source: issm/oecreview/Archive/24684-25833/ISSM-25299-25300.diff@ 27230

Last change on this file since 27230 was 25834, checked in by Mathieu Morlighem, 4 years ago

CHG: added 24684-25833
File size: 69.2 KB

  • ../trunk-jpl/src/m/solve/loadresultfromdisk.py

     
     1import struct
     2
     3import numpy as np
     4
     5
     6def loadresultfromdisk(filename, step, name, *args): # {{{
     7    """
     8    LOADRESULTFROMDISK - load specific result of solution sequence from disk
     9    file "filename"
     10
     11        Usage:
     12            variable = loadresultsfromdisk(filename, step, name)
     13
     14        TODO:
     15        - Test this module against output of src/m/solve/loadresultsfromdisk.m
     16    """
     17    print('Got hwrwefew')
     18    exit()
     19    # Open file
     20    try:
     21        fid = open(filename, 'rb')
     22    except IOError as e:
     23        raise IOError("loadresultsfromdisk error message: could not open {} for binary reading".format(filename))
     24
     25    if len(args) == 4:
     26        # Put the pointer on the right position in the file
     27        fpos = args[0]
     28        fid.seek(fpos)
     29
     30    while True:
     31        # read field
     32        fpos = tell(fid)
     33        length = struct.unpack('i', fid.read(struct.calcsize('i')))[0]
     34
     35        fieldname = struct.unpack('{}s'.format(length), fid.read(length))[0][:-1]
     36        fieldname = fieldname.decode()  #strings are binaries when stored so need to be converted back
     37        rtime = struct.unpack('d', fid.read(struct.calcsize('d')))[0]
     38        rstep = struct.unpack('i', fid.read(struct.calcsize('i')))[0]
     39
     40        # TODO: Check number of characters unpacked and break if need be (see
     41        #       src/m/solve/loadresultfromdisk.py)
     42       
     43        if (rstep == step) and (fieldname == name):
     44            # ok, go read the result really
     45            datatype = struct.unpack('i', fid.read(struct.calcsize('i')))[0]
     46            M = struct.unpack('i', fid.read(struct.calcsize('i')))[0]
     47            if datatype == 1:
     48                field = np.array(struct.unpack('{}d'.format(M), fid.read(M * struct.calcsize('d'))), dtype=float)
     49            elif datatype == 2:
     50                field = struct.unpack('{}s'.format(M), fid.read(M))[0][:-1]
     51                field = field.decode()
     52            elif datatype == 3:
     53                N = struct.unpack('i', fid.read(struct.calcsize('i')))[0]
     54                field = np.zeros(shape=(M, N), dtype=float)
     55                for i in range(M):
     56                    field[i, :] = struct.unpack('{}d'.format(N), fid.read(N * struct.calcsize('d')))
     57            elif datatype == 4:
     58                N = struct.unpack('i', fid.read(struct.calcsize('i')))[0]
     59                field = np.zeros(shape=(M, N), dtype=int)
     60                for i in range(M):
     61                    field[i, :] = struct.unpack('{}i'.format(N), fid.read(N * struct.calcsize('i')))
     62            else:
     63                raise TypeError("cannot read data of type {}".format(datatype))
     64
     65            variable = field
     66            break
     67        else:
     68            # just skim to next results
     69            datatype = struct.unpack('i', fid.read(struct.calcsize('i')))[0]
     70            M = struct.unpack('i', fid.read(struct.calcsize('i')))[0]
     71            if datatype == 1:
     72                fid.seek(M * 8, 1)
     73            elif datatype == 2:
     74                fid.seek(M, 1)
     75            elif datatype == 3:
     76                N = struct.unpack('i', fid.read(struct.calcsize('i')))[0]
     77                fid.seek(N * M * 8, 1)
     78            elif datatype == 4:
     79                N = struct.unpack('i', fid.read(struct.calcsize('i')))[0]
     80                fid.seek(N * M * 4, 1)
     81            else:
     82                raise TypeError("cannot read data of type {}".format(datatype))
     83
     84    fid.close()
     85
     86    return (variable, fpos)
     87# }}}

  • ../trunk-jpl/src/m/solve/loadresultfromdisk.m

     
    11function [variable fpos]=loadresultfromdisk(filename,step,name,varargin)
    2 %LOADRESULTFROMDISK - load specific result of solution sequence from disk file "filename"           
     2%LOADRESULTFROMDISK - load specific result of solution sequence from disk file "filename"
    33%
    44%   Usage:
    55%      variable=loadresultfromdisk(filename,step,name);
    … …  
    1111        end
    1212
    1313        if nargin==4,
     14                %Put the pointer on the right position in the file:
    1415                fpos=varargin{1};
    1516                fseek(fid,fpos,'bof');
    1617        end
    1718
    18         %Put the pointer on the right position in the file:
    1919        while 1,
    2020
    2121                %read field

  • ../trunk-jpl/src/m/solve/loadresultsfromcluster.py

     
    11import os
     2import platform
    23import socket
    3 import platform
     4
     5from helpers import *
    46from loadresultsfromdisk import loadresultsfromdisk
    5 from helpers import *
    67
    78
    89def loadresultsfromcluster(md, runtimename=False):

  • ../trunk-jpl/src/m/solve/solve.py

     
    136136    filelist = [modelname + '.bin ', modelname + '.toolkits ', modelname + '.queue ']
    137137    if md.qmu.isdakota:
    138138        filelist.append(modelname + '.qmu.in')
    139 
     139       
    140140    if not restart:
    141141        cluster.UploadQueueJob(md.miscellaneous.name, md.private.runtimename, filelist)
    142142
    … …  
    153153            if md.verbose.solution:
    154154                print('loading results from cluster')
    155155            md = loadresultsfromcluster(md)
    156 
    157156    return md

  • ../trunk-jpl/src/m/classes/clusters/pfe.m

     
    66%      cluster=pfe('np',3,'login','username');
    77
    88classdef pfe
    9     properties (SetAccess=public) 
    10                  % {{{
    11                  name           = 'pfe'
    12                  login          = '';
    13                  modules        = {'comp-intel/2016.2.181' 'mpi-sgi/mpt'};
    14                  numnodes       = 20;
    15                  cpuspernode    = 8;
    16                  port           = 1025;
    17                  queue          = 'long';
    18                  time           = 12*60;
    19                  processor      = 'ivy';
    20                  srcpath        = '';
    21                  codepath       = '';
    22                  executionpath  = '';
    23                  grouplist     = 's1690';
    24                  interactive    = 0;
    25                  bbftp          = 0;
    26                  numstreams     = 8;
    27                  hyperthreading = 0;
    28          end
    29          %}}}
    30          methods
    31                  function cluster=pfe(varargin) % {{{
     9        properties (SetAccess=public) 
     10                % {{{
     11                name           = 'pfe'
     12                login          = '';
     13                modules        = {'comp-intel/2016.2.181' 'mpi-sgi/mpt'};
     14                numnodes       = 20;
     15                cpuspernode    = 8;
     16                port           = 1025;
     17                queue          = 'long';
     18                time           = 12*60;
     19                processor      = 'ivy';
     20                srcpath        = '';
     21                codepath       = '';
     22                executionpath  = '';
     23                grouplist     = 's1690';
     24                interactive    = 0;
     25                bbftp          = 0;
     26                numstreams     = 8;
     27                hyperthreading = 0;
     28        end
     29        %}}}
     30        methods
     31                function cluster=pfe(varargin) % {{{
    3232
    33                          %initialize cluster using default settings if provided
    34                          if (exist('pfe_settings')==2), pfe_settings; end
     33                        %initialize cluster using default settings if provided
     34                        if (exist('pfe_settings')==2), pfe_settings; end
    3535
    36                          %use provided options to change fields
    37                          cluster=AssignObjectFields(pairoptions(varargin{:}),cluster);
    38                  end
    39                  %}}}
    40                  function disp(cluster) % {{{
    41                          %  display the object
    42                          disp(sprintf('class ''%s'' object ''%s'' = ',class(cluster),inputname(1)));
    43                          disp(sprintf('    name: %s',cluster.name));
    44                          disp(sprintf('    login: %s',cluster.login));
    45                          modules=''; for i=1:length(cluster.modules), modules=[modules cluster.modules{i} ',']; end; modules=modules(1:end-1);
    46                          disp(sprintf('    modules: %s',modules));
    47                          disp(sprintf('    port: %i',cluster.port));
    48                          disp(sprintf('    numnodes: %i',cluster.numnodes));
    49                          disp(sprintf('    cpuspernode: %i',cluster.cpuspernode));
    50                          disp(sprintf('    np: %i',cluster.cpuspernode*cluster.numnodes));
    51                          disp(sprintf('    queue: %s',cluster.queue));
    52                          disp(sprintf('    time: %i',cluster.time));
    53                          disp(sprintf('    processor: %s',cluster.processor));
    54                          disp(sprintf('    codepath: %s  ($ISSM_DIR on pfe)',cluster.codepath));
    55                          disp(sprintf('    executionpath: %s  (directory containing issm.exe on pfe)',cluster.executionpath));
    56                          disp(sprintf('    grouplist: %s',cluster.grouplist));
    57                          disp(sprintf('    interactive: %i',cluster.interactive));
    58                          disp(sprintf('    hyperthreading: %i',cluster.hyperthreading));
    59                  end
    60                  %}}}
    61                  function numprocs=np(cluster) % {{{
    62                          %compute number of processors
    63                          numprocs=cluster.numnodes*cluster.cpuspernode;
    64                  end
    65                  %}}}
    66                  function md = checkconsistency(cluster,md,solution,analyses) % {{{
     36                        %use provided options to change fields
     37                        cluster=AssignObjectFields(pairoptions(varargin{:}),cluster);
     38                end
     39                %}}}
     40                function disp(cluster) % {{{
     41                        %  display the object
     42                        disp(sprintf('class ''%s'' object ''%s'' = ',class(cluster),inputname(1)));
     43                        disp(sprintf('    name: %s',cluster.name));
     44                        disp(sprintf('    login: %s',cluster.login));
     45                        modules=''; for i=1:length(cluster.modules), modules=[modules cluster.modules{i} ',']; end; modules=modules(1:end-1);
     46                        disp(sprintf('    modules: %s',modules));
     47                        disp(sprintf('    port: %i',cluster.port));
     48                        disp(sprintf('    numnodes: %i',cluster.numnodes));
     49                        disp(sprintf('    cpuspernode: %i',cluster.cpuspernode));
     50                        disp(sprintf('    np: %i',cluster.cpuspernode*cluster.numnodes));
     51                        disp(sprintf('    queue: %s',cluster.queue));
     52                        disp(sprintf('    time: %i',cluster.time));
     53                        disp(sprintf('    processor: %s',cluster.processor));
     54                        disp(sprintf('    codepath: %s  ($ISSM_DIR on pfe)',cluster.codepath));
     55                        disp(sprintf('    executionpath: %s  (directory containing issm.exe on pfe)',cluster.executionpath));
     56                        disp(sprintf('    grouplist: %s',cluster.grouplist));
     57                        disp(sprintf('    interactive: %i',cluster.interactive));
     58                        disp(sprintf('    hyperthreading: %i',cluster.hyperthreading));
     59                end
     60                %}}}
     61                function numprocs=np(cluster) % {{{
     62                        %compute number of processors
     63                        numprocs=cluster.numnodes*cluster.cpuspernode;
     64                end
     65                %}}}
     66                function md = checkconsistency(cluster,md,solution,analyses) % {{{
    6767
    68                          available_queues={'long','normal','debug','devel','alphatst@pbspl233'};
    69                          queue_requirements_time=[5*24*60 8*60 2*60 2*60 24*60];
    70                          queue_requirements_np=[2048 2048 150 150 2048];
     68                        available_queues={'long','normal','debug','devel','alphatst@pbspl233'};
     69                        queue_requirements_time=[5*24*60 8*60 2*60 2*60 24*60];
     70                        queue_requirements_np=[2048 2048 150 150 2048];
    7171
    72                          QueueRequirements(available_queues,queue_requirements_time,queue_requirements_np,cluster.queue,cluster.np,cluster.time)
     72                        QueueRequirements(available_queues,queue_requirements_time,queue_requirements_np,cluster.queue,cluster.np,cluster.time)
    7373
    74                          %now, check cluster.cpuspernode according to processor type
    75                          if strcmpi(cluster.processor,'wes'),
    76                                  if cluster.hyperthreading,
    77                                          if ((cluster.cpuspernode>24 ) | (cluster.cpuspernode<1)),
    78                                                  md = checkmessage(md,'cpuspernode should be between 1 and 24 for ''wes'' processors in hyperthreading mode');
    79                                          end
    80                                  else
    81                                          if ((cluster.cpuspernode>12 ) | (cluster.cpuspernode<1)),
    82                                                  md = checkmessage(md,'cpuspernode should be between 1 and 12 for ''wes'' processors');
    83                                          end
    84                                  end
    85                          elseif strcmpi(cluster.processor,'ivy'),
    86                                  if cluster.hyperthreading,
    87                                          if ((cluster.cpuspernode>40 ) | (cluster.cpuspernode<1)),
    88                                                  md = checkmessage(md,'cpuspernode should be between 1 and 40 for ''ivy'' processors in hyperthreading mode');
    89                                          end
    90                                  else
    91                                          if ((cluster.cpuspernode>20 ) | (cluster.cpuspernode<1)),
    92                                                  md = checkmessage(md,'cpuspernode should be between 1 and 20 for ''ivy'' processors');
    93                                          end
    94                                  end
    95                          elseif strcmpi(cluster.processor,'bro'),
    96                                  if cluster.hyperthreading,
    97                                          if ((cluster.cpuspernode>56 ) | (cluster.cpuspernode<1)),
    98                                                  md = checkmessage(md,'cpuspernode should be between 1 and 56 for ''bro'' processors in hyperthreading mode');
    99                                          end
    100                                  else
    101                                          if ((cluster.cpuspernode>28 ) | (cluster.cpuspernode<1)),
    102                                                  md = checkmessage(md,'cpuspernode should be between 1 and 28 for ''bro'' processors');
    103                                          end
    104                                  end
    105                          elseif strcmpi(cluster.processor,'has'),
    106                                  if cluster.hyperthreading,
    107                                          if ((cluster.cpuspernode>48 ) | (cluster.cpuspernode<1)),
    108                                                  md = checkmessage(md,'cpuspernode should be between 1 and 48 for ''has'' processors in hyperthreading mode');
    109                                          end
    110                                  else
    111                                          if ((cluster.cpuspernode>24 ) | (cluster.cpuspernode<1)),
    112                                                  md = checkmessage(md,'cpuspernode should be between 1 and 24 for ''has'' processors');
    113                                          end
    114                                  end
    115                          
    116                          elseif strcmpi(cluster.processor,'san'),
    117                                  if cluster.hyperthreading,
    118                                          if ((cluster.cpuspernode>32 ) | (cluster.cpuspernode<1)),
    119                                                  md = checkmessage(md,'cpuspernode should be between 1 and 32 for ''san'' processors in hyperthreading mode');
    120                                          end
    121                                  else
    122                                          if ((cluster.cpuspernode>16 ) | (cluster.cpuspernode<1)),
    123                                                  md = checkmessage(md,'cpuspernode should be between 1 and 16 for ''san'' processors');
    124                                          end
    125                                  end
     74                        %now, check cluster.cpuspernode according to processor type
     75                        if strcmpi(cluster.processor,'wes'),
     76                                if cluster.hyperthreading,
     77                                        if ((cluster.cpuspernode>24 ) | (cluster.cpuspernode<1)),
     78                                                md = checkmessage(md,'cpuspernode should be between 1 and 24 for ''wes'' processors in hyperthreading mode');
     79                                        end
     80                                else
     81                                        if ((cluster.cpuspernode>12 ) | (cluster.cpuspernode<1)),
     82                                                md = checkmessage(md,'cpuspernode should be between 1 and 12 for ''wes'' processors');
     83                                        end
     84                                end
     85                        elseif strcmpi(cluster.processor,'ivy'),
     86                                if cluster.hyperthreading,
     87                                        if ((cluster.cpuspernode>40 ) | (cluster.cpuspernode<1)),
     88                                                md = checkmessage(md,'cpuspernode should be between 1 and 40 for ''ivy'' processors in hyperthreading mode');
     89                                        end
     90                                else
     91                                        if ((cluster.cpuspernode>20 ) | (cluster.cpuspernode<1)),
     92                                                md = checkmessage(md,'cpuspernode should be between 1 and 20 for ''ivy'' processors');
     93                                        end
     94                                end
     95                        elseif strcmpi(cluster.processor,'bro'),
     96                                if cluster.hyperthreading,
     97                                        if ((cluster.cpuspernode>56 ) | (cluster.cpuspernode<1)),
     98                                                md = checkmessage(md,'cpuspernode should be between 1 and 56 for ''bro'' processors in hyperthreading mode');
     99                                        end
     100                                else
     101                                        if ((cluster.cpuspernode>28 ) | (cluster.cpuspernode<1)),
     102                                                md = checkmessage(md,'cpuspernode should be between 1 and 28 for ''bro'' processors');
     103                                        end
     104                                end
     105                        elseif strcmpi(cluster.processor,'has'),
     106                                if cluster.hyperthreading,
     107                                        if ((cluster.cpuspernode>48 ) | (cluster.cpuspernode<1)),
     108                                                md = checkmessage(md,'cpuspernode should be between 1 and 48 for ''has'' processors in hyperthreading mode');
     109                                        end
     110                                else
     111                                        if ((cluster.cpuspernode>24 ) | (cluster.cpuspernode<1)),
     112                                                md = checkmessage(md,'cpuspernode should be between 1 and 24 for ''has'' processors');
     113                                        end
     114                                end
     115                       
     116                        elseif strcmpi(cluster.processor,'san'),
     117                                if cluster.hyperthreading,
     118                                        if ((cluster.cpuspernode>32 ) | (cluster.cpuspernode<1)),
     119                                                md = checkmessage(md,'cpuspernode should be between 1 and 32 for ''san'' processors in hyperthreading mode');
     120                                        end
     121                                else
     122                                        if ((cluster.cpuspernode>16 ) | (cluster.cpuspernode<1)),
     123                                                md = checkmessage(md,'cpuspernode should be between 1 and 16 for ''san'' processors');
     124                                        end
     125                                end
    126126
    127                          else
    128                                  md = checkmessage(md,'unknown processor type, should be ''wes'' or ''has'' or ''ivy'' or ''san''');
    129                          end
     127                        else
     128                                md = checkmessage(md,'unknown processor type, should be ''wes'' or ''has'' or ''ivy'' or ''san''');
     129                        end
    130130
    131                          %Miscelaneous
    132                          if isempty(cluster.login), md = checkmessage(md,'login empty'); end
    133                          if isempty(cluster.srcpath), md = checkmessage(md,'srcpath empty'); end
    134                          if isempty(cluster.codepath), md = checkmessage(md,'codepath empty'); end
    135                          if isempty(cluster.executionpath), md = checkmessage(md,'executionpath empty'); end
    136                          if isempty(cluster.grouplist), md = checkmessage(md,'grouplist empty'); end
     131                        %Miscellaneous
     132                        if isempty(cluster.login), md = checkmessage(md,'login empty'); end
     133                        if isempty(cluster.srcpath), md = checkmessage(md,'srcpath empty'); end
     134                        if isempty(cluster.codepath), md = checkmessage(md,'codepath empty'); end
     135                        if isempty(cluster.executionpath), md = checkmessage(md,'executionpath empty'); end
     136                        if isempty(cluster.grouplist), md = checkmessage(md,'grouplist empty'); end
    137137
    138                  end
    139                  %}}}
    140                  function BuildQueueScript(cluster,dirname,modelname,solution,io_gather,isvalgrind,isgprof,isdakota,isoceancoupling) % {{{
     138                end
     139                %}}}
     140                function BuildQueueScript(cluster,dirname,modelname,solution,io_gather,isvalgrind,isgprof,isdakota,isoceancoupling) % {{{
    141141
    142                          if(isgprof),    disp('gprof not supported by cluster, ignoring...'); end
     142                        if(isgprof),    disp('gprof not supported by cluster, ignoring...'); end
    143143
    144                          executable='issm.exe';
    145                          if isdakota,
    146                                  version=IssmConfig('_DAKOTA_VERSION_'); version=str2num(version(1:3));
    147                                  if (version>=6),
    148                                          executable='issm_dakota.exe';
    149                                  end
    150                          end
    151                          if isoceancoupling,
    152                                  executable='issm_ocean.exe';
    153                          end
     144                        executable='issm.exe';
     145                        if isdakota,
     146                                version=IssmConfig('_DAKOTA_VERSION_'); version=str2num(version(1:3));
     147                                if (version>=6),
     148                                        executable='issm_dakota.exe';
     149                                end
     150                        end
     151                        if isoceancoupling,
     152                                executable='issm_ocean.exe';
     153                        end
    154154
    155                          %write queuing script
    156                          fid=fopen([modelname '.queue'],'w');
    157                          fprintf(fid,'#PBS -S /bin/bash\n');
    158 %                        fprintf(fid,'#PBS -N %s\n',modelname);
    159                          fprintf(fid,'#PBS -l select=%i:ncpus=%i:model=%s\n',cluster.numnodes,cluster.cpuspernode,cluster.processor);
    160                          fprintf(fid,'#PBS -l walltime=%i\n',cluster.time*60); %walltime is in seconds.
    161                          fprintf(fid,'#PBS -q %s \n',cluster.queue);
    162                          fprintf(fid,'#PBS -W group_list=%s\n',cluster.grouplist);
    163                          fprintf(fid,'#PBS -m e\n');
    164                          fprintf(fid,'#PBS -o %s.outlog \n',[cluster.executionpath '/' dirname '/' modelname]);
    165                          fprintf(fid,'#PBS -e %s.errlog \n\n',[cluster.executionpath '/' dirname '/' modelname]);
    166                          fprintf(fid,'. /usr/share/modules/init/bash\n\n');
    167                          for i=1:numel(cluster.modules), fprintf(fid,['module load ' cluster.modules{i} '\n']); end
    168                          fprintf(fid,'export PATH="$PATH:."\n\n');
    169                          fprintf(fid,'export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=520\n');
    170                          fprintf(fid,'export MPI_GROUP_MAX=64\n\n');
    171                          fprintf(fid,'export ISSM_DIR="%s"\n',cluster.srcpath); %FIXME
    172                          fprintf(fid,'source $ISSM_DIR/etc/environment.sh\n');       %FIXME
    173                          fprintf(fid,'export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install/lib"\n');
    174                          fprintf(fid,'cd %s/%s/\n\n',cluster.executionpath,dirname);
    175                          if ~isvalgrind,
    176                                  fprintf(fid,'/u/scicon/tools/bin/several_tries mpiexec -np %i /u/scicon/tools/bin/mbind.x -cs -n%i %s/%s %s %s %s\n',cluster.np,cluster.cpuspernode,cluster.codepath,executable,solution,[cluster.executionpath '/' dirname],modelname);
    177                          else
    178                                  fprintf(fid,'mpiexec -np %i valgrind --leak-check=full %s/%s %s %s %s\n',cluster.np,cluster.codepath,executable,solution,[cluster.executionpath '/' dirname],modelname);
    179                          end
    180                          if ~io_gather, %concatenate the output files:
    181                                  fprintf(fid,'cat %s.outbin.* > %s.outbin',modelname,modelname);
    182                          end
    183                          fclose(fid);
     155                        %write queuing script
     156                        fid=fopen([modelname '.queue'],'w');
     157                        fprintf(fid,'#PBS -S /bin/bash\n');
     158%                       fprintf(fid,'#PBS -N %s\n',modelname);
     159                        fprintf(fid,'#PBS -l select=%i:ncpus=%i:model=%s\n',cluster.numnodes,cluster.cpuspernode,cluster.processor);
     160                        fprintf(fid,'#PBS -l walltime=%i\n',cluster.time*60); %walltime is in seconds.
     161                        fprintf(fid,'#PBS -q %s \n',cluster.queue);
     162                        fprintf(fid,'#PBS -W group_list=%s\n',cluster.grouplist);
     163                        fprintf(fid,'#PBS -m e\n');
     164                        fprintf(fid,'#PBS -o %s.outlog \n',[cluster.executionpath '/' dirname '/' modelname]);
     165                        fprintf(fid,'#PBS -e %s.errlog \n\n',[cluster.executionpath '/' dirname '/' modelname]);
     166                        fprintf(fid,'. /usr/share/modules/init/bash\n\n');
     167                        for i=1:numel(cluster.modules), fprintf(fid,['module load ' cluster.modules{i} '\n']); end
     168                        fprintf(fid,'export PATH="$PATH:."\n\n');
     169                        fprintf(fid,'export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=520\n');
     170                        fprintf(fid,'export MPI_GROUP_MAX=64\n\n');
     171                        fprintf(fid,'export ISSM_DIR="%s"\n',cluster.srcpath); %FIXME
     172                        fprintf(fid,'source $ISSM_DIR/etc/environment.sh\n');       %FIXME
     173                        fprintf(fid,'export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install/lib"\n');
     174                        fprintf(fid,'cd %s/%s/\n\n',cluster.executionpath,dirname);
     175                        if ~isvalgrind,
     176                                fprintf(fid,'/u/scicon/tools/bin/several_tries mpiexec -np %i /u/scicon/tools/bin/mbind.x -cs -n%i %s/%s %s %s %s\n',cluster.np,cluster.cpuspernode,cluster.codepath,executable,solution,[cluster.executionpath '/' dirname],modelname);
     177                        else
     178                                fprintf(fid,'mpiexec -np %i valgrind --leak-check=full %s/%s %s %s %s\n',cluster.np,cluster.codepath,executable,solution,[cluster.executionpath '/' dirname],modelname);
     179                        end
     180                        if ~io_gather, %concatenate the output files:
     181                                fprintf(fid,'cat %s.outbin.* > %s.outbin',modelname,modelname);
     182                        end
     183                        fclose(fid);
    184184
    185                          %in interactive mode, create a run file, and errlog and outlog file
    186                          if cluster.interactive,
    187                                  fid=fopen([modelname '.run'],'w');
    188                                  if cluster.interactive==10,
    189                                                  fprintf(fid,'module unload mpi-mvapich2/1.4.1/gcc\n');
    190                                                  fprintf(fid,'mpiexec -np %i %s/%s %s %s %s\n',cluster.np,cluster.codepath,executable,solution,[pwd() '/run'],modelname);
    191                                  else
    192                                          if ~isvalgrind,
    193                                                  fprintf(fid,'mpiexec -np %i %s/%s %s %s %s\n',cluster.np,cluster.codepath,executable,solution,[cluster.executionpath '/Interactive' num2str(cluster.interactive)],modelname);
    194                                          else
    195                                                  fprintf(fid,'mpiexec -np %i valgrind --leak-check=full %s/%s %s %s %s\n',cluster.np,cluster.codepath,executable,solution,[cluster.executionpath '/Interactive' num2str(cluster.interactive)],modelname);
    196                                          end
    197                                  end
    198                                  if ~io_gather, %concatenate the output files:
    199                                          fprintf(fid,'cat %s.outbin.* > %s.outbin',modelname,modelname);
    200                                  end
    201                                  fclose(fid);
    202                                  fid=fopen([modelname '.errlog'],'w');
    203                                  fclose(fid);
    204                                  fid=fopen([modelname '.outlog'],'w');
    205                                  fclose(fid);
    206                          end
    207                  end %}}}
    208                  function BuildQueueScriptMultipleModels(cluster,dirname,modelname,solution,dirnames,modelnames,nps) % {{{
     185                        %in interactive mode, create a run file, and errlog and outlog file
     186                        if cluster.interactive,
     187                                fid=fopen([modelname '.run'],'w');
     188                                if cluster.interactive==10,
     189                                                fprintf(fid,'module unload mpi-mvapich2/1.4.1/gcc\n');
     190                                                fprintf(fid,'mpiexec -np %i %s/%s %s %s %s\n',cluster.np,cluster.codepath,executable,solution,[pwd() '/run'],modelname);
     191                                else
     192                                        if ~isvalgrind,
     193                                                fprintf(fid,'mpiexec -np %i %s/%s %s %s %s\n',cluster.np,cluster.codepath,executable,solution,[cluster.executionpath '/Interactive' num2str(cluster.interactive)],modelname);
     194                                        else
     195                                                fprintf(fid,'mpiexec -np %i valgrind --leak-check=full %s/%s %s %s %s\n',cluster.np,cluster.codepath,executable,solution,[cluster.executionpath '/Interactive' num2str(cluster.interactive)],modelname);
     196                                        end
     197                                end
     198                                if ~io_gather, %concatenate the output files:
     199                                        fprintf(fid,'cat %s.outbin.* > %s.outbin',modelname,modelname);
     200                                end
     201                                fclose(fid);
     202                                fid=fopen([modelname '.errlog'],'w');
     203                                fclose(fid);
     204                                fid=fopen([modelname '.outlog'],'w');
     205                                fclose(fid);
     206                        end
     207                end %}}}
     208                function BuildQueueScriptMultipleModels(cluster,dirname,modelname,solution,dirnames,modelnames,nps) % {{{
    209209
    210                          %some checks:
    211                          if isempty(modelname), error('BuildQueueScriptMultipleModels error message: need a non empty model name!');end
     210                        %some checks:
     211                        if isempty(modelname), error('BuildQueueScriptMultipleModels error message: need a non empty model name!');end
    212212
    213                          %what is the executable being called?
    214                          executable='issm_slr.exe';
     213                        %what is the executable being called?
     214                        executable='issm_slr.exe';
    215215
    216                          if ispc(), error('BuildQueueScriptMultipleModels not support yet on windows machines');end;
     216                        if ispc(), error('BuildQueueScriptMultipleModels not support yet on windows machines');end;
    217217
    218                          %write queuing script
    219                          fid=fopen([modelname '.queue'],'w');
     218                        %write queuing script
     219                        fid=fopen([modelname '.queue'],'w');
    220220
    221                          fprintf(fid,'#PBS -S /bin/bash\n');
    222                          fprintf(fid,'#PBS -N %s\n',modelname);
    223                          fprintf(fid,'#PBS -l select=%i:ncpus=%i:model=%s\n',cluster.numnodes,cluster.cpuspernode,cluster.processor);
    224                          fprintf(fid,'#PBS -l walltime=%i\n',cluster.time*60); %walltime is in seconds.
    225                          fprintf(fid,'#PBS -q %s \n',cluster.queue);
    226                          fprintf(fid,'#PBS -W group_list=%s\n',cluster.grouplist);
    227                          fprintf(fid,'#PBS -m e\n');
    228                          fprintf(fid,'#PBS -o %s.outlog \n',[cluster.executionpath '/' dirname '/' modelname]);
    229                          fprintf(fid,'#PBS -e %s.errlog \n\n',[cluster.executionpath '/' dirname '/' modelname]);
    230                          fprintf(fid,'. /usr/share/modules/init/bash\n\n');
    231                          for i=1:numel(cluster.modules), fprintf(fid,['module load ' cluster.modules{i} '\n']); end
    232                          fprintf(fid,'export PATH="$PATH:."\n\n');
    233                          fprintf(fid,'export MPI_GROUP_MAX=64\n\n');
    234                          fprintf(fid,'export ISSM_DIR="%s/../"\n',cluster.codepath); %FIXME
    235                          fprintf(fid,'source $ISSM_DIR/etc/environment.sh\n');       %FIXME
    236                          fprintf(fid,'cd %s/%s/\n\n',cluster.executionpath,dirname);
     221                        fprintf(fid,'#PBS -S /bin/bash\n');
     222                        fprintf(fid,'#PBS -N %s\n',modelname);
     223                        fprintf(fid,'#PBS -l select=%i:ncpus=%i:model=%s\n',cluster.numnodes,cluster.cpuspernode,cluster.processor);
     224                        fprintf(fid,'#PBS -l walltime=%i\n',cluster.time*60); %walltime is in seconds.
     225                        fprintf(fid,'#PBS -q %s \n',cluster.queue);
     226                        fprintf(fid,'#PBS -W group_list=%s\n',cluster.grouplist);
     227                        fprintf(fid,'#PBS -m e\n');
     228                        fprintf(fid,'#PBS -o %s.outlog \n',[cluster.executionpath '/' dirname '/' modelname]);
     229                        fprintf(fid,'#PBS -e %s.errlog \n\n',[cluster.executionpath '/' dirname '/' modelname]);
     230                        fprintf(fid,'. /usr/share/modules/init/bash\n\n');
     231                        for i=1:numel(cluster.modules), fprintf(fid,['module load ' cluster.modules{i} '\n']); end
     232                        fprintf(fid,'export PATH="$PATH:."\n\n');
     233                        fprintf(fid,'export MPI_GROUP_MAX=64\n\n');
     234                        fprintf(fid,'export ISSM_DIR="%s/../"\n',cluster.codepath); %FIXME
     235                        fprintf(fid,'source $ISSM_DIR/etc/environment.sh\n');       %FIXME
     236                        fprintf(fid,'cd %s/%s/\n\n',cluster.executionpath,dirname);
    237237
    238                          %number of cpus:
    239                          mpistring=sprintf('mpiexec -np %i ',cluster.numnodes*cluster.cpuspernode);
     238                        %number of cpus:
     239                        mpistring=sprintf('mpiexec -np %i ',cluster.numnodes*cluster.cpuspernode);
    240240
    241                          %executable:
    242                          mpistring=[mpistring sprintf('%s/%s ',cluster.codepath,executable)];
     241                        %executable:
     242                        mpistring=[mpistring sprintf('%s/%s ',cluster.codepath,executable)];
    243243
    244                          %solution name:
    245                          mpistring=[mpistring sprintf('%s ',solution)];
     244                        %solution name:
     245                        mpistring=[mpistring sprintf('%s ',solution)];
    246246
    247                          %execution directory and model name:
    248                          mpistring=[mpistring sprintf('%s/%s %s',cluster.executionpath,dirname,modelname)];
     247                        %execution directory and model name:
     248                        mpistring=[mpistring sprintf('%s/%s %s',cluster.executionpath,dirname,modelname)];
    249249
    250                          %inform main executable of how many icecaps, glaciers and earth models are being run:
    251                          mpistring=[mpistring sprintf(' %i ',length(dirnames))];
     250                        %inform main executable of how many icecaps, glaciers and earth models are being run:
     251                        mpistring=[mpistring sprintf(' %i ',length(dirnames))];
    252252
    253                          %icecaps, glaciers and earth location, names and number of processors associated:
    254                          for i=1:length(dirnames),
    255                                  mpistring=[mpistring sprintf(' %s/%s %s %i ',cluster.executionpath,dirnames{i},modelnames{i},nps{i})];
    256                          end
     253                        %icecaps, glaciers and earth location, names and number of processors associated:
     254                        for i=1:length(dirnames),
     255                                mpistring=[mpistring sprintf(' %s/%s %s %i ',cluster.executionpath,dirnames{i},modelnames{i},nps{i})];
     256                        end
    257257
    258                          %write this long string to disk:
    259                          fprintf(fid,mpistring);
    260                          fclose(fid);
     258                        %write this long string to disk:
     259                        fprintf(fid,mpistring);
     260                        fclose(fid);
    261261
    262                          if cluster.interactive,
    263                                  fid=fopen([modelname '.run'],'w');
     262                        if cluster.interactive,
     263                                fid=fopen([modelname '.run'],'w');
    264264
    265                                  %number of cpus:
    266                                  mpistring=sprintf('mpiexec -np %i ',cluster.numnodes*cluster.cpuspernode);
     265                                %number of cpus:
     266                                mpistring=sprintf('mpiexec -np %i ',cluster.numnodes*cluster.cpuspernode);
    267267
    268                                  %executable:
    269                                  mpistring=[mpistring sprintf('%s/%s ',cluster.codepath,executable)];
     268                                %executable:
     269                                mpistring=[mpistring sprintf('%s/%s ',cluster.codepath,executable)];
    270270
    271                                  %solution name:
    272                                  mpistring=[mpistring sprintf('%s ',solution)];
     271                                %solution name:
     272                                mpistring=[mpistring sprintf('%s ',solution)];
    273273
    274                                  %execution directory and model name:
    275                                  mpistring=[mpistring sprintf('%s/%s %s',cluster.executionpath,dirname,modelname)];
     274                                %execution directory and model name:
     275                                mpistring=[mpistring sprintf('%s/%s %s',cluster.executionpath,dirname,modelname)];
    276276
    277                                  %inform main executable of how many icecaps, glaciers and earth models are being run:
    278                                  mpistring=[mpistring sprintf(' %i ',length(dirnames))];
     277                                %inform main executable of how many icecaps, glaciers and earth models are being run:
     278                                mpistring=[mpistring sprintf(' %i ',length(dirnames))];
    279279
    280                                  %icecaps, glaciers and earth location, names and number of processors associated:
    281                                  for i=1:length(dirnames),
    282                                          mpistring=[mpistring sprintf(' %s/Interactive%i %s %i ',cluster.executionpath,cluster.interactive,modelnames{i},nps{i})];
    283                                  end
     280                                %icecaps, glaciers and earth location, names and number of processors associated:
     281                                for i=1:length(dirnames),
     282                                        mpistring=[mpistring sprintf(' %s/Interactive%i %s %i ',cluster.executionpath,cluster.interactive,modelnames{i},nps{i})];
     283                                end
    284284
    285                                  %write this long string to disk:
    286                                  fprintf(fid,mpistring);
    287                                  fclose(fid);
     285                                %write this long string to disk:
     286                                fprintf(fid,mpistring);
     287                                fclose(fid);
    288288
    289                                  fid=fopen([modelname '.errlog'],'w');
    290                                  fclose(fid);
    291                                  fid=fopen([modelname '.outlog'],'w');
    292                                  fclose(fid);
    293                          end
    294                  end
    295                  %}}}
    296                  function BuildKrigingQueueScript(cluster,modelname,solution,io_gather,isvalgrind,isgprof) % {{{
     289                                fid=fopen([modelname '.errlog'],'w');
     290                                fclose(fid);
     291                                fid=fopen([modelname '.outlog'],'w');
     292                                fclose(fid);
     293                        end
     294                end
     295                %}}}
     296                function BuildKrigingQueueScript(cluster,modelname,solution,io_gather,isvalgrind,isgprof) % {{{
    297297
    298                          if(isgprof),    disp('gprof not supported by cluster, ignoring...'); end
     298                        if(isgprof),    disp('gprof not supported by cluster, ignoring...'); end
    299299
    300                          %write queuing script
    301                          fid=fopen([modelname '.queue'],'w');
    302                          fprintf(fid,'#PBS -S /bin/bash\n');
    303                          %                       fprintf(fid,'#PBS -N %s\n',modelname);
    304                          fprintf(fid,'#PBS -l select=%i:ncpus=%i:model=%s\n',cluster.numnodes,cluster.cpuspernode,cluster.processor);
    305                          fprintf(fid,'#PBS -l walltime=%i\n',cluster.time*60); %walltime is in seconds.
    306                          fprintf(fid,'#PBS -q %s \n',cluster.queue);
    307                          fprintf(fid,'#PBS -W group_list=%s\n',cluster.grouplist);
    308                          fprintf(fid,'#PBS -m e\n');
    309                          fprintf(fid,'#PBS -o %s.outlog \n',modelname);
    310                          fprintf(fid,'#PBS -e %s.errlog \n\n',modelname);
    311                          fprintf(fid,'. /usr/share/modules/init/bash\n\n');
    312                          for i=1:numel(cluster.modules), fprintf(fid,['module load ' cluster.modules{i} '\n']); end
    313                          fprintf(fid,'export PATH="$PATH:."\n');
    314                          fprintf(fid,'export ISSM_DIR="%s/../"\n',cluster.codepath); %FIXME
    315                          fprintf(fid,'source $ISSM_DIR/etc/environment.sh\n');       %FIXME
    316                          fprintf(fid,'export MPI_GROUP_MAX=64\n\n');
    317                          fprintf(fid,'cd %s/%s/\n\n',cluster.executionpath,modelname);
    318                          fprintf(fid,'mpiexec -np %i %s/kriging.exe %s %s\n',cluster.np,cluster.codepath,[cluster.executionpath '/' modelname],modelname); %FIXME
    319                          if ~io_gather, %concatenate the output files:
    320                                  fprintf(fid,'cat %s.outbin.* > %s.outbin',modelname,modelname);
    321                          end
    322                          fclose(fid);
     300                        %write queuing script
     301                        fid=fopen([modelname '.queue'],'w');
     302                        fprintf(fid,'#PBS -S /bin/bash\n');
     303                        %                       fprintf(fid,'#PBS -N %s\n',modelname);
     304                        fprintf(fid,'#PBS -l select=%i:ncpus=%i:model=%s\n',cluster.numnodes,cluster.cpuspernode,cluster.processor);
     305                        fprintf(fid,'#PBS -l walltime=%i\n',cluster.time*60); %walltime is in seconds.
     306                        fprintf(fid,'#PBS -q %s \n',cluster.queue);
     307                        fprintf(fid,'#PBS -W group_list=%s\n',cluster.grouplist);
     308                        fprintf(fid,'#PBS -m e\n');
     309                        fprintf(fid,'#PBS -o %s.outlog \n',modelname);
     310                        fprintf(fid,'#PBS -e %s.errlog \n\n',modelname);
     311                        fprintf(fid,'. /usr/share/modules/init/bash\n\n');
     312                        for i=1:numel(cluster.modules), fprintf(fid,['module load ' cluster.modules{i} '\n']); end
     313                        fprintf(fid,'export PATH="$PATH:."\n');
     314                        fprintf(fid,'export ISSM_DIR="%s/../"\n',cluster.codepath); %FIXME
     315                        fprintf(fid,'source $ISSM_DIR/etc/environment.sh\n');       %FIXME
     316                        fprintf(fid,'export MPI_GROUP_MAX=64\n\n');
     317                        fprintf(fid,'cd %s/%s/\n\n',cluster.executionpath,modelname);
     318                        fprintf(fid,'mpiexec -np %i %s/kriging.exe %s %s\n',cluster.np,cluster.codepath,[cluster.executionpath '/' modelname],modelname); %FIXME
     319                        if ~io_gather, %concatenate the output files:
     320                                fprintf(fid,'cat %s.outbin.* > %s.outbin',modelname,modelname);
     321                        end
     322                        fclose(fid);
    323323
    324                          %in interactive mode, create a run file, and errlog and outlog file
    325                          if cluster.interactive,
    326                                  fid=fopen([modelname '.run'],'w');
    327                                  if ~isvalgrind,
    328                                          fprintf(fid,'mpiexec -np %i %s/kriging.exe %s %s\n',cluster.np,cluster.codepath,[cluster.executionpath '/' modelname],modelname);
    329                                  else
    330                                          fprintf(fid,'mpiexec -np %i valgrind --leak-check=full %s/kriging.exe %s %s\n',cluster.np,cluster.codepath,[cluster.executionpath '/' modelname],modelname);
    331                                  end
    332                                  if ~io_gather, %concatenate the output files:
    333                                          fprintf(fid,'cat %s.outbin.* > %s.outbin',modelname,modelname);
    334                                  end
    335                                  fclose(fid);
    336                                  fid=fopen([modelname '.errlog'],'w');
    337                                  fclose(fid);
    338                                  fid=fopen([modelname '.outlog'],'w');
    339                                  fclose(fid);
    340                          end
    341                  end %}}}
    342                  function BuildOceanQueueScript(np,cluster,modelname) % {{{
     324                        %in interactive mode, create a run file, and errlog and outlog file
     325                        if cluster.interactive,
     326                                fid=fopen([modelname '.run'],'w');
     327                                if ~isvalgrind,
     328                                        fprintf(fid,'mpiexec -np %i %s/kriging.exe %s %s\n',cluster.np,cluster.codepath,[cluster.executionpath '/' modelname],modelname);
     329                                else
     330                                        fprintf(fid,'mpiexec -np %i valgrind --leak-check=full %s/kriging.exe %s %s\n',cluster.np,cluster.codepath,[cluster.executionpath '/' modelname],modelname);
     331                                end
     332                                if ~io_gather, %concatenate the output files:
     333                                        fprintf(fid,'cat %s.outbin.* > %s.outbin',modelname,modelname);
     334                                end
     335                                fclose(fid);
     336                                fid=fopen([modelname '.errlog'],'w');
     337                                fclose(fid);
     338                                fid=fopen([modelname '.outlog'],'w');
     339                                fclose(fid);
     340                        end
     341                end %}}}
     342                function BuildOceanQueueScript(np,cluster,modelname) % {{{
    343343
    344                          %write queuing script
    345                          fid=fopen([modelname '.queue'],'w');
    346                          fprintf(fid,'#PBS -S /bin/bash\n');
    347                          fprintf(fid,'#PBS -l select=1:ncpus=%i:model=%s\n',np,cluster.processor);
    348                          fprintf(fid,'#PBS -l walltime=%i\n',cluster.time*60); %walltime is in seconds.
    349                          fprintf(fid,'#PBS -q %s \n',cluster.queue);
    350                          fprintf(fid,'#PBS -W group_list=%s\n',cluster.grouplist);
    351                          fprintf(fid,'#PBS -m e\n');
    352                          fprintf(fid,'#PBS -o %s.outlog \n',modelname);
    353                          fprintf(fid,'#PBS -e %s.errlog \n\n',modelname);
    354                          fprintf(fid,'. /usr/share/modules/init/bash\n\n');
    355                          %for i=1:numel(cluster.modules), fprintf(fid,['module load ' cluster.modules{i} '\n']); end %FIXME: should use this!
    356                          fprintf(fid,'module load comp-intel/2016.2.181\n');
    357                          fprintf(fid,'module load netcdf/4.4.1.1_mpt\n');
    358                          fprintf(fid,'module load mpi-sgi/mpt.2.15r20\n');
    359                          fprintf(fid,'export PATH="$PATH:."\n');
    360                          fprintf(fid,'export MPI_GROUP_MAX=64\n\n');
    361                          fprintf(fid,['cd ' pwd() ' \n\n']);
    362                          fprintf(fid,'mpiexec -np %i ./mitgcmuv\n',np);
    363                 %        if ~io_gather, %concatenate the output files:
    364                 %                fprintf(fid,'cat %s.outbin.* > %s.outbin',modelname,modelname);
    365                 %        end
    366                          fclose(fid);
     344                        %write queuing script
     345                        fid=fopen([modelname '.queue'],'w');
     346                        fprintf(fid,'#PBS -S /bin/bash\n');
     347                        fprintf(fid,'#PBS -l select=1:ncpus=%i:model=%s\n',np,cluster.processor);
     348                        fprintf(fid,'#PBS -l walltime=%i\n',cluster.time*60); %walltime is in seconds.
     349                        fprintf(fid,'#PBS -q %s \n',cluster.queue);
     350                        fprintf(fid,'#PBS -W group_list=%s\n',cluster.grouplist);
     351                        fprintf(fid,'#PBS -m e\n');
     352                        fprintf(fid,'#PBS -o %s.outlog \n',modelname);
     353                        fprintf(fid,'#PBS -e %s.errlog \n\n',modelname);
     354                        fprintf(fid,'. /usr/share/modules/init/bash\n\n');
     355                        %for i=1:numel(cluster.modules), fprintf(fid,['module load ' cluster.modules{i} '\n']); end %FIXME: should use this!
     356                        fprintf(fid,'module load comp-intel/2016.2.181\n');
     357                        fprintf(fid,'module load netcdf/4.4.1.1_mpt\n');
     358                        fprintf(fid,'module load mpi-sgi/mpt.2.15r20\n');
     359                        fprintf(fid,'export PATH="$PATH:."\n');
     360                        fprintf(fid,'export MPI_GROUP_MAX=64\n\n');
     361                        fprintf(fid,['cd ' pwd() ' \n\n']);
     362                        fprintf(fid,'mpiexec -np %i ./mitgcmuv\n',np);
     363                %       if ~io_gather, %concatenate the output files:
     364                %               fprintf(fid,'cat %s.outbin.* > %s.outbin',modelname,modelname);
     365                %       end
     366                        fclose(fid);
    367367
    368                          %in interactive mode, create a run file, and errlog and outlog file
    369                          if cluster.interactive,
    370                                  fid=fopen([modelname '.run'],'w');
    371                                  fprintf(fid,'module load mpi-sgi/mpt.2.15r20\n');
    372                                  fprintf(fid,['mpiexec -np %i ./mitgcmuv \n'],np);
    373                                  fprintf(fid,['touch ' modelname '.lock %s\n']);
    374                                  fclose(fid);
    375                                  fid=fopen([modelname '.errlog'],'w');
    376                                  fclose(fid);
    377                                  fid=fopen([modelname '.outlog'],'w');
    378                                  fclose(fid);
    379                          end
     368                        %in interactive mode, create a run file, and errlog and outlog file
     369                        if cluster.interactive,
     370                                fid=fopen([modelname '.run'],'w');
     371                                fprintf(fid,'module load mpi-sgi/mpt.2.15r20\n');
     372                                fprintf(fid,['mpiexec -np %i ./mitgcmuv \n'],np);
     373                                fprintf(fid,['touch ' modelname '.lock %s\n']);
     374                                fclose(fid);
     375                                fid=fopen([modelname '.errlog'],'w');
     376                                fclose(fid);
     377                                fid=fopen([modelname '.outlog'],'w');
     378                                fclose(fid);
     379                        end
    380380
    381                  end %}}}
    382                  function UploadQueueJob(cluster,modelname,dirname,filelist)% {{{
     381                end %}}}
     382                function UploadQueueJob(cluster,modelname,dirname,filelist)% {{{
    383383
    384                          %compress the files into one zip.
    385                          compressstring=['tar -zcf ' dirname '.tar.gz '];
    386                          for i=1:numel(filelist),
    387                                  compressstring = [compressstring ' ' filelist{i}];
    388                          end
    389                          if cluster.interactive,
    390                                  compressstring = [compressstring ' ' modelname '.run '  modelname '.errlog ' modelname '.outlog '];
    391                          end
    392                          system(compressstring);
     384                        %compress the files into one zip.
     385                        compressstring=['tar -zcf ' dirname '.tar.gz '];
     386                        for i=1:numel(filelist),
     387                                compressstring = [compressstring ' ' filelist{i}];
     388                        end
     389                        if cluster.interactive,
     390                                compressstring = [compressstring ' ' modelname '.run '  modelname '.errlog ' modelname '.outlog '];
     391                        end
     392                        system(compressstring);
    393393
    394                          disp('uploading input file and queueing script');
    395                          if cluster.interactive==10,
    396                                  directory=[pwd() '/run/'];
    397                          elseif cluster.interactive,
    398                                  directory=[cluster.executionpath '/Interactive' num2str(cluster.interactive)];
    399                          else
    400                                  directory=cluster.executionpath;
    401                          end
     394                        disp('uploading input file and queueing script');
     395                        if cluster.interactive==10,
     396                                directory=[pwd() '/run/'];
     397                        elseif cluster.interactive,
     398                                directory=[cluster.executionpath '/Interactive' num2str(cluster.interactive)];
     399                        else
     400                                directory=cluster.executionpath;
     401                        end
    402402
    403                          if ~cluster.bbftp,
    404                                  issmscpout(cluster.name,directory,cluster.login,cluster.port,{[dirname '.tar.gz']});
    405                          else
    406                                  issmbbftpout(cluster.name,directory,cluster.login,cluster.port,cluster.numstreams,{[dirname '.tar.gz']});
    407                          end
     403                        if ~cluster.bbftp,
     404                                issmscpout(cluster.name,directory,cluster.login,cluster.port,{[dirname '.tar.gz']});
     405                        else
     406                                issmbbftpout(cluster.name,directory,cluster.login,cluster.port,cluster.numstreams,{[dirname '.tar.gz']});
     407                        end
    408408
    409                  end
    410                  %}}}
    411                  function LaunchQueueJob(cluster,modelname,dirname,filelist,restart,batch)% {{{
     409                end
     410                %}}}
     411                function LaunchQueueJob(cluster,modelname,dirname,filelist,restart,batch)% {{{
    412412
    413                          %lauch command, to be executed via ssh
    414                          if ~cluster.interactive,
    415                                  if ~isempty(restart)
    416                                          launchcommand=['cd ' cluster.executionpath ' && cd ' dirname ' && qsub ' modelname '.queue '];
    417                                  else
    418                                          launchcommand=['cd ' cluster.executionpath ' && rm -rf ./' dirname ' && mkdir ' dirname ...
    419                                                  ' && cd ' dirname ' && mv ../' dirname '.tar.gz ./ && tar -zxf ' dirname '.tar.gz  && qsub ' modelname '.queue '];
    420                                  end
    421                          else
    422                                  if ~isempty(restart)
    423                                          launchcommand=['cd ' cluster.executionpath '/Interactive' num2str(cluster.interactive)];
    424                                  else
    425                                          if cluster.interactive==10,
    426                                                  launchcommand=['cd ' pwd() '/run && tar -zxf ' dirname '.tar.gz'];
    427                                          else
    428                                                  launchcommand=['cd ' cluster.executionpath '/Interactive' num2str(cluster.interactive) ' && tar -zxf ' dirname '.tar.gz'];
    429                                          end
    430                                  end
    431                          end
     413                        %lauch command, to be executed via ssh
     414                        if ~cluster.interactive,
     415                                if ~isempty(restart)
     416                                        launchcommand=['cd ' cluster.executionpath ' && cd ' dirname ' && qsub ' modelname '.queue '];
     417                                else
     418                                        launchcommand=['cd ' cluster.executionpath ' && rm -rf ./' dirname ' && mkdir ' dirname ...
     419                                                ' && cd ' dirname ' && mv ../' dirname '.tar.gz ./ && tar -zxf ' dirname '.tar.gz  && qsub ' modelname '.queue '];
     420                                end
     421                        else
     422                                if ~isempty(restart)
     423                                        launchcommand=['cd ' cluster.executionpath '/Interactive' num2str(cluster.interactive)];
     424                                else
     425                                        if cluster.interactive==10,
     426                                                launchcommand=['cd ' pwd() '/run && tar -zxf ' dirname '.tar.gz'];
     427                                        else
     428                                                launchcommand=['cd ' cluster.executionpath '/Interactive' num2str(cluster.interactive) ' && tar -zxf ' dirname '.tar.gz'];
     429                                        end
     430                                end
     431                        end
    432432
    433                          disp('launching solution sequence on remote cluster');
    434                          issmssh(cluster.name,cluster.login,cluster.port,launchcommand);
    435                  end
    436                  %}}}
    437                  function Download(cluster,dirname,filelist)% {{{
     433                        disp('launching solution sequence on remote cluster');
     434                        issmssh(cluster.name,cluster.login,cluster.port,launchcommand);
     435                end
     436                %}}}
     437                function Download(cluster,dirname,filelist)% {{{
    438438
    439                          %copy files from cluster to current directory
    440                          if cluster.interactive==10,
    441                                  directory=[pwd() '/run/'];
    442                          elseif ~cluster.interactive,
    443                                  directory=[cluster.executionpath '/' dirname '/'];
    444                          else
    445                                  directory=[cluster.executionpath '/Interactive' num2str(cluster.interactive) '/'];
    446                          end
     439                        %copy files from cluster to current directory
     440                        if cluster.interactive==10,
     441                                directory=[pwd() '/run/'];
     442                        elseif ~cluster.interactive,
     443                                directory=[cluster.executionpath '/' dirname '/'];
     444                        else
     445                                directory=[cluster.executionpath '/Interactive' num2str(cluster.interactive) '/'];
     446                        end
    447447
    448                          if ~cluster.bbftp,
    449                                  issmscpin(cluster.name,cluster.login,cluster.port,directory,filelist);
    450                          else
    451                                  issmbbftpin(cluster.name, cluster.login, cluster.port, cluster.numstreams, directory, filelist);
    452                          end
     448                        if ~cluster.bbftp,
     449                                issmscpin(cluster.name,cluster.login,cluster.port,directory,filelist);
     450                        else
     451                                issmbbftpin(cluster.name, cluster.login, cluster.port, cluster.numstreams, directory, filelist);
     452                        end
    453453
    454                  end %}}}
     454                end %}}}
    455455        end
    456456end

  • ../trunk-jpl/src/m/classes/clusters/pfe.py

     
    3131        self.queue = 'long'
    3232        self.time = 12 * 60
    3333        self.processor = 'wes'
     34        self.srcpath = ''
    3435        self.codepath = ''
    3536        self.executionpath = ''
    3637        self.grouplist = 's1010'
    … …  
    6061        s = "%s\n%s" % (s, fielddisplay(self, 'cpuspernode', 'number of nodes per CPUs'))
    6162        s = "%s\n%s" % (s, fielddisplay(self, 'np', 'number of CPUs'))
    6263        s = "%s\n%s" % (s, fielddisplay(self, 'port', 'machine access port'))
    63         s = "%s\n%s" % (s, fielddisplay(self, 'codepath', 'code path on the cluster'))
    64         s = "%s\n%s" % (s, fielddisplay(self, 'executionpath', 'execution path on the cluster'))
    6564        s = "%s\n%s" % (s, fielddisplay(self, 'queue', 'name of the queue'))
    6665        s = "%s\n%s" % (s, fielddisplay(self, 'time', 'walltime requested'))
    6766        s = "%s\n%s" % (s, fielddisplay(self, 'processor', 'type of processor'))
     67        s = "%s\n%s" % (s, fielddisplay(self, 'codepath', '$ISSM_DIR on pfe'))
     68        s = "%s\n%s" % (s, fielddisplay(self, 'executionpath', 'directory containing issm.exe on pfe'))
    6869        s = "%s\n%s" % (s, fielddisplay(self, 'grouplist', 'name of the group'))
    6970        s = "%s\n%s" % (s, fielddisplay(self, 'interactive', ''))
    7071        s = "%s\n%s" % (s, fielddisplay(self, 'bbftp', ''))
    … …  
    112113        else:
    113114            md = md.checkmessage('unknown processor type, should be ''neh'', ''wes'' or ''har'' or ''ivy''')
    114115
    115     #Miscelaneous
     116        #Miscellaneous
    116117        if not self.login:
    117118            md = md.checkmessage('login empty')
     119        if not self.srcpath:
     120            md = md.checkmessage('srcpath empty')
    118121        if not self.codepath:
    119122            md = md.checkmessage('codepath empty')
    120123        if not self.executionpath:
    … …  
    152155        fid.write('module load mpi-sgi/mpt.2.11r13\n')
    153156        fid.write('export PATH="$PATH:."\n\n')
    154157        fid.write('export MPI_GROUP_MAX=64\n\n')
    155         fid.write('export ISSM_DIR="%s/../ "\n' % self.codepath)
     158        fid.write('export ISSM_DIR="%s"\n' % self.srcpath)
    156159        fid.write('source $ISSM_DIR/etc/environment.sh\n')
     160        fid.write('export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:$ISSM_DIR/externalpackages/petsc/install/lib"\n')
    157161        fid.write('cd %s/%s/ \n\n' % (self.executionpath, dirname))
    158162        fid.write('mpiexec - np %i %s/%s %s %s/%s %s\n' % (self.nprocs(), self.codepath, executable, str(solution), self.executionpath, dirname, modelname))
    159163

  • ../trunk-jpl/src/m/classes/fourierlove.py

     
    6464        self.frequencies = [0]  #Hz
    6565        self.sh_nmax = 256  # .35 degree, 40 km at the equator.
    6666        self.sh_nmin = 1
    67         self.g0 = 10  # m / s^2
    68         self.r0 = 6378e3 #m
    69         self.mu0 = 1e11  # Pa
     67        self.g0 = 9.81 # m/s^2
     68        self.r0 = 6371e3 #m
     69        self.mu0 = 1e11 # Pa
    7070        self.allow_layer_deletion = 1
    7171        self.love_kernels = 0
    7272        self.forcing_type = 11

  • ../trunk-jpl/test/Par/GiaIvinsBenchmarksAB.py

     
    1111from verbose import *
    1212from SetIceSheetBC import *
    1313
     14
    1415rad = 600000.
    1516nv = md.mesh.numberofvertices
    1617if (np.isnan(md.geometry.thickness)):
    … …  
    2021    if (dist <= rad):
    2122        md.geometry.thickness[i] = 2000.0
    2223    else:
    23         md.geometry.thickness[i] = 1.0  # non-zero thickness
     24        md.geometry.thickness[i] = 0
    2425
    2526md.geometry.thickness = md.geometry.thickness.reshape(-1, 1)
    2627md.geometry.base = np.zeros((md.mesh.numberofvertices, 1))

  • ../trunk-jpl/test/Par/GiaIvinsBenchmarksCD.py

     
    11#Geometry specific to Experiments C and D
    2 
    32import inspect
    43import os.path
    54
    … …  
    2221    if (dist <= rad):
    2322        md.geometry.thickness[i] = 3000.0
    2423    else:
    25         md.geometry.thickness[i] = 1.0  # non - zero thickness
     24        md.geometry.thickness[i] = 0
    2625
    2726md.geometry.thickness = md.geometry.thickness.reshape(-1, 1)
    2827md.geometry.base = np.zeros((md.mesh.numberofvertices, 1))

  • ../trunk-jpl/test/NightlyRun/test2001.py

     
    3131#Define loading history (see test2001.m for the description)
    3232md.timestepping.start_time = 2400000  # 2, 400 kyr
    3333md.timestepping.final_time = 2500000  # 2, 500 kyr
    34 md.geometry.thickness = np.vstack((np.hstack((md.geometry.thickness * 0.0, 0.0)),
    35                                    np.hstack((md.geometry.thickness / 2.0, 0.1)),
    36                                    np.hstack((md.geometry.thickness, 0.2)),
    37                                    np.hstack((md.geometry.thickness, 1.0)),
    38                                    np.hstack((md.geometry.thickness, md.timestepping.start_time)))).T
     34md.geometry.thickness = np.array([
     35    np.append(md.geometry.thickness * 0.0, 0.0),
     36    np.append(md.geometry.thickness / 2.0, 0.1),
     37    np.append(md.geometry.thickness, 0.2),
     38    np.append(md.geometry.thickness, 1.0),
     39    np.append(md.geometry.thickness, md.timestepping.start_time)
     40    ]).T
    3941
    4042#Solve for GIA deflection
    4143md.cluster = generic('name', gethostname(), 'np', 3)

  • ../trunk-jpl/test/NightlyRun/test2051.m

     
    2323
    2424% find out elements that have zero loads throughout the loading history.
    2525pos = find(sum(abs(md.geometry.thickness(1:end-1,:)),2)==0);
    26 md.mask.ice_levelset(pos)=1; % no-ice.
     26md.mask.ice_levelset(pos)=1; % no ice
    2727
    2828md.cluster=generic('name',oshostname(),'np',3);
    2929md.verbose=verbose('1111111');
    … …  
    3737
    3838%Test Name: GiaIvinsBenchmarksAB2dA2
    3939%% different evaluation time. {{{
    40 md.timestepping.start_time=2005100; % after 5 kyr of deglaciation 
    41 md.geometry.thickness(end,end) = md.timestepping.start_time; 
     40md.timestepping.start_time=2005100; % after 5 kyr of deglaciation
     41md.geometry.thickness(end,end) = md.timestepping.start_time;
    4242
    4343md=solve(md,'Gia');
    4444

  • ../trunk-jpl/test/NightlyRun/test2053.m

     
    88md.gia.cross_section_shape=2;    % for elliptical edge 
    99
    1010% evaluation time (termed start_time)
    11 md.timestepping.start_time=0.3;     % for t \approx 0 kyr : to get eleastic response!   
     11md.timestepping.start_time=0.3;     % for t \approx 0 kyr : to get elastic response!   
    1212md.timestepping.final_time=2500000; % 2,500 kyr
    1313
    1414%% define loading history {{{
    … …  
    2222
    2323% find out elements that have zero loads throughout the loading history.
    2424pos = find(sum(abs(md.geometry.thickness(1:end-1,:)),2)==0);
    25 md.mask.ice_levelset(pos)=1; % no-ice.
     25md.mask.ice_levelset(pos)=1; % no ice
    2626
    2727md.cluster=generic('name',oshostname(),'np',3);
    2828md.verbose=verbose('1111111');

  • ../trunk-jpl/test/NightlyRun/test2051.py

     
    1 #Test Name: GiaIvinsBenchmarksAB2dA1
     1#Test Name: GiaIvinsBenchmarksAB2dA
    22from socket import gethostname
    33
    44import numpy as np
    … …  
    1616md = parameterize(md, '../Par/GiaIvinsBenchmarksAB.py')
    1717
    1818# indicate what you want to compute
    19 md.gia.cross_section_shape = 1  # for square-edged x - section
     19md.gia.cross_section_shape = 1  # for square-edged x-section
    2020
    21 # define loading history
     21# evaluation time (termed start_time)
    2222md.timestepping.start_time = 2002100  # after 2 kyr of deglaciation
    23 md.timestepping.final_time = 2500000  # 2, 500 kyr
    24 md.geometry.thickness = np.array([np.append(md.geometry.thickness * 0.0, 0.0),
    25                                   np.append(md.geometry.thickness, 1000),
    26                                   np.append(md.geometry.thickness, 2000000),
    27                                   np.append(md.geometry.thickness * 0.0, 2000100),
    28                                   np.append(md.geometry.thickness * 0.0, md.timestepping.start_time)]).T
     23md.timestepping.final_time = 2500000  # 2,500 kyr
    2924
    30 # solve for GIA deflection
     25# define loading history
     26md.geometry.thickness = np.array([
     27    np.append(md.geometry.thickness * 0.0, 0.0),
     28    np.append(md.geometry.thickness, 1000),
     29    np.append(md.geometry.thickness, 2000000),
     30    np.append(md.geometry.thickness * 0.0, 2000100),
     31    np.append(md.geometry.thickness * 0.0, md.timestepping.start_time)
     32    ]).T
     33
     34# find out the elements that have zero loads throughout the loading history
     35pos = np.where(np.abs(md.geometry.thickness[0:-2, :].sum(axis=1)) == 0)[0]
     36md.mask.ice_levelset[pos] = 1 # no ice
     37
    3138md.cluster = generic('name', gethostname(), 'np', 3)
    3239md.verbose = verbose('1111111')
     40
     41# solve for GIA deflection
    3342md = solve(md, 'Gia')
    3443
    35 #Fields and tolerances to track changes
    36 field_names = ['UGia', 'UGiaRate']
    37 field_tolerances = [1e-13, 1e-13]
    38 field_values = [md.results.GiaSolution.UGia, md.results.GiaSolution.UGiaRate]
     44# Test Name: GiaIvinsBenchmarksAB2dA1
     45U_AB2dA1 = md.results.GiaSolution.UGia
     46URate_AB2dA1 = md.results.GiaSolution.UGiaRate
     47
     48# Test Name: GiaIvinsBenchmarksAB2dA2
     49# different evaluation time # {{{
     50md.timestepping.start_time = 2005100 # after 5 kyr of deglaciation
     51md.geometry.thickness[-1, -1] = md.timestepping.start_time
     52
     53md = solve(md, 'Gia')
     54
     55U_AB2dA2 = md.results.GiaSolution.UGia
     56URate_AB2dA2 = md.results.GiaSolution.UGiaRate
     57# }}}
     58
     59# Test Name: GiaIvinsBenchmarksAB2dA3
     60# different evaluation time # {{{
     61md.timestepping.start_time = 2010100 # after 10 kyr of deglaciation
     62md.geometry.thickness[-1, -1] = md.timestepping.start_time
     63
     64md = solve(md, 'Gia')
     65
     66U_AB2dA3 = md.results.GiaSolution.UGia
     67URate_AB2dA3 = md.results.GiaSolution.UGiaRate
     68# }}}
     69
     70# Fields and tolerances to track changes
     71field_names = ['U_AB2dA1','URate_AB2dA1','U_AB2dA2','URate_AB2dA2','U_AB2dA3','URate_AB2dA3']
     72field_tolerances = [1e-13, 1e-13, 1e-13, 1e-13, 1e-13, 1e-13]
     73field_values = [U_AB2dA1, URate_AB2dA1, U_AB2dA2, URate_AB2dA2, U_AB2dA3, URate_AB2dA3]

  • ../trunk-jpl/test/NightlyRun/test2052.py

     
    1 #Test Name: GiaIvinsBenchmarksAB2dC1
     1#Test Name: GiaIvinsBenchmarksAB2dC
    22from socket import gethostname
    33
    44import numpy as np
    … …  
    1010from triangle import *
    1111
    1212
    13 #Benchmark experiments (Figure A2c Ivins and James, 1999, Geophys. J. Int.)
    14 md = triangle(model(), '../Exp/RoundFrontEISMINT.exp', 200000)
     13# Benchmark experiments (Figure A2a Ivins and James, 1999, Geophys. J. Int.)
     14md = triangle(model(), '../Exp/RoundFrontEISMINT.exp', 200000.)
    1515md = setmask(md, '', '')
    1616md = parameterize(md, '../Par/GiaIvinsBenchmarksCD.py')
    1717
    18 #indicate what you want to compute
     18# indicate what you want to compute
    1919md.gia.cross_section_shape = 1  # for square-edged x-section
    2020
    21 #define loading history
    22 md.timestepping.start_time = 0.3  # for t \approx 0 kyr : to get eleastic response!
     21# evaluation time (termed start_time)
     22md.timestepping.start_time = 0.3  # for t \approx 0 kyr : to get elastic response!
    2323md.timestepping.final_time = 2500000  # 2,500 kyr
    24 md.geometry.thickness = np.array([np.append(md.geometry.thickness * 0.0, 0.0),
    25                                   np.append(md.geometry.thickness / 2.0, 0.1),
    26                                   np.append(md.geometry.thickness, 0.2),
    27                                   np.append(md.geometry.thickness, md.timestepping.start_time)]).T
    2824
    29 #solve for GIA deflection
     25# define loading history
     26md.geometry.thickness = np.array([
     27    np.append(md.geometry.thickness * 0.0, 0.0),
     28    np.append(md.geometry.thickness / 2.0, 0.1),
     29    np.append(md.geometry.thickness, 0.2),
     30    np.append(md.geometry.thickness, md.timestepping.start_time)
     31    ]).T
     32
     33# find out elements that have zero loads throughout the loading history
     34pos = np.where(np.abs(md.geometry.thickness[0:-2, :].sum(axis=1)) == 0)[0]
     35md.mask.ice_levelset[pos] = 1 # no ice
     36
    3037md.cluster = generic('name', gethostname(), 'np', 3)
    3138md.verbose = verbose('1111111')
     39
     40# solve for GIA deflection
    3241md = solve(md, 'Gia')
    3342
    34 #Fields and tolerances to track changes
    35 field_names = ['UGia', 'UGiaRate']
    36 field_tolerances = [1e-13, 1e-13]
    37 field_values = [md.results.GiaSolution.UGia, md.results.GiaSolution.UGiaRate]
     43# Test Name: GiaIvinsBenchmarksAB2dC1
     44U_AB2dC1 = md.results.GiaSolution.UGia
     45URate_AB2dC1 = md.results.GiaSolution.UGiaRate
     46
     47# Test Name: GiaIvinsBenchmarksAB2dC2
     48# different evaluation time # {{{
     49md.timestepping.start_time = 1000.3 # for t \approx 1 kyr
     50md.geometry.thickness[-1, -1] = md.timestepping.start_time
     51
     52md = solve(md, 'Gia')
     53
     54U_AB2dC2 = md.results.GiaSolution.UGia
     55URate_AB2dC2 = md.results.GiaSolution.UGiaRate
     56# }}}
     57
     58# Test Name: GiaIvinsBenchmarksAB2dC3
     59# different evaluation time # {{{
     60md.timestepping.start_time = 2400000 # for t \approx \infty
     61md.geometry.thickness[-1, -1] = md.timestepping.start_time
     62
     63md = solve(md, 'Gia')
     64
     65U_AB2dC3 = md.results.GiaSolution.UGia
     66URate_AB2dC3 = md.results.GiaSolution.UGiaRate
     67# }}}
     68
     69# Fields and tolerances to track changes
     70field_names = ['U_AB2dC1', 'URate_AB2dC1', 'U_AB2dC2', 'URate_AB2dC2', 'U_AB2dC3', 'URate_AB2dC3']
     71field_tolerances = [1e-13, 1e-13, 1e-13, 1e-13, 1e-13, 1e-13]
     72field_values = [U_AB2dC1, URate_AB2dC1, U_AB2dC2, URate_AB2dC2, U_AB2dC3, URate_AB2dC3]

  • ../trunk-jpl/test/NightlyRun/test2053.py

     
    1 #Test Name: GiaIvinsBenchmarksAB2dD1
     1#Test Name: GiaIvinsBenchmarksAB2dD
    22from socket import gethostname
    33
    44import numpy as np
    … …  
    1010from triangle import *
    1111
    1212
    13 #Benchmark experiments (Figure A2c Ivins and James, 1999, Geophys. J. Int.)
     13# Benchmark experiments (Figure A2a Ivins and James, 1999, Geophys. J. Int.)
    1414md = triangle(model(), '../Exp/RoundFrontEISMINT.exp', 200000)
    1515md = setmask(md, '', '')
    1616md = parameterize(md, '../Par/GiaIvinsBenchmarksCD.py')
    1717
    18 #indicate what you want to compute
    19 md.gia.cross_section_shape = 2  # for square-edged x - section
     18# indicate what you want to compute
     19md.gia.cross_section_shape = 2  # for elliptical edge
    2020
    21 #define loading history
    22 md.timestepping.start_time = 0.3  # for t \approx 0 kyr : to get eleastic response!
    23 md.timestepping.final_time = 2500000  # 2, 500 kyr
    24 md.geometry.thickness = np.array([np.append(md.geometry.thickness * 0.0, 0.0),
    25                                   np.append(md.geometry.thickness / 2.0, 0.1),
    26                                   np.append(md.geometry.thickness, 0.2),
    27                                   np.append(md.geometry.thickness, md.timestepping.start_time)]).T
     21# evaluation time (termed start_time)
     22md.timestepping.start_time = 0.3  # for t \approx 0 kyr : to get elastic response!
     23md.timestepping.final_time = 2500000  # 2,500 kyr
    2824
    29 #solve for GIA deflection
     25# define loading history
     26md.geometry.thickness = np.array([
     27    np.append(md.geometry.thickness * 0.0, 0.0),
     28    np.append(md.geometry.thickness / 2.0, 0.1),
     29    np.append(md.geometry.thickness, 0.2),
     30    np.append(md.geometry.thickness, md.timestepping.start_time)
     31    ]).T
     32
     33# find out elements that have zero loads throughout the loading history
     34pos = np.where(np.abs(md.geometry.thickness[0:-2, :].sum(axis=1)) == 0)[0]
     35md.mask.ice_levelset[pos] = 1 # no ice
     36
    3037md.cluster = generic('name', gethostname(), 'np', 3)
    3138md.verbose = verbose('1111111')
     39
     40# solve for GIA deflection
    3241md = solve(md, 'Gia')
    3342
    34 #Fields and tolerances to track changes
    35 field_names = ['UGia', 'UGiaRate']
    36 field_tolerances = [1e-13, 1e-13]
    37 field_values = [md.results.GiaSolution.UGia, md.results.GiaSolution.UGiaRate]
     43# Test Name: GiaIvinsBenchmarksAB2dD1
     44U_AB2dD1 = md.results.GiaSolution.UGia
     45URate_AB2dD1 = md.results.GiaSolution.UGiaRate
     46
     47# Test Name: GiaIvinsBenchmarksAB2dD2
     48# different evaluation time # {{{
     49md.timestepping.start_time = 1000.3 # for t \approx 1 kyr
     50md.geometry.thickness[-1, -1] = md.timestepping.start_time
     51
     52md = solve(md, 'Gia')
     53
     54U_AB2dD2 = md.results.GiaSolution.UGia
     55URate_AB2dD2 = md.results.GiaSolution.UGiaRate
     56# }}}
     57
     58# Test Name: GiaIvinsBenchmarksAB2dD3
     59# different evaluation time # {{{
     60md.timestepping.start_time = 2400000 # for t \approx \infty
     61md.geometry.thickness[-1, -1] = md.timestepping.start_time
     62
     63md = solve(md, 'Gia')
     64
     65U_AB2dD3 = md.results.GiaSolution.UGia
     66URate_AB2dD3 = md.results.GiaSolution.UGiaRate
     67# }}}
     68
     69# Fields and tolerances to track changes
     70field_names = ['U_AB2dD1', 'URate_AB2dD1', 'U_AB2dD2', 'URate_AB2dD2', 'U_AB2dD3', 'URate_AB2dD3']
     71field_tolerances = [1e-13, 1e-13, 1e-13, 1e-13, 1e-13, 1e-13]
     72field_values = [U_AB2dD1, URate_AB2dD1, U_AB2dD2, URate_AB2dD2, U_AB2dD3, URate_AB2dD3]
     73

  • ../trunk-jpl/src/m/solve/WriteData.py

     
     1from copy import deepcopy
    12from struct import pack, error
    23import numpy as np
    34import pairoptions
    … …  
    3839    #               data = full(data)
    3940    #       end
    4041
     42    # Always make a copy of the the data so that we do not accidently overwrite
     43    # any model fields.
     44    data = deepcopy(data)
     45
    4146    #Scale data if necesarry
    4247    if options.exist('scale'):
    4348        data = np.array(data)
    … …  
    147152    # }}}
    148153
    149154    elif datatype == 'DoubleMat':  # {{{
    150 
    151155        if isinstance(data, (bool, int, float)):
    152156            data = np.array([data])
    153157        elif isinstance(data, (list, tuple)):
    … …  
    170174        try:
    171175            fid.write(pack('q', recordlength))
    172176        except error as Err:
    173             raise ValueError('Field {} can not be marshaled, {}, with "number" the lenght of the record.'.format(name, Err))
     177            raise ValueError('Field {} can not be marshaled, {}, with "number" the length of the record.'.format(name, Err))
    174178
    175179    #write data code and matrix type:
    176180        fid.write(pack('i', FormatToCode(datatype)))

  • ../trunk-jpl/src/m/solve/parseresultsfromdisk.py

     
    1717    try:
    1818        fid = open(filename, 'rb')
    1919    except IOError as e:
    20         raise IOError("loadresultsfromdisk error message: could not open '{}' for binary reading.".format(filename))
     20        raise IOError("parseresultsfromdisk error message: could not open {} for binary reading".format(filename))
    2121
    2222    #initialize results:
    2323    saveres = []
    … …  
    242242            nlayer = md.materials.numlayers
    243243            degmax = md.love.sh_nmax
    244244            nfreq = md.love.nfreq
    245             #for numpy 1.8 + only
    246             #temp_field = np.full((degmax + 1, nfreq, nlayer + 1, 6), 0.0)
     245            r0 = md.love.r0
     246            g0 = md.love.g0
     247            mu0 = md.love.mu0
     248            rr = md.materials.radius
     249            rho = md.materials.density
     250            rho_avg = (rho * np.diff(np.power(rr, 3), n=1, axis=0)) / np.diff(np.power(rr, 3).sum()).sum()
    247251            temp_field = np.empty((degmax + 1, nfreq, nlayer + 1, 6))
    248252            temp_field.fill(0.0)
    249253            for ii in range(degmax + 1):
    250254                for jj in range(nfreq):
    251255                    for kk in range(nlayer + 1):
    252                         ll = ii * (nlayer + 1) * 6 + (kk * 6 + 1)
    253                         for mm in range(6):
    254                             temp_field[ii, jj, kk, mm] = field[ll + mm - 1, jj]
     256                        if kk < nlayer + 1:
     257                            ll = ii * (nlayer + 1) * 6 + (kk * 6 + 1) + 3
     258                            temp_field[ii, jj, kk, 0] = field[ll + (1 - 1), jj] * r0        # mm = 4
     259                            temp_field[ii, jj, kk, 1] = field[ll + (2 - 1), jj] * mu0       # mm = 5
     260                            temp_field[ii, jj, kk, 2] = field[ll + (3 - 1), jj] * r0        # mm = 6
     261                            temp_field[ii, jj, kk, 3] = field[ll + (4 - 1), jj] * mu0       # mm = 1
     262                            temp_field[ii, jj, kk, 4] = field[ll + (5 - 1), jj] * r0 * g0   # mm = 2
     263                            temp_field[ii, jj, kk, 5] = field[ll + (6 - 1), jj] * g0        # mm = 3
     264                            print(temp_field)
     265                        else: # surface
     266                            ll = ii * (nlayer + 1) * 6 - 2
     267                            temp_field[ii, jj, kk, 0] = field[ll + (1 - 1), jj] * r0
     268                            temp_field[ii, jj, kk, 2] = field[ll + (2 - 1), jj] * r0
     269                            temp_field[ii, jj, kk, 4] = field[ll + (3 - 1), jj] * r0 * g0
     270                            # surface BC
     271                            temp_field[ii, jj, kk, 3] = 0
     272                            if md.love.forcing_type == 9:
     273                                temp_field[ii, jj, kk, 1] = 0
     274                                temp_field[ii, jj, kk, 5] = (2 * ii - 1) / r0 - ii * field[ll + (3 - 1), jj] * g0
     275                            elif md.love.forcing_type == 11:
     276                                temp_field[ii, jj, kk, 1] = -(2 * (ii - 1) + 1) * rho_avg / 3
     277                                temp_field[ii, jj, kk, 5] = (2 * ii - 1) / r0 - ii * field[ll + (3 - 1), jj] * g0
    255278            field = temp_field
    256279
    257280        if time != -9999:

  • ../trunk-jpl/src/m/solve/parseresultsfromdisk.m

     
    270270        end
    271271        result.step=step;
    272272        result.field=field;
    273 
    274273end
    275274% }}}
    276275function result=ReadDataDimensions(fid) % {{{

  • ../trunk-jpl/src/m/solve/marshall.py

     
    55    '''
    66    MARSHALL - outputs a compatible binary file from @model md, for certain solution type.
    77
    8        The routine creates a compatible binary file from @model md
    9        This binary file will be used for parallel runs in JPL - package
     8        The routine creates a compatible binary file from @model md
     9        This binary file will be used for parallel runs in JPL-package
    1010
    11        Usage:
    12           marshall(md)
     11        Usage:
     12            marshall(md)
    1313    '''
    1414    if md.verbose.solution:
    1515        print("marshalling file {}.bin".format(md.miscellaneous.name))

  • ../trunk-jpl/src/m/classes/geometry.m

     
    8989
    9090                end % }}}
    9191                function marshall(self,prefix,md,fid) % {{{
     92                        disp(md.geometry.thickness)
    9293                        WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','surface','format','DoubleMat','mattype',1);
    9394                        WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','thickness','format','DoubleMat','mattype',1,'timeserieslength',md.mesh.numberofvertices+1,'yts',md.constants.yts);
     95                        disp(md.geometry.thickness)
     96                        pause
    9497                        WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','base','format','DoubleMat','mattype',1);
    9598                        WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','bed','format','DoubleMat','mattype',1);
    9699                        WriteData(fid,prefix,'object',self,'fieldname','hydrostatic_ratio','format','DoubleMat','mattype',1);

  • ../trunk-jpl/test/NightlyRun/test2052.m

     
    88md.gia.cross_section_shape=1;    % for square-edged x-section
    99
    1010% evaluation time (termed start_time)
    11 md.timestepping.start_time=0.3;     % for t \approx 0 kyr : to get eleastic response!   
     11md.timestepping.start_time=0.3;     % for t \approx 0 kyr: to get elastic response!
    1212md.timestepping.final_time=2500000; % 2,500 kyr
    1313
    1414%% define loading history {{{
    … …  
    2222
    2323% find out elements that have zero loads throughout the loading history.
    2424pos = find(sum(abs(md.geometry.thickness(1:end-1,:)),2)==0);
    25 md.mask.ice_levelset(pos)=1; % no-ice.
     25md.mask.ice_levelset(pos)=1; % no ice
    2626
    2727md.cluster=generic('name',oshostname(),'np',3);
    2828md.verbose=verbose('1111111');
    … …  
    3030%% solve for GIA deflection
    3131md=solve(md,'Gia');
    3232
     33pause
     34
    3335%Test Name: GiaIvinsBenchmarksAB2dC1
    3436U_AB2dC1 = md.results.GiaSolution.UGia;
    35 URate_AB2dC1 = md.results.GiaSolution.UGiaRate; 
     37URate_AB2dC1 = md.results.GiaSolution.UGiaRate;
    3638
    3739%Test Name: GiaIvinsBenchmarksAB2dC2
    3840%% different evaluation time. {{{
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.