Index: /issm/trunk-jpl/m4/issm_options.m4
===================================================================
--- /issm/trunk-jpl/m4/issm_options.m4	(revision 11454)
+++ /issm/trunk-jpl/m4/issm_options.m4	(revision 11455)
@@ -131,4 +131,8 @@
 						fi
 					;;
+					*cygwin*)
+						largearrays=yes 
+					;;
+
 					*darwin*)
 						if test $MATLAB_MAJOR -ge 7; then 
