Changeset 13787


Ignore:
Timestamp:
10/22/12 12:01:50 (13 years ago)
Author:
Mathieu Morlighem
Message:

CHG: more problems reported by cppcheck

Location:
issm/trunk-jpl/src/c
Files:
22 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • issm/trunk-jpl/src/c/classes/IoModel.cpp

    r13761 r13787  
    1717#include "./classes.h"
    1818#include "../io/io.h"
    19 #include "./Container/Parameters.h"
     19#include "../Container/Parameters.h"
    2020#include "../shared/shared.h"
    21 #include "../io/io.h"
    2221#include "../include/include.h"
    2322

  • issm/trunk-jpl/src/c/classes/dakota/DakotaPlugin.cpp

    r13622 r13787  
    3333
    3434//Dakota headers
    35 #include "DakotaResponse.H"
    36 #include "ParamResponsePair.H"
    37 #include "DakotaPlugin.h"
    38 #include "system_defs.h"
    39 #include "ProblemDescDB.H"
    40 #include "ParallelLibrary.H"
     35#include <DakotaResponse.H>
     36#include <ParamResponsePair.H>
     37#include <DakotaPlugin.h>
     38#include <system_defs.h>
     39#include <ProblemDescDB.H>
     40#include <ParallelLibrary.H>
    4141
    4242namespace SIM {

  • issm/trunk-jpl/src/c/classes/dakota/DakotaPlugin.h

    r13623 r13787  
    88
    99/*Headers:*/
    10 /*{{{*/
    11 #include "DirectApplicInterface.H"
     10#include <DirectApplicInterface.H>
    1211#include "../../toolkits/toolkits.h"
    1312#include "../../classes/classes.h"
    14 /*}}}*/
    1513
    1614namespace SIM {

  • issm/trunk-jpl/src/c/classes/objects/Elements/Penta.cpp

    r13761 r13787  
    180180
    181181        /*Intermediaries */
    182         int    count,ig;
     182        int    count;
    183183        IssmDouble basalfriction[NUMVERTICES]={0,0,0,0,0,0};
    184184        IssmDouble alpha2,vx,vy;
    … …  
    204204        gauss=new GaussPenta(0,1,2,2);
    205205        count=0;
    206         for(ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     206        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    207207
    208208                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    226226void  Penta::ComputeBasalStress(Vector<IssmDouble>* sigma_b){
    227227
    228         int         i,j,ig;
     228        int         i,j;
    229229        int         dofv[3]={0,1,2};
    230230        int         dofp[1]={3};
    231231        int         analysis_type,approximation;
    232         IssmDouble      xyz_list[NUMVERTICES][3];
    233         IssmDouble      xyz_list_tria[3][3];
    234         IssmDouble      rho_ice,gravity,stokesreconditioning;
    235         IssmDouble      pressure,viscosity,Jdet2d;
    236         IssmDouble      bed_normal[3];
    237         IssmDouble      basalforce[3];
    238         IssmDouble      epsilon[6]; /* epsilon=[exx,eyy,ezz,exy,exz,eyz];*/
    239         IssmDouble      stresstensor[6]={0.0};
    240         IssmDouble      sigma_xx,sigma_yy,sigma_zz;
    241         IssmDouble      sigma_xy,sigma_xz,sigma_yz;
    242         IssmDouble      surface=0,value=0;
     232        IssmDouble  xyz_list[NUMVERTICES][3];
     233        IssmDouble  xyz_list_tria[3][3];
     234        IssmDouble  rho_ice,gravity,stokesreconditioning;
     235        IssmDouble  pressure,viscosity,Jdet2d;
     236        IssmDouble  bed_normal[3];
     237        IssmDouble  basalforce[3];
     238        IssmDouble  epsilon[6]; /* epsilon=[exx,eyy,ezz,exy,exz,eyz];*/
     239        IssmDouble  stresstensor[6]={0.0};
     240        IssmDouble  sigma_xx,sigma_yy,sigma_zz;
     241        IssmDouble  sigma_xy,sigma_xz,sigma_yz;
     242        IssmDouble  surface=0,value=0;
    243243        GaussPenta* gauss;
    244244
    … …  
    276276        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    277277        gauss=new GaussPenta(0,1,2,2);
    278         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     278        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    279279
    280280                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    32993299        /*Intermediaries */
    33003300        int        stabilization;
    3301         int        i,j,ig,found=0;
    3302         IssmDouble     Jdet,u,v,w,um,vm,wm;
    3303         IssmDouble     h,hx,hy,hz,vx,vy,vz,vel;
    3304         IssmDouble     gravity,rho_ice,rho_water;
    3305         IssmDouble     epsvel=2.220446049250313e-16;
    3306         IssmDouble     heatcapacity,thermalconductivity,dt;
    3307         IssmDouble     pressure,enthalpy;
    3308         IssmDouble     latentheat,kappa;
    3309         IssmDouble     tau_parameter,diameter;
    3310         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    3311         IssmDouble     B_conduct[3][numdof];
    3312         IssmDouble     B_advec[3][numdof];
    3313         IssmDouble     Bprime_advec[3][numdof];
    3314         IssmDouble     L[numdof];
    3315         IssmDouble     dbasis[3][6];
    3316         IssmDouble     D_scalar_conduct,D_scalar_advec;
    3317         IssmDouble     D_scalar_trans,D_scalar_stab;
    3318         IssmDouble     D[3][3];
    3319         IssmDouble     K[3][3]={0.0};
     3301        int        i,j,found=0;
     3302        IssmDouble Jdet,u,v,w,um,vm,wm;
     3303        IssmDouble h,hx,hy,hz,vx,vy,vz,vel;
     3304        IssmDouble gravity,rho_ice,rho_water;
     3305        IssmDouble epsvel=2.220446049250313e-16;
     3306        IssmDouble heatcapacity,thermalconductivity,dt;
     3307        IssmDouble pressure,enthalpy;
     3308        IssmDouble latentheat,kappa;
     3309        IssmDouble tau_parameter,diameter;
     3310        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     3311        IssmDouble B_conduct[3][numdof];
     3312        IssmDouble B_advec[3][numdof];
     3313        IssmDouble Bprime_advec[3][numdof];
     3314        IssmDouble L[numdof];
     3315        IssmDouble dbasis[3][6];
     3316        IssmDouble D_scalar_conduct,D_scalar_advec;
     3317        IssmDouble D_scalar_trans,D_scalar_stab;
     3318        IssmDouble D[3][3];
     3319        IssmDouble K[3][3]={0.0};
    33203320        Tria*      tria=NULL;
    33213321        GaussPenta *gauss=NULL;
    … …  
    33463346        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    33473347        gauss=new GaussPenta(2,2);
    3348         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     3348        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    33493349
    33503350                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    34553455
    34563456        /*Intermediaries */
    3457         int       i,j,ig;
    3458         IssmDouble    mixed_layer_capacity,thermal_exchange_velocity;
    3459         IssmDouble    rho_ice,rho_water,heatcapacity;
    3460         IssmDouble    Jdet2d,dt;
    3461         IssmDouble    xyz_list[NUMVERTICES][3];
    3462         IssmDouble      xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3];
    3463         IssmDouble    basis[NUMVERTICES];
    3464         IssmDouble    D_scalar;
     3457        int        i,j;
     3458        IssmDouble mixed_layer_capacity,thermal_exchange_velocity;
     3459        IssmDouble rho_ice,rho_water,heatcapacity;
     3460        IssmDouble Jdet2d,dt;
     3461        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     3462        IssmDouble xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3];
     3463        IssmDouble basis[NUMVERTICES];
     3464        IssmDouble D_scalar;
    34653465        GaussPenta *gauss=NULL;
    34663466
    … …  
    34813481        /* Start looping on the number of gauss (nodes on the bedrock) */
    34823482        gauss=new GaussPenta(0,1,2,2);
    3483         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     3483        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    34843484
    34853485                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    35363536        /*Intermediaries */
    35373537        int        stabilization;
    3538         int        i,j,ig,found=0;
    3539         IssmDouble     Jdet,u,v,w,um,vm,wm,vel;
    3540         IssmDouble     h,hx,hy,hz,vx,vy,vz;
    3541         IssmDouble     gravity,rho_ice,rho_water,kappa;
    3542         IssmDouble     heatcapacity,thermalconductivity,dt;
    3543         IssmDouble     tau_parameter,diameter;
    3544         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    3545         IssmDouble     B_conduct[3][numdof];
    3546         IssmDouble     B_advec[3][numdof];
    3547         IssmDouble     Bprime_advec[3][numdof];
    3548         IssmDouble     L[numdof];
    3549         IssmDouble     dbasis[3][6];
    3550         IssmDouble     D_scalar_conduct,D_scalar_advec;
    3551         IssmDouble     D_scalar_trans,D_scalar_stab;
    3552         IssmDouble     D[3][3];
    3553         IssmDouble     K[3][3]={0.0};
     3538        int        i,j,found=0;
     3539        IssmDouble Jdet,u,v,w,um,vm,wm,vel;
     3540        IssmDouble h,hx,hy,hz,vx,vy,vz;
     3541        IssmDouble gravity,rho_ice,rho_water,kappa;
     3542        IssmDouble heatcapacity,thermalconductivity,dt;
     3543        IssmDouble tau_parameter,diameter;
     3544        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     3545        IssmDouble B_conduct[3][numdof];
     3546        IssmDouble B_advec[3][numdof];
     3547        IssmDouble Bprime_advec[3][numdof];
     3548        IssmDouble L[numdof];
     3549        IssmDouble dbasis[3][6];
     3550        IssmDouble D_scalar_conduct,D_scalar_advec;
     3551        IssmDouble D_scalar_trans,D_scalar_stab;
     3552        IssmDouble D[3][3];
     3553        IssmDouble K[3][3]={0.0};
    35543554        Tria*      tria=NULL;
    35553555        GaussPenta *gauss=NULL;
    … …  
    35783578        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    35793579        gauss=new GaussPenta(2,2);
    3580         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     3580        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    35813581
    35823582                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    36873687
    36883688        /*Intermediaries */
    3689         int       i,j,ig;
    3690         IssmDouble    mixed_layer_capacity,thermal_exchange_velocity;
    3691         IssmDouble    rho_ice,rho_water,heatcapacity;
    3692         IssmDouble    Jdet2d,dt;
    3693         IssmDouble    xyz_list[NUMVERTICES][3];
    3694         IssmDouble      xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3];
    3695         IssmDouble    basis[NUMVERTICES];
    3696         IssmDouble    D_scalar;
     3689        int       i,j;
     3690        IssmDouble mixed_layer_capacity,thermal_exchange_velocity;
     3691        IssmDouble rho_ice,rho_water,heatcapacity;
     3692        IssmDouble Jdet2d,dt;
     3693        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     3694        IssmDouble xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3];
     3695        IssmDouble basis[NUMVERTICES];
     3696        IssmDouble D_scalar;
    36973697        GaussPenta *gauss=NULL;
    36983698
    … …  
    37133713        /* Start looping on the number of gauss (nodes on the bedrock) */
    37143714        gauss=new GaussPenta(0,1,2,2);
    3715         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     3715        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    37163716
    37173717                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    37573757
    37583758        /*Intermediaries*/
    3759         int    i,j,ig,found=0;
     3759        int    i,j,found=0;
    37603760        int    friction_type,stabilization;
    37613761        IssmDouble Jdet,phi,dt;
    … …  
    38003800        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    38013801        gauss=new GaussPenta(2,3);
    3802         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     3802        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    38033803
    38043804                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    38533853
    38543854        /*Intermediaries */
    3855         int        i,j,ig;
    3856         IssmDouble     Jdet2d;
    3857         IssmDouble     heatcapacity,h_pmp;
    3858         IssmDouble     mixed_layer_capacity,thermal_exchange_velocity;
    3859         IssmDouble     rho_ice,rho_water,pressure,dt,scalar_ocean;
    3860         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    3861         IssmDouble     xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3];
    3862         IssmDouble     basis[NUMVERTICES];
     3855        int        i,j;
     3856        IssmDouble Jdet2d;
     3857        IssmDouble heatcapacity,h_pmp;
     3858        IssmDouble mixed_layer_capacity,thermal_exchange_velocity;
     3859        IssmDouble rho_ice,rho_water,pressure,dt,scalar_ocean;
     3860        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     3861        IssmDouble xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3];
     3862        IssmDouble basis[NUMVERTICES];
    38633863        GaussPenta* gauss=NULL;
    38643864
    … …  
    38823882        /* Start looping on the number of gauss 2d (nodes on the bedrock) */
    38833883        gauss=new GaussPenta(0,1,2,2);
    3884         for(ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     3884        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    38853885
    38863886                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    39103910
    39113911        /*Intermediaries */
    3912         int        i,j,ig;
     3912        int        i,j;
    39133913        int        analysis_type;
    3914         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    3915         IssmDouble     xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3]={0.0};
    3916         IssmDouble     Jdet2d,dt;
    3917         IssmDouble     rho_ice,heatcapacity,geothermalflux_value;
    3918         IssmDouble     basalfriction,alpha2,vx,vy;
    3919         IssmDouble     scalar,enthalpy,enthalpyup;
    3920         IssmDouble     pressure,pressureup;
    3921         IssmDouble     basis[NUMVERTICES];
     3914        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     3915        IssmDouble xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3]={0.0};
     3916        IssmDouble Jdet2d,dt;
     3917        IssmDouble rho_ice,heatcapacity,geothermalflux_value;
     3918        IssmDouble basalfriction,alpha2,vx,vy;
     3919        IssmDouble scalar,enthalpy,enthalpyup;
     3920        IssmDouble pressure,pressureup;
     3921        IssmDouble basis[NUMVERTICES];
    39223922        Friction*  friction=NULL;
    39233923        GaussPenta* gauss=NULL;
    … …  
    39503950        gauss=new GaussPenta(0,1,2,2);
    39513951        gaussup=new GaussPenta(3,4,5,2);
    3952         for(ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     3952        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    39533953
    39543954                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    40204020
    40214021        /*Intermediaries*/
    4022         int    i,j,ig,found=0;
     4022        int    i,j,found=0;
    40234023        int    friction_type,stabilization;
    40244024        IssmDouble Jdet,phi,dt;
    … …  
    40564056        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    40574057        gauss=new GaussPenta(2,3);
    4058         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     4058        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    40594059
    40604060                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    41074107
    41084108        /*Intermediaries */
    4109         int        i,j,ig;
    4110         IssmDouble     Jdet2d;
    4111         IssmDouble     mixed_layer_capacity,thermal_exchange_velocity;
    4112         IssmDouble     rho_ice,rho_water,pressure,dt,scalar_ocean;
    4113         IssmDouble     heatcapacity,t_pmp;
    4114         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    4115         IssmDouble     xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3];
    4116         IssmDouble     basis[NUMVERTICES];
     4109        int        i,j;
     4110        IssmDouble Jdet2d;
     4111        IssmDouble mixed_layer_capacity,thermal_exchange_velocity;
     4112        IssmDouble rho_ice,rho_water,pressure,dt,scalar_ocean;
     4113        IssmDouble heatcapacity,t_pmp;
     4114        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     4115        IssmDouble xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3];
     4116        IssmDouble basis[NUMVERTICES];
    41174117        GaussPenta* gauss=NULL;
    41184118
    … …  
    41364136        /* Start looping on the number of gauss 2d (nodes on the bedrock) */
    41374137        gauss=new GaussPenta(0,1,2,2);
    4138         for(ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     4138        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    41394139
    41404140                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    41644164
    41654165        /*Intermediaries */
    4166         int        i,j,ig;
     4166        int        i,j;
    41674167        int        analysis_type;
    4168         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    4169         IssmDouble     xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3]={0.0};
    4170         IssmDouble     Jdet2d,dt;
    4171         IssmDouble     rho_ice,heatcapacity,geothermalflux_value;
    4172         IssmDouble     basalfriction,alpha2,vx,vy;
    4173         IssmDouble     basis[NUMVERTICES];
    4174         IssmDouble     scalar;
     4168        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     4169        IssmDouble xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3]={0.0};
     4170        IssmDouble Jdet2d,dt;
     4171        IssmDouble rho_ice,heatcapacity,geothermalflux_value;
     4172        IssmDouble basalfriction,alpha2,vx,vy;
     4173        IssmDouble basis[NUMVERTICES];
     4174        IssmDouble scalar;
    41754175        Friction*  friction=NULL;
    41764176        GaussPenta* gauss=NULL;
    … …  
    41994199        /* Start looping on the number of gauss 2d (nodes on the bedrock) */
    42004200        gauss=new GaussPenta(0,1,2,2);
    4201         for(ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     4201        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    42024202
    42034203                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    45694569
    45704570        /*Intermediaries */
    4571         int        i,j,ig;
     4571        int        i,j;
    45724572        bool       incomplete_adjoint;
    4573         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    4574         IssmDouble     Jdet;
    4575         IssmDouble     eps1dotdphii,eps1dotdphij;
    4576         IssmDouble     eps2dotdphii,eps2dotdphij;
    4577         IssmDouble     mu_prime;
    4578         IssmDouble     epsilon[5]; /* epsilon=[exx,eyy,exy,exz,eyz];*/
    4579         IssmDouble     eps1[3],eps2[3];
    4580         IssmDouble     phi[NUMVERTICES];
    4581         IssmDouble     dphi[3][NUMVERTICES];
     4573        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     4574        IssmDouble Jdet;
     4575        IssmDouble eps1dotdphii,eps1dotdphij;
     4576        IssmDouble eps2dotdphii,eps2dotdphij;
     4577        IssmDouble mu_prime;
     4578        IssmDouble epsilon[5]; /* epsilon=[exx,eyy,exy,exz,eyz];*/
     4579        IssmDouble eps1[3],eps2[3];
     4580        IssmDouble phi[NUMVERTICES];
     4581        IssmDouble dphi[3][NUMVERTICES];
    45824582        GaussPenta *gauss=NULL;
    45834583
    … …  
    45944594        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    45954595        gauss=new GaussPenta(5,5);
    4596         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     4596        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    45974597
    45984598                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    46374637
    46384638        /*Intermediaries */
    4639         int        i,j,ig;
     4639        int        i,j;
    46404640        bool       incomplete_adjoint;
    4641         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    4642         IssmDouble     Jdet;
    4643         IssmDouble     eps1dotdphii,eps1dotdphij;
    4644         IssmDouble     eps2dotdphii,eps2dotdphij;
    4645         IssmDouble     eps3dotdphii,eps3dotdphij;
    4646         IssmDouble     mu_prime;
    4647         IssmDouble     epsilon[5]; /* epsilon=[exx,eyy,exy,exz,eyz];*/
    4648         IssmDouble     eps1[3],eps2[3],eps3[3];
    4649         IssmDouble     phi[NUMVERTICES];
    4650         IssmDouble     dphi[3][NUMVERTICES];
     4641        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     4642        IssmDouble Jdet;
     4643        IssmDouble eps1dotdphii,eps1dotdphij;
     4644        IssmDouble eps2dotdphii,eps2dotdphij;
     4645        IssmDouble eps3dotdphii,eps3dotdphij;
     4646        IssmDouble mu_prime;
     4647        IssmDouble epsilon[5]; /* epsilon=[exx,eyy,exy,exz,eyz];*/
     4648        IssmDouble eps1[3],eps2[3],eps3[3];
     4649        IssmDouble dphi[3][NUMVERTICES];
    46514650        GaussPenta *gauss=NULL;
    46524651
    … …  
    46644663        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    46654664        gauss=new GaussPenta(5,5);
    4666         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     4665        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    46674666
    46684667                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    48914890void  Penta::GradjDragPattyn(Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){
    48924891
    4893         int        i,j,ig;
     4892        int        i,j;
    48944893        int        analysis_type;
    48954894        int        vertexpidlist[NUMVERTICES];
    4896         IssmDouble     vx,vy,lambda,mu,alpha_complement,Jdet;
    4897         IssmDouble     bed,thickness,Neff,drag;
    4898         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    4899         IssmDouble     xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3]={0.0};
    4900         IssmDouble     dk[NDOF3];
    4901         IssmDouble     grade_g[NUMVERTICES]={0.0};
    4902         IssmDouble     grade_g_gaussian[NUMVERTICES];
    4903         IssmDouble     basis[6];
     4895        IssmDouble vx,vy,lambda,mu,alpha_complement,Jdet;
     4896        IssmDouble bed,thickness,Neff,drag;
     4897        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     4898        IssmDouble xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3]={0.0};
     4899        IssmDouble dk[NDOF3];
     4900        IssmDouble grade_g[NUMVERTICES]={0.0};
     4901        IssmDouble grade_g_gaussian[NUMVERTICES];
     4902        IssmDouble basis[6];
    49044903        Friction*  friction=NULL;
    4905         GaussPenta  *gauss=NULL;
     4904        GaussPenta *gauss=NULL;
    49064905
    49074906        /*Gradient is 0 if on shelf or not on bed*/
    … …  
    49244923        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    49254924        gauss=new GaussPenta(0,1,2,4);
    4926         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     4925        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    49274926
    49284927                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    49624961void  Penta::GradjDragStokes(Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){
    49634962
    4964         int        i,j,ig;
     4963        int        i,j;
    49654964        int        analysis_type;
    49664965        int        vertexpidlist[NUMVERTICES];
    4967         IssmDouble     bed,thickness,Neff;
    4968         IssmDouble     lambda,mu,xi,Jdet,vx,vy,vz;
    4969         IssmDouble     alpha_complement,drag;
    4970         IssmDouble     surface_normal[3],bed_normal[3];
    4971         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    4972         IssmDouble     xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3]={0.0};
    4973         IssmDouble     dk[NDOF3];
    4974         IssmDouble     basis[6];
    4975         IssmDouble     grade_g[NUMVERTICES]={0.0};
    4976         IssmDouble     grade_g_gaussian[NUMVERTICES];
     4966        IssmDouble bed,thickness,Neff;
     4967        IssmDouble lambda,mu,xi,Jdet,vx,vy,vz;
     4968        IssmDouble alpha_complement,drag;
     4969        IssmDouble surface_normal[3],bed_normal[3];
     4970        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     4971        IssmDouble xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3]={0.0};
     4972        IssmDouble dk[NDOF3];
     4973        IssmDouble basis[6];
     4974        IssmDouble grade_g[NUMVERTICES]={0.0};
     4975        IssmDouble grade_g_gaussian[NUMVERTICES];
    49774976        Friction*  friction=NULL;
    49784977        GaussPenta* gauss=NULL;
    … …  
    49994998        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    50004999        gauss=new GaussPenta(0,1,2,4);
    5001         for(ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     5000        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    50025001
    50035002                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    57525751
    57535752        /*Intermediaries */
    5754         int         i,j,ig;
    5755         IssmDouble      Jdet;
    5756         IssmDouble      viscosity,oldviscosity,newviscosity,viscosity_overshoot; //viscosity
    5757         IssmDouble      epsilon[5],oldepsilon[5]; /* epsilon=[exx,eyy,exy,exz,eyz];*/
    5758         IssmDouble      xyz_list[NUMVERTICES][3];
    5759         IssmDouble      B[3][numdofp];
    5760         IssmDouble      Bprime[3][numdofm];
    5761         IssmDouble      D[3][3]={0.0};            // material matrix, simple scalar matrix.
    5762         IssmDouble      D_scalar;
    5763         IssmDouble      Ke_gg[numdofp][numdofm]={0.0}; //local element stiffness matrix
    5764         IssmDouble      Ke_gg_gaussian[numdofp][numdofm]; //stiffness matrix evaluated at the gaussian point.
     5753        int         i,j;
     5754        IssmDouble  Jdet;
     5755        IssmDouble  viscosity,oldviscosity,newviscosity,viscosity_overshoot; //viscosity
     5756        IssmDouble  epsilon[5],oldepsilon[5]; /* epsilon=[exx,eyy,exy,exz,eyz];*/
     5757        IssmDouble  xyz_list[NUMVERTICES][3];
     5758        IssmDouble  B[3][numdofp];
     5759        IssmDouble  Bprime[3][numdofm];
     5760        IssmDouble  D[3][3]={0.0};            // material matrix, simple scalar matrix.
     5761        IssmDouble  D_scalar;
     5762        IssmDouble  Ke_gg[numdofp][numdofm]={0.0}; //local element stiffness matrix
     5763        IssmDouble  Ke_gg_gaussian[numdofp][numdofm]; //stiffness matrix evaluated at the gaussian point.
    57655764        GaussPenta *gauss=NULL;
    57665765        GaussTria  *gauss_tria=NULL;
    … …  
    57975796        gauss=new GaussPenta(5,5);
    57985797        gauss_tria=new GaussTria();
    5799         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     5798        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    58005799
    58015800                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    58445843
    58455844        /*Intermediaries */
    5846         int       i,j,ig,analysis_type;
    5847         IssmDouble    Jdet2d,slope_magnitude,alpha2;
    5848         IssmDouble    xyz_list[NUMVERTICES][3];
    5849         IssmDouble    xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3]={0.0};
    5850         IssmDouble    slope[3]={0.0,0.0,0.0};
    5851         IssmDouble    MAXSLOPE=.06; // 6 %
    5852         IssmDouble    MOUNTAINKEXPONENT=10;
    5853         IssmDouble    L[2][numdof];
    5854         IssmDouble    DL[2][2]                  ={{ 0,0 },{0,0}}; //for basal drag
    5855         IssmDouble    DL_scalar;
    5856         IssmDouble    Ke_gg[numdof][numdof]     ={0.0};
    5857         IssmDouble    Ke_gg_gaussian[numdof][numdof]; //stiffness matrix contribution from drag
     5845        int       i,j,analysis_type;
     5846        IssmDouble Jdet2d,slope_magnitude,alpha2;
     5847        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     5848        IssmDouble xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3]={0.0};
     5849        IssmDouble slope[3]={0.0,0.0,0.0};
     5850        IssmDouble MAXSLOPE=.06; // 6 %
     5851        IssmDouble MOUNTAINKEXPONENT=10;
     5852        IssmDouble L[2][numdof];
     5853        IssmDouble DL[2][2]                  ={{ 0,0 },{0,0}}; //for basal drag
     5854        IssmDouble DL_scalar;
     5855        IssmDouble Ke_gg[numdof][numdof]     ={0.0};
     5856        IssmDouble Ke_gg_gaussian[numdof][numdof]; //stiffness matrix contribution from drag
    58585857        Friction  *friction = NULL;
    58595858        GaussPenta *gauss=NULL;
    … …  
    58905889        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    58915890        gauss=new GaussPenta(0,1,2,2);
    5892         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     5891        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    58935892
    58945893                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    59575956
    59585957        /*Intermediaries */
    5959         int         i,j,ig;
    5960         IssmDouble      Jdet;
    5961         IssmDouble      viscosity,stokesreconditioning; //viscosity
    5962         IssmDouble      epsilon[6]; /* epsilon=[exx,eyy,exy,exz,eyz];*/
    5963         IssmDouble      xyz_list[NUMVERTICES][3];
    5964         IssmDouble      B[4][numdofs+3];
    5965         IssmDouble      Bprime[4][numdofm];
    5966         IssmDouble      B2[3][numdofm];
    5967         IssmDouble      Bprime2[3][numdofs+3];
    5968         IssmDouble      D[4][4]={0.0};            // material matrix, simple scalar matrix.
    5969         IssmDouble      D2[3][3]={0.0};            // material matrix, simple scalar matrix.
    5970         IssmDouble      D_scalar;
    5971         IssmDouble      Ke_gg[numdofs][numdofm]={0.0}; //local element stiffness matrix
    5972         IssmDouble      Ke_gg2[numdofm][numdofs]={0.0}; //local element stiffness matrix
    5973         IssmDouble      Ke_gg_gaussian[numdofs+3][numdofm]; //stiffness matrix evaluated at the gaussian point.
    5974         IssmDouble      Ke_gg_gaussian2[numdofm][numdofs+3]; //stiffness matrix evaluated at the gaussian point.
     5958        int         i,j;
     5959        IssmDouble Jdet;
     5960        IssmDouble viscosity,stokesreconditioning; //viscosity
     5961        IssmDouble epsilon[6]; /* epsilon=[exx,eyy,exy,exz,eyz];*/
     5962        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     5963        IssmDouble B[4][numdofs+3];
     5964        IssmDouble Bprime[4][numdofm];
     5965        IssmDouble B2[3][numdofm];
     5966        IssmDouble Bprime2[3][numdofs+3];
     5967        IssmDouble D[4][4]={0.0};            // material matrix, simple scalar matrix.
     5968        IssmDouble D2[3][3]={0.0};            // material matrix, simple scalar matrix.
     5969        IssmDouble D_scalar;
     5970        IssmDouble Ke_gg[numdofs][numdofm]={0.0}; //local element stiffness matrix
     5971        IssmDouble Ke_gg2[numdofm][numdofs]={0.0}; //local element stiffness matrix
     5972        IssmDouble Ke_gg_gaussian[numdofs+3][numdofm]; //stiffness matrix evaluated at the gaussian point.
     5973        IssmDouble Ke_gg_gaussian2[numdofm][numdofs+3]; //stiffness matrix evaluated at the gaussian point.
    59755974        GaussPenta *gauss=NULL;
    59765975        GaussTria  *gauss_tria=NULL;
    … …  
    60066005        gauss=new GaussPenta(5,5);
    60076006        gauss_tria=new GaussTria();
    6008         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     6007        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    60096008
    60106009                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    60636062
    60646063        /*Intermediaries */
    6065         int        i,j,ig;
     6064        int        i,j;
    60666065        int        analysis_type,approximation;
    6067         IssmDouble     stokesreconditioning;
    6068         IssmDouble     viscosity,alpha2_gauss,Jdet2d;
    6069         IssmDouble        bed_normal[3];
    6070         IssmDouble     epsilon[6]; /* epsilon=[exx,eyy,ezz,exy,exz,eyz];*/
    6071         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    6072         IssmDouble        xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3];
    6073         IssmDouble     LMacAyealStokes[8][numdof2dm];
    6074         IssmDouble     LprimeMacAyealStokes[8][numdof2d];
    6075         IssmDouble     DLMacAyealStokes[8][8]={0.0};
    6076         IssmDouble     LStokesMacAyeal[4][numdof2d];
    6077         IssmDouble     LprimeStokesMacAyeal[4][numdof2dm];
    6078         IssmDouble     DLStokesMacAyeal[4][4]={0.0};
    6079         IssmDouble     Ke_drag_gaussian[numdof2dm][numdof2d];
    6080         IssmDouble     Ke_drag_gaussian2[numdof2d][numdof2dm];
     6066        IssmDouble stokesreconditioning;
     6067        IssmDouble viscosity,alpha2_gauss,Jdet2d;
     6068        IssmDouble bed_normal[3];
     6069        IssmDouble epsilon[6]; /* epsilon=[exx,eyy,ezz,exy,exz,eyz];*/
     6070        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     6071        IssmDouble xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3];
     6072        IssmDouble LMacAyealStokes[8][numdof2dm];
     6073        IssmDouble LprimeMacAyealStokes[8][numdof2d];
     6074        IssmDouble DLMacAyealStokes[8][8]={0.0};
     6075        IssmDouble LStokesMacAyeal[4][numdof2d];
     6076        IssmDouble LprimeStokesMacAyeal[4][numdof2dm];
     6077        IssmDouble DLStokesMacAyeal[4][4]={0.0};
     6078        IssmDouble Ke_drag_gaussian[numdof2dm][numdof2d];
     6079        IssmDouble Ke_drag_gaussian2[numdof2d][numdof2dm];
    60816080        Friction*  friction=NULL;
    60826081        GaussPenta *gauss=NULL;
    … …  
    61146113        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    61156114        gauss=new GaussPenta(0,1,2,2);
    6116         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     6115        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    61176116
    61186117                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    63646363
    63656364        /*Intermediaries */
    6366         int         i,j,ig,approximation;
     6365        int         i,j,approximation;
    63676366        IssmDouble  Jdet;
    63686367        IssmDouble  viscosity , oldviscosity, newviscosity, viscosity_overshoot;
    … …  
    64006399        gauss=new GaussPenta(5,5);
    64016400        gauss_tria=new GaussTria();
    6402         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     6401        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    64036402
    64046403                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    66156614
    66166615        /*Intermediaries */
    6617         int        i,j,ig;
     6616        int        i,j;
    66186617        int        approximation;
    6619         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    6620         IssmDouble     Jdet;
    6621         IssmDouble     viscosity,oldviscosity,newviscosity,viscosity_overshoot; //viscosity
    6622         IssmDouble     epsilon[5],oldepsilon[5]; /* epsilon=[exx,eyy,exy,exz,eyz];*/
    6623         IssmDouble     D_scalar;
    6624         IssmDouble     D[5][5]={0.0};            // material matrix, simple scalar matrix.
    6625         IssmDouble     B[5][numdof];
    6626         IssmDouble     Bprime[5][numdof];
     6618        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     6619        IssmDouble Jdet;
     6620        IssmDouble viscosity,oldviscosity,newviscosity,viscosity_overshoot; //viscosity
     6621        IssmDouble epsilon[5],oldepsilon[5]; /* epsilon=[exx,eyy,exy,exz,eyz];*/
     6622        IssmDouble D_scalar;
     6623        IssmDouble D[5][5]={0.0};            // material matrix, simple scalar matrix.
     6624        IssmDouble B[5][numdof];
     6625        IssmDouble Bprime[5][numdof];
    66276626        Tria*      tria=NULL;
    66286627        GaussPenta *gauss=NULL;
    … …  
    66426641        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    66436642        gauss=new GaussPenta(5,5);
    6644         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     6643        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    66456644
    66466645                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    66806679
    66816680        /*Intermediaries */
    6682         int       i,j,ig;
     6681        int       i,j;
    66836682        int       analysis_type;
    6684         IssmDouble    xyz_list[NUMVERTICES][3];
    6685         IssmDouble    xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3]={0.0};
    6686         IssmDouble    slope_magnitude,alpha2,Jdet;
    6687         IssmDouble    slope[3]={0.0,0.0,0.0};
    6688         IssmDouble    MAXSLOPE=.06; // 6 %
    6689         IssmDouble    MOUNTAINKEXPONENT=10;
    6690         IssmDouble    L[2][numdof];
    6691         IssmDouble    DL[2][2]={{ 0,0 },{0,0}}; //for basal drag
    6692         IssmDouble    DL_scalar;
     6683        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     6684        IssmDouble xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3]={0.0};
     6685        IssmDouble slope_magnitude,alpha2,Jdet;
     6686        IssmDouble slope[3]={0.0,0.0,0.0};
     6687        IssmDouble MAXSLOPE=.06; // 6 %
     6688        IssmDouble MOUNTAINKEXPONENT=10;
     6689        IssmDouble L[2][numdof];
     6690        IssmDouble DL[2][2]={{ 0,0 },{0,0}}; //for basal drag
     6691        IssmDouble DL_scalar;
    66936692        Friction  *friction = NULL;
    66946693        GaussPenta *gauss=NULL;
    … …  
    67136712        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    67146713        gauss=new GaussPenta(0,1,2,2);
    6715         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     6714        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    67166715
    67176716                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    67826781
    67836782        /*Intermediaries */
    6784         int        i,j,ig,approximation;
    6785         IssmDouble     Jdet,viscosity,stokesreconditioning;
    6786         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    6787         IssmDouble     epsilon[6]; /* epsilon=[exx,eyy,ezz,exy,exz,eyz];*/
    6788         IssmDouble     B[8][27];
    6789         IssmDouble     B_prime[8][27];
    6790         IssmDouble     D_scalar;
    6791         IssmDouble     D[8][8]={0.0};
    6792         IssmDouble     Ke_temp[27][27]={0.0}; //for the six nodes and the bubble
     6783        int        i,j,approximation;
     6784        IssmDouble Jdet,viscosity,stokesreconditioning;
     6785        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     6786        IssmDouble epsilon[6]; /* epsilon=[exx,eyy,ezz,exy,exz,eyz];*/
     6787        IssmDouble B[8][27];
     6788        IssmDouble B_prime[8][27];
     6789        IssmDouble D_scalar;
     6790        IssmDouble D[8][8]={0.0};
     6791        IssmDouble Ke_temp[27][27]={0.0}; //for the six nodes and the bubble
    67936792        GaussPenta *gauss=NULL;
    67946793
    … …  
    68076806        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    68086807        gauss=new GaussPenta(5,5);
    6809         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     6808        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    68106809
    68116810                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    68476846
    68486847        /*Intermediaries */
    6849         int        i,j,ig;
     6848        int        i,j;
    68506849        int        analysis_type,approximation;
    6851         IssmDouble     alpha2,Jdet2d;
    6852         IssmDouble     stokesreconditioning,viscosity;
    6853         IssmDouble     epsilon[6]; /* epsilon=[exx,eyy,ezz,exy,exz,eyz];*/
    6854         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    6855         IssmDouble        xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3];
    6856         IssmDouble     LStokes[2][numdof2d];
    6857         IssmDouble     DLStokes[2][2]={0.0};
    6858         IssmDouble     Ke_drag_gaussian[numdof2d][numdof2d];
     6850        IssmDouble alpha2,Jdet2d;
     6851        IssmDouble stokesreconditioning,viscosity;
     6852        IssmDouble epsilon[6]; /* epsilon=[exx,eyy,ezz,exy,exz,eyz];*/
     6853        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     6854        IssmDouble xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3];
     6855        IssmDouble LStokes[2][numdof2d];
     6856        IssmDouble DLStokes[2][2]={0.0};
     6857        IssmDouble Ke_drag_gaussian[numdof2d][numdof2d];
    68596858        Friction*  friction=NULL;
    68606859        GaussPenta *gauss=NULL;
    … …  
    68796878        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    68806879        gauss=new GaussPenta(0,1,2,2);
    6881         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     6880        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    68826881
    68836882                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    69336932
    69346933        /*Intermediaries */
    6935         int         i,j,ig;
    6936         IssmDouble      Jdet;
    6937         IssmDouble      xyz_list[NUMVERTICES][3];
    6938         IssmDouble      B[NDOF1][NUMVERTICES];
    6939         IssmDouble      Bprime[NDOF1][NUMVERTICES];
    6940         IssmDouble      DL_scalar;
     6934        int         i,j;
     6935        IssmDouble  Jdet;
     6936        IssmDouble  xyz_list[NUMVERTICES][3];
     6937        IssmDouble  B[NDOF1][NUMVERTICES];
     6938        IssmDouble  Bprime[NDOF1][NUMVERTICES];
     6939        IssmDouble  DL_scalar;
    69416940        GaussPenta  *gauss=NULL;
    69426941
    … …  
    69496948        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    69506949        gauss=new GaussPenta(2,2);
    6951         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     6950        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    69526951
    69536952                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    69796978
    69806979        /*Intermediaries */
    6981         int       i,j,ig;
    6982         IssmDouble    xyz_list[NUMVERTICES][3];
    6983         IssmDouble    xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3];
    6984         IssmDouble    surface_normal[3];
    6985         IssmDouble    Jdet2d,DL_scalar;
    6986         IssmDouble    basis[NUMVERTICES];
     6980        int       i,j;
     6981        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     6982        IssmDouble xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3];
     6983        IssmDouble surface_normal[3];
     6984        IssmDouble Jdet2d,DL_scalar;
     6985        IssmDouble basis[NUMVERTICES];
    69876986        GaussPenta *gauss=NULL;
    69886987
    … …  
    69976996        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    69986997        gauss=new GaussPenta(3,4,5,2);
    6999         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     6998        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    70006999
    70017000                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    70387037
    70397038        /*Intermediaries */
    7040         int         i,j,ig;
     7039        int         i,j;
    70417040        int         approximation;
    7042         IssmDouble      viscosity,Jdet;
    7043         IssmDouble      stokesreconditioning;
    7044         IssmDouble      epsilon[6]; /* epsilon=[exx,eyy,ezz,exy,exz,eyz];*/
    7045         IssmDouble      dw[3];
    7046         IssmDouble      xyz_list[NUMVERTICES][3];
    7047         IssmDouble      basis[6]; //for the six nodes of the penta
    7048         IssmDouble      dbasis[3][6]; //for the six nodes of the penta
     7041        IssmDouble  viscosity,Jdet;
     7042        IssmDouble  stokesreconditioning;
     7043        IssmDouble  epsilon[6]; /* epsilon=[exx,eyy,ezz,exy,exz,eyz];*/
     7044        IssmDouble  dw[3];
     7045        IssmDouble  xyz_list[NUMVERTICES][3];
     7046        IssmDouble  basis[6]; //for the six nodes of the penta
     7047        IssmDouble  dbasis[3][6]; //for the six nodes of the penta
    70497048        GaussPenta *gauss=NULL;
    70507049
    … …  
    70647063        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    70657064        gauss=new GaussPenta(5,5);
    7066         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     7065        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    70677066
    70687067                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    71007099
    71017100        /*Intermediaries*/
    7102         int         i,j,ig;
     7101        int         i,j;
    71037102        int         approximation,analysis_type;
    7104         IssmDouble      Jdet,Jdet2d;
    7105         IssmDouble      stokesreconditioning;
    7106         IssmDouble         bed_normal[3];
    7107         IssmDouble      epsilon[6]; /* epsilon=[exx,eyy,ezz,exy,exz,eyz];*/
    7108         IssmDouble      viscosity, w, alpha2_gauss;
    7109         IssmDouble      dw[3];
    7110         IssmDouble         xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3];
    7111         IssmDouble      xyz_list[NUMVERTICES][3];
    7112         IssmDouble      basis[6]; //for the six nodes of the penta
     7103        IssmDouble  Jdet,Jdet2d;
     7104        IssmDouble  stokesreconditioning;
     7105        IssmDouble      bed_normal[3];
     7106        IssmDouble  epsilon[6]; /* epsilon=[exx,eyy,ezz,exy,exz,eyz];*/
     7107        IssmDouble  viscosity, w, alpha2_gauss;
     7108        IssmDouble  dw[3];
     7109        IssmDouble      xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3];
     7110        IssmDouble  xyz_list[NUMVERTICES][3];
     7111        IssmDouble  basis[6]; //for the six nodes of the penta
    71137112        Tria*       tria=NULL;
    71147113        Friction*   friction=NULL;
    … …  
    71377136        /* Start looping on the number of gauss 2d (nodes on the bedrock) */
    71387137        gauss=new GaussPenta(0,1,2,2);
    7139         for(ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     7138        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    71407139
    71417140                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    71897188
    71907189        /*Intermediaries */
    7191         int         i,j,ig;
     7190        int         i,j;
    71927191        int         approximation;
    7193         IssmDouble      viscosity,Jdet;
    7194         IssmDouble      stokesreconditioning;
    7195         IssmDouble      epsilon[6]; /* epsilon=[exx,eyy,ezz,exy,exz,eyz];*/
    7196         IssmDouble      dw[3];
    7197         IssmDouble      xyz_list[NUMVERTICES][3];
    7198         IssmDouble      basis[6]; //for the six nodes of the penta
    7199         IssmDouble      dbasis[3][6]; //for the six nodes of the penta
     7192        IssmDouble  viscosity,Jdet;
     7193        IssmDouble  stokesreconditioning;
     7194        IssmDouble  epsilon[6]; /* epsilon=[exx,eyy,ezz,exy,exz,eyz];*/
     7195        IssmDouble  dw[3];
     7196        IssmDouble  xyz_list[NUMVERTICES][3];
     7197        IssmDouble  basis[6]; //for the six nodes of the penta
     7198        IssmDouble  dbasis[3][6]; //for the six nodes of the penta
    72007199        GaussPenta *gauss=NULL;
    72017200
    … …  
    72157214        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    72167215        gauss=new GaussPenta(5,5);
    7217         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     7216        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    72187217
    72197218                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    72517250
    72527251        /*Intermediaries*/
    7253         int         i,j,ig;
     7252        int         i,j;
    72547253        int         approximation,analysis_type;
    7255         IssmDouble      Jdet,Jdet2d;
    7256         IssmDouble      stokesreconditioning;
    7257         IssmDouble         bed_normal[3];
    7258         IssmDouble      epsilon[6]; /* epsilon=[exx,eyy,ezz,exy,exz,eyz];*/
    7259         IssmDouble      viscosity, w, alpha2_gauss;
    7260         IssmDouble      dw[3];
    7261         IssmDouble         xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3];
    7262         IssmDouble      xyz_list[NUMVERTICES][3];
    7263         IssmDouble      basis[6]; //for the six nodes of the penta
     7254        IssmDouble  Jdet,Jdet2d;
     7255        IssmDouble  stokesreconditioning;
     7256        IssmDouble      bed_normal[3];
     7257        IssmDouble  epsilon[6]; /* epsilon=[exx,eyy,ezz,exy,exz,eyz];*/
     7258        IssmDouble  viscosity, w, alpha2_gauss;
     7259        IssmDouble  dw[3];
     7260        IssmDouble      xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3];
     7261        IssmDouble  xyz_list[NUMVERTICES][3];
     7262        IssmDouble  basis[6]; //for the six nodes of the penta
    72647263        Tria*       tria=NULL;
    72657264        Friction*   friction=NULL;
    … …  
    72887287        /* Start looping on the number of gauss 2d (nodes on the bedrock) */
    72897288        gauss=new GaussPenta(0,1,2,2);
    7290         for(ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     7289        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    72917290
    72927291                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    74027401
    74037402        /*Intermediaries*/
    7404         int          i,j,k,ig;
     7403        int          i,j;
    74057404        int          node0,node1;
    74067405        int          connectivity[2];
    7407         IssmDouble       Jdet;
    7408         IssmDouble       xyz_list[NUMVERTICES][3];
    7409         IssmDouble       xyz_list_segment[2][3];
    7410         IssmDouble       z_list[NUMVERTICES];
    7411         IssmDouble       z_segment[2],slope[2];
    7412         IssmDouble       slope2,constant_part;
    7413         IssmDouble       rho_ice,gravity,n,B;
    7414         IssmDouble       ub,vb,z_g,surface,thickness;
     7406        IssmDouble   Jdet;
     7407        IssmDouble   xyz_list[NUMVERTICES][3];
     7408        IssmDouble   xyz_list_segment[2][3];
     7409        IssmDouble   z_list[NUMVERTICES];
     7410        IssmDouble   slope[2];
     7411        IssmDouble   slope2,constant_part;
     7412        IssmDouble   rho_ice,gravity,n,B;
     7413        IssmDouble   ub,vb,z_g,surface,thickness;
    74157414        GaussPenta*  gauss=NULL;
    74167415
    … …  
    74457444                /*Loop on the Gauss points: */
    74467445                gauss=new GaussPenta(node0,node1,3);
    7447                 for(ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     7446                for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    74487447                        gauss->GaussPoint(ig);
    74497448
    … …  
    75187517
    75197518        /*Intermediaries*/
    7520         int         i,j,ig;
    7521         IssmDouble      Jdet;
    7522         IssmDouble      slope[3]; //do not put 2! this goes into GetInputDerivativeValue, which addresses slope[3] also!
    7523         IssmDouble      driving_stress_baseline,thickness;
    7524         IssmDouble      xyz_list[NUMVERTICES][3];
    7525         IssmDouble      basis[6];
     7519        int         i,j;
     7520        IssmDouble  Jdet;
     7521        IssmDouble  slope[3]; //do not put 2! this goes into GetInputDerivativeValue, which addresses slope[3] also!
     7522        IssmDouble  driving_stress_baseline,thickness;
     7523        IssmDouble  xyz_list[NUMVERTICES][3];
     7524        IssmDouble  basis[6];
    75267525        GaussPenta  *gauss=NULL;
    75277526
    … …  
    75367535        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    75377536        gauss=new GaussPenta(2,3);
    7538         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     7537        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    75397538
    75407539                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    75807579
    75817580        /*Intermediaries*/
    7582         int        i,j,ig;
     7581        int        i,j;
    75837582        int        approximation;
    7584         IssmDouble     Jdet,viscosity;
    7585         IssmDouble     gravity,rho_ice,stokesreconditioning;
    7586         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    7587         IssmDouble     epsilon[6]; /* epsilon=[exx,eyy,ezz,exy,exz,eyz];*/
    7588         IssmDouble     l1l7[7]; //for the six nodes and the bubble
    7589         IssmDouble     B[8][numdofbubble];
    7590         IssmDouble     B_prime[8][numdofbubble];
    7591         IssmDouble     B_prime_bubble[8][3];
    7592         IssmDouble     D[8][8]={0.0};
    7593         IssmDouble     D_scalar;
    7594         IssmDouble     Pe_gaussian[numdofbubble]={0.0}; //for the six nodes and the bubble
    7595         IssmDouble     Ke_temp[numdofbubble][3]={0.0}; //for the six nodes and the bubble
    7596         IssmDouble     Ke_gaussian[numdofbubble][3];
     7583        IssmDouble Jdet,viscosity;
     7584        IssmDouble gravity,rho_ice,stokesreconditioning;
     7585        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     7586        IssmDouble epsilon[6]; /* epsilon=[exx,eyy,ezz,exy,exz,eyz];*/
     7587        IssmDouble l1l7[7]; //for the six nodes and the bubble
     7588        IssmDouble B[8][numdofbubble];
     7589        IssmDouble B_prime[8][numdofbubble];
     7590        IssmDouble B_prime_bubble[8][3];
     7591        IssmDouble D[8][8]={0.0};
     7592        IssmDouble D_scalar;
     7593        IssmDouble Pe_gaussian[numdofbubble]={0.0}; //for the six nodes and the bubble
     7594        IssmDouble Ke_temp[numdofbubble][3]={0.0}; //for the six nodes and the bubble
    75977595        GaussPenta *gauss=NULL;
    75987596
    … …  
    76137611        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    76147612        gauss=new GaussPenta(5,5);
    7615         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     7613        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    76167614
    76177615                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    76577655
    76587656        /*Intermediaries*/
    7659         int         i,j,ig;
     7657        int         i,j;
    76607658        int         approximation,shelf_dampening;
    7661         IssmDouble      gravity,rho_water,bed,water_pressure;
    7662         IssmDouble      damper,normal_vel,vx,vy,vz,dt;
    7663         IssmDouble              xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3];
    7664         IssmDouble      xyz_list[NUMVERTICES][3];
    7665         IssmDouble              bed_normal[3];
    7666         IssmDouble      dz[3];
    7667         IssmDouble      basis[6]; //for the six nodes of the penta
    7668         IssmDouble      Jdet2d;
     7659        IssmDouble  gravity,rho_water,bed,water_pressure;
     7660        IssmDouble  damper,normal_vel,vx,vy,vz,dt;
     7661        IssmDouble      xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3];
     7662        IssmDouble  xyz_list[NUMVERTICES][3];
     7663        IssmDouble      bed_normal[3];
     7664        IssmDouble  dz[3];
     7665        IssmDouble  basis[6]; //for the six nodes of the penta
     7666        IssmDouble  Jdet2d;
    76697667        GaussPenta  *gauss=NULL;
    76707668
    … …  
    76897687        /* Start looping on the number of gauss 2d (nodes on the bedrock) */
    76907688        gauss=new GaussPenta(0,1,2,2);
    7691         for(ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     7689        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    76927690
    76937691                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    77427740
    77437741        /*Intermediaries*/
    7744         int        i,ig;
    77457742        int        approximation;
    77467743        IssmDouble     Jdet;
    … …  
    77667763        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    77677764        gauss=new GaussPenta(2,2);
    7768         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     7765        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    77697766
    77707767                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    77837780                dvdy=dv[1];
    77847781
    7785                 for (i=0;i<numdof;i++) pe->values[i] += (dudx+dvdy+dwdz)*Jdet*gauss->weight*basis[i];
     7782                for(int i=0;i<numdof;i++) pe->values[i] += (dudx+dvdy+dwdz)*Jdet*gauss->weight*basis[i];
    77867783        }
    77877784
    … …  
    77987795
    77997796        /*Intermediaries */
    7800         int        i,j,ig;
     7797        int        i,j;
    78017798        int        approximation;
    7802         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    7803         IssmDouble     xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3];
    7804         IssmDouble     Jdet2d;
    7805         IssmDouble     vx,vy,vz,dbdx,dbdy,basalmeltingvalue;
    7806         IssmDouble     slope[3];
    7807         IssmDouble     basis[NUMVERTICES];
     7799        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     7800        IssmDouble xyz_list_tria[NUMVERTICES2D][3];
     7801        IssmDouble Jdet2d;
     7802        IssmDouble vx,vy,vz,dbdx,dbdy,basalmeltingvalue;
     7803        IssmDouble slope[3];
     7804        IssmDouble basis[NUMVERTICES];
    78087805        GaussPenta* gauss=NULL;
    78097806
    … …  
    78287825        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    78297826        gauss=new GaussPenta(0,1,2,2);
    7830         for(ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     7827        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    78317828
    78327829                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    79167913
    79177914        /*Intermediaries */
    7918         int        i,j,ig;
    7919         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    7920         IssmDouble     Jdet;
    7921         IssmDouble     eps1dotdphii,eps1dotdphij;
    7922         IssmDouble     eps2dotdphii,eps2dotdphij;
    7923         IssmDouble     mu_prime;
    7924         IssmDouble     epsilon[5]; /* epsilon=[exx,eyy,exy,exz,eyz];*/
    7925         IssmDouble     eps1[3],eps2[3];
    7926         IssmDouble     phi[NUMVERTICES];
    7927         IssmDouble     dphi[3][NUMVERTICES];
     7915        int        i,j;
     7916        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     7917        IssmDouble Jdet;
     7918        IssmDouble eps1dotdphii,eps1dotdphij;
     7919        IssmDouble eps2dotdphii,eps2dotdphij;
     7920        IssmDouble mu_prime;
     7921        IssmDouble epsilon[5]; /* epsilon=[exx,eyy,exy,exz,eyz];*/
     7922        IssmDouble eps1[3],eps2[3];
     7923        IssmDouble dphi[3][NUMVERTICES];
    79287924        GaussPenta *gauss=NULL;
    79297925
    … …  
    79387934        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    79397935        gauss=new GaussPenta(5,5);
    7940         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     7936        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    79417937
    79427938                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    79817977
    79827978        /*Intermediaries */
    7983         int        i,j,ig;
    7984         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    7985         IssmDouble     Jdet;
    7986         IssmDouble     eps1dotdphii,eps1dotdphij;
    7987         IssmDouble     eps2dotdphii,eps2dotdphij;
    7988         IssmDouble     eps3dotdphii,eps3dotdphij;
    7989         IssmDouble     mu_prime;
    7990         IssmDouble     epsilon[5]; /* epsilon=[exx,eyy,exy,exz,eyz];*/
    7991         IssmDouble     eps1[3],eps2[3],eps3[3];
    7992         IssmDouble     phi[NUMVERTICES];
    7993         IssmDouble     dphi[3][NUMVERTICES];
     7979        int        i,j;
     7980        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     7981        IssmDouble Jdet;
     7982        IssmDouble eps1dotdphii,eps1dotdphij;
     7983        IssmDouble eps2dotdphii,eps2dotdphij;
     7984        IssmDouble eps3dotdphii,eps3dotdphij;
     7985        IssmDouble mu_prime;
     7986        IssmDouble epsilon[5]; /* epsilon=[exx,eyy,exy,exz,eyz];*/
     7987        IssmDouble eps1[3],eps2[3],eps3[3];
     7988        IssmDouble dphi[3][NUMVERTICES];
    79947989        GaussPenta *gauss=NULL;
    79957990
    … …  
    80058000        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    80068001        gauss=new GaussPenta(5,5);
    8007         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     8002        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    80088003
    80098004                gauss->GaussPoint(ig);

  • issm/trunk-jpl/src/c/classes/objects/Elements/Tria.cpp

    r13761 r13787  
    405405
    406406        /*Intermediaries */
    407         int        i,j,ig,dim;
    408         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    409         IssmDouble     Jdettria,dt,vx,vy;
    410         IssmDouble     L[NUMVERTICES];
    411         IssmDouble     B[2][NUMVERTICES];
    412         IssmDouble     Bprime[2][NUMVERTICES];
    413         IssmDouble     DL[2][2]={0.0};
    414         IssmDouble     DLprime[2][2]={0.0};
    415         IssmDouble     DL_scalar;
     407        int        i,j,dim;
     408        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     409        IssmDouble Jdettria,dt,vx,vy;
     410        IssmDouble L[NUMVERTICES];
     411        IssmDouble B[2][NUMVERTICES];
     412        IssmDouble Bprime[2][NUMVERTICES];
     413        IssmDouble DL[2][2]={0.0};
     414        IssmDouble DLprime[2][2]={0.0};
     415        IssmDouble DL_scalar;
    416416        GaussTria  *gauss=NULL;
    417417
    … …  
    436436        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    437437        gauss=new GaussTria(2);
    438         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     438        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    439439
    440440                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    593593
    594594        /*Intermediaries */
    595         int        i,j,ig;
    596         IssmDouble     Jdettria,dt;
    597         IssmDouble     surface_mass_balance_g,basal_melting_g,basal_melting_correction_g,thickness_g;
    598         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    599         IssmDouble     L[NUMVERTICES];
     595        int        i,j;
     596        IssmDouble Jdettria,dt;
     597        IssmDouble surface_mass_balance_g,basal_melting_g,basal_melting_correction_g,thickness_g;
     598        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     599        IssmDouble L[NUMVERTICES];
    600600        GaussTria* gauss=NULL;
    601601
    … …  
    614614        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    615615        gauss=new GaussTria(2);
    616         for(ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     616        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    617617
    618618                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    644644
    645645        /*Intermediaries */
    646         int        i,j,ig;
    647         IssmDouble     Jdettria,dt;
    648         IssmDouble     surface_mass_balance_g,basal_melting_g,thickness_g;
    649         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    650         IssmDouble     L[NUMVERTICES];
     646        int        i,j;
     647        IssmDouble Jdettria,dt;
     648        IssmDouble surface_mass_balance_g,basal_melting_g,thickness_g;
     649        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     650        IssmDouble L[NUMVERTICES];
    651651        GaussTria* gauss=NULL;
    652652
    … …  
    663663        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    664664        gauss=new GaussTria(2);
    665         for(ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     665        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    666666
    667667                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    689689
    690690        /*Intermediaries */
    691         int        i,j,ig;
     691        int        i,j;
    692692        int        analysis_type;
    693         IssmDouble     Jdet;
    694         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    695         IssmDouble     slope[2];
    696         IssmDouble     basis[3];
     693        IssmDouble Jdet;
     694        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     695        IssmDouble slope[2];
     696        IssmDouble basis[3];
    697697        GaussTria* gauss=NULL;
    698698
    … …  
    713713        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    714714        gauss=new GaussTria(2);
    715         for(ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     715        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    716716
    717717                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    28642864
    28652865        /*Intermediaries*/
    2866         int        i,j,ig;
    2867         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    2868         IssmDouble     viscosity,newviscosity,oldviscosity;
    2869         IssmDouble     viscosity_overshoot,thickness,Jdet;
    2870         IssmDouble     epsilon[3],oldepsilon[3];    /* epsilon=[exx,eyy,exy];    */
    2871         IssmDouble     B[3][numdof];
    2872         IssmDouble     Bprime[3][numdof];
    2873         IssmDouble     D[3][3]   = {0.0};
    2874         IssmDouble     D_scalar;
     2866        int        i,j;
     2867        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     2868        IssmDouble viscosity,newviscosity,oldviscosity;
     2869        IssmDouble viscosity_overshoot,thickness,Jdet;
     2870        IssmDouble epsilon[3],oldepsilon[3];    /* epsilon=[exx,eyy,exy];    */
     2871        IssmDouble B[3][numdof];
     2872        IssmDouble Bprime[3][numdof];
     2873        IssmDouble D[3][3]   = {0.0};
     2874        IssmDouble D_scalar;
    28752875        GaussTria *gauss = NULL;
    28762876
    … …  
    28892889        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    28902890        gauss=new GaussTria(2);
    2891         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     2891        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    28922892
    28932893                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    29282928
    29292929        /*Intermediaries*/
    2930         int        i,j,ig;
     2930        int        i,j;
    29312931        int        analysis_type;
    2932         IssmDouble     MAXSLOPE  = .06; // 6 %
    2933         IssmDouble     MOUNTAINKEXPONENT = 10;
    2934         IssmDouble     slope_magnitude,alpha2;
    2935         IssmDouble     Jdet;
    2936         IssmDouble     L[2][numdof];
    2937         IssmDouble     DL[2][2]  = {{ 0,0 },{0,0}};
    2938         IssmDouble     DL_scalar;
    2939         IssmDouble     slope[2]  = {0.0,0.0};
    2940         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
     2932        IssmDouble MAXSLOPE  = .06; // 6 %
     2933        IssmDouble MOUNTAINKEXPONENT = 10;
     2934        IssmDouble slope_magnitude,alpha2;
     2935        IssmDouble Jdet;
     2936        IssmDouble L[2][numdof];
     2937        IssmDouble DL[2][2]  = {{ 0,0 },{0,0}};
     2938        IssmDouble DL_scalar;
     2939        IssmDouble slope[2]  = {0.0,0.0};
     2940        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
    29412941        Friction  *friction = NULL;
    29422942        GaussTria *gauss    = NULL;
    … …  
    29592959        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    29602960        gauss=new GaussTria(2);
    2961         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     2961        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    29622962
    29632963                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    30183018
    30193019        /*Intermediaries */
    3020         int            i,j,ig;
    3021         IssmDouble         driving_stress_baseline,thickness;
    3022         IssmDouble         Jdet;
    3023         IssmDouble         xyz_list[NUMVERTICES][3];
    3024         IssmDouble         slope[2];
    3025         IssmDouble         basis[3];
    3026         IssmDouble         pe_g_gaussian[numdof];
     3020        int            i,j;
     3021        IssmDouble     driving_stress_baseline,thickness;
     3022        IssmDouble     Jdet;
     3023        IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
     3024        IssmDouble     slope[2];
     3025        IssmDouble     basis[3];
     3026        IssmDouble     pe_g_gaussian[numdof];
    30273027        GaussTria*     gauss=NULL;
    30283028
    … …  
    30383038        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    30393039        gauss=new GaussTria(2);
    3040         for(ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     3040        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    30413041
    30423042                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    31223122
    31233123        /*Intermediaries */
    3124         int        i,j,ig;
    3125         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    3126         IssmDouble     Jdet,thickness;
    3127         IssmDouble     eps1dotdphii,eps1dotdphij;
    3128         IssmDouble     eps2dotdphii,eps2dotdphij;
    3129         IssmDouble     mu_prime;
    3130         IssmDouble     epsilon[3];/* epsilon=[exx,eyy,exy];*/
    3131         IssmDouble     eps1[2],eps2[2];
    3132         IssmDouble     phi[NUMVERTICES];
    3133         IssmDouble     dphi[2][NUMVERTICES];
     3124        int        i,j;
     3125        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     3126        IssmDouble Jdet,thickness;
     3127        IssmDouble eps1dotdphii,eps1dotdphij;
     3128        IssmDouble eps2dotdphii,eps2dotdphij;
     3129        IssmDouble mu_prime;
     3130        IssmDouble epsilon[3];/* epsilon=[exx,eyy,exy];*/
     3131        IssmDouble eps1[2],eps2[2];
     3132        IssmDouble phi[NUMVERTICES];
     3133        IssmDouble dphi[2][NUMVERTICES];
    31343134        GaussTria *gauss=NULL;
    31353135
    … …  
    31453145        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    31463146        gauss=new GaussTria(2);
    3147         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     3147        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    31483148
    31493149                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    35453545void  Tria::GradjBGradient(Vector<IssmDouble>* gradient,int weight_index,int control_index){
    35463546
    3547         int        i,ig;
     3547        int        i;
    35483548        int        vertexpidlist[NUMVERTICES];
    3549         IssmDouble     Jdet,weight;
    3550         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    3551         IssmDouble     dbasis[NDOF2][NUMVERTICES];
    3552         IssmDouble     dk[NDOF2];
    3553         IssmDouble     grade_g[NUMVERTICES]={0.0};
     3549        IssmDouble Jdet,weight;
     3550        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     3551        IssmDouble dbasis[NDOF2][NUMVERTICES];
     3552        IssmDouble dk[NDOF2];
     3553        IssmDouble grade_g[NUMVERTICES]={0.0};
    35543554        GaussTria  *gauss=NULL;
    35553555
    … …  
    35623562        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    35633563        gauss=new GaussTria(2);
    3564         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     3564        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    35653565
    35663566                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    35853585void  Tria::GradjZGradient(Vector<IssmDouble>* gradient,int weight_index,int control_index){
    35863586
    3587         int        i,ig;
     3587        int        i;
    35883588        int        vertexpidlist[NUMVERTICES];
    3589         IssmDouble     Jdet,weight;
    3590         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    3591         IssmDouble     dbasis[NDOF2][NUMVERTICES];
    3592         IssmDouble     dk[NDOF2];
    3593         IssmDouble     grade_g[NUMVERTICES]={0.0};
     3589        IssmDouble Jdet,weight;
     3590        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     3591        IssmDouble dbasis[NDOF2][NUMVERTICES];
     3592        IssmDouble dk[NDOF2];
     3593        IssmDouble grade_g[NUMVERTICES]={0.0};
    35943594        GaussTria  *gauss=NULL;
    35953595
    … …  
    36023602        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    36033603        gauss=new GaussTria(2);
    3604         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     3604        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    36053605
    36063606                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    36263626
    36273627        /*Intermediaries*/
    3628         int        i,ig;
     3628        int        i;
    36293629        int        doflist[NUMVERTICES];
    3630         IssmDouble     vx,vy,lambda,mu,thickness,Jdet;
    3631         IssmDouble     viscosity_complement;
    3632         IssmDouble     dvx[NDOF2],dvy[NDOF2],dadjx[NDOF2],dadjy[NDOF2],dB[NDOF2];
    3633         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    3634         IssmDouble     basis[3],epsilon[3];
    3635         IssmDouble     grad[NUMVERTICES]={0.0};
     3630        IssmDouble vx,vy,lambda,mu,thickness,Jdet;
     3631        IssmDouble viscosity_complement;
     3632        IssmDouble dvx[NDOF2],dvy[NDOF2],dadjx[NDOF2],dadjy[NDOF2],dB[NDOF2];
     3633        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     3634        IssmDouble basis[3],epsilon[3];
     3635        IssmDouble grad[NUMVERTICES]={0.0};
    36363636        GaussTria *gauss = NULL;
    36373637
    … …  
    36503650        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    36513651        gauss=new GaussTria(4);
    3652         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     3652        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    36533653
    36543654                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    36833683
    36843684        /*Intermediaries*/
    3685         int        i,ig;
     3685        int        i;
    36863686        int        doflist[NUMVERTICES];
    3687         IssmDouble     vx,vy,lambda,mu,thickness,Jdet;
    3688         IssmDouble     viscosity_complement;
    3689         IssmDouble     dvx[NDOF2],dvy[NDOF2],dadjx[NDOF2],dadjy[NDOF2],dZ[NDOF2];
    3690         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    3691         IssmDouble     basis[3],epsilon[3];
    3692         IssmDouble     grad[NUMVERTICES]={0.0};
     3687        IssmDouble vx,vy,lambda,mu,thickness,Jdet;
     3688        IssmDouble viscosity_complement;
     3689        IssmDouble dvx[NDOF2],dvy[NDOF2],dadjx[NDOF2],dadjy[NDOF2],dZ[NDOF2];
     3690        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     3691        IssmDouble basis[3],epsilon[3];
     3692        IssmDouble grad[NUMVERTICES]={0.0};
    36933693        GaussTria *gauss = NULL;
    36943694
    … …  
    37073707        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    37083708        gauss=new GaussTria(4);
    3709         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     3709        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    37103710
    37113711                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    37393739void  Tria::GradjDragMacAyeal(Vector<IssmDouble>* gradient,int control_index){
    37403740
    3741         int        i,ig;
     3741        int        i;
    37423742        int        analysis_type;
    37433743        int        vertexpidlist[NUMVERTICES];
    37443744        int        connectivity[NUMVERTICES];
    3745         IssmDouble     vx,vy,lambda,mu,alpha_complement,Jdet;
    3746         IssmDouble     bed,thickness,Neff,drag;
    3747         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    3748         IssmDouble     dk[NDOF2];
    3749         IssmDouble     grade_g[NUMVERTICES]={0.0};
    3750         IssmDouble     grade_g_gaussian[NUMVERTICES];
    3751         IssmDouble     basis[3];
    3752         IssmDouble     epsilon[3]; /* epsilon=[exx,eyy,exy];*/
     3745        IssmDouble vx,vy,lambda,mu,alpha_complement,Jdet;
     3746        IssmDouble bed,thickness,Neff,drag;
     3747        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     3748        IssmDouble dk[NDOF2];
     3749        IssmDouble grade_g[NUMVERTICES]={0.0};
     3750        IssmDouble grade_g_gaussian[NUMVERTICES];
     3751        IssmDouble basis[3];
     3752        IssmDouble epsilon[3]; /* epsilon=[exx,eyy,exy];*/
    37533753        Friction*  friction=NULL;
    37543754        GaussTria  *gauss=NULL;
    … …  
    37743774        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    37753775        gauss=new GaussTria(4);
    3776         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     3776        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    37773777
    37783778                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    38273827void  Tria::GradjDragGradient(Vector<IssmDouble>* gradient, int weight_index,int control_index){
    38283828
    3829         int        i,ig;
     3829        int        i;
    38303830        int        vertexpidlist[NUMVERTICES];
    3831         IssmDouble     Jdet,weight;
    3832         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    3833         IssmDouble     dbasis[NDOF2][NUMVERTICES];
    3834         IssmDouble     dk[NDOF2];
    3835         IssmDouble     grade_g[NUMVERTICES]={0.0};
     3831        IssmDouble Jdet,weight;
     3832        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     3833        IssmDouble dbasis[NDOF2][NUMVERTICES];
     3834        IssmDouble dk[NDOF2];
     3835        IssmDouble grade_g[NUMVERTICES]={0.0};
    38363836        GaussTria  *gauss=NULL;
    38373837
    … …  
    38453845        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    38463846        gauss=new GaussTria(2);
    3847         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     3847        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    38483848
    38493849                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    38883888
    38893889        /*Intermediaries*/
    3890         int        i,ig;
     3890        int        i;
    38913891        int        vertexpidlist[NUMVERTICES];
    3892         IssmDouble     thickness,Jdet;
    3893         IssmDouble     basis[3];
    3894         IssmDouble     Dlambda[2],dp[2];
    3895         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    3896         IssmDouble     grade_g[NUMVERTICES] = {0.0};
     3892        IssmDouble thickness,Jdet;
     3893        IssmDouble basis[3];
     3894        IssmDouble Dlambda[2],dp[2];
     3895        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     3896        IssmDouble grade_g[NUMVERTICES] = {0.0};
    38973897        GaussTria *gauss                = NULL;
    38983898
    … …  
    39073907        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    39083908        gauss=new GaussTria(2);
    3909         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     3909        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    39103910
    39113911                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    39313931
    39323932        /*Intermediaries*/
    3933         int        i,ig;
     3933        int        i;
    39343934        int        vertexpidlist[NUMVERTICES];
    3935         IssmDouble     thickness,Jdet;
    3936         IssmDouble     basis[3];
    3937         IssmDouble     Dlambda[2],dp[2];
    3938         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    3939         IssmDouble     grade_g[NUMVERTICES] = {0.0};
     3935        IssmDouble thickness,Jdet;
     3936        IssmDouble basis[3];
     3937        IssmDouble Dlambda[2],dp[2];
     3938        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     3939        IssmDouble grade_g[NUMVERTICES] = {0.0};
    39403940        GaussTria *gauss                = NULL;
    39413941
    … …  
    39503950        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    39513951        gauss=new GaussTria(2);
    3952         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     3952        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    39533953
    39543954                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    40074007        /* Start looping on the number of gaussian points: */
    40084008        gauss=new GaussTria(2);
    4009         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     4009        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    40104010
    40114011                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    40324032        const int    numdof=2*NUMVERTICES;
    40334033
    4034         int        i,ig;
    4035         IssmDouble     Jelem=0,S,Jdet;
    4036         IssmDouble     misfit;
    4037         IssmDouble     vx,vy,vxobs,vyobs,weight;
    4038         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
     4034        int        i;
     4035        IssmDouble Jelem=0,S,Jdet;
     4036        IssmDouble misfit;
     4037        IssmDouble vx,vy,vxobs,vyobs,weight;
     4038        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
    40394039        GaussTria *gauss=NULL;
    40404040
    … …  
    40554055        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    40564056        gauss=new GaussTria(3);
    4057         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     4057        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    40584058
    40594059                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    40934093        const int    numdof=NDOF2*NUMVERTICES;
    40944094
    4095         int        i,ig;
    4096         IssmDouble     Jelem=0;
    4097         IssmDouble     misfit,Jdet;
    4098         IssmDouble     epsvel=2.220446049250313e-16;
    4099         IssmDouble     meanvel=3.170979198376458e-05; /*1000 m/yr*/
    4100         IssmDouble     velocity_mag,obs_velocity_mag;
    4101         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    4102         IssmDouble     vx,vy,vxobs,vyobs,weight;
     4095        int        i;
     4096        IssmDouble Jelem=0;
     4097        IssmDouble misfit,Jdet;
     4098        IssmDouble epsvel=2.220446049250313e-16;
     4099        IssmDouble meanvel=3.170979198376458e-05; /*1000 m/yr*/
     4100        IssmDouble velocity_mag,obs_velocity_mag;
     4101        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     4102        IssmDouble vx,vy,vxobs,vyobs,weight;
    41034103        GaussTria *gauss=NULL;
    41044104
    … …  
    41184118        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    41194119        gauss=new GaussTria(4);
    4120         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     4120        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    41214121
    41224122                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    41584158        const int    numdof=NDOF2*NUMVERTICES;
    41594159
    4160         int        i,ig;
     4160        int        i;
    41614161        int        fit=-1;
    4162         IssmDouble     Jelem=0, S=0;
    4163         IssmDouble     epsvel=2.220446049250313e-16;
    4164         IssmDouble     meanvel=3.170979198376458e-05; /*1000 m/yr*/
    4165         IssmDouble     misfit, Jdet;
    4166         IssmDouble     vx,vy,vxobs,vyobs,weight;
    4167         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
     4162        IssmDouble Jelem=0, S=0;
     4163        IssmDouble epsvel=2.220446049250313e-16;
     4164        IssmDouble meanvel=3.170979198376458e-05; /*1000 m/yr*/
     4165        IssmDouble misfit, Jdet;
     4166        IssmDouble vx,vy,vxobs,vyobs,weight;
     4167        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
    41684168        GaussTria *gauss=NULL;
    41694169
    … …  
    41834183        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    41844184        gauss=new GaussTria(4);
    4185         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     4185        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    41864186
    41874187                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    42244224        const int    numdof=NDOF2*NUMVERTICES;
    42254225
    4226         int        i,ig;
    4227         IssmDouble     Jelem=0;
    4228         IssmDouble     misfit,Jdet;
    4229         IssmDouble     vx,vy,vxobs,vyobs,weight;
    4230         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
     4226        IssmDouble Jelem=0;
     4227        IssmDouble misfit,Jdet;
     4228        IssmDouble vx,vy,vxobs,vyobs,weight;
     4229        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
    42314230        GaussTria *gauss=NULL;
    42324231
    … …  
    42464245        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    42474246        gauss=new GaussTria(2);
    4248         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     4247        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    42494248
    42504249                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    42844283        const int  numdof=2*NUMVERTICES;
    42854284
    4286         int        i,ig;
    4287         IssmDouble     Jelem=0;
    4288         IssmDouble     scalex=1,scaley=1;
    4289         IssmDouble     misfit,Jdet;
    4290         IssmDouble     epsvel=2.220446049250313e-16;
    4291         IssmDouble     meanvel=3.170979198376458e-05; /*1000 m/yr*/
    4292         IssmDouble     vx,vy,vxobs,vyobs,weight;
    4293         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
     4285        IssmDouble  Jelem=0;
     4286        IssmDouble  scalex=1,scaley=1;
     4287        IssmDouble  misfit,Jdet;
     4288        IssmDouble  epsvel=2.220446049250313e-16;
     4289        IssmDouble  meanvel=3.170979198376458e-05; /*1000 m/yr*/
     4290        IssmDouble  vx,vy,vxobs,vyobs,weight;
     4291        IssmDouble  xyz_list[NUMVERTICES][3];
    42944292        GaussTria *gauss=NULL;
    42954293
    … …  
    43094307        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    43104308        gauss=new GaussTria(4);
    4311         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     4309        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    43124310
    43134311                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    43684366        /* Start looping on the number of gaussian points: */
    43694367        gauss=new GaussTria(2);
    4370         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     4368        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    43714369
    43724370                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    44154413        /* Start looping on the number of gaussian points: */
    44164414        gauss=new GaussTria(2);
    4417         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     4415        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    44184416
    44194417                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    44674465        /* Start looping on the number of gaussian points: */
    44684466        gauss=new GaussTria(2);
    4469         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     4467        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    44704468
    44714469                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    44964494
    44974495        /*Intermediaries*/
    4498         int        i,ig;
    4499         IssmDouble     thickness,thicknessobs,weight;
    4500         IssmDouble     Jdet;
    4501         IssmDouble     Jelem = 0;
    4502         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
     4496        int        i;
     4497        IssmDouble thickness,thicknessobs,weight;
     4498        IssmDouble Jdet;
     4499        IssmDouble Jelem = 0;
     4500        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
    45034501        GaussTria *gauss = NULL;
    4504         IssmDouble     dH[2];
     4502        IssmDouble dH[2];
    45054503
    45064504        /*If on water, return 0: */
    … …  
    45154513        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    45164514        gauss=new GaussTria(2);
    4517         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     4515        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    45184516
    45194517                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    45444542
    45454543        /*Intermediaries */
    4546         int         i,ig,resp;
     4544        int         i,resp;
    45474545        IssmDouble  Jdet;
    45484546        IssmDouble  thickness,thicknessobs,weight;
    … …  
    45714569        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    45724570        gauss=new GaussTria(2);
    4573         for(ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     4571        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    45744572
    45754573                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    46314629
    46324630        /*Intermediaries */
    4633         int        i,resp,ig;
     4631        int        i,resp;
    46344632        int       *responses=NULL;
    46354633        int        num_responses;
    … …  
    46674665        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    46684666        gauss=new GaussTria(4);
    4669         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     4667        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    46704668
    46714669                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    48134811
    48144812        /*Intermediaries */
    4815         int        i,resp,ig;
     4813        int        i,resp;
    48164814        int       *responses=NULL;
    48174815        int        num_responses;
    … …  
    48494847        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    48504848        gauss=new GaussTria(4);
    4851         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     4849        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    48524850
    48534851                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    50165014        /* Start looping on the number of gaussian points: */
    50175015        gauss=new GaussTria(2);
    5018         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     5016        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    50195017
    50205018                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    50655063
    50665064        /*Intermediaries */
    5067         int        i,j,ig;
     5065        int        i,j;
    50685066        bool       incomplete_adjoint;
    5069         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    5070         IssmDouble     Jdet,thickness;
    5071         IssmDouble     eps1dotdphii,eps1dotdphij;
    5072         IssmDouble     eps2dotdphii,eps2dotdphij;
    5073         IssmDouble     mu_prime;
    5074         IssmDouble     epsilon[3];/* epsilon=[exx,eyy,exy];*/
    5075         IssmDouble     eps1[2],eps2[2];
    5076         IssmDouble     phi[NUMVERTICES];
    5077         IssmDouble     dphi[2][NUMVERTICES];
     5067        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     5068        IssmDouble Jdet,thickness;
     5069        IssmDouble eps1dotdphii,eps1dotdphij;
     5070        IssmDouble eps2dotdphii,eps2dotdphij;
     5071        IssmDouble mu_prime;
     5072        IssmDouble epsilon[3];/* epsilon=[exx,eyy,exy];*/
     5073        IssmDouble eps1[2],eps2[2];
     5074        IssmDouble dphi[2][NUMVERTICES];
    50785075        GaussTria *gauss=NULL;
    50795076
    … …  
    50915088        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    50925089        gauss=new GaussTria(2);
    5093         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     5090        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    50945091
    50955092                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    53155312
    53165313        /*Constants*/
    5317         const int    numdof=NDOF1*NUMVERTICES;
     5314        const int  numdof=NDOF1*NUMVERTICES;
    53185315
    53195316        /*Intermediaries */
    5320         IssmDouble     diffusivity;
    5321         int        i,j,ig;
    5322         IssmDouble     Jdettria,DL_scalar,dt,h;
    5323         IssmDouble     vx,vy,vel,dvxdx,dvydy;
    5324         IssmDouble     dvx[2],dvy[2];
    5325         IssmDouble     v_gauss[2]={0.0};
    5326         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    5327         IssmDouble     L[NUMVERTICES];
    5328         IssmDouble     B[2][NUMVERTICES];
    5329         IssmDouble     Bprime[2][NUMVERTICES];
    5330         IssmDouble     K[2][2]                        ={0.0};
    5331         IssmDouble     KDL[2][2]                      ={0.0};
    5332         IssmDouble     DL[2][2]                        ={0.0};
    5333         IssmDouble     DLprime[2][2]                   ={0.0};
     5317        IssmDouble diffusivity;
     5318        int        i,j;
     5319        IssmDouble Jdettria,DL_scalar,dt,h;
     5320        IssmDouble vx,vy,vel,dvxdx,dvydy;
     5321        IssmDouble dvx[2],dvy[2];
     5322        IssmDouble v_gauss[2]={0.0};
     5323        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     5324        IssmDouble L[NUMVERTICES];
     5325        IssmDouble B[2][NUMVERTICES];
     5326        IssmDouble Bprime[2][NUMVERTICES];
     5327        IssmDouble K[2][2]                        ={0.0};
     5328        IssmDouble KDL[2][2]                      ={0.0};
     5329        IssmDouble DL[2][2]                        ={0.0};
     5330        IssmDouble DLprime[2][2]                   ={0.0};
    53345331        GaussTria *gauss=NULL;
    53355332
    … …  
    53535350        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    53545351        gauss=new GaussTria(2);
    5355         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     5352        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    53565353
    53575354                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    54235420
    54245421        /*Intermediaries */
    5425         int        i,j,ig;
    5426         IssmDouble     Jdettria,dt;
    5427         IssmDouble     basal_melting_g;
    5428         IssmDouble     old_watercolumn_g;
    5429         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    5430         IssmDouble     basis[numdof];
     5422        int        i,j;
     5423        IssmDouble Jdettria,dt;
     5424        IssmDouble basal_melting_g;
     5425        IssmDouble old_watercolumn_g;
     5426        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     5427        IssmDouble basis[numdof];
    54315428        GaussTria* gauss=NULL;
    54325429
    … …  
    54465443        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    54475444        gauss=new GaussTria(2);
    5448         for(ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     5445        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    54495446
    54505447                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    56975694        /*Intermediaries */
    56985695        int        stabilization;
    5699         int        i,j,ig,dim;
    5700         IssmDouble     Jdettria,vx,vy,dvxdx,dvydy,vel,h;
    5701         IssmDouble     dvx[2],dvy[2];
    5702         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    5703         IssmDouble     L[NUMVERTICES];
    5704         IssmDouble     B[2][NUMVERTICES];
    5705         IssmDouble     Bprime[2][NUMVERTICES];
    5706         IssmDouble     K[2][2]                          = {0.0};
    5707         IssmDouble     KDL[2][2]                        = {0.0};
    5708         IssmDouble     DL[2][2]                         = {0.0};
    5709         IssmDouble     DLprime[2][2]                    = {0.0};
    5710         IssmDouble     DL_scalar;
     5696        int        i,j,dim;
     5697        IssmDouble Jdettria,vx,vy,dvxdx,dvydy,vel,h;
     5698        IssmDouble dvx[2],dvy[2];
     5699        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     5700        IssmDouble L[NUMVERTICES];
     5701        IssmDouble B[2][NUMVERTICES];
     5702        IssmDouble Bprime[2][NUMVERTICES];
     5703        IssmDouble K[2][2]                          = {0.0};
     5704        IssmDouble KDL[2][2]                        = {0.0};
     5705        IssmDouble DL[2][2]                         = {0.0};
     5706        IssmDouble DLprime[2][2]                    = {0.0};
     5707        IssmDouble DL_scalar;
    57115708        GaussTria *gauss                            = NULL;
    57125709
    … …  
    57325729        /*Start looping on the number of gaussian points:*/
    57335730        gauss=new GaussTria(2);
    5734         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     5731        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    57355732
    57365733                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    58065803
    58075804        /*Intermediaries*/
    5808         int        i,j,ig,dim;
    5809         IssmDouble     vx,vy,Jdettria;
    5810         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    5811         IssmDouble     B[2][NUMVERTICES];
    5812         IssmDouble     Bprime[2][NUMVERTICES];
    5813         IssmDouble     DL[2][2]={0.0};
    5814         IssmDouble     DL_scalar;
     5805        int        i,j,dim;
     5806        IssmDouble vx,vy,Jdettria;
     5807        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     5808        IssmDouble B[2][NUMVERTICES];
     5809        IssmDouble Bprime[2][NUMVERTICES];
     5810        IssmDouble DL[2][2]={0.0};
     5811        IssmDouble DL_scalar;
    58155812        GaussTria  *gauss=NULL;
    58165813
    … …  
    58265823        /*Start looping on the number of gaussian points:*/
    58275824        gauss=new GaussTria(2);
    5828         for (ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     5825        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    58295826
    58305827                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    58745871
    58755872        /*Intermediaries */
    5876         int        i,j,ig;
    5877         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    5878         IssmDouble     dhdt_g,basal_melting_g,surface_mass_balance_g,Jdettria;
    5879         IssmDouble     L[NUMVERTICES];
     5873        int        i,j;
     5874        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     5875        IssmDouble dhdt_g,basal_melting_g,surface_mass_balance_g,Jdettria;
     5876        IssmDouble L[NUMVERTICES];
    58805877        GaussTria* gauss=NULL;
    58815878
    … …  
    58915888        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    58925889        gauss=new GaussTria(2);
    5893         for(ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     5890        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    58945891
    58955892                gauss->GaussPoint(ig);
    … …  
    59175914
    59185915        /*Intermediaries */
    5919         int        i,j,ig;
    5920         IssmDouble     xyz_list[NUMVERTICES][3];
    5921         IssmDouble     basal_melting_g,surface_mass_balance_g,dhdt_g,Jdettria;
    5922         IssmDouble     L[NUMVERTICES];
     5916        int        i,j;
     5917        IssmDouble xyz_list[NUMVERTICES][3];
     5918        IssmDouble basal_melting_g,surface_mass_balance_g,dhdt_g,Jdettria;
     5919        IssmDouble L[NUMVERTICES];
    59235920        GaussTria* gauss=NULL;
    59245921
    … …  
    59345931        /* Start  looping on the number of gaussian points: */
    59355932        gauss=new GaussTria(2);
    5936         for(ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
     5933        for(int ig=gauss->begin();ig<gauss->end();ig++){
    59375934
    59385935                gauss->GaussPoint(ig);

  • issm/trunk-jpl/src/c/classes/objects/Inputs/TriaP1Input.cpp

    r13622 r13787  
    355355
    356356        /*Intermediaries*/
    357         int               i;
    358         TriaP1Input *xinputB     = NULL;
    359         int               B_numvalues;
    360         const int         numnodes    = 3;
    361         IssmDouble            minvalues[numnodes];
     357        int          i;
     358        TriaP1Input *xinputB  = NULL;
     359        const int    numnodes = 3;
     360        IssmDouble   minvalues[numnodes];
    362361
    363362        /*Check that inputB is of the same type*/
    … …  
    388387        int               i;
    389388        TriaP1Input *xinputB     = NULL;
    390         int               B_numvalues;
    391389        const int         numnodes    = 3;
    392390        IssmDouble            maxvalues[numnodes];

  • issm/trunk-jpl/src/c/classes/objects/KML/KMLFileReadUtils.cpp

    r13056 r13787  
    545545                                          FILE* fid){
    546546
    547         int     i=-1,j;
     547        int     i=-1;
    548548        char*   kstr;
    549549        char*   ktok;

  • issm/trunk-jpl/src/c/classes/objects/Loads/Riftfront.cpp

    r13761 r13787  
    377377        const int   numdof = NDOF2*NUMVERTICES;
    378378        int         dofs[1]             = {0};
    379         IssmDouble  Ke_gg[4][4];
    380379        IssmDouble  thickness;
    381380        IssmDouble  h[2];
    … …  
    457456ElementVector* Riftfront::PenaltyCreatePVectorDiagnosticHoriz(IssmDouble kmax){
    458457
    459         const int   numdof = NDOF2*NUMVERTICES;
    460         int         i,j;
    461         IssmDouble      rho_ice;
    462         IssmDouble      rho_water;
    463         IssmDouble      gravity;
    464         IssmDouble      thickness;
    465         IssmDouble      h[2];
    466         IssmDouble      bed;
    467         IssmDouble      b[2];
    468         IssmDouble      pressure;
    469         IssmDouble      pressure_litho;
    470         IssmDouble      pressure_air;
    471         IssmDouble      pressure_melange;
    472         IssmDouble      pressure_water;
    473         int         fill;
    474         bool        shelf;
     458        const int  numdof = NDOF2*NUMVERTICES;
     459        int        j;
     460        IssmDouble rho_ice;
     461        IssmDouble rho_water;
     462        IssmDouble gravity;
     463        IssmDouble thickness;
     464        IssmDouble h[2];
     465        IssmDouble bed;
     466        IssmDouble b[2];
     467        IssmDouble pressure;
     468        IssmDouble pressure_litho;
     469        IssmDouble pressure_air;
     470        IssmDouble pressure_melange;
     471        IssmDouble pressure_water;
     472        int        fill;
     473        bool       shelf;
    475474
    476475        /*Objects: */
    477         Tria       *tria1              = NULL;
    478         Tria       *tria2              = NULL;
     476        Tria *tria1 = NULL;
     477        Tria *tria2 = NULL;
    479478
    480479        /*enum of element? */

  • issm/trunk-jpl/src/c/modules/ContourToNodesx/ContourToNodesx.cpp

    r13762 r13787  
    77
    88        int i;
    9         int m,n;
    109
    1110        /*Contour:*/
    … …  
    4241        /*Contour:*/
    4342        Contour<IssmPDouble>* contouri=NULL;
    44         int      numnodes;
    4543        double*  xc=NULL;
    4644        double*  yc=NULL;
    47         double   value;
    4845
    4946        /*output: */

  • issm/trunk-jpl/src/c/modules/HoleFillerx/HoleFillerx.cpp

    r13762 r13787  
    1616        long                    iii, jjj;
    1717        long                    test;
    18         float                   howlong;
    1918        float                   nsteps, ssteps, wsteps, esteps;
    2019        float                   nwsteps, nesteps, swsteps, sesteps;

  • issm/trunk-jpl/src/c/modules/InterpFromGridToMeshx/InterpFromGridToMeshx.cpp

    r13622 r13787  
    2525        double* x=NULL;
    2626        double* y=NULL;
    27         double  x_grid,y_grid;
    2827        int     i;
    2928

  • issm/trunk-jpl/src/c/modules/InterpFromMesh2dx/InterpFromMesh2dx.cpp

    r13622 r13787  
    1919
    2020        /*Intermediary*/
    21         int    i,j;
     21        int    i;
    2222        int    interpolation_type;
    2323        bool   debug;
    24         double area;
    25         double area_1,area_2,area_3;
    26         double data_value;
    2724        double xmin,xmax;
    2825        double ymin,ymax;

  • issm/trunk-jpl/src/c/modules/InterpFromMeshToMesh2dx/InterpFromMeshToMesh2dx.cpp

    r13762 r13787  
    2525        R2     r;
    2626        I2     I;
    27         int    i,j,k;
     27        int    i,j;
    2828        int    it;
    2929        int    i0,i1,i2;

  • issm/trunk-jpl/src/c/modules/ModelProcessorx/Control/CreateParametersControl.cpp

    r13622 r13787  
    1414void CreateParametersControl(Parameters** pparameters,IoModel* iomodel,int solution_type,int analysis_type){
    1515
    16         int         i;
    1716        Parameters *parameters       = NULL;
    1817        bool        control_analysis;
    … …  
    2120        int         num_cm_responses;
    2221        int        *control_type     = NULL;
    23         IssmDouble     *cm_responses     = NULL;
    24         IssmDouble     *cm_jump          = NULL;
    25         IssmDouble     *optscal          = NULL;
    26         IssmDouble     *maxiter          = NULL;
     22        IssmDouble *cm_responses     = NULL;
     23        IssmDouble *cm_jump          = NULL;
     24        IssmDouble *optscal          = NULL;
     25        IssmDouble *maxiter          = NULL;
    2726
    2827        /*Get parameters: */

  • issm/trunk-jpl/src/c/modules/ModelProcessorx/CreateElementsVerticesAndMaterials.cpp

    r13622 r13787  
    1616
    1717        /*Intermediary*/
    18         int i,j,k,n;
     18        int i;
    1919        int dim,materials_type;
    2020        int numberofelements;

  • issm/trunk-jpl/src/c/modules/ModelProcessorx/DiagnosticHoriz/CreateConstraintsDiagnosticHoriz.cpp

    r13622 r13787  
    4444        Constraints *constraints      = NULL;
    4545        SpcStatic   *spcstatic        = NULL;
    46         int          node1,node2;
    4746        int          dim;
    4847        int          numberofvertices;

  • issm/trunk-jpl/src/c/modules/ModelProcessorx/DistributeNumDofs.cpp

    r13622 r13787  
    1313
    1414        int numdofs=2; //default numdofs
    15         int i;
    1615        int* doftype=NULL;
    1716

  • issm/trunk-jpl/src/c/modules/SystemMatricesx/SystemMatricesx.cpp

    r13622 r13787  
    1313
    1414        /*intermediary: */
    15         int      i,j;
     15        int      i;
    1616        int      fsize,ssize;
    1717        int      connectivity, numberofdofspernode;

  • issm/trunk-jpl/src/c/solutions/dakota_core.cpp

    r13621 r13787  
    4343
    4444#ifdef _HAVE_DAKOTA_ //only works if dakota library has been compiled in.
    45 #include "ParallelLibrary.H"
    46 #include "ProblemDescDB.H"
    47 #include "DakotaStrategy.H"
    48 #include "DakotaModel.H"
    49 #include "DakotaInterface.H"
    50 
     45#include <ParallelLibrary.H>
     46#include <ProblemDescDB.H>
     47#include <DakotaStrategy.H>
     48#include <DakotaModel.H>
     49#include <DakotaInterface.H>
    5150#endif
    5251/*}}}*/

  • issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/petsc/patches/ISSMToPetscInsertMode.cpp

    r13622 r13787  
    1010
    1111/*Petsc includes: */
    12 #include "petscmat.h"
    13 #include "petscvec.h"
    14 #include "petscksp.h"
     12#include <petscmat.h>
     13#include <petscvec.h>
     14#include <petscksp.h>
    1515
    1616/*ISSM includes: */

  • issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/petsc/patches/ISSMToPetscMatrixType.cpp

    r13754 r13787  
    1010
    1111/*Petsc includes: */
    12 #include "petscmat.h"
    13 #include "petscvec.h"
    14 #include "petscksp.h"
     12#include <petscmat.h>
     13#include <petscvec.h>
     14#include <petscksp.h>
    1515
    1616/*ISSM includes: */

  • issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/petsc/patches/ISSMToPetscNormMode.cpp

    r13622 r13787  
    1010
    1111/*Petsc includes: */
    12 #include "petscmat.h"
    13 #include "petscvec.h"
    14 #include "petscksp.h"
     12#include <petscmat.h>
     13#include <petscvec.h>
     14#include <petscksp.h>
    1515
    1616/*ISSM includes: */
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.