Index: /issm/trunk-jpl/externalpackages/doxygen/install.sh
===================================================================
--- /issm/trunk-jpl/externalpackages/doxygen/install.sh	(revision 11240)
+++ /issm/trunk-jpl/externalpackages/doxygen/install.sh	(revision 11241)
@@ -1,23 +1,12 @@
 #!/bin/bash
 
-#wget http://ftp.stack.nl/pub/users/dimitri/doxygen-1.7.4.src.tar.gz
+#Some cleanup
+rm -rf install
 
-#Some cleanup
-rm -rf src
-rm -rf install
-rm -rf doxygen-1.7.4
-
-#Create src and install directories
-mkdir src install
-
-#Untar 
-tar -zxvf  doxygen-1.7.4.src.tar.gz
-
-#Move doxygen into src directory
-mv doxygen-1.7.4/* src
-rm -rf doxygen-1.7.4
+#Download latest version
+svn co https://doxygen.svn.sourceforge.net/svnroot/doxygen/trunk install
 
 #Configure doxygen
-cd src && ./configure --prefix "$ISSM_TIER/externalpackages/doxygen/install"
+cd install && ./configure --prefix "$ISSM_TIER/externalpackages/doxygen/install"
 if [ -z $1 ]; then
 	make
Index: /issm/trunk-jpl/scripts/cloc2html.py
===================================================================
--- /issm/trunk-jpl/scripts/cloc2html.py	(revision 11240)
+++ /issm/trunk-jpl/scripts/cloc2html.py	(revision 11241)
@@ -79,5 +79,5 @@
 
 #write header
-outfile.write('</table>\n\n')
+outfile.write('</table>\n')
 
 #close all files
Index: /issm/trunk-jpl/scripts/getloc.sh
===================================================================
--- /issm/trunk-jpl/scripts/getloc.sh	(revision 11240)
+++ /issm/trunk-jpl/scripts/getloc.sh	(revision 11241)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #!/bin/bash
 #get number of lines of code
-cloc-1.55.pl $ISSM_TIER/src --exclude-dir=.svn --exclude-ext=exp --exclude-lang=make --out=temp
+cloc-1.55.pl $ISSM_TIER/src $ISSM_TIER/m4 --exclude-dir=.svn --exclude-ext=exp --exclude-lang=make --out=temp
 cat temp
 ./cloc2html.py
Index: /issm/trunk-jpl/src/dox/issm.dox
===================================================================
--- /issm/trunk-jpl/src/dox/issm.dox	(revision 11240)
+++ /issm/trunk-jpl/src/dox/issm.dox	(revision 11241)
@@ -46,14 +46,14 @@
 </th>
 <tr>
-<th  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:left;"> C++ </th><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">533</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">15543</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">17244</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">57848</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">90635</td>
+<th  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:left;"> C++ </th><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">533</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">15491</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">17275</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">58005</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">90771</td>
 </tr>
 <tr>
-<th  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:left;"> MATLAB </th><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">970</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">7187</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">13630</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">31601</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">52418</td>
+<th  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:left;"> MATLAB </th><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">977</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">7199</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">13702</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">31690</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">52591</td>
 </tr>
 <tr>
-<th  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:left;"> C/C++  Header </th><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">399</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">3064</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">2726</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">10343</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">16133</td>
+<th  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:left;"> C/C++  Header </th><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">399</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">3069</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">2727</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">10358</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">16154</td>
 </tr>
 <tr>
-<th  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:left;"> m4 </th><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">2</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">238</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">163</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">1871</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">2272</td>
+<th  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:left;"> m4 </th><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">7</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">1061</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">242</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">8941</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">10244</td>
 </tr>
 <tr>
@@ -61,5 +61,5 @@
 </tr>
 <tr>
-<th  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:left;"> Bourne  Shell </th><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">8</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">59</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">98</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">262</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">419</td>
+<th  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:left;"> Bourne  Shell </th><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">8</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">61</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">98</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">271</td><td  bgcolor=#C6E2FF style="text-align:right;">430</td>
 </tr>
 <tr>
@@ -76,11 +76,8 @@
 </tr>
 <tr>
-<th  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:left;"> SUM: </th><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">1929</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">26232</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">33895</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">102696</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">162823</td>
+<th  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:left;"> SUM: </th><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">1941</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">27022</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">34078</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">110036</td><td  bgcolor=#FFFFFF style="text-align:right;">171136</td>
 </tr>
 </table>
 
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