Index: /issm/trunk-jpl/src/c/Container/Options.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/Container/Options.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/Container/Options.cpp (revision 11861) @@ -20,5 +20,5 @@ #include "../shared/shared.h" #include "../EnumDefinitions/EnumDefinitions.h" -#ifdef _SERIAL_ +#if _SERIAL_ #include "../io/io.h" #endif @@ -31,5 +31,5 @@ } /*}}}*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) /*FUNCTION Options::Options(int istart, int nrhs, const mxArray* prhs[]){{{1*/ Options::Options(int istart, int nrhs, const mxArray* prhs[]){ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/Container/Options.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/Container/Options.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/Container/Options.h (revision 11861) @@ -15,5 +15,5 @@ /*constructors, destructors*/ Options(); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) Options(int istart, int nrhs, const mxArray* prhs[]); #endif Index: /issm/trunk-jpl/src/c/Container/Results.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/Container/Results.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/Container/Results.cpp (revision 11861) @@ -65,5 +65,5 @@ /*}}}*/ /*FUNCTION Results::Write{{{1*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void Results::Write(mxArray** pdataref){ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/Container/Results.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/Container/Results.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/Container/Results.h (revision 11861) @@ -26,5 +26,5 @@ /*numerics: {{{1*/ Results* SpawnTriaResults(int* indices); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void Write(mxArray** pdataref); #else Index: /issm/trunk-jpl/src/c/include/types.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/include/types.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/include/types.h (revision 11861) @@ -16,5 +16,5 @@ /*Define abstract type for I/O: */ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include typedef const mxArray* ConstDataHandle; //serially, we are reading data from a matlab array. Index: /issm/trunk-jpl/src/c/io/Matlab/FetchMatlabData.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/io/Matlab/FetchMatlabData.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/io/Matlab/FetchMatlabData.cpp (revision 11861) @@ -12,5 +12,5 @@ #include "../../include/include.h" -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include /*FUNCTION FetchMatlabData(DataSet** pdataset,const mxArray* dataref){{{1*/ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/io/Matlab/OptionParse.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/io/Matlab/OptionParse.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/io/Matlab/OptionParse.cpp (revision 11861) @@ -13,5 +13,5 @@ #include "./matlabio.h" -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include Index: /issm/trunk-jpl/src/c/io/Matlab/WriteMatlabData.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/io/Matlab/WriteMatlabData.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/io/Matlab/WriteMatlabData.cpp (revision 11861) @@ -12,5 +12,5 @@ #include "../../shared/shared.h" -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include Index: /issm/trunk-jpl/src/c/io/Matlab/matlabio.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/io/Matlab/matlabio.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/io/Matlab/matlabio.h (revision 11861) @@ -13,5 +13,5 @@ class Parameters; -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include void WriteMatlabData(mxArray** pdataref,DataSet* dataset); Index: /issm/trunk-jpl/src/c/io/io.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/io/io.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/io/io.h (revision 11861) @@ -15,5 +15,5 @@ #include "./Disk/diskio.h" -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include "./Matlab/matlabio.h" #endif Index: /issm/trunk-jpl/src/c/modules/Dakotax/Dakotax.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/modules/Dakotax/Dakotax.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/modules/Dakotax/Dakotax.cpp (revision 11861) @@ -51,5 +51,5 @@ #endif -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void Dakotax(mxArray* femmodel){ #else @@ -69,5 +69,5 @@ /*Retrieve parameters: */ - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) FetchMatlabData((Parameters**)¶meters,mxGetField((mxArray*)femmodel,0,"parameters")); #else @@ -86,5 +86,5 @@ // Instantiate/initialize the parallel library and problem description // database objects. - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) Dakota::ParallelLibrary parallel_lib; //use Dakota's standard library mode constructor #else @@ -143,5 +143,5 @@ xfree((void**)&dakota_output_file); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) delete parameters; #endif Index: /issm/trunk-jpl/src/c/modules/Dakotax/Dakotax.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/modules/Dakotax/Dakotax.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/modules/Dakotax/Dakotax.h (revision 11861) @@ -13,5 +13,5 @@ int DescriptorIndex(char* root, int* pindex,char* descriptor); -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void Dakotax(mxArray* femmodel); void SpawnCoreSerial(double* responses, int numresponses, double* variables, char** variables_descriptors,int numvariables, mxArray* femmodel,int counter); Index: /issm/trunk-jpl/src/c/modules/Dakotax/SpawnCore.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/modules/Dakotax/SpawnCore.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/modules/Dakotax/SpawnCore.cpp (revision 11861) @@ -21,5 +21,5 @@ /*Branch into a serial SpawnCore and a parallel SpawnCore: */ - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) SpawnCoreSerial(responses, numresponses, variables, variables_descriptors,numvariables, (mxArray*)femmodel, counter); #else Index: /issm/trunk-jpl/src/c/modules/Dakotax/SpawnCoreSerial.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/modules/Dakotax/SpawnCoreSerial.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/modules/Dakotax/SpawnCoreSerial.cpp (revision 11861) @@ -18,5 +18,5 @@ #include "../../include/include.h" -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void SpawnCoreSerial(double* responses, int numresponses, double* variables, char** variables_descriptors,int numvariables, mxArray* femmodel, int counter){ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/modules/OutputResultsx/OutputResultsx.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/modules/OutputResultsx/OutputResultsx.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/modules/OutputResultsx/OutputResultsx.cpp (revision 11861) @@ -16,5 +16,5 @@ #include "../../objects/objects.h" -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void OutputResultsx(mxArray** pdataref, Elements* elements, Nodes* nodes, Vertices* vertices, Loads* loads, Materials* materials, Parameters* parameters,Results* results){ #else @@ -31,5 +31,5 @@ bool dakota_analysis = false; - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) const char **fnames = NULL; mwSize onebyone[2] = {0,0}; @@ -43,5 +43,5 @@ if(dakota_analysis){ //no need to output anything, Dakota analysis has different outputs - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) *pdataref=mxCreateStructArray( ndim,onebyone,nfields,fnames); #endif @@ -91,5 +91,5 @@ /*Write results to disk (in parallel), or to memory (in serial mode): */ - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) results->Write(pdataref); #else Index: /issm/trunk-jpl/src/c/modules/OutputResultsx/OutputResultsx.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/modules/OutputResultsx/OutputResultsx.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/modules/OutputResultsx/OutputResultsx.h (revision 11861) @@ -14,5 +14,5 @@ #include "../../Container/Container.h" -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include void OutputResultsx(mxArray** pdataref, Elements* elements, Nodes* nodes, Vertices* vertices, Loads* loads, Materials* materials, Parameters* parameters, Results* results); Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Bamg/BamgGeom.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Bamg/BamgGeom.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Bamg/BamgGeom.cpp (revision 11861) @@ -19,5 +19,5 @@ /*}}}*/ /*FUNCTION BamgGeom::BamgGeom(mxArray* matlab_struct){{{1*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) BamgGeom::BamgGeom(mxArray* matlab_struct){ @@ -51,5 +51,5 @@ /*Methods*/ /*FUNCTION BamgGeom::SetMatlabStructureFields{{{1*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void BamgGeom::SetMatlabStructureFields(mxArray** matlab_struct){ @@ -94,5 +94,5 @@ /*}}}*/ /*FUNCTION BamgGeom::SetMatlabStructureField{{{1*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void BamgGeom::SetMatlabStructureField(mxArray* matlab_struct,const char* fieldname,int fieldrows,int fieldcols,double* fieldpointer){ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Bamg/BamgGeom.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Bamg/BamgGeom.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Bamg/BamgGeom.h (revision 11861) @@ -5,5 +5,5 @@ #define _BAMGGEOM_H_ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include #endif @@ -30,10 +30,10 @@ BamgGeom(); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) BamgGeom(mxArray* matlab_struct); #endif ~BamgGeom(); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void SetMatlabStructureFields(mxArray** matlab_struct); void SetMatlabStructureField(mxArray* matlab_struct,const char* fieldname,int fieldrows,int fieldcols,double* fieldpointer); Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Bamg/BamgMesh.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Bamg/BamgMesh.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Bamg/BamgMesh.cpp (revision 11861) @@ -32,5 +32,5 @@ /*}}}*/ /*FUNCTION BamgMesh::BamgMesh(mxArray* matlab_struct){{{1*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) BamgMesh::BamgMesh(mxArray* matlab_struct){ @@ -91,5 +91,5 @@ /*Methods*/ /*FUNCTION BamgMesh::SetMatlabStructureFields{{{1*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void BamgMesh::SetMatlabStructureFields(mxArray** matlab_struct){ @@ -152,5 +152,5 @@ /*}}}*/ /*FUNCTION BamgMesh::SetMatlabStructureField{{{1*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void BamgMesh::SetMatlabStructureField(mxArray* matlab_struct,const char* fieldname,int fieldrows,int fieldcols,double* fieldpointer){ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Bamg/BamgMesh.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Bamg/BamgMesh.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Bamg/BamgMesh.h (revision 11861) @@ -5,5 +5,5 @@ #define _BAMGMESH_H_ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include #endif @@ -51,10 +51,10 @@ BamgMesh(); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) BamgMesh(mxArray* matlab_struct); #endif ~BamgMesh(); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void SetMatlabStructureFields(mxArray** matlab_struct); void SetMatlabStructureField(mxArray* matlab_struct,const char* fieldname,int fieldrows,int fieldcols,double* fieldpointer); Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Bamg/BamgOpts.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Bamg/BamgOpts.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Bamg/BamgOpts.cpp (revision 11861) @@ -42,5 +42,5 @@ /*}}}*/ /*FUNCTION BamgOpts::BamgOpts(mxArray* matlab_struct){{{1*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) BamgOpts::BamgOpts(mxArray* matlab_struct){ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Bamg/BamgOpts.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Bamg/BamgOpts.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Bamg/BamgOpts.h (revision 11861) @@ -6,5 +6,5 @@ #define _BAMGOPTS_H_ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include #endif @@ -54,5 +54,5 @@ BamgOpts(); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) BamgOpts(mxArray* matlab_struct); #endif Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/BoolExternalResult.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/BoolExternalResult.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/BoolExternalResult.cpp (revision 11861) @@ -68,5 +68,5 @@ } /*}}}*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) /*FUNCTION BoolExternalResult::Marshall{{{1*/ void BoolExternalResult::Marshall(char** pmarshalled_dataset){ @@ -186,5 +186,5 @@ /*}}}*/ /*FUNCTION BoolExternalResult::SetMatlabField{{{1*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void BoolExternalResult::SetMatlabField(mxArray* dataref){ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/BoolExternalResult.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/BoolExternalResult.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/BoolExternalResult.h (revision 11861) @@ -16,5 +16,5 @@ #endif -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include #endif @@ -47,5 +47,5 @@ int Id(); int MyRank(); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void Marshall(char** pmarshalled_dataset); int MarshallSize(); @@ -59,5 +59,5 @@ void WriteData(FILE* fid,bool io_gather); void GetResultName(char**); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void SetMatlabField(mxArray* dataref); #endif Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/DoubleExternalResult.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/DoubleExternalResult.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/DoubleExternalResult.cpp (revision 11861) @@ -68,5 +68,5 @@ } /*}}}*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) /*FUNCTION DoubleExternalResult::Marshall{{{1*/ void DoubleExternalResult::Marshall(char** pmarshalled_dataset){ @@ -182,5 +182,5 @@ /*}}}*/ /*FUNCTION DoubleExternalResult::SetMatlabField{{{1*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void DoubleExternalResult::SetMatlabField(mxArray* dataref){ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/DoubleExternalResult.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/DoubleExternalResult.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/DoubleExternalResult.h (revision 11861) @@ -16,5 +16,5 @@ #endif -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include #endif @@ -48,5 +48,5 @@ int Id(); int MyRank(); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void Marshall(char** pmarshalled_dataset); int MarshallSize(); @@ -60,5 +60,5 @@ void WriteData(FILE* fid,bool io_gather); void GetResultName(char**); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void SetMatlabField(mxArray* dataref); #endif Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/DoubleMatExternalResult.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/DoubleMatExternalResult.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/DoubleMatExternalResult.cpp (revision 11861) @@ -96,5 +96,5 @@ } /*}}}*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) /*FUNCTION DoubleMatExternalResult::Marshall{{{1*/ void DoubleMatExternalResult::Marshall(char** pmarshalled_dataset){ @@ -223,5 +223,5 @@ /*}}}*/ /*FUNCTION DoubleMatExternalResult::SetMatlabField{{{1*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void DoubleMatExternalResult::SetMatlabField(mxArray* dataref){ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/DoubleMatExternalResult.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/DoubleMatExternalResult.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/DoubleMatExternalResult.h (revision 11861) @@ -15,5 +15,5 @@ #endif -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include #endif @@ -49,5 +49,5 @@ int Id(); int MyRank(); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void Marshall(char** pmarshalled_dataset); int MarshallSize(); @@ -61,5 +61,5 @@ void WriteData(FILE* fid,bool io_gather); void GetResultName(char**); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void SetMatlabField(mxArray* dataref); #endif Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/DoubleVecExternalResult.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/DoubleVecExternalResult.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/DoubleVecExternalResult.cpp (revision 11861) @@ -87,5 +87,5 @@ } /*}}}*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) /*FUNCTION DoubleVecExternalResult::Marshall{{{1*/ void DoubleVecExternalResult::Marshall(char** pmarshalled_dataset){ @@ -207,5 +207,5 @@ /*}}}*/ /*FUNCTION DoubleVecExternalResult::SetMatlabField{{{1*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void DoubleVecExternalResult::SetMatlabField(mxArray* dataref){ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/DoubleVecExternalResult.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/DoubleVecExternalResult.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/DoubleVecExternalResult.h (revision 11861) @@ -15,5 +15,5 @@ #endif -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include #endif @@ -48,5 +48,5 @@ int Id(); int MyRank(); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void Marshall(char** pmarshalled_dataset); int MarshallSize(); @@ -60,5 +60,5 @@ void WriteData(FILE* fid,bool io_gather); void GetResultName(char**); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void SetMatlabField(mxArray* dataref); #endif Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/ExternalResult.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/ExternalResult.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/ExternalResult.h (revision 11861) @@ -16,5 +16,5 @@ #endif -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include #endif @@ -33,5 +33,5 @@ virtual void WriteData(FILE* fid,bool io_gather)=0; virtual void GetResultName(char**)=0; - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) virtual void SetMatlabField(mxArray* dataref)=0; #endif Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/IntExternalResult.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/IntExternalResult.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/IntExternalResult.cpp (revision 11861) @@ -68,5 +68,5 @@ } /*}}}*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) /*FUNCTION IntExternalResult::Marshall{{{1*/ void IntExternalResult::Marshall(char** pmarshalled_dataset){ @@ -186,5 +186,5 @@ /*}}}*/ /*FUNCTION IntExternalResult::SetMatlabField{{{1*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void IntExternalResult::SetMatlabField(mxArray* dataref){ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/IntExternalResult.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/IntExternalResult.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/IntExternalResult.h (revision 11861) @@ -16,5 +16,5 @@ #endif -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include #endif @@ -46,5 +46,5 @@ int Id(); int MyRank(); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void Marshall(char** pmarshalled_dataset); int MarshallSize(); @@ -58,5 +58,5 @@ void WriteData(FILE* fid,bool io_gather); void GetResultName(char**); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void SetMatlabField(mxArray* dataref); #endif Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/PetscVecExternalResult.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/PetscVecExternalResult.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/PetscVecExternalResult.cpp (revision 11861) @@ -80,5 +80,5 @@ } /*}}}*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) /*FUNCTION PetscVecExternalResult::Marshall{{{1*/ void PetscVecExternalResult::Marshall(char** pmarshalled_dataset){ @@ -245,5 +245,5 @@ /*}}}*/ /*FUNCTION PetscVecExternalResult::SetMatlabField{{{1*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void PetscVecExternalResult::SetMatlabField(mxArray* dataref){ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/PetscVecExternalResult.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/PetscVecExternalResult.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/PetscVecExternalResult.h (revision 11861) @@ -16,5 +16,5 @@ #endif -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include #endif @@ -48,5 +48,5 @@ int Id(); int MyRank(); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void Marshall(char** pmarshalled_dataset); int MarshallSize(); @@ -60,5 +60,5 @@ void WriteData(FILE* fid,bool io_gather); void GetResultName(char**); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void SetMatlabField(mxArray* dataref); #endif Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/StringExternalResult.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/StringExternalResult.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/StringExternalResult.cpp (revision 11861) @@ -71,5 +71,5 @@ } /*}}}*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) /*FUNCTION StringExternalResult::Marshall{{{1*/ void StringExternalResult::Marshall(char** pmarshalled_dataset){ @@ -198,5 +198,5 @@ /*}}}*/ /*FUNCTION StringExternalResult::SetMatlabField{{{1*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void StringExternalResult::SetMatlabField(mxArray* dataref){ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/StringExternalResult.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/StringExternalResult.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/StringExternalResult.h (revision 11861) @@ -16,5 +16,5 @@ #endif -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include #endif @@ -58,5 +58,5 @@ void WriteData(FILE* fid,bool io_gather); void GetResultName(char**); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void SetMatlabField(mxArray* dataref); #endif Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Numerics/Matrix.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Numerics/Matrix.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Numerics/Matrix.cpp (revision 11861) @@ -140,5 +140,5 @@ /*}}}*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) /*FUNCTION Matrix::ToMatlabMatrix{{{1*/ mxArray* Matrix::ToMatlabMatrix(void){ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Numerics/Matrix.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Numerics/Matrix.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Numerics/Matrix.h (revision 11861) @@ -21,5 +21,5 @@ #endif -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include "mex.h" #endif @@ -51,5 +51,5 @@ /*Matrix specific routines {{{1*/ void Echo(void); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) mxArray* ToMatlabMatrix(void); #endif @@ -66,5 +66,5 @@ }; /*API: */ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) Matrix* MatlabMatrixToMatrix(const mxArray* mxmatrix); #endif Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Numerics/Vector.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Numerics/Vector.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Numerics/Vector.cpp (revision 11861) @@ -133,5 +133,5 @@ /*}}}*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) /*FUNCTION Vector::ToMatlabVector{{{1*/ mxArray* Vector::ToMatlabVector(void){ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Numerics/Vector.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Numerics/Vector.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Numerics/Vector.h (revision 11861) @@ -21,5 +21,5 @@ #endif -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include "mex.h" #endif @@ -54,5 +54,5 @@ /*Vector specific routines {{{1*/ void Echo(void); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) mxArray* ToMatlabVector(void); #endif @@ -78,5 +78,5 @@ /*API: */ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) Vector* MatlabVectorToVector(const mxArray* mxvector); #endif Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/OptArgs.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/OptArgs.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/OptArgs.h (revision 11861) @@ -6,5 +6,5 @@ #define _OPTARGS_H_ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include "mex.h" Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/BoolParam.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/BoolParam.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/BoolParam.cpp (revision 11861) @@ -62,5 +62,5 @@ } /*}}}*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) /*FUNCTION BoolParam::Marshall{{{1*/ void BoolParam::Marshall(char** pmarshalled_dataset){ @@ -135,5 +135,5 @@ /*}}}*/ /*FUNCTION BoolParam::SetMatlabField{{{1*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void BoolParam::SetMatlabField(mxArray* dataref){ char* name=NULL; Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/BoolParam.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/BoolParam.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/BoolParam.h (revision 11861) @@ -15,5 +15,5 @@ #endif -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include #endif @@ -41,5 +41,5 @@ int Id(); int MyRank(); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void Marshall(char** pmarshalled_dataset); int MarshallSize(); @@ -81,5 +81,5 @@ void GetParameterName(char**pname); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void SetMatlabField(mxArray* dataref); #endif Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleMatArrayParam.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleMatArrayParam.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleMatArrayParam.cpp (revision 11861) @@ -127,5 +127,5 @@ } /*}}}*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) /*FUNCTION DoubleMatArrayParam::Marshall{{{1*/ void DoubleMatArrayParam::Marshall(char** pmarshalled_dataset){ @@ -309,5 +309,5 @@ /*}}}*/ /*FUNCTION StringArrayParam::SetMatlabField{{{1*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void DoubleMatArrayParam::SetMatlabField(mxArray* dataref){ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleMatArrayParam.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleMatArrayParam.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleMatArrayParam.h (revision 11861) @@ -15,5 +15,5 @@ #endif -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include #endif @@ -44,5 +44,5 @@ int Id(); int MyRank(); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void Marshall(char** pmarshalled_dataset); int MarshallSize(); @@ -84,5 +84,5 @@ void GetParameterName(char**pname); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void SetMatlabField(mxArray* dataref); #endif Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleMatParam.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleMatParam.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleMatParam.cpp (revision 11861) @@ -78,5 +78,5 @@ } /*}}}*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) /*FUNCTION DoubleMatParam::Marshall{{{1*/ void DoubleMatParam::Marshall(char** pmarshalled_dataset){ @@ -169,5 +169,5 @@ /*FUNCTION DoubleMatParam::GetParameterValue(int** pintarray,int* pM,int* pN){{{1*/ void DoubleMatParam::GetParameterValue(int** pintarray,int* pM,int* pN){ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) int* output=NULL; int i; @@ -191,5 +191,5 @@ /*}}}*/ /*FUNCTION DoubleMatParam::SetMatlabField{{{1*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void DoubleMatParam::SetMatlabField(mxArray* dataref){ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleMatParam.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleMatParam.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleMatParam.h (revision 11861) @@ -15,5 +15,5 @@ #endif -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include #endif @@ -43,5 +43,5 @@ int Id(); int MyRank(); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void Marshall(char** pmarshalled_dataset); int MarshallSize(); @@ -84,5 +84,5 @@ void GetParameterName(char**pname); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void SetMatlabField(mxArray* dataref); #endif Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleParam.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleParam.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleParam.cpp (revision 11861) @@ -59,5 +59,5 @@ } /*}}}*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) /*FUNCTION DoubleParam::Marshall{{{1*/ void DoubleParam::Marshall(char** pmarshalled_dataset){ @@ -133,5 +133,5 @@ /*FUNCTION DoubleParam::GetParameterValue(int* pinteger){{{1*/ void DoubleParam::GetParameterValue(int* pinteger){ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) *pinteger=(int)value; #else @@ -142,5 +142,5 @@ /*FUNCTION DoubleParam::GetParameterValue(bool* pbool){{{1*/ void DoubleParam::GetParameterValue(bool* pbool){ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) /*If debugging mode, cheeck that the double is 0 or 1*/ @@ -155,5 +155,5 @@ /*FUNCTION DoubleParam::GetParameterValue(int** pintarray,int* pM){{{1*/ void DoubleParam::GetParameterValue(int** pintarray,int* pM){ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) int* output=NULL; @@ -171,5 +171,5 @@ /*FUNCTION DoubleParam::GetParameterValue(int** pintarray,int* pM,int* pN){{{1*/ void DoubleParam::GetParameterValue(int** pintarray,int* pM,int* pN){ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) int* output=NULL; @@ -188,5 +188,5 @@ /*FUNCTION DoubleParam::GetParameterValue(double** pdoublearray,int* pM){{{1*/ void DoubleParam::GetParameterValue(double** pdoublearray,int* pM){ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) double* output=NULL; @@ -204,5 +204,5 @@ /*FUNCTION DoubleParam::GetParameterValue(double** pdoublearray,int* pM,int* pN){{{1*/ void DoubleParam::GetParameterValue(double** pdoublearray,int* pM,int* pN){ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) double* output=NULL; @@ -220,5 +220,5 @@ /*}}}*/ /*FUNCTION DoubleParam::SetMatlabField{{{1*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void DoubleParam::SetMatlabField(mxArray* dataref){ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleParam.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleParam.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleParam.h (revision 11861) @@ -15,5 +15,5 @@ #endif -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include #endif @@ -42,5 +42,5 @@ int Id(); int MyRank(); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void Marshall(char** pmarshalled_dataset); int MarshallSize(); @@ -82,5 +82,5 @@ void GetParameterName(char**pname); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void SetMatlabField(mxArray* dataref); #endif Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleTransientMatParam.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleTransientMatParam.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleTransientMatParam.h (revision 11861) @@ -15,5 +15,5 @@ #endif -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include #endif Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleVecParam.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleVecParam.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleVecParam.cpp (revision 11861) @@ -75,5 +75,5 @@ } /*}}}*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) /*FUNCTION DoubleVecParam::Marshall{{{1*/ void DoubleVecParam::Marshall(char** pmarshalled_dataset){ @@ -181,5 +181,5 @@ /*FUNCTION DoubleVecParam::GetParameterValue(int** pintarray,int* pM){{{1*/ void DoubleVecParam::GetParameterValue(int** pintarray,int* pM){ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) int* output=NULL; int i; @@ -203,5 +203,5 @@ /*}}}*/ /*FUNCTION DoubleVecParam::SetMatlabField{{{1*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void DoubleVecParam::SetMatlabField(mxArray* dataref){ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleVecParam.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleVecParam.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleVecParam.h (revision 11861) @@ -15,5 +15,5 @@ #endif -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include #endif @@ -42,5 +42,5 @@ int Id(); int MyRank(); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void Marshall(char** pmarshalled_dataset); int MarshallSize(); @@ -82,5 +82,5 @@ void GetParameterName(char**pname); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void SetMatlabField(mxArray* dataref); #endif Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/FileParam.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/FileParam.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/FileParam.cpp (revision 11861) @@ -62,5 +62,5 @@ } /*}}}*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) /*FUNCTION FileParam::Marshall{{{1*/ void FileParam::Marshall(char** pmarshalled_dataset){ @@ -102,5 +102,5 @@ /*}}}*/ /*FUNCTION FileParam::SetMatlabField{{{1*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void FileParam::SetMatlabField(mxArray* dataref){ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/FileParam.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/FileParam.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/FileParam.h (revision 11861) @@ -15,5 +15,5 @@ #endif -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include #endif @@ -41,5 +41,5 @@ int Id(); int MyRank(); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void Marshall(char** pmarshalled_dataset); int MarshallSize(); @@ -81,5 +81,5 @@ void GetParameterName(char**pname); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void SetMatlabField(mxArray* dataref); #endif Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/IntMatParam.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/IntMatParam.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/IntMatParam.cpp (revision 11861) @@ -78,5 +78,5 @@ } /*}}}*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) /*FUNCTION IntMatParam::Marshall{{{1*/ void IntMatParam::Marshall(char** pmarshalled_dataset){ @@ -173,5 +173,5 @@ /*}}}*/ /*FUNCTION IntMatParam::SetMatlabField{{{1*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void IntMatParam::SetMatlabField(mxArray* dataref){ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/IntMatParam.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/IntMatParam.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/IntMatParam.h (revision 11861) @@ -15,5 +15,5 @@ #endif -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include #endif @@ -43,5 +43,5 @@ int Id(); int MyRank(); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void Marshall(char** pmarshalled_dataset); int MarshallSize(); @@ -83,5 +83,5 @@ void GetParameterName(char**pname); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void SetMatlabField(mxArray* dataref); #endif Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/IntParam.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/IntParam.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/IntParam.cpp (revision 11861) @@ -62,5 +62,5 @@ } /*}}}*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) /*FUNCTION IntParam::Marshall{{{1*/ void IntParam::Marshall(char** pmarshalled_dataset){ @@ -135,5 +135,5 @@ /*}}}*/ /*FUNCTION IntParam::SetMatlabField{{{1*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void IntParam::SetMatlabField(mxArray* dataref){ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/IntParam.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/IntParam.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/IntParam.h (revision 11861) @@ -15,5 +15,5 @@ #endif -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include #endif @@ -42,5 +42,5 @@ int Id(); int MyRank(); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void Marshall(char** pmarshalled_dataset); int MarshallSize(); @@ -82,5 +82,5 @@ void GetParameterName(char**pname); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void SetMatlabField(mxArray* dataref); #endif Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/IntVecParam.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/IntVecParam.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/IntVecParam.cpp (revision 11861) @@ -91,5 +91,5 @@ } /*}}}*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) /*FUNCTION IntVecParam::Marshall{{{1*/ void IntVecParam::Marshall(char** pmarshalled_dataset){ @@ -186,5 +186,5 @@ /*}}}*/ /*FUNCTION IntVecParam::SetMatlabField{{{1*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void IntVecParam::SetMatlabField(mxArray* dataref){ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/IntVecParam.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/IntVecParam.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/IntVecParam.h (revision 11861) @@ -15,5 +15,5 @@ #endif -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include #endif @@ -43,5 +43,5 @@ int Id(); int MyRank(); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void Marshall(char** pmarshalled_dataset); int MarshallSize(); @@ -83,5 +83,5 @@ void GetParameterName(char**pname); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void SetMatlabField(mxArray* dataref); #endif Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/MatrixParam.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/MatrixParam.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/MatrixParam.cpp (revision 11861) @@ -70,5 +70,5 @@ } /*}}}*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) /*FUNCTION MatrixParam::Marshall{{{1*/ void MatrixParam::Marshall(char** pmarshalled_dataset){ @@ -191,5 +191,5 @@ /*}}}*/ /*FUNCTION MatrixParam::SetMatlabField{{{1*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void MatrixParam::SetMatlabField(mxArray* dataref){ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/MatrixParam.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/MatrixParam.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/MatrixParam.h (revision 11861) @@ -15,5 +15,5 @@ #endif -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include #endif @@ -42,5 +42,5 @@ int Id(); int MyRank(); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void Marshall(char** pmarshalled_dataset); int MarshallSize(); @@ -82,5 +82,5 @@ void GetParameterName(char**pname); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void SetMatlabField(mxArray* dataref); #endif Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/Param.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/Param.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/Param.h (revision 11861) @@ -16,5 +16,5 @@ #endif -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include #endif @@ -60,5 +60,5 @@ virtual void UnitConversion(int direction_enum)=0; virtual void GetParameterName(char**pname)=0; - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) virtual void SetMatlabField(mxArray* dataref)=0; #endif Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/StringArrayParam.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/StringArrayParam.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/StringArrayParam.cpp (revision 11861) @@ -92,5 +92,5 @@ } /*}}}*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) /*FUNCTION StringArrayParam::Marshall{{{1*/ void StringArrayParam::Marshall(char** pmarshalled_dataset){ @@ -237,5 +237,5 @@ /*}}}*/ /*FUNCTION StringArrayParam::SetMatlabField{{{1*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void StringArrayParam::SetMatlabField(mxArray* dataref){ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/StringArrayParam.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/StringArrayParam.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/StringArrayParam.h (revision 11861) @@ -15,5 +15,5 @@ #endif -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include #endif @@ -44,5 +44,5 @@ int Id(); int MyRank(); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void Marshall(char** pmarshalled_dataset); int MarshallSize(); @@ -84,5 +84,5 @@ void GetParameterName(char**pname); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void SetMatlabField(mxArray* dataref); #endif Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/StringParam.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/StringParam.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/StringParam.cpp (revision 11861) @@ -64,5 +64,5 @@ } /*}}}*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) /*FUNCTION StringParam::Marshall{{{1*/ void StringParam::Marshall(char** pmarshalled_dataset){ @@ -165,5 +165,5 @@ /*}}}*/ /*FUNCTION StringParam::SetMatlabField{{{1*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void StringParam::SetMatlabField(mxArray* dataref){ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/StringParam.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/StringParam.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/StringParam.h (revision 11861) @@ -15,5 +15,5 @@ #endif -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include #endif @@ -42,5 +42,5 @@ int Id(); int MyRank(); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void Marshall(char** pmarshalled_dataset); int MarshallSize(); @@ -82,5 +82,5 @@ void GetParameterName(char**pname); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void SetMatlabField(mxArray* dataref); #endif Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/VectorParam.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/VectorParam.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/VectorParam.cpp (revision 11861) @@ -72,5 +72,5 @@ } /*}}}*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) /*FUNCTION VectorParam::Marshall{{{1*/ void VectorParam::Marshall(char** pmarshalled_dataset){ @@ -189,5 +189,5 @@ /*}}}*/ /*FUNCTION VectorParam::SetMatlabField{{{1*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void VectorParam::SetMatlabField(mxArray* dataref){ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/VectorParam.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/VectorParam.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/VectorParam.h (revision 11861) @@ -15,5 +15,5 @@ #endif -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include #endif @@ -42,5 +42,5 @@ int Id(); int MyRank(); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void Marshall(char** pmarshalled_dataset); int MarshallSize(); @@ -82,5 +82,5 @@ void GetParameterName(char**pname); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) void SetMatlabField(mxArray* dataref); #endif Index: /issm/trunk-jpl/src/c/shared/Alloc/alloc.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/shared/Alloc/alloc.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/shared/Alloc/alloc.cpp (revision 11861) @@ -125,5 +125,5 @@ if(!size)_error_("attempting to realloc to zero"); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) value = (void*)mxRealloc(pv,size); #else Index: /issm/trunk-jpl/src/c/shared/Exceptions/Exceptions.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/shared/Exceptions/Exceptions.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/shared/Exceptions/Exceptions.cpp (revision 11861) @@ -11,5 +11,5 @@ #include "../shared.h" #include "../../include/include.h" -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include "mex.h" #endif @@ -45,5 +45,5 @@ } else{ - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) mexErrMsgTxt(exprintf("\n??? Error using ==> %s at %i\n%s error message: %s\n", file_name.c_str(),file_line,function_name.c_str(),what())); Index: /issm/trunk-jpl/src/c/shared/Matlab/PrintfFunction.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/shared/Matlab/PrintfFunction.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/shared/Matlab/PrintfFunction.cpp (revision 11861) @@ -9,5 +9,5 @@ #include "../../include/include.h" -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include "mex.h" #endif Index: /issm/trunk-jpl/src/c/shared/Matlab/matlabshared.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/shared/Matlab/matlabshared.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/shared/Matlab/matlabshared.h (revision 11861) @@ -9,10 +9,10 @@ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) int ModuleBoot(void); int ModuleEnd(void); #endif -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include "mex.h" mxArray* mxGetAssignedField(const mxArray* pmxa_array,int number, const char* field); Index: /issm/trunk-jpl/src/c/shared/Matlab/mxGetAssignedField.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/shared/Matlab/mxGetAssignedField.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/shared/Matlab/mxGetAssignedField.cpp (revision 11861) @@ -9,5 +9,5 @@ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include "mex.h" Index: /issm/trunk-jpl/src/c/shared/Numerics/OptFunc.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/shared/Numerics/OptFunc.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/shared/Numerics/OptFunc.cpp (revision 11861) @@ -13,5 +13,5 @@ #include "../../include/include.h" -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include "mex.h" double OptFunc(double scalar, OptArgs* optargs){ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/shared/Numerics/OptionsFromAnalysis.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/shared/Numerics/OptionsFromAnalysis.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/shared/Numerics/OptionsFromAnalysis.cpp (revision 11861) @@ -30,5 +30,5 @@ parameters->FindParam(&strings,&numanalyses,PetscOptionsStringsEnum); - #ifdef _SERIAL_ //do not take this away, because ISSM loads analyses as a Double Param instead of a DoubleVec Param when running with only 1 analysis + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) //do not take this away, because ISSM loads analyses as a Double Param instead of a DoubleVec Param when running with only 1 analysis if(numanalyses==1){ analyses=(double*)xmalloc(1*sizeof(double)); parameters->FindParam(analyses,PetscOptionsAnalysesEnum); } Index: /issm/trunk-jpl/src/c/shared/Numerics/Verbosity.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/shared/Numerics/Verbosity.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/shared/Numerics/Verbosity.cpp (revision 11861) @@ -18,5 +18,5 @@ #include "../../include/macros.h" #include "../Exceptions/exceptions.h" -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include #endif @@ -39,5 +39,5 @@ if(level<0) _error_("vebosity level should be a positive integer (user provided %i)",level); -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) mxArray* output=NULL; @@ -54,5 +54,5 @@ /*FUNCTION GetVerbosityLevel {{{*/ int GetVerbosityLevel(void){ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) mxArray* output=NULL; Index: /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/double/MatlabMatrixToDoubleMatrix.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/double/MatlabMatrixToDoubleMatrix.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/double/MatlabMatrixToDoubleMatrix.cpp (revision 11861) @@ -11,5 +11,5 @@ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) /*Matlab includes: */ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/double/MatlabVectorToDoubleVector.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/double/MatlabVectorToDoubleVector.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/double/MatlabVectorToDoubleVector.cpp (revision 11861) @@ -11,5 +11,5 @@ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include Index: /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/double/double.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/double/double.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/double/double.h (revision 11861) @@ -6,5 +6,5 @@ #define _DOUBLE_H_ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include "mex.h" int MatlabMatrixToDoubleMatrix(double** pmatrix,int* pmatrix_rows,int* pmatrix_cols,const mxArray* mxmatrix); Index: /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/issm/SeqMat.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/issm/SeqMat.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/issm/SeqMat.cpp (revision 11861) @@ -93,5 +93,5 @@ /*}}}*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) /*FUNCTION SeqMat::ToMatlabMatrix{{{1*/ mxArray* SeqMat::ToMatlabMatrix(void){ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/issm/SeqMat.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/issm/SeqMat.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/issm/SeqMat.h (revision 11861) @@ -16,5 +16,5 @@ #include "../toolkitsenums.h" -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include "mex.h" #endif @@ -40,5 +40,5 @@ /*SeqMat specific routines {{{1*/ void Echo(void); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) mxArray* ToMatlabMatrix(void); #endif @@ -56,5 +56,5 @@ /*API :*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) SeqMat* MatlabMatrixToSeqMat(const mxArray* dataref); #endif Index: /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/issm/SeqVec.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/issm/SeqVec.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/issm/SeqVec.cpp (revision 11861) @@ -66,5 +66,5 @@ /*}}}*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) /*FUNCTION SeqVec::ToMatlabVector{{{1*/ mxArray* SeqVec::ToMatlabVector(void){ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/issm/SeqVec.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/issm/SeqVec.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/issm/SeqVec.h (revision 11861) @@ -16,5 +16,5 @@ #include "../toolkitsenums.h" -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include "mex.h" #endif @@ -37,5 +37,5 @@ /*SeqVec specific routines {{{1*/ void Echo(void); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) mxArray* ToMatlabVector(void); #endif @@ -61,5 +61,5 @@ /*API :*/ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) SeqVec* MatlabVectorToSeqVec(const mxArray* dataref); #endif Index: /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/matlab/MatlabNArrayToNArray.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/matlab/MatlabNArrayToNArray.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/matlab/MatlabNArrayToNArray.cpp (revision 11861) @@ -13,5 +13,5 @@ #include "../../include/include.h" -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include Index: /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/matlab/matlabincludes.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/matlab/matlabincludes.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/matlab/matlabincludes.h (revision 11861) @@ -6,5 +6,5 @@ #define _MATLAB_INCLUDES_H_ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include class Matrix; Index: /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/petsc/patches/MatInvert.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/petsc/patches/MatInvert.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/petsc/patches/MatInvert.cpp (revision 11861) @@ -56,5 +56,5 @@ MatAssemblyEnd(inv,MAT_FINAL_ASSEMBLY); - #ifdef _SERIAL_ + #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) MatConvert(inv, MATSEQAIJ,MAT_REUSE_MATRIX,&inv); #else Index: /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/petsc/patches/MatlabMatrixToPetscMatrix.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/petsc/patches/MatlabMatrixToPetscMatrix.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/petsc/patches/MatlabMatrixToPetscMatrix.cpp (revision 11861) @@ -11,5 +11,5 @@ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) /*Petsc includes: */ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/petsc/patches/MatlabVectorToPetscVector.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/petsc/patches/MatlabVectorToPetscVector.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/petsc/patches/MatlabVectorToPetscVector.cpp (revision 11861) @@ -11,5 +11,5 @@ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) /*Petsc includes: */ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/petsc/patches/PetscMatrixToMatlabMatrix.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/petsc/patches/PetscMatrixToMatlabMatrix.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/petsc/patches/PetscMatrixToMatlabMatrix.cpp (revision 11861) @@ -11,5 +11,5 @@ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) /*Petsc includes: */ Index: /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/petsc/patches/PetscVectorToMatlabVector.cpp =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/petsc/patches/PetscVectorToMatlabVector.cpp (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/petsc/patches/PetscVectorToMatlabVector.cpp (revision 11861) @@ -11,5 +11,5 @@ -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) /*Petsc includes: */ @@ -64,3 +64,3 @@ } -#endif //#ifdef _SERIAL_ +#endif //#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) Index: /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/petsc/patches/petscpatches.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/petsc/patches/petscpatches.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/petsc/patches/petscpatches.h (revision 11861) @@ -16,5 +16,5 @@ class Parameters; -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include "mex.h" int MatlabMatrixToPetscMatrix(Mat* matrix,int* prows,int* pcols, const mxArray* mxmatrix); Index: /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/toolkits.h =================================================================== --- /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/toolkits.h (revision 11860) +++ /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/toolkits.h (revision 11861) @@ -16,9 +16,9 @@ #endif -#ifdef _SERIAL_ +#if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_) #include "./matlab/matlabincludes.h" #endif -#ifdef _HAVE_PYTHON_ +#if defined(_HAVE_PYTHON_) && defined(_SERIAL_) #include "./python/pythonincludes.h" #endif