Changeset 12371


Ignore:
Timestamp:
06/05/12 10:43:43 (13 years ago)
Author:
Mathieu Morlighem
Message:

Fixed all clusters

Location:
issm/trunk-jpl/src/m/classes/clusters
Files:
1 deleted
7 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/clusters/acenet.m

    r12370 r12371  
    8282
    8383                         %compress the files into one zip.
    84                          compressstring=['tar -zcf ' dirname '.tar.gz ' modelname '.bin ' modelname '.queue '  modelname '.petsc '];
     84                         compressstring=['tar -zcf ' dirname '.tar.gz '];
    8585                         for i=1:numel(filelist),
    8686                                 compressstring = [compressstring ' ' filelist{i}];
    … …  
    9696                         disp('launching solution sequence on remote cluster');
    9797                         launchcommand=['cd ' cluster.executionpath ' && rm -rf ./' dirname ' && mkdir ' dirname ...
    98                                  ' && cd ' dirname ' && mv ../' dirname '.tar.gz ./ && tar -zxf ' dirname '.tar.gz  && source ' modelname '.queue '];
     98                                 ' && cd ' dirname ' && mv ../' dirname '.tar.gz ./ && tar -zxf ' dirname '.tar.gz  && qsub ' modelname '.queue '];
    9999                         issmssh(cluster.name,cluster.login,cluster.port,launchcommand);
    100100                 end %}}}

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/clusters/castor.m

    r12370 r12371  
    115115                         disp('launching solution sequence on remote cluster');
    116116                         launchcommand=['cd ' cluster.executionpath ' && rm -rf ./' dirname ' && mkdir ' dirname ...
    117                                  ' && cd ' dirname ' && mv ../' dirname '.tar.gz ./ && tar -zxf ' dirname '.tar.gz  && source ' modelname '.queue '];
     117                                 ' && cd ' dirname ' && mv ../' dirname '.tar.gz ./ && tar -zxf ' dirname '.tar.gz  && qsub ' modelname '.queue '];
    118118                         issmssh(cluster.name,cluster.login,cluster.port,launchcommand);
    119119                 end %}}}

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/clusters/cosmos.m

    r12363 r12371  
    7070                 end
    7171                 %}}}
    72                  function LaunchQueueJob(cluster,md,options)% {{{
    73                          
    74                          %lauch command, to be executed via ssh
    75                          launchcommand=['cd ' cluster.executionpath ' && rm -rf ./' md.private.runtimename ' && mkdir ' md.private.runtimename ...
    76                                         ' && cd ' md.private.runtimename ' && mv ../' md.private.runtimename '.tar.gz ./ && tar -zxf ' md.private.runtimename '.tar.gz  && qsub -S/bin/sh ' modelname '.queue '];
     72                 function LaunchQueueJob(cluster,modelname,dirname,filelist)% {{{
    7773
    78                         if ~strcmpi(options.batch,'yes'),
    79                                
    80                                 %compress the files into one zip.
    81                                 compressstring=['tar -zcf ' md.private.runtimename '.tar.gz ' md.miscellaneous.name '.bin ' md.miscellaneous.name '.queue '  md.miscellaneous.name '.petsc '];
    82                                 if md.qmu.isdakota,
    83                                         compressstring=[compressstring md.miscellaneous.name '.qmu.in'];
    84                                 end
    85                                 system(compressstring);
    86                                
    87                                 disp('uploading input file and queueing script');
    88                                 issmscpout(md.cluster.name,md.cluster.executionpath,md.cluster.login,md.cluster.port,{[md.private.runtimename '.tar.gz']});
    89                                
    90                                 disp('launching solution sequence on remote cluster');
    91                                 issmssh(md.cluster.name,md.cluster.login,md.cluster.port,launchcommand);
     74                         %compress the files into one zip.
     75                         compressstring=['tar -zcf ' dirname '.tar.gz '];
     76                         for i=1:numel(filelist),
     77                                 compressstring = [compressstring ' ' filelist{i}];
     78                         end
     79                         if cluster.interactive,
     80                                 compressstring = [compressstring ' ' modelname '.errlog ' modelname '.outlog '];
     81                         end
     82                         system(compressstring);
    9283
    93                         else
    94                                 disp('batch mode requested: not launching job interactively');
    95                                 disp('launch solution sequence on remote cluster by hand');
    96                         end
     84                         disp('uploading input file and queueing script');
     85                         issmscpout(cluster.name,cluster.executionpath,cluster.login,cluster.port,{[dirname '.tar.gz']});
    9786
    98                  end
    99                  %}}}
     87                         disp('launching solution sequence on remote cluster');
     88                         launchcommand=['cd ' cluster.executionpath ' && rm -rf ./' dirname ' && mkdir ' dirname ...
     89                                 ' && cd ' dirname ' && mv ../' dirname '.tar.gz ./ && tar -zxf ' dirname '.tar.gz  && qsub ' modelname '.queue '];
     90                         issmssh(cluster.name,cluster.login,cluster.port,launchcommand);
     91                 end %}}}
    10092                 function Download(cluster,dirname,filelist)% {{{
    10193

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/clusters/gemini.m

    r12363 r12371  
    7171                 end
    7272                 %}}}
    73                  function LaunchQueueJob(cluster,md,options)% {{{
    74                          
    75                          %lauch command, to be executed via ssh
    76                          launchcommand=['cd ' cluster.executionpath ' && rm -rf ./' md.private.runtimename ' && mkdir ' md.private.runtimename ...
    77                                         ' && cd ' md.private.runtimename ' && mv ../' md.private.runtimename '.tar.gz ./ && tar -zxf ' md.private.runtimename '.tar.gz  && qsub ' modelname '.queue '];
     73                 function LaunchQueueJob(cluster,modelname,dirname,filelist)% {{{
    7874
    79                         if ~strcmpi(options.batch,'yes'),
    80                                
    81                                 %compress the files into one zip.
    82                                 compressstring=['tar -zcf ' md.private.runtimename '.tar.gz ' md.miscellaneous.name '.bin ' md.miscellaneous.name '.queue '  md.miscellaneous.name '.petsc '];
    83                                 if md.qmu.isdakota,
    84                                         compressstring=[compressstring md.miscellaneous.name '.qmu.in'];
    85                                 end
    86                                 system(compressstring);
    87                                
    88                                 disp('uploading input file and queueing script');
    89                                 issmscpout(md.cluster.name,md.cluster.executionpath,md.cluster.login,md.cluster.port,{[md.private.runtimename '.tar.gz']});
    90                                
    91                                 disp('launching solution sequence on remote cluster');
    92                                 issmssh(md.cluster.name,md.cluster.login,md.cluster.port,launchcommand);
     75                         %compress the files into one zip.
     76                         compressstring=['tar -zcf ' dirname '.tar.gz '];
     77                         for i=1:numel(filelist),
     78                                 compressstring = [compressstring ' ' filelist{i}];
     79                         end
     80                         if cluster.interactive,
     81                                 compressstring = [compressstring ' ' modelname '.errlog ' modelname '.outlog '];
     82                         end
     83                         system(compressstring);
    9384
    94                         else
    95                                 disp('batch mode requested: not launching job interactively');
    96                                 disp('launch solution sequence on remote cluster by hand');
    97                         end
     85                         disp('uploading input file and queueing script');
     86                         issmscpout(cluster.name,cluster.executionpath,cluster.login,cluster.port,{[dirname '.tar.gz']});
    9887
    99                  end
    100                  %}}}
     88                         disp('launching solution sequence on remote cluster');
     89                         launchcommand=['cd ' cluster.executionpath ' && rm -rf ./' dirname ' && mkdir ' dirname ...
     90                                 ' && cd ' dirname ' && mv ../' dirname '.tar.gz ./ && tar -zxf ' dirname '.tar.gz  && qsub ' modelname '.queue '];
     91                         issmssh(cluster.name,cluster.login,cluster.port,launchcommand);
     92                 end %}}}
    10193                 function Download(cluster,dirname,filelist)% {{{
    10294

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/clusters/generic.m

    r12370 r12371  
    106106                 %}}}
    107107                 function LaunchQueueJob(cluster,modelname,dirname,filelist)% {{{
    108                          
    109                          if ispc,
    110                                  %launch right here, do not compress or archive
    111                                  system([modelname '.bat']);
    112                                  return;
    113                          end
    114108
    115109                         %compress the files into one zip.
    … …  
    130124                                 ' && cd ' dirname ' && mv ../' dirname '.tar.gz ./ && tar -zxf ' dirname '.tar.gz  && source  ' modelname '.queue '];
    131125                         issmssh(cluster.name,cluster.login,cluster.port,launchcommand);
    132                 end %}}}
     126                 end %}}}
    133127                 function Download(cluster,dirname,filelist)% {{{
    134128

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/clusters/greenplanet.m

    r12363 r12371  
    102102                         end
    103103                 end %}}}
    104                  function LaunchQueueJob(cluster,md,options)% {{{
    105                          
    106                          %lauch command, to be executed via ssh
    107                          if ~cluster.interactive,
    108                                 launchcommand=['cd ' cluster.executionpath ' && rm -rf ./' md.private.runtimename ' && mkdir ' md.private.runtimename ...
    109                                         ' && cd ' md.private.runtimename ' && mv ../' md.private.runtimename '.tar.gz ./ && tar -zxf ' md.private.runtimename '.tar.gz  && qsub ' md.miscellaneous.name '.queue '];
    110                         else
    111                                 launchcommand=['cd ' cluster.executionpath '/Interactive' num2str(cluster.interactive) ' && tar -zxf ' md.private.runtimename '.tar.gz'];
    112                         end
     104                 function LaunchQueueJob(cluster,modelname,dirname,filelist)% {{{
    113105
    114                         if ~strcmpi(options.batch,'yes'),
    115                                
    116                                 %compress the files into one zip.
    117                                 compressstring=['tar -zcf ' md.private.runtimename '.tar.gz ' md.miscellaneous.name '.bin ' md.miscellaneous.name '.queue '  md.miscellaneous.name '.petsc '];
    118                                 if md.qmu.isdakota,
    119                                         compressstring=[compressstring md.miscellaneous.name '.qmu.in '];
    120                                 end
    121                                 if cluster.interactive,
    122                                         compressstring=[compressstring md.miscellaneous.name '.run ' md.miscellaneous.name '.errlog ' md.miscellaneous.name '.outlog '];
    123                                 end
    124                                 system(compressstring);
    125                                
    126                                 disp('uploading input file and queueing script');
    127                                 if cluster.interactive,
    128                                         directory=[cluster.executionpath '/Interactive' num2str(cluster.interactive)];
    129                                 else
    130                                         directory=cluster.executionpath;
    131                                 end
    132                                
    133                                 issmscpout(cluster.name,directory,cluster.login,cluster.port,{[md.private.runtimename '.tar.gz']});
    134                                
    135                                 disp('launching solution sequence on remote cluster');
    136                                 issmssh(cluster.name,cluster.login,cluster.port,launchcommand);
     106                         %compress the files into one zip.
     107                         compressstring=['tar -zcf ' dirname '.tar.gz '];
     108                         for i=1:numel(filelist),
     109                                 compressstring = [compressstring ' ' filelist{i}];
     110                         end
     111                         if cluster.interactive,
     112                                 compressstring = [compressstring ' ' modelname '.errlog ' modelname '.outlog '];
     113                         end
     114                         system(compressstring);
    137115
    138                         else
    139                                 disp('batch mode requested: not launching job interactively');
    140                                 disp('launch solution sequence on remote cluster by hand');
    141                         end
    142                  end
    143                  %}}}
     116                         disp('uploading input file and queueing script');
     117                         issmscpout(cluster.name,cluster.executionpath,cluster.login,cluster.port,{[dirname '.tar.gz']});
     118
     119                         disp('launching solution sequence on remote cluster');
     120                         launchcommand=['cd ' cluster.executionpath ' && rm -rf ./' dirname ' && mkdir ' dirname ...
     121                                 ' && cd ' dirname ' && mv ../' dirname '.tar.gz ./ && tar -zxf ' dirname '.tar.gz  && qsub ' modelname '.queue '];
     122                         issmssh(cluster.name,cluster.login,cluster.port,launchcommand);
     123                 end %}}}
    144124                 function Download(cluster,dirname,filelist)% {{{
    145125

  • issm/trunk-jpl/src/m/classes/clusters/pollux.m

    r12363 r12371  
    7070                 end
    7171                 %}}}
    72                  function LaunchQueueJob(cluster,md,options)% {{{
    73                          
    74                          %lauch command, to be executed via ssh
    75                          launchcommand=['cd ' cluster.executionpath ' && rm -rf ./' md.private.runtimename ' && mkdir ' md.private.runtimename ...
    76                                         ' && cd ' md.private.runtimename ' && mv ../' md.private.runtimename '.tar.gz ./ && tar -zxf ' md.private.runtimename '.tar.gz  && qsub ' modelname '.queue '];
     72                 function LaunchQueueJob(cluster,modelname,dirname,filelist)% {{{
    7773
    78                         if ~strcmpi(options.batch,'yes'),
    79                                
    80                                 %compress the files into one zip.
    81                                 compressstring=['tar -zcf ' md.private.runtimename '.tar.gz ' md.miscellaneous.name '.bin ' md.miscellaneous.name '.queue '  md.miscellaneous.name '.petsc '];
    82                                 if md.qmu.isdakota,
    83                                         compressstring=[compressstring md.miscellaneous.name '.qmu.in'];
    84                                 end
    85                                 system(compressstring);
    86                                
    87                                 disp('uploading input file and queueing script');
    88                                 issmscpout(md.cluster.name,md.cluster.executionpath,md.cluster.login,md.cluster.port,{[md.private.runtimename '.tar.gz']});
    89                                
    90                                 disp('launching solution sequence on remote cluster');
    91                                 issmssh(md.cluster.name,md.cluster.login,md.cluster.port,launchcommand);
     74                         %compress the files into one zip.
     75                         compressstring=['tar -zcf ' dirname '.tar.gz '];
     76                         for i=1:numel(filelist),
     77                                 compressstring = [compressstring ' ' filelist{i}];
     78                         end
     79                         if cluster.interactive,
     80                                 compressstring = [compressstring ' ' modelname '.errlog ' modelname '.outlog '];
     81                         end
     82                         system(compressstring);
    9283
    93                         else
    94                                 disp('batch mode requested: not launching job interactively');
    95                                 disp('launch solution sequence on remote cluster by hand');
    96                         end
     84                         disp('uploading input file and queueing script');
     85                         issmscpout(cluster.name,cluster.executionpath,cluster.login,cluster.port,{[dirname '.tar.gz']});
    9786
    98                  end
    99                  %}}}
     87                         disp('launching solution sequence on remote cluster');
     88                         launchcommand=['cd ' cluster.executionpath ' && rm -rf ./' dirname ' && mkdir ' dirname ...
     89                                 ' && cd ' dirname ' && mv ../' dirname '.tar.gz ./ && tar -zxf ' dirname '.tar.gz  && qsub ' modelname '.queue '];
     90                         issmssh(cluster.name,cluster.login,cluster.port,launchcommand);
     91                 end %}}}
    10092                 function Download(cluster,dirname,filelist)% {{{
    10193
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.