Changeset 13243


Ignore:
Timestamp:
09/04/12 14:58:12 (13 years ago)
Author:
Mathieu Morlighem
Message:

NEW: compiling BamgConvertMesh in python

Location:
issm/trunk-jpl/src/modules
Files:
5 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • issm/trunk-jpl/src/modules/BamgConvertMesh/BamgConvertMesh.cpp

    r13236 r13243  
    2222
    2323        /*Output*/
    24         BamgMesh *bamgmesh     = NULL;
    25         BamgGeom *bamggeom     = NULL;
    26         mxArray  *bamgmesh_mat = NULL;
    27         mxArray  *bamggeom_mat = NULL;
     24        BamgMesh *bamgmesh = NULL;
     25        BamgGeom *bamggeom = NULL;
    2826
    2927        /*Boot module: */
    … …  
    3129
    3230        /*checks on arguments on the matlab side: */
    33         CheckNumMatlabArguments(nlhs,NLHS,nrhs,NRHS,__FUNCT__,&BamgConvertMeshUsage);
     31        CHECKARGUMENTS(NLHS,NRHS,&BamgConvertMeshUsage);
    3432
    3533        /*Initialize Bamg outputs*/

  • issm/trunk-jpl/src/modules/BamgConvertMesh/BamgConvertMesh.h

    r13236 r13243  
    2222#include "../../c/shared/shared.h"
    2323#include "../../c/issm-binding.h"
     24#include "../../c/io/io.h"
    2425
    2526#undef __FUNCT__

  • issm/trunk-jpl/src/modules/BamgMesher/BamgMesher.cpp

    r13236 r13243  
    1111WRAPPER(BamgMesher){
    1212
    13         /*Outputs*/
    14         mxArray* bamgmesh_mat=NULL;
    15         mxArray* bamggeom_mat=NULL;
    16 
    17         /*diverse: */
     13        /*Intermediary*/
    1814        BamgOpts *bamgopts=NULL;
    1915        BamgMesh *bamgmesh_in=NULL;
    … …  
    2218        BamgGeom *bamggeom_out=NULL;
    2319
    24         /*Boot module: */
     20        /*Boot module*/
    2521        MODULEBOOT();
    2622

  • issm/trunk-jpl/src/modules/matlab/Makefile.am

    r13219 r13243  
    33EXEEXT=$(MATLABWRAPPEREXT)
    44
    5 #Modules {{{1
     5#Modules {{{
    66if MODULES
    77lib_LTLIBRARIES =  AverageFilter.la\
    8                               BamgMesher.la\
    9                                   BamgConvertMesh.la\
    10                                   BamgTriangulate.la\
    11                                   ContourToMesh.la\
    12                                   ContourToNodes.la\
    13                                   ElementConnectivity.la\
    14                                   EnumToString.la\
    15                                   HoleFiller.la\
    16                                   InternalFront.la\
    17                                   InterpFromGridToMesh.la\
    18                                   InterpFromMeshToMesh2d.la\
    19                                   InterpFromMeshToMesh3d.la\
    20                                   InterpFromMeshToGrid.la\
    21                                   InterpFromMesh2d.la\
    22                                   Ll2xy.la\
    23                                   NodeConnectivity.la\
    24                                   MeshPartition.la\
    25                                   MeshProfileIntersection.la\
    26                                   PointCloudFindNeighbors.la\
    27                                   PropagateFlagsFromConnectivity.la\
    28                                   StringToEnum.la\
    29                                   TriaSearch.la\
    30                                   TriMesh.la\
    31                                   TriMeshProcessRifts.la\
    32                                   Scotch.la\
    33                                   Xy2ll.la\
    34                   Chaco.la
     8                                                BamgMesher.la\
     9                                                BamgConvertMesh.la\
     10                                                BamgTriangulate.la\
     11                                                ContourToMesh.la\
     12                                                ContourToNodes.la\
     13                                                ElementConnectivity.la\
     14                                                EnumToString.la\
     15                                                HoleFiller.la\
     16                                                InternalFront.la\
     17                                                InterpFromGridToMesh.la\
     18                                                InterpFromMeshToMesh2d.la\
     19                                                InterpFromMeshToMesh3d.la\
     20                                                InterpFromMeshToGrid.la\
     21                                                InterpFromMesh2d.la\
     22                                                Ll2xy.la\
     23                                                NodeConnectivity.la\
     24                                                MeshPartition.la\
     25                                                MeshProfileIntersection.la\
     26                                                PointCloudFindNeighbors.la\
     27                                                PropagateFlagsFromConnectivity.la\
     28                                                StringToEnum.la\
     29                                                TriaSearch.la\
     30                                                TriMesh.la\
     31                                                TriMeshProcessRifts.la\
     32                                                Scotch.la\
     33                                                Xy2ll.la\
     34                                                Chaco.la
    3535
    3636if KRIGING
    … …  
    4848
    4949#}}}
    50 #Flags and libraries {{{1
     50#Flags and libraries {{{
    5151if SHAREDLIBS
    5252deps = ../../c/libISSMCore.la ../../c/libISSMModules.la
    … …  
    9595AM_CXXFLAGS += $(CXXOPTFLAGS)
    9696#}}}
    97 
    98 #Bin sources {{{1
     97#Bin sources {{{
    9998AverageFilter_la_SOURCES = ../AverageFilter/AverageFilter.cpp\
    100                           ../AverageFilter/AverageFilter.h
     99                                                                        ../AverageFilter/AverageFilter.h
    101100AverageFilter_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB)
    102101
    103102BamgMesher_la_SOURCES = ../BamgMesher/BamgMesher.cpp\
    104                                         ../BamgMesher/BamgMesher.h
     103                                                                ../BamgMesher/BamgMesher.h
    105104BamgMesher_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB)
    106105
    107106BamgConvertMesh_la_SOURCES = ../BamgConvertMesh/BamgConvertMesh.cpp\
    108                                         ../BamgConvertMesh/BamgConvertMesh.h
     107                                                                          ../BamgConvertMesh/BamgConvertMesh.h
    109108BamgConvertMesh_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB)
    110109
    111110BamgTriangulate_la_SOURCES = ../BamgTriangulate/BamgTriangulate.cpp\
    112                                                                   ../BamgTriangulate/BamgTriangulate.h
     111                                                                          ../BamgTriangulate/BamgTriangulate.h
    113112BamgTriangulate_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB)
    114113
    115114Chaco_la_SOURCES = ../Chaco/Chaco.cpp\
    116                                         ../Chaco/Chaco.h
     115                                                 ../Chaco/Chaco.h
    117116Chaco_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(CHACOLIB)
    118117
    119118ContourToMesh_la_SOURCES = ../ContourToMesh/ContourToMesh.cpp\
    120                                        ../ContourToMesh/ContourToMesh.h
     119                                                                        ../ContourToMesh/ContourToMesh.h
    121120ContourToMesh_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(MULTITHREADINGLIB)
    122121
    123122ContourToNodes_la_SOURCES = ../ContourToNodes/ContourToNodes.cpp\
    124                           ../ContourToNodes/ContourToNodes.h
     123                                                                        ../ContourToNodes/ContourToNodes.h
    125124ContourToNodes_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB)
    126125
    127126ElementConnectivity_la_SOURCES = ../ElementConnectivity/ElementConnectivity.cpp\
    128                           ../ElementConnectivity/ElementConnectivity.h
     127                                                                                        ../ElementConnectivity/ElementConnectivity.h
    129128ElementConnectivity_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB)
    130129
    131130EnumToString_la_SOURCES = ../EnumToString/EnumToString.cpp\
    132                           ../EnumToString/EnumToString.h
     131                                                                  ../EnumToString/EnumToString.h
    133132EnumToString_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB)
    134133
    135134StringToEnum_la_SOURCES = ../StringToEnum/StringToEnum.cpp\
    136                           ../StringToEnum/StringToEnum.h
     135                                                                  ../StringToEnum/StringToEnum.h
    137136StringToEnum_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB)
    138137
    139138HoleFiller_la_SOURCES = ../HoleFiller/HoleFiller.cpp\
    140                           ../HoleFiller/HoleFiller.h
     139                                                                ../HoleFiller/HoleFiller.h
    141140HoleFiller_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB)
    142141
    143142InternalFront_la_SOURCES = ../InternalFront/InternalFront.cpp\
    144                                                                                  ../InternalFront/InternalFront.h
     143                                                                        ../InternalFront/InternalFront.h
    145144InternalFront_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB)
    146145
    147146InterpFromGridToMesh_la_SOURCES = ../InterpFromGridToMesh/InterpFromGridToMesh.cpp\
    148                           ../InterpFromGridToMesh/InterpFromGridToMesh.h
     147                                                                                        ../InterpFromGridToMesh/InterpFromGridToMesh.h
    149148InterpFromGridToMesh_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(MULTITHREADINGLIB)
    150149
    151150InterpFromMeshToMesh2d_la_SOURCES = ../InterpFromMeshToMesh2d/InterpFromMeshToMesh2d.cpp\
    152                                                         ../InterpFromMeshToMesh2d/InterpFromMeshToMesh2d.h
     151                                                                                                ../InterpFromMeshToMesh2d/InterpFromMeshToMesh2d.h
    153152InterpFromMeshToMesh2d_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(MULTITHREADINGLIB)
    154153
    155154InterpFromMeshToMesh3d_la_SOURCES = ../InterpFromMeshToMesh3d/InterpFromMeshToMesh3d.cpp\
    156                                                                         ../InterpFromMeshToMesh3d/InterpFromMeshToMesh3d.h
     155                                                                                                ../InterpFromMeshToMesh3d/InterpFromMeshToMesh3d.h
    157156InterpFromMeshToMesh3d_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB)
    158157
    159158InterpFromMeshToGrid_la_SOURCES = ../InterpFromMeshToGrid/InterpFromMeshToGrid.cpp\
    160                                                                         ../InterpFromMeshToGrid/InterpFromMeshToGrid.h
     159                                                                                         ../InterpFromMeshToGrid/InterpFromMeshToGrid.h
    161160InterpFromMeshToGrid_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB)
    162161
    163162InterpFromMesh2d_la_SOURCES = ../InterpFromMesh2d/InterpFromMesh2d.cpp\
    164                                                                         ../InterpFromMesh2d/InterpFromMesh2d.h
     163                                                                                ../InterpFromMesh2d/InterpFromMesh2d.h
    165164InterpFromMesh2d_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(MULTITHREADINGLIB)
    166165
    167166KMLFileRead_la_SOURCES = ../KMLFileRead/KMLFileRead.cpp\
    168                           ../KMLFileRead/KMLFileRead.h
     167                                                                ../KMLFileRead/KMLFileRead.h
    169168KMLFileRead_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB)
    170169
    171170KMLMeshWrite_la_SOURCES = ../KMLMeshWrite/KMLMeshWrite.cpp\
    172                           ../KMLMeshWrite/KMLMeshWrite.h
     171                                                                  ../KMLMeshWrite/KMLMeshWrite.h
    173172KMLMeshWrite_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB)
    174173
    175174KMLOverlay_la_SOURCES = ../KMLOverlay/KMLOverlay.cpp\
    176                           ../KMLOverlay/KMLOverlay.h
     175                                                                ../KMLOverlay/KMLOverlay.h
    177176KMLOverlay_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB)
    178177
    179178Xy2ll_la_SOURCES = ../Xy2ll/Xy2ll.cpp\
    180                           ../Xy2ll/Xy2ll.h
     179                                                ../Xy2ll/Xy2ll.h
    181180Xy2ll_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB)
    182181
    183182Ll2xy_la_SOURCES = ../Ll2xy/Ll2xy.cpp\
    184                           ../Ll2xy/Ll2xy.h
     183                                                ../Ll2xy/Ll2xy.h
    185184Ll2xy_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB)
    186185
    187186Exp2Kml_la_SOURCES = ../Exp2Kml/Exp2Kml.cpp\
    188                           ../Exp2Kml/Exp2Kml.h
     187                                                        ../Exp2Kml/Exp2Kml.h
    189188Exp2Kml_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB)
    190189
    191190Kml2Exp_la_SOURCES = ../Kml2Exp/Kml2Exp.cpp\
    192                           ../Kml2Exp/Kml2Exp.h
     191                                                        ../Kml2Exp/Kml2Exp.h
    193192Kml2Exp_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB)
    194193
    195194Kriging_la_SOURCES = ../Kriging/Kriging.cpp\
    196                                                 ../Kriging/Kriging.h
     195                                                        ../Kriging/Kriging.h
    197196Kriging_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(GSLLIB) $(MULTITHREADINGLIB)
    198197
    199198MeshPartition_la_SOURCES = ../MeshPartition/MeshPartition.cpp\
    200                           ../MeshPartition/MeshPartition.h
     199                                                                        ../MeshPartition/MeshPartition.h
    201200MeshPartition_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(METISLIB)
    202201
    203202MeshProfileIntersection_la_SOURCES = ../MeshProfileIntersection/MeshProfileIntersection.cpp\
    204                           ../MeshProfileIntersection/MeshProfileIntersection.h
     203                                                                                                ../MeshProfileIntersection/MeshProfileIntersection.h
    205204MeshProfileIntersection_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB)
    206205
    … …  
    210209
    211210PointCloudFindNeighbors_la_SOURCES = ../PointCloudFindNeighbors/PointCloudFindNeighbors.cpp\
    212                           ../PointCloudFindNeighbors/PointCloudFindNeighbors.h
     211                                                                                                ../PointCloudFindNeighbors/PointCloudFindNeighbors.h
    213212PointCloudFindNeighbors_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(MULTITHREADINGLIB)
    214213
    215214PropagateFlagsFromConnectivity_la_SOURCES = ../PropagateFlagsFromConnectivity/PropagateFlagsFromConnectivity.cpp\
    216                           ../PropagateFlagsFromConnectivity/PropagateFlagsFromConnectivity.h
     215                                                                                                                  ../PropagateFlagsFromConnectivity/PropagateFlagsFromConnectivity.h
    217216PropagateFlagsFromConnectivity_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB)
    218217
    219218Scotch_la_SOURCES = ../Scotch/Scotch.cpp\
    220                     ../Scotch/Scotch.h
     219                                                  ../Scotch/Scotch.h
    221220Scotch_la_LIBADD = ${deps} $(SCOTCHLIB)
    222221
    223222Shp2Kml_la_SOURCES = ../Shp2Kml/Shp2Kml.cpp\
    224                      ../Shp2Kml/Shp2Kml.h
     223                                                        ../Shp2Kml/Shp2Kml.h
    225224Shp2Kml_la_LIBADD = ${deps} $(SHAPELIBLIB) $(MPILIB) $(PETSCLIB)
    226225
    227226TriaSearch_la_SOURCES = ../TriaSearch/TriaSearch.cpp\
    228                           ../TriaSearch/TriaSearch.h
     227                                                                ../TriaSearch/TriaSearch.h
    229228TriaSearch_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB)
    230229
    231230TriMesh_la_SOURCES = ../TriMesh/TriMesh.cpp\
    232                      ../TriMesh/TriMesh.h
     231                                                        ../TriMesh/TriMesh.h
    233232TriMesh_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(TRIANGLELIB)
    234233
    235234TriMeshProcessRifts_la_SOURCES = ../TriMeshProcessRifts/TriMeshProcessRifts.cpp\
    236                           ../TriMeshProcessRifts/TriMeshProcessRifts.h
     235                                                                                        ../TriMeshProcessRifts/TriMeshProcessRifts.h
    237236TriMeshProcessRifts_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB)
    238237#}}}

  • issm/trunk-jpl/src/modules/python/Makefile.am

    r13183 r13243  
    33EXEEXT=$(PYTHONWRAPPEREXT)
    44
    5 #Modules {{{1
     5#Modules {{{
    66if MODULES
    7 lib_LTLIBRARIES = ElementConnectivity.la\
    8                            EnumToString.la\
    9                            InterpFromMeshToMesh2d.la\
    10                            NodeConnectivity.la\
    11                            StringToEnum.la\
    12                            TriMesh.la
     7lib_LTLIBRARIES = BamgConvertMesh.la\
     8                                                ElementConnectivity.la\
     9                                                EnumToString.la\
     10                                                InterpFromMeshToMesh2d.la\
     11                                                NodeConnectivity.la\
     12                                                StringToEnum.la\
     13                                                TriMesh.la
    1314endif
    1415#}}}
    15 #Flags and libraries {{{1
     16#Flags and libraries {{{
    1617if SHAREDLIBS
    1718deps = ../../c/libISSMCore.la ../../c/libISSMModules.la
    … …  
    5354AM_CXXFLAGS += $(CXXOPTFLAGS)
    5455#}}}
    55 #Bin sources {{{1
     56#Bin sources {{{
     57BamgConvertMesh_la_SOURCES = ../BamgConvertMesh/BamgConvertMesh.cpp\
     58                                                                          ../BamgConvertMesh/BamgConvertMesh.h
     59BamgConvertMesh_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB)
     60
    5661ElementConnectivity_la_SOURCES = ../ElementConnectivity/ElementConnectivity.cpp\
    57                           ../ElementConnectivity/ElementConnectivity.h
     62                                                                                        ../ElementConnectivity/ElementConnectivity.h
    5863ElementConnectivity_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB)
    5964
    6065EnumToString_la_SOURCES = ../EnumToString/EnumToString.cpp\
    61                           ../EnumToString/EnumToString.h
     66                                                                  ../EnumToString/EnumToString.h
    6267EnumToString_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB)
    6368
    6469InterpFromMeshToMesh2d_la_SOURCES = ../InterpFromMeshToMesh2d/InterpFromMeshToMesh2d.cpp\
    65                                                         ../InterpFromMeshToMesh2d/InterpFromMeshToMesh2d.h
     70                                                                                                ../InterpFromMeshToMesh2d/InterpFromMeshToMesh2d.h
    6671InterpFromMeshToMesh2d_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(MULTITHREADINGLIB)
    6772
    … …  
    7176
    7277StringToEnum_la_SOURCES = ../StringToEnum/StringToEnum.cpp\
    73                           ../StringToEnum/StringToEnum.h
     78                                                                  ../StringToEnum/StringToEnum.h
    7479StringToEnum_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB)
    7580
    7681TriMesh_la_SOURCES = ../TriMesh/TriMesh.cpp\
    77                           ../TriMesh/TriMesh.h
     82                                                        ../TriMesh/TriMesh.h
    7883TriMesh_la_LIBADD = ${deps} $(MPILIB) $(PETSCLIB) $(TRIANGLELIB)
    7984#}}}
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.