Changeset 12280


Ignore:
Timestamp:
05/23/12 16:47:41 (13 years ago)
Author:
cborstad
Message:

merged trunk-jpl into trunk-jpl-damage through revision 12279

Location:
issm/branches/trunk-jpl-damage/src
Files:
17 edited
2 copied

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • TabularUnified issm/branches/trunk-jpl-damage/src/c/Container/Observations.cpp

    r12258 r12280  
    7878                }
    7979                else{
    80                         //We need to average with the current observations (not done yet)
     80                        /*We need to average with the current observations*/
     81                        this->quadtree->AddAndAverage(x[i],y[i],observations_list[i]);
    8182                }
    8283        }

  • TabularUnified issm/branches/trunk-jpl-damage/src/c/EnumDefinitions/EnumDefinitions.h

    r12004 r12280  
    155155        PetscProfilingCurrentFlopsEnum,
    156156        PetscProfilingSolutionTimeEnum,
     157        MaxIterationConvergenceFlagEnum,
    157158        SteadystateMaxiterEnum,
    158159        SteadystateNumRequestedOutputsEnum,

  • TabularUnified issm/branches/trunk-jpl-damage/src/c/EnumDefinitions/Synchronize.sh

    r12168 r12280  
    22#Synchronize EnumToStringx.cpp and StringToEnumx.cpp and matlab Enums
    33
    4 #Get all lines of EnumDefinitions2.h which hold Enum | remove all comas | add line number in the first column > put everything in file temp
    5 cat EnumDefinitions.h | grep -e "[0-9]Enum," -e "[a-zA-Z]Enum," | grep -v include | sed -e "s/,//g" | awk '{ printf "%s %s\n", NR, $0 }' > temp
     4#Get all lines of EnumDefinitions2.h which hold Enum | remove all comas > put everything in file temp
     5cat EnumDefinitions.h | grep -e "[0-9]Enum," -e "[a-zA-Z]Enum," | grep -v include | sed -e "s/,/ /g" | awk '{print $1}' > temp
    66
    77#Removed existing files
    … …  
    1313NUMENUMS=$(wc -l temp | awk '{printf("%s",$1);}');
    1414
    15 #Build EnumToStringx.cpp {{{1
     15#Build EnumToStringx.cpp {{{
    1616#Header
    1717cat <<END >  $ISSM_DIR/src/c/modules/EnumToStringx/EnumToStringx.cpp
    … …  
    3535END
    3636#core
    37 cat temp |  awk '{print "\t\t" "case " $2" : return \"" substr($2,1,length($2)-4) "\";"}' >> $ISSM_DIR/src/c/modules/EnumToStringx/EnumToStringx.cpp
     37cat temp |  awk '{print "\t\t" "case " $1" : return \"" substr($1,1,length($1)-4) "\";"}' >> $ISSM_DIR/src/c/modules/EnumToStringx/EnumToStringx.cpp
    3838#Footer
    3939cat <<END >> $ISSM_DIR/src/c/modules/EnumToStringx/EnumToStringx.cpp
    … …  
    8383        echo "   if(stage==$i){" >> $ISSM_DIR//src/c/modules/StringToEnumx/StringToEnumx.cpp
    8484        awk -v i1=$i1 -v i2=$i2 '{if(NR>=i1 && NR<=i2) print $0 }' temp |
    85         awk '{print "\t" ((NR==1)?"      if":"      else if") " (strcmp(name,\"" substr($2,1,length($2)-4) "\")==0) return " $2 ";"}' >> $ISSM_DIR//src/c/modules/StringToEnumx/StringToEnumx.cpp
     85        awk '{print "\t" ((NR==1)?"      if":"      else if") " (strcmp(name,\"" substr($1,1,length($1)-4) "\")==0) return " $1 ";"}' >> $ISSM_DIR//src/c/modules/StringToEnumx/StringToEnumx.cpp
    8686        echo "         else stage=$(($i+1));" >> $ISSM_DIR//src/c/modules/StringToEnumx/StringToEnumx.cpp
    8787        echo "   }" >> $ISSM_DIR//src/c/modules/StringToEnumx/StringToEnumx.cpp
    … …  
    101101
    102102# go through the lines of temp
    103 for (( i=1 ; i<=$NUMENUMS ; i++ )); do
     103ENUM=0;
     104for NAMEENUM in $(cat temp); do
    104105
    105106        #Get name and enum of the line i
    106         NAMEENUM=$(cat temp | grep "^[ ]*$i " | awk '{printf("%s",$2);}');
    107107        NAME=$(echo $NAMEENUM | sed -e "s/Enum//g")
    108         ENUM=$i;
    109108        #offset Enum by one (Enum begins with 0 and not 1!)
    110         let ENUM=$ENUM-1
     109        let ENUM=$ENUM+1
    111110
    112111        #print info {{{
    113         if [ $i -lt 10 ]
     112        if [ $ENUM -lt 10 ]
    114113        then
    115114                printf "\r                                                                      "
    116                 printf "\r  $i/$NUMENUMS Adding "$NAME"..."
     115                printf "\r  $ENUM/$NUMENUMS Adding "$NAME"..."
    117116        else
    118                 if [ $i -lt 100 ]
     117                if [ $ENUM -lt 100 ]
    119118                then
    120119                        printf "\r                                                                      "
    121                         printf "\r $i/$NUMENUMS Adding "$NAME"..."
     120                        printf "\r $ENUM/$NUMENUMS Adding "$NAME"..."
    122121                else
    123122                        printf "\r                                                                      "
    124                         printf "\r$i/$NUMENUMS Adding "$NAME"..."
     123                        printf "\r$ENUM/$NUMENUMS Adding "$NAME"..."
    125124                fi
    126125        fi
    … …  
    143142
    144143done
     144#MaximumNumberOfEnums{{{
     145cat <<END > $ISSM_DIR/src/m/enum/MaximumNumberOfEnums.m
     146function macro=MaximumNumberOfEnums()
     147%$(echo "MaximumNumberOfEnums" | awk {'print toupper($1)'}) - Enum of MaximumNumberOfEnums
     148%
     149%   WARNING: DO NOT MODIFY THIS FILE
     150%            this file has been automatically generated by src/c/EnumDefinitions/Synchronize.sh
     151%            Please read src/c/EnumDefinitions/README for more information
     152%
     153%   Usage:
     154%      macro=MaximumNumberOfEnums()
     155
     156macro=$(cat EnumDefinitions.h | grep -e "[0-9]Enum" -e "[a-zA-Z]Enum" | grep -v include \
     157                | awk '{ printf "%s %s\n", NR-1, $0 }' \
     158                | grep "MaximumNumberOfEnums" | awk '{print $1}');
     159END
     160#}}}
    145161
    146162#clean up{{{

  • TabularUnified issm/branches/trunk-jpl-damage/src/c/modules/EnumToStringx/EnumToStringx.cpp

    r12004 r12280  
    159159                case PetscProfilingCurrentFlopsEnum : return "PetscProfilingCurrentFlops";
    160160                case PetscProfilingSolutionTimeEnum : return "PetscProfilingSolutionTime";
     161                case MaxIterationConvergenceFlagEnum : return "MaxIterationConvergenceFlag";
    161162                case SteadystateMaxiterEnum : return "SteadystateMaxiter";
    162163                case SteadystateNumRequestedOutputsEnum : return "SteadystateNumRequestedOutputs";

  • TabularUnified issm/branches/trunk-jpl-damage/src/c/modules/StringToEnumx/StringToEnumx.cpp

    r12253 r12280  
    163163              else if (strcmp(name,"PetscProfilingCurrentFlops")==0) return PetscProfilingCurrentFlopsEnum;
    164164              else if (strcmp(name,"PetscProfilingSolutionTime")==0) return PetscProfilingSolutionTimeEnum;
     165              else if (strcmp(name,"MaxIterationConvergenceFlag")==0) return MaxIterationConvergenceFlagEnum;
    165166              else if (strcmp(name,"SteadystateMaxiter")==0) return SteadystateMaxiterEnum;
    166167              else if (strcmp(name,"SteadystateNumRequestedOutputs")==0) return SteadystateNumRequestedOutputsEnum;
    … …  
    259260              else if (strcmp(name,"Input")==0) return InputEnum;
    260261              else if (strcmp(name,"IntInput")==0) return IntInputEnum;
    261               else if (strcmp(name,"IntParam")==0) return IntParamEnum;
    262262         else stage=3;
    263263   }
    264264   if(stage==3){
    265               if (strcmp(name,"IntVecParam")==0) return IntVecParamEnum;
     265              if (strcmp(name,"IntParam")==0) return IntParamEnum;
     266              else if (strcmp(name,"IntVecParam")==0) return IntVecParamEnum;
    266267              else if (strcmp(name,"MacAyeal2dIceFront")==0) return MacAyeal2dIceFrontEnum;
    267268              else if (strcmp(name,"MacAyeal3dIceFront")==0) return MacAyeal3dIceFrontEnum;
    … …  
    382383              else if (strcmp(name,"StressTensoryz")==0) return StressTensoryzEnum;
    383384              else if (strcmp(name,"StressTensorzz")==0) return StressTensorzzEnum;
    384               else if (strcmp(name,"IceVolume")==0) return IceVolumeEnum;
    385385         else stage=4;
    386386   }
    387387   if(stage==4){
    388               if (strcmp(name,"P0")==0) return P0Enum;
     388              if (strcmp(name,"IceVolume")==0) return IceVolumeEnum;
     389              else if (strcmp(name,"P0")==0) return P0Enum;
    389390              else if (strcmp(name,"P1")==0) return P1Enum;
    390391              else if (strcmp(name,"P1DG")==0) return P1DGEnum;

  • TabularUnified issm/branches/trunk-jpl-damage/src/c/objects/Elements/Tria.cpp

    r12274 r12280  
    629629                basal_melting_input->GetInputValue(&basal_melting_g,gauss);
    630630                thickness_input->GetInputValue(&thickness_g,gauss);
    631                 if(basal_melting_correction_input) basal_melting_correction_input->GetInputValue(&basal_melting_correction_g,gauss);
     631                if(basal_melting_correction_input)
     632                 basal_melting_correction_input->GetInputValue(&basal_melting_correction_g,gauss);
     633                else
     634                 basal_melting_correction_g=0.;
    632635
    633636                for(i=0;i<numdof;i++) pe->values[i]+=Jdettria*gauss->weight*(thickness_g+dt*(surface_mass_balance_g-basal_melting_g-basal_melting_correction_g))*L[i];

  • TabularUnified issm/branches/trunk-jpl-damage/src/c/objects/IoModel.cpp

    r12168 r12280  
    4545        this->fid=iomodel_handle;
    4646
     47        /*Check that Enums are Synchronized*/
     48        this->CheckEnumSync();
     49
    4750        /*Initialize and read constants:*/
    4851        this->constants=new Parameters();
    … …  
    8992/*}}}*/
    9093
     94/*FUNCTION IoModel::CheckEnumSync{{{1*/
     95void  IoModel::CheckEnumSync(void){
     96
     97        extern int my_rank;
     98        int record_enum = 0;
     99
     100
     101        /*Check that some fields have been allocated*/
     102        _assert_(this->fid || my_rank);
     103
     104
     105        /*Go find in the binary file, the position of the data we want to fetch: */
     106        if(my_rank==0){ //cpu 0
     107
     108                /*First set FILE* position to the beginning of the file: */
     109                fseek(this->fid,0,SEEK_SET);
     110
     111                /*Get first Enum*/
     112                if(fread(&record_enum,sizeof(int),1,this->fid)==0){
     113                        _error_("Marshalled file is empty");
     114                }
     115                else{
     116                        if(record_enum!=MaximumNumberOfEnums){
     117                                _error_("Enums in marshalled file are not compatible with compiled code, make sure you are using the same version of ISSM");
     118                        }
     119                }
     120        }
     121}
     122/*}}}*/
    91123/*FUNCTION IoModel::Constant(bool* poutput,int constant_enum){{{1*/
    92124void IoModel::Constant(bool* poutput,int constant_enum){

  • TabularUnified issm/branches/trunk-jpl-damage/src/c/objects/IoModel.h

    r9476 r12280  
    4141
    4242                /*Input/Output*/
    43                 void        Constant(bool   *poutput,int constant_enum);
    44                 void        Constant(int    *poutput,int constant_enum);
    45                 void        Constant(double *poutput,int constant_enum);
    46                 void        Constant(char  **poutput,int constant_enum);
    47                 Param      *CopyConstantObject(int constant_enum);
    48                 double     *Data(int dataenum);
    49                 void        DeleteData(int num,...);
    50                 void        FetchConstants(void);
    51                 void        FetchData(bool*     pboolean,int data_enum);
    52                 void        FetchData(int*      pinteger,int data_enum);
    53                 void        FetchData(double*   pscalar,int data_enum);
    54                 void        FetchData(char**    pstring,int data_enum);
    55                 void        FetchData(int** pmatrix,int* pM,int* pN,int data_enum);
    56                 void        FetchData(double**  pscalarmatrix,int* pM,int* pN,int data_enum);
    57                 void        FetchData(char***   pstringarray,int* pnumstrings,int data_enum);
    58                 void        FetchData(double*** pmatrixarray,int** pmdims,int** pndims, int* pnumrecords,int data_enum);
    59                 void        FetchData(int num,...);
    60                 void        FetchDataToInput(Elements* elements,int vector_enum,int default_vector_enum=NoneEnum,double default_value=0);
    61                 FILE*       SetFilePointerToData(int* pcode,int* pvector_type, int data_enum);
     43                void    CheckEnumSync(void);
     44                void    Constant(bool   *poutput,int constant_enum);
     45                void    Constant(int    *poutput,int constant_enum);
     46                void    Constant(double *poutput,int constant_enum);
     47                void    Constant(char  **poutput,int constant_enum);
     48                Param  *CopyConstantObject(int constant_enum);
     49                double *Data(int dataenum);
     50                void    DeleteData(int num,...);
     51                void    FetchConstants(void);
     52                void    FetchData(bool*     pboolean,int data_enum);
     53                void    FetchData(int*      pinteger,int data_enum);
     54                void    FetchData(double*   pscalar,int data_enum);
     55                void    FetchData(char**    pstring,int data_enum);
     56                void    FetchData(int** pmatrix,int* pM,int* pN,int data_enum);
     57                void    FetchData(double**  pscalarmatrix,int* pM,int* pN,int data_enum);
     58                void    FetchData(char***   pstringarray,int* pnumstrings,int data_enum);
     59                void    FetchData(double*** pmatrixarray,int** pmdims,int** pndims, int* pnumrecords,int data_enum);
     60                void    FetchData(int num,...);
     61                void    FetchDataToInput(Elements* elements,int vector_enum,int default_vector_enum=NoneEnum,double default_value=0);
     62                FILE*   SetFilePointerToData(int* pcode,int* pvector_type, int data_enum);
    6263};
    6364

  • TabularUnified issm/branches/trunk-jpl-damage/src/c/objects/Kriging/Observation.cpp

    r12229 r12280  
    1515Observation::Observation(double x_in,double y_in,int xi_in,int yi_in,int index_in,double value_in){
    1616
    17         this->x     = x_in;
    18         this->y     = y_in;
    19         this->xi    = xi_in;
    20         this->yi    = yi_in;
    21         this->index = index_in;
    22         this->value = value_in;
     17        this->x      = x_in;
     18        this->y      = y_in;
     19        this->xi     = xi_in;
     20        this->yi     = yi_in;
     21        this->index  = index_in;
     22        this->value  = value_in;
     23        this->weight = 1.;
    2324
    2425}
    … …  
    4243        printf("   xi    : "); printbinary(this->xi); printf("\n");
    4344        printf("   yi    : "); printbinary(this->yi); printf("\n");
     45        printf("   weight: %g\n",this->weight);
    4446        printf("   value : %g\n",this->value);
    4547}

  • TabularUnified issm/branches/trunk-jpl-damage/src/c/objects/Kriging/Observation.h

    r12229 r12280  
    1414                int    xi,yi;
    1515                int    index;
     16                double weight;
    1617                double value;
    1718

  • TabularUnified issm/branches/trunk-jpl-damage/src/c/objects/Kriging/Quadtree.cpp

    r12230 r12280  
    198198
    199199}/*}}}*/
     200/*FUNCTION Quadtree::AddAndAverage{{{1*/
     201void Quadtree::AddAndAverage(double x,double y,double value){
     202
     203        QuadtreeBox **pbox = NULL;
     204        QuadtreeBox  *box  = NULL;
     205        int           xi,yi;
     206        int           level,levelbin;
     207        int           index;
     208        double        length,length2;
     209
     210        /*Get integer coodinates*/
     211        this->IntergerCoordinates(&xi,&yi,x,y);
     212
     213        /*Initialize levels*/
     214        level    = 0;
     215        levelbin = (1L<<this->MaxDepth);// = 2^30
     216
     217        /*Get inital box (the largest)*/
     218        pbox=&root;
     219
     220        /*Find the smallest box where this point is located*/
     221        while((box=*pbox) && (box->nbitems<0)){
     222
     223                levelbin>>=1; level+=1;
     224
     225                pbox = &box->box[IJ(xi,yi,levelbin)];
     226        }
     227
     228        /*Add obervation in this box (should be full)*/
     229        if(box && box->nbitems==4){
     230                index  = 0;
     231                length = pow(box->obs[0]->x - x,2.) + pow(box->obs[0]->y - y,2.);
     232                for(int i=1;i<4;i++){
     233                        length2 = pow(box->obs[i]->x - x,2.) + pow(box->obs[i]->y - y,2.);
     234                        if(length2<length){
     235                                index  = i;
     236                                length = length2;
     237                        }
     238                }
     239
     240                /*We found the closest observation, now average observation (do not change xi and yi to avoid round off errors*/
     241                box->obs[index]->x = (box->obs[index]->weight*box->obs[index]->x + x)/(box->obs[index]->weight+1);
     242                box->obs[index]->y = (box->obs[index]->weight*box->obs[index]->y + y)/(box->obs[index]->weight+1);
     243                box->obs[index]->xi= int((box->obs[index]->weight*double(box->obs[index]->xi) + double(xi))/(box->obs[index]->weight+1));
     244                box->obs[index]->yi= int((box->obs[index]->weight*double(box->obs[index]->yi) + double(yi))/(box->obs[index]->weight+1));
     245                box->obs[index]->value   = (box->obs[index]->weight*box->obs[index]->value + value)/(box->obs[index]->weight+1);
     246                box->obs[index]->weight += 1;
     247        }
     248        else{
     249                _error_("Box is not full");
     250        }
     251}/*}}}*/
    200252/*FUNCTION Quadtree::Echo{{{1*/
    201253void  Quadtree::Echo(void){

  • TabularUnified issm/branches/trunk-jpl-damage/src/c/objects/Kriging/Quadtree.h

    r12229 r12280  
    5353                ~Quadtree();
    5454                void         Add(Observation *observation);
     55                void         AddAndAverage(double x,double y,double value);
    5556                void         DeepEcho(void);
    5657                void         Echo(void);

  • TabularUnified issm/branches/trunk-jpl-damage/src/c/objects/Numerics/ElementVector.cpp

    r12004 r12280  
    166166        double* localvalues=NULL;
    167167
     168        /*In debugging mode, check consistency (no NaN, and values not too big)*/
     169        this->CheckConsistency();
     170
    168171        if(this->fsize){
    169172                /*first, retrieve values that are in the f-set from the g-set values vector: */
    … …  
    200203        }
    201204
     205}
     206/*}}}*/
     207/*FUNCTION ElementVector::CheckConsistency{{{1*/
     208void ElementVector::CheckConsistency(void){
     209        /*Check element matrix values, only in debugging mode*/
     210#ifdef _ISSM_DEBUG_
     211        for (int i=0;i<this->nrows;i++){
     212                if (isnan(this->values[i])) _error_("NaN found in Element Vector");
     213                if (fabs( this->values[i])>1.e+50) _error_("Element Vector values exceeds 1.e+50");
     214        }
     215#endif
    202216}
    203217/*}}}*/

  • TabularUnified issm/branches/trunk-jpl-damage/src/c/objects/Numerics/ElementVector.h

    r11684 r12280  
    4343                void InsertIntoGlobal(Vector* pf);
    4444                void Echo(void);
     45                void CheckConsistency(void);
    4546                void Init(ElementVector* pe);
    4647                void SetValue(double scalar);

  • TabularUnified issm/branches/trunk-jpl-damage/src/c/solvers/solver_newton.cpp

    r11684 r12280  
    6767                convergence(&converged,Kff,pf,uf,old_uf,femmodel->parameters);
    6868                xdelete(&Kff); xdelete(&pf);
    69                 if(converged==true) break;
     69                if(converged==true){   
     70                        bool max_iteration_state=false;
     71                        int tempStep=1;
     72                        double tempTime=1.0;
     73                        femmodel->results->AddObject(new BoolExternalResult(femmodel->results->Size()+1, MaxIterationConvergenceFlagEnum, max_iteration_state, tempStep, tempTime));
     74                        break;
     75                }
    7076                if(count>=max_nonlinear_iterations){
    71                         _printf_(true,"   maximum number of iterations (%i) exceeded\n",max_nonlinear_iterations);
     77                        _printf_(true,"   maximum number of Newton iterations (%i) exceeded\n",max_nonlinear_iterations);
     78                        bool max_iteration_state=true;
     79                        int tempStep=1;
     80                        double tempTime=1.0;
     81                        femmodel->results->AddObject(new BoolExternalResult(femmodel->results->Size()+1, MaxIterationConvergenceFlagEnum, max_iteration_state, tempStep, tempTime));
    7282                        break;
    7383                }

  • TabularUnified issm/branches/trunk-jpl-damage/src/c/solvers/solver_nonlinear.cpp

    r11684 r12280  
    8585                /*Increase count: */
    8686                count++;
    87                 if(converged==true)break;
     87                if(converged==true){
     88                        bool max_iteration_state=false;
     89                        int tempStep=1;
     90                        double tempTime=1.0;
     91                        femmodel->results->AddObject(new BoolExternalResult(femmodel->results->Size()+1, MaxIterationConvergenceFlagEnum, max_iteration_state, tempStep, tempTime));
     92                        break;
     93                }
    8894                if(count>=max_nonlinear_iterations){
    89                         _printf_(true,"   maximum number of iterations (%i) exceeded\n",max_nonlinear_iterations);
     95                        _printf_(true,"   maximum number of nonlinear iterations (%i) exceeded\n",max_nonlinear_iterations);
    9096                        converged=true;
    91                 InputUpdateFromConstantx( femmodel->elements,femmodel->nodes, femmodel->vertices, femmodel->loads, femmodel->materials, femmodel->parameters,converged,ConvergedEnum);
    92                 InputUpdateFromSolutionx( femmodel->elements,femmodel->nodes, femmodel->vertices, femmodel->loads, femmodel->materials, femmodel->parameters,ug);
     97                        InputUpdateFromConstantx( femmodel->elements,femmodel->nodes, femmodel->vertices, femmodel->loads, femmodel->materials, femmodel->parameters,converged,ConvergedEnum);
     98                        InputUpdateFromSolutionx( femmodel->elements,femmodel->nodes, femmodel->vertices, femmodel->loads, femmodel->materials, femmodel->parameters,ug);               
     99                        bool max_iteration_state=true;
     100                        int tempStep=1;
     101                        double tempTime=1.0;
     102                        femmodel->results->AddObject(new BoolExternalResult(femmodel->results->Size()+1, MaxIterationConvergenceFlagEnum, max_iteration_state, tempStep, tempTime));
    93103                        break;
    94104                }

  • TabularUnified issm/branches/trunk-jpl-damage/src/m/enum/MaximumNumberOfEnums.m

    r12279 r12280  
    99%      macro=MaximumNumberOfEnums()
    1010
    11 macro=437;
     11macro=440;

  • TabularUnified issm/branches/trunk-jpl-damage/src/m/model/marshall.m

    r12004 r12280  
    1515        error(['marshall error message: could not open ' [md.miscellaneous.name '.bin'],' file for binary writing']);
    1616end
     17
     18%First, right MaximumNumberOfEnum to make sure that the Enums are synchronized
     19WriteData(fid,'enum',MaximumNumberOfEnums(),'data',true,'format','Boolean');
    1720
    1821%Go through all model fields: check that it is a class and call checkconsistency
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.