Index: /issm/trunk/scripts/Update.sh
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--- /issm/trunk/scripts/Update.sh	(revision 10271)
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@@ -14,4 +14,6 @@
 cat $FILE | sed -e "s/md\.spcvy/md.diagnostic.spcvy/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
 cat $FILE | sed -e "s/md\.spcvz/md.diagnostic.spcvz/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.spcthickness/md.balancethickness.spcthickness/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.bamg/md.private.bamg/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
 cat $FILE | sed -e "s/md\.numberofgrids/md.mesh.numberofvertices/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
 cat $FILE | sed -e "s/md\.vx_obs/md.inversion.vx_obs/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
@@ -24,8 +26,11 @@
 cat $FILE | sed -e "s/md\.temperature/md.initialization.temperature/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
 cat $FILE | sed -e "s/md\.pressure/md.initialization.pressure/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.thickness_obs/md.inversion.thickness_obs/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
 cat $FILE | sed -e "s/md\.thickness/md.geometry.thickness/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
 cat $FILE | sed -e "s/md\.bed/md.geometry.bed/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.surface_mass_balance/md.surfaceforcings.mass_balance/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
 cat $FILE | sed -e "s/md\.surface/md.geometry.surface/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
 cat $FILE | sed -e "s/md\.x/md.mesh.x/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.yts/md.constants.yts/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
 cat $FILE | sed -e "s/md\.y/md.mesh.y/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
 cat $FILE | sed -e "s/md\.z/md.mesh.z/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
@@ -39,6 +44,12 @@
 cat $FILE | sed -e "s/md\.drag_q/md.friction.q/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
 cat $FILE | sed -e "s/setelementstype/setflowequation/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/geography(md/setmask(md/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
 cat $FILE | sed -e "s/md\.rheology_B/md.materials.rheology_B/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.rho_ice/md.materials.rho_ice/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.rho_water/md.materials.rho_water/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
 cat $FILE | sed -e "s/md\.nodeonbed/md.mesh.vertexonbed/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.nodeonboundary/md.mesh.vertexonboundary/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.petscoptions/md.solver/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.dhdt/md.balancethickness.thickening_rate/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
 cat $FILE | sed -e "s/md\.eps_rel/md.diagnostic.reltol/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
 cat $FILE | sed -e "s/md\.eps_res/md.diagnostic.restol/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
@@ -54,4 +65,5 @@
 cat $FILE | sed -e "s/md\.cm_min/md.inversion.min_parameters/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
 cat $FILE | sed -e "s/md\.cm_max/md.inversion.max_parameters/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.maxiter/md.inversion.maxiter_per_step/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
 cat $FILE | sed -e "s/md\.control_type/md.inversion.control_parameters/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
 cat $FILE | sed -e "s/md\.control_type/md.inversion.control_parameters/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
@@ -77,2 +89,3 @@
 cat $FILE | sed -e "s/md\.hydrostatic_adjustment/md.prognostic.hydrostatic_adjustment/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
 cat $FILE | sed -e "s/md\.rheology_law/md.materials.rheology_law/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE
+cat $FILE | sed -e "s/md\.basal_melting_rate/md.basalforcings.melting_rate/g" > $FILE$$.bak && mv $FILE$$.bak $FILE