source: issm/oecreview/Archive/11991-12009/ISSM-11996-11997.diff@ 28275

Last change on this file since 28275 was 12325, checked in by Eric.Larour, 13 years ago

11990 to 12321 oec compliance
File size: 12.4 KB

  • proj/ice/larour/issm-uci-clean/trunk-jpl/src/mex/Makefile.am

     
    22EXEEXT=$(WRAPPEREXT)
    33#Bin programs {{{1
    44
    5 if NOSERIAL
    6 bin_PROGRAMS =
    7 else
     5if MODULES
    86if MATLAB
    9 bin_PROGRAMS = AverageFilter\
    10                                 AddExternalResult\
     7bin_PROGRAMS =  AverageFilter\
    118                                BamgMesher\
    129                                BamgConvertMesh\
    1310                                BamgTriangulate\
    1411                                Chaco\
    15                                 ComputeBasalStress\
    16                                 ConfigureObjects \
    17                                 ControlOptimization\
    18                                 ControlInputGetGradient\
    19                                 ControlInputScaleGradient\
    20                                 ControlInputSetGradient\
    2112                                ContourToMesh \
    2213                                ContourToNodes \
    23                                 CostFunction \
    24                                 CreateNodalConstraints\
    25                                 CreateJacobianMatrix\
    26                                 Echo\
    2714                                ElementConnectivity\
    2815                                EnumToString\
    2916                                StringToEnum\
    30                                 InputControlUpdate \
    31                                 InputConvergence\
    32                                 GetSolutionFromInputs\
    33                                 GetVectorFromInputs\
    34                                 Gradj\
    35                                 GroundinglineMigration\
    3617                                HoleFiller \
    37                                 InputDuplicate\
    38                                 InputScale\
    39                                 InputToResult\
    4018                                InternalFront\
    4119                                InterpFromGridToMesh \
    4220                                InterpFromMeshToMesh2d \
    … …  
    5028                                Ll2xy \
    5129                                Exp2Kml \
    5230                                Kml2Exp \
    53                                 Mergesolutionfromftog\
    5431                                MeshPartition\
    5532                                MeshProfileIntersection\
    56                                 ModelProcessor \
    57                                 NodeConnectivity\
    58                                 NodesDof\
    59                                 Orth\
    60                                 OutputResults\
    61                                 ParsePetscOptions\
    62                                 ConstraintsState\
    6333                                PointCloudFindNeighbors\
    6434                                PropagateFlagsFromConnectivity\
    65                                 ProcessParams\
    66                                 Reduceload\
    67                                 Reducevectorgtos\
    68                                 Reducevectorgtof\
    69                                 Response\
    70                                 ResetCoordinateSystem\
    7135                                Scotch\
    72                                 Solver\
    73                                 SparseToVector\
    74                                 SpcNodes\
    7536                                Shp2Kml\
    76                                 UpdateConstraints\
    77                                 SurfaceArea\
    78                                 SystemMatrices\
    79                                 TimeAdapt\
    8037                                TriaSearch\
    8138                                TriMesh\
    8239                                TriMeshRifts\
    8340                                TriMeshNoDensity\
    8441                                TriMeshProcessRifts\
    85                                 TriMeshRefine\
    86                                 InputUpdateFromConstant\
    87                                 InputUpdateFromSolution\
    88                                 InputUpdateFromVector\
    89                                 UpdateVertexPositions\
    90                                 UpdateDynamicConstraints\
    91                                 VerticesDof
     42                                TriMeshRefine
    9243endif
    9344if PYTHON
    9445bin_PROGRAMS = TriMesh
    9546endif
    9647endif
    9748#}}}
    98 #Dakota programs {{{1
    99 if NOSERIAL
    100 bin_PROGRAMS +=
    101 else
    102 if DAKOTA
    103 if MATLAB
    104 bin_PROGRAMS += DakotaResponses\
    105                                 Dakota\
    106                                 InputUpdateFromDakota
    107 endif
    108 endif
    109 endif
    110 #}}}
    11149#Flags and libraries {{{1
    112 LDADD = ../c/libISSM.a $(TRIANGLELIB) $(PETSCLIB) $(FLIBS) $(PLAPACKLIB) $(MUMPSLIB) $(SCALAPACKLIB) $(BLACSLIB) $(HYPRELIB) $(MLLIB) $(DAKOTALIB) $(METISLIB) $(CHACOLIB) $(SCOTCHLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(MATHLIB) $(FORTRANLIB) $(GRAPHICSLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(SHAPELIBLIB) $(GSLLIB)
     50LDADD = ../c/libISSMCore.a ../c/libISSMModules.a $(TRIANGLELIB) $(PETSCLIB) $(FLIBS) $(PLAPACKLIB) $(MUMPSLIB) $(SCALAPACKLIB) $(BLACSLIB) $(HYPRELIB) $(MLLIB) $(DAKOTALIB) $(METISLIB) $(CHACOLIB) $(SCOTCHLIB) $(BLASLAPACKLIB) $(MPILIB) $(MATHLIB) $(FORTRANLIB) $(GRAPHICSLIB) $(MULTITHREADINGLIB) $(SHAPELIBLIB) $(GSLLIB)
    11351
    114 #Initialize
    115 AM_CXXFLAGS = -D_SERIAL_
     52#Triangle library
     53AM_CXXFLAGS =  -DTRILIBRARY -DANSI_DECLARATORS -DNO_TIMER
    11654
    11755if MATLAB
    118 AM_LDFLAGS   = $(MEXLINK)
     56AM_LDFLAGS  = $(MEXLINK)
    11957AM_CXXFLAGS +=  -DMATLAB  -D_GNU_SOURCE -fPIC -fno-omit-frame-pointer -pthread
    120 LDADD       += $(MEXLIB)
     58LDADD       += $(MEXLIB) ../c/libISSMMatlab.a
    12159
    12260endif
    12361
    12462if PYTHON
    12563AM_LDFLAGS  = $(PYTHONLINK)
    126 AM_CXXFLAGS+=  -DNPY_NO_DEPRECATED_API
    127 LDADD      += $(BOOSTLIB) $(PYTHONLIB)
     64AM_CXXFLAGS +=  -DNPY_NO_DEPRECATED_API
     65LDADD       += $(BOOSTLIB) $(PYTHONLIB) ../c/libISSMPython.a
    12866endif
    12967
    13068
    131 #Triangle library
    132 AM_CXXFLAGS +=  -DTRILIBRARY -DANSI_DECLARATORS -DNO_TIMER
    133 
    13469#Optimization flags:
    13570AM_CXXFLAGS += $(CXXOPTFLAGS)
    13671#}}}
    13772#Bin sources {{{1
    138 AddExternalResult_SOURCES = AddExternalResult/AddExternalResult.cpp\
    139                                         AddExternalResult/AddExternalResult.h
     73AverageFilter_SOURCES = AverageFilter/AverageFilter.cpp\
     74                          AverageFilter/AverageFilter.h
    14075
    14176BamgMesher_SOURCES = BamgMesher/BamgMesher.cpp\
    14277                                        BamgMesher/BamgMesher.h
    … …  
    15085Chaco_SOURCES = Chaco/Chaco.cpp\
    15186                                        Chaco/Chaco.h
    15287
    153 ComputeBasalStress_SOURCES = ComputeBasalStress/ComputeBasalStress.cpp\
    154                                                                   ComputeBasalStress/ComputeBasalStress.h
    155 
    156 ConfigureObjects_SOURCES = ConfigureObjects/ConfigureObjects.cpp\
    157                           ConfigureObjects/ConfigureObjects.h
    158 
    15988ContourToMesh_SOURCES = ContourToMesh/ContourToMesh.cpp\
    16089                          ContourToMesh/ContourToMesh.h
    16190
    16291ContourToNodes_SOURCES = ContourToNodes/ContourToNodes.cpp\
    16392                          ContourToNodes/ContourToNodes.h
    16493
    165 ControlOptimization_SOURCES = ControlOptimization/ControlOptimization.cpp\
    166                           ControlOptimization/ControlOptimization.h
    167 
    168 ControlInputGetGradient_SOURCES = ControlInputGetGradient/ControlInputGetGradient.cpp\
    169                                                                                 ControlInputGetGradient/ControlInputGetGradient.h
    170 
    171 ControlInputScaleGradient_SOURCES = ControlInputScaleGradient/ControlInputScaleGradient.cpp\
    172                                                                                          ControlInputScaleGradient/ControlInputScaleGradient.h
    173 
    174 ControlInputSetGradient_SOURCES = ControlInputSetGradient/ControlInputSetGradient.cpp\
    175                           ControlInputSetGradient/ControlInputSetGradient.h
    176 
    177 InputControlUpdate_SOURCES = InputControlUpdate/InputControlUpdate.cpp\
    178                                                                                   InputControlUpdate/InputControlUpdate.h
    179 
    180 InputConvergence_SOURCES = InputConvergence/InputConvergence.cpp\
    181                           InputConvergence/InputConvergence.h
    182 
    183 CostFunction_SOURCES =  CostFunction/CostFunction.cpp \
    184                                                 CostFunction/CostFunction.h
    185 
    186 CreateNodalConstraints_SOURCES =  CreateNodalConstraints/CreateNodalConstraints.cpp \
    187                                                                 CreateNodalConstraints/CreateNodalConstraints.h
    188 
    189 NodesDof_SOURCES = NodesDof/NodesDof.cpp\
    190                           NodesDof/NodesDof.h
    191 
    192 Echo_SOURCES = Echo/Echo.cpp\
    193                           Echo/Echo.h
    194 
    19594ElementConnectivity_SOURCES = ElementConnectivity/ElementConnectivity.cpp\
    19695                          ElementConnectivity/ElementConnectivity.h
    19796
    … …  
    201100StringToEnum_SOURCES = StringToEnum/StringToEnum.cpp\
    202101                          StringToEnum/StringToEnum.h
    203102
    204 GetSolutionFromInputs_SOURCES = GetSolutionFromInputs/GetSolutionFromInputs.cpp\
    205                           GetSolutionFromInputs/GetSolutionFromInputs.h
    206 
    207 GetVectorFromInputs_SOURCES = GetVectorFromInputs/GetVectorFromInputs.cpp\
    208                           GetVectorFromInputs/GetVectorFromInputs.h
    209 
    210 Gradj_SOURCES = Gradj/Gradj.cpp\
    211                           Gradj/Gradj.h
    212 
    213 GroundinglineMigration_SOURCES = GroundinglineMigration/GroundinglineMigration.cpp\
    214                           GroundinglineMigration/GroundinglineMigration.h
    215 
    216103HoleFiller_SOURCES = HoleFiller/HoleFiller.cpp\
    217104                          HoleFiller/HoleFiller.h
    218105
    219 InputDuplicate_SOURCES = InputDuplicate/InputDuplicate.cpp\
    220                           InputDuplicate/InputDuplicate.h
    221 
    222 InputScale_SOURCES = InputScale/InputScale.cpp\
    223                           InputScale/InputScale.h
    224 
    225 InputToResult_SOURCES = InputToResult/InputToResult.cpp\
    226                           InputToResult/InputToResult.h
    227 
    228106InternalFront_SOURCES = InternalFront/InternalFront.cpp\
    229107                                                                                 InternalFront/InternalFront.h
    230108
    … …  
    264142Kml2Exp_SOURCES = Kml2Exp/Kml2Exp.cpp\
    265143                          Kml2Exp/Kml2Exp.h
    266144
    267 AverageFilter_SOURCES = AverageFilter/AverageFilter.cpp\
    268                           AverageFilter/AverageFilter.h
    269 
    270 Mergesolutionfromftog_SOURCES = Mergesolutionfromftog/Mergesolutionfromftog.cpp\
    271                           Mergesolutionfromftog/Mergesolutionfromftog.h
    272 
    273145MeshPartition_SOURCES = MeshPartition/MeshPartition.cpp\
    274146                          MeshPartition/MeshPartition.h
    275147
    276148MeshProfileIntersection_SOURCES = MeshProfileIntersection/MeshProfileIntersection.cpp\
    277149                          MeshProfileIntersection/MeshProfileIntersection.h
    278150
    279 ModelProcessor_SOURCES =  ModelProcessor/ModelProcessor.cpp \
    280                                                   ModelProcessor/ModelProcessor.h
    281 
    282 NodeConnectivity_SOURCES = NodeConnectivity/NodeConnectivity.cpp\
    283                           NodeConnectivity/NodeConnectivity.h
    284 
    285 Orth_SOURCES = Orth/Orth.cpp\
    286                           Orth/Orth.h
    287 
    288 OutputResults_SOURCES = OutputResults/OutputResults.cpp\
    289                           OutputResults/OutputResults.h
    290 
    291 ConstraintsState_SOURCES = ConstraintsState/ConstraintsState.cpp\
    292                           ConstraintsState/ConstraintsState.h
    293 
    294151PointCloudFindNeighbors_SOURCES = PointCloudFindNeighbors/PointCloudFindNeighbors.cpp\
    295152                          PointCloudFindNeighbors/PointCloudFindNeighbors.h
    296153
    297 ProcessParams_SOURCES = ProcessParams/ProcessParams.cpp\
    298                           ProcessParams/ProcessParams.h
    299 
    300154PropagateFlagsFromConnectivity_SOURCES = PropagateFlagsFromConnectivity/PropagateFlagsFromConnectivity.cpp\
    301155                          PropagateFlagsFromConnectivity/PropagateFlagsFromConnectivity.h
    302156
    303 Reduceload_SOURCES = Reduceload/Reduceload.cpp\
    304                           Reduceload/Reduceload.h
    305 
    306 Reducevectorgtos_SOURCES = Reducevectorgtos/Reducevectorgtos.cpp\
    307                           Reducevectorgtos/Reducevectorgtos.h
    308 
    309 Reducevectorgtof_SOURCES = Reducevectorgtof/Reducevectorgtof.cpp\
    310                                                                         Reducevectorgtof/Reducevectorgtof.h
    311 
    312 Response_SOURCES = Response/Response.cpp\
    313                                                                         Response/Response.h
    314 
    315 ResetCoordinateSystem_SOURCES = ResetCoordinateSystem/ResetCoordinateSystem.cpp\
    316                                                  ResetCoordinateSystem/ResetCoordinateSystem.h
    317 
    318157Scotch_SOURCES = Scotch/Scotch.cpp\
    319158                          Scotch/Scotch.h
    320159
    321 Solver_SOURCES = Solver/Solver.cpp\
    322                           Solver/Solver.h
    323 
    324 SparseToVector_SOURCES = SparseToVector/SparseToVector.cpp\
    325                           SparseToVector/SparseToVector.h
    326 
    327 SpcNodes_SOURCES = SpcNodes/SpcNodes.cpp\
    328                           SpcNodes/SpcNodes.h
    329 
    330160Shp2Kml_SOURCES = Shp2Kml/Shp2Kml.cpp\
    331161                          Shp2Kml/Shp2Kml.h
    332162
    333 UpdateConstraints_SOURCES = UpdateConstraints/UpdateConstraints.cpp\
    334                           UpdateConstraints/UpdateConstraints.h
    335 
    336 SystemMatrices_SOURCES = SystemMatrices/SystemMatrices.cpp\
    337                           SystemMatrices/SystemMatrices.h
    338 
    339 
    340 CreateJacobianMatrix_SOURCES = CreateJacobianMatrix/CreateJacobianMatrix.cpp\
    341                                                                  CreateJacobianMatrix/CreateJacobianMatrix.h
    342 
    343 SurfaceArea_SOURCES = SurfaceArea/SurfaceArea.cpp\
    344                                                                  SurfaceArea/SurfaceArea.h
    345 
    346 TimeAdapt_SOURCES = TimeAdapt/TimeAdapt.cpp\
    347                           TimeAdapt/TimeAdapt.h
    348 
    349163TriaSearch_SOURCES = TriaSearch/TriaSearch.cpp\
    350164                          TriaSearch/TriaSearch.h
    351165
    … …  
    364178TriMeshRefine_SOURCES = TriMeshRefine/TriMeshRefine.cpp\
    365179                          TriMeshRefine/TriMeshRefine.h
    366180
    367 InputUpdateFromConstant_SOURCES = InputUpdateFromConstant/InputUpdateFromConstant.cpp\
    368                           InputUpdateFromConstant/InputUpdateFromConstant.h
    369 
    370 InputUpdateFromSolution_SOURCES = InputUpdateFromSolution/InputUpdateFromSolution.cpp\
    371                           InputUpdateFromSolution/InputUpdateFromSolution.h
    372 
    373 InputUpdateFromVector_SOURCES = InputUpdateFromVector/InputUpdateFromVector.cpp\
    374                           InputUpdateFromVector/InputUpdateFromVector.h
    375 
    376 UpdateVertexPositions_SOURCES = UpdateVertexPositions/UpdateVertexPositions.cpp\
    377                           UpdateVertexPositions/UpdateVertexPositions.h
    378 
    379 UpdateDynamicConstraints_SOURCES = UpdateDynamicConstraints/UpdateDynamicConstraints.cpp\
    380                           UpdateDynamicConstraints/UpdateDynamicConstraints.h
    381 
    382 ParsePetscOptions_SOURCES = ParsePetscOptions/ParsePetscOptions.cpp\
    383                           ParsePetscOptions/ParsePetscOptions.h
    384 
    385 VerticesDof_SOURCES = VerticesDof/VerticesDof.cpp\
    386                           VerticesDof/VerticesDof.h
    387 
    388181#}}}
    389 #Dakota sources {{{1
    390 DakotaResponses_SOURCES = DakotaResponses/DakotaResponses.cpp\
    391                           DakotaResponses/DakotaResponses.h
    392 Dakota_SOURCES = Dakota/Dakota.cpp\
    393                           Dakota/Dakota.h
    394 InputUpdateFromDakota_SOURCES = InputUpdateFromDakota/InputUpdateFromDakota.cpp\
    395                           InputUpdateFromDakota/InputUpdateFromDakota.h
    396 #}}}

  • proj/ice/larour/issm-uci-clean/trunk-jpl/src/mex/TriMesh/TriMesh.h

     
    1717#define PY_ARRAY_UNIQUE_SYMBOL PythonIOSymbol
    1818#endif
    1919
     20/*Header files: */
    2021#include "../../c/include/globals.h"
    2122#include "../../c/toolkits/toolkits.h"
    2223#include "../../c/include/include.h"
    … …  
    3132#define DOMAINOUTLINE     (mxArray *)prhs[0]
    3233#define AREA        (mxArray *)prhs[1]
    3334#define ORDER     (mxArray *)prhs[2]
    34 
    3535/* serial output macros: */
    3636#define INDEX  (mxArray**)&plhs[0]
    3737#define X  (mxArray**)&plhs[1]
    3838#define Y   (mxArray**)&plhs[2]
    3939#define SEGMENTS   (mxArray**)&plhs[3]
    4040#define SEGMENTMARKERLIST (mxArray**)&plhs[4]
    41 
    4241#endif
     42
    4343#ifdef _HAVE_PYTHON_
    4444/* serial input macros: */
    4545#define DOMAINOUTLINE     PyTuple_GetItem(args,0)
    4646#define AREA        PyTuple_GetItem(args,1)
    4747#define ORDER     PyTuple_GetItem(args,2)
    48 
    4948/* serial output macros: */
    5049#define INDEX  output,0
    5150#define X  output,1
    … …  
    5453#define SEGMENTMARKERLIST output,4
    5554#endif
    5655
    57 /* local prototypes: */
    58 void TriMeshUsage(void);
    59 
    6056#undef __FUNCT__
    6157#define __FUNCT__  "TriMesh"
    6258
    … …  
    6662#undef NRHS
    6763#define NRHS  3
    6864
     65/* local prototypes: */
     66void TriMeshUsage(void);
     67
    6968#endif  /* _TRIMESH_H */
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.