Changeset 11843


Ignore:
Timestamp:
04/01/12 11:21:00 (13 years ago)
Author:
Eric.Larour
Message:

Made matlab and python layers more independent in the ISSM code

Location:
issm/trunk-jpl/src/c
Files:
96 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • issm/trunk-jpl/src/c/Container/Options.cpp

    r9883 r11843  
    3131}
    3232/*}}}*/
    33 #ifdef _SERIAL_
     33#ifdef _HAVE_MATLAB_
    3434/*FUNCTION Options::Options(int istart, int nrhs, const mxArray* prhs[]){{{1*/
    3535Options::Options(int istart, int nrhs, const mxArray* prhs[]){

  • issm/trunk-jpl/src/c/Container/Options.h

    r8536 r11843  
    1515                /*constructors, destructors*/
    1616                Options();
    17                 #ifdef _SERIAL_
     17                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    1818                Options(int istart, int nrhs, const mxArray* prhs[]);
    1919                #endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/Container/Results.cpp

    r10989 r11843  
    6565/*}}}*/
    6666/*FUNCTION Results::Write{{{1*/
    67 #ifdef _SERIAL_
     67#ifdef _HAVE_MATLAB_
    6868void Results::Write(mxArray** pdataref){
    6969

  • issm/trunk-jpl/src/c/Container/Results.h

    r10522 r11843  
    2626                /*numerics: {{{1*/
    2727                Results* SpawnTriaResults(int* indices);
    28                 #ifdef _SERIAL_
     28                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    2929                void Write(mxArray** pdataref);
    3030                #else

  • issm/trunk-jpl/src/c/include/types.h

    r11197 r11843  
    1616
    1717/*Define abstract type for I/O: */
    18 #ifdef _SERIAL_
     18#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1919#include <mex.h>
    2020typedef const mxArray* ConstDataHandle;  //serially, we are reading data from a matlab array.

  • issm/trunk-jpl/src/c/io/Matlab/FetchMatlabData.cpp

    r11827 r11843  
    1212#include "../../include/include.h"
    1313
    14 #ifdef _SERIAL_
     14#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1515#include <mex.h>
    1616/*FUNCTION FetchMatlabData(DataSet** pdataset,const mxArray* dataref){{{1*/

  • issm/trunk-jpl/src/c/io/Matlab/OptionParse.cpp

    r11095 r11843  
    1313#include "./matlabio.h"
    1414
    15 #ifdef _SERIAL_
     15#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1616#include <mex.h>
    1717

  • issm/trunk-jpl/src/c/io/Matlab/WriteMatlabData.cpp

    r11716 r11843  
    1212#include "../../shared/shared.h"
    1313
    14 #ifdef _SERIAL_
     14#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1515#include <mex.h>
    1616

  • issm/trunk-jpl/src/c/io/Matlab/matlabio.h

    r11695 r11843  
    1313class Parameters;
    1414
    15 #ifdef _SERIAL_
     15#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1616#include <mex.h>
    1717void WriteMatlabData(mxArray** pdataref,DataSet* dataset);

  • issm/trunk-jpl/src/c/io/PrintfFunction.cpp

    r11199 r11843  
    99#include "../include/include.h"
    1010
    11 #ifdef _SERIAL_
     11#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1212#include "mex.h"
    1313#endif
    … …  
    5353
    5454        /*Ok, if we are running in parallel, get node 0 to print*/
    55 #if defined(_PARALLEL_)
     55#ifdef _HAVE_MATLAB_
     56        mexPrintf(buffer);
     57#else
    5658        if(my_rank==0)printf(buffer);
    57 #else
    58         mexPrintf(buffer);
    5959#endif
    6060

  • issm/trunk-jpl/src/c/io/io.h

    r11199 r11843  
    1515#include "./Disk/diskio.h"
    1616
    17 #ifdef _SERIAL_
     17#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1818#include "./Matlab/matlabio.h"
    1919#endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/modules/Dakotax/Dakotax.cpp

    r9585 r11843  
    5151#endif
    5252
    53 #ifdef _SERIAL_
     53#ifdef _HAVE_MATLAB_
    5454void Dakotax(mxArray* femmodel){
    5555#else

  • issm/trunk-jpl/src/c/modules/Dakotax/Dakotax.h

    r9795 r11843  
    1313int  DescriptorIndex(char* root, int* pindex,char* descriptor);
    1414
    15 #ifdef _SERIAL_
     15#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1616void Dakotax(mxArray* femmodel);
    1717void SpawnCoreSerial(double* responses, int numresponses, double* variables, char** variables_descriptors,int numvariables, mxArray* femmodel,int counter);

  • issm/trunk-jpl/src/c/modules/Dakotax/SpawnCore.cpp

    r9571 r11843  
    2121        /*Branch into a serial SpawnCore and a parallel SpawnCore: */
    2222
    23         #ifdef _SERIAL_
     23        #ifdef _HAVE_MATLAB_
    2424                SpawnCoreSerial(responses, numresponses, variables, variables_descriptors,numvariables, (mxArray*)femmodel, counter);
    2525        #else

  • issm/trunk-jpl/src/c/modules/Dakotax/SpawnCoreSerial.cpp

    r10308 r11843  
    1818#include "../../include/include.h"
    1919
     20#ifdef _HAVE_MATLAB_
    2021void SpawnCoreSerial(double* responses, int numresponses, double* variables, char** variables_descriptors,int numvariables, mxArray* femmodel, int counter){
    2122
    … …  
    6869
    6970}
     71#endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/modules/InterpFromGridToMeshx/InterpFromGridToMeshx.h

    r11695 r11843  
    66#define _INTERPFROMGRIDTOMESHX_H
    77
     8#include "../../objects/objects.h"
    89#include "../../toolkits/toolkits.h"
    910#include "../../EnumDefinitions/EnumDefinitions.h"

  • issm/trunk-jpl/src/c/modules/InterpFromMeshToMesh3dx/InterpFromMeshToMesh3dx.h

    r11695 r11843  
    77
    88#include "../../toolkits/toolkits.h"
     9#include "../../objects/objects.h"
    910
    1011int InterpFromMeshToMesh3dx( Vector** pdata_prime,double* index_data, double* x_data, double* y_data, double* z_data, int nods_data,int nels_data, double* data, int data_length, double* x_prime, double* y_prime, double* z_prime, int nods_prime,double default_value);

  • issm/trunk-jpl/src/c/modules/OutputResultsx/OutputResultsx.cpp

    r11827 r11843  
    1616#include "../../objects/objects.h"
    1717               
    18 #ifdef _SERIAL_
     18#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1919void OutputResultsx(mxArray** pdataref, Elements* elements, Nodes* nodes, Vertices* vertices, Loads* loads, Materials* materials, Parameters* parameters,Results* results){
    2020#else
    … …  
    3131        bool        dakota_analysis         = false;
    3232       
    33         #ifdef _SERIAL_
     33        #ifdef _HAVE_MATLAB_
    3434        const char **fnames      = NULL;
    3535        mwSize       onebyone[2] = {0,0};
    … …  
    4343        if(dakota_analysis){
    4444                //no need to output anything, Dakota analysis has different outputs
    45                 #ifdef _SERIAL_
     45                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    4646                *pdataref=mxCreateStructArray( ndim,onebyone,nfields,fnames);
    4747                #endif
    … …  
    9191
    9292        /*Write results to disk (in parallel), or to memory (in serial mode): */
    93         #ifdef _SERIAL_
     93        #ifdef _HAVE_MATLAB_
    9494                results->Write(pdataref);
    9595        #else

  • issm/trunk-jpl/src/c/modules/OutputResultsx/OutputResultsx.h

    r11827 r11843  
    1414#include "../../Container/Container.h"
    1515
    16 #ifdef _SERIAL_
     16#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1717#include <mex.h>
    1818void OutputResultsx(mxArray** pdataref, Elements* elements, Nodes* nodes, Vertices* vertices, Loads* loads,  Materials* materials, Parameters* parameters, Results* results);

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Bamg/BamgGeom.cpp

    r11093 r11843  
    1919/*}}}*/
    2020/*FUNCTION BamgGeom::BamgGeom(mxArray* matlab_struct){{{1*/
    21 #ifdef _SERIAL_
     21#ifdef _HAVE_MATLAB_
    2222BamgGeom::BamgGeom(mxArray* matlab_struct){
    2323
    … …  
    5151/*Methods*/
    5252/*FUNCTION BamgGeom::SetMatlabStructureFields{{{1*/
    53 #ifdef _SERIAL_
     53#ifdef _HAVE_MATLAB_
    5454void BamgGeom::SetMatlabStructureFields(mxArray** matlab_struct){
    5555
    … …  
    9494/*}}}*/
    9595/*FUNCTION BamgGeom::SetMatlabStructureField{{{1*/
    96 #ifdef _SERIAL_
     96#ifdef _HAVE_MATLAB_
    9797void BamgGeom::SetMatlabStructureField(mxArray* matlab_struct,const char* fieldname,int fieldrows,int fieldcols,double* fieldpointer){
    9898

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Bamg/BamgGeom.h

    r5187 r11843  
    55#define _BAMGGEOM_H_
    66
    7 #ifdef _SERIAL_
     7#ifdef _HAVE_MATLAB_
    88#include <mex.h>
    99#endif
    … …  
    3030
    3131                BamgGeom();
    32                 #ifdef _SERIAL_
     32                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    3333                BamgGeom(mxArray* matlab_struct);
    3434                #endif
    3535                ~BamgGeom();
    3636
    37                 #ifdef _SERIAL_
     37                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    3838                void SetMatlabStructureFields(mxArray** matlab_struct);
    3939                void SetMatlabStructureField(mxArray* matlab_struct,const char* fieldname,int fieldrows,int fieldcols,double* fieldpointer);

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Bamg/BamgMesh.cpp

    r11093 r11843  
    3232/*}}}*/
    3333/*FUNCTION BamgMesh::BamgMesh(mxArray* matlab_struct){{{1*/
    34 #ifdef _SERIAL_
     34#ifdef _HAVE_MATLAB_
    3535BamgMesh::BamgMesh(mxArray* matlab_struct){
    3636
    … …  
    9191/*Methods*/
    9292/*FUNCTION BamgMesh::SetMatlabStructureFields{{{1*/
    93 #ifdef _SERIAL_
     93#ifdef _HAVE_MATLAB_
    9494void BamgMesh::SetMatlabStructureFields(mxArray** matlab_struct){
    9595
    … …  
    152152/*}}}*/
    153153/*FUNCTION BamgMesh::SetMatlabStructureField{{{1*/
    154 #ifdef _SERIAL_
     154#ifdef _HAVE_MATLAB_
    155155void BamgMesh::SetMatlabStructureField(mxArray* matlab_struct,const char* fieldname,int fieldrows,int fieldcols,double* fieldpointer){
    156156

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Bamg/BamgMesh.h

    r5573 r11843  
    55#define _BAMGMESH_H_
    66
    7 #ifdef _SERIAL_
     7#ifdef _HAVE_MATLAB_
    88#include <mex.h>
    99#endif
    … …  
    5151
    5252                BamgMesh();
    53                 #ifdef _SERIAL_
     53                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    5454                BamgMesh(mxArray* matlab_struct);
    5555                #endif
    5656                ~BamgMesh();
    5757
    58                 #ifdef _SERIAL_
     58                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    5959                void SetMatlabStructureFields(mxArray** matlab_struct);
    6060                void SetMatlabStructureField(mxArray* matlab_struct,const char* fieldname,int fieldrows,int fieldcols,double* fieldpointer);

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Bamg/BamgOpts.cpp

    r9320 r11843  
    4242/*}}}*/
    4343/*FUNCTION BamgOpts::BamgOpts(mxArray* matlab_struct){{{1*/
    44 #ifdef _SERIAL_
     44#ifdef _HAVE_MATLAB_
    4545BamgOpts::BamgOpts(mxArray* matlab_struct){
    4646

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Bamg/BamgOpts.h

    r5187 r11843  
    66#define _BAMGOPTS_H_
    77
    8 #ifdef _SERIAL_
     8#ifdef _HAVE_MATLAB_
    99#include <mex.h>
    1010#endif
    … …  
    5454
    5555                BamgOpts();
    56                 #ifdef _SERIAL_
     56                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    5757                BamgOpts(mxArray* matlab_struct);
    5858                #endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/BoolExternalResult.cpp

    r11205 r11843  
    186186/*}}}*/
    187187/*FUNCTION BoolExternalResult::SetMatlabField{{{1*/
    188 #ifdef _SERIAL_
     188#ifdef _HAVE_MATLAB_
    189189void BoolExternalResult::SetMatlabField(mxArray* dataref){
    190190

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/BoolExternalResult.h

    r11202 r11843  
    1616#endif
    1717
    18 #ifdef _SERIAL_
     18#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1919#include <mex.h>
    2020#endif
    … …  
    5959                void  WriteData(FILE* fid,bool io_gather);
    6060                void  GetResultName(char**);
    61             #ifdef _SERIAL_
     61            #ifdef _HAVE_MATLAB_
    6262                void  SetMatlabField(mxArray* dataref);
    6363                #endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/DoubleExternalResult.cpp

    r11205 r11843  
    182182/*}}}*/
    183183/*FUNCTION DoubleExternalResult::SetMatlabField{{{1*/
    184 #ifdef _SERIAL_
     184#ifdef _HAVE_MATLAB_
    185185void DoubleExternalResult::SetMatlabField(mxArray* dataref){
    186186

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/DoubleExternalResult.h

    r11202 r11843  
    1616#endif
    1717
    18 #ifdef _SERIAL_
     18#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1919#include <mex.h>
    2020#endif
    … …  
    6060                void  WriteData(FILE* fid,bool io_gather);
    6161                void  GetResultName(char**);
    62                 #ifdef _SERIAL_
     62                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    6363                void  SetMatlabField(mxArray* dataref);
    6464                #endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/DoubleMatExternalResult.cpp

    r11205 r11843  
    223223/*}}}*/
    224224/*FUNCTION DoubleMatExternalResult::SetMatlabField{{{1*/
    225 #ifdef _SERIAL_
     225#ifdef _HAVE_MATLAB_
    226226void DoubleMatExternalResult::SetMatlabField(mxArray* dataref){
    227227

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/DoubleMatExternalResult.h

    r11202 r11843  
    1515#endif
    1616
    17 #ifdef _SERIAL_
     17#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1818#include <mex.h>
    1919#endif
    … …  
    6161                void  WriteData(FILE* fid,bool io_gather);
    6262                void  GetResultName(char**);
    63                 #ifdef _SERIAL_
     63                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    6464                void  SetMatlabField(mxArray* dataref);
    6565                #endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/DoubleVecExternalResult.cpp

    r11205 r11843  
    207207/*}}}*/
    208208/*FUNCTION DoubleVecExternalResult::SetMatlabField{{{1*/
    209 #ifdef _SERIAL_
     209#ifdef _HAVE_MATLAB_
    210210void DoubleVecExternalResult::SetMatlabField(mxArray* dataref){
    211211

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/DoubleVecExternalResult.h

    r11202 r11843  
    1515#endif
    1616
    17 #ifdef _SERIAL_
     17#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1818#include <mex.h>
    1919#endif
    … …  
    6060                void  WriteData(FILE* fid,bool io_gather);
    6161                void  GetResultName(char**);
    62                 #ifdef _SERIAL_
     62                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    6363                void  SetMatlabField(mxArray* dataref);
    6464                #endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/ExternalResult.h

    r11202 r11843  
    1616#endif
    1717
    18 #ifdef _SERIAL_
     18#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1919#include <mex.h>
    2020#endif
    … …  
    3333                virtual void  WriteData(FILE* fid,bool io_gather)=0;
    3434                virtual void  GetResultName(char**)=0;
    35                 #ifdef _SERIAL_
     35                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    3636                virtual void  SetMatlabField(mxArray* dataref)=0;
    3737                #endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/IntExternalResult.cpp

    r11205 r11843  
    186186/*}}}*/
    187187/*FUNCTION IntExternalResult::SetMatlabField{{{1*/
    188 #ifdef _SERIAL_
     188#ifdef _HAVE_MATLAB_
    189189void IntExternalResult::SetMatlabField(mxArray* dataref){
    190190

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/IntExternalResult.h

    r11202 r11843  
    1616#endif
    1717
    18 #ifdef _SERIAL_
     18#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1919#include <mex.h>
    2020#endif
    … …  
    5858                void  WriteData(FILE* fid,bool io_gather);
    5959                void  GetResultName(char**);
    60                 #ifdef _SERIAL_
     60                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    6161                void  SetMatlabField(mxArray* dataref);
    6262                #endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/PetscVecExternalResult.cpp

    r11695 r11843  
    245245/*}}}*/
    246246/*FUNCTION PetscVecExternalResult::SetMatlabField{{{1*/
    247 #ifdef _SERIAL_
     247#ifdef _HAVE_MATLAB_
    248248void  PetscVecExternalResult::SetMatlabField(mxArray* dataref){
    249249

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/PetscVecExternalResult.h

    r11695 r11843  
    1616#endif
    1717
    18 #ifdef _SERIAL_
     18#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1919#include <mex.h>
    2020#endif
    … …  
    6060                void  WriteData(FILE* fid,bool io_gather);
    6161                void  GetResultName(char**);
    62                 #ifdef _SERIAL_
     62                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    6363                void  SetMatlabField(mxArray* dataref);
    6464                #endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/StringExternalResult.cpp

    r11205 r11843  
    198198/*}}}*/
    199199/*FUNCTION StringExternalResult::SetMatlabField{{{1*/
    200 #ifdef _SERIAL_
     200#ifdef _HAVE_MATLAB_
    201201void  StringExternalResult::SetMatlabField(mxArray* dataref){
    202202       

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/ExternalResults/StringExternalResult.h

    r11202 r11843  
    1616#endif
    1717
    18 #ifdef _SERIAL_
     18#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1919#include <mex.h>
    2020#endif
    … …  
    5858                void  WriteData(FILE* fid,bool io_gather);
    5959                void  GetResultName(char**);
    60                 #ifdef _SERIAL_
     60                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    6161                void  SetMatlabField(mxArray* dataref);
    6262                #endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Numerics/Matrix.cpp

    r11777 r11843  
    140140/*}}}*/
    141141
    142 #ifdef _SERIAL_
     142#ifdef _HAVE_MATLAB_
    143143/*FUNCTION Matrix::ToMatlabMatrix{{{1*/
    144144mxArray* Matrix::ToMatlabMatrix(void){

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Numerics/Matrix.h

    r11743 r11843  
    2121#endif
    2222
    23 #ifdef _SERIAL_
     23#ifdef _HAVE_MATLAB_
    2424#include "mex.h"
    2525#endif
    … …  
    5151                /*Matrix specific routines {{{1*/
    5252                void Echo(void);
    53                 #ifdef _SERIAL_
     53                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    5454                mxArray* ToMatlabMatrix(void);
    5555                #endif
    … …  
    6666};
    6767/*API: */
    68 #ifdef _SERIAL_
     68#ifdef _HAVE_MATLAB_
    6969Matrix* MatlabMatrixToMatrix(const mxArray* mxmatrix);
    7070#endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Numerics/Vector.cpp

    r11769 r11843  
    133133/*}}}*/
    134134
    135 #ifdef _SERIAL_
     135#ifdef _HAVE_MATLAB_
    136136/*FUNCTION Vector::ToMatlabVector{{{1*/
    137137mxArray* Vector::ToMatlabVector(void){

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Numerics/Vector.h

    r11759 r11843  
    2121#endif
    2222               
    23 #ifdef _SERIAL_
     23#ifdef _HAVE_MATLAB_
    2424#include "mex.h"
    2525#endif
    … …  
    5454                /*Vector specific routines {{{1*/
    5555                void Echo(void);
    56                 #ifdef _SERIAL_
     56                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    5757                mxArray* ToMatlabVector(void);
    5858                #endif
    … …  
    7878
    7979/*API: */
    80 #ifdef _SERIAL_
     80#ifdef _HAVE_MATLAB_
    8181Vector* MatlabVectorToVector(const mxArray* mxvector);
    8282#endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/OptArgs.h

    r8601 r11843  
    66#define _OPTARGS_H_
    77
    8 #ifdef _SERIAL_
     8#ifdef _HAVE_MATLAB_
    99
    1010#include "mex.h"

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/BoolParam.cpp

    r11202 r11843  
    135135/*}}}*/
    136136/*FUNCTION BoolParam::SetMatlabField{{{1*/
    137 #ifdef _SERIAL_
     137#ifdef _HAVE_MATLAB_
    138138void  BoolParam::SetMatlabField(mxArray* dataref){
    139139        char* name=NULL;

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/BoolParam.h

    r11695 r11843  
    1515#endif
    1616
    17 #ifdef _SERIAL_
     17#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1818#include <mex.h>
    1919#endif
    … …  
    8181               
    8282                void GetParameterName(char**pname);
    83                 #ifdef _SERIAL_
     83                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    8484                void  SetMatlabField(mxArray* dataref);
    8585                #endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleMatArrayParam.cpp

    r11202 r11843  
    309309/*}}}*/
    310310/*FUNCTION StringArrayParam::SetMatlabField{{{1*/
    311 #ifdef _SERIAL_
     311#ifdef _HAVE_MATLAB_
    312312void  DoubleMatArrayParam::SetMatlabField(mxArray* dataref){
    313313       

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleMatArrayParam.h

    r11695 r11843  
    1515#endif
    1616
    17 #ifdef _SERIAL_
     17#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1818#include <mex.h>
    1919#endif
    … …  
    8484
    8585                void GetParameterName(char**pname);
    86                 #ifdef _SERIAL_
     86                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    8787                void  SetMatlabField(mxArray* dataref);
    8888                #endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleMatParam.cpp

    r11202 r11843  
    191191/*}}}*/
    192192/*FUNCTION DoubleMatParam::SetMatlabField{{{1*/
    193 #ifdef _SERIAL_
     193#ifdef _HAVE_MATLAB_
    194194void  DoubleMatParam::SetMatlabField(mxArray* dataref){
    195195

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleMatParam.h

    r11695 r11843  
    1515#endif
    1616
    17 #ifdef _SERIAL_
     17#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1818#include <mex.h>
    1919#endif
    … …  
    8484
    8585                void GetParameterName(char**pname);
    86                 #ifdef _SERIAL_
     86                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    8787                void  SetMatlabField(mxArray* dataref);
    8888                #endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleParam.cpp

    r11202 r11843  
    220220/*}}}*/
    221221/*FUNCTION DoubleParam::SetMatlabField{{{1*/
    222 #ifdef _SERIAL_
     222#ifdef _HAVE_MATLAB_
    223223void  DoubleParam::SetMatlabField(mxArray* dataref){
    224224

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleParam.h

    r11695 r11843  
    1515#endif
    1616
    17 #ifdef _SERIAL_
     17#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1818#include <mex.h>
    1919#endif
    … …  
    8282
    8383                void GetParameterName(char**pname);
    84                 #ifdef _SERIAL_
     84                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    8585                void  SetMatlabField(mxArray* dataref);
    8686                #endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleTransientMatParam.h

    r10660 r11843  
    1515#endif
    1616
    17 #ifdef _SERIAL_
     17#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1818#include <mex.h>
    1919#endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleVecParam.cpp

    r11202 r11843  
    203203/*}}}*/
    204204/*FUNCTION DoubleVecParam::SetMatlabField{{{1*/
    205 #ifdef _SERIAL_
     205#ifdef _HAVE_MATLAB_
    206206void  DoubleVecParam::SetMatlabField(mxArray* dataref){
    207207

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/DoubleVecParam.h

    r11695 r11843  
    1515#endif
    1616
    17 #ifdef _SERIAL_
     17#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1818#include <mex.h>
    1919#endif
    … …  
    8282               
    8383                void GetParameterName(char**pname);
    84                 #ifdef _SERIAL_
     84                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    8585                void  SetMatlabField(mxArray* dataref);
    8686                #endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/FileParam.cpp

    r11202 r11843  
    102102/*}}}*/
    103103/*FUNCTION FileParam::SetMatlabField{{{1*/
    104 #ifdef _SERIAL_
     104#ifdef _HAVE_MATLAB_
    105105void  FileParam::SetMatlabField(mxArray* dataref){
    106106       

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/FileParam.h

    r11695 r11843  
    1515#endif
    1616
    17 #ifdef _SERIAL_
     17#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1818#include <mex.h>
    1919#endif
    … …  
    8181
    8282                void GetParameterName(char**pname);
    83                 #ifdef _SERIAL_
     83                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    8484                void  SetMatlabField(mxArray* dataref);
    8585                #endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/IntMatParam.cpp

    r11202 r11843  
    173173/*}}}*/
    174174/*FUNCTION IntMatParam::SetMatlabField{{{1*/
    175 #ifdef _SERIAL_
     175#ifdef _HAVE_MATLAB_
    176176void  IntMatParam::SetMatlabField(mxArray* dataref){
    177177

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/IntMatParam.h

    r11695 r11843  
    1515#endif
    1616
    17 #ifdef _SERIAL_
     17#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1818#include <mex.h>
    1919#endif
    … …  
    8383
    8484                void GetParameterName(char**pname);
    85                 #ifdef _SERIAL_
     85                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    8686                void  SetMatlabField(mxArray* dataref);
    8787                #endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/IntParam.cpp

    r11202 r11843  
    135135/*}}}*/
    136136/*FUNCTION IntParam::SetMatlabField{{{1*/
    137 #ifdef _SERIAL_
     137#ifdef _HAVE_MATLAB_
    138138void  IntParam::SetMatlabField(mxArray* dataref){
    139139       

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/IntParam.h

    r11695 r11843  
    1515#endif
    1616
    17 #ifdef _SERIAL_
     17#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1818#include <mex.h>
    1919#endif
    … …  
    8282
    8383                void GetParameterName(char**pname);
    84                 #ifdef _SERIAL_
     84                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    8585                void  SetMatlabField(mxArray* dataref);
    8686                #endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/IntVecParam.cpp

    r11202 r11843  
    186186/*}}}*/
    187187/*FUNCTION IntVecParam::SetMatlabField{{{1*/
    188 #ifdef _SERIAL_
     188#ifdef _HAVE_MATLAB_
    189189void  IntVecParam::SetMatlabField(mxArray* dataref){
    190190

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/IntVecParam.h

    r11695 r11843  
    1515#endif
    1616
    17 #ifdef _SERIAL_
     17#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1818#include <mex.h>
    1919#endif
    … …  
    8383               
    8484                void GetParameterName(char**pname);
    85                 #ifdef _SERIAL_
     85                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    8686                void  SetMatlabField(mxArray* dataref);
    8787                #endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/MatrixParam.cpp

    r11695 r11843  
    191191/*}}}*/
    192192/*FUNCTION MatrixParam::SetMatlabField{{{1*/
    193 #ifdef _SERIAL_
     193#ifdef _HAVE_MATLAB_
    194194void  MatrixParam::SetMatlabField(mxArray* dataref){
    195195       

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/MatrixParam.h

    r11695 r11843  
    1515#endif
    1616
    17 #ifdef _SERIAL_
     17#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1818#include <mex.h>
    1919#endif
    … …  
    8282
    8383                void GetParameterName(char**pname);
    84                 #ifdef _SERIAL_
     84                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    8585                void  SetMatlabField(mxArray* dataref);
    8686                #endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/Param.h

    r11695 r11843  
    1616#endif
    1717
    18 #ifdef _SERIAL_
     18#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1919#include <mex.h>
    2020#endif
    … …  
    6060                virtual void  UnitConversion(int direction_enum)=0;
    6161                virtual void  GetParameterName(char**pname)=0;
    62                 #ifdef _SERIAL_
     62                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    6363                virtual void  SetMatlabField(mxArray* dataref)=0;
    6464                #endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/StringArrayParam.cpp

    r11202 r11843  
    237237/*}}}*/
    238238/*FUNCTION StringArrayParam::SetMatlabField{{{1*/
    239 #ifdef _SERIAL_
     239#ifdef _HAVE_MATLAB_
    240240void  StringArrayParam::SetMatlabField(mxArray* dataref){
    241241       

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/StringArrayParam.h

    r11695 r11843  
    1515#endif
    1616
    17 #ifdef _SERIAL_
     17#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1818#include <mex.h>
    1919#endif
    … …  
    8484
    8585                void GetParameterName(char**pname);
    86                 #ifdef _SERIAL_
     86                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    8787                void  SetMatlabField(mxArray* dataref);
    8888                #endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/StringParam.cpp

    r11202 r11843  
    165165/*}}}*/
    166166/*FUNCTION StringParam::SetMatlabField{{{1*/
    167 #ifdef _SERIAL_
     167#ifdef _HAVE_MATLAB_
    168168void  StringParam::SetMatlabField(mxArray* dataref){
    169169       

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/StringParam.h

    r11695 r11843  
    1515#endif
    1616
    17 #ifdef _SERIAL_
     17#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1818#include <mex.h>
    1919#endif
    … …  
    8282
    8383                void GetParameterName(char**pname);
    84                 #ifdef _SERIAL_
     84                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    8585                void  SetMatlabField(mxArray* dataref);
    8686                #endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/VectorParam.cpp

    r11695 r11843  
    189189/*}}}*/
    190190/*FUNCTION VectorParam::SetMatlabField{{{1*/
    191 #ifdef _SERIAL_
     191#ifdef _HAVE_MATLAB_
    192192void  VectorParam::SetMatlabField(mxArray* dataref){
    193193

  • issm/trunk-jpl/src/c/objects/Params/VectorParam.h

    r11695 r11843  
    1515#endif
    1616
    17 #ifdef _SERIAL_
     17#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1818#include <mex.h>
    1919#endif
    … …  
    8282
    8383                void GetParameterName(char**pname);
    84                 #ifdef _SERIAL_
     84                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    8585                void  SetMatlabField(mxArray* dataref);
    8686                #endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/shared/Alloc/alloc.cpp

    r11730 r11843  
    7070
    7171        if (pv && *pv){
    72                 #ifdef _SERIAL_
     72                #if defined(_HAVE_MATLAB_) && defined(_SERIAL_)
    7373                        mxFree(*pv);
    7474                #else
    … …  
    125125        if(!size)_error_("attempting to realloc to zero");
    126126
    127         #ifndef MATLAB
     127        #ifdef _HAVE_MATLAB_
     128        value = (void*)mxRealloc(pv,size);
     129        #else
    128130        value = (void*)realloc(pv,size);
    129         #else
    130         value = (void*)mxRealloc(pv,size);
    131131        #endif
    132132

  • issm/trunk-jpl/src/c/shared/Exceptions/Exceptions.cpp

    r9761 r11843  
    1111#include "../shared.h"
    1212#include "../../include/include.h"
    13 #ifdef _SERIAL_
     13#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1414#include "mex.h"
    1515#endif
    … …  
    4545        }
    4646        else{
    47                 #ifdef _PARALLEL_
     47                #ifdef _HAVE_MATLAB_
     48                        mexErrMsgTxt(exprintf("\n??? Error using ==> %s at %i\n%s error message: %s\n",
     49                                                        file_name.c_str(),file_line,function_name.c_str(),what()));
     50                #else
    4851                        printf("\n[%i] ??? Error using ==> %s:%i\n",my_rank,file_name.c_str(),file_line);
    4952                        printf("[%i] %s error message: %s\n\n",my_rank,function_name.c_str(),what());
    50                 #else
    51                         mexErrMsgTxt(exprintf("\n??? Error using ==> %s at %i\n%s error message: %s\n",
    52                                                         file_name.c_str(),file_line,function_name.c_str(),what()));
    5353                #endif
    5454        }

  • issm/trunk-jpl/src/c/shared/Exp/exp.h

    r11695 r11843  
    77#define _EXP_H_
    88
     9#include "../../objects/objects.h"
    910#include "../../toolkits/toolkits.h"
    1011

  • issm/trunk-jpl/src/c/shared/Matlab/CheckNumMatlabArguments.cpp

    r11198 r11843  
    33 */
    44
    5 #ifdef _SERIAL_
     5#ifdef _HAVE_MATLAB_
    66
    77#include "../Exceptions/exceptions.h"

  • issm/trunk-jpl/src/c/shared/Matlab/matlabshared.h

    r11198 r11843  
    1010
    1111#ifdef _SERIAL_
     12int ModuleBoot(void);
     13int ModuleEnd(void);
     14#endif
     15
     16#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1217#include "mex.h"
    13         int ModuleBoot(void);
    14         int ModuleEnd(void);
    15         mxArray* mxGetAssignedField(const mxArray* pmxa_array,int number, const char* field);
    16         int CheckNumMatlabArguments(int nlhs,int NLHS, int nrhs,int NRHS, const char* THISFUNCTION, void (*function)( void ));
     18mxArray* mxGetAssignedField(const mxArray* pmxa_array,int number, const char* field);
     19int CheckNumMatlabArguments(int nlhs,int NLHS, int nrhs,int NRHS, const char* THISFUNCTION, void (*function)( void ));
    1720#endif
    1821

  • issm/trunk-jpl/src/c/shared/Matlab/mxGetAssignedField.cpp

    r11198 r11843  
    99
    1010
    11 #ifdef _SERIAL_
     11#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1212
    1313#include "mex.h"

  • issm/trunk-jpl/src/c/shared/Numerics/OptFunc.cpp

    r9320 r11843  
    1313#include "../../include/include.h"
    1414
    15 #ifdef _SERIAL_
     15#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1616#include "mex.h"
    1717double OptFunc(double scalar, OptArgs* optargs){

  • issm/trunk-jpl/src/c/shared/Numerics/Verbosity.cpp

    r11401 r11843  
    1818#include "../../include/macros.h"
    1919#include "../Exceptions/exceptions.h"
    20 #ifdef _SERIAL_
     20#ifdef _HAVE_MATLAB_
    2121#include <mex.h>
    2222#endif
    … …  
    3939        if(level<0) _error_("vebosity level should be a positive integer (user provided %i)",level);
    4040
    41 #ifdef _SERIAL_
     41#ifdef _HAVE_MATLAB_
    4242
    4343        mxArray* output=NULL;
    … …  
    5454/*FUNCTION GetVerbosityLevel {{{*/
    5555int  GetVerbosityLevel(void){
    56 #ifdef _SERIAL_
     56#ifdef _HAVE_MATLAB_
    5757
    5858        mxArray* output=NULL;

  • issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/double/MatlabMatrixToDoubleMatrix.cpp

    r11761 r11843  
    1111
    1212
    13 #ifdef _SERIAL_
     13#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1414
    1515/*Matlab includes: */

  • issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/double/MatlabVectorToDoubleVector.cpp

    r11761 r11843  
    1111
    1212
    13 #ifdef _SERIAL_
     13#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1414
    1515#include <string.h>

  • issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/double/double.h

    r11695 r11843  
    66#define _DOUBLE_H_
    77
    8 #ifdef _SERIAL_
     8#ifdef _HAVE_MATLAB_
    99#include "mex.h"
    1010int MatlabMatrixToDoubleMatrix(double** pmatrix,int* pmatrix_rows,int* pmatrix_cols,const mxArray* mxmatrix);

  • issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/issm/SeqMat.cpp

    r11762 r11843  
    9393/*}}}*/
    9494
    95 #ifdef _SERIAL_
     95#ifdef _HAVE_MATLAB_
    9696/*FUNCTION SeqMat::ToMatlabMatrix{{{1*/
    9797mxArray* SeqMat::ToMatlabMatrix(void){

  • issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/issm/SeqMat.h

    r11733 r11843  
    1616#include "../toolkitsenums.h"
    1717
    18 #ifdef _SERIAL_
     18#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1919#include "mex.h"
    2020#endif
    … …  
    4040                /*SeqMat specific routines {{{1*/
    4141                void Echo(void);
    42                 #ifdef _SERIAL_
     42                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    4343                mxArray* ToMatlabMatrix(void);
    4444                #endif
    … …  
    5656               
    5757/*API :*/
    58 #ifdef _SERIAL_
     58#ifdef _HAVE_MATLAB_
    5959SeqMat*  MatlabMatrixToSeqMat(const mxArray* dataref);
    6060#endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/issm/SeqVec.cpp

    r11762 r11843  
    6666/*}}}*/
    6767
    68 #ifdef _SERIAL_
     68#ifdef _HAVE_MATLAB_
    6969/*FUNCTION SeqVec::ToMatlabVector{{{1*/
    7070mxArray* SeqVec::ToMatlabVector(void){

  • issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/issm/SeqVec.h

    r11733 r11843  
    1616#include "../toolkitsenums.h"
    1717
    18 #ifdef _SERIAL_
     18#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1919#include "mex.h"
    2020#endif
    … …  
    3737                /*SeqVec specific routines {{{1*/
    3838                void Echo(void);
    39                 #ifdef _SERIAL_
     39                #ifdef _HAVE_MATLAB_
    4040                mxArray* ToMatlabVector(void);
    4141                #endif
    … …  
    6161
    6262/*API :*/
    63 #ifdef _SERIAL_
     63#ifdef _HAVE_MATLAB_
    6464SeqVec*  MatlabVectorToSeqVec(const mxArray* dataref);
    6565#endif

  • issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/matlab/MatlabNArrayToNArray.cpp

    r9320 r11843  
    1313#include "../../include/include.h"
    1414
    15 #ifdef _SERIAL_
     15#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1616#include <mex.h>
    1717

  • issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/matlab/matlabincludes.h

    r11763 r11843  
    66#define _MATLAB_INCLUDES_H_
    77
    8 #ifdef _SERIAL_
     8#ifdef _HAVE_MATLAB_
    99#include <mex.h>
    1010class Matrix;

  • issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/petsc/patches/MatlabMatrixToPetscMatrix.cpp

    r11743 r11843  
    1111
    1212
    13 #ifdef _SERIAL_
     13#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1414
    1515/*Petsc includes: */

  • issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/petsc/patches/MatlabVectorToPetscVector.cpp

    r11743 r11843  
    1111
    1212
    13 #ifdef _SERIAL_
     13#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1414
    1515/*Petsc includes: */

  • issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/petsc/patches/PetscMatrixToMatlabMatrix.cpp

    r9320 r11843  
    1111
    1212
    13 #ifdef _SERIAL_
     13#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1414
    1515/*Petsc includes: */
    … …  
    144144}
    145145
    146 #endif  //#ifdef _SERIAL_
     146#endif 

  • issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/petsc/patches/PetscVectorToMatlabVector.cpp

    r11716 r11843  
    1111
    1212
    13 #ifdef _SERIAL_
     13#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1414
    1515/*Petsc includes: */

  • issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/petsc/patches/SerialToVec.cpp

    r9320 r11843  
    1313#include "petscvec.h"
    1414#include "petscksp.h"
    15 
    16 /*Matlab includes: */
    17 #ifdef _SERIAL_
    18 #include "mex.h"
    19 #endif
    2015
    2116#include "../../../shared/shared.h"

  • issm/trunk-jpl/src/c/toolkits/petsc/patches/petscpatches.h

    r11695 r11843  
    1616class Parameters;
    1717
    18 #ifdef _SERIAL_
     18#ifdef _HAVE_MATLAB_
    1919#include "mex.h"
    2020int MatlabMatrixToPetscMatrix(Mat* matrix,int* prows,int* pcols, const mxArray* mxmatrix);
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.