinuous Galerkin'))
    3834                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'requested_outputs','additional outputs requested'))
    3935
    4036                return string
    4137                #}}}
    42                
    43         def setdefaultparameters(self):
    44                 # {{{setdefaultparameters
     38        def setdefaultparameters(self): # {{{
    4539               
    4640                #Type of stabilization to use 0:nothing 1:artificial_diffusivity 3:Discontinuous Galerkin
    … …  
    5852                return self
    5953        #}}}
    60 
    6154        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    6255
    … …  
    7467                return md
    7568        # }}}
    76 
    7769        def marshall(self,fid):    # {{{
    7870                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','spcthickness','format','DoubleMat','mattype',1)
    … …  
    8476                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','requested_outputs','format','DoubleMat','mattype',3);
    8577        # }}}
    86 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/qmu.py

    r13490 r14640  
    1 #module imports
    21import numpy
    32from collections import OrderedDict
    … …  
    1615        """
    1716
    18         #properties
    19         def __init__(self):
    20                 # {{{ Properties
     17        def __init__(self): # {{{
    2118                self.isdakota                    = 0
    2219                self.variables                   = OrderedDict()
    … …  
    4037
    4138                #}}}
    42 
    43         def setdefaultparameters(self):
    44                 # {{{setdefaultparameters
     39        def setdefaultparameters(self): # {{{
    4540                return self
    4641        #}}}
    … …  
    156151                WriteData(fid,'data',flag,'enum',QmuMassFluxSegmentsPresentEnum(),'format','Boolean');
    157152        # }}}
    158 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/radaroverlay.m

    r11869 r14640  
    2626
    2727                        fielddisplay(obj,'pwr','radar power image (matrix)');
    28                         fielddisplay(obj,'x','corresponding x coordinates');
    29                         fielddisplay(obj,'y','corresponding y coordinates');
     28                        fielddisplay(obj,'x','corresponding x coordinates [m]');
     29                        fielddisplay(obj,'y','corresponding y coordinates [m]');
    3030
    3131                end % }}}

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/radaroverlay.py

    r14141 r14640  
    1 #module imports
    21from fielddisplay import fielddisplay
    32
    … …  
    109        """
    1110
    12         #properties
    13         def __init__(self):
    14                 # {{{ Properties
     11        def __init__(self): # {{{
    1512                self.pwr = float('NaN')
    1613                self.x   = float('NaN')
    … …  
    2118
    2219                #}}}
    23         def __repr__(self):
    24                 # {{{ Display
     20        def __repr__(self): # {{{
    2521                string='   radaroverlay parameters:'
    2622                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'pwr','radar power image (matrix)'))
    27                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'x','corresponding x coordinates'))
    28                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'y','corresponding y coordinates'))
     23                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'x','corresponding x coordinates [m]'))
     24                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'y','corresponding y coordinates [m]'))
    2925                return string
    3026                #}}}
    31                
    32         def setdefaultparameters(self):
    33                 # {{{setdefaultparameters
     27        def setdefaultparameters(self): # {{{
    3428                return self
    3529        #}}}
    36 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/results.py

    r13966 r14640  
    1717                pass
    1818        # }}}
    19 
    2019        def __repr__(self):    # {{{
    2120                s ="   Model results:\n"
    … …  
    4443                return s
    4544        # }}}
    46 
    4745        def setdefaultparameters(self):    # {{{
    4846                #do nothing
    4947                return self
    5048        # }}}
    51 
    5249        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    5350                return md
    5451        # }}}
    55 
    5652        def marshall(self,fid):    # {{{
    5753                pass
    5854        # }}}
    59 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/rifts.py

    r14141 r14640  
    1 #module imports
    21import numpy
    32from fielddisplay import fielddisplay
    … …  
    1514        """
    1615
    17         #properties
    18         def __init__(self):
    19                 # {{{ Properties
     16        def __init__(self): # {{{
    2017                self.riftstruct     = []
    2118                self.riftproperties = []
    … …  
    2522
    2623                #}}}
    27         def __repr__(self):
    28                 # {{{ Display
     24        def __repr__(self): # {{{
    2925                string='   rifts parameters:'
    3026
    … …  
    3329                return string
    3430                #}}}
    35                
    36         def setdefaultparameters(self):
    37                 # {{{setdefaultparameters
     31        def setdefaultparameters(self): # {{{
    3832                return self
    3933        #}}}
    40 
    4134        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    4235                if (not self.riftstruct) or numpy.any(isnans(self.riftstruct)):
    … …  
    6154                return md
    6255        # }}}
    63 
    6456        def marshall(self,fid):    # {{{
    6557
    … …  
    9082                WriteData(fid,'data',data,'enum',RiftsRiftstructEnum(),'format','DoubleMat','mattype',3)
    9183        # }}}
    92 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/settings.py

    r14215 r14640  
    1 #module imports
    21from fielddisplay import fielddisplay
    32from EnumDefinitions import *
    … …  
    1312        """
    1413
    15         #properties
    16         def __init__(self):
    17                 # {{{ Properties
     14        def __init__(self): # {{{
    1815                self.io_gather           = 0
    1916                self.lowmem              = 0
    … …  
    2623
    2724                #}}}
    28         def __repr__(self):
    29                 # {{{ Display
     25        def __repr__(self): # {{{
    3026                string="   general settings parameters:"
    3127
    … …  
    3733                return string
    3834                #}}}
    39                
    40         def setdefaultparameters(self):
    41                 # {{{setdefaultparameters
     35        def setdefaultparameters(self): # {{{
    4236               
    4337                #are we short in memory ? (0 faster but requires more memory)
    … …  
    6155                return self
    6256        #}}}
    63 
    6457        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    6558                md = checkfield(md,'settings.io_gather','numel',[1],'values',[0,1])
    … …  
    7164                return md
    7265        # }}}
    73 
    7466        def marshall(self,fid):    # {{{
    7567                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','io_gather','format','Boolean')
    … …  
    8274                        WriteData(fid,'enum',SettingsWaitonlockEnum(),'data',False,'format','Boolean');
    8375        # }}}
    84 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/steadystate.py

    r13023 r14640  
    1 #module imports
    21import numpy
    32from fielddisplay import fielddisplay
    … …  
    1413        """
    1514
    16         #properties
    17         def __init__(self):
    18                 # {{{ Properties
     15        def __init__(self): # {{{
    1916                self.reltol            = 0
    2017                self.maxiter           = 0
    … …  
    2522
    2623                #}}}
    27         def __repr__(self):
    28                 # {{{ Display
     24        def __repr__(self): # {{{
    2925                string='   steadystate solution parameters:'
    3026                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'reltol','relative tolerance criterion'))
    … …  
    3329                return string
    3430                #}}}
    35                
    36         def setdefaultparameters(self):
    37                 # {{{setdefaultparameters
     31        def setdefaultparameters(self): # {{{
    3832               
    3933                #maximum of steady state iterations
    … …  
    4539                return self
    4640        #}}}
    47 
    4841        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    4942
    … …  
    6053                return md
    6154        # }}}
    62 
    6355        def marshall(self,fid):    # {{{
    6456                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','reltol','format','Double')
    … …  
    6658                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','requested_outputs','format','DoubleMat','mattype',3)
    6759        # }}}
    68 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/surfaceforcings.m

    r14175 r14640  
    7474                        fielddisplay(obj,'ispdd','is pdd activated (0 or 1, default is 0)');
    7575                        fielddisplay(obj,'isdelta18o','is temperature and precipitation delta18o parametrisation activated (0 or 1, default is 0)');
    76                         fielddisplay(obj,'monthlytemperatures','monthly surface temperatures [Kelvin], required if pdd is activated and delta18o not activated');
     76                        fielddisplay(obj,'monthlytemperatures','monthly surface temperatures [K], required if pdd is activated and delta18o not activated');
    7777                        fielddisplay(obj,'precipitation','surface precipitation [m/yr water eq]');
    78                         fielddisplay(obj,'temperatures_presentday','monthly present day surface temperatures [Kelvin], required if pdd is activated and delta18o activated');
    79                         fielddisplay(obj,'temperatures_lgm','monthly LGM surface temperatures [Kelvin], required if pdd is activated and delta18o activated');
     78                        fielddisplay(obj,'temperatures_presentday','monthly present day surface temperatures [K], required if pdd is activated and delta18o activated');
     79                        fielddisplay(obj,'temperatures_lgm','monthly LGM surface temperatures [K], required if pdd is activated and delta18o activated');
    8080                        fielddisplay(obj,'precipitations_presentday','monthly surface precipitation [m/yr water eq], required if pdd is activated and delta18o activated');
    8181                        fielddisplay(obj,'delta18o','delta18o, required if pdd is activated and delta18o activated');

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/surfaceforcings.py

    r14198 r14640  
    1 #module imports
    21from fielddisplay import fielddisplay
    32from EnumDefinitions import *
    … …  
    1312        """
    1413
    15         #properties
    16         def __init__(self):
    17                 # {{{ Properties
     14        def __init__(self): # {{{
    1815                self.precipitation = float('NaN')
    1916                self.mass_balance  = float('NaN')
    … …  
    3633
    3734                #}}}
    38         def __repr__(self):
    39                 # {{{ Display
     35        def __repr__(self): # {{{
    4036                string="   surface forcings parameters:"
    4137
    … …  
    4440                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'ispdd','is pdd activated (0 or 1, default is 0)'))
    4541                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'isdelta18o','is temperature and precipitation delta18o parametrisation activated (0 or 1, default is 0)'))
    46                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'monthlytemperatures','monthly surface temperatures [Kelvin], required if pdd is activated and delta18o not activated'))
     42                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'monthlytemperatures','monthly surface temperatures [K], required if pdd is activated and delta18o not activated'))
    4743                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'precipitation','surface precipitation [m/yr water eq]'))
    48                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'temperatures_presentday','monthly present day surface temperatures [Kelvin], required if pdd is activated and delta18o activated'))
    49                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'temperatures_lgm','monthly LGM surface temperatures [Kelvin], required if pdd is activated and delta18o activated'))
     44                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'temperatures_presentday','monthly present day surface temperatures [K], required if pdd is activated and delta18o activated'))
     45                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'temperatures_lgm','monthly LGM surface temperatures [K], required if pdd is activated and delta18o activated'))
    5046                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'precipitations_presentday','monthly surface precipitation [m/yr water eq], required if pdd is activated and delta18o activated'))
    5147                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'delta18o','delta18o, required if pdd is activated and delta18o activated'))
    … …  
    5955                return string
    6056                #}}}
    61         def setdefaultparameters(self):
    62                 # {{{setdefaultparameters
     57        def setdefaultparameters(self): # {{{
    6358                 
    6459                #pdd method not used in default mode
    … …  
    6964                return self
    7065        #}}}
    71 
    7266        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    7367
    … …  
    9892                return md
    9993        # }}}
    100 
    10194        def marshall(self,fid):    # {{{
    10295                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','precipitation','format','DoubleMat','mattype',1)
    … …  
    124117                        WriteData(fid,'object',self,'fieldname','b_neg','format','DoubleMat','mattype',1)
    125118        # }}}
    126 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/taoinversion.m

    r14170 r14640  
    1 %INVERSION class definition
     1%TAOINVERSION class definition
    22%
    33%   Usage:
    … …  
    9393                        disp(sprintf('   taoinversion parameters:'));
    9494                        fielddisplay(obj,'iscontrol','is inversion activated?');
    95                         fielddisplay(obj,'incomplete_adjoint','do we assume linear viscosity?');
    96                         fielddisplay(obj,'control_parameters','parameter where inverse control is carried out; ex: {''FrictionCoefficient''}, or {''MaterialsRheologyBbar''}');
     95                        fielddisplay(obj,'incomplete_adjoint','1: linear viscosity, 0: non-linear viscosity');
     96                        fielddisplay(obj,'control_parameters','ex: {''FrictionCoefficient''}, or {''MaterialsRheologyBbar''}');
    9797                        fielddisplay(obj,'nsteps','number of optimization searches');
    9898                        fielddisplay(obj,'cost_functions','indicate the type of response for each optimization step');
    … …  
    100100                        fielddisplay(obj,'min_parameters','absolute minimum acceptable value of the inversed parameter on each vertex');
    101101                        fielddisplay(obj,'max_parameters','absolute maximum acceptable value of the inversed parameter on each vertex');
    102                         fielddisplay(obj,'vx_obs','observed velocity x component [m/a]');
    103                         fielddisplay(obj,'vy_obs','observed velocity y component [m/a]');
    104                         fielddisplay(obj,'vel_obs','observed velocity magnitude [m/a]');
     102                        fielddisplay(obj,'vx_obs','observed velocity x component [m/yr]');
     103                        fielddisplay(obj,'vy_obs','observed velocity y component [m/yr]');
     104                        fielddisplay(obj,'vel_obs','observed velocity magnitude [m/yr]');
    105105                        fielddisplay(obj,'thickness_obs','observed thickness [m]');
    106106                        disp('Available cost functions:');

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/thermal.m

    r13401 r14640  
    5757                        disp(sprintf('   Thermal solution parameters:'));
    5858
    59                         fielddisplay(obj,'spctemperature','temperature constraints (NaN means no constraint)');
    60                         fielddisplay(obj,'stabilization','0->no, 1->artificial_diffusivity, 2->SUPG');
     59                        fielddisplay(obj,'spctemperature','temperature constraints (NaN means no constraint) [K]');
     60                        fielddisplay(obj,'stabilization','0: no, 1: artificial_diffusivity, 2: SUPG');
    6161                        fielddisplay(obj,'maxiter','maximum number of non linear iterations');
    6262                        fielddisplay(obj,'penalty_lock','stabilize unstable thermal constraints that keep zigzagging after n iteration (default is 0, no stabilization)');

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/thermal.py

    r14141 r14640  
    1 #module imports
    21import numpy
    32from fielddisplay import fielddisplay
    … …  
    1413        """
    1514
    16         #properties
    17         def __init__(self):
    18                 # {{{ Properties
     15        def __init__(self): # {{{
    1916                self.spctemperature    = float('NaN')
    2017                self.penalty_threshold = 0
    … …  
    2926
    3027                #}}}
    31         def __repr__(self):
    32                 # {{{ Display
     28        def __repr__(self): # {{{
    3329                string='   Thermal solution parameters:'
    34                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'spctemperature','temperature constraints (NaN means no constraint)'))
    35                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'stabilization','0->no, 1->artificial_diffusivity, 2->SUPG'))
     30                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'spctemperature','temperature constraints (NaN means no constraint) [K]'))
     31                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'stabilization','0: no, 1: artificial_diffusivity, 2: SUPG'))
    3632                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'maxiter','maximum number of non linear iterations'))
    3733                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'penalty_lock','stabilize unstable thermal constraints that keep zigzagging after n iteration (default is 0, no stabilization)'))
    … …  
    4036                return string
    4137                #}}}
    42                
    43         def setdefaultparameters(self):
    44                 # {{{setdefaultparameters
     38        def setdefaultparameters(self): # {{{
    4539               
    4640                #Number of unstable constraints acceptable
    … …  
    6155                return self
    6256        #}}}
    63 
    6457        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    6558
    … …  
    7871                return md
    7972        # }}}
    80 
    8173        def marshall(self,fid):    # {{{
    8274                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','spctemperature','format','DoubleMat','mattype',1)
    … …  
    8880                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','isenthalpy','format','Boolean')
    8981        # }}}
    90 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/timestepping.m

    r14103 r14640  
    4747                        disp(sprintf('   timestepping parameters:'));
    4848
    49                         fielddisplay(obj,'start_time','simulation starting time [yrs]');
    50                         fielddisplay(obj,'final_time','final time to stop the simulation [yrs]');
    51                         fielddisplay(obj,'time_step','length of time steps [yrs]');
     49                        fielddisplay(obj,'start_time','simulation starting time [yr]');
     50                        fielddisplay(obj,'final_time','final time to stop the simulation [yr]');
     51                        fielddisplay(obj,'time_step','length of time steps [yr]');
    5252                        fielddisplay(obj,'time_adapt','use cfl condition to define time step ? (0 or 1) ');
    5353                        fielddisplay(obj,'cfl_coefficient','coefficient applied to cfl condition');

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/timestepping.py

    r14141 r14640  
    1 #module imports
    21from fielddisplay import fielddisplay
    32from EnumDefinitions import *
    … …  
    1312        """
    1413
    15         #properties
    16         def __init__(self):
    17                 # {{{ Properties
     14        def __init__(self): # {{{
    1815                self.start_time      = 0.
    1916                self.final_time      = 0.
    … …  
    2623
    2724                #}}}
    28         def __repr__(self):
    29                 # {{{ Display
     25        def __repr__(self): # {{{
    3026                string="   timestepping parameters:"
    31                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"start_time","simulation starting time [yrs]"))
    32                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"final_time","final time to stop the simulation [yrs]"))
    33                 string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"time_step","length of time steps [yrs]"))
     27                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"start_time","simulation starting time [yr]"))
     28                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"final_time","final time to stop the simulation [yr]"))
     29                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"time_step","length of time steps [yr]"))
    3430                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"time_adapt","use cfl condition to define time step ? (0 or 1) "))
    3531                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,"cfl_coefficient","coefficient applied to cfl condition"))
    3632                return string
    3733                #}}}
    38                
    39         def setdefaultparameters(self):
    40                 # {{{setdefaultparameters
     34        def setdefaultparameters(self): # {{{
    4135               
    4236                #time between 2 time steps
    … …  
    5246                return self
    5347        #}}}
    54 
    5548        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    5649
    … …  
    6558                return md
    6659        # }}}
    67 
    6860        def marshall(self,fid):    # {{{
    6961                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','start_time','format','Double')
    … …  
    7365                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','cfl_coefficient','format','Double')
    7466        # }}}
    75 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/toolkits.py

    r14636 r14640  
    2525                #The other properties are dynamic
    2626        # }}}
     27        def __repr__(self):    # {{{
     28                s ="List of toolkits options per analysis:\n\n"
     29                for analysis in vars(self).iterkeys():
     30                        s+="%s\n" % fielddisplay(self,analysis,'')
    2731
     32                return s
     33        # }}}
    2834        def addoptions(self,analysis,*args):    # {{{
    2935                # Usage example:
    … …  
    4551                return self
    4652        # }}}
    47 
    48         def __repr__(self):    # {{{
    49                 s ="List of toolkits options per analysis:\n\n"
    50                 for analysis in vars(self).iterkeys():
    51                         s+="%s\n" % fielddisplay(self,analysis,'')
    52 
    53                 return s
    54         # }}}
    55 
    5653        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    5754                for analysis in vars(self).iterkeys():
    … …  
    6158                return md
    6259        # }}}
    63 
    6460        def ToolkitsFile(self,filename):    # {{{
    6561                """
    … …  
    106102                fid.close()
    107103        # }}}
    108 

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/transient.py

    r14543 r14640  
    1 #module imports
    21from fielddisplay import fielddisplay
    32from EnumDefinitions import *
    … …  
    1312        """
    1413
    15         #properties
    16         def __init__(self):
    17                 # {{{ Properties
     14        def __init__(self): # {{{
    1815                self.isprognostic      = False
    1916                self.isdiagnostic      = False
    … …  
    2724
    2825                #}}}
    29         def __repr__(self):
    30                 # {{{ Display
     26        def __repr__(self): # {{{
    3127                string='   transient solution parameters:'
    3228                string="%s\n%s"%(string,fielddisplay(self,'isprognostic','indicates if a prognostic solution is used in the transient'))
    … …  
    3834                return string
    3935                #}}}
    40                
    41         def setdefaultparameters(self):
    42                 # {{{setdefaultparameters
     36        def setdefaultparameters(self): # {{{
    4337               
    4438                #full analysis: Diagnostic, Prognostic and Thermal but no groundingline migration for now
    … …  
    5145                return self
    5246        #}}}
    53 
    5447        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    5548
    … …  
    6861                return md
    6962        # }}}
    70 
    7163        def marshall(self,fid):    # {{{
    7264                WriteData(fid,'object',self,'fieldname','isprognostic','format','Boolean')

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/verbose.py

    r14558 r14640  
    7272                                        raise TypeError("verbose supported field values are logicals only (True or False)")
    7373        # }}}
    74 
    7574        def __repr__(self):    # {{{
    7675                       
    … …  
    8988                return s
    9089        # }}}
    91 
    9290        def VerboseToBinary(self):    # {{{
    9391
    … …  
    114112                return binary
    115113        # }}}
    116 
    117114        def BinaryToVerbose(self,binary):    # {{{
    118115
    … …  
    128125                #ENDBIN2VERB
    129126        # }}}
    130 
    131127        def checkconsistency(self,md,solution,analyses):    # {{{
    132128                return md
    133129        # }}}
    134 
    135130        def marshall(self,fid):    # {{{
    136131                WriteData(fid,'data',self.VerboseToBinary(),'enum',VerboseEnum(),'format','Integer')
    137132        # }}}
    138 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.