Index: /issm/trunk-jpl/m4/issm_options.m4
===================================================================
--- /issm/trunk-jpl/m4/issm_options.m4	(revision 11848)
+++ /issm/trunk-jpl/m4/issm_options.m4	(revision 11849)
@@ -303,4 +303,5 @@
 		PYTHONLIB="-L$PYTHON_ROOT/lib -lpython3.2"
 		PYTHONEXT=.so
+		PYTHONLINK="-dynamiclib"
 
 		AC_DEFINE([_HAVE_PYTHON_],[1],[with Python in ISSM src])
@@ -309,4 +310,5 @@
 		WRAPPEREXT=$PYTHONEXT
 		AC_SUBST([WRAPPEREXT])
+		AC_SUBST([PYTHONLINK])
 	else
 		HAVE_PYTHON=no
Index: /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/python/pythonincludes.h
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--- /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/python/pythonincludes.h	(revision 11849)
+++ /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/python/pythonincludes.h	(revision 11849)
@@ -0,0 +1,21 @@
+/* \file pythonincludes.h
+ * \brief all includes for PYTHON layer
+ */
+
+#ifndef _PYTHON_INCLUDES_H_
+#define _PYTHON_INCLUDES_H_
+
+
+#include <stdio.h>
+using namespace std; 
+
+#include <boost/python.hpp>
+#include <boost/python/module.hpp>
+#include <boost/python/def.hpp>
+#include <numpy/arrayobject.h>
+
+using namespace boost::python;
+typedef boost::python::numeric::array pyArray;
+
+
+#endif
Index: /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/toolkits.h
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--- /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/toolkits.h	(revision 11848)
+++ /issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/toolkits.h	(revision 11849)
@@ -16,8 +16,15 @@
 #endif
 
+#ifdef _HAVE_MATLAB_
+#include "./matlab/matlabincludes.h"
+#endif
+
+#ifdef _HAVE_PYTHON_
+#include "./python/pythonincludes.h"
+#endif
+
 #include "./mpi/mpiincludes.h"
 #include "./metis/metisincludes.h"
 #include "./triangle/triangleincludes.h"
-#include "./matlab/matlabincludes.h"
 #include "./double/double.h"
 #include "./toolkitsenums.h"
Index: /issm/trunk-jpl/src/mex/Makefile.am
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--- /issm/trunk-jpl/src/mex/Makefile.am	(revision 11848)
+++ /issm/trunk-jpl/src/mex/Makefile.am	(revision 11849)
@@ -127,4 +127,10 @@
 endif 
 
+if PYTHON
+AM_LDFLAGS = $(PYTHONLINK)
+AM_CXXFLAGS=  -DNPY_NO_DEPRECATED_API 
+LDADD += $(BOOSTLIB) $(PYTHONLIB)
+endif
+
 #Triangle library
 AM_CXXFLAGS+=  -DTRILIBRARY -DANSI_DECLARATORS -DNO_TIMER
Index: /issm/trunk-jpl/src/mex/Test/Test.cpp
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--- /issm/trunk-jpl/src/mex/Test/Test.cpp	(revision 11848)
+++ /issm/trunk-jpl/src/mex/Test/Test.cpp	(revision 11849)
@@ -6,7 +6,5 @@
 #include "./Test.h"
 
-using namespace boost::python;
-
-void mesh(boost::python::numeric::array array){
+void Test(pyArray array){
 
 	int i;
@@ -28,12 +26,6 @@
 }
 
-
-#include <boost/python/module.hpp>
-#include <boost/python/def.hpp>
-using namespace boost::python;
-
 BOOST_PYTHON_MODULE(Test){
 	boost::python::numeric::array::set_module_and_type( "numpy", "ndarray");
-	//boost::python::numeric::array::set_module_and_type( "numpy", "array");
-	def("mesh",mesh);
+	def("Test",Test);
 }
Index: /issm/trunk-jpl/src/mex/Test/Test.h
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--- /issm/trunk-jpl/src/mex/Test/Test.h	(revision 11848)
+++ /issm/trunk-jpl/src/mex/Test/Test.h	(revision 11849)
@@ -14,3 +14,6 @@
 #include <numpy/arrayobject.h>
 
+using namespace boost::python;
+typedef boost::python::numeric::array pyArray;
+
 #endif